प्रतिजैविक प्रतिरोध का उद्भव एक विकासशील प्रक्रिया है, जो जीव के चयन पर आधारित है और जिससे प्रतिजैविक दवाओं की खुराक के लिए जीवित रहने की क्षमता में वृद्धि हुई है, जो पहले घातक होता था। पेनिसिलिन और इरीथ्रोमाइसीन जैसे प्रतिजैविक, जो एक समय चमत्कारी इलाज माने जाते थे, अब कम प्रभावकारी दिख रहे हैं, क्योंकि जीवाणु अधिक प्रतिरोधी बन रहे हैं। प्रतिजैविक खुद एक चयनात्मक दबाव के रूप में काम करते हैं, जो एक निश्चित संख्या में प्रतिरोधी जीवाणुओं के विकास की अनुमति देते हैं और फिर सरलता से नष्ट होने वाले जीवाणुओं को जीवित रखते हैं। 1943 में लुरिया-डेलब्रुक प्रयोग के जरिये जीवाणुओं की आबादी के भीतर पहले से मौजूद प्रतिजैविक प्रतिरोधी उत्परिवर्ती जीव का प्रदर्शन किया गया। जीवाणु का जीवन अक्सर विरासत में मिले प्रतिरोध का परिणाम होता है। कोई भी प्रतिजैविक प्रतिरोध एक जैविक कीमत मांगता है और प्रतिजैविक प्रतिरोधी जीवाणुओं का प्रसार प्रतिरोध के साथ घटी हुई फिटनेस से प्रभावित हो सकता है, जो खासकर प्रतिजैविक के मौजूद नहीं होने की स्थिति में बैक्टीरिया को जीवित रखने में लाभप्रद साबित होता है। हालांकि, अतिरिक्त उत्परिवर्ती जीव (असानी से नष्ट हो जाने वाले) फिटनेस की कीमत की भरपाई और इन जीवाणुओं का अस्तित्व बहाल रखने में मदद कर सकते हैं।

अंतर्निहित आणविक प्रतिरोध तंत्र, जिससे प्रतिजैविक प्रतिरोध होता है, भिन्न-भिन्न हो सकता है। जीवाणु की आनुवंशिक बनावट के कारण मूलभूत प्रतिरोध स्वाभाविक है बैक्टीरियल गुणसूत्र उस प्रोटीन को एनकोड करने में विफल हो सकता है, जिसे प्रतिजैविक निशाना बनाता है। हासिल किया हुआ प्रतिरोध जीवाणु गुणसूत्र में परिवर्तन या अतिरिक्त गुणसूत्र डीएनए के अधिग्रहण से उत्पन्न होता है। प्रतिजैविक उत्पादित करने वाले जीवाणु सरल से जटिल बनने के प्रतिरोधक तंत्र का हिस्सा होते हैं, देखने में उनके जैसे ही होते हैं और प्रतिजैविक प्रतिरोधी उपभेदों में स्थानांतरित हो सकते हैं। प्रतिजैविक प्रतिरोध तंत्र का प्रसार क्षैतिज आनुवंशिक विनिमय द्वारा पिछली पीढ़ियों और डीएनए के आनुवंशिक पुनर्संयोजन से विरासत में मिले परिवर्तन के शीर्ष संचरण के माध्यम से होता है। प्रतिजैविक प्रतिरोध का प्लासमिड द्वारा विभिन्न जीवाणुओं के बीच विनिमय हो सकता है, जो जीवाणुरोधी प्रतिरोध को इनकोड करते हैं और जिससे एकाधिक प्रतिजैविक का सह अस्तित्व संभव होता है। ये प्लासमिड विविध प्रतिरोध तंत्र के साथ अलग जीन धारण किये हुए हो सकते हैं और असंबद्ध प्रतिजैविक से मिल सकते हैं, क्योंकि वे स्थानानांतरित किये गये एक प्रतिजैविक से ज्यादा प्लासमिड एकाधिक प्रतिजैविक प्रतिरोध पैदा करते हैं। वैकल्पिक रूप से बैक्‍टीरिया के भीतर अन्य प्रतिजैविक का आपसी प्रतिरोध तब होता है, जब चुने गये एक प्रतिजैविक से ज्यादा के प्रतिरोध के लिए जिम्मेवार वैसा ही प्रतिरोध तंत्र पैदा होता है।

प्रतिरोध को संशोधित करने वाले एजेंट
प्रशासन
रोगाणुरोधी फर्माकोडिइनामिक्स
प्रतिजैविक प्रतिरोध