पुरातात्विक अनुसंधान बताते हैं कि किसी भी यूरोपीय बस्ती के बसने से हजारों वर्ष पहले से फ्लोरिडा बसा हुआ है। यहां कई स्वदेशी लोगों की जातियों में सर्वाधिक ज्ञात जनजातियां एइस (Ais), अपलाची (Apalachee), कलूसा (Calusa), टिमुकुआ (Timucua) और टोकोबैगो (Tocobago) थीं।

यूरोप के प्राचीनतम जीवित स्थलों में अमेरिका के "फ्लोरिडा" का नाम आता है। जुआन पॉन्स डी लिओन (Juan Ponce de León), एक स्पैनिश खोजकर्ता, ने पास्कुआ फ्लोरिडा के दौरान और ईस्टर के छः दिन बाद 2 अप्रैल 1513 की शाम को इस भूमि की खोज के सम्मान में फ्लोरिडा का नामकरण किया। पास्कुआ फ्लोरिडा, "फ्लॉवरी ईस्टर" (पुष्पमय ईस्टर) के मौसम और "फ्लॉवर्ड लैंड" (पुष्पित भूमि) के रूप में इस भू-आकृति के लिए प्रयुक्त होने वाली स्पैनिश संज्ञा है। "इन्हीं दो कारणों के आधार पर इसका नामकरण किया गया।"(जुआन पॉन्स डी लिओन, फ्लोरिडा पहुंचने वाले पहले यूरोपीय नहीं भी हो सकते हैं; एक रिपोर्ट के अनुसार, स्वदेशी जनजाति का कम-से-कम एक इंसान स्पैनिश बोलता था जिससे उनकी मुलाकात 1513 में फ्लोरिडा में हुई थी।) उस तारीख के बाद से, यह भूमि "ला फ्लोरिडा" के रूप में ज्ञात हुआ, यद्यपि जोआंस डी लाएट के "हिस्ट्री ऑफ़ द न्यू वर्ल्ड" में डच मानचित्रकार हेसेल गेरित्स्ज़ द्वारा एक मानचित्र के प्रकाशन के आधार पर 1630 के बाद और तमाम 1700 तक तेगेस्ता (तेकुएस्ता जनजाति के नाम के आधार पर) को फ्लोरिडा प्रायद्वीप के लिए एक पसंदीदा वैकल्पिक नाम के रूप में प्रयोग किया गया।

अगली शताब्दी में, सफलता की अलग-अलग उपाधि के साथ स्पैनिश और फ्रेंच दोनों ने फ्लोरिडा में अपनी बस्तियां स्थापित की. 1559 में, स्पैनिश पेंसाकोला डॉन त्रिस्टान डी लुना वाई अरेल्लानो ने महाद्वीपीय संयुक्त राज्य अमेरिका में पहली बार यूरोपीय बस्ती की स्थापना की थी। 1561 तक यह निर्जन हो चुका था और 1690 के दशक तक यहां पुनर्निवास भी नहीं हुआ। फ्रेंच हुगुएनोट्स ने फोर्ट कैरोलीन आधुनिक समय का जैक्सनविले का निर्माण 1564 में किया था, लेकिन अगले वर्ष सेंट अगॅस्टीन की नई स्पैनिश कॉलोनी के बलों द्वारा इस पर विजय प्राप्त कर लिया गया था। हुगुएनोट नेता के बाद जीन रिबॉल्ट ने नए स्पैनिश धमकियों पर विद्वता हासिल की. उसने स्पैनिश बस्तियों को हटाने के लिये एक अभियान; एन रूट शुरू किया मगर समुद्र में भयंकर तूफान के कारण इस अभियान को बीच में ही रोकना पड़ा जिसमें कॉलोनी के सारे पुरुष शामिल थे। इन्होंने पेद्रो मेनडेज़ डी ऐविलेस के संस्थापक सेंट अगस्टीन को अनुमति दी कि वे जमीनी रास्ते से कूच करें और फोर्ट कैरोलीन पर जीत हासिल करें. अधिकांश हुगुएनोट्स मारे गये और मेनडेज़ डी ऐविलेस ने दक्षिण पर चढ़ाई की एंव फ्रेंच बेड़े को तोड़ दिया. इसके पश्चात "मतंज़स" (स्पैनिश 'हत्या के लिए') नामक नदी के किनारे कुछ कैथोलिक लोगों को छोड़कर बाकी सब की हत्या कर दी गयी।
फ्लोरिडा पर स्पैनिशों का कभी भी मजबूत कब्जा नहीं रहा, स्थानीय कबीलों संक्षेप में जेसुट और बाद में फ्रंसिस्कान फ्रिअर्स के बदलने से इस क्षेत्र पर उनका नियंत्रण कमजोर पड़ता गया। स्थानीय नेताओं (कैसिकुएस) ने स्पैनिशों के सामने रोमन कैथोलिकों को बदलने और उनके गांवों में फ्रंसिस्कान याजकों के स्वागत द्वारा अपनी वफादारी का प्रदर्शन किया। 

