कपकोट नगर का पहला वर्णन पिण्डारी हिमनद पर जाने वाले यात्रियों के वृतांतों में मिलता है। ई शर्मन ओकले ने अपनी पुस्तक, होली हिमालय में लिखा है कि कपकोट २०वीं शताब्दी के प्रारंभ में लंदन मिशनरी सोसाइटी का स्टेशन था, और यहां मिशनरी द्वारा एक विद्यालय तथा डिस्पेंसरी का संचालन किया जाता था। एडविन टी एटकिंसन ने अपनी पुस्तक, हिमालयन गजटियर में कपकोट का विस्तृत वर्णन किया है। एटकिंसन के अनुसार कपकोट "पिंडारी हिमनद के मार्ग में बागेश्वर से १४ मील, अल्मोड़ा से ४१ मील और ल्वारखेत (लोहारखेत) से ९ मील की दूरी पर स्थित एक विश्राम स्थल था।"

१९४७ में स्वतंत्रता प्राप्ति के समय कपकोट अल्मोड़ा जनपद के दानपुर परगना में स्थित एक गांव था। १२ सितंबर १९९७ को बागेश्वर तहसील के २१४ ग्रामों द्वारा कपकोट तहसील का गठन किया गया, तथा तहसील का मुख्यालय कपकोट ग्राम में रखा गया। कपकोट नगर पंचायत का गठन ९ फरवरी २०१२ को, बागेश्वर जनपद की कपकोट तहसील के कपकोट, भंडारीगांव, बमसेरा, एठौण, पालीडुगरा, हिचौड़ी, कन्यूटी और भयूं ग्रामों को मिलाकर किया गया।

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