आधुनिक समय में, तपेदिक की शल्य चिकित्सा, कई दवाओं से प्रतिरोधी टीबी के प्रबंधन तक ही सीमित है। MDR-टीबी का रोगी जिसका कल्चर कई महीने के उपचार के बाद भी सकारात्मक रहता है, उसमें संक्रमित ऊतक को काटने के लिए लोबेक्टोमी या न्युमोनेक्टोमी का उपयोग किया जाता है। 
शल्य चिकित्सा के लिए उपयुक्त समय निर्धारित नहीं है और शल्य चिकित्सा के बाद भी रुग्णता बनी रह सकती है। अमेरिका में एक केंद्र है जिसके पास सबसे ज्यादा अनुभव है। यह केंद्र डेनवर, कोलोराडो में नेशनल ज्यूइश मेडिकल एंड रिसर्च सेंटर है। 1983 से 2000 तक, इन्होने 172 रोगियों में 180 शल्य चिकित्साएं कीं; इनमें से 98 लोबेक्टोमी थीं और 82 न्यूमोनेक्टोमी थीं। 
इसमें 3.3% ऑपरेटिव मृत्यु दर दर्ज की गयी; 6.8% लोग ऑपरेशन के बाद मर गए; 12% में महत्वपूर्ण रुग्णता (विशेष रूप से सांस ना ले पाने की स्थिति) की स्थिति बनी रही 91 रोगी जिनका कल्चर शल्य चिकित्सा से पहले सकारात्मक था, उनमें से 4 का कल्चर शल्य चिकित्सा के बाद भी सकारात्मक आया। 
शल्य चिकित्सा के बाद तपेदिक का उपचार करने के बाद भी कुछ जटिलताएं पायीं गयीं जैसे बार बार हिमोपटाईसिस, फुफ्फुस का नष्ट हो जाना या एम्पाइएमा (फुफ्फुसीय गुहा में मवाद का इकठ्ठा हो जाना).

फुफ्फुस के अलावा किसी अन्य अंग के टीबी में, शल्य चिकित्सा अक्सर निदान के लिए आवश्यक होती है (उपचार के लिए नहीं): लसिका पर्वों की सर्जिकल छंटाई, फोड़े में से स्राव, ऊतक बायोप्सी, आदि इसके उदाहरण हैं। 
टीबी कल्चर के लिए लिए गए नमूनों को निर्जर्मीकृत पात्र में रखकर प्रयोगशाला भेजा जाना चाहिए, ध्यान रखना चाहिए की इसमें कोई बाहरी पदार्थ ना मिल जाये (यहां तक की पानी या सलाइन भी नहीं) और जितना जल्दी हो सके इसे प्रयोगशाला पहुंचा दिया जाना चाहिए। 
जहां तरल कल्चर की सुविधा उपलब्ध है, निर्जर्मीकृत स्थान से नमूने को सीधे प्रक्रिया स्थान में डाल दिया जाना चाहिए; इससे परिणाम में सुधार आता है। 
मेरुरज्जु के टीबी में, रीढ़ की हड्डी के अस्थिरता के लिए शल्य चिकित्सा का संकेत दिया जाता है (जब अस्थियों को बहुत अधिक नुकसान पहुंच चूका हो) या जब मेरुरज्जु को ख़तरा हो। 
टीबी के संग्रह के स्राव की नियमित जांच के संकेत दिए जाते हैं और यह उपयुक्त उपचार में मददगार होते हैं। 
टीबी मैनिंजाइटिस में, हाइड्रोसिफेलस एक संभावी जटिलता है और इसमें वेंट्रिकुलर को डालने की या स्राव को बंद करने की आवश्यकता हो सकती है।

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