बाकुर पांडुलिपि ने उनके बारे में कहा है: 
""सभी मुसलमानों को एकजुट होना चाहिए और एक पवित्र कर्तव्य के रूप में काफिरों के विनाश पर विचार करना चाहिए, अपने सत्ता के अत्यंत श्रम करने के लिए, उस विषय को पूरा करना है।""
1784 में मंगलौर की संधि के बाद जल्द ही टीपू ने केनरा पर नियंत्रण प्राप्त कर लिया। उन्होंने केनरा में ईसाइयों की सम्पदा को जब्त कर लेने का फरमान जारी किया, और जमालाबाद किला के माध्यम से अपने साम्राज्य की राजधानी श्रीरन्गापटनम उन्हें निर्वासित किया। हालांकि, उनमें बंदियों में से कोई भी पादरी नहीं था। मिरांडा फादर के साथ मिलकर, सभी गिरफ्तार 21 पादरियों को गोवा में भेजने का आदेश दिया गया, 2 लाख का जुर्माना किया गया और साथ अगर वे कभी लौट कर आएंगे तो फांसी के माध्यम मौत के घाट उतारने की धमकी दी गई।

टीपू ने 27 कैथोलिक चर्चों को नष्ट करने का आदेश दिया, सभी चर्चों में विभिन्न संतों की खूबसूरत नक़्क़ाशीदार प्रतिमाएं थीं। उनमें मंगलौर का नोसा सेनहोरा डी रोजरियो मिलाग्रेस का चर्च, मोन्टे मेरिएनो का एफआर मिरांडा सेमीनरी, ओमज़ूर का जेसु मरिए जोसे चर्च, बोलार का चापेल, उल्लाल का चर्च ऑफ मर्सिस, मुल्की का इमाकुलाटा कॉनसिएसियाओ, पेरार का सन जोसे, किरेम का नोसा सेनहोरा डोस रेमेडिएस, कर्काल का साव लॉरेंस, बार्कुर का रोजारिओ, बैडनुर का इमाकुलाटा कॉन्सेसियाओ शामिल था। अपवाद के रूप में होसपेट के द चर्च ऑफ पॉली क्रॉस को छोड़कर सभी को नष्ट कर दिया गया, इसे मूद्बिदरी के चौता राजा के लिए अनुकूल कार्यालयों के लिए छोड़ दिया था।

एक स्कॉटिश सैनिक और केनरा के पहले कलेक्टर थोमस मुनरो के अनुसार, उनमें से करीब 60,000 यानी सम्पूर्ण मंगलौरियन कैथोलिक समुदाय का लगभग 92 प्रतिशत को कैद कर लिया गया, केवल 7000 ही बच पाए. फ्रांसिस बुकानन के अनुसार 80,000 की आबादी में से 70,000 को कैद किया गया और केवल 10000 ही बच पाए. पश्चमी घाट के पर्वतों पर जंगलों से होते हुए वे लगभग चढ़ाई करने के लिए मजबूर थे। यह मंगलौर से श्रीरन्गापटनम के लिए था और यात्रा में छह हफ्ते लगे। ब्रिटिश सरकार के रिकॉर्ड के मुताबिक, श्रीरन्गापटनम मार्च के दौरान उनमें से 20,000 का निधन हो गया। एक ब्रिटिश अधिकारी जेम्स स्करी जो मंगलोरियन कैथोलिक के साथ बंदियों के साथ था, के अनुसार उनमें से 30000 को जबरन इस्लाम में परिवर्तित किया गया। युवा महिलाओं और लड़कियों को वहां रहने वाले मुसलमानों की जबरन पत्नी बनाया गया। वे युवा पुरुष जिन्होंने प्रतिरोध किया उनके नाक, ऊपरी होंठ और कान को काट कर विकृत कर दिया गया।

1800 में गोवा के आर्कबिशप ने लिखा कि, ""समग्र एशिया और विश्व के अन्य भागों में केनरा डोमिनियन के राजा टीपू सुल्तान द्वारा उस समय के दौरान ईसाई धर्म को मानने वालों के खिलाफ एक कठोरचित्त घृणा और ईसाइयों द्वारा उठाए गए अत्याचार और कष्टों से सभी परिचित हैं।""

