टीबी के इलाज से होने वाली एकमात्र सबसे बड़ी समस्या है दवाओं के कारण हैपेटाइटिस हो जाना, जिसमें मृत्यु दर लगभग 5 प्रतिशत होती है। 
तीन दवाएं हैपेटाइटिसको को प्रेरित कर सकती हैं: पीजेडए, आईएनएच और आरएमपी (आवृति के घटते हुए क्रम में). लक्षणों के आधार पर इन तीन कारणों के बीच विभेदन करना सम्भव नहीं है।

कौन सी दवा इसके लिए उत्तरदायी है इसकी जांच के लिए परीक्षण खुराक दी जानी चाहिए (इसका विस्तृत विवरण नीचे दिया गया है).

उपचार की शुरुआत में लीवर फंक्शन टेस्ट (एलएफटी) किया जाना चाहिए, लेकिन, अगर यह सामान्य है तो दुबारा इसकी जांच करने की आवश्यकता नहीं होती; रोगी को केवल हैपेटाइटिस के लक्षणों के बारे में चेतावनी दे दी जाती है। कुछ चिकित्सक उपचार के दौरान एलएफटी के नियमित परीक्षण पर जोर देते हैं और इस मामले में, परीक्षण उपचार शुरू किये जाने के दो सप्ताह बाद ही किया जाता है और इसके बाद हर दो महीने बाद यह जांच की जाती है, जब तक कोई समस्या न दिखाई दे।

आरएमपी उपचार के साथ बिलीरूबिन के बढ़ने की संभावना होती है (आर एम पी बिलीरूबिन के उत्सर्जन को अवरोधित करता है), आमतौर पर यह समस्या 10 दिनों के बाद हल हो जाती है (इसकी क्षतिपूर्ति के लिए यकृत के एंजाइमों का उत्पादन बढ़ जाता है) 
बिलीरूबिन के स्तर के बढ़ने की सुरक्षापूर्वक उपेक्षा की जा सकती है।
उपचार के पहले तीन सप्ताहों में यकृत ट्रांसएमिनेस (एएलटी और एएसटी) का बढ़ना सामान्य है। 
यदि रोगी में ऐसे कोई लक्ष्ण नहीं दिखाई देते हैं और इनमें में से किसी भी स्राव का स्तर बहुत अधिक नहीं बढ़ता है तो कोई कार्रवाई करने की जरुरत नहीं है; कुछ विशेषज्ञों का सुझाव है कि इनकी उपरी सामान्य सीमा से चार गुना वृद्धि को उपेक्षित किया जा सकता है, लेकिन इस संख्या के समर्थन में कोई प्रमाण नहीं है। कुछ विशेषज्ञों का विचार है कि उपचार को केवल तभी रोका जाना चाहिए अगर पीलिया नैदानिक रूप से स्पष्ट हो जाये. 
अगर चिकित्सकीय रूप से स्पष्ट हेपेटाइटिस प्रकट होता है तो सभी दवाओं को तब तक रोक दिया जाना चाहिए जब तक यकृत ट्रांसएमिनेस का स्तर समान्य न हो जाये. 
अगर रोगी इतना ज्यादा बीमार है कि उपचार को रोका नहीं जा सकता तो एसटीएम और इएमबी तब तक दिए जाने चाहिए जब तक ट्रांसएमिनेस का स्तर सामान्य ना हो जाये (ये दो दवाएं हेपेटाइटिस से सम्बंधित नहीं हैं).

टीबी के उपचार के दौरान एकाएक बढ़ने वाला हेपेटाइटिस हो सकता है, लेकिन यह बहुत कम देखा जाता है; ऐसी स्थिति में आपातकालीन यकृत प्रत्यारोपण करना पड़ता है अन्यथा रोगी की मृत्यु हो जाती है।

नियंत्रण, डॉट्स (DOTS) और डॉट्स-प्लस (DOTS-Plus)
विटामिन डी और तपेदिक महामारी विज्ञान
दवा से होने वाला हैपेटाइटिस
शल्य चिकित्सा के द्वारा उपचार