2005 में, उस वर्ष के आम चुनाव के बाद , लेबर और प्रोग्रेसिव पार्टी ने अपने गठबंधन को नए सिरे से बनाया, उन दलों के नेताओं को मंत्रिमंडल के बाहर मंत्री पद देने के बदले में न्यूजीलैंड फर्स्ट और यूनाइटेड फ्यूचर दोनों के साथ विश्वास और आपूर्ति की व्यवस्था की। क्लार्क लगातार तीन चुनाव जीतने वाले पहले श्रमिक नेता बन गयी। क्लार्क ने अपने मतदाताओं के 66% या 14,749 बहुमत के साथ 20,918 वोट जीते। 

आर्मिस्टिस डे , 11 नवंबर 2006 को क्लार्क ने हाइड पार्क, लंदन में एक सेवा में भाग लिया, जहां न्यूजीलैंड के युद्ध में मृत स्मारक का अनावरण किया गया। अपनी यात्रा के दौरान वह महारानी एलिजाबेथ , प्रिंस चार्ल्स और ब्रिटिश प्रधान मंत्री टोनी ब्लेयर से मिली। 

क्लार्क की अपने तीसरे कार्यकाल की प्रमुख विदेश यात्रा मार्च 2007 में संयुक्त राज्य अमेरिका की यात्रा थी, जहाँ उन्होंने वाशिंगटन में जॉर्ज डब्ल्यू बुश से मुलाकात की। राष्ट्रपति के साथ उसके तनावपूर्ण संबंधों के बावजूद, उन्होंने कई मुद्दों पर सहमति व्यक्त की, जिसमें विदेशी मामलों, वाणिज्य में सहकारी रूप से काम करना और दोनों देशों की ऊर्जा सुरक्षा की दिशा में काम करना शामिल है । 

8 फरवरी 2008 को, क्लार्क अपने इतिहास में लेबर पार्टी के सबसे लंबे समय तक रहने वाले नेता बन गयी (हालांकि हैरी हॉलैंड के पहले नेता बनने के बाद कुछ निश्चित अनिश्चितता थी), 14 साल, 69 दिन, 26 अक्टूबर 2008 को उन्होंने हॉलैंड के सबसे लंबे समय तक कार्यकाल को पारित किया था और सबसे लंबे समय तक काम करने वाले लेबर लीडर के रूप में उनकी स्थिति को संदेह से परे रखा गया था। 

कार्यालय में अपने कार्यकाल के अंत तक, क्लार्क को एक विभाजनकारी व्यक्ति के रूप में देखा जा रहा था, 2005 के आम चुनाव के समय 2005 में लगभग 60% की हेराल्ड-डिजीपोल लोकप्रियता रेटिंग से 41.6% तक जा रही थी। 2005 के चुनाव के बाद नियंत्रण और जोड़ तोड़ के रूप में क्लार्क के चित्रण में वृद्धि हुई, जब उसने अपनी सहमति-प्रबंधकीय दृष्टिकोण को त्याग दिया, जैसे कि न्यूजीलैंड के दौरान और समुद्री विवाद , और अपराध का उसका समर्थन (धारा 59 में संशोधन) संशोधन अधिनियम 2007 (इतना जिसे एंटी स्मैकिंग लॉ कहा जाता है)। उन पर सामाजिक मुद्दों के लिए " नानी राज्य " दृष्टिकोण रखने का आरोप लगाया गया था, जो कि ' हेलेंग्राद ' शब्द की एक धारणा है। 

2006 के बाद से जनमत सर्वेक्षणों में लेबर लगातार नेशनल पार्टी से पीछे रही और 2007 की शुरुआत में यह अंतर काफी बढ़ गया। 5 अगस्त 2008 को ट्रेजरी ने घोषणा की कि न्यूजीलैंड की अर्थव्यवस्था में मंदी आ गई है । 

नवंबर 2006 में नेशनल पार्टी लीडर के रूप में बाद के चुनाव के तुरंत बाद, क्लार्क की व्यक्तिगत लोकप्रियता को जॉन की द्वारा ग्रहण कर लिया गया। 2008 के चुनावों से पहले के अंतिम मीडिया चुनावों में फेयरफैक्स मीडिया नीलसन पोल में आठ अंकों से पसंदीदा प्रधानमंत्री चुनावों में क्लार्क से आगे थे और वन न्यूज कोलमार ब्रंटन पोल में चार अंक थे। 2008 के चुनाव अभियान में, क्लार्क ने अपनी सरकार के कई फ्लैगशिप प्रोजेक्ट्स जैसे किवीसैवर और किवीबैंक को बनाए रखने के अपने वादे के तहत नेशनल पार्टी पर "निष्ठाहीन" हमला किया। 

2008 के चुनाव के बाद सबसे बड़ी पार्टी के रूप में नेशनल ने लेबर को पीछे छोड़ दिया; क्लार्क ने की को हार मान ली और घोषणा की कि वह पार्टी के नेता के रूप में खड़े थे। 11 नवंबर 2008 को फिल गॉफ द्वारा लेबर पार्टी के नेता के रूप में क्लार्क को सफलता मिली। अपनी हार के बाद पहले लेबर पार्टी सम्मेलन में फिल गोफ ने क्लार्क की सरकार के तहत नानी-राज्य की राजनीति के साथ लाबर के जुनून की सार्वजनिक रूप से आलोचना की। 

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