ज्यादातर मामलों में मध्यकर्णशोथ विषाणुजनित, जीवाण्विक, अथवा कवकीय रोगाणुओं से संक्रमण होने की वजह से होता है। सबसे सामान्य जीवाण्विक रोगाणु "स्ट्रेप्टोकोकस न्यूमोनिया" (Streptococcus pneumoniae) है। अन्य रोगाणुओं में "स्यूडोमोनस एरूगिनोसा (Pseudomonas aeruginosa)", नॉनटाइपेबल "हीमोफिलस इंफ्लूएंजा (Haemophilus influenzae)" और "मोराएक्सेला कैटारेलिस (Moraxella catarrhalis)" शामिल हैं। किशोरों और युवा वयस्कों में कान में संक्रमण की सबसे सामान्य वजह "हीमोफिलस इंफ्लूएंजा (Haemophilus influenzae)" है। ऊपरी श्वसन ग्रंथि के एपिथेलियल कोशिकाओं की सुरक्षा को भेद कर रेस्पिरेटरी सिंसिशियल विषाणु (RSV) और आम सर्दी के लिए जिम्मेदार विषाणु भी मध्यकर्णशोथ की वजह हो सकते हैं।

मध्यकर्णशोथ होने पर सबसे बड़ा खतरा यूस्टेचियन ट्यूब में दोष का रहता है जिससे मध्य कान से जीवाणु का निकलना अप्रभावी हो जाता है।

बच्चों को नियमित रूप से दिया जाने वाला एंटी-"एच इंफ्लूएंजा" टीका का काम मस्तिष्क ज्वर और न्यूमोनिया जैसी बीमारियों से रक्षा करना है। यह टीका सिर्फ सेरोटाइप बी के नुकसान के प्रति ही सक्रिय होता है, जो पांच साल तक के बच्चों में मस्तिष्क ज्वर और न्यूमोनिया की वजह होते हैं, इससे 4 और 18 महीने के बीच के बच्चों को सबसे ज्यादा खतरा रहता है। बहुत कम मामलों में ही सेरोटाइप बी के आयसोलेट्स की वजह से मध्यकर्णशोथ हो सकती है।

इस बीमारी की प्रवणता पैतृक है, हालांकि फिलहाल विशेष पैतृक पहचान की जांच चल रही है। कैसेलब्रांट एट आल (Casselbrant et al) ने 2009 में पाया कि सर्वश्रेष्ठ-समर्थित संबंधित क्षेत्रों में ऐसे जीन्स हो सकते हैं जो बारबार/लगातार ओएम के खतरे को प्रभावित करते हैं। 17q12 में विश्वसनीय उम्मीदवारों में AP2B1, CCL5 और CCL जीन्स के दूसरे समूह और 10q22.3, SFTPA2 शामिल हैं।"

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