संगीत प्रतिभा डॉ बालामुरलीकृष्ण ने कई पुरस्कार जीते हैं और उन्हें काफी वाहवाही मिली है। उनमें से कुछ: -

संगीता कलानिधि, गान कौस्तुभ, गानकलाभूषण, गान गंधर्व, गायक सिकमणि, गायन चक्रवर्ती, गान पद्म, नादज्योति, संगीत कला सरस्वती [13] नाद महर्षि, 
गंधर्व गान सम्राट, ज्ञान सागर, सदी के संगीतकार आदि का नाम लिया जा सकता है। राष्ट्रीय एकता के हित में महाराष्ट्र के राज्यपाल ने उन्हें उनकी सेवाओं के लिए सम्मानित किया।

वे एकमात्र कर्नाटक संगीतकार हैं, जिन्हें तीन राष्ट्रीय पुरस्कार -सर्वश्रेष्ठ पार्श्व गायक, सर्वश्रेष्ठ संगीतकार और सर्वश्रेष्ठ संगीत निर्देशक के रूप में मिले हैं। उन्हें प्रदर्शन के सात विभिन्न क्षेत्रों में आल इंडिया रेडियो की ओर से "टॉप ग्रेड" से सम्मानित किया गया है।

डॉ॰ एम बालामुरलीकृष्ण को पद्मश्री, पद्मभूषण और पद्म विभूषण जैसे राष्ट्रीय पुरस्कार मिल चुके हैं। वे एकमात्र कर्नाटक संगीतकार हैं, जिन्हें फ्रांस सरकार की ओर से चेविलियर्स ऑफ द आर्डर डेस आर्ट्स एट डेस लेटर्स मिला है।

इन सब के अलावा, उन्हें विभिन्न प्रतिष्ठित विश्वविद्यालयों की ओर से कई मानद डॉक्टरेट की उपाधियां भी प्रदान की गयी हैं।

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