ईरान में कोई बड़ी नदियाँ नहीं हैं। छोटी नदियों और नालों में से, केवल एक ही नदी ऐसी है जिसपर नौकायन किया जा सकता है- लंबी करुण, जिसपर शैलो-ड्राफ्ट नावों से खुर्रमशहर से अह्वाज़ (क़रीब 180 किलोमीटर) तक जाया जा सकता हैं। अन्य प्रमुख नदियों में 700 किमी लम्बी करखेह शामिल हैं, जो और दजला नदी (टाइग्रिस) में जुड़ जाती है; और ज़ाइन्दा नदी, जो 300 किमी लम्बी है। कई अन्य स्थायी नदी-नाले भी फारस की खाड़ी में बहते हैं, जबकि कई छोटी नदियाँ जो पश्चिमोत्तर जाग़्रोस या अलबुर्ज़ से निकलकर कैस्पियन सागर में बहती हैं। 

मध्य पठार पर, कई नदियाँ - जिनमें से अधिकांश में वर्ष के अधिकाधिक भाग के लिए सूखी रहती हैं - वसंत के दौरान पहाड़ों में बर्फ के पिघलने से और स्थायी चैनलों के माध्यम से बहती है। ये नदियाँ अंततः नमक की झीलों में जा बहती है जो गर्मियों के महीनों में सूख जाती हैं। एक स्थायी नमक झील है- उर्मिया झील (पारंपरिक नाम, जिसे "उर्मिये" झील के नाम से भी जाना जाता है, इसे मोहम्मद रज़ा शाह के ज़माने में "रज़ाइया" झील पुकारा जाता था)। इसमें ब्राइन की मात्रा इतनी अधिक है कि यहाँ मछलियाँ (समेत जलीय जीवन के अधिकांश अन्य रूप) नहीं रह सकतीं। बलूचिस्तान वा सिस्तान प्रांत में ईरान-अफ़गानिस्तान सीमा के साथ कई जुड़ी हुई नमक झीलें भी हैं। 

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पारिस्थितिक तंत्र और जीवमंडल
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