बैंड के सदस्य अपनी सफलता के कारण काफी असहज महसूस करने लगे और पर्ल जैम की लोकप्रियता का अधिकांश भार उसके मुखिया वेड्डर को ही उठाना पड़ता था। हालांकि पर्ल जैम को 1993 एमटीवी वीडियो म्यूजिक एवार्ड्स में उनके वीडियो "जेरेमी" के लिए चार अवार्ड्स मिले जिनमे वीडियो ऑफ़ द इयर और बेस्ट ग्रुप वीडियो भी शामिल थे, बैंड ने लेबल द्वारा दबाव डालने के बावजूद "ब्लैक" का वीडियो बनाने से इंकार कर दिया. इसी के साथ बैंड द्वारा अपने गानों का वीडियो बनाने से इंकार करने की एक प्रथा सी शुरू हो गयी। यह सर्वविदित था कि म्यूजिक वीडियोज किसी भी बैंड के लिए बिक्री का सर्वाधिक महत्त्वपूर्ण जरिया होते हैं। हालांकि, वेड्डर को लगा कि संगीत वीडियोज श्रोता को गाने के विषय में स्वयं की धारणा का निर्माण करने से वंचित रखते हैं और कहा कि, "म्यूजिक वीडियोज के आने से पहले आप एक बीन बैग कुर्सी में आराम से बैठकर हेडफोन लगाकर और अपनी आंखें मूंदकर गाने को सुनते थे, जिससे आपकी स्वयं की गहराई से प्रकट होने वाले विचार उत्पन्न होते थे। और फिर अचानक ही, कई बार तो गाने को पहली दफा सुनते समय ही, गाने के साथ आपको वीडियो भी दिखाई देने लगा जिसने आपको अपने भावों के स्व्प्रकटीकरण से वंचित कर दिया. 
"अब से दस साल बाद," आमेंट ने कहा, "मैं नहीं चाहता कि लोग हमारे गानों को वीडियोज के रूप में याद रखें." 

1993 के आरंभ में अपने प्रथम एल्बम की सफलता को दोहराने की चुनौती का सामना करने के लिए पर्ल जैम फिर से स्टूडियो पहुंचे। मैकक्रीडी ने कहा, "बैंड का इतना अधिक प्रचार किया गया है कि सबकुछ पागलपन की तरह लग रहा है।" 19 अक्टूबर 1993 को पर्ल जैम के दूसरे एल्बम 'वीएस' को जारी किया गया। अपने पहले सप्ताह में ही 950,378 प्रतियों की बिक्री के साथ इसने उस सप्ताह बिलबोर्ड के बाकी सभी गानों को पीछे छोड़ दिया. इसने जारी होने के पहले हफ्ते में किसी एल्बम की सर्वाधिक प्रतियाँ बिकने का एक नया रिकॉर्ड बनाया. वीएस के पास यह रिकॉर्ड 5 सालों तक रहा, उसके बाद इसे गार्थ ब्रुक के 1998 के एल्बम डबल लाइव ने तोड़ दिया. रॉक शैली में यह रिकॉर्ड उनके पास 7 सालों तक रहा, 2000 में लिम्प बिज्किट के 'चॉकलेट स्टारफिश एंड दी हॉट डॉग फ्लेवर्ड वॉटर' ने इसे तोड़ दिया. वीएस में "गो", "डॉटर", एनीमल", तथा "डिसीडेंट" जैसे गाने शामिल थे। रोल्लिंग स्टोन के पॉल इवांस ने कहा, "कुछ ही ऐसे अमेरिकन बैंड हैं जो शुरुआत से ही इनके टेन से अधिक प्रतिभावान हैं उन्होंने आगे कहा, "जिम मॉरिसन तथा पीट टाउनसेंड के समान ही, वेड्डर अपने वैचारिक-मिथिक गुणों को भली-भांति उजागर करते हैं ... ..और इसके साथ यदि गिटारवादक स्टोन गोस्सार्ड और माइक मैकक्रीडी की गहन कला को भी मिला दिया जाये तो आप वाकई में स्वयं को प्रयोग तथा संघर्ष की एक नवीन दुनिया में पाएंगे." वीएस के जारी होने के साथ बैंड ने अपने धन संबंधी प्रयासों में कुछ कमी लाने का फैसला किया। "जेरेमी" का भारी सफलता के बाद सदस्यों ने नए म्यूजिक वीडियोज को बनाने से मना कर दिया और अपने साक्षात्कारों तथा टीवी उपस्थितियों में कमी कर दी. इंडस्ट्री के जानकर लोगों ने पर्ल जैम के उस वर्ष के टूर की तुलना लेड ज़ेपेलिन की टूर संबंधी आदतों से की क्योंकि बैंड "प्रेस की उपेक्षा करते हुए अपने संगीत को सीधे अपने दर्शकों तक ले जाता है।" वीएस टूर के दौरान बैंड ने कालाबाजारी करने वालों को नाकाम करने के लिए टिकट के मूल्यों को निर्धारित करने की कोशिश की. 

