प्रारम्भ से ही संस्थान का गेस्ट्रोइण्टरोलॉजी विभाग बहुत ही व्यस्त विभागो में से एक रहा है। यहाँ पर उदर से संबंधित रोगो का निदान व उपचार अति विशि्ाष्ट तकनीक से अनुभवी चिकित्सकों द्वारा किया जाता है। जिगर, भोजन की नली, यकृत, तिल्ली, छोटी आँत, बडी आँत से सम्बन्धित रोगों के निदान हेतु एन्डोस्कोपी, एण्डोस्कोपिक अल्ट्रासाउंड, ई॰आर॰सी॰पी॰ कोलोनस्कोपी इत्यादि के जटिल रोगों के इलाज की विशिष्ट व्यवस्था है। यहाँ पर प्रदेश का पहला एण्डोस्कोपी एवं ई॰आर॰सी॰पी॰ यूनिट प्रारम्भ हुआ था।

तंत्रिकाशल्यविज्ञान (न्यूरोसर्जरी) विभाग
माईक्रोबायोलॉजी विभाग
निश्चेतना(ऐन्सथीसियोलॉजी) विभाग
जठरान्त्र (गेस्ट्रोइण्टरोलॉजी) विभाग