क्रूज़ का एक छोटा भाई एडवार्डो, जो एक गायक है, एवं एक छोटी बहन मोनिका है।

क्रूज़ वर्ष 2000 से शाकाहारी होने का दावा करती हैं। वे चार भाषाएं, स्पैनिश, इतालवी, फ्रांसीसी एवं अंग्रेजी बोलती हैं। क्रूज़ ने चैरिटी के लिए अपना काफी समय व धन भी दान किया है। वर्ष 1997 में उन्होंने दो महीनों तक युगांडा में स्वयंसेवी का काम किया।

क्रूज़ की परवरिश एक कैथोलिक के रूप में हुई थी लेकिन अब वे अपने आपको बौद्ध धर्म से अधिक जुड़ा हुआ महसूस करती हैं। "'वनिला स्काई" ' में टॉम क्रूज़ के साथ काम करने के बाद उन दोनों के बीच तीन वर्ष का रिश्ता बना, जो जनवरी 2004 में समाप्त हो गया। उस दौरान, उन्हें और क्रुइज़ को हॉलीवुड में धार्मिक आन्दोलन के स्थानों पर विभिन्न गिरजाघरों में जाते देखा गया था और ऐसी अटकलें भी प्रकाशित होनें लगी थीं कि क्रुइज़ ने क्रूज़ को चर्च में शामिल होने के लिए राज़ी कर लिया था।

फरवरी 2005 में सहारा" ' के फ़िल्मांकन के बाद मैथ्यू मिकोनहे के साथ उनका प्रेम सम्बन्ध शुरू हो गया। मई 2006 में, उन दोनों ने पीपल" ' में एक संयुक्त घोषणा रिलीज़ की कि "उन्होंने एक दंपत्ति के रूप में कुछ समय का अवकाश लेने का फैसला किया है।" उसी वर्ष बाद में उन्होंने यह घोषणा की कि "वे अब अन्तरंग नहीं रहे एवं इस वक़्त उनके लिए एक दूसरे से अलग हो जाना ही सबसे उचित फैसला है।" वर्ष 2007 से उनका प्रेम सम्बन्ध अभिनेता जेवियर बर्डेम से है; ये दोनों जैमों, जैमों" ', लाइव फ्लेश" ' तथा 2008 में "'विक्की क्रिस्टीना बार्सेलोना" ' में एक साथ नज़र आये थे।

अप्रैल 2007 में, जब क्रूज़ अकेली थीं तो उन्होंने कहा था कि वे भविष्य में बच्चों की तमन्ना रखती हैं एवं वे गोद लेने की ज़रुरत भी महसूस करती हैं। क्रूज़ ने "'मारी क्लेयर" ' के स्पैनिश संस्करण के अप्रैल अंक में कहा - "बेशक़ मैं बच्चे चाहती हूं. मैं अपने बच्चे चाहती हूं, लेकिन साथ ही गोद भी लेना चाहती हूं. कुछ दिनों से मुझे ऐसा महसूस हो रहा है कि अगर मैं बच्चा गोद न लूं, तो मेरी ज़िन्दगी अधूरी रह जायेगी."

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