हेपरिन का एक गंभीर पार्श्व-प्रभाव है हेपरिन प्रेरित थ्रोम्बोसाइटोपेनिया (HIT). HIT, प्रतिरक्षा सम्बन्धी प्रतिक्रिया के कारण होता है जो प्लेटलेट्स को प्रतिरक्षा सम्बन्धी प्रतिक्रिया का निशाना बनाता है, जो प्लेटलेट की गिरावट में फलित होता है। इसी कारण थ्रोम्बोसाइटोपेनिया होता है। यह स्थिति आम तौर पर विच्छेदन पर उलट जाती है और इससे सामान्यतः सिंथेटिक हेपरिन के उपयोग से बचा जा सकता है। थ्रोम्बोसाइटोपेनिया का एक सौम्य रूप भी है जो हेपरिन के आरंभिक उपयोग से जुड़ा है और जो हेपरिन को रोके बिना हल हो जाता है।

हेपरिन उपचार के दो गैर-रक्तस्रावी पार्श्व-प्रभाव हैं। पहला है सीरम अमीनोट्रांस्फेरेज़ स्तर, जिसे हेपरिन लेने वाले करीब 80% रोगियों में सूचित किया गया है। यह विषमता, यकृत रोग के साथ सम्बंधित नहीं है और यह दवा बंद कर देने के बाद गायब हो जाती है। अन्य जटिलता है हाइपरकलेमिया, जो हेपरिन लेने वाले 5% से 10% रोगियों में होती है और यह हेपरिन-प्रेरित अल्डोस्टरोन दबाव का परिणाम है। हेपरिन चिकित्सा की शुरुआत के कुछ ही दिनों के भीतर हाइपरकलेमिया दिखाई दे सकता है। अधिक दुर्लभता के साथ, लम्बे उपयोग के कारण दुष्प्रभाव के रूप में एलोपेसिया और ऑस्टियोपोरोसिस पनप सकते हैं।

जैसा कि कई दवाओं के साथ होता है, हेपरिन की अतिमात्रा घातक हो सकती है। सितम्बर 2006 में, हेपरिन को तब विश्वव्यापक प्रचार मिला जब समय से पहले जन्मे 3 शिशुओं की मृत्यु हो गई जब उन्हें इंडियानापोलिस अस्पताल में गलती से हेपरिन की अतिमात्रा दे दी गई। प्रोटामिन सल्फेट (प्रति 100 इकाई हेपरिन में 1 mg जिसे चार घंटे से अधिक दिया गया) को हेपरिन के थक्का-रोधन की प्रतिक्रिया के लिए दिया गया। 

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