वायरस के कूटलेखन के लिए एक और अधिक उन्नत विधि है सरल एन्क्रिप्शन () का उपयोग.इस मामले में, वायरस एक छोटे से decrypting मॉड्यूल और वायरस के कोड कि एक एन्क्रिप्टेड कॉपी से युक्त होता है। यदि प्रत्येक संक्रमित संचिका के लिए वायरस एक अलग कुंजी से एन्क्रिप्टेड है, तो वायरस का केवल एक भाग स्थिर बना रहता है वह है decrypting मॉड्यूल, जो (उदाहरण के लिए) के अंत से संलग्न होगा.इस मामले में, एक वायरस स्कैनर हस्ताक्षर का उपयोग करके सीधे वायरस का पता नहीं लगा सकता, लेकिन यह फ़िर भी डीक्रिप्टिंग मॉड्यूल का पता लगा सकता है, जो संभव वायरस की अभी भी अप्रत्यक्ष जांच कर सकता है। चूंकि ये संक्रमित पोषी पर संग्रहित कुंजिया होंगी, वास्तव में अन्तिम वायरस को विकोड करना पूरी तरह से सम्भव है, लेकिन इसकी शायद जरुरत नहीं है, चूँकि स्वयं संशोधित कोड इतना दुर्लभ है कि इसके कारण से वायरस स्केनर कम से कम संदिग्ध संचिका को अंकित कर सकता है।
एक पुराने लेकिन कम्पैक्ट, एन्क्रिप्शन में एक स्थिर वायरस कि प्रत्येक बाईट XORing () शामिल है, ताकि ऑपरेशन का दोहरान केवल डिक्रिप्शन के लिए हो.यह संदिग्ध कोड है जो अपने आप को संशोधित करता है, इसलिए कई वायरस परिभाषाओं में एन्क्रिप्शन / डिक्रिप्शन हस्ताक्षर का एक भाग हो सकता है।
ऑपरेटिंग सिस्‍टम की पुर्नस्‍थापना
एक चार कुंजी के साथ एन्क्रिप्शन
वाहक और पोषी
वायरस विरोधी सॉफ्टवेयर और अन्य रोकथाम के उपाय