लोटस के साथ सम्पूर्ण 1987 सीज़न में रहते हुए होंडा के साथ जिस रिश्ते को उन्होंने कायम किया उसके चलते और मैकलेरन के नंबर वन ड्राइवर और उस वक्त के दोहरे विश्व चैंपियन अलेन प्रोस्ट के अनुमोदन के साथ वर्ष 1988 में सेना ने मैकलेरन टीम में पदार्पण किया। सेना और प्रोस्ट के बीच भयंकर प्रतियोगिता की नींव रखी गई, इन दोनों के बीच अगले पांच वर्षों तक कई नाटकीय रेस घटनाएं पराकाष्ठा तक पहुंची. 1988 में पुर्तगाल ग्रांड प्रिक्स में शुरूआत में प्रोस्ट, सेना के मुकाबले थोड़ा तेजी से आगे निकल गए लेकिन ब्राजीलियन जल्दी से पहले कोने से आगे निकले। प्रोस्ट ने प्रतिक्रिया दिखाते हुए पहले लैप के अंत में सेना से आगे निकल गए। सेना, प्रोस्ट को ब्लॉक करने के लिए झटके से मुड़े और उस फ्रैंचमैन को पर पिटवाल पर चलने के लिए मजबूर किया। प्रोस्ट ने अपने पैरों को नीचे रखा और जल्द ही पहले कोने में सेना को किनारे पर कर दिया और तेजी से उसे बाहर करने के लिए खींचना शुरू किया। हालांकि सेना की पैंतरेबाज़ी से प्रोस्ट नाराज थे, इस ब्राजीलियन ने FIA की तरफ से चेतावनी नज़रअंदाज़ कर दिया। सेना ने बाद में इस घटना के लिए प्रोस्ट से माफी भी मांगी. अंततः इस जोड़ी ने 1988 में मैकलेरेन MP4/4 में 16 में से 15 रेस जीते, जिसमें सेना शीर्ष स्थान पर रहे और प्रोस्ट के 7 अंक के मुकाबले 8 अंक के द्वारा सेना ने अपना पहला फॉर्मूला वन चैंपियंसशिप खिताब हासिल किया (पूरे सीज़न के दौरान प्रोस्ट ने अधिक अंक अर्जित किए थे लेकिन उन्हें तीन द्वितीय स्थान को छोड़ना पड़ा, क्योंकि केवल 11 सर्वश्रेष्ठ स्कोर को ही गिना जाता है)। 


अगले वर्ष, सेना और प्रोस्ट के बीच प्रतिद्वंद्विता ट्रैक पर लड़ाई और एक मनोवैज्ञानिक युद्ध के रूप में और तीव्र हुई। दो चालकों के बीच तनाव और अविश्वास बढ़ता गया जब सैन मैरिनो ग्रांड प्रिक्स के पुनः आरम्भ होने के बाद सेना, प्रोस्ट से तेजी से आगे निकल गए, एक ऐसा प्रयास जिसे प्रोस्ट ने पूर्व-रेस समझौते का उल्लंघन करने का दावा किया। पहली चार दौड़ में से तीन में जीत के साथ सेना ने प्रतियोगिता में शुरुआती बढ़त ले ली थी, लेकिन एक साथ ब्राजील और पुर्तगाल में टक्कर के साथ फीनिक्स, कनाडा, फ्रांस, ब्रिटेन और इटली में अविश्वसनीयता के कारण खिताब प्रोस्ट के पक्ष में चला गया।

