सोवियत प्रधानमंत्री निकिता ख्रुश्चेव के मन में मई 1962 में क्यूबा में अपनी मध्यवर्ती-दूरी की नाभिकीय मिसाइलों की तैनाती द्वारा संयुक्त राज्य अमेरिका के सामरिक मिसाइलों के विकास और तैनाती का प्रत्युत्तर देने का विचार आया। अप्रैल 1962 के दौरान तुर्की में संयुक्त राज्य अमेरिका की जुपिटर नामक मध्यवर्ती-दूरी की प्रक्षेपिक मिसाइलों की तैनाती के हिस्से के रूप में भी ख्रुश्चेव प्रतिक्रया कर रहे थे।

एकदम शुरुआत से ही, सोवियत की गतिविधि का विस्तृत खंडन और छल आवश्यक बन गया था, जिसे रूस में "मस्किरोव्का" (Maskirovka) कहा जाता है। सारी योजना और मिसाइलों का परिवहन और उनकी तैनाती अत्यंत गोपनीयता के साथ पूरी की गयी, सिर्फ कुछ लोगों को इस अभियान की वास्तविक प्रकृति के बारे में बताया गया। यहां तक कि इस अभियान पर जाने वाले सैनिकों को भी गुमराह किया गया था, उनसे कहा गया था कि वे ठंडे क्षेत्र को जा रहे हैं और स्की जूते, गर्म जैकेट और अन्य शीतकालीन उपकरणों से उन्हें सुसज्जित किया गया। सोवियत कोड नाम रखा गया ऑपरेशन अनादीर (Operation Anadyr), जो बेरिंग सागर में समाने वाली एक नदी, चुकोत्स्की जिले की राजधानी और सुदूर पूर्वी क्षेत्र स्थित एक बमवर्षक अड्डे का भी नाम है। आंतरिक व बाहरी लोगों से इस कार्यक्रम को छुपाने के लिए यह सब किया गया।

1962 के शुरू में, एक कृषि प्रतिनिधिमंडल के साथ सोवियत सैन्य और मिसाइल निर्माण विशेषज्ञों का एक दल हवाना पहुंचा। उन्होंने क्यूबा के नेता फिडेल कास्त्रो के साथ एक बैठक की। क्यूबा के नेतृत्व को पूरी आशंका थी कि यू॰एस॰ (U.S.) फिर से क्यूबा पर करेगा और इसीलिए बड़े उत्साह के साथ उन्होंने क्यूबा में नाभिकीय मिसाइलें लगाने के विचार को मंजूरी दे दी। जुलाई में "मशीन ऑपरेटरों", "सिंचाई विशेषज्ञों" और "कृषि विशेषज्ञों" के वेश में मिसाइल निर्माण विशेषज्ञ वहां पहुंच गये। सोवियत रॉकेट बलों के प्रमुख मार्शल सेर्गेई बिर्युज़ोव ने क्यूबा का दौरा करने वाले एक सर्वेक्षण दल का नेतृत्व किया। उन्होंने ख्रुश्चेव को बताया कि मिसाइलों को ताड़ के पेड़ों से छुपाया जाएगा और वैसा छद्मावरण बनाया जाएगा.

क्यूबा का नेतृत्व तब और अधिक परेशान हुआ, जब सितंबर में कांग्रेस ने यू॰एस॰ (U.S.) संयुक्त प्रस्ताव 230 को अनुमोदित कर दिया, जो अमेरिकी हितों पर खतरा होने पर क्यूबा के विरुद्ध सैन्य शक्ति के इस्तेमाल की इजाजत देता था। उसी दिन, यू॰एस॰ (U.S.) ने कैरिबियाई सागर में एक बड़े सैन्य अभ्यास, PHIBRIGLEX-62, की घोषणा कर दी, जिसे सुविचारित उकसावा बताकर क्यूबा ने उसकी निंदा की और इसे यू॰एस॰ (U.S.) द्वारा क्यूबा पर हमला करने की योजना बनाने का सबूत बताया। 
ख्रुश्चेव और कास्त्रो गुप्त रूप से क्यूबा में सामरिक नाभिकीय मिसाइलें लगाने पर सहमत हो गये। कास्त्रो की तरह, ख्रुश्चेव ने भी महसूस किया कि क्यूबा पर एक यू॰एस॰ (U.S.) आक्रमण आसन्न है और क्यूबा को खोने से कम्युनिस्ट सिद्धांत को बड़ा नुक्सान उठाना पडेगा, खासकर लैटिन अमेरिका में. उन्होंने कहा कि वे अमेरिकियों से टकराव चाहते हैं "शब्दों के बजाय उससे कहीं ज्यादा...तार्किक उत्तर था मिसाइल." सोवियत संघ ने अपनी सख्त गोपनीयता बनाए रखी, उन्होंने अपनी योजना को लौंगहैण्ड (हाथ से प्रवाही लेखन) से लिखा, जिसे रोडिओन मालिनोव्सकी ने 4 जुलाई को अनुमोदित किया और ख्रुश्चेव ने 7 जुलाई को।

