रोगी को विकिरण खुराक की न्यूनता, अल्पजीवी रेडिओन्युक्लिआइड के उपयोग की एक आकर्षक विशेषता है। नैदानिक तकनीक के रूप में इसकी स्थापित भूमिका के अलावा, चिकित्सा के प्रति प्रतिक्रिया का आकलन करने की एक पद्धति के रूप में PET की एक विस्तृत भूमिका है, विशेष रूप से, कैंसर चिकित्सा, जहां परीक्षण विकिरण से होने वाले जोखिम की तुलना में रोग की प्रगति के बारे में अज्ञानता से रोगी के लिए कहीं अधिक खतरा होता है।

PET का व्यापक उपयोग करने से जो बात बाधा उत्पन्न करती है वह है PET स्कैनिंग के लिए अल्प-जीवी रेडिओन्युक्लिआइड निर्माण करने हेतु आवश्यक साइक्लोट्रोन की उच्च लागत और रेडियोदवा का उत्पदान करने के लिए विशेष रूप से अनुकूलित ऑन-साईट रसायन संश्लेषण उपकरण की ज़रूरत. कुछ ही अस्पताल और विश्वविद्यालय ऐसी व्यवस्था बनाए रखने में सक्षम हैं और अधिकांश नैदानिक PET, रेडियोअनुरेखक के तृतीय-पक्ष के आपूर्तिकर्ताओं द्वारा समर्थित हैं जो कई साइटों को एक साथ आपूर्ति कर सकते हैं। यह सीमा, नैदानिक PET को मुख्यतः उन अनुरेखक के उपयोग तक सीमित कर देती है जो फ्लोरीन-18 से लेबल हैं, जिनके पास 110 मिनट का अर्ध-जीवन है और उन्हें उपयोग से पहले एक उचित दूरी तक भेजा जा सकता है, या फिर रूबिडीयाम-82 जिसे एक पोर्टेबल जनरेटर में बनाया जा सकता है और इसका उपयोग मिओकार्डिअल द्रवनिवेशन अध्ययन के लिए किया जाता है। फिर भी, हाल के कुछ वर्षों में एकीकृत परिरक्षण और गर्म प्रयोगशालाओं वाले ऑन-साइट साइक्लोट्रोन को PET इकाइयों के साथ दूरदराज़ के अस्पतालों में भेजा जाने लगा है। लघु ऑन-साइट साइक्लोट्रॉन की उपस्थिति के भविष्य में विस्तृत होने की आशा है क्योंकि दूरस्थ PET मशीनों तक आइसोटोप को भेजने में आने वाली उच्च लागत की प्रतिक्रिया स्वरूप साइक्लोट्रॉन घटते जा रहे हैं। 

चूंकि फ्लोरीन-18 का अर्ध-जीवन करीब दो घंटे का होता है, इस रेडियोन्युक्लिड को धारण करने वाली एक रेडियोदवा की खुराक, कार्य दिवस के दौरान क्षय के कई अर्ध-जीवन से गुज़रेगी. इससे शेष खुराक का लगातार पुनार्मापांकन (प्रति इकाई परिमाण पर गतिविधि का निर्धारण) और मरीज अनुसूचन के सम्बन्ध में सावधानीपूर्ण योजना आवश्यक हो जाती है।

सीमाएं
सीटी (CT) और एमआरआई (MRI) के साथ पीईटी (PET) का संयोजन
संयोग सांख्यिकी के उपयोग से छवि पुनर्निर्माण
सुरक्षा