अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों में कबीलों के बीच मिश्रण आम था, अतः व्यक्तियों को एक से अधिक कबीले से जन्मे माना जा सकता है। जलवायु, बीमारियों और युद्ध के दबावों की प्रतिक्रिया के रूप में कभी-कभी समूह या पूरे कबीले विभाजित हो जाते थे या साथ मिल जाते थे, ताकि अधिक जीवनक्षम समूहों का निर्माण किया जा सके. पारंपरिक रूप से अनेक कबीले बंदियों को अपने समूह के उन सदस्यों का स्थान लेने के लिए समूह में शामिल कर लेते थे, जिन्हें युद्ध में बंदी बना लिया गया हो या मार दिया गया हो. ये बंदी प्रतिद्वंद्वी कबीलों से और बाद में यूरोपीय उपनिवेशवादी लोगों में से आते थे। कुछ कबीलों ने श्वेत व्यापारियों व फरार गुलामों व अमेरिकी मूल-निवासियों के स्वामित्व वाले गुलामों को भी शरण दी या अपना लिया। जिन कबीलों का यूरोपीय लोगों के साथ व्यापार का लंबा इतिहास रहा है, वे यूरोपीय अधिमिश्रण की एक उच्च दर प्रदर्शित करते हैं, जो यूरोपीय पुरुषों व अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं के बीच अंतर्जातीय विवाह के वर्षों को प्रतिबिंबित करती है। इस प्रकार अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच आनुवांशिक विविधता के अनेक रास्ते मौजूद थे। 

हालांकि कुछ टिप्पणीकारों के अनुसार हालिया वर्षों में अमेरिकी मूल-निवासियों और अफ्रीकी अमेरिकियों के बीच अधिमिश्रण की दरें उच्च रहीं हैं, लेकिन आनुवांशिक वंशावली विशेषज्ञों ने पाया कि इसकी आवृत्ति कम हुई है। साहित्यिक आलोचक व लेखक हेनरी लुईस गेट्स, जूनियर उन विशेषज्ञों को संदर्भित करते हैं, जिनका तर्क है कि केवल 5 प्रति अफ्रीकी अमेरिकियों में ही कम से कम 12.5 प्रतिशत अमेरिकी मूल-निवासी पैतृकता (एक परदादा के बराबर) है। स्पष्ट रूप से इसका अर्थ यह हुआ कि बहुत अधिक प्रतिशत लोगों में पैतृकता का प्रतिशत बहुत कम हो सकता है, लेकिन यह सुझाव भी दिया जाता है कि अधिमिश्रण के पुराने आकलन बहुत उच्च रहे हों. चूंकि कुछ आनुवांशिक परीक्षण केवल प्रत्यक्ष पुरुष या महिला पूर्वजों का ही मूल्यांकन करते हैं, अतः संभव है कि व्यक्ति अपने अन्य पूर्वजों के माध्यम से अमेरिकी मूल-निवासी पैतृकता को न खोज सके. किसी व्यक्ति के 64 4Xपरदादाओं में से, प्रत्यक्ष परीक्षण केवल 2 का डीएनए (DNA) प्रमाण प्रदान करता है।

