श्री पट्टाथनम, जो इन्डियन रेश्नलिस्ट एसोशियेशन के अध्यक्ष हैं और केरल में रहते हैं, ने "मठ अमृतानंदमयी: सेक्रेड स्टोरीज़ एंड रियैलिटीज़" नामक एक विवादित आलोचनात्मक पुस्तक लिखी है जो पहली बार 1985 में प्रकाशित हुई थी। उन्होंने यह दावा किया है कि सुधामणि द्वारा किये जाने वाले सभी चमत्कार झूठे हैं और उनके आश्रम तथा उसके आसपास कई संदेहास्पद मौतें हुई हैं, जिनमे पुलिस द्वारा छानबीन किये जाने की आवश्यकता है। उनके द्वारा की गयी इस खोज में न्यायालायीय अभिलेखों, समाचार पत्रों की रिपोर्ट और प्रसिद्ध साहित्यिक हस्तियों द्वारा दिए गए उद्धरणों के विस्तृत सन्दर्भ शामिल हैं जिसमें मठ के नजदीकी सम्बन्धियों और स्वयं अमृतानंदमयी के साथ किया गया एक साक्षात्कार भी सम्मिलित है।

उस समय अमृतानंदमयी अधिक प्रसिद्ध नहीं थीं, बाद में प्रसिद्धि बढ़ने पर मठ ने इस पुस्तक के लेखक के अभयोजन की मांग की और 2004 में इस सम्बन्ध में कार्यवाही के लिए सरकार पर दबाव डाला। राज्य सरकार ने प्रकाशन कम्पनी के स्वामी, इस पुस्तक के प्रकाशक और पट्टाथनम पर अभियोग की अनुमति दे दी। इस आज्ञा में [[केरल उच्च न्यायालय]] द्वारा राज्य के गृह विभाग को माता अमृतानंदमयी आश्रम के एक भक्त और निवासी टी.के. अजान द्वारा किये इस आवेदन पर विचार करने हेतु दिए गए निर्देश शामिल थे कि पुस्तक में की गयी आलोचना के आधार पर इन तीनों पर आपराधिक अभियोजन की कार्यवाही की जाये.

अंततः इस आदेश ने अंतर्राष्ट्रीय स्तर पर ध्यान आकर्षित किया और बाद में मानवतावादियों, बुद्धिवादियों, लेखकों और [[भारतीय कम्युनिस्ट पार्टी|कम्युनिस्ट पार्टी]] द्वारा आलोचना किये जाने पर इसे रद्द कर दिया गया।




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