747 के पूर्ण संयोजन से पूर्व इसके अनेक घटकों और प्रणालियों का परीक्षण शुरू हुआ। एक महत्वपूर्ण परीक्षण में विमान की प्रतिकृति के केबिन से आपात प्रवणिका के माध्यम से 560 स्वयंसेवकों की निकासी को शामिल किया गया। पहली पूर्ण पैमाने की निकासी ने संघीय उड्डयन प्रशासन द्वारा दिए गए अधिकतम समय 90 सेकंड की बजाय ढाई मिनट का समय लगा और कई स्वयंसेवक घायल हो गए। बाद के परीक्षणों में 90 सेकंड में निकासी का लक्ष्य तो प्राप्त कर लिया गया लेकिन अधिक लोग घायल हुए. विमान की ऊपरी मंजिल से निकासी सर्वाधिक समस्यापूर्ण थी; पारंपरिक फिसलन का उपयोग करने की बजाय स्वयंसेवक यात्री एक घिरनी के साथ जुड़ी जीन की सहायता से निकले. परीक्षणों में इतने बड़े विमान को जमीन पर चलाना भी शामिल था। बोइंग द्वारा वैडल्स वैगन (747 के परीक्षण चालक, जैक वैडल के लिए नाम रखा गया) नामक एक असामान्य प्रशिक्षण युक्ति का निर्माण किया गया जिसमें एक ट्रक की छत पर नकली कॉकपिट को स्थापित किया गया था, जबकि पहले 747 अभी बनाए ही जा रहे थे, इस युक्ति के कारण विमान चालकों को ऊपरी मंजिल से जमीन पर विमान का अभ्यास मिल गया।

30 सितम्बर 1968 को दुनिया की प्रेस और विमान का आदेश देने वाली 26 एयरलाइनों के प्रतिनिधियों के सामने पहला 747 एवरेट संयोजन भवन से बाहर निकला. आने वाले महीनों में पहली उड़ान के लिए तैयारियां की गई, जो परीक्षण चालक की सीट पर जैक वैडल, नियंत्रण पर ब्रायन वायगल तथा फ्लाइट इंजीनियर के स्टेशन पर जेस वॉलिक के साथ 9 फ़रवरी 1969 को हुई। एक फ्लैप के साथ एक छोटी सी समस्या के बावजूद, उड़ान से पुष्टि हुई कि 747 को बहुत अच्छी तरह संभाला गया। प्रारंभिक "स्वेप्ट-विंग" जेट के लिए एक बड़े खतरे "डच-रोल" की घटना से 747 को व्यापक रूप से निरापद पाया गया।

उड़ान परीक्षण कार्यक्रम के बाद के चरणों के दौरान, स्पंदन परीक्षण ने दर्शाया कि कुछ परिस्थितियों में
पंखों (डैनों) मेंदोलन पाया गया। इस कठिनाई को पंख के कुछ घटकों की कठोरता को कम कर के आंशिक रूप से हल कर किया गया था। हालांकि, आरंभिक 747 में विशेष रूप से गंभीर उच्च-गति स्पंदन की समस्या को बाह्य इंजन के खोल में निशेषित यूरेनियम संतुलन भार के रूप में प्रवेश करा कर हल कर लिया गया। यह उपाय तब चिंता का कारण बन गया जब ये विमान दुर्घटनाग्रस्त हो गए, जैसा कि 1991 में चीनी एयरलाइंस फ्लाइट 358 वान्ली में तथा 1862 में एम्सटर्डम में एल अल उड़ान 1862 के साथ हुआ।

747 के जेटी9डी (JT9D) इंजन के साथ समस्या होने से उड़ान परीक्षण कार्यक्रम में बाधा आ गई। कठिनाइयों में थ्रॉटल्स की तीव्र गति के कारण इंजन का बंद होना तथा कुछ समय की सेवा के बाद टरबाईन की बॉडी का विरूपण शामिल थे। समस्याओं के कारण 747 का वितरण कई महीनों के लिए विलंबित हुआ और 20 विमान तक एवरेट संयंत्र में इंजन की संस्थापना की प्रतीक्षा में अटके रहे। कार्यक्रम और आगे विलंबित हुआ जब पांच परीक्षण विमानों में से एक, बोइंग के रेंटन संयंत्र स्थल रेंटन नगरपालिका हवाई अड्डे पर उतरने के प्रयास में क्षतिग्रस्त हो गया। परीक्षण विमान इसके परीक्षण उपकरण हटाने तथा एक केबिन की संस्थापना के लिए ले जाया जा रहा था जब विमान चालक राल्फ सी कोकली ने छोटे रनवे पर निशाना पहले ले लिया और 747 का लैंडिंग गियर मुंडित हो गया। हालांकि, ये कठिनाइयां बोइंग को 1969 के मध्य में अपने परीक्षण विमान को 28वें पेरिस एयर शो में ले जाने से नहीं रोक सकीं, जहां इसे पहली बार आम जनता के सामने प्रदर्शित किया गया। दिसम्बर 1969 में 747 ने अपना एफएए (FAA) उड़ान योग्यता प्रमाण पत्र हासिल किया और सेवा की शुरुआत करले के लिए तैयार हो गया।

747 के विकास और एवरेट में कारखाने के निर्माण में आई भारी लागत का मतलब था कि बोइंग को एक बैंकिंग सिंडीकेट से भारी उधार लेना पड़ा. पहले विमान के वितरण से पूर्व के अंतिम महीनों के दौरान, कंपनी को परियोजना को पूरा करने के लिए बार-बार अतिरिक्त धन का अनुरोध करना पड़ा था। अगर यह अस्वीकार कर दिया गया होता, बोइंग का अस्तित्व ही खतरे में पड़ जाता. अंततः, जुआ सफल रहा और अनेक वर्षों तक बहुत बड़े यात्री विमानों के निर्माण में बोइंग ने एकाधिकार बना लिया।

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747-400
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