कई प्रशंसकों को उम्मीद थी कि बैंड की लाइव 8 पर उपस्थिति, एक पुनर्मिलन दौरे में फलित होगी। कार्यक्रम के बाद के सप्ताह में, सदस्यों के बीच की दरार ज्यादातर भर गई और गिल्मर ने पुष्टि की कि वे और वाटर्स बहुत सौहार्दपूर्ण स्थिति में हैं। एक अंतिम दौरे के लिए, 136 मिलियन पाउंड (तब करीब $250 मिलियन) के सौदे की पेशकश की गई लेकिन इसे ठुकरा दिया गया। हालांकि, वाटर्स ने आगे की प्रस्तुतियों की संभावना से इन्कार नहीं किया, लेकिन सिर्फ विशेष अवसर के लिए। गिल्मर ने "ला रिपब्लिका" के साथ 2006 के एक साक्षात्कार में कहा कि, पिंक फ़्लॉइड के साथ उनका सम्बन्ध समाप्त हो चुका है और अब वे एकल परियोजनाओं और अपने परिवार पर ध्यान देना चाहते हैं। उन्होंने उल्लेख किया कि उन्होंने वाटर्स के साथ उसके उद्देश्य के समर्थन के लिए लाइव 8 पर प्रदर्शन किया, वाटर्स के साथ संधि करना और भाग ना लेने पर उन्हें दुःख होता। हालांकि, 2006 के साक्षात्कार में मेसन ने कहा कि पिंक फ़्लॉइड उस समारोह के लिए प्रस्तुति देना चाहेगा जो इजरायल और फिलीस्तीन के बीच शांति का समर्थन करेगा। इसके बाद बिलबोर्ड के साथ बातचीत में, गिल्मर ने अपने "पिंक फ़्लॉइड के साथ सम्बन्ध समाप्त" वक्तव्य को बदल कर "कौन जानता है।" कर दिया। 

डेविड गिल्मर ने 6 मार्च 2006 को अपना तीसरा एकल रिकॉर्ड, "ऑन ऍन आइलैंड" जारी किया। इसमें एक्स-जोकर के वाइल्ड ड्रम वादक विली विल्सन और मूल पिंक फ़्लॉइड गिटार वादक बॉब क्लोज़ का योगदान शामिल है। उन्होंने यूरोप, कनाडा और अमेरिका में छोटे समारोह स्थलों का दौरा शुरू किया, एक ऐसे बैंड के साथ जिसमें शामिल थे राइट और वाटर्स के बाद के पिंक फ़्लॉइड दौरे के अन्य संगीतकार. दौरे की अंतिम रात के लिए गिल्मर और राइट के साथ मेसन भी शामिल हो गए, पर अन्यथा वे वाटर्स के 2006 यूरोप/U.S. टूर के लिए वादन कर रहे थे। गिल्मर, राइट और मेसन की "विश यू वर हिअर" और "कम्फरटेब्ली नम" की दुहराव प्रस्तुति, पिंक फ़्लॉइड द्वारा लाइव 8 के बाद की पहली प्रस्तुति रही। 

