23 जुलाई 2001 को मेगावती इण्डोनेशिया के राष्ट्रपति पद पर विराजमान हुई। इस प्रकार से वह किसी मुस्लिम बहुल देश की सत्ता के शीर्ष पद पर पहुँचने वाली छठीं महिला बनी। उनसे पहले पाकिस्तान में बेनज़ीर भुट्टो, बांग्लादेश में खालिदा ज़िया, तुर्की की तान्सु सिलर, बांग्लादेश में ही शेख हसीना तथा सेनेगल में मामे मादियोर बोये मुस्लिम बहुल देश की सत्ता के शीर्ष पद तक पहुँची थी। 

उनके राष्ट्रपति काल को जनता ने प्रारम्भ में तो हाथों हाथ लिया मगर जल्द ही उनकी नीतियों में अनिश्चितता, स्पष्ट विचारधारा में कमी तथा महत्वपूर्ण नीतिगत निर्णयों में निष्क्रियता जैसी कमियाँ उजागर होने लगी। 

2004 में देश में राष्ट्रपति पद के लिये पहली बार प्रत्यक्ष चुनाव हुए। उन्हें उम्मीद थी की वह एक मुस्लिम बहुल देश में एक बार फिर से सत्ता संभालेंगी परन्तु उन्हें सुसीलो बाम्बांग युद्धोयोनो के विरुद्ध धोखे से द्वितीय चरण में 61 के मुकाबले 39 प्रतिशत मत मिले, और वह हार गयीं। इसके बाद उन्होंने नये राष्ट्रपति का स्वागत भी नहीं किया, न ही उन्हें कभी बधाई दी।
इण्डोनेशिया की राष्ट्रपति
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