2006-07 सीज़न में, 26 मैचों में 14 बार स्कोर करते हुए, मेस्सी ने खुद को फ़र्स्ट टीम के नियमित खिलाड़ी के रूप में स्थापित किया। 12 नवम्बर को, रियल ज़ारागोज़ा के खिलाफ़ खेल में, मेस्सी को प्रपदिकीय हड्डी की टूटन का सामना करना पड़ा, जिसकी वजह से तीन महीने के लिए वे खेल से बाहर हो गए। मेस्सी, अर्जेंटीना में अपनी चोट से उबरे और खेल में उनकी वापसी 11 फ़रवरी को रेसिंग सैंटैन्डर के खिलाफ़ हुई, जिसमें वे सेकंड-हॉफ़ स्थानापन्न के रूप में शामिल हुए. 11 मार्च को, "एल क्लासिको" ने मेस्सी को टॉप फ़ॉर्म में देखा, जहां उन्होंने हैट-ट्रिक के साथ, 10-मैन बार्सिलोना को, तीन बार बराबरी करते हुए, जिसमें अंतिम बराबरी इंजुरी-टाइम में हुई, 3-3 अंकों से ड्रा करने में मदद की। इस तरह वे इवान ज़मोरानो (रियल मैड्रिड के 1994-95 सीज़न में) के बाद "एल क्लासिको" में लगातार तीन गोल स्कोर करने वाले पहले खिलाड़ी बने। मेस्सी, इस फ़िक्सचर (नियत मैच) में भी अब तक के सबसे कम उम्र के खिलाड़ी हैं। सीज़न के अंत में वे अक्सर नेट पाने लगे; सीज़न के लिए उनके 14 लीग गोलों में से 11, अंतिम 13 मैचों से हासिल हुए हैं।

मेस्सी ने एक ही सीज़न के दौरान मारडोना के सबसे प्रसिद्ध गोलों को लगभग दोहराते हुए, साबित किया कि "नया मारडोना" का टैग केवल अतिप्रचार नहीं है। 18 अप्रैल 2007 को उन्होंने गेटेफ़ के खिलाफ़ कोपा डेल रे के सेमी-फ़ाइनल में दो गोल किए, जिनमें से एक, मेक्सिको में संपन्न 1986 FIFA विश्व कप में इंग्लैंड के खिलाफ़ सदी का गोल के रूप में विख्यात मारडोना के प्रसिद्ध गोल से काफ़ी मिलता-जुलता था। दुनिया के खेल पत्रकारों ने मारडोना के साथ उनकी तुलना की और स्पैनिश प्रेस ने मेस्सी को "मेस्सीडोना" नाम दिया। उन्होंने वही दूरी तय की, उतने ही खिलाड़ियों को चकमा दिया (गोलकीपर सहित छह खिलाड़ी), बिल्कुल वैसी ही पोज़िशन से स्कोर किया और कोने के झंडे के पास वैसे ही भागे जैसे 21 साल पहले मारडोना ने मेक्सिको में किया था। खेल के बाद एक संवाददाता सम्मेलन में मेस्सी के साथी खिलाड़ी डेको ने कहा: "यह सर्वोत्तम गोल है, जिसे मैंने कभी अपने जीवन में देखा." एस्पेनयॉल के खिलाफ़ भी मेस्सी ने एक ऐसा गोल किया, जो विश्व कप के क्वार्टर फ़ाइनल में इंग्लैंड के खिलाफ़ मारडोना के गोल से काफ़ी मिलता-जुलता था। मेस्सी ने ख़ुद को गेंद की दिशा में प्रवर्तित किया और हाथ से मेल खाते हुए, गोलकीपर कार्लोस कमेनी को पार करने में गेंद का निशाना साधा. एस्पेनयॉल के खिलाड़ियों के विरोध के बावजूद और रीप्ले ने भी दर्शाया कि वह स्पष्टतः हैंडबाल था, गोल बना रहा। 

2009-10 सीज़न
2006-07 सीज़न
2008-09 सीज़न
अंतर्राष्ट्रीय कॅरिअर