सीरिज़ के तेरह एपिसोडों के प्रसारण की सफल कामयाबी के फलस्वरूप "प्रिज़न ब्रेक" को फेवरिट निव ड्रामा के लिए वर्ष 2005 में पीपल्स च्वाइस अवार्ड के लिए पहला नामांकन हुआ। इसी श्रेणी में नामांकित "कमांडर-इन-चीफ" एवं "क्रिमीनल माइंड्स" को पछाड़ते हुए इस सीज़न ने यह पुरस्कार वर्ष 2006 में जीता. जनवरी 2006 में 63 वे गोल्डन ग्लोब अवार्ड्स में इसी दो नामांकन प्राप्त हुए जिनमे वेस्ट ड्रामा टेलीविजन सीरिज़ एवं वेंटवर्थ मिलर के शानदार अभिनय के लिए ड्रामा टेलीविजन सीरिज़ में बेस्ट ऐक्टर (सर्वोतम अभिनेता) का नामांकन था। प्रथम सीज़न में अपने शानदार अभिनय के लिए 2005 सैटर्न अवार्ड्स में वेंटवोर्थ मिलर टेलीविजन पर सर्वोतम अभिनेता की श्रेणी में दूसरा नामांकन मिला। इसी प्रकार बेस्ट नेटवर्क टेलीविज़न सीरिज़ के लिए यह सीरिज़ 2005 सैटर्न अवार्ड के लिए नामांकित हुई। 2006 टेलीविजन क्रिटिक्स असोसिएशन अवार्ड के लिए भी बेस्ट न्यू ड्रामा सीरिज़ श्रेणी में इसका नामंकन हुआ। तकनीकी पुरस्कारों के नामांकन में व्यावसायिक टेलीविजन के लिए (पायलट एपिसोड के लिए मार्क हेलफ्रिक), एक घंटे का सर्वोत्तम संपादित सीरिज़ के रूप में 2006 एडी अवार्ड एवं असाधारण शीर्षक विषय संगीत (रामिन जावडी) के लिए 2006 प्राइमटाइम एम्मी अवार्ड सम्मलित हैं। दिसम्बर 2006 प्राईमटाइम में रॉबर्ट नीपर का नामांकन सीरिज़, मिनी सीरिज़ एवं टेलीविज़न के लिए बने चलायमान चित्रों में सहायक भूमिका में सर्वोत्तम अभिनेता के लिए 2006 में सैटलाईट अवार्डके लिए नामांकित हुआ।

सीज़न 1
सीज़न 4
पुरस्कार एवं नामांकन
सीज़न 3