2014 में पनामा नहर चलाने वाली कंपनी एसीपी और नहर का विस्तार कर रही कंपनी जीयूपीसी के बीच वित्तीय आवश्यकताओं को लेकर विवाद हो गया था। 
जीयूपीसी का कहना था कि संचालक कंपनी के दोषपूर्ण भूगर्भीय अध्ययन के कारण पनामा नहर को चौड़ा करने के काम में बजट को बढ़ाने का सवाल खड़ा हो गया है और पहले से पास बजट में यह कार्य नहीं पूरा किया जा सकता। 

स्पेनी कंपनी साकिर के अनुसार जीयूपीसी ने पिछले हफ्ते औपचारिक रूप से एसीपी तक संदेश पहुंचा दिया था कि अगर निर्धारित अवधि में मंजूरी नहीं मिलती है तो काम रोक दिया जाएगा। इसके लियेसकिर ने 1.2 अरब यूरो अतिरिक्त देने की माँग की और ऐसा न होने पर काम रोक देने कि धमकी दे दी थी। बाद में मध्यस्थता के सिलसिले में आना पास्टोर कंपनियों के प्रतिनिधियों के अलावा पनामा के राष्ट्रपति रिकार्डो मार्टिनेली को भी उतरना पड़ा था और तब जाकर यह विवाद शांत हुआ।

इसी के साथ ही यहाँ से गुजरने वाले जलपोतों और लॉक्स में पानी भरे जाने तथा छोड़े जाने से गातुम झील की पर्यावरणीय गुणवत्ता भी प्रभावित हुई है। पर्यावरण कार्यकर्ताओं के अनुसार झील का पानी खारा होता जा रहा है और इसके जलजीवों और जैवविविधता पर खतरा मंडरा रहा है ऐसे में नए और बड़े लॉक्स का निर्माण स्थितियों को और बिगाड़ेगा।

पनामा सरकार पर यह आरोप भी लगे हैं कि इस नहर से होने वाली आय से यहाँ के निवासियों के लिये कुछ नहीं होता और ऐसा प्रतीत होता है कि नहर का विस्तार केवल बड़ी कंपनियों के हितों के लिये हो रहा है

विवाद और समस्याएँ
संचालन
प्रतिद्वंदिता में निकारागुआ नहर
अमेरिकी निर्माण