भविष्य के नेपियर के स्थल को सबसे पहले देखने वाले यूरोपीय व्यक्ति कैप्टेन जेम्स कुक थे जिन्होंने 1769 में पूर्वी तट की ओर समुद्री यात्रा की थी। उन्होंने टिप्पणी करते हुए कहा: "मुझे लगता है कि इस पहाड़ी चोटी के हर तरफ एक नीचा, संकरा रेतीला या पथरीला समुद्र तट है, इन तटों और मुख्य भूमि के बीच खारे पानी की एक बहुत बड़ी झील मौजूद है।" उन्होंने कहा कि बंदरगाह का प्रवेश द्वार शिंगले बीच के पश्चिमी तट के अंतिम छोर पर है। इसके बाद इस स्थल की यात्रा की गई और आगे चलकर यहाँ यूरोपीय व्यापारियों, व्हेल के शिकारियों और मिशनरियों ने अपनी बस्तियाँ बसायी. 1850 के दशक में किसान और होटल व्यापारी यहाँ पहुँचे थे।
क्राउन (ब्रिटिश साम्राज्य) ने 1851 में अहुरिरी ब्लॉक (नेपियेर के क्षेत्र सहित) को खरीद लिया था। 1854 में न्यूज़ीलैंड के एक भावी प्रधानमंत्री अल्फ्रेड डोमेट को साम्राज्य की भूमि के आयुक्त और अहुरिरी के गाँव में रेज़ीडेंट मजिस्ट्रेट के तौर पर नियुक्त किया गया। यहाँ पर एक योजनाबद्ध शहर निर्मित करनें का निर्णय लिया गया, इसके गलियारों और रास्तों का खाका तैयार किया गया और तत्कालीन भारत के सिंध प्रान्त में लड़े गए "मियानी युद्ध" के नायक सर चार्ल्स नेपियर के नाम पर शहर का नामकरण किया गया। ब्रिटेन के भारतीय साम्राज्य के उपनिवेश काल की यादों को संजोने के लिए मिस्टर डोमेट ने नेपियर के कई गलियारों का नामकरण किया।

1874 में नेपियर को बोरो (ऐसा नगर जो ब्रिटेन की संसद में अपना प्रतिनिधि भेजता है) के रूप में मान्यता दी गयी लेकिन आसपास की दलदली भूमि के विकास और उद्धार का कार्य धीमी गति से आगे बढ़ा. 1858 और 1876 के बीच नेपियर होक्स बे प्रांत का प्रशासनिक केंद्र था लेकिन 1876 में न्यूज़ीलैंड की संसद के एक कानून, "एबॉलिशन ऑफ प्रोविन्सेस एक्ट" ने न्यूज़ीलैंड में समस्त प्रांतीय सरकारों को समाप्त कर दिया.

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