फास्फोरस को हटाने की क्रिया इसलिए महत्वपूर्ण है क्योंकि यह कई ताजा जल प्रणालियों में शैवालों की वृद्धि को सीमित करने वाला एक पोषक तत्व है (शैवाल के नकारात्मक प्रभाव के लिए पोषक तत्वों का निष्कासन देखें)। यह खास तौर पर जल पुनर्प्रयोग प्रणालियों के लिए भी महत्वपूर्ण होता है जहां अधिक फास्फोरस संकेन्द्रण की वजह से अनुप्रवाही उपकरण ख़राब हो सकता है, जैसे - विपरीत परासरण.

फास्फोरस को जैविक तौर पर वर्धित जैविक फास्फोरस निष्कासन नामक एक प्रक्रिया में हटाया जा सकता है। इस प्रक्रिया में, बहुफॉस्फेट संग्राहक जीव (पीएओ/PAO) नामक विशिष्ट जीवाणु चयनात्मक ढ़ंग से समृद्ध होते हैं और अपनी कोशिकाओं के भीतर बहुत अधिक मात्रा में (अपने द्रव्यमान का 20 प्रतिशत तक) फास्फोरस का संग्रह करता हैं। जब इन जीवाणु में संग्रहित जैव पदार्थों को प्रशोधित जल से अलग किया जाता है, तब इन जैव ठोस पदार्थों का उर्वरक मूल्य काफी अधिक होता है।

फास्फोरस हटाने की क्रिया को रासायनिक अवक्षेपण द्वारा, आम तौर पर लौह लवण (जैसे - फेरिक क्लोराइड), एल्यूमीनियम (जैसे - फिटकिरी), या चूना के साथ, भी किया जा सकता है। इसकी वजह से हाइड्रॉक्साइड तलछट के रूप में बहुत ज्यादा कीचड़ उत्पन्न हो सकता है और मिलाए गए रसायन महंगे हो सकते हैं। रासायनिक फास्फोरस को हटाने के लिए जैविक निष्कासन की अपेक्षा काफी छोटे उपकरण की जरूरत पड़ती है, जैविक फास्फोरस निष्कासन की तुलना में इसे संचालित करना ज्यादा आसान और अक्सर बहुत ज्यादा भरोसेमंद भी होता है. फास्फोरस को हटाने का एक और तरीका बारीक लेटराइट का इस्तेमाल है।

फॉस्फेट युक्त कीचड़ के रूप में हटाए जाने के बाद इस फास्फोरस को किसी भूमि भरण में जमा करके रखा जा सकता है या उर्वरक में इस्तेमाल करने के लिए इसे फिर से बेचा जा सकता है।

कीटाणुशोधन
फास्फोरस का निष्कासन
विकासशील देशों में मलजल प्रशोधन
वायवीय अपघटन