तीसरे संस्करण में 25 कड़ियां थीं, जिनमें से 17 आधे-घण्टे वाली कड़ियां, चार 40-मिनट की "अति-आकारित" कड़ियां और दो एक-घण्टे वाली कड़ियां थीं।

पाम द्वारा रॉय के प्रति अपनी प्रतिबद्धता की पुष्टि कर दिये जाने के बाद जिम संक्षिप्त रूप से स्टैमफोर्ड शाखा में स्थानांतरित हो जाता है, लेकिन शीघ्र ही व्यापारिक संस्थान स्टैमफोर्ड शाखा और उसके कर्मचारियों का विलय स्क्रैण्टन शाखा में करने पर बाध्य होता है। स्क्रैण्टन में स्थानांतरित होने वालों में कैरेन फिलिपेली, जिसके साथ जिम ने एक संबंध विकसित कर लिया है, तथा गुस्सैल एन्डी बर्नार्ड शामिल हैं; स्टैमफोर्ड के शेष सभी कर्मचारी माइकल की प्रबंधन शैली के प्रति नाराज़गी के कारण नौकरी छोड़ देते हैं। विलय से पूर्व रॉय के साथ अपने विवाह और संबंध की समाप्ति के बाद पाम पुनः अकेली है और उसके प्रति जिम की अनसुलझी भावनाओं और कैरेन के साथ नए संबंध का परिणाम उन चारों के बीच बदलते तनावों के रूप में मिलता है। इसकी पराकाष्ठा तब होती है, जब पाम के साथ एक संक्षिप्त पुनर्मिलन में, जिम और पाम के चुंबन के बारे में जानने के बाद रॉय जिम के साथ मार-पीट करने का प्रयास करता है। रॉय को फौरन ही डण्डर मिफ्लिन से बर्खास्त कर दिया जाता है और एक बार फिर उसे पाम छोड़ देती है। जीवन में स्वयं को आत्म-विश्वासपूर्ण महसूस करते हुए और अनेक सहकर्मियों द्वारा उपेक्षित किये जाने या स्वार्थी कहे जाने के बाद, पाम एक भाषण देने का साहस करती है, जो उनमें से प्रत्येक के प्रति उसकी वास्तविक भावनाओं को उजागर करता हो और जिम के समक्ष स्वीकार करती है कि वही उसके विवाह के टूटने का कारण था।

इसी दौरान, स्क्रैण्टन शाखा को उत्तराधिकार में स्टैमफोर्ड के सभी ग्राहक प्राप्त होते हैं, जिसके चलते वह अंततः सर्वाधिक सफल शाखा बन जाती है और भावी कटौती का भय समाप्त हो जाता है। रयान को एक पूर्ण-कालिक विक्रय प्रतिनिधि के रूप में नौकरी पर रखा जाता है, लेकिन वह एक भी बिक्री कर पाने में विफल रहता है। माइकल और जेन के बीच एक संबंध की शुरुआत होती है, जिसके परिणामस्वरूप वह अपने कार्य में अनियमित रूप से व्यवहार करने लगती है। ऑस्कर को माइकल द्वारा असावधानीवश समलैंगिक कहा जाता है, लेकिन वह मुक़दमा न दाखिल करने के बदले जेन से तीन माह की एक वैतनिक छुट्टी और कम्पनी की कार का प्रयोग करने का प्रस्ताव स्वीकार कर लेता है। ड्वाइट और एंजेला अपना गुप्त संबंध जारी रखते हैं। बहुत जल्द एंडी उस संस्करण के अधिकांश भाग से गायब हो जाता है क्योंकि दीवार पर घूंसा मारकर उसमें एक छेद कर देने के बाद उसे क्रोध प्रबंधन प्रशिक्षण के लिये भेजा जाता है, और वह बहुत अधिक शांत और आत्म-विश्वासपूर्ण होकर वापस लौटता है। फिलिस की सगाई और विवाह बॉब वैन्स, पड़ोसी व्यापारिक संस्था वैन्स रेफ्रिजरेशन के मालिक से हो जाता है। संस्करण की अंतिम कड़ी में, जिम, कैरेन और माइकल के व्यापारिक पद के लिये साक्षात्कार देते हैं और बाद में ज्ञात होता है कि वह जेन का पद था, जिसे बुरे प्रदर्शन के कारण उसी दिन नौकरी से हटा दिया गया है। जिम विजयी होता है और स्क्रीन-से-बाहर इस प्रस्ताव को ठुकरा देता है व इसकी बजाय कैरेन के बिना स्क्रैण्टन लौटने का विकल्प चुनता है तथा पाम को एक डेट का निमंत्रण देता है, जिसे वह खुशी-खुशी स्वीकार कर लेती है। अंतिम दृश्य में, हमें यह ज्ञात होता है कि रयान को उसके व्यापारिक विद्यालय के प्रमाणपत्र के कारण जेन की नौकरी दी गई है।

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