धर्मा प्रोडक्शन, उनके पिताजी द्वारा स्थापित की गयी कम्पनी, जौहर की उत्पादन कम्पनी हे। वह अपने पिताजी की मरण के बाद उस कम्पनी का मुख्य उत्पादक बन गए थे। २००३ के साक्षत्कार मे उन्होने अपनी उत्पादन रणनीति बताते हुए कहा कि, "मै चाहता हू कि मेरा उत्पादन घर दोडने के पहले चले। मुझे धारा रेखित करना हे ओर बुनियादी ढांचे बनाने हे। मुझे सब तरह कि फिल्मे बनानी हे क्योंकि मे सब तरह की फिल्मे देखा हूँ।"
२००३ की फिल्म, "कल हो ना हो" के जौहर लेखक और निर्माता रहे। इस फिल्म मे शाहरुख खान, प्रीटी ज़िन्ता और सैफ अली खान जैसे अभिनेता मुख्य कलाकार थे। आलोचको द्वारा यह फिल्म बहुत सराही गयी। विदेश में भी इसका बहुत नाम हुआ। इस फिल्म को ८ फिल्मफेयर पुरस्कार मिले। जौहर की २००५ की फिल्म "काल", सोहम शाह द्वारा निर्देशित की गयी थी। जौहर ने "स्टेप मोम" को नए सिरे से बनाया ओर उसका शीर्षक "वी आर फैमली" रखा जिसमे कजोल, करीना कपूर ओर अर्जुन रामपाल जैसे अभनेता थे। उसी साल उन्होने, इमरान खान ओर सोनम कपूर कि फिल्म, "आई हेट लव स्टोरी" का भी उत्पादन किया था। यह फिल्म बाक्स आफिस पर बहुत सफल हुई थी। टाईम्स ऑफ इंडिया के साथ एक साक्षात्कार में, करण ने बताया कि "१९९० कि सनसनिखेज फिल्म "अग्नीपथ", जिसका निर्देशन उनके पिताजी ने किया, को दोबारा बनाना उनका इरादा रहा क्योंकि यह फिल्म व्यापारिक रूप से नही चल पाई थी ओर उनके पिताजी का दिल टूट गया था।" उनकी फिल्म, "माई नेम इज़ ख़ान" को बॉलीवूड मे आलोचिक ओर व्यापारिक सफलता प्राप्त हुई थी। २०१२ में उन्होने करीना कपूर और इमरान खान की फ़िल्म "एक मैं और एक तू" का उत्पादन किया था। इस फिल्म को मध्यम सफलता प्राप्त हुई। इसका अनुकरण करते हुए उन्होने "स्टुडेंट ऑफ़ द ईयर" का उत्पादन किया।

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