कई गोपनीयता एवं नागरिक स्वतंत्रता समूहों जैसे इलेक्ट्रॉनिक फ्रंटियर फाउंडेशन (Electronic Frontier Foundation) (ईएफएफ) (EFF) को चिंता है कि लोगों के कंप्यूटरों पर उपयोगकर्ताओं के हार्ड ड्राइव से व्यक्तिगत जानकारी को आसानी से कॉपी किया जा सकता है।

गूगल डेस्कटॉप (Google Desktop) संस्करण 3 में ऐसी कुछ सुविधायें हैं जो गंभीर सुरक्षा और गोपनीयता संबंधी चिंताएं उत्पन्न करती हैं। विशेष रूप से, "कंप्यूटरों के पार साझा करने" की सुविधा ने डेस्कटॉप से डेस्कटॉप सामग्री खोजने की क्षमता प्रदान की है जिसने उपयोगकर्ताओं की गोपनीयता के लिए खतरा बढ़ा दिया है। यदि गूगल डेस्कटॉप (Google Desktop) संस्करण 3 को "कंप्यूटरों के पार खोजने" की अनुमति देने के लिए सेट किया जाता है तो अनुक्रमित कंप्यूटर की फ़ाइलों की गूगल (Google) के सर्वर पर नकल हो जाती है। अपने कंप्यूटर पर गूगल डेस्कटॉप (Google Desktop) संस्करण 3 में इस सुविधा को सक्षम करके दूसरों की किसी के कंप्यूटर पर संग्रहित जानकारी तक संभावित पहुंच पर गंभीरता से विचार किया जाना चाहिए। इलेक्ट्रॉनिक फ्रंटियर फाउंडेशन ने इस सुविधा का प्रयोग न करने की सलाह दी है। इसके अलावा, जिनके कार्यस्थल या घर के कंप्यूटर पर गोपनीय डेटा है उन्हें इस सुविधा को सक्षम नहीं करना चाहिए। इस सुविधा की संस्थापना से गोपनीयता कानूनों और कंपनी नीतियों, विशेष रूप से एसबी 1386 (SB 1386), एचआईपीएए (HIPAA), एफईआरपीए (FERPA), जीएलबीए (GLBA) और सरबेन्स ओक्सले (Sarbanes-Oxley) का उल्लंघन हो सकता है।

संवेष्टन तथा अंतिम प्रयोक्ता अनुज्ञप्ति अनुबंध से अन्य अनेक दूरगामी चिंताएं सामने आती हैं, विशेषकर स्थानीय मशीन में घुसपैठ का स्तर तथा ये अस्वीकरण कि उपयोगकर्ता भविष्य में अनुज्ञप्ति अनुबंध में होने वाले परिवर्तनों को स्वीकार करते हैं, जबकि वे वास्तव में उस समय उन्हें देख भी नहीं पाते.

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डेस्कबार (Deskbars)