2004 में, उन्होंने समाज के कमजोर वर्ग को फायदा पहुंचाने के लिए स्वास्थ्य, शिक्षा, स्वच्छता और पर्यावरण कार्यक्रम संचालित करने के र्लिए बायोकॉन फाउंडेशन शुरू किया। फाउंडेशन के सूक्ष्म-स्वास्थ्य बीमा कार्यक्रम ने 70,000 ग्रामीण सदस्यों का नामांकन किया गया है।

इसके सात एआरवाई (ARY) क्लीनिक ऐसी जगहों पर स्थित हैं जहां स्वास्थ्य सुविधाएं बहुत खराब हैं तथा जो लोग इन्हें खरीदने में समर्थ नहीं हैं उन्हें चिकित्सीय देखभाल, जेनेरिक दवाएं और बुनियादी परीक्षण प्रदान किया जाता है। प्रत्येक क्लीनिक 10 किलोमीटर के भीतर रहनेवाली 50,000 आबादी के लिए कार्य करता हैं। सभी क्लीनिक नियमित रूप से नेटवर्क अस्पतालों से चिकित्सकों और डॉक्टरों को दूरदराज के गांवों में ले जाकर सामान्य स्वास्थ्य की जांच कराते हैं। प्रत्येक वर्ष, स्वास्थ्य के देखभाल के लिए फाउंडेशन अपने समग्र दृष्टिकोण के माध्यम से 300,000 लोगों को सेवा प्रदान करता है।

फाउंडेशन चलती-फिरती चिकित्सा सेवाएं भी प्रदान करता है और रोगनिरोधक स्वास्थ्य शिक्षा कार्यक्रम तथा मुफ्त स्वास्थ्य देखभाल शिविर का भी आयोजन करता है।‍

उन्होंने 2007 में डॉ॰ देवी शेट्टी के नारायण दृदयालय के साथ मिलकर बंगलौर के बूम्मसंद्रा के नारायण हेल्थ सिटी परिसर में 1,400 शय्यावाले कैंसर देखभाल केंद्र की स्थापना की है। यह मजूमदार-शॉ कैंसर सेंटर (MSCC) कहलाता है, यह अपनी तरह के सबसे बड़े कैंसर अस्पतालों में से एक है, जो कि पांच लाख वर्गफीट से भी अधिक बड़े क्षेत्र में फैला हुआ है। यह विशेष रूप से सिर और गर्दन के कैंसर, स्तन कैंसर और गर्भाशय ग्रीवा कैंसर के लिए है।

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