एटकिन्सन के स्थान पर एबरडीन से एलेक्स फर्ग्यूसन अपने साथ सहायक मैनेज़र आर्ची नॉक्स को ले कर उसी दिन आए जिस दिन एटकिन्सन को निकाल दिया गया था। हालांकि 8 नवम्बर 1986 को उनके नेतृत्व में ऑक्सफोर्ड युनाइटेड के खिलाफ खेले गए पहले मैच का परिणाम 2-0 से हार के रूप में रहा, फर्ग्यूसन क्लब को लीग में 11वें स्थान तक ले गए। 1987-88 में दूसरा स्थान प्राप्त करने से भले ही प्रशंसकों को भविष्य की एक छोटी सी झलक दिखाई दी, जिसमें जॉर्ज बेस्ट के बाद ब्रायन मैकक्लेयर पहली बार एक सत्र में बीस लीग गोल करने वाले युनाइटेड खिलाड़ी बने, लेकिन जल्दी ही 1989 में एक और 11वें स्थान पर समाप्ति के पश्चात् वे शीघ्र ही औसत दर्जे में पहुँच गए। 
फर्ग्यूसन द्वारा साइन किये गए कई खिलाड़ी प्रशंसकों की उम्मीदों पर खरे नहीं उतरे और 1990 की शुरुआत में एक समय मैनेज़र नौकरी से निकाले जाने के कगार तक पहुँच गए थे, जब कई लोग मान रहे थे कि FA कप के तीसरे दौर में नॉटिंघम फ़ॉरेस्ट से हार उसके भाग्य को सील कर देगी. 56वें मिनट में मार्क रोबिन्स द्वारा किये गए गोल ने युनाइटेड को मैच जिताया और उन्हें कप की दौड़ में ला खड़ा किया जिससे वे अंततः फाइनल में वेम्बली पहुँच गए, जहाँ मूल मैच में 3-3 से बराबरी के पश्चात्, अतिरिक्त खेल में क्रिस्टल पैलेस को 1-0 से हरा दिया. अगले वर्ष, युनाइटेड लीग कप के फाइनल में पहुँचा, लेकिन भूतपूर्व मैनेज़र रॉन एटकिन्सन की शेफील्ड वेडनेसडे टीम से 1-0 से हार गया। हालांकि, सत्र की शुरुआत क्लब द्वारा पहले विजेता कप खिताब से हुयी जब रॉटरडैम में फाइनल में बार्सिलोना को 2-1 हराया. विजेता कप जीतने से टीम को 1991 में UEFA सुपर कप खेलने की अनुमति मिली जिसमें उन्होनें ओल्ड ट्रेफोर्ड पर [[यूरोपियन कप]] धारक [[रेड स्टार बेलग्रेड]] को 1-0 से मात दी. मैच दो स्थानों पर खेला जाना था लेकिन उस समय यूगोस्लाविया में राजनीतिक अशांति के कारण UEFA ने फ़ैसला किया कि केवल ओल्ड ट्रेफोर्ड पर खेला जाएगा. दूसरी लगातार जीत 1992 में लीग कप के फाइनल में मिली जब युनाइटेड ने इस बार वेम्बली में नॉटिंघम वन को 1-0 से हराया. 
इस बीच, दशक के अंत के आसपास मैदान से बाहर घटनाएं घटित हो रहीं थी, जब अध्यक्ष मार्टिन एडवर्ड्स ने 1989 में प्रोपर्टी बाज़ार के अग्रणी माइकल नाईटन को क्लब बेचने की कोशिश की. सौदा 20 मिलियन पाउंड में पक्का हो गया था, जिसमें नाईटन ओल्ड ट्रेफोर्ड मैदान के साथ, पूरी मैनचेस्टर युनाइटेड किट भी ले रहा था और गेंद स्ट्रेटफोर्ड के पाले में भेजने से पहले उसने कुछ और मोल भाव किया। नाईटन को क्लब के वित्तीय दस्तावेज़ों की जानकारी दे दी गयी थी, लेकिन इससे पहले कि सौदे को अंतिम रूप दिया जाता, उसके वित्तीय समर्थकों ने हाथ वापिस खींच लिए और सौदा रद्द हो गया। हालांकि, क्योंकि अब नाईटन क्लब के अंदरूनी राज जानता था, उसे इस मामले के बारे में अपनी चुप्पी के लिए क्लब के बोर्ड में जगह दे दी गई। 1991 में टेलर की रिपोर्ट के अनुसार कुछ अतिरिक्त वित्तीय सहायता की आवश्यकता के चलते, क्लब अपनी वित्तीय स्थिति सार्वजनिक करते हुए 47 लाख पाउंड के मूल्यांकन के साथ लंदन स्टॉक एक्सचेंज में सूचीबद्ध हो गया। मार्टिन एडवर्ड्स अध्यक्ष के रूप में बने रहे, लेकिन क्लब अब सार्वजनिक स्वामित्व वाला बन चुका था। 
