یک ژن جعبه ابزار می‌تواند در الگوی متفاوتی بیان شود، مانند زمانی که منقار گنجشک زمینی بزرگ داروین با ژن BMP بزرگ شد، یا زمانی که مارها پاهای خود را از دست دادند زیرا ژن‌های Distal-less (Dlx) در مکان‌هایی که خزندگان دیگر به تشکیل اندام‌های خود ادامه می‌دادند، کم بیان شدند یا اصلا بیان نشدند.