मोटे क्लाइंट ईमेल क्लाइंटों और छोटे ईमेल क्लाइंटों के अलावा वहाँ भी वेब आधारित ईमेल अनुप्रयोग भी हैं जिसे वेबमेल आवेदन कहा जाता है। वेबमेल के कई फायदे हैं, उपयोगकर्ता के सामान्य वेब ब्राउज़र का उपयोग करते हुए ईमेल भेजना और प्राप्त करना, इसलिए ईमेल क्लाइंट की जरूरत को एक प्रकार से खत्म कर देता है। 

कुछ वेबसाइट हॉटमेल, जीमेल, एओएल औरयाहू ईमेल सेवाओं के लिए समर्पित हैं; लेकिन कई इंटरनेट सेवा प्रदाता अपने इंटरनेट के हिस्से के रूप में वेबमेल सेवाओं को प्रदान करते हैं। वेबमेल की मुख्य सीमाएं हैं कि यूज़र ऑफ़लाइन बातचीत, ईमेल का काम या संदेश रचना और डाउनलोड करने में असमर्थ होते हैं, हालांकि जीमेल गीयर्स की स्थापना के माध्यम से ऑफ़लाइन जीमेल की पेशकश करता है। एक नियमित रूप से मेल सर्वर द्वारा प्रदान की गई वेबमेल का लाभ यह है कि ईमेल आधार कंप्यूटर पर, जब भी चाहें डाउनलोड किया जा सकता है जब तक मेल यूज़र मेल सर्वर पर रहता है। यूज़र चुन सकते हैं कि एक बैकअप के लिए सर्वर पर ईमेल की एक कॉपी छोड़ने के लिए सक्षम हो सकते हैं।

वेबमेल का एक प्रमुख नुकसान यह है कि होस्टिंग निगम या संस्था व्यक्ति के ईमेल पर नियंत्रण रखती है जैसे कि यह सेवा कार्य के अलावा एक भंडारण क्रिया को भी बरकरार रखती है। चूंकि एकमात्र भंडारण स्थान की मेजबानी और नियंत्रण निगम या संस्था द्वारा नियंत्रित होता है व्यक्ति को उनका ईमेल नहीं मिलता वो केवल इसको ऐक्सेस कर सकते हैं वो भी निगम या संस्था के नियंत्रण में रहकर. यह एक समस्या बन जाती है जब उपयोगकर्ता हैकिंग या द्वेष के माध्यम से अपने ईमेल खाते को खो देते हैं और दोबारा संग्रहीत करने के लिए केवल अपने ईमेल की प्रतियां प्राप्त करने में असमर्थ रहते हैं। वेबमेल इंटरनेट कनेक्शन की गति और गुणवत्ता से भी प्रभावित होता है और डायल अप कनेक्शन उपयोगकर्ता के लिए एक समस्या हो सकती है। वेबमेल का एक प्रमुख लाभ यह है कि व्यक्ति के ईमेल को हर जगह उपलब्ध कराता है जहां भी एक इंटरनेट कनेक्शन और एक ब्राउज़र हो और उस व्यक्ति के कंप्यूटर में उनके मेल में आवेदन स्थापित करने की जरूरत नहीं होती है। वेबमेल के साथ उपयोगकर्ता के ईमेल आमतौर पर एकाधिक अतिरेक के साथ समर्थित होते हैं और निगम और संस्थाएं आमतौर पर अत्यंत विश्वसनीय सेवा और साथ ही उत्कृष्ट स्पैम फिल्टरिंग सेवाएं प्रदान करती हैं। वेबमेल की गोपनीयता के विषय में निगम व्यक्तिगत जानकारी की बहुत बड़ी मात्रा में भंडारण करते हैं। 

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