2002 में, मेरिल लिंच पर भ्रामक अनुसंधान के प्रकाशन के लिए 100 अरब डॉलर का जुर्माना किया गया। न्यूयॉर्क के अटार्नी जनरल और अन्य राजकीय नियामक प्रतिभूति नियाम कों से हुए समझौते के एक हिस्से के रूप में मेरिल लिंच अनुसंधान संबंधी खुलासे को और बढ़ाने और निवेश बैंकिंग से अनुसंधान को अलग करने पर सहमत हो गया।

मेरिल लिंच के एक जान-पहचाने विश्लेषक हेनरी ब्लोडगेट ने कंपनी को एक ई मेल भेजा, जिसमें उन्होंने शेयरों का जो आकलन किया, वह मेरिल द्वारा सार्वजनिक की गई जानकारी से मेल नहीं खाता था। 2003 में अमेरिका के प्रतिभूति और एक्सचेंज आयोग द्वारा असैनिक प्रतिभूतियों की धोखाधड़ी का आरोप लगाया. उन्होंने आरोपों को स्वीकारने या नकारने की जहमत उठाये बिना ही मामले का निपटारा कर लिया और बाद में आजीवन प्रतिभूतिं उद्योग से प्रतिबंधित कर दिया गया। उन्होंने जुर्माने के रूप में 2 अरब डॉलर और नाजायज तरीके से कमाई गई राशि के एक हिस्से के रूप में 2 अरब डॉलर चुकाये.

उस समय के सीईओ डेविड कोमनस्काई ने कहा, "मैं...सार्वजनिक रूप से अपने ग्राहकों, शेयरधारकों और अपने कर्मचारियों से अनुसंधान के क्षेत्र में अपने पेशेवर मानकों से कम का अनुपालन करने के लिए" क्षमा चाहता हूं.

भेदभाव का आरोप
उपमुख्य बंधक संकट
ऑरेंज काउंटी निपटान
रिसर्च विश्लेषक निपटान