أكمل هذه الجملة: كان صراعه مع الإمبراطورية العثمانية هو السبب الأخير في عزله، بحيث كان غير راغب في المساومة مع الأتراك أبداً، وقرر بعناده أنه يستطيع توحيد العالم المسيحي كله بحملة صليبية جديدة، بحيث بدأ في حربًا طويلة وغير حاسمة مع الأتراك في عام 1593 والتي استمرت حتى عام 1606 وكانت تُعرف باسم "
الحرب الطويلة"، بحلول عام 1604 أنهكت هذه الحرب رعاياه المجريين وتمردوا بقيادة ستيفن بوكسكي (انتفاضة بوكسكي) في عام 1605، ومع ذلك أجبره أفراد عائلته الآخرون على التنازل عن السيطرة في الشؤون المجرية لأخيه الأصغر الأرشيدوق ماتياس، وبحلول عام 1606 أقام ماتياس صلحاً صعبًا مع المتمردين المجريين بموجب صلح فيينا، وأخيراً عقد مع الأتراك صلح زيتفاتوروك، كان رودولف غاضبًا من تنازلات أخيه التي رأى أنها تخلى عن الكثير من أجل تعزيز قبضة ماتياس على سلطته. لذلك استعد رودولف لبدء حرب جديدة مع الأتراك. ومع ذلك حشد ماتياس الدعم من المجريين الساخطين وأجبروا رودولف على التنازل عن تيجان المجر والنمسا ومورافيا له، وفي الوقت نفسه وأثناء هذا الضعف طالب البروتستانت البوهيميين بالمزيد من الحرية الدينية، وهو ما منحه من قبل رودولف في خطاب جلالة الملك في عام 1609، ومع ذلك استمر البوهيميين في الضغط من أجل المزيد من الحريات، إلا أن رودولف استخدم جيشه لقمعهم، ثم ناشد البروتستانت البوهيميين شقيقه ماتياس للمساعدة؛ بحيث استطاع جيش ماتياس احتجز رودولف سجينًاً في قلعته في براغ حتى عام 1611 ، خلال هذه الفترة تنازل رودولف عن تاج بوهيميا لأخيه.