मुथारिका का 5 अप्रैल 2012 को 78 वर्ष की आयु में निधन हो गया। उन्हें दिल का दौरा पड़ा और कथित तौर पर लिलॉन्गवे में बिजली आउटेज के कारण दक्षिण अफ्रीकी अस्पताल में भेजा गया। मीडिया ने उनकी पत्नी, कॉलिस्टा और अन्य कैबिनेट सदस्यों के अस्पताल छोड़ने के बाद "अराजक दृश्य" की सूचना दी। उनकी स्थिति को शुरू में "महत्वपूर्ण" घोषित किया गया था, और पुलिस को पूरे राजधानी में तैनात किया गया था, जिसमें 15 सैन्य अधिकारी उपराष्ट्रपति के निवास पर तैनात थे। 

उनकी मृत्यु की आधिकारिक तौर पर पुष्टि 7 अप्रैल को हुई, जिस दिन जॉइस बंदा को सूचना और नागरिक शिक्षा मंत्री पैट्रिशिया कलियाती के बयान के बाद विवाद केबावजूद मलावी की पहली महिला राष्ट्रपति के रूप में शपथ दिलाई गई थी कि "जॉयस बंदा के सम्मान समारोह का आयोजन विपक्षी दल उसे राष्ट्रपति पद के लिए सफल होने के योग्य मानते हैं, " जबकि देश के सुरक्षा बल भी चाहते थे कि संवैधानिक व्यवस्था कायम रहे। 

तंजानिया के पूर्व अमेरिकी राजदूत चार्ल्स स्टिथ ने मुथारिका के बारे में कहा कि वह "मलावी के गरीबों की दुर्दशा को सुधारने की अपनी प्रतिबद्धता में अटूट थे" और वह "अफ्रीका के सबसे साहसी और कर्तव्यनिष्ठ नेताओं में से एक थे।" 

अफ्रीकी संघ के अध्यक्ष
राष्ट्रपति अभियान (1999-2009)
नामांकन
मृत्यु