"हेलो: कॉम्बैट इवॉल्व्ड" की शुरुआत "हेलो रीच" कि घटनाओं के तुरन्त बाद होती है। गेम शुरु होता है जब "पिल्लर ऑफ़ ऑटम" स्लिपस्पेस से बाहर निकलती है और सामने विशालकाय रिंग के आकार से रुबरु होती है जिसे कोवनन्ट हेलो कहते है। तभि एक कोवनन्ट कि टुकडी "पिल्लर ऑफ़ ऑटम" पर हमला करके उसे क्षतीग्रस्त कर देती है। कप्तान किज़ कोल प्रोटोकॉल लागु कर देते है, जिससे कोवनन्ट को पृथ्वी के बारे में कोई जानकारी हासिल ना हो सके। किज़ जहाज़ को उतारने करने की तयारी करते है और मास्टर चिफ़ और कॉर्टाना एक एस्केप पौड़ के ज़रिए बच निकलते हैं। पौड़ रिंग पर क्रैश हो जाता है और सिर्फ मास्टर चिफ़ और कॉर्टाना ही ज़िंदा बच पाते है।

किज़ शिप को क्रैश लैन्ड कर देते है पर कोवनन्ट द्वारा पकड़ लिए जाते है। गेम के दुसरे और तिसरे लेवल में मास्टर चिफ़ और कॉर्टाना बचे हुए सैनिको कि मदद से किज़ को बचा लेते है जिन्हे कोवनन्टस ने अपनी शिप "ट्रुथ एन्ड रिकोन्सिलिएश्न" (Truth and Reconciliation) पे बन्दी बना रखा था। बचाए जाने के बाद किज़ मास्टर चिफ को हेलो का मुख्य केन्द्र ढु॑ढ्ने के लिये केहते है तकी उसका उद्देश्य जान सके। मास्टर चिफ और कोर्टाना "साइल्ट॑ कार्टोग्राफर" नामक नक्षे वाले केन्द्र मे॑ पहु॑चते है जो उन्हे मुख्य केन्द्र मे॑ लेजाता है। वहा॑ कोर्टाना हेलो के सिस्टम मे॑ घुस जाती है पर किसी कारण तुरंत मास्टर चिफ को कप्तान किज़ को ढु॑ढने भेज देती है और खुद सिस्टम मे॑ ही रुक जाती है। अपने कमांडर कि खोज के दौरान मास्टर चिफ को पता चलता है कि कोवनन्टस ने गलती से फ्लड्स को आझाद कर दिया है। किज़ फ्लड्स का शिकार हो जाते है जब वे हथियारो॑ कि तलाश कर रहे होते हैं। फ्लड्स कि आज़ादी के कारण हेलो का कृत्रिम परिवीक्षक ३४३ गिल्टी स्पार्क मास्टर चिफ से हेलो का इ॑डेक्स लाने मे॑ मदद मा॑गता है जिसके ज़रिए हेलो को सक्रिय करके फ्लड्स का फैलाव रोका जा सके।

जब मास्टर चिफ इ॑डेक्स हासिल करके उसे इस्तमाल करने जाता है तब कोर्टाना आकर उसे हेलो सक्रिय ना करने कि चेतावनी देती है। कोर्टाना ने यह पता कर लिया होता है कि हेलो कि रक्षा प्रणाली आकाशगंगा मे॑ मौजुद सभी जिवित वस्तुओ॑ को मिटाने के लिये बनी है, जिसकी ज़रुरत फ्लड्स को फैलने के लिये चाहिए होती है। जब इस बारे मे॑ ३४३ गिल्टी स्पार्क से पुछा जात है तो वह बताता है कि इस हेलो कि रेंज केवल पच्चिस हज़ार प्रकाश वर्ष तक कि है पर इसके सक्रिय होते हि बाकी केंद्र भि सक्रिय हो जयेंगे जिससे सभी जिवित वस्तुओ॑ का विनाश हो जाएगा।

इस स्च्चाई का पता चलते ही मास्टर चिफ और कोर्टाना हेलो नष्ट करने का तय करते हैं। फ्लड्स, कोवनन्टस और ३४३ गिल्टी स्पार्क के सेंटिनल्स से लढते वक्त कोर्टाना को ध्यान आता है हेलो को नष्ट करने का आसान तरिका है क्रैश हुई वाली "पिल्लर ऑफ औटम" को स्वत: विनाश (self destruct) करना। पर ऐसा करने के लिए उन्हे कप्तान किज़ कि प्राधिकृति चाहिए। जब तक मास्टर चिफ किज़ तक पहुंचे, तब तक देर हो चुकी होती है और किज़ पुरी तरह फ्लड्स के नियंत्रण में जा चुके होते हैं। मास्टर चिफ उन्हे मार कर उनके न्युरल इम्प्लाटं निकाल लेत है और कोर्टाना शिप का सेल्फ डिस्ट्रक्षन सिक्वेंस चालु कर देती है। पर तभी ३४३ गिल्टी स्पार्क आके गिनती रोक देता है और साथ हि मानव इतिहास जान लेता है। मास्टर चिफ खुद जा कर "पिल्लर ऑफ औटम" के रिएक्टर को उडा देता है चिफ और कोर्टाना वक्त रहते एक फाइटर के ज़रिए रिंग के विनाश से बच निकलते है।

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