उन पर सरकारिया कमीशन द्वारा वीरानम परियोजना के लिए निविदाएं आवंटित करने में भष्टाचार का आरोप लगाया गया है।
इंदिरा गांधी ने संभावित अलगाव और भ्रष्टाचार के आरोप के आधार पर करूणानिधि सरकार को ख़ारिज कर दिया। 
2001 में करुणानिधि, पूर्व मुख्य सचिव के॰ए॰ नाम्बिआर और अन्य कई लोगों के एक समूह को चेन्नई में फ्लाईओवर बनाने में भ्रष्टाचार के आरोप में गिरफ्तार कर लिया गया।
उन्हें और उनकी पार्टी के सदस्यों पर आई॰पी॰सी॰ की धारा 120(b) (आपराधिक षड्यंत्र), 167 (घायल करने के इरादे से सरकारी कर्मचारी द्वारा गलत दस्तावेज का निर्माण), 420 (धोखाधड़ी) और 409 (विश्वास का आपराधिक हनन) और भ्रष्टाचार रोकथाम अधिनियम की धारा 13(1)(d) के साथ 13(2) के तहत कई आरोप लगाए गए लेकिन उनके और उनके बेटे एम॰के॰ स्टालिन के खिलाफ कोई पुख्ता सबूत नहीं मिला। 

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