मध्य अमेरिका का भूभाग अधिकतर उत्तर-दक्षिण दिशा में चलता है, लेकिन पनामा के क्षेत्र में यह मुड़कर लगभग पूर्व-पश्चिम दिशा में चलता है। पनामा के मध्य में एक पहाड़ों की शृंखला है जिसके सुदूर पश्चिमी भाग में ३,४७४ मीटर की ऊँचाई पर पनामा का सबसे ऊँचा स्थान, वोल्कान बारू (Volcán Barú) नाम का ज्वालामुखी स्थित है। क्योंकि पनामा की चौड़ाई कम है इसलिए साफ़ दिनों में इस ज्वालामुखी के शिखर से प्रशांत महासागर और कैरिबियाई समुद्र दोनों ही नज़र आ जाते हैं। पनामा के सुदूर पूर्व में दारीएन दरार (Tapón del Darién) नाम का वनों और दलदलों से भरा हुआ एक क्षेत्र है जो पनामा को कोलम्बिया से बांटता है। यह इलाक़ा बहुत ही कठिन है और इसे पार करना बहुत खतरनाक माना जाता है।

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