रॉसी के भविष्य योजना को लेकर 2003 सीजन की दूसरी छमाही के दौरान अटकलों का बाजार गर्म था। कुछ लोगों को शक था कि लगातार तीसरे साल अपने खिताब को बरकरार रखने में शायद ही वे सफल हों और भविष्य में उनकी स्थिति को लेकर संदेह जाहिर किया। होंडा के साथ उनका अनुबंध इस वर्ष के अंत में खत्म हो गया था और अफवाहें थी‍ कि रॉसी का होंडा के साथ कुछ हद तक मोहभंग हो गया है। होंडा के साथ उनका कार्यकाल प्रभावी तरीके से चलता रहा; उन्हें होंडा के साथ 500cc विश्व चैंपियनशिप के साथ लगातार अगला MotoGP विश्व चैंपियनशिप भी मिला.

भागीदारी के साथ शक का माहौल बनने लगा कि उनकी सफलता में रॉसी के बजाए RC211V का प्रभुत्व था, होंडा और रॉसी का होना अपरिहार्य हो गया। सीजन के बीच अफवाह फैली कि वे संभवतया दुकैती चले जाएंगे, इसने इतावली प्रेस में उन्माद फैला दिया; विख्यात इतावली बाइक को लेकर महान इटली की अवधारणा अविश्वसनीय रूप से सच लगने लगी. वाकई में दुकैती ने अपने MotoGP बाइक डेसमोसेडिकी के जरिए रॉसी को लुभाने का प्रयास किया, लेकिन कई कारणों से रॉसी ने इस प्रस्ताव को ठुकरा दिया. आलोचकों का कहना है कि अन्य निर्माताओं की तुलना में, रॉसी का सहारा होने के बावजूद दुकैती को प्रतिस्पर्धा में उतरने से पहले काफी महत्वपूर्ण दूरी तय करनी पड़ी. 2004 के सीजन में दुकैती के फीके प्रदर्शन से यह बात सच साबित हुई, जो दरअसल, 2003 में MotoGP में उनके उद्‍घाटन वर्ष से भी बदतर था।

2005 में अपनी आत्मकथा, "व्हाट इफ आई’ड नेवर ट्राइड इट?", में दुकैती के बजाए यामाहा को चुनने के पीछे रॉसी ने एक अन्य कारण बताते हुए कहा कि दुकैती कोरसे के लिए मन बनाना और होंडा से बचने की कोशिश लगभग एक जैसी बात थी। 

अंतत: रॉसी ने प्रतिद्वंद्वी यामाहा के साथ दो साल का अनुबंध किया, यह अनुबंध 12 मिलियन डॉलर (US) से कहीं अधिक का था, यह राशि कोई भी निर्माता, यहां तक कि होंडा भी देने को तैयार नहीं था।

MotoGP के बाद की योजनाएं
रेस वर्ष के आधार पर
रिकॉर्डस
होंडा से यामाहा तक