फ़्लाईबीई ने वर्ष १९७९ में जर्सी-स्थित ईन्ट्रा एयरवेज और बॉयरनेमवौत-स्थित एक्सप्रेस एयर सर्वीसेज के विलय के परिणामस्वरूप जर्सी युरोपियन एयरवेज के नाम से अपनी उड़ाने संचालित करनी शुरू की. जर्सी नगर के नागरिक जॉन हबीन इसके संस्थापक और प्रमुख भागीदार भी थे. अपने पूर्ववर्ती व्यापार एवियेशन बेऔपोर्ट और कुछ अन्य बिज़्नेस संस्थानो को बेचने के बाद हबीन ने जर्सी स्थित आधार केंद्र से यू.के. के कई मार्गों पर उड़ाने आरंभ की. बाद मे नवंबर १९८३ मे उन्होने इसे जैक वॉकर के वॉकर स्टील ग्रूप को बेच दिया जिसके पास पहले से हीं ब्लॅकपूल-स्थित चार्टर एयरलाइन स्पसेगरंड एवियेशन का स्वामित्व था. 

कुछ समय तक दोनो एयरलाइन्स स्वतंत्र रूप से कार्य करती रहीं और उनकी कुछ हीं प्रबंधकीय ज़िम्मेदारियाँ साझा की गयीं. पर वर्ष १९८५ मे इन दोनो को जर्सी युरोपियन के नाम से एकीकृत कर दिया गया और इसका मुख्यालय एक्सटर मे स्थांतरित कर दिया गया। 

वर्ष २००० मे इस एयरलाइन्स का नाम ब्रिटिश युरोपियन कर दिया गया और १८ जुलाई २००२ को इसे और छोटा करते हूए फ़्लाईबीई का नाम दे दिया गया तथा इसे कम लागत वाली एयरलाइन्स के रूप मे पेश किया गया. 

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