1971 की 3 जनवरी को निकलाय रुब्त्सोफ़ ने अपना छत्तीसवाँ जन्मदिन मनाया और 19 जनवरी 1971 को एक घरेलू विवाद में बड़े ही त्रासद ढंग से उनकी हत्या कर दी गई। 18 जनवरी को शाम को कवियत्री ल्युदमीला देरबिना (ग्रनोव्स्कया) उनके घर आई हुई थीं। ल्युदमीला देरबिना (1938 में जन्म) रुब्त्सोफ़ की मंगेतर थीं और दस दिन पहले ही दोनों ने विवाह पंजीकरण कार्यालय में अपने विवाह का पंजीकरण करने के लिए आवेदन दिया था। 18 जनवरी की शाम को उनके अख़बार के कुछ सहयोगी भी उनके घर आए हुए थे। सारी शाम और देर रात तक वहाँ महफ़िल जमी रही और पीना-पिलाना चलता रहा। रुब्त्सोफ़ बड़े भारी पियक्कड़ थे। उस शाम उन्होंने मेहमानों के साथ मिलकर 18 बोतलें शराब की पी थीं। सहयोगी पत्रकारों के विदा होने के बाद रात क़रीब सवा बारह बजे निकलाय रुब्त्सोफ़ और ल्युदमीला देरबिना के बीच किसी बात पर आपस में विवाद हो गया। बाद में दोनों में हाथापाई होने लगी। देरबिना ने अदालत को बताया था — निकलाय से देर तक पिटने के बाद मैंने उन्हें शान्त करने के लिए बिस्तर पर ढकेल दिया और उनके दोनों हाथ पकड़कर बैठ गई। वे मुझसे ख़ुद को छुड़ाने की कोशिश करने लगे। इस बीच न जाने कैसे उनका गला मेरी पकड़ में आ गया। वे छूटने की कोशिश कर रहे थे। तभी शायद उनके गले की कोई नस मुझसे दब गई और वे बेहोश होकर गिर पड़े। मैंने भी बहुत पी रखी थी। मैंने सोचा कि रुब्त्सोफ़ शराब के नशे में होश खो बैठे हैं। लेकिन मरने से पहले उन्होंने तीन छोटे-छोटे वाक्य कहे — ल्यूदा, मुझे माफ़ कर दे... ल्युदा, तुझे बेहद प्यार करता हूँ मैं ... बेहद चाहता हूँ तुझे, ल्यूदा...। उसके बाद उन्हें एक ज़ोर की हिचकी आई और वे पेट के बल लेटकर कुछ देर तक रिरियाते रहे।

अगले दिन निकलाय रुब्त्सोफ़ अपने बिस्तर पर मरे हुए पाए गए। पोस्टमार्टम की रिपोर्ट में लिखा था कि गला दबाकर उनकी हत्या कर दी गई है। अदालत में ल्युदमीला देरबिना ने अपना अपराध स्वीकार कर लिया था। अदालत ने देरबिना को रुब्त्सोफ़ की हत्या का दोषी माना और आठ साल की क़ैद की सज़ा सुना दी। लेकिन जेल में अपने मधुर व्यवहार के कारण ल्युदमीला देरबिना को छह वर्ष बाद ही रिहा कर दिया गया। 2013 में देरबिना रूस के वेलिस्क नगर में रह रही थीं। लेकिन वे ख़ुद को रुब्त्सोफ़ का हत्यारा नहीं मानती हैं और उन्हें आशा है कि उन्हें इस दोष से मुक्त कर दिया जाएगा। देरबिना ने रुब्तसोफ़ के बारे में संस्मरणों की एक बड़ी किताब लिखी है, जिसे रूसी कवि-लेखक और पाठक "अर्थहीन और व्यर्थ मानते हुए अपनी सफ़ाई देने की एक कोशिश भर" मानते हैं। 

यह माना जाता है कि रुब्त्सोफ़ को अपनी मृत्यु का पूर्वाभास हो गया था। उन्होंने एक कविता लिखी थी — मैं मरूँगा उस चिल्ले जाड़े में, जो ईसा के बपतिस्मे के त्यौहार के दिनों में आता है। यह कविता उनकी मृत्यु के बाद उनकी लिखने-पढ़ने की मेज़ पर रखी मिली थी। आजकल उस कविता की हस्तलिखित मूल प्रति निकलाय रुब्त्सोफ़ संग्रहालय में सुरक्षित रखी हुई है। उसी कविता की आगे की एक पंक्ति है — ’मुझे दफ़नाना उस जगह, कवि बात्युशकफ़ की बग़ल में’। कंस्तान्तिन बात्युशकफ़ उन्नीसवीं सदी के एक प्रसिद्ध रूसी कवि हैं, जिन्हें प्रिलूत्स्की रक्षक मठ में दफ़नाया गया था। लेकिन आजकल यह मठ बहुत बुरी हालत में है और उसके खण्डहर ही बचे हुए हैं। इसलिए निकलाय रुब्त्सोफ़ को वोल्गदा के पशिख़ोन्स्की क़ब्रिस्तान में दफ़नाया गया।
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