कीनिया में प्रमुख पर्यावरणीय मुद्दों और चुनौतियों में निर्वनीकरण, जल संसाधन का न्यूनीकरण, मरुस्थलीकरण और औद्योगिक प्रदूषण इत्यादि हैं। 

जल संसाधनों की उपलब्धता और गुणवत्ता में गिरावट एक बहुत बड़ी समस्या के रूप में उभरा है। कई झीलों में जलकुम्भी ("Eichhornia crassipes") जैसे पौधों का अतिक्रमण उनके प्राकृतिक पारितंत्र को नष्ट कर रहा है और इन झीलों के मछली उत्पादन तथा जल की सामान्य गुणवत्ता में भी कमी आयी है। नदियों के जलधारण में भी सिकुड़ाव दर्ज किया गया है जो इनके बेसिन में भूजल के नीचे चले जाने का परिणाम माना जा रहा है।

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