इसके भूगोल के कारण, मैडागास्कर का जलवायु बहुत अधिक परिवर्तनशील है। आमतौर पर, मैडागास्कर में दो सीज़न होते हैं: एक गर्म, वर्षा का सीज़न जो नवम्बर से अप्रैल तक होता है, और एक ठंडा, शुष्क सीज़न जो मई से अक्टूबर तक चलता है।

पूर्वी तट देश का सबसे नम हिस्सा है और इस प्रकार से यही द्वीप का वर्षावन है। इस क्षेत्र को समय समय पर विनाशकारी उष्णकटिबंधीय तूफान और चक्रवातों का सामना करना पड़ता है। 

केन्द्रीय उच्चभूमि काफी ठंडी और शुष्क है, और यहाँ पर मैडागास्कर की अधिकांश कृषि होती है, विशेष रूप से चावल की कृषि। 

पश्चिमी तट में शुष्क पर्णपाती वन पाए जाते हैं। पर्णपाती वृक्ष 6 से 8 माह के शुष्क मौसम के दौरान अपनी सभी पत्तियां खो देते हैं।

जब फिर से वर्षा होती है, इन जंगलों में हरी पत्तियों का समुद्र सा उमड़ आता है। मैडागास्कर के दक्षिण पश्चिमी हिस्से का जलवायु पूरे द्वीप का सबसे शुष्क जलवायु है। इस क्षेत्र के कुछ हिस्से में बहुत ही कम वर्षा होती है, इसलिए इसे रेगिस्तान कहा जा सकता है। 

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मैडागास्कर का जलवायु