8 नवम्बर 1803 को मैरीलैंड के हेगर्सटाउन के कर्नल नथानियल रोचेस्टर, मेजर चार्ल्स कैरोल और कर्नल विलियम फिट्जह्यू जूनियर (1761–1839) ने गेनेसी नदी के किनारे पश्चिमी न्यूयॉर्क में 100 एकड़ (लगभग 40 हेक्टेयर) का इलाका खरीद लिया। इस साइट को गेनेसी पर स्थित तीन बड़े झरनों की वजह से चुना गया था जहां जलशक्ति की काफी सम्भावना थी। तीनों संस्थापकों ने 1811 के आरम्भ में 15 लोगों की आबादी वाली इस भूमि का सर्वेक्षण किया और सड़कों और प्रदेशों की रूपरेखा तैयार की। 1817 में ब्राउन भाइयों और अन्य भूस्वामियों ने इस सौ एकड़ वाले प्रदेश के साथ अपनी-अपनी जमीने जोड़ दी जिससे रोचेस्टरविले गाँव का निर्माण हुआ।
1821 तक, रोचेस्टरविले मॉनरो काउंटी की सीट थी। 1823 में, रोचेस्टरविले में और 2,500 निवासी थे और रोचेस्टरविले गांव को रोचेस्टर के नाम से जाना जाने लगा। 1823 में ही गेनेसी नदी पर एरी कैनाल नामक नहर निर्माण कार्य पूरा हुआ और हडसन नदी के पूर्व की तरफ के एरिक कैनाल को खोला गया। (बीसवीं सदी के आरम्भ में रेलपथों के आगमन के बाद बीच शहर में नहर की मौजूदगी समस्या बन गई और इसके मार्ग को बदलकर रोचेस्टर के दक्षिण की तरफ कर दिया गया।) 1830 तक रोचेस्टर की आबादी और 9,200 थी और 1834 में इसे फिर से एक शहर के रूप में अधिकृत किया गया।

रोचेस्टर को सबसे पहले "द यंग लायन ऑफ द वेस्ट" और उसके बाद "फ्लाउर सिटी" के नाम से जाना जाता था। 1838 तक रोचेस्टर संयुक्त राज्य अमेरिका का सबसे बड़ा आटा निर्माण शहर था। केवल दस सालों में रोचेस्टर की आबादी दोगुनी हो जाने पर यह अमेरिका का पहला "बूमटाउन" बन गया। उन्नीसवीं सदी के मध्य तक गेंहूँ प्रसंसकरण उद्योग का केन्द्र पश्चिम में चले जाने पर यह शहर तेजी से बढ़ रहे नर्सरी (बागवानी) व्यवसाय का घर बन गया जिससे शहर को दूसरा उपनाम "फ्लावर सिटी" मिला। बड़ी और छोटी नर्सरियों से शहर घिर गया था जिनमें से सबसे मशहूर नर्सरी की शुरुआत 1840 में जर्मन आप्रवासी जॉर्ज एल्वैंगर और आयरिश आप्रवासी पैट्रिक बैरी ने की थी।

1847 में फ्रेडरिक डगलस ने रोचेस्टर द "नॉर्थ स्टार" नामक एक उन्मूलनवादी समाचार पत्र की स्थापना की। डगलस, एक पूर्व दास और एक दासत्वविरोधी वक्ता और लेखक, को संयुक्त राज्य अमेरिका, यूरोप और कैरेबियन में 4,000 से अधिक पाठकों की खपत (सर्कुलेशन) हासिल हुई। "नॉर्थ स्टार" ने उन्मूलनवादी दृष्टिकोणों के लिए एक मंच का काम किया। डगलस के घर को 1872 में जला दिया गया लेकिन साउथ एवेन्यू से दूर हाइलैंड पार्क में इसके निशान मिल सकते हैं। यह शहर उन्मूलनवादी और महिला अधिकार नेता सुसान बी. एंथोनी का भी घर था। अराजकतावादी एमा गोल्डमैन भी रोचेस्टर में कई सालों तक रहीं और काम किया और रोचेस्टर स्वेटशॉप्स में मेहनत के कारण का समर्थन करती रहीं।

रोचेस्टर में गृह युद्ध के बाद के वर्षों में नए सिरे से औद्योगिक गतिविधि की एक अन्य अवधि का भी आगमन हुआ। इन सालों में ही इस शहर में ईस्टमैन कोडैक और बॉश एण्ड लोम्ब जैसी कंपनियों की स्थापना हुई थी। यह वृद्धि बीसवीं सदी के आरम्भ में भी जारी रही जब रोचेस्टर गारमेंट इंडस्ट्री (परिधान उद्योग) खास तौर पर पुरुषों के फैशन का एक केन्द्र बन गया। यह बोंड क्लोथिंग स्टोर्स, फैशन पार्क क्लोथ्स, हिकी फ्रीमैन और स्टीन-ब्लोच एण्ड कंपनी जैसे एंटरप्राइजों (उद्यमों) का घर था। यह गाड़ी निर्माता जेम्स कनिंघम एण्ड संस द्वारा प्रस्तुत कनिंघम नामक अग्रणी ऑटोमोबाइल कंपनी का घर था।

इस शहर की आबादी 1870 में 62,386, 1900 में 162,608 और 1920 में 295,750 तक पहुंच गई। 1950 तक यही आबादी 332,488 तक पहुंच गई थी। लेकिन 2000 तक इस शहर की आबादी घटकर 219,773 हो गई।

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