एक ERP प्रणाली का विन्यास असल में केवल इन बातों के बीच संतुलन बैठाना ही है कि आप इस प्रणाली से क्या काम करवाना चाहते हैं और यह प्रणाली आपको किस प्रकार काम करने देती है। शुरुआत इस बात से करें कि किन अनुखंडों को स्थापित करना है, तत्पश्चात अपनी कंपनी की प्रक्रियाओं के साथ सर्वश्रेष्ठ संभव समायोजन हेतु, विन्यास तालिकाओं के उपयोग से प्रणाली को समंवित करें. 
अनुखंड- ज्यादातर प्रणालियां मात्र इसलिए अनुखंडित होती हैं ताकि कुछ प्रकार्यों को कार्यान्वित किया जा सके, लेकिन अन्य नहीं होती हैं। वित्त और लेखा जैसे कुछ सामान्य अनुखंड लगभग सभी कंपनियों द्वारा अपनाए जाते हैं; जबकि मानव संसाधन प्रबंधन जैसे अन्य अनुखंडों की आवश्यकता कंपनियों को नहीं होती, इसलिए उन्हें नहीं अपनाया जाता है। उदाहरण के लिए एक सेवा प्रदान करने वाली कंपनी को संभवतः निर्माण अनुखंड की आवश्यकता नहीं पड़ेगी. कई बार कंपनियां किसी अनुखंड को इसलिए नहीं अपनातीं क्योंकि उनके पास स्वयं की प्रणाली मौजूद है जो उनकी नजर में बेहतर है। सामान्यतः, जितने अधिक अनुखंडों का चयन किया जायेगा, एकीकरण लाभ में उतनी ही वृद्धि होगी, लेकिन साथ ही लागत, जोखिम और संबंधित परिवर्तनों में भी वृद्धि आयेगी. 
विन्यास तालिकाएँ- एक विन्यास तालिका कंपनी को इस प्रणाली के किसी विशिष्ट पहलू को अपने चयनित व्यवसाय के तरीके के अनुसार ढालने में सक्षम बनाती है। उदाहरण के लिए, एक संगठन माल-सूची लेखांकन के प्रकार का- फीफो या लीफो- चयन कर सकता है, या वह राजस्व की पहचान किसके द्वारा करना चाहत है- भौगोलिक इकाई, उत्पाद, या वितरण चैनल. 
तब क्या होता है जब प्रणाली द्वारा प्रदीप्त विकल्प समुचित न हों? ऐसे में कंपनी के पास दो विकल्प हैं, लेकिन दोनों ही आदर्श नहीं हैं। वह उद्यम प्रणाली कूटों को पुनः लिख सकती है, या मौजूदा प्रणाली का इस्तेमाल करती रहे और इसके तथा नयी उद्यम प्रणाली के बीच अनुफालक (इंटरफेस) बनाये. दोनों विकल्प कार्यान्वयन प्रक्रिया की लागत और समय को बढायेंगे. इसके अलावा वे इस प्रणाली के एकीकरण लाभ के महत्व को भी कम कर सकते हैं। प्रणाली के अनुकूलन की मात्रा जितना ज्यादा होगा, आपूर्तिकर्ताओं और ग्राहकों के बीच संचार की सहजता उतनी ही कम होती जायेगी. 

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