दूसरा चरण भारत में जैव विविधता पर केंद्रित है और इसे विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग और वन एवं पर्यावरण मंत्रालय द्वारा संयुक्त रूप से तैयार किया गया था। यह ट्रांस-हिमालयन और हिमालयी क्षेत्रों, गंगा के मैदानों, उत्तर पूर्वी पहाड़ियों, रेगिस्तान, तटीय पश्चिमी घाट, दक्कन पठार और विभिन्न द्वीपों में जीवन के विभिन्न पहलुओं को दर्शता था। बच्चों के लिये "किड्स जोन" की शुरुआत की गई जहाँ मज़ेदार गतिविधिया जैसे कि पहेलियाँ और विज्ञान से जुड़ी खेल खेले जा सके। इस एक्सप्रेस के 8 कोचों पर भारत एवं विश्व की जैविक भौगोलिक विषयों पर प्रदर्शनी, लधु फिल्मों, वीडियों , चार्टो, आंकड़ों को एलइडी स्क्रीनों के माध्यम से प्रदर्शित किया गया है। इसमें जलवायु परिवर्तन,उर्जा,जल संरक्षण समेत महत्वपूर्ण विषयों को सूरुचिपूर्ण ढंग से दर्शाया गया है। इस ट्रेन में विशेषज्ञ भी उपस्थित रहेंगे जों प्रदर्शित किये गए चीजों की कई भारतीय भाषा में रोचकतापूर्ण व्याख्या करेंगे।

तृतीय चरण
द्वितीय चरण
प्रथम चरण
प्रदर्शन और सहयोग