Cuirfear Fís 2020 chun feidhme ar bhealach a bheidh comhlántach le cláir chistiúcháin agus beartais chistiúcháin eile de chuid an Aontais, lena n-áirítear na Cistí Eorpacha Struchtúracha agus Infheistíochta (Cistí CESI), an Comhbheartas Talmhaíochta, an Clár le haghaidh Iomaíochas Fiontar agus fiontair bheaga agus fiontair mheánmhéide(COSME) (2014-2020), Clár "Erasmus+" agus Clár Life.
Horizon 2020 wordt uitgevoerd op een wijze die complementair is met andere financieringsprogramma's en beleidsmaatregelen van de Unie, met inbegrip van de Europese Structuur- en Investeringsfondsen (ESI-fondsen), het Gemeenschappelijk Landbouwbeleid, het programma voor het concurrentievermogen van ondernemingen en het midden- en kleinbedrijf (Programme for the Competitiveness of Enterprises and small and medium-sized enterprises - COSME) (2014-2020), het "Erasmus+"-programma en het Life-programma.