इन पर दूसरा बड़ा खतरा जेनेटिक प्रदूषण है, जंगली भैंसा पालतू भैंसों से संपर्क स्थापित कर लेता है। हालांकि फ़्लैमैंड और टुलॊच जैसे शोधकर्ताओ का मानना है कि आम तौर पर जंगली नर भैंसा पालतू नर भैंसे को मादा के पास नहीं आने देता पर स्वयं पालतू मादा भैंसे से संपर्क कर लेता है पर इस विषय पर अभी गहराई से शोध किया जाना बाकी है। मध्य भारत के जिन इलाकों में यह पाया जाता है, वहाँ की पालतू भैसें भी इनसे मिलती जुलती नजर आती है। इस बात को एक मजेदार घटना से समझा जा सकता है। कुछ वर्षों पहले बीजापुर के वन-मंडलाधिकारी श्री रमन पंड्या के साथ बाम्बे नेचुरल हिस्ट्री सोसाइटी की एक टीम जंगली भैसों का अध्ययन करने और चित्र लेने के लिये इंद्रावती राष्ट्रीय उद्यान पहुँची, उन्हें जंगली भैंसों का एक बड़ा झुंड नजर आया और उनके सैकड़ो चित्र लिये गये और एक श्रीमान जो उस समय देश में जंगली भैंसों के बड़े जानकार माने जाते थे, बाकी लोगो को जंगली भैंसों और पालतू भैंसों के बीच अंतर समझाने में व्यस्त हो गये तभी अचानक एक चरवाहा आया और सारी भैंसों को हांक कर ले गया।

आदिवासियों के अधिकारों का हनन वन्य जीवों के लिए बना संकट
जब धोखा खा गये कथित एक्स्पर्ट
अनुचित वृक्षारोपण
बेरवा पद्धति और जंगल में सन्तुलन