जापान के सुज़ुका सर्किट में सेना के साथ टकराव के बाद प्रोस्ट ने 1989 का विश्व खिताब अपने नाम किया, सीज़न की आखिरी से पहले वाली रेस जिसमें सेना को खिताबी दौड़ में अपने को बनाए रखने के लिए जीतना जरूरी था। सेना ने एक अंदरूनी रास्ते से आगे निकलने का प्रयास किया जिसके कारण प्रोस्ट कोने में चले गए और सुज़ुका शिकेन आक्षेप रोड में टायर के इंटरलॉक के साथ दोनों मेकलेरेन ने समाप्ति की। उसके बाद सेना को मार्शलों से पुश-स्टार्ट प्राप्त हुआ, अपनी क्षतिग्रस्त कार को बदलने का मौका मिला और फिर से वे दौड़ में शामिल हुए. उन्होंने अलेसान्ड्रो ननीनी के बेनेटन से लीड लिया और प्रथम हो गए, लेकिन टक्कर के बाद दोहरे मोड़ से आगे निकलने और पिट लेन प्रवेश (ट्रैक का हिस्सा नहीं है) के लिए उन्हें FIA द्वारा अयोग्य करार दिया गया। 1989 की सर्दियों में एक विशाल जुर्माना और उनके सुपर लाइसेंस को अस्थायी रूप से निलंबित किया गया और FIA और तत्कालीन अध्यक्ष जीन-मैरी बेलेस्ट्रे के साथ सेना ने कड़वे शब्दों में बातचीत की। सेना ने दूसरा सीज़न छह जीत और एक द्वितीय स्थान के साथ समाप्त किया। निम्नलिखित वर्ष के लिए प्रोस्ट ने फेरारी प्रतिद्वंद्वियों के लिए मैकलेरन को छोड़ दिया। 

1990 में, छह जीत, दो द्वितीय स्थान और तीन तीसरे स्थान के साथ प्रतियोगिता में सेना ने एक प्रभावशील बढ़त बनाई। उनकी सबसे यादगार जीत फीनिक्स के उद्घाटन सत्र में हुई, जहां उन्होंने शीर्ष में आने से पहले उस समय के अप्रसिद्ध जीन अलेसी के साथ कई लैप की बढ़त के लिए मुकाबला किया और जर्मनी में जहां उनका मुकाबला बेनेटन ड्राइवर अलेसान्ड्रो ननीनी के साथ पूरे रेस के दौरान हुआ। सीज़न के अपने फाइनल क्वार्टर में पहुंचने के साथ, अलेन प्रोस्ट अपने फेरारी में पांच जीत के साथ मुकाबले में आ गए, जिसमें स्पेन की महत्वपूर्ण जीत शामिल थी, जहां वे और टीम सदस्य निगेल मनसेल ने सुडेरिया के लिए 1-2 पर समाप्ति की। सेना एक क्षतिग्रस्त रेडिएटर के साथ बाहर हो गए और सेना और प्रोस्ट के बीच का अंतर कम होकर 11 अंक पर आ गया और केवल इस समय तक दो रेस ही बाकी थी।

जापान के सुज़ुका (वही सर्किट जहां सेना और प्रोस्ट एक साल पहले टकराए थे) में चैंपियंसशिप के उपान्तिम राउंड में सेना ने प्रोस्ट से आगे पोल पोजिशन प्राप्त की। सुजुका का पोल पोजिशन दाएं तरफ था, जो कि ट्रैक के गंदे भाग की तरफ आता है। प्रोस्ट की फेरारी ने एक बेहतर शुरूआत की और सेना के मैकलेरेन से आगे निकल गई। पहले मोड़ में सेना ने आक्रामक रूप से अपनी लाइन को बनाए रखा, जबकि प्रोस्ट अंदर की ओर आए और मैकलेरेन, प्रोस्ट के फेरारी के पिछले पहिये में लगभग 270 km/h (170 mph) पर चलने लगा, जिससे दोनों की कारें ट्रैक से उतर गई और इस बार सेना फार्मूला 1 के विश्व चैंपियन बन गए। एक साल बाद, अपने तीसरे विश्व चैम्पियनशिप को लेने के बाद, सेना ने सुजुका में पिछले साल की अपनी गतिविधियों को प्रेस के सामने अभिव्यक्त किया। सर्वाधिक तेज़ी से क्वालीफाइंग करने से पहले उन्होंने कहा कि, उन्हें रेस अधिकारियों से यह आश्वासन मिला था कि पोल पोजिशन को ट्रैक