पूर्व-राजवंशीय और आरंभिक राजवंशीय समय, मिस्र की जलवायु आज की अपेक्षा बहुत कम शुष्क थी। मिस्र के विशाल क्षेत्र सवाना वृक्षों से भरे हुए थे और वहाँ चरने वाले अन्गुलेट के झुंडों का विचरण हुआ करता था। पर्ण और जीव सभी परिप्रदेश में अधिक उर्वर थे और नील नदी क्षेत्र ने जलपक्षी की बड़ी आबादी की मदद की. मिश्र के लोगों के बीच शिकार आम रहा होगा और शायद इसी समय कई पशुओं को पालतू बनाया गया होगा.
5500 ई.पू. तक, नील नदी घाटी में रहने वाली छोटी जनजातियाँ संस्कृतियों की एक श्रृंखला में विकसित हुईं, जो उनके कृषि और पशुपालन पर नियंत्रण से पता चलता है और उनके मिट्टी के पात्र और व्यक्तिगत वस्तुएं जैसे कंघी, कंगन और मोतियों से उन्हें पहचाना जा सकता है। ऊपरी मिस्र की इन आरंभिक संस्कृतियों में सबसे विशाल, बदारी को इसकी उच्च गुणवत्ता वाले चीनी मिट्टी की वस्तुओं, पत्थर के उपकरण और तांबे के उनके उपयोग के लिए जाना जाता है।

उत्तरी मिस्र में बदारी के बाद अमरेशन और गर्जियन संस्कृतियां आई जिन्होंने कई बेहतर तकनीकों को प्रदर्शित किया। गर्जियन समय में, प्रारम्भिक सबूत कनान और बिब्लोस तट के साथ संपर्क होने को सिद्ध करते हैं।

दक्षिणी मिस्र में, बदारी के समान ही नाकाडा संस्कृति का, 4000 ई.पू. के आस-पास नील नदी के किनारे विस्तार शुरू हुआ। नकाडा I अवधि के समय से ही पूर्व-राजवंशीय मिस्र, इथियोपिया से ओब्सीडियन का आयात करता था, जिसका प्रयोग चिंगारी से ब्लेड और अन्य वस्तुओं को आकार देने में किया जाता था। लगभग 1000 वर्ष की अवधि के दौरान, नाकाडा संस्कृति, चंद छोटे कृषक समुदाय से विकसित होकर एक शक्तिशाली सभ्यता में तब्दील हो गई जिसके नेताओं का जनता और नील नदी घाटी के संसाधनों पर पूरा नियंत्रण था। सत्ता के केन्द्र की स्थापना पहले हीराकोनपोलिस और फिर बाद में अबिडोस में करते हुए, नाकाडा III के शासकों ने मिस्र के अपने नियंत्रण को नील नदी के उत्तर की ओर विस्तार किया। उन्होंने दक्षिण में नूबिया के साथ भी कारोबार किया, पश्चिम में पश्चिमी रेगिस्तान के ओअसेस् से और पूर्व में पूर्वी भूमध्य सागर की संस्कृतियों के साथ.

नाकाडा संस्कृति ने भौतिक वस्तुओं का विविधता के साथ उत्पादन किया, जो कुलीन वर्ग की बढ़ती ताकत और संपत्ति को प्रतिबिंबित करता है, जिसमें शामिल थे चित्रित मिट्टी के बर्तन, उच्च गुणवत्ता वाले पत्थर के सजावटी गुलदस्ते, कॉस्मेटिक पट्टियां और सोने के गहने, लापीस और हाथी-दांत. उन्होंने एक सेरामिक ग्लेज़ भी विकसित किया जिसे फाएंस के रूप में जाना जाता है, जिसका रोमन काल में कप, ताबीज और मूर्तियों को सजाने में काफी इस्तेमाल होता था। पूर्व-राजवंशीय काल के अंतिम चरण के दौरान, नाकाडा संस्कृति ने लिखित प्रतीकों का उपयोग करना शुरू किया जो अंततः प्राचीन मिस्र की भाषा लिखने के लिए हीएरोग्लिफ्स की एक पूरी प्रणाली में विकसित हो गया।

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