2002 में प्रकाशित एक अध्ययन से पता चला है कि "पारंपरिक रूप से उत्पन्न खाद्य पदार्थों की तरह जैविक खाद्य पदार्थों में लगातार एक तिहाई अवशेष होते है।" 

संयुक्त राज्य अमेरिका में कीटनाशक अवशेषों की निगरानी कीटनाशक डेटा प्रोग्राम (यूएसडीए (USDA) का एक हिस्सा जो 1990 में निर्मित किया गया था) द्वारा की जाती है। तब से इसने खपत के स्थान के नजदीक से नमूनों को एकत्रित करके 400 से अधिक विभिन्न प्रकार के कीटनाशकों के लिए 60 अलग अलग प्रकार के खाद्य का परीक्षण किया है। 2005 में उनके सबसे नवीनतम परिणामों में पाया गया है कि:
कई अध्ययनों ने इस खोज की पुष्टि यह पता करके की है कि 77 प्रतिशत पारंपरिक खाद्य की तुलना में 25 प्रतिशत जैविक खाद्य में सिंथेटिक कीटनाशक अवशेष होते है।

1993 में राष्ट्रीय अनुसंधान परिषद द्वारा प्रकाशित एक अध्ययन ने यह निर्धारित किया है कि शिशुओं और बच्चों का आहार ही कीटनाशकों के खतरे का प्रमुख स्रोत है। 2006 में किए गए हाल ही के एक अध्ययन के तहत 23 स्कूली बच्चों के आहार की जगह जैविक खाद्य देने से पहले और देने के बाद उनमें ऑर्गनोफॉस्फोरस कीटनाशक के खतरे का स्तर ज्ञात किया गया। इस अध्ययन में पाया गया कि जब बच्चों को जैविक आहार की तरफ स्विच किया गया तो ओर्गनोफोस्फोरस कीटनाशक अनावरण का स्तर नाटकीय रूप से तुरंत गिर गया। कानून द्वारा स्थापित खाद्य अवशेष सीमा बच्चों के साथ विशेष रूप से सेट है और प्रत्येक कीटनाशक के लिए बच्चे के जीवनकालिक अन्तर्ग्रहण पर विचार किया जाता है।

स्वास्थ्य पर पड़ने वाले कुछ कीटनाशकों के प्रभाव पर प्राप्त डेटा विवादस्पद हैं। उदाहरण के लिए, कुछ प्रयोगों में हर्बीसाइड एट्राजीन को टेराटोजन प्रदर्शित किया गया है जो कम सांद्रता अनावृत नर मेंढ़कों में नामर्दानगी का कारण बनता है। एट्राजीन के प्रभाव के तहत, नर मेंढ़कों में या तो विकृत जननग्रन्थि अथवा वृषण जननग्रन्थि, जिसमे अंडे अविकृत होते है, की घटनायें अत्यधिक मात्रा में पाई गयी है। लेकिन प्रभाव उच्च सांद्रता में काफी कम थे क्योंकि ये एस्ट्राडाअल जैसे अंतःस्त्रावी तंत्र को प्रभावित करने वाले अन्य टेराटोजन के साथ अनुकूल है।

जैविक कृषि के मानक सिंथेटिक कीटनाशकों का उपयोग करने की अनुमति नहीं देते है लेकिन वे पौधों से व्युत्पन्न विशिष्ट कीटनाशकों के उपयोग की अनुमति देते है। सबसे आम जैविक कीटनाशकों, "प्रतिबंधित" उपयोग के लिए ज्यादातर जैविक मानकों द्वारा स्वीकृत, में Bt, पैरीथ्रम और रोटेनोन शामिल है। रोटेनोन में जलीय जीव और मछली के लिए उच्च विषाक्तता होती है, अगर चूहों में इसका इंजेक्शन लगाया जाये तो यह पार्किंसंस रोग का कारण बनता है और स्तनधारियों में अन्य विषाक्तता प्रदर्शित करता है।

संयुक्त राज्य अमेरिका पर्यावरण संरक्षण एजेंसी और राज्य की एजेंसियां समय-समय पर संदेहास्पद कीटनाशकों के लाइसेंस की समीक्षा करती है लेकिन डी-लिस्टिंग प्रक्रिया धीमी है। इस धीमी प्रक्रिया का एक उदाहरण कीटनाशक दिक्लोर्वोस या डीडीवीपी (DDVP) का उदाहरण दे कर समझाया गया है जिसकी हाल ही में 2006 वर्ष में ईपीए (EPA) ने निरंतर बिक्री प्रस्तावित की है। इपीए (EPA) ने 1970 के दशक के बाद से विभिन्न अवसरों पर इस कीटनाशक पर लगभग प्रतिबंध लगा दिया है लेकिन इसने काफी सबूत जो यह सुझाव देते है कि डीडीवीपी (DDVP) विशेष रूप से बच्चों में केवल कैंसरकारी ही नहीं बल्कि मानव तंत्रिका तंत्र के लिए खतरनाक भी है, के बावजूद ऐसा कभी नहीं किया है। इपीए (EPA) ने "यह निर्धारित किया है कि जोखिम चिंता के स्तर को पार नहीं करते है", चूहों में डीडीवीपी (DDVP) के दीर्घकालिक अनावरण के अध्ययन ने कोई जहरीला प्रभाव नहीं दिखाया है।

पर्यावरणीय प्रभाव
जैविक खाद्य की पहचान करना
Yield
कीटनाशक के अवशेष