जनवरी 2000 में "डार्क एंजल" के फ़िल्मांकन के समय, एल्बा ने अपने सह-अभिनेता माइकल वेदर्ली के साथ तीन वर्षीय संबंध का आरंभ किया लेकिन उन दोनों की आयु में 12 वर्ष का अंतर था जो विवाद का कारण बना। वेदर्ली ने एल्बा के बीसवें जन्मदिवस के अवसर पर उसके समक्ष अपना प्रेम-प्रस्ताव रखा जिसे उसने स्वीकार कर लिया। अगस्त 2003 में, एल्बा और वेदर्ली ने घोषणा की कि उनके बीच जो संबंध था वो अब ख़त्म हो गया है। जुलाई 2007 में, एल्बा ने यह कहते हुए अपने अलगाव के बारे में बताया कि "मुझे नहीं मालूम है [कि मैंने उससे संबंध स्थापित क्यों किया]. मैं एक कुंवारी थी। वह मुझसे 12 वर्ष बड़ा था। मैंने सोचा था कि उसे अच्छी तरह मालूम है। मेरे माता-पिता खुश नहीं थे। वे सचमुच में धार्मिक हैं। उनका मानना है कि परमेश्वर इस बात की अनुमति नहीं देंगे कि बाइबिल में उन बातों का समावेश हो जिसमें उनकी आस्था नहीं है। मैं बिलकुल अलग हूं." एल्बा ने एक बार कहा था कि अपने आदर्श साथी के रूप में वह एक अधिक आयु के व्यक्ति की कल्पना करती है और उदाहरण के तौर पर उसने मॉर्गन फ्रीमन, शॉन कॉनरी, रॉबर्ट रेडफोर्ड और माइकल केन के नाम का संदर्भ प्रस्तुत किया। उसने कहा, "मैंने यह सब बुजुर्ग लोगों के लिए रखा है। वे लोग आस-पास ही है और उन्हें बहुत कुछ मालूम है।"

2004 में "फैंटास्टिक फोर" के निर्माण के समय, एल्बा की मुलाक़ात, अभिनेता माइकल वॉरेन के बेटे, कैश वॉरेन से हुई। 27 दिसम्बर 2007 को एल्बा और वॉरेन ने घोषणा की कि उनकी सगाई हो गई है। सोमवार, 19 मई 2008 को एल्बा ने वॉरेन से लॉस एंजिल्स में विवाह कर लिया। 7 जून 2008 को, एल्बा ने कैलिफोर्निया के लॉस एंजिल्स स्थित सेडार्स-सिनाई मेडिकल सेंटर में एक बच्ची, होनर मैरी वॉरेन को जन्म दिया। होनर मैरी की पहली तस्वीरों को "OK!" मैगज़ीन में देखा गया जिसने इन तस्वीरों के एवज में 1.5 मिलियन डॉलर के एक प्रतिवेदित रकम का भुगतान किया। एल्बा ने कहा है कि वह और अधिक बच्चे पैदा करना चाहती है।

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