के साफ वाले हिस्से की तरफ यानी बाएं-हाथ की तरफ रखा जाएगा, लेकिन उनके पोल पोजिशन प्राप्त करने के बाद उन्होंने पाया कि इस निर्णय को जीन-मेरी बेलेस्ट्रे के द्वारा उलट दिया गया। प्रोस्ट के साथ टकराव की चर्चा करते हुए सेना ने कहा कि वे चाहते थे कि यह स्पष्ट हो जाए कि वे बेलेस्ट्रे के द्वारा लिए गए निर्णय को स्वीकार नहीं करेंगे, जिसे उन्होंने एक अनुचित निर्णय माना था, जिसमें 1989 में उनकी अयोग्यता और 1990 में पोल पोजिशन शामिल है:
"मुझे लगता है कि 1989 में जो भी हुआ वह अक्षम्य था और मैं इसे कभी नहीं भूल पाऊंगा. अभी भी इसके साथ मुकाबला करने के लिए मैं संघर्ष कर रहा हूं. आपको पता है यहां क्या हुआ था: प्रोस्ट और मैं दोहरे मोड़ में आपस में तब टकरा गए, जब वह मेरी तरफ मुड़ा. बाद में, मैं पुनः रेस में शामिल हुआ और मैं जीत गया, लेकिन उन्होंने मेरे खिलाफ फैसला किया और यह न्याय नहीं था। बाद में जो भी हुआ।.. वह नाटक था, लेकिन जो मैंने महसूस किया वह मैं नहीं कह सकता था। यदि आप कुछ करते हैं तो, आपको दंड मिलता है, आपको जुर्माना मिलता है, हो सकता है आपको अपना लाइसेंस ही खोना पड़ जाए. क्या यह काम करने का उचित तरीका है? यह सही नहीं है।..सुजुका में पिछले साल मैंने अधिकारियों से पोल पोजिशन को दाएं हाथ से बांए की तरफ करने के लिए कहा था। यह अनुचित था, क्योंकि दायां हिस्सा हमेशा गंदा होता है और वहां ग्रिप भी कम होती है - आप पोल पोजिशन पाने के लिए काफी परिश्रम करते हैं और पाने के बाद इसके लिए आपको दंड भुगतना पड़ता है। और उन्होंने कहा, "हां, हम बदल देंगे, इसमें कोई समस्या नहीं है". उसके बाद, आपको पता है क्या हुआ? बेलेस्ट्रे ने यह आदेश दिया कि इसे बदला नहीं जाएगा. मैं जानता हूं कि सिस्टम कैसे काम करता है और मैंने महसूस किया कि सचमुच यह अनुचित था। इसलिए मैंने अपने आप से कहा, "ठीक है, चाहे जो भी हो, मैं पहले कॉर्नर का पहला पोजिशन लेने जा रहा हूं - मैं उस खिलाड़ी (अलेन प्रोस्ट) को उस कॉर्नर में मुझसे पहले आने देने के लिए तैयार नहीं था। अगर मैं उसके काफी करीब हूं, वह कभी भी मेरे सामने से मुड़ नही सकता, उसे मुझे जाने देना ही पड़ेगा." अगर हम टकरा भी जाते हैं तो इसकी परवाह मुझे नहीं थी; मैं इसके लिए तैयार था। और उसे एक मौका मिला, वह मेरी तरफ मुड़ा और हम दुर्घटनाग्रस्त हो गए। यह काफी बड़ी और अपरिहार्य दुर्घटना थी। इसे तो होना ही था। " तो किसी ने कहा कि वाकई ऐसा आपके कारण हुआ। "मेरे कारण कैसे ऐसा हो गया?" सेना ने प्रतिक्रिया व्यक्त की. "अगर आपको सिस्टम में रहकर अपना काम बेहतरीन रूप से करने के लिए हर बार सजा भुगतनी पड़े तो आप क्या करोगे? पीछे खड़े रहकर, धन्यवाद कहना चाहिए? ऐसा नहीं हो सकता. आप जिसे सही मानते हैं उसके लिए लड़ना चाहिए. यदि पोल बाईं तरफ होता, तो मैं आसानी से बढ़त के समय पहले कॉर्नर में तबदील कर लेता, कोई समस्या नहीं होती. पोल को दाएं तरफ रखने का फैसला गलत था और यह निर्णय बेलेस्ट्रे से प्रभावित था। और जिसका परिणाम पहले कॉर्नर की घटना थी। मैंने इसमें योगदान दिया है, लेकिन यह मेरी जिम्मेदारी नहीं है।
