2003 में अधिकारियों ने पाया कि ग्लैक्सो स्मिथक्लाइन ने अपने दो उत्पादों, अवसाद की दवा पेक्सिल तथा नासिका एलर्जी स्प्रे फ्लोनैस के लिए मेडीकेड से उचित से अधिक कीमत ली है। अतः एक कारपोरेट नैतिकता समझौते के अंतर्गत कंपनी को जुर्माने के रूप में 88 मिलियन डालर चुकाने पड़े. उसी साल कंपनी इन्टरनल रेवेन्यु सर्विस (आईआरएस) के विरुद्ध भी केस हार गयी तथा उसे गत वर्षों में बकाया टैक्स व ब्याज के मामले में 7. 8 बिलियन डालर का भुगतान करना पड़ा, जो आईआरएस के इतिहास का अब तक का सबसे बड़ा मामला था।

अंततः 26 अगस्त 2004 को न्यू यार्क स्टेट अटार्नी जनरल एलियट स्पिट्जर के कार्यालय ने यह घोषणा की कि ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन के विरुद्ध सभी कानूनी मामले निबटा लिए गए हैं। करार के तहत कंपनी को अपने कुछ परीक्षण-पूर्व व नैदानिक शोध सार्वजनिक करने को कहा गया, जिन्हें आम तौर पर अन्य दवा कंपनियाँ अथवा यूएस फूड एंड ड्रग एडमिनिस्ट्रेशन (एफ.डी.ए.) गुप्त रखते थे। अटार्नी जनरल स्पिट्जर ने इस समझौते की सराहना की तथा कहा कि यह समझौता एक मूल बदलाव का कारण बनेगा क्योंकि अब डॉक्टर व मरीज इन शोधों के आधार पर उचित निर्णय ले पायेंगे . समझौते का यही भाग न्यू यार्क अटार्नी जनरल तथा रोज़ फाएरस्टीन का मुख्य ध्येय था। रोज़ अटार्नी आफिस में कार्यरत वह व्यक्ति थे जिन्होनें इस मामले के लिए अथक प्रयास किये थे। जुर्माने के रूप में दोनों पक्ष 2. 5 मिलियन डालर पर सहमत हो गए। इस समझौते से कुछ पूर्व, 3 अगस्त 2004 को आयोवा से सीनेट सदस्य चार्ल्स ग्रैसली ने ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन को लोवा से एक पत्र लिख कर चिंता व्यक्त की थी की कंपनी सभी उपलब्ध जानकारियाँ फूड एंड ड्रग एडमिनिस्ट्रेशन (एफ.डी.ए.) को मुहैया नहीं करवा रही हैं। उनके इस पत्र का मुख्य आधार, फूड एंड ड्रग एडमिनिस्ट्रेशन (एफ.डी.ए.) के एक सदस्य डॉक्टर एंड्र्यू मोशोल्डर के ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन के विरुद्ध दिए गए कुछ अति आलोचनात्मक बयान थे। इन बयानों में मोशोल्डर ने ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन पर यह गंभीर आरोप लगाये थे कि कंपनी की दवा पेक्सिल का प्रयोग करने से बच्चों में आत्मघाती प्रवृत्तियां उत्पन्न होती हैं, व कंपनी इस तथ्य को सार्वजनिक नहीं कर रही है। ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन ने यह बात कभी स्वीकार नहीं की कि उनके द्वारा न्यू यार्क स्टेट अटार्नी के साथ समझौते के लिए राज़ी होने के पीछे सीनेटर ग्रैसली का पत्र ही था।

12 सितम्बर 2006 को ग्लैक्सो स्मिथक्लाइन ने इतिहास के सबसे बड़े टैक्स भुगतान में टैक्स अधिकारियों को 3. 1 बिलियन डालर चुकाने की सहमती दी। इस विवाद के मूल में 1989 और 2005 के बीच बेचे गए कंपनी के कुछ पुराने उत्पाद थे जिनमें जैन्टेक (Zantak)) प्रमुख था। बड़ी बहुप्रभागीय कंपनियों में टैक्स का मूल्यांकन हरेक प्रभाग के स्थानीय राज्य के टैक्स नियमों के अनुसार किया जाता था। इस मामले में मुख्य मुद्दा यह रहा कि ग्लैक्सो स्मिथक्लाइन किस तरह लाभांश अपने विभिन्न प्रभागों में बाँट रहा है। कंपनी के भीतर ही उत्पादों के हस्तांतरण की प्रक्रिया, कीमत निर्धारण तथा इन्टरनल रेवेन्यु सर्विस को देय टैक्सों को लेकर हुए विवाद ने इतना बड़ा स्वरुप ले लिया।

फरवरी 2007 में यूके के सीरियस फ्रॉड ऑफिस ने ग्लैक्सोस्मिथक्लाइन के विरुद्ध ईराक में 'आयल फार फूड ' विवाद में शामिल होने के आरोपों की जांच शुरू की। कंपनी पर सद्दाम हुसैन को रिश्वत देने का आरोप था।

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