बोस्टन 89.6 वर्ग मील (232.1 km2) का एक क्षेत्र है, 48.4 वर्ग मील की भूमि का (125.4 km2) (54.0%) और 41.2 वर्ग मील (106.7 km2) (46.0%) पानी का और देश की तीसरे सबसे घनी आबादी वाले शहर जो कि एक बड़े शहर के महानगरीय क्षेत्र का हिस्सा नहीं है। शहर शासकीय ऊंचाई, लोगान अंतरराष्ट्रीय हवाई अड्डे पर मापा जाने के अनूसार, समुद्र तल से 19 फीट (5.8 मीटर) है। बोस्टन में उच्चतम बिंदु समुद्र तल से 330 फीट पर बेळवउ पहाड़ी (100 मीटर) है। निम्नतम बिंदु समुद्र के स्तर पर है।

अटलांटिक महासागर के पास स्थित बोस्टन एक समुद्र तटीय रेखा के साथ सटे संयुक्त राज्य अमेरिका में केवल राज्य की राजधानी है। बोस्टन "ग्रेटर बोस्टन" क्षेत्र से घिरा हुआ है और कैम्ब्रिज, न्यूटन, मिल्टन, रेवेरे, चेल्सी, एवरेट और क्विंसी कस्बों से घिरा हुवा है। चार्ल्स नदी, वॉटरटाउऩ और कैम्ब्रिज को बोस्टन से अलग करती है। 

पश्चिम में क्वाबीन और वाचुसेट जलाशयों से शहर के पानी की आपूर्ति, छानने का काम बिना संघीय गुणवत्ता मानकों को पूरा करने के रूप में इतनी शुद्ध देश में बहुत कुछ में से एक है।

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