मुस्लिम समुदाय के नेताओं ने भारतीय इस्लाम के विकास में विभिन्न दिशाओं को खंगाला और बीसवीं शताब्दी के दौरान मुस्लिम समुदाय से कई राष्ट्रीय आंदोलन उभरे. सबसे रूढ़िवादी शाखा की निर्भरता, पूरे देश भर में सैकड़ों धर्म प्रशिक्षण संस्थानों (मदरसा) द्वारा दी जाने वाली शिक्षा प्रणाली पर है जो अरबी और फारसी भाषा में कुरान और इस्लामिक पुस्तकों के अध्ययन के अलावा कुछ और नहीं सिखाते हैं।

2005-2006 के मध्य में अनुमानित 15 करोड़ के दो-तिहाई भारतीय मुस्लिम आबादी रहस्यवाद सुन्नी बरेलवी विचारधारा और दरगाह भ्रमण, संगीत और योग विद्या जैसे सूफी परम्परा के अनुयायी माने जाते हैं। मंज़र-ए-इस्लाम बरेली और अल जमियातुल अशरफिया, बरेलवी मुसलमानों का सबसे प्रसिद्ध सेमिनरी है। 2005-2006 के दौरान मुस्लिम समुदाय के पर्याप्त अल्पसंख्यकों का भारतीय शिया मुसलमान एक रूप है जो कि उस समय के 157 मिलियन की कुल मुस्लिम आबादी का अनुमानित 25%-31% है। टाइम्स ऑफ इंडिया और डीएनए जैसे सूत्रों ने बताया कि उस समय के दौरान भारतीय मुसलमानों की कुल आबादी 157,000,000 का 40,000,000 से 50,000,000 की आबादी शिया मुसलमानों की थी

उत्तरप्रदेश के सहारनपुर जिले में प्रभावशाली धार्मिक मदरसा दारुल उलूम देवबंद (ज्ञान का निवास/घर) से उत्पन्न भारत के हनाफी विचारधारा के बाद मुस्लिम आबादी का एक और प्रभावशाली भाग देवबंद है। इस मदरसे को अपने राष्ट्रवादी उन्मुखीकरण के लिए जाना जाता है और भारतीय स्वतंत्रता संग्राम में इसने महत्वपूर्ण भूमिका निभाई.1919 में देवबंदी विद्वानों द्वारा स्थापित जमीयत-उल-उलेमा-ए हिंद ने राष्ट्रीय स्वतंत्रता आंदोलन में भारतीय राष्ट्रीय कांग्रेस को अपना समर्थन दिया और दारुल उलूम के लिए एक राजनीतिक मुखपत्र बना। 

1941 में स्थापित जमात-ए-इस्लामी हिन्द (इस्लामी पार्टी) ने एक इस्लामी सरकार की स्थापना की वकालत की और समुदाय के लिए शिक्षा, समाज सेवा और एकतावादी पहुंच को बढ़ावा देने में सक्रिय रहा। 

1940 के दशक के बाद तब्लीघी जमात (आउटरीच सोसायटी) सक्रिय हो गई क्योंकि विशेष तौर पर उलेमा (धार्मिक नेताओं) के बीच एक आंदोलन शुरू हुई जिसमें व्यक्तिगत नवीनीकरण का तनाव, एक मिशनरी भावना और कट्टरपंथियों के लिए ध्यान जोर दिया गया। इस प्रकार की गतिविधियों की कड़ी आलोचना की गई जो कि सूफी धार्मिक स्थलों के आसपास शुरू हुई थी और उलेमा के प्रशिक्षण को मजबूर किए जाने के कारण यह सूक्ष्म बन कर रह गई। इसके विपरीत, अन्य उलेमा सामूहिक धर्म की वैधता को बरकरार रखा जिसमें पीर के उल्लास और पैगंबर की स्मृति शामिल है। सैयद अहमद खान के नेतृत्व में एक व्यापक, अधिक आधुनिक और अन्य प्रमुख मुस्लिम विश्वविद्यालयों के साथ अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय (1875 तक मुहम्मदन ओरिएंटल कॉलेज के रूप में) में एक शक्तिशाली धर्मनिरपेक्षता को चलाया गया।.

कानून और राजनीति
जनसंख्या
संगठन और नेतृत्व
दक्षिण एशिया में इस्लामी परंपरा