मैरीलिन मैनसन ब्रायन ह्यू वॉर्नर के रूप में कैंटन, ओहायो में पैदा हुए थे। वे बार्ब वायर और ह्यू जैक वॉर्नर कीएकमात्र संतान थे। उनकी आत्मकथा "द लॉन्ग हार्ड रोड आउट ऑफ़ हेल" के अनुसार, मैनसन अपने पिता के वंश की ओर से जर्मन और पोलिश मूल के हैं। उनके पिता एक रोमन कैथोलिक थे और उनकी मां एपिस्कोपेलियन थीं और उनका लालन-पालन उनकी मां के धर्म के अनुसार हुआ था। वॉर्नर ने पहली से लेकर दसवीं कक्षा तक की पढ़ाई हेरिटेज क्रिश्चन स्कूल में पूरी की। बाद में वह फोर्ट लौडरडेल, फ्लोरिडा में कार्डिनल गिबन्स हाई स्कूल चले गए। मैनसन 1987 में हाई स्कूल से ग्रैजुएट बने और 1990 में ब्रोवार्ड कम्यूनिटी कॉलेज के छात्र बन गए। वह पत्रकारिता में एक डिग्री पाने के लिए काम कर रहे थे और साउथ फ्लोरिडा के एक लाइफस्टाइल पत्रिका, "25th पैरलल" के लिए संगीत संबंधी लेख लिख कर इस क्षेत्र में अनुभव प्राप्त कर रहे थे। जल्द ही वह उन कुछ संगीतकारों से मिलने वाले थे जिनसे उनके खुद के बैंड की बाद में तुलना होने वाली थी; जिनमें माई लाइफ विथ द थ्रिल किल कल्ट और नाइन इंच नेल्स के ट्रेंट रेज्नर शामिल थे।

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