जयसिंह के छोटे भाई विजयसिंह, बादशाह को खुश करने के लिए अपनी बहन का विवाह बादशाह बहादुरशाह (प्रथम) से करवाना चाहते थे। उन्होंने इसकी खबर दिल्ली भेज दी तथा बुद्धसिंह हाडा को छुट्टी जाते समय रास्ते में रोक कर उन से सामोद में यह विवाह करवा दिया। नये बादशाह बहादुरशाह (प्रथम) ने इसके बाद राजस्थान पर चढ़ाई की। जनवरी १७०८ ई० में वह आमेर पहुँचा और उसे खालसा कर लिया। जयसिंह से आमेर की जागीर जब्त करके बादशाह बहादुरशाह (प्रथम) द्वारा १० जनवरी १७०८ को उनके छोटे भाई विजयसिंह (चीमाजी) को अनेकानेक महंगे उपहारों सहित दे दी गयी। सवाई जयसिंह का राजनैतिक कद घटा कर एक मामूली 'मनसबदार' के रूप में कर दिया गया। 
बादशाह इसके बाद अजमेर होकर दक्षिण के लिए अपने भाई कामबक्श से मुकाबला करने को बढ़ा। आमेर और जोधपुर के दोनों राजा मंडलेश्वर के इलाके तक उसके साथ ही गये। जब उन्हें यह आशा नहीं रही कि बादशाह उनके इलाके उन्हें वापस लौटाएगा तो उन्होंने दुर्गादास राठौड़ की राय से, जब बादशाह नर्बदा नदी पार करने को रवाना हुआ, २० अप्रैल १७०८ वैशाख सुदी १३ को बादशाही-शिविर छोड़ दिया और वे राजपूताना की ओर वापस रवाना होकर मेवाड़ उदयपुर पहुँचे।

यहाँ महाराणा प्रताप के पुत्र और उत्तराधिकारीराणा अमरसिंह ने इनका स्वागत किया तथा अपनी पोती जयसिंह को ब्याही। यहाँ से तीन राजाओं की ३० हजार सेना ने संयुक्त-रूप से जोधपुर पर हमला करके ८ जुलाई १७०८ ई० को उसे अपने अधिकार में कर लिया। राजा अतसिंह जोधपुर के जयसिंह ने टीका किया। यहाँ से उन्होंने हिन्दुस्तान के अनेक राजाओं को मुगलों के विरुद्ध एकत्रित होने संबंधी पत्र भी लिखे।

जोघपुर से विजय सिंह शासित आमेर पर अधिकार करने को दो सेनाएँ भेजी गयीं। एक दुर्गादास राठौड़ के नेतृत्व में, जिसका सैयदों से काला डेरा के पास युद्ध हुआ। दूसरी सेना में, महाराजा जयसिंह का दीवान रामचन्द्र और श्यामसिंह के अधीन २० हजार घुड़सवार थे। इनका रतनपुरा के पास आमेर के फौजदार हुसैन खाँ से युद्ध हुआ, जिसमें उन्होंने उसे परास्त करके आमेर पर अपना अधिकार कर लिया।

इसके बाद इन दोनों राजाओं के विरुद्ध वर... ???? ने मेवात के फौजदार सैयद हुसेन खां, अहमद खां फौजदार बैराठ सिधाना और गारात खां फौजदार नारनोल को सांभर भेजा। दोनों राजाओं के इन फौजदारों से सांभर में ३ अक्टूबर ई० १७०८ को भीषण युद्ध हुआ, जिसमें मुगलों की विजय हुई। युद्ध के बाद विजय की खुशी में मुगलों की महफिल हो रही थी। इसी समय राव संग्रामसिंह (उनियारा) के नेतृत्व में नरुका लड़ाके वहाँ पहुँचे और एक रेत के टीबे पर चढ़े, जिसके नीचे सैयद आदि महफिल कर रहे थे। नरुकों ने उन पर एकाएक बन्दूकों और तीरों से भयानक हमला किया। उसमें सब मुग़ल फौजदार मारे गये तथा मुगलों की जीती हुई बाजी हाथ से निकल गई।

फिर जयसिंह ने एक पत्र बादशाह के विरुद्ध दुर्गादास को लिखा कि "उदयपुर महाराणा से बात की जाए ...मराठों को मिला कर मुग़लों के विरुद्ध राजपूतों को वही करना चाहिए जो 'हिन्दुस्तान' के लिए गौरव की बात हो।"

बादशाह बहादुरशाह जब दक्षिण से वापिस लौटा, तो उसने यह जरुरी समझा कि किसी तरह जोधपुर और आमेर (जयपुर) दोनों राजाओं से समझौता किया जाए। इन्हें लाने के लिए उसने बुधसिंह हाड़ा राजा बून्दी को भेजा, जिनके मारफत २१ जून ई० १७१० को ये अजमेर के पास बादशाह के सामने हाजिर हुए। बादशाह ने इनके जब्त किये राज्य वापस लौटा दिए और इन दोनों को ४००० जात ४००० सवार के मनसब भी दिये। उस समय तक भी राजपूतों का मुगलों पर बिल्कुल विश्वास नहीं था, इसलिए जब सवाई जयसिंह अजमेर में बादशाह के शिविर में गये तब अजमेर के तमाम पहाड़ तथा घाटियाँ राजपूत-सैनिकों से भरी हुई थीं। मनसब बढ़ने और इलाके वापस आने पर भी उन्हें बहादुरशाह की नीयत पर कभी भी पूर्ण विश्वास नहीं हुआ।

खगोलशास्त्र और सवाई जयसिंह
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जयपुर पर केन्द्रित संस्कृत महाकाव्य