अखिल भारतीय संस्कृत साहित्य सम्मेलन ने 8 अक्टूबर 1962 को विजयादशमी के दिन दिल्ली में संस्कृत विद्यापीठ की स्थापना की, जिसमें डॉ मंडन मिश्र को विद्यापीठ का विशेष कार्य अधिकारी व निदेशक नियुक्त किया गया। सम्मेलन में लिये गए निर्णय के अनुसार अखिल भारतीय संस्कृत विद्यापीठ नाम से एक पृथक् संस्था स्थापित की गई। इसके संस्थापक अध्यक्ष स्वर्गीय प्रधनमंत्री श्री लाल बहादुर शास्त्री जी थे। विद्यापीठ के विकास में स्वर्गीय श्री लाल बहादुर शास्त्री जी की प्रेरणा एवं मार्गदर्शन ने महत्त्वपूर्ण भूमिका निभाई। प्रधनमंत्री श्री लाल बहादुर शास्त्री जी ने इस विद्यापीठ को अन्तर्राष्ट्रीय संस्था बनाने की घोषणा की।
शास्त्री जी की मृत्यु के पश्चात् भूतपूर्व प्रधनमंत्री श्रीमती इन्दिरा गांधी ने विद्यापीठ की अध्यक्षता स्वीकार की। उन्होंने घोषणा की कि 2 अक्टूबर 1966 से विद्यापीठ को श्री लाल बहादुर शास्त्री राष्ट्रिय संस्कृत विद्यापीठ के नाम से जाना जाएगा। 1 अप्रैल 1967 को विद्यापीठ का अधिग्रहण भारत सरकार ने किया और 21 दिसम्बर 1970 को यह राष्ट्रिय संस्कृत संस्थान एक पंजीकृत स्वायत्त संस्था का अंग बन गया तथा श्री लाल बहादुर शास्त्री केन्द्रीय संस्कृत विद्यापीठ नाम से कार्य करने लगा।
विद्यापीठ के कार्य तथा इसके बहुमुखी विकास से प्रभावित होकर मार्च, 1983 में भारत सरकार ने इसको मानित विश्वविद्यालय का स्तर देने का प्रस्ताव रखा। अंततः आवश्यक परीक्षण एवं अन्य औपचारिकताओं के पश्चात् भारत सरकार ने विश्वविद्यालय अनुदान आयोग की सिपफारिश पर नवम्बर, 1987 में विद्यापीठ को मानित विश्वविद्यालय का स्तर प्रदान किया।
विश्वविद्यालय अनुदान आयोग की सिफारिश पर राष्ट्रिय संस्कृत संस्थान से पृथक् एक संस्था श्री लाल बहादुर शास्त्री राष्ट्रिय संस्कृत विद्यापीठ के नाम से भूतपूर्व मानव संसाध्न विकास मंत्री श्री पी. वी. नरसिंह राव की अध्यक्षता में 20 जनवरी 1987 को पंजीकृत की गयी। 1989 में डॉ॰ मण्डन मिश्र विद्यापीठ के प्रथम कुलपति नियुक्त हुए। 1 नवम्बर 1991 से मानित विश्वविद्यालय के रूप में इस विद्यापीठ ने कार्य करना प्रारम्भ किया।

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