अमेरिकन एयरलाइंस ने एफएए (FAA) के साथ अपने एमडी (MD) 80-बेड़े के रखरखाव के विवाद के बारे में को बताया कि इन जेटों के संचालन से संबंधित लागत ने अमेरिकन की आधार रेखा को प्रभावित किया है। अमेरिकन एयरलाइंस ने यह सुनिश्‍चित करने के लिए कि उन्‍होंने सरकार के सुरक्षा नियामकों का पालन किया है, अप्रैल 2008 के तीन से अधिक दिनों को तार के बंडलों की जांच करने में 1000 फ्लाइट्स को रद्द कर दिया। . इससे यात्रियों को उल्‍लेखनीय असुविधा और एयरलान के लिए वित्तीय समस्‍या हुई। अमेरिकन ने अपने पुराने एमडी (MD)-80 जेटों को बोइंग 737 से बदलने की प्रक्रिया को प्रारंभ किया है। नए एमडी (MD)-80 अगली पीढ़ी के संकरे आकार के एयरक्राफ्ट (बोइंग (Y1) पाई1) के उपलब्‍ध होने तक कार्यरत रहेंगे.

सितंबर 2009 में, एसोसिएटेड प्रेस और "वॉल स्ट्रीट जर्नल" ने बताया कि अमेरिकन एफएए से कम से कम 16 एमडी (MD)-80 में देखभाल में कमी को छुपाने का दोषी था। मरम्‍मत की समस्‍याओं में दोषपूर्ण आपातकालीन स्‍लाइड्स, अनुचित इंजिन कोटिंग, गलत ड्रिल छिद्र और घटिया कारीगरी शामिल थे। सर्वाधिक गंभीर कथित कमी बल्‍कहेड्स के दबाव के लिए क्रैक्‍स की मरम्‍मती में विफलता थी, बल्‍कहेड का भंग होना केबिन के दबावहीन होने को प्रेरित कर सकती थी। यह भी बताया गया कि एयरलाइन ने एफएए (FAA) के निरीक्षकों से छुपाने के क्रम में एक जहाज को हटा दिया था, एयरलाइन ने खंडन करते हुए कहा कि एफएए (FAA) निरीक्षकों को हमेशा किसी भी जहाज पर, चाहे वह हटाया गया हो या नहीं, पूर्ण पहुंच प्राप्त है।

मई 2008 में, एयरक्राफ्ट के व्‍यापक रूप से ग्राउंडिंग के बाद, अमेरिकन ने राजस्‍व बढ़ाने और उंचे इंधन के मूल्‍यों को वहन करने में मदद के लिए क्षमता और शुल्‍कों में कटौती की घोषणा की। एयरलाइन ने शुल्‍कों में वृद्धि की, जैसे प्रथम जांचे गए बैग के लिए 15 डॉलर और दूसरे के लिए 25 डॉलर, साथ ही साथ घरेलू आरक्षणों के लिए 150 डॉलर परिवर्तन शुल्‍क. अमेरिकन का क्षेत्रिय एयरलाइन, अमेरिकन ईगल एयरलाइन 35 से 40 क्षेत्रिय जेट्स को और साथ ही साथ इसके साब टर्बोप्रोप बेड़े को हटाएगा.

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