वनों कि कटाई के परिणाम स्वरुप जैव विविधता में कमी आई है। वन क्षेत्रों का विनाश पर्यावरण के अवनमन का कारण बना है जिससे जैव विविधता () कम हो गयी है। वन जैव विविधता को बढ़ावा देते हैं, क्योंकि ये वन्य जीवन () को आवास प्रदान करते हैं; इसके अलावा वन औषधीय संरक्षण () का काम भी करते हैं। नयी दवाओं के अप्रतिस्थापनीय स्रोत होते हुए, वन बायोटोप (जैसे कि टेकसोल ()), वनोन्मूलन अनुत्क्रमणीय रूप से आनुवंशिक भिन्नताओं (जैसे फसल की प्रतिरोधी क्षमता) को नष्ट कर देती है।

चूंकि उष्णकटिबन्धीय वर्षावन धरती पर सबसे अधिक विविधता से युक्त पारिस्थितिक तंत्र () हैं, और लगभग दुनिया की ज्ञात ८० प्रतिशत जैव विविधता () उष्ण कटिबन्धीय वर्षा वनों में पाई जाती है। जंगलों के महत्वपूर्ण क्षेत्रों के विनाश के फल स्वरुप वातावरण की गुणवत्ता () में कमी आई है और जैव विविधता भी कम हो गयी है।

विलुप्त होने की प्रक्रिया की वैज्ञानिक समझ, जैव विविधता पर वनोन्मूलन के प्रभावों को समझने के लिए पर्याप्त नहीं है। वानिकी से सम्बन्धित जैव विविधता के अधिकांश अनुमान प्रजाति क्षेत्र नमूनों पर आधारित हैं, जिसमें एक धारणा अन्तरनिहित है कि जैसे जैसे वनों में कमी आएगी, प्रजातियों की विविधता भी कम हो जायेगी. हालांकि, कई ऐसे कई नमूने गलत साबित हुए हैं और आवास की कमी आवश्यक रूप से बड़े पैमाने पर प्रजातियों की क्षति के लिए उत्तरदायी नहीं है। प्रजाति क्षेत्र नमूने उन प्रजातियों की संख्या का अनुमान लगाते हैं जो लुप्त होने की कगार पर हैं, उन क्षेत्रों में वास्तव में वनोन्मूलन जारी है। ये इस प्रकार की व्यापक प्रजातियों की संख्या का भी अनुमान लगाते हैं।

ऐसा अनुमान लगाया गया है कि हम वर्षावनोन्मूलन के कारण प्रति दिन १३७ पोधों, जंतुओं और कीडों की प्रजातियों को खो रहे हैं, यह आंकडा ५०,००० प्रजाति प्रति वर्ष के बराबर है। अन्य कहते हैं कि उष्ण कटिबन्धीय वनोन्मूलन के कारण होलोसीन द्रव्य विलोपन () जारी है वनोन्मूलन की दरों से ज्ञात विलोपन की दरें बहुत कम हैं, लगभग १ प्रजाति प्रति वर्ष स्तनधारियों और पक्षियों से है जबकि सभी प्रजातियों के लिए लगभग २३००० प्रजाति प्रति वर्ष है। भविष्यवाणी है कि दक्षिण पूर्व एशिया () में जंतु और पादप प्रजातियों के ४० प्रतिशत से ज्यादा २१ वीं सदीं में विलुप्त हो जायेंगे. ऐसे अनुमानों के साथ १९९५ के आंकडों के द्वारा प्रश्न उत्पन्न हुए हैं, जो दर्शाते हैं कि दक्षिण पूर्व एशिया के भीतर अधिकांश मूल जंगल एक विशिष्ट वनस्पति में बदल गए हैं, लेकिन विलुप्त होने की कगार पर खड़ी संभावी प्रजातियाँ संख्या में बहुत कम हैं और वृक्ष फ्लोरा व्यापक और स्थिर बना हुआ है।

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