मखमली क्रांति के साथ साम्यवाद का पतन चेकोस्लोवाकिया में महान परिवर्तन ले आया और अनेक उद्योगों का निजीकरण किया गया. स्कोडा ऑटोमोबाइल के मामले में सरकार एक ठोस विदेशी साझेदार ले आई. 1990 में वोक्सवैगन चुना गया और अप्रैल, 1991 में स्कोडा वोक्सवैगन समूह का चौथा ब्रांड बन गया.

वोक्सवैगन को फ्रांसीसी कार निर्माता रेनॉल्ट के ख़िलाफ़ मैदान में उतारा गया, पर वह हार गया क्योंकि उसकी सामरिक योजना में चेक कारखानों के उच्च दाम वाले मॉडलों के उत्पादन को शामिल नहीं किया गया: स्कोडा कारखानों में रेनॉल्ट ट्विंगो सिटी कार का विनिर्माण प्रस्तावित था।

जिस समय निर्णय लिया गया, एक प्रमुख जर्मन कंपनी के लिए निजीकरण कुछ हद तक विवादास्पद रहा था। लाडा-ऑटोVAZ और किसी समय "स्कोडा ऑटो" की जनक कंपनी, स्वयं स्कोडा वर्क्स जैसे अन्य पूर्वी-खंड ऑटोमोबाइल निर्माताओं के परवर्ती सौभाग्य पर यह सुझाने के लिए तर्क-वितर्क किया जा सकता है कि ज़रूरी नहीं कि यह एक ग़लत फ़ैसला था.

वोक्सवैगन समूह की विशेषज्ञता और निवेश के समर्थन से-दोनों शैली और इंजीनियरिंग-डिज़ाइन में बहुत सुधार हुआ। 1994 मॉडल फ़ेलिशिया अभी भी फ़ेवरिट के फ़्लोरपैन पर आधारित था, लेकिन गुणवत्ता में सुधार ने मदद की और चेक गणराज्य में कार उचित दाम पर अच्छा उत्पाद था और लोकप्रिय हो गया. वोक्सवैगन AG के अध्यक्ष फ़र्डिनंड पीच ने व्यक्तिगत तौर पर डर्क वैन ब्रेकेल को डिज़ाइन का अध्यक्ष चुना और परवर्ती "ऑक्टेविया" और "फ़ेबिया" मॉडलों ने अति-मांग यूरोपीय संघ बाज़ारों में अपना रास्ता बना लिया। वे सामान्य वोक्सवैगन समूह के फ़्लोरपैनों पर निर्मित हैं। नवीनतम ऑक्टेविया गोल्फ़ Mk5 फ़्लोरपैन पर आधारित है और फ़ेबिया A0 फ़्लोरपैन पर आधारित है, हालांकि वोक्सवैगन द्वारा फ़्लोरपैन पर आधारित नए पोलो को जारी करने से एक वर्ष पूर्व फ़ेबिया जारी किया गया.

