आरएनए हस्तक्षेप मार्ग को प्रयोगात्मक जीविज्ञान में प्राय: कोशिका कल्चर और मॉडल जीवों के "इन वीवो" में जीन के कार्यों के अध्ययन के लिए प्रयोग में लाया जाता है। डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए को रूचि के जीन के पूरक क्रम के साथ संश्लेषित किया जाता है और एक कोशिका या जीव में प्रवेश कराया जाता है, जहां यह एक्सोजेनस जेनेटिक मेटेरियल के रूप में पहचाना जाता है और आरएनएआई मार्ग को सक्रिय करता है। इस यंत्रावली का उपयोग करते हुए, शोधकर्ता एक लक्षित जीन की अभिव्यक्ति में भारी कमी पैदा कर सकते हैं। इस कमी के प्रभाव का अध्ययन जीन उत्पाद के शरीरवैज्ञानिक भूमिका को दर्शा सकता है। चूंकि आरएनएआई जीन की अभिव्यक्ति को पूरी तरह से समाप्त नहीं कर सकती, इसलिए इस तकनीक को कभी-कभी "नॉकडाउन" के रूप में संदर्भित किया जाता है, यह "नॉकआउट" प्रक्रिया से इसे अलग करने के लिए किया जाता है जिसमें जीन की अभिव्यक्ति पूरी तरह समाप्त कर दी जाती है।

कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के व्यापक प्रयासों को सफल dsRNA अभिकर्मकों के डिजाईन की ओर निर्देशित किया जाता है जो जीन नॉकडाउन को अधिकतम और "ऑफ-टारगेट" प्रभावों को न्युनतम करता है। ऑफ-टारगेट प्रभाव तब पैदा होता है जब एक चिन्हित आरएनए में आधार अनुक्रम होता है जो एक ही समय कई जीनों की अभिव्यक्ति के साथ जुड़ता है और इस प्रकार इसे कम करता है। इस तरह की समस्याएं बार-बार होती हैं, जब dsRNA में दोहरावदार क्रम शामिल रहते हैं। "एच. सेपिअन्स", "सी. एलेगन्स " और "एस. पॉम्बे " के जिनॉम्स के अध्ययन से यह अनुमान लगाया गया है कि लगभग 10% संभव siRNAs के पास पर्याप्त ऑफ-टारगेट प्रभाव होगा। सॉफ्टवेयर उपकरणों के एक जमावड़े का विकास साधारण, स्तनपायी-जाति भेदक और वायरस-जाति-भेदक siRNAs के डिजाईन के लिए एल्गोरिथ्म का कार्यान्वयन करते हुए किया गया है, संभव क्रॉस-रिएक्टिविटि के लिए जिनकी जांच की जाती है।

जीव और प्रायोगिक प्रणाली के आधार पर, एक्सोजेनस को डिसर द्वारा अलग करने के लिए लंबा स्टैंड डिजाईन किया जा सकता है, या छोटे RNAs को siRNA अध:स्तर के रूप में सुरक्षित करने के लिए डिजाईन किया जा सकता है। अधिकतर स्तनपायी कोशिकाओं में, छोटे RNAs उपयोग में लाये जाते हैं क्योंकि डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए, अणु स्तनपायी इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया; सहज प्रतिरक्षा का एक रूप जो विदेशी जेनेटिक पदार्थों के साथ अमहत्वपूर्ण ढंग से प्रतिक्रिया करता है, को प्ररित करते हैं। माउस ऊसाइट्स और प्रारंभिक चूहा भ्रूणों की कोशिकाओं में एक्सोजेनस dsRNA के लिए इस प्रतिक्रिया का अभाव होता है, इसलिए वे स्तनपायियों में जीन-नॉकडाउन प्रभाव के अध्ययन के लिए एक आम मॉडल प्रणाली होते हैं। siRNA के सीधे परिचय की उपेक्षा करते हुए स्तनपायी प्रणालियों में RNAi की उपयोगिता के सुधार के लिए विशिष्ट प्रयोगशाला तकनीकों का भी विकास किया गया है, उदाहरण के लिए, एक उचित अनुक्रम जिससे siRNA को लिप्यंतरित किया जा सकता है, के प्लाज्मिड इनकोडिंग युक्त स्थिर ट्रांस्फेक्शन द्वारा, या प्रेरणायोग्य सक्रियता या" कंडिशनल" RNAi के रूप में ज्ञात ट्रांस्क्रिप्शन की निष्क्रियता को अनुमति देते हुए अधिक व्यापक लेंटिवायरल वेक्टर प्रणालियों द्वारा.

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