युवा टीम के साथ दो साल बिताने के बाद शियर्र को पहली टीम के लिए पदोन्नत किया गया। 26 मार्च 1988 को उन्होंने चेल्सी में फ़र्स्ट डिवीज़न फ़िक्चर में एक विकल्प के रूप में आकर साउथैम्प्टन में अपनी पेशेवर शुरुआत की जिसके दो सप्ताह बाद द डेल में पूर्ण शुरुआत करते हुए वह राष्ट्रीय सुर्खियों में छा गए। उन्होंने हैट-ट्रिक बनाकर आर्सेनल के खिलाफ़ टीम को 4-2 की जीत दिलाने में मदद की और इस प्रकार 17 साल, 240 दिन की आयु में उच्च डिवीज़न में हैट-ट्रिक बनाकर जिमी ग्रीव्स के 30 साल पुराने रिकॉर्ड को तोड़कर सबसे युवा खिलाड़ी बन गए। 1987-88 का सीज़न शियर्र ने पांच खेलों में तीन गोल बनाकर समाप्त किया और उन्हें उनके पहले पेशेवर अनुबंध के साथ पुरस्कृत किया गया।
कॅरिअर की इतनी शुभ शुरुआत के बावजूद शियर्र धीरे-धीरे टीम में रम गए और क्लब के अगले सीज़न में कोई गोल नहीं बनाया. अपने पूरे कॅरिअर के दौरान शियर्र की ताकत उनकी पहचान रही जिससे साउथैम्प्टन में गेंद उनके पास ही रहती थी और उनकी टीम को अवसर मिल जाते थे। रॉड वालेस और मैट ली टिसियर जैसे धुरंधर लोगों के बीच 
अकेला स्ट्राइकर के रूप में शियर्र ने 1989-90 के सीज़न में 26 उपस्थितियों में तीन गोल और अगले में 36 खेलों में चार गोल बनाए. सेंट्स अटैक के केंद्र में उसके खेल को जल्द ही प्रशंसकों की मान्यता प्राप्त हुई जिन्होंने वर्ष 1991 के लिए उसे वर्ष का खिलाड़ी चुना. साथी स्ट्राइकर मैट ली टिसियर के साथ भागीदारी से उनकी अंतर्राष्ट्रीय सफलता का मार्ग प्रशस्त हुआ।

1991 की गर्मियों में एक अंतर्राष्ट्रीय टूर्नामेंट में शियर्र, फ़्रांस, टूलो में इंग्लैंड राष्ट्रीय 21-के अधीन आयु के लिए फ़ुटबॉल टीम के एक सदस्य थे। चार खेलों में सात गोल बनाकर शियर्र टूर्नामेंट का सितारा बन गए। 1991-92 सीज़न के दौरान शियर्र ने राष्ट्रीय ख्याति हासिल की.सेंट्स के लिए 41 उपस्थिति में 13 गोलों से इंग्लैंड का सबब बना, उन्होंने अपनी शुरुआत में ही स्कोर बनाए और प्रेस ने गर्मियों में मैनचेस्टर युनाइटेड के लिए पुरज़ोर समर्थन किया।

1992 की गर्मियों के दौरान साउथैम्प्टन प्रबंधक इयान ब्रैनफ़ुट उन क्लबों से टेलीफ़ोन पर बात करने के लिए "अंग्रेज़ी फ़ुटबॉल के सबसे लोकप्रिय प्रबंधक बने" जो "खिलाड़ियों के साथ सौदा करने की कोशिश कर रहे थे जिन्हें ज़्यादा नकद नहीं चाहिए था". हालांकि ब्रैनफ़ुट ने स्वीकार किया कि बिक्री अपरिहार्य थी, उन्होंने दावा किया कि "जो कुछ भी हो, नियंत्रण हमारे हाथ में है।" आखिरकार, शियर्र को £3.6 मिलियन में ब्लैकबर्न रोवर्स को बेचा गया जबकि सौदे के भाग के रूप में डेविड स्पीडी अनिच्छा से द डेल
को गए। ब्रैनफ़ुट के "नियंत्रण हाथ में" होने का दावा करने के बावजूद सेंट्स अनुबंध में
"बिक्री खंड" शामिल करने में असमर्थ रहे. साउथैम्प्टन प्रथम टीम में अपने चार सालों के दौरान शियर्र ने सभी प्रतियोगिताओं में 158 उपस्थिति में 43 गोल बनाए.

साउथैम्प्टन (1986-1992)
कॅरिअर सांख्यिकी
श्रद्धांजलि और प्रशंसापत्र
धर्मार्थ प्रयोजन