ऊपर एकल आवेश की गतिकी वाले सॉफ्टवेयरों की चर्चा की गयी है। किन्तु वास्तविकता यह है कि त्वरक में कणों का समूह या गुच्छा चलता है, न कि एकल कण। जब कण समूह में होते हैं तो उनका आपस में अन्तःक्रिया (interaction) होती है जिसके कारण कण-पुंज का आकार बढ़ सकता है और गुच्छ की लम्बाई बढ़ सकती है या अन्तःपुंज स्कैटरिंग (intrabeam scattering) होती है। इसके अतिरिक्त स्पेस चार्ज के कारण बीम में अस्थायित्व (instabilities) आ सकता है और उसके कारण बीम-ह्रास भी हो सकता है। स्पेस चार्ज के प्रभाव को भी सम्मिलित करने के लिए प्रायः प्वासों समीकरण (Poisson equation) को ट्रैकिंग के दौरान कुछ-कुछ दूरी पर हल किया जाता है जिसके लिए पार्टिकल-इन-सेल (Particle-in-cell) तकनीक का प्रयोग किया जाता है। स्मरणीय है कि कण की ऊर्जा जब अधिक होती है तब स्पेस-चार्ज के कारण बीम के आकार और अस्थायित्व पर प्रभाव कम होता है। अतः अधिक ऊर्जा के आवेशित कणों की गति को मॉडल करने के लिए स्पेस-चार्ज प्रभाव की गणना सरल अल्गोरिद्मों की सहायता से की जा सकती है (जो अधिक तेज होते हैं)।

कम ऊर्जा वाले गुच्छों की गति से सम्बन्धित कुछ प्रमुख कोड निम्नलिखित हैं-

उच्च ऊर्जा पर स्पेस चार्ज प्रभाव के कारण अन्य बातों के अलावा ताउसेक प्रकीर्णन (Touschek scattering) तथा कोहेरेन्ट सिन्क्रोट्रॉन रेडिएशन (CSR) प्रभाव देखने को मिलते हैं। उच्च ऊर्जा वाले कण-चुच्छों में स्पेस चार्ज प्रभाव की गणना करने वाले कुछ कोड निम्नलिखित हैं-

स्पेस चार्ज कोड
प्रतिबाधा की गणना करने वाले कोड
चुम्बक एवं अन्य वस्तुओं को मॉडल करने वाले कोड
लैटिस की फाइल का स्वरूप तथा आंकडों का आदान-प्रदान