ज़हाज़ जलमार्गों और महासगरों को कई तरह से प्रदूषित करते हैं। तेल रिसाव के कई घातक नतीजे हो सकते हैं। समुद्री जीवन के लिए ज़हरीला होने के साथ-साथ, पॉलीसाइक्लिक एरोमैटिक हायड्रोकार्बन्स(पीएएच), जो कच्चे तेल में मौजूद होते हैं, को साफ करना बहुत मश्किल होता है और यह कई सालों तक तलछट और समुद्री वातावरण में बने रहते हैं।

मालवाहक जहाज़ों द्वारा कूड़ा-कबार का छोड़ा जाना बंदरगाहों, जलमार्गों और महासागरों को प्रदूषित कर सकता है। कई बार पोत जानबूझ कर अवैध कचरे को छोड़ते हैं बावजूद इसके कि विदेशी और घरेलू नियमों द्वारा ऐसे कार्य प्रतिबंधित हैं। अनुमान लगाया गया है कि कंटेनर ढोने वाले मालवाहक जहाज़ हर साल समुद्र में दस हज़ार से ज्यादा कंटेनर समुद्र में खो देते हैं (खासकर तूफानों के दौरान)। जहाज़ ध्वनि प्रदूषण भी फैलाते हैं जिससे जीव-जंतु परेशान होते हैं और स्थिरक टैंकों से निकलने वाला पानी हानिकारक शैवाल और अन्य तेज़ी से पनपने वाली आक्रमक प्रजातियों को फैला सकता है।

समुद्र में लिया गया और बंदरगाहों पर छोड़ा गया स्थिरक पानी अवांछित असाधारण समुद्री जीवन का मुख्य स्रोत है। मीठे पानी में पाए जाने वाले आक्रामक ज़ेबरा शंबुक, जो मूल रूप से ब्लैक, कैस्पियन और एज़ोव सागरों में पाए जाते हैं, अमेरिका और कनाडा के बीच पाई जाने वाली पांच बड़ी झीलों (ग्रेट लेक्स) में किसी पार-महासागरीय पोत के स्थिरक पानी के ज़रिए ही पहुंचे होंगे। मीनिस्ज़ मानते हैं कि पारिस्थितिक तंत्र को नुकसान पहुंचाने वाली अकेली आक्रमक प्रजाति की बात की जाए तो सबसे बुरे उदाहरणों में से एक जैलीफिश है, जो उतनी हानिकारक प्रतीत नहीं होती. "नीमियोप्सिस लीड्यी", कॉम्ब जैलीफिश की प्रजाति है जो इस कदर फैली कि आज ये दुनिया भर की कई खाड़ियों में मौजूद है। 1982 में पहली बार इसका पता चला और माना जाता है कि ये कृष्ण सागर (ब्लैक सी) में किसी जहाज़ के स्थिरक पानी के ज़रिए पहुंची होगी। जैलीफिश की तादाद एकाएक बढ़ गई और 1988 तक ये स्थानीय मत्स्य उद्योग के लिए सिरदर्द का सबब बन गई। "1984 में एंकवी मछली की पकड़ 204,000 टन थी जबकि 1993 में यह घटकर 200 टन रह गई; स्प्रैट 1984 में 24,600 टन से घटकर 1993 में 12,000 टन; और हॉर्स मैकेरल जो 1984 में 4,000 टन पकड़ी गई थी, 1993 में एक भी नहीं पकड़ी गई". अब जब जैलीफिश ने मछलिओं के डिंबों सहित प्राणीमन्दप्लवकों को लगभग खत्म कर दिया है, इनकी संख्या नाटकीय ढंग से घट गई है, लेकिन यह अब भी पारिस्थितिक तंत्र के विकास को बढ़ने से रोके हुए है।

आक्रामक प्रजातियां पहले से अधिकृत क्षेत्रों पर कबज़ा कर सकती हैं, नई बीमारियों को फैलाने में मददगार साबित हो सकती हैं, नए आनुवांशिक पदार्थों की शुरूआत कर सकती है, जलमग्न समुद्री दृश्यों को बदल सकती हैं और स्थानीय प्रजातियों की भोजन प्राप्त करने की क्षमता को खतरे में डाल सकती हैं। यह आक्रमक प्रजातियां अकेले अमेरिका में ही सालाना 138 बिलियन डॉलर के राजस्व और प्रबंधन घाटे की वजह हैं।

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