EFS NTFS वोल्यूम पर किसी भी फ़ाइल अथवा फोल्डर को शक्तिशाली तथा पारदर्शी ढंग से कूटबद्ध करता है। EFS, EFS सेवा, Microsoft के CryptoAPI और EFS File System Run- Time Library (FSRTL) के साथ इकठ्ठे काम करता है। 
EFS एक फ़ाइल को सीमेट्रिक कुंजी के साथ कूटबद्ध करता है (फ़ाइल एनक्रिप्शन की या FEK के नाम से भी जानी जाती है) जो इसलिए प्रयुक्त की जाती है जो असीमेट्रिक कुंजी के बजाए बड़ी मात्रा में डाटा को कूटबद्ध अथवा डिकोड करने में कम समय लेती है। सीमेट्रिक कुंजी, जिसका प्रयोग फ़ाइल को कूटबद्ध करने में किया गया था, को एक यूज़र, जिसने फ़ाइल को कूटबद्ध किया था, द्वारा पब्लिक कुंजी की सहायता से कूटबद्ध किया जाता है और इस कूटबद्ध डाटा को कूटबद्ध फ़ाइल की वैकल्पिक डाटा स्ट्रीम में रखा जाता है। फ़ाइल को डिकोड करने के लिए, फ़ाइल सिस्टम यूज़र की निजी कुंजी का उपयोग असीमेट्रिक कुंजी को डिकोड करने के लिए करता है जो फ़ाइल हैडर में संग्रहित होती है। इसके पश्चात् यह फ़ाइल को डिकोड करने के लिए सीमेट्रिक कुंजी का प्रयोग करता है। क्योंकि यह फ़ाइल सिस्टम के स्तर पर किया जाता है, यह यूज़र के लिए पारदर्शी है। इसके अलावा, यूज़र द्वारा अपनी कुंजी को खोने की स्थिति में, EFS सिस्टम में अतिरिक्त डिकोड कुंजियों की व्यवस्था की गयी है ताकि जरूरत पड़ने पर रिकवरी एजेंट फ़ाइल का प्रयोग कर सकें. NTFS द्वारा प्रदान की गयी कूटबद्ध तथा संपीड़न सुविधाएं परस्पर अनोखी हैं। NTFS का प्रयोग किसी एक अथवा दूसरे के लिए अलग उपकरण के तौर पर किया जा सकता है।

EFS की सुविधा Windows के बेसिक, होम तथा मीडिया सेंटर संस्करण में उपलब्ध नहीं है तथा Windows के प्रोफेशनल, अल्टीमेट तथा सर्वर संस्करण के लोड करने के पश्चात या Windows डोमेन में इंटरप्राईज़ द्वारा प्रदत्त टूल का प्रयोग करके एक्टिवेट की जानी चाहिए।

फ़ाइल को कूटबद्ध करने का सिस्टम (EFS)
फ़ाइल कंप्रेशन
मेटा फ़ाइलें
FAT से संगतता (कम्पेटिबिलिटी)