कई उपयोग कर्ता वायरस विरोधी सॉफ्टवेयर (ऐंटिवायरस सॉफ़्टवेयर, ) इंस्टाल करते हैं, जो कंप्यूटर डाउनलोड () के बाद या निष्पादन योग्य के चलने के बाद ज्ञात वायरस का पता लगा लेते हैं या उसे नष्ट कर देते हैं। ऐसे दो सामान्य तरीके हैं जिन्हें एक वायरस विरोधी सॉफ्टवेयर () अनुप्रयोग वायरस की जांच करने के लिए काम में लेता है। वायरस की जांच की पहली और सबसे सामान्य विधि है वायरस के हस्ताक्षर () परिभाषा की सूची का उपयोग.यह कंप्यूटर की स्मृति के अवयवों (अपने RAM () और बूट क्षेत्र ()) और स्थायी या अस्थायी ड्राइवों (हार्ड ड्राइव, फ्लॉपी ड्राइव) पर संगृहीत संचिकाओं की जांच के द्वारा, कार्य करता है तथा इन संचिकाओं की तुलना ज्ञात वायरस के "हस्ताक्षर" के डेटाबेस के ख़िलाफ़ की जाती है। जांच की इस विधि का नुक्सान यह है कि उपयोग कर्ता केवल वायरस से सुरक्षित रहता है जो अपनी पिछली परिभाषा का अद्यतन करता रहता है। दूसरी विधि है अनुमानी () कलन विधि जिसमें सामान्य व्यवहार पर आधारित वायरसों का पता लगाया जाता है। इस विधि में वायरसों का पता लगाने कि क्षमता होती है जिसके लिए अभी भी वायरस विरोधी कंपनियों को हस्ताक्षर बनाना है।
कुछ वायरस विरोधी प्रोग्राम खुली हुई संचिकाओं को स्केन करने में सक्षम होते हैं साथ ही समान तरीके से 'on the fly' भेजे गए और प्राप्त किए गए ई-मेल्स को भी स्केन कर सकते हैं। इसे "on-access scanning"कहते हैं। वायरस विरोधी सोफ्टवेयर पोशी सॉफ्टवेयर कि वायरस को प्रेषित करने की क्षमता को परिवर्तित नहीं करता है। उपयोगकर्ता को पैच () सुरक्षा छिद्र के लिए अपने सोफ्टवेयर नियमित रूप से अद्यतन करने चाहिए.एंटी वायरस सॉफ्टवेयर को भी नियमित रूप से अद्यतन किए जाने की आवश्यकता है ताकि आधुनिक खतरों को रोका जा सके.
कोई भी व्यक्ति भिन्न मिडिया पर डाटा (और आपरेटिंग सिस्टम) के नियमित रूप से बैकअप () से वायरस के द्वारा की गई क्षति को कम कर सकता है, इन्हें या तो सिस्टम से असंबद्ध (ज्यादातर समय), रखा जाता है, या अन्य कारणों जैसे भिन्न संचिका प्रणालियों () का उपयोग के लिए इसे नहीं खोला जा सकता या केवल रीड-ओनली रखा जाता है। इस तरह, यदि एक वायरस के माध्यम से डाटा खो दिया है, कोई भी बैकअप का उपयोग करके फिर से शुरू कर सकता है। (जो हाल ही में अद्यतन किया गया होना चाहिए.) यदि ऑप्टिकल मीडिया () जैसे सीडी () और डीवीडी () पर एक बैकअप सत्र बंद हो गया है, यह read-only बन जाता है और अब वायरस से संक्रमित नहीं हो सकता है। इसी तरह, बूट योग्य () पर एक ऑपरेटिंग सिस्टम का उपयोग कंप्यूटर को शुरू करने के लिए किया जा सकता है, यदि स्थापित आपरेटिंग सिस्टम उपयोग हीन हो गया है। अन्य विधि है भिन्न संचिका तंत्रों पर भिन्न आपरेटिंग सिस्टम का उपयोग.एक वायरस की दोनों को प्रभावित करने की सम्भावना नहीं होती है। डेटा बैकअप भी भिन्न संचिका तंत्रों पर डाला जा सकता है। उदाहरण के लिए, लिनक्स को NTFS () विभाजन पर लिखने के लिए विशेष सॉफ़्टवेयर की आवश्यकता होती है, इसलिए यदि कोई सॉफ्टवेयर को इंस्टाल नहीं करता है और एक NTFS विभाजन पर एक बैकअप करने के लिए MS विन्डोज़ के अलग इंस्टालेशन का उपयोग करता है, बैकअप को लाइनक्स के किसी भी वर्जन से सुरक्षित होना चाहिए.इसी तरह, MS विन्डोज़ संचिका सिस्टम जैसे ext3 (), को नहीं पढ़ सकता है, इसलिए यदि कोई सामान्यतया MS विन्डोज़ का उपयोग करता है, एक लिनक्स इंस्टालेशन का उपयोग करते हुए एक ext3 विभाजन पर बैकअप बनाया जा सकता है।

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