शरीर रचना अध्ययन, मुख्यतः चूहों और वानरों के शारीरिक अध्ययन, तथा उन्हें क्षति पहुँचाने वाले विकारों के अध्ययन से, बेसल गैन्ग्लिया के कार्यों की जानकारी प्राप्त होती है।

बेसल गैन्ग्लिया के विषय में विस्तृत जानकारी का सबसे बड़ा स्रोत दो तंत्रिका शास्त्र के विकार, पार्किन्सन रोग तथा हंटिंग्टन रोग हैं। इन दोनों विकारों के लिए, तंत्रिका की क्षति को अच्छी तरह ज्ञात कर परिणामस्वरूप दिखाई देने वाले लक्षणों के साथ सहसंबद्ध किया जा सकता है। पार्किंसंस रोग में, स्सब्सटेंशिया निग्रा में स्थित डोपामिनर्जिक कोशिकाओं का बड़ा नुकसान होता है, हंटिंग्टन रोग में स्ट्रिएटम में स्थित मध्यम काँटेदार न्यूरॉन्स का भारी नुकसान होता है। दोनों रोगों के लक्षण लगभग विपरीत हैं- पार्किंसंस रोग की विशेषता है कि उसमे गतिविधी करने की क्षमता का ह्रास होता है, जबकि हंटिंग्टन रोग की विशेषता है कि उसमे शरीर के भागों की अनऐच्छिक रूप से गतिविधी को रोकने में असमर्थता होती है। यह उल्लेखनीय है कि, हालांकि दोनों बीमारियों के लक्षण उनके संज्ञानात्मक उन्नत चरण में विशेष रूप से है, सबसे प्रमुख लक्षण, गतिविधी के आरम्भ एवं उनके नियंत्रण की क्षमता से संबंधित हैं। इस प्रकार, दोनों विकार मुख्य रूप से गतिविधी की अस्वस्थता में वर्गीकृत हैं। एक भिन्न किस्म का, गतिविधी की अस्वस्थता से संबंधित रोग, जिसे हेमिबेलिस्मस नाम से जाना जाता है और सबथेलामिक नाभिक की क्षति के चलते होता है। हेमिबेलिस्मस के लक्षण हैं, हाथों और पैरों की हिंसात्मक एवं अनियंत्रित रूप से गतिविधी.

परिपथ के जोड़
पैलिडम
कार्यप्रणाली
न्यूरोट्रांसमीटर