आरएनए हस्तक्षेप को जैव प्रौद्योगिकी के अनुप्रयोगों में उपयोग किया गया है, विशेषकर खाद्य पौधों में जो पोषक पादप टॉक्सिन के निम्न स्तर का उत्पादन करता है। ऐसी तकनीकें पादप भंडारों में स्थिर और पैत्रिक आरएनएआई फेनोटाइप का लाभ उठाती हैं। उदाहरण के लिए, कपास के दाने खाद्य प्रोटीन के धनी होते हैं लेकिन स्वाभाविक रूप से उनमें मानव खपत के लिए अनुचित बनाता हुआ विषाक्त टरपेनॉयड उत्पाद गॉसीपॉल शामिल रहता है। आरएनएआई का उपयोग कपास भंडार के उत्पादन के लिए किया गया है, जिसके दानों में निम्न स्तर के डेल्टा-कैटिनेन सिन्थेज शामिल रहते हैं, ये गॉसीपॉल उत्पादन में एक कुंजी एंजाइम की तरह हैं जो पौधों के अन्य भागों में एंजाइम उत्पादन को प्रभावित नहीं करते, जहां पौधों की बिमारी से हुए नुकसान को रोकने में गॉसीपॉल महत्वपूर्ण होते हैं। ऐसे प्रयासों को कसावा पौधों में सायनोजेनिक प्राकृतिक उत्पादन लिनामैरिन को घटाने की दिशा में निर्देशित किया गया है।

हालांकि कोई भी पादप उत्पाद, जो आरएनएआई-आधारित जेनेटिक अभियंत्रण का उपयोग करता है, अब तक प्रयोगात्मक चरण को पार नहीं कर पाया है, फिर भी विकास के प्रयासों ने टमाटर के पौधों में एलर्जेन के स्तर को सफलतापूर्वक कम किया है, और तंबाकू के पौधों में संभावित कर्सिनोजेन्स के पूर् लक्षण को घटाया है। अन्य पादप लक्षण है जो कि प्रयोगशाला में अभियंत्रित किए गए हैं, उनमें अफीम पोस्ते के द्वारा गैर-मादक प्राकृतिक उत्पाद का उत्पादन, आम पादप वायरसों के लिए प्रतिरोध, और आहार एंटिऑक्सिडेंट युक्त टमाटर जैसे पौधों का सुदृढ़ीकरण शामिल हैं। 0}Flavr Savr टमाटर और रिंगस्पॉट-प्रतिरोधी पपीता के दो कल्टिवार को शामिल करते हुए पूर्ववर्ती व्यापारिक उत्पादों का मौलिक रूप से विकास एंटिसेंस तकनीक का प्रयोग कर किया गया लेकिन संभवत: आरएनएआई मार्ग का शोषण किया गया।

संबंधित प्रोकार्योटिक प्रणालियां
जैव प्रौद्योगिकी
माइक्रोआरएनए
कार्यात्मक जीनोमिक्स