चैंपियंस ट्रॉफी के बाद जैसे ही एंड्र्यू फ्लिंटॉफ को मैच के लिए फिट घोषित किया गया, कप्तानी वापस उनके पास आ गई। स्ट्रॉस ने इस दौरे की बेहद खराब शुरुआत की, पूरी टीम के ही आम तौर पर लचर प्रदर्शन में उन्होंने चार पारियों में मात्र 71 रन बनाए। पहले दोनों टेस्ट गंवा देने के बाद, विभाजित ड्रेसिंग रूम के बारे में प्रश्न खड़े होने लगे, क्योंकि स्ट्रॉस और फ्लिंटॉफ के बीच कप्तानी बार-बार हस्तांतरित हो रही थी, लेकिन स्ट्रॉस ने इन आरोपों को कोई महत्त्व नहीं दिया। इसके बाद एक आभ्यास मैच में उन्होंने 88 रन बनाए, लेकिन अगले टेस्ट में वे दोनों पारियों में संदिग्ध निर्णयों के कारण आउट हुए, 42 पर लपके गए और शून्य पर पगबाधा दिए गए, रिप्ले से ऐसा लगा कि दोनों ही निर्णय कठोर थे। मुक्केबाजी दिवस टेस्ट में स्ट्रॉस ने अपने इस दौरे की एक मात्र पहचान सुरक्षित की जब उन्होंने 50 रन बनाए, हालांकि उन्हें यह शेन वॉर्न के 700वें टेस्ट शिकार के रूप में अधिक याद रहेगा, जो ऑस्ट्रेलियन स्पिनर ने अपने जीवन के अंतिम टेस्ट, जब तक ऐशेज उनके हाथ से जा चुका थी, से पूर्व के मैच में लिया था। जैसे मानो पांच मैच में धुलाई ही पर्याप्त नहीं थी, श्रृंखला की अंतिम पारी में स्ट्रॉस के सिर में ब्रेट ली का बाउंसर लगने से आउट होने के बाद उन्हें अस्पताल जाना पड़ा था। श्रृंखला के बाद टेस्ट टीम के कोच डंकन फ्लेचर ने स्ट्रॉस और पॉल कॉलिंगवुड दोनों में आत्मविश्वास की कमी पर खेद व्यक्त किया, जिन्हें वे शेष टीम के लिए एक आदर्श के रूप में प्रोत्साहित करना चाहते थे। वर्ष के अंत में उनके प्रदर्शन में गिरावट के बावजूद, खराब अंपायरिंग निर्णयों को ध्यान में रखते हुए स्ट्रॉस को 2006 विज्डन चालीस में चुन लिया गया।

टेस्ट श्रृंखला के बाद, इंग्लैंड ने राष्ट्रमंडल बैंक त्रिकोणीय श्रृंखला के अभ्यास के लिए एक मात्र ट्वंटी20 अंतर्राष्ट्रीय खेला। स्ट्रॉस को ट्वेंटी -20 मैच से बाहर रखा गया था लेकिन वे एक दिवसीय श्रृंखला में जरूर खेले। हालांकि इंग्लैंड की खेल के लघु प्रारूप की तुलना में दीर्घ प्रापीप में बेहतर करने की प्रवृत्ति है, उन्होंने आरंभिक पराजयों के बाद रफ्तार पकड़ ली और न्यूजीलैंड को पराजित कर दिया, जैसा कि होता है ग्रुप स्तर पर चाहे हारे हों लेकिन जो अंत में जीत गया वही विजेता होता है, स्ट्रॉस के 55 रन ही उनका एक मात्र उल्लेखनीय स्कोर था। इस समय तक, फ्लेचर के यह स्वीकार करने के साथ ही कि उन्हें उथले बल्लेबाजी विकल्पों के कारण ही अधिकतर टीम में लिया गया था, एक दिवसीय में स्ट्रॉस की खराब फार्म उजागर हो चुकी थी। हालांकि एस अर्द्धशतक ने उनके आत्मविश्वास के लिए कुछ नहीं किया क्योंकि पहले फाइनल में वे शून्य पर आउट हो गए और दूसरे में छः पर, हालांकि उन्होंने पॉन्टिंग और माइक हसी, दोनों को इकाई अंक के स्कोर पर सामीत रख कर डकवर्थ-लुईस प्रभावित स्कोर का उपयोग इंग्लैंड के जीतने के लिए किया जा सकता था ताकि तीसरे मैच की जरूरत ही न पड़े. अपने खराब प्रदर्शन स्तर के कारण उन्हें विश्व कप के ग्रुप स्तर तक टीम से बाहर रहना पड़ा और कमेंटेटरों द्वारा सुपर आठ में श्रीलंका के विरुद्ध उनकी वापसी की उम्मीद के बावजूद पुराने प्रतिद्वंद्वी ऑस्ट्रेलिया के मुकाबले खेलने के लिए बुलाए जाने तक इंतजार करना पड़ा, जहां उन्होंने मात्र 7 रन बनाए और उनकी पॉन्टिंग को रन आउट करने की अपील को टीवी रिप्ले के बाद ठुकरा दिया गया। जब तक इंग्लैंड नॉक आउट में बाहर न हो गया तब तक वे शेष सभी मैचों में इंग्लैंड की ओर से खेले; अगले दो वर्ष तक फिर से वे इंग्लैंड के लिए एक दिवसीय क्रिकेट में नहीं खेले।

अंततः खेल के दोनों अंतरराष्ट्रीय स्वरूपों में खराब वर्ष के बाद, यहां तक कि उन्हें सिर्फ टेस्ट पर ही ध्यान केंद्रित करने की अनुमति दिए जाने के बावजूद, 43 टेस्ट मैच के बाद उन्हें टेस्ट टीम से हटा दिया गया।

खेल करियर
प्रदर्शन में गिरावट (2006-07)
टीम से बाहर होना और न्यूजीलैंड में पुनरुत्थान
एशियाई टीमों का सामना और आरंभिक कप्तानी (2005-06)