रॉबर्ट क्रेंडल ने 1998 में छोड़ दिया और इसकी जगह डोनाल्‍ड जे कार्टी को पदस्‍थापित किया गया जिसने दिवालिया होने के करीब ट्रांस वर्ल्‍ड एयरलाइन (खरीद करार के भाग के रूप में यह तीसरे दिवालियापन के लिए फाइल होगा) और अप्रैल 2001 में सेंट लुइस में इसके हब को खरीदने की वार्ता की।

वरिष्ठता सूचियों का विलय पायलटों के लिए विवादास्पद बना रहता है; समूहों का प्रतिनिधित्‍व विभिन्न यूनियनों समूहों द्वारा किया गया था। विलय में, पूर्व टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) के 60 प्रतिशत पायलटों को एए (AA) की वरिष्ठता सूची में नीचे ले जाया गया। कई को छुट्टी दी गई और कई छुट्टी पर रहे। TWA के वरिष्ठ कैप्‍टनों को बाद के सालों में एए (AA) के लिए काम पर नियुक्‍त किए जाने वाले कैप्‍टनों की वरिष्‍ठता स्‍तर 1999 में कार्य पर बहाल किए गए और बाद में 2001 के जून में बहाल किए गए अमेरिकन एयरलाइंस के प्रथम अधिकारियों के लिए कनिष्‍ठ वरिष्‍ठता सूची में जोड़े गए। टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) के वरिष्ठ पायलट अमेरिकन के साथ उच्‍च वेतन दर पर कैप्‍टन के पद पर बने रहने में सक्षम थे और एक संपन्‍न कंपनी के कार्य कर रहे थे। कनिष्‍ठ टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) पायलटों में से अधिकांश छुट्टी पर रहे। AA की ओर से कैप्‍टंस अधिकांशत: अप्रभावित रहे सिवाय इसके कि टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) ने एएमआर (AMR) के कर्ज को ग्रहण किया जिसने उनकी मूल कंपनी की संपन्‍नता को कम किया। एए (AA) के प्रथम अधिकारियों ने टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) के सैकड़ों कैप्‍टनों को अपने कैप्‍टन के पदों को बनाए रखते हुए देखा, हालांकि कंपनी ने 9/11 के हमलों और परिणामी वित्तीय संकट के बाद छंटनी की थी। 9/11 के हमलों के समय पूर्व के पाइलटों का व्‍यापक रूप से छुट्टी पर जाना अनुचित रूप से सेंट लुइस को प्रभावित किया और इसका परिणाम इस बेस पर अमेरिकन एयरलाइंस के पाइलटों की महत्‍वपूर्ण आवक थी। केबिन क्रू के लिए, टीडब्‍ल्‍यूए (TWA) के सभी पूर्व फ्लाइट अटेंडेंट्स (लगभग 4200) 2003 के मध्‍य में, एए (AA) फ्लाइट अटेंडेंट्स के यूनियन द्वारा टीडब्ल्‍यूए (TWA) के फ्लाइट अटेंडेंट्स को उनकी वरिष्‍ठता सूची के नीचे रखने के कारण, छुट्टी पर चले गए।

अमेरिकन एयरलाइंस ने टीडब्‍ल्‍यू (TWA) के विलय और 11 सितंबर २००१ के हमलों के मद्देनजर (जिसमें इसके दो जहाज शामिल थे) नुकसान उठाना प्रारंभ किया। कार्टी ने यूनियनों से वेतन और लाभ समझौतों पर बातचीत की लेकिन उसने इस्‍तीफा दे दिया क्‍योंकि यूनियन के नेताओं ने यह उदघाटित किया कि वह उसी समय कार्यकारी मुआवजा देने की योजना बना रहा था। इसने एए (AA) का अपने कार्यशक्‍ति के साथ विश्‍वास को बढ़ाने और उत्‍पादकता को बढाने के प्रयासों को कम किया। सेंट लुइस हब में भी छंटनी की गई।

2002 में, एयरलाइन ने 2002 में मानव अधिकार अभियान द्वारा जारी की गई पहले कारपोरेट समानता सूचकांक पर 100 प्रतिशत रेटिंग को हासिल किया और उनकी रेटिंग को कर्मचारियों की नीतियों के लिए बनाए रखा है।

