आचार्य बालकृष्ण ने शोध के क्षेत्र में भी अपना अहम योगदान दिया है अपने सह लेखकों के साथ अब तक 41 शोध पत्र लिख चुके हैं।
सभी शोधपत्र योग, आयुर्वेद और दवाइयों से संबन्धित हैं।
आचार्य श्री ने विभिन्न विद्यालयों के परिसर में मिलने वाले खाद्य पदार्थों के संबंध में अध्ययन किया और इनकी विश्वसनीयता जानने के लिए प्रयोगशालाओं में इसका परीक्षण भी किया है

जीवनचरित
पुरस्कार और सम्मान
शोध पत्र प्रकाशन
समालोचना