दोनो समुदायों (हिंदू और मुस्लिम) में मतभेद का मुख्य कारण अपनी-अपनी सांस्कृतिक विचारों का प्रसार करने सम्बंधी आकांक्षायें हो सकती हैं जो भारत की स्वतंत्रता के दौरान खुले विवाद के रूप में उभरी। मुस्लिम अपनी सांस्कृतिक प्रेरणा स्रोत मुस्लिम उम्मा को मानते हैं जबकि हिन्दू सामान्यतः वैदिक और पौराणिक संस्कृति को अपना प्रेरणा स्रोत मानते हैं। मुस्लिम शासन (जिसके संस्थापक पश्चिमी एशिया से थे) के दौरान इस्लाम धर्म स्वीकार करने वाले लोगों ने उस संस्कृति को अपना लिया। फारसी भाषा को उस समय मध्य एशिया जैसे इस्लामी क्षेत्रों में सबसे महत्त्वपूर्ण और प्रतिष्ठित भाषा मानी जाती थी। भारत में इस्लाम शासन के संस्थापक विभिन्न जातीयता के थे जैसे तूर्क, मंगोल, अरबी, ईरानी, अफ़्गान आदि तथा उन सबने फारसी को ही अपनी सामान्य भाषा एवं अदालती भाषा के रूप में काम में लिया। हिन्दुओं ने इसे विदेशी संस्कृति के रूप में देखा। समय के साथ संस्कृत भाषा, धोती और आयुर्वेद जैसे विषयों को हिन्दू धर्म से जोड़कर देखा जाने लगा और फ़ारसी भाषा, यूनानी चिकित्सा पद्धति को मुस्लिमों से जोड़कर देखा जाने लगा। इससे दोनो समुदायों के व्यंजनों और संस्कृति में और अधिक अन्तर आने लग गया।

अट्ठारहवीं सदी और उसके बाद से भारतीय उपमहाद्वीप के मुस्लिम शासित भागों में उर्दू को अदालती भाषा (न्यायलय की भाषा) बन गयी। यह अरबी, फ़ारसी और तुर्कीयाई भाषा के प्रभाव वाली तथा दिल्ली एवं इसके आस-पास के क्षेत्रों में बोली जाने वाली खड़ीबोली से विकसित हुई। जैसे जैसे मुस्लिम शासन उत्तरी भारत में बढ़ा वैसे वैसे उर्दू अन्य स्थानों की मूल भाषाओं के साथ जुड़ती गयी और वहाँ के मूल शब्दों के स्थान पर कुछ फारसी शब्द स्थापित हो गये। इसी तरह समय के साथ-साथ यह एक नयी भाषा के रूप में विकसित हो गयी। हिन्दी भी खड़ीबोली से ही विकसित हुई, यद्यपि इसमें अधिकतर शब्द घरेलू बोली और संस्कृत से आये।

विभिन्न कारकों के प्रभाव से हिन्दी और उर्दू में दूरियाँ बढ़ायी। मुस्लिम शासकों ने उर्दू को देवनागरी लिपि के स्थान पर उर्दू लिपि में लिखना चुना। इसी समय में मुख्यतः १८वीं और १९वीं सदी में उर्दू भाषा ने अपना विकास लिखित उर्दू साहित्य के रूप में किया। इसके कारण उन हिन्दुओं में विभाजन आरम्भ हो गया जो हिन्दुस्तानी को देवनागरी में लिखते थे और अन्य जो हिन्दुस्तानी को उर्दू लिपि में लिखने लग गये थे। उन्नीसवीं सदी के उत्तरार्द्ध में हिन्दी विकास के आन्दोलनों ने विवाद को और बढ़ा दिया।

प्रो॰ पॉल आर॰ ब्रास ने अपनी पुस्तक "लैंग्वेज, रिलिजन एंड पॉलिटिक्स इन नॉर्थ इंडिया" (Language, Religion and Politics in North India; हिन्दी: उत्तर भारत में भाषा, धर्म और राजनीति), में लिखा है-

पृष्ठभूमि
हिन्दी एवं उर्दू
विवाद
हिन्दुस्तानी के लिए गाँधीजी का विचार