बैटमैनः द किलिंग जोक में"", जोकर बार्बरा गॉर्डन (तब बैटगर्ल के रूप में जानी जाती थी तथा बाद की चित्रकथाओं में ओरेकल के रूप में) को गोली मार देता है, जिससे उसे निम्न अंगों का पक्षाघात हो जाता है। तब वह आयुक्त गॉर्डन का अपहरण कर लेता है और अपनी घायल बेटी के अभिवर्धित नग्न छायाचित्रों के साथ उसे धिक्कारता है, यह सिद्ध करने के लिए कि “एक बुरा दिन” आने के बाद कोई सामान्य आदमी भी पागल हो सकता है। जोकर उसे एक मूर्ख, कमजोर, पागलपन के लिए अभिशप्त, एक "औसत आदमी" का उदाहरण कह कर उसकी खिल्ली उड़ाता है। बैटमैन जोकर की योजना को असफल करके आयुक्त गॉर्डन को बचा लेता है; हालांकि आघात की अवस्था में है, गॉर्डन अपने मानसिक संतुलन तथा नैतिकता को कायम रखते हुए बैटमैन से आग्रह करता है कि जोकर को यह दिखाने के लिए कि हमारा तरीका काम करता है, उसे कानून के अनुसार गिरफ्तार करले. एक संक्षिप्त संघर्ष के बाद, बैटमैन अपने पुराने दुश्मन तक पहुंचने का एक अंतिम प्रयास करता है तथा उसके पुनर्वास की पेशकश करता है। जोकर अंततः मना कर देता है, लेकिन बैटमैन के प्रति सराहना व्यक्त करने के लिए उसे एक चुटकुला सुनाता है, जिससे एक अस्वाभाविक हंसी उत्पन्न होती है।

"", कहानी में जोकर दूसरे रॉबिन, जैसन टॉड की हत्या कर देता है। जैसन को पता चलता है कि एक औरत, जो उसको जन्म देने वाली मां हो सकती है, को जोकर द्वारा ब्लैकमेल किया जा रहा है। वह दवाओं की आपूर्ति में चोरी को उजागर होने से बचाने के लिए अपने बेटे को जोकर से पकड़वा देती है और जोकर जैसन को एक सब्बल से बर्बरतापूर्वक मारता है। जोकर, जैसन और उसकी मां को जहां हमला हुआ था, वहीं एक अनाज गोदाम में बंद करके ताला लगा देता है और उसे विस्फोट से उड़ा देता है। तभी बैटमैन वहां पहुंचता है। पाठकों से मतदान करने को कहा गया कि क्या वे चाहते थे कि इस विस्फोट में जैसन टॉड जीवित बच जाए. उन्होंने उसके मरने के पक्ष में मतदान किया, इसलिए बैटमैन को जैसन का निष्प्राण शरीर मिलता है। जैसन की मौत ने बैटमैन को बराबर परेशान किया है और अपने प्रमुख शत्रु के लिए उसके जुनून को और तीव्र कर दिया है।

गैर-धारावाहिक एकल-दृश्य चित्रकथा "मैड लव" में, अरखाम असायलम की मनोचिकित्सक हरलीन किंजल सोचती हैं कि कहीं ऐसा तो नहीं है कि मृत्यु दंड से बचने के लिए जोकर पागलपन का ढोंग कर रहा हो। जब वह जोकर का उपचार आरंभ करती है तो वह चिकित्सक की सहानुभूति प्राप्त करने के लिए, याद करके अपने अत्याचारी पिता और अनियंत्रित मां की एक कहानी सुनाता है। वह बुरी तरह से उसके प्यार में पड़ जाती है और कई बार उसे अरखाम से भागने देती है, जब तक कि अंततः कलई नहीं खुल जाती. वह जुनून में सीमाएं पार कर जाती है, वह जोकर की संगिनी/प्रेमिका, हर्ले क्विन बन जाती है।

