20 मार्च 2006 को, शीन ने कहा कि वे अमेरिकी सरकार के 11 सितंबर के हमले के ब्योरे पर सवाल उठाते हैं। शीन ने एक साक्षात्कार के दौरान बताया की वर्ल्ड ट्रेड सेंटर टावरों का विध्वंस एक नियंत्रित विध्वंस था। उन्होंने आलोचकों से आग्रह किया कि वे उनपर व्यक्तिगत तौर पर आघात ना करे, अपितु तथ्यों के आधार पर उन्हें चुनौती दें.

तभी से चार्ली शीन 9/11 सत्य आंदोलन के एक प्रमुख अधिवक्ता बन गए। 8 सितम्बर 2009 पर, शीन ने अमेरिकी राष्ट्रपति बराक ओबामा से अपील की कि वे इन हमलों की नये सिरे से जांच कराएं. ओबामा के साथ मुठभेड़ की एक काल्पनिक प्रतिलिपि में अपने विचार व्यक्त करने पर, प्रेस द्वारा इस विशेषता को उभारा गया कि वे यह मानते थे कि 9/11 कमिशन केवल एक लीपा-पोती थी और हो सकता है कि पूर्व अमेरिकी राष्ट्रपति जॉर्ज डब्ल्यू बुश का प्रशासन इसके लिए ज़िम्मेदार हो.

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