1 9 33 में तीसरी रैच के आगमन के साथ, विश्वविद्यालय ने नाज़ियों को उस समय सभी अन्य जर्मन विश्वविद्यालयों जैसे समर्थित किया। यह राजनीतिक और नस्लीय कारणों के लिए बड़ी संख्या में कर्मचारियों और छात्रों को खारिज कर दिया। बहुत से असंतुष्ट फ़ेलो को उत्प्रवास करना पड़ा और अधिकांश यहूदी और कम्युनिस्ट प्रोफेसरों ने जर्मनी छोड़कर नहीं छोड़ा था। कम से कम दो प्रोफेसरों नाजी आतंक के शिकार सीधे गिर गए थे।  17 मई 1 9 33 को, विश्वविद्यालय के संकाय और छात्रों के सदस्यों ने यूनिवर्सटाइट्सप्लेट ("यूनिवर्सिटी स्क्वायर") में किताब बर्निंग में भाग लिया। 
और हीडलबर्ग एक एनएसडीएपी विश्वविद्यालय के रूप में कुख्यात हो जाएगा। न्यू यूनिवर्सिटी के मुख्य प्रवेश द्वार के ऊपर स्थित शिलालेख "दी लिविंग स्पीरिट" से "द जर्मन स्पिरिट" से बदल दिया गया था, 
और कई प्रोफेसरों ने नए आदर्श वाक्य को श्रद्धांजलि अर्पित की। नाजी यूजिक्स में यूनिवर्सिटी शामिल थी: जबरन नसबंदी महिलाओं के क्लिनिक और मनश्चिकित्सीय क्लिनिक में की गई थी, जिसे कार्ल श्नाइडर द्वारा निर्देशित किया गया था, एक्शन टी 4 इथनीसिया प्रोग्राम में शामिल था। 

 द्वितीय विश्व युद्ध के अंत के बाद, विश्वविद्यालय ने एक व्यापक अस्वीकार किया।

प्रवेश
छात्र जीवन
तीसरी रैह के दौरान
भागीदारी