आधुनिक पेंगुइन का निर्माण निर्विवाद रूप से दो क्लेड और दो अन्य बेसल जातियों से हुआ है जिनका संबंध और अधिक अस्पष्ट है। स्फेनिस्कीनाई का मूल शायद वर्तमान पेलियोजीन में है और भौगोलिक दृष्टि से भी ऐसा ही होना चाहिए क्योंकि इन जातियों का विकास इसी क्षेत्र में हुआ है : ऑस्ट्रेलिया - न्यूजीलैंड के क्षेत्रों के बीच के महासागर और अंटार्कटिक 40 mya के आसपास के दूसरे पेंगुइन से अनुमान लगाते हुए, ऐसा लगता है कि स्फेनिस्कीनाई अपने पैतृक क्षेत्र में कुछ समय तक सीमित थे, क्योंकि अंटार्कटिक प्रायद्वीप और पेटागोनिया के अच्छी तरह से किये गये शोधों में उपप्रजाति के पेलियोजीन जीवाश्म नहीं मिले. इसके अलावा, पहले की स्फेनिस्किन वंशावली वो है जो सबसे ज्यादा दक्षिण में पाई जाती है। 

"एप्टेनोडाईट्स" जाति जीवित पेंगुइन में बैसल के सबसे करीब है, इनकी गर्दन, छाती और चोंच के धब्बे चमकीले पीले-नारंगी होते हैं, अपने पैरों पर रख कर अंडे सेते हैं और जब अंडों से निकलने वाले चूज़े लगभग नंगे होते हैं। यह प्रजाति अंटार्कटिक के तट के पास फैली हुई है और वर्तमान में अंटार्कटिक उपमहाद्वीपों पर मुश्किल से मिलती है। 

"पाइगोसेलिस" प्रजातियों में सर का पैटर्न काफी सरल काला व सफेद होता है; इनका फैलाव मध्यम है, जो मुख्यतः अंटार्कटिक तट के पास केन्द्रित है लेकिन यहाँ से कुछ हद तक उत्तर के तरफ बढ़ता है। बाह्य आकृति विज्ञान में, ये अभी भी अपने सांझे पूर्वज स्फेनिस्कीनाई के समान हैं, क्योंकि निवास की "अत्याधिक अनुकूलन स्थितियों " के कारण, ज्यादातर मामलों में एप्टीनोडाईट्स ओटापोमोर्फीस} को इस जाति के सुदृश माना जाता है। 'प्रारंभिक जाति के रूप में, लगता है कि पाइगोसेलिस बर्टोनियन युग के दौरान ख़त्म हो गयी,"' " " 
"लेकिन आज के दौर में विविधता का मुख्य कारण सीमा विस्तार और विकिरण, उस समय तक शुरुआती मिओसिन, लगभग 20-15 mya पहले, बर्डीगेलियन चरण से पहले नहीं रहा होगा. " 

पीढ़ी स्फेनिस्कस और यूडीप्टुला की प्रजातियाँ अधिकतर दक्षिण अमेरिका के अंटार्कटिक उपमहाद्वीप में पाई जाती हैं; तथापि, कुछ उत्तर की ओर काफी दूर तक भी हैं। इन सब में कैरोटीनोइड रंग की कमी होती है और पूर्व पीढ़ियों के सर पर विशिष्ट कलगी पाई जाती है; बिलों में घोंसले बनाने के कारण वे जीवित पेंगुइन में अद्वितीय हैं। यह समूह लगभग 28 mya पहले, संभवतः आधुनिक पेंगुइन के वंशजों द्वारा अंटार्कटिक ध्रुव की धाराओं के साथ साथ पूर्व की ओर चैटियन तक फैला था (अंतिम ओलिगोसीन). जबकि दो पीढ़ी इस दौरान अलग हो गईं, वर्तमान विविधता पिलोसिन विकिरण के परिणामस्वरूप है, जो 4-2 Mya पहले फैला.

"मेगाडाईप्ट्स यूडाईप्ट्स" समूह, समान अक्षांश पर होता है, (हालांकि सुदूर उत्तर के गैलापागोस पेंगुइन जितने दूर नहीं), की न्यूजीलैंड क्षेत्र में सर्वोच्च विविधता पाई जाती है और ये पश्चिम की ओर फैलाव का प्रतिनिधित्व करते हैं। इनका सिर पीले बालों वाले सजावटी पंखों से निर्मित होता हैं, इनकी चोंच कम से कम आंशिक रूप से लाल होती है। ये दोनों पीढियां लगभग मध्य मिओसिन में अलग हुईं (लांघीयन, लगभग 14-15 mya), लेकिन एक बार फिर," यूडाईप्ट्स" की जीवित प्रजातियाँ बाद के विकिरण का परिणाम हैं, जो अंतिम टोर्टोनियन (अंतिम मिओसिन, 8 mya) से पिलोसिन के अंत तक फैला. 

भौगोलिक और टेम्पोरल पैटर्न या स्फेनिस्सिन विकास पेलियोक्लाईमेटिक रिकॉर्ड के ग्लोबल कूलिंग के दो एपिसोड से सम्बंधित है। बर्टोनियन के अंत में अंटार्कटिक उपमहाद्वीप वंश का उदभव कूलिंग अवधि की धीमी शुरुआत के साथ हुआ जो अंततः बाद में कुछ 35 लाख हिमयुगों तक रहा. अंटार्कटिक पर प्रियाबोनियन द्वारा निवास में गिरावट का मुख्य कारण अंटार्कटिक की अपेक्षा अंटार्कटिक के उपक्षेत्रों में ज्यादा अनुकूल परिस्थितियों का होना है. विशेष रूप से, ठंडे अंटार्कटिक ध्रुव का वर्तमान की तरह सतत प्रवाह केवल लगभग 30 mya के आस पास शुरू हुआ, जिसने एक ओर अंटार्कटिक को ठंडा किया तथा दूसरी ओर "स्फेनिस्कस" को दक्षिण अमेरिका और अंततः इससे परे के क्षेत्रों में फैलाया। इस के बावजूद, पेलिओजीन के अंटार्कटिक महाद्वीप में क्राउन विकिरण के समर्थन में कोई सबूत जीवाश्म के रूप में नहीं मिला है. 

बाद में, एक मामूली गर्मी की अवधि मध्य मिओसिन के जलवायु परिवर्तन, द्वारा समाप्त हो गयी, 14-12 mya तक वैश्विक औसत तापमान में तेज़ी से गिरावट आयी और कुछ ऐसे ही आकस्मिक ठंडी घटनाएं 8 mya और 4 mya के बीच हुईं; टोर्टोनियन के अंत तक, अंटार्कटिक बर्फ की चादर कुछ हद तक विस्तार और सीमा में आज जैसी ही थी। निश्चित रूप से निओजीन जलवायु परिवर्तनों के क्रमों के कारण आज के अंटार्कटिक उपमहाद्वीपों के वर्तमान पेंगुइन प्रजातियों में से अधिकांश का उदभव हुआ। 

इज़ाबेलिन पेंगुइन
क्रम और विकास
वितरण और वास
मूल और आधुनिक पेंगुइन की क्रमगाथा