नाईट ऑफ़ द नाइव्स के बाद, एसएस-टोटेंकोप्फ्वरबंडे (SS-Totenkopfverbände) ने जर्मनी के यातना शिविरों की स्थापना की और प्रशासित किया, 1941 के बाद, पोलैंड में संहार शिविर भी बनाये। अपनी खुफिया शाखा सुरक्षा सेवा ("Sicherheitsdienst", या एसडी) के माध्यम से एसएस ने यहूदियों, जिप्सियों, कम्युनिस्टों और दूसरे सांस्कृतिक, नस्लीय, राजनीतिक या धार्मिक व्यक्तियों को जिन्हें नाज़ी या तो "अंटरमेंस्च" (उप-मानव) या शासन विरोधी मानते, यातना शिविरों में डालना शुरू किया। 22 मार्च 1933 को हिमलर ने दचाऊ में ऐसे पहले शिविर का आरंभ किया। वे विध्वंस के मुख्य रूपाकार थे, लाखों-लाख लोगों की हत्या का औचित्य साबित करने के लिए वे रहस्यवाद के तत्वों और नस्लवादी नाज़ी सिद्धांत के प्रति एक कट्टर विश्वास का इस्तेमाल किया करते. पोलैंडवासियों के लिए भी हिमलर की ऐसी ही योजना थी; बुद्धिजीवियों को मार डालना था और उनका विश्वास था कि अन्य पोलैंडवासी महज ट्रैफिक सिग्नल समझने लायक ही पढ़े-लिखे हैं। हिमलर के मुलाकात पुस्तिका से पता चलता है कि 18 दिसम्बर 1941 को हिमलर की भेंट हिटलर के साथ हुई थी। उस दिन के इंदराज में यह सवाल खडा किया गया था "रूस के यहूदियों के साथ क्या किया जाय?" और उसके बाद प्रश्न का उत्तर था "अल्स पार्टीसानेन ऑस्जुरोटन" (उन्हें पक्षपाती मानकर उनका सफाया किया जाय").

हिटलर के बजाय हिमलर यातना शिविरों का निरीक्षण किया करते. इन निरीक्षणों के परिणामस्वरुप, नाजियों ने हत्या का एक नया और भी अधिक समीचीन उपाय खोज निकाला, जिससे गैस चैम्बरों का इस्तेमाल शुरू हुआ।

हिमलर जर्मनी में नोर्डिक आर्यों का एक शासक नस्ल चाहते थे। एक मुर्गीपालक किसान के रूप में उन्होंने अपने अनुभव से पशु प्रजनन के मूल तत्व को सीखा था, जिसे वे मानव जाति पर प्रस्थापित करना चाहते थे। उनका मानना था कि वे उत्कृष्ट संतानोत्पत्ति विद्या से चयनात्मक प्रजनन के जरिये जर्मन आबादी को बदल सकते हैं, जो युद्ध के अनेक दशक बाद पूरी तरह से "नोर्डिक" बन जाएंगे.

हिमलर और विध्वंस
जालसाजी, झूठ और षड्यंत्र की परिकल्पना
पोज़न का भाषण
एसएस में बढोतरी