दूसरे विश्व युद्ध में उपनिवेशों के खोने के कारण और वापस लौट रहे जापानियों को बसाने के लिए जापान के होन्शू और होक्काइडो द्वीपों को आपस में स्थापित मार्ग से जोड़ने पर विचार ताइशो काल (१९१२-१९२५) से किया जा रहा था, परन्तु सर्वेक्षण का काम १९४६ में ही आरम्भ हुआ। १९५४ में पांच नौकाएं जिसमे तोया मारू नौका भी थी, त्सुगारू खाड़ी को पार करते समय डूब गयी जिसमें १,४३० यात्री मारे गए। अगले वर्ष जापान राष्ट्रीय रेल द्वारा सुरंग अनुसंधान का काम तेजी से आरम्भ किया गया।
दोनों द्वीपों के बीच बढ रहे यातायात के कारण भी इन्हें स्थाई मार्ग से जोड़ना आवश्यक था। तेजी से बढ़ती अर्थव्यस्था के कारण जा रा रे (JNR) द्वारा संचालित सीकन फैरी से यात्रा करने वाले लोगो की संख्या ४०,४०,००० प्रति वर्ष पहुँच गयी और पोतभार में १.७ गुणा की वृद्धि होकर ६२,४०,००० टन प्रति वर्ष पहुँच गया। १९७१ में यातायात पूर्वानुमानों ने ये अनुमान लगाया की यात्रीओं और पोतभार में इतनी वृद्धि हो जायेगी की कंपनी द्वारा संचालित नौकाओं से उसकी पूर्ति नहीं हो पायेगी और भौगोलिक स्थितियों के चलते इनकी क्षमता एक सीमा से अधिक नहीं बढ़ाई जा सकती। सितम्बर १९७१ में सुरंग पर कार्य आरम्भ करने का निर्णय लिया गया। शिनकानसेन रेलों के मार्गो के विस्तार के लिए भी शिनकानसेन सक्षम अनुभाग को चुना गया।

कठिन भौगोलिक परिस्थितियों में काम चलता रहा और निर्माण के दौरान ३४ श्रमिक मारे गए।

२७ जनवरी १९८३ को जापान के प्रधानमंत्री द्वारा बटन दबाकर एक विस्फोट किया गया और जिससे आरंभिक सुरंग का काम पूरा हुआ। इसी प्रकार प्रतीकात्मक रूप से जापानी परिवहन मंत्री तोकुओ यामाशिता द्वारा १० मार्च १९८५ को मुख्य सुरंग में खुदाई की गयी।
योजना की सफलता पर तब प्रश्न चिन्ह लग गया जब ये अनुभव किया गया की १९७१ में हुए पूर्वानुमान अधिमुल्यांकित थे। १९८५ तक यातायात बढ़ने के स्थान पर यातायात में कमी ही हो रही थी। १९७८ में यातायात सर्वाधिक था और उसके बाद इसमें गिरावट देखी गयी जिसका कारण १९७३ के प्रथम तेल संकट के बाद जापान की अर्थव्यस्था में मंदी एक प्रमुख कारण था। अन्य कारणों में हवाई यातायात और लम्बी दूरी के समुद्री यातायात में उन्नति प्रमुख थे।

१३ मार्च १९८८ को सुरंग खोल दी गयी। सुरंग की कुल लगत ५३८.५ अरब येन (५१.१८ रु) आई। 
सुरंग के पूरा होने पर होन्शू और होक्काइडो के बीच चलने वाला सारा रेल यातायात इसी सुरंग से होकर गुजरता था। परन्तु अन्य यातायात के रूप में ९०% लोग सस्ती और तीव्र होने के कारण हवाई यातायात का उपयोग करते है। जैसे, सपोरो और टोकियो के बीच की दुरी रेल से तय करने में लगभग १०.३० घंटे लगते है, जबकि उसी दुरी को हवाई मार्ग से ३.३० घंटो में पूरा किया जा सकता है जिसमें हवाई अड्डों पर लगने वाला समय भी सम्मिलित है।

सुरंग खुदाई एक साथ दोनों उत्तरी और दक्षिणी छोरों से आरम्भ की गयी। सुखी भूमि वाले भागों के लिए मुख्य सुरंग से होकर पारंपरिक पहाडों की खुदाई करने वाली तकनीकों का सहारा लिया गया। समुन्द्र के भीतर के २३.३ किमी वाले भाग के लिए बढ़ते व्यास वाले तीन सुराख़ किये गए: पहला आरंभिक सुरंग, दूसरा सहायक सुरंग और तीसरा मुख्य सुरंग। सहायक सुरंग को मुख्य सुरंग के साथ शाफ्टो के एक श्रृंखला से जोड़ दिया गया जो ६०० से १,००० मीटर की दुरी पर लगायीं गयी थी। आरंभिक सुरंग ने ५ किमी लम्बी मध्य भाग वाली सुरंग के लिए सहायक सुरंग का काम किया।

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