खारे पानी के मगरमच्छ की थूथन, मगर कहलाने वाले मगरमच्छ से अधिक लम्बी होती है: आधार पर इसकी लम्बाई चौड़ाई से दोगुनी होती है। 
अन्य प्रकार के मगरमच्छों की तुलना में, खारे पानी के मगरमच्छ की गर्दन पर कवच प्लेटों की संख्या कम होती है और अधिकांश अन्य पतले शरीर के मगरमच्छों की तुलना में इसके शरीर का चौड़ा होना, इस असत्यापित मान्यता को जन्म देता है की सरीसृप एक एलीगेटर (घड़ियाल) था। 

एक वयस्क नर खारे पानी के मगरमच्छ का भार और लम्बाई सामान्यतया होती है। हालांकि परिपक्व नर की लम्बाई या अधिक और भार या अधिक भी हो सकता है।
किसी अन्य आधुनिक मगरमच्छ प्रजाति की तुलना में, इस प्रजाति में लैंगिक द्विरुपता सबसे अधिक देखने को मिलती है, इनमें मादा नर की तुलना में काफी छोटे आकार की होती है। 
एक प्रारूपिक मादा के शरीर के लम्बाई की रेंज में होती है। अब तक दर्ज की गयी सबसे बड़े आकार की मादा की लम्बाई लगभग नापी गयी है। पूरी प्रजाति का औसत भार मोटे तौर पर है।
खारे पानी के मगरमच्छ का सबसे बड़ा आकार काफी विवाद का विषय है। अब तक थूथन से लेकर पूंछ तक मापी गयी सबसे लम्बे मगरमच्छ की लम्बाई थी, जो वास्तव में एक मृत मगरमच्छ की त्वचा थी।

चूंकि मृत त्वचा की परत के हटाये जाने के बाद (carcass) त्वचा थोड़ी सी सिकुड़ जाती है, इसलिए जीवित अवस्था में इस मगरमच्छ की अनुमानित लम्बाई रही होगी और संभवतया इसका वजन से अधिक रहा होगा। 
ऐसा दावा किया गया है कि अधूरे अवशेष (उड़ीसा में शूट किये गए एक मगरमच्छ की खोपड़ी) एक मगरमच्छ के हैं, परन्तु विशेषज्ञों के द्वारा किये गए परीक्षण बताते हैं कि इसकी लम्बाई से अधिक नहीं होगी। की रेंज में मगरमच्छों के असंख्य दावे किये गए हैं: बंगाल की खाड़ी में 1940 में शूट किये गए एक मगरमच्छ को पर दर्ज किया गया; एक और मगरमच्छ को 1823 में फिलिपिन्स में ल्युज़ोन के प्रमुख द्वीप पर जलजला में मारा गया, इसे पर दर्ज किया गया; पर दर्ज किये गए एक मगरमच्छ को कलकत्ता के अलीपुर जिले में हुगली नदी में मारा गया। 
हालांकि, इन जानवरों की खोपड़ियों के परीक्षण वास्तव में इंगित करते हैं कि ये जानवर की रेंज से थे।

हाल ही में खारे पानी के मगरमच्छ के आवास की बहाली और शिकार को कम किये जाने के कारण, यह संभव हो पाया है कि मगरमच्छ आज जीवित हैं। 
गिनीज ने इस दावे को स्वीकार किया है कि एक नर खारे पानी का मगरमच्छ भारत के उड़ीसा राज्य में भीतरकनिका पार्क में रहता है, हालांकि, एक बहुत बड़े आकार के जीवित मगरमच्छ को पकड़ने और इसके मापन में होने वाली कठिनाई के कारण, इन आयामों की सटीकता का सत्यापन अब तक किया जाना बाकी है।

1957 में क्वींसलैंड में शूट किये गए एक मगरमच्छ की लम्बाई थी, लेकिन इस माप को सत्यापित नहीं किया गया और ना ही इस मगरमच्छ के कोई अवशेष अब मौजूद हैं। 
इस मगरमच्छ की एक "प्रतिकृति" बनाई गयी है जो पर्यटकों के आकर्षण का केंद्र बन गयी है।

8 मीटर से अधिक लम्बे (28 फीट से लम्बे) कई मगरमच्छों को भी दर्ज किया गया है लेकिन इनकी पुष्टि नहीं हुई है, और इनकी संभावना अत्यधिक कम है। 
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