मई २०१७ में फिल्म के पोस्ट-प्रोडक्शन के दौरान अपनी बेटी की मृत्यु से उबरने के लिए स्नाइडर फिल्म छोड़कर चले गए। जोस व्हीडन, जिन्हें स्नाइडर ने पहले कुछ अतिरिक्त दृश्यों को फिर से लिखने का काम दिया था, ने स्नाइडर के स्थान पर पोस्ट-प्रोडक्शन कर्तव्यों को संभाला। जुलाई २०१७ में, यह घोषणा की गई थी कि फिल्म लंदन और लॉस एंजिल्स में दो महीने के रीशूट के दौर से गुज़र रही थी, जिसमें वार्नर ब्रदर्स ने २५ मिलियन डॉलर अतिरिक्त खर्च किये थे।, और इससे फ़िल्म का बजट बढ़कर ३०० मिलियन डॉलर तक पहुँच गया था। कैविल उस समय की शूटिंग कर रहे थे, जिसके चरित्र के लिए उन्होंने मूंछें उगायी थी, और फिल्मांकन पूरा होने तक वह उन्हें बनाये रखने के लिए अनुबंधित थे। शुरुआत में तो फॉलआउट के निर्देशक, क्रिस्टोफर मैकक्वेरी ने जस्टिस लीग के निर्माता को $३ मिलियन के हर्जाने के भुगतान पर कैविल की मूंछें कटवाने की इजाजत दे दी थी, परन्तु बाद में पैरामाउंट पिक्चर्स के अधिकारियों ने इस प्रस्ताव को खारिज कर दिया। इसी कारण से जस्टिस लीग की वीएफएक्स टीम को पोस्ट-प्रोडक्शन में मूंछों को डिजिटल रूप से हटाने के लिए विशेष दृश्य प्रभावों का प्रयोग करना पड़ा। जोस व्हीडन को क्रिस टेर्रियो के साथ फिल्म की पटकथा लेखन का श्रेय मिला, जबकि निर्देशन का श्रेय केवल स्नाइडर को ही दिया गया।

वार्नर ब्रदर्स के सीईओ, केविन तुजीहारा ने फ़िल्म की लम्बाई को दो घंटे से कम रखने का आदेश दिया था। फ़िल्म को पोस्ट प्रोडक्शन काल में कई समस्याओं का सामना करना पड़ा था, परन्तु फिर भी कम्पनी फिल्म की रिलीज में देरी नहीं करना चाहती थी, ताकि एटी एंड टी के साथ इसके विलय से पहले-पहले अधिकारी अपने बोनस प्राप्त कर सकें। फरवरी २०१८ में यह खबरें आयी कि स्नाइडर फ़िल्म से खुद बहार नहीं हुए, वरन् उन्हें जस्टिस लीग के निर्देशक कर्तव्यों से निकाल दिया गया था, क्योंकि, कोलाइडर के मैट गोल्डबर्ग के अनुसार, उनके संस्करण को "अवांछनीय" समझा गया था। इस विषय पर लिखते हुए गोल्डबर्ग ने टिप्पणी की थी कि "मैंने पिछले साल भी अलग-अलग स्रोतों से इसी तरह की चीजें सुनीं, मैंने यह भी सुना कि स्नाइडर का फिल्म का अपूर्ण संस्करण 'अवांछनीय' था (एक शब्द जिसने मुझे काफी प्रभावित किया, क्योंकि यह दुर्लभ है कि आप दो अलग-अलग स्रोतों को एक ही विशेषण प्रयोग करते सुनें)। अगर यह सच भी है, तो भी कहानी केवल इतनी सी ही नहीं हो सकती है, क्योंकि रीशूट, पुनर्लेखन इत्यादि के माध्यम से ऐसी किसी भी कमी को ठीक किया जा सकता है।" इसके विपरीत, डीसी कॉमिक बुक कलाकार जिम ली के अनुसार, स्नाइडर को निकाला नहीं गया था। कैलगरी कॉमिक एंड एंटरटेनमेंट एक्सपो में बोलते हुए ली ने कहा कि जहां तक ​​वे जानते थे, "उन्हें (स्नाइडर को) बिलकुल नहीं निकाला गया था" और "वह एक परिवारिक मामले के कारण फ़िल्म से पीछे हट गए थे।"

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