सोवियत संघ और कैनेडी की कैबिनेट के बीच काफी विचार-विमर्श के बाद, कैनेडी गुप्त रूप से दक्षिणी इटली और तुर्की में सभी मिसाइलों को हटा लेने पर सहमत हुए, बाद में सोवियत संघ की सीमा पर से भी, बदले में ख्रुश्चेव ने क्यूबा से सभी मिसाइलें हटा लीं।

20 अक्टूबर सोमवार के दिन सुबह 9:00 ईडीटी (EDT) बजे मॉस्को रेडियो पर ख्रुश्चेव का नया संदेश प्रसारित किया गया। ख्रुश्चेव ने कहा कि, "सोवियत सरकार ने, हर्थियारों निर्माण स्थलों पर काम बंद करने के पहले के जारी निर्देश के अलावा, जिसे आप 'आक्रामक' बताते हैं, उन हथियारों को नष्ट करने और उन्हें पेटीबंद करके सोवियत संघ वापस लाने का एक नया आदेश भी जारी किया है।

कैनेडी ने तुरंत बयान जारी करते हुए इसे "शांति के लिए एक महत्वपूर्ण और रचनात्मक कदम" बताया। एक औपचारिक पत्र में उन्होंने आगे कहा: "सत्ताइस अक्टूबर को आपको लिखे गए मेरे पत्र और आज आपके जवाब को मैं हमारी दोनों सरकारों का दृढ़ उपक्रम मानता हूं, जिसे मुस्तैदी के साथ जारी रखा जाना चाहिए... क्यूबा के सन्दर्भ में सुरक्षा परिषद के ढांचे के तहत यू॰एस॰ (U.S.) एक बयान देगा, जो इस तरह है: यह घोषणा की जाएगी कि संयुक्त राज्य अमेरिका क्यूबा की सीमाओं की अनुल्लंघनीयता, इसकी संप्रभुता का सम्मान करेगा, आंतरिक मामले में दखल नहीं देगा, अतिक्रमण नहीं करने और क्यूबा पर हमला करने के लिए एक मोर्चे के रूप में अपनी भूमि के इस्तेमाल करने की अनुमति नहीं देने की शपथ लेगा और यू.एस (U.S.) की जमीन पर से या क्यूबा के पड़ोसी देश की जमीन से क्यूबा पर आक्रमण करने की योजना बनाने वालों को रोकेगा."

यू॰एस॰ (U.S) ने संगरोध जारी रखा और अगले दिनों में, हवाई जांच ने साबित कर दिया कि सोवियत का मिसाइल प्रणालियों को दूर हटाने का काम प्रगति पर था। 42 मिसाइलों और उनके सहयोगी उपकरणों को आठ सोवियत जहाज पर लाद दिया गया था। 5-9 नवम्बर तक जहाजों ने क्यूबा छोड़ दिया। यू॰एस॰ (U.S.) ने अंतिम दृश्य जांच किया कि हरेक जहाज संगरोधी लाइन को पार चुका हैं या नहीं। सोवियत आईएल-28 बमवर्षकों को हटाने के लिए आगे और भी राजनयिक प्रयासों की जरूरत थी और 5 तथा 6 दिसम्बर को वे तीन सोवियत जहाजों में लाद दिए गए। संगरोध औपचारिक रूप से 20 नवम्बर 1962 को शाम 6:45 ईडीटी (EDT) बजे समाप्त हो गया।

यू॰एस॰ (U.S.) एटॉर्नी जनरल रॉबर्ट कैनेडी ने सोवियत राजदूत एंटोनी डोब्रेनि‍न से अपने समझौते में अनौपचारिक रूप से प्रस्ताव दिया कि तुर्की में जूपिटर मिसाइलों को "संकट खत्म होने के कुछ ही दिनों के भीरत" हटा लिया जाएगा. आखिरी यू॰एस॰ (U.S.) मिसाइलों को 24 अप्रैल 1963, तक खोलकर अलग-अलग कर दिया गया और इसके तुरंत बाद उन्हें तुर्की से बाहर भेज दिया गया।

कैनेडी-ख्रुश्चेव की इस संधि का व्यावहारिक प्रभाव यह हुआ कि इसने प्रभावी ढंग से क्यूबा में कास्त्रो की स्थिति को मजबूत किया, साथ में निश्चित किया कि यू॰एस॰ (U.S.) क्यूबा पर आक्रमण नहीं करेगा। यह संभव है कि ख्रुश्चेव ने क्यूबा में मिसाइलों को केवल इसलिए रखा था ताकि कैनेडी इटली और तुर्की से मिसाइले हटा ले, जबकि सोवियत का परमाणु युद्ध की शरण में जाने का कोई इरादा नहीं था; बशर्ते अमेरिकियों द्वारा गोली मार कर उनकी हत्या कर दी जाए. बहरहाल, चूंकि दक्षिणी इटली और तुर्की में नाटो (NATO) बेस से जूपिटर मिसाइलों का हटा लिया जाना उस समय सार्वजनिक नहीं किया गया था, इसीलिए ख्रुश्चेव संघर्ष को हारते हुए नजर आते हैं और कमजोर हो जाते है। धारणा यह बनी कि महाशक्तियों के बीच की लड़ाई में कैनेडी जीत गए और ख्रुश्चेव अपमानित हो गए। हालांकि, यह मामला पूरी तरह से ठीक ऐसा नहीं है क्योंकि कैनेडी और ख्रुश्चेव दोनों ने ही उनकी अपनी सरकारों के दबाव के बावजूद पूर्ण संघर्ष को टाल देने के लिए ही हर कदम उठाया. ख्रुश्चेव अगले दो साल तक सत्ता में बने रहे। 

संगरोध को चुनौती
गहराता संकट
संकट का अंत
सामरिक योजनाएं