डुनेडिन शहर के भीतरी भाग में तरह-तरह की स्थलाकृतियां शामिल हैं। दक्षिण पश्चिम की तरफ तैएरी नदी और इसकी प्रमुख सहायक नदी वैपोरी की विस्तृत उपजाऊ तराई बाढ़ का मैदान तैएरी प्लेन्स स्थित है। ये मामूली घनी आबादी वाला क्षेत्र है और इसमें मॉसगिल, पूर्व तैएरी और एलनटन नामक नगर शामिल है। वे लगभग ऊंची निम्न पहाड़ियों की एक श्रेणी द्वारा तट से अलग हैं। तैएरी प्लेन का भीतरी भाग उबड़-खाबड़ पहाड़ी प्रदेश है। मैदान के पास ज्यादातर क्षेत्र खास तौर पर बेर्विक और लेक महिनेरंगी के आसपास और डुनेडिन शहरी क्षेत्र के उत्तर पश्चिम में स्थित सिल्वरपीक्स रेंज के आसपास के क्षेत्र भी जंगलों से भरे हैं। इसके अलावा यह भूक्षेत्र पहले तो सूख जाता है लेकिन बाद में घास एवं कलगी से ढंके भूक्षेत्र में परिणत हो जाता है। डुनेडिन के सुदूर उत्तर पश्चिम में एक ऊंची विस्तृत घाटी स्ट्राथ-तैएरी स्थित है जिसमें मिडिलमार्च नगर स्थित है जो इस क्षेत्र की कम घनी आबादी वाले नगरों में से एक है।

शहर के शहरी क्षेत्र के उत्तर में लहरदार पहाड़ी प्रदेश स्थित है जिसमें कई छोटे-छोटे मुख्य रूप से तटीय बस्तियां शामिल हैं जिसमें वैताती, वारिंगटन, सीक्लिफ और वैकौआइटी शामिल है। यहां राजमार्ग 1 में कई पहाड़ियों खास तौर पर द किल्मोग से होकर गुजरने वाले मार्ग में सीधी चढ़ाई है। इन पहाड़ियों को सिल्वरपीक्स रेंज का एक तटीय विस्तार माना जा सकता है।

पूर्व की तरफ डुनेडिन शहर में ओटागो प्रायद्वीप का सम्पूर्ण भूक्षेत्र शामिल है जिसका आकार एक लंबी अंगुली की तरह है जिससे डुनेडिन ज्वालामुखी के दक्षिण पूर्व किनारे का निर्माण हुआ है। इस प्रायद्वीप में लगभग पूरी तरह से बंदरगाह के तट की तरफ बहुत कम बस्तियां हैं और इसमें से अधिकांश का रखरखाव एक प्राकृतिक वास के रूप में ओटागो पेनिन्सुला ट्रस्ट द्वारा किया जाता है। इस प्रायद्वीप में कई सुन्दर बीच शामिल है और यह पेंगुइन, सील और शाग जैसी कई दुर्लभ प्रजातियों का घर है। सबसे महत्वपूर्ण बात यह है कि इस प्रायद्वीप के उत्तर पूर्वी क्षेत्र में ताइआरोआ हेड में दुनिया का एकमात्र मुख्यभूमि रॉयल ऐल्बाट्रॉस प्रजनन कॉलोनी है।

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