प्रेसीडेंसी सेनाओं के प्रभाव को सेना विभाग की आदेश संख्या 981 दिनांकित 26 अक्टूबर 1894 के माध्यम से भारत सरकार की एक अधिसूचना के द्वारा 1 अप्रैल 1895 से समाप्त कर दिया गया और तीन प्रेसिडेंसी सेनाओं को विलय करके एक भारतीय सेना बना दी गयी। 
सेनाओं को मिलाकर चार कमांड बनाये गयें उत्तरी, दक्षिणी, पूर्वी और पश्चिमी. 
कमांडों के अलावा, 1903 में आठ डिविजन बनाये गए: पहला (पेशावर) डिविजन, दूसरा (रावलपिंडी) डिविजन, तीसरा (लाहौर) डिविजन, चौथा (क्वेटा) डिविजन, पांचवां (मऊ) डिविजन, छठा (पूना (डिविजन), सातवां (मेरठ) डिविजन और आठवां लखनऊ डिविजन. इसके अलावा कई कैवलरी ब्रिगेड भी बनाये गए थे। प्रेसीडेंसी सेनाओं की तरह, भारतीय सेना निरंतर नागरिक अधिकारियों को सशस्त्र सहायता प्रदान करती थी। यह सहयता डाकुओं के हमलों, दंगों और विद्रोह के दौरान प्रदान की जाती थी। 
पहला बाहरी विद्रोह जिसका सामना एकीकृत सेना ने किया, वह था 1899 से 1901 के बीच चीन में बॉक्सर विद्रोह.
भारतीय सेना का प्रमुख "पारंपरिक" कार्य था अफगानिस्तान और उत्तरी-पश्चिमी सीमा के "माध्यम से" भारत पर आक्रमण को रोकना. 
साथ ही भारतीय सेना जंगी स्थानीय लोगों को शांत करने एवं डाकुओं के हमलों को रोकने के लिए भी काम करती थी। इसके लिए छोटे पैमाने पर कई प्रकार की कार्रवाई की जाती थी। भारतीय सेना ने 1907 में क्वेटा में कमांड और स्टाफ कॉलेज की स्थापना की, जो वर्तमान पाकिस्तान में पड़ता है। इसके द्वारा सेना को स्टाफ अधिकारी उपलब्ध कराये जाते थे जिन्हें स्थानीय भारतीय परिस्थितियों का ज्ञान होता था।
भारतीय सेना का संचालन इतिहास
प्रथम विश्व युद्ध
द्वितीय विश्व युद्ध के बाद
कमांड