जनवरी 2002 में, मुस्टेन को गुर्दे की पथरी निकलवाने के लिए अस्पताल में भर्ती किया गया। इलाज के दौरान उन्हें दर्द की दवा दी गई जिससे वे फिर से उसी दशा में आ गए। अस्पताल से छूटने के बाद उन्होंने तुरंत टेक्सास के एक उपचार केंद्र में अपनी जांच करवाई. उपचार केंद्र में अपने बाएं बाजू की नसों की नुकसान की वजह से मुस्टेन गंभीर कष्ट सहन करना पड़ा. एक कुर्सी की पीठ पर अपने बाएं बाजू को रखकर सोने से उनके रेडियल नसों के दब जाने के कारण उन्हें यह कष्ट भुगतना पड़ा. उनका रेडियल न्यूरोपैथी की सहायता से रोग-परीक्षण करने पर पता चला कि वह अपने बाएं हाथ से किसी चीज़ को पकड़ने या यहां तक कि मुट्ठी भींचने में भी असमर्थ (ऐसी स्थिति जिसे सैटरडे नाइट पैल्सी के रूप में जाना जाता है) थे।

3 अप्रैल 2002 को, मुस्टेन ने एक प्रेस विज्ञप्ति में घोषणा की कि अपने बाजू में चोट की वजह से वह मेगाडेथ को भंग कर रहे थे। अगले चार महीनों तक, मुस्टेन एक सप्ताह में पांच दिन तीव्र शारीरिक चिकित्सा करवाते रहे. धीरे-धीरे मुस्टेन ने फिर से बजाना शुरू किया लेकिन अपने बाएं हाथ को "फिर से सिखाने" पर विवश हो गए।

सैन्क्च्युअरि रिकॉर्ड्स के साथ किए गए अनुबंध के दायित्वों को पूरा करने के लिए मेगाडेथ ने एल्बमों का एक संकलन, "स्टिल अलाइव... ऐंड वेल?" को 10 सितंबर 2002 को रिलीज़ किया। एल्बम के प्रथम आधे हिस्से में 17 नवम्बर 2001 को फोनिक्स, एरिज़ोना के वेब थिएटर [Web Theatre] में रिकॉर्ड किए गए लाइव ट्रैक शामिल है। एल्बम के दूसरे आधे हिस्से में "द वर्ल्ड नीड्स ए हीरो" से लिए गए स्टूडियो रिकॉर्डिंग शामिल है।

शारीरिक और विद्युत् आघात चिकित्सा सहित, स्वस्थ होने के लगभग एक साल बाद, मुस्टेन ने अपने प्रथम एकाकी एल्बम पर काम करना शुरू कर दिया. अक्टूबर 2003 में सत्र संगीतकार विनी कोलैउटा और जिमी स्लोस के साथ नई सामग्रियों की रिकॉर्डिंग की गई, लेकिन इस परियोजना को उस समय अधूरा छोड़ दिया गया जब मुस्टेन ने कैपिटल रिकॉर्ड्स के साथ मेगाडेथ के आठ एल्बमों की पिछली सूची को रीमिक्स करने और उसे पुनःनिपुण बनाने के लिए अपनी सहमती व्यक्त की. मुस्टेन ने कुछ भागों को फिर से रिकॉर्ड किया जो समय के साथ खो गए थे या प्रारंभिक मिश्रण प्रक्रिया में उसकी जानकारी के बिना बदल दिए गए थे।

प्रगीतात्मक विषय-वस्तु
"रस्ट इन पीस" (वर्ष 1990–1991)
ब्रेकअप (वर्ष 2002–2004)
"काउंटडाउन टु एक्सटिंक्शन" (वर्ष 1992–1993)