अभिजीत बनर्जी ने एमआईटी में साहित्य की व्याख्याता डॉ॰ अरुंधति तुली बनर्जी से शादी की थी। तलाक से पहले अभिजीत और अरुंधति का एक बेटा था। इस इकलौती संतान का भी असामयिक निधन हो गया।

अभिजीत का एस्तेर डफ़्लो के साथ एक बच्चा (जन्म 2012) है। बैनर्जी 1999 में एमआईटी में अर्थशास्त्र में डूफ़लो के पीएचडी के संयुक्त पर्यवेक्षक थे। डफ़्लो MIT में गरीबी उन्मूलन और विकास अर्थशास्त्र के प्रोफेसर भी हैं। बनर्जी और डफ्लो ने 2015 में औपचारिक रूप से एक-दूसरे से शादी की। 

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