गंभीर मध्यकर्णशोथ में एंटीबायोटिक्स शुरू करने को एक से तीन दिन तक टाल सकते हैं अगर ऊपर बताए गए उपायों से दर्द बर्दाश्त करने की स्थिति में हो तो इस तरह की सिफारिश की जाती है: तीन में से दो बच्चों में गंभीर मध्यकर्णशोथ बिना एंटीबायोटिक इलाज के ही ठीक हो जाता है, इलाज रोक देने पर लंबे समय में कोई प्रतिकूल प्रभाव नहीं पाया गया है, एंटीबायोटिक्स में पार्श्व प्रभावों की काफी संभावना रहती है और हाल ही में एक परीक्षण में पाया गया है कि कि जिन बच्चों का इलाज एमोक्सिसिलिन (amoxicillin) से किया गया है, उनमें दोबारा से कर्णशोथ से पीड़ित होने की दर बढ़ जाती है।

अगर जरूरी हुआ तो एंटीबायोटिक इलाज का सबसे पहला तरीका एमोक्सिसिलिन ही है। अगर कोई प्रतिरोध है, तो दूसरी लाइन के तहत एमोक्सिसिलिन-क्लाव्यूलेनेट (amoxicillin-clavulanate) अथवा पेनिसिलिन से व्यूत्पादित और बीटा लैक्टामेज इनहिबिटर (beta lactamase inhibitor) दिया जा सकता है। सात दिन से कम एंटीबायोटिक्स के सेवन करने से जहां पार्श्व प्रभावों की कम संभावना रहती है, वहीं सात दिनों से ज्यादा का सेवन ज्यादा प्रभावी होता है।

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