मुन्ना भाई एम बी बी एस ने कई पुरस्कार जीते। २००४ के फिल्मफेयर पुरस्कारों में, इसे सर्वश्रेष्ठ फिल्म के लिए फिल्मफेयर क्रिटिक्स अवार्ड, फिल्मफेयर बेस्ट स्क्रीनप्ले अवार्ड, फिल्मफेयर बेस्ट डायलॉग अवार्ड और चार अन्य नामांकन के अलावा फिल्मफेयर बेस्ट कॉमेडियन अवार्ड मिला। इसने २००४ के ज़ी सिने अवार्ड्स में कई पुरस्कार जीते जिनमें बेस्ट डेब्यूटिंग डायरेक्टर, ज़ी सिने अवार्ड इन ए कॉमिक रोल, बेस्ट सिनेमेटोग्राफी और बेस्ट डायलॉग अवार्ड शामिल हैं।

अन्य समारोहों में २००४ के राष्ट्रीय फिल्म पुरस्कार शामिल हैं जहां इसने सर्वश्रेष्ठ लोकप्रिय फिल्म के लिए राष्ट्रीय फिल्म पुरस्कार जीता और २००४ के अंतर्राष्ट्रीय भारतीय फिल्म अकादमी पुरस्कारों में इसने आईआईएफ़ए का सर्वश्रेष्ठ हास्य अभिनेता का पुरस्कार जीता।

मुन्ना भाई एम बी बी एस
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मुन्ना भाई एम बी बी एस
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