"नो मैन्स लैंड" के कथानक की घटनाओं के दौरान, जोकर शिशुओं के अपहरण को लेकर हुए टकराव के कारण आयुक्त गॉर्डन की दूसरी पत्नी सारा एसेन गॉर्डन का कत्ल कर देता है। इस हत्या के बाद जोकर को भौहें चढ़ाते हुए दिखाया गया है। वह बैटमैन के सामने आत्मसमर्पण कर देता है लेकिन स्वयं के घुटने में गोली मारने के लिए आयुक्त को उकसाते हुए, गॉर्डन को चिढ़ाना जारी रखता है। जोकर विलाप करता है कि वह अब कभी दुबारा नहीं चल पाएगा और तब हंसते हुए गिर पड़ता है क्योंकि उसने वही चुटकुला सुनाया है जिसे गॉर्डन ने अभी-अभी सुना कर अपनी बेटी के पक्षाघात का बदला लिया है। जब वह वापस अरखाम जाने के रास्ते में होता है, तो वह उसे ले जा रहे हेलीकॉप्टर पर नियंत्रण कर लेता है और कुरैक के लिए उड़ान भरता है, जहां वह सरकार का हिस्सा बन जाता है और पड़ौसियों के साथ युद्ध में देश की गिरती स्थिति को गति देने में सहायता प्रदान करता है। तदनंतर उसे देश के राजदूत के रूप में न्यूयॉर्क भेजा जाता है, उस स्थिति में तब वह धमकी देता है कि यदि संयुक्त राष्ट्र संघ ने सेनाएं पीछे नहीं हटाई तो वह न्यूट्रॉन बम का प्रयोग करके मैनहटन में सबको मार देगा। बर्ड्स ऑफ प्रे की पॉवर गर्ल और ब्लैक कैनेरी उसे पकड़ लेती हैं, तथापि बार्बरा गॉर्डन उसे उन्हें यह बताने का गुर देती है कि हमला कैसे रोका जा सकता है, जिसके बाद जोकर को "शेष सुपरक्रीप्स के साथ" ‘द स्लैब’ भेज दिया जाता है।

समस्त सुपरमैन शीर्षकों में एक बहु-भाग कहानी, "एम्परर जोकर" में जोकर मिस्टर म्क्सय्जप्त्ल्क (Mxyzptlk) की वास्तविकता- परिवर्तन की शक्ति को चुरा लेता है, पूरे विश्व की पुनर्रचना एक बल दिए हुए कार्टून के रूप में करता है जिसमें प्रत्येक व्यक्ति एक पाश में बंधा हुआ है। लेक्स लूथर को बार-बार मारना तथा चीन की पूरी आबादी को नष्ट कर देना, जैसे कत्ल के विभिन्न रूपों से जोकर अपना मनोरंजन करता है। जोकर द्वारा प्रतिदिन अपने विरोधियों को यंत्रणा देने और उनकी हत्या करने, उन्हें पुनः जीवन देने और फिर ऐसा बार-बार करने के साथ अब यह संघर्ष इस विश्व में बैटमैन के भाग्य पर केंद्रित हो गया है। सुपरमैन अपने शक्तिशाली इरादे के साथ लड़ कर जोकर के प्रभाव को इस हद तक दूर कर देता है कि कमजोर हो चुके म्क्सय्जप्त्ल्क (Mxyzptlk) से संपर्क कर सके, जो कम-शक्तिवान स्पेक्टर के साथ, इससे पहले कि जोकर द्वारा म्क्सय्जप्त्ल्क (Mxyzptlk) की शक्तियों के दुरुपयोग से वासितविकता नष्ट हो जाए, जोकर की कमजोरियों का पता लगाने के लिए सुपरमैन का हौसला बढ़ाता हैं। जैसे-जैसे समय निकलता है, सुपरमैन को समझ में आ जाता है कि जोकर अभी भी बैटमैन के अस्तित्व को नहीं मिटा सकता, क्योकि जोकर स्वयं को डार्क नाइट के विरोध द्वारा परिभाषित करता है; इस तर्क के आधार पर जोकर पूरे ब्रह्मांड को नष्ट करने में समर्थ नहीं है, क्योंकि वह बैटमैन के साथ ऐसा करने में असमर्थ है। इससे जोकर का नियंत्रण टूट जाता है और म्क्सय्जप्त्ल्क (Mxyzptlk) तथा स्रेक्टर, बैटमैन जो कई बार मृत्यु के अनुभव से टूट चुका है, को छोड़ कर, जिस क्षण जोकर ने सब कुछ बाधित किया था, उस क्षण से वास्तविकता का पुनर्निर्माण करने में सफल होते हैं। सुपरमैन को बैटमैन की स्मृतियां चुरानी हैं ताकि वह अपना कार्य जारी रख सके। 

