आनुवंशिक और पर्यावरणी कारक भी अक्सर बच्चों में मोटापे का कारण होते हैं। 
भूख और चयापचय को नियंत्रित करने वाले भिन्न जीनों में बहुरूपता भी मोटापे का कारण बन सकती है, जबकि व्यक्ति में पर्याप्त कैलोरी मौजूद होती है। इस तरह की स्थूलता कई दुर्लभ आनुवंशिक परिस्थितियों का एक प्रमुख लक्षण है जो अक्सर बचपन में दिखाई देता है।


जिन बच्चों में जल्दी ही गंभीर स्थूलता की शुरुआत हो जाती है (दस साल की उम्र से पहले शुरुआत हो जाती है और शरीर भार सूचकांक सामान्य से तीन मानक विचलन ऊपर होता है), ऐसे 7 प्रतिशत बच्चों में एक लोकस पर उत्परिवर्तन देखा जाता है। एक अध्ययन में पाया गया कि जिन मामलों में दोनों अभिभाक मोटे होते हैं, 80 प्रतिशत बच्चे भी मोटे ही होते हैं, इसके विपरीत ऐसे अभिभावकों के केवल 10 प्रतिशत बच्चों का वजन सामान्य होता है। जांच की गयी जनसंख्या में पाया गया कि 6 से 85 प्रतिशत लोगों में स्थूलता आनुवंशिकता पर निर्भर करती है। तुलना करें: सेकण्डहैण्ड स्थूलता.

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