पुल के वाहन यातायात वाले रास्तों को मार्गकर वाली सड़क के रूप में संचालित किया जाता है। 27 जनवरी 2009 को उपलब्ध जानकारी के अनुसार सीबीडी की तरफ (दक्षिण की ओर) जाने वाले सभी वाहनों के लिये एक परिवर्तनशील मार्गकर प्रणाली है। अदा किया जाने वाला मार्गकर वाहन के मार्गकर-प्लाजा से गुजरते समय होने वाले समय पर निर्भर होता है। मार्गकर कम से कम 2.50 डालर से अधिकतम 4 डालर तक हो सकता है। उत्तर की ओर जाने वाले यातायात पर कोई मार्गकर नहीं है (हालांकि उत्तर की ओर जाने वाली टैक्सियां यात्रियों से वापसी में टैक्सी पर लगने वाला मार्गकर वसूल कर सकती हैं). उत्तरी और दक्षिणी छोरों पर मार्गकर-प्लाजा बने हुए हैं। दो पूर्वी रास्तों (जो पुल के दक्षिणी छोर पर काहिल एक्सप्रेसवे में मिल जाते हैं) के मार्गकर-बूथ उत्तरी छोर पर हैं, जबकि अन्य दक्षिण की ओर (सीबीडी यातायात के लिये) जाने वाले रास्तों के लिये मार्गकर-बूथ पुल के दक्षिणी छोर पर स्थित हैं। 6 और 7 नंबर वाले रास्तों के बीच सारे पुल की लंबाई में मध्य में पट्टी बनी हुई है जो (उत्तरी छोर पर) पहले से मार्गकर अदा कर चुके यातायात को दक्षिण की ओर जाने वाले अन्य यातायात (जिसे दक्षिणी छोर पर मार्गकर अदा करना होगा) से अलग रखती है।

मूल रूप से निर्माण की लागत वसूल करने के लिये पुल के दोनों ओर की यात्रा पर मार्गकर लगाया गया था। यह खर्च 1980 के दशक में वसूल हो गया था, लेकिन प्रांतीय सरकार के सड़क और यातायात प्राधिकरण ने सिडनी बंदरगाह सुरंग की लागत को वसूल करने के लिये मार्गकर को यथावत रखा है (बल्कि और बढ़ा ही दिया है).

1980 के दशक के शुरू में सिडनी बंदरगाह सुरंग का निर्माण करने के निर्णय के बाद, उसके निर्माण की लागत वसूलने के लिये मार्गकर में वृद्धि (20 सेंट से 1 डालर, फिर 1.50 डालर और अंत में सुरंग के उद्घाटन के समय 2 डालर) कर दी गई। सुरंग में भी दक्षिण की ओर जाने के लिये शुरू में 2 डालर मार्गकर था। मार्गकर के 1 डालर हो जाने के बाद, पुल पर ब्रैडफील्ड हाइवे को काहिल एक्सप्रेसवे से अलग करने वाले कंक्रीट अवरोध की ऊंचाई बढ़ा दी गई, क्यौंकि कई ड्राइवर गैरकानूनी रूप से इसे लांघ कर रास्ता नंबर 6 से 7 नंबर के रास्ते में चले जाते थे ताकि वे मार्गकर से बच सकें. सभी दक्षिण की ओर उन्मुख वाहनों के लिये मार्गकर मार्च 2004 में 3 डालर कर दिया गया.

शुरू में कार या मोटरसाइकिल को पुल पार करने के लिये छह पेंस और घोड़े व घुड़सवार के लिये तीन पेंस लगते थे। साइकिलसवारों (यदि वे साइकिलमार्ग से जाते हों तो) और पादचारियों के लिये पुल का प्रयोग मुफ्त है। बाद की सरकारों नें मोटरसाइकिलों के लिये शुल्क यात्री-वाहनों के शुल्क के एक-चौथाई पर स्थिर कर दिया, लेकिन अब फिर से यह शुल्क यात्री-वाहनों के बराबर ही हो गया है।

जुलाई 2008 में, ई-टैग नामक एक नई इलेक्ट्रानिक मार्गकर प्रणाली शुरू की गई। सिडनी बंदरगाह सुरंग को इस नई मार्गकर प्रणाली में बदल दिया गया जबकि स्वयं सिडनी बंदरगाह पुल पर कई फुटकर रास्ते थे। 12 जनवरी 2009 की तारीख तक इलेक्ट्रानिक प्रणाली ने सभी बूथों को ई-टैग लेनों से विस्थापित कर दिया है।

दक्षिण-पूर्वी तोरण
प्रारंभिक प्रस्ताव
75वीं वर्षगांठ
मार्गकर