पूरी कंपनी में बदलाव, "लास्ट लाफ" में जोकर को विश्वास हो गया है कि वह मरने वाला है और बड़े अपराधियों की जेल, द स्लैब के निवासियों में जोकर जहर के साथ संक्रमण फैलाने की एक अंतिम अपराध भरी मस्ती की योजना बनाता है। पूरी दुनिया को संक्रमित करने की योजना के साथ, वह चालाकी से अतिशक्तिवान कैदियों को जेल तोड़ने के लिए तैयार कर लेता है और उनके जोकरीकृत रूपों में सामूहिक अराजकता उत्पन्न करने के लिए उन्हें ढीला छोड़ देता है। ईस्टर द्वीप की तहस-नहस मूर्तियों के उदाहरण का प्रयोग कर के जोकर उतना खुश नहीं है, उसे नहीं लगता कि ये बदले हुए कैदी पर्याप्त रूप से हास्यमय हैं। राष्ट्रपति लेक्स लूथर के आदेशों के अनुसार पूरा अमेरिका जोकर के खिलाफ युद्ध घोषित कर देता है, जवाब में जोकर राष्ट्रपति को मारने के लिए अपने नौकरों को भेजता है। ब्लैक कैनरी को पता चलता है कि जोकर पर मौत के खतरे को कम करने के लिए जोकर के चिकित्सक ने उसके कैट (CAT) स्कैन को इसलिए संशोधित किया है तैकि ऐसे प्रतीत हो कि उसके एक प्राणघातक ट्यूमर था। उससे शादी किए बिना उसे गर्भवती बनाने की जोकर की कोशिश से नाराज हर्ले क्विन, जोकर जहर का प्रतिकारक बनाने तथा महा खलनायकों को वापस सामान्य अवस्था में लाने में नायकों की सहायता करती है। यह मानते हुए कि रॉबिन को परिणामी पागलपन में किलर क्रॉक द्वारा खा लिया गया था, नाइटविंग अंततः जोकर को पकड़ लेती है और उसे पीट पीट कर जान से मार देती है। बैटमैन जोकर को पुनर्जीवित कर देता है ताकि नाइटविंग के हाथ खून से न रंगे जाएं.

बैटमैन को नष्ट करने के अपने प्रयास में, हश और रिडलर बहुत से अन्य खलनायकों को सहायता के लिए राजी करवाते हैं और चालाकी से मना लेते हैं। आंशिक रूप से इसमें ब्रूस को यह कह कर बेवकूफ बनाना भी शामिल है कि उसका बचपन का दोस्त टॉमी इलियट जोकर का ताजा शिकार है। इस प्रकार बैटमैन जोकर की हत्या करने के कगार पर होता है, तो वह तभी रुकता है जब पूर्व जीसीपीडी आयुक्त जिम गॉर्डन उसे यह याद दिला कर ठंडा करता है कि जोकर को मारने से बैटमैन एक अन्य हत्यारा बन जाएगा और जिम इस तरह जोकर को बैटमैन की जिंदगी बर्बाद करने देने से इंकार कर देता है।

