एस्कोबार के ख़िलाफ़ युद्ध 2 दिसम्बर 1993 को समाप्त हो गया, जब उसने एक बार फिर सर्च ब्लॉक से बचकर भाग निकलने की कोशिश की. अमेरिकी प्रयासों के एक हिस्से के रूप में प्राप्त रेडियो ट्राएंगुलेशन तकनीक का उपयोग करते हुए, एक कोलंबियाई इलेक्ट्रॉनिक निगरानी दल ने पाया कि वह मेडेलिन में एक मध्यम-वर्गीय बैरियो में छुपा हुआ है। अधिकारियों के नजदीक आने के साथ ही, एस्कोबार और उसके अंगरक्षक, अल्वारो डी जीसस एगुदेलो उर्फ़ एल लिमोन के साथ गोलीबारी शुरू हो गयी। दो भगोड़ों ने सड़क के आसपास के घरों की छतों पर दौड़ते हुए पीछे की सड़क तक पहुँचने की कोशिश की, लेकिन कोलंबियाई राष्ट्रीय पुलिस ने दोनों को गोली मार दी. उसे पैर, धड़ और कान पर पर गोलियां दागी गयीं, जिसमें सबसे घातक निशाना कान पर था। यह कभी साबित नहीं हो पाया कि किसने सबसे आख़िरी निशाना एस्कोबार के सिर पर लगाया, क्या यह निशाना गोलीबारी के दौरान लगाया गया या संभावित कार्य निष्पादन के रूप में और इस विषय को लेकर व्यापक अटकलें लगाई जाती रहीं. एक बहुत ही लोकप्रिय धारणा यह है कि ह्यूगो एग्विलर ने अपनी 9 एमएम पिस्तौल से सिर्फ एक गोली मारकर एस्कोबार का काम तमाम कर दिया. परिवार के कुछ सदस्यों का मानना है कि एस्कोबार ने आत्महत्या कर ली होगी. उसके दो भाइयों, रॉबर्टो एस्कोबार और फर्नांडो सांचेज़ एरिलानो, का विश्वास है कि उसने खुद को कान पर गोली मार ली: "उसने आत्महत्या कर ली थी, वह मारा नहीं गया था। उनसे बिछड़ने के बाद के वर्षों के दौरान, वे मुझसे हर दिन यही कहते रहे कि अगर उनके पास सचमुच बच निकालने का कोई रास्ता नहीं बचेगा, तो वे अपने कानों पर गोली मारकर खुद को ख़त्म कर लेंगे." हालांकि, शव परीक्षा के दौरान कान के आसपास कोई स्टिपलिंग पैटर्न नहीं पाया गया, जिससे यह स्पष्ट हुआ कि जी गोली से एस्कोबार की मौत हुई उसे हाथ की लंबाई से कहीं अधिक दूरी से मारा गया था।

एस्कोबार की मौत के बाद और मेडेलिन कार्टेल के विखंडन के बाद कोकीन के बाजार पर जल्दी ही उसके प्रतिद्वंदी कैली कार्टेल का प्रभुत्व कायम हो गया, जब तक कि 1990 के दशक के मध्य में इसके लीडरों को भी, या तो मार डाला गया या उन्हें कोलंबिया सरकार द्वारा गिरफ़्तार कर लिया गया।

उसने जो अपनी रॉबिन हुड की छवि बनायी थी, उसका मेडेलिन में स्थायी प्रभाव आज भी कायम है। वहाँ के कई लोग, विशेष रूप से शहर के अधिकाँश गरीब लोग जिन्हें एस्कोबार के जीवित रहते, उसके द्वारा सहायता प्राप्त हुई थी, उन्होंने उसकी मौत पर विलाप किया। 

उत्खनन
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मौत और उसके बाद
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