नगर में दो प्रमुख रेलवे स्टेशन हैं – एर्णाकुलम जंक्शन एवं एर्णाकुलम टाउन (जिन्हें स्थानीय लोग क्रमशः साउथ तथा नॉर्थ रेलवे स्टेशन कहा करते हैं)। कोच्चि का मुख्य रेलवे नियंत्रण भारतीय रेल के दक्षिणी रेलवे ज़ोन द्वारा संचालित होता है व तिरुवनंतपुरम रेलवे मण्डल के अधीण आता है। साउथ स्टेशन दक्षिण भारत के व्यस्ततम रेलवे स्टेशनों में से एक है, जहां से प्रतिदिन १२८ अनुसूचित रेलगाड़ियां चलती हैं (अक्तू २०१० के अनुसार)। नॉर्थ स्टेशन नगर के उत्तरी छोर पर स्थित है, जहां अधिकतर वह गाड़ियां रुकती हैं, जो साउथ स्टेशन पर नहीं रुकती हैं। इनके अलावा कई अन्य गाड़ियों के ल्लिये एक अतिरिक्त स्टेशन का कार्य भी सुलभ करता है।

एक अन्य ऐतिहासिक रेलवे स्टेशन: एर्णाकुलम टर्मिनस (स्टेशन कोड: ERG) केरल उच्च न्यायालय के पीछे स्थित है। भारत की महान हस्तियों जैसे महात्मा गांधी तथा ब्रिटिश वाइसरॉय आदि कोचीन शहर इसी स्टेशन से पहुंचे थे। ये टर्मिनल नगर को रेल सेवा प्रदान करने वाला प्रथम स्टेशन था, किन्तु १९६० के दशक के आरम्भ से ही इसका प्रयोग समाप्त कर दिया गया। वर्तमान में ये स्टेशन दक्षिणी रेलवे के लिये माल डिपो का कार्य सुलभ कराता है।

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