फ्लैश ड्राइव, बड़े संगठनों के लिए एक महत्वपूर्ण सुरक्षा चुनौती प्रस्तुत करते हैं। उनके छोटे आकार और उपयोग में आसानी के चलते किसी मुक्त आगंतुक या कर्मचारी द्वारा गोपनीय डेटा का संग्रहण और तस्करी, बिना पकड़े जाने के खतरे के साथ संभव है। कंपनियों और सार्वजनिक, दोनों कंप्यूटर एक मुक्त USB पोर्ट में हमलावर द्वारा फ्लैश ड्राइव लगाए जाने के खतरे से ग्रसित रहते हैं जो खतरनाक सॉफ़्टवेयर का उपयोग कर सकता है जैसे कीबोर्ड लॉगर्स या पैकेट स्निफर्स.

USB ड्राइव से बूट किये जाने के सेट अप वाले कंप्यूटर के मामले में संभव है कि एक कंप्यूटर की फ़ाइलों के अभिगम के लिए, अगर कंप्यूटर पासवर्ड संरक्षित है तो भी एक बूटेबल पोर्टेबल ऑपरेटिंग सिस्टम वाले फ्लैश ड्राइव का प्रयोग किया जा सकता है। पासवर्ड को इसके बाद बदला जा सकता है; या एक पासवर्ड क्रैकिंग प्रोग्राम द्वारा पासवर्ड को तोड़ देना और कंप्यूटर पर पूर्ण नियंत्रण कर लेना भी संभव है। एन्क्रिप्टिंग फ़ाइलें, इस प्रकार के हमले के खिलाफ पर्याप्त संरक्षण प्रदान करती हैं।

USB फ्लैश ड्राइव का उपयोग जानबूझकर या अनजाने में एक नेटवर्क पर मैलवेयर और ऑटोरन कीड़े हस्तांतरण करने के लिए किया जा सकता है।

कुछ संगठन, फ्लैश ड्राइव के प्रयोग की मनाही करते हैं और कुछ कंप्यूटरों को ऐसे कॉन्फ़िगर किया जाता है कि प्रशासकों के अलावा किसी अन्य उपयोगकर्ता द्वारा USB मॉस स्टोरेज डिवाइस लगाने को वे अक्षम कर देते हैं; अन्य, USB उपयोग पर नियंत्रण रखने के लिए थर्ड-पार्टी सॉफ़्टवेयर का उपयोग करते हैं। सॉफ्टवेयर का उपयोग, प्रशासक को न केवल एक USB लॉक देता है बल्कि CD-RW, SD कार्ड और अन्य मेमोरी उपकरणों के इस्तेमाल को नियंत्रित करने की अनुमति देता है। यह उन कंपनियों को जहां USB फ्लैश ड्राइव का प्रयोग नीतियों के खिलाफ है, इन नीतियों को को लागू करने में सक्षम करता है। एक कम-तकनीक सुरक्षा के समाधान में, कुछ संगठन कंप्यूटर के भीतर USB पोर्ट को काट देते हैं या USB सौकेट को इपोक्सी से भर देते हैं।

फ्लैश मेमोरी कार्ड
नकली उत्पाद
कंप्यूटर फोरेंसिक और कानून प्रवर्तन
सुरक्षा खतरे