एडोब फोटोशॉप (Adobe Photoshop) जैसे किसी अनुप्रयोग के लिये स्कैनर के साथ संपर्क करना अनिवार्य है। अनेक स्कैनर्स उपलब्ध हैं और उनमें से अनेक स्कैनर्स विभिन्न प्रोटोकॉल्स का प्रयोग करते हैं। अनुप्रयोग प्रोग्रामिंग को सरल बनाने के उद्देश्य से, कुछ एप्लीकेशन्स प्रोग्रामिंग इन्टरफेस (Applications Programming Interfaces) ("API") विकसित किये गये थे। API स्कैनर के लिये एक समान इन्टरफेस प्रस्तुत करता है। इसका अर्थ यह है कि स्कैनर तक प्रत्यक्ष अभिगम्यता के लिये अनुप्रयोग को स्कैनर के विशिष्ट विवरणों को जानने की आवश्यकता नहीं होती. उदाहरणार्थ, एडोब फोटोशॉप (Adobe Photoshop) TWAIN मानक का समर्थन करता है; इसीलिये सैद्धांतिक रूप से फोटोशॉप TWAIN का समर्थन करनेवाले किसी भी स्कैनर से एक चित्र प्राप्त कर सकता है।

व्यवहारिक रूप से, जब एक अनुप्रयोग किसी स्कैनर से साथ संपर्क करता है, तो अक्सर उस समय अनेक समस्याएं उत्पन्न होती हैं। अनुप्रयोग या स्कैनर के उत्पादक (या दोनों) के द्वारा किये गए API क्रियान्वयन में कोई त्रुटि हो सकती है।

विशिष्टतः, API को एक गतिज रूप से जुड़नेवाली लाइब्रेरी (Dynamically Linked Library) के रूप में क्रियान्वित किया जाता है। प्रत्येक स्कैनर उत्पादक ऐसा सॉफ्टवेयर प्रदान करता है, जो API प्रोसीजर कॉल को एक हार्डवेयर नियंत्रक (जैसे SCSI, USB या फायरवायर (FireWire) नियंत्रक) को दिये जाने वाले सामन्य आदेशों में अनुवादित करता है। API का उत्पादक वाला भाग आमतौर पर डिवाइस ड्राइवर कहलाता है, लेकिन यह नाम पूरी तरह अचूक नहीं है: API कर्नेल मोड में कार्य नहीं करता और उपकरण को सीधे अभिगम नहीं करता.

कुछ स्कैनर उत्पादक एक से अधिक API प्रदान करेंगे। 

अधिकांश स्कैनर्स TWAIN API का प्रयोग करते हैं। TWAIN API, जिसे मूलतः निम्न-स्तरीय और घरों में प्रयुक्त उपकरणों में प्रयोग किया जाता था, अब बड़े-स्तर पर की जाने वाली स्कैनिंग में व्यापक रूप से प्रयोग किया जाता है।

अन्य स्कैनर API's निम्नलिखित हैं

पिक्सेल ट्रांसलेशन्स (Pixel Translations) द्वारा निर्मित ISIS, जो प्रदर्शन कारणों से अभी भी SCSI-II का प्रयोग करता है, को बड़ी, विभागीय-स्तर की मशीनों द्वारा प्रयोग किया जाता है।

SANE (Scanner Access Now Easy) स्कैनर्स का अभिगमन करने के लिये एक मुक्त/खुले स्रोत वाला API है। मूलतः यूनिक्स (Unix) और लिनक्स (Linux) ऑपरेटिंग सिस्टमों के लिये विकसित, इसे API OS/2, मैक OS X (Mac OS X) और माइक्रोसॉफ्ट विण्डोज़ (Microsoft Windows) तक ले जाया गया है। TWAIN के विपरीत SANE प्रयोक्ता इन्टरफेस को नहीं संभालता. यह डिवाइस ड्राइवर से किसी विशेष समर्थन के बिना ही बैच स्कैन और पारदर्शी नेटवर्क अभिगम की अनुमति देता है।

विण्डोज़ इमेज ऐक्विज़िशन (Windows Image Acquisition) ("WIA") माइक्रोसॉफ्ट (Microsoft) द्वारा प्रदत्त एक API है।

कंप्यूटर संयोजन
ऐप्लीकेशन्स प्रोग्रामिंग इन्टरफेस (Applications Programming Interface)
फ्लैटबेड
हैण्ड