पार्समोनी-आधारित फिलोजेनेटिक विश्लेषण पर आधारित, सभी यूकार्योट्स के सबसे हाल के आम पूर्वज बहुत संभवत: पहले ही शुरूआती आरएनए हस्तक्षेप को भूतग्रस्त करते थे, कुछ युकार्योट्स में मार्ग की अनुपस्थिति को व्युत्पन्न विशेषता माना जाता था। यह पैतृक आरएनएआई सिस्टम में शायद कम से कम एक डिसर जैसा प्रोटीन, एक आर्गोनॉट, एक पीआईडब्ल्यूआई प्रोटीन और एक आरनए-आश्रित आरएनए पॉलिमिरेज निहित होते हैं जो अन्य कोशिकीय भूमिका भी निभा चुके होते हैं। इसी तरह एक बड़े पैमाने पर तुलनात्मक जीनोमिक्स अध्ययन इंगित करता है कि युकार्योट ताज समूह पहले से इन धटकों को अपने वश में रखते हैं, जो एक्सोसोम जैसे सामान्यीकृत आरएनए गिरावट के साथ करीब संबंध रख चुके हो सकते हैं। इस अध्ययन से यह भी पता चलता है कि आरएनए- बाइंडिंग आर्गोनॉट प्रोटीन परिवार, जिसे युकार्योट्स, सबसे अधिक आर्काइआ और कम से कम कुछ बैक्टेरिया (जैसे कि "एक्विफेक्स एओलिकस") के बीच साझा किया जाता है, वे होमोलोगस होते हैं और मूल रूप से ट्रांस्लेशन इनिसिएशन सिस्टम से विकसित किए जाते हैं।

आरएनएआई प्रणाली के पैतृक कार्य में आम तौर पर ट्रांसपोसोन्स और वायरल जिनॉम जैसे एक्सोजेनस जेनेटिक तत्वों के खिलाफ इम्युन रक्षा के होने पर सहमति है। हिस्टोन संशोधन जैसे संबंधित कार्य आधुनिक युकार्योट के पूर्वजोम में पहले से ही मौजूद रहे हो सकते हैं, हालांकि miRNA द्वारा विनियमन के विकास जैसे अन्य कार्य बाद में विकसित हुए माने जाते हैं।

कई युकार्योट्स में एंटिवायरल अंतर्जात इम्युन के घटकों के रूप में, आरएनए हस्तक्षेप जीन वायरल जीनों के साथ एक निकासमूलक हथियारों की होड़ में शामिल रहते हैं। कुछ वायरस अपनी मेजबान कोशिकाओं की आरएनएआई प्रतिक्रिया, एक प्रभाव जिसे व्शेष तौर पर पादप वायरसों के लिए उल्लिखित किया जाता रहा है, को दबाने के लिए प्रणालियां विकसित कर चुके हैं। "ड्रोसोफिला " में विकास दर के अध्ययन ने यह बताया है कि आरएनएआई मार्ग में जीन मजबूत दिशात्मक चयन होते हैं और "ड्रोसोफिला" जिनॉम में सबसे तेज विकसित होने वाले जीनों में होते हैं।

जीवों के बीच में भिन्नता
आरएनए संपादन के साथ जिरह
ट्रांसक्रिप्शनल सायलेंसिंग
विकास