पश्चिमी घाट की एक छोटी पर्वतमाला पलनी के पर्वत शहर की प्राकृतिक व भव्य पृष्ठभूमि हैं। इसी माला में सुंदर कोडाइकनाल शहर है। नगर के दक्षिण में यह पर्वतमाला पूर्व से पश्चिम की ओर जाति है तथा एक अति भव्य नजारा प्रस्तुत करती है। नगर से दो चोटियाँ नजर आती हैं, शिवगिरी व शक्तिगिरी. शिवगिरी छोटी पर भगवान सुब्रमन्यन के "बाला - धनडायुधपानी" (शब्दार्थः एक नवयुवक भगवान, हाथ में गदा थामे हुए) अवतार का मंदिर विद्यमान है।

पर्वतमाला के कदमों में कई झीलें हैं, जिनमें से सबसे बड़ी बैय्यापूरियन कुलम का प्रयोग शहर में जलआपूर्ति के लिए किया जाता था। वर्षा ऋतु में यह झील लबालब भर जाति हैं तथा निकट की शन्मुगनदी में मिल जाती है। हालांकि जलखंबियों व अतिरेक के कारण झील काफी सिकुड़ गई है, परन्तु अभी भी वर्षा ऋतु में यह विशाल रूप ले लेती है।

शन्मुगनदी पलनी पर्वत से आरंभ होकर शहर के पास से गुजरती है यह अमरावती की सहायक नदी है। शहर से कुछ दूर इसी नदी पर वर्धमान बाँध बनाया गया है जो अब पेय जलआपूर्ति का मुख्य साधन है।

हालांकि पलनी भू वैज्ञानिक दृष्टि से एक सुरक्षित इलाका है परन्तु पड़ोसी राज्य केरल में इडुक्की बांध बनने से यहाँ भूकंप के झटके महसूस किये गए हैं।

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