2004-05 के सत्र के दौरान ब्रायंट की बारीकी से निगरानी और आलोचना की गयी और पिछले वर्ष हुई सभी प्रतिकूल चीजों के कारण उनकी प्रतिष्ठा को काफी धक्का पहुंचा। फिल जैक्सन द्वारा "" का लिखा जाना विशेष रूप से हानिकारक साबित हुआ। इस किताब में लेकर्स के उतार-चढ़ाव भरे 2003-04 के सत्र की घटनाओं का विस्तार से वर्णन किया गया है और ब्रायंट की काफी आलोचना की गयी है। इस पुस्तक में जैक्सन ने ब्रायंट को "अनकोचेबल" कहा है, अर्थात उन्हें कोई प्रशिक्षित नहीं कर सकता है। उस सत्र के मध्य में रूडी टोम्जानोविच ने स्वास्थ्य समस्याओं तथा थकावट का हवाला देते हुए अचानक इस्तीफा दे दिया. टोम्जानोविच के बिना शेष सत्र के लिए लेकर्स के प्रबंधन का जिम्मा सहायक कोच फ्रैंक हैम्ब्लेन के ऊपर आ गया। 27.6 अंक प्रति गेम के साथ ब्रायंट के लीग के दूसरे उच्चतम स्कोरर होने के बावजूद लेकर्स असफल रहे और पिछले एक दशक में पहली बार प्लेऑफ्स तक नहीं पहुँच सके. उस वर्ष एनबीए में ब्रायंट की ख्याति को काफी धक्का लगा क्योंकि वे एनबीए ऑल-डिफेंसिव टीम का हिस्सा नहीं बन पाए और उनको पदावनत करके ऑल-एनबीए थर्ड टीम में भेज दिया गया। सत्र के दौरान ब्रायंट रे एलन तथा कार्ल मेलोन के साथ खुले रूप से झगड़ों में भी शामिल हुए.

2005-06 का एनबीए सत्र ब्रायंट के बास्केटबॉल करियर का एक निर्णायक मोड़ साबित हुआ। ब्रायंट के साथ अपने पूर्व के मतभेदों के बावजूद फिल जैक्सन लेकर्स का कोच बनने के लिए वापस लौटे. ब्रायंट ने इस कदम का समर्थन किया और देखने में वे दोनों अपनी इस दूसरी पाली में साथ मिलकर अच्छी तरह काम करते प्रतीत हुए और लेकर्स प्लेऑफ्स में वापस लौट आया. ब्रायंट का निजी प्रदर्शन आंकड़ों के हिसाब से उनके करियर का सर्वश्रेष्ठ साबित हुआ। 20 दिसम्बर 2005 को ब्रायंट ने डालास मैवरिक के खिलाफ तीन क्वार्टर्स में 62 अंक अर्जित किये. चौथे क्वार्टर की शुरुआत में ब्रायंट ने 62-61 के स्कोर के साथ पूरी मैवरिक टीम को अकेले पीछे छोड़ दिया था, 24-सेकंड शॉट क्लॉक के आने के बाद से यह कारनामा इतिहास में पहली बार किसी ने किया था। 16 जनवरी 2006 को जब लेकर्स का सामना मियामी हीट के साथ हुआ तब खेल से पहले ब्रायंट और शकील ओ'नील के हाथ मिलाने और गले मिलने की खबर ने काफी सुर्खियाँ बटोरी, इसी के साथ ओ'नील के लॉस एंजिल्स छोड़ कर जाने के बाद से इन दोनों खिलाडियों के बीच शुरू हुए झगड़े का अंत हो गया। एक महीने बाद, 2006 एनबीए ऑल स्टार गेम के दौरान इन दोनों ने काफी अवसरों पर एक दूसरे के साथ मजाक और मस्ती भी की.

