टीबी रोधी दवाओं के प्रतिकूल प्रभावों पर जानकारी के लिए कृपया प्रत्येक दवा के लिए लेख देखें. 
प्रमुख दुष्प्रभाव के विवरण को नीचे दिया गया है:
इस बात का जोखिम 8.6% होता है कि किसी रोगी की दवा चिकित्सा को मानक लघु कोर्स चिकित्सा (2HREZ/4HR) के दौरान बदलना पड़े. 
अध्ययन के अनुसार जिन लोगों में दुष्प्रभाव का जोखिम सबसे ज्यादा होता है, वे हैं:


यह ज्ञात करना बहुत अधिक मुश्किल है कि कौन सी दवा से कौन सा पार्श्व प्रभाव उत्पन्न होगा, लेकिन प्रत्येक दवा कि सापेक्ष आवृति ज्ञात है। 
हमलावर दवाओं को आवृति के घटते क्रम में दिया गया है: 
थ्रोम्बोसाइटोपेनिया केवल आरएमपी की वजह से होता है और इसके लिए किसी परीक्षण खुराक की आवश्यकता नहीं होती है। आरएमपी के बिना खुराक की चर्चा नीचे की गयी है।
अधिक विवरण के लिए कृपया रिफैम्पिसिन पर प्रविष्टि देखें.

न्यूरोपेथी का कारण अक्सर आईएनएच होता है। आईएनएच की परिधीय न्यूरोपेथी हमेशा एक शुद्ध संवेदी न्यूरोपेथी होती है और परिधीय न्यूरोपेथी के लिए एक प्रेरक अवयव की खोज हमेशा एक वैकल्पिक कारण की खोज को उत्साहित करती है।

एक बार जब परिधीय न्यूरोपेथी हो जाती है, आईएनएच को रोक दिया जाना चाहिए और दिन में तीन बार रोज पायरीडोकसिन की 50 मिलीलीटर की एक खुराक दी जानी चहिये. 
न्यूरोपेथी होने के बाद पायरीडोकसिन की उंची खुराक को सिर्फ दवा में शामिल कर देने से न्यूरोपेथी का बढना रुकेगा नहीं। 
जिन रोगियों में अन्य कारणों से (मधुमेह, शराब का सेवन, वृक्कों की असफलता, कुपोषण, गर्भावस्था आदि) न्यूरोपेथी का जोखिम होता है उन्हें उपचार की शुरुआत में रोज पायरीडोकसिन की 10 मिलीग्राम मात्रा दी जाती है।

आईएनएच के अन्य न्यूरोलोजिकल पार्श्व प्रभावों पर विस्तृत जानकारी के लिए आइसोनियाज़िड पर प्रविष्टि देखें. 
पीजेडए के कारण अक्सर शरीर पर दाने (rash) हो जाते हैं, लेकिन यह टीबी की अन्य दवाओं के कारण भी आम है। 
वह परीक्षण खुराक जिसमें हेपेटाइटिस के लिए समान दवा का उपयोग किया जाता है, यह निर्धारित करने के लिए आवश्यक हो सकती है की कौन सी इसके लिए दवा जिम्मेदार है।

खुजली आरएमपी आमतौर उपचार के पहले दो सप्ताहों में पर बिना दानों के खुजली का कारण बनती है, लेकिन उपचार को रोकना नहीं चाहिए, रोगी को सामान्यतया यह सलाह दी जाती है कि खुजली अपने आप ठीक हो जायेगी. 
खुजली को रोकने के लिए सीडेटिव एंटीथिस्टेमाइंस जैसे क्लोरफेनिरएमाइन का उपयोग किया जा सकता है। 
उपचार के दौरान कई कारणों से बुखार भी हो सकता है। यह तपेदिक के एक स्वाभाविक प्रभाव (इस मामले में यह उपचार शुरू किये जाने के तीन सप्ताह के भीतर ठीक हो जाना चाहिए) के रूप में भी हो सकता है। बुखार किसी दवा के लिए प्रतिरोध के कारण भी हो सकता है (लेकिन इस मामले में जीव को दो या अधिक दवाओं के लिए प्रतिरोधी होना चाहिए). 
बुखार किसी और संक्रमण या किसी अतिरिक्त निदान के कारण भी हो सकता है (टीबी के रोगी उपचार के दौरान इन्फ्लूएंजा और अन्य बीमारियों से पीड़ित हो जाते हैं). 
कुछ रोगियों में, बुखार किसी दवा से एलर्जी के कारण भी हो सकता है। चिकित्सक को इस संभावना को भी ध्यान में रखना चाहिए कि टीबी का निदान गलत किया जा रहा है।

अगर रोगी के उपचार को दो सप्ताह से ज्यादा समय हो चुका है और बुखार शुरू में चला गया था, फिर से हो गया है, तो ऐसी स्थिति में टीबी के सभी दवाओं को 72 घंटे के लिए रोक देना उचित है। 
अगर टीबी की सभी दवाएं बंद कर देने के बाद भी बुखार बना रहता है, तो बुखार दवाओं के कारण नहीं है। 
अगर दवाएं बंद करने से बुखार चला जाता है तो अलग अलग हर दवा का परीक्षण किया जाना चाहिए ताकि यह पता लगाया जसके कि कौन सी दवा बुखार का कारण है।

दवा से होने वाले हैपेटाइटिस के लिए भी इसी तरीके (नीचे वर्णित) का उपयोग किया जाता है। अक्सर यह बात सामने आती है कि बुखार के लिए उत्तरदायी दवा आरएमपी होती है: इसका विस्तृत विवरण रिफाम्पिसिन पर प्रविष्टि में दिया गया है। 
रोगी जिनमें रोग फिर से हो जाता है (रिलेप्स)
ऐतिहासिक शल्य चिकित्सा प्रबंधन
दुष्प्रभाव
दवा जिसमें से रिफाम्पिसिन को हटा दिया गया है।