कलौंजी का इतिहास बहुत पुराना है। सदियों से कलौंजी का प्रयोग एशिया, उत्तरी अफ्रीका और अरब देशों में मसाले व दवा के रूप में होता आया है। आयुर्वेद और पुराने इसाई ग्रंथों में इसका वर्णन है। ईस्टन के बाइबल शब्दकोश में हेब्र्यू शब्द का मतलब कलौंजी लिखा गया है। पहली शताब्दी में दीस्कोरेडीज नामक यूनानी चिकित्सक कलौंजी से जुकाम, सरदर्द और पेट के कीड़ों का उपचार करते थे। उन्होंने इसे दुग्ध वर्धक और मूत्र वर्धक के रूप में भी प्रयोग किया। रोम में इसे 'पेनासिया’ यानी हर मर्ज की रामबाण दवा माना जाता है। लेकिन मिस्र के इतिहासकारों और पुरातत्ववेत्ताओं का मानना है कि कलौंजी सबसे पहले मिस्र में तूतन्खामन के मकबरे में पाई गई। 3000 वर्ष पहले यह मिस्र के शासकों के पुतलों या मम्मियों के साथ रखे जाने वाली, मरणोपरांत काम आने वाली आवश्यक सामग्री में शामिल थी। फेरोज़ के चिकित्सक कलौंजी का प्रयोग जुकाम, सिरदर्द, दांत के दर्द, संक्रमण, एलर्जी आदि रोगों के उपचार में करते थे। कलौंजी का तेल स्त्रियों का प्रिय सौंदर्य प्रसाधन माना जाता था। मिस्र की सुंदर, रहस्यमय व विवादास्पद महारानी क्लियोपेट्रा की खूबसूरती के रहस्य कलौंजी के तेल से निर्मित सौंदर्य प्रसाधन थे।

इस्लाम के अनुसार हज़रत मुहम्मद कलौंजी को मौत के सिवा हर मर्ज की दवा बताते थे। इसका ज़िक्र कई जगह हदीसों में मिलता है जैसे कि:-

साहीह मुस्लिम: 26 किताब अस सलाम, संख्या 5489

इसी सिलसिले में खालिद बिन साद ने लिखा है, “एक बार मैं और गालिब बिन अब्जार मदीना जा रहे थे और रास्ते में उनकी तबियत खराब हो गई। जब हम मदीना पहुंचे तो इब्न अबी अतीक हमसे मिलने आये, गालिब की तबियत पूछी और कहा कि इनकी नाक में 1-2 बूंद कलौंजी का तेल डाल दो तबियत ठीक हो जायेगी, उनके साथ आये हज़रत आइशा ने हमसे कहा कि उन्होंने मुहम्मद साहब को किसी से यह कहते हुए सुना है कि कलौंजी ‘सम’ के सिवा हर मर्ज़ की दवा है। मैंने पूछा कि ‘सम’ क्या है? उन्होंने कहा कि सम का मतलब मौत है।”

ورد حديث في صحيح البخاري عن عائشة - رضي الله عنها - أنها قالت: قال رسول الله -
صلى الله عليه وسلم: " إن هذه الحبة السوداء شفاء من كل داء إلا السام، قلت: وما السام؟ قال الموت

कलौंजी तिब-ए-नब्वी की दवाओं की सूची या पैगम्बर मुहम्मद की दवाओं में भी शामिल है। एविसिना ने अपनी किताब ‘केनन ऑफ मेडीसिन’ में लिखा है कि कलौंजी शरीर को ताकत से भर देती है, कमजोरी व थकान दूर करती है तथा पाचन तंत्र, श्वसन तंत्र तथा प्रजनन तंत्र की बीमारियों का इलाज करती है।

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