खारे पानी का मगरमच्छ भारत में पाई जाने वाली मगरमच्छ की तीन प्रजातियों में से एक है, इसके अलावा मगर कहे जाने मगरमच्छ और घड़ियाल पाए जाते हैं।

भारत के पूर्वी तट के अलावा, यह मगरमच्छ भारतीय उपमहाद्वीप में अत्यंत दुर्लभ है। खारे पानी के मगरमच्छों की एक बड़ी आबादी (इनमें कई बड़े आकार के व्यस्क हैं, एक 7 मीटर की लम्बाई का नर भी शामिल है) उड़ीसा के भीतरकनिका वन्यजीव अभयारण्य में मौजूद है और ये सुंदरवन के भारतीय और बांग्लादेश के हिस्सों में कम संख्या में पाए जाते हैं। 
उत्तरी ऑस्ट्रेलिया में (जिसमें उत्तरी क्षेत्र के उत्तरी हिस्से, पश्चिमी ऑस्ट्रेलिया और क्वीन्सलैंड शामिल हैं) खारे पानी के मगरमच्छ संख्या में खूब बढ़ रहें हैं, विशेष रूप से डार्विन के पास बहुल नदी प्रणाली में (जैसे एडिलेड, मेरी और डेली नदियां और इनके साथ इनसे जुडी हुई नदशाखाएं और ज्वारनदमुख) जहां बड़े आकार के जीव (6 मीटर से अधिक) आम हैं। ऑस्ट्रेलियाई खारे पानी के मगरमच्छों की आबादी अनुमानतः 100,000 और 200,000 वयस्कों के बीच है।

ये पूरे उत्तर क्षेत्री तट में पश्चिमी ऑस्ट्रेलिया में ब्रूम से लेकर क्वीन्सलैंड में नीचे रॉकहैम्प्टन तक फैले हुए हैं। 
ताजे पानी में पाए जाने वाले मगरमच्छों की तुलना में खारे पानी के मगरमच्छों के एलीगेटर से मिलते जुलते होने के कारण, उत्तरी ऑस्ट्रेलिया की एलीगेटर नदियों का नाम बदल गया है। ताजे पानी के मगरमच्छ उत्तरी क्षेत्र में भी रहते हैं।न्यू गिनी में भी वे आम हैं, जो सभी ज्वारनदमुख और मैंग्रोव सहित देश में लगभग सभी नदी प्रणालियों के तटीय क्षेत्रों में पाए जाते हैं। वे बिस्मार्क द्वीपसमूह, काई द्वीप, आरू द्वीप, मालुकु द्वीप और तिमोर क्षेत्र में आने वाले द्वीपों और टोरेस स्ट्रेट के भीतर अधिकांश द्वीपों में भी अलग अलग संख्या में पाए जाते हैं। 
खारे पानी का मगरमच्छ ऐतिहासिक रूप से पूरे दक्षिण पूर्वी एशिया में पाया गया, लेकिन अब इस रेंज में से विलुप्त हो चुका है। 
इस प्रजाति को इंडोचाईना के अधिकांश भागों में दशकों से जंगलों में दर्ज नहीं किया गया है और थाईलैंड, लाओस, वियतनाम और संभवतः कम्बोडिया में यह विलुप्त हो चुकी है। 
म्यांमार एक अधिकांश हिसों में इस प्रजाति की स्थिति जटिल है, लेकिन इर्रवाड्डी डेल्टा में कई बड़े आकार के वयस्कों की एक स्थिर आबादी है। 
यह संभव है कि म्यांमार इंडोचाइना में एकमात्र देश है जहां आज भी इस प्रजाति की जंगली आबादी मौजूद है। हालांकि एक समय था जब मेकोंग डेल्टा (जहां से वे 1980 के दशक में गायब हो गए) और अन्य नदी प्रणालियों में खारे पानी के मगरमच्छ बहुत आम थे, इंडोचाइना में इस प्रजाति का भविष्य खतरे में नज़र आ रहा है। हालांकि, इस बात की संभावना भी बहुत कम है कि मगरमच्छ पुरी दुनिया से विलुप्त हो जाये, क्योंकि इसका वितरण व्यापक है और उत्तरी ऑस्ट्रेलिया तथा न्यू गिनी में इसकी आबादी का आकार पूर्व-औपनिवेशिक प्रकार का है।

