यह खेल वर्ष 2508 में होता है, जब एक "प्लैनेट क्रैकर" स्टारशिप यूएसजी (USG) "इशिमुरा" ("石村" शाब्दिक अर्थ "पाषाण ग्राम") एजिस VII ग्रह पर एक खनन अभियान के दौरान कोंकोर्डेन्स एक्सट्रेक्शन कारपोरेशन (Concordance Extraction Corporation) (सीईसी) को एक विपत्ति सिग्नल भेजता है। सीईसी (CEC) जांच के लिए यूएसजी (USG) "केलियन" नामक एक अन्य यान भेजता है। "केलियन" जैसे ही "इशिमुरा" पर उतरने का प्रयास करता है कि उसके मार्गदर्शन प्रणाली में खराबी आ जाती है और केलियन इशिमुरा के डॉक पर ही दुर्घटनाग्रस्त हो जाता है। तब चालक दल परिवहन के अन्य साधन की तलाश करने लगते हैं। जब वे जाहिरा तौर पर परित्यक्त यान की जांच में जुटे होते हैं तब उन पर विकृत दैत्यों द्वारा हमला कर दिया जाता है, जो क्लार्क (जो अलग हो जाता है), हम्मोंड और डेनियल के अलावा सबको मार डालते हैं। हम्मोंड देखता है कि जहाज की अनेक प्रणालियां खराब हो चुकी हैं, अतः वह और डेनियल उन्हें सुधारने में क्लार्क का मार्गदर्शन तथा सहायता करते हैं, ताकि बचाव के लिए वे जीवित रहें.

इन कार्यों के दौरान जहाज में बिखरे पड़े विभिन्न पाठ्य और श्रव्य अभिलेखों को जमा करता जाता है और अपने आगमन से पहले घटित हुई घटनाओं को मालूम करने के लिए उन्हें एक साथ जोड़ता है, जिससे पता चलता है कि जहाज का कप्तान दरअसल एक बड़े और प्रभावशाली धार्मिक पंथ के चर्च ऑफ़ युटोलोजी (Church of Unitology) का एक एजेंट था। एक अवैध खनन अभियान की आड़ में एजिस VII ग्रह से धर्म के सबसे मूल्यवान अवशेष, मार्कर, को पुनः प्राप्त करने के लिए "इशिमुरा" को नियुक्त किया गया था। मार्कर को निकालकर "इशिमुरा" पर लाये जाने के तुरंत बाद, पहले ग्रह उपनिवेश में फिर यान में, नागरिकों को सामूहिक हिस्टीरिया हो जाता है और वे हिंसक मतिभ्रम से पीड़ित हो जाते हैं, इसके बाद उन्होंने एक-दूसरे की ह्त्या करनी शुरू कर देते हैं। कप्तान उन दोनों ओर के बीच के यातायात और संचार को काट देता है और बाद में वह पागल हो जाता है। मुख्य विज्ञान अधिकारी डॉ॰ टेरेन्स काइन (Dr. Terrance Kyne) उसे कार्य मुक्त करना चाहता है, लेकिन एक संघर्ष में वह उसे दुर्घटनावश मार डालता है। एक एलियन जीव उपनिवेश को तबाह करना शुरू करता है, मृतकों के शरीर को संक्रमित करने लगता है और उन्हें "नेक्रोमोर्फ्स", एक ऐसा बुद्धिहीन घृणित जीव, जो पर्याक्रमण के विस्तार के लिए हत्या करता है, में बदल देता है। इसके बाद यह नेक्रोमोर्फ्स को लेकर आने वाले एक कॉलोनी शटल के जरिये "इशिमुरा" में इसका प्रसार करता है, वो शटल डॉक कक्ष में दुर्घटनाग्रस्त हो जाता है। हालांकि हम्मोंड कहता है कि मार्कर क्या चीज है इससे वह अनभिज्ञ है, लेकिन डेनियल क्लार्क को भेद बताते हुए कहती है कि उसे विश्वास है कि हम्मोंड झूठ बोल रहा है। बाद में क्लार्क "इशिमुरा" की एक कर्मी और अपनी प्रेमिका निकोल को देखता है, हालांकि वे दोनों मिल पाने में असमर्थ होते हैं।

