लिखित रिकॉर्ड में, जड़ी-बूटियों के अध्ययन का इतिहास 5,000 साल पीछे सुमेरियाइयों तक जाता है, जिन्होंने कल्पवृक्ष (लौरेल), अजमाद और अजवायन जैसे पौधों के सुस्थापित औषधीय उपयोग का वर्णन किया है। 1000 ई.पू. प्राचीन मिस्र की औषधि में लहसून, अफीम, रेंड़ी का तेल, धनिया, पुदीना, नील और अन्य जड़ी बूटियों का उपयोग किया जाता रहा और ओल्ड टेस्टामेंट में मेंड्रेक (विशाखमूल), वेच (मटर जाति), अजमाद, गेहूं, बार्ली और राय सहित जड़ी-बूटियों के इस्तेमाल और खेती का भी उल्लेख है।

भारतीय आयुर्वेद ने हल्दी जैसी जड़ी-बूटी का उपयोग संभवतः ई.पू. 1900 में शुरू किया। आयुर्वेद में प्रयोग की जाने वाली अन्य अनेक जड़ी-बूटियों और खनिजों के बारे में चरक तथा सुश्रुत जैसे प्राचीन आयुर्वेदाचार्यों ने ई.पू. पहली सहस्राब्दी के दौरान वर्णन किया। ई.पू. छठी सदी में सुश्रुत ने "सुश्रुत संहिता" में 700 औषधीय वनस्पतियों, खनिज से तैयार होने वाली 64 दवाओं और प्राणी स्रोतों से बनने वाली 57 औषधियों का वर्णन किया।

जड़ी-बूटी पर पहली चीनी पुस्तक, "शेंनोंग बेंकाओ जिंग", हान राजवंश के दौरान संकलित हुई, लेकिन इसका इतिहास और अधिक पुराना है, संभवतः ई.पू. 2700. इस पुस्तक में 365 औषधीय वनस्पतियों और उनके उपयोग की सूची है, इसमें मा-हुआंग नामक झाड़ी भी शामिल है, जिसने आधुनिक चिकित्सा को एफेड्राइन दवा से परिचय करवाया. 7 वीं सदी में जड़ी-बूटी चिकित्सा पर तांग राजवंश के दौरान एक निबंध "याओक्सिंग लुन" ("औषधीय जड़ी-बूटियों पर लेख") के अनुसार "शेंनोंग बेन्काओ जिंग" के संवर्धन में पीढियां लग गयीं.

प्राचीन यूनानियों और रोमवासियों ने पौधों का औषधीय उपयोग किया। हिप्पोक्रेट्स और विशेष रूप से गलेन की लेखनी में सुरक्षित यूनानी तथा रोमन औषधीय प्रथाओं ने बाद की पश्चिमी औषधि को पद्धति प्रदान की. हिप्पोक्रेट्स ने तजा हवा, विश्राम और शुद्ध आहार के साथ कुछ सरल जड़ी-बूटी संबंधी दवाओं के उपयोग की सलाह दी. दूसरी ओर, गलेन ने वानस्पतिक, प्राणी तथा खनिज सामग्रियों सहित दवाओं के मिश्रण की बड़ी खुराकों की सिफारिश की. यूनानी चिकित्सक ने औषधीय पौधों के गुणों और उनके उपयोग के बारे में प्रथम यूरोपीय ग्रंथ "डी मटेरिया मेडिका" को संकलित किया। ई. सं. पहली सदी में, डायोस्कोराइड्स ने 500 से अधिक पौधों के बारे में एक सार-संग्रह लिखा, जो 17वीं सदी में भी एक आधिकारिक सन्दर्भ बना रहा. ई. पू. चौथी सदी में लिखित यूनानी पुस्तक थियोफ्रास्टस' "हिस्टोरिया प्लांटारम" (Theophrastus’ Historia Plantarum) जिसने वनस्पति विज्ञान की स्थापना की, जड़ी-बूटी शास्त्रियों और वनस्पति वैज्ञानिकों के लिए बाद की सदियों में इसी प्रकार महत्वपूर्ण बनी रही.

नाम को लेकर भ्रम
वैद्यकी (हर्बलिज्म) का मानव विज्ञान
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