मेसोअमेरिकी विज्ञान प्राकृतिक घटनाओं के निरीक्षण और धार्मिक सिद्धांतों से बहिर्वेशन के आधार पर आगे बढ़ता है (डियैगो डी लैंडा, रिलैकियन).

मेसोअमेरिकी चिकित्साशास्त्र में दो प्रकार की बीमारी होती हैं, ईश्वर या मनुष्य द्वारा दिए गए रोग और पूर्णतया शारीरिक रोग (टेडलॉक, 1981: टाइम एंड द हाइलैंड माया, यू ऍन मेक्सिको). ईश्वर या मनुष्य द्वारा दिए गए रोग पिछले कर्मों के लिए मिले सार्वजनिक सेवा या दंड के रूप में देखे जाते हैं। पूर्णतया शारीरक रोगों का उपचार कई पद्धतियों से किया जाता है जिसमे सर्वाधिक प्रचलित जड़ी बूट संबंधी नुस्खे, मालिश और सॉना (गुतियेरेज़ होम्स, मेडिसिन इन हाइलैंड चियापास. ब्रिकर एंड मारिम, एन्काउंतर ऑफ तू वर्ल्ड्स, द बुक ऑफ चिलम बालम ऑफ कुआ).

(इनमे से एक शमानिक परंपरा भी थी, जहां "शामन" को एक दैवीय आरोग्यकर्ता माना जाता था जो कुछ निश्चित रोगों का उपचार करता था, जिनमे सर्वाधिक पाया जाने वाला रोग आत्मा का विलुप्त हो जाना था। अपने रोगियों के उपचार के लिए, शामन मानसिक प्रक्रियाओं को प्रभावित करने वाली औषधियों (पियोट, टोबैको, मेस्कलिन मिश्रित रेड बीन्स, सिलोसिबिन मशरूम) और जादुई छलसाधन (मंत्रोच्चार, चढ़ाव) का प्रयोग करता था।

चिकित्साशास्त्र के अन्य मत व्यवहारिक ज्ञान पर आधारित थे। 

मेसोअमेरिकी उपचारकर्ता अभिघाती चोटों का उपचार करते थे जिसमे पंचर, काटने और टूटने से हुई चोटों का उपचार होता था। मेसोअमेरिकी दाइयां औरतों की उनके पूर्ण गर्भकाल के दौरान देखभाल करती थीं जिसमे प्रसव के उपरान्त का समय भी शामिल होता था। 
मेसोअमेरिकी औषधविज्ञानी पौधों की सहायता से अनेकों प्रकार की बाह्य एवम आतंरिक व्याधियों का उपचार करते थे, जिसमें विलो पौधा भी शामिल था जो दर्द में ली जाने वाली एस्पिरिन का एक स्रोत है। 

उपचारकर्ताओं में वे पुजारी भी शामिल होते थे, जिन्हें अपना पद उत्तराधिकार में मिलता था और जिनकी शिक्षा व्यापक स्तर की होती थी, साथ ही साथ हड्डी बैठने वाले/अभिघती चोटों के विशेषज्ञ, दाइयां और औसधिविग्यानी, शामिल होते थे। 

माया समाज के लोग मनुष्यों के बालों द्वारा घावों को सिलते थे, हड्डी का विभंजन ठीक करते थे और सांचे का प्रयोग करते थे। वे कुशल दन्त चिकित्सक भी थे और जेड व पीरोजा की सहायता से कृत्रिम दांत बनाते थे और दाँतों को भरने के लिए लौह पाइराइट का प्रयोग करते थे। पश्चिमी चिक्त्सशास्त्र द्वारा मान्यता प्राप्त रोग-विषयक निदान जिसमे पिंटा, लेइश्मनियसिस और पीत ज्वर तथा अन्य कई मनोविकारी लक्षण शामिल थे, का वर्णन किया गया था। 

एरिजोना राज्य विश्वविद्यालय के एके विल्बुर, जे.इ. बुइक्स्ट्रा द्वारा किये गए एक हालिया अध्ययन के अनुसार, हालांकि उत्तरी अमेरिका और दक्षिणी अमेरिका दोनों में ही क्षय रोग काफी फैला हुआ था किन्तु इसके मेसोअमेरिका में कोई प्रमाण नहीं मिले हैं, मात्र आज के मेक्सिको सिटी के पास से प्राप्त तीन कंकालों को छोड़कर, ऐसा मेसोअमेरिकी लोगों में व्यापक रूप से प्रचलित आयरन की कमी के कारण हो सकता है। 

बौनों का चित्रण करते हुए सेरेमिक की आकृति और अन्य अजीब प्रकार से बने लोग, सामान्य हैं (कोर्सों, जानिया कैम्पेश द्वारा बनाये गयी सिरेमिक मूर्तिका).
राजनीतिक और धार्मिक कला
मुद्रा
चिकित्साशास्त्र
बलि