अधिक आम तौर पर अमेरिकी मूल-निवासियों को इन्डियन्स या अमेरिकन इन्डियन्स के रूप में जाना जाता है और उन्हें अमेरिकी आदिवासियों, अमेरिन्डियन्स, अमेरिन्ड्स, कलर्ड, पहले अमेरिकियों, इन्डियन मूल-निवासियों, मूल-निवासी लोगों, मूल अमेरिकियों, रेड इन्डियन्स, रेडस्किन्स या रेड मेन के नाम से जाना जाता रहा है। 
संयुक्त राज्य अमेरिका में विद्वानों द्वारा पुराने "इन्डियन" शब्द के बजाय "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द का प्रयोग मूलतः अमेरिका के मूल-निवासियों व भारत के लोगों के बीच अंतर करने और उन नकारात्मक रूढ़िवादियों से बचने के लिए किया गया था, जो कि "इन्डियन" शब्द से जुड़े माने जाते थे। शैक्षणिक समूहों में इस नई शब्दावली को अपना लिए जाने के कारण, कुछ विद्वानों का विश्वास है कि "इन्डियन्स" को अप्रचलित या आक्रामक मान लिया जाना चाहिये. हालांकि अनेक वास्तविक अमेरिकी मूल-निवासी लोग "अमेरिकन इन्डियन्स" कहलाना पसंद करते हैं। साथ ही, कुछ लोग इस बात का उल्लेख करते हैं कि संयुक्त राज्य अमेरिका में जन्मा कोई भी व्यक्ति, तकनीकी रूप से, अमेरिकी मूल का ही व्यक्ति होता है और इस बात का कि जिन विद्वानों ने पहले-पहल "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द को प्रचारित किया, उन्होंने भ्रमवश "मूल-निवासी (native)" शब्द को "देशज (indigenous)" के अर्थ में लिया। भारत से आए लोग (और उनके वंशज) जो संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक हैं, उन्हें "इन्डियन अमेरिकन्स" या "एशियन इन्डियन्स" कहा जाता है। 
हालांकि, नवनिर्मित प्रयोग "अमेरिकी मूल-निवासी" की आलोचना की शुरुआत विविध स्रोतों से हुई. अनेक अमेरिकन इन्डियन्स के मन में "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द को लेकर संदेह है। रसेल मीन्स, एक अमेरिकन इन्डियन कार्यकर्ता, "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द के विरोधक हैं क्योंकि उनका मानना है कि यह शब्द सरकार द्वारा अमेरिकन इन्डियन्स की सहमति के बिना थोपा गया था। उन्होंने यह तर्क भी दिया है कि इन्डियन शब्द का यह प्रयोग इन्डिया शब्द के साथ भ्रम के कारण नहीं, बल्कि स्पेनी भाषा के वाक्य "एन डियो (En Dio)", जिसका अर्थ है "ईश्वर में", से उत्पन्न हुआ है। इसके अलावा कुछ अमेरिकन इन्डियन्स "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द पर प्रश्न-चिह्न लगाते हैं क्योंकि उनका तर्क है कि यह वर्तमान में "इन्डियन्स" को प्रभावी रूप से दूर हटाकर अतीत में अमेरिकन इन्डियन्स के साथ किये गए अन्याय के संदर्भ में "श्वेत अमेरिका" की अंतरात्मा को राहत प्रदान करता है। अभी भी अन्य लोगों (इन्डियन्स और गैर-इन्डियन्स दोनों) यह तर्क देते हैं कि "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द समस्यामूलक है क्योंकि "के मूल-निवासी" का अर्थ होता है "में जन्मे", अतः अमेरिका में जन्मे किसी भी व्यक्ति को "मूल-निवासी" माना जा सकता है। हालांकि, अक्सर संयुक्त शब्द "अमेरिकी मूल-निवासी (Native American)" को अंग्रेज़ी भाषा में लिखते समय बड़े अक्षरों में लिखा जाता है, ताकि इसके अभीष्ट अर्थ को अन्य अर्थों से अलग पहचाना जा सके. इसी तरह जब अभीष्ट अर्थ केवल जन्म के स्थान या मूल-स्थान को सूचित करना हो, तो शब्द "मूल-निवासी" (छोटे 'n' के साथ लिखा native शब्द) को "जन्म से मूल-निवासी (native-born)" जैसे नि्रूपणों द्वारा और स्पष्ट किया जा सकता है। 

सन 1995 में यू.एस. सेन्सस ब्यूरो द्वारा किये गए एक सर्वेक्षण में यह पाया गया कि संयुक्त राज्य अमेरिका में रहने वाले अमेरिकी मूल-निवासियों में से अधिकांश लोग "अमेरिकी मूल-निवासी" के बजाय "अमेरिकन इन्डियन" कहलाना ज्यादा पसंद करते थे। बहरहाल, अधिकांश अमेरिकन इन्डियन लोग "इन्डियन", "अमेरिकन इन्डियन" या "नेटिव अमेरिकन" के साथ सहज महसूस करते हैं और अक्सर इन शब्दों का प्रयोग एक-दूसरे के स्थान पर किया जाता है। परंपरागत शब्द नैशनल म्यूज़ियम ऑफ द अमेरिकन इन्डियन के लिए चुने गए नाम में भी प्रतिबिम्बित होता है, जिसका शुभारंभ सन 2004 में वॉशिंगटन डी.सी. के मॉल में हुआ।

हाल ही में, यू.एस.सेन्सस ब्यूरो ने अस्पष्टता से बचने के लिए "एशियन-इन्डियन" श्रेणी की शुरूआत की है। 

अर्थव्यवस्था
संयुक्त राज्य अमेरिका में आम उपयोग
संयुक्त राष्ट्र के मानवाधिकारों से अमेरिकी मूल-निवासियों का बहिष्करण
यूरोपीय अन्वेषण और उपनिवेशीकरण