एक शावक के रूप मे एलेक्स शेर "अलैके" कहलाता था और झुण्ड के मुखिया शेर जुबा का पुत्र था। यद्यपि जुबा अलैके को शिकार करना सिखाना चाहता है, शावक की दिलचस्पी नृत्य में अधिक है और एक दिन जब, जुबा का प्रतिद्वंद्वी, माकुंगा जुबा को झुण्ड के मुखिया की गद्दी के लिए लड़ने को ललकारता है, तब अवैध शिकारियों द्वारा एलेक्स को पकड़ लिया जाता है। एलेक्स को एक बक्से में जबरन बंद किया जाता है और जुबा के उसको बचाने के प्रयासों के बावजूद उसे दूर ले जाया जाता है। बक्सा समुद्र में गिर जाता है जहां से बह कर यह न्यूयॉर्क पहुंच जाता है। वहां एलैके का नाम एलेक्स रखा जाता है तथा उसे सेन्ट्रल पार्क जू में भेज दिया जाता है, जहां वह मार्टी, मेलमन तथा ग्लोरिया से मिलकर बड़ा होता है। इसके बाद पहली फिल्म की घटनाएं, नई झलकियों की एक श्रृंखला के माध्यम से वर्णित की जाती हैं।

वर्तमान समय में, मुख्य पात्र वापस न्यूयॉर्क की ओर उड़ान भरने के लिए एक मरम्मत किए हुए जहाज पर सवार हैं। विमान उड़ान भरता है, लेकिन आपात स्थिति में उसे अफ्रीका महाद्वीप में उतरना पड़ता है। अफ्रीका में जानवर अपने जैसे और जानवरों को पाकर चकित हैं। एलेक्स का जुबा और अपनी मां के साथ पुनर्मिलन होता है। मार्टी ज़ेबरा के झुंड के बिलकुल अनुरूप है, जिसमें सब उसके जैसे दिखते हैं और बिलकुल उस की तरह बोलते हैं। रोगभ्रमी मेलमन एक ओझा बन जाता है। ग्लोरिया, एक मीठी बातें करने वाले, मोटो मोटो नामक हिप्पो का ध्यान आकर्षित करती है।

इस बीच, पेंगुइन विमान की मरम्मत करना शुरु कर देते हैं। वे "ऑपरेशन टूरिस्ट ट्रैप के अधीन पर्यटकों को जंगल में फंसे छोड़कर अनेक जीपों का अपहरण कर लेती हैं। पिछली फिल्म में एलेक्स की पिटाई करने वाली कठोर वृद्धा, नाना इस समूह की जिम्मेदारी संभालती है।

दुर्भाग्य से, अफ्रीका में जीवन उतना अद्भुत नहीं है जितना पहली बार में लगा था। माकुंगा अभी भी झुंड के मुखिया शेर का स्थान लेने के लिए दृढ़ संकल्प है। वह जुबा को याद दिलाता है कि एलेक्स को पारंपरिक वयस्कता चुनौती पूर्ण करनी चाहिये जो उसने अभी तक पूर्ण नहीं की है। एलेक्स, यह सोचकर कि चुनौती एक नृत्य प्रतियोगिता होगी (यह वास्तव में एक लड़ाई है) सबसे मजबूत शेर, तीत्सी (जिसकी सिफारिश माकुंगा ने की थी) से मुकाबला करता है और जल्दी हार जाता है। असफल होने पर पुत्र के निर्वासन से बचने के लिए, जुबा अपना झुंड के मुखिया शेर का पद त्याग देता है। माकुंगा तुरंत उसका स्थान ले लेता है और एलेक्स तथा उसके परिवार को निकाल देता है। इस बीच मार्टी परेशान रहने लगता है क्योंकि वहां उसके लिए कुछ भी अनूठा नहीं है। मेलमन तब तक खुश है जब तक उसे यह पता नहीं चलता कि असके भी वही लक्षण हैं, जिनके कारण पिछले ओझा की मृत्यु हुई थी। ग्लोरिया की मोटो मोटो के साथ मित्रता के संबंध में मेलमन असहाय है, क्योंकि वह लंबे समय से उससे मन ही मन प्रेम करता रहा है। ग्लोरिया मोटो मोटो के साथ डेट पर चली जाती है और उसे जल्दी ही पता चल जाता है कि वह केवल उसके बड़े शरीर के कारण उसे प्यार करता है।

