हनटिंग्टन रोग, विशेष रूप से बीमारी के लिए आनुवंशिक परीक्षण के प्रयोग ने कई नैतिक मुद्दों को उठाया है। आनुवंशिक परीक्षण के मुद्दों में ये परिभाषाएं शामिल है कि एक व्यक्ति को परीक्षण के लिए पात्र होने से पहले कितना परिपक्व होना चाहिए, परीक्षण की गोपनीयता कैसे सुनिश्चित होगी और रोजगार, जीवन बीमा या अन्य वित्तीय मामलों पर निर्णय के लिए कंपनियों को परीक्षण के परिणाम के उपयोग की अनुमति दी जानी चाहिए या नहीं. विवाद तब उठा था जब 1910 में चार्ल्स डेवनपोर्ट ने प्रस्तावित किया कि HD सहित कुछ रोगों से पीड़ित लोगों का अनिवार्य बंध्याकरण और आव्रजन नियंत्रण सुजननिक आंदोलन के हिस्से के रूप में किया जाना चाहिए. कृत्रिम निषेचन में भ्रूणों के प्रयोग से संबंधित कुछ मुद्दे हैं। कुछ HD अनुसंधानों में अपने पशु परीक्षण और भ्रूणीय वंश कोशिकाओं के प्रयोग के कारण नैतिक मुद्दे भी है।

हनटिंग्टन रोग के लिए एक सटीक निदान परीक्षण के विकास ने व्यक्ति के परिणामों के प्रयोग और पहुंच को लेकर सामाजिक, कानूनी और नैतिक चिंताएं उत्पन्न की हैं। 
कई दिशा-निर्देश और परीक्षण प्रक्रियाएं प्रकटीकरण और गोपनीयता के लिए सख्त पद्धतियों का प्रयोग करती हैं ताकि यह तय किया जा सके कि कब और कैसे व्यक्तियों को अपने परिणाम प्राप्त करने के लिए अनुमत किया जा सके और ये परिणाम किन्हें उपलब्ध कराने हैं। वित्तीय संस्थान और व्यवसाय इस सवाल का सामना कर रहे हैं किसी व्यक्ति के जीवन बीमा या रोजगार के लिए आकलन हेतु आनुवंशिक परीक्षण के परिणाम का उपयोग करे या नहीं. ब्रिटेन की बीमा कंपनियों ने इस बात पर सहमति जताई है कि 2014 तक वे इस जानकारी का उपयोग बीमा लेखन के अधिकांश मामलों में नहीं करेंगे. बाद में शुरुआत की संभावनाओं के साथ अन्य लाइलाज आनुवंशिक स्थितियों के रूप में, यह नैतिकता की दृष्टि से आपत्तिजनक होगा कि एक बच्चे या किशोर पर पूर्व रोगसूचक परीक्षण किये जाएं क्योंकि उसे चिकित्सा लाभ नहीं मिलेगा. केवल उन व्यक्तियों के परीक्षण के लिए आम सहमति है, जिन्हें ज्ञान के लिहाज से परिपक्व माना जाता है, यद्यपि एक जवाबी तर्क है कि माता-पिता को अपने बच्चे की ओर से निर्णय करने का पूरा अधिकार है। प्रभावी उपचार के अभाव में, कानूनी उम्र से कम व्यक्ति का परीक्षण सक्षम नहीं माना जाता है, इसे ज्यादातर मामलों में अनैतिक माना जाता है।

यह सुनिश्चित करने के लिए कि बच्चे को कोई विशिष्ट रोग नहीं है, प्रसवपूर्व आनुवंशिक परीक्षण या रोपणपूर्व आनुवंशिक रोगनिदान कुछ नैतिक चिंताएं पैदा करती हैं। उदाहरण के लिए, प्रसवपूर्व परीक्षण चयनात्मक गर्भपात का मुद्दा उठाता है, जो कई लोगो को अस्वीकार्य है। HD के लिए रोपणपूर्व परीक्षण के उपयोग हेतु कृत्रिम निषेचन के लिए प्रयुक्त भ्रूणों की संख्या से दुगुने भ्रूणों की जरूरत होती है, क्योंकि इनमे से आधे HD के लिए सकारात्मक होंगे. एक प्रबल बीमारी के लिए ऐसी परिस्थियों में कठिनाइयां उत्पन्न हो सकती है जहां माता-पिता अपने स्वयं के निदान को जानना नहीं चाहते हैं, क्योंकि इसमें माता-पिता से प्रक्रिया के कुछ हिस्सों को गुप्त रखा जाएगा.

प्रबंधन
सापेक्ष निदान
नैतिकता
mHtt के कारण सूक्ष्मदर्शी परिवर्तन