टीपू के पतन के बाद, वायनाड अंग्रेजों के हाथ आ गया। अंग्रेजों ने वायनाड पर कब्जे के लिए मैसूर से सेना भेजी और उसे केनरा या कोयंबटूर के साथ मिलाने की योजना बनाई। लेकिन जैसा कि वायनाड कोट्टयम राजा का एक पारंपरिक अधिकार था और 1793 से पजहस्सी का इस क्षेत्र पर नियंत्रण रहा था, इसीलिए पजहस्सी ने इसे देश के प्राचीन प्रांत पर कब्जा जमाने की कार्रवाई के रूप में ठीक ही देखा. राजा ने इसका प्रतिरोध किया, इसके लिए उन्होंने नायरों की एक बड़ी फ़ौज जमा करने के साथ-साथ टीपू की मौत के बाद बेरोजगार हो गये उसके पूर्व सैनिक मप्पिलाओं और पठानों को भी अपनी सेना में शामिल किया।

मद्रास में ब्रिटिश सरकार ने मैसूर, केनरा और मालाबार के लिए मेजर जनरल आर्थर को ब्रिटिश सेना कमांडेंट नियुक्त किया।
उसने मालाबार तट और मैसूर से वायनाड में एक दो आयामी चाल की योजना बनाई और और उसके लिए तैयारी शुरू की। राजा मेजर जनरल की चालों को देख रहे थे; जनरल ने सहायता मंगवाई और वायनाड में सड़क निर्माण करवाया तथा विद्रोही देश में चौकियां बनवाई. जवाब में, राजा ने भी अनेक लोगों की भर्ती की, इससे वेल्स्ली इतना भयभीत हुआ कि वह राजा के इस भर्ती अभियान की जांच करने के लिए विद्रोहियों के परिजनों का अपहरण तक करना चाहा। 
राजा को पता चला कि एक सैन्य मिशन के लिए वेल्सली डेक्कन को गया है; तब राजा ने सोचा कि मेजर जनरल की अनुपस्थिति में तेजी से अपनी कार्रवाई करने का यह सुनहरा मौक़ा है। वे कुट्टीयाडि घाटी की ओर चल पड़े और नीचे जाकर उनकी मुलाक़ात वल्लूवनाड माप्पीला नेता उन्नी मुथा मुप्पन और उनके लोगों के साथ हुई। और जल्द ही कम्पुरात्त नांबियार, पेरुवायल नांबियार और कन्नोथ नांबियार जैसे इरुवाज़ीनाड के अनेक महान व्यक्तित्व राजा के साथ जुड़ गये।

1800 के मानसून तक, कोट्टयम के ग्रामीण क्षेत्रों पर नियंत्रण रखने वाले बाग़ी कोट्टयम स्थित ब्रिटिश चौकियों के लिए खतरा बन गये। कोट्टयम में बागियों के गधों पर फिर से कब्जा करने के लिए वेल्सली ने कर्नल सर्टोरियस के अधीन एक सेना भेजी. लेकिन मालाबार में पर्याप्त सैनिक नहीं होने की वजह से यह योजना लागू नहीं की जा सकी। वेल्सली ने वायनाड के सभी संचार को अवरुद्ध करने की सलाह दी ताकि आपूर्ति के बिना राजा को भूखा मारा जा सके। लेकिन सैनिकों की कमी से यह योजना भी कागज़ पर धरी रह गयी। जिस समय, वेल्सली ने मालाबार तट और मैसूर की ओर से राजा के खिलाफ दोतरफा कार्रवाई करने का फैसला किया, तब एक एर्नाड माप्पीला नेता अठन गुरिक्कल और उनके समर्थक राजा का साथ देने को राजी हो गये।

