अंतिम दीच कार्टून के प्रदर्शन के बाद, वार्नर ब्रदर्स में अपने तीस साल से अधिक कार्यकाल के बाद निकाले गए जोन्स ने लेस गोल्डमैन की साझेदारी में ख़ुद के एनिमेशन स्टूडियो, सिब टावर 12 प्रोड्क्शंस की शुरूआत की। 1963 में शुरू करते हुए जोन्स और गोल्डमैन ने 34 से अधिक "टॉम एंड जेरी" लघु-फ़िल्मों का निर्माण किया, जिन सब में जोन्स की विशिष्ट शैली (और कुछ हद तक मानव-सदृश प्रभाव) देखने को मिली। लेकिन, वार्नर्स में जोन्स के साथ काम करने वाले उन्हीं कलाकारों द्वारा एनिमेशन तैयार किए जाने के बावजूद, इन नई लघु-फ़िल्मों की आलोचनात्मक सफलता विविध श्रेणियों में रही। 

जोन्स को अपनी शैली के "टॉम एंड जेरी हास्य क़िस्म को अपनाने में परेशानी हुई और कई कार्टूनों में कथावस्तु की अपेक्षा मुद्राएं, व्यक्तित्व और शैली को तरजीह मिली. " "पात्रों के स्वरूपों में थोडा बदलाव किया गया: टॉम को थोडी मोटी बोरिस कार्लाफ़ जैसी भौंहें (जोन्स ग्रिंच अथवा काउंट ब्लड काउंट सदृश), कम जटिल रूप (उसके फ़र का रंग भूरा होने समेत), तेज़ कान और रोएंदार गाल दिए गए, जबकि, जेरी को बड़ी आंखें और कान, हल्का भूरा रंग और एक प्यारे, मोटे सूअर जैसे हाव-भाव दिए गए। " 

जोन्स के कुछ "टॉम एंड जेरी" कार्टून, वाएल ई. कोयोट और द रोड रनर के साथ किए गए उनके काम की याद दिलाते हैं, जिसमें पात्रों के ऊँचाई से गिरने के परिहास के अलावा, बेहोश होने की दिल्लगी का उपयोग भी शामिल है। जोन्स ने अधिकांश लघु-फ़िल्म सह ले-आउट कलाकार मौरिस नोबल के साथ निर्देशित किए. शेष लघु-फ़िल्में अबे लेविटो और बेन वाशम द्वारा निर्देशित की गईं, जबकि हैन्ना बारबरा द्वारा निर्देशित आरंभिक "टॉम एंड जेरी" कार्टूनों के आस-पास टॉम रे ने दो लघु-फ़िल्में निर्देशित कीं.मेल ब्लैंक और जून फोरे द्वारा विभिन्न मुखर विशेषताएं तैयार की गईं.अंततः MGM ने 1967 में टॉम एंड जेरी का निर्माण बंद कर दिया, जिसके बाद से सिब टावर 12 प्रोडक्शंस "MGM एनीमेशन/दृश्य कला" बन गया और जोन्स, टेलीविज़न विशेष और फ़ीचर फ़िल्म "द फैंटम टॉलबाथ" की ओर बढ़ गए।

उल्लेखनीय लघु-फ़िल्में
संयुक्त राज्य अमेरिका के बाहर "टॉम एंड जेरी "
"टॉम एंड जेरी के नए मालिक "
चक जोन्स युग (1963 - 1967)