NTFS ने पांच संस्करण जारी किये हैं:


V1.0 और V1.1(और इससे नए संस्करण) आपस में मेल नहीं खाते अथार्त् 3.5x NT द्वारा लिखित संस्करण NT 3.1 द्वारा तब तक नहीं पढ़ा जा सकता जब तक कि NT 3.1 को NT 3.5x सीडी द्वारा अपडेट न किया जाए, जिसमें FAT बड़े फ़ाइल नाम की सुविधा भी उपलब्ध है। 
V1.2 कम्प्रेस्ड फ़ाइलों, मुद्दों तथा ACL आधारित सुरक्षा इत्यादि के लिए सहायक है। 
V3.0 में डिस्क कोटा, एन्क्रिप्शन, स्पार्स फ़ाइल, रीपार्स पॉइंट्स, अपडेट क्रम संख्या (USN) व्यवस्था, $ एक्सटेंड फ़ोल्डर और उसकी फ़ाइलें और पुनर्गठित सुरक्षा डिस्क्रिप्टर्स को जोड़ा गया ताकि सारी फ़ाइलें जो सुरक्षा की एक जैसी तकनीक का प्रयोग करती हैं, एक ही डिस्क्रिप्टर का सांझा प्रयोग कर सकें. 
V3.1 ने अनुपयोगी MFT रिकॉर्ड संख्या के स्थान पर मास्टर फ़ाइल तालिका (MFT) की प्रविष्टियों का विस्तार किया (जो क्षतिग्रस्त MFT फाइलें ठीक करने में उपयोगी है).

Windows Vista ने ट्रांसेक्शनल NTFS, NTFS प्रतीकात्मक लिंक, विभाजन (पार्टीशन) के संकुचन और स्वयं-उपचार की सुविधा को पेश किया, हालांकि ये सुविधायें फ़ाइल सिस्टम से अधिक ऑपरेटिंग सिस्टम की अतिरिक्त कार्यक्षमता से सम्बंधित हैं।

संस्करण
फ़ाइल को कूटबद्ध करने का सिस्टम (EFS)
वोल्यूम शैडो की प्रतिलिपि
फ़ाइल कंप्रेशन