यील्ड के समर्थन में अपने विस्तृत दौरे के बाद, बैंड ने एक छोटा विराम लिया, लेकिन फिर 1999 के अंत तक एक होकर, एक नए अल्बम पर काम शुरू कर दिया. 16 मई 2000 को पर्ल जैम ने अपना छठा स्टूडियो एल्बम बाइनॉरल जारी किया। यह ड्रमर मैट कैमेरोन का बैंड के साथ स्टूडियो रिकॉर्डिंग का पहला काम था। इसका शीर्षक बाइनॉरल रिकॉर्डिंग तकनीक की ओर संकेत करता है जिसका प्रयोग निर्माता चेड ब्लेक द्वारा कई गानों में किया गया था, जो इस तकनीक के इस्तेमाल के लिए प्रसिद्द हैं। बैंड के शुरू होने के बाद से बाइनॉरल ऐसा पहला एल्बम था जो ब्रेंडन ओ'ब्रैयन द्वारा निर्मित नहीं था, हालाँकि बाद में कई गानों के रीमिक्स के लिए उन्हें बुला लिया गया था। गोसर्ड ने कहा कि बैंड "एक बदलाव के लिए तैयार था। रोल्लिंग स्टोन के जॉन पार्लेस ने कहा,"ऐसा लगता है कि क्रीड के प्रशंसकों के अतिरिक्त बाकी सबकी तरह ग्रंज से ऊब चुकने के कारण, पर्ल जैम अब कुछ और ही खोजने की कोशिश कर रहे हैं।" उन्होंने आगे कहा,"यह एल्बम पर्ल जैम के खुद को महत्त्व देने की पुरानी आदत तथा कुछ नया अथवा केवल कुछ अजीबो-गरीब करने की नवीन इच्छा को दर्शाता है।" शब्दों की दृष्टि से यह एल्बम बैंड के पिछले एल्बम यील्ड से ज्यादा जटिल है, गोसार्ड इसके शब्दों को "अत्यंत उदासीपूर्ण" कहते हैं। बाइनॉरल में एकल गाने "नथिंग एज इट सीम्स"([122]), बाइनॉरल रिकॉर्डिंग वाले गानों में से एक और "लाईट इयर्स" शामिल हैं। एल्बम की मात्र 700,000 प्रतियाँ ही बिकी और यह पर्ल जैम का पहला ऐसा एल्बम बना जो प्लेटिनम दर्जे तक पहुँचने में असफल रहा.

पर्ल जैम ने, कार्यक्रम में शामिल होने वाले प्रसंशकों में कार्यक्रम की रिकॉर्डिंग प्राप्त करने की इच्छा और अवैध रिकॉर्डिंग की बढ़ती हुयी प्रसिद्धि को देखते हुए, अपने 2000वें बाइनॉरल दौरे के दौरान सभी गानों को पेशेवर ढंग से रिकॉर्ड कराने का फैसला किया। इससे पहले बैंड अपने शौक़ीन प्रसंशकों को रिकॉर्डिंग की इज़ाज़त दे देता था और यह "आधिकारिक अवैधता" अपने प्रसंशकों को सस्ता और अच्छा एल्बम उपलब्ध कराने का एक प्रयास था। वास्तव में पर्ल जैम ने इन्हें सिर्फ फैन क्लब के सदस्यों के लिए ही जारी करने का फैसला किया था, लेकिन बैंड का रिकॉर्ड संबंधी अनुबंध उन्हें ऐसा करने की अनुमति नहीं देता था। पर्ल जैम ने अपने एल्बमों को सभी रिकॉर्ड स्टोर व् अपने फैन क्लब के लिए जारी कर दिया. बैंड ने 2000 और 2001 में 72 लाइव एल्बम जारी किये और इसके साथ ही बिलबोर्ड 200 में एक साथ डेब्यू करने वाले सर्वाधिक एल्बमों का रिकॉर्ड भी बनाया.

30 जून को पर्ल जैम का 2000 का यूरोपियन दौरा दुखद रूप से डेनमार्क के रोसकिल्ड समारोह में एक दुर्घटना के साथ समाप्त हो गया। इस दुर्घटना में भीड़ के सामने आने के कारण 9 प्रसंशक भीड़ पैरों के नीचे कुचल कर दम घुटने से मर गए। समारोह के अधिकारियो की ओर से प्रदर्शन बंद करने की कई विनतियों के बाद, अंततः बैंड ने अपना प्रदर्शन रोक दिया और भीड़ को पीछे करने की कोशिश की, लेकिन तब तक बहुत देर हो चुकी थी। दौरे की बची हुयी दो तारीखें निरस्त कर दी गयीं और इस इस घटना के बाद बैंड के सदस्यों ने अवकाश ले लेने फैसला किया। शुरुआत में पर्ल जैम को इस दुर्घटना का दोषी बताया गया था, लेकिन बाद में उसे इस आरोप से मुक्त कर दिया गया।

यूरोपियन दौरे के समाप्त होने के एक महीने के बाद, बैंड 2000 में ही दो चरणों वाले उत्तरी अमेरिका के दौरे के लिए फिर से तैयार हो गया। रोसकिल्ड दुर्घटना के बाद प्रदर्शन करने पर, वेड्डर ने कहा कि "प्रदर्शन करना, भीड़ का सामना करना, एक साथ होना- इसी ने हमें यह कर पाने की प्रेरणा दी." 22 अक्टूबर 2000 को बैंड ने, एक बैंड के रूप में अपने पहले सीधे प्रसारण की दसवीं वर्षगाँठ के अवसर पर लॉस वेगास में एमजीएम ग्रैंड का प्रदर्शन किया। इस अवसर पर वेड्डर ने बैंड को एक साथ लाने में मदद करने वाले और 10 साल के सफ़र में इसका साथ देने वाले अनेकों लोगों का शुक्रिया किया। उन्होंने कहा कि "मै एक ग्रैमी या वैसा ही कोई दूसरा सम्मान लेते समय भी ऐसा नहीं करता." "अलाइव" गाने को जानबूझकर इस दौरे के सभी कार्यक्रमों में से हटा दिया गया था और उसे विशेष रूप से आखिरी रात के सिएटल के प्रदर्शन के लिए रखा गया था। उस रात बैंड ने तीन घंटे से भी ज्यादा समय तक प्रदर्शन दिया, इस दौरान उन्होंने अपने सभी सफल गाने गाये जैसे ऑफ़स्प्रिंग का "द किड्ज आर आलराइट" और हू का "बाबा ओ'राइली." बाइनॉरल दौरे को समाप्त करने के बाद, अगले साल बैंड ने टूरिंग बैंड 2000 जारी किया। इस डीवीडी में दौरे के उत्तरी अमेरिका वाले हिस्से के कुछ चुनिंदा गाने थे।

11 सितम्बर 2001 के आतंकवादी आक्रमण के बाद, मर्किन बाल ईपी के गाने "लांग रोड" के बेनेफिट कॉन्सर्ट पर प्रदर्शन के लिए नील यंग भी वेड्डर और मैकक्रीडी के साथ आ गये। इस संगीत कार्यक्रम का प्रसारण 21 सितम्बर 2001 को हुआ था और इससे पीड़ित व्यक्तियों तथा उनके परिजनों के लिए पैसे एकत्र किये गये थे।

गठन: (1984-1990)
बाइनॉरल और रोसकिल्ड दुर्घटना: 2000-2001
सफलता प्राप्ति: 1993-1995
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