रुसी हत्यारे किरिल की गोली से घायल (पहले की फिल्म "दी बॉर्न सुप्रीमेसी " में) जेसन बॉर्न मॉस्को पुलिस से बचते हुए छुप जाता है। छह सप्ताह बाद "'दी गार्जियन" ' का संवाददाता सिमोन रॉस, बॉर्न तथा ऑपेरशन ट्रीडस्टोन पर चर्चा करने के लिए किसी से मुलाकात करता है। बॉर्न पेरिस जाकर मैरी के भाई मार्टिन (डेनियल ब्र्युल) को बताता है कि वह मर चुकी है। सीआईए रॉस द्वारा सेल फोन पर "ऑपरेशन ब्लैकब्रायर" का ज़िक्र करने के बाद उसका पीछा करना शुरू करती है। यह पता चलने के बाद कि लंदन के गार्जियन अखबार का रिपोर्टर रॉस (पैडी कौंसिडाइन) ऑपरेशन ट्रीडस्टोन की जांच कर रहा है, बॉर्न लंदन जाकर उससे संपर्क करता है और वाटरलू स्टेशन पर मिलने के लिए कहता है, लेकिन उसे पता चल जाता है कि सीआईए रॉस का पीछा कर रही है। बॉर्न, रॉस की सीआईए से बचने में मदद करता है लेकिन वह बॉर्न के निर्देशों की अनदेखी करने के कारण ब्लैकब्रायर हत्यारे पाज़ की गोलियों का शिकार बन जाता है, जिसे यह निर्देश ऑपरेशन ब्लैकब्रायर के डाइरेक्टर नो़या वोसेन ने दिया था। छह हफ्ते पहले बॉर्न की खोज करने में असफल रहने वाली पामेला लैंडी को, एक सीसीटीवी कैमरे में बॉर्न के दिखाई पड़ने के बाद वोसेन की मदद करने के लिए भेजा जाता है। रॉस के नोट्स की छानबीन करने के बाद वे समझ जाते हैं कि उसे अपनी जानकारी नील डेनियल्स से मिली है जो मैड्रिड में सीआईए स्टेशन चीफ है और पूर्व में ऑपरेशन ट्रीडस्टोन में शामिल रहने के साथ ही ब्लैकब्रायर में भी सक्रिय रूप से शामिल है। रॉस के मरने के बाद उसके बैग की सहायता से बॉर्न उसके मैड्रिड ऑफिस पहुँचता है लेकिन उसे वहां कोई नहीं मिलता। बॉर्न, वोसेन तथा लैंडी द्वारा भेजी गयी सीआईए की एक टीम का सफाया कर देता है और उसके बाद निकी पार्सन्स वहां पहुँचती है। वह बॉर्न की मदद करने का फैसला करती है और बताती है कि डेनियल्स टेनजियर भाग गया है और सीआईए की एक अन्य टीम से बचने में उसकी सहायता करती है। ऐसा दर्शाया गया है कि बॉर्न की याददाश्त खोने से पहले उसका तथा पार्सन्स का गहरा और संभवतः रोमांटिक रिश्ता था।

