अपने सम्पूर्ण कैरियर के दौरान, ड्रीम थियेटर की सजीव प्रस्तुतियां धीरे-धीरे अधिक बड़ी, लम्बी और अधिक विविध होती गईं। इस का सबसे स्पष्ट उदाहरण उनकी चक्रीय सेट लिस्ट नीति है। जिसका अर्थ है कि, पोर्टनॉय द्वारा तैयार, हर दौरे की प्रत्येक रात की अपनी सेट लिस्ट होती है, जिसके लिए वह एक जटिल प्रक्रिया अपनाता है जो उसकी विशिष्टता को सुनिश्चित करती है। इसके लिए कई कारकों को ध्यान में रखा जाता था, जैसे पिछले शहरों की सूचियों का ध्यान रखा जाता था, यह सुनिश्चित करने के लिए कि जो लोग एक ही क्षेत्र में ड्रीम थियेटर को कई बार देखते हैं उन्हें एक गाने को दुबारा न सुनना पड़े और यहां तक कि उस सेट लिस्ट पर भी ध्यान दिया जाता है जिसे किसी ख़ास शहर में बैंड ने अपने कार्यक्रम के दौरान अपनाया था ताकि बैंड के उन प्रशंसकों को एकरसता न लगे जो सभी दौरों को देखते हैं।

ड्रीम थियेटर के दौरों के कुछ उल्लेखनीय भागीदारों में शामिल हैं डीप पर्पल, एमर्सन, लेक एंड पामर, आयरन मेडेन, जो सत्रिअनी, किंग्स X, मरिलियन, मेगाडेथ, इन फ्लेम्स, पेन ऑफ़ साल्वेशन, पोर्क्युपाइन ट्री, ओपेथ, क्वींसरिशे, रिवरसाइड, स्पोक्स बिअर्ड, फिअर फैक्टरी, एंचेंट, सिम्फनी X और यस 2005 में, ड्रीम थियेटर ने गिगनटूर उत्सव के साथ उत्तरी अमेरिका का दौरा किया, जहां उसने मेगाडेथ के साथ कार्यक्रम प्रस्तुत किया और मेगाडेथ और आयरन मेडेन के साथ मंच पर शारीरिक रूप से वादन किया।

"सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस" के बाद से बैंड के विश्व दौरे को मुख्य रूप से तथाकथित "इवनिंग विथ..." कहा जाता है, जिसमें बैंड एक मध्यांतर के साथ कम से कम तीन घंटे तक प्रदर्शन करता है, जिसमें कोई आरंभिक एक्ट नहीं होता। वह कार्यक्रम जिसे "लाइव सीन्स फ्रॉम न्यूयॉर्क" के लिए रिकॉर्ड किया गया था, लगभग चार घंटे लम्बा था और जिसके परिणामस्वरूप पोर्टनॉय को कार्यक्रम से पहले विषाक्त खाद्य पदार्थ के सेवन के कारण अस्पताल में भर्ती कराया गया।

