इस परीक्षण पर सबसे प्रबल और कड़ी प्रतिक्रिया भारत के पड़ोसी देश पाकिस्तान ने की थी। पाकिस्तान में परीक्षण के खिलाफ बहुत गुस्सा था। पाकिस्तान ने दक्षिण एशियाई क्षेत्र में परमाणु हथियारों की होड़ को भड़काने के लिए भारत को दोष दिया। पाकिस्तान के प्रधानमंत्री नवाज शरीफ ने कसम खाई कि उनका देश भारत को इसका उपयुक्त जबाब देगा। भारत के पहले दिन के परीक्षण के बाद, विदेश मंत्री गौहर अयूब खान ने संकेत दिया कि पाकिस्तान परमाणु परीक्षण करने के लिए तैयार है। उन्होंने कहा, "पाकिस्तान भारत की बराबरी के लिए तैयार है। हम में यह क्षमता है...हम सभी क्षेत्रों में भारत के साथ संतुलन बनाए रखेंगे।" उन्होंने साक्षात्कार में कहा,"हम उपमहाद्वीप मे जारी अनियंत्रित हथियारों की दौड़ में कभी पीछे नहीं रहेंगे।

13 मई 1998 को, पाकिस्तान ने फूट-फूट कर परीक्षण की निंदा की और विदेश मंत्री गौहर अयूब द्वारा कहा गया कि भारतीय नेतृत्व अनियंत्रित रास्ते पर चल रही है। पाकिस्तान के प्रधानमंत्री नवाज शरीफ ने कहा कि "हम स्थिति पर नजर रख रहे हैं और हम अपनी सुरक्षा के संबंध में उचित कार्रवाई करेंगे।" शरीफ ने परमाणु प्रसार के लिए भारत की आलोचना और पाकिस्तान को समर्थन के लिए पूरे इस्लामी देशों को जुटाने का प्रयास किया।

प्रधानमंत्री नवाज शरीफ को राष्ट्रपति बिल क्लिंटन और विपक्ष के नेता बेनजीर भुट्टो द्वारा परमाणु परीक्षण के कारण तीव्र दबाव का सामना करना पड़ा था। प्रधानमंत्री नवाज शरीफ ने परमाणु परीक्षण कार्यक्रम को अधिकृत किया और पाकिस्तान परमाणु ऊर्जा आयोग (PAEC) ने कोडनेम 'चगाई' के तहत 28 मई 1998 को 'चगाई-1' तथा 30 मई 1998 को 'चगाई-2' परमाणु परीक्षण किए। चगाई और खरं परीक्षण स्थल पर भारत के अंतिम परीक्षण के पंद्रह दिनों बाद छह भूमिगत परमाणु परीक्षण आयोजित किए। परीक्षण का कुल प्रतिफल 40 कि. टन होने की सूचना दी गई थी। (कोडनेम देखें: "चगाई-1")

पाकिस्तान के परीक्षण के बाद संयुक्त राज्य अमेरिका ने समान प्रकार की निंदा की। अमेरिकी राष्ट्रपति बिल क्लिंटन ने भारत के पोखरण-2 परीक्षण की प्रतिक्रिया के रूप में पाकिस्तान के परीक्षण की आलोचना में कहा कि "दो गलत कभी सही नहीं बना सकते हैं।" संयुक्त राज्य अमेरिका और जापान ने अपनी प्रतिक्रिया पाकिस्तान पर आर्थिक प्रतिबंध लगाकर व्यक्त की। पाकिस्तान के विज्ञान समुदाय के अनुसार, भारतीय परमाणु परीक्षणों ने ही कोल्ड परीक्षणों के संचालन के 14 साल के बाद पाकिस्तान को परमाणु परीक्षण करने के लिए एक अवसर दिया। (देखे: किराना-१).

पाकिस्तान के प्रमुख परमाणु भौतिक विज्ञानी और शीर्ष वैज्ञानिकों में से एक डॉ परवेज ने भारत को पाकिस्तान के परमाणु परीक्षण चगाई के प्रयोगों के लिए जिम्मेदार ठहराया।

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भारत की परमाणु बम परियोजना
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