प्रारंभिक मध्ययुगीन यूरोप में औषधि तथा अन्य प्रयोजनों के लिए पौधों के उपयोग में थोड़ा बदलाव आया। अन्य विषयों की तरह, औषधि पर अनेक यूनानी और रोमन लेखन को हस्तलिखित पांडुलिपियों द्वारा मठों में सुरक्षित रखा गया. इस प्रकार मठ चिकित्सकीय ज्ञान के स्थानीय केंद्र बन गये और उनके जड़ी-बूटी के बगीचों में आम विकारों के इलाज के लिए कच्ची सामग्री मिलने लगी. इसी समय, घरों तथा गांवों में देसी दवाएं निरंतर जारी रहीं, इससे अनेक घुमंतू और आबाद वैद्यों को समर्थन मिलता रहा. इनमें "धूर्त-महिलाएं" भी थीं जो अक्सर मंत्र और टोना-टोटका के साथ जड़ी-बूटियों से उपचार किया करती थीं। मध्य युग के अंतिम दौर में जड़ी-बूटी विद्या की ज्ञानी महिलाओं को डायन उन्माद का निशाना बनाया गया. जड़ी-बूटी संबंधी परंपरा में बहुत ही प्रसिद्ध महिलाओं में एक थीं बिनगेन की हिल्ड़ेगार्ड. बारहवीं शताब्दी की इन एक बेनेडिकटाइन नन ने "कौजेज एंड क्योर्स" नामक एक चिकित्सा पुस्तक लिखा.

बीमारिस्तान नाम से ख्यात चिकित्सा विद्यालय फारस और अरब देशों के बीच मध्ययुगीन इस्लामी दुनिया में 9वीं सदी से दिखने शुरू हुए, जो उस जमाने के मध्ययुगीन यूरोप की तुलना में कहीं अधिक उन्नत थे। अरब ग्रीको-रोमन संस्कृति तथा ज्ञान का सम्मान किया करते थे और उन्होंने आगे के अध्ययन के लिए दसियों हजार ग्रंथों का अरबी भाषा में अनुवाद किया। व्यापार संस्कृति के कारण, अरब यात्रियों को चीनऔर भारत जैसे दूर देशों से वनस्पति सामग्री लाने की सुविधा थी। जड़ी-बूटियां, चिकित्सा ग्रंथ और कालजयी प्राचीन शास्त्रीय अनुवाद पश्चिम और पूरब से छन-छनकर आते रहे. मुस्लिम वनस्पतिशास्त्रियों और मुस्लिम चिकित्सकों ने मटेरिया मेडिका अर्थात औषध-विवरणी के पहले के ज्ञान का काफी विस्तार किया। उदाहरण के लिए, 9वीं सदी में अल-दिनावारी ने 637 से अधिक वनस्पति औषधियों का वर्णन किया, और इब्न अल-बैतर ने 13वीं सदी में 1400 से अधिक विभिन्न वनस्पतियों, आहारों और औषधियों का वर्णन किया, जिनमें से 300 से अधिक उनकी अपनी मौलिक खोज थी। इब्न अल-बैतर के गुरु अंडालुसियाई-अरब वनस्पतिशास्त्री अबू अल-अब्बास अल-नबाती द्वारा 13वीं सदी में मटेरिया मेडिका के क्षेत्र में प्रयोगात्मक वैज्ञानिक पद्धति का प्रारंभ किया। अनगिनत मटेरिया मेडिका की जांच, वर्णन और पहचान के लिए अल-नाबाती ने अनुभवजन्य तकनीक की शुरुआत की और उन्होंने वास्तविक परीक्षण और निरूपण के जरिये समर्थित औषधियों से असत्यापित को अलग किया। इससे मटेरिया मेडिका का अध्ययन औषध विज्ञान के शास्त्र में विकसित हो पाया।

एविसेना के "द कैनन ऑफ़ मेडिसिन" (1025) में 800 परीक्षित दवा, पौधे और खनिज सूचीबद्ध हैं। द्वितीय पुस्तक जायफल, सेन्ना, चंदन, रेवाचीनी, हरड, दालचीनी और गुलाबजल सहित जड़ी-बूटियों के चिकित्सकीय गुणों की चर्चा को समर्पित है। अल-अंडलस की तरह 800 और 1400 के बीच बगदाद हर्बलिज्म का एक महत्वपूर्ण केंद्र था। कॉर्डोबा के अबुलकासिस (936-1013) रचित ग्रंथ "द बुक ऑफ़ सिम्पल्स" बाद के यूरोपीय जड़ी-बूटियों के लिए एक महत्वपूर्ण स्रोत है, जबकि मलंगा के इब्न अल-बैतर (1197–1248) रचित ग्रंथ "कोर्पस ऑफ़ सिम्पल्स" सबसे अधिक संपूर्ण अरब जड़ी-बूटियों से जुड़ा हुआ है, जिसमे इमली, कालकूट और कुचला (नक्स वॉमिका) सहित 200 नए चिकित्सकीय जड़ी-बूटियों से परिचय करवाया गया है। अन्य भेषजकोश में 11वीं सदी में अबू-रेहान बिरूनी और 12वीं सदी (और 1491 में प्रकाशित) में इब्न जुहर (एवेनज़ोअर) द्वारा लिखित ग्रंथ शामिल हैं, मध्य युग के एविसेना के "द कैनन ऑफ़ मेडिसिन", स्पेन के पीटर के "कमेंटरी ऑन इस्साक" और सैंट अमंड के जॉन के "कमेंटरी ऑन एंटेडोटरी ऑफ़ निकोलस" तक रोग-विषयक औषध विज्ञान के आरंभ का इतिहास है। विशेष रूप से, "कैनन" ने नैदानिक परीक्षण,
अनियमित नियंत्रित परीक्षण,
और प्रभावोत्पादक परीक्षणों का प्रारंभ किया।

विश्वविद्यालय प्रणाली के साथ-साथ, लोक औषधि का पनपना जारी रहा. पंद्रहवीं सदी में मुद्रण के आविष्कार के बाद जड़ी-बूटियों से संबंधित सैकड़ों प्रकाशन से मध्य युग के बाद सदियों के लिए जड़ी-बूटियों के महत्व के निरंतर जारी रहने का पता चलता है। सबसे पहले प्रकाशित होने वाली पुस्तकों में एक है थियोफ्रास्ट्स की "हिस्टोरिया प्लांटारम", लेकिन डायोस्कोराइड्स की "डी मटेरिया मेडिका", एविसेना की "कैनन ऑफ़ मेडिसिन" और एवेनज़ोअर की फार्मेकोपीया भी बहुत पीछे नहीं रहीं.
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