जब सिकंदर महान ने महाराजा पुरूवास को हराया तो उस ने दो शहर आबाद किये। एक शहर झेलम नदी और दूसरा शहर चेनाब नदी के पास बसाये। चेनाब के पास आबाद किया गया दूसरा शहर आज का जलालपुर जट्टां है। सिकंदर ने इस का नाम शाकलानगर रखा जिसकी उत्पत्ति यूनानी और संस्कृत शब्दों से की गई। शाकलानगर का अर्थ सुंदरता का शहर है। इन शहरों को सिकंदर महान की बहुराष्ट्रीय सेनाओं ने आबाद किया जिन में यूनानियों की अधिक संख्या शामिल थी। ये शहर सिकंदर महान की विदा के बाद कई वर्ष तक पनपते रहे। बाद में जलालुद्दीन ख़िलजी और इस की सेना ने मंगोलों के हमलों को रोकने के लिए इस शहर में ठहराव किया। ख़िलजी ने शहर का नाम बदल कर अपने नाम पर जलालाबाद रख दिया। फिर अपने काल के मशहूर जाट जिन का नाम ज़बरदस्त ख़ान और अजमेर ख़ान था ने शहर का नाम जलालपुर जट्टां कर दिया।

सिख साम्राज्य में भी इस शहर को महिमा मिली। जलालपुर जट्टां में इस्लामगढ़ नामक एक स्थान है जिसे 300 ई॰पू॰ में राजा चन्द्रगुप्त मौर्य ने बनवाया था। स्थानीय इतिहासकारों की मानता है कि इस्लाम गढ़ में चन्द्रगुप्त मौर्य ने एक क़िले का निर्माण किया था। क़िले की जगह का असल नाम तो मालूम नहीं मगर समय के साथ ये क़िला इस्लाम गढ़ क़िला के नाम से प्रसिद्ध हो गया। ये क़िला औरंगज़ेब, अहमद शाह अब्दाली, महाराजा रणजीत सिंह और इन की सेनाओं का टकसाल रहा है। केवल क़िले के कुछ ख़राब अवशेष ही आज मौजूद है। 1832 में इस्लाम गढ़ क़िला लाहौर के महाराजा रणजीत सिंह का टकसाल था। 

शहर के क्षेत्रों के भीतर एक प्राचीन शहर भी है जिस का नाम कुल्ला चोर है। कुल्ला चोर अब जलालपुर जट्टां शहर का नगर है। क्षेत्र में खुदाई से पता चला है कि कुल्ला चोर मौर्य राजवंश का टकसाल था।

जलालपुर जट्टां को 1908 में नगरपालिका बनाया गया। फ़रवरी 2015 में शहर को तहसील का दर्जा दिया गया।

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