लिट्टे सिंहली और मुस्लिम निवासियों को अपने नियंत्रण के अधीन क्षेत्रों में से जबरन या "साम्प्रदायिक" रूप से सफाई करने के लिए जिम्मेदार है, और जो जाने से मना करते हैं उनके विरुद्ध हिंसा का उपयोग करते हैं। ये निष्कासन उत्तर में 1990 में और पूर्व में 1992 में हुआ। तमिल स्रोत खुलेआम कहते हैं कि :
विडंबना यह है कि बहरहाल, मुस्लिम और उत्तरी श्रीलंका में स्थित तमिल समुदाय ने एक साथ तमिल आंदोलन के शुरुआती दिनों में और मन्नार में मुस्लिम ironmongers ने लिट्टे के लिए बढिया हथियार प्रदान किये और स्थानीय तमिल नेताओं को मुसलामानों के निष्कासन तक लिट्टे को सहायता प्रदान की. हालांकि, तमिल बुद्धिजीवीयों ने मुसलामानों को अपने राष्ट्र के एक भाग के रूप में न देख उन्हें अपना विरोधी मानने लगे जैसे की पहले बताया गया है। लिट्टे ने अपना मुस्लिम विरोधी अभियान चलाना शुरू किया। 
1985 के शुरू में लिट्टे ने जबरन श्रीलंका के उत्तर में स्थित मुसलमानों के 35,000 एकड़ उपजाऊ भूमि पर कब्जा कर लिया।
यद्यपि श्रीलंका के उत्तर और पूर्व में 1985 से मुस्लिम विरोधी तबाहियां होती रहीं, लिट्टे ने 1989 में उत्तर से मुसलमानों को निकालने के लिए एक अभियान चलाया। 15 अक्टूबर 1989 को चावाकचेरी के मुसलामानों को पहला निष्कासन नोटिस दिया गया, जब एलटीटीई ने स्थानीय मस्जिद में प्रवेश किया और मुसलमानों को कुछ हफ्ते पहले धमकी दी. उसके बाद, बेदखल मुसलमानों के घरों पर धावा बोला गया और उनको लूट लिए गए। 28 अक्टूबर 1989 को, उत्तर श्रीलंका के मन्नार के मुसलामानों से कहा गया कि 
"मन्नार द्वीप में रहने वाले सभी मुसलामानों को 28 अक्टूबर तक छोड़ देना चाहिए. जाने से पहले, उन्हें एलटीटीई कार्यालय में अनुमति और मंजूरी लेनी होगी. लिट्टे उनके निकास मार्ग को तय करेगा.
स्थानीय तमिल कैथोलिक जो श्रीलंकाई सैन्य द्वारा संपत्ति लूटने की प्रत्याशा में मुसलामानों की संपत्ति की देखरेख कर रहे थे, की विनती पर समय सीमा को चार दिनों के लिए बढ़ा दिया गया, हालांकि बाद में कैथोलिक और मुस्लिम खुद लिट्टे द्वारा लुटे गए। 28 को जबकि मुसलमान जाने की तैयारी कर रहे थे, लिट्टे ने हिंदुओं को मुस्लिम गाँवों में आने से और उनके साथ काम करने से वर्जित कर दिया. बाद में जब मुसलमान मुस्लिम मछुआरों की नावों पर सामान बाँध कर दक्षिण की ओर जाने लगे तब 3 नवम्बर को, फिर से क्षेत्र खोल दिए गए।
जातियों का शोधन जब शांत हो गया तब लिट्टे ने 3 अगस्त 1990 को कत्तान्कादी में मीरा जुम्मा हुस्सैनिया, नाम के शिया मस्जिद को सील कर दिया. बाद में उन्होंने मस्जिद की खिड़कियों से गोला बारी शुरू कर दी. इसमें शुक्रवार की पूजा करने के लिए आये 300 भक्तों में से 147 भक्त मारे गए। पन्द्रह दिन बाद, लिट्टे बंदूकधारियों ने एरावुर शहर में 122 से 173 के बीच मुस्लिम नागरिकों को मार डाला.
