1996 की अपनी फ़िल्म "दैट थिंग यू डू" के साथ हैंक्स निर्देशन की ओर मुड़ पड़े. यह फ़िल्म 1960 के एक पॉप समूह के बारे में थी जिसमें वे एक संगीत निर्माता की भी भूमिका निभा रहे थे। हैंक्स और निर्माता गैरी गोएत्ज़मैन ने प्लेटोन नामक एक रिकॉर्ड और फ़िल्म निर्माण कंपनी की स्थापना की जिसे फिल्म में रिकॉर्ड कंपनी के नाम से दर्ज किया गया था।

हैंक्स ने HBO के वृत्त नाटक "फ्रॉम द अर्थ टु द मून" का कार्यकारी निर्माण, सह-लेखन और सह-निर्देशन किया। नील आर्मस्ट्रांग और जिम लॉवेल के परिचित उड़ानों से लेकर चांद पर उतरने तक की वास्तविकता से जुड़ी हुई व्यक्तिगत भावनाओं के माध्यम से बारह-भागों की श्रृंखला उत्पत्ति के समय से ही अंतरिक्ष कार्यक्रम को लिपिबद्ध कराती है। एमी पुरस्कार विजेता परियोजना की लागत 68 मिलियन अमेरिकी डॉलर थी, जो टेलीविजन के लिए किये जाने वाले सबसे महंगे कार्यों में से एक था। हैंक्स की अगली परियोजना भी कम महंगी नहीं थी।

"सेविंग प्राइवेट रायन" में उन्होंने निर्णायक दिवस, ओमाहा तट पर उतरने के दिन और युद्ध से बर्बाद फ्रांस के एक सैनिक की घर वापसी हेतु तलाश करने के संबंध में एक फ़िल्म बनाने के लिए स्टीवन स्पीलबर्ग के साथ मिलकर कार्य किया। इसने फ़िल्म समुदाय, आलोचकों और आम जनता के द्वारा प्रशंसा और सम्मान अर्जित किया; है, इसे युद्ध के ऊपर अब तक बना सबसे बेहतरीन फ़िल्म माना गया, जिससे निर्देशन के लिए स्पीलबर्ग को दूसरा अकादमी पुरस्कार और हैंक्स को सर्वश्रेष्ठ अभिनेता के लिए नामांकन मिला. बाद में 1998 में, हैंक्स ने पुनः "स्लीपलेस इन सिएटल" के सह-कलाकार मेग-रायन के साथ एक अन्य रोमांटिक कॉमेडी "यू हैव गॉट मेल" में काम करने के लिए पुन: जोड़ी बनायी, जो 1940 में बनी "द शॉप अराउंड द कॉर्नर" की पुनर्कृति थी, जिसमें जेम्स स्टीवर्ट और मारग्रेट सुलैवैन ने अभिनय किया।

1999 में, हैंक्स ने स्टीफन किंग के उपन्यास के रूपांतरण "द ग्रीन माइल" में अभिनय किया। उन्होंने "टॉय स्टोरी 2" में वूडी की आवाज के रूप में भी वापसी की. अगले वर्ष उन्हें सर्वश्रेष्ठ अभिनेता के लिए गोल्डेन ग्लोब पुरस्कार और रॉबर्ट ज़ेमेक्किस के "कास्ट अवे" में एक असहाय फेड एक्स (FedEx) सिस्टम विश्लेषक के रूप में उनके चित्रण के लिए अकादमी में नामांकन मिला. सन् 2001 में, हैंक्स ने HBO की लघु-श्रृंखला "बैंड ऑफ़ ब्रदर्स" के निर्देशन और निर्माण करने में मदद की. उन्होंने 11 सितंबर के टेलीविजन के विशेष"" कार्यक्रम और वृत्तचित्र "रेस्क्युड फ्रॉम द क्लोसेट" में भी अभिनय किया।

इसके बाद उन्होंने मैक्स एलेन कॉलिन्स और रिचर्ड रेनर के चित्रित उपन्यास "रोड टू पर्डिशन" के रूपांतरण के लिए "अमेरिकी सौंदर्य" निर्देशक सैम मेंडिस के साथ मिलकर काम किया, जिसमें उन्होंने अपने बेटे के साथ भागते हुए एक व्यावसायिक हत्यारे के रूप में एक खलनायक की भूमिका निभायी. उसी वर्ष, हैंक्स ने निर्देशक स्पीलबर्ग के साथ व्यावसायिक ह्त्या संबंधी कॉमेडी "कैच इफ यू कैन" में एक साथ मिलकर कार्य किया जिसमें उन्होंने लियोनार्डो डाई कैप्रियो के विपरीत अभिनय किया। यह फ़िल्म फ्रैंक अबैग्नेल जूनियर की सच्ची कहानी पर आधारित थी। उसी वर्ष वे और उनकी पत्नी रीटा विल्सन ने व्यावसायिक ह्त्या संबंधी फ़िल्म "माई बिग फैट ग्रीक वेडिंग" का निर्माण किया। अगस्त 2007 में उन्होंने सह-निर्माता रीटा विल्सन और गैरी ग़ोएत्ज़्मैन और लेखक तथा स्टार निया वर्दालोस के साथ मिलकर निर्माण कंपनी गोल्ड सर्किल फ़िल्म्स के विरुद्ध उस फ़िल्म से होने वाले लाभों की हिस्सेदारी के लिए कानूनी कार्यवाही शुरू की. 45 साल की उम्र में 12 जून 2002 को अमेरिकी फ़िल्म संस्थान के आजीवन उपलब्धि का पुरस्कार पाने वाले वे सबसे कम उम्र के प्राप्तकर्ता बने.

