मैराथन प्रशिक्षण में लंबी दौड़ एक अहम चीज़ है। शौकिया धावक आमतौर पर अधिकतम 20 मील (32 किलोमीटर) दौड़ने की कोशिश करते हैं और पूरे हफ़्ते में कुछ 40 मील (64 किलोमीटर) दौड़ने की कोशिश करते हैं, लेकिन 
वास्तव में अभ्यास करने वाले अक्सर ऐसा नहीं करते हैं। अधिक अनुभवी मैराथनी ज़्यादा लंबी दूरी या हफ़्ते भर में अधिक किलोमीटर दौड़ सकते हैं। अधिक साप्ताहिक प्रशिक्षण किलोमीटरों से दूरी और क्षमता के लिहाज़ से ज़्यादा अच्छे नतीजे मिलते हैं, पर साथ ही प्रशिक्षण में चोट लगने की संभावना भी बढ़ जाती है। Most male elite marathon runners will have weekly mileages of over 100 miles (160 kilometres).

Many training programs last a minimum of five or six months, with a gradual increase (every two weeks) in the distance run and finally a little decrease (1 to 3 weeks) for recovery. The decrease, commonly called the "taper", should last a minimum of two weeks and a maximum of three weeks, according to most trainers. For beginners wishing to merely finish a marathon, a minimum of 4 months of running 4 days a week is recommended. Many trainers recommend a weekly increase in mileage of no more than 10%. It is also often advised to maintain a consistent running program for six weeks or so before beginning a marathon training program to allow the body to adapt to the new stresses. The marathon training program itself would suppose variation between the hard and the easy training, with a periodization of the general plan.

Training programs may be found at Runner's World, Hal Higdon, Jeff Galloway, Boston Athletic Association and from numerous other sources.

Overtraining is a condition that results from not getting enough rest to allow the body to recover from stressful training. It can result in lowered endurance and speed and place a runner at a greater risk of injury.

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