जनवरी 2001 में, टूल ने एक नए एलबम, "सिस्टेमा एन्सिफेल" के साथ-साथ एक 12-गानों के ट्रैकलिस्ट की घोषणा की जिसमें "रिवरक्राइस्ट", "नम्बरेफ्ट", एन्सेफाटैलिस", "म्युसिक" और "सीलिएकस" जैसे शीर्षक शामिल थे। फ़ाइल-शेयरिंग नेटवर्क जैसे कि नैप्स्टर इन शीर्षकों और नामों वाले फर्जी फाइलों की बाढ़ से भर गए थे। उस समय, टूल के सदस्यों ने आम तौर पर सभी फ़ाइल शेयरिंग नेटवर्कों की खुले आम आलोचना की, क्योंकि इससे उन कलाकारों पर नकारात्मक असर पड़ रहा था जो अपने कैरियर को आगे बढ़ाने के लिए रिकॉर्ड की बिक्री की सफलता पर निर्भर थे। वर्ष 2000 में "एनवाय (NY) रॉक" के साथ एक साक्षात्कार के दौरान कीनन का कहना था, "मुझे लगता है कि यहाँ अनेकों ऐसे उद्योग हैं जिन्हें नष्ट कर दिया जाना चाहिए. ऐसे लोग, जिन्हें एमपी3 द्वारा चोट पहुंचता है, उनमें बहुत सी कंपनियाँ या व्यवसाय नहीं हैं, बल्कि वे ऐसे कलाकार, लोग हैं जो गाने लिखने की कोशिश कर रहे हैं।"

एक महीने बाद, बैंड ने यह खुलासा किया कि नए एलबम को वास्तव में "लैटरालस" शीर्षक दिया गया था और यह कि "सिस्टेमा एनसिफेल" और वह ट्रैकलिस्ट एक फ़रेब था। "लैटरालस" और इससे संबंधित दौरों ने टूल को कलात्मक रॉक और प्रगतिशील रॉक की दुनिया की ओर एक कदम और आगे बढ़ा दिया. एलबम के बारे में "रॉलिंग स्टोन" ने संक्षेप में लिखा "ड्रम, बास और गिटार, हाइपरहॉल के झनझनाते हुए चक्र में घूमते हैं और मौत की सरगोशी के साथ कदमताल करते हुए आगे बढ़ते हैं।.. लम्बे समय तक चलनेवाले "लैटरालस के तेरह ट्रैकों में से अधिकांश गुमराह करते हैं; संपूर्ण एलबम सुइट जैसे उद्देश्य के लिए रोल और स्टॉम्प करता है।" "इसके उत्तर में ए.वी. क्लब के जोशुआ क्लेन " अपना विचार व्यक्त करते हैं कि" लैटरालस "अपनी 79 मिनट की लम्बाई और अपेक्षाकृत जटिल एवं लम्बे गानों के साथ—जो "पैराबोला" के लिए साढ़े दस मिनट के संगीत वीडियो में पहला स्थान रखता है—अपने प्रसंसकों और इस प्रकार की संगीत प्रोग्रामिंग के समक्ष एक चुनौती पेश करता है।' " 

एलबम को दुनिया भर में कामयाबी मिली, अपने शुरुआती हफ़्ते में ही यह यू.एस. "बिलबोर्ड" 200 एलबमों की सूची में #1 पर पहुँच गया। टूल ने अपना दूसरा ग्रेमी पुरस्कार "सिज़्म" शीर्षक गीत के लिए 2001 के सर्वश्रेष्ठ मेटल प्रदर्शन के रूप में प्राप्त किया। बैंड के स्वीकृति भाषण के दौरान, ड्रमर केरी ने कहा वे अपने माता-पिता को (उनके साथ रहने के लिए) और शैतान को धन्यवाद देना चाहेंगे और बासिस्ट चांसलर ने इस वाक्य को पूरा करते हुए कहा: "मैं अपनी माँ का साथ देने के लिए अपने पिता को धन्यवाद देना चाहता हूँ." 

