संक्रामक रोगों और स्वप्रतिरक्षी रोगों के बीच एक रूचिपूर्ण विलोम संबंध मौजूद होता है। जिन क्षेत्रों में अनेक संक्रामक रोग स्थानिक होते हैं, वहां स्वप्रतिरक्षी रोग काफी कम होते हैं। कुछ हद तक इसका उल्टा भी सत्य होता लगता है। शुभ्रता परिकल्पना में इन संबंधों को रोगाणुओं द्वारा प्रतिरक्षकता को परिवर्तित करने की युद्धनीतियों से जोड़ा गया है। हालांकि इस विचार को मिथ्या और अप्रभावशाली करार दिया गया है, फिर भी कुछ अध्ययनों के अनुसार परजीवी संक्रमण के साथ स्वप्रतिरक्षी रोगों की गतिविधि कम होती पाई गई है।

प्रख्यात प्रक्रिया के अनुसार परजीवी अपनी रक्षा करने के लिये मेजबान की प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया को कम कर देता है। इससे स्वप्रतिरक्षी रोग से ग्रस्त मेजबान को सौभाग्यवश लाभ मिल सकता है। परजीवी प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया के परिवर्तन के विवरण अभी तक ज्ञात नहीं हैं, लेकिन इनमें शोथविरोधी कारकों का स्राव या मेजबान के प्रतिरक्षी संकेतन शामिल हो सकते हैं।

एक विरोधाभासात्मक समीक्षा में कतिपय सूक्ष्मजीवों का स्वप्रतिरक्षी रोगों के साथ शक्तिशाली संबंध देखा गया है।
उदाहरण के लिये, "क्लेबसियेला निमोनिये" और काक्ससैकीवाइरस बी का शक्तिशाली संबंध क्रमशः अचलताकारक कशेरूकाशोथ और मधुमेह प्रकार 1 के साथ पाया गया है। इसे संक्रामक जीवाणु की ऐसे महा-प्रतिजन उत्पन्न करने की प्रवृति के आधार पर समझाया गया है, जो बी-लसीकाकोशिकाओं का बहुक्लोनीय सक्रियीकरण करने और विभिन्न विशिष्टतों वाले प्रतिपिंडों की बड़ी मात्राएं पैदा करने की क्षमता रखते हैं, जिनमें से कुछ स्व-प्रतिक्रियाशील हो सकते हैं (नीचे देखें).

कुछ रसायनिक कारक और औषधियां भी स्वप्रतिरक्षी रोगों, या स्वप्रतिरक्षी रोगों के समान दिखने वाले रोगों की उत्पत्ति से संबंधित हो सकती हैं। इनमें से सबसे उल्लेखनीय है, औषधि-उत्प्रेरित लूपस एरिथिमेटोसस. साधारणतया, आक्रामक औषधि को रोक देने पर रोगी के लक्षण कम हो जाते हैं।

धूम्रपान अब गठियारूप संधिशोथ की घटना और तीव्रता के मुख्य जोखम कारक के रूप में स्थापित हो चुका है। इसका संबंध प्रोटीनों के असामान्य सिट्रूलीकरण से हो सकता है, क्यौंकि धूम्रपान के प्रभावों का संबंध सिट्रूलिकृत पेप्टाइडों के प्रति प्रतिपिंडों की उपस्थिति से पाया गया है।

पर्यावरणीय कारक
प्रतिरक्षक सहिष्णुता
उपचार
कम-स्तरीय स्वप्रतिरक्षा