क्लीमेंट V के सन 1305 में अविगानों जाते ही, 14 वीं सदी में, पोप का पद फ्रेंच प्रभुत्व के तहत आ गया था। अविग्नन पोप का पद सन 1376 में समाप्त हुआ जब पोप रोम में लौटे, लेकिन 1378 में 38 साल के लंबे अंतराल के बाद रोम, अविग्नन (और 1409) पीसा में पोप का पद के लिए दावेदारों के साथ पश्चिमी मतभेद उभरा. पश्चिमी मतभेद का कारण "रोम धर्माध्यक्ष की एकल प्रधानता के बजाय सामूहिक अधिकार", की मांग करना था। जिसे समर्थन प्राप्त हुआ, परन्तु जब मार्टिन V पोप बना तो 1417 में कोंस्टेंस की परिषद पर इसे पलट दिया गया और इसके सम्बन्ध में यह घोषणा जारी की गई की पोप ने ईसा से अधिकार प्राप्त कर लिया हैं। महान मतभेद के कारण अधिकार की कमी की प्रतिक्रिया में इंग्लैण्ड में जन वैक्लिएफ ने लिखा की "गिरजाघर की चिरकालिक स्थिति" को बाइबिल में देखा जा सकता हैं और यह सभी के लिए उपलब्ध हैं। उसके कार्य भोमिय में लाये गये, जहां प्राग में जान हस वैक्लिफ के विचरों से प्रभवित हुए और उन्हें लोगो का विशाल समर्थन प्राप्त हुआ। इसके परिणामस्वरूप कॉन्स्टेंस की परिषद में हस को धर्मनिन्दा का दोषी करार दिया गया और उसे जीवित जला देने की सजा सुनाई गई।

कॉन्स्टेंस की परिषद, बेसल की परिषद और पांचवें लैटर्न परिषद प्रत्येक ने गिरजाघर के आंतरिक दुरूपयोग में सुधार लाने के लिए "लोकप्रिय और लगातार सिफारिश की "एक परिषद का निर्माण के साथ, का प्रयास किया। 1460 में, कांस्टेंटिनोपल के तुर्कों के पतन के साथ पोप पायस द्वितीय एक सामान्य परिषद के गठन के लिए आगे की अपील से मना कर किया। नतीजतन पोप का पद पर रोदेरिगो बोर्गिया जैसे सांसारिक पुरुष (पोप अलेक्जेंडर VI) चुना गए, इस कड़ी में पोप जूलियस द्वितीय जिसने खुद को एक धर्मनिरपेक्ष राजकुमार के रूप में प्रस्तुत किया का नाम भी आता हैं। 16 वीं सदी के प्रारंभिक दिनों में, ""मूर्खता की प्रशंसा" ", प्रकशित की गई जिसे इरास्मस ने लिखा, उसमे गिरजाघर में सुधर नहीं करने के लिए आलोचना की गई थी।

जर्मनी में 1517 में, मार्टिन लूथर ने कई धर्माध्यक्षों को अपने "पंचानबे शोध" भेजा. अपने शोध में उसने कैथोलिक सिद्धांत के मुख्य बिंदुओं के साथ ही क्षमा पत्र की बिक्री का विरोध किया। स्विट्जरलैंड में, हुल्द्र्यच ज्विन्गली, जॉन केल्विन और दूसरे एनी ने भी कैथोलिक शिक्षाओं की आलोचना की. ये चुनौतियां आगे चल कर यूरोपीय आंदोलन में बदल गई जिसे प्रोटेस्टेंट धर्मसुधार कहा जाता है।

जर्मनी में, सुधार प्रोटेस्टेंट स्च्माल्काल्दिक लीग और कैथोलिक सम्राट चार्ल्स V के बीच नौ वर्षीय युद्ध का कारण बना. जो बाद में 1618 एक बहुत ही गंभीर संघर्ष, तीस वर्षीय युद्ध, में बदल गया। फ्रांस में, संघर्ष की एक श्रृंखला जिसे धर्म की फ्रांसिसी लड़ाई कहते हैं, सन 1562 से 1598 के बीच हुगुएनोट्स और फ्रेंच कैथोलिक लीग की सेनाओं के मध्य लड़े गए। जिसमें संत बर्थोलोमेव दिवस नरसंहार संघर्ष में महत्वपूर्ण मोड़ साबित हुआ। नवर्रे के हेनरी जो कैथोलिक बन गया के नेत्रित्व में वे पुन: एकत्रित हुए और धार्मिक सहिष्णुता का पहला प्रयोग 1598 के नैनटेस के अध्यादेश के साथ शुरू किया। यह अध्यादेश, जिसने प्रोटेस्टेन्ट को नागरिक और धार्मिक सहनशीलता प्रदान की, उसे पोप क्लेमेंट आठवीं द्वारा हिचहिचाकर स्वीकार कर लिया गया।

