युसुफ ने 1990 के दशक में फिर से धीरे-धीरे अपना संगीत करियर शुरू किया। उनके आरंभिक रिकॉर्डिंगों में तालवाद्य के अलावा और कोई संगीत वाद्ययंत्र शामिल नहीं था और इसमें इस्लामी प्रसंगों पर आधारित गीत थे। 1990 के दशक के अंतिम दौर में उन्होंने माउन्टेन ऑफ़ लाईट स्टूडियोज नामक अपनी खुद की रिकॉर्डिंग स्टूडियो के निर्माण में निवेश किया और "गॉड इज डी लाईट" में उन्हें एक अतिथि गायक के रूप में प्रस्तुत किया गया जो रेहान नामक ग्रुप द्वारा नशीद्स के एक एल्बम का गाना था। इसके अलावा, उन्होंने कैनेडियन कलाकार डावुड व्हार्न्सबी सहित अन्य मुस्लिम गायकों को भी आमंत्रित किया और उनके साथ मिलकर काम किया। एक सर्बियाई रॉकेट हमले में युसुफ के दोस्त और बोस्निया-हर्जेगोविना के विदेश मंत्री, इरफ़ान जुबिजैन्किक, की मौत के बाद, युसुफ साराजेवो में 1997 में आयोजित एक लाभ संगीत कार्यक्रम में दिखाई दिए और जुबिजैन्किक द्वारा लिखे गए एक गाने के आधार पर नामित एक लाभ एल्बम, "आई हैव नो कैनंस दैट रोर", की रिकॉर्डिंग की। 
इस्लामी शिक्षा के बारे बच्चों को पढ़ाने के लिए डिजाइन किए गए कुछ शिक्षा संसाधनों को देखते हुए युसुफ ने 2000 में दक्षिण अफ़्रीकी गायक-गीतकार जैन भिखा के सहयोग से "ए इज फॉर अल्लाह" नामक एक बाल एल्बम का लेखन और निर्माण किया। शीर्षक गीत एक ऐसा गीत था जिसे युसुफ ने धर्म और अरबी वर्णमाला दोनों से अपने पहले बच्चे का परिचय कराने से वर्षों पहले लिखा था। उन्होंने "जमाल रिकॉर्ड्स" नाम से अपने खुद के रिकॉर्ड लेबल और माउन्टेन ऑफ़ लाईट प्रोडक्शशंस की भी स्थापना की और अपनी परियोजनाओं से प्राप्त होने वाली आय का कुछ प्रतिशत वह अपनी "स्मॉल काइंडनेस" चैरिटी को दान करते हैं जिसका नाम कुरान से लिया गया है।
अपने कैट स्टीवंस एल्बमों के 2000 के रि-रिलीज़ के अवसर पर, उन्होंने बताया कि अपनी इस्लामी आस्था की गलतफहमी की वजह से उन्होंने अंग्रेज़ी में प्रदर्शन करना बंद कर दिया था। "इस्लाम में संगीत का यह मुद्दा उतना आम नहीं था जितना मुझे बताया गया था। .. मैंने विरोध मत पर भरोसा "[एवमेव]" कर लिया था जो शायद मेरी गलती थी।"

युसुफ ने अपने जज्बातों का जिक्र करते हुए कहा है कि वेस्टर्न पॉप संगीत व्यवसाय को छोड़ने का उनका फैसला शायद एक ऐसा फैसला था जो उनके प्रशंसकों के लिए बहुत कम संचार के साथ बहुत जल्दी किया गया फैसला था। अधिकांश लोगों के लिए, यह एक आश्चर्य की बात थी और यहां तक कि उनके गिटारवादक, एलुन डेवीज, ने भी परवर्ती साक्षात्कारों में कहा कि उन्हें विश्वास नहीं था कि स्टीवंस सचमुच ऐसा करेंगे जिन्होंने उनके साथ अपने सम्पूर्ण रिश्ते के दौरान अन्य धर्मों में कई बार सशक्त प्रयास किया था। युसुफ ने खुद कहा है कि अपनी पिछली जिंदगी और एक मुसलमान के रूप में अपनी इस जिंदगी के दरम्यान होने वाली यह "कटौती" बहुत जल्दी, बहुत गंभीर हुई होगी और यह भी कि ज्यादा लोग इस्लाम के बारे में बेहतर ढ़ंग से जानते होंगे और इसे और खुद को बेहतर ढ़ंग से समझने का अवसर दिया गया होगा यदि उन्होंने अपने प्रदर्शन में से केवल उन वस्तुओं को हटा दिया होता जिसे "हराम" समझा जाता था जो उन्हें किसी भी धार्मिक व्यवरोध का उल्लंघन किए बिना उनके संगीत के माध्यम से अपने आपको संगीतमय ढ़ंग से व्यक्ति करने और श्रोताओं को शिक्षित करने की अनुमति देता है।

