गणेशन का सपना एक डॉक्टर बनना था। अप्रैल, 1940 में वे त्रिची में टी. आर. अलामेलु को देखने गए। अलामेलु के पिता ने गणेशन के पास अपनी बेटी से विवाह करने का प्रस्ताव रखा एवं स्नातक के बाद उसे चिकित्सा संबंधी एक पद दिलाने का वादा किया। गणेशन तुरंत सहमत हो गए और उन्होंने जून 1940 में अलामेलु से विवाह कर लिया। अलामेलु ने अपने विवाह के एक महीने के भीतर ही अपने पिता और अपनी बड़ी बहन को खो दिया. गणेशन का एक डॉक्टर बनने का सपना चूर-चूर हो गया। उनके पास कोई विकल्प नहीं बचा था, लेकिन उन्हें तुरंत एक नौकरी तलाशने की जरूरत थी क्योंकि वे अपने परिवार का भरण-पोषण करने वाले एक मात्र व्यक्ति थे। उन्हें भारतीय वायु सेना में साक्षात्कार का बुलावा मिला. अलामेलु की इच्छाओं के विरुद्ध गणेशन दिल्ली चले गए। दिल्ली में वे अपने चाचा नारयणस्वामी से मिले जिन्होंने उन्हें एक शिक्षक बनने की सलाह दी. बाद में उन्होंने पुष्पावली और सावित्री से विवाह किया।

जेमिनी गणेशन ने पुष्पावली के साथ रहते हुए बॉलीवुड अभिनेत्री रेखा (तमिल: ரேகா) को जन्म दिया. उनके बचपन के दौरान उन्होंने रेखा का पितृत्व स्वीकार नहीं किया। यह 1970 के दशक की बात है, जब रेखा बॉलीवुड में पांव जमाने की तलाश में थी तो उन्होंने अपनी उत्पत्ति का खुलासा किया। बाद में, अपने कैरियर के चरम पर, रेखा ने एक पत्रिका के साक्षात्कारकर्ता को कहा कि उनके पिता की उपेक्षा अब भी उन्हें भड़का देती थी एवं उन्होंने सुलह करने के अपने प्रयासों को नजरअंदाज कर दिया था।

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