प्रजातंत्र राज्य के अन्य पैरोकारों की तरह, फ्रैंकलिन ने जोर दिया कि नया गणतंत्र तभी चल सकता है जब लोग नैतिक हों. अपनी सारी जिंदगी उन्होंने नागरिक और व्यक्तिगत नैतिकता की भूमिका का पता लगाया, जैसा कि पुअर रिचर्ड्स की सूक्तियों में व्यक्त किया गया था। फ्रेंकलिन एक गैर-सिद्धांतवादी थे, जिनका मानना था कि अपने साथी मनुष्यों के साथ अच्छा बर्ताव बनाए रखने के लिए मनुष्य को संगठित धर्म की आवश्यकता है, लेकिन शायद ही कभी उन्होंने खुद चर्च में भाग लिया। अमेरिकी क्रांति के उनके समर्थन में, भगवान पर उनका विश्वास एक महत्वपूर्ण कारक था। जब बेन फ्रेंकलिन पेरिस में वॉलटैर से मिले और इनलाइटेनमेन्ट के इस महान दूत से अपने पोते को आशीर्वाद देने का आग्रह किया तो वॉलटेर ने अंग्रेज़ी में कहा, "गॉड एंड लिबर्टी" (भगवान और स्वतंत्रता) और आगे जोड़ा, "महाशय फ्रेंकलिन के पोते के लिए यही उपयुक्त मंगल है।"

फ्रेंकलिन के माता-पिता, दोनों पवित्र प्यूरिटनवादी थे। यह परिवार, प्राचीन साउथ चर्च जाता था, जो बॉस्टन की सबसे उदार प्यूरिटनवादी मण्डली थी, जहां बेंजामिन फ्रेंकलिन को 1706 में बपतिस्मा दिया गया था। इस ऐतिहासिक मण्डली की क्रांतिकारी युद्ध पीढ़ी में शामिल थे सैमुएल एडम्स; न्यायाधीश और रोज़नामचा रखनेवाला सैमुएल सेवॉल; मंत्री और पुस्तक संग्राहक, थॉमस प्रिंस; पॉल रेवेर का 1775 का साथी सवार, विलियम डॉज़. प्राचीन साउथ चर्च ने ओल्ड साउथ मीटिंग हाउस पर सन्स ऑफ़ लिबर्टी के साहसिक कार्यों के माध्यम से क्रांति में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई. वहीं, 1773 में, सैमुएल एडम्स ने "युद्ध हूप्स" का संकेत दिया जिसने बॉस्टन टी पार्टी शुरू की. जैसा कि कवि जॉन ग्रीनलीफ व्हिटिअर ने लिखा, "जब तक बॉस्टन, बॉस्टन रहेगा और उसकी खाड़ी की लहरें उठेंगी और गिरेंगी, ओल्ड साउथ चर्च में स्वतंत्रता रहे और सब के अधिकारों के लिए पैरवी करे."

फ्रेंकलिन की प्यूरिटनवादी माहौल में परवरिश, उनके जीवन में एक केंद्रीय तत्व बना रहा, एक परोपकारी, नागरिक नेता और क्रांतिकारी युद्ध में एक कार्यकर्ता के रूप में. फ्रेंकलिन ने अपनी अधिकांश प्यूरिटनवादी परवरिश को खारिज किया: मुक्ति में विश्वास, नरक, ईसा मसीह की दिव्यता और वास्तव में अधिकांश धार्मिक हठधर्मिता. मनुष्य में नैतिकता और अच्छाई के स्रोत के रूप में और अमेरिकी स्वतंत्रता के लिए ज़िम्मेदार, इतिहास में एक दैवी अभिनेता के रूप में भगवान पर उन्होंने एक मजबूत विश्वास बनाए रखा. उन्होंने अमेरिकी क्रांति के समर्थक के रूप में अक्सर भगवान का आह्वान किया, जैसा कि अधिकांश संस्थापक पीढ़ी ने किया। फ्रेंकलिन ने लिखा, "अत्याचारियों के खिलाफ विद्रोह, भगवान की सेवा है।"