2003 में, मुस्लिम जगत से लगातार प्रोत्साहन मिलने के बाद, युसुफ ने एक संकलित सीडी के लिए एक बार फिर से "पीस ट्रेन" की रिकॉर्डिंग की जिसमें डेविड बॉवी और पॉल मैककार्टनी के प्रदर्शन भी शामिल थे। 25 वर्षों में पहली बार उन्होंने अंग्रेज़ी में सार्वजनिक रूप से अपने पूर्व सत्र वादक पीटर गैब्रियल के साथ नेल्सन मंडेला के 46664 संगीत कार्यक्रम में "वाइल्ड वर्ल्ड" का प्रदर्शन किया था। दिसंबर 2004 में, उन्होंने और रोनन कीटिंग ने "फादर एण्ड सन" नामक गाने के एक नए संस्करण को रिलीज़ किया जिसने तालिकाओं में बैंड एड 20 के "डू दे नो इट इज क्रिसमस?" के बाद दूसरा स्थान प्राप्त किया। उन्होंने इस गाने को गाते समय पिताओं और पुत्रों की तस्वीरों के दरम्यान चलने वाली जोड़ी का एक वीडियो भी प्रस्तुत किया। "फादर एण्ड सन" से होने वाली आमदनी बैंड एड चैरिटी को दान कर दिया गया। कीटिंग के पूर्व समूह, बॉयज़ोन, ने एक दशक पहले इस गाने के साथ हिट प्रदर्शन किया था। जैसा कि युसुफ को इस गाने के लिए पहले से ही राजी कर लिया गया था इसलिए उन्होंने इस गाने में अपना योगदान दिया क्योंकि इससे मिलने वाली आमदनी चैरिटी को दान कर दिया जाना तय था। हालांकि, इसने उनके कलात्मक करियर के एक बिंदु को चिह्नित किया जहां उन्होंने केवल आवाज और ड्रम से कहीं अधिक इस्तेमाल होने वाली अवधारणा का मनोरंजन प्रस्तुत किया।
मुहम्मद के जन्मदिन की सालगिरह के अवसर पर संयुक्त अरब अमीरात के अबू धाबी में एक अनुसूचित संगीत प्रदर्शन से पहले 21 अप्रैल 2005 को युसुफ ने कुछ शब्द कहे. उन्होंने कहा, "आजकल दुनिया में इस्लाम के बारे में बहुत ज्यादा अज्ञान फैला हुआ है और हमलोग व्याख्यानों और बातों से कुछ अधिक परिष्कृत माध्यम की सहायता से बातचीत करने की उम्मीद करते हैं। हमारे रिकॉर्डिंग विशेष रूप से युवाओं के लिए हैं जिसमें गानों के साथ-साथ मनभावन ध्वनि प्रभाव के साथ कुरान के छंदों का भी इस्तेमाल किया गया है।.." युसुफ ने बताया कि कुरान में वाद्ययंत्रों के बारे में कोई वास्तविक दिशा-निर्देश न होने और संगीत व्यवसाय के बारे में कोई उल्लेख न होने के बावजूद मुसलमान यात्रियों ने ही सबसे पहले मूरिश स्पेन में गिटार को लाया था। उन्होंने इस बात का उल्लेख करते हुए बताया कि मुहम्मद समारोह के शौक़ीन थे, चाहे वह किसी बच्चे के जन्म का मामला हो, या एक लम्बी यात्रा पर से किसी यात्री के लौटने की बात हो। इस प्रकार, युसुफ ने निष्कर्ष निकाला कि स्वस्थ मनोरंजन को इसकी सीमाओं के भीतर स्वीकार किया जा सकता है और कहा कि अब उन्हें लगता है कि गिटार के साथ प्रदर्शन करना कोई पाप नहीं है। उन्हें अब लगता है कि संगीत का उत्थान आत्मा की ओर हो रहा है; कुछ ऐसी चीज़ जिसकी बुरे वक्त में बेहद जरूरत पड़ती है। उस समय, उनके साथ कई युवा पुरुष गायक शामिल हुए जिन्होंने मुख्य गायक और गिटारवादक युसुफ के साथ सहायक स्वर का गायन और ड्रम वादन किया। उनलोगों ने दो गानों का प्रदर्शन किया जिनमें से दोनों आधा अरबी में और आधा अंग्रेज़ी में थे; "ताला'आ अल-बाद्रु अलायना", जो कि अरबी का एक पुराना गाना है जिसे युसुफ ने एक लोक ध्वनि के साथ रिकॉर्ड किया था और दूसरा गाना, "द विंड ईस्ट एण्ड वेस्ट", जो युसुफ का एक नवलिखित गाना था जिसमें आर एण्ड बी (R&B) की एक विशिष्ट ध्वनि को शामिल किया गया था।

