मैनहटन को निर्बाध रूप से डाउनटाउन, मिडटाउन और अपटाउन में विभाजित किया गया जिसके साथ ही साथ फिफ्थ एवेन्यू, मैनहटन को इसके ईस्ट साइड और वेस्ट साइड में विभाजित करता है। मैनहटन द्वीप पश्चिम में हडसन नदी से और पूर्व में ईस्ट नदी से घिरा है। उत्तर में हार्लेम नदी, मैनहटन को ब्रोंक्स से और संयुक्त राज्य अमेरिका की मुख्य भूमि से अलग करती है। कई छोटे-छोटे द्वीप भी मैनहटन नगर के हिस्से हैं, जिनमें रंडाल्स द्वीप, वार्ड्स द्वीप और ईस्ट नदी का रूज़वेल्ट द्वीप, तथा न्यूयॉर्क बंदरगाह के दक्षिण में गवर्नर्स द्वीप और लिबर्टी द्वीप शामिल हैं। मैनहटन द्वीप का क्षेत्रफल 22.7 वर्ग मील (58.8 वर्ग किमी), लम्बाई 13.4 मील (21.6 किमी) और चौड़ाई 2.3 मील (3.7 किमी) है और (14थ स्ट्रीट के पास) इसकी चौड़ाई सबसे अधिक है। न्यूयॉर्क प्रान्त का कुल क्षेत्रफल 33.77 वर्ग मील (87.46 वर्ग किमी) है जिसमें से 22.96 वर्ग मील (59.47 वर्ग किमी) स्थल और 10.81 वर्ग मील (28.00 वर्ग किमी) जल है।

मैनहटन का एक पड़ोस ब्रोंक्स से सटा हुआ है। मार्बल हिल किसी समय मैनहटन द्वीप का हिस्सा था, लेकिन हार्लेम नदी के नौपरिवहन में सुधार लाने के लिए 1895 में खोदी गई हार्लेम नदी पोत नहर ने इसे ब्रोंक्स और मैनहटन के शेष भाग के बीच एक द्वीप के रूप में मैनहटन के शेष भाग से अलग कर दिया। प्रथम विश्व युद्ध से पहले ब्रोंक्स से मार्बल हिल को अलग करने वाले हार्लेम नदी के मूल नहर के खंड को भर दिया गया और मार्बल हिल मुख्य भूमि का हिस्सा बन गया।

मार्बल हिल इस बात का एक उदाहरण है कि मैनहटन की भूमि में किस तरह मानव हस्तक्षेप द्वारा काफी बदलाव हुआ है। डच औपनिवेशिक काल से ही इस नगर के तटीय-क्षेत्रों के किनारे पर्याप्त भूमि उद्धार होता रहा है और स्थलाकृति में प्राकृतिक विविधता में से अधिकांश को समान कर दिया गया है।

उन्नीसवीं सदी के शुरू में, ग्रीनविच स्ट्रीट के प्राकृतिक हडसन तटरेखा से वेस्ट स्ट्रीट तक लोअर मैनहटन का विस्तार करने के लिए भूमि-भराव का इस्तेमाल किया गया। वर्ल्ड ट्रेड सेंटर के निर्माण के समय उस स्थल की खुदाई से 1.2 मिलियन घन यार्ड (917,000 m³ या घन मी) सामग्री खोद कर निकाली गई। इन वर्ज्य सामग्रियों को समुद्र में फेंकने या भूमि-भराव में इस्तेमाल करने के बजाय बैटरी पार्क सिटी का निर्माण करने के लिए वेस्ट स्ट्रीट के किनारे मैनहटन तटरेखा का विस्तार करने के लिए इस्तेमाल किया गया। इसके परिणामस्वरूप नदी में 700 फुट (210 मीटर) का विस्तार हुआ, छः खण्डों या 1,484 फीट (450 मीटर) भूमि का निर्माण संभव हुआ, को शामिल किया गया, 1.2 मील (1.9 किमी) लम्बे नदी-तटीय विस्तृत मैदान और से भी अधिक उद्यानों की सुविधा प्रदान की गई।

भू-गर्भ विज्ञान की दृष्टि से, मैनहटन के अधःस्तर की एक प्रबल विशेषता यही है कि द्वीप के अन्तर्निहित आधार सतह में मिडटाउन जिले के पास की सतह के बहुत निकट काफी चढ़ाव है, 29थ स्ट्रीट और कैनल स्ट्रीट के बीच की निम्न भूमि की तरफ ढाल है, उसके बाद फाइनेंसियल जिले के नीचे की सतह की तरफ फिर चढ़ाव है; यह विशेषता मिडटाउन फाइनेंसियल जिले के क्षेत्रों में गगनचुंबी इमारतों के समूह और इन दो क्षेत्रों के बीच के मध्यवर्ती क्षेत्र पर उनकी अनुपस्थिति का अन्तर्निहित कारण है, क्योंकि उनकी नींव भूमिगत आधार में अधिक सुरक्षित रूप से जलमग्न हो सकते हैं।

