चार्ल्स ने वैकल्पिक चिकित्सा में अपनी रुचि को दर्शाया है, पर इसके प्रचार ने कभी-कभी विवादों को जन्म दिया है। 2004 में, चार्ल्स ने "फाउन्डेशन फॉर इंटीग्रेटेड हेल्थ" द्वारा अपने अभियान को प्रोत्साहन दिया कि आम व्यवसायी, राष्ट्रीय स्वास्थ्य सेवा के मरीजों को हर्बल और वैकल्पिक उपचार प्रदान करें, जिससे वैज्ञानिक और चिकित्सीय समुदाय दो हिस्सों में बंट गए, और 2006 में, जेनेवा में, विश्व स्वास्थ्य सम्मेलन में चार्ल्स ने स्वास्थ्य मंत्रियों के एक श्रोतावर्ग के सामने व्याख्यान दिया, जिसमें उनसे पारंपरिक और वैकल्पिक चिकित्सा को संघटित करने की योजना के निर्माण को लेकर निवेदन किया।

अप्रैल 2008 में, "द टाइम्स" ने एड्जार्ड अर्नस्ट के एक पत्र को छापा जिसमें युवराज की संस्था से दो निर्देशों का पुन:स्मरण करने के लिए कहा गया जो "वैकल्पिक चिकित्सा" को प्रश्रय देता है, यह कहा गया कि "अधिकतर वैकल्पिक रोगोपचार, चिकित्सीय रूप में प्रभावहीन हैं, बहुत तो पूरी तरह खतरनाक हैं।" संस्था के एक प्रवक्ता ने इन आलोचनाओं का विरोध किया और कहा कि "हम पूर्ण रूप से इन आरोपों का खंडन करते हैं की हमारा ऑनलाइन प्रकाशन "कोम्प्लिमेंटेरी हेल्थकेयर : ए गाइड" वैकल्पिक रोगोपचार के गलतपहमी पैदा करने वाले और गलत दावे ग्रहण किये हुए है। इसके विपरीत यह वयस्कों की तरह लोगों का इलाज करता है और एक जिम्मेदार प्रस्ताव रखता है कि लोग विश्वसनीय सूचना के स्रोतों को देखें...ताकि वे सूचित निर्णय ले सकें. संस्था मुफ्त के इलाज को प्रश्रय नहीं देती." अर्नस्ट ने हाल ही में वैज्ञानिक लेखक सिमोन सिंह के साथ एक पुस्तक "ट्रिक ऑर ट्रीटमेंट : आल्टरनेटिव मेडिसिन ऑर ट्रायल" का प्रकाशन किया है, जिसमें वैकल्पिक चिकित्सा की निंदा की गई है। पुस्तक "एचआरएच वेल्स के युवराज" को व्यंगात्मक रूप से समर्पित है और अन्तिम अध्याय उनके "मुफ्त" और "वैकल्पिक" उपचार के हिमायती होने का बहुत ही अलोचनात्मक अध्याय है।"

युवराज का डची ओरिजिनल कई प्रकार के कैम (CAM) वस्तुओं का उत्पाद करता है जिसमें "डेटोक्स" भी शामिल है, जिसकी एड्जार्ड अर्नस्ट ने "कमजोर के आर्थिक शोषण" और "स्पष्ट नीमहकीमी" के रूप में भर्त्सना की है। मई 2009 में, एडवर्टाइसिंग स्टैंडर्डस ऑथोरिटी ने डची ओरिजिनल के एक ई-मेल की आलोचना की कि उन्होंने एचिना-रिलीफ, हईपरी-लिफ्ट और डिटॉक्स टिंकचर को लेकर कही गई बातों को भ्रामक बताया. युवराज ने स्वयं सात पत्र, मेडिसिन्स एंड हेल्थकेयर प्रोडक्ट्स रेगुलेटरी एजेंसी को इन हर्बल वस्तुओं के लेबल के संचालन करने के नियमों में ढील देने से पहले लिखे, एक ऐसी पहल जिसकी व्यापक निंदा वैज्ञानिकों एवं चिकित्सीय संस्थाओं द्वारा की गई।

31 अक्टूबर 2009 को यह खबर दी गई कि चार्ल्स ने स्वयं स्वास्थ्य सचिव एंडी बर्नहैम से सिफारिश की कि एनएचएस के लिए वैकल्पिक उपचार को अधिक प्रावधान दिया जाये.

2010 में, लेखा परीक्षक द्वारा खाते के अनियमन के देखने के बाद, युवराज के संस्था के दो पूर्व कर्मचारियों को धोखा-धड़ी के मामले में गिरफ्तार किया गया, जिसकी राशि £300,000 तक मानी गई। गिरफ्तारी के चार दिनों बाद एफआईएच ने घोषणा की कि वे बंद किये जा रहे हैं, इस झूठे दावे के साथ कि "उन्होंने संघटित स्वास्थ्य के प्रश्रय के मूल उद्देश्य को प्राप्त कर लिया है।"

प्राकृतिक वातावरण
दर्शन और धार्मिक भावनाएं
वैकल्पिक चिकित्सा
डायना के साथ सगाई और शादी