इस एयरलाइन की स्थापना अक्टूबर 1999 में दो भाइयों रुश्दी एवं कुस्नन किराना द्वारा की गयी थी। इसने अपना संचालन ३० जून 2000 से प्रारंभ किया। यह इंडोनेशिया की सबसे पहली कम लागत वाली विमान कंपनी थी। यह एयरलाइन आईएटीए में शामिल होने की योजना बना रहा है और इसके गरूड़ इंडोनेशिया के बाद दूसरा आईएटीए इंडोनेशियाई सदस्य बनने की उम्मीद है। 2011 के शुरू में लायन एयर सुरक्षा चिंताओं के कारण सदस्यता पाने में विफल रहा था।

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