टायसन और चैंपियन होलीफील्ड के बीच मैच नहीं हुआ। टायसन को जुलाई 1991 को 18 वर्षीय डेसिरी वाशिंगटन के, मिस ब्लैक रोड आइलैंड, एक इंडियानापोलिस होटल के कमरे में बलात्कार के आरोप में गिरफ्तार कर लिया गया। टायसन पर बलात्कार का मुकदमा इंडियानापोलिस न्यायालय में 26 जनवरी से 10 फ़रवरी 1992 तक चला. मुख्य अभियोजन पक्ष, डेविड ड्रेयर, जे. ग्रेगरी गैरिसन और बारबरा जे ट्रेथन ने टायसन की आकर्षक युवा महिलाओं के साथ हुई समस्याओं के इतिहास का दस्तावेजीकरण करके उनको जिम्मेदार दिखाने की कोशिश की. टायसन के बचाव वकील, कैथलीन आई. बेग्स, विन्सेन्ट जे फुलर और एफ. लेन हर्ड ने टायसन को निर्दोष शिकार के रूप में पेश करने की कोशिश की और वॉशिंगटन को प्रचार पाने के लिए टायसन को चोट पहुंचाने वाली एक कठोर और तिकड़मबाज़ लोमड़ी बताया.

डेसिरी वाशिंगटन ने साक्षी कटघरे में दावा किया कि उसे टायसन ने 19 जुलाई 1991 को 1:36 प्रातः एक फोन किया और उसे एक पार्टी के लिए आमंत्रित किया। टायसन की लिमोसिन में बैठने के बाद, वॉशिंगटन ने दावा किया कि टायसन ने उसके साथ कुछ आपत्तिजनक हरकतें की. होटल के कमरे में आने के बाद, उसने दावा किया कि टायसन ने उसे अपने बिस्तर पर नीचे गिरा दिया और रुक जाने की उसकी अपील के बावजूद बलात्कार किया। बाद में वह कमरे से बाहर भाग गई और टायसन के चालक से उसे वापस उसके होटल में पहुंचाने के लिए कहा. फुलर द्वारा प्रतिपरीक्षा करने पर, वॉशिंगटन यह स्वीकार करने पर मजबूर हो गई कि उसके पास टायसन के होटल के कमरे से निकल जाने के कई मौके थे, लेकिन उसने ऐसा करने का चुनाव नहीं किया। फुलर ने, पुरुषों को यौन रूप से भड़काने की वॉशिंगटन के इतिहास की भी जांच की.

वाशिंगटन की कहानी का आंशिक समर्थन टायसन के चालक, वर्जीनिया फोस्टर की गवाही से मिला, जिसने डेसिरी वाशिंगटन के सदमे की स्थिति की पुष्टि की. इसके अलावा डॉ॰ थॉमस रिचर्डसन से गवाही मिली, आपातकालीन कक्ष चिकित्सक, जिन्होंने घटना के 24 घंटे से अधिक के बाद वॉशिंगटन की जांच की और पुष्टि की कि वॉशिंगटन का वास्तव में बलात्कार हुआ होगा।

फुलर की प्रत्यक्ष परीक्षा के तहत, साक्षी कटघरे से टायसन ने दावा किया कि सब कुछ वाशिंगटन के पूर्ण सहयोग के साथ हुआ और उन्होंने दावा किया कि उन्होंने उसके साथ ज़बरदस्ती नहीं की. लेकिन जब गैरीसन ने उनके साथ जिरह किया तो टायसन ने वॉशिंगटन को गुमराह करने के दावों का खंडन किया और जोर देकर कहा कि वह उनके साथ यौन संबंध बनाना चाहती थी। जिरह के दौरान टायसन द्वारा सवालों के विरोधी और रक्षात्मक जवाबों के कारण, यह माना जाता है कि उनके व्यवहार के कारण जूरी ने उन्हें नापसंद किया जिन्हें वे पाशविक और घमंडी लगे.

जूरी द्वारा लगभग 10 घंटे की चर्चा के बाद, टायसन को बलात्कार के आरोप में 10 फ़रवरी 1992 को दोषी ठहराया गया।

इंडियाना कानून के तहत, एक प्रतिवादी जिसे एक अपराध का दोषी पाया गया है, उसे अपनी जेल की सज़ा, फ़ैसले के तत्काल बाद शुरू करनी होगी. 26 मार्च को, उन्हें 10 साल की सजा मिली, छह साल जेल में और चार परिवीक्षा में, और तीन साल की सज़ा काटने के बाद उन्हें मार्च 1995 में रिहा कर दिया गया। जेल में अपनी सज़ा काटने के दौरान, टायसन इस्लाम में परिवर्तित हो गए।

टायसन ने फिर तब तक मुकाबला नहीं किया, जब तक कि उन्हें 1995 में जेल से पैरोल नहीं मिला. उन्होंने पीटर मेकनेली और बस्टर माथिस जूनियर के साथ अपना वापसी मुकाबला किया, जिसे उन्होंने आसानी से जीत लिया। जेल से रिहा होने के बाद टायसन की पहली लड़ाई में लोगों की रूचि इतनी अधिक थी कि इसने दुनिया भर में US$ 96 मिलियन से भी अधिक की कमाई की, जिसमें शामिल था PPV टीवी के लिए अमेरिका में रिकॉर्ड $63 मिलियन. इस मुकाबले को 1.52 मिलियन घरों द्वारा खरीदा गया, जिसने उस समय के लिए PPV दर्शकों की संख्या और राजस्व, दोनों में रिकॉर्ड स्थापित किया। 89 सेकेण्ड की इस संक्षिप्त लड़ाई को, जिसमें टायसन का सामना करने में मेकनेली तेज़ी से टूट गया, आलोचना प्राप्त हुई कि टायसन के प्रबंधन ने उनकी वापसी के लिए "टोमेटो कैन" खड़े किये, आसानी से पराजित और अयोग्य मुक्केबाज.

उन्होंने मार्च 1996 में फ्रैंक ब्रुनो से तीसरे दौर में उसे नॉकआउट करते हुए, आसानी से WBC ख़िताब जीत कर एक बेल्ट पुनः हासिल कर ली (उनकी दूसरी लड़ाई). टायसन ने उस वर्ष सितंबर में एक राउंड में चैंपियन ब्रूस सेल्डन को हराते हुए WBA बेल्ट हासिल किया। लड़ाई में टायसन के अहानिकारक प्रतीत होने वाले घूंसों द्वारा ही ढेर हो जाने के लिए सेल्डन की लोकप्रिय प्रेस में कड़ी आलोचना और मज़ाक उड़ाया गया।

"टायसन बनाम होलीफील्ड II" और परिणाम
कॅरिअर का उत्तरार्ध, दिवालियापन और सेवानिवृत्ति
1999 से 2005 तक
बलात्कार की सजा, जेल और उसके बाद