पुनरुद्धार कार्य के आरम्भ होने से पहले अत्यधिक ध्वंस और असंवैधानिक अतिक्रमण यहां आम बात थे। इस कारण इस बहुमूल्य सम्पदा के अस्तित्त्व को खतरा बना हुआ था। मकबरे के मुख्य द्वार के निकट अनेक छोरदारियां और टेन्ट लगे थे जो गैर-कानूनी तरीके से यहां लगाये गए थे। नीले गुम्बद की तरफ़ यहां की बड़ी झोंपड़-पट्टी स्थापित थीं, जिन्हें वोट की राजनीति के चलते भरपूर राजनीतिक समर्थन मिलता रहा था। इन सब के कारण दरगाह हज़रत निज़ामुद्दीन का भी बुरा हाल था। वहां का पवित्र कुंड एक गंदे नाबदान में बदल गया था। यहां का जीर्णोद्धार कार्य आगा खां सांस्कृतिक ट्रस्ट द्वारा भारतीय पुरातात्त्विक सर्वेक्षण विभाग के से १९९७ में आरम्भ हुए सर्वेक्षण के बाद १९९९ के लगभग आरम्भ हुआ और मार्च, २००३ में पूर्ण हुआ। इसके अन्तर्गत्त १२ हेक्टेयर लॉन में अनेक पौधों और वृक्षों का पौधारोपण हुआ, जिसमें आम, नींबू, नीम, गुलमोहर और चमेली के पेड़ थे। पैदल रास्तों के साथ-साथ बहते जल की नालियों की प्रणाली बनायी गई। ये जल १२ हेक्टेयर (३० एकड़) भूमि में प्राकृतिक बल से बिना किसी हाईड्रॉलिक प्रणाली के बहता रहता है। इसके लिये जल-नालियां १ सें.मी. प्रति ४० मीटर (१:४००० पैमाने) की ढाल पर बनायीं गईं थीं। इस व्यवस्था से उद्यानों में सिंचाई हेतु जल-प्रवाह हुआ और साथ ही सूखे फव्वारे एक बार पुनः जीवित हो उठे। इसके अलावा एक बड़ा कार्य था यहां वर्षा जल संचयन की व्यवस्था। इसके अंतर्गत्त १२८ भूमि जल पुनर्भरण ताल बनाये गए और अनेक पुराने मिले सूखे कुओं की सफ़ाई कर उन्हें पुनः प्रयोगनीय बनाया गया। इस पूरे कार्य को पहले तो भारतीय पुरातत्त्व सर्वेक्षण विभाग के राष्ट्रीय सांस्कृतिक निधि (एन.सी.एफ़) द्वारा निजि वित्त से वहन किया गया था। इस कार्य का खर्चा लगभग $६,५०,००० आगा खां चतुर्थ के आगा खां सांस्कृतिक ट्रस्ट द्वारा ओबेरॉय होटल समूह के सहयोग से वहन किया गया था। 

इसके साथ ही ए॰के.टी.सी. काबुल स्थित, हुमायुं के पिता बाबर मकबरे का भी पुनरोद्धार कार्य में भी संलग्न रहा है। पुनरुद्धार कार्य के बाद इस परिसर में और निकटवर्ती स्थानों पर जमीन-आसमान का बदलाव आ गया। सभी खोखे, गुमटियां व अन्य अतिक्रमण हटाये गए थे और स्मारक के किनारे हरियाली वापस लौट आयी थी। स्मारक को घेरे हुए शानदार उद्यान एक बार फिर इसकी शोभा में चार चांद लगा रहे थे। इसके बाद रात्रि प्रकाश व्यवस्था आरम्भ हुई जिसके साथ इस स्मारक की शोभा देखते ही बनती थी।

२००९ में पुनरोद्धार कार्य के अधीन ही, ए॰एस.आई और ए॰के.टी.सी ने मकबरे की छत से महीनों की मेहनत से सीमेंट काँक्रीट की मोटी पर्त हटायी गई, जो छत पर ११०२ टन का दबाव डाल रही थी। ये कॉन्क्रीट १९२० में जल-रिसाव और सीलन से बचाने के लिये लगायी गई थी। इसके स्थान पर सीमेंट की ४० से.मी मोटी ताजी पर्त लगायी गई है। इसने मकबरे की मूल चूने की पर्त का स्थान ले लिया है। अगले चरण में मकबरे के चबूतरे पर भी ऐसा ही काम किया गया। ये मूल रूप से क्वार्टज़ाइट पत्थर की बड़ी बड़ी सिल्लियों से बनी थी जिनमें से कुछ तो १००० कि.ग्रा से भी भारी थे। १९४० में निचले चबूतरे में असमान भागों को कॉन्क्रीट की समान रंगों की पर्त से सुधारा गया था, जो पश्चिम द्वार के मूल मुगल फर्श से मिलते जुलते थे।

बाहरी रूप
प्रकाश व्यवस्था
जीर्णोद्धार
स्थल