फिल्म "एडवर्ड सिजरहैंड्स" में विनोना राइडर और विंसेंट प्राइस के साथ शुरुआत करने के बाद डेप ने निर्देशक और करीबी दोस्त टिम बर्टन के साथ सात फिल्मों में काम किया। इसके बाद बर्टन के साथ उन्होंने जो अगली भूमिका निभाई वो थी 1994 की फिल्म "एड वुड" . बाद में डेप ने कहा था, "इस प्रोजेक्ट के बारे में सुनने के सिर्फ दस मिनट अंदर ही मैंने इसके लिए हामी भर दी थी।" इस समय अभिनेता फिल्म और फिल्म बनाने को लेकर काफी तनाव में था। लैनडाउ के साथ काम करने के बारे में उन्होंने कहा कि इस वक्त ने उन्हें थोड़ा आराम और मस्ती करने का मौका दिया, साथ ही "अभिनय के लिए उनके प्यार को भी दोबारा से जिंदा कर दिया"।

निर्माता स्कॉट रूडिन ने एक बार कहा था, '"आमतौर पर जॉनी डेप अपनी सभी फिल्मों में टिम बर्टन के ही किरदार को निभाता है", जबकि निजी तौर पर बर्टन इस टिप्पणी पर असहमति ही जताते थे। हालांकि डेप रूडिन के इस बयान से सहमत रहे हैं। डेप के मुताबिक "एडवर्ड सिजरहैंड्स" एक किशोर के तौर पर बर्टन की कम्युनिकेट न कर पाने की क्षमता को दर्शाती है। "एड वुड" में बर्टन का विंसेंट प्राइस से रिश्ते को दिखाया गया है (यह एडवर्ड डी. वुड, जूनियर, बेला ल्यूगोसी से काफी मिलता है).

बर्टन के साथ डेप की अगली फिल्म "स्लीपी हॉलो" (1999) थी जिसमें उन्होंने क्रिस्टिना रिक्की के साथ इछाबॉड क्रेन का किरदार निभाया था। "स्लीपी हॉलो" हॉलीवुड स्टूडियो सिस्टम के साथ बर्टन की लड़ाई को दर्शाती है। अपनी इस प्रदर्शन के लिए डेप ने एंजेला लैंसबरी, रॉडी मैकडॉवेल और बैसिल रैथबोनी से प्रेरणा ली थी। डेप ने कहा था, "इछाबॉड के बारे में मैं हमेशा यही सोचता था कि वो काफी सुकुमार और कमजोर इंसान है जिसका एक डरी-सहमी हुई लड़की की तरह अपने महिला चरित्र के प्रति कुछ ज्यादा ही झुकाव था".

डेप ने फिर से बर्टन के साथ 2005 में फिल्म "चार्ली एंड तक चॉकलेट फैक्ट्री" से पहले तक काम नहीं किया था, इस फिल्म में उन्होंने विल्ली वोंका का किरदार निभाया था। डेप ने इस किरदार का हेयर स्टाइल एन्ना विंटूर के जैसा किया था। यह फिल्म बॉक्स ऑफिस पर कामयाब रही थी और इसके लिए डेप को काफी सराहना भी मिली थी। 1971 की फिल्म में विल्ली वोंका का किरदार निभाने वाले जेन वाइल्डर ने पहले तो इस वर्जन की आलोचना की। "चार्ली एंड द चॉकलेट फैक्ट्री" जुलाई में प्रदर्शित हुई थी, जबकि सितंबर में "कॉर्प्स ब्राइड" प्रदर्शित हुई इसमें डेप ने विक्टर वैन डॉर्ट के किरदार को अपनी आवाज दी थी।

इसके बाद आई फिल्म "" (2007), जिसके लिए डेप को उनका दूसरा प्रमुख पुरस्कार, मोशन पिक्चर म्यूजिकल या कॉमेडी वर्ग में गोल्डन ग्लोब का सर्वश्रेष्ठ पुरस्कार मिला, इसके साथ ही उन्हें सर्वश्रेष्ठ अभिनेता वर्ग में तीसरी बार एकेडेमी अवार्ड के लिए नामांकन मिला। बर्टन ने 2000 में पहले तो उन्हें 1979 के के ओरिजनल कास्ट रिकॉर्डिंग का मौका दिया था। हालांकि डेप संगीत शैली को ज्यादा पसंद नहीं करते थे, लेकिन वो इस कहानी को देखते हुए बड़े हुए थे। इस रोल के लिए वे फिल्म "मैड लव" (1935) में पीटर लॉरे को मुख्य प्रेरणा मानते हैं और उन्होंने उन गानों का अभ्यास किया जो उन्हें फिल्म की शूटिंग के दौरान परफॉर्म करना था।"" हालांकि उन्होंने म्यूजिकल ग्रुप्स के साथ परफॉर्म किया था, बावजूद इसके डेप शुरुआत में इस बात पर निश्चित नहीं थे कि वो स्टीफेन सोंधीम के गितों को संभाल पाएंगे. डेप ने कई डेमो रिकॉर्ड किए और अपनी आवाज को ठीक करने के लिए बिना किसी प्रशिक्षित कोच के ब्रूस विटकिन के साथ काम किया। "एंटरटेनमेंट वीकली के क्रिस नैशावैटी ने "डीवीडी रिव्यू" सेक्शन में फिल्म को ये कहते हुए नकारात्मक प्रतिक्रिया दी कि "डेप की ऊंची आवाज आपको हैरान कर देगी की कि वो और कौन सी चाल को छिपा रहा है ..." डेप को नाई की तरह छूरा संभालते हुए देखना..."18 साल पहले" "एडवर्ड सिजरहैंड्स द्वारा निभाए गए किरदार को याद दिलाता है " ...और इन सबके बीच हम इस बात को मिस करते कि बर्टन और डेप कभी मिले नहीं होते"।

निर्देशक के साथ साक्षात्कारों पर आधारित किताब "बर्टन ऑन बर्टन" में डेप ने बर्टन को एक भाई, एक दोस्त और एक बहादुर दिल वाला बताया है। बर्टन-डेप के सहयोग में बनी अगली फिल्म का नाम "एलिस इन वंडरलैंड" (2010) थी। इस फिल्म में डेप ने हेलेना बौनहैम कार्टेर, एन्ने हैथवे और एलन रिकमैन के साथ मैड हैटर का किरदार निभाया है।

टिम बर्टन के साथ सहयोग
करियर
1980 का दशक
फिल्मी भूमिकाएं