1780 में, पजहस्सी राजा ने तलास्सेरी पर से मैसूरी घेराबंदी हटाने के लिए अंग्रेजों को एक योजना प्रस्तावित की: वे और उनके लोग पूरब की ओर से पीछे से दुश्मन पर धावा बोलेंगे और किले से बाहर आकर अंग्रेज सेना सामने से मैसूरी सेना पर हमला करेगी। दोनों सेनाओं के इस संयुक्त प्रहार से शत्रु दो भाग में बंट जाएगा. तब मैसूरी तथा मित्र सेना को आसानी से उखाड़ फेंका जा सकेगा. लेकिन 1781 में ही अंग्रेजों को इस योजना का महत्व समझ आया और उनके बंबई अधिकारी इससे सहमत हुए. पजहस्सी की योजना के अनुसार एक ऑपरेशन शुरू किया गया और मैसूरी सेना के विनाश के साथ यह समाप्त हुआ। सरदार खान भी मारा गया। उसके बाद पजहस्सी राजा के नेतृत्व में नायर योद्धाओं ने कोट्टयम में विद्रोह कर दिया। जल्द ही, मैसूरियों को निकाल बाहर किया गया।

1782 तक, कोट्टयम एक स्वतंत्र देश था। लेकिन आंग्ल-मैसूर युद्ध के बाद मंगलौर की संधि [1784] से अंग्रेजों ने मालाबार पर टीपू सुलतान के अधिकार को मान्यता दे दी। इस प्रकार उसने अपना एकमात्र मूल्यवान सहयोगी खो दिया, मैसूर का एक मातहत राज्य बनने के लिए कोट्टयम तैयार हो गया था। एक बार फिर, जैसा कि 1779 में सरदार खान ने किया था, मैसूर ने भेंट की बहुत अधिक दर तय की। हालांकि पजहस्सी राजा के बड़े भाई रवि वर्मा प्रति वर्ष 65,000 रुपये देने पर सहमत हुए, लेकिन मैसूर ने 81,000 रुपये की मांग की। भेंट की बढ़ी हुई दर से किसानों [खासकर तियार/इझावा] की मुश्किलें बढ़ गयीं जो पहले से ही वर्षों से विदेशी कब्जे से पीड़ित थे। तब पजहस्सी राजा ने इस मुद्दे को अपने हाथों में लिया और एक बार फिर जन प्रतिरोध आंदोलन की शुरुआत की। 

पहला विद्रोह (1793-1797)
ब्रिटिश हस्तक्षेप
राजा के समर्थकों की सूची
तलास्सेरी की घेराबंदी