आइशा, तल्हा, अल-ज़ुबैर और उमय्यदों, विशेष रूप से मुआवियाह ई और मरवन मैं, दंगाइयों जो मार डाला था दंडित करने के लिए करना चाहता था 'अली उथमान। उन्होंने बसरा के करीब डेरा डाला। वार्ता कई दिनों तक चली और बाद में गरम विनिमय और पैरली के दौरान विरोध प्रदर्शनों से उड़ा, जिससे दोनों तरफ जीवन की हानि हुई। भ्रम में ऊंट की लड़ाई 656 में शुरू हुई, जहां अली विजयी हो गया। कुछ इतिहासकार मानते हैं कि उन्होंने इस मुद्दे का इस्तेमाल अपनी राजनीतिक महत्वाकांक्षाओं को खोजने के लिए किया क्योंकि उन्हें अली के खलीफा अपने फायदे के खिलाफ मिला। विद्रोहियों ने कहा कि कुरान और सुन्नत के अनुसार शासन नहीं करने के लिए उथमान को मार डाला गया था, इसलिए कोई प्रतिशोध नहीं किया जाना था। कुछ लोग कहते हैं कि खलीफा विद्रोहियों का उपहार था और अली के पास उन्हें नियंत्रित करने या दंडित करने के लिए पर्याप्त बल नहीं था, जबकि अन्य कहते हैं कि अली ने विद्रोहियों के तर्क को स्वीकार किया या कम से कम विचार नहीं किया उथमान एक शासक शासक। 

ऐसी परिस्थितियों में, एक विवाद हुआ जिसने मुस्लिम इतिहास में पहला गृह युद्ध शुरू किया। उथमानियों के नाम से जाने वाले कुछ मुसलमानों ने उथमान को अंत तक एक सही और सिर्फ खलीफा माना, जिसे अवैध तरीके से मार दिया गया था। कुछ अन्य, जिन्हें अली की पार्टी के नाम से जाना जाता है, का मानना ​​था कि उथमान गलती में गिर गया था, उन्होंने खलीफा को जब्त कर लिया था और कानूनी तरीके से अपने तरीके से सुधारने या कदम उठाने के इनकार करने के लिए कानून में निष्पादित किया था; इस प्रकार अली सिर्फ सही और सच्चे इमाम थे और उनके विरोधियों में नास्तिक। यह खुद अली की स्थिति नहीं थी। इस गृह युद्ध ने मुस्लिम समुदाय के भीतर स्थायी विभाजन बनाए, जिनके पास खलीफा पर कब्जा करने का वैध अधिकार था। प्रथम फिटना, 656-661, उथमान की हत्या के बाद, अली के खलीफा के दौरान जारी रखा, और खलीफा के मुआविया की धारणा द्वारा समाप्त किया गया था। इस गृह युद्ध (जिसे अक्सर फितना कहा जाता है) इस्लामी उम्मह (राष्ट्र) की प्रारंभिक एकता के अंत के रूप में खेद है। 
अली ने बसरा के गवर्नर 'अब्द अल्लाह इब्न अल'-अब्बास नियुक्त किए और इराक में मुस्लिम गैरीसन शहर कुफा में अपनी राजधानी चली गई। बाद रोमन-फ़ारसी युद्धों और बीजान्टिन सासानी युद्ध कि सैकड़ों वर्षों से चली, वहाँ इराक के बीच गहरी जड़ें मतभेद, औपचारिक रूप से फारसी में थे सस्सनिद साम्राज्य और सीरिया औपचारिक रूप से के तहत बीजान्टिन साम्राज्य। इराक़ी चाहते थे कि नए स्थापित इस्लामी राज्य की राजधानी कुफा में हो ताकि वे अपने क्षेत्र में राजस्व ला सकें और सीरिया का विरोध कर सकें। उन्होंने अली को कुफा में आने और इराक में कुफा में राजधानी स्थापित करने के लिए आश्वस्त किया। 

बाद में लेवंत के गवर्नर मुवायाह प्रथम और उथमान के चचेरे भाई ने अली की निष्ठा की मांगों से इनकार कर दिया। अली ने अपने निष्ठा को वापस पाने की उम्मीदों को खोला, लेकिन मुवायाह ने अपने शासन के तहत लेवेंट स्वायत्तता पर जोर दिया। मुवायाह ने अपने लेवेंटाइन समर्थकों को संगठित करके और अली को श्रद्धांजलि अर्पित करने से इंकार कर दिया कि उनके दल ने अपने चुनाव में भाग नहीं लिया था। अली ने अपनी सेनाओं को उत्तर में स्थानांतरित कर दिया और दोनों सेनाएं एक सौ से अधिक दिनों तक सिफिन में खुद को डेरा डाले, ज्यादातर समय बातचीत में बिताई गई। यद्यपि अली ने मुवायाह के साथ कई पत्रों का आदान-प्रदान किया, लेकिन वह उत्तरार्द्ध को खारिज करने में असमर्थ था, न ही उसे निष्ठा देने का वचन देने के लिए राजी किया। पार्टियों के बीच टकराव ने 657 में सिफिन की लड़ाई का नेतृत्व किया। 

