फरवरी 1999 में बेले ने आपसी सहमति से बैंड छोड़ दिया. उसी समय, बैंड ने अपने प्रशंसकों को तब अचरज में डाल दिया, जब उसने घोषणा की कि ब्रूस डिकिन्सन और गिटारवादक एड्रियन स्मिथ बैंड में फिर से शामिल हो रहे हैं और जेनिक गेर्स भी इसमें बने रहेंगे.अब आयरन मेडेन के पास तीन गिटारवादक थे और इनका एड हंटर दौरा एक बेहद सफल रीयूनियन दौरा साबित हुआ। इस दौरे ने बैंड के हाल-फिलहाल रिलीज और हिट हुए "एड हंटर" की लोकप्रियता बढ़ाने में मदद की, जिसमें उसी नाम का एक कंप्यूटर गेम भी था, जिसमें बैंड के शुभंकर का उपयोग किया गया था।

ब्रूस डिकिन्सन और गिटारवादक एड्रियन स्मिथ के बैंड में फिर से शामिल होने के बाद आयरन मेडेन की पहली स्टूडियो रिलीज 2000 की "ब्रेव न्यू वर्ल्ड" के रूप में सामने आया। थीम संबंधी प्रभाव जारी रहे, क्योंकि "द विकर मैन" उसी नाम की 1973 की ब्रिटिश फिल्म धारा और "द ब्रेव न्यू वर्ल्ड " - जिसका शीर्षक भी अल्डस हक्सले के इसी नाम के उपन्यास से लिया गया।

दुनिया के दौरे में 100 से अधिक तिथियां शामिल थीं और इसका समापन 19 जनवरी 2001 को ब्राजील के रॉक इन रियो फेस्टिवल में हुआ, आयरन मेडेन ने लगभग 250, 000 दर्शकों के बीच अपना कार्यक्रम पेश किया। इस प्रदर्शन को रिकार्ड किया गया और "रॉक इन रियो" 
नाम से मार्च 2002 में CD और DVD पर जारी किया गया।

2003 की गर्मियों में गिव मी एड...टिल आई'एम डेड की कामयाबी (पूरे यूरोप और अमेरिका में 10 लाख प्रशंसकों के बीच 56 शो हुए, जिसमें रॉक एम रिंग और रॉक इम पार्क में सुयंक्त रूप से 120000 लोगों के आने की सुर्खियां बनीं
और सबसे अहम रहा डाउनलोड समारोह प्रीमियर, जिसे देखने 50 हजार दर्शक पहुंचे) के बाद आयरन मेडेन ने "डांस ऑफ डेथ" रिलीज किया। उनके इस 13 वें ऐल्बम के रिलीज होने के बाद पूरी दु‍निया में समीक्षकों ने तो सराहा ही, इसे व्यावसायिक सफलता भी मिली. कुछ समीक्षकों का यह भी मानना था कि इस रिलीज का मुकाबला पहले जारी हुए पीस ऑफ़ माइंड और द नंबर ऑफ़ द बीस्ट 
जैसा ही है, जिसमें उनकी धुंधली छाया साफ दिखती है, न कि रीयूनियन के बाद का खिलता हुआ उत्साह. हमेशा की तरह, ऐतिहासिक और साहित्यिक प्रभाव जारी रहा खासकर "मोंटसेगर" जो कैथर के गढ के बारे में था जिसे उसने 1244 में जीता था, साथ ही 
"पासचेंडेल" भी पहले विश्व युद्ध के दौरान हुई एक महत्वपूर्ण लड़ाई से संबंधित थी। इस ऐल्बम के प्रचार के लिए डांस ऑफ़ डेथ नामक जो दौरा हुआ, वह ऐल्बम के लिए एक और मील का पत्थर साबित हुआ। वर्ष 2003-04 में 4 महीने की अवधि में 750.000 प्रशंसकों के बीच 50 जगहों पर कार्यक्रम पेश किये गये। इनमें दक्षिण अमेरिका, यूरोप, उत्तरी अमेरिका और जापान में बिकी सारी तारीखें शामिल थीं। 

