अधिकतर मामलों में सबसे अधिक, एंटिकोगुलेंट चिकित्सा उपचार का मुख्य आधार है। हपारिन, निम्न आणविक भार हपारिन्स (जैसे एनोक्सापारिन और डाल्टेपारिन) या फोंडापैरिनक्स को शूरू में प्रशासित किया जाता है, जबकि वारफारिन, असिनोकाउमरोल, या फेनप्रोकोउमोन थिरेपी की शुरूआत की जाती है (इसमें कई दिनों का समय लग सकता है, प्राय: जब रोगी अस्पताल में होता है). कोचरेम सहयोग के द्वारा रैंडोमाइज्ड नियंत्रित परीक्षण की सुनियोजित समीक्षा के अनुसार हपारिन की तुलना में निम्न आणविक भार हपारिन फुफ्फुसीय अंत:शल्यता के रोगियों के बीच ब्लिडिंग को कम कर सकता है।सापेक्षिक जोखिम कमी 40.0% थी। इस पर अध्ययन के समान जोखिम वाले रोगियों में (निम्न आणविक भार हपारिन से इलाज नहीं करने पर 2.0% रोगियों में ब्लिडिंग हो रहा था), यह 8% की निरपेक्ष कमी का नेतृत्व करता है। 125.0 रोगियों का इलाज उनके लाभ के लिए किया जाना चाहिए (इलाज के लिए जरूरतमंदों की संख्या= 125.0. ब्लिंडिग के निम्न और उच्च खतरे वाले रोगियों के लिए इन परिणामों को समायोजित करने के लिए यहां क्लिक करें).

यह हालांकि संभव है कि निम्न खतरे वाले रोगियों का इलाज बाह्यरोगियों की तरह किया जाय. एक चल रहा चिकित्सीय परीक्षण प्रेक्षणीय आध्ययनों के एक अद्यतन सुनियोजित समीक्षा द्वारा संक्षेपित साक्ष्य के आधार पर इस अभ्यास की सुरक्षा पर ध्यान केंद्रित कर रहा है। इस सुनियोजित समीक्षा ने रोगसूचक फुफ्फुसीय अन्त:शल्यता वाले बाह्यरोगियों के इलाज की जांच की और पाया कि सभी कारणों से मृत्यु की श्रेणी 5 से 44%, अन्य जटिलताओं की घटना जैसे आवर्ती थ्रोंबोइबोलिज्म की श्रेणी 1 से 9%, तथा गंभीर ब्लिडिंग की श्रेणी 0 से 4 % थी। 

वारफरिन चिकित्सा में अक्सर INR के आवर्ती खुराक समायोजन और निगरानी की जरूरत पड़ती है। पीई में, 2.0 और 3.0 के बीच INRs को सामान्यत: आदर्श माना जाता है। वारफरिन उपचार के अंतर्गत पीई का कोई अन्य प्रकरण उपस्थित होता है तो INR खिड़की को उदारणार्थ 2.5 -3.5 तक बढाया जा सकता है (जबतक काँट्रेइंडिकेशन रहता है) या एंटिकोगुलेशन एक भिन्न एंटिकोगुलेंट में परिवर्तित हो जाता है उदारणार्थ निम्न आणविक भार हपारिन. एक अंतर्निहित आसाध्यता वाले रोगी के लिए क्लॉट परीक्षण के परिणामों पर आधारित वारफरिन पर निम्न आणविक भार हपारिन कोर्स थ्रिरेपी का समर्थन किया जा सकता है। इसी तरह, गर्भवती महिलाओं की भी प्राय: वारफरिन के ज्ञात टैरेटोजेनिक प्रभाव को रोकने के लिए, विशेषकर गर्भावस्था के प्रारंभिक चरणों में, निम्न आणविक भार हपारिन पर देखरेख की जाती है।
लोग आमतौर पर उपचार के प्रारंभिक चरणों में अस्पताल में भर्ती कराये जाते हैं और अंत:रोगी देखभाल के अंतर्गत रखे जाते हैं, जबतक INR उपचारात्मक स्तर पर नहीं पहुंच जाता. इसके बाद, कम जोखिम वाले मामलों को DVT के उपचार में आमतौर पर पहले से प्रचलित परम्परा में बाह्यरोगी आधार पर व्यवस्थित किया जाता है।

वारफरिन चिकित्सा आमतौर पर 3-6 महीने तक चलती है, या "आजीवन" अगर DVTs या PEs, या सामान्य जोखिम वाले कारकों में से कोई भी मौजूद नहीं हो. चिकित्सा के अंत में डी-डिमर का असमान्य स्तर प्रथम अनुत्तेजित फुफ्फुसीय एंबोलस रोगियों में इलाज के जारी रखने का संकेत दे सकता है।

उपचार
एंटिकोगुलेशन
थ्रंबोलाइसिस
अंतर्निहित कारण