एक सप्ताह के युद्ध के बाद एक हिंसक लड़ाई के बाद ललित अल-हरिर (कड़वाहट की रात) के नाम से जाना जाता था, मुवायाह की सेना मार्गांतरित होने के बिंदु पर थी जब अमृत ​​इब्न अल-आस ने मुवायाह को अपने सैनिकों को उछालने की सलाह दी थी ( अली की सेना में असहमति और भ्रम पैदा करने के लिए या तो अपने भाषणों पर कुरान के छंदों या इसकी पूरी प्रतियों के साथ वर्णित चर्मपत्र)। अली ने स्ट्रैटेज के माध्यम से देखा, लेकिन केवल एक अल्पसंख्यक लड़ाई का पीछा करना चाहता था। आखिर में दो सेनाएं इस बात को सुलझाने के लिए सहमत हुईं कि मध्यस्थता से खलीफा कौन होना चाहिए। लड़ने के लिए अली की सेना में सबसे बड़ा ब्लॉक का इनकार करना मध्यस्थता की स्वीकृति में निर्णायक कारक था। सवाल यह है कि क्या मध्यस्थ अली या कुफान का प्रतिनिधित्व करेगा, अली की सेना में आगे विभाजन हुआ है। अशथ इब्न क्यू और कुछ अन्य ने अली के उम्मीदवारों को 'अब्द अल्लाह इब्न' अब्बास और मलिक अल- अशतर को खारिज कर दिया , और अबू मूसा अशारी पर अपनी तटस्थता के लिए जोर दिया। अंत में, अली को अबू मूसा को स्वीकार करने का आग्रह किया गया था। अमृत ​​इब्न अल- ए को मुवायाह ने मध्यस्थ के रूप में नियुक्त किया था। सात महीने बाद दो मध्यस्थों ने फरवरी 658 में जॉर्डन में मान के उत्तर पश्चिम में 10 मील उत्तर पश्चिम में मुलाकात की।अमृत ​​इब्न अल- आबू मुसा अशारी ने आश्वस्त किया कि अली और मुवायाह दोनों को कदम उठाना चाहिए और एक नया खलीफा चुने जाने चाहिए। अली और उनके समर्थक इस फैसले से डर गए थे, जिसने खलीफा को विद्रोही मुवायाह की स्थिति में कम कर दिया था। इसलिए अली को मुवायाह और अमृत ​​इब्न अल-एस ने बुलाया था। जब दाऊमित-उल-जंदल में मध्यस्थों ने इकट्ठा किया , तो उनके लिए मामलों की चर्चा करने के लिए दैनिक बैठकों की एक श्रृंखला की व्यवस्था की गई। जब खलीफा के बारे में निर्णय लेने के लिए समय आया, अमृत बिन अल-आस ने अबू मुसा अल-अशारी को इस बात का मनोरंजन करने में विश्वास दिलाया कि उन्हें खलीफा के अली और मुवाया दोनों को वंचित करना चाहिए, और मुसलमानों को चुनाव करने का अधिकार देना चाहिए खलीफा अबू मुसा अल-अशारी ने तदनुसार कार्य करने का भी फैसला किया। पुनावाला के अनुसार, ऐसा लगता है कि मध्यस्थों के बहिष्कार के साथ मध्यस्थ और अन्य प्रतिष्ठित व्यक्तियों ने जनवरी 65 9 में नए खलीफ के चयन पर चर्चा के लिए मुलाकात की। अमृत ​​ने मुवायाह का समर्थन किया, जबकि अबू मूसा ने अपने दामाद अब्दुल्ला इब्न उमर को पसंद किया, लेकिन बाद वाले ने सर्वसम्मति से चुनाव के लिए खड़े होने से इनकार कर दिया। अबू मुसा ने प्रस्तावित किया, और अमृत सहमत हुए, अली और मुवायाह दोनों को छोड़ने और शूरा को नए खलीफ का चयन जमा करने के लिए सहमत हुए। अबू मूसा के बाद सार्वजनिक घोषणा में समझौते के अपने हिस्से को देखा गया, लेकिन अमृत ने अली को घोषित कर दिया और मुवाया को खलीफा के रूप में पुष्टि की। 

