1920 में, मौलाना मोहम्मद अली जौहर और उनके भाई मौलाना शौकत अली के नेतृत्व में भारतीय मुसलमानों ने तुर्की में खिलफात को बहाल करने के लिए एक आंदोलन शुरू किया। तुर्कों के पास खिलफात के लिए कोई उपयोग नहीं था और उन्होंने मुस्तफा कमाल पाशा को अपने नेता के रूप में चुना था; अरब इसे नहीं चाहते थे और अंग्रेजों ने इसका विरोध किया था। कांग्रेस पार्टी ने अपने प्रयासों का समर्थन किया और 9 सितंबर 1920 को, एक प्रस्ताव पारित किया जिसने असहयोग आंदोलन शुरू किया। इस आंदोलन को भारत में हिंदू-मुस्लिम एकता के प्रतीक के रूप में सम्मानित किया गया था।

11 अक्टूबर 1920 को, अली भाइयों ने स्वामी सत्य देव और गांधीजी के साथ अलीगढ़ का दौरा किया। इन नेताओं को एमएओ कॉलेज स्टूडेंट यूनियन को संबोधित करने के लिए आमंत्रित किया गया था। छात्रों ने ब्रिटिश सरकार के साथ असहयोग के समर्थन में एक प्रस्ताव पारित किया, तुर्की के प्रति ब्रिटिश दृष्टिकोण की निंदा की, मांग की कि कॉलेज सरकार से कोई अनुदान स्वीकार नहीं करेगा और इलाहाबाद विश्वविद्यालय के साथ संबद्धता को बंद कर देगा। इसके अलावा, संकल्प ने एमएओ कॉलेज को सरकार से स्वतंत्र राष्ट्रीय विश्वविद्यालय में बदलने के लिए कहा।

अहमद ने अहमद खान की थीसिस स्वीकार कर ली थी कि अन्य भारतीय समुदायों के साथ शैक्षणिक समानता तक पहुंचने तक मुसलमानों को राजनीति में शामिल नहीं होना चाहिए। उन्होंने विश्वविद्यालय के अधिकारियों से संपर्क किया, और उन्हें इस संघर्ष से बाहर रखने के लिए आश्वस्त किया। जब संकट गहरा हुआ, उसने कॉलेज बंद कर दिया और छात्रों को घर भेज दिया।

डॉ अहमद ने ट्रस्टी बोर्ड के सदस्यों के बीच सुलह लाने के लिए बड़े प्रयास किए, और अधिकांश छात्रों को परिसर में वापस लाने में सफल रहे। अहमद के सम्मान में, जिसे अब डॉक्टर साहिब के नाम से जाना जाता था, परिसर में संकाय और कर्मचारियों ने एक रात्रिभोज दिया जिसमें कॉलेज ट्रस्टी के साथ-साथ अलीगढ़ और आगरा के ब्रिटिश अधिकारियों को आमंत्रित किया गया था। खजजा अब्दुल मजीद, उन ट्रस्टी में से एक जिन्होंने प्रारंभ में उनका समर्थन नहीं किया था, ने कहा: "मैं प्रधानाचार्य के रूप में डॉ साहिब की नियुक्ति के खिलाफ था, लेकिन उनके नेतृत्व में हुए सुधारों ने मुझे विश्वास दिलाया है कि यह छात्रों के भविष्य के लिए अच्छा होगा , कर्मचारी, मानद सचिव, जनता और सरकार के साथ संबंध।

डॉ अहमद ने एक लोकप्रिय आंदोलन का विरोध किया था और मुस्लिम जनता को अलगाव करने का जोखिम उठाया था। उन्हें एक लोकप्रिय आंदोलन का समर्थन करने और सरकारी सहायता (वित्तीय और अन्यथा) खोने या सरकारी सहायता के साथ एक मुस्लिम विश्वविद्यालय की स्थापना के बीच चयन करना पड़ा।
जब कक्षाएं फिर से शुरू हुईं, तो बड़ी संख्या में छात्र घर पर रहे। ऐसा प्रतीत होता है कि कॉलेज नामांकन में तेज गिरावट से कॉलेज की उन्नति ना होगी। डॉ साहिब ने कई शहरों का दौरा किया और अधिकांश छात्रों को वापस लौटने के लिए मनाया, जबकि नए छात्रों ने दाखिला लिया। हालांकि, डॉ अहमद ने उन लोगों के क्रोध को अर्जित किया जिन्होंने उसके बाद उनका विरोध करना जारी रखा। उसी समय उन्हें एक ठोस आधार मिला जो उन्हें समर्थित था।

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