पनामारम किले पर कब्जा पहली बड़ी घटना थी। एडाचेनाकुंगन नायर ने इस अभियान की योजना बनायी और तलाक्कल चंदू के मातहत 150 कुरिचिया धनुर्धरों ने उनकी मदद की। किले में कप्तान डिकेंसन के अधीन 70 सैनिक थे और वहां से कुछ मील की दूरी पर पुलिंजली में मेजर ड्रमोंड के मातहत 360 सैनिकों की एक बड़ी फ़ौज थी। अगर ठीक समय पर कप्तान की मदद में मेजर आ गया होता तो कुरिचिया सेना को बंदूकों और संख्या के जोर पर परास्त कर दिया जाता. लेकिन कुंगन और चंदू ने जोखिम उठाने का फैसला किया।

दो सेनापतियों के नेतृत्व में हुए इस अचानक हमले में पूरी सेना मार डाली गयी, जबकि इस ओर के सिर्फ 5 लोग मारे गये और 10 घायल हुए. डिकेंसन भी मारा गया। विद्रोहियों को 112 बंदूक, गोलाबारूद के छह बक्से और 6000 रुपए मिले। उन्होंने पूरे किले को नष्ट कर दिया। 

वेल्सली बागियों की इस गुस्ताखी पर बहुत क्रुद्ध हुआ और जवाबी कार्रवाई के लिए उसने 500 सैनिक भेजे. लेकिन तब तक विद्रोहियों की इस जीत से पूरा वायनाड और कोट्टयम जाग उठा. पनामारम की सफलता के नायक, एडाचेना कुंगन ने पुलपल्ली तीर्थस्थल जाकर लोगों से राजा के युद्ध में शामिल होने का आह्वान किया, फलस्वरूप 3000 लोग स्वेच्छा से शामिल हुए. उन्हें मनान्थावादी के वल्लियुर्काव [?] और एडाप्पल्ली में तैनात किया गया और कुंगन के भाई के मातहत उनमें से 100 लोगों को पेरिया घाटी में और 25 लोगों को कोट्टीयुर घाटी में तैनात किया गया। बागी चौकियों को डिंडीमल से वल्लियुर्काव तक के रास्तों में स्थापित किया गया। विद्रोही सेना के पास ज्यादातर धनुर्धारी और तलवारबाज थे, लेकिन कुछ के पास बंदूकें भी थीं।

एडाचेना कुंगन नांबियार ने मैसूर से मनान्थावादी की ओर बढ़ रहे एक ब्रिटिश सेना की टुकड़ी पर एक हमले का नेतृत्व किया। सेना के वायनाड में प्रवेश करने और मनान्थावादी और भावुल्ली [?] के बीच एक नदी के पास पहुंचने के बाद उस पर हमले शुरू हुए. वहां नदी की विपरीत दिशा में विद्रोही सेना की बनाई गयी खाई द्वारा उनका रास्ता बंद कर दिया गया। लेकिन विद्रोहियों की बदकिस्मती की वजह से एक सहायता टुकड़ी के आ जाने से ब्रिटिश सेना ने विद्रोहियों की घेराबंदी को तोड़ दिया और अनेक लोगों को बंदी बना लिया गया। इन सभी कैदियों को निरस्त्र किया गया और एक सड़क पर उन्हें मार्च कराने के बाद उनकी हत्या कर दी गयी। [लोगान]

इसके अलावा, सभी दिशाओं से वायनाड में ब्रिटिश सहायता पहुंच गयी। लेकिन अंग्रजों को विद्रोही कहीं भी नहीं मिल पाए.

विद्रोही अब कोट्टयम में जमा हो गये थे। 1802 में, उन्होंने कोट्टीयुर के पास एक आपूर्ति काफिले पर छापा मारा. कोट्टयम के लोगों पूरे असहयोग से अंग्रेज हताशा में थे। उनकी परेशानी को बढ़ाते हुए, 1803 में, एक विद्रोही सेना कुरूमब्रनाड* और पय्योरमाला* में तैनात की गयी और लोगों को विद्रोहियों से सहानुभूति थी। ब्रिटिश चौकी को तबाह करने के लिए कुंगन पजहस्सी की ओर बढ़ गये, लेकिन अनेक सैनिकों के मारे जाने से उन्हें पीछे हटना पड़ा. लेकिन चिरक्कल में विद्रोह फैल गया जहां सशस्त्र समर्थकों के दलों ने अभियान शुरू किया और ये दल अक्सर खुले तौर पर अंग्रेजों से युद्ध करने लगे। 1803 के अंत तक राजा की सेना कन्नूर और तलास्सेरी तक फ़ैल गयी।

[*आधुनिक कालीकट जिले के उत्तरी और पूर्वी भागों में दोनों]

