दक्षिण कैरोलिना कॉलेज की स्थापना 1801 में (अब दक्षिण कैरोलिना विश्वविद्यालय के रूप में जाना जाता है) कोलंबिया में की गयी थी। राज्य के दूर-दराज (अपकंट्री और लोकंट्री) के नागरिकों को एकजुट करने के लिए इस शहर को संस्थान की साइट के रूप में चुना गया था। इसके अलावा, दक्षिण कैरोलिना के नेताओं ने व्यक्तिगत रूप से स्कूल की प्रगति और विकास पर नजर रखने की इच्छा प्रकट की थी। अपनी स्थापना के कई साल बाद दिसंबर में प्रारंभिक अभ्यास आयोजित किये गए, उस समय राज्य विधानमंडल का सत्र जारी था।

कोलंबिया को एक शहर के रूप में अपना पहला अधिकार पत्र 1805 में मिला। एक मनोनीत किया गया विशिष्ट व्यक्ति (इनटेंडेंट) और छह वार्डन शहर का नियंत्रण करेंगे। जॉन टेलर प्रथम निर्वाचित इनटेंडेंट थे। उन्होंने बाद में महासभा के दोनों सदनों, कांग्रेस के दोनों सदनों में और राज्य के राज्यपाल के तौर पर कार्य किया। 1816 तक शहर में 250 घर बन चुके थे और आबादी 1000 से अधिक हो चुकी थी।

1854 में एक निर्वाचित महापौर और छह पुराध्यक्षों के साथ कोलंबिया शहर के रूप में अधिकृत हुआ। दो साल बाद उन्हें एक पूर्णकालिक प्रमुख और नौ गश्ती पुलिस वालों सहित एक पुलिस बल मिल गया। शहर ने तेजी से विकास करना जारी रखा, इसी वजह से 1850 और 1860 के दशक में कोलंबिया कैरोलिनाज में सबसे बड़ा अंतर्देशीय शहर बन गया था। इस दौरान रेल परिवहन कोलंबिया में आबादी के विस्तार का महत्वपूर्ण कारण बना। 1840 में जो रेल लाइनें शहर पहुंची वे मुख्य रूप से कपास की गांठों को पहुंचाया करती थीं, यात्रियों को नहीं। कपास कोलंबिया समुदाय का जीवन था; 1850 में शहर की हर वाणिज्यिक और आर्थिक गतिविधि कपास से संबंधित थी।

कोलंबिया के पहले बैप्टिस्ट चर्च ने 17 दिसम्बर 1860 को दक्षिण केरोलिना अलगाव सम्मेलन का आयोजन किया। प्रतिनिधियों ने अलगाव के पक्ष में 159-0 के प्रस्ताव का मसौदा तैयार किया। कोलंबिया की स्थिति ने उसे संघ के अन्दर अन्य सम्मेलनों और बैठकों के लिए आदर्श स्थान बना दिया है। गृह युद्ध के दौरान बैंकरों, रेल अधिकारियों, शिक्षकों और धर्मशास्त्रियों ने अक्सर विभिन्न मुद्दों पर चर्चा करने के लिए बैठकें की। 

17 फ़रवरी 1865 में गृह युद्ध के दौरान जब जनरल विलियम टेकुमसेह शरमन के नेतृत्व में केंद्रीय सैनिकों ने वहां कब्जा कर रखा था, उस समय कोलंबिया का अधिकतर हिस्सा आग से नष्ट हो गया। दन्तकथाओं का अनुसार कोलंबिया का पहला बैप्टिस्ट चर्च मुश्किल से शरमन सैनिकों द्वारा लगायी गयी आग से बच सका। सैनिकों ने चर्च तक मार्च किया और जमीन की रखवाली करने वाले से पूछा कि क्या वह उन्हें चर्च के उस हिस्से तक ले जा सकता है जहां अलगाव की घोषणा पर हस्ताक्षर किए गए थे। जमीन के वफादार रखवाले ने उन्हें पास के वाशिंगटन स्ट्रीट यूनाइटेड मेथोडिस्ट चर्च तक पहुंचा दिया, इस तरह ऐतिहासिक धरोहर को केंद्रीय सैनिकों द्वारा नष्ट होने से बचा लिया गया था।

युद्ध खत्म होने के बाद से ही शहर के जलने के बारे में आसपास विवाद शुरू हो गया। जनरल शरमन ने तेज हवाओं और वापस लौटने वाले संघीय सैनिकों को रास्ते में जमा की गयी कपास की गांठों में आग लगाने के लिए दोषी ठहराया. जनरल शरमन ने आग लगाने का आदेश देने से इनकार किया, हालांकि उन्होंने संघीय प्रिंटिंग संयंत्रों जैसे महत्वपूर्ण सैन्य संरचनाओं को नष्ट करने का आदेश दिया था। स्थानीय निवासियों, सैनिकों और एक अखबार के रिपोर्टर द्वारा दी गयी पहली सूचनाओं के अनुसार दक्षिणी राज्यों के संघ से अलग होने में कोलंबिया और दक्षिण केरोलिना के निर्णायक भूमिका अदा करने के लिए संघ सैनिकों द्वारा लिए गए बदले की एक कहानी सामने आती है। फिर भी अन्य वृत्तान्त इसे ज्यादातर संधि की गलती के रूप में चित्रित करते हैं। आज पर्यटक उस रास्ते का अनुसरण कर सकते हैं जिससे होकर जनरल शरमन की सेना ने शहर में प्रवेश किया था और आग से बचे ढांचों या ढांचों के अवशेष को देख सकते हैं।

पुनर्निर्माण के दौरान, कोलंबिया पर्याप्त ध्यान केंद्रित करने का बिंदु बन गया। रिपोर्टर, पत्रकार, यात्री और पर्यटक एक दक्षिणी राज्य विधायिका को, जिसके सदस्यों में पहले के दास शामिल थे, देखने के लिए दक्षिण केरोलिना के राजधानी शहर में उमड़ पड़े. 1865 की विनाशकारी आग के बाद शहर ने भी एक बदलाव का रुख लिया, पुनर्निर्माण के पहले कुछ वर्षों के भीतर एक हल्के निर्माण उत्कर्ष ने जगह ली और दूरस्थ क्षेत्रों में रेल की पटरियों की मरम्मत ने नागरिकों के लिए रोजगार का सृजन किया।

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