1998 में पूरे साल लगातार दौरा करने के बाद और रेडियो या टीवी प्रदर्शन की सहायता के बिना "एस.सी.आई.ई.एन.सी.ई. (S.C.I.E.N.C.E.)" की 100,000 प्रतियों की बिक्री करने के बाद, इनक्यूबस ने दो साल की छुट्टी ली और उसके बाद समीक्षकों द्वारा बहुप्रशंसित अपने तीसरे एल्बम, "मेक योरसेल्फ", को रिलीज़ किया।

निर्माता जिम विर्ट के साथ स्टूडियो में सिर्फ 2 सप्ताह काम करने के बाद, बैंड अपने रिकॉर्डिंग से नाखुश हो गए और उन्होंने बिना निर्माता के रिकॉर्डिंग चालू रखने का विकल्प चुना। और 3 सप्ताह तक रिकॉर्डिंग करने के बाद, आर.ई.एम. (R.E.M.) / निर्वाण के निर्माता स्कॉट लिट ने उनके गानों में रुचि दिखाई और रिकॉर्डिंग सत्रों में भाग लेने लगे, उन्होंने मुख्य रूप से "ड्राइव" और "स्टेलर" जैसे गानों पर अपना ध्यान केन्द्रित किया। बैंड के अनुसार, स्कॉट ने ज्यादातर रिकॉर्ड की मिक्सिंग प्रक्रिया के दौरान अपनी भागीदारी दिखाई थी।

"मेक योरसेल्फ" को 26 अक्टूबर 1999 को रिलीज़ किया गया था। अपने एल्बम को रिलीज़ करने के तुरंत बाद बैंड ने प्राइमस और बकिटहेड के साथ दौरा किया जो वर्ष के शेष दिनों तक चलता रहा। उनके इस एल्बम के सबसे पहले गाने का नाम "प्रिविलेज" था जिसे प्लेस्टेशन (PlayStation) के लिए "एमटीवी स्पोर्ट्स: प्योर राइड" पर दिखाया गया था। बैंड ने "पार्डन मी" नामक एकल को भी रिलीज़ किया लेकिन शुरू में इसे रेडियो स्टेशनों द्वारा अच्छी तरह स्वीकार नहीं किया गया। ब्रैंडन और माइक ने इस गाने में रुचि दिखाने वाले कुछ रेडियो स्टेशनों में इस गाने के एक लाइव ध्वनिक संस्करण का प्रदर्शन करने का फैसला किया और इसके फलस्वरूप इस गाने के बोल हर तरफ फैलने लगे। कई रेडियो स्टेशनों ने इस ध्वनिक संस्करण को बजाना शुरू कर दिया जिसमें लॉस एंजिलिस का अत्यंत प्रभावशाली रेडियो दानव केआरओक्यू (KROQ) भी शामिल था।

इस गाने में अत्यधिक रुचि दिखाते हुए रेडियो स्टेशनों ने "पार्डन मी" के स्टूडियो संस्करण को बजाना शुरू कर दिया। प्रतिक्रियास्वरूप, इनक्यूबस ने इस गाने का एक वीडियो बनाया और 22 अगस्त 2000 को "व्हेन इनक्यूबस अटैक्स (वॉल्यूम 1)" नामक छः गानों वाले एक ईपी (EP) को रिलीज़ किया। इस ईपी (EP) में "पार्डन मी" का ध्वनिक संस्करण निहित था। पहले सप्ताह में इस ईपी की लगभग 40,000 प्रतियों की बिक्री हुई और इसने बिलबोर्ड एल्बम चार्ट्स पर #41 अपनी जगह बनाई। 2000 के आरम्भ में बैंड ने सिस्टम ऑफ़ ए डाउन के साथ और मार्च तक मि. बंगल के साथ दौरा किया और अप्रैल तक क्लबों में एक हेडलाइन टूर किया।
"पार्डन मी" की कामयाबी की वजह से "मेक योरसेल्फ" ने अप्रैल 2000 में गोल्ड स्टेटस (500,000 प्रतियों की बिक्री के साथ) तक पहुंचने में कामयाबी हासिल की। इनक्यूबस ने विदेशों में अपना दौरा जारी रखा और अपने दीर्घकालिक मित्र, 311, के साथ संयुक्त राज्य अमेरिका के एक दौरे पर जाने के लिए मई के अंत में घर लौट गए। इस एल्बम के अगले एकल, "स्टेलर," को बहुत जल्द रिलीज़ किया गया और इसके वीडियो को एमटीवी (MTV) और "टीआरएल (TRL)" पर दोपहर के कार्यक्रम पर प्रसारित किया गया जिसने मॉडर्न रॉक चार्ट पर बहुत बड़ी कामयाबी हासिल की। जुलाई में, इनक्यूबस एक बार फिर से ओज़फेस्ट के विज्ञापन में, गर्मियों के अंतिम दौर तक, दिखाई देने लगे।

ओज़फेस्ट 2000 टूर को ख़त्म करने बाद बैंड ने कुछ दिनों की छुट्टी ली, जिसमें उन्होंने आर्टिस्ट डायरेक्ट स्टूडियोज़ में दो ध्वनिक कार्यक्रम प्रस्तुत किया था। 5 अक्टूबर 2000 को "मेक योरसेल्फ" को प्लेटिनम (1,000,000 प्रतियों की बिक्री के साथ) की प्रमाणिकता प्राप्त हुई और उसके कुछ दिन बाद बैंड ने डेफ्टोंस के साथ दौरा किया। बैंड ने 7 नवम्बर 2000 को अपने प्रथम सम्पूर्ण लम्बाई वाले एल्बम, "फंगस एमोंगस", को फिर से रिलीज़ किया।

"प्रिविलेज" को रिलीज़ करने बाद 15 जनवरी 2001 को बैंड ने "मेक योरसेल्फ" से चौथे एकल, "ड्राइव," को रिलीज़ किया (जो तब टॉप 20 में पहुंच गया जहां यह 6 सप्ताह तक #3 पर बना रहा। ) यह तुरंत मॉडर्न रॉक चार्ट्स के शीर्ष पर और अंत में #1 स्थान पर पहुंच गया। इस एकल को बहुत बड़ी कामयाबी हासिल हुई और इसने बैंड को मुख्यधारा में प्रवेश करने में मदद किया। यह एकल अंत में बिलबोर्ड हॉट 100 (Billboard Hot 100) के एकल चार्ट के शीर्ष दस में पहुंच गया।

"मॉर्निंग व्यू" (2001-2002)
"मेक योरसेल्फ" (1999-2001)
अंतराल (2008)
"ए क्रो लेफ्ट ऑफ़ द मर्डर" (2003-2004)