भंडारकर को स्कूल से निकाल दिया गया था। उनके पिता एक बिजली ठेकेदार थे, लेकिन जब वे लगभग बारह वर्ष के थे, तो व्यापार में भारी नुकसान हुआ और मधुर को अध्ययन के साथ-साथ काम भी करना पड़ा. उन्होंने चपरासी के रूप में एक वीडियो की दुकान पर काम किया और डांस बार लड़कियों से लेकर फिल्मी सितारे तक कई क्षेत्रों में लोगों को कैसेट देने जाते थे। साथ ही उन्होंने ट्रैफिक सिग्नलों पर च्विंग गम बेचने का काम किया और एक थोड़े समय के निर्देशक के साथ सहायक के रूप में काम किया और इस काम के लिए उन्हें वेतन के रूप में 1000 रुपए मिलते थे। उन्होंने दुबई की भी यात्रा की जहां उनके एकलौते भाई और बड़ी बहन काम की तलाश में थे। अपने संघर्षों के समय वह बस से यात्रा करते थे और जिन लोगों ने उनकी फिल्मों में कोई भूमिका की थी वे उन्हें कभी-कभी बैठने की जगह दे देते थे जिससे उन्हें शर्मिंदगी महसूस होती थी। (27 सितम्बर 2009 में जैसा कि खुद भंडारकर ने सुदेशना चटर्जी को बताया था)) वे हिंदू भगवान सिद्धिविनायक के बड़े भक्त हैं और खार में जब भी वे शहर में होते हैं अपने निवास से बिना चप्पल के मंगलवार को प्रभादेवी के मंदिर जाते हैं। उनके अनुसार फिल्म "कॉर्पोरेट" सबसे मुश्किल फिल्म थी क्योंकि अपनी पिछली फिल्म में पेज 3 संस्कृति को उघाड़ने के कारण कॉर्पोरेट लोगों ने उन्हें दूर ही रखना चाहा। पेप्सी - कोक विवाद से उन्होंने फिल्म "कॉर्पोरेट" की प्रेरणा ली। उनके "कॉर्पोरेट" फिल्म के बाद उन्हें विभिन्न मैनेजमेंट छात्रों के सामने कॉर्पोरेट मुद्दों पर लेक्चर के लिए आमंत्रित किया गया, हालांकि उन्होंने स्नातक की भी डिग्री हासिल नहीं की है। (26 नवम्बर 2008 को आईबीएन लोकमत टीवी चैनल पर साक्षात्कार में) भंडारकर ने मुंबई में 15 दिसम्बर 2003 को अपनी प्रेमिका रेणु नंबूदिरी भंडारकर से शादी की। अभी उनकी एक बेटी है जिसका नाम सिद्धि है। एशियाई फिल्म और टेलीविजन अकादमी, नोएडा के अंतर्राष्ट्रीय फिल्म और टेलीविजन रिसर्च सेंटर के मधुर आजीवन सदस्य हैं। 

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