10 जनवरी 2017 को, मोइत्रा ने राष्ट्रीय टेलीविजन बहस के दौरान भारतीय जनता पार्टी के सांसद और केंद्रीय मंत्री बाबुल सुप्रियो के खिलाफ कथित तौर पर "उनकी विनम्रता का अपमान" करने के लिए पुलिस शिकायत दर्ज की। कुछ दिनों बाद, बाबुल सुप्रियो ने मोइत्रा और तृणमूल कांग्रेस सांसद सौगत रॉय और तापस पॉल को कथित रूप से रोज़ वैली पोंजी फर्म घोटाले में शामिल होने का आरोप लगाकर उन्हें बदनाम करने के लिए कानूनी नोटिस भेजा।

महुआ मोइत्रा पर सिलचर हवाई अड्डे पर असम पुलिस की एक महिला कांस्टेबल पर हमला करने का आरोप है। यह घटना तब हुई जब तृणमूल कांग्रेस का आठ सदस्यीय प्रतिनिधिमंडल सिलचर NRC मुद्दे में विसंगतियों पर चर्चा करने के लिए असम की दो दिवसीय यात्रा पर भेजा गया था।

महुआ मोइत्रा पर साहित्यिक चोरी का भी आरोप लगाया गया था, एक दावा जो लेखक द्वारा खुद को नकार दिया गया है, जिस पर उसे साहित्यिक चोरी का आरोप लगाया गया था।

करीमपुर में विधानसभा उपचुनाव के दौरान, भाजपा की पश्चिम बंगाल इकाई ने आरोप लगाया था कि चौखट से चौखट (डोर-टू-डोर) चुनाव प्रचार में महुआ मोइत्रा ने थानापारा पुलिस थाना प्रभारी सुमित कुमार घोष के साथ मिलकर, आदर्श आचार संहिता का उल्लंघन किया था।

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