पाकिस्तान में मुसलमानों ने खुद को एकमात्र "मुस्लिम" मातृभूमि में पाया। दशकों से पहले के विभाजन में नए मुस्लिम राजनीति का चरित्र अनिश्चित था। विभाजन के समय पाकिस्तान के नए नागरिक अप्रस्तुत थे। पाकिस्तान ने केंद्रीय संस्थानों को विरासत में नहीं दिया जैसा कि भारत ने किया। विरासत में मिली देश की सबसे मजबूत संस्था सैन्य थी, इस तथ्य के कारण कि अंग्रेजों ने उत्तर पश्चिमी मुस्लिम आबादी से महत्वपूर्ण रूप से भर्ती किया था। सेना ने आजादी के बाद की अवधि के लिए पाकिस्तान पर शासन किया। राज्य का वैचारिक चरित्र विवादित हो गया है, जिन्ना के ११ अगस्त के भाषण से स्पष्ट रूप से इस धारणा का समर्थन होता है कि राज्य का गठन मुस्लिम हितों की रक्षा के लिए किया गया था और उलमा पाकिस्तान को एक इस्लामिक राज्य के रूप में लागू कर रहे थे। इस्लामवादी विचारक अबुल ए मौदूद पाकिस्तान में प्रभावशाली रहा है और देश के उलमा ने तेजी से अपने विचारों को साझा किया। 

लाखों अफगान शरणार्थियों और अंतर्राष्ट्रीय संसाधनों को डाला गया। सैन्य शासकों, जनरल ज़िया उल हक के शासन को मजबूत किया गया क्योंकि उन्होंने इस्लामी कानूनों को पेश किया था। ज़िया के इस्लामीकरण को उसकी देवबंदी शालीनता, दूसरों को उसके राजनीतिक हितों के लिए जिम्मेदार ठहराना। जमात ए इस्लामी ने ज़िया उल हक के तहत राजनीतिक लाभ प्राप्त किया। सैन्य और संयुक्त राज्य अमेरिका दोनों ने जिहादी इस्लाम के समर्थन को उपयोगी माना। ज़िया की नीतियों और जिहाद को बढ़ावा देने के अप्रत्याशित परिणामों में सोवियत वापसी के बाद अफगानिस्तान में संप्रदायवाद और गृह युद्ध की वृद्धि शामिल थी, जिसे ज्यादातर १९९० के मध्य तक तालिबान द्वारा नियंत्रित किया गया था। 9/11 के बाद अमेरिका ने अफगानिस्तान में तालिबान की शक्ति को पाकिस्तान के अनिच्छुक समर्थन से नष्ट कर दिया। देश उस समय सैन्य शासक जनरल परवेज मुशर्रफ के नेतृत्व में था, जिन्होंने ज़िया के इस्लामिक कानून के प्रचार को साझा नहीं किया था, लेकिन जब वह सत्ता में थे, तो उनकी अमेरिका समर्थक नीतियों के विरोध में धार्मिक दलों का समर्थन बढ़ गया था। 2008 में चुनावों ने मुशर्रफ या धार्मिक दलों के बजाय प्रमुख राजनीतिक दलों को वापस ला दिया।

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