पर्ल जैम के अगले एल्बम के लिए काम को 2004 के वोट फॉर चेंज टूर के बाद शुरू किया गया। पर्ल जैम के स्टूडियो एल्बम और नए उपनाम के साथ जारी उनके पहले एल्बम के बीच का अंतराल, उनके दो एल्बमों के बीच का अब तक का सबसे बड़ा अंतराल है। फरवरी 2006 में क्लाइव डेविस ने यह घोषणा की कि पर्ल जैम ने उनके उपनाम जे.रिकॉर्ड्स के साथ हाथ मिला लिया है, जो एपिक की तरह ही सोनी बीएमजी समूह का एक हिस्सा है। बैंड का आठवां स्टूडियो एल्बम, पर्ल जैम, 2 मई 2006 को जारी हुआ। कई आलोचकों ने पर्ल जैम को बैंड के पुराने संगीत की ओर वापसी कहा और 2005 के एक साक्षात्कार में मेकक्रीडी ने नए संगीत की तुलना वीएस से की. आमेंट ने कहा,"एक कमरे के अन्दर अपना संगीत बजाने वाला बैंड- जिसने सफलता प्राप्त की है। उनके रिकॉर्ड्स में एक तरह की आधुनिकता है और हम यही चाह रहे थे।" एंटरटेमेंट वीकली के क्रिस विलमैन ने कहा कि "लड़कों से भरी एक दुनिया में, पर्ल जैम को लोगों को झुमाने वाले मनुष्यवत काम के लिए भेजा गया है, फिर भी पर्ल जैम अपनी गंभीरता को छोड़ सकता है।" एल्बम में उस समय के सामाजिक-राजनीतिक मुद्दों को उठाया गया है। एक गाना "वर्ल्ड वाइड सुसाइड", जो ईरॉक युद्ध और यू.एस. की विदेश नीति की आलोचना करता था, वह जारी किया गया और आधुनिक रॉक चार्ट बिलबोर्ड के शीर्ष पर पहुँच गया, यह 1996 में "हू यू आर" के बाद से इस चार्ट पर पर्ल जैम का पहला ऐसा गाना था जो पहले स्थान तक पहुंचा और 1998 से "गिवेन टू फ्लाई" के मेनस्ट्रीम रॉक चार्ट में पहले स्थान पर पहुँचने के बाद से, पहले स्थान पर पहुँचने वाला यह यू.एस. का पहला गाना था। पर्ल जैम में एकल गाने "लाइफ वेस्टेड" और "गॉन" भी शामिल थे।

पर्ल जैम के समर्थन के लिए बैंड अपने 2006 के विश्व दौरे पर निकल गया। इसने उत्तरी अमेरिका, आस्ट्रेलिया और विशेष रूप से यूरोप का दौरा किया; पर्ल जैम ने छः साल से यूरोप का दौरा नहीं किया था। उत्तरी अमेरिका के दौरे में टॉम प्रेटी और हार्टब्रेकर्स के उद्घाटन के लिए तीन, दो रातों के ठहराव भी शामिल थे। रोसकिल्ड के बाद किसी भी समारोह में प्रदर्शन न करने की प्रतिज्ञा लेने के बाद भी लीड्स और रीडिंग समारोह में प्रदर्शन करने के कारण बैंड काफी सुर्ख़ियों में आया था। वेड्डर ने दोनों ही कार्यक्रमों की शुरुआत दर्शकों से एक दूसरे का ध्यान रखने के भावुक अनुरोध के साथ की. लीड्स के समारोह के दौरान वेड्डर ने कहा कि रोसकिल्ड के बाद पहली बार किसी समारोह में प्रदर्शन करने का बैंड का निर्णय उसकी "हिम्मत" के कारण नहीं बल्कि अपने दर्शकों के प्रति विश्वास के कारण लिया गया है।

2007 में पर्ल जैम ने हूस के गाने "लव, रीन ओ'वर मी" का एक कवर रिकॉर्ड किया जो माइक बाइंडर की फिल्म, रीन ओवर मी के लिए था, बाद में इसे आईट्यून्स म्युज़िक स्टोर पर म्युज़िक डाऊनलोड के रूप में उपलब्ध करा दिया गया। 5 अगस्त 2007 को बैंड 13 दिवसीय यूरोपीय दौरे पर निकल गया और लूलापजूला ग्रैंट पार्क में सुर्ख़ियों में आया। बैंड ने जून 2007 में एक सीडी बॉक्स सेट जारी किया जिसका नाम लाइव एट द गोर्ज 05/06 था, वह गोर्ज एम्फीथियेटर में दिए गए उनके प्रदर्शनों को दर्शाता है और सितम्बर 2007 में बैंड ने अपने कार्यक्रमों की एक डीवीडी जारी की जिसका नाम इमेजिन इन कोरनाइस था और यह 2006 के दौरे के इटैलियन कार्यक्रमों को दर्शाती है।

2008 के बोनेरू संगीत समारोह में पर्ल जैम के प्रदर्शन को सर्वाधिक महत्त्व दिया गया। बोनेरू का यह कार्यक्रम, पूर्वीय यू.एस. के 12 दिवसीय दौरे के बीच में हुआ था। जुलाई 2008 में बैंड ने वीएच 1 श्रद्धांजलि में द हू अलॉन्ग साइड फू फाइटर्स, इन्क्युबस और द फ्लेमिंग लिप्स पर प्रदर्शन किया। 2008 में चुनाव के कुछ दिन पूर्व, पर्ल जैम ने डिजिटल रूप से अपनी आधिकारिक वेबसाइट के माध्यम से 'वोट फॉर चेंज था? 2004' नामक एक मुफ्त डाक्युमेंट्री फिल्म जारी की, जिसमे बैंड द्वारा 2000 के वोट फॉर चेंज दौरे पर बिताये गए समय को दर्शाया गया है। 

जे रिकॉर्ड्स की ओर स्थानांतरण: 2006 -2008
सफलता प्राप्ति: 1993-1995
इतिहास
बाइनॉरल और रोसकिल्ड दुर्घटना: 2000-2001