लिनक्स सर्वर भी सिस्टम में ही है, जहां जैसे वेब सामग्री और लिपियों अपर्याप्त प्रतिबंधित या जाँच की और हमले आगंतुकों को मैलवेयर द्वारा किया जाता है के खिलाफ किसी भी हमले के बिना मैलवेयर द्वारा इस्तेमाल किया जा सकता है। कुछ हमलों लिनक्स सर्वर पर हमला करने के मैलवेयर जटिल उपयोग करें, लेकिन हैकर्स जब सबसे पूर्ण रूट पहुँच तो मिल बाइनरी की जगह या मॉड्यूल इंजेक्शन लगाने की तरह कुछ भी संशोधित करके हमला करने में सक्षम हैं। यह वेब पर अलग-अलग सामग्री प्रयोक्ताओं की पुनर्निर्देशन अनुमति दे सकता है। आमतौर पर, एक CGI स्क्रिप्ट टिप्पणियाँ छोड़ने के लिए, गलती से, वेब ब्राउज़र में कोड का शोषण कमजोरियों के शामिल किए जाने की अनुमति दे सकता। 

लिनक्स-विशिष्ट खतरों के लिए
ख़तरा
क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म वायरस
वेब स्क्रिप्ट