बेन फ्रेंकलिन के पिता, जो एक गरीब दुकानदार थे, उनके पास प्यूरिटनवादी उपदेशक और पारिवारिक मित्र कॉटन माथर द्वारा लिखित "बोनीफेसिअस: एसेज़ टु दू गुड," पुस्तक की एक प्रति थी, जिसे "फ्रैंकलिन ने अक्सर अपने जीवन पर एक प्रमुख प्रभाव के रूप में उद्धृत किया है". सत्तर वर्षों बाद, फ्रैंकलिन ने कॉटन माथर के बेटे को लिखा, "यदि मैं एक उपयोगी नागरिक हूं, तो जनता इस लाभ के लिए उस किताब की ऋणी है।" फ्रेंकलिन का पहला उपनाम, साइलेंस डूगुड, किताब को और माथेर द्वारा एक प्रसिद्ध व्याख्यान को श्रद्धांजलि अर्पित करता है। पुस्तक ने समाज के लाभ के लिए स्वैच्छिक संगठनों को बनाने के महत्व को सिखाया. कॉटन माथेर ने व्यक्तिगत रूप से एक पड़ोस सुधार समूह की स्थापना की जिसके कि फ्रैंकलिन के पिता सदस्य थे। "फ्रैंकलिन ने परोपकार संगठनों के गठन के प्रति अपनी रूचि कॉटन माथेर और दूसरों से प्राप्त की, लेकिन उनके संगठनात्मक उत्साह और चुम्बकीय व्यक्तित्व ने उन्हें अमेरिकी जीवन के एक स्थायी अंग के रूप में इन तत्वों को रोपित करने में सबसे प्रभावशाली ताकत बना दिया."

वे बेन फ्रेंकलिन ही थे जिन्होंने संवैधानिक सभा में एक विकट गतिरोध के दौरान, 28 जून 1787 को, इन शब्दों के साथ आम दैनिक प्रार्थना के अभ्यास को सम्मेलन में शुरू किया:

 ... ग्रेट ब्रिटेन के साथ प्रतियोगिता की शुरूआत में, जब हमें खतरे का एहसास था तो हम दैव संरक्षण के लिए इस कमरे में दैनिक प्रार्थना किया करते थे। - हमारी प्रार्थना, श्रीमान, सुनी गई और उनका बड़ी कृपा के साथ उत्तर दिया गया। उन सभी लोगों ने जो उस संघर्ष में व्यस्त थे, हमारे पक्ष में एक ईश्वरीय संरक्षण के उदाहरण को अक्सर देखा होगा... और अब क्या हम उस ताकतवर दोस्त को भूल गए हैं? या हम यह सोचते हैं कि अब हमें उनकी किसी सहायता की जरूरत नहीं है।
श्रीमान, मैंने लंबा जीवन जिया है और जितना अधिक मैं जीता हूं, मुझे इस सच्चाई के अधिक ठोस सबूत देखने को मिलते हैं - कि मनुष्यों के मामलों में भगवान नियंत्रित करता है। और अगर एक गौरैया बिना उनकी जानकारी के भूमि पर नहीं गिर सकती, तो क्या यह संभव है कि उनकी सहायता के बिना एक साम्राज्य का उद्भव हो? पवित्र लेखों में हमें आश्वासन दिया गया है, श्रीमान, कि "भगवान अगर बनाना ना चाहे तो बाकी बनाने वाले व्यर्थ में श्रम करते हैं।" मुझे इस पर पूरा विश्वास है; और मैं यह भी मानता हूं कि बिना उनकी सहायता के, हम इस राजनीतिक इमारत में बेबल के निर्माताओं से ज़्यादा सफल नहीं होंगे:...इसलिए मैं विनती करता हूं - स्वर्ग से सहायता और हमारे विचार विमर्श पर उसके आशीर्वाद का आग्रह करती प्रार्थना इस सभा में हमारे काम शुरू करने से पहले हर सुबह आयोजित की जानी चाहिए और इस शहर के एक या एक से अधिक पादरी को इस सेवा में कार्य करने का अनुरोध किया जाए.

