यूरोपीय लोगों के आने से पहले यहाँ प्राथमिक लोग या रेड इंडियन्स रहते थे। यूकॉन में पुरातात्विक खुदाई की जगहों से उत्तरी अमेरिका के मानवों की प्राचीनतम बस्तियों के सबूत मिलते हैं। इन जगहों पर रेड इंडियन्स, प्राथमिक लोगों के मौजूदगी के सबसे पुराने सबूत मौजूद हैं।

सन ८०० में अलास्का के चर्चिल पर्वत पर हुए ज्वालामुखी विस्फ़ोट ने दक्षिणी यूकॉन को जवालामुखी की राख से ढक दिया था जिसे आज भी क्लोंन्डिक राजमार्ग के किनारे देखा जा सकता है।

तटीय और अंदरूनी क्षेत्रों में रहने वाले प्राथमिक लोगों के पास एक बहुत बड़ा व्यापारिक तंत्र था। यहाँ यूरोपीय लोगों का आना १९वीं सदी की शुरुवात में ही फर का व्यापार से शुरु हुआ जिसके बाद यहाँ ईसाई मिशनरीयाँ आना शुरु हो गईं। 1870 और 1880 तक सोना खोदने वाले आना शुरु हो चुके थे जिसके बाद यहाँ की जनसंख्या बढने लगी और शहर का विस्तार शुरु हो गया। १८९७ में यहाँ मशहूर क्लोंडिक स्वर्ण अभियान शुरु हो गया। भारी संख्या में सोने की खोज में लोगो के आने से यह प्रान्त नॉर्थवेस्ट टेरीटरीज़ से अलग हो गया। 

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