डेव मुस्टेन ने कहा कि एक नया स्टूडियो बनाया गया था जिसका नाम "विक्स गैरेज" था और यह भी बताया कि एक नए एल्बम के निर्माण-पूर्व कार्य की शुरुआत वर्ष 2008 के सितम्बर महीने के अंत में की गई जिसका निर्माण कार्य एंडी स्नीप कर रहे थे। डेव ने इस बात की भी चर्चा की कि उन्हें उम्मीद थी कि एल्बम सितम्बर 2009 तक पूरा हो जाएगा और उन्हें यह भी उम्मीद थी कि इस एल्बम के प्रोत्साहन के लिए एक नए दौरे को मार्च 2010 में शुरू किया जाएगा लेकिन एंडी स्नीप के विज़ा से संबंधित कठिनाइयों की वजह से रिलीज़ की तारीख को और आगे बढ़ा दिया गया। लेकिन, फ़रवरी 2009 में, मुस्टेन ने द लाइव लाइन पर बताया कि उन्होंने नए एल्बम के लिए अपने रिदम गिटार और मुख्य प्रगीतात्मक भागों का काम पूरा कर चुके थे। यह क्रिस ब्रॉडरिक का मेगाडेथ के साथ पहला एल्बम होगा. 

एंडी स्नीप बैंड की आगामी DVD को भी मिक्स करने का कार्य करेंगे जिसका शीर्षक "" है जिसमें जाइगनटूर सन् 2008 के दौरान सैन डियागो में कॉक्स एरेना में 20 मई 2008 के एक सम्पूर्ण संगीत समारोह की रिकॉर्डिंग भी शामिल होगी; विज्ञापन सम्बन्धी अन्य प्रदर्शनों को भी DVD के भाग में शामिल करने की पेशकश की गई लेकिन ऐसा करने से मना कर दिया गया। मेगाडेथ फ़रवरी और मार्च 2009 में मुख्य प्रदर्शक जुडास प्रीस्ट और आरंभिक प्रदर्शक टेस्टामेंट के साथ "प्रीस्ट फीस्ट" यूरोपीय दौरे पर निकल पड़े. एल्बम के एक नए शीर्षक गीत का नाम "1,320" था जिसकी विषय-वस्तु ड्रैग रेसिंग है।

डेव मुस्टेन को मेटालिका द्वारा उनके रॉक ऐंड रोल हॉल ऑफ़ फ़ेम के आरम्भ में शामिल होने के लिए आमंत्रित किया गया; मुस्टेन ने उन्हें सम्मानपूर्वक बधाई दी और कहा कि जुडास प्रीस्ट के साथ यूरोपीय दौरे पर होने के कारण वे इस समारोह में भाग लेने में असमर्थ है। मेगाडेथ और स्लेयर ने कैनेडियन कार्नेज में एक साथ मुख्य प्रस्तुतियां दी जो पहला अवसर था जब दोनों ने 15 से भी अधिक वर्षों की अवधि में पहली बार एक साथ मिलकर प्रदर्शन किया था। जून के अंत में होने वाले चार कार्यक्रमों के आरंभिक कलाकार मशीन हेड और स्यूसाइड साइलेंस थे।
19 मई 2009 तक डेव मुस्ताइन ने अपने (मेगाडेथ) आधिकारिक साइट में निम्नलिखित स्टूडियो अपडेट प्रकाशित किए:
"मैं अभी स्टूडियो, विक्स गैरेज में हूं और हमलोगों ने अपना काम पूरा कर लिया है! हमलोग अभी इस वक़्त अपने नए रिकॉर्ड पर अंतिम कुछ नोट्स को पूरा कर रहे हैं और एंडी अपना सामान बांधने और कल लॉस एंजिलिस जाने की तैयारी कर रहे हैं ताकि वृहस्पतिवार को वापस घर लौटने की तैयारी कर सके. यार, यह एक लंबी, भीषण, स्थायी प्रक्रिया है लेकिन यह बहुत मूल्यवान है और इसीलिए मैं बहुत उत्साहित हूं. मैं इस रिकॉर्ड के प्रति बहुत उत्साहित हूं और उसके बाद मैं सन् 1980 के दशक की तरह फिर से कोई दूसरा रिकॉर्ड करूंगा. मैं कहूंगा, शायद उस दिन से, या सही-सही "रस्ट इन पीस" के बाद से, ऐसी कोई बात नहीं हुई जो मुझे इतना उत्साहित कर दे - हो सकता है "काउंटडाउन के अलावा, लेकिन यह तो पूरी तरह से पागल कर देने वाला है।" 

