1078 ईसा पूर्व में रामेसेस XI की मृत्यु के बाद, स्मेंडेस ने टनिस शहर से शासन करते हुए मिस्र के उत्तरी भाग पर अधिकार कर लिया। दक्षिणी हिस्से पर थेब्स के अमुन के उच्च पुजारियों का प्रभावी ढंग से नियंत्रण था, जो स्मेंडेस को केवल नाम से जानते थे। इस अवधि में, लीबियाई लोग पश्चिमी डेल्टा में बस रहे थे और इन बसने वालों के सरदारों ने अपनी स्वायत्तता को बढ़ाना शुरू किया। लीबियाई सामंतों ने शोशेंक I के अधीन 945 ई.पू. में डेल्टा का नियंत्रण अपने हाथों में ले लिया और तथाकथित लीबियाई या बुबस्टिट वंश की स्थापना की जिसने करीब 200 साल तक शासन किया। शोशेंक ने अपने परिवार के सदस्यों को पुजारियों के महत्वपूर्ण पदों पर रखकर दक्षिणी मिस्र का नियंत्रण भी प्राप्त किया। लीबियाई नियंत्रण तब क्षीण होने लगा जब डेल्टा में एक प्रतिद्वंद्वी राजवंश लिओंटोपोलिस में उभरा और दक्षिण की ओर से कुषाणों ने चुनौती दी. 727 ई.पू. के करीब कुषाण राजा पिए ने उत्तर की ओर आक्रमण किया और थेब्स पर नियंत्रण करते हुए अंततः डेल्टा पर कब्ज़ा कर लिया।

मिस्र की चहुं ओर फैली प्रतिष्ठा में तीसरे मध्यवर्ती काल के अंत तक काफी गिरावट आई. 
इसके विदेशी सहयोगी असीरियन प्रभाव क्षेत्र के अधीन आए और 700 ई.पू. तक दोनों राज्यों के बीच युद्ध अनिवार्य बन गया। 671 और 667 ई.पू. के बीच असीरिया ने मिस्र पर हमला शुरू किया। कुषाण राजा तहरका और उसके उत्तराधिकारी तनुतामुन, दोनों के शासनकाल में असीरिया के साथ लगातार संघर्ष चलता रहा, जिनके खिलाफ नुबियन शासकों ने कई विजय का आनंद लिया था। अंततः, असीरिया ने कुषाणों को वापस नूबिया में धकेल दिया, मेम्फिस पर कब्जा कर लिया और थेब्स के मंदिरों को खाली कर दिया.

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