वाईटेलोजी के लिए दौरों को पूरा करने के बाद बैंड उसके फौलो-अप एल्बम 'नो कोड' को रिकॉर्ड करने के लिए फिर से स्टूडियो पहुंचा। वेड्डर ने कहा, " नो कोड का निर्माण पूर्णतया दृष्टिकोण प्राप्त करने के बारे में था।" 27 अगस्त 1996 को जारी नो कोड को टेन के बाद से बैंड के एक सुविचारित अलग प्रकार के संगीत के रूप में देखा जाता है, जिसमे प्रयोगात्मक बैले तथा शोर से भरपूर गैरेज रॉकर्स का प्रयोग किया गया है। इंटरटेंमेंट वीकली के डेविड ब्राउन ने कहा कि, "नो कोड में पर्ल जैम के किसी अन्य एल्बम की अपेक्षा अवस्थाओं तथा यंत्रों की एक व्यापक रेंज दिखाई देती है।" एल्बम के गीतात्मक विषय आत्म-परिक्षण के मुद्दों से संबंधित हैं, जिनके बारे में आमेंट का कहना है, "कुछ मायनों में, यह बैंड की कहानी जैसा ही है। यह बढ़ने तथा प्रगति करने के बारे में है। हालांकि एल्बम ने बिलबोर्ड चार्ट्स पर नंबर एक की पायदान पर प्रवेश किया, लेकिन जल्दी ही यह नीचे आ गया। नो कोड में "हू यु आर",[96] "हेल हेल" और "ऑफ ही गोज" जैसे गाने शामिल थे। वाईटेलोजी के समान ही, टिकटमास्टर के स्थानों पर बैंड द्वारा प्रदर्शन किये जाने से मना करने के कारण, इसके प्रचार के लिए भी बहुत कम दौरों का आयोजन किया गया था। 1996 के पतझड़ के समय पर एक यूरोपियन दौरा आयोजित किया गया था। गोस्सार्ड ने कहा कि, "उस समय दौरा करने के संबंध में काफी अधिक तनाव व्याप्त था" और, "बैंड का हिस्सा होने के विषय में अपने उत्साह को बनाये रखना और भी अधिक कठिन होता जा रहा था।" 
"नो कोड " के लिए एक छोटे टूर के बाद बैंड उसके अगले एल्बम की रिकॉर्डिंग के लिए 1997 में फिर से स्टूडियो पहुंचा। बैंड के पांचवें एल्बम के सत्र, ग्रुप के सभी सदस्यों के सामूहिक प्रयासों को दर्शाते हैं। आमेंट का कहना था कि, "रिकॉर्ड के विषय में सभी को अपनी बात कहने का मौका मिला ... इसकी वजह से सभी को लगा कि वे बैंड के एक अभिन्न अंग हैं।" 3 फ़रवरी 1998 को पर्ल जैम ने अपने पांचवें एल्बम 'यील्ड' को जारी किया। इस एल्बम को बैंड की शुरुआती साधारण रॉक ध्वनि की तरफ पुनः वापसी के तौर पर बताया गया। एंटरटेनमेंट वीकली के टॉम सिंक्लेयर ने कहा कि "बैंड एक ऐसे एल्बम के रूप में परिवर्तित हो चुका है जो कुछ कुछ अंतराल के बाद प्रभावित करता है और फीयरी (क्रोध पूर्ण) गैरेज रॉक तथा रूट्सी (मौलिक), एकाउस्टिक-आधारित विचारों के बीच झूलता रहता है। संभवतः इस बात का ध्यान रखते हुए कि वे वैकल्पिक-रॉक के अकेले ऐसे प्रतिनिधि हैं जो अभी भी प्रभावशाली हैं, वे अपने 1991 के डेब्यू एल्बम टेन के बाद से अपना सबसे बेहतर निर्मित एल्बम लेकर आए हैं।" गानों के बोल के हिसाब से, यील्ड ने 'नो कोड' में दिखाई देने वाले ज्यादा विचारशील लेखन के प्रकार को जारी रखा है, इसके बारे में वेड्डर का कहना है, "जो अतीत में क्रोध था अब वह विचारशीलता में परिवर्तित हो चुका है।" यील्ड ने बिलबोर्ड चार्ट्स पर नंबर दो की पायदान पर प्रवेश किया, लेकिन नो कोड के समान जल्द ही यह भी चार्ट्स में नीचे आने लगा. इसमें "गिवेन टू फ्लाई" और "विश लिस्ट" जैसे गाने शामिल थे। बैंड ने कॉमिक बुक के आर्टिस्ट टोड मैकफार्लेन को अपने एल्बम के गाने "डू दी इवोल्यूशन" का एक एनिमेटेड वीडियो बनाने का काम दिया, 1992 के बाद से यह उनका पहला म्यूजिक वीडियो था। यील्ड के निर्माण को दर्शाने वाले एक वृत्तचित्र 'सिंगल वीडियो थ्योरी' को वीएचएस और डीवीडी पर उस साल जारी किया गया। 

