हो सकता है जड़ी बूटी के आम नाम (लोक वर्गीकरण विज्ञान) के साथ वैज्ञानिक वर्गीकरण में मतभेद प्रतिबिंबित नहीं हो और हो सकता है कुछ (या बहुत ही एक जैसे) बहुत ही आम नाम किसी भिन्न पौधों की प्रजाति के समूह में चला जाए.

उदाहरण के लिए, 1993 में बेल्जियम में, मेडिकल डॉक्टरों ने वजन घटाने के लिए ट्रेडेशनल चायनीज मेडिसीन (TCM) जड़-बूटी को मिलाकर एक सूत्र बनाया. एक जड़ी बूटी ("स्टेफनिया टेट्रैंड्रा" (Stephania tetrandra)) को एक अन्य ("एरिस्टोलोचिया फैंगची" (Aristolochia fangchi)), जिसका चीनी नाम बिल्कुल एक जैसा ही था, लेकिन इसमें गुर्दे के लिए जहर एरिस्टोलोचिक एसिड (aristolochic acid) अधिक मात्रा में था, से अदला-बदली की गयी; इस गलती के परिणामस्वरूप गुर्दे नष्ट होनेवाले 105 मामले हुए.

ध्यान रहे कि TCM के सन्दर्भ में उपयोग होनेवाले न तो जड़ी-बूटी का इस्तेमाल वजन घटाने में और न ही लंबी अवधि के लिए दिया जाता है। चीनी औषधि में ये जड़ी बूटियां तीव्र गठिया और पानीवाले सूजन (edema) के किन्हीं प्रकार के लिए इस्तेमाल होता है।

इस कारण, पश्चिमी वैद्यों ने अपने पेशे की शब्दावली में द्विपद नाम पद्धति का उपयोग किया है।

मध्य युग
नाम को लेकर भ्रम
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