विक्टोरियाई लोगों के बीच स्पेंसर की प्रतिष्ठा का बहुत बड़ा श्रेय उनके अज्ञेयवाद को है। उन्होंने धर्मशास्र को 'धर्मनिष्ठा का दिखावा करने वालों की नास्तिकता' का प्रतिनिधि कहकर अस्वीकार कर दिया. परंपरागत धर्म को अस्वीकार कर देने के कारण उन्हें अत्यधिक कुप्रसिद्धि मिली और अक्सर धार्मिक चिंतकों ने अनीश्वरवाद व भौतिकवाद का समर्थक होने का आरोप लगाकर उनकी निंदा की. इसके बावजूद हक्सले, जिनका अज्ञेयवाद 'विश्वास के एक अक्षम्य पाप' (एड्रियन डेस्मंड के शब्दों में) की ओर एक केंद्रित आतंकी संप्रदाय था, के विपरीत स्पेंसर ने इस बात पर बल दिया कि वे विज्ञान के नाम पर धर्म का अवमूल्यन किये जाने से नहीं, बल्कि इन दोनों के बीच सामंजस्य स्थापित करने को लेकर चिंतित थे।

स्पेंसर का तर्क था कि हम चाहे धार्मिक विश्वास से प्रारंभ करें या विज्ञान से, अंततः हमें कुछ अनिवार्य, लेकिन शाब्दिक रूप से कल्पनातीत धारणाओं को स्वीकार करना ही पड़ता है। चाहे हम किसी निर्माता के प्रति चिंतित हों या उस अधःस्तर के प्रति, जो तथ्यों के हमारे अनुभव के नीचे स्थित है, हम इसकी संकल्पना का कोई खाका नहीं खींच सकते. स्पेंसर का निष्कर्ष था कि इसीलिये, धर्म और विज्ञान इस परम सत्य को स्वीकार करते हैं कि मानवीय समझ केवल 'सापेक्ष' ज्ञान को समझ पाने में ही सक्षम है। ऐसा इसलिये है क्योंकि, मानव के मन की अंतर्निहित सीमाओं के कारण, केवल तथ्यों का ज्ञान प्राप्त कर पाना ही संभव है, तथ्यों के नीचे स्थित वास्तविकता ('परम') का नहीं. अतः विज्ञान और धर्म दोनों को यह बात स्वीकार कर लेनी चाहिये कि 'समस्त तथ्यों में यह सर्वाधिक निश्चित है कि ब्रह्मांड में हमें जो शक्ति दिखाई देती है, व पूर्णतः अगम्य है।' इसे उन्होंने 'अज्ञेय' का बोध कहा और उन्होंने अज्ञेय की उपासना को पारंपरिक धर्म का स्थान लेने में सक्षम सकारात्मक विश्वास के रूप में प्रस्तुत किया। वास्तव में, उनका विचार था कि धर्म के क्रमिक विकास में अज्ञेय अंतिम चरण, इसके अंतिम मानवरूपी अवशेषों के अंतिम निष्कासन, का प्रतिनिधित्व करता है।

सामान्य प्रभाव
साहित्य पर प्रभाव
अज्ञेयवाद
समाजशास्र