चूंकि बैलिस्टिक अनुसंधान प्रयोगशाला इस तीन वर्षीय परियोजना के दौरान एक वर्ष ENIAC का प्रायोजक रहा एक गणितज्ञ जॉन वॉन न्युमान, जो लॉस एलामोस में एक हाइड्रोजन बम पर काम कर रहे थे, को इस कंप्यूटर के बारे में पता चल गया। तत्पश्चात् लॉस एलामोस, ENIAC के साथ इतना जुड़ गया कि उसपर चलाया गया पहला समस्या परिक्षण, तोपखाने की तालिकाओं के बजाए हाइड्रोजन बम के लिए गणना थी। इस टेस्ट के लिए इनपुट/आउटपुट एक मिलियन कार्ड था।

ENIAC को प्रचालन के जटिल अनुक्रमों के लिए प्रोग्रामित किया जा सकता था, जिसमें पाश, शाखाएं और उपनेमकाएं शामिल हो सकते थे। एक समस्या को लेने और मशीन पर मानचित्रण का कार्य जटिल था और आमतौर पर इसमें कई सप्ताह लग जाते थे। प्रोग्राम के कागज़ पर बनाये जाने के बाद, स्विच और तारों के जोड़तोड़ के द्वारा उस प्रोग्राम को ENIAC के "अंदर" डालने में कुछ दिन और लगते थे। इसके बाद सत्यापन और दोषमार्जन की एक अवधि चली, जिसमें साथ थी मशीन को "सिंगल स्टेप" करने की क्षमता.

उन छः महिलाओं को 1997 में वीमेन इन टेक्नोलॉजी इंटरनैशनल हॉल ऑफ़ फेम में शामिल किया गया जिन्होनें ENIAC की अधिकांश प्रोग्रामिंग की। 1946 में वे एक दूसरे को जिस नाम से बुलाती थीं, वह था के मैकन्लटी, बेट्टी जेनिंग्स, बेट्टी स्नाईडर, मार्लिन वेस्कोफ़, फ्रैन बिलास और रुथ लिचरमन. जेनिफर एस. लाइट के निबंध "वेन कंप्यूटर वर वीमेन" में ENIAC में महिलाओं की भूमिका और साथ ही कंप्यूटर विज्ञान के इतिहास में महिलाओं की भूमिका का ऐतिहासिक लोप या महत्व कम होने को दर्ज किया गया और उसका वर्णन किया गया है।

ENIAC अपने प्रकार की एक मात्र डिजाइन थी और इसे कभी दोहराया नहीं गया। 1943 में इसके डिजाइन पर लगी प्रतिबंध का मतलब था कि कंप्यूटर के डिजाइन में कुछ नवाचारों का अभाव जो जल्द ही अच्छी तरह से विकसित हो गया, विशेष रूप से एक प्रोग्राम को संग्रहित करने की असमर्थता. एकर्ट और मौच्ली ने एक नए डिजाइन पर काम शुरू किया, जो आगे चल कर EDVAC, के नाम से जाना गया, जो अधिक सरल होने के साथ ही अधिक शक्तिशाली भी होगा। विशेष रूप से, 1944 में एकर्ट ने एक मेमरी इकाई के विषय में अपना विवरण लिखा (मरकरी डीले लाइन) जो डेटा और प्रोग्राम दोनो को धारण कर सकता था। जॉन वॉन न्युमान, जो EDVAC पर मूर स्कूल के लिए परामर्श कर रहे थे, मूर स्कूल के बैठकों में भाग लिया जिसमें संग्रहीत प्रोग्राम अवधारणा को सविस्तार बताया गया और उन्होंने नोटों का एक अधूरा सेट लिखा ("फर्स्ट ड्राफ्ट ऑफ़ ए रिपोर्ट ऑन दी EDVAC") जिसे एक आंतरिक ज्ञापन के रूप में प्रयोग करने के उद्देश्य से बनाया गया था और जिसमें बैठक में विकसित हुए विचारों का वर्णन, विस्तारण और निरूपण एक औपचारिक तार्किक भाषा में किया गया। हरमन गोल्ड्सटाइन ने "फर्स्ट ड्राफ्ट" (पहले मसौदे) की प्रतियों को सरकारी और शैक्षिक संस्थाओं में वितरित किया, जिसके कारण EDSAC और SEAC जैसे नई पीढ़ी के इलेक्ट्रॉनिक संगणना मशीनों के निर्माण में व्यापक दिलचस्पी उत्पन्न हुई।