इंडोनेशिया और मलेशिया में इसकी आबादी छिटपुट है, जबकि कुछ क्षेत्रों में अधिक आबादी भी है (जैसे बोर्नियो) और कई अन्य स्थानों पर इसकी आबादी बहुत कम है, जो जोखिम (विलुप्त होने के कगार पर) पर है, (उदाहरण फिलिपीन्स). 
सुमात्रा और जावा में इस प्रजाति की स्थिति बड़े पैमाने पर अज्ञात है (हालांकि समाचार एजेंसियों और विश्वसनीय स्रोतों के द्वारा सुमात्रा के पृथक्कृत क्षेत्रों में बड़े मगरमच्छों के द्वारा मनुष्यों पर हमला किये जाने की रिपोर्टें हाल ही में दर्ज की गयी हैं).उत्तरी ऑस्ट्रेलिया के आस पास मगरमच्छों के पाए जाने के बावजूद, बाली में अब मगरमच्छ नहीं बचे हैं। 
खारे पानी का मगरमच्छ दक्षिण प्रशांत के बहुत सीमित हिस्से में भी पाया जाता है, सोलोमन द्वीप में इसकी आबादी औसत है, वानुअतु (जहां आबादी अधिकारिक तौर पर केवल तीन रह गयी है) में इसकी आबादी बहुत कम, आक्रामक और जल्दी ही विलुप्त होने वाली है और पलाऊ में यह आबादी आक्रामक नहीं है, परन्तु जोखिम पर है (जिसके बढ़ जाने की संभावना है).एक समय था जब खारे पानी के मगरमच्छ सेशेल्स द्वीप में अफ्रीका के उत्तरी तट से लेकर पश्चिम तक पाए जाते थे। ऐसा माना जाता था कि ये मगरमच्छ नील नदी की आबादी हैं, लेकिन बाद में यह प्रमाणित हो गया कि वे ये "क्रोकोडिलस पोरोसस" हैं। 
क्योंकि समुद्र में लम्बी दूरी की यात्रा करना इस प्रजाति की प्रवृति है, इसलिए कभी कभी ये मगरमच्छ ऐसे अजीब स्थानों पर भी देखे जाते हैं, जहां के वे स्थानीय निवासी नहीं हैं। 
आवार किस्म के जीव भी ऐतिहासिक रूप से न्यू कैलेडोनिया, लवो जिमा, फिजी और यहां तक कि जापान के अपेक्षाकृत उदासीन समुद्र (उनके स्थानीय आवास स्थान से हजारों मील दूर) में भी पाए गए हैं। 
2008 के दशक के अंत /2009 के दशक के प्रारंभ में फ्रेजर द्वीप की नदी प्रणाली में कई वन्य खारे पानी के मगरमच्छ पाए गए, इन्हें इनकी सामान्य क्वीन्सलैंड रेंज से हजारों किलोमीटर दूर अधिक ठन्डे पानी में पाया गया। ऐसा पाया गया कि वास्तव में ये मगरमच्छ गर्म और नम मौसम के दौरान उत्तरी क्वीन्सलैंड से अप्रवास कर के दक्षिण में आ जाते थे और संभवतया तापमान गिरने पर फिर से उत्तर को लौट आते थे। 
फ्रेजर द्वीप की जनता में आश्चर्य के बावजूद, यह ज़ाहिर तौर पर कोई नया व्यवहार नहीं है और इससे पहले भी कई बार ऐसा पाया गया है कि वन्य मगरमच्छ गर्म नम मौसम के दौरान दक्षिण में जैसे ब्रिसबेन तक आ गए हों. 

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