अन्य सभी फ्लैश मेमोरी उपकरणों की तरह, फ्लैश ड्राइव विफल होने से पहले केवल एक सीमित संख्या के राईट और इरेज़ चक्र से गुज़र सकते हैं। एक फ्लैश ड्राइव द्वारा अनुप्रयोग सॉफ्टवेयर या ऑपरेटिंग सिस्टम चलाते समय इस बात पर गौर किया जाना चाहिए। इसे और साथ ही स्पेस कमियों को दुरुस्त करने के लिए, कुछ डेवलपर्स ने ऑपरेटिंग सिस्टम का विशेष संस्करण निर्मित किया है (जैसे Live USB में Linux) या कॉमनप्लेस एप्लीकेशन (जैसे मोज़िला फ़ायरफ़ॉक्स) जो फ्लैश ड्राइव से चलने के लिए डिज़ाइन किये गए हैं। इन्हें विशिष्ट तौर पर आकार के लिए अनुकूलित किया गया और कंप्यूटर के मुख्य RAM में अस्थायी या मध्यवर्ती फाइल रखने के लिए कॉन्फ़िगर किया गया, बजाय इसके कि उन्हें अस्थायी रूप से फ़्लैश ड्राइव पर स्टोर किया जाए.

अधिकांश USB फ्लैश ड्राइव में राईट-रक्षित तंत्र शामिल नहीं होता, हालांकि कुछ में ड्राइव के हाउसिंग पर ही एक स्विच होता है जो ड्राइव पर डेटा को संशोधित करने से होस्ट कंप्यूटर को रोकता है। राईट-संरक्षण, एक उपकरण को USB फ्लैश ड्राइव के संक्रमण के जोखिम के बिना ही, वायरस संक्रमित होस्ट कंप्यूटर को मरम्मत करने के लिए उपयुक्त बनाता है।

छोटे आकार का एक दोष यह है कि वे आसानी से यहां-वहां रख दिए जाते हैं, कहीं छूट जाते हैं या अन्यथा खो जाते हैं। अगर उनके अन्दर के डेटा संवेदनशील हैं तो यह एक विशेष समस्या है (डाटा सुरक्षा देखें). परिणाम के रूप में, कुछ निर्माताओं ने अपने ड्राइव में हार्डवेयर एन्क्रिप्शन जोड़ दिया है - यद्यपि सॉफ्टवेयर एन्क्रिप्शन सिस्टम भी वही करता है और सभी USB फ्लैश ड्राइव के लिए सर्वत्र उपलब्ध है। अन्य के मामले में बस कीचेन, हार और डोरी के साथ संलग्न कर देने की संभावना है

अन्य पोर्टेबल स्टोरेज उपकरण की तुलना में, उदाहरण के लिए एक्सटर्नल हार्ड ड्राइव, USB फ्लैश ड्राइव में भंडारण की प्रति इकाई में एक उच्च कीमत है और ये अपेक्षाकृत छोटी क्षमताओं में ही उपलब्ध हैं; लेकिन हार्ड ड्राइव का अपेक्षाकृत उच्च न्यूनतम मूल्य है, इसलिए छोटी क्षमताओं में (16 GB और कम), USB फ्लैश ड्राइव, सबसे छोटे उपलब्ध हार्ड ड्राइव से काफी कम महंगे हैं।

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