हिंदू पंथ "कूमरम" में पूजनीय भगवान सुब्रमन्यन का एक अत्यंत महत्वपूर्ण मंदिर पलनी में सुशोभित है। भगवान मुरुगन का धन्डायुधपानी मंदिर जिसे उनके "अरुपदाई बीडू" (छः युद्ध कैंप) में से एक माना जाता है, यहीं स्थित है। शिवगिरी की चोटी पर स्थित मंदिर छोटा सही परन्तु यहाँ देशभर से भक्तगण आते हैं। इसका वास्तुशास्त्र पंड्या काल से प्रभावत प्रतीत होता है। "गर्भगृहम" के ऊपर सोने का छत्र ("गोपुरम") है जो एक अद्भुत कृति है। चट्टान काट कर सीढ़ियां तैयार की गई हैं तथा हाथियों के लिए एक चौड़ा रास्ता भी. साथ ही हाल के वर्षों में रेल के तीन ट्रैक व एक रज्जु मार्ग भी भक्तों की सुविधा के लिए स्थापित किये गए हैं।

जैसा कि भगवान सुब्रमन्यन के सभी मंदिरों में प्रथा है, शिवगिरी चोटी के कदमो में एक अन्य मंदिर भी है। इसे "थीरू अविननकुडी" कहा जाता है तथा इसमें भगवान की भव्य मूर्ती के अलावा अन्य मूर्तियां भी स्थापित हैं।

शिवगिरी के कदमों में एक भगवान गणेश का मंदिर भी है जिन्हें यहाँ "पडा विनयकर" पुकारा जाता है। प्रथा के अनुसार भक्त यहाँ माता टेक कर मुख्य मंदिर की चढ़ाई शुरू करते हैं। यहाँ पर एक बड़े पत्थर पर मार कर नारियल तोड़ने का प्रचलन है तथा इनकी संख्या प्रतिदिन सैकड़ों हो सकती है।

शहर में पार्वती का भी एक मंदिर है जिन्हें यहाँ "पेरियानायकी अम्मान" पुकारा जाता है। इसे नगर के प्रमुख मंदिर या "ऊरकोबिल" के नाम से भी जाना जाता है। दिलचस्प बात यह है कि हालांकि यह "पेरियानायकी अम्माने" का मंदिर है परन्तु प्रमुख मध्य में भगवान सुब्रमन्यन विद्यमान हैं। यह मंदिर बहुत विशाल है तथा नायक व पंड्या वास्तुशास्त्र का दिलचस्प मेल है। यहाँ यह कथा प्रचलित है इस मंदिर से लेकर पेरिया अवूदैय्यार मंदिर तक एक सुरंग मार्ग से मूर्तियां भेजी जाति थीं। ऐसा तब होता जब शहर पर नवाब का आक्रमण होता। हालांकि नवाब के नाम से मुस्लिम होने के गुमान होता है परन्तु इसके अलावा उसके या आक्रमण के विषय में और कुछ ज्ञात नहीं है। आक्रमण के कुछ प्रमाण तो नजर आतें हैं, जैसे कि; नायक मंडपम की कुछ मूर्तियों के हाथ पांव गायब हैं।

नगर के पास ही "पेरिया अवअवूदेय्यार" नाम से शिव मंदिर है। शन्मुग नदी के तट पर बना यह मंदिर शहर की गहमागहमी से दूर शांत वातावरण में स्थित है।

पेरिया नायाकी मंदिर के पास दो अन्य मंदिर हैं; "मरियम्मान" मंदिर व "पेरुमाल" मंदिर. मरियम्मान भगवती को रोग हरणी कहा जाता है तथा उनकी विशेष पूजा अर्चना की जाती है।

पलनी नगर से 9 किमी दक्षिण में कन्नाडी पेरूमल मंदिर कहा जाता है। मंदिर का नाम उस मान्यता से आता है जिसमें यह माना जाता है कि इस मंदिर के भगवान शहर को "दृष्टि" से बचाते हैं, संस्कृत के जिस शब्द का अर्थ है बुरी नजर से बचाना. भक्तगण अपनी गाय के पहले बछड़े को यहाँ आशीर्वाद के लिए लाते हैं क्योंकि कन्नाडी भगवान को उनका रक्षक माना जता है। थोड़ा दूर होने की वजह से यहाँ कई भक्तगण नहीं आ पाते हैं।

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