ज़ुल्जू, जो शायद तुर्किस्तान का एक मंगोल था, ने 1320 में तबाही मचाई, जब उसने कश्मीर घाटी के कई इलाकों को जीतने वाली सेना की कमान संभाली। हालाँकि ज़ुल्जू शायद मुसलमान नहीं था। कश्मीर के सातवें मुस्लिम शासक सुल्तान सिकंदर बुतशिकन (1389-1413) की गतिविधियाँ भी इस क्षेत्र के लिए महत्वपूर्ण थीं। सुल्तान को एक मूर्तिभंजक (iconoclast) के रूप में निर्दिष्ट किया गया क्योंकि उसने कई गैर-मुस्लिम धार्मिक प्रतीकों को ध्वस्त किया और आबादी को धर्म-परिवर्तन या पलायन करने के लिए मजबूर किया। पारंपरिक धर्मों के बहुत से अनुयायी, जो इस्लाम में परिवर्तित न हुए, भारत के अन्य हिस्सों में चले गए। प्रवासियों में कुछ पंडित शामिल थे, हालांकि संभव है कि इस समुदाय के कुछ लोग नए शासकों से बचने के साथ ही आर्थिक कारणों से भी विस्थापित हुए हों। ब्राह्मणों को उस समय सामान्यतया शासकों द्वारा अन्य क्षेत्रों में भूमि की पेशकश की जा रही थी जिससे कि समुदाय के परंपरागत उच्च साक्षरता और व्यवहार ज्ञान का उपयोग किया जा सके, साथ ही संधिबद्धता द्वारा उन्हें भी वैधता भी प्राप्त हो सके। जनसंख्या और धर्म दोनों में परिवर्तन का परिणाम यह हुआ कि कश्मीर घाटी मुख्य रूप से मुस्लिम क्षेत्र बन गया।
बुतशिकन का उत्तराधिकारी, कट्टर मुस्लिम ज़ैन-उल-अबिदीन (1423-74), हिंदुओं के प्रति सहिष्णु था। उसने उन सभी को हिंदू धर्म में पुनर्वापसी की मंजूरी दी जिनको मुस्लिम-धर्म में परिवर्तन के लिए विवश किया गया, साथ ही वह मंदिरों के जीर्णोद्धार में भी प्रवृत्त हुआ। उसने इन पंडितों की शिक्षा का सम्मान किया, जिनके लिए उसने भूमि दी और साथ ही उन लोगों को प्रोत्साहित किया, जिन्हें वापस लौटने के लिए छोड़ दिया गया था। उसने एक योग्यतातंत्र (meritocracy) को संचालित किया तथा ब्राह्मण और बौद्ध दोनों उसके निकटतम सलाहकार थे।

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