राजीव गांधी की हत्या की जाँच करने वाले जस्टिस जैन कमीशन की अंतरिम रिपोर्ट में करूणानिधि पर लिबरेशन टाइगर्स ऑफ तमिल ईलम (एलटीटीई) को बढ़ावा देने का आरोप लगाया गया था। अंतरिम रिपोर्ट ने सिफारिश की कि राजीव गांधी के हत्यारों को बढ़ावा देने के लिए तमिलनाडु के मुख्यमंत्री एम॰ करूणानिधि और डी॰एम॰के॰ पार्टी जिम्मेदार माना जाए। अंतिम रिपोर्ट में ऐसा कोई आरोप शामिल नहीं था।

अप्रैल 2009 में करूणानिधि ने एक विवादस्पद टिप्पणी की कि "प्रभाकरण मेरा अच्छा दोस्त है" और यह भी कहा कि "राजीव गांधी की हत्या के लिए भारत एल॰टी॰टी॰ई॰ को कभी माफ नहीं कर सकता"।

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