किसी अवयस्क व्यक्ति के शरीर से स्वस्थ, कार्यात्मक जननांग ऊतक हटाने को लेकर नैतिक प्रश्न उठाए जाते रहे हैं। खतने के विरोधियों का तर्क है कि नवजात शिशुओं का खतना व्यक्तिगत स्वायत्तता को भंग करता है और यह मानवाधिकारों का उल्लंघन है। रेनी "व अन्य" (Rennie "et al.") के अनुसार यह विवादास्पद है कि अफ्रीका के उप-सहारा क्षेत्र में स्थित उच्च प्रचलन व निम्न आय वाले देशों में खतना एचआईवी (HIV) की रोकथाम का एक तरीका है, लेकिन उनका तर्क है कि “इस महामारी के 25-वर्षों के इतिहास में एचआईवी (HIV) की रोकथाम की सर्वाधिक आशाजनक […] नई विधियों में से एक पर गंभीरतापूर्वक विचार न किया जाना अनैतिक होगा "।

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