कीनिया में प्राकृतिक वनस्पतियों का वितरण जलवायु और उच्चावच का अनुसरण करता है। समुद्र तटीय भागों में मैंग्रोव वनस्पति पायी जाती है और तटीय मैदानों में आर्द्र भागों में पाम और अन्य उष्ण कटिबंधीय वनस्पतियाँ प्रमुख हैं। 

अंदरूनी क्षेत्रों में वर्षा की मात्रा क्रमशः कम होते जाने के कारण यहाँ घास के मैदान और खुले वन का फैलाव है। और अधिक शुष्क भागों में कटीली झाडियाँ और मरुस्थली वनस्पतियाँ पायी जाती हैं। चूँकि कीनिया का 70% से अधिक भाग अर्धशुष्क या शुष्क है अतः यहाँ झाडियों वाले घास के मैदानों की बहुलता है जिनमें छिटपुट बड़े वृक्ष पाए जाते हैं। ऐसे मैदानों को "wooded and bushed grassland" अथवा "woodland and bushland" कहा जाता है।

पहाड़ी इलाकों में जहाँ वर्षा की मात्रा आधिक होती है वहाँ काफ़ी लम्बी घास के क्षेत्र पाए जाते हैं। ऐसे क्षेत्रों में बाँस ("Arundinalia alpina") लगभग 3000 मीटर की ऊंचाई तक मिलता है। अन्य वृक्षों में कैम्फर, जैतून, पोडो और सीडर इत्यादि हैं।

वर्तमान समय में वनों का तेजी से हो रहा दोहन कीनिया की कुछ प्रमुख पर्यावरणीय समस्याओं में से एक है। नोबल पुरस्कार प्राप्त कार्यकत्री वंगारी मथाई ने इन वनों के संरक्षण के लिये काफ़ी काम किया और उनके जैसे अन्य पर्यावरण कार्यकर्ता अब भी यहाँ के वनों को संरक्षित करने हेतु जनांदोलन चला रहे हैं।

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