अफ़्रीकियों का चिम्पांजियों के साथ सहस्त्राब्दियों से संपर्क रहा है। कुछ अफ़्रीकी गाँवों, विशेषकर कांगो के लोकतांत्रिक गणराज्य में चिम्पांजियों को सदियों तक पालतू जानवरों के रूप में रखा गया था। देश के पूर्व में स्थित विरुंगा नेशनल पार्क में पार्क के अधिकारी नियमित रूप से उन लोगों से चिम्पांजियों को जब्त कर लेते थे जो उन्हें पालतू जानवरों के रूप में रखते थे। यूरोपीय लोगों के साथ चिम्पांजियों का पहला सम्पर्क 17वीं सदी के दौरान वर्तमान समय के अंगोला में दर्ज किया गया था। पुर्तगाली राष्ट्रीय संग्रहालय (टोरे डो टोम्बो) में संरक्षित पुर्तगाली अन्वेषक ड्वार्टे पैचेको परेरा (1506) की डायरी संभवतः यह बताने वाला पहला यूरोपीय दस्तावेज है कि चिम्पांजियों ने अपने चट्टानी औजारों स्वयं बनाया था।

हालांकि “चिम्पांजी” नाम का पहला प्रयोग 1738 तक नहीं देखा गया था। यह नाम शिलूबा भाषा के शब्द "किविली-चिम्पेन्जे" से लिया गया है जो इस जानवर का स्थानीय नाम है और इसका साधारण अनुवाद "मॉकमैन" या सम्भवतः सिर्फ़ "वानर" है। भाषा विज्ञान में ""चिम्प" " को काफ़ी हद तक 1870 के दशक के अंत में किसी समय शामिल किया गया था। जीव विज्ञानियों ने "पैन" को इस जानवर के जीनस नाम रूप में रखा है। चिम्पांजियों तथा अन्य वानरों के बारे में कथित रूप से प्राचीन काल के पश्चिमी लेखकों को ज्ञात था; लेकिन उनकी यह जानकारी मुख्यतः यूरोपीय यात्रियों के खंडित वर्णनों से उपजे यूरोपीय और अरब समाज के मिथकों या किंवदंतियों पर ही आधारित थी। वानरों का उल्लेख अरस्तू और अंग्रेजी बाइबल में भी कई जगह किया गया है जहाँ इन्हें सोलोमन द्वारा एकत्र किये जाने के रूप में वर्णित किया गया है। (1 किंग्स 10:22. हालांकि हिब्रू शब्द "qőf" का मतलब वानर हो सकता है). कुरान में भी वानरों का उल्लेख किया गया है (7:166), जहाँ "शब्बत" का उल्लंघन करने वाले इजरायलियों से अल्लाह कहते हैं "बी ये एप्स".

इन प्रारम्भिक अंतरमहाद्वीपीय चिम्पांजियों में से पहला अंगोला से आया था और उसे 1640 में ओरेंज के राजकुमार फ़्रेडरिक हेनरी को उपहार स्वरूप भेंट किया गया था और अगले कई सालों तक इसके भाई-बंधुओं द्वारा इस सिलसिले का अनुसरण किया गया था। वैज्ञानिकों ने इन पहले चिम्पांजियों का वर्णन "पिग्मीज" के रूप में किया और मनुष्य के साथ इनकी गहरी समानता पर ध्यान दिया। अगले दो दशकों में यूरोप में अनेकों जीवों का आयात किया गया जिन्हें मुख्यतः विभिन्न प्राणी उद्यानों में दर्शकों के मनोरंजन हेतु मंगाया गया था।

