1939 में हिमलर ने ऑपरेशन हिमलर की योजना बनायी, विवादास्पद रूप से यूरोप में यह द्वितीय विश्वयुद्ध का पहला ऑपरेशन था।

1941 में सोवियत संघ पर आक्रमण के पहले (ऑपरेशन बरबारोस्सा) (Barbarossa) हिमलर ने अपने एसएस को "जुदेओ-बोल्शेववाद" (Judeo-Bolshevism) की ताकतों के खिलाफ संहार युद्ध के लिए तैयार किया था। नाज़ी जर्मनी और मध्य युग की तुलना करके हिमलर हरदम खुश हुआ करते थे, वे आक्रमण की तुलना धर्मयुद्ध से किया करते. वे पूरे यूरोप से स्वयंसेवक जमा किया करते थे, खासकर ऐसे नोर्डिक लोगों को जो नस्लीय रूप से जर्मनों के निकटतम माने जाते, जैसे कि डेंस, नोर्वेयाई, स्वीडिस और डच. आक्रमण के बाद, यूक्रेनियाई, लात्वियाई, लिथुनियाई और एस्टोनियाई स्वयंसेवकों की भी बहाली हुई, "नास्तिक बोल्शेविक गिरोह" से पुराने यूरोप के परंपरागत मूल्यों की रक्षा के लिए एक अखिल यूरोपीय धर्मयुद्ध की घोषणा करके गैर-जर्मन स्वयंसेवकों को आकर्षित किया जाने लगा। हजारों स्वेच्छा से भर्ती हुए और उससे भी कहीं ज्यादा लोग जबरिया भर्ती किये गये।

बाल्टिक राज्यों के मूल निवासी लाल फ़ौज के खिलाफ काम करने के लिए तैयार थे, क्योंकि सोवियत संघ द्वारा कब्जा किये जाने के बाद उत्पीड़न से उनमें नफरत पैदा हो गयी थी। इन लोगों को जबरन वाफ्फेन-एसएस में भर्ती किया गया था, इन्हें सोवियत सेना के खिलाफ लगा दिया गया, तब ये ख़ुशी के साथ इस काम में जुट गये। पश्चिमी और नोर्डिक यूरोप में वाफ्फेन-एसएस को भर्ती के लिए बहुत कम लोग मिले, लेकिन कई वाफ्फेन-एसएस सेना इकाई की स्थापना की गयी, जैसे कि लियोन डेग्रेले के नेतृत्व का वल्लोनियन सैन्य दल, जिन्हें युद्ध के बाद नाज़ी क्षेत्र के फिर से प्राप्त बुरगुंडी का चांसलर बनाने की हिमलर की योजना थी।

1942 में, हिमलर के दाहिने हाथ रेइनहार्ड हेड्रिक की प्राग के करीब एक हमले के बाद चेक विशेष सेना के हाथों मारे गये, चेक सेना को ब्रिटिश ख़ुफ़िया विभाग तथा चेकोस्लोवाक विद्रोहियों से सहायता मिल रही थी। हिमलर ने तुरंत प्रतिशोध लिया, लिडिसे गांव की महिलाओं और बच्चों सहित पूरी आबादी की ह्त्या कर दी।

एसएस कैरियर का सार
द्वितीय विश्वयुद्ध
कमांडर-इन-चीफ
जालसाजी, झूठ और षड्यंत्र की परिकल्पना