जीवाण्विक अनुवर्तन शब्दावली इस बात का उल्लेख करती है कि एचआईवी (HIV) किन कोशिका प्रकारों को संक्रमित करता है। एचआईवी (HIV) अनेक प्रकार की प्रतिरोधी कोशिकाओं को संक्रमित कर सकता है, जैसे सीडी4 टी कोशिकाएं (CD4 T cells), मैक्रोफेजेस (macrophages) और माइक्रोग्लायल (microglial) कोशिकाएं. मैक्रोफेजेस (macrophages) और सीडी4 टी (CD4 T) में एचआईवी-1 (HIV-1) के प्रवेश के लिये लक्ष्यित कोशिका पर वायरिऑन आवरण ग्लाइकोप्रोटीन (जीपी120) की सीडी4 (CD4) अणुओं के साथ तथा केमोकाइन सहाभिग्राहकों के साथ होने वाली अंतःक्रिया के द्वारा मध्यस्थता की जाती है।

एचआईवी-1 (HIV-1) के मैक्रोफेज (एम-अनुवर्ती) (M-tropic) खिंचाव (strains) या नॉन-सिंसिटा-इंड्यूसिंग खिंचाव (non-syncitia-inducing strains) (एनएसआई) (NSI) प्रवेश के लिये "β" -केमोकाइन अभिग्राहक सीसीआर5 (CCR5) का प्रयोग करते हैं और इस प्रकार मैक्रोफेजों में तथा सीडीआर4 टी कोशिकाओं (CDR4 T cells) में प्रतिलिपि बना पाने में सक्षम हो जाते हैं। इस सीसीआर5 (CCR5) सहाभिग्राहक का प्रयोग लगभग सभी प्रथामिक एचआईवी-1 विलगों (isolates) द्वारा जीवाण्विक जेनेटिक उप-प्रकार से निरपेक्ष रहते हुए किया जाता है। वस्तुतः मैक्रोफेज एचआईवी (HIV) संक्रमण के अनेक पहलुओं में एक मुख्य भूमिका निभाते हैं। वे एचआईवी (HIV) द्वारा संक्रमित की जाने वाली पहली कोशिकाएं प्रतीत होते हैं और संभवतः वे मरीज में सीडी4 कोशिकाओं (CDR4 T cells) की कमी हो जाने पर एचआईवी (HIV) के उत्पादन का स्रोत भी हैं। मैक्रोफेज और माइक्रोग्लायल कोशिकाएं एचआईवी (HIV) द्वारा केंद्रीय स्नायु तंत्र में संक्रमित की जाने वाली कोशिकाएं हैं। एचआईवी (HIV) संक्रमित मरीजों की गलतुण्डिकाओं (tonsils) तथा ग्रंथ्याभों (adenoids) में, मैक्रोफेज बहु-केंद्रीकृत विशाल कोशिकाओं में संगलित हो जाता है, जो जीवाणु की बड़ी मात्राएं उत्पन्न करती हैं।

टी-अनुवर्ती विलग (T-tropic isolates), या सिंसिटा-इंड्यूसिंग (syncitia-inducing) (एसआई) (SI) खिंचाव (strains) प्राथमिक सीडी4 टी (CD4 T) कोशिकाओं तथा साथ ही मैक्रोफेजों में प्रतिलिपि बनाते हैं और प्रवेश के लिये "α" -केमोकाइन अभिग्राहक, सीएक्ससीआर4 (CXCR4), का प्रयोग करते हैं। एचआईवी-1 (HIV-1) के दोहरे-अनुवर्ती खिंचावों को एचआईवी-1 (HIV-1) के पारगमन खिंचाव माना जाता है और इस प्रकार वे जीवाण्विक प्रवेश के लिये सीसीआर5 (CCR5) और सीएक्ससीआर4 (CXCR4) दोनों का प्रयोग सहाभिग्राहकों के रूप में कर पाने में सक्षम होते हैं।

"α" -केमोकाइन एसडीएफ-1 (SDF-1), सीएक्ससीआर4 (CXCR4) के लिये एक बंध (ligand), टी-अनुवर्ती (T-tropic) एचआईवी-1 (HIV-1) विलगों की प्रतिलिपि को रोकता है। ऐसा वह इन कोशिकाओं की सतह पर सीएक्ससीआर4 (CXCR4) की अभिव्यक्ति के शीघ्र-नियमन द्वारा करता है। केवल सीसीआर5 (CCR5) अभिग्राहक का प्रयोग करनेवाले एचआईवी (HIV) को आर5 (R5) कहा जाता है; जो केवल सीएक्ससीआर4 (CXCR4) का प्रयोग करते हैं, उन्हें एक्स4 (X4) कहा जाता है और जो दोनों का प्रयोग करते हैं, वे एक्स4आर5 (X4R5) कहलाते हैं। हालांकि, केवल सहाभिग्राहकों का प्रयोग जीवाण्विक अनुवर्तन की व्याख्या नहीं करता क्योंकि सभी आर5 (R5) जीवाणु एक उत्पादक संक्रमण के लिये मैक्रोफेक पर सीसीआर5 (CCR5) का प्रयोग कर पाने में सक्षम नहीं होते और एचआईवी (HIV) मायलॉइड डेंड्राइटिक कोशिकाओं (myeloid dendritic cells) के एक उप-प्रकार को भी संक्रमित कर सकता है, जो संभवतः एक भण्डार का निर्माण करती है, जो सीडीआर4 टी (CD4 T) कोशिकाओं की संख्या अत्यधिक निम्न स्तरों पर पहुंच जाने पर संक्रमण को बनाए रखता है।

