बेलिज शहर की स्थापना 1638 में "बेलीज टाउन" के रूप में अंग्रेज लकड़ी कटाई करनें वालों द्वारा की गई थी। यह होलजुज़ नामक माया लोगों का एक छोटा शहर था। बेलीज टाउन, अंग्रेजों के लिए केंद्रीय चौकी के रूप में स्थापित था क्योंकि यह समुद्र और स्थानीय नदियों के मुहाने पर बसा था, जिससे लकड़ी के लठ्ठो को ले जाने में सहायता होती थी। बेलीज टाउन अफ्रीका से लाये गये हजारों अफ्रीकी गुलामों का घर बन गया, जिसे अंग्रेजों (1707 के बाद से ब्रिटिश) द्वारा लकड़ी उद्योग के लिए लाया गया था। यह 1798 के सेंट जॉर्ज क्यूई युद्ध के लिए समन्वय स्थल था, जिसे ब्रिटिश ने आक्रमणकारियों से जीता था, और 1970 के दशक तक स्थानीय अदालतों और सरकारी अधिकारियों का निवास स्थल था।

बेलीज शहर 1900, 1931 और 1961 में सीधे तौर पर तूफान के चपेट में आ चुका है, जिससे शहर के विभिन्न इलाके लगभग नष्ट हो चुके थे। इसके अलावा शहर कई बार आग के चपेट मे भी आ चुका है। सबसे हाल ही में 1990 की अल्बर्ट स्ट्रीट की आग, जिसमें मकिदौ जल गई थी और 2004 कि आग में पास्लो इमारत नष्ट हो गया था। शहर, रिचर्ड तूफान और 2016 के तूफान अर्ल ने भी कहर ढ़ाया था।

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