जंगल में पकड़े गए प्रत्येक जानवर के अलावा कई अन्य उस प्रक्रिया के दौरान मारे जाते हैं। इसलिए, चिड़ियाघर के भीतर जानवरों के प्रजनन को प्रोत्साहित किया जाता है। यूनिवर्सिटी जीन-मोलिन, लयोन के एरिक बाराटे औप एलिजाबेथ हरडौन-फ्यूजिएर ने कहा कि समग्र रूप जानवरों की "स्टॉक आवर्त" पूरे साल में एक-पांचवें से एक चौथाई है- जिसमें प्रथम इक्कीस महीने में तीन-चौथाई बंदरों की मृत्यु कैद में हो रही है। वे कहते हैं कि उच्च मृत्यु दर का कारण "बड़े पैमाने पर आयात" है।

कैद में पशुओं के प्रजनन का नकारात्मक पहलू यह है कि हर साल उनमें से हजारों को "अधिशेष सूची" में रखा जाता है और सर्कस, पशु व्यापारियों, नीलामियों, पालतू पशु मालिकों और खेल फार्मों को बेच दिया जाता है। "सैन जोस मर्करी न्यूज़" ने दो साल का एक अध्ययन आयोजित किया जो यह खुलासा करता है कि 1992 से 1998 के बीच अमेरिका के मान्यता प्राप्त चिड़ियाघरों में 19,361 स्तनधारियों को छोड़ा गया था और जिसमें से 7,420 (38 प्रतिशत) डीलरों, नीलामियों, शिकार पशु-फार्मो, अमान्यता प्राप्त चिड़ियाघरों और व्यक्तिगत और खेल फार्मों में चला गया।

"एनिमल फाइन्डर्स गाइड" में चिड़ियाघरों ने अधिशेष जानवरों को विज्ञापित किया था, यह एक चिड़ियाघर न्यूज़लेटर है जिसमें शिकारी पशु-फार्मों के मालिक जानवरों की बिक्री और निलामी को विज्ञापित करते हैं। मैथ्यू स्कल्ली लिखते हैं कि अधिकांश शिकारी, चिड़ियाघरों के जानवरों को मारना पसंद करते हैं क्योंकि वे सुंदर दिखने वाली ट्राफियां बना सकते हैं, जंगली शेर की अपेक्षा चिड़ियाघर का अयाल ज्यादा साफ होता है। एक मामले में एक चिड़ियाघर के मालिक जिसका नाम विलियम हम्पटॉन था, उसे जानवरों को खरीदकर और सिलसिलेवार रूप से उनकी खाल, सिर और चमड़े से बने ट्रॉफीयों को बेचने के लिए जानवरों हत्या करते हुए पाया गया था।

हिरण, बाघ और शेर जैसे नस्ल जिनका प्रजनन बहुधा होता है, मांस के लिए उन्हें मारा जा सकता है, नूर्नबर्ग चिड़ियाघर के उप निदेशक, हेल्मुट मग्डेफ्राउ, ने कहा कि "यदि हम जानवरों के लिए अच्छे घर नहीं मिलते, हम उनकी हत्या कर देते हैं और भोजन के रूप में उसका उपयोग करते हैं।" खराब स्थिति के साथ अन्य जानवरों को छोटे चिड़ियाघरों को बेचा जा सकता है। PETA ने एडिथ का उदाहरण दिया है, एक चिंपांज़ी को टेक्सस के एक सड़क के किनारे चिड़ियाघर में पाया गया था जिसका अमारिल्लो वाइल्डलाइफ रिफ्यूजी कहा जाता है। उसका जन्म सेंट लुई चिड़ियाघर में हुआ था, लेकिन उसे उसके तीसरे वर्ष में ही बेच दिया गया था और एक सड़क किनारे चिड़ियाघर में आने से पहले 37 वर्षों के लिए उसने पांच चिड़ियाघरों में अपना समय बिताया.

मार्च 2008 में यह आरोप लगाया गया है कि सैकड़ों बर्लिन चिड़ियाघरों में 23,000 जानवर लापता हैं, यह आरोप लगाया गया कि उनका हत्या किया गया है और कुछ बाघों और तेंदुओं को पारम्परिक चीनी दवाओं के लिए चीन भेजा गया था। ग्रीन पार्टी की नेता क्लाउडिया हेमरलिंग ने कहा कि उनके पास इस बात का सबूत है कि चार एशियाई काले भालू और एक दरियाई घोड़े को बर्लिन से एक नए घर में स्थानांतरित करने के लिया गया था लेकिन उसकी बजाए उन्हें बेल्जियम में वर्टेल में ले जाया गया, जिसे "द गार्जियन" ने चिड़ियाघर की बजाए एक कसाईखाना घोषित किया है। चिड़ियाघर के निदेशक बर्नहार्ड ब्लाज़्केविट्ज़ ने इसका उत्तर दिया और कहा कि आरोप असत्य, अर्द्ध सत्य और झूठ थे।"

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