कई स्फटिक खोपड़ियों के पूर्वकोलम्बीय होने का दावा किया जाता है और सामान्यतः अज़टेक या माया सभ्यताओं से संबंधित माना जाता है। मध्यअमेरिकी कला में खोपड़ियों का अनगिनत प्रतिनिधित्व है, लेकिन संग्रहालयों के संग्रहों में से कोई भी प्रमाणित खुदाई से प्राप्त किया हुआ नहीं है। 1967, 1996 और फिर 2004 में ब्रिटिश म्युजियम में अनेकों स्फटिक कपालों पर किये गए शोध में दर्शाया गया है कि दांतों को दर्शाने वाली दांतेदार रेखाएं (क्यौंकि इन कपालों में मिचेल-हेजस कपाल की तरह कोई पृथक जबड़े की हड्डी नहीं होती है) 19वीं सदी में विकसित किये गए जौहरी के उपकरण (रोटरी औजार) का प्रयोग करके बनाई गई हैं, जिससे उनका संभावित पूर्वकोलम्बीय मूल संदेहपूर्ण लगता है। स्फटिक के प्रकार का निश्चय क्लोराइट समावेशकों के परीक्षण से किया गया, और जो केवल मैडागास्कर और ब्राजील में पाया जाता है, और इसलिये पूर्वकोलम्बीय मध्यअमेरिका में अप्राप्य या अज्ञात है। अध्ययन से यह निष्कर्ष निकाला गया कि इन कपालों को 19वीं सदी में जर्मनी में, संभावित रूप से 19वीं सदी के अंत के उस समय में आयातित ब्राजीली क्वार्ट्ज से बनी वस्तुओं की गढाई के लिये मशहूर इदार-ओबेर्स्टीन नगर के कारखानों में गढ़ा गया था।

यह स्थापित किया गया है कि ब्रिटिश म्युजियम और पेरिस के म्यूजी डेल होम के स्फटिक कपाल मूल रूप से फ्रेंच प्राचीन वस्तुओं के व्यापारी यूजीन बोबन द्वारा बेचे गए थे, जो 1860 और 1880 के बीच मेक्सिको में कार्यरत था। ब्रिटिश म्यूजियम का कपाल न्यूयार्क के टिफेनिस के जरिये पहुंचा, जबकि म्यूजी डेल होम का स्फटिक कपाल एक नृवंशविज्ञानशास्त्री अल्फोंसे पिनार्ट द्वारा दान किया गया था जिसने उसे बोबन से खरीदा था।

1992 में स्मिथसोनियन संस्थान द्वारा एक अनजान स्रोत, जिसने उसे 1960 में मेक्सिको सिटी में खरीदने और उसके अजटेक मूल के होने का दावा किया था, से प्राप्त किये गए एक स्फटिक कपाल पर की गई एक जांच में यह निष्कर्ष निकाला गया कि उसे भी हाल के वर्षों में बनाया गया था। स्मिथसोनियन के अनुसार, बोबन ने उसके द्वारा बेचे गए स्फटिक कपालों को जर्मनी में मौजूद स्रोतों से खरीदा था - निष्कर्ष, जो ब्रिटिश म्यूजियम के निष्कर्षों से सहमति रखते हैं।

ब्रिटिश म्यूजियम और स्मिथसोनियन स्फटिक कपालों के एक विस्तृत अध्ययन को मई 2008 में "जर्नल ऑफ अर्कियोलाजिकल साइंस" द्वारा प्रकाशन के लिये स्वीकृत किया गया. इलेक्ट्रान माइक्रोस्कोप और एक्सरे क्रिस्टेलोग्राफी का प्रयोग करके ब्रिटिश और अमेरिकी शोधकारकों ने पाया कि ब्रिटिश म्यूजियम के कपाल पर कोरंडम या हीरे जैसे एक कठोर घर्षक पदार्थ का प्रयोग किया गया था और उसे किसी उपयुक्त धातु से बने एक रोटरी डिस्क औजार द्वारा ढाला गया था। स्मिथसोनियन नमूने पर एक भिन्न घर्षक, यानी सिलिकान-कार्बन यौगिक, कारबोरैंडम, जो आधुनिक औद्योगिक तकनीकों से बनाया गया एक संश्लेषित पदार्थ है, से काम किया गया था। चूंकि, कार्बोरैंडम का संश्लेषण केवल 1890 के आसपास शुरू हुआ था और 20 वीं सदी में अधिक बड़े पैमाने में उपलब्ध हुआ था, इसलिये वैज्ञानिकों ने निष्कर्ष निकाला- "ऐसा लगता है कि उसे 1950 के दशक या उसके बाद बनाया गया है।"

स्फटिक कपालों के संग्रह
असाधारण दावे और अध्यात्मिक संबंध
स्मिथसोनियन कपाल
स्फटिक खोपड़ियों के मूल में शोध