स्वतंत्र भारत और इंडोनेशिया के राजनयिक संबंधों की आधिकारिक रूप शुरुआत 3 मार्च 1951 से हुई। 

1955 में, भारतीय प्रधानमंत्री जवाहरलाल नेहरूऔर इंडोनेशिया के राष्ट्रपति सुकर्णो गुटनिरपेक्ष आंदोलन के पांच संस्थापकों में से थे।

इन देशों के साझा इतिहास के दौरान, सम्बंध अधिकांश समय संबंध सौहार्दपूर्ण और शांतिपूर्ण रहे हैं, सिवाय 1965 के भारत-पाक युद्ध के दौरान। उस समय, इंडोनेशिया ने पाकिस्तान को सैन्य सहायता प्रदान करने की पेशकश की, और भारत के अंडमान और निकोबार द्वीप समूह को जब्त करने की पेशकश की, 'ताकि भारत को कश्मीर मोर्चे से विचलित किया जा सके'। अंततः इंडोनेशिया ने पनडुब्बियाँ को जुटाकर पाकिस्तान की मदद की। 

14 जनवरी 1977 को नई दिल्ली में दोनों देशों के बीच एक समुद्री सीमा समझौता हुआ। 

इंडोनेशिया के राष्ट्रपति सुकर्णो 1950 में भारत के वार्षिक गणतंत्र दिवस परेड में पहले मुख्य अतिथि थे। वर्ष 2011 में, राष्ट्रपति सुसिलो बामबांग युधोयोनो इस आयोजन के मुख्य अतिथि थे। 

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