भारतीयों ने प्राचीन काल से इंडोनेशिया का दौरा किया था, और प्राचीन इंडोनेशियाई (ऑस्ट्रोनेशियन लोग) लोगों के साथ दक्षिण पूर्व एशियाई समुद्रों और हिंद महासागर में समुद्री व्यापार में लगे हुए थे। प्राचीन भारतीयों ने हिंदू धर्म, संस्कृत और ब्राह्मी लिपि सहित भारतीय संस्कृति के कई अन्य पहलुओं को यहाँ फैलाया। इंडोनेशिया की भाषाओँ में संस्कृत ऋणपत्रों की काफ़ी बड़ी संख्या है, जिससे इनपर भारत का प्रभाव साफ़ झलकता है।

भारत से पल्लव लिपि और संस्कृत भाषा को अपनाने के बाद इंडोनेशिया के इतिहास का नया दौर शुरू हुआ। इसका प्रमाण वहाँ के प्राचीनतम राजवंशों के शिलालेखों में मिलता है, "कुताई, तुगु" और "तरुमनगर" का "युपा" और "कलिंग" (ओडिशा) के ऐतिहासिक रिकॉर्ड।

भारतीय हिंदू- बौद्ध राज्य, जैसे श्रीविजय, मेदांग, सुंडा और माजापहित इंडोनेशिया में प्रमुख राजवंश थे, जो 200 से लेकर 16 वीं शताब्दी तक चलीं, इनमें अंतिम बाली में था। 

इंडोनेशियाई इतिहास में गहरे हिंदू-बौद्ध प्रभाव का एक उदाहरण 9 वीं शताब्दी के बोरोबुदुर और प्रम्बनन मंदिर हैं। इस्लाम को अपनाने के बाद भी इन दो देशों के बीच संबंध मजबूत रहे; और वह भी केवल इसलिए नहीं क्योंकि भारत में मुसलमानों की काफ़ी आबादी है। इंडोनेशियाई इस्लामी वास्तुकला, विशेष रूप से जैसी सुमात्रा में देखने को मिलती है, भारतीय मुगल वास्तुकला से गहराई से प्रभावित हुई है, जो आचेह और मेदान की महान मस्जिद बैतुर्रहमान ग्रैंड मस्जिद में स्पष्ट है। 

सांस्कृतिक प्रशंसा भी एकतरफा नहीं है, भारत भी इंडोनेशियाई संस्कृति से, विशेषकर हिंदू बाली संस्कृति से निकटता से संबंधित हैं। 1927 में जावा और बाली की अपनी यात्रा के दौरान रवींद्रनाथ टैगोर, बाली से बहुत प्रभावित हुए और कहा कि "मैं जहां भी द्वीप पर जाता हूं, मैं भगवान को देखता हूं"। फिर 23 साल बाद 1950 में पंडित जवाहरलाल नेहरू ने बाली को "दुनिया की सुबह" बताया। 

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