जल चक्र भी वनोन्मूलन से प्रभावित होता है। पेड़ अपनी जड़ों के माध्यम से भूजल अवशोषित करते हैं और वातावरण में मुक्त कर देते हैं। जब जंगल का एक हिस्सा निकाल दिया जाता है तो पेड़ इस पानी को वाष्पीकृत नहीं करते और इसके परिणाम स्वरुप वातावरण शुष्क हो जाता है। वनोन्मूलन मिटटी में जल की मात्रा को, भू जल की मात्रा को और वातावरण में नमी की मात्रा को कम कर देती है। वनोन्मूलन मिट्टी की संसंजन क्षमता में कमी लाती है जिससे अपरदन (), बाढ़ और भूस्खलन () निश्चित हो जाते हैं वन कुछ स्थानों में एक्वीफायर () के पुनरावेशन को बढ़ावा देते हैं, हालाँकि, अधिकांश स्थानों में वन ही एक्वीफायर में कमी का मुख्य स्रोत हैं।

वनों में कमी अवक्षेपण के वाष्पोत्सर्जन () रख रखाव के लिए सिकुडन और लैण्ड स्केप की क्षमता को कवर करती है। अवक्षेपण पर पकड़ बनाने के बजाय जो भू जल प्रणाली को भेदता है, वन रहित क्षेत्र सतही जल के प्रवाह का स्रोत बनजाता है, जो भूमि के नीचे के प्रवाह की तुलना में अधिक तेजी से गति करता है। यह सतही जल का तीव्र प्रवाह फ़्लैश बाढ़ () का कारण हो सकता है और इस प्रकार से वन युक्त क्षेत्रों में बाढ़ की संभावनाएं बढ़ जाती हें. वनोन्मूलन वाष्पजलोत्सर्जन () में भी कमी लाती है, जो वायुमंडल में नमी की मात्रा को कम करता है, जिससे कुछ मामलों में अवक्षेपण के स्तर कम हो जाते हैं। चूँकि जल नीचली हवाओं के क्षेत्रोंमें पुनः नवीनीकृत नहीं होता है, लेकिन तीव्र धारा के रूप में प्रवाहित हो जाता है और सीधे समुद्र में पहुँच जाता है। एक प्रारम्भिक अध्ययन के अनुसार, वन रहित उत्तर और उत्तर पश्चिम चीन में, औसत वार्षिक अवक्षेपण १९५० से १९८० के बीच एक तिहाई कम हो गया।

सामान्य रूप से पेड़ और पोधे जल चक्र () को बहुत अधिक प्रभावित करते हैं। 
इसके परिणाम स्वरुप पेड़ों की उपस्थिति या अनुपस्थिति सतह पर, मिटटी में या भूजल में या वायुमंडल में जल की मात्रा को परिवर्तित कर सकती है। यह बदले में अपरदन की दरों को परिवर्तित कर देता है और या तो पारिस्थितिक तंत्र के लिए या मानव सेवाओ के लिए जल की उपलब्धता में परिवर्तन आ जाता है।

बहुत अधिक बारिश के मामले में वन बाढ़ पर बहु कम प्रभाव डालते हैं, जो वन की मृदा की संग्रहण क्षमता को पराजित कर देता है यदि मृदा संतृप्त है या संतृप्ति के करीब है।

उष्णकटिबन्धीय वर्षावन हमारे ग्रह के ताजे जल का लगभग ३० प्रतिशत उत्पन्न करते हैं।

ब्राजील
हाइड्रोलोजिक
वर्षा वनोन्मूलन
वन प्रबन्धन