जबकि यह समझा जा रहा था की संयुक्त राज्य अमेरिका से काली खांसी का पूरी तरह सफाया हो चुका है, हाल के वर्षों में इस रोग की वापसी हुई और इसके परिणामस्वरूप कई मौतें हुईं. ऐसे समय में, कई अभिभावकों ने दुष्प्रभाव के डर से अपने बच्चों को टीका लगवाने से इनकार कर दिया; बहरहाल, टीकाकरण के अधिकांश पार्श्व प्रभाव मामूली ही होते हैं और डीपीटी प्रतिरक्षण के तुरंत बाद होने वाली गंभीर समस्याएं बहुत दुर्लभ हैं। इनमें शामिल है गंभीर एलर्जी प्रतिक्रिया, लंबे समय तक दौरे, चेतना में कमी, स्थायी मस्तिष्क रोग, या मृत्यु. 2009 में "पीडीऐट्रिक्स" पत्रिका में प्रकाशित एक अध्ययन में निष्कर्ष निकाला गया कि टीका ना लगवाने वाले बच्चों में उस रोग का जोखिम सर्वाधिक होता है जिससे रक्षा के लिए यह टीका तैयार किया गया है।

1980 के दशक में, सम्पूर्ण कोशिका डीटीपी, जो अब विकसित देशों में शायद ही कभी उपलब्ध होता है, पर किए गए ब्रिटिश अनुसंधान के अनुसार इस प्रकार की स्नायुविज्ञान सम्बंधी गंभीर घटनाएं डीपीटी टीके के 140,000 खुराकों में से लगभग 1 में होती है (0.0007%). ऐसा माना जाता है कि पूर्ण-कोशिका डीपीटी इंजेक्शन की अधिकांश प्रतिक्रियाएं काली खांसी घटकों होती है।

1994 में, अमरीकी नैशनल एकैडमी ऑफ़ साइन्सेज़ के चिकित्सा संस्थान ने एक आख्या पेश की जिसमें यह बताया गया था कि यदि पूर्ण सेल पर्टुसिस टीके द्वारा टीकाकरण किए जाने के सात दिनों के अंदर तंत्रिका सम्बंधी पहली क्षति के लक्षण नज़र आते हैं, तब यह सबूत इस संभावना के साथ संगत होती है कि यह अन्यथा जाहिरा तौर पर स्वस्थ बच्चों में स्थायी मस्तिष्क क्षति का कारण हो सकता है। और आगे बताया कि प्रकृति, जगह, वातावरण के आधार पर, डीटीपी टीकाकरण के विभिन्न लाभ और नुकसान हैं। 

डीटीपी टीके के सामान्य प्रभाव 0.1% से 1.0% बच्चों में पाए जाते हैं और इनमें शामिल हैं निरंतर रोना (तीन घंटे या अधिक समय तक), तेज़ बुखार (40 °C / 105 °F तक) और एक असामान्य, उच्च आवाज़ में रोना.

2002 के बाद से पूर्ण-कोशिका काली खांसी टीके अब अमेरिका में उपयोग नहीं किए जाते हैं।

Tdap
DTaP
होल सेल पर्टुसिस वाले संयोजन टीके
उपचार त्रुटियां