यह बताना कठिन है कि मलयालम में कितने वर्ण या अक्षर हैं। इसके लिए आधुनिक भाषाविज्ञान का सहारा लेना पड़ता है जिसने अक्षर (Syllable), वर्ण अथवा स्वनिम (Phoneme) को आधार बनाया है। जिस ध्वनि का स्वतंत्र उच्चारण होता है उसे 'अक्षर' अथवा 'सिलेबल' कहते हैं। अर्थभेद उत्पन्न कर सकनेवाली सबसे छोटी भाषिक इकाई को 'वर्ण' अथवा 'स्वनिम' कहते हैं। "आज कल अक्षर का प्रयोग 'सिलेबल' अर्थ में किया जाता है जो पारिभाषिक शब्द है। जब कोई यह प्रश्न करता है कि मलयालम में कितने अक्षर हैं तब प्रश्न कर्ता का तात्पर्य अंग्रेज़ी की भाँति वर्णों की संख्या को जानने से है। यदि ठीक-ठीक कहा जाय तो अंग्रेज़ी में वर्णों की संख्या 26 है और लिपियों की संख्या भी 26 है। मलयालम में वर्णों और लिपियों के बीच कोई सम्बन्ध नहीं। सम्बन्ध अक्षरों व लिपियों के बीच है। मलयालम की विशाल अक्षर संख्या ने लिपि सुधार को कठित एवं जटिल बनाया। मलयालम की वर्ण संख्या इसलिए नहीं बताई जा सकती, क्यों कि उनमें ध्वनिम स्तर पर भेद हैं, जिनको नकारा नहीं जा सकता है। यह बात विभिन्न व्याकरण ग्रन्थ प्रमाणित करते हैं "। (1) 

हेर्मन गुण्डेर्ट के अनुसार मलयालम में 49 वर्ण हैं, जॉर्ज मात्तन की दृष्टि में यह 48 है, ए. आर. राजराज वर्मा और शेषगिरि प्रभु के अनुसार 53 वर्ण हैं। ए. आर. राजराजवर्मा ने 'केरल पाणिनीयम' में जो अक्षरमाला क्रम दिया है वह निम्नलिखित है - 


ह्रस्व स्वर अ इ उ ऋ ए ओ 
दीर्घ स्वर आ ई ऊ ॠ ओ ऐ औ 

अल्पप्राण महाप्राण अघोष घोष अनुनासिक स्पर्श 

मध्यम 

ये लिपियाँ मलयालम में उपलब्ध हैं परंतु इन लिपियों से बने शब्द नहीं है। इन्हें वर्णमाला में स्थान भी नहीं है। मलयालम लिपि माला की सामान्य व्यवस्था एक अक्षर एक लिपि की है। इस कारण कहा जा सकता है कि मलयालम में वर्णमाला न होकर अक्षरमाला ही प्राप्त होती है। किन्तु चिल्लक्षर इसके उदाहरण हैं। 

मुद्रण में जैसी मलयालम लिपियाँ आजकल प्रयुक्त होती हैं, वे समय-समय पर हुए परिष्कार और सुधार का परिणाम है।

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