वैकल्पिक चिकित्सा के वे रूप जो जैविक रूप से सक्रिय हैं, पारंपरिक चिकित्सा के साथ प्रयोग किए जाने पर खतरनाक साबित हो सकते हैं। ऐसे उदाहरणों में शामिल हैं- प्रतिरक्षी-संवर्धन उपचार पद्धति (immuno-augmentation therapy), शार्क उपास्थि, जैवानुनाद उपचार पद्धति (bioresonance therapy), ऑक्सीजन तथा ओज़ोन उपचार पद्धति, इंसुलिन पोटेंशियल थेरेपी (insulin potentiation therapy). कुछ जड़ी-बूटी उपचार केमोथेरेपी दवाओं, विकिरण उपचार पद्धति के साथ खतरनाक अंतःक्रिया कर सकती है या अन्य समस्याओं के साथ ही सर्जरी के दौरान निश्चेतक का कार्य कर सकती हैं। ऐडीलैड विश्वविद्यालय (Adelaide University), ऑस्ट्रेलिया के सहायक प्रोफेसर ऐलेस्टेयर मैकलेनन (Alastair MacLennan) द्वारा ऐसे खतरों का एक उपाख्यानात्मक उदाहरण प्रस्तुत किया गया, जो एक ऐसे रोगी के बारे में था, जो ऑपरेटिंग टेबल पर रक्तस्राव के कारण मरणासन्न स्थिति में जा पहुंचा और जिसके बारे में इस तथ्य को नजरअंदाज किया गया था कि वह ऑपरेशन से पूर्व “अपनी ताकत बढ़ाने वाले” “प्राकृतिक” पेय का सेवन कर रही थी, जिसमें रक्तथक्कीकरण निरोधी एक शक्तिशाली पेय शामिल भी था, जिसने उसे मृत्यु के करीब पहुंचा दिया.

"एबीसी ऑनलाइन (ABC Online)", को मैकलेनन ने अन्य संभावित कार्यप्रणाली भी प्रस्तुत की:

उपचार विलंब
सुरक्षा का परीक्षण
अपील
शिक्षा