2001-02 सीज़न में दो मैच खेलने के बाद डच सेन्ट्रल डिफेंडर जाप स्टेम को £16 मिलियन में लेज़ियों का सौदा किया गया था। स्टेम के प्रस्थान करने के कारणों में माना जाता है कि उसकी आत्मकथा "हेड टू हेड" में बताया गया है कि उसके पूर्व क्लब PSV इंडहोवन को सूचित करने से पहले एलेक्स फर्ग्यूसन, स्टेन से मेनचेस्टर यूनाइटेड से स्थानांतरित होने की बात अवैध रूप से करते रहे थे। फर्ग्यूसन ने स्टेम के बदले में इंटरनेज़ियोनेल के 36 वर्षीय सेन्ट्रल डिफेंडर लौरेंट ब्लैक को टीम में शामिल किया।

सीज़न के शुरुआत होने से पहले ही फर्ग्यूसन ने अपने सहायक स्टीव मैकक्लेरन को भी खो दिया था जिसने मिडिल्सबर्ग के प्रबंधक का भार ले लिया था और फर्ग्यूसन ने उसके पद पर लम्बे समय से कोच रहे जिम रयान को स्थायी उत्तराधिकारी के मिलने तक जिम्मेवारी सौंपी.

8 दिसम्बर 2001 में मैनचेस्टर यूनाइटेड प्रीमियर लीग में नौवें स्थान पर था - और अग्रणी लिवरपुल से 11 अंक पीछे था जिसके पास अभी एक और मैच बचे हुए थे। उलके बाद मध्य दिसम्बर और जनवरी के अंत के बीच मेनचेस्टर यूनाइटेड का फार्म नाटकीय तरीके से परिवर्तन हुआ और लगातार आठ मैच जीतने के साथ ही देखा गया प्रीमियर लीग में मेनचेस्टर शार्ष स्थान पर काबिज़ हो गया और खिताबी चुनौति को वापस ट्रैक पर ला दिया. लेकिन इसके बावजूद लीग में यूनाइटेड तीसरे स्थान पर रहे चूंकि प्रतिद्वंदी अर्सेने वेंजर ने सीज़न के अंतिम मैच से पहले ओल्ड ट्रेफोर्ड में 1-0 के जीत के साथ ही खिताब अपने नाम कर लिया था।

साथ ही यूनाइटेड यूरोप में भी असफल रहे थे और चैंपियंस लीग के सेमीफाइनल में उन्हें बेयर लेवरकुसेन के सीमा के बाहर से लगाए गए गोल के चलते मैच हारना पड़ा था।

2001-02 का सीज़न फर्ग्यूसन प्रबंधक के रूप में अंतिम सीज़न था और उनके सेवानिवृत्ति की सम्भावित तारीख उद्धृत किया गया, जिसका कारण टीम के लगातार खराब प्रदर्शन के रूप में बताया गया था। फर्ग्यूसन ने स्वयं स्वीकार किया कि पूर्व में उनके संन्यास लेने की घोषणा करने के फैसले से परिणामस्वरूप खिलाड़ियों पर एक नकारात्मक प्रभाव और उनके अनुशासन लागू करने की क्षमता पर असर पड़ा था। लेकिन फरवरी 2002 में वे कम से कम तीन वर्षों के लिए प्रभारी बनने पर राजी हो गए थे।

सीज़न के अंत में देखा गया कि मैनचेस्टर यूनाइटेड ने एक बार फिर ब्रिटिश हस्तांतरण रिकॉर्ड तोड़ा जब उन्होंने 24 वर्षीय सेन्ट्रल डिफेंडर रियो फर्डिनांड के लिए लीड्स यूनाइटेड को £30 मिलियन भुगतान किया।

उसी गर्मियों में फर्ग्यूसन ने पुर्तगाली कोच कार्लोस क्वेरोज़ को अपने सहायक के रूप में लाया।

मैनचेस्टर यूनाइटेड ने सीज़न के अंत से दो महिने पहले अपने आठवें प्रीमियर लीग खिताब को जीता और अग्रणी अर्सेनल से वे 8 अंक पीछे थे। लेकिन यूनाइटेड के प्रदर्शन में लगातार सुधार और अर्सेनल के प्रदर्शन में गिरावट के चलते देखा गया कि प्रीमियर लीग ट्राफी धीरे-धीरे लंदन के खिलाड़ियों की मुट्ठी से फिसलने लगी थी और यह ओल्ड ट्रेफोर्ड की दिशा में वापस आने लगी थी। फर्ग्यूसन ने अपने महत्वपूर्ण वापसी के कारण 2002-03 के खिताबी जीत को सबसे संतोषजनक जीत के रूप में वर्णित किया है। एक बार नहीं बल्कि कई बार फर्ग्यूसन ने अपने प्रबंधकीय तीक्ष्ण बुद्धी को सिद्ध किया था जिसके तहत सफलतापूर्वक अर्सेनल की शांति और अपेक्षाकृत अविचलित प्रबंधक अर्सेने वेंजर को झकझोर कर रख दिया था।

