1980 के दशक के मध्य में, Microsoft और IBM ने आने वाली पीढ़ी के लिए चित्रमय ऑपरेटिंग सिस्टम बनाने के लिए एक संयुक्त परियोजना का गठन किया। इस परियोजना के परिणामस्वरूप OS/2, बना, लेकिन Microsoft और IBM कई महत्वपूर्ण मुद्दों पर असहमत हो जाने की वजह से अलग हो गए। OS/2 IBM की एक परियोजना बना रहा। Microsoft ने Windows NT पर काम शुरू कर दिया। OS/2 फ़ाइल प्रणाली HPFS में कई महत्वपूर्ण नई सुविधायें थीं। जब Microsoft ने अपना नया ऑपरेटिंग सिस्टम बनाया, उन्होनें NTFS के लिए इन में से कई अवधारणाओं का प्रयोग किया। . शायद एक ही स्रोत से उत्पन्न होने के परिणामस्वरूप, HPFS और NTFS डिस्क विभाजन की पहचान के लिए एक ही कोड टाइप (07) का प्रयोग करते हैं। एक ही ID का एक साथ प्रयोग करना असामान्य है क्योंकि दर्जनों कोड उपलब्ध थे और अन्य प्रमुख फ़ाइल प्रणालियों के अपने कोड हैं। FAT के नौ से ज्यादा कोड हैं (FAT12, FAT16, FAT32, आदि के लिए अलग अलग). एल्गोरिदम, जो विभाजन प्रकार 07 में फ़ाइल प्रणाली की पहचान करती है, को अतिरिक्त जांच करनी चाहिए। यह भी स्पष्ट है कि NTFS ने अपने स्थापत्य डिजाइन का कुछ भाग VMS द्वारा प्रयुक्त की जाने वाली फ़ाइल-11 से लिया है। यह शायद ही आश्चर्य की बात है क्योंकि डेव कटलर VMS और Windows NT, दोनों पर काम कर रहे मुख्य व्यक्ति थे।

FAT से संगतता (कम्पेटिबिलिटी)
USN जर्नल
इतिहास
मिल कर कार्य करने की क्षमता