अप्रैल 1998 में, पर्ल जैम ने एक बार फिर से अपने ड्रमर को बदल दिया. जैक आइरंस ने दौरों के प्रति असंतोष के कारण बैंड छोड़ दिया और उनकी जगह पर साउंडगार्डन के पूर्व ड्रमर मैट कैमरोन को रखा गया। शुरुआत में कैमरोन को अस्थायी आधार पर रखा गया था लेकिन जल्द ही उन्होंने पूर्ण रूप से आइरंस का स्थान ले लिया। पर्ल जैम के 1998 के उत्तरी अमेरिका के यील्ड के दौरे के साथ फूल-स्केल टूरिंग में बैंड की वापसी हुई. टिकटमास्टर के विरुद्ध बैंड का अविश्वासका मुकद्दमा असफल साबित हुआ और उसकी वजह से उनके लाइव टूर्स में बाधा भी पहुंची. कई प्रशंसकों ने टिकट प्राप्त करने में कठिनाई और गैर-टिकटमास्टर स्थानों के उपयोग के बारे में शिकायत की थी, जहाँ तक पहुँचाना कठिन था और वहां की सेवाएं भी अच्छी नहीं थीं। इस टूर तथा भविष्य के टूर्स के लिए पर्ल जैम ने "अपने प्रशंसकों की सहूलियत के लिए" एक बार फिर से टिकटमास्टर का इस्तेमाल करना शुरू कर दिया. 1998 का गर्मियों का दौरा एक बड़ी सफलता साबित हुआ और इसके खतम होने के बाद बैंड ने 'लिव ऑन टू लेग्स' को जारी किया, एक लाइव एल्बम जिसमे टूर के कुछ चुनिंदा प्रदर्शनों को शामिल किया गया था। 

1998 में पर्ल जैम ने "लास्ट किस" को रिकॉर्ड किया जो 1960 के दशक के एक बैले का कवर (आवरण) था और जे. फ्रैंक विल्सन तथा 'दी कैवेलियार्स' के कारण प्रसिद्द हुआ था। उसे एक ध्वनिजांच के दौरान रिकॉर्ड किया गया और बैंड के 1998 क्रिस्मंस सिंगल प्रशंसक क्लब पर जारी किया गया था। अगले साल, इस कवर का देश भर में खूब प्रचार किया गया। 1999 में लोकप्रिय मांग की वजह से इस कवर को एक सिंगल के रूप में जनता के लिए जारी किया गया और इससे मिलने वाली सारी राशि को कोसोवो युद्ध के शरणार्थियों की मदद के लिए बांट दिया गया। बैंड ने 1999 में चैरिटी (धर्मार्थ) के लिए बनाये गए एक एल्बम संग्रह में भी इस गाने को शामिल करने का निर्णय लिया। "लास्ट किस" बिलबोर्ड चार्ट्स पर नंबर दो की पायदान तक पहुंचा और बैंड का सबसे अधिक अधिक ऊंचाई तक पहुंचने वाला सिंगल बन गया। 

नो कोड और यील्ड: 1996-1999
रायट एक्ट: 2002 -2005
इतिहास
विरासत