फ्रेंकलिन, संक्षिप्त रूप से फिलाडेल्फिया में एक प्रेस्बिटेरियन चर्च के थे। उसके शीघ्र बाद, वे अमेरिका के एक महान इवान्जेलिकल मंत्री, जॉर्ज व्हाईटफील्ड, "महान जागृति के रोविंग प्रचारकों में सबसे लोकप्रिय", के एक उत्साही समर्थक बन गए। फ्रेंकलिन ने व्हाईटफील्ड के धर्मशास्त्र की सदस्यता नहीं ली, लेकिन उन्होंने व्हाईटफील्ड द्वारा अच्छे काम के माध्यम से भगवान की पूजा करने में लोगों को प्रोत्साहित करने के लिए प्रशंसा की. फ्रेंकलिन ने अपने गजट के मुख पृष्ठ पर व्हाईटफील्ड के उपदेश को छापा. उन्होंने व्हाईटफील्ड के सभी उपदेशों और पत्रिकाओं के प्रकाशन की व्यवस्था की. 1739-41 में फ्रैंकलिन के आधे प्रकाशन व्हाईटफील्ड के थे, जिसने अमेरिका में इवैंजेलिकल आंदोलन की सफलता में मदद की. फ्रेंकलिन, व्हाईटफील्ड की 1770 में मृत्यु तक, उनके आजीवन मित्र और समर्थक रहे.

जब उन्होंने चर्च जाना बंद कर दिया, तो फ्रैंकलिन ने अपनी आत्मकथा में लिखा: 
...रविवार, मेरे अध्ययन का दिन होने के कारण, मैं कभी धार्मिक सिद्धांतों के बिना नहीं रहा. मैंने कभी शक नहीं किया, उदाहरण के लिए, देवता का अस्तित्व; कि उसने दुनिया बनाई और अपनी कृपा से उसे नियंत्रित करता है; कि मनुष्य का भला करना परमेश्वर के लिए सबसे स्वीकार्य सेवा है; कि हमारी आत्मा अमर है; और सभी अपराधों की सज़ा मिलेगी और पुण्यों को पुरस्कार, यहां चाहे वहां.
जिन प्यूरिटनवादी गुण और राजनीतिक मूल्यों के साथ फ्रेंकलिन पले-बढ़े थे, उनके साथ उन्होंने आजीवन प्रतिबद्धता बरकरार राखी और अपने नागरिक कार्यों और प्रकाशन के माध्यम से, वे अमेरिकी संस्कृति में इन मूल्यों को स्थायी रूप से पारित करने में सफल रहे. उनमें "नैतिकता के लिए एक जुनून" था। इन प्यूरिटनवादी मूल्यों में शामिल था समतावाद के प्रति उनका समर्पण, शिक्षा, परिश्रम, बचत, ईमानदारी, संयम, दान और सामुदायिक भावना.

इन्लाईटेनमेन्ट अवधि में पढ़े गए शास्त्रीय लेखकों ने राजा, अभिजात और आम जनता के पदानुक्रमित सामाजिक क्रम पर आधारित गणतांत्रिक सरकार के एक अमूर्त आदर्श को सिखाया. यह व्यापक रूप से माना जाता था कि अंग्रेज़ों की स्वतंत्रता, सत्ता के उनके संतुलन पर आश्रित है, लेकिन साथ ही विशेषाधिकार प्राप्त वर्ग के लिए पदानुक्रमित सम्मान पर भी. "प्यूरिटनवाद... और मध्य अठारहवीं सदी के इवैन्जलवादी महामारी ने सामाजिक स्तरीकरण की परंपरागत धारणाओं को चुनौती दी" यह उपदेश देकर कि बाइबिल सिखाती है कि सभी लोग बराबर हैं, कि एक आदमी की सही कीमत उसके नैतिक आचरण में निहित है, न कि उसके वर्ग में और यह कि सभी लोगों को बचाया जा सकता है। प्यूरिटनवाद में डूबे और इवैंजेलिकल आंदोलन के एक उत्साही समर्थक, फ्रेंकलिन ने, मोक्ष के सिद्धांतवाद को खारिज कर दिया, लेकिन समतावादी लोकतंत्र की कट्टरपंथी धारणा को गले लगाया.

