जून 2002 में लेसनर ने अंतिम राउंड में रॉब वैन डैम को हराकर किंग ऑफ द रिंग टूर्नामेंट जीता. इस जीत ने उनके लिए डब्लूडब्लूई (WWE) निर्विवाद चैम्पियनशिप में समरस्लैम में एक शॉट अर्जित किया। 22 जुलाई को, लेसनर स्मैकडाउन! ब्रांड में शामिल हो गए। अगस्त 2002 में हॉलीवुड हल्क होगन के साथ एक तेज फ्यूड के बाद लेसनर ने निर्विवाद चैंपियन द रॉक के साथ फ्यूड आरंभ की. समरस्लैम की मुख्य प्रतियोगिता में द रॉक को पराजित कर के लेसनर डब्लूडब्र्लूई (WWE) निर्विवाद चैंपियन बने. 25 साल की उम्र में अपनी इस जीत के साथ लेसनर इतिहास में सबसे कम उम्र के डब्लूडब्र्लूई (WWE) चैंपियन बन गए। (एक रिकॉर्ड है जो पहले द रॉक के नाम था। 2010 में अभी भी यह उपलब्धि लेसनर के पास ही है, हालांकि डब्लूडब्लूई (WWE) उनके व्यक्तित्व का कहीं कोई उल्लेख नहीं करता. डब्लूडब्लूई (WWE) निर्विवाद चैम्पियनशिप का बचाव देनों ब्रांडों में किया जाना जरूरी होने के कारण "रॉ" महाप्रबंधक एरिक बिशॉफ को आशा थी कि आगामी रात को लेसनर लौट कर रॉ में आएगा. हालांकि, स्मैकडाउन महाप्रबंधक स्टेफ़नी मकमहन ने घोषणा की कि अनुबंध के अनुसार लेसनर को केवल "स्मैकडाउन" पर ही खिताब की रक्षा करनी है, जिससे बिशॉफ को अपने ब्रांड के लिए अलग चैंपियनशिप की स्थापना करने के लिए मजबूर होना पड़ा. रॉ ब्रांड में नई विश्व हैवीवेट चैंपियनशिप शुरू हो जाने के बाद, अब विवादित होगई डब्लूडब्लूई (WWE) निर्विवाद चैंपियनशिप सिर्फ डब्लूडब्लूई (WWE) चैंपियनशिप के नाम से जानी जाने लगी.

लेसनर के तेजी से डब्लूडब्लूई (WWE) के शीर्ष पर पहुंचने के कारण अंडरटेकर के साथ फ्यूड शुरू हो गई, जिसमें एक मैच अनफोरगिवन पर शामिल था। यह एक दोहरी अयोग्यता में समाप्त हुआ जिसके कारण लेसनर ने अपना खिताब बरकरार रखा. अगले महीने, नो मर्सी पर उनका सामना फिर से अंडरटेकर से हुआ, इस बार हेल इन ए सेल मैच में. मैच में आगे बढ़ते हुए लेसनर ने प्रोपेन टैंक से अंडरटेकर का हाथ तोड़ दिया. हेमैन द्वारा मैकमहन से अनुनय करने के बावजूद कि अंडरटेकर को अपने कास्ट को हथियार की तरह इस्तेमाल न करने दिया जाए, मांग नामंजूर करदी गई और मैच योजनानुसार ही हुआ। एक ऐसा मैच जिसमें दोनों पहलवान और यहां तक कि हेमैन भी लहूलुहान हो गए थे, उस समय खत्म हुआ जब लेसनर ने विरोधी के टोम्बस्टोन पाइलड्राइवर प्रयास को पलटकर अपनी एफ-5 युक्ति से जीत हासिल की. अंडरटेकर के साथ अपने हेल इन सेल मैच के छः दिन बाद, उन्होंने रिबेलियन पे-पर-व्यू पर हेमैन के साथ एज के विरुद्ध एक हैंडीकैप मैच में अपना डब्लूडब्लूई (WWE) खिताब बरकरबर रखा.

लेसनर का अगला प्रतिद्वंद्वी द बिग शो था। लेसनर के साथ खिताब की रक्षा छोड़ने के लिए बात करते समय हेमैन को किसी और से अधिक, पूरा विश्वास था कि नेलसन यह मु्काबला नहां जीत सकते थे। लेसनर ने इंकार कर दिया और मेडीसन स्क्वेयर गार्डन पर सर्वाइवर सीरीज पे-पर-व्यू बिग शो से हार गए, यह डब्लूडब्लबई ((WWE) में लेसनर की पहली पिनफॉल हार थी। जब चैंपियन ने एफ-5 के बाद 500-पौंड के प्रतिद्वंद्वी को पिन करने की कोशिश की तो हेमैन ने धोखा दे दिया, जो रेफ्री को खींचकर रिंग से बाहर ले गया और बिग शो को संभलने का और खिताब जीतने का मौका मिल गया। परिणामस्वरूप लेसनर फ्रशंसकों के पसंदीदा बन गए। सरवाइवर सीरीज के बाद, हेमैन ने यह स्पष्ट कर दिया कि लेसनर दुबारा मैच की मांग नहीं करेंगे यहां तक कि उसने युपके से अनुबंध में एक विशेष खंड भी जुड़वा दिया. जनवरी 2003 में रॉयल रंबल प्रतियोगिता में लेसनर ने एक योग्यता मैच में द बिग शो को हरा दिया. बादमें लेसनर ने #29 प्रविष्टि के रूप में रम्बल में प्रवेश किया जहां अंततः अंडरटेकर को हरा कर वे जीते.
रॉयल रंबल मैच जीतने के बाद, लेसनर ने अगले दो महीने डब्लूडब्लबई ((WWE) चैंपियन कुर्ट एंगल के साथ पटकथा आधारित फ्यूड में गुजारे, जिसकी लेसनर ने खिताब जीतने में सहायता की थी और जिसका प्रतिनिधित्व भी पॉल हेमैन ने ही किया था। एंगल के पास हेमैन था और टीम एंगल (शेल्टन बेंजामिन और चार्ली हास) उसके पाछे थी, लेकिन लेसनर इन प्रतिद्नंद्वियों पर भारी पड़े. लेसनर ने रेसलमेनिया XIX की मुख्य प्रतियोगिता में डब्लूडब्लूई (WWE) चैम्पियनशिप पुनः हासिल की. मैच के अंत की ओर, वे एक स्टार प्रेस शूट करने में असफल रहे; ओवीडब्लू (OVW) में इस प्रयास को कई बार सफलतापूर्वक अंजाम दे चुकने के बावजूद, इस मैच में इस प्रयास के लिए जितनी दूरी कूदने में वे सक्षम थे, उसका उन्होंने अधिक अनुमान लगा लिया और वे जल्दी घूम गए, उनका सिर जाकर सीधा एंगल के पार्श्व में उसकी पसलियों में जाकर टकराया. इस से लेसनर स्तब्ध रह गए और एंगल को मैच की समाप्ति सुधारनी पड़ी. इस असफल प्रयास से लेसनर को सिर में गंभीर चोट लगी.

