उदर में संसाधित किए जाने के बाद भोजन जठरनिर्गमीय संकोची पेशी से होकर छोटी आंत में भेज दिया जाता है। दूधिया काइम के पाचनान्त्र में प्रवेश करने के बाद पाचन और अवशोषण प्रक्रियाओं का एक बड़ा भाग यहीं पर संपन्न होता है। यहां उसे तीन अलग अलग द्रवों से मिलाया जाता है: 

जब छोटी आंत में पीएच (pH) स्तर बदलता है और धीरे-धीरे समाक्षारीय हो जाता है, तो और अधिक एंजाइम सक्रिय हो जाते हैं जो रासायनिक रूप से विभिन्न पोषक तत्वों को और छोटे अणुओं में विभाजित कर देते हैं ताकि वे रक्तवाहिकीय या लसीकीय तंत्रों में अवशोषित किए जा सकें. विली नामक छोटी, उंगली जैसी संरचनाएं, जिनमें से प्रत्येक माइक्रोविली नामक और भी छोटी, बालों जैसी संरचनाओं से घिरी होती है, आंत का सतही क्षेत्रफल बढ़ा कर और पोषक तत्वों के अवशोषित होने की गति बढ़ा कर पोषक तत्वों के अवशोषण को बेहतर बनाती हैं। अवशोषित पोषक तत्वों से भरा रक्त हेपाटिक पोर्टल शिरा से होकर छोटी आंत से बाहर ले जाया जाता है और यकृत में पहुंचाया जाता है जहां उसे छाना जाता है, उसमें से टॉक्सिन निकाले जाते हैं और पोषक तत्वों को संसाधित किया जाता है। 

छोटी आंत और पाचक प्रणाली का शेष भाग क्रमाकुंचन करता है जिससे भोजन को उदर से मलाशय तक ले जाया जाता है और भोजन को पाचक रसों से मिला कर अवशोषित किया जाता है। वृत्ताकार और लंबवत मांसपेशियां परस्पर विरोधी होती है, जब एक सिकुड़ती है तो दूसरी शिथिल हो जाती है। जब वृत्ताकार मांसपेशियां सिकुड़ती हैं, तो कोटर और अधिक संकरा और लंबा हो जाता है और इससे भोजन को दबा कर आगे की ओर धकेल दिया जाता है। जब लंबवत मांसपेशियां सिकुडती हैं, तो वृत्ताकार मांसपेशियां शिथिल हो जाती हैं और आहार नली और अधिक चौड़ी और छोटी होकर भोजन को प्रवेश करने में सहायक होती है। manusyo me choti aant ki lambai 7mitar hoti hai

चैनल परिवहन प्रणाली
छोटी आंत
चतुर्थ आमाशय
बड़ी आंत