मिसौरी में अपने समय के दौरान, मैकक्लिंटॉक ने मक्का साइटोजेनेटिक्स पर एक्स-रे के प्रभाव पर अपने शोध का विस्तार किया। मैक्लिंटॉक ने विकिरणित मक्का कोशिकाओं में गुणसूत्रों के टूटने और संलयन का अवलोकन किया। वह यह दिखाने में भी सक्षम थी कि, कुछ पौधों में, एंडोस्पर्म की कोशिकाओं में सहज गुणसूत्र टूटना हुआ। के दौरान समसूत्री विभाजन , वह कहा कि टूट क्रोमेटिडों की छोर गुणसूत्र के बाद फिर से शामिल हो रहे थे प्रतिकृति । माइटोसिस के एनाफ़ेज़ में, टूटे हुए क्रोमोसोम ने एक क्रोमैटिड ब्रिज का निर्माण किया, जो क्रोमैटिड सेल के ध्रुवों की ओर बढ़ने पर टूट गया। टूटे हुए सिरों को अगले माइटोसिस के इंटरफेज़ में फिर से जोड़ दिया गया, और चक्र को दोहराया गया, जिससे बड़े पैमाने पर उत्परिवर्तन हुआ, जिसे वह एंडोस्पर्म में परिवर्तन के रूप में पहचान सकता है। यह टूटना- रिजेक्टिंग-ब्रिज चक्र कई कारणों से एक प्रमुख साइटोजेनेटिक खोज था। सबसे पहले, यह पता चला कि गुणसूत्रों का फिर से जुड़ाव एक यादृच्छिक घटना नहीं थी, और दूसरा, इसने बड़े पैमाने पर उत्परिवर्तन के स्रोत का प्रदर्शन किया। इस कारण से, यह आज कैंसर अनुसंधान में रुचि का क्षेत्र बना हुआ है। 

यद्यपि उसका शोध मिसौरी में प्रगति कर रहा था, लेकिन मैकक्लिंटॉक विश्वविद्यालय में अपनी स्थिति से संतुष्ट नहीं था। उन्हें संकाय की बैठकों से बाहर रखा गया था, और अन्य संस्थानों में उपलब्ध पदों से अवगत नहीं कराया गया था। १९४० में, उसने चार्ल्स बर्नहैम को लिखा, "मैंने फैसला किया है कि मुझे दूसरी नौकरी की तलाश करनी चाहिए। जहाँ तक मैं बाहर कर सकता हूँ, यहाँ मेरे लिए और कुछ नहीं है। मैं $ 3,000 में एक सहायक प्रोफेसर हूँ और मुझे लगता है। यकीन है कि यह मेरे लिए सीमा है। ” प्रारंभ में, मैकक्लिंटॉक की स्थिति विशेष रूप से स्टैडलर द्वारा उनके लिए बनाई गई थी, और शायद विश्वविद्यालय में उनकी उपस्थिति पर निर्भर थी। मैक्लिंटॉक का मानना था कि वह हासिल नहीं होगा कार्यकाल मिसौरी में है, भले ही कुछ खातों के अनुसार, उसे पता था कि वह 1942 के वसंत में मिसौरी से एक पदोन्नति की पेशकश की जाएगी हालिया प्रमाण पता चलता है कि मैक्लिंटॉक अधिक होने की संभावना का फैसला किया मिसौरी को छोड़ने के लिए क्योंकि उसने अपने नियोक्ता और विश्वविद्यालय प्रशासन पर भरोसा खो दिया था, यह पता लगाने के बाद कि उसकी नौकरी खतरे में पड़ जाएगी अगर स्टैडलर कैलटेक के लिए छोड़ दें, जैसा कि उन्होंने माना था। स्टैडलर के खिलाफ विश्वविद्यालय के प्रतिशोध ने उसकी भावनाओं को बढ़ाया। 

1941 की शुरुआत में, उन्होंने मिसूरी से कहीं और स्थान पाने की उम्मीद में अनुपस्थिति की छुट्टी ले ली। उन्होंने कोलंबिया विश्वविद्यालय में एक विजिटिंग प्रोफसरशिप स्वीकार की, जहां उनके पूर्व कॉर्नेल सहयोगी मार्कस रोहेड्स एक प्रोफेसर थे। रोहेड्स ने अपने शोध क्षेत्र को लांग आइलैंड पर कोल्ड स्प्रिंग हार्बर में साझा करने की पेशकश की। दिसंबर 1941 में, वह मिलिस्लाव डेमेरेक द्वारा शोध पद की पेशकश की गई, जो कि वाशिंगटन के जेनेटिक्स कोल्ड स्प्रिंग हार्बर लेबोरेटरी विभाग के कार्नेगी इंस्टीट्यूशन के नवनियुक्त कार्यवाहक निदेशक थे। मैक्लिंटॉक ने अपने योग्यता के बावजूद उनके निमंत्रण को स्वीकार कर लिया और संकाय के स्थायी सदस्य बन गयी। 

मिसौरी विश्वविद्यालय
कॉर्नेल में शिक्षा और अनुसंधान
कोल्ड स्प्रिंग हार्बर
सम्मान और मान्यता