1999 में वेन डेन बर्घ और वरब्रुगेन द्वारा आरंभिक आलोचनाओं को प्रकाशित किया गया था। एक और समीक्षा का प्रकाशन 2008 में किया गया। पर्यावरण के लिए निदेशालय-जनरल (यूरोपीय आयोग) द्वारा अधिकृत और जून 2008 में प्रकाशित एक और सम्पूर्ण समीक्षा, पद्धति का सर्वाधिक अद्यतन स्वतंत्र मूल्यांकन प्रदान करती है। इस विधि की वैधता का परीक्षण करने के लिए अनेक देश अनुसंधान सहयोग में लगे हुए हैं। इसमें स्विट्जरलैंड, जर्मनी, संयुक्त अरब अमीरात और बेल्जियम शामिल हैं।

ग्राज़ी व अन्य ने (2007) स्थानिक कल्याण विश्लेषण के साथ, जिसमें पर्यावरण संबंधी बहिर्मुखता, जमाव प्रभाव और व्यापार लाभ शामिल हैं, पारिस्थितिकी पदचिह्न विधि की व्यवस्थित तुलना को प्रदर्शित किया है। वे पाते हैं कि आर्थिक गतिविधियों के विभिन्न स्थानिक पैटर्न में दोनों तरीके काफी भिन्न दर्जा फलित करते हैं, यहां तक कि बिलकुल विपरीत। हालांकि, यह आश्चर्य की बात नहीं होनी चाहिए चूंकि दोनों नियम विभिन्न अनुसंधान सवालों को उठाते हैं।

सघन आबादी वाले क्षेत्रों के लिए पारिस्थितिक पदचिह्न की गणना, जैसे एक शहर की या अपेक्षाकृत बड़ी आबादी वाले छोटे देश की - उदाहरण के लिए क्रमशः न्यूयॉर्क और सिंगापुर - इन आबादियों के बारे में "परजीवी" की धारणा को जन्म दे सकती है। ऐसा इसीलिए है क्योंकि इन समुदायों के पास कम मात्रा में आंतरिक जैविक क्षमता होती है और इसके बजाए वृहद "भीतरी प्रदेश" पर भरोसा करना चाहिए। आलोचकों का तर्क है कि यह एक संदिग्ध वर्णन है क्योंकि विकसित देशों में यंत्रीकृत ग्रामीण किसान, शहरी निवासियों की तुलना में अधिक संसाधन का उपभोग कर सकते हैं, जिसकी वजह है परिवहन आवश्यकताएं और स्तरीय अर्थव्यवस्था की अनुपलब्धता। इसके अलावा, इस तरह के नैतिक निष्कर्ष आत्मनिर्भर अर्थतंत्र के लिए एक तर्क प्रतीत होते हैं। कुछ लोग विचारों की इस श्रृंखला को एक कदम और आगे ले जाते हैं, इस दावे के साथ कि पदचिह्न, व्यापार के लाभ से इनकार करते हैं। इसलिए, आलोचकों का तर्क है कि केवल विश्व स्तर पर पदचिह्न को लागू किया जा सकता है।

ऐसा प्रतीत होता है कि यह विधि मूल पारिस्थितिकी को उच्च-उत्पादकता वाले कृषि सम्बन्धी एकल-कृषि से प्रतिस्थापित करने को पुरस्कृत करती है जिसके लिए यह ऐसे क्षेत्रों को एक उच्च जैविक-क्षमता निर्धारित करती है। उदाहरण के लिए, एकल उपज वन या वृक्षारोपण के साथ प्राचीन वनप्रदेश या उष्णकटिबंधीय वन पारिस्थितिक पदचिह्न में सुधार ला सकते हैं। इसी प्रकार, यदि जैविक कृषि की पैदावार, पारंपरिक विधियों की तुलना में कम होती है, तो हो सकता है कि इस कारण से जैविक को वृहद पारिस्थितिक पदचिह्न के साथ "दण्डित" किया जाए। बेशक, वैध होते हुए यह अंतर्दृष्टि, किसी के लिए एकमात्र मेट्रिक के रूप में पदचिह्न का उपयोग करने के विचार से उपजी थी। अगर पारिस्थितिक पदचिह्न के उपयोग को अन्य संकेतको के साथ जोड़ा जाता है तो, जैसे जैव विविधता के लिए, इस समस्या को हल किया जा सकता है। वास्तव में, WWF की लिविंग प्लानेट रिपोर्ट, जैव विविधता की लिविंग प्लानेट सूचकांक के द्विवार्षिक पदचिह्न गणना का पूरक बनती है। मनफ्रेड लेंज़ेन और शौना मूर्रे ने एक संशोधित पारिस्थितिक पदचिह्न का निर्माण किया है जो ऑस्ट्रेलिया में इस्तेमाल किए जाने के लिए जैव विविधता को समाहित करता है।

