RFID सुरक्षा को लेकर एक प्राथमिक चिंता RFID टैग की अवैध ट्रैकिंग है। टैग, जो वैश्विक रूप से पठनीय हैं, वे निजी स्थान गोपनीयता और कॉर्पोरेट/सैन्य सुरक्षा, दोनों के लिए खतरा पैदा कर रहे हैं। इस तरह की चिंताएं, अमेरिकी रक्षा विभाग द्वारा हाल में आपूर्ति श्रृंखला प्रबंधन के लिए RFID टैग को अपनाने से उठाई गई हैं। आम तौर पर, गोपनीयता संगठनों ने इलेक्ट्रॉनिक उत्पाद कोड (EPC) RFID टैग को उपभोक्ता उत्पादों में सन्निहित करने के चल रहे प्रयासों के संदर्भ में चिंता व्यक्त की है।

डिजाइन के आधार पर, EPCglobal Network भी Dos हमलों के प्रति कमज़ोर है। EPC डेटा अनुरोधों को हल करने में DNS के साथ ऐसी ही प्रणाली का उपयोग में, ONS रूट सर्वर Dos हमले के लिए असुरक्षित हो जाते हैं। EPCglobal Network के साथ शुरुआत करने की योजना बना रहा कोई भी संगठन यह ज्ञात होने पर ठिठुर जाएगा कि EPCglobal Network के बुनियादी ढांचे में DNS के समान ही सुरक्षा कमजोरियां हैं।

रक्षा की एक द्वितीय श्रेणी, टैग क्लोनिंग को रोकने के लिए क्रिप्टोग्राफी का उपयोग करती है। कुछ टैग एक प्रकार के "रोलिंग कोड" योजना का उपयोग करते हैं, जिसमें टैग पहचानकर्ता जानकारी प्रत्येक स्कैन के बाद परिवर्तित हो जाती है, इस तरह देखि गई प्रतिक्रियाओं की उपयोगिता को कम कर देती है। अधिक परिष्कृत उपकरण चुनौती-प्रतिक्रिया प्रमाणीकरण में संलग्न होते हैं जहां टैग, रीडर के साथ सूचना का आदान प्रदान करता है। इन प्रोटोकॉल में, टैग और रीडर के बीच असुरक्षित संचार चैनल पर गुप्त टैग जानकारी नहीं भेजी जाती है। बल्कि, रीडर टैग के लिए एक चुनौती जारी करता है, जो एक परिणाम के साथ जवाब देता है जिसकी गणना कुछ गुप्त मूल्य के साथ बंधे क्रिप्टोग्राफिक सर्किट का उपयोग करते हुए की जाती है। ऐसे प्रोटोकॉल, सममित या सार्वजनिक कुंजी क्रिप्टोग्राफी पर आधारित हो सकता है। कूट रूप से सक्षम टैग की आमतौर पर कीमत नाटकीय रूप से उच्च होती है और इसे सरल समकक्ष से अधिक बिजली की आवश्यकता होती है और परिणामस्वरूप इन टैग की तैनाती अधिक सीमित है। इस लागत/विद्युत् बंधन ने कुछ निर्माताओं को काफी कमजोर या स्वामित्व वाली एन्क्रिप्शन योजनाओं का उपयोग करके कूट्लेखित टैग लगाने में प्रेरित किया, जो परिष्कृत हमले को आवश्यक रूप से नहीं रोकते। उदाहरण के लिए, एक्सॉन-मोबिल स्पीडपास, टेक्सास इंस्ट्रूमेंट्स द्वारा निर्मित एक कूटलेख-सक्षम टैग का उपयोग करता है, जिसे डिजिटल सिग्नेचर ट्रांसपोंडर (DST) कहते हैं, जिसमें कम लागत के लिए एक चुनौती-प्रतिक्रिया प्रोटोकॉल करने के लिए एक कमजोर, स्वामित्व एन्क्रिप्शन योजना शामिल है।

फिर भी अन्य कूट्लेखित प्रोटोकॉल, अनधिकृत पाठकों के खिलाफ गोपनीयता हासिल करने के प्रयास में हैं, हालांकि ये प्रोटोकॉल अभी अनुसंधान चरण में हैं। RFID टैग को सुरक्षित करने में एक बड़ी चुनौती, टैग के भीतर कम्प्यूटेशनल संसाधनों की कमी है। मानक कूटलेखन तकनीक में अधिकांश कम कीमत वाले RFID उपकरणों में उपलब्ध संसाधनों की तुलना में अधिक की आवश्यकता होती है। RSA सिक्युरिटी ने एक प्रोटोटाइप उपकरण को पेटेंट कराया है जो स्थानीय स्तर पर एक मानक टक्कर परिहार प्रोटोकॉल के दखल से RFID संकेतों को जाम कर देता है, ओर प्रयोक्ता को अगर वांछित हो तो पहचान रोकने की अनुमति देता है। विभिन्न नीतिगत उपायों का भी प्रस्ताव किया गया है, जैसे कि RFID टैग वाली वस्तु को एक उद्योग मानक लेबल के साथ चिह्नित करना। RFID सुरक्षा, कुछ वर्षों से एक बहुत सक्रिय अनुसंधान क्षेत्र है, जिसमें 2002 से लेकर आज तक 400 से अधिक वैज्ञानिक पेपर प्रकाशित किये गए हैं। इस क्षेत्र में संदर्भ की एक व्यापक सूची RFID Security and Privacy Lounge में पाई जा सकती है।

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