16 नवंबर 1960 को अबिकेवेके गवर्नर-जनरल बने , अबुबकर तवावा बालेवा के साथ प्रधानमंत्री के रूप में , और यूनाइटेड किंगडम के प्रिवी काउंसिल के लिए नामित पहला नाइजीरियाई बन गया ।  १ ९ ६३ में जब नाइजीरिया गणतंत्र बना, तो वह इसके पहले राष्ट्रपति थे । दोनों पदों में, अज़िकीवे की भूमिका काफी हद तक औपचारिक थी। 

उन्हें और उनके नागरिक सहयोगियों को 15 जनवरी 1966 के सैन्य तख्तापलट में पद से हटा दिया गया था, और वह तख्तापलट के बाद हत्या से बचने के लिए सबसे प्रमुख राजनेता थे। अज़िकीवे बियाफ़्रा के प्रवक्ता थे और उन्होंने अपने नेता चुकुवेमेका ओडुमेग्वु ओजुकु को बियाफ्रान युद्ध(1967-1970) के दौरान सलाह दी थी । उसने युद्ध के दौरान अपनी निष्ठा नाइजीरिया में वापस कर ली, और ओजुकुवू से पैम्फलेट और साक्षात्कार में युद्ध को समाप्त करने की अपील की। "न्यूयॉर्क टाइम्स" ने उनकी राजनीति के बारे में कहा, "अपने पूरे जीवन में, डॉ। अज़िकवे के गठबंधन ने नथेटर के साथ उन्हें ओबाफेमी अवलोवो, जो कि योरूबा है, देश के अन्य दक्षिण दक्षिणी समूह के एक समाजवादी नेता के साथ बाधाओं पर रखा।" 

युद्ध के बाद, वह 1972 से 1976 तक लागोस विश्वविद्यालय के चांसलर रहे। अज़िकीवे ने 1978 में नाइजीरियन पीपुल्स पार्टी ज्वाइन की , 1979 और 1983 में राष्ट्रपति पद के लिए असफल बोलियां बनाईं । 31 दिसंबर 1983 के सैन्य तख्तापलट के बाद उन्होंने अप्रत्याशित रूप से राजनीति छोड़ दी । 11 मई 1996 को लंबी बीमारी के बाद एनुगु में नाइजीरिया टीचिंग अस्पताल में अज़िकीवे का निधन हो गया , और उन्हें उनके मूल ओनिता में दफनाया गया । 

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