अक्टूबर 2006 में सीज़न 3 की शुरुआत में शो के कलाकारों ने मीडिया का ध्यान आकर्षित किया जब इसैया वाशिंगटन ने पेट्रिक डेम्पसे के साथ एक तकरार में टी.आर. नाईट को कथित तौर पर "होमो सेक्सुअल" कहा. बाद में, मीडिया में अटकलबाजियों के बीच नाइट ने उसके यौन उन्मुखीकरण के बारे में टिप्पणियां कीं. गे व लेस्बियन एलायंस ने मानहानि के विरुद्ध वाशिंगटन को माफ़ी मांगने के लिए कहा. दर्शकों की नज़र में इस कलंक से बचने के लिए वाशिंगटन आश्चर्यजनक ढंग से एक आवासीय उपचार सुविधा में मनोवैज्ञानिक मूल्यांकन से गुज़रे.

फिर भी, 7 जून 2007 को, ABC ने घोषणा की कि उन्होनें वॉशिंगटन के अनुबंध का नवीकरण नहीं करने का निर्णय लिया था और कहा कि उसे इस शो से हटा दिया जाएगा. अपने प्रचारक द्वारा ज़ारी किये गये बयान में वॉशिंगटन की प्रतिक्रिया थी, "मैं नरक की तरह पागल हो रहा हूँ और मैं इसे अब और नहीं सहूंगा." उन्होंने यह भी कहा है नाइट ने सबसे पहले उन पर निजी हमला किया था, तथा आरोप लगाया कि उसने अपना वेतन या कहानी में रोल बढ़ाने के लिए ऐसा किया था, वॉशिंगटन ने यह भी कहा कि वह कानूनी कार्रवाई पर विचार कर रहा है। उन्होंने कहा कि पैट्रिक डेम्पसे उनके पिछले बयान का समर्थन करेगा। इसके बाद इसैया वाशिंगटन ने बकवास के बारे में बात की और कहा कि वह पागल नहीं था, लेकिन बकवास से "दुखी" था। उन्होंने यह भी कहा कि अगर उन्हें शो पर एक शानदार उपस्थिति के लिए कहा जायेगा, तो उन्हें "हां" कहने में संकोच नहीं होगा। 

वाशिंगटन के चरित्र (प्रेस्टन बर्क) की तस्वीर को 9 मई 2008 को "द बिकमिंग" नामक कड़ी के विज्ञापन में प्रयुक्त किया गया। तस्वीर एक अखबार में दिखाई गयी थी जिसमें घोषणा की गयी थी कि बर्क ने मेडिकल पुरस्कार प्राप्त किया है। इस के प्रसारण के बाद, वॉशिंगटन के वकील पीटर नेल्सन ने ABC और SAG से संपर्क किया और इसे अपने ग्राहक की तस्वीर का एक अवैध उपयोग बताया। उनके प्रचारक, हावर्ड ब्रेगमैन ने "हॉलीवुड रिपोर्टर" पर उंगली उठाई कि "उनके पास कहानी को बढ़ाने के लिए चरित्र को प्रयोग करने का अधिकार है, लेकिन तस्वीर को प्रयोग करने का नहीं" और कहा कि उनके विचार से इसका परिणाम एक "वित्तीय समझौते" के रूप में निकलेगा.

सीज़न दो: 2005-2006
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