कीनिया का नवीनकालिक भूगर्भिक परिदृश्य मुख्यतः ज्वालामुखीयता द्वारा प्रभावित रहा है। यहाँ प्लेट विवर्तनिकी की सक्रियता रिफ्ट घाटियों के रूप में इस पूरे क्षेत्र की संरचना को निर्धारित करती है। यहाँ पूर्वी अफ़्रीकी रिफ्ट कीनिया की सबसे उत्तरी झील तुरकाना से लेकर, माउंट केन्या होते हुए दक्षिण में किलिमांजारो पर्वत तक और आगे तंजानिया में फैली है।

कीनिया के पश्चिमी भाग का ज्यादातर हिस्सा प्लायोसीन-प्लीस्टोसीन काल के ज्वालामुखियों द्वारा आच्छादित है जिसके नीचे प्रीकैम्ब्रियन चट्टानें पायी जाती है।
वहीं कीनिया का दक्षिणी-पूर्वी हिस्सा कारू नदी तन्त्र द्वारा जमा किये तलछट से निर्मित है जो पर्मियन से लेकर बाद के ट्रियासिक काल के अवसाद हैं। अन्जा द्रोणी का दिग्विन्यास उतर-पश्चिम से दक्षिण-पूर्व की ओर है और यह रिफ्ट गोंडवानालैण्ड के विभाजन के समय उत्पन्न हुयी थी।

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