मदर टेरेसा का 1997 में निधन हो गया। मरने से पहले उन्होंने अनुरोध किया था कि सभी लेखन और पत्राचार को नष्ट कर दिया जाए। इसके बावजूद, एक संग्रह को मरणोपरांत जनता के लिए पुस्तक रूप में जारी किया गया। इस लेखन से पता चला कि वे वियोग की भावनाओं से जूझ रही थी, जो एक युवा नौसिखिया के रूप में उनके द्वारा अनुभव की गई मजबूत भावनाओं के विपरीत थी। अपने पत्रों में मदर टेरेसा ने स्वयं को ईश्वर से वंचित महसूस करने के एक दशक के लंबे अनुभव का वर्णन किया है और उनके उत्साह में कमी थी जो मिशनरीज ऑफ चैरिटी को शुरू करने के काम्य के उनके प्रयासों की विशेषता थी। इस के परिणामस्वरूप, कुछ लोगों ने उनपर हिपोक्रिसी (पाखंड) का आरोप लगाया कि जब उन्होंने "विश्वास करना बंद" कर दिया गया था बावजूद इसके वे वही काम करती रहीं। थॉमस सी॰ रीव्स का मानना है कि इस तरह की आलोचना " आत्मा की अंधेरी रात" (आध्यात्मिक सूखापन) की अवधारणा के साथ एक बुनियादी अपरिचितता को प्रदर्शित करती है। बाद में यह ज्ञात हुआ कि मदर टेरेसा को अपने जीवन के अधिकतर हिस्से में आध्यात्मिक सूखापन महसूस हुआ।

शोटाइम कार्यक्रम "पेन एंड टेलर: बुलशिट!" 2005 में प्रसारित "Holier than Thou" शीर्षक वाले एपिसोड में मदर टेरेसा की आलोचना की गई है। यह शो चार्ल्स कीटिंग और डुवेलियर परिवार के साथ मदर टेरेसा के संबंधों की आलोचना करता है, साथ ही मरने के लिए उनके घर में चिकित्सा देखभाल की गुणवत्ता भी बताता है। इस एपिसोड में क्रिस्टोफर हिचेंस दिखाई देते हैं, और कुछ मदर टेरेसा से सम्बंधित कुछ प्रकरणों का वर्णन करते है। नवीन बी॰ चावला के अनुसार, मिशनरीज ऑफ चैरिटी ने पोर्ट-औ-प्रिंसमें एक छोटा मिशन स्थापित किया, मदर टेरेसा के जाने और छोड़ने के एक दिन बाद, डुवेलियर की बहू मदर टेरेसा के मिशन पर गई और उसने रिपोर्ट के अनुसार एक मिलियन नहीं बल्कि 1,000 डॉलर दान किए। 

2016 में, जब मदर टेरेसा का कैननाइज़ेशन हुआ, तो डैन सैवेज ने परस्पर विरोधी सबूतों की ओर ध्यान आकर्षित किया और एनपीआर पर कथित चमत्कारों का इस तरह से वर्णन करने का आरोप लगाया, जिससे फ़ैसला चर्च के पक्ष में जाए। 

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