ड्रीम थियेटर के कार्यक्रम से हास्य, अनौपचारिक तरीका और आशुरचना की काफी मात्रा जुड़ी हुई है। "ए चेंज ऑफ़ सीज़न" के मध्य में, मेजर लीग बेसबॉल और "सिम्प्संस" जैसे विषयों से उद्धरण कहना बहुत आम था और रुडेस नियमित रूप से गानों में अपना और अन्य लोगों का एकल खंड संशोधित करते रहते हैं, जिसके तहत वे अक्सर "लिक्विड टेंशन इक्स्पेरिमेंट 2" से "व्हेन द वाटर ब्रेक्स" के रैगटाइम खंड को बजाते हैं। "वंस इन अ लाइवटाइम" में शामिल अधिकांश गानों में अन्य लोगों के स्निपेट्स शामिल थे जैसे लिन्यार्ड स्किन्यार्ड का "फ्री बर्ड" और रिम्सकी-कोर्सकोव का "फ्लाईट ऑफ़ द बम्बलबी". अन्य उद्धरणों में शामिल है, गिगनटूर पर "एंडलेस सैक्रिफाइस" के दौरान "मैरी हैड अ लिटिल लैम्ब", "अंडर अ ग्लास मून" की पंक्तियों के बीच एक कैलिओप प्रेरित अंतराल, पेट्रुकी द्वारा बजाई गई "डोंट क्राई फॉर मी, अर्जेंटीना" की मुख्य धुन जब वे ब्यूनस आयर्स में "थ्रू हर आइज़" आरंभिक एकल बजा रहे थे, इस्तांबुल में एक कॉन्सर्ट में टर्किश मार्च और बैंकॉक, थाईलैंड में एक प्रदर्शन में रश के "अ पैसेज टु बैंकॉक" का आरंभिक रिफ. सबसे हाल के "20th एनिवर्सरी वर्ल्ड टूर" में रुडेस ने यहां तक कि "एंडलेस सैक्रिफाइस" के दौरान एक छोटी "ट्विंकल, ट्विंकल, लिटिल स्टार" थीम भी शामिल की और इस्राएल में एक संगीत कार्यक्रम के दौरान उसने एक स्वतःप्रवर्तित "हवा-नगिला" शुरू किया जिसमें बाद में बैंड के बाकी लोगों ने उसका साथ दिया।

कभी-कभी, दर्शकों में से किसी एक को मंच पर प्रस्तुति देने के लिए यादृच्छिक रूप से बुला लिया जाता है, जिसे "लाइव एट बुडोकन" DVD में पोर्टनॉय के ड्रम सोलो के दौरान देखा जा सकता है। कई बार "हैप्पी बर्थडे" का तत्काल गायन किया गया जब बैंड के या पूरे दल के किसी एक सदस्य का जन्मदिन टूर की तारीख में पड़ा हो, जिसके तहत सामान्य रूप से व्यक्ति पर जन्मदिन केक फेंका जाता है।

ड्रीम थियेटर के अप्रत्याशित कार्यक्रम संरचना का सबसे अच्छा उदाहरण शायद बैंड में डेरेक शेरिनियन वाले समय के दौरान था। चुनिन्दा कार्यक्रमों में बैंड के सभी सदस्य अपने वाद्ययंत्रों की अदला-बदली कर लेते और एक काल्पनिक बैंड नाईटमेयर सिनेमा के रूप में दोहराव का प्रदर्शन करते. वे आमतौर पर डीप पर्पल के "परफेक्ट स्ट्रेंजर" के कवर का प्रदर्शन करते और एक अवसर पर ऊज़ी ओस्बोर्न के "सुसाइड सोल्यूशन" का. कुछ कार्यक्रमों में, शेरिनियन, पेट्रुकी और पोर्टनॉय "निकी लेमंस एंड द माइग्रेन ब्रदर्स" के नाम के तहत एक साथ मंच पर आते थे। शेरिनियन एक पंख बोआ और नोवेल्टी धूप का चश्मा पहने हुए, पोर्टनॉय और पेट्रुकी के पार्श्वस्वरों के साथ एक पॉप-पंक गीत "आई डोन्ट लाइक यू" प्रस्तुत करते थे। कैओस इन मोशन टूर में, "ट्रायल ऑफ़ टिअर्स" के कई समारोह पहले, पोर्टनॉय और पेट्रुकी अपनी जगह बदल कर वान हेलेन के "इरप्शन" को पेश करते थे।

मुख्य कार्यक्रम प्रस्तुतकर्ता के रूप में ड्रीम थियेटर की सर्वाधिक दर्शकों की संख्या सैंटियागो, चिली में 6 दिसम्बर 2005 को 20,000 थी। ब्राजील के अलावा (जहां वे 1997 और 1998 में गए थे), यह उनके दक्षिण अमेरिकी देशों के पहले दौरे के दौरान की बात है। इस शो को पोर्टनॉय के इट्सीजैम रिकॉर्ड्स के माध्यम से जारी किया गया।

