सन २००० में दो और एयरबस विमान इसके बेड़े में शामिल किए गये और पहली बार स्वचालित टिकट प्रणाली का उपयोग शुरू किया गया। २००१ में इस एयरलाइन को जर्मन विमानन प्राधिकरण लूफ़्थफहर्त-बूंदेसांत द्वारा रखरखाव और तकनीकी कृत्य का प्रमाण पत्र मिला। १८ नवंबर २०१४ को क्रोएशिया एयरलाइन, स्टार एलायंस में शामिल हो गई।

मार्च २००९ तक कंपनी ने १९९३ में शामिल किए गये कम दूरी वाले तीन एटीआर 42 विमानो को अपने बेड़े से हटा दिया और इनकी जगह ६ बॉंबर्डियर डैश 8 क्यू400 एस विमान शामिल किए गये। इनमे से पहला विमान मई २००८ में शामिल किया गया।

२२ अक्तूबर २००८ को क्रोएशिया एयरलाइन और एयरबस ने १३२ सीटों वाले चार और ए ३१९ विमानो को शामिल किए जाने को घोषणा की जो कि २०१३ तक बेड़े में शामिल कर लिए जाने थे।

२००० के बाद की घटनाएँ
इतिहास
विमान दस्ता
कंपनी संबंधित मामले