स्वतंत्रता के बाद, मेनन सरदार पटेल के अधिन,राज्य मंत्रालय के सचिव बनाए गए।पटेल के साथ मेनन का काफी गहरा संब्ंध था। पटेल मेनन की राजनीतिक कुशलता और कार्य-प्राप्ति पर प्रभावित थे, जिसके कारण मेनन को वहीं प्रतिष्ठा मिली जिसकी एक प्रशासक अपने से वरिष्ट व्यक्ति से उम्मीद करता है।

मेनन पटेल से करीब रहकर, ५६५ राज्यों का भारत से जोडने के काम में उनका हाथ ब्ँटाया। परमसत्ता का स्थानांतरन जब विसरोई द्वारा होने को था, तब मेनन ने पटेल को निर्देश दिया कि राजाओं को अगर प्रतिरक्षा और विदेशकार्य के साथ अगर संप्रेषन का भी भागडोर अगर भारत सरकार को मिल जाएँ, तो एकीकरन का काम आसान हो सकता है। इसमें मौंटबैटन की सहायता लेने की भी उसने सलाह दी।पटेल के नीचे सचिव होते, राज्यों के एकीकरन के वक्त देनेवालली पटेल का बयान, मेनन ने ही तैयार किया था। अमरीका के राष्ट्रपति श्री एब्रहाम लिंकन से प्रभावित ये बयान अत्यंत रोचक है। वे अपने कूट्नीतिक कौशल का उपयोग करके, अनिच्छुक राजाओं को मनाकर राज्य मंत्राल्य के साथ अनेकों योजनाओं पर हस्ताक्षर करने में सक्षम रहें। विसरोई के नीचे काम करते वक्त भी मेनन, राज्यों को स्वत्ंत्र स्तर देने के खिलाफ था।एसी योजना पर उन्होंने इस्तीफा देने की धमकी दी थी। विसरोई की पत्नी द्वारा मनाने पर ही मेनन अपनी पदवी छोडे नहीं। मेनन के कौशल पर विश्वास होने के कारण,कभी-कभी अपने निर्देशों को पार करके काम करने पर भी पटेल मेनन के योजनओं को ठुकराते नहीं थे।

मेनन ने जूनागढ और हैदराबाद जैसे राज्यों का भारत से मेल वाले जोखिम् भरा काम में महत्त्वपूर्ण भूमिका निभाई एवं नेह्रू और पटेल को कशमीर समस्या के उपरांत पाकिस्तान के साथ स्ंपर्क रख्नने की सलाह दी।मंत्रिमंडल ने कशमीर के मामले की सुझाव के लिए १९४७ में मेनन को ही चुना था। विस्रोई मौंट्बैटन मेनन को "नाइट की पदवी" से पुरस्कृत करना चाहते थे,पर्ंतु नए सरकार के सेवक होते हुए, इस उपाधि का स्वीकार करना, मेनन को सही नहीं लगा।

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