2003 में शकीरा ने दक्षिण अफ्रीकी अभिनेत्री चर्लिज़े थेरोन और मार्क वहलबेर्ग अभिनीत हॉलीवुड की फिल्म "द इटैलियन जाब" के लिए संगीतकार टिम मिशेल के साथ एक गीत "कम डाउन लव" लिखा था लेकिन वह गीत अंततः साउंडट्रैक के साथ शामिल नहीं किया गया।

2006 के परवर्ती दिनों में शकीरा और ऐलेजैंड्रो संज ने एक साथ फिर से युगल "ते लो अग्रदेज्को, पेरो नो" में काम किया, जो संज के एल्बम "अल ट्रेन डे लॉस मोमेंटोज" में शामिल है। यह गीत लैटिन अमेरिका में शीर्ष दस हिट गीतों में शामिल हुआ और और "बिलबोर्ड" हॉट लैटिन ट्रैक चार्ट में शीर्ष पर पहुंचा।

शकीरा ने मिगुएल बोस के साथ युगल "सी टू नहीं वुएल्वेस" में काम किया, जिसे बोस के एल्बम पपितो में उनके 30 साल के कॅरियर के उत्सव के समय जारी किया गया।

2007 के आरम्भ में शकीरा ने अमेरिकन R&B गायक बेयोंस के साथ "ब्यूटीफुल लायर" ट्रैक में काम किया, जो नोल्स के "बी'डे" (B'Day) के डिलक्स संस्करण से दूसरे सिंगल के रूप में जारी हुआ। 7 अप्रैल 2007 के सप्ताह में, "बिलबोर्ड" हॉट 100 के चार्ट में यह गीत, 91 स्थानों को पार करके 94 से 3 पर पहुंच गया जो इस चार्ट के इतिहास में सबसे अधिक ऊपर की ओर उछल भरने वाले गीत का एक नया कीर्तिमान था। यह ब्रिटेन सिंगल्स चार्ट में भी न.1 पर रहा। गीत ने गायन के साथ सर्वश्रेष्ठ पॉप सहयोग (बेस्ट पॉप कोलाबोरेशन विथ वोकल्स) के लिए एक ग्रैमी अवार्ड हेतु नामांकन अर्जित किया। यह गीत नोल्स के दुनिया भर में सबसे सफल गीतों में से एक था। यह गीत विशेष रूप से अर्जेंटीना और स्पेन जैसे स्पेनिश भाषी देशों में लोकप्रिय हुआ, जहां यह # 1 तक गया।

"बिलबोर्ड" के अनुसार शकीरा ने लील वेन के साथ कार्लोस संताना के "अल्टीमेट संताना" शीर्षक वाले सबसे अधिक हिट सीडी के नये ट्रैक में सहयोग दिया। बहरहाल यह सहयोग से रद्द कर दिया गया है और शकीरा और लील वेन की जगह जेनिफर लोपेज और बेबी बाश ने ली है।

शकीरा को एनी लेंनोक्स के एल्बम "सांग्स ऑफ़ मास डिस्ट्रक्शन" के रिकॉर्ड "सिंग" में लिया गया है, जिसमें अन्य तेईस गायिकाएं भी हैं जिनमें मैडोना, KT टनस्टाल, फेथ हिल, डिडो, सेलीन डियान, मेलिसा एथरिज, जोस स्टोन, फ़र्गिए, अनास्ताकिया और पिंक शामिल हैं।

2007 के अंतिम दौर में शकीरा और वीक्लिफ जीन ने अपना दूसरा युगल "किंग एंड क्वीन" रिकार्ड किया। यह गाना वीक्लिफ जीन के 2007 के एल्बम में है।""

शकीरा ने 18 जनवरी 2009 को लिंकन मेमोरियल में राष्ट्रपति बराक ओबामा के सम्मान समारोह "" के उद्घाटन के अवसर पर प्रदर्शन किया। उसने स्टीव वंडर और उशेर के साथ "हाइयर ग्राउंड" की प्रस्तुति की। उसने 20 जनवरी 2009 की शाम नेबरहुड बॉल में राष्ट्रपति के उद्घाटन कार्यक्रम के दौरान भी प्रदर्शन किया। उसने वैन मोर्रिसन का गीत ब्राइट साइड ऑफ़ द रोड की प्रस्तुति की। इस गीत में हारमोनिका पर शकीरा को दर्शाया गया है।

मार्च 2009 में शकीरा अर्जेंटीना के लोक गायक मर्सिडीज सोसा के साथ कैनतोरा 1 एल्बम के गीत ला माज़ा में दिखायी दीं है, इन दोनों गायकों ने मई 2008 में ब्यूनस आयर्स के ALAS संगीत समारोह में गाया.

=== "लव इन द टाइम ऑफ़ कालरा" 
साउंड ट्रैक ===
शकीरा ने फिल्म "लव इन द टाइम ऑफ़ कालरा" के लिए गीत लिखे और दो नये गीतों के लिए संगीत की स्वरलिपि का सहलेखन किया, यह फिल्म कोलंबिया के लेखक गेब्रियल गार्सिया मार्क्वेज़ के प्रशंसित उपन्यास पर आधारित है। गार्सिया मार्क्वेज़ ने खुद शकीरा से गीत लिखने को कहा था। इन गीतों को "पिएन्सो एन टि" कहा जाता है, जो शकीरा के सफल एल्बम पीएस देस्काल्ज़ोस से एक गीत व "हाय अमोरस" और "देसपेदीदा" से लिये गये हैं।
यह सभी गाने, आईट्यून्स [iTunes] द्वारा डाउनलोड किये जा सकते हैं, साथ ही साथ एंटोनियो पिंटो [Antonio Pinto] पर भी उपलब्ध हैं।

देसपेदीदा 65वें गोल्डन ग्लोब अवार्ड्स में सर्वश्रेष्ठ मौलिक गीत के लिए नामित किया गया था मगर वह नहीं जीत सका। यह भी अफवाह उड़ी कि यह गीत अकेडमी अवार्ड के लिए नामांकित किया जाएगा, लेकिन नहीं किया गया, एक सूत्र ने यह तथ्य बताया कि इसे नामांकित नहीं करना अकेडमी द्वारा किया गया "सबसे बड़ा अपमान " है।

1995-1997: "पीएस देस्काल्ज़ोस"
सहयोग और अन्य काम
1998-2000: "¿दोंदे एस्तन लोस लाद्रोनेस?" और "एमटीवी अनप्लग्ड"
संगीत और आवाज़