२४ सितंबर २००३ में एयर डेक्कन का परिचालन एक अशुभ शुरूवात से हुई थी जब हैदराबाद से विजयवाड़ा कि फ्लैट कि उडान से पहले ही हवाई पट्टी पर आग पकड़ने के कारण उड़ान को रद्द किया था। इस फ्लैट में कई गणमान्य व्यक्ति यात्रा कर रहे थे जैसे तबके भाजपा अध्यक्ष एम. वेंकैया नायडू, तबके नागरिक उड्डयन राज्य मंत्री राजीव प्रताप रूडी और तेलुगू देशम पार्टी के नेता के. येर्रन नायडू. इसे एक एटीआर ४२ विमान के उपयोग से संचालित किया गया था। फिर, २९ मार्च २००४ को बंगलौर के लिए गोवा से उडान भरी एक और एयर डेक्कन के केबिन में धुआं भरने के कारण आधे घंटे बाद लौटना पड़ा। यह विमान भी एक एटीआर ४२ था। ११ मार्च २००६ को, कोयंबटूर से बंगलौर को यात्रा करने वाली एक एयर डेक्कन की उड़ान बंगलौर के एचएएल हवाई अड्डे के रनवे पर एक बहुत भारी प्रभाव सेउतरा और रनवे के बाहर फिसल गया। इस विमान में कुल ४४ लोग थे जिस्मे से ४० यात्री और ४ क्रू थे। इस दुर्घट्ना में यात्रियों के जीवन को कोई नुक्सान नहीं हुआ लेकिन विमान जो एक एटीआर ७२ थी, गंभीर रूप से क्षतिग्रस्त हो गई थी।

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