ऐतिहासिक रूप से, व्यापक रूप से जानी गयी शुरूआती अवधारणा थी कि हिप्पोकैम्पस घ्राण इन्द्री से सम्बन्ध रखता है. 70 के दशक के शुरूआती वर्षों में किये गए शरीर-रचना विज्ञान के परीक्षणों से पता चला कि हिप्पोकैम्पस को ओल्फैक्टरी बल्ब से सीधे निर्देश प्राप्त नहीं होते हैं. हालांकि, बाद के शोधों से यह सिद्ध हुआ कि ओल्फैक्टरी बल्ब लेटरल एंटोराइनल कोर्टेक्स के वेंट्रल भाग को अवश्य प्रक्षेपित करता है, तथा वेंट्रल हिप्पोकैम्पस में स्थित फील्ड CA1 मुख्य ओल्फैक्टरी बल्ब, एन्टेरियर ओल्फैक्टरी न्यूक्लियस तथा प्राइमरी ओल्फैक्टरी कोर्टेक्स को एक्सोन प्रेषित करता है. हिप्पोकैम्पल ओल्फैक्टरी प्रतिक्रिया में लोगों की रूचि बनी हुई है, विशेष रूप से गंधों की स्मृति में हिप्पोकैम्पस की भूमिका को लेकर, परन्तु आजकल कुछ ही लोग यह मानते हैं कि इसका मुख्य कार्य घ्राण से सम्बंधित है.

इतने वर्षों में हिप्पोकैम्पस की भूमिका को लेकर तीन मुख्य विचार साहित्य में मुख्य रूप से हैं: निषेध, स्मृति और स्थान. व्यवहारिक निषेध सिद्धांत (ओ'कीफे तथा नाडेल द्वारा इसे "जोर से ब्रेक लगाओ!" (slam on the brakes!) के रूप में हास्यास्पद बनाया गया था) 1960 के दशक तक बहुत लोकप्रिय था. इसे विशेष रूप से दो प्रेक्षणों से प्रमाणिकता प्राप्त हुई: पहला, ऐसे पशु जिनमें हिप्पोकैम्पस क्षतिग्रस्त होता था, अतिक्रियाशील होते थे; दूसरे, क्षतिग्रस्त हिप्पोकैम्पस वाले पशु अक्सर पहले सिखाई गयी निषेधात्मक प्रतिक्रिया को सीखने में कठिनाई महसूस करते थे, विशेष रूप से तब जबकि प्रतिक्रिया के रूप में उन्हें शांत रहना होता था जैसा कि पैसिव एवोइडेन्स परिक्षण में किया जाता था.जेफ़री ग्रे ने इस सोच को उत्कंठा की स्थिति में हिप्पोकैम्पस की भूमिका के परिपूर्ण सिद्धांत में बदल दिया. वर्तमान में निषेध का सिद्धांत तीनों विचारों में से अल्पतम लोकप्रिय है.

दूसरी बड़ी विचारधारा हिप्पोकैम्पस को स्मृति से जोडती है. हालांकि इसके पूर्ववर्ती उदाहरण उपलब्ध हैं, इस विचार की मुख्य प्रेरणा स्कोविल व ब्रेंडा मिलनर की एक प्रसिद्ध रिपोर्ट है जिसमें एक रोगी हेनरी गुस्ताव मोलैसों, जिसे अपनी 2008 में अपनी मृत्यु तक एच.एम. के रूप में जाना जाता था, के हिप्पोकैम्पस को शल्य चिकित्सा द्वारा नष्ट किया गया (ऐसा उसकी मिर्गी के दौरों को उपचारित करने के लिए किया गया).इस शल्य क्रिया का अप्रत्याशित परिणाम गंभीर एंटेरोग्रेड तथा आंशिक रेट्रोग्रेड एम्नेजिया के रूप में सामने आया: एच.एम. अपनी शल्य-क्रिया के बाद सांयोगिक स्मृतियां बनाने में अक्षम हो गया तथा वह शल्य-क्रिया तुरंत पहले की घटनाओं को याद नहीं रख पाता था, परन्तु वर्षों पहले हुई घटनाएं, जैसे कि उसका बचपन, उसे याद थीं. इस मामले में लोगों की रूचि इतनी अधिक बढ़ी कि एच.एम. सबसे अधिक गहन अध्ययन किया जाने वाला चिकित्सा विषय बन गया. आगामी वर्षों में अन्य रोगियों का, जिनमें लगभग सामान स्तर की हिप्पोकैम्पस क्षति तथा एम्नेजिया (रोग या दुर्घटना के द्वारा), अध्ययन किया गया तथा शरीर क्रिया विज्ञान के हजारों प्रयोग किये गए जिसमें हिप्पोकैम्पस में सूत्रयुग्मक संयोजन (synaptic connections) के गतिशीलता आधारित बदलाव शामिल थे. अब सारे विश्व में यह सहमति है कि हिप्पोकैम्पस स्मृति में कुछ विशिष्ट भूमिका निभाता है, हलाकि इस भूमिका का एकदम सही स्वरुप अभी ज्ञात नहीं है.

हिप्पोकैम्पस के कार्य का तीसरा महत्वपूर्ण सिद्धांत हिप्पोकैम्पस को स्थानिकी से जोड़ता है. स्थानिक सिद्धांत के मूल पक्ष-समर्थक ओ'कीफे तथा नाडेल थे, जो कि ई.सी. टोलमन के मानवों तथा स्तन धारियों में "संज्ञानात्मक नक्शों" (cognitive maps) के सिद्धांत से प्रभावित थे. ओ'कीफे तथा उनके छात्र दोस्त्रोव्सकी ने 1971 में ऐसे न्युरौनों की खोज की जो चूहों में उनकी पारिस्थिति में स्थिति के अनुसार व्यवहार को दर्शाते थे. अन्य जांचकर्ताओं के संशय के बावजूद, ओ'कीफे तथा उनके सहकर्मी, विशेष रूप से लिन नाडेल इस समस्या को सुलझाने में लगे रहे, इस दिशा में उनके कार्य की परिणति 1978 की एक बहुत प्रभावशाली पुस्तक, "दि हिप्पोकैम्पस ऐज़ ए कौगनिटिव मैप" के रूप में हुई. स्मृति के सिद्धांत रूप में अब यह एक सर्वसम्मति है कि स्थानिक कोडिंग हिप्पोकैम्पस के कार्य में एक विशिष्ट भूमिका निभाती है, परन्तु इसके विस्तृत ब्योरे अभी तर्क का विषय हैं.

नाम
दीर्घकालिक पोटेनशियेशन
कार्य
स्मृति में भूमिका