कैंटोना को अपनी पूर्णतः अंतरराष्ट्रीय कैरियर की शुरुआत करने का मौक़ा अगस्त 1987 को तत्कालीन राष्ट्रीय टीम के प्रबंधक हेनरी मिशेल द्वारा पश्चिमी जर्मनी के खिलाफ दिया गया। सितंबर 1988 में, राष्ट्रीय टीम से हटा दिए जाने के बाद, कैंटोना ने गुस्से में मैच के बाद एक टीवी साक्षात्कार में मिशेल को "बकवास का पिटारा" कहा और तब उन्हें सभी अंतरराष्ट्रीय मैचों से अनिश्चित काल के लिए प्रतिबंधित कर दिया गया। हालांकि, इसके कुछ ही समय बाद 1990 विश्व कप के लिए क्वालीफाई करने में असफल रहने के कारण मिशेल को बर्खास्त कर दिया गया।

नए कोच मिशेल प्लाटिनी थे और उनके पहले कामों में से एक था कैंटोना को वापस बुलाना, जो उनके पसंदीदा खिलाड़ी थे। उन्होंने यह दावा किया कि कैंटोना को तबतक चुना जाता रहेगा जबतक कि वह प्रतिस्पर्धी शीर्ष-स्तरीय फुटबॉल खेलता रहेगा; प्लाटिनी ने कैंटोना के इंग्लैंड में जाकर अपना कैरियर फिर से शुरू करने के फैसले की पहल की थी। फ्रांस ने स्वीडन में आयोजित 1992 यूरोपियन फुटबॉल चैम्पियनशिप के लिए क्वालीफाई कर लिया था, लेकिन कैंटोना और जीन-पियरे पैपिन की आक्रामक साझेदारी के बावजूद एक भी मैच नहीं जीत पायी. फाइनल के बाद प्लाटिनी ने इस्तीफा दे दिया और उनकी जगह जेरार्ड हॉलियर ने ली।

हॉलियर के अधीन, फ्रांस अपने घर में ही बुल्गारिया से 2-1 से फाइनल मुकाबला हार जाने के बाद अमेरिका में आयोजित 1994 विश्व कप के लिए क्वालीफाई करने में नाकाम रही, जबकि एक बराबरी का मुकाबला उन्हें यह मौक़ा दे सकता था। डेविड गिनोला ने इस मुकाबले में अपना स्थान छोड़ दिया था जिसके कारण एमिल कोस्टाडिनोव के विजयी गोल से बुल्गारिया की जीत हुई। मुकाबले के बाद कैंटोना कथित रूप से गिनोला से नाराज थे। हॉलियर ने इस्तीफा दे दिया और उनकी जगह ऐम जैकेट ने पदभार संभाल लिया।

जैकेट ने यूरो 96 की तैयारी के लिए राष्ट्रीय टीम का पुनर्निर्माण शुरू कर दिया और कैंटोना को कप्तान के रूप में नियुक्त किया। कैंटोना जनवरी 1995 में सेलहर्स्ट पार्क की घटना तक कप्तान बने रहे। इस घटना के परिणाम स्वरूप हुए निलंबन ने उन्हें अंतरराष्ट्रीय मैचों में खेलने से भी रोक दिया।

जिस समय तक कैंटोना का निलंबन समाप्त हुआ, उन्होंने टीम के रणनीतिकार की अपनी भूमिका दूसरे स्टार खिलाड़ी जिनेडिन जिडान के हाथों खो दी थी, क्योंकि जैकेट ने टीम का पुनरोत्थान करते हुए कुछ युवा खिलाड़ियों को शामिल किया था और इसे जिडान की इच्छा के अनुरूप तैयार किया था। कैंतोना, पैपिन और गिनोला अपनी जगह खो चुके थे और उन्हें फिर कभी फ्रांसीसी टीम के लिए शामिल नहीं किया गया था और इस प्रकार वे यूरो 96 से भी वंचित रहे। हालांकि कैंटोना को हटाए जाने को लेकर आलोचना की गयी थी, क्योंकि वे प्रीमियर लीग में शानदार खेल का प्रदर्शन कर रहे थे, जैकेट ने स्वयं कहा था की टीम ने कैंटोना के बगैर अच्छा खेल दिखाया था और वे उन खिलाड़ियों पर भरोसा करना चाहते थे जो टीम को यहाँ तक लेकर आये थे। यह फैसला सहे साबित हुआ था जब लेस ब्लेयस ने बाद में 1998 में विश्व कप जीत लिया।

इस दिन के लिए, कैंटोना अभी तक अपनी राष्ट्रीय टीम के प्रमुख पदों पर मौजूद लोगों के लिए नाराजगी रखते हैं लेकिन उनके द्वारा अपनाए गए फुटबॉल खेल के देश की प्रसंसा भी करते हैं; यूरो 2004 और 2006 के फीफा (FIFA) विश्व कप में, उन्होंने इंग्लैंड का समर्थन किया, ना कि फ्रांस का। 

1998 में, अपने शताब्दी सीजन के समारोहों के एक हिस्से के रूप में, फुटबॉल लीग ने कैंटोना को अपने 100 लीग लीजेंड्स की सूची में शामिल किया। अंग्रेजी लीग में कैंटोना की उपलब्धियों को इसके बाद वर्ष 2002 में चिह्नित किया गया जब उन्हें अंग्रेजी फुटबॉल हॉल ऑफ फ़ेम का उदघाटन प्रवर्तक बनाया गया था।

छोड़ने के बाद
1994-95 सीज़न
प्रारंभिक कैरियर
फ्रांसीसी राष्ट्रीय टीम