जहां संरक्षण विज्ञान समुदाय के अधिकांश लोग जैव विविधता बनाए रखने के "महत्व पर ज़ोर" देते हैं, वहीं इस बात पर विवाद चल रहा है कि जीन, प्रजातियां या पारिस्थिक प्रणालियों को प्राथमिकता कैसे दें, जो सभी जैव विविधता के घटक हैं (उदा.बोवेन, 1999). जहां आज तक प्रमुख दृष्टिकोण "जैव विविधता के हॉटस्पॉट" के संरक्षण द्वारा लुप्तप्राय प्रजातियों पर प्रयासों को केंद्रित करना रहा है, वहीं कुछ वैज्ञानिक (उदा.) और प्रकृति संरक्षण जैसे संरक्षण संगठनों का तर्क है "जैव विविधता के कोल्डस्पॉट" में निवेश अधिक लागत प्रभावी और सामाजिक रूप से प्रासंगिक होगा। उनका तर्क है कि खोज, नामकरण और प्रत्येक प्रजाति वितरण के मानचित्रण की लागत, एक ग़लत संरक्षण उद्यम है। वे दलील देते हैं कि प्रजातियों की पारिस्थितिक भूमिकाओं के महत्व को समझना बेहतर होगा।

जैव विविधता के हॉटस्पॉट और कोल्डस्पॉट जीन, प्रजातियां और पारिस्थिक प्रणालियों के स्थानिक केंद्रीकरण को पहचानने का एक तरीक़ा है कि पृथ्वी की सतह पर वे समान रूप से वितरित नहीं हैं। उदाहरण के लिए, "[...] संवहनी पौधों की सभी प्रजातियां का 44% और चार कशेरुकी समूहों की सभी प्रजातियों का 35% पृथ्वी के भू सतह के केवल 1.4% युक्त 25 हॉटस्पॉट तक ही सीमित हैं।"

वे जो कोल्डस्पॉट के लिए प्राथमिकताओं की स्थापना के पक्ष में तर्क देते हैं, उनका कथन है कि जैव विविधता के परे भी विचारार्थ कई अन्य उपाय हैं। वे सूचित करते हैं कि हॉटस्पॉट पर ज़ोर देने से पृथ्वी की पारिस्थितिकी प्रणालियों के विशाल क्षेत्रों को सामाजिक और पारिस्थितिकी संबंधों के महत्व को कम करता है, जहां जैवसंहति, ना कि जैव विविधता का प्रभुत्व है। यह अनुमान है कि जैव विविधता हॉटस्पॉट के रूप में अर्हता पाने के लिए, पृथ्वी की सतह के 36% में, जिसमें दुनिया के कशेरुकियों का 38.9% शामिल है, स्थानिक प्रजातियों का अभाव है। इसके अलावा, उपाय बताते हैं कि जैव विविधता के लिए अधिकतम सुरक्षा से अनियमित रूप से चयनित क्षेत्रों को निशाना बनाने की तुलना में कोई बेहतर पारिस्थितिकी तंत्र सेवाओं का अभिग्रहण नहीं होता है। जनसंख्या स्तर जैव विविधता (अर्थात् कोल्डस्पॉट) ऐसे दर पर ग़ायब हो रहे हैं जो प्रजाति स्तर से दस गुणा ज़्यादा हैं। जैव संरक्षण के लिए चिंता के रूप में जैव मात्रा बनाम स्थानिकमारी के समाधान के महत्व के स्तर पर साहित्य में प्रकाश डाला गया है जो ज़रूरी नहीं कि स्थानिक क्षेत्रों में बसने वाले वैश्विक पारिस्थितिक कार्बन भंडार के खतरे के स्तर को मापता हो। हॉटस्पॉट प्राथमिकता दृष्टिकोण स्टेपेस, सेरेनगेटी, आर्कटिक या टैगा जैसे क्षेत्रों में इतना भारी निवेश नहीं करेगा। ये क्षेत्र जनसंख्या स्तर की जैव विविधता (प्रजातियां नहीं) और पारिस्थितिकी तंत्र सेवाओं को बहुत ज़्यादा योगदान देते हैं, जिसमें सांस्कृतिक मूल्य और ग्रह पोषक आवर्तन शामिल है।

जो लोग हॉटस्पॉट दृष्टिकोण के पक्ष में है वे संकेत देते हैं कि प्रजातियां वैश्विक पारिस्थितिकी तंत्र के अपूरणीय घटक हैं, वे संकटापन्न क्षेत्रों में केंद्रित हैं और इसलिए अधिकतम अनुकूल सुरक्षा प्राप्त होनी चाहिए। IUCN लाल सूची श्रेणियां, जो विकिपीडिया प्रजातियां लेख में देखी जा सकती हैं, सक्रिय हॉटस्पॉट संरक्षण दृष्टिकोण का एक उदाहरण है; प्रजातियां जो स्थानिकमारी या दुर्लभ नहीं हैं वे न्यून चिंता में सूचीबद्ध हैं और उनके विकिपीडिया लेख महत्व के पैमाने पर बहुत नीचे आंके गए हैं। यह हॉटस्पॉट दृष्टिकोण है क्योंकि प्राथमिकता आबादी स्तर या जैवसंहति की प्रजाति स्तरीय चिंताओं को निशाना बनाने के लिए निर्धारित किया गया है।

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