साक्ष्य आधारित चिकित्सा (ईबीएम) की वकालत नेचुरोपैथी जैसे प्राकृतिक इलाज अनुसंधान के लिए एक उपयुक्त पद्धति के रूप में की गई है, जिसे पर्याप्त वैज्ञानिक आधार के अभाव वाली प्रणाली कहा गया है। ऑस्ट्रेलिया में हुए सर्वेक्षण में पारंपरिक प्राकृतिक चिकित्सक ईबीएम को जीवनी शक्ति और व्यापक सिद्धांतों में विश्वासों पर एक सैद्धांतिक हमला मानते हैं वे प्राकृतिक चिकित्सा के अभ्यास की सचाई की वकालत करते हैं। ऑस्ट्रेलिया में सर्वेक्षण में शामिल पारंपरिक प्राकृतिक चिकित्सकों को ईबीएम की अवधारणा की समझ और उसे लागू करने में दिक्कत हो सकती है। हालांकि प्राकृतिक चिकित्सा की आम लोगों में स्वीकार्यता बढ़ रही है, पर चिकित्सा समुदाय के सदस्यों का रुख आलोचनात्मक रहा है और वे प्राकृतिक चिकित्सा के विचार 
को नामंजूर करते हैं। प्राकृतिक चिकित्सा के व्यापक वैज्ञानिक ज्ञान के साथ उपचार के बेहतर नजरिये को हासिल किया जा सकता है, जिससे इस चिकित्सा प्रणाली के मॉडल में विकास किया जा सकता है और स्वास्थ्य देखभाल प्रणाली के लिए एक आर्थिक लाभ भी हासिल किया जा सकता है। प्राकृतिक चिकित्सकों ने नैदानिक प्रैक्टिस में अनुसंधान और आधुनिक वैज्ञानिक सिद्धांतों को स्वीकार करने के प्रति अपना योगदान शुरू किया है, जिससे इस पेशे को और विकसित करने और मान्य बनाने में मदद मिलेगी. नेचुरोपैथ और मेडिकल डॉक्टरों में आम बीमारियों के व्यापक रेंज के निदान और प्रबंधन में प्राकृतिक चिकित्सा की सुरक्षा और प्रभावशीलता बढ़ाने और यह तय करने के लिए कि प्राकृतिक सेवाओं की पहुंव ऐसी हो कि कम खर्च में रोगियों की सेहत में सुधार हो सके. जर्मनी में कई प्राकृतिक चिकित्सा के वैकल्पिक उपचार एक विश्वसनीय विज्ञान के रूप में किये जाते है, जैसे कि मालिश द्वारा चिकित्सा. हालांकि मालिश द्वारा चिकित्सा एक गैर-पारंपरिक पद्धति है और न यह गंभीर प्राकृतिक चिकित्सा के समान नहीं है और मालिश द्वारा चिकित्सा की गुणवत्ता भी नहीं है। मालिश द्वारा चिकित्सा के विपरीत, वैज्ञानिक रूप से वास्तविक प्राकृतिक चिकित्सा के तरीके वैकल्पिक नहीं हैं, बल्कि आधुनिक चिकित्सा के लिए एक पूरक के रूप में कार्य करते हैं।

सबूत के आधार
अभ्यास
कनाडा
विनियमन