प्रारम्भ से ही गुरुकुल में सब विषयों की शिक्षा हिन्दी के माध्यम द्वारा दी जाती थी। विज्ञान, गणित, पाश्चात्य दर्शन आदि विषय भी हिन्दी में ही पढ़ाए जाते थे। जब सन् 1907 में महाविद्यालय विभाग खुला तो उसमें भी हिन्दी को ही माध्यम रखा गया। उस समय हिन्दी में उच्च शिक्षा देना एक असम्भव बात समझी जाती थी। गुरुकुल ने इसे कार्यरूप में परिणत करके दिखा दिया। उस समय आधुनिक विद्वानों की पुस्तकें हिन्दी में नहीं थी। गुरुकुल के उपाध्यायों ने पहले-पहल इस क्षेत्र में काम किया और गुरुकुल के अनेक उच्चकोटि के ग्रन्थ प्रकाशित हुए। प्रो॰ महेशचरण सिंह की 'हिन्दी कैमिस्ट्री', प्रो॰ साठे का 'विकासवाद', श्रीयुत गोवर्धन की 'भौतिकी' और 'रसायन' प्रो॰ रामशरणदास सक्सेना का 'गुणात्मक विश्लेषण', प्रो॰ सिन्हा का 'वनस्पतिशास्त्र' प्रो॰ प्राणनाथ का 'अर्थशास्त्र', 'राष्ट्रीय आय-व्यय शास्त्र' और 'राजनीतिशास्त्र', प्रो॰ बालकृष्ण का 'अर्थशास्त्र' और 'राजनीतिशास्त्र', और प्रो॰ सुधाकर का 'मनोविज्ञान' हिन्दी में अपने-अपने विषय के पहले ग्रन्थ हैं। हिन्दी में वैज्ञानिक ग्रन्थों की रचना ही गुरुकुल द्वारा प्रारम्भ हुई। इन वैज्ञानिक ग्रन्थों के अतिरिक्त अन्य भी बहुत से उच्चकोटि के ग्रन्थ गुरुकुल द्वारा प्रकाशित हुए। प्रो॰ रामदेव ने भारतीय इतिहास के संबंध में मौलिक अनुसंधान कर अपना प्रसिद्ध 'भारतवर्ष का इतिहास' प्रकाशित किया। महात्मा मुंशी रामजी ने भी विविध धर्मों के तुलनात्मक अध्ययन कर मौलिक ग्रन्थ लिखे।

सन् 1918 में कलकत्ता विश्वविद्यालय आयोग के अध्यक्ष डॉ॰ सैडलर (जिनकेनाम से इस कमीशन को सैडलर कमीशन भी कहते है) सर आशुतोष मुखर्जी के साथ गुरुकुल पधारे। गुरुकुल का अवलोकन करके वे बहुत प्रभावित हुए। उन्होंने अपने एक पत्र में गुरुकुल के संबंध में विचार प्रकट किए - 

उस युग के एक प्रसिद्ध विद्वान श्रीनिवास शास्त्री उच्च शिक्षा के माध्यम के रूप में अंग्रेजी के घोर समर्थक थे, पर गुरुकुल का कार्य संतोषप्रद पाने पर उन्होंने कहा - 

इसी प्रकार, ब्रिटेन के भूतपूर्व प्रधानमंत्री रेम्जे मैक्डनॉल्ड ने कहा था कि मैकाले के बाद भारत में शिक्षा के क्षेत्र में जो सबसे महत्वपूर्ण और मौलिक प्रयत्न हुआ, वह गुरुकुल है। 

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