31 जनवरी 2010 को, मुथारिका ने मुअम्मर अल-गद्दाफी की जगह अफ्रीकी संघ के अध्यक्ष के रूप में गद्दाफी के एक अतिरिक्त वर्ष के लिए अफ्रीकी संघ के अध्यक्ष के रूप में चलाने का प्रयास विफल कर दिया। चेयरपर्सन का पद संभालने के लिए मुथारिका मलावी की पहली प्रमुख थीं। अपने भाषण में उन्होंने कहा कि "अफ्रीका एक गरीब महाद्वीप नहीं है, लेकिन अफ्रीकी आबादी गरीब है" और "अफ्रीका को विकसित करने के लिए अफ्रीका" का आह्वान किया। उन्होंने खाद्य सुरक्षा को अपने एजेंडे में प्राथमिकता देकर अफ्रीकी फूड बास्केट इनिशिएटिव के लिए अपना दृष्टिकोण साझा किया।

जी 20 शिखर सम्मेलन

4 अप्रैल को वह अफ्रीकी संघ के अध्यक्ष के रूप में सेनेगल की स्वतंत्रता के जश्न में 50 वीं वर्षगांठ में शामिल हुए।उन्होंने कनाडा में जी 8 शिखर सम्मेलन और दक्षिण कोरिया के सियोल में जी 20 शिखर सम्मेलन में भी भाग लिया। 

26 जुलाई को, उन्होंने कंपाला , युगांडा में अफ्रीकी संघ के शिखर सम्मेलन में भाग लिया, जहां उन्होंने अंतरराष्ट्रीय अपराध न्यायालय (ICC) को उमर अल बशीर को गिरफ्तार करने के लिए वारंट जारी करने के लिए निंदा की क्योंकि यह अफ्रीकी प्राधिकारी के अधीन था। उन्होंने यहां अफ्रीकी खाद्य टोकरी पहल को अपनाया जिसे २ ९ सितंबर को संयुक्त राष्ट्र में प्रस्तुत किया गया। ६ सितंबर को, उन्होंने रवांडा के राष्ट्रपति पॉल कागमे के उद्घाटन में भाग लिया। उन्होंने ईरान-अफ्रीका सम्मेलन में भाग लिया, जिसका उद्देश्य ईरान और अफ्रीकी देशों के बीच संबंधों को मजबूत करना था। बोस्टन विश्वविद्यालय में एक भाषण के दौरान, मुथारिका ने अपने सब्सिडी कार्यक्रम का बचाव किया और कहा कि हालांकि पश्चिमी देशों का कहना है कि अफ्रीकी सरकारों को कृषि पर सब्सिडी नहीं देनी चाहिए, पश्चिमी सरकारें अपने किसानों को सब्सिडी देती हैं। मलावी ने अफ्रीका के पहले सम्मेलन की मेजबानी की, जिसमें अफ्रीका के कृषि मंत्रियों को एक साथ लाया गया, जहां उनसे कृषि में सब्सिडी के लिए लड़ने का आग्रह किया गया। उन्होंने लीबिया में अफ्रीका-यूरोपीय संघ के व्यापार सम्मेलन में भाग नहीं लिया लेकिन इस कदम के लिए कोई आधिकारिक कारण नहीं बताया गया। अपने कार्यकाल के दौरान, वे २०१० के इवोरियन राष्ट्रपति चुनाव के बाद हार को स्वीकार करने के लिए लॉरेंट गाग्बो के लिए अंतर्राष्ट्रीय कॉल में शामिल हुए । 

दूसरा शब्द
प्रारंभिक जीवन और कैरियर
राष्ट्रपति अभियान (1999-2009)
अफ्रीकी संघ के अध्यक्ष