काफी दिन वहाँ कयाम रहा। एक दिन किसी ख़ादिम ने अर्ज़ की हुज़ूर बादशाह ने आपको बिलाकु़सूर सताया है, कुछ तो सज़ा दीजिए। ख़ादिम के बार बार इसरार पर एक दिन जलाल में आकार फ़रमाया इंशा अल्लाह वो खु़द माफ़ीनामा के साथ हमें अजमेर बुलाएगा। लिहाज़ा आपके इस इरशाद के दूसरे ही दिन उसके पेट में सख़्त दर्द हुआ, तमाम तबीब आज़िज़ आ गए, दिन भर तड़पता रहा। किसी भी दवा से इफ़ाक़ा न हुआ। रात को जब गु़नूदगी तरी हुई तो हज़रत ख़्वाजा साहब ने बशारत दी और ख़्वाब में फ़रमाया, अकबर तुने हमारे फरज़न्द ख़्वाजा हुसैन पर नाहक़ ज़ुल्म किया है वो बेक़सूर था, उसको जल्द वापस बुला वर्ना तेरी मौत में कुछ कमी नहीं। यह सुन कर अकबर लरज़ गया और माफ़ी माँगी। उसी वक़्त उठकर फरमान लिखया, तब जाकर अकबर को दर्द से छुटकारा हासिल हुआ। ख़्वाजा हुसैन अजमेरी मक्का मोअज़्ज़मा से वापस अजमेर शरीफ़ आकार मसनदे सज्जादगी पर रौनक़ अफ़रोज़ हुए। आपका मक़बरा बड़े गुम्बद में सौलह खम्बा, शाहजहाँनी मस्जिद, दरगाह ख़्वाजा साहब के पीछे है। औलाद-ए-ख़्वाजा साहब के मख़सूस क़ब्रिस्तान में यह मक़बरा है। 

ख़्वाजा हुसैन अजमेरी का सर चाहिए
अकबर बादशाह का पश्चाताप
आपका विसाल (मृत्यु)
अकबरी मस्जिद दरगाह अजमेर