 
कुछ लोग इस शब्द को गढ़े जाने से पहले प्राचीन ग्रीक "फादर ऑफ मेडिसिन" हिप्पोक्रेट्स को प्राकृतिक चिकित्सा का प्रथम अधिवक्ता मानते हैं। प्राकृतिक चिकित्सा के आधुनिक अभ्यास की जड़े यूरोप के प्राकृतिक चिकित्सा आंदोलन में हैं। स्कॉटलैंड में थॉमस एलिनसन ने 1880 में तम्बाकू और अधिक कार्यभार का परिहार कर प्राकृतिक आहार और व्यायाम को बढ़ावा देकर अपने "हाईजेनिक मेडिसिन"(स्वच्छ चिकित्सा) की वकालत शुरू कर दी. "सैनीप्रैक्टर" शब्द कभी-कभी विशेष रूप से संयुक्त राज्य अमेरिका के उत्तर पश्चिमी प्रशांत क्षेत्र में नेचुरोपैथ के संदर्भ में कहा जाता था।

"प्राकृतिक चिकित्सा " शब्द 1895 में जॉन स्कील द्वारा गढ़ा गया था[33] और "अमेरिकी प्राकृतिक चिकित्सा के पिता" बेनेडिक्ट लस्ट द्वारा खरीदा गया। फादर सेबस्टियन निप्प ने जर्मनी में लस्ट को हाइड्रोथेरेपी (जल चिकित्सा) व अन्य प्राकृतिक स्वास्थ्य प्रक्रियाओं की शिक्षा दी; निप्प ने लस्ट को अपनी दवा रहित पद्धतियों के प्रसार के लिए अमेरिका भेजा. लस्ट ने "प्राकृतिक चिकित्सा विधि" को एक खास पद्धति के बदले एक व्यापक अनुशासनत्मक जीवन शैली के रूप में परिभाषित किया और इसमें जल चिकित्सा, हर्बल दवाओं और होम्योपैथी जैसी तकनीकों साथ ही चाय, कॉफी और अल्कोहल के अधिक सेवन का निषेध शामिल किया। उन्होंने शरीर को आध्यात्मिक व जीवनी शक्ति से पूर्ण अर्थ में देखा, जो "मनुष्य की प्रकृति के लौकिक बलों पर पूरी तरह निर्भर" होता है। 

1901 में लस्ट ने न्यूयॉर्क में अमेरिकन स्कूल ऑफ नेचुरोपैथी की स्थापना की. 1902 में प्राकृतिक सोसायटी मूल उत्तर अमेरिकी निप्प सोसाइटियां बंद हो गईं और और उनका "नेचुरोपैथिक सोसायटिज" के रूप में पुन: नामकरण किया गया। सितंबर 1919 में नेचुरोपैथिक सोसायटी ऑफ अमेरिका भंग कर दी गई और डॉ बेनेडिक्ट लस्ट ने इसके पूरक के रूप में "अमेरिकन नेचुरोपैथिक एसोसिएशन" की स्थापना की. बीसवीं सदी के प्रथम 3 दशकों में 25 राज्यों में प्राकृतिक चिकित्सा या नशारहित पेशा कानून के तहत प्राकृतिक चिकित्सकों को लाइसेंस दिये गये। प्राकृतिक चिकित्सा को शरीर के जोड़ बैठाने वाले कई चिकित्सकों ने अपनाया और कई स्कूलों ने डॉक्टर ऑफ नेचुरोपैथी (एनडी) और डॉक्टर ऑफ चिरोप्रेक्टर्स (डीसी) की डिग्रियां देने का प्रस्ताव दिया. इस अवधि में संयुक्त राज्य अमेरिका में सक्रिय हुए प्राकृतिक चिकित्सा स्कूलों की संख्या अनुमा‍नित रूप से एक से दो दर्जन थी।

