विलुप्त प्रजातियों का प्रतिरूपण, या अधिक स्पष्ट रूप से, कार्यात्मक डीएनए का पुनर्निर्माण करना अनेक दशकों से कुछ वैज्ञानिकों का स्वप्न रहा है। माइकल क्रिक्टन के लोकप्रिय उपन्यास और हॉलीवुड की महंगी रोमांचक फ़िल्म "जुरासिक पार्क" में इसके संभावित निहितार्थों का नाटकीय-चित्रण किया गया था. वास्तविक जीवन में, ऊनी मैमथ (Woolly Mammoth) किसी समय प्रतिरूपण के सर्वाधिक प्रत्याशित लक्ष्यों में से एक था, लेकिन जमे हुए मैमथ से डीएनए निकाल पाने के प्रयास विफल रहे हैं, हालांकि एक रूसी-जापानी दल संयुक्त रूप से इस लक्ष्य पर अभी कार्य कर रहा है।

सन् 2001 में, बेसी (Bessie) नामन एक गाय ने एक प्रतिरूपित एशियाई गौर, एक लुप्तप्राय प्रजाति, को जन्म दिया, लेकिन दो दिन बाद ही उस बछड़े की मौत हो गई। 2003 में, एक बैन्टेंग (Banteng) को और जमे हुए भ्रूण को पिघलाकर उससे तीन अफ़्रीकी जंगली बिल्लियों को सफलतापूर्वक प्रतिरूपित किया गया। इन सफलताओं ने यह आशा प्रदान की है कि इसी प्रकार की तकनीकों (अन्य प्रजातियों की प्रतिनिधि मां का प्रयोग करके) का प्रयोग विलुप्त प्रजातियों के प्रतिरूपण के लिये किया जा सकता है। इसी संभावना की आशा से, अंतिम "बुकार्डो" (पाइरिनीयाई आइबेक्स) की मौत के तुरंत बाद उसके ऊतक के नमूनों को जमा दिया गया। शोध-कर्ता विलुप्तप्राय प्रजातियों, जैसे विशाल पाण्डा, ओसीलट और चीता, का प्रतिरूपण करने पर विचार कर रहे हैं। सैन डियागो चिड़ियाघर के "फ़्रोज़न ज़ू" में अब विश्व की सबसे दुर्लभ और सर्वाधिक लुप्तप्राय प्रजातियों के जमे हुए ऊतकों का भण्डारण करके रखा गया है।

2002 में, आस्ट्रेलियाई संग्रहालय के जेनेटिकविदों (Geneticists) ने यह घोषणा की कि उन्होंने, पॉलीमरेज़ श्रृंखला प्रतिक्रिया (Polymerase chain reaction) का प्रयोग करके, लगभग 65 वर्षों पूर्व विलुप्त हो चुके थाइलासाइन (तस्मानीयाई बाघ) के डीएनए की प्रतिकृति बना ली है। हालांकि 15 फ़रवरी 2005 को संग्रहालय ने घोषणा की कि वह इस परियोजना को रोक रहा है क्योंकि परीक्षणों ने दर्शाया है कि डीएनए के नमूनों को (इथेनॉल) परिरक्षकों द्वारा बुरी तरह खराब कर दिया गया है। हाल ही में, 15 मई 2005 को, इसने घोषणा की कि थाइलासाइन परियोजना पुनः प्रारंभ की जाएगी और इसमें न्यू साउथ वेल्स और विक्टोरिया के अनुसंधानकर्ता भी शामिल होंगे.

लगभग परिपूर्ण डीएनए की आवश्यकता लुप्त प्रजातियों को प्रतिरूपित करने के प्रयासों में लगातार आ रही बाधाओं में से एक है। इसके अतिरिक्त, यहां तक कि यदि पुरुषों व महिलाओं को प्रतिरूपित किया जाना हो, तो यह प्रश्न बना रहेगा कि क्या वे उन अभिभावकों की अनुपस्थिति में जीवन-क्षम हों सकेंगे, जो उन्हें सिखा सकते हैं या उन्हें उनका प्राकृतिक व्यवहार दिखा सकते हैं। यदि किसी विलुप्त प्रजाति का प्रतिरूपण सफल होता है- इस बात को अनिवार्य रूप से याद रखा जाना चाहिए कि प्रतिरूपण अभी भी एक प्रायोगिक प्रौद्योगिकी है, जो केवल संयोग से सफल होती है- तो इस बात की संभावना अधिक है कि परिणामस्वरूप उत्पन्न पशु, भले ही वे स्वस्थ हों, केवल उत्सुकता या संग्रहालय प्रदर्शन की वस्तुएं ही होंगे. 

लुप्तप्राय प्रजातियों का प्रतिरूपण एक अत्यधिक वैचारिक मुद्दा है। अनेक जैविक संरक्षणविद और पर्यावरणविद लुप्तप्राय प्रजातियों के प्रतिरूपण का ज़ोरदार ढ़ंग से विरोध करते हैं- मुख्यतः इसलिये क्योंकि वे सोचते हैं कि इससे प्राकृतिक आवासों और जंगली पशुओं की जनसंख्या को बचाए रखने में सहायता करने रूप में मिलने वाले दान पर रोक लग सकती है। पशु-संरक्षण का "मुख्य-नियम (rule-of-thumb)" यह है कि जब तक जंगली पशुओं के आवास और जनसंख्या का संरक्षण करना व्यवहार्य हो, तब तक कैद में प्रजनन का कार्य पृथक्करण में नहीं किया जाना चाहिए. 

2006 की एक समीक्षा में, डेविड एरेन्फ़ेल्ड (David Ehrenfeld) ने यह निष्कर्ष निकाला कि पशु संरक्षण में प्रतिरूपण एक प्रायोगिक प्रौद्योगिकी है जिससे, 2006 में इसकी अवस्था के अनुसार, केवल शुद्ध संयोग और एक पूर्णतः विफल लागत-लाभ विश्लेषण के बिना कार्य करने की उम्मीद नहीं की जा सकती. उन्होंने आगे कहा कि स्थापित तथा कार्यरत परियोजनाओं से बेइमानी से धन लिया जाना और पशुओं की समाप्ति से जुड़े किसी भी मुद्दे (जैसे आवास का विनाश, शिकार या अन्य प्रकार का अति-शोषण और एक अनुपजाऊ जीन-संग्रह) को संबोधित न किया जाना संभावित है। चूंकि प्रतिरूपण प्रौद्योगिकियां वनस्पति-संरक्षण में सुस्थापित हैं और नियमित रूप से उनका प्रयोग किया जाता है, अतः जेनेटिक विविधता को सुनिश्चित करने के लिए अनिवार्य रूप से सतर्कता बरती जानी चाहिए. अंत में उन्होंने कहा:
जीवों का कृत्रिम प्रतिरूपण
उद्यानिकी
विलुप्त और लुप्तप्राय प्रजातियों का प्रतिरूपण
प्रतिरूपित प्रजातियां