कारावास के बाद संगठित अपराध में कपोन के नियंत्रण तथा रूचि में तेजी से कमी आई और छूटने के बाद वे अपने संगठन को फिर से चलाने में असमर्थ रहे। उनका वजन घट गया और न्यूरोसिफिलिस के कारण उनका शारीरिक तथा मानसिक स्वास्थ्य भी काफी बिगड़ गया। वे अक्सर कम्युनिस्टों, विदेशियों और जॉर्ज मोरान के बारे में बड़बड़ाते रहते थे; उन्हें लगता था कि मोरान अभी भी ओहायो जेल के अपने कक्ष से उनको मारने की साजिश रचने में जुटा हुआ है।

21 जनवरी 1947 को कपोन को दिल का दौरा आया। बाद में उन्हें होश आ गया और उनकी हालत सुधरने लगी लेकिन 24 जनवरी को वे निमोनिया से ग्रस्त हो गए। अगले दिन आने वाला दिल का दौरा घातक सिद्ध हुआ।

कपोन को शिकागो के दक्षिण पश्चिम में स्थित माउंट ओलिवेट कब्रिस्तान में उनके पिता गेब्रिएल तथा भाई फ्रैंक की कब्रों के बीच दफनाया गया। हालांकि, मार्च 1950 में परिवार के तीनों सदस्यों के अवशेषों को शिकागो के पश्चिम में हिलसाइड, इलिनोइस स्थित माउंट कारमेल कब्रिस्तान में ले जाया गया।

स्वास्थ्य का खराब होना और मृत्यु
सिसेरो, इलिनोइस में गतिविधियां
सेंट वेलेंटाइन दिवस का नरसंहार
लोकप्रिय संस्कृति में उनका स्थान