शहर के उत्तर में डाइस में एबरडीन हवाई अड्डा है, जहां से फ्रांस, नीदरलैंड, स्पेन, बेल्जियम, आस्ट्रिया, आयरलैंड और स्कैंडिनेवियाई देशों सहित अनेक घरेलू तथा अंतरराष्ट्रीय स्थलों के लिए उड़ान भरी जाती है। तेल उद्योग और बचाव कार्यों में लगा हेलीपोर्ट विश्व का दूसरा व्यस्ततम हेलीपोर्ट है।

एबरडीन रेलवे स्टेशन ब्रिटेन के मुख्य रेल नेटवर्क पर है और एडिनबर्ग, ग्लासगो तथा लंदन जैसे बड़े शहरों के लिए यहां से सीधी ट्रेन है, साथ ही रात भर की कैलेडोनियन स्लीपर ट्रेन भी है। फिलहाल स्टेशन का आधुनिकीकरण किया जा रहा है। 2007 में यहां विकास के काम किये गये और एक नए टिकट कार्यालय का निर्माण किया गया था।

2007 तक, 1950 के दशक की शैली का कंक्रीट का बस स्टेशन गिल्ड स्ट्रीट में था, जहां से शहर के बाहर बसें जाया करती थीं; अब इसका स्थानांतरण यूनियन स्क्वायर विकास के एक हिस्से के रूप में बने मार्केट स्ट्रीट के उत्तर में 100 मीटर की दूरी पर एक नए तथा सुव्यवस्थित बस स्टेशन में कर दिया गया है।

शहर के अंदर-बाहर आने-जाने के लिए छह प्रमुख सड़कें हैं। ए90 उत्तर और दक्षिण से शहर में आने वाली मुख्य सड़क है, जो एबरडीन को दक्षिण में एडिनबर्ग, ड्यूंडी, ब्रेचिन और पर्थ तथा उत्तर में एलोन, पीटरहेड और फ्रेजरबर्ग से जोडती है। A96 एल्गिन और इन्वरनेस और उत्तर-पश्चिम से जोडती है। A93 पश्चिम की मुख्य सड़क है, जो रॉयल डीसाइड और कैर्नगोर्म्स को जाती है। ब्रीमर के बाद, यह दक्षिण की ओर मुड़ जाती है, जो पर्थ के लिए वैकल्पिक पर्यटक मार्ग है। A944 भी पश्चिम की ओर जाती है, वेस्टहिल होते हुए और अल्फोर्ड का यह रास्ता है। A90 के बनने से पहले एबरडीन के लिए A92 ही मूल दक्षिणी सड़क थी और अब इसका उपयोग पर्यटक रास्ते के रूप में होता है, यह सड़क मोंटरोज और आर्ब्रोथ तथा पूर्वी तट को जाती है। A947 डाइस शहर में है और यह न्यूमाचर, ओल्डमेल्ड्रम और टुरिफ जाती है और बनिफ और मैकडफ जाकर समाप्त हो जाती है।

एबरडीन बंदरगाह स्कॉटलैंड के उत्तर में सबसे बड़ा होने और ओर्कनेय तथा शेटलैंड का नौका मार्ग होने के कारण महत्वपूर्ण है। इसकी स्थापना 1136 में हुई, इसका उल्लेख ब्रिटेन के सबसे पुराने व्यवसाय के रूप में किया जाता है।

ग्रैमपियन रिजनल ट्रांसपोर्ट (जीआरटी) और एबरडीन कारपोरेशन ट्रामवेज के उत्तराधिकारी के रूप में फर्स्ट एबरडीन के नाम से फर्स्टग्रुप शहर की बसों का संचालन करता है। एबरडीन फर्स्ट ग्रुप पीएलसी (plc) का वैश्विक मुख्यालय है, जो जीआरटी ग्रुप से पैदा हुआ है। फर्स्ट ग्रुप अभी भी किंग स्ट्रीट के पूर्व एबरडीन ट्रामवेज डिपो में ही स्थित है, जो जल्द ही एक नए अंतर्राष्ट्रीय मुख्यालय और एबरडीन बस डिपो में विकसित किया जाने वाला है।

स्टेजकोच ब्ल्यूबर्ड ब्रांड के तहत स्टेजकोच ग्रुप भी एबरडीन और एबरडीनशायर में बसें चलाया करता है। अन्य बस कंपनियां (जैसे कि मेगाबस) भी बस स्टेशन से शहर के उत्तर और दक्षिण के स्थानों के लिए बसें चलाती हैं।

एबरडीन ब्रिटेन के राष्ट्रीय साइकिल नेटवर्क से जुड़ा हुआ है। दक्षिण में एक रास्ता है जो ड्यूंडी और एडिनबर्ग जैसे शहरों को जोड़ता है और उत्तर का रास्ता शहर से करीब 10 मील बाद इन्वरनेस और फ्रेजरबर्ग की ओर दो अलग मार्गों में बंट जाता है। पुरानी रेलवे पटरियों के किनारे खासकर दो लोकप्रिय फुटपाथ हैं, जिनमे से एक डीसाइड पथ है जो बैंचोरी की ओर जाता है (जो कि बैलेटर से जा मिलता है) और फौर्मरटाइन व बुचान पथ एलोन की ओर जाता है। दोनों ही रास्तों पर साइकिल चलाने वाले, पैदल यात्री और कभी-कभी घुड़सवार भी चला करते हैं। शहर में चार पार्क व सवारी स्थल हैं: स्टोनहैवेन और एलोन (शहर के केंद्र से लगभग 12-17 मील की दूरी पर) और किंग्सवेल्स और डॉन पुल (लगभग 3-4 मील दूर)।

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