6 जनवरी 2003 को बैंड अपने अगले रिकॉर्ड की रचना करने लगे।

7 फ़रवरी को बैंड ने अपने रिकॉर्ड अनुबंध पर फिर से बातचीत करना शुरू कर दिया। 
एपिक/इमोर्टल (Epic/Immortal) के साथ सात साल के लिए अनुबंधित इनक्यूबस ने इस तथ्य को उद्धृत किया कि राज्य का क़ानून उस समयावधि को सीमाबद्ध करता है जिस समयावधि के लिए एक कंपनी के लिए एक कलाकार को बाध्य किया जा सकता है। एपिक/इमोर्टल (Epic/Immortal) के साथ सात साल के लिए अनुबंधित इनक्यूबस ने इस लेबल के साथ एक बातचीत के साधन के रूप में कैलिफोर्निया के "सेवन यर्स लॉ" का इस्तेमाल किया। 3 अत्यधिक सफल एल्बमों को रिलीज़ करने के बाद, सोनी (Sony) को प्रदान किए जाने वाले राजस्व की तुलना में बैंड को बहुत खराब मुआवजा दिया गया था। बैंड ने अपने अनुबंध को तोड़ने के लिए अपने लेबल के खिलाफ एक मुकदमा ठोंक दिया जिसके जवाब ने सोनी ने भी अपनी तरफ से एक मुकदमा दायर कर दिया।

1 मार्च को स्कॉट लिट, डेव होल्डरेज और रिक विल के साथ-साथ आइन्ज़िगर को भी "मॉर्निंग व्यू" पर किए गए उनके कार्यों के लिए "बेस्ट इंजीनियर्ड एल्बम (नॉन क्लासिकल)" की श्रेणी में ग्रेमी अवार्ड के लिए मनोनीत किया गया।

बैंड से डिर्क लांस के प्रस्थान के बारे में फैलने वाली अफवाहों के कई सप्ताह बाद 3 अप्रैल को बैंड ने एक आधिकारिक घोषणा की। बैंड में अपनी भागीदारी पर चर्चा करने के लिए "मॉर्निंग व्यू" दौरे के ख़त्म होने पर एक आमने-सामने की बैठक में इनक्यूबस के सदस्यों ने एक फैसला लिया। बैंड ने कहा कि "बेमेल रचनात्मक मतभेदों" की वजह से बैंड का विभाजन जरूरी हो गया था।
एक नए बासवादक की घोषणा के लगभग तुरंत बाद 2003 इनक्यूबस बनाम सोनी मामले का निपटान हो गया था। दोनों पक्षों के बीच एक नया अनुबंध स्थापित हुआ जो एपिक/इमोर्टल को तीन एल्बम प्रदान करने के साथ एक चौथा एल्बम भी प्रदान करने का विकल्प देता है। पहले एल्बम का मूल्य 8 मिलियन डॉलर होगा जो बैंड को अग्रिम भुगतान के रूप में प्राप्त होगा और उसके बाद हर एक एल्बम के लिए 2.5 मिलियन डॉलर मिलता रहेगा.

दिसंबर तक जीए (GA) के अटलांटा में साउदर्न ट्रैक्स रिकॉर्डिंग स्टूडियोज में रिकॉर्ड किए गए नए एल्बम को लाइव रिकॉर्ड किया गया जबकि प्रत्येक वाद्ययंत्र की रिकॉर्डिंग अलग-अलग की गई और ब्रेंडन ओ'ब्रायन (पर्ल जैम, साउंडगार्डन, रेग अगेंस्ट द मशीन, स्टोन टेम्पल पायलट्स) इसके निर्माता थे और इसे तैयार करने के बाद रिलीज़ करने के लिए अनुसूचित किया गया। इस एल्बम का नाम "ए क्रो लेफ्ट ऑफ़ द मर्डर..." था जो एक बिहाइंड-द-सीन वीडियो वाला एक वर्धित सीडी था। वीडियो में, आइन्ज़िगर और बॉयड ने अपने नए गीतों पर चर्चा की। आइन्ज़िगर उनका वर्णन निम्न रूप में किया "पुरानी गन्दगी, बल्कि और ज्यादा पुरानी गन्दगी की तरह है। यह बहुत अलग है। यह बहुत ऊर्जावान और तेज है और यह बहुत अधिक तकनीकी है। मुझे लगता है कि यह हमारे कई और ज्यादा पुराने गानों के नस में हो सकता है; वे हमारे पुराने गानों की तरह नहीं लगते हैं। वे और अधिक खोजपूर्ण रहे हैं।"

