उद्योगों में भी सूक्ष्मजीवों का प्रयोग बहुत से उत्पादों के संश्लेषण में किया जाता है जो मनुष्य के लिए काफी मूल्यवान होते हैं। मादक पेय तथा प्रतिजैविक (ऐंटीबॉयटिक) इसके कुछ उदाहरण हैं। व्यावसायिक पैमाने पर सूक्ष्मजीवियों को पैदा करने के लिए बड़े बर्तन की आवश्यकता होती है जिसे 'फरमैंटर' या 'किण्वक' कहते हैं।

जैव नियंत्रण कारक के रूप में सूक्ष्मजीव
जैव उर्वरक के रूप में सूक्ष्मजीव
रसायन, एंजाइम तथा अन्य जैवसक्रिय अणु
औद्योगिक उत्पादों में सूक्ष्मजीव