डार्विन के प्राकृतिक चयन के सिद्धांत (1859 में प्रकाशित) ने चिम्पांजियों अधिकांश जीव विज्ञान में वैज्ञानिकों की दिलचस्पी जगा दी जिसके कारण जंगलों और कैद में रखे गये जानवरों के कई अध्ययन किये गए। उस समय के चिम्पांजियों के पर्यवेक्षक मुख्यतः मनुष्यों से संबंधित व्यवहारों में दिलचस्पी रखते थे। इसको विशुद्ध रूप से वैज्ञानिक नहीं कहा जा सकता क्योंकि ज्यादातर ध्यान इस बात पर केंद्रित किया जा रहा था कि क्या इन जानवरों में ऐसे गुण मौजूद हैं जिन्हें "अच्छा" कहा जा सके; चिम्पांजियों की बुद्धि को अक्सर काफ़ी बढ़ा-चढ़ा कर बताया जाता था, उदाहरण के लिए ह्यूगो रेनहोल्ड की अति प्रसिद्ध एफ़े मिट शैडेल (बायीं ओर के चित्र को देखें) में. 19वीं सदी के अंत तक चिम्पांजी मनुष्यों के लिये काफ़ी हद तक एक रहस्य बने हुये थे जिसकी बहुत ही कम वैज्ञानिक जानकारी उपलब्ध थी।
20वीं सदी में चिम्पांजी व्यवहार में वैज्ञानिक शोध के एक नए अध्याय का शुभारंभ हुआ। 1960 से पहले चिम्पांजी के अपने प्राकृतिक आवास में उसके व्यवहार के बारे में लगभग कोई भी जानकारी नहीं थी। उसी साल जुलाई में जेन गुडऑल तंजानिया के गोम्बे वन में चिम्पांजियों के बीच रहने के लिये चली गयीं जहाँ उन्होंने प्राथमिक रूप से कासाकेला चिम्पांजी समुदाय के सदस्यों पर अध्ययन किया। उनकी यह खोज धमाकेदार थी कि चिम्पांजी अपने औजार स्वयं बनाते थे और उनका उपयोग करते थे, क्योंकि पहले यह माना जाता था कि ऐसा करने वाली एकमात्र प्रजाति मानव है। चिम्पांजियों पर सबसे अधिक प्रगतिशील प्रारंभिक अध्ययन वोल्फ़गैंग कोहलर और राबर्ट यर्केस द्वारा किये गये थे, दोनों ही प्रसिद्ध मनोवैज्ञानिक थे। दोनों वैज्ञानिकों और उनके साथियों ने चिम्पांजियों की सीखने, विशेषकर समस्या को सुलझाने की बौद्धिक क्षमता के बारे में अध्ययन पर खास तौर से ध्यान केंद्रित करने वाले चिम्पांजियों के प्रयोगशाला अध्ययनों को निर्धारित किया। इसमें प्रयोगशाला के चिम्पांजियों पर विशेष रूप से बुनियादी, व्यावहारिक परीक्षणों को शामिल किया गया था जिसके लिये साफ़ तौर पर एक उच्च स्तरीय बौद्धिक क्षमता (जैसे कि पहुँच से दूर मौजूद केले को हासिल करने की समस्या का समाधान कैसे करें) की आवश्यकता थी। उल्लेखनीय रूप से यर्केस ने जंगलों में चिम्पांजियों पर विस्तारित परीक्षण किये जिससे चिम्पांजियों और उनके व्यवहार की वैज्ञानिक समझ को विकसित करने में काफ़ी मदद मिली। यर्केस ने द्वितीय विश्व युद्ध के समय तक चिम्पांजियों पर अध्ययन किया जबकि कोहलर ने पाँच वर्ष के अध्ययन के नतीजे को अपनी प्रसिद्ध रचना 1925 में (जो संयोगवश वही समय था जब यर्केस ने अपना विश्लेषण "शुरु" किया था) "मेंटालिटी आफ़ एप्स" में प्रकाशित किया, उन्होंने अंततः यह निष्कर्ष दिया कि "चिम्पांजी मनुष्यों में देखे जाने वाले सामान्य तरह के बौद्धिक व्यवहार को विकसित कर लेते हैं।.. एक ऐसा व्यवहार जिसे विशेष तौर पर मनुष्यों में देखा जाता है" (1925).

"अमेरिकन जर्नल आफ़ प्राइमेटोलोजी" के अगस्त 2008 के अंक में तंजानिया के महाले माउंटेन्स नेशनल पार्क में चिम्पांजियों पर एक साल तक चले एक अध्ययन के परिणामों के बारे में बताया गया था जिसमें यह साक्ष्य प्रस्तुत किये गये थे कि चिम्पांजी वायरस के संक्रमण से होने वाली बीमारियों के शिकार होते हैं जो संभवतः उन्हें मनुष्यों के सम्पर्क से हुआ होगा। आणविक, सूक्ष्मदर्शीय और महामारी संबंधी जाँचों ने यह दिखाया कि महाले माउंटेन नेशनल पार्क में रहने वाले चिम्पांजी एक सांस की बीमारी से ग्रस्त थे जिसका कारण सम्भवतः मानव पारामाइक्सोवायरस का एक प्रकार था।

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