अलेक्जेंड्रिया की प्राचीनकालीन वस्तुओं का पता लगाने के लिए लगातार प्रयास किए गए हैं। स्थानीय पुरातात्त्विक समाज और कई लोगों, विशेष रूप से इस शहर को अपने देश के इतिहास का एक गौरव मानकर गर्व करने वाले यूनानियों ने, इस कार्य में अपना प्रोत्साहन और सहयोग प्रदान किया है।

संग्रहालय के पूर्व और वर्तमान निदेशकों को समय-समय पर अवसर मिलने पर व्यवस्थित ढ़ंग से खुदाई कार्य करने की क्षमता प्रदान की जाती है; डी. जी. होगार्थ ने 1895 में सोसाइटी फॉर द प्रमोशन ऑफ़ हेलेनिक स्टडीज़ (यूनानी संवर्धन अध्ययन प्रोत्साहन समाज) और इजिप्ट एक्सप्लोरेशन फंड (मिस्र अन्वेषण निधि) की तरफ से जांच के तौर पर कुछ शोध किए; और एक जर्मन अभियान पर दो साल (1898–1899) तक काम होता रहा. लेकिन अलेक्जेंड्रिया में असफल उत्खनक को दो मुश्किलों: खुदाई के लिए जगह की कमी और कुछ रूचिपूर्ण क्षेत्रों के कार्य-स्थल का पानी के नीचे होना, का सामना करना पड़ा.

एकदम से प्राचीन शहर के ऊपर वर्तमान विशाल और विकासशील आधुनिक शहर के स्थित होने की वजह से, केवल अत्यधिक खर्च के अलावा, खुदाई करने लायक कोई पर्याप्त जगह मिलना असंभव है। ईसा के जन्म के पश्चात् चौथी सदी में क्लियोपेट्रा सप्तम के शाही क्वार्टर भूकम्पों और ज्वारीय लहरों में जलमग्न हो गए जिससे ये धीरे-धीरे धंसने लगे. इस जलमग्न भाग का खुलासा 1992 में हुआ जिसमें यूनानीवादिक शहर के महल के क्वार्टर सहित कई सबसे दिलचस्प भाग शामिल थे और फ़्रांसिसी जलमग्न पुरातत्वविद् फ्रैंक गोडियो और उनके दल के लोग अभी भी बड़े पैमाने पर इसकी छानबीन कर रहे हैं। इसमें सीज़रियन का एक उल्लेखनीय सिर बरामद हुआ। कुछ विवादों के बावजूद इन्हें पर्यटकों के लिए खोला जा रहा है। अधिकांश खुले स्थान उत्तर-पूर्व और दक्षिण-पश्चिम की तरफ स्थित निचली जमीन है जहां रोमन स्तर से नीचे जाना व्यवहारिक रूप से असंभव है।

"पॉम्पी के खम्भे" के पड़ोस में संग्रहालय के स्वर्गवासी निदेशक, डॉ॰ जी. बोटी, ने सबसे महत्वपूर्ण कामयाबी हासिल की जहां काफी परिमाण में खुली जमीन उपलब्ध है। यहां एक बड़े भवन या भावों के समूह की उपसंरचनाएं उजागर हुई हैं जो शायद सेरापियम का हिस्सा है। पास में, विशाल भूगर्भ कब्रिस्तान और "कोलम्बरिया" खोला गया है जो मंदिर के बाहरी हिस्से हो सकते हैं। इनमें एक बहुत उल्लेखनीय गुम्बज शामिल है जिस पर कौतूहल पैदा करने वाली चित्रांकित नक्काशी की गई थी जिसे अब कृत्रिम रूप से प्रकाशित किया गया है और आगतुकों के लिए खोल दिया गया है।

अनुसंधानों में प्राप्त वस्तुओं को संग्रहालय में रखा गया है जिसमें से सबसे उल्लेखनीय वस्तु बेसाल्ट से बना एक विशाल बैल है जो शायद कभी सेरापियम में एक उपासना योग्य वस्तु थी। अन्य भूगर्भ कब्रिस्तान और कब्रों को कोम अल-शोकाफा (रोमन) और रास अल-टीन (चित्रांकित) में खोल दिया गया है।

जर्मन खुदाई दल को शहर के उत्तर-पूर्व में एक टॉलेमिक स्तंभश्रेणी और सड़कों के अवशेष, लेकिन बहुत कम, मिले. होगार्थ ने "कोम अल-डिक्का" के टीले के अन्दर स्थित एक विशाल ईंट संरचना के हिस्से का पता लगाया जो पेनियम, मौसोलिया, या एक रोमन किले का हिस्सा हो सकता है।

नई अबरी (तट का अगला भाग) का निर्माण करने के लिए पैट्रियार्कल चर्च के अवशेषों का तलकर्षण हुआ; और आधुनिक इमारतों की नींव रखने के दौरान शायद ही कभी किसी प्राचीनकालीन वस्तु का पता न लगता हो। इसमें कोई संदेह नहीं है कि जमीन के भीतर काफी धन दबा पड़ा है; लेकिन हर कोशिश करने के बावजूद पुरावेत्ताओं को अलेक्जेंड्रिया में संग्रहालय और "पॉम्पी के खम्भे" के पड़ोस के बाहर ज्यादा कुछ देखने को नहीं मिला है। हालांकि, देशी-कब्र लुटेरों, सु-गोताखोरों, निकर्षकों और इसी तरह के अन्य माध्यमों से समय-समय पर मूल्यवान वस्तुओं का पता चला है जिनमें से अधिकांश को निजी संग्रह में रखा गया है।

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