"टॉय स्टोरी 2" के उत्पादन के बाद पिक्सार और डिज़्नी में मतभेद हो गए। मूलतः इसे एक सीधे से वीडियो के रूप में रिलीज़ करने का इरादा था (यह पिक्सार के तीन-चलचित्र सौदा का हिस्सा नहीं थी) अंततोगत्वा निर्माण के दौरान फ़िल्म को नाटकीय रिलीज़ के रूप में उन्नत किया गया था। पिक्सार ने मांग की कि फ़िल्म को तीन-चलचित्र करार का हिस्सा माना जाए लेकिन डिज़्नी ने इनकार कर दिया. पिक्सार की पहली पांच फ़ीचर फ़िल्मों ने सामूहिक रूप से $2.5 बिलियन से अधिक कमाए जो उद्योग में प्रति फ़िल्म उच्चतम औसत सकल के बराबर है। हालांकि दोनों के लिए लाभदायक थी किन्तु पिक्सार ने बाद में शिकायत की कि व्यवस्था एकसमान नहीं थी। पिक्सार उत्पादन और निर्माण के लिए ज़िम्मेदार था जबकि डिज़्नी ने विपणन और वितरण संभाला। लाभ और उत्पादन लागत 50-50 विभाजित किया गया था लेकिन डिज़्नी ने विशेष रूप से कहानी और अनुक्रम के सभी अधिकार अपने स्वामित्व में रखे और शुल्क वितरण भी एकत्र किया। शायद कहानी और अनुक्रम के अधिकारों का अभाव पिक्सार के लिए कष्टदायक था और यही संबंधों में विवाद का कारण बना.

2004 के प्रारम्भ में दोनो कंपनियों ने एक नया करार करने की कोशिश की। नया सौदा केवल वितरण के लिए ही था क्योंकि पिक्सार निर्माण नियंत्रित करना चाहता था और फ़िल्म की परिणामी संपत्तियों का स्वामित्व लेना चाहता था। कंपनी अपनी फ़िल्मों का स्वंय ही वित्तपोषण करना और डिज़्नी को वितरण शुल्क के रूप में केवल 10 से 15 प्रतिशत का भुगतान कर 100 प्रतिशत मुनाफ़ा लेना चाहती थी। सबसे महत्वपूर्ण बात, डिज़्नी के साथ किसी भी वितरण करार के भाग के रूप में, पिक्सार ने पुराने करार के तहत "द इन्क्रेडिब्ल्स" और "कार्स" सहित निर्माणाधीन फ़िल्मों पर नियंत्रण की मांग की। डिज़्नी ने इन शर्तों को अस्वीकार्य माना लेकिन पिक्सार सहमत नहीं हुआ।

स्टीव जॉब्स और डिज़्नी के तत्कालीन अध्यक्ष और सीईओ माइकल आइज़्नर के बीच मतभेदों ने वार्ता को और भी अधिक कठिन बना दिया। 2004-के मध्य में वे पूरी तरह से अलग हो गए, जॉब्स ने घोषणा कर दी कि पिक्सार डिज़्नी के अलावा भागीदारों की सक्रिय रूप से खोज कर रहा है। पिक्सार ने अन्य वितरकों के साथ बातचीत नहीं की। एक लंबे अंतराल के बाद, सितंबर 2005 में डिज़्नी से आइज़्नर की विदाई के बाद दोनों कंपनियों के बीच वार्ता बहाल हुई। पिक्सार और डिज़्नी के बीच संभावित अलगाव की तैयारी में 2004 के अंत में जॉब्स ने घोषणा की कि पिक्सार अब डिज्नी-निर्धारित नवम्बर समय सीमा में फ़िल्में रिलीज़ न करके ज़्यादा फ़ायदेमंद गर्मियों के महीनों के शुरू में करेगा। इससे पिक्सार अपनी प्रमुख रिलीज़ की डीवीडी क्रिसमस की खरीदारी के मौसम के दौरान जारी कर पाएगा। "कार्स" में देरी का एक अतिरिक्त लाभ यह हुआ कि पिक्सार-डिज़्नी अनुबंध में शेष समय सीमा में यह देखने के लिए विस्तार किया गया कि दोनो कंपनियों के बीच हालात कैसे रहते हैं।

डिज़्नी द्वारा पिक्सार का अधिग्रहण किए जाने तक दोनो कंपनियों ने अधिग्रहण के असफल होने की दशा में 2007 में "रैटाटुई" के संभावित रिलीज़ के लिए एक वितरण सौदा यह सुनिश्चित करने के लिए तय किया कि यह एक फ़िल्म डिज़्नी के वितरण चैनल के माध्यम से ही जारी होगी। (इसके विपरीत पहले डिज़्नी/पिक्सार सौदे के अनुसार "रैटाटुई" को पिक्सार की संपत्ति रहना था और डिज़्नी को केवल वितरण शुल्क प्राप्त होना था।) हालांकि, डिज़्नी द्वारा पिक्सार का अधिग्रहण पूरा कर लिए जाने से यह वितरण व्यवस्था एमान्य हो गई।

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पिक्सार: एनिमेशन के 20 साल