होया अख्तर का जन्म 9 जनवरी 1974 को बोम्बे (मुम्बई) में पटकथा लेखक कवि गीतकार और पटकथा लेखक जावेद अख्तर और पटकथा लेखिका हनी ईरानी के घर हुआ। जोया की सौतेली मां शबाना आज़मी हैं। वो फरहान अख्तर की बहन और शायर जांनिसार अख्तर की पोती हैं। मनेच्क्जी कूपर विद्यालय, मुम्बई से उन्होंने अपनी शिक्षा आरम्भ की और सेंट जेवियर्स कॉलेज, मुम्बई से स्नातक की पढ़ाई पूर्ण की। तत्पश्चात उन्होंने फिल्म निर्माण सिखने के लिए "न्यूयॉर्क विश्वविद्यालय फिल्म स्कूल" में चलीं गई।

जोया का पालन पोषण एक नास्तिक परिवेस में हुआ, जैसे की उसके पिता जावेद अख्तर ने अपने भाषणों की शुरूआत "अध्यात्म, प्रभामण्डल आदि" से आरम्भ करने लगे।

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