एम्बेडेड सिस्टम्स के एक छोटे भाग को सुरक्षित, सामयिक, विश्वसनीय या दक्ष व्यवहार की आवश्यकता होती है, जिसे उपरोक्त में से किसी एक संरचना द्वारा प्राप्त नहीं किया जा सकता. ऎसी स्थिति में संगठन एक उपयुक्त सिस्टम का निर्माण करता है।
कुछ स्थितियों में, विशेष तकनीकों का प्रयोग करके सिस्टम को एक "क्रियाविधि नियंत्रक (Mechanism Controller)" और एक पारंपरिक ऑपरेटिंग सिस्टम के साथ एक "प्रदर्शन नियंत्रक (Display Controller)" में विभाजित किया जा सकता है। एक संवाद तंत्र दोनों के बीच डाटा का आदान-प्रदान करता है।

सरल नियंत्रण लूप
अभिलक्षण
परिधीय उपकरण
बाह्य कस्टम ऑपरेटिंग सिस्टम्स