0.06% से 55% की जटिलता दरों का उल्लेख किया गया है; अधिक विशिष्ट आकलनों में 2-10% और 0.2-0.6% शामिल किये गये हैं।

अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन (American Medical Association) (एएमए) (AMA) के अनुसार, रक्त की हानि और संक्रमण सबसे आम जटिलताएं हैं, लेकिन अधिकतर रक्त-स्राव बहुत कम होता है और इसे दबाव के द्वारा रोका जा सकता है। 1983 में कैप्लान (Kaplan) द्वारा खतने की जटिलताओं पर किये गये एक सर्वेक्षण से यह उजागर हुआ कि रक्त-स्राव संबंधी जटिलताओं की दर 0.1% और 35% के बीच थी। 1999 में नाइजीरिया में किये गये 48 लड़कों, जिनमें पारंपरिक पुरुष खतने संबंधी जटिलताएं थीं, के अध्ययन में यह पाया गया कि इनमें से 52% लड़कों में रक्त-स्राव हुआ, 21% में संक्रमण हुआ और एक बच्चे का शिश्न काट दिया गया।

वॉशिंगटन स्टेट में 1987-1996 के बीच जन्मे 354,297 शिशुओं पर किये गये एक अध्ययन ने यह पाया कि जन्म के तुरंत बाद उत्पन्न होने वाली जटिलताओं की दर खतना किये गये शिशुओं में 0.2% और खतना न किये गये शिशुओं में 0.01% थी। लेखकों ने यह निर्णय दिया कि यह एक रूढ़िवादी आकलन था क्योंकि इसने खतने से जुड़ी अत्यंत दुर्लभ लेकिन गंभीर विलंबित जटिलताओं (उदा. नेक्रोटाइज़िंग फैसिटिस (necrotizing fasciitis), सेल्युलिटिस (cellulites) तथा कम गंभीर लेकिन अधिक आम जटिलताओं जैसे खतने से होने वाले दाग़ या आदर्श से कम कॉस्मेटिक परिणाम को ग्रहण नहीं किया। उन्होंने यह भी कहा कि खतने से उत्पन्न होने वाले जोखिम “अधिक अनुभवी चिकित्सक के हाथों कम हो जाते हैं "।

मीटल स्टेनॉसिस (Meatal stenosis) (मूत्रमार्ग का संकीर्ण हो जाना) खतने के कारण उत्पन्न होने वाली एक लंबी अवधि की जटिलता हो सकती है। ऐसा विश्वास है कि चूंकि अब अग्र-त्वचा शिश्न-नलिका की रक्षा नहीं करती, अतः बच्चों की गीली लंगोट में मूत्र से निर्मित अमोनिया के कारण मूत्रमार्ग के खुले द्वार में जलन और उत्तेजना होती है। मीटल स्टेनॉसिस (Meatal stenosis) के परिणामस्वरूप मूत्रत्याग में असुविधा, असंयम, मूत्रत्याग के बाद रक्त-स्राव और मूत्र-तंत्र में संक्रमण हो सकते हैं।

खतने के द्वारा बहुत अधिक या बहुत कम त्वचा को हटा दी जाना संभव है। यदि अपर्याप्त त्वचा हटाई गई है, तो इसके बावजूद भी शिशु भावी जीवन में फिमॉसिस (phimosis) विकसित कर सकता है। वैन होवे (Van Howe) के अनुसार “जब किसी शिशु के शिश्न पर कार्य किया जा रहा हो, तो शल्य-चिकित्सक हटाए जाने वाले ऊतकों की मात्रा का पर्याप्त रूप से निर्धारण नहीं कर सकता क्योंकि बच्चे की आयु बढ़ने पर उसके शिश्न में इतने लक्षणीय परिवर्तन आएंगे कि शल्य-चिकित्सा के दौरान एक छोटा-सा अंतर खतना-युक्त वयस्क शिश्न में एक बड़े अंतर में रूपांतरित हो जाएगा. अभी तक (1997), ऐसे कोई अध्ययन प्रकाशित नहीं हुए हैं, जो खतना करने वाले किसी व्यक्ति की इस बात का पूर्वानुमान लगा पाने की क्षमता को दर्शाते हों कि शिश्न भविष्य में कैसा दिखाई देगा."

