राष्ट्रिय संस्कृत संस्थान के मुख्यालय में प्रशासन अनुभाग नियमों, विनियमों और प्रक्रियानुसार आन्तरिक व्यवस्था कार्य करता है। यह संस्थान के विभिन्न अंगीभूत परिसरों को अधिक प्रभावी और कार्यकुशल बनाने हेतु आवश्यक स्थापन सहायता प्रदान करता है। यह अनुभाग प्रमुख रूप से सामान्य प्रशासन, स्थापना सम्बन्धी कार्य, सेवा और भूमि आपूर्ति और भवन अधिग्रहण, नए परिसरों की स्थापना और प्रबन्धन परिषद् तथा वित्त, समिति की बैठकों के संचालन आदि कार्य करता है।
शैक्षणिक विभाग
योजना विभाग
प्रशासन विभाग
परीक्षा विभाग