Microsoft वर्तमान में एक उपकरण (convert.exe) प्रदान करता है जो HPFS(केवल Windows NT 3 पर),FAT16 Windows 2000 और उच्च संस्करण और FAT32 को NTFS में बदल देता है, लेकिन इसका कोई दूसरा तरीका नहीं है। विभिन्न तीसरी पार्टी उपकरण भी सुरक्षित NTFS पार्टीशन रीसाइज़िंग में सक्षम हैं। Microsoft ने Windows Vista में पार्टीशन को सिकोड़ने तथा बड़ा करने की क्षमता जोड़ी है, लेकिन यह क्षमता सीमित है क्योंकि यह पेज फ़ाइल फ्रेग्मेंट्स या स्थानांतरित न होने वाली फ़ाइल को नहीं हटाएगा, अतः पार्टीशन को सिकोड़ने की क्षमता सीमित है। एक पेज फ़ाइल के बिना रीबूटिंग या डीफ्रेगमेंट करने के लिए किसी तीसरे टूल का उपयोग स्थिति को खराब कर सकता है यदि पेज फ़ाइल हटने वाली फ़ाइल नहीं है।

ऐतिहासिक कारणों से, Windows के संस्करण जोकि NTFS का समर्थन नहीं करते, सभी आंतरिक रूप से समय को स्थानीय समय क्षेत्र के रूप में रखते हैं और NTFS के अलावा बाकी फ़ाइल सिस्टम भी ऐसा ही करते हैं जिन्हें Windows का वर्तमान संस्करण सहायता कर रहा है। तथापि, Windows NT और आने वाले संस्करण UTC के रूप में आंतरिक टाइम स्टाम्प्स रखते हैं और प्रदर्शन के लिए उपयुक्त परिवर्तन करते हैं। इसलिए, UTC में NTFS टाइम स्टाम्प्स हैं। इसका मतलब यह है कि जब फाईलें NTFS और नॉन-NTFS पार्टीशन के बीच कॉपी या स्थानांतरित की जाती है, तो OS को फ्लाई पर टाइम स्टाम्प्स बदलने की आवश्यकता पड़ती है। लेकिन अगर कुछ फ़ाइलें जब डे-लाइट सेविंग टाइम(DST) के अंतर्गत स्थानांतरित की जाती हैं और अगर कुछ फ़ाइलें मानक समय के अंतर्गत स्थानांतरित की जाती हैं तो रूपांतरण के दौरान विसंगतियां हो सकती हैं। परिणामस्वरूप, किसी एक दिन बाद जब स्थानीय समय क्षेत्र बदलता है, यूज़र यह जान सकते हैं कि कुछ फाईलों के टाइम स्टाम्प्स में 1 घंटे की गलती है। डीएसटी को लागू करने में उत्तरी और दक्षिणी गोलार्द्धों के बीच मतभेद के चलते, किसी भी 12 महीने में एक संभावित टाइमस्टैम्प में 4 घंटे तक की त्रुटि हो सकती है।

वोल्यूम शैडो की प्रतिलिपि
स्पार्स फ़ाइलें
शाखाकृत संग्रहण प्रबंधन (HSM)
FAT से संगतता (कम्पेटिबिलिटी)