विण्डोज़ के लिये "बायोशॉक" का खुदरा संस्करण सेक्युरोम (SecuROM) प्रतिलिपि सुरक्षा सॉफ्टवेयर का प्रयोग करता है और इसके इन्सटॉलेशन को पूर्ण करने के लिये इंटरनेट एक्टीवेशन की आवश्यकता होती है। ऐसा कहा जाता है कि इसी वजह से 23 अगस्त 2007 को ऑस्ट्रेलिया में इस खेल की मध्यरात्रि रिलीज़ को निरस्त करना पड़ा था क्योंकि 2के गेम्स (2K Games) के सर्वर उपलब्ध नहीं थे और जब तक वे पुनः ऑनलाइन न आ गए होते, तब तक खेल को खेला जाना संभव नहीं था। सेक्युरोम (SecuROM) के द्वारा प्रयोक्ता मूलतः खेल के केवल दो एक्टीवेशनों तक सीमित थे। प्रयोक्ताओं ने पाया कि भले ही वे खेल को पुनः इन्स्टॉल करने से पूर्व इसे हटा दें, तब भी उन्हें खेल को पुनःसक्रिय करने के लिये सेक्युरोम (SecuROM) से संपर्क करने की आवश्यकता होती थी। यह मुद्दा इस तथ्य के कारण और अधिक बिगड़ गया कि मुद्रित निर्देशिका में एक गलत टेलीफोन शामिल था और साथ ही संयुक्त राज्य अमरीका से बाहर रहने वाले उपभोक्ताओं को संयुक्त राज्य अमरीका में एक अंतर्राष्ट्रीय कॉल करने पर बाध्य किया गया था। इसकी प्रतिक्रिया में 2के गेम्स (2K Games) और सेक्युरोम (SecuROM) ने पुनः कॉल करने की आवश्यकता से पूर्व उपलब्ध एक्टीवेशनों की संख्या बढ़ाकर पांच कर दी. हालांकि, चूंकि खेल की बिक्री प्रारंभ होने से पूर्व 2के (2K) ने इन उपायों के बारे में कोई जानकारी प्रदान नहीं की थी और न ही खेल के खुदरा बक्से पर यह जानकारी मुद्रित थी, अतः अनेक उपभोक्ताओं का असंतोष बरकरार रहा. प्रयोक्ताओं ने यह भी पाया कि एक ही मशीन पर खेलने के लिये भी प्रत्येक प्रयोक्ता के लिये इस खेल का एक्टीवेशन करवाना आवश्यक था और कुछ लोगों ने इसकी आलोचना करते हुए इसे न्यायपूर्ण प्रयोग के उपभोक्ताओं के अधिकार को सीमित करने का एक प्रयास करार दिया. 2के गेम्स (2K Games) ने इस बात से इंकार किया है कि इस सीमा का उद्देश्य यह था।

प्रारंभिक रिलीज़ के दो माह बाद 2के (2K) ने उपभोक्ताओं की शिकायतों को दूर करने का प्रयास करते हुए एक विशेष इन्स्टॉलेशन-पूर्व उपयोगिता विकसित की, ताकि प्रयोक्ता को एक्टीवेशन स्लॉट लौटाए जा सकें. हालांकि यह उपकरण उन स्थितियों पर विचार नहीं करता, जिनमें खेल को किसी ऐसे पीसी (PC) पर इन्स्टॉल किया गया हो, जिसमें एक से अधिक यूज़र अकाउण्ट हैं क्योंकि यह एक पीसी (PC) पर केवल एक बार कार्य करता है (एक्टीवेशनों के विपरीत, जो कि प्रति-प्रयोक्ता आधार पर गिने जाते हैं), न ही यह किसी इन्स्टॉलेशन के अनुपयोगी हो जाने, उदाहरणार्थ हार्ड-डिस्क विफलता के कारण, की स्थिति में किसी एक्टीवेशन को पुनः प्राप्त कर पाने में सक्षम होता है, जिसके कारण ऐसे एक्टीवेशन सदैव के लिये खो जाते हैं। 2के गेम्स (2K Games) ने विशिष्ट रूप से इनमें से प्रत्येक मुद्दे का उल्लेख प्रतिप्राप्ति उपकरण के एफएक्यू (FAQ) में किया है, और कहा है कि जब तक ऐसी स्थितियों के लिये सॉफ्टवेयर समाधान नहीं ढूंढ लिये जाते, तब तक वे पांच एक्टीवेशनों की सीमा के बाद अतिरिक्त एक्टीवेशन के निवेदनों का निपटारा स्थिति-दर-स्थिति आधार पर करेंगे.

