उज्जयिनी के प्राचीन इतिहास के विषय में अनेक भ्रांतिया है। यह निश्चत पूर्वक नहीं कहा जा सकता है कि उज्जयिनी की नींव सर्वप्रथम किसने डाली। कतिपय विद्वान जन अच्युतगामी को उज्जयिनी को बसाने वाला मानते हैं। किन्तु प्रमाणिकता के आधार पर इतिहास भी मौन है। पुराणों के आधार पर उज्जयिनी के इतिहास पर प्रकाा डाला गया है। स्कन्द पुराण के अनुसार त्रिपुर राक्षस का वध करके भगवान शंकर ने उज्जयिनी बसाई। इसी प्रकार अवंति खंड में भी विस्तार पूर्वक वर्णन से सनकादि ॠषियों द्वारा दिया नामोललेख उज्जयिनी बताया गयाहै। 

उज्जयिनी की ऐतिहासिकता का प्रमाण ई. सन600 वर्ष पूर्व मिलता है। तत्कालीन समय में भारत में जो सोलह जनपद थे उनमें अवंति जनपद भी एक था। अवंति उत्तर एवं दक्षिण इन दो भागों में विभक्त होकर उत्तरी भाग की राजधानी उज्जैन थी तथा दक्षिण भाग की राजधानी महिष्मति थी। उस समय चंद्रप्रद्योत नामक सम्राट सिंहासनारूत्रढ थे। प्रद्योत के वंशजों का उज्जैन पर ईसा की तीसरी शताब्दी तक प्रभुत्व था। मौर्य साम्राज्य के अभुदय होने पर मगध सम्राट बिन्दुसार के पुत्र अशोक उज्जयिनी के समय नियुक्त हुए। बिन्दुसार की मृत्योपरान्त अशोक ने उज्जयिनी के शासन की बागडोर अपने हाथों में सम्हालि और उज्जयिनी का सर्वांगीण विकास कियां सम्राट अशोक के पश्चात उज्जयिनी ने दीर्घ काल तक अनेक सम्राटों का उतार चत्रढाव देखा। सातवीं शताब्दी में उज्जैन कन्नौज के हर्षवर्धन साम्राज्य में विलीन हो गया। उस काल में उज्जेन का सर्वांगीण विकास भी होता रहा। 

सन् 648 ई. में हर्ष वर्धन की मृत्यु के पश्चात नवी शताब्दी तक उज्जैन परमारों के आधिपत्य में आया जो गयारहवीं शताब्दी तक कायम रहा इस काल में उज्जैन की उन्नति होती रही। इसके पश्चात उज्जैन चौहान और तोमर राजपूतों के अधिकारों मे आ गया। 

सन् 1235ई. में दिल्ली का शमशुद्दीन इल्तमिश विदिशा विजय करके उज्जैन की और आया यहां उस क्रूर शासक ने ने उज्जैन को न केवल बुरी तरह लूटा अपितु उनके प्राचीन मंदिरों एवं पवित्र धार्मिक स्थानों का वैभव भी नष्ट किया। सन् 1737 ई. में उज्जैन सिंधिया वंश के अधिकार में आया उनका सन 1880 ई. तक एक छत्र राज्य रहा जिसमें उज्जैन का सर्वांगीण विकास होता रहा। राणोजी सिंधिया ने महाकालेश्वर मंदिर का जीर्णोध्दार कराया। उज्जयिनी में आज भी अनेक धार्मिक पौराणिक एवं ऐतिहासिक स्थान हैं जिनमें भगवान महाकालेश्वर मंदिर, गोपाल मंदिर, चौबीस खंभा देवी, चौसठ योगिनियां, नगर कोट की रानी, हरसिध्दिमां, गढ़ की कालका, साँदिपनी आश्रम, काल भैरव, विक्रांत भैरव, मंगलनाथ, सिध्दवट, बोहरो का रोजा, बिना नींव की मस्जिद, गज लक्ष्मी मंदिर, बृहस्पति मंदिर, नवगृह मंदिर, भूखी माता, भर्तृहरि गुफा, पीरमछन्दर नाथ समाधि, कालिया देह पैलेस, कोठी महल, घंटाघर, जन्तर मंतर महल, चिंतामन गणेश, चाैरासी(८४) महादेव मंदिर आदि प्रमुख हैं।

मगध अधीन
उत्खनन
पौराणिक संदर्भ
दिल्ली सल्तनत