कई ऐसे कोशिकीय परिवर्तन हैं जिनके माध्यम से mHtt की विषाक्त क्रिया प्रकट होती है और HD विकृति उत्पन्न करती है। mHtt के प्रतिलेखनोत्तर संशोधन की जैविक प्रक्रिया के दौरान, प्रोटीन की दरार पॉलीग्लूटमाइन विस्तार के कुछ भागों से बने छोटे अंशों को पीछे छोड़ सकती हैं। जब ग्लूटमाइन में Htt प्रोटीन अत्यधिक मात्रा में होती है तो ग्लूटमाइन की ध्रुवीय प्रकृति, अन्य प्रोटीनों के साथ अन्तःक्रिया उत्पन्न करती है। इस प्रकार, Htt अणु तत्व एक दूसरे के साथ हाइड्रोजन बंध बनाते हैं, जिससे क्रियाशील प्रोटीन की वलित होने की जगह प्रोटीन समुच्चय बनता है। समय के साथ, ये समूह इकट्ठा होते हैं, अंततः न्यूरॉन क्रिया में दखल देते हैं क्योंकि तब ये अंश प्रोटीन समुच्चयन नाम की प्रक्रिया में खुल कर और संगठित होकर, कोशिकाओं के भीतर समावेशी पिंड बनाते हैं। न्यूरोनीय समावेश अप्रत्यक्ष हस्तक्षेप चलाते हैं। अतिरिक्त प्रोटीन समुच्चय न्यूरॉन में तंत्रिकाक्ष और पार्श्वतंतुओं पर एक साथ ढेर में जमा होते हैं, जो यांत्रिक रूप से न्यूरोट्रांस्मीटरों के संचार को बंद कर देता है, क्योंकि पुटिकाएं (न्यूरोट्रांस्मीटरों से भरी) कोशिका-कंकाल के माध्यम से नहीं गुज़र सकती. अंततः, समय के साथ, जैसे-जैसे न्यूरोनीय समावेश बढ़ते हैं, दूसरे न्यूरॉन्स को संकेत देने के लिए उपलब्ध न्यूरोट्रांस्मीटर कमतर होते जाते हैं। समावेशी पिंड, कोशिकीय नाभिक और कोशिकाद्रव्य, दोनों में पाए गए हैं। मस्तिष्कीय कोशिकाओं में समावेशी पिंड, सबसे पहले होने वाले विकृत परिवर्तनों में से एक हैं, तथा कुछ प्रयोगों ने यह दर्शाया है कि वे कोशिकाओं के लिए विषाक्त हो सकते हैं, लेकिन अन्य प्रयोग यह दर्शाते हैं कि ये शरीर के सुरक्षा तंत्र का हिस्सा बन सकते हैं और कोशिकाओं की रक्षा में सहायक हो सकते हैं।

कई पथों की पहचान की गई है जिनके द्वारा mHtt कोशिका की मृत्यु का कारण बन सकता है। इनमे शामिल हैं: संरक्षिका प्रोटीन पर प्रभाव, जो प्रोटीन को बिखरने और बिखरे हुए प्रोटीन को हटाने में सहायक होते हैं; कास्पासेस के साथ अन्तःक्रिया, जो कोशिकाओं को हटाने की प्रक्रिया में भूमिका निभाते हैं; तंत्रिका कोशिकाओं पर ग्लूटमाइन का विषाक्त प्रभाव; कोशिकाओं के भीतर ऊर्जोत्पादन की क्षति; और जीन के प्रकटन पर प्रभाव. "रेस" नामक प्रोटीन के साथ अन्तःक्रिया के कारण mHtt का कोशिकाओं पर विषाक्त प्रभाव बड़ी मजबूती से बढ़ताहैं, जो मुख्यतः स्ट्रिएटम में प्रकट होता है। पाया गया कि रेस mHtt के सूमोयलेशन को प्रेरित करती है, जो प्रोटीन पिंड को तोड़ देती है-कोशिका संवर्धन अध्ययनों ने जताया कि असमुच्चित रूप से पिंड कम विषाक्त हैं।

एक अतिरिक्त सिद्धांत के अनुसार, जो HD द्वारा कोशिका के कार्यों को बाधित करने के तरीके को समझाता है, स्ट्रेटिएटल कोशिकाओं में माईटोकोंड्रिया की क्षति (माईटोकोंड्रियल कमी के कई वर्णन पाए गए) और न्यूरॉन में कई प्रोटीन के साथ हनटिंग्टिन प्रोटीन की अन्तःक्रिया, ग्लूटमाइन की अतिसंवेदनशीलता को बढ़ावा देती है, जो बहुत अधिक मात्रा में, एक्साइटोटॉक्सिन के रूप में पाई गई। एक्साइटोटॉक्सिन अनेक कोशिकीय संरचनाओं को क्षति पहुंचा सकता है। हालांकि ग्लूटमाइन अत्यधिक उच्च मात्रा में नहीं पाई गई, तथापि यह माना गया है कि वर्धित अतिसंवेदनशीलता के कारण, ग्लूटमाइन की सामान्य मात्रा भी एक्साइटोटॉक्सिन उत्पन्न कर सकती है। इसके अलावा, कैपासेस पर संवेदनशीलता की निर्भरता में वृद्धि, पॉलीग्लूटमाइन के आवृत्ति विस्तार और संवेदनशीलता में वृद्धि द्वारा सक्रिय होती हैं। हनटिंग्टिन प्रोटीन, कैपासेस द्वारा छोटे टुकड़ों में चीर दी जाती है; ये परमाणु समुच्चय, प्रतिलेखन को, न्यूरॉन के नाभिक में "दाखिल" होते हुए, प्रोटीन के निर्माण में दखल देकर बाधित करते हैं। दुर्भाग्यवश, हस्तक्षेप की वजह से होने वाला कोशिकीय तनाव, एपॉप्टोसिस के होने तक और अधिक हनटिंग्टिन की टूटन को बढ़ावा देता हैं।

आनुवांशिकी
mHtt के कारण कोशिकीय परिवर्तन
आनुवंशिक उत्परिवर्तन
नैदानिक