क्यूबा में एक सैन्य निर्माण के सबूतों में वृद्धि के बावजूद, 5 सितंबर से 14 अक्टूबर तक क्यूबा के ऊपर यू-2 विमानों ने कोई उड़ान नहीं भरी। 30 अगस्त को टोही उड़ानों पर रोक लगाने की पहली वजह यह थी कि एक वायु सेना के स्ट्रेटेजिक एयर कमांड का यू-2 विमान गलती से सुदूर पूर्व सखालिन द्वीप के ऊपर जा पहुंचा था। सोवियत संघ ने विरोध दर्ज किया और यू॰एस॰ (U.S.) को माफी मांगनी पड़ी. नौ दिन बाद, एक ताईवानी-स्वामित्व वाला यू-2 पश्चिमी चीन में खो गया, संभवतः सैम (SAM) की वजह से. यू॰एस॰ (U.S.) अधिकारी चिंतित हुए कि एक क्यूबा में क्यूबा या सोवियत के सैम ने सीआईए के यू-2 को शायद मार गिराया, जिससे एक और अंतरराष्ट्रीय घटना की शुरुआत हुई। सितंबर के अंत में, नौसेना के टोही विमान ने सोवित जहाज "कासिमोव" के डेक पर बड़े-बड़े क्रेट की तस्वीरें लीं, जिनके आकार और बनावट Il-28 हल्के बमवर्षकों जैसी थी।

12 अक्टूबर को, प्रशासन ने क्यूबा के यू-2 टोही अभियान का तबादला वायु सेना में करने का फैसला किया। इस बीच एक और यू-2 को मार गिराया गया, तब इसकी सफाई में वायु सेना की उड़ानों को बहाना के रूप में पेश करने के बारे में सोचा गया, जिसे सीआईए की उड़ानों से आसान समझा गया। इस बात के भी सबूत हैं कि रक्षा विभाग और वायु सेना ने क्यूबाई उड़ानों की जिम्मेवारी लेने के लिए लॉबी की। 8 अक्टूबर को जब टोही अभियानों को पुन:-अधिकृत किया गया तब मौसम ने विमानों की उड़ान में बाधा डाली। 14 अक्टूबर को यू॰एस॰ (U.S.) ने पहली बार मिसाइलों की तस्वीर खींचकर प्रमाण प्रमाण प्राप्त किया, जब मेजर रिचर्ड हेसर द्वारा उडाये जा रहे यू-2 से 928 तस्वीरें ली गयीं, उनसे पश्चिमी क्यूबा के पिनार डेल रियो प्रांत के सान क्रिस्टोबल अड्डे में एस एस-4 (SS-4) निर्माण का पता चला.

गहराता संकट
यू-2 विमानों ने मिसाइलों को खोज निकाला
संयुक्त राज्य अमेरिका की प्रारंभिक कार्रवाइयां
सोवियत प्रसारण