खोजी गई सबसे पुरानी बांसुरी गुफा में रहने वाले एक तरुण भालू की जाँघ की हड्डी का एक टुकड़ा हो सकती है, जिसमें दो से चार छेद हो सकते हैं, यह स्लोवेनिया के डिव्जे बेब में पाई गई है और करीब 43,000 साल पुरानी है। हालांकि, इस तथ्य की प्रामाणिकता अक्सर विवादित रहती है। 2008 में जर्मनी के उल्म के पास होहल फेल्स गुहा में एक और कम से कम 35,000 साल पुरानी बांसुरी पाई गई। इस पाँच छेद वाली बांसुरी में एक वी-आकार का मुखपत्र है और यह एक गिद्ध के पंख की हड्डी से बनी है। खोज में शामिल शोधकर्ताओं ने अपने निष्कर्षों को अगस्त 2009 में "नेचर" नामक जर्नल में आधिकारिक तौर पर प्रकाशित किया। यह खोज इतिहास में किसी भी वाद्य यंत्र की सबसे पुरानी मान्य खोज भी है। बांसुरी, पाए गए कई यंत्रों में से एक है, यह होहल फेल्स के शुक्र के सामने और प्राचीनतम ज्ञात मानव नक्काशी से थोड़ी सी दूरी पर होहल फेल्स की गुफा में पाई गई थी। खोज की घोषणा पर, वैज्ञानिकों ने सुझाव दिया कि "जब आधुनिक मानव ने यूरोप को उपिनवेशित शत किया था, खोज उस समय की एक सुतस्थापित संगीत परंपरा की उपस्थिति को प्रदर्शित करती है". वैज्ञानिकों ने यह सुझाव भी दिया है कि, बांसुरी की खोज निएंदरथेल्स और प्रारंभिक आधुनिक मानव "के बीच संभवतः व्यवहारिक और सृजनात्मक खाड़ी" को समझाने में सहायता भी कर सकती है।

मेमथ के दांत से निर्मित, 18.7 सेमी लम्बी, तीन छिद्रों वाली बांसुरी (दक्षिणी जर्मन स्वाबियन अल्ब में उल्म के निकट स्थिति Geißenklösterle गुफा से प्राप्त हुई है और इसकी तिथि 30000 से 37,000 वर्ष पूर्व निश्चित की गयी है) 2004 में खोजी गयी थी और दो अन्य हंस हड्डियों से निर्मित बांसुरियां जो एक दशक पहले खुदाई में प्राप्त हुई थी (जर्मनी की इसी गुफा से, जिनकी तिथि लगभग 36,000 साल पूर्व प्राप्त होती है) प्राचीनतम ज्ञात वाद्ययंत्रों में से हैं। 

पांच से आठ छिद्रों वाली नौ हज़ार वर्ष पुरानी गुडी (शाबि्दक अर्थ "हड्डी" बांसुरी), जिनकी निर्माण लाल कलगी वाले क्रेन के पंख की हड्डियों से किया गया है, को मध्य चीन के एक प्रान्त हेन्नन मँ स्थित जिअहु के एक मकबरे से खनित किया गया है।
प्राचीनतम प्रचलित आड़ी बांसुरी चीन के हुबेई प्रांत के सुइज़्हौ स्थल पर जेंग के मारकिस यी की कब्र में पाई गई एक "ची" (篪) बांसुरी है। यह 433 ई.पू. उत्तर झाऊ वंश से संबंधित है। यह रोगन किए हुए बांस से बनी हुई बंद छोरों वाली होती है तथा इसके पांच छिद्र शीर्ष की ओर न होकर दूसरे छोर पर होते हैं। परम्परा के अनुसार, कन्फ्युशियस के द्वारा संकलित एवं संपादित शी जिंग में ची बांसुरी का वर्णन है।

बाइबिल की जेनेसिस 4:21 में जुबल को, "उन सभी का पिता जो "उगब" और "किन्नौर" बजाते हैं", बताया गया है। पूर्ववर्ती हिब्रू शब्द कुछ वायु वाद्य यंत्रों या सामान्यतः वायु यंत्रों को संदर्भित करता है, उत्तरवर्ती एक तारदार वाद्य यंत्र या सामान्यतः तारदार वाद्ययंत्र को संदर्भित करता है। अतएव, जूडियो ईसाई परंपरा में जुबल को बांसुरी (इस बाईबिल पैराग्राफ के कुछ अनुवादों में प्रयुक्त शब्द) का आविष्कारक माना जाता है। पहले के कुछ बांसुरी टिबियास(घुटने के नीचे की हड्डी) से बने हुए थे। भारतीय संस्कृति एवं पुराणों में भी बांसुरी हमेशा से आवश्यक अंग रहा है, एवं कुछ वृतातों द्वारा क्रॉस बांसुरी का उद्भव भारत में ही माना जाता है क्योंकि 1500 ई.पू. के भारतीय साहित्य में क्रॉस बांसुरी का विस्तार से विवरण है।

इतिहास
चीनी बांसुरी
सिरिंग
जापानी बांसुरी