स्वप्रतिरक्षा का उच्च स्तर जहां अस्वास्थ्यकर होता है, वहीं इसका कम स्तर वास्तव में लाभकारी हो सकता है। सर्वप्रथम, कम-स्तरीय स्वप्रतिरक्षा सीडी8+ टी कोशिकाओं द्वारा नवोत्पादित कोशिकाओं की पहचान करने में सहायता करती है और इस तरह कैंसर की घटनाओं को कम करती है। 

दूसरे, स्वप्रतिरक्षा की संक्रमण की प्रारंभिक अवस्थाओं में तेज प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया होने देने में भूमिका हो सकती है, जिस समय विदेशी प्रतिजनों की उपलब्धि प्रतिक्रिया को सीमित करती है (अर्थात् जब कुछ ही प्रतिजनें मौजूद रहती हैं). स्टेफानोवा और अन्य (2002) ने अपने अध्ययन में, सीडी4+ टी कोशिका-एमएचसी (MSC) अंतर्क्रिया को अस्थायी रूप से रोकने के लिये एमएचसी (MSC) वर्ग II अणु (H-2) के एकल प्रकार को व्यक्त करने वाले एक प्रति-एमएचसी (HMC) वर्ग II प्रतिपिंड का इंजेक्शन चूहों को दिया. प्रति-एमएचसी देने के 36 घंटों बाद इन चूहों से प्राप्त अनुभवहीन सीडी4+ टी कोशिकाओं में प्रतिजन कबूतर के साइटोक्रोम सी पेप्टाइड के प्रति प्रतिक्रिया में कमी देखी गई, जिसका निश्चय ज़ैप-70 फास्फोरिलीकरण, प्रफलन और इंटरल्यूकिन-2 के उत्पादन से किया गया था। इस तरह स्टेफानोवा और अन्य (20020 ने दर्शाया कि स्व-एमएचसी बोध (जो अधिक शक्तिशाली होने पर स्वप्रतिरक्षी रोग उत्पन्न कर सकता है) विदेशी प्रतिजनों की अनुपस्थिति में सीडी4+ टी कोशिकाओं की प्रतिक्रियात्मकता बनाए रखता है। स्वप्रतिरक्षा का यह विचार सैद्धांतिक रूप से लड़ाई के खेल जैसा है। शेर के बच्चों (टीसीआर (TCR) और स्वतःएमएचसी (MHC)) के लड़ाई के खेल से हल्की सी खरोंचें या चोट के निशान (कम-स्तरीय स्वप्रतिरक्षा) हो सकते हैं, लेकिन लंबे अर्से में यह फायदेमंद साबित होता है, क्यौंकि यह शेर के बच्चे को भविष्य में अच्छी तरह से लड़ने के लिये तैयार करता है।

लिंग
पर्यावरणीय कारक
कम-स्तरीय स्वप्रतिरक्षा
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