कंपनी की स्थापना 6 जनवरी 1914 को हुई, जब चार्ल्स ई मेरिल एंड को ने न्यूयार्क नगर में 7 वाल स्ट्रीट में अपना व्यवसाय खोला. कुछ महीने बाद, मेरिल के दोस्त एडमंड सी लिंच उनके साथ हुए और 1915 में कंपनी का नाम आधिकारिक तौर पर बदल दिया गया। उस समय फर्म के नाम में "मेरिल और लिंच" के बीच एक "अल्पविराम" जोड़ा गया। सन् 1916 में, विनथ्रोप एच.स्मिथ फर्म में शामिल हो गए।

अपने प्रारंभिक इतिहास में मेरिल लिंच, एंड को ने कई सफल निवेश किये। 1921 में कंपनी ने पाथ एक्सचेंज खरीदी, जो बाद में RKO पिक्चर्स बन गई। सन् 1926 में इस फर्म ने एक समय सबसे महत्वपूर्ण वित्तीय निवेश किया और सेफवे में नियंत्रण हित अधिकार खरीदे, 1930 के दशक तक एक छौटी सी किराने की दुकान को देश की तीसरी सबसे बड़ी किराने की दुकान श्रृखला में बदल दिया। इस निवेश के बाद कंपनी ने EA पियर्स में अपनी खुदरा दलाली सेवाओं का हस्तांतरण कर अपने निवेश बैंकिंग की ओर ध्यान बढ़ाया.

1940 में फर्म का EA पियर्स एंड को और कैसेट एंड को में विलय कर दिया गया और कुछ समय तक इसे "मेरिल लिंच, EA पियर्स, एंड कैसेट" के रूप में जाना गया। वॉल स्ट्रीट में 1941 में एक वार्षिक वित्तीय रिपोर्ट प्रकाशित करने वाली यह पहली कंपनी बन गई। 1941 में भी, फेनर और बीन फर्म में शामिल हो गए और नाम "मेरिल लिंच, पियर्स, फेनर और बीन" हो गया। 1952 में एडमंड लिंच की मृत्यु के बाद कंपनी ने अपना नाम बदल मेरिल लिंच एंड को कर लिया और यही नाम आधिकारिक तौर शामिल हुआ। 31 दिसम्बर 1957 को न्यूयॉर्क टाइम्स ने इस नाम को "सोनोरस बीट ऑफ अमेरिकाना" के रूप में संदर्भित किया और कहा कि "16 साल तक [इसे] लोकप्रिय बनाने के बाद मेरिल लिंच, पियर्स, फेनर और बीन इसे बदलने जा रहे हैं -और इस तरह वे उस व्यक्ति को सम्मान दे रहे हैं, जो एक ब्रोकरेज घराने को अमेरिकी इतिहास का हिस्सा बनाने के लिए बड़े पैमाने पर जिम्मेदार रहा" और वह नाम है विनथ्रोप एच.स्मिथ का, जो 1940 से कंपनी चला रहे थे। इस विलय ने कंपनी को दुनिया की सबसे बड़ी प्रतिभूति फर्म बना दिया, जिसके 98 से अधिक शहरों में कार्यालय हैं और 28 एक्सचेंजों में सदस्यता है। 1 मार्च 1958 को फर्म के वित्तीय वर्ष के आरंभ पर फर्म का नाम' मेरिल लिंच, पियर्स, फेनर एंड स्मिथ' हो गया और कंपनी न्यूयॉर्क स्टॉक एक्सचेंज का एक बड़ा बोर्ड सदस्य बनी। 

