शुरुआत में पुर्तगाली पादरियों ने कोंकणी भाषा का गहन अध्ययन किया और उसे लोगों का धर्मांतरण करने के लिए एक संचार माध्यम के रूप में इसका प्रयोग किया। इसके विपरीत, इंक्विज़िशन के दौरान उन्होंने नए ईसाइयों को ग़ैर-कैथोलिंक लोगों से अलग रखने का हरसंभव प्रयास कर नस्लभेद का एक नया नमूना पेश किया। 17 वीं शताब्दी के अंत में और इससे पहले 18 वीं शताब्दी में मराठों के गोवा पर आक्रमण करने के प्रयासों के समय कोंकणी का दमन किया गया। मराठों के बढ़ते पराक्रम को पुर्तगालियों ने अपने गोवा के नियंत्रण और भारत में व्यापार के रखरखाव के लिए एक गंभीर खतरे के रूप में देखा। मराठा खतरे के कारण, पुर्तगाली अधिकारियों ने गोवा में कोंकणी को दबाने के लिए एक दमनकारी कार्यक्रम शुरू करने का फैसला किया। पुर्तगाली का ज़बरन उपयोग लागू किया गया, और कोंकणी केवल सीमांत लोगों की भाषा बनकर रह गई।

फ्रांसिस्कन (Franciscan) पादरियों के आग्रह पर, पुर्तगाली वायसराय ने 27 जून 1684 को कोंकणी के उपयोग को रोक दिया और यह निर्णय लिया कि तीन साल के भीतर, सामान्य रूप से स्थानीय लोग केवल पुर्तगाली भाषा बोलेंगे। अब उन्हें पुर्तगाली क्षेत्रों में किए गए अपने सभी संपर्कों और अनुबंधों में इसका उपयोग करने की आवश्यकता थी। उल्लंघन के लिए दंड कारावास रखा गया। राजा द्वारा 17 मार्च 1687 को इस डिक्री की पुष्टि की गई। 1731 में पुर्तगाली सम्राट को इंक्विज़िटर एंटोनियो अमरल कोटिन्हो के पत्र के अनुसार, ये कठोर उपाय सफल नहीं हुए। 

उत्तर के पुर्तगाली प्रांत (जिसमें बसीन, चाउल और साल्सेट शामिल थे) पर मराठों की जीत के बाद, पुर्तगालियों ने कोंकणी पर नए सिरे से हमला किया। 21 नवंबर 1745 को, आर्कबिशप लोरेंको डे सांता मारिया ने यह निर्णय लिया कि पादरी बनने के आवेदकों को पुर्तगाली भाषा में और बोलने की क्षमता का ज्ञान होना चाहिए; इसने केवल आवेदकों पर ही लागू नहीं किया, बल्कि उनके करीबी संबंधों के लिए भी, और इसकी सरकारी कर्मचारियों द्वारा कठोर परीक्षाओं से पुष्टि की जाती थी। इसके अलावा, सभी "बामोन" (Bamonn, कैथोलिंक ब्राह्मण) और "चारड्डो" (Chardo, कैथोलिंक क्षत्रिय) को छह महीने के भीतर पुर्तगाली सीखने की आवश्यकता थी, जिसमें विफल रहे कि उन्हें शादी के अधिकार से वंचित कर दिया जाता। 1812 में, आर्चबिशप ने बच्चों को स्कूलों में कोंकणी बोलने से प्रतिबंधित कर दिया और 1847 में, यह मदरसों तक बढ़ा दिया गया था। 1869 में, कोंकणी को स्कूलों में पूरी तरह से प्रतिबंधित कर दिया गया था।

परिणामस्वरूप, गोवा के लोग कोंकणी में साहित्य विकसित नहीं कर पाए, और न ही यह भाषा आबादी को एकजुट कर सकी, क्योंकि इसे लिखने के लिए कई लिपियों (रोमन, देवनागरी और कन्नड़) का उपयोग किया गया था। कोंकणी "lingua de criados" (नौकरों की भाषा) बन गई, जबकि हिंदू और कैथोलिक कुलीन क्रमशः मराठी और पुर्तगाली भाषी बन गए। 

1961 में, जब गोवा का भारत में विलय हुआ, तबसे कोंकणी भाषा वह गोंद बन गई है जो सभी जाति, धर्म और वर्ग के गोवावासियों को जोड़कर रखता है- वे इसे स्नेह से "कोंकणी माई" (माँ कोंकणी) कहकर पुकारते हैं। 

भारत में भाषा को पूर्ण मान्यता 1987 में मिली, जब भारत सरकार ने कोंकणी को गोवा की आधिकारिक भाषा के रूप में मान्यता दी। 


पुर्तगाली आगमन और गोवा पर क़ब्ज़ा
इंक्विज़िशन पर कुछ विचार
कोंकणी भाषा का दमन
भारत में इंक्विज़िशन का प्रवेश