यूएसए टुडे (USA Today) के ब्लॉग में लिब्बी सांडे ने कहा है कि शाकाहार "ई॰ कोलाइ" (E. coli) संक्रमण को कम करता है, और द न्यू यॉर्क टाइम्स के एक आलेख में खाद्य में "ई॰ कोलाइ" दूषण को औद्योगिक पैमाने के मांस और डेयरी फ़ार्म के साथ जोड़ा। 2006 के दौरान अमेरिका में "ई॰ कोलाइ" संक्रमण के लिए पालक और प्याज को जिम्मेवार पाया गया।

रोगजनक "ई॰ कोलाइ" का प्रसार मलाशय-मुख संचरण के जरिये हुआ करता है। संचरण के आम मार्गों में अस्वास्थ्यकर तरीके से भोजन बनाना और फार्म संदूषण शामिल हैं। डेयरी और बीफ मांस पशु मुख्य रूप से "ई॰ कोलाइ" प्रजाति "O157:H7" के खजाने हैं, और वे इसे स्पर्शोन्मुख रूप से वहन कर सकते हैं और उनके मल में इसे बहा देते हैं। "ई॰ कोलाइ" प्रकोप के साथ जुड़े खाद्य उत्पादों में जमीन पर पड़ा कच्चा बीफ, कच्चे अंकुरित बीज या पालक, कच्चा दूध, बिना पैशच्युरैज्ड जूस और मलाशय-मुख के जरिये संक्रमित खाद्य कर्मियों द्वारा दूषित खाद्य शामिल हैं। 2005 में, कुछ लोग जिन्होंने तिहरे-धोये पैक होने से पहले लेटस का सेवन किया था, वे "ई॰ कोलाइ" से संक्रमित हो गये थे। 2007 में, पैक लेटस सलाद को वापस ले लिया गया था, जब उन्हें "ई॰ कोलाइ" से संदूषित पाया गया। "ई॰ कोलाइ" प्रकोप पैशच्युरैज्ड नहीं किये गये सेब, संतरे के रस, दूध, रिजका या अल्फाल्फा के अंकुरों, और पानी में पाया गया।

साल्मोनेला का प्रकोप मूंगफली के मक्खन, जमे हुए पॉट पाई और कुरमुरे सब्जी अल्पाहार में पाया गया।
बीएसई, जिसे गाय रोग के नाम से भी जाना जाता है, को विश्व स्वास्थ्य संगठन ने मानव में क्रुत्ज़फेल्ट-जैकोब रोग से जोड़ा है।

भेड़ों में पाँव-और-मुँह की बीमारी, फ़ार्म की सैमन मछली में पीसीबी, मछली में पारा, पशु उत्पादों में डायोक्सिन की मात्रा, कृत्रिम हारमोन वृद्धि, एंटीबायोटिक, सीसा और पारा, सब्जी और फल में कीटनाशकों की मात्रा, फलों को पकाने के लिए प्रतिबंधित रसायनों के इस्तेमाल की रिपोर्ट आ रही हैं।

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