बाद में प्रोस्ट ने सेना की गतिविधियों को "घृणित" कहा और कहा कि गंभीर रूप से इस घटना के बाद उसे खेल से अवकाश ग्रहण करने पर विचार करना चाहिए। 

सेना ने 1991 में अपने तीसरे खिताब पर कब्जा किया, जिसमें सात जीत शामिल हैं और बड़े पैमाने पर स्पष्ट रूप से विवादों से मुक्त रहे। फेरारी पर प्रदर्शन में गिरावट के कारण प्रोस्ट एक गंभीर प्रतियोगी नहीं रहे थे। सेना ने प्रथम चार रेस में जीत हासिल की। सीज़न के मध्य तक और अधिक उन्नत विलियम्स में मनसेल चुनौती देने में सक्षम थे। इससे संबंधित कई यादगार पल रहे हैं, जैसे स्पेनिश ग्रांड प्रिक्स में जब सेना और मनसेल सीधे ट्रैक में 320 km/h (200 mph) की गति से केवल सेंटीमीटर के फासले के साथ व्हील टू व्हील चुनौती दे रहे थे, अंततः इस रेस को ब्रिटोन ने जीता था। उसके बाद सिल्वरस्टोन पर ब्रिटिश ग्रांड प्रिक्स में मनसेल की जीत एक अलग प्रदर्शन की पेशकश थी। सेना की कार अंतिम लैप में थम गई थी लेकिन उन्हें सर्किट पर फंसे हुए नहीं छोड़ा गया, क्योंकि मनसेल ने अपने परेड लैप को खींचा और उन्हें विलियम्स के साइड-पोड पर पीछे पिट तक जाने दिया। सीज़न की शुरुआत में यद्यपि सेना की स्थिरता और विलियम्स की अविश्वसनीयता ने सेना को शुरूआती लाभ प्रदान किया, सेना ने जोर देकर कहा कि इससे पहले कि बहुत देर हो जाए, होंडा को अपने इंजन के विकास कार्यक्रम को आगे बढ़ाना चाहिए और कारों को और अधिक सुधारना चाहिए। इन संशोधनों के चलते सीज़न में उन्हें सफलता हासिल करने में देरी हुई और चैंपियनशिप सुरक्षित करने के लिए तीन अन्य रेस किसी तरह जीतने मे सफल हुए, जिसका जापान (एक बार फिर) में अच्छा परिणाम हुआ, जब मनसेल (जिसे जीत की आवश्यकता थी) तीसरे स्थान पर रेस करते हुए पहले कॉर्नर में चला गया और अपने विलियम्स-रीनौल्ट को कंकड़ रास्ते के किनारे में ले आया। सेना ने दूसरे स्थान पर समाप्ति की और अपने टीम सदस्य गेरहार्ड बर्गर को पूरे सीज़न में समर्थन के लिए धन्यवाद स्वरूप अंतिम कॉर्नर पर विजयी होने दिया। 

