برخی از میکروب‌های اصلاح شده ژنتیکی را نیز می‌توان در زیست‌معدنی و زیست‌پالایی استفاده کرد، به دلیل توانایی آن‌ها در استخراج فلزات سنگین از محیط خود و ترکیب آن‌ها در ترکیباتی که به راحتی قابل بازیابی هستند.