मैडोना ने अपना तीसरा ऐल्बम, "ट्रू ब्लू", 1986 में रिलीज़ किया जिसपर "रोलिंग स्टोन" को तत्काल प्रतिक्रिया व्यक्त करनी पड़ी कि "यह सुनने में ऐसा लगता है कि यह सीधे दिल से निकला है।" विश्वभर के 28 से अधिक देशों में यह चार्ट के शीर्ष पर रहा जो उस वक्त का अभूतपूर्व रिकॉर्ड था और जिसने "गिनीज़ बुक ऑफ़ वर्ल्ड रिकॉर्ड" में भी अपनी जगह बना ली. इस ऐल्बम ने बिलबोर्ड हॉट 100 के चार्ट पर तीन नंबर वन एकल गानों को जन्म दिया:"लिव टू टेल", "पापा डोंट प्रीच" और "ओपन यौर हार्ट", इसके साथ ही साथ अन्य शीर्ष पांच एकलों को "ट्रू ब्लू" और "ला इस्ला बोनिता". इसी साल, मैडोना ने "संघाई सरप्राइज़" (जिसे समीक्षकों ने सराहा) फिल्म में भूमिका अदा की और डेविड रेब की प्रस्तुति "गूज़ ऐंड टॉम-टॉम" में शॉन पेन के साथ सह-भूमिका में नाटकीय शुरुआत की. सन् 1987 में, मैडोना ने "हु'ज़ दैट गर्ल" में प्रमुख भूमिका अदा की एवं यूनाइटेड स्टेट्स नंबर टू गाने "कौजिंग अ कमोशन" तथा टाइटल ट्रैक के साथ चार गानों का भी योगदान दिया. उसी वर्ष, वह हुज़ दैट गर्ल के दुनिया के दौरे पर निकल पड़ी. मैडोना के नवोन्मेषी पोशाकों के लिए दौरे में प्रशंसा मिली. बाद में उसी वर्ष, उसने पुराने हिट्स, "यू कैन डांस" का रिमिक्स ऐल्बम जारी किया। सन् 1988 में, पेसेंट्रों शहर के अधिकारियों ने मैडोना की आवाक्ष मूर्ति का निर्माण आरंभ कर दिया. मूर्ति इस तथ्य की स्मृति स्वरूप थी कि उसके पूर्वज कभी पेसेंट्रों में ही रहा करते थे। शॉन पेन के साथ मैडोना का वैवाहिक संबंध भी समाप्त हो गया। दिसम्बर 1987 में तलाकनामा के कागजातों की पेशी और फिर वापस लिए जाने के बाद, सन् 1988 के नववर्ष की पूर्व संध्या में वे जुदा हो गए और जनवरी 1989 में उनका तलाक हो गया। पेन से शादी के सवाल पर मैडोना ने कहा, "मैं सम्पूर्ण रूप से अपने पेशे के प्रति समर्पित हूं और किसी भी आकार अथवा प्रकार से उदार, होने को तैयार नहीं." 

