मुख्य लेख: प्राकृतिक वरण
नेचुरल सेलेक्शन के माध्यम से विकास प्रक्रिया है जिसके द्वारा जनसंख्या की लगातार पीढ़ियों में अस्तित्व में वृद्धि और प्रजनन अधिक सामान्य हो जाते हैं। इसे अक्सर "आत्मनिर्भर" तंत्र कहा जाता है क्योंकि यह जरूरी है कि तीन सरल तथ्यों के अनुसार: 

आकृति विज्ञान, शरीर विज्ञान और व्यवहार (फ़िनोटीपिक विविधता) के संबंध में जीवों की आबादी के भीतर भिन्नता मौजूद है।
विभिन्न लक्षण जीवित रहने और पुनरुत्पादन की अलग-अलग दरें प्रदान करते हैं (अलग-अलग फिटनेस)।
इन लक्षणों को पीढ़ी से पीढ़ी (फिटनेस की गरिमा) तक पारित किया जा सकता है।
अधिक संतानों का जीवित रहने की तुलना में उत्पादन किया जा सकता है, और ये स्थितियां अस्तित्व और प्रजनन के लिए जीवों के बीच प्रतिस्पर्धा का उत्पादन करती हैं। नतीजतन, उन गुणों के साथ जीवाश्म जो उन्हें अपने प्रतिद्वंद्वियों पर एक लाभ दे देते हैं, उनके गुणों को अगली पीढ़ी तक उन गुणों के साथ पारित करने की संभावना है जो एक लाभ प्रदान नहीं करते हैं। [125]

प्राकृतिक चयन की मुख्य अवधारणा एक जीव के विकास की योग्यता है। स्वास्थ्य को जीवित रहने और पुनरुत्पादन करने की क्षमता के द्वारा मापा जाता है, जो अगली पीढ़ी में इसके आनुवंशिक योगदान का आकार निर्धारित करता है। हालांकि, फिटनेस संतानों की कुल संख्या के समान नहीं है: इसके बजाय फिटनेस को बाद की पीढ़ियों के अनुपात द्वारा इंगित किया जाता है जो किसी जीव के जीन को लेते हैं। उदाहरण के लिए, यदि कोई जीव अच्छी तरह से जीवित रह सकता है और तेज़ी से प्रजनन कर सकता है, लेकिन उसके वंशज बहुत छोटे और जीवित रहने के लिए कमजोर थे, इस जीव में भविष्य की पीढ़ियों में थोड़ा आनुवांशिक योगदान होगा और इस प्रकार कम फिटनेस होगा। 

यदि एलेबल उस जीन के अन्य एलील्जों से अधिक फिटनेस बढ़ाता है, तो प्रत्येक पीढ़ी के साथ यह एलील आबादी के भीतर अधिक सामान्य हो जाएगा। इन लक्षणों को "के लिए चयनित" कहा जाता है। लक्षणों के उदाहरण जो फिटनेस में वृद्धि कर सकते हैं बढ़ाया अस्तित्व और बढ़ती हुई उर्वरता इसके विपरीत, इस एलील में कम फायदेमंद या हानिकारक एलिल परिणाम होने के कारण कम फिटनेस कम होता जा रहा है - इन्हें "इसके खिलाफ चुना गया है।" महत्वपूर्ण बात, एलील की फिटनेस एक निश्चित विशेषता नहीं है; अगर पर्यावरण में परिवर्तन, पहले तटस्थ या हानिकारक लक्षण फायदेमंद हो सकते हैं और पहले लाभकारी गुण हानिकारक हो जाते हैं। हालांकि, भले ही चयन की दिशा इस तरह से उलट हो जाती है, अतीत में खो गए लक्षण एक समान रूप में फिर से विकसित नहीं हो सकते हैं (गुड़िया के नियम देखें)।

