2001 रॉयल रंबल में जेरिको ने एक लैडर मैच में क्रिस बेनोइट को हराकर इंटरकांटिनेंटल चैम्पियनशिप पर चौथी बार कब्जा किया। रेसलमेनिया एक्स-सेवेन पर उन्होंने विलियम रिगल के खिलाफ सफलतापूर्वक अपना खिताब बरकरार रखा, लेकिन चार दिन बाद ही उन्होंने इस खिताब को ट्रिपल एच के हाथों गवां दिया।

जजमेंट डे पर, जेरिको और बेनोइट ने एक "टैग टीम टर्मोइल" मैच जीता और इस प्रकार अगली रात के लिए "रॉ" पर स्टोन कोल्ड स्टीव ऑस्टिन और ट्रिपल एच के उनके WWF टैग टीम चैम्पियनशिप के लिए एक शॉट अर्जित किया। बेनोइट और जेरिको ने मैच जीता, जिसमें ट्रिपल एच ने वैध तरीके से अपनी पांव की पेशी को फाड़ दिया और बाकी वर्ष घायल के रूप में बिताया और पहली बार के लिए जेरिको WWF टैग टीम चैंपियन बन गए। इस टीम ने फेटल फ़ोर वे टेबल्स, लैडर्स एंड चेयर्स मैच में अपने खिताब का बचाव किया जिसमें बेनोइट को एक डाइविंग हेडबट करने में चोट लगी जिससे उबरने में उसे एक वर्ष लग गया। हालांकि बेनोइट को एक स्ट्रेचर पर ले जाया गया, वह मैच में वापस लौटा और सीढ़ी पर चढ़ कर चैम्पियनशिप बरकरार रखा। इस जोड़ी ने एक महीने बाद उस खिताब को 19 जून 2001 को डडले बॉयज़ के हाथों गंवा दिया। 

अगले महीनों में, जेरिको द इन्वेज़न कहानी में एक प्रमुख शक्ति बन गए जिसमें WCW और ECW ने WWF से आगे निकलने के लिए हाथ मिला लिया। पूर्व में WCW और ECW में प्रतिस्पर्धा में मुकाबला करने के बावजूद जेरिको WWF के पक्ष में रहे और एक चेहरे के रूप में अपनी स्थिति को बनाए रखा। हालांकि, एक हील टर्न के लक्षण तब धीरे-धीरे स्पष्ट हो गए जब जेरिको ने WWF के साथी सदस्य द रॉक की ओर ईर्ष्या दर्शाना शुरू किया। रॉक ने जेरिको को बार-बार याद दिलाया कि जेरिको ने कभी भी ""द बिग वन" नहीं जीता है (एक विश्व चैम्पियनशिप) और जेरिको को उसने एक "नौटंकी" के रूप में खारिज कर दिया। जेरिको ने नंबर वन कन्टेडर्स मैच में रोब वैन डैम को हराने के बाद WCW चैम्पियनशिप के लिए एक नो मर्सी मैच मैच में रॉक का सामना किया। एक नए फिनिशर ब्रेकडाउन को पेश करने के बाद जेरिको ने रॉक को पिन करते हुए चैम्पियनशिप जीत ली। एक रात बाद, दोनों ने अपने मतभेद को भुला दिया और डडले बॉयज़ से WWF टैग टीम खिताब को जीत लिया। अपने खिताब को टेस्ट और बुकर टी के हाथों गवां कर उन्होंने अपना विवाद जारी रखा। "रॉ" के 5 नवम्बर के संस्करण पर द रॉक ने जेरिको को पराजित करते हुए एक आश्चर्य रौल अप के साथ WCW चैम्पियनशिप हासिल कर लिया। मैच के बाद, जेरिको ने जंगलीपन के साथ एक स्टील कुर्सी से द रॉक पर हमला कर दिया और इस प्रकार एक पूर्ण हील टर्न को शुरू किया जो दो वर्षों तक चला. सर्वाइवर सीरीज में, द रॉक और WWF के लिए जेरिको महंगा पड़ा और एलिमिनेशन मैच अप में द रॉक पर हमला कर के जेरिको ने जीत हासिल की। 9 दिसम्बर को, वेंजेन्स में, क्रिस जेरिको ने दोनों को हरा दिया, WCW चैम्पियनशिप के लिए द रॉक को (सर्वाइवर सीरीज के बाद गैर-ब्रांड हो गया और केवल विश्व चैम्पियनशिप के रूप में संदर्भित) और उसी रात WWF चैम्पियनशिप के लिए स्टोन कोल्ड स्टीव ऑस्टिन को हरा दिया और दोनों चैम्पियनशिप पर एक ही समय में कब्जा करने वाले पहले पहलवान बन गए, जिसने उन्हें पहला WWF निर्विवाद चैंपियन बना दिया। अलग-अलग अवसरों पर उन्होंने दोनों लोगों से मुकाबला किया जिनको उन्होंने वेंजेन्स पर हराया था और अगले दो पे-पर-व्यू पर अपने ख़िताब को बरकार रखा, रॉयल रम्बल (बनाम द रॉक) और नो वे आउट (बनाम स्टोन कोल्ड).

जेरिको ने रेसलमेनिया X8 के मुख्य कार्यक्रम में यह खिताब ट्रिपल एच के हाथों गंवा दिया। अपने खिताब के नुकसान के बाद, जेरिको "स्मैकडाउन!" के एक सदस्य बन गए और ट्रिपल एच के साथ अपने विवाद को जारी रखा। उन्होंने बैकलैश पर हाल में जीते हुए निर्विवाद चैम्पियनशिप को ट्रिपल एच को जीतने नहीं दिया। यह प्रतिद्वंद्विता जजमेंट डे पर समाप्त हुई जब ट्रिपल एच ने हेल इन अ सेल मैच में जेरिको को हरा दिया। तब जेरिको ने एज के साथ एक छोटा विवाद शुरू कर दिया। शीघ्र ही, जेरिको को "रॉ" पर वापस ले जाया गया जहां उन्होंने रोब वैन डैम को हरा कर इंटरकांटिनेंटल चैम्पियनशिप जीत ली और उन्होंने क्रिस्टियन के साथ दल बना कर 14 अक्टूबर 2002 को केन और द हरिकेन से टैग टीम खिताब जीत लिया।

मुख्य घटना, निर्विवाद चैंपियन (2001-2002)
रॉ पर वापसी (2010-वर्तमान)
वर्ल्ड टेलीविजन चैंपियन (1998-1999)
विभिन्न विवाद (1999-2000)