फ्रांसिस जेवियर (Francis Xavier) ने मई 1546 में पुर्तगाली राजा को गोवा के इंक्विज़िशन के लिए मूल अनुरोध भेजा था। जेवियर के अनुरोध से तीन साल पहले, पुर्तगाल के भारतीय उपनिवेशों में अधिग्रहण शुरू करने की अपील विकर जनरल मिगुएल वाज़ (Vicar General Miguel Vaz) द्वारा भेजी गई थी। इंडो-पुर्तगाली इतिहासकार टोटोनियो आर डी सूजा के अनुसार, मूल अनुरोधों के निशाने पर "मूर" (मुस्लिम), नए ईसाई और हिंदू थे, और इसने गोवा को कैथोलिक पुर्तगालियों द्वारा संचालित उत्पीड़न नरक बना डाला। 

1567 में जेसुइट्स और चर्च के गोवा के प्रांतीय काउंसिल की मांगों के तहत पुर्तगाली औपनिवेशिक प्रशासन ने हिंदू-विरोधी कानूनों को लागू किया। इसके पीछे दो मक़सद थे, पहला- हर उस चीज़ पर अंकुश लगाना था, जो कैथोलिकों को विधर्मी आचरण लगती थी, और दूसरा ईसाई धर्म के लिए धर्मांतरण को प्रोत्साहित करना। नए कानून के मुताबिक़ ईसाई अब हिन्दुओं को काम पर नहीं रख सकते थे, और हिंदुओं की सार्वजनिक पूजा को गैरकानूनी क़रार दिया गया। हिन्दुओं को ज़बरन ईसाई धर्म के सिद्धांत या और धर्म की आलोचना सुनने के लिए समय-समय पर चर्चों में इकट्ठा होने के लिए मजबूर किया जाता था। संस्कृत, मराठी और कोंकणी हिंदू पुस्तकों को इंक्विज़िशन द्वारा जला दिया गया था। इसने हिंदू पुजारियों को हिंदू शादियों के लिए गोवा में प्रवेश करने पर भी रोक लगा दी। नियम तोड़ने पर गैर-कैथोलिकों को जुर्माना, सार्वजनिक दंड, मोज़ाम्बिक में निर्वासन, कारावास, निष्पादन, "ऑटो-दा-फ़े" पर पुर्तगाली ईसाई अभियोजन पक्ष के आदेशों के तहत काठ पर जला देने जैसे दंडों का प्रावधान था। गिरफ्तारी करने में मनमानी चलती थी, आयुक्त के ख़िलाफ़ गवाही देने वालों का नाम गुप्त रखा जाता था, आयुक्त की संपत्ति तुरंत ज़ब्त कर ली जाती, गुनाह क़बूलने के लिए उन्हें तरह-तरह से तड़पाया जाता और यातनाएं दी जाती थीं, और क़बूलनामा वापस लेने को बेईमानी क़रार दिया जाता, झूठा स्वीकारोक्ति की पुनरावृत्ति को बेईमान चरित्र का सबूत माना गया था, और जारी प्रक्रिया के बारे में चुप्पी की शपथ लेना आवश्यक थी- यदि वे अपने अनुभवों के बारे में किसी से बात करते तो उन्हें फिर से गिरफ्तार कर लिया जाता। 

इंक्विज़िशन की यातनाओं के कारण पहले हिंदुओं और बाद में ईसाइयों और मुसलमानों को बड़ी संख्या में गोवा से भागकर ऐसे गोवा से आसपास के उन क्षेत्रों में शरण लेने के लिए मजबूर होना पड़ा जो जेसुइट्स और पुर्तगाली भारत के नियंत्रण में नहीं थे। अपने मंदिरों के विध्वंस के चलते हिंदू अपने पुराने मंदिरों के खंडहरों से मूर्तियों को निकालकर और पुर्तगाली नियंत्रित क्षेत्रों की सीमाओं के बाहर नए मंदिरों का निर्माण करके उन्हें वहाँ पुनर्स्थापित करते। गोवा की आज़ादी के बाद, कुछ मामलों में जहां पुर्तगालियों ने नष्ट किए गए मंदिरों के स्थान पर चर्चों का निर्माण किया था, हिंदुओं ने वार्षिक जुलूस शुरू किए, जहाँ वे अपने देवी-देवताओं को ले जाते, और अपने नए मंदिरों को उस स्थान से जोड़कर देखते जहां अब चर्च खड़े हैं। 

भारत में इंक्विज़िशन का आरंभ
कार्यान्वयन और परिणाम
कोंकणी भाषा का दमन
इंक्विज़िशन पर कुछ विचार