हमलों के उद्देश्यों में से एक, सऊदी अरब में अमेरिकी उपस्थिति है। अमेरिका द्वारा इसराइल का समर्थन, और इराक के खिलाफ प्रतिबंध. अल-क़ायदा ने अगस्त 1996 के "फतवे" तथा फरवरी 1998 में प्रकाशित एक छोटे फतवे सहित, हमलों से पूर्व घोषणाओं में ये उद्देश्य स्पष्ट रूप से व्यक्त किये थे। हमलों के बाद, बिन लादेन और अल ज़वाहिरी ने अतिरिक्त वीडियो टेप और ऑडियो टेप प्रकाशित किये, जिनमें से कुछ में हमले के कारणों को दोहराया गया था। दो विशेष रूप से महत्त्वपूर्ण प्रकाशन थे बिन लादेन के 2002 के "अमेरिका के लिए पत्र", तथा 2004 का बिन लादेन का वीडियो टेप. बिन लादेन और अल-कायदा द्वारा प्रत्यक्ष घोषणाओं के अलावा, कई राजनीतिक विश्लेषकों ने हमलों के लिए प्रेरणाओं की कल्पना की हैं।

11 सितम्बर को हुए आतंकवादी हमले और खोबर टावर की बमबारी के पीछे, सऊदी अरब में खाड़ी युद्ध के बाद अमेरिकी सेना की निरंतर उपस्थिति का हाथ माना जाता है, संयुक्त राज्य अमेरिका के दूतावास पर 1998 की बमबारी (7 अगस्त) अमेरिकी दलों को सऊदी अरब भेजे जाने के आठ साल बाद हुई. बिन लादेन ने पैगम्बर मुहम्मद के "अरब में काफिरों की स्थायी उपस्थिति" पर रोक लगाने की व्याख्या की।
1996 में बिन लादेन ने एक फतवा जारी किया, जिसमें अमेरिकी सेनाओं को सऊदी अरब से बहार निकल जाने के लिए कहा गया।
1998 के फतवे में अल-कायदा ने लिखा "सात साल से अधिक समय से इस्लाम की भूमि के पवित्रतम स्थानों, अरब प्रायद्वीप पर, संयुक्त राज्य अमेरिका कब्जा किए हुए है, इसकी दौलत को लूट रहा है, इसके शासकों को हुक्म दे रहा है, इसके लोगों का अपमान कर रहा है, पड़ौसियों को आतंकित कर रहा है और प्रायद्वीप में इसके अड्डों को पड़ौसी मुस्लिम लोगों से लड़ने के लिए हरावल दस्तों में परिवर्तित कर रहा है। 1999 में रहीमुल्ला युसूफजाई के साथ साक्षात्कार में बिन लादेन ने कहा, उन्होंने महसूस किया कि अमेरिकी "मक्का के बहुत नजदीक" थे और इसे पूरे मुस्लिम विश्व के लिए उकसाने वाला माना।

नवंबर 2002 में अपने "अमेरिका के लिए पत्र" में बिन लादेन ने इसरायल को संयुक्त राज्य अमेरिका के समर्थन को एक प्रेरणा बताया: इसरायल का निर्माण और उसकी निरंतरता सबसे बड़े अपराधों में से एक है और आप इन अपराधियों के नेता हैं। और बेशक इसरायल के लिए अमेरिकी समर्थन की मात्रा को समझाने या साबित करने की कोई जरूरत नहीं है। इसरायल का निर्माण एक अपराध है जिसे मिटा देना चाहिए। प्रत्येक और हर व्यक्ति जिसके हाथ इस अपराध में योगदान करके प्रदूषित हुए हैं, उसे इसकी कीमत चुकानी होगी और भारी कीमत चुकानी होगी।" 2004 और 2010 में, बिन लादेन ने फिर से 11 सितंबर के हमलों और संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा इसरायल के समर्थन के बीच संबंध को दोहराया। मियरशीमर और वॉल्ट सहित कई विश्लेषक भी संयुक्त राज्य अमेरिका के द्वारा इसरायल के समर्थन को हमलों के लिए प्रेरणा मानते हैं।

1998 के फतवे में अल-कायदा ने इराक पर प्रतिबंध की, अमरीकियों को मारने के कारण के रूप में पहचान की हैः "मुजाहिद-यहूदी गठबंधन द्वारा की गई इराकी लोगों की महातबाही के बावजूद, बड़ी संख्या में लोगों के मारे जाने के बावजूद, जो दस लाख को पार कर चुकी है, इस सब के बावजूद, अमेरिकी एक बार फिर से भयानक कत्लेआम को दोहराना चाहते हैं, जैसे कि वे अति क्रूर युद्ध या विखंडन और विनाश के बाद थोपी गई लंबी नाकेबंदी से अभी संतुष्ट नहीं हैं।..इस आधार पर और अल्लाह के आदेश की अनुपालना में, हम मुसलमानों के लिए यह फतवा जारी करते हैं: "अमेरिकियों और उनके सहयोगियों- नागरिक या सैनिक- को मारने का फैसला हर मुसलमान का जाती फर्ज है।.."

अल कायदा द्वारा प्रकाशित उद्देश्यों के अलावा, विश्लेषकों ने इस्लामी दुनिया के पश्चिमी दुनिया से पिछड़ जाने के कारण उत्पन्न अपमान, सहित अन्य उद्देश्य सुझाए हैं, यह विसंगति हाल के भूमंडलीकरण के कारण खास तौर पर दिखाई देती है। एक अन्य अनुमानित मकसद था, अल कायदा के समर्थन हेतु और सहयोगियों को प्रेरित करने की उम्मीद के साथ, इस्लामी दुनिया के खिलाफ एक अधिक व्यापक युद्ध के लिए अमेरिका को भड़काने की इच्छा।

क्षति
मंशा/उद्देश्य
आक्रमण
आर्थिक परिणाम