मार्च 2006 के राष्ट्रपति चुनाव में बोनी 26 उम्मीदवारों में से एक थे।  सिटिंग प्रेसिडेंट, मैथ्यू केरेको ,  president० के दशक की शुरुआत से ही देश की राजनीति में एक प्रमुख ताकत थे और सत्ता के संक्रमण की अनुमति देने के लिए सहमत होने के बारे में गंभीर संदेह थे। बोनी ने स्वतंत्र उम्मीदवार के रूप में पहले राउंड में 35.8% वोट हासिल करके कई लोगों को चौंका दिया।  उनके अभियान के मुख्य भाग थे-शासन में सुधार करना, निजी क्षेत्र को प्रोत्साहित करना, महिलाओं के लिए शैक्षिक अवसरों में सुधार करना और कृषि क्षेत्र का आधुनिकीकरण करना। उनके निकटतम प्रतिद्वंद्वी डेमोक्रेटिक रिन्यूअल के लिएसोगलो की पार्टी के एड्रिएन होंगबेदीजी थेजिसने 25 प्रतिशत प्राप्त किया। १ ९ मार्च २००६ को बोनी और हुंगबेदीजी के बीच अपवाह में, बोनी ने लगभग of५% वोट से जीत हासिल की।  उन्होंने ६ अप्रैल २००६ को पदभार ग्रहण किया। २००६ के चुनाव में उच्च मतदाताओं ने मतदान किया और स्वतंत्र चुनाव पर्यवेक्षकों द्वारा उन्हें स्वतंत्र और निष्पक्ष माना गया। 

में 2007 के संसदीय चुनावों , एक गठबंधन है कि ने किया एक उभरते बेनिन के लिए Cowry बलों (FCBE) और समर्थित बोनी सीटों का सबसे बड़ा हिस्सा अर्जित किया। यह गठबंधन २०१० तक टूट गया और बोनी के एजेंडे के कई हिस्सों को पारित होने से रोक दिया गया। अगस्त 2010 तक, एक तेजी से एकीकृत गठबंधन, बोन को महाभियोग के लिए वोट देने के लिए संसद का बहुमत प्राप्त करने में सक्षम था, जो एक पोन्ज़ी योजना में शामिल था, जिसने बेनिन में 100,000 लोगों की बचत को लिया।  जबकि उन्हें बोनी को सत्ता से हटाने के लिए आवश्यक दो तिहाई बहुमत नहीं मिला, विपक्ष ने २०११ के राष्ट्रपति चुनाव में हुंगबेदीजी के चारों ओर संगठित होने पर सहमति व्यक्त की । 

देश में एक नई मतदाता प्रणाली की विपक्ष द्वारा व्यापक रूप से आलोचना की गई, और अंतर्राष्ट्रीय संगठनों की सहायता से, बोनी ने 2011 के राष्ट्रपति चुनाव में दो सप्ताह की देरी के लिए सहमति व्यक्त की। अंतरराष्ट्रीय चुनाव मॉनिटर द्वारा स्वतंत्र और निष्पक्ष समझा गया चुनाव का परिणाम, 53.8% वोट के साथ पहले दौर में बोनी के लिए एक जीत थी। ३६% पाने वाले हुंगबेदीजी ने चुनाव को चुनौती दी और मामले को संवैधानिक न्यायालय में ले गए । अदालत ने 21 मार्च 2011 को बोनी को विजेता के रूप में नामित किया, जिसके परिणामस्वरूप बड़े पैमाने पर विरोध प्रदर्शन और उन प्रदर्शनों का पुलिस दमन हुआ।  हालांकि विरोध जारी रहा, विपक्ष काफी हद तक टूट गया था और बोनी के गठबंधन ने संसदीय चुनावों में ests३ सीटों में से ४ ९ सीटें अर्जित कींउसने अनुसरण किया।  बोनी, एक दौर में राष्ट्रपति पद जीतने के लिए लोकतंत्र की बहाली के बाद से पहले राष्ट्रपति थे।

कार्यालय में सेवा की दो शब्दों के बाद, Yayi बोनी संवैधानिक रूप से 2016 में पद उनके पसंदीदा उत्तराधिकारी, प्रधानमंत्री की जरूरत पड़ी लिओनेल जिनसो, में हराया था मार्च वर्ष 2016 के राष्ट्रपति चुनाव से पैट्रिस Talon , और Yayi बोनी अप्रैल 2016 को 6 Talon ने गद्दी संभाली ।

पद छोड़ने के तुरंत बाद, उन्होंने इक्वेटोरियल गिनी में अप्रैल 2016 के राष्ट्रपति चुनाव के लिए अफ्रीकी संघ के पर्यवेक्षक मिशन का नेतृत्व किया । 

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