औद्योगिक क्रांति की सामाजिक चुनौतियों की प्रतिक्रिया के रूप में, तेरहवें पोप लियो ने एनसाइक्लिकल "रेरम नोवार्म" को प्रकाशित किया। इसने कैथोलिक सामाज़िक शिक्षण को रवाना किया जिसने समाजवाद को अस्वीकार कर दिया था लेकिन कार्यप्रणाली स्थितियों के विनियमन, निर्वाह-मज़दूरी की स्थापना, तथा व्यापार संघ बनाने के लिये श्रमिकों के अधिकार की वकालत की. हालांकि, सैद्धांतिक मामलों में गिरजाघर की अभ्रांतता हमेशा से गिरजाघर का सिद्धांत रही थी, पहली वेटिकन परिषद, जिसे 1870 में आयोजित किया गया था, ने पोप संबंधी अभ्रांतता के सिद्धांत की पुष्टि की जब विशिष्ट परिस्थितियों के तहत उसका प्रयोग किया गया। इस निर्णय ने पोप को "दुनिया भर के गिरजाघर में अत्यंत नैतिक और आध्यात्मिक अधिकार" दिया. घोषणा की प्रतिक्रिया के परिणामस्वरूप मुख्यत: जर्मन गिरजाघरों के समुह के संबंध-विच्छेद हुए, जिसने बाद में पुराने कैथोलिक गिरजाघर की स्थापना की. इतालवी एकीकरण से पोप-संबंधी राज्यों की हार रोमन प्रश्न के रूप में सामने आयी, और जिसने पोप के पद तथा इतालवी सरकार के बीच एक क्षेत्रीय विवाद स्थापित किया जो वेटिकन शहर के प्रभुत्व को 1929 की लेटरन संधि द्वारा पवित्र स्वीकृत किये जाने तक नही सुलझा था।

1872 में जॉन बॉस्को और मारिया माज़ारेल्लो ने इटली में डॉन बॉस्को की सेल्सियन बहनों नामक संस्थान को स्थापित किया, जो 2009 में 14,420 सदस्यों के साथ दुनिया में महिलाओं के सबसे बड़े कैथोलिक संस्थान के रूप में विकसित होगा.
20वीं सदी ने विभिन्न राजनैतिक कट्टरपंथियों तथा पादरी विरोधी सरकारों को उठते हुई देखा. 1926 के कॉल्स कानून जो मैक्सिको में गिरजाघर और राज्यों को बांट रहा है वह क्रिसटेरो युद्ध का कारण बना जिसमें 3,000 से अधिक पादरी या तो मारे गये या निर्वासित कर दिये गये, गिरजाघरों को अपवित्र किया गया, सेवाओं का मज़ाक उड़ाया गया, नन के साथ बलात्कार किया गय, तथा पकड़े गये पादरियों को गोली मार दी गई। सोवियत संघ में 1917 की बोल्शेविक क्रांति के बाद, गिरजाघर तथा कैथोलिकों पर अत्याचार 1930 में भी ज़ारी रहे. पादरियों की फांसी और निर्वासन, महन्तों तथा सामान्य जन के साथ ही धार्मिक साधनों का अधिकरण और गिरजाघरों का बंद होना आम था। 1936-39 के स्पेन के राष्ट्र युद्ध में, कैथोलिक अनुक्रम ने लोकप्रिय मोर्चा सरकार के खिलाफ फ्रेंको राष्ट्रवादियों के साथ मिलके अपने आपको गिरजाघर के खिलाफ रिपब्लिकन हिंसा और "विदेशी तत्व जो हमें बर्बाद करने के लिए लाये हैं" का हवाला देते हुए संबद्ध किया। ग्यारहवें पोप पायस ने इन तीन देशों को एक "भयानक त्रिभुज" के रूप में तथा यूरोप और अमेरिका में विरोध की विफलता को एक मौन षड़यन्त्र के रूप में उल्लिखित किया।

1933 के रिच्स्कोनकोर्डाट, जिसने नाज़ी जर्मनी में गिरजाघर को सुरक्षा और अधिकारों की गारंटी दी थी, के उल्लंघन के बाद, ग्याहरवें पोप पायस ने 1937 के सार्वभौम पत्र "मिट ब्रेनेंनडर सोर्ज" को ज़ारी किया, जिसने सार्वजनिक रूप से गिरजाघर के नाजियों पर हुए अत्याचार की तथा अशिक्षित ईसाइयों के प्रति उनकी विचारधारा और नस्लीय श्रेष्ठता की कड़ी निंदा की. सितम्बर 1939 में द्वितीय विश्व युद्ध के शुरू होने के बाद, गिरजाघर ने पोलैंड के हमले तथा बाद में 1940 नाज़ियों पर हुए हमलों की निंदा की. हजारों कैथोलिक पादरियों, ननों और भाइयों को ज़ेल भेज दिया गया तथा मार दिया गया, उस संपूर्ण क्षेत्र में जो नाज़ियों के कब्ज़े में था जिसमें मैक्सिमिलियन कोल्बे तथा एडिथ स्टैन आदि संन्यासी भी शामिल हैं। प्रलयकाल में, तेहरवें पोप पायस ने नाज़ियों से यहूदियों की रक्षा करने के लिये गिरजाघर अनुक्रम को निर्देशित किया था। जबकि कुछ इतिहासकारों द्वारा बाहरवें पायस को लाखों यहूदियों को बचाने में मदद देने का श्रेय दिया गया, यहूदी विरोधवाद युग को प्रोत्साहित करने तथा पायस द्वारा नाज़ियों के अत्याचारों को रोकने में नाकामी के लिये गिरजाघर को दोषी माना गया है। इन आलोचनाओं की वैधता पर बहस आज़ भी जारी है।

पूर्वी यूरोप में युद्ध के बाद कम्युनिस्ट सरकारों ने धार्मिक स्वतंत्रता को गंभीर रूप से प्रतिबंधित किया। हालांकि कम्युनिस्ट शासन के साथ कुछ पादरियों और धार्मिक लोगों ने सहयोग किया, इस शासनकाल में अनेकों को कैद कर लिया गया, निर्वासित या मार दिया गया तथा यूरोप में साम्यवाद के पतन के लिये गिरजाघर एक महत्वपूर्ण खिलाड़ी होगा. 1949 में चीन में कम्युनिस्टों की सत्ता में वृद्धि सभी विदेशी मिशनरियों का निष्कासन लेकर आयी। नई सरकार ने भी देशभक्तिपूर्ण गिरजाघरों का निर्माण कराया जिसके एकतरफा ढ़ंग से नियुक्त हुए धर्माध्यक्ष को शुरूआत में रोम द्वारा अस्वीकार कर दिया गया तथा इससे पहले उनमें से अनेकों को स्वीकार किया गया था। 1960 की सांस्कृतिक क्रांति के कारण सभी धार्मिक प्रतिष्ठान बंद किये गये। जब चीनी गिरजाघर अंतत: फिर से खुले तब तक वे देशभक्तिपूर्ण गिरजाघरों के नियंत्रण में रहे थे। कई कैथोलिक पादरियों तथा याजकों को रोम के लिये निष्ठा त्याग करने से इनकार करने के लिये लगातार ज़ेल भेजा गया।

सुधार और काउंटर सुधार
पूजा की परंपरा
औद्योगिक युग
प्रारंभिक आधुनिक काल