पूर्णिया को दो रेलवे स्टेशनों द्वारा 5 किमी, पूर्णिया जंक्शन रेलवे स्टेशन ,स्टेशन कोड: PRNA और पूर्णिया कोर्ट रेलवे स्टेशन स्टेशन कोड: PRNC से अलग किया जाता है। पूर्णिया जंक्शन खुश्कीबाग, गुलाब्बाग और पूर्वी पूर्णिया के निवासियों के करीब है, जबकि पूर्णिया कोर्ट रेलवे स्टेशन शहर के पश्चिमी भाग में स्थित है और मधुबनी, भट्ठा, मध्य और पश्चिमी पूर्णिया के निवासियों को करीब करता है।

पूर्णिया जंक्शन रेलवे स्टेशन कटिहार - जोगबनी ब्रॉड गेज पूर्वोत्तर सीमांत रेलवे (एनएफआर) की रेलवे लाइन पर स्थित है। पूर्व मध्य रेल (ईसीआर) की एक और लाइन, पूर्णिया से सहरसा और बनमनखी के रास्ते खगड़िया को जोड़ती है। कोलकाता, नई दिल्ली, पटना, दरभंगा, गोरखपुर, रांची, लखनऊ, बोकारो और आसपास के अन्य शहरों को दैनिक और साप्ताहिक ट्रेनें यहां से हैं।

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