कीन ने क्लब के लिये उसके अंतिम स्पर्धीय खेल में लगी चोट के कारण लंबी अनुपस्थिति के दौरान, लिवरपूल के विरूद्ध लुई गार्सिया की जोरदार चुनौती की वजह से अनपेक्षित रूप से आपसी सहमति से मैन्चेस्टर युनाइटेड छोड़ दिया. उसकी विदाई पुर्तगाल में क्लब के सत्र-पूर्व प्रशिक्षण शिविर के समय से कीन और युनाइटेड के प्रबंधकों तथा खिलाड़ियों के बीच बढ़ते हुए तनावों का चरम बिंदु था, जिसमें उसने फर्ग्युसन से रिजार्ट की सविधाओं की गुणवत्ता के बारे में बहस की थी। फर्ग्युसन को एक एमयूटीवी (MUTV) फोन-इन के समय कीन की इस स्वीकृति पर और भी क्रोध आया कि सत्र की समाप्ति पर युनाइटेड के साथ उसके चालू अनुबंध के खत्म होने पर "वह और कहीं खेलने के लिये तैयार होगा".

एमयूटीवी पर कीन के एक और प्रदर्शन ने और भी विवाद को जन्म दिया जब नवम्बर की शुरूआत में मिडिल्सब्रो के हाथों एक बुरी 4-1 हार के बाद उसने जॉन ओ शिया, एलन स्मिथ, काइरेन रिचर्डसन और डारेन फ्लेचर के प्रदर्शनों की आलोचना करने के अवसर का लाभ उठाया. पर, सबसे कड़ा विश्लेषण उसने क्लब द्वारा रिओ फर्डिनांड के यादगार हस्ताक्षर के लिये था। "सिर्फ इसलिये कि तुम्हें £120,000 प्रति सप्ताह मिलते हैं और टोटोनहैम के विरूद्ध तुम 20 मिनट के लिये अच्छा खेल लेते हो, तुम समझते हो कि तुम एक सुपरस्टार हो." इस वक्तव्य को युनाइडेड के प्रबंधकों द्वारा बहुत अपमानजनक समझा गया और बाद में क्लब के टीवी स्टेशन द्वारा संचरण से उसे निकाल दिया गया। साक्षात्कार में मौजूद लोगों के अनुसार कीन के विचार उसके अपने मानदंडों के हिसाब से भी विस्फोटक थे।

दो हफ्तों बाद, फर्ग्युसन के साथ एक और तकरार के बाद, कीन ने मैन्चेस्टर के साथ एक समझौता किया जिसमें उसे तुरंत क्लब छोड़ने की इजाजत दी गई ताकि वह एक अन्य क्लब के साथ एक लंबे समय के अनुबंध पर हस्ताक्षर कर सके. ओल्ड ट्रैफर्ड में उसके द्वारा व्यतीत साढ़े बारह वर्षों के समय के सम्मान में उसके लिये एक टेस्टिमोनियल करने का प्रस्ताव किया गया, तथा फर्ग्युसन और युनाइटेड के मुख्य एक्जीक्यूटिव डेविड गिल दोनों ने उसे भविष्य के लिये शुभकामनाएं व्यक्त कीं. 15 दिसम्बर 2005 को, £40,000 प्रति सप्ताह के एक अनुबंध पर समझौते के बाद कीन की सेल्टिक के खिलाड़ी के रूप में घोषणा की गई, वह टीम जिसका वह एक बच्चे के रूप में समर्थन किया करता था।

युनाइटेड द्वारा बाद में प्रकट किया गया कि कीन का टेस्टिमोनियल ओल्ड ट्रैफर्ड में 9 मई 2006 को युनाइटेड और सेल्टिक के बीच होगा. घरेलू टीम ने यह खेल 1-0 से जीता जिसमें कीन प्रथमार्ध सेल्टिक के लिये और द्वितीयार्ध मैन्चेस्टर युनाइटेड के कप्तान की तरह अपनी पुरानी भूमिका में खेला। 69,591 की भीड़ इंगलैंड में किसी भी टेस्टिमोनियल मैच के लिये सबसे बड़ी भीड़ थी। मैच से प्राप्त सारी राशि कीन की पसंदीदा चैरिटी, द गाइड डाग्स फार द ब्लाइंड एसोसियेशन को दी गई।

बचपन और प्रारंभिक कैरियर
सेवानिवृत्ति के बाद
नॉटिंघम फारेस्ट
विदाई