सुब्रह्मण्यम् स्वामी ने रोक्सना नाम की एक पारसी महिला से जून 1966 में विवाह किया। रोक्सना से उनकी पहली भेंट हार्वर्ड में हुई थी। रोक्सना स्वामी भी गणित में पीएच०डी० हैं तथा आजकल भारत के सर्वोच्च न्यायालय में वकील हैं। उनकी दो बेटियाँ है, एक गीतांजलि स्वामी जिसने एम०आई०टी० विश्वविद्यालय के प्रोफेसर संजय शर्मा से शादी की है और दूसरी सुहासिनी हैदर जो सीएनएन आईबीएन में सम्पादक है। और नदीम हैदर से विवाह किया

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