टेनजियर पहुंचने पर पार्सन्स डेनियल्स का पता लगाने की कोशिश करती है लेकिन सफल नहीं होती है और उसे पता लगता है कि ब्लैकब्रायर के "एसेट" डेश बुक्सानी को डेनियल्स को खतम करने का काम सौंपा गया है। वोसेन को पता लग जाता है कि पार्सन्स ने डेनियल्स की जानकारी लेने के लिए लॉगिन किया है और वह डेश को पार्सन्स तथा बॉर्न के पीछे लगा देता है, हालाँकि लैंडी इस फैसले से असहमत थी। बॉर्न डेश का पीछा करते हुए डेनियल्स तक पहुँचने में सफल हो जाता है, लेकिन पहले से लगाये गए एक बम से उसकी मौत को रोक नहीं पाता है। इससे पहले कि डेश पार्सन्स को मारे, बॉर्न एक भीषण लड़ाई में उसे मार गिराता है। उसके बाद बॉर्न पार्सन्स को छुपने के लिए भेज देता है। बॉर्न डेनियल्स के जले हुए ब्रीफकेस की सामग्री की छानबीन करता है जिसमे उसे न्यू यॉर्क सिटी में अति गोपनीय सीआईए ब्यूरो का पता मिलता है जहाँ से वोसेन ऑपरेशन ब्लैकब्रायर को नियंत्रित कर रहा है। बॉर्न न्यूयॉर्क सिटी पहुँचता है; लैंडी को बॉर्न का एक फोन कॉल मिलता है ("दी बॉर्न सुप्रीमेसी" के अंतिम सीन में भी ऐसा ही दिखाया गया है) जिसे वोसेन ने पहले से ही टैप किया हुआ है। लैंडी ने बॉर्न द्वारा भेजे गए टेप के लिए उसका धन्यवाद किया जिसमे ट्रीडस्टोन के भूतपूर्व डाइरेक्टर वार्ड एबट की काली करतूतें के बारे में दिखाया गया है; वह उसे बताती है कि उसका असली नाम डेविड वेब है और उसकी जन्मतिथि 4/15/71 है। लैंडी से बात करते समय बॉर्न ने देखा कि वोसेन अत्यंत वर्गीकृत सामग्री को अपने ऑफिस के एक सेफ में रख रहा है। बॉर्न ने लैंडी से कहा कि तुम "कुछ आराम कर लो" क्योंकि तुम "थकी हुई" लग रही हो, वोसेन और लैंडी दोनों समझ गए कि इसका अर्थ है बॉर्न उन्हें देख रहा है। वोसेन ने बॉर्न द्वारा लैंडी को भेजे गए एक टेक्स्ट संदेश को पढ़ लिया जिसमे बॉर्न ने मिलने के एक स्थान का जिक्र किया था। उसके बाद वोसेन बॉर्न को पकड़ने के लिए एक टीम के साथ अपने ऑफिस से निकल गया। बॉर्न ने वोसेन के ऑफिस में घुसकर वर्गीकृत ब्लैकब्रायर दस्तावेजों को चुरा लिया। वोसेन ने पाज़ को बॉर्न के पीछे लगाया, अंततः एक कार चेज में दोनों का सामना हुआ जिसमे पाज़ ने बॉर्न को अपने द्वारा चुराई गयी पुलिस कार को पत्थर के एक डिवाइडर से टकराने के लिए मजबूर कर दिया। बॉर्न ने बाहर निकलकर अपनी बंदूक को पाज़ के ऊपर तान दिया लेकिन फिर उसे छोड़ दिया और 415 ईस्ट 71स्ट् स्ट्रीट में आगे बढ़ गया, जिसका पता लैंडी द्वारा बताई गयी उसकी गलत जन्मतिथि से उसे मिला था। वोसेन ने भी लैंडी के कोड को समझ लिया और ट्रीडस्टोन के बिहेवियर मॉडिफिकेशन प्रोग्राम (व्यवहार संशोधन कार्यक्रम) को चलाने वाले डॉक्टर एल्बर्ट हिर्श को चेता दिया कि बॉर्न आ रहा है।

बिल्डिंग पहुँचने पर लैंडी की मुलाकात बॉर्न से होती है जहाँ बॉर्न उसको ब्लैकब्रायर की फाइलें देने के बाद अंदर चला जाता है। लैंडी उन फाइलों को एक अज्ञात रिसीवर के पास फैक्स करती है और आखिरी पन्ने के सफलतापूर्वक भेजे जाने के बाद वोसेन को इसका पता चलता है। एक उपरी हिस्से में हिर्श के साथ बॉर्न का सामना होता है और हिर्श की मदद से बॉर्न को याद पड़ता है कि इस प्रोग्राम में वह स्वेच्छा से शामिल हुआ था। तब उसने कहा कि वह अब जेसन बॉर्न नहीं रह गया है और पीछा करने वाली एक सीआईए टीम से बचने के लिए छत पर चला जाता है। छत पर उसका सामना पाज़ से होता है जो उससे पूछता है कि उसने उसे जिन्दा क्यों छोड़ दिया। बॉर्न पाज़ से पूछता है कि क्या उसे पता भी है कि उसे उसको मारने के लिए क्यों भेजा गया है और अपने द्वारा मारे गए एक ट्रीडस्टोन एसेसिन ("बॉर्न आइडेंटिटी" में) के अंतिम शब्दों को दोहराता है: "हमारी तरफ देखो. देखो कि वे तुमसे क्या मांग रहे हैं।" पाज़ अपनी बंदूक नीचे कर लेता है और बॉर्न छत से नीचे ईस्ट रिवर में कूदने के लिए दौड़ता है, लेकिन उसी समय वोसेन आ जाता है और बॉर्न पर गोली चला देता है। कुछ समय बाद, पार्सन्स को ऑपरेशन ब्लैकब्रायर का खुलासा करने वाली एक टीवी खबर देखते हुए दिखाया जाता है; इसमें हिर्श और वोसेन की गिरफ़्तारी तथा सीआईए के डाइरेक्टर एजरा क्रेमर की आपराधिक जांच के बारे में भी बताया गया है; और साथ ही यह भी बताया गया है कि कथित तौर पर डेविड वेब (उर्फ जेसन बॉर्न) को गोली लगी है और वह ईस्ट रिवर में गिर गया है। यह सुनकर कि तीन दिन तक खोजने के बाद भी उसका शरीर नहीं मिला, पार्सन्स मुस्कराती है; गिरने के बाद बॉर्न को पानी के अंदर तैरते हुए दिखाया जाता है।


सीक्वेल
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कथानक
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