1997 में, मैग्ना कार्टा रिकार्ड के माइक वारने ने पोर्टनॉय को एक एल्बम पर काम करने की खातिर एक प्रगतिशील 'सुपरग्रुप' इकट्ठा करने के लिए आमंत्रित किया, जो ड्रीम थियेटर के सदस्यों के लिए उप-परियोजनाओं की एक लंबी श्रृंखला में पहला बना। गुट में शामिल थे ड्रम पर पोर्टनॉय, गिटार पर पेट्रुकी, बास पर टोनी लेविन और कीबोर्डवादक जॉर्डन रुडेस, जो ड्रेग्स डिक्सी से निकल चुका था। बैंड ने लिक्विड टेंशन एक्सपेरिमेंट नाम ग्रहण किया और एक ऐसे माध्यम के रूप में काम किया जिसके माध्यम से पोर्टनॉय और पेट्रुकी, रुडेस को एक बार फिर ड्रीम थियेटर में शामिल करने के लिए रिझा सकते थे। 1999 में, शेरिनियन की जगह लेते हुए, ड्रीम थियेटर के तीसरे की बोर्ड वादक बनने की पेशकश को उसने स्वीकार कर लिया।

एक नए सदस्य के साथ, अपने अगले एल्बम को लिखने और रिकॉर्ड करने के लिए ड्रीम थियेटर ने एक बार फिर बिअरट्रैक्स स्टूडियो में प्रवेश किया। पोर्टनॉय के एक अल्टीमेटम के परिणामस्वरूप, लेबल ने बैंड को रचनात्मक का पूरा नियंत्रण प्रदान किया। "मेट्रोपोलिस पार्ट 1" का अनुवर्ती, जिसे "फौलिंग इंटू इन्फिनिटी" के सत्रों के दौरान लिखा गया था, (लेकिन उस एल्बम में प्रयोग नहीं किया गया) उस पर दुबारा काम शुरू किया गया। उन्होंने उस 20 मिनट के गाने को एक पूर्ण अवधारणा एल्बम में विस्तारित करने का निर्णय लिया, जिसमें एक कहानी होगी जो पुनर्जन्म, हत्या और विश्वासघात जैसे विषयों के आसपास घूमेगी. प्रशंसकों के आधार से किसी प्रकार की परेशानी से बचने के लिए, लेखन और रिकॉर्डिंग प्रक्रिया को पूरी तरह से गोपनीय रखा गया। एल्बम के जारी होने से पहले जो बातें प्रशंसकों को पता चल सकीं वह थीं, एक ट्रैक सूची जिसे बैंड की इच्छा के खिलाफ लीक किया गया था और रिलीज की एक तारीख. 1999 में, "" को उच्च आलोचनात्मक प्रशंसा के बीच जारी किया गया। इसे कई आलोचकों और प्रशंसकों द्वारा समान रूप से ड्रीम थियेटर के उत्कृष्ट कार्य के रूप माना गया, बावजूद इसके कि यह US एल्बम चार्ट पर सिर्फ #73 पर पहुंच सका। 

एल्बम को डेविड बोट्रिल द्वारा मिक्स किया गया था, लेकिन उसके कुछ ही मिक्स अंतिम एल्बम में जगह बना सके। अधिकांश हिस्से को केविन शर्ली द्वारा रीमिक्स किया गया था। बाकी के मिक्स को बैंड के आधिकारिक बूटलेग, "द मेकिंग ऑफ़ सीन्स फ्रॉम अ मेमोरी" में सुना जा सकता है।

एल्बम को रिकॉर्ड करते हुए एक व्यापक विश्व दौरा शुरू हुआ, जो अब तक का उनका सबसे लम्बा दौरा था जो एक वर्ष से अधिक समय तक चला. उनके कार्यक्रमों ने एलबम के नाटकीय पहलू को प्रतिबिंबित किया। उन्होंने "सीन्स फ्रॉम अ मेमोरी" एल्बम को, शुरू से लेकर अंत तक पेश किया, जहां मंच के पीछे की दीवार पर एक वीडियो स्क्रीन था जो एल्बम की कहानी को साथ-साथ पेश कर रहा था। एल्बम को इसकी संपूर्णता में पेश करने के अलावा, बैंड ने ड्रीम थियेटर गीतों के एक दूसरे सेट को भी प्रस्तुत किया और साथ ही साथ ड्रीम थियेटर के कुछ कवर और पुरानी सामग्री के कुछ नवीन रूपों को भी बजाया. 
न्यूयॉर्क शहर के रोज़लैंड बॉलरूम में एक अतिरिक्त विशेष शो के लिए, कहानी के चरित्रों को निभाने के लिए अभिनेताओं को रखा गया और प्रस्तुति के कुछ हिस्सों में प्रदर्शन करने के लिए, एक गिरजाघर गायक-दल को सूचीबद्ध किया गया।

इस शो को, जो उत्तर अमेरिका में दौरे की अंतिम तिथि थी, बैंड के पहले DVD रिलीज़ के लिए रिकॉर्ड किया गया। कई तकनीकी डेरियों के बाद, शीर्षक वाली DVD को 2001 के शुरू में जारी किया गया। फौरन बाद, बैंड ने घोषणा की कि कार्यक्रम के एक ऑडियो संस्करण को पूरे चार घंटे लम्बे सेट-लिस्ट के साथ (जिनमें से अधिकांश को DVD में जगह बचाने के लिए काटा जाएगा), जारी किया जाएगा.

कार्यक्रम के CD संस्करण के कवर पर, जिसका शीर्षक "लाइव सीन्स फ्रॉम न्यूयॉर्क" था, ड्रीम थियेटर के आरंभिक लोगो को ("इमेजेज़ एंड वर्ड्स" समय का दिल, जिसे जीसस के पवित्र ह्रदय पर दिखाया गया था) संशोधित करके दिल के बजाय एक सेब चित्रित किया गया (जैसा "बिग एप्पल" में है) और साथ में वर्ल्ड ट्रेड सेंटर वाले न्यूयॉर्क शहर के बाह्य रूप को जिसके ऊपर लौ प्रदीप्त है। एक दुर्भाग्यपूर्ण संयोग में, इस एल्बम को उसी दिन जारी किया गया जिस दिन 11 सितम्बर का हमला हुआ। एल्बम को बैंड द्वारा तुरंत वापस खींच लिया गया और फिर बाद में संशोधित कलाकारी के साथ जारी किया गया।

लोगो और कल्पना
पुरस्कार और प्रमाण पत्र
"ट्रेन ऑफ़ थॉट" और "लाइव एट बुडोकन" (2003-2004)
"सीन्स फ्रॉम अ मेमोरी" और "मेट्रोपोलिस 2000" (1999-2001)