अक्टूबर 1947 में रियासत के भारत में प्रवेश के समय थापा ने जम्मू और कश्मीर राज्य बलों में प्रमुख पद पर कब्जा किया था। छठी इन्फैंट्री बटालियन के रूप में, थापा लद्दाख के लेह में तैनात थे। उनके कमांडिंग ऑफिसर कर्नल अब्दुल मजीद गिलगित वज़रात में बुंजी पर स्थित थे, जो कि ब्रिटिश प्रशासन द्वारा रियासत को वापस कर दिया गया था। 30 अक्टूबर को, कर्नल मजीद गवर्नर घनसारा सिंह का समर्थन करने के लिए सेना के साथ गिलगित चले गए, जो वहां स्थित ब्रिटिश-विरोधी गिलगित स्काउट्स की वफादारी से आशंकित थे। दुर्भाग्य से, रेजिमेंट के मुस्लिम अधिकारियों ने कप्तान मिर्ज़ा हसन खान के नेतृत्व में विद्रोह किया और गिलगित स्काउट्स में शामिल हो गए। राज्यपाल घनसारा सिंह को गिरफ्तार कर लिया गया और कर्नल मजीद को भी बंदी बना लिया गया। सेना के हिंदू और सिख सदस्यों का नरसंहार किया गया। लद्दाख के वज़रात में स्कार्डू में भाग जाने के लिए राज्य बलों के पास क्या बचा था। 

स्कार्दू 'तहसील' बाल्तिस्तान का मुख्यालय था, जो कि साल में छह महीने के लिए लद्दाख 'वज़रात' के जिला मुख्यालय के रूप में हो जाता है। यह गिलगित और लेह के बीच एक महत्वपूर्ण पद था और भारतीय सेना ने लेह की रक्षा के लिए स्कार्दू गैरीसन को पकड़ना जरूरी समझा।

मेजर थापा को स्कार्दू में शेष 6 वीं इन्फैंट्री का प्रभार लेने का आदेश दिया गया, और लेफ्टिनेंट कर्नल को पदोन्नत किया गया। वह 23 नवंबर को लेह से निकल गया और 2 दिसंबर तक भारी बर्फ गिरने के कारण स्कार्दू पहुंचा। इससे उन्हें आसन्न हमले से पहले स्कार्दू की रक्षा के लिए तैयारी करने का पर्याप्त समय मिल गया। इस बीच, गिलगित के पाकिस्तानी कमांडर ने गिलगिट स्काउट्स और 6वीं इन्फैंट्री प्रत्येक 400 पुरुषों की तीन सेनाओं में विद्रोह करती है। मेजर एहसान अली द्वारा कमांड किए गए तीनों में से एक "इबेक्स फोर्स" को स्कार्दू को पकड़ने का काम सौंपा गया था। थापा तीस किलोमीटर दूर तसारी पास के दो फ़ॉरवर्ड पोस्ट पर तैनात थे। हालांकि, कैप्टन नेक आलम ने एक प्लाटून की कमान संभाली, विद्रोहियों में शामिल हो गए, और दूसरे पलटन का नरसंहार हो गया। 11 फरवरी 1948 को स्कार्दू पर हमला शुरू हुआ। फरवरी से अगस्त तक छह महीने के लिए, थापा ने हमले को सम्भाले रखा, गोला-बारूद और घटते भोजन को साथ गैरीसन चौकी में रखा। जमीन से सुदृढीकरण " इएन मार्ग " पर घात लगाए हुए थे और हवा द्वारा उच्च पर्वतों और अनिश्चित मौसम स्थितियों के कारण अचूक माना जाता था। एयर ड्रॉप की आपूर्ति के लिए प्रयास किए गए थे, लेकिन बूंद अक्सर गैरीसन के बाहर उतरा। आखिरकार, 14 अगस्त को, थापा ने सभी आपूर्ति समाप्त कर, आक्रमणकारियों के आगे घुटने टेक दिए। युद्ध समाप्त होने के बाद उन्हें कैदी बना लिया गया और उन्हें वापस ले लिया गया। जाहिर तौर पर अन्य सभी लोग स्पष्ट रूप से मारे गए थे। थापा को ऊपरी तौर पर डगलस ग्रेस के साथ अपने पहले के जुड़ाव के कारण बख्शा गया था, जो उस समय पाकिस्तानी सेना के प्रमुख थे।

थापा को महावीर चक्र से सम्मानित किया गया, जो भारत का दूसरा सर्वोच्च वीरता पुरस्कार था। 1957 में उन्हें भारतीय सेना में शामिल किया गया और आखिरकार वे एक ब्रिगेडियर बन गए। वह 18 जून 1960 को सेना से सेवानिवृत्त हो गया। 

सैन्य सजावट
भारत पाक युध्द १९४७
मृत्यु
व्यक्तिगत जीवन