डिसेलिनेशन के लिए पूंजी तथा परिचालन लागत को निर्धारित करने वाले कई कारक हैं: क्षमता और इकाई का प्रकार, स्थान, कच्चा पानी, श्रम, ऊर्जा, वित्त पोषण और सघन पानी का निपटान. डिसेलिनेशन संयंत्र अब दबाव, तापमान और पानी की निकासी के लिए नमकीन सांद्रता के अनुकूलन का नियंत्रण कर सकते हैं। बड़े पैमाने पर परमाणु शक्ति से चलने वाले डिसेलिनेशन अधिक किफायती हो सकते हैं।

जबकि ध्यान देने योग्य बात है कि लागत कम हो रही है और आम तौर पर समृद्ध क्षेत्र, जो कि महासागरों के निकट हैं, के लिए प्रौद्योगिकी आम तौर पर सकारात्मक है, एक अध्ययन का तर्क है कि "कम पानी वाले कुछ क्षेत्रों के लिए डिसेलिनेशन एक समाधान हो सकता है, किन्तु गरीब, महाद्वीप के आंतरिक भागों में स्थित, या अधिक ऊंचाई पर स्थित स्थानों के लिए यह समाधान नहीं है। और दुर्भाग्य से, इन स्थानों में, ऐसे कुछ स्थान भी शामिल हैं, जहां पानी की विकट समस्याएं हैं और "वास्तव में, 2000 मीटर तक पानी चढ़ाने या 1600 किमी तक पानी भेजने की लागत डिसेलिनेशन की लागत के बराबर है। इस प्रकार, डिसेलिनेशन की तुलना में कहीं और से ताज़ा पानी ढो कर लाना अधिक किफायती हो सकता है। समुद्र से दूर स्थानों में, जैसे नई दिल्ली, या मेक्सिको सिटी जैसे ऊंचे स्थानों में, उच्च परिवहन दर से डिसेलिनेशन लागत बढ़ेगी. डिसेलिनेटेड पानी उन स्थानों पर भी महंगा है जो समुद्र से दूर होने के साथ साथ ऊंचाई पर भी हैं जैसे रियाद और हरारे. कई स्थानों में, परिवहन लागत की बजाए डिसेलिनेशन प्रक्रिया अधिक महंगी है, इसलिए बीजिंग, बैंकॉक, ज़रागोज़ा, फीनिक्स और, जाहिर तौर पर त्रिपोली जैसे तटीय शहरों में यह प्रक्रिया अपेक्षाकृत कम खर्चीली होगी." जुबेल, सउदी अरब में डिसेलिनेशन के बाद , पाइप लाइन के माध्यम से पानी को रियाद राजधानी क्षेत्र में पम्प किया जाता है। तटीय शहरों के लिए, डिसेलिनेशन को तेजी से एक अप्रयुक्त और असीमित पानी के स्रोत के रूप में देखा जा रहा है।

फिर भी, डिसेलिनेशन में पानी की रिसाइकिलिंग और टूटे हुए मूलभूत आवश्यक तत्व पर ध्यान नहीं दिया जाता. फाउन्टेन वैली, सीए (CA), फेयरफैक्स, वीए (VA), एल पासो, टीएक्स (TX) तथा स्कॉट्सडेल, एजेड (AZ) में पानी का फिर से उपयोग किया जाता है। यह प्रक्रिया डिसेलिनेशन का एक विकल्प है जिसमे नमक की कम मात्रा के कारण 50% कम ऊर्जा की आवश्यकता होती है और यह डिसेलीनेटेड समुद्री पानी की तुलना में 30% कम लागत पर उपभोक्ताओं के लिए ताज़े पानी का उत्पादन करता है, समुद्री जीवन और पारिस्थितिकी प्रणालियों को नुकसान पहुंचाए बिना, जो डिसेलिनेशन संयंत्रों के लिए सामान्य चीज़ है। 

