ज़ांज़ीबार में 1,600 किमी तक सड़कों का जाल बिछा हुआ है जिसमें से 85% पक्की या अर्द्ध-पक्की सड़कें हैं। शेष कच्ची सड़कें हैं जिन्हें वर्ष भर गमनीय बनाने के लिए हर वर्ष उन्हें उनकी पूर्व दशा में लाया जाता है। ज़ांज़ीबार में फिलहाल सरकार के स्वामित्व वाली कोई सार्वजनिक परिवहन व्यवस्था नहीं है लेकिन डालाडाला (ज़ांज़ीबार में आधिकारिक तौर पर इसे इसी नाम से जाना जाता है) एकमात्र सार्वजनिक परिवहन है जिस पर निजी मालिकों का स्वामित्व है; डालाडाला शब्द की उत्पत्ति 1970 और 1980 के दशकों के दौरान स्वाहिली शब्द डाला या पांच शिलिंग (उस समय सार्वजनिक परिवहन का खर्च पांच शिलिंग था) से हुई है।

ज़ांज़ीबार में अब एक बेहतर और संपन्न समुद्री परिवहन नेटवर्क है जिससे सार्वजनिक स्वामित्व वाली जहाज और निजी स्पीड बोट ज़ांज़ीबार के बंदरगाहों पर चलते हैं जिसे यूरोपी संघ की मदद से पुनर्निर्मित किया गया था। ज़ांज़ीबार और पेम्बा के द्वीपों में पांच बंदरगाह हैं। ज़ांज़ीबार पोर्ट कॉर्पोरेशन (जेडपीसी) एक सार्वजानिक इकाई है जिसे बंदरगाहों के संचालन और विकास की पूर्ण स्वायत्ता प्राप्त है। मुख्य समुद्री बंदरगाह के घाटों को यूरोपीय संघ की वित्तीय सहायता से 1989-1991 में निर्मित किया गया था। यह बंदरगाह ज़ांज़ीबार के 90% से अधिक व्यापार को संभालता है। 1925 में एक मामूली हल्के बंदरगाह के रूप में मालिंदी बंदरगाह का निर्माण किया गया।

बुनियादी सुविधाओं (घाट, कंटेनर भण्डारण यार्ड, इत्यादि) की दृष्टि से बंदरगाह की हालत खराब है और इसके साथ ही साथ संचालन क्षेत्र और भण्डारण सुविधाएँ काफी सीमित हैं। 1995 और 2001 के दरम्यान मालिंदी बंदरगाह की दशा से संबंधित कई मूल्यांकन किए गए। लेकिन फिर भी कोई मरम्मत कार्य न किए जाने के परिणामस्वरूप घाटों की हालत और बिगड़ती जा रही है। मुख्य बंदरगाह के घाट की हालत इतनी खराब हो गई है कि इसकी अब मरम्मत भी नहीं की जा सकती.

सबसे हाल की दुर्घटना मई 2009 में घटी जब एक मालवाही जहाज डार-एस सलाम के लिए रवाना होने से पहले डूब गया। अभी भी स्पष्ट रूप से यह नहीं मालूम हो पाया है कि इसमें कितने लोगों को अपनी जान से हाथ धोना पड़ा था और अब तक दुर्घटना के कारण का भी पता नहीं लगाया जा सका है। जहाज को निकालने में एक सप्ताह से भी ज्यादा समय लगा था। ज़ांज़ीबार दुनिया के बाकी हिस्सों से काफी अच्छी तरह से जुड़ा है। ज़ांज़ीबार का मुख्य हवाई अड्डा, ज़ांज़ीबार अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा, अब बड़े विमानों को भी संभल सकता है जिसके परिणामस्वरूप यात्रियों और सामानों की आवागमन में काफी वृद्धि हुई है।

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