أكمل هذه الجملة: أصر القاضي أحمد علي الذي كان يحمل ضغينة ضد الخليفة محمد شريف على محاكمة المتمردين بذريعة أنه لا يُؤمَن جانبهم وحتى يكون عقابهم رادعاً لمن يفكر في إحداث فتنة وحاول إقناع الخليفة بأنه في حلِّ مما وعد به. وجمع مجلسه القضائي وحكم على زعماء وقادة الاشراف الذين شاركوا فيما وصفه بالفتنة بقطع رؤوسهم وقطع أرجل وأيادي الباقين من خلاف. لم يوافق الخليفة على ذلك وكذلك اعترض السيد المكي إسماعيل المولى وهو دنقلاوي من أنصار المهدي في كردفان ومن اوائل الذين بايعوا الخليفة، مقترحاً نفيهم إذا كان الغرض من المحاكمة هو اتقاء شرهم. وبعد جدل وأخذ وعطاء تم الاتفاق في نهاية المطاف على نفي قادة المحاولة وهم أحمد ود سليمان أمين بيت المال و فوزي محمود وشقيقه حمدي كاتبا الخليفة، وأحمد النور كاتب الخليفة محمد شريف، وكل من أحمد محمد خير و صالح ود سوار الذهب وسعيد محمد فرح أحد زعماء القبائل في دنقلا إلى فشودة في جنوب السودان، لكن ما حدث هو أن تم قتلهم هناك فقد عقد القاضي أحمد جلسة أخرى غيابية وقضى بإعدامهم وأوكل أمير فشودة الزاكي طمل بتنفيذها. وكان من الطبيعي أن يبدي الخليفة شريف سخطه على ما جرى ويعبّر عن استيائه فانقطع عن صلاة الجمعة والجماعة مع الخليفة وكان ذلك بمثابة عصيان أدى بالخليفة إلى عقد مجلس محاسبة يضم 46 عضوا من الأمراء والقضاة في 2 مارس / آذار 1892، أدانوا فيه الخليفة شريف الذي قابلهم عند اللقاء به بالجفاء وأقبح الألفاظ فقرروا سجنه وهكذا ظل الخليفة شريف في السجن حتى وردت أنباء تحركات الجيش المصري الإنجليزي في الحدود فتم إطلاق سراحه لتوحيد الجبهة الداخلية ضد الغزو وبعد
معركة كرري تم إلقاء القبض عليه ونقل إلى سجن رشيد بمصر وبقي فيه حتى مماته.