दक्षिण सूडान में कुछ स्वास्थ्य संकेतकों की स्थिति दुनिया में सबसे खराब हैं। पांच साल की आयु के नीचे शिशु मृत्यु दर प्रति 1,000 में 135.3 है, जबकी मातृ मृत्यु दर प्रति 100,000 जीवित जन्मों में 2,053.9 है, जो कि विश्व में सबसे अधिक है। 2004 के आंकड़ों के अनुसार दक्षिणी सूडान में तीन उचित अस्पतालों के साथ केवल तीन सर्जन सेवारत थे और कुछ क्षेत्रों में हर 500,000 लोगों के लिए सिर्फ एक डॉक्टर उपलब्ध था।

दक्षिण सूडान में एचआईवी/एड्स की महामारी पर जानकारी ठीक तरह से अभिलेखित नहीं है, लेकिन माना जाता है कि लगभग 3.1% लोग इससे संक्रमित हैं।

2005 के व्यापक शांति समझौते के समय दक्षिणी सूडान में मानवीय जरूरतों की भारी आवश्यकता थी। मानवीय मामलों के समन्वय के लिए संयुक्त राष्ट्र कार्यालय (OCHA) के नेतृत्व में मानवीय संगठन स्थानीय आबादी के लिए राहत हेतु पर्याप्त धन सुनिश्चित करने में कामयाब रहे। पुनर्प्राप्ति एवं विकास में सहायता के साथ साथ संयुक्त राष्ट्र और सहभागी संघठनों की 2007 कार्य योजना में मानवीय परियोजनाओं को भी शामिल किया गया। संपूर्ण सूडान का प्रति व्यक्ति सकल घरेलू उत्पाद $1200 ($ 3.29/प्रतिदिन) होने के बावजूद, दक्षिण सूडान की जनसंख्या का 90% से अधिक हिस्सा प्रतिदिन $1 से कम में अपना गुज़ारा करता है।

2007 में मानवीय स्थिति में धीरे-धीरे सुधार आने के कारण दक्षिणी सूडान में संयुक्त राष्ट्र कार्यालय की भागीदारी में कमी आई और पुनर्प्राप्ति और विकास कार्य का ज़िम्मा गैर सरकारी संगठनों एवं समुदाय आधारित संगठनों पर बढ़ता गया।

खबरों के अनुसार 2011 के मध्य में आए अकाल के कारण उत्तरी बहर अल ग़ज़ल और वर्राप राज्यों में लोगों की मृत्यु हुई, हालांकि दोनों राज्यों की सरकारों ने भुखमरी को जानलेवा मानाने से इनकार कर दिया।

दिसंबर 2011 और जनवरी 2012 में जोंगलेई राज्य में स्थित पीबोर काउंटी में पशु चोरी की घटनाओं के कारण शुरू हुए सीमा संघर्ष ने आगे जाकर व्यापक जातीय हिंसा का रूप ले लिया। इस हिंसा में हज़ारों की संख्या में लोग मारे गए एवं 20 से 50 हजार दक्षिण सूडानी विस्थापित हुए। सरकार ने क्षेत्र को आपदा ग्रस्त क्षेत्र घोषित कर दिया और स्थानीय अधिकारियों से नियंत्रण वापस ले लिया।

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