किस संगणक द्वारा संचिकाओं को आयोजित, नामित, भंडारित व परिवर्तित करने की प्रणाली को उसकी "संचिका प्रणाली" कहा जाता है। अधिकतर प्रचालन प्रणालियों में कम से कम एक संचिका प्रणाली होती है। कई प्रचालन प्रणालियों में कई संचिका प्रणालियाँ एक साथ चलाई जा सकती है। उदाहरण के लिए, नए एमएस विंडोज़ संगणकों पर एमएस-डॉस के पुराने एफ़एटी-शैली की संचिका प्रणालियाँ समर्थित हैं और साथ ही ताज़े विंडोज़ संस्करणों की प्रचलित संचिका प्रणाली एनटीएफ़एस भी चलती है। हर प्रणाली के अपने फ़ायदे नुकसान हैं। उदाहरण के लिए मानक एफ़एटी में केवल ८ अक्षर के संचिका नाम (और तीन अक्षर का विस्तार) चलते हैं (बिना खाली स्थान के), जबकि एनटीएफ़एस में लंबे संचिका नाम संभव हैं जिनमें खाली स्थान भी हो सकते हैं। आप किसी संचिका को एनटीएफ़एस में codice_16 जैसा नाम दे सकते हैं लेकिन एफ़एटी में यह नाम कुछ codice_17 जैसा ही हो सकता है (या फिर आप (वीएफ़एटी का इस्तेमाल करें जो कि एफ़एटी का एक लंबे संचिका नाम की सुविधा देने वाला विस्तार है)।

संचिका प्रबंधक कार्यक्रम सुविधादायक कार्यक्रम होते हैं जिनके जरिए संचिकाओं व फ़ोल्डरों को हिलाया, बनाया, मिटाया या पुनर्नामित किया जा सकता है, पर ये वास्तव में आपको संचिका की सामग्री को पढ़ने या सामग्री जोड़ने नहीं देते हैं। हर संगणक प्रणाली अपनी मूल संचिका प्रणाली के लिए कम से कम एक संचिका प्रबंधक प्रदान करता है। विंडोज़ में सबसे अधिक प्रयुक्त संचिका प्रबंधक कार्यक्रम विंडोज़ एक्स्प्लोरर है और मैक में यह फ़ाइंडर है। लिनक्स में नॉटिलस, कॉंक्वरर जैसे कई संचिका प्रबंधक हैं।

संचिकाओं की सामग्री
संचिकाओं का भंडारण
संचिकाओं की सुरक्षा
संचिका प्रणालियाँ व संचिका प्रबंधक