प्रोटीन अनुक्रम का निर्माण प्रोटीन संरचना के निर्माण की तुलना में बहुत सरल है। हालांकि, प्रोटीन की संरचना, उसके अनुक्रम की तुलना में प्रोटीन की क्रियाओं की अधिक जानकारी देती है। इसलिए, प्रोटीन संरचना के उसके अनुक्रम से अभिकलनात्मक पूर्वानुमान के लिए कई तरीकों को प्रस्तावित किया गया है। "प्रारंभिक" पूर्वानुमान तरीके प्रोटीन के बस अनुक्रम का उपयोग करते हैं। थ्रेडिंग मौजूदा प्रोटीन संरचनाओं का उपयोग करता है। ज्ञात संरचना के एक या एक से अधिक प्रोटीन से अज्ञात संरचना के एक प्रोटीन के एक विश्वसनीय 3D मॉडल बनाने के लिए अनुरूपता मॉडलिंग. प्रोटीन संरचना पूर्वानुमान में हाल की प्रगति और चुनौतियों की जांग द्वारा समीक्षा की गई.

पेप्टाइड बॉन्ड ("अमाइड बॉन्ड")
पक्ष-श्रृंखला रचना और रोटामर्स
माध्यमिक संरचना
प्रोटीन संरचना का अभिकलनात्मक पूर्वानुमान