डिस्क एन्क्रिप्शन सभी स्थितियों में फ़ाइल एन्क्रिप्शन की जगह नहीं लेता है। डिस्क एन्क्रिप्शन कभी-कभी अधिक सुरक्षित कार्यान्वयन प्रदान करने के इरादे से फाइलसिस्टम-स्तर एन्क्रिप्शन के साथ संयोजन में उपयोग किया जाता है। चूंकि डिस्क एन्क्रिप्शन आमतौर पर पूरे ड्राइव को एन्क्रिप्ट करने के लिए एक ही कुंजी का उपयोग करता है, सिस्टम के चलने पर सभी डेटा डिक्रिप्टेबल होते हैं। हालाँकि, कुछ डिस्क एन्क्रिप्शन समाधान विभिन्न संस्करणों को एन्क्रिप्ट करने के लिए कई कुंजियों का उपयोग करते हैं। यदि कोई हमलावर रन-टाइम में कंप्यूटर तक पहुँच प्राप्त करता है, तो हमलावर के पास सभी फ़ाइलों तक पहुँच होती है। पारंपरिक फ़ाइल और फ़ोल्डर एन्क्रिप्शन इसके बजाय डिस्क के विभिन्न भागों के लिए अलग-अलग कुंजी की अनुमति देता है। इस प्रकार एक हमलावर अभी भी एन्क्रिप्टेड फ़ाइलों और फ़ोल्डरों से जानकारी नहीं निकाल सकता है। 

डिस्क एन्क्रिप्शन के विपरीत, फ़ाइल सिस्टम-स्तर एन्क्रिप्शन आमतौर पर फ़ाइल सिस्टम मेटाडेटा को एन्क्रिप्ट नहीं करता है, जैसे कि निर्देशिका संरचना, फ़ाइल नाम, संशोधन टाइमस्टैम्प या आकार। 

क्रियान्वयन
डिस्क एन्क्रिप्शन बनाम फाइलसिस्टम-स्तर एन्क्रिप्शन
पारदर्शी एन्क्रिप्शन
डिस्क एन्क्रिप्शन और विश्वसनीय प्लेटफ़ॉर्म मॉड्यूल