ساختار پروتئین ها از چیست؟
25744#4
ساختار پروتئین یا ساختمان پروتئین به ساختاری گفته می‌شود که پروتئین به خود می‌گیرد. پروتئین دارای چهار نوع ساختار می‌باشد.روش‌های تعیین ساختار پروتئین، کشف ساختار سوم و چهارم یک پروتئین راهنمای بسیار مهمی برای تعیین کارکرد این پروتئین است. از روش‌های معمول می‌توان به پراش اشعه ایکس و تشدید مغناطیسی هسته اشاره کردپراش (تفرق) اشعه ایکس روشی برای مطالعهٔ ساختار مواد بلوری است که در سال ۱۹۱۲ میلادی توسط فون لاوه کشف شد و توسط ویلیام هنری براگ و ویلیام لورنس براگ برای بررسی بلورها بکار گرفته شد.
پروتئین
4990174#1
ساختار پروتئین، ارتباط مستقیمی با کارکرد آن دارد. حضور برخی گروه‌های شیمیایی در مکان‌های مشخص، به پروتئین‌ها این اجازه را می‌دهد تا به عنوان آنزیم فعالیت کنند و چند واکنش شیمیایی را فروکافت کنند. به طور کلی، ساختار پروتئین‌ها به۴ مرحله تقسیم می‌شود: اولیه (توالی)، ثانویه (ترکیب محلی زنجیره‌های پلی‌پپتیدی)، سومین (ساختار سه‌بعدی چین‌خوردگی پروتئین)، و چهارمین (ارتباط چند ساختار پلی‌پپتیدی). بیوانفورماتیک ساختاری عمدتاً کنش‌های بین ساختارها را با توجه به مختصات فضایی آن‌ها مورد بررسی قرار می‌دهد. بدین ترتیب، ساختار اولیه در شاخه‌های سنتی بیوانفورماتیک بهتر بررسی می‌شوند. با این حال، توالی محدودیت‌هایی ایجاد می‌کند که اجازهٔ تشکیل ترکیب‌های محلی پایستهٔ زنجیرهٔ پلی‌پپتیدی، مانند مارپیچ آلفا، صفحهٔ بتا، و حلقهط را می‌دهد (ساختار ثانویه). همچنین کنش‌های ضعیف (مانند پیوند هیدروژنی)، چین‌های پروتئین را پایدار می‌کنند. کنش‌ها ممکن است درون‌زنجیری (بین قسمت‌های یک تک‌پار پروتئینی) (ساختار سومین) یا بین‌زنجیری (بین تک‌پارهای مختلف) (ساختار چهارمین) رخ دهند.
بیوانفورماتیک ساختاری
181567#0
تاشدگی پروتئین فرایندی فیزیکی است که در آن بس‌پپتید (یا پلی‌پپتید) به ساختار سه‌بعدی طبیعی خاص خود درمی‌آید. این ساختار غالباً دارای عملکرد زیستی است. پروتئین‌ها از مولکول‌های اصلی تشکیل‌دهندۀ سلول‌ها هستند و به سلول‌ها شکل و ساختار مشخص می‌دهند. همچنین، تقریبا تمام کارکردهای سلول از پروتئین‌ها نشئت می‌گیرد. در واقع پروتئین‌ها می‌توانند کارکردهای بسیار زیاد و متنوعی داشته باشند، که این موضوع نتیجۀ اشکال متنوعی است که پروتئین‌ها به خود می‌گیرند. از لحاظ شیمیایی، پروتئین‌ها پیچیده‌ترین ساختار و کارکرد را در بین مولکول‌های شناخته شده دارند.  هر پروتئین از یک بس‌پپتید آغاز می‌شود. بس‌پیپیدها هرکدام زنجیره‌ای از اسیدهای آمینه هستند که در آغاز هیچ ساختار سه‌بعدی خاص و پایایی ندارند (سمت چپ شکل روبه‌رو). شکل پروتئین از روی دنباله‌ی آمینواسیدهای آن تعیین می‌شود. درنتیجه، برای درک تاشدگی پروتئین باید ابتدا با ساختار آمینواسیدها و پیوندهای بین آن‌ها آشنا شویم. هر اسیدآمینه در زنجیره می‌تواند ویژگی‌های شیمیایی خاصی داشته باشد؛ مثلاً آب‌دوست (هیدروفیل) یا آب‌گریز (هیدروفوب) یا باردار باشد. اسیدهای آمینه به خاطر این ویژگی‌ها با یکدیگر و با محیط سلول برهم‌کنش می‌کنند و سرانجام ساختار سه‌بعدی ویژه‌ای را که همان ساختار طبیعی پروتئین است به خود می‌گیرند (سمت راست شکل). اسیدآمینه‌های موجود در بس‌پپتید تعیین‌کنندۀ ساختار سه‌بعدی نهایی پروتئین هستند (قاعدۀ آنفینسن). سازوکار تاشدگی پروتئین هنوز به‌طور کامل شناخته نشده‌است.
