द एसोसिएशन ऑफ़ रिलिजन डेटा आर्काइव ने यथा 2000 मिल्वौकी-रैसीन की धार्मिक संरचना के बारे में सूचना दी। निवासियों का लगभग 55%, आंकड़ों में शामिल 188 समूहों में से एक के अनुयायियों में से थे।

इनमें से 58% कैथोलिक, 23% लूथरन, 3% मेथोडिस्ट और 2.5% यहूदी थे। दूसरों धर्मों में शामिल थे अन्य प्रोटेस्टेंट, रूढ़िवादी चर्च और ईस्टर्न धर्म. ऐतिहासिक रूप से अफ्रीकी-अमेरिकी वर्ग को आंकड़ों में शामिल नहीं किया गया।

मिल्वौकी, रोमन कैथोलिक आर्चडियोसेस ऑफ़ मिल्वौकी और एपिस्कोपल डियो सेस ऑफ़ मिल्वौकी का स्थान है। स्कूल सिस्टर्स ऑफ़ द थर्ड ऑर्डर ऑफ़ सेंट फ्रांसिस का मिल्वौकी में मूल आवास है और कई अन्य धार्मिक पंथों की महत्वपूर्ण उपस्थिति इस क्षेत्र में है, जिसमें जेसुइट और फ्रांसिसकन शामिल हैं। मिल्वौकी, जहां फादर जोसेफ केंटेनिच को 1952-1965 में 14 वर्ष के लिए निर्वासित किया गया था, वह भी संयुक्त राज्य में शोएनस्टाट आंदोलन के लिए भी केंद्र था। मिल्वौकी का सबसे पुराना चर्च, सेंट जोन ऑफ़ आर्क चैपलमार्कुएट विश्वविद्यालय के परिसर में स्थित है। बसीलिका सम्मान पाने वाला सेंट जोसाफाट बसीलीका, विस्कॉन्सिन का प्रथम चर्च था और संयुक्त राज्य का तीसरा. हार्टफोर्ड, विस्कॉन्सिन में मिल्वौकी के उत्तर-पश्चिम में स्थित, होली हिल नैशनल श्राइन ऑफ़ मेरी, हेल्प ऑफ़ क्रिस्चियन को भी 2006 में एक बसीलिका बनाया गया।

मिल्वौकी कई लूथरन चर्च समाजों का केंद्र है जिसमें शामिल हैं अमेरिका में इवेंजेलिकल लूथरन चर्च का द ग्रेटर मिल्वौकी सिनोड; लूथरन चर्च मिसोरी सिनोड (LCMS), जो मेकोन में कन्कोर्डियन विश्वविद्यालय का संचालन करता है और देश का सबसे पुराना लूथरन हाई स्कूल, मिल्वौकी लूथरन हाई स्कूल; और विस्कॉन्सिन इवेंजेलिकल लूथरन सिनोड (WELS), जिसे 1850 में मिल्वौकी में स्थापित किया गया था और वह वहां पर अपना राष्ट्रीय मुख्यालय संचालित करता है।

इसके अलावा, कई मस्जिद, सभा और मंदिर मिल्वौकी में रहने वाले मुस्लिम, यहूदी, हिन्दू, सिख, युनिटेरियन युनिवर्सलिस्ट और बौद्ध समुदायों की आस्था का केंद्र हैं।

राजमिस्त्री की मिल्वौकी में विभिन्न स्थानों पर बैठक होती है। विस्कांसिन एवेन्यू पर स्थित त्रिपोली तीर्थ मंदिर और मस्जिद, स्थापत्य शैली में भारत के ताज महल से प्रेरित है और मिल्वौकी में सभी धार्मिक गतिविधियों के लिए मुख्यालय है। 1928 में पूर्ण होने वाला यह भवन, ऐतिहासिक स्थानों के राष्ट्रीय रजिस्टर में हैं और मिल्वौकी के सबसे अनोखे स्थलों में से एक है। श्राइनर, या श्राइन राजमिस्त्री, उत्तरी अमेरिका के लिए रहस्यवादी मंदिर के रईसों की प्राचीन अरबी पंथ के हैं।

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