बाइनॉरल के समर्थन में अपने विस्तृत दौरे के बाद के एक साल के अंतराल के पश्चात पर्ल जैम ने एक नए एल्बम पर काम शुरू कर दिया. मैकक्रीडी ने इसके रिकॉर्डिंग वातावारण को "बहुत सकारात्मक" और "बहुत भावुक और आध्यात्मिक" बताया. गाने के बोल लिखे जाने के समय के बारे में वेड्डर ने कहा,"इस समय कई मौतें हुयी हैं।...लिखने के लिए यह एक अजीब समय है। रोसकिल्ड की घटना ने एक इंसान के तौर पर हमें काफी बदल दिया है और दुनिया को देखने का हमारा नजरिया बदल गया है।" पर्ल जैम ने अपना सातवाँ एल्बम, रायट एक्ट, 12 नवम्बर 2002 को जारी किया। इसमें एकल गाने "आई एम माइन" और "सेव यू" भी शामिल थे। यह एल्बम अधिकतर प्रयोगधर्मी आवाज़ों व् लोक स्वर पर आधारित था, जो "लव बोट कैप्टेन" जैसे गानों में प्रसिद्द बी3 ऑरगन वादक गास्पर की उपस्थिति में स्पष्ट था। ऑलम्यूजिक के स्टीफेन थॉमस अर्लवाइन ने कहा "रायट एक्ट वह एल्बम है जिसे पर्ल जैम वाईटेलोजी के बाद से ही बनाना चाहते थे - एक ऐसा दमदार आर्ट रॉक रिकॉर्ड जो अभी भी तेज़ आघात पहुंचाता है पर अपरिष्कृत सिरों और अजीब घुमावों से भरपूर है।" "आर्क" शीर्षक वाला गाना जून 2000 में रोसकिल्ड समारोह में मरे 9 लोगों के प्रति एक स्वर श्रद्धांजलि थी। 2003 दौरे के दौरान अकेले वेड्डर ने ही 9 बार इस गाने को गाया और बैंड अपने बाकी सभी आधिकारिक रूप से अवैध गानों के बारे में भूल गया।

2003 में बैंड ने अपना रायट एक्ट टूर शुरू किया, जिसमे कि आस्ट्रेलिया और उत्तरी अमेरिका का दौरा भी शामिल था। बैंड ने अपना आधिकारिक अवैध रिकॉर्डिंग का कार्यक्रम जारी रखा और इस दौरे के प्रत्येक कार्यक्रम को अपनी आधिकारिक वेबसाइट के माध्यम से सीडी के रूप में उपलब्ध कराया. सभी रिकॉर्ड स्टोर में छह अवैध रिकॉर्ड उपलब्ध कराये गए: पर्थ, टोक्यो, स्टेट कालेज, पेनेसिल्वैनिया, मेडिसन स्क्वायर गार्डेन और मेन्सफील्ड मेसाचुसेट्स के दो कार्यक्रम. 2003 के उत्तरी अमेरिका दौरे के कई कार्यक्रमों के दौरान वेड्डर ने रायट एक्ट का "बुशलीगर" गाया, जो राष्ट्रपति जार्ज डब्लू. बुश पर एक टिपण्णी थी, इसमें वे गाने की शुरुआत में बुश के चेहरे के समान एक रबड़ का मास्क पहन लेते थे और बाद में गाना गाने के लिए उसे एक मिक स्टैंड पर टांग देते थे।"जब यह खबर मिली कि वेड्डर द्वारा डेनवर, कोलाराडो के कार्यक्रम में बुश के मुखौटे को मिक स्टैंड से लटका दिए जाने के बाद अनेकों प्रसंशक कार्यक्रम छोड़कर चले गए तो इससे बैंड काफी चर्चित हो गया था। " 

