"वेटिंग फॉर गोडोट" दोनों मुख्य पात्रों के जीवन के दो दिनों का वर्णन है, जहां वे दोनों किसी गोडोट नाम के व्यक्ति के आगमन की व्यर्थ व निष्फल प्रतीक्षा कर रहे हैं। वे कहते हैं कि वे उसे जानते हैं परन्तु स्वयं ही कह जाते हैं कि यदि वह आया तो उसे पहचान नहीं पायेंगें, इससे साबित हो जाता है कि वह उसे नहीं पहचानते. इस प्रतीक्षा में खुद को व्यस्त रखने के लिए वे खाना, सोना, वाद-विवाद करना, खेल-खेलना, व्यायाम करना, आपस में हैट बदलना और यहाँ तक कि आत्महत्या का विचार करना जैसे सभी कार्य कर डालते हैं अर्थात ऐसा कुछ भी कार्य जिससे उस "भयावह सन्नाटे को दूर रखा जा सके".

नाटक की शुरुआत में एस्ट्रागन अपने पाँव से जूता निकालने का विफल प्रयास कर रहा है। हार कर वह बुदबुदाता है "करने को कुछ नहीं है". इस वाक्य को पकड़कर व्लादिमीर विचार करने लगता है, मानो 'कुछ नहीं' वास्तव में कोई बड़ा कार्य है जिसे उन्हें सारे नाटक के दौरान करना है।
जब एस्ट्रागन जूता निकालने में सफल हो जाता है तो वह उसके भीतर झांकता है, तथा वहां कुछ नहीं पाता. इससे ठीक पूर्व व्लादिमीर अपने हैट में झांकता है। यह प्रतिमान सारे नाटक के दौरान दोहराया गया है।

दोनों मुख्य पात्र नाटक के दौरान पश्चाताप की बात करते हैं, जिसमें वे प्रभु यीशु के साथ क्रॉस पर टांगे गए दोनों चोरों का जिक्र करते हैं। साथ ही यह भी चर्चा करते हैं कि चार में से केवल एक एवंजलिस्ट ने बताया कि दो में से एक चोर को बचा लिया गया था। यह चर्चा नाटक के दौरान बाइबिल से संबंधित अनेक चर्चाओं में से एक थी, जो नाटक में प्रत्यक्ष होती है। इससे यह आभास होता है कि नाटक का मूल व छिपा हुआ विषय ईश्वर-मिलन व निर्वाण है। जब-जब दोनों मुख्य पात्रों को लगता है गोडोट निकट हैं तो वे खुशी से चिल्ला उठते हैं, 'हम बच गए'.

व्लादिमीर समय-समय पर एस्ट्रागन की संवाद अकुशलता से क्रोधित होता है। उदाहरण के लिए वह कहता है "अरे गोगो तुम कम से कम एक बार तो गेंद वापिस मेरी ओर भेज सकते हो?" भाव से वह एस्ट्रागन अथवा गोगो को अपनी संवाद काला सुधारने को प्रेरित कर रहा है। गोगो सारे नाटक में संवाद कला में संघर्ष करता प्रतीत होता है तथा व्लादिमीर उनके आपसी व अन्य लोगों, दोनों के बीच संवादों में उससे अग्रणी रहता है। बीच-बीच में व्लादिमीर गोगो के प्रति अपना आपा भी खो देता है, परन्तु अधिकतर दोनों में घनिष्ठता रहती है जिसका प्रमाण उनके मैत्रीपूर्ण आलिंगन व एक दूसरे का समर्थन करने में प्रत्यक्ष हो जाता है।

एस्ट्रागन दर्शक दीर्घा की ओर देखता है ओर कहता है कि क्या बेरंग माहोल है। वह वहां से दूर जाना चाहता है, परन्तु उसे याद दिलाया जाता है कि वे प्रतीक्षा कर रहे हैं। हालांकि दोनों पात्र इस बात पर सहमत नहीं हो पाते कि गोडोट के मिलने का नियत समय व स्थान आज और अब ही है। उनको यहाँ तक स्पष्ट नहीं है कि आज कौन सा दिन है। पूरे नाटक में समय या तो बाधित है या खंडित, अथवा उसका अस्तित्व ही नहीं है। सारे उपलक्ष्य में उन्हें केवल एक बात का पूर्णज्ञान है कि वे एक पेड़ के निकट मिलने वाले हैं। वह पेड़ निकट ही विद्यमान है।

एस्ट्रागन सो जाता है परन्तु व्लादिमीर उसे नहीं उठाता क्योंकि वह नहीं चाहता कि गोगो उठ कर अपने सपनों के वृत्तांत से उसे बोर करे. एस्ट्रागन उठता है और किसी वेश्याघर वाला कोई पुराना हास्यास्पद किस्सा सुनना चाहता है जिसे व्लादिमीर सुनाना शुरू करता है परन्तु बीच में ही उसे प्रसाधन व्यवधान लेना पड़ता है। वापिस आने पर वह यह किस्सा मध्य में ही त्याग देता है और एस्ट्रागन से पूछता है कि वह समय व्यतीत करने के लिए और क्या करें. एस्ट्रागन प्रस्ताव देता है कि वे सूली पर लटक सकते हैं, परन्तु यह विचार यह सोच कर त्याग दिया जाता है कि यदि दोनों में से एक बच गया तो एक का जीवन अति कष्टमय होगा. अंत में दोनों कुछ न करने का सुरक्षित मार्ग चुनते हैं। एस्ट्रागन कहता है "यही सुरक्षित मार्ग है", और पूछता है जब गोडोट आयगा तो वह क्या करेगा. इस पर एक बार के लिए व्लादिमीर को भी कुछ नहीं सूझता और वह केवल इतना ही कह पाता हैं: "कुछ पक्का नहीं है".

