संचालन के मामले में भी यह नहर अद्वितीय है क्योंकि यह दुनिया का अकेला ऐसा जलमार्ग है जहां किसी भी जहाज का कप्तान अपने जहाज का नियंत्रण पूरी तरह पनामा के स्थानीय विशेषज्ञ कप्तान को सौंप देता है। प्रशांत और अटलांटिक महासागर के बीच बनी इस नहर से गुजरने के लिए हजारों टन भारी जहाज को लॉक में पानी भरकर 85 फीट ऊपर उठाया जाता है।

पूरे लॉक तन्त्र को पार करने के लिये पहले जहाज को सबसे निचले लॉक में लाया जाता है, फिर लॉक को बंद कर उसमें शक्तिशाली पम्पों द्वारा पानी भरा जाता है। इस प्रकार पानी से जहाज ऊपर उठने लगता है। तत्पश्चात भारी और बेहद ताकतवर लोकोमोटिव इंजन जहाज को पार्श्वों से टकराने से बचाते हुए खींचते हैं और दूसरे लॉक में ले जाते हैं। फिर दूसरे लॉक में भी यही काम दुहराया जाता है, पानी भरना, जहाज को खींचना और आगे बढ़ना। तीन लॉकों के जरिए ऊपर उठने के बाद जहाज मीठे पानी की कृत्रिम झील, गाटून झील, से गुजरते हैं। दूसरे छोर पर पहुंचने के बाद जहाजों को फिर इसी प्रक्रिया के द्वारा 85 फीट नीचे ले जाकर महासागर में उतार दिया जाता है।

यहाँ यातायात प्रबंधन के लिये पूर्णतया कम्प्यूटरीकृत सिस्टम लगा हुआ है जिससे इस नहर से गुजरने वाले जलपोतों का संचालन सुविधाजनक ढंग से किया जा सके।

इतिहास
अमेरिकी निर्माण
संचालन
निर्माण