1994 तक, उनके मैनेजर के वर्णन के अनुसार पर्ल जैम "सभी मोर्चों पर लड़ाई लड़ रहे थे। पर्ल जैम के सदस्यों के क्रोध का कोई ठिकाना नहीं रहा जब उन्हें शिकागो, इलिनोइस में दो शो करने के बाद पता चला कि टिकट बेचने वाले टिकटमास्टर ने टिकट के साथ एक सर्विस चार्ज (सेवा शुल्क) भी जोड़ दिया है। दी यूनाइटेड स्टेट्स डिपार्टमेंट ऑफ़ जस्टिस उस समय कंपनी की कार्यप्रणाली की जांच कर रही थी और बैंड से कंपनी के साथ उसके अनुभवों पर एक मेमोरेंडम (ज्ञापन-पत्र) बनाने को कहा. गोस्सार्ड और आमेंट ने जल्दी ही वॉशिंगटन डी.सी. में एक उपसमिति जांच के समक्ष अपनी गवाही को पेश किया। अंत में बैंड ने अपना विरोध प्रकट करने के लिए 1994 की गर्मियों के अपने दौरे को रद्द कर दिया. जस्टिस डिपार्टमेंट (न्याय विभाग) द्वारा मामले को समाप्त करने के बाद, पर्ल जैम ने टिकटमास्टर के बहिष्कार को जारी रखा और उन स्थानों पर प्रदर्शन करने से मना कर दिया जिनका इस कंपनी के साथ अनुबंध था। संगीत समीक्षक जिम डे रोगाटिस ने देखा कि टिकटमास्टर मुद्दे के साथ साथ, "बैंड ने सिंगल्स या वीडियोज को जारी करने से भी मना कर दिया है; इसने मांग की कि इसके एल्बम्स को विनाईल पर जारी किया जाये; और वे काफी हद तक 60 के दशक के अपने हीरो 'दी हू' के समान बनना चाहते थे जो साल में केवल 2 या 3 एल्बम ही जारी करते थे।" उन्होंने सूत्रों के हवाले से यह भी कहा कि बैंड के तीसरे एल्बम 'वाइटेलोजी' का अधिकांश काम 1994 की शुरुआत तक समाप्त हो गया था, लेकिन एपिक द्वारा बलपूर्वक देरी किया जाता अथवा टिकटमास्टर के साथ साथ लड़ाई, उसमे विलंब के लिए जिम्मेदार थे। 

पर्ल जैम ने वीएस के टूर के दौरान लिखने तथा रिकॉर्डिंग करने के काम को जारी रखा और उनके अगले एल्बम 'वाइटेलोजी' के अधिकांश गानों को इस टूर के ब्रेक्स के दौरान रिकॉर्ड किया गया। बैंड के भीतर तनाव इस समय तक नाटकीय ढंग से बढ़ चुका था। निर्माता ब्रेंडन ओ'ब्रिएन ने कहा, "'वाइटेलोजी' में तनाव कुछ ज्यादा ही बढ़ गया था। हालांकि मैं काफी विनम्र शब्दों का प्रयोग कर रहा हूँ, वहां कुछ अन्तःस्फोट अवश्य चल रहा है।" पर्ल जैम द्वारा 'वाइटेलोजी' की रिकॉर्डिंग को पूरा करने के बाद ड्रमर डेव एब्रूजीसी को निकाल दिया गया। बैंड ने एब्रूजीसी और अन्य सदस्यों के बीच राजनीतिक मतभेदों का उल्लेख किया; उदाहरण के लिए, एब्रूजीसी टिकटमास्टर के बहिष्कार के साथ असहमत थे। उनका स्थान वेड्डर के एक करीबी दोस्त और रेड हॉट चिली पेप्पर्स के पूर्व ड्रमर जैक आइरंस ने लिया। आइरंस ने बैंड के साथ अपना प्रथम प्रदर्शन नील यंग के 1994 ब्रिज स्कूल बेनिफिट में किया, लेकिन उन्हें बैंड के 1995 के सेल्फ-पोल्यूशन सैटलाइट रेडियो प्रसारण तक आधिकारिक रूप से बैंड का नया ड्रमर घोषित नहीं किया गया, यह कार्यक्रम सिएटल से प्रसारित होने वाला एक साढ़े चार घंटे लंबा पिरेट प्रसारण था जो उसे प्रसारित करने की इच्छा रखने वाले सभी रेडियो स्टेशनों के लिए उपलब्ध था। 