जून 2003 में पर्ल जैम ने घोषणा की कि वह अपने अनुबंध का अंत हो जाने के कारण एपिक रिकॉर्ड्स को आधिकारिक तौर पर छोड़ रहा है। बैंड ने यह भी कहा कि उसे अन्य किसी उपनाम के साथ गाने में कोई रूचि नहीं है। बिना किसी उपनाम के बैंड द्वारा जारी पहला एकल गाना "मैन ऑफ़ द आवर" था जो amazon.com के साथ साझेदारी में बनाया गया था। निर्देशक टिम बर्टन पर्ल जैम के पास अपनी नयी फिल्म "बिग फिश" के साउंडट्रैक के लिए एक एकदम नया गाना बनाने का अनुरोध लेकर पहुंचे। फिल्म का एक शुरूआती प्रिंट देखने के बाद, पर्ल जैम ने उसके लिए गाना रिकॉर्ड कर दिया. बिग फिश के समापन आभार के दौरान यह गाना "मैन ऑफ़ द आवर" सुना जा सकता है, जो बाद में गोल्डेन ग्लोब अवार्ड के लिए भी नामांकित हुआ था।

बैंड ने अपने चुनिन्दा और बी- साइड्स गानों का एक संग्रह लॉस्ट डॉग्स जारी किया और एक डीवीडी लाइव एट द गार्डेन जारी किया। 2004 में बीएमजी के साथ एक एल्बम के लिए किये गए अनुबंध में पर्ल जैम ने एक लाइव एल्बम, लाइव एट बैनारोया हॉल, जारी किया। 2004 में ऐसा पहली बार हुआ था कि पर्ल जैम ने अपने किसी गाने का उपयोग टेलिविज़न कार्यक्रम में किये जाने की अनुमति दी थी, उनके गाने "येलो लैडबेटर" के एक छोटे भाग का प्रयोग टेलिविज़न श्रंखला फ्रेंड्स की आखिरी कड़ी में किया गया था। उसी साल बाद में एपिक ने रियरव्यूमिरर (1991-2003 तक सर्वाधिक सफल) जारी किया, जो कि पर्ल जैम के 1991 से लेकर 2003 तक के सफलतम गानों का संग्रह था। इसी के साथ पर्ल जैम का एपिक रिकॉर्ड्स के साथ संविदात्मक करार भी ख़त्म हो गया।

पर्ल जैम ने अप्रैल 2005 में ईजी स्ट्रीट रिकॉर्ड्स, सिएटल में एक कार्यक्रम प्रस्तुत किया था; इस शो की रिकॉर्डिंग्स को 'लाइव एट ईजी स्ट्रीट' एल्बम के संग्रहीत किया गया था और जून 2006 में केवल स्वतंत्र रिकॉर्ड स्टोर्स के लिए जारी किया गया। सितम्बर 2005 में बैंड कनाडा के विस्तृत दौरे पर निकल गया, इस दौरे की शुरुआत मिजोला, मोंटाना में डेमोक्रेटिक राजनीतिज्ञ जोन टेस्टर के लिए धन एकत्रित करने के एक कार्यक्रम से हुई और फिर कनाडा से आगे बढ़ने से पहले बैंड ने गोर्ज एम्फीथियेटर में एक कार्यक्रम दिया. कनाडा का दौरा पूरा करने के बाद, पर्ल जैम ने पिट्सबर्ग में एक रोलिंग स्टोंस कार्यक्रम शुरू करने की प्रक्रिया चालू कर दी, इसके बाद फिलाडेल्फिया, पेनेसिल्वैनिया में दौरा ख़त्म करने से पहले बैंड ने एट्लान्टिक सिटी, न्यू जर्सी के बोरगाटा कैसिनो में दो कार्यक्रम दिए. बैंड के 2005 के कार्यक्रमों की आधिकारिक अवैध रिकॉर्डिंग पर्ल जैम की आधिकारिक वेबसाइट के द्वारा एमपी 3 के रूप में वितरित की गयी। अक्टूबर 5, 2005 में शिकागो, इलिनायेस के हॉउस ऑफ़ ब्लूस में पर्ल जैम ने कैटरीना हरिकेन राहतकोष हेतु धन एकत्र करने के लिए आयोजित कार्यक्रम में भी प्रदर्शन किया। 22 नवम्बर 2005 को पर्ल जैम ने लैटिन अमेरिका का अपना पहला दौरा शुरू किया।

संगीत-शैली और प्रभाव
विरासत
रायट एक्ट: 2002 -2005
अभियान और सक्रियतावाद