जीन वर्गनिर्धारण जीन क्रमीकरण और सीरोवर्गनिर्धारण से अलग होता है। 
इस तरीके से डीएनए (DNA) के भिन्न प्रकार वाले क्षेत्र के लिये खास पीसीआर प्राइमरों (एसएसपी (SSP)-पीसीआर (PCR)) का प्रयोग किया जाता है, यदि सही आकार का उत्पादन उपलब्ध होता है, तो यह समझा जाता है कि एचएलए (HLA) युग्मविकल्पी की पहचान हो गई है। नए जीन क्रमों के कारण अकसर बढ़ती हुई अस्पष्टता देखी जाती है। चूंकि जीन वर्गनिर्धारण एसएसपी (SSP)-पीसीआर (PCR) पर आधारित होता है, इसलिये यह संभव है कि नए प्रकार, विशेषकर वर्ग I और डीआरबी1 (DRB1) स्थल ध्यान में आने से रह जाएं. 

नैदानिक स्थिति में एसएसपी (SSP)-पीसीआर (PCR) अकसर एचएलए (HLA) समलक्षणियों को पहचानने के काम में लाया जाता है। किसी भी व्यक्ति के लिये विस्तारित फीनोलक्षणी का एक उदाहरण निम्न हो सकता है: 

ए (A)*0101/*0301, 
सीडब्लू (Cw)*0701/*0702, 
बी (B)*0702/*0801, 
डीआरबी1 (DRB1)*0301/*1501,
डीक्यूए1 (DQA1)*0501/*0102, डीक्यूबी (DQB1)*0201/*0602

यह सामान्यतः विस्तारित सीरोवर्ग के समान होता है:
ए (A)1, ए (A)3, बी (B)7, बी (B)8, डीआर (DR)3, डीआर (DR)15(2), डीक्यू (DQ)2, डीक्यू (DQ)6(1)

कई आबादियों जैसे जापानी या यूरोपियन आबादियों के लिये इतने रोगियों का वर्गनिर्धारण किया जा चुका है कि नए युग्मविकल्पी अपेक्षाकृत नगण्य हैं और इस तरह युग्मविकल्पियों के समाधान के लिये एसएसपी-पीसीआर (SSP-PCR) पर्याप्त है। हैप्लोवर्ग परिवार के सदस्यों का वर्गनिर्धारण कर के प्राप्त किये जा सकते हैं। विश्व के उन भागों में जहां एसएसपी-पीसीआर (SSP-PCR) युग्मविकल्पियों को पहचानने में असमर्थ होता है, वहां वर्गनिर्धारण के लिये नए युग्मविकल्पियों के क्रमीकरण की जरूरत पड़ती है। विश्व के ऐसे इलाके जहां एसएसपी-पीसीआर (SSP-PCR) या सीरोवर्गनिर्धारण अपर्याप्त हो सकता है, उनमें केंद्रीय अफ्रीका, पूर्वी अफ्रीका, दक्षिणी अफ्रीका के कुछ भाग, अरेबिया और द.ईरान, पाकिस्तान और भारत शामिल हैं। 

प्रतिरक्षक
विविधजन्यता
समलक्षणीनिर्धारण
नामावली