1941 में, द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान पूर्वी अफ्रीकी अभियान में सुडान की मुक्ति के लिए भारतीय सैनिकों के बलिदान द्वारा एक युद्ध स्मारक बनाने के लिए भारत के तत्कालीन गवर्नर लॉर्ड लिनलिथगो ने सुडान सरकार से सौ हजार पाउंड का उपहार प्राप्त किया। युद्ध के अंत में भारतीय थलसेना के तत्कालीन कमांडर-इन-चीफ फिल्ड मार्शल क्लाउड ऑचिनलेक ने युद्ध के दौरान आर्मी के अनुभवों को प्राप्त किया और दुनिया भर में विभिन्न मिलिटरी अकादमिक अध्ययन का नेतृत्व किया और दिसंबर 1946 में भारतीय सरकार को इसकी रिपोर्ट प्रस्तुत किया। समिति ने वेस्ट प्वाइंट पर संयुक्त राज्य मिलिटरी अकादमी में प्रशिक्षण मॉडलिंग के साथ संयुक्त मिलिटरी अकादमी सेवा की स्थापनी की सिफारिश की।

अगस्त 1947 में भारत की स्वतंत्रता के बाद, ऑचिनलेक की रिपोर्ट को भारत में स्टाफ कमेटी के प्रमुख द्वारा रोशनी डाली गई जिसमें तुरंत ही सिफारिशों को लागू किया गया था। समिति ने 1947 के उत्तरार्ध में स्थायी रक्षा अकादमी आरंभ करने के लिए कार्य योजना की शुरूआत की और अकादमी को बनाने के लिए साइट की खोज शुरू की। साथ ही उन्होंने एक अंतरिम प्रशिक्षण अकादमी की स्थापना करने का निर्णय लिया, जिसे "ज्वाइंट सर्विसेज विंग" (जेएसडब्ल्यू) के नाम से जाना गया और 1 जनवरी 1949 को देहरादून में "आर्मड फोर्सेस अकादमी" (वर्तमान में इंडियन मिलिटरी अकादमी के नाम से जाना जाता है) के रूप में शुरूआत की गई। प्रारंभ में, जेएसडब्ल्यू पर प्रशिक्षण के दो वर्षों के बाद, आर्मी कैडेट को एएफए के मिलिटरी विंग में दो वर्ष के अतिरिक्त प्रशिक्षण के लिए भेजा गया, जबकि नौसेना और वायु सेना कैडेट को अतिरिक्त प्रशिक्षण देने के लिए यूनाइटेड किंगडम के डार्टमाउथ और क्रानवेल में भेजा गया।

विभाजन के बाद, सूडान से प्राप्त मौद्रिक उपहार में भारत का हिस्सा £70,000 का था (शेष £ 30,000 का उपहार पाकिस्तान के लिए गया था). भारतीय सेना ने एनडीए के निर्माण में लागत को आंशिक रूप से शामिल करने के लिए इन निधियों का उपयोग करने का फैसला किया। 6 अक्टूबर 1949 को तत्कालीन भारतीय प्रधानमंत्री जवाहर लाल नेहरू द्वारा अकादमी की नींव रखी गयी। राष्ट्रीय रक्षा अकादमी को औपचारिक रूप से 7 दिसम्बर 1954 आरम्भ किया गया, 16 जनवरी 1955 को एक समारोह उद्घाटन आयोजित किया गया। जेएसडब्ल्यू कार्यक्रम को वायु सेना अकादमी से एनडीए को हस्तांतरित किया गया।

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