मोगादिशू, हिंद महासागर तट पर दक्षिणी सोमालिया के बानादीर प्रशासनिक क्षेत्र में, हॉर्न ऑफ़ अफ्रीका पर स्थित है। शहर को अब्दियाज़िज़, बोंद्रे, दैनिल, धर्केलेली, हमर-जाजाब, हमर-वेने, हलीवा, होदन, हौल-वाडाग, करन, शांगानी, शिबिस, वबरे, वाद्जीर, वर्धलिली और यक्षिद जिलों में विभाजित किया गया है। शहर की प्रशिध्द जगहों में हमरवियन पुराना शहर, बकारा मार्केट और गीज़ारा बीच शामिल हैं। मोगादिशू के रेतीले समुद्र तटों में कई जीवंत प्रवाल भित्तियाँ हैं, और यह कई वर्षों तक पर्यटको को लुभाता रहा हैं।

शेबेल नदी (वेबगा शाबेले) केंद्रीय इथोपिया से उद्गम होता है और दक्षिण-पश्चिमी दिशा बदलने से पहले मोगादिशू के पास हिंद महासागर के 30 किलोमीटर (19 मील) के पहले तक आता है। आमतौर पर यह फरवरी और मार्च के दौरान सूखा रहता है। यह गन्ने, कपास, और केले की खेती के लिए जरूरी पानी उपलब्ध कराता है।
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