कई अन्य बैंकों की तरह मेरिल लिंच,2000 के दशक के आखिर में बंधक आधारित कोलाटरलाइज्ड डेब्ट ओब्लीगेशन(CDO) बाजार में गहराई तक शामिल था। क्रेडिट पत्रिका में छपे एक लेख के मुताबिक मेरिल का कदों बाजार के नेता के रूप में उभरना 2003 में शुरू हुआ, जब क्रिस्टोफर रिकार्डी क्रेडिट सुसी फर्स्ट बोस्टन से मेरिल में CDO टीम को ले आये। 2005 में मेरिल ने डर्विएटिव्स वीक पत्रिका के पिछले पन्ने पर विज्ञापन दिये जिनमें इस तथ्य को भुनाने की कोशिश की गई कि यह वैश्विक बाजार व निवेश समूह है जो "2004 में CDO का #1 ग्लोबल अंडरराइटर था। अल्ल हेइल ःइत्लेर् बिज़नेस वीक ने बाद में इसका वर्णन किया कि कैसे बाद में 2006 और 2007 के बीच मेरिल 136 CDOs में 93000000000 डॉलर का 'लीड अंडरराइटर' था। 2007 के अंत तक, इन CDO के मूल्य गिर रहे थे, लेकिन मेरिल कुछ हिस्सों का भार उठाया, जिससे कंपनी को अरबों डॉलर का घाटा हुआ। 2008 के मध्य में मेरिल ने CDO के समूह, जिसकी कभी कीमत 30.6 अरब डॉलर आंकी गई थी, को लोन स्टार फंड्स को 1.7 अरब नकदी और 5.1 अरब डॉलर के कर्ज पर बेच दिया.

अप्रैल 2009 में बांड बीमा कंपनी MBIA ने मेरिल लिंच के खिलाफ धोखाधड़ी और 5 अन्य उल्लंघनों के लिए मुकदमा दायर किया। ये क्रेडिट डिफ़ॉल्ट स्वैप "बीमा" अनुबंधों से संबंधित थे, जिसे मेरिल ने अपने 4 बंधक आधारित कोलाटरलाइज्ड डेब्ट ओब्लीगेशन पर MBIA से खरीदे गये थे। ये थे "एमएल-सीरीज" CDOs, ब्रोडेरिक CDO 2, हाईराइज ABS CDO1, ब्रोडेरिक CDO3 और न्यूबेरी स्ट्रीट CDO. MBIA ने दावा (अन्य बातों के अलावा) किया कि मेरिल ने इन CDOs की गुणवत्ता के बारे में MBIA को गुमराह किया है और कहा कि यह इन विशेष CDOs (CDOs वर्गाकार और क्युब आकार के) की जटिल प्रकृति का प्रयोग उन प्रतिभूतियों की समस्याओं को छिपाने के लिए किया गया, जिसपर ये CDOs आधारित हैं। हालांकि, 2010 में न्यायमूर्ति बर्नार्ड फ्राइड ने एक को छोड़कर बाकी सभी आरोपों को खारिज कर दिया, न्यायमूर्ति ने MBIA के इस दावे को मान लिया कि मेरिल ने AAA दर्ज़ा वाले CDO की बिक्री का वादा कर अनुबंध का उल्लंघन किया है, जबकि वास्तव में वे उस श्रेणी के नहीं थे। जब CDOs की कीमतें गिर गईं तो MBIA ने मेरिल पर घाटे की एक बड़ी राशि का जिम्मा ठोंक दिया। मेरिल ने MBIA के दावे को विवादित कहा.

2009 में राबोबैंक ने 'नॉरमा' नाम के एक CDO को लेकर मेरिल के खिलाफ मुकदमा दायर किया। राबोबैंक ने बाद में दावा किया कि यह मेरिल के खिलाफ यह मामला गोल्डमैन सैच्स के खिलाफ SEC के धोखाधड़ी के आरोपों और उसके एबाकस CDOs से बहुत मिलता-जुलता है। राबोबैंक ने आरोप लगाया कि मैगनेटर कैपिटल नाम की एक संचित निधि को अपनी परिसंपत्तियों को नोरमा में शामिल करने के लिए चुना गया था और कथित तौर पर उनके खिलाफ बाजी लगाई, लेकिन मेरिल ने इस तथ्य के बारे में राबोबैंक को नहीं बताया। इसके बजाय, राबोबैंक ने आरोप लगाया कि मेरिल ने यह कहा था कि NIR समूह इन आस्तियों का चयन कर रहा है। जब CDO की कीमतें गिर गईं, तो राबोबैंक ने मेरिल पर धन की एक बड़ी राशि का भार डाल दिया। मेरिल ने राबोबैंक की दलीलों को खारिज कर दिया और एक प्रवक्ता का दावा था कि "दोनों मामलों का एक-दूसरे से संबंध नहीं था और आज के दावे न केवल बेबुनियाद हैं, बल्कि लगभग एक साल पहले राबोबैंक की ओर से दायर मुकदमे में इन्हें शामिल नहीं किया गया था".

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