सुनहरे मानक के लिए औषधियों का पड़े पैमाने पर बार-बार परीक्षण और अनियमित डबल-ब्लाइंड परीक्षण किया जाता है। 2004 में, U.S. के नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ के नेशानल सेंटर फॉर कंप्लीमेंटरी एण्ड अल्टरनेटिव मेडिसीन ने हर्बल औषधियों की प्रभावकारिता की नैदानिक जांच के लिए आर्थिक मदद देना शुरू किया। 2010 में 1000 पौधों के सर्वेक्षण में, 156 की नैदानिक जांच में उनका मूल्यांकन करते हुए उनके "औषधीय गतिविधियों और उपचरात्मक अनुप्रयोगों" को प्रकाशित किया गया, जबकि 12% पौधे, हालांकि पश्चिमी बाजार में उपलब्ध हैं, के गुणों का "पर्याप्त अध्ययन नहीं किया गया".

कई जड़ी बूटियों ने पशु मॉडल या छोटे पैमाने पर कृत्रिम परिवेशीय नैदानिक जांच में सकारात्मक परिणाम दिखाया, लेकिन हर्बल उपचार के बहुत सारे अध्ययनों में नकारात्मक परिणाम भी मिले. हर्बल उपचार पर परीक्षणों की गुणवत्ता बहुत ही परिवर्तनशील है और हर्बल उपचार के बहुत सारे परीक्षण उपचार खराब गुणवत्ता के पाए गए हैं, बहुत सारे परीक्षणों में उपचार के विश्लेषण में उद्देश्य या इरादा सफल रहा या नहीं पर टिप्पणी की कमी रही. कुछ अनियमित तरीके से किए गए डबल-ब्लाइंड परीक्षण, जिस पर मेडिकल प्रकाशनों का ध्यान गया, के प्रणाली संबंधी आधार या इसकी व्याख्या पर सवाल उठाये गए। इसी तरह, मेडिकल पत्रिकाओं में चीर-फाड़ वाली समीक्षा प्रकाशित हुई, जैसे विशेष तरह के हर्बल जर्नल की तुलना में जर्नल ऑफ द अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन ने इसकी अच्छी तरह से विवेचना की.

एक अध्ययन में पाया गया कि वैकल्पिक चिकित्सा के पत्रिकाओं ने गैर प्रभाव कारक के नकारात्मक परिणामों की तुलना में सकारात्मक परिणामों र्क प्रकाशित किया गया और उस परीक्षण से मिले नकारात्मक परिणाम की तुलना में सकारात्मक परिणाम कम गुणवत्तावाले थे। दूसरी ओर, मुख्यधारा की मेडिकल पत्रिकाओं ने सकारात्मक और नकारात्मक परिणामों के साथ बराबर की संख्या में परीक्षण प्रकाशित किए. उच्च प्रभाववाले पत्रिकाओं ने भी नकारात्मक परिणाम पाये जानेवाले परीक्षणों की तुलना में सकारात्मक परिणाम मिलनेवाले परीक्षणों में कम गुणवत्ता प्राप्त किया है। एक अन्य अध्ययन में बताया गया कि हर्बल दवाओं के कुछ नैदानिक अध्ययन, इसी तरह के मेडिकल अध्ययन से अवर नहीं थे। हालांकि, इस अध्ययन ने जोड़ी मिलान डिजाइन का प्रयोग किया और सभी तरह के हर्बल परीक्षणों, जो नियंत्रित नहीं थे, प्रयोगिक औषधि का उपयोग नहीं किया गया या अनियमित या अर्द्ध-अनियमित निर्धारण का उपयोग नहीं किया।

मुख्यधारा के अध्ययन की इस आधार पर वैद्य आलोचना करते हैं कि वे ऐतिहासिक उपयोग का इस्तेमाल अपर्याप्त मात्रा में करते हैं, जो वर्तमान और अतीत में औषधि की खोज और विकास में बहुत ही उपयोगी हैं। उनका कहना है कि चयन के कारकों जैसे सर्वोत्कृष्ट खुराक, प्रजाति और कटाई के समय और आबादी को लक्ष्य बनाने में परंपरा मार्गदर्शन कर सकती है।

हर्बल उपचार के लिए आमतौर पर खुराक खास मायने रखती है जबकि प्रभावकारिता और सुरक्षित खुराक (विशेषतौर पर शरीर के वजन, औषधि के परस्पर क्रिया आदि से संबंधित मामलों में) को सुनिश्चित करने के लिए अधिकांश औषधि की कड़ाई जांच होती है, बाजार में विभिन्न हर्बल उपचार के लिए खुराक की कुछ किस्में उपलब्ध हैं। इसके अलावा, एक पारंपरिक औषधीय दृष्टिकोण से, हर्बल दवाओं को संपूर्ण रूप में आमतौर पर समान खुराक या औषधि की गुणवत्ता की गारंटी नहीं दी जा सकती, क्योंकि हो सकता है किन्हीं नमूने में कमोवेश एक जैसी सक्रिय सामग्री डाली गयी हो.

जड़ी-बूटियों के मानकीकरण के कई तरीकों को लागू किया जा सकता है। इनमें से कच्चे माल में विलायक का अनुपात है। हालांकि एक ही प्रजाति के पौधे में विभिन्न नमूनों में रासायनिक सामग्री अलग हो सकती है। इस कारण, कभी-कभी उत्पादकों द्वारा इस्तेमाल करने से पहले अपने उत्पाद की मात्रा का आंकलन करने के लिए वर्णलेखन की पतली परत का प्रयोग किया जाता है। एक अन्य तरीका उत्कृष्ट रासायनिक के मानकीकरण का है।

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