इंदौर मालवा पठार के दक्षिणी किनारे पर मध्य प्रदेश के पश्चिमी क्षेत्र में स्थित है। क्षिप्रा नदी की सहायक नदियों, सरस्वती और "कान" (खान) नदियों, पर स्थित हैं और समुद्र तल से औसत ऊंचाई के ५५३.०० मीटर है। यह एक ऊंचा मैदान है जिसके दक्षिण पर विंध्य रेंज है।

यशवंत झील के अलावा, वहाँ कई झील जैसे की सिरपुर टैंक, बिलावली तालाब, सुखनिवास झील और पिपलियापाला तालाब सहित शहर को पानी की आपूर्ति कर रहे हैं। शहर क्षेत्र में मिट्टी मुख्य रूप से काली है। उपनगरों में, मिट्टी काफी हद तक लाल और काले रंग की है। क्षेत्र के अंतर्निहित चट्टान काली बेसाल्ट से बनी है, और उनके अम्लीय और बुनियादी वेरिएंट क्रीटेशयस युग तक जाते हैं। इस क्षेत्र को भारत के भूकंपीय जोन तृतीय क्षेत्र के रूप में वर्गीकृत किया गया है, जिसके अनुसार रिक्टर पैमाने पर ६.५ व ऊपर की तीव्रता के एक भूकंप उम्मीद की जा सकती है।

पश्चिम में, पीथमपुर और बेटमा जैसे शहरों के साथ इंदौर ज़िले की सीमा धार के प्रशासनिक जिले के साथ लगी हुई हैं; और साथ ही उत्तर-पश्चिम में हातोद व देपालपुर; उत्तर की ओर सांवेर की उज्जैन जिले के साथ; पूर्वोत्तर में माँगलिया सड़क की देवास ज़िले के साथ; दक्षिण पूर्व में सिमरोल; दक्षिण में महू, और मानपुर की सीमा खंडवा जिले के साथ।
इन शहरों (और कुछ बड़े पास के उपनगरों, जैसे राऊ, अहिरखेड़ी, हुकमाखेड़ी, खंडवा नाका, कनाड़िया, रंगवासा, पालदा, सिहांसा) को मिलाकर इंदौर एक सन्निहित निर्मित शहरी क्षेत्र "इंदौर महानगर क्षेत्र" कहलाता है। जो की एक अनौपचारिक प्रशासनिक जिला माना जाता है।

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