2009 UEFA सुपर कप जीतने के बाद, बार्सिलोना प्रबंधक जोसेप गार्डियोला ने ज़ोर देते हुए कहा कि मेस्सी सबसे अच्छा खिलाड़ी है, उस जैसा शायद ही उन्होंने कभी देखा था।

18 सितंबर को, मेस्सी ने बार्सिलोना के साथ एक नए अनुबंध पर हस्ताक्षर किए, जो 2016 तक चलेगा और जिसमें €250 मिलियन के नियंत्रण-ख़रीद का प्रावधान शामिल है, जिससे मेस्सी, ज़्लाटन इब्रहिमोविक के साथ, लगभग €9.5 मिलियन वार्षिक आय सहित, ला लिगा के उच्चतम वेतनभोगी खिलाड़ी बन गए हैं। चार दिन बाद 22 सितंबर को, मेस्सी ने ला लिगा में रेसिंग सैंटनडर के खिलाफ़ बार्सा की 4-1 जीत हासिल करने में दो गोल किए और एक और में असिस्ट किया। मेस्सी ने 29 सितंबर को डाइनमो कीव पर 2-0 जीत में सीज़न का पहला यूरोपीय गोल स्कोर किया। मेस्सी ने शिविर नाउ में रियल ज़ारागोज़ा की 6-1 से घोर पराजय के दौरान, ला लिगा में अपने गोलों की संख्या को सात मैचों में छह गोल के स्ट्राइक द्वारा आगे बढ़ाया और 7 नवम्बर को शिविर नाउ में मालॉर्का पर बार्सा की 4-2 से जीत में पेनाल्टी भी स्कोर किया।
1 दिसम्बर 2009 को, मेस्सी का नाम 2009 बैलन डी'ऑर के विजेता के रूप में घोषित किया गया, जहां उन्होंने रनर-अप क्रिस्टियानो रोनाल्डो को 233 के मुक़ाबले 473 के विशाल अंतर से हराया. उसके बाद, फ़्रांस फ़ुटबॉल पत्रिका ने मेस्सी को यह कहते हुए उद्धृत किया: "मैं इसे अपने परिवार को समर्पित करता हूं. जब भी मुझे उनकी ज़रूरत थी, वे हमेशा मौजूद थे और कभी-कभी उन्होंने मुझसे भी ज़्यादा गहराई से भावनाओं को महसूस किया है।
19 दिसम्बर को, अबू धाबी में एस्टुडियान्टेस के खिलाफ़ 2009 FIFA क्लब विश्व कप के फ़ाइनल में मेस्सी ने विजेता गोल स्कोर किया। दो दिन बाद, उन्हें FIFA वर्ष का विश्व खिलाड़ी पुरस्कार दिया गया; जहां उन्होंने क्रिस्टियानो रोनाल्डो, क्सेवी, काका और एन्ड्रेस इनिएस्टा को हराया. उनके लिए यह पुरस्कार जीतने का पहला अवसर था और वे अर्जेंटीना से कभी भी यह सम्मान पाने वाले पहले खिलाड़ी बने. 10 जनवरी 2010 को, मेस्सी ने 2010 में अपना पहला हैट-ट्रिक बनाया और जो 0-5 की जीत में सीडी टेनेरिफ़े के खिलाफ़ सीज़न का पहला हैट-ट्रिक था। 17 जनवरी को, मेस्सी ने सेविला पर 4-0 की जीत में क्लब के लिए अपना 100वां गोल स्कोर किया।

बार्सिलोना
क्लब कॅरिअर
2009-10 सीज़न
क्लब के आंकड़े