परम्परागत रूप से पॉलिपेप्टाइड को उसके अमीनो एसिड स्थलों के अमीनो टर्मिनस से कार्बाक्सिलिक एसिड टर्मिनस तक स्थिति के अनुसार लिखा जाता है। अमीनो एसिड रेजिड्यू हमेशा पेप्टाइड बांडों से जुड़े होते हैं। हालांकि बोलचाल में किसी भी पॉलिपेप्टाइड के संदर्भ में प्रोटीन शब्द का प्रयोग होता है, वास्तव में इसका मतलब बड़े या पूरी तरह से कार्यशील प्रकारों से होता है और इसमें अनेक पॉलिपेप्टाइड या एकल श्रंखलाएं हो सकती हैं। प्रोटीनों को संशोधित करके अपेप्टाइड अंशों जैसे सैक्राइड श्रंखलाओं और वसाओं को भी उनमें शामिल किया जा सकता है। 

औद्योगिक प्रयोग में व्यापक रूप से प्रयुक्त प्रोटीन सामान्यतः न तो घुलनशील होते हैं और न ही बिना अवक्रमित हुए गलाए जा सकते हैं। इस तरह वे मुख्यतः उनके प्राकृतिक रूप में काम में लाए जाते हैं। ऐसा विशेषकर तंतुमय प्रोटीनों जैसे, ऊन, रेशम और कौलाजन के साथ होता है। 

सभी प्रोटीन नियमित रूप से व्यवस्थित विभिन्न प्रकार के α-अमीनो एसिडों वाले विशिष्ट सह-पॉलिमर होते हैं। इसलिये, प्रोटीनों का जैवसंश्लेषण कई विभिन्न प्रकार के एंजाइमों से युक्त अत्यंत ही जटिल प्रक्रिया है। इसके विपरीत, प्रोटीनों का आम उपयोग वाले प्रोटिएजों द्वारा एंजाइमिक अवक्रमण एक अपेक्षाकृत सीधी-साधी अमाइड जल-विघटन क्रिया है। 

गुणनिर्धारण
चिपकाव-निरोध
पॉलिपेप्टाइड
फफूंद या कवक