संयुक्त राज्य में क्रिप्टोग्राफ़ी से जुड़ा एक और विवादस्पद मुद्दा है, राष्ट्रीय सुरक्षा एजेंसी () का सिफर विकास निति पर प्रभाव। एन एस ए आईबीएम () में इसके विकास के साथ डी ई एस () का डिजाइन बना रहा था और साथ ही एक संघीय संभव मानक क्रिप्टोग्राफ़ी के रूप में राष्ट्रीय मानक ब्यूरो के () द्वारा इस पर विचार कर रहा था। डी ई एस को विभेदक क्रिप्ट विश्लेषण () के प्रतिरोधी के रूप में डिजाइन किया गया, जो एन एस ए और आई बी एम के लिए ज्ञात शक्तिशाली और सामान्य क्रिप्ट विश्लेषण तकनीक है। यह सार्वजानिक हो गयी जब १९८० के अंत में इसे पुनः खोजा गया।स्टीवन लेवी () के अनुसार, आईबीएम ने विभेदक क्रिप्ट विश्लेषण की पुनः खोज की, लेकिन एन एस ए के आवेदन पर इस तकनीक को गुप्त रखा, यह सार्वजनिक रूप से तभी सामने आई जब बिहाम और शमीर ने इसे पुनः खोजा और कुछ सालों के बाद घोषित कर दिया। पूरा मामला इस बात का एक उदाहरण है कि एक हमलावर के पास वास्तव में कौन से स्रोत या ज्ञान है जिसके निर्धारण में कठिनाई होती है।

एन एस ए की भागीदारी का एक और उदाहरण है १९९३ में क्लिपर चिप () मामला, एक एनक्रिप्शन माइक्रोचिप जो केपस्टोन () क्रिप्टोग्राफ़ी नियंत्रण पहल का एक भाग बनने जा रही थी। क्रिप्टोग्राफरों ने दो कारणों से क्लिपर की व्यापक आलोचना की। उसके बाद सिफर एल्गोरिथम का वर्गीकरण कर दिया गया, (स्किप्जेक () नमक सिफर, हालाँकि क्लिपर पहल के अस्वीकृत हो जाने के लम्बे समय बाद १९९८ में इसे अवर्गीकृत कर दिया गया। गुप्त सिफर चिंता का कारन बन गया कि एन एस ए ने अपने खुफिया प्रयासों में सहायता देने के लिए सिफर को जान बूझ कर कमजोर बना दिया। इस पूरे प्रयास की आलोचना कर्कहोफ सिद्धांत () के उल्लंघन के आधार पर की गयी, चूँकि इस योजना में सरकर के द्वारा निर्धारित एक विशेष एस्क्रौ कुंजी () शामिल थी, जो कानून प्रवर्तन के लिए जैसे वायरटेप में काम में लेने के लिए बनायीं गयी थी।

क्रिप्टो प्रणाली
एन एस ए भागीदारी
सार्वजनिक कुंजी क्रिप्टोग्राफ़ी
डिजिटल अधिकार प्रबंधन