युद्ध के शुरू होने के कुछ ही समय बाद अफ़ग़ानिस्तान में भयंकर और विनाशकारी लड़ाइयाँ हुई। ये लड़ाइयाँ तालिबान और नोरथर्न अलायन्स के बीच, तालिबान और नाटो सेनाओ के बीच तथा अल कायदा और इससे जुड़े संगठन एवं नाटो सेना तथा नोरथर्न अलायन्स की साझा टुकड़ियों के बीच हुई। इन सभी लड़ाइयों में ओसामा या मुल्लाह ओमर ने कभी प्रत्यक्ष रूप से हिस्सा नहीं लिया।
युद्ध की खास लड़ाइयाँ
टोरा बोरा की लड़ाई
किला-ए-जंगी की लड़ाई
टाकुर घार की लड़ाई