हाल के वर्षों में काउंसिल ने रूस में अपने संचालन में कठिनाइयों का अनुभव किया है, जिसके कारण कभी-कभी ब्रिटिश-रूसी संबंध में तनाव भी उत्पन्न हुए हैं। यह काउंसिल शिक्षा, विज्ञान और संस्कृति के क्षेत्रों में सहयोग पर 1994 में किये गए अंतर सरकारी समझौते के तहत संचालन करता है। ब्रिटिश सरकार कुछ सालों से एक नवीन सांस्कृतिक केंद्र (CCA) की स्थापना का प्रयास कर रही है जिससे ब्रिटिश काउंसिल की स्थिति रूस में आधिकारिक हो जाए. ब्रिटिश काउंसिल अब रूस में कर के लिए पंजीकृत है और अपने "शुल्क अर्जित करने वाले कार्यों" के लिए कर देता है। रूसी सरकार ने उनके इस दावे को भी चुनौती दी है जिसके तहत उन्हें उनके व्यायसायिक भाषा शिक्षण पाठ्यक्रम पर स्थानीय कराधान के भुगतान से अतीत में छूट मिली है और उन रूसी गैर सरकारी संगठनों को ब्रिटिश काउंसिल के समर्थन को भी चुनौती दी जिन्हें राजनैतिक माना जाता है। 

2007 के उत्तरार्ध में ब्रिटिश काउंसिल ने घोषणा की कि 1 जनवरी 2008 से वह रूस में सभी ESOL और अन्य अंग्रेजी भाषा की परीक्षा को बंद कर देगी. "हमारे नियंत्रण से परे की परिस्थितियों" को उसने कारण के रूप बताया और ऐसा लगता है कि कुछ परीक्षाएं जिन्हें पहले ही दर्ज किया जा चुका था, रद्द कर दिया गया। इसके अतिरिक्त, ब्रिटिश काउंसिल ने कहा कि मास्को, सेंट पीटर्सबर्ग और एकाटेरिनबर्ग के कार्यालयों को छोड़कर रूस में स्थित सभी कार्यालयों को 2007 के अंत से पहले बंद कर दिया जाएगा. बंदी की बाद की पुष्टि यहां सूचित है।

12 दिसम्बर 2007 को घटनाक्रम का और विकास हुआ, जब यह सूचना मिली कि ब्रिटिश काउंसिल को रुसी विदेश मंत्रालय द्वारा आदेश दिया गया है कि वह जनवरी 2008 से पहले मास्को से बाहर शेष कार्यालयों को बंद कर दे. मंत्रालय का कहना था कि ब्रिटिश काउंसिल रूस के भीतर "अवैध रूप से संचालन" कर रही थी और कहा कि "काउंसिल ने अन्य नियमों के अलावा कर विनियमों का उल्लंघन किया था". रूसी स्थिति को मास्को न्यूज़ वेबसाइट पर संक्षेप में एक लेख में प्रकाशित किया गया था।

नव वर्ष के अंतराल के बाद जब सेंट पीटर्सबर्ग और एकाटेरिनबर्ग में काउंसिल के कार्यालय जनवरी के मध्य में फिर से खुले, तो रूसी अधिकारियों ने ब्रिटेन पर जानबूझकर उत्तेजित करने का आरोप लगाया, क्योंकि यह कार्रवाई अवैध थी। हालांकि, ब्रिटिश राजदूत सर टोनी ब्रेंटन ने कहा कि उन्होंने डिप्टी विदेश मंत्री व्लादिमीर टीटोव को सूचित कर दिया है और कहा कि कार्यालय खुले रहेंगे क्योंकि "ब्रिटिश काउंसिल पूरी तरह से वैध रूप में काम कर रहा है और इसलिए वह काम करना जारी रखेगा, तथा इसके खिलाफ कोई भी रुसी कार्रवाई अंतरराष्ट्रीय कानून का उल्लंघन होगी." 15 जनवरी 2008 को सेंट पीटर्सबर्ग कार्यालय के प्रमुख स्टीफन किनोक जो द ब्रिटिश काउंसिल के तत्कालीन अध्यक्ष नील किनोक के बेटे थे, उन्हें कथित तौर पर यातायात क़ानून तोड़ने और शराब पी कर गाड़ी चलाने के लिए हिरासत में ले लिया गया; लेकिन उन्होंने राजनयिक हैसियत का दावा करते हुए सांसों के शराब-स्तर परीक्षण से मना कर दिया, जो तब सही साबित हुआ जब एक घंटे बाद ब्रिटिश कौंसुल जनरल वहां पहुंचे। उन्हें तब रिहा कर दिया गया। स्टीफन किनोक ने अगले दिन रूस छोड़ दिया और उन्हें अन्यत्र तैनात किया गया।

