RFID प्रौद्योगिकी के उपयोग ने काफी विवाद को जन्म दिया और यहां तक कि उपभोक्ता गोपनीयता पैरोकारों द्वारा उत्पाद बहिष्कार भी हुआ। CASPIAN (कंज्यूमर अगेंस्ट सुपरमार्केट प्राइवेसी इंवेज़न एंड नम्बरिंग) की सह-संस्थापक कैथरीन अल्ब्रेक्ट और लिज़ मैकिंटायर इस प्रौद्योगिकी की दो प्रमुख आलोचक हैं जो RFID टैग का उल्लेख "स्पाईचिप्स" के रूप में करती हैं। RFID सम्बंधित दो मुख्य गोपनीयता चिंताएं हैं: 

अधिकांश चिंताएं इस तथ्य के आसपास मंडराती हैं कि उत्पादों पर चिपके RFID टैग उत्पाद के ख़रीदे जाने और घर ले जाने के बाद भी सक्रिय रहते हैं और इस प्रकार इनका इस्तमाल निगरानी और आपूर्ति श्रृंखला सूची कार्यों से असंबंधित प्रयोजनों के लिए किया जा सकता है।

उपरोक्त द्वारा उठाई गई चिंताओं को क्लिप्ड टैग के प्रयोग द्वारा आंशिक रूप से ख़त्म किया जा सकता है। क्लिप्ड टैग, एक RFID टैग है जिसे उपभोक्ता गोपनीयता को बढ़ाने के लिए डिज़ाइन किया गया है। क्लिप्ड टैग का सुझाव IBM शोधकर्ताओं, पॉल मोस्कोविट्ज़ और गुएंतर कर्जोथ द्वारा दिया गया है। बिक्री के बाद, उपभोक्ता टैग के एक हिस्से को उखाड़ सकता है। इससे एक लंबी दूरी के टैग को एक नजदीकी टैग में परिवर्तन की अनुमति मिलती है जिसे अब भी पढ़ा जा सकता है, लेकिन सिर्फ कम दूरी पर - कुछ इंच या सेंटीमीटर से भी कम में। टैग के इस संशोधन की आँखों से देखकर पुष्टि की जा सकती है। इस टैग का उपयोग बाद में वापसी, याद दिलाने, या रिसाइकिलिंग के लिए किया जा सकता है।

बहरहाल, पठन सीमा, रीडर और टैग, दोनों का ही एक कार्य है। प्रौद्योगिकी के क्षेत्र में सुधार से टैग की पठन सीमा में वृद्धि की जा सकती है। रीडर के टैग के बहुत पास होने से कम दूरी के टैग पठनीय हो जाते हैं। आम तौर पर, एक टैग की पठन सीमा को रीडर से उतनी दूरी पर सीमित किया जाता है जिस पर टैग, रीडर क्षेत्र से टैग को नियंत्रित करने के लिए पर्याप्त ऊर्जा खींच सके। एक रीडर की शक्ति को बढ़ाकर, टैग को उनके लिए नियत दूरी से अधिक दूर से पढ़ा जा सकता है। पठन दूरी पर सीमा, तब रीडर को टैग से वापस भेजे गए संकेत का सिग्नल-टु-नौएज़ अनुपात बन जाता है। दो सुरक्षा सम्मेलनों में शोधकर्ताओं ने दिखाया कि निष्क्रिय Ultra-HighFID टैग, अमेरिकी पासपोर्ट में प्रयुक्त HighFID प्रकार वाले नहीं, जो आमतौर पर 30 फीट तक पढ़े जाते हैं, उपयुक्त उपकरणों के उपयोग द्वारा 50-69 फुट की दूरी से पढ़े जा सकते हैं।
जनवरी 2004 में, CASPIAN के गोपनीयता के पैरोकार और जर्मन गोपनीयता समूह FoeBuD को जर्मनी में METRO फ्यूचर स्टोर में आमंत्रित किया गया, जहां एक RFID पायलट परियोजना लागू की गई थी। संयोग से यह खुलासा हुआ कि METRO "पेबैक" ग्राहक लॉयल्टी कार्ड में ग्राहक ID वाले RFID टैग शामिल थे, एक तथ्य जिसे न तो कार्ड प्राप्त करने वाले ग्राहकों को बताया गया और न ही गोपनीयता के पैरोकार इस समूह को। यह METRO द्वारा इस आश्वासन के बावजूद हुआ कि किसी ग्राहक पहचान डेटा को ट्रैक नहीं किया जा रहा है और सभी RFID उपयोग को स्पष्ट रूप से बताया गया है।

16 से 18 नवम्बर 2005 के बीच, संयुक्त राष्ट्र के वर्ल्ड समिट ऑन द इन्फोर्मेशन सोसायटी (WSIS) के दौरान फ्री सॉफ्टवेयर मूवमेंट के संस्थापक रिचर्ड स्टॉलमन ने RFID सुरक्षा कार्ड के इस्तेमाल का विरोध किया। पहली बैठक के दौरान यह सहमति हुई कि भविष्य की बैठकों में RFID कार्ड का उपयोग नहीं किया जाएगा और यह जानकार कि इस आश्वासन को तोड़ा गया है, उन्होंने अपने कार्ड को एल्यूमीनियम पन्नी में लपेट लिया और वे इसे केवल सुरक्षा स्टेशनों पर ही खोलेंगे। यह विरोध सुरक्षा कर्मियों की काफी चिंता का कारण बना, जहां कुछ ने उन्हें सम्मेलन कक्ष से जिसमें वे मुख्य वक्ता थे बाहर जाने से रोका और दूसरे सम्मेलन कक्ष में जहां उनका बोलना अभी बाकी था, प्रवेश करने नहीं दिया गया।

2004-2005 में संघीय व्यापार आयोग के स्टाफ ने एक कार्यशाला और RFID गोपनीयता की चिंताओं की समीक्षा आयोजित की और सर्वोत्तम प्रथाओं की सिफारिश की एक रिपोर्ट जारी की। 

RFID, 2006 कैओस कम्युनिकेशन कांग्रेस के मुख्य विषयों में से एक था (बर्लिन में कैओस कंप्यूटर क्लब द्वारा आयोजित) और इसने एक बृहत् प्रेस बहस को शुरू किया। विषय शामिल थे: इलेक्ट्रॉनिक पासपोर्ट, माईफेयर क्रिप्टोग्राफी और फीफा विश्व कप 2006 के लिए टिकट। वार्ता ने दर्शाया कि कैसे 2006 फीफा विश्व कप फुटबॉल में असली दुनिया के RFID प्रौद्योगिकी के पहले व्यापक प्रयोग ने काम किया। मोनोक्रोम समूह ने एक विशेष 'हैक RFID' गीत का मंचन किया।

साईटगाइस्ट द मूवी ने सिद्धांत दर्शाया कि RFID चिप को एक दिन दुनिया की आबादी पर नज़र रखने और उन्हें नियंत्रण में रखने के लिए इस्तेमाल किया जाएगा। इस फिल्म की प्रकृति की वजह से, उन्हें एक नकारात्मक प्रौद्योगिकी के रूप में प्रस्तुत किया गया।

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