एक डिजिटल हस्ताक्षर और लिखित हस्ताक्षर के बीच एक मुख्य अंतर यह है कि उपयोगकर्ता "देख" नहीं पाता कि वह किस पर हस्ताक्षर कर रहा है। उपयोगकर्ता आवेदन, निजी कुंजी का उपयोग करते हुए डिजिटल हस्ताक्षर करने वाले एल्गोरिदम द्वारा एनक्रिप्ट करने के लिए एक हैश कोड पेश करता है। एक हमलावर जो उपयोगकर्ता के PC पर नियंत्रण हासिल करता है, संभवतः उपयोगकर्ता के अनुप्रयोग की जगह किसी विदेशी अनुप्रयोग को प्रतिस्थापित कर सकता है, यानि उपयोगकर्ता के अपने संचार की जगह हमलावर के संचार से बदल सकता है। इससे एक दुर्भावनापूर्ण अनुप्रयोग द्वारा उपयोगकर्ता के मूल दस्तावेज़ को ऑन-स्क्रीन पर प्रदर्शित करते हुए, उपयोगकर्ता को किसी भी दस्तावेज़ पर हस्ताक्षर करने के लिए चाल चल सकता है, जहां हमलावर अपने दस्तावेज हस्ताक्षर करने वाले अनुप्रयोग को पेश करता है।

इस परिदृश्य में सुरक्षा के लिए, उपयोगकर्ता के अनुप्रयोग (शब्द संसाधक, ई-मेल क्लाइंट, "आदि") और हस्ताक्षर किए जाने वाले अनुप्रयोग के बीच, एक प्रमाणीकरण प्रणाली को स्थापित किया जा सकता है। सामान्य आशय है कि प्रयोक्ता अनुप्रयोग और हस्ताक्षर करने वाला अनुप्रयोग, दोनों के लिए एक दूसरे की सत्यनिष्ठता को सत्यापित करने के लिए कोई माध्यम उपलब्ध कराया जाए. उदाहरण के लिए, हस्ताक्षर करने वाला अनुप्रयोग अपेक्षा कर सकता है कि उसके पास आने वाले सभी अनुरोध, डिजिटल तकनीक से हस्ताक्षरित बाइनरियों से आएं.

केवल भरोसेमंद अनुप्रयोगों के साथ डिजिटल हस्ताक्षर का उपयोग
डिजिटल हस्ताक्षर के उपयोग
हस्ताक्षर और एन्क्रिप्शन के लिए अलग-अलग कुंजी युग्म का उपयोग
सुरक्षा की धारणाएं