पहले डबल्यू डबल्यू ई (WWE) ड्राफ्ट के दौरान, वह विन्स मकमहोन द्वारा नए "स्मैकडाउन!" रोस्टर का हिस्सा बनने के लिए चुने गए तीसरे प्रसिद्ध व्यक्ति (सूपरस्टार) थे, हालांकि अभी भी घायलों की सूची पर. हालांकि, वह वापस "रॉ" रोस्टर के एक सदस्य के रूप में आए। वापस लौटने पर अपनी पहली रात को, वह फिर से धूर्त बन गए और उन्होंने एडी ग्युरेरो के साथ गठबंधन कर लिया और स्टीव ऑस्टिन के साथ उनका एक छोटा सा झगड़ा हो गया। रेसलर कांट्रेकट्स पर "ओपन सीज़न" कथानक के दौरान उन्हें और ग्युरेरो को फिर स्मैकडाउन में भेज दिया गया, जिसमें बेनोइट अपने साथ अपना हाल में जीता इंटरकोंटीनेंटल चैम्पियनशिप ले गए। रोब वान डाम ने समरसलेम में बेनोइट को हरा कर, शीर्षक "रॉ" को लौटा दिया। 

"स्मैकडाउन" ! में वापस लौटने के बाद अक्टूबर में, उन्हें प्रतिपक्षी और साथी कर्ट एंगल के साथ डबल्यू डबल्यू ई (WWE) टैग टीम चैम्पियनशिप के पहले विजेता का ताज पहनाया गया। लॉस ग्युरेरोज़ को धोखा देने के बाद वह ट्वीनर बन गए।

आर्मगेडन में एंगल ने द बिग शो से अपनी तीसरी डबल्यू डबल्यू ई (WWE) चैम्पियनशिप जीती, और बेनोइट ने शीर्षक के लिए 2003 रॉयल रंबल पर उनका सामना किया। हालांकि बेनोइट मैच हार गए, उन्हें उनके प्रयासों के लिए खड़े होकर सराहना प्राप्त हुई। लौटते हुए राईनो के साथ टीम बना कर, बेनोइट टैग टीम रैंक पर वापस पहुंचे। रेसलमैनिया XIX में डबल्यू डबल्यू ई (WWE) टैग टीम चैम्पियन, टीम एंगल (चार्ली हास और शेल्टन बेंजामिन) ने एक ट्रिपल थ्रेट टैग टीम मैच में बेनोइट और उनके साथी राईनो एंव लॉस ग्युरेरोज़ के खिलाफ अपनी पेटियां लाइन पर रख दी। जब बेंजामिन ने चावो को पिन किया तब टीम एंगल कायम रहे। 

फिर बेनोइट कभी कभी राईनो के साथ टीम बना कर जॉन सीना और फुल ब्लडिड इटैलियंज़ के साथ लड़ाई करते थे। जून 2003 में, डबल्यू सी डबल्यू (WCW) संयुक्त राष्ट्र चैम्पियनशिप पुनः सक्रिय की गयी और इसका नाम बदल कर डबल्यू डबल्यू ई (WWE) संयुक्त राष्ट्र चैम्पियनशिप रख दिया गया और बेनोइट ने पेटी (बेल्ट) के लिए इस टूर्नामेंट में भाग लिया। वेंजेन्स पर अंतिम मैच में वह एडी ग्युरेरो से हार गए। अगले महीने के शीर्षक के लिए दोनों के बीच लड़ाई हुई, और बेनोइट ने आत्मसमर्पण द्वारा ए-ट्रेन, बिग शो और ब्रोच्क लिसनर जैसों को पराजित किया। महाप्रबंधक पॉल हेमन का बेनोइट और लिसनर के साथ पुश्तैनी झगड़ा था, जिसने उन्हें लिसनर के डबल्यू डबल्यू ई (WWE) शीर्षक पर एक दाँव प्राप्त करने से निषेध किया।

ई सी डबल्यू (ECW) (2007)
क्रिस जेरिको के साथ टीम बनाई (2001)
रॉ और स्मैकडाउन! (2002-2003)
वर्ल्ड रेसलिंग फेडरेशन/एंटरटेनमेंट (2000-2007)