अपशिष्ट जल में पोषक तत्वों के नाइट्रोजन और फास्फोरस की अधिक मात्रा निहित हो सकता है। पर्यावरण में इनकी अत्यधिक निष्कासन की वजह से पोषक तत्वों का निर्माण हो सकता है जिन्हें यूट्रोफिकेशन कहते हैं जिससे घास-फूस, शैवाल और सायनोबैक्टीरिया (नीली-हरी शैवाल) की अतिवृद्धि में इजाफा हो सकता है। इसकी वजह से शैवाल फलन हो सकता है, अर्थात् शैवाल की संख्या में तेज़ी से वृद्धि होने लगती है। शैवालों की संख्या ज्यादा समय तक कायम नहीं रह सकता है और अंत में उनमें से अधिकांश मर जाते हैं। जीवाणुओं द्वारा शैवाल के अपघटन में इतना अधिक जलीय ऑक्सीजन इस्तेमाल होता है कि अधिकांश या सभी जंतु मर जाते हैं, जिससे जीवाणुओं द्वारा विघटित होने के लिए और अधिक कार्बनिक पदार्थों का निर्माण हो जाता है। अनॉक्सीजनीकरण करने के अलावा, शैवाल की कुछ प्रजातियां विषैले तत्व उत्पन्न करती हैं जो पेय जल की आपूर्ति को दूषित कर देते हैं। विभिन्न प्रशोधन प्रक्रियाओं के लिए नाइट्रोजन और फास्फोरस को हटाना आवश्यक है।

अवायवीय अपघटन
पूर्व-प्रशोधन
छानन
पोषक तत्वों का निष्कासन