वेदांत के अन्य उप-संप्रदाय, द्वैत के संस्थापक मध्वाचार्य का दूसरी ओर मानना है कि यहां तक कि यदि कर्म का कोई आरंभ नहीं होने और बुराई की समस्या का कारण होने को स्वीकार कर भी लिया जाय तो भी कर्म में विभिन्नताओं का एक मूल कारण होना ही चाहिए। चूंकि जीवों के विभिन्न प्रकार के कर्म हुआ करते हैं, अच्छे से लेकर बुरे तक, आरंभ के समय से उन सभी की शुरुआत एक प्रकार के ही कर्म से हुआ नहीं होनी चाहिए। इस प्रकार, मध्वाचार्य का निष्कर्ष है कि जीव (आत्माएं) भगवान की रचना नहीं हैं जैसा कि ईसाई सिद्धांत कहता है, बल्कि इसके बजाय विष्णु के साथ प्राणी सह-अस्तित्ववान हैं, हालांकि उनके पूर्ण नियंत्रण के अंतर्गत. इस प्रकार अपनी मूल प्रकृति में और जिनसे वे गुजरी हों ऐसे अपने सभी देहांतरणों में आत्माएं उन पर निर्भर हैं। 

मध्वाचार्य के अनुसार, भगवान, हालांकि उसका नियंत्रण है, लेकिन वह मनुष्य की स्वतंत्र इच्छा में हस्तक्षेप नहीं करता है; हालांकि वह सर्वशक्तिमान है, इसका मतलब यह नहीं है कि वह असाधारण कारनामों में संलग्न है। बल्कि, भगवान नियम-क़ानून के शासन को लागू करता है, जीवों की इच्छाओं के अनुरूप, उन्हें अपनी प्रकृति का अनुसरण करने की स्वतंत्रता देता है। इस प्रकार, भगवान एक अनुमोदक के रूप में या एक दैवीय लेखाकार के रूप में कार्य करता है और तदनुसार जीव अपनी सहज प्रकृति और अपने संचित कर्म, अच्छे और बुरे, के अनुसार काम करने के लिए स्वतंत्र हैं। चूंकि भगवान एक अनुमोदक के रूप में कार्य करता है, सो सब कुछ के लिए परम शक्ति भगवान की ओर से आती है और जीव उस शक्ति का केवल इस्तेमाल करता है, अपनी सहज प्रकृति के अनुसार. हालांकि, जैसा कि ऊपर उल्लेख किया गया है ब्रह्म सूत्र की शंकरकी व्याख्या की तरह माधव इस पर सहमत हैं कि उनके द्वारा किये गये अच्छे और बुरे कर्मों के अनुरूप जीवों को पुरस्कार और दंड भगवान द्वारा प्रदान किया जाता है और वह अपनी इच्छा से न्याय पर खुद को दृढ रखते हुए ऐसा करता है और मनुष्य के कर्मों द्वारा उसके कार्यों को नियंत्रित नहीं किया जा सकता और न ही उस पर पक्षपात या किसीके साथ क्रूरता का आरोप लगाया जा सकता है।

स्वामी तपस्यानंद तुल्यता के साथ सिद्धांत की व्याख्या करते हुए कहते हैं: किसी कारखाने में ऊर्जा ऊर्जाघर (भगवान) से आती है, किन्तु विभिन्न चक्रदन्त ("जीव") उसी दिशा में चलते हैं जैसा कि उन्हें तय किया गया है। इस प्रकार उनका निष्कर्ष है कि भगवान पर पक्षपात और क्रूरता के आरोप नहीं लगाये जा सकते. जीव अपने कर्मों का कर्ता और उसके फलों का उपभोक्ता भी है।

अपनी शाश्वत नरकदंड अवधारणा के कारण माधव उल्लेखनीय रूप से परंपरागत हिन्दू विश्वासों से सहमत नहीं हैं। उदाहरण के लिए, वे आत्मा को तीन श्रेणियों में विभक्त करते हैं: कक्षा तीन में विभाजित आत्माओं: एक श्रेणी की आत्माएं वे हैं जो मुक्ति (मुक्ति-योग) के लिए अर्हता प्राप्त हैं, अन्य श्रेणी की आत्माएं निरंतर पुनर्जन्म या नित्य देहांतरण (नित्य-संसारी) के योग्य हैं और तीसरी श्रेणी की आत्माएं अंततः शाश्वत नरक या अंधतम (तमो-योग) की अपराधी होती हैं। अन्य कोई हिंदू दार्शनिक या हिंदू धर्म के संप्रदाय ऐसी मान्यता नहीं रखती है। इसके विपरीत, अधिकांश हिंदुओं को सार्वभौमिक मोक्ष में विश्वास है: कि सभी आत्माओं को अंततः मोक्ष प्राप्त होगा, भले ही ऐसा लाखों पुनर्जन्म के बाद ही क्यों न हो।

गीता की व्याख्याएं और गुरु की भूमिका
दैवीय शक्तियों की भूमिका
वैष्णव धर्म
मध्वाचार्य (द्वैत)