19वीं सदी में, पुर्तगाली भारत और ब्रिटिश भारत ने 1878 के एंग्लो-पुर्तगाली संधि के तहत समुद्री व्यापार में सुधार के लिए सेना में शामिल होने का फैसला किया। मोरमुगाओ की पहचान सबसे अच्छे प्राकृतिक बंदरगाह में से एक के रूप में की गई थी और इसे जोड़ने के लिए मीटर गेज रेलवे लाइन का निर्माण किया गया था।बंदरगाह का आधुनिकीकरण और मीटर-गेज रेलवे बिछाने का काम एक ब्रिटिश कंपनी, 'पश्चिमी पुर्तगाली भारतीय गारंटी रेलवे कंपनी' ने किया था। इस कंपनी की स्थापना इस उद्देश्य के लिए विशेष रूप से ब्रिटेन में की गई थी। पुर्तगालियों ने परियोजना के लिए एक बड़ी राशि का भुगतान किया, और यहां तक ​​कि इस कंपनी के पंजीकरण के लिए भी भुगतान किया इंग्लैंड है। 1878 में काम शुरू हुआ। 1885 में बंदरगाह चालू किया गया था, और रेलवे लाइन ( संवरोदेम और बाद में कैसल रॉक तक) का उद्घाटन 1887 में किया गया था।अप्रैल 1885 में मोरमुगाओ पोर्ट में जाने वाला पहला जहाज "एसएस वेस्टबॉर्न" था , जिसने रेलवे उपकरण लाए थे।.

द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान, मोरमुगाओ बंदरगाह था, आपरेशन क्रीक का स्थान था, जिसके परिणामस्वरूप एक जर्मन व्यापारी जहाज, "एरेनफ्रेल्स पर" बमबारी हुई थी "," जो गुप्त रूप से यू-नौकाओं को सूचना प्रसारित कर रहा था। 2017 में, मुरगांव पत्तन न्यास ने घोषणा की कि यह जहाज के अवशेषों को उबार लेगा, क्योंकि वे मछली पकड़ने के बंदरगाह की स्थापना की परियोजना में प्रगति में बाधा डाल रहे थे। 

इस बंदरगाह को 1963 में मेजर पोर्ट ट्रस्ट्स एक्ट 1963 के तहत गोवा के मुक्ति के बाद एक प्रमुख बंदरगाह के रूप में मान्यता दी गई थी।

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