1978 तक अमीन के समर्थकों और करीबी सहयोगियों की संख्या में काफी कमी आ गई थी और वर्षों से उपेक्षा और दुरुपयोग की वजह से अर्थव्यवस्था और बुनियादी ढांचे के ढहने के कारण उसे युगांडा के भीतर आबादी के बढ़ते असंतोष का सामना करना पड़ा. 1977 में बिशप लुवुम तथा ओर्येमा एवं ओबोथ ओफुम्बी नामक मंत्रियों की हत्याओं के बाद, अमीन के कई मंत्रियों ने पाला बदल लिया या निर्वासित जीवन जीने लगे। उसी वर्ष के में नवम्बर में अमीन का उप राष्ट्रपति, जनरल मुस्तफा अदरीसी एक कार दुर्घटना में घायल हो गया, व उसके वफादार सैनिकों ने बगावत कर दी। अमीन ने विद्रोहियों, जिनमे से कुछ तंजानिया की सीमा में घुस गए थे, के खिलाफ सैन्य टुकड़ियां भेजीं. अमीन ने तंजानिया के राष्ट्रपति जूलियस न्येरेरे पर युगांडा के खिलाफ युद्ध छेड़ने का आरोप लगाया, तंजानिया के क्षेत्रों में आक्रमण का आदेश दिया और औपचारिक रूप से सीमा पार कगेरा क्षेत्र के एक खंड पर कब्जा कर लिया।

जनवरी 1979 में, न्येरेरे ने तंजानिया के लोगों की रक्षक सेना तैयार की और जवाबी हमला कर दिया, जिसमे युगांडा से निर्वासित कई समूह शामिल हो गए जो युगांडा नेशनल लिबरेशन आर्मी (यूएनएलए) के नाम से एकजुट थे। अमीन की सेना लगातार पीछे होती चली गई और लीबिया के मुअम्मर अल-गद्दाफी की सैन्य सहायता के बावज़ूद 11 अप्रैल 1979 को कंपाला पर कब्ज़ा होने के बाद वह हेलीकॉप्टर में बैठ कर पलायन करने के लिए मजबूर था। वह बचने के लिए पहले लीबिया भागा, जहां वह 1980 तक रहा, तथा अंततः सउदी अरब में बस गया जहां उसे सउदी शाही परिवार ने शरण दी और राजनीति से बाहर बने रहने के लिए उसे अच्छा खासा भुगतान किया। अमीन जेद्दा में फिलिस्तीन रोड स्थित होटल नोवोटेल के ऊपर की दो मंजिलों पर कई साल तक रहा। ब्रायन बैरन, जिन्होनें बीबीसी के मुख्य अफ़्रीकी संवाददाता के रूप में नैरोबी के विसन्यूज़ के कैमरामैन मोहम्मद अमीन के साथ यूगांडा-तंज़ानिया युद्ध को कवर किया था, ने अमीन को 1980 में ढूंढ निकाला तथा उसके गद्दी से हटने के बाद उसका पहला साक्षात्कार लिया।

अमीन ने कहा कि यूगांडा को उसकी आवश्यकता है और अपने शासन की प्रकृति (शासन के ढंग) के बारे में कभी भी पछतावा जाहिर नहीं किया। 1989 में, उसने जाहिरा तौर पर कर्नल जुमा ओरिस द्वारा आयोजित एक सशस्त्र समूह का नेतृत्व करने के लिए युगांडा वापिस लौटने की कोशिश की। वह किन्हासा, जायरे तक पहुंच गया (जो अब डेमोक्रेटिक रिपब्लिक ऑफ कांगो के नाम से जाना जाता है), जिसके बाद जायरे के राष्ट्रपति मोबुटू ने उसे सउदी अरब लौटने पर विवश कर दिया।

गद्दी छोड़ना और निर्वासन
अमीन की मृत्यु
बाहरी कड़ियाँ
अनियमित व्यवहार, स्वयं को प्रदान की गई उपाधियां और मीडिया द्वारा चित्रण