"हमदन बनाम रम्सफील्ड" मामले में, रॉबर्ट्स उस सर्वसम्मत सर्किट पैनल के सदस्य थे जिसने जिला न्यायालय के फैसले को खारिज करते हुये बुश प्रशासन द्वारा संदिग्ध आतंकवादियों, जो कि शत्रु लड़ाके के रूप में जाने जाते थे, के विरुद्ध मिलिट्री ट्रिव्यूनल के गठन को उचित ठहराया था। सर्किट न्यायाधीश ए. रेमण्ड रैडोल्फ ने न्यायालय में लिखा तथा व्यवस्था दी कि अलकायदा नेता ओसामा बिन लादेन के ड्राइवर सलीम अहमद हमदन पर मिलिट्री न्यायालय में मुकदमा चल सकता है क्योंकि:


चालू न्यायिक प्रक्रिया के समाप्त होने पर मिलिट्री कमीशन के परिणामों की न्यायिक समीक्षा की संभावना को न्यायालय ने बनाये रखा. इस निर्णय को 29 जून 2006 को सर्वोच्च न्यायालय द्वारा 5-3 निर्णय में पलट दिया गया जिसमें रॉबर्ट्स ने भागीदारी नहीं की क्योंकि वे सर्किट न्यायाधीश के रूप में पहले ही निर्णय दे चुके थे।

मिलिट्री ट्रिब्यूनल
पर्यावरणीय अधिनियम
स्वास्थ्य
"स्टेयर डिसीसिस (फैसले पर नजर)"