उत्तर में अंग्रेजी कॉलोनियों और पश्चिम में फ्रांसिसी कॉलोनियों की स्थापना के साथ फ्लोरिडा में स्पैनिशों के क्षेत्र में कमी आ गई। अपने सहयोगियों क्रीक इंडियन की आपूर्ति आग्नेयास्त्रों के साथ कर अंग्रेजों ने स्पेनी शक्ति को कमजोर कर दिया और उनसे आग्रह किया कि स्पैनिशों की टाइमुकुअन और एपेलेश ग्राहक-जनजाति पर आक्रमण करें. अंग्रेजों ने सेंट अगस्टीन पर कई बार हमला कर शहर और इसकी कैथेड्रल को जलाकर राख कर डाला, जबकि नागरिक कास्तिलो डी सन मार्कोस की दीवार के पीछे छिप गये। 

इस बीच स्पैनिशों ने दासों को प्रोत्साहित किया कि वे अंग्रेज अधिकृत कैरोलिनस को भगायें और फ्लोरिडा आयें, जहां वे रोमन कैथोलिक मत में बदल गये और उन्हें स्वतंत्र कर दिया गया। उन्होंने सेंट अगस्टीन के उत्तर स्थित एक प्रतिरोधक समुदाय (बफर कम्युनिटी) में अपनी बस्ती स्थापित की जिसे ग्रेसिया रियल डी सांता टेरेसा डी मोसे के नाम से जाना जाता था। यह काले लोगों द्वारा स्थापित सबसे पहली बस्ती थी जिसके तहत यूनाइटेड स्टेट्स (संयुक्त राज्य) का निर्माण हुआ।

1763 में ग्रेट ब्रिटेन ने कूटनीति पूर्वक पेरिस की शांति के माध्यम से फ्लोरिडा पर फिर से नियंत्रण प्राप्त कर लिया। ब्रिटिशों ने इसे दो कॉलोनियों में विभाजित कर दिया - ईस्ट फ्लोरिडा, जिसकी राजधानी सेंट अगस्टीन थी और वेस्ट फ्लोरिडा, जिसकी राजधानी पेंसाकोला थी। ब्रिटेन ने आप्रवासियों के आयात के हिसाब से फ्लोरिडा को विकसित करना चाहा, जिसमें माइनोर्का और ग्रीस से भी कुछ को शामिल करने की कोशिश की, लेकिन इस परियोजना के अंत में वे विफल रहे. 1783 में अमेरिकी कॉलोनियों से ब्रिटेन की हार के बाद स्पेन ने फिर से फ्लोरिडा हासिल कर लिया और इसके पश्चात वर्साई की संधि कर पूर्व और पश्चिम फ्लोरिडा के विभाजन को जारी रखा. जो उन कॉलोनियों में बसने आते थे वे उन्हें भूमि अनुदान की पेशकश करते थे और इस तरह बहुत से अमेरिकी इनके पास आकर बस गए।

इंडियन शहरों पर स्थिर हमलों के बाद, सेमीनोल इंडियन्स जो पूर्वी फ्लोरिडा में बसे थे, जॉर्जिया बस्तियों पर छापा मारने लगे, माना जाता है कि वे ऐसा स्पेन के इशारे पर कर रहे थे। संयुक्त राज्य अमेरिका की सेना स्पेनी क्षेत्र में घुसपैठ का तेजी से नेतृत्व करने लगी, 1817-1818 एंड्रयू जैक्सन ने सेमीनोल इंडियनों के खिलाफ अभियान छेड़ दिया जो पहले सेमीनोल युद्ध के रूप में जाना गया था। युद्ध के बाद, संयुक्त राज्य अमेरिका ने बड़े प्रभावी ढंग से पूर्व फ्लोरिडा पर नियंत्रण कर लिया। 1819 में, एडम्स-ओनिस संधि के शर्तों पर स्पेन ने संयुक्त राज्य अमेरिका को फ्लोरिडा सौंप दिया और बदले में टेक्सास पर किसी भी किस्म के दावे को अमेरिका ने त्याग दिया जो उसने 5 मिलियन डॉलर में लुइसियाना से खरीदा था। 

