MIGA का संचालन इसकी काउंसिल ऑफ गवर्नर्स द्वारा किया जाता है जो इसके सदस्य देशों का प्रतिनिधित्व करता है। काउंसिल ऑफ गवर्नर्स कॉर्पोरेट अधिकार रखता है, लेकिन मुख्य रूप से MIGA के निदेशक मंडल को ऐसी शक्तियाँ सौंपता है। निदेशक मंडल में MIGA के सामने लाए गए मामलों में 25 निदेशक और वोट होते हैं। प्रत्येक निर्देशक का वोट सदस्य राष्ट्रों की कुल शेयर पूंजी के अनुसार होता है, जिसका निर्देशक प्रतिनिधित्व करता है। MIGA का बोर्ड अपने वाशिंगटन, D.C मुख्यालय में तैनात है, जहाँ वह नियमित रूप से बैठक करता है और एजेंसी की गतिविधियों की देखरेख करता है। एजेंसी के कार्यकारी उपाध्यक्ष अपनी समग्र रणनीति का निर्देशन करते हैं और अपने दैनिक कार्यों का प्रबंधन करते हैं। 15 जुलाई 2013 तक, कीको होंडा MIGA के कार्यकारी उपाध्यक्ष के रूप में कार्य करता है। 

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