1955 के बाद इकेदा झील के आसपास के क्षेत्रों के विकास से पानी की गुणवत्ता में गिरावट आई हैं। इसके पानी के गुणवत्ता में आते कमी के अन्य कारणों में, इस क्षेत्र में कृषि क्षेत्र और परिवारों के लिए विकसित की गइ एक सिंचाई परियोजना भी शामिल है, जो 1965 में शुरू हुई थी, और इसके लिए तीन निकटवर्ती नदियों के जलमार्ग को मोड़ कर झील में स्थानांतरित किया गया था। सिंचाई प्रणाली 1982 से संचालित हो रही है, जिसके परिणामस्वरूप पानी की गुणवत्ता में काफी सुधार हुआ हैं, हालांकि 1950 के दशक से झील की पारदर्शिता 26.8 मीटर से घट कर लगभग 5 मीटर तक आ गई हैं, और अब इसे दुनिया भर में पारदर्शिता के मामले में 7वें नंबर का स्थान प्राप्त हैं।

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