समहावतार बाबाजी के साथ पहली दर्ज मुलाकात 1861 में हुई थी, जब लाहिरी महाशय को ब्रिटिश सरकार के लेखाकार के रूप में नौकरी पर रानीखेत तैनात कर दिया गया था। एक दिन रानीखेत से ऊपर दूनागिरी की पहाड़ियों में घूमते समय उसने किसी को अपना नाम पुकारते सुना. आवाज़ के पीछे-पीछे ऊपर पहाड़ पर चलते हुए उसकी मुलाकात "एक ऊंचे कद के तेजस्वी साधु" से हुई। वह यह जानकर चकित था कि साधु को उसका नाम पता है। यह साधु महावतार बाबाजी थे।

महावतार बाबाजी ने महाशय लाहिरी को बताया कि वह अतीत में उनके गुरु थे, फिर उनको क्रिया योग में दीक्षित किया और लाहिरी को निर्देश दिया कि वह दूसरों को दीक्षित करना आरंभ करें।

लाहिरी महावतार बाबाजी के साथ रहना चाहते थे लेकिन उन्होंने उन्हें दुनिया में वापस जाकर क्रिया योग सिखाने को कहा और कि "क्रिया योग साधना दुनिया में उनकी (लाहिरी) की उपस्थिति के माध्यम से लोगों में फैलेगी."

लाहिरी महाशय ने बताया कि महावतार बाबाजी ने अपना नाम या पृष्ठभूमि नहीं बतायी इसलिए लाहिरी ने उन्हें "महावतार बाबाजी" की पदवी दी। भारत में कई साधुओं को बाबाजी कहा जाता है और कभी कभी "बाबाजी महाराज" भी जिससे महावतार बाबाजी और अन्य समान नाम के साधुओं के बीच भ्रम होता है।

लाहिरी महाशय की महावतार बाबाजी के साथ कई बैठकें हुईं जिनके बारे में 
कई किताबों में लिखा गया है, इनमें अन्य के साथ परमहंस योगानंद की "एक योगी की आत्मकथा","योगीराज श्यामा चरण लाहिरी महाशय" 
(लाहिरी की जीवनी) और "पूर्ण पुरुष: योगीराज श्री शाम चरण लाहिरी" शामिल हैं।

कृष्ण के रूप में महावतार बाबाजी
लाहिरी महाशय
आधुनिक दावे और लोकप्रिय संदर्भ
महावतार बाबाजी के साथ मुलाकातें, 1861-1966