तुर्की के प्रभाव के कारण एक समय यूरोप का एकमात्र मुस्लिम देश रहने वाला अल्बानिया ऑटोमन साम्राज्य की तर्ज़ पर जातीयता को धर्म के साथ जोड़कर नहीं देखता था। ऑटोमन साम्राज्य में, मुसलमानों को तुर्क, रूढ़िवादी ईसाइयों को यूनानी, और कैथोलिकों को लातिन के रूप में देखा जाता था। 

होजा की नजर में यह एक गंभीर मुद्दा था। उनका मानना था कि यह दक्षिणी अल्बानिया में ग्रीक लोग अलगाववादियों को भड़काते हैं, और वैसे भी इसने राष्ट्र को एक रूप से विभाजित कर रखा है। 1945 के कृषि सुधार कानून ने देश में चर्च की काफ़ी सारी संपत्ति जब्त कर ली। सबसे पहले कैथोलिक समुदाय को निशाना बनाया गया, क्योंकि होजा वेटिकन को फासीवादी और कम्युनिस्ट-विरोधी के रूप में देखते थे। इसके बाद धीरे-धीरे उन्होंने सभी धर्मों को प्रताड़ित किया और धार्मिक होने की जगह लोगों को राष्ट्रवादी बंने के लिए प्रोत्साहित किया। कुछ ही दशकों में अल्बानिया (आधिकारिक रूप से) विश्व का पहला नास्तिक देश बन गया। 

इसके लिए उन्होंने अल्बानियाई लोक-गीत और संस्कृति को बढ़ावा देकर लोगों में देशभक्ति की भावना जगाने का प्रयास किया। सांस्कृतिक तौर पर होजा अल्बानिया को यूरोप से अलग एक अपनी ही दिशा में ले गए।

प्रारंभिक नेतृत्व (1946-1965)
राजनीतिक दमन और उत्प्रवास
सोवियत संघ के साथ संबंध
धर्म और राष्ट्रवाद