1950 के दशक की शुरुआत में राष्ट्रीय रक्षा अकादमी या नैशनल डीफेंस एकेडेमी (एनडीए) की स्थापना से पहले 'नियमित' प्रविष्टि वाले कैडेटों को यूनाइटेड किंगडम में रॉयल नेवी के साथ चार साल के प्रशिक्षण से गुजरना पड़ता था और वे उप-लेफ्टिनेंट के तौर पर भारत वापस लौटते थे। 1960 के दशक की शुरुआत में ये महसूस किया गया कि राष्ट्रीय रक्षा अकादमी (एनडीए) से बाहर निकलने वाले कैडेट बढ़ती हुई भारतीय नौसेना की जरूरतों को पूरा नहीं कर पाएंगे और इसी वजह से कोचीन में एक अकादमी स्थापित करने का फैसला किया गया। तदनुसार जनवरी, 1969 में कोचीन में एक नौसेना अकादमी की शुरुआत की गयी जिसे अंततः 1986 में आईएनएस मांडोवी (गोवा) में स्थानांतरित कर दिया गया। लगातार बढ़ रहे प्रशिक्षण के दबाव का सामना करने के लिए एक नई स्थायी नौसेना अकादमी की मंजूरी प्राप्त करने का फैसला किया गया था। इसी तरह, तटरक्षकों को भी नौसेना के साथ प्रशिक्षित किया जाता था।

नई नौसेना अकादमी की वैचारिक आवश्यकताएं 

एझिमाला का चयन 
नई नौसेना अकादमी के लिए जिन स्थानों पर विचार किया गया उनमें वेलिंग्टन के पास नीलगिरी पहाड़ियों में अरुवांकाडू और पुणे-कोल्हापुर रोड पर स्थित पायकारा बांध झील, लॉयड्स बांध (भाटगढ़), बैंगलोर के पास हैसरगेट, सौराष्ट्र समुद्रतट पर स्थित पोरबंदर, मद्रास के पास चिंगलपुट और केरल समुद्र तट पर एझिमाला शामिल थे। 1979 में सरकार ने एक स्थायी नौसेना अकादमी की जरूरत को स्वीकार कर लिया। केरल सरकार ने नौसेना को उत्तरी केरल के कन्नूर (कैन्नानोर) के उत्तर में एझिमाला में 960 एकड़ जमीन देने की पेशकश की। वहां सभी जरूरी मूलभूत सुविधाएं, जैसे पेयजल, निर्माण के लिए पानी, बिजली, सड़क और पुल, कव्वायी का अप्रवाही पानी (बुनियादी नाविक प्रशिक्षण के लिए), कटाव रोकने के लिए एक समुद्री-दीवार का निर्माण, पैय्यानूर के पास नजदीकी रेलवे स्टेशन का विस्तार इत्यादि केरल सरकार द्वारा नौसेना को मुफ्त में मुहैया कराए जाएंगे. 1982 में सरकार ने एझिमाला की जगह को स्वीकार कर लिया और केरल सरकार को जमीन अधिगृहित करने और विस्थापितों के पुनर्वास के लिए मध्यम अवधि का आसान ऋण मुहैया कराया.

पौराणिक संबंध 
अरब सागर से सटे डिली पर्वत के साथ एझिमाला की स्थलाकृति ही कुछ ऐसी है कि प्राचीन काल से स्थानीय लोग इसके बारे में विभिन्न किवंदितियां गढ़ने के लिए प्रेरित होते रहे हैं। इनमें सबसे लोकप्रिय रामायण की परंपरा से संबंधित है। राम और रावण के बीच लड़ाई के एक चरण में, भाई लक्ष्मण समेत राम की सेना के कई लोग मारे जा चुके थे। परेशान राम ने वानर सेना के सबसे वरिष्ठ जाम्बवन से परामर्श किया। तब शरीर से तीर निकालने, घावों को ठीक करने, शरीर के कटे हुए हिस्से की सिलाई करने और आखिर में मृतकों को जीवित करने के लिए हिमालय से चार औषधीय जड़ी-बूटी, शल्य करणी, विशाली करणी, संधान करणी और मृत संजीवनी मंगाने का तय किया गया। इन जड़ी-बूटियों को लाने का जिम्मा हनुमान को दिया गया और वे हिमालय के लिए निकल पड़े. हनुमान हिमालय तो पहुंच गए लेकिन वे उन आयुर्वेदिक जड़ी-बूटियों को पहचान नहीं सके। इसलिए उन्होंने एक बड़ा कदम उठाया – उन्होंने पूरा का पूरा ऋषबद्री पर्वत ही उखाड़ लिया और उसे लेकर वापस उड़ चले. दक्षिण की ओर लौटते समय इस पर्वत का एक टुकड़ा समुद्र के पास गिर गया और वही एजिमाला है। स्थानीय लोग मानते हैं कि एझिमाला में आज भी वे दुर्लभ आयुर्वेदिक जड़ी-बूटियां मौजूद हैं।

अकादमी का चालू होना 
इस अकादमी का शिलान्याश 17 जनवरी 1987 को पूर्व प्रधानमंत्री राजीव गांधी द्वारा किया गया था। अकादमी के आधार डीपो आईएनएस (INS) जैमोरिन को केरल के मुख्यमंत्री ओमन चैंडी द्वारा 6 अप्रैल 2005 को शुरू किया गया था, इस तरह एझिमाला नौसेना अकादमी परियोजना का प्रथम चरण पूरा हुआ। शुरू में इस बेस ने अकादमी के निर्माण और इसके प्रशिक्षण और प्रशासन के सभी पहलुओं के कार्यों में मदद किया। इसके शिलान्यास के करीब 22 साल बाद एझिमाला में भारतीय नौसेना अकादमी (आईएनए) उद्घाटन के लिए तैयार थी। 8 जनवरी 2009 को प्रधानमंत्री मनमोहन सिंह ने इस नौसेना अकादमी का उद्घाटन किया था। रक्षा मंत्री ए के एंटनी भी इस मौके पर मौजूद थे, उन्होंने 17 जनवरी 1987 को तत्कालीन प्रधानमंत्री राजीव गांधी को शिलान्यास करते हुए भी देखा था।

शुरुआत में इस परियोजना की लागत 166 करोड़ आंकी गयी थी। 22 साल बाद जब यह परियोजना पूरी हुई तो इसकी लागत 721 करोड़ रुपये हो गयी।

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