पीई का इलाज नहीं कराने पर 26% की मौत हो जाती है। यह आंकड़ा, 1960 में बैरिट और जॉर्डन द्वारा प्रकाशित एक परीक्षण का है, जो पीई के प्रबंधन के लिए प्रायोगिक औषध के विरूद्ध एंटिकोगुलेशन की तुलना करता है। बैरिट और जॉर्डन ने अपना अध्ययन 1957 में ब्रिस्टॉल रॉयल इनफरमैरी में किया था। केवल यह अध्ययन ही अबतक प्रायोगिक औषध नियंत्रित परीक्षण है जो पीई के इलाज में एंटिकोगुलेंट्स के स्थान की जांच करता है और जिसके परिणाम इतने विश्वसनीय हैं कि परीक्षण को कभी दुहराया नहीं जाता मानो ऐसा करना कोई अनैतिक काम हो. कहा गया, प्रायोगिक औषध समूह में 26% मृत्यु दर की रिपोर्ट संभवत: बड़बोलापन है और बताया गया क़ि आज की तकनीक ने केवल गंभीर PEs की ही पहचान की है।

पूर्वानुमान प्रभावित फेफड़े की मात्रा और अन्य मेडिकल अवस्थाओं के सह-अस्तित्व पर निर्भर करता है; फेफड़े का क्रोनिक इंबोलाइजेशन फुफ्फुसीय हाइपरटेंशन की ओर बढ़ जाता है। एक गंभीर पीई के बाद, रोगी को जिन्दा रखने के लिए एंबोलस को किसी तरह सुलझाना अत्यन्त आवश्यक है। थ्रंबोटिक पीई में, खून के थक्के को फिब्रिनोलाइसिस द्वारा तोड़ा जा सकता है, या इसको व्यवस्थित और दुबारा सारणिबद्ध किया जा सकता है जिससे कि थक्के से एक नया चैनल बन सके. एक पीई के बाद पहले या दुसरे दिन रक्त प्रवाह को बडी तेजी से प्रत्यावर्तित किया जाता है। इसके बाद सुधार उसे धीमा कर देती है और कुछ दोष स्थायी रूप से रह सकते हैं। इस पर विवाद है कि क्या छोटे सबसगमेंटल PEs का पूरी तरह से इलाज किया जा सकता है या नहीं और कुछ साक्ष्य हैं कि सबसंगमेंटल PEs से ग्रस्त रोगी बिना इलाज के भी अच्छा कर सकते हैं।

एक बार एंटिकोगुलेशन के बंद होने पर है, घातक फुफ्फुसीय अन्त:शल्यता का जोखिम प्रति वर्ष 0.5% है।

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