बाहर से सरल दिखने वाली इमारत की आंतरिक योजना कुछ जटिल है। इसमें मुख्य केन्द्रीय कक्ष सहित नौ वर्गाकार कक्ष बने हैं। इनमें बीच में बने मुख्य कक्ष को घेरे हुए शेष आठ दुमंजिले कक्ष बीच में खुलते हैं। मुख्य कक्ष गुम्बददार (हुज़रा) एवं दुगुनी ऊंचाई का एक-मंजिला है और इसमें गुम्बद के नीचे एकदम मध्य में आठ किनारे वाले एक जालीदार घेरे में द्वितीय मुगल सम्राट हुमायुं की कब्र बनी है। ये इमारत की मुख्य कब्र है। इसका प्रवेश दक्षिणी ओर एक ईवान से होता है, तथा अन्य दिशाओं के ईवानों में श्वेत संगमर्मर की जाली लगी हैं। सम्राट की असली समाधि ठीक नीचे आंतरिक कक्ष में बनी है, जिसका रास्ता बाहर से जाता है। इसके ठीक ऊपर दिखावटी किन्तु सुन्दर प्रतिकृति बनायी हुई है। नीचे तक आम पर्यटकों को पहुँच नहीं दी गई है। पूरी इमारत में पीट्रा ड्यूरा नामक संगमर्मर की पच्चीकारी का प्रयोग है और इस प्रकार के कब्र के नियोजन भारतीय-इस्लामिक स्थापत्यकला का महत्त्वपूर्ण अंग हैं, जो मुगल साम्राज्य के बाद के मकबरों, जैसे ताजमहल आदि में खूब प्रयोग हुए हैं।

मुख्य कक्ष में संगमर्मर की जालीदार घेरे के ठीक ऊपर मेहराब भी बना है, जो पश्चिम में मक्का की ओर बना है। यहां आमतौर पर प्रवेशद्वारों पर खुदे कुरआन के सूरा २४ के बजाय सूरा- अन-नूर की एक रेखा बनी है, जिसके द्वारा प्रकाश क़िबला (मक्का की दिशा) से अंदर प्रवेश करता है। इस प्रकार सम्राट का स्तर उनके विरोधियों और प्रतिद्वंदियों से ऊंचा देवत्व के निकट हो जाता है।

प्रधान कक्ष के चार कोणों पर चार अष्टकोणीय कमरे हैं, जो मेहराबदार दीर्घा से जुड़े हैं। प्रधान कक्ष की भुजाओं के बीच बीच में चार अन्य कक्ष भी बने हैं। ये आठ कमरे मुख्य कब्र की परिक्रमा बनाते हैं, जैसी सूफ़ीवाद और कई अन्य मुगल मकबरों में दिखती है; साथ ही इस्लाम धर्म में जन्नत का संकेत भी करते हैं। इन प्रत्येक कमरों के साथ ८-८ कमरे और बने हैं, जो कुल मिलाकर १२४ कक्षीय योजना का अंग हैं। इन छोटे कमरों में कई मुगल नवाबों और दरबारियों की कब्रों को समय समय पर बनाया हुआ है। इनमें से प्रमुख हैं हमीदा बानो बेगम और दारा शिकोह की कब्रें। प्रथम तल को मिलाकर इस मुख्य इमारत में लगभग १०० से अधिक कब्रें बनी हैं, जिनमें से अधिकांश पर पहचान न खुदी होने के कारण दफ़्न हुए व्यक्ति का पता नहीं है, किन्तु ये निश्चित है कि वे मुगल साम्राज्य के राज परिवार या दरबारियों में से ही थे, अतः इमारत को मुगलों का कब्रिस्तान संज्ञा मिली हुई है।

इस इमारत में लाल बलुआपत्थर पर श्वेत संगमर्मर के संयोजन का सर्वप्रथम प्रयोग किया गया था। इसके साथ ही इसमें बहुत से भारतीय स्थापत्यकला के घटक देखने को मिलते हैं, जैसे मुख्य गुम्बद को घेरे हुए राजस्थानी स्थापत्यकला की छोटी छतरियां, जो मूल रूप से नीली टाइल्स से ढंकी हुई थीं।

सन्दर्भ
स्थापत्य
चार-बाग उद्यान
आंतरिक बनावट