अगले वर्ष, जब वैकल्पिक रॉक अपने शीर्ष पर था, टूल ने अपना पहला संपूर्ण लम्बाई का एलबम, "अंडरटो" (1993) रिलीज किया। इसे सैद्धांतिक रूप से "ओपियेट" से कहीं अधिक विविधतापूर्ण कहा गया और इसमें उन गानों को शामिल किया गया जिन्हें बैंड ने अपनी रिलीज में प्रकाशित नहीं करने के लिए चुना था, बल्कि उन्हें अधिक भारी आवाज़ के लिए चुना गया था। बैंड ने मई 1993 के एक अपवाद को छोड़कर योजनानुसार फिर से अपनी यात्राएं शुरू कर दीं. टूल को हॉलीवुड के गार्डन पैविलियन में अपना प्रदर्शन करना था लेकिन आख़िरी पलों में यह सुना गया कि गार्डन पैविलियन का मालिक एल. रॉन हब्बार्ड का चर्च ऑफ साइंटोलॉजी था, जिसे "बैंड के सिद्धांत की किसी व्यक्ति को ऐसी धारणा प्रणाली नहीं अपनानी चाहिए जो एक इंसान के रूप में उसके विकास को संकुचित कर देता है" का विरोधी समझा जाता था। कीनन ने "शो का अधिकाँश समय दर्शकों के सामने एक भेड़ की मिमियाने में बिता दिया".

टूल ने बाद में लोलापालूजा महोत्सव की यात्रा के दौरान संगीत कार्यक्रमों में अपनी कला का प्रदर्शन किया और उनके प्रबंधक एवं महोत्सव के सह-संस्थापक टेड गार्डनर द्वारा उन्हें द्वितीय मंच से द्रवित कर मुख्य मंच दे दिया गया। टूल के घरेलू शहर लॉस एंजिल्स में लोलापालूजा के आख़िरी संगीत कार्यक्रम में, हास्य अभिनेता बिल हिक्स को बैंड के साथ परिचित कराया गया। हिक्स बैंड के सदस्यों के मित्र बन गए थे और "अंडरटो के लाइनर नोट्स " में उल्लेख किये जाने के बाद उन पर अपना प्रभाव छोड़ा था।उन्होंने 60,000 दर्शकों की मौजूदगी में लोगों से मजाकिया लहजे में चुपचाप खड़ा रहने और एक खोये हुए कॉन्टेक्ट लेंस को खोजने में उनकी मदद करने के लिए कहा. " इन संगीत कार्यक्रमों से मिली लोकप्रियता में काफी तेजी से वृद्धि होने से " अंडरटो को वाल-मार्ट जैसे वितरकों द्वारा सेंसर किये गए एलबम कवर के साथ बेचे जाने के बावजूद, सितम्बर 1993 में आरआईएए (RIAA) द्वारा स्वर्ण "प्रमाणपत्र प्राप्त करने" और 1995 में प्लेटिनम का दर्जा हासिल करने में मदद मिली."मार्च 1994 तक एकल "सोबर" एक हिट एकल बन गया और इसने साथी स्थिर गति के संगीत वीडियो के लिए बैंड बिलबोर्ड का "एक नए कलाकार का सर्वश्रेष्ठ वीडियो" का पुरस्कार जीता." 

टूल के अगले एकल "प्रिज़न सेक्स" की रिलीज के साथ, बैंड एक बार फिर सेंसरशिप का निशाना बन गया। गाने के बोल और वीडियो बाल उत्पीड़न से संबंधित थे, जिसने विवादास्पद प्रतिक्रियाओं को बढ़ावा दिया; कीनन के गाने के बोल इस प्रकार शुरू होते हैं: "जो हुआ उसे याद करने में काफी समय लग गया। मैं उस समय बहुत छोटा और नादान था, आपको पता है कि इससे मुझे चोट पहुँची, लेकिन मेरी सांसें चल रही हैं इसीलिये मुझे लगता है कि मैं अब भी ज़िंदा हूँ... मेरे हाथ बंधे हुए थे और मेरा सिर नीचे था और मेरी आँखें बंद थीं और मेरी गर्दन बिलकुल खुली हुई थी।" वीडियो को प्रारंभिक रूप से गिटारवादक एडम जोन्स द्वारा तैयार किया गया था, जिन्होंने इसे विषय वस्तु की "यथार्थपरक व्याख्या" के रूप में देखा. और जब कुछ समकालीन पत्रकारों ने एक बार फिर से वीडियो की प्रशंसा की और इसके गीतों को "उपमादायक" बताया, तो मच म्युज़िक की अमेरिकी शाखा ने कीनन को एक सुनवाई के दौरान बैंड का प्रतिनिधित्व करने को कहा. यह समझा गया कि संबंधित संगीत वीडियो बहुत अधिक चित्रात्मक और अश्लील था और तब एमटीवी (MTV) ने कई बार सुनाने के बाद इसे प्रसारित करने के रोक दिया.

सितंबर 1995 में, बैंड ने अपने दूसरे स्टूडियो एलबम के लेखन और रिकॉर्डिंग का काम शुरू कर दिया. उस समय टूल ने अपने कलाकारों में अब तक का एकमात्र बदलाव किया, जब बासिस्ट डैमोर ने अन्य प्रोजेक्टों को आगे बढ़ाने के लिए परस्पर सहमति से बैंड को छोड़ दिया. पूर्व की यात्राओं के साथी पीच के एक सदस्य, जस्टिन चांसलर, को अंततः अन्य प्रतियोगियों जैसे कि क्यूस के स्कॉट रीडर, फ़िल्टर के फ्रैंक कैवानव, पिग्मी लव सर्कस के ई. शेफर्ड स्टीवेंशन और ज़ौम के मार्को फॉक्स के सामने, डैमोर की जगह चुना गया।

प्रारंभिक वर्ष (1988-1992)
संगीत शैली और प्रभाव
लाइव कार्यक्रम
"अंडरटो" (1993-1995)