उपन्यास 6 भागों और 34 अध्यायों में बंटा हुआ है: डॉक्टर लिव्से द्वारा वर्णित 16-18 अध्याय को छोड़ कर जिम हॉकिन्स ने बाकी सबका आख्यान किया है।

उपन्यास का प्रारंभ मध्य 18वीं सदी में दक्षिण-पश्चिम इंग्लैंड के एक समुद्र तटीय गांव से होती है। कथावाचक जिम हॉकिन्स एडमिरल बेन्बो सराय के मालिक का जवान बेटा है। एक पुराना शराबी बिली बोन्स सराय का एक दीर्घकालिक बासिंदा है, जिसने सिर्फ अपने प्रवास के पहले हफ्ते का ही भुगतान किया है। जिम जल्द ही जान जाता है कि बोन्स गुप्तवास में है और वह विशेष रूप से एक पैर के एक अज्ञात समुद्र यात्री से मिलने से डरता है। कुछ महीने बाद, ब्लैक डॉग नामक एक रहस्यमय नाविक बोन्स से मिलने आता है। उनकी मुलाक़ात हिंसक हो जाती है, ब्लैक डॉग भाग जाता है और बोन्स को एक दौरा आता है। जब जिम उसका ख्याल रखने लगता है, तब बोन्स कबूल करता है कि वह कभी कुख्यात समुद्री डाकू कैप्टन फ्लिंट का साथी था और अब उसके पुराने साथी बोन्स का समुद्री संदूक चाहते हैं।

कुछ समय बाद, बोन्स का एक दूसरा साथी प्यूव सराय में आता है और बोन्स तक ले जाने के लिए जिम पर दबाव डालता है। प्यूव बोन्स को एक कागज देता है। प्यूव के जाने के बाद, बोन्स कागज़ को खोलकर एक काला धब्बा देखता है, जो कि समुद्री डाकू का सम्मन है, जिसमें यह चेतावनी है कि उसके पास दस बजे तक का समय है और वह उसी स्थान पर मिर्गी (इस परिप्रेक्ष्य में, एक दौरा) से गिरकर मर गया। बोन्स के कमरे और उसके भोजन का बकाया प्राप्त करने के लिए जिम और उसकी मां बोन्स का समुद्री संदूक खोलते हैं, लेकिन अपना बकाया पैसा जब तक गिनना वे पूरा कर पाते, उन्होंने डाकुओं के सराय में आने की आवाज सुनी और उन्हें भागने तथा छिपने के लिए मजबूर होना पड़ा, लेकिन जिम ने संदूक से एक रहस्यमय मोमजामा पैकेट निकाल लिया था। प्यूव के नेतृत्व में डाकुओं को संदूक और पैसे मिल गये, मगर संदूक में "फ्लिंट का घूंसा" न होने से वे निराश हुए. राजस्व एजेंटों के आ जाने से समुद्री डाकू अपने जहाज पर भाग जाते हैं, सिर्फ अंधे प्यूव को छोड़कर, जो गलती से एजेंटों के घोड़ों के नीचे आकर मारा जाता है।

जिम रहस्यमय मोमजामा पैकेट लेकर डॉ॰ लिव्से के पास जाता है, क्योंकि वह एक "सज्जन और एक मजिस्ट्रेट" है; और वह स्क्वायर ट्रेलाव्नी और जिम हॉकिन्स मिलकर उसकी जांच करते हैं। उन्हें कैप्टन फ्लिंट के कैरियर के दौरान लुटे गये खजाने से संबंधित एक लॉग-बुक मिलता है, साथ ही एक द्वीप का एक विस्तृत नक्शा भी मिलता है, जिसमें फ्लिंट के खजाने के गुप्त भण्डार के स्थान को चिह्नित किया गया है। स्क्वायर ट्रेलाव्नी तुरंत ही डॉ॰ लिव्से तथा जिम की मदद से खजाने को खोज निकालने के लिए एक जहाज यात्रा की योजना बनाता है। लिव्से ट्रेलाव्नी को अपने लक्ष्य के बारे में चुप रहने की चेतावनी देता है।

