NSA अमेरिकी सरकार और बैंकिंग समुदाय द्वारा प्रयुक्त एक मानक और सार्वजनिक मूल बीज-लेख एल्गोरिदम, डेटा एन्क्रिप्शन स्टैंडर्ड (DES) की रचना में शामिल होने से संबंधित कुछ मामूली विवादों में उलझा था। 1970 के दशक में IBM द्वारा DES के विकास के दौरान NSA ने डिजाइन के कुछ विवरणों में बदलाव की सिफारिश की थी। ऐसा अंदेशा था कि इन परिवर्तनों ने एल्गोरिदम को पर्याप्त रूप से कमजोर कर दिया है जिससे ज़रूरत पड़ने पर एजेंसी छिप कर बातें सुन सके, साथ ही यह अटकल भी लगाई गई कि एक महत्वपूर्ण उपकरण - तथाकथित S-बॉक्स — में "चोरदरवाज़ा" शामिल करने के लिए बदलाव किया गया था और यह कि मूल कुंजी की लंबाई में कमी ने NSA को विशाल कंप्यूटिंग शक्ति का इस्तेमाल करते हुए DES कुंजी की खोज करने में सक्षम बनाया होगा. तब से यह देखा गया कि DES में S-बॉक्स विभेदक बीज-लेख विश्लेषण के प्रति विशेषतः लचीला है, एक तकनीक जिसकी 1980 के दशक के अंत तक सार्वजनिक तौर पर खोज नहीं की गई थी, लेकिन जो IBM, DES दल को ज्ञात था। आसूचना पर संयुक्त राज्य अमेरिका सेनेट की विशिष्ट समिति ने NSA की सहभागिता की समीक्षा की और निष्कर्ष निकाला कि हालांकि एजेंसी ने कुछ सहायता जरूर की है लेकिन उसने डिज़ाइन के साथ छेड़छाड़ नहीं की है। 2009 के अंत में NSA ने इस सूचना को पुनर्वर्गीकृत करते हुए कहा कि "NSA ने IBM के साथ मिल कर पाश्विक बल हमलों के अलावा बाकी सभी के खिलाफ़ एल्गोरिदम को मज़बूत करने और S-बॉक्स नामक प्रतिस्थापन तालिकाओं को मज़बूत करने के लिए काम किया" ."इसके विपरीत, NSA ने IBM को कुंजी की लंबाई 64 से 48 बिट तक घटाने के लिए राजी करने की कोशिश की थी। " "अंततः वे 56 बिट की कुंजी पर सहमत हुए थे" .

वायरटैपिंग प्रोग्राम
उन्नत एन्क्रिप्शन मानक (AES)
डेटा एन्क्रिप्शन स्टैंडर्ड (DES)
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