जून, 1978 में फर्ग्यूसन, बिली मैकनेल के स्थान पर एबर्डीन में प्रबंधक के रूप में शामिल हुए, जो केल्टिक का प्रबंधन संभालने का मौका मिलने से पहले केवल एक ही सीज़न तक टिक पाए. हालांकि एबर्डीन, स्कॉटलैंड का एक प्रमुख क्लब था लेकिन 1955 से क्लब ने कोई लीग नहीं जीता था। हालांकि टीम काफी अच्छा प्रदर्शन करती आ रही थी और पिछले दिसम्बर से टीम ने लीग मैच में एक बार भी हार का सामना नहीं किया था, जहां पिछली सीज़न में लीग में टीम ने दूसरा स्थान हासिल किया था। हालांकि फर्ग्यूसन चार साल तक टीम का प्रबंधन कर चुके थे, पर फिर भी कुछ खिलाड़ियों की तुलना में उनकी उम्र कम थी शायद इसीलिए जो हार्पर जैसे पुराने लोगों की तरह सम्मान हासिल करने में उन्हें कठिनाई हुई. सीज़न को कोई खास नहीं रहा, जहां एबर्डीन टीम स्कॉटिश F.A. कप के सेमीफाइनल और लीग कप के फाइनल में पहुंची, लेकिन दोनों ही मैचों में टीम को हार का सामना करना पड़ा और वह लीग में चौथा स्थान ही बना पाई.

दिसम्बर 1979 में वे फिर से लीग कप के फाइनल में हार गए और इस बार डंडी यूनाइटेड से रिप्ले के बाद हारे. फर्ग्यूसन ने हार का जिम्मा अपने ऊपर लेते हुए कहा कि रिप्ले के लिए उन्हें टीम में परिवर्तन करना चाहिए था।

प्रारंभिक निराशा
रेफरी
गॉर्डन स्ट्राचन
विवाद