लद्दाख पर केंद्रीय एशिया के लूटने वाले मुस्लिम राज्यों द्वारा लगातार छापे जाने से, लद्दाख के कमजोर और आंशिक रूपान्तरण का कारण बनता है। लद्दाख को विभाजित किया गया था, निचलेदार लद्दाख के साथ राजा टैपाबम ने बेसगो और टेमिस्गम से राज्य किया था, और ऊपरी लद्दाह ने राजा तकोबुम्दे द्वारा लेह और शे के द्वारा किया था। भागन, बाद में बासगो राजा ने लद्दाह के राजा को उखाड़ फेंकते हुए लद्दाख में पुनर्मिलन किया। उन्होंने उपनाम Namgyal (विजयी अर्थ) लिया और एक नई राजवंश की स्थापना की जो आज भी जीवित है। राजा तशी नामग्याल (1555-1575) ने सबसे मध्य एशियाई हमलावरों को पीछे हटाने में कामयाब रहे, और नामग्याल पीक के शीर्ष पर एक शाही किला बनाया। Tsewang Namgyal अस्थायी रूप से नेपाल के रूप में दूर अपने राज्य बढ़ाया

जामियांग नामग्याल के शासनकाल के दौरान, बाल्टिस्तान के कुछ मुस्लिम शासकों की जमैयांग की हत्या के जवाब में बाल्टि शासक अली शेर खान आचान द्वारा बाल्टिस्तान पर हमला किया गया था। खान के आक्रमण के दौरान कई बौद्ध गोम्पा क्षतिग्रस्त हुए। आज, इस अवधि से पहले कुछ गोम्पा मौजूद हैं खान के अभियान की सफलता ने अपने दुश्मनों को प्रभावित किया कुछ खातों के अनुसार, जामियांग ने एक शांति संधि सुरक्षित कर लिया और अली शेर खान को अपनी बेटी की शादी में हाथ मिला दिया। जामयांग को मुस्लिम राजकुमारी का हाथ मिला, शादी में ग्याल खतुन के हाथ। सेंगेज नामग्याल (1616-1642), जिसे 'शेर' राजा के नाम से जाना जाता था, जामियांग और ग्याल का पुत्र था।उन्होंने कई गोम्पा और मंदिरों के पुनर्निर्माण के माध्यम से लद्दाख को अपनी महत्वाकांक्षी और उत्साही इमारत के कार्यक्रम से अपनी पुरानी महिमा को बहाल करने के प्रयास किए, जिनमें से सबसे प्रसिद्ध हेमिस है उन्होंने शाही पैलेस से लेह पैलेस तक शाही मुख्यालय भी चलाया और ज़ांस्कर और स्पीति में राज्य का विस्तार किया, लेकिन मुगल द्वारा पराजित किया गया, जिन्होंने पहले से ही कश्मीर और बाल्तिस्तान पर कब्जा कर लिया था। उनके पुत्र दल्दन नामग्याल (1642-1694) को लेह में एक मस्जिद का निर्माण करके मुगल सम्राट औरंगजेब को सम्मिलित करना था।  हालांकि, बाद में वह कश्मीर के मुगल वायसराय इब्राहिम खान के बेटे फइदाई खान के अधीन मुगल सेना की मदद से, नेमू और बासगो के बीच स्थित चौदयाल के मैदानों में 5 वीं दलाई लामा आक्रमण को हराया।

 कई मुस्लिम मिशनरियों ने लद्दाख में इस अवधि के दौरान इस्लाम का प्रचार किया और कई लद्दाखी लोगों को धर्मांतरण किया। जाम्यांग से ग्याल की शादी के बाद कई बल्टि मुस्लिम लेह में बस गए। व्यापार और अन्य उद्देश्यों के लिए इस क्षेत्र में मुसलमानों को भी आमंत्रित किया गया था।

प्राचीन इतिहास
नामग्याल राजवंश
पहला पश्चिम तिब्बती वंश
आधुनिक समय