देश की ताज़े पानी की घाटियाँ और कैस्पियन सागर की ९७ प्रजातियों के लिए मछली खाते हैं, जिनमें से आठ प्रचलित हैं और इनमें से सात व्यापक हो चुकी हैं। अजरबैजान में अकशेरुकी जीवों की १५ हजार से अधिक प्रजातियां भी हैं। ज्यादातर कुर नदी, आसपास की झीलों और साथ ही मिंगेचेविर जलाशय में पाए जा सकते हैं। अधिकांश मछलियाँ एनाड्रोमस या सेमी- एनाड्रोमस होती हैं (युवा नमक के पानी में बड़े होते हैं और परिपक्व होने के बाद प्रजनन के लिए मीठे पानी में चले जाते हैं)। एनाड्रोमस मछली का सबसे मूल्यवान सामन, स्टर्जन, स्टेलेट स्टर्जन और बेलुगा हैं । "एस्पियस", "चाल्क्लबर्नस" और ईल भी एनाड्रोमस मछली हैं। स्टर्जन मांस और कैवियार अत्यधिक मूल्यवान हैं। बगल में, अज़रबैजान के पानी के घाटियों में ऐसी मूल्यवान मछली प्रजातियां हैं जैसे कि ब्रेस, सज़ान, रुटिलस कुटम और अन्य। हेरिंग के रूप में ऐसी मछली प्रजातियों को कैस्पियन सागर में रखा जाता है। १९५९ के बाद कुआर नदी पर कई हाइड्रोटेक्निकल प्लांटों के निर्माण के कारण नदी के जल प्रवाह का विनियमन, साथ ही कैस्पियन जल प्रदूषण के कारण मूल्यवान मछली प्रजातियों की संख्या में महत्वपूर्ण कमी आई। मछली के भंडार को बहाल करने और प्रजातियों में मछलियों की संख्या बढ़ाने के लिए मालीकरण और मछली पालन के लिए तीन हैचरी (कुरागजी, अलीबय्रामली और कुर प्रायोगिक स्टर्जन हैचरी) शुरू की गई। अजरबैजान की मछली-खेती के प्रतिष्ठानों और हैचरी में २० मिलियन स्टर्जन, ६०० हज़ार सैलून, ८०० हज़ार से अधिक के प्रजनन के लिए हैं। २००० में ख्याली में २० मिलियन स्टर्जन के साथ एक नई हैचरी को कमीशन में रखा गया था।

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