अगले दिन, जब पानी का स्रोत सूख जाता है तो जानवरों में दहशत फैल जाती है। आरंभिक असफलता की पूर्ति के लिए दृढ़ संकल्प, एलेक्स और मार्टी उस अभयारण्य को छोड़ कर नया स्थान खोजते हैं। उन्हें पता चलता है कि नाना के निदेशानुसार फंसे हुए न्यूयॉर्क वासियों नें नदी को अवरुद्ध कर दिया है और वहां एक कच्ची बस्ती बसा ली है। एलेक्स के एक जाल में पकड़े जाने पर, मार्टी उसे छोड़ कर सहायता की तलाश करने को मजबूर होता है। इस बीच, जुबा को माकुंगा से पता चलता है कि एलेक्स ने क्या किया है और वह उसकी सहायता के लिए जाता है।

पीछे अभयारण्य में, राजा जूलियन सलाह देता है कि जल देवताओं को मनाने के लिए जानवर माउंट किलिमंजारो ज्वालामुखी में एक बलि दें. यह मानते हुए कि वह शीघ्र ही मरने वाला है, मेलमन स्वेच्छा से बलि चढ़ने को तैयार हो जाता है। ग्लोरिया उसे समय पर रोक देती है और मार्टी आकर उन्हें एलेक्स के बारे में बताता है। ये तीनों, पेंगुइन और कई चिम्पैंजी नये तैयार हुए विमान का उपयोग करके एक बचाव अभियान क्रियान्वित करते हैं।

हालांकि, एलेक्स पहले ही न्यूयॉर्क वासियों, जिन्हें वह चिड़ियाघर से ही अच्छी तरह से याद है, के लिए नृत्य करके खुद को और अपने पिता को बचाने में कामयाब रहता है। अन्य जानवर आकर उन्हें अपने साथ विमान (हैलीकॉप्टर के रूप में पुनराभिकल्पित) में ले जाते हैं, सभी मिल कर बांध को नष्ट कर के जल को मुक्त कर देते हैं।

इस बीच, पीछे ज्वालामुखी पर, जंगल में एक शार्क के द्वारा पीछा किये जाने के कारण मॉर्ट ऊपर जा रहा है। शार्क ज्वालामुखी में गिर जाती है, बलिदान पूर्ण होता है (मौरिस कहते हैं, "मुझे उम्मीद है, देवताओं को समुद्री-भोजन पसंद आएगा.") और राजा जूलियन सोचता है कि "वह" पानी वापस लाया है।

जब स्रोत जल से भर जाता है, माकुंगा गुस्से में नियंत्रण का मुद्दा उठाता है। हालांकि, एलेक्स नाना को माकुंगा पर हमले के लिए बहकाकर, माकुंगा को सत्ता से हटाने में कामयाब हो जाता है। जुबा झुंड के मुखिया का पद एलेक्स को दे देता है, लेकिन एलेक्स मना कर देता है, परिणामस्वरूप पिता-पुत्र दोनों सह-नेता बन जाते हैं।

फिल्म के अंतिम दृश्य में, स्किपर वर्षा-नृत्य करने वाली संग्रहणीय मैदानी गुड़िया के साथ विवाह कर के चिम्पैंजी, लीमर और एक टब भर कर हीरे व सोना साथ लेकर, हनीमून मनाने हेतु मोंटे कार्लो के लिए रवाना हो जाता है और एसेक्स, मार्टी, मेलमन तथा ग्लोरिया खुशी-खुशी अफ्रीका में एलेक्स के माता-पिता के पास रह जाते हैं।

क्रिस्टोफर नाइट्स

कथानक
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