दो नदी के मुहाने के बीच स्थित होने के कारण शहर में प्राकृतिक तलशिला अर्थात मिट्टी के नीचे की चट्टानों की कमी है। इससे स्थानीय भूवैज्ञानिकों को थोड़ी उलझन होती है: इस क्षेत्र में भूवैज्ञानिकों की बड़ी भीड़ (तेल उद्योग की वजह से) के बावजूद शहर के नीचे की ज़मीन में क्या कुछ है इसकी एक अस्पष्ट जानकारी भर ही है। शहर के दक्षिण की ओर, तटीय टीलों पर ग्रेम्पियन समूह के उच्च कोटि के कायांतरित चट्टानें पायी जाती हैं; दक्षिण-पश्चिम और पश्चिम में उसी तरह की उच्च कोटि की परतदार ग्रेनाइट चट्टानें बड़ी तादाद में पायी जाती हैं; उत्तर में गैब्रोइक मिश्रित चट्टानें हैं। और खुद शहर के नीचे? शहर में बहुत कम भूभौतिकी के काम हुए हैं और कभी-कभार इमारत संबंधी और डोन नदी के तटों पर हुए थोड़े-बहुत काम से यह पता चलता है कि यह दरअसल डेवोनियन जमाने के "पुराने लाल" बलुआ पत्थर और गाद के एक आंतरक (इंलियर) पर स्थित है। शहर के बाहर डलरेडियन काल (लगभग 480-600 मिलियन साल पहले) में बनी कायांतरित/आग्नेय समष्टियां हद से अधिक फैली हुई हैं, साथ ही छिटपुट क्षेत्रों में आग्नेय डायोराइट ग्रेनाईट भी पाए गए, जैसे कि रुबिस्लाव खदान में, जिसका शहर के विक्टोरियाई हिस्से के निर्माण के समय इस्तेमाल किया गया था।

तट पर, दो नदियों डी तथा डोन के बीच एबरडीन का एक लंबा रेतीला तट है, जो फ्रेजरबर्ग तक डोन के फैलाव के उत्तर में बालू के ऊंचे टीलों में बदलता चला गया है; डी नदी के दक्षिण में गहरी खाड़ी के बिल्लौरी और गोल-गोल छोटे पत्थरों के तट के सामने सीधी खड़ी चट्टानें हैं। दक्षिणी तट पर बाहर निकले हुए अनेक ग्रेनाइट हैं जहां पहले खनन कार्य किया गया था, जिनसे शानदार दृश्य बनते हैं और जो चट्टान-आरोहण के लिए एक अच्छी जगह है।

शहर 184.46 वर्ग किमी (71.22 वर्ग मील) में फैला हुआ है और इसमें पुराने एबरडीन का पूर्व शहर, नया एबरडीन, जंगल और डी नदी के दक्षिण में स्थित टोरी का रॉयल बर्ग भी शामिल है। इससे में शहर का जनसंख्या घनत्व हो गया। कैसल हिल, सेंट कैथरीन हिल और विंडमिल हिल से मूलतः शुरू करके शहर का निर्माण अनेक पहाड़ियों पर हुआ है।

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