टीपू सुल्तान की मालाबार पर आक्रमण से मालाबार तट पर सीरिया के मालाबार नसरानी समुदाय पर प्रतिकूल प्रभाव पड़ा और उन लोगो मे से अधिकतर लोगो ने स्वेच्छा से इस्लाम धर्म अपना लिया. कोचीन और मालाबार के कई चर्च क्षतिग्रस्त हो गए थे। अंगमाली में पुराने सीरियाई नसरानी चर्च जो कई शताब्दियों के लिए कैथोलिक धार्मिक शिक्षा का केंद्र थे, टीपू के सैनिकों द्वारा नष्ट कर दिए गए। सदियों पुरानी धार्मिक पांडुलिपि हमेशा के लिए खो गई। बाद में चर्च को कोट्टायम में स्थानांतरण किया गया जो कि अभी भी मौजूद है। अकपराम्बू में स्थित मोर सबोर चर्च और मदरसा से जुड़े मार्था मरियम चर्च को भी नष्ट कर दिया गया। 1790 में टीपू की सेना ने पलायूर की चर्च में आग लगा दी और ओल्लुर चर्च पर हमला किया। इसके अलावा, अर्थत चर्च और अम्बज्हक्कड़ चर्च को भी नष्ट कर दिया गया था। इस आक्रमण के दौरान, कई सीरियाई मालाबार नसरानी मारे गए या स्वेच्छा से इस्लाम धर्म में परिवर्तित किए गए। सीरिया मालाबार किसानों द्वारा लगाए गए अधिकांश नारियल, सुपारी, काली मिर्च और काजू वृक्षारोपण को भी सेना द्वारा अंधाधुंध नष्ट कर दिया गया। परिणामस्वरूप, जब टीपू की सेनाओं ने गुरूवायूर और आसन्न क्षेत्रों पर आक्रमण किया, सीरियाई ईसाई समुदाय केलिकट और छोटे शहरों से नए स्थानों जैसे कुन्नम्कुलम, चलाकुडी, एन्नाकदु, चेप्पदु, कन्नंकोड़े, मवेलिक्कारा आदि में भाग गए जहां ईसाई समाज के लोग रहते थे। उन्हें कोचिन और कार्थिका थिरूनल के शासक, सक्थान तम्बुरन ने शरण दी और त्रावणकोर के शासक जिन्होंने उन्हें भूमि दी, वृक्षारोपण और उनके व्यापार को प्रोत्साहित किया। त्रावणकोर के ब्रिटिश निवासी कर्नल मक्कुलय ने भी उन्हें मदद की., और धीरे धीरे नसरानी इसाई ब्रिटिशो की इस्ट इंडिया कम्पनी का खुलकर समर्थन करने लगे इसी। 

उसका उत्पीड़न पकड़े गए ब्रिटिश सैनिकों पर भी जारी रहा., उदाहरण के लिए, 1780 से 1784 के बीच ब्रिटिश बंधकों के जबरन धर्म परिवर्तन की संख्या अधिक थी। पोल्लिलुर की लड़ाई में उनके विनाशकारी हार के बाद अनगिनत संख्या में महिलाओं के साथ 7,000 ब्रिटिश पुरुषों को टीपू के द्वारा श्रीरन्गापटनम के किले में बंदी बनाया गया। इनमें से, 300 से अधिक लोगों का खतना किया गया और मुस्लिम नाम और कपड़े दिए गए और कई ब्रिटिश रेजिमेंट ढंढोरची लड़को को दरबारी लोगों के मनोरंजन के लिए "नर्तकी" या नाचने वाली के रूप में "घाघरा चोली" पहनने पर मजबूर किया गया। 10 साल की लंबी अवधि की कैद के बाद उन कैदियों में एक जेम्स स्करी भी था, उसने बताया कि कुर्सी पर बैठना और चाकू और कांटा का इस्तेमाल करना भी वह भूल गया था। उसकी अंग्रेजी खराब हो गई थी और अपने सभी स्थानीय भाषा मुहावरा को भूल चुका था। उसकी त्वचा अश्वेत की तरह सांवले रंग की हो गई थी और इसके अलावा यूरोपीय कपड़ों से उसे नफरत हो गई थी। मंगलौर किले के आत्मसमर्पण के दौरान जब ब्रिटिश द्वारा युद्धविराम हुआ था और बाद में उनके वापसी के दौरान सभी मेस्टीज़ोस थे और 5,600 मंगलौरियन कैथोलिक के साथ बाकी सभी गैर ब्रिटिश विदेशी एक साथ मारे गए थे। टीपू सुल्तान द्वारा विश्वासघात के लिए दोषी ठहराय गए लोगों को फौरन फांसी पर लटका दिया गया, फांसी का चौखट लाशों की संख्या से लटक जाता था। मृत शरीर के कारण नेत्रावती नदी इतनी बदबूदार हो गई थी कि नदी के किनारे रहने वाले स्थानीय लोग वहां से जाने के लिए मजबूर हो गए।

राज्यों के अनुसार मुस्लिम आबादी
समाजिक स्तरण
संपर्क और गतिशीलता
मुस्लिम-ईसाई संघर्ष