डेलेओ डी मेंडोंसा (Délio de Mendonça) बताते हैं कि 16 वीं से 17 वीं शताब्दी तक मिशनरियों के बचे हुए रिकॉर्ड, यह साबित करते हैं कि वे बेहद रूढ़िवादी थे और "जेंटायल्स" (या gentiles, जिस शब्द से वे यहूदियों, हिंदुओं और मुसलमानों को संदर्भित करते थे) के प्रति उनका नज़रिया भेदभावपूर्ण और पूर्वाग्रह से ग्रस्त होता था। गोवा और कोचीन ( कोच्चि ) दोनों में पुर्तगाली नियमित रूप से अपनी सैन्य शक्ति और युद्ध में संलग्न थे। उनकी हिंसा के कारण शासक वर्ग, व्यापारी और किसान उनसे घृणा करते थे। पुर्तगाली मिशनरी मानते थे कि भारत के नागरिक या तो उनके दुश्मन हैं, और जो नहीं है, वे अंधविश्वासी, कमजोर और लालची हैं। उनके रिकॉर्ड बताते हैं कि मिशनरियों द्वारा पेश किए गए आर्थिक लाभ जैसे कि नौकरी या कपड़ों के उपहार के लिए भारतीय ईसाई धर्म में परिवर्तित हो गए। बपतिस्मा लेने के बाद, इन नए परिवर्तित ईसाइयों ने क्रिप्टो-यहूदियों (जो पहले पुर्तगाल में जबरन ईसाई धर्म में परिवर्तित हो गए थे) के समान गुप्त रूप से अपने पुराने धर्म का अभ्यास करना जारी रखा। जेसुइट मिशनरियों ने इसे कैथोलिक ईसाई विश्वास की शुद्धता के लिए खतरा माना और क्रिप्टो-हिंदुओं, क्रिप्टो-मुस्लिमों और क्रिप्टो-यहूदियों को दंडित करने के लिए इंक्विज़िशन स्थापित करने के लिए पुर्तगाल के राजा पर दबाव डाला, जिससे विधर्म समाप्त हो जाए। फ्रांसिस ज़ेवियर ने राजा को चिट्ठी में गोवा में इंक्विज़िशन शुरू करने के लिए कहा, जिसके लिए ज़ेवियर की मौत के आठ साल बाद 1560 में राजा ने अनुकूल प्रतिक्रिया दी। 

गोवा इंक्विज़िशन ने 1545 और 1563 के बीच दिए गए ट्रेंट की काउन्सिल के निर्देशों को गोवा और पुर्तगाल के अन्य भारतीय उपनिवेशों में अनुकूलित किया। इसमें स्थानीय रीति-रिवाजों पर हमला करना, ईसाई धर्मान्तरितों की संख्या बढ़ाने के लिए सक्रिय अभियोग (proselytization) लगाना, कैथोलिक ईसाइयों के दुश्मनों से लड़ना, हेरेटिकल (heretical, अर्थात् ईसाई धर्म से हटकर, या विधर्मी) व्यवहार को उखाड़ फेंकना और कैथोलिक धर्म की पवित्रता बनाए रखना शामिल था। पुर्तगालियों ने जाति व्यवस्था को स्वीकार कर लिया, जिससे स्थानीय समाज के अभिजात्य वर्ग आकर्षित हुआ, मेंडोंसा ने कहा, क्योंकि सोलहवीं शताब्दी के यूरोपीय लोगों के पास उनकी स्वयं की संपत्ति प्रणाली (estate system) थी और यह माना जाता था कि सामाजिक विभाजन और वंशानुगत रॉयल्टी ईश्वर द्वारा स्थापित थी। समस्या त्योहारों, समन्वित धार्मिक प्रथाओं और अन्य पारंपरिक रीति-रिवाजों से थी, जिन्हें हेरेसी माना गया। इसलिए उन्होंने मूल निवासियों की आस्था का सफ़ाया करने के लिए इंक्विज़िशन स्थापित की। 

पुर्तगाली आगमन और गोवा पर क़ब्ज़ा
भारत में इंक्विज़िशन का प्रवेश
इंक्विज़िशन पर कुछ विचार
भारत में इंक्विज़िशन का आरंभ