बारठाकुर ने 1969 में अपना अंतिम गीत "लितो नाज़ी बोई" गाया। [४] के बाद वह एक गंभीर मोटर न्यूरॉन बीमारी से पीड़ित होने लगी जिसने उसके गायन में बाधा डाली और उसे व्हीलचेयर का उपयोग करने के लिए मजबूर किया। 1976 में उन्होंने प्रसिद्ध भारतीय कलाकार बिनंदा चंद्र बैरवा से एक प्रख्यात भारतीय कलाकार और चित्रकार नील पवन बरुआ से शादी की। 

बारठाकुर का निधन लंबी बीमारी के बाद 21 दिसंबर, 2018 को गुवाहाटी के नेमाकेर अस्पताल में हुआ।

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