इसकी स्थापना २८ अगस्त १९९५ को सकॅनडिनेवियन एयरलाइन्स (एस.ए.एस.) और लॅट्विया सरकार के मध्य एक संयुक्त उद्यम के रूप मे हुई थी. इसकी औपचारिक संचालन १ अक्तूबर १९९४ से शुरू हुआ जब एयर बाल्टिक के पहले विमान - एक साब ३४०- को रिगा एयरपोर्ट मे उतरा गया और इसी दिन एयर बाल्टिक ने अपनी पहली यात्री सेवा भी शुरू कर दी। 

१९९६ मे एयर बाल्टिक का पहला एव्रो आर जे ७० विमान सेवारत हुआ और यह सकॅनडिनेवियन एयरलाइन्स के फ्रीक्वेंट फ्लाइयर क्लब का एक साझेदार बना. १९९७ मे इसके मालवाहक सेवा की शुरुआत हुई और 

१९९८ मे इसका पहला फॉक ५० विमान बेड़े मे शामिल किया गया. 

१९९९ मे एयर बाल्टिक एक जॉइंट स्टॉक कंपनी बन गयी. इससे पहले यह एक लिमिटेड लाइयबिलिटी कंपनी के रूप मे कार्यरत थी. इसी साल सभी साब 340 विमानो को फॉक ५० से बदल दिया गया। सितंबर १९९९ मे यह एयरलाइन युरोपियन एवियेशन ऑपरेटिंग स्टँडर्ड्स का पूर्ण रूप से पालन करने लगा. एयर बाल्टिक ने नये सहस्राब्दी का स्वागत नये गणवेश (यूनिफॉर्म) के साथ किया और रिगा एयरपोर्ट पर एक मालवाहक केंद्र भी काम करने लगा. 

२००३ मे इसके उड़ान दस्ते मे पहला बोयिंग ७३७-५०० विमान शामिल किया गया और १ जनवरी २००४ से एयर बाल्टिक ने लितुयेनिया की राजधानी विलिनीऊस से पाँच गंतव्यों के लिए सेवाएँ शुरू कर दी. 

एयर बाल्टिक का एस.ए.एस. के साथ गहरा रिश्ता है और यह एस.ए.एस. के आधार केंद्रो कोपेनहेगन, ओस्लो और स्टॉकहोल्म के लिए नियमित रूप से उड़ाने संचालित करता है. पूर्व मे एयर बाल्टिक एस.ए.एस. के फ्रीक्वेंट फ्लाइयर प्रोग्राम यूरो बोनस का भी भागीदार था पर अब इसने पिन्स के नाम से अपना खुद का प्रोग्राम शुरू कर दिया. एयर बाल्टिक कुछ उत्पाद और सेवाएँ - जैसे कि समन्वित समय सारिणी और साझा एयरपोर्ट लाउंजस - अब भी एस.ए.एस. के साथ साझा करती है. एयर बाल्टिक एयरलाइन्स के किसी भी गठबंधन का सदस्य नही है परंतु स्टार अलाइयेन्स के कई सदस्यों से साथ कुछ दूसरे एयरलाइन्स के साथ भी इसका कोडशेयर समझौता है. 

एसएएस द्वारा मे एयर बाल्टिक अपनी भागीदारी का बेचा जाना
विमान दस्ता
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