हालांकि आमतौर पर प्रतिजैविक दवाओं को सुरक्षित और अच्छी तरह सहन करने योग्य माना जाता है, पर ये व्यापक रूप से प्रतिकूल प्रभाव से भी जुड़ी हुई हैं।
दुष्प्रभाव कई तरह के, विविध रूपों वाले और पूरी तरह प्रतिजैविक के उपयोग और लक्ष्यित किये जाने वाले सूक्ष्मजीवों पर निर्भर होते हैं। नई दवाओं से उपचार के सुरक्षा प्रोफाइल कई वर्षों से उपयोग की जा रही दवाओं जितने स्थापित नहीं है। प्रतिकूल प्रभाव बुखार और मिचली से लेकर फोटोडर्माटाइटिस और एनाफिलिक्स जैसे बड़े एलर्जी तक के रूप में दिख सकते हैं। आम रूप से दिखने वाले दुष्प्रभावों में से एकदस्त है, जो कभी-कभी एनेरोबिक बैक्टीरियम "क्लोस्ट्रिडियम डिफिसाइल" के कारण होते हैं और यह प्रतिजैविक द्वारा आंत के फ्लोरा के सामान्य संतुलन को अस्तव्यस्त करने से होता है। रोग पैदा करने वाले बैक्टीरिया की इस तरह अतिवृद्धि को प्रतिजैविक लेने के दौरान प्रो-बायोटिक की खुराक लेने खत्म किया जा सकता है। प्रतिजैविक के कारण उन जीवाणुओं की संख्या भी बढ़ सकती है जो सामान्य रूप से योनि के फ्लोरा के घटक के रूप में उपस्थित होते हैं और इससे वोल्वों-योनि क्षेत्र में जीनस "कैंडीडा" खमीर की प्रजातियों का जरूरत से ज्यादा विकास हो सकता है। दूसरी दवाओं के साथ अंतरक्रियाशीलता से दूसरे पार्श्व कुप्रभावों भी दिख सकते हैं, जैसे प्रणालीगत कोर्टीकोस्टेरायड के साथ एक क्विनोलोन प्रतिजैविक लेने से कण्डरा (मांशपेशी को हडडी से जोड़ने वाली नस) की क्षति का जोखिम बढ़ जाता है।

प्रतिजैविक का दुरुपयोग
प्रतिरोध को संशोधित करने वाले एजेंट
प्रतिजैविक प्रतिरोध
दुष्प्रभाव