कोलंबिया की भूगोलिक की विशेषता, इसके छह मुख्य प्राकृतिक क्षेत्रों में देखी जा सकती है, जिसमें इक्वेडोर और वेनेजुएला के साथ साझा एंडीज पर्वत श्रृंखला; पनामा और इक्वाडोर के साथ साझा प्रशांत तटीय क्षेत्र; वेनेजुएला और पनामा के साथ साझा कैरेबियाई तटीय क्षेत्र; वेनेज़ुएला के साथ साझा लानोस (मैदानी) क्षेत्र; वेनेजुएला, ब्राजील, पेरू और इक्वाडोर के साथ साझा अमेज़ॅन वर्षावन क्षेत्र, इसकी अनूठी विशेषताओं को प्रस्तुत करते हैं।

कोलंबिया उत्तर-पश्चिम में पनामा से घिरा हुआ है; वेनेजुएला और ब्राजील द्वारा पूर्व में; इक्वाडोर और पेरू द्वारा दक्षिण में; इसने अपने पड़ोसी देशों के साथ समुद्री सीमाओं के लिये सात समझौते के साथ कैरेबियन सागर पर और तीन समझौतों के साथ प्रशांत महासागर पर अपनी समुद्री सीमाऐं स्थापित की हैं। यह अक्षांश 12°एन और 4°एस, और देशांतर 67° और 79°डब्ल्यू के बीच स्थित है।

अग्नि वृत्त क्षेत्र में स्थित, यह एक भूकंप और ज्वालामुखीय विस्फोट क्षेत्रों के अधीन है, कोलंबिया के आंतरिक में एंडीज प्रचलित भौगोलिक विशेषता है। कोलंबिया के ज्यादातर जनसंख्या केंद्र इन आंतरिक पहाड़ी इलाकों में स्थित हैं। कोलम्बियाई मासेफ (कौका और नारिनो के दक्षिण-पश्चिमी विभागों) से परे इन्हें तीन शाखाओं में विभाजित किया जाता है जिन्हें कॉर्डिलेर (पर्वत श्रृंखला) कहा जाता है: कॉर्डिलेरा ओसीडेंटल, प्रशांत तट के समानांतर कैली शहर समेत फैला हुआ है; कॉर्डिलेरा सेंट्रल, कौका और मग्देलेना नदी घाटियों (क्रमशः पश्चिम और पूर्व में) के बीच फैला हुआ है और मेडेलिन, मैनिजालेस, परेरा और आर्मेनिया शहरों सहित; और कॉर्डिलेरा ओरिएंटल, उत्तर पूर्व में गुजिरा प्रायद्वीप तक और बोगोटा, बुकारामंगा और कुकाटा समेत फैला हुआ है।

कोलंबिया की मुख्य नदियाँ मग्देलेना, कौका, गुवाइरे, एत्रातो, मेता, पुतुमायो और जापरा हैं। कोलंबिया में चार मुख्य जल निकासी व्यवस्थाएं हैं: प्रशांत नाली, कैरीबियाई नाली, ओरिनोको बेसिन और अमेज़ॅन बेसिन। ओरिनोको और अमेज़न नदियाँ क्रमशः वेनेज़ुएला और पेरू के साथ कोलंबिया की सीमाएं बनाती हैं।

संरक्षित क्षेत्रों और "राष्ट्रीय उद्यान प्रणाली" में लगभग 14,268,224 हेक्टेयर (142,682.24 किमी) क्षेत्र शामिल है और यह कुल कोलंबियाई क्षेत्र का 12.77% हिस्सा है। पड़ोसी देशों की तुलना में, कोलंबिया में वनों की कटाई की दर अभी भी अपेक्षाकृत कम है। कोलम्बिया कुल अक्षय ताजे पानी की आपूर्ति में दुनिया का छठा देश है, और अभी भी यहाँ ताजे पानी के बड़े भंडार हैं।

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