2003-04 सीज़न के अंत में मेनचेस्टर यूनाइटेड के उनके ग्यारहवें FA कप के लिए फर्ग्यूसन ने मार्गदर्शित किया, लेकिन यह सीज़न उनके लिए काफी निराशाजनक था जिसके चलते सीज़न के अंत में प्रीमियर लीग के तीसरे स्थान पर रहे और चैंपियंस लीग में सम्भावित विजेता FC पोर्टो से हार कर बाहर हो गए थे। रियो फर्डिनेंड सीज़न के अंतिम चार महिने टीम से बाहर रहे चूंकि ड्रग परीक्षण में लापता होने के चलते शुरु के आठ महिने प्रतिबंध लगाया गया था। नए अनुबंधों जैसे एरिक जेम्बा जेम्बा और जोसे किएबर्सोन निराशाजनक रहे थे लेकिन टीम के लिए एक उपयोगी हस्ताक्षर किया गया था और वह था 18 वर्षीय पुर्तगाली विंजर क्रिस्चियानो रोनाल्डो.

2004-05 सीज़न की शुरुआत में वेन रूनी और अर्जेंटिना डिफेंडर गेब्रियल हिएन्ज़ यूनाइटेड में शामिल हो गए जबकि क्रिस्चियानो रोनाल्डो ने पिछले सीज़न में जहां से छोड़ा था वहां से और अधिक विजेता प्रदर्शन को जारी रखा. लेकिन वैन लिस्टलरॉय के अधिकांश समय घायल होने के बाद एक स्ट्राइकर की कमी के कारण अंत में क्लब चार सीज़न में तीसरे बार तीसरे स्थान पर पहुंची. FA कप में अर्सेनल से पेनाल्टी में वे हार गए।

फर्ग्यूसन की सीज़न की तैयारियां एक हाई प्रोफाइल द्वारा बाधित हो गई थी, दरअसल घुड़दौड़ रॉक ऑफ गिब्रलटर के स्वामितिव को लेकर प्रमुख शेयर धारक जॉन मैग्नियर से विवाद हो गया था। जब मैग्नियर और व्यावसायिक पार्टनर जे.पी. मैकमनुस अमेरिकी शक्तिशाली उद्योगपति माल्कॉम ग्लेज़र को अपने शेयर बेचने पर सहमत हो गए तब यह साफ हो गया था कि क्लब पर ग्लेज़र का पूरा नियंत्रण होगा. इससे यूनाइटेड के प्रशंसकों द्वारा हिंसक विरोध प्रदर्शन किया गया और फर्ग्यूसन के टीम में मज़बूती के लिए हस्तांतरण बाज़ार की योजना बाधित हो गई थी। इस के बावजूद यूनाइटेड उनके गोलकीपर और मिडफील्ड की समस्याओं के समाधान करने में लगी थी। इसके लिए वे फुल्हम से डच कीपर एडविन वेन डेर सार और PSV से कोरियाई सितारा पार्क जी सुंग को हस्ताक्षर किया।

इस सीज़न में एक परिवर्तन किया गया था। नवंबर 18 को रॉय कियोन ने आपसी अनुबंध सहमति को समाप्त करके आधिकारिक रूप से क्लब छोड़ दिया. जिसके बाद यूनाइटेड UEFA 'चैंपियंस लीग के नॉक आउट चरण के लिए अर्हता प्राप्त करने में असफल रहा. जनवरी में हस्तांतरण के तहत सर्बिया के डिफेंडर नेमंजा विडिक और पूर्ण रूप से पीछे खेलने वाले फ्रेंच के खिलाड़ी पेट्रिस को हस्ताक्षर किया गया और जिसके बाद सीज़न के अंत में क्लब अग्रणी चेल्सिया से पीछे दूसरे स्थान पर काबिज़ हुआ। कहीं भी सफलता प्राप्त न होने के चलते लीग कप जीतना उनके लिए एक सांत्वना पुरस्कार था। कार्लिंग कप फाइनल में शुरुआत न होने के बाद ओल्ड ट्रेफोर्ड पर रुड वेन निस्टरॉय का भविष्य संदेह में लग रहा था और सीज़न के अंत में वह टीम से बाहर चला गया।

प्रबंधकीय
ईस्ट स्टर्लिंगशायर
पुनर्निर्माण और परिवर्तन
खिलाड़ी के रूप में