एबरडीन में दो विश्वविद्यालय हैं, एबरडीन विश्वविद्यालय और रॉबर्ट गॉर्डन विश्वविद्यालय. एबरडीन की विद्यार्थी दर 11.5% है, जो 7% की औसत राष्ट्रीय दर से अधिक है।

एबरडीन विश्वविद्यालय की शुरुआत किंग'स कॉलेज, एबरडीन के नाम से हुई थी, जिसकी स्थापना 1495 में एबरडीन के बिशप और स्कॉटलैंड के चांसलर विलियम एल्फिंस्टन (1431-1514) द्वारा की गयी थी। एक अलग संस्थान मेरीस्चल कॉलेज की स्थापना "न्यू" एबरडीन में स्कॉटलैंड के पंचम अर्ल मेरीस्चल जॉर्ज कीथ द्वारा 1593 में की गयी थी। इन संस्थाओं को 1860 में वर्तमान एबरडीन विश्वविद्यालय के रूप में एक किया गया। यह अंग्रेजी बोलने वाली दुनिया में पांचवां सबसे पुराना विश्वविद्यालय है।

रॉबर्ट गॉर्डन कॉलेज (मूलतः रॉबर्ट गॉर्डन अस्पताल) की स्थापना 1729 में मानचित्र निर्माता स्ट्रालोच के रॉबर्ट गॉर्डन के व्यापारी पोते रॉबर्ट गॉर्डन द्वारा की गयी थी, जिसे बाद में कोलीहिल के अलेक्जेंडर सिम्पसन द्वारा 1816 में और भी धन प्रदान किया गया। मूल रूप से शहर के समाज और व्यापार के गरीब नागरिकों के बच्चों के शिक्षण व पोषण के लिए यह समर्पित था, बाद में 1881 में माध्यमिक और तकनीकी शिक्षा के लिए दिन-रात के विद्यालय के रूप में इसे पुनर्गठित किया गया। 1903 में, कॉलेज के व्यावसायिक शिक्षा घटक को केंद्रीय संस्थान नामित किया गया और 1965 में इसका नाम बदलकर रॉबर्ट गॉर्डन प्रौद्योगिकी संस्थान कर दिया गया। 1992 में इसे विश्वविद्यालय का दर्जा प्राप्त हुआ और यह रॉबर्ट गॉर्डन विश्वविद्यालय बन गया।

एबरडीन में दो कला विद्यालय भी हैं: एक है ग्रे'स स्कूल ऑफ़ आर्ट्स, जिसकी स्थापना 1886 में हुई, जो कि ब्रिटेन में स्थापित सबसे पुराने कला विद्यालयों में से एक है और जिसे अब रॉबर्ट गॉर्डन विश्वविद्यालय में शामिल कर लिया गया है; दूसरा है द स्कॉट सुथरलैंड स्कूल ऑफ़ आर्किटेक्चर एंड द बिल्ट एनवायरमेंट, जो ग्रे स्कूल ऑफ़ आर्ट के पास रॉबर्ट गॉर्डन विश्वविद्यालय के गार्थडी परिसर में स्थित है।

एबरडीन कॉलेज के शहर में अनेक परिसर हैं और जहां विभिन्न प्रकार के अनेक विज्ञान विषयों की अंशकालिक और पूर्णकालिक पढाई होती है। यह आगे की पढाई के लिए स्कॉटलैंड का सबसे बड़ा शिक्षण संस्थान है।

स्कॉटिश कृषि कॉलेज एबरडीन के बाहर क्रैबस्टोन एस्टेट पर स्थित है। यह A96 पर एबरडीन हवाई अड्डे के यातायात परिपथ के पास स्थित है। कॉलेज तीन सेवाएं प्रदान करता है - अध्ययन, शोध और परामर्श कार्य. कॉलेज में अनेक भूमि संबंधी पाठ्यक्रम हैं, जैसे कि कृषि, ग्रामीण प्रबंधन, सतत पर्यावरण प्रबंधन और ग्रामीण व्यवसाय प्रबंधन. यहां डिप्लोमा से लेकर स्नातकोत्तर तक के अनेक प्रकार के पाठ्यक्रम हैं।

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