पनामा, अमेरिकी द्वीप में स्पेन के उपनिवेशों में से एक था, जब तक कि वह ग्रैन कोलंबियाई संघ का हिस्सा नहीं बना। स्पेनिश- रॉड्रिगो डी बेस्टिडास ने पहली बार पनामा को 1501 में खोजा था और क्रिस्टोफर कोलम्बस की मदद से कैरीबियाई तट के पोर्टोबेलो में अपने जहाज का लंगर गिराया था। 1510 में वास्को नुनेज़ डी बलबो ने पहली सफल कॉलोनी की स्थापना की और प्रशांत महासागर की खोज से तीन साल पहले इस क्षेत्र के गवर्नर बने। कैरीबियाई तट पर समुद्री डाकू द्वारा स्थापित गढ़ों की वजह से, स्पैनिश साम्राज्य का 1821 से पतन शुरू हो गया, जिससे पनामा स्वतंत्र कोलंबिया का हिस्सा बनने के लिए मजबूर हो गया, बाद में 1903 में हुई खूनी क्रांति में संयुक्त राज्य अमेरिका की मदद से इसे एक अलग गणराज्य के रूप में स्थापित कर दिया गया। उसी वर्ष 3 नवंबर को, मैनुअल अमाडोर ग्वेरेरो की अगुवाई में विद्रोहियों ने पनामा को एक स्वतंत्र गणराज्य घोषित कर दिया और दो हफ्ते बाद, हे-बुनान वेरिला संधि पर हस्ताक्षर किए, जिसमें अमेरिका को पनामा नहर का निर्माण और प्रशासन करने का अधिकार दिया गया, जोकि कैरीबियन सागर को प्रशांत महासागर से जोडता है।

1968 में, जनरल उमर टोरिजोस ने सरकार के पद संभाला और 1981 में एक हवाई जहाज दुर्घटना में उनकी मृत्यु तक एक मजबूत प्रशासक बने रहे। उस दशक के अंत तक, जनरल मैनुअल नोरिगा की अध्यक्षता में पनामा रक्षा बलों के एक सड़क अवरोधी अभियान के दौरान एक अमेरिकी सैनिक की मौत के परिणामस्वरूप पनामा-अमेरिका संबंध में खटास पड़ना आरंभ हो गया। अंततः दिसंबर 1989 में नहर का नियंत्रण पनामा के सौपें जाने के कुछ दिन पुर्व, अमेरिका ने ऑपरेशन "जस्ट कॉज़" लॉन्च कर पनामा पर हमला कर दिया। आक्रमण में कई सैनिको के मरने के बाद जनरल नोरिगा वेटिकन राजनयिक में शरण लेने को मजबूर हो गये, लेकिन कुछ दिनों के बाद अमेरिकी सेना से सामने आत्मसमर्पण कर दिया और बाद में अमेरिकी संघीय अधिकारियों द्वारा गिरफ्तार कर लिया गया।

31 दिसंबर, 1999 को टोरिजोस-कार्टर संधि के तहत, अमेरिका ने सभी नहर से संबंधित भूमि को पनामा को वापस कर दिया, जिसके बाद नहर के पूर्ण प्रशासन के साथ-साथ नहर से संबंधित इमारतों और बुनियादी ढांचे वहां की स्थानीय प्रशासन के नियंत्रण में आ गया।

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