सहारा में कई अलग-अलग ईकोरेगियां शामिल हैं। तापमान, वर्षा, ऊंचाई और मिट्टी में उनके विविधताओं के साथ, इन क्षेत्रों में पौधों और जानवरों के अलग-अलग समुदायों को बंद करना है।

अटलांटिक तटीय रेगिस्तान (Atlantic coastal desert) अटलांटिक तट के साथ एक संकरी पट्टी है जहां कोयर्न चालू कूल के किनारों से किनारों को अपरिवर्तित किया जाता है, जिसमें विभिन्न प्रकार के लाइसेंस, सुस्कुलेंट्स और झाड़ियों को बनाए रखने के लिए पर्याप्त नमी उपलब्ध है। इसमें मोरक्को और मॉरिटानिया के दक्षिण में 39,900 वर्ग किलोमीटर (15,400 वर्ग मील) का क्षेत्र शामिल है।

उत्तरी सहारन मैदान और जंगलों (North Saharan steppe and woodlands) के उत्तरी रेगिस्तान के साथ, भूमध्य जंगलों, जंगलों के बगल में, और उत्तर माघरेब और साइरेनाका के ईकोरेगियंस को साफ़ करना है। शीतकालीन बारिश झीलों और सूखा वुडलैंड्स को बनाए रखती है जो भूमध्यसागरीय क्षेत्रों के बीच उत्तर में उत्तर और दक्षिण के लिए अति सूखा सहारा के बीच एक संक्रमण का निर्माण करते हैं। इसमें अल्जीरिया, मिस्र, लीबिया, मॉरिटानिया, मोरक्को और ट्यूनीशिया में 1,675,300 वर्ग किलोमीटर (646,840 वर्ग मील) शामिल हैं। 

सहारा डेजर्ट ईकोरियोजन (Sahara Desert ecoregion) सहारा के अति-शुष्क केंद्र हिस्से को कवर करता है जहां वर्षा न्यूनतम और छिटपुट है। वनस्पति दुर्लभ है, और इस क्षेत्र में ज्यादातर रेत टिब्बा (एर्ग, चेच, राऊई), पत्थर पठार (हामादास), बजरी मैदान (रेग), सूखी घाटियां (वाडी) और नमक फ्लैट्स शामिल हैं। इसमें 4,639,900 वर्ग किलोमीटर (1,791,500 वर्ग मील) शामिल हैं: अल्जीरिया, चाड, मिस्र, लीबिया, माली, मॉरिटानिया, नाइजर, और सूडान।

दक्षिण सहारन स्टेप और वुडलैंड्स ईकोरियोजन (South Saharan steppe and woodlands) एक संकीर्ण बैंड है जो दक्षिण में अति-शुष्क सहारा और साहेल सवाना के बीच पूर्व और पश्चिम में चल रहा है। जुलाई और अगस्त के दौरान भूमध्य रेखा इंटरप्रोप्लिकिक कन्वर्जेंस जोन (आईटीसीजेड) की गतिएं गर्मियों में वर्षा लेती हैं, जो औसत से 100 से 200 मिमी (4 से 8 इंच) होती हैं, लेकिन साल-दर-साल में बहुत भिन्न होती हैं। ये बारिश घास और जड़ी-बूटियों के गर्मियों के पेड़ को बनाए रखते हैं, शुष्क वनों के साथ और मौसमी जलकोषों के साथ झुग्गियों तक। इस क्षेत्र में अल्जीरिया, चाड, माली, मॉरिटानिया और सूडान में 1,101,700 वर्ग किलोमीटर (425,400 वर्ग मील) शामिल हैं। 

पश्चिम सहारन मोंटेन एक्सरेक वुडलैंड्स (West Saharan montane xeric woodlands) में, कई ज्वालामुखीय हाइलैंड्स एक कूलर, मोहीर वातावरण प्रदान करते हैं जो सहारो-मेडिटेरियन्टल वुडलैंड्स और स्प्रॉलैंड्स का समर्थन करता है। ईकोरियोन में 258,100 वर्ग किलोमीटर (99,650 वर्ग मील) शामिल है, ज्यादातर अल्जीरिया के तस्ली नजजर में, आइर ऑफ नाइजर, मॉरिटानिया के धार अदरार और माली और अल्जीरिया के एडार डेस इफोरस के छोटे-छोटे छतों के साथ।

तिबेस्टी-जेबेल यूवीनाट माउंटन एक्सरेक वुडलैंड्स (Tibesti-Jebel Uweinat montane xeric woodlands) ईकोरियोजन में तिबेस्टी और जेबेल यूवीनेट हाइलैंड्स शामिल हैं। उच्च और अधिक नियमित वर्षा और कूलर तापमान वुडलैंड्स और सदाबहार खजूर, अबासीस, मर्टल, ऑलैंडर, तामारिक, और कई दुर्लभ और स्थानिक पौधों का समर्थन करते हैं। ईकोरियोजन में चाड और लीबिया के तिबेस्टी में 82,200 वर्ग किलोमीटर (31,700 वर्ग मील) और मिस्र, लीबिया और सूडान की सीमा पर जेबेल उवेनैट शामिल है।

सहारन हेलफॉफ़्टिक्स मौसमी बाढ़ वाले खारा अवसाद का एक क्षेत्र है, जो कि हॉलफायटिक (नमक-अनुकूलित) संयंत्र समुदायों का घर है। सहारन हैलॉफिटिक्स 54,000 वर्ग किलोमीटर (21,000 वर्ग मील) में शामिल हैं: उत्तरी मिस्र में कत्तारा और सिवा अवसाद, केंद्रीय ट्यूनीशिया के ट्यूनीशियाई नमक झील, अल्जीरिया में चट मेलघिर और अल्जीरिया के छोटे क्षेत्रों, मॉरिटानिया और मोरक्को के दक्षिणी भाग।

Tanezrouft पृथ्वी पर सबसे सख्त क्षेत्रों में से एक है और सहारा के सबसे गर्म और सबसे खराब भागों में से एक है, जिसमें कोई वनस्पति नहीं है और बहुत कम जीवन है। यह अल्जीरिया, नाइजर की सीमाओं के साथ]] और माली, होगर पर्वत के पश्चिम में है।

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