इस विमान सेवा का आरंभ १ दिसंबर १९९० को नेट और सिलकर नाम के दो व्यावसायिक घरानों के द्वारा एयर लिंगस के साथ पेगासस एयरलाइन्स के नाम से एक चार्टर विमान सेवा शुरू किए जाने के करार से हुई और दो बोइंग ७३७-४०० विमानों के साथ इसकी सेवाएँ १५ एप्रिल १९९० से शुरू की गयीं। परंतु इसके गठन के चार महीने बाद ही इराक़-कुवैत युद्ध एवम् इसके परिणाम स्वरूप छिड़े सामरिक संघर्ष ने टर्की के पर्यटन पर गहरा असर डाला और इससे पेगासस एयरलाइन्स की भी सेवाएँ भी बुरी तरह प्रभावित हुईं।

संकट की समाप्ति के बाद ११९२ से तुर्की मे फिर से पर्यटक लौटने लगे और पेगासस एयरलाइन्स ने भी अपने बेड़े मे एक और बोइंग ७३७-४०० शामिल कर लिया। गर्मी के मौसम की बढ़ती माँग को पूरा करने के लिए ने दो और एयरबस ३२०ए भी पट्टे पर लिए। 

दो सकारात्मक परिणाम वाले वर्षों के बाद १९९४ मे इर लिंगस और नेट ने अपनी हिस्सेदारी इस्तांबुल-स्थित यपि क्रेडितबांक को बेच दी और 
स तरह पेगासस एयरलाइन्स एक शुद्ध रूप से तुर्क कंपनी बन गयी। 

४ सितंबर १९९७ को पेगासस एयरलाइन्स ने एक बोइंग ७३७-४०० और एक बोइंग ७३७-८०० विमान खरीदने के लिए बोइंग कमर्शियल एरप्लन्स के पास ऑर्डर किया और इस तरह यह बोइंग ७३७ नेक्स्ट जेनरेशन विमान खरीदने वाली पहली तुर्क एयरलाइन कंपनी बन गयी। साथ ही ने और १० बोइंग ७३७-८०० पट्टे पर लेने के लिए आई. एल. एफ. सी. के साथ एक करार भी किया। 

जनवरी २००८ मे एसस होल्डिंग्स ने पेगासस एयरलाइन्स को खरीद लिया और अली सबंसी को इसका चेयरमैन बना दिया। दो महीने बाद ही कंपनी ने पेगासस एयरलाइन्स को चार्टर एयरलाइन्स से बदल कर कम-लागत वाली एयरलाइन्स का रूप दे दिया। नवंबर २००५ मे और १२ नये बोइंग ७३७-८०० खरीदने का फ़ैसला किया और नवेंबर २००८ मे १२ और बोइंग ७३७-८०० खरीदे गये। २००८ से सौदे मे यह भी शामिल किया गया के बाजार के माँग को देखते हुए इस ऑर्डर को १४९-सीट वाले बोइंग ७३७-७०० अथवा २१५ सीट वाले बोइंग ७३७-९०० मे भी बदला जा सकता है। 

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