दूसरे फिलिस्तीनी इन्तिफादा (Palestinian Intifada), जो सन 2000-01 में शुरु हुआ था, के दौरान बेथलहम की अधोसंरचना व पर्यटन उद्योग को बहुत अधिक हानि उठानी पड़ी. सन 2002 में, यह ऑपरेशन डिफेंसिव शील्ड (Operation Defensive Shield), इसराइली सैन्य शक्तियों (Israeli Defense Forces) (आईडीएफ) (IDF) द्वारा किये गए एक बड़े सैन्य आक्रमण, में एक मुख्य युद्ध क्षेत्र था। 

इस ऑपरेशन के दौरान आईडीएफ (IDF) ईसा के जन्मस्थान पर बने चर्च (Church of the Nativity) को घेर लिया, जहां लगभग 200 फिलिस्तीनी आतंकियों ने चर्च को बंधक बना लिया था। यह घेराबंदी 39 दिनों तक जारी रही और इस दौरान नौ आतंकियों व चर्च के घण्टा-वादक (bellringer) को मार डाला गया। इसकी समाप्ति 13 वांछित आतंकियों को विभिन्न यूरोपीय राष्ट्रों व मॉरिटानिया (Mauritania) में निर्वासित कर दिये जाने के एक समझौते के साथ हुई.

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दूसरा इन्तिफादा
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