2003 में, मॉर्गन स्टैनले बिलियन डॉलर भुगतान करने पर सहमत हुआ अपने हिस्से के विभिन्न कानूनी कार्रवाईयों और अन्वेषण के लिए जो एलीअट स्पिट्जर, न्यूयॉर्क के अटॉर्नी जनरल, नेशनल एसोसिएशन ऑफ सिक्यूरिटीज के सौदागर अब (एफ़ आई एन आर ए), संयुक्त राज्य अमेरिका प्रतिभूति और विनिमय आयोग, (एसईसी) और भी कई राज्य प्रतिभूति नियामकों, लाई गयी थीं, उन धोखाधड़ीयों से सम्बंधित जो कथित तौर पर खुदरा निवेशकों पर दर्जन भर सबसे बड़े निवेश बैंकिंग प्रतिभूति दलाली कंपनियों द्वारा किये गए थे।

12 जुलाई 2004 को, मॉर्गन स्टेनली ने समान रोजगार अवसर आयोग द्वारा लाये गए भेदभाव मुकदमे को $54 मिलियन में पटाया.

12 जनवरी 2005 को, द न्यूयॉर्क स्टॉक एक्सचेंज ने मॉर्गन स्टेनली पर कथित विनियामक और पर्यवेक्षी चूकों के लिए $19 मिलियन का जुर्माना ठोका.

16 मई 2005 में, एक फ्लोरिडा जूरी ने पाया कि मॉर्गन स्टेनली वास्तव में सनबीम के बारे में रोनाल्ड पेरेल्मैन को पर्याप्त जानकारी देने में असफल रही जिससे वह छला गया और उसे $604 मिलियन का नुकसान हुआ। इसके अलावा, दंडात्मक क्षति को $1.450 अरब के कुल नुकसान में जोड़ा गया था। यह फैसला न्यायाधीश द्वारा मॉर्गन स्टेनली के खिलाफ प्रतिबंध के रूप में निर्देशित किया गया था जब फ़र्म के अटार्नीयों ने दस्तावेज पेश करने में असफल होने और मना करके अदालत को व्यथित किया था और झूठी तरह से अदलत को बताया कि कुछ दस्तावेज मौजूद नहीं हैं। 
21 मार्च 2007 को, निर्णय पलट गया और मॉर्गन स्टेनली के लिए $1.57 बिलियन निर्णय का भुगतान करना आवश्यक नहीं रहा.

2 मार्च 2006 को, मॉर्गन स्टेनली ने एक वर्ग मुकदमे को पटाया जो कैलिफोर्निया में दोनों वर्तमान और पूर्व मॉर्गन स्टेनली के कर्मचारियों द्वारा अनुचित श्रम प्रथाओं जो उन लोगों के लिए स्थापित थीं जो वित्तीय सलाहकार प्रशिक्षण कार्यक्रम में थे के लिए दायर किया गया था। कार्यक्रम के कर्मचारियों ने दावा किया कि फ़र्म प्रशिक्षुओं से उम्मीद करती थी कि वे अतिरिक्त भुगतान के बिना समयोपरि घंटे के लिए कार्य करें और अपने कर्तव्यों के अपेक्षित परिणाम के रूप में विभिन्न प्रशासनिक व्यय संभालें. $42.5 मिलियन का निपटान किया गया, हालांकि मॉर्गन स्टेनली निपटान में गलती नहीं मानते.

25 सितंबर 2009 को, सिटी ग्रुप इंक. ने मॉर्गन स्टेनली के खिलाफ एक संघीय मुकदमा दायर किया, दावा किया कि इसका प्रतिद्वंदी एक क्रेडिट डिफॉल्ट स्वैप समझौते के तहत $245 मिलियन डॉलर का भुगतान करने में असफल रहा. अनुबंध-भंग का मुकदमा मैनहट्टन संघीय अदालत में दायर किया गया था और अनिर्दिष्ट क्षतिपूर्ती पायी गयी।

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