कोल्ड स्प्रिंग हार्बर प्रयोगशाला में 1944 की गर्मियों में, मैकक्लिंटॉक ने मक्का के बीज के मोज़ेक रंग पैटर्न और इस मोज़ेक की अस्थिर विरासत के तंत्र पर व्यवस्थित अध्ययन शुरू किया। उन्होंने दो नए प्रमुख की पहचान की और आनुवांशिक लोकी की बातचीत की जिसे उन्होंने "डिसोसिएशन" ( "डीएस" ) और "एक्टिविटर" ( "एसी" ) नाम दिया। उसने पाया कि "डाइजेशन में" केवल विघटन नहीं हुआ या गुणसूत्र टूटने का कारण नहीं बना, इससे पड़ोसी जीन पर भी कई तरह के प्रभाव पड़े, जब "एक्टिवेटर" भी मौजूद था, जिसमें कुछ स्थिर उत्परिवर्तन अस्थिर थे। 1948 की शुरुआत में, उन्होंने आश्चर्यजनक खोज की कि गुणसूत्र पर "विघटन" और "सक्रियता" दोनों स्थानान्तरण या स्थिति को बदल सकते हैं। 

वह नियंत्रित पार की पीढ़ियों पर मक्का के दाने में रंगाई के बदलते पैटर्न से "एसी" और "डी एस" के स्थानांतरण के प्रभाव मनाया, और दो के बीच संबंधों का वर्णन किया लोकी जटिल सूक्ष्म विश्लेषण के माध्यम से। उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि "एसी" गुणसूत्र से "डीएस" के वाष्पोत्सर्जन को नियंत्रित करता है   9, और यह कि "डीएस" का आंदोलन गुणसूत्र के टूटने के साथ है। "डी एस" चलता है, जब अलयूरोने रंग जीन "डी एस" के दबा प्रभाव से जारी है और सक्रिय रूप है, जो कोशिकाओं में वर्णक संश्लेषण शुरू की के रूप में तब्दील किया गया है। विभिन्न कोशिकाओं में "डीएस" का स्थानांतरण यादृच्छिक है, यह कुछ और में नहीं बल्कि अन्य में स्थानांतरित हो सकता है, जो रंग मोज़ेक का कारण बनता है। बीज पर रंगीन स्पॉट का आकार पृथक्करण के दौरान बीज विकास के चरण द्वारा निर्धारित किया जाता है। मैकक्लिंटॉक ने यह भी पाया कि "डीएस" का स्थानांतरण सेल में "एसी" प्रतियों की संख्या से निर्धारित होता है। 

1948 और 1950 के बीच, उन्होंने एक सिद्धांत विकसित किया जिसके द्वारा इन मोबाइल तत्वों ने उनकी क्रिया को बाधित या संशोधित करके जीन को विनियमित किया। वह "के रूप में नियंत्रित तत्वों" करने वाली उन जीनों से अलग, के रूप में "को नियंत्रित इकाइयों" "हदबंदी" और "उत्प्रेरक" के रूप में भेजा। उन्होंने कहा कि जीन विनियमन समझा सकता है कि समान जीनोम वाले कोशिकाओं से बने जटिल बहुकोशिकीय जीवों में अलग-अलग फ़ंक्शन की कोशिकाएं होती हैं। मैक्लिंटॉक की खोज ने जीनोम की अवधारणा को पीढ़ियों के बीच पारित निर्देशों के स्थैतिक सेट के रूप में चुनौती दी। १९५० में, उन्होंने एसी "/डीएस" पर अपने काम की रिपोर्ट दी और "नेशनल एकेडमी ऑफ़ साइंसेज" की पत्रिका "प्रोसीडिंग्स" में प्रकाशित "मक्का में उत्परिवर्तित लोकी की उत्पत्ति और व्यवहार" नामक एक पत्र में जीन विनियमन के बारे में अपने विचारों को बताया। 1951 की गर्मियों में, उन्होंने कोल्ड स्प्रिंग हार्बर प्रयोगशाला में वार्षिक संगोष्ठी में मक्का में उत्परिवर्तित लोकी की उत्पत्ति और व्यवहार पर उनके काम की सूचना दी, उसी नाम का एक पेपर प्रस्तुत किया। 

