हालांकि एमा वुडहाउस का विश्वास है कि वह खुद कभी शादी नहीं करेगी, लेकिन हायबरी गांव में रहने वाली यह बीस-वर्षीय नासमझ लड़की मैचमेकिंग की अपनी क्षमता को प्राकृतिक देन मानती है। अपनी गवर्नेस का विवाह गांव के एक विधुर मि. वेस्टन के साथ कराने में सफलता पाने के बाद, एमा अपनी नई सहेली हैरियेट स्मिथ के लिए योग्य जीवन साथी खोजने का ज़िम्मा अपने सर लेती है। हालांकि हैरियेट के माता-पिता के बारे में कोई जानकारी नहीं है, फिर भी एमा का मानना है कि हैरियेट एक सज्जन की पत्नी होने की हक़दार है और इसलिए वह अपनी सहेली को गांव के पुरोहित मि. एल्टन से मेल-मिलाप बढ़ाने के लिए प्रोत्साहित करती है। इस बीच, एमा हैरियेट को राज़ी कर लेती है कि वह समृद्ध किसान रॉबर्ट मार्टिन की तरफ से आये रिश्ते को ठुकरा दे, हालांकि हैरियेट के मन में उस किसान के प्रति कुछ प्रेम-भावनाएं अवश्य हैं।
एमा के प्रोत्साहन से हैरियेट मि. एल्टन पर मुग्ध हो जाती है, लेकिन एमा की योजना पर पानी फिर जाता है जब एल्टन ज़ाहिर करते हैं कि वे हैरियेट से नहीं बल्कि एमा से प्यार करते हैं। तब एमा को एहसास होता है कि हैरियेट के लिए जीवन साथी खोजने की धुन में वह परिस्थिति की सच्चाई को जानने से चूक गई। एमा के बहनोई और गहरे दोस्त मि. नाय्ट्ले, एमा के मैचमेकिंग के प्रयासों को बड़ी आलोचनात्मक नज़र से देखते हैं। उनका मानना है कि मि. मार्टिन एक योग्य वर हैं जिनसे शादी करना हैरियेट के लिए सौभाग्य की बात होगी। एमा की दखलंदाज़ी को लेकर उनके और एमा के बीच झगड़ा होता है और हमेशा की तरह मि. नाय्ट्ले ही ज़्यादा समझदार साबित होते हैं। एमा द्वारा ठुकराए जाने और हैरियेट को उन्हीं के स्तर का बताकर किये कटाक्ष से दु:खी होकर एल्टन 'बाथ' शहर छोड़ देते हैं और लगभग तुरंत बाद ही एक जवां लड़की से शादी कर लेते हैं।
एमा हैरियेट को सांत्वना दिलाती है और हायबरी में आनेवाले एक नए आगंतुक - मि. वेस्टन के सुपुत्र, फ्रैंक चर्चिल के चरित्र के बारे में उत्सुकता जगाती है। फ्रैंक, लन्दन में अपने मामा-मामी - जिन्होंने उसे अपने उत्तराधिकारी के रूप में अपनाया है - द्वारा किये लालन-पालन के बाद, हायबरी में अपने पिता से मिलने के लिए उत्सुक है। अपनी मामी की बीमारियों और शिकायतों के कारण अपने पिता से मिलने से वंचित फ्रैंक के बारे में एमा कुछ नहीं जानती. मि. नाय्ट्ले को तुरंत नौजवान युवक पर संदेह होने लगता है, ख़ासकर जब फ्रैंक केवल अपने बाल कटवाने के लिए हड़बड़ी से लन्दन वापस जाता है। लेकिन एमा को फ्रैंक ख़ुशमिज़ाज लगता है और वह गौर करती है कि फ्रैंक उसकी अपनी तरफ आकर्षित है। हालांकि वह इस आकर्षण को हतोत्साहित करना चाहती है, फिर भी वह इस नौजवान युवक की ख़ुशामदी से खुश होती है और उसके साथ इश्कबाज़ी करती है। एमा, हायबरी गुट की नई सदस्य, जेन फेरफैक्स का स्वागत कुछ कम उत्साह से करती है। जेन सुन्दर और सुसंस्कृत लड़की है, पर उसके मितभाषी होने से एमा उसे नापसंद करती है और, वर्णन-कर्ता का संकेत है कि वह जेन से ईर्ष्या करती है।
