1996 में, मेयर अनातोली सब्चाक के चुनाव हारने के बाद उन्हें मॉस्को बुला लिया गया, जहाँ वे राष्ट्रपति बोरिस येल्तसिन के प्रशासन कार्यालय में काम करने लगे। मार्च 1997 तक वह इस पद पर बने रहे।

26 मार्च 1997 को राष्ट्रपति बोरिस येल्तसिन ने पुतिन को राष्ट्रपति प्रशासन का उप प्रमुख नियुक्त किया, जहाँ वह मई 1998 तक बने रहे। इसके साथ ही 1998 जून तक वह राष्ट्रपति संपत्ति प्रबंधन विभाग के मुख्य नियंत्रण निदेशालय के प्रमुख भी थे। 25 मई 1998 में पुतिन को संघीय सुरक्षा सेवा, एफ॰ एस॰ बी॰ (के॰जी॰बी॰ के उत्तराधिकारी एजेंसियों में से एक) के प्रमुख के पद पर नियुक्त किया गया। वह 1 अक्टूबर 1998 को रूसी संघ के सुरक्षा परिषद के स्थायी सदस्य और फिर 29 मार्च 1999 को परिषद के सचिव बने।

कार्यवाहक राष्ट्रपति (1999-2000)
प्रधानमंत्री का पद (1999)
मास्को में प्रारंभिक कैरियर (1996–1999)
केजीबी जीवन