बहुत सारी जड़ी-बूटियां हैं जिनके लिए माना जाता है वे प्रतिकूल प्रभाव देनेवाली होती हैं। इसके अलावा, "मिलावट, अनुचित निर्माण, या पौधों के बारे में जानकारी का अभाव और औषधि की परस्पर क्रिया से प्रतिकूल प्रतिक्रिया कभी-कभी जीवन के लिए खतरनाक और घातक होती हैं." चिकित्सा के लिए उपयोग करने की सिफारिश करने से पहले समुचित डबल ब्लाइंड नैदानिक परीक्षणों की आवश्यकता सुरक्षा और प्रत्येक पौधे की प्रभावकारिता सुनिश्चित करने के लिए होती है। हालांकि बहुत सारे उपभोक्ताओं का मानना है कि हर्बल औषधि सुरक्षित हैं क्योंकि वे "प्राकृतिक" हैं और सिंथेटिक दवाएं एक-दूसरे को प्रभावित कर सकती है, जिससे मरीज में विषाक्तता पैदा हो सकती है। जड़ी-बूटियों से उपचार भी खतरनाक रूप से संदूषित हो सकता हैं और हो सकता है हर्बल औषधियों की प्रभावकारिता स्थापित हुए बगैर, अनजाने में किसी दवा के बदले में दे दी जाए जिसकी प्रभावकारिता की पुष्टि हो गयी हो.

संयुक्त राज्य अमेरिका में विशुद्धता और खुराक का मानकीकरण अनिवार्य नहीं है, बल्कि पौधों की प्रजातियों में विभिन्न जैव रसायनिकों के कारण समान विशिष्टता से तैयार उत्पाद भिन्न भी हो सकते हैं। पौधों में शिकारियों के विरुद्ध रासायनिक सुरक्षा तंत्र होता है, जो मनुष्यों के लिए प्रतिकूल या घातक प्रभाव वाले हो सकते हैं। अत्यधिक विषैली जड़ी-बूटियों के उदाहरण में जहरीले हेमलोक और धतूरा जैसे अनेक पौधे शामिल हैं। ये जड़ी-बूटियां सार्वजनिक रूप में विपणन के लिए नहीं हैं, क्योंकि इनके जोखिम विख्यात हैं, साथ ही आंशिक रूप से "जादू-टोना", "तिलस्म" और "षड्यंत्र" के साथ जुड़े यूरोप के लम्बे इतिहास के कारण भी इनका आम विपणन नहीं होता. हालांकि अक्सर नहीं, लेकिन बड़े पैमाने पर जड़ी-बूटियों के इस्तेमाल की प्रतिकूल प्रतिक्रियाएं सामने आयी हैं। कई बार जड़ी-बूटी के उपभोग से गंभीर अप्रिय परिणाम देखे गये। पोटेशियम रिक्तीकरण के एक बड़े मामले में पुराने मुलैठी अन्तर्ग्रहण को जिम्मेदार ठहराया गया. और फलस्वरूप पेशेवर वैद्यों ने मुलैठी से जोखिम को देखते हुए इसके उपयोग से परहेज करना शुरू किया। यकृत की खराबी के एक मामले में काले कोहोश (Black cohosh) को जिम्मेदार माना गया.
गर्भवती महिलाओं के लिए जड़ी-बूटियों की सुरक्षा से संबंधित कुछ अध्ययन उपलब्ध हैं, और एक अध्ययन ने पाया कि चल रही गर्भावस्था और जीवित जन्म दर में 30% की कमी से जुड़ा है प्रजनन उपचार के दौरान पूरक और वैकल्पिक दवाओ का उपयोग.. हर्बल उपचारों के उदाहरण मीठा तैलिया (aconite), जो कि आमतौर पर कानूनी रूप से प्रतिबंधित जड़ी-बूटी है, आयुर्वेदिक उपचार, झाऊ, झाड़-झंखाड़, चीनी जड़ी-बूटी का सम्मिश्रण, कोम्फ्रे, कुछ फ्लेवोनाइड युक्त जड़ी-बूटी, जर्मेन्डर, ग्वार गोंद, मुलैठी जड़ और एक खास प्रकार का पुदीना पेनीरोयल समेत इनके संभावित कारण-प्रभाव का संबंध प्रतिकूल प्रभाव से है। जड़ी बूटियों के उपाहरण जहां बड़े पैमाने पर लंबी अवधि के प्रतिकूल प्रभावों के जोखिम का दावा विश्वास के साथ किया जा सकता है, उसमें जिंसेग; जो इसी कारण वद्यों के अलोकप्रिय है, समेत लुप्तप्राय गोल्डेनसील, मिल्क थीस्ल, सेन्ना; आम तौर पर वैद्य जिसके सलाह देने के खिलाफ है और विरले ही इस्तेमाल करते हैं; घृतकुमारी का रस, बकथोम की छाल और बेर, कासकारा सग्रादा की छाल, सॉ पामेटो, वैलेरियन, कावा; जो यूरोपियन यूनियन में प्रतिबंधित है, सेंट जॉन पौधा, सुपारी, प्रतिबंधित जड़ी-बूटी एफ्रेडा और गौराना शामिल हैं।

इसके साथ ही परस्पर क्रिया के लिए अच्छी तरह स्थापित हो जाने जानेवाली बहुत सारी जड़ी-बूटियों और औषधियां चिंता का विषय है। चिकित्सक के साथ परामर्श के दौरान अब तक किए गए हर्बल उपचार के बारे में स्पष्ट किया जाना चाहिए, क्योंकि कुछ हर्बल उपचार जब विभिन्न तरह के पर्चे और बिना नुस्खे के औषधियों के संयोजन से लिया जाता है तो औषधि की परस्पर क्रिया प्रतिकूल प्रभाव डालती है, ऐसे में मरीज को सेवन किए गए दकियानुसी नुस्खे और अन्य औषधियों के बारे में सूचित कर दिया जाना चाहिए.

उदाहरण के लिए, खतरनाक रूप से कम रक्तचाप का कारण हर्बल उपचारों का संयोजन हो सकता है, सुझायी गयी औषधि के साथ ही साथ उसमें रक्तचाप को कम करने का एक जैसा प्रभाव होता है। कुछ जड़ी बूटियां थक्कारोधी (anticoagulants) प्रभाव को बढ़ा सकता हैं।
कुछ जड़ी बूटियों के साथ ही साथ कुछ आम फल एक के एंजाइम्स, साइटोक्रोम P450 के साथ बहुत सारे औषधि के पचापचय में गंभीर रूप से बाधा डालती हैं।

मानक और गुणवत्ता नियंत्रण
जड़-बूटियों से संबंधित चिकित्सा प्रणालियों के प्रकार
वैद्यकी (हर्बलिज्म) का मानव विज्ञान
सुरक्षा