यौगिकों की पहचान के तुलनात्मक अध्ययन, जो सुरक्षित रूप से बैक्टीरिया का संक्रमण ठीक करता है, कवक और वायरल संक्रमण के उपचार में नकली की पहचान करना मुश्किल था। प्रतिजैविक अनुसंधान से जैव रसायन के ज्ञान के क्षेत्र में काफी प्रगति हुई और इससे बैक्टीरियल सेल के सेलुलर और आणविक शरीर विज्ञान के बीच बड़े मतभेद पैदा हुए और यही बात स्तनधारी सेल के संबंध में हुई. इससे इस राय की व्याख्या हुई कि कई यौगिक जो बैक्टीरिया के लिए भले ही विषाक्त हों, पर वे मानव कोशिकाओं के प्रति अ-विषाक्त हैं। इसके विपरीत, कवक प्रकोष्ठ के बुनियादी जैव रसायन (बायोकेमेस्ट्रीज) और स्तनपायी सेल काफी कुछ मिलते-जुलते हैं। यह चिकित्सीय यौगिकों के विकास और प्रयोग को कवक सेल पर हमले पर केंद्रित रखता है, जबकि स्तनपाई कोशिकाओं को नुकसान नहीं पहुंचाता. वायरल रोगों के प्रतिजैविक इलाज में इसी तरह की समस्याएं दिखती हैं। मानव वायरल चयापचय जैव रसायन मानव जैव रसायन के बहुत समान है और एटीवायरल यौगिकों के संभावित निशाने बहुत कुछ एक स्तनधारी वायरस के लिए अद्वितीय घटक तक ही सीमित रह जाते हैं।

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प्रतिरोध को संशोधित करने वाले एजेंट
प्रतिजैविक प्रतिरोध
प्रतिजैविक का दुरुपयोग
प्रतिजैविक दवाओं से परे: गैर-बैक्टीरिया संक्रमण का इलाज