19 मई तक मेगाडेथ ने एल्बम की रिकॉर्डिंग का काम पूरा कर लिया था और 18 जून को एल्बम के शीर्षक का खुलासा "एंडगेम" के रूप में किया गया। 26 मई 2009 को, क्रिस ब्रॉडरिक ने अपने (मेगाडेथ) आधिकारिक वेबसाइट में निम्नलिखित बातें दर्ज़ की:
"जहां तक CD की बात है, जिस तरह से पूरी बात एक साथ सामने आई, उस पर मैं विश्वास नहीं कर सकता हूं. इसमें एक अनूठी और मूल ध्वनि है जो मुझे नहीं लगता कि यह किसी दूसरे व्यक्ति-समूह के साथ हो सकता है। डेव के गुर्राहट भरे बोलों से लेकर जेम्स के भारी-भरकम बास की ध्वनि और शॉन के निष्प्राण सटीक ढोलवादन तक सब कुछ अनवरत है और जहां तक एंडी के निर्माण का सवाल है, इसके अंतर्गत CD की ध्वनि और निर्देशन पर ध्यान दिया गया। मैं भाग्यशाली हूं कि मैं इसका एक हिस्सा हूं, इसने कम-से-कम एक चीज़ तो मेरे लिए जरूर की, इसने मुझे बढ़ने और भिन्न-भिन्न शैलियों में वादन करने का अवसर प्रदान किया। मैं रिलीज़ तक इंतज़ार नहीं कर सकता हूं और मैं उम्मीद करता हूं कि इसमें कुछ ऐसा पायें जो आपको पसंद है।" 27 मई 2009 को, डेव मुस्टेन ने पुष्टि की कि सभी 12 गानों को तैयार कर लिया गया है और उन्हें अभी मिक्स किया जा रहा है और रिकॉर्ड को एक सम्पूर्ण आकार प्रदान किया जा रहा है। 

जैसा कि सिंडिकेटेड रेडियो शो इन्फ़ोवार्स पर डेव मुस्टेन ने उल्लेख किया था कि एल्बम "एंडगेम" का नाम, एलेक्स जोन्स के उसी नाम:- ""एंडगेम" " की वृत्तचित्र के लिए एक श्रद्धांजलि है।

5 जून 2009 तक इस वर्ष एक जापान लाउड पार्क समारोह में बिग रॉक स्टेज पर मेगाडेथ के मुख्य प्रदर्शन प्रस्तुत करने की बात की पुष्टि की गई है जिसे माकुहारी मेस्से में 17 से 18 अक्टूबर तक होने के लिए निर्धारित किया गया था। यह जापान का एक सम्मलेन केंद्र है जो टोकियो के समीप और चिबा प्रिफेक्चर के पश्चिमी क्षेत्र में अवस्थित है। दो दिवसीय समारोह में प्रदर्शन करने वाले अन्य बैंडों में स्लेयर, रॉब ज़ोम्बी, एंथ्रेक्स, आर्क एनिमी और चिल्ड्रेन ऑफ़ बॉडम के साथ-साथ इस समारोह का समापन-प्रदर्शन करने वाले जुडास प्रीस्ट भी शामिल थे।

7 जुलाई को मेगाडेथ रोडरनर रिकॉर्ड्स की वेबसाइट पर डाउनलोड करने के लिए अपने प्रथम एकल "हेड क्रशर" को रिलीज़ किया। डाउनलोड, केवल 24 घंटों के लिए उपलब्ध था जिसकी शुरुआत 11 AM EDT पर हुई थी।