इन मूल्यों को सिखाने की फ्रेंकलिन की प्रतिबद्धता भी उनकी प्यूरिटनवादी परवरिश से प्रेरित थी, जिसका जोर "स्वयं में और अपने समाज में नैतिकता और चरित्र पैदा करने" पर था। ये प्यूरिटनवादी मूल्य और उन्हें आने वाली पीढ़ी तक पहुंचाने की इच्छा, फ्रैंकलिन की सर्वोत्कृष्ट अमेरिकी विशेषताओं में से एक थी और इसने राष्ट्र के चरित्र को आकार देने में मदद की. नैतिकता पर फ्रेंकलिन के लेखन की कुछ यूरोपीय लेखकों द्वारा निंदा की गई, जैसे जैकब फुगर द्वारा उनकी महत्वपूर्ण कृति "पोर्ट्रेट ऑफ़ अमेरिकन कल्चर" में. मैक्स वेबर ने फ्रेंकलिन के नैतिक लेखन को प्रोटेस्टेंट नीतियों की उपज माना, जिन नीतियों ने उन सामाजिक परिस्थितियों को निर्मित किया जो पूंजीवाद के जन्म के लिए आवश्यक है।

फ्रेंकलिन की एक प्रसिद्ध विशेषता थी उनका सभी चर्चों के प्रति सम्मान, सहिष्णुता और बढ़ावा देना. फिलाडेल्फिया में अपने अनुभव की चर्चा करते हुए उन्होंने अपनी आत्मकथा में लिखा, "पूजा के नए स्थानों की ज़रूरत हमेशा ही रही और वे आम तौर पर स्वैच्छिक अंशदान से ही बनाये जाते थे, ऐसे प्रयोजन के लिए मेरा अंशदान, चाहे वह जो भी संप्रदाय हो, कभी ठुकराया नहीं गया।" "उन्होंने एक ऐसे नए प्रकार के राष्ट्र के निर्माण में मदद की जिसने अपनी ताकत अपने देश के धार्मिक बहुलवाद से ली." प्यूरिटनवाद की पहली पीढ़ी असहमति के प्रति असहिष्णु थी, लेकिन 1700 दशक की शुरूआत में, जब फ्रेंकलिन प्यूरिटनवादी चर्च में बड़े हुए, तब विभिन्न चर्चों के प्रति सहिष्णुता ही आदर्श थी और जॉन एडम्स के शब्दों में मैसाचुसेट्स को "दुनिया में ज्ञात सभी धार्मिक अवस्थापनाओ में सबसे सौम्य और न्यायपूर्ण" के रूप में जाना जाता था।" इवैंजेलिकल पुनरुत्थानवादी जो मध्य-सदी में सक्रिय थे, जैसे फ्रेंकलिन के दोस्त व उपदेशक, जॉर्ज व्हाइटफील्ड, धार्मिक स्वतंत्रता के सबसे बड़े पैरोकार थे, "जिनका दावा था कि अंतःकरण की स्वतंत्रता 'सभी विवेकशील प्राणियों का अविछिन्न अधिकार है।'" फ्रेंकलिन सहित फिलाडेल्फिया में व्हाइटफील्ड के समर्थकों ने मिलकर "एक विशाल, नए हॉल की स्थापना की जो ... किसी भी आस्था के किसी भी व्यक्ति को एक उपदेश-मंच प्रदान कर सकता था।" फ्रेंकलिन की हठधर्मिता और सिद्धांत की अस्वीकृति, तथा आचार और नैतिकता और नागरिक धर्माचरण के भगवान पर उनके ज़ोर ने उन्हें "सहनशीलता का पैगम्बर" बना दिया.

