प्राकृतिक चिकित्सा की आलोचना बिना साबित हुए, गलत साबित हुए और अन्य विवादास्पद वैकल्पिक चिकित्सा उपचार और इसके जीवनी शक्ति वाले आधार पर आश्रित होने और संबंधित होने के लिए की जाती है। किसी भी वैकल्पिक चिकित्सा में रोग का पता लगाने में भूल का जोखिम होता है और यह जोखिम प्रशिक्षण के स्तर के आधार पर कम हो सकता है। यह भी एक खतरा है अगर रोगी अपने प्राकृतिक चिकित्सकों द्वारा सुझाये गये तरीकों के आधार पर इलाज का प्रयास करें तो नेचुरोपैथ उन बीमारियों का पता ही नहीं कर सकें और रोगी अनुपचारित रह जायें. कुछ प्राकृतिक उपचार पद्धतियां, जैसे होम्योपैथी और इरिडोलॉजी व्यापक रूप से छद्मविज्ञान या नीमहकीमी ही मानी जाती हैं। "प्राकृतिक" तरीके और रसायन जरूरी नहीं कि "कृत्रिम" या" सिंथेटिक " तरीकों से सुरक्षित और ज्यादा प्रभावकारी हों. क्योंकि कोई भी उपचार जो असरदार होता है, उसके हानिकारक पार्श्व प्रभाव भी हो सकते हैं।

नेचुरोपैथ सहित "गैर वैज्ञानिक स्वास्थ्य सेवा चिकित्सक अवैज्ञानिक तरीकों का इस्तेमाल करते हैं और जनता को धोखा देते हैं और जिनमें स्वास्थ्य देखभाल की गहरी जानकारी नहीं होती, उन्हें प्रदाताओं के आश्वासन पर भरोसा करना चाहिए. विलियम टी जार्विस का कहना है, कि नीमहकीमी से केवल आम लोगों का ही नुकसान नहीं होता, यह वैज्ञानिक अनुसंधान करने क्षमता को कमजोर करता है और वैज्ञानिकों को इसका विरोध करना चाहिए.

क्वैकवाच और द नेशनल कौंसिल एगेंस्ट फ्रॉड के स्टीफन बैरेट ने कहा है चकि प्राकृतिक चिकित्सा का दर्शन "साधारण है और इसकी प्रैक्टिस नीमहकीमी के आवरण से लिपटी है।" 

"मेडस्केप जनरल मेडिसिन" पत्रिका में के.सी. एटवुड्स लिखते हैं, "प्राकृतिक चिकित्सक अब यह दावा करते हैं कि वे प्राथमिक स्वस्थ्य देखभाल करने वाले चिकित्सक हैं और वे "पारंपरिक" और "प्राकृतिक" दोनों प्रकार की चिकित्सा में दक्ष हैं। उनका प्रशिक्षण, हालांकि, उनकी ट्रेनिंग के एक छोटे से अंश के बराबर है, जिससे मेडिकल डॉक्टर केवल प्राथमिक देखभाल ही कर सकते हैं। उनके साहित्य की परीक्षा से पता चलता है, यह छद्म वैज्ञानिक, अप्रभावी, अनैतिक और संभावित खतरनाक प्रथाओं से भरा है।" एक अन्य लेख में, एटवुड लिखते हैं "जो चिकित्सक नेचुरोपैथ को अपना साथ मानते हैं, वे स्वयं को आधुनिक चिकित्सा के बुनियादी नैतिक अवधारणाओं के खिलाफ खड़े पाते हैं। अगर नेचुरोपैथ चि‍िकत्सकों को "अवैज्ञानिक इलाज करने वालों के रूप में" नहीं घोषित किया जाता है तो इस शब्द का कोई उपयोगी अर्थ नहीं निकलता. नीमहकीमी को उजागर करने वाले एक चिकित्सक का लेख हालांकि इसके लेखक को "पूर्वाग्रहग्रस्त" के रूप में पहचान नहीं कराता, बल्कि साधारणत: वह एक चिकित्सक के रूप में अपने नैतिक दायित्वों को पूरा करने वाला बताता है।"

अर्नोल्ड एस रेलमैन के अनुसार "प्राकृतिक चिकित्सा की पाठ्यपुस्तक" शिक्षण का एक उपकरण बनने के लिए अपर्याप्त है, क्योंकि इसमें कई आम बीमारियों के बारे में व उनके इलाज के लिए विस्तार से उल्लेख नहीं है और अनुचित तरीके से उन उपचारों पर जोर दिया गया है, जिनके "प्रभावी नहीं होने की संभावना है" और यह दवाइयों की कीमत पर बिना सिद्ध हुए हर्बल उपचार को बढ़ावा देते हैं। उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि " एक औसत प्राकृतिक चिकित्सक के पास चिकित्सा करा रहे बीमार रोगियों का जोखिम संभावित लाभ की तुलना में काफी ज्यादा है।"

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