मुलुजी मई 1994 के राष्ट्रपति चुनाव में देश के पहले बहुपक्षीय चुनाव में विपक्षी यूडीएफ के उम्मीदवार थे। उन्होंने 47% वोट के साथ चुनाव जीता, आजादी के बाद से मलावी के नेता, हेस्टिंग्स कमुजु बांदा को हराया। मलावी में एक अपवाह चुनाव के लिए कोई प्रावधान नहीं है, इसलिए यह उसके लिए बंदा के 33 साल के शासन को समाप्त करने के लिए पर्याप्त था (जब मलावी अभी भी एक ब्रिटिश उपनिवेश था)।

उन्हें जून 1999 में फिर से चुना गया , उन्होंने 52.4% वोट लिए और चुनौती देने वाले गवांडा चकुम्बा को हराया, जो विपक्षी आंदोलन के नेता थे। २००२ में उन्होंने मलावी के संविधान में एक संशोधन का प्रस्ताव रखा, जिसने उन्हें तीसरे कार्यकाल के लिए चलने दिया, लेकिन यह उनके खिलाफ प्रदर्शनों के साथ-साथ विधायिका और अदालतों के जोरदार विरोध को छोड़ दिया गया। दो कार्यकालों के बाद, इसलिए उन्होंने मई 2004 के चुनाव के बाद अपने उत्तराधिकारी को सत्ता सौंप दी, जिसमें UDF के उम्मीदवार बिंगू वा मुथारिका(जिन्हें मुलुज़ी द्वारा संभाला और तैयार किया गया था) को मुलुज़ी को राष्ट्रपति के रूप में चुना गया।

मुलुज़ी, बांदा सरकार छोड़ने के बाद यूडीएफ का नेतृत्व करने के लिए आए, और वे लोकतंत्र के लिए एक वकील बन गए। राष्ट्रपति के रूप में मुलुज़ी का समय विवादों और घोटाले से जुड़ा था, विशेष रूप से सूखे की शुरुआत से कुछ ही समय पहले अन्य देशों के लिए मक्का के भंडार की बिक्री के कारण, जिसके परिणामस्वरूप पूरे देश में अकाल पड़ा।अंतर्राष्ट्रीय दबाव के बावजूद, मलावी के खाद्य भंडार की बिक्री से महसूस किए गए लाखों डॉलर को कभी खत्म नहीं किया गया, और यह व्यापक रूप से संदेह है कि यह मुलुजी और उनके समर्थकों से संबंधित विदेशी खातों में घाव है।

व्यक्तिगत जीवन
डराने-धमकाने और 2009 के कानूनी आरोपों का आरोप
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पोस्ट-प्रेसीडेंसी