जब से लोगों ने पहली बार इस बात को जाना की उनका स्वास्थ्य और कुशलता उनके पर्यावरण की गुणवत्ता से संबंधित है, तब से उन्होंने पर्यावरण की गुणवत्ता में सुधार करने के लिए विचारशील सिद्धांतों को लागू करने का प्रयास किया। प्राचीन हड़प्पा सभ्यता ने कुछ शहरों में पुनरावर्ती नालियों का उपयोग किया। रोम वासियों ने बाढ़ से बचने और रोम के महानगर के लिए एक साफ़, सेहतमंद जल आपूर्ति के लिए जलसेतु का निर्माण किया। 15वीं सदी में, बवेरिया ने ऐसा कानून बनाया जिसके तहत क्षेत्र की जल आपूर्ति को संगठित करने वाले एल्पाइन देश के विकास और अवनति पर रोक लगा दी गई।

जल और प्रदूषण और पर्यावरण की गुणवत्ता में तेज़ी से होती व्यापक गिरावट से सम्बंधित व्यापक सार्वजनिक चिंता की प्रतिक्रिया स्वरूप 20वीं सदी की तृतीय मध्यावधि के दौरान यह क्षेत्र एक अलग पर्यावरण विषय के रूप में उभरा. हालांकि, इसकी जड़ें सार्वजनिक स्वास्थ्य इंजीनियरिंग के पूर्व प्रयासों तक फैली है। आधुनिक पर्यावरण इंजीनियरिंग 19वीं शताब्दी के मध्य लंदन में शुरू हुई जब जोसफ बजालगेट्टे ने पहली प्रमुख मल-सुरंग प्रणाली डिज़ाइन की जिसने कोलेरा जैसे जलजनित रोगों की घटनाओं को कम किया। औद्योगिक देशों में पेय जल उपचार और सीवर उपचार ने जलजनित रोगों से होने वाली मौतों की संख्या को काफी कम कर दिया.

कई मामलों में, जैसे-जैसे समाज विकसित हुआ, उन क्रियाओं ने जिनका उद्देश्य उन समाजों के लिए लाभ प्राप्त करना था, उनके दीर्घकालीन प्रभाव हुए जिसने पर्यावरण की अन्य गुणवत्ता का ह्रास किया। एक उदाहरण है द्वितीय विश्व युद्ध के बाद के वर्षों में कृषि कीटों को नियंत्रित करने के लिए डीडीटी (DDT) का प्रयोग. जबकि उससे उत्कृष्ट कृषि परिणाम मिले और फसलों की पैदावार में नाटकीय रूप से वृद्धि हुई, जिसके फल स्वरूप विश्व की भूख को वस्तुत: कम किया गया और मलेरिया भी पूर्व के मुकाबले बेहतर ढंग से नियंत्रित किया जा सका, डीडीटी के प्रभाव के कारण कई प्रजातियां अपने प्रजनन चक्र पर विलुप्त होने की कगार पर पहुंच गई। रेचल कार्सन के "साइलेंट स्प्रिंग" में डीडीटी की कहानी के विशद वर्णन को, आधुनिक पर्यावरण आंदोलन का जन्म और "पर्यावरण इंजीनियरिंग" के आधुनिक क्षेत्र का विकास माना जाता है।

संरक्षण आंदोलन और पर्यावरण को क्षति पहुंचने वाले सार्वजनिक कार्यों को रोकने वाले कानून विभिन्न समाजों में सहस्राब्दियों से विकसित होते रहे हैं। उल्लेखनीय उदाहरण हैं उन्नीसवीं सदी में लंदन और पेरिस में सीवर निर्माण के लिए कानून द्वारा हुक्मनामा और 20वीं सदी में अमेरिका में राष्ट्रीय पार्क प्रणाली का निर्माण.

संक्षिप्त में कहा जाए तो, पर्यावरण इंजीनियरिंग का मुख्य कार्य है रक्षा (और अवनति से), संरक्षण (वर्तमान स्थिति को) और पर्यावरण को बढ़ावा देने के द्वारा सार्वजनिक स्वास्थ्य की रक्षा करना. इसके अलावा वे ऊर्जा के नए रूपों के साथ आगे आते हैं और उसे अधिक प्रभावी बनाने के तरीके तलाश करते हैं। वे लोगों को पर्यावरण के अनुकूल ऊर्जा और उत्पादों की ओर रूपान्तरित करने का प्रयास करते हैं।

वायु गुणवत्ता प्रबंधन
पर्यावरण इंजीनियरिंग का विकास
पर्यावरण इंजीनियरिंग के कार्य-क्षेत्र
जल आपूर्ति और उपचार