1996 के आम चुनाव में, एलडीपी ने कुछ लाभ कमाया, लेकिन अभी भी बहुमत से 12 सीटें कम थी। हालाँकि, कोई अन्य पार्टी संभवतः सरकार नहीं बना सकती थी और हाशिमोटो ने एक ठोस रूप से एलडीपी अल्पसंख्यक सरकार का गठन किया। फ्लोर-क्रॉसिंग की एक श्रृंखला के माध्यम से, एलडीपी ने एक वर्ष के भीतर अपना बहुमत वापस पा लिया।

1998 तक विपक्षी डेमोक्रेटिक पार्टी ऑफ जापान के गठन तक पार्टी व्यावहारिक रूप से निर्विरोध थी। डेमोक्रेटिक पार्टी विशेष रूप से 2003 और 2004 के संसदीय चुनावों में विरोधी दलों की गति की शुरुआत को चिह्नित किया, जो 12 वर्षों तक धीमा नहीं हुआ।

2003 के प्रतिनिधि सभा के चुनावों में नाटकीय रूप से, एलडीपी ने 237 सीटें जीतीं, जबकि डीपीजे ने 177 सीटें जीतीं। 2004 के हाउस ऑफ काउंसिलर्स के चुनावों में, एलडीपी ने 49 सीटें जीतीं और डीपीजे ने 50 सीटें जीती, हालांकि सभी सीटों पर (उन निर्विरोधों सहित) एलडीपी के पास अभी भी कुल 114 सीट थे। इस चुनावी हार के कारण, पूर्व महासचिव शिंजो आबे ने इस्तीफा दिया, लेकिन पार्टी अध्यक्ष कोइज़ुमी ने उन्हें केवल रैंक में पदावनत कर दिया, और उनकी जगह त्सुतोमु ताबे ने ले ली।

10 नवंबर 2003 को, न्यू कंजर्वेटिव पार्टी (होशू शिंटो), एलडीपी में शामिल हो गई, यह एक कदम था जो 2003 के आम चुनाव में न्यू कंजर्वेटिव पार्टी के खराब प्रदर्शन के कारण था। एलडीपी ने रूढ़िवादी बौद्ध कोमिटो के साथ गठबंधन किया।

जापान के 2005 के आम चुनाव में, जीत के बाद, एलडीपी ने जापानी हाउस ऑफ रिप्रेजेंटेटिव में पूर्ण बहुमत हासिल किया और न्यू कोमितो पार्टी के साथ गठबंधन सरकार बनाई। शिंजो आबे 20 सितंबर 2006 को तत्कालीन प्रधानमंत्री जूनिचिरो कोइज़ुमी को पार्टी के अध्यक्ष के रूप में बदला। पार्टी को 2007 के चुनाव में बड़ी हार का सामना करना पड़ा, और अपने इतिहास में पहली बार उच्च सदन में बहुमत खो दिया।

29 जुलाई 2007 तक एलडीपी जापान के राष्ट्रीय संसद के दोनों सदनों में सबसे बड़ी पार्टी बनी रही, 2007 में एलडीपी ने उच्च सदन में अपना बहुमत खो दिया।

23 सितंबर 2007 को हुए पार्टी नेतृत्व के चुनाव में, पार्टी ने यासुओ फुकुदा को अपना अध्यक्ष चुना। फुकुदा ने इस पद के लिए तारो असो को हराया, असो के 197 मतों के मुकाबले, फुकुदा ने 330 मत प्राप्त किए। हालांकि फुकुदा ने सितंबर 2008 में अचानक इस्तीफा दे दिया, और चुनाव में एलडीपी की अध्यक्षता जीतने के बाद असो प्रधानमंत्री बने।

2009 के आम चुनाव में, एलडीपी को केवल 118 सीटों पर जीत मिली थी - जो की आधुनिक जापानी इतिहास में एक सरकार की सबसे बुरी हार थी, और युद्ध के बाद के युग में राजनीतिक सत्ता का पहला वास्तविक स्थांतरण हुआ। इस गंभीर हार की जिम्मेदारी स्वीकार करते हुए असो ने चुनाव की रात को एलडीपी अध्यक्ष के रूप में अपने इस्तीफे की घोषणा की। 28 सितंबर 2009 को सदाकाज़ु तानीगाकी को पार्टी का नेता चुना गया, तीन-तरफ़ा दौड़ के बाद, केवल दूसरे ऐसे नेता बने, जो एक साथ प्रधानमंत्री नहीं थे।

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