HD मस्तिष्क के विशिष्ट क्षेत्रों को प्रभावित करता है। सबसे प्रमुख प्रारंभिक प्रभाव नियोस्ट्रिएटम कहलाने वाले आधारिक गंडिकाओं के हिस्सों पर पड़ता है और जो पुच्छल नाभिक और कवच से निर्मित होता है। अन्य प्रभावित क्षेत्रों में शामिल हैं श्याम द्रव्य, प्रमस्तिष्कीय वल्क की तीसरी, पांचवी और छठी परत, हिप्पोकैम्पस, अनुमस्तिष्क में पुरकिंजे कोशिकाएं, अधःश्चेतक की पार्श्विक नलाकार नाभिक और चेतक के हिस्से. ये अपने भीतर शामिल न्यूरॉन और अपनी संरचना के हिसाब से प्रभावित होते हैं, जैसे-जैसे वे कोशिकाएं खोते जाते हैं उनका आकार छोटा होता जाता है। इन क्षेत्रों में होते हैं वे न्यूरॉन में से एक हैं प्रभावित अनुसार प्रकार और उनकी संरचना, आकार में कम करने के रूप में वे कक्षों खो देते हैं। स्ट्रिएटल कांटेदार न्यूरॉन सबसे असुरक्षित हैं, विशेषकर बाह्य ग्लोबस पैलिडस की ओर झुकाव वाले, जिनके अंतःन्यूरॉन और भीतरी पैलीडम पर झुकी कांटेदार कोशिकाएं कम प्रभावित होती हैं। HD एस्ट्रोसाइटों में भी असामान्य वृद्धि का कारण बनता है। 

आधारिक गंडिका-HD द्वारा सर्वाधिक प्रमुखता से प्रभावित मस्तिष्क का भाग-गति और व्यवहारपरक नियंत्रण में अहम भूमिका निभाता है। उनके कार्यों को पूरी तरह नहीं समझा गया है, लेकिन मौजूदा सिद्धांत प्रस्तावित करते हैं कि वे संज्ञानात्मक कार्यकारी प्रणाली और मोटर सर्किट का हिस्सा हैं। आधारिक गंडिका आम तौर पर उन परिपथों को बाधित करती है जो विशिष्ट गति उत्पन्न करते हैं। किसी विशिष्ट हरकत को आरंभ करने के लिए, प्रमस्तिष्कीय वाह्य संरचना द्वारा आधारिक गंडिका को संकेत भेजा जाता है जो अवरोध जारी करने का कारण बनता है। आधारिक गंडिका को पहुंची क्षति निषेध की रिहाई तथा पुनर्स्थापना को अनियमित और अनियंत्रित कर सकती है, जो चाल की अजीब शुरुआत या अनजाने में चाल की शुरुआत या अपने निर्दिष्ट समापन के पहले या बाद में गति को रोक सकता है। इस क्षेत्र में पहुंच रही कुल क्षति HD से जुड़ी लाक्षणिक अनियत चाल को अंजाम देती है। 

आधारिक गंडिका को दो प्रकार से क्षतिग्रस्त किया जा सकता है: प्रत्यक्ष और परोक्ष रूप से. सीधे मार्ग में, कम न्यूरोट्रांस्मीटरों को आंतरिक ग्लोबस पैलीडस (IGP) भेजे जाते हैं, जो इसे अवरोध में कमी के रूप में समाविष्ट कर लेते है, जिसके द्वारा सामान्य से अधिक न्यूरोट्रांस्मीटर मुक्त होते हैं। चेतक, जो असंख्य न्यूरोट्रांस्मीटर प्राप्त करते हैं, निरोधक हो जाते हैं और इस प्रकार गतिजनक प्रांतस्था को कम न्यूरोट्रांस्मीटर भेजता है।
अंततः, गतिजनक प्रांतस्था कम उत्तेजित होती है और गति सामान्य से कम होती है। अप्रत्यक्ष मार्ग बाह्य ग्लोबस पैलीडस द्वारा कम न्यूरोट्रांसमीटर की प्राप्ति से शुरू होता है और बदले में, इसके प्रति प्रतिक्रया कम हो जाती है क्योंकि कम प्रतिरोध वाला संकेत अधिक न्यूरोट्रांस्मीटर जारी करता है। उपचेतक नाभिक (STN), जो बाह्य ग्लोबस पैलीडस से संकेत प्राप्त करता है, IGP को, प्राप्त अधिक न्यूरोट्रांस्मीटर के बदले कम न्यूरोट्रांस्मीटर जारी करता है। अब IGP काफी निरोधक होते हैं क्योंकि STN का कार्य IGP को उत्तेजित करना हैं और इसलिए IGP कम न्यूरोट्रांस्मीटर जारी करता है। इस सन्दर्भ में, चेतक द्वारा कम न्यूरोट्रांस्मीटर अभिग्रहण को कम अवरोध माना जाता है। अंत में, गतिजनक प्रांतस्था अधिक न्यूरोट्रांस्मीटर प्राप्त करती है और अतिउत्तेजित हो जाती है, जिससे झटकेदार हरकतें पैदा होती है, जो कोरिया में सामान्य है। क्योंकि स्ट्राएटम में दो भिन्न प्रकार के न्यूरॉन होते हैं, एक भिन्न प्रकार का न्यूरॉन, जो अलग तंत्रिकाक्ष और पार्श्वतंतु से लक्षित होता है, प्रत्येक मार्ग में उत्तेजित होता है (हालांकि दोनों में न्यूरोट्रांस्मीटर GABA प्रयुक्त होता है) और इस प्रकार दोनों एक साथ चल सकते हैं। आम तौर पर अप्रत्यक्ष मार्ग पहले प्रभावित होता है, जिसके कारण कोरिया पहले लक्षणों में से एक है, लेकिन अंततः, दोनों प्रकार के न्यूरॉन मर जाते हैं और गति काफी सीमित हो जाती हैं।

Htt कार्य
नैदानिक
प्रबंधन
mHtt के कारण सूक्ष्मदर्शी परिवर्तन