बॉक्स ऑफिस पर मर्फी की फ़िल्में ने 1996 से फिर से सफल होने लगीं जिसकी शुरुआत हुई "दी नटी प्रोफ़ेसर" से. इसके बाद उनकी कई फ़िल्में आईं जो अति सफल रहीं और जिन्हें पूरे परिवार के साथ देखा जा सकता था, जैसे कि "मुलान", "डॉक्टर डूलिटिल" और उसका सीक्वेल, "श्रेक" सीरीज, "डैडी डे केयर", "दी हौंटेड मेंशन", तथा "" . हालांकि, अधिक वयस्क दर्शकों को ध्यान में रखकर बनाई गयी उनकी अधिकांश फ़िल्में ज्यादा सफल नहीं रहीं; "मेट्रो", "आई स्पाई", तथा "शोटाइम" ने घरेलू बाजार में 40 मिलियन डॉलर से कम की कमाई की; 13 मिलियन डॉलर से भी कम की कमाई के साथ "होली मैन" का प्रदर्शन काफी खराब रहा और "एडवेंचर्स ऑफ प्लूटो नैश" इतिहास में अब तक सबसे अधिक नुकसान उठाने वाली फिल्मों में से एक है, कथित तौर पर इसका बजट था 110 मिलियन डॉलर जबकि इसकी विश्वव्यापी कमाई मात्र 7 मिलियन डॉलर रही। फ्रैंक औज़ की कॉमेडी फिल्म "बोफिंगर" वयस्क-आधारित फिल्मों के पिटने के इस चलन का एक उल्लेखनीय अपवाद है, इस पिक्चर में स्टीव मार्टिन ने भी काम किया है। इस फिल्म को आमतौर पर काफी सकारात्मक समीक्षाएं मिलीं और बॉक्स ऑफिस पर इसने 66 मिलियन डॉलर की कमाई की।

2006 में उन्होंने ब्रॉडवे म्यूजिकल "ड्रीमगर्ल्स" के फ़िल्मी संस्करण में सोल सिंगर जेम्स "थंडर" अर्ली की भूमिका निभाई. मर्फी ने सर्वश्रेष्ठ सहायक कलाकार के लिए गोल्डन ग्लोब पुरस्कार जीतने के साथ-साथ इसी श्रेणी के लिए स्क्रीन एक्टर्स गिल्ड तथा ब्रॉडकास्ट फिल्म क्रिटिक्स एसोसिएशन पुरस्कारों को भी जीता। फिल्म की कई समीक्षाओं में मर्फी के अभिनय की तारीफ की गयी और एकेडेमी अवार्ड्स की घोषणा से पहले भी उनका नाम काफी सुनने में आया। 23 जनवरी 2007 को मर्फी को एकेडेमी अवार्ड्स के सर्वश्रेष्ठ सहायक अभिनेता के लिए नामांकित किया गया, लेकिन यह पुरस्कार अंततः एलन लार्किन को "लिटिल मिस सनशाइन" में उनके उम्दा अभिनय के लिए दे दिया गया। "ड्रीमगर्ल्स", 1995 में आने वाली "वेम्पायर इन ब्रुकलिन" के बाद से मर्फी अभिनीत प्रथम फिल्म थी जिसे पैरामाउंट पिक्चर्स द्वारा वितरित किया गया। वायाकॉम द्वारा ड्रीमवर्क्स एसकेजी के अधिग्रहण के परिणामस्वरूप, पैरामाउंट द्वारा 2007 की उनकी अन्य फिल्मों "नॉरबिट" तथा "श्रेक दी थर्ड" को वितरित किया गया। उन्होंने पैरामाउंट की 2008 के फिल्म "मीट डेव" तथा 2009 की फिल्म "इमेजिन दैट" में भी अभिनय किया।

निकट भविष्य में मर्फी द्वारा "बेवर्ली हिल्स कॉप IV" पर काम शुरू किये जाने की उम्मीद है और निर्माता जेरी ब्रुखीमर संभवतः श्रृंखला की चौथी फिल्म का हिस्सा नहीं होंगे। मर्फी ने हाल ही में "दी सन ऑनलाइन" को बताया कि "नई स्क्रिप्ट अच्छी लग रही है". न्यूयॉर्क के "डेली न्यूज" की रिपोर्ट है कि मर्फी ब्रेट रैटनर की फिल्म "ट्रम्प हीस्ट" में मुख्य कलाकार की भूमिका निभाएंगे; इस फिल्म के सभी कलाकार अश्वेत हैं और मर्फी को ठगों के एक दल के सरगना के रूप में दिखाया गया है जो डोनाल्ड ट्रंप के ट्रंप टॉवर में नौकरी प्राप्त कर लेते हैं ताकि वे उसके निवासियों को ठग सकें. क्रिस रॉक, डेव चैपिली और क्रिस टकर को शामिल किये जाने की उम्मीद है। इस पिक्चर का निर्माण ब्रायन ग्रेज़र द्वारा अपनी इमेजिन इंटरटेंमेंट शिंगल के लिए किया जा रहा है। हालांकि, बाद में फरवरी 2010 में इस परिवर्तन को प्रतिबिंबित करने और और यह दर्शाने के लिए कि यह परियोजना नयी दिशा में जा रही है, मर्फी को हटाकर बेन स्टिलर को रख लिया गया और स्क्रिप्ट को नए सिरे से लिखा गया। सह-अभिनेता के रूप में रॉक टकर और चैपिली की भी पुष्टि कर दी गयी।

2007 में मर्फी को एकेडेमी ऑफ़ मोशन पिक्चर आर्ट्स एंड साइंसेज में शामिल होने के लिए आमंत्रित किया गया।

मर्फी, "दी इनक्रेडिबल श्रिंकिंग मैन के एक नए संस्करण में अभिनय करेंगे."

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