मानव जीवाश्म का मिलना यह बताता है कि फ़िलीपीन्स में हजारों साल पूर्व इंसान बसते थे। ८वीं शताब्दी में चीनी व्यापारियों का आगमन हुआ। शक्तिशाली बौद्ध साम्राज्यों के उदय के कारण इण्डोनेशिया द्वीप समूह, भारत, जापान और दक्षिण-पूर्व एशिया के साथ व्यापार शुरू हुआ।

१६वीं शताब्दी में स्पैनिश लोगों ने इस द्वीप पर दावा किया और इसे बसाया। उन्होंने इसका नाम राजा फिलिपे द्वितीय के नाम पर 'फ़िलिपिनस' रखा। रोमन कैथोलिक धर्म का भी तुरंत प्रचार किया जाने लगा। फ़िलीपीन्स पर नये स्पेन (मैक्सिको) से शासन किया जाने लगा। १९वीं शताब्दी में फ़िलीपीन्स के बंदरगाहों को विश्व व्यापार के लिए खोल दिया गया। महत्वाकांक्षी और ज्यादा राष्ट्रवादी, फिलिपीन मध्यम वर्ग और चीनी मेस्तिजो समुदाय के उदय ने स्पैनिश साम्राज्य के खिलाफ विद्रोह की शुरुवात की। प्रोपगैंडा आन्दोलन के कारण, स्पैनिश साम्राज्यवादी सरकार के अन्याय के बारे में ये जागरूक हो गये और स्वतंत्रता की माँग करने लगे। १८९६ में फिलीपीन क्रांति की शुरुवात हो गयी। १८९८ तक क्रांतिकारी स्पैनिश सरकार को बाहर करने में लगभग सफल हो गये थे।

उसी वर्ष, १८९८ में, स्पैनिश-अमेरिकन युद्ध छिड़ गया, जिसमें स्पेन ने संयुक्त राज्य अमेरिका को फ़िलीपीन्स २ करोड़ यू.एस.डॉलर में दे दिया| हालाँकि, फ़िलीपीन्स ने उसी वर्ष अपनी स्वतंत्रता घोषित कर दी, पर संयुक्त राज्य अमेरिका अपना दावा जताता रहा, इस कारण फिलिपीन-अमेरिकन युद्ध छिड़ा| यह औपचारिक रूप से १९०१ में समाप्त हो गया था, लड़ाई १९१३ तक चलती रही| १९१४ में, भविष्य में स्वतंत्रता देने के वादे के बाद हालत कुछ ठीक हुए| १९३५ में, फ़िलीपीन्स को अमेरिकी राष्ट्रमंडल का दर्जा दे दिया गया, जिससे इसे अधिक स्वायत्तता मिल गयी।

४ जुलाई १९४६ में द्वितीय विश्वयुद्ध के बाद इसे पूर्ण स्वतंत्रता मिल गयी।

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