با این حال، از آنجایی که همه موجودات زنده تا حدی به هم مرتبط هستند، حتی اندام‌هایی که به نظر می‌رسد شباهت ساختاری کمی یا هیچ شباهتی ندارند، مانند چشم‌های بندپایان، ماهی مرکب و مهره‌داران، یا اندام‌ها و بال‌های بندپایان و مهره‌داران، می‌توانند به مجموعه مشترکی از ژن‌های همولوگ که مونتاژ و عملکرد آن‌ها را کنترل می‌کنند، بستگی داشته باشند. این به عنوان همولوژی عمیق شناخته می‌شود.