संयुक्त राज्य अमेरिका की जनगणना ब्यूरो के अनुसार 2018 में लिंकन का क्षेत्रफल 96.194 वर्ग मील (249.141 किमी) है, जिसमें से 94.840 वर्ग मील (245.634 किमी) भूमि है और 1.354 वर्ग मील (3.507 किमी) जल है।

लिंकन नेब्रास्का के कुछ बड़े शहरों में से एक है जो पठारी नदी या मिसोरी नदी के पास नहीं है। शहर को मूल रूप से साल्ट क्रीक के पास और उत्तरी लैंकेस्टर काउंटी के लगभग सपाट खारे आर्द्रभूमि के बीच में बसाया गया था। शहर के विकास ने आसपास की भूमि का विकास किया है, जिसमें से अधिकांश उर्ध्व पहाड़ियों से बना है। हाल के वर्षों में, लिंकन के उत्तरवर्ती विकास ने लुप्तप्राय नमक क्रीक बाघ बीटल के निवास स्थान का अतिक्रमण किया है।

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