जठरांत्र शोथ में दिखने वाले संकेतों और लक्षणों के समान दिखने वाले लक्षणों के अन्य कारण जिनको अलग करने की आवश्यकता है उनमें उण्डुक-शोथ (अपेंडिसाइटिस), आंत में असामान्य घुमाव के कारण रुकावट (वॉल्वलस), सूजन वाला आंत्र रोग, मूत्र पथ के संक्रमण तथा मधुमेह शामिल हैं। अग्नाशयी कमी, लघु आंत्र सिंड्रोम, व्हिपिल्स रोग, कोलिएक रोग और रेचक समस्या पर भी ध्यान दिया जाना चाहिये। यदि व्यक्ति "केवल" उल्टी या दस्त (किसी एक से) से पीड़ित हो तो विभेदक निदान कुछ जटिल हो सकता है।

33% मामलों में उण्डुक-शोथ (अपेंडिसाइटिस) उल्टी, पेट दर्द और हल्के दस्त के साथ उपस्थित हो सकता है। यह हल्का दस्त जठरांत्र शोथ के कारण होने वाले दस्त की तीव्रता के वितरीत है। बच्चों में मूत्र पथ या फेफड़ों के संक्रमण भी उल्टी या दस्त का कारण हो सकते हैं। क्लासिकल मधुमेह केटोएसिडोसिस (DKA) में पेट का दर्द, मतली और उल्टी होती है लेकिन दस्त नहीं होता है। एक अध्ययन में पाया है कि DKA से पीड़ित बच्चों में से 17% में शुरू में जठरांत्रशोथ का निदान किया गया गया।

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