1989 में लेह जिले के मुसलमानों का बौद्धों द्वारा एक सामाजिक बहिष्कार किया गया। बहिष्कार 1992 तक चलता रहा। लेह में बहिष्कार के समाप्त होने के बाद मुसलमानों और बौद्धों के बीच संबंधों में काफी सुधार हुआ, हालांकि शक अभी भी बना हुआ है।
2000 के दशक में करगिल के गांव में कुरान को अपवित्र करने और बाद में लेह और करगिल शहर में मुसलमानों और बौद्ध समूहों के बीच हुआ संघर्ष, लद्दाख में दोनों समुदायों के बीच गहरे तनाव का संकेत करता है।

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