1988 में भारत में प्रविष्ट होने के लिए पेप्सिको ने पंजाब सरकार के अधीन पंजाब कृषि औद्योगिक निगम (PAIC) और वोल्टास लिमिटेड के साथ संयुक्त उद्यम किया। इस संयुक्त उद्यम के तहत 1991 तक बाज़ार में लहर पेप्सी का विपणन एवं बिक्री सतत चलता रहा, इस समय विदेशी ब्रांड के उपयोग की अनुमति थी; पेप्सिको ने 1994 में अपने साझेदारों को खरीद कर इस संयुक्त उद्यम का अंत कर दिया। दूसरों का यह दावा है कि पहले 1970 में पेप्सी पर भारत में आयात पर प्रतिबंध लगा दिया गया था क्योंकि इसने अपनी सामग्री की सूची जारी करने से इनकार कर दिया था, 1993 में यह प्रतिबन्ध हटा लिया गया और शीघ्र ही पेप्सी बाज़ार में आ गया। इन विवादों से यह स्मरण होता है कि "इन विशाल बहुराष्ट्रीय कंपनियों के साथ भारत के संबंध कभी उग्र रहे थे।" बेशक कुछ लोग यह तर्क प्रस्तुत करते हैं कि पेप्सी और कोका कोला कंपनी" इस हिस्से में मुख्य लक्ष्य रहें हैं क्योंकि वास्तव में यह प्रसिद्ध विदेशी कम्पनियां हैं जो अपनी तरफ ध्यान आकर्षित करती हैं".

2003 में पर्यावरण और विज्ञान केन्द्र नई दिल्ली स्थित एक गैर सरकारी संगठन ने खुलासा किया कि भारत में पेप्सिको और कोका कोला जैसी बहुराष्ट्रीय कम्पनी द्वारा उत्पादित वातित पानी में ज़हरीले तत्त्व जैसे लिंडेन, डीडीटी, मेलाथियान और क्लोर्प्य्रिफोस मौजूद हैं - यह कीटनाशक कैंसर, प्रतिरक्षा प्रणाली का ह्रास और जन्म के समय विकृति पैदा कर सकते हैं। परीक्षित उत्पादों में कोक, पेप्सी, 7 अप, मिरिंडा, फैंटा, थम्स अप, लिम्का और स्प्राईट शामिल थे। सीएसई (CSE) ने पाया कि भारतीय उत्पादित पेप्सी शीतल पेय उत्पादों में यूरोपीय संघ के नियम के विरुद्ध 36 गुना अधिक कीटनाशक अवशेष और कोका कोला में 30 गुना अधिक अवशेष पाए गए। सीएसई (CSE) ने कहा कि इसने अमेरिका में इन्हीं उत्पाद का परीक्षण किया था और ऐसा कोई अवशेष नहीं मिला था। बहरहाल, यह मानक यूरोपीय पानी के लिए था न कि अन्य पेयों के लिए। भारत में कोई कानून नहीं है जो पेय में कीटनाशकों की मौजूदगी पर प्रतिबन्ध लगाता हो। 

कोका कोला कंपनी और पेप्सिको ने इस आरोप का शक्तिशाली ढंग से खंडन किया कि भारत में निर्मित उनके उत्पादों में ज़हरीले तत्त्व का स्तर विकसित देशों के मानदंड से अधिक है। सीएसई के निष्कर्षों के आधार पर एक भारतीय संसदीय समिति और सरकार की ओर से नियुक्त समिति का 2004 में गठन हुआ जो जो शीतल पेय में कीटनाशकों के लिए विश्व के पहले मानकों का विकास करने का प्रयास कर रही है। कोक और पेप्सी ने इस कदम का विरोध करते हुए कहा कि, प्रयोगशाला परीक्षण जटिल पेयों में कीटनाशकों के सूक्ष्म अंश का पता लगाने में विश्वसनीय नहीं हैं।

2005 तक, कोका कोला कंपनी और पेप्सिको का भारतीय बाज़ार में शीतल पेय की 95% का हिस्सेदारी थी. केरल के पलक्कड़ जिले की पुठुस्सेरी पंचायत ने पेप्सिको पर यह आरोप लगाया है कि पेप्सिको पानी की चोरी में संलग्न है क्योंकि जब यह भूतल जल संसाधनों का दोहन करता है तो परिणामस्वरूप पंचायत के निवासियों के लिए पानी की कमी होती है अतएव पंचायत इस गांव में पेप्सिको की इकाई को बंद करने करने के लिए सरकार पर दबाव डाल रही है।

2006 में, सीएसई ने फिर से पाया कि पेप्सी और कोका कोला दोनों के सोडा पेय में कीटनाशकों की मात्रा के उच्च स्तर पर थी।
पेप्सिको और कोका कोला कंपनी दोनों का कहना है कि उनके पेय पीने के लिए सुरक्षित हैं और उन्होंने समाचार पत्रों में विज्ञापन प्रकाशित किये कि उनके उत्पादों में कीटनाशक की मात्रा दूसरे उत्पाद जैसे चाय, फल और दुग्ध उत्पाद से कम है। भारतीय राज्य केरल में राज्य सरकार ने 2006 में पेप्सी कोला और दूसरे शीतल पेय के उत्पादन और बिक्री पर प्रतिबन्ध लगा दिया था पर महज एक महीने बाद ही केरल उच्च न्यायालय ने इसको बदल दिया। पांच अन्य भारतीय राज्यों ने कॉलेजों, स्कूलों और अस्पतालों में इस पेय पर आंशिक तौर पर प्रतिबन्ध लगाया गया है।

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भारत में पेप्सिको
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