अक्तूबर 1985 में, न्यूयॉर्क शहर की पुलिस एडवर्ड ब्लेक की हत्या की जांच कर रही है। पुलिस के पास कोई सुराग ना होने की स्थिति में, सजग रॉर्सचाक् ने आगे की जांच का फैसला किया। अमेरिकी सरकार द्वारा नियोजित एक पोशाक युक्त हीरो, द कॉमेडियन के पीछे के चेहरे की पहचान ब्लेक के रूप में करने के बाद रॉर्सचाक् सोचता है कि उसने पोशाक युक्त साहसियों को समाप्त करने की एक साजिश का पता लगा लिया है और अपने चार सेवानिवृत्त साथियों को चेतावनी देने निकल पड़ता है: डैनियल ड्रेबेर्ग (द नाईट आउल द्वितीय), महाशक्तिशाली और भावनात्मक रूप से विरक्त डॉक्टर मैनहट्टन और उनकी प्रेमिका लॉरी ज़सपेजी (द सिल्क स्पेक्टर द्वितीय) और एड्रियन वेट (किसी समय के नायक ओज़ीमैनडिअस और अब एक सफल सेवानिवृत्त व्यापारी).

ब्लेक के अंतिम संस्कार के बाद, डॉक्टर मैनहट्टन को राष्ट्रीय टेलीविजन पर, मित्रों और पूर्व सहयोगियों में कैंसर फैलाने की वजह बनने का आरोप लगाया जाता है। जब अमेरिकी सरकार आरोपों को गंभीरता से लेती है, तो मैनहट्टन खुद को सुदूर मंगल ग्रह पर ले जाते हैं। ऐसा करके वे मानवता को राजनैतिक संकट में डाल देते हैं, जिसके तहत कथित अमेरिकी कमज़ोरी को भुनाते हुए सोवियत संघ अफगानिस्तान पर हमला कर देता है। रॉर्सचाक् के पागलपन भरे विश्वास सच प्रतीत होने लगते हैं जब एड्रियन वेट एक हत्या के प्रयास में बाल-बाल बचता है और मोलोच, द मिस्टिक, एक पूर्व महाखलनायक की हत्या के लिए खुद रॉर्सचाक् को दोषी ठहराया जाता है। 

अपने संबंध में उपेक्षित और अब सरकार द्वारा शरणागत के तौर पर नहीं रखे गए, ज़सपेजी, ड्रेबेर्ग के साथ रहता है; वे अपनी पोशाकों को धारण करते हैं और जैसे-जैसे एक-दूसरे के करीब आते हैं और फिर से निगरानी का काम शुरू करते हैं। रॉर्सचाक् के साजिश सिद्धांत के कुछ पहलुओं पर ड्रेबेर्ग को जब विश्वास होने लगता है, तो यह जोड़ी उन्हें जेल से बाहर लाने की ज़िम्मेदारी खुद पर ले लेती है। डॉक्टर मैनहट्टन, अपने निजी इतिहास पर वापस देखने के बाद मानवीय मामलों के साथ अपनी भागीदारी के भाग्य को ज़सपेजी के हाथों में सौंप देते हैं। वे मामले में भावनात्मक निवेश के लिए उसे टेलीपोर्ट से मंगल ग्रह पर भेजते हैं। बहस के दौरान, ज़सपेजी इस तथ्य के साथ सामंजस्य बैठाने के लिए मजबूर हुई कि ब्लेक, जिसने एक बार उसकी मां का यौन शोषण करने की कोशिश की थी, वास्तव में उसका जैविक पिता है। मानवीय भावनाओं की जटिलता को परिलक्षित करती यह खोज, डॉक्टर मैनहट्टन की मानवता में रूचि को पुनः प्रज्वलित कर देती है।

