इमरान खान को शिक्षा में उनकी अभिनव गतिविधियों के लिए भारत सरकार द्वारा राष्ट्रीय शिक्षक पुरस्कार 2017  चुना गया। उन्हें शिक्षक दिवस 5 सितंबर 2018 को विज्ञान भवन में भारत के उपराष्ट्रपति द्वारा सम्मानित किया गया।  इमरान खान ने इस पुरस्कार को भारत के सरकारी स्कूलों में पढ़ने वाले छात्रों को समर्पित किया। 

मोदी द्वारा उल्लेख
राष्ट्रीय शिक्षक पुरस्कार 2018
व्यक्तिगत जीवन
राष्ट्रीय आईसीटी पुरस्कार 2016