हालांकि 1990-91 में यूनाइटेड का फॉर्म में काफी सुधार हुआ था लेकिन फिर भी अस्थिर थे और सीज़न के अंत तक छठे स्थान पर काबिज़ हो सके. पिछले सीज़न के FA कप का फाइनल जीतने के बावजूद भी कुछ लोगों को फर्ग्यूसन की क्षमता पर संदेह था, उनका मानना था कि बस्बी के बाद जहां सभी प्रबंधक लीग हासिल करने में असक्षम रहे वहां फर्ग्यूसन को सफलता कैसे मिल सकती है। शेफील्ड वेडनेसडे से 1-0 हार कर वे लीग कप में उप-विजेता बने थे। यूरोपियन कप विनर्स कप के फाइनल में भी वे पहुंचे थे और उस सीज़न के चैंपियन बार्सीलॉना को 2-1 से हराया. मैच के बाद फर्ग्यूसन ने यूनाइटेड के आगामी लीग में जीत हासिल करने की प्रतिज्ञा भी की.

1991 सीज़न के अंत के दौरान फर्ग्यूसन के सहायक आर्ची नोक्स ग्लासगो रेंजर्स में स्थानांतरित हो गए और वाल्टर स्मिथ के सहायक बन गए वहीं फर्ग्यूसन ने यूवा टीम के कोच ब्राइन किड को बढ़ावा देते हुए उसे नोक्स के स्थान पर काबिज़ किया।

1991-92 सीज़न फर्ग्यूसन के उम्मीदों के मुताबिक नहीं रहा और फर्ग्यूसन के शब्दों में, "कई मीडिया यह सोचती है कि इस दुर्दशा में [इनकी] गलतियों का काफी योगदान हैं". यूनाइटेड ने पहली बार लीग कप और सुपर कप जीता लेकिन तालिका में प्रमुख स्थान बनाने के बाद अपने चिरप्रतिद्वंदी लीड्स यूनाइटेड से लीग टाइटल में हार गया। फर्ग्यूसन ने महसूस किया कि उनके लूटॉन टाउन के मिक हार्फोर्ड को अपने टीम में शामिल करने में असफल होने के कारण ही उन्हें लीग गंवानी की कीमत चुकानी पड़ी है और यदि आगामी सीज़न के लीग में सफलता प्राप्त करनी है तो उनके टीम को "एक अतिरिक्त आयाम" की आवश्यकता है।

1992 सीज़न के अंत के दौरान फर्ग्यूसन नए स्ट्राइकर की खोज में जुट गए। सबसे पहले साउथेम्पटॉन के एलन शियरर को उन्होंने अनुबंधित करने की कोशिश की थी लेकिन ब्लैकबर्न रोवर्स से वे हार गए। और अंततः उन्होंने कैम्ब्रीज यूनाइटेड के स्ट्राइकर डियोन डबलिन को £ 1 मिलियन में हस्ताक्षर किया जो कि गर्मियों में उनका सबसे बड़ा अनुबंध था।

1992-93 सीज़न में धीमी शुरुआत के बाद (नवम्बर की शुरुआत में वे 22 10वें स्थान पर थे) ऐसा लग रहा था कि इस बार भी यूनाइटेड लीग टाइटल (अब प्रेमियर लीग) हासिल नहीं कर पाएगा. हालांकि लीड्स यूनाइटेड के फ्रेंच स्ट्राइकर एरिक कैंटॉना को £1.2 मिलियन में खरीदने के बाद मेनचेस्टर यूनाइटेड और प्रबंधक के रूप में फर्ग्यूसन की स्थिति का भविष्य उज्जवल दिखाई देने लगी थी। कैंटॉना ने मार्क ह्यूजेस के साथ मिलकर एक मजबूत साझेदारी का गठन किया और तालिका में क्लब को सीधे शीर्ष पर ले आया और 26 वर्ष की लम्बी इंतजार को समाप्त करते हुए लीग चैंपियनशिप पर कब्ज़ा किया और साथ ही उन्हें पहला प्रेमीयर लीग विजेता बनाया. यूनाइटेड ने सीज़न के अंत में उप-विजेता एस्टॉन विल्ला से 10 अंक के मार्जिन से चैंपियन रहा जो 2 मई 1993 में उनके 1-0 से ओल्धम में हार ने यूनाइटेड को खिताब दिलवाया था। एलेक्स फर्ग्यूसन को लीग प्रबंधक संध द्वारा साल का प्रबंधक के रूप में समर्थन दिया गया था।

गॉर्डन स्ट्राचन
विरासत
एबर्डीन का प्रबंधन
केंटॉना और पहला लीग खिताब