1956 में, डी ब्रिटो पेले को सांटोस, जो साओ पॉलो प्रदेश में एक औद्योगिक और बंदरगाह शहर था, में पेशेवर क्लब सांटोस फुटबॉल क्लब में दाखिल करने ले गया जहां उसने निदेशकों को बताया कि 15 वर्ष का पेले "विश्व का सबसे महान फुटबॉल खिलाड़ी" बनेगा.

सांटोस में रहने के समय पेले ज़िटो, पेपे और कौटिन्हो सहित अनेकों मेधावी खिलाड़ियों के साथ खेले; कौटिन्हो ने अनगिनत आमने-सामने के खेलों, आक्रमणों और गोलों में उनके साथ भागीदारी की.

पेले ने सांटोस के लिये अपने पेशे की शुरूआत 7 सितम्बर 1956 को कोरिंथियन्स पर एक सद्भावना मैच में 7-1 से विजय में एक गोल बनाकर की. 1957 का सीजन शुरू होने पर पेले को पहली टीम में शुरूआती स्थान दिया गया और सिर्फ 16 की आयु में वे लीग के सबसे अधिक गोल बनाने वाले खिलाड़ी बन गए। पेशेवर रूप से हस्ताक्षर करने के केवल दस महीनों बाद ही उस तरूण को ब्राजील की राष्ट्रीय टीम में ले लिया गया। 1962 में विश्व कप के बाद, रियल मैड्रिड, जुवेंटस और मैंचेस्टर युनाइटेड जैसे अमीर यूरोपियन क्लबों ने उस युवा खिलाड़ी को अपनी टीमों में समाविष्ट करने का प्रयत्न किया लेकिन ब्राजील की सरकार ने पेले को देश के बाहर स्थानांतरित होने से रोकने के लिये उन्हें "अधिकारिक राष्ट्रीय संपदा" घोषित कर दिया.

पेले ने सांटोस के साथ अपना पहला खिताब 1958 में उनकी टीम की कैम्पियोनाटा पालिस्टा की जीत के साथ हासिल किया- उस टूर्नामेंट में पेले ने अविश्वसनीय 58 गोल बनाकर शीर्ष गोलकर्ता का स्थान लिया, जो आज भी एक रिकार्ड है। एक वर्ष बाद, "ओ रे" ने अपनी टीम को टोर्नियो रियो-साओ पालो में वास्को दा गामा पर 3-0 से अपनी पहली विजय दिलाई. फिर भी सांटोस पालिस्टा के खिताब को दूसरी बार अपने पास रखने में असमर्थ रहा. 1960 में, पेले ने 33 गोल बना कर अपनी टीम को कैम्पियोनाटो पालिस्टा ट्राफी वापस पाने में मदद की लेकिन उन्हें रियो-साओ पालो टूर्नामेंट में निराशाजनक 8वां स्थान प्राप्त करके हार का सामना करना पड़ा. और 47 गोल बना कर पेले ने सांटोस को कैम्पियोनाटो पालिस्टा का खिताब अपने पास रखने में सहायता की. उसके क्लब ने बाहिया को फाइनल में हरा कर उसी वर्ष टाका ब्रासिल भी जीत लिया; पेले ने उस टूर्नामेंट में सबसे ज्यादा 9 गोल बनाए. उस विजय के बाद सांटोस को पश्चिमी गोलार्ध के सबसे सम्मानित क्लब टूर्नामेंट, कोपा लिबेर्टाडोरेस में खेलने का मौका मिल गया।

