1990 के प्रारंभ के अन्य ग्रंज बैंड्स की तुलना में, पर्ल जैम की शैली स्पष्ट हल्की-फुल्की है और 1970 के दशक के क्लासिक रॉक संगीत की याद दिलाती है। पर्ल जैम ने कई पंक रॉक और क्लासिक रॉक बैंड्स का नाम लिया है जिनसे वे प्रभावित हुए हैं, जैसे द हू, नील यंग और रामोनेस. पर्ल जैम की सफलता का श्रेय उनकी ध्वनि को दिया जाता है, जो "70 के दशक के रिफ-हेवी स्टेडियम रॉक का मिश्रण 80 के दशक के पोस्ट-पंक के धैर्य तथा क्रोध के साथ करता है, लेकिन हुक तथा कोरस की उपेक्षा किया बिना." गोस्सार्ड की लय गिटार शैली को उसके बीट और ग्रूव के लिए जाना जाता है, जबकि जिमी हेंड्रिक्स जैसे कलाकारों द्वारा प्रभावित मैकक्रीडी की प्रमुख गिटार शैली को "फील-ओरिएंटेड" तथा "रूट्सी" क एतौर पर वर्णित किया जाता है। 

पर्ल जैम ने बाद के अपने एल्बमों तथा गानों में अपने संगीत की रेंज को और विस्तृत किया है। बैंड के सुरों पर अपने अधिक प्रभाव के कारण वेड्डर ने बैंड के संगीत को कम आकर्षक बनाने की कोशिश की. उन्होंने कहा, "मुझे लगा कि हम सब अधिक लोकप्रियता के बोझ तले दब जायेंगे हमारे सिर अंगूर कि भांति फट जायेंगे." 1994 में वाईटेलोजी के सामने आने तक बैंड ने अपने संगीत में अधिक पंक प्रभावों को समाविष्ट करना शुरू कर दिया था। बैंड का 1996 का एल्बम 'नो कोड', टेन की संगीत शैली से अलग हटकर कुछ करने का एक सुविचारित प्रयास था। एल्बम के गानों में गैरेज रॉक, वर्ल्डबीट तथा प्रयोगवाद के तत्व सम्मिलित थे। 1998 के यील्ड के बाद, जो कुछ हद तक बैंड के शुरुआती सीधे-सादे रॉक एप्रोच के समान था, बैंड ने 2000 में आये बाइनॉरल में प्रयोगात्मक आर्ट रॉक तथा 2002 के रायट एक्ट में फोक रॉक के तत्वों को भी मिलाने की कोशिश की थी। बैंड के 2006 के एल्बम पर्ल जैम को बैंड के शुरुआती सुरों की तरफ इसकी वापसी के तौर पर उद्घृत किया जाता है। बैंड के 2009 के एल्बम बैकस्पेसर में पॉप तथा न्यू वेव के तत्व शामिल हैं। 

आलोचक जिम डिरोगैटिस, वेड्डर के गीतों का वर्णन "जिम मॉरिसन के वोकल ग्राउल (गुर्रने की ध्वनि)" के समान करते हैं। ऑलम्यूजिक के ग्रेग प्रेटो ने कहा, "अपने हार्ड-हिटिंग तथा अक्सर कन्फेशनल लिरिकल शैली और जिम मॉरिसन के समान बैरीटोन के कारण वेड्डर भी समस्त रॉक के सर्वाधिक अनुकरणीय प्रमुख गायकों में से एक बन चुके हैं।" वेड्डर के गीतात्मक विषयों का विस्तार व्यक्तिगत ("अलाइव", "बेटर मैन") से सामाजिक और राजनैतिक मुद्दों ("इवन फ्लो", "वर्ल्ड वाइड सुइसाइड") तक रहा है। उनके गानों के बोल में अक्सर कहानी सुनाने की शैली का उपयोग किया गया है और उनमे स्वतंत्रता, व्यक्तिवाद, और परेशान व्यक्तियों के लिए सहानुभूति जैसे विषय शामिल किये गए हैं। बैंड की शुरुआत में गोस्सार्ड और मैकक्रीडी को स्पष्ट रूप से क्रमशः लय और प्रमुख गिटारवादक का दर्जा दिया गया था। वाईटेलोजी के समय में वेड्डर द्वारा लय गिटार का अधिक प्रयोग किये जाने के बाद से इस व्यवस्था में परिवर्तन आने लगा. 2006 में मैकक्रीडी ने कहा, "हालांकि तीन गिटार मौजूद हैं, मुझे लगता है अभी और की संभावना बची हुई है। स्टोन एक दो-नोट की पंक्ति बजायेंगे और एड एक पॉवर-कॉर्ड को करेंगे और मैं इन सबमे फिट होने की कोशिश करूँगा." 

रायट एक्ट: 2002 -2005
संगीत-शैली और प्रभाव
टिप्पणियां और संदर्भ
बाइनॉरल और रोसकिल्ड दुर्घटना: 2000-2001