इस शहर में मानव निवास के पहले सबूत पाषाण युग से मिलें हैं। रोम के बादशाह ऑगस्टस के राजयकाल था, इस वक़्त डैन्यूब के दक्षिण और केल्ट कबीलों पर रोम ने कब्ज़ा जमा कर, इस इलाक़े पर सन 40 AD में बसना शुरू कर दिए। 

एक छोटे कसबे की स्थापना हुई थी, जिसका नाम ड्रोसोमगुस रका गया था। कस्बा धीरे धीरे बढ़ने लगा। बाद में इस शहर का नाम कोंस्टांत्या रका गया। यह नाम इसलिए रका गया था क्योंकि उस वक़्त रोम के शहंशाह थे कोंस्तांतियस क्लोरस जिन्होंने सन 300 में उस इलाक़े को अलेमानी नाम के जर्मन कबीले को हराकर एक किला कायम किया। उनके पोथे का नाम भी कोंस्तांतियस था और उनके सन 354 इस इलाक़े के दौरे को सम्मान देने के वजह से भी उस नाम का इस्तेमाल हो सकता है। किले की खोज सन 2003 में हुई। 

सन 585 के आसपास पहले बिशप की नियुक्ति से इस शहर के धार्मिक महत्त्व बढ़ गया। मध्य युग के अंत के आसपास यहां लगबग 6000 की जनसंख्या थी जिसमें एक चौथाई का पेशा पादरी होना था।

मध्य युग के दौरान व्यापार बढ़ा। राइन नदी पर उस इलाक़े का इकलौता पल इस शहर में था, जिसकी वजह से कोंस्टांज़ का महत्त्व और भी बढ़ गया। छालटी के उत्पन्न में कोंस्टांज़ आगे था और इससे शहर के शौहरत और दौलत दोनों बढ़ते गए। सन 1192 में यह शहर पवित्र रोमन सम्राट के अधीन हो गया।

1411 से 1418 तक में कैथोलिक चर्च समुदाय के सबसे मत्त्वपूर्र्ण बैठक यहां हुई थी। 6 जुलै 1415 में जान हुस नाम के चेक सुधारक को सजाएमौत सुनवाई गई थी। 

इसी बैठक में दो पोपों की हुकूमत बंद हुई और पोप मार्टिन पंचम को असली पोप माना गया। जिस इमारत में यह बैठक हुई थी वह आज भी बरक़रार है। सन 1993 में इस बैठक के सालगिरे के सम्मान में इम्पीरिया नाम का मूर्ति बनाया गया। 

सन 1460 में स्विस संघ ने थूरगौ नाम के आतंरिक इलाक़े पर कब्ज़ा जमा लिया। कोंस्टांज़ खुद स्विस संघ में शामिल होने की कोशिशें किया था, लेकिन नाकामयाब रहा। इसके बदले कोंस्टांज़ ने स्वाबिया संघ में शामिल हो गए। सन 1499 के स्वाबिया जंग में थूरगौ पर हुकूमत करने का अधिकार त्याग देना पड़ा।

प्रोटोस्टेंट धर्म सुधार की लहर 1520 के दशक में कोंस्टांज़ पहुंची। इस धर्म सुधार अभियान का नेतृत्व अम्ब्रोसियस ब्लेरर कर रहा था। जल्द कॉन्सटनज़ ने अपने आप को प्रोटोस्टेंट शहर बुलाने लगा। कशहर के तमाम चर्चों से कैथोलिक स्मारक निकाल दिया गया और बिशप को मीरसबुर्ग में निवास करना पड़ा। 

सन 1548 सम्राट चार्ल्स पंचम ने कोंस्टांज़ पर प्रतिबंद लगा दिया और एक हमले में ऑस्ट्रिया के अधीन होना पडा। शाही शहर का खिताब खोने के बाद, शहर का चर्चों पर फिर से कैथोलिक स्मारक छडाना शुरू हुआ। सन 1610 में एक नाटकशाला बनाया गया जो जर्मनी का सबसे पुराना माना जाता है।

सन 1806 में बाड़ें दुकनशीन का हिस्सा बन गया था। 1821 में फ्राइबर्ग के धार्मिक नेतृत्व में शामिल हो गया। 1871 के जर्मन एकीकरण के बाद गर्मन साम्राज्य में शामिल हो गया। पहले विश्वयुद्ध के बाद कुछ वक़्त के लिए बाडेन गणराज्य का हिस्सा बना। 

स्विट्ज़रलैंड के सरहद को छूते नज़र आता कोंस्टांज़ विश्वयुद्ध की हवाई बमबारी से बच गयी। स्विट्ज़रलैंड के तमाम शहरों की तरह रात को बिजली बंद करने से मित्र सेनाओं को चकमा दिया

पुराने शहर में आज भी बहुत सारे प्राचीन इमारात और सड़क मौजूद हैं। सबसे अहम इमारत बड़ा गिरजा घर है। इसके अलावा चंद चर्च और एक बुर्ज जो पुराने पल का जगह बतलाता है। 

सन 1966 में कोंस्टांज़ विश्वविद्यालय की स्थापना से शहर की अहमियत और भी बड़ गयी। यह शहर ज़ेपेलिन हवाई जहाज़ों के आविष्कारक फर्डीनांड ज़ेपेलिन का जन्मस्थान भी है। 

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