[[चित्र:Brainmaps-macaque-hippocampus.jpg|thumb|250px|एक मकाउ बन्दर के मस्तिष्क का निस्सल-रंजित कोरोनल हिस्सा, जिसमें हिप्पोकैम्पस दिख रहा है (गोले के अन्दर).स्रोत: brainmaps.org]]

शरीर-रचना विज्ञान के अनुसार हिप्पोकैम्पस सेरेब्रल कॉर्टेक्स के सिरे का विस्तार है. वे संरचनायें जो कॉर्टेक्स के सिरे की सीध में होती हैं, तथा-कथित लिम्बिक प्रणाली का निर्माण करती हैं (लैटिन "लिम्बस" = "सीमा"): इनमें शामिल हैं हिप्पोकैम्पस, सिंग्युलेट कॉर्टेक्स, [[घ्राण तंत्र|ओल्फैक्टरी कॉर्टेक्स]] तथा ऐमिग्डाल. पॉल मैक्लीन ने ट्रियून मस्तिष्क सिद्धांत के भाग के रूप में जाना कि लिम्बिक संरचना में भावनाओं का तंत्रिका आधार सम्मिलित है. कुछ तंत्रिका वैज्ञानिक अब एकीकृत "लिम्बिक प्रणाली" की अवधारणा में विश्वास नहीं करते हैं. हालांकि हिप्पोकैम्पस शरीर-रचना विज्ञान के अनुसार मस्तिष्क के उन भागों से, जो भावनात्मक व्यव्हार से सम्बंधित हैं, से जुड़ा हुआ है - सेप्टम, हाइपोथेलामिक मैमेलरी बॉडी तथा थैलामस में स्थित एंटेरिअर न्यूक्लिअर कॉम्प्लेक्स, इसलिए लिम्बिक प्रणाली में इसकी भूमिका से इनकार नहीं किया जा सकता है.

सम्पूर्ण आकार में हिप्पोकैम्पस एक मुड़ी हुई नली जैसा होता है, जिसका आकार एक समुद्री घोड़े, भेड़ के सींग ("कोर्नु एम्मोनिस", इसीलिए इसके उपभाग सीए1 से सीए4 हैं), अथवा केले के सदृश माना गया है. यह विशिष्ट रूप से एक ऐसे क्षेत्र के रूप में देखा जा सकता है जहाँ कॉर्टेक्स पतली होकर पिरामिड आकर के न्युरोनों की एक सघन पर्त के रूप में हो बदल जाती है, जिसकी मोटाई चूहों में 3 से 6 कोशिकाओं तक हो सकती है और जो अंग्रेजी के U के आकार में मुड़ी होती है; U के किनारे पर सीए4 क्षेत्र पीछे की तरफ मुड़ा हुआ, सुदृढ़ रूप से मुड़ी हुई V आकार की कोर्टेक्स के रूप में अंतःस्थापित होता है, जिसे देन्ताते जाइरस कहते हैं. इसमें वेंट्रल व डोर्सल भाग होते हैं, जिनके संघटक सामान ही होते हैं परन्तु वे न्युरौनों के अलग-अलग परिपथों के भाग होते हैं. 
यह सामान्य अभिन्यास सभी स्तनधारियों में लगभग एक सा ही होता है, सही से लेकर मनुष्यों तक, हालांकि इनके विस्तृत वर्णन भिन्न होते हैं. चूहे में, दोनों हिप्पोकैम्पी केले की एक जोड़ी जैसे लगते हैं, जो मूल पर हिप्पोकैम्पल संयोजिका से जुड़ते हैं तथा जो एंटेरिअर कॉर्पस कैलोसम के भीतर तक जाती है. मानव या बंदरों के मस्तिष्क में नीचे के तरफ के हिप्पोकैम्पस के भाग, जो कि टेम्पोरल लोब के आधार की तरफ होते हैं, ऊपर के भागों की तुलना में अधि चौड़े होते हैं. इस जटिल ज्यामिति के परिणामों में से एक यह है कि हिप्पोकैम्पस में की गयी अनुप्रस्थ काट विभिन्न आकारों को प्रदर्शित कर सकती है, हालांकि यह काट के कोण व स्थिति पर भी निर्भर करता है.