1803 मार्च में, एक विद्रोही सेना कालीकट तक जा पहुंची और उप-जेल पर कब्जा करके वहां के सभी गार्डों को मार डाला और उनके हथियार तथा गोला-बारूद को जब्त कर लिया। उन्होंने कैदियों को भी मुक्त किया, जिनमें से कई विद्रोही सेना में शामिल हो गए। मैकलोड के लिए तो यह हद ही हो गयी, सो उसने इस घटना के बाद तुरंत इस्तीफा दे दिया। 

1803 में, पजहस्सी राजा के साथ तीन साल के अनिर्णीत युद्ध के बाद वेल्सली यूरोप चला गया, बाद में वेलिंगटन का ड्यूक बना और वाटरलू में नेपोलियन का विजेता भी बना। 

1804 में, एक बड़ी ब्रिटिश सेना आ पहुंची और 1200 कोलकर भी कार्रवाई के लिए तैयार थे। सबसे महत्वपूर्ण बात यह कि एक धूर्त थॉमस हार्वे बाबेर को उप-कलेक्टर नियुक्त किया गया था। इसने हमेशा के लिए पजहस्सी के विद्रोह कुचल दिया। यह सचमुच हैरानी की बात है कि जो काम वेल्सली जैसा सैन्य प्रवीण नहीं कर पाया, उसे बाबेर ने कर दिया, जो कि महज एक 'सिविल सर्वेंट' था। अपनी पत्नी हेलेन सोमरविले का पहला पति और उसका मित्र डोनाल्ड कैमरोन की मृत्यु का बदला चुकाने का उसका एक निजी लक्ष्य था; पेरिया घाटी में 9 जनवरी 1797 के दिन पजहस्सी राजा के हाथ कैमरोन की मौत हुई थी। बाबेर बंबई स्थित इंग्लिस और मनी परिवारों, जो उसके ससुराली रिश्तेदार थे और व्यापारियों के प्रभावशाली समूह के हितों की रक्षा के लिए सिविल सर्वेंट बना था। यह उल्लेखनीय है कि बाबेर के बेटे हेनरी फेअरों बाबेर ने श्रीरंगापत्तम के पहले सामंत और टीपू सुलतान की मौत जॉर्ज हैरिस की पोती से शादी की।

1804 में, कल्यात नांबियार [एक शक्तिशाली चिरक्कल कुलीन लेकिन राजा के हमदर्द] और अधिकांशतः पूर्वी चिरक्कल के जंगलों में राजा के लोगों के नेतृत्व में एक बड़े विद्रोह को अंग्रजों द्वारा कुचल दिया गया। अगर चिरक्कल में कोई बड़ा और लंबे समय तक चलने वाला विद्रोही युद्ध हुआ होता, तो इससे राजा को बहुत फायदा होता। हालांकि चिरक्कल में राजा के बहुत सारे समर्थक थे, इसलिए विद्रोह की विफलता के बाद बागियों ने छापामार युद्ध में समय गंवाने के बजाय खुला युद्ध शुरू किया। विद्रोह की असफलता का एक अन्य कारण था विश्वासघाती कोलकर ने भी पैसे देने वाले अपने गोरे मालिकों की सेवा की। 

तो एक बार फिर विद्रोही सेना वायनाड की ओर पीछे लौट गयी। अंग्रेजों ने बड़ी सरगर्मी के साथ उनका पीछा किया, जिनके साथ 2000 सैनिक और 1000 कोलकर थे। राजा के लिए 3000 पगोडा, एडाचेना कुंगन के लिए 1000 पगोडा के इनाम का एलान हुआ और राजा के दस सहयोगियों के लिए भी इनाम घोषित किये गये।

लेकिन क्रांतिकारियों, ज्यादातर कुरुम्बाओं, ने वायनाड के चुरिकुंजी [?] में हमला किया। हालांकि उन्हें पीछे हटना पड़ा, लेकिन उन्होंने अपने दुश्मन तबाह कर दिया था। उस साल, कोलकर के एक दल ने राजा को लगभग पकड़ ही लिया था, लेकिन एक कुरुम्बा गार्ड के समय पर चेतावनी देने से वे बच गये।

लेकिन मानसून और वायनाड की क्रूर जलवायु ने जल्द ही राजा की सहायता की। अक्टूबर तक 1300 कोलकर में से सिर्फ 170 ही बीमार होने से बचे रहे। राजा और एडाचेना कुंगन ने पुलपल्ली तीर्थ में कुरिचिया और कुरुम्बा की एक बड़ी सेना संगठित की और उन्हें कुरिचियात तक तैनात कर दिया। इसके अलावा वायनाड के नायर कुलीनों को राजा के युद्ध-प्रयास में शामिल करने की कुंगन की कोशिश कामयाब हो गयी।

