जनवरी 1999 में, टायसन दक्षिण अफ्रीका के फ्रेंकोइस बोथा से लड़ने के लिए रिंग में लौटे, एक और लड़ाई जो विवादित होकर समाप्त हुई. जबकि बोथा ने शुरू में लड़ाई पर पकड़ बनाई हुई थी, टायसन ने कथित तौर पर एक टाई-अप के दौरान बोथा की बाहों को तोड़ने का प्रयास किया और दोनों मुक्केबाजों को इस गरम-मिजाज़ मुक्केबाज़ी में रेफरी ने चेतावनी दी. बोथा सभी अंक-तालिकाओं पर अंकों में आगे थे और टायसन को धूल चटाने के आत्मविश्वास से लबरेज़ थे। फिर भी, टायसन ने पांचवें दौर में बोथा को सीधे एक राईट-हैंड जड़ दिया, जिससे बोथा नॉकआउट हो गया।

कानूनी समस्याओं ने टायसन को एक बार फिर जकड़ा. 31 अगस्त 1998 को एक यातायात दुर्घटना के बाद दो मोटरसाइकिल सवारों पर प्रहार करने के लिए, 6 फ़रवरी 1999 को टायसन को एक साल की कैद, $5000 का जुर्माना और दो साल की परिवीक्षा और 200 घंटे की सामुदायिक सेवा करने की सज़ा दी गई। उन्होंने उस सज़ा के नौ महीने जेल में गुज़ारे. अपनी रिहाई के बाद, वे 23 अक्टूबर 1999 को ओर्लीन नॉरिस से लड़े. टायसन ने पहले राउंड की समाप्ति की घंटी बजने के बाद नॉरिस को लेफ्ट हुक से नीचे गिरा दिया. नॉरिस ने ऑफ़-द-क्लिंच-पंच से अपने घुटने चोटिल कर लिए, जिसके बाद वे नीचे गए और कहा कि वे लड़ाई जारी रखने में असमर्थ हैं। नतीजतन, इस मुकाबले को शून्य प्रतियोगिता घोषित किया गया।

2000 में टायसन ने तीन मुकाबले किये. पहला जूलियस फ्रांसिस के खिलाफ़ मेन अरेना, मैनचेस्टर, इंग्लैंड में आयोजित हुआ। विवाद के परिवेश में कि क्या देश में टायसन को आने की अनुमति दी जानी चाहिए या नहीं, उन्होंने फ्रांसिस को नॉकआउट करने में चार मिनट लिया और दूसरे दौर में मुकाबला समाप्त हो गया। उन्होंने जून 2000 में ग्लासगो में लो सवरेसे से भी मुकाबला किया, जिसे उन्होंने पहले दौर में ही जीत लिया, जो सिर्फ 38 सेकंड तक चली. टायसन ने रेफरी द्वारा लड़ाई रोक दिए जाने के बाद भी मुक्के मारना जारी रखा और दोनों मुक्केबाजों को अलग करने की कोशिश करने पर रेफरी को ज़मीन पर गिरा दिया. अक्टूबर में, टायसन ने इसी तरह विवादास्पद अन्द्रजेज़ गोलोटा से मुकाबला किया और तीसरे दौर में जीत गए, जब गोलोटा ने अपने जबड़े टूटने के बाद लड़ाई जारी रखने से इनकार कर दिया. परिणाम को बाद में शून्य प्रतियोगिता में बदल दिया गया, जब टायसन ने लड़ाई पूर्व दवा लेने के एक परीक्षण से इनकार कर दिया और फिर बाद में लड़ाई पश्चात के मूत्र परीक्षण में मारिजुआना के लिए पॉजिटिव पाए गए। टायसन ने 2001 में केवल एक मुकाबला किया, जिसमें उन्होंने ब्रायन नीलसन को सातवें दौर के TKO के साथ कोपेनहेगन में हरा दिया.

1999 से 2005 तक
पेशेवर मुक्केबाजी रिकॉर्ड
होलीफील्ड के बाद
कॅरिअर का उत्तरार्ध, दिवालियापन और सेवानिवृत्ति