स्कोपिये देश के उत्तर में, बाल्कन प्रायद्वीप के केंद्र में और बेलग्रेड और एथेंस के बीच आधे रास्ते में स्थित है। शहर को स्कोपिये घाटी में बनाया गया था, जो पश्चिम-पूर्व की धुरी पर स्थित है, साथ ही वर्दर नदी भी है, जो ग्रीस होते हुए एजियन सागर में बहती है। घाटी लगभग चौड़ी और यह कई पर्वत श्रृंखलाओं द्वारा उत्तर और दक्षिण तक सीमित है। इन श्रृंखलाओं ने स्कोपिये के शहरी विस्तार कि चौड़ाई को सीमित कर दिया है, इसके कारण यह उत्तर से आने वाली एक छोटी नदी, वरदार और सर्वा के समानान्तर फैलती है। अपनी प्रशासनिक सीमाओं में, स्कोपिये शहर , से अधिक तक फैला है, लेकिन यह केवल चौड़ा है। 

वर्दर नदी, जो गोस्तिवार के पास अपने स्रोत से लगभग , स्कोपिये से होकर बहती है। 

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