गोवा एक्सप्रेस को कोंकण रेलवे के परिचालन से पहले ही पेश किया गया था। इस प्रकार ट्रेन के माध्यम से मडगांव, लोन्डा, बेलगाम, मिराज, सांगली, सतारा, पुणे, दौंड, मनमाड, भुसावल, खंडवा, इटारसी, भोपाल, झांसी, ग्वालियर, आगरा और मथुरा के मार्गों में रेल्गाडी सन्चालित हुई। ३९ घंटे २५ मिनट की यात्रा के दौरान, २२०२ किलोमीटर की दूरी से गुजरते हुए रेलगाड़ी कर्नाटक, महाराष्ट्र, मध्य प्रदेश, उत्तर प्रदेश, हरियाणा और बिना रुके धौलपुर में राजस्थान के एक छोटे से हिस्से से होकर गुजरती है। 
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