इस नए व्यवस्था से नाख़ुश सामुराइयों कई दंगे हुए। इनमें सबसे प्रमुख था साइगो ताकामोरी के नेतृत्व में सात्सुमा विद्रोह, जो एक गृहयुद्ध बन गया। इसे नए शाही जापानी सेना के सिपाहियों ने पश्चिमी युक्तियों और हथियारों से जल्द काबू में कर लिया, भले ही इस नई सेना का मूल टोक्यो पुलिस बल थी, जो अधिकतर पूर्व समुराइयों से गठित थी।

१८८२ के सैनिकों और नाविकों को शाही निर्देश में सम्राट के प्रति निर्विवाद वफ़ादारी का आदेश था और कहा गया कि वरिष्ठ अधिकारियों के आदेश सम्राट के आदेश के समान थे। इस तरह सेना और शाही संस्था के बीच क़रीबी संबंध था।

उच्च सैन्य नेताओं को सम्राट तक सीधी पहुँच थी और उनके कथन को सिपाहयों तक पहुँचाने का प्राधिकार था। सेना में भर्ती सिपाहियों और अधिकारों के बीच सहानुभूतिपूर्ण संबंध थे, ख़ासकर कनिष्ठ अधिकारी जो अधिकतर कृषि वर्ग से आए थे, जिससे जनता का सेना के प्रति समर्थन बढ़ा। समय के साथ लोग राष्ट्रिय मुद्दों पर राजनेताओं के बजाय सेना के मार्गदर्शन की ओर मुड़ गए।
१८९० के दशक तक शाही जापानी सेना एशिया की सबसे आधुनिक सेना बन चुकी थी - अच्छी तरह से प्रशिक्षित और हथियारों से लैस। लेकिन, यह केवल एक पैदल सेना थी जिसकी घुड़सवारी और तोपों की क्षमता यूरोपीय देशों की पीछे थी। अमेरिका और यूरोपीय देशों से ख़रीदे गए तोपों की समस्या यह थी कि ये कम संख्या में उपलब्ध थे और उनके गोलों के कैलिबर कई थे, जिससे गोलाबारूद के आपूर्ति में कठिनाइयाँ हो रही थी।

चीन से संघर्ष
बॉक्सर विद्रोह
सात्सुमा विद्रोह
स्थापना