9 अगस्त 1999 को, व्लादिमीर पुतिन की नियुक्ति तीन प्रथम उप-प्रधानमंत्रियों में से एक के रूप में हुई और बाद में उसी दिन राष्ट्रपति बोरिस येल्तसिन ने उन्हें रूसी संघीय सरकार के कार्यवाहक प्रधानमंत्री के रूप में नियुक्त किया। एक टेलीविज़न संबोधन में राष्ट्रपति येल्तसिन ने पुतिन को अपने उत्तराधिकारी के रूप में प्रस्तुत किया। उसी दिन, पुतिन ने राष्ट्रपति पद का चुनाव लड़ने के लिए की अपनी सहमती जताई।

16 अगस्त को, स्टेट ड्यूमा ने पुतिन के पक्ष में 233 वोट देकर, जो कि साधारण बहुमत के लिए आवश्यक 226 से अधिक थे, प्रधानमंत्री के रूप में उनकी नियुक्ति को मंजूरी दी। इसी के साथ वे अट्ठारह महीनों के अंदर रूस के पांचवें प्रधानमंत्री बने। शुरुआत में उन्हें येल्तसिन के समर्थक के रूप में देखा जाता था, एवं बोरिस येल्तसिन के अन्य प्रधानमंत्रियों की तरह, पुतिन ने अपने मंत्रियों का चयन खुद नहीं किया। उनका मंत्रिमंडल राष्ट्रपति प्रशासन द्वारा निर्धारित किया गया।

इस बीच रूस चेचन्या में रूस से अलगाव की लड़ाई चल रही थी। रूसी सैनिकों ने चेचन्या पर जल्द नियंत्रण कर लिया। पुतिन की कानूनी व्यवस्था की समर्थ छवि एवं चेचन्या में कड़े रूख़ के कारण उनकी लोकप्रियता काफी बढ़ी।

हालांकी औपचारिक रूप से वे किसी भी पार्टी के साथ जुड़े नहीं थे, पुतिन ने नवगठित यूनिटी पार्टी के प्रति अपना समर्थन जताया। इस पार्टी ने दिसंबर 1999 में हुए ड्यूमा चुनावों में लोकप्रिय मत का दूसरा सबसे बड़ा हिस्सा (23.3%) जीता था। बदले में पार्टी ने भी उनका समर्थन किया।

प्रधानमंत्री का पद (1999)
महत्वपूर्ण निर्णय
सेंट पीटर्सबर्ग में प्रशासन कार्य (1990–1996)
क्रीमिया का अधिग्रहण, 2014