"अंडर द हुड" आर्क ("बैटमैन" #635-650) में जैसन टॉड पुनर्जीवित होता है। उसकी मौत का बदला लेने में नाकाम रहे बैटमैन से नाराज, वह अपने हत्यारे की पुरानी पहचान रेडहुड ग्रहण कर लेता है, जोकर का अपहरण करता है और उसे गोली मार देने के लिए बैटमैन को विवश करने का प्रयास करता है। यद्यपि अपराध का मसखरा राजकुमार हैरान है कि टॉड जीवित है, इस खलनायक के लिए बॉय वंडर की मृत्यु की तुलना में पूर्व सक्रिय जोड़ी के बीच परिणमित विरोध अधिक फलदायी है और जाहिरा तौर पर उसे इसकी परवाह नहीं है कि वह मरेगा या नहीं। 

"इनफाइनाइट क्राइसिस" के समापन पर, जोकर, सोसायटी से बाहर छोड़ दिए जाने के कारण मूल "क्राइसिस ऑन इनफाइनाइट अर्थ्स" के नायक तथा "इनफाइनाइट क्राइसिस" के खलनायक एलेक्जेंडर लूथर का कत्ल कर देता है।

"बैटमैन" #655 में, एक विक्षिप्त पुलिस अधिकारी बैटमैन के रूप में जोकर के चेहरे पर गोली मार देता है, जिससे वह शारीरिक रूप से जख्मी और विकलांग हो जाता है। व्यापक प्लास्टिक सर्जरी तथा शारीरिक चिकित्सा से गुजरने के बाद, जोकर स्थायी रूप से चिपकी ग्लासगो मुस्कान के साथ एकदम नए रूपरंग में "बैटमैन" #663 में पुनः प्रकट होता है। अरखाम में गहन देखभाल में रहते हुए, जोकर, जोकर जहर से भी अधिक घातक जहर का विकास कर लेता है, उसके आध्यात्मिक पुनर्जन्म का संकेत देने वाले अपने वफादार सेवकों की हत्या करने के लिए, हर्ले क्विन को इस जहर का प्रयोग करने का निदेश देता है। वह पूरे अरखाम में उपद्रव मचा देता है, वह हर्ले की हत्या करने का प्रयास करता है (उसकी मृत्यु जोकर के पुनर्जन्म की अंतिम फलश्रुति है) किंतु बैटमैन आकर उसे रोक देता है। इन घटनाओं का अंततः परिणाम यह होता है कि बैटमैन को नष्ट करने के प्रयास में जोकर और ब्लैक ग्लोव मिल जाते हैं।

"सैल्वेशन रन" में जोकर को महाखलनायकों के दो गुटों, जिन्हें पृथ्वी से दूरस्थ एक जेल ग्रह पर निर्वासित किया गया है, में से एक का नेतृत्व करते हुए दर्शाया गया है। श्रृंखला के अंक छः में, जोकर लेक्स लूथर को सत्ता की आर-पार लड़ाई में लगा देता है। जैसे ही वह लाभ की स्थिति में आता है, ग्रह पर पैराडेमनों का हमला हो जाता है; जोकर आक्रमणकारियों को खदेड़ने में सहायता करता है और बाद में शेष जीवित बचे खलनायकों के साथ टेलीपोर्टेशन मशीन के माध्यम से बच निकलता है।

पृथ्वी पर लौटने के बाद, जोकर एक बार फिर अरखाम मानसिक चिकित्सालय में है। बैटमैन उससे मिलने आता है और उससे पूछता है कि क्या वह ब्लैक ग्लोव के बारे में कुछ जानता है, लेकिन जोकर ताश के दो जोड़े बांट कर प्रतिक्रिया व्यक्त करता है। सामान्य चिकित्सा के दौरान जोकर से खलनायकों के क्लब के जासूस मिलते हैं, जो बैटमैन के खिलाफ धर्मयुद्ध में शामिल होने का उसे एक मौका देते हैं। यह सोच कर कि यह एक तमाशा है, वह उनकी कार्रवाई में भाग लेता है, (वह जानता है कि उनके प्रयत्नों के बावजूद बैटमैन जीवित बच जाएगा, जिसका खुलासा वह उनके सामने दुर्भावनापूर्वक तब करता है जब वे सोचने लगते हैं कि उनकी योजना सफल हो गई है) और बैटमैन के पुत्र डेमियन द्वारा चलाई जा रही एम्बुलेंस में बैठ कर भागने से पहले अचानक कुछ ब्लैक ग्रोव सदस्यों की हत्या कर देता है।