त्रुटिपूर्ण प्रणालियों की मरम्मत के बाद, तीनों एक संकेतदीप छोड़ने में सक्षम हो जाते हैं, इससे पास ही स्थित एक सैन्य यान यूएसएम (USM) "वेलोर" आकर्षित होता है। हालांकि, "वेलोर" के पास हम्मोंड द्वारा पहले छोड़ा गया एक बचाव पॉड था, जिसमें एक नेक्रोमोर्फ भी था, वो पॉड टकरा कर यान में दुर्घटनाग्रस्त हो जाता है। तब हम्मोंड, बोर्ड पर मिले सैन्य उपकरण से तर्कपूर्ण निष्कर्ष निकालता है कि दरअसल "इशिमुरा" को नष्ट करने के लिए ही "वेलोर" को नियुक्त किया गया था। तब समूह ने तय करता है कि उन्हें एक शटल खोजना ही होगा और जब संभव हो उससे पलायन करना होगा। क्लार्क और हम्मोंड ने एक उपलब्ध शटल को मरम्मत करने के उद्देश्य से "वेलोर का" ऊर्जा कोर हासिल कर लेते हैं, मगर इस प्रक्रिया में एक नेक्रोमोर्फ के हाथों हम्मोंड मारा जाता है। जीवित बचे लोगों में से एक डॉ॰ काइन बाद में क्लार्क से संपर्क करता है और उसे एजिस VII को मार्कर वापस कर देने की सलाह देता है, उसे यकीन है कि नेक्रोमोर्फ्स को नियंत्रित करनेवाले दल के दिमाग को रोकने का यह एक साधन है। शटल पर मार्कर लादने में क्लार्क की सहायता करने के बाद, डेनियल द्वारा काइन की ह्त्या हो जाती है, जिसने अपनी स्थिति जाहिर की कि वह एक सरकारी गुप्तचर है, जिसे अपने वरिष्ठ अधिकारियों के लिए मार्कर को पुनः प्राप्त करने का आदेश मिला है। वे बताती हैं कि मार्कर पृथ्वी पर पायी गयी कलाकृति की पूर्णतया उलट दी गई (reverse-engineered) प्रति है और इसके प्रभाव की निगरानी के लिए सरकार ने एगिस VII को रखा था। इसके बाद वह क्लार्क के बिना शटल के लिए निकल जाती है, लेकिन निकोल पहुंच जाता है और वह दूर के पायलट के माध्यम से डेनियल को एस्केप पॉड से बच निकलने के लिए कह कर शटल को वापस बुलाने में उसकी मदद करने में सक्षम होता है।

क्लार्क मार्कर के साथ शटल को लेकर कॉलोनी में वापस आ जाता है। यह हाइव माइन्ड (Hive Mind) को शांत करता है, लेकिन साथ ही ग्रह के एक बड़े हिस्से को सतह से कई मील ऊपर उठाकर रखने वाली गुरुत्वाकर्षण ज़ंजीरों को भी अस्त-व्यस्त कर देता है, जिससे कॉलोनी के नष्ट हो जाने का खतरा उत्पन्न हो जाता है। जब क्लार्क बचकर निकल भागने का प्रयास कर रहा होता है, तभी डेनिएल्स प्रकट होता है और मार्कर को शटल में वापस ले जाने लगता है। वह क्लार्क को दिखाती है, हालांकि एक पुनर्प्राप्त व्यथा संचरण, कि "इशिमुरा" पर उनके आगमन से पूर्व निकोल आत्महत्या करने पर प्रतिबद्ध थी और क्लार्क की उसके प्रति दृष्टि मार्कर के स्वयं को ग्रह पर वापस लाने के प्रयास का तरीका थी। क्लार्क पुनः शटल की ओर अपना मार्ग बनाता है, जहां डेनिएल्स मार्कर को लोड कर रहा है। इससे पहले कि वह जा सके, विशालकाय हाइव माइन्ड उसे मार डालता है, लेकिन क्लार्क उसे हराने में सफल होता है। मार्कर को पीछे छोड़ते हुए, क्लार्क कॉलोनी के नष्ट होने से पूर्व शटल में बैठकर उड़ जाता है। जब वह एजिस VII से दूर का रुख करती है, तो क्लार्क अपना हेल्मेट उतार देता है और निकोल का पहला संचरण दोबारा देखता है। स्क्रीन का रंग काला हो जाता है और खेल समाप्त होता है।


कथानक
विपणन
पूर्व कड़ी
पुरस्कार