दिसंबर 2004 में जेरूसलम में मोर्दचाई वनुनु के साथ एक संयुक्त संवाददाता सम्मेलन में, मागुइरे ने इज़राइल के परमाणु हथियारों की तुलना औशविट्ज़ में नाजी गैस कक्षों से की । "जब मैं परमाणु हथियारों के बारे में सोचती हूं, तो मैं ऑशविट्ज़ एकाग्रता शिविर में गया हूं।" उन्होंने कहा, "परमाणु हथियार केवल गैस चैंबर होते हैं ... और ऐसे लोगों के लिए जो पहले से ही जानते हैं कि गैस चैंबर क्या हैं, आप भी कैसे सही गैस चैंबर बनाने के बारे में सोच सकते हैं।" 

जनवरी 2006 में, होलोकॉस्ट मेमोरियल डे के करीब, मागुइरे ने पूछा कि मोर्डेचाई वनुनु को यहूदियों के साथ एक साथ याद किया जाना चाहिए। "जैसा कि हम दुःख और दुख के साथ, प्रलय पीड़ितों को याद करते हैं, हम अंतरात्मा के उन व्यक्तियों को भी याद करते हैं जिन्होंने खतरे के सामने चुप रहने से इनकार कर दिया और अपनी स्वतंत्रता के साथ भुगतान किया और अपने यहूदी भाइयों और बहनों के बचाव में रहते हैं, और हम अपने बच्चों को याद करते हैं भाई मोर्दचाई वनुनु - अपने देश में अकेला इजरायली कैदी, जिसने चुप रहने से इनकार कर दिया। " 

कैलिफोर्निया के सांता बारबरा में न्यूक्लियर एज पीस फाउंडेशन को फरवरी 2006 में दिए गए एक भाषण में, मैगुइर ने फिर से परमाणु हथियारों और नाजियों के बीच तुलना की। "पिछले अप्रैल में हम में से कुछ ने इजरायल के डिमोना न्यूक्लियर प्लांट में विरोध किया, इसे संयुक्त राष्ट्र के निरीक्षण के लिए खुला रखने और बमों को नष्ट करने का आह्वान किया। इजरायली जेट्स ने ओवरहेड उड़ान भरी, और एक ट्रेन डिमोना परमाणु स्थल में गुजरी। यह मेरे लिए अपनी रेल पटरियों, रेलगाड़ियों, विनाश और मौत के साथ ऑशविट्ज़ एकाग्रता शिविर की मेरी यादों को वापस ले आया। " 

मैगुएयर ने नवंबर 2010 में "लेडी ग्लोब के" ताल श्नाइडर के साथ एक साक्षात्कार में इजरायल की नाजी जर्मनी से तुलना करने से दृढ़ता से इनकार किया। “मैं वर्षों से परमाणु हथियारों के खिलाफ बोल रही हूं। मैं ब्रिटेन में, संयुक्त राज्य अमेरिका में, इजरायल में, किसी भी देश में परमाणु हथियारों के लिए सक्रिय रूप से विरोध कर रही हूं, क्योंकि परमाणु हथियार मानव जाति का अंतिम विनाश हैं। लेकिन मैंने कभी नहीं कहा कि इज़राइल नाज़ी जर्मनी की तरह है, और मुझे नहीं पता कि मुझे इज़राइल में ऐसा क्यों कहा गया है। मैंने गाजा की तुलना एक भगाने वाले शिविर से कभी नहीं की। मैंने नोबेल पुरस्कार विजेता एली विज़ल के साथ ऑस्ट्रिया में मृत्यु शिविरों का दौरा किया, और मुझे लगता है कि यह भयानक है कि लोगों ने यहूदी लोगों के नरसंहार को रोकने की कोशिश नहीं की। " 

फिलिस्तीनियों और इजरायलियों की तुलना
होलोकॉस्ट का संदर्भ
आलोचना
फिलिस्तीनी सक्रियता