नारुतो उज़ुमाकी एक जवान निंजा लड़का है जिसके अन्दर नौ-पूंछ वाला दानव लोमड़ी बंद है | श्रृंखला के शुरू होने के बारह साल पहले नौ-पूंछ दानव लोमड़ी ने निंजा गांव कोनोहगाकुरे पर हमला कर कई लोगों को मार डाला था | जवाब में, कोनोहगाकुरे के नेता और उसके निंजा सैन्य - फोर्थ होकागे - ने अपने जीवन का बलिदान देकर दानव को नवजात नारुतो के अन्दर बंद कर दिया था | कोनोहगाकुरे बहरहाल नारुतो को दानव शैतान लोमड़ी ही मानता था और उसके बचपन भर उससे दुर्व्यवहार करता था | चौथे होकागे की म्रत्यु उपरांत उसका स्थान लेने वाले तीसरे होकागे ने आदेश देकर किसी को भी दानव लोमड़ी के हमले का जिक्र करने के लिए मना कर दिया | कई सालों बाद, नारुतो एक पाखण्डी निंजा मिज़ूकी द्वारा एक निषिद्ध पुस्तक की चोरी के लिए छला जाता है, लेकिन उसके शिक्षक इरुका उमिनो नारुतो को ऐसा करने से रोक देते है | जब इरुका नारुतो की मिज़ूकी से रक्षा करते हुए लगभग मर जाता है, नारुतो मिज़ूकी को पुस्तक की शक्ति इस्तेमाल करके हराता है जिससे अलौकिक क्षमता जुत्सू छाया क्लोन तकनीक विकसित होती है जो खुद के प्रतिरूप विकसित करती है | इस मुठभेड़ से नारुतो को एहसास होता है कि वह दानव लोमड़ी का आधान था |

मुख्य कहानी नारुतो और उनके मित्रों के व्यक्तिगत विकास को दिखाती है | नारुतो की दोस्ती दो सहचर ससुके उचिहा और सकुरा हरुनो से होती है जिनको एक अनुभवी "सेंसेई" काकाशी हाताके के तहत तीन व्यक्तियों का टीम 7 नामक दल बनाना होता हैं | सभी गांवों से अन्य निंजा दलों की तरह, टीम 7 को ग्रामीणों ने अनुरोधों जैसे अंगरक्षक का कार्य, को पूरा करने का प्रभार होता है| अभियान के दौरान, नारुतो श्रंखला में मिलने वाले अन्य किरदारों से भी मित्रता करता है | वे नई योग्यताएं सीखते हैं, एक दूसरे और गाँव वालों को बेहतर जानते हैं और नारुतो के कोनोहगाकुरे के होकागे बनने के सपने के रूप में उम्र के साथ बढ़ने का अनुभव करते हैं | कई अभियानों के बाद, काकाशी टीम 7 को निंजा परीक्षा में भाग लेने की अनुमति देता है जिसमे वे अपनी श्रेणी में सुधार कर सकते हैं और कठिन कार्यों का हिस्सा बन सकते है| परीक्षा के दौरान, ओरोचिमारू, जो कोनोहगाकुरे का सर्वाधिक वांछित सूची के शीर्ष का अपराधी है, कोनोहा पर हमला कर प्रतिशोध के लिए तीसरे होकागे को मार देता है | इससे तीन दिग्गज निंजा में से एक जिराइया अपने साथी सुनादे की पांचवे होकागे बनने के लिए खोज करता है | इस खोज के दौरान यह पता चलाता है कि ओरोचिमारू भी सासुके उचिहा को अपनी शक्तिशाली आनुवंशिक विरासत के कारण प्राप्त करने की इच्छा रखता है | ससुके इस विश्वास से ओरोचिमारू के पास जाता है कि वो उसे अपने भाई इताची को मारने की ताकत देगा जिसने उसके सारे वंश को मार डाला | सुनादे नारुतो सहित एक निंजा दल को सासुके को कोनोहा वापस लाने को भेजती है लेकिन नारुतो उसे हराने में असमर्थ होता है| नारुतो सासुके से हार नहीं मानता है और सासुके से अगली मुठभेड़ की तैयारी के लिए कोनोहा को छोड़ कर ढाई साल के लिए जिरिया से शिक्षा के तहत प्रशिक्षण लेने चला जाता है |

प्रशिक्षण की अवधि के बाद, अकात्सुकी नामक एक रहस्यमय संगठन नारुतो के अन्दर के नौ पूँछ वाली दानव लोमड़ी के साथ नौ शक्तिशाली पूँछ वाले दानव को पकड़ने का प्रयास किया | टीम 7 सहित कोनोहगाकुरे से कई निंजा अकात्सुकी सदस्यों के खिलाफ लड़ाई करते है और उनके दल साथी की खोज करते है | यद्यपि वे मेजबान को गारा नामक एक पूँछ वाले दानव से बचाने में सफल होते है लेकिन अकात्सुकी प्राणियों में से सात पर कब्जा करने में सफल हो जाते है | सासुके इस बीच ओरोचिमारू को दोखा देता है और इताची से बदला लेने के लिए लड़ाई करता है | हालांकि इताची लड़ाई में मर जाता है, सासुके को बाद में अकात्सुकी संस्थापक मादारा उचिहा बताता है कि इताची को कोनोहगाकुरे नेतृत्व से अपने परिवार को नष्ट करने का आदेश दिया गया था | इस रहस्योद्घाटन से दुखी होकर सासुके अकात्सुकी के साथ कोनोहगाकुरे का नाश करने के लिए सेना में शामिल हो जाता है | इस बीच, अकात्सुकी के कई सदस्य कोनोहगाकुरे निंजा से हार जाते हैं, उनके नेता पेन ने नारुतो को पकड़ने के लिए गाँव पर हमला कर दिया | हालांकि, नारुतो पेन के सभी समूह को हरा देता है और असली को जाने के लिए मना लेता है | पेन के अकात्सुकी छोड़ने के बाद मादारा घोषणा करता है कि वह मानवता को नियंत्रित करने के लिए एक शक्तिशाली भ्रम करना चाहता है जिसके लिए वह नौ पूंछ जानवरों को प्राप्त करना चाहता है | सभी निंजा गांवों के नेता उसकी सहायता करने से मना कर देते है और उसका सामना करने के लिए मिलकर सेना बनाते है |

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