द्वितीय विश्व युद्ध और द्वितीय चीन-जापान युद्ध के दौरान शाही जापानी सेना अपनी कट्टरवाद और आम नागरिकों और युद्ध-बंदियों के प्रति क्रूरता के लिए कुख्यात हो गई - नांकिंग हत्याकांड इसका एक उदाहरण है। १९४५ में जापान के आत्मसमर्पण के बाद कई शाही जापानी सेना के अधिकारियों और सैनिकों पर मुक़दमा चलाया गया और अत्याचार और युद्ध अपराध के लिए दंड दिया गया। १९४९ में मुक़दमे समप्त हुए और कुल १,७०० मामलों की सुनवाई हुई।

मेजर जनरल तोमितारो होरी ने १९४१ में "दक्षिणी समुद्रों में सैनिकों के लिए मार्गदर्शक" जारी की थी, जिसमें आम नागरिकों को मारने या लूटने की मनाही थी। इसका उद्देश्य था चीन में हुए सेना के अत्याचारों को न दोहराना, लेकिन यह केवल उनके कमान के सैनिकों पर ही लागू थी। 
शाही जापानी सेना के सदस्यों के अत्यधिक क्रूर और निर्दयी बर्ताव को समझने के लिए कई कारण बताए जाते हैं। एक यह कि उन्हें स्वयं यह अनुभव करना पड़ा था। सेना अपने सैनिकों के प्रशिक्षण के दौरान अत्यधिक कठोर व्यवहार के लिए जानी जाती थी, जिसमें मारपीट, अनावश्यक और श्रमसाध्य ज़िम्मेदारियाँ, पर्याप्त भोजन की कमी और अन्य हिंसक अनुशासनिक कार्रवाइयाँ शामिल थीं। यह १८८२ के सैनिकों और नाविकों को शाही निर्देश के विपरीत थी, जिसमें कहा गया था कि अधिकारी अपने कनिष्ठों का सम्मान करें। १९४३ में ही वरिष्ठ कमान को इस क्रूरता का मनोबल पर असर का एहसास हुआ, और इस पर रोक के निर्देश दिए, जिन्हें अक्सर अनदेखा किया जाता था। "ग्योकुसाई" ("यशस्वी मृत्यु") के भावना से वे अक्सर आत्मघाती किर्च हमले करते थे, हथगोले और गोली उपलब्ध होने के बावजूद।

शाही जापानी सेना की कभी हार नहीं मानने की प्रतिष्ठा प्रशांत अभियान के लड़ाइयों के बचने वाले जापानी सैनिकों की कम तादाद से स्थापित हुई। साइपान के युद्ध में ३१,००० सैनिकों के गढ़ से ९२१ पकड़े गए, तारावा के युद्ध में ३००० में से १७, ओकिनावा के युद्ध में १,१७,००० से ७,४००-१०,७५५, और कई आत्महत्याओं को शाही सेना का अनुमोदन था। दक्षिण पश्चिम प्रशांत क्षेत्र में १९४२ और १९४३ में प्रतिवर्ष केवल १००० सैनिकों ने आत्मसमर्पण किया, १९४४ में ५,१०० और १९४५ में १२,००० जो बीमारयों के न होने से और अधिक हो सकते थे। पत्रकों के प्रचार प्रसार २०% आत्मसमर्पणों के कारण थे, अर्थात लगभग प्रति ६,००० पत्रकों से एक युद्ध-बंदी। जापानियों को इन "बेईमान" पत्रकों से आपत्ति थी, भले ही इनमें अमेरिकी बलों के आत्मसमर्पण के स्वीकार करने के बारे में कुछ सच्चाई थी। इसके विपरीत शाही जापानी सेना अमेरिकी सेना को क्रूर और निर्दयी दर्शाती थी, और उन्हें 鬼畜米英 ("किचिकुबेइएइ," अर्थात्
राक्षसी जानवर अमेरिकी और ब्रितानी) कहती थी, और अपने सैनिकों को सूचना देती थी कि अमेरिकी सभी बंदी महिलाओं का बलात्कार और पुरुषों पर अत्याचार करेगी, जिससे अमेरिकी युद्ध-बंदियों से क्रूरता बरती गई और साइपान और ओकिनावा के युद्ध में जापानी सैनिकों और नागरिकों ने सामूहिक आत्महत्या की।

सात्सुमा विद्रोह
सोवियत संघ से संघर्ष
कट्टरवाद और युद्ध अपराध
युद्ध-पश्चात विरोध