सूक्ष्मजीव (विशेषकर यीस्ट) का प्रयोग प्राचीन काल से वाइन, बियर, ह्निस्की, ब्रांडी या रम जैसे पेयों के उत्पादन में किया जाता आ रहा है। वही यीस्ट सैकेरोमाइसीज सैरीबिसी (जो सामान्यतः 'ब्रीवर्स यीस्ट' के नाम से भी प्रसिद्ध है) ब्रैड बनाने तथा माल्टीकृत धान्यों तथा फलों के रसों में ऐथानॉल उत्पन्न करने में प्रयोग किया जाता है। किण्वन तथा विभिन्न प्रकार के संसाधन (आसवन आदि) कच्चे पदार्थों पर निर्भर करती है : वाइन तथा बियर का उत्पादन बिना आसवन के किया जाता है जबकि ह्निस्की, ब्रांडी तथा रम किण्वित रस के आसवन द्वारा तैयार किए जाते हैं।

वाहितमल उपचार में सूक्ष्मजीव
किण्वित पेय
रसायन, एंजाइम तथा अन्य जैवसक्रिय अणु
जैव नियंत्रण कारक के रूप में सूक्ष्मजीव