I ndáil leis na rialacha ginearálta maidir le trédhearcacht a bhfuil feidhm acu maidir le gníomhaireachtaí an Aontais, ba cheart feidhm a bheith acu freisin maidir le Eurojust ar bhealach nach gcuireann oibleagáid na rúndachta ina chuid oibre oibríochtúla i mbaol ar dhóigh ar bith.
De interparlementaire commissievergadering vindt echter plaats met volledige inachtneming van de onafhankelijkheid van Eurojust ten aanzien van maatregelen die zijn genomen in specifieke operationele zaken en ten aanzien van de zwijg- en geheimhoudingsplicht.