देशी हेपरिन एक बहुलक है जिसका आणविक भार 3 kDa से 30 kDa तक होता है, हालांकि अधिकांश वाणिज्यिक हेपरिन निर्माण का औसत आण्विक भार 12 kDa से 15 kDa के बीच होता है। हेपरिन, कार्बोहाइड्रेट के (जिसमें शामिल है निकट सम्बन्धी अणु हेपारन सल्फेट)ग्लाइकोसमिनोग्लाइकन परिवार का एक सदस्य है जो एक परिवर्तनशील-सल्फेटकृत डाईसैकराइड इकाई से बना है। 
मुख्य डाईसैकराइड इकाइयां जो हेपरिन में होती हैं उन्हें नीचे दिखाया गया हैं। सबसे आम डाईसैकराइड इकाई एक 2-O-सल्फेटकृत इडुरोनिक एसिड और 6-O-सल्फेटकृत, N-सल्फेटकृत ग्लुकोसेमाइन, IdoA(2S)-GlcNS (6S) से बनी होती है। उदाहरण के लिए, यह गोमांस के फेफड़ों से 85% के हेपरिन का निर्माण करता है और शूकरीय आंत्रिक मुकोसा से 75% बनाता है। 
कुछ दुर्लभ डाईसैकराइड होते हैं जिन्हें नीचे नहीं दिखाया गया है जिसमें 3-O-सल्फेटकृत ग्लुकोसमाइन (GlcNS(3S,6s)) होता है या एक मुक्त अमीन समूह (GlcNH). शारीरिक स्थितियों के तहत, एस्टर और अमाइड सल्फेट समूहों से प्रोटोन हटा दिया जाता है और ये एक हेपरिन नमक के गठन के लिए धनात्मक-चार्ज काउन्टीरियन को आकर्षित करते हैं। ऐसा इसी रूप में होता है कि हेपरिन को आम तौर पर एक थक्का-रोधी के रूप में दिया जाता है।

हेपरिन की एक इकाई ("हॉवेल यूनिट") शुद्ध हेपरिन की 0.002 mg की मात्रा के लगभग बराबर की मात्रा है, इतनी ही मात्रा की आवश्यकता एक बिल्ली के तरल रक्त को 24 घंटे के लिए 0 °C पर रखने के लिए आवश्यक होती है। 


हेपरिन संरचना
मानव हत्या में प्रयोग
चिकित्सकीय प्रयोग
तीन आयामी संरचना