"स्टॉर्म फ्रंट" (Storm Front) एलबम की रिलीज के समय ही साथ-साथ संयोगवश जोएल के कैरियर में भारी परिवर्तन हुए और उनके व्यापारिक मामलों में गंभीर उलट-पलट की अवधि की शुरुआत हुई। अगस्त 1989 में, एलबम के जारी होने के ठीक पहले, एक लेखा परीक्षण में वेबर के हिसाब-किताब में बड़ी गड़बड़ी पाने के बाद जोएल ने अपने प्रबंधक (और पूर्व साले) फ्रैंक वेबर को काम से निकाल दिया। बाद में जोएल ने वेबर पर 90 मिलियन अमेरिकी डॉलर का दावा ठोंक दिया, उस पर धोखाधड़ी और विश्वास संबंधी कर्तव्य का उल्लंघन करने का आरोप लगाया और जनवरी 1990 को वेबर के खिलाफ एक आंशिक फैसले में उन्हें 2 मिलियन अमेरिकी डॉलर देने का आदेश दिया गया; अप्रैल में, वेबर द्वारा दायर 30 मिलियन डॉलर के एक प्रति-मुकदमे को अदालत ने खारिज कर दिया। .

"वी डीन्ट स्टार्ट द फायर" (We Didn't Start the Fire) एलबम के लिए पहला एकल सितंबर 1989 को जारी किया गया और यह जोएल का तीसरा और हाल का US #1 हिट बन गया, दो सप्ताह तक शीर्ष पर बना रहा; 1980 के दशक का यह बिलबोर्ड का अंतिम-दूसरा #1 एकल भी था। "स्टॉर्म फ्रंट" अक्टूबर में जारी किया गया और अंततः यह "ग्लास हाउसेस" (Glass Houses) के बाद जोएल का #1 एलबम बन गया, नौ साल बाद. "टर्नस्टिल्स" के बाद से "स्टॉर्म फ्रंट" ऐसा पहला एलबम था जो निर्माता फिल रामोन के बिना ही रिकॉर्ड किया गया। इस एलबम के लिए, वे एक नयी ध्वनि चाहते थे और फोरेनर ख्याति के मिक जोन्स के साथ उन्होंने काम किया। जोएल ने अपने बैंड का पुनर्निर्माण किया, सबको निकाल दिया, सिवाय ड्रमर लिबर्टी डेवीटो, गिटारवादक डेविड ब्राउन और सैक्सोफोन बजाने वाले मार्क रिवेरा को छोड़ कर. उन्होंने नए चेहरे लाये, जिनमें प्रतिभावान बहु-यंत्रवादक क्रिस्टल टालिएफेरो भी शामिल हैं। "स्टॉर्म फ्रंट का दूसरा एकल, "आई गो टू एक्सट्रीम्स" (I Go to Extremes) ने 1990 के आरंभ इसे #6 पर पहुंचाया. " यह एलबम इसके गीत "लेनिनग्राड" के कारण भी उल्लेखनीय बना, जिसे 1987 के अपने दौरे के दौरान इसी नाम के सोवियत शहर में एक जोकर से मुलाक़ात के बाद उन्होंने लिखा था; और इसका गीत "द डाउनईस्टर अलेक्सा" (The Downeaster Alexa) लौंग आइलैंड के उन मछुआरों की दुर्दशा को रेखांकित करता है, जिनकी रोजी-रोटी मुश्किल से चलती है। " इस एलबम का एक और विख्यात एकल गाथागीत है "एंड सो इट गोज" (And So It Goes) (1990 के अंत में #37). " "यह गीत मूल रूप से 1983 में लिखा गया था, लगभग उस समय के आसपास जब जोएल ऐन इनोसेंट मैन के लिए गीत लिख रहे थे; "लेकिन "एण्ड सो इट गोज" (And So It Goes) एलबम के रेट्रो विषय में फिट नहीं हो पाया, सो इसे स्टॉर्म फ्रंट तक" सहेज कर रख छोड़ा गया। "

1992 की गर्मियों में जोएल ने अपने पूर्व वकील एलेन ग्रबमैन के खिलाफ 90 मिलियन डॉलर का एक अन्य मुकदमा दायर किया, उन पर धोखाधड़ी सहित विश्वास संबंधी जिम्मेदारी के उल्लंघन, दुराचार और अनुबंध का उल्लंघन करने के आरोप लगाए गए, लेकिन किसी अज्ञात राशि के लिए मुकदमा अदालत के बाहर ही निपटा लिया गया।

जोएल ने 1993 के शुरूआत में "रिवर ऑफ ड्रीम्स" पर काम करना शुरू किया। इसका कवर क्रिस्टी ब्रिंकले द्वारा की गयी रंग-बिरंगी चित्रकारी थी, जो कि एलबम के हरेक गानों के दृश्यों की एक श्रृंखला थी। अब तक की तारीख का जोएल का लिखा पहला विशिष्ट एकल टॉप 10 तक आखिरी था, "बिलबोर्ड" हॉट 100 में # 3 पर पहुंचा और "बिलबोर्ड में 1993 के अंत में हॉट 100 के चार्ट " में # 21 का दर्जा मिला.शीर्षक गाने के अलावा, एलबम में "ऑल अवाउट सोल" (All About Soul) (पृष्ठभूमि से कलर मी बैड के गायन से) और "लुल्ला बाय (Lullabye) (गुडनाइट, माई एंजेल)" भी शामिल था, इसे अपनी बेटी अलेक्सा के लिए लिखा था। " "ऑल अबाउट सोल" (All About Soul) का रेडियो रीमिक्स संस्करण पाया जा सकता है " द एसेंसियल बिली जोएल (The Essential Billy Joel) "(2001) में और इसका एक डेमो संस्करण आया माई लाइव्स "(2005)" में." गाना "द ग्रेट वॉल ऑफ चायना" (The Great Wall of China) अपने पूर्व प्रबंधक फ्रैंक वेबर के बारे में लिखा गया था और वे 2006 में जोएल के दौरना के नियमित रूप से जुड़े लोगों की सूची में थे। " 31 दिसम्बर 1999 को मैडिसन स्क्वायर गार्डेन में सहसस्राब्दी संगीत कार्यक्रम में "2000 इयर" छाया रहा और एक दशक से भी ज्यादा समय में "फेमस लास्ट वर्ड्स" (Famous Last Words) से जोएल के पॉप लेखन का पटाक्षेप हुआ।" 

"स्टॉर्म फ्रंट " और "रिवर ऑफ़ ड्रीम"
प्रारंभिक कैरियर
"द स्ट्रेंजर " और "52nd स्ट्रीट" (The Stranger और 52nd Street)
निजी जीवन