क्योंकि आई.बी.एस. की तरह लक्षणों वाले दस्तों के बहुत से कारण होते हैं, अतः इन लक्षणों को अन्य लक्षणों से अलग करने के लिये अमेरिका की जठरांत्र विज्ञान संबंधी संघ ने किये जाने वाले परीक्षणों के लिए दिशा निर्देशों का सेट एक प्रकाशित किया। इन में जठरांत्र का संक्रमण, लैक्टोज असहिष्णुता और सीलिएक रोग शामिल हैं। अनुसंधान ने सुझाव दिया है कि इन दिशा निर्देशों का हमेशा पालन नहीं किया जाता है। एक बार जब अन्य कारणों में बाहर कर देने पर, आई.बी.एस. का निदान नैदानिक एल्गोरिथ्म का उपयोग करके किया जाता है। अच्छी तरह से विख्यात एल्गोरिथ्म में मैनिंग मानदंड, अप्रचलित रोम प्रथम और द्वितीय मानदंड, क्रुइस मानदंड शामिल हैं और अध्ययनों में उनकी विश्वसनीयता की तुलना की गयी है। हाल ही में रोम III प्रक्रिया का प्रकाशन 2006 में किया गया था। चिकित्सक इन दिशा निर्देशों में से एक का उपयोग करें चुन सकते हैं या भरोसा करने के लिए साधारणतः अतीत में अपने रोगियों के साथ वास्तविक अनुभवों को चुन सकते हैं। एल्गोरिथ्म में, आई.बी.एस. जैसे अन्य रोगों के रोगनिदान के खिलाफ रक्षा करने के लिए अतिरिक्त परीक्षणों.को शामिल किया जा सकता है जैसे "लाल झंड़े" के लक्षणों में वजन घटने, जठरांत्र संबंधी रक्तस्राव, खून की कमी, या रात्रिचर के, लक्षण शामिल हो सकते हैं। लेकिन, शोधकर्ताओं ने उल्लेख किया कि, "लाल झंड़े" की शर्तें, निदान की सटीकता के लिए हमेशा योगदान नहीं करतीं उदाहरण 31% IBS के रोगियों के मल में, संभवतः बवासीर संबंधी रक्त स्त्राव् से, खून है।

नैदानिक कलन विधि से जिस नाम की पहचान होती है उसका इस्तेमाल रोगी की हालत को बताने के लिए किया जा सकता है जो दस्त, पेट दर्द और कब्ज जैसे लक्षणों के संयोजन पर आधारित होता है। उदाहरण के लिए, बयान" लौटने वाले यात्रियों के 50% में कार्यात्मक दस्त विकसित थे, जबकि 25% आई.बी.एस. विकसित था” का मतलब है कि आधे यात्रियों दस्त थे, जबकि एक चौथाई को पेट दर्द के साथ दस्त थे। जबकि कुछ शोधकर्ताओं का मानना है कि इस वर्गीकरण प्रणाली से चिकित्सकोंको को IBS समझने में मदद मिलेगी, दूसरों ने प्रणाली के मूल्य पर सवाल उठाया है और सुझाव दिया की सभी आई.बी.एस रोगीयों मे समान अंतर्निहित रोग, परन्तु विभिन्न लक्षणों के साथ, है।
इस दिशा में हाल ही में अध्ययन, हुआ है जो दिखाता है कि कब्ज और / या दस्त अंतर्निहित स्थिति के भिन्न भिन्न अभिव्यक्तियाँ प्रतीत होती हैं जो कि बृहदान्त्र की गुहिका, जिसमे द्रव्य भरा होता है, में विष्ठा संबंधी तत्वों को रोके रखने की शक्ति का निर्माण करता है। बृहदान्त्र पारगमन समय और विष्ठा संबंधी वितरण के लिए पेट के एक्स - रे का विश्लेषण किया गया, जिसे महत्वपूर्ण रूप से सूजन और पेट दर्द के साथ सहसंबद्ध किया गया। इस प्रकार के रोगियों के एक समूह को नियंत्रण की तुलना में बढ़े हुए विष्ठा संबंधी लदान के साथ पहचाना गया, परन्तु बृहदान्त्र का पारगमन समय नियंत्रण के बराबर या कम रहता है। यह सुझाव है कि मलत्याग के नमूने बृहदान्त्र में मल की मात्रा को प्रतिबिंबित नहीं करते हैं और यह छिपा हुआ कब्ज कहलाता है। यह तथ्य बैक्टीरिया की अतिवृद्धि से जोड़ा जा सकता है।

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