पश्चिमी देशों में सीज़ेरियन सेक्शन तथा योनिक-जनन से जुड़ी मृत्यु-दर तेजी से घटती जा रही है। वर्ष 2000 में, संयुक्त राज्य में सीज़ेरियन से जुड़ी मृत्यु दर प्रति 1,000,000 पर 20 थी। 'यूके नेशनल हेल्थ सर्विस' मां की मृत्यु के खतरे को योनिक जनन से तीन गुने अधिक रूप में प्रस्तुत करता है।
हालांकि, योनिक तथा सीज़ेरियन जनन से जुड़ी मृत्यु-दर की सीधे तुलना करना भ्रामक है। गंभीर रोग स्थितियों वाली या उच्च-जोखिम गर्भ वाली महिलाओं को प्रायः सीज़ेरियन सेक्शन की आवश्यकता होती है, जो मृत्यु-दर को विकृत कर सकती है।

13 फ़रवरी 2007 को "कनेडियन मेडिकल एसोसिएशन जर्नल" में प्रकाशित एक अध्ययन में पाया गया कि गंभीर मातृ-रुग्णता तथा मृत्यु-दर के बीच का अंतर काफी कम था, पर योनिक जनन से जुड़े अतिरिक्त खतरे उन महिलाओं के साथ माने जा सकते हैं, जो अपने चिकित्सकों द्वारा वैकल्पिक सीज़ेरियन जनन करवाने का इरादा रखती हैं।

सभी प्रकार के उदरीय शल्यक्रिया (abdominal surgery) की तरह ही सीज़ेरियन सेक्शन में ऑपरेशन-पश्चात के चिपकाव, चीरा से उत्पन्न हर्निया (जिसके लिए शल्य-चिकित्सीय सुधार की आवश्यकता होती है) तथा घाव वाले संक्रमणों का खतरा रहता है। यदि सीज़ेरियन आपातकालीन स्थितियों में सम्पन्न किया जाता है, तो कई कारकों की वजह से शल्य-क्रिया के खतरे और भी बढ़ सकते हैं। रोगी का पेट खाली न हो, तो निश्चेतक से जुड़े खतरे हो सकते हैं। अन्य खतरों में गंभीर रक्त-हानि (जिसके लिए रक्ताधान की आवश्यकता हो सकती है) तथा पोस्ट स्पाइनल सिरदर्द शामिल हैं।

"ऑब्सटेट्रिक्स एंड गाइनेकोलॉजी" जर्नल के जून 2006 अंक में प्रकाशित एक अध्ययन में पाया गया कि जिन महिलाओं में बहु-सीज़ेरियन सेक्शन थे उनमें गर्भावस्था के बाद होने वाली समस्याओं की अधिक संभावना थी, तथा अनुशंसा की गई कि जो महिलाएं बड़ा परिवार रखना चाहती हैं, उन्हें विकल्प के रूप में सीज़ेरियन सेक्शन नहीं अपनाना चाहिए. एस्रीटा प्लेसेंटा (placenta accrete), जो एक गंभीर जानलेवा स्थिति होती है, दो सीज़ेरियन सेकशन पर केवल 0.13% का खतरा होता है, पर चार के बाद यह बढ़कर 2.13% पहुंच जाता है और छह या अधिक की शल्य-क्रिया के आगे 6.74% तक जा पहुंचता है। इसके साथ ही आपातकालीन हिस्टेरेक्टोमी (hysterectomies) में जनन के भी इसी प्रकार के खतरे रहते हैं। ये तथ्य 30,132 सीज़ेरियन जनन मामलों पर आधारित थे।

सीज़ेरियन सेक्शन के प्रभाव का अध्ययन करना कठिन होता है, क्योंकि इस विधि द्वारा उत्पन्न मामलों तथा इसके लिए आवश्यक स्थितिओं से उपजे मामलों को अलग कर पाना मुश्किल होता है। उदाहरण के लिए "ऑब्सटेट्रिक्स एंड गाइनेकोलॉजी" जर्नल के फरवरी 2007 अंक में प्रकाशित एक अध्ययन में पाया गया कि जिन महिलाओं में केवल एक सीज़ेरियन सेक्शन था उन्हें दूसरे जनन में अधिक समस्याएं हुईं. जिन महिलाओं ने अपने पहले बच्चे का सीज़ेरियन जनन किया उनमें दूसरे जनन में कुगर्भस्थिति (malpresentation), प्लेसेंटा प्रेविया (placenta previa), एंटीपार्टम हेमरेज (antepartum hemorrhage), अपरा ऐस्क्रेटा (placenta accreta), दीर्घ प्रसव क्रिया, गर्भाशयी विखंडन, अपरिपक्व जन्म (preterm birth), निम्न जन्म भार तथा मृत-जन्म जैसी समस्याओं के अधिक खतरे पाए गए। हालांकि लेखकों ने यह निष्कर्ष निकाला कि कुछ खतरे, इस विधि की बजाए, पहले सीज़ेरियन के लिए दिए गए संकेतन से जुड़े गलत साबित करने वाले कारकों के कारण हो सकते हैं।

जोखिम
माता से जुड़े खतरे
मां तथा शिशु दोनों से जुड़े खतरे
प्रकार