वर्तमान में मुंबई पुलिस आर्थिक अपराध शाखा (ईओडब्ल्यू) इस मामले की जाँच कर रहा है। 9 अक्टूबर 2013 को एनएसईएल के सहायक उपाध्यक्ष (व्यवसाय विकास), अमित मुखर्जी की भुगतान संकट में पहली गिरफ्तारी हुई। इसके बाद,10 अक्टूबर 2013 को मुंबई पुलिस के ईओडब्ल्यू ने एनएसईएल के पूर्व सहायक उपाध्यक्ष जय बहुखंडी को गिरफ्तार किया। पूर्व सीईओ और एमडी, अंजनी सिन्हा की इस मामले में तीसरी गिरफ्तारी थी; एक सप्ताह बाद उन्हें 17 अक्टूबर 2013 को गिरफ्तार कर लिया गया। ईओडब्ल्यू ने एमपीआईडी (महाराष्ट्र प्रोटेक्शन ऑफ इन्वेस्टर्स डिपॉजिट) एक्ट लागू किया, जिसके तहत वह निवेशकों के हितों के लिए अभियुक्तों की संपत्ति को संलग्न कर सकता था । एनएसईएल के सबसे बड़े कर्जदार एनके प्रोटींस लिमिटेड के श्री नीलेश पटेल को 22 अक्टूबर 2013 को गिरफ्तार किया गया,जो बाद में जमानत पर छूट गए। 5 मार्च 2014 को दुनार ब्रांड राइस की मालिक कंपनी पीडी अग्रोप्रोसेसर्स के श्री सुरिंदर गुप्ता को ईओडब्ल्यू द्वारा गिरफ्तार कर लिया गया। श्री गुप्ता ने ईओडब्ल्यू, एनएसईएल और निवेशकों के साथ विलंब करने की कोशिश की।

EOW ने स्वस्तिक ओवरसीज़ अहमदाबाद के राजेश मेहता को भी गिरफ्तार किया जो 1 अप्रैल 2014 को कर्ज लेने वालों में से एक थे। 6 जनवरी 2014 को मुंबई की अपराध शाखा के ईओडब्ल्यू ने एनएसईएल भुगतान संकट के संबंध में अपनी पहली चार्जशीट प्रस्तुत की। आरोप पत्र में निम्नलिखित पांच अभियुक्तों के नामों का उल्लेख है: 


अक्टूबर 2013 में, ईओडब्ल्यू ने एनएसईएल मामले में एमपीआईडी अधिनियम के तहत एक मामला दर्ज किया। इस प्रक्रिया में, ईओडब्ल्यू ने बकाएदारों से देश भर में 4,500 करोड़ सलंग्न किए एवं एमपीआईडी अदालत ने उन्हें जमा करने की प्रक्रिया शुरू की ताकि जमाकर्ताओं का बकाया वसूल किया जासके। ईडी ने बकाएदारों की संपत्तियां संलग्न की, जिनकी कीमत लगभग रु 800 करोड़ रुपए थी। 

ईओडब्ल्यू ने डिफॉल्टर कर्जदारों नीलेश पटेल (एनके प्रोटीन), अरुण शर्मा (लोटस रिफाइनरीज), सुरिंदर गुप्ता (पीडी एग्रो) और इंद्रजीत नामधारी(नामधारी फूड्स) को गिरफ्तार किया। 11 अगस्त 2014 को, ईओडब्ल्यू ने हाल ही में एनएसईएल पर छह डिफ़ॉल्ट कंपनियों से निम्नलिखित अधिकारियों को गिरफ्तार किया- 


मुंबई पुलिस की आर्थिक अपराध शाखा ने जिग्नेश शाह और श्रीकांत जावलेगेकर को असहयोग के आरोप में 7 मई, 2014 को गिरफ्तारकिया। हालांकि, रिपोर्ट ने सुझाव दिया कि शाह ईओडब्ल्यू के साथ पूरी तरह से सहयोग कर रहे हैं और 7 बार समन किए जाने के बावज़ूद ईओडब्ल्यू कार्यालय में 21 बार गए हैं। इतना ही नहीं, जांच की सुविधा के लिए, एनएसईएल ने ईओडब्ल्यू कार्यालय में सर्वर भी तैनात किए थे। 

बॉम्बे उच्च न्यायालय द्वारा उन्हें 22 अगस्त 2014 को जमानत पर रिहा किया गया ।अदालत ने देखा कि "... 25 अलग-अलग डिफॉल्टर कंपनियों का एफआईआर में उल्लेख किया गया है। 5,600 करोड़ रुपये के भुगतान डिफ़ॉल्ट का अनुमान है, लेकिन राशि आवेदक (जिग्नेश शाह) के पास नहीं गई है ।

मनी लॉन्ड्रिंग में एनएसईएल के डिफॉल्टरों की सहायता करने के लिए प्रवर्तन निदेशालय ने उन्हें 12 जुलाई 2016 को गिरफ्तार किया। एक विशेष पीएमएलए अदालत ने ईडी द्वारा गिरफ्तारी को अवैध करार देते हुए शाह को जमानत दी थी। दोनों पक्षों को सुनने के बाद मुंबई के विशेष पीएमएलए कोर्ट के न्यायाधीश पीआर भावके ने फैसला सुनाया: "ईडी वकील मुझे संतुष्टकरने में विफल रहा कि यह गिरफ्तारी एक अलग अपराध के लिए है ... मुझे इस विवाद में कोई बल नहीं मिला कि ईडी एक पूरक शिकायत दर्ज करना चाहता था। आवेदक (शाह) के खिलाफ एफटीआईएल के अध्यक्ष के रूप में की गई जाँच के संबंध में ईडी ने औसतन जवाब दिया है कि आवेदक को विशेष पीएमएलए मामले संख्या 04/2015 में गिरफ्तार नहीं किया गया है बल्कि अन्य ईसीआईआर में उनकी गिरफ़्तारी की गयी है। ईडी अदालत को संतुष्ट करने में विफल रहा है कि आवेदक की गिरफ्तारी विभिन्न ईसीआईआर में कैसे हुई है"

उपभोक्ता मामले मंत्रालय, एफएमसी और यूपीएसरकार की भूमिका
बॉम्बे हाईकोर्ट ने एमपीआईडी एक्ट लागू करने की घोषणा की
आर्थिक अपराध शाखा, मुंबई पुलिस - करवाई
ऑडिटर / मुकेश पी शाह की भूमिका