इस श्रृंखला के साथ बहुत ही नकारात्मक विवाद जुड़ गया है। भूतपूर्व वकील जैक थोम्पसनने हत्या के अनेक शिकार लोगों के परिवारों के लिए बहुत सारे मामले लड़ते हुए "ग्रैंड थेफ्ट ऑटो" को उनके प्रियजनों की मौत के लिए जिम्मेदार ठहराया है। इससे संबंधित मामलों में थोम्पसन के आचार-व्यवहार की वजह से उन्हें 2008 में पदच्यूत कर दिया गया था और फ्लोरिडा बार एसोसिएशन ने उन पर 43,000 डॉलर से अधिक का जुर्माना कर दिया था।

20 अक्टूबर 2003 में एरोन हांमेल और किम्बर्ली बेडे, जिनकी हत्या दो किशोरों विलियम और जोश बकनर ने कर दी थी (जिन्होंने जांचकर्ताओं को दिए गए अपने बयान में दावा किया कि वे "GTA III" से प्रेरित थे), के परिवारों ने रॉकस्टार गेम्स को रिलीज़ करनेवाले, Take-Two Interactive सॉफ्टवेयर, खुदरा व्यापारी Wal-Mart और PlayStation 2 के निर्माता Sony Computer Entertainment America पर 246 मिलियन अमेरिकी डॉलर का मुकद्दमा ठोंक दिया। 29 अक्टूबर 2003 को रॉकस्टार और उसकी मूल कंपनी टेक-टू ने अमेरिका के जिला न्यायालय में यह कहते हुए मामले को रद्द करने की अपील की कि "अवधारणाओं और विचार की ही तरह बकनरों पर पड़े 'मनोवैज्ञानिक प्रभाव का अभिप्राय' भी फ्री-स्पीच क्लॉज में किये गए प्रथम संशोधन द्वारा संरक्षित हैं।" पीड़ितों के वकील जैक थोम्पसन ने इससे इंकार कर दिया, लेकिन टेनेसी की उपभोक्ता संरक्षण अधिनियम के तहत मुकदमे को राज्य की अदालत में ले जाने में नाकाम रहे। दो दिन बाद अभियोगी पक्ष की ओर से स्वैच्छिक रूप से मामला वापस लेने की सूचना दर्ज की गयी और मुकदमा बंद कर दिया गया।

फरवरी 2005 में, एक किशोर द्वारा अलबामा पुलिस बल के दो सदस्यों की गोली चलाकर मार डालने के आरोप में "ग्रैंड थेफ्ट ऑटो" श्रृंखला के निर्माताओं और वितरकों पर मुकदमा दायर किया गया। गोली चलने की यह घटना जून 2003 को उस समय हुई जब 17 साल के डेविन मूर को पुलिस द्वारा एक चोरी की गाड़ी के बारे में पूछताछ के लिए अलबामा के फायेत्ते ले जाया जा रहा था। मूर ने पुलिस अधिकारियों से एक पिस्तौल छीन लिया और भागने से पहले उसने उस पुलिस अधिकारी समेत एक अन्य अधिकारी और डिस्पैचर को मार डाला। मूर के वकीलों, जैक थोम्पसन ने दावा किया था कि यह GTA के ग्राफिक की प्रकृति जैसा है - लगातार खेलने के दौरान इससे उसका पाला पड़ता है - और यही वजह है कि उसके हाथों हत्या हुई। और मूर का परिवार भी इससे सहमत हैं।" जस्पेर, अलबामा स्थित GameStop "और" Wal-Mart की शाखाओं से नुकसान की भरपाई की मांग की जा रही है, जिन " स्टोर्स से "क्रमशः GTA III और ग्रैंड थेफ्ट ऑटो: वाइस सिटी नामक गेम खरीदे गए; साथ ही गेम को रिलीज़ करनेवाले Take-Two Interactive, PlayStation 2 बनाने वाले Sony Computer Entertainment से भी नुकसान की भरपाई की मांग गयी है।" "मौजूदा समय में इस मामले की सुनवाई उसी न्यायाधीश की अदालत में चल रही है जिसने मूर के आपराधिक मुकदमे की सुनवाई की थी और जिसमें मूर के कृत्य के लिए उसे मौत की सज़ा सुनायी गयी।" 

मई 2005 में CNN हेडलाइंस न्यूज पर उपग्रह के जरिए थोम्पसन "ग्लेन बेक" के कार्यक्रम में उपस्थित हुए. थोम्पसन ने डेविन मूर का उल्लेख किया और "ग्रैंड थेफ्ट ऑटो III" और "" के बारे कहा कि "मेरे मन में कोई शक नहीं है [...] कि लेकिन पुलिस की हत्या के प्रशिक्षण में इस गेम ने उद्दीपक का काम किया, वरना वह अलबामा के फयेत्ते में तीन-तीन पुलिस अधिकारियों को मारने का काम नहीं कर सकता था। हमलोग टेक-टू, Sony, वाल-मार्ट और गेमस्टाप पर डेविन मूर को हत्या के लिए प्रशिक्षित करने का मुकदमा दायर कर रहे हैं। इससे पहले उसने हिंसा नहीं की। उसका कोई आपराधिक रिकॉर्ड भी नहीं है।

सितम्बर 2006 में थोम्पसन ने यह दावा करते हुए एक और मुकदमा किया कि कोडी पोसे ने न्यू मैक्सिको के अलबकुर्क के पशु-फार्म में अपने पिता डेल्बेर्ट पॉल पोसे, सौतेली मां त्र्योने स्मिद और सौतेली बहन मारिला स्मिद की हत्या से पहले बहुत ही सम्मोहित हो कर इस गेम को खेला था। यह मुकदमा पीड़ितों के परिवारों की ओर से दायर किया गया था। आपराधिक मुकदमे के दौरान, पोसे की बचाव टीम ने तर्क दिया कि पिता ने उसके के साथ दुर्व्यवहार किया था और सौतेली मां द्वारा वह सताया जाता था। हत्या के समय पोसे को भी जोलोफ्ट ले जाया जा रहा था। मामले में आरोप लगाया गया कि "ग्रैंड थेफ्ट ऑटो: वाइस सिटी" खेलने के जुनून के कारण और उसके उकसावे में आकर उसने हत्या नहीं की। इस मामले में कोड़ी पोसे, Rockstar Games, Take-Two Interactive और Sony के नाम थे। इस मुकदमे में 600 मिलियन अमेरिकी डॉलर हर्जाने के रूप में मांगी गयी।

2009 में एक छह साल के लड़के ने दावा किया कि उसने इस खेल के माध्यम से कार चलाना सीखा था, लेकिन वह अपनी पारिवारिक कार लेकर 10 मील की यात्रा पर निकला और दुर्घटनाग्रस्त हो गया।

गिनीज वर्ल्ड रिकॉर्ड्स 2009 और 2008 के गेमर्स एडीशन के मुताबिक, यह अब तक की सबसे विवादास्पद विडियो गेम श्रृंखला है, जिस पर 4,000 लेख प्रकाशित हो चुके हैं। जिनमें हिंसा को बहुत ही भव्यता से दिखाने,खिलाडियों को बिगाड़ने और वास्तविक जीवन को अपराधों से जोड़ने के आरोप हैं।

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विवाद
नशे में गाड़ी चलाना (ग्रैंड थेफ्ट ऑटो IV)
ग्रैंड थेफ्ट ऑटो IV