उग्रवादी संगठन यूनाइटेड लिबरेशन फ्रंट ऑफ असम असम के मूल निवासियों के लिए एक अलग देश की मांग करता है। भारत सरकार ने 1990 में ULFA पर प्रतिबंध लगा दिया था और आधिकारिक तौर पर इसे आतंकवादी समूह घोषित कर लिया था, जबकि अमेरिकी विदेश विभाग इसे "Other groups of concern" के तहत सूचीबद्ध करता है। 1990 में शुरू हुई भारतीय सेना द्वारा इसके खिलाफ सैन्य कार्यवाही आज भी जारी है। पिछले दो दशकों में, विद्रोहियों और सरकार के बीच संघर्ष में कुछ 10,000 लोग मारे गए हैं। असम के अलगाववादियों ने पड़ोसी क्षेत्रों से अवैध प्रवास का विरोध किया है। 20 वीं शताब्दी के मध्य से, वर्तमान बांग्लादेश (पहले पूर्वी पाकिस्तान) के लोग असम की ओर पलायन करते रहे हैं। 1961 में, असम सरकार ने असमिया भाषा के उपयोग को अनिवार्य करने वाला कानून पारित किया; किंतु कछार में बंगाली भाषी लोगों के दबाव में बाद में इसे वापस लेना पड़ा। 1980 के दशक में ब्रह्मपुत्र घाटी में मतदाता सूची में पंजीकृत मतदाताओं की संख्या में होने वाली अचानक वृद्धि से भड़का असम आंदोलन छह साल तक चला। 

1996 में स्थापित मुस्लिम यूनाइटेड लिबरेशन टाइगर्स ऑफ़ असम (MULTA) क्षेत्र के मुसलमानों के लिए एक अलग देश की वकालत करता है। 

यूनाइटेड पीपुल्स डेमोक्रेटिक सॉलिडेरिटी (UPDS) कार्बी लोगों के लिए एक संप्रभु राष्ट्र की मांग करता है। इसका गठन मार्च 1999 में असम के कार्बी आंगलोंग जिले के दो उग्रवादी संगठन- कार्बी नेशनल वालंटियर्स (केएनवी) और कार्बी पीपुल्स फ्रंट (केपीएफ) के विलय के साथ हुआ था। UPDS ने 23 मई 2002 को केंद्र सरकार के साथ एक वर्ष के लिए संघर्ष विराम समझौते पर हस्ताक्षर किए। हालांकि, इसने UPDS में को विभाजित कर दिया, जिसमें एक गुट ने अपनी विध्वंसक गतिविधियों को जारी रखने का फैसला किया, जबकि दूसरे ने सरकार के साथ बातचीत शुरू की। 

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