ऐसे कई विभिन्न संयोजन हैं जो एक सफल काइमेरा मूषक को उत्पन्न कर सकते हैं और प्रयोग के लक्ष्य के अनुसार एक उपयुक्त कोशिका और भ्रूण संयोजन को चुना जा सकता है, वे आम तौर पर डिप्लोइड भ्रूण और ES कोशिकाओं, डिप्लोइड भ्रूण और डिप्लोइड भ्रूण, ES कोशिका और टेट्राप्लोइड भ्रूण, डिप्लोइड भ्रूण और टेट्राप्लोइड भ्रूण, ES कोशिका और ES कोशिका में होते हैं लेकिन इतने तक सीमित नहीं होते.भ्रूणीय स्टेम सेल और डिप्लोइड भ्रूण का संयोजन एक आम तकनीक है जिसे काइमेरिक चूहों को बनाने के लिए इस्तेमाल किया जाता है, क्योंकि जीन लक्ष्यीकरण को भ्रूणीय स्टेम सेल में किया जा सकता है। इन प्रकार के काइमेरा को या तो स्टेम सेल के एकत्रीकरण और डिप्लोइड भ्रूण के माध्यम से बनाया जा सकता है या डिप्लोइड भ्रूण में स्टेम सेल के इंजेक्शन के माध्यम से किया जा सकता है। एक काईमेरा बनाने के लिए यदि भ्रूण स्टेम कोशिकाओं को एक जीन लक्ष्यीकरण के लिए इस्तेमाल किया जाता है तो निम्न प्रक्रिया आम है, संवर्धित मूषक भ्रूणीय स्टेम कोशिकाओं में लक्ष्यित जीन के लिए सधर्मी पुनर्संयोजन के लिए एक निर्माण को इलेक्ट्रोपोलेशन के जरिये पेश किया जायेगा, पुनर्संयोजन घटना के लिए धनात्मक कोशिकाओं में एंटीबायोटिक प्रतिरोध होगा, बशर्ते कि जीन लक्ष्यीकरण में प्रयुक्त सम्मिलन कैसेट द्वारा हो और धनात्मक रूप से चयनित होने के लिए सक्षम होना चाहिए. सही लक्षित जीन के साथ ES कोशिकाएं फिर एक डिप्लोइड मेजबान मूषक ब्लास्टोसिस्ट में अंतःक्षिप्त की जाती हैं। इन अंतःक्षिप्त ब्लास्टोसिस्ट्स को फिर एक छद्म गर्भवती महिला प्रतिनिधि मूषक में प्रत्यारोपित किया जाता है, जो भ्रूण को स्थिति में लाएगा और ऐसे मूषक को जन्म देगा जिसके रोगाणु पंक्ति को दाता मूषक के ES कोशिकाओं से लिया गया है. इसी समान प्रक्रिया को ES कोशिका और डिप्लोइड भ्रूण के एकत्रीकरण के माध्यम से प्राप्त किया जा सकता है, डिप्लोइड भ्रूण का संवर्धन एकत्रीकरण प्लेटों में कुओं में होता है जहां एकल भ्रूण फिट हो सकते हैं, इन कुओं में EC कोशिकाओं को जोड़ा जाता है, समुच्चय को तब तक संवर्धित किया जाता है जब तक कि एक एकल भ्रूण का गठन नहीं हो जाता और वह ब्लास्टोसिस्ट चरण तक प्रगति नहीं कर लेता और फिर उसे प्रतिनिधि मूषक में स्थानांतरित किया जा सकता है.

उत्पादन के तरीके
क़ानून
मूषक काइमेरा
जर्मलाइन काइमेरावाद