प्राचीन समय में शहर मत्स्य साम्राज्य के अधीन आया, जिस पर मीनास पर शासन किया गया था और मीना की एक बड़ी आबादी निकटवर्ती गांवों में देखी जा सकती है। मत्स्य साम्राज्य के शासनकाल के दौरान बनाए गए शहर में अभी भी कई प्राचीन संरचनाएं मौजूद हैं। परंपरागत रूप से कुछ पौराणिक कहानियों में यह शहर हिरायानकशीपू और प्रहलाद की पौराणिक कथाओं के साथ भागवत पुराण में वर्णित है।

स्थानीय परंपरा हमें बताती है कि हिण्डौन (हिंडन) प्रहलाद के पिता हिरण्यकश्यपु की राजधानी थी। इस तथ्य के कारण क्षेत्र हिराणकस की खेर के रूप में जाना जाता है। स्थानीय भाषा में खेर का मतलब है "राजधानी" यह भी हिराणकस का मंदिर, प्रहलाद कुंड, न्रीसिंह मंदिर, हिरनाकस का कुआ और धोबी पाखड़ जैसे स्मारकों के अस्तित्व के द्वारा पुष्टि की गई है। करीब 40 साल पहले हिरनाकस के मंदिर में हिराणकस का एक मूर्तिकार था, लेकिन अब इसे राम के स्थान पर ले लिया गया है और मंदिर रघुनाथ मंदिर के रूप में प्रसिद्ध हो गया है। हिरनाकस का कुआ शहर के केंद्र में स्थित है और भोरान मंदिर के आसपास के खंडहर हैं। करौली इलाके में लंगा भरण (लंगुर) बहुत लोकप्रिय है। माना जाता है कि धोबी पछाड़ एक ऐसा स्थान है जहां महल से प्रहलाद को फेंक दिया गया था। वहाँ भी एक जगह है होलिका दाह कहा जाता है जहां होलिका को प्रहलाद को जलाने की कोशिश की लेकिन वह खुद आग में नष्ट हो गया था

हिण्डौन का नाम प्रहलाद के पिता प्राचीन हिंदू राजा हिरण्यकश्यपु के नाम पर रखा गया है। हिरण्यकश्यप को मारने वाले हिंदू भगवान विष्णु के अवतार नारसिंह के लिए मंदिर, हिरण्यकश्यपु और प्रहलाद के आसपास के पौराणिक कथाओं के साथ शहर के संबंध को दर्शाता है।हिरणकश्यप के वंशज हिंडोल(हिंडौन) जाट कहलाते हैं।महाराजा सूरजमल ने हिंडोल(हिण्डौन)जाट 
वहानसिंह को साथिनी(इगलास के समीप) जागीरी प्रदान की थी।वहाण सिंह के चार बेटे थे उनके चार बेटों के नाम मानसिंह, विजयराम, जीवर राम, चुरामन था । मानसिंह ने मान गाँव, चुरामन ने चुहरा गाँव , विजयराम ने पिठैर गाँव व जीवरराम ने दिसवार गाँव की जागीरी थी।मुगल कालीन जयपुर करौली के मध्य हुए पत्र व्यवहार से इस बात का पता चलता है कि हिण्डौन में बाबूराम जाट(बालूसिंह)शक्तिशाली व्यक्ति था। और हिंडौन बालूसिंह के अधीन था।हिण्डौन में 16 खम्भो की बारादरी का निर्माण भी बालूसिंह ने करवाया था।

प्रशासन
हिण्डौन और महाभारत
भागवत पुराण के अनुसार
परिवहन