संगठित अपराध के जबाब में 25 अगस्त 1953 को टॉप हूडलम नामक एक प्रोग्राम बनाया गया। इसके तहत सभी क्षेत्र कार्यालयों से अपने क्षेत्रों के गुंडों की जानकारी एकत्रित करने के लिए और इनकी सूचना धूर्तों की केंद्रीकृत खुफिया जानकारी के संग्रहण के लिए नियमित रूप से वाशिंगटन भेजने को कहा गया। रैकेटियर इन्फ्लुएंस्ड एंड करप्ट ऑर्गेनाइजेशन एक्ट या रिको एक्ट के अस्तित्त्व में आने के बाद एफबीआई ने पहले के उन निषेधित-संगठित समूहों की जाँच शुरू की जो प्रमुख शहरों और छोटे शहरों में भी अपराध का मोर्चे बन चुके थे। एफबीआई के सभी कामों को इन संगठनों के भीतर से ही रिको (आरआईसीओ) एक्ट में दिए गए प्रावधानों का उपयोग करते हुए ख़ुफ़िया तरीके से अंजाम दिया जाता था और जल्दी ही इन समूहों को ध्वस्त कर दिया गया। हालांकि शुरू में हूवर नें संयुक्त राज्य अमेरिका में एक नेशनल क्राइम सिंडीकेट के अस्तित्व से इनकार किया, लेकिन बाद में ब्यूरो ने सैम गिंकाना और जॉन गोटी के नेतृत्व वाले गिरोहों समेत कुख्यात संगठित अपराध गिरोहों और परिवारों के खिलाफ अभियान का संचालन किया। रिको एक्ट का प्रयोग आज भी सभी संगठित अपराधों और ऐसे किसी भी व्यक्ति के विरुद्ध किया जाता है जो इस अधिनियम के तहत आते हैं।

हालांकि 2003 में एक कांग्रेस समिति ने एफबीआई के संगठित अपराध सूचना (मुखबिरी) कार्यक्रम को "संघीय कानून प्रवर्तन के इतिहास में सबसे बड़ी विफलताओं में से एक" कहा. एक मुखबिर की रक्षा में मार्च 1965 में एफबीआई ने चार निर्दोष पुरुषों को हत्या का दोषी सिद्ध होने दिया. तीन लोगों की मौत की सजा सुनाई गयी (जिसे बाद में घटा कर आजीवन कारावास में बदल दिया गया). चौथे प्रतिवादी को आजीवन कारावास की सजा सुनाई गयी जिसमें उसने तीन दशक व्यतीत किये. जुलाई 2007 में, बोस्टन में अमेरिका के जिला न्यायाधीश नैन्सी गर्टनर ने पाया कि ब्यूरो ने मार्च 1965 में एडवर्ड "टेड्डी" डीगन की गैंगलैंड में हुई हत्या के लिए चार लोगों को सज़ा दिलवानें में मदद की थी। अमेरिकी सरकार को चारों प्रतिवादियों को 100 मिलियन डॉलर के हर्जाने का भुगतान करने का आदेश दिया गया।

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एफबीआई और संगठित अपराध