ओसामा बिन लादेन की संयुक्त राज्य अमेरिका के विरुद्ध जेहाद की घोषणा तथा 1998 में अमेरिकी नागरिकों की हत्या करने के लिए उसके और अन्य के हस्ताक्षर से जारी फतवे को जांचकर्ताओं द्वारा ऐसे कृत्य करने की उसकी प्रेरणा के रूप में देखा गया।

शुरू में बिन लादेन ने इनकार किया, लेकिन बाद में घटनाओं में भागीदारी स्वीकार कर ली। 16 सितंबर 2001 को कतर के अल-जजीरा सेटेलाइट टेलीविजन पर प्रसारित एक वक्तव्य पढ़ते हुए बिन लादेन ने हमलों में उसके शामिल होने से इनकार कियाः "मैं जोर देकर कहता हूं कि मैं ने यह काम नहीं किया है, ऐसा लगता है कि यह काम किन्हीं व्यक्तियों द्वारा अपनी स्वयं की प्रेरणा से किया गया है।" इस इन्कार को अमेरिका और दुनिया भर में समाचार चैनलों पर प्रसारित किया गया।

नवंबर 2001 में अमेरिकी सेना ने जलालाबाद, अफगानिस्तान में एक नष्ट मकान से बरामद एक वीडियो टेप बरामद किया जिसमें ओसामा बिन लादेन खालिद अल-हरबी से बात कर रहा था। टेप में लादेन ने यह माना था कि उसे हमलों का पूर्वज्ञान था। इस टेप को 13 दिसम्बर 2001 से विभिन्न समाचार नेटवर्क पर प्रसारित किया गया। टेप पर उसकी विकृत छवि के लिए टेप स्थानान्तरण की तकनीक को जिम्मेदार ठहराया गया है। बिन लादेन को पूर्वज्ञान होने के विस्तृत घटनाक्रम का खुलासा सितम्बर 2002 में एक वृत्तचित्र निर्माता योसरी फाउदा द्वारा खालिद शेख मोहम्मद और रैम्जी बिनालशिभ के साथ आयोजित एक साक्षात्कार में हुआ: अमेरिका में शहादत ऑपरेशन शुरू करने का निर्णय अल-कायदा की सैन्य समिति द्वारा 1999 के आरंभ में लिया गया था;
हमले के लिए तारीख (9/11/01) पर निर्णय लेने के बाद, अत्ता ने 29 अगस्त 2001 को बिनालशिभ को सूचना दी और बिन लादेन को यह सूचना 6 सितम्बर 2001 को दी गई थी।

27 दिसम्बर 2001 को, बिन लादेन का एक दूसरा वीडियो जारी किया गया था। इस वीडियो में वह कहता है कि, "हमारे लोगों को मारने वाले इसरायल का समर्थन करने से अमेरिका को रोकने के उद्देश्य से अमेरिका के खिलाफ आतंकवाद प्रशंसा का हकदार है, क्योंकि यह अन्याय की प्रतिक्रिया थी," लेकिन उसने हमलों की जिम्मेदारी स्वीकार करना बंद कर दिया।

2004 में अमेरिकी राष्ट्रपति पद के चुनाव से कुछ पहले, टेप किए अपने बयान में बिन लादेन ने सार्वजनिक रूप से अमेरिका पर हमले में अल-कायदा की भागीदारी स्वीकार की और इन हमलों के साथ अपना सीधा संपर्क स्वीकार किया। उसने कहा कि हमले किए गए थे, "क्योंकि हम आज़ाद हैं।..और अपने देश के लिए पुनः आजादी हासिल करना चाहते हैं। जिस प्रकार आप हमारी सुरक्षा को कमजोर समझते हैं, उसी प्रकार हम आपकी सुरक्षा को कमजोर समझते हैं।" ओसामा बिन लादेन ने कहा कि उसने जी टूर पर अपने अनुयायियों को वर्ल्ड ट्रेड सेंटर पर हमला करने के लिए निदेश दिया था। इस वीडियो में उसने कहा, "अल्लाह उस पर मेहरबान हो, हम कमांडर जनरल मोहम्मद अत्ता के साथ सहमत हुए थे कि बुश और उनके प्रशासन को सूचना मिलने से पहले, सारा ऑपरेशन 20 मिनट के अंदर क्रियान्वित हो जाना चाहिये।" सितंबर 2006 में अल जज़ीरा द्वारा प्राप्त एक अन्य वीडियो ओसामा बिन लादेन को रैम्जी बिनालशिभ तथा दो अपहरणकर्ताओं, हम्जा अल-गामदी और वैल अल-शेहरी के साथ हमलों की तैयारी करते हुए दिखाता है।

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