पैंटानल में जलभराव व सूखी जमीन का मौसम आता जाता रहता है। बाढ़ आधारित पैंटानल जैसे जैव पारिस्थितिक तंत्र अपने मौसमी जलप्लावन और निर्जलीकरण से समझे जाते हैं। विभिन्न मौसमों में यहाँ जलस्तर २ से ५ मीटर तक बढ जाता है और निर्जलीकरण के मौसम में यह बहुत नीचे चला जाता है।

समुद्र स्तर से पैंटानल लगभग तक की ऊँचाई पर है। यहाँ बाढ के क्षेत्रों में औसत वार्षिक वर्षा के बीच में होती है। अधिकतर बारिश नवंबर से मार्च के बीच होती है।पराग्वे नदी में पैंटानल के हिस्से वाले क्षेत्रों में जलस्तर दो से पाँच मीटर तक बढ जाता है। अन्य क्षेत्रों में यह उतार चढाव कम होता है। निम्न भूमि और घनी वनस्पतियों की वजह से बाढ का पानी धीरे-धीरे ( प्रति सेकंड की दर से बाहर निकलता है। ) 

जब ऊपर उठता पानी सूखी जमीन से पहली बार मिलता है तब पानी में ऑक्सीजन की कमी हो जाति है। इसकी वजह से कई बार प्राकृतिक रूप से मछलियों के भारी संख्या में मृत्यु हो जाती है क्योंकि उन्हें ऑक्सीजन नहीं मिलता। (इसका कारण संदेहास्पद है: यह ऑक्सीजन की कमी के बजाए विष (टॉक्सीन) बनाने वाले बैक्टीरिया जो कम वाले ऑक्सीजन जलाशयों में होते हैं, से भी हो सकता है। (मैक्क्लेन 2002))।

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