मलेरिया के कुछ मामले आपातकालीन होते है तथा मरीज को पूर्णतया स्वस्थ होने तक निगरानी मे रखना अनिवार्य होता है, किंतु अन्य प्रकार के मलेरिया में ऐसा आवश्यक नहीं हैं, इलाज बहिरंग विभाग में किया जा सकता है। उचित इलाज होने पर मरीज बिलकुल ठीक हो जाता है। कुछ लक्षणों का उपचार सामान्य दवाओं से किया जाता है, साथ में मलेरिया-रोधी दवाएँ भी दी जाती है। ये दवाएं दो प्रकार की होती हैं- पहली जो प्रतिरोधक होती हैं और रोग होने से पहले लिए जाने पर रोग से सुरक्षा करती हैं तथा दूसरी वे जिनका रोग से संक्रमित हो जाने के बाद प्रयोग किया जाता है। अनेक दवाएँ केवल प्रतिरोध या केवल उपचार के लिए इस्तेमाल होती हैं, जबकि अन्य कई दोनों तरह से प्रयोग में लाई जा सकती हैं। कुछ दवाएँ एक-दूसरे के प्रभाव को बढ़ाती हैं और इनका प्रयोग साथ में किया जाता है। प्रतिरोधक दवाओं का प्रयोग अक्सर सामूहिक रूप से ही किया जाता है।

कुनैन पर आधारित अनेक औषधियों को मलेरिया का अच्छा उपचार समझा जाता है। इसके अतिरिक्त आर्टिमीसिनिन जैसी औषधियाँ, जो आर्टिमीसिया एन्नुआ (अंग्रेजी:Artemisia annua) नामक पौधे से तैयार की जाती है, मलेरिया के इलाज में प्रभावी पाई गई हैं। कुछ अन्य औषधियों का प्रयोग भी मलेरिया के विरुद्ध सफल हुआ है। कुछ औषधियों पर प्रयोग जारी है। दवा के चुनाव में सबसे प्रमुख कारक होता है उस क्षेत्र में मलेरिया परजीवी किन दवाओं के प्रति प्रतिरोध विकसित कर चुका है। अनेक दवाएँ जिनका प्रयोग पहले मलेरिया के विरुद्ध सफल समझा जाता था आजकल सफल नहीं समझा जाता क्यों कि मलेरिया के परजीवी धीरे धीरे उनके प्रति प्रतिरोधक क्षमता प्राप्त कर चुके हैं।

होम्योपैथी में मलेरिया का उपचार उपलब्ध है, हालांकि अनेक चिकित्सकों का मानना है कि मलेरिया जैसी गंभीर बीमारी का इलाज एलोपैथिक दवाओं से ही किया जाना चाहिये, क्योंकि ये वैज्ञानिक शोध पर आधारित हैं। यहाँ तक कि ब्रिटिश होमियोपैथिक एसोसिएशन की सलाह यही है कि मलेरिया के उपचार के लिए होम्योपैथी पर निर्भर नहीं करना चाहिए। आयुर्वेद में मलेरिया को विषम ज्वर कहा जाता है और इसके उपचार के लिये अनेक औषधियाँ उपलब्ध हैं।

यद्यपि मलेरिया के आज प्रभावी उपचार उपलब्ध है, लेकिन विश्व के अनेक अविकिसित क्षेत्रों में मलेरिया पीड़ित क्षेत्रों में या तो यह मिलता नहीं हैं या इतना महंगा होता है कि आम मरीज उसका उपयोग नहीं कर पाता है। मलेरिया की दवाओं की बढ़ती माँग को देखकर अनेक प्रभावित देशों मे बडे पैमाने पर नकली दवाओं का कारोबार होता है, जो अनेक मृत्युओं का कारण बनता है। आजकल कम्पनियाँ नई तकनीकों का प्रयोग करके इस समस्या से निपटने का प्रयास कर रही हैं।

रोग के लक्षण
मानव शरीर में रोग का विकास
उपचार
रोग का वितरण तथा प्रभाव