दोबारा खुलने के बाद, FSB अधिकारियों ने सेंट पीटर्सबर्ग और एकाटेरिनबर्ग, दोनों जगहों पर ब्रिटिश काउंसिल कर्मचारियों से पूछताछ की, जाहिरा तौर पर उन्हें यह सूचित करते हुए कि वे एक अवैध संगठन के लिए कार्य कर रहे हैं। फलस्वरूप, कर्मचारियों की कमी के कारण दोनों ही कार्यालय बंद हो गए और 17 जनवरी 2008 को बंद रहे.
जबकि कर्मचारियों के साथ समस्याओं को देखते हुए, ब्रिटेन को इन कार्यालयों के दोबारा खुलने की कम ही आशा थी, लंदन में रूस के राजदूत, यूरी फेडोटोव ने पत्रकारों को बताया कि विवाद का समाधान किया जा सकता था यदि ब्रिटेन ने मास्को की स्थिति के लिए अधिक सम्मान दिखाया होता: "एक समाधान संभव है, मगर हमें अधिक सम्मान की अपेक्षा है और सार्वजनिक चर्चा से बचने की जरुरत है जो वर्तमान परिस्थितियों में असहायक है".

जून 2008 में घोषणा की गई कि ब्रिटिश काउंसिल की रूसी टैक्स अधिकारियों द्वारा टैक्स का भुगतान न करने के कारण जांच की गई। यह कर आकलन से सम्बंधित एक टैक्स बिल के विवाद से उत्पन्न हुआ था जिसे मई 2008 में जारी किया गया था लेकिन जो 2007 से संबंधित था। 

एक ईमेल बयान में ब्रिटिश काउंसिल ने कहा, "ब्रिटिश काउंसिल टैक्स प्राधिकरण में पंजीकृत है, यह नियमित रूप से कर देता है।.. और वह रूसी कर अधिकारियों की सभी मांगों को पूरा करता है". 

हालांकि, यह आरोप लगाया गया है कि काउंसिल ने उल्लिखित टैक्स बिल के अंतर्गत सभी देय करों का भुगतान नहीं किया है और मांगी गई राशि को "दंडात्मक और असंगत रूप से विशाल" वर्णित किया। यदि पूरी राशि का भुगतान नहीं किया जाता तो रूसी टैक्स अधिकारियों द्वारा की जानी वाली संभव कार्रवाई में शामिल है संपत्ति की जब्ती, जिसमें शामिल है किताबें, फर्नीचर, कविता और कंप्यूटर जिसे ब्रिटिश काउंसिल के मॉस्को में अब एकमात्र बचे रुसी कार्यालय से किया जा सकता है। इस तरह की कार्रवाई को एक आधिकारी द्वारा "उन मामलों में मानक प्रक्रिया जहां कर अधिकारियों का मानना है कि अभी भी एक बकाया राशी बाकी है" के रूप में वर्णित किया गया है।

दिसंबर 2008 में एक रूसी अदालत ने ब्रिटिश काउंसिल के खिलाफ कर £2.3m के कर मामले को पुनः बहाल कर दिया और निचली अदालत के निर्णय को पलट दिया जिसे ब्रिटिश राजनयिकों ने अंतिम फैसला माना था। काउंसिल ने स्टीफन किनोक के साथ भी दूरी बना ली, जिन्होंने दावोस, स्विट्जरलैंड में जनवरी 2009 से द वर्ल्ड इकोनोमिक फोरम में एक नया पद ग्रहण किया।

पहल
2 अपने सेक्टर को बदलने के लिए नेतृत्व क्षमता/योग्यता
रूस में कठिनाइयां
फिलिस्तीनी साहित्य महोत्सव