एचएलए (HLA) जीनों की बड़ी हद तक परिवर्तनशीलता रोगों में एचएलए (HLA) जीनसंबंधी परिवर्तनों की भूमिका की जांच करने में काफी चुनौतियां खड़ी करती है। आदर्श रूप से रोग संबंध अध्ययन प्रत्येक एचएलए (HLA) युग्मविकल्पी को एक एकल पूर्ण इकाई मानते हैं, जो रोग से संबंधित अणु के भागों को प्रकाशित नहीं करती. कार्प डी आर और अन्य ने एचएलए (HLA) जीनसंबंधी विश्लेषण के लिये एक नवीन क्रम रूप भिन्नरूपी वर्ग (एसएफवीटी) का वर्णन किया है, जो एचएलए (HLA) प्रोटीनों को जीववैज्ञानिक रूप से अर्थपूर्ण छोटे क्रम रूपों (एसएफ) और उनके भिन्न प्रकारों में श्रेणीकृत करता है। क्रम रूपी रचनात्मक जानकारी (उदाहरण, बीटा-शीट 1), क्रियात्मक जानकारी (उदाहरण, पेप्टाइड प्रतिजन बंधन) और बहुरूपता के आधार पर परिभाषित अमीनो अम्लों के संयोजन होते हैं। ये क्रम रूप आच्छादन और रेखीय क्रम में विरामयुक्त या अनवरत हो सकते हैं। प्रत्येक क्रम के रूप के लिये भिन्न वर्ग वर्णित एचएलए (HLA) स्थल की सभी ज्ञात बहुरूपकताओं के आधार पर परिभाषित किये जाते हैं। एचएलए (HLA) का एसएफवीटी (SFVT) वर्गीकरण जेनेटिक संबंध विश्लेषण में इस तरह से प्रयुक्त किया जाता है कि विभिन्न एचएलए (HLA) युग्मविकल्पियों द्वारा साझा किये गए एपीटोपों के प्रभाव व भूमिकाओं को पहचाना जा सके. सभी संस्थापित एचएलए (HLA) प्रोटीनों के लिये क्रम रूप और उनके भिन्न प्रकारों का विवरण दिया गया है;एचएलए (HLA) एसएफवीटी (SFVT) का अंतर्राष्ट्रीय संग्रह आईएमजीटी (IMGT)/एचएलए (HLA) आंकड़ों पर अवलंबित किया जाएगा. एचएलए (HLA) युग्मविकल्पियों को उनके आंशिक एसएफवीटी (SFVT) में बदलने के लिये एक औजार प्रतिरक्षितविज्ञान डेटाबेस और विश्लेषण पोर्टल (ImmPort) वेबसाइट पर पाया जा सकता है।

अनुक्रम फ़ीचर संस्करण प्रकार (SFVT)
सेलुलर टाइपिंग
विविधजन्यता
समलक्षणीनिर्धारण