मंदिर का प्रबंधन और प्रशासन पारंपरिक रूप से चिदंबरम दिक्षितर द्वारा देखा जाता है - यह वैदिक ब्राह्मणों का एक वर्ग है, जो पौराणिक कथाओं के अनुसार, संत पतंजलि द्वारा कैलाश पर्वत से यहां लाये गए थे, मुख्य रूप से दैनिक संस्कारों के संपादन और चिदंबरम मंदिर की देखरेख के लिए।

ऐसा माना जाता है कि दिक्षितर समुदाय के लोगों की संख्या 3000 (वास्तव में 2999, भगवान सहित जोड़ने पर 3000) थी और उन्हें तिल्लई मूवायरम कहा जाता था। आज उनकी संख्या 360 है। यह दिक्षितर शिवाचारियों या अधिसाइवरों के विपरीत वैदिक संस्कारों का पालन करते हैं - जो भगवान शिव की आराधना के लिए आगमिक संस्कारों का पालन करते हैं। मंदिर में निष्पादित संस्कार वेदों से समानुक्रमित हैं और इन्हें पतंजलि द्वारा निर्धारित किया था, जिनके लिए यह माना जाता है कि उन्होंने ही दिक्षितर समुदाय के लोगों को नटराज के रूप में भगवान शिव की आराधना करने के लिए नियुक्त किया था।

आम तौर पर, दीक्षितर परिवार का प्रत्येक विवाहित पुरुष सदस्य मंदिर में संस्कारों को निष्पादित करने का अवसर पाता है और वह उस दिन के प्रमुख पुजारी के रूप में भी कार्य कर सकता है। विवाहित दिक्षितर मंदिर की आय में हिस्सा पाने के अधिकारी भी होते हैं। हालांकि यह माना जाता है कि मंदिर को लगभग उपजाऊ भूमि का दान दिया गया है - और मंदिर अनेक शासकों द्वारा कई शताब्दियों तक संरक्षण भी दिया गया है, आज, इसका प्रबंधन लगभग पूरी तरह से निजी दान के द्वारा हो रहा है।

दिन का आरम्भ उस दिन के प्रमुख पुजारी द्वारा स्वयं को पवित्र करने के संस्कारों के निष्पादन और शिवोहम को ग्रहण करने के साथ होता है, जिसके पश्चात वह दैनिक संस्कारों को करने के लिए मंदिर के अन्दर प्रवेश करते हैं। दिन का आरम्भ सुबह 7 बजे पल्लियराई (या शयनकक्ष) से भगवान की चरणपादुका (पादुकाएं) को एक पालकी में रखकर पवित्र गर्भ गृह में लेन के द्वारा होता है, इस पालकी के पीछे मजीरा, अम्लान्न और मृदंग लिए हुए भक्तगण होते हैं। इसके बाद पुजारी यज्ञ और 'गौ पूजा' (गाय और उसके बछड़े की पूजा) से दैनिक संस्कार शुरू करते हैं।

पूजा दिन में 6 बार की जाती है। प्रत्येक पूजा के पहले, स्फटिक लिंग (क्रिस्टल लिंग) - 'अरु उर्वा' या भगवान शिव के अर्ध साकार रूप का घी, दूध, दही, चावल, चन्दन मिश्रण और पवित्र भश्म द्वारा अभिषेक किया जाता है। इसके बाद भगवान को नैवेद्यम या ताजे बने खाने और मिष्ठान का भोग लगाया जाता है और दीपआराधना की जाती है, यह एक रस्म होती है जिसमे विभिन्न प्रकार के सजावटी दीपक भगवान को दिखाए जाते हैं, संस्कृत में वेदों और पंचपुराणों (तमिल भाषा की 12 कृतियों के एक समूह से लिया गया 5 कविताओं का एक समूह - जिसे पन्नीरु थिरुमुरई कहते हैं) का उच्चारण किया जाता है। पुजारी द्वारा चिदंबरा रहस्यम को प्रकट करने के लिए पवित्र गर्भगृह का पर्दा हटाये जाने के साथ ही पूजा समाप्त हो जाती है।

दूसरी पूजा के पूर्व, नियमित वस्तुओं से स्फटिक के लिंग के अभिषेक के अतिरिक्त, एक माणिक के नटराज देवता (रथिनसभापति) पर भी इन सब वस्तुओं का लेपन किया जाता है। तीसरी पूजा दोपहर में 12 बजे के आसपास होती है जिसके बाद मंदिर 4:30 बजे तक के लिए बंद हो जाता है। चौथी पूजा शाम को 6 बजे की जाती है, पांचवी पूजा रत को 8 बजे की जाती है और दिन की अंतिम पूजा 10 बजे रात में की जाती है, जिसके बाद भगवान की चरणपादुका एक जुलूस के रूप में ले जाई जाती हैं जिससे कि वह रात्रि के लिए 'निवृत्त' हो सकें. रात को पांचवी पूजा से पहले, पुजारी चिदंबरा रहस्य में, जहां उन्होंने सुगन्धित पदार्थों द्वारा यन्त्र पर लेपन किया था और 'नैवेद्यम' अर्पित किया था, वहीं पर कुछ विशेष संस्कारों का निष्पादन करते हैं।

चिदंबरम में अंतिम पूजा, जिसे अर्थजामा पूजा कहते हैं वह विशेष उत्साह के साथ की जाती है। यह माना जाता है कि जब रात में देवता निवृत्त होते हैं तो ब्रह्माण्ड की सभी दैविक शक्तियां उनके अन्दर निवृत्त हो जाती हैं।

अब टी.ऍन. एचआर & सीइ अधिनियम की धारा 45 के अंतर्गत मंदिर पर तमिलनाडु सरकार का अधिकार हो गया है।
हालांकि इस निर्णय को पोडू दिक्षितर समुदाय द्वारा चुनौती दी गयी है। मद्रास उच्च न्यालायाय के 1951 के निर्णय के अनुसार पोडू दिक्षितर समुदाय एक धार्मिक पंथ है। वह मंदिर के प्रशासन को चलाते रहने के अधिकारी हैं क्योंकि भारतीय कानून के अनुच्छेद 26 और टी.ऍन. एचआर और सीइ अधिनियम की धारा 107 सरकार को किसी पंथ के प्रशासन में हस्तक्षेप की आज्ञा नहीं देते. वर्तमान में (अप्रैल 2010) यह मामला भारत के सर्वोच्च न्यायलय में विचाराधीन है। पोधू दिक्षितर समुदाय ने एचआर एंड सीइ आयुक्त द्वारा नियुक्त प्रबंध अधिकारी को सत्ता स्थानांतरित करने से इनकार कर दिया था। प्रबंध अधिकारी ने मंदिर की परम्पराओं के विरुद्ध इस प्राचीन मंदिर में हुण्डीयां लगवा दी हैं। उन्होंने इस धरोहर स्थल पर आधुनिक और ऊंचे स्तम्भ दीपक भी लगवाएं हैं। उनका प्रस्ताव अर्चना टिकट व् दर्शन टिकट चालु चालु करने का है। पोडू दिक्षितरों और भक्तों ने इन सभी कार्यों का विरोध किया है। हालांकि, संस्कारों की प्रक्रिया का प्रबंधन अभी भी दिक्षितरों द्वारा ही किया जाता है।

आक्रमण
पंच बूथ स्थल
मंदिर प्रशासन और दैनिक अनुष्ठान
मंदिर