श्वार्ज़नेगर की दायीं जांघ की हड्डी सन वैली, इदाहो में उस समय टूट गयी जब वे अपने परिवार के साथ 23 दिसम्बर 2006 को स्कीइंग कर रहे थे। वे लोअर वार्म स्प्रिंग्स रन पर अपने स्की पोल पर बाल्ड माउंटेन पर उस समय गच्चा खाकर फिसल गये जब वे आसान या ग्रीन लेवल रन पर थे। वे एक विशेषज्ञ स्तर के खिलाड़ी है। 26 दिसम्बर 2006 को उनका 90 मिनट का एक आपरेशन किया गया जिसमें केबल और शिकंजों का प्रयोग कर उनकी टूटी हड्डी को वापस तार से जोड़ गया। सेंट जॉन हेल्थ सेंटर से 30 दिसम्बर 2006 को उन्हें छोड़ा गया। श्वार्ज़नेगर ने अपने कार्यालय में दूसरी बार शपथ लेन में विलम्ब नहीं की और 5 जनवरी 2007 को पद की शपथ ली, हालांकि वे उस समय बैसाखी पर थे।

श्वार्ज़नेगर की मोटरसाइकिल दो बार सार्वजनिक राजमार्ग पर दुर्घटनाग्रस्त हो गयी और इस प्रक्रिया में वे घायल हो गये। 8 जनवरी 2006 को, जबकि वे हर्ले डेविडसन मोटरसाइकिल पर और उनका बेटा पैट्रिक साइडकार पर लॉस एंजिल्स जा रहे थे, पीछे आ रहे ड्राइवर की धीमी गति की कार से वे और उनका बेटा टकरा गये। जबकि उनके बेटे और अन्य वाहन चालक को कोई क्षति नहीं पहुंची थी, गवर्नर के होंठ पर मामली चोट लगी, उन्हें 15 टांके लगवाने पर मजबूर होना पड़ा. लॉस एंजिलिस पुलिस विभाग के अधिकारी व प्रवक्ता जेसन ली ने कहा कि "कोई मामले दर्ज नहीं किये गये।" "टर्मिनेटर" फिल्मों में मोटरसाइकिलों की सवारी के लिए मशहूर श्वार्जनेगर को M-1 या M-2 कैलिफोर्निया ड्राइवर लाइसेंस का अनुमोदन नहीं मिला, जिसके कारण उन्हें कानूनी तौर पर सड़क पर एक साइडकार के बिना मोटरसाइकिल की सवारी करने की अनुमति नहीं मिली। पहले, 9 दिसम्बर 2001 को लॉस एंजिल्स में एक मोटर साइकिल दुर्घटना में उन्होंने अपनी छह पसलियां तोड़ लीं और चार दिनों तक अस्पताल में भर्ती रहे। 

श्वार्ज़नेगर को 1997 में उन्हीं के प्रत्यारोपित ऊतक से बने हृदय के वाल्व के प्रतिस्थापन के लिए चुना गया, चिकित्सा विशेषज्ञों का अनुमान है कि अगले दो से आठ साल में उन्हें हृदय वाल्व रिप्लेसमेंट सर्जरी की आवश्यकता होगी क्योंकि अपने वर्तमान वाल्व में खराबी आ रही है। श्वार्ज़नेगर ने जाहिरा तौर पर एक यांत्रिक वाल्व के खिलाफ चुना, सर्जरी के समय सिर्फ स्थायी समाधान उपलब्ध था क्योंकि वह उनकी शारीरिक गतिविधि और व्यायाम करने की क्षमता को तेजी से सीमित करता.

उन्होंने 2004 में एक आदमी को डूबने से बचाया और तैरकर उसे तट पर ले आये, वे उस समय हवाई में छुट्टी मना रहे थे।

गवर्नर के प्रेस सचिव द्वारा जारी बयान के अनुसार श्वार्जनेगर के निजी जेट विमान ने 19 जून 2009 को पायलट की कॉकपिट से आ रही धूम्रपान की रिपोर्ट के बाद वान नुयस एयरपोर्ट पर आपात लैंडिंग की। घटना में किसी को नुकसान नहीं पहुंचा। 
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