माध्यमिक संरचना के तत्वों को आम तौर पर, विभिन्न किस्मों की गांठ और मोड़ों का उपयोग करते हुए एक ठोस आकार में मोड़ा जाता है। माध्यमिक संरचनाएं, सुपरमाध्यमिक संरचनाओं के गठन के लिए हाइड्रोजन बॉन्ड द्वारा बंध जाते हैं जैसे ग्रीक की. 
एक विस्तृत उदाहरण के लिए देखें सुपरमाध्यमिक संरचना.
यह भी कई वैज्ञानिकों द्वारा सुझाया गया है कि माध्यमिक संरचना केवल अमीनो एसिड अनुक्रम के द्वारा ही निर्धारित होती है।

प्रोटीन तह
तृतीयक संरचना
सुपरमाध्यमिक संरचना
प्रोटीन संरचना के स्तर