कीन ने एफेआई के रवैये और चुनाव नीति के बारे में अपनी नाखुशी फिर से जाहिर की. मार्च 2007 में कीन ने कहा कि आयरलैंड गणराज्य के कई खिलाड़ी केवल उनके मीडिया में प्रदर्शन के आधार पर चुने जाते हैं और संगठन का झुकाव डबलिन या लीन्स्टर के अन्य क्षेत्रों से आने वाले खिलाड़ियों की ओर था: "यदि तुम मीडिया में बनाए गए उनके नाम के आधार पर या इसलिये कि वे बहुत सारे साक्षात्कार देते हैं, उन्हें खेलने देते हो, तो यह गलत है। भरोसे और बेवकूफी के बीच एक महीन रेखा होती है।" कीन ने कहा कि सुंदरलैंड के खिलाड़ी लियाम मिलर को इसलिये नहीं चुना गया कि वह कॉर्क का रहने वाला था तथा बढ़िया क्षमता वाले खिलाड़ी राष्ट्रीय टीम में चुने जाने से वंचित हो जा रहे थे। उसने यह आरोप भी लगाया कि एफएआई अपने कारोबार को चलाने में समर्थ था।
कीन विश्व कप 2010 खेल में फ्रांस के हाथों आयरलैंड की हार के बाद एक और विवाद में फंस गया। 20 नवम्बर 2009 को इपस्विच टाउन की एक संवाददाता सम्मेलन के समय, कीन ने हेनरी हैंडबाल घटना के प्रति आयरिश प्रतिक्रिया की आलोचना की. उसकी अनुक्रिया में आयरिश टीम की रक्षापंक्ति और एफएआई (FAI) अधिकारियों की आलोचना शामिल थी।

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