मिनियापोलिस-सेंट पॉल के आधे निवासी शहर में वहीं काम करते हैं जहां वे बसे हैं। अधिकांश निवासी कार चलाते हैं, लेकिन डाउनटाउन में काम करने वाले 160,000 लोगों का 60% प्रति वाहन एक अकेले आदमी के अलावा अन्य साधनों से आवागमन करते हैं। वैकल्पिक परिवहन को प्रोत्साहित किया जाता है। महानगर परिषद का मेट्रो ट्रांसिट, जो लाइट रेल प्रणाली का संचालन करता है और शहर के अधिकांश बसे, जो "गारंटिड राइड होम" के माध्यम से निःशुल्क यात्रा वाउचर उपलब्ध कराते हैं ताकि सवारियों की यह भय दूर किया जा सके कि कहीं वे कभी असहाय छोड़ दिए जाएं, उदाहरण के लिए, यदि काम पर उन्हें ज़्यादा घंटे लग जाए.

मिनियापोलिस मेट्रो प्रणाली में दो लाइनें हैं। हाइवाथा लाइन LRT दैनिक 34,000 सवारियों को सेवा उपलब्ध कराता है और मिनियापोलिस-सेंट पॉल अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे और डाउनटाउन के मॉल ऑफ़ अमेरिका को जोड़ता है। अधिकांश लाइनें सतह स्तर पर चलती हैं, हालांकि आंशिक लाइन उन्नत ट्रैक्स (जिसमें फ्रेंकलिन एव और लेक सेंट/मिडटाउन स्टेशन शामिल हैं) और लाइन का लगभग भूमिगत चलता है, जिसमें हवाई अड्डे पर लिन्डबर्ग टर्मिनल सबवे स्टेशन शामिल है। 40 मील नॉर्थस्टार कम्यूटर रेल, जो उत्तरी उपनगरों के ज़रिए बिग लेक से चलता है और टार्गेट फ़ील्ड पर मल्टी-मोडल ट्रांसिट स्टेशन पर ख़त्म होता है, 16 नवम्बर 2009 को खुला. वह मौजूदा रेलरोड पटरियों का इस्तेमाल करता है और 5,000 दैनिक यात्रियों की सेवा का अनुमान लगाया गया है।

तीसरी लाइन केन्द्रीय कॉरिडोर, जिसकी योजना बनाई गई है, डाउनटाउन मिनियापोलिस में हियावाथा लाइन के साथ स्टेशन साझा करेगा और फिर डाउनटाउन ईस्ट/मेट्रोडोम स्टेशन पर, मिनियापोलिस विश्वविद्यालय के पूर्व से और बाद में यूनिवर्सिटी एव के साथ डाउनटाउन सेंट पॉल में यात्रा करेगा. निर्माण कार्य 2010 में शुरू होने और 2014 में पूरा होने की उम्मीद है। चौथी लाइन, दक्षिण-पश्चिमी लाइन, डाउनटाउन मिनियापोलिस को दक्षिण-पश्चिमी एडेन प्रेयरी उपनगर के साथ जोड़ेगा. इसके 2015 में पूरा होने की उम्मीद है।

स्काई वेज़ कहलाने वाला पैदल यात्रियों का बंद सात मील (11 कि.मी.) लंबा पुल, मिनियापोलिस स्काईवे सिस्टम डाउनटाउन अस्सी शहरी खंडों को जोड़ता है। इन मार्गों से जुड़ी दूसरी मंजिल पर रेस्तरां और खुदरा दुकानें साप्ताहिक दिनों को खुली रहती हैं।

टेक्सीकैब अध्यादेश 2009 तक 10% व्हीलचेयर अभिगम्यता और किसी वैकल्पिक ईंधन या ईंधन सक्षम वाहनों की अपेक्षा रखता है। 2011 से प्रारंभ होते हुए शहर की 343 टैक्सियों की सीमा को हटाया जाएगा.

मिनियापोलिस, साइकल सवारियों की सर्वोच्च प्रतिशतता के लिए देश में दूसरे दर्जे पर है, और "साइकिल के शीर्ष 50" में शीर्ष साइकिल शहर के रूप में नामित है। हर दिन दस हजार साइकिल चालक बाइक लाइन का उपयोग करते हैं और कई सर्दियों में सवारी करते हैं। लोक निर्माण विभाग ने ग्रैंड राउंड्स से साइकिल ट्रेल प्रणाली को मिडटाउन ग्रीनवे, लाइट रेल ट्रेल, केनिलवर्थ ट्रेल, सेडार लेक ट्रेल और मिसिसिपि के साथ वेस्ट रिवर पार्क वे सहित सड़कों से दूरवर्ती सवारी ट्रेल को 56 मील (90 कि.मी.) विस्तृत किया है। मिनियापोलिस मे शहर की सड़कों पर 34 मील (54 कि.मी.) समर्पित बाइक लाइनें हैं और परिवहन बसों में बाइक रैक्स जोड़ते हुए और ऑनलाइन साइकिल नक्शे उपलब्ध कराते हुए, साइकलिंग को प्रोत्साहित करती है। इनमें से कई ट्रेल और पुल, जैसे कि स्टोन आर्क ब्रिड्ज, पहले रेलरोड लाइने थीं जो अब साइकिल और पैदल यात्रियों के लिए परिवर्तित की गई हैं। 2007 में शहर की गलियों में साइकिल, बसें और LRT का हवाला देते हुए, "फोर्ब्स" ने मिनियापोलिस की पहचान दुनिया के पांचवे स्वच्छ शहर के रूप में की.

मिनियापोलिस-सेंट पॉल अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा मिनेसोटा स्टेट हाईवे 5, इंटरस्टेट 494, मिनेसोटा स्टेट हाइवे 77 और मिनेसोटा स्टेट हाईवे 62 के बीच शहर के दक्षिणपूर्वी सीमा पर पर स्थित है। हवाई अड्डा तीन अंतर्राष्ट्रीय, बारह घरेलू, सात चार्टर और चार क्षेत्रीय वाहकों की सेवा में लगा है और डेल्टा एयरलाइंस, मेसाबा एयरलाइन्स और सन कंट्री एयरलाइन्स के लिए केंद्र और घरेलू आधार है।

एमट्रैक का शिकागो और सिएटल के बीच एम्पायर बिल्डर सेट पॉल में निकटवर्ती मिडवे स्टेशन पर प्रत्येक दिशा में हर रोज़ एक बार रुकता है।

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