डकोटा के लोग, उस क्षेत्र के मूल निवासी जहां अब मिनियापोलिस खड़ा है, महान आत्मा में विश्वास करते थे और उन्हें हैरानी हुई कि सभी यूरोपीय निवासी धार्मिक नहीं थे। तब से मिनियापोलिस में पचास से अधिक संप्रदाय और धर्म तथा कुछ विख्यात चर्चों की स्थापना की गई है। न्यू इंग्लैंड से जिनका आगमन हुआ था उनमें से अधिकांश ईसाई प्रोटेस्टेंट, क्वेकर और यूनिवर्सलिस्ट थे। शहर में सबसे पुराना लगातार प्रयुक्त चर्च, निकोलेट द्वीप/ईस्ट बैंक के पड़ोस में स्थित अवर लेडी ऑफ़ लाउर्डेस कैथोलिक चर्च यूनिवर्सलिस्टों द्वारा १८५६ में बनाया गया और शीघ्र बाद में फ्रांसीसी कैथोलिक मंडली द्वारा अधिग्रहीत किया गया था। 1878 में शाराई टोव के रूप में गठित पहली यहूदी मंडली ने मिनियापोलिस के पूर्वी उपद्वीप में यहूदी प्रार्थना-मंदिर का निर्माण किया जो 1920 के बाद से टेम्पल इज़राइल के रूप में जाना जाता है। सेंट मेरी का रूढ़िवादी कैथेड्रल 1887 में स्थापित किया गया, 1897 में एक मिशनरी स्कूल खोला गया और 1905 में अमेरिका में प्रथम रूसी रूढ़िवादी मदरसे का निर्माण किया गया। लोरिंग पार्क के पास अमेरिका में पहला महामंदिर, रोमन कैथोलिक बैसिलिका ऑफ़ सेंट मेरी का नामकरण पोप पायस XI द्वारा किया गया। 1972 में, एक राहत एजेंसी ने युगांडा से पहले शिया मुस्लिम परिवार को बसाया. 2004 तक, 20,000 और 30,000 के बीच सोमाली मुसलमानों ने शहर को अपना घर बनाया.
1940 दशक के अंत से 2000 के दशक तक बिली ग्राहम इवांजेलिस्टिक एसोसिएशन, "डिसिशन" पत्रिका और वर्ल्ड वाइड पिक्चर्स फिल्म और टेलीविजन वितरण के मुख्यालय मिनियापोलिस में स्थापित थे। पेंटेकोस्टल नॉर्थ सेंट्रल यूनिवर्सिटी में पढ़ते समय जिम बैकर और टैमी फ़ाए की मुलाकात हुई और एक टेलीविज़न मंत्रालय की शुरूआत की जो 1980 के दशक तक 13.5 मिलियन घरों में पहुंच गया। आज, दक्षिणपश्चिमी मिनियापोलिस में स्थित माउंट ओलिवेट लूथेरान चर्च के 6000 सक्रिय सदस्य हैं और वह दुनिया का सबसे बड़ा लूथेरान धर्मसंघ है। लॉन्गफ़ेलो के पड़ोस में क्राइस्ट चर्च लूथेरान वास्तुकार एलियल सारिनेन के बेहतरीन काम में से है। धर्मसंघ ने बाद में उनके बेटे ईरो सारिनेन द्वारा परिकल्पित एक शैक्षिक इमारत को जोड़ा.

परोपकार और धर्मार्थ दान समुदाय का हिस्सा हैं। मिनियापोलिस-सेंट पॉल के वयस्कों में 40% से अधिक स्वयंसेवक कार्य के लिए अपना समय देते हैं, जोकि अमेरिका का सर्वोच्च प्रतिशत है। कैथोलिक चैरिटीज़ स्थानीय सामाजिक सेवाओं के सबसे बड़े प्रदाताओं में से एक है। अमेरिकी रेफ्यूजी कमिटी प्रत्येक वर्ष अफ़्रीका, बालकान्स और एशिया के दस देशों में एक लाख शरणार्थी और विस्थापित व्यक्तियों की मदद करती है। हालांकि कोई मिनियापोलिस व्यापार शीर्ष कार्पोरेट नागरिक नहीं हैं, बिज़नेस एथिक्स मिनियापोलिस में अवस्थित था और कॉर्पोरेट दायित्व अधिकारियों के लिए "CRO" पत्रिका का पूर्ववर्ती था। मिनेसोटा का सबसे पुराना न्यास, मिनियापोलिस फ़ाउंडेशन नौ सौ से अधिक धर्मार्थ निधियों में निवेश और उन्हें संचालित करता है और दाताओं को लाभरहित संस्थाओं से जोड़ता है। महानगरीय क्षेत्र अपने कुल धर्मार्थ दान का 13% कला और संस्कृति को देता है। हाल के कला सुविधाओं के विस्तार का अनुमानित $1 बिलियन निजी तौर पर दिया गया था।

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