तंजानिया के एक अर्द्ध-स्वायत्त भाग के एक रूप में जैजिबार की अपनी अलग सरकार है जिसे रिवोल्यूशनरी गवर्नमेंट ऑफ ज़ांज़ीबार के नाम से जाना जाता है। इसका निर्माण क्रांतिकारी परिषद और प्रतिनिधि सभा से हुआ है।

प्रतिनिधि सभा की बनावट तंजानिया की राष्ट्रीय विधानसभा के समान है: इसमें निर्वाचन क्षेत्रों के 50 सदस्य शामिल हैं जिन्हें पांच साल की अवधि के लिए सार्वभौमिक मताधिकार द्वारा निर्वाचित किया जाता है; 10 सदस्यों की नियुक्ति ज़ांज़ीबार के राष्ट्रपति द्वारा की जाती है; महिलाओं के लिए 15 विशेष सीटें आरक्षित हैं; 5 क्षेत्रीय आयुक्त; और एक अटार्नी-जनरल. उसके बाद इन 81 सदस्यों में से पांच सदस्यों का निर्वाचन तंजानिया की राष्ट्रीय विधानसभा में ज़ांज़ीबार का प्रतिनिधित्व करने के लिए किया जाता है।

उन्गुजा के तीन प्रशासनिक क्षेत्र: ज़ांज़ीबार केन्द्रीय/दक्षिण, ज़ांज़ीबार उत्तर और ज़ांज़ीबार शहरी/पश्चिम हैं। पेम्बा के दो प्रशासनिक क्षेत्र: पेम्बा उत्तर और पेम्बा दक्षिण हैं।

ज़ांज़ीबार में कई राजनीतिक दल हैं लेकिन उनमें से मुख्य दल चामा चा मापिंडूजी (सीसीएम) और सिविक यूनाइटेड फ्रंट (सीयूएफ़) हैं। 1990 के दशक के आरंभिक दौर के बाद से, इन दोनों राजनितिक दलों के लगातार संघर्ष इस द्वीपसमूह की राजनीति की खासियत बन गई है। 2000 के अंतिम दौर में हुई चुनावी लड़ाई के फलस्वरूप जनवरी 2001 में ज़ांज़ीबार में नरसंहार है जब सरकार ने प्रदर्शनकारियों की भीड़ पर गोली चलाई जिसमें 35 मारे गए और 600 घायल हो गए। एक और चुनावी लड़ाई के बाद 2005 में एक बार फिर हिंसा भड़क उठी जहां सीयूएफ़ का कहना था कि उनकी अधिकारपूर्ण जीत को उनसे चुरा लिया गया था। 2005 के बाद दोनों दलों के आपसी दीर्घकालीन तनाव को खत्म करने और आपसे में सत्ता का बंटवारा करने के उद्देश्य से दोनों दलों के बीच एक वार्ता हुआ लेकिन उन्हें फिर से कई बार आपसी संघर्ष का सामना करना पड़ा. इसमें से सबसे उल्लेखनीय संघर्ष अप्रैल 2008 में हुआ जब सता के बंटवारे के समझौते पर किए गए एक सौदे के रूप में प्रस्तुत किए जाने वाले एक जनमत संग्रह को अनुमोदित करने के लिए सीसीएम के आह्वान के बाद सीयूएफ़ वार्ता टेबल से उठकर चले गए।

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