बयान किया जाता है कि हज़रत आदम अलैहिस्सलाम अपनी वफ़ात से पहले ग्यारह (11) दिन बीमार रहे। उन्होंने अपना जानशीन अपने बेटे शीश अलैहिस्सलाम को बनाया। और उनके लिए एक वसीयत नामा लिखवाया। और इनके सुपुर्द करके इसे क़ाबील और उसकी औलाद से छिपाने का हुक्म दिया। क्योंकि क़ाबील ने अपने भाई को हसद के बाईस क़त्ल किया था। इस वजह से शीश अलैहिस्सलाम और उनकी औलाद ने जो इल्म उन्हें दिया गया था उसको क़ाबील और उसकी औलाद से ख़ुफ़िया रखा। 

मुहम्मद बिन इस्हाक़ रज़ी° रिवायत करते है कि जब आपकी वफ़ात का वक़्त क़रीब आया तो आपने शीश अलैहिस्सलाम को बुलाया उनसे वादा लिया और दिन रात की घड़ियाँ और वक़्तों का इल्म सिखाया और यह भी बताया कि हर घड़ी कोई न कोई अल्लाह की मख़लूक़ उसकी इबादत में मशग़ूल रहती है और फ़रमाया मेरे अज़ीज़ बेटे अनक़रीब ज़मीन पर एक तूफ़ान आयेगा जो सात साल तक रहेगा। फिर वसीयत नामा लिखवाया और जब अपना वसीयत नामा लिख कर फ़ारिग़ हुए तो आपका इन्तक़ाल हो गया। अल्लाह आप पर अपनी बेशुमार रहमतें नाज़िल फरमाए आमीन!

आपकी वफ़ात पर मलायका जमा हुए और क़ब्र बनाई। इस वक़्त शीश अलैहिस्सलाम और उनके भाई, “मशारिकुल फ़िरदौस” नामी एक बस्ती में रहते थे, जो ज़मीन पर सबसे पहली बस्ती थी। आपकी वफ़ात पर चाँद सूरज लगातार सात दिन और सात रात ग्रहण में रहे। फ़रिश्तों ने आपकी लिखी हुई नसीहत को जमा किया और इसे एक सीढ़ी नुमा चीज़ पर रख दिया इस के साथ एक नाक़ूस (घंटा) भी था। जिसे आदम अलैहिस्सलाम जन्नत से लाये थे कि अल्लाह की याद से ग़ाफ़िल न हो। 

इस सिलसिले की एक हदीस जो अबी बिन काब रज़िअल्लाहू अन्हूँ से मरवी है रसूलल्लाह सल्लल्लाहु अलैहि व सल्लम फ़रमाते हैं कि जब हज़रत आदम अलैहिस्सलाम की वफ़ात यानी मृत्यु का वक़्त क़रीब आया तो अल्लाह ताला ने इनके लिए जन्नत का कफ़न और हुनूत (ख़ुशबूदार चीजों को मिलाकर मुर्दे के जिस्म पर मला जाता है) भेजा। हव्वा अलैहिस्सलाम ने जब फ़रिश्तों को आते देखा तो समझ गईं और आदम अलैहिस्सलाम की तरफ़ बढ़ीं तब आदम अलैहिस्सलाम ने फ़रमाया मेरे और मेरे ख़ुदा के भेजे हुए क़ासिदो के बीच से हट जाओ, तुम से तो रोज़ाना मुलाक़ात होती है बल्कि तुम्हारी बात से तो मुसीबत पहुँची।

आपकी रूह क़ब्ज़ होने के बाद फ़रिश्तों ने उन्हें बेरी के पत्तों और पानी के साथ ताक़ अदद यानी यानी (बिषम संख्या) के मुताबिक़ ग़ुस्ल दिया। कफ़न में भी ताक़ अदद का लिहाज़ रखा फिर लहद बनाकर सुपुर्दे खाक़ किया। और फ़रमाया कि इनकी औलाद में भी यही तरीक़ा जारी रहेगा। 

इब्ने अब्बास रज़िअल्लाहू अन्हूँ से मरवी है कि आपके इन्तक़ाल के बाद  शीश अलैहिस्सलाम ने जिब्राईल अमीन से कहा कि आप नमाज़े जनाज़ा पढ़ाइयें लेकिन हज़रत जिब्राईल अलैहिस्सलाम ने शीश अलैहिस्सलाम से फ़रमाया कि आप आगे बढें। शीश अलैहिस्सलाम ने अपने वालिद के जनाज़े की नमाज़ पढ़ाई और उन्होंने तीस तक़बीरे पढ़ीं। पाँच तो नमाज़ में ज़रूरी है बाक़ी आपकी फ़ज़ीलत के बाईस। 

हज़रत आदम अलैहिस्सलाम का जनाज़ा
शैतान इब्लीस कौन था?
हज़रत हव्वा की पैदाइश
जिस्म में रूह का दाखिल होना यानी जिस्म में आत्मा का प्रवेश करना