[[चित्र:CajalHippocampus (modified).png|thumb|300px|left|सैंटियागो रेमन वाई केजल द्वारा अन्कित हिप्पोकैम्पस का मूल सर्किट.डीजी: देंताते जाइरस.सब: सबिकुलमईसी: एंटोराईनल कॉर्टेक्स]]
पैराहिप्पोकैम्पल जाइरस में स्थित एंटोराइनल कॉर्टेक्स (EC) को शरीर-रचना विज्ञान के ताने-बाने के कारण हिप्पोकैम्पल क्षेत्र का भाग ही माना जाता है. ईसी (EC) दृढ़ता से सेरेब्रल कॉर्टेक्स के कई अन्य भागों के साथ जुड़ा हुआ होता है. इसके अतिरिक्त, मेडियल सेप्टल न्यूक्लियस, एंटेरिअर न्यूक्लियस कॉम्प्लेक्स तथा थैलामस के न्यूक्लियस रियूनियन एवं हाइपोथैलामस के सुप्रामैमिलारी न्यूक्लियस तथा इनके साथ ही साथ मस्तिष्क आधार में रेफ न्यूक्ली व लोकस कोर्युलस भी ईसी को एक्सोन भेजते हैं.ईसी के एक्सौनों की निकासी का मुख्य मार्ग (पर्फोरेंट पाथ, जिसका वर्णन सर्वप्रथम रेमन वाई कजल द्वारा किया गया) बड़ी स्टैलेट पिरामिड के अकार की कोशिकाओं से आता है जो कि लेयर II में होती हैं और सबिक्युलम को "भेदती" हैं व देन्ताते जाइरस में सघन रूप से विद्यमान कनिका रुपी कोशिकाओं को प्रोजेक्ट करती हैं, सीए3 के एपिकल डेन्ड्राइट को कम सघन प्रोजेक्शन प्राप्त होता है, तथा सीए1 के एपिकल डेन्ड्राइट बहुत कम प्रोजेक्शन प्राप्त कर पाते हैं. इस प्रकार पर्फोरेंट पाथ ईसी को मुख्य "इंटरफेस" के रूप में स्थापित करता है जो हिप्पोकैम्पस तथा सेरिब्रल कॉर्टेक्स के अन्य भागों के बीच कार्य करता है. देन्ताते की कणिका रुपी कोशिका एक्सौन (जिसे मौसी तंतु भी कहते हैं) सूचनाओं को ईसी से कांटेदार स्पाइनों से होकर, जो सीए3 पिरामिड के आकार की कोशिकाओं के प्रौक्सिमल एपिकल डेन्ड्राइट से होकर निकलती हैं, ले जाती है. इसके बाद सीए3 एक्सौन कोशिकाओं से बाहर आकर उस क्षेत्र में, जहां एपिकल डेन्ड्राइट पाए जाते हैं, चक्कर काटते रहते हैं और फिर बढ़ कर वे एंटोराइनल कॉर्टेक्स की गहरी परतो तक जाते हैं - शाफर कोलेटरल इसका व्युत्क्रम चक्र पूर्ण करते हैं; सीए1 क्षेत्र से एक्सौन वापस ईसी तक भेजे जाते हैं, परन्तु ये सीए3 की तुलना में बहुत कम होते हैं. हिप्पोकैम्पस के भीतर ईसी द्वारा भेजी गयी सूचनाओं की दिशा एकल-दिश होती है, सिग्नल कोशिका की सघन परतों में से प्रसारित होते हैं, सर्वप्रथम दन्ताते जाइरस को, उसके बाद सीए3 पर्त को, फिर सीए1 पर्त को उसके बाद सबिकुलम और फिर हिप्पोकैम्पस के बाहर ईसी को और ऐसा मुख्य रूप से सीए3 एक्सौनों के पास-पास होने के कारण होता है. इन सभी परतों में जटिल आतंरिक परिपथ तथा वृहद क्षैतिज संयोजन होते हैं.

कई अन्य संयोजन हिप्पोकैम्पस के प्रकार्य में प्रमुख भूमिका निभाते हैं. ईसी को आउटपुट देने के अतिरिक्त अन्य आउटपुट मार्ग अन्य कौर्टिकल क्षेत्रों को भी जोड़ते हैं जिनमें प्रीफ्रंटल कॉर्टेक्स शामिल है. एक बहुत महत्वपूर्ण व बड़ा आउटपुट लेटरल सेप्टल क्षेत्र तथा हाइपोथैलामस की मैमेलरी बॉडी को भी जाता है. हिप्पोकैम्पस के क्षेत्र सीए1 को विभिन्न प्रभागों जैसे सेरोटोनिन, नोरपाइनफ्रीन व डोपामाइन प्रणाली तथा थैलामस के न्यूक्लियस रीयुनिएंस से भी इनपुट प्राप्त होता है. एक बहुत महत्वपूर्ण प्रक्षेपण मेडियल सेप्टल क्षेत्र से आता है जो कोलीनर्जिक व गाबार्जिक तंतु हिप्पोकैम्पस के सभी हिस्सों में भेजता है. सेप्टल क्षेत्र से आने वाला इनपुट हिप्पोकैम्पस की शारीरिक स्थिति के नियंत्रण में प्रमुख भूमिका निभाता है: सेप्टल क्षेत्र के नष्ट हो जाने से हिप्पोकैम्पस की थीटा लय नष्ट हो जाती है तथा कुछ प्रकार की स्मृतियों पर गंभीर रूप से प्रतिकूल प्रभाव पड़ता है.

हिप्पोकैम्पस के निकट स्थित कोर्टिकल क्षेत्र को सामूहिक रूप से पैराहिप्पोकैम्पल जाइरस (अथवा पैराहिप्पोकैम्पस) कहते हैं. इनमें ईसी तथा पेरीराइनल कोर्टेक्स भी शामिल हैं, इसका नाम इस तथ्य पर आधारित है कि यह राइनल सल्कस के निकट पाया जाता है. पेरीराइनल कोर्टेक्स जटिल वस्तुओं की दृष्टि द्वारा पहचान करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है, परन्तु साथ ही यह प्रमाण भी हैं कि यह स्मृति में भी योगदान देता है और यह योगदान हिप्पोकैम्पस के योगदान से भिन्न है, तथा सम्पूर्ण एम्नेसिया के लिए हिप्पोकैम्पस तथा पैराहिप्पोकैम्पस, दोनों का ही क्षतिग्रस्त होना आवश्यक है.

दीर्घकालिक पोटेनशियेशन
मिर्गी (एपिलेप्सी)
ऐनाटॉमी
थीटा रिद्म