संकट मोचन फाउंडेशन की स्थापना मंदिर के महंत श्री वीर भद्र मिश्र द्वारा १९८२ में हुई थी। वे गंगा नदी की सफ़ाई और सुरक्षा पर कई काम से जुड़े रहे हैं। इन परियोजनाओ के लिए आर्थिक सहायता अमेरिकी और स्वीडिश सरकारों द्वारा प्राप्त होती हैं। मिश्रा भारतीय प्रौद्योगिकी संस्थान (बीएचयू) में पूर्व में सिविल इंजीनियरिंग विभाग के पूर्व प्रमुख रह चुके हैं। १९९२ में इन्हें संयुक्त राष्ट्र पर्यावरण कार्यक्रम (यूएनईपी) "ग्लोबल ५०० रोल इन होनोर " की स्थापना के लिएअ सम्मानित किया गया था और १९९९ में टाइम्स मैगज़ीन द्वारा "हीरो ऑफ़ द प्लानेट" के पुरस्कार से सम्मानित किया गया था।
यह फाउंडेशन पिछले २५ साल से एक ऑस्ट्रेलिया के पर्यावरण समूह, 'ओज़ ग्रीन' नामक के साथ "स्वच्छ गंगा अभियान' संगठन के तहत काम कर रहा हैं।

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