कई आधुनिक संगणक प्रणालियाँ संचिकाओं को नुकसान पहुँचने से (चाहे यह गलती से हुआ हो या जानबूझ कर किया गया हो) रोकने के तरीके प्रदान करती है। जो संगणक एक से अधिक प्रयोक्ताओं की सुविधा देते हैं वे संचिका अनुमतियाँ भी लागू करते हैं जिनसे यह नियंत्रित किया जा सकता है कि कौन संचिकाएँ व फ़ोल्डर बना, मिटा या बदल सकता है और कौन नहीं। उदाहरण के लिए किसी प्रयोक्ता को एक संचिका को बदलने की अनुमति हो सकती है पर मिटाने की नहीं, या फिर संचिकाएँ व फ़ोल्डर बनाने की अनुमति हो सकती है पर मिटाने की नहीं। अनुमतियों के जरिए यह भी निर्धारित किया जा सकता है कि केवल कुछ ही प्रयोक्ता किसी संचिका या फ़ोल्डर की सामग्री देख सकें। अनुमतियों के जरिए संचिकाओं में मौजूद सामग्री के अवैध बदलाव या विनाश से बचाव होता है और निजी जानकारी को गोपनीय रखने के लिए अवैध प्रयोक्ताओं को कुछ संचिकाएँ देखने से रोका जा सकता है।

कई संगणकों में एक और बचाव विधि मौजूद होती है जिसे "केवल पठनीय चिह्न" कहते हैं। यह चिह्न लगे होने पर (यह संगणक कार्यक्रम या मानवीय प्रयोक्ता द्वारा लगाया जा सकता है) संचिको का निरीक्षण किया जा सकता है पर बदला नहीं जा सकता है। यह चिह्न विकट जानकारी के लिए लाभदायक होता है जिसे बदला या मिटाया नहीं जाना चाहिए, जैसे कि संगणक प्रणाली के आंतरिक पुर्ज़ों द्वारा प्रयुक्त कुछ विशेष संचिकाओं के लिए। कुछ प्रणालियाँ एक "छिपी हुई चिह्न" भी शामिल करती हैं, जो यह सुनिश्चित करता है कि संचिका अदृश्य हो जाए। इस चिह्न के जरिए संगणक प्रणाली ऐसी ज़रूरी प्रणाली संचिकाओं को छिपाती है, जिन्हें प्रयोक्ताओं द्वारा बदला नहीं जाना चाहिए।

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