बहुविवाह में यकीन रखने वाले ईदी अमीन ने कम से छह महिलाओं से विवाह किया, जिनमे से तीन को उसने तलाक दे दिया। 1966 में उसने अपनी पहली और दूसरी पत्नियों, मल्यामु और काय से शादी की। उसके अगले वर्ष, 1972 में उसने नोरा और फिर नालोंगो मदीना से शादी की। 26 मार्च 1974 को उसने युगांडा रेडियो पर घोषणा की कि उसने मल्यामु, नोरा और काय को तलाक दे दिया था। अप्रैल 1974 में मल्यामु को केन्याई सीमा पर टोरोरो में गिरफ्तार किया गया और उस पर केन्या में कपड़े के थान की तस्करी के प्रयास का आरोप लगाया गया। वह बाद में लंदन चली गई। 13 अगस्त 1974 को काय की कथित रूप से अपने प्रेमी डॉ॰ म्बालू मुकासा (जिसने स्वयं भी आत्महत्या कर ली थी) द्वारा गर्भपात शल्यक्रिया करते समय मृत्यु हो गई।. उसका शरीर टुकड़ों में बंटा पाया गया था। अगस्त 1975 में, कंपाला में अफ़्रीकी एकता संगठन (OAU) के शिखर सम्मेलन की बैठक के दौरान अमीन ने साराह क्योलाबा से शादी की। साराह का प्रेमी, जिसके साथ वह अमीन से मिलने से पहले रह रही थी, गायब हो गया और फिर कभी भी नहीं मिला। अमीन ने लीबिया में निर्वासित होने के बाद आभार स्वरूप मुअम्मर अल-गद्दाफी की बेटी आयशा अल-गद्दाफी से शादी की, किन्तु उसने बाद में अमीन को तलाक दे दिया। 1993 तक अमीन अपने आखिरी नौ बच्चों और एक पत्नी मामा ए चुमारू के साथ रह रहा था, जो उसके सबसे छोटे चार बच्चों की मां थी। उसका अंतिम ज्ञात बच्चा ईमान नाम के बेटी थी जो 1992 में पैदा हुई थी। "द मॉनिटर" के अनुसार, 2003 में अपनी मृत्यु से कुछ माह पहले अमीन ने फिर से एक शादी की थी।

अमीन के बच्चों की संख्या के बारे में सूत्र एकमत नहीं हैं; अधिकांश का कहना है कि उसके 30 से 45 बच्चे थे। 2003 तक, ईदी अमीन का सबसे बड़ा बेटा ताबान अमीन (जन्म 1955), वेस्ट नाइल बैंक फ्रंट (डब्ल्यूएनबीऍफ़/WNBF) का प्रमुख था, जो योवेरी मुसेवेनी की सरकार के खिलाफ एक विद्रोही गुट था। 2005 में उसे मुसेवेनी द्वारा आम माफ़ी की पेशकश की गई, तथा 2006 में उसे आंतरिक सुरक्षा संगठन का उप निदेशक जनरल नियुक्त किया गया। अमीन के एक और पुत्र हाजी अली अमीन ने 2002 में न्जेरू नगर परिषद् के अध्यक्ष (अर्थात मेयर) का चुनाव लड़ा किन्तु वह निर्वाचित नहीं हुआ। 2007 की शुरुआत में, पुरस्कार विजेता फिल्म "द लास्ट किंग ऑफ़ स्कॉटलैंड" में उसके एक बेटे जफ़र अमीन (जन्म 1967) को अपने पिता के पक्ष में बोलते हुए देखा गया। जफ़र अमीन ने कहा कि वह अपने पिता की प्रतिष्ठा को पुनः स्थापित करने के लिए एक किताब लिख रहा था। जफ़र अमीन की सात आधिकारिक पत्नियों से पैदा होने वाले 40 आधिकारिक बच्चों में दसवां है।

3 अगस्त 2007 को अमीन के पुत्रों में से एक, फैसल वान्गिटा (जन्म फरवरी 1983), को लन्दन में हुई एक हत्या में शामिल होने के लिए दोषी ठहराया गया।
वान्गिटा की मां अमीन की पांचवीं पत्नी साराह क्योलाबा (जन्म 1955) है जो एक पूर्व गो-गो नर्तकी थी, किन्तु युगांडा की सेना के क्रांतिकारी आत्महत्या के लिए प्रेरित रेजिमेंट बैंड के लिए गो-गो नर्तकी होने के कारण 'सुसाइड साराह' के नाम से जानी जाती थी।

अमीन के सबसे निकट सहयोगियों में ब्रिटेन में जन्मा बॉब एस्टल था, जिसे कई लोगों द्वारा बदनाम व्यक्तित्व वाला माना जाता है, तथा कई अन्यों द्वारा माध्यम श्रेणी का माना जाता है। इसहाक माल्यामुंगु एक महत्वपूर्ण सहायक और अमीन की सेना के सबसे खौफनाक अधिकारियों में से एक था।







अमीन की मृत्यु
राष्ट्रपति पद
सैन्य कमांडर
परिवार और सहयोगी