एक या अधिक क्रिप्टोग्राफिक प्रिमिटिव का उपयोग अक्सर एक अधिक जटिल एल्गोरिथम के विकास के लिए किया जाता है, यह एक क्रिप्टोग्राफिक सिस्टम या "क्रिप्टो सिस्टम" कहलाता है। क्रिप्टो सिस्टम (उदाहरण ई एल गेमल एन्क्रिप्शन ()) विशेष फंक्शन (उदाहरण सार्वजनिक कुंजी एनक्रिप्शन) उपलब्ध करने के लिए डिजाइन किये जाते हैं, जबकि ये विशेष सुरक्षा लक्षणों (उदाहरण यादृच्छिक ओरेकल मॉडल () में सी पी ऐ () सुरक्षा) की गारंटी भी देते हैं। क्रिप्टो सिस्टम, सिस्टम के सुरक्षा लक्षणों का समर्थन करने के लिए अंतर्निहित क्रिप्टोग्राफिक प्रिमितिव्स के गुणों का उपयोग करता है। बेशक, चूँकि प्रिमिटिव और क्रिप्टो सिस्टम के बीच का विभेदन निश्चित नहीं है, कई और प्रिमिटिव क्रिप्टो सिस्टम के संयोजन से एक परिष्कृत क्रिप्टो सिस्टम व्युत्पन्न किया जा सकता है। कई मामलों में, क्रिप्टो सिस्टम की संरचना में स्थान में (उदाहरण एक सुरक्षित सन्देश के प्रेक्षक तथा इसके ग्राही के बीच) या समय के साथ (उदाहरण कृतो ग्राफिक रूप से सुरक्षित बेक अप ()) आंकडे) दो या अधिक दलों के बीच आगे और पीछे संचार होता है। ऐसे क्रिप्टोसिस्टम कभी कभी "क्रिप्टो ग्राफिक प्रोटोकाल () कहलाते हैं"।

कुछ व्यापक रूप से ज्ञात क्रिप्टो सिस्टम हैं आर एस ऐ एनक्रिप्शन (), शनोर हस्ताक्षर (), ई एल गेमल एन्क्रिप्शन (), पी जी पी (), आदि। अधिक जटिल क्रिप्टो सिस्टम हैं इलेक्ट्रॉनिक नकद () सिस्टम, साइन क्रिप्शन () सिस्टम आदि। कुछ अधिक सैद्धांतिक क्रिप्टो सिस्टम (यानि कम व्यावहारिक) हैं इंटरैक्टिव प्रूफ़ सिस्टम (),(जैसे शून्य-ज्ञान प्रूफ़ ()) सिस्टम जो रहस्यों को शेयर करने के लिए हैं। () आदि।

हाल ही के समय तक अधिकांश क्रिप्टो सिस्टम्स के अधिकांश सुरक्षा लक्षण अनुभवजन्य तकनीकों का उपयोग करते हुए प्रर्दशित किये गए। या इनके लिए तदर्थ कारणों का उपयोग किया गया। हाल ही में, क्रिप्टो सिस्टाम्स की सुरक्षा को स्थापित करने के लिए औपचारिक तकनीकों के विकास हेतु काफी प्रयास किये गए हैं; इसे सामान्यतः "प्रमाण्य सुरक्षा ()"कहा जाता है। प्रमाण्य सुरक्षा के बारे में सामान्य विचार है, क्रिप्टो सिस्टम के किसी सुरक्षात्मक पहलू से समझोता करने के लिए कम्प्युटेशनल जटिलता के बारे में तर्क देना (यानि किसी भी प्रतिकूलता के लिए)।

सॉफ्टवेयर अनुप्रयोगों में क्रिप्टोग्राफ़ी का एकीकरण और कार्यान्वयन कितना उत्तम है इस का अध्ययन अपने आप में एक अलग क्षेत्र है, देखें: क्रिप्टोग्राफिक अभियांत्रिकी () और सुरक्षा अभियांत्रिकी ()

क्रिप्टोग्राफ़ी और क्रिप्ट एनालिसिस के इतिहास
क्रिप्टो प्रणाली
निर्यात नियंत्रणों
सार्वजनिक कुंजी क्रिप्टोग्राफ़ी