907 में "ब्रेज़ालॉसपुर्क" नामक एक बस्ती का पहला लिखित संदर्भ मिलता है जो कि प्रेसबर्ग की लड़ाई से संबंधित है, जिसके दौरान एक बार्वेरियन सेना को हंगरीवासियों ने हराया था। 10 वीं शताब्दी में, प्रेसबर्ग का क्षेत्र (जो बाद में पॉज़ोनी काउंटी बन गया) हंगरी का हिस्सा बन गया (1000 से "हंगरी का साम्राज्य" कहा जाता है)। यह राज्य के सीमांत पर एक महत्वपूर्ण आर्थिक और प्रशासनिक केंद्र के रूप में विकसित हुआ। इस रणनीतिक स्थिति के कारण शहर में लगातार हमलें और लड़ाइयाँ होती रही, लेकिन यह आर्थिक विकास और उच्च राजनीतिक स्थिति का भी फायदा उठाता रहा। इसे 1291 में हंगरी के राजा एंड्रयू तृतीय द्वारा अपना पहला ज्ञात "शहर विशेषाधिकार" प्रदान किया गया, और 1405 में राजा सिगिस्मंड द्वारा इसे एक मुक्त शाही शहर घोषित किया गया था।

1526 में मोहक की लड़ाई में हंगरी साम्राज्य को ओटोमन साम्राज्य से हर का सामना करना पड़ा। तुर्कों ने प्रेसबर्ग को घेर लिया और शहर को क्षतिग्रस्त कर दिया, हालांकि वे इसे जीतने में असफल रहे। 17वीं शताब्दी में शहर एंटी-हब्सबर्ग विद्रोहियों का गढ़ बना रहा, जो तुर्क, बाढ़, विपत्तियों और अन्य आपदाओं से लड़ रहे थे, जिससे उनकी आबादी कम होती गई।

प्रेसबर्ग 18वीं शताब्दी में रानी मारिया थेरेसा के शासनकाल में काफ़ी फली-फूली, और यह हंगरी का सबसे बड़ा और महत्वपूर्ण शहर बन गया। मारिया थेरेसा के बेटे जोसेफ द्वितीय के शासनकाल के दौरान शहर ने अपना महत्व खोना शुरू कर दिया, विशेष रूप से ऑस्ट्रिया और हंगरी के बीच संबंधों को मजबूत करने के प्रयास में 1783 में जब शाही दरबार को वियना ले जाया गया। 18वीं शताब्दी के दौरान, शहर स्लोवाक राष्ट्रीय आंदोलन का केंद्र बन गया।

प्रथम विश्व युद्ध से पहले, शहर की आबादी में 42% जर्मन, 41% हंगेरियन और 15% स्लोवाक थे। 1919 में युद्ध के बाद की पहली जनगणना में शहर की जातीय संरचना 36% जर्मन, 33% स्लोवाक और 29% हंगेरियन घोषित की गई थी, लेकिन यह लोगों के आदान-प्रदान के बजाय अपनी पहचान बदलने परिलक्षित हो सकती है।

प्रथम विश्व युद्ध और 28 अक्टूबर, 1918 को चेकोस्लोवाकिया के गठन के बाद, शहर को वहाँ के प्रतिनिधियों की अनिच्छा के बावजूद नए राज्य में शामिल किया गया था। प्रभावशाली हंगेरियन और जर्मन आबादी ने शहर को चेकोस्लोवाकिया से हटाने की कोशिश की और इसे एक मुक्त शहर घोषित कर दिया। हालाँकि, 1 जनवरी, 1919 को चेकोस्लोवाक सेना ने शहर पर कब्जा कर लिया। 1930 की चेकोस्लोवाकियन जनगणना के अनुसार, ब्रातिस्लावा की हंगेरियन की जनसंख्या घटकर 15.8% रह गई थी।

ब्रातिस्लावा को 14 मार्च, 1939 को पहले स्वतंत्र स्लोवाक गणराज्य की राजधानी घोषित किया गया था, लेकिन नया देश जल्द ही नाजी प्रभाव में आ गया। 1941-1942 और 1944-1945 में, नई स्लोवाक सरकार ने ब्रातिस्लावा के लगभग 15,000 यहूदियों को निर्वासित करने में सहयोग किया; उन्हें यातना शिविरों में ले जाया गया, जहां युद्ध समाप्त होने से पहले ज्यादातर मारे गए या मार दिये गए।

4 अप्रैल 1945 को सोवियत सैनिकों द्वारा इस पर कब्ज़ा कर लिया गया। फरवरी 1948 में चेकोस्लोवाकिया में कम्युनिस्ट पार्टी की सत्ता में काबिज़ के बाद, शहर पूर्वी ब्लॉक का हिस्सा बन गया। शहर ने नई भूमि का अधिग्रहण किया, और जनसंख्या में काफी वृद्धि हुई, और यहाँ की 90% आबादी स्लोवेक बन गई।

1988 में ब्रातिस्लावा के असंतुष्टों द्वारा ब्रातिस्लावा कैंडल प्रदर्शन के साथ साम्यवाद के पतन की शुरूआत हो गई, और यह शहर 1989 में कम्युनिस्ट विरोधी मखमली क्रांति के अग्रणी केंद्रों में से एक बन गया।

1993 में, मखमली क्रांति के बाद यह शहर नवगठित स्लोवाक गणराज्य की राजधानी बन गया।

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