17 जनवरी 2006 को रॉबर्ट्स ने "गोन्जालबिस बनाम ओरेगॉन" में एन्टोनिन स्केलिया एवं क्लेरेन्स थामस के साथ मिलकर नियंत्रित पदार्थ कानून का विरोध किया जिसके अनुसार संयुक्त राज्य के अटार्नी जनरल, चिकित्सकों को गंभीर रूप से बीमार मरीजों को खुदखुशी में मदद करने वाली दवाइयां लिखने से मना नहीं कर सकते थे, जो कि ओरोगॉन के कानून में मान्य था। इस मामले में विरोध का मुख्य कारण वैधानिक व्याख्या था न कि संघीकरण.

रॉबर्ट्स ने 6मार्च 2006 को ""रम्सफील्ड बनाम फोरम फार एकेडमिक एन्ड इन्स्टीट्यूशनल राइट्स" " में एक सर्वसम्मत निर्णय दिया कि जो भी महाविद्यालय/कॉलेज संघ के पैसों को स्वीकार करते हैं वे क्लिंटन प्रशासन के द्वारा शुरू की गई "ना पूछो, ना बताओ" नीति पर विश्वविद्यालयों के विरोध के बावजूद, महाविद्यालय कॉलेज के प्रांगण से सेना में सीधी भर्ती का समर्थन करें.

स्वास्थ्य
"स्टेयर डिसीसिस (फैसले पर नजर)"
संघवाद
प्रारंभिक निर्णय