परिषद की शोध प्राथमिकताएं राष्ट्रीय स्वास्थ्य प्राथमिकताओं के अनुरूप हैं जिनमें साम्मिलित हैं - संचारी रोगों पर नियंत्रण और उनका चिकित्सा प्रबन्ध, प्रजनन क्षमता नियंत्रण, मातॄ एवं शिशु स्वास्थ्य, पोषणज विकारों का नियंत्रण, स्वास्थ्य सुरक्षा वितरण हेतु वैकाल्पिक नीतियों का विकास, पर्यावरणी एवं एयावसायिक स्वास्थ्य समस्याओं को रोकना, कैंसर, हृदवाहिकीय रोगों अंधता, मधुमेह तथा चयापचयज एवं रुधिर विकारों जैसे प्रमुख असंचारी रोगों पर अनुसंधान, मानसिक स्वास्थ्य अनुसंधान और औषध अनुसंधान (पारम्परिक औषधियों सहित)। ये सारे प्रयास रोग के पूर्ण भार को घटाने और आबादी के स्वास्थ्य एवं कल्याण को बढ़ावा देने को ध्यान में रखते हुए किए जा रहे हैं। 

परिषद इंट्राम्युरल (परिषद के संस्थानों द्वारा सम्पन्न) और एकक़्स्ट्राम्युरल (परिषद से असम्बद्ध संस्थानों द्वारा सम्पन्न) अनुसंधान के माध्यम से देश में जैवआयुर्विज्ञान शोध को बढ़ावा देती है।

वर्तमान में इंट्राम्युरल शोध देश भर में स्थित 21 स्थाई शोध संस्थानों/केन्द्रों और 6 क्षेत्रीय आयुर्विज्ञान अनुसन्धान केन्द्रों के माध्यम से किए जा रहे हैं। परिषद के स्थाई संस्थान क्षयरोग, कुष्ठरोग, हैजा एवं अतिसारीय रोगों, एड्स सहित विषाणुज रोगों, मलेरिया, कालाजार, रोगवाहक नियंत्रण, पोषण, खाद्य एवं औषध विषविज्ञान, प्रजनन, प्रतिरक्षा रुधिरविज्ञान, अर्बुदविज्ञान, आयुर्विज्ञान सांख्यिकी, आदि विशिष्ट क्षेत्रों में शोधरत हैं। इसके अलावा क्षेत्रीय आयुर्विज्ञान अनुसंधान केन्द्रों द्वारा क्षेत्रीय स्वास्थ्य समस्याओं को दूर करने से संबंद्ध शोध किए जा रहे हैं, साथ-साथ देश के विभिन्न भौगोलिक क्षेत्रों मे शोध क्षमताओं को तैयार करना अथवा उन्हें सुदृढ बनाना भी उनका उद्देश्य है।

भारतीय आयुर्विज्ञान अनुसंधान परिषद जिन माध्‍यमों से एक्‍स्‍ट्राम्‍युरल अनुसंधान को बढ़ावा देती है उनमें सम्मिलित हैं- 


भारतीय आयुर्विज्ञान संस्‍थान परिषद द्वारा जैवआयुर्विज्ञान अनुसंधान में मानव संसाधन विकास को जिन विभिन्‍न योजनाओं के माध्‍यम से बढ़ावा दिया जाता है उनमें सम्मिलित हैं- 





भारतीय आयुर्विज्ञान अनुसन्धान परिषद द्वारा सेवा निवृत्‍त वैज्ञानिकों/शिक्षकों को इमेरिटस साइंटिस्‍ट का सम्‍मान प्रदान किया जाता है, जिससे वे जैवआयुर्विज्ञान के विशिष्‍ट विषयों पर शोध कार्य कर सकें अथवा जारी रख सकें।

वित्‍त एवं लेखा प्रभाग
मौलिक आयुर्विज्ञान प्रभाग
ट्रांसलेशनल अनुसंधान यूनि‍ट
कार्य