जकेरियस मुसावयी के मुकदमे में "खालिद शेख मोहम्मद की गवाही के लिए प्रतिस्थापन" में ऑपरेशन के विवरण से पूर्णतः वाकिफ पांच लोगों की पहचान की गई है। वे हैं, ओसामा बिन लादेन, खालिद शेख मोहम्मद, रैम्जी बिनालशिभ, अबु तुरब अल-उर्दुनी और मोहम्मद आतिफ. आज तक, केवल सतही लोगों पर हमलों के लिए मुकदमा चला है या सजा हुई है। बिन लादेन पर अभी तक औपचारिक रूप से हमलों का अभियोग नहीं लगाया गया है।

26 सितंबर 2005 को न्यायाधीश बाल्टासर गरजों के निदेश पर स्पेनिश उच्च न्यायालय ने अबू दाहदाह को 9/11 हमले में षड़यंत्र के लिए तथा आतंकवादी संगठन अल-कायदा का सदस्य होने के कारण 27 वर्ष के कारावास की सजा सुनाई. उसी समय, अन्य 17 अल-कायदा के सदस्यों को छः साल से ग्यारह साल के बीच दंड की सजा सुनाई. 16 फ़रवरी 2006 को स्पेनिश सुप्रीम कोर्ट ने दाहदाह के दंड को घटा कर 12 वर्ष कर दिया क्योंकि उनके विचार से उसकी षड़यंत्र में भागीदारी सिद्ध नहीं हो पाई थी।

अन्य अल-क़ायदा सदस्य
आक्रमण
आर्थिक परिणाम
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