रोम के बाद अलेक्जेंड्रिया को दुनिया में ईसाई धर्म का एक प्रमुख केंद्र माना जाता था। अलेक्जेंड्रिया के पोप, द्वितीय "अमंग इक्वल्स" (समकक्ष श्रेष्ठ व्यक्तियों में दूसरा स्थान पाने वाला) थे, जो रोम के बिशप के बाद दूसरे श्रेष्ठ व्यक्ति थे, जो 430 तक रोमन साम्राज्य की राजधानी थी। अलेक्जेंड्रिया के चर्च के अधिकार क्षेत्र में सम्पूर्ण अफ्रीका महाद्वीप शामिल था। ईसा के जन्म के 451 वर्ष बाद चाल्सीडन परिषद् की तरह अलेक्जेंड्रिया के चर्च को मियाफिसाइट्स और मेल्काइट्स में विभाजित कर दिया गया। मियाफिसाइट्स ने जिस चर्च का निर्माण किया उसे आज अलेक्जेंड्रिया के कॉप्टिक रूढ़िवादी चर्च के नाम से जाना जाता है। मेल्काइट्स ने जिस चर्च का निर्माण किया उसे आज अलेक्जेंड्रिया के यूनानी रूढ़िवादी चर्च के नाम से जाना जाता है। 19वीं सदी में, कैथोलिक और प्रोटेस्टेंट मिशनरियों ने रूढ़िवादी चर्चों के अनुयायियों में से कुछ के धर्मों को अपने-अपने धर्मों में तब्दील कर दिया।

आज, पोप ऑफ़ कॉप्टिक रूढ़िवादी चर्च का कुलपति केंद्र, राम्लेह में स्थित सेंट मार्क कैथेड्रल है। अलेक्जेंड्रिया के सबसे महत्वपूर्ण कॉप्टिक रूढ़िवादी चर्चों में क्लियोपेट्रा का पोप साइरिल फर्स्ट चर्च, स्पोर्टिंग का सेंट जॉर्ज्स चर्च, सिदी बिशर का सेंट मार्क एण्ड पोप पीटर फर्स्ट चर्च, असाफ्रा का सेंट मैरी चर्च, गियानाक्लिस का सेंट मैरी चर्च, फ्लेमिंग का सेंट मीना चर्च, मंदारा का सेंट मीना चर्च और इब्राहिमिया का सेंट टेकल हेमैनट चर्च शामिल हैं।

अलेक्जेंड्रिया के सबसे महत्वपूर्ण यूनानी रूढ़िवादी चर्च, सेंट अनार्गिरी चर्च, चर्च ऑफ़ द एनन्सिएशन, सेंट एंथनी चर्च, आर्केंजल्स गैब्रियल एण्ड माइकल चर्च, सेंट कैथरीन चर्च, मंशेया का कैथेड्रल ऑफ़ द डोर्मिशन, चर्च ऑफ़ द डोर्मिशन, प्रोफेट एलिजाह चर्च, सेंट जॉर्ज्स चर्च, इब्राहिमिया का चर्च ऑफ़ द इमैक्यूलेट कॉन्सेप्शन, फ्लेमिंग का सेंट जोसफ चर्च, सेंट जोसफ ऑफ़ एरिमाथिया चर्च, राम्लेह का सेंट मार्क एण्ड सेंट नेक्टैरियस चैपल, सेंट निकोलस चर्च, सेंट पारस्केवी चर्च, राम्लेह का सेंट सावा कैथेड्रल और सेंट थियोडोर चैपल हैं। यूनानी रूढ़िवादी चर्च से मेल खाने वाले धार्मिक संप्रदाय में अलेक्जेंड्रिया के रूसी रूढ़िवादी सेंट अलेक्जेंडर नेवस्की चर्च का प्रमुख स्थान है जो शहर में रहने वाले रूसी बोलने वाले समुदाय को अपनी सेवा प्रदान करता है।

लैटिन कैथोलिक संस्कारों का पालन करने वाले चर्चों में मंशेया का सेंट कैथरीन चर्च और क्लियोपेट्रा का चर्च ऑफ़ द जेसुइट्स शामिल है।

कॉलेज सेंट मार्क के हिस्से के रूप में प्राप्त, शत्बी का सेंट मार्क चर्च बहुआयामी है और यहां पर लैटिन कैथोलिक, कॉप्टिक कैथोलिक और कॉप्टिक रूढ़िवादी संस्कारों के अनुसार पूजा-प्रार्थना किया जाता है।

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