2002 में, वह भारत लौट आए और एक वर्ष के लिए मोहन बागान के लिए खेले। हालांकि, वह काफी हद तक असफल रहे क्योंकि भूटिया मौसम की शुरुआत में घायल हो गए थे और उस सीजन में फिर से खेलने में नाकाम रहे, जिससे उन्होंने मोहन बागान की एकमात्र ट्रॉफी (ऑल एयरलाइंस गोल्ड कप) जीत में शामिल होने का मौक़ा गँवा दिया। इसके बाद, वह फिर से ईस्ट बंगाल क्लब लौट आए, जिससे ईस्ट बंगाल क्लब को आसियान क्लब चैम्पियनशिप जीतने में मदद मिली। भूटिया ने फाइनल में एक गोल दागा, और उनकी टीम की टीरो सासन पर 3-1 से जीत हुई, और उन्हें "मैन ऑफ द मैच" का ख़िताब मिला। उन्होंने चैंपियनशिप में नौ गोल करके शीर्ष स्कोरर का ख़िताब अपने नाम कर लिया। भूटिया ने पेट्रोकीमिया पुत्र के ख़िलाफ़ 1-1 से ड्रॉ मैच में भी गोल किया और इसी टूर्नामेंट में फिलीपीन आर्मी के ख़िलाफ़ 6-0 से जीत दर्ज की जिसमें से पाँच गोल उनके थे।

उन्होंने अगस्त से अक्टूबर 2003 तक पेराक एफए के साथ बँटइयाँ पे चले गए और नियमित सीज़न के लिए ईस्ट बंगाल क्लब लौट आए। हालांकि, पेराक एफए में उनका कार्यकाल का अंत मलेशिया कप के सेमीफाइनल में सबा एफए से 3-1 से हार के साथ हुआ। 2003-04 के सत्र में, भूटिया ने 12 गोल किए और ईस्ट बंगाल ने दूसरे स्थान पर रहे डेम्पो पर चार अंकों की बढ़त के साथ लीग जीती। 2004-05 के सीज़न के दौरान, भूटिया ने ईस्ट बंगाल के लिए 9 गोल किए, जो एससी गोवा और चैंपियन डेम्पो के पीछे तीसरे स्थान पर रहे। 2005-06 के सीजन के अंत तक उन्होंने पूर्वी बंगाल के लिए खेलना जारी रखा। अपने अंतिम सत्र में उन्हें अखिल भारतीय फुटबॉल महासंघ (एआईएफएफ) ने एक सत्र में "नेशनल फुटबॉल लीग का प्लेयर" से सम्मानित किया, जिसमें उन्होंने 12 गोल किए। इसके बावजूद, ईस्ट बंगाल लीग में उपविजेता ही रहे।

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