एचएलए (HLA) द्वारा अनुकूटित प्रोटीन शरीर की कोशिकाओं के बाह्य भाग पर स्थित होते हैं, जो उस व्यक्ति के लिये (प्रभावी रूप से) अद्वित्तीय होते हैं। प्रतिरक्षित तंत्र एचएलए (HLA) का प्रयोग स्वकोशिकाओं और गैर-स्वकोशिकाओं में अंतर करने के लिये करता है। किसी भी व्यक्ति के एचएलए (HLA) का प्रकार दर्शाने वाली कोई भी कोशिका उसी व्यक्ति की अपनी होती है (और इसलिये आक्रामक नहीं होती). 

संक्रामक रोग में . जब कोई बाह्य रोगाणु शरीर में प्रवेश करता है तो प्रतिजन-प्रस्तोता कोशिकाएं (एपीसी (APC)) भक्षककोशिकाक्रिया नामक एक प्रक्रिया द्वारा रोगाणु को निगल लेती हैं। रोगाणु के प्रोटीन को छोटे-छोटे टुकड़ों (पेप्टाइडों) में पचाए जाते हैं और एचएलए (HLA) प्रतिजनों (विशेषकर एमएचसी (MHC) वर्ग II) पर अधिभारित हो जाते हैं। फिर उन्हें प्रतिजन-प्रस्तोता कोशिकाओं द्वारा टी कोशिका नामक प्रतिरक्षित तंत्र की कतिपय कोशिकाओं के लिये प्रदर्शित किया जाता है, जो फिर रोगाणु को खत्म करने के लिये विविध प्रकार के प्रभाव उत्पन्न करते हैं। 

इसी तरह की एक प्रक्रिया के जरिये, अधिकांश कोशिकाओं के भीतर उत्पन्न प्रोटीन (मूल और बाह्य, जैसे विषाणुओं के प्रोटीन, दोनों), जैसे कोशिका सतह पर एचएलए (HLA) प्रतिजनों (विशेष रूप से एमएचसी (MHC) वर्ग I) पर प्रदर्शित किये जाते हैं। संक्रमित कोशिकाओं को प्रतिरक्षित तंत्र के घटकों (विशेषकर सीडी8+ टी कोशिकाएं) द्वारा पहचाना और नष्ट किया जा सकता है।

बगल में दिया गया चित्र एचएलए-डीआर1 (HLA-DR1)- अणु के बंधनकारक फटे हुए भाग के भीतर बंधे हुए एक विषैले जीवाणु प्रोटीन (एसईआई (SEI) पेप्टाइड) के एक अंश को दर्शाता है। दूर नीचे दिये गए चित्र में, जो एक भिन्न दृश्य है, ऐसी ही एक दरार में बंधे हुए एक पेप्टाइड के साथ एक संपूर्ण डीक्यू (DQ) को देखा जा सकता है, जैसा कि बगल से दिखता है। रोग-संबंधित पेप्टाइड इन 'खांचों' में ऐसे फिट हो जाते हैं जैसे दस्ताने में हाथ फिट हो जाता है या ताले में चाबी फिट हो जाती है। इन संरचनाओं में पेप्टाइड टी-कोशिकाओं के सम्मुख प्रस्तुत किये जाते हैं। जब कतिपय पेप्टाइड बंधक दरार के भीतर होते हैं, तब एचएलए (HLA) अणुओं द्वारा टी-कोशिकाओं को प्रतिबंधित किया जाता है। इन कोशिकाओं पर ऐसे ग्राहक होते हैं जो प्रतिरक्षकों की तरह होते हैं और प्रत्येक कोशिका केवल कुछ वर्ग II-पेप्टाइड संयोजनों को पहचानती है। जब एक बार कोई टी-कोशिका किसी एमएचसी (MHC) वर्ग II अणु के भीतर किसी पेप्टाइड को पहचान लेती है, तो यह उन बी-कोशिकाओं को उत्तेजित करती हैं, जो उनके एसआईजीएम प्रतिरक्षकों में उसी अणु को पहचानती हैं। इसलिये ये टी-कोशिकाएं बी-कोशिकाओं को ऐसे प्रोटीनों के लिए प्रतिरक्षक बनाने में मदद करती हैं, जिन्हें वे दोनों पहचानती हैं। हर व्यक्ति में ऐसे करोड़ों भिन्न टी-कोशिका संयोजन संभव हैं, जिन्हें प्रतिजनों को पहचानने के लिये प्रयोग किया जा सकता है, जिनमें से अनेक सृष्टि के समय निकाल दिये जाते हैं क्योंकि वे स्वतःप्रतिजनों को पहचानते हैं। प्रत्येक एचएलए (HLA) कई पेप्टाइडों को बांध सकता है और प्रत्येक व्यक्ति में तीन एचएलए (HLA) प्रकार होते हैं और कुल 12 समप्रकारों के लिये डीपी (DP) के 4 समप्रकार, डीक्यू (DQ) के 4 समप्रकार और डीआर (DR) के 4 समप्रकार (डीआरबी1 (DRB1) के 2 और डीआरबी3 (DRB3), डीआरबी4 (DRB4) और डीआरबी5 (DRB5) के 2) होते हैं। इस तरह के विषमयुग्मजों में रोग-संबंधित प्रोटीनों का पहचाने जाने से बचना कठिन होता है। 

