मूषक काइमेरा बनाने की क्षमता, आरंभिक मूषक विकास की एक समझ से आती है। अंडे के निषेचन और एक ब्लास्टोकाइस्ट को गर्भाशय के अन्दर प्रत्यारोपित करने के बीच के चरण में, मूषक भ्रूण के विभिन्न भागों में विभिन्न कोशिका वंश को उपजाने की क्षमता बरकरार रहती है। एक बार भ्रूण के ब्लास्टोसिस्ट चरण में पहुंचने पर यह कई भागों से बना हुआ होता है, मुख्य रूप से ट्रोफेक्टोडर्म, आंतरिक कोशिका द्रव्यमान और आदिम इन्डोडर्म. ब्लास्टोसिस्ट के ये प्रत्येक भाग भ्रूण के विभिन्न भागों में वृद्धि करते हैं, आंतरिक कोशिका द्रव्यमान ख़ास भ्रूण का विकास करता है जबकि ट्रोफेक्टोडर्म और आदिम ट्रोफेक्टोडर्म, उन अतिरिक्त भ्रूण संरचनाओं को उत्पन्न करते हैं जो भ्रूण के विकास का समर्थन करते हैं।
दो से आठ कोशिका चरण भ्रूण, काइमेरा बनाने के लिए सक्षम हैं, क्योंकि विकास के इन चरणों पर भ्रूण में कोशिकाएं अभी तक किसी विशेष कोशिका वंश को जन्म देने के लिए प्रतिबद्ध नहीं होती हैं, वे आंतरिक कोशिका द्रव्यमान या ट्रोफेक्टोडर्म को उत्पन्न कर सकती हैं। ऐसे मामले में जहां एक काइमेरा के निर्माण के लिए दो डिप्लोइड आठ कोशिका चरण भ्रूण का इस्तेमाल किया जाता है, काईमेरावाद को बाद में मूषक ब्लास्टोसिस्ट के एपिब्लास्ट, प्रिमिटिव, इंडोडर्म और ट्रोफेक्टोडर्म में पाया जा सकता है। भ्रूण को अन्य चरणों में विच्छेदित करना संभव है ताकि अन्य की बजाय, किसी चुनिन्दा भ्रूण से तदनुसार कोशिका के एक वंश को उत्पन्न किया जा सके। उदाहरण के लिए ब्लास्टोमर के सबसेट का उपयोग एक भ्रूण से निर्दिष्ट कोशिका वंश वाले काईमेरा को उत्पन्न करने के लिए किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, डिप्लोइड ब्लास्टोसिस्ट के आतंरिक कोशिका द्रव्यमान का उपयोग आठ कोशिका डिप्लोइड भ्रूण के अन्य ब्लास्टोसिस्ट से एक काइमेरा बनाने के लिए किया जा सकता है, आतंरिक कोशिका द्रव्यमान से ली गई कोशिकाएं, काईमेरा चूहे में आदिम इंडोडर्म और एपिब्लास्ट को उत्पन्न करेंगी.
इस ज्ञान से काइमेरा के लिए ES कोशिका योगदान में विकास हुआ है। ES कोशिकाओं को, आठ कोशिका और दो कोशिका चरण के भ्रूण के साथ संयोजन में उपयोग किया जा सकता है ताकि काइमेरा बनाया जा सके और विशेष रूप से भ्रूण को उत्पन्न किया जा सके। काइमेरा में इस्तेमाल किये जाने वाले भ्रूण को आगे आनुवंशिक रूप से परिवर्तित किया जा सकता है ताकि काइमेरा के केवल एक हिस्से पर विशेष रूप से योगदान किया जा सके। एक उदाहरण है ES कोशिकाओं और टेट्राप्लोइड भ्रूण से बना काईमेरा, ऐसे टेट्राप्लोइड जिन्हें दो दो-कोशिकीय डिप्लोइड भ्रूण के इलेक्ट्रोफ्यूज़न द्वारा कृत्रिम रूप से बनाया गया है। टेट्राप्लोइड भ्रूण, काइमेरा में विशेष रूप से ट्रोफेक्टोडर्म और आदिम इंडोडर्म को उत्पन्न करेगा। 

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