मालदीव में लगभग 1,190 मुँगिया द्वीप शामिल हैं, जो उतर-दक्षिण दिशा के बराबर 26 प्रवाल द्वीपों की दोहरी चेन में संगठित हैं। यह लगभग 90,000 वर्ग किलोमीटर में फेला है, जो इसे दुनिया के सबसे पृथक देशों में से एक बनाता है। प्रवाल द्वीप गतिशील मूंगा रीफ़ और रेत की टिकियों से बना है। यह एक 960 किलोमीटर लम्बे पनडुब्बी कटक के ऊपर स्थित है जो अकस्मात भारतीय महासागर की गहराई में से उत्थान करता है और उत्तर से दक्षिण की ओर चलता है। इस प्राकृतिक मुँगिया रुकावट के केवल दक्षिणी छोर के पास 2 खुले रास्ते है, जो मालदीवज के क्षेत्रीय पानी द्वारा जहाजों को भारतीय महासागर के एक किनारे से दूसरे किनारे तक सुरक्षित मल्लाही देता है। प्रशासकीय प्रयोजनों के लिए मालदीव सरकार ने इन प्रवाल द्वीपों को इक्कीस प्रशासकीय विभागों में संगठित किया हैं। मालदीवज का सबसे बड़ा द्वीप गण है, जो लामू प्रवाल द्वीप या हह्धुम्माथि मालदीव का है। अडडू प्रवाल द्वीप में, सबसे पश्चिमी द्वीप, रीफ के ऊपर सडकों द्वारा जुड़े हुए हैं और सड़क की कुल लंबाई है

मालदीवज के पास दुनिया में सबसे निचला देश होने का रिकॉर्ड है, इसका अधिकतम प्राकृतिक जमीनी स्तर सिर्फ , जिसकी औसत सागर के स्तर से केवल {1/ है, हालांकि ऐसे क्षेत्र जहां निर्माण के अस्तित्व हैं, वहाँ इनमें कई मीटर की वृद्धि की गई है। रीफ मूंगिया मलबे और क्रियाशील मूंगिया से बनाया जाता है। यह दलदल बना कर सागर के विरुद्ध एक प्राकृतिक बाधा का कार्य करता हैं। अन्य द्वीपों, एक दूरी बना लेते हैं और रीफ के अनुरूप उनकी अपनी एक सुरक्षा फ़्रिंज होती है। मूंगा बाधा के आसपास एक छिद्र, शांत झील के पानी को अभिगम देता है। द्वीप की मूंगा बाधा उसे तूफानों और हिंद महासागर की उच्च तरंगों से सुरक्षित रखती है।
धरण की एक मोटी परत, द्वीपों की मिटटी की ऊपरी परत बनती है। नीचे धरण परत रेतीले पत्थर की होती है, उसके बाद रेत और फिर ताजे पानी की। समुद्र तट के पास मिट्टी में नमक के उच्च स्तर के कारण, वनस्पति के रूप में सिर्फ झाड़ियाँ, पुष्पित पौधे और छोटी बाढ़ ही पाई जाती है। द्वीप के आंतरिक भाग में, अधिक वनस्पति जैसे मैनग्रोव और बरगद पाए जाते हैं। नारियल के वृक्ष, राष्ट्रीय पेड़, इन द्वीपों पर लगभग हर जगह उग जाते हैं और जनसंख्या की जीवन शैली का अभिन्न अंग हैं।

सीमित वनस्पति और भूमि वन्यजीवों का बहुतायत समुद्री जीवन से पूरक है। मालदीव के आस-पास का जल जैविक और वाणिज्यिक मूल्य की दुर्लभ प्रजातियों में प्रचुर मात्रा में हैं, टूना मछली पालन परंपरागत रूप से देश के मुख्य वाणिज्यिक संसाधनों में से एक है। मालदीव में समुद्र जीवन की अद्भुत विविधता है। इसमें प्रवाल और 2,000 से भी अधिक प्रकार की मछलियां हैं, रीफ मछली से लेकर रीफ शार्क, मोरे इल्ज़ और कई प्रकार की रे मछालियाँ: मानता रेज़, स्टिंग रे और ईगल रे. मालदीवी जल व्हेल शार्क के लिए घर भी है।

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