एए (AA) 'पूरे कोच में अधिक कक्ष' कार्यक्रम (जिसने कुछ एयरक्रॉफ्ट में सीटों की कई पंक्तियों को समाप्‍त किया है) समेत अतिरिक्त लागत-कम करने की प्रक्रिया में है। इसने कई अंतर्राष्‍ट्रीय फ्लाइटों पर त्रि-स्‍तरीय सेवा को समाप्‍त किया है और प्रत्‍येक हब पर अपने बेड़े के आकार को कम किया है (नीचे देखें). हालांकि, एयरलाइन ने आयरलैण्डआयरलैंड, भारत और मुख्‍य देश चीन समेत नए बाजार में भी विस्‍तार किया है; 20 जुलाई 2005 को, अमेरिकन ने 17 तिमाही में पहली बार एक तिमाही में लाभ की घोषणा की, एयरलाइन ने 2005 की दूसरी तिमाही में 58 मिलियन डॉलर का लाभ अर्जित किया।

एए (AA) राइट संशोधन का सबसे बड़ा समर्थक था, जिसने डलास में लव फील्‍ड पर व्‍यावसायिक एयरलान के संचालन को नियमित किया। 15 जुलाई 2006 को अमेरिकन साउथवेस्‍ट एयरलाइंस और डलास के नगरों और फोर्ट वॉर्थ के साथ इस शर्त पर राइट संशोधन के निरसन के लिए सहमत हो गया कि लव फील्‍ड एक घरेलू हवाई अड्डा रहेगा और इसके गेट की क्षमता सीमित रहेगी.

2 जुलाई 2008 को, अमेरिकन ने टेक्‍सास के वर्कर समायोजन और पुनर्प्रशिक्षण अधिसूचना अधिनियमप्रणाली के माध्‍यम से करीब 950 फ्लाइट्स अटेंडेंट्स की अवकाश पर जाने की घोषणा की। यह अवकाश 20 MD-80 एयरक्रॉफ्ट के अवकाश्‍ा के अतिरिक्त है। सान जुआन, प्‍यूर्टो रिको के लुइज मुफिओज मेरीन अंतर्राष्‍ट्रीय हवाई अड्डा में अमेरिकन हब 38 दैनिक फ्लाइटस को छोटा कर 18 दैनिक फ्लाइट्स तक सीमित कर दिया जाएगा, लेकिन कैरियर कम क्षमता में सेवा में बनी रहेगी.
13 अगस्त 2008 को, "कैनसस सिटी स्टार" ने बताया कि अमेरिकन अपने कुद ओवरहॉल कार्यों को अपने कैनसस सिटी, मसूरी बेस से ले जाएगा. साथ ही बोइंग 757 की मरम्‍मत टुल्‍सा, ओकाहामा और अन्‍य 767 की देखभाल भी वहां की जाएगी, एक या संभवत: दो बोइंग 767 मरम्‍मत लाइंस कैनसस सिटी अंतर्राष्‍ट्रीय हवाई अड्डा में रहेगा. नजदीकी मुख्‍य भाग का मरम्‍मत हैंगर बंद हो जाएगा. नगर के विमानन विभाग ने इस शर्त पर मरम्‍मत सुविधाओ को उन्‍नत करने का प्रस्‍ताव दिया कि एयरलाइन कम से कम 700 कार्यों की देखभाल करेगा। 

जून 26, 2009 को, यूएस एयरवेज के साथ विलय की अफवाहों ने ऑनलाइन उड्डयन समुदाय में अधिक आश्‍चर्य को उत्‍पन्‍न्‍ा किया।

अगस्त 2009 में, यूनाइटेड एयरलाइंस और यूएस एयरवेज के साथ अमेरिकन ऋण की निगरानी में रहा। सभी एयरबस जेट्स अगस्‍त के अंत तक हटा दिए गए और वर्तमान में रोजवेल, न्‍यू मैक्‍सिको में संग्रहित हैं।

28 अक्टूबर 2009 को, अमेरिकन ने अपने कर्मचारियों को सूचित किया कि यह अपने कैनसास सिटी मरम्‍मत बेस को सितंबर 2010 में बंद कर देगा और पांच छोटे मरम्‍मत स्‍टेशनों को बंद कर देगा या कटौती करेगा, जिसका परिणाम कम से कम 700 नौकरियों का समाप्‍त होना होगा। 

जुलाई 2010 के प्रारंभ में, यह बताया गया कि अमेरिकन एयरलाइंस अपने क्षेत्रीय एयरलाइन अमेरिकी ईगल के लिए खरीदार खोजने की कोशिश कर रहा था। इस कदम के बाद डेल्टा एयर लाइन्स और उसकी अपनी पूर्ण स्वामित्व वाली क्षेत्रीय एयरलाइनों कम्पास एयरलाइंस और मेसाबा एयरलाइंस को बंद करना है

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टीडब्‍ल्‍युए (TWA) विलय, 9/11 से वर्तमानर तक
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