1996 में, मॉर्गन स्टेनली ने वान कंपेन अमेरिकन कैपिटल का अधिग्रहण किया। 5 फ़रवरी 1997 को, कंपनी का विलय डीन वीटर रेनॉल्ड्स और डिस्कवर एंड कं., सीयर्स रीबक से अलग हुई वित्तीय सेवा व्यापार, के साथ हुआ। विलय की गयी कंपनी संक्षेप में "मॉर्गन स्टेनली डीन वीटर डिस्कवर एंड कं." से जानी जाती थी 1998 तक जब यह "मॉर्गन स्टेनली डीन वीटर एंड कं." से जानी जाती थी 2001 के आखीर तक. ब्रांड मान्यता और विपणन को प्रोत्साहन देने के लिए डीन वीटर नाम हटा दिया गया और फ़र्म "मॉर्गन स्टेनली" बन गयी। मॉर्गन स्टेनली ने स्पेन की एबी असेसर्स का अधिग्रहण किया और 1999 में जेएम फाइनांसियल्स के साथ एक संयुक्त उद्यम में भारत में प्रवेश किया।

2001 में, मॉर्गन स्टेनली के कार्यालय पंद्रह मंजिलों पर स्थित थे, 59 वें तल से लेकर 74 वीं मंजिल तक न्यूयॉर्क शहर में वर्ल्ड ट्रेड सेंटर के दक्षिण टॉवर में. ये कार्यालय डीन वीटर से विरासत में थे जो 1980 के दशक के मध्य से जगह पर कब्जा किये हुए थे। 11 सितंबर की घटनाओं के दौरान दोनों वर्ल्ड ट्रेड सेंटर टावर ढह गए थे जब अल कायदा आतंकवादियों ने दो हवाई जहाज़ों का अपहरण कर लिया और उन्हें टावरों से टकरा दिया. दस कर्मचारी मारे गए; एक अमेरिकी एयरलाइंस की फ्लाइट 11 पर और नौ अन्य टावरों में, सुरक्षा निदेशक रिक रेस्कोर्ला सहित. 2,687 सफलतापूर्वक बचा लिए गए। आपदा के बाद, जीवित बचे कर्मचारियों को आसपास के क्षेत्र में अस्थायी मुख्यालय ले जाया गया। 2005 में, इसने अपने 2,300 कर्मचारियों को वापस निचले मैनहट्टन में स्थापित किया, उस समय की सबसे बड़ी ऐसी स्थापना थी।

2004 में, मॉर्गन स्टेनली ने गूगल आईपीओ का नेतृत्व किया जो अमेरिकी इतिहास का सबसे बड़ा इंटरनेट आईपीओ था। उसी साल में मॉर्गन स्टेनली ने कैनरी व्हार्फ समूह का अधिग्रहण किया। 19 दिसम्बर 2006 को, 4थी तिमाही आय की रिपोर्टिंग के बाद, मॉर्गन स्टेनली ने कार्ड डिस्कवर इकाई अलग करने की घोषणा की. सबप्राइम मोर्टगेज आपदा के दौरान बट्टे खाते से निपटने के लिए, मॉर्गन स्टेनली ने 19 दिसम्बर 2007 को घोषणा की कि वह चीन इन्वेस्टमेंट कारपोरशन से प्रतिभूतियों के बदले यूएस $5 बिलियन पूँजी निषेचन प्राप्त करेगा जो कि 2010 में इसके अंश के 9.9% में परिवर्तनीय होगा. बैंक ने डिस्कवर फिनान्सिअल्स को अलग करने का काम 30 जून 2007 को पूरा कर लिया।

अगस्त 2007 के प्रारंभ में, प्रोसेस ड्रिवन ट्रेडिंग इकाई वॉल स्ट्रीट पर और कई कंपनियों में थी जिनके अंशों में एकदम वृद्धि हुई और परिसमाप्ति के दौरान सिर्फ बुधवार, अगस्त 8 को लगभग 300 मिलियन डॉलर का नुकसान रिपोर्ट किया गया। एक स्टॉक जो इस अगस्त निचोड़ में शामिल था, बीज़र होम्स यूएसए, उस समय अचल संपत्ति बुलबुले का एक घटक था; कईयों के विचार में ये बुलबुला 2007-2010 के वित्तीय संकट का एक केंद्रीय लक्षण था।

