मोर्स 19 शताब्दी के मध्य में एक कैथोलिक विरोधी और एक अप्रवास विरोधी आन्दोलन के नेता थे।

1836 में, अप्रवास विरोधी नेटीविस्ट पार्टी की ओर से न्युयोर्क के मेयर के पद पर खड़े हुए और केवल 1496 वोट पाकर हार गए।

जब मोर्स रोम गए, तब उन्होंने पोप के सामने अपनी टोपी उतारने से इनकार कर दिया.ऐसा देखकर एक क्रोधित स्विस रक्षक ने झपट कर उनके सिर से टोपी उतार दी.

मोर्स ने कैथोलिक संस्थानों के विरुद्ध प्रोटेस्टेंटस को एकजुट करने के लिए कार्य किया (स्कूलों सहित), वे चाहते थे कि कैथोलिक सार्वजनिक कार्यालयों में काम करने से इनकार कर दें और उन्होंने कैथोलिक देशों से अप्रवास को सीमित करने के लिए अप्रवास के कानूनों में परिवर्तन को बढ़ावा दिया.

इस विषय पर उन्होंने लिखा, "हमें जहाज में होने वाले उस रिसाव को सबसे पहले रोकना होगा, जिसमें से होकर गन्दा पानी जहाज में आ रहा है, यह हमें डुबो देगा."

मोर्स ने न्यूयार्क "ओबसर्वर" को अनेक पत्र लिखे (उस समय उनके भाई सिडनी संपादक थे) जिसमें लोगों को कैथोलिक धमकियों का सामना करने के लिए उत्साहित किया गया। 

अपने "Conspiracy Against the Liberties of the United States" में उन्होंने लिखा: "अमेरिकी प्रोटेस्टेंट, आज़ादलोग निश्चित रूप से विदेशी पाखंड के बारे में जानते हैं।
वे देखेंगे कि अब पोपवाद हमेशा की तरह, एक ऎसी पद्धति है जिसमें राजनितिक षडयंत्र और निरंकुशता है और धर्म के पवित्र नाम पर आक्रमण को रोकने का आधार है। वे सच्चाई से बहुत ज्यादा प्रभावित होंगे, पोपवाद एक धार्मिक और राजनैतिक प्रणाली है; अर्थात यह अन्य सभी जाति रूपों से अलग है, देश में धर्म के अन्य सभी रूपों से अलग है। 
कैथोलिक विरोधी और अप्रवास विरोधी प्रयास
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