दो अमीनो एसिड को संक्षेपण अभिक्रिया में संयुक्त किया जा सकता है। इस अभिक्रिया को दोहराकर, अवशेषों की लंबी श्रृंखला (पेप्टाइड बॉन्ड में अमीनो एसिड) को उत्पन्न किया जा सकता है। यह अभिक्रिया राइबोजोम द्वारा उत्प्रेरित होती है और उस प्रक्रिया को रूपांतरण के रूप में जाना जाता है। पेप्टाइड बॉन्ड, डबल बॉन्ड से इलेक्ट्रॉन के गैर-स्थानीयकरण के कारण वास्तव में प्लानर हैं। कठोर पेप्टाइड डिहेड्राल कोण, ω (N और C के बीच बॉन्ड) हमेशा 180 डिग्री के नज़दीक होता है। डिहेड्राल कोण phi φ (Cα और N के बीच बॉन्ड) और psi ψ (Cα और C के बीच बॉन्ड) में संभावित मान की एक निश्चित श्रेणी हो सकती है। ये कोण एक प्रोटीन की स्वतंत्रता के स्तर हैं, वे प्रोटीन की तीन आयामी संरचना का नियंत्रण करते हैं। वे ज्यामिति द्वारा सीमित होते हैं ताकि विशिष्ट माध्यमिक संरचना तत्वों के लिए विशिष्ट श्रेणियों को अनुमति दे सकें और रामचंद्रन प्लॉट में प्रदर्शित होते हैं। कुछ महत्वपूर्ण बॉन्ड लंबाई नीचे तालिका में दी गई है। 
प्रोटीन संरचना के स्तर
प्रोटीन संरचना का निर्धारण
पेप्टाइड बॉन्ड ("अमाइड बॉन्ड")
प्रोटीन संरचना का अभिकलनात्मक पूर्वानुमान