उत्तर में स्थित निचले माया प्रदेश के बाहर पूरे मेसोअमेरिका में नदियों का पाया जाना अत्यंत सामान्य है। इनमे से अधिकांश प्रमुख नदियां पहले इस क्षेत्र में मानव उपजीविका के प्रमुख स्थान के रूप में थीं। मेसोअमेरिका की सबसे लम्बी नदी, उसुमासिंटा जो सालिनास या चिक्सोय और ला पैशन नदी के झुकाव द्वारा ग्वाटेमाला का निर्माण करती है और 970 किलोमीटर (600 मील) लम्बी है, जिसका 480 किलोमीटर क्षेत्र (300 मील) जलयात्रा के योग्य है- अंततः मेक्सिको की खाड़ी में जाकर समाप्त हो जाती है। इसकी अन्य नदियों में रियो ग्रांदे डे सैंटियागो, द ग्रिजल्वा रिवर, द मोटागुआ रिवर, द उलुआ रिवर और द होंडो रिवर शामिल हैं। उत्तरी निचला प्रदेश माया, खासतौर पर युकाटन प्रायद्वीप का उत्तरी भाग, पूर्णतया नदियों से रहित होने के लिए प्रसिद्ध है (अधिकांशतः इसके स्थलाकृतिक भिन्नता की कमी के कारण). इसके अतिरिक्त, उत्तरी पेनिन्सुला में कोई झील भी नहीं है। अतः इस क्षेत्र में जल का प्रमुख स्रोत उप-सतही है और यह जलवाही स्तर का जल होता है जो प्राकृतिक सोतों में संग्रहित होता है। 

8,264 किमी (3,191 वर्ग मी) के क्षेत्र में, मेसोअमेरिका में निकारागुआ झील सबसे बड़ी झील है। मेक्सिको में चपला झील ताज़े पानी की सबसे बड़ी झील है, लेकिन तेक्स्कोको झील शायद सबसे अधिक प्रसिद्ध है क्योंकि यह उस स्थान, तेनोचतित्लएं पर है जहां एज़्टेक साम्राज्य की राजधानी स्थापित की गयी थी। उत्तरी ग्वाटेमाला में पेटेन इतजा झील उस स्थान के रूप में प्रसिद्ध है जहां आखिरी स्वतंत्र, माया शहर, तयासाल (या नोह पेटेन), 1697 तक स्थित था। अन्य विशाल झीलों में ऐटितलैन झील, इज्बाल झील, गुजा झील, लेमोना और मानागुआ झीलें हैं।

सामान्य विशेषताएं
पुरातन काल
चिकित्सा और विज्ञान
जलाशय