नवंबर, 636 में मुस्लिम अरब सेना ने बीजान्टिन रोमनों द्वारा आयोजित यरूशलेम पर हमला किया। चार महीने तक घेराबंदी जारी रही। आखिरकार, यरूशलेम के रूढ़िवादी कुलपति, सोफ्रोनियस, यरूशलेम को खलीफा हजरत उमर को आत्मसमर्पण करने के लिए सहमत हुए। मदीना में, खलीफा हजरत उमर, इन शर्तों पर सहमत हुए और 637 में कैपिटल्यूलेशन पर हस्ताक्षर करने के लिए यरूशलेम गए। सोफ्रोनियस ने खलीफा हजरत उमर के साथ एक समझौते पर भी बातचीत की, जिसे उमरिया के अनुबंध या उमर के वाचा के रूप में जाना जाता है, जिससे ईसाइयों के लिए धार्मिक स्वतंत्रता की अनुमति मिलती है। जिजाह के बदले में (अरबी: جزية), गैर-मुस्लिमों पर विजय प्राप्त करने वाला कर, जिसे "धिमिस" कहा जाता है। मुस्लिम शासन के तहत, इस अवधि में यरूशलेम की ईसाई और यहूदी आबादी ने गैर-मुस्लिम सिद्धांतों को दी गई सामान्य सहिष्णुता का आनंद लिया।.
आत्मसमर्पण स्वीकार करने के बाद, खलीफा हजरत उमर फिर सोफ्रोनियस के साथ यरूशलेम में प्रवेश किया "और विनम्रतापूर्वक अपने धार्मिक पुरातनताओं से संबंधित भ्रमण किया।" जब हजरत उमर का प्रार्थना कासमय आया, जब हजरत उमर अनास्तासिस में थे, लेकिन उस स्थल पर प्रार्थना करने से इनकार कर दिया, तभी मुसलमानों ने एक स्थान को मस्जिद रूप में इस्तेमाल किया गया। हजरत उमर की मस्जिद, अनास्तासिस के दरवाजे के विपरीत, लंबे मीनार के साथ, उस स्थान के रूप में जाना जाता है जहां वह अपनी प्रार्थना के लिए सेवानिवृत्त हुए थे। 
सऊदी अरब में मक्का और मदीना के बाद यरूशलेम इस्लाम का तीसरा सबसे पवित्र शहर है। यरूशलेम के हरम अल शरीफ (मंदिर पर्वत) का मानना ​​है कि मुसलमानों का स्थान होना है। परंपरा के मुताबिक, 621 ईस्वी के आसपास एक रात के दौरान, इस्लामिक पैगंबर हज़रत मुहम्मद सहाब को मक्का से यरूशलेम में हरम अल शरीफ पर अपने पौराणिक स्टेड "अल-बुराक" द्वारा ले जाये गए थे। परंपरा के अनुसार, वहां से वह स्वर्ग में गए थे जहां आपने अल्लाह से साथ बात की। यह व्यापक रूप से स्वीकार्य इस्लामी विश्वास रॉक के गुंबद और आसन्न अल-अक्सा मस्जिद के धार्मिक और आध्यात्मिक महत्व का स्रोत है।.

इतिहासकार जेम्स विलियम पार्सेस के अनुसार, अरब विजय (640-740) के बाद पहली शताब्दी के दौरान, सीरिया और पवित्र भूमि के खलीफा और गवर्नर पूरी तरह से ईसाई और यहूदी विषयों पर शासन करते थे। उन्होंने आगे कहा कि शुरुआती दिनों में बेडौइन के अलावा, जॉर्डन के पश्चिम में केवल अरब ही गैरीस थे।

7 वीं शताब्दी में पवित्र भूमि की तीर्थयात्रा का बिशप अर्कुलफ, भिक्षु आदमन द्वारा लिखित डी लोकिस सैनक्टिस ने मुस्लिम शासन की पहली अवधि में फिलिस्तीन में ईसाईयों की उचित सुखद परिस्थितियों का वर्णन किया। दमिश्क के खलीफा (661-750) सहिष्णु राजकुमार थे जो आम तौर पर अपने ईसाई विषयों के साथ अच्छे शब्दों पर थे। कई ईसाई (जैसे सेंट जॉन दमास्केन) ने अपने कार्यालय में महत्वपूर्ण कार्यालय आयोजित किए। बगदाद (753-1242) में अब्बासिद खलीफ, जब तक वे सीरिया पर शासन करते थे, तब भी ईसाईयों के प्रति सहिष्णु थे। हरुन अबू-जा-अफफर, (786-809) ने पवित्र सेपुलचर की चाबलेमेलेन की चाबियाँ भेजीं, जिन्होंने मंदिर के पास लैटिन तीर्थयात्रियों के लिए एक धर्मशाला बनाई।

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