कैथकार्ट "व अन्य" (Cathcart "et al.") के अनुसार 0.5% लड़कों का दोबारा खतना करने की आवश्यकता पड़ी।

अन्य जटिलताओं में छिपा हुआ शिश्न, मूत्रीय फिस्ट्युलस (urinary fistulas), कॉर्डी (chordee), पुटी, लिम्फेडेमा (lymphedema), शिश्न-मुण्ड पर फोड़े, पूरे शिश्न या इसके किसी भाग में ऊतकक्षय, हाइपोस्पेडियास (hypospadias), एपिस्पेडियास (epispadias) व नपुंसकता शामिल हैं। कैप्लान ने कहा कि "वास्तव में इनमें से सभी जटिलताओं की रोकथाम बहुत थोड़ी सतर्कता के द्वारा भी कर पाना संभव है " और "ऐसी अधिकांश जटिलताएं अनुभवहीन प्रचालकों के हाथों होती हैं, जो न तो मूत्र-विज्ञानी होते हैं और न ही शल्य-चिकित्सक."

नवजात शिशुओं में खतने से उत्पन्न होने वाली एक अन्य जटिलता त्वचा-पुल का निर्माण (skin bridge formation) है, जिसके द्वारा अग्रत्वचा का शेष भाग घाव भर जाने पर शिश्न के अन्य भागों (अक्सर शिश्न-मुण्ड) के साथ मिल जाता है। इसके परिणामस्वरूप शिश्न में उत्तेजना के दौरान दर्द हो सकता है और यदि शिश्न-दण्ड की त्वचा को बलपूर्वक खींचा जाए, तो थोड़ा रक्त-स्राव हो सकता है। वैन होवे (Van Howe) की सलाह है कि खतने के बाद चिपचिपे पदार्थों के निर्माण को रोकने के लिये, अभिभावकों को शिश्न-मुण्ड को ढ़ंकने वाली किसी भी त्वचा को पीछे हटाने और साफ करने के निर्देश दिये जाने चाहिये।

हालांकि मृत्यु होने के समाचार भी मिले हैं, लेकिन अमेरिकन एकेडमी ऑफ फैमिली फिज़िशियन्स (American Academy of Family Physicians) कहती है कि मृत्यु की घटनाएं दुर्लभ हैं और इस बात क उल्लेख करती है कि खतने से होने वाली नवजात शिशुओं की मृत्यु-दर 500,000 में से 1 है। 2010 में, बोलिंगर (Bollinger) ने अनुमान लगाया कि संयुक्त राज्य अमरीका में मृत्यु-दर 9.01 प्रति 100,000, अथवा 117 प्रतिवर्ष है। गैर्डनर (Gairdner) द्वारा 1949 में किये गये एक अध्ययन में यह बताया गया कि यूके (UK) में खतने के बाद प्रतिवर्ष लगभग 90,000 में से औसतन 16 बच्चों की मृत्यु हो जाती थी। उन्होंने पाया कि अधिकांश मौतें असंवेदक के अंतर्गत अचानक होती थीं और उनकी अधिक व्याख्या कर पाना संभव नहीं है, लेकिन रक्त-स्राव और संक्रमण भी घातक सिद्ध हुए थे। फिमॉसिस (phimosis) और खतने के कारण हुई मौतों को एक ही समूह में रखा गया था, लेकिन गैर्डनर (Gairdner) ने तर्क दिया कि ऐसी मौतें संभवतः खतने के संचालन के कारण हुईं। विसवेल (Wiswell) और गेश्के (Geschke) ने बताया कि 100,157 खतनों के बाद पहले महीने में कोई मृत्यु नहीं हुई (खतना न किये हुए 35,929 लड़कों में से दो की मृत्यु के विपरीत); उन्होंने यह भी बताया कि अमरीकी सेना में हुए 300,000 लोगों के खतने और टेक्सास में खतना किये हुए 650,000 लड़कों की एक पृथक श्रृंखला में भी किसी की मृत्यु नहीं हुई थी। किंग (King) ने जानकारी दी कि खतना किये हुए 500,000 लोगों में से किसी की मृत्यु नहीं हुई थी। ऐसा अनुमान है कि खतने की 1,000,000 घटनाओं में से 1 व्यक्ति को अपना शिश्न गंवाना पड़ा।

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