खारे पानी के मगरमच्छ आमतौर पर उष्णकटिबंधीय नम मौसम के दौरान दलदल और ताजे पानी की नदियों में पाए जाते हैं और शुष्क मौसम में नीचे की ओर ज्वारनदमुख की तरफ चले जाते हैं, कभी कभी बहुत दूर तक यात्रा करते हुए समुद्र के बाहर तक भी आ जाते हैं। मगरमच्छ को विशेष रूप से सबसे उपयुक्त ताजे पानी की नदियों में जगह पाने के लिए प्रभावी नर जीवों के साथ, खूब प्रतिस्पर्धा करनी पड़ती है। 
इस प्रकार से छोटे मगरमच्छ सीमांत नदी प्रणालियों और कभी कभी समुद्र में जाने कि लिए मजबूर हो जाते हैं। यह तथ्य इस जानवर के व्यापक वितरण को स्पष्ट करता है (यह भारत के पूर्वी तट से लेकर उत्तरी ऑस्ट्रेलिया तक पाया जाता है). साथ ही कभी कभी इसका अजीब स्थानों में पाया जाना भी इससे स्पष्ट हो जाता है (जैसे जापान के समुद्र में). 
खारे पानी के मगरमच्छ छोटे समूहों में तैरते हैं, लेकिन जब बड़े समूह में तैरने लगते हैं 

आहार और व्यवहार
होशियारी (सहजज्ञान)
मनुष्यों पर हमले
आवास