दीर्घकालिक थकान संलक्षण (सीएफएस) सबसे अधिक आम रूप से इस्तेमाल किया जाने वाला नाम है लेकिन नाम की व्यापक स्वीकृति का अभाव है। बीमारी के संबंध में विभिन्न प्राधिकारी सीएफएस को केंद्रीय तंत्रिका तंत्र, चयापचय संबंधी, संक्रामक या उत्तर संक्रामक, हृदय तथा रक्त वाहिका संबंधी, प्रतिरक्षा प्रणाली या मनोरोग विकार के रूप में देखते हैं और यह कि विभिन्न रोग लक्षणों के प्रोफाइलों को कई विभिन्न विकारों के द्वारा उत्पन्न किया जा सकता है।

समय के साथ और विभिन्न देशों में कई नाम इन अवस्थाओं के साथ जुड़े रहे हैं। सीएफएस के अतिरिक्त, प्रयोग किये जाने वाले कुछ अन्य नामों में अकुरेयरी रोग, सुसाध्य पेशी दर्द संबंधी मस्तिष्क एवं सुषुम्ना का प्रदाह (बिनाइन मायल्जिक इंसेफैलोमाईलिटिस), चिरकालिक थकान प्रतिरक्षा संबंधी असामान्य क्रिया संलक्षण (क्रॉनिक फटीग इम्यून डिसफंक्शन सिंड्रोम), चिरकालिक संक्रामक एकाकेंद्रक-श्वेतकोशिकता (क्रॉनिक इन्फेक्शस मोनो न्युक्लियोसिस), जानपदिक पेशी दर्द संबंधी मस्तिष्क एवं सुषुम्ना का प्रदाह (एपिडेमिक मायल्जिक इंसेफैलोमाईलिटिस), जानपदिक तंत्रिका संबंधी पेशी दुर्बलता (एपिडेमिक न्यूरो मायस्थेनिया), आइसलैंड रोग, पेशी दर्द संबंधी मस्तिष्कशोथ (मायल्जिक इंसेफैलिटिस), पेशी दर्द संबंधी मस्तिष्क रोग (मायल्जिक इंसेफैलोपैथी), उत्तर-विषाणुज थकान संलक्षण (पोस्ट-वायरल फटीग सिंड्रोम), सन्धिरेखा केन्द्रक मस्तिष्क रोग (रेफी न्युक्लियस इंसेफैलोपथी), रॉयल फ्री डिजीज, टपनुई फ़्लू एवं युप्पी फ़्लू (जिन्हें स्थिति बिगाड़ने वाला माना जाता है) शामिल हैं। कई रोगी "मायल्जिक इंसेफैलोमाईलिटिस" जैसे अलग नामों को पसंद करते हैं, क्योंकि उनका मानना है कि "दीर्घकालिक थकान संलक्षण" स्थिति को महत्वहीन बना देता है, इसे एक गंभीर स्वास्थ्य समस्या के रूप में देखे जाने से रोकता है एवं शोध को प्रोत्साहित नहीं करता है।

2001 की एक समीक्षा ने एचीसन द्वारा 1959 में लिखे गए एक लेख में मायल्जिक इंसेफैलोमाईलिटिस के रोग लक्षणों का यह कहते हुए सन्दर्भ दिया कि एमई सीएफएस से अलग संलक्षण हो सकता है, लेकिन रचनाओं में दोनों शब्दों को आम तौर पर पर्यायवाची के रूप में देखा जाता है। 1999 की एक समीक्षा ने समझाया कि 1996 में डॉक्टरों, मनोचिकित्सकों और चिकित्सकों ने मायल्जिक इंसेफैलोमाईलिटिस या एमई के स्थान पर किंगडम में व्यापक उपयोग में रहने वाले दीर्घकालिक थकान संलक्षण का उपयोग करने का समर्थन किया, "क्योंकि अब तक मांशपेशियों एवं केन्द्रीय तंत्रिका तंत्र में कोई मान्य निदान नहीं है जैसा कि एमई शब्द से सूचित होता है।" 1996 की रिपोर्ट को कुछ स्वीकृति मिली, लेकिन इसकी इस कारण से कुछ कटु आलोचना भी की गई कि मरीजों के विचारों को शामिल नहीं किया गया था। 2002 में, एक "लैंसेट" व्याख्या ने पाया कि "सीएफएस/एमई के संबंध में कार्य समूह"<ref name="group cfs/me 2002 "></ref> की एक हाल की रिपोर्ट द्वारा समझौता नाम सीएफएस/एमई का यह कहते हुए इस्तेमाल किया है, "यह बात कि सभी के द्वारा स्वीकार करने योग्य नाम के प्रति आम सहमति की निरंतर कमी को स्वीकार करते हुए बीमारी के लिए दोनों नामों का इस्तेमाल किया जाना विभिन्न दृष्टिकोणों के प्रति सम्मान का प्रतीक है।"

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