२००२ के अंत में, मर्फी ने एश्टन कुचर के साथ डेटिंग शुरू किया, को-स्ट्रार के रूप में "जस्ट मेरीड"  में काम किया। एक बार प्रतिभा प्रबंधक जेफ क्वाटिनेत्ज़ से जुड़ने के बाद, मर्फी दिसंबर २००५ में जो मैकलुसो के साथ जुड़ी हुई थी, फिल्म "लिटिल ब्लैक बुक"  पर काम करते समय वह एक उत्पादन सहायक थीं।  अगस्त २००६ में, उन्होंने अपनी सगाई समाप्त कर दी।  मई २००७ में, लॉस एंजिलस में एक निजी यहूदी समारोह में मर्फी ने ब्रिटिश पटकथा लेखक साइमन मोन्जैक से शादी की। अपने जीवन के पिछले साढ़े तीन साल से, मर्फी, उसकी मां और मोन्जैक एक ही घर में एक साथ रहते थे।

२००० के दशक के आरंभ में, मर्फी ने बड़ी मात्रा में वजन खो दिया,  जिससे कोकीन की लत की अफवाहें आईं।  २००५ में, मर्फी ने "जेन" पत्रिका के ऐसे दावों पर विवाद किया और कहा, "नहीं, सिर्फ रिकॉर्ड के लिए मैंने अपने पूरे जीवन में इसे कभी नहीं करने की कोशिश की है।" इस समय, हाल ही में जॉर्ड्च जीन्स के लिए प्रवक्तामंडल के रूप में हस्ताक्षर किए थे।

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