हेपरिन को आन्त्रेतर दिया जाता है क्योंकि इसके उच्च नकारात्मक चार्ज और बड़े आकार के कारण इसे आंत द्वारा अवशोषित नहीं किया जाता है। हेपरिन को नसों के द्वारा या अवत्वचीय (त्वचा के नीचे) तरीके से अंतःक्षिप्त किया जा सकता है; रक्तगुल्म के गठन की संभावना की वजह से अंतर्पेशीय इंजेक्शन (मांसपेशी में) से परहेज किया जाता है। लगभग एक घंटे के लघु जैविक अर्ध-जीवन के कारण, हेपरिन को अक्सर दिया जाना चाहिए या एक सतत सेवन के रूप में होना चाहिए। हालांकि, निम्न-आणविक भार वाले हेपरिन (LMWH) की दैनिक एक खुराक की अनुमति दी गई है, इस प्रकार इसके लगातार सेवन की आवश्यकता नहीं होती है। अगर लंबी अवधि के लिए थक्का-रोधन की आवश्यकता है, तो हेपरिन को अक्सर थक्का-रोधी चिकित्सा की शुरुआत करने के लिए तब तक इस्तेमाल होता है जब तक कि मौखिक लिया जाने वाला वारफेरिन अपना प्रभाव नहीं शुरू कर देता.

इसे प्रदान करने का विवरण अमेरिकन कॉलेज ऑफ़ चेस्ट फिसीशियन द्वारा नैदानिक अभ्यास दिशा निर्देश में उपलब्ध है:

रासायनिक
प्रतिकूल प्रतिक्रिया
मानव हत्या में प्रयोग
दवा देना