मैकमहोन ने बाद में खुलासा किया कि उसने एक्सट्रीम चेम्पियनशिप रेस्टलिंग ख़रीदा था और डबल्यूडब्ल्यूएफ (हकीकत में, इसीडबल्यू का मालमत्ता का स्वामित्व उस समय अति विवाद में था) को उसके भाई शेन के साथ दिवाला बनाने का नियत किया था, जो विश्व चैम्पियनशिप रेस्टलिंग(डब्ल्यू सी डब्ल्यू) के परदे का मालिक बना था और द एलायंस नामक एक "सुपर ग्रुप" बनने दो रोस्टर्स विलय हो गए थे।

उसका दल "द एलायंस" में उसके भाई शेन, पूर्व डब्ल्यूसीडब्ल्यू चेम्पियन बुकर टी, रोब वेन डाम, कर्ट एंगल और स्टीव ओस्टिन को, "टीम डब्ल्यूसीडब्ल्यू" में अंडरटेकर, केन, बिग शो, क्रिस जेरिको और द रोक ने पांच से पांच, सर्वैवर सीरिज विन्नर टेक्स आल एलिमिनेशन मैच में पराजित किया। द एलायंस के हार के बाद के रात, शेन और स्टीफनी डब्ल्यूडब्ल्यूएफ टेलीविजन से निर्वासित हो गए।. मैकमहोन जनवरी 2002 में लौटी जब ट्रिपल एच ने प्रशंसक पसंदीदा बनके वापसी की, लेकिन यह दंपती को समस्याएं प्राप्त होने लगे, जैसे की मैकमहोन ने सताने और चिपकने वाली पत्नी की तरह दिखावा प्रारंभ किया। जैसे कहानी का एक अंग, उचित रूप से ट्रिपल एच को ठगने और वैवाहिक प्रतिज्ञाओं का नवीकरण करने, मैकमहोन गर्भवती का दावा करने के बाद, दंपती तलाकशुदा हुए. ट्रिपल एच ने बाद में पता लगाया कि वह लिंडा मैकमहोन के फोन कॉल के माध्यम से झूठ कह रही है और नवीकरण समारोह दौरान उसे वेदी पर छोड़ दिया। y ट्रिपल एच रोयल रंबल जितने के बाद, परिणाम स्वरुप, नो वे आउट में कर्ट एंगल और ट्रिपल एच के बीच मैच में ट्रिपल एच का रेसलमेनिया डब्ल्यूडब्ल्यूएफ निर्विवाद चैंपियन लाइन पर दाँव के साथ मैकमहोन खुद को विशेष अतिथि रेफरी नियुक्त किया। हालाँकि एंगल ने मैकमहोन के पक्षपाती कार्यवाह के लिए धन्यवाद जीता, अपना दाँव का खिताब फिर से हासिल करने के किये ट्रिपल एच ने उसे अगले रात हराया. तब मैकमहोन खुद को प्रचलित चेम्पियन और पूर्व विरोधी, क्रिस जेरिखो के साथ पंक्तिबद्ध हुई। मैकमहोन द्वारा हस्तक्षेप के बावजूद, रेसलमेनिया एक्स8 में मार्च 17 को जेरिखो ट्रिपल एच से पराजित हुआ। मार्च 25 "Raw" प्रकरण में, निर्विवाद चैम्पियनशिप के ट्रिपल थ्रेट मैच में, जेरिखो और मैकमहोन ट्रिपल एच द्वारा हारे, पूर्वापेक्षा के साथ कि, अगर मैकमहोन जकड़ी गयी, उसे डब्ल्यूडब्ल्यूएफ छोड़ने के लिए मजबूर किया जाएगा. मैच में, ट्रिपल एच ने मैकमहोन को जकड दिया। 

आक्रमण और तलाक (2001-2002)
अन्य माध्यम
Raw के प्रधान व्यवस्थापक
अंडरटेकर द्वारा अपहरण; टेस्ट के साथ संबंध (1999)