"लास्ट राइट्स" की कहानी की घटनाओं के दौरान जैसे-जैसे उसके इतिहास की खोज का गई, जोकर का बैटमैन के अतीत के अनुभवों में उल्लेख मिलता है और उसे कई बार दिखाया गया है। नील गैमन की कहानी "" में उसे बैटमैन के लिए अंतिम संस्कार सेवा में प्रवेश करते हुए भी दिखाया गया है।

“बैटमैन आर.आई.पी. (R.I.P.)” की समाप्ति के बाद से जोकर अलक्षित और अनसुना रहा। "फाइनल क्राइसिस" में डार्कसीड के हाथों ब्रूस वेन के गायब होने का अनुसरण करते हुए, उसकी अनुपस्थिति में, डिक ग्रेसन ने बैटमैन के दायित्व को संभाला. "बैटमैन और रॉबिन" के आरंभिक अंकों में एक ब्रिटिश पत्रकार / जासूस, ओबेरॉन सेक्सटन, द ग्रेवडिगर के उपनाम के साथ गौथम शहर में प्रकट हुआ। सेक्सटन के प्रकटन के समय एक “डोमिनो किलर” नाम का हत्यारा भी प्रकट हुआ था जिसने ब्लैक ग्लोव के सदस्यों की करीने से हत्याएं कीं. इन हत्याओं के संबंध में, यह अर्थ लगाते हुए कि जिस तरह से ये लोग मारे गए हैं, सबके पहले चुटकुलों का एक निश्चित क्रम रहा है, नये बैटमैन का सेक्सटन से आमना-सामना होता है। पूरे समय सेक्सटन के रूप में कार्य करने वाला सेक्सटन तब अपना मुखौटा हटा कर खुद को जोकर के रूप में दिखाता है।

एक बार फिर गिरफ्तार होने के बाद जोकर, वंडरबॉय की सहानुभूति जीतने का प्रयास करते हुए वर्तमान रॉबिन (डेमियन वेन) का न्यून आकलन करता प्रतीत होता है। उसकी रॉबिन द्वारा एक सब्बल से पिटाई होती है (जैसन टॉड के कत्ल की तरह), तब बच्चे और मूल बैटमैन के चेहरों की समानता देखकर वह पहचान जाता है कि यह उसके पुराने शत्रु का बेटा है। जीसीपीडी अधिकारी यह निर्णय करने के बाद कि रॉबिन इस खलनायक को अच्छी तरह संभाल सकता है, जोकर की सहायता की दलीलों को अनसुना कर देते हैं।

हालांकि, जोकर की जाहिरा लाचारी एक और चाल है। रॉबिन के हमलों से घायल होने का बहाना करके, वह पंगु कर देने वाले जहर से पुते नाखूनों से रॉबिन को खरोंचता है और फिर यह भेद खोलता है कि एक बार फिर उसने अपनी तिकड़म से घटनाओं का रुख अपनी ओर मोड़ लिया है तथा रॉबिन का मजाक उड़ाता है कि उसने अपना ही सब्बल उसे उपलब्ध कराया था (जैसन टॉड के कत्ल का एक और संदर्भ). प्रोफेसर पिग के अधीन एकत्रित हुए दर्शकों पर अपना जाना-पहचाना जहर छोड़ते हुए (दागी पॉपकॉर्न के माध्यम से) तथा बैटमैन और उसके साथियों को चरम संघर्ष की ओर धकेलते हुए, रॉबिन की उपयोगिता बेल्ट हथिया कर जोकर ब्लैक ग्लोव पर हमले को क्रियांवित करने के लिए भाग जाता है। जोकर को जकड़े हुए तथा मुंह पर पट्टी बंधे हुए रॉबिन के साथ एक परमाणविक हथियार लिए हुए एक आज्ञात स्थान पर देखा जाता है।

स्वर्ण युग
"बैटमैन: अंडर द रेडहुड"
संकट के बाद
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