बैंड ने अपनी प्रगति की प्रेरणाओं में द मेल्विंस का नाम दिया है, लेकिन इसपर सबसे अधिक-प्रचारित प्रभाव प्रगतिशील रॉक के अग्रणी कलाकार किंग क्रिमसन का है। लंबे समय से किंग क्रिमसन के सदस्य रॉबर्ट फ्रिप ने टूल पर उनके बैंड का किसी भी प्रकार का प्रभाव होने से इंकार किया है। टूल के साथ एक साक्षात्कार में, उन्होंने संक्षेप में यह समझाते हुए कि किस प्रकार दोनों बैंड एक दूसरे से संबंधित हैं, कहा "क्या आप कोई प्रभाव सुन पा रहे हैं? जहाँ मैं एक प्रभाव महसूस कर रहा हूँ, वह सिर्फ एक आंकड़ा है, सिर्फ एक. यह एक टुकड़ा था जिसपर हम काम कर रहे थे, जिसे हमने हटा दिया था। और यह लगभग बिलकुल वही आंकड़ा है: गिटार से प्राप्त एक विशेष उच्चारण के साथ तीन नोट स्वर झंकार. इसीलिये मुझे नहीं लगता कि आपने इसे कभी सुना होगा. यही एकमात्र चीज है।" उन्होंने यह भी स्पष्ट किया, "मैं कभी टूल का एक प्रशंसक हुआ करता था। टूल के सदस्य इतने उदार हैं कि उन्होंने कह दिया, उनपर क्रिमसन का एक प्रभाव है। एडम जोन्स ने मुझसे पूछा कि क्या मैं अपने संगीत में इसका पता लगा सकता हूँ और मैंने कहा, मैं नहीं लगा सकता. मैं किंग क्रिमसन में टूल के कहीं अधिक प्रभाव का पता लगा सकता हूँ, फिर मैं किंग क्रिमसन को टूल में सुन सकता हूँ."

इसके बाद, मालूफ़ और न्यूक्विस्ट्स ने अपनी पुस्तक "द न्यू मेटल मास्टर्स" में टूल के अपने अधिकार क्षेत्र में आधुनिक मेटल पर इसका प्रभाव होने का श्रेय दिया. "द बोस्टन फ़ीनिक्स" के शॉन रिचर्डसन मौजूदा शैली पर टूल के "उच्चस्तरीय प्रभाव" के उदाहरणस्वरुप सिस्टम ऑफ ए डॉन, डेफ्टोंस और कॉर्न को देखते हैं। इसके अलावा, कीनन की विशिष्ट गायन शैली का प्रभाव शैवेले के पीट लीफ्लर जैसे कलाकारों पर बार-बार देखा जाता है। 

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अंतराल और पाँचवां स्टूडियो एलबम (2008-वर्त्तमान)