इसकी स्थापना दिसम्बर 1922 में और शुरुआत अप्रैल 1923 में हुई। यह एक निजी संस्थान के रूप में शुरू किया गई था। इसे पूर्वी स्थल का विश्वविद्यालय कहा जाता था। इसका नाम अब तक 6 बार परिवर्तित किया जा चुका है। वर्तमान में इसका नाम युन्नान विश्वविद्यालय है।

वर्ष 1937 से 1947 तक गणितज्ञ जिओंग किंगलाई को युन्नान विवि के अध्यक्ष हेतु आमंत्रित किया गया। उनके नेतृत्व में इसे नए रूप में शुरू किया गया। इसके बाद कई प्रसिद्ध विद्वानों ने यहाँ पढ़ाना शुरू कर दिया। इसमें फेई जियाओटोंग, छु तूनान, चेन जिंगशेन, हुआ लुओजेन, यान जिकी, फेंग यौलन, लू शुक्षियांग आदि विद्वान थे। इसी दौरान यह एक सामान्य विश्वविद्यालय के रूप में बदल गया। वर्ष 1946 में इसमें 5 संकायों और 18 नए विभागों को भी जोड़ा गया। इसके बाद यह चीन के 15 सबसे प्रतिष्ठित विश्वविद्यालयों की सूची में शामिल हो गया।

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