पेरू, पश्चिमी दक्षिण अमेरिका के 1,285,216 किमी (496,225 वर्ग मील) क्षेत्र में फैला हुआ है। यह उत्तर में इक्वाडोर और कोलंबिया, पूर्व में ब्राजील, दक्षिण-पूर्व में बोलीविया, दक्षिण में चिली, और पश्चिम में प्रशांत महासागर से घिरा हुआ है। एंडीज़ पर्वत प्रशांत महासागर के समानांतर स्थित हैं; ये भौगोलिक दृष्टि से देश का वर्णन करने के लिए परंपरागत रूप से उपयोग किए जाने वाले तीन क्षेत्रों को परिभाषित करते हैं।

पश्चिम में कोस्टा (तट), एक संकीर्ण मैदान है, जो मौसमी नदियों द्वारा बनाए गए घाटियों को छोड़कर काफी हद तक शुष्क है। सिएरा (पहाड़ी क्षेत्र) एंडीज का क्षेत्र है; इसमें अल्टीप्लानो पठार के साथ-साथ देश की सबसे ऊंची चोटी, हुआस्करन 6,768 मीटर (22,205 फीट) शामिल है। तीसरा क्षेत्र सेल्वा (जंगल) है, जो अमेज़न वर्षावन द्वारा कवर सपाट इलाके का एक विस्तृत विस्तार है जो पूर्व में फैला हुआ है। देश का लगभग 60 प्रतिशत क्षेत्र, इस क्षेत्र के भीतर स्थित है।

अधिकांश पेरूवियन नदियाँ एंडीज़ के शिखर में निकलती हैं और तीन में से एक बेसिन में समाती हैं। प्रशांत महासागर की तरफ जाने वाली नदी तीव्र ढलानवाली और छोटी होती हैं, जो केवल अंतःस्थापित होती हैं। अमेज़न नदी की सहायक नदियों में बहुत अधिक प्रवाह होता है, और सिएरा से बाहर निकलने के बाद लंबे और कम ढलानवाली होती हैं। टिटिकाका झील में समाने वाली नदियां आम तौर पर छोटी होती हैं और इनका बड़ा प्रवाह होता है। पेरू की सबसे लंबी नदियों में उकायाली, मारनॉन, पुतुमायो, यवारि, हुलागा, उरुबांबा, मंतरो और अमेज़न आदि हैं।

टिटिकाका झील, पेरू की सबसे बड़ी झील है, यह एंडीज़ में पेरू और बोलीविया के बीच स्थित है, और दक्षिण अमेरिका की भी सबसे बड़ी झील है। पेरू के तटीय क्षेत्र में सबसे बड़े जलाशयों में पोचोस, टिनजोन, सैन लोरेन्ज़ो और एल फ्रैइल जलाशय आदि हैं।

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