फ़िल्म का पहला दृश्य पृथ्वी से प्रस्थान करते एक अंतरिक्षयान से होता है, जिससे बाहर आया एक मानव समान परग्रही एक सतरंगी किस्म का पेय पीकर; गलने लगता है। और लगभग क्षत-विक्षत हो चुकी उस परग्रही की लाश उस जलप्रपात में गिर जाती है।

वर्ष 2089 में, आर्कियोलाॅजिस्ट (पुरातत्ववक्ता) एलिज़ाबेथ शाॅ और चार्ली हाॅलोवे स्काॅटलैंड में एक स्टारमैप खोज निकालते हैं जो अन्य प्राचीन सभ्यताओं के समान होने के बावजूद उनसे असंबंधित थी। उन्होंने इनका यही निष्कर्ष लगाया कि यह उन "इंजीनियर्स" का न्यौता होगा, जिन्होंने मानवजाति की नींव रखी। पीटर वेयलैंड, जो वेयलैंड कार्पोरेशन के सबसे बुजुर्ग सीइओ है, वे इसपर शीघ्र खोज के लिए पुंजी व्यवस्था करते हैं ताकि उस नक्षत्र नक्शे के जरिए सुदूरवर्ती चाँद एलवी-223 तक पहुंचाने के लिए प्रोमिथियस नाम के वैज्ञानिक जहाज को रवाना कर सके। जहाज में मौजूद सभी दल डेविड नाम के ह्युमैनाॅयड की देखरेख पर सुप्तावस्था में यह अंतरिक्ष यात्रा करते हैं।
पृथ्वी से लांच हुए लगभग दो साल बाद 2093 में, मिशन डायरेक्टर मेरेडिथ विकर्स उन इंजीनियर्स को ढुंढ़ने के अभियान के लिए सचेत करती है, और साथ ही बिना इजाजत उनसे किसी तरह की बातचीत न करने की हिदायत देती है।

जल्द ही प्रोमिथियस उस बंजरनुमा जमीन पर उतरती है, पहाड़ों की बनावट कृत्रिम ढांचे समान लगने पर टीम उसके अन्वेषण करने जाती है। और वहां उन्हें कई पथरीले मर्तबान, एक विशालकाय शिला प्रतिरूप जोकि मनुष्यसमान सिर है, और एक मृत परग्रही का कटा हुआ सिर देखने मिलता है, जिन्हें वे इंजीनियर मान रहे थे; शाॅ उस सर को बरामद करती है। दल को और कई लाशें मिलती, जिससे उन सभी प्रजातियों की मौत पर सवाल खड़ा होता है। लेकिन दल के अन्य मेंबर्स मिलबर्न और फ़ायफील्ड इस खोज में असहज महसूस करते है और प्रोमिथियस लौटने की कोशिश करते हैं, लेकिन उस ढांचे में रास्ता ढुंढ़ ना पाने पर वे गुम हो जाते हैं। पर बाकी दल को अपना यह सफर, तेज तूफान आने पर फौरन रद्द करते हुए वापिस जहाज को जल्द लौटना पड़ता है। डेविड सबकी नजरों से बचाकर उस ढांचे से एक सिलिण्डर उठा लाता है, जहां उन बाकी मर्तबानों की तरह कोई काला तरल रिसता रहता है। फिर उसी जहाज की प्रयोगशाला में, उन इंजीनियरों का डीएनए मनुष्यों से मेल समान होने की पुष्टि होती है। डेविड उस सिलिण्डर की जाँच करते हुए उनमें मौजूद तरल निकालता है। फिर अपने मकसद के लिए उसी तरल को जाम में दूषित कर, इनसे अंजान हाॅलोवे को पीने दे देता है, जिसके मुताबिक अपना जवाब पाने के लिए कुछ भी कर गुजर सकता है। थोड़ी देर में, शाॅ और हाॅलोवे आपस में शारीरिक संबंध बनाते हैं।

