मोरारी बापू ने विवादित जन्मस्थान उर्फ राम जन्मभूमि पर राम के मंदिर के निर्माण का समर्थन किया था। १९९२ में मोरारी बापू राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ द्वारा आयोजित कार्यक्रम में शामिल हुए और उन्होंने राम मंदिर के लिए युवाओं से 'लड़ाई' और 'शहीद' होने की अपील की। लोकप्रिय शो आप की अदालत में उन्होंने भारत के सर्वोच्च न्यायालय से अपील की कि वह राम मंदिर के संबंध में निर्णय देने में देरी न करे। इसी कड़ी में उन्होंने कहा कि कोई भी नरेंद्र मोदी की देशभक्ति पर सवाल नहीं उठा सकता। 

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