"स्कोर" और "कैओस इन मोशन" DVD में, गानों के कुछ भागों में एनीमेशन को शामिल किया गया है, जिसमें बैंड को, कार्टून पात्रों के रूप में संगीत के साथ बजाते हुए दिखाया गया है। स्कोर DVD पर, ऑक्टावेरिअम गाने के दौरान, बैंड को एक अष्टकोणीय आकार के भूलभुलैया में प्रदर्शन करते हुए दिखाया गया है। एनीमेशन के आगे बढ़ने पर जॉर्डन रुडेस, अपनेआप ही सांता क्लॉस में बदल जाता है और जॉन पेट्रुकी को आग लग जाती है। कैओस इन मोशन DVD के "द डार्क इटरनल नाइट" में, बैंड के सदस्य अपने गिटार से आग के गोले दागते हुए, ड्रम की लाठी फेंककर और चिल्लाकर एक राक्षस से युद्ध करते हैं।

2008 में, ड्रीम थियेटर ने, ओपेथ, बिटवीन द बरीड एंड मी और 3 के साथ मिलकर "प्रोग्रेसिव नेशन 08" टूर शुरू किया। यह दौरा माइक पोर्टनॉय के दिमाग की उपज है, जिसने कहा "मैं कई वर्षों से इस तरह का एक पैकेज टूर इकट्ठा करना चाहता था। उन सभी त्योहारों और पैकेज टूर के साथ जो अमेरिका से गुज़रता है, मैं अपने प्रबंधक और एजेंट से आज से करीब 10 साल पहले से कुछ ऐसा करने की बात करता रहा हूं जो हार्ड रॉक और मेटल के अपेक्षाकृत अधिक प्रगतिशील, संगीतकार उन्मुख पक्ष पर जोर देता हो. मैंने तय कर लिया, कि अब बातें बंद करने का समय है और कमर कसकर मैदान में उतर जाना चाहिए."

13 फ़रवरी 2009 को, ड्रीम थियेटर ने अपने प्रोग्रेसिव नेशन 2009 टूर के लिए आधिकारिक प्रस्तुतकर्ताओं की घोषणा की। इस दौरे में मूल रूप से स्वीडिश बैंड बर्डफिश और पेन ऑफ़ साल्वेशन के साथ-साथ ज़प्पा प्लेज़ ज़प्पा को प्रस्तुति देनी थी। 22 जून 2009 को, माइक पोर्टनॉय ने घोषणा की कि पेन ऑफ़ साल्वेशन और बर्डफिश, रिकॉर्ड लेबल की जटिलताओं के कारण प्रोग्रेसिव नेशन 2009 टूर के के उत्तरी अमेरिकी चरण में मौजूद नहीं होंगे। उसी घोषणा में, पोर्टनॉय ने कहा कि स्केल द समिट और बिगएल्फ बैंड, टूर में बर्डफिश और पेन ऑफ़ साल्वेशन की जगह लेंगे. इस परिवर्तन के कारण, बिगएल्फ, प्रोग्रेसिव नेशन 2009 के उत्तर अमेरिकी और यूरोपीय चरणों में शामिल हुआ। इस देरे का उत्तरी अमेरिकी चरण 2009 में पूरे जुलाई और अगस्त के दौरान चलता रहा। 26 मार्च 2009 को, यह घोषणा की गई कि ड्रीम थियेटर, प्रोग्रेसिव नेशन टूर को ओपेथ, बिगएल्फ और अनएक्स्पेक्ट के साथ पहली बार यूरोप ले जाएगा. यह दौरा 2009 के पूरे सितम्बर और अक्टूबर चला.
आयरन मेडेन के जून 2010 को शुरू हो रहे दौरे के लिए, ड्रीम थियेटर शुभारम्भ करेगा।

कवर गाने
सजीव प्रस्तुतियां
बूटलेग संस्कृति
"सिस्टमेटिक कैओस", "ग्रेटेस्ट हिट" और "कैओस इन मोशन" (2007-2008)