1788 के अंत तक, टीपू की जबरन धर्मांतरण की नीति की वजह से टीपू के प्रति पजहस्सी की घृणा बहुत अधिक बढ़ गयी। पजहस्सी ने मान लिया कि अंग्रेज निश्चित रूप से कहीं कम बड़े शत्रु हैं और उन्होंने उनके साथ अपने संबंधों को मजबूत बनाया। आश्चर्य नहीं कि नायर योद्धा जाति (मैसूर के मुख्य विरोधी) के सफाए के लिए लल्ली के मातहत टीपू ने एक सेना कोट्टयम से पलक्कड़ भेजी. लेकिन 1790 में, डेक्कन के युद्ध पर ध्यान देने की वजह से टीपू ने मालाबार युद्ध को त्याग दिया। कटिरुर के (तलास्सेरी के पास) मैसूरी गढ़ पर कब्जा करने के लिए पजहस्सी राजा 1500 नायरों के साथ अंग्रेजों के साथ जा मिले। कटिरुर के बाद पजहस्सी और उनकी सेना दक्षिण-पूर्व की ओर बढ़ी और टीपू के आदमियों से कुट्टीयाडी किला छीन लिया। इस प्रकार एक बार फिर से पूरा कोट्टयम पजहस्सी राजा के नियंत्रण में आ गया। 1790 में, अंग्रेजों ने त्रावणकोर में शरण लिए मूल राजा के बजाय पजहस्सी राजा को कोट्टयम के प्रमुख राजा के रूप में मान्यता प्रदान की। अंग्रेजों को बतौर भेंट 25,000 रूपये देने के लिए राजा सहमत हो गये।

लेकिन, तीसरे आंग्ल-मैसूर युद्ध में टीपू की हार के बाद अंग्रेजों और टीपू के बीच हुई सेरिंगापटम संधि (1792) के तहत मालाबार अंग्रेजों को सौंप दिया गया। तब अंग्रेजों ने मालाबार में अपना वर्चस्व स्थापित करना शुरू किया। इस मामले में अंग्रेजों और पजहस्सी की राय एक-दूसरे के विपरीत थी - पजहस्सी ने अंग्रेजों की मदद इसलिए नहीं की थी वे ब्रिटिश संप्रभुता स्वीकार करने को तैयार थे, बल्कि इसलिए की थी कि वे अपने देश कोट्टयम को स्वतंत्र देखना चाहते थे।

पजहस्सी उस समय परेशान हो उठे जब उन्होंने 1792 में मालाबार के राजा के सामने अंग्रेजों की रखी शर्तों को पढ़ा. हालांकि वे शुरुआत में अनिश्चित थे, लेकिन बाद में उन्होंने अपना मन बनाया और ब्रिटिश शर्तों को मानने पर सहमत हो गये। शर्तों का सारांश इस प्रकार है:








इन शर्तों ने राजा को महज एक ब्रिटिश एजेंट में बदल दिया। अपनी इच्छा के अनुसार शासन करने के राजा के अधिकार छीने जा चुके थे और अर्थव्यवस्था पर भी उनका नियंत्रण नहीं रहा।

पजहस्सी ने सोचा होगा कि कोट्टयम के घरेलू प्रशासन में अंग्रेज हस्तक्षेप नहीं करेंगे, क्योंकि मैसूर शासन काल में भी अधीनस्थ राजाओं की स्वायत्तता जारी रही थी। अगर भविष्य के बारे में पजहस्सी ने ऐसा सोचा था, तो उन्हें निकट भविष्य में अंग्रेजों की ओर से मोहभंग होना ही था।

व्यक्तित्व
दूसरा विद्रोह और मृत्यु (1800-1805)
दूसरा आक्रमण
पनामारम किले पर कब्जा