शोध, विकास, और नवोन्मेष की आवश्यकताओं को पूरा करने के लिए, ऍमआईटी पुणे के प्राणंग में ऍमआईटी अनुसन्धान और नवोन्मेष उत्कृष्टता केन्द्र ("MIT Center of Excellence for Research & Innovation (MITCERI)") की स्थापना की गई थी। इसका तात्कालिक लक्ष्य प्राध्यापकों और स्नातक और स्नातकोत्तर स्तर के विद्यार्थियों को उनके प्रोजॅक्ट कार्यों में शोध और विकास के तत्वों को सम्मिलित करने के लिए प्रोत्साहित करना था। ऍमआईटी अनुसन्धान केन्द्र इस कार्य को विभिन्न कार्यक्रमों के द्वारा पूर्ण करता है जैसे राष्ट्रीय और अन्तर्राष्ट्रीय सम्मेलनों का आयोजन, शोध पद्धति पर कार्यशालाओं का आयोजन, औद्योगिक- और शिक्षा-क्षेत्र से प्रख्यात शोधकर्ताओं द्वारा दिया अतिथि व्याख्यान इत्यादि। ऍमआईटी क्यूब 2012 अन्तर्रष्ट्रीय सूचना प्रौद्योगिकी सम्मेलन और प्रदर्शनी के आयोजकों में से एक था। पुणे विश्वविद्यालय भूविज्ञान शोध केन्द्र ऍमआईटी के पॅट्रोलियम विभाग में कार्यरत है।

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