आण्विक प्रतिरूपण एक परिभाषित डीएनए क्रम की अनेक प्रतिलिपियां बनाने की प्रक्रिया को संदर्भित करता है। अक्सर प्रतिरूपण का प्रयोग संपूर्ण जीन युक्त डीएनए खण्डों के परिवर्धन के लिये किया जाता है, लेकिन इसका प्रयोग किसी भी डीएनए क्रम, जैसे प्रोत्साहक, गैर-कोडिंग क्रम तथा यादृच्छिक रूप से विखण्डित डीएनए, के परिवर्धन के लिये किया जा सकता है। जेनेटिक फ़िंगरप्रिंटिंग से लेकर बड़े पैमाने पर प्रोटीन के उत्पादन तक, जैविक प्रयोगों व व्यावहारिक अनुप्रयोगों की एक व्यापक श्रृंखला में इसका प्रयोग किया जाता है। कभी-कभी प्रतिरूपण शब्द का प्रयोग किसी विशिष्ट फेनोटाइप (Phenotype) से जुड़े किसी जीन की गुणसूत्र-संबंधी स्थिति बताने के लिये, जैसे स्थितीय प्रतिरूपण में, भ्रामक रूप से किया जाता है। व्यवहार में, एक गुणसूत्र या जीनोमिक क्षेत्र में किसी जीन का स्थानीयकरण करना आवश्यक रूप से किसी विशिष्ट प्रासंगिक जीनोमिक क्रम को अलग करने या इसे संवर्धित करने की क्षमता प्रदान नहीं करता. किसी सजीव प्राणी में किसी भी डीएनए क्रम को संवर्धित करने के लिये, वह क्रम अनिवार्य रूप से प्रतिकृति के मूल से जोड़ा जाना चाहिये, जो कि स्वयं को व इससे जुड़े किसी भी क्रम के संचरण को निर्देशित करने की क्षमता रखनेवाला एक डीएनए क्रम होता है। हालांकि, अन्य अनेक विशेषताओं की आवश्यकता होती है तथा विभिन्न प्रकार के विशेषीकृत प्रतिरूपण वेक्टर्स (डीएनए के छोटे टुकड़े, जिनमें एक बाहरी डीएनए खण्ड प्रविष्ट किया जा सकता है) उपलब्ध हैं, जो प्रोटीन अभिव्यक्ति, टैगिंग, एकल रेशों वाले RNA (single stranded RNA) और डीएनए उत्पादन तथा अन्य संशोधनों के पोषण की अनुमति देते हैं।

किसी डीएनए खण्ड के प्रतिरूपण में आवश्यक रूप से चार चरण सम्मिलित होते हैं 
हालांकि ये चरण विभिन्न प्रतिरूपण विधियों में समान होते हैं, तथापि अनेक वैकल्पिक मार्गों का चयन किया जा सकता है, जिन्हें "प्रतिरूपण रणनीति" के रूप में संक्षेपित किया गया है।

प्रारंभ में, हमारी रुचि के डीएनए को अलग करने की आवश्यकता होती है, ताकि उपयुक्त आकार का डीएनए खण्ड प्रदान किया जा सके. इसके बाद, बांधने (Litigation) की विधि का प्रयोग किया जाता है, जिसमें इस प्रवर्धित खण्ड को एक वेक्टर (डीएनए का टुकड़ा) में प्रविष्ट किया जाता है। इस वेक्टर को (जो अक्सर वृत्ताकार होता है), प्रतिबंध एन्ज़ाइम का प्रयोग करके सीधा किया जाता है और उपयुक्त स्थितियों के अंतर्गत डीएनए लाइगेस (डीएनए Ligase) नामक एन्ज़ाइम के साथ हमारी रुचि के खण्ड के साथ इन्क्युबेट किया जाता है। बांधने (Ligation) के बाद, हमारी रुचि की प्रविष्टि से युक्त वेक्टर को कोशिकाओं में ट्रांसफ़ेक्ट किया जाता है। अनेक वैकल्पिक तकनीकें, जैसे कोशिकाओं का रासायनिक संवेदनशीलन (Chemical Sensitivation), इलेक्ट्रोपोरेशन, प्रकाशीय अंतःक्षेपण तथा बायोलिस्टिक्स, उपलब्ध हैं। अंत में, ट्रांस्फ़ेक्ट की गई इन कोशिकाओं को प्रवर्धित किया जाता है। चूंकि ऊपर वर्णित विधियों की दक्षता विशिष्ट रूप से कम होती है, अतः आवश्यक अभिविन्यास में वांछित प्रविष्टि क्रम से युक्त वेक्टर निर्माण के साथ सफलतापूर्वक ट्रांसफ़ेक्ट की जा चुकी कोशिकाओं की पहचान करने की आवश्यक होती है। आधुनिक प्रतिरूपण वेक्टर्स में चयन-योग्य प्रतिजैविक प्रतिरोध चिन्हक शामिल होते हैं, जो केवल उन कोशिकाओं के परिवर्धन की अनुमति देते हैं, जिनमें वेक्टर ट्रांसफ़ेक्ट किया जा चुका हो. इसके अतिरिक्त, प्रतिरूपण वेक्टर्स में रंग-चयन चिन्हक भी हो सकते हैं, जो X-gal माध्यम पर नीली/सफ़ेद स्क्रीनिंग (α-कारक संपूरण) प्रदान करते हैं। फिर भी, इन चरणों का चयन इस बात की पूरी गारंटी नहीं देता कि प्राप्त कोशिकाओं में डीएनए प्रविष्टि उपस्थित है। परिणामित बस्तियों का आगे और निरीक्षण करना अनिवार्य होता है, ताकि इस बात की पुष्टि की जा सके कि प्रतिरूपण सफल हुआ था। ऐसा PCR, प्रतिबंध खण्ड के विश्लेषण तथा/या डीएनए क्रमण के द्वारा किया जा सकता है।

डॉली भेड़
एककोशीय जीव
आण्विक प्रतिरूपण
मूल कोशिका अनुसंधान में प्रतिरूपण