22 जनवरी 2006 को ब्रायंट ने टोरंटो रैपटर्स खिलाफ 122-104 की जीत में अकेले 81 अंकों का योगदान दिया था। एल्गिन बेयर के 71 अंकों के पिछले फ्रेंचाइज रिकॉर्ड को तोड़ने के अतिरिक्त, ब्रायंट का यह प्रदर्शन एनबीए इतिहास का दूसरा सर्वश्रेष्ठ प्रदर्शन था। उनके ऊपर केवल विल्ट चेम्बरलेन का नाम आता है जिन्होंने 1962 के एक खेल में 100 अंक बनाये थे।
उसी महीने में ब्रायंट 1964 के बाद से पहले ऐसे खिलाड़ी बन गए जिन्होंने चार लगातार खेलों 45 या उससे अधिक अंक अर्जित किये हैं। उनसे पहले यह कारनामा केवल चेम्बरलेन तथा बेलर ही कर पाए थे। जनवरी के महीने में ब्रायंट का प्रति गेम औसत 43.4 अंक रहा जो एक महीने के औसत के हिसाब से एनबीए इतिहास का आठवां सर्वोच्च औसत था और चेम्बरलेन के अतिरिक्त अन्य कोई खिलाड़ी ऐसा नहीं कर पाया था। 2005-06 सत्र के अंत तक, ब्रायंट ने लेकर्स के लिए एक सत्र के सर्वाधिक 40 अंकों वाले गेम (27) तथा सबसे अधिक अंक (2832) अर्जित करने का फ्रेंचाइज़ रिकॉर्ड बनाया. उन्होंने पहली बार लीग के स्कोरिंग खिताब को जीता और उनका औसत रहा 35.4. ब्रायंट, 2006 एनबीए के सबसे मूल्यवान खिलाड़ी पुरस्कार के लिए वोटिंग में चौथे स्थान पर रहे, लेकिन पहले स्थान के लिए उनको 22 वोट प्राप्त हुए. उनसे अधिक वोट केवल विजेता स्टीव नैश को ही मिले थे। लॉस एंजिल्स का आंकड़ा 45-37 रहा जो पिछले सत्र की तुलना में ग्यारह अधिक था और ऐसा प्रतीत हुआ कि पूरी टीम अपने रंग में आ रही है। 

उसी सत्र में बाद में यह बताया गया कि ब्रायंट 2006-07 के एनबीए सत्र की शुरुआत में अपने जर्सी नंबर को 8 से बदल कर 24 करेंगे. हाई स्कूल में ब्रायंट का पहला नंबर 24 था, उसके बाद उन्होंने 33 नबंर इस्तेमाल करना शुरू कर दिया. लेकर्स का सत्र समाप्त हो जाने के बाद ब्रायंट ने टीएनटी पर कहा कि वे एकदम शुरुआत में ही 24 चाहते थे लेकिन वह उपलब्ध नहीं था। 33 भी उपलब्ध नहीं था क्योंकि उसे करीम अब्दुल जब्बार के साथ ही हटा दिया गया था। ब्रायंट ने एडिडास के एबीसीडी कैंप में 143 को पहना था और उसके अंकों को जोड़कर मिलने वाले 8 का चयन किया। प्लेऑफ्स के पहले दौर में लेकर्स ने बेहतरीन खेल दिखाते हुए फीनिक्स संस के ऊपर 3-1 की श्रंखला बढ़त हासिल कर ली, चौथे गेम में ब्रायंट के ओटी-फोर्सिंग तथा गेम को जितवाने वाले शॉट्स काफी चर्चा में रहे. वे द्वितीय वरीयता प्राप्त संस को बाहर करने से केवल 6 सेकंड की दूरी तक पहुंचे, हालांकि अतिरिक्त समय में वे उस खेल को 126-118 से हार गए। श्रृंखला में ब्रायंट के प्रति गेम 27.9 अंकों के बावजूद लेकर्स लड़खड़ा गए और अंततः संस से सात गेमों में मात खा गए। 2006 के ऑफ सीजन में ब्रायंट के घुटने की सर्जरी की गयी जिसके कारण वे 2006 की एफआईबीए विश्व चैम्पियनशिप प्रतियोगिता में भाग नहीं ले पाए. 
2006-07 के सत्र के दौरान ब्रायंट को अपने नवें ऑल-स्टार गेम के लिए चयनित किया गया और फरवरी 18 को उन्होंने 31 अंक, 6 एसिस्ट्स, 6 स्टील्स का बेहतरीन प्रदर्शन करते हुए अपने करियर की दूसरी ऑल-स्टार गेम एमवीपी ट्रॉफी जीत ली. इस सत्र के दौरान ब्रायंट कोर्ट पर घटने वाली अनेकों घटनाओं का हिस्सा बने. 28 जनवरी को गेम जीतने के लिए एक जंपशॉट लगाते समय फाउल अर्जित करने की कोशिश करते वक्त उनके हाथ की कोहनी से सैन एंटोनियों स्पर्स के गार्ड मनू गिनोबिली के चेहरे पर चोट लग गयी। लीग समीक्षा के बाद ब्रायंट को न्यूयॉर्क निक्स के खिलाफ मैडिसन स्क्वायर गार्डन में होने वाले अगले गेम के लिए निलंबित कर दिया गया। निलंबन के लिए आधार यह दिया गया कि ब्रायंट द्वारा अपने हाथ को पीछे की तरफ घुमाना एक "अप्राकृतिक गतिविधि" थी। बाद में 6 मार्च को ऐसा प्रतीत हुआ कि उन्होंने उस क्रिया को दोहराया है और इस बार मिनियासोटा टिम्बरवॉल्वस के गार्ड मार्को जारीच को चोट लग गयी। 7 मार्च को एनबीए ने ब्रायंट को दूसरी बार एक गेम के लिए निलंबित कर दिया. वापस लौटने के बाद 9 मार्च के अपने पहले गेम में उन्होंने काइल कोर्वर को कोहनी से चोट पहुंचा दी, जिसे बाद में टाइप 1 जलन प्रेरित फाउल घोषित कर दिया गया। 

