ऑस्ट्रालासिया, यूरोप और उत्तरी अमेरिका के अधिकांश आधुनिक चिड़ियाघरों की स्थिति यह है, विशेष कर वैज्ञानिक समाज वाले, कि जानवरों का प्रदर्शन प्राथमिक रूप से लुप्तप्राय प्रजातियों के संरक्षण के लिए करते हैं और साथ ही साथ अनुसंधान प्रयोजनों और शिक्षा के लिए भी, लेकिन आगंतुकों का मनोरंजन करना गौण होता है, एक तर्क जिसका आलोचकों द्वारा खंडन किया जाता है। अपने चार्टर में लंदन की जूलोजिकल सोसाइटी कहती है कि इसका उद्देश्य "जीव विज्ञान की उन्नति और पशु शरीर विज्ञान और पशु साम्राज्य के नए और जिज्ञासु विषयों की शुरूआत करना है।" नुफेल्ड इंस्टिट्यूट ऑप कॉमपेरेटिव मेडिसीन और व्लकम इंस्टिट्यूट ऑफ कॉमपेरेट्व फिजियोलॉजी, दो अनुसंधान संस्थानों चिकित्सा का निर्वाह करता है। अमेरिका में, फिलाडेल्फिया चिड़ियाघर के पेनरोस अनुसंधान प्रयोगशाला विकृति विज्ञान के तुलनात्मक अध्ययन पर केंद्रित है। चिड़ियाघरों और एक्वेरियम के वर्ल्ड एसोसिएशन ने 1993 में पहली संरक्षण रणनीति का निर्माण किया और नवम्बर 2004 में, इसने नई रणनीति अपनाई जो कि इक्कसवीं शताब्दी के प्राणी उद्यानों के उद्देश्य और मिशन को स्थापित करती है।

लुप्तप्राय प्रजातियों के प्रजनन को सहकारी प्रजनन कार्यक्रम के द्वारा समन्वित किया गया है जिसमें अंतरराष्ट्रीय स्टडबुक और समन्वयक शामिल हैं, जो अलग-अलग जानवरों और संस्थानों की भूमिका का एक वैश्विक या क्षेत्रीय परिप्रेक्ष्य में मूल्यांकन करता है और लुप्तप्राय प्रजातियों के संरक्षण के लिए यहां दुनिया भर में क्षेत्रीय कार्यक्रम किए जाते हैं।

पशु अधिकार संगठन पिपुल फॉर द एथिकल ट्रीटमेंट ऑफ एनिमल (PETA), ने चिड़ियाघर की स्थिति पर तर्क दिया कि उनका मुख्य उद्देश्य संरक्षण में अनुसंधान और सहायता करना है, उन्होंने आरोप लगाया कि अधिकांश अनुसंधान में प्रजनन के नए तरीके और कैद में जानवरों को संभालने पर जोर दिया गया है। ऑक्सफोर्ड सेंटर फॉर एनिमल एथिक्स के निदेशक एंड्रयू लिंजी ने तर्क दिया है कि चिड़ियाघर "संरक्षण के लिए एक सूक्ष्म योगदान" देता है।

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