1982 में अपने कॅरियर की ऊंचाई पर तीस वर्षीय ख़ान ने जावेद मियांदाद से पाकिस्तानी क्रिकेट टीम की कप्तानी संभाली. इस नई भूमिका को याद करते हुए और उसकी शुरूआती परेशानियों की चर्चा करते हुए उन्होंने बाद में कहा, "जब मैं क्रिकेट टीम का कप्तान बना था, तो मैं इतना शर्मीला था कि सीधे टीम से बात नहीं कर सकता था। मुझे प्रबंधक से कहना पड़ता था, सुनिए क्या आप उनसे बात कर सकते हैं, यह बात है जो मैं उनसे व्यक्त करना चाहता हूं. 

उनके नेतृत्व में टीम के दूसरे मैच में, ख़ान ने उन्हें अंग्रेज़ी धरती पर 28 साल में पहली टेस्ट विजय दिलाई. एक कप्तान के रूप में ख़ान का प्रथम वर्ष, एक तेज़ गेंदबाज़ और एक ऑल राउंडर के रूप में उनकी उपलब्धि के शिखर पर था। उन्होंने अपने कॅरियर की सर्वश्रेष्ठ टेस्ट गेंदबाजी लाहौर में श्रीलंका के खिलाफ़ 1981-82 में 58 रनों में 8 विकेट लेकर दर्ज की। 1982 में इंग्लैंड के खिलाफ़ तीन टेस्ट श्रृंखला में 21 विकेट लेकर और बल्ले से औसत 56 बना कर गेंदबाज़ी और बल्लेबाज़ी दोनों में सर्वश्रेष्ठ रहे। बाद में उसी वर्ष, एक बेहद मज़बूत भारतीय टीम के खिलाफ़ घरेलू सीरीज़ में छह टेस्ट मैचों में 13.95 की औसत से 40 विकेट लेकर एक ज़बरदस्त अभिस्वीकृत प्रदर्शन किया। 1982-83 में इस श्रृंखला के अंत तक, ख़ान ने कप्तान के रूप में एक वर्ष की अवधि में 13 टेस्ट मैचों में 88 विकेट लिए। 

बहरहाल, भारत के खिलाफ़ यही टेस्ट सीरीज़, उनकी पिंडली में तनाव फ्रैक्चर का कारण बनी, जिसने उनको दो से अधिक वर्षों के लिए क्रिकेट से बाहर रखा। पाकिस्तानी सरकार द्वारा निधिबद्ध एक प्रयोगात्मक इलाज से 1984 के अंत तक उन्हें ठीक होने में मदद मिली और 1984-85 सीज़न के उत्तरार्द्ध में अंतर्राष्ट्रीय क्रिकेट में उन्होंने एक सफल वापसी की। 

1987 में ख़ान ने पाकिस्तान की भारत में पहली टेस्ट सीरीज़ जीत और उसके बाद उसी वर्ष इंग्लैंड में पाकिस्तान की पहली श्रृंखला जीत में पाकिस्तान का नेतृत्व किया। 1980 के दशक के दौरान, उनकी टीम ने वेस्ट इंडीज के खिलाफ़ तीन विश्वसनीय ड्रॉ दर्ज किये। 1987 में भारत और पाकिस्तान ने विश्व कप की सह-मेज़बानी की, लेकिन दोनों में से कोई भी सेमी-फ़ाइनल से ऊपर नहीं जा पाया। ख़ान ने विश्व कप के अंत में अंतर्राष्ट्रीय क्रिकेट से संन्यास ले लिया। 1988 में, पाकिस्तान के राष्ट्रपति जनरल जिया उल हक ने उन्हें दुबारा कप्तानी संभालने को कहा और 18 जनवरी को उन्होंने टीम में फिर से आने के निर्णय की घोषणा की। कप्तानी में लौटने के तुरंत बाद उन्होंने वेस्ट इंडीज में पाकिस्तान के एक विजयी दौरे का नेतृत्व किया, जिसके बारे में उन्होंने याद करते हुए कहा कि "वास्तव में मैंने पिछली बार अच्छी गेंदबाज़ी की." 1988 में वेस्ट इंडीज़ के खिलाफ़ उनको मैन ऑफ़ द सीरीज़ घोषित किया गया, जब उन्होंने सीरीज़ में 3 टेस्ट मैचों में 23 विकेट लिए। 

एक कप्तान और एक क्रिकेटर के रूप में ख़ान के कॅरियर का उच्चतम स्तर तब आया, जब उन्होंने 1992 क्रिकेट विश्व कप में पाकिस्तान की जीत का नेतृत्व किया। एक जल्दी टूटने वाले बल्लेबाज़ी पंक्ति में खेलते हुए, ख़ान ने खुद को शीर्ष क्रम के बल्लेबाज़ के रूप में जावेद मियांदाद के साथ खेलने के लिए पदोन्नत किया, लेकिन एक गेंदबाज़ के रूप में उनका योगदान कम रहा। 39 की उम्र में, ख़ान ने सभी पाकिस्तानी बल्लेबाजों में सबसे ज़्यादा रन बनाए और आखिरी विजय विकेट भी उन्होंने खुद ली। बहरहाल, पाकिस्तानी टीम की ओर से ख़ान द्वारा विश्व कप ट्रॉफी स्वीकार करने की आलोचना भी हुई। यह बताया गया कि ख़ान का अपने स्वीकृति-भाषण में अपनी टीम और अपने देश का उल्लेख ना करने के निर्णय और उनके बजाय खुद पर और अपने आगामी कैंसर अस्पताल पर केंद्रित ध्यान ने कई नागरिकों को "नाराज़ और शर्मिंदा" किया। "इमरान के 'मैं' 'मुझे' और 'मेरा' भाषण ने हर किसी को दुखी किया," "डेली नेशन" अख़बार के एक संपादकीय में लिखा था, जिसने स्वीकृति भाषण को एक "कर्कश स्वर" का तमगा दिया। 

परिवार, शिक्षा और व्यक्तिगत जीवन
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ख़ान द्वारा लेखन
कप्तानी