ओआईसी संरचनात्मक रूप से कम संगठित है। इस्लामी देशों से संबद्ध महत्वपूर्ण मुद्दों पर विचार करने के लिये प्रत्येक तीन वर्ष के अंतराल पर राष्ट्राध्यक्षों का सम्मेलन बुलाया जाता है। विदेश मंत्रियों का सम्मेलन ओआईसी की प्रमुख संस्था है, जिसमें सभी सदस्य देशों के प्रतिनिधि
सम्मिलित होते हैं इसके प्रमुख कार्य इस प्रकार हैं- संगठन की नीतियों की क्रियान्वित करना गैर- सदस्यीय देशों के
साथ संबंधों के लिये दिशा निर्देशों का निर्धारण करना और राष्ट्राध्यक्षों के सम्मेलन के विचार के लिये रिपोर्ट तैयार करना इसके सचिवालय का प्रधान अधिकारी महासचिव होता है, जो विदेश मंत्रियों के सम्मेलन के द्वारा चार
वर्षों के लिये निर्वाचित होता है। सचिवालय सभी प्रकार के
प्रशासनिक कार्य करता है तथा यह सांस्कृतिक, राजनीतिक और वितीय मंडलों में विभक्त होता है। प्रत्येक मंडल का
प्रधान उप-महासचिव होता है। इसके अतिरिक्त संगठन के विशिष्ट कार्यों के निष्पादन के लिये अनेक विशेष निकाय स्थायी समितियां तथा अस्थायी समूह कार्यरत हैं।

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