सीबीडीटी का नेतृत्व अध्यक्ष करते हैं, जो कि भारत सरकार के पूर्व पदेन विशेष सचिव भी होते हैं। इसके अलावा, सीबीडीटी में छह सदस्य शामिल होते हैं, जो भारत सरकार के पदेन अतिरिक्त सचिव होते हैं। सीबीडीटी के अध्यक्ष और सदस्य का निर्वाचन भारतीय राजस्व सेवा (आईआरएस), भारत के प्रमुख नागरिक सेवा, जिसके सदस्य आयकर विभाग के शीर्ष प्रबंधन का गठन करते हैं, द्वारा किया जाता है। सीबीडीटी के लिए सहायक कर्मचारियों को आईआरएस के साथ-साथ ही देश के अन्य प्रमुख नागरिक सेवाओं से चयनित किया जाता है और कई संबद्ध कार्यालयों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।

केन्द्रीय प्रत्यक्ष कर बोर्ड में एक अध्यक्ष और निम्नलिखित पांच सदस्य होते हैं: -
1. अध्यक्ष

2. सदस्य (आयकर)

3. सदस्य (अन्वेषण)

4. सदस्य (लेखापरीक्षा और न्यायिक)

5. सदस्य (कानून)

6. सदस्य (कार्मिक)

7. सदस्य (राजस्व और लेखा परीक्षा)

केन्द्रीय प्रत्यक्ष कर बोर्ड के अध्यक्ष और सदस्य अपने प्रतिदिन के कार्यों को पूरा करने के लिए संयुक्त सचिव, निदेशक, उप सचिव, सचिव के अधीन और अनुसचिवीय कर्मचारी द्वारा सहायता प्राप्त करते हैं। क्षेत्रीय कार्यालयों के कामकाज / क्षेत्र संरचनाओं पर सीबीडीटी नज़र रखते हैं, वे इस प्रकार हैं:

1. मुख्य आयुक्त/आयकर आयुक्त

2. महानिदेशक (Inv.)/आयकर के निदेशक (Inv.)

3. महानिदेशक (Exemp.)/आयकर निदेशक (Exemp.)

4. महा निदेशक (विदेश टैक्स)/आय कर निदेशक (फॉरेन टैक्स)

5. आयकर आयुक्त (अपील)

6. आयकर आयुक्त (न्यायिक)

7. आयकर आयुक्त (कम्प्यूटर ऑपरेशन्स)

8. आयकर आयुक्त (अंकेक्षण)।

9. आयकर आयुक्त (न्यायिक)।

10. आय कर आयुक्त (सीआईबी)।

11. आयकर आयुक्त (विभागीय प्रतिनिधि), आयकर निपटारा आयोग.

12. आयकर आयुक्त (विभागीय प्रतिनिधि), आयकर अपीलीय न्यायाधिकरण.

फील्ड संरचनाओं के प्रतिदिन के कामकाज की निगरानी के लिए सीबीडीटी निम्नलिखित संलग्न कार्यालयों/निदेशालयों द्वारा सहायता प्राप्त करती है:

आयकर निदेशालय (इन्फ्रास्ट्रक्चर)
आयकर महानिदेशक (प्रशिक्षण)
संरचना और कार्य
संगठन और कार्य