सूअरों के बीच में इन्फ्लूएंजा के प्रसार को रोकने के तरीके हैं - प्रबंधन की सुविधा, झुंड का प्रबंधन और टीकाकरण. क्योंकि अधिकतर बीमारी और मौत सूअर फ्लू से जुड़े अन्य रोगज़नक़ों द्वारा होती है, टीकाकरण पर निर्भर नियंत्रण अपर्याप्त हो सकती हैं। 

हाल के दशक में टीकाकरण द्वारा सूअर इन्फ़्लुएन्ज़ा पर नियंत्रण करना मुश्किल हो गया है, वायरस के उद्भव से परम्परागत टीकाकरण असंगत हो गया है। मानक वाणिज्यिक सूअर फ्लू टीकों के संक्रमण को नियंत्रित करने में प्रभावी होते हैं, जब वायरस उपभेद महत्वपूर्ण संरक्षण के लिए पर्याप्त है और विशिष्ट वायरस के द्वारा बनायी गयी दवाइयां जटिल मामलों में प्रयोग की जाती हैं। SIV नियंत्रण और रोकथाम के लिए बनाये गए टीके स्वाइन फर्मों में SIV टीकाकरण के लिए प्रयोग किये जाते है जो वाणिज्यिक रूप में संयुक्त राज्य अमेरिका में उपलब्ध हैं। हाल ही में जो 97 H3N2 पृथक रखे गये वायरसों का जांच किया गया तो यह पाया गया कि उनमें से 41 वाइरस शक्तिसाली हैं और इनमें तीन विरोधी प्रतिक्रियाएं हैं। इन्फ्लूएंजा टीकों की रक्षात्मक क्षमता मुख्यतः टीके के वायरस और महामारी वायरस के बीच निकट सम्बन्ध पर निर्भर करता है, SIV में स्थित अप्राभावी H3N2 प्रकार यह बताते हैं कि वर्तमान व्यावसायिक टीके प्रभावित रूप से H3N2 संक्रमण वायरस से सूअरों की रक्षा नहीं कर सकते है। संयुक्त राज्य कृषि विभाग के शोधकर्ताओं का कहना है कि जब तक सुअर टीकाकरण से सूअर बीमार होते रहेंगे तब तक यह संक्रमण रुकता नहीं है।

सुविधा प्रबंधन में व्यापक वातावरण के साथ-साथ वातावरण में विद्यमान वायरस को नियंत्रित करना और कीटानुराहित वातावरण बनाना भी शामिल है। यह वायरस दो सप्ताह से ज्यादा जीवित कोशिकाओं के बाहर जी नहीं सकता है, लेकिन ठंड में (बर्फ जमने की स्थिति), कीटानुराहित वातावरण में यह सुस्त पड़ जाता है। झुंड प्रबंध का मतलब इन्फ्लूएंजा को लेकर चलने वाले सूअरों को झुंड में शामिल करना नहीं हैं जो इस वायरस के संपर्क में आ चुके हैं। यह वायरस स्वस्थ सूअरों में 3 महीने तक रहता है और इन में से प्रकोप के समय बरामद किया जा सकता है। वाहक सूअर आमतौर पर SIV को असंक्रमित झुंड में या देश में शुरू करने के लिए जिम्मेदार होते हैं ताकि नए पशु उनसे अलग रखें जाएँ. इसके फैलने के बाद, संक्रमित सूअरों में रोग निर्मूलन शक्ति कम हो जाती है, तो इसका प्रकोप बढ़ जाता है।


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