सितंबर 2005 में, पार्टी के "नैतिक नेता" के बाद, 2006 के आम चुनाव के लिए लोपेज़ ओब्रादोर को पीआरडी के राष्ट्रपति पद के उम्मीदवार के रूप में नामांकित किया गया। लोपेज़ ओब्रादोर की पार्टी के अन्दर 90% समर्थन देखते हुए पूर्व उम्मीदवार क्यूउथेमोक कार्डेनास ने चुनावों में भाग लेने से इनकार कर दिया।

6 जुलाई 2006 को, फेलिप काल्डरन को राष्ट्रपति चुनाव के विजेता के रूप में 243,934 मतों के संकीर्ण मार्जिन के रूप में मान्यता मिली थी, हालांकि लोपेज़ ओब्रादोर ने दावा किया था कि वोट में व्यापक अनियमितताएं थीं और मांग की थी कि प्रत्येक वोट को दोबारा गिना जाए।

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