अधिकांश प्रोटीन गैस्ट्रो-आंत्र पथ में पाचन द्वारा एकल अमीनो अम्ल से विघटित होते हैं। 

आमतौर पर पेट में पाचन तब शुरू होता है जब पेप्सिनोजेन को हाइड्रोक्लोरिक अम्ल की क्रिया द्वारा पेप्सिन में बदल दिया जाता है, और छोटी आंत में ट्रिप्सिन और काइमोट्रिप्सिन द्वारा जारी रखा जाता है। छोटी आंत में अवशोषण से पहले, अधिकांश प्रोटीन पहले से ही अमीनो अम्ल या कई अमीनो अम्ल के पेप्टाइड्स में कम हो जाते हैं। चार अमीनो अम्ल से अधिक लंबे पेप्टाइड अवशोषित नहीं होते हैं। आंतों के अवशोषण कोशिकाओं में अवशोषण का अंत नहीं है। वहां, अधिकांश पेप्टाइड एकल अमीनो अम्ल में टूट जाते हैं। 

अमीनो अम्ल और उनके डेरिवेटिव का अवशोषण जिसमें आहार प्रोटीन का क्षरण होता है, जठरांत्र संबंधी मार्ग द्वारा किया जाता है । व्यक्तिगत अमीनो अम्ल की अवशोषण दर प्रोटीन स्रोत पर अत्यधिक निर्भर करती है; उदाहरण के लिए, मनुष्यों में कई अमीनो अम्ल की पाचन, सोया और दूध प्रोटीन के बीच अंतर और व्यक्तिगत दूध प्रोटीन, बीटा-लैक्टोग्लोबुलिन और कैसिइन के बीच। दूध प्रोटीन के लिए, लगभग 50% अंतर्ग्रहण प्रोटीन पेट और जेजुनम के बीच अवशोषित होता है और 90% उस समय तक अवशोषित होता है जब पचा हुआ भोजन इलियम में पहुंच जाता है। जैविक मूल्य (बी.वी.) एक भोजन से अवशोषित प्रोटीन के अनुपात का एक उपाय है जो जीव के शरीर के प्रोटीन में शामिल हो जाता है। 

स्तनधारियों के नवजात शिशु प्रोटीन पाचन और आत्मसात में असाधारण होते हैं, ताकि वे छोटी आंत में बरकरार प्रोटीन को अवशोषित कर सकें। यह निष्क्रिय प्रतिरक्षा को सक्षम करता है, अर्थात, दूध से मां से नवजात शिशु तक इम्युनोग्लोबुलिन का स्थानांतरण। 

प्रोटीन सेवन आवश्यकताओं के आसपास के मुद्दों के बारे में काफी बहस हुई है। किसी व्यक्ति के आहार में आवश्यक प्रोटीन की मात्रा समग्र ऊर्जा सेवन, शरीर की नाइट्रोजन की आवश्यकता और आवश्यक अमीनो अम्ल, शरीर के वजन और संरचना, व्यक्ति में वृद्धि की दर, शारीरिक गतिविधि स्तर, व्यक्ति की ऊर्जा और कार्बोहाइड्रेट में बड़े हिस्से में निर्धारित होती है। सेवन, और बीमारी या चोट की उपस्थिति। शारीरिक गतिविधि और परिश्रम के साथ-साथ मांसपेशियों में वृद्धि प्रोटीन की आवश्यकता को बढ़ाती है। विकास और विकास के लिए, गर्भावस्था के दौरान, या जब बच्चे को पोषण देने के लिए या जब शरीर को कुपोषण या आघात से उबरने की आवश्यकता होती है या ऑपरेशन के बाद स्तनपान की आवश्यकता होती है, तब भी आवश्यकताएं अधिक होती हैं। 

यदि आहार के माध्यम से पर्याप्त ऊर्जा नहीं ली जाती है, जैसे कि भुखमरी की प्रक्रिया में, शरीर अपनी ऊर्जा की जरूरतों को पूरा करने के लिए मांसपेशियों के द्रव्यमान से प्रोटीन का उपयोग करेगा, जिससे समय के साथ मांसपेशियों की बर्बादी हो सकती है। यदि व्यक्ति पोषण में पर्याप्त प्रोटीन का उपभोग नहीं करता है, तो मांसपेशियों को भी अधिक महत्वपूर्ण सेलुलर प्रक्रियाओं (जैसे, श्वसन एंजाइम, रक्त कोशिकाओं) के रूप में बर्बाद कर दिया जाएगा अपनी आवश्यकताओं के लिए मांसपेशियों के प्रोटीन को रीसायकल करते हैं। 
प्रोटीन मानव शरीर में कार्य करता है
स्रोत
प्रोटीन की गुणवत्ता
पाचन