सांटोस का सर्वाधिक सफल क्लब सीजन 1962 में शुरू हुआ; टीम को सेरो पोर्टीनो और डीपोर्टीवो म्युनिसिपल के साथ समूह 1 में वरीयता मिली और पेले के सेरो के विरूद्ध अपना पहला गोल करने के साथ उन्होंने एक (सेरो के विरूद्ध 1-1 अनिर्णीत) को छोड़ कर अपने समूह के सभी मैच जीत लिये. सांटोस ने युनिवर्सिडाड कैटोलिका को सेमीफाइनल में हराया और फाइनल में पिछली बार के विजयी चैम्पियन पेनाराल का मुकाबला किया जिसमें पेले ने निर्णायक मैच में गोलों का एक और जोड़ा बनाकर ब्राजीली क्लब को अपना पहला खिताब दिलवाया. पेले ने उस स्पर्धा में 4 गोल करके दूसरे सर्वोत्तम गोलकर्ता का स्थान पाया। उसी वर्ष सांटोस ने सफलतापूर्वक कैम्पियोनाटो ब्राजिलियेरो (पेले के 37 गोलों सहित) और टाका ब्रासिल (पेले ने बोटाफोगो के विरूद्ध फाइनल श्रंखला में 4 गोल बनाए) के अपने खिताबों की रक्षा की और 1962 का इंटरकांटिनेंटल कप (पेले ने इस श्रंखला में पांच गोल किये) जीत लिया।

पिछली बार के चैम्पियन के रूप में, सांटोस ने 1963 के कोपा लिबेर्टाडोरेस के सेमीफाइनल में स्वतः प्रवेश पा लिया। बोटाफोगो और बोका जूनियर्स पर प्रभावशाली विजयों के बाद "बैले ब्लांको" ने शानदार तरीके से अपने खिताब को बनाए रखने में कामयाबी हासिल की. पेले ने गैरिंचा और जिरिंज्हो जैसे प्रख्यात खिलाड़ियों से युक्त बोटाफोगो टीम को सेमीफाइनलों के पहले चरण में काबू में लाने के लिये कष्टपूर्ण अंतिम मिनट में गोल करके सांटोस की सहायता की. दूसरे चरण में सांटोस द्वारा बोटाफोगो को 0-4 से हराने के साथ पेले ने एस्ट्राडियो डो मैरैकाना में लगातार तीन गोल करके फुटबॉल खिलाड़ी के रूप में अपने सर्वोत्तम प्रदर्शनों में से एक प्रस्तुत किया। अपने दूसरे लगातार फाइनल में सांटोस ने श्रंखला का प्रारंभ पहले चरण में 3-2 से विजय से किया और जोसे सैनफिलिपो और एंटोनियो रैटिन के पोका जूनियर्स को "ला बाम्बोनीरा" में 1-2 से हराया जिसमें पेले ने एक और गोल किया, जिससे वह अर्जेंटाइनी जमीन पर कोपा लिबेर्टाडोरेस जीतने वाली पहली (और अब तक अकेली) टीम बन गई। पेले ने 5 गोल करके टूर्नामेंट को दूसरे सबसे बेहतरीन गोलकर्ता के रूप में समाप्त किया। सांटोस तीसरे स्थान पर रह कर कैम्पियोनाटो पालिस्टा में पराजित हुआ लेकिन उसने फाइनल मैच में प्रभावशाली 0-3 से फ्लेमिंगो पर विजय के साथ रियो-साओ पालो टूर्नामेंट जीत लिया जिसमें पेले ने एक गोल का योगदान किया। पेले ने सांटोस को इंटरकांटिनेंटल कप और टाका ब्रासिल खिताब की रक्षा करने में भी मदद की.

