विषाणु विज्ञान की एक प्रधान शाखा है विषाणु वर्गीकरण। विषाणुओं को उनके द्वारा संक्रमित हुए होस्ट के आधार पर वर्गीकृत किया जासकता है: पशु विषाणु, पादप विषाणु, कवक विषाणु, बैक्टीरियोफेज (जीवाणु को संक्रमित करते विषाणु), इत्यादि। 
अन्य वर्गीकरण के तहत उनके कैपसिड (प्रायः हैलिक्स या ओकैसाहैड्रॉन) की ज्यामितीय आकृति के अधार पर या विषाणु की संरचना के आधार पर किया जाता है (उदा० लिपिड वायरल एनवेलप की उपस्थिति या अनुपस्थिति)। विषाणुओं का आकार 30nm से लेकर 450nm तक होता है। अतएव अधिकांश विषाणु साधारण सूक्ष्मदर्शी द्वारा देखे नहीं जा सकते हैं। विषाणुओं का आकार व उनकी संरचना का दर्शन इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी के संग एन एम आर स्पैक्ट्रोस्कोपी द्वारा ही किया जा सकता है। खासकर इसे एक्सरे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा देखा जा सकता है।

सर्वाधिक प्रयोग होने वाला व उपयोगी वर्गीकरण विषाणुओं को उनके द्वारा अनुवांशिकी हेतु प्रयोग होने वाले न्यूक्लिक अम्ल व तथा वायरल प्रतिकृति पद्धति के आधार पर किया जाता है:
इनके साथ ही विषाणुज्ञ उपविषाणु कण (सब-वायरल पार्टिकल्स), संक्रामक अस्तित्व (जो विषानुओं से भी छोटे हैं) का अध्ययन भी करते हैं:
वायरॉयड (पादप स्म्क्रमण करते नग्न वृत्ताकार आर एन ए अणु), सैटेलाइट बॉडीज़ (न्यूक्लिक अम्ल अणु, कैपसिड के साथ या बिना, जिन्हें संक्रमण और प्रजनन हेतु एक सहायक विषाणु आवश्यक होता है) एवं प्रायन (रोग विज्ञानीय आकृति में रह रहे प्रोटीन, जो अन्य प्रायन अणुओं को वही आकृति दिलवा देते हैं)

विषाणु टैसोनॉमी पर अन्तर्राष्ट्रीय समिति (2005) ने 5450 विषाणु सूचिबद्ध किये हैं, जो 2000 स्पीशिज़, 287 जैनेरा, 73 परिवार व 3 ऑर्डर में वर्गीकृत हैं।

विषाणु विज्ञान में टैक्सा अनिवार्य रूप से मोनोफायलिटिक नहीं होते। वरन भिन्न विषाणु समूहों के विकासशील संबंध अभी भी अस्पष्ट हैं। इनके उद्गम के बारे में तीन प्राक्कल्पनाएं हैं:
यह बिलकुल संभव है, कि भिन्न विकल्प, भिन्न विषाणु समूहों पर लागू होते हैं।

यहां मिमिवायरस, जो एक वृहत विषाणु है, व अमीबा में संक्रमण करता है, के बारे में संदर्भ देना उचित है; जो अधिकांश आण्विक मशीनरी रखता है, जो कि जीवाणुओं से संबद्ध है। क्या यह परजीवी प्रोकैर्योट का सरलीकृत रूप है, या कि यह एक सरल विषाणु रूप में उद्गम हुआ, जिसने अपने होस्ट के जीन ले लिये?

विषाणुओं का क्रम-विकास, जो प्रायः अपने होस्ट के क्रम-विकास के साथ होता है, विषाणु क्रम विकास के अन्तर्गत अध्ययनित है। 

जबकि विषाणु प्रजनन व विकास करते हैं, फिर भी उनमें चयापचय नहीं होता है, व अपने होस्ट कोशिका पर प्रजनन हेतु निर्भर हैं। 

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