प्राचीन मिस्रवासियों की चिकित्सा समस्याएँ सीधे उनके वातावरण से जनित थीं। नील नदी के पास रहने और काम करने से मलेरिया और कमज़ोर बनाने वाले सिस्टोसोमिआसिस परजीवी का हमला होता रहता था, जो जिगर और पेट को नष्ट कर देता था। मगरमच्छ और दरियाई घोड़े जैसे खतरनाक वन्यजीवों का भी एक आम खतरा मंडराता रहता था। आजीवन चलने वाली खेती और निर्माण कार्यों का दबाव, रीढ़ की हड्डी और जोड़ों पर असर डालता था और निर्माण कार्यों और युद्ध जनित दर्दनाक चोटें शरीर को घातक नुकसान पहुँचाती थीं। पत्थर से पीसे गए आटे की कंकरी और रेत से दांतों में खरोंच आती थी, जिससे वे फोड़ों के प्रति संवेदनशील हो जाते थे (हालांकि अस्थिक्षय दुर्लभ थे). 

जो धनाढ्य थे उनके आहार में शक्कर की मात्रा अधिक होती थी, जो पेरियोडेंटल रोग को जन्म देती थी। कब्र की दीवारों पर चाटुकारितापूर्ण शरीर के चित्रण के बावजूद, उच्च वर्ग की कई वज़नदार ममी से जीवन में अत्यधिक भोजन से पड़ने वाला प्रभाव साफ़ दिखता है। वयस्क जीवन प्रत्याशा पुरुषों के लिए करीब 35 था और महिलाओं के लिए 30, पर वयस्क उम्र तक पहुँचना मुश्किल था क्योंकि एक तिहाई आबादी शैशवावस्था में ही मृत्यु को प्राप्त हो जाती थी।

प्राचीन मिस्र के चिकित्सक अपने उपचार कौशल के लिए प्राचीन निकट-पूर्व में प्रसिद्ध थे और कुछ, जैसे इम्होटेप, अपनी मृत्यु के बाद भी लंबे समय तक प्रसिद्ध रहे. हेरोडोटस ने टिप्पणी की है कि मिस्र के चिकित्सकों में विशेषज्ञता का एक उच्च स्तर था, जहाँ कुछ चिकित्सक सिर्फ सिर या पेट का उपचार करते थे जबकि अन्य आंखों के डॉक्टर और दंत चिकित्सक थे। चिकित्सकों का प्रशिक्षण "पर आंख" या "हाउस ऑफ़ लाइफ" में होता था, उल्लेखनीय रूप से जिनका मुख्यालय नवीन साम्राज्य में पर-बस्तेट में और उत्तरार्ध काल में अबिडोस और साइस में था। चिकित्सा पापिरी से शरीर रचना विज्ञान, चोटों और व्यावहारिक उपचार का अनुभवजन्य ज्ञान प्रदर्शित होता है। 

ज़ख्मों का पट्टी बांधकर उपचार किया जाता था जिसमें कच्चे मांस, सफेद सन, टांके, जाली, पैड और संक्रमण रोकने के लिए मधु में लिपटा फाहा प्रयोग किया जाता था, जबकि दर्द को कम करने के लिए अफीम दिया जाता था। अच्छे स्वास्थ्य को बढ़ावा देने के लिए लहसुन और प्याज का नियमित रूप से इस्तेमाल किया जाता था और इसके प्रयोग को अस्थमा से छुटकारा का एक उपाय माना जाता था। प्राचीन मिस्र के शल्य-चिकित्सक ज़ख्म सिलते थे, टूटी हड्डियों को जोड़ते थे और रोगग्रस्त अंग को काटते थे, लेकिन उन्होंने स्वीकार किया कि कुछ चोटें इतनी गंभीर होती थीं कि वे रोगी को उसके मरने तक केवल आराम पहुँचा सकते थे।

प्रथम मध्यवर्ती काल
प्रौद्योगिकी, चिकित्सा और गणित
औषधि
मध्य साम्राज्य