वर्तमान समय में इस स्मारक को आतंकवादियों द्वारा विध्वंस से खतरा निरन्तर ही बना रहता है। इसके अलावा गैर-कानूनी निर्माण, अतिक्रमण एवं निषिद्ध स्थानों में फैलाया हुआ प्लास्टिक कूड़ा-कर्कट यहां बने रहते नियमित खतरों में से हैं। आतंकवादियों के हमले की संभावना से यहां आने वाले पर्यटकों की संख्या निरन्तर गिरती रही है, जिसके कारण स्मारक के रखरखाव हेतु मिलने वाले राजस्व की भी हानि होती है।

हाल ही में मुंबई में हुए आतंकी हमले के कारण हुमायुं के मकबरे में आने वाले पर्यटकों की संख्या २ माह में ६००० से अधिक गिरी है। दिल्ली सरकार की २००६/२००७ में पूर्वी दिल्ली को दक्षिणी दिल्ली के जवाहरलाल नेहरु स्टेडियम से सीधे जोड़ने हेतु २०१० में दिल्ली में आयोजित होने वाले राष्ट्रमंडल खेलों हेतु बनायी जाने वाली सुरंग के प्रस्ताव एवं स्मारक के निकट ही राष्ट्रीय राजमार्ग २४ की सड़क के चौड़ीकरण एवं उसके लोधी मार्ग से जोड़ने के प्रस्ताव से स्मारक को गंभीर खतरे की आशंका बनी थी। अन्ततः भारतीय पुरातात्त्विक सर्वेक्षण विभाग के प्रयासों से दोनों ही योजनाएं रुक पायीं।

ध्वंस आशंका
आंतरिक बनावट
स्थापत्य
दुर्गति