सीरिज़ के तीसरे सीज़न के अर्न्तगत सोना के अंदर माइकल और पनामा के बाह्य भागों में लिंकन की कहानी चलती है। सोना एक कारागार है जो कारागारवासियों द्वारा चलाया जाता है और एक साल पहले के उपद्रव के बाद से केवल बाहर से ही गार्ड दिया जाता है। बरोज़ जल्दी ही ग्रेचेन मोर्गेन (एक कंपनी का कार्यकर्ता जिसे पनामा में संक्रिया का कार्यभार मिला है) से संपर्क करता है जो उसके बेटे, LJ (मार्शल ऑलमैन) और सारा टैनक्रेडी (साराह वेन कैलीज), जिससे माइकल प्रेम करता है, का अपहरण कर लेता है। उसे बताया जाता है कि कंपनी स्कोफिल्ड से चाहती है कि वह जेम्स व्हिस्लर (क्रिस भांस) को सोना से बाहर निकाल भगाए. माइकल और व्हिस्लर के पलायन की योजना बनाने में ही यह सीज़न चलता है जिसमे माइकल को अत्यंत तनाव भोगना पड़ता है तथा साथ ही साथ लिंकन कंपनी के कार्यकारी ग्रेचेन मोर्गन (जोडी लिन ओ'किफे) के साथ सौदा करता है। माइकल को कारागार से भागने में मदद पहुंचाने के लिए सुक्रे को नौकरी मिल जाती है। जब लिंकन सारा के द्वारा प्रदान किये गए सुराग के आधार पर सारा एवं एल.जे को बचाने का प्रयास करता है, तब ग्रेचेन उसका धड़ शरीर से अलग करके एक बक्से में चेतावनी के रूप में भेजता है। सीज़न के अंत के दौरान, कुछ अपराधी जिनमे टी-बैग एवं बेलिक भी सम्मिलित थे, उन्हें छोड़ कर यह जोड़ा महोने और एक अन्य बंदी मैकग्रेडी के साथ भागने में सफल हो जाता है। सुक्रे की पहचान एक जेल गार्ड के द्वारा हो जाती है और उसे उनके भागने के बाद सोना के कारागार में फेंक दिया जाता है। LJ और सोफिया (जिसे आश्वासन के तौर पर रखा गया था ताकि व्हिस्लर उसके साथ जा सके) का सौदा व्हिस्लर के लिए किया जाता है और माइकल ग्रेचेन से सारा की हत्या का बदला लेने की तैयारी करने लगता है।

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सीज़न 3