16 मार्च को ब्रायंट ने पोर्टलैंड ट्रेल ब्लेज़र्स के खिलाफ एक घर के गेम में सत्र के सर्वाधिक 65 अंक बनाये जिसने लेकर्स के लगातार 7 गेम हारने के क्रम को तोड़ने में मदद की. उनके 11 वर्षीय करियर का यह दूसरा सर्वश्रष्ठ प्रदर्शन था। उसके अगले गेम में ब्रायंट ने मिनेसोटा टिम्बरवॉल्वस के विरुद्ध 50 अंक बनाये, उसके बाद उन्होंने मेम्फिस ग्रिज्लीज के खिलाफ 60 अंक बनाये. इस तरह वे लेकर्स के दूसरे ऐसे खिलाड़ी बन गए जिसने तीन लगातार गेमों में 50 या अधिक अंक बनाये हैं। यह कारनामा अंतिम बार माइकल जोर्डन द्वारा 1987 में किया गया था। उनके पहले लेकर की तरफ से यह उपलब्धि केवल एल्गिन बेलर ने हासिल की थी जिन्होंने दिसंबर 1962 में तीन लगातार गेमों में 50 या अधिक अंक बनाये थे। उसके अगले दिन न्यू ऑरलियन्स हौर्नेट्स के खिलाफ एक गेम में ब्रायंट 50 अंक बनाकर एनबीए इतिहास केवल दूसरे ऐसे खिलाड़ी बन गए जिसने लगातार 4 गेमों में 50 या अधिक अंक बनाये हैं। उनसे आगे केवल विल्ट चैम्बरलेन हैं जिन्होंने दो बार लगातार 7 गेमों में 50 या अधिक अंक बनाये हैं। ब्रायंट ने उस वर्ष का समापन कुल दस 50-प्लस गेमों के साथ किया और विल्ट चैम्बरलेन के बाद एक सत्र में ऐसा करने वाले दूसरे खिलाड़ी बने. चैम्बरलेन ने 1961-62 तथा 1962-63 में यह उपलब्धि हासिल की थी। उन्होंने उस सत्र में लगातार दूसरी बार स्कोरिंग का ख़िताब भी जीता. पूरे 2006-07 सत्र के दौरान ब्रायंट की जर्सी अमेरिका तथा चाइना में सर्वाधिक बिकने वाली एनबीए जर्सी बन गयी। कई पत्रकारों ने बिक्री की इस बढोत्तरी का श्रेय ब्रायंट के नए नंबर तथा कोर्ट पर उनके लगातार शानदार प्रदर्शन को दिया है। 2007 के एनबीए प्लेऑफ्स में लेकर्स को एक बार फिर फीनिक्स संस ने 4-1 से प्रथम राउंड में ही परास्त कर दिया. 

खिलाड़ी का प्रोफ़ाइल
एनबीए (NBA) करियर
प्लेऑफ्स में निराशा (2004-07)
एमवीपी (MVP) वर्ष (2007-08)