उत्तर प्राचीन काल (900-1000 इसवी के बीच प्रारंभ) भी, प्राचीन काल के उत्तरार्ध के समान ही अनेकों राजतंत्रों के चक्रीय क्रिस्टलीकरण और विखंडन द्वारा पहचाना जाता है। मुख्य माया केन्द्र उत्तरी निचले क्षेत्रों में स्थित थे। चिचेन इतजा के बाद, जिसका राजनीतिक ढांचा उत्तर प्राचीन काल के प्रारंभ में ही ध्वस्त हो गया था, उत्तर प्राचीन काल के मध्य में मायापान उभर कर आया और उत्तरी क्षेत्र पर c. 200 वर्षों तक शासन किया। मायापान के विखंडन के बाद, उत्तरी निचले क्षेत्रों में राजनीतिक ढांचा अनेकों बड़े शहरों या नगरीय-राज्यों के चारों और घूमने लगा, जैसे कि ओक्स्कुत्ज्कैब और ति'हो (मेरिडा, युकाटन), जो एक दूसरे से प्रतिस्पर्धा करते थे। 

चियापास के ऊंचे क्षेत्रों में स्थित टोनिना और केन्द्रीय गवतामाला के ऊंचे क्षेत्रों में स्थित कामिनाल्जुयु, ऊंचाई पर स्थित प्रमुख दक्षिणी माया केंद्र थे। कामिनाल्जुयु, मेसोअमेरिका के सर्वाधिक लम्बे अधिकृत स्थानों में से है और यह लगातार 800 ईपू से लगभग 1200 ई. तक अधिकृत था। उच्चभूमि पर स्थित अन्य प्रमुख माया समूहों में उतातलान का किचे (K'iche' of Utatlán), ज़कुलियो में माम (Mam in Zaculeu), मिक्स्को विएजो में पोकोमाम (Poqomam in Mixco Viejo) और ग्वाटेमाला के ऊंचे क्षेत्र इक्सिम्चे में काकचिल्केल, (Iximche in the Guatemalan highlands) आते थे। पिपिल एल सल्वाडोर में रहते थे, जबकि द च'ओर्ती' पूर्वी ग्वाटेमाला और उत्तरपश्चिमी हौंड्यूरॉस में रहते थे। 

केन्द्रीय मेक्सिको में, उत्तर प्राचीन काल का प्रारंभिक भाग टोल्टेक और इसकी राजधानी पर अवस्थित एक साम्राज्य, टुला (जिसे तोल्लन के नाम से भी जाना जाता है) के उदय से सम्बद्ध है। चोलुला, जो प्रारंभ में टियोतिहुआकान के समकालीन एक प्रमुख प्राचीन केंद्र था, ने अपना राजनैतिक ढांचा बनाये रखा (यह समाप्त नहीं हुआ) और उत्तर प्राचीन काल के दौरान एक क्षेत्रीय दृष्टि से प्रमुख केंद्र के रूप में कार्य करता रहा. उत्तर प्राचीन काल का बाद का हिस्सा आमतौर पर मेक्सिका और एज़्टेक साम्राज्य के उदय से जुड़ा हुआ है। मेसोअमेरिका का एक सर्वाध्क प्रचलित सांस्कृतिक समूह, द एज़्टेक, लगभग संपूर्ण केंद्रीय मेक्सिको, द गल्फ कोस्ट, मेक्सिको के दक्षिणी प्रशांत महासागरीय तट (चियापास और ग्वाटेमाला में), ओक्साका और गुरेरो को राजनीतिक रूप से शासित कर रहा था। 

द तारास्कैन (जिन्हें पुर्हेपेचा के नाम से भी जाना जाता है) मिशोकेन और गुरेरो में स्थित थे। उनकी राजधानी ज़िंतज़ंतज़ान में स्थित थी, तरस्कान राज्य उन कुछ राज्यों में से एक था जो उत्तर प्राचीन काल के बाद के समय में लगातार और सक्रिय रूप से एज़्टेक के शासन का विरोध करते थे। मेसोअमेरिका में अन्य प्रमुख उत्तर प्राचीन कालीन संस्कृतियों में पूर्वी तट (वेराक्रुज़, प्युएब्ला और हिदाल्गो के आधुनिक राज्यों में) के साथ ही टोटोनैक भी शामिल थे। द ह्युएस्टेक टोटोनैक के उत्तर में रहते थे, मुख्यतः तामौलिपास और उत्तरी वेराक्रुज़ के आधुनिक राज्यों में. मिक्स्टेक और ज़ेपोटेक संस्कृतियां, जो क्रमशः मितला और जाचिला में केन्द्रित हैं, ओक्साका में रहती थीं 

उत्तर प्राचीन काल स्पेन के आगमन और 1519 तथा 1521 के बीच एज़्टेक की अन्य उत्तरवर्ती विजय के आगमन पर समाप्त हुआ। कई अन्य सांस्कृतिक समूहों ने काफी देर तक इसे सहमति नहीं दी थी। उदाहरण के लिए, पेटेन क्षेत्र के माया समूह, जिनमें तयासाल स्थित इतजा और जैक्पेतें स्थित कोवोज, शामिल हैं, 1697 तक स्वतंत्र रहे. 

कुछ मेसोअमेरिकी संस्कृतियों को कभी भी प्रभावशाली दर्जा नहीं मिला या उन्होंने प्रभावशाली पुरातन अवशेष छोड़े किन्तु उन्हें स्मरणीय के रूप में उल्लिखित किये जाना चाहिए. इसमें ओटोमी, मिक्से-जोक समूह (जो ऑल्मेक्स के साथ समबद्ध हो भी सकते हैं या नहीं भी), उत्तरी यूटो-एज़्टेकान समूह, जिनका उल्लेख प्रायः चिचिमेका के रूप में किया जाता है, जोकि कोर और हुइचोल को सम्मिलित करता है, द चोंतेल्स, द हावेस और द पिपील, क्सिंकैं और केन्द्रीय अमेरिका के लेनकान लोग, सम्मिलित हैं। 

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