316 ई.पू. में भी पर्सेपोलिस महान मेसिडोनियन साम्राज्य के एक प्रान्त के रूप में फारस की राजधानी थी (डियोड. xix, 21 सेक., 46 देखें; सम्भवतः कार्डिया के हिरोनिमस के बाद, जो लगभग 316 में रह रहा था). समय के साथ इस शहर का धीरे-धीरे पतन हो जाना चाहिए था लेकिन आक्मेनीडा का खंडहर इसकी प्राचीन महिमा के गवाह के रूप में कायम था। संभव है कि देश का प्रमुख नगर या कम से कम जिला हमेशा इसके पड़ोस में था।

लगभग 200 ई.पू. पर्सेपोलिस से उत्तर की तरफ पांच किलोमीटर की दूरी पर स्थित इस्तखर शहर (सही तरह से ईस्तखर) स्थानीय गवर्नरों (राज्यपालों) का सीट है। वहां दूसरे महान फारसी साम्राज्य की नींव रखी गई थी और वहां इस्तखर को पुरोहिती बुद्धि और कट्टरपंथी के केन्द्र के रूप में विशेष महत्व मिला था। ससानियन राजाओं ने इस पड़ोस में छत्तों के चेहरे को और आंशिक रूप से अकामेनियन खंडहरों में भी और उनकी कब्रों और शिलालेखों के साथ ढंक दिया है। उन्होंने काफी हद तक खुद ही हालांकि उन्होंने अपने प्राचीन पूर्ववर्तियों की तरह भव्यता के उसी स्तर पर नहीं, निर्माण किया है। रोमनों को इस्तखर के बारे में बस उतना ही मालूम था जितना कि यूनानियों को पर्सेपोलिस के बारे में मालूम था-और इस तथ्य के बावजूद कि ससानियाईयों ने लगभग चार सौ साल तक साम्राज्य के साथ अनुकूल या प्रतिकूल रिश्ता कायम रखा.

अरबी विजय के समय में इस्तखर ने प्रतिरोध किया था जिसमें उसे निराशा हाथ लगी. यह शहर इस्लाम की पहली सदी में भी एक बहुत महत्वपूर्ण स्थान था हालाँकि इसकी महानता पर बड़ी तेजी से नए महानगर शिराज़ का ग्रहण लग गया था। 10वीं सदी में इस्तखर की महत्ता घट गई जैसा कि इस्तखरी, एक मूल (950 के आसपास) के और मुकद्दसी (985 के आसपास) के वर्णनों से पता चल सकता है। अगली कुछ सदियों में इस्तखर का धीरे-धीरे पतन हो गया जब तक एक शहर के रूप में इसका वजूद मिट नहीं गया।

1618 में सफाविद सम्राट शाह अब्बास के दरबार में आने वाला स्पेन के राजा फिलिप तृतीय का राजदूत गार्सिया डी सिल्वा फ़िगुएरोआ पर्सेपोलिस की अवस्थिति के रूप में तख़्त-ए जमशीद के खंडहरों की सही पहचान करने वाले पहला पश्चिमी यात्री था।

यह उपयोगी क्षेत्र अठारहवीं सदी के भयंकर विनाश तक गाँवों से ढंका हुआ था और आज भी यहाँ कथित तौर पर अच्छी खेती होती है। "इस्तखर का महल" ने एक मजबूत किले के रूप में मुस्लिम युग के दौरान कई बार एक विशिष्ट भूमिका निभाई थी। यह सबसे बीच में था और कुर की घाटी में स्थित तीन खड़े चट्टानों में सबसे ऊंचा था जो "नक्श ए रुस्तम" के पश्चिम या उत्तर-पश्चिम दिशा में कुछ दूरी पर स्थित था।

एशियाई लेखकों के अनुसार दसवीं सदी के पलायन में बुयिद (बुवाइहिद) सुल्तानों में से एक ने विशाल कुंडों का निर्माण करवाया था जिसे आज भी देखा जा सकता है। दूसरों में जेम्स मोरियर और ई. फ्लैन्दीन ने उनका दौरा किया है। डब्ल्यू. आउसेली बताते हैं कि इस महल का इस्तेमाल सोलहवीं सदी में भी कम से एक एक राज्य के जेल के रूप में किया जाता था। लेकिन जब पिएत्रो डेला वैले 1621 में वहां आए तो यह पहले से खंडहर में बदल गया था।

आक्मेनीड साम्राज्य के पतन के बाद
खंडहर
निर्माण
सर्व राष्ट्र द्वार