मोहन आगाशे ने बीजे मेडिकल कॉलेज और पुणे में ससून अस्पताल में मनोचिकित्सा के अध्यापक के रूप में कार्य किया। अपने मेडिकल कैरियर के अलावा, उन्होंने नैदानिक मनोविज्ञान और मनोविज्ञान के क्षेत्र में भी काम किया। आगाशे ने पुणे के सरकारी अस्पताल में काम करने का विकल्प चुनकर अपना प्रारंभिक करियर शुरू किया था। उन्हें सशस्त्र बल मेडिकल कॉलेज, पुणे में आयोजित भारतीय मनोवैज्ञानिक सोसाइटी के वार्षिक राष्ट्रीय सम्मेलन के लिए आयोजन समिति की बैठकों की अध्यक्षता करने का सम्मान मिला।

आगाशे, महाराष्ट्र मानसिक स्वास्थ्य संस्थान के संस्थापक निदेशक है। उनके पढ़ाये छात्र भारत, ब्रिटेन और संयुक्त राज्य अमेरिका में मनोचिकित्सक के रुप में प्रसिद्ध है।

1991 में पुणे इंस्टीट्यूट ऑफ मानसिक स्वास्थ्य की स्थापना में भी आगशे ने महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी। पुणे, भारत में स्थित मानसिक स्वास्थ्य विज्ञान में एक राज्य स्तरीय प्रशिक्षण और अनुसंधान संस्थान है।

1993 के लातूर भूकंप के बाद भारतीय आयुर्विज्ञान अनुसंधान परिषद ने एक शोध परियोजना शुरू की थी, और आगाशे को घटना के मानसिक स्वास्थ्य प्रभाव को समझने के लिए प्रमुख जांचकर्ता नियुक्त किया गया था।

1998 में, मानसिक स्वास्थ्य शिक्षा और सेवा में सुधार करने के लिए आगाशे की परियोजना ने महाराष्ट्र सरकार द्वारा मानसिक शिक्षा पर एक नई नीति के गठन की शुरुआत की। उन्होंने मानसिक स्वास्थ्य शिक्षा और सेवा पर महाराष्ट्र सरकार के सलाहकार के रूप में भी कार्य किया है।

आगाशे वर्तमान में थकान और कमजोरियों के सांस्कृतिक विकारों पर एक भारत-यूएस संयुक्त परियोजना के लिए मुख्य जाँचकर्ता हैं।

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