पिछले कुछ वर्षों से अंग्रेजों को 1797 में पेरिया के पैमाने का नुकसान नहीं हुआ था, लेकिन अंग्रेजों के लिए मामला इतना आसान भी नहीं था। यहां तक कि कोट्टयम भी एक बार फिर से विस्फोटक बन गया और क्रांतिकारियों के नेता राजा अब भी मुक्त थे। लेकिन याद रखना चाहिए कि पूरी क्रांति एक व्यक्ति पर आधारित थी, जैसा कि एक बार वेल्सली ने कहा था कि ""हमलोग 1000 लोगों [राजा के सैनिक] से नहीं लड़ रहे हैं।..बल्कि एक आदमी से..." "केरल वर्मा" से." राजा की समाप्ति का मतलब विद्रोह की समाप्ति होगा।

अभियानों को खुद संचालित करने के लिए टी.एच. बाबेर मैसूर गया और मुखबिरों और गद्दारों के लिए बड़ा खोज अभियान चलाया। अंग्रेजों ने खुद माना कि सचमुच उन्हें अधिक मुखबिर नहीं मिले क्योंकि स्थानीय लोग राजा के लिए समर्पित थे, लेकिन उन कुछ मुखबिरों में से चंद लोग क्रांति के लिए विनाशकारी साबित हुए; उनमें से एक चेट्टी ने पता लगा लिया कि राजा का शिविर कहां है और उसने बाबेर को सूचित कर दिया, जिसने 100 कोलकर और 50 सैनिक तैनात कर दिया। 

30 नवम्बर 1805 को, राजा और उनके साथियों ने कर्नाटक के करीब मविला या मविला टॉड नामक एक नदी के किनारे [पुलपल्ली से अधिक दूर नहीं] शिविर लगा रखा था। राजा और उनके दल पर अचानक हमला हुआ और कम समय में जोरदार युद्ध हुआ। अनेक क्रांतिकारी भाग खड़े हुए. छह क्रांतिकारी मारे गए। मारे जाने वाले सबसे पुराने क्रांतिकारियों में एक पजहस्सी राजा भी थे।

एक बार राजा के गिर जाने के बाद, ईस्ट इंडिया कंपनी के एक सेवक कनारा मेनन पर यह ज़िम्मेवारी आ गयी कि वह राजा के पलायन को रोके, जो उसने अपनी जान को खतरे में डाल कर किया (राजा ने उसके सीने पर अपनी बन्दूक रख दी थी) और यह जिक्र करना उचित होगा कि मौत के पलों में भी इस असाधारण व्यक्ति के साहस के लिए इस का नाम मेननों के बीच बड़े सम्मानजनक और शानदार ढंग से 
लिया जाता है।

"उसके व्यक्तित्व के निकट नहीं जाना और उसे अपवित्र नहीं करना"

कर्नल स्टीवेंसन द्वारा निषिद्ध क्रांतिकारियों में एकमात्र बचे हुए और राजा के एक सबसे विश्वस्त समर्थक अरालत कुट्टी नांबियार ने बहुत ही उग्र प्रतिरोध किया, लेकिन आखिरकार वे विफल हुए; वायनाड में परबुट्टीयों (प्रवृत्ति) में से एक के बेहतर कौशल की वजह से वे परास्त हो गये; राजा के चार अन्य समर्थक भी मारे गये और दो को राजा की पत्नी और अनेक महिला परिचारिकाओं के साथ बंदी बना लिया गया। पदच्युति की वजह से राजा की पत्नी गंभीर रूप से बीमार पड़ गयी थीं, सो बाबेर ने उनकी चिकित्सा का इतजाम करवाया और यह सुनिश्चित किया कि कैद में उनका अच्छा इलाज हो। कोई अन्य संपत्ति नहीं मिल पायी, लेकिन राजा के शरीर से एक सोने की कटार (कथारम या कट्टारम) या छुरा और एक कमरबंद प्राप्त हुआ।

टी.एच. बाबेर को इस बात का श्रेय जाता है कि उसने राजा के पार्थिव शरीर के साथ सम्मानपूर्ण बर्ताव किया और पूर्ण परंपरागत सम्मान के साथ अंतिम संस्कार की व्यवस्था की। बाबेर अपने इस सम्मानपूर्ण व्यवहार का बखान इन शब्दों में करता है:

""इस व्यवहार के लिए मैं यह सोचकर प्रेरित हुआ कि भले ही वह एक बागी था, लेकिन इस देश का स्वाभाविक प्रमुख था और इसीलिए एक पराजित शत्रु के बजाय उसके साथ वैसा ही व्यवहार किया जाना चाहिए." "

बाबेर ने यह भी कहा:

पहला विद्रोह (1793-1797)
पनामारम किले पर कब्जा
लोकप्रिय संस्कृति में
ब्रिटिश हस्तक्षेप