विशेष-शिक्षा की अध्यापिका मरियम ली (जन्मतः फ़ेयफ़्फ़र) और इलेक्ट्रिकल इंजीनियर थॉमस क्रूज़ मापोदर III, के बेटे क्रूज़ का जन्म सायराक्यूस, न्यूयॉर्क में हुआ। हालांकि क्रूज़ का पैतृक कुलनाम (मापोदर) वेल्श है, यह बात सामने आई है कि उनके पैतृक परदादा थॉमस ओ'मारा, आयरिश वंशीय थे और अपने सौतेले पिता के कुलनाम को अपनाते हुए, वे पहले थॉमस क्रूज़ मापोदर बने. अपने परदादा-परदादी विलियम रेइबर्ट और शार्लट लुईस वोइल्कर से उन्होंने जर्मन और अंग्रेज़ी वंश और अपनी मां के माध्यम से जर्मन वंश पाया। टॉम क्रूज़ की सबसे बड़ी बहन ली ऐनी, लुईसविले में पैदा हुई थीं। उनकी बड़ी बहन मैरियन की तरह टॉम और उनकी छोटी बहन कास भी सायराक्यूस में पैदा हुए.

क्रूज़ ने ग्रेड तीन, चार और पांच की पढ़ाई, रॉबर्ट हॉपकिन्स पब्लिक स्कूल में की. क्रूज़ के पिता द्वारा कनाडाई सशस्त्र सेना में रक्षा सलाहाकार की हैसियत से काम संभालने के लिए, मापोदर परिवार को ओंटारियो, ओटावा के बीकन हिल उपनगर में स्थानांतरित होना पड़ा. वहां, क्रूज़ ने कार्लटन शिक्षा मंडल से जुड़े हेनरी मुनरो मिडिल स्कूल में ग्रेड छह की पढ़ाई पूरी की, जहां वे खेलकूद में सक्रिय थे और ख़ुद को एक ज़बरदस्त खिलाड़ी साबित करते हुए, लगभग हर रात फ़्लोर हॉकी खेलते थे, अंतत: उसकी वजह से उनके सामने के दांत टूट गए। 

"ब्रिटिश बुल डॉग" खेल में उन्होंने अपना नया ढका हुआ दांत खो दिया और उनके घुटने में चोट लगी. हेनरी मुनरो में ही क्रूज़, जॉर्ज स्टेनबर्ग के संरक्षणाधीन नाटकों से जुड़े. जिस पहले नाटक में उन्होंने भाग लिया। उसका नाम था "IT", जिसमें क्रूज़, माइकल डी वाल के साथ सह-नायक की भूमिका के लिए चुने गए, जहां एक ने "दुष्ट" और दूसरे ने "अच्छे" की भूमिका निभाई.इस नाटक को ख़ूब सराहा गया और पांच अन्य सहपाठियों के साथ ओटावा के आस-पास के विभिन्न स्कूलों का दौरा किया, यहां तक कि स्थानीय ओटावा टी.वी. स्टेशन पर भी फ़िल्माया गया। दोनों को "जीसस क्राइस्ट सुपर स्टार" के एक संस्करण और साथ ही एक मार्सेल मार्क्यु जैसी भूमिका के लिए चुना गया। यह वही समय था जब मेरी ली मापोदर ने अपने बेटे के अभिनय संबंधी अरमानों को बढ़ावा दिया: जब पूर्व वर्णित की धार्मिक रंगत, स्कूल के प्रिंसिपल जिम ब्राउन के लिए चिंता का कारण बनी, क्रूज़ की मां ने उन्हें मनाया कि नाटक को आगे बढ़ना चाहिए और उन्होंने एक नाटक-मंडली ग्लॉउसेस्टर प्लेयर्स की स्थापना की, जिसमें क्रूज़ और स्टीनबर्ग की कक्षा के कुछ छात्रों ने अभिनय किया।

जब क्रूज़ बारह साल के थे, उनकी मां ने अपने पति को छोड़ दिया और अपने साथ क्रूज़ और उनकी बहन ली ऐनी को ले गईं. लगभग-ग़रीबी के लंबे समय के बाद, जहां टॉम के अखबार-वितरण की कमाई की मदद से मेज पर खाना लगता था, उनकी मां ने जैक साउथ नामक एक प्लास्टिक विक्रेता से शादी कर ली.

ओटावा के अलावा, जिन शहरों में क्रूज़ रहे थे, उनमें शामिल हैं -लुईसविल्ले, केन्टकी; विन्नेट्का, इलिनॉइस और वैन, न्यू जर्सी. कुल मिला कर, क्रूज़ ने आठ प्राथमिक विद्यालयों और तीन उच्च विद्यालयों में शिक्षा ग्रहण की.उन्होंने कुछ समय तक सिनसिनाटी में (एक चर्च छात्रवृत्ति पर) फ़्रैंसिस्कन गुरूकुल में अध्ययन किया और उनके मन में एक कैथोलिक पादरी बनने के आकांक्षा जगी. अपने वरिष्ठ वर्ष में उन्होंने बतौर लाइनबैकर, विश्वविद्यालय की टीम के लिए फुटबॉल खेला, लेकिन बाद में एक खेल से पहले बियर पीते हुए पकड़े जाने पर दल से निकाले गए। 1980 में क्रूज़ ने न्यू जर्सी के ग्लेन रिड्ज उच्च विद्यालय से स्नातक उपाधि ग्रहण की.

क्रूज़ ने कहा है कि उन्होंने एक बच्चे के रूप में शोषण का सामना किया। यह आंशिक रूप से उनके द्वारा पठन-अक्षमता से पीड़ित होने की वजह से हुआ था। उन्होंने कहा कि जब कुछ ग़लत हो जाता था, तो उनके पिता उनको कठोर रूप से दंडित करते थे। उन्होंने "परेड पत्रिका" को बताया कि उनके पिता "एक धौंसिया" और "दुर्व्यवस्था के व्यापारी" थे। क्रूज़ ने कहा कि वे पहले ही सीख गए कि उनके पिता - और, विस्तृत रूप से, कुछ लोगों पर भरोसा नहीं किया जा सकता:" अपने पिता के पास रहने से मुझे पता चला कि हर कोई मुझे अच्छा नहीं समझता." बारह साल में पंद्रह स्कूलों से गुज़रने की वजह से, क्रूज़, जिन्होंने बारह वर्ष की आयु में अपने पिता का नाम हटा दिया था, स्कूल में डराने-धमकाने के शिकार थे।

एक घुटने की चोट की वजह से उच्च विद्यालय की कुश्ती टीम से हटा दिए जाने के बाद क्रूज़ ने अभिनय शुरू किया। घायल अवस्था में उन्होंने अपने उच्च विद्यालय द्वारा निर्मित "गाइस एंड डॉल्स" में एक प्रमुख भूमिका के लिए सफलतापूर्वक ऑडिशन दिया और इस भूमिका में अपनी सफलता के बाद उन्होंने अभिनेता बनने का निर्णय लिया। उनका चचेरा भाई विलियम मापोदर भी एक अभिनेता हैं, जो "लॉस्ट" में इथान रोम की भूमिका के लिए जाने जाते हैं।

परिवार और प्रारंभिक जीवन
2000 का दशक
प्रचारक
1980 का दशक