हेनरी आठवीं के शासनकाल के दौरान अंग्रेजी सुधार एक राजनीतिक विवाद के रूप में शुरू हुआ। जब पोप ने उसकी शादी के एक आरागॉन की कैथरीन को लोप के लिए हेनरी की याचिका को अस्वीकार कर दिया. तब उसने वर्चस्व की अधिनियमों को पारित कर स्वयं को अंग्रेजी गिरजाघर के प्रमुख घोषित किया। हालांकि उसने पारंपरिक कैथोलिक परम्परा को बनाए रखने की कोशिश की, हेनरी ने अपने शासन के दौरान मठों, फ्रेयारिस, कॉन्वेंट और धार्मिक स्थलों के सम्पति की जब्ती शुरू की. हेनरी आठवीं के शासनकाल के अंत में एक व्यापक सैद्धांतिक और मरणोत्तर सुधारों की शुरूआत की गई जो एडवर्ड VI के शासनकाल और आर्कधर्माध्यक्ष थॉमस क्रेन्मेर के दौरान जारी रही. मैरी प्रथम के अंतर्गत, इंग्लैंड संक्षिप्त रूप से रोम के साथ फिर से संयुक्त हो गया था, लेकिन एलिजाबेथ प्रथम ने बाद में एक अलग से गिरजाघर की स्थापना कर कैथोलिक पादरियों पर नकेल कसने का कार्य किया और कैथोलिकों को अपने बच्चों को शिक्षित करने और राजनीतिक जीवन में भाग लेने से रोका जब तक की नए कानून 18 वीं शताब्दी के अंत में और 19 वीं सदी में पारित नहीं किए गए।

ट्रेंट की परिषद (1545-1563) काउंटर सुधार के पीछे असली ताकत थी। सैद्धांतिक रूप से इसने केंद्रीय कैथोलिक शिक्षाओं की पुष्टि की, जैसे तत्त्वान्तरण और मोक्ष प्राप्ति के लिए प्यार तथा आशा के साथ साथ श्रद्धा रखने पर बल दिया. इसने संरचनात्मक सुधार भी किया है, सबसे महत्वपूर्ण बात पादरियों की शिक्षा में सुधार और समाज और रोमन करिया के मध्य क्षेत्राधिकार को मजबूत करने का कार्य किया। काउंटर सुधार की शिक्षाओं को लोकप्रिय बनाने के लिए, गिरजाघर ने कला, संगीत और वास्तुकला में बरोकुए शैली को प्रोत्साहित किया और नए धार्मिक आदेशों की स्थापना की गई जैसे की है, ठेअतिनेस और बर्नाबितेस जिसमें मूल मठ का पेशा उतसाह के साथ स्थापित किय गए थे। द सोसायटी ऑफ यीशु औपचारिक रूप से 16 वीं शताब्दी के मध्य में स्थापित की गई थी, और उन्होंने जल्दी ही धर्म सुधार विरोधी आंदोलन के दौरान शिक्षा प्रदान करने के लाभों को देखा, इसे "दिल और दिमाग के लिए लड़ाई के मैदान" के रूप में पाया। इसी समय, टेरेसा ऑफ अविला, फ्रांसिस डि सेल्स और फिलिप्स नेरी जैसे चरित्रों के लेखन ने गिरजाघर के अंदर ही आध्यात्मिकता के नए संप्रदाय उत्पन्न किए.

17 वीं सदी के उत्तरार्द्ध में, पोप इनोसेंट XI ने गिरजाघर के पदानुक्रम में होने वाली अनियमितताओं में सुधार लाने का प्रयत्न किया, जिसमें धर्मपद बेचने का अपराध, भाई -भतीजावाद और पोप का अति -व्यय जिसके कारण उसे एक बड़ा कैथोलिक पोप का ऋण वारिस के रूप प्राप्त हुआ था। उसने मिशनरी की गतिविधियों को बढ़ावा दिया, तुर्की के आक्रमण के खिलाफ यूरोप को एकजुट करने की कोशिश की, प्रभावशाली कैथोलिक शासकों को प्रोटेस्टेन्ट से विवाह करने की छूट प्रदान की, लेकिन दृढ़ता से धार्मिक उत्पीड़न की निंदा की.

संगठन और जनसांख्यिकी
समकालीन
सुधार और काउंटर सुधार
पूजा की परंपरा