कभी शिवसेना के भावी नेता के रूप में देखे जानेवाले ठाकरे ने महाराष्ट्र में बाल ठाकरे की शिवसेना पार्टी के साथ अपना राजनीतिक जीवन शुरू कर दिया। 'कथित तौर पर बाल ठाकरे के बेटे उद्धव ठाकरे द्वारा दरकिनार किये जाने पर 9 मार्च 2006 को राज ठाकरे ने महाराष्ट्र नवनिर्माण सेना (एम एन एस) का गठन किया। शिवसैनिकों (शिवसेना के सदस्य), जिन्होंने राज के चचेरे भाई उद्धव ठाकरे (बाल ठाकरे के बेटे) के खिलाफ उनके नेतृत्व का समर्थन किया था, एम एन एस में शामिल हो गए। पार्टी ने स्थानीय मराठी भाषी ("मराठी मानुष") के हित में एक छद्म विचारधारा को स्थापित किया। इसकी स्थापना के बाद से पार्टी द्वारा महाराष्ट्र में उत्तर भारतीयों पर राजनीतिक और शारीरिक तौर पर हमले किये गए। राज ने खुले तौर पर पर्यावरण के समर्थन में पुणे के विभिन्न पहाड़ी क्षेत्रों में नए शहरी विकास कार्यक्रमों की आलोचना की। 2003 में राज ने पूरे महाराष्ट्र में 76 लाख पेड़ लगाने की एक परियोजना शुरू की, लेकिन इसे कभी नहीं पूरा किया गया। 2009 में हुए चुनाव में उनकी पार्टी ने शिवसेना के बहुत बड़े मराठी वोटों को निगल लिया, इससे कांग्रेस - एन सी पी गठबंधन सत्ता में आई।

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