उस पूरी अग्निपरीक्षा को पीछे छोड़ते हुए, ड्रीम थियेटर ने अपने छठे स्टूडियो एलबम को रिकॉर्ड करने के लिए एक बार फिर बिअरट्रैक्स स्टूडियो में प्रवेश किया। उनके द्वारा पहली बार ईस्टवेस्ट से एक डबल एल्बम जारी करने की अनुमति की मांग करने के चार साल बाद, उन्हें अंततः यह मौका "सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस" के साथ मिला। पहले डिस्क में, 7-13 मिनट तक के लम्बे ट्रैक शामिल थे और दूसरी डिस्क पूरी तरह से 42 मिनट के शीर्षक ट्रैक के लिए समर्पित थी, जो आज की तारीख तक ड्रीम थियेटर द्वारा लिखा गया सबसे लंबा गीत है। उस गीत की उत्पत्ति तब हुई जब रुडेस द्वारा लिखी गई सामग्री सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस का "ओवरचर" खंड बनी और बैंड ने उसमें निहित कुछ अलग धुनों और विचारों को लिया और उसे एक पूर्ण कहानी के अध्यायों में विस्तारित किया।

"सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस" को प्रेस और आलोचकों द्वारा बहुत अच्छी स्वीकार्यता मिली। "अवेक" के बाद से ड्रीम थियेटर का यह सबसे ज्यादा प्रचारित एल्बम था और इसने बिलबोर्ड चार्ट पर #46 और बिलबोर्ड इंटरनेट चार्ट पर #1 पर शुभारम्भ किया। अगले डेढ़ वर्ष के दौरान उन्होंने कुछ चुनिन्दा "एल्बम कवर" शो सहित एक विस्तारित सजीव कार्यक्रम के साथ एक बार फिर विश्व का दौरा शुरू किया, (नीचे कवर गीत अनुभाग देखें), जिसमें उन्होंने मेटालिका के "मास्टर ऑफ़ पपेट्स" और आयरन मेडेन के "द नंबर ऑफ़ द बीस्ट" को उनकी सम्पूर्णता में प्रस्तुत किया।

बूटलेग संस्कृति
"सिक्स डिग्रीज़ ऑफ़ इनर टरब्युलेंस" (2002)
"ऑक्टावेरिअम" और "स्कोर" (2005-2006)
"व्हेन ड्रीम एंड डे यूनाईट" (1988-1990)