60 वर्ष की आयु में सिड बैरेट की, 7 जुलाई 2006 को कैम्ब्रिजशायर में अपने घर पर मृत्यु हो गई। उन्हें कैम्ब्रिज श्मशान में 18 जुलाई 2006 को दफनाया गया। बैंड के किसी भी सदस्य ने हिस्सा नहीं लिया। हालांकि बैरेट पिछले 35 वर्षों से गुमनामी में जी रहे थे, संगीत में उनके योगदान के लिए राष्ट्रीय प्रेस में काफी सराहना हुई। उन्होंने अपनी वसीयत में 1.25M पाउंड छोड़ा था, जो उनके निकट परिवार के बीच विभाजित होना था। उनकी कुछ संपत्ति और कलाकृति की नीलामी की गई, जिसके तहत प्रशंसकों ने पूर्व पिंक फ़्लॉइड सितारे की एक स्मृति चिह्न के लिए उदार राशि का भुगतान किया।
सितम्बर, 2006 में वाटर्स ने अपना बहु प्रतीक्षित "Ça Ira" जारी किया, एक फ्रांसीसी लीब्रेट्टो के लिए एक तीन भाग का ओपेरा, फ्रांसीसी क्रांति के ऐतिहासिक विषय पर आधारित. समीक्षाएं प्रशंसात्मक थीं, "रोलिंग स्टोन" ने लिखा "ओपेरा, मनुष्य के युद्ध और शांति, प्रेम और हानि के साथ लम्बे समय से चले आ रहे सम्मोह को प्रतिबिंबित करता है।" 2007, पिंक फ़्लॉइड द्वारा EMI के साथ हस्ताक्षर करने की 40वीं सालगिरह थी और उनके पहले एल्बम "द पाइपर एट द गेट्स ऑफ़ डॉन" के जारी होने की 40वीं सालगिरह. इस अवसर को, एल्बम के मोनो और स्टीरियो मिक्स वाले एक सीमित संस्करण सेट, जिसमें एकल के कुछ ट्रैक और अन्य दुर्लभ रिकॉर्डिंग को जोड़ा गया था, जारी करते हुए चिह्नित किया गया। 10 मई 2007 को वाटर्स और पिंक फ़्लॉइड ने लंदन के बार्बिकन सेंटर में सिड बैरेट श्रद्धांजलि कार्यक्रम में अलग-अलग प्रस्तुति दी, ऐसे कलाकारों के साथ जिसमें शामिल थे डेमन अल्बार्न और रोबिन हिचकॉक. जो बोएड और निक लेयर्ड क्लोज़ द्वारा आयोजित यह समारोह, बैंड द्वारा बैरेट के कुछ हिट गीतों जैसे बाइक और "अर्नोल्ड लेन" की प्रस्तुति का साक्षी बना। पिंक फ़्लॉइड बैंड के सदस्यों की घोषणा नहीं की गई थी और उन्हें दर्शकों से एक जोशीला स्वागत मिला। बैंड के क्लासिक सदस्यों के साथ एक दूसरे पुनर्मिलन कार्यक्रम की उम्मीदें धराशायी हो गई जब वाटर्स ने समूह के साथ प्रस्तुति नहीं दी। "पिंक फ़्लॉइड!" के शोर पर, रोजर वाटर्स मंच पर आए और जवाब दिया, "बाद में". मेसन, गिल्मर और राइट मंच पर गए जब अंतिम बार "रोजर वाटर्स!" का शोर चल रहा था जिस पर गिल्मर ने नम्रता से जवाब दिया, "हां, वे भी यहां थे, अब हम बचे हैं।"
जनवरी 2007 के एक साक्षात्कार में वाटर्स ने इंगित किया कि वे पिंक फ़्लॉइड के पुनर्मिलन के लिए और अधिक इच्छुक हो गए हैं: "मुझे कोई समस्या नहीं है अगर वे लोग एक साथ आने चाहते हैं। यह दुनिया को बचाने के लिए भी नहीं होगा. यह बस इसलिए क्योंकि यह मजेदार होगा. और लोग इसे पसंद करेंगे." बाद में उस वर्ष गिल्मर ने कहा: "मुझे नहीं समझ में आता कि मैं उस पुरानी चीज़ में फिर वापस क्यों जाना चाहूंगा. यह बहुत प्रतिगामी है। मैं आगे देखना चाहता हूं और पीछे देखना मेरी खुशी नहीं." BBC 6Music के लिए मई 2008 के साक्षात्कार में, डेविड गिल्मर ने संकेत दिया कि वे एक और एकल प्रस्तुति के पक्ष में हैं, लेकिन एक पूर्ण दौरे को खारिज कर दिया। अपने नए लाइव एल्बम की रिलीज को बढ़ावा देने के लिए, एसोसिएटेड प्रेस को सम्बोधित करते करते हुए, डेविड गिल्मर ने कहा कि एक पुनर्मिलन नहीं होगा। गिल्मर ने कहा: "रिहर्सल मजेदार नहीं होते. रिहर्सल ने मुझे यकीन दिलाया कि यह ऐसा कुछ नहीं है जिसे मैं ज़्यादा करना चाहूंगा... लोगों के जीवन और कैरिअर में कई प्रकार के विदाई क्षण आते होंगे जिसे वे बाद में निरस्त कर देते हैं, लेकिन मुझे लगता है कि मैं काफी स्पष्ट रूप से कह सकता हूं कि अब कोई दौरा या एक एल्बम नहीं होगा. इसका किसी दुश्मनी या ऐसी किसी चीज़ से कोई लेना-देना नहीं है। बस इसलिए कि मैं यह सब कर चुका हूं. मैं वहां था और मैं इसे कर चुका हूं."

बैरेट की मृत्यु के सिर्फ दो वर्षों बाद, 15 सितम्बर 2008 को रिचर्ड राइट की मृत्यु, 65 वर्ष की आयु में कैंसर से हो गई। उनके बैंड के जीवित साथियों ने उनकी सराहना की, विशेष रूप से गिल्मर ने, पिंक फ़्लॉइड की समग्र ध्वनि पर उनके प्रभाव के लिए उनकी प्रशंसा की। 

अप्रैल 2009 में यह खुलासा हुआ कि बैंड ने कथित रूप से रॉयल्टी के भुगतान में नाकाम होने के लिए EMI के खिलाफ कानूनी कार्रवाई शुरू की थी। यह विवाद, कथित तौर पर टेरा फर्मा कैपिटल पार्टनर्स से, एक निजी इक्विटी फर्म जिसने 2007 में EMI के स्वामित्व को अपने हाथ में लिया जुड़ा है।

लाइव 8 में पुनर्मिलन
"उम्मागुम्मा" और "एटम हार्ट मदर"
"द डार्क साइड ऑफ़ द मून "
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