फिलहाल यहां 12 माध्यमिक विद्यालय और 54 प्राथमिक विद्यालय हैं, जिन्हें नगर परिषद द्वारा चलाया जाता है। इनमें सबसे उल्लेखनीय हैं एबरडीन ग्रामर स्कूल (1257 में स्थापित), हारलौ एकाडेमी, कल्ट्स एकाडेमी और ओल्डमाचर एकाडेमी ये सभी 2005 में "द टाइम्स" द्वारा प्रकाशित 50 शीर्ष स्कॉटिश माध्यमिक विद्यालयों की सूची में शामिल थे। कुछ दिनों बाद हारलौ एकाडेमी को सूची से हटा दिया गया, फिर भी यह एक लोकप्रिय स्कूल बना हुआ है।

एबरडीन में अनेक निजी विद्यालय हैं: रॉबर्ट गॉर्डन कॉलेज, अल्बिन स्कूल फॉर गर्ल्स (2005 से सह-शिक्षा), सेंट मार्गरेट स्कूल फॉर गर्ल्स, हैमिल्टन स्कूल (मोंटेसरी स्कूल), टोटल फ्रेंच स्कूल (फ्रांसीसी तेल उद्योग परिवार के लिए), इंटरनेशनल स्कूल ऑफ एबरडीन और वालद्रोफ़/स्टेनर स्कूल।

एबरडीन में प्राथमिक विद्यालयों में शामिल हैं: ऐयरीहॉल प्राइमरी स्कूल, अल्बिन स्कूल, ऐशले रोड प्राइमरी स्कूल, कोर्न हिल प्राइमरी स्कूल (शहर में सबसे बड़ा), कल्टर प्राइमरी स्कूल, डेनस्टोन प्राइमरी स्कूल, फेरीहिल प्राइमरी स्कूल, गिलोम्सटाउन प्राइमरी स्कूल, ग्लेशीबर्न प्राइमरी स्कूल, हैमिल्टन स्कूल, किंगफोर्ड प्राइमरी स्कूल, माइल-एंड स्कूल, रॉबर्ट गॉर्डन कॉलेज, स्केन स्क्वायर प्राइमरी स्कूल, सेंट जोसफ प्राइमरी स्कूल और सेंट मार्गरेट स्कूल फॉर गर्ल्स।

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