1929 में ब्यूरो के प्रोहिबिशन एजेंट एलियट नेस ने प्रोहिबिशन के उल्लंघन का दोष साबित करने की कोशिशों के तहत कपोन तथा उनके व्यवसाय की जांच शुरू की। हालांकि, कपोन के आयकर उल्लंघन से संबंधित जांच को फ्रैंक जे. विल्सन द्वारा किया गया, क्योंकि सरकार का मत था कि दोषसिद्धि की संभावना इस मामले में ज्यादा है।

1931 में कपोन को आयकर चोरी तथा वोल्सटीड एक्ट के कई उल्लंघनों का दोषी पाया गया। उनके खिलाफ सबूतों की भरमार होने के कारण उनके वकील ने सौदे की याचिका दायर की लेकिन पीठासीन न्यायाधीश ने चेतावनी दी कि हो सकता है वे सजा के लिए अभियोजन पक्ष की सिफारिशों को न मानें, इसलिए कपोन ने अपने दोषी होने की याचिका को वापस ले लिया। नेस के आदमियों को उनके द्वारा संभावित ज्यूरी सदस्यों को रिश्वत देने की योजना का पता चल गया। इसलिए संभावित ज्यूरी सदस्यों के दल को एक दूसरे मामले के दल के साथ बदल दिया गया और कपोन की योजना धरी रह गयी। एक लंबे मुक़दमे के बाद उन्हें आयकर चोरी के कुछ मामलों में दोषी पाया गया (वोल्सटीड एक्ट के उल्लंघनों को हटा लिया गया था). जज ने उन्हें भारी जुर्माने के साथ ग्यारह वर्षों की सजा सुनाइ और उनकी कई संपत्तियों के अधिग्रहण के आदेश दे दिए गए। उनकी अपील को ठुकरा दिया गया। मई 1932 में कपोन को अटलांटा यूएस के कठोर फेडरल कारावास में भेज दिया गया, लेकिन वे वहां भी विशेषाधिकारों को प्राप्त करने में सफल रहे। बाद में कुछ समय के लिए उन्हें लिंकन हाइट्स जेल में भी रखा गया। उसके बाद उन्हें एल्काट्राज़ भेज दिया गया जहाँ की कड़ी सुरक्षा तथा सख्त वार्डन ने यह सुनिश्चित किया कि कपोन का बाहरी दुनिया से कोई संपर्क न रहे। अपने साथियों के साथ उनके अलगाव और दिसम्बर 1933 में प्रोहिबिशन के हटाये जाने से उनकी शक्ति और दबदबे में काफी कमी आई।

हालांकि अपनी नयी परिस्थितियों के साथ उन्होंने अपने को काफी अच्छे से ढाल लिया, लेकिन अपनी युवावस्था की सिफिलिस बीमारी के बढ़ने के साथ उनका स्वास्थ्य बिगड़ने लगा। इस बीमारी के उपचार के लिए पेनिसिलिन जैसी एंटीबायोटिक मौजूद थीं लेकिन सिफिलिस के संबंध में उनकी उपयोगिता के बारे में किसी को पता नहीं था। अपनी सजा के अंतिम वर्ष को उन्होंने काफी भ्रमित तथा हताश अवस्था में जेल के अस्पताल में काटा. कपोन ने 6 जनवरी 1939 को एल्काट्राज़ में अपनी सजा की अवधि को पूरा किया और उसके बाद उन्हें दुष्कर्म (मिसडिमीनर) की सजा काटने के लिए एक वर्ष के लिए कैलिफोर्निया के टर्मिनल आइलैंड में फेडरल करेक्शनल इंस्टीट्यूशन में भेज दिया गया। 16 नवम्बर 1939 को पैरोल पर छूटने के बाद उन्होंने अस्पताल में कुछ समय बिताया और उसके बाद पाम आइलैंड, फ्लोरिडा स्थित अपने घर लौट आये। 

गिरोहों के युद्ध
सेंट वेलेंटाइन दिवस का नरसंहार
दोषसिद्धि और कारावास
न्यूयॉर्क में प्रारंभिक जीवन