ख़ान कथानककार सलीम ख़ान और उनकी पहली पत्नी (प्रथम नाम सुशीला चरक) सलमा के ज्येष्ठ पुत्र है। उनके दादा अफगानिस्तान से आकर भारत में मध्य प्रदेश में बस गए थे। उनकी माँ मराठी हिंदू है। ख़ान ने एक दफ़ा खुद भी कहा है कि वे आधे हिंदू व आधे मुस्लिम है। उसकी सौतेली माँ हेलेन, एक पूर्व बॉलीवुड अभिनेत्री है जिन्होंने उनके साथ कुछ फ़िल्मों में साथ काम किया था। उनके दो भाई अरबाज़ ख़ान और सुहेल ख़ान व बहनें अलवीरा और अर्पिता है। अलवीरा की शादी अभिनेता/निर्देशक अतुल अग्निहोत्री से हो चुकी है। ख़ान ने अपने भाईयों अरबाज़ व सुहेल की ही तरह बांद्रा स्थित सेंट स्टेनिस्लॉस हाई स्कूल के माध्यम से अपनी स्कूली शिक्षा समाप्त की। इससे पहले उन्होंने ग्वालियर स्थित सिंधिया स्कूल में अपने छोटे भाई अरबाज़ से साथ कुछ वर्ष पढ़ाई की।

करियर
कानूनी परेशानियाँ
काला हिरण केस
शुरूआती जीवन