इस एयरलाइन्स की स्थापना इसके पहले चेर मान खालिद महमूद सहबाई द्वारा की गयी थी. शुरुआत मे इस एयरलाइन्स ने पाकिस्तान के अंदर ही सभी बड़े शहरों के लिए उड़ाने शुरू की. इसने खास तौर पर कराची से क्वेटा के लिए कई उड़ाने संचालित करनी शुरू की. २००४ मे शहीन एयर इंटरनॅशनल का नाम बदल कर शहीन एयर कर दिया गया.
२२ मई २००४ को पाकिस्तान की सिविल एवियेशन अतॉरिटी ने इस एयरलाइन्स का परिचालन बंद करवा दिया क्योंकि इसके उपर कई करोड़ का बकाया हो गया था. तीन दिन बाद अतॉरिटी ने सभी आरोप वापस ले लिए और शाहीन एयर ने फिर से राष्ट्रीय और उड़ाने भरनी शुरू कर दी. बाद मे शाहीन एयर द्वारा सभी बकायों के पूर्ण भुगतान के बाद इसी पूरी तरह आरोपमुक्त कर दिया गया.
वर्तमान मे २० विमानो के साथ शाहीन एयर पाकिस्तान की राजकीय विमान सेवा पाकिस्तान इंटरनॅशनल एयरलाइन्स के बाद देश की दूसरी बड़ी एयरलाइन्स है. 

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