सन् 2005 की गर्मियों में, मुस्टेन ने एक वार्षिक हेवी मेटल समारोह दौरे का आयोजन किया जिसका नाम जाइगनटूर रखा. मेगाडेथ, ड्रीम थिएटर, नेवरमोर, एंथ्रेक्स, फियर फैक्टरी, डिलिंगर एस्केप प्लान, लाइफ़ ऑफ़ एगोनी, सिम्फनी X, ड्राई किल लॉजिक और बोबाफ्लेक्स के साथ उद्घाटन के दौर को आगे बढ़ाया. मॉन्ट्रियल और वैंकूवर के कार्यक्रमों की प्रस्तुतियों को फ़िल्माया गया और उन्हें एक लाइव DVD और CD के लिए रिकॉर्ड किया गया जिन्हें सन् 2006 की गर्मियों में रिलीज़ किया गया।

9 अक्टूबर 2005 को, "द सिस्टम हैज़ फेल्ड" और "ब्लैकमेल द यूनिवर्स" विश्व दौरे की कामयाबी के बाद, मुस्टेन ने अर्जेंटीना के पेप्सी म्यूज़िक रॉक फेस्टिवल में दर्शकों की एक भीड़ के सम्मुख मंच पर घोषणा की कि मेगाडेथ रिकॉर्डिंग कार्य जारी रखेगा और सदस्यों के साथ दौरे पर जाता रहेगा"...और हमलोग वापस आएंगे!". इस संगीत समारोह को आधिकारिक तौर पर मार्च 2007 में के रूप में DVD पर रिलीज़ किया गया। 19 जुलाई 2007 को DVD को स्वर्ण प्रमाणित किया गया। 2 CD संसकरण को 4 सितम्बर 2007 को रिलीज़ किया गया।

फ़रवरी 2006 में बासवादक जेम्स मैक डॉनफ बैंड से अलग हो गए जिसका कारण मैक डॉनफ ने "व्यक्तिगत मतभेद" बताया. उनकी जगह बासवादक जेम्स लो मेंज़ो को लिया गया जिन्होंने पहले डेविड ली रॉथ, व्हाइट लॉयन और ब्लैक लेबल सोसाइटी के साथ काम किया था। 16 मार्च 2006 को मेगाडेथ के नए सदस्य-समूह ने टेस्टामेंट और 3 डोर्स डाउन के साथ संयुक्त अरब अमीरात में आयोजित दुबई डेज़र्ट रॉक समारोह में अपना पहला प्रदर्शन प्रस्तुत किया।

21 मार्च 2006 को कैपिटल रिकॉर्ड्स ने दो डिस्कों वाली एक DVD रिलीज़ की जिसका शीर्षक "आर्सेनल ऑफ़ मेगाडेथ" था जिसमें लेखों के फूटेज, साक्षात्कार, लाइव कार्यक्रम और बैंड के कई संगीत वीडियो शामिल थे। लाइसेंस के मुद्दों के कारण, फ़िल्म के साउंडट्रैक वीडियो के साथ-साथ कैपिटल रिकॉर्ड्स द्वारा रिलीज़ नहीं किए गए वीडियो को भी DVD में शामिल नहीं किया गया। हालांकि, DVD में हिडेन ट्रेज़र्स के नो मोर मि. नाइस गाइ और गो टु हेल गानों को दर्शाया गया। इस DVD को 27 जुलाई 2007 को स्वर्ण की प्रमाणिकता प्राप्त हुई.

जाइगनटूर के दूसरे दौरे को 2006 के अंत में शुरू किया गया जिसमें मेगाडेथ ने लैम्ब ऑफ़ गॉड, ओपेथ, आर्क एनिमी, ओवरकिल, इंटू इटर्निटी, सैंक्टिटी और द स्मैश अप के साथ उद्घाटन दौड़ को आगे बढ़ाया. सन् 2006 के जाइगनटूर के ऑस्ट्रेलिया में तीन कार्यक्रम हुआ जिसमें सॉलफ्लाई, आर्क एनिमी और कैलिबन भी शामिल थे। सनराइज़, फ्लोरिडा कार्यक्रम के प्रदर्शनों को एक लाइव DVD और CD के लिए फ़िल्माया और रिकॉर्ड किया गया जिन्हें सन् 2008 के वसन्त में रिलीज़ किया गया।

जाइगनटूर (वर्ष 2005–2006)
विवाद
"रिस्क" (वर्ष 1999–2000)
"रस्ट इन पीस" (वर्ष 1990–1991)