प्रधानमंत्री बनने के बाद राष्ट्रपति जनरल [[परवेज़ मुशर्रफ़|मुशर्रफ]] के करीबी समझे जाने लगे, उन्होंने दौरान सरकार राष्ट्रपति की नीतियों का पूरा समर्थन भी की। ज़फ़रुल्लाह जमाली हमेशा एक व्यापक राजनीतिक गठबंधन के लिए प्रयासरत रहे और लोकतंत्र की बहाली के रूबा अमल रहने का वादा किया लेकिन वह अपनी यह स्थिति बनाए न रख सके और [[२६ जून|26 जून]] [[२००४|2004]] को प्रधानमंत्री पद इस्तीफा गए। 

[[बलूचिस्तान (पाकिस्तान)|बलूचिस्तान]] से संबंधित पहले प्रधानमंत्री जमाली के लिए सत्ता पहले दिन से ही फूलों की सेज साबित नहीं हुआ। उनकी पार्टी के सांसदों मेंाकतरयत संबंध [[पंजाब (जिद अस्पष्टता) | पंजाब]] से था जिन पर चौधरी ब्रदर्स की पकड़ काफी मजबूत थी .मई 2004 तक जमाली और बहादुरी मतभेद तीव्रता अधिकार हो गया और विधानसभा टूटने और मध्यावधि चुनाव की बातें होने लगीं। 

जमाली कैबिनेट
मंत्रालय आजमी
इस्तीफा
व्यावहारिक राजनीति