जनवरी 2014 में, क्लार्क के साथ एक "गार्जियन" साक्षात्कार ने संभावना जताई कि 2016 में बान की मून के सेवानिवृत्त होने के बाद वह संयुक्त राष्ट्र महासचिव के रूप में पदभार संभाल सकते हैं। उसने अपनी रुचि की पुष्टि नहीं की, लेकिन टिप्पणी की: "संयुक्त राष्ट्र की पहली महिला होगी, क्योंकि वे अंतिम गढ़ों की तरह दिख रही हैं, इसमें कोई दिलचस्पी नहीं होगी।" उसने एक ही साक्षात्कार में यह भी कहा कि: "अगर मेरे पास नेतृत्व की शैली के लिए पर्याप्त समर्थन है, तो यह दिलचस्प होगा।" जवाब में, प्रधान मंत्री जॉन की ने कहा कि न्यूजीलैंड सरकार एक बोली का समर्थन करेगी, लेकिन आगाह किया कि यह काम पाने के लिए एक कठिन काम होगा। 

4 अप्रैल 2016 को, हेलेन क्लार्क ने आधिकारिक तौर पर 2016 के संयुक्त राष्ट्र महासचिव चयन के लिए न्यूजीलैंड के उम्मीदवार के रूप में अपना नामांकन प्रस्तुत किया। उसी दिन एक साक्षात्कार में, क्लार्क ने जोर देकर कहा कि वह लैंगिक तटस्थ सर्वश्रेष्ठ उम्मीदवार के रूप में चल रही थीं, न कि "एक महिला होने के आधार पर।" 

हैती हैजा के प्रकोप में संयुक्त राष्ट्र की भूमिका की व्यापक रूप से चर्चा और आलोचना की गई है। इस बात के निर्विवाद प्रमाण मिले हैं कि हैजा के लिए हैजा लाने के लिए संयुक्त राष्ट्र समीपस्थ कारण है। नेपाल से हैती भेजे गए शांति सैनिक जलमग्न हैजा ले जा रहे थे और उन्होंने हैती के पानी की धारा में डुबाने से पहले उनके अपशिष्ट का उचित उपचार नहीं किया। पीड़ितों के लिए मुआवजे के बारे में पूछे जाने पर, क्लार्क ने इसे "कानूनी मुद्दे" बताते हुए एक स्थिति लेने से इनकार कर दिया। 

एक और मुद्दा जिसने क्लार्क की उम्मीदवारी के दौरान ध्यान आकर्षित किया, वह संयुक्त राष्ट्र के शांति सैनिकों द्वारा यौन शोषण और दुरुपयोग का आरोप था। मध्य अफ्रीकी गणराज्य में शांतिरक्षकों द्वारा बच्चों के यौन उत्पीड़न का पर्दाफाश करने के बाद एंडर्स कोमपास के सामने यह गंभीर समस्या सामने आई। संयुक्त राष्ट्र के महासचिव कैंडिडेट अनौपचारिक संवादों के दौरान, क्लार्क ने कहा कि संयुक्त राष्ट्र को यौन शोषण और दुर्व्यवहार, और शांति सैनिकों द्वारा लिंग आधारित हिंसा से जल्दी से निपटने की आवश्यकता है। 

अक्टूबर 2016 में गुप्त मतदान द्वारा स्ट्रॉ पोल किए गए थे। छठे मतदान में क्लार्क ने पांचवां स्थान हासिल किया - उनकी स्थायी सुरक्षा परिषद के सदस्यों में से तीन ने उनके खिलाफ मतदान करने पर उनकी उम्मीदवारी को प्रभावी रूप से वीटो कर दिया। 

महासचिव के लिए क्लार्क की बोली एक डॉक्यूमेंट्री फिल्म, "माई इयर विद हेलेन का विषय है" , जिसका निर्देशन गायलिन प्रेस्टन ने किया था, जिसका प्रीमियर फरवरी 2018 में हुआ था। 

विपक्ष के नेता
कैबिनेट मंत्री
संयुक्त राष्ट्र महासचिव का चयन
प्रधान मंत्री (1999-2008)