राष्ट्रीय नेतृत्व के मामले में ज़ूमा अनुभवी थे, चूंकि वे 1977 में ANC की राष्ट्रीय कार्यकारिणी समिति में उस समय कार्यरत थे जिस समय पार्टी सिर्फ एक मुक्ति आंदोलन थी। जिस समय तक वे ANC के अध्यक्ष बने वे उसमें तीस साल तक कार्य कर चुके थे। 1994 के आम चुनाव के बाद, जब ANC शासी पार्टी के रूप में उभरी और जब उसने क्वाजुलू-नेटल प्रांत को IFP के हाथों खो दिया, तो उन्हें क्वाजुलू-नेटाल प्रांतीय सरकार के आर्थिक मामलों और पर्यटन के कार्यकारी समिति का सदस्य नियुक्त किया गया, जिससे पहले उन्होंने अपनी दावेदारी वापस लेकर थाबो मबेकी की उप राष्ट्रपति पद के लिए दावेदारी को निर्विरोध बना दिया। दिसम्बर 1994 में वे ANC के राष्ट्रीय अध्यक्ष और क्वाजुलू-नेटल में ANC के अध्यक्ष चुने गए और 1996 में वे बाद वाले पद के इए पुनः निर्वाचित हुए. दिसंबर 1997 में माफ़ीकेंग में आयोजित ANC के राष्ट्रीय सम्मेलन में वे उप राष्ट्रपति निर्वाचित किए गए और इसके परिणामस्वरूप जून 1999 में वे दक्षिण अफ्रीका के कार्यकारी उप राष्ट्रपति के पद पर नियुक्त किए गए।

इस दौरान, उन्होंने युगांडा के राष्ट्रपति योवेरी मुसेवेनी के साथ कंपाला युगांडा में चल रही बुरुंडी शांति प्रक्रिया के लिए सहायक के रूप में कार्य किया। मुसेवेनी, ग्रेट लेक्स रीजनल इनिशिएटिव के अध्यक्ष हैं, जो बुरुंडी में शान्ति प्रक्रिया की निगरानी करने वाले क्षेत्रीय अध्यक्षों का एक समूह है, जहां कई जहां कई सशस्त्र हुटू गुटों ने 1993 में एक ऐसी सरकार और सेना के खिलाफ हथियार उठाया जिसमें तुत्सी अल्पसंख्यक का प्रभुत्व था जिसके खिलाफ उन लोगों ने यह दावा किया कि उन्होंने हुटू बहुसंख्यक के पहले निर्वाचित राष्ट्रपति की हत्या की। 

राष्ट्रपति थाबो मबेकी ने 14 जून 2005 को ज़ूमा को उप राष्ट्रपति के पद से मुक्त कर दिया जिसका कारण था 1999 में दक्षिण अफ्रीकी सरकार द्वारा 5 बिलियन डॉलर के हथियारों की खरीद के सौदे में उनपर लगा भ्रष्टाचार का आरोप.

राष्ट्रीय नेतृत्व में उदय
अंगरक्षक द्वारा कथित हनन
अफ़्रीकैनर्स पर टिप्पणियां
भ्रष्टाचार के आरोप