कीगन द्वारा तीसरी बार न्यूकैसल में वापस आने की बातों को अस्वीकृत करने के बाद, यह सोचते हुए कि प्रशंसकों ने "उन्हें काफी समय तक झेल लिया", क्रिस ह्यूघ्टन को देखरेख का ज़िम्मा दे दिया गया और बाद में इंग्लिश फुटबॉल के द्वितीय चरण में न्यूकैसल के अतिप्रभावशाली प्रदर्शन के फलस्वरूप अक्टूबर 2009 में उन्हें 2010/11 सत्र के अंत तक के लिए क्लब के पूर्णकालिक प्रबंधक के रूप में स्थायी कर दिया गया। उन्होंने कहा कि "यह मेरे लिए बहुत सम्मान का दिन है कि मुझे इस वैभवशाली फुटबॉल क्लब का प्रबंधक बनाया जा रहा है" और यह कि वह अपने अधिकार के अंतर्गत वह सबकुछ करेंगे जिससे कि क्लब को प्रीमियर लीग में पुनः लाया जा सके."

7 अक्टूबर 2009 एश्ले ने यह घोषण की कि क्लब अब बिक्री के लिए मौजूद नहीं है, इसके लिए उन्होंने यह कारण दिया कि वह ऐसा कोई भी खरीदार तलाश कर पाने में असमर्थ रहे जो अपनी पूंजी के लिए कोई प्रमाण दे सके, जबकि उन्होंने अपना प्रस्तावित मूल्य घटाकर 80 मिलियन पाउंड कर दिया था। क्लब ने यह दावा किया कि क्लब के आर्थिक ऋण को घटाने के लिए एश्ले अब भी क्लब में निवेश करते रहेंगे और वह दिल से क्लब की भलाई चाहते हैं।

2009-10 के सत्र में चैम्पियनशिप की शुरुआत में क्लब ने 8 अंकों की बढ़त के साथ क्रिसमस पर शीर्ष स्थान प्राप्त किया और बाद के 22 मैचों में 12 गोल का सुरक्षात्मक रिकॉर्ड रखा. प्रबंधक क्रिस ह्यूघ्टन को अगस्त, सितम्बर और नवम्बर 2009 के लिए मैनेजर ऑफ द मंथ की उपाधि दी गयी। 2009 में ह्युघ्टन के नेतृत्व में लीग में न्यूकैसल ने 15 मैच जीते, 6 ड्रा हुए और ब्लैकपूल, स्कनथोर्प और नौटिंहग़म फौरेस्ट के विरुद्धऔर मात्र तीन मैच हारे. जनवरी की स्थानांतरण खिड़की ऑन-लोन डिफेंडर डैनी सिम्पसन, पोर्ट्समाउथ के डिफेंडर माइक विलियमसन, क्वींस पार्क के रेंजर वायन रूटलेज और कोवेंट्री के लियोन बेस्ट के स्थायी अनुबंध के साथ सक्रिय हो गयी। यह क्यूपीआर (QPR) के फिट्ज़ हॉल के क़र्ज़ और डिफेंडर पैट्रिक वैन आन्होल्ट के एक माह के चेल्सिया द्वारा दिए गए क़र्ज़ में जोड़ दिया गया।

5 अप्रैल 2010 को जब नोटिंघम फॉरेस्ट को कार्डिफ सिटी द्वारा एक गोलरहित ड्रा के कारण बाहर होना पड़ा तो क्लब को बचे 5 मैचों के साथ स्वतः ही तरक्की मिल गयी। शेफ्फिल्ड युनाइटेड के साथ हुए मैच के बाद क्रिस ह्यूघ्टन ने स्टेडियम में ही प्रोत्साहन समारोह की घोषणा कर दी, जिसकी खुशी उन लोगों ने 2-1 की जीत के साथ मनायी. सिर्फ एक सत्र के लिए अलग रहने के बाद न्यूकैसल को पुनः प्रीमीयर लीग में प्रवेश के लिए तरक्की मिल गयी, यह 2008/2009 के सत्र में एस्टन विला के विरोध में बहिष्कृत होने के ठीक 316 दिनों बाद हुआ। न्यूकैसल ने होम पार्क में 19 अप्रैल 2010 को एंडी कैरोल और वैयन रूटलेज के गोल द्वारा प्लाईमाउथ अर्गाइल पर 2-0 से जीत दर्ज करके लीग का खिताब अपने लिए सुरक्षित कर लिया। युनाइटेड को चैम्पियनशिप जीतते हुए देखने के लिए 2,500 प्रशंसक प्लाईमाउथ पहुंचे। 
इपस्विच टाउन के विपरीत 2-2 का ड्रा होने के बाद न्यूकैसल ने सेंट जेम्स पार्क में अपनी ट्रॉफी उठायी और इस प्रकार युनाइटेड नाबाद घरेलू कीर्तिमान वाली देश की एकमात्र टीम बन गयी। इस मैच की अन्य विशेषता यह है कि इसे चैम्पियनशिप के 52,181 प्रशंसकों ने देखा था जो एक कीर्तिमान है। 
2 मई को क्यूपीआर पर 1-0 की जीत हासिल करने के साथ क्लब ने इस सत्र की समाप्ति की, इस सत्र के दौरान क्लब ने कुल 102 अंक बनाये जोकि क्लब का कीर्तिमान था और इसके साथ ही यह भी पहली बार हुआ था कि मैग्पाइज को किसी लीग अभियान में 100 या अधिक अंक मिले हों.