تاشدگی پروتئین
256325#0
ساختار پروتئین، به ساختاری گفته می‌شود که پروتئین به خود می‌گیرد. پروتئین دارای چند ساختار می‌باشد.
ساختار پروتئین
3815466#0
پیش‌بینی ساختار پروتئین به معنای استنتاج ساختار سه‌بعدی پروتئین از روی دنباله آمینواسیدهای آن یا به بیان دیگر، تعیین ساختار دوم و سوم از روی ساختار اولیهٔ پروتئین است. تعیین ساختار پروتئین از مبنا با مسألهٔ طراحی یک پروتئین متفاوت است. تعیین ساختار پروتئین یکی از مسائل مهم در حوزه بیوانفورماتیک و شیمی تئوری است و اهمیت زیادی در پزشکی (برای مثال در طراحی دارو) و زیست‌فناوری (در طراحی آنزیم‌ها) دارد.
پیش‌بینی ساختار پروتئین
256325#11
نحوه قرار گیری زیر واحدها کنار هم ساختار ۴ را شکل میدهد. حالت قرارگیری چند پروتئین در فضا کنار یکدیگر. بیشتر پروتئین‌ها از پیوند زنجیرهای پلی پپتیدی مشابه یا متفاوت ساخته شده‌اند، اتصال بین زنجیرها توسط پیوندهای ضعیف تری برقرار می‌گردد. این ساختارترتیب قرارگرفتن زیر واحدهای یک پروتئین را شرح می‌دهد و نقش مهمی در توضیح چگونگی شرکت پروتئین در واکنش‌های شیمیایی دارد. به این توجه داشته باشید که در ساختار سوم یا همان ساختار کمپلکس فقط یک پروتئین به دور خود می پیچد ولی در ساختار چهارم چند پروتئین به دور هم میپیچند. برای ساختار چهارم می‌توان پروتئین گلوتن در گندم را نام برد که از اتصال دو پروتئین گلیادین و گلوتنین تشکیل شده‌است و هموگلوبین که در حمل گاز های تنفسی نقش دارد. الزاما هر پروتئینی این ساختار را ندارد.
ساختار پروتئین
256325#8
به نظم‌های موضعی گفته می‌شود که پروتئین در حین تاشدگی به خود می‌گیرد. ساختار دوم پروتنئین‌ها خود به چند دسته تقسیم می‌شود:حالت سه‌بعدی که پروتئین بعد از پیچش به خود می‌گیرد گفته می‌شود که در آن با تا خوردگی بیشتر،صفحات و مارپیچ‌های ساختار دوم به صورت کروی در می آیند.
ساختار پروتئین
3815140#11
پیش بینی ساختار پروتئین در حقیقت پیش‌بینی ساختار سه بعدی یک پروتئین از توالی آمینو اسیدی یا پیش‌بینی ساختار سوم پروتئین از ساختار اولیه آن است. این یکی از مهم‌ترین اهداف دنبال شده توسط بیوانفورماتیک و شیمی نظری است. پیش‌بینی ساختار پروتئین از اهمیت بالایی در پزشکی (برای مثال، در طراحی دارو) و بیوتکنولوژی (برای مثال، در طراحی آنزیم‌های جدید) برخوردار است. هر دو سال، عملکرد روش‌های فعلی در آزمایش CASP ارزیابی می‌شود.
مدل‌سازی سیستم‌های زیستی
3815466#4
ناحیه‌ای از ساختار دوم که یک مارپیچ آلفا یا یک صفحه بتا نباشد و نتوان آن را یک حلقه در نظر گرفت، به عنوان یک چنبره در نظر گرفته می‌شود.
پیش‌بینی ساختار پروتئین
5145298#0
ساختار اول پروتئین (به انگلیسی: Protein primary structure) عبارت از آرایش و توالی خطی آمینواسیدها در یک پروتئین یا پپتید است که از سر آمینی (N) تا کربوکسیلیک اسید انتهایی (C) ادامه دارد. در ساختار اولیهٔ پروتئین، فقط شاهد پیوند پپتیدی و ترتیب قرارگیری آمینواسیدها هستیم. بیوسنتز پروتئین در سلول‌ها معمولاً توسط ریبوزوم انجام می‌گیرد اما تولید پپتیدها در آزمایشگاه نیز امکان‌پذیر است.
ساختار اولیه پروتئین