अनुपयुक्त प्रतिजैविक उपचार और प्रतिजैविक का अति प्रयोग प्रतिरोधी जीवाणुओं के उभरने का एक मुख्य कारक हैं। समस्या तब और जटिल हो जाती है, जब एक योग्य चिकित्सक के निर्देशों के बिना खुद प्रतिजैविक लेना शुरू करता है और कृषि में विकास प्रमोटरों के रूप में प्रतिजैविक का गैर-चिकित्सकीय उपयोग होता है। प्रतिजैविक दवाओं में बार-बार ये संकेत दिये जाते हैं कि कहां इनकी जरूरत नहीं हैं, या उपयोग गलत है या दिया गया प्रतिजैविक मामूली असर वाला है। यह कुछ वैसे मामलों में भी होता है, जहां संक्रमण बिना इलाज के भी ठीक हो सकता है।

प्रतिजैविक के दुरुपयोग के आम रूपों में-यात्रियों द्वाराप्रोफीलेटिक प्रतिजैविक का ज्यादा उपयोग, दवा लिखते समय रोगी के वजन व उसे पहले दी गयीं प्रतिजैविक दवाओं का ध्यान न रखना शामिल है, क्योंकि दोनों प्रतिजैविक दवाओं की प्रभावशीलता को नष्ट यहां तक कि पूरे कोर्स को विफल कर सकते हैं। ऐसा प्रतिजैविक लिखते समय उन्हें लेने के अंतराल (उदाहरण के लिए "हर 8 घंटे" पर या सिर्फ " प्रति दिन 3x") का उल्लेख नहीं करने, संक्रमित जीव के पूरी तरह स्वस्थ होने के लिए आराम का अभाव होने से भी प्रतिजैविक विफल हो सकते हैं। ऐसा करने से प्रतिजैविक प्रतिरोध के साथ जीवाणुओं की आबादी बढ़ने में मदद मिलेगी. अनुपयुक्त प्रतिजैविक उपचार प्रतिजैविक दुरुपयोग का एक आम रूप है। एक सामान्य उदाहरण के रूप में, हम आम सर्दी-जुकाम के लिए वायरल संक्रमण दूर करने वाली प्रतिजैविक दवाओं के इस्तेमाल को ले सकते हैं, जिसका उस पर कोई असर नहीं होता.श्वास नलिका के संक्रमण पर किये गये एक अध्ययन में पाया गया कि चिकित्सकों ने मरीजों के लिए उन्हीं प्रतिजैविक दवाओं को लिखा, जिनपर उनका विश्वास था, हालांकि वे हर 4 में से एक ही रोगी के उपयुक्त था। चिकित्सकों और मरीजों दोनों का बहुकार्यकारी हस्तक्षेप प्रतिजैविक दवाओं के अनुपयुक्त निर्धारण को कम कर सकता है। श्वास नलिका के संक्रमण का सहज निदान के लिए प्रतिजैविक दवाओं के लेने में 48 घंटे का विलम्ब प्रतिजैविक के इस्तेमाल को कम कर सकता हैं। लेकिन, यह रणनीति रोगी में संतोष की भावना कम कर सकती है।

रोगाणुरोधी प्रतिरोध से संबंधित कई संगठन विनियामक माहौल को बेहतर बनाने की पैरवी कर रहे हैं। अमेरिका के इंटरएजेंसी रोगाणुरोधी प्रतिरोध टास्क फोर्स की स्थापना का मकसद प्रतिजैविक दवाओं के दुरुपयोग और अतिप्रयोग से जुड़े मुद्दों से निपटने का प्रयास करना है, जिसका मकसद रोगाणुरोधी प्रतिरोध की समस्याओं का सक्रियता से अध्ययन करना है। अमेरिकी सेंटर फॉर डिजीज कंट्रोल एंड प्रिवेंशन, द फूड एंड ड्रग एडमिनिस्‍ट्रेशन (FDA), नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (NIH) तथा कई अन्य सरकारी एजेंसियां इन मुद्दों पर विचार के लिए आपस में समन्वय रखती हैं। एक गैर सरकारी संगठन अभियान समूह का नाम "कीप प्रतिजैविक वर्किंग"
है। फ्रांस में 2002 से एक सरकारी अभियान "एंटीबायोटिक्स आर नॉट ऑटोमैटिक" शुरू किया गया है, जिससे अनावश्यक प्रतिजैविक नुस्खों, खासकर बच्चों के लिए, में 
कमी आई है। यूनाइटेड किंगडम में, कई डॉक्टरों के क्लिनिकों में NHS पोस्टर लगाए गए हैं, जिनमें संकेत किया गया है कि 'दुर्भाग्य से, प्रतिजैविक दवाओं की कितनी भी मात्रा आपको सर्केदी से छुटकारा नहीं दिला सकती, क्योंकि कई रोगी अपने डाक्टर से खासकर अनुपयुक्त प्रतिजैविक देने का अनुरोध करते है, इस विश्वास से उन्हें वायरल संक्रमण के इलाज में मदद मिलेगी.