जब एस्ट्रागन कहता है कि उसे भूख लगी है तो व्लादिमीर उसे एक गाजर देता है। एस्ट्रागन को वह अधिक पसंद तो नहीं आती परन्तु खा लेता है। समय व्यतीत करने का यह उपाय भी समाप्त हो जाता है और एस्ट्रागन कह उठता है हमारे पास करने को अभी कुछ नहीं है।

दोनों पात्रों के इंतजार में एक नया मोड़ आता है जब पोजो व उसका भार से लदा दास लकी वहां से गुजरते हैं। ""एक दर्दपूर्ण रुदन" " के साथ लकी के आगमन की घोषणा होती है। उसकी गर्दन में रस्सी बंधी है। वह आधी स्टेज पार कर जाता है जिसके बाद दूसरा छोर पकड़े पोजो नजर आता है। पोजो अपने दास लकी पर खूब चिल्लाता है तथा उसे "सूअर" कहकर पुकारता है, परन्तु वह एस्ट्रागन और व्लादिमीर के प्रति सभ्य है। यह दोनों पहले पोजो को ही गोडोट समझ बैठते हैं और उसके हठी व असभ्य व्यवहार की ओर ध्यान नहीं देते. गोडोट समझे जाने पर पोजो थोड़ा चिढ़ जाता है। वह उनको बताता है कि "सड़क पर सभी का समान अधिकार" है।

इसके बाद पोजो चिकन व शराब का सेवन करके विश्राम का विचार करता है। जब वह खाकर हड्डियां फेंकने लगता है तो एस्ट्रागन उनकी ओर लपकता है। इससे व्लादिमीर अत्यंत ग्लानी का अनुभव करता है। पोजो कहता है कि यह हड्डियां लकी के लिए है तथा एस्ट्रागन को लकी से पूछना होगा. एस्ट्रागन लकी से पूछता है और लकी चुप रहकर मुंह झुका लेता है। इसे "ना" मानकर एस्ट्रागन हड्डियां ग्रहण कर लेता है।

व्लादिमीर पोजो को लकी के प्रति निर्दयतापूर्ण व्यवहार के लिए प्रताड़ित करता है, परन्तु पोजो उस पर ध्यान नहीं देता. दोनों मुख्य पात्र लकी से पूछते हैं कि जब पोजो उससे कोई और कार्य नहीं करवा रहा होता तो लकी अपना बोझ नीचे क्यों नहीं रख देता. यह सुनकर पोजो कहता है कि लकी उसे प्रसन्न करने की चेष्टा में है, ताकि वह उसे पुनः न बेच दे. यह सुनकर लकी रोने लगता है। पोजो उसे रूमाल थमाता है, परन्तु जब एस्ट्रागन उसके आंसू पोंछने की कोशिश करता है, लकी उसके टखनों पर चोट मारता है।

जाने से पहले पोजो कहता है कि उसका मन बहलाने के लिए वह उनको क्या दे सकता है। एस्ट्रागन धन मांग लेता है जिस पर व्लादिमीर थोड़ा क्रोधित होकर कहता है कि पोजो लकी को थोड़ा सोचने और नाच करने की अनुमति देगा.

लकी का नाच पूर्ण तथा अव्यवस्थित होता है। व्लादिमीर द्वारा सिर पर टोपी रखे जाने से शुरू हुई उसकी "सोच-प्रक्रिया" केवल एक अचानक नींद से जागृत हुए व्यक्ति का व्यर्थ संवाद है। लकी का एकालाप आरंभ में तो कुछ ठीक होता है परन्तु बाद में पूर्णतया समझ से परे हो जाता है और वह तभी हो सकता है जब व्लादिमीर अपनी हैट उसके सिर से हटा लेता है।

लकी वापिस दास बन जाता है और आदेशानुसार सामान समेटने लगता है। पोजो और लकी चले जाते हैं। नाटक के दोनों भागों के अंत में एक लड़का आता है जो कि गोडोट का दूत मान्य किया जाता है। वह कहता है कि "गोडोट आज शाम नहीं पर कल अवश्य आएगा." वार्तालाप में व्लादिमीर लड़के से पूछता है कि क्या वह कल भी आया था, जिससे पता चलता है कि दोनों पात्र अनंत समय से गोडोट के इंतजार में हैं और यह भविष्य में भी "अनंत" समय तक चलता रहेगा. लड़के के जाने के बाद वह भी जाने का सोचते हैं परन्तु इस प्रति कोई प्रयास नहीं करते. ऐसा दोनों भागों के अंत में होता है, पर्दा गिरता है।

भाग 1
भाग दो
पोजो और लकी
कथानक