जब सीनेटर स्टैनफोर्ड की मृत्यु 1893 में हुई तब विश्वविद्यालय का सतत् अस्तित्व खतरे में था। सीनेटर स्टैनफोर्ड की $15 मिलियन की संपत्ति के खिलाफ सरकारी मुकदमे और साथ ही साथ 1893 की खलबली के कारण इसके खर्चों को चला पाना काफी मुश्किल हो गया था। न्यासी बोर्ड के अधिकांश सदस्यों ने आर्थिक स्थिति की समस्या के हल होने तक इसे अस्थायी रूप से बंद करने की सलाह दी. हालांकि, जेन ने स्टैनफोर्ड विश्वविद्यालय के संचालन को जारी रखने पर जोर दिया. विश्वविद्यालय की वित्तीय बर्बादी की संभावित आशंका के बाद उन्होंने 1893-1905 तक विश्वविद्यालय के आर्थिक, प्रशासनिक और विकास मामलों का प्रभार अपने हाथों में ले लिया; और एक माता और एक गृहिणी के अपने अनुभव के आधार पर उन्होंने उसे एक परिवार के रूप में चलाया। अगले कई वर्षों के लिए, वह अपने निजी संसाधनों से वेतन का भुगतान करती रही, यहां तक कि विश्वविद्यालय को चलाने के लिए उन्होंने अपने गहने तक को गिरवी रखा. जब मुकदमे को 1895 में समाप्त कर दिया गया, उस दिन विश्वविद्यालय में छुट्टी घोषित की गई।

एडवर्ड अल्सवर्थ रॉस ने अमेरिकी समाजशास्त्र के संस्थापक जनक के रूप में ख्याति प्राप्त की, लेकिन 1900 में जेन स्टैनफोर्ड ने अतिवाद और नस्लवाद के लिए उन्हें निकाल दिया और एक प्रमुख शैक्षणिक स्वतंत्रता के मामले को शुरू किया।

जेन स्टैनफोर्ड की कार्रवाई कभी-कभी सनक भरी थी। 1897 में, उन्होंने बोर्ड के न्यासियों को निर्देश दिया "कि छात्रों को यह पढ़ाया जाए कि धरती पर पैदा हुए हर व्यक्ति में एक आत्मा का रोगाणु होता है और यह कि उसके विकास पर ही, यहां का जीवन और अनन्त जीवन निर्भर करता है। उन्होंने लाइफ-ड्राइंग कक्षा में नग्न प्रतीकों के स्केच करने से छात्रों को मना कर दिया, परिसर में ऑटोमोबाइल पर प्रतिबंध लगाया और एक अस्पताल बनाने की अनुमति देने से मना कर दिया ताकि लोगों के बीच यह धारणा न बने की स्टैनफोर्ड अस्वास्थ्यकर है। 1899 और 1905 के बीच, उन्होंने स्टैनफोर्ड परिवार के लिए एक स्मारक के रूप में एक भव्य भवन का निर्माण किया जिसकी लागत $3 मिलियन थी, जबकि विश्वविद्यालय संकाय और स्वावलंबी छात्र गरीबी में रह रहे थे।

प्रशासन और संगठन
पुस्तकालय और डिजिटल संसाधन
संकाय निवास
प्रारम्भिक वित्तीय प्रबंध