1992 में, विजयी होने का सेना का दृढ संकल्प इस रूप में प्रदर्शित हुआ कि विलियम्स की सर्व-विजेता FW14B कार को चुनौती देने में मैकलेरेन अक्षम दिखे. उस सीज़न के लिए मैकलेरन की नई कार में कई कमियां थी। नए मॉडल के आने में देरी हो रही थी (यह सीज़न की तीसरे रेस यानी ब्राजीलियन ग्रांड प्रिक्स में इसे पहली बार प्रदर्शित किया गया) और सक्रिय ससपेंशन की कमी के अलावा नई कार में विश्वसनीयता की समास्या भी थी, तेज कॉर्नर में यह अप्रत्याशित थी, जबकि होंडा V12 इंजन सर्किट में अब सबसे शक्तिशाली नहीं था। सेना ने उसी वर्ष मोनाको, हंगरी और इटली में सफलता प्राप्त की। बेल्जियम ग्रांड प्रिक्स के लिए क्वालीफाई के दौरान फ्रेंच चालक एरिक कोमास भारी रूप से दुर्घटनाग्रस्त हो गए और सेना उस दुर्घटना वाले स्थान में पहुंचने वाले पहले चालक थे। वे अपनी कार से बाहर निकले और उस फ्रैचमैन की सहायता के लिए ट्रैक में उसकी तरफ दौड़े और एक साथी चालक की सहायता के लिए अपनी सुरक्षा को भी नज़रअंदाज कर दिया। बाद में वे कोमास से मिलने अस्पताल गए। कुलमिलाकर सेना चैम्पियनशिप में चौथे स्थान पर रहे और मनसेल और पेट्रिज की विलियम्स जोड़ी और बेनेटन के माइकल शूमाकर से पीछे रहे। 

सम्पूर्ण 1992 में वर्ष 1993 के लिए सेना के इरादों से संबंधित प्रश्न का कोई उत्तर नहीं था, क्योंकि इस वर्ष के अंत तक किसी भी टीम के साथ उनका कोई अनुबंध नहीं था। उन्होंने महसूस किया कि मैकलेरन कार पहले की तुलना में कम प्रतियोगी थी (विशेषकर होंडा के 1992 सीज़न के अंत में फॉर्मूला 1 से बाहर हो जाने के बाद)। प्रोस्ट (जिसने वर्ष 1993 के लिए टीम के लिए एक ड्राइव सुरक्षित कर लिया था) के साथ विलियम्स में शामिल होना असंभव हो गया था, क्योंकि प्रोस्ट के अनुबंध के एक खंड में सेना के टीम-सदस्य के रूप में निषेधाधिकार था, फिर भी सेना ने मुफ्त में ड्राइव करने की पेशकश की। क्रोधित सेना ने एस्ट्रोएल के एक प्रेस सम्मेलन में प्रोस्ट को कायर कहा. दिसम्बर में सेना, फीनिक्स, एरिज़ोना गए और एमरसन फिट्टीपाल्डी के पेंस्के इंडीकार का परीक्षण किया।

इसी बीच मैकलेरन बॉस रॉन डेनिस 1993 के लिए रीनौल्ट V10 इंजन की आपूर्ति को प्राप्त करने के लिए कोशिश कर रहे थे। जब यह समझौता विफल हो गया, तो मैकलेरन को ग्राहकों को सप्लाई होने वाला फोर्ड V8 इंजन को लेने पर मजबूर होना पड़ा. ग्राहक टीम के रूप में मैकलेरन को जो इंजन प्राप्त हुआ था वह फोर्ड के फैक्टरी टीम, बेनेटन से दो विशिष्टताओं से पीछे था, लेकिन आशा थी कि वह यांत्रिक परिष्करण के बल पर निम्न होर्सपावर की कमी को पूरा कर सकेगा, जिसमें प्रभावी सक्रिय ससपेंशन प्रणाली शामिल थी। डेनिस ने अंततः सेना को मैकलेरन में वापस लौटने की दरख्वास्त की। हालांकि इस ब्राजीलियन ने केवल दक्षिण अफ्रीका में आयोजित पहले रेस के लिए ही हस्ताक्षर किया जहां वह आकलन करेगा कि मैकलेरन के उपकरण उसके सीज़न को बेहतर बनाने के क्रम में प्रतियोगिता के लिए पर्याप्त है कि नहीं.

