हॉटमेल बेचने के बाद, भाटिया नें अप्रैल 1999 में माइक्रोसॉफ्ट में एक साल तक काम किया, उन्होंने इस कंपनी को छोड़ते हुए एक अन्य वेबसाइट आरजू इंक. को शुरू किया, जो डॉट-कॉम बुलबुले के फटने के बाद बंद हो गई। 2010 में, आरजू को उन्होंने एक यात्रा पोर्टल के रूप में फिर से शुरू किया।

उन्होंने एक वेबसाइट ब्लॉगएवरीवेयर (BlogEverywhere) की शुरूआत की (सह-संस्थापक शिराज कांगा और विराफ जैक के साथ), एक वेबसाइट जिसने उभरते हुए ब्लॉगॉसफियर को भुनाने का प्रयास किया।

2006 में, वह एक नेटवर्क सुरक्षा विक्रेता और एसएसएल वीपीएन- प्लस के निर्माता, निओऐक्सेल के एंजल निवेशक बन गए।

नवंबर 2007 में, उन्होंने माइक्रोसॉफ्ट ऑफिस का लाइव डोक्युमेंट्स नामक एक ऑनलाइन वैकल्पिक ऑफिस जारी किया। यह अनुप्रयोग उपयोगकर्ताओं को अपने दस्तावेज़ों को ऑफ़लाइन और ऑनलाइन दोनों प्रकार से उपयोग करने, संपादित करने, अन्य लोगों के साथ रियल-टाइम में दस्तावेज़ सहयोग और साझा करने की और विभिन्न कंप्यूटर और उपयोगकर्ताओं के बीच दस्तावेजों के सिंक्रनाइज़ेशन की अनुमति देता है। उपयोगकर्ता माइक्रोसॉफ्ट ऑफिस प्लग-इन को डाउनलोड भी कर सकते हैं जो उन्हें सर्वश्रेष्ठ ऑफ़लाइन और ऑनलाइन ऑफिस सूट्स के साथ ऑफिस दस्तावेज़ स्वरूपों के लिए पूर्ण संगतता की अनुमति भी देता है।

उन्होंने भारतीय घरों में केबल टीवी के माध्यम से इंटरनेट के उपयोग की सुविधा को उपलब्ध कराने के लिए भी बहुत जोर दिया।

जनवरी 2008 में, सबीर ने अपने नवीनतम उद्यम SabSeBolo.com (सबसेबोलो.कॉम) के लॉन्च की घोषणा की, जो एक मुफ्त वेब-आधारित टेलीकन्फरेनसिंग प्रणाली है। 14 जून 2009, सबीर भाटिया के सबसेबोलो ने जैक्सटर एक इंटरनेट टेलीफोन सेवा स्टार्टअप को गुप्त राशि में अर्जित कर लिया। जैक्सटर अपने ब्रांड के नाम के साथ ही काम करेगा और सबसेबोलो के विशाल यूज़रबेस की मदद करेगा। 

उनकी भविष्य में भारत में नैनोसिटी नाम के एक नए शहर के विकास करने की योजना है। नैनोसिटी का उद्देश्य है कि सिलिकन वैली में पाई जाने वाली पर्यावरण प्रणाली में जीवंतता और नवीनता की प्रतिकृति को दोहराना.

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