मथुरा जंक्शन में 10 प्लेटफार्म हैं। दक्षिण सीमा और पश्चिमी सीमन्त ट्रेनों के लिए एक जंक्शन है। यह भारत के सभी प्रमुख शहरों से जुड़ा हुआ है। इस रेलवे जंक्शन स्टेशन से सात मार्ग / लाइनें जाती हैं। प्लेटफार्म 9 वृंदावन मीटर-गेज ट्रेनों के लिए समर्पित है। क्वालिटी काउंसिल ऑफ इंडिया (QCI) द्वारा जारी 2018 की रिपोर्ट में, 75 प्रमुख स्टेशनों में से इस स्टेशन को सबसे कम स्वच्छ स्टेशन घोषित किया गया था।

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