इस फिल्म की कहानी मेडिकल छात्रा सुनीता और उसकी सह्पाठिनें जो उसके साथ मानव-मस्तिष्क की एक परियोजना पर काम कर रहीं हैं, से खुलती है। ह संजय सिंघानिया, शहर के नामजद (भूतपूर्व) व्यापारी जो सूचनानुसार घटनोत्तर स्मृति लोप से पीड़ित हैं, की विलक्षण वस्तु-स्थिति की जांच पड़ताल करना चाहती है। उसके प्रोफेसर संजय के अभिलेखन तक अभिगमन से अस्वीकार कर देते हैं क्योंकि वर्तमान में उसके सारे आपराधिक तथ्यों की जांच जारी है। इसके बावजूद सुनीता इस जांच को खुद ही अंजाम देने का फैसला करती है।

संजय को एक दूसरे व्यक्ति की क्रूरता से हत्या करता हुआ पेश किया जाता है। वह उस व्यक्ति की तस्वीर खींचता है और समय तथा तिथि के साथ 'निष्पादित' की मुहर अपने नोट में लगा देता है। ऐसा दर्शाया गया है कि संजय को घटनोत्तर स्मृति लोप की एक अजीबोगरीब बीमारी है जिसमें उसकी याददाश्त हर 15 मिनट के बाद मिट जाती है। संजय खींची गई तस्वीरें, नोट कर लेना एवं बदन पर गुदवाए गोदने की पद्धतियों का प्रयोग हर 15 मिनट के चक्र के बाद अपनी याददाश्त को फिर से लौटने के लिए करता है। हर सुबह जब संजय शौचालय जाता है, वह वाश बेसिन में नल की टोंटी के पास ही "कमीज़ उतारो" लिखा हुआ एक नोट देखता है। जैसे ही वह कमीज़ उतारता है अपने चौड़े सीने पर गोदने की एक श्रृंखला देखता है। जब वह "कल्पना की हत्या कर दी गई थी" गुदा हुआ देखता है तो एक सिरे से यह उदघाटित हो जाता है कि संजय अंततः कल्पना की हत्या का बदला लेने के लिए प्र तिबद्ध है और इसीलिए वह परिकल्पित तरीके से एक-एक कर उन लोगों को मार रहा है जो कल्पना की मौत के जिम्मेदार थे। लिखे हुए नोट्स और गुदे हुए गोदनों से यह साफ़ सबूत मिलता है कि उसका मुख्य निशाना ग़जनी है। आखिरकार यह भी साफ़-साफ़ जाहिर हो जाता है कि ग़जनी और कोई नहीं बल्कि शहर का एक प्रसिद्ध सामाजिक व्यक्तित्व है।

मुंबई पुलिस निरीक्षक अर्जुन यादव सीरियल हत्याओं के संगीन मामले की छानबीन से जुड़े हैं। वह संजय का पता लगाते हुए उसे उसके फ्लैट में खोज निकालते हैं और उसपर हमला कर उसे अपाहिज कर देते हैं। अर्जुन यादव तस्वीरों और लिखित नोट्स के व्यापक सेट को देखकर हैरान हो जाते हैं। उन्हें ऐसी दो डायरियां मिलतीं हैं जिनमें 2005 और 2006 की घटनाओं को क्रम से लिपिबद्ध किया गया है। जैसे ही इंसपेक्टर यादव 2005 की डायरी पढ़ते है फिल्म 2005 के पूर्व दृश्य में प्रवेश करती है। संजय सिंघानिया एक प्रतिष्ठित व्यापारी वंश का व्यक्ति है जो एयर वोयस टेलीफोन कंपनी का मालिक है। विदेश में उसने अपनी शिक्षा-दीक्षा समाप्त कर ली है और लौटकर अपने परिवार के व्यवसाय को संभाल लिया है। अपने कारोबार के दौरान संजय अपने कर्मचारियों को एक जुझारू अभिनेत्री/मॉडल कल्पना से मिलने एवं उसके अपार्टमेन्ट के ऊपर एयर वोयस का विशाल विज्ञापन बोर्ड (बिल बोर्ड) लगाने के बारे में बातचीत करने के लिए भेजता है। कल्पना की मोडलिंग/विज्ञापन कंपनी का मालिक इसे एक रोमांस का चक्कर समझने की भूल कर बैठता है और (एयर वोयस के विज्ञापन-विमोचन अभियान के लाभप्रद पहलू एवं अन्य मुनाफों के मद्देनज़र) कल्पना को यह प्रस्ताव मंजूर कर लेने को प्रोत्साहित करता है। वह प्रमुख मॉडल के रूप में उसकी पदोन्नति कर देता है। कल्पना आमतौर पर प्यारी और रहमदिल है। वह इसे बतौर एक मासूम शरारत करने के लिए स्वीकार कर लेती है (ताकि उसे बेहतर मोडलिंग के काम मिल सकें) और इस प्रकार संजय के गर्लफ्रेंड के रूप में पहेलियों से भरा नाटकीय खेल शुरू करती है।

