जुलाई 18, 2002, दरमियान मैकमहोन स्मेकडाउन के प्रधान व्यवस्थापक के भाँति डब्ल्यूडब्ल्यूएफ (विश्व वन्यजीव कोष के ओर से एक मुकद्दमा के बाद पुनः नामकरण डब्ल्यूडब्ल्यूइ) लौट आई. मैकमहोन -हेम्सली युग का खलनायिका का व्यक्तित्व के विपरीत, स्टीफनी दर्शकों की पसंदीदा बनी, जैसे वह उस समय के दर्शकों कि पसंदीदा पहलवानों के साथ देने लगी. 2002 शुरू से अंत तक, उनका शत्रुता "Raw " के प्रधान व्यवस्थापक एरिक बिस्खोफ़ के साथ था, हालांकि एक हेल्लोवीन पार्टी में दोनों विरोधियों अस्पष्ट रूप से एक चुंबन में सहभागी बने जिस मे मैकमहोन चुड़ैल की तरह पोशाक पहनी थी और बिस्खोफ़ एक मुखौटे के पीछे उसके पिता के छद्मवेश में था। डब्ल्यूडब्ल्यूई संयुक्त राज्य अमेरिका चैम्पियनशिप का वापसी और डब्ल्यूडब्ल्यूई टेग टीम चैम्पियनशिप का निर्माण का श्रेय मैकमहोन को दिया गया था। हल्क होगन पुनः "SmackDown" के लिए हस्ताक्षर करने पर उसकी आकलित भी हुई, जो उसके और उसके पिता के बीच तनाव पैदा किया।

इस बीच, विन्स मैकमहोन सेबल के साथ अपनी चक्कर को रोकने की स्टीफनी के कोशिशों पर क्रोध करने लगा. यह झगडा "बाप-बेटी मैं छोड़ू मैच " पहले कदापि नो मर्सी में अंत में हुआ। उनके मैच में मैकमहोन के संग अपनी माँ, डब्ल्यूदब्ल्युई के सिईओ लिंडा मैकमहोन और सेबल के संग विन्स मैकमहोन थे। स्टीफनी हार गयी जब रिंग साइड से लिंडा ने अपने तरफ से एक तोलिया फेकी, क्योंकि विन्स एक पाइप के साथ उसके ऊपर की अपनी पकड़ को मुक्त नहीं करता. मैच हारने के परिणामस्वरूप, स्टीफनी दो साल के लिए डब्ल्यूडब्ल्यूई टेलीविजन से गायब रही। 

स्मेकडाउन के प्रधान व्यवस्थापक (2002-2003)
छिटपुट उपस्थिति (2005-2007)
कहानियों मैं उलझना
Raw के प्रधान व्यवस्थापक