जातीय तनाव बढ़ गए क्योंकि सिंगापुर के चीनियों में उस सकारात्मक कार्रवाई की संघीय नीतियों द्वारा भेदभाव किये जाने के खिलाफ घृणा फ़ैल गयी, जिसने मलेशिया के संविधान के अनुच्छेद 153 के तहत मलयों को विशेष विशेषाधिकार की गारंटी प्रदान की थी। इसके अलावा मलयों को प्राथमिकता के आधार पर अन्य वित्तीय और आर्थिक लाभ भी दिए गए थे। ली कुआन यू और अन्य राजनीतिक "नेताओं" ने ""मलेशियन मलेशिया!"" के प्रदर्शनकारी नारे के साथ मलेशिया में सभी जातियों के साथ उचित और एक समान व्यवहार की वकालत करना शुरू कर दिया.

इस बीच सिंगापुर में मलायी लोगों को संघीय सरकार के इन आरोपों के जरिये तेजी से उकसाया जा रहा था कि पीएपी मलायी लोगों के साथ बुरा बर्ताव कर रही थी। बाहरी राजनीतिक परिस्थिति भी तनावपूर्ण थी जब इंडोनेशिया के राष्ट्रपति सुकर्णो ने मलेशिया के विरुद्ध एक "कोंफ्रोंटासी" (टकराव) की स्थिति की घोषणा की और नए देश के खिलाफ सैन्य एवं अन्य कार्रवाइयां शुरू कर दी जिसमें 10 मार्च 1965 को इंडोनेशियाई कमांडो द्वारा सिंगापुर में मैकडोनाल्ड हाउस पर बमबारी की की घटना शामिल थी जहां तीन लोग मारे गए थे। इंडोनेशिया ने मलाई लोगों को चीनियों के खिलाफ भड़काने के लिए विद्रोही गतिविधियों का भी सहारा लिया। इसके परिणाम स्वरूप कई जातीय दंगे हुए और व्यवस्था को बहाल करने के लिए लगातार कर्फ्यू लगाए गए। सबसे कुख्यात दंगे 1964 के जातीय दंगे थे जो पहली बार 21 जुलाई को पैगंबर मुहम्मद के जन्मदिन पर हुए थे जिसमें तेईस लोग मारे गए और सैकड़ों लोग घायल हो गए थे। अशांति के दौरान खाद्य-सामग्रियों की कीमतें आसमान छूने लगी जब परिवहन व्यवस्था को बाधित कर दिया गया जिसके कारण लोगों के लिए और अधिक कठिनाई पैदा हो गयी।

राज्य और संघीय सरकारों ने भी आर्थिक मोर्चे पर संघर्ष किया था। यूएमएनओ नेताओं को यह डर था कि सिंगापुर का आर्थिक प्रभुत्व राजनीतिक सत्ता को अनिवार्य रूप से कुआलालम्पुर से दूर ले जाएगा. एक साझा बाजार की स्थापना के पहले के समझौते के बावजूद सिंगापुर को शेष मलेशिया के साथ व्यापार करने में निरंतर प्रतिबंधों का सामना करना पड़ा. जवाबी कार्रवाई में सिंगापुर ने सबा और सरवाक को दोनों पूर्वी प्रदेशों के आर्थिक विकास के लिए पहले से सहमत ऋण की पूरी सीमा प्रदान करने से इनकार कर दिया. सिंगापुर के बैंक ऑफ चाइना की शाखा को कुआला लम्पुर की केन्द्र सरकार द्वारा बंद कर दिया गया क्योंकि इस पर चीन में कम्युनिस्टों को वित्तपोषित करने का संदेह था। परिस्थिति इस कदर तीव्र हुई कि वार्ता शीघ्र ही समाप्त हो गयी और दोनों ओर से अपमानजनक बातों और लेखनों का दौर शुरू हो गया. यूएमएनओ के चरमपंथियों ने ली कुआन यू की गिरफ्तारी की मांग कर दी.

युवा ओलंपिक खेल
सिंगापुर गणराज्य (1965-वर्त्तमान)
जातीय तनाव
2000 - वर्तमान