ड्रीम थियेटर को अपने पूरे कैरियर में अन्य कलाकारों के गानों को कवर करने के लिए जाना जाता है। उन्होंने इस अभ्यास को "सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस" के प्रचार दौरे के दौरान एक नए स्तर पर पहुंचाया. तीन विशेष कार्यक्रमों में जो बार्सिलोना, शिकागो और न्यूयॉर्क शहर में हुए, उन्होंने, ड्रीम थियेटर की सामग्री के एक पूर्ण सेट के बाद मेटालिका के "मास्टर ऑफ़ पपेट्स" एल्बम को सम्पूर्ण रूप में प्रस्तुत किया। यह प्रशंसकों के लिए एक आश्चर्य था, क्योंकि वहां ऐसा कुछ होने का कोई संकेत नहीं था, सिर्फ इतनी घोषणा की गई थी कि प्रत्येक शहर में दो रातों के कार्यक्रम में कुछ "अत्यंत विशेष" होगा। इस परंपरा की पृष्ठभूमि को माइक पोर्टनॉय के पसंदीदा बैंड फिश में देखा जा सकता है, जिन्होंने अन्य कलाकारों के सम्पूर्ण एल्बम के "संगीत परिधान" को प्रस्तुत करना शुरू किया था, जो 1994 में शुरू हो कर प्रत्येक हैलोवीन को होता था। पोर्टनॉय ने कार्यक्रम की एक श्रृंखला में प्रथम के रूप में इस "एल्बम कवर" को तैयार किया जिसे उन बैंड के प्रति श्रद्धांजलि के रूप में बजाना था जो ड्रीम थियेटर के निर्माण और विकास में प्रभावशाली रहे थे। कवर किये गए सेट ने उस समारोह में भाग लेने वाले कई प्रशंसकों को विभाजित कर दिया, जहां कुछ लोगों का कहना था कि ड्रीम थियेटर के कार्यक्रम में मूल संगीत का आनंद लेने गए थे न कि किसी अन्य कलाकार की रचना सुनने. हालांकि दूसरों का कहना था कि यह एक बोनस था न कि ड्रीम थियेटर के एक सामान्य कॉन्सर्ट का एक प्रतिस्थापन, क्योंकि एक साधारण कार्यक्रम एक रात पहले पेश किया जा चुका है।

दौरे के अगले चरण पर, उन्होंने आयरन मेडेन के "द नंबर ऑफ़ द बीस्ट" को शामिल किया और "मास्टर ऑफ़ पपेट्स" के लिए भी वैसी ही प्रतिक्रिया प्राप्त हुई, हालांकि यह पहले से पता था कि एक कवर को उस रात प्रस्तुत किया जाएगा क्योंकि क्योंकि उस रात, दौरे के कार्यक्रम में एक ही शहर में दो कार्यक्रम लगातार शामिल थे। 11 अक्टूबर 2005 को, ड्रीम थियेटर ने पिंक फ्लॉयड के "डार्क साइड ऑफ़ द मून" को कवर किया। ड्रीम थियेटर के आधिकारिक वेबपेज पर कहा गया था कि एम्स्टर्डम, लंदन, ब्यूनस आयर्स, साओ पाउलो और टोक्यो में (क्रमशः 11 अक्टूबर 25 अक्टूबर 4 दिसम्बर दिसम्बर 11 और 13 जनवरी) द्वितीय निशा के दूसरे सेट में और ओसाका में 15 जनवरी के कार्यक्रम के दूसरे सेट में, एक क्लासिक एल्बम को उसकी संपूर्णता में कवर किया जाएगा. "डार्क साइड ऑफ़ द मून" को लंदन में 25 अक्टूबर को दोबारा पेश किया गया। हालांकि, ब्यूनस आयर्स में (दिसम्बर 4) और साओ पाओलो (दिसम्बर 11) में प्रस्तुत किया गया 'क्लासिक एल्बम' खुद ड्रीम थियेटर का """ " था, जो "मेट्रोपोलिस 2000" टूर के दौरान अर्जेंटीना और ब्राजील में ना जा पाने की भरपाई के लिए था। 13 जनवरी 2006 को (टोक्यो) और 15 (ओसाका) को ड्रीम थियेटर ने डीप पर्पल के सजीव एल्बम मेड इन जापान को कवर किया। पोर्टनॉय ने कहा है कि उसने एक और कवर शो की योजना बनाई है, लेकिन यह बताने से कि यह कब होगा और इसमें कौन से एल्बम को कवर किया जाएगा मना कर दिया है।

गिगनटूर 2005 के दौरान, ड्रीम थियेटर ने पेंटेरा के "सिमेट्री गेट्स" को "डाइमबैग" डेरेल लांस एबट को श्रद्धांजलि देने के रूप में कवर किया। एक अतिरिक्त बोनस के रूप में, उनका साथ दिया फिअर फैक्टरी के बर्टन सी. बेल और सिम्फनी X के रसेल एलन ने, जिन्होंने अतिथि स्वर प्रदान किया और मेगा डेथ के डेव मुस्टेन ने गाने के लिए मुख्य एकल स्वर प्रदान किया।

मार्च 2006 में, ड्रीम थियेटर ने टोरंटो में एक शो में रश के दुर्लभ गीत "जैकब्स लैडर" को प्रस्तुत किया। जॉन पेट्रुकी ने कुछ दिनों बाद एस्बरी पार्क, न्यू जर्सी में रात के कार्यक्रम से पहले कहा, "रश इसे नहीं बजाएगा, इसलिए हमने सोचा कि हम इसे उनके लिए बजाते हैं।"

इसके अलावा, ड्रीम थियेटर ने अपने EP "अ चेंज ऑफ़ सीजंस" पर कई सजीव कवर गाने जारी किये, जिसमें एल्टन जॉन, डीप पर्पल, लेड जेप्लिन, क्वीन, पिंक फ्लॉयड, जेनेसिस, कंसास और डिक्सी ड्रेग्स के गीत भी शामिल थे।

2008 में, उन्होंने, मेडेन हेवेन शीर्षक के केरंग पत्रिका के संकलन के लिए, आयरन मेडेन के टु टेम अ लैंड के एक संस्करण को रिकॉर्ड किया। . इस गाने को बाद में "ब्लैक क्लाउड्स एंड सिल्वर लाइनिंग्स" के विशेष संस्करण में शामिल किया गया।

ड्रीम थियेटर ने 2009 के अपने एल्बम "ब्लैक क्लाउड्स एंड सिल्वर लाइनिंग्स" के लिए कई कवर गानों को रिकॉर्ड किया। ये गीत, एल्बम के विशेष संस्करण वाले रूप में एक बोनस डिस्क के रूप में आया।

ड्रीम थियेटर ने पारंपरिक यहूदी गीत "हवा नगिला" को तेल अवीव, इजरायल में 16 जून 2009 को एक कार्यक्रम में "" के दौरान प्रस्तुत किया।

14 अगस्त 2009 को, एक टोरंटो शो के दौरान, ड्रीम थियेटर ने रश के गाने "द कैमरा आई" को पेश किया, जो मूलतः रश के "मूविंग पिक्चर्स" एल्बम के साथ जारी किया गया था।


"इमेजेज एंड वर्ड्स" और "अवेक" (1991-1994)
कवर गाने
डिस्कोग्राफ़ी
"ऑक्टावेरिअम" और "स्कोर" (2005-2006)