सन् 2004 में 71 प्रतिशत मतों के साथ पुतिन दोबारा राष्ट्रपति पद के लिए निर्वाचित हुए। सितम्बर 2004 में आतंकवादियों ने बेसलान में स्थित एक स्कूल में 1,100 से अधिक लोगों को बंधक बना लिया। इस घटना में सैकड़ों लोगों की मृत्यु हुई। घटना के बाद पुतिन ने कई व्यापक प्रशाशनिक कदम उठाये। 

रूस में मीडिया की स्वतंत्रता के खिलाफ व्यापक पैमाने पर कार्यवाही करने के लिए पश्चिम जगत एवं रूसी उदारवादियों ने पुतिन की आलोचना की। 7 अक्टूबर 2006 को एना पॉलिटकोव्स्काया, एक पत्रकार जिन्होंने चेचन्या में रूसी सेना के अनुचित आचरण व भ्रष्टाचार को उजागर किया था, की उनकी ही इमारत की लॉबी में गोली मारकर हत्या कर दी गयी। पॉलिटकोव्स्काया की मौत पर पश्चिमी मीडिया ने तीख़ी प्रतिक्रिया दी और पुतिन पर देश के नए स्वतंत्र मीडिया की रक्षा करने में नाकाम रह पाने के आरोप लगाये।

12 सितंबर 2007 को पुतिन ने प्रधानमंत्री मिखाइल फ्राडकोव के अनुरोध पर सरकार भंग कर दी। विक्टर जुबकोव को नया प्रधानमंत्री नियुक्त किया गया।

राष्ट्रपति के रूप में दूसरा कार्यकाल (2004–2008)
राष्ट्रपति के रूप में चौथा कार्यकाल (2018–वर्तमान)
कार्यवाहक राष्ट्रपति (1999-2000)
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