कंप्यूटर पर कोई स्पाइवेयर प्रोग्राम विरला ही अकेला होता है: किसी प्रभावित मशीन में आमतौर पर एकाधिक संक्रमण होते हैं। उपयोगकर्ता अक्सर प्रणाली के प्रदर्शन में गिरावट और अवांछित व्यवहार को नोटिस करता है। स्पाइवेयर CPU में विश्ष्टि तरह की अवांछित गतिविधि, डिस्क प्रयोग और नेटवर्क ट्रैफिक में बाधा पैदा कर सकते हैं। अनुप्रयोग फ्रिजिंग, बूट करने में असफलता और विस्तृत तंत्र का ध्वंस जैसे स्थिर‍ता के मुद्दे भी आम हैं। स्पाइवेयर जो नेटवर्किंग सॉफ्टवेयर के साथ हस्ताक्षेप करता है, इंटरनेट को जोड़ने में कठिनाई का सामान्य कारण बनता है।

कुछ संक्रमण में स्पाइवेयर नजर भी नहीं आता है। ऐसी स्थिति को उपयोगकर्ता हार्डवेयर, विंडोज की संस्थापना या अन्य किसी संक्रमण जैसे मुद्दों से संबंधित कोई समस्या मान लेते हैं। बुरी तरह से संक्रमित प्रणाली का उपचार करने के लिए कुछ मालिक तकनीकी सहायता विशेषज्ञों की शरण लेते हैं, या नया कंप्यूटर ही खरीद लेते हैं क्योंकि मौजूदा प्रणाली "बहुत ही धीमी हो गयी है". बुरी तरह से संक्रमित प्रणाली की पूरी क्रियाशीलता को वापस लौटाने के लिए उसके सॉफ्टवेयर को फिर से इंस्टॉल करने की जरूरत पड़ सकती है।

शायद ही कोई एक सॉफ्टवेयर किसी कंप्यूटर को फिर से चंगा कर सकता है। बल्कि, कंप्यूटर में एकाधिक संक्रमण की संभावना रहती है। संचित प्रभाव और स्पाइवेयर घटकों के बीच अंत:क्रिया, आम तौर पर उपयोगकर्ताओं द्वारा बताए गए लक्षणों के कारण होते हैं: कंप्यूटर, चलने में बहुत ही धीमा हो जाता है, इसमें चलनेवाली परजीवी प्रक्रियाओं से व्याकुल हो उठता है। इसके अलावा, कुछ प्रकार के स्पाइवेयर फायरवॉल सॉफ्टवेयर और एंटी वायरस सॉफ्टवेयर को अक्षम कर देते हैं और/या ब्राउजर सुरक्षा स्थापन को कम कर देते हैं, जिससे प्रणाली को खोलने पर फिर से अवसरवादी संक्रमण होता है, उसी तरह जैसे प्रतिरोधक की कमी से बीमारी होती है। कुछ स्पाइवेयर प्रतिद्वंद्वी स्पाइवेयर को अक्षम कर देता है या हटा देता है क्योंकि स्पाइवेयर से संबंधित खीज बढ़ने से उपयोगकर्ता प्रोग्राम को हटा देने की कार्रवाई करेगा. एक स्पाइवेयर निर्माता, एवेन्यू मीडिया, ने तो इसको लेकर अपने प्रतिद्वंद्वी, डिरेक्ट रेवेन्यू, पर मुकदमा कर दिया; बाद में दोनों ने एक-दूसरे के उत्पाद को अक्षम न करने का समझौता किया।

कुछ दूसरी तरह के स्पाइवेयर रूटकिट जैसी तकनीक का इस्तेमाल पकड़े जाने और हटा दिए जाने से बचने के लिए करते हैं। उदाहरण के लिए टारगेटसॉफ्ट "विनशॉक" विंडोज सॉकेट फाइल को परिवर्तित कर देता है। स्पाइवेयर संक्रमित फाइल "inetadpt.dll" का हटा दिया जाना, सामान्य नेटवर्किंग प्रयोग को बाधित करता है। 

खास तरह के विंडोज उपयोगकर्ता के पास प्रशासनिक विशेषाधिकार होता हैँ जो बहुत ही सुविधाजनक होता है। इस कारण से, उपयोगकर्ता द्वारा चलाया जा रहा कोई भी प्रोग्राम (जानबूझकर या बगैर जाने), प्रणाली में एक्सेस के लिए अप्रतिबंधित होता है। जैसा कि अन्य प्रचलन तंत्रों के साथ होता है, न्यूनतम विशेषाधिकार के सिद्धांत को मानने और गैर-प्रशासकीय अल्पतम उपयोगकर्ता के प्राप्त खातों का उपयोग करने के लिए, या इंटरनेट-फेसिंग प्रक्रियाओं, जैसे कि इंटरनेट एक्सप्लोरर (DropMyRights उपकरणों के उपयोग के जरिए) के खास दोषों के विशेषाधिकारों को कम करने में विंडोज के उपयोगकर्ता भी सक्षम होते हैं। हालांकि यह डिफॉल्ट विन्यास जैसा नहीं है, कुछ उपयोगकर्ता यह करते हैं। 

Windows Vista में, डिफ़ॉल्ट द्वारा, एक कंप्यूटर प्रशासक उपयोगकर्ता के सीमित विशेषाधिकार के तहत सब चलाता है। जब किसी प्रोग्राम को प्रशासनिक विशेषाधिकार की जरूरत होती है, Vista उपयोगकर्ता को अनुमति देने/ पॉप-अप करने से इंकार करने के लिए प्रोत्साहित करेगा (उपयोगकर्ता खाता नियंत्रण देखें). Windows के पिछले संस्करण में प्रयुक्त किए गए डिजाइन में इसे सुधारा गया है। 

एंटी-स्पाइवेयर प्रोग्राम
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