वहीं उस गुफानामे ढांचे में, एक साँप जैसा जंतु मिलबर्न को मार डालता है और अपने काॅरोसिव (तत्काल पचाने वाला अम्लीय) तरल की फुहार से फ़ायफिल्ड की हेलमेट पिघला देता है। फ़ायफिल्ड मुँह के बल उस काले तरल से भरे गड्ढे पर गिर पड़ता है। सुबह जब दल उनको लेने पहुँचती, तो उनको मिलबर्न की लाश मिलती है। उधर उन सबसे अलग में डेविड एक नियंत्रण कक्ष खोज निकालता है, जहाँ उसे सुप्तावस्था में पड़ा एक आखिरी जीवित इंजीनियर और पृथ्वी की ओर संकेत करता एक स्टारमैप मिलता है। इस दौरान, हाॅलोवे बेहद बीमार हो जाता है। उसे फौरन प्रोमेथियस वापस ले जाया जाता है, लेकिन विकर्स उसे सवारी पर ले जाने से इंकार करती है, इस गुस्से में वह, फ्लेमथ्रोवर (आग फेंकनेवाली मशीन) से जलाकर मार डालती है। बाद में, एक मेडिकल स्कैन के जरिए शाॅ, के गर्भवती होने पर उसका गर्भ गिराने की कोशिश होती है। लेकिन इस अंजाने डर के ख्याल से, वह स्वाचलित सर्जरी टेबल की मदद से अपने उदर में पल रहे स्कीवड-नुमा जीव बाहर करती है। शाॅ तब वेयलैंड से रूबरू होती है जो प्रोमेथियस में सवार, उन्हीं के साथ सुप्तावस्था में पहुँचे थे। उनके मुताबिक वह महज उन इंजीनियरों से बुढ़ापे से मौत रोकने की मदद चाहते हैं? वेयलैंड के उस ढांचे में जाने से पहले, विकर्स उनको "पिता" कहकर संबोधित करती है।

उधर लगभग विकृत हो चुकी फ़ायफिल्ड की लाश जिंदा होकर प्रोमिथियस के विमानशाला में हमला कर तबाही मचाता है, और कई दल सदस्यों की जाने लेता है। प्रोमिथियस के कैप्टन, जेनेक, यह अंदाजा लगाता है कि यह ढांचा उन इंजीनियरों द्वारा स्थापित सैन्य भंडारगृह हो सकता है जहाँ उनके यह काले तरल जैसे धात्तक जैविक हथियार बेकाबू हो जाते हैं। उसे पूरा यकीन होता है कि उनका यह भवननुमा ढांचा, असल में एक अंतरिक्षयान है। वेयलैंड और उनकी टीम दुबारा उस ढांचे में, शाॅ के साथ लौटती है। डेविड उस सुप्तावस्था में पड़े इंजीनियर को जगाता है और बात करने की कोशिश करता है, ताकि वेयलैंड की मांग समझा सके। लेकिन वह इंजीनियर जवाब देने के बदले डेविड का सिर धड़ से अलग करता है और वेयलैंड एवं उसकी टीम को मार कर, उस पूरे अंतरिक्षयान को पूनर्सक्रिय करता है। शाॅ भाग निकलती है और रेडियो पर जेनेक को चेताती है कि अब उस इंजीनियर का इरादा पृथ्वी पर उस खतरनाक तरल को पहुँचाना है, वह इस स्पेसक्राफ्ट को रोकने की दर्खास्त करती है। जेनेक तब विकर्स के लिए लाइफबोट इजैक्ट कर, अपने जहाज प्रोमिथियस को उस परग्रही के योन पर जोरदार टक्कर मारता है, इस बीच विकर्स पाॅड की मदद से बच निकलती है। उड़ान भरने में नाकाम इंजीनियर का यान धराशायी होकर जमीन पर गिर पड़ता है; और जान बचाने के लिए भागती विकर्स उस मलबे में कुचली जाती है। शाॅ उस लाइफबाॅट में जाती है, जहां वो परग्रही स्कीवड अबभी जिंदा था और काफी दानव रूप में बढ़ चुका था। उधर डेविड का सिर तब भी सक्रिय रूप से शाॅ को उस इंजीनियर के बचने की चेतावनी देता है। इंजीनियर जबरन उस लाइफबोट के एअरलाॅक को खोलकर घुसता है और शाॅ पर हमला करता है, लेकिन जल्द ही वह उसके छुड़ाए परग्रही की गिरफ्त में आ जाता है, और उसके गले में अपने शिशन जैसा तंतु घुसेड़कर उसे निढाल कर देता है। शाॅ दुबारा डेविड के अवशेष पाकर उसकी मदद से, और दूसरे इंजीनियर के यान को लांच करती है। अब उसका मकसद वापिस पृथ्वी जाने के बजाय उन इंजीनियरों के निवासस्थान जाने की होती है ताकि उनसे मानवजाति के विनाश की तैयारी की वजह जान सके।

यहां उस लाइफबोट में मौजूद निर्जीव हो चुके इंजीनियर का सीना फाड़ते हुए एक नवजात एलियन बाहर आता है।


सारांश
भूमिकाएँ
काॅमिक्स
प्रमुख फोटोग्राफी