विशाल अणुकणिका रसायन शास्त के अंतःक्रियाओं में अस्थिरता बढी आसानी से आ जाता है, इसलिये नियंत्रण बहुत ही कठिन है। विशेषतः गैर सह-संयुज बोन्ड में बंध-ऊर्जा और सक्रियण शक्ति बहुत कम होती है। अर्हेनियस समीकरण के अनुसार एसी परिस्तिथी में बढते तापमान से आणुविके बंधन की दर बढती नही (जैसे की सह-संयुज बोन्डमें), बलकि, रासायनिक संतुलन के समीकरण हमें ये बतातें हैं कि ठीक इसका उलटा होता है तापमान के बढने से। कम तापमान में भी विशाल अणुकणिकाओं की प्रक्रियाओं में कठिनाइयाँ आती हैं, क्योंकि ये प्रक्रियाएँ धीमी पढ जातीं हैं।
इसका शानदार उदाहरण है उष्ण-रक्ती जीव, जो पूर्णतह सीमित ताप फैलाव के अंदर काम करतीं हैं।

विशाल अणुकणिका रसायन शास्त मे ऊष्मागतिकी का रचना, नियंत्रण और अध्ययन के लिहाज से एक महत्वपूर्ण उपकरण है।

विशाल अणुकणिका रसायन शास्त्र के मूल सिद्धांत
इतिहास
विशाल-अणुकणिकाओं में नियंत्रण
ऊष्मागतिकी