जोकर अंतर्कंपनी बदलाव में भी दिखाई देता है। डीसी (DC) कॉमिक्स/मार्वल कॉमिक्स के क्रॉसओवर “बैटमैन बनाम द इनक्रेडिबल हल्क” ("डीसी (DC) विशेष श्रृंखला" #27, 1981), में जोकर को शेपर ऑफ वर्ल्ड्स की सहायता करने के लिए भर्ती किया गया है, जो पागल हो रहा है और सारी वास्तविकता को मरोड़ देगा यदि उसका उलाज नहीं किया गया। हल्क की गामा ऊर्जा को शेपर के मस्तिष्क को शांत करने में इस्तेमाल करके लगभग कॉस्मिक स्तर की शक्तियों को समेट लेता है क्योंकि शेपर ने जोकर की इच्छाएं पूरी की हैं। अपनी नई शक्ति के बावजूद, जोकर अंततः खुद को हराता है, इतने कम समय में इतने अधिक संसारों की रचना करके जब कभी हल्क और बैटमैन को हराने के प्रयास में वास्तविकता को कस कर घुमाया है, वह खुद को किनारे से ऊपर ले जाता है।

"स्पाइडर मैन/बैटमैन" #1 (1995) में, जिस शल्य प्रक्रिया से क्रमिक हत्यारे क्लेटस कसाडी (कार्नेज) के सिर में व्यवहार-परिवर्तक कंप्यूटर चिप प्रत्यारोपित की गई है, उसी प्रक्रिया को जोकर पर भी प्रयोग किया गया है ताकि दोनों आदमियों को डरपोक आत्माओं में परिवर्तित किया जा सके। नरसंहार अपने चिप को शॉर्ट आउट करने के लिए अपने सहजीवी का उपयोग करता है, लेकिन तब तक इंतजार करता है जब तक जोकर इतना नजदीक न आ जाए कि एक छलांग में उसके पास पहुंचा जा सके, ताकि वह जोकर को लेकर उसकी चिप भी शॉर्ट आउट कर सके। दोनों में एक गठबंधन है, जो जल्दी भंग हो जाता है जब दोनों हत्या के तरीकों पर असहमत होते हैं; जोकर को हत्या के नाटकीय तरीके पसंद हैं, जबकि कार्नेज को संख्या और हत्याओं के दौर की योजना बनाने में तात्कालिकता पसंद है। जोकर कार्नेज से बचने के लिए विभिन्न चालों का उपयोग करता है और कार्नेज को मारने के प्रयास में उसके ठिकाने को उड़ा देता है। यह विफल रहता है और एक सहजीवी सामग्री में लिपटी एक लाश बैटमैन को कार्नेज की पहुंच में जाने को आकर्षित करती है। कार्नेज घोषणा करता है कि जब तक जोकर अपनी जान की परवाह किये बिना, वहां आकर प्लेग फैलाने के अपने इरादे को छोड़ने की बात नहीं कह देता, वह बैटमैन को दर्शकों के सामने मारेगा. कार्नेज का ध्यान भंग होते ही बैटमैन उसे मार गिराता है और उधर जोकर के पास से वायरल कंटेनर चुराकर स्पाइडरमैन, एक गली में पाछा कर उसे खत्म कर देता है। लघु श्रृंखला "डीसी (DC) बनाम मारवल" के प्रथम अंक में, जोकर की मुठभेड़ बेन रीली स्पाइडरमैन से होती है। इस बात से अनजान कि वे एक ही व्यक्ति नहीं हैं, जोकर अपनी पिछली मुठभेड़ का संदर्भ देता है।

डीसी (DC) कॉमिक्स/डार्क हॉर्स कॉमिक्स के क्रॉसओवर "जोकर-मास्क" #1-4 (2000) में, एक संग्रहालय की प्रदर्शनी को तहस-नहस करते हुए जोकर को द मास्क मिलता है जिसे वह पहन लेता है, एक ऐसी वस्तु जिसे पहनने से पहनने वाले को सुपर शक्तियों की विस्तृत श्रृंखला प्राप्त होती है और छुपी हुई इच्छाएं बाहर आती हैं। उसकी कोई इच्छा या व्यक्तित्व लक्षण छुपे न होने के बावजूद, जोकर अनिवार्य रूप से जोकर ही है जिसके पास अभेद्यता है, परमगति, शक्ति और अन्य क्षमताएं हैं। मास्क का प्रयोग करके, जोकर बैटमैन को हराने में और अजेय बनने में सक्षम है, जोकर जल्दी ही अपनी शक्ति से बोर हो जाता है, लेकिन अभी भी वह मास्क को हटाने को तैयार नहीं है। वह गॉथम टेलीविजन लहरों और प्रसारण 24/7 का विनाश करता है और धमकी देता है कि वह हर खिलौनों की दुकान में लगाए बमों से दुनिया को नष्ट कर देगा। इस से भी ऊब कर वह गॉथम शहर को नष्ट करने के लिए एक परमाणु बम का अपहरण कर लेता है। बैटमैन का जोकर/मास्क से सामना हेता है और उसका यह मानना कि मास्क में अजीब शक्तियां नहीं हैं, जोकर को बाहर निकलने और मास्क हटाने को बाध्य कर देती है। जोकर के पहनने के बाद मास्क कुछ समय के लिए नियंत्रण में रहा था। इस कहानी को गैर कैनन माना जाता है।

डीसी (DC) कॉमिक्स/2000एडी क्रॉसओवर, "बैटमैन/जज ड्रेडः डाई लाफिंग" #1-2, एक आयाम कूद दुर्घटना जोकर की कायाविहीन आत्मा को मेगा सिटी वन में ले जाती है, जहां वह जज डेथ तथा अन्य डार्क जजों से मिलता है और पांचवें डार्क जज के रूप में शामिल होता है। इस रूप में रहते हुए (गॉथम में अपने कैटाटोनिक शरीर के साथ), वह अन्य डार्क न्यायाधीशों के जैसे शरीर रख सकता है और उसकी हंसी इतनी शक्तिशाली हो जाती है कि यह कई खोपड़ियों के फटने का कारण बन सकती है। आतंक का शासनकाल समाप्त होता है जब बैटमैन और ड्रेड मौत, भय, आग और मॉर्टिस की आत्माओं पर कब्जा करने आते हैं तथा जोकर की आत्मा को गॉथम लौट जाने के लिए विवश कर देते हैं।

शक्तियां, योग्यताएं और उपकरण
चरित्र
"क्रिप्टो द सुपरडॉग"
अंतर्कम्पनी बदलाव-प्रक्रिया