एक आरएनए-प्रेरित सायलेंसिंग कॉम्प्लेक्स के सक्रिय घटक लक्ष्य एंडोन्युक्लीएज होते हैं जिन्हें आर्गोनॉट प्रोटीन कहा जाता है जो उनके बाउण्ड siRNA से अन्योनाश्रित लक्ष्य mRNA स्ट्रैंड को विभाजित करते हैं। चूंकि डिसर द्वारा उत्पादित टुकड़े डबल-स्ट्रैंडेड होते हैं, सिद्धातत: वे सभी एक कार्यात्मक siRNA हो सकते हैं। हालांकि, दो में से केवल एक स्ट्रैंड, जिसे "गाइड स्ट्रैंड " के रूप में जाना जाता है, आर्गोनॉट प्रोटीन को बांधते हैं और जीन सायलेंसिंग को निर्देश देते हैं। अन्य "एंटी-गाइड स्ट्रैंड " या "पैसेंजर स्ट्रैंड " आईआरएससी सक्रियण के दौरान निम्न कर दिए जाते हैं। हालांकि पहले यह माना जाता था कि एक एटीपी निर्भर हेलिकेस ने एन दो स्ट्रैड को अलग किया, लेकिन यह प्रक्रिया वास्तव में एटीपी-निर्भर है और आऱआईएससी के प्रोटीन घटकों द्वारा सीधे-सीधे घटित की जाती है। गाइड के रूप में चयनित स्ट्रैंड इस तरह का होता है जिसका 5' छोर इसके घटक से बहुत कम जुड़ा होता है, लेकिन स्ट्रैंड चयन उस न्र्देस के द्वारा अप्रभावी कर दिया जाता है जिसमें आऱआईएससी निगमीकरण के पहले डिसर dsRNA को विभाजित कर देता है। इसके बजाय, R2D2 प्रोटीन पैसेंजर स्ट्रैंड के अधिक-स्थिर 5' छोर को बांधकर अलगाववादी कारक के रूप में कार्य करता है।

आरएन को आर्गोनॉट प्रोटीन से बांधने के लिए संरचनात्मक आधार को एक आरएनए-बाउण्ड आर्गोनॉट प्रोटीन के बाइंडिंग डोमेन के एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा परीक्षित किया गया। यहां, आरएनए स्ट्रैंड का फॉस्फोयुक्त 5' छोर एक संरक्षित आधारभूत सरफेस पॉकेट में प्रवेश करता है और एक डीवैलेंट कैशन (दो धनात्मक चार्ज वाला एक परमाणु) से संपर्क बनाता है जैसे कि मैगनिशियम और यह संपर्क वह siRNA के 5' नियुक्लिओटॉयड और संचित टाइरोसाइन अवशेष के बीच अरोमेटिक स्टेकिंग (एक प्रक्रिया जो एक से अधिक परमाणु को आगे और पीछे कर के एक इलेक्ट्रान शेयर करने की अनुमति देती है) द्वारा करता है। इस साइट का विचार था कि siRNA को इसके mRNA से बांधने के लिए एक न्युक्लिएशन का निर्माण किया जाए.

यह समझ में नहीं आता है कि कैसे सक्रिय RISC कॉम्प्लेक्स कोशिका के भीतर पूरक mRNAs को अवस्थित करता है। हालांकि विपाटन प्रक्रिया को रूपांतरण से जोड़ने के लिए प्रस्तावित किया गया है लेकिन mRNA का रूपांतरण RNAi-मेडिएटेड क्षरण के लिए आवश्यक नहीं है। दरअसल, आरएनएआई mRNA लक्ष्य के विरूद्ध बहुत प्रभावशाली हो सकती है जिनका रूपांतरण नहीं किया जाता. आर्गोनॉट प्रोटीन, RISC के उत्प्रेरक घटकों को पी-बॉडी (साइटोप्लाज्मिक बॉडी या जीडब्ल्यू बॉडी भी) के नाम से ज्ञात साइटोप्लाज्म के विशेष क्षेत्रों में अवस्थित किया जाता है, जो mRNA के तीव्र क्षरण दर वाले क्षेत्र होते हैं, miRNA गतिविधि को भी क्लस्टर कर दिया जाता है। पी-बॉडी का विघटन आरएनए हस्तक्षेप की क्षमता को कम कर देता है, यह सुझाव देते हुए कि ये RNAi प्रक्रिया में एक जटिल कदम वाले साइट हैं।
आरआईएससी (RISC) सक्रियण और कटैलिसीस
जैविक प्रकार्य
जीनों का अपरेगुलेशन
विकास