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बाएं से दूसरे मणिशंकर अय्यर, अरुणाचल प्रदेश के मुख्यमंत्री दोरजी खांडू और भारत के प्रधानमंत्री मनमोहन सिंह
मणिशंकर अय्यर, चार्टर्ड एकाउंटेंट वी. शंकर अय्यर और भाग्यलक्ष्मी शंकर अय्यर के पुत्र हैं। उनके छोटे भाई स्वामीनाथन अय्यर एक पत्रकार हैं। 12 साल की उम्र में एक विमान दुर्घटना में उनके पिता का निधन हो गया।

सेंट वेल्ह्म बॉयज़ स्कूल दून स्कूल और सेट स्टीफन्स कॉलेज, दिल्ली से शिक्षा प्राप्त की। पिता के निधन के बाद है, अय्यर की माता जी को दून के साथ बातचीत करनी पड़ी कि वे कम फ़ीस में उन्हें पढ़ाई जारी रखने की अनुमति दें और उसके बदले में उन्होंने स्कूल में पढ़ाया.

दिल्ली विश्वविद्यालय से अर्थशास्त्र में स्नातक किया और फिर कैम्ब्रिज विश्वविद्यालय से दो साल का अर्थशास्त्र में ट्राइपोज़ किया जो समय के बीतने के साथ ऑक्सरिज परंपरा में एम.ए. हो गया। वह ट्रिनिटी हॉल के सदस्य थे। कैम्ब्रिज में वह मार्क्सवादी समाज के सक्रिय सदस्य भी थे। कैम्ब्रिज में अय्यर छात्र राजनीति में आए और एक बार एक अध्यक्षीय चुनाव भी जीतने की कोशिश की। दून और कैम्ब्रिज दोनों में उनके कनिष्ठ राजीव गांधी ने उनके अभियान को समर्थन दिया।

अभी तक वह सैनिक फ़ार्म में रहते थे जिसके निर्माण को दिल्ली उच्च न्यायालय ने अवैध घोषित कर दिया है (जैसा कि पिछली लोकसभा मैम्बर्स ईयरबुक 2006 से पता चलता है).

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