पुर्तगाल के कार्डिनल हेनरिक ने पहले इंक्विज़िटर (inquisitor) के रूप में अलेक्सो डिआज फलसाओं (Aleixo Díaz Falcão) को भेजा। उसने पहले ट्रिब्यूनल की स्थापना की, जो कि (हेनरी लेया के मुताबिक़) पुर्तगाली औपनिवेशिक साम्राज्य के उत्पीड़न का सबसे निर्दय वाहक बना। कार्यालय सुल्तान आदिल शाह के पूर्व महल में बसाया गया था। 

इंक्विज़िटर का पहला कृत्य हिंदू आस्था के अनुसार खुले तौर पर अंतिम संस्कार करने पर प्रतिबंध लगाना था। इंक्विज़िशन द्वारा लगाए गए अन्य प्रतिबंधों में शामिल हैं: 


1560 से 1774 तक, कुल 16,172 व्यक्तियों पर इंक्विज़िशन ने मुक़द्दमा चलाया। हालांकि इसमें विभिन्न राष्ट्रीयताओं के व्यक्ति भी शामिल थे, किंतु अधिकतर (लगभग तीन चौथाई) मूल निवासी भारतीय थे, और इनमें कैथोलिक और गैर-ईसाइयों की संख्या लगभग बराबर थी। इनमें से कुछ को सीमा पार करने और वहां की जमीन पर खेती करने के लिए गिरफ़्तार किया गया था। 

लॉरेन बेंटन के अनुसार, 1561 और 1623 के बीच, गोवा के अधिग्रहण में 3,800 मामले आए। यह एक बड़ी संख्या थी क्योंकि 1580 के दशक में गोवा की कुल जनसंख्या ही लगभग 60,000 थी, जिसमें से अनुमानित हिंदू आबादी के साथ लगभग एक-तिहाई या 20,000 थी। 

इंक्विज़िशन कार्यालय की शुरुआत
इंक्विज़िशन पर कुछ विचार
कोंकणी भाषा का दमन
भारत में इंक्विज़िशन का आरंभ