प्रारंभिक उपचार के साथ, गंभीर लक्षणों से तेज़ी से वसूली की उम्मीद की जा सकती है, और कोरोनरी धमनी एन्यूरीज़्म का खतरा बहुत कम हो जाता है। इलाज नहीं किया गया, कावासाकी रोग के गंभीर लक्षण आत्म-सीमित हैं (यानी रोगी अंततः ठीक हो जाएगा), लेकिन कोरोनरी धमनी की भागीदारी का जोखिम बहुत अधिक है। कुल मिलाकर, लगभग 2% रोगी कोरोनरी वास्कुलाइटिस की जटिलताओं से मर जाते हैं।

जनसांख्यिकीय विशेषताओं (पुरुष लिंग, छह महीने से कम या आठ साल से अधिक उम्र) के साथ संयुक्त सूजन के प्रयोगशाला प्रमाण और आईवीआईजी थेरेपी के लिए अपूर्ण प्रतिक्रिया कावासाकी रोग के साथ एक उच्च जोखिम वाले रोगी का प्रोफ़ाइल बनाते हैं। एक एनीयरिसम संकल्प की संभावना को अपने प्रारंभिक आकार से बड़े पैमाने पर निर्धारित किया जाता है, जिसमें छोटे एनीयरिज़्म में प्रतिगमन की अधिक संभावना होती है। अन्य कारक सकारात्मक रूप से एनीयरिज़्म के प्रतिगमन से जुड़े होते हैं, जिनमें कावासाकी रोग की शुरुआत में एक वर्ष से भी कम उम्र के होते हैं, पवित्र एन्यूरियस मॉर्फोलॉजी की बजाय फ्यूसिफार्म, और एक दूरस्थ कोरोनरी सेगमेंट में एक एनीयरिसम स्थान होता है। स्टेनोसिस के लिए प्रगति की उच्चतम दर उन लोगों में होती है जो बड़े एनीयरिज़्म विकसित करते हैं। विशाल एन्युरियस के साथ बच्चों में सबसे खराब पूर्वानुमान होता है। इस गंभीर परिणाम के लिए आगे के उपचार की आवश्यकता हो सकती है जैसे पेर्कुटियंस ट्रांसमिमिनल एंजियोप्लास्टी, कोरोनरी धमनी स्टेंटिंग, बाईपास ग्राफ्टिंग, और यहां तक ​​कि कार्डियक प्रत्यारोपण।

आईवीआईजी के साथ प्रारंभिक उपचार के तुरंत बाद लक्षणों का एक विराम हो सकता है। यह आमतौर पर पुनर्वास और पीछे हटने की आवश्यकता होती है। आईवीआईजी के साथ उपचार एलर्जी और नॉनएलेर्जिक तीव्र प्रतिक्रियाओं, एसेप्टिक मैनिंजाइटिस , द्रव अधिभार और शायद ही कभी, अन्य गंभीर प्रतिक्रियाओं का कारण बन सकता है। कुल मिलाकर, कावासाकी रोग के लिए चिकित्सा से होने वाली जीवन-खतरनाक जटिलताओं में बहुत दुर्लभ है, विशेष रूप से पोषण के जोखिम की तुलना में। इसके अलावा, सबूत बताते हैं कि कावासाकी रोग में परिवर्तित लिपिड चयापचय पैदा होता है जो रोग के नैदानिक ​​संकल्प से परे रहता है। शायद ही कभी, इलाज के बिना या बिना कावासाकी रोग में पुनरावृत्ति हो सकती है।

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