भगवा आतंकवाद का सबसे पहला प्रयोग अंग्रेज़ी में सन् २००२ में, फ़्रंटलाईन (Frontline) नामक अंग्रेज़ी पत्रिका के एक लेख में, गुजरात दंगे को संबोधन करने के लिए हुआ था। लेकिन इस शब्द का अधिक प्रयोग २९ सितंबर सन् २००८ के मुंबई के मालेगाँव धमाके के बाद हुआ क्योंकि जांच के सिलसिले में धमाके से संबद्धित, कथित तौर पर, एक हिन्दू संगठन से जुङे लोगों को गिरफ्तार किया गया। हालांकि इस्लामी उग्रवादी संगठन, इंडियन मुजाहिदीन (Indian Mujahideen) पर भी दोष आया था क्योंकि इसी इलाके में सन् २००६ के धमाके में इंडियन मुजाहिदीन का हाथ होने की आशंका थी (असल में इंडियन मुजाहिदीन उस समय 'स्टूडेंट्स इस्लामिक मूवमेंट ऑफ़ इंडिया' के नाम से जाना जाता था)। लेकिन, जांच आगे बढ़ने के बाद किसी हिन्दू संगठन के शामिल होने की कथित तौर पर​ पूष्ती हो गई।

शिवसेना अध्यक्ष उद्धव ठाकरे के अनुसार, शरद पवार ने ही सबसे पहले भगवा आतंकवाद शब्द का प्रयोग किया था। इसका जवाब देते हुए पवार ने कहा कि उन्होंने सबसे पहले मालेगांव विस्फोट के बाद इस शब्द का उपयोग किया था। भगवा आतंकवाद अौर हिन्दू आतंकवाद में अधिक अंतर नहीं प्रतित होता है। हिन्दूत्व आतंकवाद का भी कभी-कभी हिन्दू आतंकवाद अौर भगवा आतंकवाद की जगह प्रयोग किया जाता है। भारतीय मिडिया में तीनों शब्दों का इस्तमाल होता है। प्रसिद्ध पत्रिका 'आउटलुक' (Outlook) में ही तीनों शब्दों का बारी-बारी से इस्तमाल होता देखा गया है। 'द नैश्नल' (The National) के अनुसार कोई भी हिन्दू उग्रवादी द्वारा, मुसलमानों के खिलाफ कोई भी हिंसा की कथित भूमिका को या तो भगवा आतंकवाद या तो हिन्दू आतंकवाद से संबोधित किया जाता है। लेकिन सूभाष गटाडे की किताब-गोडसेज़ चिल्ड्रेन (Godse's Children) में हिन्दूत्व अौर हिन्दू को अलग बताया गया है अौर वीर सावरकर की किताब "हिन्दूत्व" में हिन्दू को हिन्दूत्व का एक छोटा सा हिस्सा बताया गया है, इसलिए हिन्दू को हिन्दूत्व से भिन्न बताया गया है।

मुख्य हिन्दू राष्ट्रवादी दल, जैसे राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ का आरंभ ठिक हिन्दूत्व विचारधारा के आने के बाद शुरू हुआ (हिन्दू विचारधारा की शुरूआत वीर सावरकर द्वारा सन् १९२३ में लिखि किताब "हिन्दूत्व" से हुई, दो साल बाद ही राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ का नि्रमाण हुआ)। लेकिन भगवा रन्ग बौद्द ध्रम के लोग भी अपनाते है। इसलिए भगवा आतंकवाद को एक गलत नाम माना जाता है अौर इसलिए हिन्दू आतंकवाद अौर हिन्दूत्व आतंकवाद जैसे नामों को अपनाया जाता है। 

भगवा आतंकवाद की कथित गतिविधियाँ
प्रयोग
पाकिस्तानी षड़यंत्र
आलोचना