"नीलगिरी" की 700 से अधिक प्रजातियां होती हैं; प्रजातियों की व्यापक सूची के लिए नीलगिरी वृक्ष की प्रजातियों की सूची देखें. कुछ प्रजातियां अपने वंश की मुख्यधारा से इस हद तक भिन्न हो गयी हैं कि वे आनुवंशिक रूप से एकदम अलग-थलग पड़ गयी हैं और उन्हें कुछ अपरिवर्तनीय विशेषताओं के जरिये ही पहचाना जा सकता है। तथापि, अधिकांश को संबंधित प्रजातियों के बड़े या छोटे समूहों के सदस्य के रूप में माना जा सकता है, जो अक्सर ही एक-दूसरे के साथ भौगोलिक संपर्क में रहते हैं और जिनके बीच जीन का आदान-प्रदान अब भी होता रहता है। इन स्थितियों में कई प्रजातियां एक-दूसरे में श्रेणीबद्ध होती दिखाई देती हैं और मध्यवर्ती रूप आम हैं। दूसरे शब्दों में, कुछ प्रजातियां अपने आकृति विज्ञान के कारण अपेक्षाकृत निश्चित आनुवंशिकी की होती हैं, जबकि अन्य अपने नजदीकी रिश्तेदारों से पूरी तरह से भिन्न नहीं होतीं.

संकर प्रजाति के सभी पेड़ को हमेशा पहली प्रजाति के रूप में मान्यता नहीं दी जाती और कुछ का नई प्रजातियों के तौर पर नामकरण किया गया है, जैसे कि "ई. क्राईसंथा" ("ई. प्रिसियाना" x "ई. सेप्युक्रैलिस") और "ई." "रायवलिस" ("ई. मार्जिनाटा" x "ई. मेगाकर्पा"). संकर संयोजन इस क्षेत्र में विशेष रूप से आम नहीं हैं, लेकिन कुछ अन्य प्रकाशित प्रजातियां ऑस्ट्रेलिया में अक्सर देखी जाती हैं जो संकर प्रजाति की समझी जाती हैं। उदाहरण के लिए, "ई. एरीथरानड्रा" को "ई. अंगुलोसा" × "ई. टेरापटेरा" माना जाता है और क्योंकि पुस्तकों में इसके व्यापक वितरण का प्रायः उल्लेख किया जाता है।

दक्षिण अमेरिका
अफ्रीका
प्रजातियां और वर्णसंकरत्व
खेती, उपयोग और पर्यावरण संबंधी संपत्ति