सितम्बर 1988 में "सैटेनिक वर्सेज़" के प्रकाशन ने इस्लामी दुनिया में तत्काल विवाद को जन्म दिया और इसका कारण बना पैगंबर मोहम्मद का अपमानजनक समझा जाने वाला चित्रण। शीर्षक एक विवादित मुस्लिम परंपरा को संदर्भित करता है, जिसका संदर्भ क़िताब में है। इस परंपरा के मुताबिक, तीन देवियों को, जिनकी दैवीय प्राणियों के रूप में मक्का में पूजा की जाती थी, स्वीकार करते हुए मोहम्मद (क़िताब में महाउन्द) ने कुरान में पंक्तियां ("सुर") जोड़ीं। किंवदंती के मुताबिक, मोहम्मद ने बाद में इन पंक्तियों का प्रतिसंहरण किया, यह कहते हुए कि शैतान ने उन्हें मक्का वालों को खुश करने के लिए इन्हें बोलने को उकसाया (अतः "शैतानी पंक्तियां"). हालाँकि, वर्णनकर्ता, पाठक के सामने यह खुलासा करता है कि यह विवादित पंक्तियाँ वास्तव में आर्कएंजेल गिब्रील के मुँह से निकली थीं। बड़े मुस्लिम समुदाय वाले कई देशों में इस क़िताब पर प्रतिबंध लगा दिया गया था।
14 फ़रवरी 1989 को रुश्दी को मारने के "फतवे" की रेडियो तेहरान पर तत्कालीन ईरान के आध्यात्मिक नेता अयातुल्ला रूहोल्लाह खोमैनी द्वारा यह कहते हुए घोषणा की गई कि पुस्तक "इस्लाम के खिलाफ़ ईशनिन्दात्मक" है (पुस्तक का चतुर्थ अध्याय एक इमाम के चरित्र को चित्रित करता है जो निर्वासन में है और जो अपने देश की जनता को, उनकी सुरक्षा से बिना कोई वास्ता रखे, बग़ावत को भड़कावा देने के लिए लौटता है। रुश्दी की मौत के लिए ईनाम की पेशकश की गई और इस तरह अगले कई वर्षों के लिए वह पुलिस-सुरक्षा के तहत रहने को मजबूर हो गए। 7 मार्च 1989 को यूनाइटेड किंगडम और ईरान ने रुश्दी विवाद पर राजनयिक संबंध तोड़ लिए।
पुस्तक के प्रकाशन और "फतवे" ने दुनिया भर में हिंसा को भड़काया, जिसके तहत क़िताब की दुकानों पर आग के गोले बरसाए। पश्चिम के कई देशों में मुस्लिम समुदायों ने सार्वजनिक रैलियों का आयोजन किया, जिनमें उन्होंने क़िताब की प्रतियों को जलाया। इस पुस्तक के अनुवाद से या प्रकाशन से जुड़े कई लोगों पर हमले हुए, कई गंभीर रूप से घायल हुए और यहाँ तक कि मारे भी गए। तीसरी दुनिया के देशों में और भी कई लोग दंगों में मारे गए।
24 सितंबर 1998 को, ब्रिटेन के साथ राजनयिक संबंधों की पुनर्बहाली के लिए एक पूर्व शर्त के रूप में, उस वक़्त मोहम्मद खातमी के नेतृत्व वाली ईरानी सरकार ने, एक सार्वजनिक प्रतिबद्धता जताई कि वह "रुश्दी की हत्या के संचालन को ना तो समर्थन देगी, ना ही रोक लगाएगी।"
बहरहाल, ईरान में कट्टरपंथियों ने मौत की सजा की पुष्टि जारी रखी। 2005 की शुरुआत में, मक्का की वार्षिक तीर्थयात्रा करने वाले मुस्लिम तीर्थयात्रियों के लिए एक संदेश में ईरान के आध्यात्मिक नेता, अयातुल्ला अली खमेने द्वारा, खोमैनी के "फतवे" की पुनः पुष्टि की गई। इसके अतिरिक्त, रिवोल्यूशनरी गार्ड ने घोषणा की है कि उन पर मौत की सज़ा अभी भी मान्य है। ईरान ने इस "फतवे" को वापस लेने के अनुरोध को इस आधार पर खारिज कर दिया कि सिर्फ वही व्यक्ति इसे वापस ले सकता है जिसने इसे जारी किया हो, और जिस व्यक्ति ने इसे जारी किया था - अयातुल्ला खोमैनी - उसकी मृत्यु 1989 में ही हो चुकी है।
सलमान रुश्दी ने बताया कि उन्हें यह जताते हुए कि उन्हें मारने की शपथ वह देश भूला नहीं है, उन्हें अभी भी ईरान से हर साल 14 फ़रवरी को एक वेलेंटाइन कार्ड जैसा कुछ प्राप्त होता है। उन्हें यह भी कहते हुए उद्धृत किया गया था, "यह ऐसे स्तर पर पहुंच गया है जहाँ यह एक वास्तविक खतरे के बजाय भाषण का एक हिस्सा है।" रुश्दी पर खतरे के बावजूद, उन्होंने सार्वजनिक रूप से कहा कि उनके परिवार को कभी धमकी नहीं दी गई और यहाँ तक कि उनकी माँ को (जो अपने जीवन के बाद के वर्षों के दौरान पाकिस्तान में रहती थीं) भारी समर्थन प्राप्त हुआ।
रुश्दी के एक पूर्व अंगरक्षक, रॉन इवांस ने एक पुस्तक प्रकाशित करने की योजना बनाई, जो लेखक के उन दिनों के व्यवहार को सामने रखती जब वह छिपे हुए थे। इवांस ने दावा किया कि रुश्दी ने "फतवे" से आर्थिक लाभ पाने का प्रयास किया और वे आत्मघाती थे, लेकिन रुश्दी ने इस क़िताब को झूठ का पुलिंदा कहते हुए खारिज कर दिया और रॉन इवांस, उसके सहयोगी लेखक और प्रकाशक के खिलाफ कानूनी कार्रवाई की। 26 अगस्त 2008 को लंदन के उच्च न्यायालय में रुश्दी से तीनों पक्षों ने माफ़ी माँगी.

प्रमुख साहित्यिक कृतियां
"द सैटेनिक वर्सेज़" और "फतवा"
हत्या का विफल प्रयास और हिजबुल्लाह की टिप्पणियाँ
"अंतर्राष्ट्रीय गोरिल्ले "