हलांकि मस्तिष्क ज्वर बहुत से देशों में एक सूचनीय रोग है, सटीक घटना दर अज्ञात है। पश्चिमी देशों में बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर की वार्षिक दर 1,00,000 में 3 लोगों की है। जनसंख्या-विस्तृत अध्ययनों ने प्रदर्शित किया है कि वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर अधिक आम है जिसकी दर 1,00,000 व्यक्तियों में 10.9 प्रति वर्ष है और यह अक्सर गर्मियों में होता है। ब्राजील में बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर की वार्षिक दर 1,00,000 व्यक्तियों में 45.8 प्रति वर्ष है। उप-सहारा अफ्रीका एक शताब्दी से मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर की बड़ी महामारी से पीड़ित रहा है, जिसके कारण इसको "मस्तिष्क ज्वर पट्टी" कहा जाता है। महामारी आमतौर पर सूखे मौसम (दिसम्बर से जून) में होती है और महामारी की लहर दो से तीन साल तक बनी रह सकती है, जो बारिश के मौसमों के हस्तक्षेप से समाप्त सी हो जाती है। इस क्षेत्र में आक्रमण की दर 1,00,000 व्यक्तियों पर 100-800 व्यक्तियों की होती है, इसकी चिकित्सीय देखभाल बेहद खराब होती है। ये मामले मुख्य रूप से मौनिन्गोकॉकि द्वारा जनित होते हैं। सम्पूर्ण क्षेत्र में 1996-97 में सबसे बड़ा महामारी का प्रकोप दर्ज किया गया था, जिसमें 2,50,000 मामले हुये थे और 25,000 लोगों की मृत्यु हो गयी थी।

मैनिन्गोकॉकल रोग महामारी के रूप में उन क्षेत्रों में होता है जहां पर बहुत सारे लोग पहली बार एक साथ रहते हैं जैसे, लामबंदी के समय फौज की बैरक, कॉलेज कैंपस और वार्षिक हज तीर्थयात्रा। हलांकि अफ्रीका में महामारी चक्र का पैटर्न ठीक तरह से नहीं समझा गया है फिर भी मस्तिष्क ज्वर पट्टी में महामारी का विकास कई सारे कारकों से जुड़ा है। इनमें शामिल हैं: चिकित्सीय परिस्थितियां (जनसंख्या की प्रतिरक्षी संवेदनशीलता), जनसांख्यिकीय परिस्थितियां (यात्रा तथा बड़ा जनसंख्या प्रतिस्थापन), आमाजिक-आर्थिक परिस्थितियां (भीड़भाड़ और रहने की बुरी परिस्थितियां), मौसम संबंधी परिस्थितियां (सूखा और धूल भरे अंधड़) और समवर्ती संक्रमण (गंभीर श्वसन संबंधी संक्रमण)।

बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर के लिये कारकों के स्थानीय वितरण में महत्वपूर्ण अंतर देखे होते हैं। उदाहरण के लिये, जबकि यूरोप में रोग के लिये अधिकतर “एन. मस्तिष्क ज्वर” ग्रुप बी व सी जिम्मेदार होता है तो एशिया व अफ्रीका में ग्रुप ए जिम्मेदार होता है, जहां पर यह मस्तिष्क ज्वर पट्टी में मुख्य महामारियों का कारक है जो कि समस्त दस्तावेजित मेनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर मामलों का लगभग 80 से 85% होता है।

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