7 वीं शताब्दी के उत्तरार्ध में बौद्ध धर्म देश में आया था, जब अधिकांश जनता बोन धर्म का अभ्यास कर रही थी। इसके बाद, इस्लाम के आगमन से पहले यानी कि 15 वीं शताब्दी तक बल्तिस्तान में तिब्बती बौद्ध धर्म और बोन धर्म (कुछ हद तक) मुख्य धर्म थे। लेकिन इस्लाम के आगमन से अधिकांश लोग इस्लाम में परिवर्तित हो गए। 

इस क्षेत्र में कई जीवित बौद्ध पुरातात्विक स्थल हैं। इनमें मन्थल बुद्ध रॉक और हुंजा की पवित्र चट्टान शामिल हैं। अब इस क्षेत्र में बौद्ध धर्म की उपस्थिति पुरातत्व स्थलों तक सीमित हो गई है। 

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