कई वैकल्पिक उपचार पद्धतियों का परीक्षण किया गया है, जिनमें नतीजे अलग-अलग मिले हैं। वर्ष 2003 में सीडीसी (CDC) द्वारा प्रदत्त फंड वाली परियोजना में 208 शर्त-उपचार युग्मों को शामिल किया गया, जिनमें 58% की कम से कम एक यादृच्छिक नियंत्रित परीक्षण (आरसीटी) (RCT) द्वारा अध्ययन किया गया था तथा 23% को मेटा-विश्लेषण द्वारा मूल्यांकित किया गया। यूएस (US) इंस्टिट्यूट ऑफ मेडिसिन (Institute of Medicine) पैनल की वर्ष 2005 की एक पुस्तक के अनुसार कैम (CAM) पर केंद्रित आरसीटी (RCTs) की संख्या उल्लेखनीय रूप से बढ़ी. इस पुस्तक में विकर्स-1998 (Vickers-1998) का जिक्र है, जिन्होंने पाया कि कैम (CAM)-संबंधित कई आरसीटी (RCTs) कोक्रैन (Cochrane) रजिस्टर में हैं, पर इन परीक्षणों के 19% मेडिसिन (MEDLINE) में नहीं थे तथा 84% पारंपरिक मेडिकल जर्नलों में थे।

वर्ष 2005 तक कोक्रैन लाइब्रेरी में 145 CAM-संबंधित योजनाबद्ध कोक्रैन समीक्षाएं तथा 340 गैर-कोक्रैन (non-Cochrane) सुव्यवस्थित समीक्षाएं थी। जहां पाठकों द्वारा केवल 145 कैम (CAM)-संबंधित सुव्यवस्थित कोक्रैन समीक्षाओं के निष्कर्षों का एक विश्लेषण किया गया। 83% मामलों में पाठक सहमत थे। 17% मामले जिनमें वे असहमत थे, रेटिंग तय करने के लिए एक तीसरा पाठक आरंभिक पाठकों में से एक के साथ सहमत था। इन अध्ययनों में पाया गया कि कैम (CAM) के लिए 38.4% ने सकारात्मक प्रभाव बताया या 12.4% ने संभावित सकारात्मक प्रभाव, 4.8% ने कोई प्रभाव नहीं, 0.69% ने हानिकारक प्रभाव तथा 56.6% ने अपर्याप्त साक्ष्य बताया. पारंपरिक उपचारों के मूल्यांकन में पाया गया कि 41.3% ने सकारात्मक या संभावित सकारात्मक प्रभाव बताया, 20% ने कोई प्रभाव नहीं बताया, 8.1% ने कुल हानिकारक प्रभाव बताया, तथा 21.3% ने अपर्याप्त साक्ष्य बताया. हालांकि कैम (CAM) समीक्षा ने 2004 कोक्रैन डेटाबेस का प्रयोग किया, जबकि पारंपरिक समीक्षा ने 1998 कोक्रैन डेटाबेस का प्रयोग किया।

अधिकतर वैकल्पिक चिकित्सा उपचार पेटेंट करने लायक नहीं हैं, जिसके कारण निजी क्षेत्रों द्वारा शोधकार्य हेतु कम फंड मिलता है। इसके अतिरिक्त अधिकतर देशों में वैकल्पिक उपचारों (फार्मास्युटिकल के विपरीत) का प्रभावोत्पादकता के साक्ष्यों के बगैर विपणन किया जा सकता है- जो खुद निर्माताओं द्वारा वैज्ञानिक अनुसंधानों हेतु फंड प्रदान करने में एक अवरोध है। कुछ लोगों ने चिकित्सीय अनुसंधान के लिए पुरस्कार प्रणाली को अपनाने का प्रस्ताव दिया है। हालांकि अनुसंधान के लिए सार्वजनिक फंडिंग मौजूद है। वैकल्पिक चिकित्सा तकनीकों के लिए फंडिंग को बढ़ाना यूएस नैशनल सेंटर फॉर कॉम्प्लीमेंटरी एंड ऑल्टरनेटिव मेडिसिन (US National Center for Complementary and Alternative Medicine) का एक लक्ष्य था। एनसीसीएएम (NCCAM) तथा इसके पूर्ववर्ती, ऑफिस ऑफ ऑल्टरनेटिव मेडिसिन (Office of Alternative Medicine) ने वर्ष 1992 से 1 बिलियन डॉलर से अधिक की राशि खर्च की है।

वैकल्पिक चिकित्सा पद्धति पर संदेह जाहिर करने वाले कुछ लोग कहते हैं कि कोई व्यक्ति छद्म-औषधि के प्रभाव वाले किसी अप्रभावी उपचार पद्धति के कारण लक्षनात्मक सुधार प्रदर्शित कर सकता है, जो रोग से प्राकृतिक रूप से स्वस्थ्य होने के कारण या किसी रोग की चक्रीय प्रकृति के कारण (पश्चगमन भ्रामकता/ regression fallacy) अथवा इस संभावना के कारण भी हो सकता है कि उस व्यक्ति को वास्तविक रोग कभी हुआ ही न हो.

उसी प्रकार पारंपरिक उपचार पद्धतियों, औषधियों तथा हस्तक्षेपों के मामलों में भी चिकित्सीय परीक्षणों में वैकल्पिक चिकित्सा पद्धतियों की प्रभावोत्पादकता की जांच करना कठिन होता है। ऐसे उदाहरणों में जहां किसी रोग का एक स्थापित, प्रभावी उपचार पहले से मौजूद है, हेल्सिंकी घोषणा (Helsinki Declaration) कहता है कि ऐसे उपचार को रोकना अधिकतर परिस्थियों में नैतिक है। किसी वैकल्पिक तकनीक के परीक्षण किए जाने के अतिरिक्त मानक चिकित्सा के प्रयोग से गलत साबित करने वाला नतीजा या कठिन व्याख्या वाला परिणाम निकलता है।

वर्ष 2009 में आलोचकों की शिकायतों का नैशनल सेंटर फॉर कॉम्प्लीमेंटरी एंड ऑल्टरनेटिव मेडिसिन (National Center for Complementary and Alternative Medicine)(पूर्व में ओएएम (OAM)) द्वारा 10 वर्षों में किए बड़े अध्ययनों के जोरदार विज्ञापन वाले नकारात्मक नतीजों द्वारा समर्थन किया गया:

कैंसर अनुसंधानकर्ता एंड्र्यु जे.विकर्स (Andrew J. Vickers) ने कहा है:

संभावित दुष्प्रभाव
अपील
परिचय
प्रभावोत्पादकता का परीक्षण