इज़रायल US$ 0.53 प्रति घन मीटर की लागत से पानी का डिसेलिनेशन कर रहा है। सिंगापुर US$ 0.49 प्रति घन मीटर की लागत से पानी का डिसेलिनेशन कर रहा है। विकसित देशों में कई बड़े तटीय शहर, पानी की आपूर्ति के अन्य विकल्पों की तुलना में कम लागत के कारण समुद्री पानी के डिसेलिनेशन की व्यवहारिकता पर विचार कर रहे हैं, जिसमे वर्षा का पानी एकत्रित करने वाली टंकियों की अनिवार्य स्थापना या लहरों से पानी एकत्रित करने के लिए बुनियादी ढांचे के विकास का विकल्प शामिल हो सकता है। अध्ययनों ने यह दिखाया है कि पीने के लिए बड़े पैमाने पर रीसाइकल पानी की बजाए डिसेलिनेशन विकल्प अधिक सस्ता है और सिडनी में वर्षा का पानी एकत्रित करने वाली टंकियों की अनिवार्य स्थापना करने या लहरों से पानी एकत्रित करने के लिए बुनियादी ढांचे का विकास करने जैसे कहीं महंगे विकल्पों की तुलना में बेहद सस्ता है। 2006 से ही पर्थ शहर सफलतापूर्वक रिवर्स ऑस्मोसिस सीवाटर डिसेलिनेशन प्लांट का परिचालन कर रहा है और पश्चिमी ऑस्ट्रेलियाई सरकार ने घोषणा की है कि शहर की जरूरतों को पूरा करने के लिए दूसरे संयंत्र का निर्माण किया जाएगा. एक डिसेलिनेशन संयंत्र ऑस्ट्रेलिया के सबसे बड़े शहर सिडनी में बनाया जा रहा है, तथा वोंथाग्गी, विक्टोरिया में वोंथाग्गी डिसेलिनेशन संयंत्र एक प्रस्तावित इकाई है।

पर्थ डिसेलिनेशन संयंत्र को आंशिक रूप से ईएमयू डाउंस विंड फार्म से प्राप्त अक्षय ऊर्जा द्वारा संचालित किया जा रहा है। सिडनी संयंत्र पूरी तरह से अक्षय स्रोतों से संचालित किया जाएगा, जिससे पर्यावरण के लिए हानिकारक ग्रीनहाउस गैस उत्सर्जन समाप्त हो जाएगा, जो तकनीक की ऊर्जा आवश्यकताओं के लिए समुद्री पानी के डिसेलिनेशन के खिलाफ दिया जाने वाला एक आम तर्क है। बिजली से चलने वाली डिसेलिनेशन संयंत्रों के लिए अक्षय ऊर्जा की खरीद या उत्पादन से स्वाभाविक रूप से पूंजी/या डिसेलिनेशन की संचालन लागत में वृद्धि होती है। हालांकि, पर्थ और सिडनी के हाल के अनुभव इंगित करते हैं कि लोगों को अतिरिक्त लागत स्वीकार्य है, क्योंकि तब शहर तर्क दे सकता है कि यह आसपास के पर्यावरण को हानि पहुंचाए बिना होने वाली पानी की आपूर्ति है।
क्वींसलैंड राज्य सरकार ने हाल ही में घोषणा की कि गोल्ड कोस्ट डिसेलिनेशन संयंत्र पूरी तरह से अक्षय स्रोतों से संचालित किया जाएगा, जिससे पर्यावरण को कम क्षति होगी, जिससे यह पर्थ और सिडनी में संचालित होने वाले प्रमुख संयंत्रों के समान काम करेगा.

दिसम्बर 2007 में दक्षिण ऑस्ट्रेलियाई सरकार ने घोषणा की कि वह पोर्ट स्टानवाक, एडिलेड शहर, ऑस्ट्रेलिया में एक समुद्री डिसेलिनेशन के लिए संयंत्र का निर्माण करेगी. डिसेलिनेशन संयंत्र के लिए वित्त की व्यवस्था पानी की कीमतें बढ़ा कर वसूल की जायेगी. एक ऑनलाइन, अवैज्ञानिक सर्वेक्षण से पता चला कि डिसेलिनेशन के लिए पानी की बढ़ी हुई दरों के पक्ष में लगभग 60% वोट पड़े. 

