मानसिक स्वास्थ्य समस्याओं वाले लोगों में उपचार के कई प्रकार आत्महत्या के जोखिम को कम कर सकते हैं। वे लोग जो सक्रिय रूप से आत्महत्या के जोखिम में आते हैं उनको उनकी इच्छा से या बलपूर्वक मानसिक देखभाल में भर्ती किया जा सकता है।वे चीजें जो ऐसे लोगों को हानि पहुंचा सकती हैं, आम तौर पर हटा दी जाती हैं। कुछ चिकित्सक रोगियों से आत्महत्या रोकथाम अनुबंध पर हस्ताक्षर कराते हैं जिसके माध्यम से वे छोड़े जाने पर खुद को नुक्सान न पहुंचाने पर सहमित प्रदान करते हैं। हलांकि, साक्ष्य इस अभ्यास के प्रभावी होने का संकेत नहीं देते हैं। यदि कोई व्यक्ति निम्न जोखिम पर है तो वाह्य-रोगी मानसिक स्वास्थ्य उपचार का प्रबंध किया जा सकता है पुराने आत्महत्या करने की मनस्थिति वाले वे लोग जो सीमांत व्यक्तित्व विकार से पीड़ित हैं उनमें लघु-अवधि के लिए अस्पताल में भर्ती किए जाने को सामुदायिक देखभाल से बेहतर नहीं देखा गया है।
इस बात के अंतरिम साक्ष्य उपलब्ध हैं कि मानसिक उपचार, विशेष रूप से डायालेक्ट्रिक बिहेवियरल उपचार, किशोरों में तथा साथ ही सीमांत व्यक्तित्व विकार वाले लोगों में आत्महत्या की प्रवृति को कम करता है। हलांकि इस बात के साक्ष्य नहीं मिले हैं कि अंततः आत्महत्या में कमी हुई हो।अवसाद-रोधी दवाओं के लाभ बनाम हानियों पर विवाद है। युवा लोगों में नई अवसाद रोधी दवाओं जैसे SSRIs आत्महत्या की प्रवृत्ति को 25 प्रति 1000 से 40 प्रति 1000 तक बढ़ाती दिखती है। हलांकि बुजुर्गों में जोखिम कम हो सकता है। लीथियम उन लोगों में जोखिम कम करने में प्रभावी दिखता है जिनमें द्विध्रुवीय विकार और एकध्रुवीय अवसाद समान्य जनसंख्या जितने स्तर पर दिखता है।

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