1989 के आरंभ में, मैडोना ने शीतल पेय पेप्सी के उत्पादकों के साथ विज्ञापन के एक समझौते पर हस्ताक्षर किया। उसने अपने नए गाने, "लाइक अ प्रेयर" का शुभआरंभ पेप्सी के विज्ञापन के साथ किया और इसके लिए एक म्यूजिक वीडियो भी बनाया. इस वीडियो में कई कैथोलिक प्रतीकों जैसे कि क्षतचिह्नं और ज्वलन्त क्रूस का प्रदर्शन किया गया। इस विषय वस्तु के कारण वैटिकन ने वीडियो की निंदा की. विज्ञापन प्रसारण और संगीत वीडियो लगभग एक समान थे, इसीलिए पेप्सी, लोगों को यह समझाने में असमर्थ था कि विज्ञापन किसी मायने में अनुचित नहीं था। उन्होंने मैडोना के साथ वाणिज्यिक विज्ञापन प्रसारण एवं प्रयोजना का अनुबंध रद्द कर दिया. हालांकि, अनुबंध के लिए उसे दी जाने वाली फीस बरकरार रखी गई। उसी वर्ष, मैडोना का चतुर्थ स्टूडियो ऐल्बम, "लाइक अ प्रेयर" रिलीज़ हुआ था। यह पैट्रिक लियोनार्डो और स्टीफेन ब्रे के साथ सह-लिखित तथा सह-निर्मित था। "रॉलिंग स्टोन" ने इसकी प्रशंसा करते हुए लिखा, "कला के उतने ही करीब जितना कि पॉप संगीत हो सकता है". "बिलबोर्ड 200" के ऐल्बम चार्ट पर "लाइक अ प्रेयर" नंबर वन की उंचाई पर पहुंच गया और विश्वभर में सात मिलीयन प्रतियां बिक गई, जिसमें से चार मिलीयन प्रतियां अकेले यूनाइटेड स्टेस में बिक गई। इस ऐल्बम ने तीन शीर्ष पांच एकल गाने प्रस्तुत किये विशेषकर टाइटल ट्रैक पर (हॉट 100 में उसका सातवां नंबर एक एकल), "एक्सप्रेस यौरसेल्फ" और "चेरिश" विशेष रूप से उल्लेखनीय है। 1980 के दशक के अंत तक, अपने तीन नंबर वन ऐल्बमों और सात नंबर वन एकलों के साथ मैडोना उस दशक की सर्वाधिक सफल महिला कलाकार बन गई; अब वह केवल माइकल जैक्सन से ही पीछे रह गई।

1990 में, मैडोना ने "ब्रेथलेस" महोनी फिल्म में अभिनय किया, जो कॉमिक बुक सीरिज़ "डिक ट्रेसी" का अनुकरण थी। मूवी की मुख्य शीर्षक भूमिका में वॉरेन बेट्टी था। इस फिल्म के रिलीज़ के साथ ही साथ उसने अपना ऐल्बम "आई' ऍम ब्रेथलेस" जारी किया, जिसमें उन गानों को शामिल किया गया जो फिल्म की 1930 के दशक की सेटिंग से प्रेरित थे। इसमें उसका आठवां US नंबर वन एकल, "वोग" और "सूनर और लेटर", भी विशेष रूप से शामिल था, यह एक ऐसा गाना था जिसने स्टीफन सोंथेम को सर्वोत्तम मौलिक गाने के लिए अकादमी पुरस्कार दिलाया था। फिल्म के लिए शूटिंग के दौरान, बेट्टी के साथ मैडोना ने रिश्ता शुरू कर दिया. वह "आई' ऍम ब्रेथलेस" के ऐल्बम कवर पर और उसकी डॉक्युमेंट्री, "ट्रुथ और डेयर" में भी दिखाई दिया. 1990 की समाप्ति के साथ ही उनका संबंध भी समाप्त हो गया। मैडोना ने अपना ब्लौंड एम्बिशन वर्ल्ड टूर की शुरुआत 1990 में अप्रैल महीने में की. धार्मिक और यौन विषय-वस्तुओं के विशेष प्रदर्शन से, इस दौरे में उसकी पेशकश, "लाइक अ वर्जिन", ने विवाद खड़ी कर दी जिसमें दो पुरुष नर्तक हस्तमैथुन में लिप्त होने से पहले उसके अंगों को दुलार से सहलाते हैं। पोप ने पुनः कैथोलिकों को उसके कार्यक्रमों में शामिल होने से मना कर दिया. उत्तेजक कामुकता के प्रदर्शन के खिलाफ "फैमिग्लिया डोमानी" नाम के एक निजी संघ ने भी इस दौरे का बहिस्कार किया। प्रतिक्रिया स्वरूप प्रत्युत्तर में मैडोना ने कहा, "मै इतालवी अमेरिकी हूं और इस पर मुझे गर्व है" और चर्च जो "केवल प्रजनन को छोड़कर यौन पर पूरी तरह से अपने तेवर दिखाता है।" बाद में उसने दौरे की लेजर डिस्क रिलीज़ के लिए वर्ष 1992 में बेस्ट लौंग फॉर्म म्यूजिक वीडियो की श्रेणी में ग्रेम्मी पुरस्कार जीता.

