अगले वर्ष क्रूज़ को दोबारा ऐसी ही सफलता मिली, जब उन्होंने ऑलिवर स्टोन के "बॉर्न ऑन द फोर्थ ऑफ़ जुलाई" के लिए अकादमी पुरस्कार नामांकन प्राप्त किया, जो अधरांगघात से पीड़ित सेवानिवृत्त सैनिक तथा युद्ध-विरोधी कार्यकर्ता रॉन कोविक की सर्वाधिक बिकने वाली आत्मकथा पर आधारित है। 1990 में, क्रूज़ ने टोनी स्कॉट के "डेस ऑफ़ थंडर" में एक सफल रेस-कार ड्राइवर कोली ट्रिकल की भूमिका निभाई. क्रूज़ की अगली फ़िल्म रॉन हॉवर्ड की "फ़ार एंड अवे" थी, जिसमें उन्होंने दुबारा निकोल किडमैन के साथ अभिनय किया। "डेस ऑफ़ थंडर" के बाद उन्होंने जैक निकोल्सन और डेमी मूर के साथ फ़ौजी थ्रिलर "ए फ़्यू गुड मेन" में अभिनय किया। इस फ़िल्म को ख़ूब पसंद किया गया और क़्रूज ने गोल्डन ग्लोब और MTV नामांकन अर्जित किए.अगले साल उन्होंने सिडनी पोल्लाक की "द फ़र्म" में जीनी हैकमैन और एड हैरिस के साथ अभिनय किया। यह जॉन ग्रिशम के सर्वाधिक बिकने वाले उपन्यास पर आधारित है और इसने पीपुल्स चाईस अवार्ड में पसंदीदा नाटकीय मोशन पिक्चर का पुरस्कार जीता.

1994 में, क्रूज़ ने ब्रैड पिट, एंटोनियो बांदरास और क्रिश्चियन स्लेटर के साथ नील जॉर्डन की "इंटरव्यू विथ द वैम्पायर" में अभिनय किया, जो ऐन राइस के ख़ूब बिकने वाले उपन्यास पर आधारित एक मध्ययुगीन नाटक/दहशत पैदा करने वाली फ़िल्म है। 
इस फ़िल्म को काफ़ी पसंद किया गया, हालांकि राइस ने क्रूज़ को फ़िल्म में भूमिका देने की स्पष्ट आलोचना की, क्योंकि रिवर फ़ीनिक्स उनकी पहली पसंद थे। 1996 में, क्रूज़ ने ब्रायन डी पाल्मा के "मिशन: इम्पॉसिबल" में अभिनय (और साथ ही निर्माण भी) किया। यह फ़िल्म, जो 1960 दशक की टी.वी. श्रृंखला की पुनर्कृति है, विश्व भर में US$456 मिलियन की आय अर्जित करते हुए, उस वर्ष की तीसरी सर्वाधिक मुनाफ़ा कमाने वाली फ़िल्म बन गई। उसी वर्ष उन्होंने कॉमेडी-ड्रामा "जेर्री मैगुअर" में शीर्षक भूमिका निभाई. इस फ़िल्म के लिए उन्होंने बतौर सर्वश्रेष्ठ अभिनेता अकादमी पुरस्कार नामांकन अर्जित किया और साथ ही, सह-अभिनेता क्यूबा गूडिंग जूनियर ने अकादमी पुरस्कार जीता; कुल मिला कर फ़िल्म को पांच अकादमी पुरस्कारों के लिए नामांकित किया गया। 

इस फ़िल्म में "शो मी द मनी" जुमला भी शामिल है, जो लोकप्रिय संस्कृति का हिस्सा बन गया है। 1999 में उन्होंने एक श्रृंगारात्मक रोमांचक फ़िल्म "आइस वाइड शट" में अभिनय किया, जिसे पूरा होने में दो साल लगे और यह निर्देशक स्टैन्ली कुब्रिक की अंतिम फ़िल्म थी। यह उनकी तत्कालीन पत्नी निकोल किडमैन के साथ अंतिम फ़िल्म थी। लेकिन इस फ़िल्म ने, जिसमें सेक्स के स्पष्ट विवरण और दुर्बोध कथा-शैली थी, बड़े विवाद उठाए. 
क्रूज़ ने "मैग्नोलिया" (1999) में एक स्त्री-द्वेषी पुरुष गुरू का पात्र निभाया, जिसके लिए उन्हें बतौर सर्वश्रेष्ठ सहायक अभिनेता ऑस्कर पुरस्कार के लिए नामांकित किया गया। एक्शन हॉरर फ़िल्म "एंड ऑफ़ डेस" में ऑर्नाल्ड श्वार्ज़नेगर द्वारा प्रमुख भूमिका ग्रहण करने से पहले, मूलतः उन्हें जेरिको केन के किरदार के लिए चुना गया था।

साइन्टॉलोजी
1990 का दशक
फ़िल्म-निर्माण
IAS शौर्य स्वातंत्र्य-पदक समारोह का वीडियो