मुरलीधरन ने अपने ऊपर थ्रो करने का आरोप लगाने वाले ऑस्ट्रेलियाई दर्शकों द्वारा नियमित रूप से सवालों के जरिये तंग किये जाने के खिलाफ आवाज उठायी है - उनको निशाना बनाकर किया गया एक आम मजाक "नो बॉल" का है। 2004 में तत्कालीन ऑस्ट्रेलियाई प्रधानमंत्री जॉन हावर्ड के इस बयान के बाद कि मुरलीधरन 
एक "चकर" हैं, मुरलीधरन ने संकेत दिया कि आगे से वे ऑस्ट्रेलिया दौरा करना छोड़ देंगे।

श्रीलंका के पूर्व कोच और पूर्व ऑस्ट्रेलियाई टेस्ट क्रिकेटर टॉम मूडी ने कहा था कि वे ऑस्ट्रेलियाई दर्शकों द्वारा मुथैया मुरलीधरन को निशाना बनाकर की गयी अपमानजनक प्रतिक्रिया और नकारात्मक ध्यानाकर्षण से शर्मिंदा हैं। मूडी ने कहा कि "एक ऑस्ट्रेलियाई के रूप में जब मैं श्रीलंका की टीम के साथ ऑस्ट्रेलिया में था या विश्व कप में उनके खिलाफ खेल रहा था, यह पूरे क्रिकेट जगत में एकमात्र ऐसी परिस्थिति थी जहां हमने एक क्रिकेटर पर इस तरह की शर्मनाक हरकत होते देखा था।"

ऑस्ट्रेलिया में 2008 की सीबी श्रृंखला के दौरान मुरलीधरन सहित श्रीलंकाई टीम के कुछ सदस्य होबार्ट में अंडे फेंकने की एक घटना का निशाना बने थे। श्रीलंका के क्रिकेट चयनकर्ता डॉन अनुरासिरी को एक अंडा मारा गया था जबकि मुरलीधरन और दो ​​अन्य खिलाड़ियों को लोगों से भरी एक कार से गाली दी गयी थी जब वे एक रेस्तरां से वापस अपने होटल की ओर जा रहे थे। 
यह घटना रात में घटित होने के कारण यह स्पष्ट नहीं है कि क्या मुरलीधरन वास्तव में अभियुक्तों का निशाना थे। इसके बावजूद कि श्रीलंकाई टीम के ऑस्ट्रेलियाई कोच ट्रेवर बेलिस ने इस घटना को "कोई घटना नहीं" कहकर इसके महत्त्व को कम कर दिया, क्रिकेट ऑस्ट्रेलिया ने उनके आसपास सुरक्षा और कड़ी कर दी। इस प्रकरण की प्रतिक्रिया में मुरलीधरन ने यह टिप्पणी की "जब आप ऑस्ट्रेलिया आते हैं, आपको इन घटनाओं की अपेक्षा रहती है।"

मुरलीधरन के टेस्ट क्रिकेट करियर के समापन पर लेखक राहुल भट्टाचार्य ने मुरलीधरन के मामले का सारांश इस प्रकार निकाला: 
"मुरली का वर्णन अक्सर एक लोमड़ी के रूप में किया जाता है। यह सही लगता है। हेजहॉग गेंदबाजों के विपरीत जो एक ही व्यापक विचार का अनुसरण करते हैं, मुरली के पास एक लोमड़ी की तरह पीछा करने के कई तरीके थे। एक लोमड़ी की ही तरह, वे झुंड में शिकार नहीं करते थे। एक लोमड़ी की तरह उन्होंने दुनिया के कुछ भागों में इस खेल के लिए खुद को निर्दयतापूर्वक शिकार होने का मौका दिया. लोमड़ी का शिकार कुछ वर्षों पहले इंग्लैंड में प्रतिबंधित कर दिया गया था, लेकिन ऑस्ट्रेलिया में यह अभी भी वैध है। "

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