मुगल सम्राट अकबर (1556-1605) ने 16 वीं शताब्दी में अर्मेनियाई लोगों को आगरा में बसने के लिए आमंत्रित किया, और 19 वीं शताब्दी के मध्य तक, आगरा में एक विशाल आर्मीनियाई आबादी थी। मुगल साम्राज्य के दौरान आर्मीनियाई व्यापारियों ने आगरा का दौरा किया। अकबर ने आर्मीनियाई लोगों को कई विशेषाधिकार, काफी धार्मिक स्वतंत्रता और सरकार के लिए काम करने के अवसर प्रदान किए। मरियम ज़मानी बेगम (अकबर की पत्नियों में से एक) आर्मीनियाई थीं। एक शाही फ़रमान द्वारा, अर्मेनियाई व्यापारियों को उनके द्वारा आयात और निर्यात किए गए माल पर करों का भुगतान करने से छूट दी गई थी, और उन्हें मुगल साम्राज्य के उन क्षेत्रों में भी घूमने की अनुमति दी गई थी, जहां विदेशियों का प्रवेश अन्यथा निषिद्ध था। 1562 में आगरा में एक अर्मेनियाई चर्च का निर्माण किया गया था। 16 वीं शताब्दी से, आर्मीनियाई लोगों ने (ज्यादातर फारस से ) ने सूरत में एक महत्वपूर्ण व्यापारिक समुदाय का गठन किया। यह उल्लेखनीय बात है कि सूरत उस समय के भारत का सबसे सक्रिय बंदरगाह था। सूरत के बंदरगाह शहर में बसरा (वर्तमान इराक) और बंदर अब्बास (वर्तमान ईरान में) से व्यापारी जहाजों के नियमित समुद्री वहन और आने-जाने के लिए यातायात हुआ करता था। अर्मेनियाई लोगों ने सूरत में दो चर्च और एक कब्रिस्तान बनाया। शहर में एक कब्र, जो 1579 में बनी थी, अर्मेनियाई शिलालेख है । दूसरा चर्च 1778 में बनाया गया था और मैरी को समर्पित था। 

1678 में लिखी गई एक आर्मीनियाई भाषा की पांडुलिपि, वर्तमान में सेंट पीटर्सबर्ग में साल्टिकोव-शेडक्रिन लाइब्रेरी में संरक्षित है, जिसमें सूरत में अर्मेनियाई लोगों की एक स्थायी कॉलोनी का एक खाता है। अर्मेनियाई लोग कलकत्ता, पश्चिम बंगाल के पास, चिनसुराह में बस गए और 1697 में वहाँ एक चर्च बनाया। यह बंगाल का दूसरा सबसे पुराना चर्च है और अभी भी कलकत्ता आर्मीनियाई चर्च समिति की देखभाल के कारण अच्छी तरह से संरक्षित है।   

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