वर्तमान में, शब्द" प्रोटिस्ट" या तो स्वतंत्र कोशिकाओं के रूप में मौजूद है कि कोशिकीय यूकेरियोट्स का उल्लेख किया जाता है, या वे कालोनियों में होते हैं, ऊतकों में भेदभाव नहीं दिखाते. प्रोटोजोआ अवधि तंतु फार्म नहीं है कि प्रोटिस्ट की परपोषी प्रजातियों का उल्लेख किया जाता है। इन शर्तों के वर्तमान वर्गीकरण में इस्तेमाल नहीं कर रहे हैं और इन जीवों के लिए उल्लेख करने के लिए सुविधाजनक तरीके के रूप में ही रखा जाता है।

प्रोटिस्ट का वर्गीकरण अभी भी बदल रहा है। नए वर्गीकरण फैटी, जैव रसायन और आनुवंशिकी के आधार पर संघीय समूहों को पेश करने का प्रयास.एक पूरे के रूप में प्रोटिस्ट paraphyletic होते हैं, क्योंकि इस तरह के सिस्टम अक्सर अलग हो जाते हैं या राज्य का परित्याग, बजाय eukaryotes के अलग लाइनों के रूप में प्रोटिस्ट समूहों का इलाज. ADL द्वारा हाल ही में योजना. (2005) औपचारिक रैंकों (जाति, वर्ग, आदि) के साथ संघर्ष और बदले पदानुक्रमित सूचियों में जीवों को सूची बद्ध नहीं है कि एक उदाहरण है। इस वर्गीकरण अधिक लंबी अवधि में स्थिर और अद्यतन करने के लिए आसान बनाने के लिए करना है।

संघ के रूप में इलाज किया जा सकता है जो प्रोटिस्ट, के मुख्य समूहों में से कुछ, सही पर taxo बॉक्स में सूचीबद्ध हैं। कई अनिश्चितता अभी भी वहाँ है, हालांकि मोनोफाईलेटिक माना जाता है। उदाहरण के लिए, excavates शायद मोनोफाईलेटिक नहीं हैं और haptophytes और cryptomonads बाहर रखा गया है अगर chromalveolates शायद ही मोनोफाईलेटिक हैं।

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