नवीन साम्राज्य के फैरोओं ने अपनी सीमाओं को सुरक्षित और अपने पड़ोसियों के साथ कूटनीतिक संबंधों को मजबूत बनाते हुए एक अभूतपूर्व समृद्धि के काल की स्थापना की. थुतमोस प्रथम और उसके पोते थुतमोस तृतीय के सेनापतित्व में छेड़े गए सैन्य अभियानों ने फैरोओं के प्रभाव को सीरिया और नूबिया में फैलाया, जिसने वफादारी को मज़बूत किया और पीतल और लकड़ी जैसे महत्वपूर्ण आयातों तक उनकी पहुँच बनाई. नवीन साम्राज्य के फैरोओं ने अमुन देवता को बढ़ावा देने के लिए, जिनका बढ़ता पंथ कर्नाक में आधारित था, बड़े पैमाने पर निर्माण अभियान की शुरूआत की. उन्होंने अपनी असली और काल्पनिक, दोनों उपलब्धियों के महिमामंडन में भी स्मारकों का निर्माण कराया. महिला फैरो हत्शेपसट ने ऐसे प्रचार का इस्तेमाल, सिंहासन पर अपने दावे को तर्कसंगत ठहराने के लिए किया। उसका सफल शासन, पंट के व्यापारिक अभियानों, एक शानदार मुर्दाघर मंदिर, ओब्लिस्क की एक विशाल जोड़ी और कर्नाक में एक प्रार्थनालय से चिह्नित है। उसकी उपलब्धियों के बावजूद, हत्शेपसट के सौतेले भतीजे थुतमोस तृतीय ने उसकी विरासत को अपने शासनकाल के अंत में मिटाने का प्रयास किया, संभवतः उसके द्वारा गद्दी छीनने के प्रतिशोध में.
करीब 1350 ई.पू. में, नवीन साम्राज्य की स्थिरता को तब खतरा पैदा हो गया, जब अमेनहोटेप IV सिंहासन पर आरूढ़ हुआ और उसने कई अतिवादी और अराजक सुधारों की शुरूआत की. अपना नाम अखेनातेन में बदलते हुए, उसने पूर्व में अल्प ज्ञात सूरज देवता अतेन को सर्वोच्च देवता के रूप में घोषित किया और अन्य देवताओं की पूजा को बाधित करते हुए पुरोहित सम्बन्धी स्थापनाओं की सत्ता पर हमला किया। राजधानी को अखेनातेन के नए शहर में स्थानांतरित करते हुए (वर्तमान अमर्ना) अखेनातेन ने विदेशी मामलों से मुंह फेर लिया और खुद को अपने नए धर्म और कलात्मक शैली में डुबा लिया। उसकी मृत्यु के बाद, अटेन पंथ को जल्दी ही छोड़ दिया गया और उसके उत्तरवर्ती फैरो, तुथंखमुन, आई और होरेमहेब ने अखेनाटेन के विधर्म के सभी उल्लेखों को मिटा दिया, जिसे अब अमर्ना काल के रूप में जाना जाता है।

1279 ई.पू. के आस-पास, रामेसेस द्वितीय, जिसे रामेसेस महान के रूप में भी जाना जाता है, सिंहासनारूढ़ हुआ और उसने और अधिक मंदिरों, प्रतिमाओं और ओब्लिस्क का निर्माण जारी रखा और इतिहास में किसी अन्य फैरोओं की अपेक्षा काफी अधिक संतान पैदा किये. एक साहसिक सैन्य नेता होते हुए, रामेसेस द्वितीय ने कादेश का युद्ध में हिटाइट्स के खिलाफ अपनी सेना का नेतृत्व किया और एक गतिरोध तक लड़ने के बाद, अंततः 1258 ई.पू. के आसपास पहली दर्ज शांति संधि के लिए सहमत हुआ। मिस्र की संपदा ने, हालांकि, आक्रमण के लिए इसे एक आकर्षक लक्ष्य बना दिया, विशेष रूप से लिबिआई और समुद्री लोगों के बीच. शुरू में, सेना ने इन हमलों को विफल कर दिया, लेकिन मिस्र ने अंततः सीरिया और फिलिस्तीन के नियंत्रण को खो दिया. बाहरी खतरों का असर, भ्रष्टाचार, कब्र डकैती और नागरिक अशांति जैसी आंतरिक समस्याओं से और भी विकट हो गया। थेब्स में अमुन मंदिर के उच्च पुजारियों ने जमीन और अकूत संपत्ति जमा कर ली और उनकी बढ़ती ताकत ने तीसरे मध्यवर्ती काल के दौरान देश को विछिन्न कर दिया.

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