भारत का नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक (सीएजी) ने मनरेगा के कार्यान्वयन के प्रदर्शन लेखापरीक्षा में इस अधिनियम के कार्यान्वयन में "बड़ी कमियों" को पाया है। इस योजना को फरवरी 2006 में 200 जिलों में शुरू किया गया था और अंत में 593 जिलों तक विस्तारित किया गया। 2008-09 के दौरान 4,49,40,870 ग्रामीण परिवारों को मनरेगा के तहत रोजगार उपलब्ध कराया गया, जहां प्रत्येक परिवार में 48 कार्य दिवस का राष्ट्रीय औसत था।

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