डॉ स्वामी के नौकरशाहों के बीच काफी संपर्क थे। इसलिए उन्हें पहले ही आपातकाल के विषय में पता चल गया था। २५ जून १९७५ के दिन डॉ स्वामी जयप्रकाश नारायण के साथ रात्रिभोज कर रहे थे तो उन्होंने जे पी को कहा की कुछ बड़ा आने वाला है तो जे पी ने उनकी बात पर विश्वास नहीं किया, उन्होंने कहा की इंदिरा गाँधी ऐसी मुर्खता नहीं करेगी। दुसरे दिन सुबह 4.30 बजे उन्हें एक गुमनाम कॉल आया जिसमे उन्हें पुलिस ने अप्रत्यक्ष रूप से बताया की वो डॉ स्वामी को पकड़ने वाले है। इसके बाद डॉ स्वामी ६ महीनो के लिए भूमिगत हो गए।

उस समय जयप्रकाश नारायण ने डॉ स्वामी को सूचना भेजी की तुम अमेरिका जाओ। क्योकि उन्होंने डॉ स्वामी को हार्वर्ड में देखा था। जे पी ने कहा की अमेरिका में जाकर भारत के आपातकाल के बारे में लोगो को जागरूक करो। उसके बाद डॉ स्वामी अमेरिका में जाकर हार्वर्ड में प्रोफेसर बन गए और हार्वर्ड के मंच का उपयोग करके आपातकाल अमेरिका के २३ राज्यों में भारतीयों को जागरूक करना शुरू किया।

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