ट्विन टावर्स के पतन से उत्पन्न हजारों टन विषाक्त मलबे में ज्ञात कैंसरकारी तत्वों सहित 2,500 से अधिक संदूषक थे। कई लोगों का दावा है कि मलबे से सीधे संपर्क में आने के कारण बचाव और राहत कार्यकर्ताओं में कमजोर कर देने वाली बीमारियां उत्पन्न हुईं। उदाहरण के लिए, 3 सितंबर 2007 को एनवायपीडी (NYPD) अधिकारी फ्रैंक मैक्री की फेफड़ों के कैंसर से, जो उनके पूरे शरीर में फैल चुका था, मृत्यु हो गई। उनके परिवार का दावा है कि दुर्घटना स्थल पर कई-कई घंटे काम करने के कारण उन्हें कैंसर हुआ था और उन्होंने सेवा के दौरान मृत्यु परिलाभ हेतु दावा दायर किया है, जिस पर नगर को निर्णय करना शेष है।

स्वास्थ्य पर प्रभावों का भी लोअर मैनहटन और पास के चाइनाटाउन में कुछ निवासियों, छात्रों तथा कार्यालय कर्चारियों तक प्रसार हुआ है। अनेक मौतों को वर्ल्ड ट्रेड सेंटर के ढहने से उत्पन्न विषैली धूल के साथ जोड़ा गया है तथा पीड़ितों के नाम वर्ल्ड ट्रेड सेंटर स्मारक में शामिल किए जाएंगे. इस प्रकार की वैज्ञानिक अटकलें भी हैं कि वायु में विभिन्न विषैले उत्पादों के संपर्क से भ्रूण विकास पर हानिकारक प्रभाव पड़ सकता है। इस संभावित खतरे के कारण वर्तमान में एक प्रसिद्ध बाल पर्यावरणीय स्वास्थ्य केंद्र उन बच्चों का विश्लेषण कर रहा है, जिनकी माताएं वर्ल्ड ट्रेड सेंटर के ध्वंस के समय गर्भवती थीं तथा वर्ल्ड ट्रेड सेंटर टॉवर्स के पास रहती थीं या कार्य करती थीं। अप्रैल 2010 में जारी किए गए बचाव कार्यकर्ताओं के एक अध्ययन में पाया गया कि जिन कार्यकर्ताओं का अध्ययन किया गया था, उन सभी के फेफड़े दुर्बल हो गए थे और यह कि 30% से 40% कार्यकर्ता लगातार उन लक्षणों की शिकायत कर रहे थे जो हमले के प्रथम वर्ष में आरंभ हुए थे और जिनमें अभी तक कोई सुधार नहीं हुआ है या बहुत कम सुधार हुआ है।

हमलों से संबंधित बीमारियों के परिचारक लागत पर कानूनी विवाद अभी भी न्यायिक प्रणाली में हैं। 17 अक्टूबर 2006 को संघीय न्यायाधीश एल्विन हेलरस्टीन ने बचाव कार्यकर्ताओं को स्वास्थ्य मुआवजा देने से इंकार करने के न्यूयॉर्क शहर के फैसले को खारिज कर दिया है, जिससे शहर के खिलाफ बड़ी संख्या में वाद दाखिल होने की संभावनायें बन गई हैं। सरकारी अधिकारियों को हमलों के बाद के शुरुआती सप्ताहों में ही लोगों से लोअर मैनहटन लौट आने का सार्वजनिक आग्रह करने के लिए दोषी ठहराया गया है। हमलों के परिणामस्वरूप ईपीए (EPA) के प्रशासक क्रिस्टीन टॉड व्हिटमैन की, क्षेत्र को पर्यावरणीय रूप से सुरक्षित घोषित करने के लिए तीखी आलोचना की गई थी। हमलों के परिणामस्वरूप ईपीए (EPA) द्वारा वायु की गुणवत्ता से संबंधित व्याख्याओं और घोषणाओं में दखल देने के लिए राष्ट्रपति बुश की आलोचना की गई। इसके अलावा, मेयर गुलियानी की वित्तीय उद्योग कर्मियों से शीघ्र वॉल स्ट्रीट क्षेत्र में लौटने का आग्रह करने के लिए आलोचना की गई थी।

कुछ अमेरिकी यात्रा के लिए विमानों का उपयोग करने के परिणामों पर चिंतित हो गए और बदले में ऑटो वाहनों का उपयोग करने लगे. इसके परिणामस्वरूप आगामी वर्ष में 1,595 "अतिरिक्त" राजमार्ग मौतों का अनुमान लगाया गया है।

वर्ल्ड ट्रेड सेंटर का ढहना
हमलावर और उनकी पृष्ठभूमि
स्वास्थ्य पर प्रभाव
क्षति