प्राथमिक, या प्रत्यक्ष, इम्यूनोफ्लोरेसेंस एक एकल प्रतिरक्षी का उपयोग करता है जो एक फ्लोरोफोरे के साथ रासायनिक तरीके से जुडी हुई होती है। यह प्रतिरक्षी लक्ष्य अणु को पहचानता है और उसे बांधता है और एक सूक्ष्मदर्शी के माध्यम से उसमें मौजूद फ्लोरोफोरे का पता लगाया जा सकता है। निम्नलिखित द्वितीयक (या अप्रत्यक्ष) प्रोटोकॉल के मुकाबले इस तकनीक के कई फायदे हैं जिसका कारण है फ्लोरोफोरे के साथ प्रतिरक्षी का प्रत्यक्ष संयोजन. यह स्टेनिंग प्रक्रिया के कई चरणों को कम कर देता है और इसलिए यह तेज़ है और यह प्रतिरक्षी विपरीत प्रतिकार या गैर विशिष्टता के साथ कुछ मुद्दों से बच सकते हैं, जो पृष्ठभूमि संकेत में वृद्धि की अगुवाई करता है।

इम्यूनोफ्लोरेसेंस के प्रकार
सीमाएं
द्वितीयक (अप्रत्यक्ष)
प्राथमिक (प्रत्यक्ष)