वर्तमान उपचार में हेपटाइटिस सी वायरस के जीनोटाइप के आधार पर पेगीलेटेड इंटरफेरॉन-अल्फा 2ए या पेगीलेटेड इंटरफेरॉन-अल्फा-2बी (ब्रांड का नाम पेगासीज़ या पीईजी-इंट्रोन) और एंटी वायरल दवा रिबावायरिन 24 से 48 सप्ताह तक दी जाती है. एक बड़े मल्टीसेंटर में व्यापक स्तर पर जीनोटाइप 2 या 3 संक्रमित मरीजों (नॉर्डीमेनिक) में से जिन मरीजों का 12 सप्ताह से निगरानी में रखकर इलाज किया जा रहा था, सातवें दिन उनमें 1000 आईयू (IU)/मि.ली.(mL) से कम एचसीवी आरएनए प्राप्त किया था जो कि 24 सप्ताह से अधिक समय से इलाज किये जा रहे मरीजों की तुलना में अधिक था.

एक व्यवस्थित समीक्षा और नियंत्रित परीक्षण के अनुसार रिबावायरिन पेगीलेटेड इंटरफेरॉन अल्फा 2बी की तुलना में पेगीलेटेड इंटरफेरॉन अल्फा-2ए औऱ रिबावायरिन देने से दीर्घकालिक हेपटाइटिस सी के मरीजों में वायरोलोजिकल प्रतिक्रिया अनवरत बढ़ सकती है. सापेक्ष लाभ में 14.6% वृद्धि थी. एक ही तरह के जोखिम के मरीजों पर किये गये इस अध्ययन में (41.0% ने पेगीलेटेड इंटरफेरॉन अल्फा 2ए प्लस रिबावायरिन न दिये जाने पर निरंतर वायरस संबंधित प्रतिक्रिया दी है) पूर्ण लाभ को 6% बढ़ता पाया गया है. 16.7 रोगियों को एक इलाज का फायदा मिलना चाहिए (उपचार के लिए आवश्यक संख्या = 16.7. मरीजों के निरंतर वायरोलॉजिकल प्रतिक्रिया के जोखिम की कमी और अधिकता को जानने के लिए इन परिणामों को व्यवस्थित करने के लिए यहां क्लिक करें) हालांकि, इस अध्ययन के परिणाम अनिश्चित और सामयिक संपर्क और चयनात्मक खुराक की प्रतिक्रिया की वजह से पक्षपाती हो सकते हैं. 

आमतौर पर हेपटाइटिस सी वायरस से संक्रमित और लगातार असामान्य ढंग से कार्य कर रहे यकृत के परीक्षण वाले मरीजों के लिए इलाज की सिफारिश की जाती है. 

तीव्र संक्रमण वाले चरण में छोटी अवधि के उपचार से भी उच्च दर की सफलता (90% से अधिक) प्राप्त हुई है, लेकिन इस इलाज के बिना भी 15-40% मामलों में सहज निकासी से इसे संतुलित किया जाना चाहिए (ऊपर तीव्र हेपेटाइटिस सी का अनुभाग देखें).

प्रारंभ में कम विषाणुजनित भार वाले मरीज अधिक विषाणुजनित भार वाले मरीजों की तुलना में इलाज में बेहतर प्रतिक्रिया देते हैं. (400,000 आईयू (IU)/मि.ली.(mL) से अधिक). वर्तमान संयोजन चिकित्सा आमतौर पर जठरांत्र विज्ञान, हेप्टोलोजी या संक्रामक रोग जैसे क्षेत्रों के चिकित्सकों की देखरेख में की जाती है.

अतीत में दवा या अल्कोहल का अत्यधिक दुरुपयोग कर चुके लोगों के लिए यह इलाज कराना शारीरिक तौर पर बहुत मुश्किल होता है. कुछ मामलों में इससे अस्थायी विकलांगता भी हो सकती है. रोगियों का एक अच्छे अनुपात को 'फ्लू-जैसे' सिंड्रोम (सबसे अधिक आम, इंटरफेरॉन के साप्ताहिक इंजेक्शन दिए जाने के बाद कुछ दिन तक) से लेकर एनीमिया, हृदय की समस्यायें एवं आत्महत्या या आत्महत्या के विचार आदि मनोविकारी समस्याओं जैसे पार्श्विक प्रभावों का अनुभव होगा. बाद की समस्याएं मरीज द्वारा अनुभव किये जाने वाले सामान्य शारीरिक तनाव की वजह से बढ़ जाती हैं.

औषधि (इंटरफेरॉन और रिबावायरिन)
जीनोटाइप द्वारा चिकित्सा दर
जानपदिकरोग विज्ञान (एपिडेमियोलॉजी)
यौन संपर्क