2005 में, भूटिया ने एक और मलेशियाई क्लब, सेलेगर एमके लैंड के लिए हस्ताक्षर किए। क्लब की तंगहाली की वजह उन्होंने केवल पांच बार मैच खेले और एक गोल दागा। इससे पहले, उन्हें होम यूनाइटेड के मैंनेजर स्टीव डार्बी से एक ऑफर मिला, लेकिन उन्होंने प्रस्ताव को अस्वीकार कर दिया। बाद में डार्बी ने यह खुलासा किया कि वे भूटिया को साथ लाने में इसलिए असफल रहे, क्योंकि उन्होंने जो पेशकश की थी वो उस समय भारत में जो उन्हें मिल रहा था उससे कम था।
15 जून 2006 को, वह मोहन बागान से जुड़ गए और उन्होंने जोस रैमिरेज़ बैरेटो के साथ एक आक्रमक साझेदारी की शुरूवात की। हालांकि, 2006-07 का सत्र भूटिया और मोहन बागान के लिए खराब था, क्योंकि वे लीग में आठवें स्थान पर रहे थे, निष्कासन से एक क़दम दूर। 2007-08 सीज़न (लीग को अब आई-लीग के रूप में जाना जाता है) के दौरान, भूटिया ने 18 मैचों में 10 गोल किये और मोहन बागान ने चौथे स्थान के साथ लीग में थोड़ा बेहतर प्रदर्शन किया। भूटिया ने 2008 में दूसरी बार भारतीय खिलाड़ी का खिताब जीता था। पुरस्कार जीतने में, वह एक बार से अधिक बार जीतने वाले वह केवल दूसरे फुटबॉल खिलाड़ी बन गए; पहले हैं आइ॰ एम॰ विजयन। 2008-09 के मौसम में, लगातार 10-मैच जीतने के बावजूद, मोहन बागान ने चर्चिल ब्रदर्स के पीछे दूसरा स्थान हासिल किया क्योंकि महिन्द्रा यूनाइटेड के साथ आख़री मैच में हार गए। भूटिया ने इस सीजन में छह गोल किए।

18 मई 2009 को, भूटिया ने घोषणा की कि वह क्लब के अधिकारियों द्वारा फुटबॉल की प्रतिबद्धता की पूछताछ के कारण मोहन बागान को छोड़ देंगे। झाल दिखला जा की घटना के परिणामस्वरूप, उन्हें मोहन बागान द्वारा छह महीने के लिए निलंबित कर दिया गया था। भूटिया ने कहा, "मोहन बागान में मुझे एक और सीज़न में रखने के लिए सिर्फ एक चाल है, लेकिन मैं उनके लिए और नहीं खेलूंगा"।

मलेशिया में वापसी
भारत में वापसी
यूनाइटेड सिक्किम
क्लब में उनकी जीवन-यात्रा