फ्रेंकलिन पियर्स, राष्ट्रपति चुनाव जीतने के बाद, 1853 में डेविस को अपना युद्ध सचिव बना दिया। इस पद में, उनके द्वारा प्रस्तावित अंतरमहाद्वीपीय रेल के लिए विभिन्न मार्गों को निर्धारित करने के लिए प्रशांत रेल सर्वेक्षण शुरू किया गया। उन्होंने नियमित सेना का आकार अपने मिशन को पूरा करने के लिए अपर्याप्त देखा और सुझाव दिया की वेतन बढ़ाना होगा, जोकि पिछले 25 साल से नहीं बढ़ा था। कांग्रेस ने वेतन पैमाने पर सहमति व्यक्त की और बढ़ा दी। डेविस ने चार और रेजिमेंटों को जोड़ा, जिससे सेना की संख्या 11,000 से बढ़कर 15,000 हो गई। डेविस ने राइफलों का सामान्य उपयोग भी शुरू किया जो उन्होंने मैक्सिकन-अमेरिकी युद्ध के दौरान सफलतापूर्वक इस्तेमाल किया था। नतीजतन, सेना की मनोबल और क्षमता दोनों में सुधार हुआ। 1857 में पीयर्स का कार्यकाल समाप्त होने के बाद डेमोक्रेटिक ने जेम्स बुकानन को राष्ट्रपति हेतू नामांकन दिया और उनके राष्ट्रपति बनते ही डेविस का भी कार्यकाल समाप्त हो गया। इसके बाद वे सीनेट के लिए खड़े हुए जहाँ वे चुने गए, और 4 मार्च, 1857 को पुनः सीनेटर चुने गये।

राजनीति में वापसी
विरासत
परिसंघीय राज्य अमेरिका के राष्ट्रपति
युद्ध के सचिव