Eine weitere innovative Partnerschaft im Rahmen des Fonds der Vereinten Nationen für internationale Partnerschaften ist die von der Rockefeller-Stiftung geleitete Initiative zur Verhütung der Mutter-Kind-Übertragung, deren Schwerpunkt auf der Prävention von HIV/Aids in Verbindung mit der Behandlung liegt, um die Überlebenschancen infizierter Mütter und ihrer Säuglinge zu verbessern.
Еще одним новаторским видом партнерских отношений, заключенных при содействии ФМПООН, является выдвинутая Фондом Рокфеллера инициатива по предотвращению передачи инфекции от матерей к детям, в рамках которой основное внимание уделяется профилактике ВИЧ/СПИДа в связи с лечением, с тем чтобы повысить шансы инфицированных матерей и их детей на выживание.