15 दिसम्बर 2003 को "मेगालोमानियक" नामक पहले एकल को रिलीज़ किया गया। इसने उस समय विवाद खड़ा कर दिया जब यह कहा गया कि यह बुश प्रशासन पर एक हमला था और इसे एमटीवी पर दिन के समय दिखने पर प्रतिबंधित कर दिया गया (बैंड के यह कहने के बावजूद कि किसी विशेष व्यक्ति पर हमला नहीं किया गया था, बल्कि नकारामक दृष्टिकोण वाले कुछ लोगों पर एक टिप्पणी की गई थी). हालांकि, बैंड वास्तव में इसे रात के समय दिखाने पर लगे प्रतिबन्ध से खुश था। बॉयड कहते हैं, "जब हमने सुना कि हमारे वीडियो को देर रात के प्रदर्शन से वंचित कर दिया गया था, मुझे लगता है कि हमलोगों में से सभी को यह मन ही मन अच्छा लगा, 'हां!'." पसिलास ने यह कहते हुए बॉयड की भावनाओं को प्रतिबिंबित किया, "मुझे यह ठीक लगता है यदि लोगों को लगता है कि हमलोग एक राजनितिक बयानबाजी करने की कोशिश कर रहे हैं। हमारे संगीत से कोई भी जो कुछ ग्रहण करता है या देखता है, वह एक तरह से अच्छा ही है; मेरा मतलब है, हमारा उद्देश्य लोगों को सोचने पर मजबूर कर देना है।"

"ए क्रो लेफ्ट ऑफ़ द मर्डर..." को 2004 में रिलीज़ किया गया जो बैंड के एक नए मोड़ का प्रदर्शन था। रिलीज़ किए गए दूसरे एकल का नाम "टॉक शोज़ ऑन म्यूट" था जिसमें जॉर्ज ओरवेल के "एनिमल फार्म" द्वारा प्रेरित एक वीडियो भी शामिल था। इस रिलीज़ के बाद इनक्यूबस एक बार फिर से दौरे पर निकल पड़ा.

इनक्यूबस ने अपने नए एल्बम को प्रोत्साहित करने के लिए 2004 में कई बैंडों के साथ दुनिया भर के दौरे किए, जिसमें बेन क्वेलर, द वॉकमेन, हंड्रेड रीजंस, द म्यूजिक, ब्रांड न्यू और स्पार्टा भी शामिल थे। एल्बम से निकाले गए "द ओडिसी" नामक 27 मिनट लम्बी वाद्य रचना वाले एक गाने को बाद में "हालो 2" नामक एक वीडियो गेम के साउंडट्रैक पर दिखाया गया था।

नवम्बर 2004 में, बैंड ने "ए क्रो लेफ्ट ऑफ़ द मर्डर..." के विश्व दौरे के दौरान कोलोराडो के रेड रॉक्स पार्क में फिल्माए गए "अलाइव ऐट रेड रॉक्स" नामक एक लाइव डीवीडी को रिलीज़ किया। इस डीवीडी के साथ एक बोनस सीडी का आगमन हुआ जिसमें पांच ट्रैकों को दर्शाया गया था जिसमें लाइव पसंदीदा "पैन्टोमाइम", "फोलो" (एक गीतात्मक संस्करण, जो फर्स्ट मूवमेंट ऑफ़ द ओडिसी संस्करण से अलग था) और यू॰के॰ बी-साइड "मोनुमेंट्स एण्ड मेलोडीज़" का एक स्टूडियो संस्करण भी शामिल था। दो लाइव ट्रैकों को भी शामिल किया गया था। ब्लू-रे डिस्क के माध्यम से प्रदर्शन को भी हाई-डेफिनिशन में बेचा गया था। पूरे गाने "पार्डन मी" का एक हाई डेफिनिशन संस्करण, प्लेस्टेशन 3 (PlayStation 3) के उपयोगकर्ताओं की एक ऑनलाइन सर्विस, प्लेस्टेशन स्टोर (PlayStation Store), से मुफ्त डाउनलोड करने के लिए भी उपलब्ध है।

दिसंबर 2004 में, लॉस एंजिल्स में हुए एक गिग में बैंड ने पिछले बैंड के स्टीवर्ट कोपलैंड और एण्डी समर्स के साथ द पुलिस के हिट गानों - "डे डो डो डो, डे डा डा डा", "मेसेज इन ए बॉटल" एवं "रोक्ज़ेन" का प्रदर्शन किया।

शैली और प्रेरणा
"मेक योरसेल्फ" (1999-2001)
"ए क्रो लेफ्ट ऑफ़ द मर्डर" (2003-2004)
"मॉर्निंग व्यू" (2001-2002)