ओनयोमी और कुनयोमी के उपयोग के नियम हैं, पर जापानी में कई अपवाद हैं, और पूर्व अनुभव के बिना एक जापानी भाषी भी पूरी निश्चितता से किसी अक्षर का पठन नहीं जान सकता (यह ख़ासकर नामों के लिए है)। जापानी पढ़ते समय पाठक को शब्द और उनके पठन पहचानने पड़ते हैं, न कि शब्द का एक-एक अक्षर।

मुख्य निर्देश यह है कि अगर कानजी के बाद ओकुरिगाना है, तो वहाँ "हमेशा" कुनयोमी का इस्तेमाल होता है, जबकि बहु-कानजी शब्दों में आम तौर पर ओनयोमी। एकल कानजी का आम तौर पर कुनयोमी पढ़ा जाता है।

ओकुरिगाना का इस्तेमाल होता क्रिया या विशेषण के अंत में विकार को दिखाने के लिए। चीनी शब्दों (हो संज्ञा होते हैं)  के अंत में (〜する, करना) लगाकर उन्हें क्रिया बनाया जा सकता है।
कुछ प्रसिद्ध जगहों के नाम, जैसे जापान (日本 निहोन ) और टोक्यो  (東京 तोक्यो) के नाम ओनयोमी में पढ़े जाते हैं, लेकिन अधिकतर जापानी नाम कुनयोमी हैं: 大阪 ओसाका, 青森 आओमोरी, 箱根 हाकोने।

जापानी उपनाम भी आम तौर पर कुनयोमी में पढ़े जाते हैं: 山田 "यामादा", 田中 "तानाका", 鈴木 "सुज़ुकी"।  उन्हें जूबाको या युतो नहीं माना जाता है, पर वे अक्सर "कुनयोमी", "ओनयोमी" और "नानोरी" के मिश्रण होते हैं, जैसे 大助 "दाइसुके "["ओन-कुन"] और 夏美 "नात्सुमी" ["कुन-ओन"]। क्योंकि नाम उनके परिजनों पर निर्भर है, किसी के नाम का पठन किसी नियम पर आधारित नहीं है।उच्चारण में किसी तरह के उलझन की संभावना को हटाने के लिए दस्तावेज़ों में नाम को काना और कानजी दोनों में लिखना आवश्यक है। 

चीनी व्यक्तियों और जगहों के नाम जब जापानी पाठ में आते हैं, उन्हें हमेशा ओनयोमी में पढ़ा जाता है। इससे जापानी उच्चारण चीनी उच्चारण से बहुत अलग हो सकता है। जैसे, माओ ज़ेदोंग (毛沢東) को मो ताकुतो पढ़ा जाता है, और वानरराज सुन वुकोंग (孫悟空) को सोन गोकू।

आजकल, चीनी नाम जो जापान में जाने-माने नहीं हैं, उन्हें काताकाना में लिखा जाता है जो उसके चीनी उच्चारण के क़रीब है। ख़ासकर ऐसे शहर हो मंगोल या मांचु भाषाओं से आए हों।

प्रसिद्ध चीनी शहरों के नाम उनके पुराने अंग्रेज़ी नामों के अनुसार कहे जाते हैं, उनके ओनयोमी या मंदारिन या कैंटोनी चीनी उच्चारण के बावजूद। 
कानजी की कुल संख्या
स्थानीय  विकास और चीनी से विचलन
कब किस पठन का उपयोग करें
कोकुजी