HSVs एक सुप्त किंतु निरंतर रूप में मौजूद रहता है, जिसे "प्रसुप्त संक्रमण" कहते हैं, विशेषकर तंत्रिकीय गंडिका (गैंग्लिया) में. HSV-1 प्रायः ट्रायजेमिनल गैंग्लिया को संक्रमित करता है, जबकि HSV-2 सैक्रल गैंग्लिया को संक्रमित करता है, पर यह पृथक्करण संपूर्ण नहीं होता। किसी कोशिका के प्रसुप्त संक्रमण के दौरान HSVs, लेटेंसी एसोसिएटेड ट्रांसक्रिप्ट (LAT) RNA से जुड़ी प्रसुप्तावस्था को अभिव्यक्त करता है। LAT को मेज़बान कोशिका के नियंत्रक के रूप में जाना जाता है तथा यह कोशिका की प्राकृतिक मृत्यु क्रियाविधियों में हस्तक्षेप करता है। मेजबान कोशिकाओं को बरकरार करते हुए, LAT अभिव्यक्ति विषाणुओं का एक भंडारण स्थल संरक्षित करता है, जो उन्हें अगले संक्रमण के लिए पुनरावृत्ति की अनुमति देता है।

तंत्रिकाओं में पाया जाने वाला प्रोटीन विसर्पिका विषाणु DNA के साथ बंध सकता है तथा प्रसुप्तावस्था को नियंत्रित करता है। विसर्पिका विषाणु DNA में एक प्रोटीन ICP4 के लिए एक जीन समाहित रहता है, जो HSV-1 में अपघट्य संक्रमण से संबद्ध होता है। ICP4 के जीन के चारों ओर घिरे तत्त्व एक प्रोटीन के साथ बंधते हैं, जिसे मानव तंत्रिकीय प्रोटीन, ‘न्युरोनल रेस्ट्रिक्टिव साइलेंसिंग फैक्टर’ (NRSF) या ‘ह्युमैन रिप्रेसर एलीमेंट साइलेंसिंग ट्रांस्क्रिप्शन फैक्टर’ (REST) कहते हैं। विषाणु DNA तत्त्वों के साथ बंधने पर, इस जीन से प्रतिलिपी की पहल को रोकने के लिए ICP4 जीन क्रम के ऊपर हिस्टोन डीएसीटालाइज़ेशन होता है, जिससे अपघट्य चक्र में शामिल अन्य विषाणु की प्रतिलिपी रुक जाती है। अन्य HSV प्रोटीन ICP4 प्रोटीन संश्लेषण के निषेध को मुक्त करता है। ICP0, "ICP4" जीन से NRSF को अपघटित करता है और इस प्रकार विषाणु DNA को निष्क्रिय बनाता है।

अन्य बीमारियों, जैसे जुकाम तथा इंफ्लुएंजा, दाद, भावनात्मक तथा शारीरिक तनाव, तेज धूप का संपर्क, जठरीय परेशानियां या चोट एवं मासिक-धर्म द्वारा विषाणु को पुनःसक्रिय किया जा सकता है।
प्रसुप्त संक्रमण
प्रतिरक्षी अपवंचन
विषाणु की संरचना
सूक्ष्म जीव-विज्ञान