इस प्रदर्शन के साथ, युसुफ ने धीरे-धीरे अपने कैट स्टीवंस युग (मामूली गीतात्मक बदलाव के साथ कुछ) की पुरानी सामग्रियों के साथ-साथ नए गानों में वाद्ययंत्रों को एकीकृत करना शुरू कर दिया जिनके बारे में दुनिया भर के मुस्लिम समुदायों को मालूम था और जिनमें कुछ हद तक नए विषयों और श्रोताओं के एक दूसरी पीढ़ी पर प्रकाश डालने से पहले एक समान पश्चिमी प्रवृत्ति देखने को मिलती है।

2005 के एक प्रेस विज्ञप्ति में उन्होंने अपने पुनर्जीवित रिकॉर्डिंग करियर के बारे में बताया:

2005 के आरम्भ में, युसुफ ने 2004 की सुनामी आपदा के बारे में "इन्डियन ओशन" नाम से एक नए गाने को रिलीज़ किया। इस गाने में भारतीय संगीतकार/निर्माता ए. आर. रहमान, ए-हा कीबोर्ड वादक मैगने फुरुहोलमेन और ट्रैविस ड्रम वादक नील प्रिमरोज शामिल थे। इस एकल से होने वाली आमदनी को युसुफ के "स्मॉल काइंडनेस" चैरिटी के माध्यम से बैंडा एकेह के अनाथों की मदद के लिए दान कर दिया गया जो सुनामी से बुरी तरह प्रभावित क्षेत्रों में से एक था। शुरू में, इस एकल को केवल कई ऑनलाइन संगीत स्टोरों के माध्यम से रिलीज़ किया गया था लेकिन बाद में इसे संकलित एल्बम "कैट स्टीवंस: गोल्ड" में शामिल किया गया। मुझे अपनी आस्था के बारे में जानना था और अपने परिवार की देखभाल करनी थी और मुझे प्राथमिकता देनी थी। लेकिन अब मैंने यह सब कर लिया है और एक बार फिर से संगीत की दुनिया में भरने के लिए मेरे लिए थोड़ी जगह है।"

28 मई 2005 को, युसुफ ने डसेलडोर्फ के एडोप्ट-ए-माइनफील्ड गाला में एक मुख्य भाषण दिया और प्रदर्शन किया। एडोप्ट-ए-माइनफील्ड चैरिटी, पॉल मैककार्टनी के संरक्षण में, बारूदी सुरंगों को साफ़ करने और बारूदी सुरंग में जीवित बचे लोगों के पुनर्वास के लिए जागरूकता पैदा करने और उनके लिए पैसों का इंतजाम करने के लिए अंतर्राष्ट्रीय स्तर पर काम करता है। युसुफ ने एक मानद समिति के भाग के रूप में इसमें भाग लिया जिसमें जॉर्ज मार्टिन, रिचर्ड ब्रैनसन, बौट्रोस बौट्रोस-घाली, क्लाउस वूरमैन, क्रिस्टोफर ली और अन्य हस्तियां भी शामिल थी।

