1990 के आरंभ में जब निर्नावा ग्रंज को मुख्यधारा में लेकर आये, पर्ल जैम ने जल्द ही उनको पछाड़ दिया और ऑलम्यूजिक के अनुसार "90 का सबसे लोकप्रिय अमेरिकन रॉक एंड रोल बैंड " बनगया। पर्ल जैम का वर्णन इस प्रकार किया गया है, "आधुनिक रॉक रेडियो के सर्वाधिक प्रभावशाली स्टाइलिस्ट - "अलाइव" और "इवन फ्लो" जैसे गानों का वर्कमैनलाइक मिडटेम्पो चग इतना सुरीला होता है कि लोग स्वयं ही गाना शुरू कर देते हैं।" बैंड ने सिल्वरचेयर, पडल ऑफ मड तथा दी स्ट्रोक्स जैसे कई बैंडों को प्रेरित और प्रभावित किया है। पर्ल जैम, ग्रंज संगीत शैली के अपने कई समकालीनों जैसे निर्वाण तथा साउंडगार्डेन को पछाड़ कर आज भी सक्रिय बने हुए हैं। 

रॉक स्टार संबंधी अति तथा अपने द्वारा विश्वास किये जाने वाले मुद्दों के समर्थन के लिए पर्ल जैम की सराहना की जाती है। संगीत आलोचक जिम डिरोगैटिस ने टिकटमास्टर के साथ बैंड के विवाद के बाद कहा की "इससे साबित होता है कि एक रॉक बैंड जिसके कलाकार लालची नहीं हैं, स्टेडियमों में प्रदर्शन कर सकता है और दर्शकों को ठगने की प्रथा को समाप्त कर सकता है।.. यह इंगित करता है कि रॉक 'एन' रोल में आदर्शवाद केवल उन 60 के दशक के रॉक एंड रोल हॉल ऑफ़ फेम में शामिल बैंडों की जागीर नहीं है।" 2001 में स्पिन के एरिक वीसबार्ड ने कहा, "वह ग्रुप जिसपर एक समय सिंथेटिक (कृत्रिम) ग्रंज होने का आरोप लगाया गया था, आज के समय में उतना ही ऑर्गेनिक तथा सिद्धांतवादी बैंड लगता जितना की कोई अन्य." 2005 के "यूएसए टुडे" रीडर पॉल में, पर्ल जैम सर्वकालीन महानतम अमेरिकन रॉक बैंड चुना गया था। अप्रेल 2006 में पर्ल जैम को एस्क़्वाइयर्स एस्की म्यूजिक एवार्ड्स में "बेस्ट लाइव एक्ट" का पुरस्कार दिया गया था। "दी ब्लर्ब ने पर्ल जैम को "ऐसे दुर्लभ सुपर स्टार्स जो अभी भी ऐसे बजाते हैं जैसे यह उनका आखिरी प्रदर्शन हो." " पर्ल जैम के प्रशंसकों (जिन्हें अक्सर जैमिली कहा जाता है) की तुलना ग्रेटफुल डेड के प्रशंसकों के साथ की जाती है। रोलिंग स्टोन मैगजीन के अनुसार पर्ल जैम ने "लगातार दौरे किये और रॉक के महानतम प्रदर्शनकारियों में से एक बन गए, एक कट्टर, ग्रेटफुल डेड जैसे कल्ट प्रशंसकों को आकर्षित किया और ब्रूस स्प्रिंगस्टीन, दी हु और यू2 के समान मैराथन, ट्रू-बिलीवर शोज का हिस्सा बने जो आज काल कम ही देखने को मिलता है।" 

2000 के एक साक्षात्कार में जब पर्ल जैम की विरासत के बारे में पूछा गया, वेड्डर ने कहा, "मेरे ख्याल से कुछ समय के बाद हमें लगने लगा कि हम लोगों को कुछ ऐसा प्रदान करना चाहते हैं जिसपर वे विश्वास कर सकें, क्योंकि हम सभी के जीवन में ऐसे बैंड आ चुके हैं जिन्होंने ने हमें ऐसा अनुभव कराया है। पहले रिकॉर्ड के जारी होने तथा उसकी प्रतिक्रिया को देखने के बाद यह हमारे लिए काफी बड़ी चुनौती बन गयी थी। तत्काल ही हमारा लक्ष्य बन गया, कि इन सबके मद्देनजर हम किस प्रकार संगीतकार भी बने रहें तथा प्रगति भी करें और जीवित भी रहें ... जवाब खोजना आसान काम नहीं था, लेकिन मुझे लगता है कि हमें रास्ता मिल गया है।" 

विरासत
अभियान और सक्रियतावाद
जे रिकॉर्ड्स की ओर स्थानांतरण: 2006 -2008
संगीत-शैली और प्रभाव