पुस्तकालय (और जेशूइट का महाविद्यालय) १५७० में जेशूइट के द्वारा स्थापित किया गया था। जेशूइट को लिथुआनिया में आने का निमंत्रण बिशप वलेरियोनस प्रोतसेविचिउस ने दिया। १५७९ महाविद्यालय विल्नुस विश्वविद्यालय हो गया, तो पुस्तकालय को विश्वविद्यालय के पुस्तकालय का नाम दिया गया था। ज़ीगिमन्तस औगुस्तस और बिशप गेओर्गियुस अल्बिनियुस ने पुस्तकालय को बड़े पुस्तकों के संग्रह उपहार में दिये। फिर पुस्तकालय को अपनी पुस्तकें दूसरे प्रसिद्ध व्यक्तित्वों ने उपहार में दीं - बिशप प्रोतसेविचिउस, कार्डिनल युर्गिस रद्विला, अभिजात सपिएगोस का परिवार, वगैरह। 

लगातार पुस्तकों की राशि बढ़ रही थी - १७७३ में पुस्तकालय के कोष में लगभग ११ ००० पुस्तकें रखी गयी थीं। मतलब ही है २०० साल के दौरान पुस्तकों की राशि ने दोहराया।

युद्धों, जलनों और चोरियों के लिये पुस्तकालय का विस्तार किया नहीं जा सका इस लिये बहुत पुस्तकें दूसरे देशों में भेजी गयी थी (उदाहरण के लिये - रूस, पोलैंड, स्वीडन में, वगैरह)।
१७७३ में जेशूइट संस्था बन्द करके विल्नुस के विश्वविद्यालय का आश्रय शिक्षात्मक अधिकार करने लगा। १७८१ में विश्वविद्यालय का नाम बदला गया था - विल्नुस विश्वविद्यालय को विल्नुस के सब से ऊँचे विद्यालय का नाम दिया गया था। उस समय शिक्षात्मक खोजों के लक्ष्य भी बदलने लगे इसी लिये पुस्तकालय के कोष में जीवविज्ञान और चिकित्सा की पुस्तकें भेजी जा रही थीं।

व्यवस्था
स्थापना
सदर मकान के नये वाचनालय
रूस के साम्राज्य में