ब्रह्मपुत्र नदी बाढ़सक्रिय मैदानों के बीच से गुजरती है और उसकी अनेक उपनदियाँ दक्षिण और उत्तर दोनों तरफ से आकर जुडती है। इसीलिए माजुली गंभीर बाढ़ में ही नहीं बल्कि सामान्य बाढ़ में भी जलमग्न हो जाता है। कई कारणों से गर्मियों में मानसून के महीने माजुली के लिए मुख्य बाढ़ का मौसम है। 
असम में भूकटाव हर नदी के तट पर होने वाली एक प्राकृतिक घटना है क्योंकि यहाँ की मिट्टी रेतीली है और इस क्षेत्र की भौगोलिक परिस्थितियाँ अभी भी विकास के क्रम में हैं। १९५० सन के विनाशकारी भूकंप के बाद से द्वीप के दक्षिणी किनारे पर लगातार कटाव से कई गांवों और सत्र नदी की गाल में समा चुके हैं। भूकटाव ने माजुली द्वीप की पर जनसांख्यिकीय स्वरुप, पारिस्थितिकी, पर्यावरण, सामाजिक संरचना और आर्थिक विकास को खासा प्रभावित किया है।

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