नगालैंड के बाद असम क्षेत्र का सबसे अधिक अस्थिर राज्य है। 1979 के प्रारम्भ में असम के स्थानीय लोगों ने मांग की कि उन अवैध आप्रवासियों को चिह्नित किया जाये और वापस भेज दिया जाये जो बांग्लादेश से असम आये थे। अखिल असम छात्र संघ के नेतृत्व में सत्याग्रह, बहिष्कार, धरना और गिरफ्तारी देकर अंहिसक ढंग से अपना आंदोलन शुरू किया गया।

जो लोग विरोध प्रदर्शन कर रहे थे उन पर पुलिस कार्रवाई हुई। 1983 में एक चुनाव हुआ जिसका आंदोलन के नेताओं ने विरोध किया। चुनाव में व्यापक हिंसा हुई। आंदोलन अंतत: आंदोलन के नेताओं के समझौते पर हस्ताक्षर के बाद समाप्त हुआ (जिसे असम समझौता कहते हैं) जो केन्द्र सरकार के साथ 15 अगस्त, 1985 को हुआ।

इस समझौते के प्रावधानों के अंतर्गत कोई ऐसा व्यक्ति जिसने राज्य में अवैध रूप से जनवरी 1966 से मार्च 1971 के बीच प्रवेश किया है उसे रहने की अनुमति है लेकिन दस साल बाद उसे बेदखल होना पड़ेगा, जबकि जिन लोगों ने 1971 के बाद राज्य में प्रवेश किया है उन्हें निष्कासन झेलना पड़ेगा. नवम्बर 1985 में भारतीय नागरिकता कानून में संशोधन कर चुनाव में मतदान के अधिकार को छोड़कर शेष सभी नागरिकता अधिकार 10 वर्ष के लिए उन लोगों को दिये गये जिन्होंने 1961 से 1971 के बीच असम में प्रवेश किया था।

नयी दिल्ली ने भी राज्य में बोडो को विशेष प्रशासन स्वायत्तता दी। हालांकि, बोडो समुदाय के लोगों ने एक अलग बोडोलैंड की मांग की जिसके कारण बंगालियों, बोडो और भारतीय सेना के बीच संघर्ष छिड़ गया परिणामस्वरूप सैकड़ों की संख्या में लोग मारे गये।

कई संगठन हैं जो असम की स्वतंत्रता की वकालत कर रहे हैं। जिनमें से सबसे प्रमुख ULFA (यूनाइटेड लिबरेशन फ्रंट ऑफ़ असम) है। 1971 में स्थापित ULFA के दो मुख्य लक्ष्य हैं असम की स्वतंत्रता और समाजवादी सरकार की स्थापना.

ULFA ने 1971 में भारतीय सेना और असैनिकों को लक्ष्य करके क्षेत्र में कई आतंकवादी हमले किए हैं। इस समूह ने राजनैतिक विरोधियों की हत्या, पुलिस और अन्य सुरक्षा बलों पर हमले किये हैं, रेल पटरियों को उड़ाया है और अन्य बुनियादी सुविधाओं की स्थापनाओं पर हमले किये हैं। माना जाता है कि ULFA के "नेशनलिस्ट सोशलिस्ट काउंसिल ऑफ नगालैंड (NSCN)", माओवादियों और नक्सलियों के साथ मजबूत संबंध हैं।

यह भी विश्वास किया जाता है वे अपने ज्यादातर अभियानों को भूटान राज्य से संचालित करते हैं। ULFA के बढ़ते प्रभाव को देखते हुए भारत सरकार ने 1986 में समूह को गैरकानूनी और असम को एक अशांत क्षेत्र घोषित कर दिया। नयी दिल्ली के दबाव में भूटान ने अपने क्षेत्र से ULFA उग्रवादियों को बाहर निकालने के लिए एक व्यापक अभियान चलाया।

भारतीय सेना के समर्थन से थिम्पू एक हजार से अधिक आतंकवादियों को मारने में कामयाब रहा और अनेकानेक अपराधियों अपराधियों को भारत प्रत्यर्पित करने में कामयाब रहा जबकि अभियानपक्ष की ओर से केलव 120 लोग मारे गये। भारतीय सेना ने ULFA के भावी हमलों को विफल करने के उद्देश्य से कई सफल अभियान चलाया है लेकिन ULFA क्षेत्र में सक्रिय बना हुआ है। 2004 में ULFA ने असम में एक पब्लिक स्कूल को निशाना बनाया जिसमें 19 बच्चे और 5 वयस्क लोग मारे गए।

असम पूर्वोत्तर में एकमात्र राज्य है, जहां आतंकवाद अभी भी एक प्रमुख मुद्दा है। भारतीय सेना अन्य क्षेत्रों में आतंकवादी संगठनों को खत्म करने में कामयाब हो गयी थी लेकिन आतंकवादियों से निपटने के लिए कथित रूप से कठोर तरीके का इस्तेमाल करने के लिए मानवाधिकार समूहों द्वारा आलोचना की गयी।

18 सितम्बर 2005 को एक सिपाही जिरीबाम, मणिपुर में मणिपुर-असम सीमा के निकट उल्फा के सदस्यों के हाथों मारा गया।

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