2010 की गर्मियों के दौरान क्रिस ह्यूघ्टन ने नोटिंघम फॉरेस्ट के डिफेंडर जेम्स पर्च, एवर्टन के नौजवान मिडफील्डर डैन गोसलिंग का अनुबंध पूर्ण कर लिया, गुडीसन पार्क में हुई एक प्रशासकीय गलती के कारण 20 वर्षीय खिलाड़ियों को स्थानांतरण शुल्क के बिना ही न्यूकैसल में जाने की अनुमति थी और आर्सेनल के अनुभवी सेंटर-हाफ सॉल कैम्पबेल को भी पुनः प्रीमियर लीग में सक्रिय होने के लिए शुल्क रहित स्थानांतरण मिल गया। स्थानांतरण खिड़की आइवरी कोस्ट इंटरनेशनल के बंद होने के समय एफसी ट्वेन्ट के डिफेंसिव मिडफील्डर चीक टिओत को भी 3.5 मिलियन डॉलर क्लब के द्वारा अनुबंधित कर लिया गया और हेटेम बेन अर्फा को भी मार्सिले से एक सत्र की अवधि के क़र्ज़ पर 2 मिलियन डॉलर पर अनुबंधित करा लिया गया, इसके पीछे यह विचार था कि आगे 5 मिलियन पर उन्हें क्लब के लिए स्थायी रूप से 25 से अधिक मैचों के लिए ले लिया जायेगा लेकिम मात्र 4 मैचों के बाद ही मैनचेस्टर सिटी के विरुद्ध एक बाहर खेले गए मैच के दौरान तब बेन आफ़्रा के पैर में दोहरा फ्रैक्चर हो गया जब निगेल डि जौंग ने बेन आफ्र पर मैच प्रारंभ होने के 7 मिनट के अन्दर ही एक भयानक गैरदण्डित चुनौती दी, इसके पर्नाम्स्वरूप फ़्रांसिसी व्यक्ति बेन को सीधे अस्पताल ले जाना पड़ा. इस सत्र में कप्तान निकी बट की भी विदाई हुई जिन्होंने फुटबॉल से अवकाश लेने का निर्णय लिया और फेब्राइस पेंक्रेट की भी विदाई हुई क्योंकि उनका अनुबंध समाप्त हो रहा था और किसी नए सौदे पर सहमति नहीं हो पाई थी।

मैनचेस्टर यूनाइटेड में हुए सत्र के आरंभिक मैच में क्लब 3-0 से हार गया, सेंट जेम्स पार्क में 22 अगस्त 2010 को क्लब एस्टन विला को 6-0 से हराकर नाबाद रहा, जिसमें नौवें स्थान के नए खिलाड़ी एंडी कैरोल ने एक हैटट्रिक भी बनायी और साथ ही साथ जोई बार्टन इस मैच में अपनी मूंछे साफ़ करवा कर उपस्थित हुए जोकि "मैगपाइज मुस्टैच चैलेंज" का एक हिस्सा था। आगे के मैचों में एंडी कैरोल को स्कोरशीट में स्थान मिला और साथ ही लोग इस 21 वर्षीय खिलाड़ी को वरिष्ठ इंग्लैंड के दल में बुलाने की मांग कर रहे थे। कार्लिंग कप के दौरान स्टेमफोर्ड ब्रिज में चेल्सिया के विरुद्ध 4-3 की अनपेक्षित जीत दर्ज करके न्यूकैसल ने प्रभावशाली प्रदर्शन किया, यह 1980 से अब तक स्टेमफोर्ड में क्लब द्वारा जीता गया पहला मैच भी था।
कार्लिंग कप के शानदार प्रदर्शन के बाद न्यूकैसल घरेलू मैचों में नाबाद रहने के अपने कीर्तिमान को खो बैठा जोकि प्रीमियर लीग की नयी टीम ब्लैकपूल एफसी से उसकी हार के कारण हुआ लेकिन जियौर्डीज़ ने एवर्टन के विरुद्ध मेरीसाइड में खेले गए मैच में शानदार जीत हासिल काके सीधा पलटवार किया। इस परिणाम के बाद भी टीम स्टोक सिटी (h) और मैनचेस्टर सिटी (a) के हाथों दो बार 2-1 से हारी. अगले मैच में अपने ही घर में विगैन एथलेटिक से शून्य से दो स्थान पीछे रही, उसे अनुभवी खिलाड़ी चार्ल्स एन'ज़ोग्बिया से भी कोई सहानुभूति नहीं मिली. अच्छी किस्मत से ह्यूघ्टन विराम काल में अपने दल को एकजुट करने में सफल रहे और द्वितीय राउंड के बीच में शोला एमियोबी के सिर पर चोट लगने पर अर्जेन्टाइना के सेंटर बैक फेब्रिसियो कोलोचिनी द्वारा चोटिल खिलाड़ी का स्थानापन्न लाने में सफल रहे.

सत्र का नौवां मैच 23 अक्टूबर को वेस्ट हैम युनाइटेड में खेला गया और इसमें क्लब को आश्चर्यजनक रूप से 2-1 की जीत मिली तथा जोई बार्टन को मैन ऑफ द मैच का पुरस्कार मिला. 31 अक्टूबर को न्यूकैसल ने अपनी स्थानीय विरोधी टीम संडरलैंड को एक प्रसिद्ध जीत के तहत 5-1 से हराया जिसमे प्रीमियर लीग में केविन नोलैन द्वारा बनायी गयी पहली हैटट्रिक भी शामिल थी। उनका यह प्रभावशाली प्रदर्शन आर्सेनल में 1-0 की प्रसिद्ध जीत के साथ जारी रहा, जोकि 2001-2002 के सत्र से न्यूकैसल की आर्सेनल पर पहली जीत थी।

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