इस द्वीप में दुनिया का सबसे बड़ा अखंडित प्रवालद्वीप शामिल है। चौड़ाई में शुष्क किनारा करीब सौ मीटर से 2.4 किलोमीटर तक की हो सकता है। कोरल एटोल की विशिष्टता है कि, कम पानी वाले क्षेत्रों के आगे सागर के किनारे वाले भाग के रेत वाले हिस्सों में अधिक से अधिक ऊंचाई सिर्फ नौ मीटर (30 फुट) की है। यह किनारा लगभग लंबे और चौड़े लगून को घेरे हुए है। यह एटोल, लगून के चारो ओर सम्पूर्ण रेत वालों ज़मीन से घिरा हुआ हैं, जो इसके परिधि के 90 प्रतिशत को घेरे हुए है जिसकी शुरूआत उत्तर से होती है। मुख्य द्वीप करीब साठ द्वीपों में सबसे बड़ा है और जो छागोस द्वीपसमूह का निर्माण करती हैं। मुख्य द्वीप के अलावा, यहां लगून में तीन छोटे द्वीप हैं : "पश्चिम द्वीप" (3.4 ha/8.4 एकड़);6 "मध्य द्वीप" (6 ha/14.8 एकड़); और "पूर्वी द्वीप" (11.75 ha/29 एकड़). एक चौथे द्वीप को कुछ मानचित्रों में देखा जा सकता है, "एनीवर्सरी आइसलैंड" जो कि मध्य द्वीप के दक्षिणपश्चिम में एक किमी (1100 यार्ड्स) दूरी पर है, उपग्रह छवियों में एक रेत द्वीप के रूप में दिखाई देता है। मध्य द्वीप और एनीवर्सरी द्वीप दोनों "स्पर रीफ" कॉम्प्लेक्स का हिस्सा हैं।

प्रवालद्वीप का कुल क्षेत्र है। 80 फुट (25 मीटर) की गहराई के साथ लैगून क्षेत्र है। कुल भूमि क्षेत्र (परिधीय भित्तियों को छोड़कर) है। कोरल रीफ़ जो एटोल के समुद्र की ओर घिरा हुआ है वह आमतौर पर चौड़ी, समतल और अधिकांश स्थानों में औसत समुद्री स्तर से करीब उथली है और चौड़ाई में 300-650 फीट (100-200 मी) तक है। समुद्र की ओर बाहरी चट्टान में लगभग 13.61 वर्ग मील (35.2 km) का क्षेत्र शामिल है। रीफ़ शेल्फ के बाहरी किनारे पर, गहरे पानी में नीचे के ढलान बहुत ही गहरे हैं, कुछ जल स्थानों पर तट 0.6 मील (1 किमी) के भीतर 1500 फीट (457 मीटर) से भी अधिक हैं।

लगून में, प्रवाल के कई सिरे, आवागमन के लिए खतरों को प्रस्तुत करते हैं। समुद्र की ओर द्वीप को घेरे हुए उथले रीफ़ मैदान, सागर की तरफ कोई लंगरवानी प्रदान नहीं करते. 1971-पूर्व जहाज के बेसिन मोड़ के साथ, उत्तर की ओर लगून के आधे हिस्से में चैनल और स्थिरण क्षेत्र सीपियों का जाल होता है। दक्षिण की ओर लगून के आधे हिस्सों में महत्वपूर्ण नमकीन-जल आर्द्र प्रदेश मौजूद है जिसे बाराचोइस कहते हैं। वहां मुख्य लगून का लघु लगून उच्च ज्वार में समुद्री जल से भरा होता है और न्यून ज्वार पर शुष्क होता है। 1996 और 2006 में वैज्ञानिक अभियान, शेष छागोस द्वीपसमूह के साथ-साथ गार्सिया के लगून और आस-पास के पानी को "असाधारण अदूषित" और "अपरिवर्तित" के रूप में वर्णित करते है।

डिएगो गार्सिया में अक्सर भूकंप होता है जिसका मुख्य कारण द्वीप के पश्चिम में स्थित कार्ल्सबर्ग रिज के साथ-साथ विवर्तनिक प्लेट गतिविधि है। एक को 1812 में दर्ज किया गया था; 30 नवम्बर 1983 को 21:46 के स्थानीय समय पर एक रिक्टर स्केल पर 7.6 पैमाने पर भूकंप आया और जो 142 सेकेंड तक चला, जिसके परिणामस्वरूप एक लघु सुनामी का रूप ले लिया और लगून में इसकी तरंगों की ऊंचाई 1.5 मीटर (5 फुट) थी, 2 दिसम्बर 2002 में एक और भूकंप आया जो कि द्वीप पर सुबह 12:21 में रिकटर स्केल पर 4.6 पैमाने पर आया।

दिसम्बर 2004 में इंडोनेशिया के निकट उत्पन्न हुए सूनामी ने बार्टोन बिंदु (डिएगो गार्सिया के एटोल का पूर्वोत्तर बिंदु) पर तटरेखा-भूक्षरण किया। 

भूगोल
डिएगो गार्सिया पर अमेरिकी सैन्य अड्डे के प्रति भारतीय मनोवृत्ति
वन्य-जीवन
वैश्विक अवस्थिति प्रणाली