पूरे युद्ध में यह घटना सबसे महत्वपूर्ण रही। 1797 में, कर्नल डॉव और उसकी सेना ने वायनाड में मार्च किया। उसकी योजना थी कि पेरिया घाटी को अवरुद्ध जाय और जब वापसी का रास्ता बंद हो जाय तब कन्नोथ में बड़ी विद्रोही सेना को कुचल दिया जाय.

लेफ्टिनेंट मेअली के मातहत एक सैनिक दस्ता पेरिया में डॉव की मदद के लिए भेजा गया, लेकिन रास्ते में नायरों और कुरिचियाओं ने उन्हें भारी नुकसान पहुंचाया और अंग्रेजों के 105 लोग मारे गये। सो, पेरिया जाने के बजाय वे अपने मूल आधार को लौट गये।

डॉव के सैनिकों को आपूर्ति की भारी कमी का सामना करना पड़ा और डॉव ने फिर से सहायता भेजे जाने की गुहार लगाई. तब बंबई रेजिमेंट के मेजर एंडरसन के मातहत आपूर्ति सहायता फिर से भेजी गयी। लेकिन एंडरसन के माप्पीला मार्गदर्शकों ने आखिरी समय पर उसका साथ छोड़ दिया। जिससे एंडरसन की यात्रा में देरी हुई, यह देरी अंग्रेजों के लिए घातक परिणाम वाली साबित हुई। 

डॉव को खबर मिली कि टीपू ने राजा की सहायता के लिए अपने सिपाहियों को भेजा है, क्योंकि टीपू का मानना था कि वायनाड में अंग्रेजों का प्रवेश सेरिंगापटम संधि का उल्लंघन है। डॉव ने फैसला किया कि वह अधिकारियों से परामर्श करने के लिए तलास्सेरी जाएगा और वायनाड में राजा तथा टीपू से एक साथ निपटने की योजना बनाएगा. वह एक छोटे से दल के साथ चल पड़ा, लेकिन रास्ते में मैसूर के सिपाहियों की मदद से राजा के लोगों ने हमला कर दिया, लेकिन डॉव साफ़ बच निकला। 

उसके जाने के एक दिन बाद, पेरिया में मेजर कैमरून के अधीन 1100 की सेना ने पेरिया घाटी होकर कोट्टयम जाने का फैसला किया क्योंकि भंडार खाली हो चुका था।

लेकिन उन्हें पता नहीं था कि अंग्रेजों की असली स्थिति के बारे में जानने वाले राजा ने उनके लिए जाल बिछा रखा है - उन्होंने घाटी के दोनों तरफ बने छद्म बाड़ों में अपनी सेना को छिप जाने के आदेश दिए। जैसे ही पूरी ब्रिटिश सेना ने संकीर्ण घाटी में प्रवेश किया, छिपे हुए सैनिकों ने उस पर हमला बोल दिया। 

योजना सही ढंग से लागू हुई और उसके बाद बड़ी तादाद में ब्रिटिश सेना मारी गयी। अगर अगले दिन मेजर एंडरसन का दल वहां नहीं पहुंच गया होता तो चिकित्सा की कमी से शायद कोई नहीं बचा होता। अधिकांश शत्रु मारे गए और उनके झंडे सहित उनकी सभी बंदूकें, गोला-बारूद, सामान और पशु लूट लिए गये। मेजर कैमरून, लेफ्टिनेंट न्युगेंट, लेफ्टिनेंट मड्गे और लेफ्टिनेंट रूडरमैन जैसे वरिष्ठ ब्रिटिश अधिकारी युद्ध में मारे गए।

इसी समय के आसपास, आयुक्तों ने ज़मोरिन के एक तमिल ब्राह्मण मंत्री की सलाह लेने का फैसला किया और यहीं से पजहस्सी राजा के अंततः पतन की शुरुआत हुई। उन्होंने स्थानीय गद्दारों की एक अनियमित सेना बनाकर पजहस्सी राजा को परेशान करने का फैसला किया। इस सेना के अगुवा थे बदनाम कोलकर, जिन्हें तुर्की बाशी-बज़ुक का मालाबार संस्करण कहा जा सकता है, जो अंग्रेजों की चाटुकारिता और प्रतिरोधकारियों तथा जनता पर क्रूर अत्याचार करने के लिए बदनाम हुए.

शामनाथ का एक संक्षिप्त परिचय - वह एक बड़ा बदमाश था, उसने कालीकट में ब्रिटिश शासन को जमाने में मदद की। कालीकट के सही लोग उससे इतनी घृणा करते थे कि ज़मोरिन के एक नजदीकी रिश्तेदार ने उसकी हत्या कर डालने का लगभग सफल प्रयास किया। [लोगान]
लेकिन कुछ समय के लिए, राजा एक मजबूत स्थिति में थे। इस ब्रिटिश तबाही के मद्देनजर बंबई सरकार ने कमांडर-इन-चीफ जनरल स्टुअर्ट और राज्यपाल जोनाथन डंकन जसे सर्वोच्च पदाधिकारियों की एक सरकारी समिति को भेजा. उन्होंने शांति स्थापित करने का फैसला किया क्योंकि वे बेचैन थे कि पहाड़ों और जंगली इलाकों में छापामार युद्ध लंबा चल सकता है और राजा टीपू या फ्रांसीसियों के साथ मित्रता कर सकते हैं। उन्होंने राजा कुरूमब्रनाड को कोट्टयम प्रशासन से बेदख़ल करने का भीफैसला किया।
चिरक्कल और पारापपनड के राजाओं ने राजा और अंग्रेजों के बीच मध्यस्थता की और 1797 में पजहस्सी तथा अंग्रेजों में एक संधि हुई। 

1797 की संधि में निम्नलिखित बातों पर सहमति हुई






इरुवाज़िनद के नारंगोली नांबियार को भी माफी देने और उनकी संपत्ति वापस करने का फैसला हुआ।

इस प्रकार राजा के चार साल के प्रयासों की समाप्ति उनकी राजनीतिक जीत के साथ हुई। चार साल की शत्रुता और युद्ध के बाद शांति स्थापित हुई।

राजा की मृत्यु
व्यक्तित्व
तलास्सेरी की घेराबंदी
पेरिया घाटी प्रकरण