विभिन्न वैकल्पिक उपचार पद्धतियों की अनिश्चित प्रकृति और अलग-अलग चिकित्सकों द्वारा किए जाने वाले दावों के कारण वैकल्पिक चिकित्सा एक गंभीर बहस को जन्म देती रही है, यहां तक कि वैकल्पिक चिकित्सा की परिभाषा को लेकर भी अनिश्चितता बनी हुई है। आहार पूरक, उनके घटक, सुरक्षा तथा दावे निरंतर रूप से विवादों के घेरे में रहे हैं। कुछ मामलों में राजनितिक मुद्दे, मुख्य धारा की चिकित्सा तथा वैकल्पिक चिकित्सा का आपस में टकराव हो जाता है, जैसे कि कुछ ऐसे मामले जहां कृत्रिम औषधियां तो वैध हैं पर उन्हीं सक्रिय रसायन के जड़ी-बूटी वाले स्रोतों पर रोक लगा दी गई है। अन्य मामलों में मुख्य धारा पर बने विवाद ने उपचार की प्रकृति पर ही सवाल खड़ा कर दिया है, जैसे कि जल फ्लोरीडेशन. वैकल्पिक चिकित्सा तथा मुख्य धारा की चिकित्सा की बहस धार्मिक चर्चा की स्वतंत्रता पर भी अवरोध उत्पन्न कर सकती है, जैसे कि धार्मिक विश्वासों के कारण किसी के बच्चे की जान बचाने वाली चिकित्सा के लिए इन्कार कर देने का अधिकार. सरकारी विनियमक एक संतुलित विनियमन का निरंतर प्रयास कर रहा है।

वैकल्पिक चिकित्सा की कौन सी-शाखा वैध है, कौन-सी विनियमित और किसे सरकार-नियंत्रित स्वास्थ्य सेवा द्वारा निजी स्वास्थ्य चिकित्सा बीमा कंपनी द्वारा प्रदान की जा रही है, इनसे जुड़े अधिकार क्षेत्र अलग-अलग हैं। संयुक्त राष्ट्र संघ की आर्थिक, सामाजिक तथा सांस्कृतिक अधिकारों की समिति (संयुक्त राष्ट्र Committee on Economic, Social and Cultural Rights)- "स्वास्थ्य की उच्चतम प्राप्तियोग्य मानक के अधिकार (The right to the highest attainable standard of health)" पर सामान्य टिप्पणी संख्या-14 (2000) का अनुच्छेद 34 ("विशिष्ट वैधानिक उत्तरदायित्व (Specific legal obligations)") कहता है कि

इस अनुच्छेद के विशिष्ट क्रियान्वयन को सदस्य देशों पर छोड़ दिया गया है।

कई वैकल्पिक चिकित्सा पद्धतियां मेडिकल चिकित्साओं को मान्यता देने वाली सरकारी एजेंसियों की पाबंदी से असहमत हैं। उदाहरण के लिए अमेरिका में आलोचकों का कहना है कि प्रायोगिक मूल्यांकन विधियों के लिए फूड एंड ड्रग ऐड्मिनिस्ट्रेशन (Food and Drug Administration) का मानदंड, उपयोगी तथा प्रभावी उपचार तथा उनकी विधियों को सार्वजनिक करने से रोकता है तथा उनके योगदान और खोजों को गलत तरीके से खारिज किया जाता है, उनकी अनदेखी की जाती है अथवा उन्हें दबाया जाता है। वैकल्पिक चिकित्सा प्रदाता मानते हैं कि स्वास्थ्य के साथ धोखाधड़ी होती है और वे तर्क देते हैं कि इससे सही तरीके से निपटा जाना चाहिए, पर इन पाबंदियों को उनपर नहीं लगाया जाना चाहिए जिसे वे वैध स्वास्थ्य उपचार उत्पाद मानते हैं।

न्यूजीलैंड में वैकल्पिक चिकित्सा उत्पादों को खाद्य उत्पादों के वर्ग में शामिल किया जाता है, इसलिए वहां किसी प्रकार का विनियमन या सुरक्षा मानक नहीं हैं।

ऑस्ट्रेलिया में इस विषय को "पूरक चिकित्सा (complementary medicine)" के नाम से जाना जाता है तथा थेराप्युटिक गुड्स ऐड्मिनिस्ट्रेश (Therapeutic Goods Administration) ने कई दिशा-निर्देश तथा मानक जारी किए हैं। पूरक चिकित्सा के ऑस्ट्रेलियाई नियामक दिशा-निर्देश (एआरगीसीएम)(ARGCM) यह मांग करते हैं कि "जड़ी-बूटी वाली चीजों" में मौजूद कीटनाशी, धूम्रकारक, विषैली धातुएं, सूक्ष्मजीवी विष, रेडियोन्युक्लिड (radionuclides), सूक्ष्मजीवी संदूषण इत्यादि की निगरानी की जानी चाहिए, यद्यपि ये दिशा-निर्देश इन लक्षणों के साक्ष्य की मांग नहीं करते. हालांकि फार्माकोपोइयल मोनोग्राफ (pharmacopoeial monographes) में जड़ी-बूटी वाले पदार्थों के लिए विस्तृत जानकारी संबद्ध प्राधिकरण को प्रदान करना चाहिए.

आधुनिक औषधि-निर्माण विज्ञान (pharmaceuticals) को कड़ाई से विनियमित किया गया है, ताकि दवाई में एक मानक मात्रा में सक्रिय घटक तत्त्व हों तथा वे संदूषण से मुक्त हों. वैकल्पिक चिकित्सा उत्पाद पर समान सरकारी गुणवत्ता नियंत्रण के मानक नहीं होते और उनके बीच सामांजस्य नहीं हो सकता. इससे किसी विशेष ख़ुराक के लिए रासायनिक सामग्री तथा जैविक सक्रियता में अनिश्चिता होती है। निरीक्षण की इस कमी का यह अर्थ है कि वैकल्पिक उत्पाद में मिलावट तथा संदूषण की संभावना बनी रहती है। यह समस्या अंतर्राष्ट्रीय वाणिज्य द्वारा और भी बढ़ जाती है, क्योंकि विभिन्न देशों का विनियमन अलग-अलग प्रकार और दायरे का होता है। इससे उपभोक्ताओं के लिए दिए उत्पाद के खतरे तथा उसकी गुणवत्ता का आकलन करना मुश्किल हो जाता है।

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वैकल्पिक तथा साक्ष्य-आधारित चिकित्सा