सोवियत नेतृत्व का मानना था, जो बे ऑफ़ पिग्स आक्रमण के दौरान कैनेडी के आत्मविश्वास में कमी की उनकी अभिज्ञता पर आधारित थी, कि वे मिसाइलों को एक "निर्विवादित तथ्य" मानकर उसे स्वीकार कर लेंगे और टकराव से दूर रहेंगे. 11 सितंबर को, सोवियत संघ ने सार्वजनिक रूप से चेतावनी दी कि क्यूबा पर या द्वीप में आपूर्ति के लिए जा रहे सोवियत जहाज़ों पर यू॰एस॰ (U.S.) हमले को युद्ध माना जायेगा. सोवियत संघ ने क्यूबा में अपनी कार्रवाइयों को छुपाये रखने के लिए अपना "मस्किरोव्का" कार्यक्रम जारी रखा। वे बार-बार इससे इंकार करते रहे कि क्यूबा में लाये जा रहे हथियार आक्रामक प्रकृति के हैं। 7 सितंबर को, सोवियत राजदूत अनातोली दोब्रिनिन ने संयुक्त राष्ट्र में यू॰एस॰ (U.S.) राजदूत अडलाई स्टीवेंसन को आश्वासन दिया कि यूएसएसआर (USSR) क्यूबा को केवल रक्षात्मक हथियारों की आपूर्ति कर रहा है। 11 सितंबर को, सोवियत समाचार एजेंसी तास (TASS) ने घोषणा की कि क्यूबा में आक्रामक परमाणु मिसाइलें लगाने की सोवियत संघ को कोई जरूरत नहीं या ऐसा कोई इरादा नहीं है। 13 अक्टूबर को, पूर्व विदेश उपमंत्री चेस्टर बाउल्स ने दोब्रिनिन से पूछा कि क्या क्यूबा में आक्रामक हथियार लगाने की सोवियत संघ की योजना है। उन्होंने ऐसी किसी योजना से इंकार किया। और फिर 17 अक्टूबर को, सोवियत दूतावास अधिकारी ज्योर्जी बोल्शाकोव ने राष्ट्रपति कैनेडी को ख्रुश्चेव का एक "व्यक्तिगत संदेश" दिया, जिसमें उन्हें आश्वस्त किया गया था कि "किसी भी परिस्थिति में जमीन से जमीन पर मार करने वाली मिसाइलें क्यूबा नहीं भेजी जाएंगी."
आर-12 मिसाइलों की पहली खेप 8 सितंबर की रात को पहुंची और 16 सितंबर को दूसरी खेप. आर-12 पहली सामरिक मध्यम-दूरी की प्राक्षेपिक मिसाइल थी, यह सबसे पहली मिसाइल रही जिसका बड़े पैमाने पर उत्पादन किया गया और यह पहली सोवियत मिसाइल थी जिसे थर्मोन्यूक्लियर स्फोटक शीर्ष के साथ तैनात किया गया। यह एक सिगल-स्टेज, सड़क से परिवहनयोग्य, जमीन से चलायी जाने वाली, भंडारयोग्य प्रणोदक ईंधन मिसाइल थी, जिससे एक मेगाटन-श्रेणी के नाभिकीय हथियार को छोड़ा जा सकता था। सोवियत संघ ने नौ अड्डों का निर्माण किया था - छः की प्रभावकारी दूरी की आर-12 मध्यम-दूरी की मिसाइलों (नाटो का दिया नाम "एस एस-4 संडल") के लिए और तीन की अधिकतम दूरी की आर-14 मध्यवर्ती-दूरी की प्राक्षेपिक मिसाइलों (नाटो का दिया नाम "एस एस-5 एस्कियन") के लिए। 

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