'वाइटेलोजी' को पहली बार नवंबर 22, 1994 को विनाइल पर जारी किया गया और उसके दो सप्ताह बाद दिसंबर 6, 1994 को सीडी तथा कैसेट पर जारी किया गया। अपने पहले सप्ताह में 877,000 से अधिक यूनिट्स की बिक्री के साथ यह सीडी इतिहास की दूसरी सबसे तेजी से बिकने वाली सीडी बन गयी। ऑलम्यूजिक के स्टीफन थोमस अर्लवाइन ने कहा कि "अपने बेहतर प्रोडक्शन के कारण 'वाइटेलोजी' पर्ल जैम का अब तक का सर्वाधिक मौलिक तथा सीधा आघात करने वाला एल्बम है।" एल्बम के कई गाने प्रसिद्धि के दबाव पर आधारित प्रतीत होते हैं। "स्पिन इन ब्लैक सर्कल" गाना जो विनाइल रिकॉर्ड्स के लिए एक श्रद्धांजलि है, उसको बेस्ट हार्ड रॉक प्रदर्शन के लिए 1996 का ग्रेमी पुरस्कार. वाईटेलोजी में "नॉट फॉर यू", "कोर्दुरॉय", "बेटर मेन" और "इम्मोरटेलिटी" जैसे गाने भी शामिल थे। "बेटर मैन", जिसे वेड्डर ने मूल रूप से बैड रेडियो के अपने दिनों में लिखा तथा गया था, बिलबोर्ड मेनस्ट्रीम रॉक चार्ट की शीर्ष पायदान तक पहुंचा था और कुल 8 हफ़्तों तक वहां टिका भी रहा था। निर्माता ब्रेडन ओ'ब्रिएन द्वारा एक "अत्यधिक दो-टूक और महान पॉप सौंग" समझे जाने वाले इस गाने को रिकॉर्ड करने में पर्ल जैम झिझक रहे थे और इसकी पहुँच की वजह से शुरुआत में इसको वीएस से निकाल दिया गया था। 

बैंड ने 1995 के अपने वाईटेलोजी टूर के दौरान भी टिकटमास्टर का बहिष्कार जारी रखा, लेकिन उन्हें इस बात का बेहद आश्चर्य हुआ कि अन्य किसी बैंड ने उनका साथ नहीं दिया है। केवल गैर-टिकटमास्टर स्थानों पर प्रदर्शन किये जाने की पहल के कारण पर्ल जैम प्रभावी रूप से, केवल कुछ अपवादों को छोड़कर, अगले तीन साल तक अमेरिका में प्रदर्शन नहीं कर पाए. आमेंट ने बाद में कहा, "हम 1995 दौरे के बारे में इतने कठोर थे। हमें यह साबित करना था कि हम खुद से टूर कर सकते हैं और इसने काफी हद तक हमें तथा हमें करियर को बर्बाद कर दिया." उसी साल पर्ल जैम ने नील यंग (जिन्हें बैंड ने एक प्रभावी व्यक्ति का दर्जा दिया था) का उनके एल्बम 'मिरर बौल' के लिए समर्थन किया। अनुबंधीय बाध्यताओं के कारण एल्बम पर कहीं भी बैंड के नाम का इस्तेमाल संभव नहीं था, लेकिन एल्बम के लाइनर नोट्स में सभी सदस्यों की व्यक्तिगत रूप से प्रशंसा की गयी थी। मिर्रर बॉल के दो गाने: "आय गोट आइडी" और "लौंग रोड" छूट गए थे। इन दो गानों को पर्ल जैम द्वारा 1995 ईपी, मर्किन बॉल के रूप में जारी किया गया। 

विरासत
"टेन" और ग्रंज का एक्सप्लोजन (धमाका): 1991-1992
सफलता प्राप्ति: 1993-1995
संगीत-शैली और प्रभाव