वानूआतू का प्रागितिहास अस्पष्ट है; पुरातात्विक साक्ष्य आम तौर पर मान्य इस अवधारणा का समर्थन करते हैं कि ऑस्ट्रोनेशियाई भाषाएं बोलने वाले लोग लगभग 4000 साल पूर्व सबसे पहले इन द्वीपों पर आये थे। 1300-1100 बीसीई (BCE) के समय के मिट्टी के बर्तनों के टुकड़े यहाँ पाए गए हैं।

वानूआतू द्वीपसमूहों की खोज 1606 में यूरोपियनों द्वारा उस समय की गयी थी जब स्पेनिश क्राउन के लिए काम कर रहे पुर्तगाली अन्वेषक पेड्रो फर्नांडीस डी क्यूरॉस "एस्पिरिटू सैंटो" पर पहुँचे थे और यह सोचकर कि वे टेरा ऑस्ट्रेलिस या ऑस्ट्रेलिया आ पहुँचे हैं, उन्होंने इसे "ला ऑस्ट्रेलिया डेल एस्पिरिटू सैंटो" या "द सदर्न लैंड ऑफ होली स्पिरिट" कहा था। यूरोपियन 1768 तक वापस नहीं लौटे थे, जब लुइस एंटोइन डी बुगेनविले ने फिर से इस द्वीप की खोज की थी। 1774 में, कैप्टन कुक ने इन द्वीपों को न्यू हैब्रिड्स नाम दिया, वह नाम जो इसकी आजादी तक कायम रहा.

1825 में व्यापारी पीटर डिलन द्वारा एरोमैंगो द्वीप पर चंदन की लकड़ी की खोज से वहाँ आप्रवासियों की भीड़ जुटने लगी जो 1830 में आप्रवासियों और पोलिनेशियन श्रमिकों के बीच एक टकराव के बाद ख़त्म हुई. 1860 के दशक में ऑस्ट्रेलिया, फिजी, न्यू स्पेन और समाना द्वीपसमूह में बागान मालिकों ने मजदूरों की जरूरतों को देखते हुए एक दीर्घकालिक करारनामा आधारित (गिरमिटिया) श्रम व्यापार को बढ़ावा दिया जिसे "ब्लैकबर्डिंग" कहा गया। श्रम व्यापार की चरम सीमा पर कई द्वीप समूहों की वयस्क पुरुष आबादी में आधे से अधिक लोगों ने दूसरे देशों में जाकर काम किया। अपूर्ण साक्ष्य यह संकेत देते हैं कि वानूआतू की मौजूदा आबादी संपर्क-पूर्व के समय की तुलना में काफी कम हो गयी है।

19वीं सदी में ही कैथोलिक और प्रोटेस्टेंट दोनों मिशनरियाँ इन द्वीप समूहों पर पहुँची थीं। कपास के बागान तैयार करने के लिए भूमि की तलाश में नए बसने वाले लोग भी यहाँ आये थे। जब अंतरराष्ट्रीय स्तर पर कपास की कीमतें गिर गयीं, बागान मालिक कॉफी, कोको, केले और सबसे सफलतापूर्वक नारियल की खेती करने लगे. प्रारंभ में, ऑस्ट्रेलिया से आने वाली ब्रिटिश वस्तुएं बहुतायत में आयीं लेकिन 1882 में न्यू हैब्रिड्स की कैलिडोनियन कंपनी की स्थापना ने जल्दी ही फ्रांसीसी वस्तुओं के पक्ष में एक संतुलन कायम कर लिया। सदी के अंत तक फ्रांसीसी वस्तुओं ने ब्रिटिश वस्तुओं को दो के मुकाबले एक से मात दे दी.

द्वीप समूह में फ्रांसीसी और ब्रिटिश हितों के घालमेल के कारण दोनों शक्तियों में से एक या दूसरे के लिए इस क्षेत्र में अपना अधिकार कायम करने की याचिकाएं लाई गयीं. हालांकि 1906 में फ्रांस और यूनाइटेड किंगडम संयुक्त रूप से द्वीप समूह का नियंत्रण करने पर सहमत हो गए। ब्रिटिश-फ्रेंच कोंडोमिनियम कहा जाने वाला सरकार का यह एक अनूठा स्वरूप था जिसमें अलग-अलग सरकारी प्रणालियाँ एक संयुक्त अदालत में एक साथ आयी थीं। मेलानेशियनों को दोनों ही शक्तियों की नागरिकता प्राप्त करने से रोक दिया गया था।

सरकार के इस स्वरूप के लिए चुनौतियां 1940 के दशक के आरंभ में शुरू हुईं. द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान अमेरिकियों के आगमन के साथ उनके अनौपचारिक व्यवहार और संबंधित समृद्धि ने इस द्वीप समूह में राष्ट्रवाद के उदय में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी। जॉन फ्रम नामक एक मिथकीय मसीहाई व्यक्तित्व में विश्वास 
मेलानेशियाई मुक्ति का वादा करने वाले एक स्वदेशी कार्गो संप्रदाय (औद्योगिक वस्तुओं को जादू के जरिये प्राप्त करने की कोशिश का एक आंदोलन) का आधार बना था। आज, जॉन फ्रम एक धर्म और एक राजनीतिक दल दोनों है जिसके सदस्य संसद में मौजूद हैं।

पहले राजनीतिक दल का गठन 1970 के दशक की शुरुआत में किया गया था और मूल रूप से इसे न्यू हैब्रिड्स नेशनल पार्टी कहा गया था। फादर वाल्टर लिनी इसके संस्थापकों में से एक थे जो बाद में यहाँ के प्रधानमंत्री बने. 1974 में पार्टी का नाम बदलकर वानुअकू पति कर दिया गया जिसने आजादी के लिए काफी जोर लगाया; 1980 में संक्षिप्त कोकोनट वार के बीच वानूआतू गणराज्य (रिपब्लिक ऑफ वानूआतू) का गठन कर दिया गया।

1990 के दशक के दौरान वानूआतू में राजनीतिक अस्थिरता देखी गयी जिसका परिणाम अंततः एक अधिक विकेन्द्रीकृत सरकार के रूप में सामने आया। एक अर्धसैनिक समूह, वानूआतू मोबाइल फोर्स ने एक भुगतान संबंधी विवाद की वजह से 1996 में एक तख्तापलट का प्रयास किया। वहाँ मैक्सिमे कार्लोट कोरमैन की सरकार पर भ्रष्टाचार के आरोप लगाए गए थे। 1997 के बाद से कई बार नए चुनावों की मांग की गयी है, सबसे हाल ही में 2004 में इसकी मांग की गयी।

इतिहास
2010 के भूकंप
संस्कृति
2009 के भूकंप