मेसोअमेरिका के भीतर अनेक भिन्न उपक्षेत्र हैं जो भौगोलिक और सांस्कृतिक गुणों की समाभिरूपता द्वारा परिभाषित है। यह उपक्षेत्र सांस्कृतिक दृष्टि से अर्थपूर्ण होने की तुलना में सैद्धांतिक अधिक हैं और इनकी सीमांकन बहुत सख्त नहीं है। उदहारण के लिए, माया क्षेत्र को दो सामान्य समूहों में विभाजित किया जा सकता है: निचले क्षेत्र एवं ऊंचे क्षेत्र. निचले क्षेत्र भी दक्षिणी और उत्तरी निचेले क्षेत्रों के रूप में विभाजित हैं। दक्षिणी निचले माया क्षेत्र आमतौर पर उत्तरी ग्वाटेमाला, दक्षिणी कैम्पेश और मेक्सिको में क्विनटाना रू तथा बेलाइज़ को परिवेष्टित करते हुए माने जाते हैं। उत्तरी निचले क्षेत्र युकाटन पेनिन्सुला के शेष क्षेत्र को समाहित करते हैं। अन्य क्षेत्रों में केन्द्रीय मेक्सिको, पश्चिम मेक्सिको, खाड़ी तटीय निचले क्षेत्र, ओक्साका, दक्षिणी प्रशांत महासागरीय निचले क्षेत्र और दक्षिणपूर्वी मेसोअमेरिका (जिनमे उत्तरी हौंड्यूरॉस भी शामिल हैं) आते हैं।

सांस्कृतिक उप-क्षेत्र
अर्थव्यवस्था
जीविका
जलाशय