2003 की गर्मियों में बैंड एक स्टूडियो में एक नये ऐल्बम के लिये लिखने एवं नयी सामग्री रिकॉर्ड करने गया, जिसका संभावित शीर्षक "सिगरेट्स एंड वेलेंटाइन्स" था। 20 गानों की रिकॉर्डिंग पूरी करने के बाद मास्टर टेप स्टूडियो से चोरी हो गया। बैंड ने निश्चय किया कि चोरी हुए ऐल्बम को दोबारा नहीं बनायेगें, बल्कि बदले में कुछ और शुरू करेगें. 2003 के अंत तक ग्रीन डे ने इग्गी पॉप को उनके ऐल्बम "स्कल रिंग" के दो ट्रैक के लिये सहयोग दिया. 1 फ़रवरी 2004 को NFL सुपर बोल XXXVIII के दौरान एक विज्ञापन के i ट्यून के लिये "आई फॉट द लॉ" के कवर से एक नये गीत की शुरूआत की. बैंड का गंभीर रूप से बैंड उपचार किया गया। सदस्यों से मतभेद को लेकर बहुत लंबी बातचीत चली. डर्न्ट और कूल का आरोप था कि आर्मस्ट्रांग "बैंड के नाजी" हैं और इस बात को बैंड के दूसरे सदस्यों के सामने सुर्खियों में पेश किया गया।
जिसके फलस्वरूप 2004 का ऐल्बम "अमेरिकन इडियट", बिलबोर्ड चार्ट्स पर नंबर एक से शुरू हुआ, बैंड का यह पहला ऐल्बम था जो चार्ट की चोटी पर था जिसके बाद ऐल्बम "अमेरिकन इडियट" के पहले सिंगल को यह सफलता मिली. यह ऐल्बम पंक रॉक ओपेरा के नाम से विज्ञापित हुआ उसके तुरन्त बाद ही काल्पनिक यात्रा "जीशस ऑफ़ सबर्बिया" जारी हुआ। "अमेरिकन इडियट" ने 2005 का ग्रैमी "सर्वश्रेष्ठ रॉक ऐल्बम" का अवार्ड जीता और बैंड को 2005 के MTV म्युज़िक अवार्ड के आठ में से सात अवार्ड्स जीते, जिसके लिए वे नामांकित किये गये थे, सम्मानित व्यूवर चॉयेस़ अवार्ड भी इनमें शामिल था।
2005 में ऐल्बम के प्रोत्साहन के लिए बैंड ने 150 तारीखों का दौरा किया -अपने करियर में सबसे लंबे समय तक की यह यात्रा - जापान, ऑस्ट्रेलिया, दक्षिण अमेरिका और यूनाइटेड किंगडम तक हुई, जहां उन्होंने दो-दो दिन के अंतराल पर 130,000 लोगों की भीड़ जुटाई. "अमेरिकन इडियट" के लिए दौरा करते समय इन्होंने नेशनल मिल्टन केनेस नैशनल बाउल, इंग्लैंड में दो संगीत समारोहों को फ़िल्माया और रिकॉर्डिंग भी की, जिसे द बेस्ट शो ऑन अर्थ के तौर पर सबसे ज़्यादा वोट मिला "केर्रांग!" मैगज़ीन के चुनाव में.
इन रिकॉर्डिंगों की लाइव सीडी और डीवीडी बनाकर "बुलेट इन अ बाइबल" के नाम से 15 नवम्बर 2005 को रिलीज़़ किया गया। इस सीडी/डीवीडी में "अमेरिकन इडियट" के सभी हिट गीत थे एवं "करप्लंक" और "1,039/स्मूथ्ड आउट स्लैपी आवर्स" को छोड़कर पिछले ऐल्बम से भी कुछ गीत शामिल किये गये। DVD में परदे के पीछे के कुछ दृश्यों को भी शामिल किया गया कि शो शुरू करने से पहले बैंड किस तरह से तैयार होता है। 2005 के विश्व दौरे में इनका अंतिम शो ऑस्ट्रेलिया के सिडनी और मेलबर्न में क्रमशः 14 और 17 दिसम्बर को हुआ। 10 जनवरी 2006 को बैंड को पसंदीदा ग्रुप के तौर पर पीपुल्स चॉयेज़ अवार्ड से सम्मानित किया गया।

1 अगस्त 2005 को ग्रीन डे ने घोषणा की कि वह लुकआउट! में "डूकी" के पूर्व की सामग्री के मालिकाना अधिकार को निरस्त कर रहा है। रिकार्ड्स की रॉयल्टी का भुगतान न कर अनुबंध के उल्लंघन का हवाला देते हुए एक शिकायत सार्वजनिक तौर पर की लुकआउट! बैंड ने. "डूकी" से पूर्व जो सामग्री एक साल से बिना प्रिंट हुए पड़ी हुईं थीं, उन्हें रीप्राइज ने बैंड के वर्तमान लेबल के साथ 9 जनवरी 2007 को फिर से जारी किया।
2006 में ग्रीन डे ने "बोलवर्ड ऑफ़ ब्रोकेन ड्रीम्स" के लिये ग्रैमी अवार्ड का रिकॉर्ड ऑफ़ द इयर जीता, जो 16 सप्ताह तक बिलबोर्ड के "मॉडर्न रॉक ट्रैक्स" पर नंबर एक स्थिति पर था, ये रिकार्ड रेड हॉट चिली पेपर्स के "स्कार टिशु" और स्टेनड्स के "इट्स बीन अव्हाइल" के साथ साझे तौर पर था (2007 के फू फाइटर्स के हिट "द प्रिटेनडर" के कारण इसकी बिक्री नहीं हो पायी थी, जिसे फिर से पेश किया गया और यह 18 सप्ताह तक टॉप पर रहा).
ब्रेंडन फ्लावर का द किलर्स 2007 में रिकार्ड किया गया जिसमें दावा किया गया कि ग्रीन डे का ऐल्बम "अमेरिकन इडियट" जिस राजनीतिक अवधारणा से संचालित है वह "पूरी तरह से अमेरिकीवाद "का विरोधी है। उन्होंने स्पष्ट किया कि उन्हें ऐल्बम की अवधारणा पर ही आपत्ति है और तथ्य यह है कि इस बैंड की लाइव DVD "बुलेट इन अ बाइबिल" में इंग्लैंड में फ़िल्माया गया था। कंसर्ट के टेप "बुलेट इन ए बाइबिल" में दिखाया गया है कि हजारों यूरोप वासी "अमेरिकन इडियट" के साथ गा रहे हैं। यह कहते हुए उन्हें ऐसा महसूस हुआ कि ग्रीन डे का DVD प्रचार का एक हथकंडा है, उन्होंने कहा, "मैंने बस सोचा यह सचमुच ओछापन था। इंग्लैंड या जर्मनी जैसी जगह पर जायें और उस गीत को गायें- बच्चे इसका वह मतलब नहीं निकालेंगे जैसे वह सोचते हैं। और उन्हें (बिलिए जो आर्मस्ट्रोंग) यह पता है।

संरचना और लुकआउट के वर्ष: 1987-1993
फाक्सबोरो हॉट ट्यूब्स और "21st सेंचुरी ब्रेकडाउन" : 2007-वर्तमान
संबंधित परियोजनाएं
"अमेरिकन इडियट" और नए सिरे से सफलता: 2003-2006