२००८-०९ के आई-लीग सीजन के दौरान क्लब ने आई-लीग में अपना पहला सीजन खेले। २७ सितंबर २००८ को क्लब ने ऐतिहासिक क्लब मोहन बागान के खिलाफ अपना पहला आई-लीग मैच खेला था जिसमें एबेल हैमांड ने मुम्बई एफसी के लिए पहला पहला आई-लीग लक्ष्य बनाया था क्योंकि मुम्बई ने बरासत स्टेडियम में २-१ से जीत हासिल की थी। मुम्बई ने साल्ट लेक स्टेडियम में ईस्ट बंगाल को हराकर दो विशालकाय कोलकाता क्लबों के खिलाफ डबल बनाकर १-० से फेलिक्स अबोगाई को एकमात्र लक्ष्य बनाया। मुम्बई ने ११ अक्टूबर २००८ को कोऑपरियेज ग्राउंड में अपने इतिहास में अपना पहला घरेलू मैच खेले जिसमें काली कुलोथुनगन ने मैच में एकमात्र लक्ष्य बनाया। खेल का आधा सीज़न में मुम्बई तालिका में छठे स्थान पर रखा गया था।  हालांकि क्लब ७ वें स्थान पर रहा था, जो वर्तमान में उनकी सबसे अच्छी स्थिति है।

क्रेस्ट
आई-लीग द्वितीय डिवीजन
खालिद जमील एरा (२००९–२०१६)
२००८ – २००९: आई-लीग