1898 में न्यूयॉर्क शहर के समेकन के बाद से मैनहटन को न्यूयॉर्क शहर के चार्टर द्वारा नियंत्रित किया जाता है, जिसने 1989 में इसके संशोधन के बाद से एक मजबूत मेयर-परिषद् तंत्र की व्यवस्था की है। न्यूयॉर्क शहर की केंद्रीकृत सरकार मैनहटन में सार्वजनिक शिक्षा, सुधारक संस्थानों, पुस्तकालयों, सार्वजनिक सुरक्षा, मनोरंजन की सुविधाओं, स्वच्छता, जल आपूर्ति और कल्याण सेवाओं के लिए उत्तरदायी है।

नगर राष्ट्रपति के कार्यालय को स्थानीय प्राधिकारी के साथ केंद्रीकरण का संतुलन स्थापित करने के लिए 1898 के समेकन में निर्मित किया गया था। प्रत्येक नगर राष्ट्रपति की एक शक्तिशाली प्रशासनिक भूमिका होती थी जो न्यूयॉर्क शहर के बोर्ड ऑफ़ एस्टीमेट पर मतदान के फलस्वरूप प्राप्त होती थी, जो शहर के बजट और भूमि उपयोग के प्रस्तावों का निर्माण करने और उन्हें अनुमोदित करने के लिए उत्तरदायी होती थी। 1989 में संयुक्त राज्य अमेरिका के सर्वोच्च न्यायलय ने बोर्ड ऑफ़ एस्टीमेट को असंवैधानिक घोषित कर दिया क्योंकि सबसे ज्यादा जनसंख्या वाले ब्रूकलीन नगर में सबसे कम जनसंख्या वाले स्टेटन द्वीप नगर की तुलना में बोर्ड पर कोई अधिक प्रभावी प्रतिनिधित्व नहीं था, इस प्रकार यह उच्च न्यायालय के वर्ष 1964 के "एक व्यक्ति, एक वोट" के निर्णय के आधार पर चौदहवें संशोधन के समान संरक्षण खण्ड का एक उल्लंघन था।

1990 के बाद से, मुख्यतः शक्तिहीन नगर राष्ट्रपति ने मेयर से संबंधित एजेंसियों, शहर परिषद्, न्यूयॉर्क राज्य सरकार और निगमों में नगर के एक वकील के रूप में काम किया है। मैनहटन के नगर राष्ट्रपति स्कॉट स्ट्रिंगर है जो 2005 में एक डेमोक्रेट के रूप में चुने गए थे।

सी वेंस, जो कि एक डेमोक्रेट है, वर्ष 2010 से न्यूयॉर्क प्रान्त के जिला अटॉर्नी के पद पर आसीन है। मैनहटन के शहर परिषद् में दस सदस्य है, जो पांच नगरों में तीसरा सबसे बड़ा दल है। इसमें बारह प्रशासनिक जिले भी हैं, जिनमें से प्रत्येक की सेवा के लिए एक स्थानीय सामुदायिक बोर्ड की व्यवस्था की गई है। सामुदायिक बोर्ड वे प्रतिनिधि निकाय हैं जो शिकायतों को एकत्रित करते हैं और स्थानीय निवासियों के लिए अधिवक्ताओं के रूप में सेवा प्रदान करते हैं।
संयुक्त राष्ट्र के मेजबान के रूप में, यह नगर दुनिया के सबसे बड़े अंतर्राष्ट्रीय वाणिज्यदूतीय दल का केंद्र है जिसमें 105 वाणिज्य-दूतावास, वाणिज्य-दूतावासों के जनरल और मानद वाणिज्य-दूतावास शामिल हैं। यह न्यूयॉर्क सिटी हॉल का घर भी है, जो न्यूयॉर्क शहर के मेयर और न्यूयॉर्क शहर परिषद् के न्यूयॉर्क शहर में सरकारी आवास का स्थान है। मेयर के कर्मचारियों और तेरह नगरपालिका एजेंसियों का स्थान समीपवर्ती मैनहटन नगरपालिका भवन है जो वर्ष 1916 में तैयार हुआ जो दुनिया के सबसे बड़े सरकारी भवनों में से एक है।

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