हालांकि एलिस इन चेन्स आधिकारिक तौर पर कभी ख़त्म नहीं हुआ, स्टैली एक बैरागी बन गए जो 1996 में बैक्टीरियल इंडोकार्डिटिस की बीमारी के कारण हुई अपनी पूर्व प्रेमिका डेमरी पैरोट की मौत के बाद शायद ही कभी अपने सिएटल के आवास को छोड़ते थे। स्टैली ने 1996 में "रोलिंग स्टोन" से कहा, "नशीली दवाओं ने कई सालों तक मेरा साथ दिया", "और अब ये मेरे दुश्मन बन रहे हैं, अब मैं नरक की स्थिति से होकर गुजर रहा हूँ". एलिस इन चेन्स की नयी सामग्री के साथ आगे बढ़ने में अक्षम, कैंट्रेल ने "बोगी डिपो" के शीर्षक से 1998 में अपना पहला सोलो एलबम रिलीज किया, जिसमें सिएन किन्नी और माइक आइनेज को भी दिखाया गया था। 1998 में स्टैली फिर से एलिस इन चेन्स के साथ आ मिले और दो नए गानों "गेट बोर्न अगेन" और "डाइड" को रिकॉर्ड किया। मूलतः कैंट्रेल के सोलो एलबम के लिए लिखे गए इन गानों को 1999 की शरद ऋतु में बॉक्स सेट, "म्यूजिक बैंक" पर रिलीज किया गया। इस सेट में कई विशिष्टताएं, डेमो और पहले के एलबम के ट्रैक्स सहित 48 गाने शामिल थे। बैंड ने "" के शीर्षक से 15-ट्रैक का एक संकलन भी रिलीज किया, जो "म्यूजिक बैंक" के लिए एक सैम्पलर होने के साथ-साथ बैंड का पहला सर्वाधिक हिट संकलन रहा. बैंड के आख़िरी आधिकारिक रिलीज में एक लाइव एलबम, एक साधारण शीर्षक "लाइव" के साथ 5 दिसम्बर 2000 को और ""ग्रेटेस्ट हिट्स" " के शीर्षक से दूसरे सबसे बड़े हिट्स का संकलन 2001 में रिलीज किया गया।

2002 तक कैंट्रेल ने अपने दूसरे सोलो एलबम "डिग्रेडेशन ट्रिप" का काम पूरा कर लिया था। 1998 में लिखे गए इस एलबम के गीत काफी हद तक उस विषय पर केन्द्रित थे जिसे कैंट्रेल एलिस इन चेन्स का ख़त्म होना समझते थे जो अब तक स्पष्ट नहीं हुआ था और एलम अपने जून 2002 के रिलीज के करीब पहुँच गया था। हालांकि, उसी वर्ष मार्च में कैंट्रेल ने कहा, "हम अब भी इसके आसपास हैं, इसीलिये यह संभव है [एलिस इन चेन्स] कि हम सब किसी न किसी दिन कुछ न कुछ कर सकते हैं और मैं पूरी तरह यह आशा करता हूँ कि किसी न किसी दिन हम ऐसा जरूर करेंगे.

एक दशक तक नशीली दवाओं के लत से लड़ने के बाद लें स्टैली को अपने आवास में 20 अप्रैल 2002 को मृत पाया गया। उनकी माँ और सौतेले पिता सावधान हो गए जब एकाउंटेंटों ने पाया कि उनके खातों से पैसे नहीं निकाले जा सकते हैं। पुलिस की मदद से वे उनके आवास में दाखिल हुए और काफी खोजबीन की. उनके शव की जाँच से यह खुलासा हुआ कि स्टैली की मौत हेरोइन और कोकीन के एक मिश्रण से हुई थी। उनके दोस्तों ने अनुमान लगाया कि नशीली दवाओं की लत की वजह से संभवतः वे एक ऐसी बीमारी से घिर गए थे जिससे उनका शरीर लड़ नहीं पाया, क्योंकि उनका इम्यून सिस्टम खराब हो चुका था। उनका शरीर उनकी मौत के दो हफ़्तों के बाद मिला था। अपने अंतिम साक्षात्कार में, जो उनकी मौत के कई महीनों पहले दिया गया था स्टैली ने काहा था, "में जानता हूँ कि मैं अपनी मौत के करीब हूँ, मैं टूट गया था और कई सालों तक हेरोइन को छोड़ दिया था। मैं अपनी जिंदगी को इस तरह कभी ख़त्म होते देखना नहीं चाहता था।" कैंट्रेल ने स्टैली की मौत के दो महीनों के बाद रिलीज किये गए अपने 2002 के सोलो एलबम को उनकी याद में समर्पित किया था।

निष्क्रियता और लेन स्टैली की मौत (1996-2002)
विरासत
संगीत की शैली
बैंड के सदस्य