अरबी टेलीविजन चैनल अल जज़ीरा के पत्रकार योसरी फाउदा ने सूचना दी कि अप्रैल 2002 में, खालिद शेख मोहम्मद ने "पवित्र मंगलवार के ऑपरेशन" में रैम्जी बिनालशिभ के साथ अपनी भागीदारी स्वीकार की थी। 9/11 आयोग की रिपोर्ट ने निर्धारित किया है कि 9/11 हमलों के प्रमुख शिल्पी खालिद शेख मोहम्मद की संयुक्त राज्य अमेरिका के प्रति शत्रुता, "वहां उसके एक छात्र के रूप में अनुभव से नहीं, बल्कि अमेरिका की इसरायल को समर्थन देने वाली विदेश नीति के साथ उसकी उग्र असहमति से" उपजी थी।

मोहम्मद अत्ता से उसे प्रेरणा मिली. अत्ता का एक पूर्व सहपाठी, राल्फ बॉडेन्सटीन के अनुसार "इस क्षेत्र में इसरायली राजनीति को अमेरिकी संरक्षण ने उसके दिल पर सर्वाधिक असर डाला था।" मोहम्मद अत्ता के साथ फ्लाइट 11 पर सवार एक अपहरणकर्ता, अब्दुलअजीज अल-उमरी अपनी वीडियो इच्छा में कहा, "जो मुझे सुन रहे हैं तथा वो सब जो मुझे देख रहे हैं, उनके लिए मेरा काम एक पैगाम है, इसी के साथ एक पैगाम है काफिरों के लिए कि हारे हुओ, अरब प्रायद्वीप छोड़ दो और फिलिस्तीन में कायर यहूदियों की तरफ मदद का हाथ बढ़ाना बंद कर दो."

खालिद शेख मोहम्मद 1993 की वर्ल्ड ट्रेड सेंटर बमबारी का भी सलाहकार और वित्तपोषक था। वह हमले में प्रमुख बॉम्बर, रैम्जी यूसुफ का चाचा भी है।

खालिद शेख मोहम्मद को 1 मार्च 2003 को रावलपिंडी, पाकिस्तान में सीआईए के साथ काम कर रहे पाकिस्तानी खुफिया अधिकारियों द्वारा पकड़ा गया था और अभी ग्वातोनामो बे (कारावास) में रखा गया है। मार्च 2007 में अमेरिका में सुनवाई के दौरान शेख मोहम्मद ने यह कहते हुए "9/11 ऑपरेशन के लिए मैं शुरू से आखिर तक जिम्मेदार था," फिर से हमलों की जिम्मेदारी कबूल की। मोहम्मद ने यह स्वीकारोक्ति जलचातना (waterboarding) के अधीन रहने के बाद की। नवम्बर 2009 में, अमेरिका के अटॉर्नी जनरल एरिक होल्डर ने घोषणा की कि मोहम्मद और चार अभियुक्त सह-षड़यंत्रकारियों को ग्वांटानामो बे, क्यूबा से न्यूयॉर्क में ग्राउंड जीरो के नजदीक असैनिक अदालत में मुकदमे की सुनवाई के लिए स्थानांतरित किया जाएगा। मुकदमे की तारीख नहीं दी गई थी। होल्डर ने विशवास व्यक्त किया कि बचाव पक्ष को निष्पक्ष सुनवाई का मौका मिलेगा, जो जनता और दुनिया के लिए खुली होगी।

हताहतों की संख्या
खालिद शेख मोहम्मद
षड्यंत्रकारी सिद्धांत
आर्थिक परिणाम