1993 में क्रूज़/वाग्नेर प्रोडक्शंस की स्थापना करने के लिए क्रूज़ ने अपने पूर्व प्रतिभा एजेंट पाउला वाग्नेर के साथ साझेदारी की, और तब से कंपनी ने क्रूज़ की कई फिल्मों का सह-निर्माण किया, जिनमें पहली थी 1966 की "", जो क्रूज़ की बतौर निर्माता पहली परियोजना थी। उन्होंने फ़िल्म "मिशन इम्पॉसिबल" के निर्माता के रूप में अपने कार्य के लिए 1997 के PGA गोल्डन लॉरल अवार्ड्स में बतौर थिएटरिकल मोशन पिक्चर्स के सर्वश्रेष्ठ उदीयमान निर्माता, नोवा अवार्ड्स (पॉल वाग्नेर के साथ साझा) जीता. 

निर्माता के रूप में उनकी अगली परियोजना 1998 की फ़िल्म प्रसिद्ध अमेरिकी धावक स्टीव प्रेफॉन्टेन से जुड़ी "विदाउट लिमिट्स" थी। 2000 में "मिशन इम्पॉसिबल" की उत्तर-कथा पर काम जारी रखते हुए क्रूज़ निर्माता के रूप लौटे.उसके बाद उन्होंने निकोल किडमैन अभिनीत "द अदर्स" के लिए कार्यकारी निर्माता के रूप में काम किया, उसी वर्ष उन्होंने "वेनिल्ला स्काई" में दुबारा बतौर अभिनेता/निर्माता का काम किया।

उन्होंने बाद में "नार्क", "हिटिंग इट हार्ड", और "शैटर्ड ग्लास" पर काम किया (लेकिन उसमें अभिनय नहीं किया).उनकी अगली परियोजना "द लास्ट समुराई" थी, जिसमें उन्होंने अभिनय भी किया, 2004 के PGA गोल्डन लॉरेल अवार्ड्स में मोशन पिक्चर प्रोड्यूसर ऑफ़ द इयर अवार्ड के लिए संयुक्त रूप से उनको नामांकित किया गया। उसके बाद उन्होंने "सस्पेक्ट ज़ीरो", "एलिज़बेथ टाऊन", और "आस्क द डस्ट" पर काम किया।

क्रूज़ हॉलीवुड के कई सर्वाधिक लाभप्रद सौदों के लिए जाने जाते हैं और 2005 में हॉलीवुड अर्थशास्त्री एड्वर्ड जे एपस्टेन ने उनको "हॉलीवुड के सबसे ज्यादा शक्तिशाली और अमीरों में एक" कहा. एपस्टेन का तर्क है कि क्रूज़ उन चंद निर्माताओं (अन्य हैं, जॉर्ज लुकास,स्टीवन स्पीलबर्ग और जेर्री ब्रुक्कहेइमर) में एक हैं, जो एक अरब-डॉलर फ़िल्म के विक्रयाधिकारों की सफलता की गारंटी दे सकते हैं। एपस्टेन यह भी तर्क देते हैं कि क्रूज़ के पत्रिका-विवादों से जनता का घोर लगाव, क्रूज़ के उत्कृष्ट व्यावसायिक निपुणता को धुंधला कर देता है। कहा जाता है कि क्रूज़ की फ़िल्म-निर्माण कंपनी, क्रूज़/वाग्नेर प्रोडक्शन्स, एरिक लार्सन के "न्यूयॉर्क टाइम्स" की सर्वाधिक बिकाऊ, "द डेविल इन द व्हाइट सिटी" पर आधारित एक पटकथा विकसित कर रही है, जो शिकागो के विश्व कोलंबियन प्रदर्शनी में एक वास्तविक क्रमिक हत्यारे एच.एच. होम्स की कहानी हैं। 

कैथ्रीन बिगेलो इस परियोजना के निर्माण और संचालन से जुड़ी हैं। इस बीच, लियोनार्डो डीकैप्रियो की निर्माण कंपनी एप्पियन वे भी होम्स और विश्व मेले की एक फ़िल्म विकसित कर रही है जिसमें डी कैप्रियो अभिनय करेंगे.
अभिनय कैरियर
युनाइटेड आर्टिस्ट्स का प्रबंधन
पेनेलोप क्रूज़
निर्माण कैरियर