वेंजर के पक्ष की अक्सर उनकी अनुशासनहीनता के लिए आलोचना की जाती रही है, उन्हें 1996 और 2008 के बीच 73 रेड कार्ड मिले. हालांकि, 2004 और 2005 दोनों में वेंजर के आर्सेनल ने खेल व्यवहार के लिए प्रीमियर लीग की फेयर प्ले लीग टेबल्स जीती और 2006 में भी दूसरे को पूरा करते हुए इसी को दोहराया. 

1999 में, वेंजर ने मैच के ख़त्म होने के तुरंत बाद एफ ए कप के पांचवे राउंड गेम का शेफील्ड यूनाईटेड रिप्ले पेश किया, क्योंकि यह विवादस्पद स्थितियों में जीता था। आर्सेनल का जीतने के लिए किया गया गोल मार्क ओवरमार्स ने किया था, क्योंकि दूसरे पक्ष का कनु बॉल को लौटा नहीं पाया था, किसे बाद शेफील्ड यूनाईटेड खिलाडी ने इसे किक किया, जिसमें उसे चोट भी आई और उसका उपचार भी किया गया। 

वह मेनचेस्टर यूनाईटेड मेनेजर सर एलेक्स फर्गुसन के साथ अपनी प्रतिद्वंद्विता के लिए भी जाने जाते हैं। यह प्रतिद्वंद्विता कुख्यात "Pizzagate" में अपने चरम पर पहुंच गयी, जब ओल्ड ट्राफोर्ड में अक्टूबर 2004 में एक विवावादास्पद दंड के बाद 2–0 से हारा और आर्सनल के 49 खेल का अंत नाबाद प्रीमियर लीग रन के रूप में हुआ। मैच के बाद आर्सेनल की साइड के एक सदस्य ने टनल में विरोधी पक्ष पर भोजन फेंका.

अक्टूबर और नवम्बर 2005 के दौरान, वेंजर तत्कालीन चेल्सी मेनेजर जोस मोरीनो के साथ लड़ाई में उलझ गए। 

वेंजर की बारे में अक्सर अन्य प्रीमियर लीग के मैनेजर आलोचना करते रहे हैं कि वह विशेष रूप से चेम्पियन लीग में कई अंग्रेजी खिलाडियों को क्षेत्ररक्षण नहीं सौपते हैं। वेस्ट हेम यूनाईटेड के पूर्व मैनेजर एलेन परड्यू ने कहा कि आर्सेनल के चेम्पियन लीग की सफलता "आवश्यक रूप से ब्रिटिश फुटबॉल के लिए जीत नहीं है" 

वेंजर ने उस समय रेफरियों पर विवादस्पद बयान दिए जब फैसला उनकी टीम के पक्ष में नहीं दिया गया। 

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