"सुकर्णोपुत्री" (जिसका अर्थ सुकर्णो की पुत्री है) उनका गोत्र हैं, न कि पारिवारिक नाम; क्योंकि जावा के निवासी के प्रायः पारिवारिक नाम नहीं होते। उनके नाम प्रायः "मेगा" या "मेगावती" कहा जाता है, जो कि संस्कृत भाषा के एक शब्द है जिसका अर्थ "बादलों की देवी" है। श्री सत्य साईं प्राइमरी स्कूल में अपने व्याख्यान के दौरान उन्होंने कहा कि उनके पिता के आग्रह पर ओडिशा के मुख्यमंत्री बीजू पटनायक ने उनका यह नाम रखा है।

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