जठरांत्र शोथ के लिए आमतौर पर एंटीबायोटिक दवाओं का इस्तेमाल नहीं होता है, हलांकि यदि लक्षण विशेष रूप से गंभीर हों या अतिसंवेदनशील बैक्टीरिया की पहचान हो या उसका संदेह हो तो कभी-कभी उनकी अनुशंसा की जाती है। यदि एंटीबायोटिक दवाओं का उपयोग किया जाना है तो फ़्लोरोक्विनोलोन में उच्च प्रतिरोध के कारण मैक्रोलाइड (जैसे एज़ीथ्रोमाइसिन) को अधिक पसंद किया जाता है। स्यूडोमेम्ब्रेनस बृहदांत्रशोथ, जो कि आमतौर पर एंटीबायोटिक के प्रयोग की वजह से होता है, प्रेरक एजेंट को रोक कर तथा मेट्रोनिडाज़ोल या वैंकोमाइसिन द्वारा उपचार करके प्रबंधित किया जाता है। बैक्टीरिया और प्रोटोज़ोन जो कि इलाज के लिए उत्तरदायी हैं, उनमें "शिंगेला" "साल्मोनेला टाइफी," और "जियार्डिया" प्रजातियां शामिल हैं। "जियार्डिया" प्रजाति या "एंटामोएबा हिस्टोलिटिका" वाले मामलों में, टिनिडाज़ोल उपचार की सिफारिश की जाती है जो कि मेट्रोनिडाज़ोल से बेहतर है। विश्व स्वास्थ्य संगठन (WHO) उन युवा बच्चों के लिए एंटीबायोटिक दवाओं के उपयोग की सिफारिश करता है जिनमें खूनी पेचिश और बुखार दोनों की समस्या हो।

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