1968 में बैंड, अपना दूसरा स्टूडियो एल्बम रिकॉर्ड करने, स्मिथ के साथ ऐबी रोड स्टूडियो लौटा. उन्होंने पहले ही कई गीत बैरेट के साथ रिकॉर्ड किये थे जिसमें शामिल था "जगबैंड ब्लूज़" (उनकी डिस्कोग्राफी में उनका अंतिम योगदान). वाटर्स ने तीन गीत लिखे, "लेट देअर बी मोर लाईट", "कॉर्पोरल क्लेग" (जो वाटर्स के युद्ध और फ़ौज के प्रति जूनून का हवाला देता है) और "सेट द कंट्रोल्स फॉर द हार्ट ऑफ़ द सन". राइट ने "सी-सॉ" और "रिमेम्बर अ डे" का योगदान किया। बैंड ने "द पाइपर एट द गेट्स ऑफ़ डॉन" पर दिखे प्रयोग को जारी रखा, जहां उन्होंने अपने घरों में कुछ सामग्री रिकॉर्ड की, एक प्रक्रिया जिसे स्मिथ ने प्रोत्साहित किया। वे उनके संगीत से असंतुष्ट रहे, लेकिन "रिमेम्बर अ डे" पर जब मेसन गीत के साथ संघर्ष कर रहे थे, तो उन्होंने ड्रम बजाया.

न तो वाटर्स और ना मेसन संगीत पढ़ सकते थे और अपनी खुद की अंकन प्रणाली का आविष्कार करते हुए, दोनों ने एल्बम के शीर्षक ट्रैक "अ सॉसरफुल ऑफ़ सीक्रेट्स" निर्मित किया, जिस पर बाद में गिल्मर ने टिप्पणी की "... एक वास्तुकला चित्रण के समान". "अ सॉसरफुल ऑफ़ सीक्रेट्स", जून 1968 में जारी हुआ और इसे मिश्रित समीक्षाएं प्राप्त हुई। "रिकॉर्ड मिरर" ने सकारात्मक लिखा, श्रोताओं से आग्रह किया कि "एक पार्टी के पृष्ठभूमि संगीत के रूप में इसे भूल जाइए", और जॉन पील ने दावा किया कि एल्बम "... एक धार्मिक अनुभव की तरह...", तथापि "NME", शीर्षक ट्रैक के प्रति आलोचनात्मक था और दावा किया कि यह "...लंबा और उबाऊ है और अपने नीरस निर्देशन के समर्थन के लिए इसमें कुछ नहीं है". एल्बम कवर का डिज़ाइन हिपनोसिस के स्टॉर्म थोर्गेरसन और ऑब्रे पावेल द्वारा किया गया था। उसी दिन, बैंड ने प्रथम मुफ्त हाइड पार्क समारोह में प्रस्तुति दी (ब्लैकहिल इंटरप्राईज़ेज़ द्वारा आयोजित), रॉय हार्पर और जिथ्रो टूल के साथ. ब्रायन मोरिसन ने अपना व्यापार NEMS इंटरप्राईज़ेज़ को बेच दिया और स्टीव ओ'रुरके, पिंक फ़्लॉइड के निजी प्रबंधक बन गए। ओ'रुरके को बैंड द्वारा एक "महान सौदा निर्माता" माना जाता था, जिनकी व्यापार क्षमता ने उनके सौंदर्य मामलों में रूचि की कमी को ढक दिया। इस प्रकार बैंड, अपने कलात्मक स्वरूप पर पूरा नियंत्रण रखने में सक्षम थे। बैंड अपने पहले बृहद दौरे के लिए अमेरिका वापस आया, जहां उनके साथ थे सॉफ्ट मशीन और द हू.

साउंडट्रैक
"अ सॉसरफुल ऑफ़ सीक्रेट्स "
"द वॉल"
गिल्मर का आगमन और बैरेट का प्रस्थान (1968)