पजहस्सी राजा के कुरूमब्रनाड के राजा अपने चाचा वीरा वर्मा के साथ अच्छे रिश्ते नहीं थे। 1793 में, इस धूर्त चाचा राजा ने ब्रिटिश आयुक्तों को समझाया कि उसे कोट्टयम में कर जमा करने दिया जाय. उसने सोचा था कि अच्छी कर उगाही से अंग्रेज खुश हो जाएंगे और उसे पूरे कोट्टयम पर कब्जा जमाने दिया जाएगा. कहने की जरूरत नहीं कि पजहस्सी राजा इस ब्रिटिश चाल से गुस्से में आ गए। उन्होंने खुद को छला हुआ महसूस किया। आखिरकार उत्तरी मालाबार में वही एकमात्र राजा थे जिन्होंने मैसूर के साथ युद्ध में लगातार अंग्रेजों की मदद की थी।

राजा वीरा वर्मा असली धोखेबाज था - एक तरफ उसने कोट्टयम में कर जमा करने का सीधा जिम्मा अपने हाथों में ले लिया और दूसरी तरफ उसने पजहस्सी राजा को अंग्रेजों का विरोध करने को उकसाया. इसके अलावा, अंग्रेजों का मूल्यांकन कठोर था और भुगतान करने की किसानों की क्षमता से परे था। उन्होंने अंग्रेजों के एजेंटों द्वारा जबरन कर उगाही का विरोध किया और पजहस्सी राजा ने इस मुद्दे को अपने हाथों में ले लिया। जैसा कि पहले देखा गया था, राजा ने इस जबरन वसूली का तगड़ा विरोध किया।

1793 में, विरोधस्वरुप पजहस्सी राजा ने कोट्टयम में अंग्रेजों द्वारा कर वसूली नहीं होने देने को सुनिश्चित किया। उन्होंने यह भी धमकी दी कि अगर अंग्रेज अधिकारियों ने काली मिर्च की लताओं की गणना बंद नहीं की तो वे लताओं को नष्ट कर देंगे। बहरहाल. स्थानीय ब्रिटिश अधिकारियों ने राजा के साथ चर्चा की और जल्द ही दोनों को वीरा वर्मा के गंदे खेल का पता चल गया। सो, अंग्रेजों ने राजा को स्वीकार योग्य समाधान का रास्ता अख्तियार किया, जिसके तहत कुल राजस्व का 20 फीसदी राजा के पास और अन्य 20 फीसदी मंदिर खर्च में जाना तय हुआ। निकट भविष्य में मंदिर संपत्ति पर कोई कर नहीं लगाया जाना भी तय हुआ।

1793 में, टीपू के वकीलों ने अंग्रेजों से शिकायत की कि ब्रिटिश अधीनस्थ पजहस्सी राजा ने अधिकांश वायनाड पर कब्जा जमा लिया है, जो तब भी मैसूर के अधीन था। जल्द ही राजा वायनाड पठार के सर्वोच्च बन गये।

लेकिन गवर्नर जनरल ने मूर्खतापूर्ण ढंग से 1794 के समझौते को रद्द कर दिया और कुरूमब्रनाड राजा को पांच साल के पट्टे पर कोट्टयम दे दिया गया। राजा को इससे वाजिब तौर पर बड़ा गुस्सा आया और उन्होंने प्रथागत कानून के अनुसार अपने देश का शासन चलाकर इसका प्रतिरोध करने का फैसला किया। पट्टा की अवधि समाप्त होने के एक साल पहले राजा ने महान नायर इरुवाज़िनाड के नारंगोली नाम्बियार को अपने यहां शरण दी, जिन्हें अंग्रेजों ने अपराधी करार दे रखा था, क्योंकि उन्होंने ऐसे तीन लोगों की ह्त्या कर दी थी जिन्होंने उनके स्वजन की ह्त्या की थी। नाम्बियार के साथ राजा के इस दयाभाव से अंग्रेज चिढ गये। अंग्रेज इस बात से भी नाराज हुए कि राजा ने प्रथागत कानून के अनुसार दो डाकुओं को सूली पर चढ़ा दिया था। अंग्रेजों ने 'हत्या' के आरोप में राजा को गिरफ्तार करने की योजना बनाई, लेकिन यह सोचकर इस विचार को त्याग दिया क्योंकि राजा की रक्षा में 500 सशस्त्र वायनाड के नायर अंगरक्षक लगे हुए थे।

