आत्महत्या या अवसाद की कोई एकीकृत अंतर्निहित पैथोफिज़ियोलॉजी नहीं है। हलांकि यह माना जाता है कि ये व्यवहारिक, सामाजिक-पर्यावरणीय और मनोवैज्ञानिक कारकों के अंतःसंबंधों से उपजता है।
मस्तिष्क व्युत्पन्न न्यूरोट्रॉफिक कारक (बीडीएनएफ) के निम्न स्तर प्रत्यक्ष रूप से आत्महत्या के साथ जुड़े हैं और अप्रत्यक्ष रूप से गंभीर अवसाद तथा अभिघातजन्य तनाव पश्चात विकार, स्किज़ोफ्रेनिया और जुनूनी बाध्यकारी विकार से जुड़े हैं। शव-परीक्षा अध्ययनों से पता चला है कि मनोवैज्ञानिक परिस्थितियों वाले तथा उनके बिना वाले, दोनो तरह के लोगों में बीडीएनएफ के हिप्पोकैंपस और प्रीफ्रंटल कॉर्टेक्स में निम्न स्तर मिले हैं। सेरोटोनिन, जो कि मस्तिष्क का न्यूरोट्रांसमिटर है, आत्महत्या करने वालों में कम होता है। आंशिक रूप से इसे मृत्यु के पश्चात 5-HT2A ग्राहियों के बढ़े स्तर के साक्ष्यों के आधार पर कहा जाता है। अन्य साक्ष्यों में सेरेब्रल स्पाइनल तरल में 5-हाइड्रॉक्सीइन्डॉलिएसिटिक अम्ल सेरोटोनिन के टूटने से बने उत्पाद के घटे स्तर शामिल हैं। हलांकि प्रत्यक्ष साक्ष्य मिलना कठिन है। एपिजेनेटिक्स जो कि ऐसे वातावरणीय कारकों की प्रतिक्रिया में आनुवंशिक अभिव्यक्ति में परिवर्तनों का अध्ययन है जो अतर्निहित डीएनए को बदलते नहीं है, इसे भी आत्महत्या के जोखिम को निर्धारित करने में भूमिका निभाने के लिए उत्तरदायी माना जाता है।

पैथोफिज़ियोलॉजी (रोग के कारण पैदा हुए क्रियात्मक परिवर्तन)
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