11 सितम्बर की साजिश का विचार खालिद शेख मोहम्मद से आया जिसने यह विचार 1996 में ओसामा बिन लादेन के समक्ष प्रस्तुत किया। इस समय, सूडान से वापस अफगानिस्तान स्थानांतरित होकर, बिन लादेन और अल कायदा संक्रमण की अवस्था में थे। बिन लादेन के अमेरिका पर हमले के इरादे के साथ, 1998 में अफ्रीकी दूतावास में बम विस्फोट तथा बिन लादेन के 1998 के फतवे से एक नया मोड़ आया। दिसंबर 1998 में, निदेशक केन्द्रीय खुफिया आतंकवाद प्रतिरोधी केंद्र ने राष्ट्रपति बिल क्लिंटन को रिपोर्ट दी कि अपने कर्मियों को विमान अपहरण का प्रशिक्षण देने के साथ, अल-कायदा अमेरिका (USA) में हमलों की तैयारी कर रहा था।

1998 के अंत में या 1999 के आरंभ में बिन लादेन साजिश पर आगे बढ़ने के लिए मोहम्मद को मंजूरी दे दी. खालिद शेख मोहम्मद, ओसामा बिन लादेन और उनके नायब मोहम्मद आतेफ के बीच 1999 के वसंत में बैठकों का एक सिलसिला चला। मोहम्मद ने, लक्ष्य के चुनाव तथा अपहरणकर्ताओं की यात्रा की व्यवस्था में सहायता सहित साजिश हेतु क्रियात्मक सहयोग प्रदान किया। बिन लादेन ने मोहम्मद के चयन को पलटते हुए, लॉस एंजिल्स में यू॰एस॰ (U.S.) बैंक टॉवर जैसे महत्त्वपूर्ण लक्ष्य को खारिज कर दिया क्योंकि "ऐसे ऑपरेशन की तैयारी के लिए पर्याप्त समय नहीं था"।

बिन लादेन ने आर्थिक सहायता के साथ, साजिश के लिए नेतृत्व प्रदान किया और वह साजिश के लिए प्रतिभागियों के चयन में शामिल था। बिन लादेन ने शुरू में बोस्निया में लड़ चुके अनुभवी जिहादियों नवाफ अल-हजमी और खालिद अल-मिहधार का चयन किया था। कुआलालंपुर अल-कायदा शिखर सम्मेलन में भाग लेने के लिए मलेशिया की यात्रा करने के बाद, मध्य-जनवरी 2000 में हजमी और मिहधार संयुक्त राज्य अमेरिका में पहुंचे थे। 2000 वसंत में, हजमी और मिहधार ने सैन डिएगो, कैलिफोर्निया में उड़ान प्रशिक्षण लिया, लेकिन वे बहुत कम अंग्रेजी बोलते थे, उड़ान प्रशिक्षण में अच्छा नहीं कर सके और अंततः पहलवान अपहरणकर्ता के रूप में सेवा दी.

1999 के अंत में हैम्बर्ग, जर्मनी से आदमियों का एक समूह अफगानिस्तान आया, जिनमें मोहम्मद अत्ता, मरवन अल-शेही, जियाद जर्राह और रैम्जी बिनालशिभ शामिल थे। ये शिक्षित थे, अंग्रेजी बोल सकते थे और इन्हें पश्चिम में रहने का अनुभव था, इसलिए बिन लादेन ने इन आदमियों को साजिश के लिए चुना। नए रंगरूटों के कौशल की नियमित जांच होती थी, जिससे अल-कायदा पहचान सका कि हानी हनजौर के पास पहले से ही एक वाणिज्यिक विमान चालक का लाइसेंस था।

हनजौर 8 दिसम्बर 2000 को सैन डिएगो में आ गया और हाजमी से मिला। वे जल्द ही प्रशिक्षण के लिए एरिज़ोना चले गए जहां हनजौर ने पुनश्चर्या प्रशिक्षण लिया। मरवन अल-शेही मई 2000 के अंत में आया, जबकि अत्ता 3 जून 2000 को पहुंचा और जर्राह 27 जून 2000 को आया। बिनालशिभ ने कई बार संयुक्त राज्य अमेरिका के वीज़ा के लिए आवेदन किया, किंतु एक यमन के रूप में उसके वीजा की अवधि के बाद में एक अवैध आप्रवासी के रूप में रहने की आशंका के कारण इंकार कर दिया गया। अट्टा और खालिद शेख मोहम्मद के बीच समन्वय प्रदान करने के लिए हैम्बर्ग में बने रहे। हैम्बर्ग सेल के तीन सदस्यों ने दक्षिण फ्लोरिडा में विमान चालक प्रशिक्षण लिया।

2001 वसंत में, पहलवान अपहरणकर्ता संयुक्त राज्य अमेरिका में पहुंचने शुरू हुए। जुलाई 2001 में, अत्ता बिनालशिभ से स्पेन में मिला, जहां उन्होंने अंतिम लक्ष्य के चयन सहित साजिश के विवरण का समन्वय किया। बिनालशिभ ने बिन लादेन का यह संदेश भी दिया कि हमले, यथासंभव जल्दी से जल्दी किए जाएं.

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