यदि किसी मामले में CGI कॉल में स्क्रिप्टिंग भाषा प्रयुक्त होती है जैसे कि csh या पर्ल, तो कोडिंग त्रुटियों के परिणामस्वरूप कोड इंजेक्शन जोखिम की संभावना बढ़ जाती है।

कमांड कॉलिंग का आम तौर पर अर्थ है एक नव निर्मित प्रक्रिया का आह्वान. प्रक्रिया को शुरू करने में, परिणाम उत्पन्न करने के वास्तविक कार्य की अपेक्षा अधिक समय तथा मेमोरी खर्च हो सकती है, खासकर जब प्रोग्राम को अभी इंटरप्रिटेट या कम्पाईल करना बाकी है। यदि प्रोग्राम को अक्सर चलाया जाता है तो काम के बोझ से वेब सर्वर जल्दी नष्ट हो सकते हैं। बहरहाल, इस बोझ को कम्पाईल किये हुए CGI प्रोग्रामों का प्रयोग कर के कम किया जा सकता है जैसे कि CGI के साथ पर्ल या अन्य स्क्रिप्टिंग भाषाओँ के स्थान पर C/C++, का प्रयोग किया जा सकता है। प्रदर्शन से सम्बंधित ऐसे मुद्दे आम तौर पर केवल उन मशीनों पर एक चिंता का विषय है जिन पर अत्याधिक कार्यभार होता है।

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