सुभाषचन्द्र बोस की अस्थियाँ 18 सितम्बर 1945 को इस मन्दिर में लाकर रखी गयीं थीं जबकि प्राप्त दस्तावेज़ों के अनुसार नेताजी की मृत्यु एक माह पूर्व 18 अगस्त 1945 को ही ताइहोकू के सैनिक अस्पताल में रात्रि 21.00 बजे हो गयी थी। भारत सरकार के विदेश मन्त्रालय ने भी इस बात की पुष्टि की है कि जापान में टोकियो के रैंकोजी मन्दिर में रखी अस्थियाँ बोस की ही हैं।

जर्मनी में अपने पति प्रोफेसर फाफ के साथ रह रही सुभाषचन्द्र बोस की एकमात्र पुत्री अनिता बोस फाफ के अनुसार उनके पिता की मृत्यु ताईपेन्ह में ही हुई थी और रैंकोजी मन्दिर में रखी अस्थियाँ उनके पिता की ही हैं। जस्टिस मुखर्जी रिपोर्ट पर विद्वानों का यह कहना है कि सुभाष की नीति दुश्मन के दुश्मन को दोस्त बनाने की थी। इसके लिये वे भूतपूर्व ब्रिटिश खुफ़िया अफ़सर के उस कथन का हवाला देते हैं जिसमें उसने स्वीकार किया था कि यदि उसे सुभाष जिन्दा हाथ लग जाता तो वह उसे मौत की सजा दिला कर ही चैन लेता। ऐसी हालत में संभव है कि उनकी मृत्यु विमान दुर्घटना में ही हुई हो। दूसरी ओर भारत में कुछ लोगों का ऐसा मानना है कि फैजाबाद में सुभाषचन्द्र बोस वेश बदलकर गुमनामी बाबा के रूप में रहे और वहीं उनकी मृत्यु हुई। सन् 1945 के बाद सुभाषचन्द्र बोस के रूस में होने की खबर पर भी प्रश्नचिन्ह लगाते हुए भारत सरकार से उन सभी गोपनीय फाइलों को सार्वजनिक करने की माँग की गयी जो जोसेफ स्टालिन की पुत्री स्वेतलाना ने गृह मन्त्रालय को सौंपी थीं।

भारत सरकार के अलावा पश्चिम बंगाल की राज्य सरकार से भी सुभाषचन्द्र बोस से सम्बन्धित गुप्त फाइलों को सार्वजनिक करने की माँग की गयी।

मन्दिर परिसर में नेताजी की प्रतिमा
विवाद का हल
अस्थियों पर विवाद
इतिहास