أكمل هذه الجملة: عاد كروس إلى لياقته البدنية مع بداية موسم 2013–14 ولعب في
كأس السوبر الألماني وكأس السوبر الأوروبي. في 4 أكتوبر 2013، سجل هدفه الأول هذا الموسم بالتعادل 1–1 ضد ناديه السابق باير ليفركوزن في الدوري. شارك كأساسي في مباراتي بايرن ميونخ في كأس العالم للأندية 2013. الأولى ضد غوانغجو إفرغراند تاوباو في فوز 3–0 في نصف النهائي يوم 17 ديسمبر 2013، وفي المباراة النهائية حيث تغلب فريقه على الرجاء الرياضي 2–0.