हाल के वर्षों में फोर्ड के स्टार पावर मे कमी आई है, जिसके परिणामस्वरूप वे "सिक्स डेज़ सेवन नाइट्स" (1998), "रैंडम हार्ट्स" (1999), "" (2002), "हॉलीवुड होमिसाईड" (2003) और "फ़ायरवॉल" (2006) जैसी अनेक गंभीर रूप से उपहास योग्य और व्यावसायिक रूप से निराशाजनक फ़िल्मों में दिखाई दिए. एक अपवाद थी 2000 के दशक की "वट लाइज़ बिनीथ", जो संयुक्त राज्य अमेरिका में 155 मिलियन डॉलर और पुरे विश्व में 300 मिलियन डॉलर से अधिक की आय के साथ समाप्त हुई.

2004 में फोर्ड ने एक रोमांचक फिल्म "सिरियाना" में अभिनय करने के अवसर को ठुकरा दिया, बाद में उन्होंने कहा कि "मैंने तथ्य की सच्चाई को अत्यधिक सशक्तता के साथ महसूस नहीं किया और मेरा सोचना है कि मुझसे एक भूल हुई". अंततः यह भूमिका जॉर्ज क्लूनी को मिल गई, जिन्होंने अपने काम के लिए एक ऑस्कर और एक गोल्डन ग्लोब जीता.

2008 में, फोर्ड ने जॉर्ज लुकास और स्टीवन स्पीलबर्ग के बीच एक अन्य सहयोग, "इंडियाना जोन्स एंड द किंगडम ऑफ द क्रिस्टल स्कल" के रिलीज के द्वारा सफलता का आनंद लिया. फिल्म को आम तौर पर मिश्रित समीक्षाएं प्राप्त हुई लेकिन वह 2008 में पूरे विश्व में द्वितीय सर्वाधिक आय करने वाली फ़िल्म थी. बाद में उन्होंने कहा कि वे एक अन्य उत्तर कथा में अभिनय करना चाहेंगे "यदि उसे आत्मसात्‌ करने में एक और 20 साल नहीं लगे."

उनके 2008 के अन्य कामों में वायने क्रेमर निर्देशित "क्रॉसिंग ओवर" शामिल थी. फिल्म में उन्होंने ऐशले जुड और रे लियोट्टा के साथ-साथ काम करते हुए एक आप्रवासी अधिकारी की भूमिका निभाई है. उन्होंने दलाई लामा के बारे में "दलाई लामा रिनेसान्स" नामक एक महत्वपूर्ण प्रलेखी फिल्म भी सुनाई.

फोर्ड ने 2009 में पोर्टलैंड, ओरेगन में चिकित्सा नाटक "एक्स्ट्राऑर्डिनरी मेजर्स" को फिल्माया. 22 जनवरी 2010 को रिलीज (विमोचित) फिल्म में ब्रेंडन फ्रेजर और एलन रॉक ने भी अभिनय किया. फोर्ड "मॉर्निंग ग्लोरी" फ़िल्म में पैट्रिक विल्सन, रैशेल मैकाडम और डायना कीटन के साथ अभिनय करने के लिए भी तैयार हैं.

हाल ही में उन्होंने "जैक रयान" के फ्रैंचाइजी में लौटने के प्रति अभिरुचि व्यक्त की है.

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