अर्नोल्ड श्वार्ज़नेगर के साथ "टोटल रिकॉल" में उसकी उपस्थिति या अभिनय ने स्टोन की कैरियर को एक झटका दिया. मूवी के रिलीज़ के साथ सामंजस्य स्थापित करने के उद्देश्य से उसने "प्लेबॉय" के लिए नग्न मुद्रा प्रस्तुत की जिसमें उसने मूवी के लिए विकसित किए गए मांसपेशियों का भी प्रदर्शन किया (वह वज़न उठाती थी और ताई क्वोन डू सीखती थी). 1999 में, उसे "प्लेबॉय" द्वारा सदी की 25 सबसे कामुक सितारों में श्रेणीत किया गया। 
जिस भूमिका ने उसे एक स्टार बना दिया, वह "बेसिक इंस्टिंक्ट" (1992) के कैथरीन ट्रामेल, एक प्रतिभाशाली और उभयलिंगी सीरियल किलर की भूमिका थी। स्टोन को प्रतीक्षा करनी पड़ी थी और वास्तव में ट्रामेल की भूमिका निभाने के प्रस्ताव को ठुकरा दिया था (इस भूमिका को 13 अन्य अभिनेत्रियों के समक्ष प्रस्तावित किया गया था और स्टोन को प्रस्तावित करने से पहले 150 औरतों पर विचार किया गया था). उस समय की कई सुप्रसिद्ध अभिनेत्रियों, जैसे गीना डेविस, मिशेल फीफर, मेग रयान, मेलानी ग्रिफीथ, केली लिंच, जेनीफर जेसन लीघ और जूलिया रॉबर्ट्स द्वारा इस भूमिका को ठुकराने की सबसे बड़ी वजह यही थी कि इसमें नग्नता का प्रदर्शन आवश्यक था। इस मूवी के सबसे कुख्यात दृश्य में, ट्रामेल से पुलिस द्वारा पूछताछ की जा रही है और वह अपने पैरों को इस प्रकार समेटती और फैलाती है जिससे यह पता चल सके कि उसने कोई अंडरवियर नहीं पहना है। स्टोन के अनुसार, फिल्म की स्क्रीनिंग के दौरान लेग-क्रॉसिंग दृश्य में अपनी खुद की योनिमुख को देखकर, उसने प्रोजेक्शन बूथ (प्रक्षेपण कुटी) में जाकर निर्देशक पॉल वर्होएवन को थप्पड़ मार दिया. 

स्टोन का दावा था कि यद्यपि वह बिना जांघिया के फ्लैशिंग दृश्य फिल्माने से सहमत थी और यद्यपि उसने और वर्होएवन ने निर्माण के आरंभ में ही इस दृश्य पर विचार-विमर्श किया था लेकिन वह इस बात से अनजान थी कि यह कुप्रसिद्ध दृश्य इतना स्पष्ट होगा. उसने कहा, "मुझे मालूम था कि हमलोग यह लेग-क्रॉसिंग दृश्य करने जा रहे थे और मुझे यह भी मालूम था कि हमलोग इस अवधारणा का संकेत देने जा रहे थे कि मैं नंगी थी लेकिन मुझे नहीं लगता था कि आपलोग दृश्य में मेरी योनि देखेंगे. बाद में जब मैंने इस दृश्य को स्क्रीनिंग के दौरान देखा तो मैं चौंक गई। मुझे लगता है कि अजनबियों से भरे एक कक्ष में यह सब देखना इतना अपमानजनक और चौंकाने वाला था कि मैंने बूथ में जाकर उसे थप्पड़ मारा और वहां से चली गई।" 

इसके बावजूद, एक प्रारंभिक साक्षात्कार में उसका दावा था कि अजनबियों के साथ पहली बार इस फिल्म को देखने में "बड़ा मजा आया था". वर्होएवन ने इस चालबाजी के सभी दावों का खंडन किया है और उसका कहना है कि "मैं जितना उससे स्नेह करता हूं, उतना ही उससे नफरत भी करता हूं, खासकर के उस झूठ के बाद, जो झूठ उसने अपने पैरों के बीच से लिए गए शॉट के बारे में प्रेस को बताया था जो कि एक सफ़ेद झूठ था". बाद में इस अभिनेत्री का दोस्त बनने वाले कथानक-लेखक जो एस्ज़टरहस का भी यही दावा था कि वह उसके संस्मरण, "हॉलीवुड ऐनिमल" में अंतर्निहित नग्नता के इस स्तर से पूरी तरह वाकिफ थी।

