टोक्यो में बहुत से विश्वविद्यालय, जूनियर कॉलेज और वोकेश्नल स्कूल हैं। जापान के बहुत से नामी विश्वविद्यालयों में से कई टोक्यो में स्थित हैं, जिनमें टोक्यो विश्वविद्यालय, हितोत्सूबाशी विश्वविद्यालय, टोक्यो प्रौद्योगिकी संस्थान, वासीदा विश्वविद्यालय और कीओ विश्वविद्यालय सम्मिलित हैं। सर्वाधिक बडे़ राष्ट्रीय विश्वविद्यालयों में से टोक्यों में निम्नलिखित स्थित है:

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