कनिमोझी चेन्नई के चर्च पार्क के प्रजेंटेशन कान्वेंट स्कूल की छात्रा रहीं और बाद में उन्होंने मद्रास विश्वविद्यालय के एथिराज महिला कॉलेज से अर्थशास्त्र में परास्नातक किया। 1989 में शिवकासी के व्यवसायी अथिबन बोस से उनका विवाह हुआ। उनसे तलाक के बाद, उन्होंने 1997 में सिंगापुर के तमिल लेखक जी.अरविंदन से शादी की।

न्यूयॉर्क टाइम्स के एक लेख में यह दावा किया गया कि कनिमोझी का पूर्व दूरसंचार मंत्री ए. राजा के साथ गहरा संबंध था।

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