ज्यादातर पेंगुइन बड़े समूह (कालोनियों) में प्रजनन करते हैं, पीली आँखों वाले और फियोर्डलैंड प्रजाति अपवाद हैं; इन कालोनियों का आकार जेंटू पेंगुइन के 100 जोड़ों की छोटी कालोनी से लेकर किंग, मकारोनी और चिनस्ट्रैप पेंगुइन की कई सौ हज़ार जोड़ों की कालोनी तक हो सकता है। कालोनियों में रहने की कारन इन पक्षियों में उच्च स्तर का सामजिक संबंध बनता है, जिसके कारण पेंगुइन की सभी प्रजातियों में बड़े पैमाने पर अत्यधिक शोर सुना जा सकता है। सबसे उग्र प्रदर्शन वे होते हैं जिसमे "परस्पर युद्ध" या दूर भगाने का प्रयास किया जाता है, या फिर दूसरों के साथ तुष्टि और झगड़े से बचने का प्रयास किया जाता है। 

पेंगुइन प्रजनन के मौसम में एकल जोड़े का रूप ले लेते हैं, हालांकि एक ही जोड़ी द्वारा पुनः जोड़ा बनाने की दर काफी भिन्न होती है। ज्यादातर पेंगुइन एक क्लच में डो अंडे देते हैं, हालांकि दो सबसे बड़ी प्रजातियों, एम्परर और किंग पेंगुइन, केवल एक ही अंडा देते हैं। एम्परर पेंगुइन के अतिरिक्त, सभी पेंगुइन अंडे सेने का कार्य आपस में बांटते हैं। अंडे सेने का का चक्र दिनों से लेकर हफ़्तों तक हो सकता है क्योंकि जोड़े का एक सदस्य समुद्र में भोजन करता है।

पेंगुइन आमतौर पर केवल एक ही अंडा सेते हैं, इसका अपवाद लिटिल पेंगुइन हैं जो एक मौसम में दो या तीन अंडे से सकते हैं।

अपने मातापिता के वजन के अनुपात में पेंगुइन का अंडा दूसरे पक्षियों की तुलना में छोटा होता है; लिटिल पेंगुइन के अंडे का वज़न अपनी मां के वज़न का 4.7% और एम्परर पेंगुइन के अंडे का वज़न अपनी मां के वज़न का 2.3% होता है। अपेक्षाकृत मोटे खोल का वज़न पेंगुइन के अंडे के वज़न के 10 और 16% के बीच होता है, संभवतः घोंसले में प्रतिकूल वातावरण के दौरान टूटने के जोखिम को कम करने के लिए. जर्दी भी बड़ी होती है और अंडे के कुल भाग का 22-31% होती है। चूजे के जन्म के समय अक्सर कुछ ज़र्दी रह जाती है, जो कि माना जाता है कि नर व मादा द्वारा भोजन लाने में देरी के दौरान इसे जिंदा रखने में मदद करती है।

जब मादा चूज़े को खो देती है, तो कभी कभी वे दूसरी मादाओं के चूजों को "चुराने" का प्रयास करती हैं, आमतौर पर असफल रहती हैं चूंकि पड़ोस की अन्य मादाएं अपने चूजे को बचाने वाली मादा की सहायता करती हैं। कुछ प्रजातियों, जैसे एम्परर पेंगुइन में, जवान पेंगुइन बड़े समूहों में इकट्ठे होते हैं जिन्हें क्रेच कहा जाता है। 

पेंगुइन और इंसान
प्रजनन
इज़ाबेलिन पेंगुइन
जीवाश्म पीढ़ी