"फ़ाउन्डेशन ऐन्ड ऍम्पायर" (Foundation and Empire, अर्थ: फ़ाउन्डेशन और साम्राज्य) नामक उपन्यास में सम्राट फ़ाउन्डेशन को एक ख़तरे के रूप में देखने लगता है। वह अपनी सेना को उसपर आक्रमण करने का हुक्म देता है। सम्राट की सेना शक्तिशाली है, लेकिन अब फ़ाउन्डेशन का विज्ञान इतना तरक्की कर चुका है कि उसकी सेना छोटी होने के बावजूद भी वह साम्राज्य को हरा देता है।

इसी दौरान एक "ख़च्चर" (Mule, म्यूल) नाम का आदमी उभरता है जिसकी कल्पना हैरी सॅल्डन ने भी कभी नहीं करी थी। इसमें लोगों की भावनाओं को बदलने की अद्भुत शक्ति है और इसके प्रयोग से यह फ़ाउन्डेशन के बाहरी ग्रहों पर क़ब्ज़ा करना शुरू कर देता है। जब किसी ग्रह को विजय करना हो तो पहले वह अपनी सेना के साथ वहाँ जाकर उसके नागरिकों में भय फैलाता है और फिर अपने लिए वफ़ादारी की भावना जागरूक करता है। चार साधारण लोग - टोरन डैरॅल (Toran Darell), उसकी पत्नी बेटा डैरॅल (Bayta Darell), ऍब्लिंग मिस (Ebling Mis) और एक मैग्नीफ़ीको (Magnifico) नाम का सड़कछाप मसख़रा - मिलकर दूसरी संस्था (Second Foundation, सॅकिंड फ़ाउन्डेशन) को खोजने लगते हैं। उनकी उम्मीद है के दूसरी संस्था की मदद से ख़च्चर को हराया जा सकता है क्योंकि कहा जाता है कि दूसरी संस्था का ज़ोर मानसिक शक्तियों को उजागर करने पर था। यह चार लोग किसी तरह साम्राज्य की राजधानी, ट्रैन्टर, के मुख्य पुस्तकालय में जाकर दूसरी संस्थान के अते-पते की छानबीन करने लगते हैं। सबसे पहले ऍब्लिंग मिस समझ जाता है कि यह कहा है लेकिन जैसे ही यह बाक़ी तीनों को बताने लगता है की वह कहाँ स्थित है, बेटा उसपर बंदूक़ चलाकर उसे मार देती है। फिर वह यह घोषणा करती है कि उसे ऍब्लिंग मिस को मारने का खेद है लेकिन वह समझ गई है कि मैग्नीफ़ीको ही ख़च्चर है और वह भी दूसरी संस्था को खोज रहा है। अगर ऍब्लिंग मिस उसका पता बता देता तो ख़च्चर भी जान जाता और उसपर धावा बोल देता। मैग्नीफ़ीको क़बूल कर लेता है कि वही ख़च्चर है। टोरन डैरॅल और बेटा डैरॅल की जाने बख़्शकर वह चला जाता है और दूसरी संस्था को ख़ुद ही ढूँढने की कोशिश करता रहता है।

फ़ाउन्डेशन का किनारा
फ़ाउन्डेशन की आगही
फ़ाउन्डेशन और साम्राज्य
फ़ाउन्डेशन का पूर्वरंग