मिल्कीपुर की जलवायु आर्द्र अर्ध-कटिबन्धीय जलवायु है। दिसंबर से फरवरी तक शुष्क शीतकाल होता है तथा मार्च से जुलाई तक शुष्क ग्रीष्मकाल होता है। लगभग मध्य जून से लेकर मध्य सितम्बर तक वर्षा ऋतू होती है। यहाँ पर मूलतः दक्षिण-पश्चिमी मॉनसून हवाओं की वजह से औसत १०१० मिलीमीटर तक वर्षा होती है। गर्मियों में तापमान ३५ से ४५ डिग्री सेल्सियस तक रहता है। जाड़ों में तापमान अधिकतम २५ डिग्री तथा न्यूनतम २-३ डिग्री सेल्सियस तक गिर जाता है तथा दिसंबर और जनवरी के महीनों में घना कुहरा पड़ता है।

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