थाबो मबेकी ने पीटरमैरिट्सबर्ग उच्च न्यायालय के न्यायाधीश क्रिस निखोलसन के निर्णय पर अपील करने के लिए संवैधानिक न्यायालय में एक हलफनामा दायर किया:

मुझसे संबंधित ऐसे दूरगामी "अफ़सोसजनक, परिवादात्मक और प्रतिकूल" निष्कर्ष निकलना और ज़ूमा मामले के उन निष्कर्षों के आधार पर फैसला करना और निंदा करना अदालत के लिए अनुचित था। मेरा सम्मान पूर्ण निवेदन यह है की न्याय के हितों की रक्षा, इस मामले को सुधारे जाने में है। इन प्रतिकूल निष्कर्षों ने मेरे ANC पार्टी द्वारा मेरा नाम वापस लिए जाने को फलित किया - यह एक ऐसा निवेदन था जिसे मैंने पिछले 52 वर्षों से ANC का एक प्रतिबद्ध और वफादार सदस्य के रूप में स्वीकार किया। मुझे डर है कि यदि सुधारा नहीं गया, तो मुझे आगे और प्रतिकूल प्रभाव का सामना करना पड़ सकता है।

राष्ट्रीय अभियोग प्राधिकरण के प्रवक्ता, तलाली तलाली, ने 23 सितम्बर को प्रिटोरिया से फोन द्वारा कहा, "हमे कागजात मिल गया है। यह विचाराधीन है।"

12 जनवरी 2009 को ब्लॉमफ़ोन्टेन के सुप्रीम कोर्ट ऑफ़ अपील में इस अपील के लिए निर्णय को खारिज कर दिया गया। उप न्यायाधीश अध्यक्ष लुई हार्म्स को अपील के दो पहलुओं पर निर्णय लेना पड़ा. पहला पहलू था कि क्या ज़ूमा को इस बात का अधिकार था कि वे NPA के समक्ष अभ्यावेदन करने के लिए आमंत्रित किए जायें वो भी उनके खिलाफ रिश्वत और भ्रष्टाचार के आरोपों को वापस लिए जाने का निर्णय लिए जाने से पहले. दूसरा पहलू यह था कि क्या न्यायाधीश निखोलसन ज़ूमा पर इल्ज़ाम लगाए जाने के NPA के निर्णय के सन्दर्भ में तत्कालीन राष्ट्रपति थाबो मबेकी द्वारा दिए गए राजनीतिक दखल को समझने में सही थे।

NPA के फैसले की समीक्षा के दौरान अभ्यावेदन आमंत्रित करने के सवाल पर हार्म्स डीपी ने पाया कि निखोलसन द्वारा दी गई संविधान के 179 खंड की व्याख्या गलत थी क्योंकि NPA का ऐसा कोई दायित्व नहीं था और इसलिए वे ज़ूमा पर आरोप लगाने के लिए स्वतंत्र था जोकि उसने किया। निखोलसन के मबेकी द्वारा दिए गए राजनीतिक दखल के विषय में दिए गए तर्क के सवाल पर, हार्म्स डीपी ने पाया कि "निचली अदालत ने अपने अधिकारों का उल्लंघन किया है".

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