अंततः अमीन और ओबोटे के संबंधों के बीच एक खाई उभरी, जो अमीन द्वारा पूर्वी नील क्षेत्र से भर्ती लोगों द्वारा उसे समर्थन किये जाने, दक्षिणी सूडान में विद्रोहियों द्वारा की जाने वाली कार्रवाइयों के समर्थन में उसके शामिल होने तथा 1969 में ओबोटे पर जानलेवा हमले के प्रयास से और चौड़ी हो गयी। अक्टूबर 1970 में अमीन को उसके महीनों पुराने सभी सशस्त्र सेनाओं के कमांडर के पद से हटा कर वापिस सेना का कमांडर बना कर, ओबोटे ने खुद सशस्त्र बलों का नियंत्रण संभाल लिया।

यह जानने के बाद, कि सेना के धन के दुरूपयोग के लिए ओबोटे उसे गिरफ्तार करने की योजना बना रहा था, 25 जनवरी 1971 को, जब ओबोटे सिंगापुर में एक राष्ट्रमंडल शिखर सम्मलेन में भाग लेने गया था, एक सैन्य तख्तापलट कार्रवाई द्वारा अमीन ने सत्ता पर कब्ज़ा कर लिया। अमीन के वफादार सैनिकों ने युगांडा में घुसने के मुख्य रास्ते एंटेब्बे अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे को सील कर दिया तथा कंपाला पर कब्ज़ा कर लिया। सैनिकों ने ओबोटे के निवास को घेर लिया और प्रमुख मार्गों को अवरुद्ध कर दिया। रेडियो युगांडा के एक प्रसारण में ओबोटे की सरकार पर भ्रष्टाचार तथा लांगो क्षेत्र में विशेष व्यवहार का आरोप लगाया गया। रेडियो प्रसारण के बाद कंपाला की गलियों में भीड़ में उत्साह होने की खबरे मिलीं। अमीन ने घोषणा की कि वह राजनीतिज्ञ की बजाए एक सैनिक था और यह कि सैन्य सरकार एक कामचलाऊ सरकार के रूप में तब तक बनी रहेगी जब तक कि नए चुनावों की घोषणा नहीं हो जाती और यह घोषणा स्थिति के सामान्य होने के बाद होगी। उसने सभी राजनीतिक बंदियों को छोड़ने का वादा किया।

अमीन ने भूतपूर्व राजा और राष्ट्रपति मुटेसा (जिनकी निर्वासन में मृत्यु हो गई थी) का अप्रैल 1974 में राजकीय संस्कार किया, कई राजनीतिक बंदियों को रिहा किया और देश में कम से कम अवधि में लोकतांत्रिक शासन लौटाने के लिए स्पष्ट तथा निष्पक्ष चुनावों के अपने वादे को दोहराया.

ब्रिटिश औपनिवेशिक सेना
सत्ता पर कब्ज़ा
अनियमित व्यवहार, स्वयं को प्रदान की गई उपाधियां और मीडिया द्वारा चित्रण
प्रारंभिक जीवन और सैन्य करियर