देश के तीन सबसे व्यस्त रेल केन्द्रों में से दो मिसौरी में स्थित हैं। कन्सास शहर BNSF रेलवे, नॉरफ़ॉक दक्षिणी रेलवे, कन्सास शहर साउदर्न रेलवे और यूनियन पैसिफिक रेलरोड का एक प्रमुख रेलमार्ग केंद्र है। कन्सास शहर अमेरिका का दूसरा सबसे बड़ा माल ढुलाई रेल केंद्र है। कन्सास शहर की तरह सेंट लुई रेल माल ढुलाई का एक प्रमुख स्थल है। ऐमट्रैक सवारी रेलगाड़ी कन्सास शहर, ला प्लाटा, जेफ़रसन शहर, सेंट लुई, ली'स समिट, इंडिपेंडेंस, वॉरेंसबर्ग, हरमन, वॉशिंगटन, किर्कवुड, सेडालिया और पोपलर ब्लफ़ में सेवा प्रदान करता है।

मिसौरी की एकमात्र शहरी हल्की रेल/भूगर्भ व्यवस्था सेंट लुई मेट्रो लिंक है जो सेंट लुई शहर को इलिनॉयस के उपनगरों और सेंट लुई प्रान्त से जोड़ती है। यह संयुक्त राज्य अमेरिका की सबसे बड़ी (ट्रैक माइलेज) व्यवस्थाओं में से एक है। 2007 में कन्सास शहर क्षेत्र में एक हल्की रेल व्यवस्था का प्रबंध किया जा रहा था लेकिन नवम्बर 2008 में मतदाताओं द्वारा इसे विफल कर दिया गया।

सेंट लुई का गेटवे मल्टीमॉडल ट्रांसपोर्टेशन सेंटर राज्य का सबसे बड़ा बहु-उपयोगी परिवहन केंद्र है। यह ऐतिहासिक सेंट लुई यूनियन स्टेशन परिसर के बगल में डाउनटाउन सेंट लुई में स्थित है। यह शहर की रेल व्यवस्था सेंट लुई मेट्रो-लिंक और क्षेत्रीय बस व्यवस्था मेट्रो-बस, ग्रेहाउंड, ऐमट्रैक और शहर की टैक्सी सेवाओं के एक हब सेंटर/स्टेशन के रूप में कार्य करता है।

स्प्रिंगफील्ड BNSF रेलवे के लिए एक संचालन केंद्र बना हुआ है।
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