इस्लाम में धर्मांतरण को लेकर विद्वानों और सार्वजनिक राय, दोनों में काफी विवाद मौजूद है और आमतौर निम्नलिखित विचारधाराओं द्वारा प्रदर्शित होता है:
एक विदेशी आरोपण के रूप में इस्लाम की स्थिति और विरोध करने वाले मूल निवासियों की स्वाभाविक रूप से हिन्दू हैसियत इन बातों में निहित है, जिसके परिणामस्वरूप भारतीय उपमहाद्वीप के इस्लामीकरण की परियोजना विफल हो गई और विभाजन की राजनीति और भारत में सांप्रदायिकता काफी उलझ गई। मुस्लिम इतिहास और जनसांख्यिकीय गणना के आधार पर मारे गए लोगों की अनुमानित संख्या के.एस. लाल की पुस्तक "ग्रोथ ऑफ मुस्लिम पोपुलेशन इन मिडियावल इंडिया" में दी गई है जिन्होंने दावा किया कि 1000 ई. और 1500 ई. के बीच हिन्दुओं की जनसंख्या करीब 80 मिलियन कम हुई। पूर्व-जनगणना काल में सही डेटा की कमी और इसकी कार्यावली के लिए कई आलोचकों ने उनकी पुस्तक की आलोचना की जैसे सिमोन डिग्बी (स्कूल ऑफ ओरिएंटल एंड अफ्रीकन स्टडीज) और इरफान हबीब. लाल ने अपनी बाद की पुस्तकों में इन आलोचनाओं का जवाब दिया। विल डुरंत जैसे इतिहासकार ने तर्क दिया कि हिंसा के माध्यम से इस्लाम को फैलाया गया था। सर जदुनाथ सरकार का कहना है कि कई मुस्लिम आक्रमणकारी भारत में हिंदुओं के खिलाफ व्यवस्थित रूप से जिहाद छेड़ रहे थे, इस हद तक कि "काफ़िरों के परिवर्तन के लिए निर्दयतापूर्ण नरसंहार के सारे उपायों का सहारा लिया गया।" वे हिंदू जो इस्लाम में धर्मान्तरित हुए थे, वे भी "फतवा-ए-जहांदारी" में ज़ियाउद्दीन अल-बरनी द्वारा स्थापित मुस्लिम जाति व्यवस्था के कारण अत्याचार से मुक्त नहीं थे, जहां उन्हें "अज्लाफ़" जाति के रूप में माना जाता था और "अशरफ" जातियों द्वारा भेदभाव किया जाता था।

"तलवार की नोक पर धर्मांतरण सिद्धांत" दक्षिण भारत, श्रीलंका, पश्चिमी बर्मा, बांग्लादेश, दक्षिणी थाईलैंड, इंडोनेशिया और मलेशिया में व्याप्त विशाल मुस्लिम समुदाय की ओर इशारा करता है और भारतीय उप-महाद्वीप में ऐतिहासिक मुस्लिम साम्राज्य के गढ़ के आसपास बराबर संख्या में मुस्लिम समुदायों की कमी "तलवार की नोक पर धर्मांतरण सिद्धांत" का खंडन करती है। दक्षिण एशिया पर मुस्लिम विजय की विरासत पर आज भी गंभीर बहस जारी है। अर्थशास्त्र के इतिहासकार एंगस मेडीसन और जीन-नोएल बिराबेन ने विभिन्न जनसंख्या अनुमान किया और साथ ही संकेत मिलता है कि 1000 और 1500 के बीच भारत की जनसंख्या में कमी नहीं हुई, लेकिन उस समय के दौरान करीब 35 मिलियन बढ़ी थी।