तेजी से विकास की अवधि के बाद, प्राकृतिक चिकित्सा की प्रैक्टिस में 1930 के दशक के बाद कई दशकों तक गिरावट देखी गई। 1910 में द कार्नेगी फाउंडेशन फॉर द एडवांसमेंट ऑफ टीचिंग ने फ्लेक्सनर रिपोर्ट प्रकाशित की, जिसमें चिकित्सा शिक्षा के के कई पहलुओं, खासकर गुणवत्ता और वैज्ञानिक व्यापकता की कमी की आलोचना की. पेनिसिलिन और अन्य "चमत्का‍रिक दवाओं" के प्रचलन में आने और इस वजह से आधुनिक दवाओं की लोकप्रियता के फलस्वरूप भी प्राकृतिक चिकित्सा में गिरावट आई. 1940 और 1950 के दशक में पेशागत कानूनों के दायरे में विस्तार से कई चिरोप्रैक्टिक स्कूलों ने एनडी डिग्री देना बंद कर दिया, हालांकि इस प्रणाली के कई डॉक्टरों ने प्राकृतिक चिकित्सा का अभ्यास जारी रखा. 1940 से 1963 तक अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन ने विधर्मी चिकित्सा प्रणालियों के खिलाफ अभियान चलाया। 1958 तक प्राकृतिक चिकित्सा के अभ्यास का लाइसेंस केवल पांच राज्यों में दिया गया। 1968 में अमेरिकी स्वास्थ्य, शिक्षा व कल्याण विभाग ने प्राकृतिक चिकित्सा पर एक रिपोर्ट जारी की, जिसका निष्कर्ष था कि प्राकृतिक चिकित्सा विज्ञान में नहीं शामिल है और प्राकृतिक उपचार वैसे ग्रेजुएट तैयार करने के लिए अपर्याप्त है, जो रोग का पता लगाने और उसके निदान में सक्षम हो सकें. रिपोर्ट में चिकित्सा दायरे के विस्तार में प्राकृतिक चिकित्सा को शामिल करने के खिलाफ सिफारिश की. 1977 में एक ऑस्ट्रेलियाई जाचं समिति ठीक ऐसे ही निष्कर्ष तक पहुँची और इसने नेचुरोपैथ डॉक्टरों को लाइसेंस नहीं देने की सिफारिश की. 2009 तक संयुक्त राज्य अमेरिका के 50 में से 15 राज्यों ने प्राकृतिक चिकित्सकों को लाइसेंस दिया था। और दो राज्यों (डब्ल्यूए व वीटी) में बीमा कंपनियों को प्राकृतिक चिकित्सकों द्वारा प्रदान की गई सेवाओं की प्रतिपूर्ति के लिए बीमा कंपनियों की पेशकश की जरूरत होती है।

प्राकृतिक चिकित्सा का अस्तित्व कभी भी पूर्णता के साथ मौजूद नहीं रहा. 1970 के दशक की शुरुआत में कनाडा और अमेरिका में समग्र स्वास्थ्य आंदोलन के साथ इसके प्रति रुचि जगी.

वर्तमान में पांपरिक प्राकृतिक चिकित्सा के नौ स्कूलों में अमेरिकन नेचुरोपैथिक मेडिकल एक्रीडियेशन बोर्ड से मान्यता प्राप्त प्रमाणपत्र या डिग्री प्रोग्राम प्रदान किया जा रहा है। एएनए के नेशनल बोर्ड ऑफ नेचुरोपैथिक एक्जामिनर्स वर्तमान में दो स्कूलों को मान्यता देता है, जो डाक्टर ऑफ नेचुरोपैथी डिग्री प्रोग्राम की पेशकश कर रहे हैं।

प्राकृतिक दवाओं का छह मान्यता प्राप्त स्कूलों, मान्यता प्राप्त प्राकृतिक चिकित्सा स्कूलों और उत्तरी अमेरिका में मान्यता के एक अभ्यर्थी स्कूल के तौर पर प्रतिनिधित्व हासिल है। 1956 में, चार्ल्स स्टोन, फ्रैंक स्पॉल्डिंग और डब्ल्यू मार्टिन ब्लेथिंग ने वेस्टर्न स्टेट्स चिरोप्रैक्टिक कॉलेज द्वारा एनडी कार्यक्रम को बंद करने की योजना को देखते हुए ओरेगोन के पोर्टलैंड में नेशनल कॉलेज ऑफ नेचुरल मेडिसिन (एनसीएनएम) की स्थापना की. 1978 में शीला क्विनन, जोसेफ पिजोरनो, विलियम मिशेल और लेस ग्रिफ़िथ ने वाशिंगटन के सीटल में जॉन बस्टायर कॉलेज ऑफ नेचुरोपैथिक मेडिसिन (अब बस्टायर विश्वविद्यालय) की स्थापना की. उसी वर्ष कनाडा के टोरंटो में कनाडियन कॉलेज ऑफ नेचुरोपैथिक मेडिसिन स्थापित किया गया। हाल ही में स्थापित स्कूलों में 1992 शुरू किये गये साउथवेस्ट कॉलेज ऑफ नेचुरोपैथिक मेडिसिन और 1992 में ही स्थापित बाउचर इंस्टीट्यूट ऑफ नेचुरोपैथिक मेडिसिन शामिल हैं। कनेक्टिकट में ब्रिजपोर्ट विश्वविद्यालय कॉलेज ऑफ नेचुरोपैथिक मेडिसिन के माध्यम से एनडी डिग्रियां देता है और इलिनोइस में नेशनल यूनिवर्सिटी ऑफ हेल्थ साइंसेज ने हाल ही में नेचुरोपैथिक कार्यक्रम शुरू किया है और वह मान्यता का एक अभ्यर्थी है।


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