फिर तो संदेह, साज़िश और ग़लतफ़हमियों का सिलसिला शुरू होता है। मि. नाय्ट्ले जेन का बचाव करते हुए कहते हैं कि वह दया और सहानुभूति की हक़दार है क्योंकि एमा की तरह उसकी अपनी कोई धन-संपत्ति नहीं है और बहुत जल्द उसे गवर्नेस की नौकरी के लिए घर छोड़ कर जाना होगा। मिसेज़ वेस्टन को संदेह होता है कि मि. नाय्ट्ले के इस बचाव में झलकते स्नेह के पीछे उनकी रोमांटिक भावनाएं हैं, जिसका एमा विरोध करती है। हर कोई मानने लगता है कि एमा और फ्रैंक के बीच लगाव बढ़ रहा है, पर जल्द ही एमा फ्रैंक को अपने संभाव्य प्रेमी के रूप से खारिज करती है और उसे हैरियेट के लिए योग्य पति के रूप में देखने लगती है। गांव के एक जश्न में, नाय्ट्ले, मि. एल्टन और उनकी नवविवाहिता पत्नी द्वारा हाल ही में अपमानित हुई हैरियेट के साथ नृत्य करने के लिए एमा से स्वीकृति पाते हैं। अगले दिन, फ्रैंक हैरियेट को जिप्सी भिखारियों से बचाता है। जब हैरियेट एमा को बतलाती है कि वह एक ऐसे आदमी से प्यार करती है जो उसके अपने सामाजिक स्तर से ऊपर के स्तर का है, तो एमा समझती है कि उसका इशारा फ्रैंक की तरफ है। नाय्ट्ले को संदेह होने लगता है कि फ्रैंक और जेन के बीच कोई रहस्यमय बात है और वह एमा को सचेत करने का प्रयास करते हैं। नाय्ट्ले के सुझावों को एमा हंसकर टाल देती है और फ्रैंक के साथ अपनी इश्कबाज़ी पर नाय्ट्ले की मंज़ूरी खो बैठती है और एक पिकनिक पर जेन की बुआ - दयालु, अविवाहित, मिस बेट्स का अपमान करती है। और जब नाय्ट्ले एमा को डांटते हैं तो वह रो पड़ती है।
फिर ख़बर आती है कि फ्रैंक की मामी का देहांत हो गया और इस घटना से एक अप्रत्याशित रहस्य सामने आता है जिससे धीरे-धीरे सारे भेद खुल जाते हैं। दरअसल फ्रैंक और जेन ने चुपके से सगाई कर ली होती है और फ्रैंक अपनी असली चाहत को छुपाने के लिए एमा की ओर आकर्षित होने का नाटक करता है। मामी की मौत के बाद, अपने मामा की सहमति से अब फ्रैंक अपनी माशूका जेन से शादी कर सकता है। एमा चिंतित हो जाती है कि इससे हैरियेट टूट जायेगी, पर जल्द ही उसे पता चलता है कि दरअसल हैरियेट फ्रैंक को नहीं बल्कि नाय्ट्ले को पसंद करती है। और हैरियेट का मानना है कि नाय्ट्ले के मन में भी उसके प्रति वैसी ही प्रेम भावनाएं हैं। हैरियेट के इस खुलासे से एमा खुद को अशांत और दु:खी महसूस करने लगती है और अपनी इस व्यथा से उसे एहसास होता है कि दरअसल वह खुद नाय्ट्ले से प्यार करती है। एमा उम्मीद करती है कि नाय्ट्ले खुद उसे बताये कि वह हैरियेट से प्यार करते हैं, लेकिन जब नाय्ट्ले एमा के प्रति अपने प्यार का इज़हार करते हैं तो वह ख़ुशी से फूली नहीं समाती. हैरियेट को जल्द ही सुकून मिलता है जब रॉबर्ट मार्टिन एक बार फिर उसके सामने शादी का प्रस्ताव रखते हैं जिसे वह स्वीकार कर लेती है। हैरियेट और मि. मार्टिन तथा एमा और मि. नाय्ट्ले की शादी से, कौन किससे प्यार करता है - इस सवाल का जवाब भी मिल जाता है और उपन्यास समाप्त होता है।

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