तत्वों और जीन विनियमन को नियंत्रित करने पर उनका काम वैचारिक रूप से कठिन था और उन्हें उनके समकालीनों द्वारा तुरंत समझा या स्वीकार नहीं किया गया था; उसने अपने शोध के स्वागत को "पहेली, यहां तक कि शत्रुता" के रूप में वर्णित किया। फिर भी, मैक्लिंटॉक ने तत्वों को नियंत्रित करने पर अपने विचारों को विकसित करना जारी रखा। उन्होंने 1953 में "जेनेटिक्स" में एक पेपर प्रकाशित किया, जहां उन्होंने अपने सभी सांख्यिकीय आंकड़ों को प्रस्तुत किया, और 1950 के दशक के दौरान विश्वविद्यालयों में अपने काम के बारे में बोलने के लिए व्याख्यान यात्राएं कीं। उसने समस्या की जांच जारी रखी और एक नए तत्व की पहचान की जिसे उसने "सप्रेसर-म्यूटेटर" कहा, जो कि एसी "/डीएस" "के" समान है, और अधिक जटिल तरीके से कार्य करता है। "एसी / डीएस की तरह" , कुछ संस्करण अपने दम पर स्थानांतरित कर सकते हैं और कुछ नहीं कर सकते हैं; एसी "/डीएस" "के" विपरीत, जब मौजूद होता है, तो यह उत्परिवर्ती जीनों की अभिव्यक्ति को पूरी तरह से दबा देता है जब वे सामान्य रूप से पूरी तरह से दबाए नहीं जाएंगे। अपने काम के लिए अन्य वैज्ञानिकों की प्रतिक्रियाओं के आधार पर, मैक्लिंटॉक ने महसूस किया कि उसने वैज्ञानिक मुख्यधारा को अलग करने का जोखिम उठाया है, और १९५३ से नियंत्रण तत्वों पर अपने शोध के लेखों को प्रकाशित करना बंद कर दिया। 

1957 में, मैक्लिंटॉक ने नेशनल एकेडमी ऑफ साइंसेज से मध्य अमेरिका और दक्षिण अमेरिका में मक्का के स्वदेशी उपभेदों पर शोध शुरू करने के लिए धन प्राप्त किया। वह गुणसूत्रीय परिवर्तनों के माध्यम से मक्का के विकास का अध्ययन करने में रुचि रखती थी, और दक्षिण अमेरिका में होने के कारण उसे बड़े पैमाने पर काम करने की अनुमति मिलेगी। मैकक्लिंटॉक ने मक्का की विभिन्न जातियों के गुणसूत्रीय, रूपात्मक और विकासवादी विशेषताओं का पता लगाया। 1960 और 1070 के दशक में व्यापक काम के बाद, मैक्लिंटॉक और उनके सहयोगियों ने पैलेबोटनी , एथनोबैडनी , और विकासवादी जीवविज्ञान पर अपनी छाप छोड़ते हुए, सेमलेस स्टडीज "द क्रोमोसोमल संविधान ऑफ मक्का का" प्रकाशन किया। 