मैनहटन ने जॉर्ज वॉशिंगटन सेतु, हॉलैंड सुरंग और लिंकन सुरंग के माध्यम से पश्चिम में न्यू जर्सी के साथ और न्यूयॉर्क शहर के अन्य चार नगरों में तीन उत्तर-पूर्व में ब्रोंक्स और पूर्व एवं दक्षिण में ब्रूकलीन और लाँग द्वीप पर क्वींस के साथ वाहनों से होने वाले संपर्क को सुदृढ़ किया है। न्यूयॉर्क शहर के पांचवे नगर के साथ इसका एकमात्र सीधा संपर्क न्यूयॉर्क बंदरगाह का स्टेटन आइलैंड फेरी है, जो निःशुल्क है। घाट का टर्मिनल इसके दक्षिणी सिरे पर बैटरी पार्क के पास स्थित है। वेराज़नो-नैरोज़ सेतु का इस्तेमाल करके ब्रूकलीन के रास्ते स्टेटन द्वीप की यात्रा संभव है।

1811 की आयुक्त योजना के तहत बारह क्रमांकित रास्तों के निर्माण की योजना बनी, जो हडसन नदी के तट के लगभग समानांतर उत्तर और दक्षिण को ओर जाती हैं, जिनमें से प्रत्येक की चौड़ाई है और फर्स्ट एवेन्यू पूर्व की तरफ और ट्वेल्फ्थ एवेन्यू पश्चिम की ओर जाती है। फर्स्ट एवेन्यू के पूर्व की तरफ कई आंतरायिक रास्ते हैं, जिनमें चार अतिरिक्त अक्षर वाले रास्ते शामिल हैं जो एवेन्यू ए से पूर्व की तरफ उस क्षेत्र के एवेन्यू डी तक जाती हैं जिसे अब अल्फाबेट शहर के नाम से जाना जाता है जो मैनहटन के ईस्ट गांव में स्थित है। मैनहटन की क्रमांकित सड़के पूर्व-पश्चिम की तरफ जाती है और चौड़ी हैं और इसके साथ ही साथ प्रत्येक जोड़ी सड़कों के बीच लगभग 200 फीट (61 मी) का अंतर है। लगभग 260 फीट (79 मी) तक जोड़ी गई प्रत्येक संयुक्त सड़क और ब्लॉक के साथ, प्रत्येक मील पर लगभग ठीक-ठीक 20 ब्लॉक हैं। मैनहटन का विशिष्ट ब्लॉक 250 बाई 600 फीट है। पंद्रह क्रॉसटाउन सड़कों को 100 फीट (30 मी) चौड़ी सड़कों के रूप में नामित किया गया जिनमें 34थ, 42न्ड, 57थ और 125थ स्ट्रीट्स शामिल थी, जो नगर के सबसे महत्वपूर्ण परिवहन और खरीदारी स्थलों में से कुछ प्रमुख स्थल थे। ब्रॉडवे, ग्रिड के कई अपवादों में से सबसे उल्लेखनीय है, जो लोअर मैनहटन के बॉलिंग ग्रीन से शुरू होकर मैनहटन के उत्तरी सिरे पर स्थित ब्रोंक्स के उत्तर तक विस्तृत है। मिडटाउन मैनहटन के अधिकांश क्षेत्रों में, ब्रॉडवे, ग्रिड के एक तिरछी सीध में विस्तृत है और यूनियन स्क्वायर, हेराल्ड स्क्वायर (सिक्स्थ एवेन्यू और 34थ स्ट्रीट), टाइम्स स्क्वायर (सेवेंथ एवेन्यू और 42थ स्ट्रीट) और कोलंबस सर्कल (ऐट्थ एवेन्यू/सेन्ट्रल पार्क वेस्ट और 59थ स्ट्रीट) पर प्रमुख नामी चौराहों का निर्माण किया है।

मैनहटन के अधिकांश क्षेत्रों के सख्त ग्रिड योजना का एक परिणाम और ग्रिड की लगभग 28.9 डिग्री का तिरछापन एक ऐसी घटना है जिसे कभी-कभी मैनहटनहेंज (स्टोनहेंज के साथ तुलना करके) के रूप में संदर्भित किया जाता है। मई के अंत में और जुलाई के शुरू में अलग-अलग अवसरों पर, सूर्यास्त को सड़क की ग्रिड रेखाओं के साथ एक रेखा में लाया जाता है जिसके परिणास्वरूप सूर्य सड़क के स्तर से पश्चिमी क्षितिज पर या उसके पास दिखाई देने लगता है। इसी तरह की एक घटना जनवरी और दिसम्बर में सूर्योदय के साथ होता है।

वन्यजीव संरक्षण सोसायटी, जो शहर में चिड़ियाघरों और जल-जीवशालाओं को संचालित करता है, वर्तमान में मैन्नाहट्टा परियोजना के उपक्रम में लगा हुआ है, जो 1609 में हेनरी हडसन के प्रथम प्रस्थान के समय मैनहटन के पारिस्थितिकी और भूगोल के दृष्टिगत रूप से पुनर्निर्माण करने और आज हम द्वीप के बारे में क्या जानते हैं, इसकी तुलना करने का एक कंप्यूटर अनुकरण था।



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