टोक्यों, वृहदतर टोक्यों क्षेत्र का केन्द्र होने के कारण, जापान का सबसे बड़ा घरेलू और अन्तर्राष्ट्रीय रेल, वायु और भूतलीय परिवहन का केन्द्र- बिन्दू है। टोक्यो का सार्वजनिक परिवहन साफ-सुथरे और कुशल ट्रेनों और भूमिगत रेलों का विशाल तन्त्र है जो विभिन्न संचालकों द्वारा संचालित किया जाता है, जिसमें बसें, मोनोरेल और ट्रामें गौण और सहायक परिवहन की भूमिका में है। 

ओटा के भीतर, जो २३ विशेष वार्डों में से एक है, स्थित टोक्यों अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा ("हानेदा") घरेलू विमान सेवा प्रदान करता है, जबकि चीबा प्रेइफेक्चर में स्थित नरिता अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा, जापान आने वाले यात्रियों के लिए जापान का प्रवेशद्वार है।

रेलें, टोक्यो में परिवहन का प्रमुख साधन हैं और टोक्यो का रेल तन्त्र विश्व का सबसे विशाल महानगरीय रेल तन्त्र है और सतही मार्गों का भी इतना ही विशाल तन्त्र है। जेआर ईस्ट, टोक्यो के सबसे बड़े रेल तन्त्र का संचालन करता है, जिसमें यामानोते लूप लाइन भी सम्मिलित है जो डाउनटाउन टोक्यो के केन्द्र का चक्कर लगाती है। दो संगठन भूमिगत तन्त्र का संचालन करते हैं: निजी टोक्यो मेट्रो और सरकारी टोक्यों महानगर परिवहन ब्यूरो। महानगरीय सरकार और निजि वाहक बस मार्गों को संचालित करते है। स्थानीय, क्षेत्रीय और राष्ट्रीय सेवाएं विशाल रेलमार्ग स्टेशनों पर स्थित प्रमुख टर्मिनलों पर से उपलब्ध हैं।

एक्स्पेस-मार्ग राजधानी को वृहद्तर टोक्यो क्षेत्र के अन्य बिन्दुओं से जोड़ते हैं, जैसे कान्तो क्षेत्र और क्युशु और शिकोकू द्वीप।

अन्य परिवहन के साधन है टेक्सियां जो विशेष वार्डों और नगरो और कस्बों में सेवाएं प्रदान करती हैं। लम्बी दूरी की नौकाएं टोक्यो के द्वीपों पर सेवाएं प्रदान करती है और यात्रियों और कार्गो (सामान) को घरेलू और विदेशी बन्दरगाहों तक लाती-ले जाती हैं।

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