एक डोमेन के अंतर्गत स्थापित ऑब्जेक्टों को कंटेनरों या संग्राहकों में वर्गीकृत कर सकते हैं जिन्हें संगठनात्मक इकाइयां (ओयूएस (OUs)) कहते हैं। ओयूएस (OUs), एक डोमेन को एक पदानुक्रम प्रदान करते हैं, इसके क्रियान्वयन को आसान बना देते हैं और संगठनात्मक या भौगोलिक दृष्टि से संगठन की संरचना की एक सादृश्यता प्रदान कर सकते हैं। ओयूएस (OUs) में ओयूएस (OUs) हो सकते हैं – वास्तव में, इस अर्थ में डोमेन, कंटेनर हैं – और कई एकाधिक समूहीकृत ओयूएस (OUs) रख सकते हैं। माइक्रोसॉफ्ट (Microsoft), नीतियों और क्रियान्वयन की संरचना का निर्माण करने और उनके कार्यान्वयन में सुधार लाने के लिए सक्रिय निर्देशिका में जितना संभव हो उतने ही कुछ डोमेन और ओयूएस (OUs) पर एक निर्भरता की सलाह देते हैं। ओयू (OU) वह सामान्य स्तर है जिस पर समूह नीतियों को लागू किया जाता है जो स्वयं सक्रिय निर्देशिका के ऑब्जेक्ट होते हैं जिन्हें समूह नीति ऑब्जेक्ट्स (जीपीओएस (GPOs)) कहते हैं, यद्यपि नीतियों को डोमेनों और साइटों में भी लागू किया जा सकता है (नीचे देखें). ओयू (OU) वह स्तर है जिस पर आम तौर पर व्यवस्थापनात्मक शक्तियों को सौंपा जाता है लेकिन इसके साथ ही साथ व्यक्तिगत ऑब्जेक्टों या ऐट्रिब्यूटों पर छोटे-छोटे समर्पण का प्रदर्शन भी किया जा सकता है।

हालांकि, संगठनात्मक इकाइयां व्यवस्थापक या प्रशासक के लिए सिर्फ एक पृथक्करण हैं और सटीक कंटेनर के रूप में काम नहीं करते हैं; इसलिए अन्तर्निहित डोमेन इस तरह से संचालन करता है मानो सभी ऑब्जेक्टों को किसी ओयू (OU) के बिना ही एक सरल फ़्लैट-फाइल संरचना में निर्मित किया गया था। उदाहरण के तौर पर, दो अलग ओयूएस (OUs) में एक समान पहचान वाले प्रयोक्ता के दो प्रयोक्ता खातों जैसे "fred.staff-ou.domain" और "fred.student-ou.domain" का निर्माण करना संभव नहीं है।

इसके विपरीत, एलडीएपी (LDAP) और नोवेल ई-डायरेक्टरी सटीक पदानुक्रमित निर्देशिकाएं हैं जो अलग-अलग ओयूएस (OUs) में ऑब्जेक्ट के नाम की आवृत्ति करने की अनुमति प्रदान करती हैं। प्रत्येक प्रयोक्ता अपने सन्दर्भ: "fred.staff-ou" या "fred.student-ou" को निर्दिष्ट करके लॉग इन करता है। जो अपने खाते के सन्दर्भ को याद नहीं रख सकते हैं, ऐसे प्रयोक्ताओं के लिए नोवेल ग्राहक लॉग-इन कार्यक्षमता प्रदान करता है जिसे "सन्दर्भ-रहित लॉग-इन" के रूप में जाना जाता है जो प्रयोक्ताओं को सभी संभव मिलान या एक-समान प्रयोक्ता-नामों को निर्देशिका संरचना में ढूंढने की अनुमति प्रदान करता है। प्रयोक्ता सन्दर्भ की अवधारणा सक्रिय निर्देशिका में लागू नहीं होती है क्योंकि डोमेन के भीतर प्रयोक्ता-नाम की आवृत्ति प्रथम स्थान में नहीं हो सकती है।

चूंकि एक सक्रिय निर्देशिका डोमेन के अलग-अलग ओयूएस (OUs) के भीतर नकली प्रयोक्ता-नाम उपस्थित नहीं रह सकते हैं, इसलिए अद्वितीय खाता नाम की उत्पत्ति हज़ारों-लाखों प्रयोक्ताओं वाले संगठनों के लिए एक महत्वपूर्ण चुनौती खड़ी कर देती है जिन्हें अलग-अलग डोमेनों में सरलतापूर्वक उप-वर्गीकृत नहीं किया जा सकता है, जैसे - एक पब्लिक स्कूल सिस्टम या विश्वविद्यालय के छात्र, जिन्हें पूरे जिला भवनों या परिसर नेटवर्क में किसी भी कम्प्यूटर में लॉग-इन करने में सक्षम होना चाहिए.

जब एक डोमेन में प्रयोक्ताओं की संख्या बढ़ती है तो सरल प्रयोक्ता-नाम के निर्माण की विधियां जैसे "प्रथम आद्याक्षर, मध्य आद्याक्षर, अंतिम नाम" बेकार हो जाएगा क्योंकि उसमें बहुत सारे एक जैसे नाम आ जाते हैं जैसे सामूहिक जन में "स्मिथ" या "जॉन्सन" जिसके परिणामस्वरूप आवृत्तियां या नकली नाम आ जाते हैं जैसे दो "जे. ए. स्मिथ" जिसके लिए इन दो लोगों में से एक की पहचान को अलग करने के लिए इसके अंत में एक संख्या ("जे. ए. स्मिथ1") जोड़ना पड़ जाता है। बढ़ रहे कई प्रयोक्ताओं और नाम की आवृत्तियों के किसी विधि़ पर, नेटवर्क आईटी (IT) कर्मचारी निजी तौर पर स्मरणयोग्य प्रयोक्ता-नामों को बनाने का प्रयास बंद कर सकते हैं और प्रयोक्ता-नाम सरलतापूर्वक 5 से 10 अंक लम्बी एक अनुक्रमिक संख्या बन जाता है जो एक ही डोमेन के भीतर पर्याप्त नामकरण विशिष्टता प्रदान करता है।

एडीएएम (ADAM)/एडी एलडीएस (AD LDS)
ऑब्जेक्ट्स
साइटें
फ़्लैट-फाइल, बनावटी पदानुक्रम