नायरों के बारे में प्रारंभिक विवरणों में उल्लेख है कि नायर (नागर) नागा साम्राज्य द्वारा महाभारत काल में कुरुक्षेत्र युद्ध में भाग लेने के लिए भेजे गए परदार सांप/नाग योद्धाओं की संतान हैं (स्रोत आठ सर्पों को गिनाते हैं - वासुकी, अनंत, तक्षक, संगपाल, गुलिका, महापद्म, सरकोटा और कर्कोटका. नायरों के लिए श्री पद्मनाभ मंदिर का विशेष महत्व है, चूंकि उसे अनंत का निवास माना जाता है और नायरों का दावा है कि मंदिर में विशेष शक्तियां हैं). युद्ध के बाद, उनका सामना परशुराम से हुआ, जिन्होंने नागों के विनाश की शपथ ली थी, क्योंकि वे क्षत्रिय थे। नागों ने खुद को मानव रूप में बदल लिया, अपने पवित्र धागों को काट डाला और युद्ध के मैदान से भाग गए। 
ईसा पूर्व दूसरी सदी में जब शक या इंडो-स्काइथियन ने भारत पर हमला किया, उत्तरी भारत में कुछ नागा स्काइथियन में मिल गए। उन्होंने मातृ-सत्ता, बहुपतित्व और अन्य स्काइथियन रिवाजों को अपनाया. उत्तर प्रदेश में नैनीताल के निकट अहिछत्र का नागा-स्काइथियन जनजाति को 345 ई. में कदंब राजवंश के राजा मयूरवर्मा ने उनके अन्य ब्राह्मण पुजारियों के साथ उत्तरी कर्नाटक के शिमोगा में बसने के लिए आमंत्रित किया। 

वे दक्षिण की ओर स्थानांतरित हुए और मालाबार पहुंचे, जहां उन्होंने विल्लवरों के साथ लड़ाई की और उन्हें हराया. बाद में उन्होंने मालाबार और तुलु नाडू में अपने साम्राज्य स्थापित किए. अंततः नागा त्रावणकोर पहुंचे, जोकि भारत का सबसे दक्षिणी छोर है। अभी भी मन्नारसाला (त्रावणकोर) में पवित्र "सर्पकावु" (सांप की बांबी) मौजूद है, जो एक नायर परिवार के स्वामित्व में है, जिनके पूर्वजों के बारे में मान्यता है कि ये वही नाग सर्प हैं जिन्हें भगवान कृष्ण और अर्जुन द्वारा खांडव वन (वर्तमान पंजाब) के दहन के समय छोड़ दिया था। 

पौराणिक कथाओं के अलावा, नायरों को नागवंशी क्षत्रियों की संतान माना जाता है, जो आगे उत्तर से केरल की ओर स्थानांतरित हुए. डॉ॰ के.के. पिल्लै के अनुसार, नायरों के बारे में पहला संदर्भ, 9वीं सदी के एक शिलालेख में मौजूद है।

नायरों को इस प्रकार वर्णित किया गया है:

अनेक समाजशास्त्रियों का विचार है कि नायर केरल देशी नहीं हैं, क्योंकि उनके अनेक रिवाज और परंपराएं अन्य केरलवासियों से उन्हें अलग करती है। पौराणिक कथाओं के आधार पर एक परिकल्पना है कि नायर लोग नागा हैं, जो नाग राजवंश (नागवंश) से जुड़े "क्षत्रिय" हैं, जिन्होंने अपना पवित्र धागा निकाल दिया और प्रतिशोधी परशुराम के क्रोध से बचने के लिए दक्षिण की ओर पलायन कर गए। रोहिलखंड से नागा मूल का एक सुझाव दिया गया है। नाग की पूजा के संबंध में नायर समुदाय का लगाव, योद्धा होने का उनका अतीत और पवित्र धागे की अनुपस्थिति इस सिद्धांत का समर्थन करती है। इसके अलावा, त्रावणकोर राज्य मैनुअल में उल्लेख है कि केरल में नाग की पूजा करने वाले नागा ज़रूर मौजूद थे जिन्होंने समझौता होने तक नंबूद्रियों के साथ लड़ाई की. नायरों को इंडो-स्काइथियन (शक) मूल के रूप में वर्गीकृत किया गया है और साथ ही नागाओं के साथ उन्हें जोड़ा गया है।

तमिल ग्रंथों की व्याख्या करने वाले चट्टंपी स्वामीकल के अनुसार, नायर नाका (नाग या सांप) स्वामी थे, जिन्होंने चेरा (चेरा = सांप) साम्राज्य के सामंती शासकों के रूप में शासन किया। इसलिए यह सिद्धांत प्रस्तावित करता है कि नायर ब्राह्मण-पूर्व केरल के शासकों और सामरिक कुलीनों के वंशज हैं। लेकिन सबसे व्यापक रूप से स्वीकृत सिद्धांत है कि जातीय समूह केरल के मूल निवासी नहीं हैं और केरल के नायर और उसी तरह मातृवंशीय तुलु नाडू के बंट क्षत्रियों के वंशज हैं, जो ब्राह्मणों के साथ दक्षिण पांचाल के अहिछत्र/अहिक्षेत्र से क्रमशः केरल और तुलु नाडू आए. द्वितीय चेरा राजवंश के राजा राम वर्मा कुलशेखर के शासन-काल के दौरान नायरों के बारे में उल्लेख मिलता है, जब चोलों द्वारा चेरा साम्राज्य पर हमला किया गया। नायर चढ़ाई करने वाले बल के खिलाफ़ आत्मघाती दस्ते (चेवर) का गठन कर लड़े. यह स्पष्ट नहीं है कि चेरा ख़ुद नायर थे, या चेराओं ने नायरों को योद्धा वर्ग के रूप में नियुक्त किया था।

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