अपने उष्णकटिबंधीय जंगलों के बावजूद, वानूआतू में वनस्पतियों और पशु प्रजातियों की एक सीमित संख्या है। यहाँ किसी भी तरह के स्वदेशी बड़े स्तनपायी नहीं हैं। यहाँ की मूल 19 सरीसृप प्रजातियों में फ्लावरपॉट सांप भी शामिल हैं, जो केवल एफ़ाटे पर ही पाए जाते हैं। यहाँ चमगादड़ की 11 प्रजातियां (3 विशिष्ट रूप से वानूआतू की ही हैं) और भूमि एवं जल पक्षियों की 61 प्रजातियां मौजूद हैं। हालांकि छोटे पोलीनेशियाई चूहे मूल रूप से यहीं के हैं लेकिन बड़ी प्रजातियाँ यूरोपियनों के साथ यहाँ पहुचीं, इसी तरह पालतू सुअर, कुत्ते और मवेशी भी यहाँ पहुंचे थे। वानूआतू के कुछ द्वीपों की चीटियों की प्रजातियों को ई. ओ. विल्सन द्वारा सूचीबद्ध किया गया था।

समुद्री घोंघे की 4000 से अधिक प्रजातियों समेत, यह क्षेत्र समुद्री जीव-जंतुओं के मामले में काफी समृद्ध है। कोनशेल और स्टोनफिश में मनुष्य के लिए घातक विष होता है। विशाल पूर्वी अफ्रीकी स्थलीय घोंघा 1970 के दशक में ही यहाँ आया लेकिन इसके बावजूद अभी तक पोर्ट विला क्षेत्र से लुगानविले क्षेत्र तक फैल चुका है।

वानूआतू के मैंग्रोव में संभवतः 3 या 4 वयस्क खारे पानी के मगरमच्छ रह रहे हैं और वर्तमान में इनकी कोई प्रजनन संबंधी जनसंख्या नहीं है। यह अज्ञात है कि यहाँ मगरमच्छों की कभी प्राकृतिक प्रजनन से उत्पन्न जनसंख्या थी या नहीं (आज के मगरमच्छ उन मगरमच्छों के वंशज हैं जो इस द्वीप पर उपनिवेशकों द्वारा लाये गए थे) लेकिन इस द्वीप समूह की सोलोमन द्वीप और न्यू गिनी (जहाँ मगरमच्छ बहुत आम हैं) से नज़दीकी को देखते हुए ऐसा निश्चित रूप से संभव है।

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