पेरू में मानव उपस्थिति के साक्ष्य 9,000 ईसा पूर्व तक के देखे गये है। लौरिकोचा, पचैकैम, जुइनिन और तेलमाचाय की गुफाओं में शिकार उपकरण खोजे गए हैं। ये पैराकास और चिल्का के तटीय क्षेत्रों और कैलेज़ोन डी हुयलास के पहाड़ी क्षेत्र में भी स्थित थे। बाद के वर्षों में, बसने वालों ने कपास और मकई जैसे पौधों की खेती की शुरुआत कर अपनी जीवन शैली को बदल दिया और उन्होंने अल्पाका, गिनी पिग और लामा जैसे घरेलू जानवरों को भी पालना शुरू कर किया। उन्होंने बर्तन, टोकरी, बुनाई और ऊन और सूती कताई में भी महारत हासिल कर ली। इन अभ्यासों ने उन्हें एंडियन पहाड़ों और तट के किनारे घरों और नए समुदायों का निर्माण करने में मदद की। इस प्रकार, लीमा से 200 किमी उत्तर में कैरल के नाम का पहला अमेरिकी शहर का निर्माण हुआ। इस अवधि को उत्तरी चिको सभ्यता के रूप में जाना जाता था। और इस अवधी के लगभग 30 पिरामिड संरचनाएं आज भी उपस्थित है।

इन घटनाओं के बाद पुरातत्व सभ्यताओं ने इनका अनुशरण करते हुए पूरे पेरू में एंडियन और तटीय इलाकों में विकसित हुए। इन संस्कृतियों में से एक क्युप्स्निक संस्कृति थी, जो लगभग 1000 से 200 ईसा पूर्व तक रही। यह संस्कृति वर्तमान में पेरू के प्रशांत तट पर समृद्ध थी और प्रारंभिक पूर्व-इंका सभ्यता के लिये एक आदर्श थी।

क्युप्स्निक संस्कृति के बाद चाविन सभ्यता का जन्म हुआ जो 1500 से 300 ईसा पूर्व तक रहा। यह एक राजनीतिक व्यक्ति की बजाय कम या ज्यादा धार्मिक विचारधारा थी। उनका आध्यात्मिक केंद्र चाविन दे हुंतार में था। यह सभ्यता ईसाई सहस्राब्दी की शुरुआत में खत्म हो गई। हजारों सालों तक पहाड़ी क्षेत्रों और तट दोनों में अन्य कई संस्कृतियां बनती और नष्ट होती रही। इनमें से कुछ संस्कृतियों में वारी, पराकास, नाज़का और प्रसिद्ध मोच और चिमु शामिल थे। मोचे अपने चतुर धातुकर्म, सुंदर इमारतों, शुष्क क्षेत्र को उर्वरक बनाने के लिए सिंचाई प्रणाली का प्रयोग और बर्तनों की कलाकृति के लिए जाने जाते थे। दूसरी तरफ चिमू, इंका सभ्यता से पहले सबसे अच्छे शहर के निर्माणकर्ता थे और वे 1150 से 1450 तक समृद्ध थे। उनकी राजधानी चान चान में वर्तमान के त्रुहियो के बाहर थी। पहाड़ी क्षेत्रों में, तियाआआआनाको समाज, बोलिविया और पेरू दोनों में टिटिकाका झील के नजदीक, और वर्तमान दिन अयाकुचो शहर के पास वारी संस्कृति ने 500 से 1000 ईस्वी के बीच विशाल शहरी गांवों और व्यापक राष्ट्र स्थापित किया।

उस समय तक, इंका धीरे-धीरे अपने साम्राज्य का विस्तार कर रहे थे। अधिकांश संस्कृतियां इंक के प्रति अपने निष्ठा जताने को तैयार नहीं थीं, लेकिन अंत में उनको साम्राज्य में सम्मिलित कर लिया गया।

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