चिकित्सा अनुसंधानकर्ताओं के बीच एक बहस छिड़ी हुई है कि क्या किसी उपचार पद्धति को सही तरह से ‘वैकल्पिक चिकित्सा’ के रूप में वर्गीकृत किया जा सकता है। कुछ शोधकर्ता दावा करते हैं कि चिकित्सा पद्धति केवल वही है, जिसका समुचित रूप से परीक्षण किया गया है, तथा जिसका परीक्षण न हुआ हो वह कोई पद्धति नहीं। उनका मानना है कि स्वास्थ्य की देखभाल की पद्धतियों को प्रमुख रूप से वैज्ञानिक साक्ष्यों पर आधारित माना जाना चाहिए। यदि किसी चिकित्सा पद्धति का कड़ा परीक्षण हुआ हो और वह सुरक्षित तथा प्रभावी पाई गई हो, तो पारंपरिक चिकित्सा पद्धति उसे अपना लेगी, चाहे उसे आरंभ में ‘वैकल्पिक’ ही क्यों न माना गया हो। इस प्रकार किसी विधि के लिए यह संभव है कि इसकी प्रभावशीलता की विस्तृत जानकारी या उसके अभाव के आधार पर वह वर्गों को परिवर्तन (प्रमाणित या अप्रमाणित) कर दे। इस विचार के प्रमुख समर्थकों में जर्नल ऑफ द अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन (Journal of the American Medical Association) (जामा) (JAMA) के पूर्व संपादक जॉर्ज डी. लुंडबर्ग (George D. Lundberg) शामिल हैं।

स्टीफन बैरेट (Stephen Barrett), क्वैकवॉच (Quackwatch) के संस्थापक तथा संचालक, मानते हैं कि “वैकल्पिक’ पद्धति के नाम वाली चिकित्सा को सही, प्रयोगात्मक या संदेहास्पद के रूप में पुनर्वर्गीकृत किया जाए. यहां ‘सही’ के लिए वे ऐसी विधियों की बात करते हैं, जिनके पास सुरक्षा तथा प्रभावशीलता के स्पष्ट प्रमाण हों, प्रयोगात्मक वे हैं, जो अप्रमाणित होने के बाद भी प्रभावशीलता के लिए सत्याभासी मूलाधार (plausible rational) देती हैं, तथा संदेहास्पद, जो वैज्ञानिक रूप से सत्याभासी मूलाधार के बिना आधारहीन हों. उन्हें इसकी चिंता है कि चूंकि कुछ “वैकल्पिक” चिकित्सा-पद्धतियों के अपने गुण होते हैं, अतः बाकी के लिए यही मान लिया जाता है कि उनमें भी खूबियां होंगी, पर अधिकतर बेकार होती हैं। वे कहते हैं कि एनटीएच (NIH) की नीति है कि कभी यह नहीं कहना चाहिए कि अमुक पद्धति कारगर नहीं है, बल्कि एक अलग संस्करण या ख़ुराक के कुछ अलग परिणाम हो सकते हैं।

पूरक चिकित्सा के प्रोफेसर, एड्जार्ड अर्न्स्ट (Edzard Ernst) कई वैकल्पिक तकनीकों के साक्ष्यों को कमजोर, अस्तित्वविहीन या नकारात्मक मानते हैं, पर उनका कहना है कि अन्य के साक्ष्य उपलब्ध हैं, विशेषकर कुछ जड़ी-बूटियों तथा एक्युपंचर के लिए। 

एक विकासवादी जैववैज्ञानिक रिचर्ड डॉकिन्स वैकल्पिक चिकित्सा को इस प्रकार परिभाषित करते हैं, “पद्धतियों का एक समूह, जिसका परीक्षण न किया जा सके, परीक्षण से इन्कार करे, या परीक्षण में लगातार असफल हो.” वे कहते हैं कि यदि तकनीक को किसी उचित प्रदर्शित परीक्षणों में प्रभावी पाया जाता है, तो वह वैकल्पिक न होकर चिकित्सा बन जाती है।

चार नॉबेल पुरस्कार विजेताओं तथा अन्य प्रमुख वैज्ञानिकों के एक पत्र में नैशनल इस्टिट्यूट ऑफ हेल्थ (National Institutes of Health) में आलोचनात्मक विचार तथा वैज्ञानिक सावधानी की कमी की भर्त्सना की गई, जिससे वैकल्पिक चिकित्सा के अनुसंधान को बढ़ावा मिलता है। वर्ष 2009 वैज्ञानिकों के एक समूह ने नैशनल सेंटर फॉर कॉम्प्लिमेंटरी एंड ऑल्टरनेटिव मेडिसिन (National Center for Complementary and Alternative Medicine) को बंद करने का प्रस्ताव दिया। उनका कहना था कि बहुत सारे अध्ययन शरीरक्रिया विज्ञान तथा रोगों की अपारंपरिक समझ पर आधारित थे और उनके प्रभाव या तो नहीं थे या काफी कम थे। उनका अगला तर्क था कि इस क्षेत्र के अधिक-सत्याभासी हस्तक्षेपों, जैसे आहार, विराम, योग तथा वनस्पति-चिकित्साओं का एनटीएच (NIH) के अन्य भागों में अध्ययन किया जा सकता है, जहां उन्हें पारंपरिक शोध परियोजनाओं के साथ प्रतियोगिता करनी होगी। एनसीसीएएम (NCCAM) द्वारा किए दस वर्षों में लगभग $2.5 बिलियन डॉलर खर्च करने के बाद सभी अध्ययनों में नकारात्मक नतीजे आने पर इन चिंताओं को और बढ़ावा ही मिला। अनुसंधान विधि विशेषज्ञ तथा “स्नेक ऑयल साइंस (Snake Oil Science)” के लेखक आर. बार्कर. बॉसेल (R. Barker Bausell) कहते हैं, “बेकार की चीजों का अनुसंधान करना राजनैतिक रूप से सही मान लिया गया है।” ऐसी भी चिंताएं हैं कि केवल एनआईएच (NIH) के समर्थन को “बगैर वैधता वाली उपचार पद्धति को अनस्थापित वैधता प्रदान करने" के लिये प्रयोग किया जा रहा है।

साइंटिफिक रिव्यू ऑफ ऑल्टरनेटिव मेडिसिन (Scientific Review of Alternative Medicine) के संपादक तथा स्टैनफोर्ड विश्वविद्यालय के प्रोफेसर वैलेस सिम्पसन (Wallace Sampson) लिखते हैं कि कैम (CAM) "फिजूल चीजों का प्रसार है," जो इस बात का उदाहरण है कि "वैकल्पिक" तथा "पूरक" चिकित्सा को "नीमहकीमी", "संदिग्धता", "अविश्वसनीयता" के स्थान पर प्रयोग किया जाने लगा है और उन्होंने चिंता जताई है कि बिना किसी कारण तथा प्रयोग के कारण कैम (CAM) विरोधाभास को पनाह देता है।

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