अली ने उनके फैसले को स्वीकार करने से इंकार कर दिया और चुनाव होने के लिए और मध्यस्थता का पालन करने के लिए अपने प्रतिज्ञा का उल्लंघन करने में तकनीकी रूप से पाया। 'अली ने विरोध किया, यह बताते हुए कि यह कुरान और सुन्नत के विपरीत तौर इसलिए बाध्यकारी नहीं था। फिर उसने एक नई सेना को व्यवस्थित करने की कोशिश की, लेकिन मलिक अशतर की अगुआई में कुर्र के अवशेष अंसार, और उनके कुछ कुलों ने वफादार बने रहे। इसने अली को अपने समर्थकों के बीच भी एक कमजोर स्थिति में डाल दिया। मध्यस्थता के परिणामस्वरूप 'अली के गठबंधन के विघटन में, और कुछ ने कहा है कि यह मुवायाह का इरादा था। 

अली के शिविर में सबसे मुखर विरोधियों ने वही लोग थे जिन्होंने अली को युद्धविराम में मजबूर कर दिया था। उन्होंने अली के बल से तोड़ दिया, नाराजगी के तहत रैली "मध्यस्थता अकेले भगवान से संबंधित है।" इस समूह को खारीजियों ("जो लोग छोड़ते हैं") के रूप में जाना जाने लगा। उन्होंने सभी को अपना दुश्मन माना। 65 9 में अली की सेना और खारीजियों ने नहरवन की लड़ाई में मुलाकात की। तब कुररा खारीजियों के नाम से जाना जाने लगा। तब खारीजियों ने अली के समर्थकों और अन्य मुस्लिमों की हत्या शुरू कर दी। उन्होंने किसी ऐसे व्यक्ति को माना जो अविश्वासी के रूप में अपने समूह का हिस्सा नहीं था। हालांकि 'अली ने एक बड़े अंतर से लड़ाई जीती, फिर भी निरंतर संघर्ष उनकी स्थिति को प्रभावित करना शुरू कर दिया था। इराक़ियों से निपटने के दौरान, अली को एक अनुशासित सेना और प्रभावी राज्य संस्थानों का निर्माण करना मुश्किल हो गया। उन्होंने खारीजियों से लड़ने में काफी समय बिताया। नतीजतन, 'अली को अपने पूर्वी मोर्चे पर राज्य का विस्तार करना मुश्किल हो गया। 

लगभग उसी समय, मिस्र में अशांति पैदा हो रही थी। मिस्र के राज्यपाल, क्यूस को याद किया गया था, और अली ने उन्हें मुहम्मद इब्न अबी बकर (आइशा के भाई और इस्लाम के पहले खलीफ अबू बकर के पुत्र) के साथ बदल दिया था। मुवायाह ने मिस्र को जीतने के लिए 'अमृत इब्न अल' की अनुमति दी और अमृत ने सफलतापूर्वक ऐसा किया। अमृत ​​ने पहले रोमनों से अठारह साल पहले मिस्र लिया था लेकिन उथमान ने उसे बर्खास्त कर दिया था। मुहम्मद इब्न अबी बकर के पास मिस्र में कोई लोकप्रिय समर्थन नहीं था और 2000 पुरुषों के साथ मिलकर कामयाब रहे लेकिन वे बिना लड़ाई के फैल गए। 

अगले वर्षों में, मुवायाह की सेना ने इराक के कई शहरों पर कब्जा कर लिया, जो अली के गवर्नर नहीं रोक सके, और लोगों ने उनके साथ लड़ने के लिए उनका समर्थन नहीं किया। मुवायाह ने मिस्र, हिजाज , यमन और अन्य क्षेत्रों को पराजित किया। अली के खलीफा के आखिरी साल में, कुफा और बसरा में मनोदशा उनके पक्ष में बदल गया क्योंकि लोग मुवायाह के शासनकाल और नीतियों से भ्रमित हो गए। हालांकि, अली के प्रति लोगों का रवैया गहराई से भिन्न था। उनमें से केवल एक छोटी अल्पसंख्यक का मानना ​​था कि अली मुहम्मद के बाद सबसे अच्छा मुस्लिम था और केवल उन पर शासन करने का हकदार था, जबकि बहुमत ने उन्हें मुवायाह के अविश्वास और विरोध के कारण समर्थन दिया था। 

इतिहासलेख
पहला फ़ितना
डॉट्स और एलीफ के बिना उपदेश
सूफी