विश्वविद्यालय-पुस्तकालय का इतिहास भी गुरुकुल की स्थापना के साथ ही प्रारम्भ होता है। निरन्तर 112 वर्षों से भी अधिक पोषित यह पुस्तकालय आज वेद, वेदांग, आर्य साहित्य, तुलनात्मक धर्म एवं मानवीय ज्ञान, विज्ञान, प्रबन्धन, एवं प्रौद्योगिकी की विविध शाखाओं पर प्रकाश डालने वाले एक लाख से अधिक ग्रन्थों से अलंकृत है। सहस्त्रों दुर्लभ ग्रन्थों एवं अनेक अप्राप्य पत्रिकाओं से समृद्ध यह पुस्तकालय आर्य संस्कृति की धरोहर के रूप में विश्वविख्यात है। विश्वविद्यालय पुस्तकालय वैदिक एवं संस्कृत साहित्य, भारतीय दर्शन, आर्य साहित्य, प्राचीन भारतीय इतिहास एवं संस्कृति तथा आधुनिक विषयों में भी अपने समृद्ध संग्रह के कारण देशव्यापी ख्याति प्राप्त पुस्तकालयों में से एक है। इसके अतिरिक्त सभी विभागों में स्नातकोत्तर कक्षाओं हेतु विभागीय पुस्तकालय की समुचित व्यवस्था है। कन्या गुरुकुल परिसर, हरिद्वार व कन्या गुरुकुल परिसर, देहरादून में अलग पुस्तकालय की व्यवस्था है जिनमें विभिन्न विषयों की पुस्तकें प्रचुर मात्रा में उपलब्ध हैं। विश्वविद्यालय अनुदान आयोग के इन्फोनेट प्रोग्राम के अन्तर्गत पुस्तकालय में विभिन्न विषयों की 400 से अधिक अन्तर्राष्ट्रिय शोध पत्रिकायें कम्प्यूटर नेटवर्क के माध्यम से उपलब्ध हैं। अभियांत्रिकी एवं प्रौद्योगिकी संकाय तथा आयुर्वेद एवं आयुर्विज्ञान संकाय के भी अपने-अपने समृद्ध पुस्तकालय हैं।अभियांत्रिकी एवं प्रौद्योगिकी संकाय के पुस्तकालय में प्रतिवर्ष ३०००० से अधिक पुस्तको का आदान प्रदान होता है वर्तमान में श्री शत्रुघन झा इसके प्रभारी के रूप में नियुक्त हैं .

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