पक्ष श्रृंखला के साथ लगे हुए परमाणुओं को ग्रीक वर्णमाला क्रम में ग्रीक अक्षरों द्वारा नाम दिया जाता है: α, β, γ, δ, є और इसी तरह. C रीढ़ के उस कार्बन परमाणु को संदर्भित करता है जो उस अमीनो एसिड, C के कार्बोनिल समूह के निकटतम है, दूसरा सबसे निकटतम और इसी तरह आगे. C रीढ़ का एक हिस्सा है, जबकि C और बाहर के परमाणु, पक्ष श्रृंखला का निर्माण करते हैं। इन परमाणुओं के बीच बॉन्ड के आसपास के डिहेड्रल कोण को χ1, χ2, χ3 आदि नाम दिया गया है। पक्ष श्रृंखला के प्रथम गतिशील परमाणु का डिहेड्रल कोण, formula_1, जिसे परिभाषित किया गया है N-Cformula_2-Cformula_3-formula_4 के रूप में, उसे नाम दिया है χ1. अधिकांश पक्ष श्रृंखला, भिन्न रचना में हो सकते हैं जिसे गौश (-), ट्रांस और गौश (+) कहा जाता है। पक्ष श्रृंखला, आम तौर पर कंपित रचना में χ2 के आसपास आने का एक प्रयास करती हैं, जो प्रतिस्थापन परमाणुओं के इलेक्ट्रॉन कक्षीय के बीच ओवरलैप के न्यूनीकरण द्वारा प्रेरित होती है।

पक्ष-श्रृंखला की रचना की विविधता अक्सर रोटामर लाइब्रेरी में व्यक्त की जाती है। एक रोटामर लाइब्रेरी, पक्ष-श्रृंखला स्वतंत्रता के स्तर वाले प्रोटीन में प्रत्येक प्रकार के अवशेष के लिए रोटामर्स का संग्रह है। रोटामर लाइब्रेरीयों में आम तौर पर रचना और एक निश्चित रचना की आवृत्ति, दोनों के बारे में जानकारी होती है। लाइब्रेरियों में अक्सर डिहेड्रल कोण तरीके या पद्धति के बारे में विचरण के बारे में जानकारी शामिल होती है, जिसे नमूनों में इस्तेमाल किया जा सकता है।

पक्ष-श्रृंखला डिहेड्रल कोण, समान रूप से वितरित नहीं हैं, लेकिन अधिकांश पक्ष-श्रृंखला प्रकार के लिए,formula_5 कोण, किसी निश्चित मूल्यों के आसपास और तंग समूहों में मौजूद होते हैं। रोटामर लाइब्रेरियों को इसलिए आम तौर पर प्रोटीन की ज्ञात संरचनाओं में पक्ष-श्रृंखला रचना के सांख्यिकीय विश्लेषण से निकाला जाता है जिसके लिए पाई गई रचना को इकठ्ठा किया जाता है या डिहेड्रल कोण स्थान को बिन में विभाजित करके और फिर प्रत्येक बिन में एक औसत रचना का निर्धारण करके. यह विभाजन आम तौर पर भौतिक, रासायनिक आधार पर होता है, जैसा कि SP3-SP3 बॉन्ड के रोटेशन का 120° बिन में विभाजन जो प्रत्येक कम्पित रचना पर केन्द्रित होता है (60°, 180°,-60°).

रोटामर लाइब्रेरियां रीढ़-स्वतंत्र, माध्यमिक-संरचना पर निर्भर, या रीढ़-निर्भर हो सकती हैं। भेद को इस आधार पर किया जाता है कि क्या रोटामर के लिए डिहेड्रल कोण और/या उनकी आवृत्तियां स्थानीय रीढ़ रचना पर निर्भर करती हैं या नहीं। रीढ़-स्वतंत्र रोटामर लाइब्रेरियां, रीढ़ रचना को संदर्भित नहीं करती हैं और इनकी गणना एक निश्चित प्रकार की उपलब्ध पक्ष-श्रृंखला से की जाती है। माध्यमिक-संरचना पर निर्भर लाइब्रेरियां, भिन्न डिहेड्रल कोण और/या formula_2 -हेलिक्स, formula_3-शीट के लिए रोटामर आवृत्तियां या कॉयल माध्यमिक संरचनाओं को प्रस्तुत करती हैं। रीढ़-निर्भर रोटामर लाइब्रेरियां रचना और/या स्थानीय आवृत्तियों पर निर्भर रीढ़ रचना जैसा कि रीढ़ डिहेड्रल कोण formula_8 और formula_9 द्वारा परिभाषित है, माध्यमिक संरचना पर ध्यान दिए बिना. अंत में, रीढ़-निर्भर रोटामर लाइब्रेरी का भिन्न रूप, स्थिति विशेष रोटामर के रूप में मौजूद है, जो आम तौर पर 5 अमीनो एसिड की लंबाई वाले टुकड़े से परिभाषित होता है, जहां केंद्रीय अवशेष की पक्ष श्रृंखला रचना की जांच होती है।

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