भूवैज्ञानिकों में 'टकलामकान' के नाम के स्रोत को लेकर मतभेद है। कुछ कहते हैं कि यह अरबी भाषा के 'तर्क' (यानी 'अलग करना') और 'मकान' (यानी 'जगह') के मिश्रण से बना है। यह दोनों शब्द अरबी से उइग़ुर भाषा में भी आये हैं और हिंदी में भी। दुसरे विशेषज्ञों की राय है कि यह तुर्की भाषाओँ के 'तक़लार माकान' से आया है, जिसका अर्थ है 'खंडहरों की जगह'। यह अफ़वाह भी आम है कि 'टकलामकान' का मतलब 'अन्दर जाओगे तो बाहर कभी नहीं निकलोगे' या फिर 'मौत का रेगिस्तान' है, लेकिन यह महज़ ग़लत अवधारणाएं ही है।

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