प्रतापगढ़ मुख्यालय पर जिला कारागृह और छोटी सादडी में एक उप-कारागृह है जिनमें विचाराधीन कैदी रखे जाते हैं।
प्रतापगढ़ जेल बहुत पुरानी है, इतनी पुरानी कि जुलाई २०११ की वर्षा के दौरान जेल की मुख्य दीवार १०० फुट तक की लम्बाई में एकाएक धराशाई हो गयी थी, जिसे रातों रात ठीक करवाना पड़ा. अँगरेज़ शासन के दौरान १९१२ में ब्रिटिश रेसिडेंट 'मेजर' द्वारा इस जेल के एक मुआयने के बाद लिखा गया एक ऐतिहासिक 'इंस्पेक्शन नोट' आज भी जेल रिकॉर्ड के अभिलेखागार में सुरक्षित है।

पुराने समूचे प्रतापगढ़ राज्य में महारावत, कामदार और ११ दूसरे सरदारों की मदद से न्यायिक मामले देखे जाने की व्यवस्था थी। बाद में जब तत्कालीन प्रतापगढ़ राज्य ने नए पांच जिले- प्रतापगढ़, कनौरा, बजरंगगढ़, सकथली और मंगरा बनाये, तो उन पर 'जिला-हाकिमों' की तैनाती की गयी। आज के जिला कलेक्टर की ही तरह वे जिला-हाकिम राजस्व के अलावा न्याय कार्य भी निपटाया करते थे। इन जिला हाकिमों के आदेशों की अपीलें खुद राजा (महारावत) सुनते थे। महारावत के आदेश की कहीं अपील नहीं हो सकती थी। सुप्रीम कोर्ट के बराबर तब की 'राज्यसभा' थी, जिसकी 'इजलास-खास' में महारावत अन्य सदस्यों की सलाह से निर्णय लेते थे। राजसभा को मृत्यु दंड (सजा-ए-मौत) देने की शक्ति तक थी। प्रतापगढ़ के पुराने गढ़-परिसर में क्षत-विक्षत "फांसीघर" के अवशेष आज भी देखे जा सकते हैं। 'इजलास शाखा' के सारे फैसलों की अपील महाराज खुद सुना करते थे। जागीरदारों की अपील सेशन-जज के न्यायालय में होती थी। 

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