आखिरकार संजय कल्पना से मिलता है लेकिन वह उससे कहता है कि वह सचिन है और नई जिंदगी की तलाश में छोटे क़स्बे से निकल कर बड़े शहर में आया एक अदना इन्सान है। कल्पना उसे मोडलिंग के छोटे-मोटे काम दिलाती है। धीरे-धीरे वह उसके सम्मोहन में उसकी ओर खींची चली जाती हैऔर सचिन भी उसकी सौम्यता, सादगी और करुणा में बह जाता है। (वह कई मौकों पर गौर करता है कि वह लाचारों और बेसहारा गरीबों की मदद करने को हमेशा तैयार रहती है।) उन्हें एक दूसरे से प्यार हो जाता है और संजय को अंततः उससे शादी का प्रस्ताव पेश करने की हिम्मत हो जाती है। वह उसके प्रस्ताव पर विचार करने के लिए कुछ समय मांगती है। संजय स्थिर करता है कि अगर वह उसके प्रस्ताव को स्वीकार कर लेती है तो वह अपनी असली पहचान उसके सामने उजागर कर देगा; और अगर वह अस्वीकार करती है, तो वह चुपचाप बिना कोई हानि पहुंचाए वापस लौट जाएगा.

फिल्म की कहानी फिर वर्तमान में लौट जाती है; जब यादव 2006 की डायरी पढने लगता है। संजय अचानक आ जाता है, यादव पर हमला कर देता है और उसे बांध देता है। वह ग़जनी को एक कॉलेज के समारोह में खोज निकालता है जहां वह सम्माननीय प्रधान अतिथि है। संजय ग़जनी के कुछ छायाचित्र लेता है और उसे जान से मार डालने का फैसला करता है (यद्यपि वह यह नहीं जानता कि आखिर क्यों). उसी समारोह में उसकी मुलाक़ात सुनीता से हो जाती है; वह भी उसके फाइल पर लगे कवर से उसे पहचान लेती है और उससे दोस्ती करने का इरादा करती है। बाद में उसी शाम संजय ग़जनी के एक गुंडे को पार्किंग क्षेत्र में मार गिराता है। वह ग़जनी के आने का इंतजार करने लगता है लेकिन अंत में उसपर फिर कभी किसी और मौके पर आखिरी हमला करने का फैसला करता है। मरता हुआ घायल गुंडा ग़जनी को दो साल पहले घटी एक घटना की याद दिलाता है जिसमे कल्पना की हत्या कर दी गई थी और संजय आहत होकर एक मरीज़ बन गया था। ग़जनी असमंजस में पड़ जाता है और कुछ भी याद कर पाने में नाकाम हो जाता है।

इस बीच, सुनीता संजय के फ्लैट में आती है और यादव को पीटकर बंधा हुआ पड़ा पाती है। उसे इस बात का पता भी लग जाता है कि ग़जनी ही संजय का निशाना है। यादव उसे इस बात की भी जानकारी देता है कि संजय एक जानामाना सीरियल हत्यारा है। सुनीता के हाथों दो डायरियां लग जातीं हैं और वह यादव को आजाद कर देती है। अचानक इसी बीच संजय वहां पहुँच जाता है; उसे उनमे से किसी की याद नहीं आती है और वह उनका पीछा करता हुआ बाहर निकल जाता है। अंततोगत्वा यादव एक बस से टकरा जाता है और सुनीता बड़ी मुश्किल से सनकी संजय से बच निकलती है। यह जानकार कि ग़जनी खतरे में है, वह उसे सूचित कर देती हैं कि यह संजय ही है जो उसकी जान के पीछे पड़ा हुआ है। इस नाम को लक्ष्य बनाकर पता लगाता हुआ ग़जनी संजय के फ्लैट में उसकी हत्या के इरादे से पहुँच जाता है। वह उसके सारे फोटोग्राफ्स और नोट्स नष्ट कर देता है और उसके गुंडे संजय को काबू में कर उसके मौजूदा गोदने पर पुनः गोदवा देते है (इस प्रकार खरोंच कर मिटाते हुए) ताकि पुरानी यादों को संकेतित करने वाले सारे निशान मिट जाएं. इत्मिनान होकर की पुरानी यादों से जोड़नेवाले सारे निशान मिटा दिए गए, ग़जनी संजय को इसी हालत में छोड़कर चला जाता है।

