दक्षिण सूडान में पारंपरिक स्वदेशी धर्म के साथ-साथ ईसाई धर्म और इस्लाम को मानने वाले लोगों की संख्या सर्वाधिक है। धर्म के आधार पर 1956 में हुई जनगणना के अनुसार स्वदेशी धर्म के साथ-साथ ईसाई धर्म को मानने वाले लोगों के अलावा 18 प्रतिशत मुसलमान थे।
सूडान के उत्तर में सर्वाधिक संख्या इस्लाम की होने के कारण यहाँ की संस्कृति इस्लाम से प्रभावित है, जबकि दक्षिण सूडान ईसाई धर्म और पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों वो संस्कृतियों से प्रभावित है। कई वर्षों तक चले गृहयुद्ध के कारण भरी मात्रा में दक्षिण सूडान के संस्कृति अपने पड़ोसियों से भी प्रभावित है। यहाँ के लोगों ने अपने पड़ोसियों इथियोपिया, केन्या, युगांडा, सूडान और मिस्र की संस्कृतियों को ही नहीं आत्मसात किया है, बल्कि भारी मात्रा में यहाँ की संस्कृति में अरब की संस्कृति घुली-मिली है। यहाँ के कबायली मूल के अधिकांश लोग दक्षिण सूडान की मूल संस्कृति को अपनाए हुए हैं, हालांकि उनकी पारंपरिक संस्कृति और बोली निर्वासन और प्रवास की स्थिति में है। यहाँ सबसे ज्यादा लोग "जूबा अरबी" और अँग्रेजी भाषा का इस्तेमाल कराते हैं, जबकि अपने पूर्वी अफ्रीकी पड़ोसियों के साथ संबंध सुधार के कारण "कैस्वाहिली" का भी प्रयोग की जाने लगी है।

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