15 अगस्त को मेगाडेथ ने रोडरनर रिकॉर्ड्स की साइट पर डाउनलोड करने के लिए एक और गाने, "1,320" को रिलीज़ किया।
""एंडगेम" " एल्बम के रिलीज़ की तारीख को मेगाडेथ के आधिकारिक वेबसाइट पर 15 सितम्बर 2009 को रिलीज़ होने की घोषणा की गई और मेटल हैमर मैगज़ीन की वेबसाइट ने सबसे पहले इस एल्बम की ट्रैक दर ट्रैक समीक्षा की. सम्पूर्ण एल्बम को माइस्पेस [Myspace] पर 10 सितम्बर को स्ट्रीमिंग के लिए प्रस्तुत किया गया।

मेगाडेथ ने 14 नवम्बर को ग्रांड रैपिड्स, मिशिगन में अपने एंडगेम दौरे की शुरुआत की और 13 दिसम्बर को लास वेगास, नेवाडा में इसका समापन किया। दौरे में मशीन हेड, स्यूसाइड साइलेंस, वॉरब्रिंगर और आर्कैनियम को विशेष रूप से प्रदर्शित किया गया।

बाद में इस महीने, मेगाडेथ को थ्रैश और हेवी मेटल शैली के दोनों दिग्गज़ों, स्लेयर और टेस्टामेंट के साथ "अमेरिकन कार्नेज" में सम्मिलित होने के लिए नियत किया गया है। दौरे को 18 जनवरी को शुरू करने के लिए निर्धारित किया गया था लेकिन टॉम आरया की पीठ की सर्जरी के कारण दौरे की इस तारीख को रद्द करके वसंत के अंत में या गर्मियों में करने के लिए पुनः निर्धारित किया गया।

मेगाडेथ के "हेड क्रशर" को वर्ष 2010 के एक ग्रेमी के लिए मनोनीत किया गया है।

मेगाडेथ ने (मेटालिका, स्लेयर और एंथ्रेक्स के साथ) एक "बिग फ़ोर टूर" की भी पुष्टि की है। पहली बार सभी चार थ्रैश मेटल दिग्गज़ एक साथ प्रदर्शन करेंगे.

मेगाडेथ ने 1 मार्च को एक "रस्ट इन पीस 20th ऐनिवर्सरी टूर" की घोषणा की है। यह एक महीने चलने वाला उत्तर अमेरिकी दौरा होगा जिसमें टेस्टामेंट और एक्सोडस उनका साथ देंगे. दौरे के दौरान, मेगाडेथ पूरे ज़ोर-शोर से अपने रस्ट इन पीस का और टेस्टामेंट पूरे ज़ोर-शोर से अपने द लिगेसी का प्रदर्शन करेंगे.

मेगाडेथ ने सन् 2010 में एक "अमेरिकन कार्नेज" उत्तर अमेरिकी दौरे करने की पुष्टि की है। दौरे में कलाकारवृन्द स्लेयर और टेस्टामेंट शामिल होंगे. दौरा 23 जुलाई 2010 को क्यूबेक सिटि, QC कनाडा में शुरू होगा और वर्ष 2010 के सितम्बर के आरम्भ तक चलता रहेगा.

8 फ़रवरी 2010 तक, मूल बासवादक डेविड एलेफ़सन 8 साल बाद मेगाडेथ में फ़िर शामिल हो गए। क्लासिक रॉक के लिए एक साक्षात्कार में वह कहते हैं कि मेगाडेथ के ड्रमर शॉन ड्रोवर ने उनसे संपर्क स्थापित किया और उनसे कहा था कि बासवादक जेम्स लोमेंज़ो इन्कार कर रहे थे और उन्हें बताया था कि "यदि कभी आपका और डेव का मधुर सम्बन्ध था तो अभी भी यह सम्बन्ध स्थापित हो सकता है।"

"द सिस्टम हैज़ फेल्ड" (वर्ष 2004–2005)
"एंडगेम" (वर्ष 2009 से आगे)
ब्रेकअप (वर्ष 2002–2004)
"क्रिप्टिक राइटिंग्स" (वर्ष 1996–1998)