जैसे अवस्थापन की क्रिया में वृद्धि हुई, वैसे ही संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार पर इंडियन्स को उनके देश फ्लोरिडा से हटाने का दबाव बढ़ने लगा. जॉर्जिया के जमीन मालिकों को तंग करने के लिए, सेमिनोलों भगोड़े अश्वेतों को शरण देने लगे और एकीकृत करने लगे और गोरों और इंडियन्स के बीच टकराव के साथ नए बसने वालों का तांता लग गया। 1832 में, संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार ने सेमीनोल प्रमुखों में से कुछ के साथ पायने लैंडिंग की संधि पर हस्ताक्षर किए, यह वादा करते हुऐ कि अगर वे स्वेच्छा से फ्लोरिडा छोड़ने के लिये सहमत हुए तो उन्हें मिसिसिपी नदी के पश्चिम की भूमि दे दी जायेगी. उसी समय सेमीनोलों के बहुत लोग वहां से चले गये, जो रह गये वो फिर से अपने भूमि के दावे के बचाव की तैयारी में लग गये। श्वेत निवासियों ने सरकार पर दबाव डाला कि यहां से इंडियन्स को हटा लिया जाये अगर जरूरत पड़े तो बलपूर्वक और 1835 में अमेरिकी सेना इस संधि को लागू करने के लिए यहां पहुंची. 

1835 के अंत में दूसरा सेमीनोल युद्ध डेड नरसंहार के साथ, जब फोर्ट किंग (ओकाला) की सेना अपने राजा की शक्ति बढ़ाने के लिये किला ब्रुक (टाम्पा) से निकल रह थी तो सेमिनोलों ने उन पर प्राणघाती हमला कर दिया, एक को छोड़ सभी 108 सैनिकों की या तो हत्या कर दी गयी या वे घायल हो गए। 900 और 1500 के बीच सेमीनोल इंडियन योद्धाओं ने सात साल तक संयुक्त राज्य अमेरिका के सैनिकों के खिलाफ बड़े प्रभावी ढंग से मारो और भागो गुरिल्ला रणनीति चलायी. एक करिश्माई युवा युद्ध नेता ओसिओला युद्ध और सेमीनोल का प्रतीकत्व करने के लिये आया था, बाद में 1837 में संघर्ष विराम समझौते के दौरान उसे गिरफ्तार कर लिया गया और एक वर्ष से भी कम समय के अन्दर जेल में उसकी मृत्यु हो गई। युद्ध 1842 तक खींचा गया। ऐसा अनुमान है कि उस समय U.S. सरकार ने युद्ध पर 20 मिलियन US डॉलर से लेकर 40 मिलियन US डॉलर तक की एक खगोलीय राशि खर्च किया।
3 मार्च 1845 को फ्लोरिडा संयुक्त राज्य अमेरिका का 27वां राज्य बन गया। इसकी आबादी में धीरे-धीरे वृद्धि हुई. अश्वेतों ने बसने के लिए सेमिनोलों द्वारा उपयोग की गयी भूमि पर अतिक्रमण जारी रखा और संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार को शेष सेमीनोलों को पश्चिम की ओर भेजने के लिए एक और प्रयास करना पड़ा. तीसरा सेमीनोल युद्ध 1855 से 1858 तक चला और परिणामस्वरूप शेष सेमिनोलों को भी वहां से हटा दिया गया। यहां तक कि तीन खूनी युद्ध के बाद भी, अमेरिका फ्लोरिडा के सभी सेमीनोल इंडियंस को पश्चिम भजने में विफल रही. हालांकि अधिकतर सेमिनोलों को मिसिसिपी के पश्चिम में बलपूर्वक संकरी भूमि पर निर्वासित कर दिया गया था। सेमीनोल नेता अरिपेका (सैम जोन्स) सहित सैकड़ों ऐवरग्लेड्स में रह रहे थे और उन्होंने अपने पूर्वजों का मूल देश छोड़ने से इनकार कर दिया था। उनके वंशज आज भी वहां रह रहें हैं।
अश्वेत निवासियों ने फ्लोरिडा में कपास की खेती प्रारंभ की जिसके लिये असंख्य मजदूरों की आवश्यकता हुई. 1860 तक फ्लोरिडा में सिर्फ 140,424 लोग थे, जिनमें से 44% को ग़ुलाम बना लिया गया था। गृहयुद्ध से पहले वहां 1000 से कम रंग से मुक्त लोग थे।

