रविवार, 21 अक्टूबर को दिन भर कैनेडी ने एक्सॉम (EXCOMM) सदस्यों और अन्य शीर्ष सलाहकारों से मुलाक़ात की और बाक़ी दो विकल्पों पर विचार किया: मुख्य रूप से क्यूबा के मिसाइल अड्डों पर हवाई हमले, या क्यूबा की समुद्री नाकेबंदी. एक पूर्ण पैमाने पर आक्रमण प्रशासन का पहला विकल्प नहीं था, लेकिन कुछ तो किया जाना जरुरी था। रॉबर्ट मैकनैमारा ने समुद्री नाकेबंदी को एक मजबूत मगर सीमित सैन्य कार्रवाई के रूप में समर्थन किया ताकि USSR का नियंत्रण बना रहे। अंतरराष्ट्रीय कानून के अनुसार नाकाबंदी करना एक युद्ध की कार्रवाई है, लेकिन कैनेडी प्रशासन ने नहीं सोचा था कि मात्र नाकाबंदी से यूएसएसआर (USSR) हमला करने के लिए उत्तेजित हो जाएगा.

नौसेना परिचालन प्रमुख एडमिरल एंडरसन ने एक स्थिति दस्तावेज लिखा, जिससे कैनेडी को आक्रामक हथियारों के संगरोध और सभी सामग्री की नाकेबंदी के बीच फर्क करने में मदद मिली, संकेत दिया कि एक पारंपरिक नाकेबंदी का मौलिक इरादा नहीं है। चूंकि यह अंतरराष्ट्रीय जल में होने वाला था, इसलिए राष्ट्रपति कैनेडी रियो संधि के गोलार्द्ध रक्षा प्रावधानों के तहत सैन्य कार्रवाई करने के लिए ओएएस (OAS) (Organization of American States) से अनुमोदन प्राप्त किया।

19 अक्टूबर को, एक्सॉम (EXCOMM) ने हवाई हमले और नाकाबंदी विकल्पों को जांचने के लिए अलग-अलग कार्य समूह का गठन किया और दोपहर तक एक्सॉम (EXCOMM) का अधिकांश नाकाबंदी का पक्षधर हो गया।
सोमवार, 22 अक्टूबर दोपहर 3:00 बजे ईएसटी (EST) बजे राष्ट्रपति कैनेडी ने औपचारिक रूप से राष्ट्रीय सुरक्षा कार्रवाई ज्ञापन (एनएसएएम (NSAM)) 196 के साथ कार्यकारिणी समिति एक्सॉम (EXCOMM) की स्थापना की। शाम 5:00 बजे, वे कांग्रेस के नेताओं से मिले, जो कलहपूर्वक नाकाबंदी का विरोध कर रहे थे और एक तगड़ी प्रतिक्रया की मांग कर रहे थे। मास्को में, राजदूत कोहलर ने अध्यक्ष ख्रुश्चेव को आसन्न नाकाबंदी और राष्ट्र के नाम कैनेडी के भाषण के बारे में बताया। दुनिया भर के राजदूतों ने गैर-पूर्वी खेमे के नेताओं को अग्रिम सूचना दे दी। भाषण से पहले, यू॰एस॰ (U.S.) के प्रतिनिधिमंडल ने कनाडा के प्रधानमंत्री जॉन डिफेनबेकर, ब्रिटिश प्रधानमंत्री हेरोल्ड मैकमिलन, पश्चिम जर्मन चांसलर कोनराड अड़ेनौअर और फ्रांस के राष्ट्रपति चार्ल्स डी गाल के साथ मुलाकात की और उन्हें यू॰एस॰ (U.S.) ख़ुफ़िया विभाग तथा अपनी प्रस्तावित प्रतिक्रिया के बारे में बताया। सभी ने यू॰एस॰ (U.S.) की स्थिति का समर्थन किया।

22 अक्टूबर सोमवार शाम को 7:00 बजे EST, राष्ट्रपति कैनेडी ने सभी प्रमुख नेटवर्क द्वारा प्रसारित एक देशव्यापी टेलीविजन भाषण दिया, जिसमें मिसाइलों की खोज की घोषणा की।

कैनेडी ने प्रशासन की योजना को वर्णित किया:

भाषण के दौरान विश्व भर में यूएस (US) सेनाओं को DEFCON 3 (defense readiness condition) में रखे जाने का निर्देश जारी हुआ।

संगरोध
संकट जारी रहा
शक्ति संतुलन
संकट गतिरोध