1532 में, स्पेनिश विजयविद फ्रांसिस्को पिज़्ज़ारो के नेतृत्व में पेरू के चांदी और सोने में समृद्ध साम्राज्य को जीतने के उद्देश्य से पहुंचे। उस समय अताहुल्पा ने अपने भाई को हराकर सत्ता हासिल कर चुका था। पिज्जारो ने कजामार्का में इंका राजा, अताहुल्प को हरा दिया उसे पकड़ कर मौत की सजा दे दी गई। आखिरकार स्पेनिश सैनिकों ने नवंबर 1533 में कुज़्को पर भी कब्ज़ा कर लिया। उन्होंने ह्यूना कैपेक के बेटे मैनको इंका युपांक्की को नए कठपुतली राजा के रूप में नियुक्त कर दिया।

पिज्जारो ने वर्ष 1535 में अपने नए अधिग्रहीत क्षेत्रों की राजधानी के रूप में लीमा शहर को विकसित किया। मैनको इंका कुज़्को से भाग निकला और उसकी घेराबंदी की योजना बनाई जो कुछ महीनों तक चली, लेकिन सफल नहीं हुई। मैनको ने 1537 में ओलंटैटाम्बो में एक महत्वपूर्ण रक्षात्मक युद्ध जीता, लेकिन उसे पीछे हटना पड़ा। उसने जंगलो में विल्काबम्बा नाम की बस्ती से नव-इंका राष्ट्र की स्थापन की जोकि 1572 तक चला। 1541 में लीमा में डिएगो अल्माग्रो द्वारा पिज़्ज़ारो की हत्या कर दी गई, जोकि उसका पूर्व सहयोगी था। स्पेन ने 1542 में पेरू की गवर्नरशाही का गठन किया। इसमें ब्राजील अलावा दक्षिण अमेरिका के अधिकांश क्षेत्रों शामिल थे।

इस अवधि के दौरान, पेरू की स्थानीय आबादी यूरोपीय बीमारियों की वजह से बहुत तेजी से कम होने लगी। स्थानीय लोगों को ईसाई धर्म में धर्मान्तरित कराया गया और यूरोप के जंमीदार वर्ग के जमीनों में जबरन श्रम कराया जाता था।

गवर्नर फ्रांसिस्को टोलेडो 1569 में जीते हुए क्षेत्रों को नियंत्रित करने के लिए पेरू आए। उन्होंने वहां व्यापक सुधार किया, जिससे स्थानीय लोगों जिनके पास जमीन नहीं थी के शोषण को सुव्यवस्थित किया। यह दो सौ साल तक चला।

1700 के दशक की शुरुआत में, स्पैनिश साम्राज्य को और मजबूती प्रदान करने के लिए कुछ और सुधार लागु किए गए। यह सब स्थानीय अभिजात वर्ग के क्रेओल के खर्च से किया गये थे। हालांकि, इसका अनुमानित प्रभाव नहीं हुआ, क्योंकि उस समय तक सभी स्पेनिश उपनिवेशों में आजादी के लिए क्रांति पनपने लगी थी।

स्पेनिश विजय और औपनिवेशिक शासन (1532-1824)
इतिहास
भूगोल
कोलंबियन पूर्व पेरू