ख्रुश्चेव और सोवियत संघ के लिए यह समझौता विशेष रूप से बड़ा ही शर्मनाक था, क्योंकि अमेरिकी मिसाइलों को इटली और तुर्की से हटा लेने को सार्वजनिक नहीं किया गया था - यह कैनेडी और ख्रुश्चेव के बीच एक गुप्त समझौता था। सोवियत संघ उन परिस्थितियों से पीछे हटता हुआ नजर आ रहा था जिसकी शुरूआत उनलोगों ने की थी - हालांकि इसे अगर ठीक ढंग से निभाया गया होता तो इसे विपरीत रूप में देखा जा सकता था। ख्रुश्चेव के सत्ता से हट जाने के दो साल बाद भी उनकी यू॰एस॰ (U.S.) को संभावित रूप से रियायत देने और उचित समय पर संकट से बेखबर होने की अयोग्यता दोनों ह‍ी पोलिटब्यूरो की शर्मिंदगी में उनकी आंशिक हिस्सेदारी हो सकती है। हालांकि, क्यूबा मिसाइल संकट ख्रुश्चेव के पतन के लिए अकेले जिम्मेदार नहीं था।

इस संकट का हल किस तरह किया जाए इसका निर्णय कैनेडी और ख्रुश्चेव द्वारा लिये जाने को क्यूबा ने इसे सोवियत संघ द्वारा आंशिक रूप से किए विश्वासघात के रूप में लिया। क्यूबा के हित के लिए ग्वांटानामो की स्थिति जैसे कुछ मुद्दे को इसमें शामिल नहीं किए जाने से कास्त्रो विशेष रूप से परेशान थे। इस कारण क्यूबा-सोवियत के संबंध कुछ सालों के लिए खराब हो गए। दूसरी ओर, आक्रमण से क्यूबा की रक्षा भी जारी रही।

इस नतीजे से यू॰एस॰ (U.S.) के एक सैन्य कमांडर बहुत खुश नहीं थे। जनरल लेमे ने राष्ट्रपति से कहा कि "हमारे इतिहास में यह सबसे बड़ी हार है" और यू॰एस॰ (U.S.) को तुरंत क्यूबा पर आक्रमण करना चाहिए।

क्यूबा मिसाइल संकट ने हॉटलाइन एग्रीमेंट के लिए प्रेरित किया, जिससे मॉस्को-वाशिंगटन हॉट लाइन का निर्माण मॉस्को और वाशिंगटन डी.सी. के बीच सीधे संपर्क के लिए हुआ। इसका उद्देश्य ऐसा रास्ता निकालना था, जिससे शीत युद्ध के दोनों देशों के नेता ऐसे संकट को सुलझाने के लिए सीधे संवाद स्थापित कर सके। ‍ विश्व व्यापी यूएस (US) सैन्य बल डेफोकन 3 (DEFCON 3) की स्थिति 20 नवम्बर 1962 को डेफकोन 4 (DEFCON 4) में बदल गया। यू-2 (U-2) पायलट मेजर एंडरसन की लाश संयुक्त राज्य अमेरिका लौटी और उसे पूरे सैनिक सम्मान के साथ दक्षिण कैरोलिना में दफनाया गया था। नव निर्मित एअर फोर्स क्रॉस पानेवाले वे पहले थे, जिन्हें मरणोपरांत सम्मानित किया गया।

हालांकि इस संकट के दौरान केवल मेजर रुडोल्फ एंडरसन की लड़ाई में मृत्यु हुई; साथ ही 27 सितंबर और 11 नवबंर 1962 के बीच की अवधि के दौरान 55वें स्ट्रैटिजिक रीकॉनसैंस विंग (Strategic Reconnaissance Wing) के तीन रीकॉनसैंस (प्राथमिक आक्रमण) बोइंग आरबी-47 स्ट्रैटोजेट्स (Boeing RB-47 Stratojets) की दुर्घटना में चालक दल के ग्यारह सदस्य भी मारे गए थे।

सेमुर मेलमैन और सेमुर हेर्श सहित अन्य आलोचकों का कहना है कि क्यूबा मिसाइल संकट ने यू॰एस॰ (U.S.) को वियतनाम युद्ध की ही तरह सैन्य साधन का उपयोग करने के लिए प्रोत्साहित किया। इस रूसी-अमेरिकी टकराव ने भारत-चीन युद्ध को इसके समकक्ष लाकर खड़ा कर दिया, क्यूबा में यू॰एस॰ (U.S.) के सैन्य संगरोध के काल के निर्धारण से इतिहासकारों ने अटकल लगाया कि भूमि विवाद को लेकर भारत के खिलाफ चीनी हमले का मतलब क्यूबा मिसाइल संकट से उसका एकमत होना है।

प्रतिकिया पर विचार
परिणाम
संगरोध को चुनौती
यू-2 विमानों ने मिसाइलों को खोज निकाला