क्लार्क ने 2002 के आम चुनाव में एक दूसरा कार्यकाल जीता-पार्टी ने अपने वोटों की संख्या और सीटों की संख्या दोनों में वृद्धि की। बाद में लेबर ने जिम एंडर्टन की प्रोग्रेसिव पार्टी (अलायंस ऑफ एलायंस) के साथ गठबंधन किया, जिसमें संसदीय विश्वास और संयुक्त भविष्य से आने वाली आपूर्ति और ग्रीन पार्टी के साथ एक अच्छा विश्वास समझौता था। माइकल कुलेन , जिन्होंने वित्त मंत्री के रूप में कार्य किया, उन्हें क्लार्क द्वारा उप प्रधानमंत्री नियुक्त किया गया, जो एंडर्टन की जगह ले रहे थे। 

एक रिपब्लिकन , क्लार्क ने 2002 में कहा कि उन्हें लगा कि यह अपरिहार्य है कि न्यूजीलैंड निकट भविष्य में एक गणतंत्र बन जाएगा। कार्यालय में उनके कार्यकाल में इस दिशा में कई कथित चालें देखी गईं, अपनी सरकार की राष्ट्रीय पहचान बनाने की नीति के तहत। उदाहरणों में लंदन में प्रिवी काउंसिल के लिए अपीलों का उन्मूलन और न्यूजीलैंड के सुप्रीम कोर्ट की नींव, टाइटैनिक नाइटहुड और डेमहुड सम्मानों का उन्मूलन (2009 में बहाल), और शीर्षक "क्वीनस काउंसिल " (द्वारा प्रतिस्थापित) " वरिष्ठ वकील ", 2012 में बहाल)। 

2003 में, क्लार्क ने एक स्पष्ट संयुक्त राष्ट्र जनादेश के बिना इराक पर आक्रमण की आलोचना की, और उसकी सरकार ने इराक युद्ध में न्यूजीलैंड की सैन्य कार्रवाई का विरोध किया। उसकी सरकार ने इराक में युद्ध सैनिकों को नहीं भेजा, हालांकि कुछ चिकित्सा और इंजीनियरिंग इकाइयों को भेजा गया था। क्लार्क की विदेश नीति ने उदारवादी अंतर्राष्ट्रीयता की प्राथमिकताओं को प्रतिबिंबित किया, विशेष रूप से लोकतंत्र और मानव अधिकारों को बढ़ावा देने के लिए; संयुक्त राष्ट्र की भूमिका की मजबूती; रोगाणुरोधी और निरस्त्रीकरण की उन्नति; और मुक्त-व्यापार को प्रोत्साहन। मार्च 2003 में, इराक में अमेरिका के नेतृत्व वाले गठबंधन के कार्यों का जिक्र करते हुए, क्लार्क ने समाचार पत्र "द संडे स्टार-टाइम्स" को "बताया" कि, "मुझे नहीं लगता कि 11 सितंबर को एक गोर राष्ट्रपति के तहत इराक के लिए यह परिणाम होगा।" बाद में उसने वाशिंगटन को एक पत्र भेजकर किसी भी अपराध के लिए माफी मांगी जो उसकी टिप्पणी का कारण हो सकता है। 

17 जुलाई 2004 को, पुलिस, डिप्लोमैटिक प्रोटेक्शन स्क्वॉड और मिनिस्ट्रियल सर्विसेज के कर्मचारियों की एक मोटरसाइकिल 172 तक पहुंची   किमी / घंटा जब क्लार्क और कैबिनेट मंत्री जिम सटन को वेयिम से क्राइस्टचर्च एयरपोर्ट ले जा रही थी ताकि वह वेलिंगटन में एक रग्बी यूनियन मैच में भाग ले सकें। बाद में अदालतों ने ड्राइविंग अपराध में शामिल ड्राइवरों को दोषी ठहराया, लेकिन अपील के परिणामस्वरूप दिसंबर 2005 और अगस्त 2006 में इन सजाओं को रद्द कर दिया गया। क्लार्क ने कहा कि वह पिछली सीट पर काम करने में व्यस्त थीं और गति बढ़ाने के निर्णय में उनका कोई प्रभाव या भूमिका नहीं थी और उन्हें अपने वाहन की गति का एहसास नहीं था। 

नवंबर 2004 में, क्लार्क ने घोषणा की कि चीन के साथ वार्ता मुक्त व्यापार समझौते के लिए शुरू हुई थी, अंततः जुलाई 2008 में एक व्यापक समझौते पर हस्ताक्षर किए। यह ऑस्ट्रेलिया के साथ 1983 के क्लोजर इकोनॉमिक रिलेशंस समझौते के बाद न्यूजीलैंड का सबसे बड़ा व्यापार सौदा था।

पहला कार्यकाल: 1999-2002
दूसरा कार्यकाल: 2002-2005
तीसरा कार्यकाल: 2005-2008
संयुक्त राष्ट्र महासचिव का चयन