आधुनिक ओलंपिक का विचार जब १९वीं सदी के अंत में वास्तविकता बना तो आयोजक इसे लोकप्रिय बनाने के लिए प्राचीन यूनान के गौरव के जरिए इसे लोकप्रिय करने के तरीके खोज रहे थे। मैराथन दौड़ आयोजित करने का विचार मिशेल ब्रेयाल से आया जो कि इसे 1896 में एथेंस के प्रथम आधुनिक ओलंपिक खेल में शामिल करना चाहते थे। इस विचार को यूनानियों और आधुनिक ओलंपिक के संस्थापक पियरे दि कुबर्तिन द्वारा तगड़ा समर्थन मिला। यूनानियों ने प्रतियोगियों को चुनने के लिए 10 मार्च 1896 को एक दौड़ आयोजित की जिसे चारिलाओस वासिलाकोस ने 3 घंटे 18 मिनट में पूरी कर के जीता (इस प्रथम ओलंपिक के भावी विजेता ने भी इस चुनावी दौड़ को पूरा किया पर वे पाँचवे स्थान पर थे)। प्रथम ओलंपिक मैराथन के विजेता थे स्पिरिडोन "स्पिरोस" लुइस, जो कि एक यूनानी भिश्ती थे। उन्होंने 10 अप्रैल 1896 को यह दूरी 2 घंटे 58 मिनट और 50 सेकिंड में पूरी की। दौड़ केवल पुरुषों के लिए थी।

महिलाओं का मैराथन 1984 ग्रीष्म ओलंपिक (लॉस एंजेलेस, अमरीका) में शुरू हुआ और इसमें विजेता थीं संयुक्त राज्य की जोन बेनोइत, उन्होंने यह दूरी 2 घंटे 24 मिनट 52 सेकिंड में पूरी की।

आधुनिक खेलों की स्थापना के बाद से यही परंपरा रही है कि पुरुषों की ओलंपिक मैराथन अंतिम खेल होता है और इसका अंत ओलंपिक स्टेडियम में समापन समारोह के कुछ मिनट पहले ही या उसके दौरान होता है। 2004 के ग्रीष्म ओलंपिक में मैराथन से एथेंस तक दौड़ हुई और इसका अंत 1896 ग्रीष्म ओलंपिक के स्थल पनाथिनैको स्टेडियम में हुआ।

पुरुषों का ओलंपिक कीर्तिमान 2:06:32 है, यह 2008 ग्रीष्म ओलंपिक में कीन्या के सैमुअल कमाउ वंजिरु द्वारा स्थापित हुआ। महिलाओं का ओलंपिक कीर्तिमान है 2:23:14, जो कि जापान की नाओको ताकाहाशी द्वारा 2000 ग्रीष्म ओलंपिक में स्थापित हुआ।

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