इस परियोजना की लागत का अनुमान ₹1.08 लाख करोड़ (17 अरब अमेरिकी डॉलर) है। लागत में आयात शुल्क और निर्माण के दौरान ब्याज शामिल है। जेआईसीए ने 0.1% की ब्याज दर पर 50-वर्षीय ऋण के माध्यम से कुल परियोजना लागत का 81% निधि ₹79,087 करोड़ देने पर सहमति जताई थी। भारतीय रेलवे की हाई स्पीड रेल परियोजना में जपान 9,800 करोड़ रुपये (यूएस $ 1.5 बिलियन) निवेश करेगी और बाकी लागत महाराष्ट्र और गुजरात की राज्य सरकारों द्वारा वहन की जाएगी। कॉरिडोर में उपयोग किए गए घटकों में से 20% जापान द्वारा आपूर्ति की जाएगी, और भारत में निर्मित की जाएगी।

भूमि अधिग्रहण से बचने के लिए और अंडरपास के निर्माण की आवश्यकता के कारण अधिकतर लाइन का निर्माण एक ऊंची कॉरिडोर पर किया जाएगा। यह लेवल क्रॉसिंग की आवश्यकता को समाप्त करके सुरक्षा में भी वृद्धि करेगा। ऊंची लाइन बनाने के फैसले ने परियोजना के लिए अतिरिक्त 10,000 करोड़ (यूएस $1.6 बिलियन) तक की लागत बढ़ा दी।

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