फ्रांस की गणतन्त्र सरकार के समक्ष चर्च का प्रश्न बड़ा महत्वपूर्ण था। प्रश्न यह था कि राज्य और चर्च का सम्बन्ध किस प्रकार का होना चाहिये। यह केवल धार्मिक प्रश्न ही न होकर एक राजनीतिक प्रश्न भी था। इसका कारण यह था कि फ्रांस का पादरी वर्ग राजतन्त्र का समर्थक था और गणतन्त्र का विरोधी था। जितने भी आन्दोलन राजतन्त्र के समर्थन में हुए उन सबमें पादरी वर्ग का प्रत्यक्ष अथवा परोक्ष रूप से हाथ अवश्य था। इस कारण गणतन्त्र के समर्थकों ने चर्च के अधिकारों पर आक्रमण करना आरंभ कर दिया। 1877 ई. में ही गेमबेटे ने यह स्पष्ट रूप से कह दिया था कि 'पादरी वर्ग गणतन्त्र का कट्टर विरोधी है।' इस समय तक फ्रांस की समस्त शिक्षा पर चर्च का अधिकार था। फ्रांस की अधिकांश जनता अपने बच्चों को इस शिक्षा से मुक्त करने के पक्ष में थी। 

ड्रेयफस केस के उपरांत गणतन्त्रवादियों ने चर्च के अधिकारों पर आक्रमण करना आरंभ किया। उन्होंने उसकी शक्ति को कम करने के लिए निम्न कानूनों को पास किया- 


तृतीय गणतन्त्र की विदेश नीति
तृतीय गणतन्त्र द्वारा किये गये सुधार-कार्य
तृतीय गणतन्त्र के संविधान का निर्माण
गणतन्त्र सरकार और चर्च का संघर्ष