उच्च पोर्टेबल मीडिया के रूप में, USB फ्लैश ड्राइव आसानी से खोते और चुरा लिए जाते हैं। सभी USB फ्लैश ड्राइव की सामग्री को थर्ड पार्टी डिस्क एन्क्रिप्शन सॉफ्टवेयर का उपयोग करते हुए एन्क्रिप्ट किया जा सकता है जैसे FreeOTFE और TrueCrypt या प्रोग्राम जो एन्क्रिप्ट किये संग्रह का प्रयोग कर सकते हैं जैसे ZIP और RAR. इनमें से कुछ प्रोग्राम को बिना इन्सटौल किये इस्तेमाल किया जा सकता है। निष्पादन योग्य फ़ाइलों को USB ड्राइव पर भंडारित किया जा सकता है, एन्क्रिप्टेड फ़ाइल छवि के साथ. एन्क्रिप्टेड विभाजन को उसके बाद किसी भी सही ऑपरेटिंग सिस्टम चला रहे कंप्यूटर से अभिगम किया जा सकता है, हालांकि इसके लिए उपयोगकर्ता के पास डेटा के अभिगम के लिए होस्ट कंप्यूटर पर प्रशासनिक अधिकार होना आवश्यक है।

अन्य फ्लैश ड्राइव, उपयोगकर्ता को विभिन्न आकार के सुरक्षित और सार्वजनिक विभाजन विन्यासित करने की अनुमति देते हैं और हार्डवेयर एन्क्रिप्शन पेश करते हैं।

नए फ्लैश ड्राइव उपयोगकर्ता की पहचान की पुष्टि के लिए बॉयोमीट्रिक फिंगरप्रिंटिंग का समर्थन करते हैं। के मध्य में, कई नए USB फ्लैश स्टोरेज डिवाइस पर उपलब्ध मानक पासवर्ड सुरक्षा के लिए यह एक मंहगा विकल्प था। अधिकांश फिंगरप्रिंट स्कैनिंग ड्राइव, एक सॉफ्टवेयर ड्राइवर के माध्यम से फिंगरप्रिंट को प्रमाणित करने के लिए होस्ट ऑपरेटिंग सिस्टम पर निर्भर रहते हैं और अक्सर ड्राइव को Microsoft Windows कंप्यूटर तक सीमित रखते हैं। हालांकि, फिंगरप्रिंट स्कैनर वाले USB ड्राइव हैं जो नियंत्रक का उपयोग करते हैं जो किसी भी प्रमाणीकरण के बिना सुरक्षित डेटा के उपयोग की अनुमति देते हैं।

कुछ निर्माता एक फ्लैश ड्राइव के रूप में भौतिक प्रमाणीकरण टोकन तैनात करते हैं। इनका उपयोग, एन्क्रिप्शन कुंजी को शामिल करते हुए एक संवेदनशील सिस्टम के अभिगम को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है और अधिक सामान्यतः, लक्षित मशीन पर सुरक्षा सॉफ्टवेयर के साथ संवाद करने के लिए। सिस्टम को ऐसे डिजाइन किया गया है कि लक्षित मशीन जब तक फ्लैश ड्राइव डाला ना जाए वह काम नहीं करती. इनमें से कुछ "PC लॉक" उपकरण, अन्य मशीनों में लगाए जाने पर सामान्य फ्लैश ड्राइव के रूप में भी कार्य करते हैं।

एन्क्रिप्शन
आवश्यक घटक
फ़ाइल सिस्टम
नकली उत्पाद