संक्रमणकालीन संघीय सरकार (टीएफजी) 2004 और 2012 के बीच सोमालिया की अंतरराष्ट्रीय स्तर पर मान्यता प्राप्त केंद्रीय सरकार थी। मोगादिशू में आधारित, इसनें सरकार की कार्यकारी शाखा का गठन किया।
सोमालिया की संघीय सरकार का 20 अगस्त 2012 में स्थापना के साथ ही टीएफजी का अंत हो गया। यह गृहयुद्ध की शुरुआत के बाद से देश में पहली स्थायी केंद्र सरकार का प्रतिनिधित्व करता है। सोमालिया की संघीय संसद सरकार की विधायी शाखा के रूप में कार्य करती है।

मोगादिशू की नगरपालिका को वर्तमान में यूसुफ हुसैन जिमाले अगुवाई कर रहे है, इसके पूर्व में सैन्य अदालत के अध्यक्ष मेयर हसन मोहम्मद हुसैन मुंगाब इस पद से इस्तीफा दे चुके हैं। 

मोगादिशू में कई देशों के विदेशी दूतावास और वाणिज्य दूतावास बनाए गए हैं। जनवरी 2014 तक, इन राजनयिक मिशनों में जिबूती, इथियोपिया, सूडान, लीबिया, यमन, सऊदी अरब, तुर्की, ईरान, यूगांडा, नाइजीरिया, यूनाइटेड किंगडम, जापान, चीन और कतर के दूतावास शामिल हैं। शहर में फिर से खोलने वाले दूतावासों में मिस्र, संयुक्त अरब अमीरात, इटली और दक्षिण कोरिया शामिल हैं।

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