संयुक्त राज्य अमेरिका में, मोर्स का टेलीग्राफ का पेटेंट कई वर्षों तक बना रहा, लेकिन इस पर ज्यादा ध्यान नहीं दिया गया और इस पर विवाद उठते रहे।

1853 में पेटेंट का मामला सुप्रीम कोर्ट के समक्ष प्रस्तुत किया गया, बहुत लम्बी जांच के बाद, मुख्य न्यायाधीश रोजर बी. टेनी ने फैसला सुनाया कि मोर्स ही पहले व्यक्ति हैं जिन्होंने सबसे पहले बैटरी, विद्युत चुम्बकत्व को संयुग्मित किया और विद्युत चुम्बक और सही बैटरी विन्यास को एक क्रियाशील व्यावहारिक टेलीग्राफ में रूपांतरित किया। फिर भी, इस स्पष्ट निर्णय के बावजूद, मोर्स को अब तक संयुक्त राज्य की सरकार से कोई अधिकारिक मान्यता प्राप्त नहीं हुई है। 
पेरिस में अमेरिकी राजदूत के सहयोग से, यूरोपीय सरकारों का ध्यान इस ओर आकर्षित किया गया कि कैसे उन्होंने मोर्स की खोज का प्रयोग करने के बावजूद उन्हें लम्बे समय से उपेक्षित किया है। 
उस समय एक व्यापक मान्यता थी कि कुछ किया जाना चाहिए और "1858 में मोर्स को फ्रांस, आस्ट्रिया, बेल्जियम, द नीदरलैंड, पीडमोंट, रूस, स्वीडन, तुस्कानी और तुर्की की सरकारों ने 400,000 फ्रांसीसी फ्रांक (जो उस समय लगभग 80,000 के तुल्य थे) का पुरस्कार दिया, इन में से प्रत्येक देश ने अपने देश में प्रयुक्त किये जा रहे मोर्स के उपकरणों की संख्या के अनुसार अपना शेयर दिया,"

अभी भी संयुक्त राज्य अमेरिका में उन्हें कोई मान्यता नहीं दी गयी थी। यह सिलसिला 10 जून 1871 तक चलता रहा, जब सामुएल मोर्स की एक कांसे के मूर्ति का सेन्ट्रल पार्क, न्यू यार्क सिटी में उद्घाटन किया गया। इसके अतिरिक्त, मोर्स का एक उत्कीर्ण चित्र अमेरिका की कागजी मुद्रा के पिछले हिस्से पर, 1896 की चांदी प्रमाणपत्र श्रृंखला पर, $2 मूल्य वर्ग में दिखाई देता है। उन्हें रॉबर्ट फुलटन के साथ दर्शाया गया है। एक उदहारण सेन फ्रांसिस्को के फेडेरल रिज़र्व बैंक के वेबसाइट पर "अमेरिकन करन्सी एक्ज़िबिट" में देखा जा सकता है।
उनकी यादगार में 141, क्लीवलैंड स्ट्रीट, लन्दन में एक नीली धातु पट्टिका बनायी गयी है, जहां वे 1812 से 1815 तक रहे।

टेलीग्राफ के अलावा, मोर्स ने संगमरमर को काटने वाली एक मशीन की खोज की, जो संगमरमर या पत्थर में त्रिविमीय मूर्तियों की नक्काशी कर सकती थी। 
एक उपस्थित 1820 के थॉमस बलानचार्ड डिजाइन के कारण मोर्स इसका पेटेंट नहीं कर पाए.
1850 दशक में, मोर्स अमेरिकन इंस्टीट्युट ऑफ़ स्लेवरी के संरक्षक के रूप में विख्यात हो गए, इसे मानक बनाने पर विचार किया गया।

अपने निबंध 'एन आर्गुमेंट ऑन द एथिकल पोसिशन ऑफ़ स्लेवरी," में उन्होंने लिखा:

गुलामी के विषय पर मेरे पंथ कम है। गुलामी पाप नहीं है। यह सामाजिक स्थिति है जो दुनिया के शुरुआ़त से ही अपनी बुद्धिमानी, मंगलकारी और अनुशासनात्मक दैविक बुद्धि के लिए चली आ रही है। इसलिए, गुलामों को रखना एक ऐसी स्थिति है जिसमें एक अभिभावक, एक नौकर, या एक शासक बनने के अलावा कोई नैतिक पात्र नहीं है। 
सम्युल मोर्स एक उदार व्यक्ति थे जिन्होंने दान के रूप में बड़ी राशि दी. वे विज्ञान और धर्म के सम्बन्ध में भी रूचि लेते थे और उन्होंने 'बाइबल और विज्ञान के बीच सम्बन्ध पर' एक व्याख्यान की स्थापना के लिए धनराशि उपलब्ध करायी. वे स्वार्थी व्यक्ति नहीं थे। 
अन्य लोगों और निगमों ने उनके अविष्कार के उपयोग से कई मिलियन रुपये कमाए, फिर भी शायद ही किसी ने उनके पेटेंट युक्त टेलीग्राफ के उपयोग के लिए उन्हें कोई भुगतान किया। 
इस बारे में वे कटु नहीं थे, लेकिन उन्हें उनके श्रम के लिए सम्मान की अधिक आशा थी। मोर्स आराम से रहते थे; उनकी मृत्यु के समय तक, उनकी संपत्ति की कीमत लगभग $500,000 थी।

बाद के वर्ष
टेलीग्राफ (तार)
कैथोलिक विरोधी और अप्रवास विरोधी प्रयास
विवाह