द्वितीयक प्रशोधन का निर्माण मानव अपशिष्ट, खाद्य अपशिष्ट, साबुन और डिटर्जेंट से उत्पन्न मलजल के जैविक पदार्थ को काफी हद तक कम करने के लिए किया गया है। नगरपालिका के अधिकांश संयंत्रों में वायवीय जैविक प्रक्रियाओं का इस्तेमाल करके मलजल में जमे हुए रसायनों को प्रशोधित किया जाता है। क्रियाशील बने रहने और जीवित रहने के लिए जीव जगत के लिए ऑक्सीजन और खाद्य दोनों जरूरी है। जीवाणु और प्रोटोज़ोआ स्वाभाविक रूप से सड़नशील घुलनशील कार्बनिक संदूषित पदार्थों (जैसे - शर्करा, वसा, कार्बनिक लघु-श्रृंखलाबद्ध कार्बन अणु, इत्यादि) का उपभोग करते हैं और कम घुलनशील पदार्थों में से अधिकांश पदार्थों को फ्लोक में परिवर्तित कर देते हैं। द्वितीयक प्रशोधन प्रणालियों को निम्न रूपों में वर्गीकृत किया गया है

नियत फिल्म या संलग्न वृद्धि प्रणाली की प्रशोधन प्रक्रिया में रिसाव फ़िल्टर और आवर्ती जैविक मेलक शामिल होते हैं जहां जैव पदार्थ माध्यम तैयार करता है और मलजल इसकी सतह पर से गुजरता है।

प्रसुप्त-वृद्धि प्रणालियों में, जैसे उत्प्रेरित कीचड़, जैव पदार्थ मलजल से मिल जाता है और एक समान परिमाण वाले जल को प्रशोधित करने वाले नियत फिल्म प्रणालियों की तुलना में एक छोटे स्थान में यह संचालित हो सकता है। हालांकि, नियत फिल्म प्रणालियां, जैविक पदार्थों की मात्रा में होने वाले प्रबल परिवर्तनों का सामना करने में अधिक सक्षम होती हैं और प्रसुप्त वृद्धि प्रणालियों की तुलना में ये अधिक कार्बनिक पदार्थ और प्रसुप्त ठोस पदार्थों का हटाव कर सकती हैं।

असमतल फ़िल्टरों का उद्देश्य ख़ास तौर पर कड़े या परिवर्तनीय जैविक मिश्रणों, आम तौर पर औद्योगिक मिश्रणों, को प्रशोधित करना है जिससे इन्हें तब पारंपरिक द्वितीयक प्रशोधन प्रक्रियाओं द्वारा प्रशोधित करने में आसानी हो। इसके अभिलक्षणों में अपशिष्ट जल को प्रवाहित किए जाने वाले माध्यम से युक्त फ़िल्टर शामिल होते हैं। इन्हें इस तरह से बनाया गया होता है जिससे उच्च हाइड्रोलिक लोडिंग और उच्च स्तरीय वातन में आसानी हो। बड़े-बड़े प्रतिष्ठानों में धौंकनियों का इस्तेमाल करके मीडिया के माध्यम से हवा को प्रवेश किया जाता है। परिणामी अपशिष्ट जल की गिनती आम तौर पर पारंपरिक प्रशोधन प्रक्रियों की सामान्य श्रेणी के भीतर की जाती है।

एक फ़िल्टर बहुत कम मात्रा में प्रसुप्त कार्बनिक पदार्थों को हटाता है, जबकि फ़िल्टर में होने वाले केवल जैविक ऑक्सीकरण और नाइट्रीकरण की वजह से अधिकांश कार्बनिक पदार्थ के रूप में परिवर्तन हो जाता है। इस वायवीय ऑक्सीकरण और नाइट्रीकरण की वजह से कार्बनिक ठोस पदार्थ स्कंदित प्रसुप्त पदार्थों के ढेर में बदल जाता है, जो इतने भारी भरकम होते हैं जो टंकी की तली में आसानी से जम सकते हैं। इसलिए फ़िल्टर के गंदे जल को एक अवसादन टंकी के माध्यम से प्रवाहित किया जाता है जिसे द्वितीयक निर्मलक या द्वितीयक जमाव टंकी या धरण टंकी कहते हैं।

द्वितीयक प्रशोधन
प्राथमिक प्रशोधन
खाद-निर्माण
आवर्ती जैविक मेलक