पृथ्वी पर, नाईट आउल और रॉर्सचाक्, द कॉमेडियन की मृत्यु के आस-पास की साजिश को और उस आरोप को, जिसके कारण डॉक्टर मैनहट्टन को निर्वासन में जाना पड़ा, उजागर करना जारी रखते हैं। एड्रियन वेट के इस योजना के पीछे होने के सबूत उनके हाथ लगते हैं। रॉर्सचाक् अपनी पत्रिका में वेट के बारे में अपने शक को लिखते हैं और इसे न्यूयॉर्क में एक छोटा दक्षिणपंथी अखबार, "न्यू फ्रंटीअर्स मैन" को भेज देते हैं। इसके बाद यह जोड़ी वेट के अंटार्कटिक वापसी पर उसके सामने होती है। वेट बताता है कि उसकी योजना अमेरिका और सोवियत संघ के बीच संभावित परमाणु युद्ध से मानवता को बचाने की है जिसके तहत वह न्यूयॉर्क शहर में एक झूठा विदेशी आक्रमण करेगा, जिसमें शहर की आधी आबादी का विनाश हो जाएगा. उसको उम्मीद है कि इससे देश, एक साझा दुश्मन के खिलाफ एकजुट हो जायेंगे. वह यह भी खुलासा करता है कि उसने द कॉमेडियन की हत्या की, डॉ॰ मैनहट्टन के पुराने सहयोगियों को कैंसर से ग्रस्त होने की व्यवस्था की, ख़ुद को संदेह के दायरे से परे रखने के लिए अपने पर जानलेवा हमले का अभिनय किया और अंत में रॉर्सचाक् को फंसाने के लिए मोलोच की मौत का मंचन किया और यह सब अपनी करतूतों को पर्दाफ़ाश होने से बचाने के लिए किया। उसके तर्क को कठोर और घृणित पाकर, ड्रेबेर्ग और रॉर्सचाक् उसे रोकने की कोशिश करते हैं, पर मगर यह देखते हैं कि वेट पहले ही अपनी योजना को अंजाम दे चुका है।

जब डॉक्टर मैनहट्टन और ज़सपेजी पृथ्वी पर वापस आते हैं, तो उनका सामना न्यूयॉर्क सिटी में सामूहिक विनाश और व्यापक मौतों से होता है। डॉक्टर मैनहट्टन गौर करते हैं कि उनकी क्षमताएं अंटार्कटिक से उत्पन्न ताचीऑन द्वारा सीमित हैं और जोड़ी वहां टेलीपोर्ट होती है। वे वेट के शामिल होने का पता लगाते हैं और उसके सामने जाते हैं। वेट वैश्विक शत्रुता की समाप्ति और एक नए खतरे के खिलाफ आपसी सहयोग की पुष्टि करता हुआ समाचार प्रसारण सबको दिखाता है, इससे प्रेरित होकर, वहां प्रस्तुत लगभग सभी सहमत होते हैं कि जनता से वेट के सच को छुपाना दुनिया के सर्वोत्तम हित में होगा ताकि इसे एकजुट रखा जा सके. रॉर्सचाक् समझौते से इनकार करता है और सच का खुलासा करने पर आमादा होकर वहां से चला जाता है। वापस लौटते वक्त उसका सामना मैनहट्टन से होता है। रॉर्सचाक् उसे बताता है कि वेट और उसके कार्यों का भांडा फोड़ने से उसे रोकने के लिए मैनहट्टन को उसे मारना होगा और जवाब में मैनहट्टन उसे वाष्पीकृत कर देता है। इसके बाद मैनहट्टन ताल में भटकता है और उसकी मुलाक़ात वेट से होती है, जो मैनहट्टन से पूछता है कि क्या उसने अंत में सही काम किया। पृथ्वी से एक अलग आकाशगंगा के लिए जाने से पहले जवाब में मैनहट्टन कहता है कि "कुछ भी कभी समाप्त नहीं होता". ड्रेबेर्ग और ज़सपेजी नई पहचान के साथ भूमिगत हो जाते हैं और उनका रोमांस जारी रहता है। यहां न्यूयॉर्क में, "न्यू फ्रंटीअर्समैन" में संपादक शिकायत करता है कि नए राजनीतिक माहौल की वजह से रूस के बारे में दो पृष्ठ के कॉलम को वापस लेना पड़ा. उसने अपने सहायक को क्रैंक फ़ाइल से, जो खारिज कर दी गई प्रस्तुतियों का संग्रह है, कुछ पूरक सामग्री ढूंढ़ने के लिए कहता है, जिनकी कभी समीक्षा भी नहीं की गई। श्रृंखला का समापन उस युवक के खारिज प्रस्तुतियों के ढेर की ओर जाने के साथ होता है, जिसके ऊपरी हिस्से पर रॉर्सचाक् की पत्रिका रखी होती है।

कथानक
विरासत
प्रतीक और कल्पना
पृष्ठभूमि और सृजन