मैक्लिंटॉक ने आधिकारिक तौर पर 1967 में कार्नेगी इंस्टीट्यूशन में अपने पद से सेवानिवृत्त हुए, और उन्हें वाशिंगटन के कार्नेगी इंस्टीट्यूशन का एक विशिष्ट सेवा सदस्य बनाया गया। इस सम्मान ने उन्हें शीतल हार्बर हार्बर प्रयोगशाला में स्नातक छात्रों और सहयोगियों के साथ "वैज्ञानिक" रूप में काम करना जारी रखने की अनुमति दी; वह शहर में रहती थी। २० साल पहले उसके निर्णय के संदर्भ में, उसने तत्वों को नियंत्रित करने के लिए अपने काम का विस्तृत विवरण प्रकाशित करना बंद कर दिया, उसने 1973 में लिखा था: पिछले कुछ वर्षों में मैंने पाया है कि अगर किसी विशेष अनुभव से, किसी अन्य व्यक्ति की प्रकृति को उसकी मौन धारणाओं की चेतना में लाना असंभव नहीं तो मुश्किल है। 1950 के दशक के दौरान मेरे प्रयासों में यह स्पष्ट हो गया कि मैं आनुवंशिकीविदों को यह समझाने के लिए कि जीन की क्रिया को नियंत्रित करना था और नियंत्रित करना था। मान्यताओं की स्थिरता को पहचानना अब उतना ही दर्दनाक है जितना कि कई लोग मक्का में तत्वों को नियंत्रित करने की प्रकृति और उनके संचालन के शिष्टाचार पर पकड़ रखते हैं। वैचारिक परिवर्तन के लिए सही समय का इंतजार करना चाहिए। मैक्लिंटॉक के योगदान का महत्व 1960 के दशक में सामने आया था, जब फ्रांसीसी आनुवंशिकीविदों फ्रेंकोइस जैकब और जैक्स मोनोड के काम ने लैक ऑपेरॉन के आनुवंशिक विनियमन का वर्णन किया था, एक अवधारणा जिसे उन्होंने 1951 में "एस / डीएस के" साथ प्रदर्शित किया था। जैकब और मोनोड के 1961 "जर्नल मॉलिक्यूलर बायोलॉजी" पेपर "प्रोटीन के संश्लेषण में आनुवंशिक नियामक तंत्र", मैकक्लिंटॉक ने "अमेरिकन नेचुरलिस्ट के" लिए एक लेख लिखा जिसमें "लैक" ऑपेरॉन और मक्का में तत्वों को नियंत्रित करने के उनके काम की तुलना की गई थी। जीवविज्ञान में मैक्लिंटॉक के योगदान को अभी भी व्यापक रूप से आनुवंशिक विनियमन की खोज के रूप में स्वीकार नहीं किया गया है। 

1960 के अंत और 1970 के दशक के प्रारंभ में अन्य शोधकर्ताओं ने अंततः बैक्टीरिया, खमीर, और बैक्टीरियोफेज में प्रक्रिया की खोज के बाद मैकक्लिंटॉक को व्यापक रूप से ट्रांसपोज़िशन की खोज करने का श्रेय दिया गया था। इस अवधि के दौरान, आणविक जीवविज्ञान ने महत्वपूर्ण नई तकनीक विकसित की थी, और वैज्ञानिक ट्रांसपोज़ेशन के लिए आणविक आधार दिखाने में सक्षम थे। 1960 के दशक में, एसी "/डीएस" को अन्य वैज्ञानिकों द्वारा क्लोन किया गया था और उन्हें द्वितीय श्रेणी के ट्रांसपोन्सन के रूप में दिखाया गया था। "एसी" एक पूर्ण ट्रांसपोसॉन है जो एक कार्यात्मक ट्रांसपोज़ेज़ का उत्पादन कर सकता है , जो कि तत्व को जीनोम के भीतर स्थानांतरित करने के लिए आवश्यक है। "डीएस" का ट्रांसपोज़ेज़ जीन में उत्परिवर्तन होता है, जिसका अर्थ है कि यह ट्रांसपोज़ेज़ के किसी अन्य स्रोत के बिना नहीं चल सकता है। इस प्रकार, जैसा कि मैकक्लिंटॉक ने देखा, "डीएस" "एसी" की अनुपस्थिति में स्थानांतरित नहीं हो सकता है। "Spm" को ट्रांसपोसॉन के रूप में भी चित्रित किया गया है। बाद के शोध से पता चला है कि ट्रांसपोंस आम तौर पर तब तक नहीं चलते हैं जब तक कि सेल को तनाव में नहीं रखा जाता है, जैसे कि विकिरण या टूटना-संलयन-पुल चक्र , और इस प्रकार तनाव के दौरान उनकी सक्रियता विकास के लिए आनुवंशिक भिन्नता के स्रोत के रूप में काम कर सकती है। मैकक्लिंटॉक ने अन्य शोधकर्ताओं द्वारा अवधारणा को समझने से पहले विकास और जीनोम परिवर्तन में ट्रांसपोंस की भूमिका को अच्छी तरह से समझा। आजकल, जीन फ़ंक्शन के लक्षण वर्णन के लिए उपयोग किए जाने वाले उत्परिवर्ती पौधों को उत्पन्न करने के लिए "एसी/डीएस" का उपयोग संयंत्र जीव विज्ञान में एक उपकरण के रूप में किया जाता है। 

कॉर्नेल में शिक्षा और अनुसंधान
कोल्ड स्प्रिंग हार्बर
नियंत्रण तत्वों की खोज
मिसौरी विश्वविद्यालय