सैन होज़े, कैलिफोर्निया के क़ानून के अधीन एक चार्टर शहर है जो इसे चार्टर द्वारा प्रदत्त सीमाओं के भीतर उन स्थानीय अध्यादेशों को अधिनियमित करने की शक्ति प्रदान करता है जिसका शहर की क़ानून के साथ संघर्ष हो सकता है। इस शहर की एक महापौर परिषद् सरकार है जिसके नगर प्रबंधक का नामांकन मेयर (महापौर) और चुनाव नगर परिषद् करती है। 

सैन होज़े सिटी काउंसिल में जिलों द्वारा निर्वाचित दस परिषद् सदस्य और सम्पूर्ण शहर द्वारा निर्वाचित एक मेयर होता है। नगर परिषद् की बैठकों के दौरान, मेयर अध्यक्षता करते हैं। और सभी ग्यारह सदस्य किसी मुद्दे पर मतदान कर सकते हैं। . मेयर के पास कोई वीटो पॉवर (निषेधाधिकार) नहीं होता है। परिषद् सदस्यों और मेयर का निर्वाचन चार वर्ष की अवधि के लिए किया जाता है; सम-संख्यांकित जिला परिषद् सदस्यों के निर्वाचन की शुरुआत 1994 में हुई थी; मेयर और विषम-संख्यांकित जिला परिषद् सदस्यों के निर्वाचन की शुरुआत 1996 में हुई थी। परिषद् सदस्य और मेयर का पद लगातार दो कार्यकाल तक ही सीमित होता है, हालांकि अपनी कार्यकाल की सीमा तक पहुंचने वाले किसी भी परिषद् सदस्य को मेयर और मेयर को परिषद् सदस्य के रूप में निर्वाचित किया जा सकता है। यह परिषद्, परिषद् के चुनाव के बाद वर्ष की दूसरी बैठक में परिषद् के सदस्यों में से एक उप-महापौर (वाइस-मेयर) का निर्वाचन करती है। यह परिषद् सदस्य मेयर की अस्थायी अनुपस्थिति में मेयर के रूप में काम करता है, लेकिन मेयर के इस पद के रिक्त होने की स्थिति में वह इस पद का उत्तराधिकारी नहीं बनता है।

सिटी मैनेजर (नगर प्रबंधक) शहर का मुख्य प्रशासनिक अधिकारी है और नगर परिषद् से अनुमोदन प्राप्त करने के लिए एक वार्षिक बजट प्रस्तुत करना पड़ता है। इस पद के रिक्त होने पर मेयर सिटी मैनेजर के पद के लिए एक उम्मीदवार का नाम प्रस्तावित करता है जो परिषद् के अनुमोदन के अधीन होता है। परिषद् एक अनिश्चित अवधि के लिए मैनेजर (प्रबंधक) की नियुक्ति करती है और किसी भी समय प्रबंधक को उसके पद से हटा सकती है, या नार्वचक-मंडल एक प्रत्याह्वान चुनाव के माध्यम से प्रबंधक को उसके पद से हटा सकते हैं। . परिषद् द्वारा नियुक्त किए जाने वाले अन्य शहरी अधिकारी - सिटी अटॉर्नी, सिटी ऑडिटर (नगर लेखा परीक्षक) और इंडिपेंडेंट पुलिस ऑडिटर (स्वतंत्र पुलिस लेखा परीक्षक) हैं। .राज्य विधानसभा में

सैन फ्रांसिस्को को छोड़कर बाकी सभी कैलिफोर्निया शहरों की तरह शहर की सरकार द्वारा नियंत्रित इकाइयों के स्तरों और सीमाओं का निर्धारण स्थानीय काउंटी के लोकल एजेंसी फॉर्मेशन कमीशन (लाफ्को/LAFCO) द्वारा किया जाता है। लाफ्को (LAFCO) का लक्ष्य अनियंत्रित शहरी फैलाव को रोकना है। सांता क्लारा काउंटी के लाफ्को (LAFCO) ने सैन होज़े के "प्रभाव क्षेत्र" (पृष्ठ के शीर्ष के पास नक़्शे में नीली रेखा द्वारा दर्शाया गया है) की सीमाओं का निर्धारण वास्तविक शहरी सीमा (नक़्शे का पीला क्षेत्र) के एक सुपरसेट और साथ में आसपास के अनिगामित काउंट भूमि के हिस्सों के रूप में किया है, जहां सैन होज़े, उदाहरण के तौर पर, शहर के केंद्र के समीप शहर की वृद्धि को संकेंद्रित करने वाले सीमावर्ती क्षेत्रों के विकास को रोक सकता है। लाफ्को (LAFCO) क्षेत्र के एक सबसेट को एक 'शहरी सेवा क्षेत्र' (नक़्शे में लाल रेखा द्वारा दर्शाया गया है) के रूप में परिभाषित भी करता है और उन क्षेत्रों के विकास को प्रभावशाली ढंग से सीमित करता है जहां शहरी आधारभूत संरचना (नालियां, विद्युत् सेवा, इत्यादि) पहले से ही व्याप्त है। 

सैन होज़े सांता क्लारा काउंटी का काउंटी सीट है। तदनुसार, इस शहर में कई काउंटी सरकारी सुविधाएं उपलब्ध है, जिनमें काउंटी कार्यकारी का कार्यालय, पर्यवेक्षकों का बोर्ड, जिला अटॉर्नी का कार्यालय, सुपीरियर कोर्ट के आठ कोर्टहाउस, शेरिफ का कार्यालय और काउंटी क्लर्क भी शामिल है।

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