2002 विश्व कप में फ्रांस के पहले दो मैचस में खेलने जिदेन को एक जांघ चोट ने रोका था। पूरी तरह से लायक नहीं रहने के बावजूद, वह समय से पूर्व तेजी से तीसरे बाज़ी के लिए आगे बड़ा, लेकिन ग्रुप स्टेज में एक केवल एक गोल स्कोर किये बिना फ्रांस को तिरस्कार्पोर्वक निकाले जाते हुए रोक नहीं सका. 

12, जून 2004, पर अंतिम विजेता ग्रीस द्वारा यूरो 2004 क्वार्टर फायनलस में से फ्रांस का निकाले जाने के बाद, जिदेन अंतर राष्ट्रीय फूटबोल से निवृत्त होगया। प्रमुख खिलाड़ी जैसे बिक्सेंट लिज़रेजू, मार्सेल देसैल्ली और अन्य, द्वारा अधिकांश निवृत्ति के साथ 2006 विश्व कप के लिए अर्हता प्राप्त करने, फ्रांस ने संघर्ष किया। कोच रेमंड दोमेनेख से उकसाने पर, हालांकि, जिदेन निवृत्ति से बाहर आया और टीम कप्तान जैसे तुरंत पुनर्नियुक्त हुआ। 3 सितंबर 2005, पर फारोए आइलेंड्स पर 3 -0 जीत में, उसने उसका प्रतिस्पर्धात्मक वापसी की, जैसे फ्रांस उसके अर्हता प्राप्त ग्रुप को जीतने आगे बड़ा.

27 मई 2006, पर कभी इस माइल्स्टोन को पहुँचने मार्सेल देसैल्ली, डिडिएर देस्चेम्प्स और लिलियन थुरेम के बाद फ्रांस का चौथा खिलाड़ी बनते हुए, जिदेन ने फ्रांस के लिए मेक्सिको पर 1 -0 एक अनुकूल जीत में, उसका सौवी उपाधि अर्जित किया। दुसरे अर्धांश के आरम्भ में उसका स्थानापन्न हुआ।

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