रेसलमेनिया के बाद जॉन सीना ने उन दोनों के बीच पिछले मैच के बाद से लेसनर का करियर लगभग खत्म करने के लिए उनको लक्ष्य करना शुरू कर दिया (एफ-5 का प्रयोग करके उनका टांगें रिंग पोस्ट में धकेल कर). इस से सीना को बैकलैश का खिताबी मैच खेलने का मौका मिल गया जिस में लेसनर खिताब अपने पास रखने में सफल रहे. इससे पहले बैकलैश पे-पर-व्यू पर बिग शो ने रे मिस्टीरियो को बुरी तरह घायल कर दिया था, परिणामस्वरूप मिस्टीरियो को स्ट्रेचर पर ले जाया गया। इस चोट के कारण लेसनर ने बिग शो के साथ अपनी फ्यूड का नवीकरण किया जिसकी वजह से खिताब के लिए फैसले के दिन एक स्ट्रेचर मैच रखा गया। लेसनर ने मिस्टीरियो तथा एक फोर्कलिफ्ट की सहायता से सफलतापूर्वक खिताब अपने पास बरकरार रखा. "स्मैकडाउन!" पर लिखित प्रतिद्वंद्विता के दौरान, लेसनर ने बिगशो को एक सुपरप्लेक्स में उठा दिया जिससे टकराने पर रिंग गिर पड़े. वेंगिएंस पर एक नो डिस्क्वालिफिकेशन ट्रिपल थ्रैट मैच में, जिसमें बिग शो भी शामिल था, लेसनर ने कुर्ट एंगल के हाथों अपना खिताब गंवा दिया.
समरस्लैम से पहले, कुर्ट एंगल को धोखा देने के कारण लेसनर एक खलनायक बन गये जिसके परिणामस्वरूप प्रतियोगिता में पुनः मैच हुआ। जब एंगल के एंकल-लॉक पर लेसनर को टैप आउट करने के लिए मजबूर होना पड़ा और लेसनर एंगल से हार गए। लेसनर और एंगल के बीच दूसरा पुनः खेला गया मैच, एक आयरन मैन मैच था जो बाद में "स्मैकडाउन!" के एक एपिसोड में खेला गया। लेसनर ने इस मैच में एंगल को हराया, जिसे "स्मैकडाउन!" इतिहास का सर्वश्रेष्ठ मैच कहा गया। कुछ सेकंड शेष रहे थे जब एंगल ने एंकल-लॉक का वार चला लेकिन लेसनर ने टैप नहीं किया। एंगल की चार पटखनियों के बदले पांच पटखनियों के साथ लेसनर जीत गए और इस जीत ने उन्हें तीन-बार का डब्लूडब्लूई (WWE) चैंपियन बना दिया. लेसनर के नए जीते गए खिताब का पहला चैलेंजर द अंडरटेकर था। तत्कालीन चैंपियन कुर्ट एंगल के खिलाफ एक मैच में लेसनर ने अंडरटेकर को खिताब नहीं जीतने दिया था, जिससे उसे लेसनर के खिताब को चुनौती देने का हक मिला. नो मर्सी पर लेसनर ने एक बाइकर चेन मैच में अंडरटेकर को हरा दिया.

पॉल हेमैन के "स्मैकडाउन!" का महाप्रबंधक बन जाने के बाद लेसनर ने खुद को फिर से हेमैन के साथ जोड़ लिया और सरवाइवर सीरीज पर एक 10-सदस्यीय सरवाइवर सीरीज मैच के लिए बिग शो, मैट मोर्गन, ए-ट्रेन और नाथन जोन्स के साथ टीम लेसनर का गठन किया। मैच के क्लाइमैक्स में, क्रिस बेनोइट दूसरा व्यक्ति बना जिसने लेसनर को टैप आउट करने के लिए मजबूर कर दिया. दो सप्ताह बाद "स्मैकडाउन!" पर डब्लूडब्लूई (WWE) चैंपियनशिप के लिए एक एकल मुकाबले में लेसनर का सामना बेनोइट से हुआ, जिसमें लेसनर के पहले ब्रॉक लॉक सबमिशन होल्ड से बेनोइट के बेहोश हो जाने के बाद लेसनर विजयी हुए.

न्यू जापान प्रो रेसलिंग (2005-2006)
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