आलोचकों को एच-1बी कार्यक्रम से एक अन्य गंभीर शिकायत वेतन में आने वाली कमी को लेकर है: कुछ अध्ययनों ने यह पाया है कि एच-1बी कर्मचारियों को अमरीकी कर्मचारियों की तुलना में लक्षणीय रूप से कम वेतन दिया जाता है। यह दावा किया गया है कि एच-1बी कार्यक्रम का प्रयोग मुख्यतः सस्ते श्रम-बल के एक स्रोत के रूप में किया जाता है। नैशनल ब्यूरो ऑफ इकनॉमिक रिसर्च (National Bureau of Economic Research) के लिये हार्वर्ड के प्रोफेसर जॉर्ज जे. बोर्जास द्वारा प्रस्तुत एक शोध-पत्र में यह पाया गया कि "डॉक्टोरेट-उपाधि प्राप्त लोगों की संख्या में आप्रवासन-प्रेरित 10 प्रतिशत की वृद्धि प्रतिस्पर्धी कर्मचारियों के वेतन में लगभग 3 से 4 प्रतिशत की कमी ले आती है।"

यह अपेक्षा की जाती है कि एच-1बी याचिका में शामिल एलसीए (LCA) इस बात को सुनिश्चित करे कि एच-1बी कर्मचारियों को श्रम-बाज़ार में वर्तमान में प्रचलित वेतन, अथवा नियोक्ता के वास्तविक औसत वेतन (जो भी अधिक हो) के अनुसार भुगतान किया जाए, लेकिन इस बात के प्रमाण मौजूद हैं कि नियोक्ता इन प्रावधानों का पालन नहीं करते और इसका उल्लंघन करने वालों के लिये कड़े दंड के प्रावधान के बावजूद वास्तविक प्रचलित वेतन का भुगतान करने से बचते हैं।

डीओएल (DOL) ने प्रचलित वेतन दर को चार स्तरों में विभाजित किया है, जिनमें से प्रथम स्तर (Level One) औसत अमरीकियों द्वारा कमाये जाने वाले वेतन के लगभग 17वां शतमक का प्रतिनिधित्व करता है। लगभग 80 प्रतिशत एलसीए (LCA) इस 17वें शतमक के स्तर पर दायर किये जाते हैं। चार-स्तरों वाली यह प्रचलित वेतन-दर डीओएल (DOL) की वेबसाइट पर प्राप्त की जा सकती है, और सामान्यतः यह औसत वेतन-दर से बहुत कम होती है।

ये आरोप भी लगता है कि "प्रचलित वेतन" का यह नियम अस्पष्ट है और इस कारण इसके साथ छेड़छाड़ करना सरल है, जिसके परिणामस्वरूप नियोक्ता वीज़ाधारी कर्मचारियों को कम वेतन का भुगतान करते हैं। रॉशेस्टर इंस्टीट्यूट ऑफ टेक्नोलॉजी (Rochester Institute of Technology) में सार्वजनिक नीति के सहायक प्रोफेसर रॉन हिरा के अनुसार, सन 2005 में नई एच-1बी सूचना प्रौद्योगिकी (आईटी [IT]) के लिये वेतन का मध्यमान केवल $50,000 था, जो कि बी.एस. उपाधिधारी नये आईटी स्नातकों के शुरुआती वेतन से भी कम था। अमरीकी सरकार के ओईएस (OES) कार्यालय का डेटा यह सूचित करता है कि एच-1बी आईटी कर्मचारियों में से 90 प्रतिशत का वेतन उसी कार्य के लिये दिये जाने वाले अमरीकी कर्मचारियों के वेतन से कम था।

जब गाय सैंटिग्लिया नामक एक पूर्व-कर्मचारी द्वारा यूएस डिपार्टमेंट ऑफ जस्टिस और यूएस डिपार्टमेंट ऑफ लेबर में शिकायतें दायर करके यह आरोप लगाया गया कि सैंटा क्लैरा प्रतिष्ठान द्वारा एच-1बी वीज़ा को लेकर विदेशी कर्मचारियों के पक्ष में अमरीकी नागरिकों के साथ भेद-भाव किया जाता है, तो इसके बाद सन 2002 में, अमरीकी सरकार ने सन माइक्रोसिस्टम्स की नियुक्ति पद्धतियों की पड़ताल शुरु की. सन 2001 के अंत में जब इस कंपनी ने 3,900 कर्मचारियों को निकाल दिया और उसी समय हज़ारों वीज़ा के लिये आवेदन किया, तो सैंटाग्लिया ने कंपनी पर अमरीकी नागरिकों के विरुद्ध भेद-भाव करने का आरोप लगाया. उन्होंने कहा कि सन 2002 में सन के 39,000 कर्मचारियों में से लगभग 5 प्रतिशत के पास अस्थायी कार्य वीज़ा थे। सन 2005 में, यह निर्णय लिया गया कि सन ने केवल छोटी आवश्यकताओं का उल्लंघन किया था और इनमें से कोई भी उल्लंघन बहुत बड़ी मात्रा में या स्वेच्छा से नहीं किया गया था। अतः न्यायाधीश ने सन को केवल अपनी नियुक्ति पद्धतियों को बदलने का आदेश दिया.

वेतन में कमी
एच-1बी वीज़ा धारकों के आश्रित
कोटा और कोटे में बदलाव
अमरीकी श्रमिकों की रक्षा के प्रति नियोक्ता के साक्ष्यांकन