राज्य में विशेष भारी उद्योग अभी तक नहीं आये है, किन्तु इलेक्ट्रोनिक्स, आदि संबंधी लघु-उद्योग हैं। यहाँ स्थापित कुल उद्योगों की वर्तमान स्थिति अनुसार ५६ पंजीकृत कारख़ाने और १,९४१ छोटे उद्योगों की इकाइयाँ हैं। 

राज्य में प्राकृतिक सम्पदा का बाहुल्य है। इनमें कोयला, चूनापत्थर, सिलिमैनाइट, चीनी मिट्टी और ग्रेनाइट आते हैं। मेघालय भर में वृहत स्तर के वनाच्छादन, समृद्ध जैव विविधता और प्रचुर जल सोत हैं। यहां निम्नस्तरीय औद्योगिकीकरण एवं अपेक्षाकृत खराब बुनियादी ढांचा राज्य की अर्थव्यवस्था के हित में इन प्राकृतिक संसाधनों के उपयोग के लिए बाधा के रूप में कार्य करता है। हाल के वर्षों में ९०० एमटीडी से अधिक उत्पादन क्षमता वाले दो बड़े सीमेंट निर्माण संयंत्र जयन्तिया हिल्स जिले में लगे हैं एवं इस जिले में उपलब्ध उच्च गुणवत्ता वाले चूना पत्थर के समृद्ध भण्डार का उपयोग करने के लिए कई और निर्माण प्रक्रिया में हैं। पुराने आंकड़ों के अनुसार वर्ष १९९३ में राज्य में २५,४३,००० टन कोयला एवं २,०९,००० टन चूनापत्थर का खनन किया गया था।

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