सन् 2000 में ज़ांज़ीबार में 207 सरकारी स्कूल और 118 निजी स्कूल थे। यहाँ दो विश्वविद्यालय और एक कॉलेज भी हैं: ज़ांज़ीबार यूनिवर्सिटी, स्टेट यूनिवर्सिटी ऑफ ज़ांज़ीबार (सुजा) और चुक्वानी कॉलेज ऑफ एजुकेशन.

सुजा की स्थापना 1999 में हुई है और यह स्टोन टाउन में पूर्व किस्वाहिली एण्ड फॉरेन लैंग्वेज (ताकिलुकी) संस्थान की इमारतों में स्थित है। यह ज़ांज़ीबार का एकमात्र सार्वजनिक उच्च शिक्षा संस्थान है, अन्य दो संस्थान निजी हैं। 2004 में, तीनों संस्थानों में कुल 948 छात्र-छात्राओं का नामांकन हुआ था जिनमें से 207 महिलाएं थीं।

ज़ांज़ीबार में प्राथमिक और माध्यमिक शिक्षा प्रणाली तंजानियाई मुख्य भू-भाग की शिक्षा प्रणाली से थोड़ी अलग है। मुख्य भू-भाग में केवल सात साल तक प्राथमिक शिक्षा अनिवार्य है जबकि ज़ांज़ीबार में अतिरिक्त तीन साल माध्यमिक शिक्षा अनिवार्य और मुफ्त है। मुख्य भू-भाग के छात्रों की तुलना में ज़ांज़ीबार के छात्र पढ़ाई और गणित के मानकीकृत परीक्षाओं में काफी कम अंक प्राप्त करते हैं।

1970, 1980 और 1990 के दशकों में माध्यमिक शिक्षा के बाद राष्ट्रीय सेवा जरूरी थी लेकिन अब यह स्वैच्छिक बन गई है और केवल कुछ छात्र ही स्वेच्छापूर्वक राष्ट्रीय सेवा में भाग लेते हैं। ज्यादातर छात्र रोजगार की तलाश करने या अध्यापक के कॉलेजों में भाग लेने का विकल्प चुनते हैं।

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