हालांकि, फ्रेंकलिन के माता-पिता ने उनके लिए चर्च में कॅरिअर चाहा था, एक युवक के रूप में फ्रैंकलिन ने ईश्‍वरवाद में इन्लाईटेनमेंट धार्मिक विश्वास को अपनाया, कि भगवान की सत्यता को पूरी तरह से प्रकृति और तर्क के माध्यम से पाया जा सकता है। "मैं जल्द ही एक गहन ईश्वरवादी बन गया।" एक नौजवान युवक के रूप में उन्होंने ईसाई सिद्धांतवाद को 1725 के पैम्फलेट "अ डिज़र्टेशन ऑन लिबर्टी एंड नेसेसिटी, प्लेज़र एंड पेन" में खारिज कर दिया जिसे उन्होंने बाद में एक शर्मिंदगी के रूप में देखा, जबकि साथ में यह भी जताया कि भगवान "पूर्ण बुद्धिमान, पूर्ण अच्छे, पूर्ण शक्तिशाली" हैं। उन्होंने इन शब्दों के साथ धार्मिक सिद्धांतवाद की अपनी अस्वीकृति का बचाव किया: "मुझे लगता है कि विचारों का निर्णय उनके प्रभावों और परिणामों से किया जाना चाहिए; और अगर किसी व्यक्ति में ये नहीं है जो उसे कम धार्मिक या अधिक घातक बनाते हैं, तो यह निष्कर्ष निकाला जा सकता है कि वह ऐसा कोई विचार नहीं रखता है जो खतरनाक हो, जैसा कि मुझे आशा है कि मेरे मामले में है।" अपने और अपने दो मित्रों, जिन्हें लन्दन में फ्रैंकलिन ने ईश्वरवाद में दीक्षित कराया था, के नैतिक स्तर में क्षय को देख कर हुए मोह-भंग भरे अनुभव के बाद, फ्रैंकलिन संगठित धर्म के महत्व में विश्वास करने के लिए वापस लौटे, उन व्यावहारिक आधारों की तरफ जिनका मानना है कि भगवान और संगठित चर्च के बिना मनुष्य अच्छा नहीं रह सकता. 

एक बिंदु पर, उन्होंने थॉमस पैन को उनकी पांडुलिपि, "द एज ऑफ़ रीज़न" की आलोचना करते हुए पत्र लिखा,

डेविड मॉर्गन के मुताबिक, फ्रेंकलिन, सामान्यतः धर्म के एक अधिवक्ता थे। वे ""शक्तिशाली अच्छाई" " की प्रार्थना करते थे और भगवान को "अनंत" के रूप में निर्दिष्ट करते थे। जॉन एडम्स ने कहा कि फ्रैंकलिन एक दर्पण थे जिसमें लोग अपने धर्म को देखते थे: "कैथोलिक उन्हें लगभग एक पूर्ण कैथोलिक मानते थे। इंग्लैंड के चर्च ने उन्हें, अपने में से एक के रूप में घोषित किया। प्रेस्बिटर पंथी उन्हें एक आधा प्रेस्बिटेरियन मानते थे और दोस्तों ने उन्हें एक भावुक क्वेकर माना. " मॉर्गन अंत में कहते हैं कि फ्रैंकलिन, चाहे जो कुछ भी रहे हों, "वे सामान्य धर्म के एक सच्चे पुरोधा थे।" रिचर्ड प्राइस को लिखे एक पत्र में, फ्रेंकलिन ने कहा कि उनका मानना है कि धर्म को सरकार से मदद के बिना, अपनी सहायता खुद करनी चाहिए और दावा किया; "जब एक धर्म अच्छा है तो मैं समझता हूं कि वह खुद की सहायता करेगा; और जब वह अपनी सहायता नहीं कर सकता है और भगवान उसकी सहायता पर ध्यान नहीं देता है और जिसके चलते उसके प्रोफेसरों को राजनैतिक शक्ति की मदद की मांग करनी पड़ती है, तो मैं समझता हूं कि यह इसके बुरे होने का एक संकेत है।"

1790 में, अपनी मृत्यु के सिर्फ एक महीने पहले, फ्रैंकलिन ने येल विश्वविद्यालय के अध्यक्ष एज्रा स्टाइलेस को एक पत्र लिखा, जिन्होंने उनसे, धर्म पर उनके विचार पूछे थे:

4 जुलाई 1776 को कांग्रेस ने संयुक्त राज्य अमेरिका की महान सील के डिज़ाइन के लिए एक समिति नियुक्त की जिसमें शामिल थे फ्रैंकलिन, थॉमस जेफरसन और जॉन एडम्स. फ्रेंकलिन के प्रस्ताव में एक डिज़ाइन थी जिसमें एक आदर्श वाक्य था: "अत्याचारियों के खिलाफ विद्रोह भगवान से आज्ञाकारिता है। उनकी डिज़ाइन में बुक ऑफ़ इक्सोडस से एक दृश्य को दर्शाया गया था, जिसमें मूसा, इज्रायली, आग का खम्भा और जॉर्ज III को फेरो के रूप में दिखाया गया था।

पूर्वज
बेंजामिन फ्रेंकलिन के नाम पर रखे गए स्थानों और चीज़ों के नाम
नैतिकता, धर्म और व्यक्तिगत मान्यताएं
जीवनवृत्त