अरुणाचल प्रदेश का मौसम उन्नयन के साथ बदलता है। अधिक ऊँचाई वाले क्षेत्र जैसे ऊपरी हिमालय स्थित तिब्बत के निकट-वर्ती क्षेत्रों में मौसम अल्पाइन या टुन्ड्रा प्रकार का होता है। मध्य हिमालय क्षेत्रों में मौसम समशीतोष्ण होता है और यहाँ सेब, संतरा, आदि के फलदार वृक्ष होते हैं। निचले हिमालयी क्षेत्रों में नम उप-उष्णकटिबंधीय मौसम पाया जाता है जहाँ तेज ग्रीष्म तथा हल्की शरद ऋतु होती है।

अरुणाचल प्रदेश में भारी वर्षा होती है (160 से 80 इंच (2000 से 4000 मिमी वार्षिक)। अधिकतर वर्षा मई और सितंबर के बीच होती है। पहाड़ और इनकी ढलानें अल्पाइन, समशीतोष्ण और उपविषुवतीय वृक्षों के जंगलों से ढकी हैं। यहाँ बौना रॉडॉडेन्ड्रोन, ओक, चीड़, मैप्ले, फर और जुनिपर के वृक्षों के साथ साल और सागौन जैसे मुख्य आर्थिक प्रजाति के वृक्ष भी पाये जाते हैं।

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