वर्ष 2008 में पूरे सूडान के लिए "पाँचवीं जनसंख्या और आवास जनगणना" हुई, जिसके अनुसार दक्षिणी सूडान की जनसंख्या 82.60 लाख आँकी गई। हालांकि उस समय दक्षिणी सूडान के अधिकारियों ने दक्षिणी सूडान की जनगणना के परिणाम को खारिज करने के बाद केन्द्रीय सांख्यिकी ब्यूरो खार्तूम ने जनगणना, सांख्यिकी और मूल्यांकन के लिए दक्षिणी सूडान केंद्र के साथ राष्ट्रीय सूडान की जनगणना के आंकड़ों को साझा करने से इनकार कर दिया था।

वर्ष-2009 में पुन: आगामी 2011 के स्वतंत्रता जनमत संग्रह को ध्यान में रखते हुए दक्षिणी सूडान की जनगणना शुरू हुई। इस जनगणना में दक्षिण सूडान डायस्पोरा को शामिल किए जाने की भी बात कही गई, किन्तु इसकी भी भरपूर आलोचना हुई।

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