बाबर का शासन केवल चार साल तक चला और उसके और उसके उत्तराधिकारी हुमायूँ दोनों ने सीमावर्ती गैरों को स्थापित करने के लिए कुछ अधिक नहीं किया। अपने जीवन के अंतिम वर्ष में हुमायूँ के सत्ता से हटने तक शासक, पुनरुत्थान करने वाले अफगानों ने सड़क के बुनियादी ढांचे और कृषि सर्वेक्षणों की नींव रखी। मुग़ल राजवंश को हुमायूँ के उत्तराधिकारी अकबर के अधीन एक साम्राज्य के रूप में स्थापित किया जाना था, जिसने मुग़ल सरहदों का विस्तार किया। अकबर ने एक विशिष्ट कुलीन वर्ग पर साम्राज्य बनाने की मांग की। उन्होंने राजपूत दुल्हनों को इस्लाम में परिवर्तित किए बिना अपने राजवंश के दीक्षा लेने की प्रथा शुरू की। मुगल अभिजात वर्ग में शिया फारसी, कुछ स्थानीय और अरब मुस्लिम, राजपूत, ब्राह्मण और मराठा शामिल थे। राज्य की एकजुट विचारधारा शासक आदिवासियों की समृद्धि या इस्लामी पहचान के बजाय शासक के प्रति वफादारी पर आधारित थी। विचारधारा में मुख्य रूप से गैर-मुस्लिम निचले अधिकारियों को शामिल किया गया था। 

अकबर की शिक्षाएं, जिन्हें दीन-ए-इलही के नाम से जाना जाता है, इस्लाम, हिंदू धर्म और पारसी धर्म से खींची गई, कुछ दरबारी सदस्यों के लिए एक धुरी थीं, जो शाही, सिर के अलावा, अकबर को अपना आध्यात्मिक मानते थे। आंतरिक चक्र में बीरबल और टोडल मल सहित कुछ हिंदू शामिल थे। अब्दुल कादिर बदायुनी से सबसे प्रसिद्ध, अदालत उलमा से विपक्ष आया था, जिसके कारण अकबर को धर्मत्याग के लिए याद किया गया था। अकबर ने महाभारत के संस्कृत ग्रंथों और रामायण का फ़ारसी में अनुवाद करने का समर्थन किया और उसने ग़ैर मुस्लिमों से लिए जाने वाले जजिया को समाप्त कर दिया। 

एक बड़ा मुद्दा संबंधित आत्मसात और समन्वयवाद है। दिल्ली सल्तनत और मुगल साम्राज्य दोनों ने आमतौर पर हिंदुओं की रक्षा और कमीशन किया। इस प्रवृत्ति को अकबर की नीतियों के अनुसार स्वीकार किया गया था। एक मुश्किल मुद्दा यह था कि इस्लाम में परिवर्तित होने वाले हिंदू अक्सर अपने पुराने विश्वासों को बनाए रखते थे। इससे भी बदतर, सूफी और हिंदू मनीषियों ने निकटता विकसित की। सूफियों और हिंदुओं के बीच निकट संपर्क को चैतन्य, कबीर और नानक के प्रभाव से प्रोत्साहित किया गया था। इन बातों ने धार्मिक मुसलमानों को चिंतित किया, विशेष रूप से राजनीतिक अशांति के बीच। उन्होंने फकीरों के खिलाफ और धर्मान्तरित लोगों को शिक्षित करने के लिए लिखा। सिंकैतवाद का विरोध शेख अहमद सरहिंदी ने किया, जो एक लोकप्रिय नक्शबंदी नेता थे। उनके अनुयायियों ने सूफी और उपनिषदिक दर्शन के मिश्रण की भी निंदा की। 

अकबर की धार्मिक भविष्यवाणियाँ जहाँगीर के तहत जारी रहीं, जो कादिरी संत, मियाँ मीर और वैष्णव योगी , गोसाईं जद्रुप दोनों के लिए समर्पित थे। शुरुआत में, जहाँगीर ने सूफी नक़ाबबंदियों के साथ सौहार्दपूर्ण संबंधों का भी आनंद लिया, जो चिश्ती लोगों से कड़े थे। लेकिन वह शेख अहमद सरहिंदी की आलोचना को बर्दाश्त नहीं कर सके जिन्होंने इस्लामी शरीयत कानून का पालन करने में विफल रहने के लिए सरकार की आलोचना की। 

अकबर की सफलता का एक कारण उसका प्रशासनिक सुधार भी था। औरंगजेब को अक्सर साम्राज्य की प्रशासनिक दक्षता और बहुलवाद को नष्ट करने के लिए दोषी ठहराया जाता है। उन्होंने सिंहासन के लिए अपने भाई दारा शिकोह के साथ प्रतिस्पर्धा की थी और दोनों को वैचारिक विरोधी माना गया है। दारा शिकोह ने अकबर की परंपरा का पालन किया और सभी धर्मों के सामान्य धार्मिक सत्य की खोज की। उनके कार्यों में संस्कृत उपनिषदों और मजमुआ'एल-बहरीन का अनुवाद, सूफ़ी और उपनिषदिक दर्शन को जोड़ने वाला ग्रंथ था। औरंगजेब ने दारा शिकोह पर धर्मत्याग का आरोप लगाया। औरंगज़ेब ने अपने पिता की अवहेलना करने पर शरीयत का उल्लंघन करने के लिए एक पवित्र मुस्लिम शासक के रूप में खुद की एक छवि बनाई। अपने शासन को मजबूत करने के लिए औरंगजेब ने जल्दी से एक अलग तरह का इस्लाम लागू कर दिया। यह आसान नहीं था क्योंकि उनके पिता के कारावास ने शरीयत और लोगों की संवेदनाओं दोनों को प्रभावित किया था। औरंगजेब ने अपनी छवि सुधारने और इस तरह की आलोचना का सामना करने के लिए मेकान अधिकारियों को बड़े उपहार दिए। जबकि औरंगजेब ने साम्राज्य की धार्मिक नीति को बदल दिया, लेकिन उसने इसे गंभीरता से नहीं बदला। औरंगजेब ने उलमा का समर्थन किया और फतवा आलमगिरी में संकलित इस्लामी न्यायिक राय रखी। 

उनकी व्यक्तिगत धर्मनिष्ठता के कारण अदालत की जीवनशैली और अधिक मजबूत हो गई। उन्होंने अदालत के संगीत और पुरुष कपड़ों में सोने के उपयोग पर प्रतिबंध लगा दिया। पेंटिंग में भी गिरावट आई। उन्होंने कई मस्जिदों का निर्माण किया था, जैसे कि बादशाही मस्जिद जो आज भी दक्षिण एशिया में सबसे बड़ी है, और दिल्ली में शाहजहाँ के किले के अंदर एक मस्जिद है। औरंगजेब ने कब्रों के लिए एक सरल वास्तुशिल्प परंपरा भी शुरू की। औरंगज़ेब ने शरिया के लिए, गैर-मुस्लिम आबादी पर, जो गैर-मुस्लिम आबादी से तिरस्कार की भावना रखते थे, लगाया। इस्लामिक रूढ़िवादी ने उन राजपूतों को अलग करने में भूमिका निभाई जिन पर वंश शुरू से ही निर्भर था।

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