षड़यंत्र सिद्धांतकार हमलों के आधिकारिक संस्करण, उनके पीछे की मंशा, उसमें शामिल दल तथा स्वतंत्र जांच में लगे दलों पर प्रश्न उठाते हैं। कुछ षड़यंत्र सिद्धांत हमलों के "कारण" के रूप में एक झूठे झंडे के माध्यम से सैन्यीकरण और पुलिस शक्ति में वृद्धि लाने को देखते हैं।

9/11 षड़यंत्र सिद्धांतों के समर्थकों में से कुछ ने अनुमान लगाया है कि संयुक्त राज्य अमेरिका के अंदर लोगों के पास हमलों की विस्तृत जानकारी थी और जान-बूझ कर उन्हें न रोकने का विकल्प चुना या अल-कायदा से बाहर के लोगों द्वारा योजना बनाई गई और क्रियान्वित किया गया या हमलों में सहायता की गई। कुछ षड़यंत्र सिद्धांतकार दावा करते हैं कि वर्ल्ड ट्रेड सेंटर विमानों के टकराने से नहीं गिरा बल्कि इसके बजाय इसे विस्फोटकों द्वारा गिराया गया। नियंत्रित विध्वंस परिकल्पना को राष्ट्रीय मानक एवं तकनीकी संस्थान ने अस्वीकार कर दिया, जो अपने अनुसंधान के बाद इस निष्कर्ष पर पहुंचे कि जेट विमानों की तेज गति के साथ अनुवर्ती आग दोनों टॉवर्स के ढहने का कारण बनी.

9/11 आयोग
हमलों के बाद सैन्य अभियान
षड्यंत्रकारी सिद्धांत
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