सक्रिय निर्देशिका "साइटों" के निर्माण का भी समर्थन करती है, जो तार्किक होने के बजाय भौतिक समूह होते हैं जो एक या एक से अधिक आईपी (IP) सब-नेटों द्वारा परिभाषित होते हैं। साइट, निम्न-गति (जैसे वैन (WAN), वीपीएन (VPN)) और उच्च-गति (जैसे लैन (LAN)) कनेक्शनों से जुड़े स्थानों के मध्य अंतर स्थापित करते हैं। साइट, डोमेन और ओयू (OU) संरचना से अलग होते हैं और सम्पूर्ण वन (फ़ॉरेस्ट) में एक जैसे होते हैं। साइटों को प्रतिकृति द्वारा उत्पन्न नेटवर्क यातायात को नियंत्रित करने के लिए और निकटतम डोमेन नियंत्रकों के ग्राहकों को संदर्भित करने के लिए भी प्रयोग किया जाता है। एक्सचेंज 2007 भी मेल अनुमार्गन के लिए साइट सांस्थिति का प्रयोग करता है। नीतियों को भी साइट के स्तर पर लागू किया जा सकता है। 

एक या एक से अधिक डोमेन और शीर्ष-स्तरीय ओयूएस (OUs) के एक पदानुक्रम में संगठन के सूचना अवसंरचना का वास्तविक विभाजन एक महत्वपूर्ण निर्णय है। सामान्य मॉडल व्यावसायिक इकाई द्वारा, भौगोलिक स्थान द्वारा, IT सेवा द्वारा, या ऑब्जेक्ट प्रकार द्वारा होते हैं। इन मॉडलों को अक्सर संयोजन में भी प्रयोग किया जाता है। ओयूएस (OUs) को पहले क्रियान्वयनिक समर्पण को सुविधाजनक बनाने के लिए और उसके बाद समूह नीति के अनुप्रयोग को सुविधाजनक बनाने के लिए संरचित किया जाना चाहिए. यद्यपि ओयूएस (OUs) एक क्रियान्वयनिक सीमा का निर्माण करता है, लेकिन एकमात्र सटीक सुरक्षा सीमा स्वयं वन है और वन में किसी भी डोमेन के एक व्यवस्थापक को वन में सम्पूर्ण सभी डोमेनों में न्यास किया जाना चाहिए.

भौतिक दृष्टि से सक्रिय निर्देशिका सूचना, एनटी (NT) पीडीसी (PDC)/बीडीसी (BDC) मॉडल की जगह एक या एक से अधिक समान सहकर्मी डोमेन नियंत्रकों (डीसीएस (DCs)) पर स्थित होती है। प्रत्येक डीसी (DC) में सक्रिय निर्देशिका की एक प्रति होती है; जो "बहु-विशारद प्रतिकृति" द्वारा सभी डीसी (DC) कम्प्यूटरों के मध्य संकालित (अभिसरित) होकर एक कम्प्यूटर पर परिवर्तित हो जाती है। जो सर्वर सक्रिय निर्देशिका में शामिल होते हैं जो डोमेन नियंत्रक नहीं हैं, उन सर्वरों को सदस्य सर्वर कहते हैं।

सक्रिय निर्देशिका का डाटाबेस विभिन्न भंडार-गृहों या "विभाजनों" में विभक्त होता है। माइक्रोसॉफ्ट (Microsoft) अक्सर इन विभाजनों को "नामकरण वाले सन्दर्भों" के रूप में सदर्भित करता हैं। 'स्कीमा' विभाजनों में वन के भीतर के ऑब्जेक्ट वर्गों और ऐट्रिब्यूटों की परिभाषा होती है। 'विन्यास' विभाजन में वन की भौतिक संरचना और विन्यास की सूचना होती है (जैसे साइट सांस्थिति). 'डोमेन' विभाजन में उस डोमेन में निर्मित सभी ऑब्जेक्ट स्थित होते हैं। प्रथम दो विभाजन वन (फ़ॉरेस्ट) में सभी डोमेन नियंत्रकों की आवृत्ति करते हैं। डोमेन विभाजन केवल डोमेन नियंत्रकों को इसके डोमेनों में आवृत्ति करता है। डोमेन विभाजन में ऑब्जेक्टों के एक सब-सेट की भी डोमेन नियंत्रकों में आवृत्ति की जाती है जो वैश्विक सूची के रूप में विन्यस्त होते हैं।

विन्डोज़ (Windows) के उन संस्करणों से अलग जो संवाद करने के लिए नेटबायोस (NetBIOS) का इस्तेमाल करते थे, सक्रिय निर्देशिका पूरी तरह से डीएनएस (DNS) और टीसीपी (TCP)/आईपी (IP) के साथ एकीकृत होती है — वास्तव में डीएनएस (DNS) "आवश्यक" है। पूरी तरह से क्रियाशील होने के लिए डीएनएस (DNS) सर्वर एसआरवी (SRV) संसाधन रिकॉर्ड या सेवा रिकॉर्ड का अवश्य समर्थन करना चाहिए.