1795 में, पट्टे पर कोट्टयम मिल जाने के एक साल बाद भी वीरा वर्मा कोट्टयम में कर नहीं वसूल पाया, इसके लिए उनके भतीजे राजा को ही श्रेय जाता है। सो, कर उगाही में वीरा वर्मा की मदद के लिए ब्रिटिश सेना भेजी गयी, लेकिन पईची राजा के लोगों ने सफलतापूर्वक उनका प्रतिरोध किया।

1796 में, बंबई से आदेश जारी हुआ कि कोट्टयम में 2 साल बकाया कर वसूल किया जाय. राजा की गिरफ्तारी के लिए अंग्रेजों को अब किसी बहाने की जरुरत नहीं रही। लेफ्टिनेंट जेम्स गॉर्डन के मातहत 300 सैनिक तलास्सेरी से भेजे गये और उन्होंने पजहस्सी स्थित राजा के किले रुपी आवास पर कब्जा कर लिया। लेकिन इसके चार दिन पहले ही राजा मनत्ताना (कोट्टीयुर के पास) जा चुके थे। गॉर्डन ने महल को लूटा जहां राजा का पारंपरिक खजाना रखा हुआ था। इस लूट से राजा क्रोधित हुए और उन्होंने तलास्सेरी स्थित पर्यवेक्षक को एक पत्र भेजा.

राजा इस बात से भी नाराज हुए कि पजायाम्वीदेन चंदू नामक उनका पूर्व सेनापति कुरूमब्रनाड राजा का एजेंट बन गया था और राजा को इस बात से और भी ज्यादा गुस्सा तब आया जब वीरा वर्मा और अंग्रेजों के आशीर्वाद से उस विश्वासघाती ने उन पर हुक्म चलाने की धृष्टता की। बाद में कैथेरी अम्बु के एक समर्थक द्वारा चंदू मार डाला गया, जब पजायाम्वीदेन उस समर्थक की ह्त्या कर डालने वाला था। राजा अपनी राजधानी पुराली श्रृंखला ले गये और उसके बाद वायनाड. राजा ने कुट्टीयाडि घाटी के जरिये वायनाड और निचले मालाबार के बीच अंग्रेजों के सभी संचार अवरुद्ध कर दिए। अंग्रेजों ने भी जवाबी कार्रवाई करते हुए राजा और निचले मालाबार के बीच सभी संचार काट दिए। लेकिन चूंकि उनके पास पर्याप्त सेना नहीं थी, इसलिए पीछा करने के बजाय वे सहायता का इंतजार करने लगे। 

ब्रिटिश कमांडेंट कर्नल डो था, जिसे राजा तलास्सेरी की घेराबंदी के समय से अच्छी तरह से जानते थे। तो राजा ने सोचा कि उनका यह पुराना मित्र अंग्रेज सरकार के साथ मध्यस्थता में उनकी मदद कर सकता है। राजा ने संघर्ष खत्म करने की पेशकश की, बशर्ते कि उन्हें माफ़ कर दिया जाय और उनके खजाने सहित उनका घर वापस कर दिया जाय. कर्नल और राजा पुराने सैनिक होने के नाते अनावश्यक रक्तपात से नफरत करते थे और इसलिए उसने राजा के अनुरोध को अपने उन आयुक्तों के पास भेज दिया, जो हालांकि राजा की स्वतंत्र शैली का कड़ा विरोध किया करते थे, फिर भी वे कर्नल की सलाह से सहमत हो गये, जबकि टीपू के साथ राजा के मिल जाने का जोखिम भी था।

उत्तरी अधीक्षक को राजा का घर [लेकिन खजाना नहीं] वापस करने का आदेश दिया गया और बंबई और सर्वोच्च सरकारों द्वारा राजा की क्षमा की पुष्टि की गई। लेकिन सरकार के आदेश वीरा वर्मा के माध्यम से राजा को सूचित किये गये, जिसका मतलब हुआ कि चाचा राजा ने अपने भतीजे तक यह खबर नहीं पहुंचाई कि अंग्रेजों ने उनके अनुरोध को मान लिया है। चाचा राजा का इसमें निहित स्वार्थ था कि अंग्रेजों और भतीजे पजहस्सी राजा के बीच युद्ध जारी रहे। 