समर्थन दौरे के रूप में जर्मनी के डार्टमुंड में वेस्टफालेनहेली में उनके प्रदर्शन को रिर्काड किया गया और "डेथ ऑन द रोड" शीर्षक से अगस्त 2005 में लाइव ऐल्बम और DVD के रूप में जारी किया गया।

2005 में, बैंड ने अपने पहले ऐल्बम "आयरन मेडेन" की 25 वीं और बैंड के गठन की 30 वीं सालगिरह मनाने की घोषणा की. यह दौरा 2004 में जारी किये गये DVD-"द अर्ली डेज" के समर्थन में था, क्योंकि बैंड ने दौरे में अपने पहले चार ऐल्बमों की सामग्री का ही उपयोग किया। अपने शुरुआती दिनों के समारोहों के हिस्से के रूप में "द नंबर ऑफ बीस्ट" एकल ऐल्बम को फिर से रिलीज किया गया और यह सीधे ब्रिटिश चार्ट में नंबर 3 पर आ गया। शुरुआती दिनों के विश्व दौरे में विभिन्न तारीखों में स्टेडियमों में पेश कार्यक्रमों ने सुर्खिया बटोरीं, इसमें स्वीडेन के उलेवी स्टेडियम में किया गया ऐतिहासिक शो भी शामिल था, जहां लगभग 60,000 प्रशंसक पहुंचे थे। इस संगीत समारोह का पूरे यूरोप में उपग्रह टेलीविजन पर प्रसारण किया गया, जिसे 60 मिलियन दर्शकों ने देखा. 

आयरन मेडेन के अंतिम ओजफेस्ट कार्यक्रम (जो 20 अगस्त 2005 को सैन बर्नार्डिनो के ग्लेन हेलेन के हुंडई पैविलियन में हुआ और जिसमें 50 हजार से अधिक दर्शक आये) में शैरोन ओसबौर्ने व अन्य ने PA सिस्टम बंद करके शो में खलल डाला, जिसके बाद MC ने "ओज़ी! ओज़ी!" के नारे लगाये. किसी ने बैंड पार्टी पर अंडे फेंक दिये और बाद में केली ओसबौर्ने और उसके साथियों को दोषी करार दिया गया। यह शो अस्थायी रूप से बंद कर दिया गया, जबकि बैंड के सदस्यों ने मैकब्रेन के ड्रम के उपकरणों, ब्रूस डिकिन्सन का माइक्रोफोन स्टैंड और स्टेज के फर्श को साफ किया। दर्शकों की ओर से कई बार व्यवधान करने के बाद आइरन मेडेन ने अपने सेट हटा लिये और शेरोन ओसबौर्ने मंच पर आए. मेडेन के सबसे लोकप्रिय नंबरों में से PA प्रणाली हटा ली गयी। शेरोन ओसबौर्ने ने ब्रुस डिकिन्सन पर ओजी ओसबौर्ने, ब्लैक सैबाथ का अपमान करने और ओजफेस्ट दौरे की गुणवत्ता बिगाड़ने का आरोप लगाया, जबकि उन्होंने बैंड और उनके सदस्यों की काफी तारीफ की. आयरन मेडेन के प्रसंशकों ने अपनी नाराजगी छोड़ दी और शेरोन की हरकतों के विरोध में 10,000 लोगों ने ओजफेस्ट छोड़ दिया. उनमें से कई लोगों ने बाद में ओजफेस्ट प्रोडक्शन प्रबंधन से आयरन मेडेन के शो को बर्बाद करने के लिए मुआवजे की मांग की. 

26 28 अगस्त को रीडिंग एंड लीड्स सप्ताहांत उत्सव में दो शो करके बैंड ने सुर्खियां बटोरीं. इन दोनों शो में अनुमानत: 130,000 लोग आये और आयरलैंड के RDS स्टेडियम में लगभग 40,000 प्रशंसक पहुंचे। दूसरी बार, बैंड ने पूर्व ड्रमर "क्लाइव बर एमएस ट्रस्ट फंड" चैरिटी के लिए एक चैरिटी शो पेश किया।

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