विजय की कोई स्थायी योजना के बिना, असीरिया ने मिस्र का नियंत्रण कई सामंतों के हाथों में सौंप दिया, जिन्हें छब्बीसवें वंश के साईट राजाओं के रूप में जाना गया। 653 ईसा पूर्व तक, साईट राजा साम्तिक I ने भाड़े के ग्रीक सैनिकों की मदद से, जिन्हें मिस्र की पहली नौसेना के निर्माण के लिए भर्ती किया गया था, असीरियाइयों को भगाने में सक्षम हुए. डेल्टा में नौक्रातिस शहर के यूनानियों का घर बन जाने से यूनानी प्रभाव तेज़ी से बढ़ा. साइस की नई राजधानी में स्थित साईट राजाओं ने अर्थव्यवस्था और संस्कृति में संक्षिप्त लेकिन एक उत्साही पुनरुत्थान देखा, लेकिन 525 ई.पू. में, कैम्बिसिस II के नेतृत्व में शक्तिशाली फारसियों ने, मिस्र को जीतना शुरू किया और अंततः पेलुसिम की लड़ाई में फैरो साम्तिक III को पकड़ने में सफल रहे. कैम्बिसिस II ने तब फैरो की औपचारिक पदवी को ग्रहण किया, लेकिन मिस्र को एक सूबेदार के नियंत्रण में छोड़कर, सूसा के अपने घर से मिस्र पर शासन किया। 5वीं शताब्दी ईसा पूर्व को फारसियों के खिलाफ कुछ सफल विद्रोहों के लिए जाना जाता है, लेकिन मिस्र, स्थायी रूप से फारसियों को उखाड़ फेंकने में कभी सक्षम नहीं हुआ।

फारस द्वारा समामेलन के बाद, मिस्र भी, साइप्रस और फोनिसिया के साथ एकमेनीड फारसी साम्राज्य के छठे क्षत्रप में शामिल हो गया। मिस्र में फारसी शासन की इस पहली अवधि को, सत्ताईसवें राजवंश के रूप में भी जाना जाता है, जो 402 ई.पू. में समाप्त हो गया और 380-343 ईसा पूर्व के बीच तीसवें राजवंश ने राजवंशीय मिस्र के आखिरी घरेलू शाही घराने के रूप में शासन किया, जो नेक्टानेबो II के शासन के साथ समाप्त हो गया। फारसी शासन की एक संक्षिप्त बहाली, जिसे कभी-कभी इक्तीसवें राजवंश के रूप में जाना जाता है, 343 ईसा पूर्व में शुरू हुआ, लेकिन इसके शीघ्र ही बाद, 332 ई.पू. में फारसी शासक मज़ासिस ने मिस्र को बिना किसी लड़ाई के सिकंदर महान को सौंप दिया.

उत्तरार्ध काल
टोलेमाइक राजवंश
दूसरा मध्यवर्ती काल और हिक्सोस
धार्मिक विश्वास