पाई थोगोरस संगीत में बहुत अधिक रूचि लेते थे, अतः उनके अनुयायी भी संगीत में रूचि रखते थे। पाइथोगोरस एक संगीतज्ञ और गणितज्ञ थे। पाइथोगोरस अपने समय के संगीत में सुधार लाना चाहते थे, उनका मानना था कि इस संगीत में पर्याप्त सामंजस्य नहीं है, यह बहुत ही व्यस्त रखने वाला था।

पौराणिक कथा के अनुसार, पाइथोगोरस ने खोजा कि संगीत के नोट को गणितीय समीकरणों में अनुवाद किया जा सकता है, यह तब हुआ जब वह एक दिन एक काम कर रहे लोहार के पास से हो कर निकला और उसने सोचा कि उनकी निहाई की चोट से उत्पन्न होने वाली आवाज सुंदर और सामंजस्य पूर्ण थी और उसने यह निर्धारित कर लिया कि जो भी वैज्ञानिक नियम इसका कारण है वह अवश्य ही गणितीय होना चाहिए और इसे संगीत पर लागू किया जा सकता है। वह लोहार के पास गया और उसके औजारों को देख कर यह पता लगाने की कोशिश की कि यह कैसे हुआ। उसने पाया कि निहाईयां () एक दूसरे के साधारण अनुपात में थीं। एक पहली के आधे आकार की थी और दूसरी आकार की २ /३ थी और इसी प्रकार से था। (देखिए Pythagorean ट्यूनिंग ().)

पाइथोगोरस ने संख्या के सिद्धांत को विस्तारपूर्वक स्पष्ट किया, जिसका सही अर्थ आज भी विद्वानों के बीच बहस का विषय बना हुआ है। पाइथोगोरस "गोलों की संततता " () पर विश्वास करता था, उनका मानना था कि ग्रह और तारे गणितीय समीकरणों के अनुसार गति करते हैं, इसी प्रकार की कुछ समानता संगीत के स्वरों में पाई जाती है और इससे एक मधुर संगीत का उत्पादन होता है।

धर्म और विज्ञान
पाइथोगोरियन
गुप्त समूहों पर प्रभाव
संगीत के सिद्धांत और जांच