"यूथेनेसिया" के समर्थन में एक व्यापक विश्व दौरे के बाद, सन् 1995 के अंत में मेगाडेथ ने थोड़ा विश्राम किया। मुस्टेन ने MD.45 पर काम करना शुरू किया जो फियर के प्रगीतकार ली विंग के साथ की जाने वाली एक अलग परियोजना थी और इसके लिए उन्होंने ड्रमर जिमी डेग्रासो (जो पिछले महीने साउथ अमेरिकन मॉन्स्टर्स ऑफ़ रॉक टूर के लिए ऐलिस कूपर के बैंड में ढोलवादन कर रहे थे) को भी शामिल किया गया। सत्रों की रिकॉर्डिंग की गई और विंटेज रिकॉर्डर्स [Vintage Recorders] और डेव ने भी एक होम डेमो स्टूडियो पर काम करना शुरू कर दिया.
मार्टी फ्राइडमैन ने फोनिक्स में अपने नए घर में एक स्टूडियो का निर्माण किया और वहां दोनों पर काम करना शुरू कर दिया और विंटेज रिकॉर्डर्स में एक एकाकी परियोजना की शुरुआत की.
सितम्बर 1996 में, मेगाडेथ ने लंदन में अपने अगले एल्बम के गानों पर काम करना शुरू कर दिया जिसका अस्थायी तौर पर शीर्षक "नीडल्स ऐंड पिंस" रखा गया। लेखन प्रक्रिया के ध्यानपूर्वक निरीक्षण का कार्य नए निर्माता गाइल्स मार्टिन ने किया जिन्होंने गानों के संगीतीय विचारों और बोलों में भी योगदान दिया. कई बोल और यहां तक कि गीत के शीर्षक को भी मार्टिन के अनुरोध पर बदल दिया गया। मार्टिन के लेखन प्रेरणा के संबंध में मुस्टेन ने बाद में लिखा "मैंने हिसाब लगाया कि यह आदमी (मार्टिन) उस अमूर्त 'नंबर वन' गाने की रिकॉर्डिंग करने में मेरी मदद कर सकता था जिसके लिए मैं बहुत बुरी तरह से बेचैन था". एल्बम के मूल कलाकृति की एक समस्या के कारण एल्बम के कवरिंग को एक "वूडू सिम्बल" के साथ प्रतिस्थापित कर दिया गया और इसका एक दूसरा नाम "क्रिप्टिक राइटिंग्स" रखा गया।

17 जून 1997 को, कैपिटल रिकॉर्ड्स [Capitol Records] ने "क्रिप्टिक राइटिंग्स" को रिलीज़ किया। एल्बम ने बिलबोर्ड टॉप 200 पर #10 पर शुरुआत की और यह संयुक्त राज्य अमेरिका में स्वर्ण की प्रमाणिकता प्राप्त करने वाला मेगाडेथ का छठवां क्रमागत स्टूडियो एल्बम था। "क्रिप्टिक राइटिंग्स" ने मेगाडेथ को चार्ट पर अब तक का सबसे ऊंचा स्थान प्राप्त करने वाला एल्बम, "ट्रस्ट", () प्रदान किया जिसने मेनस्ट्रीम रॉक ट्रैक पर #5 का स्थान प्राप्त किया और जिसे सन् 1998 में बेस्ट मेटल परफ़ॉर्मेंस ग्रेमी के लिए मनोनीत भी किया गया। एल्बम को प्रेस की मिली-जुली प्रतिक्रिया प्राप्त हुई लेकिन एल्बम ने मेनस्ट्रीम रॉक ट्रैक की टॉप 20 में चार बार अपना स्थान हासिल किया जिसमें "ऑलमोस्ट ऑनेस्ट" (#8), "यूज़ द मैन" (#15) और "ए सीक्रेट प्लेस" (#19) भी शामिल था।
एल्बम के संकलक स्वरुप के बारे में पूछे जाने पर मुस्टेन ने कहा "हमलोगों ने इसे तीन भागों में विभाजित कर दिया. रिकार्ड का एक हिस्सा सचमुच में बहुत तेज़ और आक्रामक था, इसका एक तिहाई हिस्सा वास्तव में मधुर और बीच की विषय-वस्तु थे और उसके बाद अंतिम तिहाई सचमुच में "यूथेनेसिया" की तरह रेडियो-उन्मुखी संगीत था।

मंच से एक वर्ष से भी अधिक समय के लिए दूर रहने के बाद, मेगाडेथ ने जून 1997 में एक लाइव कलाकार के रूप में वापसी की और द मिसफिट्स के साथ एक विश्व दौरे की शुरुआत की और उसके बाद लाइफ़ ऑफ़ एगोनी और कोल चैंबर के साथ संयुक्त राज्य अमेरिका में दौरा किया। जुलाई में मेगाडेथ ओज़फ़ेस्ट 98 से जुड़ गए लेकिन दौरे के मध्य में ड्रमर निक मेंज़ा के घुटने में ट्यूमर होने का पता लगा और सर्जरी करवाने के लिए उन्हें दौरे को छोड़ने पर मजबूर होना पड़ा. शुरू-शुरू में उनकी जगह जिमी डेग्रासो को अस्थायी तौर पर लिया गया। हालांकि, दौरे के बाद, डेग्रासो को मेंज़ा की जगह स्थायी रूप से ले लिया गया जब मुस्टेन ने दावा किया कि मेंज़ा ने "कैंसर होने के बारे में झूठ कहा था".

सन् 1998 में, कंप्यूटर गेम विकास कंपनी 3D रियल्म्स [3D Realms] ने घोषणा की कि वे अपने प्रोत्साहनात्मक एल्बम "ड्यूक नुकेम: म्यूज़िक टु स्कोर बाई" मेगाडेथ के दो रिलीज़-विहीन ट्रैकों का उपयोग करेंगे. पहला, वास्तव में ली जैक्सन द्वारा रचित ड्यूक नुकेम के थीम गीत "ग्रैबैग" का एक अनुवाद था और दूसरा, वास्तव में सन् 1995 में रिकॉर्ड किया गया एक मेगाडेथ गीत, "न्यू वर्ल्ड ऑर्डर" था जो बाद में "हिडेन ट्रेज़र्स" के पुनराधिपत्य वाले संस्करण पर दिखाई दिया. इस गीत के एक डेमो संस्करण को पहले से ही हिडेन ट्रेज़र्स के सन् 1994 के जापानी संस्करण में दर्शाया जा चुका था, लेकिन इसके बावजूद इसे यूथेनेसिया के पुनराधिपत्य में शामिल किया गया।

शुरुआती दिन (वर्ष 1983–1984)
"रस्ट इन पीस" (वर्ष 1990–1991)
इतिहास
"क्रिप्टिक राइटिंग्स" (वर्ष 1996–1998)