गुर्दे से संबंधित बीमारियो का उपचार नेफ्रोलॉजी विभाग द्वारा किया जाता है। संस्थान में गुर्दा प्रत्यारोपण से पूर्व एवं पश्चात् रोगियो की समुचित देखभाल की भी व्यवस्था है। इस विभाग में उ॰प्र॰ के अलावा मध्यप्रदेश, आसाम, बिहार से गुर्दा रोग के मरीज आते हैं। यहाँ उत्तरपूर्व एशिया का सबसे बड़ा डायलिसिस केन्द्र है। सघन निदान व इन्टेन्सिव केयर नेफ्रोलॉजी की वेंटीलेटर एवं जीवन रक्षक उपकरणों और सी.आर.आर.टी. से गुर्दा राेगियों की परिचर्या और इन्टरवेन्शनल नेफ्रोलॉजी की सुविधा नेफ्रोलॉंजी विभाग में राष्ट्रीय स्तर पर पहली बार उपलब्ध हुई है। यह विभाग गुर्दा प्रत्यारोपण में भारत में शीर्ष स्थान पर है एवं अब तक लगभग 2500 गुर्दा प्रत्यारोपित किये जा चुके हैं।

वृक्क्रोग (नेफ्रोलॉजी) विभाग
बायोस्टेटिक्स एवं हास्पिटल इनफोरमेटिक्स विभाग
माईक्रोबायोलॉजी विभाग
रेडियोलॉजी विभाग