जीवाण्विक कैप्सिड द्वारा कोशिका में प्रवेश करने के कुछ ही समय बाद, "रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेस (reverse transcriptase)" नामक एक किण्वक एकल-रेशे वाले (+)आरएनए (RNA) जीनोम को संबंधित जीवाण्विक प्रोटीनों से मुक्त करता है और एक पूरक डीएनए (सीडीएनए) (cDNA) अणु में इसकी प्रतिलिपि बनाता है। रिवर्स ट्रांस्क्रिप्शन की प्रक्रिया में त्रुटि उत्पन्न होने की बहुत अधिक संभावना होती है और परिणामस्वरूप प्राप्त होने वाला परिवर्तन दवाओं के विरुद्ध प्रतिरोध उत्पन्न कर सकता है या जीवाणु को शरीर के प्रतिरक्षा तंत्र से बच निकलने का मौका दे सकता है। रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेस में राइबोन्युक्लियस गतिविधि, जो सीडीएनए (cDNA) के संश्लेषण के दौरान जीवाण्विक डीएनए (DNA) का स्तर घटा देती है, तथा साथ ही डीएनए (DNA) पर निर्भर डीएनए (DNA) बहुलक गतिविधि, जो "एंटीसेन्स" सीडीएनए (antisense cDNA) से एक सेन्स डीएनए (sense DNA) का निर्माण करती है, भी होती है। सीडीएनए (cDNA) और इसका पूरक एक साथ मिलकर एक दोहरे-रेशे वाले जीवाण्विक डीएनए (DNA) का निर्माण करते हैं, जिसे इसके बाद कोशिका के केंद्र में भेजा जाता है। मेजबान कोशिका के जीनोम में जीवाण्विक डीएनए (DNA) का एकीकरण एक अन्य जीवाण्विक किण्वक द्वारा होता है, जिसे "इंटीग्रेस (integrase)" कहते हैं।

अब यह एकीकृत जीवाण्विक डीएनए (DNA) एचआईवी (HIV) संक्रमण के दीर्घकालिक चरण में निष्क्रिय पड़ा रह सकता है। सक्रिय रूप से जीवाणु को उत्पन्न करने के लिये विशिष्ट कोशिकीय ट्रांस्क्रिप्शन कारकों का उपस्थित होना आवश्यक होता है, जिनमें से सर्वाधिक महत्वपूर्ण एनएफ़केबी (NF-"κ" B) (एनएफ काप्पा बी) (NF kappa B) है, जिसका उच्च-नियमन टी (T)-कोशिका के सक्रिय होने पर किया जाता है। इसका अर्थ यह है कि वर्तमान में जो कोशिकाएं संक्रमण का मुकाबला कर रही हैं, उन्हें एचआईवी (HIV) द्वारा नष्ट किये जाने की सर्वाधिक संभावना है।

जीवाण्विक दोहराव के दौरान, एकीकृत डीएनए (DNA) प्रोवायरस (provirus) एमआरएनए (mRNA) में ट्रांस्क्राइब होता है, जिसे इसके बाद छोटे-छोटे टुकड़ों में जोड़ा जाता है। ये छोटे टुकड़े केंद्र से कोशिकाद्रव्य में भेजे जाते हैं, जहां उन्हें नियामक प्रोटीन टीएटी (Tat) (जो नए जीवाणुओं के उत्पादन को प्रोत्साहित करता है) और आरईवी (Rev) में अनुवादित किया जाता है। जब यह नवनिर्मित आरईवी (Rev) प्रोटीन केंद्र में एकत्रित हो जाता है, तो यह जीवाण्विक एमआरएनए (mRNAs) से जुड़ता है और टुकड़ों में न जोड़े गए (unspliced) आरएनए (RNAs) को केंद्र से चले जाने की अनुमति देता है, जहां वे अन्यथा टुकड़ों में जोड़े जाने तक बने रहते हैं। इस चरण में, पूर्ण-लंबाई वाले एमआरएनए (mRNA) से संरचनात्मक प्रोटीन जीएजी (Gag) और ईएनवी (Env) उत्पन्न किये जाते हैं। पूर्ण-लंबाई वाला आरएनए (RNA) वस्तुतः जीवाणु जीनोम होता है; यह जीएजी (Gag) प्रोटीन से बंधता है और इसे नए जीवाणु कणों में रखा जाता है।

ऐसा प्रतीत होता है कि एचआईवी-1 (HIV-1) और एचआईवी-2 (HIV-2) अपने आरएनए (RNA) को अलग-अलग ढंग से भरते हैं; एचआईवी-1 (HIV-1) किसी भी उपयुक्त आरएनए (RNA) से बंध जाएगा, जबकि एचआईवी-2 (HIV-2) मुख्यतः उस एमआरएनए (mRNA) से बंधेगा, जिसका प्रयोग स्वतः जीएजी (Gag) प्रोटीन के निर्माण के लिये किया गया था। इसका अर्थ यह भी हो सकता है कि एचआईवी-1 (HIV-1) परिवर्तित हो पाने में बेहतर ढंग से सक्षम होता है (एचआईवी-1 (HIV-1) संक्रमण एचआईवी-2 (HIV-2) की तुलना में तेज़ी से एड्स (AIDS) की ओर बढ़ता है और यह अधिकांश वैश्विक संक्रमणों के लिये जिम्मेदार होता है).

प्रसार क्षेत्र
दोहराव और ट्रांस्क्रिप्शन
पूर्वानुमान
आयुर्वेदिक