आधुनिक वर्गीकरण जीवन को तीन क्षेत्रों में विभाजित करता है। इन क्षेत्रों की उत्पत्ति का काल अज्ञात है। संभवतः सबसे पहले जीवाणु क्षेत्र जीवन के अन्य रूपों से अलग हुआ (जिसे कभी-कभी नियोम्यूरा कहा जाता है), लेकिन यह अनुमान विवादित है। इसके शीघ्र बाद, 2 Ga तक, नियोम्युरा आर्किया तथा यूकेरिया में विभाजित हो गया। यूकेरियोटिक कोशिकाएं (यूकेरिया) प्रोकेरियोटिक कोशिकाओं (जीवाणु तथा आर्किया) से अधिक बड़ी व अधिक जटिल होती हैं और उस जटिलता की उत्पत्ति केवल अब ज्ञात होनी प्रारंभ हुई है।

इस समय तक, शुरुआती प्रोटो-माइटोकॉन्ड्रियन का निर्माण हो चुका था। वर्तमान "रिकेट्सिया" से संबंधित एक जीवाण्विक कोशिका, जिसने ऑक्सीजन का चयापचय करना सीख लिया था, ने एक बड़ी प्रोकेरियोटिक कोशिका में प्रवेश किया, जिसमें वह क्षमता उपलब्ध नहीं थी। संभवतः बड़ी कोशिका ने छोटी कोशिका को खा लेने का प्रयास किया, लेकिन (संभवतः शिकार में रक्षात्मकता की उत्पत्ति के कारण) वह कोशिश विफल रही। हो सकता है कि छोटी कोशिका ने बड़ी कोशिका का परजीवी बनने का प्रयास किया हो। किसी भी स्थिति में, छोटी कोशिका बड़ी कोशिका से बच गई। ऑक्सीजन का प्रयोग करके, इसने बड़ी कोशिका के अवशिष्ट पदार्थों का चयापचय किया और अधिक ऊर्जा प्राप्त की। इसकी अतिरिक्त ऊर्जा में से कुछ मेजबान को लौटा दी गई। बड़ी कोशिका के भीतर छोटी कोशिका का प्रतिलिपिकरण हुआ। शीघ्र ही, बड़ी कोशिका व उसके भीतर स्थित छोटी कोशिकाओं के बीच एक स्थिर सहजीविता विकसित हो गई। समय के साथ-साथ मेजबान कोशिका ने छोटी कोशिका के कुछ जीन ग्रहण कर लिये और अब ये दोनों प्रकार एक-दूसरे पर निर्भर बन गए: बड़ी कोशिका छोटी कोशिकाओं द्वारा उत्पन्न की जाने वाली ऊर्जा के बिना जीवित नहीं रह सकती थी और दूसरी ओर छोटी कोशिकाएं बड़ी कोशिका द्वारा प्रदान किये जाने वाले कच्चे माल के बिना जीवित नहीं रह सकतीं थीं। पूरी कोशिका को अब एक एकल जीव माना जाता है और छोटी कोशिकाओं को माइटोकॉन्ड्रिया नामक अंगों के रूप में वर्गीकृत किया गया है।

इसी तरह की एक घटना प्रकाश-संश्लेषक साइनोबैक्टेरिया के साथ हुई, जिसने बड़ी विषमपोषणज कोशिकाओं में प्रवेश किया और क्लोरोप्लास्ट बन गई। संभवतः इन परिवर्तनों के परिणामस्वरूप, कोशिकाओं की प्रकाश-संश्लेषण में सक्षम एक श्रृंखला एक बिलियन से भी अधिक वर्ष पूर्व यूकेरियोट्स से अलग हो गई। संभवतः समावेशन की ऐसी अनेक घटनाएं हुईं, जैसा कि चित्र सही रूप से संकेत करते हैं। माइटोकॉन्ड्रिया व क्लोरोप्लास्ट की कोशिकीय उत्पत्ति के सुस्थापित एन्डोसिम्बायोटिक सिद्धांत के अलावा, यह सुझाव भी दिया जाता रहा है कि कोशिकाओं से पेरॉक्सीज़ोमेस का निर्माण हुआ, स्पाइरोकीटस से सिलिया व फ्लैजेला का निर्माण हुआ और शायद एक डीएनए (DNA) विषाणु से कोशिका के नाभिक का विकास हुआ, हालांकि इनमें से कोई भी सिद्धांत व्यापक रूप से स्वीकृत नहीं है।
आर्किया, जीवाणु व यूकेरियोट्स में विविधता जारी रही और वे अधिक जटिल और अपने-अपने वातावरणों के साथ बेहतर ढंग से अनुकूलित बनते गए। प्रत्येक क्षेत्र लगातार अनेक प्रकारों में विभाजित होता रहा, हालांकि आर्किया व जीवाणुओं के इतिहास के बारे में बहुत थोड़ी-सी जानकारी ही प्राप्त है। 1.1 Ga के लगभग, सुपरकॉन्टिनेन्ट रॉडिनिया एकत्रित हो रहा था। वनस्पति, जीव-जंतु तथा कवक सभी विभाजित हो गए थे, हालांकि अभी भी वे एकल कोशिकाओं के रूप में मौजूद थे। इनमें से कुछ कालोनियों में रहने लगे और क्रमशः कुछ श्रम-विभाजन होने लगा; उदाहरण के लिये, संभव है कि परिधि की कोशिकाओं ने आंतरिक कोशिकाओं से कुछ भिन्न भूमिकाएं ले लीं हों. हालांकि, विशेषीकृत कोशिकाओं वाली एक कालोनी तथा एक बहुकोषीय जीव के बीच विभाजन सदैव ही स्पष्ट नहीं होता, लेकिन लगभग 1 बिलियन वर्ष पूर्व पहली बहुकोशीय वनस्पति उत्पन्न हुई, जो शायद हरा शैवाल था। संभवतः 900 Ma के लगभग पशुओं में भी वास्तविक बहुकोशिकता की शुरुआत हो चुकी थी।

प्रारंभ में शायद यह वर्तमान स्पंज की तरह दिखाई देता होगा, जिसमें ऐसी सर्वप्रभावी कोशिकाएं थीं, जिन्होंने एक अस्त-व्यस्त जीव को स्वयं को पुनः एकत्रित करने का मौका दिया। चूंकि बहुकोशिकीय जीवों की सभी श्रेणियों में कार्य-विभाजन पूर्ण हो चुका था, इसलिये कोशिकाएं अधिक विशेषीकृत व एक दूसरे पर अधिक निर्भर बन गईं; अलग-थलग पड़ी कोशिकाएं समाप्त हो जातीं.

जीवन का प्रोटेरोज़ोइक विकास
ऑक्सीजन क्रांति
प्रोटेरोज़ोइक युग
स्नोबॉल अर्थ और ओजोन परत की उत्पत्ति