बीओआई के निदेशक जे. एडगर हूवर एफबीआई के पहले निदेशक बने और उन्होंने बीओआई, डीओआई और एफबीआई के साथ संयुक्त रूप से 48 वर्षों तक कार्य किया। हूवर की मृत्यु के बाद एफबीआई के भावी निदेशकों का कार्यकाल अधिकतम दस वर्षों तक के लिए सीमित करने का एक क़ानून पारित कर दिया गया। वैज्ञानिक अपराध जाँच प्रयोगशाला (साइंटिफिक क्राइम डिटेक्शन लैबोरेटरी) या एफबीआई लैबोरेटरी को आधिकारिक तौर पर 1932 में खोला गया जो काफी हद तक हूवर के प्रयासों का नतीजा था। हूवर के कार्यकाल में एफबीआई ने जिन योजनाओं पर काम किया उनमें हूवर की पर्याप्त भागीदारी थी।

1930 के दशक में "वार ऑन क्राइम" के दौरान एफबीआई के एजेंटों ने अनेकों ऐसे कुख्यात अपराधियों को गिरफ्तार किया या मार डाला था जिन्होंने देश भर में अपहरणों, डकैतियों और हत्याओं को अंजाम दिया था, इनमें जॉन डिलिंगर, "बेबी फेस" नेल्सन, केट "मा" बार्कर, एल्विन "क्रीपी" कार्पिस और जॉर्ज "मशीन गन" केली शामिल थे।

इसके प्रारंभिक दशकों की अन्य गतिविधियों में कू क्लक्स क्लान के प्रसार और प्रभाव को कम करने में इसकी एक निर्णायक भूमिका शामिल थी। इसके अतिरिक्त एडविन आथर्टन के कार्यों के माध्यम से एफबीआई ने 1920 के दशक में कैलिफोर्निया की सीमा पर मैक्सिकन नव-क्रांतिकारियों की पूरी सेना को पकड़ने में सफल होने का दावा किया।

विशिष्ट व्यक्तियों पर एफबीआई की फाइलें
निदेशक के रूप में जे एडगर हूवर का कार्यकाल
एफबीआई और संगठित अपराध
एफबीआई की विशेष टीमें