सामूतिरि ने बीजापुर और अहमदनगर के सुल्तानों से मैत्री स्थापित कर सन् 1570 में पुर्तगालियों पर चढाई की। सन् 1571 में कोष़िक्कोड की सेना ने कुंजालियों के नेतृत्व में चालियम दुर्ग को अधीन कर लिया। नौ सैनिक युद्ध में कुंजालियों ने पुर्तगलियों को कई बार हराया। इस तरह वे अप्रतिम शक्तिशाली बन गये। पराजित पुर्तगलियों ने सन् 1571 में सामूतिरि से पोन्नानि में व्यापार गृह बनाने की अनुमति प्राप्त कर ली। कुंजालियों की बढ़ती शक्ति देखकर सामूतिरि असंतुष्ट हो गये थे। अतः सन् 1588 में सामूतिरि ने पुर्तगलियों को अपना केन्द्र स्थापित करने की अनुमति दी। सन् 1600 ईं में पुर्तगलियों के सहयोग से सामूतिरि ने कुंजालि के दुर्ग पर आक्रमण कर दिया। क्षमा दान देने के वचन के उपरान्त कुंजालि ने पराजय स्वीकार की। लेकिन सामूतिरि ने वचन का उल्लंघन कर कुंजालि को पुर्तगलियों के सुपुर्द कर दिया। पुर्तगलियों ने कुंजालि और उनके अनुयायियों को गोवा ले जाकर मार डाला। लेकिन कुंजालियों को खात्मा किए जाने पर भी केरल पर पुर्तगाली अधीशत्व समाप्त हो गया। डचों ने उन्हें सत्ता से बाहर कर अपनी प्रभुता स्थापित की। तदनन्तर डचों से सामूतिरियों की कई लडाइयाँ हुईं। 1755 ईं में सामूतिरि ने डचों के अधीनस्थ कोच्चि प्रदेश पर अधिकार जमा लिया।

चोल शासन
शासन की वापसी
कोलत्तुनाड
पुर्तगाली जीत