 
लगभग 6000 इ. के दौरान, मेसोअमेरिका के ऊंचे क्षेत्रों और निचले क्षेत्रों में रहने वाले शिकारी-संग्रहकर्ता कृषि का अभ्यास करने लगे, जिसमे कुम्हड़े और चिली की प्रारंभिक खेती की गयी। मक्के की खेती का सबसे प्रारंभिक उदाहरण गिला नैक्युइत्स से, मिलता है, जो ओक्साका में स्थित एक गुफा है और .c 4000 ईपू पुराना है। हालांकि इस बात पर ध्यान दिया जाना आवश्यक है कि प्रारंभिक मक्के के नमूने पनामा, ca. के 5500 इ. के गुफा स्थल लॉस लैद्रोंस से प्राप्त हुए थे। इसके कुछ समय बाद, संपूर्ण मेसोअमेरिका में अर्ध-कृषि समुदायों द्वारा अन्य फसलों की खेती की जाने लगी. हालांकि, मक्का सबसे प्रचलित घरेलू खेती है, तेपारी बीन, स्कारलेट रनर बीन, जिकामा, टमाटर और कुम्हड़ा सभी 3500 ई.पू तक सामान्य खेती के अंतर्गत आने लगे. इसी समय कपास, युक्का और अगेव का रुक्षांश और कपड़ा संबंधी सामग्री के लिए दोहन किया जाने लगा. 2000 ई.पू तक मक्का इस क्षेत्र में मुख्य उपज में आने लगा और आधुनिक काल तक इसकी गिनती मुख्य उपज में होती रही. द रेमन या ब्रेड्नट ट्री ("Brosimum alicastrum") आटा बनाने के लिए कभी कभी मक्के के स्थान पर प्रयुक्त होता था। मेसोअमेरिका की रोजमर्रा की भोजन संस्कृति में फलों का स्थान भी महत्वपूर्ण था। खाए जाने वाले कुछ प्रमुख फलों में एवोकैडो, पपीता, अमरूद, मामे, ज़पोते और अनोना थे।

मेसोअमेरिका में पालतू जानवरों की कमी थी, मुख्यतया बड़े खुरयुक्त पालतू जानवरों की- मेसोअमेरिकी और दक्षिणी अमेरिकी अंदेस की संस्कृतियों के बीच एक प्रमुख अंतर मेसोअमेरिका में परिवहन में उपयोगी श्रमिक पशुओं का अभाव है। अन्य पशु, जिनमें बत्तख, हिरन, कुत्ते और पेरू पक्षी शामिल थे, को पाला जाता था। इनमें से भी पेरू पक्षी पहला पाले जाने वाला पक्षी था, यक लगभग 3500 ई.पू के आसपास की बात है। हालांकि, प्राचीन मेसोअमेरिका में कुत्ते पशु प्रोटीन के प्रमुख स्रोत थे, और उनकी हड्डियां इस संपूर्ण क्षेत्र में घरेलू अपव्यय में पायी जाती हैं। 

इस क्षेत्र के लोग अपने भोजन के पूरक के रूप में कुछ खास प्रजातियों का शिकार करते थे। इन पशुओं में हिरन, खरगोश, चिड़िया और कई प्रकार के कीड़े होते थे। वे विलासितापूर्ण वस्तुओं के लिए भी शिकार करते थे जैसे बिल्ली का फर और चिड़िया के पंख.

मेसोअमेरिकी संस्कृतियां जो निचले क्षेत्रों और तटीय मैदानोंमें रहती थीं, वे कृषि समुदाय में जाकर बस गयीं, यह ऊंचे क्षेत्र में रहने वाले लोगों के वहां बसने के बाद हुआ, इसके पीछे कारण यह था कि इन क्षेत्रों में पशुओं और फलों की प्रचुरता थी जो एक शिकारी-संग्रहकर्ता जीवनशैली को और भी आकर्षक बनाती थी। निचले क्षेत्रों में रहने वालों और तटीय क्षेत्रों में रहने वाले मेसोअमेरिकी लोगों के लिए मछली पकड़ना भी भोजन का एक प्रमुख स्रोत था, जो स्थायी समुदायों के साथ बसने के विचार को और भी निरुत्साहित करता था।

हाल की रिपोर्ट यह जानकारी देती हैं कि केन्द्रीय अमेरिका में मेसोअमेरिकी बीयर (मदिरा) के उत्पादन के लिए कोकोआ बीन्स का प्रयोग करते थे: चॉकलेट इस बीयर को किण्वन से प्राप्त होने वाला एक सहउत्पाद होता है। यह अभ्यास आज से कम से कम 3,100 से लेकर 3,200 वर्ष प्राचीन है। यह भी स्पष्ट है कि चबाये हुए कोकोआ बीन्स किण्वन के बाद पीसे जाते थे और बियर में मिलाये जाते थे, जो इसे चॉकलेट का स्वाद देते थे।

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