नंबूद्री और अंबालावासियों के मिल कर, नायर केरल में हिंदू धर्म की रीढ़ का गठन करते हैं। आर्यों की परंपराओं से पूरी तरह प्रभावित होने के बावजूद, नागा रिवाजों के अवशेष अभी भी नायरों में देखे जा सकते हैं, जैसे कि सर्प की पूजा. पवित्र जंगल, जहां नाग देवताओं की पूजा की जाती है, कई नागा तरवाडाओं में पाए जा सकते हैं। ये पवित्र जंगल सर्प कावु के रूप में जाने जाते हैं (अर्थात् सर्प देवता का घर). पुराने ज़माने में किसी भी समृद्धशाली नायर तरवाडु की विशेषताएं थीं कावु और कुलम (पत्थर से बनी सीढ़ियां और चौहद्दी सहित जलाशय). नायर व्यक्तिगत स्वच्छता पर जोर देते थे और इसलिए तालाब आवश्यक थे। वे कावु के भीतर नागतारा पर दीप प्रज्वलित करते हुए दैनिक पूजा करते थे। निला विलक्कु (पवित्र दीपक) के सामने हर शाम देवताओं और स्तोत्र-पाठ करना प्रत्येक नायर तरवाडु द्वारा धार्मिक रूप से अनुसरण किया जाता था। नायर संबंधित कारा (क्षेत्र) के मंदिरों के संरक्षक थे और वे मंदिरों में भी नियमित रूप से पूजा करते थे। 

नायरों द्वारा हिंदू धर्म का कट्टरता से पालन करने की वजह से, असंख्य नायर-मुस्लिम संघर्ष फलित हुए, ख़ास कर मालाबार क्षेत्र में. इनमें सबसे उल्लेखनीय है सेरिंगपट्टम में नायरों की क़ैद, जहां हजारों नायरों को टीपू सुल्तान के अधीन मुसलमानों द्वारा बलि चढ़ाया गया। सेरिंगपट्टम में नायरों की पराजय के परिणामस्वरूप दक्षिणी मैसूर क्षेत्र में हिंदू धर्म का विनाश हुआ। तथापि, त्रावणकोर के नायर, ब्रिटिश की मदद से 1792 में तीसरे आंग्ल-मैसूर युद्ध के दौरान मुस्लिम बलों को परास्त करने में सफल रहे. मोप्ला दंगों के रूप में विख्यात, 1920 दशक के दौरान जो दूसरा संघर्ष हुआ, उसमें मुसलमानों द्वारा लगभग 30,000 नायरों की सामूहिक हत्या हुई और मालाबार से लगभग पूरी तरह हिंदुओं के पलायन में परिणत हुआ। 

तथापि, अपनी संख्यात्मक श्रेष्ठता के कारण, त्रावणकोर में नायर हिंदू प्रभुत्व हिंदू को जमाए रखने में सक्षम रहे. त्रावणकोर समस्त भारत के बहुत कम ऐसे क्षेत्रों में से एक है, जहां मुस्लिम शासन कभी भी स्थापित नहीं किया जा सका. नायरों द्वारा ईसाई धर्म-प्रचार गतिविधियों के विरोध के परिणामस्वरूप त्रावणकोर क्षेत्र में इंजीली ईसाइयों के साथ मामूली झगड़े हुए हैं। चट्टंपी स्वामीकल जैसे नायर कार्यकर्ताओं ने ईसाई मिशनरी की गतिविधियों का जोरदार विरोध किया और ईसाई धर्म की आलोचना की.

नायर प्रभुत्व का पतन
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