1899 में क्रिकेट क्लब की ही तरह इस क्लब की स्थापना ब्रिटिश प्रवासी अल्फ्रेड एड्वर्डस और हर्बर्ट किप्लिन द्वारा की गई थी, जो ब्रिटेन के नॉटिंघम शहर से आए थे। इसकी उत्पत्ति के सम्मान में, क्लब ने अपने शहर के नाम को इतालवी "मिलानो" में बदलने की बजाए, अंग्रेजी वर्तनी को ही बनाए रखा, हालांकि फासिस्ट शासन के दौरान ऐसा करने के लिए वे मजबूर थे। यह ध्यान देने योग्य है कि इतालवी उच्चारण वास्तव में "मी-लान" होता है, इतालवी शैली में अंतिम अक्षर पर जोर नहीं दिया जाता. मिलान ने अपनी पहली इतालवी चैम्पियनशिप 1901 में जीती और उसके बाद 1906 और 1907 में दो बार सफलता प्राप्त की। 

1908 में, विदेशी खिलाड़ियों को हस्ताक्षर करने के मामले में आंतरिक असहमति के कारण क्लब को विभाजन से गुज़रना पड़ा, जिसके चलते मिलान पर आधारित एक और टीम, इंटरनेजियोनल का गठन फलित हुआ। इन घटनाओं के बाद, मिलान 1950-51 तक, एक भी घरेलू खिताब जीतने में कामयाब नहीं हुआ। 1963 में, क्लब ने यूरोपियन कप के फाइनल में बेनीफिका को हराकर पहला महाद्वीपीय खिताब सुनिश्चित किया। इस सफलता को 1969 में फिर दोहराया गया और उसके बाद उसी वर्ष मिलान ने एक इंटरकांटिनेंटल कप खिताब पर भी कब्जा किया। जियान्नी रिवेरा की सेवानिवृत्ति के बाद, मिलान, अवनति की अवधि में चला गया, जिस दौरान टीम 1980 के टोटोनेरो घोटाले में शामिल थी और सजा के रूप में इतिहास में पहली बार टीम को सीरीए B में दाल दिया गया। इस घोटाले के केन्द्र में एक सट्टेबाजों का एक नेटवर्क था जो मैच के परिणामों को तय करने के लिए खिलाड़ियों और आधिकारियों को पैसे देता था। मिलान जल्दी ही सीरीए A में वापस आ गया, लेकिन सीरीए B से बहिष्कृत था और वह एक साल बाद 1981-82 अभियान में अंत में तीसरे स्थान पर काबिज हुआ।

1986 में, उद्यमी सिल्विओ बर्लसकोनी ने क्लब को अभिगृहीत किया और तुरंत ही टीम के लिए बहुत धन निवेश किया, और उभरते कोच अर्गो सेशी को "रोज़ोनेरी" के नियंत्रण के लिए नियुक्त किया और रूड गुलिट, मार्को वैन बास्टेन और फ्रैंक रिजकार्ड की डच तिकड़ी को अनुबंधित किया। क्लब के इतिहास में यह सबसे सफल समय की शुरुआत थी क्योंकि मिलान ने सात घरेलू खिताब, पांच चैंपियंस लीग ट्रॉफी, पांच UEFA सुपर कप, दो इंटरकांटिनेंटल कप और एक फीफा क्लब विश्व कप जीता। 

अभी हाल ही में 2006 सीरीए A घोटाले में क्लब शामिल था जिसमें पांच टीमों पर, अनुकूल रेफरी के चयन द्वारा मैच फिक्सिंग का आरोप था। एक पुलिस जांच के तहत मिलान के प्रबंधक की भागीदारी को शामिल नहीं किया गया लेकिन FIGC ने एकतरफा फैसला किया कि मिलान के उपाध्यक्ष एंड्रियानो गेलियानी को दोषी ठहराने के लिए यह पर्याप्त सबूत था। इसके परिणाम स्वरूप शुरू में मिलान को 15 अंकों की कटौती की सजा दी गई और इसके कारण वह चैंपियंस लीग के लिए अयोग्य हो गया। एक अपील के बाद देखा गया कि अंक को घटाकर आठ अंक कर दिया गया जिसके बाद क्लब को 2006-07 चैंपियंस लीग में भागीदारी की अनुमति प्राप्त हुई। बाद में मिलान ने प्रतियोगिता में जीत दर्ज करते हुए सातवीं बार यूरोपियन कप अपने नाम किया।

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