निरोप अस्वीकरण में . कोई और एचएलए (HLA) प्रकार दर्शाने वाली कोई भी कोशिका “गैर-स्वयं” और आक्रामक होती है, जिसके फलस्वरूप उन कोशिकाओं से युक्त अवयव अस्वीकृत हो जाता है। प्रतिरोपण में एचएलए (HLA) के महत्व के कारण, एचएलए (HLA) स्थल अन्य किसी स्वतःसूत्री युग्मविकल्पियों के मुकाबले सीरम विज्ञान या पीसीआर द्वारा सबसे अधिक वर्गनिर्धारित किये गए स्थलों में शामिल हैं।

स्वप्रतिरक्षा में . एचएलए (HLA) वर्ग आनुवंशिक होते हैं, और उनमें से कुछ का संबंध स्वप्रतिरक्षित विकारों और अन्य रोगों से होता है। कतिपय एचएलए (HLA) प्रतिजनों से युक्त लोगों में कुछ स्वप्रतिरक्षित रोगों के विकसित होने की अधिक संभावना होती है, जैसे, मधुमेह प्रकार I, अचलताजनक कशेरूकाशोथ, सीलियाक रोग, एसएलई (SLE) (सिस्टेमिक लूपस एरिथमेटोसस), माइएस्थीनिया ग्रैविस, इनक्लूजन बॉडी मांसपेशीशोथ और जोग्रेन्स रोगसमूह. एचएलए (HLA) वर्गनिर्धारण से सीलियाक रोग और मधुमेह प्रकार I के निदान में कुछ सुधार और तेजी आई है; फिर भी डीक्यू2 (DQ2) वर्गनिर्धारण के उपयोगी होने के लिये उच्च समाधान बी1* वर्गनिर्धारण (*0202 से *0201 तक समाधान करने वाली), डीक्यूए1* (DQA1*) वर्गनिर्धारण, या डीआर (DR) सीरोवर्गनिर्धारण की आवश्यकता होती है। चालू सीरोवर्गनिर्धारण एक पायदान में डीक्यू8 (DQ8) का समाधान कर सकती है। स्वप्रतिरक्षा में एचएलए (HLA) वर्गनिर्धारण का प्रयोग निदान के एक औजार के रूप में बढ़ता जा रहा है। सीलियाक रोग में, अचल लक्षणों, जैसे प्रत्युर्जता और द्वितीयक स्वप्रतिरक्षित रोग के प्रकट होने के पहले प्रथम दर्जे के संबंधियों में से अधिक जोखिम वाले लोगों और बिना जोखिम वाले लोगों की पहचान करने के लिये यह एकमात्र प्रभावशाली जरिया है। 

कैंसर में . कुछ एचएलए (HLA) मध्यस्थ रोग कैंसर को उकसाने में प्रत्यक्ष रूप से शामिल होते हैं। ग्लुटेन संवेदक आंत्ररोग का संबंध टी-कोशिका लसीकाग्रंथिअर्बुद से संबंधित आंत्ररोग की घटना की वृद्धि से होता है और डीआर3-डीक्यू2 (DR3-DQ2) समयुग्मज सर्वाधिक जोखिम वाले समूह में आते हैं जिनमें लगभग 80 प्रतिशत ग्लुटेन संवेदक ईएटीएल (EATL) के मामले होते हैं। लेकिन अकसर एचएलए (HLA) अणु, यह जानते हुए कि ऐसे प्रतिजनों की संख्या में वृद्धि होती है जो सामान्य अवस्था में कम स्तरों के कारण सहन नहीं किये जाते हैं, एक रक्षात्मक भूमिका निभाते हैं। असामान्य कोशिकाएं एपोटोसिस के लिये लक्ष्य बन सकती हैं जो निदान के पहले कई कैंसरों की मध्यस्थता कर सकती हैं। भिन्नयुग्मक चुनाव के एक भाग के एचएलए (HLA) पर प्रभाव द्वारा कैंसर की रोकथाम हो सकती है। 

वर्गीकरण
एचएलए (HLA) प्रकारों का परीक्षण
प्रकार्य
अनुक्रम फ़ीचर संस्करण प्रकार (SFVT)