विभिन्न परिवेशों (सुरक्षित या अन्य) में प्रयुक्त फ्लैश ड्राइव की व्यापक तैनाती के साथ, डेटा और सूचना सुरक्षा का मुद्दा अत्यंत महत्व का बना हुआ है। डेटा की वर्धित सुरक्षा की जरूरत के साथ बॉयोमीट्रिक्स और एन्क्रिप्शन का इस्तेमाल मानक बनता जा रहा है; OTFE सिस्टम जैसे FreeOTFE और TrueCrypt इस संबंध में विशेष रूप से उपयोगी हैं, क्योंकि वे पारदर्शी रूप से डेटा की बड़ी मात्रा को एन्क्रिप्ट कर सकते हैं। कुछ मामलों में एक सुरक्षित USB ड्राइव एक हार्डवेयर आधारित एन्क्रिप्शन प्रणाली का प्रयोग कर सकती है जो डेटा को मजबूती से इनक्रिप्ट करने के लिए सॉफ्टवेयर के बजाय एक हार्डवेयर मॉड्यूल का उपयोग करता है।

डेटा, अनुप्रयोग और सॉफ्टवेयर फ़ाइलों का सुरक्षित भंडारण
सुरक्षा भंग
एक्सटर्नल हार्ड डिस्क
उपयोग