धीरे-धीरे संस्थान का आकार तथा कार्य बढ़ने के कारण सरकार तथा समाज से वैधानिक रूप से धन प्राप्ति हेतु संस्थान के पंजीकरण की आवश्यकता हुई और 1860 के अधिनियम 21 के अनुसार 9 मई 1935 को यह संस्थान विश्वेश्वरानन्द वैदिक शोध संस्थान सभा के नाम से पंजीकृत कर दिया गया। 1 जुलाई 1936 से सारे कार्य इस संस्था के द्वारा संचालित होने लगे। मान्यता मिलने के कारण 1940-41 से नियमित रूप से संस्थान को सरकारी अनुदान भी प्राप्त होने लगे। कई प्रांतीय सरकारों, राजा-महाराजाओं तथा अनेक विश्वविद्यालयों ने भी सहायता देनी शुरू कर दी। आचार्य विश्वबन्धु शास्त्री के संपादन में व्यापक पैमाने पर विशाल वैदिक-पदानुक्रम-कोष के निर्माण का कार्य चल रहा था। इस कार्य के सुचारु संपादन के लिए संस्थान ने अपना ही प्रेस खोल लिया। सन् 1935 ईस्वी में विशाल 'वैदिक पदानुक्रम कोष' का सर्वप्रथम ब्राह्मण एवं आरण्यक ग्रंथों से संबंधित पहला भाग प्रकाशित हुआ। 1936 में ब्राह्मण एवं आरण्यक भाग की दूसरी जिल्द भी प्रकाशित हो गयी। इसके बाद संहिता भाग पर कार्य प्रारंभ हुआ और 1942 तक संहिता भाग का प्रथम भाग प्रकाशित हो गया। इसी बीच संस्थान से वाल्मीकीय रामायण (पश्चिमोत्तर शाखीय) का संपादन कर पाँच भागों में प्रकाशन किया गया। इसका प्रकाशन शोधविभाग, डीएवी कॉलेज, लाहौर के अन्तर्गत हुआ था। आचार्य विश्वबन्धु शास्त्री द्वारा संपादित इसका पाँचवाँ काण्ड (सुन्दरकाण्ड) 1940 में प्रकाशित हुआ था। छठा काण्ड (युद्धकाण्ड) उन्हीं के संपादन में लाहौर से ही 1944 में प्रकाशित हुआ।

इसके बाद भारतीय स्वतंत्रता संग्राम एवं भारत विभाजन की अत्यधिक कठिन परिस्थितियों के कारण लाहौर में संस्थान का कार्य खतरे में पड़ गया। संस्थान के सामने सबसे बड़ी समस्या थी उसमें सुरक्षित हजारों भोजपत्र तथा ताड़पत्रों पर लिखित अप्रकाशित हस्तलिखित ग्रंथों एवं हजारों दुर्लभ संदर्भ ग्रंथों तथा 'वैदिक पदानुक्रम कोष' के जो भाग छप चुके थे तथा जो तैयार की गयी अप्रकाशित सामग्री थी उसको किसी न किसी प्रकार बचाकर भारत भेजना। यह सामग्री इतनी बड़ी मात्रा में थी कि चार हजार बोरों में बड़ी कठिनाई से इन्हें व्यवस्थित किया गया। पाकिस्तान सरकार से भारत भिजवाने में मदद करने हेतु अनुरोध करने पर उल्टे प्रतिबंध लगा दिया गया और कहा गया कि यह सम्पत्ति अब पाकिस्तान की है। ऐसी स्थिति में लाहौर से भारत आने वाले लोगों के द्वारा किसी प्रकार आचार्य विश्वबन्धु शास्त्री ने यह विशाल सामग्री पंजाब भिजवायी।

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