मेरिल लिंच अपने ब्रोकरेज नेटवर्क (2006 तक 15000+) के बल पर प्रमुखता से उभरा और कभी कभी इसे "थंडरिंग हर्ड" के रूप में संदर्भित किया जाता है, जो सीधे अपने दस्तखत से प्रतिभूतियों को रखने की अनुमति प्रदान करती है। इसके विपरीत, कई स्थापित वॉल स्ट्रीट फर्मो जैसे स्टेनली मॉर्गन अपने हस्ताक्षरित प्रतिभूतियों के लिए दलालों के स्वतंत्र समूहों पर निर्भर होते हैं। 1970 के आखिरी वर्षो तक यह वाल स्ट्रीट में "कैथोलिक" कंपनी के रूप में जानी जाती थी। यह फर्म 1971 में सार्वजनिक हुई और 1.8 खरब अमेरिकी डॉलर से अधिक ग्राहक परिसंपत्तियों के साथ बहुराष्ट्रीय निगम बन गई और जो दुनिया के 40 देशों में संचालित हो रही है। 1978 में, इसने अपनी प्रतिभूतियों के हामीदारी व्यापार को तब एक मजबूत आधार दिया, जब इसने एक छोटे लेकिन प्रतिष्ठित पुराने तरीके वाले निवेश बैंक व्हाइट वेल्ड एंड को का अधिग्रहण किया। मेरिल लिंच अपनी वैश्विक निजी ग्राहक सेवाओं और अपने मजबूत बिक्री ताकत के लिए जानी जाती थी।

फर्म के रिस्क मैनेजमेंट और सबप्राइम मोर्टगेज संकट से निपटने के तरीके को लेकर हुई आजोचना के बाद 1 नवम्बर 2007 को मेरिल लिंच के सीईओ स्टेनली ओ'नील ने कंपनी छोड़ दी, जिससे 2.24 अरब अमेरिकी डॉलर का अप्रत्याशित नुकसान तो हुआ ही, लोगों में चर्चा भी होने लगी कि बोर्ड द्वारा बिना अधिकृत किये ही इसका वाचोविया बैंकिंग कारपोरेशन में संभवत:विलय हो जायेगा. 161 करोड़ डॉलर का स्टॉक विकल्प और सेवानिवृत्ति लाभ के साथ उन्होंने मेरिल लिंच को छोड़ा. न्यूयॉर्क शेयर बाजार के सीईओ जॉन थेन ने 1 दिसम्बर 2007 को उनकी जगह सीईओ बने।

17 जनवरी 2008 को मेरिल लिंच ने सब-प्राइम मोर्टगेज से जुड़े 16.7 अरब डॉलर के राइट डाउन आस्तियों के साथ चौथी तिमाही में 9.83 अरब डॉलर के घाटे की सूचना दी। 17 अप्रैल 2008 को मेरिल लिंच ने 2008 की पहली तिमाही में 1.97 अरब डॉलर की शुद्ध हानि की सूचना दी। 

22 जनवरी 2009 को जॉन थीन ने कंपनी के सीईओ पद से इस्तीफा के बाद यह खुलासा किया था कि वह 2008 के अंत तक बैंक ऑफ अमेरिका द्वारा कंपनी के अधिग्रहण को अं‍तिम रूप देने के ठीक पहले मेरिल कर्मचारियों को चौथी तिमाही के बोनस के रूप में 3-4 अरब अमेरिकी डॉलर का भुगतान करना चाहिए। थेन ने कथित तौर पर बैंक ऑफ अमेरिका के वार्ताकारों से बोनस भुगतान का खुलासा नहीं किया था। बैंक ऑफ अमेरिका ने हाल ही में सहायक कंपनी मेरिल लिंच के घाटे को पूरा करने के लिए प्राथमिक तौर पर अमेरिकी ट्रेजरी से अतिरिक्त 20 बिलियन डॉलर की आपातकालीन पूंजी प्रदान करने के लिए कहा. 22 जनवरी 2009 को बैंक ऑफ अमेरिका और मेरिल लिंच के खिलाफ शेयरधारकों द्वारा दायर एक क्लास एक्शन मुकदमे में थेन को सह प्रतिवादी के रूप में नामित किया गया था। इस मुकदमें में आरोप लगाया गया कि बैंक ऑफ अमेरिका के सीईओ केन लुईस, मेरिल पूर्व मुख्य वित्तीय अधिकारी नेल्सन चाई, मेरिल के पूर्व मुख्य लेखा अधिकारी गैरी कार्लिनैंड और थेन बैंक ऑफ अमेरिका के अधिग्रहण से पहले मेरिल के नुकसान की भयावहता के बारे में शेयरधारकों को चेतावनी देने में असफल रहे।

CDO विवाद
उपमुख्य बंधक संकट
भेदभाव का आरोप
इतिहास