सक्रिय निर्देशिका की प्रतिकृति 'पुश' की अपेक्षा 'पुल' है। "ज्ञान स्थिरता परीक्षक" (केसीसी (KCC)) यातायात का प्रबंधन करने के लिए परिभाषित "साइटों" का उपयोग करके "साइट कड़ियों" की एक प्रतिकृति सांस्थिति का निर्माण करता है। इंट्रासाइट प्रतिकृति, परिवर्तन अधिसूचना के परिणामस्वरूप नियमित और स्वचालित होती है जो सहकर्मियों को एक पुल प्रतिकृति चक्र शुरू करने के लिए उकसाती है। इंटरसाइट प्रतिकृति अंतराल, अपेक्षाकृत कम नियमित होते हैं और डिफ़ॉल्ट रूप में परिवर्तन अधिसूचना का प्रयोग नहीं करते हैं, यद्यपि यह विन्यास योग्य है और इसे इंट्रासाइट प्रतिकृति के समान बना सकते हैं। प्रत्येक कड़ी (जैसे - डीएस3 (DS3), टी1 (T1), आइएसडीएन (ISDN) इत्यादि) को एक अलग 'लागत' दे सकते हैं और साइट कड़ी की सांस्थिति को केसीसी (KCC) द्वारा तदनुसार बदला जा सकता है। यदि लागत कम हो तो एक समान प्रोटोकॉल वाले "साइट कड़ी पुलों" पर कई साइट कड़ियों के माध्यम से संक्रामक रूप से डोमेन नियंत्रकों के मध्य प्रतिकृति हो सकती है, यद्यपि केसीसी (KCC) अपने आप ही संक्रामक कनेक्शनों से कम प्रत्यक्ष साइट-दर-साइट कड़ी की लागत निर्धारित कर सकता है। प्रत्येक साइट में एक "ब्रिजहेड सर्वर" के मध्य स्थापित करने के लिए साइट-दर-साइट प्रतिकृति को विन्यस्त किया जा सकता है, जो उसके बाद साइट के भीतर अन्य डीसीएस (DCs) में परिवर्तन की आवृत्ति करती है।

बहु-डोमेन वन (फ़ॉरेस्ट) में सक्रिय निर्देशिका डाटाबेस विभाजित हो जाती है। अर्थात्, प्रत्येक डोमेन केवल उन्हीं ऑब्जेक्टों की सूची का अनुरक्षण करता है जो उस डोमेन से सम्बन्ध रखते हो. इसलिए, उदाहरण के तौर पर, डोमेन ए में निर्मित एक प्रयोक्ता को केवल डोमेन ए के डोमेन नियंत्रकों में ही सूचीबद्ध किया जाएगा. वैश्विक सूची (जीसी (GC)) सर्वरों को वन (फ़ॉरेस्ट) में सभी ऑब्जेक्टों की एक वैश्विक सूची प्रदान करने के लिए प्रयोग किया जाता है। वैश्विक सूची, वैश्विक सूची सर्वरों के रूप में विन्यस्त डोमेन नियंत्रकों में स्थापित होते हैं। वैश्विक सूची सर्वर, सभी डोमेनों के सभी ऑब्जेक्टों को स्वयं प्रतिकृत करते हैं और इस तरह वन के ऑब्जेक्टों की एक वैश्विक सूची प्रदान करते हैं। हालांकि, प्रतिकृति यातायात को कम करने और जीसी (GC) के डाटाबेस को छोटा रखने के उद्देश्य से प्रत्येक ऑब्जेक्ट के केवल चयनित ऐट्रिब्यूटों को प्रतिकृत किया जाता है। इसे आंशिक ऐट्रिब्यूट सेट (पीएएस (PAS)) कहते हैं। पीएएस (PAS) को स्कीमा को संशोधित करके और जीसी (GC) की प्रतिकृति के ऐट्रिब्यूटों को अंकित करके संशोधित कर सकते हैं।

सक्रिय निर्देशिका की प्रतिकृति दूरस्थ प्रक्रिया कॉल (IP (आईपी) पर आरपीसी (RPC) [आरपीसी (RPC)/IP (आईपी)]) का उपयोग करती है। साइटों के बीच आप प्रतिकृति के लिए एसएमटीपी (SMTP) को प्रयुक्त करने का, लेकिन केवल स्कीमा या विन्यास में परिवर्तन के लिए, चयन भी कर सकते हैं। डोमेन विभाजन को प्रतिकृत करने के लिए एसएमटीपी (SMTP) का प्रयोग नहीं किया जा सकता है। दूसरे शब्दों में, यदि एक डोमेन एक वैन (WAN) कनेक्शन के दोनों ओर मौजूद है, तो आपको पुनरावृत्ति के लिए आरपीसी (RPC) का ही प्रयोग करना चाहिए.

विन्डोज़ 2000 (Windows 2000) सर्वर में, सक्रिय निर्देशिका डाटाबेस, "डायरेक्टरी स्टोर" जेट (JET) ब्लू-आधारित एक्स्टेंसिबल स्टोरेज इंजन (ईएसई98 (ESE98)) का प्रयोग करता है जो डोमेन नियंत्रक के प्रत्येक डाटाबेस में 16 टेराबाइट और 1 बिलियन ऑब्जेक्ट तक सीमित होता है। माइक्रोसॉफ्ट (Microsoft) ने 2 बिलियन से भी अधिक ऑब्जेक्ट युक्त एनटीडीएस (एनटीडीएस (NTDS)) डाटाबेसों का निर्माण किया है। एनटी4 (NT4) का सुरक्षा खाता प्रबंधक 40,000 से अधिक ऑब्जेक्टों का समर्थन नहीं कर सकता). जिसे एनटीडीएस.डीआईटी (NTDS.DIT) कहते हैं उनमें दो तालिकाएं: "डाटा तालिका" और "कड़ी तालिका" हैं। सुरक्षा विवरणक एकल दृष्टान्त के लिए विन्डोज़ सर्वर 2003 (Windows Server 2003) में एक तीसरी मुख्य तालिका को जोड़ा गया।

एक्सचेंज जैसे एक संगठन में कई विन्डोज़ (Windows) सेवाओं के लिए सक्रिय निर्देशिका एक आवश्यक घटक है।

साइटें
एफएसएमओ (FSMO) की भूमिकाएं
ऑब्जेक्ट्स
प्रदर्शन को बेहतर बनाने के लिए संरचनात्मक विभाजन