इस बीच, छात्रावास में लौटकर सुनीता 2006 की डायरी पढ़ती है। फिल्म की कहानी फिर 2006 के पूर्व दृश्य में लौट जाती है। ऐसा दिखाया जाता है कि कल्पना ने संजय के विवाह प्रस्ताव को स्वीकार कर लिया था। यह डायरी भी अचानक समाप्त हो जाती है। सुनीता और आगे छानबीन कर पता लगाती है और यह खोज निकालती है कि 2006 में किसी पड़ाव पर कल्पना अनजाने में अनचाहे ही वेश्यावृति करवाने वालों के बुरे जाल में उलझ गई थी। रेलयात्रा के दौरान उसकी भेंट 25 निरीह भोली भाली कमसिन लड़कियों से हुई जो धंधे के लिए मुंबई भेजी जा रहीं थीं। वह उन लड़कियों की रक्षा कर उनका उद्धार करती है। लेकिन लड़कियां गिरोह के सरगना के रूप में ग़जनी का नाम लेतीं हैं। ग़जनी अपने तरीके से अपने माध्यमों (भ्रष्ट पुलिस और नेताओं) का प्रयोग लड़कियों की जुबान बंद करने के लिए करता है और कल्पना को खुद खोज निकलने के लिए निकल पड़ता है। ग़जनी और उसके गुंडे तोड़-फोड़ करते हुए कल्पना के अपार्टमेन्ट में घुस जाते हैं और उसके लौट आने की प्रतीक्षा करते है जबकि कल्पना अन्दर ही मिल जाती है। संयोगवश, संजय वहां कल्पना से मिलने पहुंच गया। कल्पना का अंतिम उच्चारित शब्द था "ग़जनी ". गुंडों ने कल्पना पर हमला कर दिया। संजय हस्तक्षेप करने ही वाला था कि अचानक ग़जनी ने लोहे की छड़ से उसके सिर पर आघात कर दिया। संजय की आँखों के सामने अंतिम दृश्य कौंध जाता है, कि ग़जनी के लोहे की छड़ के क्रूर प्रहार से ही कल्पना की हत्या हुई थी।

सुनीता को अब सदमा वाली सच्चाई का पता चल जाता है, वह संजय से मुलाक़ात करती है और उसे बताती है कि सच क्या है। गुस्से से बेकाबू होकर वह जी-जान से ग़जनी का पीछा करता है। मुंबई में ग़जनी की मांद में पहुंचकर संजय ग़जनी के सभी अनुचर गुर्गों को एक-एक कर बाकायदा सुनियोजित ढंग से क्रूरतापूर्वक मार डालता है और ग़जनी के पीछे पिल पड़ता है। दुर्दम्य ढंग से खदेड़ता हुआ वह उसके पास पहुँच कर लड़ाई में भिड़ जाता है। वह ग़जनी को मारना ही चाहता है कि उसका स्मृति लोप चक्र फिर घूम जाता है और वह वर्तमान को भूल जाता है। ग़जनी मुड़ता है और छुरा भोंक देता है। वह संजय का मज़ाक उड़ाते हुए वीभत्स घिनौनी कहानी सुनाता है कि उसने कैसे कल्पना की हत्या की थी, तभी अचानक अपनी ताकत का अंतिम उबाल पाकर संजय ग़जनी को काबू में कर लेता है। संजय ग़जनी को ठीक उसी तरह मारता है जिस तरह ग़जनी ने कल्पना की हत्या की थी।

फिल्म अपनी समाप्ति की ओर बढ़ती है, संजय अभी भी अपनी स्मृति-लोप की बीमारी से ग्रसित एक अनाथालय में स्वंयसेवक के रूप में काम कर रहा है। सुनीता उसे एक छोटा-सा उपहार देती है जो कि प्लास्टर के पट्ट पर संजय और कल्पना के दबे क़दमों के निशान हैं जब उनदोनों ने एक नए अपार्टमेन्ट में प्रवेश किया था - कल्पना के साथ उसके अन्तरंग साहचर्य की याद ताजा करने के लिए ही वह ऐसा करती है। फैसला दर्शकों पर छोड़ दिया जाता है कि क्या संजय की याददाश्त दोबारा वापस लौट आती है या नहीं (यद्यपि अंतिम दृश्य में वह अपनी पुरानी यादों में खोया हुआ है इसलिए दावे के साथ यह कहा जा सकता है कि - हाँ लौट आती है).


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