फिल्म निर्माताओं ने "बैटमैन" का पूरी तरह से फिल्मांकन बरबंक, केलिफोर्निया में वार्नर ब्रदर्स बैकलोट पर करने का विचार किया लेकिन फिल्म में मीडिया की दिलचस्पी के कारण उन्हें स्थान बदलना पड़ा. अक्टूबर 1988 से जनवरी 1989 तक इसकी शूटिंग इंग्लैंड के पाइनवुड स्टुडियो में हुआ। 18 ध्वनि मंचों का उपयोग किया गया और पाइनवुड समग्र रूप से लगभग 95-एकड़ में है। लोकेशनों में नेबवर्थ हाउस और हैटफील्ड हाउस वेन मेनर के दोहरीकरण के लिए और एक्टन लेन पावर स्टेशन और लिटिल बारफोर्ड पावर स्टेशन शामिल है। मूल उत्पादन बजट $30 मिलियन से लेकर $48 मिलियन डॉलर रहा. फिल्मांकन बेहद गोपनीय था। जोकर के रूप में निकोल्सन के प्रथम चित्रों के लिए यूनिट प्रचारक को 10,000 पाउंड की पेशकश की गई जिसे उसने इनकार कर दिया. बाद में पुलिस को बुलाया गया जब फुटेज के दो रील (लगभग 20 मिनट की फिल्म) चोरी हो गए थे। शूटिंग के दौरान विभिन्न समस्याओं के कारण बर्टन ने इसे "यातना कहा. मेरे जीवन की सबसे बुरे दिन"!

1988 राइटर्स गिल्ड ऑफ अमेरिका के दौरान हैम को पुनर्लेखनों के प्रदर्शन के लिए अनुमति दी नहीं दी गई थी। फिल्मांकन के दौरान जोनाथन जेम्स, वॉरेन स्कारेन और चार्ल्स मैककिओन ने फिल्म फिर से पटकथा लिखा. हैम ने पुनर्लेखनों की आलोचना की, लेकिन वार्नर ब्रदर्स पर परिवर्तन को दोषी ठहराया. बर्टन ने बताया, "मुझे समझ नहीं आता कि क्यों वह इस तरह का एक समस्या बन गया। हमने एक पटकथा से शुरू किया था जिसे सभी ने पसंद किया था, हालांकि हमने इसे मान्यता दी थी कि इसमें थोड़ा बहुत परिवर्तन करने की आवश्यकता है।" डिक ग्रेसन शूटिंग स्क्रिप्ट में दिखाई दिए लेकिन उसे हटा दिया गया था, क्योंकि फिल्म निर्माता को महसूस हुआ कि वह कथानक के लिए अप्रासंगिक था। बॉब केन ने इस निर्णय का समर्थन किया था।

चरमोत्कर्ष में मूलतः, जोकर को मारने के लिए विकी वेल बैटमैन को एक तामसिक रोष में भेजती है। बर्टन के बिना कहे जॉन पीटर्स ने चरमोत्कर्ष में परिवर्तन करते हैं और कमीशन प्रोडक्शन डिजाइनर एंटोन फुर्स्ट के लिए एक कैथेड्रल का एक मॉडल बनाते हैं। $100,000 की लागत थी जब फिल्म का बजट पहले ही अधिक हो गया था। बर्टन को विचार नापसंद था, दृश्य कैसे खत्म होगा उनके पास कोई सुराग नहीं था: "जैक निकल्सन और किम बेसिंगर इस कैथेड्रल में घूम रहे थे और जैक को आधे रास्ते में मुड़ते हैं और कहते हैं, 'क्यों मैं इन सब सीढ़ियों पर चढ़ रहा हूं? मैं कहाँ जा रहा हूं?' 'हम इस बारे में बात करेंगे जब आप शीर्ष पर पहुंच जाओगे!' मुझे बताना ही था कि मुझे मालूम नहीं है।"

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