पी एन हक्सर को नाइजीरिया और ऑस्ट्रिया में भारतीय राजदूत के रूप में भेजा गया। 1960 के दशक में उन्हें लंदन में उप उच्चायुक्त भी बनाया गया। बीस वर्षों की राजनयिक सेवा के बाद उन्हें भारत की प्रधानमंत्री इन्दिरा गांधी के सचिव के पद पर नियुक्ति मिली। 1967 में वे एल के झा के स्थान पर प्रधानमंत्री इन्दिरा गांधी के प्रधान सचिव के पद पर नियुक्त हुए। उन्होंने बंगलोर में कांग्रेस कार्यसमिति की बैठक में 'पथभ्रष्ट विचार ज्ञापन' (Stray Thoughts Memorandum) लिखा जिसके परिणामस्वरूप मोरारजी देसाई के समान ही उन्हें भी कांग्रेस से बाहर का रास्ता दिखा दिया गया। इन्दिरा गांधी के प्रधान सचिव के पद से हटने से पहले तक घरेलू और विदेशी नीतियों के निर्माण पर हक्सर ने महत्वपूर्ण प्रभावी प्रयोग किया। प्रधान सचिव के रूप में पी एन हक्सर ने बांग्लादेशी स्वतंत्रता संग्राम को दिये गये समय और समर्थन का स्तर के लिए इंदिरा गांधी के फैसले को विशिष्ट रोप दिया।

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