जातियों का शोधन कार्य 30 अक्टूबर 1990 को समाप्त हुआ जब लिट्टे ने जबरन जाफना के समस्त मुस्लिम जनसंख्या को निष्कासित कर दिया. पूर्व दिशा से लिट्टे के कमांडरों ने 7:30 को यह घोषणा की कि जाफना के सभी मुसलमानों को उस्मानिया स्टेडियम में एकत्रित होना है जहाँ लिट्टे के दो नेता, करिकलाना और अन्जनेयर उनको संबोधित करेंगे. के नेताओं को कथित तौर पर सुनने के बाद बदनाम मुसलमान जिन्होनें पूर्व दिशा के तमिलों पर आक्रमण किया था, नेताओं ने समुदाय को समझाया कि दो घंटे के अन्दर उनको शहर छोड़ कर जाना है।समुदाय को 10 बजे स्टेडियम से जारी किया गया और दोपहर तक उनको जाफना पहुंचना था। उनको केवल 500 रुपये, ले जाने की अनुमति दी गई, उनकी बाकी संपत्ति को लिट्टे द्वारा जब्त कर लिया गया। उनको जाफना जाने से पहले लिट्टे द्वारा बनाए गए चेक्क्पोइन्त्स पर रिपोर्ट करना था।
लिट्टे द्वारा नियंत्रित उत्तरी प्रांत में कुल मिलाकर, 12,700 से भी अधिक मुस्लिम परिवारों, लगभग 75,000 लोगों को जबरन लिट्टे से निकाला गया।
1992 में, लिट्टे ने एक अभियान चलाया जिस में एक सन्निहित तमिल हिंदू ईसाई मातृभूमि को बनाना था जो उत्तरी श्रीलंका से होती हुई पूर्वी तट की ओर जाती. एक बड़ी तमिल मुस्लिम आबादी इन दो कंपनियों के बीच की भूमि पर एक संकरी पट्टी की तरह बस गए थे, इसलिए जातियों के शोधन के रूप में जिस तरह उत्तर मैं हुआ था वैसे ही पूर्वी श्रीलंका में उभरा में भी उभरने लगा."एलटीटीई ने अलिंचिपोथाने पर हमला बोला और मुसलमानों के खिलाफ हिंसा कर 69 मुस्लिम ग्रामीणों को मार डाला. मुठुगाला में हुए तमिलों के खिलाफ हिंसा ने प्रतिकार का रूप धारण कर लिया, इसमें 49 तमिल कथित रूप से मुस्लिम होम गार्ड द्वारा मारे गए। उसी वर्ष में बाद में, लिट्टे ने चार गावों (पल्लियागोदाल्ला, अकबर्पुरम, अह्मेद्पुरम और पंगुराना) पर हमला किया और 187 मुसलमानों को मार डाला. "दी ऑस्ट्रेलियन मुस्लिम टाइम्स" ने बाद में 30 अक्टूबर 1992 को टिप्पणी की: "यह हत्याकांड, बेदखली और तमिल टाइगर्स द्वारा किये गए अत्याचार पूर्वी प्रांत में अपने परंपरागत देश से मुस्लिम समुदाय को बाहर निकाल देना था जैसा कि उन्होंने उत्तरी प्रांत में किया था और तमिलों के लिए एक अलग राज्य की स्थापना करना था।
2002 में एलटीटीई नेता वेल्लुपिल्लई प्रभाकरण ने औपचारिक रूप से उत्तर से मुसलमानों के निष्कासन के लिए माफी मांगी और उनको वापस आने को कहा.कुछ परिवार वापस आ गए और फिर से ओस्मानिया कालेज खोला और अब दो मस्जिद कार्य कर रहे हैं। [407] जब से उन्होनें माफी माँगी तमिलनेट जो लिट्टे का मुखपत्र कहलाता है ने मुस्लिम नागरिकों की अनेक कहानियां बताई जब वे सिंहली बालों द्वारा हमला किये गए। हालाँकि, कथाएँ अपराध को प्रतिबिंबित करती हैं न कि जातीय घृणा जैसे कि तमिलनेट में बताया गया है।
लिट्टे पर यह आरोप भी है कि उसने पूर्वोत्तर क्षेत्र की शुष्क भूमि में रहने वाले सिहंली ग्रामीणों के हत्याकांड का आयोजन भी किया। [411]

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