भारतीय कॉफी की चार मुख्य वनस्पति किस्में हैं, केंट, S.795, कावेरी और सलेक्शन 9.

1920 के दशक में, भारत में अरेबिका की सबसे पुरानी किस्म को केंट नाम दिया गया यह नाम मैसूर में दोदेनगुदा एस्टेट के एक उत्पादक, अंग्रेज एल. आर. केंट के नाम पर दिया गया था। संभवतया भारत और दक्षिण पूर्वी एशिया में सबसे ज्यादा उगाई जाने वाली अरेबिका S.795 है, जिसे इसके संतुलित स्वाद और मोक्का के फ्लेवर के लिए जाना जाता है। 1940 के दशक में पैदा होने वाली यह किस्म केंट और S.288 किस्मों के बीच संकरण का परिणाम है। कावेरी, जिसे सामान्यतः केटिमोर के रूप में जाना जाता है, वह कतुरा और हाइब्रिडो-डे-तिमोर के बीच संकरण के परिणामस्वरूप उत्पन्न हुई है, जबकि पुरस्कार विजेता सलेक्शन-9 ताफरिकेला और हाइब्रिडो-डे-तिमोर के बीच संकरण का परिणाम है। सेन रामोन और कतुरा के बौने और अर्ध-बौने संकर का विकास उच्च घनत्व के पौधों की मांग को ध्यान में रखते हुए किया गया। देवामेची संकर ("सी. अरेबिका" और "सी. केनेफोरा") की खोज भारत में 1930 के दशक में की गयी थी।

भारतीय कॉफी संघ की साप्ताहिक नीलामी में इन किस्मों को शामिल किया जाता है जैसे अरेबिका चेरी, रोबस्टा चेरी, अरेबिका प्लान्टेशन और रोबस्टा पार्चमेंट.

क्षेत्रीय लोगो और ब्रांड्स में शामिल हैं:एनामलीस, अरकू वेली, बाबाबुदानगिरीस, बिलिगिरिस, ब्रह्मपुत्र, चिकमगलूर, कूर्ग, मंजराबाद, निल्गीरिस, पुल्नेस, शेवेरोयस, त्रावणकोर और व्यानाद. कई विशिष्ट ब्रांड भी हैं जैसे मनसुनेद मालाबार एए, मैसूर नगेट्स एक्स्ट्रा बोल्ड और रोबस्टा कापी रोयाल. 
कार्बनिक कॉफी का निर्माण कृत्रिम एग्रो-रसायनों तथा पादप सरंक्षण विधियों के द्वारा किया जाता है। ऐसी कॉफ़ी का विपणन करने के लिए एजेंसी के पास प्रमाण पत्र होना आवश्यक है (इसके लोकप्रिय रूप हैं रेगुलर, डिकैफ़िनेटेड, फ्लेवर्ड और इंस्टेन्ट कॉफ़ी), ये यूरोप, संयुक्त राज्य अमेरिका और जापान में लोकप्रिय हैं। भारतीय भूभाग और जलवायु परिस्थितियां इस प्रकार की कॉफ़ी के लिए अनुकूल वातावरण उपलब्ध कराते हैं, इसे वन की गहरी और उर्वर मृदा में, द्वि स्तरीय मिश्रित छाया में, पशु उर्वरक, कम्पोस्टिंग और मेनुअल बागवानी का उपयोग करते हुए उगाया जाता है। इसकी विभिन्न बागवानी गतिविधियों में होर्टीकल्चर प्रथाओं को काम में लिया जाता है; इस किस्म की कॉफ़ी के लिए छोटे जोत एक और फायदे की बात हैं। इन फायदों के बावजूद, भारत में प्रमाणित कार्बनिक कॉफ़ी के जोत, 2008 के नियम के अनुसार (भारत में इसकी 20 मान्यता प्राप्त एजेंसियां हैं) का क्षेत्रफल था, जिससे 1700 टन का उत्पादन हुआ। इस प्रकार की कॉफ़ी को बढ़ावा देने के लिए कॉफ़ी बोर्ड ने, क्षेत्रीय प्रयोगों, सर्वेक्षणों और केस अध्ययनों के आधार पर कई पैकेज निकाले हैं। जो सुचना दिशानिर्देशों और तकनिकी दस्तावेजों के पूरक हैं।

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