आधिकारिक तौर पर 2007 की शुरुआत में मजेंटो शुरू किया गया था। सात महीने बाद, 31 अगस्त, 2007 को, पहला सार्वजनिक बीटा संस्करण जारी किया गया था। मजेंटो के मालिक कंपनी वेरिन ने पूर्व में osCommerce के साथ काम किया था। Varien ने मूल रूप से osCommerce को कांटा करने की योजना बनाई थी, लेकिन बाद में इसे मजेंटो के रूप में फिर से लिखने का फैसला किया।

अपने अस्तित्व के पहले वर्षों में, प्लेटफ़ॉर्म कई बार "बेस्ट ऑफ़ ओपन सोर्स सॉफ्टवेयर अवार्ड्स" और "सौरसेफर्जे कम्युनिटी चॉइस अवार्ड्स" का विजेता रहा है।

फरवरी 2011 में, eBay ने घोषणा की कि उसने 2010 में मजेंटो में निवेश किया था, जिसकी कंपनी का 49% स्वामित्व हिस्सा था। 6 जून, 2011 को, ईबे ने घोषणा की कि वह बाकी मैगेंटो का अधिग्रहण करेगा, जो अपनी नई पहल में शामिल होगा। 

2015 में मजेंटो की और से आधिकारिक तौर पर उन्नत संस्करण की घोषणा की गई थी। जिसका नाम Magento 2 रखा गया है और यह अब तक का सबसे अच्छा मजेंटो संस्करण है। 1 June 2020 से पुराने वाले Magento संस्करण काम नहीं करेंगे। 

मई 2018 में यह घोषणा की गई थी कि मजेंटो को एंटरप्राइज क्लाउड, इसके एंटरप्राइज़ प्लेटफ़ॉर्म में एकीकृत करने के उद्देश्य से Adobe द्वारा $1.68 बिलियन के लिए अधिग्रहण किया जाएगा। अधिग्रहण को 19 जून, 2018 को अंतिम रूप दिया गया।

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