पूर्व कप्तान केविन पीटरसन तथा पीटर मूर्स के बीच की दरार के सार्वजनिक होने के बाद 7 जनवरी 2009 को स्ट्रॉस को कप्तान नियुक्त किया गया। केवल 3 टेस्ट मैचों के बाद ही पीटरसन ने कप्तानी से इस्तीफा दे दिया, तथा मूर्स को निकाल दिया गया। यह भारत में 2008 की टेस्ट सीरीज़ में फार्म में वापसी के साथ आया, जिसमें इंग्लैंड हारा था और दो मैच बराबर छूटे थे।

सबीना पार्क पर वेस्टइंडीज़ के खिलाफ कप्तान के तौर पे अपने पहले मैच में, स्ट्रॉस और उनकी टीम विफल हो गयी, स्ट्रॉस के 7 और 9 रनं के रूप में इंग्लैंड एक पारी से हार के साथ दूसरी पारी में 51 रनं पर सिमट गयी थी। रद्द टेस्ट मैच की असफलता के बाद, स्ट्रॉस की बल्ले के साथ एक उत्कृष्ट सीरीज रही थी, जिसमें बाकी बचे तीन टेस्ट मैचों में 169, 142, 142 स्कोरों के साथ 67.62 की औसत से सीरीज में कुल 541 रन बने थे, लेकिन इंग्लैंड इन तीनो में से किसी भी मैच में जीत का दवाब डालने में असमर्थ था और फलस्वरूप 1-0 से सीरीज हार गया। पिछली वनडे सीरीज जिसे 2-2 से बराबर कराया गया था, में बतौर कप्तान गुयाना में स्ट्रॉस ने 105 रन बनाये और किंग्स्टन ओवल पर 61 बोलों में 79 नाबाद रन बनाये। इन्होने उस ट्वेंटी -20 टीम की कप्तानी भी की थी जो 6 विकेट से हारी थी। स्ट्रॉस ने बीबीसी से कहा कि उन्हें आशा है कि 2009 की एशेज सीरीज में कप्तानी की पूरी असफलता समाप्त हो जायेगी.

अपने घर पर टेस्ट और वनडे दोनो में वेस्ट इंडीज पर 2-0 की जीत द्वारा स्ट्रॉस ने वेस्ट इंडीज से मिली हार का प्रायश्चित्त किया। उस श्रृंखला के बाद, स्ट्रॉस ने अंतरराष्ट्रीय दौरों से विश्राम लिया था जबकि विश्व ट्वेंटी -20 कार्यान्वयन अधीन था। एसेक्स के खिलाफ 97 रन से परे ये कम प्रभाव के लिये दो काउंटी चैम्पियनशिप मैचों में खेले।

ऐशेज (2009)
कप्तानी
आईसीसी विश्व कप 2011
2008 भारत का दौरा