भूपेन खखर का जन्म मुंबई मे हुआ था जहाँ उन्होने खेत्वादी क्षेत्र मे अपने अभिभावकों और तीन भाई-बहनो के साथ अपना बचपन गुज़ारा। वह चार बच्चों मे सबसे छोटे थे और उनके पिता परमानन्द, जो पेशे से एक अभियंता थे, मुंबई के माटुंगा इलाक़े मे स्थित वि.जे.टी. आई. नाम के संस्थान मे बाह्य परीक्षक के रूप मे कार्यरत थे. परमानन्द को बहुत ज़्यादा शराब पीने की लत थी और जब भूपेन चार साल के थे तभी उनके पिता का देहांत हो गया. उनकी माता महालक्ष्मी एक आम गृहणी थी और उन्होने पूरी आशा के साथ अपनी सारी पूँजी अपनी छोटी संतान के भविष्य को सवारने मे लगा दी. 

खखर परिवार परंपरागत रूप से कलाकारों का परिवार था जो मूल रूप से तत्कालीन पुर्तगाली उपनिवेश दिउ के रहने वाले थे. घर पर वे प्रायः गुजराती, मराठी और हिन्दी मे बात करते थे पर उन्हे अँग्रेज़ी का खास ज्ञान नही था. 

भूपेन अपने परिवार के पहले व्यक्ति थे जिन्होने बंबई विश्वविद्यालय से अर्थशास्त्र और राजनीति विज्ञान जैसे विशेष विषयों के साथ स्नातक की उपाधि प्राप्त की. अपने परिवार के दवाब के कारण उन्होने बाद मे वाणिज्य स्नातक की शिक्षा भी ग्रहण की और सनदी लेखाकार (चार्टर्ड अकाउंटेंट) की योग्यता भी प्राप्त की. 

श्री खखर ने कई वर्षों तक भारत पारिख एंडअसोसीयेट्स के साथ वडोदरा मे साझेदारी मे लेखाकर का काम किया और साथ ही खाली समय मे अपनी कलात्मक अभिरुचियो को भी जारी रखा. वे कुछ ही समय मे भारतीय मिथकों और साहित्य के जानकार बन गये और उन्हे दृश्य कला का भी अच्छा ख़ासा ज्ञान हो गया था. 

१९५८ मे उनकी भेंट युवा गुजराती कवि और चित्रकार गुलाम मोहम्मद शेख से हुई और उन्होने श्री खखर की कला के क्षेत्र मे सुप्त अभिरुचि को प्रोत्साहित किया तथा उन्हें वडोदरा मे स्थापित हुए नये फॅकल्टी ऑफ फाइन आर्ट्स मे आने का निमंत्रण भी दिया. 

कार्य
कैरियर
आरंभिक जीवन
पुरस्कार और सम्मान