चिकित्सा समुदाय में कुछ लोगों ने सीएफएस को पहली बार एक वास्तविक स्थिति के रूप में स्वीकार नहीं किया था ना ही इसके प्रसार को लेकर सहमति थी। बीमारी के प्रस्तावित कारणों, निदानों और उपचारों पर बहुत अधिक असहमति थी। वाद-विवाद के कारणों के संदर्भ सीएफएस से उपचारित व्यक्तियों की जिंदगी को प्रभावित कर सकते हैं, जिससे रोगी-चिकित्सक के संबंध, अपने उपचार और निदान पर चिकित्सक के आत्मविश्वास, रोगी के साथ मुद्दों और इलाज में नियंत्रण की आपस में चर्चा करने और सुधार, मुआवजा एवं आरोप के समस्याग्रस्त मुद्दों को उठाने की क्षमता पर प्रभाव पड़ता है। एक बड़ा विभाजन इस सवाल पर है कि क्या शोधकार्य और उपचार के लिए वित्तपोषण में सीएफएस के शारीरिक, मानसिक या मनो-सामाजिक पहलुओं पर ध्यान केन्द्रित किया जाना चाहिए या नहीं। यह विभाजन विशेष रूप से ग्रेट ब्रिटेन में रोगी समूहों और मनोवैज्ञानिक एवं मनो-सामाजिक उपचार के पक्षकारों के बीच काफी बड़ा है। पीड़ित व्यक्ति स्वास्थ्य रक्षा और वैधता के संघर्ष का कारण नौकरशाही द्वारा परिस्थिति को खारिज करना बताते हैं क्योंकि उनके पास एक ज्ञात एटियलॉजी की कमी है। स्वास्थ्य रक्षा प्रणालियों द्वारा इस स्थिति से कैसे निपटा जा रहा है; इस प्रश्न पर असहमति का परिणाम सभी शामिल व्यक्तियों के लिए एक महंगे और लंबे समय तक चलने वाले संघर्ष के रूप में सामने आया है।

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