शुरुआत में संयुक्त राष्ट्र की रिपोर्ट "लाइवस्टॉक्स लौंग शैडो" जैसी रिपोर्टों से पशुधन क्षेत्र (मुख्य रूप से मवेशी, मुर्गीपालन, तथा सूअर) पर संकट आया, क्योंकि रिपोर्ट के अनुसार यह क्षेत्र सबसे गंभीर पर्यावरणीय समस्याओं के सर्वाधिक बड़े दो या तीन अंशदाताओं में से एक माना गया था। संयुक्त राष्ट्र ने विवादास्पद रूप से अपनी कार्यप्रणाली में वनों की कटाई से उत्पन्न उत्सर्जन को शामिल किया था। 18% आंकड़े के स्थान पर, जो इस क्षेत्र के लिए उत्सर्जन के बड़े अंशदाता के रूप में निर्धारित किया गया है, एक वास्तविक आंकड़ा है, वनों की कटाई दरअसल 12% है. अप्रैल 2008 में [संयुक्त राज्य अमेरिका पर्यावरण संरक्षण एजेंसी] ने संयुक्त राज्य में उत्सर्जन के प्रमुख स्टॉकटेक जारी किये जिसका शीर्षक "इन्वेंटरी ऑफ यूं.एस. ग्रीनहाउस गैस एमिशन्स एंड सिंक्स: 1990-2006" था . 6.1 पर यह पाया गया "2006 में कृषि क्षेत्र 454.1 टेराग्राम्स के समतुल्य (Tg CO Eq.), CO के उत्सर्जन, अथवा संयुक्त राज्य के कुल ग्रीनहाउस गैसों के 6 प्रतिशत का जिम्मेदार पाया गया।" तुलना करने की दृष्टि से, संयुक्त राज्य में कुल उत्सर्जन का 25% परिवहन से प्राप्त होता है।

पशुधन के नीति के केंद्र में रहने का मुद्दा अभी जीवित है, विशेष रूप से नियोट्रॉपिकल क्षेत्रों में वनों की कटाई, भूमि की दुर्दशा, जलवायु परिवर्तन व वायु प्रदूषण, पानी की कमी व जल प्रदूषण तथा जैव विविधता की कमी. होक्केदो स्थित ओबिहिरो यूनिवर्सिटी ऑफ एग्रीकल्चर एंड वेट्रीनरी मेडिसिन के एक शोध दल ने पाया कि पशु के भोजन में सिस्टीन, जो कि एक प्रकार का अमीनो एसिड है, तथा नाइट्रेट शामिल करने से उनके द्वारा पैदा की जाने वाली मीथेन गैस की मात्र में कमी लायी जा सकती है, तथा साथ ही मवेशी की उत्पादकता अथवा मांस व दूध की गुणवत्ता भी प्रभावित नहीं होती. 

वनों की कटाई 
वनों की कटाई कार्बन चक्र (तथा वैश्विक और क्षेत्रीय जलवायु) को प्रभावित करती है और साथ ही कई प्रजातियों के प्राकृतिक निवास की हानि का कारण बनती है। वन, जो कि कार्बन चक्र के लिए सिंक का कार्य करते हैं, कटाई के कारण खोते जा रहे हैं। वनों को या तो काटा जा रहा है अथवा इन्हें जला कर समतल भूमि बनायीं जा रही है, क्षेत्र के लिए आवश्यक समय विस्तृत है। वनों की कटाई से भी खंडन होता है, प्रजातियों के लिए उनका प्राकृतिक निवास खण्डों में मिल पता है। अगर ये खंड दूर और छोटे हों तो जीन प्रवाह कम हो जाता है, प्राकृतिक निवास परिवर्तित हो जाता है, किनारे प्रभावित होते हैं और आक्रामक प्रजातियों के आक्रमण के लिए अवसर अधिक होता है।

भूमि अवनति 
2008 में बोत्सवाना विश्वविद्यालय की शोध में पाया गया कि किसानों के द्वारा सूखे से होने वाले नुकसान की भरपाई के लिए अधिक पशुओं को पाले जाने से पारिस्थितिकी तंत्र अधिक नाज़ुक हो जाता है तथा मवेशियों के चरागाहों को दीर्घावधि की क्षति पहुंचती है, परिणामस्वरुप दुर्लभ जैव ईंधन की क्षति होती है। बोत्सवाना के क्गात्लेंग जिले के अध्ययन से भविष्यवाणी मिलती है कि 2050 तक, जलवायु परिवर्तन के कारण क्षेत्र में मध्यम सूखे का चक्र छोटा होता जायेगा (दो वर्षों के स्थान पर 18 महीने). 

