1994 में डेप को न्यूयॉर्क सिटी के एक होटल को कथिर रूप से गंभीर नुकसान पहुंचाने के मामले में पुलिस ने गिरफ्तार किया था और उनसे इस बारे में पूछताछ की थी। 1998 से ब्रिटिश सुपरमॉडल केट मॉस से रिश्ते के बाद डेप का फ्रांसीसी अदाकारा और गायिका वनेसा पैराडिस से भी रिश्ता रहा, इनसे डेप की मुलाकात फिल्म "नाइंथ गेट" की शूटिंग के दौरान हुई थी। 1999 में उन्हें एक बार फिर उस वक्त गिरफ्तार किया गया जब लंदन में पैराडिस के साथ डाइनिंग के बाद होटल के बाहर उनकी पैपारैज्जी के साथ मारपीट हुई.

इस जोड़े की दो संतान हैं। बेटी लिली-रोज मैलॉडी डेप का जन्म 27 मई 1999 को हुआ और बेटे जॉन जैक क्रिस्टोफर डेप तृतीय का जन्म 2 अप्रैल 2002 को हुआ। 2007 में उनकी बेटी एक गंभीर बीमारी से बची थीं, उन्हें ई.कोली संक्रमण हो गया था जिससे उनकी किडनी बंद हो गई थी और इसी वजह से उन्हें काफी दिनों तक अस्पताल में रहना पड़ा था। ग्रेट ऑरमैंड स्ट्रीट हॉस्पिटल का शुक्रिया करने के लिए वह 2007 में कैप्टन जैक स्पैरो के रूप में अस्पताल पहुंचे और वहां बच्चों के साथ चार घंटे बिताए और उन्हें कहानियां पढ़कर सुनाई. बाद में 2008 की शुरुआत में उन्होंने अस्पताल को करीब बीस लाख डॉलर का दान दिया था।

हालांकि डेप ने दोबारा शादी नहीं की, लेकिन उन्होंने ये बात जरूर कही कि बच्चों ने उन्हें "जिंदगी में, काम में और हर क्षेत्र में एक मजबूत आधार प्रदान किया". "आप उतने गहरे प्यार के बारे में कोई योजना नहीं बना सकते जो बच्चों के होने से होता है। पिता बनना एक सोचा-समझा फैसला नहीं था। ये उस सफर का एक हिस्सा था जिस पर मैं चल रहा था। ये भाग्य में था; किस्मत. सारे गणित आखिरकार काम आए." परिवार ने अपने वक्त को लॉस एंजिल्स में पैरिस के उपनगर स्थित म्यूडेन के अपने घर जो कि द बहामास में खरीदा गया एक द्वीप है और फ्रांस के दक्षिण में सेंट-ट्रोपेज से 20 किलोमीटर दूर एक छोटे से शहर ले प्लान-दे-ला-टूर में अपने विला के बीच बांट दिया। डेप ने 2007 में प्लान-दे-ला-टूर इलाके में अंगूर के एक बाग को भी खरीदा।

डेप के शरीर पर 13 टैटू हैं, उनमें से ज्यादातर उनकी जिंदगी के अहम लोग या घटनाओं को दर्शाते हैं। इनमें उनके दाहिने बांह पर एक नेटिव अमेरिकन प्रोफाइल और एक रिबन जिसमें "विनो फॉरएवर" लिखा था (असल में ये "विनोना फॉरएवर" था, जिसे विनोआ राइडर से अलगाव होने के बाद बदल दिया गया), हृदय के ऊपर "लिली रोज" (उनकी बेटी का नाम), बांए बांह पर "बेटी सुए" (उनकी मां का नाम) और दाहिने बांह के सामने जैक शब्द के साथ पानी के ऊपर उड़ते हुए एक स्पैरो का टैटू शामिल हैं (उनक बेटे का नाम है; स्पैरो उनकी तरफ रुख कर उड़ रहा है, फिल्म "पाइरेट्स ऑफ द कैरीबियन" की तरह उनसे दूर नहीं जा रहा है)।

2003 में अमेरिका को लेकर डेप की टिप्पणी जर्मनी की पत्रिका "स्टर्न" में प्रकाशित हुई: "अमेरिका गूंगा है, एक ऐसा गूंगा पिल्ला जिसके बड़े से दांत हैं- जो आपको काट सकता है, नुकसान पहुंचा सकता है, जो आक्रामक है". हालांकि बाद में उन्होंने कहा था कि पत्रिका ने उनके बयान को गलत तरीके से पेश किया और उनके बयान को गलत परिप्रेक्ष्य में ले लिया गया, लेकिन स्टर्न अपनी बात पर अड़ी रही और इसके साथ ही इंटरव्यू का कवरेज करने वाली वेबसाइट सीएनएन.कॉम भी अपनी बात पर अड़ी रही. सीएनएन ने उनकी उस टिप्पणी को भी जोड़ा जिसमें वो चाहते थे कि उनके बच्चे "अमेरिका को एक खिलौने, टूटे हुए खिलौने की तरह देखें. थोड़ा सा इसकी जांच करें, चेक करें, इस अहसास को महसूस करें और फिर वहां से निकल आएं". 17 जुलाई 2006 के "न्यूजवीक" के संस्करण में पत्रिका को मिली एक चिट्ठी के संदर्भ में "गूंगे पिल्ले" वाला बयान दोबारा से प्रकाशित हुआ। डेप ने उन मीडिया रिपोर्ट्स पर भी असहमति जताई जिसमें उन्हे ये कहते हुए दिखाया गया कि उन्हें एक "यूरोपीय" की तरह पेश किया जाए, इस पर डेप का कहना था कि उन्हें फ्रांस में गुमनाम की तरह जीना और वहां उनका सामान्य जीवन पसंद आता है।

8 अक्टूबर 2008 को डेप पहले से घोषित कार्यक्रम के तहत लंदन के एक प्राइमरी स्कूल में पहुंचे, जिसके पास में ही वे पाइरेट्स ऑफ कैरीबियन श्रृंखला की चौथी फिल्म की शूटिंग कर रहे थे। स्कूल के एक छात्र ने क्लास में चल रहे विद्रोह को खत्म करने में मदद के लिए उन्हें एक चिट्ठी लिखी थी, जिसके बाद ही वे वहां अपने किरदार जैक स्पैरो के ड्रेस में पहुंचे।

"द टूरिस्ट" की शूटिंग के दौरान डेप वेनिस शहर की खूबसूरती पर फिदा हो गए थे, उसी के बाद उन्होंने 85 लाख डॉलर कीमत के 17वीं शताब्दी के पैलाज्जो डोना सैंगियान्टोफेट्टी को खरीद लिया।

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