सभी मुस्लिम आक्रमणकारी हमलावर नहीं थे। बाद के शासकों ने राज्यों को जीतने के लिए लड़ाई लड़ी और नए राजवंशों की स्थापना के लिए वहां निवास किया। इन नए शासकों और उनके बाद के उत्तराधिकारियों (जिनमें से कुछ हिन्दू पत्नियों से जन्मे थे) की प्रथाओं में काफी विविधता थी। जबकि कुछ समान रूप से नफरत करते थे, अन्यों ने बाद में लोकप्रियता हासिल की। 14वी सदी में इब्न बतूता के वृतांत के अनुसार जिसने दिल्ली की यात्रा की थी, पिछले सुल्तानों में से एक विशेष रूप से क्रूर था और दिल्ली की आबादी उससे अत्यधिक नफरत करती थी, बतूता का वृतांत यह भी संकेत करता है कि अरब दुनिया, फारस और तुर्की के मुस्लिम अक्सर शाही सुझाव में समर्थन करते हुए कहते थे कि हो सकता है दिल्ली प्रशासन में वहां के स्थानीय लोगों ने कुछ हद तक एक अधीनस्थ भूमिका निभाई होगी। "तुर्क" शब्द का इस्तेमाल सामान्यतः उनकी उच्च सामाजिक स्थिति का उल्लेख करने के लिए किया जाता था। हालांकि एस.ए.ए. रिज़वी ("द वंडर दैट वाज इंडिया - II") ने इंगित किया कि मुहम्मद बिन तुगलक ने न केवल स्थानीय लोगों को प्रोत्साहित किया बल्कि कारीगर समूहों को भी उच्च प्रशासनिक पदों के लिए प्रोत्साहित किया जैसे बावर्ची, नाई और माली. उसके शासनकाल में, यह संभावना है कि इस्लाम में धर्मांतरण एक अधिक सामाजिक गतिशीलता और संशोधित सामाजिक सुधार के रूप में हुआ।

भारतीय उपमहाद्वीप में हिंदुओं और मुसलमानों के बीच संघर्ष का एक जटिल इतिहास है, कहा जा सकता है 711 में सिंध में उमय्यद खलीफा के जिहाद के साथ यह संघर्ष शुरू हुआ। भारत में मध्ययुगीन काल में इस्लामी विस्तार के दौरान मंदिरों के विनाश के द्वारा हिंदू उत्पीड़न को देखा जा सकता है, सोमनाथ मंदिर के बार-बार विनाश करने और हिंदू प्रथाओं के विरोधी मुगल सम्राट औरंगजेब का अक्सर इतिहासकारों द्वारा उल्लेख किया गया है।

1947 में भारत विभाजन के बाद के परिणामों में बड़े पैमाने पर सांप्रदायिक संघर्षों और देश भर में रक्तपात को देखा गया। तब से, भारत में बड़े पैमाने पर हिंदू और मुस्लिम समुदायों के वर्गों के बीच निहित तनाव से तेज हिंसा चली आ रही है। ये विवाद हिन्दू राष्ट्रवाद की विचारधारा बनाम इस्लामी चरमपंथ से भी उत्पन्न होते हैं और आबादी के विशेष तबके में प्रचलित हैं। आजादी के बाद से भारत ने धर्मनिरपेक्षता के लिए संवैधानिक प्रतिबद्धता को हमेशा बनाए रखा है।

विभाजन के बाद हिंदुओं और मुसलमानों के बीच सांप्रदायिक सौहार्द की भावना को बनाए रखने के बाद पिछले दशक में तनाव को उत्पन्न करने वाली अयोध्या में विवादित बाबरी मस्जिद गिराने का मुद्दा है। इसे 1992 में विध्वंस किया गया था और कथित तौर पर हिंदू राष्ट्रवादी, भारतीय जनता पार्टी और राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ, बजरंग दल और विश्व हिंदू परिषद जैसे संगठनों के द्वारा यह कार्य किया गया था। इसके बाद जैसे को तैसा की तर्ज़ पर सारे देश में मुस्लिम और हिंदू कट्टरपंथियों के बीच हिंसा फ़ैल गई जिसमें शामिल थे मुंबई में मुंबई दंगे और साथ ही 1993 में मुंबई बम धमाका, इन वारदातों में कथित तौर पर माफिया डॉन दाऊद इब्राहिम और मुख्य रूप से मुस्लिम डी-कंपनी आपराधिक गिरोह शामिल थे।
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