1999 में वे बाल बाल खोया क्योंकि दो देर गोल मैनचेस्टर यूनाइटेड को 2-1 करने के यूईएफए चैंपियंस लीग खो दिया। वे वालेंसिया को पराजित जब अंत में वे 2001 में अपने चौथे यूईएफए चैंपियंस लीग जीता। एक मौसम के बाद बेयर्न एक रिकार्ड अंतर से लीग प्रमुख, उनके चौथे डबल जीता। हाय, जो 1998 के बाद से कोच दूसरे विभाजन अलेमन्निअ आकिन द्वारा एक कप हार सहित, बेयर्न खराब प्रदर्शन के साथ, 2004 में इस्तीफा दे दिया था।

2007-08 के सत्र के लिए, बेयर्न के पुनर्निर्माण में मदद करने के लिए कठोर दस्ते परिवर्तन किए। वे आठ नए खिलाड़ियों की कुल हस्ताक्षर किए और, बेचा जारी या उनके खिलाड़ियों में से नौ बाहर उधार दिया था। पूर्व जर्मनी के कोच जुरगेन क्लिन्स्मन्न् बेयर्न का नया कोच बनाया गया, लेकिन टीम पिच पर खराब प्रदर्शन किया। जल्द ही जुरगेन क्लिन्स्मन्न् खराब प्रदर्शन के लिए अपनी नौकरी से निकाल दिया गया था। बेयर्न भी यूईएफए चैंपियंस लीग के फाइनल तक पहुँच लेकिन तिहरा को पूरा करने के लिए पहले जर्मन क्लब बनने में नाकाम रहने, इंटरनेजियोनल से 2-0 से पीटा गया।

2011-12 के सत्र में जुप्प हेय्न्च्केस् एक दूसरे स्थायी वर्तनी के लिए बेयर्न के कोच के लिए लौट आए लेकिन बेयर्न चल रहे दूसरे सत्र के लिए एक ट्रॉफी बिना सीजन समाप्त करने के लिए थे। वे भी अपने घर स्टेडियम में चैम्पियंस लीग के फाइनल में पहुंच गया है, लेकिन पेनाल्टी शूट आउट (3-4) पर चेल्सिया के लिए खो दिया, म्यूनिख में एक अंग्रेजी टीम को केवल अपनी दूसरी हार गया था क्या और एलियांज एरीना में अपने पहले. बेयर्न भी वेम्बली स्टेडियम में घरेलू प्रतिद्वंद्वियों बोरुसिया डॉर्टमुंड की 2-1 की हार के साथ क्लब के पांचवें यूरोपीय कप जीतने के चार सत्रों में तीसरी बार चैंपियंस लीग के फाइनल में पहुंच गया। इस और पहले लीग और घरेलू कप खिताब के साथ, बेयर्न अब तिहरा जीतने के लिए 1 जर्मन क्लब बन गया। 2013-14 के सत्र में पेप गार्डियोला जुलाई 2013 1 पर प्रबंधक के रूप में पदभार संभाल लिया है।

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