खोज का युग पश्चिमी यूरोप की दुनिया भर में राजनीतिक और सांस्कृतिक प्रभाव के विस्तार का गवाह बना. क्योंकि प्रमुख भूमिका स्पेन और पुर्तगाल जैसे सशक्त कैथोलिक राष्ट्रों द्वारा पश्चिमी उपनिवेशवाद निभाई गई। कैथोलिक मत खोजकर्ता, विजेताओं और मिशनरियों द्वारा अमेरिका, एशिया और ओशिनिया में फैल गया था, साथ ही साथ औपनिवेशिक शासन के सामाजिक और राजनीतिक तंत्र के माध्यम से समाज के परिवर्तन द्वारा भी इस कार्य को अंजाम दिया गया।

पोप अलेक्जेंडर VI ने स्पेन और पुर्तगाल को नई खोज की गई भूमि के सबसे अधिक अधिकार दिए और "पत्रेनेतो" व्यवस्था के माध्यम से यह सुनिश्चित किया कि औपनिवेशिक व्यवस्था राज्य के अधिकारियों की अनुमति से न कि वेटिकन प्रणाली से संचालित हो ताकि नये उपनिवेशों में सभी लिपिक नियुक्तियों को नियंत्रित किया जा सके. हालांकि स्पेनिश सम्राटों ने खोजकर्ताओं और विजेताओं द्वारा अमेरिन्डियन्स के खिलाफ प्रतिबद्धता हनन को रोकने की कोशिश की, परन्तु यह एंटोनियो डे मोंतेसिनोस था, एक डोमिनिकन भिक्षु को, विशेष रूप से खुले तौर पर मूल निवासियों से निपटने के लिए 1511 में स्पेन के शासकों हिसपानीओला की उनकी क्रूरता और अत्याचार के लिएआलोचना करने के लिए जानाजाता हैं। राजा फर्डिनेंड ने जवाब में "वलाडोलिड" और "बर्गोस का कानून" लागू किया। यह मुद्दा 16वीं सदी में स्पेन में विवेक के संकट का कारण बना. कैथोलिक पादरी के लेखन के माध्यम से जैसे कि: बर्तोलोमे डे लास कासस और फ्रांसिस्को डि विटोरिया ने मानव अधिकार की प्रकृति पर और आधुनिक अंतरराष्ट्रीय कानून के जन्म के लिए बहस का नेतृत्व किया। इन कानूनों का प्रवर्तन ढीला था और कुछ इतिहासकार भारतीयों को स्वतंत्र नहीं करने के लिए गिरजाघर को दोषी ठहरा रहे हैं। और दुसरे केवल स्वदेशी लोगों के पक्ष में आवाज उठाने की ओर इशारा कर रहे हैं।

1521 में पुर्तगाली अन्वेषक फर्डिनेंड मैगलन ने पहली बार फिलीपींस को कैथोलिक में परिवर्तित कर दिया. कहीं और, स्पेनिश जेसुइट फ्रांसिस जेवियर के तहत पुर्तगाली मिशनरी भारत, चीन और जापान में ईसाई धर्म का प्रचार कर रहे थे। जापान में गिरजाघर विकास में1597 में एक पड़ाव आया था जब शोगुनेट, विदेशी प्रभावों से देश को मुक्त करने के प्रयास में, ईसाई या किरिशितनों का गंभीर उत्पीड़न आरम्भ किया। एक भूमिगत अल्पसंख्यक ईसाई आबादी उत्पीड़न की इस अवधि के दौरान बची रही और एकांत में रहने के लिए बाध्य की गई जो कि अंततः 19वीं सदी में उठाया गया। चीन में, जेसुइट के द्वारा समझौता करने के प्रयासों के बावजूद चीनी संस्कार विवाद कांग्क्सी सम्राट के नेतृत्व में 1721 में ईसाई मिशन को प्रतिबंधित कर दिया गया। इन घटनाओं ने जेसुइट्स की आलोचना को बढ़ाने में आग में घी का कम किया, जो गिरजाघर के स्वंत्र शक्ति के प्रतीक थे और 1773 में यूरोपियन शासकों ने एकजुट होकर पोप क्लीमेंट XIV को इस आदेश को समाप्त करने के लिए दवाब डाला. जेसुइट्स अंतत: 1814 में पोप के बुल सोलिसीतुदो ओनीयम एक्लेसिआरम के द्वारा पुनर्स्थापित किया गया। लॉस कैलिफोर्निया में फ्रंसिसिकन पादरी जुनीपेरो सेर मिशनरियों की एक श्रंखला स्थापित की. दक्षिण अमेरिका में, जेसुइट मिशनरियों ने दासता से देशी लोगों की रक्षा के लिए अर्द्ध स्वतंत्र बस्तियों की स्थापना की जिसे कटौती कहा जाता है।