1948 से ENIAC में कई सुधार भी किए गए, जिसमें एक प्राचीन रीड-ओनली संग्रहित प्रोग्रामिंग तंत्र शामिल था जिसके लिए प्रोग्राम ROM को फंगशन टेबल्स (कार्य तालिका) के रूप में प्रयोग किया गया, यह विचार BLR के डॉ॰ रिचर्ड क्लिपिंगर द्वारा स्वतंत्र रूप से प्रस्तावित और ENIAC के पेटेंट में शामिल किया गया। क्लिपिंगर ने अनुदेश के सेट को लागू करने पर वॉन न्युमान के साथ सलाह की। क्लिपिंगर ने एक 3-एड्रेस वास्तुकला के विषय में सोचा, जबकि वॉन न्युमान ने 1-एड्रेस वास्तुकला का प्रस्ताव रखा क्योंकि वह लागू करने के लिए आसान था। एक एक्युमुलेटर के तीन अंकों (6) का प्रोग्राम गणक के रूप में प्रयोग किया जाता था, एक अन्य एक्युमुलेटर (15) का प्रयोग मुख्य एक्युमुलेटर के रूप होता था, एक तीसरे एक्युमुलेटर (8) को कार्य तालिका से डेटा पढ़ने के लिए एक पता सूचक के रूप में प्रयोग किया जाता था और अन्य एक्युमुलेटरों (1-5, 7, 9-14, 17-19) में से अधिकांश डेटा मेमरी के लिए प्रयोग किया जाता था। ENIAC के लिए संग्रहित प्रोग्राम की प्रोग्रामिंग बेट्टी जेनिंग्स, क्लिपिंगर और अडेल गोल्ड्सटाइन द्वारा की गई थी। 16 सितंबर 1948 को, इसे एक संग्रहीत-प्रोग्राम कंप्यूटर के रूप में प्रदर्शित किया गया, जिसमें अडेल गोल्ड्सटाइन द्वारा जॉन वॉन न्युमान के लिए प्रोग्राम चलाया गया। इस संशोधन ने ENIAC की गति को छः के गणक से कम कर दिया और समानांतर गणना की क्षमता को समाप्त कर दिया, लेकिन चूंकि इसने पुनः प्रोग्रामिंग के समय को दिनों से घटा कर घंटों में सिमित कर दिया, इसके खराब प्रदर्शन को उचित माना गया। विश्लेषणों ने यह दिखाया की अभिकलन की इलेक्ट्रॉनिक गति और इनपुट/आउटपुट के विद्युत-यांत्रिकी गति के बीच भेद के कारण, वास्तविक-दुनिया की लगभग कोई भी समस्या पूर्णतः I/O आधारित थी, यहां तक कि मूल मशीन की समानंतरता का बिना उपयोग किए और उनमें से अधिकांश इस संशोधन द्वारा गति में कमी के बाद भी I/O आधारित ही होंगे। 1952 के पूर्वार्ध में, एक उच्च-गति शिफ़टर को जोड़ा गया, जिसने स्थानांतरण के गति को पांच के गणक से सुधारा. जुलाई 1953 में, एक 100 शब्द विस्तार कोर मेमरी, द्विआधारी कोडित दशमलव, अतिरिक्त-3 संख्या प्रसतुतीकरण का उपयोग करके प्रणाली में जोड़ा गया। इस विस्तार मेमरी का समर्थन करने के लिए, ENIAC को कुछ कार्य तालिका चयनकर्ता, मेमरी एड्रेस चयनकर्ता और पल्स को आकार देने वाले सर्किट से लैस किया गया और तीन नए आदेशों को प्रोग्रामिंग व्यवस्था में जोड़ा गया।

अन्य आरंभिक कंप्यूटरों के साथ तुलना
विश्वसनीयता
प्रोग्रामिंग
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