दक्षिण सूडान का सबसे विकसित और व्यस्ततम हवाई अड्डा जुबा हवाई अड्डा है, जहां से अस्मारा, एंटीबी, नैरोबी, काहिरा, आदिस अबाबा और खार्तूम की उड़ाने उपलब्ध है। जुबा हवाई अड्डा फीडर एयरलाइंस और साउदर्न स्टार एयरलाइंस का गृह आधार भी है।

कुछ अन्य हवाई अड्डे मक्कल, वाऊ, रुम्बेक है, जहां से खार्तूम, आदिस अबाबा तथा कुछ अन्य शहरों के लिए उड़ाने उपलब्ध है।
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