उद्यानिकी में "प्रतिरूप (clone)" शब्द का प्रयोग एक पौधे के उन सभी वंशजों का उल्लेख करने के लिये किया जाता है, जो वानस्पतिक प्रजनन या अपोमिक्सिस (apomixis) से उत्पन्न हुए हों. उद्यानिकी पौधों की अनेक प्रजातियां (cultivars) प्रतिरूप हैं, जो किसी एक पौधे से प्राप्त की गई थीं और लैंगिक प्रजनन के अलावा किसी अन्य प्रक्रिया के द्वारा उनकी संख्या में वृद्धि की गई है। एक उदाहरण के रूप में अंगूर की कुछ यूरोपीय प्रजातियां ऐसे प्रतिरूपों का प्रतिनिधित्व करती हैं, जिनका उत्पादन दो सहस्त्राब्दियों से किया जा रहा है। अन्य उदाहरण आलू और केला हैं। कलम लगाने के कार्य को प्रतिरूपण माना जा सकता है क्योंकि कलम से आ रहे सभी अंकुर व शाखाएं सामान्यतः एक ही पौधे के प्रतिरूप होते हैं, परंतु विशिष्ट प्रकार का यह प्रतिरूपण नैतिक परीक्षण के अंतर्गत नहीं आया है और सामान्यतः इसके साथ एक पूर्णतः भिन्न कार्य के रूप में व्यवहार किया जाता है।

अनेक पेड़, झाड़ियां, अंगूर की लताएं, फ़र्न तथा अन्य शाकीय सदाबहार वनस्पतियां मिलकर प्रतिरूप बस्तियों का निर्माण करती हैं। एक बड़ी प्रतिरूप बस्ती के भाग अक्सर अपने अभिभावक से अलग होकर पृथक इकाई के रूप में विकसित होते हैं, जिसे विखण्डन कहा जाता है। कुछ पौधे, उदा. डैन्डेलियन (Dandelion), अलैंगिक रूप से बीजों का निर्माण भी करते हैं, जिसे अपोमिक्सिस कहा जाता है।

उद्यानिकी
प्रतिरूपित प्रजातियां
प्रचलित सन्कृती में
विलुप्त और लुप्तप्राय प्रजातियों का प्रतिरूपण