1988 में मामूट्टी ने मलयालम सिनेमा के इतिहास की सबसे बड़ी हिट फिल्म "ओरु सीबीआई डायरी कुरिप्पू" दी। "ओरु सीबीआई डायरी कुरिप्पू" ने केरल तथा तमिलनाडु में बॉक्स ऑफिस पर इतिहास कायम किया। पहली सीबीआई फिल्म "ओरु सीबीआई डायरी कुरिप्पू" की अपार सफलता के पश्चात् इन्हीं कलाकारों के साथ तीन और मर्डर मिस्ट्री सीक्वल्स तैयार किये गए: "जग्राथा " (1989), "सेथुरामा अय्यर सीबीआई " (2004) और "नेरारियाँ सीबीआई " (2005), सभी का निर्देशन के.मधु व लेखांकन एस.एन.स्वामी ने किया तथा मामूट्टी ने सेथुरामा अय्यर - एक बुद्धिमान किन्तु साधारण से दिखने वाले सीबीआई ऑफिसर का किरदार निभाया। 
एम.टी. वासुदेवन नायर की दो आत्मकथात्मक फिल्में मामूट्टी द्वारा अभिनीत हैं। एक थी आई.वी.शशि द्वारा निर्देशित "अक्षारंगल" तथा दूसरी हरिकुमार द्वारा निर्देशित "सुकृथम" .

मामूट्टी ने "ओरु वदक्कन वीरगाथा" फिल्म से अपने कैरियर के शिखर को छुआ. यह फिल्म टी. हरिहरन द्वारा निर्देशित और एम.टी.वासुदेवन नायर द्वारा लिखी गई थी। चेकावर (सशस्त्र योद्धा) में उनके विशिष्ट साहसिक किन्तु परिस्थितियों द्वारा अपमानित किरदार का चित्रण करने के लिए उन्हें सर्वश्रेष्ठ अभिनेता का राष्ट्रीय फ़िल्म पुरस्कार मिला। मामूट्टी को फिल्म में मुख्य भूमिका के लिए जोरदार प्रोत्साहन मिला। मामूट्टी के अभिनय के लिए अडूर गोपालकृष्णन द्वारा निर्देशित "मथिलुकल" पर भी इस पुरस्कार के लिए विचार किया गया। आई.वी. शशि द्वारा निर्देशित "मृगया" में एक शिकारी वारूणी के रूप में उनकी भूमिका और एक अन्य फिल्म "महायानाम" भी राज्य पुरस्कार के लिए नामित की गयीं। मामूट्टी ने भाराथान द्वारा निर्देशित "अमरम" के लिए फ़िल्म फेयर पुरस्कार जीता।

इस दौरान, मामूट्टी अडूर गोपालकृष्णन द्वारा निर्देशित कई फिल्मों में काम कर चुके थे। उन्होंने उनकी तीन फिल्मों "अनान्थाराम" ('समय से आगे'), "मथिलुकल" ('दीवारें') और "विधेयन " ('गुलाम') में अभिनय किया। "मथिलुकल" (प्रमुख मलयालम उपन्यासकार वाईकॉम मुहम्मद बशीर के उपन्यास 'मथिलुकल' पर आधारित) में नायक के रूप में उनके चित्रण ने उन्हें सर्वश्रेष्ठ अभिनेता के लिए अपना पहला राष्ट्रीय फिल्म पुरस्कार जीतने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई. मामूट्टी ने अडूर गोपालकृष्णन की "विधेयन" और टी वी चंद्रन की "पोंथान माडा" में भी किरदार निभाया है। दोनों फिल्मों में उनकी भूमिकाओं में उन्हें सर्वश्रेष्ठ अभिनेता का राष्ट्रीय फिल्म पुरस्कार और राज्य पुरस्कार मिला। उनके द्वारा अभिनीत व कोचीन हनीफा द्वारा निर्देशित "वल्त्सल्यम" भी राज्य पुरस्कार के लिए नामित हुई। "द किंग," जिसकी पटकथा रेन्जी पणिक्कर ने लिखी तथा शाजी कैलाश द्वारा निर्देशन किया गया, को 1995 में रिलीज़ किया गया।

मानवीय कार्य
अभिनय कैरियर
1980 व 1990 के दशक
अन्य भाषाओं की फिल्में