खालिद वर्तमान में आई-लीग में सबसे लंबे समय तक चलने वाला प्रबंधक है। उन्होंने २००९ के बाद से मुम्बई का प्रबंधन किया है।

मुम्बई एफसी ने जोशीमार, चिका वाली और टेयसुक मात्सुगेई में विदेशियों का अधिग्रहण किया। टीम में दाणे परेरा, आशुतोष मेहता, जयेश राणे, जॉन कौटीन्हो, राहुल भाके, कॉलिन अब्रान्चेस, अभिषेक यादव, रोहित मिर्जा, सेलेस्टस पॉल, एलन डायस और परेश शिवलकर जैसे मुम्बई के खिलाडिय़ों का मजबूत आधार था। टीम के कप्तान क्लाइमॅक्स लॉरेंस हैं और उपकप्तान निधीन लाल हैं।

क्लब ने सीज़न की शुरूआत सबसे अच्छी तरह से सभी टीमों को दूर करने और एमडीएफए एलिट लीग में एक अनमोल सीढ़ी बनाने के लिए की। नौ गेम में नौ जीत ने ३७ गोल किए और केवल ४ का ही स्कोर किया। सबसे बड़ी जीत लीग में उनका नवीनतम खेल था जो महाराष्ट्र राज्य पुलिस पर ८-० की जीत थी। जोशीर आठ मैचों में ११ गोल कर चुके हैं जो उन्होंने खेले हैं।

फेडरेशन कप में मुम्बई को गति देने में असफल रहे क्योंकि उन्हें ग्रुप स्टेज में ही बाहर कर दिया गया था। क्लब ग्रुप ए में डेम्पो एससी, ईस्ट बंगाल, स्पोर्टिंग क्लब डे गोवा और रॉयल वहांगडोह के साथ मैदान में थे। सभी समूह स्टेज गेम फाटोर्डा स्टेडियम, गोवा में खेले गए। टीम ने अपने पहले गेम को २-१ से हराया, जो रॉयल वाहाददोह के साथ जोशीमार ने खेल में सांत्वना लक्ष्य बनाये। स्पोर्टिंग गोवा के खिलाफ १-० की जीत में एक एकमात्र समपत कुट्टी मनी का लक्ष्य ने सेमीफाइनल के लिए अर्हता प्राप्त करने के लिए मुम्बई को उम्मीद की चमक दिखायी। ईस्ट बंगाल के खिलाफ अगले मैच में दुर्भाग्य से ०-० की ड्रॉ में समाप्त हो गया। मुम्बई की संभावनाओं को पूरा करने में असमर्थता के कारण उन्हें जीत मिली, हालांकि ड्रॉ ने उन्हें ग्रुप के शीर्ष स्थान पर छोड़ दिया। डेम्पो के खिलाफ आखिरी गेम मुम्बई के लिए २-० की हार में समाप्त हो गया, जिसने फेडरेशन कप से मुम्बई को हरा दिया।

आई-लीग में निराशाजनक फॉर्म जारी रहा, क्योंकि मुम्बई ने लगातार तीन मैचों की सीरीज में हार दर्ज की। कोलकाता में मोहन बागान के खिलाफ ३-१ की हार, शिलोंग लाजोंग के खिलाफ १-० से हार और पुणे के खिलाफ महा डर्बी में ३-२ से हार मिली।

स्पोर्टिंग गोवा के खिलाफ अगले मैच क्लब के लिए एक बड़ा गेम था क्योंकि मुम्बई का घर वापसी था। क्लब पांच साल के अंतराल के बाद कूपरेज फुटबॉल स्टेडियम में अपने घर मैदान पर अपना पहला गेम खेलेंगे। मैच ने ०-० की ड्रॉ में समाप्त कर दिया जिससे मुम्बई को लीग में अपना पहला अंक मिला। कूपरेज के पहले मैच में २,५०० मजबूत भीड़ देखी गईं।

मुम्बई ने कूपरेज में वापस पाने का फायदा उठाया और गोवा के दिग्गज सल्गावकर को ३-० से हराकर दो सीधे घरेलू गेम जीतने के लिए आगे बढ़ गए और फिर २० फरवरी २०१५ को तत्कालीन लीग के नेताओं रॉयल वहांगडोह को २-१ से हराया। मुम्बई एफसी ने आई-लीग के नवागंतुकों को भारत २-० से हराकर अपने पहले गेम को जीतने के लिए आगे बढ़ने का मौका दिया और आई-लीग तालिका में उन्हें चौथे स्थान पर ले लिया। कूपरेज में बेंगलुरू के खिलाफ अगले मैच में १-१ से ड्रॉ का अंत हुआ, जबकि मुम्बई के स्ट्राइकर जोशीमार ने दूसरे मुकाबले में एक अर्धशतक बनाकर मुम्बईकरों के लिए एक अंक बचाया।

खालिद जामिल ने सुनिश्चित किया कि मुम्बई को निर्वासन से बचाया गया क्योंकि वे आई-लीग में ६ वें स्थान पर रहे।

 २०१५-१६ में परिवर्तनों का एक घबराहट देखा गया। खालिद जामिल ने टीम को ताज़ा कर दिया और उनकी पीली सेना ने शीर्ष स्थान खोने से पहले हारने के लिए संघर्ष किया और आखिर में ५ वें स्थान पर समाप्त हो गया, जो अभी भी आई-लीग में मुम्बई की सबसे ऊंची जगह है। 

खालिद जमिल को १५ जून २०१६ को बर्खास्त कर दिया गया था, जिससे उन्हें आई-लीग में सबसे लंबे समय तक चलने वाला प्रबंधक बना दिया गया।

संतोष कश्यप जुलाई २०१६ में, मुम्बई ने रॉयल वहांगडोह और सलगांवकर एफसी के कोच संतोष कश्यप को उनके मुख्य कोच के रूप में हस्ताक्षर किया। बड़े बदलाव करने के बाद मुम्बई ने खेल और टीम के दोनों प्रकार की शैली बनाने के बाद मुम्बई को 'टॉप ३' के लिए लक्ष्य के लिए अपने शुरुआती २ मैच जीते। लेकिन बाद में १२ जीत वाले गेम जिसमें ६ गेम जीत स्टेक और ५-० से डीएसके शिवाजेस शामिल थे, उन्हें बर्खास्त कर दिया गया था। इसने अपने शासनकाल को मुम्बई के इतिहास में सबसे छोटा बनाया।

२००८ – २००९: आई-लीग
खालिद जमील एरा (२००९–२०१६)
आई-लीग द्वितीय डिवीजन
शुरुआत