मैडोना का सर्वप्रथम सर्वश्रेष्ठ- हिट्स संग्रह ऐल्बम, "द इम्मॉकुलेट कलेक्शन" नवम्बर 1990 में रिलीज़ हुआ। इसमें "जस्टिफाई माई लव" और "रेसिक्यु मी" शीर्षक से दो नए गाने शामिल किए गए। जो उस दौर में "बिलबोर्ड" चार्ट के इतिहास में किसी महिला कलाकार का सर्वोच्च शुरुआती एकल था। जो पंद्रहवें नंबर पर प्रवेश कर नवें नंबर के शिखर पर पहुंच गया। "जस्टिफाई माई लव", मैडोना का नौवां US नंबर वन एकल था। इसके म्यूजिक वीडियो की विशेष प्रस्तुतियों में परपीड़ित- कामुकता, दासता, समलैंगिक चुंबन एवं संक्षिप्त नग्नता की प्रधानता थी। इसे एमटीवी (MTV) के लिए अत्यधिक यौनता का खुल्लम-खुल्ला प्रदर्शन माना गया और स्टेशन से प्रसारण पर प्रतिबंध लगा दिया गया। आखिरकार, "द इम्मॉकुलेट कलेक्शन" किसी एकल कलाकार का सबसे अधिक बिकने वाला ऐतिहासिक संग्रह बन गया। RIAA ने इसे हीरक प्रमाणन दिया और यूनाइटेड किंगडम में किसी महिला कलाकार के सर्वाधिक बिकने वाले ऐल्बम में सूचीबद्ध किया। वर्ष के अंत में, मैडोना ने जेनिफर लिंच की विवादास्पद फिल्म "बोक्सिंग हेलेन" को छोड़ देने का फैसला किया। 1990 के अंत से 1991 के आरंभ तक, मैडोना मॉडल एवं अश्लील कामुक कलाकार टॉनी वॉर्ड के साथ प्रेस संबंध बनाने के लिए मेल जोल करती रही जिसने उसके म्यूजिक वीडियो "चेरिश" एवं "जस्टिफाई माई लव" में अभिनय किया था। उसने वेनिला आइस के साथ आठ महीने तक संबंध बनाए रखा. उसका पहला वृत्तचित्र, "ट्रुथ और डेयर" (जिसे उत्तरी अमेरिका से बाहर इन "बेड विथ मैडोना" नाम से जानते थे), 1991 के मध्य में रिलीज़ हुई. इस वृत्तचित्र ने उसके ब्लौंड एम्बिशन वर्ल्ड टूर का सिलसिलेवार ब्यौरा साथ ही साथ उसके निजी जीवन की झलकियां भी पेश की. अगले ही वर्ष, वह बेस बॉल फिल्म "ए लीग ऑफ़ देयर ओन" में एक इटालियन- अमेरिकन, मै मोर्दाबीटो की भूमिका में नजर आयी। उसने फिल्म की थीम पर आधारित गीत "दिस यूस्ड टू बी माइ प्ले ग्राउंड" को उसनें रिकॉर्ड किया जो "बिलबोर्ड" के हॉट 100 पर दसवां नंबर-वन हिट हो गया।

संगीत शैली और प्रभाव
1986-1991: "ट्रू ब्लू", "लाइक अ प्रेयर" और द ब्लौंड एम्बिशन टूर
1958-1981: प्रारंभिक जीवन और शुरुआत
संगीत वीडियोज और सीधा (लाइव) प्रदर्शन