एक क्रिकेटर के रूप में अपने पेशेवर कॅरियर के अंत के कुछ साल बाद, ख़ान ने यह स्वीकार करते हुए चुनावी राजनीति में प्रवेश किया कि उन्होंने इससे पहले चुनाव में कभी वोट नहीं डाला। तब से उनका सबसे महत्वपूर्ण राजनीतिक कार्य, परवेज़ मुशर्रफ़ और आसिफ़ अली ज़रदारी जैसे सत्ताधारी नेताओं और उनकी अमेरिकी और ब्रिटिश विदेश नीति के विरोध के खिलाफ़ विरोध प्रदर्शन करना रहा है। "पाकिस्तान में ख़ान की राजनीति को गंभीरता से नहीं लिया जाता है और सबसे उचित रूप में उसका मूल्यांकन, अधिकांश अख़बारों में एकल कॉलम की समाचार वस्तु के रूप में किया जाता है। रिपोर्ट और उनकी अपनी स्वीकारोक्ति के अनुसार, ख़ान के सबसे प्रमुख राजनीतिक समर्थक महिलाएं और युवा हैं। उनका राजनैतिक धावा, लेफ्टिनेंट जनरल हामिद गुल से प्रभावित है, पाकिस्तानी गुप्तचर विभाग के पूर्व प्रमुख, जो अफ़गानिस्तान में तालिबान के विस्तार को हवा देने और अपने पश्चिम-विरोधी दृष्टिकोण के लिए प्रसिद्द हैं। पाकिस्तान में उनके राजनैतिक कार्यों के प्रति प्रतिक्रिया को कुछ ऐसा माना गया है, "ख़ाने की मेज़ पर उनके नाम का ज़िक्र कीजिये और सबकी प्रतिक्रिया एक जैसी होती है: लोग अपनी आंखें घुमाते हैं, मंद-मंद मुस्काते हैं और उसके बाद एक दुखःद आह भरते हैं।"

25 अप्रैल, 1996 को ख़ान ने "न्याय, मानवता और आत्म-सम्मान" के प्रस्तावित नारे के साथ पाकिस्तान तहरीक-ए-इंसाफ (PTI) नामक अपनी स्वयं की राजनीतिक पार्टी की स्थापना की। 7 जिलों से चुनाव लड़ने वाले ख़ान और उनकी पार्टी के सदस्य, 1997 के आम चुनावों में सार्वभौमिक रूप से चुनाव में हार गए। ख़ान ने 1999 में जनरल परवेज़ मुशर्रफ़ के सैन्य तख्ता-पलट का समर्थन किया, लेकिन 2002 के आम चुनावों से कुछ महीने पहले उनके राष्ट्रपति पद की भर्त्सना की। कई राजनीतिक आलोचकों और उनके विरोधियों ने ख़ान के विचार परिवर्तन को एक अवसरवादी क़दम क़रार दिया। "जनमत संग्रह का समर्थन करने का मुझे खेद है। मुझे यह समझाया गया था कि उनकी जीत पर प्रणाली से भ्रष्ट लोगों का सफ़ाया होगा.लेकिन वास्तव में मामला ऐसा नहीं था", उन्होंने बाद में स्पष्टीकरण दिया। 2002 के चुनावी मौसम के दौरान उन्होंने पाकिस्तान द्वारा अमेरिकी सेना को अफ़गानिस्तान में सहाय-सहकार सम्बन्धी समर्थन के खिलाफ़ यह कहते हुए आवाज़ उठाई कि उनका देश "अमेरिका का ग़ुलाम" हो चुका है। 20 अक्टूबर, 2002 विधायी चुनावों में PTI ने लोकप्रिय वोट का 0.8% और 272 खुली सीटों में से एक पर विजय हासिल की। ख़ान को, जो मियांवाली के NA-71 निर्वाचन क्षेत्र से चुने गए थे, 16 नवंबर को एक सांसद के रूप में शपथ दिलाई गई। कार्यालय में एक बार आ जाने के बाद, ख़ान ने 2002 में प्रधानमंत्री पद के लिए मुशर्रफ़ की पसंद को दरकिनार करते हुए, तालिबान समर्थक इस्लामी उम्मीदवार के पक्ष में वोट दिया। एक सांसद के रूप में, वह कश्मीर और लोक लेखा पर स्थायी समितियों के सदस्य थे और उन्होंने विदेश मंत्रालय, शिक्षा और न्याय में विधायी रुचि व्यक्त की। 

