यह द्वीप दुनिया के उन कुछ स्थानों में से एक हैं जहां पर कोई देशज जनसंख्या नहीं है। यहां का सबसे बड़ा जातीय समूह ईक्वाडोर मेस्टिज़ो हैं, जो स्पेनी उपनिवेशकों और स्थानीय लोगों की मिश्रित संतानें हैं और मुख्य रूप से ईक्वाडोर के महाद्वीपीय भाग से पिछली शताब्दी में यहां आ कर बसे हैं। 
1959 में, लगभग 1000 से 2000 लोगों ने खुद को इन द्वीपों का नागरिक बताया था, 1972 में द्वीपसमूह की एक जनगणना के मुताबिक यह संख्या 3488 हो गयी और 1980 के दशक तक यह संख्या 15,000 तक जा पहुंची। 2006 में यह और बढ़ कर लगभग 40,000 के आसपास पहुंच गयी।

पांच द्वीप जिन पर लोग बसे हुए हैं, हैं: बाल्ट्रा, फ्लोरियाना, ईसाबेला, सैन क्रिस्टोबाल और सांताक्रूज।

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