जनवरी १९६१ में जोगिंदर राष्ट्रीय रक्षा अकादमी के पच्चीसवें पाठ्यक्रम में शामिल हो गए, और १९६२ में चीन-भारतीय युद्ध छिड़ने के समय एक कैडेट थे। उस समय एनडीए के डिप्टी कमांडेंट ब्रिगेडियर होशियार सिंह को चौथी इन्फैंट्री डिवीजन के तहत एक ब्रिगेड की कमान सौंपी गई थी, और युद्ध कार्रवाई में वह शहीद हो गए थे। युद्ध के लिए अप्रस्तुत, और इस पराजय से अपमानित, भारतीय सशस्त्र बलों ने बड़े पैमाने पर विस्तार किया, और इसी क्रम में १९६३ से १९६५ तक कई हज़ार उम्मीदवारों को आपातकालीन आयोगों के कमीशन दे दिए गए। एनडीए का एक वर्ष का प्रशिक्षणकाल भी सात महीने तक घटा दिया गया था, जिसके परिणामस्वरूप जोगिंदर और उनके साथी २ अगस्त १९६४ को ही सेकंड लेफ्टिनेंट के रूप में उत्तीर्ण होकर लौट आए।

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