हार्डी का परिवार अंगरेज़ी चर्च को मानता था लेकिन कट्टर अनुयायी नहीं था। पांच सप्ताह की उम्र में उनका बपतिस्मा हुआ और वह चर्च को जाया करते थे, जहां उनके पिता और चाचा संगीत के लिए योगदान देते थे। फिर भी वह इंग्लैंड की स्थानीय चर्च के स्कूल में नहीं गए, उन्हें तीन मील दूर श्री लास्ट के स्कूल में भेजा गया। नौजवान युवा के रूप में, उनकी दोस्ती हेन्री आर. बैस्टो (प्लाइमाउथ ब्रैदर्न का सदस्य) से हुई जिसने वास्तुकार छात्र के रूप में भी काम किया और जो बैप्टिस्ट चर्च में वयस्क बपतिस्मा की तैयारी कर रहा था। हार्डी ने धर्म परिवर्तन पर विचार तो किया पर फिर परिवर्तित न होने का फैसला किया। बैस्टो ऑस्ट्रेलिया चला गया, लंबे अरसे तक उनके बीच पत्राचार चलता रहा लेकिन अंततः हार्डी इस आदान-प्रदान से थक गए और पत्राचार बंद हो गया। इसके साथ ही बैपटिस्ट के साथ हार्डी का संबंध समाप्त हो गया।

जीवन में भाग्य के बारे में हार्डी का विचार परमेश्वर के साथ दार्शनिक संघर्ष में परिलक्षित हुआ। हालांकि हार्डी का विश्वास बरकरार रहा किन्तु जीवन की विडंबनाओं और संघर्षों के कारण उन्होंने परमेश्वर के बारे में पारंपरिक ईसाई दृष्टिकोण पर सवाल उठाए: हार्डी के धार्मिक जीवन में अज्ञेयवाद, आस्तिकता और अध्यात्मवाद का मिला-जुला रूप देखने को मिलता है। एक बार, जब एक पादरी ने पत्र द्वारा पीड़ा की यातना को प्यार करने वाले परमेश्वर की नेकी के साथ मिलाने को कहा, हार्डी ने जवाब दिया, 
फिर भी, हार्डी अक्सर ब्रह्मांड को नियंत्रित करने वाली अलौकिक शक्तियों के बारे में सोचा करते थे और लिखा करते थे, वह ऐसा किसी दृढ़ विश्वास की बजाए निरपेक्ष भाव में और मौज में आकर करते थे। इसके अलावा, हार्डी के लेखन से कुछ हद तक भूतों और आत्माओं के प्रति उनके आकर्षण का भी पता चलता है। इन भावनाओं के बावजूद, हार्डी ईसाई उपासना और चर्च की रस्मों से भावनात्मक रूप से जुड़े रहे, विशेषकर जो ग्रामीण समुदायों में प्रचलित हैं, जीवन के प्रारंभिक वर्षों में उन पर इनका बहुत निर्माणात्मक प्रभाव पड़ा और हार्डी के अनेक उपन्यासों में बाइबिल सन्दर्भों की भरमार देखी जा सकती है। 

जॉन हिक्स के यहां शिक्षुता के दौरान हार्डी के दोस्तों में शामिल थे होरेस मॉल (हेन्री मॉल के आठ पुत्रों में से एक) और कवि विलियम बार्न्स, दोनो ही पादरी थे। मॉल ज़िंदगी भर हार्डी के करीबी दोस्त रहे और बाइबल की शाब्दिक व्याख्या पर संदेह उठाने वाली नई वैज्ञानिक खोजों से जैसे कि गिदोन मैंटेल की, उनका परिचय करवाया . मॉल ने 1858 में हार्डी को मैंटेल की पुस्तक "द वंडर्स ऑफ़ जियोलॉजी" (1848) की प्रति दी, एडेलिन बक्लैंड का विचार है कि मैंटेल के भूवैज्ञानिक वर्णन और "ए पेयर ऑफ़ ब्लू आइज़" के "क्लिफ़हैंगर" वाले खंड में "अकाट्य समानताएं" हैं। यह सुझाव भी दिया गया है कि "ए पेयर ऑफ़ ब्लू आइज़" में हेन्री नाइट का पात्र होरेस मॉल पर आधारित था। 

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