2005 के मध्य में, युसुफ ने अपने "व्हेयर डू द चिल्ड्रेन प्ले?" के डॉली पार्टन के संस्करण पर डॉली पार्टन के एल्बम, "दोज़ वेयर द डेज़", के लिए गिटार बजाय. (पार्टन ने कुछ साल पहले "पीस ट्रेन" पर भी काम किया था।)

मई 2006 में, उनके आगामी नूतन पॉप एल्बम की प्रत्याशा में, बीबीसी1 (BBC1) कार्यक्रम "इमेजिन" पर एलन येंतोब के साथ ""युसुफ: द आर्टिस्ट फोर्मरली नोन ऐज़ कैट स्टीवंस" " नामक 49 मिनट वाले एक वृत्तचित्र को प्रसारित किया गया। इस वृत्तचित्र फिल्म में 1960 के दशक के अंतिम दौर और 1970 के दशक के दुर्लभ ऑडियो और वीडियो क्लिपों के साथ-साथ युसुफ, उनके भाई डेविड गॉर्डन, कई रिकॉर्ड अधिकारी, बॉब गेल्डोफ़, डॉली पार्टन और कैट स्टीवंस के रूप में उनके करियर की रूपरेखा बताने वाले अन्य लोग, युसुफ इस्लाम के रूप में उनका रूपांतरण और उद्भव और 2006 में संगीत में उनकी वापसी को भी दर्शाया गया है। इसमें "ऐन अदर कप" की रिकॉर्डिंग करते समय स्टूडियो में उन्हें गाते हुए दिखाने वाले क्लिपों के साथ-साथ "द विंड" और "ऑन द रोड टु फाइंड आउट" सहित कैट स्टीवंस के गानों के कुछ छंदों को गिटार पर उन्हें गाते हुए दिखाने वाले 2006 के कुछ अंश भी शामिल हैं।

युसुफ ने धर्मनिरपेक्ष संगीत में अपनी वापसी का श्रेय अपने तत्कालीन 21 वर्षीय बेटे मुहम्मद इस्लाम को दिया है जो एक संगीतकार और कलाकार भी है, जब बेटे ने घर में वापस एक गिटार लाया जिसे युसुफ बजाने लगे। मुहम्मद का पेशेवर नाम योरियोस है और उनके पहले एल्बम को फरवरी 2007 में रिलीज़ किया गया था। योरियोस ने युसुफ के एल्बम "ऐन अदर कप" पर अपनी कलाकारी दिखाई जो कुछ उस तरह का था जिस तरह का कैट स्टीवंस ने 1970 के दशक में अपने एल्बमों के लिए किया था।

2006 के शुरू में, कैट स्टीवंस के "टी फॉर द टिलरमैन" गाने का इस्तेमाल रिकी गेर्वैस बीबीसी-एचबीओ सिटकॉम "एक्स्ट्राज" के लिए विषय धुन के रूप में किया गया। हीरा उद्योग की तरफ से उपहार भेंट करने के लिए एक क्रिसमस-सत्र वाले टीवी विज्ञापन का प्रसारण 2006 में कैट पॉवर के "हाउ कैन आई टेल यू" के कवर के साथ किया गया। उस गाने को संगीत कार्यक्रम में रेड हॉट चिली पेपर्स के जॉन फ्रसियांट द्वारा बार-बार कवर किया गया है।

