2 जनवरी 2016 की अल सुबह लगभग 0330 IST पर भारतीय सेना की वर्दी पहने छ: बंदूकधारी उच्च सुरक्षा घेरा तोडते हुए पठानकोट वायु सेना केंद्र की सीमा में घुस गये। घुसपैठिए संभवत हमला करने से पहले मैदान में मौजूद बडी-बडी घास की ओट में छुपे हुए थे। वे सैनिको के रहने के लिये बने कालोनियों में तो घुस गये लेकिन उस अति सुरक्षित क्षेत्र में नहीं घुस पाये जहाँ सेना के विमान और हथियार रखे हुए थे। एक उच्च पुलिस अधिकारी के अनुसार "ऐसा लगता है कि घुसपैठिए परिसर की दीवार लाँघकर अंदर कूद गये।" हमलावर परिसर के अंदर ४०० मीटर तक अंदर जंगली व घने पेडपौधों वाले रास्ते से होते हुए घुस गये थे जब उन्हें गरुड़ कमांडो बल के जवानों ने वायुसेना के लड़ाकू विमानों से ७०० मीटर दूर रोक लिया। हमलावर अपने साथ ग्रेनेड, 52 मिमि मोर्टार, एके राइफले और जीपीएस उपकरण ले आये थे।

२ जनवरी को हुए इस शुरुआती मुठभेड में ४ हमलावर व तीन सुरक्षाकर्मी मारे गये। बाद में पूरे दिन गोलियों की आवाजे गूंजती रही जो और हमलावरों के मौजूद होने का इशारा कर रही थी। तीन अन्य सुरक्षाकर्मी, जो बमों को हटाते हुए घायल हो गये थे, उन्हें अस्पताल में भर्ती कराया गया लेकिन वो सभी 2 जनवरी 2016 को शहीद हो गये। 2 जनवरी को शहीद हुए जवानों में से एक राष्ट्रमंडल खेलों के निशानेबाजी विजेता डोगरा रेजिमेंट के सूबेदार फ़तेह सिंह थे जो अब रक्षा सुरक्षा बल में कार्यरत थे।

हमले की खबर मिलते ही पठानकोट-जम्मू राष्ट्रीय राजमार्ग को बंद कर दिया गया। भारतीय गुप्तचर अधिकारियों के अनुसार हमलावर भारतीय सीमा में 31 दिसम्बर 2015 को बीस नदी के तटीय क्षेत्रों से होते हुए आये होंगे जो पाकिस्तान की सीमा में भी बहती है। हमलावरों के दूरभाष अभिलेख और आपसी वार्तालाप से पता चला कि उनका मुख्य लक्ष्य वायुसेना के हेलिकॉप्टरों और लड़ाकू विमानों को नष्ट करना था।

3 जनवरी 2016 की सुबह गोलियाँ चलने की आवाजें सुनी गईं, जिससे और अधिक हमलावरों के होने की आशंका बढ़ गई। एक मृत हमलावर के शरीर से बम हटाते वक्त हुए एक नये आईईडी धमाके से राष्ट्रीय सुरक्षा गार्ड के तीन जवान घायल हो गये। उनमें से एक जवान ई. निरंजन का अस्पताल में निधन हो गया। दोपहर तक पता लगा की दो और हमलावर अभी भी परिसर में छुपे हुए हो सकते थे।

बाहरी सैन्य मदद पहुँचने के बाद सुरक्षा बलों ने आतंकियों के खिलाफ़ तलाशी अभियान 4 जनवरी को भी चालू रखा था। पाँचवे आतंकी को उस दिन बाद में मार गिराया गया।

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