वे वायरस जो जठरांत्र शोथ के होने के कारणों में शामिल हैं उनको रोटावायरस, नोरोवायरस, एडेनोवायरस और एस्ट्रोवायरस कहा जाता हैं। रोटावायरस बच्चों में जठरांत्र शोथ का सबसे आम कारण है, और विकसित तथा विकासशील दुनिया, दोनों में समान प्रकार की दर से इसको पैदा करता है। बाल उम्र समूह में संक्रामक दस्त के मामलों का 70% कारण वायरस है। सक्रिय रोगक्षमता के कारण वयस्कों में रोटावायरस, कम आम कारण है।

अमरीका में वयस्कों के बीच जठरांत्र शोथ का प्रमुख कारण नोरोवायरस है, जिसका प्रकोप 90% से अधिक मामलों में हो सकता है। ये सभी स्थानीयकृत महामारियां आम तौर पर तब होती हैं जब लोगों के समूह, एक दूसरे के करीब शारीरिक निकटता में समय बिताते हैं, जैसे कि क्रूज जहाज पर, अस्पतालों में, या रेस्तरां में। दस्त के समाप्त होने के बाद भी लोग संक्रामक रह सकते हैं। नोरोवायरस, बच्चों में लगभग 10% मामलों का कारण होता है।

विषाणुजनित (वायरल)
पुनर्जलीकरण
एंटीबायोटिक्स
कारण