सामान्यतः, ताज़े खाद्य पदार्थ में, जिसे सिवाय धोकर और रसोईघर में सरल रूप से तैयार नहीं किया गया है, खाद्य उद्योग द्वारा संसाधित उत्पाद की तुलना में प्राकृतिक रूप से पाए जाने वाले विटामिन, तंतु और खनिज पदार्थों की अधिक मात्रा प्रत्याशित की जा सकती है। उदाहरण के लिए, गर्मी से विटामिन सी नष्ट हो जाता है और इसलिए ताज़े फलों की तुलना में डिब्बा-बंद फलों में विटामिन सी की मात्रा कम होती है।

खाद्य प्रसंस्करण खाद्य पदार्थों के पौष्टिक मूल्य को घटाता है और ऐसे ख़तरों को प्रवर्तित करता है, जिनका प्राकृतिक तौर पर पाए जाने वाले उत्पादों में सामना नहीं होता है। अक्सर प्रसंस्करित खाद्य पदार्थों में स्वाद और संरचना-वर्धक कारकों जैसे खाद्य योजक मिलाए जाते हैं, जिनका पोषण मूल्य कम या बिल्कुल नहीं हो सकता है, या वे अस्वास्थ्यकर हो सकते हैं। वाणिज्यिक तौर पर उपलब्ध उत्पादों के 'शेल्फ़-जीवन' को विस्तृत करने के लिए प्रसंस्करण के दौरान नाइट्राइट या सल्फ़ाइट जैसे परिरक्षकों को जोड़ा या तैयार किया जा सकता है, जिनका स्वास्थ्य पर प्रतिकूल प्रभाव पड़ सकता है। कम लागत वाली सामग्री के उपयोग से, जो प्राकृतिक सामग्री के गुणों का अनुकरण करती हैं, (उदा. अधिक महंगे प्राकृतिक संतृप्त वसा या शीत-दाब वाले तेलों की जगह सस्ते रासायनिक तौर पर गाढ़ा किए गए वनस्पति तेल) गंभीर स्वास्थ्य समस्याएं सामने आई हैं, लेकिन सस्ते दाम और स्थानापन्न सामग्री के प्रभाव के बारे में उपभोक्ताओं में जागरूकता की कमी के कारण, अभी भी व्यापक रूप से इनका इस्तेमाल होता है।

प्रसंस्कृत खाद्य पदार्थों में असंसाधित खाद्य पदार्थों की तुलना में अन्य आवश्यक पोषक तत्वों से अधिक कैलोरी अनुपात होता है, जो लक्षण "ख़ाली कैलोरी" के रूप में संदर्भित होता है। सुविधा और कम लागत के लिए उपभोक्ता की मांग को संतुष्ट करने के लिए उत्पादित तथाकथित जंक फूड, अक्सर बड़े पैमाने पर उत्पादित प्रसंस्करित खाद्य उत्पाद होते हैं। 

क्योंकि प्रसंस्कृत खाद्य सामग्री अक्सर उच्च मात्रा में उत्पादित और मूल्य वर्धित खाद्य निर्माताओं के बीच व्यापक रूप से वितरित की जाती है, व्यापक रूप से वितरित बुनियादी सामग्री का उत्पादन करने वाले 'निचले-स्तर' की विनिर्माण सुविधाओं में स्वच्छता मानकों की चूक से अंतिम उत्पादों पर गंभीर परिणाम हो सकता है।

परिरक्षक और स्वाद के लिए इन कई रसायनों को मिलाने से, बिना सहज कोशिका-मरण के ही, मानव और जंतु कोशिकाओं के तेज़ी से विकसित होने के बारे में जानकारी सामने आई है।

कमियां
इतिहास
आधुनिक खाद्य प्रसंस्करण में रुझान
लाभ