ज़ांज़ीबार के मुख्य द्वीप, उन्गुजा, में एक ऐसा जीव पाया जाता है जिससे अंतिम हिमयुग के दौरान अफ़्रीकी मुख्य भू-भाग के साथ इसके संबंध का पता चलता है।
महाद्वीपीय रिश्तेदारों वाले स्थानिक स्तनधारियों में ज़ांज़ीबार रेड कोलोबस का नाम शामिल है जो अफ्रीका के सबसे दुर्लभ नर वानरों में से एक है जिनकी संख्या केवल 1500 के आसपास हो सकती है। कम से कम 1,000 वर्ष तक इस द्वीप पर एकांत वास करने वाले इस ज़ांज़ीबार रेड कोलोबस (प्रोकोलोबस किरकी) को एक विशिष्ट प्रजाति की मान्यता दी गई है जिनका कोट पैटर्न, आवाज और खाद्य आदतें मुख्य भू-भाग पर पाई जाने वाली संबंधित कोलोबस प्रजातियों से अलग है।

ज़ांज़ीबार रेड कोलोबस तटीय झाडियों और कोरल रैग स्क्रब वाले तरह-तरह के सूखे क्षेत्रों के साथ-साथ मैंग्रो स्वैम्प और कृषि क्षेत्रों में रहते हैं। लगभग एक तिहाई रेड कोलोबस जोजानी जंगल में और उसके पास निवास करते हैं - विडम्बना यह है कि आसानी से देखे जाने वाले बन्दर आरक्षित क्षेत्र से सटे कृषि भूमि पर पाए जाते हैं। लोगों की मौजूदगी और कम वनस्पति की वजह से वे जमीन के करीब आते हैं।

दुर्लभ मूल जानवरों में ज़ांज़ीबार तेंदुआ का नाम शामिल है जो गंभीर रूप से खतरे में है और संभवतः विलुप्त हो गई है; और हाल ही में ज़ांज़ीबार सर्वलिन जेनेट के बारे में पता चला है।
ज़ांज़ीबार कोई बड़ा जंगली जानवर नहीं है और जोजानी जैसे जंगली क्षेत्रों में बंदरों, झाड़ी में रहने वाले सूअरों, छोटे हिरणों, कस्तूरी बिलाव और अफवाह के तौर पर मायावी ज़ांज़ीबार तेंदुओं का वास है। इस द्वीप पर नेवलों की विभिन्न प्रजातियां भी देखने को मिल सकती हैं। यहाँ विभिन्न प्रकार के पक्षी पाए जाते हैं और ग्रामीण क्षेत्रों में काफी संख्या में तितलियाँ देखने को मिलती हैं।
पेम्बा द्वीप गहरे चैनलों द्वारा उन्गुजा द्वीप और अफ़्रीकी महाद्वीप से अलग है और यहाँ एक तदनुसार प्रतिबंधित वन्य जीवन उपलब्ध हैं जिससे मुख्य भू-भाग से इसके तुलनात्मक अलगाव का पता चलता है। इसका सबसे मशहूर स्थानिक जीव पेम्बा फ़्लाइंग फॉक्स है।

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