मामूट्टी ने कुछ गैर मलयालम फिल्मों में अभिनय किया है और इनमें तमिल, तेलुगु, हिंदी और अंग्रेजी फिल्में शामिल हैं। 1989 में के. मधु के निर्देशन में बनी "मौनम् सम्मथं," से उन्होनें तमिल फिल्मों में अभिनय की शुरुआत की। उन्होनें तमिल फिल्म उद्योग के प्रथम श्रेणी के निर्देशकों के साथ काम किया है जैसे - के. बालचंदर (आज़्हगन) और मणि रत्नम (दलपति). तमिल सुपर स्टार रजनीकांत के साथ "दलपति " में उनके प्रदर्शन ने उन्हें तमिल दर्शकों में लोकप्रिय कर दिया। फाज़िल के निर्देशन में बनी "किलिप्पेछु केक्कावा" (1993) ने मामूट्टी को रोमांटिक हीरो के दुर्लभ अवतार में पेश किया। 1995 में आर.के. सेल्वामणि द्वारा निर्देशित "मक्कल आत्ची" जबरदस्त ब्लॉकबस्टर रही। राजीव मेनन द्वारा निर्देशित कन्दुकोंदैन कन्दुकोंदैन में, कप्तान बाला के रूप में ऐश्वर्य राय के साथ उनके प्रदर्शन से भारी भीड़ जुटी. एन. लिंगुस्वामी द्वारा निर्देशित "आनंदम" में मामूट्टी ने एक पारिवारिक व्यक्ति की भूमिका की थी।

मामूट्टी ने तमिल भाषा की कुछ भूल देने वाली फिल्मों में अभिनय किया है। पुथायल (1996)(खजाने की खोज पर एक फिल्म), जूनियर सीनियर (2002)(एक प्रेम त्रिकोण), विस्वतुलसी (2004) (एक परिपक्व प्रेम कहानी) - सभी प्रभावशाली स्टार कास्ट के साथ बनाई गयीं लेकिन सभी फिल्मों का प्रदर्शन ख़राब रहा तथा व्यवसायिक रूप से बुरी तरह पिटीं.

उन्होनें हिंदी फिल्मों में अपना अभियान [1989] में "त्रियात्री" के माध्यम से किया। हालांकि, नायक के रूप में अपनी पहली बॉलीवुड फिल्म, "धरतीपुत्र" नहीं चली, फिर भी राष्ट्रीय स्तर पर जब्बार पटेल द्वारा निर्देशित "बाबा साहेब अम्बेडकर" की जीवनी पर आधारित फ़िल्म के द्वारा अपने अभिनय का परिचय दिया। मामूट्टी की "सौ झूठ एक सच" को आलोचकों की प्रशंसा मिली लेकिन फिल्म बॉक्स ऑफिस पर नहीं चली. मामूट्टी की तेलुगु फिल्म स्वाती किरनम एक लीक से अलग हट कर बनी फ़िल्म थी जिसे दर्शकों और आलोचकों ने सराहा.

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