यह प्रभाग परिषद के तीन संस्‍थानों यथा- नई दिल्‍ली स्थित विकृतिविज्ञान संस्‍थान, मुंबई स्थित राष्‍ट्रीय प्रतिरक्षा रुधिरविज्ञान संस्‍थान, तथा बेलगांव स्थित क्षेत्रीय आयुर्विज्ञान अनुसन्धान केन्द्र के सम्बन्ध में प्रशासनिक प्रभाग के रूप में कार्य करता है। यह देश के विभिन्‍न मेडिकल कॉलेजों और अनुसंधान संस्‍थानों में एक्‍स्‍ट्राम्‍युरल अनुसंधान को वित्‍तीय सहायता प्रदान करके जीवरसायन, कोशिका एंव आण्विक जैविकी, जीनोमिक्‍स एवं आण्विक चिकित्‍साविज्ञान, भेषजगुणविज्ञान, पारंपरिक चिकित्‍सा और रुधिरविज्ञान के क्षेत्रों में भी अनुसंधान को प्रोत्‍साहन देता है।

मौलिक आयुर्विज्ञान प्रभाग
जनशक्ति विकास प्रभाग
स्‍वास्‍थ्‍य प्रणाली अनुसंधान सेल
वित्‍त एवं लेखा प्रभाग