अपने वित्तीय सलाहकार स्चाबिर शैक पर भ्रष्टाचार और धोखाधड़ी का आरोप लगने पर ज़ूमा भी भ्रष्टाचार से संबंधित विवाद में उलझ गए। उस समय लोक अभियोजन के राष्ट्रीय निदेशक रहे बुलेलानी न्गकुका ज़ूमा और ANC मुख्य सचेतक टोनी येंगेनी के खिलाफ ताकत का दुरूपयोग करने के इल्जामों की जांच कर रहे थे।

2004 में ज़ूमा, स्चाबिर शैक मुकदमे में उल्लिखित किए जाने वाले एक प्रमुख व्यक्ति बन गए। स्चाबिर शैक एक डरबन व्यापारी और ज़ूमा के वित्तीय सलाहकार थे, दक्षिण अफ्रीकी नौसेना के डरबन में एक प्रस्तावित वॉटरफ्रंट विकास के लिए वैलर वर्ग लड़ाई के जहाजों की खरीद में रिश्वतखोरी और नकानडला में ज़ूमा के भव्य निवास पर किए गए खर्च के सन्दर्भ में उनसे सवाल किया गया। मुकदमे के दौरान शैक को ज़ूमा के लिए 500 000 रैंड प्रतिवर्ष के रिश्वत का अनुरोध करते हुए दिखाया गया जोकि ज़ूमा के रक्षा ठेकेदार थामसन CSF का समर्थन करने के ऐवज में था, जो कुख्यात "एन्क्रिप्टेड फैक्स" में दर्ज है। 2 जून 2005 को, शैक को दोषी पाया गया और 15 साल की सजा सुनाई गई।

न्यायाधीश हिलेरी स्क्विर्स शैक और ज़ूमा के बीच हुए कई लेनदेन की विस्तृत जानकारी, इस सारांश के साथ देते हैं कि "सभी आरोपी कम्पनियों का इस्तेमाल एक ना एक समय जेकब ज़ूमा को पैसे देने के लिए किया गया है". मीडिया ने स्क्विर्स के बयान का गलत उद्धरण "एक आम तौर पर भ्रष्ट संबंध" (ज़ूमा और शैक के बीच हुआ करता था) वाक्यांश के साथ दिया, जबकि ठीक यही सटीक शब्द अदालती प्रतिलेखों में मौजूद नहीं है। इस वाक्यांश की शुरुआत करने वालों की प्रतिरक्षा में, शैक के खिलाफ फैसले के सम्पूर्ण प्रतिलेख में वास्तव में ज़ूमा का ज़िक्र 471 बार हुआ है, "भ्रष्ट" या "भ्रष्टाचार" शब्द का प्रयोग 54 बार किया गया है और इसमें ऐसे 12 वाक्य हैं जिनमें "भ्रष्ट" और "ज़ूमा" दोनों शब्दों का प्रयोग एक साथ है। बाद में मीडिया सूत्रों ने इस वाक्यांश को "पारस्परिक लाभप्रद सहजीविता", में बदल दिया
जो फैसले के अनुच्छेद 235 से बदला गया था, जो था: "यह सोचना सामान्य बोध और साधारण मानव प्रकृति के खिलाफ होगा कि उन्हें ज़ूमा का वरदहस्त प्राप्त होने के फायदों का एहसास नहीं था, जो 1997 से पहले की तुलना में कहीं अधिक मिल रहा था; और यहां तक कि अगर उनके बीच कभी ऐसा कुछ नहीं कहा गया जो पारस्परिक लाभप्रद सहजीविता को स्थापित करता है, जो साक्ष्य के अनुसार वहां मौजूद था, इसके प्रारंभ होने की परिस्थितियां और इन भुगतानों को बाद में जारी रखने का सिलसिला, प्राप्तकर्ता के अन्दर केवल कृतज्ञता की एक भावना ही उत्पन्न कर सकता है।"

मिडिया द्वारा उनके भविष्य के बारे में गहरी अटकलें लगाए जाने के बारह दिनों के बाद, राष्ट्रपति थाबो मबेकी ने 14 जून 2005 को ज़ूमा को उप राष्ट्रपति के पद से हटा दिया। मबेकी ने संसद की संयुक्त बैठक में कहा कि "यह माननीय उप राष्ट्रपति, सरकार, हमारी युवा लोकतांत्रिक प्रणाली और हमारे देश के हित में सबसे अच्छा होगा कि माननीय जेकब ज़ूमा को उनके प्रजातंत्र के उप राष्ट्रपति और कैबिनेट के सदस्य के पद की जिम्मेदारियों से मुक्त कर दिया जाए." तब ज़ूमा ने संसद के सदस्य के पद से इस्तीफा दे दिया।

शैक मुकदमे के बाद, ज़ूमा पर राष्ट्रीय अभियोग प्राधिकरण द्वारा औपचारिक रूप से भ्रष्टाचार का आरोप लगाया गया। स्थगन के लिए (इसलिए दायर ताकि NPA को सबूत के तौर पर दस्तावेजों के स्वीकार्य रूपों को हासिल करने की अनुमति मिल सके) अभियोजन पक्ष द्वारा दायर आवेदन के खारिज हो जाने के बाद मामले को पीटरमैरिट्सबर्ग हाई कोर्ट से वापस ले लिए गया।

ज़ूमा के कानूनी दल ने कार्रवाई में देरी को जारी रखा और ज़ूमा के इस दावे के बावजूद कि इस मामले को अदालत में देखनें की उनकी इच्छा है, वे अदालत से कुछ महत्वपूर्ण सबूत छुपाने में कामयाब हो गए जिसके परिणामस्वरूप अभियोजन पक्ष को निर्धारित तिथि पर स्थगन के लिए एक आवेदन पत्र दायर करना पड़ा.

8 नवम्बर 2007 को सुप्रीम कोर्ट ऑफ़ अपील ने राष्ट्रीय अभियोग प्राधिकरण (NPA) के पक्ष में अपना निर्णय सुनाया जो ज़ूमा के रक्षा दल द्वारा किए हुए विभिन्न खोज और जब्ती संबंधी कार्यों के संबंध में था और उनके द्वारा किए गए चार अपीलों को ख़ारिज कर दिया गया। यह निर्णय राष्ट्रीय अभियोग प्राधिकरण द्वारा एक फ्रांसीसी हथियार कंपनी के वरिष्ठ सदस्य की व्यक्तिगत डायरी प्राप्त करने के संबंध में था, जिसमें एक हथियार सौदे को प्रदान करने के दौरान सम्भवतः ज़ूमा के भ्रष्ट कार्यकलापों से संबंधित जानकारी प्रदान की गई थी।

28 दिसम्बर 2007 को, स्कोर्पियन ने ज़ूमा पर उच्च न्यायालय में ठग-व्यापार, काले धन को वैध करने, भ्रष्टाचार और धोखाधड़ी के विभिन्न मामलों में अभियोग चलाया। एक दोषसिद्धि और 1 वर्ष से अधिक अवधि के कारावास ने ज़ूमा को दक्षिण अफ्रीकी संसद के चुनाव के लिए अयोग्य बना दिया होता और फलस्वरूप वे दक्षिण अफ्रीका के राष्ट्रपति पद के लिए अयोग्य हो जाते.

बलात्कार के आरोप
व्यक्तिगत जीवन
पश्चिमी सहारा पर टिप्पणियां
भ्रष्टाचार के आरोप