अन्य कवासाकी रोग की जटिलताओं का वर्णन किया गया है, जैसे कि अन्य धमनियों के एनीयरिसम: महाधमनी एन्यूरीसिम, पेटी महाधमनी से जुड़े मामलों की एक बड़ी संख्या के साथ, अक्षीय धमनी एन्यूरीसिम, [60] ब्रैचियोसेफैलिक धमनी एन्यूरीसिम,इलीएक और फीमोरल धमनियों, और गुर्दे धमनी के अनुरिस्म । अन्य संवहनी जटिलताओं जैसे दीवार की मोटाई में वृद्धि और कैरोटीड धमनियों की कमी, महाधमनी, और ब्राचियोराडियल धमनी की कमी हो सकती है। एंडोथेलियल डिसफंक्शन के माध्यम से संवहनी स्वर में यह परिवर्तन। इसके अलावा, कावासाकी रोग वाले बच्चों को कोरोनरी धमनी जटिलताओं के साथ या बिना किसी प्रतिकूल हृदय संबंधी जोखिम प्रोफाइल, जैसे उच्च रक्तचाप, मोटापा, और असामान्य सीरम लिपिड प्रोफाइल हो सकता है।

कावासाकी रोग में गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल जटिलताओं में हेनोक-शॉनलेन परपूरा में देखा गया है, जैसे: आंतों में बाधा, कोलन सूजन, आंतों के आइसकैमिया,  आंतों के छद्म-बाधा, और तीव्र पेट।

बीमारी से जुड़े आँखों का परिवर्तन 1980 के दशक से वर्णित किया गया है, जिसे यूवेइटिस, इरिडोकैक्लाइटिस, कंज्यूक्टाइवल हेमोरेज, ऑप्टिक न्यूरिटिस, अमोरोसिस, और ओकुलर धमनी बाधा के रूप में पाया जा रहा है। इसे परिधीय गैंग्रीन में प्रगति, नेक्रोटसाइजिंग वास्कुलाइटिस के रूप में भी पाया जा सकता है।

प्रति केंद्रीय तंत्रिका तंत्र घावों की न्यूरोलॉजिकल जटिलताओं की तेजी से रिपोर्ट की जा रही है। न्यूरोलॉजिकल जटिलताओं में मेनिंगोएन्सेफलाइटिस, सबडुरल इम्प्रूजन, सेरेब्रल हाइपोपरफ्यूजन, सेरेब्रल आइस्क्रीमिया और इन्फैक्ट, सेरिबेलर इंफार्क्शन, दौरे, कोरिया, हेमिप्लेगिया, मानसिक भ्रम के साथ प्रकट होता है, सुस्ती और कोमा, या यहां तक ​​कि एक न्यूरोलॉजिकल अभिव्यक्तियों के साथ एक सेरेब्रल इंफार्क्शन भी। क्रैनियल तंत्रिका भागीदारी से अन्य न्यूरोलॉजिकल जटिलताओं को एटैक्सिया, चेहरे की पाल्सी,  और सेंसरिनियर सुनवाई हानि के रूप में रिपोर्ट किया जाता है। व्यवहारिक परिवर्तन स्थानीयकृत सेरेब्रल हाइपोपरफ्यूजन के कारण होने वाले माना जाता है, ध्यान घाटे, सीखने की कमी, भावनात्मक विकार (भावनात्मक लचीलापन, रात का डर, और रात का भय), और आंतरिककरण की समस्याएं (चिंताजनक, अवसादग्रस्त या आक्रामक व्यवहार) शामिल हो सकती हैं।

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