बैंड के कैरियर के पंद्रह वर्षों में, टूल ने जो कुछ हासिल किया उसका वर्णन करते हुए "रिवॉल्वर" के डैन एप्सटेन ने इसे एक समर्पित "पंथ" का अनुसरण कहा और जिस प्रकार बैंड के अगले एलबम के बारे में जानकारी उभर कर सामने आयी, जैसे कि "लैटरालस" दौरे के साथियों, फैन्टोमास और मेशुगा का प्रभाव, नए टूल के इर्द-गिर्द घूमता विवाद, जो गानों के शीर्षकों को लेकर अटकलें और रिलीज से पहले चोरी-छिपे निकाले गए गानों की अफवाहों के साथ बढ़ता गया। एलबम के संभावित शीर्षकों को लेकर अटकलों का दौर टूल की आधिकारिक वेबसाइट पर एक नयी सामग्री के आने से ख़त्म हो गया, जिसमें यह घोषणा की गयी कि नए एलबम का नाम "10,000" डेज़ था। फिर भी, इन आरोपों के साथ कि "10,000" डेज़ दर्शकों को बेवकूफ़ बनाने के लिए केवल एक झांसा देनेवाला एलबम था जबतक कि इसकी वास्तविक रिलीज का दिन नहीं आ जाता, अटकलों का सिलसिला चलता रहा, जो तब झूठा साबित हो गया जब एलबम की चोरी से निकाली गयी एक प्रति इसकी आधिकारिक रिलीज से एक सप्ताह पहले फ़ाइलशेयरिंग नेटवर्क के जरिये वितरित कर दी गयी।

एलबम का मुखड़ा, "विकैरियस", अमेरिका के रेडियो स्टेशनों पर 17 अप्रैल को दिखाया गया। रिकॉर्ड 2 मई 2006 को अमेरिका में दिखाया गया और विभिन्न अंतरराष्ट्रीय सूचियों में पहले स्थान पर जमकर अपना सफ़र शुरू किया। "10,000 डेज़" ने अपनी शुरुआत के पहले सप्ताह में ही अमेरिका में अपनी 564,000 प्रतियां बेच ली और अपने करीबी प्रतिस्पर्धी, पर्ल जैम के स्वयं-शीर्षक वाले एलबम की बिक्री के दोगुने स्तर को छूकर, "बिलबोर्ड" 200 के चार्ट में नंबर एक पर पहुँच गया। हालांकि, "10,000 डेज़" को इसके पूर्ववर्ती "लैटरालस" की तुलना में आलोचकों द्वारा कम पसंद किया गया।

10,000 डेज़ की रिलीज के बाद, 30 अप्रैल 2006 को एक दौरा कोचेला के लिए रवाना हुआ। दौरे का कार्यक्रम 2001 के "लैटरालस" दौरे जैसा ही था; और सहायक एक्ट थे आयसिस और मैस्टोडन. अगले वर्ष के आरम्भ में, ऑस्ट्रेलिया और न्यूजीलैंड के दौरों के बाद, एक संक्षिप्त विराम के दौरान, अपनी एक महिला मित्र के कुत्ते के साथ खेल-खेल में लड़ते हुए, ड्रमर डैनी केरी के बाजुओं की मछलियों (बाइसेप्स) में खिंचाव आ गया, जिससे उत्तरी अमेरिका में बैंड के आगामी संगीत कार्यक्रमों पर अनिश्चितता के बादल मंडराने लगे. 21 फ़रवरी को केरी का ऑपरेशन हुआ और इसी कारण कई प्रदर्शनों को स्थगित करना पडॉ॰ अप्रैल तक दौरे पर वापस आते हुए, टूल 15 जून को बोन्नारू संगीत महोत्सव में एक सुर्खी बनकर उभरा, जिसमें लैटरालस के रेज़ एगेंस्ट द मशीन के टॉम मोरेलो अथिति भूमिका में सामने आये. इसी बीच, "विकैरियस" सर्वश्रेष्ठ हार्ड रॉक प्रदर्शन के लिए नामित हुआ और "10,000 डेज़" ने 49वें ग्रेमी अवार्ड्स में सर्वश्रेष्ठ रिकॉर्डिंग पॅकेज का पुरस्कार जीता. "विकैरियस" के लिए संगीत वीडियो, 18 दिसम्बर को डीवीडी पर जारी किया गया था।

लाइव कार्यक्रम
संगीत शैली और प्रभाव
संगीत शैली
"10,000 दिन" (2006-2007)