अक्सर ऑटोमोटिव जगत में 'उपहास-पात्र' के रूप में वर्णित-समग्र 1980 दशक के कारों की ख्याति की तुलना में, VW के अधिग्रहण के पश्चात, स्कोडा की पश्चिमी यूरोप में धारणा पूरी तरह बदल गई है। जैसे-जैसे तकनीकी विकास ने प्रगति की और आकर्षक नए मॉडल बाजार में उतारे गए, स्कोडा की छवि में प्रारंभिक सुधार धीमा रहा. ब्रिटेन में, व्यंग्यात्मक ""यह है स्कोडा, ईमानदार"" अभियान के साथ एक प्रमुख घुमाव हासिल किया गया, जिसकी शुरूआत 2000 के दशक में हुई. 2003 में ब्रिटिश टेलीविज़न पर एक विज्ञापन में, उत्पादन विभाग में कार्यरत एक नया कर्मचारी कार के बोनेटों पर स्कोडा बैजों को लगाते हुए दिखाया जाता है। जब कुछ आकर्षक लगने वाली कारें पास आती हैं तो वह बैज ना लगाते हुए पीछे हट कर खड़ा हो जाता है, चूंकि वे इतनी अच्छी लगती हैं कि वे "स्कोडा नहीं हो सकती" हैं। इस बाज़ार अभियान ने स्कोडा की छवि की समस्या का सीधे सामना किया-एक ऐसी युक्ति, जिसे विपणन पेशेवर उच्च जोखिम के रूप में देखते हैं। विज्ञापन अभियान से पहले, ब्राटिस्लावा में टूर गाइडों को स्कोडा के बारे में यह मज़ाक उड़ाते हुए सुनना एक आम बात थी, कि "कैसे आप स्कोडा का मूल्य दुगुना कर सकते हैं? गैस की टंकी को भर दो!" अगर फ़ेबिया और ऑक्टेविया उत्कृष्ट कारों से कुछ कम रहे हों तो अभियान का बुरी तरह से उल्टा असर पड़ सकता था। 2005 तक ब्रिटेन में स्कोडा 30,000 कार प्रति वर्ष बिक रही थीं, जिसका बाज़ार शेयर 1% से अधिक था। ब्रिटेन के इतिहास में पहली बार, स्कोडा के वितरण के लिए प्रतीक्षा सूची विकसित हुई. ब्रिटेन में 2000 दशक के दौरान स्कोडा के मालिकों ने लगातार उसे जे.डी.पवर ग्राहक संतुष्टि सर्वेक्षण में शीर्ष पर या उसके निकट का दर्जा दिया है।

2006 में स्कोडा ने अपने बिल्कुल नए मॉडल रूमस्टर की पेशकश की, जोकि 2007 का छोटा फ़ेबिया है।

इसके बाद 2008 में स्कोडा ने नए हेडलाइट, सामने ग्रिल और बंपर तथा साथ ही, पीछे और अंदर थोड़े स्टाइल में फ़ेर-बदल के साथ सुधार सहित ऑक्टोविया के पहले चित्र जारी किए. संशोधित कार में 1.4 TFSI और नया आम रेल डीजल इंजन सहित इंजन के नए चयन की विशेषताएं भी शामिल हैं। 

सितम्बर 2006 में पेरिस ऑटो शो के दौरान एक नई परिकल्पित कार प्रस्तुत की गई। इस परिकल्पना को जॉयस्टर कहा गया, जो तीन दरवाज़ों वाली कॉम्पैक्ट कार थी, जो विशेष रूप से युवा लोगों के लिए बनी थी।

वोक्सवैगन समूह की ऑस्ट्रेलियाई शाखा, वोक्सवैगन ग्रुप ऑस्ट्रेलिया (VGA) ने हाल ही में घोषणा की कि अक्टूबर, 2007 में ऑस्ट्रेलियाई कार बाज़ार में वे 1983 में ऑस्ट्रेलिया में बिकने वाली स्कोडा की वापसी कर रहे हैं। ऑक्टेविया, रूमस्टर और सुपर्ब ऑस्ट्रेलिया में उपलब्ध हैं। VGA ने कहा है कि यदि उसकी क़ीमत वोक्सवैगन पोलो से नीचे कर सकें तो ही वे ऑस्ट्रेलियाई बाज़ार में केवल फ़ेबिया ले आएंगे.

यह अफवाह है कि यूरोप में स्कोडा के लिए किफ़ायती सबकॉम्पैक्ट ब्राज़ीलियन वोक्सवैगन Gol NF नया आधार मॉडल होगा.

स्कोडा ने चीन में 2006 में उत्पादन शुरू कर दिया. चीन में इसकी 2009 की बिक्री, 2008 की तुलना में 123,000 वाहनों तक पहुंचते हुए दुगुनी से अधिक हो गई। शंघाई वोक्सवैगन द्वारा 2011 में एती SUV बनाने की योजना है।

इतिहास
WWII के बाद
वोक्सवैगन समूह की सहायक कंपनी
मोटरस्पोर्ट