19 जून 2008 तक प्राप्त जानकारी के अनुसार, 2के गेम्स (2K Games) ने एक्टीवेशन सीमा हटा दी है, जिससे प्रयोक्ता खेल को अनगिनत बार इन्स्टॉल कर सकते हैं। हालांकि, ऑनलाइन एक्टीवेशन अनिवार्य बना हुआ है। जब खेल के पीसी (PC) संस्करण की खुदरा बिक्री कोई मुद्दा नहीं रह गई थी, तो अगस्त 2007 में केन लेवाइन ने सिस्टम के डीएक्टीवेशन का वादा किया था।

वायरस स्कैनरों और मालवेयर डिटेक्टरों से मिलने वाली चेतावनियां, जो कि सेक्युरोम (SecuROM) सॉफ्टवेयर द्वारा उत्पन्न की गई हो सकती हैं, ने इस विवाद को जन्म दिया कि क्या कोई रूटकिट (rootkit) इन्स्टॉल की जा रही थी;2के गेम्स (2K Games) ने इसका खण्डन किया। हालांकि "बायोशॉक (BioShock)" को हटा देने पर भी सेक्युरोम (SecuROM) द्वारा इन्स्टॉल की गईं फाइलें या प्रयुक्त रजिस्ट्री कुंजी नहीं हटतीं.

पिक्सेल शेडर 2.0बी (pixel shader 2.0b) वीडियो कार्ड (जैसे रेडियन X800/X850 (Radeon X800/X850)), जिन्हें 2004–2005 में उच्च-श्रेणी वाले ग्राफिक्स कार्ड माना जाता था और जो "बायोशॉक (BioShock) की रिलीज़ " के समय वाल्व के स्टीम प्लैटफॉर्म (Valve's Steam platform) के माध्यम से एकत्रित सर्वेक्षण हार्डवेयर का लगभग 24% थे, का समर्थन न करने के लिये भी "बायोशॉक (BioShock)" की आलोचना हुई."इस सॉफ्टवेयर का पिक्सेल शेडर 2.0-संगत (pixel shader 2.0-compatible) संस्करण बनाने के प्रयोक्ताओं के प्रयास को कुछ सफलता मिली है, लेकिन 2के गेम्स (2K Games) ने एक आधिकारिक पैच के द्वारा पिक्सेल शेडर 2.0 समर्थन जोड़ने के संबंध में कोई बयान जारी नहीं किया है। " 

"बायोशॉक (BioShock)" की रिलीज़ के बाद से, अनेक मुद्दे खोजे गए हैं, जिनमें से अधिकांश विण्डोज़ (Windows) संस्करण में मिले हैं। बायोशॉक (BioShock) डेमो और रिलीज़ संस्करण, दोनों में ही यह देखा गया था कि वाइडस्क्रीन में प्रयुक्त फील्ड ऑफ व्यू (एफओडबल्यू) (field of view) (FOV) को इस प्रकार सेट किया गया था कि यह 4:3 प्रारूप की तुलना में डिस्प्ले में और साथ ही खिलाड़ी के दृष्टिकोण के ज़ूम प्रभाव में कम दृश्यमान थी, जिसका परिणाम कुछ स्थितियों में विस्थापित अभिविन्यास और मतली (विशेषतः यदि लोग स्क्रीन के बहुत पास आकर खेल रहे हों, जैसा की अधिकांश पीसी (PC) सेट-अप में होता है) के रूप में मिलता था, जो कि एक डिज़ाइनर द्वारा इस बारे में दी गई मूल रिपोर्टों से भिन्न था कि वाइडस्क्रीन का प्रयोग किस प्रकार किया जाता रहा होगा. यह विकास के दौरान लिया गया के डिज़ाइन निर्णय था। 4 दिसम्बर 2007 को रिलीज़ किये गये पैच 1.1 में, ऑप्शन्स (Options) मेनु में एक "क्षैतिज एफओवी लॉक (Horizontal FOV Lock)" विकल्प जोड़ा गया था, जो बंद कर दिये जाने पर ऊर्ध्व रूप से कोई भी कांट-छांट किये बिना वाइडस्क्रीन प्रयोक्ताओं को एक चौड़ा फील्ड ऑफ व्यू (field of view) प्रदान करता है।

डेमो
मूल कथा
डीआरएम (DRM) और तकनीकी मुद्दे
गेम इंजन