इसके बावजूद कि उनके करियर की शुरुआत से ही उनके नाम का प्रयोग रोमन में मुरलीथरन (Muralitharan) के रूप में बड़े पैमाने पर होता रहा है, यह खिलाड़ी अपने नाम को रोमन में मुरलीदरन (Muralidaran) के रूप में लिखा जाना पसंद करता है। अलग–अलग वर्तनी इसलिए पैदा हुई है क्योंकि तमिल अक्षर த का उच्चारण किसी शब्द में इसके स्थान के आधार पर "टी (ट)" और "डी (ड)" दोनों तरह से हो सकता है। इसे अक्सर अन्य अक्षर ட से "थ" के रूप में लिप्यांतरित किया जाता है जो एक विकृत 'ट" या 'ड' है। 2007 में जब क्रिकेट ऑस्ट्रेलिया ने ऑस्ट्रेलिया और श्रीलंका के बीच होने वाली भिड़ंत के लिए नयी वार्न, मुरलीधरन ट्रॉफी का अनावरण करने का फैसला किया, मुरलीधरन से यह स्पष्ट करने का आग्रह किया गया कि उनके नाम का उच्चारण कैसे किया जाए. क्रिकेट ऑस्ट्रेलिया के प्रवक्ता पीटर यंग ने पुष्टि की कि "उन्होंने जो उच्चारण दिया है वह मुरलीधरन (Muralidaran) है।

मुरलीधरन को शामिल कर किये गए पहले दिन के कवर में एक आधिकारिक मुहर का अनुशीर्षक था "टेस्ट क्रिकेट में सर्वाधिक विकेट लेने वाला खिलाड़ी, मुथैया मुरलीधरन, जारी करने का पहला दिन 03.12.2007, कैम्प पोस्ट ऑफिस, असगिरिया अंतरराष्ट्रीय क्रिकेट स्टेडियम, कैंडी".

मुरलीधरन नाम का अर्थ है "बांसुरी रखने वाला" जो भगवान कृष्ण का एक पर्यायवाची शब्द है जो हिंदू धर्म में एक देवता हैं और जिनके बारे में कहा जाता है कि वे पशुओं की निगरानी करते समय अपनी बांस की बांसुरी बजाया करते थे।

वर्तनी और नाम का अर्थ
ऑस्ट्रेलिया में दुर्व्यवहार
'दूसरा' उद्धरण और परीक्षण
सम्मान