أكمل هذه الجملة: مع رحيل القائد السابق أندريس إنييستا في مايو 2018، تم اختيار ميسي كقائد جديد للفريق في الموسم التالي. في 12 أغسطس 2018، رفع لقبه الأول كقائد لبرشلونة وهو
كأس السوبر الإسباني بعد فوزه على إشبيلية 1–2. في 19 أغسطس، سجل ميسي ثنائية ليساعد برشلونة على هزيمة ألافيس 3–0 في أول مباراة له في الدوري الإسباني لهذا الموسم. هدفه الأول الذي أتى من ضربة حرة، كان هو الهدف رقم 6000 لبرشلونة في الدوري الإسباني. في 18 سبتمبر، سجل ميسي هاتريك في فوزه على أرضه بنتيجة 4–0 على آيندهوفن الهولندي في المباراة الافتتاحية لدوري أبطال أوروبا لهذا الموسم، مسجلاً رقماً قياسياً جديداً لأكثر لاعب تسجيلاً للهاتريك في تاريخ المسابقات، بثماني هاتريكات. في 20 أكتوبر، سجل ميسي وصنع في مباراة الفوز 4–2 على أرضه أمام إشبيلية، لكنه أُجبر لاحقًا على الخروج في الدقيقة 26 بعد سقوطه بشكل غريب وإصابة ذراعه اليمنى؛ أكدت الفحوصات في وقت لاحق أنه تعرض لكسر في عظمه الشعاعي، وغاب لمدة ثلاثة أسابيع تقريبًا. في 8 ديسمبر، سجل ميسي ركلتين حرتين – هدفه التاسع والعاشر من الكرات الثابتة خلال السنة التقويمية – في مباراة الفوز 4–0 خارج أرضه ضد غريمه الكاتالوني إسبانيول في الدوري الإسباني. كانت هذه هي المرة الأولى التي يُحقق فيها هذا الإنجاز في الدوري. كان هدفه الأول هو هدفه العاشر في الدوري لهذا الموسم، مما جعله أول لاعب يصل إلى أرقام ثنائية في الدوري الإسباني لمدة 13 موسمًا متتاليًا. في نفس المباراة، لعب مباراته رقم 32 له في ديربي برشلونة، مساويا لرقم زميلة السابق تشافي.