हर साल जून में, एनआईपीईआर अपने एम.एस.(फार्म)/एम.टेक/एम.फार्म., एमबीए और पीएचडी कार्यक्रम में प्रवेश के लिए राष्ट्रीय स्तर की प्रवेश परीक्षा आयोजित करता है। एमबीए (फार्मास्युटिकल मैनेजमैंट) और डॉक्टरेट कार्यक्रमों में रूचि रखने वाले उम्मीदवारों की प्रवेश परीक्षा के बाद व्यक्तिगत साक्षात्कार द्वारा जांच की जाती है।
उम्मीदवारों को एक उपयुक्त विषय में इंजीनियरिंग में ग्रेजुएट एप्टीट्यूड टेस्ट (GATE) या वर्तमान में ग्रेजुएट फार्मेसी एप्टीट्यूड टेस्ट (GPAT) में योग्यता हासिल करनी होती है यद्यपि कुछ प्रोग्रामों में अपवाद है। वर्तमान में GATE को GPAT द्वारा प्रतिस्थापित किया गया है और फार्मेसी स्नातक को GPAT में योग्यता हासिल करनी होती है। प्रवेश परीक्षाएं चंडीगढ़, नई दिल्ली, कोलकाता, नागपुर, पुणे, बंगलौर और अहमदाबाद में आयोजित होती हैं। प्रवेश परीक्षा में प्राप्त रैंक और विभाग में उपलब्ध सीटों की संख्या के आधार पर, आवेदकों को एक परामर्श सत्र में अपनी पसंद के लिए चुनते हैं। नाइपर में अनुसूचित जाति, विकलांग और जम्मू कश्मीरी प्रवासी उम्मीदवारों के लिए भी आरक्षण दिया जाता है।
डॉक्टरेट कार्यक्रम के लिए विषय और/या विशिष्ट विभाग की परीक्षा होती है। डॉक्टरेट अध्ययन के लिए, सामान्य रूप से पीआई के पास छात्रों की आर्थिक सहायता के लिए पर्याप्त धन होती है, लेकिन इसकी अनुपस्थिति में विश्वविद्यालय अनुदान आयोग द्वारा आयोजित राष्ट्रीय पात्रता परीक्षा के माध्यम से फैलोशिप दिया जाता है या इस तरह के छात्र समर्थन योजनाएं आवेदक के मामले को मजबूत बनाता है।

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