स्टैनफोर्ड विश्वविद्यालय एक मुक्त-कर कार्पोरेट ट्रस्ट है जो निजी तौर पर एक 35 सदस्यीय बोर्ड समिति की नियुक्ति द्वारा स्वामित्व और शासित है। समिति का गठन पांच वर्षों के लिए किया जाता है (लगातार दो बार से अधिक नहीं) और सलाना पांच बार सदस्यों की बैठक होती है। स्टैनफोर्ड समिति स्टैनफोर्ड रिसर्च पार्क, स्टैनफोर्ड शॉपिंग सेंटर, केंटर सेंटर फॉर विजुएल आर्ट्स, स्टैनफोर्ड यूनिवर्सिटी मेडिकल सेंटर और इससे जुड़े कई चिकित्सा सुविधाओं (लुसी पेकर्ड शिशु अस्पताल सहित) की देखरेख करते हैं। . 

विश्वविद्यालय के एक मुख्य कार्यकारी अधिकारी के रूप में सेवा करने के लिए और प्रोफेसरों के कर्तव्यों और अध्ययन के लिए पाठ्यक्रम निर्धारण के लिए, वित्तीय और व्यापार मामलों का प्रबंधन करने के लिए और नौ उपाध्यक्षों की नियुक्त के लिए बोर्ड एक अध्यक्ष की नियुक्ति करता है। अक्टूबर 2000 में जॉन एल. हेनेसी को विश्वविद्यालय का 10वां अध्यक्ष नियुक्त किया गया था। प्रोवोस्ट शैक्षिक प्रमुख और बजट अधिकारी होता है, जिसे सातों स्कूल के डीन रिपोर्ट करते हैं। . सितंबर 2000 में जॉन एचेमेंडी को 12वां प्रोवोस्ट नामित किया गया.

यह विश्वविद्यालय सात स्कूलों में आयोजित है: स्कूल ऑफ ह्युमेनेटीज एंड साइंसेस, स्कूल ऑफ इंजीनियरिंग, स्कूल ऑफ अर्थ साइंसेस, स्कूल ऑफ एडुकेशन, ग्रेजुएट स्कूल ऑफ बिजनेस, स्टैनफोर्ड लॉ स्कूल और स्टैनफोर्ड यूनिवर्सिटी स्कूल ऑफ मेडिसिन. संकाय की शक्तियां और प्राधिकार अकादमिक परिषद में समाहित होती है, जो कार्यकाल और गैर कार्यकाल लाइन संकाय, अनुसंधान संकाय, कुछ नीति केन्द्रों और संस्थानों में वरिष्ठ साथियों, विश्वविद्यालय के अध्यक्ष और कुछ अन्य शैक्षणिक प्रशासकों द्वारा बनी है, लेकिन ज्यादातर मामले संकाय सीनेट द्वारा नियंत्रित होते हैं। जो संकाय के 55 चुने हुए प्रतिनिधियों से निर्मित है।

2006 में, अध्यक्ष हेनेसी ने एक स्टैनफोर्ड चैलेंज शुरू किया, जिसने $4.3 बिलियन के कोष को जुटाते हुए तीन घटकों पर ध्यान केंद्रित किया: बहु-विषयक अनुसंधान प्रस्ताव, उत्कृष्ठ शिक्षा प्रस्ताव और कोर सपोर्ट. 2006-2007 में स्टैनफोर्ड ने 69,350 डोनरो से $832.2 मिलियन निजी दान प्रप्त किया था, जो कि अमेरिका के किसी भी कॉलेज से अधिक था।

एसोसिएटेड स्टुडेंट ऑफ स्टैनफोर्ड यूनिवर्सिटी (ASSU) स्टैनफोर्ड युनिवर्सिटी के लिए छात्र सरकार है और सभी पंजीकृत छात्र इसके सदस्य हैं। . इसके निर्वाचित नेता, पूर्व स्नातक छात्रों द्वारा चुने गए पूर्वस्नातक सीनेट, स्नातक छात्रों द्वारा चुने गए स्नातक छात्र परिषद और समस्त छात्रों द्वारा एक टिकट के रूप में चुने गए अध्यक्ष और उपाध्यक्ष से युक्त होते हैं। .

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