अक्टूबर 1990 से दिसंबर 1993 तक क्लार्क ने विपक्ष के उप नेता, स्वास्थ्य और श्रम के लिए छाया प्रवक्ता , और सामाजिक सेवा चयन समिति और श्रम चयन समिति के सदस्य के पदों पर कब्जा किया। नेशनल पार्टी ने 1993 का आम चुनाव एक सीट के बहुमत से जीतने के बाद, क्लार्क ने माइक मूर को संसदीय दल के नेतृत्व के लिए सफलतापूर्वक चुनौती दी । 1993 के चुनाव अभियान के दौरान धुंधले संदेश देने के लिए वह मूर की विशेष रूप से आलोचना कर रही थी, और उसने लेबर को केंद्र-वाम पार्टी के रूप में फिर से ब्रांड बनाने में विफल रहने का आरोप लगाया, जिसने रोजर्नॉमिक्स को जेल में डाल दिया था। 

क्लार्क 1 दिसंबर 1993 को विपक्ष के नेता बने। उन्होंने जिम बोल्गर (1990-1997) और जेनी शिपले (1997-1999) की राष्ट्रीय नेतृत्व वाली सरकार के विरोध में लेबर पार्टी का नेतृत्व किया । 1996 के आम चुनाव के रन-अप में लेबर पार्टी की रेटिंग खराब होने के बावजूद, और क्लार्क के कम व्यक्तिगत अनुमोदन रेटिंग के कारण, वह वरिष्ठ सदस्यों द्वारा फिल गोफ का समर्थन करने वाले वरिष्ठ सदस्यों द्वारा किए गए नेतृत्व के तख्तापलट से बच गए। अक्टूबर 1996 में लेबर चुनाव हार गई, लेकिन क्लार्क विपक्षी नेता के रूप में बने रहे। 

1998 के वेटांगी दिवस समारोह के दौरान, क्लार्क को पारंपरिक माओरी प्रोटोकॉल के प्रत्यक्ष विरोधाभास में बोलने की अनुमति दिए जाने के विरोध में कार्यकर्ता तितेहाई हरवीरा द्वारा मारके पर बोलने से रोका गया था। आगामी तर्क ने क्लार्क को राष्ट्रीय टेलीविजन पर आंसू बहाने के लिए कम किया। 

1999 में, क्लार्क ऑकलैंड आर्थोपेडिक सर्जन जो ब्राउनली के साथ न्यूजीलैंड के उच्च न्यायालय में एक मानहानि के मामले में शामिल थे, जिसके परिणामस्वरूप क्लार्क एक अनारक्षित माफी मांग रहे थे। मामला क्लार्क द्वारा ब्राउनली की आलोचना करते हुए जारी किए गए एक बयान पर केंद्रित था, जो हिप रिप्लेसमेंट के परिणाम पर एक घटक की शिकायत से शुरू हुआ था। क्लार्क ने स्वीकार किया कि आलोचना अनुचित थी कि उनके घटक द्वारा सामना की गई जटिलता दुर्लभ, अप्रत्याशित और अपरिहार्य थी। 

प्रधान मंत्री (1999-2008)
कैबिनेट मंत्री
विपक्ष के नेता
तीसरा कार्यकाल: 2005-2008