1988 में "ड्रग ट्रीटमेंट के महत्वपूर्ण नए सिद्धांत" की खोज के लिए एलीयन को हिचिंग्स और सर जेम्स ब्लैक के साथ मिलकर फिजियोलॉजी या मेडिसिन में नोबेल पुरस्कार मिला। उन्हें 1990 में नेशनल एकेडमी ऑफ साइंसेज का सदस्य चुना गया, 1991 में चिकित्सा संस्थान का सदस्य और १९९१ में अमेरिकन एकेडमी ऑफ आर्ट्स एंड साइंसेज का फेलो भी। 

पुरस्कारों में गरवन-ओलिन मेडल (1968), नेशनल मेडल ऑफ साइंस (1991), और लेमेल्सन-एमआईटी लाइफटाइम अचीवमेंट अवार्ड (1997) शामिल हैं। 1991 में एलियन नेशनल इन्वेंटर्स हॉल ऑफ फ़ेम में शामिल होने वाली पहली महिला बनीं। उन्हें 1991 में राष्ट्रीय महिला हॉल ऑफ फ़ेम में भी शामिल किया गया। 1992 में, वह इंजीनियरिंग एंड साइंस हॉल ऑफ फ़ेम के लिए चुनी गईं। वह 1995 में रॉयल सोसाइटी (फॉरममआरएस) की एक विदेशी सदस्य चुनी गईं। 

पुरस्कार और सम्मान
प्रारंभिक जीवन और शिक्षा
कैरियर और अनुसंधान
व्यक्तिगत जीवन