एक निवेश निर्णय उपकरण के रूप में, परिकलित आइआइआर का उपयोग पारस्परिक रूप से विशिष्ट परियोजनाओं का मूल्यांकन करने के लिए नहीं किया जाना चाहिए। लेकिन उसका प्रयोग केवल किसी परियोजना के महत्ता को इस आधार पर तोलने का होना चाहिए कि वो परियोजना निवेश करने के लिए कितनी उपयोगी है। उन मामलों में जहाँ एक परियोजना जिसकी शुरूआती निवेश दूसरी पारस्परिक विशिष्ट परियोजना से ज्यादा होती है। पहली परियोजना की IRR कम हो सकती है (अनुमानित प्रतिफल) लेकिन उसकी एन पी वी अधिक हो सकती है (हिस्सेदारों की पूँजी में वृद्धि) और इसलिए इसको दूसरी परियोजना के बदले अपनाना चाहिए (किसी भी प्रकार की कोई भी वितीय अवरोध का न होना)

परियोजना के दौरान IRR सकारात्मक नकदी प्रवाह की खपत करने की सोचता है। अगर
सकारात्मक पूँजी प्रवाह, परियोजना में वापस निवेश कर सकता है, तो एक उपयुक्त पुनर्निवेश दर की आवश्यकता होगी जो कि पुनर्निवेश पूँजी प्रवाह कि गणना करेगा और इसलिए पूँजी प्रवाह के साथ IRR का पुनर्निवेश होता है। 

जब गणना की हुई IRR, अंतरिम नकद प्रवाह के लिए वास्तविक पुनर्निवेश दर से अलग होती है तब वार्षिक समकक्ष प्रतिफल के आंकलन को बिलकुल सटीकता के साथ प्रतिबिंबित करेगाकंपनी ले पास अतिरिक्त परियोजनाएं हो सकती हैं जो कि अंतरिम नकद प्रवाह के निवेश के लिए बिलकुल उतनी ही आकर्षक अपेक्षाओं वाली हो सकती हैं
ये आइआइआर को उद्यम पूंजी के आंकलन और अन्य निजी इक्विटी निवेश के लिए उपयुक्त (और लोकप्रिय) बनाता है। इस तरह की रणनीतियों को आमतौर पर पूरी परियोजना के दौरान बहुत से नकदी निवेश की आवश्यकता होती है। लेकिन अंत में ये केवल एक ही नकदी बहिर्प्रवाह को देखती है (उदाहरण के लिए (IPO या M & A की और से)

चूंकि IRR पूंजी की लागत पर विचार नहीं करता है, इसका प्रयोग अलग-अलग अवधियों वाली परियोजनाओं की तुलना के लिए नहीं किया जाना चाहिए। संशोधित आंतरिक प्रतिफल दर (MIRR) पूंजी की लागत को मानता है और फर्म की छूट नकदी प्रवाह के योगदान में एक परियोजना की क्षमता का एक बेहतर संकेत देता है।

सकारात्मक नकदी प्रवाह के मामले में जिसके पीछे नकारात्मक नकदी प्रवाह चलता रहता है (+ - - -), आइआइआर का एकाधिक मान हो सकता है। इस मामले में एक छुट दर का उपयोग नकदी प्रवाह को उद्धृत करने के लिए और IRR की गणना को निवेश नकदी प्रवाह के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। यह उदाहरण तब लागू होता है जब एक ग्राहक विशिष्ट मशीन के बनाने से पहले राशि जमा करवाता है।

नकदी प्रवाह की श्रृंखला में, जैसे कि (-10, 21, -11) एक शुरूआती निवेश की गयी धन राशि, इसलिए अधिक दर वाला प्रतिफल सबसे अच्छा होता है, लेकिन फिर उसपर एक से अधिक लोगों का अधिकार होता है। इसलिए एक किसी और की धन राशि का ऋणी होता है, इसलिए अब कम दर वाले प्रतिफल सबसे अच्छे हैं। इस मामले में ये बात स्पष्ट नहीं है कि अधिक IRR बेहतर है या कम IRR.एक परियोजना में एनेकों IRR हो सकते हैं, जैसा की उदहारण में 0% भी है और 10% भी है। इस तरह की परियोजनाओं का उदहारण खंड खान और परमाणु बिजली संयंत्र हैं, जहाँ आमतौर पर परियोजना के अंत में बहुत ज्यादा नकदी बहिर्प्रवाह होती है

सामान्यतः, IRR की गणना बहुपद समीकार को हल करके किया जा सकता है। यदि समीकरण का कोई वास्तविकता में अद्वितीय समाधान है तो स्टार्म सूत्र का प्रयोग तब किया जा सकता है। सामान्यतः IRR समीकरण का विश्लेषणात्मक तरीके से हल नहीं ढूँढा जा सकता है लेकिन इसको पुनरावृत्तीय के तरीके से हल किया जा सकता है।

जब किसी परियोजना की कई IRR होती हैं तो उसके पुनर्निवेश के लाभ के साथ उस परियोजना की गणना करना और भी ज्यादा आसान हो सकती है एम् आई आर आर के अनुसार, जिसका पुनर्निवेश दर अनुमानित होता है, आम तौर पर यह दर परियोजना की लागत के बराबर होता है।

एन पी वी की मजबूत शैक्षिक पसंद के बावजूद, सर्वेक्षणों से संकेत मिलता है कि अधिकारी IRR को NPV की जगह ज्यादा महत्व देते हैं।आम तौर पर, प्रबंधकों को अलग-अलग तरह के आकारों के निवेशों की तुलना करना आसान लगता है, अगर ये तुलना एन पी वी के डॉलरों से प्रतिफल दर के प्रतिशत के बारे में हो तो. हलाँकि, व्यापार के मूल्य की दृष्टि से देखें तो एन पी वी फिर भी "अधिक सटीक" है। एक निवेश कुशलता के परिमाप के रूप में, IRR, पूँजी नियंत्रण करने जैसी हालातों में बेहतर अंतर्दृष्टि रखता है। हालाँकि, जब पारस्परिक रूप से विशिष्ट परियोजनाओं की तुलना की जाती है तो एन पी वी उचित उपाय है।

गणना
संख्यात्मक समाधान
परिभाषा
आतंरिक प्रतिफल दर (IRR) के प्रयोग में समस्याएँ