१८७३ में जोहानेस डिडेरिक वॉन डर वॉल ने अंतर-आणुविक बलों की कल्पना की। किंतु नोबेल पुरुस्कृत हर्मन एमिल फिशर ने विशाल अणुकणिका रसायन शास्त की नींव रखी। १८९० में फिशर ने सुझाया के किण्वक-विकृत्य अंतःक्रियाएं ताले-चाबी के रूप में होतीं ह, जिन से जन्म हुआ आणुविक अभिज्ञान और परिचारक-अतिथि रसायन सिद्धांतों का। बीसवीं सदी के शुरुवात में धीरे-धीरे गैर सह-संयुज बोन्डिंग का ज्ञान समझमे आने लगा। १९२० में लेटिमर और रोडबुश ने हाइड्रोजन बाँड को समझाया।

इन सिद्धांतों के अनुप्रयोग से प्रोटीन के ढाचें और अन्य जीव प्रणालियों का दृष्टिगोचर हो पाया। उदाहरण के लिये, डी एन ऐ के सर्पिल घुमावदार ढांचे का परिज्ञान उसके दो न्यूक्लियोटाइड भांजों के बीच हाइड्रोजन बाँड की पकड के समझ से। डी-एन-ऐ के प्रतिलिपिकरण के लिये गैर सह-संयुज बोन्डिंग ज़रूरी है, क्योंकि ये ही दो भांजों को अलग-अलग होने दे कर, हर एक भांजे के प्रतिरूप से दो नये डी-एन-ऐ को बनाना सम्भव करते हैं।

रासायन शास्त्री इन सिद्धांतों को फिर संश्लेषिक पदार्थों को बनाने में करने लगे, जैसे कि मिसैल और सूक्ष्म-इमल्शन। १९६०-८० के बीच अनुसन्धान मे तेजी आई। चार्लस् पैडर्सन ने १९६७ में क्राउन ईथर (मुकुटनूमा हिमद्रव) () का संश्लेषण किया। 

१९८७ मे डॉनल्ड क्रैम्, जा़न-मारी लैह्न और चार्लस् पैडर्सन को मिले नोबेल पुरस्कार से इस क्षेत्र को काफी बढावा मिला। 
परिचारक-अतिथि रसायन के सिद्धांतों पर निर्मित संकर अणुकणिकाओं को भी बहुत महत्वपूर्ण माना गया।

१९९० के करीब विशाल अणुकणिका रसायन शास्त्र और भी परिष्कृत हुआ। जेम्स फ्रेसर स्टोड्डार्ट ने आणुविक यंत्रों और आणुविक स्व-संयोजन के प्रयोग से जटिल ढांचें बनाये। ईटामर विलनर ने इस पैमाना पर प्रयोग किये जाने वाले संकेतों और प्रणालियों का विकास किया। वैद्युत-रसायनी और प्राकाशिक-रसायनी के प्रभाव से इस क्षेत्र मे और उन्नति हुई। नैनोतकनीकी की ज़रूरतों को पूरा करने के लिये अध्ययन किया गया फुलरीन, नैनोकणों और डेन्ड्रैमर पर।

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इतिहास
विशाल अणुकणिका रसायन शास्त्र के मूल सिद्धांत
ऊष्मागतिकी