एफबीआई के निदेशकों को संयुक्त राज्य अमेरिका के राष्ट्रपति द्वारा नियुक्त किया जाता है। संयुक्त राज्य अमेरिका की सीनेट द्वारा अनिवार्य रूप से उनकी पुष्टि की जाती है और यदि वे इस्तीफा नहीं देते हैं या उनके कार्यकाल के पूरा होने से पहले ही राष्ट्रपति द्वारा उन्हें हटाया नहीं जाता है, तो उनका कार्यकाल दस-वर्ष का होता है। कैल्विन कूलिज द्वारा 1924 में नियुक्त जे. एडगर हूवर अब तक के सबसे लंबे समय तक सेवा करने वाले एफबीआई निदेशक थे जिन्होंने 1972 में अपनी मृत्यु तक अपनी सेवा प्रदान की. 1968 में कांग्रेस ने ओमनिबस क्राइम कंट्रोल एंड सेफ स्ट्रीट्स एक्ट , 19 जून 1968, के एक हिस्से के रूप में एक क़ानून पारित किया जिसमें एफबीआई के भावी निदेशकों और नियुक्त व्यक्तियों की सीनेट द्वारा आवश्यक पुष्टि के लिए 10-वर्ष का सीमित कार्यकाल निर्धारित किया गया था। एक अधिकारी के रूप में यह क़ानून हूवर पर नहीं लागू हुआ था, लेकिन यह उनके उत्तराधिकारियों पर होता है। एफबीआई के वर्तमान निदेशक राबर्ट मुलर हैं जिन्हें 2001 में जॉर्ज डब्ल्यू. बुश द्वारा नियुक्त किया गया था।

एफबीआई के निदेशक एफबीआई में होने वाली दैनिक गतिविधियों के लिए जिम्मेदार होते हैं। अपने सहायकों के साथ निदेशक यह सुनिश्चित करते हैं कि मामलों और ऑपरेशनों का संचालन सही तरीके से किया जा रहा है। निदेशक यह भी सुनिश्चित करने का अधिकार रखते हैं कि एफबीआई के किसी भी क्षेत्रीय कार्यालय में नेतृत्व के लिए सुयोग्य एजेंटों को नियुक्त किया जा रहा है। 11 सितंबर के हमलों के मद्देनजर इंटेलिजेंस रिफॉर्म एंड टेररिज्म प्रिवेंशन एक्ट (खुफिया सुधार और आतंकवाद निरोधक अधिनियम) को पारित किये जाने के पहले एफबीआई के भीतर उठने वाले किसी भी मुद्दे पर एफबीआई के निदेशक संयुक्त राज्य अमेरिका के राष्ट्रपति को जानकारी देते थे। उसके बाद से निदेशक अब डाइरेक्टर ऑफ नेशनल इंटेलिजेंस (डीएनआई) को रिपोर्ट करते हैं जो उनके बदले में राष्ट्रपति को अपनी रिपोर्ट देते हैं।

बीओआई और एफबीआई के निदेशक
एफबीआई और संगठित अपराध
विशिष्ट व्यक्तियों पर एफबीआई की फाइलें
संगठनात्मक संरचना