कुछ लोग एचआईवी (HIV) के विशिष्ट खिंचावों के प्रति प्रतिरोधी होते हैं। उदाहरण के लिये सीसीआर5-Δ32 (CCR5-Δ32) परिवर्तन वाले लोग आर5 जीवाणु के साथ संक्रमण के प्रति प्रतिरोधी होते हैं क्योंकि यह परिवर्तन एचआईवी (HIV) को इस सहाभिग्राहक से बंधने से रोकता है, जिससे लक्ष्य कोशिकाओं को संक्रमित करने की इसकी क्षमता घटती है।

यौन-संपर्क एचआईवी (HIV) के संचरण का मुख्य माध्यम है। एक्स4 (X4) और आर5 (R5) दोनों ही एचआईवी (HIV) वीर्य के द्रव में उपस्थित होते हैं, जो पुरुष से उसके यौन-साथी में भेजा जाता है। इसके बाद वायरिऑन अनेक कोशिकामय लक्ष्यों को संक्रमित कर सकता है और पूरे जीव में बिखर जाता है। हालांकि इसके मार्ग से आर5 (R5) जीवाणु का प्रबल संचरण एक चयन प्रक्रिया के परिणामस्वरूप होता है। यह अभी भी शोध का विषय है कि यह चयन प्रक्रिया किस प्रकार कार्य करती है, लेकिन एक मॉडल यह है कि शुक्राणु चयनात्मक रूप से आर5 एचआईवी को वहन कर सकते हैं क्योंकि वे अपनी सतह पर सीसीआर3 (CCR3) और सीसीआर5 (CCR5) दोनों पर प्रक्रिया करते हैं, लेकिन सीएक्सआर4 (CXCR4) पर नहीं और जननांग की उपकला की कोशिकाएं एक्स4 (X4) जीवाणु को प्रमुखता से अलग करती हैं। उप-प्रकार बी एचआईवी-1 (B HIV-1) से संक्रमित मरीजों में, अक्सर बीमारी के अनुवर्ती-चरण में सहाभिग्राहक में एक परिवर्तन देखा जाता है और टी-अनुवर्ती (T-tropic) संस्करण दिखाई देते हैं, जो सीएक्ससीआर4 (CXCR4) के माध्यम से अनेक प्रकार की टी (T) कोशिकाओं को संक्रमित कर सकते हैं। अब ये संस्करण उच्च विषाक्तता के साथ अधिक आक्रामक रूप से प्रतिलिपि बनाते हैं, जिससे टी (T) कोशिकाओं की संख्या में तीव्र गिरावट आती है, प्रतिरोध तंत्र ध्वस्त हो जाता है और अवसरवादी संक्रमण उत्पन्न होते हैं, जो एड्स (AIDS) के आगमन का संकेत हैं। इस प्रकार, संक्रमण की इस यात्रा में, सीसीआर5 (CCR) की बजाय सीएक्ससीआर4 (CXCR4) के प्रयोग का जीवाण्विक अनुकूलन एड्स (AIDS) तक प्रगति में एक मुख्य चरण हो सकता है। उप-प्रकार बी (B) से संक्रमित व्यक्तियों पर किये गये अनेक अध्ययनों ने यह निर्धारित किया है कि एड्स (AIDS) के 40 से 50% मरीज़ एसआई (SI) और संभवतः एक्स4 (X4) फेनोटाइप के जीवाणुओं को आश्रय दे सकते हैं।

एचआईवी-1 (HIV-1) की तुलना में एचआईवी-2 (HIV-2) बहुत कम रोगजनक होता है और इसका विश्वव्यापी वितरण सीमित है। एचआईवी-2 (HIV-2) द्वारा “सहायक जीनों” का अनुकूलन और सहाभिग्राहकों के प्रयोग का इसका अधिक प्रकीर्ण पैटर्न (सीडी4 (CD4)-स्वतंत्रता सहित) जीवाणु की सहायता इसके अनुकूलन में कर सकता है, ताकि मेजबान कोशिका में उपस्थित अंतर्जात कारकों से बचा जा सके। संचरण और उत्पादक संक्रमण को सक्षम बनाने के लिये सामान्य कोशिकामय यांत्रिकी के प्रयोग के अनुकूलन ने भी मनुष्यों में एचआईवी-2 (HIV-2) के दोहराव की स्थापना में सहायता की है। किसी भी संक्रामक दूत के लिये बचाव रणनीति अपने मेजबान मारना नहीं, बल्कि अंततः एक सहभोजी जीव बन जाना होती है। समय के साथ-साथ निम्न रोगात्मकता प्राप्त कर लेने पर, संचरण में अधिक सफल संस्करण को चुना जाएगा.

अनुवर्तन
प्रमुख प्रकार
एचआईवी (HIV) का तीव्र संक्रमण
आनुवंशिक परिवर्तिता