मेस्सी एक चरण में, अपने ही गृह नगर रोसारियो की माकारीना लीमोस के साथ रूमानी तौर पर जुड़े थे। कहते हैं कि लड़की के पिता ने ही उनसे परिचय कराया था, जब वे 2006 विश्व कप के शुरू होने से कुछ दिन पहले अपनी चोट से उबरने के लिए रोसारियो लौट आए थे। अतीत में भी उनका नाम अर्जेंटीना मॉडल, लूसियाना सालाज़ार से जोड़ा गया था। जनवरी 2009 में उन्होंने चैनल 33 पर एक कार्यक्रम "हैट ट्रिक बार्सा" में कहा: "मेरी एक प्रेमिका है और वह अर्जेंटीना में बसी है, मैं निश्चिंत और खुश हूँ." वे बार्सिलोना-एस्पेनयॉल डर्बी के बाद, सिटजेस के एक कार्निवल में एन्टोनेला रोकुज़ो नामक युवती के साथ देखे गए। रोकुज़ो भी उन्हीं की भांति रोसारियो की निवासी है। 2010 के अंत के आस-पास उन्होंने शादी की योजना बनाई है।

वीडियो गेम प्रो इवल्यूशन फ़ुटबॉल 2009 के मुखपृष्ठ पर उनकी छवि अंकित है और वे इस खेल के प्रचार अभियान में भी शामिल हैं। मेस्सी, फ़र्नेन्डो टॉरेस के साथ, प्रो इवल्यूशन सॉकर 2010 की पहचान हैं और मोशन कैप्चरिंग और ट्रेलर में भी शामिल थे। मेस्सी का प्रायोजन जर्मन स्पोर्ट्सवेयर कंपनी एडिडास द्वारा किया गया है और उनके टेलीविज़न विज्ञापनों में भी वे नज़र आते हैं।

फ़ुटबॉल में उनके दो चचेरे भाई हैं, मैक्सी और इमैन्युअल बियानकुची.

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