क्लार्क 17 अप्रैल 2009 को संयुक्त राष्ट्र विकास कार्यक्रम (UNDP) की प्रशासक बनीं, और संगठन का नेतृत्व करने वाली पहली महिला थीं। वह संयुक्त राष्ट्र विकास समूह की अध्यक्ष भी थीं, एक समिति जिसमें संयुक्त राष्ट्र के सभी फंड्स, विकास के मुद्दों पर काम करने वाले विभागों और विभागों के प्रमुख शामिल थे। न्यूजीलैंड सरकार ने ऑस्ट्रेलिया, प्रशांत द्वीप देशों और यूनाइटेड किंगडम के प्रधान मंत्री, गॉर्डन ब्राउन के साथ, उनके नामांकन का पुरजोर समर्थन किया। उन्होंने यूएनडीपी बोर्ड ( ईरान , हैती , सर्बिया , द नीदरलैंड्स और तंजानिया) के ब्यूरो पर पांच देशों का समर्थन भी प्राप्त किया और सर्वसम्मति से 31 मार्च को महासभा द्वारा इसकी पुष्टि की गई। 27 अप्रैल 2009 को संयुक्त राष्ट्र महासचिव बान की मून ने उन्हें शपथ दिलाई। इस स्थिति में, "फोर्ब्स" ने उसे दुनिया की 23 वीं सबसे शक्तिशाली महिला माना। 

2013 में "फोर्ब्स" ने यूएनडीपी को दूसरे कार्यकाल के लिए नियुक्त करने और संयुक्त राष्ट्र महासचिव के रूप में अपने संभावित भविष्य के लिए नियुक्त करने के बाद दुनिया की 21 वीं सबसे शक्तिशाली महिला के रूप में अपनी स्थिति को उन्नत किया। वह सूची में जगह बनाने वाली एकमात्र नई उत्साही महिला थीं। 

क्लार्क को उनकी प्रबंधकीय शैली के नेतृत्व के लिए पहचाना गया था। उन्होंने संगठन में अधिक पारदर्शिता पर जोर देने के साथ, यूएनडीपी के प्रशासन और नौकरशाही में सुधार के लिए काम किया। 2015 और 2016 में प्रकाशित व्हाट्सएप फंड अभियान ने यूएनडीपी को दुनिया के सबसे पारदर्शी सहायता संगठन के रूप में स्थान दिया, । 

फरवरी 2015 में, क्लार्क ने इबोला के प्रसार को रोकने के लिए काम करने वालों के साथ एकजुटता व्यक्त करने के लिए गिनी, लाइबेरिया और सिएरा लियोन का दौरा किया। 

उनके कार्यकाल के दौरान, संगठन के सबसे वरिष्ठ स्तर पर यूएनडीपी में पुरुषों से महिलाओं का अनुपात 50% तक पहुँच गया। 

24 मई 2016 को, एक "विदेश नीति" लेख में आरोप लगाया गया था कि प्रशासक के रूप में क्लार्क के कार्यकाल में "शर्मिंदा साथियों और अधीनस्थों का एक निशान छोड़ दिया गया था", और उन पर "संयुक्त राष्ट्र के मानवाधिकारों के संवर्धन को कम करने" का आरोप लगाया। लेख एक आरोप पर केंद्रित था कि उसके वरिष्ठ कर्मचारियों ने एक अधिकारी को जांच में भाग लेने वाले एक अधिकारी को मजबूर करके यूएनडीपी की एक महत्वपूर्ण रिपोर्ट के खिलाफ जवाबी कार्रवाई की। यूएनडीपी और क्लार्क दोनों ने दावों का खंडन किया है। 

26 जनवरी 2017 को, क्लार्क ने घोषणा की कि वह अपने चार साल के कार्यकाल के पूरा होने के बाद यूएनडीपी प्रशासक के रूप में फिर से चुनाव नहीं लड़ेंगी। उसने कहा कि यह एक "सम्मान और विशेषाधिकार" था, जिसने भूमिका निभाई। उसने 19 अप्रैल 2017 को यूएनडीपी छोड़ दी। 

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