ब्रिस्टल जाकर ट्रेलाव्नी "हिस्पानिओला" नामक मस्तूलों वाला जहाज खरीदता है, उसे चलाने के लिए कैप्टन स्मोलेट को और रसोईघर के लिए "द स्पाई-ग्लास" नामक शराबखाने के मालिक तथा एक समुद्री बावर्ची लांग जॉन सिल्वर को किराए पर रखता है। सिल्वर चालक दल के बाकी सदस्यों को किराये पर लेने में ट्रेलाव्नी की मदद करता है। जब जिम ब्रिस्टल आता है और सिल्वर से मिलने स्पाई ग्लास शराबखाने जाता है, तब उसे तुरंत ही शक होता है: सिल्वर की एक टांग नहीं है, जिस तरह के व्यक्ति के बारे में बोन्स ने सावधान किया था और ब्लैक डॉग शराबखाने में बैठा होता है। जिम पर नजर पड़ते ही ब्लैक डॉग भाग खड़ा होता है और सिल्वर भगोड़े के बारे में कुछ भी जानकारी होने से इतने विश्वसनीय ढंग से इंकार करता है कि वह जिम का भरोसा जीत लेता है।

अभियान के बारे में कैप्टन स्मोलेट की गलतफहमी और सिल्वर के चुने हुए चालक दल के बावजूद "हिस्पानिओला" कैरेबियन सागर की यात्रा के लिए चल पड़ता है। जब वे अपने गंतव्य के निकट पहुंचने को होते हैं, तब जिम कुछ सेब लेने के लिए धीरे-धीरे जहाज के सेब बैरल की ओर जाता है। जब वह अंदर होता है, तब वह सिल्वर को चालक दल के कुछ सदस्यों से खुसुर-फुसुर करते सुनता है। सिल्वर कबूल करता है कि वह कैप्टन फ्लिंट का रसद अधिकारी था और चालक दल के कई सदस्य भी कभी फ्लिंट के आदमी हुआ करते थे; और वह अपने पक्ष को मजबूत करने के लिए और अधिक सदस्यों की भर्ती कर रहा है। फ्लिंट का खजाना बरामद होने के बाद, सिल्वर "हिस्पानिओला" के अधिकारियों की हत्या करने का इरादा रखता है और अपने तथा अपने आदमियों के लिए लूट के माल पर कब्जा करना चाहता है। जब समुद्री डाकू अपने शयनस्थान को जाते हैं तब जिम स्मोलेट और लिव्से को आसन्न विद्रोह की चेतावनी देता है।

जब वे ट्रेजर आइलैंड पहुंचते हैं, सिल्वर के अधिकांश आदमी तुरंत तट पर चले जाते हैं। हालांकि जिम को तब तक मालूम नहीं था, लेकिन खजाने के जहाज पर लदने से पहले किसी खुले विद्रोह या हिंसा को स्थगित रखने की सिल्वर की अधिक सावधान योजना को त्यागकर सिल्वर के आदमी जिम को काला धब्बा देते हैं और खजाने पर तुरंत कब्जा जमाने की मांग करते हैं। जिम सिल्वर के आदमियों के साथ जहाज से उतरता है, लेकिन तट पर आते-आते ही वह उनसे दूर भाग जाता है। जंगल में छुपकर जिम देखता है कि सिल्वर स्मोलेट के एक वफादार सदस्य टॉम की हत्या कर रहा है। अपनी जान बचाने के लिए भागते हुए उसका सामना फ्लिंट के एक अन्य पूर्व साथी बेन गुन से होती है, जो उस द्वीप पर पिछले तीन वर्षों से अकेला फंसा हुआ था, लेकिन वह जिम के साथ अच्छी तरह पेश आता है, इस आशा के साथ कि उसे सभ्य जीवन में वापस लौटने का एक मौक़ा मिलेगा.

इस बीच, ट्रेलाव्नी ने लिव्से और उनके लोगों ने आश्चर्य में डालते हुए "हिस्पानिओला" में बचे हुए कुछ समुद्री डाकुओं को अपने वश में कर लिया। वे नाव से किनारे पहुंचे और द्वीप के एक परित्यक्त, किलेबंद बाड़े में चले गये, जहां जल्द ही जिम हॉकिन्स भी आ पहुंचा, जिसने बेन गुन को पीछे कर रखा था। सिल्वर संघर्ष विराम के एक झंडे के जरिये स्मोलेट के आत्मसमर्पण के लिए समझौता करने की कोशिश करता है; स्मोलेट बिलकुल दो टूक जवाब देता है, तब सिल्वर गुस्से से आगबबूला होकर बाड़े पर हमला करने की चेतावनी देता है। उसने हमला बोलने से पहले धमकी दी, "उनके लिए मौत भाग्यशाली होगी". समुद्री डाकुओं ने बाड़े पर हमला बोल दिया, लेकिन उग्र लड़ाई में दोनों ओर के नुकसान के बाद वे वहां से चले गये।

