हैदर अली ने 1773 में मालाबार पर इस बहाने से दूसरी बार कब्जा कर लिया कि 1768 में हुई सहमति के अनुसार मालाबार के राजा ने उपहार भेंट नहीं की। हैदर की क्रूर सेना के भय से मालाबार राजा के अधिकांश परिजन अपने बाल-बच्चों और मित्रों के साथ त्रावणकोर भाग गए। यद्यपि मैसूरी अधिकारियों की धर्मांधता, लूट-खसोट और अत्याचारों का मालाबार में सर्वत्र विरोध होने लगा, लेकिन नेतृत्वकारी लोगों के पलायन से यह प्रतिरोध अराजकता में बदलने लगा। बहरहाल, पजहस्सी राजा ने घोषणा की कि खतरे को सामने देखकर भाग खड़ा होना कायरता है। वे कोट्टयम में ही रहे और एक दल जुटाकर उन्होंने छापामार युद्ध चलाना शुरू किया, क्योंकि उनके पास पर्याप्त बंदूकें और सेना नहीं होने की वजह से वे मसूरी सेना के साथ आमने-सामने की लड़ाई नहीं लड़ सकते थे। राजा ने पुरालिमाला (एक पर्वतीय श्रृंखला जो मोसाकुन्नु से लेकर मत्तानुर तक फैली है, जो पश्चिमी घाट का हिस्सा नहीं है) के लगभग अभेद्य जंगल-पहाड़ों और वायनाड में अनेक अड्डे बनाये और कोट्टयम तथा वायनाड में मैसूरी सेना को बार-बार गंभीर क्षति पहुंचायी. 
"[*पुरालिमाला एक पर्वत श्रृंखला है जो कि मत्तान्नुर से मोझाकुन्नु तक पूरब-पश्चिम में फैली हुई है। " "यह पश्चिमी घाट का हिस्सा नहीं है।]"

पहला विद्रोह (1793-1797)
हैदर अली और टीपू सुल्तान के विरुद्ध युद्ध
तलास्सेरी की घेराबंदी
पजहस्सी राजा और अंग्रेजों के बीच युद्ध