2005 में राष्ट्रपति सुसीलो बंबांग युधोयोनो द्वारा श्री मुलयानी को इंडोनेशिया के वित्त मंत्री के रूप में चुना गया था। उनका पहला काम विभाग में भ्रष्ट कर और कस्टम अधिकारियों को अलग करना था। उसने सफलतापूर्वक भ्रष्टाचार से निपटा और इंडोनेशिया के कर और सीमा शुल्क कार्यालय. में सुधारों की शुरुआत की और ईमानदारी के लिए प्रतिष्ठा हासिल की। वह इंडोनेशिया में प्रत्यक्ष निवेश बढ़ाने में सफल रही। 2004 में, राष्ट्रपति सुसीलो बंबांग युधोयोनो ने पद संभाला, इंडोनेशिया को प्रत्यक्ष विदेशी निवेश में 4.6 बिलियन डॉलर मिले। अगले वर्ष, इसने $ 8.9 बिलियन को आकर्षित किया।
2006 में, चयनित होने के ठीक एक साल बाद, उन्हें यूरोमनी पत्रिका द्वारा यूरोमनी वित्त वर्ष का नाम दिया गया।

2007 में अपने कार्यकाल के दौरान, इंडोनेशिया ने 6.6% आर्थिक विकास दर्ज किया, जो 1997 के एशियाई वित्तीय संकट के बाद से इसकी उच्चतम दर है। हालांकि, वैश्विक आर्थिक मंदी के कारण 2008 में विकास दर 6% पर है। जुलाई 2008 में, श्री मुलानी इंद्रावती का उद्घाटन अर्थव्यवस्था के लिए समन्वय मंत्री के रूप में किया गया था, बोदियोओ की जगह, जो केंद्रीय बैंक के प्रमुख थे।

अगस्त 2008 में, मुलानी को फोर्ब्स पत्रिका ने दुनिया की 23 वीं सबसे शक्तिशाली महिला और इंडोनेशिया की सबसे शक्तिशाली महिला के रूप में स्थान दिया था। वित्त मंत्री के रूप में उनके कार्यकाल के दौरान, देश का विदेशी मुद्रा भंडार $50 बिलियन के उच्च स्तर पर पहुंच गया। उसने सार्वजनिक ऋण में 60% से सकल घरेलू उत्पाद में लगभग 30% की कमी की, जिससे इंडोनेशिया के लिए विदेशी संस्थागत निवेशकों को ऋण बेचना आसान हो गया। उसने अपने मंत्रालय में सिविल सेवकों के लिए प्रोत्साहन संरचनाओं को भी संशोधित किया और "साफ" समझे जाने वाले कर अधिकारियों को उच्च वेतन का भुगतान करना शुरू किया, ताकि उन्हें रिश्वत स्वीकार करने का कम प्रलोभन मिले। 2007 और 2008 में, इमर्जिंग मार्केट्स अखबार ने श्री मुलानी को एशिया का वित्त वर्ष का वित्त मंत्री चुना।

2009 में सुसिलो बंबांग युधोयोनो के दोबारा चुने जाने के बाद, उन्हें वित्त मंत्री के पद पर फिर से नियुक्त किया गया था। 2009 में इंडोनेशिया की अर्थव्यवस्था में 4.5% की वृद्धि हुई, जबकि दुनिया का कई हिस्सा मंदी में है। इंडोनेशिया 2009 में 4% से अधिक तेजी से उभरने वाली सिर्फ तीन प्रमुख अर्थव्यवस्थाओं में से एक है। अन्य दो चीन और भारत हैं। उनकी देखरेख में, सरकार ने पिछले पांच वर्षों में आयकरदाताओं की संख्या 4.35 मिलियन व्यक्तियों से बढ़ाकर लगभग 16 मिलियन कर दी है, और 2010 में आरपी 600 ट्रिलियन से अधिक कर कर रसीद हर साल लगभग 20% बढ़ गई।.

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