पूरे 2001 और 2002 में व्यापक दौरों ने "लैटरालस" का साथ दिया और इसे बैंड की एक व्यक्तिगत विशेषता के रूप में शामिल कर दिया: अगस्त 2001 में किंग क्रिमसन के साथ 10-शो का एक संयुक्त संक्षिप्त दौरा. दोनों के बीच तुलना की गयी, एमटीवी (MTV) ने बैंड का उल्लेख "सिर्फ एक बार और प्रगतिशील रॉक के भविष्य के राजाओं" के रूप में किया। इस संक्षिप्त दौरे पर कीनन ने कहा: "मेरे लिए, किंग क्रिमसन के साथ मंच पर होना वैसा ही है जैसे लेनी क्रैवित्ज़, लेड ज़ेपेलिन के साथ काम कर रहे हैं या ब्रिटनी स्पीयर्स, डेबी गिबसन के साथ मंच पर है। 

हालांकि नवंबर 2002 में दौरे का अंत बैंड के लिए एक और सुशुप्तावस्था की शुरुआत प्रतीत हो रहा था, फिर भी वे पूरी तरह से निष्क्रिय नहीं हुए. जहाँ कीनन ए परफेक्ट सर्कल के साथ रिकॉर्ड का काम और दौरा करते रहे, बैंड के अन्य सदस्यों ने नयी सामग्री का एक साक्षात्कार और एक रिकॉर्डिंग रिलीज किया, दोनों ही फैन क्लब के लिए ख़ास थे। 1 अप्रैल 2005 को, टूल की आधिकारिक वेबसाइट ने यह घोषणा की "मेनार्ड ने यीशु को पा लिया है" और अब कुछ समय के लिए या संभवतः स्थायी रूप से टूल के नए एलबम की रिकॉर्डिंग करना छोड़ देंगे. एमटीवी के कर्ट लोडर ने इस बात की पुष्टि के लिए ई-मेल के जरिये कीनन से संपर्क किया और उन्हें एक उदासीन उत्तर मिला. जब लोडर ने दुबारा पूछा, तो कीनन की प्रतिक्रिया बस इतनी थी "हे हे." हालांकि, 7 अप्रैल को आधिकारिक वेबसाइट ने स्पष्ट किया, "अप्रैल फूल के प्रशंसको, अच्छी खबर है। लेखन और रिकॉर्डिंग वापस अपनी जगह आ गया है।"

"लैटरालस" के क्रम को जारी रखने के लिए लेखन और रिकॉर्डिंग का काम आगे बढाया गया; इसी बीच, "लैटरालस" विनाइल का एक संस्करण और दो एकल डीवीडी रिलीज किये गए और बैंड की आधिकारिक वेबसाइट को कलाकार जोशुआ डेविस द्वारा एक नया स्प्लैश इंट्रो प्राप्त हुआ। "लैटरालस" के "चार-चित्रोंवाले डबल विनाइल डिस्क" संस्करण को पहले एक सीमित ऑटोग्राफ युक्त संस्करण के रूप में रिलीज किया गया, जो विशेषकर फैन क्लब के सदस्यों के लिए उपलब्ध था और इसे 23 अगस्त 2005 को सार्वजनिक रूप से रिलीज किया गया। 20 दिसम्बर 2005 को, दो डीवीडी जारी किये गए, जिनमें से एक में एकल "सिज़्म" और दूसरे में पैराबोला, जो लस्टमॉर्ड का एक रीमिक्स था और संगीत वीडियो जिसमें क्रमशः डेविड योव और ज़ेलो बायाफ्रा की युगल-कमेंट्री शामिल थी।

प्रेरणाएं
"लैटरालस" (2001-2005)
दृश्य कला
ग्रेमी पुरस्कार और नामांकन