आम तौर पर जैविक उत्पादों की लागत समान पारंपरिक उत्पादों की तुलना में 10 से 40% अधिक है। यूएसडीए (USDA) के अनुसार, औसतम अमेरिकी व्यक्तियों ने 2004 में किराने के सामान पर 1,347 डॉलर खर्च किये हैं; इस प्रकार पूरी तरह से जैविक की तरफ स्विच करने से किराने के सामान पर उनकी लागत $538.80 प्रति वर्ष ($44.90/मास) तक पहुंच जाएगी और आधे समान के लिए जैविक की तरफ स्विच करने से किराने के सामान पर उनकी लागत $269.40 प्रति वर्ष ($22.45/मास) तक बढ जाएगी. संसाधित जैविक खाद्य पदार्थों की कीमत परंपरागत समकक्षों की तुलना में भिन्न हो सकती है। 2004 में च्वाइस पत्रिका द्वारा एक ऑस्ट्रेलियाई अध्ययन में यह पता चला है कि सुपरमार्केट में संसाधित जैविक खाद्य पदार्थ 65% अधिक महंगा हो सकते हैं, लेकिन यह अनुरूप नहीं था।
कीमतें अधिक हो सकती है क्योंकि जैविक उत्पाद का उत्पादन एक छोटे पैमाने पर किया जाता है और इन्हें पृथक रूप से पीसने और संसाधित करने की आवश्यकता हो सकती है। इसके अलावा, क्षेत्रीय बाजारों में ज्यादा केंद्रीकृत उत्पादन से शिपिंग लागत में वृद्धि हुई है। डेयरी और अंडे के मामले में, पशुओं की आवश्यकताऐ जैसे पशुओं की संख्या जिन्हें प्रति एकड़ उत्थित किया जा सकता है, या पशुओं की नस्ल और उनका फ़ीड रूपान्तरण अनुपात लागत को प्रभावित करता है।

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