यह चिंता बनी रहती है कि क्या बॉयोमेट्रिक विधियों के माध्यम से ली गई हमारी व्यक्तिगत जानकारी का दुरुपयोग किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, सरकार द्वारा वैश्विक जनसंख्या नियंत्रण के लिए मानव में अवांछित तत्वों का निर्धारण किया जा सकता है। इसके अलावा, बॉयोमेट्रिक्स का उपयोग कर प्राप्त डॉ॰ा का इस्तेमाल उन मायनों में किया जा सकता है जो व्यक्ति विशेष को मंजूर न हो। 

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