2001 में उग्रवादियों द्वारा भारतीय संसद पर एक हाई प्रोफ़ाइल हमले ने समुदाय के संबंधों में काफी तनाव पैदा कर दिया।

हाल ही में हुई सबसे हिंसक और शर्मनाक घटनाओं में से एक 2002 में घटित गुजरात दंगा था जिसमें अनुमानित तौर पर करीब एक हजार लोग मारे गए थे, मारे गए लोगों में ज्यादातर मुसलमान थे, कुछ सूत्रों ने करीब 2000 मुस्लिम हत्या का दावा किया है, साथ ही इसमें राज्य सरकार की भागीदारी का भी आरोप लगाया गया है। यह दंगा, गोधरा ट्रेन आगजनी के प्रतिशोध में किया गया था जिसमें बाबरी मस्जिद के विवादित स्थल से लौट रहे 50 हिन्दू तीर्थयात्रियों को गोधरा रेलवे स्टेशन की ट्रेन आगजनी में जिंदा जला दिया गया था। गुजरात पुलिस ने इस घटना के योजनाबद्ध होने का दावा किया और कहा कि इसे उग्रवादी मुसलमानों द्वारा हिंदू तीर्थयात्रियों के खिलाफ इस क्षेत्र में किया गया था। जांच के लिए बनर्जी आयोग को नियुक्त किया गया था जिसने इसे एक आग दुर्घटना होने की घोषणा की। 2006 में उच्च न्यायालय ने इस समिति के गठन को अवैध घोषित किया क्योंकि न्यायमूर्ति नानावती शाह के नेतृत्व में एक अन्य कमेटी इस मुद्दे की जांच कर रही थी। सितंबर 2008 के अंतिम सप्ताह में नानावती शाह आयोग ने पहले ही अपनी प्रथम रिपोर्ट पेश कर दी थी, जिसमें साफ कहा गया था कि गोधरा में ट्रेन आगजनी पूर्व-योजित थी और इसके लिए भारी मात्रा में पेट्रोल एक मुसलमान समूह द्वारा लाया गया था। 

वहां बड़े पैमाने पर सांप्रदायिक हिंसा जारी थी, जिसमें मुस्लिम समुदायों को कष्ट भुगतना पड़ा. इन दंगों के लिए गुजरात के मुख्यमंत्री, नरेंद्र मोदी और उनके कुछ मंत्रियों, पुलिस अधिकारी और अन्य दक्षिणपंथी हिंदू संगठनों की काफी आलोचना की गई। नरेंद्र मोदी के अंतर्गत गुजरात प्रशासन, गुजरात पुलिस ने जानबूझकर मुसलमानों को निशाना बनाया। यहां तक कि नरेंद्र मोदी पर नरसंहार का भी आरोप था लेकिन कोई आरोप सिद्ध नहीं हुआ।

मुसलमान-हिंदू विरोध को, SIMI (सिमी) (भारतीय इस्लामिक छात्र आंदोलन) जैसे कुछ इस्लामी संगठनों द्वारा और भी उत्तेजित किया गया जिसका उद्देश्य भारत में इस्लामिक शासन स्थापित करना है। पाकिस्तान आधारित कुछ अन्य समूह जैसे लश्कर-ए तैयबा और जैश-ए मोहम्मद हिंदू आबादी के खिलाफ स्थानीय मुस्लिमों को भड़काने का पक्षपात किया जाता है। इन समूहों को 11 जुलाई 2006 में मुंबई ट्रेन बम विस्फोट के लिए जिम्मेदार माना जाता है, जिसमें करीब 200 लोग मारे गए थे। ऐसे समूहों ने 2001 में भारतीय संसद पर भी हमला किया था और 1999 में भारतीय कश्मीर के कुछ भागों को पाकिस्तान का होने का दावा किया और गुप्त रूप से ऐसे कई हमले किए गए जिसमें भारतीय कश्मीर पर लगातार हमला और भारत की राजधानी नई दिल्ली पर बम धमाका शामिल है। इसी बीच, निर्दोष मुसलमान और हिन्दू, सांप्रदायिक संघर्ष की वेदी पर चढ़ते रहे और इस तरह की घटनाओं में लगातार वृद्धि होती जा रही है।

प्रोफेसर एम.डी. नालापत (मनिपाल एडवांस्ड रिसर्च ग्रुप के उपाध्यक्ष, यूनेस्को पीस चेयर और मनिपाल विश्वविद्यालय के भू-राजनीति के प्रोफेसर) के अनुसार, "हिंदू - मुस्लिम" संघर्ष, "हिन्दू बैकलैश" या "आंशिक" धर्मनिरपेक्षता है, जिसमें केवल हिंदुओं के धर्मनिरपेक्ष होने की उम्मीद है जबकि मुसलमानों और अन्य अल्पसंख्यकों को बहिष्करण प्रथा को चलाने के लिए स्वतंत्र हैं।

2004 में, भारतीय स्कूल की कई पाठ्यपुस्तकों को राष्ट्रीय शैक्षिक अनुसंधान और प्रशिक्षण परिषद द्वारा रद्द कर दिया गया था क्योंकि उसमें उन्होंने मुसलमान विरोधी पूर्वाग्रह से भरा हुआ पाया था। एनसीईआरटी ने दलील दी कि यह किताबें "उन विद्वानों द्वारा लिखी गईं हैं जिन्हें पूर्व के हिंदू राष्ट्रवादी प्रशासन द्वारा चुना गया था". "द गार्जियन" के अनुसार, पाठ्यपुस्तकों में भारत में पूर्व हिन्दू मुस्लिम शासकों को "असभ्य आक्रमणकारी के रूप में और मध्ययुगीन अवधि को इस्लामी औपनिवेशिक साम्राज्य के रूप में दर्शाया गया था, जिसने भारत की हिन्दू साम्राज्य के गौरव अतीत को पहले समाप्त कर दिया था।" एक पाठ्यपुस्तक में, यह अभिप्राय था कि ताज महल, कुतुब मीनार और लाल किला सभी इस्लामी वास्तुकला के उदाहरण थे- "जिसकी डिजाइन और कमीशन हिन्दुओं द्वारा किया गया था।"

2010 में हुए देगंगा दंगे की शुरूआत 6 सितम्बर को हुई, जब एक इस्लामी गिरोह ने देगंगा पुलिस स्टेशन क्षेत्र के तहत देगंगा, कार्तिकपुर और बलियाघाटा के हिन्दू स्थान पर आगज़नी और हिंसा की। यह हिंसा शाम को देर से शुरू हुई और रात भर चलती हुई अगली सुबह तक जारी रही। जिला पुलिस, रैपिड एक्शन फोर्स, केंद्रीय रिजर्व पुलिस बल और सीमा सुरक्षा बल सभी रिगोह हिंसा को रोकने में असफल रहे, अंततः इसे रोकने के लिए सेना को तैनात किया गया था। सेना ने ताकि रोड पर एक फ्लैग मार्च का आयोजन किया, जबकि टाकी सड़क के भीतरी गांवों में बेरोकटोक इस्लामवादी हिंसा जारी रही, सेना की मौजूदगी और सीआरपीसी के धारा 144 तहत निषेधात्मक आदेश के बावजूद यह बुधवार तक जारी रही।

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