इन सीमाओं के अलावा, यदि केवल प्रत्यक्ष पुरुष और महिला वंशावली का परीक्षण किया जाए, तो डीएनए (DNA) परीक्षण का प्रयोग कबीलाई सदस्यता के निर्धारण के लिए नहीं किया जा सकता क्योंकि यह अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों के बीच विभेद नहीं कर सकता. अमेरिकी मूल-निवासी पहचान ऐतिहासिक रूप से संस्कृति पर आधारित रही है, केवल जीव-विज्ञान पर नहीं. इंडिजीनस पीपल्स काउंसिल ऑन बायोकॉलोनियलिज़्म (Indigenous Peoples Council on Biocolonialism) (आईपीसीबी [IPCB]) के अनुसार:"अमेरिकी मूल-निवासी चिह्नक" केवल अमेरिकी मूल-निवासियों में नहीं पाए जाते. हालांकि वे अमेरिकी मूल-निवासियों में अधिक पाए जाते हैं, लेकिन वे विश्व के अन्य भागों के लोगों में भी मिलते हैं।
आनुवांशिकी विज्ञानी भी कहते हैं कि:सभी अमेरिकी मूल-निवासियों का परीक्षण, विशेष रूप से चेचक जैसी बीमारियों से बड़ी संख्या में हुई मौतों के लिए, किया जा चुका है, इस बात की संभावना नहीं है कि अमेरिकी मूल-निवासियों में केवल वे आनुवांशिक चिह्नक हैं, जिनकी पहचान की जा चुकी है, भले ही उनकी मातृक या पैतृक वंशावली में कोई गैर-अमेरिकी मूलनिवासी शामिल न हो.
कबीलाई सेवाएं प्राप्त करने के लिए, एक अमेरिकी मूल-निवासी व्यक्ति को अनिवार्य रूप से एक कबीलाई संगठन का सदस्य व इसके द्वारा प्रमाणित होना चाहिये. प्रत्येक कबीलाई सरकार नागरिकों और कबीलाई सदस्यों के लिए अपने स्वयं के नियम बनाती है। संघीय सरकार के सेवाओं से संबंधित मानक प्रमाणित अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए उपलब्ध होते हैं। उदाहरणार्थ, अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए संघीय छात्रवृत्ति के लिए यह आवश्यक है कि विद्यार्थी संघीय रूप से मान्यता-प्राप्त कबीले में नामांकित हो और उसकी कम से कम एक-चौथाई अमेरिकी मूल-निवासी वंश परंपरा (एक दादा-दादी के समकक्ष) हो, जिसे एक सर्टिफिकेट ऑफ डिग्री ऑफ इन्डियन ब्लड कार्ड द्वारा अनुप्रमाणित किया गया हो. कबीलों के बीच, अर्हता अमेरिकी मूल-निवासी "रक्त" के आवश्यक प्रतिशत पर, या मान्यता की इच्छा रखने वाले व्यक्ति में "रक्त की मात्रा" पर निर्भर होती है। 

निश्चितता प्राप्त करने के लिए, कुछ कबीलों ने वंशावली विषयक डीएनए (DNA) परीक्षण को आवश्यक बनाना शुरु कर दिया है, लेकिन सामान्यतः यह किसी प्रमाणित सदस्य से पितृत्व या प्रत्यक्ष वंश-परंपरा को साबित करने से संबंधित होता है। कबीलाई सदस्यता के लिए आवश्यकताओं में कबीलों के अनुसार व्यापक अंतर होता है। शेरोकी कबीलों के लिए यह आवश्यक है कि प्राचीन 1906 डावेस रोल्स में सूचीबद्ध किसी अमेरिकी मूल-निवासी से वंशावली विषयक पैतृकता लेखबद्ध हो. एक से अधिक कबीलों की पैतृकता से संबंधित सदस्यों की मान्यता के नियम भी समान रूप से विविध और जटिल हैं। 

कबीलाई सदस्यता संबंधी टकरावों के परिणामस्वरूप अनेक कानूनी विवाद, न्यायालयीन मामले और सक्रियतावादी समूहों की स्थापना हुई है। इसका एक उदाहरण शेरोकी फ्रीडमेन हैं। आज, उनमें उन अफ्रीकी अमेरिकियों की वंश-परंपरा शामिल है, जिन्हें किसी समय शेरोकियों द्वारा गुलाम बनाया गया था, जिन्हें संघीय समझौते द्वारा, ऐतिहासिक शेरोकी राष्ट्र में गृह-युद्ध के बाद मुक्त लोगों के रूप में नागरिकता प्रदान की गई थी। सन 1980 के दशक में, आधुनिक शेरोकी राष्ट्र ने उन्हें नागरिकता से बाहर कर दिया-जब तक कि व्यक्ति डावेस रोल्स पर सूचीबद्ध किसी शेरोकी अमेरिकी मूल-निवासी (केवल मुक्त-व्यक्ति नहीं) से पैतृकता साबित कर सकें.

बीसवीं सदी में, कॉकेशियाई-अमेरिकियों की एक बढ़ती हुई संख्या अमेरिकी मूल-निवासियों से पैतृकता का दावा करने में अधिक रूचि रखते प्रतीत होते रहे हैं। कई लोगों ने शेरोकियों से वंशावली का दावा किया है।

व्यक्ति-आधारित
संगठन
यूरोपीय अन्वेषण और उपनिवेशीकरण
रक्त की मात्रा