भारत और जापान के बीच भी करीबी सैन्य संबंध हैं। उन्होंने एशिया-प्रशांत और हिंद महासागर में समुद्री लेन की सुरक्षा को बनाए रखने और अंतरराष्ट्रीय अपराध, आतंकवाद, समुद्री डकैती और सामूहिक विनाश के हथियारों के प्रसार से निपटने के लिए सहयोग किया है। दोनों राष्ट्रों ने अक्सर संयुक्त सैन्य अभ्यास किया है और प्रौद्योगिकी पर सहयोग किया है। भारत और जापान ने 22 अक्टूबर 2008 को एक सुरक्षा समझौते का समापन किया। जापानी प्रधान मंत्री शिंजो आबे को कुछ लोगों ने "इंडोफाइल" के रूप में देखा है और जापान के पड़ोसियों के साथ क्षेत्रीय विवादों में बढ़ते तनाव के साथ, भारत के साथ निकट सुरक्षा सहयोग की वकालत की है। जुलाई 2014 में, भारतीय नौसेना ने इंडो-पैसिफिक समुद्री सुरक्षा पर साझा दृष्टिकोण को दर्शाते हुए जापानी और अमेरिकी नौसेनाओं के साथ एक्सरसाइज मालाबार में भाग लिया। भारत भारतीय नौसेना के लिए यूएस -2 एमफीबीएसई विमान खरीदने के लिए भी बातचीत कर रहा है।

सामरिक सम्बन्ध
टोक्यो घोषणा-पत्र का सारांश
भारतीय स्वतंत्रता संग्राम
द्वितीय विश्वयुद्ध के समय