10 जनवरी 1861 को अमेरिकी नागरिक युद्ध के शुरू होने से पहले फ्लोरिडा ने संघ से अपने अलगाव की घोषणा कर दी, उसके दस दिन बाद ही राज्य अमेरिका के संघि राज्यों का संस्थापक सदस्य बन गया। युद्ध 1865 में समाप्त हुआ। 25 जून 1868 को, फ्लोरिडा का कांग्रेसी प्रतिनिधित्व बहाल कर दिया गया। पुनर्निर्माण के बाद, अश्वेत प्रजातंत्रवादी राज्य विधानसभा की सत्ता में वापस आने में सफल हो गये। 1885 में उन्होंनें एक नया संविधान बनाया, विधियों के बाद 1889 से उन्होंने बड़े प्रभावी ढंग से अगले कई वर्षों तक अश्वेतों और कई गरीब गोरों को मताधिकार देने से वंचित कर दिया. प्रावधानों का चुनाव कर, साक्षरता परीक्षण और रेसिडेंसी आवश्यकताओं को शामिल किया। राज्य में सबसे अधिक अफ्रीकी अमेरिकियों के लिए मताधिकार से वंचित रहने का दौर 1960 के दशक तक कायम रहा, उसी समय सिविल अधिकार आंदोलन के बाद संघीय कानून के अपने मताधिकार को फिर से हासिल किया।

बीसवीं सदी के मध्य तक, फ्लोरिडा सबसे कम आबादी वाला दक्षिणी राज्य था। सन् 1900 में इसकी जनसंख्या केवल 528,542, जिनमें से लगभग 44 प्रतिशत अफ्रीकी अमेरिकी थे।बोल घुन की वजह से कपास की फसलें नष्ट होने लगी और 20 वीं सदी के शुरू में ही अफ्रीकी अमेरिकियों के विरूद्ध जातीय हिंसा को भड़का कर उन्हें अकारण दंड दिया जाने लगा, फलस्वरूप वे उत्तरी और मध्यपश्चिम औद्योगिक शहरों में बहुत बड़ी संख्या में प्रवास करने लगे.1900 जनसंख्या का पांचवां हिस्सा यानि मोटे तौर पर चालीस हजार अश्वेत, एक बेहतर अवसर के लिए यहां से चले गये। 1920 के दशक में राष्ट्रीय आर्थिक समृद्धि ने फ्लोरिडा में पर्यटन को प्रोत्साहित किया। अपनी रूपरेखा में अचानक पदोन्नति के साथ संयुक्त होकर एक संक्षिप्त अवधि में ही फ्लोरिडा की भूमि में 1920 के दशक मे तेजी से विकास हुआ। 1926 और 1928 में विनाशकारी तूफान, शेयर बाजार में आई गिरावट और ग्रेट डिप्रेशन (विश्व आर्थिक संकट), के कारण इसकी प्रगति में एक विराम आ गया।

द्वितीय विश्व युद्घ की रचना होने तक फ्लोरिडा की अर्थव्यवस्था पूरी तरह से ठीक नहीं थी, एयर कंडीशनिंग की बढ़ती उपलब्धता से गर्म जलवायु भी ठंडा रहता था और जीने की कम लागत ने राज्य का स्वर्ग बना दिया था। युद्ध के बाद रस्ट बेल्ट और पूर्वोत्तर से पलायन की वजह से आबादी में तेजी से वृद्धि हुई.हाल के दशकों में, अधिकतर प्रवासी एक विकासशील अर्थव्यवस्था में अच्छे रोजगार पाने की उम्मीद में आए थे। आज, 18 मिलियन से अधिक की अनुमानित जनसंख्या के साथ, फ्लोरिडा दक्षिण-पूर्व संयुक्त राज्य अमेरिका का सबसे अधिक आबादी वाला राज्य है, दक्षिण में टेक्सास के बाद दूसरा और संयुक्त राज्य अमेरिका में चौथा सबसे अधिक आबादी वाला राज्य है।जनगणना ब्यूरो का अनुमान है कि "फ्लोरिडा, चौथा सबसे अधिक जनसंख्या वाला राज्य जिसकी कुल जनसंख्या 2011 में न्यूयॉर्क से ज्यादा होगी जो अभी तीसरे स्थान पर है।

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