1778 में, हैदर के जागीरदार, चिराक्कल के राजा ने खुद हैदर के आदेश पर तलास्सेरी को घेर लिया और उसकी आर्थिक नाकाबंदी कर दी। मैसूरी सेना के हाथों से कोट्टयम को छुड़ाने में तलास्सेरी स्थित सशस्त्र ब्रिटिश कारकों ने पजहस्सी राजा के लोगों को सक्षम बनाया। ब्रिटिश सेना के इस कदम से चिराक्कल सेना पर अब पजहस्सी सेना द्वारा पीछे से हमला करना सुनिश्चित हो गया। चिराक्कल सेना ने पीछे हटना शुरू किया। लेकिन पजहस्सी ने उनका पीछा किया और चिराक्कल सेना को तबाह कर दिया और उसके बाद वे कोट्टयम की ओर कूच कर गये, जहां उन्होंने मैसूरी कब्जे को समाप्त किया और पूरे कोट्टयम (मालाबार) पर अपना कब्जा जमा लिया। लेकिन इस महत्वपूर्ण क्षण में जब ब्रिटिश और राजा की संयुक्त कार्रवाई से मालाबार में मैसूरी सेना को तबाह किया जा सकता था, तब तलास्सेरी स्थित ब्रिटिश कारकों को ब्रिटिश गवर्नर द्वारा निर्देश दिया गया कि हैदर के साथ नाममात्र शांति को समाप्त नहीं किया जाय.

इस प्रकार थालास्सेरी में हुई जीत को नहीं भुनाने के ब्रिटिश फैसले का फायदा मैसूर ने उठाया. बलवंत राव के मातहत एक मैसूरी टुकड़ी द्वारा चिराक्कल सेना को मजबूत बनाया गया, जिसने कोट्टायम की ओर कूच किया। गुप्त रूप से ब्रिटिश द्वारा गोला-बारूद और हथियारों की आपूर्ति के बावजूद पजहस्सी के लोग इतनी बड़ी सेना को रोक पाने या हराने में विफल रहे और एक युद्ध के बाद जल्द ही कोट्टयम सेना बिखर गयी। उसके बाद मैसूर-चिरक्कल सेना ने कडाथनड पर कब्जा कर लिया और वहां एक कठपुतली राजा को बिठा दिया गया, जिसने मैसूर के साथ हाथ मिला रखा था। 1779 में, एक विशाल मैसूर- चिराक्कल-कडाथनड सेना ने तलास्सेरी को घेर लिया। पजहस्सी राजा ने तलास्सेरी की रक्षा के लिए 1300 नायरों की एक सेना ब्रिटिश की मदद के लिए भेजी और इसमें सफलता प्राप्त हुई। 

1779 के अंत तक, घेराबंदी को तेजी से एक सफल परिणाम तक पहुंचाने के लिए मैसूरी सेनापति सरदार खान को तलास्सेरी भेजा गया। सरदार खान जानता था कि पजहस्सी की मदद से ही उसका प्रतिरोध करने में ब्रिटिश सक्षम हुए हैं और इसीलिए उसने पजहस्सी के साथ समझौता वार्ता शुरू की। उसने पजहस्सी के सामने प्रस्ताव रखा कि अगर वे मैसूर के साथ मित्रता कर लें और साथ में पांच लाख रुपये का उपहार प्रदान करें तो मैसूर अधिकृत कोट्टयम के क्षेत्र वापस दे दिए जाएंगे. इतने कम समय में इतनी बड़ी राशि का इंतजाम करना कोट्टयम के वश से बाहर की बात थी। लेकिन पजहस्सी ने सरदार खान को भुगतान करने के लिए अपनी ओर से बड़े प्रयास किये और उसे 60,000 रुपये का भुगतान कर भी दिया [शायद इस उम्मीद में कि वह छूट दे देगा]. लेकिन खान संतुष्ट नहीं हुआ और उसने मालाबार में उनके अधिकार की वापसी के पजहस्सी के अनुरोध को ठुकरा दिया। सरदार खान के इस लालची व उद्दंड दृष्टिकोण से यह तय हो गया कि तलास्सेरी पर कब्जा जमाना मैसूर के लिए लगभग असंभव है।

लोकप्रिय संस्कृति में
व्यक्तित्व
तलास्सेरी की घेराबंदी
पजहस्सी राजा और अंग्रेजों के बीच युद्ध