विमान को कब्जे में लेने के बाद जल्द ही अपहर्ता ज़ायद सफारिनी को अहसास हो गया कि चालक दल भाग चुका है अतः उसे अधिकारियों से वार्ता करने पर मजबूर होना पड़ा। प्रथम व वयवसायिक श्रेणी के यात्रियों को विमान के पीछे की ओर जाने का आदेश दिया गया तथा पीछे के यात्रियों को आगे आने को कहा गया। क्योंकि विमान पूरा भरा था इसलिए यात्रियों को Since the plane was nearly full, passengers sat down in the aisles, galleys and door exits. सुबह के लगभग १० बजे सफारिनी ने विमान के अंदर एक चक्कर लगाया और २९ वर्षीय भारतीय अमेरिकी राजेश कुमार की सीट के आगे रुका। राजेश कैलिफॉर्निया का निवासी था तथा हाल ही में उसे अमेरिकी नागरिकता मिली थी। सफारिनी ने राजेश को आगे आने के लिए कहा और विमान के द्वार पर हाथ सिर के पीछे की ओर रखकर घुटनों के बल बैठने पर मजबूर कर दिया। अधिकारियों, विशेषतः विराफ दरोगा (पैन एम के पाकिस्तान ऑपरेशन्स के अध्यक्ष) से बातचीत करते हुए उसने कहा कि यदि चालक दल को १५ मिनट में विमान में नहीं भेजा गया तो वह राजेश को गोली से उड़ा देगा। थोड़ी ही देर बाद वह अधिकारियों से परेशान हो उठा और सभी के सामने उसने राजेश को सिर में गोली मार दी और उसे दरवाज़े के बाहर ज़मीन पर फेंक दिया। पाकिस्तानी अधिकारियों की रिपोर्ट के अनुसार राजेश की साँस अभी चल रही थी, किन्तु अस्पताल पहुंचने से पहले रास्ते में एम्बुलेंस में ही उसकी मृत्यु हो गई। 

सफारिनी तब वापिस अपने बाकी साथियों के पास आ गया तथा उसने फ्लाइट अटेंडेंट्स को सभी यात्रियों के पासपोर्ट इकट्ठा करने के निर्देश दिए। अटेंडेंट्स ने अपनी जान के डर से इस आदेश का पालन किया। विमान की एक परिचारिका नीरजा भनोट को अंदेशा था कि अमेरिकी पासपोर्ट धारकों को खासतौर पर निशाना बनाया जा सकता है, अतः उसने कुछ अमेरिकन पासपोर्ट्स को एक सीट के नीचे छुपा दिया तथा कुछ को कूड़ेदान में। 
पासपोर्ट इकट्ठे करने के बाद एक क्रू सदस्य ने इण्टरकॉम पर एक ब्रिटिश नागरिक माइकल थेक्सटॉन को विमान के अगले हिस्से में आने को कहा। वह परदे से होते हुए विमान के अगले हिस्से में पहुंचा जहाँ उसका सामना सफरिनि से हुआ जिसके हाथ में उसका पासपोर्ट था। उसने थेक्सटॉन से पूछा कि कहीं वह सिपाही तो नहीं और कहीं उसके पास बंदूक तो नहीं। थेक्सटॉन ने नहीं में जवाब दिया। तब उसने थेक्सटॉन को घुटनों के बल बैठने को कहा और अधिकारियों से बोला कि अगर कोई विमान के नज़दीक आया तो वह एक और यात्री को मर डालेगा। विराफ दरोगा ने उसे बताया कि विमान में एक क्रू सदस्य है जो कॉकपिट का रेडियो का प्रयोग कर सकता है और उसके माध्यम से आगे बातचीत की जा सकती है। सफरिनि थेक्सटॉन के पास वापिस गया और पूछा कि क्या उसे पानी चाहिए। थेक्सटॉन ने कहा - हाँ। सफरिनि ने यह भी पूछा कि क्या वह विवाहित है और दावा किया कि उसे हिंसा और ये सब मार काट बिलकुल पसंद नहीं है लेकिन अमेरिका और इजराइल ने उनके देश पर कब्ज़ा कर लिया है और वे ढंग की ज़िन्दगी नहीं जी पा रहे।

फिर एक हाईजैकर ने थेक्सटॉन को वापिस जाने को कहा। हाइजैक का प्रकरण रात तक चलता रहा। इस दौरान एक फ्लाइट अटेंडेंट ने मैन्युअल में से चुपचाप वह पन्ना निकाल लिया जिसमें कि 3आर एयरक्राफ्ट द्वार की समस्त प्रणालियों का विवरण था और इसे एक मैगज़ीन में छुपा कर द्वार के पास बैठे यात्री को दे दिया। उसने उसे कहा कि वह अभी मैगज़ीन को अवश्य पढ़ ले और बाद में यदि आवश्यकता पड़ी तो प्रयोग कर ले। इस पृष्ठ पर अन्य जानकारियों के साथ निकासद्वार को खोलने और स्लाइड एप्रन को स्थापित करने की विधि भी वर्णित थी। रात लगभग 9 बजे सहायक विद्युत यूनिट बंद हो गयी, सभी बत्तियां बुझ गयी तथा इमरजेंसी लाइट जल गयी। Passengers at the front were order toward the back, while passengers at the back were ordered forward. Since the aisles were already full of passengers, those passengers standing just sat down.

With the plane out of power and sitting in near darkness a hijacker at the 1L door said a prayer and then aimed to shoot at the explosive belt the other hijacker at the 1R door was wearing. The intent was to cause an explosion massive enough to kill all passengers and crew on board, as well as themselves. Since the cabin was so dark, the hijacker missed causing only a small detonation. Immediately the hijackers began shooting their weapons into the cabin at passengers and attempted to throw their grenades. Yet again the lack of light caused them to not pull pins fully and create small explosions. Ultimately it was their bullets that created most damage since each bullet would bounce off the aircraft and create crippling shrapnel. The flight attendant at the 3L door decided it was time to take action and opened the door and although the slide did not deploy several passengers jumped down the 15 ft to the Tarmac, including crew. The passenger that was near 3R had read the page the flight attendant earlier gave him and was able to successfully open that door. It was the only door opened to have the slide deploy. Ultimately this slide allowed for more passengers to evacuate safely and without injuries. Neerja Bhanot assisted a number of passengers to escape from the flight, then she laid down her life shielding three children from the bullets fired by the terrorists. Twenty passengers were killed and over a hundred were injured, but many escaped the ordeal including Michael Thexton, who came close to death a few hours before and returned to the U.K. अपहर्ताओं को एयरपोर्ट से निकलने की कोशिश करते हुए गिरफ्तार कर लिया गया।

जहाज पर नियंत्रण
शुरुआत
विमान
हमला