पंद्रहवीं, सोलहवीं और सत्रहवीं शताब्दियां जड़ी-बूटियों के लिए महान युग रहीं, उनमें से अनेक लैटिन और यूनानी के बजाय अंग्रेजी तथा अन्य भाषाओँ में सबसे पहले उपलब्ध हुईं. 
1526 में, अंग्रेजी में पहली जड़ी-बूटी संबंधी अनाम लेखक की पुस्तक "ग्रेटे हर्बल" (Grete Herball) प्रकाशित हुई. जॉन गेरार्ड द्वारा लिखित "द हर्बल ओर जनरल हिस्ट्री ऑफ़ प्लांट्स" (1597) और निकोलस कलपेपर द्वारा लिखित "द इंग्लिश फिजिशियन इंलार्ज्ड" (1653) अंग्रेजी की सबसे प्रसिद्ध दो जड़ी-बूटी संबंधी पुस्तकें थीं। गेरार्ड की पुस्तक मूल रूप से बेल्जियाई वैद्य या वनस्पतिशास्त्री डोडोएंस की पुस्तक का चोरी से किया गया अनुवाद थी और उनके दृष्टांत एक जर्मन वनस्पति शास्त्रीय कार्य से लिए गये थे। दो भागों के दोषपूर्ण मिलान की वजह से मूल संस्करण में अनेक त्रुटियां रहीं. परंपरागत दवा के साथ ज्योतिष, जादू और लोकगीत के कलपेपर के मिश्रण का उनके ज़माने के वैद्यों-चिकित्सकों द्वारा उपहास किया गया, फिर भी गेरार्ड तथा अन्य वैद्यकीय पुस्तकों की तरह उन्हें भी अभूतपूर्व लोकप्रियता मिली. अन्वेषण के युग और कोलंबियन एक्सचेंज ने यूरोप में नए औषधीय पौधों की शुरुआत की. "द बदिआनस मैनुस्क्रिप्ट" एक एज़्टेक जड़ी-बूटी संबंधी पुस्तक का 16वीं सदी में लैटिन में किया गया अनुवाद था।

हालांकि, दूसरी सहस्राब्दी ने उपचारात्मक प्रभावों के स्रोतों के रूप में वनस्पतियों द्वारा स्थापित सर्वश्रेष्ठ स्थिति में हल्का क्षरण देखना शुरू किया। काली मौत से इसकी शुरुआत हुई, जिसे रोक पाने में उस समय की चार तत्व (Four Element) चिकित्सा प्रणाली शक्तिहीन साबित हुई. एक शताब्दी बाद, परासेल्सस ने सक्रिय रासायनिक दवाओं (जैसे कि आर्सेनिक, तांबा सल्फेट, लौह, पारा और गंधक) के इस्तेमाल की शुरुआत की. उपदंश (सिफलिस) के तत्काल उपचार की जरुरत को देखते हुए इनके जहरीले प्रभाव के बावजूद इन्हें स्वीकार किया गया. रसायन शास्त्र और अन्य शारीरिक विज्ञानों के तेज विकास से बीसवीं सदी की परंपरागत प्रणाली के रूप में रसायनोपचार - रासायनिक दवा - का दबदबा बढ़ता गया.

आधुनिक युग
जैविक पृष्ठभूमि
हर्बल दर्शन
औषधि के रूप में पौधों के इस्तेमाल के उदाहरण