ऐमट्रैक (यात्री) और फ्रेट लाइन्स रोचेस्टर को रेल सेवा प्रदान करती हैं। रोचेस्टर में ग्रेहाउंड और ट्रेलवेज़ के माध्यम से अंतर्शहरी और अंतरमहाद्वीपीय बस सेवा उपलब्ध है।

रोचेस्टर और इसके काउंटी उपनगरों में रोचेस्टर-गेनेसी रीजनल ट्रांसपोर्टेशन ऑथोरिटी (आरजीआरटीए) द्वारा इसके रीजनल ट्रांजिट सर्विस (आरटीएस) सहायक के माध्यम से स्थानीय बस सेवा प्रदान की जाती है। आरटीएस तत्काल रोचेस्टर क्षेत्र से बाहर उपनगरीय सेवा भी प्रदान करता है और दूरस्थ काउंटियों में लघु परिवहन प्रणालियों जैसे डब्ल्यूएटीएस (वेन एरिया ट्रांसपोर्टेशन सिस्टम) का संचालन करता है।

1927 से 1957 तक रोचेस्टर में रोचेस्टर सबवे नमक एक हल्की रेल भूमिगत पारगमन प्रणाली थी। यह दुनिया का सबसे छोटा शहर था जहाँ यह प्रणाली थी। पिछले कुछ सालों में निजी तौर पर प्रायोजित प्रस्ताव रखे गए हैं जो क्षेत्र को संभवतः कुछ पुराने सुरंगों का इस्तेमाल करके एक नई प्रणाली का समर्थन करने के लिए प्रोत्साहित करते हैं। इनमें से एक प्रस्ताव में ब्रॉड स्ट्रीट पुल सुरंग नामक पूर्व नहर जलसेतु को एक परिष्कृत पैदल यात्री गलियारे में बदलने का प्रस्ताव शामिल है जिसमें एक रोचेस्टर ट्रांसपोर्टेशन म्यूज़ियम और एक ट्राम सिस्टम भी शामिल हो सकता है।

पूर्व नहर और भूमिगत सुरंग अक्सर होने वाले बहस का एक स्रोत बन गया है। शहर के कई बेघर लोग आश्रय के रूप में सुरंगों का इस्तेमाल करते हैं और सुरंग प्रवेश द्वारों के पास के कुछ क्षेत्रों को खतरनाक होने की शोहरत हासिल हुई है। शहर ने इस स्थान के लिए नहर मार्ग को फिर से बनाने, भूमिगत प्रणाली का फिर से इस्तेमाल करने या सुरंगों को पूरी तरह से भरने सहित कई समाधानों पर विचार किया है। सुरंगों को पूरी तरह से भरने की योजना ने आलोचनाओं को जन्म दिया है क्योंकि इसे भरने के खर्च का जुगाड़ नहीं हो पाएगा और न ही इससे आर्थिक विकास में कोई सुधार आएगा.

डाउनटाउन रोचेस्टर के माध्यम से मूल एरी कैनाल को फिर से पानी से भर देने के लिए जनसमर्थन जारी है। फिर से पानी भरने के प्रयासों के समर्थन में शहर ने रोचेस्टर्स हिस्टोरिक कैनाल डिस्ट्रिक्ट के निर्माण का आह्वान करते हुए 2009 में एक मास्टर प्लान तैयार किया। उसके बाद अतिरिक्त सार्वजनिक निवेश की मांग करते हुए निकट भविष्य में जारी करने के लिए एक पर्यावरणीय समीक्षा दस्तावेज तैयार किया गया है। इस जिले में निजी और सार्वजनिक दोनों तरह के निवेश शामिल हैं जो जिले की समृद्ध विरासत, शैक्षिक अवसरों, ऐतिहासिक व्याख्या, वास्तु महत्वपूर्ण इमारत और मनोरंजनात्मक सुविधाओं पर आधारित है। शहर फ़िलहाल कैनाल डिस्ट्रिक्ट के तीन प्रमुख चरणों में से पहले चरण को कार्यान्वित करने के लिए सार्वजनिक पैसों की मांग कर रहा है।

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