इंक्विज़िशन का लक्ष्य लोगों को धार्मिक "अपराधों" के लिए दंडित करना था। गोवा से पहले ये पुर्तगाल और स्पेन में भी था। गोवा में इसके शुरू होने से पहले से भी, वहाँ पुर्तगालियों द्वारा धार्मिक उत्पीड़न चलता आ रहा था। 30 जून 1541 को एक पुर्तगाली आदेश आया था, जिसके तहत हिंदू मंदिरों को तबाह करके उनकी संपत्ति ज़ब्त करके कैथोलिक मिशनरियों को हस्तांतरित कर दी जाए। 

1560 में गोवा में इंक्विज़िशन कार्यालय को अधिकृत करने से पहले, राजा जोआओ III (Joao III) ने 8 मार्च, 1546 को एक आदेश जारी किया, जिसमें हिंदू धर्म को निषिद्ध करने, हिंदू मंदिरों को नष्ट करने, हिंदू पर्वों के सार्वजनिक उत्सव पर रोक लगाने, हिंदू पुजारियों को निष्कासित करने और कोई भी हिंदू चित्र या मूर्ति बनाने वालों को गंभीर रूप से दंडित करने का आदेश दिया गया यह आदेश भारत के उन सभी क्षेत्रों के लिए था, जो पुर्तगाली क़ब्ज़े में आते थे। इन क्षेत्रों में मुस्लिम मस्जिदों पर सन 1550 से पहले एक विशेष धार्मिक कर लगाया गया था। अभिलेखों से पता चलता है कि पुर्तगालियों द्वारा 1539 में "विधर्मी उक्तियों" (ऐसी कोई बात कह देना जो ईसाई धर्म के ख़िलाफ़ हो) के धार्मिक अपराध के लिए एक नव-परिवर्तित ईसाई को मार डाला गया था। एक यहूदी "converso" (या ईसाई धर्मांतरित जेरोनिमो डायस) को गैरोटिंग की सज़ा के लिए नामित किया गया था। उसे जल्दी 1543 के रूप में हेरेसी और वापस यहूदी बनने के "अपराध" में के चलते पुर्तगालियों ने काठ पर जला दिया था। ये सभी घटनाएँ इंक्विज़िशन से पहले की हैं। 

कार्यान्वयन और परिणाम
इंक्विज़िशन पर कुछ विचार
भारत में इंक्विज़िशन का आरंभ
भारत में इंक्विज़िशन का प्रवेश