वैशेषिक दर्शन का उद्देश्य मौलिक पदार्थों या परतम जातियों का अध्ययन है। इन पदार्थों में प्रथम स्थान द्रव्य को दिया गया है। नौ द्रव्यों में पहले पाँच द्रव्य पृथिवी, जल, तेज, वायु और आकाश हैं। इसका अर्थ यह है कि सभी प्राकृत अणु सजातीय नहीं, अपितु उनमें जातिभेद है। इस विचार में वैशेषिक दिमाक्रीतस से नहीं अपितु एंपिदोक्लीज़ से मिलता है। अणुओं में जातिभेद प्रत्यक्ष का विषय तो है नहीं, अनुमान ही हो सकता है। ऐसे अनुमान का आधार क्या है? वैशेषिक के अनुसार, कारण के भाव से ही कार्य का भाव होता है। हमारे संवेदनों (सेंसेशंस) में मौलिक जातिभेद है- देखना, सुनना, सूँघना, चखना, छूना, एक-दूसरे में बदल नहीं सकते। इस भेद का कारण यह है कि इन बोधों के साधक अणुओं में भी जातिभेद है।

अणुओं का संयोग वियोग निरंतर होता रहता है। समता की हालत में संयोग का आरंभ सृष्टि है, पूर्ण वियोग प्रलय है। अणु नित्य है, इसलिए सृष्टि, प्रलय का क्रम भी नित्य है।

प्राचीन दार्शनिक विचार
वैशेषिक का अणुवाद
सुलभ और धर्मध्वज जनक का शास्त्रार्थ
आधुनिक विज्ञान और अणु