शर्मा ने सभी प्रकार की सांप्रदायिकता की निंदा की है। अपनी पुस्तक "कम्युनल हिस्ट्री एंड रामा'ज अयोध्या" में वे लिखते हैं, "ऐसा लगता है कि मध्ययुगीन काल में अयोध्या का उदय धार्मिक तीर्थ यात्रा स्थल के रूप में हुआ था। हालांकि विष्णु स्मृति के अध्याय 85 में तीर्थ यात्रा के अधिक से अधिक 52 स्थलों को सूचीबद्ध किया गया है जिनमें शहर, झीलें, नदियां, पहाड़ आदि शामिल हैं, अयोध्या को इस सूची में शामिल नहीं किया गया है।" शर्मा यह भी टिप्पणी करते हैं कि तुलसीदास, जिन्होंने 1574 में अयोध्या में रामचरितमानस की रचना की थी, वे एक तीर्थ स्थल के रूप में इसका उल्लेख नहीं करते हैं। बाबरी मस्जिद के विध्वंस के बाद वे इतिहासकार सूरज भान, एम. अतहर अली और द्विजेन्द्र नारायण झा के साथ मिलकर "हिस्टोरियन रिपोर्ट टू द नेशन" लेकर आए जो इस विषय पर है कि किस प्रकार संप्रदायवादियों ने अपनी धारणाओं में यह गलती की थी कि विवादित स्थल पर एक मंदिर मौजूद था और किस प्रकार मस्जिद को गिराने में यह एक सरासर बर्बरता थी, इस पुस्तक का सभी भारतीय भाषाओं में अनुवाद किया गया है। उन्होंने 2004 में भंडारकर ओरिएंटल अनुसंधान संस्थान की दादागिरी की निंदा की थी।

पूर्व मध्यकालीन भारत का सामंती समाज और संस्कृति
"भारत के प्राचीन नगरों का पतन (अर्बन डिके इन इंडिया)"
सांप्रदायिकता का दृष्टिकोण
"आर्यों की खोज (लुकिंग फॉर द आर्यन्स)"