बफ़ेलो ग्रेट झीलों में से एक एरी झील के पूर्वी छोर पर स्थित है जो देश में ताजे पानी की सबसे बड़ी और कई प्रकार की स्पोर्टफिश के लिये प्रसिद्ध है। यह झील अनेक निजी क्रीड़ा-नौकाओं, पाल नौकाओं, स्वलित नौकाओं और पोतों के लिए एक क्रीड़ा क्षेत्र के रूप में कार्य करती है तथा पास के ऑन्टेरियो (कनाडा) के उत्कृष्ट रेतीले समुद्र तटों के लिये लघु जल मार्ग प्रदान करती है। इसके आंतरिक और बाह्य एरी झील बंदरगाहों की रक्षा हेतु शहर में एक व्यापक ब्रेकवॉल प्रणाली है जो ग्रेट लेक के मालवाहक जहाजों के लिए वाणिज्यिक नेविगेशन गहराई में रखी जाती है।

दक्षिण बफ़ेलो से होकर बहने वाली एरी झील की एक सहायक नदी को बफ़ेलो नदी कहा जाता है, जिसके नाम पर शहर का नाम रखा गया है। बफ़ेलो को ऐतिहासिक रूप से पौराणिक एरी नहर से जोड़ा जाता है जो ब्लैक रॉक चैनल के एरी झील में प्रवेश स्थल पर समाप्त हो जाती है। 1825 में जब नहर को समर्पित किया गया था तो इसके स्वप्नदृष्टा, न्यूयॉर्क राज्य के गवर्नर डेविट क्लिंटन नहर के पश्चिमी केन्द्र पर (अब वाणिज्यिक स्लिप) एरी झील से पानी लाये थे। वे डाक वाली नाव "सेनेका चीफ" से न्यूयॉर्क शहर पानी के साथ अटलांटिक महासागर बफ़ेलो के लिए रवाना करने के लिए पर नहर लौटा जो बाद में, पैकेट चीफ. न्यायाधीश तथा भावी बफ़ेलो के मेयर सैमुएल विलकेसन द्वारा समुद्री पानी को झील में डाला गया। एक समय यात्रियों और माल के लिए एक प्रमुख मार्ग रही नहर अब मुख्य रूप से मनोरंजन हेतु नौकायन तथा हलकी माल ढुलाई के लिए प्रयोग किया जाता है और बफ़ेलो में यह नियाग्रा नदी की तेज ऊपरी पहुँच का उपमार्ग बना कर बहती है। नियाग्रा नदी की एक सहायक नदी स्केजेक्वादा खाड़ी फ्रेडरिक लॉ ओल्म्सटेड द्वारा डिजाइन डेलावर झील और पार्क होकर बफ़ेलो से निकलती है।


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