आईवाज़ोवस्की की मत्यु 19 अप्रैल (नई शैली में 2 मई) 1900 को फिओदोसिया में हुई। उन्हें सेंट सार्गिस आर्मेनियाई गिरिजाघर में दफनाया गया। 
मोव्सेज़ खोरेनात्सी की पुस्तक "हिस्ट्री ऑफ़ आर्मेनिया" से आर्मेनियाई भाषा में उनकी कब्र पर एक वाक्य Մահկանացու ծնեալ անմահ զիւրն յիշատակ եթող ("Mahkanatsu tsneal anmah ziurn yishatak yetogh"), उद्धरित है: जिसका अर्थ है: "वह अमर जन्मा था, और उसने अपनी एक अमर विरासत छोड़ी है"। उनकी मृत्यु के बाद उनकी पत्नी अन्ना ने सामान्यता: एकाकी जीवन जिया और 25 जुलाई 1944 को उनका देहांत हो गया। उन्हें आईवाज़ोवस्की के बगल में दफना दिया गया।

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