1991 की गर्मियों में क्लब में डेनमार्क के गोलकीपर पीटर शमाईकल का आगमन हुआ जिनके 17 लीग मैचों में अच्छे प्रदर्शन से 1991-92 की प्रथम श्रेणी में युनाइटेड को सर्वश्रेष्ठ रक्षात्मक रिकॉर्ड की प्राप्ति हुई जिसके परिणामस्वरूप उन्हें [[लीड्स युनाइटेड]], (जिसके इन परिणामों के पीछे निश्चित रूप से एक फ्रेंच मनमौजी [[एरिक कैन्टोना]] का हाथ था), के बाद दूसरे स्थान पर पहुँचने में मदद मिली. एलेक्स फर्ग्यूसन युनाइटेड के लिए मार्क ह्यूजेस और ब्रायन मेक क्लेयर के स्थान पर एक ठोस स्ट्राइकर की जरूरत को पहचानते थे और उन्होनें कई बार शेफील्ड वेडनेसडे के स्ट्राइकर डेविड हर्स्ट को साइन करने की कोशिश की - और हर बार विफल रहे, लेकिन जब लीड्स मैनेज़र हावर्ड विलकिन्सन ने नवंबर, 1992 में मार्टिन एडवर्ड्स से डेनिस इरविन की उपलब्धता के बारे में पूछताछ की तो बातचीत जल्दी ही कैन्टोना पर केन्द्रित हो गयी। एडवर्ड्स और फर्ग्यूसन को आश्चर्य हुआ जब दोनों क्लब इस रहस्यमय फ्रांसीसी के लिए 1.2 लाख पाउंड की फीस पर सहमत हो गये। कैन्टोना के आगमन ने युनाइटेड को महत्वपूर्ण आक्रत्मकता प्रदान की जिससे 1967 के बाद टीम को अपना पहला लीग खिताब जीतने में सहायता मिली. अगले वर्ष के जुलाई 1993 में नॉटिंघम फ़ॉरेस्ट के रॉय कीन को साइन करने के बाद, युनाइटेड ने 1957 के बाद पहली बार लगातार दूसरा खिताब जीता, जिसके पश्चात् FA कप जीत कर उसने क्लब के इतिहास का पहला डबल पूरा किया। तथापि उसी वर्ष, 20 जनवरी 1994 को पूर्व मैनेजर और क्लब निदेशक मैट बस्बी की मृत्यु के बाद, क्लब शोक में डूब गया।
1988-89 के बाद से 1994-95 का सत्र क्लब के लिए पहली बार बिना कोई ट्रॉफी वाला सत्र बनने जा रहा था, हालांकि वे खिताबी दौड़ को किसी तरह सत्र के अंतिम सप्ताह तक खींचने में कामयाब रहे और FA कप के फाइनल में पहुँच गये जहां वे एवर्टन से हार गये। कीथ गिलेस्पी के साथ न्यूकैसल युनाइटेड के एंडी कोल को 6 मिलियन पाउंड में साइन किया गया जो फीस के मामले में एक ब्रिटिश रिकार्ड था। बहरहाल, कोल द्वारा युनाइटेड के लिए खेले गये पहले मैच के बाद, एरिक कैन्टोना को दर्शकों में कूदने और क्रिस्टल पैलेस के समर्थक मैथ्यू सीमन्स, जिसने सेलहर्स्ट पार्क में युनाइटेड द्वारा खेले गये एक मैच में मैदान छोड़े जाने के दौरान कैन्टोना को नस्लीय गाली दी थी, पर हमला करने के लिए 8 महीने के निलंबित कर दिया. कैन्टोना के निलंबन को कुछ लोग युनाइटेड द्वारा उस सत्र में लीग खिताबों की तिकड़ी न बना पाने का एक कारण मानते हैं। सत्र की विफलता ने फर्ग्यूसन को टीम के पुर्नगठन के लिए पॉल इन्स, आंद्रेई कन्चेल्स्किस और मार्क ह्यूज़ जैसे खिलाड़ियों को बेचने के लिए मजबूर कर दिया और उनके स्थान पर क्लब की युवा टीम के खिलाड़ियों को लाया गया जिनमें डेविड बेकहम, गैरी नेविल, फिल नेविल और पॉल शोल्स शामिल थे। 1995-96 सत्र के उदघाटन दिन पर क्लब की एस्टन विला से 3-1 की हार के बाद, टेलीविजन पंडित एलन हेन्सन ने यह प्रसिद्ध घोषणा कर दी थी कि "आप बच्चों के साथ कभी भी कुछ नहीं जीत पाओगे." नए खिलाड़ी, जिनमें से कई जल्दी ही इंग्लैंड के लिए नियमित रूप से अंतरराष्ट्रीय खिलाड़ी बन गये, अच्छी तरह खेले और 1995 के अक्टूबर में कैन्टोना की वापसी से उत्साहित हो कर, युनाइटेड दो बार डबल जीतने वाला पहला इंग्लिश क्लब बन गया, एक उपलब्धि - जिसे "डबल डबल" का उपनाम मिला. 
जुलाई 1996 में कप्तान स्टीव ब्रूस बर्मिंघम सिटी में चले गये और एलेक्स फर्ग्यूसन ने क्लब के नए कप्तान के रूप में एरिक कैन्टोना को चुना. उन्होनें 1996-97 में पांच सालों में चौथे लीग खिताब के लिए टीम का नेतृत्व किया और सत्र के अंत में 30 साल की उम्र में फुटबॉल से संन्यास ले लिया। टेडी शेरिंघम को उनके स्थान पर लाया गया और उनकी खास पहचान वाली 7 नम्बर की कमीज़ डेविड बेकहम को सौंप दी गयी। उन्होनें 1997-98 के सत्र में अच्छी शुरुआत की, लेकिन क्रिसमस के बाद वे पांच मैच हार गये और डबल विजेता आर्सनल से एक पॉइंट पीछे रहते हुए द्वितीय स्थान पर रहे. लीग खिताब में बिना कोई नियमित प्रतिद्वंदी के बिताई गयी एक अवधि के बाद, आर्सनल को अगले कुछ वर्षों के लिए ख़िताब का असली दावेदार माना जाने लगा. 

पुरस्कार विजेता
1969-1986
स्टेडियम
एलेक्स फर्ग्यूसन युग, तिकड़ी-पूर्व (1986-1998)