1993 और 1996 के बीच एफबीआई ने न्यूयॉर्क में 1993 में वर्ल्ड ट्रेड सेंटर की पहली बमबारी और 1995 में न्यूयॉर्क और ओकलाहोमा सिटी की बमबारी और 1996 में उनाबॉम्बर की गिरफ्तारी के आलोक में अपनी आतंकवाद-निरोधक भूमिका में वृद्धि की. तकनीकी खोज और एफबीआई प्रयोगशाला के विश्लेषकों की कार्यकुशलता ने यह सुनिश्चित करने में मदद की कि इनमें से सभी तीन मामलों में सफलतापूर्वक मुकदमा चलाया गया था लेकिन इस दौरान एफबीआई को जनता के कड़े विरोध का भी सामना करना पड़ा जो आज भी इसे परेशान करती है। 1990 के दशक की शुरुआत और अंत में रूबी रिज और वाको की घटनाओं में एफबीआई की भूमिका ने हत्याओं पर भारी बखेड़ा खड़ा कर दिया. अटलांटा, जॉर्जिया में आयोजित 1996 के ग्रीष्मकालीन ओलंपिक्स के दौरान भी सेंटेनियल ओलंपिक पार्क की बमबारी की जाँच में एफबीआई की भूमिका के लिए इसकी आलोचना की गयी। इसने रिचर्ड जेवेल के साथ, जो आयोजन स्थल पर कुछ मीडिया संस्थानों के साथ एक निजी सुरक्षा गार्ड था, जाँच के दौरान उसके नाम को लीक करने के संदर्भ में एक विवाद का निपटारा किया था। कांग्रेस द्वारा "कम्युनिकेशन एसिस्टेंस फॉर लॉ एन्फोर्समेंट एक्ट" (सीएएलईए, 1994), "हेल्थ इंश्योरेंस पोर्टेबिलिटी एंड एकाउंटेबिलिटी एक्ट" (एचआईपीएए, 1996) और "इकोनोमिक एस्पियोनेज एक्ट" (ईईए, 1996) को पारित किये जाने के बाद एफबीआई ने मुकदमे का पालन किया और 1998 में ठीक उसी तरह अपना तकनीकी उन्नयन किया जैसा इसने 1991 में सीएआरटी (कार्ट) के साथ किया था। इंटरनेट से संबंधित समस्याओं, जैसे कि कंप्यूटर वायरसों, वर्म्स और अन्य मैलिसियस प्रोग्राम, जो अमेरिका में कहर बरपा सकते थे, इनसे निबटने के लिए कंप्यूटर इन्वेस्टिगेशंस एंड इंफ्रास्ट्रक्चर थ्रेट एसेसमेंट सेंटर (सीआईटीएसी) और नेशनल इंफ्रास्ट्रक्चर प्रोटेक्शन सेंटर (एनआईपीसी) का गठन किया गया था। इन सुधारों के साथ एफबीआई ने दूरसंचार प्रगति द्वारा उन समस्याओं की प्रकृति में किये गए बदलावों को अपनाकर सार्वजनिक सुरक्षा और राष्ट्रीय सुरक्षा जाँच में अपनी इलेक्ट्रॉनिक निगरानी क्षमता बढ़ा ली थी।

मीडिया में चित्रण
1990 के दशक में उल्लेखनीय प्रयास
भारतीय आरक्षण
यूनिफॉर्म क्राइम रिपोर्ट