कृषि में, पशुओं में वृद्धि-प्रायोजकों के रूप में प्रतिजैविक दवाओं के गैर-निदानमूलक उपचार के साथ संबद्ध प्रतिजैविक प्रतिरोध 1970 में ब्रिटेन में (Swann 1969 की रिपोर्ट) के बाद प्रतिबंधित रूप में शुरू हुआ। वर्तमान में पूरे यूरोपीय संघ में विकास प्रायोजकों के रूप में प्रतिजैविक दवाओं के गैर-निदानमूलक उपयोग पर पाबंदी लगी है। अनुमान किया जाता है कि अमेरिका में प्रयुक्त प्रतिजैविक दवाओं का 70% से अधिक हिस्सा रोग हुए बिना ही जानवरों (मुर्गी, सुअर और पशु) को खिला दिया जाता है। खाद्य पशु उत्पादन में प्रतिजैविक के उपयोग "साल्मोनेला" spp, "कैपीलोबैक्टर" एसपीपी, "एसचेरिचिया कोलाई" और "इंट्रोकुकस" एसपीपी सहित जीवाणुओं के प्रतिरोधी प्रकारों से जुड़ा हुआ है। कुछ अमेरिकी साक्ष्यों और यूरोपीय अध्ययनों से संकेत मिलता है कि ये प्रतिरोधी बैक्टीरिया इंसानों में संक्रमण का कारण बनते हैं, जो सामान्यतः निर्धारित प्रतिजैविक के प्रति कोई प्रतिक्रिया नहीं देते. इन रिवाजों और संबद्ध समस्याओं के संबंध में कई संगठन, जैसे (अमेरिकन सोसाइटी फॉर माइक्रोबायोलॉजी-ASM, अमेरिकन पब्लिक हेल्थ एसोशियेशन-APHA और अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन-AMA) ने खाद्य पशुओं के उत्पादन में प्रतिजैविक के उपयोग पर प्रतिबंध लगाने और इसका सभी तरह गैर-चिकित्सीय प्रयोग खत्म करने की जरूरत बताई है। हालांकि, प्रतिजैविक दवाओं के उपयोग को सीमित करने के लिए विनियामक और विधायी कार्रवाई में देरी आम है और इसमें इन प्रतिजैविक का उपयोग कर रहे या बेच रहे उद्योगों का विरोध और साथ-साथ प्रतिजैविक के उपयोग और विषाणुजनित लाइलाज बीमारियों के बीच आकस्मिक संपर्क बनाने से संबंधित अनुसंधान में लगे उद्योगों का विरोध भी शामिल हो सकता है। दो संघीय विधेयक (S.742 और H.R.2562, जिनका लक्ष्य चरणबद्ध रूप से अमेरिकी खाद्य पशु उत्पादन गैर-निदानमूलक उपचार में प्रतिजैविक दवाओं 
के प्रयोग को खत्म करना था, प्रस्तावित तो किये गये, पर इन्हें पारित नहीं किया जा सका. इन विधेयकों का अमेरिकन होलिस्टिक नर्सेज एसोसिएशन, द अमेरिकन मेडिकल एसोसिएशन और द अमेरिकन पब्लिक हेल्थ एसोसिएशन (APHA) सहित जन स्वास्थ्य और मेडिकल संगठनों ने समर्थन किया था। यूरोपीय संघ ने 2003 के बाद से विकास संवर्द्धक एजेंट के रूप में प्रतिजैविक दवाओं के इस्तेमाल पर प्रतिबंध लगा दिया है।

प्रतिजैविक दवाओं से परे : बहु-औषधि प्रतिरोधी बैक्टीरिया का इलाज
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