एक स्पष्ट और आम चुनौती सामने आई, वह है, सेवा मेटाडेटा का प्रबंधन. SOA आधारित वातावरण में कई सेवाएं शामिल हो सकती हैं जो कार्य करने के लिए संदेशों का विनिमय करती हैं। डिजाइन के अनुसार, एकमात्र अनुप्रयोग कई मिलियन संदेशों को उत्पन्न कर सकता है। सेवाएं कैसे अंतर्क्रिया करती हैं, इस पर जानकारी उपलब्ध कराना और इसका प्रबंधन जटिल हो सकता है।

एक दूसरी चुनौती है, SOA स्थान में परीक्षण की कमी . ऐसे कोई अत्याधुनिक उपकरण नहीं हैं जो एक विशिष्ट आर्किटेक्चर में सभी नेतृत्वहीन सेवाओं (जिसमें वेब सेवाओं के साथ डेटाबेस सेवाएं और सन्देश शामिल हैं) की परीक्षण क्षमता उपलब्ध करायें. समस्तरीय विश्वास की कमी के कारण यह जरुरी है कि निर्माता और उपभोक्ता दोनों सेवाओं का निरंतर परीक्षण करते रहें. SOA का मुख्य उद्देश्य "व्यापार को चुस्ती/तेज़ी" प्रदान करना है। इसलिए एक परीक्षण ढांचे (निर्माण या खरीद) में निवेश करना महत्वपूर्ण है, जो आर्किटेक्चर में अपराधी को खोजने के लिए पारदर्शिता उपलब्ध कराएगा. व्यवसाय में तेजी के लिए आवश्यक है कि SOA सेवाओं को व्यापार प्रेरणा मॉडल (बिजनेस मोटिवेशन मॉडल - BMM) में दी गयी परिभाषा के अनुसार व्यापारिक उद्देश्यों और निर्देशों के द्वारा नियंत्रित किया जा सके.

अन्य एक और चुनौती सुरक्षा के उपयुक्त स्तर उपलब्ध कराने से सम्बंधित है। जब एक अनुप्रयोग जिसका उपयोग अन्य अनुप्रयोग भी कर सकते है एसी सेवाओं के रूप में अपनी क्षमताएं उजागर करती है तब अनुप्रयोग के भीतर में समाविष्ट सुरक्षा मॉडल पर्याप्त नहीं रहते. अर्थात, अनुप्रयोग-प्रबंधित सुरक्षा, सेवाओं की सुरक्षा के लिए सही मॉडल नहीं है। कई नई प्रौद्योगिकियों और मानकों ने SOA में सुरक्षा के लिए अधिक उपयुक्त मॉडल उपलब्ध कराने शुरू किए हैं। अधिक जानकारी के लिए देखें SOA सुरक्षा प्रविष्टि.

चूंकि SOA और WS-*विनिर्देशन प्रेक्टिशनर अपने आउट पुट को विस्तृत, अद्यतन और परिष्कृत करते हैं, उन्हें SOA आधारित सिस्टम पर काम करने के लिए कुशल लोगों की कमी की समस्या का सामना करना पड़ता है, इसमें सेवा ढांचे का निर्माण और सेवाओं का एकीकरण भी शामिल है।

अंतःचालन SOA कार्यान्वयन का एक महत्वपूर्ण पहलू होता है। WS-I संगठन ने संगतता को बल देने के लिए बेसिक प्रोफाइल (BP) और बेसिक सिक्योरिटी प्रोफाइल (BSP) का विकास किया है. वेब सेवाएं WS-I प्रोफाइल दिशानिर्देशों के मुताबिक हैं या नहीं ये तय करने के लिए WS-I ने परीक्षण उपकरण डिजाइन किये हैं। इसके अतिरिक्त, विश्वसनीय सुरक्षा प्रोफाइल पर काम करने के लिए एक और चार्टर की स्थापना की गयी है।

महत्वपूर्ण विक्रेता प्रचार SOA को घेरे हुए हैं; इससे ऐसी उम्मीदें बनती हैं, जिन्हें शायद पूरा नहीं भी किया जा सके. प्रारंभिक एडोप्टरों ने वास्तविक दुनिया की समस्याओं के सन्दर्भ में विकास और रनटाइम उत्पादों पर परीक्षण जारी रखे और इस कारण उत्पाद के ढेर बनते रहे. सोया आईटी (आईटी) लागत में कमी की कोई गारंटी नहीं देता है, ना ही बाजार में तेजी लाने की या प्रणालीयों में चुस्ती लाने की कोई गारंटी देता है। सफल SOA कार्यान्वयन ये सभी या इनमें से कुछ लाभ हो सकते हैं, यह सिस्टम आर्किटेक्चर और डिजाइन की गुणवत्ता और संबद्धता पर निर्भर करता है.

आंतरिक आईटी (IT) डिलीवरी संगठन नियमित SOA प्रयासों का आरंभ करते हैं और इनमें से कुछ व्यापार में अवधारणाओं को अनुपयुक्त तरीके से पेश करते हैं, जिससे उसके बारे में गलतफ़हमी बनी रहती है. इसे अपनाने से व्यापार के बजाय आईटी (IT) डिलीवरी की जरूरतें पूरी होने लगी, जिसके परिणामस्वरूप बाजार के अवसरों के लिए तुरंत प्रतिक्रिया देने वाले संगठन के बजाय सुपरलेटिव लैपटॉप प्रोविजनिंग सेवाओं से युक्त संगठन सामने आता है। यह संगठन SOA का कार्यान्वयन ठीक प्रकार से कर रहा है इस बारे में व्यापार नेतृत्व भी सहमत हो गया था।

SOA का सबसे महत्वपूर्ण लाभ यह है कि इसे आसानी से पुनःउपयोग में लिया जा सकता है। इसलिए अंततः हिसाबी जवाबदेहिता और वित्त मॉडलों का विकास संगठन में ही होना चाहिए. एक व्यवसाय इकाई को ऐसी सेवाओं के निर्माण के लिए प्रोत्साहित किया जाना चाहिए, जिसका उपयोग अन्य इकाइयां कर सकें. इसके विपरीत, इकाइयों को सेवाओं के पुनःप्रयोग के लिए प्रोत्साहित किया जाना चाहिए. इसके लिए प्रशासन के कुछ नए घटकों की आवश्यकता रहती हैः


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