कम स्थान का इस्तेमाल करने के लिए और मुश्किल अपशिष्ट पदार्थों को प्रशोधित करने के लिए और आंतरायिक प्रवाह के लिए, संकर प्रशोधन संयंत्रों के कई डिजाइन बनाए गए हैं। ऐसे संयंत्र अक्सर प्रशोधन के तीन मुख्य चरणों में से कम से कम दो चरणों को एक संयुक्त चरण में संयुक्त कर देते हैं। ब्रिटेन में, जहां बड़े पैमाने पर अपशिष्ट जल प्रशोधन संयंत्र छोटी-छोटी जनसंख्या की सेवा करते हैं, वहां प्रत्येक प्रसंस्करण चरण के लिए एक बड़ी संरचना का निर्माण करने के लिए पैकेज संयंत्र एक व्यवहार्य विकल्प है।

द्वितीयक प्रशोधन एवं निपटान को एक साथ संयुक्त करने वाली एक प्रकार की प्रणाली - क्रमबद्ध बैच रिएक्टर (एसबीआर/SBR) है। आमतौर पर, उत्प्रेरित कीचड़ को अपरिष्कृत आगत मलजल के साथ मिश्रित 
कर दिया जाता है और फिर इसे मिश्रित और वातित कर दिया जाता है। मुख्य कार्य के लिए तली में बैठे हुए कीचड़ के अंश के वापस आने से पहले उसे बहा दिया जाता है और फिर से वातित कर दिया जाता है। एसबीआर (SBR) संयंत्रों को अब दुनिया के कई हिस्सों में स्थापित किया जा रहा है।

एसबीआर (SBR) प्रसंस्करण से यही नुकसान है कि इसके लिए समय, मिश्रण एवं वातान के एक सटीक नियंत्रण की जरूरत है। इस परिशुद्धता को आम तौर पर सेंसरों से जुड़े कंप्यूटर नियंत्रणों से हासिल किया जाता है। इस तरह की एक जटिल और नाजुक प्रणाली ऐसी जगहों के लिए अनुपयुक्त होती है जहां शायद अविश्वसनीय ढंग से नियंत्रण किया जाता हो, ख़राब ढंग से रखरखाव किया जाता हो, या जहां बिजली की आपूर्ति रूक-रूक कर होती हो।

पैकेज संयंत्रों को "उच्च आवेशित" या "निम्न आवेशित" के रूप में संदर्भित किया जा सकता है। यह उस तरीके को संदर्भित करता है जिस तरीके जैविक भार को प्रसंस्कृत किया जाता है। उच्च आवेशित प्रणालियों में, जैविक चरण को एक उच्च कार्बनिक भार एवं संयुक्त फ्लोक के साथ प्रस्तुत किया जाता है और उसके बाद कार्बनिक पदार्थ को एक नए भार के साथ फिर से आवेशित करने से पहले इसे कुछ घंटों तक ऑक्सीजनीकृत किया जाता है। निम्न आवेशित प्रणाली में जैविक चरण में एक निम्न कार्बनिक भार शामिल होता है और यह लम्बे समय के लिए गुफ्फ्दार से संयुक्त होता है।

कीचड़ निष्कासन
पैकेज संयंत्र एवं बैच रिएक्टर
नाइट्रोजन का निष्कासन
पूर्व-प्रशोधन