1947 में, मैक्लिंटॉक को अमेरिकन एसोसिएशन ऑफ़ यूनिवर्सिटी वीमेन से अचीवमेंट अवार्ड मिला। उन्हें 1959 में अमेरिकन एकेडमी ऑफ आर्ट्स एंड साइंसेज का फेलो चुना गया। 1967 में, मैक्लिंटॉक को किम्बर जेनेटिक्स अवार्ड से सम्मानित किया गया; तीन साल बाद, उन्हें 1967 में रिचर्ड निक्सन द्वारा विज्ञान का राष्ट्रीय पदक दिया गया। the वह पहली महिला थीं जिन्हें राष्ट्रीय पदक से सम्मानित किया गया था। कोल्ड स्प्रिंग हार्बर 1973 में उनके सम्मान में एक इमारत का नाम दिया वह 1978 में लुई और बर्ट फ्रीडमैन फाउंडेशन पुरस्कार और लुईस एस रोसेन्स्टील पुरस्कार प्राप्त किया 1981 में, वह की पहली प्राप्तकर्ता बन गया मैकआर्थर फाउंडेशन ग्रांट , और बेसिक मेडिकल रिसर्च के लिए अल्बर्ट लास्कर अवार्ड से सम्मानित किया गया, मेडिसिन में वुल्फ प्राइज़ और अमेरिका के जेनेटिक्स सोसाइटी द्वारा थॉमस हंट मॉर्गन मेडल । 1982 में, उन्हें "आनुवांशिक जानकारी के विकास और अपनी अभिव्यक्ति के नियंत्रण" के लिए कोलंबिया विश्वविद्यालय से लुईसा ग्रॉस होरविट्ज पुरस्कार से सम्मानित किया गया था। 

सबसे विशेष रूप से, उन्हें 1983 में फिजियोलॉजी या मेडिसिन के लिए नोबेल पुरस्कार मिला , जो उस पुरस्कार को पाने वाली पहली महिला थी, और किसी भी बिना नोबेल पुरस्कार जीतने वाली पहली अमेरिकी महिला। इसे " मोबाइल जेनेटिक तत्वों " की खोज के लिए नोबेल फाउंडेशन द्वारा दिया गया था; यह ३० साल से अधिक समय के बाद उसने शुरू में तत्वों को नियंत्रित करने की घटना का वर्णन किया। स्वीडिश अकादमी ऑफ साइंसेज द्वारा उनके वैज्ञानिक कैरियर के संदर्भ में उनकी तुलना ग्रेगर मेंडल से की गई थी जब उन्हें पुरस्कार दिया गया था। 

उन्हें 1989 में रॉयल सोसाइटी (फॉरममआरएस) का एक विदेशी सदस्य चुना गया। मैक्लिंटॉक प्राप्त विज्ञान में विशिष्ट उपलब्धि के लिए बेंजामिन फ्रैंकलिन पदक की अमेरिकी दार्शनिक सोसायटी में 1993 वह विज्ञान डिग्री की 14 मानद डॉक्टर और ह्यूमेन लेटर्स की मानद डॉक्टर की उपाधि से सम्मानित किया गया था। 1986 में उन्हें राष्ट्रीय महिला हॉल ऑफ फ़ेम में शामिल किया गया । अपने अंतिम वर्षों के दौरान, मैकक्लिंटॉक ने सार्वजनिक जीवन का नेतृत्व किया, विशेष रूप से एवलिन फॉक्स केलर की 1983 की जीवनी, "ए फीलिंग फॉर द ऑर्गैज्म के बाद," मैकक्लिंटॉक की कहानी को लोगों के सामने लाया। वह कोल्ड स्प्रिंग हार्बर समुदाय में एक नियमित उपस्थिति रही, और जूनियर वैज्ञानिकों के लाभ के लिए मोबाइल आनुवंशिक तत्वों और आनुवांशिकी अनुसंधान के इतिहास पर बातचीत की। उनके 43 प्रकाशनों "की खोज और परिवर्तनशील तत्वों की खोज और व्याख्या: बारबरा मैक्लिंटॉक के एकत्रित पत्रों को" 1987 में प्रकाशित किया गया था। 

उनके सम्मान में मैकक्लिंटॉक पुरस्कार का नाम रखा गया है। पुरस्कार के विजेताओं में शामिल डेविड बॉलकोंब , डेटलेफ़ वेगल रॉबर्ट , जेफरी डी पामर और सूज़न वेस्सलर । 

सम्मान और मान्यता
बाद के वर्ष
प्रारंभिक जीवन
मिसौरी विश्वविद्यालय