तख्तापलट के एक सप्ताह के बाद 2 फ़रवरी 1971 में अमीन ने खुद को युगांडा का राष्ट्रपति, सभी सशस्त्र बलों का प्रमुख कमांडर, आर्मी चीफ़ ऑफ़ स्टाफ तथा चीफ़ ऑफ़ एयर स्टाफ घोषित कर दिया। उसने घोषणा की कि वह युगांडा के संविधान के कुछ प्रावधानों को रद्द कर रहा था और शीघ्र ही उसने सैन्य अधिकारियों से बनी एक रक्षा सलाहकार परिषद का गठन किया जिसका अध्यक्ष वह स्वयं बना। अमीन ने सैन्य न्यायाधिकरण को नागरिक कानून प्रणाली से ऊंचा स्थान दिया, शीर्ष सरकारी व अर्द्ध सरकारी एजेंसियों के पदों पर सैनिकों को नियुक्त किया, और नव नियुक्त असैनिक कैबिनेट मंत्रियों को सूचित किया कि वे सैन्य अनुशासन के अधीन रहेंगे. अमीन ने कंपाला स्थित राष्ट्रपति भवन का नाम गवर्नमेंट हाउस से बदल कर "द कमांड पोस्ट" कर दिया। उसने पिछली सरकार द्वारा बनाई गई जनरल सर्विस यूनिट (जीएसयू) नामक ख़ुफ़िया इकाई को भंग कर दिया और इसके स्थान पर स्टेट रिसर्च ब्यूरो (एसआरबी) की स्थापना की। नकासेरो का कंपाला उपनगर में स्थित एसआरबी मुख्यालय अगले कुछ सालों के लिए यातना तथा फांसी देने का प्रमुख स्थान बन गया। राजनीतिक असंतोष को दबाने में मिलिट्री पुलिस व सार्वजनिक सुरक्षा इकाई (पीएसयू) सहित अन्य एजेंसियों का उपयोग किया गया।

तंजानिया के राष्ट्रपति जूलियस न्येरेरे द्वारा शरण प्रदान करने की पेशकश करने के बाद ओबोटे ने तंजानिया में शरण ली। शीघ्र ही अमीन द्वारा निकाले गए युगांडा के 20000 शरणार्थी उनसे जुड़ गए। निर्वासित लोगों ने 1972 में तख्तापलट के एक कमज़ोर प्रयास द्वारा देश पर पुनः कब्ज़ा करने की कोशिश की। 

सैन्य कमांडर
गद्दी छोड़ना और निर्वासन
सैन्य शासन की स्थापना
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