एड्मिरल सैयद मुहम्मद एहसान और लेफ़्टि.जनरल साहबज़ादा याकूब खान के त्यागपत्र दे देने के बाद, मीडिया के समाचारों में पाकिस्तानी सेना के बंगाली नागरिकों के व्यापक नरसंहार को, जिसमें विशेष तौर पर निशाना बने अल्पसंख्य्क हिन्दू समुदाय थे; को बड़ा स्थान मिला। इसके परिणामस्वरूप इस समुदाय को पड़ोसी देश पूर्वी भारत में शरण लेने हेतु भागना पड़ा। इस शरणार्थियों के लिये पूर्वी भारत की सीमाओं को भारत सरकार द्वारा खोल दिया गया। इन्हें शरण देने हेतु निकटवर्ती भारतीय राज्य सरकारों, जैसे पश्चिम बंगाल, बिहार, असम, असम, मेघालय एवं त्रिपुरा सरकारों द्वारा बड़े स्तर पर सीमावर्त्ती क्षेत्रों में शरणार्थी कैम्प भी लगाये गए। इस तेजी से भागते पूर्वी पाकिस्तानी शरणार्थी जनसमूह द्वारा भारत में घुस जाने के कारण भारत की पहले ही बोझिल अर्थ०व्यवस्था पर असहनीय भार पड़ा।

युद्ध के बाद, पूर्व के पाकिस्तानी सेना जनरलों में एक दूसरे पर पिछले दिनों किये गए प्रतिबद्ध अत्याचारों के लिये एक दूसरे पर दोषारोपण का काम शुरु हो गया, किन्तु अधिकतर दोष लेफ़्टि.जनरल टिक्का खान के सिर मढ़े गए, जिसे पूर्वी पाकिस्तान के गवर्नर होने के कारण अधिकतम उत्तरदायित्व उठाना था। उसे बंगाल का कसाई, आदि संज्ञाएं दी गयीं, क्योंकि अधिकतर अत्याचार के कार्य उसके नेतृत्त्व में हुए थे। अपने समकालीन साहबज़ादा याकूब खान, जो अपेक्षाकृत शांतिप्रिय था एवं बल प्रयोग में कम विश्वास रखता था, उससे भिन्न टिक्का खान को विवादों के निपटारे हेतु बल प्रयोग करने को आतुर कहा जाता था।

युद्ध जांच आयोग की सुनवाईयों में अपने अपराध-स्वीकारोक्ति में, लेफ़्टि.जनरल आमिर अब्दुल्ला खान नियाज़ी ने उसके कार्यकलापों पर टिप्पणी करते हुए लिखा: "२५/२६ मार्च १९७१ के बीच की रात को जन.टिक्का खान ने आक्रमण किया। तब वह शांतिपूर्ण रात्रि एक विलाप, चित्कार और आगज़नी भरी रात में बदल गयी। जन.टिक्का ने अपनी ओर से किसी हमले की तरह कोई कसर नहीं छोड़ी थी, जैसे वे किसी शत्रु पर हमला कर रहे हों, न कि अपने ही दिशाभ्रमित एवं गुमराह लोगों पर। यह सैन्य कार्रवाई पूर्ण क्रूरता एवं नृशंसता भरी थी, जो निर्दयता में चंगेज़ खान एवं हलाकू खान द्वारा बुखारा और बग़दाद में किये गए भयंकर नरसंहार से कहीं अधिक थे...जनरल टिक्का ने नागरिकों की हत्या करवायी और तप्त भूमि नीति अपनायी। अपनी टुकड़ियों के लिये उनके आदेश थे: मुझे भूमि चाहिये न कि आदमी..."। मेजर जनरल राव फ़रमान अली ने अपनी दैनिक डायरी में लिखा है: "पूर्वी पाकिस्तान की हरित भूमि को रक्त कर देंगे। इसे बंगाली रक्त से लाल कर दिया।" हालाम्कि राव फ़रमान ने इस टिप्पणी का जोरदार विरोध करते हुए १९७४ की युद्ध जांच समिति के आगे स्वीकारोक्ति में सारा उत्तरदायित्त्व टिक्का खान पर डाल दिया। 

