इनका समयकाल अनिश्चित तथा विवादित है। इतना तय है कि छठी सदी ईसा पूर्व के बाद और चौथी सदी ईसापूर्व से पहले की अवधि में इनका अस्तित्व रहा होगा। ऐसा माना जाता है कि इनका जन्म पंजाब (पाकिस्तान) के शालातुला में हुआ था जो आधुनिक पेशावर (पाकिस्तान) के करीब है। इनका जीवनकाल ५२०-४६० ईसा पूर्व माना जाता है।

पाणिनि के जीवनकाल को मापने के लिए "यवनानी" शब्द के उद्धरण का सहारा लिया जाता है। इसका अर्थ "यूनान की स्त्री" या "यूनान की लिपि" से लगाया जाता है। गांधार में यवनो (Greeks) के बारे में प्रत्यक्ष जानकारी सिकंदर के आक्रमण के पहले नहीं थी। सिकंदर भारत में ईसा पूर्व ३३० के आसपास आया था। पर ऐसा हो सकता है कि पाणिनि को फारसी "यौन" के जरिये यवनों की जानकारी होगी और पाणिनि दारा प्रथम (शासनकाल - ५२१-४८५ ईसा पूर्व) के काल में भी हो सकते हैं। प्लूटार्क के अनुसार सिकंदर जब भारत आया था तो यहां पहले से कुछ यूनानी बस्तियां थीं।

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