जन्मजात हृदय रोग के अधिकांश ज्ञात कारण स्पोरैडिक जेनेटिक परिवर्तन हैं, या तो फोकल उत्परिवर्तन या डीएनए के खंडों को हटाने या जोड़ना। सीआरडी के 21-8 % मामलों के कारण त्रिकोणीय 21 , 13 , और 18 जैसे बड़े गुणसूत्र असामान्यताएं ,  ट्राइसोमी 21 सबसे आम अनुवांशिक कारण हैं।  छोटे गुणसूत्र असामान्यताएंअक्सर जन्मजात हृदय रोग का कारण बनती हैं, और उदाहरणों में क्रोमोसोम 22 (22q11, डिजीर्ज सिंड्रोम ) की लंबी बांह, गुणसूत्र 1 (1q21) की लंबी बांह , की छोटी शाखा का माइक्रोडलेक्शन शामिल है क्रोमोसोम 8 ( 8 पी 23) और जीनोम के कई अन्य, कम आवर्ती क्षेत्र, जैसा कि उच्च रिजोल्यूशन जीनोम-वाइड स्क्रीनिंग ( ऐरे तुलनात्मक जीनोमिक हाइब्रिडाइजेशन ) द्वारा दिखाया गया है ।

जटिल विकास अनुक्रम को विनियमित करने वाले जीन केवल आंशिक रूप से स्पष्ट किए गए हैं। कुछ जीन विशिष्ट दोषों से जुड़े होते हैं। कार्डियक अभिव्यक्तियों के साथ कई जीन जुड़े हुए हैं। हृदय की मांसपेशी प्रोटीन के उत्परिवर्तन, α-मायोसिन भारी श्रृंखला ( MYH6 ) एट्रियल सेप्टल दोषों से जुड़े होते हैं। कई प्रोटीन जो MYH6 के साथ बातचीत करते हैं, वे हृदय संबंधी दोषों से भी जुड़े होते हैं। ट्रांसक्रिप्शन कारक GATA4 टीबीएक्स 5 के साथ एक जटिल बनाता हैजो MYH6 के साथ इंटरैक्ट करता है। एक और पहलू, होमोबोक्स (विकास) जीन, NKX2-5MYH6 के साथ भी बातचीत करता है। इन सभी प्रोटीनों के उत्परिवर्तन एट्रियल और वेंट्रिकुलर सेप्टल दोष दोनों से जुड़े होते हैं; इसके अलावा, एनकेएक्स 2-5 दिल की विद्युत चालन में दोषों से जुड़ा हुआ है और टीबीएक्स 5 होल्ट-ओराम सिंड्रोमसे संबंधित है जिसमें विद्युत चालन दोष और ऊपरी अंग की असामान्यताएं शामिल हैं। एक और टी-बॉक्स जीन, टीबीएक्स 1, वेल्लो -कार्डियो-चेहरे सिंड्रोम डिजीर्ज सिंड्रोम में शामिल है , सबसे आम विलोपन जिसमें फ्लोरोट के टेट्रालॉजी सहित हृदय संबंधी बहिर्वाह पथ के दोष सहित व्यापक लक्षण हैं ।

जीन उत्पादों और संबंधित सुविधाओं के उदाहरण

MYH6 GATA4 NKX2-5 TBX5 TBX1

ठिकाना

14q11.2-Q13 8p23.1-p22 5q34 12q24.1 22q11.2

सिंड्रोम

होल्ट-ओरम

दीजोर्ज

एट्रियल सेप्टल दोष ✔ ✔ ✔ ✔

वेंट्रिकुलर सेप्टल दोष ✔ ✔ ✔

विद्युत चालन असामान्यताएं ✔ ✔

बहिर्वाह पथ असामान्यताओं ✔

गैर कार्डियक अभिव्यक्तियां[1 9]

ऊपरी अंग असामान्यताएं छोटे या अनुपस्थितथाइमस

छोटे या अनुपस्थित पैराथाइरॉइड

चेहरे असामान्यताओं

आण्विक मार्ग

पायदान संकेतन मार्ग , कोशिका वृद्धि और भेदभाव के लिए एक नियामक तंत्र, हृदय विकास के कई पहलुओं में व्यापक भूमिका निभाता है। शरीर की योजना के दाएं और बाएं किनारों के निर्धारण में पायदान तत्व शामिल होते हैं, इसलिए हृदय ट्यूब की दिशात्मक तहखाने पर असर पड़ सकता है। एंडोक सिग्नलिंग एंडोकार्डियल कुशन के गठन में जल्दी शामिल है और सेप्टा और वाल्व में विकसित होने के रूप में सक्रिय है। यह वेंट्रिकुलर दीवार के विकास और महान जहाजों के बहिर्वाह पथ के कनेक्शन में भी शामिल है। पायदान में से एक के लिए जीन में उत्परिवर्तन, जगदीड 1 , धमनीविरोधी डिस्प्लेसिया (अलागिल सिंड्रोम) के अधिकांश मामलों में पहचाने जाते हैं), महान जहाजों (फुफ्फुसीय धमनी स्टेनोसिस), दिल ( 13% मामलों में फलोट का टेट्रालॉजी ), यकृत, आंखें, चेहरे और हड्डियों के दोषों की विशेषता है । हालांकि सभी मामलों में, जहां कोई दोष में पाए जाते हैं की 1% से कम जैग्गड1 जीन, दोष में पाए जाते हैं नोटच2 जीन। 10% मामलों में, जीन में कोई उत्परिवर्तन नहीं मिलता है। जीन परिवार के दूसरे सदस्य के लिए , नोटच1 जीन में उत्परिवर्तन बाइकसपिड महाधमनी वाल्व से जुड़े होते हैं, तीन वाल्व के साथ दो पुस्तिकाओं के साथ एक वाल्व। नोटच 1 महाधमनी वाल्व के कैलिफ़िकेशन से भी जुड़ा हुआ है, वयस्कों में दिल की बीमारी का तीसरा सबसे आम कारण है।

एक सेल नियामक तंत्र के उत्परिवर्तन, रास / मापक मार्ग सहित काडिओफाकियकतानूस सिंड्रोम, की एक किस्म के लिए जिम्मेदार हैं नूनन सिंड्रोम , तेंदुए सिंड्रोम , कॉस्टेलो सिंड्रोम और

सिंड्रोम , जिसमें हृदय की भागीदारी होती है।  जबकि सूचीबद्ध स्थितियों को अनुवांशिक कारण ज्ञात हैं, वहीं कई अन्य जीन हैं जो अधिक सूक्ष्म हैं। यह ज्ञात है कि जन्मजात हृदय दोषों का जोखिम अधिक होता है जब एक के साथ घनिष्ठ संबंध होता है।

जन्म में परिवर्तन
अनुवांशिक
पर्यावरण
शब्दावली