दक्षिणी सूडान को पानी की आपूर्ति के लिए कई चुनौतियों का सामना करना पड़ रहा है। अनुमान लगाया जाता है कि दक्षिण सूडान की जनसंख्या के 50% से 60% हिस्से को चांपाकल, संरक्षित कुँवे, एवं – एक छोटे वर्ग को – पाइपलाइन सप्लाई के रूप में बेहतर पानी का स्रोत उपलब्ध है। देश में श्वेत नील के बहने के बावजूद सूखे मौसम में ऐसे क्षेत्रों में पानी दुर्लभ है, जो कि नदी पर स्थित न हों।

लगभग आधी आबादी को 1 किमी के भीतर किसी संरक्षित कुँवे, पाइपलाइन या चांपाकल के रूप में बेहतर पानी के स्रोत उपलब्ध नहीं है। कुछ मौजूदा पाइपलाइन आधारित पानी आपूर्ति प्रणालियों का अक्सर अच्छी तरह से रखरखाव नहीं किया जाता है और उनके द्वारा सप्लाई किया गया पानी पीने के लिए अक्सर सुरक्षित नहीं होता। घर लौट रही विस्थापित आबादी बुनियादी सुविधाओं पर भारी दबाव डाल रही है और इस विभाग के प्रभारी सरकारी संस्थान भी कमजोर हैं। कई सरकारी एवं गैर सरकारी संगठनों की ओर पानी की आपूर्ति में सुधार के लिए पर्याप्त बाहरी दान राशि उपलब्ध है।

वाटर इस बेसिक, ओबक्की फाउंडेशन एवं उत्तरी अमेरिका से ब्रिजटन-लेक रीजन रोटरी क्लब जैसे कई गैर सरकारी संगठन दक्षिणी सूडान में पानी की आपूर्ति सुधारने में सहारा देते हैं।

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