मामूट्टी ने सर्वश्रेष्ठ अभिनेता का अपना तीसरा राष्ट्रीय फ़िल्म पुरस्कार "डॉ॰ बाबा साहेब अम्बेडकर" के लिए जीता। यह अम्बेडकर के जीवन के बारे में अंग्रेजी भाषा की फिल्म थी जिसे जब्बार पटेल ने निर्देशित किया था। फिल्म को भारत के राष्ट्रीय फिल्म विकास प्राधिकरण और सामाजिक न्याय मंत्रालय द्वारा प्रायोजित किया गया था। 
जब्बार पटेल की "अम्बेडकर" और मामूट्टी पर टिप्पणियाँ: 
मामूट्टी की आरंभिक 2000 की व्यावसायिक फिल्मों में "क्रोनिक बैचलर" (2003) और "सेथुरामा अय्यर सीबीआई" (2004) शामिल हैं। मामूट्टी ने "काज्चा" में "ऑपरेटर माधवन" के अभिनय के लिए सर्वश्रेष्ठ राज्य अभिनेता का पुरस्कार जीता। नए निर्देशक अनवर रशीद द्वारा निर्देशित "राजमानिक्यम " को मलयालम सिनेमा इतिहास की तब तक की बड़ी हिट फिल्म माना गया। 
2006 में, मामूट्टी ने "थुरुप्पुगुलन" नामक फिल्म की जिसका किरदार गुलन बच्चों में अत्याधिक लोकप्रिय हुआ तथा बच्चों की कॉमिक्स में 'सुपर गुलन' नाम के चरित्र की एक कार्टून श्रृंखला शुरू की गयी।

मामूट्टी की एक्शन कॉमेडी "मायावी" 2007 की सर्वाधिक कमाई वाली फिल्म बनी। उन्होनें श्यामाप्रसाद की "ओरे काडाल" (2007) में डॉ॰ नाथन का किरदार निभाया।

2008 में, मामूट्टी की "अन्नान ताम्बी" राज्य भर में 75 केंद्रों में रिलीज़ हुई और इसने लगभग 61 केंद्रों में 50 दिन पूरे किए। इसे मलयालम फिल्मों की सबसे बड़ी हिट माना गया तथा इसने राजमानिक्यम का रिकॉर्ड तोड़ दिया। 

अभिनय कैरियर
अक्षय : सूचना प्रौद्योगिकी प्रसार
प्रकाशन
वर्तमान काल, 2000