17 जनवरी 2008 के "वाल स्ट्रीट जर्नल" के लेख में लिखा है, " नवंबर में कनेक्टिकट में स्थित रीसाइकल रिसोर्सेस कोर्प. ने 300 मिलियन US$ की लागत से बनने वाले डिसेलिनेशन संयंत्र के लिए सैन डिएगो के उत्तर में, कार्ल्सबड में प्रमुख विनियामक अनुमोदन प्राप्त किया है। प्रति दिन 50 मिलियन [अमेरिकी] गैलन [190000 घन मीटर] ताज़े पानी का उत्पादन करके, यह इकाई पश्चिमी गोलार्द्ध में सबसे बड़ी होगी, जो लगभग 100000 घरों को आपूर्ति करने के लिए पर्याप्त होगा... उन्नत प्रौद्योगिकी के कारण पिछले एक दशक में डिसेलिनेशन की लागत आधी रह गई है, जिससे प्रतिस्पर्धा और अधिक बढ़ गई है।.. पीसाईडन की योजना प्रति एकड़ फुट [1200 घन मीटर] लगभग 950 US$ की लागत से पानी बेचने की है। यह प्रति एकड़ फुट [1200 घन मीटर] US$700 की तुलना में है जो वर्तमान में पानी के लिए स्थानीय एजेंसियां भुगतान करती हैं।" 
$1000 प्रति एकड़ फुट का अर्थ है 1000 गैलन के लिए $3.06 जो पानी को मापने की इकाई है जिसके अनुसार आवासीय उपयोगकर्ता पानी का बिल प्राप्त करते हैं।. 

हालांकि इस विनियामक बाधा को पार कर लिया गया था, किन्तु केलिफोर्निया के क़ानून के अनुसार, डाले जाने वाले पाइपों से होने समुद्री जीवन की क्षति का शमन किए बिना, मिटिगेशन परियोजना के अंतिम अनुमोदन तक, पीसाईडन रिसोर्सेस कार शुरू करने में समर्थ नहीं है। पीसाईडन रिसोर्सेस ने टेम्पा बे डेसल, 2001 में टेम्पा बे, फ्लोरिडा के डिसेलिनेशन संयत्र के असफल प्रयास के बावजूद कार्ल्सबेड, सीए (CA) में प्रगति की है। टेम्पा बे वाटर के बोर्ड निदेशक 2001 तीसरी बार परियोजना के असफल होने से बचाने के लिए पीसाईडन रिसोर्सेस से टेम्पा बे डेसल को खरीदने के लिए मजबूर हो गए। टेम्पा बे वाटर ने पांच साल तक इंजीनियरिंग समस्याओं का सामना किया है और 2007 में इसकी क्षमता का पूरा इस्तेमाल करने से पहले समुद्री जीवन में वृद्धि के कारण इसके रिवर्स ऑस्मोसिस फिल्टरों में फंसने में कारण 20% क्षमता का संचालन किया।

9 मई 2008 को "फ़ोर्ब्स" के एक लेख के अनुसार, सैन लिएंड्रो केलिफोर्निया कंपनी ने कहा कि एनर्जी रिकवरी इंक US$0.46 प्रति घन मीटर की दर से पानी का डिसेलिनेशन कर रही है।

5 जून 2008 को "ग्लोब एंड मेल" के एक लेख के अनुसार, ओटावा यूनिवर्सिटी के जोर्डन में जन्मे केमिकल इंजीनियरिंग डॉक्टरेट छात्र, मोहम्मद रसूल तैशा ने नई डिसेलिनेशन तकनीक का आविष्कार किया है जिससे वर्तमान तकनीक की तुलना में मेम्ब्रेन के प्रति वर्ग मीटर में 600% से 700% अधिक पानी का उत्पादन होता है। लेख के अनुसार जनरल इलेक्ट्रिक भी समान तकनीक पर विचार कर रही है और अमेरिका के राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन ने इस पर अच्छी तरह से अध्ययन करने के लिए मिशिगन यूनिवर्सिटी को अनुदान देने की घोषणा की है। चूंकि पेटेंट पर अभी भी काम हो रहा था, अतः लेख में इस प्रौद्योगिकी के बारे में बहुत अस्पष्ट विवरण दिया गया था।

जबकि 1000 गैलन पानी के डिसेलिनेशन के लिए अधिक से अधिक $3 की लागत आ सकती है, इतनी ही मात्रा में बोतलबंद पानी की कीमत $7,945 है।

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पानी की आपूर्ति के अन्य विकल्पों की तुलना में डिसेलिनेशन