प्रमुख स्वास्थ्य मुद्दे जो अक्सर बॉक्सर्स में देखे जाते हैं, उनमें शामिल हैं, कैंसर, ह्रदय रोग जैसे एओर्टिक स्टेनोसिस और एरिथ्मोजेनिक राईट वेंट्रिकुलर कार्डियोमायोपेथी, (तथाकथित "बॉक्सर कार्डियोमायोपेथी") हाइपोथायरोइड, हिप डिसप्लाजिया और अपक्षयी माइलोपेथी और एपिलेप्सी; अन्य स्थितियां जो देखी जा सकती हैं, आमाशय का फैलाव और फूलना (ब्लोट), आन्त्रिय समस्याएं और एलर्जी (हालांकि ये नस्ल से ज्यादा आहार से सम्बंधित हो सकती हैं).

एंट्रोपियन, जो पलक की एक विरूपता है, इसके लिए शल्यक्रिया की आवश्यकता होती है, यह कभी कभी देखी जाती है और कुछ किस्मों में स्पोंडिलोसिस डीफोरमेन्स की प्रवृति होती है, जो स्पाइन या मेरुदण्ड का गलना है, जिसे डिसटोकिया कहा जाता है। 

ब्रिटेन के एक केनल क्लब स्वास्थ्य सर्वेक्षण के अनुसार, 38.5% बॉक्सर्स की मृत्यु कैंसर के कारण होती है, इसके बाद बड़ी उम्र के कारण (21.5%), ह्रदय रोगों के कारण (6.9%) और जठरांत्र सम्बंधित मुद्दों के कारण (6.9%) होती हैं। 

मौत की औसत उम्र 9 साल और 8 माह थी। जिम्मेदार प्रजनक प्रजनन या संकरण से पहले उनके संकरण के स्टॉक की जांच के लिए उपलब्ध परीक्षणों का उपयोग करते हैं और कुछ मामलों में कुत्ते के पूरे जीवन में, भावी पीढ़ियों में इन रोगों की संभावना को कम करने का प्रयास किया जाता है। 

बॉक्सर्स को सामान्य रूप से प्रयुक्त किये जाने वाले पशु चिकित्सा सिड़ेटिव, एसेप्रोमाजिन के हाईपोटेंसिव और ब्रेडीकार्डियक प्रभावों के लिए बहुत संवेदनशील माना जाता है। यह अनुशंसित है कि बॉक्सर नस्ल के लिए इस दावा से बचा जाये. 
एक एथलेटिक नस्ल के रूप में, उचित व्यायाम और कंडीशनिंग बॉक्सर के स्वास्थ्य और दीर्घायु के लिए महत्वपूर्ण है। इसमें यह ध्यान रखा जाना चहिये कि बहुत छोटे कुत्तों को बहुत ज्यादा व्यायाम न करवाया जाये, क्योंकि इससे बढती हुई हड्डियों को क्षति पहुंच सकती है; हालांकि एक बार व्यस्क होने के बाद बॉक्सर जॉगिंग या दौड़ने जैसे व्यायाम उत्कृष्ट तरीके से कर सकते हैं। 

उनके ब्रेकीसिफेलिक सिर के कारण, वे ज्यादा गर्मी या नमी में बेहतर काम नहीं कर पाते और इन स्थितियों में व्यायाम करवाने के दौरान सभी बिन्दुओं को ध्यान में रखना चाहिए. 

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