باکتری‌ها می‌توانند پلاسمیدها را با باکتری‌های گونه‌های دیگر، از جمله برخی ظاهراً دور از هم در دامنه‌های فیلوژنتیکی مختلف، مبادله کنند، که تجزیه و تحلیل روابط آن‌ها را دشوار می‌کند و مفهوم گونه‌های باکتریایی را تضعیف می‌کند.