दिसम्बर 2006 में, युसुफ, नॉर्वे के ओस्लो में आयोजित नोबेल पीस प्राइज़ कॉन्सर्ट में पुरस्कार विजेताओं, मुहम्मद युनुस और ग्रामीण बैंक, के सम्मान में प्रदर्शन करने वाले कलाकारों में से एक थे। उन्होंने "मिडडे (अवॉइड सिटी आफ्टर डार्क)", "पीस ट्रेन" और "हेवन/व्हेयर ट्रु लव गोज़" गानों का प्रदर्शन किया। उन्होंने एक "जैज़ ऐट लिंकन सेंटर" कार्यक्रम के रूप में उस महीने न्यूयॉर्क शहर में एक संगीत कार्यक्रम भी प्रस्तुत किया जिसे केसीआरडब्ल्यू-एफएम (KCRW-FM) रेडियो द्वारा रिकॉर्ड और प्रसारित किया गया था और जिसमें निक हारकोर्ट का एक साक्षात्कार भी शामिल था। कैट स्टीवंस के दिनों की तरह, उस दिन भी गिटार और स्वर पर एलुन डेवीज ने उनका साथ दिया था।
अप्रैल 2007 में, बीबीसी1 ने "बीबीसी सेशंस" के भाग के रूप में युसुफ द्वारा पोर्चेस्टर हॉल में प्रदर्शित एक संगीत कार्यक्रम का प्रसारण किया जो पिछले 28 सालों में लन्दन में उनका पहला लाइव प्रदर्शन था (इससे पहले उन्होंने 1979 में यूनिसेफ के "यर ऑफ़ द चाइल्ड" संगीत कार्यक्रम में प्रदर्शन किया था)। उन्होंने "फादर एण्ड सन", "द विंड". "व्हेयर डू द चिल्ड्रेन प्ले?", "डोंट बी शाई", "वाइल्ड वर्ल्ड" और "पीस ट्रेन" की तरह कुछ पुराने गानों के साथ-साथ कई नए गानों का प्रदर्शन किया।

जुलाई 2007 में, उन्होंने दक्षिण अफ्रीका में आर्कबिशप डेसमंड टूटू के पीस सेंटर और डेबोराह और कार्लोस सैंटाना के मिलैग्रो फाउंडेशन के फायदे के लिए जर्मनी के बोचुम में एक संगीत कार्यक्रम में प्रदर्शन किया। इसे देखने वाले दर्शकों में नोबेल पुरस्कार जीतने वाले मिखाइल गोर्बाचेव डेसमंड टूटू और अन्य प्रमुख वैश्विक हास्तियां शामिल थीं। वह बाद में हैम्बर्ग में लाइव अर्थ के जर्मन लेग में अंतिम कलाकार के रूप में दिखाई दिए जहां उन्होंने कुछ क्लासिक कैट स्टीवंस गानों और ज्यादा हाल के संकलनों का प्रदर्शन किया जो शान्ति और बाल कल्याण के प्रति उनकी चिंता को प्रतिबिंबित करता है। उनके सेट में स्टेवी वंडर की "सैटर्न", "पीस ट्रेन", "व्हेयर डू द चिल्ड्रेन प्ले?", "रुइंस" और "वाइल्ड वर्ल्ड" शामिल थे। उन्होंने 21 सितम्बर 2007 को रॉयल अल्बर्ट हॉल में आयोजित पीस वन डे नामक संगीत कार्यक्रम में प्रदर्शन किया।
2008 में युसुफ ने स्वदेशी अधिकार संगठन सर्वाइवल इंटरनैशनल के समर्थन में "साँग्स फॉर सर्वाइवल" नामक चैरिटी एल्बम के लिए "एज ऑफ़ एग्ज़िस्टन्स" नामक गाने का योगदान किया।

जनवरी 2009 में, युसुफ ने गाजा के बच्चों की सहायता के लिए एक चैरिटी गाने को रिलीज़ किया। उन्होंने जर्मन बासवादक और पूर्व बीटल्स सहयोगी क्लाउस वूरमैन के साथ, जॉर्ज हैरिसन के "द डे द वर्ल्ड गेट्स राउंड" गाने के एक रूपांतरण की रिकॉर्डिंग की। युसुफ ने कहा कि इस गाने से होने वाली समस्त आय को गाजा के निवासियों की सहायता करने के लिए फिलीस्तीनी शरणार्थियों के यू.एन. एजेंसी इन चार्ज, यूएनआरडब्ल्यूए (UNRWA) और लाभ-निरपेक्ष समूह सेव द चिल्ड्रेन को दान कर दी जाएगी. इज़राइल के वाणिज्य-दूत डेविड सारंगा ने हिंसा की चपेट में आने वाले इज़राइल के बच्चों समेत सभी बच्चों को इस गाने को समर्पित न किए जाने की वजह से युसुफ की आलोचना की। 

"ऐन अदर कप"
बीमारी के बाद संगीत ध्वनि में परिवर्तन
संगीत में वापसी
निन्दात्मक-लेख के मामले