हैंक्स 2003 में परदे से गायब रहे: 2004 में, उन्हें तीन फ़िल्मों में देखा गया: कोएन ब्रदर्स की "द लेडीकिलर्स", स्पीलबर्ग की एक और फ़िल्म "द टर्मिनल", और रोबेर्ट ज़ेमेक्किज की पारिवारिक फ़िल्म "द पोलर एक्सप्रेस" . "संयुक्त राज्य अमेरिका के सप्ताहांत" के साक्षात्कार में हैंक्स ने परियोजनाओं के चयन के बारे में बात की: ""ए लीग ऑफ़ देयर ओन" के समय [से], यह मेरे लिए केवल एक दूसरी फ़िल्म नहीं हो सकती है। मुझे यह किसी भी तरह से शुरू करना है।... उस विशेष फ़िल्म को करने की इच्छा की कमी संबंध में कुछ व्यापक इच्छा या भावना होनी चाहिए. मैं यह मानना चाहूंगा कि इसे सही करने के लिए मैं किसी भी पथ पर जाने के लिए इच्छुक हूं." अगस्त, 2005 में, हैंक्स को मोशन पिक्चर आर्ट्स एंड साइंसेज अकादमी का उपाध्यक्ष चुना गया।

इसके बाद हैंक्स ने डैन ब्राउन के बहुत लोकप्रिय उपन्यास पर आधारित बहुप्रत्याशित फ़िल्म द "[[दा विंची कोड]]" में अभिनय किया। यह फ़िल्म अमेरिका में 19 मई 2006 को रिलीज हुई और इससे पूरे विश्व में 750 मिलियन अमेरिकी डॉलर की कुल आय हुई. केन बर्न्स के 2007 के वृत्तचित्र "द वार" में हैंक्स ने अल मैशिन्तोश के द्वारा रचित द्वितीय विश्व युद्ध अवधि की पंक्तियों के अंशों को पढ़कर अपने कार्य की अभिव्यक्ति की. 2006 में, हैंक्स ने "फोर्ब्स" पत्रिका द्वारा संकलित 1500 'सबसे विश्वसनीय ख्याति प्राप्त हस्तियों' की सशक्त सूची में शीर्ष स्थान प्राप्त किया। फिर हैंक्स स्वयं "द सिम्प्संस मूवी" की एक कैमियो भूमिका में दिखाई पड़े, जिसमें वे एक यह दावा करते हुए दिखाई पड़ते हैं कि संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार ने अपनी विश्वसनीयता खो दी है इसलिए वह इसका वह कुछ भाग खरीद रही है। वे द क्रेडिट्स में भी यह कहते हुए प्रकट होते हैं कि जनता के बीच बाहर रहने के समय वे अकेले रहना चाहते हैं। बाद में, 2006 में हैंक्स ने ब्रिटिश फ़िल्म "स्टार्टर फॉर टेन" का निर्माण किया जो "विश्वविद्यालय मुकाबला" जीतने की कोशिश करने वाले श्रमिक वर्ग के विद्यार्थियों पर आधारित एक कॉमेडी थी।

सन् 2007 में, हैंक्स ने माइक निकोलस की फ़िल्म "चार्ली विल्सन्स वार" (प्रसिद्ध पटकथा लेखक ऐरॉन सॉर्किन द्वारा लिखित) में अभिनय किया जिसमें उन्होंने डेमोक्रेटिक टेक्सास के कांग्रेसी व्यक्ति चार्ल्स विल्सन की भूमिका निभाई. यह फ़िल्म 21 दिसम्बर 2007 को शुरू हुई और हैंक्स को उनके अभिनय के लिए गोल्डन ग्लोब के लिए नामांकित किया गया।

"art imitating life" (कला जीवन की नकल करते हुए) नामक एक नाटक में हैंक्स ने परदे पर उस युवक के पिता (हैंक्स के वास्तविक जीवन का बेटा, कॉलिन हैंक्स की भूमिका निभायी जो 2008 की "द ग्रेट बक हॉवर्ड" में एक पतनशील जादूगर (जॉन मल्कोविच) के पदचिन्हों के अनुसरण करने का निर्णय करता है। हैंक्स का चरित्र उसके बेटे के कैरियर के निर्णय के बारे में कम रोमांचित था।

हैंक्स का अगला प्रयास डैन ब्राउन के "द दा विंची कोड" की उत्तर कथा "एन्जिल्स एंड डेमन्स" का फ़िल्मी रूपांतरण था जो 15 मई 2009 को रिलीज हुई. 11 अप्रैल 2007 की इसकी घोषणा से पता चला कि हैंक्स रॉबर्ट लैंगडॉन के रूप में अपनी भूमिका दोहराएंगे और खबर के अनुसार उन्हें किसी अभिनेता को अब तक मिले वेतन से अधिक वेतन मिलेगा जो 30-35 मिलियन डॉलर के बीच है और इसके अतिरिक्त उसे फ़िल्म के राजस्व का 10-15% मिलेगा. अगले दिन उन्होंने NBC शनिवार की रात के सीधे प्रसारण में ख्याति प्राप्त विभूति जियोपार्डी के "चरित्र" में "स्वयं छद्मरूपण करते हुए" अपनी 10वीं उपस्थिति दर्ज कराई.

हैंक्स स्पाईक जॉन्ज़ की फ़िल्म "व्हेयर द वाइल्ड थिंग्स आर" के निर्माता हैं, जो मॉरिस सेन्डक द्वारा लिखी गई बच्चों की पुस्तक पर आधारित थी।

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