 प्रभाकरन की निजी जिन्दगी के बारे में उनके साक्षात्कारों या मीडिया स्रोतों के द्वारा बहुत कम जानकारी प्राप्त है, पर सब लोग इतना तो जानते हैं कि उनकी शादी मथिवाथानी एराम्बू से 1 अक्टूबर 1984 को हुई थी।[77] [78] उनकी एक बेटी (दुवारागा) थी और दो बेटे थे, चार्ल्स एंथोनी और बालाचंद्रन. उनके ठिकाने के बारे में कुछ भी पता नहीं है पर इतना जानते हैं कि वे श्रीलंका में नहीं थे।[79] [80] हालांकि, श्रीलंका सेना के सूत्रों का कहना है कि उन्होंने चार्ल्स एंथोनी की लाश बरामद की है।[82] एक वरिष्ठ श्रीलंकाई मंत्री ने जानकारी दी कि श्रीलंका की सेना को प्रभाकरन के बेटे बालाचंद्रन 13, पत्नी मथिवाथानी, उनकी बेटी, दुवारागा की लाशें भी मिली थीं।[84] हालांकि, सेना के प्रवक्ता उदय नानायाक्कारा ने बताया कि प्रभाकरन के परिवार के बाकी सदस्यों के बारे में कोई जानकारी नहीं है। उन्होंने कहा कि, "हमें न ही उनके शरीर मिले हैं और न ही उनके बारे में कोई जानकारी मिली है।"[86] फिर भी, ऐसा सुनने में आया है कि प्रभाकरन का पूरा परिवार मिटा दिया गया है, मधिवाधान्य, दुवारागा और बालाचंद्रन के लाश कथित रूप से जंगली झाडियों में लगभग 600 मीटर की दूरी पर रास्ते में, प्रभाकरन के शव के पास पायीं गयीं। 

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