1965 में प्रधानमंत्री मिल्टन ओबोटे और अमीन जायरे से युगांडा में हाथी दांत तथा सोने की तस्करी के एक सौदे में फंस गए थे। जैसे कि पूर्व कांगो नेता पैट्रिस लुमुम्बा के सहयोगी जनरल निकोलस ओलेंगा ने बाद में आरोप लगाया कि यह सौदा कांगो सेना के खिलाफ लड़ने वाले विद्रोहियों की गुप्त रूप से हथियारों की मदद के लिए अमीन द्वारा उन तक तस्करी द्वारा हाथी दांत और सोना पहुंचाने की रणनीति का एक हिस्सा था। 1966 में युगांडा की संसद ने इसकी जांच करने की मांग की। ओबोटे ने औपचारिक राष्ट्रपति पद पर काबिज बुगांडा के कबाका (राजा) एडवर्ड मुटेसा को हटा कर एक नया संविधान लागू किया और स्वयं को कार्यकारी राष्ट्रपति घोषित कर दिया। उसने अमीन को कर्नल और आर्मी कमांडर के पद पर नियुक्त किया। अमीन ने कबाका के महल पर हुए एक हमले का नेतृत्व किया और मुटेसा को ब्रिटेन में निर्वासित जीवन जीने के लिए मजबूर कर दिया, जहां वह 1969 में अपनी मृत्यु तक रहते रहे। 

अमीन ने सूडान के सीमावर्ती पश्चिम नील क्षेत्र के काकवा, लुग्बारा, न्यूबियन और अन्य जातीय समूहों के सदस्यों की भर्ती शुरू की। न्यूबियन, जो सूडान से औपनिवेशिक सेना की सेवा करने के लिए आए थे, 20 वीं सदी के बाद से युगांडा में बस गए थे। उत्तरी युगांडा के कई अफ़्रीकी जातीय समूह युगांडा तथा सूडान दोनों जगह रहते थे; अतः ऐसे आरोप लगाये जाते हैं कि अमीन की सेना मुख्यतः सूडानी सैनिकों से मिल कर बनी थी।

सैन्य कमांडर
सत्ता पर कब्ज़ा
सैन्य शासन की स्थापना
अनियमित व्यवहार, स्वयं को प्रदान की गई उपाधियां और मीडिया द्वारा चित्रण