फुफ्फुसीय टीबी के उपचार के कुरान मानक उपचार से विचलन के समर्थन में कुछ प्रमाण हैं। जिन रोगियों में उपचार की शुरुआत में थूक का कल्चल सकारात्मक आता है और स्मियर नकारात्मक, वे उपचार के चार माह तक अच्छी प्रतिक्रिया करते हैं (यह एचआईवी-सकारात्मक रोगियों के लिए सत्य नहीं है); और जिन रोगियों का थूक का कल्चर नकारात्मक आता है वे केवल उपचार के तीन माह के भीतर अच्छी प्रतिक्रिया करते हैं (संभवतया ऐसा इसलिए होता है क्योंकि इनमें से कुछ रोगियों को पहले कभी टीबी नहीं हुआ होता).

केवल तीन या चार महीने के लिए रोगी का उपचार करना बुद्धिमानी नहीं है, लेकिन सभी चिकित्सकों के पास ऐसे रोगी होते हैं जो जल्दी ही अपना उपचार रोक देते हैं (किसी भी कारण से), उन्हें आश्वस्त किया जा सकता है कि कभी कभी फिर से उपचार की आवश्यकता नहीं होती है। बुजुर्ग मरीज जो पहले से बड़ी संख्या में गोलिया खा रहें हैं, उन्हें पीजेडए की जगह 9HR दी जा सकती है, जो बड़े आकार की होती है।

हमेशा शुरुआत से चार दवाओं के साथ उपचार करना जरुरी नहीं होता है। 
एक ऐसे रोगी का निकट संपर्क इसका उदाहरण हो सकता है जिसमें तपेदिक का पूरी तरह से संवेदनशील विभेद हो: इस मामले में, 2HRZ/4HR का उपयोग स्वीकार्य है (इएमबी और एसटीएम को हटा दिया जाता है), इसमें यह उम्मीद की जाती है कि इनके विभेद आईएनएच सुग्राही हैं।

वास्तव में, पहले 1990 के दशक के प्रारंभ तक कई देशों में इसी मानक उपचार की सलाह दी जाती थी, जब आइसोनियाज़िड के लिए प्रतिरोध की दर बढ़ गयी थी।

जब टीबी मस्तिष्क और मेरुरज्जु (मैनिंजाइटिस, इन्सेफेलाइटिस) पर भी असर हो जाता है, उसका उपचार वर्तमान में 2HREZ/10HR से किया जाता है (कुल 13 माह का उपचार), लेकिन इस बात के प्रमाण हैं कि यह 2HREZ/4HR से बेहतर है, कोई भी इतना बहादुर नहीं होता जो ऐसे समकक्ष छोटे कोर्स के लिए चिकित्सकीय परिक्षण करवा सके।

मानक खुराक के लिए तर्क और प्रमाण
नियंत्रण, डॉट्स (DOTS) और डॉट्स-प्लस (DOTS-Plus)
वृक्क या गुर्दों के रोग
मानक दवा से विचलन