निदान बायोप्सी के माध्यम से होता है। त्वचा के लिए, देखें त्वचा के अंदर बायोप्सी

बायोप्सी की गहराई के साथ शल्की सेल कैंसर की रोग विज्ञानी उपस्थिति अलग-अलग दिख सकती है। इस कारण से त्वचा के नीचे के ऊतक और आधारभूत इपिथेलियम (शरीर की समह पर उभरा एक पतला ऊतक) के साथ बायोप्सी की आवश्यकता होती है। बालों की बायोप्सी (देखें त्वचा बायोप्सी) से निदान के लिए पर्याप्त सूचना नहीं भी मिल सकती है। एक अपर्याप्त बायोप्सी को रोमकूपों की भागीदारी के साथ एक्टिनिक केराटोसिस के रूप में पढ़ा जा सकता है। सही निदान के लिए डेरमिस या त्वचा के नीचे के ऊतक की और गहरी बायोप्सी सही कैंसर का खुलासा कर सकती है। सर्जरी द्वारा काटकर की गई बायोप्सी आदर्श है, पर ज्यादातर मामलों में यह व्यावहारिक नहीं है। बिना चीर-फाड़ या पंच बायोप्सी को ज्यादा वरीयता दी जाती है। बालों की बायोप्सी आदर्श है, खासकर तब जब सतह के बाहर के हिस्से को लिया जाये.

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