मैकलेरन के 1993 के कार की ड्राइविंग के बाद सेना ने निष्कर्ष निकाला कि नई कार में एक आश्चर्यजनक सामर्थ्य है, यद्यपि अभी भी इंजन में शक्ति थोड़ी कम थी और वह प्रोस्ट के विलियम्स रीनौल्ट के टक्कर में नहीं थी। सेना ने एक साल के अनुबंध पर हस्ताक्षर करने से मना कर दिया लेकिन रेस-दर-रेस के आधार पर ड्राइव करने के लिए तैयार हुए, अंततः वे एक साल तक टीम में बने रहे, हालांकि कुछ सूत्रों के मुताबिक यह सेना और डेनिस के बीच एक विपणन चाल थी। दक्षिण अफ्रीका में पहले रेस में दूसरे स्थान पर समाप्ति के बाद, सेना ने लगातार अस्थिर परिस्थितियों में अपने देश ब्राजील, और डोनिंगटन में बारिश वाले वातावरण में जीत हासिल की। उत्तरार्द्ध वाली जीत को अक्सर सेना की सबसे बड़ी जीत के रूप में माना जाता है। उन्होंने चौथे स्थान पर रेस शुरू की लेकिन पांचवें स्थान पर पहले कॉर्नर में खिसक गए, लेकिन पहले लैप के अंत तक वे रेस में सबसे आगे निकल गए। उन्होंने एक ऐसी रेस में सम्पूर्ण फील्ड का चक्कर लगाया जिसे पूरा करने में कुछ अन्य खिलाड़ियों को परिस्थितियों के आधार पर बारिश और स्लिक टायर्स के लिए सात पिट स्टॉप की आवश्यकता होती है। सेना ने स्पेन में दूसरे स्थान पर रेस को समाप्त किया और मोनाको में एक रिकॉर्ड-ब्रेक छठे बार जीत हासिल की। मोनाको के बाद सीज़न के छठे रेस में सेना चैंपियंसशिप में अग्रणी हो गए और मैकलेरेन के निम्न इंजन के बावजूद विलियम्स-रीनौल्ट के प्रोस्ट और बेनेटन के माइकल शूमाकर से आगे रहे। जैसे-जैसे सीज़न आगे बढ़ने लगा प्रोस्ट और डेमोन हिल ने विलियम्स-रीनौल्ट कार की श्रेष्ठता को प्रदर्शित किया और प्रोस्ट ने ड्राइवर चैंपियनशिप को सुरक्षित किया जबकि हिल दूसरे पायदान पर स्थानांतरित हुआ। सेना ने जापान और ऑस्ट्रेलिया में दो जीत के साथ सीज़न और मैकलेरेन करियर को समाप्त किया और चैंपियनशिप में समग्र रूप से दूसरे स्थान को प्राप्त किया। उपांतिक रेस को एक ऐसी घटना के लिए जाना जाता है जिसमें जोर्डन के नए खिलाड़ी एडी इर्विन ने सेना के खिलाफ लैप को पूरा नहीं किया। नाराज सेना बाद में जॉर्डन के गराज में दिखाई दिए और एक लम्बी चर्चा के बाद, वे उस आयलैंडवासी को घूंसा मारने के लिए आगे बढ़े.

1984: टोलमैन
विरासत
1988-1993: मैकलेरन
व्यक्तिगत जीवन