स्वप्रतिरक्षी रोगों के रोगजननविज्ञान में, जननिक संवेदनशीलता और पर्यावरणीय परिवर्तन की पृष्ठभूमि में कई प्रक्रियाओं के कार्य करने का अनुमान लगाया गया है। इन प्रक्रियाओं में से प्रत्येक के बारे में लिखना इस लेख के दायरे के बाहर है लेकिन कुछ महत्वपूर्ण प्रक्रियाओं का सारांश यहां प्रस्तुत किया जा रहा है:

विशेषज्ञ प्रतिरक्षानियामक कोशिका प्रकारों, जैसे नियामक टी कोशिकाओं, एनकेटी कोशिकाओं (NKT cells), गामाडेल्टा टी कोशिकाओं (γδ T-cells) की स्वप्रतिरक्षी रोग में भूमिकाएं अध्ययनाधीन हैं।

प्रतिरक्षक सहिष्णुता
निदान
लिंग
स्वप्रतिरक्षकता का रोगजनविज्ञान