तीसरी लोकसभा अप्रैल 1962 में बनाई गई थी। उस समय पाकिस्तान के साथ संबंध खराब बने हुए थे। चीन के साथ 'दोस्ताना' संबंध भी अक्टूबर 1962 के सीमा युद्ध से एक मिथ्या ही साबित हुए। अपनी सरकार द्वारा सुरक्षा पर पर्याप्त ध्यान न देने के मुद्दे पर चारों ओर आलोचना होने के बाद, नेहरू को तत्कालीन रक्षा मंत्री कृष्ण मेनन को हटाने और अमेरिका की सैन्य सहायता लेने के लिए बाध्य होना पड़ा। नेहरू का स्वस्थ्य तेजी से बिगड़ने लगा और वह 1963 में स्वास्थ्य लाभ के लिए कश्मीर में कई महीने गुजारने के लिए बाध्य हो गए। 1964 मई में उनके कश्मीर से लौटने पर, नेहरू सदमे से पीड़ित हुए और बाद में दिल का दौरा पड़ने से 27 मई 1964 को उनका निधन हो गया। विशेषज्ञों का कहना है कि 1962 में चीन के भारत की सीमाओं के आक्रमण और पाकिस्तान के साथ घरेलू मामलों ने नेहरू को कड़वाहट से भर दिया था।

वयोवृद्ध कांग्रेसी नेता गुलजारीलाल नंदा ने नेहरू की मृत्यु के बाद दो सप्ताह के लिए उनकी जगह ली। कांग्रेस द्वारा लाल बहादुर शास्त्री को नया नेता चुने जाने तक उन्होंने कार्यवाहक प्रधानमंत्री के रूप में काम किया। शास्त्री प्रधानमंत्री पद के लिए एक संभावित विकल्प नहीं थे जिन्होंने, शायद अप्रत्याशित रूप से, 1965 में पाकिस्तान पर जीत दिलाने में देश का नेतृत्व किया। शास्त्री और पाकिस्तान के राष्ट्रपति, मोहम्मद अयूब खान ने, पूर्व सोवियत संघ के ताशकंत में 10 जनवरी 1966 को एक शांति संधि पर हस्ताक्षर किए। हालांकि, शास्त्री अपनी जीत के फायदे देखने के लिए ज्यादा समय तक जीवित नहीं रहे।

शास्त्री की मृत्यु से उत्पन्न हुए रिक्त स्थान के कारण कांग्रेस ने एक बार पुनः नेता विहीन हो गयी। नेहरू की बेटी इंदिरा गांधी के प्रधानमंत्री बनने से पहले एक बार फिर नंदा को एक महीने से कम समय के लिए कार्यवाहक प्रधानमंत्री बनाया गया। इंदिरा, शास्त्री जी के मंत्रिमंडल में सूचना एवं प्रसारण मंत्री के रूप काम करती थीं। तत्कालीन कांग्रेस अध्यक्ष के. कामराज ने 1966 में इंदिरा को प्रधानमंत्री बनाने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी। पूराने कांग्रेसी नेता मोरारजी देसाई से कड़े विरोध के बावजूद, इंदिरा गांधी 24 जनवरी 1966 को प्रधानमंत्री बनीं। कांग्रेस के लिए वास्तव में यह समय सबसे अच्छा नहीं था। पार्टी आंतरिक संकटों से जूझ रही थी और देश हाल में लड़े दो युद्धों के प्रभाव से उबर रहा था। अर्थव्यवस्था को नुकसान हुआ था और मनोबल काफी गिरा हुआ था। जिन अन्य मुद्दों ने लोक सभा को हिला कर रख दिया था उनमें मिजो आदिवासी बगावत, अकाल, श्रमिक अशांति और रुपया अवमूल्यन के मद्देनजर गरीबों की बदहाली शामिल थी। वहीं पंजाब में भी भाषाई और धार्मिक अलगाववाद के लिए आंदोलन चल रहा था।

चुनावी प्रक्रिया
दूरस्थ मतदान
तीसरी लोकसभा (1962)
चौथी लोकसभा (1967)