विन्डोज़ डेस्कटॉप अपडेट (एक वैकल्पिक घटक के रूप में इंटरनेट एक्सप्लोरर 4.0 के साथ पैक और विंडोज 98 में शामिल), के जारी होने के साथ, विन्डोज़ एक्सप्लोरर, इंटरनेट एक्सप्लोरर के साथ एकीकृत हो गया, सबसे विशेष रूप से हाल ही में दौरा की गई निर्देशिका के बीच और साथ ही साथ इंटरनेट एक्सप्लोरर के फेवरिट मेनू में घूमने के लिए नेविगेशन तीर (आगे और पीछे) के जुड़ने के साथ. उस समय इन परिवर्तनों ने शामिल की गई सुविधा को लेकर गैर-विश्वास चिंताओं को जन्म दिया जिसे एक अनुप्रयोग विफलता के रूप में देखा जा रहा था, लेकिन इस सुविधा को अन्य अधिकांश फ़ाइल ब्राउज़रों ने अपनाया है।

एक एड्रेस बार को भी विन्डोज़ एक्स्प्लोरर में जोड़ा गया, जिसमें एक उपयोगकर्ता निर्देशिका पथ को सीधे लिख सकता है और उस फोल्डर में वह पहुंच जाएगा. इंटरनेट पते के लिए यह यूआरएल (URL) बार के रूप में काम करता है; वेब पृष्ठ विंडो के मुख्य हिस्से में खुलते हैं।

एक अन्य विशेषता जो इंटरनेट एक्सप्लोरर प्रौद्योगिकी पर आधारित थी वह थी अनुकूलित फ़ोल्डर. इस तरह के फ़ोल्डर में एक गुप्त वेब पेज होता था जो इस बात को नियंत्रित करता था कि विन्डोज़ एक्स्प्लोरर सामग्री को किस प्रकार प्रदर्शित करेगा. एक्टिव एक्स (ActiveX) ऑब्जेक्ट्स और स्क्रीप्टिंग पर अपनी निर्भरता के चलते इस सुविधा में सुरक्षा कमजोरियों साबित हो गईं और इसे विंडोज XP के परिचय के साथ हटा दिया गया।

अन्य नई सुविधाएं:

खोज, आयोजन और मेटाडेटा
लाइब्रेरीज़
सर्च कम्पेनियन (खोज साथी)
विन्डोज़ 98 और विन्डोज़ डेस्कटॉप अपडेट