सांटोस ने 1964 में फिर से अपने खिताब की रक्षा करने का प्रयत्न किया लेकिन वे सेमीफाइनलों के दोनो चरणों में इंडिपेंडियेंट से बुरी तरह हार गए। सांटोस ने कैंम्पियोनाटो पालिस्टा का खिताब फिर से जीता जिसमें पेले ने 34 गोल बनाए. क्लब ने बोटाफोगो के साथ रियो-साओ पालो खिताब की साझेदारी भी की और टाका ब्रासिल लगातार चौथे वर्ष भी जीत लिया। "सैंटिस्टास" ने 1965 में कैम्पियोनाटा पालिस्टा और टाका ब्रासिल नौवीं बार जीत कर फिर से ऊपर आने की कोशिश की. 1965 के कोपा लिबेर्टाडोरेस में, सांटोस ने पहले दौर में अपने समूह के हर मैच को जीत कर अच्छी शुरूआत की. सेमीफाइनलों में, सांटोस का मुकाबला 1962 के फाइनल के एक दोबारा खेले गए मैच में पेनाराल से हुआ। दो प्रख्यात मैचों के बाद, बराबरी (टाई) को तोड़ने के लिये एक निर्णायक गोल (प्लेआफ) की जरूरत थी। 1962 के विपरीत, पेनाराल ने बढिया खेलकर सांटोस को 2-1 से बाहर कर दिया. फिर भी पेले ने टूर्नामेंट में सबसे अधिक गोल बनाने वाले का स्थान पाया। सांटोस ने टोर्नियो रियो-साओ पालो के खिताब को बचा सकने में विफलता के साथ, शर्मनाक 9 वां स्थान (अंतिम से दूसरा) हासिल किया जो उसके ह्रास की शुरूआत का एक प्रमाण था।

1966 में, पेले और सांटोस टाका ब्रासिल की रक्षा करने में भी असफल रहे, क्यौंकि "ओ रेस के गोल फाइनल श्रंखला में क्रुज़ीरो से 9-4 से हार से बचने के लिये काफी नहीं थे। " हालांकि सांटोस ने 1967, 1968 और 1969 में कैम्पियोनाटो पालिस्टा जीता, पेले का योगदान सैंटिस्टास की "अब सीमित रह गई सफलता" में दिनोदिन कम होने लगा " .19 नवम्बर 1969 को पेले ने सभी स्पर्धाओं में अपना 1000 वां गोल बनाया. " ब्राज़ील के लिये यह बहुत प्रत्याशित क्षण था। " यह गोल, जिसे लोकप्रिय" रूप से ओ माइलेसिमो "(हजारवां) कहा जाता है, वास्को दा गामा के विरूद्ध एक मैच में किया गया, जब पेले ने मैराकाना स्टेडियम में पेनल्टी किक से स्कोर किया।" 

पेले का कहना है कि उनका सबसे सुंदर गोल 2 अगस्त 1959 को रुआ जावारी स्टेडियम में साओ पालो के प्रतिद्वंदी जुवेंटस के खिलाफ एक कैम्पियोनाटो पालिस्टा मैच में हुआ था। चूंकि उस मैच का कोई विडियो रिकार्ड उपलब्ध नहीं है, पेले ने उस गोल का एक कम्प्यूटर अनुप्राणन बनाने को कहा. मार्च 1961 में पेले ने "गोल डी प्लाका" (फलक बनाने योग्य गोल) बनाया, जो उन्होंने मैराकाना में फ्लुमिनेंस के विरूद्ध किया, जिसे इतना दर्शनीय माना गया कि मैराकाना के इतिहास में "सबसे सुंदर गोल को समर्पित करते हुए एक फलक का निर्माण शुरू करवाया गया" .

पेले के उत्तेजक खेल और दर्शनीय गोल बनाने की ओर झुकाव ने उन्हें सारे विश्व में एक सितारा बना दिया. उनकी लोकप्रियता का पूरा लाभ उठाने के लिये उनकी टीम सांटोस ने कई अंतर्राष्ट्रीय दौरे किये. 1967 में नाइजीरियन गृहयुद्ध में लगे दो गुट 48 घंटों के लिये युद्धविराम करने के लिये सहमत हो गए ताकि वे पेले को लागोस में एक प्रदर्शन मैच में खेलते देख सकें.

सांटोस
दक्षिण अमरीकी चैम्पियनशिप
1962 विश्व कप
फुटबॉल के बाद