अकटियम की लड़ाई में ओक्टेवियन (बाद में सम्राट ऑगस्टस) के द्वारा मार्क एंटनी और टोलेमिक महारानी क्लियोपेट्रा VII की हार के बाद, मिस्र 30 ई.पू. में रोमन साम्राज्य का एक प्रान्त बन गया। रोमनवासी, मिस्र से आने वाले अनाज पर काफी निर्भर थे और सम्राट द्वारा नियुक्त एक अधिकारी के अधीन रोमन सेना ने विद्रोहियों का दमन किया, भारी करों की वसूली को सख्ती से लागू किया और डाकुओं के हमलों को रोका जो उस दौरान एक कुख्यात समस्या बन गई थी। विदेशी विलासिता वस्तुओं की रोम में काफी मांग के कारण, अलेक्सांद्रिया, पूर्वी देशों के साथ होने वाले व्यापारिक मार्ग पर तेज़ी से एक महत्वपूर्ण केन्द्र बन गया।

हालांकि, मिस्र के प्रति रोम का नज़रिया, यूनानियों की अपेक्षा अधिक शत्रुतापूर्ण था, कुछ परम्पराएं, जैसे परिरक्षित शव प्रक्रिया और पारंपरिक देवताओं की पूजा चलती रही. ममी चित्रांकन की कला का उत्कर्ष हुआ और कुछ रोमन सम्राटों ने खुद को फैरोओं के रूप में दिखाया, हालांकि उस हद तक नहीं, जितना टोलेमियों ने दिखाया था। वे मिस्र के बाहर रहते थे और मिस्र की शाही औपचारिकताओं को नहीं करते थे। स्थानीय प्रशासन, रोमन शैली का बन गया और देशी मिश्र के लिए बंद कर दिया गया।

प्रथम शताब्दी ई. के मध्य से, ईसाइयत ने अलेक्सांद्रिया में जड़ें जमा ली क्योंकि इसे भी एक स्वीकार्य पंथ के रूप में देखा जाने लगा। तथापि, यह एक विरोधी धर्म था जिसका रुझान बुतपरस्ती में धर्मान्तरित लोगों को जीतने की ओर था और इसने लोकप्रिय धार्मिक परंपराओं को चुनौती दी. इसके परिणामस्वरूप ईसाई धर्म में धर्मान्तरित लोगों का उत्पीड़न शुरू हो गया जो 303 ई. में डायोक्लीटियन के महान मार्जन में परिणत हुआ, पर अंततः ईसाई धर्म को सफलता प्राप्त हुई. 391 ई. में ईसाई सम्राट थियोडोसिअस ने एक विधेयक पेश किया जिसने मूर्तिपूजक संस्कारों को प्रतिबंधित और मंदिरों को बंद कर दिया. अलेक्सांद्रिया, मूर्तिपूजन-विरोधी महान दंगों का केन्द्र बन गया जहाँ सार्वजनिक और निजी धार्मिक प्रतीकों को नष्ट कर दिया. परिणामस्वरूप, मिस्र की मूर्तिपूजक संस्कृति में लगातार गिरावट आती गई। जबकि देशी आबादी ने अपनी भाषा बोलना जारी रखा, हेअरोग्लिफिक लेखन को पढ़ने की क्षमता, मिस्र के मंदिर के पुजारियों और पुजारिनों की भूमिका के क्षीण होने के साथ-साथ धीरे-धीरे लुप्त हो गई। खुद मंदिरों को कभी-कभी चर्च में बदल दिया गया या रेगिस्तान में छोड़ दिया गया।

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