जेनेटिक तौर पर अभिन्न पशुओं के निर्माण के लिए प्रजननीय प्रतिरूपण आमतौर पर "दैहिक कोशिका परमाणु हस्तांतरण" (SCNT) का प्रयोग करता है। इस प्रक्रिया में एक दाता वयस्क कोशिका (दैहिक कोशिका) से किसी नाभिक-विहीन अण्डे में नाभिक (nucleus) का स्थानांतरण करना शामिल होता है। यदि अण्डा सामान्य रूप से विभाजित हो जाए, तो इसे प्रतिनिधि मां (surrogate mother) के गर्भाशय में स्थानांतरित कर दिया जाता है। इस प्रकार के प्रतिरूप पूर्णतः समरूप नहीं होते क्योंकि दैहिक कोशिका के नाभिक डीएनए में कुछ परिवर्तन हो सकते हैं। इसके अतिरिक्त कोशिका-द्रव्य (cytoplasm) में स्थित माइटोकॉन्ड्रिया (mitochondria) में भी डीएनए हो सकता है और SCNT के दौरान यह डीएनए पूरी तरह दाता अण्डे से प्राप्त होता है, अतः इसका माइटोकॉन्ड्रियल जीनोम उस नाभिक दाता कोशिका के समान नहीं होता जिससे इसे उत्पन्न किया गया है। यह अंतःप्रजातीय नाभिक स्थानांतरण के लिये महत्वपूर्ण प्रभाव लागू कर सकता है, जिसमें नाभिक-माइटोकॉन्ड्रियल असंगतताओं के परिणामस्वरूप मौत हो सकती है।

कृत्रिम "भ्रूण विभाजन (embryo spitting)" या "भ्रूण के जोड़े बनाने की विधि (embryo twinning)" का प्रयोग भी प्रतिरूपण की एक पद्धति के रूप में किया जा सकता है, जिसमें भ्रूण स्थानांतरण से पहले परिपक्व भ्रूण को विभाजित किया जाता है। यह इष्टतम रूप से 6-से-8-कोशिका चरण में किया जाता है, जहां इसका प्रयोग उपलब्ध भ्रूणों की संख्या को बढ़ाने के लिये IVF के विस्तारण के रूप में किया जा सकता है। यदि दोनों भ्रूण सफल रहे हों, तो यह मोनोज़ाइगोटिक (monozygotic) (समरूप) जुड़वां को जन्म देता है।

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