वह बैक्टीरिया, जो मूत्र पथ संक्रमण के लिये आम तौर पर जिम्मेदार है, मूत्रनलिका के माध्यम से मूत्राशय में प्रवेश करता है। हलांकि, संक्रमण रक्त या लसीका द्वारा भी हो सकता है। ऐसा विश्वास किया जाता है कि बैक्टीरिया आम तौर पर आंत्र द्वारा मूत्रमार्ग में प्रवेश करता है और अपनी शारीरिक बनावट के कारण महिलाओं में इसके होने का अधिक जोखिम होता है। मूत्राशय में प्रवेश हासिल करने का बाद, "ई. कॉली" खुद को मूत्राशय की दीवार से चिपका देते हैं और एक बायोफिल्म का निर्माण करते हैं जो लड़के की रोग प्रतिरोधक प्रतिक्रिया में प्रतिरोध पैदा करती है।

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