अमीन 1946 में एक सहायक रसोईये के रूप में ब्रिटिश औपनिवेशिक सेना की किंग्स अफ्रीकन राइफल्स में शामिल हुआ। उसने दावा किया कि द्वितीय विश्वयुद्ध के दौरान उसे सेना में भर्ती होने के लिए मजबूर किया गया था तथा यह कि वह बर्मा अभियान में शामिल था, किन्तु दस्तावेज़ों से पता चलता है कि सूची में उसका नाम युद्ध के समाप्त होने के पश्चात् लिखा गया था। 1947 में उसे पैदल सेना में एक निजी सैनिक के रूप में केन्या भेजा गया था और उसने 1949 तक गिलगिल, केन्या में 21वीं केएआर (KAR) इन्फैन्ट्री बटालियन के लिए काम किया। उस वर्ष, सोमाली शिफ्टा विद्रोहियों से लड़ने के लिए उसकी टुकड़ी को सोमालिया में तैनात किया गया। 1952 में उसकी ब्रिगेड को केन्या में मऊ मऊ विद्रोहियों के खिलाफ तैनात किया गया था। उसी वर्ष उसे कॉर्पोरेल तथा इसके बाद 1953 में सार्जेंट के रूप में पदोन्नत किया गया।

1959 में अमीन को "इफेन्डी" (वारंट अधिकारी) बनाया गया, जो कि उस समय औपनिवेशिक ब्रिटिश सेना में किसी अश्वेत अफ़्रीकी के लिए सबसे बड़ा ओहदा था। उसी वर्ष अमीन युगांडा लौटा और 1961 में उसे लेफ्टिनेंट के पद पर पदोन्नत किया गया जिससे वह युगांडा के कमीशन प्राप्त करने वाले पहले दो अधिकारियों में से एक बन गया। उसके बाद उसे युगांडा के कार्मोजोंग तथा केन्या के टरकाना खानाबदोशों के बीच पशुओं के कारण होने वाले झगड़ों को कुचलने के लिए नियुक्त किया गया। 1962 में ग्रेट ब्रिटेन से युगांडा को आजादी मिलने के बाद, अमीन को कैप्टन तथा फिर 1963 में मेजर के पद पर पदोन्नत किया गया। अगले वर्ष, उसे सेना के उप कमांडर पद पर नियुक्त किया गया।

ब्रिटिश और युगांडा की दोनों सेनाओं में अपने कार्यकाल के दौरान अमीन एक सक्रिय एथलीट था। 193 सेमी (6 फीट 4 इंच) की लंबाई और शक्तिशाली शरीर की वजह से 1951 से 1960 तक युगांडा का लाइट हैवीवेट बॉक्सिंग चैम्पियन होने के साथ-साथ वह तैराक भी था। ईदी अमीन एक खतरनाक रग्बी फॉरवर्ड भी था, हालांकि एक अधिकारी ने उसके बारे में कहा था कि: "ईदी अमीन एक शानदार और अच्छा खिलाड़ी (रग्बी का), लेकिन उसे सिखाना कठिन है और एक अक्षर का शब्द भी उसे विस्तार से समझाना पड़ता है। 1950 के दशक में, वह आरएफसी नील के लिए खेला। एक लगातार सुनाई जाने वाली शहरी किंवदंती यह है कि 1955 में ब्रिटिश लायंस के विरुद्ध मैच के दौरान उसे पूर्वी अफ्रीका की टीम में स्थानापन्न खिलाड़ी के रूप में चुना गया था। यह कहानी पूरी तरह से निराधार है, वह टीम की तस्वीर या आधिकारिक टीम सूची में कहीं नहीं है और इस स्पर्धा के 13 वर्षों बाद तक भी अंतर्राष्ट्रीय रग्बी में स्थापन्न खिलाडियों को शामिल करने की अनुमति नहीं थी.

जातीय और अन्य समूहों का उत्पीड़न
ब्रिटिश औपनिवेशिक सेना
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राष्ट्रपति पद