23 फरवरी 1995 को, उन्होंने ने फिल्म लेखक और साथी एनएसडी स्नातक सुतापा सिकदर से शादी की। उनके दो बेटे हैं: बाबिल और अयान। इंडिया टुडे को २०११ में दिए गए एक साक्षात्कार में सिकदर ने उनके बारे में कहा, "वो हमेशा "फोकस्ड" रहते हैं। मुझे याद है कि वो घर आकर, सीधे बेडरूम जाकर किताबें पढ़ने लगते थे।" 2012 में उन्होंने अपने नाम की अंग्रेजी वर्तनी ""Irfan"" में बीच में एक अतिरिक्त ""R"" ("आर") डालकर ""Irrfan"" कर दिया क्योंकि उनके मुताबिक उन्हें अपने नाम में एक अतिरिक्त "र" स्वर की ध्वनि पसंद है।2016 में, उन्होंने खान को उनके नाम से हटा दिया क्योंकि वह चाहते थे कि उनका काम उन्हें परिभाषित करे, न कि उनका वंश।

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प्राथमिक जीवन और शिक्षा