एक विशेषता के लिए आबादी के भीतर प्राकृतिक चयन, जो विभिन्न प्रकार के मूल्यों जैसे ऊंचाई पर भिन्न हो सकते हैं, को तीन अलग-अलग प्रकारों में वर्गीकृत किया जा सकता है पहला दिशात्मक चयन होता है, जो कि समय के साथ एक विशेष गुण के औसत मूल्य में बदलाव होता है- उदाहरण के लिए, जीव धीरे-धीरे ऊंचे हो जाते हैं। दूसरे, विघटनकारी चयन अत्यधिक गुण मूल्यों के लिए चयन होता है और अक्सर दो अलग-अलग मूल्यों में सबसे आम हो जाता है, औसत मूल्य के खिलाफ चयन के साथ। यह तब होगा जब या तो लघु या उच्च जीवों का एक फायदा होता है, लेकिन मध्यम ऊंचाई के नहीं होते अंत में, चयन को स्थिर करने में दोनों ओर दोनों ओर के चरम विशेष गुणों के बीच चयन होता है, जो औसत मूल्य और कम विविधता के आस-पास भिन्नता को कम करता है। यह, उदाहरण के लिए, कारण जीव धीरे-धीरे सभी एक ही ऊँचाई बन जाएंगे।

नेचुरल सेलेक्शन का एक विशेष मामला यौन चयन होता है, जो किसी भी गुण के लिए चयन होता है जो संभोग की सफलता को बढ़ाता है और संभावित मित्रों के जीवों के आकर्षण को बढ़ाता है। यौन चयन के माध्यम से विकसित हुए लक्षण विशेष रूप से कई पशु प्रजातियों के पुरुषों के बीच प्रमुख हैं। यद्यपि कामुक रूप से इष्ट, हालांकि बोझिल सींग, संगत कॉल, बड़े शरीर के आकार और उज्ज्वल रंग जैसे लक्षण अक्सर प्रेरणा को आकर्षित करते हैं, जो कि व्यक्तिगत पुरुषों के अस्तित्व से समझौता करते हैं। यह अस्तित्व का नुकसान पुरुषों में उच्च प्रजनन की सफलता से संतुलित होता है जो इन कठिन-से-नकली, यौन रूप से चयनित लक्षण दिखाते हैं। 

नेचुरल सेलेक्शन सबसे आम तौर पर स्वभाव को मापता है जिसके खिलाफ व्यक्तियों और व्यक्तिगत गुणों को जीवित रहने की अधिक संभावना है। इस अर्थ में "प्रकृति" एक पारिस्थितिकी तंत्र को संदर्भित करता है, अर्थात् एक प्रणाली जिसमें जीव अन्य सभी तत्वों के साथ-साथ भौतिक और जैविक रूप से अपने स्थानीय वातावरण में बातचीत करते हैं। पारिस्थितिकी तंत्र के संस्थापक यूजीन ओडुम ने एक पारिस्थितिकी तंत्र को परिभाषित किया है: "किसी भी इकाई में सभी जीवों को शामिल किया जाता है ... किसी भौतिक परिवेश के साथ बातचीत के क्षेत्र में ताकि ऊर्जा का प्रवाह स्पष्ट रूप से परिभाषित ट्राफीक संरचना, जैविक विविधता और प्रणाली के भीतर भौतिक चक्र (अर्थात: जीवित और नॉनलाइविंग पार्ट्स के बीच सामग्रियों का आदान-प्रदान)। " एक पारिस्थितिकी तंत्र के भीतर प्रत्येक जनसंख्या प्रणाली के अन्य भागों में अलग-अलग रिश्तों के साथ एक विशिष्ट जगह या स्थिति में रहती है। इन रिश्तों में जीव का जीवन इतिहास, खाद्य श्रृंखला में इसकी स्थिति और इसकी भौगोलिक सीमा शामिल है। प्रकृति की यह व्यापक समझ वैज्ञानिकों को विशिष्ट बलों को चित्रित करने में सक्षम बनाती है, जो एक साथ, प्राकृतिक चयन शामिल हैं।

प्राकृतिक चयन संगठन के विभिन्न स्तरों पर कार्य कर सकता है, जैसे कि जीन, कोशिका, व्यक्तिगत जीव, जीवों और प्रजातियों के समूह। चयन एक साथ कई स्तरों पर कार्य कर सकता है। व्यक्तिगत जीव के स्तर के नीचे होने वाले चयन का एक उदाहरण ट्रांस्पोसन्स नामक जीन है, जो एक जीनोम में दोहराने और फैल सकता है। व्यक्ति के ऊपर एक स्तर पर चयन, जैसे समूह चयन, सहयोग के विकास की अनुमति दे सकते हैं, जैसा कि नीचे बताया गया है।

पूर्व-डार्विनियन
नेचुरल सेलेक्शन
जीवन की उत्पत्ति
पींगेनिस और आनुवंशिकता