"रैंचो वीजो एल.एल. सी. बनाम नॉर्टन", 323 एफ. 3डी 1062 में रॉबर्ट्स ने एक मतभेद या विसम्मति लिखी. इस मामले में विलुप्त प्राय प्रजाति अधिनियम के तहत यदाकदा मिलने वाले कैलीफोर्निया टोड को बचाने का मामला शामिल था। जब न्यायालय ने इन बैंक, 334 एफ. 3डी 1158 (डी. सी. सर्किट2003) में पुनः सुनवाई करने से मना कर दिया तब रॉबर्ट्स ने मतभेद लिखा तथा यह पक्ष रखा कि "संयुक्त राज्य बनाम लोपेज" तथा "संयुक्त राज्य बनाम मौरीसन" में पैनल की राय असंगत थी कि इसने गलत रूप से इस बात पर ध्यान दिया है कि यह "अधिनियम" पर्याप्त रूप से अंतर्राज्यीय वाणिज्य को प्रभावित करता है जबकि इसे अधिनियमित "गतिविधि" के ऐसा करने पर ध्यान देना चाहिये था। रॉबर्ट्स की राय में, संविधान का वाणिज्य खंड सरकार को ऐसी गतिविधि को नियमित करने की अनुमति नहीं देता, जो कि उनके शब्दों में "एक असहाय टोड" जो कि "अपने कारणों से अपना पूरा जीवन कैलीफोर्निया में व्यतीत करता है" को प्रभावित करती हो. उन्होंने कहा कि पैनल निर्णय की समीक्षा न्यायालय को "अधिनियम को बनाए रखने हेतु वैकल्पिक आधारों जो कि सर्वोच्च न्यायालय की मिसाल के साथ अधिक स्थायी होगे" की अनुमति देगी.

संयुक्त् राष्ट्र के उच्चतम न्यायालय में
स्वास्थ्य
समान संरक्षण धारा
पर्यावरणीय अधिनियम