कई संगठनों के पास ERP परियोजना को लागू करने के लिए पर्याप्त आंतरिक कौशल नहीं था। इसके परिणामस्वरूप कई संगठन ERP कार्यान्वयन के लिए परामर्श सेवाएं प्रदान करने लगे। आमतौर पर, एक परामर्श टीम पूरे ERP कार्यान्वयन के लिए जिम्मेदार थी, जिसमें शामिल था योजना, प्रशिक्षण, परीक्षण, कार्यान्वयन और अनुकूलित अनुखंडों की डिलिवरी. अनुकूलन के उदाहरणों में शामिल हैं, अतिरिक्त उत्पाद प्रशिक्षण; प्रक्रिया प्रवर्तक (ट्रिगर) और कार्यप्रवाह का निर्माण; ERP का व्यापार में किस प्रकार उपयोग किया जाये, इसमें सुधार हेतु विशेषज्ञ सलाह; प्रणाली अनुकूलन; और सहायता लेखन रिपोर्टें, जटिल डेटा निष्कर्षों या व्यापार खुफिया कार्यान्वयन.

अधिकांश मध्यम आकार वाली कंपनियों के लिए कार्यान्वयन की लागत, ERP उपयोगकर्ता लाइसेंस की लिखित कीमत से लेकर उसके दोगुने तक हो सकती है (आवश्यक अनुकूलन की मात्रा पर निर्भर). बड़ी कंपनियां, विशेष रूप बहु-क्षेत्रीय या बहु-देशीय कंपनियां, क्रियांवयन के लिए अक्सर उपयोगकर्ता लाइसेंस की लागत से काफी अधिक खर्च करती हैं- बहु-क्षेत्रीय कार्यान्वयन के लिए तीन से पॉँच गुना तक खर्च असामान्य नहीं है। 

अधिकांश एकल-उद्देश्य एप्लीकेशंस के विपरीत, ERP पैकेजेस में शुरुआत से ही पूर्ण स्रोत कोड शामिल रहा है और अनुरूपण तथा प्रदीप्त कोड के विस्तार के लिए विक्रेता समर्थित टीम IDEs के साथ इनको भेजा जाता रहा है। ERP के प्रारंभिक वर्षों के दौरान, जब एक संभावित ग्राहक स्वयं के अनूठे समाधान का आतंरिक रूप से विकास करने पर विचार कर रहा होता था, या "सर्वश्रेष्ठ नस्ल" के कई एप्लीकेशंस के एकीकरण द्वारा प्रकार्य-व्यापी समाधान को एकत्र कर रहा होता था, उस वक्त परिपक्व उपकरणों की गारंटी और व्यापक अनुकूलन के लिए सहायता एक महत्वपूर्ण बिक्री तर्क हुआ करता था।

नुकसान
परामर्श सेवाएं
क्रियान्वयन
"कोर प्रणाली" अनुकूलन बनाम विन्यास