इस धारावाहिक की जासूसी कहानियाँ मुंबई अपराध अनुसन्धान विभाग द्वारा आपराधिक मामलों की गुत्थी सुलझाने से संबंधित हैं। इसका संचालन एसीपी प्रद्युम्न (शिवाजी साटम) करते हैं, जो अपने दायित्व के कारण अपने अपराधी बेटे नकुल (राहील आज़म) को गोली मार देते हैं। वरिष्ठ निरीक्षक विरेन (आशुतोष गोवरिकर) के बच्चे को खेलते समय एक व्यक्ति सामने आने वाली गाड़ी से बचा लेता है जिसमें बच्चे को तो कुछ नहीं होता है, लेकिन उस व्यक्ति को चोट लग जाती है। विरेन उसे अपने घर लाकर उसे दवाई लगाते हुए उसका धन्यवाद करता है। बाद में विरेन को पता चलता है कि जिस व्यक्ति ने उसके बेटे की जान बचाई थी, वह एक अपराधी है। जैसे ही उस व्यक्ति को पता चल जाता है कि उसका राज खुल गया है, वैसे ही वह व्यक्ति विरेन के परिवार को अपने कब्जे में ले लेता है। वह विरेन से कहता है कि यदि वह सही सलामत किसी दूसरे शहर में उसे नहीं ले जा पाया तो वह उसके परिवार को मार देगा। विरेन मजबूरी में उसकी बात मान लेता है। हालांकि बाद में उसे ऐसा करना सही नहीं लगता और वह सारी बात सीआईडी को बता देता है। उस अपराधी की सहायता करने के कारण वह अपने आप को दोषी मानने लगता है और सीआईडी से बाहर जाने की सोचता है। हालांकि एसीपी प्रद्युम्न उसे ऐसा करने से रोक देता है और कहीं दूसरे स्थान पर उसका तबादला कर देता है।

इसके कुछ दिनों बाद एक मामले का अन्वेषण करते समय सीआईडी को गाड़ी से एक व्यक्ति मिलता है। उसके पहचान पत्र से पता चलता है कि वह पुलिस में काम करता है व उसका नाम अभिजीत (आदित्य श्रीवास्तव) है लेकिन उस व्यक्ति को अपना नाम भी याद नहीं रहता है। वह सीआईडी की कई तरह से मदद करता है जिसके कारण एसीपी प्रद्युम्न उसे सीआईडी से जुड़ने के लिए कहता है। अभिजीत पहले जुड़ने से मना कर देता है लेकिन बाद में मान जाता है। इसी के बाद अभिजीत और दया (दयानन्द शेट्टी) की दोस्ती हो जाती है।

विश्व कीर्तिमान
अन्य पहल
प्रभाव
कहानी