متیلاسیون DNA که کروماتین را علامت‌گذاری می‌کند، حلقه‌های متابولیکی خود پایدار، خاموش شدن ژن توسط تداخل RNA و ساختار سه بعدی پروتئین‌ها (مانند پریون‌ها) از جمله زمینه‌هایی هستند که سیستم‌های وراثت اپی‌ژنتیکی در سطح ارگانیسمی کشف شده‌اند.