रात में, जिम चुपके से बाड़े से बाहर आया, उसने बेन गुन की चर्मावृत्त नौका ली और अंधेरे में "हिस्पानिओला" जा पहुंचा। उसने जहाज के लंगर के रस्से को काट डाला, उसे निरावलंब छोड़ दिया और तट पर के डाकुओं की पहुंच से दूर कर दिया. भोर के समय, वह फिर से जहाज़ के पास जा पहुंचा और उस पर चढ़ने में सफल हुआ। जहाज पर बचे दो डाकुओं में से अब तक सिर्फ एक ही जीवित बचा था: कर्णधार, इस्राईल हैंड्स, जिसने नशे में हुए एक झगडे में अपने साथी की हत्या कर दी थी और इस झमेले में वह खुद भी बुरी तरह से घायल हो गया था। हैंड्स ने इलाज और ब्रांडी के बदले में जहाज को एक सुरक्षित किनारे लगाने में मदद देना स्वीकार किया, लेकिन जहाज जैसे ही किनारे पहुंचा हैंड्स ने जिम की ह्त्या करने की कोशिश की. जहाज की रस्सी पर चढ़कर जिम भाग निकला और जब हैंड्स ने कटार फेंककर उसे बिंधने का प्रयास किया, तब जिम ने बाध्य होकर हैंड्स को गोली मार दी.

"हिस्पानिओला" को सुरक्षित रूप से किनारे लगाने के बाद रात के अंधकार में जिम पीछे की ओर से बाड़े में जा पहुंचा। अंधेरे की वजह से, उसे बहुत देर तक पता नहीं चल पाया कि बाड़े पर अब डाकुओं का कब्जा हो चुका है और वह आसानी से उनकी गिरफ्त में आ गया। हमेशा से कमजोर रहा सिल्वर का नेतृत्व तब और अधिक कमजोर हो गया, जब उसके साथी बंधक जिम को मार डालने या जानकारी पाने के लिए उसे यातना देने की मांग करने लगे.

जॉर्ज मेरी के नेतृत्व में समुद्री डाकुओं के दल के सिल्वर के प्रतिद्वंद्वियों ने सिल्वर को फिर से काला धब्बा दिया और उसे कप्तानी से हटाने की कोशिश की. सिल्वर ने उन्हें अपनी वाक्पटुता से जवाब दिया, काला धब्बा बनाने के लिए बाइबिल के एक पृष्ठ को विकृत करने के लिए उन्हें झिडकी दी और उन्हें बताया कि डॉ॰ लिव्से से मिला खजाने का नक्शा उसके पास है, इस प्रकार उसने दल का विश्वास फिर से अर्जित कर लिया। अगले दिन, समुद्री डाकू खजाने की खोज पर निकल पड़े. बेन गुन उनका पीछा करने लगा, उन्हें आगे बढ़ने से रोकने के लिए वह भूतिया आवाज निकालने लगा, लेकिन सिल्वर आगे बढ़ता गया और उसने वह स्थान खोज निकाला जहां फ्लिंट का खजाना गड़ा हुआ था। समुद्री डाकुओं को पता चलता है कि भंडार लूटा जा चुका है और सारा खजाना जा चुका है।

क्रुद्ध डाकू सिल्वर और जिम की ओर मुड़ते हैं, लेकिन बेन गन्न, डॉ॰ लिव्से और अब्राहम ग्रे उन्हें आश्चर्य में डालते हुए हमला बोल देते हैं, उनमें से दो को मार गिराया जाता है और बाक़ी भाग जाते हैं। सिल्वर डॉ॰ लिव्से के सामने आत्मसमर्पण करता है और अपने काम पर लौटने का वादा करता है। वे बेन गुन के गुफा घर में जाते हैं, जहां गन्न ने कुछ महीनों से खजाने को छिपा रखा था। खजाना जिम और बेन गन्न सहित ट्रेलाव्नी और उसके वफादार आदमियों के बीच बांटा जाता है और वे इंग्लैंड वापस चले जाते हैं, जीवित बचे डाकुओं को उस निर्जन टापू में अकेला छोड़ दिया जाता है। भयानक बेन गुन की मदद से और खजाने के एक छोटे से हिस्से के साथ सिल्वर भाग जाता है। सिल्वर को याद करते हुए जिम कहता है कि "मैं कह सकता हूं कि वह अपनी पुरानी नीग्रो [पत्नी] से मिला और शायद अभी भी उसके और कैप्टन फ्लिंट (उसका तोता) के साथ मजे से रह रहा होगा. इसकी ही आशा है, मुझे लगता है, किसी और दुनिया में आराम से उसके जीने के मौके बहुत ही कम हैं।"

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