अगस्त 2008 में, मॉर्गन स्टेनली को संयुक्त राज्य ट्रेज़री द्वारा फेनी मॅई और फ्रेडी मैक के लिए संभावित बचाव रणनीतियों पर सरकार को सलाह देने के लिए अनुबंधित किया गया था।

17 सितम्बर 2008, ब्रिटिश शाम-समाचार विश्लेषण कार्यक्रम "न्यूज़ नाईट" ने बताया कि मॉर्गन स्टेनली को अंश मूल्य में 42% गिरावट के बाद कठिनाइयों का सामना करना पड़ रहा था।
सीईओ जॉन जे. मैक ने कर्मचारियों को एक ज्ञापन में लिखा था "हम भय और अफवाहों से नियंत्रित बाज़ार के मध्य में हैं और शार्ट विक्रेता हमारे स्टॉक को नीचे चला रहे हैं।" कंपनी सी आई टी आई सी, वेकोविया एचएसबीसी, बैंको सान्टेन्डर औरनोमुराके साथ विलय की संभावनाओं का पता लगाने के लिए भी कही जाती है। एक बिंदु पर, हांक पोलसन, ने जे पी मॉर्गन चेज के लिए मॉर्गन स्टेनली की पेशकश बिना किसी लागत पर की, लेकिन जेमी डिमान ने पेशकश से इनकार कर दिया.

22 सितम्बर 2008 को, अमेरिका के आखिरी दो प्रमुख अविनियमित निवेश बैंकों, मॉर्गन स्टेनली और गोल्डमैन सैक्स, दोनों ने घोषणा की कि वे फेडरल रिजर्व द्वारा विनियमित पारंपरिक बैंक होल्डिंग कंपनी बन जायेंगीं, जिससे वाल स्ट्रीट पर निवेश बैंकिंग के एक युग का समापन हो गया। फेडरल रिजर्व बैंक द्वारा उनके बैंक बनने के प्रयास पर मुहर के साथ ही सिक्युरिटी फर्मों के उत्थान का दौर समाप्त हो गया, कांग्रेस द्वारा उन्हें जमा लेने वाले उधारदाताओं से अलग करने के 75 साल बाद और कई सप्ताह की अराजकता के बाद जिसने लेहमेन ब्रदर्स को दीवालिएपन की ओर धकेला और मेरिल लिंच एंड कंपनी से लेकर बैंक ऑफ़ अमेरिका कॉर्पोरशन की बिक्री का कारण भी यही रहा.

29 सितम्बर 2008 को, यह घोषणा की गयी कि मित्सुबिशी यू ऍफ़ जे फाइनेंशियल ग्रुप, जापान का सबसे बड़ा बैंक, मॉर्गन स्टेनली में 9 बिलियन डॉलर की इक्विटी लेगा. अक्टूबर 2008 के शेयर बाजार की अस्थिरता के बीच में, मित्सुबिशी समझौते के पूरा होने पर चिंता के कारण मॉर्गन स्टेनली के अंश मूल्य में एक नाटकीय गिरावट उस स्तर तक आयी जो पिछली बार 1994 में देखा गया था। स्टॉक में काफी वृद्धि हुई जब मित्सुबिशी यू ऍफ़ जे ने 14 अक्टूबर 2008 को मॉर्गन स्टेनली के 21% खरीदने के सौदे को बंद किया।

2009 में, मॉर्गन स्टेनली ने सिटीग्रुप से स्मिथ बार्नी को खरीदा और एक नयी कंपनी मॉर्गन स्टेनले स्मिथ बार्नी के नाम से संचालन कर रही है।

अप्रैल 2010 में वॉल स्ट्रीट जर्नल ने रिपोर्ट की कि दोनो फर्मों के तकनीकी एकीकरण के हिस्से के रूप में मॉर्गन स्टेनली स्मिथ बार्नी 3डी नामक एक नया वेब-आधारित दलाल वर्कस्टेशन जारी करेगा.

इतिहास
विवाद और मुकदमें
हाल के साल: 1991-वर्तमान
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