जैसलमेर में विभिन्न संप्रदायों के प्रति बहुत आस्था रही है, इनमें राम स्नेही, नाथपंथ तथा वल्लभ संप्रदाय प्रमुख हैं। महारावल अमरसिंह के समय रामानंदी पंथ के महंत हरिवंशगिरि ने अमरसिंह को अपने चमत्कारों प्रसन्न किया व रावल देवराज के समय से राज्स में किसी अन्य पंथ के प्रवेश पर लगी रोक को हटवाया तथा स्थान-स्थान पर रामद्वारों की स्थापना कराई। महारावल अमरसिंह द्वारा भूतेश्वर तथा अमरेश्वर नामक दो शिव मंदिर बनवाये थे। साथ ही फलसूंढ़ नाम स्थान से गणेश प्रतिमा मंगवा कर गणेश मंदिर, दुर्ग में स्थापित कराया गया। महारावल अमरसिंह के उपरांत उनके पुत्र महारावल जसवंत सिंह द्वारा दुर्ग स्थित टीकमराय के मंदिर का जीर्णोंधार कराया गया तथा एक देवी के मंदिर के निमार्ण का उल्लेख प्राप्त होता है। महारावल अखैसिंह (१७७२-१७६२ ई.) के समय उनके द्वारा दो मंदिर तथा वैशाखी नामक स्थल पर राजगुरु हरिवंश गिरि के स्मारक बनाने का उल्लेख प्राप्त होता है। अखैसिंह द्वारा प्रतिष्ठित मंदिर में रणछों जी (कृष्ण का रुप) का मंदिर प्रमुख है।

महारावल मूलराज (१७६१से १८१९ ई.) के समय में जो धार्मिक लहर प्रवाहित हुई, वह अपने आप में अनोखा उदाहरण है। मूलराज के समय जैसलमेर नगर में वल्लभ संप्रदाय के स्वामी ने यहाँ छः मास तक प्रवास किया। उनके उपदेशों से मूलराज इतने प्रभावित हुए कि उन्होने सपरिवार वल्लभ संप्रदाय ग्रहण कर लिया। तदुपरांत प्रजा के अधिकांश जनों ने भी इस संप्रदाय में दीक्षा ग्रहण कर ली, इसमें हमेश्वरी तथा भाटिया समाज प्रमुख था। यह संप्रदाय आज भी इस धर्म का पालन करता है। मूलराज द्वारा इसी तारतम्य में वल्लभ कुल के स्वरुपों के अर्थात गिरधारी जी का मंदिर, बांकेबिहारी जी का मंदिर, मदनमोहन जी का मंदिर, गोवर्धन नाथ जी का मंदिर मथुरानाथ जी का मंदिरों का निर्माण कराया। महारावल मूलराज द्वारा पुष्टिमार्गीय वल्लभ संप्रदाय स्वीकार करने के बावजूद अन्य संप्रदायों का समान आदर किया गया, अतः उन्होंने अपनी माता सोढ़ी जी की आज्ञा से सीताराम का मंदिर बनवाया। इसी क्रम में १७७० ई. में घंसीसर नामक तङाग के किनारे देव चंद्रशेखर महादेव मंदिर बनवाया। सन् १७९७ में गोरखनाथ का मंदिर तथा अम्बिका देवी के मंदिरों के निर्माण कार्य भी महारावल के धार्मिक सहिष्णुता के सजीव उदाहरण है।

मुख्य संप्रदाय
जैन धर्म
इस्लाम धर्म
देवी मंदिर