8 अक्टूबर 2005 को लेसनर ने टोकियो डोम में न्यू जापान प्रो रेसलिंग शो में एक तीन-तरफा मैच में आईडब्लूजीपी (IWGP) हैवीवेट चैंपियनशिप जीती, जिसमें तत्कालीन चैंपियन काजुयुकी फुजिता और मासाहिरो चोनो शामिल थे। उन्होंने एक एफ-5, जिसे उन्होंने वर्डिक्ट नाम दिया था क्योंकि एफ-5 का ट्रेडमार्क डब्लूडब्लूई (WWE) के पास था, के बाद मासाहिरा चोनो को पिन करके यह मैच जीता था। मैच के बाद उन्होंने कहा कि यह नाम डब्लूडब्लूई (WWE) के खिलाफ उनके मुकदमे को संदर्भित कर रहा था। डब्लूडब्लूई (WWE) को छोड़ने के बाद से यह उनका पहला प्रो कुश्ती मैच था। लेसनर इस खिताब को रखने वाले कुछ अमेरिकी पहलवानों में से एक हैं।

6 दिसम्बर को, डब्लूडब्लूई (WWE) ने लेसनर को एनजेपीडब्लू के साथ काम करते रहने से रोकने के लिए उनके खिलाफ एक अस्थायी निरोधक आदेश जारी करने के लिए एक वाद दाखिल किया लेकिन अदालत ने इसे स्वीकार नहीं किया, इस प्रकार लेसनर को मनाबू नाकानिशी तथा यूजी नगाता के खिलाफ दो गैर-खिताब जीत मिलीं. 4 जनवरी 2006 को भूतपूर्व चैंपियन शिनसुके नाकामुरा के खिलाफ अपने खिताब का सफलतापूर्वक बचाव किया। 13 जनवरी को, डब्लूडब्लूई (WWE) ने एक बार फिर लेसनर के खिलाफ एक उन्हें 19 मार्च को अपने आईडब्लूजीपी हैवीवेट चैंपियनशिप के खिताब को बचाने से रोकने के लिए निषेधाज्ञा जारी करने हेतु वाद दायर किया। जाहिराना तौर पर यह लागू नहीं हुआ (मंजूर नहीं किया गया), क्योंकि उन्होंने 19 फ़रवरी को सूमो हॉल में शिनसुके नाकामूरा के साथ अकेबोनो और रिकी चोशू के विरुद्ध एक टैग टीम मैच में भाग लिया और उसे चोशू पर एक वर्डिक्ट के बाद जीत लिया। 19 मार्च को सूमो हॉल में, जब लेसनर ने उसे चैम्पियनशिप बेल्ट और एक डीडीटी (DDT) से मारा, तो लेसनर ने पूर्व सूमो कुश्ती ग्रैंड चैंपियन अकेबोनो के विरुद्ध अपनी चैम्पियनशिप बरकरार रखी. 3 मई 2006 को फुकुओता में न्यू जापान कप के विजेता जायंट बर्नार्ड के विरुद्ध अपने खिताब की सफलतापूर्वक रक्षा की. 1990 में वेडर बनाम स्टैन हैन्सन के बाद से यह पहला अमेरिकी बनाम अमेरिकी खिताबी मैच था।

15 जुलाई 2006 को न्यू जापान प्रो कुश्ती ने घोषणा की कि ब्रॉक लेसनर से आईडब्लूजीपी (IWGP) हैवीवेट चैम्पियनशिप छीन ली गई है क्योंकि “वीजा मामलों” के कारण अब वे कभी भी अपने खिताब की रक्षा के लिए लौटकर नहां आएंगे. 16 जुलाई को नया चैंपियन निर्धारित करने के लिए एक प्रतियोगिता आयोजित की गई, जिसे हिरोशी तानाहाशी, जिसके साथ मूल रूप से लेसनर का सामना तय किया गया था, ने जीता. आईडब्लूजीपी चैम्पियनशिप बेल्ट स्थूल रूप में जून 2007 के अंत तक लेसनर के पास रही.

लगभग एक वर्ष बाद 29 जून 2007 को लेसनर ने अपनी आईडब्लूजीपी (IWGP) हैवीवेट चैम्पियनशिप का (आईजीएफ (IGF) प्रोत्साहक एंतोनियो इनोकी ने कहा था कि वह अभी भी लेसनर को “असली” आईडब्लूजीपी (IWGP) चैम्पियनशिप के रूप में दिखता था, क्योंकि इस खिताब के लिए उसे हराया नहीं गया था) टीएनए (TNA) विश्व हैवीवेट चोंपियन कुर्ट एंगल के खिलाफ एक चैंपियन बनाम चैंपियन मैच में बचाव किया। एंगल ने एंकल लॉक के साथ लेसनर को हरा कर आईजीएफ (IGF) तथा टीएनए (TNA) द्वारा मान्यता प्राप्त आईडब्लूजीपी (IWGP) हैवीवेट चैम्पियनशिप जीत ली और उन्हें एक एमएमए (MMA) मुकाबले के लिए चुनौती दी. एक पेशेवर पहलवान के रूप में लेसनर का यह आखिरी मैच था।

न्यू जापान प्रो रेसलिंग (2005-2006)
प्रारंभिक जीवन
बीमारी
खिताबी हार