टोक्यो को मूल रूप से ईडो के नाम से जाना जाता था, जिसका जापानी में अर्थ है मुहाना। १८६८ में जब इसे जापान की राजधानी बनाया गया तो इसका नाम बदलकर टोक्यो (तोउक्योउ: तोउ (पूर्व) + क्योउ (राजधानी)) कर दिया गया। आरम्भिक मेइजी काल में, इस नगर को "तोउकेइ" के नाम से भी जाना जाता था जो चीनी भाषा में लिखे गए शब्द के लिए वैकल्पिक उच्चारण था। बहुत से पुराने अंग्रेज़ी दस्तावेज़ो में अभी भी "टोकेई" ("Tokei") लिखा जाता है लेकिन अब यह अप्रचलित शब्द है और "टोक्यो" शब्द का ही अब उपयोग किया जाता है।

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