चिकित्सा मनोविज्ञान एक विभिन्नतापूर्ण क्षेत्र है और इस बात को लेकर बार-बार विवाद होता रहता है कि अनुभव सिद्ध शोध द्वारा सहायता प्रदत्त उपचारों के लिए चिकित्सीय कार्य किस स्तर तक सीमित होना चाहिए. सभी मुख्य चिकित्सीय विधियां समान प्रभावशीलता के लिए हैं- इस तथ्य को दर्शाने वाले कुछ प्रमाणों के बावजूद चिकित्सीय मनोविज्ञान में प्रयुक्त होने वाले उपचार के विभिन्न रूपों की दक्षता के बारे में बहुत अधिक विवाद पाया जाता है।

इस बात की सूचना मिली है कि चिकित्सीय मनोविज्ञान ने स्वयं को शायद ही रोगी समूहों के साथ संबद्ध किया है और उन व्यापक आर्थिक राजनैतिक और सामाजिक असमानताओं के मुद्दों को नजरअंदाज करने के लिए इसकी प्रवृत्ति समस्याओं को वैयक्तिक बनाने की होती है जो रोगी की जिम्मेदरी नहीं होती. इस बात को लेकर बहस है कि उपचारात्मक कार्यवृत्ति अनिवार्य रूप से शक्ति में असमानताओं से सीमाबद्ध होती है जिसका उपयोग अच्छे और बुरे दोनों के लिए किया जा सकता है। एक आलोचनात्मक मनोवैज्ञानिक आन्दोलन ने इस बात पर जोर दिया है कि चिकित्सीय मनोविज्ञान तथा अन्य व्यवसाय जो मनोवैज्ञानिक संकुल ("psy complex") का निर्माण करते हैं, प्राय: असमानताओं तथा क्षमता में अंतर पर ध्यान देने में प्राय: असफल रहे हैं किंतु ये चाहें तो असुविधा, विपथन और अशांति के सामाजिक और नैतिक नियंत्रण में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकते हैं।

"नेचर" पत्रिका के अक्टूबर 2009 अंक के संपादकीय में यह बताया गया है कि अमेरिका में बड़ी संख्या में चिकित्सीय मनोवैज्ञानिक वैज्ञानिक प्रमाण को “अपने व्यक्तिगत चिकित्सीय अनुभव के तुलना में महत्वहीन नहीं मानते हैं”.

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