أكمل هذه الجملة: والده الأستاذ الدكتور محمد الشافعي الظواهري من أشهر الأطباء المصريين للأمراض الجلدية، وجده من والده الشيخ محمد الأحمدي الظواهري أحد شيوخ الأزهر، وهو شيخ الظواهرية، وهي فخذ من قبيلة النفيعات التي تنتسب إلى نافع بن ثوران بن عوف بن ثعلبة من طيء. أما جده من والدته فهو عبد الوهاب عزام من رجال الأدب بمصر في مرحلة ما قبل
ثورة 1952، وعم أمه هو عبد الرحمن عزام أول أمين عام للجامعة العربية، وله خالان ومن أقرب الناس له عمه محمود الظواهري دكتور في أمراض العيون. عاش أيمن الظواهري في قرية الرزيقات بحري مركز ارمنت محافظة الأقصر لفترة طويلة.