Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
Φέρουν επίσης την ευθύνη για τον συντονισμό της χρήσης της διευκόλυνσης Σένγκεν με τη βοήθεια άλλων μέσων της Ένωσης, την εξασφάλιση της συμβατότητας με τις πολιτικές και τα μέτρα της Ένωσης και τη συμμόρφωση με τον δημοσιονομικό κανονισμό ο οποίος εφαρμόζεται στον γενικό προϋπολογισμό των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων ή με τον ευρωπαϊκό νόμο που τον αντικαθιστά.  