१७९४ के विद्रोह के बाद लिथुआनिया - पोलैंड का देश भागा गया था, तो लिथुआनिया की राजधानी रूस के साम्राज्य का भाग हो गया। १८०३ में विल्नुस के सब से ऊंचे विद्यालय को शाही विश्वविद्यालय का नाम दिया गया था।

१९ आयु में विल्नुस का विश्वविद्यालय सब से अच्छे रूस के विश्वविद्यालयों में से एक था इस लिये पुस्तकालय का विस्तार भी किया जा रहा था।

१८०४ में विश्वविद्यालय का निर्देशक प्रोफ़. एर्नेस्तस ग्रोदेकस हो गया। वह चेष्टा कर रहा था कि हरेक विल्नुसवासी पुस्तकालय का प्रयोक्ता हो जा सके।१८१५ से वैज्ञानिक, विद्यार्थी, अध्यापक पुस्तकों को घर में ले चल सके। उस समय पुस्तकालय छोटे औला (Small Aula) में स्थापित किया गया था। जोड़ने भी लायक है १९ आयु में ग्रन्थालय का सूचीपत्र बनाने लगा गया था।
१८३२ में विल्नुस विश्वविद्यालय बन्द किया गया था। उस युग में पुस्तकालय की बड़ी हानि की जा रही थी- बहुत पुस्तकें रूस में भेजी जा रही थी।
१८६५ में विल्नुस विश्वविद्यालय का पुस्तकालय फिर खुला गया था। उस समय पुस्तकालय को बहुत कीमती पुस्तकें उपहार में दी गयी थी। १९१४ में सब से बड़े रूस के साम्राज्य के पुस्तकालयों में से एक था लेकिन प्रथम विश्वयुद्ध के दौरान पुस्तकालय की हानि फिर करने लगी गयी थी।

विश्वयुद्धों के बाद
व्यवस्था
रूस के साम्राज्य में
स्थापना