अमेरिकी स्वामित्व छोड़ने के केवल पांच साल बाद, लेम्बोर्गिनी अब जर्मन नियंत्रण में थी। एक बार फिर, मुसीबत में फंसी इटालियन वाहन निर्माण इकाई का एक होल्डिंग कंपनी - लेम्बोर्गिनी होल्डिंग एस.पी.ए.के रूप में पुनर्गठन किया गया, तथा ऑडी अध्यक्ष फ्रांज जोसेफ पीजेन को इसका चेयरमैन बनाया गया। आटोमोबिली लेम्बोर्गिनी एस.पी.ए.होल्डिंग कंपनी की एक सहायक कंपनी बन गई ताकि विशेष रूप से डिजाइन तथा कार निर्माण पर ध्यान केंद्रित किया जा सके जबकि कंपनी की लाइसेंस डील तथा समुद्री जहाजों के इंजन निर्माण के लिए अलग विभाग गठित किये गए। वित्टोरियो दी कापुआ मूल प्रभारी बने रहे, लेकिन अंत में जून 1999 में उन्होनें इस्तीफा दे दिया। उनके स्थान पर जिउसेप्पे ग्रीको को नियुक्त किया गया जो फिएट, अल्फा रोमियो और फेरारी में अपने अनुभव के साथ उद्योग जगत के एक और दिग्गज थे। डियाब्लो के अंतिम विकास, जी.टी., को जारी किया गया लेकिन अमेरिका को निर्यात नहीं किया गया। इसका कम मात्रा में उत्पादन इसके उत्सर्जन और क्रैश प्रूफ़ अनुमोदन प्राप्त करने की प्रक्रिया के लिए अत्याधिक खर्चीला था।

जिस तरह अमेरिकी स्वामित्व ने डियाब्लो के डिजाईन को प्रभावित किया, लेम्बोर्गिनी के नए जर्मन स्वामित्व ने डियाब्लो के विकल्प के निर्माण में एक बड़ी भूमिका निभाई. पहली नयी लेम्बोर्गिनी ने एक दशक से अधिक समय तक लेम्बोर्गिनी के पुनर्जन्म का प्रतिनिधित्व किया, आंतरिक रूप से L140 परियोजना के रूप में जानी जाती थी और संयोग से इसका नाम मिउरा की तरह एक सांड के नाम पर मर्सिएलेगो रखा गया जिसने लगभग 40 साल पहले फारुशियो लेम्बोर्गिनी को प्रेरित किया था। नयी कार लेम्बोर्गिनी डिजाइन के नए प्रमुख बेल्जियम के ल्यूक डोंकरवोल्क ने डिजाईन की थी। 
जर्मन स्वामित्व के अंतर्गत, लेम्बोर्गिनी को स्थिरता मिली जो उसे पिछले कई वर्षों से नहीं मिली थी। वाहन निर्माता की कारें जो अविश्वसनीय होने के लिए कुख्यात थीं, प्रसिद्ध जर्मन इंजीनियरिंग ज्ञान से लाभान्वित हुईं और परिणामस्वरूप ऐसी कारों का उत्पादन हुआ जो इटालियन भावना के साथ जर्मन दक्षता की विशेषता प्रदर्शित करती थीं। 2003 में, लेम्बोर्गिनी ने मर्सिएलेगो के बाद एक छोटी, V10-सुसज्जित गेलार्डो को उतारा जो मर्सिएलेगो से अधिक सुलभ और ज्यादा बेहतर कार बनाने के उद्देश्य से बनाई गयी थी। इसके बाद एक छुप कर लड़ने वाले फाईटर से प्रेरित हो कर रेवेंतों बनाई गयी। इस सुपर कार के बेहद सीमित संस्करण थे और इसने सबसे शक्तिशाली और महंगी लेम्बोर्गिनी होने का गौरव प्राप्त किया। सन् 2007 में,वोल्फगैंग एग्गेर ऑडी और लेम्बोर्गिनी के डिजाइन के नए प्रमुख के रूप में वाल्टर डिसिल्वा की जगह नियुक्त हुए जिन्होनें अपनी नियुक्ति के दौरान एक ही कार - मिउरा कांसेप्ट 2006 डिजाईन की थी। नवीनतम लेम्बोर्गिनी कार 2009 मर्सिएलेगो LP 670-4 SV है जो लेम्बोर्गिनी हेलो सुपरकार का "सुपरवेलोस" संस्करण है। 

1963-1964: पहला कदम
मोटर स्पोर्ट
1999-वर्तमान: ऑडी का आगमन
लैटिन अमेरिका की लैम्बोर्गिनी