खेती की पारंपरिक और जैविक प्रणालियों की तुलना और जांच करने के लिए कई सर्वेक्षण और अध्ययन किये गए हैं। इन सर्वेक्षणों में सामान्य सर्वसम्मति यह है कि जैविक कृषि निम्नलिखित कारणों के कारण कम हानिकारक हैं:


हालांकि, जैविक कृषि के तरीकों के कुछ आलोचकों का मानना है कि एक ही मात्रा में खाद्य के उत्पादन के लिए परंपरागत खेतों की तुलना में जैविक खेतों के लिए अधिक भूमि की आवश्यकता होती है (नीचे 'उपज' अनुभाग देखें). उनका तर्क है कि अगर यह सच है तो जैविक खेत संभावित रूप से वर्षावनों को नष्ट कर सकते है और कई पारितंत्रों का सफाया कर सकते है।

अन्य रिपोर्टों के समान ब्रिटेन में 2003 में पर्यावरण खाद्य और ग्रामीण मामलों के विभाग द्वारा जांच में पाया गया कि जैविक कृषि "सकारात्मक पर्यावरणीय लाभ का उत्पादन कर सकती है", लेकिन अगर क्षेत्र के बजाय उत्पादन इकाई के आधार पर तुलना की जाती है तो कुछ लाभ कम हो जाते हैं या खो जाते हैं।

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