17 वीं सदी के आगे से, प्रबुद्धता ने पश्चिमी समाज पर कैथोलिक गिरजाघर के प्रभावो और शक्ति पर सवाल उठाया. 18 वीं सदी के लेखकों जैसे कि वॉलटैर और एन्सैक्लोपेदिस्त ने धर्म और गिरजाघर दोनों को काटने वाली आलोचनाएं लिखी थीं। उनकी आलोचना का एक लक्ष्य राजा लुई XIV द्वारा 1685 में नैनटेस के फतवे का निरसन किया जाना था, जिससे प्रोटेस्टेंट हुगुएनोट्स की धार्मिक सहनशीलता की एक सदी लम्बी नीति को समाप्त कर दिया गया था।

1789 की फ्रांसीसी क्रांति ने गिरजाघर से शक्तियों का स्थानांतरण राज्य को करने का करने का कार्य किया, गिरजाघरों का विनाश और तार्किक पंथ की स्थापना की. 1798 में, नेपोलियन बोनापार्ट के जनरल लुई एलेक्जेंडर बेर्थिएर ने इटली पर आक्रमण कर, पोप पायस VI को कैद कर लिया और कैद में ही उसकी मृत्यु हो गई। 1801 के पुनरुद्धार के माध्यम से नेपोलियन ने कैथोलिक गिरजाघर को फ्रांस में पुनर्स्थापित किया। नेपोलियन के युद्ध की समाप्ति के साथ कैथोलिको का पुनस्र्त्थान और पोप के राज्य की स्थापना आरम्भ हुई. 1833 में, फ्रेडेरिक ओज़नम ने सेंट विन्सेन्ट पॉल डी सोसायटी का कार्य पेरिस में औद्योगिक क्रांति के द्वारा हुई गरीब लोगों की सहायता के लिए शुरू की. इस समाज के 142 देशों में 1 लाख से अधिक सदस्य वर्ष 2010 तक हो जायेंगे.

ब्रिटिश साम्राज्य के विस्तार के साथ ही ऑस्ट्रेलिया को पहला कैथोलिक राज्य बनाया जब सिडनी में आयरिश दोषियों को 1788 में साथ लाया गया। 19 वीं सदी के अंत तक, रोमन कैथोलिक ईसाई मिशनरियां ओशिनिया के पड़ोसी द्वीप तक पहुँच चुकी थी।

1830 के आरम्भ में लैटिन अमेरिका में, पुरोहित विरोधी सरकारों का सत्ता में आगमन हुआ। गिरजाघर की संपत्ति जब्त कर लिया गया, धर्माध्यक्ष निवास को खाली करा लिया गया। धार्मिक आदेशों को दबा दिया गया, पुरोहित दशमांश का संग्रह समाप्त कर दिया गया, और जनता में पुरोहितों की पोशाक को प्रतिबंधित कर दिया गया। पोप ग्रेगरी XVI ने औपनिवेशिक धर्माध्यक्ष के रूप में अपने उम्मीदवारों की नियुक्ति की स्पेनिश और पुर्तगाली सम्राटों की शक्ति को चुनौती दी. उन्होंने गुलामी और 1839 सुप्रीमो अपोस्तोलातुस में पोप के मुहरबंद पत्र में दास व्यापार की निंदा की और सरकार को नस्लवाद का सामना करने में देशी पादरियों के समन्वय की मंजूरी प्रदान की.

19 वीं सदी के अंत में, कैथोलिक मिशनरियों ने अफ्रीका में औपनिवेशिक सरकारों का अनुसरण करते हुए स्कूलों, अस्पतालों, मठों और गिरजाघरों का निर्माण किया।

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