14 जून 1968 को राज ठाकरे का जन्म एक मराठी कायस्थ परिवार में को पिता श्रीकांत केशव ठाकरे और माता कुंदा ठाकरे के यहां हुआ था और इनका नाम "स्वरराज ठाकरे" रखा गया था। श्रीकांत ठाकरे शिवसेना प्रमुख बालासाहेब के छोटे भाई और राज की माता कुंदा ठाकरे बालासाहेब ठाकरे की पत्नी मीना ठाकरे की छोटी बहन हैं। 
राज ठाकरे के पिता श्रीकांत एक संगीतकार, कार्टूनिस्ट और उर्दू भाषा की शेरो शायरी में निपुण थे। उन्होंने कुछ मराठी फिल्में भी बनाई थी। राज की पत्नी शर्मिला, प्रसिद्ध मराठी रंगमंच/फिल्म अभिनेता, निर्माता और निर्देशक मोहन वाघ की बेटी हैं। उनका एक बेटा अमित ठाकरे और एक बेटी उर्वशी ठाकरे है।

राज ठाकरे की स्कूली शिक्षा बाल मोहन विद्या मंदिर स्कूल में हुई जो उनके घर शिवाजी पार्क के नजदीक मध्य मुंबई के उपनगर दादर में था और बाद में स्नातक एक प्रतिष्ठित कालेज सर जे जे कॉलेज ऑफ आर्ट से किया था। 
अपने पिता और चाचा की तरह राज एक प्रतिभाशाली चित्रकार और कार्टूनिस्ट भी है। उन्होंने वॉल्ट डिज्नी स्टूडियो के लिए काम करने की इच्छा व्यक्त की थी। जब राज ठाकरे से पूछा गया कि वे राजनीति में न होते तो क्या करते तो उन्होंने कहा "कॉलेज के दिनों में, मैं वॉल्ट डिज्नी स्टूडियो के साथ काम करना चाहता था। राजनीति में प्रवेश से पहले मैं कार्टून भी बनाता था। फिल्म बनाने का भी एक जुनून रहा है। मैं यही सब कर रहा होता।" 

राज अपने चचेरे भाई उद्धव ठाकरे की तरह एक उत्सुक फोटोग्राफर भी हैं। 
राज ने अपने चाचा पर 'केशव बाल ठाकरे' शीर्षक से एक फोटो-जीवनी भी प्रकाशित की। 

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