वीरा वर्मा ने राजा के ख़ास और सेनापति कैथेरी अम्बु को भी कोट्टयम के गृह प्रशासन से हटा दिया। अम्बु अपने अनुयायियों के साथ कन्नोथ चले गये, जहां उन्होंने जनता की मदद से एक प्रतिरोध की योजना बनाई और उसे लागू किया, जिससे वीरा वर्मा द्वारा कोट्टयम में कर उगाही को रोक पाना सुनिश्चित हुआ। लेकिन अम्बु स्पष्ट रूप से राजा के मार्गदर्शन पर काम कर रहे थे, जो अम्बु के निष्कासन को अपने चाचा की एक और साजिश समझ रहे थे, ताकि राजा को कमजोर किया जा सके। 

राजा को भय था कि अंग्रेज उन्हें गिरफ्तार करने की योजना बना रहे हैं [उन्हें मालूम नहीं था कि उनके समझौते की खबर को उनके चाचा ने रोक रखा है], इसलिए वे सुदूर वायनाड में चले गये। वायनाड में ब्रिटिश सेना के जमाव से उनका शक और भी बढ़ गया। लेकिन राजा अभी भी युद्ध से बचना चाहते थे, इसीलिए वे अपने 1500 सशस्त्र लोगों के साथ उत्तरी अधीक्षक से मिलने चले गये। वीरा वर्मा राजा को भी उपस्थित होने का आदेश दिया गया था। पजहस्सी राजा की मुख्य मांग थी कि कोट्टयम पर उनके शासन को स्वीकार किया जाय, लेकिन उनका चाचा इस मांग को मानने के लिए तैयार नहीं था।
ब्रिटिश आयुक्तों का रवैया भी काफी अहंकारी था, वे पहले से ही राजा के प्रति पूर्वाग्रही थे और इसलिए राजा की इस तार्किक बात की ओर से आंखें मूंदे रहे कि कोट्टयम में वीरा वर्मा का कोई काम नहीं है। जैसे ही वार्ता टूट गयी, आयुक्तों ने कोट्टयम में एक धमकी की घोषणा की कि कोट्टायम के जो लोग राजा की सेवा में हैं, उन्होंने राजा का साथ नहीं छोड़ा और अपने घर नहीं लौटे तो उन्हें शत्रु घोषित करके उनकी संपत्ति जब्त कर ली जाएगी. लेकिन इस घोषणा का कोट्टायम पर कोई प्रभाव नहीं पड़ा और वहां ब्रिटिश- कुरूमब्रनाड शासन के खिलाफ प्रतिरोध और मजबूतहुआ।

अंग्रेजों के लिए आतंक की बात यह थी कि वीरा वर्मा की सेना के लोग भी प्रतिरोधियों का साथ देने लगे और वीरा वर्मा की भी अंग्रेजों का साथ देने में अधिक दिलचस्पी नहीं रही, आखिरकार उसका मकसद अपने निजी स्वार्थ के लिए अपने भतीजे और अंग्रेजों के बीच युद्ध भड़काना जो था।

तब राजा ने 1796 में मैसूर के कमांडेंट से मुलाक़ात के लिए करकनकोट्टा का दौरा किया और 1797 में मैसूर में पुराने दुश्मन टीपू से भी भेंट की, जिसने युद्ध होने की स्थिति से निपटने के लिए राजा की मदद में अपने 6000 लोगों को करकनकोट्टा में तैनात कर दिया और विद्रोहियों को भी गोला-बारूद की आपूर्ति करने लगा। उन्होंने सैनिक और हथियार जमा करना भी शुरू किया। युद्ध आसन्न था। पजहस्सी से निपटने के लिए बंबई सरकार ने मेजर जनरल के मातहत 1200 सैनिक और तोपखाना भेजा. अंग्रेजों ने कोट्टयम में चौकियों की स्थापना करनी शुरू की और वायनाड में अधिक सैनिक भेजे गये।

1797 की शुरुआत में, नायर योद्धा पूरे कोट्टायम में उठ खड़े हुए और ब्रिटिश चौकियों की घेराबंदी कर दी गयी। समर्थक दल पूरे कोट्टायम में सक्रिय हो उठे और सैनिक सहायता और आपूर्ति दलों को परेशान किया जाने लगा। वही हाल वायनाड का भी था, जहां ब्रिटिश सैनिकों को अपने सुरक्षित आवास से बाहर आते ही कुरिचिया धनुर्धरों का सामना करना पड़ता. इन छापामार कार्रवाईयों से अंग्रेजों को सैनिक, गोला-बारूद और भंडारों के मामले में भारी नुकसान उठाना पड़ा.

दूसरा विद्रोह और मृत्यु (1800-1805)
राजा के समर्थकों की सूची
पहला विद्रोह (1793-1797)
पेरिया घाटी प्रकरण