1990 के दशक में रॉयल अल्बर्ट हॉल में 32 समारोहों की श्रृंखला आयोजित हुई, जैसे 24 नाइट्स श्रृंखला जो 1990 में जनवरी से लेकर फरवरी तक चलती रही और 1991 में फरवरी से लेकर मार्च तक. 27 अगस्त 1990 को साथी ब्लूज़ गिटारवादक स्टीव रे वॉन, जो क्लैप्टन के साथ दौरा कर रहे थे और उनके कर्मी दल के दो सदस्य, कार्यक्रमों के बीच एक हेलिकॉप्टर दुर्घटना में मारे गए। इसके बाद 20 मार्च 1991 को, एरिक का चार साल का बेटे, कोनर की, अपनी मां की दोस्त के न्यूयार्क सिटी अपार्टमेंट की 53वीं मंजिल की खिड़की से गिरकर मौके पर ही मौत हो गई। क्लैप्टन का विषाद "टिअर्स इन हेवेन" गीत में व्यक्त हुआ, जिसका सह-लेखन विल जेनिंग्स ने किया था। उन्हें उस वर्ष "टिअर्स इन हेवेन" एकल और अपने अनप्लग्ड एल्बम के लिए छह ग्रेमी पुरस्कार प्राप्त हुआ।

अक्टूबर 1992 में, क्लैप्टन उन दर्जनों कलाकारों में से एक थे जो बॉब डिलन के 30वीं वर्षगांठ के उत्सव समारोह में प्रदर्शन कर रहे थे। न्यूयॉर्क शहर में मैडिसन स्क्वायर गार्डन पर रिकॉर्ड किए गए सजीव दो डिस्क CD/DVD में एक शो भी शामिल था जिसमें डिलन के क्लासिक गीतों पर प्रस्तुति देते तमाम मशहूर हस्तियों को दर्शाया गया था और जिसमें समाप्त होने से पहले खुद की कुछ प्रस्तुतियां थीं। मंच पर अन्य 10 गिटारवादकों की उपस्थिति के बावजूद, जिसमें शामिल थे जॉर्ज हैरिसन, नील यंग, रोजर मेक्ग्विन, स्टीव क्रौपर, टॉम पेट्टी और डिलन, क्लैप्टन ने समापन समारोह के हिस्से के रूप में डिलन के "नौकिन ऑन हेवेन्स डोर" के एक लगभग 7 मिनट के संस्करण पर प्रमुख वादन किया।

जबकि "अनप्लग्ड" में क्लैप्टन को अकूस्टिक गिटार बजाते हुए शामिल किया गया है, उनके 1994 एल्बम "फ्रॉम द क्रैडल" में पुराने ब्ल्यूज़ मानक के नए संस्करण शामिल थे जो उनके इलेक्ट्रिक गिटार वादन द्वारा स्पष्ट थे। क्लैप्टन की वेन किर्क पैट्रिक/गॉर्डन कैनेडी/टॉमी सिम्स की धुन "चेंज द वर्ल्ड" ("फेनोमेनन" फिल्म के साउंड ट्रैक में शामिल) की 1996 की रिकॉर्डिंग को 1997 में वर्ष के गीत का ग्रेमी पुरस्कार मिला और उसी वर्ष उन्होंने "रिटेल थेरेपी" रिकॉर्ड किया (TDF के छद्म नाम के तहत शमौन क्लिमी के साथ एक इलेक्ट्रॉनिक संगीत एल्बम). अगले वर्ष, क्लैप्टन ने "पिलग्रिम" एल्बम जारी किया, यह पहला रिकॉर्ड था जिसमें लगभग एक दशक के लिए बिलकुल नई सामग्री शामिल थी। क्लैप्टन ने बीसवीं सदी को कार्लोस सैन्टाना और बी.बी.किंग के साथ सहभागिता के साथ समाप्त किया।

1996 में क्लैप्टन का रिश्ता, गीतकार/गायक शेरिल क्रो के साथ रहा। वे दोस्त बने हुए हैं और क्लैप्टन, शेरिल क्रो के सेंट्रल पार्क कॉन्सर्ट में एक अतिथि के रूप में पधारे. दोनों ने एक क्रीम हिट एकल "व्हाइट रूम" का प्रदर्शन किया। बाद में, क्रो और क्लैप्टन ने जून 2007 में क्रॉसरोड्स गिटार फेस्टिवल में अन्य गिटार हस्तियों के साथ "तुल्सा टाइम" के एक वैकल्पिक संस्करण का प्रदर्शन किया।

1999 में क्लैप्टन, जो उस वक्त 54 वर्ष के थे, बी बी किंग के साथ एक एलबम पर काम करने के दौरान, उनकी मुलाकात 23 वर्षीय स्टोर क्लर्क मीलिया मेकेनरी (कोलंबस, ओहिओ की) से लॉस एंजिल्स में हुई। उन दोनों ने क्लैप्टन के जन्मस्थान में सेंट मैरी मेग्डेलेन चर्च में 1 जनवरी 2002 को शादी कर ली और यथा 2005 उनकी तीन बेटियां हैं, जूली रोज़ (13 जून 2001), एल्ला में (14 जनवरी 2003) और सोफी बेल (1 फ़रवरी 2005). उन्होंने "थ्री लिटिल गर्ल्स" गीत लिखा, जो उनके 2006 के एल्बम "द रोड टु इस्कोनडीडो" में शामिल है, जो उन्हें घर पर उनके साथ पारिवारिक जीवन में मिले संतोष के बारे में है।

प्रेरणा
1990 का दशक
1980 का दशक
गिटार