फ्लैश ड्राइव का प्रयोग अनुप्रयोगों को ले जाने के लिए होता है जो होस्ट कंप्यूटर पर बिना इन्सटौलेशन के चलते हैं। हालांकि सिद्धांत रूप में किसी भी स्वसंपूर्ण अनुप्रयोग को इस तरह से इस्तेमाल किया जा सकता है, कई प्रोग्राम हार्ड ड्राइव और होस्ट कंप्यूटर की रजिस्ट्री पर डेटा, विन्यास सूचना, आदि का भंडारण करते हैं।

U3 कंपनी, एक विशेष फ्लैश ड्राइव से माइक्रोसॉफ़्ट विंडोज़ के लिए डिज़ाइन अनुप्रयोगों के कस्टम संस्करण प्रदान करने के लिए, ड्राइव निर्माताओं के साथ काम करती है (मूल कंपनी SanDisk साथ ही अन्य); विंडोज़ को चला रहे एक कंप्यूटर में जोड़े जाने पर, U3-संगत उपकरण को एक मेनू को स्वतः लोड करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। अनुप्रयोग को U3 प्लेटफोर्म के लिए संशोधित किया जाना चाहिए ताकि वह होस्ट मशीन पर कोई डेटा नहीं छोड़े. U3, उसके प्लेटफोर्म में दिलचस्पी रखने वाले स्वतंत्र सॉफ़्टवेयर विक्रेताओं के लिए एक सॉफ्टवेयर फ्रेमवर्क भी प्रदान करता है।

Ceedo एक वैकल्पिक उत्पाद है जिसमें मुख्य अंतर है कि इसे ड्राइव पर चलाने और ले जाने के लिए विंडोज़ अनुप्रयोग को संशोधित करने की आवश्यकता नहीं है।

इसी प्रकार, अन्य अनुप्रयोग आभासिकरण समाधान और पोर्टेबल अनुप्रयोग निर्माणकर्ता, जैसे VMware ThinApp (माइक्रोसॉफ़्ट विंडोज़ के लिए) या RUNZ (लिनक्स के लिए) का प्रयोग एक फ्लैश ड्राइव से सॉफ्टवेयर को चलाने के लिए किया जा सकता.

पोर्टेबल अनुप्रयोगों की एक विस्तृत श्रृंखला पोर्टेबल सॉफ्टवेयर की सूचि में पाइ जा सकती है, जो मुफ्त है और एक होस्ट कंप्यूटर के ड्राइव या रजिस्ट्री पर बिना कुछ भंडारण किये, विंडोज़ चला रहे होस्ट कंप्यूटर से निकल जाने में सक्षम है।

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