मूल एफ़टीपी विनिर्देशन, संचिकाओं के अंतरण की स्वाभाविक असुरक्षित पद्धति है, क्योंकि एन्क्रिप्टेड ढंग से डाटा अंतरित करने की कोई निर्दिष्ट विधि नहीं है। इसका अर्थ यह है कि अधिकांश नेटवर्क विन्यासों के अंतर्गत, प्रयोक्ता नाम, पासवर्ड, एफ़टीपी कमांड और अंतरित संचिकाएं, एक पैकेट संसूचक के उपयोग द्वारा उसी नेटवर्क पर अवस्थित कोई भी अंतरित संचिकाओं को हथिया सकता है। यह एचटीटीपी, एसएमटीपी और टेलनेट जैसे एसएसएल के निर्माण से पहले लिखे गए कई इंटरनेट प्रोटोकॉल विनिर्देशों के लिए आम समस्या रही है। इस समस्या के लिए आम समाधान है एसएफटीपी (एसएसएच फ़ाइल अंतरण प्रोटोकॉल), या एफटीपीएस (एसएसएल की अपेक्षा एफ़टीपी), जो आरएफ़सी ४२१७ में विनिर्दिष्ट तरीक़े से एफ़टीपी में एसएसएल या टीएलएस एन्क्रिप्शन जोड़ते हैं।

एफ़टीपी और वेब ब्राउज़र
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एफटीपी मेल