"प्रिज़न ब्रेक" की वास्तविक अवधारणा, एक ऐसे व्यक्ति को लेकर है जो अपने भाई को जेल से भागने में सहायता करने के लिए सुनियोजित तरीके से स्वंय को जेल में डालना चाहता है, पॉल शिउरिंग को निर्माता डॉन परुज़ के द्वारा सुझाई गई थी जो एक मार-धाड़ से भरे सीरीज का निर्माण करना चाहते थे। हालाँकि शिउरिंग को यह एक अच्छा विचार लगा परन्तु शुरू में वे इस बात को सोचकर कि क्यों कोई ऐसे मिशन पर जाएगा या वे इसे एक व्यावहारिक टेलिविज़न शो में कैसे बदल सकते हैं। उनके मस्तिष्क में निरपराधी भाई की कहानी आई एवं उन्होंने कहानी के कथानक एवं चरित्रों की योजना पर कार्य शुरू कर दिया। वर्ष 2003 में उन्होंने यह योजना फॉक्स ब्राडकास्टिंग कंपनी को दिखलाई लेकिन लम्बे काल तक चलने वाले ऐसे एक सीरिज़ की सफलता की संभावना के प्रति संदेह होने के कारण फॉक्स ने उन्हें मना कर दिया। उन्होंने साथ ही साथ अन्य चैनलों को भी इस अवधारणा के बारे में बतलाया परन्तु वहां भी सफलता नहीं मिली क्योंकि यह कथानक एक टेलिविज़न सीरिज़ की अपेक्षा फिल्म परियोजना के लिए ज्यादा सटीक था। "प्रिज़न ब्रेक" बाद में चौदह भाग की संभावित मिनीसीरीज़ के रूप में देखा गया जिसने स्टीवन स्पीलबर्ग का ध्यान भी अपनी ओर आकर्षित किया जब वे अपनी मृत्यु से पूर्व "वार ऑफ़ द वर्ल्ड्स" बनाने में व्यस्त थे। अतः मिनीसीरीज़ कभी बन नहीं पाई। "लोस्ट" और "24" जैसी धारावाही प्राइमटाइम टेलिविज़न सीरीज़ की सफलता को ध्यान में रखते हुए फॉक्स ने वर्ष 2004 में इसके निर्माण को समर्थन देने का निश्चय किया। प्रमुख एपिसोड का फिल्मांकन शिउरिंग के द्वारा पटकथा लिखे जाने के एक वर्ष पश्चात हुआ।

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