३० जनवरी सन् १९४८ में अहि्मसावादी भारतीय सैनानी मोहनदास करमचंद गांधी की हत्या को हिन्दूत्व विचारधारा से प्रेरित बताया जाता है। गांधी का एकलौता हत्यारा नाथूराम गोडसे १९४० तक राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ का सदस्य था। लेकिन गांधी की हत्या को भगवा आतंकी से प्रेरित करार देने पर अभी तक विवाद चल रहा है क्योंकि सरदार वल्लभभाई पटेल, जो उस समय भारत के गृह मंत्री थे, ने राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ पर प्रतिबंध लगाया था। लेकिन जाँच आयोग और कपूर कमीशन ने १९६९ में राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ को क्लीन चिट दे दी। इंडियन नेशनल कांग्रेस प्रवक्ता संजय झा के अनुसार राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ ने अपने सेवकों को गांधी की हत्या से पहले 'किसी बड़ी घटनाक्रम' के लिए इंतजार करने को कहा था अौर फिर गांधी की मृत्यु के बाद राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ ने मिठाईयाँ बाँटी। 

६ दिसंबर सन् १९९२ को राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ, १,१५,००० विश्व हिंदू परिषद अौर भारतीय जंता पार्टी के कारसेवकों ने बाबरी मस्ज़िद के सामने एक रैली का आयोजन किया। इस रैली में उमा भारती, मुरली मनोहर जोशी, लाल कृष्ण आडवाणी जैसे प्रमुख हिन्दू राष्ट्रवादी नेताओं ने भाषण दिया था। वे अभी भारतीय जंता पार्टी के प्रमुख नेताओं में से हैं। सूभाष गटाडे के अनुसार, बाबरी मस्ज़िद विध्वंस हिन्दूत्व आतंकवाद की मिसाल है।

केंद्रीय गृह मंत्री रह चुके पी. चिदंबरम ने भगवा आतंकवाद को एक नई घटना बताई। लेकिन बी. रमण, जो मंत्रिमंडल सचिवालय के अपर सचिव रह चुके हैं, उनके अनुसार भगवा आतंकवाद की शुरुआत भारतीय सरकार की पाकिस्तान अौर भारतीय मुसलमान समुदाय, जो आतंकवाद में लिप्त हैं, के प्रति कथित नरम नीति के कारण हुई। उन्होनें हिन्दूत्व व भगवा आतंकवाद को इस्लामी आतंकवाद के मुकाबले कार्यनीतिक स्वभाव का बताया। २००२ में शिवसेना प्रमुख बाल ठाकरे ने इस्लामी आतंकवाद पर रोक लगाने हेतु हिन्दू अात्मघाती हमलावरों का दस्तों बनवाने का अादेश जारी किया था। पाकिस्तिनी खुफिया एजेंसी शिवसेना को एक आतंकवादी संगठन मानती थी। पूर्व गृह सचिव जी. के पिल्लय के अनुसार भगवा आतंकवाद को बड़ी चिंता का एक कारण बताया।

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आलोचना
प्रयोग
२००७ अजमेर दरगाह धमाका