पशुऔं में RNAi के अधिकतर कार्यात्मक जिनॉमिक्स अनुप्रयोग "सी.एलेगन्स" और "ड्रोसोफिला" का उपयोग कर चुके हैं, क्योंकि ये आम मॉडल जीव हैं जिनमें RNAi सबसे अधिक प्रभावी होता है। "सी. एलेगन्स" विशेष रूप से RNAi अनुसंधान के लिए दो कारणों से उपयोगी होता है: सबसे पहले जीन सायलेंसिंग के प्रभाव आम तौर पर पैतृक होते हैं और दूसरे क्योंकि dsRNA की प्रसव अत्यंत सरल होता है। एक बहुत कम समझे गए प्रणाली के माध्यम से, बैक्टीरिया, जैसे "ई. कोलाई", जो कि वांछित dsRNA को वहन करती है, उसे कीड़ों को खिलाया जा सकता है और वह आंत्र पथ के माध्यम से अपने आरएनए पेलोड को कीड़ों में स्थानांतरित कर सकेगी. यह "खिलाने के द्वारा प्रसव" जीन सायलेंसिंग उत्प्रेरण पर जितना प्रभावी है उससे अधिक खर्चीला और समय की खपत वाला सुपुर्दगी विधि है, जैसे कि dsRNA के घोल में कीड़ों को डुबाना और जनन ग्रन्थि में dsRNA का इंजेक्शन लगाना. हालांकि प्रसव अधिकतर दूसरे जीवों में अधिक कठिन होता है, फिर भी स्तनपायी कोशिका युक्त कोशिका कल्चर में व्यापक पैमाने पर जिनॉमिक स्क्रिनिंग उपयोगिता के उपक्रम को हाथ में लेने के प्रयास जारी हैं।

जीनोम-वाइड आरएनएआई लाइब्रेरियों के डिजाइन के प्रयास में, प्रयोगात्मक अवस्था के एक परिभाषित सेट के लिए एक एकल siRNA को डिजाइन करने की अपेक्षा अधिक परिष्करण की जरूरत हो सकती है। siRNA लाइब्रेरी के डिजाइन और जीन नॉकडाउन में उनकी संभावित क्षमता को बताने में कृत्रिम स्नायु संबंधी नेटवर्कों का बार-बार उपयोग किया जाता है। मास जीनोमिक स्क्रीनिंग को व्यापक तौर पर जिनॉम की व्याख्या के लिए एक आशाजनक विधि के रूप में देखा जाता है और इसने माइक्रोएरॉय पर आधारित हाई-थ्रुपुट स्क्रिनिंग विधि के विकास को गति दी है। हालांकि, इन स्क्रीन्स की उपयोगिता और गहन रूप से संबंधित प्रजातियों को भी सामान्यीकृत करने के लिए मॉडल जीवों पर विकसित तकनीकों का क्षमता को प्रश्नांकित किया गया है, उदाहरण के लिए "सी. एलेगन्स " से लेकर संबंधित परजीवीपरक नेमाटोड्स.

आरएनएआई का उपयोग कर कार्यात्मक जीनोमिक्स, जिनॉमिक मानचित्रण और पौधों में एनोटेशन के लिए विशेष रूप से एक आकर्षक तकनीक है क्योंकि बहुत सारे पौधे पॉलीप्लॉयड होते हैं, जो अधिक पारंपरिक जेनेटिक अभियंत्रण विधि के लिए ठोस चुनौती उपस्थित करते हैं। उदाहरण के लिए, ब्रेड गेहूं (जो हेक्सपेलॉयड है) के साथ ही अधिक साधारण पादप मॉडल प्रमाली "एराबिडोप्सिस " और मक्का में कार्यात्मक जिनॉमिक अध्ययन के लिए आरएनएआई का सफलतापूर्वक उपयोग किया गया है।

तकनीकी अनुप्रयोग
जीन नॉकडाउन
इतिहास और खोज
कार्यात्मक जीनोमिक्स