भारत सरकार द्वारा अन्तर्राष्ट्रीय समुदाय से बारम्बार अपील की गयी, किन्तु भारतीय विदेश मन्त्री स्वरण सिंह के विभिन्न देशों के विदेश मंत्रियों से भेंट करने के बावजूद भी कोई सकारात्मक प्रतिक्रिया नहीं प्राप्त हुई। तत्कालीन भारतीय प्रधान मंत्री इन्दिरा गाँधी ने २७ मार्च १९७१ को पूर्वी पाकिस्तान के मुक्ति संघर्ष के लिये अपनी सरकार के पूर्ण समर्थन देते हुए कहा कि लाखों शरणार्थियों को भारत में शरण देने से कहीं बेहतर है कि पाकिस्तान के विरुद्ध युद्ध कर इस संघर्ष को विराम दिया जाए।ल २८ अप्रैल १९७१ को इन्दिरा गांधी मंत्रिमण्डल ने भारतीय तत्कालीन सेनाध्यक्ष सैम मानेकशॉ को पूर्वी पाकिस्तान को कूच करने का आदेश दिया। पूर्वी पाकिस्तानी सेना से विलग हुए अधिकारियों एवं भारतीय रिसर्च एंड एनालिसिस विंग (रॉ) के घटकों द्वारा तुरन्त ही भारतीय शरणार्थी शिविरों से मुक्तिबाहिनी के गुरिल्लाओं हेतु पाकिस्तान के विरुद्ध प्रशिक्षण देने के लिये एवं भर्ती का काम आरम्भ कर दिया गया। १९७१ में, पूर्व में भारत समर्थित बांग्लादेशी राष्ट्रवाद की सशक्त लहर फैल गयी थी। इसके बाद ही स्थिति अहिन्सात्मक होती गयी और व्यवस्थित रूप से पूर्व में रह रहे बहु-जातीय पाकिस्तानियों की लक्ष्य बना कर हत्याएं करनी आरम्भ हो गयीं। पाकिस्तान के राष्ट्रभक्त बंगाली राजनीतिज्ञों की वाहन में बम लगाकर हत्याएं तथा सरकारी सचिवालयों में उच्च पदासीनों को लक्ष्य बनाने व हत्या करने के कार्य तेजी से दिखाई देने लगे थे। फीनिश आतंकवाद रिपोर्टर जुस्सी हान्हीमाकी के अनुसार पूर्व का बंगाली उग्रवाद कुछ-कुछ "एक भुला दिये गए आतंकवाद के इतिहास" की भांति था। हमुदूर रहमान आयोग ने बंगाली उग्रवाद के दावों का समर्थन करते हुए लिखा कि बहु-जातीय पाकिस्तानियों से हुए दुर्व्यहवार ने पाकिस्तानी सैनिकों को अहिन्सा की ओर उक्साया ज्जिससे कि वे अपने लोगों का बदला लेकर सरकार के आदेशों का पालन करने में सहायक हो सकें।

पाकिस्तानी मीडिया का मनोभाव भी तेजी से बदलते हुए युद्ध-प्रिय एवं पूर्व पाकिस्तान तथा भारत के विरुद्ध सैन्यवादी होता जा रहा था। हालांकि कुछ पाकिस्तानी मीडिया विद्वानों की भाषा इन पूर्व की गतिविधियों की रिओपिर्ट देते हुए, मिली-जुली भी दिखाई देती थी। सितम्बर १९७१ के अंत तक संभवतः पाकिस्तान सरकार के अंदरूनी घटकों के समर्थन से एक संगठित प्रचार अभियान चालू हो चुका था, जिसके परिणामस्वरूप "क्रश इण्डिया" आदि सन्देश वाले स्टीकरों को वाहनों के पीछे लगाया जाने लगा। ये अभियान रावलपिण्डी, इस्लामाबाद एवं लाहौर से आरम्भ होते हुए शीघ्र ही पूरे पश्चिमी पाकिस्तान में फ़ैलता चला गया। अक्र्तूबर माह तक अन्य स्टीकरों में "हैंग द ट्रेटर" (देशद्रोही को फ़ांसी दो) भी दिखाई देने लगा जो शेख मुजीबुर्रहमान के सन्दर्भ में था। दिसम्बर के अंत तक कुछ रूढ़िवादी प्रिंट मीडिया ने "जिहाद" संबंधी पाठ्य सामग्री को छापना भि आरम्भ कर दिया जिससे सेना में भर्ती प्रक्रिया को बढ़ावा मिले।

उद्देश्य
भूमि आक्रमण
बांग्लादेश मुक्ति संघर्ष में भारत की भूमिका
पाकिस्तान पर भारतीय हमले