कार्बनिक अम्ल, ऐल्कोहल तथा एंजाइम आदि कुछ विशेष प्रकार के रसायनों के व्यावसायिक तथा औद्योगिक उत्पादन में सूक्ष्मजीवों का बड़े पैमाने पर उपयोग किया जाता है। 

अम्लीय उत्पादकों के उदाहरण 

ऐथानॉल के बड़े पैमाने पर उत्पादन के लिए यीस्ट (सैकेरोमाइसीज सैरीविसेएई) का प्रयोग किया जाता है। लाइपेज का प्रयोग धुलाई में कपड़ों से तेल के धब्बे हटाने में किया जाने लगा है। हम बाजार से खरीद कर फल-रस की जो बोतल लाते हैं उसका रस घर में बने रस की तुलना में अधिक साफ दिखाई पड़ता है। पैक्टीनेजिज तथा प्रोटीऐजिज के प्रयोग के कारण बोतल वाला रस अधिक स्वच्छ एवं साफ होता है। स्ट्रैप्टोकाइनेज स्ट्रैप्टोकोकस जीवाणु (बैक्टीरियम) द्वारा उत्पन्न होता है जो आनुवंशिक इंजीनियरिंग द्वारा रूपांतरित किया जाता है। इसका प्रयोग रोगियों के रक्त वाहिकाओं से थक्का (क्लॉट) हटाने (‘थक्का स्फोटन’) के लिये किया जाता है। 

अन्य जैव सक्रिय अणु ‘साइक्लोस्पोरिन-ए’ है। जिसका प्रयोग अंग प्रतिरोपण में प्रतिरक्षा निरोधक (इम्युनोसप्रेसिव) कारक के रूप में रोगियों में किया जाता है। इसका उत्पादन ट्राइकोडर्मा पॉलोस्पोरमनामक कवक से किया जाता है। मोनॉस्कस परप्यूरीअस यीस्ट से उत्पन्न इस स्टैटिन का व्यापारिक स्तर पर प्रयोग रक्त-कोलेस्ट्रॉल को कम करने वाले कारक के रूप में किया जाता है। कोलेस्ट्रॉल के संश्लेषण के लिए उत्तरदायी एंजाइम स्पर्धा संदमन (निरोधण) की तरह क्रिया करते हैं।

बॉयोगैस के उत्पादन में सूक्ष्मजीव
जैव उर्वरक के रूप में सूक्ष्मजीव
उपयोगी सूक्ष्मजीव
रसायन, एंजाइम तथा अन्य जैवसक्रिय अणु