1986 में इनकी मुलाकात एयर इंडिया की एयर होस्टेस, समीरा त्याबजी से हुई। इसके बाद उन दोनों ने शादी कर ली और उनका 7 मई 1987 को एक बच्चे, सिद्धार्थ माल्या का जन्म हुआ। इसके कुछ ही समय बाद दोनों का तलाक हो गया, लेकिन माल्या ने सार्वजनिक रूप से कहा था कि उनका और उनकी पत्नी का रिश्ता काफी अच्छा था। जून 1993 में माल्या ने रेखा के साथ दूसरी शादी कर ली। वे दोनों एक दूसरे को बचपन से जानते थे और इन दोनों के दो बच्चे भी हुए, जिनका नाम लेयन्ना और तान्या है। रेखा के पिछले शादी से भी दो बच्चे थे, जिनका नाम लैला और कबीर है। विजय माल्या ने रेखा की बेटी लैला को गोद ले लिया और कहा कि वे एक पिता के रूप में उसके भविष्य के लिए अच्छी तरह अपनी ज़िम्मेदारी निभाएंगे, पर साथ ही उन्होंने कहा कि "मैं अपने से ही देखभाल करने वाला पिता नहीं हूँ, मैं कुछ अच्छे जानकार लोगों को देखभाल के लिए रखूँगा, जो बच्चे का अच्छे से ख्याल रख सकें।"

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