6 मई, 2005 को ख़ान उन चंद मुस्लिमों में से एक बन गए, जिन्होंने 300 शब्द की "न्यूज़वीक" की कहानी की आलोचना की, जिसमें कथित तौर पर क्यूबा के ग्वांटनमो की खाड़ी में नौसैनिक अड्डे पर एक अमेरिकी सैन्य जेल में क़ुरान को अपवित्र किया गया। ख़ान ने लेख की निंदा करने के लिए एक प्रेस कॉन्फ्रेंस आयोजित की और मांग की कि जनरल परवेज़ मुशर्रफ़ इस घटना के लिए अमेरिकी राष्ट्रपति जॉर्ज डबल्यू. बुश से माफ़ी मंगवाएं. 2006 में उन्होंने कहा, "मुशर्रफ़ यहां बैठे हैं और वह जॉर्ज बुश के जूते चाटते हैं!" बुश प्रशासन के समर्थक मुस्लिम नेताओं की आलोचना करते हुए उन्होंने कहा, "वे मुस्लिम दुनिया पर बैठी कठपुतलियां हैं। हम एक प्रभुसत्ता-संपन्न पाकिस्तान चाहते हैं। हम नहीं चाहते कि राष्ट्रपति, जॉर्ज बुश का एक पूडल (गोद में रखने वाला छोटा कुत्ता) बनें. मार्च 2006 में, जॉर्ज डब्ल्यू. बुश की पाकिस्तान यात्रा के दौरान, ख़ान को उनके विरोध प्रदर्शन आयोजित करने की धमकी के बाद इस्लामाबाद में घर में नज़रबंद रखा गया। जून 2007 में संघीय संसदीय कार्य मंत्री डॉ॰ शेर अफ़गान ख़ान नियाज़ी और मुत्तहिदा कौमी मूवमेंट (MQM) पार्टी ने ख़ान के खिलाफ़ अनैतिकता के आधार पर राष्ट्रीय असेंबली के सदस्य के रूप में उनकी अनर्हता की मांग करते हुए, अलग-अलग अयोग्यता संदर्भ दायर किए. पाकिस्तानी संविधान के अनुच्छेद 62 और 63 के आधार पर दर्ज दोनों ही संदर्भ, 5 सितंबर को खारिज कर दिये गए।

2 अक्टूबर, 2007 को ऑल पार्टीज़ डेमोक्रेटिक मूवमेंट के हिस्से के रूप में, ख़ान ने 85 अन्य सांसदों में शामिल होकर संसद से 6 अक्टूबर को निर्धारित राष्ट्रपति चुनाव के विरोध में इस्तीफ़ा दे दिया, जिसमें जनरल मुशर्रफ़ सेना प्रमुख के रूप में इस्तीफ़ा दिए बिना चुनाव लड़ रहे थे। 3 नवंबर, 2007 को राष्ट्रपति मुशर्रफ़ द्वारा पाकिस्तान में आपातकाल घोषित किये जाने के कुछ घंटों बाद, ख़ान को उनके पिता के घर में नज़रबंद कर दिया गया। आपातकालीन शासन लगाने के बाद ख़ान ने मुशर्रफ़ के लिए मृत्यु दंड की मांग की, जिसे उन्होंने "देशद्रोह" के समकक्ष रखा। अगले दिन, 4 नवंबर को, ख़ान भाग गए और भ्रमणशील आश्रय में छिप गए। अंततः 14 नवंबर को वे पंजाब विश्वविद्यालय में छात्रों के एक विरोध प्रदर्शन में शामिल होने के लिए बाहर आए। रैली में ख़ान को जमात-ए-इस्लामी राजनीतिक दल के छात्रों द्वारा दबोच लिया गया, जिन्होंने दावा किया कि ख़ान रैली में एक बिन बुलाए सरदर्द थे और उन्हें पुलिस को सौंप दिया, जिसने उनके ऊपर हथियार उठाने के लिए लोगों को भड़काने, नागरिक अवज्ञा का आह्वान करने और घृणा फैलाने के लिए कथित तौर पर आतंकवाद अधिनियम के अर्न्तगत दोषारोपण किया। डेरा गाज़ी ख़ान जेल में बंद, ख़ान के रिश्तेदारों को उनके पास जाने की अनुमति थी और जेल में उनके एक सप्ताह के दौरान उन तक चीज़ें पहुंचाने में वे सक्षम थे।19 नवंबर को, PTI सदस्यों और अपने परिवार के माध्यम से यह ख़बर बाहर भेजी कि उन्होंने भूख हड़ताल शुरू की है, पर डेरा गाज़ी ख़ान जेल के उप-अधीक्षक ने इस ख़बर का यह कहते हुए खंडन किया कि ख़ान ने नाश्ते में ब्रेड, अंडे और फल लिए। 21 नवंबर, 2007 को रिहा 3,000 राजनीतिक क़ैदियों में ख़ान भी एक थे।

18 फरवरी, 2008 को उनकी पार्टी ने राष्ट्रीय चुनावों का बहिष्कार किया और इसलिए, 2007 में ख़ान के इस्तीफ़े के बाद, PTI के किसी सदस्य ने संसद में कार्य नहीं किया। संसद के अब सदस्य ना होने के बावजूद, पाकिस्तानी राष्ट्रपति आसिफ़ अली ज़रदारी द्वारा 15 मार्च 2009 को एक क़ानूनी कार्रवाई में ख़ान को सरकार-विरोधी प्रदर्शन के लिए घर में नज़रबंद रखा गया।

विचारधारा
राजनीतिक कार्य
ख़ान द्वारा लेखन
सामाजिक कार्य