इस फिल्म के बाद, "पीपुल" द्वारा उसे विश्व की 50 सबसे खूबसूरत लोगों में से एक के रूप में सूचीबद्ध किया गया। 

1992 में, फोटोग्राफर (छायाकार) जॉर्ज हरेल ने स्टोन, शेरिलीन फेन, जुलियन सैंड्स, रक़ेल वेल्च, एरिक रॉबर्ट्स और शॉन पेन की कई तस्वीरें खींची. इन चित्रों में उसने 1930 के दशक की अपनी शैली का पुनर्निर्माण किया जिसमें कलाकारों को उस समय की वेशभूषा, केश-विन्यास और श्रृंगार से सुसज्जित दिखाया गया था।

नवंबर 1995 में, 6925 हॉलीवुड बूलवार्ड स्थित हॉलीवुड वॉक ऑफ़ फेम में स्टोन को एक स्टार प्राप्त हुआ। उसी वर्ष, "एम्पायर" ने उसे फिल्म के इतिहास के 100 सबसे कामुक सितारों में से एक के रूप में चुना. अक्टूबर 1997 में, "एम्पायर" द्वारा उसे सर्वकालीन शीर्ष 100 मूवी स्टारों में श्रेणीत किया गया। 

1995 में, मार्टिन स्कोर्सेसे के "कैसिनो" में रॉबर्ट डि नीरो के विपरीत "जिंजर" की भूमिका के लिए उसे नाटकीय मोशन पिक्चर के सर्वश्रेष्ठ अभिनेत्री का गोल्डेन ग्लोब अवार्ड प्राप्त हुआ। उसने इस भूमिका में सर्वश्रेष्ठ अभिनेत्री के लिए अकेडमी अवार्ड का एक नामांकन भी अर्जित किया।

सन् 2001 में, स्टोन को जर्मन फिल्म निर्देशक लेनी रिएफ़ेन्स्ताह्ल के एक बायोपिक में शामिल कर लिया गया। भावी निर्देशक पॉल वर्होएवन और खुद रिएफ़ेन्स्ताह्ल ने फिल्म में रिएफ़ेन्स्ताह्ल की भूमिका निभाने के लिए स्टोन की तरफ़दारी की. वर्होएवन के अनुसार, उसने स्टोन के साथ इस परियोजना पर विचार-विमर्श किया और वह बहुत इच्छुक थी। इसके बाद, वर्होएवन ने इस परियोजना को छोड़ दिया क्योंकि वह निर्माताओं की क्षमता से अधिक महंगे कथानक-लेखक को किराए पर रखना चाहता था।

2001 के अंतिम समय में सबारैक्नॉइड हेमरेज (उप-जालतानिका रक्तप्रवाह) से ग्रस्त होने के कारण स्टोन को अस्पताल में भर्ती किया गया जिसकी पहचान अति सामान्य विकृत ऐन्युरिज़म (धमनीविस्फार) की अपेक्षा एक वर्टिब्रल आर्टरी डिसेक्शन (कशेरुका धमनी विच्छेदन) के रूप में की गई और इसका इलाज़ एक एंडोवैस्क्युलर कॉएल एम्बोलाइज़ेशन (अंतःसंवहनी कुंडली रक्त-स्रोत-रोधन) की सहायता से किया गया।

स्टोन ने 2001 की HBO मूवी, "इफ दीज़ वॉल्स कुड टॉक 2" में अभिनेत्री एलेन डेजेनर्स के विपरीत भूमिका में अभिनय किया जिसमें उसने परिवार बसाने की कोशिश कर रही एक लेस्बियन (समलिंगकामुक स्त्री) की भूमिका निभाई थी। 2003 में, उसने "द प्रैक्टिस" के आठवें सीज़न के तीन एपिसोडों में अभिनय किया। उसके प्रदर्शन के लिए, उसे ड्रामा श्रृंखला में उत्कृष्ट अतिथि अभिनेत्री का एक एमी अवार्ड प्राप्त हुआ।

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व्यक्तिगत जीवन
1980-1990
1990-2004