वैक्युम अपने स्वभाव के कारण हवा की निकासी द्वारा हवा को वहन करती हैजो कि पूरी तरह से छनी हुई नहीं होती है। इसके कारण सेहत में समस्या पेश आ सकती है, क्योंकि प्रचालक अंतत: धूल फांस ही लेता हैं। इस समस्या का हल करने के लिए निर्माता बहुत सारी पद्धतियों का प्रयोग करते हैं। एक ही वैक्युम में कई तरीके एक साथ सम्मिलित किए जा सकते हैं। आमतौर पर फिल्टर को इस तरह लगाया जाता है कि मोटर तक पहुंचने से पहले भीतर आनेवाली हवा इससे होकर गुजरे. साधारण वैक्युम क्लीनर, को एस्बेस्टोस फाइबर को साफ करने के लिए इस्तेमाल नहीं किया जाना चाहिए, अगर 'हेपा' (HEPA) फिल्टर लगा हुआ हो तो भी.


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