कोच्चि भारत के प्रधान बंदरगाहों में से एक गिना जाता है, जिसका आंशिक कारण हिन्द महासागर में बने बंदरगाहों में से सुरक्षिततम बंदरगाह होना भी है। इस बंदरगाह का प्रशासन कोचीन पोर्ट ट्रस्ट नामक एक सांविधिक स्वायत्त निकाय के अधीन है। यह बंकरिंग, माल यातायात एवं यात्री जहाज के संभाल एवं निपटान तथा भण्डारण स्थान सुविधा उपलब्ध कराता है। यह बंदरगाह तीन द्वीपों का समूह है, जिनमें से एक विलिंग्डन द्वीप कृत्रिम है।

यहाम से कोलंबो एवं लक्षद्वीप के लिये भी जहाजों का संचालन किया जाता है। नगर में स्थित विभिन्न बोट जेट्टियों से केरल शिपिंग एण्ड इनलैण्ड नैविगेशन कार्पोरेशन, केरल स्टेट वाटर ट्रांस्पोर्ट डिपार्टमेंट एवं कई निजी संस्थाओं द्वारा नाव सेवाएं भी संचालित की जाती हैं। एर्णाकुलम-वाइपिन, वाइपिन-फ़ोर्ट कोच्चि के बीच यातियों तथा वाहनों की जलमार्ग आवाजाही हेतु "जंकर" फ़ेरी सेवा उपलब्ध है। फिर भी गोश्री ब्रिजेज़ के निर्माण से (जिनके द्वारा कोच्चि के द्वीपों को जोड़ा गया है) फेरी परिवहन के प्रयोग में भारी कमी आयी है। नगर की बोट जेट्टियों में पार्क एवेन्यु के निकट एर्णाकुलम मेन बोट जेट्टी, बैनर्जी मार्ग के निकट हाई कोर्ट जेट्टी, विलिंग्डन द्वीप के निकट एम्बार्केशन जेट्टी तथा फ़ोर्ट कोच्चि जेट्टी प्रमुख हैं।

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