जलवायु परिवर्तन और वायु प्रदूषण 
मीथेन पशुधन खाद से उत्सर्जित गैसों में से एक है; यह लंबी अवधि तक बनी रहती है और एक ग्रीन हाउस गैस है। कार्बन डाइऑक्साइड के पश्चात यह दूसरी सबसे प्रचुर मात्रा में उपलब्ध ग्रीन हाउस गैस है। हालांकि मीथेन कार्बन डाइ ऑक्साइड है कम मात्रा में है, वातावरण को गर्म करने की इसकी क्षमता 25 गुना अधिक है।

पानी की कमी 
पशुधन की खपत के लिए पानी की आवश्यकता होती है परन्तु भोजन के लिए जल ड्रॉप्स की भी आवश्यकता होती है। पशुधन को अक्सर अनाज खिलाया जाता है, जिसमें अमेरिका में उत्पन्न होने वाला 50% अनाज शामिल है साथ ही विश्व भर में होने वाला 40% अनाज भी शामिल है। अनाज तथा अन्य फसलों के उत्पादन के लिए भी जल की अलग-अलग मात्राओं की आवश्यकता होती है, अनाज से उत्पन्न एक किलोग्राम बीफ के लिए 100,000 लीटर जल की आवश्यकता पड़ती है, गेहूं से तुलना करने पर यह मात्रा 900 लीटर होती है।

जल प्रदूषण 
पशुओं के गोबर पर आधारित खादों की सहायता से उगाई जाने वाली फसलें (जैसे अन्न तथा चारा) जिनमें फॉसफोरस तथा नाइट्रोजन होता है, जिनका लगभग 95% वातावरण में नष्ट हो जाता है। तब प्रदूषक तत्व पौधों तथा जलीय जंतुओं के लिए मृत क्षेत्र बना देते हैं क्योंकि पानी में ऑक्सीज़न का आभाव होता है। ऑक्सीजन के आभाव को यूट्रोफिकेशन के नाम से जाना जाता है, जिसमें जल में उपस्थित जीवधारी अत्यधिक बढ़ जाते हैं तथा उसके पश्चात ऑक्सीजन का प्रयोग करते हुए सड़ जाते हैं। इसका सबसे प्रमुख उदाहरण मैक्सिको की खाड़ी है, जहां उर्वरकों में मौजूद पोषक तत्वों के अत्यधिक उपयोग से वे मिसिसिपी नदी से होकर खाड़ी में पहुंच गए तथा वहां बहुत बड़े मृत क्षेत्र बन गए। अन्य प्रदूषक, हालांकि ये अधिक prachlit nahin है, एंटीबायोटिक दवायें तथा हार्मोन हैं। दक्षिणी एशिया में जिन गिद्धों ने पशुधन के मृत शरीरों को खाया, उनकी संख्या 95% तक कम हो गयी और इसका कारण डिक्लोफेनैक नामक एंटीबायोटिक थी।

विकल्प 
ऑस्ट्रेलिया के शोधकर्ताओं ने पशुधन की आंतों में कंगारू में पाया जाने वाला बैक्टीरिया प्रयोग करके उनमें मीथेन को कम करने का प्रयास किया है।

अर्ध शुष्क परिक्षेत्रों में, जैसे संयुक्त राज्य अमेरिका के ग्रेट प्लेन्स, में ऐसी शोध हुई हैं जिनसे यह पता लगता है कि घास के मैदानों के प्राकृतिक आवास को संरक्षित करने में पशुधन उपयोगी हो सकता है। पशुधन प्राकृतिक आवास का निर्माण तथा उनकी को बड़ी प्रजातियों के लिए बनाये रख सकते हैं।

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