अधिकांश फ्लैश ड्राइव FAT या FAT 32 फाइल सिस्टम से पूर्व फोर्मेट के साथ भेजे जाते हैं। इस फाइल सिस्टम की सर्वव्यापकता ड्राइव को USB समर्थन वाले लगभग किसी भी होस्ट डिवाइस पर अभिगम की अनुमति देती है। इसके अलावा, मानक FAT रखरखाव सुविधाएं (जैसे ScanDisk) दूषित डेटा की मरम्मत या पुनः प्राप्त किये जाने की अनुमति देती हैं। और चूंकि एक फ्लैश ड्राइव, होस्ट सिस्टम को एक USB-कनेक्टेड हार्ड ड्राइव प्रतीत होता है, ड्राइव को होस्ट ऑपरेटिंग सिस्टम द्वारा समर्थित किसी भी फ़ाइल सिस्टम में रीफोर्मेट किया जा सकता है।

"डीफ्रैगमेन्टिंग" : फ्लैश ड्राइव को डीफ्रैगमेन्ट किया जा सकता है, लेकिन इससे ज्यादा लाभ प्राप्त नहीं होता क्योंकि वहां कोई यांत्रिक हेड नहीं है जो फ्रैगमेंट से फ्रैगमेंट घूमता हो। फ्लैश ड्राइव में अक्सर एक बड़ा आंतरिक सेक्टर साइज़ होता है, यानी डीफ्रैगमेन्टिंग का अर्थ है कम सेक्टर का अभिगम. डीफ्रैगमेन्टिंग, कई अनावश्यक राईट बनाकर ड्राइव के जीवन को घटा देती है। 

"सम वितरण" : कुछ फाइल सिस्टम को एक पूरे मेमोरी डिवाइस पर किसी भी हिस्से पर ध्यान ना देते हुए उपयोग वितरित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है (उदाहरण, एक निर्देशिका के लिए); यह सम वितरण सरल फ्लैश मेमोरी उपकरणों के जीवन को बढ़ाता है। कुछ USB फ्लैश ड्राइव में उपकरण के जीवन को लम्बा करने के लिए यह कार्यक्षमता सॉफ्टवेयर कंट्रोलर में निर्मित होती है, जबकि दूसरों में नहीं, अतः अंतिम उपयोगकर्ता को इस कारण के लिए फाइल सिस्टम को बदलने से पहले अपने डिवाइस के विनिर्देशों को देखना चाहिए। 

"हार्ड ड्राइव" : हार्ड ड्राइव के साथ संगतता के लिए सेक्टर 512 बाइट्स लंबे होते हैं और पहले सेक्टर में एक मास्टर बूट रिकॉर्ड और एक विभाजन तालिका शामिल हो सकती है। इसलिए USB फ्लैश इकाइयों को हार्ड ड्राइव के रूप में विभाजित किया जा सकता है।

लाभ
नामकरण
प्रौद्योगिकी
फ़ाइल सिस्टम