तीसरे सीज़न में 25 एपिसोड हैं जिनके प्रसारण की शुरुआत 22 सितंबर 2008 को हुई. इस सीज़न में भाग तीन और चार शामिल हैं जिनके शीर्षक क्रमशः "विलेन" और "फ्यूज़ीटिव" हैं. "विलेन" की शुरुआत में ज़ाईलर को पुनः अपनी खोई हुई ताकत को प्राप्त करते हुए दिखाया गया है, जो कि "जनरेशन्स" के समापन का अंतिम दृश्य था. टिम क्रिंग कहते हैं कि नया संस्करण शो में खलनायकों की फौज ले के आएगा, इसलिए इसका शीर्षक यह रखा गया है. भाग तीन नाथन पेट्रेली पर हत्या करने के प्रयास और इसके परिणामों से शुरू होता है. इसके अलावा, कई खलनायक स्तर 5 की क़ैद से भाग निकलते हैं और कंपनी उन्हें पकड़ने का प्रयास करती है. आर्थर पेट्रेली एडम मोनरो की चिकित्सा योग्यता की मदद से प्रणालीगत तंत्रिका नुकसान से बच जाता है और अंततः कुछ नये खलनायकों (फ्लिंट गॉर्डन जूनियर, नॉक्स और डेफ्ने मिलब्रुक) को भर्ती करता है और बाद में मोहिन्दर सुरेश, नाथन पेट्रेली, ट्रेसी स्ट्रॉस, एली बिशप, और ज़ाईलर को फंसाता है. उनका उद्देश्य एक ऐसा फ़ॉर्मूला बनाना है जो लोगों की क्षमता बढ़ा सके लेकिन कई नाकामियों के बाद उन्हें शीघ्र ही एहसास हो जाता है कि उन्हें एक "उत्प्रेरक" ढूँढने की आवश्यकता है जो व्यक्ति के भीतर पाया जाता है.

टेलीविज़न और रेडियो
एक्शन फ़िगर (खिलौने)
भाग 3 : विलेन
"हीरोज़ : ऑरिजिंस "