1980 से यह संगठन गैर इस्लामिक देशो के विरुद्ध अपने कुछ सदस्य देशो द्वारा फायदा उठाये जाने के कारण विवादित रहा है 1990 के दशक के अंत में इंडोनेशिया (पूर्वी तिमोर की स्वाधीनता के लिये) और अफगानिस्तान के संघर्ष ओआईसी की वार्तओं में उभरकर सामने आये। बढ़ता धार्मिक उग्रवाद ओआईसी की चिन्ता का एक अन्य विषय है।
कैसब्लांका (मोरक्को) शिखर सम्मेलन, 1994 में इस्लामी
उग्रवादी गुटों की गतिविधियों को समाप्त करने तथा
विश्व में इस्लाम की हिंसात्मक होने की गलत छवि को मिटने के लिए अंतर्राष्ट्रीय उग्रवाद से लड़ने के लिये आचार संहिता को अपनाया गया। 1995 में अपनी 25वीं वर्षगांठ के अवसर पर ओआईसी ने संयुक्त राष्ट्र संघ और अन्य
मध्यस्थ अंतरराष्ट्रीय संस्थाओं में अधिक सहभागिता के
माध्यम से अंतरराष्ट्रीय विवादों को सुलझाने में इस्लामी देशों के लिये अधिक भूमिका की इच्छा व्यक्त की।

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