18 अक्टूबर 1785 को कराये गए विशेष मतदान में, फ्रेंकलिन को सर्वसम्मति से सुप्रीम एक्सिक्यूटिव काउंसिल ऑफ़ पेंसिल्वेनिया का छठा राष्ट्रपति चुना गया, जिन्होंने जॉन डिकिन्सन को प्रतिस्थापित किया। पेन्सिलवेनिया के राष्ट्रपति का पद, आधुनिक गवर्नर के पद के समकक्ष था। यह स्पष्ट नहीं है कि नियमित चुनाव से दो सप्ताह पहले डिकिन्सन को प्रतिस्थापित करने की क्या जरूरत थी। फ्रेंकलिन उस पद पर, किसी अन्य से अधिक तीन साल से कुछ अधिक समय तक रहे और पद के पूर्ण तीन वर्ष की संवैधानिक सीमा को पूरा किया। अपने प्रारंभिक चुनाव के शीघ्र ही बाद, 29 अक्टूबर 1785 को उन्हें एक पूर्ण अवधि के लिए दुबारा चुना गया और एक बार फिर 1786 के शरद में और 31 अक्टूबर 1787 को. आधिकारिक तौर पर, उनका कार्यकाल 5 नवम्बर 1788 को समाप्त हो गया, लेकिन उनके कार्यकाल के "वास्तविक" अंत के बारे में प्रश्नचिह्न लगा है, जिससे यह संकेत मिलता है कि वृद्ध फ्रैंकलिन, काउंसिल के दैनंदिन कार्यों में, अपने कार्यकाल के आखिरी दिनों में सक्रिय रूप से शामिल नहीं रहे होंगे. 

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पेन्सिलवेनिया के राष्ट्रपति
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