1801 तक, पूरे कोट्टायम और वायनाड में 10,000 से अधिक की ब्रिटिश सेना इकट्ठी हुई और उन्होंने वायनाड तथा मालाबार को जोड़ने वाले सभी रास्तों को अवरुद्ध कर दिया। इतनी बड़ी संख्या देख बागियों ने कुछ समय के लिए भूमिगत हो जाने में ही समझदारी देखी. राजा ने यह भी पाया कि वे अब दक्षिणी वायनाड और दक्षिणी मालाबार में अपने समर्थकों से संपर्क नहीं कर सकते हैं। राजा जंगलों में भटकते रहे, लेकिन फिर भी उन्होंने कोई समझौते से इंकार कर दिया, यह अंग्रेजो के लिए हैरानी की बात थी, क्योकि राजा जान चुके थे कि पूरी स्वतंत्रता के अलावा और कोई विकल्प नहीं है।

इस घुमंतू जीवन में राजा के साथ उनके छह करीबी सहयोगी और 25 सशत्र सैनिक भी थे। पहले वे समर्थन की खोज में पूर्वी चिरक्कल के पर्वतीय जंगलों से पय्यावुर होते हुए उत्तर की ओर गये। लेकिन अंग्रेज उनकी खोज में थे, मगर उन्हें पकड़ पाने में सफलता नहीं मिली। उसके बाद राजा ने कोट्टयम स्थित अपने गुप्त ठिकानों का दौरा किया और फिर कडाथानड और कुरूमब्रनाड के जंगलों में चले गए। अंग्रेज इस बात से क्रुद्ध हुए कि वे जहां कहीं भी जाते उन्हें गुप्त रूप से कुलीन जनों का समर्थन मिला करता; तब अंग्रेजों ने विद्रोही राजा को मदद देने वालों को दंडित करने का फैसला किया।

आतंक फैलाने के भाग के रूप में पेरुवायल नांबियार को गिरफ्तार करके फांसी पर चढ़ा दिया गया। अंग्रेजों ने यह धमकी भी दी कि छः सप्ताह के अंदर आत्म समर्पण नहीं करने वाले बागियों को क्रूर दंड दिया जाएगा और उनकी संपत्ति जब्त कर ली जाएगी. लेकिन आत्मसमर्पण करने वाले विद्रोहियों को क्षमा कर देने की भी घोषणा की गयी। लेकिन ये धमकियां और लालच किसी काम नहीं आये और राजा तब भी मुक्त रहे। लेकिन उनके प्रमुख समर्थकों में से कुछ को गिरफ्तार कर लिया गया, जिनमे बहुत प्रसिद्ध कन्नोथ नांबियार भी थे। कन्नोथ नांबियार और उनके बेटे को भी फांसी पर लटका दिया गया और उनकी संपत्ति जब्त कर ली गयी।

कन्नोथ नांबियार की हत्या के बाद, उत्तरी मालाबार में श्मशान की शांति व्याप गयी, यह तूफ़ान के पहले की शांति थी। कलेक्टर मेजर मैकलोड ने सोचा कि युद्ध समाप्त हो चुका है और वह अपने शोषण कार्यक्रम में जुट गया। उसने तुरंत मालाबार में पूर्ण निरस्त्रीकरण की घोषणा की और धमकी दी कि जिसके पास भी हथियार मिलेंगे उसे मृत्यु दंड दिया जाएगा. उसने कर की दर भी दोगुनी कर दी और महज चालीस दिनों के अंदर पूरे मालाबार में कर के पुनर्मूल्यांकन के आदेश दिए। 

जब मालाबार विद्रोह की कगार पर था और आम जनता के पास संघर्ष के अलावा और कोई रास्ता नहीं बचा, तब 1803 में ये सभी 'सुधार' कार्यक्रम मुंह के बल गिर पड़े. मैकलोड ने सुधारात्मक उपाय के जरिये शांत करने का प्रयास किया, उसने सभी 'सुधारों' को रद्द कर दिया और पुरानी प्रणाली को फिर से स्थापित किया। लेकिन तब तक बड़ी देर हो चुकी थी, क्योंकि राजा के लोग विद्रोह के लिए तैयार हो चुके थे।

दूसरा आक्रमण
दूसरा विद्रोह और मृत्यु (1800-1805)
पनामारम किले पर कब्जा
तलास्सेरी की घेराबंदी