मन्नारगुडी पर स्थित है। इसकी औसत ऊंचाई 6 मीटर (20 फीट) है। मन्नारगुडी, पामीरियार नदी के तट पर स्थित है, जो वेटार की एक सहायक नदी है और चावल की खेती के लिए उपजाऊ मिट्टी से ढकी है। स्थलाकृति पूरी तरह से सपाट है और शहर उपजाऊ कावेरी डेल्टा का एक हिस्सा है। मन्नारगुडी राज्य की राजधानी चेन्नई से 300 किमी (190 मील) की दूरी पर और जिला मुख्यालय तिरुवरूर से 28 किमी (17 मील) की दूरी पर स्थित है। निकटतम हवाई अड्डा तिरुचिरापल्ली में है, जो शहर से 90 किमी (56 मील) दूर है। निकटतम बंदरगाह नागप्पट्टिनम में है, जो मन्नारगुडी से 52 किमी (32 मील) दूर स्थित है। 

राज्य के बाकी हिस्सों की तरह, मन्नारगुडी में नवंबर से फरवरी तक की अवधि गर्म दिन और ठंडी रातों से भरी होती है। गर्मियों की शुरुआत मार्च से जून के अंत तक होती है। मई और जून में औसत तापमान से जनवरी से तक होता है। गर्मी की बारिश विरल और पहला मानसून, दक्षिण-पश्चिम मानसून, आमतौर पर जून में सेट होता है और सितंबर तक जारी रहता है। उत्तर-पूर्व मानसून आमतौर पर अक्टूबर में सेट होता है और जनवरी तक जारी रहता है। उत्तर-पूर्वी मानसून के दौरान बारिश अपेक्षाकृत अधिक होती है और भारी बारिश और पश्चिमी घाटों के कारण कावेरी नदी को खिलाने के लिए जिले में फायदेमंद है। औसत वर्षा 37 इंच (940 मिमी) है, जिसमें से अधिकांश उत्तर-पूर्व मानसून द्वारा योगदान की जाती है। कस्बे में लगाए जाने वाले सबसे आम पेड़ हैं जैक फल, नारियल, इमली और पामिरा। 

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