विवाद और संदिग्ध व्यवहार के साथ भी, मुलुजी एक लोकप्रिय नेता थे, खासकर देश के दक्षिणी हिस्से में। वह यूडीएफ के अध्यक्ष बने रहे। राष्ट्रपति, मुथारिका के साथ अपने उत्तराधिकारी के साथ विवाद के बाद, बाद में यूडीएफ छोड़ दिया और अपनी पार्टी, डेमोक्रेटिक प्रोग्रेसिव पार्टी(DPP) का गठन किया, फरवरी 2005 में। अप्रैल २००५ में, मुलुज़ी ने मलावियों से मुथारिका को अपने लिए चुनने के लिए माफी मांगी। उत्तराधिकारी "और उसे देश पर थोपना"।

27 जुलाई 2006 को, मुलुज़ी को धोखाधड़ी और भ्रष्टाचार के आरोपों में गिरफ्तार किया गया; वह उस दिन बाद में जमानत पर रिहा हुआ। उनकी गिरफ्तारी के कुछ घंटों बाद, मुख्य जांचकर्ता गुस्ताव कलिवो को राष्ट्रपति मुथारिका ने निलंबित कर दिया था; लोक अभियोजन निदेशक इश्माएल वाडी ने कहा कि उनके पास आरोपों को छोड़ने के अलावा कोई विकल्प नहीं है। मुलुज़ी को 26 फरवरी 2009 को एक बार फिर गिरफ्तार किया गया और शुरू में उन पर भ्रष्टाचार और कार्यालय के दुरुपयोग के 86 आरोप लगाए गए। आरोपों में दावा किया गया था कि उसने कथित तौर पर 1.7 बिलियन मलावी क्वाचा (US $ 11m) दानकर्ता के पैसे अपने व्यक्तिगत खाते में, जो धनराशि दूसरों से आई थी, चीन गणराज्य, मोरक्को साम्राज्य और लीबिया में डाल दी थी। 

एक पूर्व राष्ट्रमंडल नेता के रूप में, मुलुजी को राष्ट्रमंडल पर्यवेक्षक समूह की अध्यक्षता करने के लिए राष्ट्रमंडल महासचिव द्वारा आमंत्रित किया गया था, जो 2012 के लेसोथो में आम चुनाव का अवलोकन किया था।

डराने-धमकाने और 2009 के कानूनी आरोपों का आरोप
प्रेसीडेंसी
पोस्ट-प्रेसीडेंसी
2008 की गिरफ्तारी