हालांकि 2008 के पूर्व के पारिस्थितिक पदचिह्न मॉडल, नाभिकीय ऊर्जा के साथ कोयला ऊर्जा के समान ही व्यवहार करते हैं, वास्तव में दोनों का वास्तविक विश्व प्रभाव मूलतः अलग है। स्वीडिश फ़ोर्समार्क न्यूक्लियर पॉवर प्लांट के इर्द-गिर्द केन्द्रित एक जीवन चक्र विश्लेषण ने 2002 में टोर्नेस न्यूक्लियर पॉवर स्टेशन के लिए कार्बन डाइऑक्साइड का उत्सर्जन 3.10 g/kWh और 5.05 g/kWh अनुमानित किया। यह हाइड्रोलेक्ट्रिक पॉवर के लिए 11 g/kWh, स्थापित कोयला के लिए 950 g/kWh, तेल के लिए 900 g/kWh और 1999 में संयुक्त राज्य में प्राकृतिक गैस उत्पादन के लिए 600 g/kWh है।

स्वीडिश वेटनफॉल सुविधा ने नाभिकीय, हाइड्रो, कोयला, गैस, सौर सेल, पीट और पवन के सम्पूर्ण जीवन चक्र के उत्सर्जन का अध्ययन किया, जिसका उपयोग यह सुविधा बिजली के उत्पादन के लिए करती है। अध्ययन का शुद्ध परिणाम यह था कि नाभिकीय ऊर्जा ने उत्पादित ऊर्जा के प्रति KW-Hr में 3.3 ग्राम के कार्बन डाइऑक्साइड का उत्पादन किया। यह प्राकृतिक गैस के लिए 400 और कोयला के लिए 700 है (अध्ययन के अनुसार). इस अध्ययन में यह भी निष्कर्ष निकाला गया कि नाभिकीय ऊर्जा उनके किसी भी ऊर्जा स्रोतों के CO की न्यूनतम मात्रा का उत्पादन करती है।

ऐसे दावे हैं कि नाभिकीय अपशिष्ट की समस्याएं, जीवाश्म ईंधन अपशिष्ट की समस्या के आस-पास नहीं पहुंचती हैं। 2004 में BBC के एक लेख में कहा गया: "विश्व स्वास्थ्य संगठन (WHO) के अनुसार वाहन और औद्योगिक उत्सर्जन से होने वाले बाह्य वायु प्रदूषण से दुनिया भर में सालाना 3 लाख लोग मरते हैं और ठोस ईंधन के इस्तेमाल से होने वाले घरेलू प्रदूषण से 1.6 मिलियन लोग मरते हैं।" केवल U.S. में जीवाश्म ईंधन के अपशिष्ट से प्रति वर्ष 20,000 लोगों की मौत होती है। नाभिकीय ऊर्जा संयंत्र के समान वाट क्षमता वाला एक कोयला ऊर्जा संयंत्र, उससे 100 गुना अधिक विकिरण उत्सर्जित करता है। यह अनुमान लगाया गया है कि 1982 के दौरान, US की कोयला जलाने की घटना ने थ्री माइल आइसलैंड की घटना की तुलना में, वातावरण में 155 गुना अधिक रेडियोधर्मिता छोड़ी. इसके अलावा, जीवाश्म ईंधन अपशिष्ट ग्लोबल वार्मिंग का कारण होता है जिससे तूफान, बाढ़ और अन्य मौसमी घटनाओं से होने वाली मृत्यु संख्या में वृद्धि हुई है। विश्व परमाणु संघ ने ऊर्जा उत्पादन के विभिन्न रूपों के बीच होने वाली दुर्घटनाओं की वजह से मरने वालों की संख्या की तुलना पेश करता है। उनकी इस तुलना में, 1970 से 1992 के बीच बिजली उत्पादन की प्रति TW-yr (UK और USA में) मृत्यु, हाइड्रोपॉवर के लिए 885, कोयला के लिए 342, प्राकृतिक गैस के लिए 85 और नाभिकीय के लिए 8 उद्धृत की गई है।

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