यूरो 96 के बाद, मैनचेस्टर युनाइटेड ने फिर से शियर्र को लेना चाहा और इसके लिए जंग शुरू कर दी. शियर्र ने कहा कि युनाइटेड प्रबंधक एलेक्स फ़र्गुसन के साथ लंबी-चौड़ी वार्ता के बाद वह क्लब के लिए हस्ताक्षर करने ही वाले थे। हालांकि ब्लैकबर्न रोवर्स के मालिक जैक वाकर ने उसे मैनचेस्टर युनाइटेड को बेचने से इनकार कर दिया. 30 जुलाई 1996 को, शियर्र के नायक केविन कीगन द्वारा आयोजित अपने गृहनगर क्लब और लीग उपविजेता न्यूकासल युनाइटेड की रिकार्ड तोड़ने वाली £15 मिलियन की विश्व हस्तांतरण बोली से शियर्र न्यूकासल लौटने को प्रेरित हुए. 

17 अगस्त 1996 को शियर्र ने ऐवर्टन में लीग का श्रीगणेश किया और बाकी के सीज़न के दौरान अपनी स्थिति को बनाए रखा और 31 प्रीमियर लीग खेलों में 25 गोल बनाकर व ऊसन्धि की चोट के कारण सात मैच छूट जाने के बावजूद PFA प्लेयर ऑफ़ द ईयर का एक और ईनाम जीतकर लगातार तीसरे सीज़न में प्रीमियर लीग के सर्वोच्च गोल बनाने वाले बने. हालांकि, लगातार दूसरे वर्ष द्वितीय स्थान पर रहने वाले क्लब को लीग का खिताब तब भी नहीं मिल पाया, सीज़न के मध्य में कीगन छोड़कर चला गया। 

एक और चोट की समस्या, गुडिसन पार्क में सीज़न-पूर्व मैच में टखने के अस्थिबंध पर लगी चोट के कारण शियर्र 1997-98 के सीज़न में 17 खेलों में केवल दो गोल से ज़्यादा नहीं बना पाए. उनकी चोट क्लब की स्थिति में परिलक्षित हुई और लीग में न्यूकासल बस 13वें स्थान पर रहा. हालांकि, युनाइटेड (जिसे अब ब्लैकबर्न में शियर्र के पुराने मालिक केनी डल्ग्लिश संभाल रहे थे) ने एफ़ए कप में अच्छा प्रदर्शन किया, शियर्र ने सेमी फ़ाइनल में शेफील्ड युनाइटेड पर निर्णायक गोल जीतकर टीम को फ़ाइनल तक पहुँचाया. वेम्बली में टीम अंकतालिका पर स्थान पाने में असमर्थ रही और आर्सेनल से 2-0 से खेल हार गई। 
लीग में लेस्टर सिटी के खिलाफ़ एक खेल के दौरान हुई एक घटना के कारण शियर्र पर एफ़ए द्वारा दुर्व्यवहार का आरोप लगाया गया, मीडिया सूत्रों का दावा था कि वीडियो फुटेज में चुनौती मिलने पर उसे जानबूझकर नील लेनन के सिर में लात मारते हुए पाया गया। खेल के रेफ़री ने शियर्र के खिलाफ कोई कार्रवाई नहीं की और लेनन द्वारा खिलाड़ी के पक्ष में गवाही दिए जाने पर एफ़ए ने सभी आरोपों से बरी कर दिया. खिलाड़ी के खिलाफ़ आरोप लगाने वाले फ़ुटबॉल एसोसिएशन के पूर्व प्रमुख ग्राहम केली ने बाद में अपनी आत्मकथा में दावा किया कि शियर्र
ने आरोप लगाए जाने पर 1998 विश्वकप छोड़ने की धमकी दी थी, इस दावे का शियर्र ने कड़ा खंडन किया है।

चोट से मुक्त सीज़न ने शियर्र को 1998-99 में अपने पिछले वर्ष की तालिका को सुधारने में मदद की, स्ट्राइकर ने 30 लीग खेलों में 14 गोल बनाए लेकिन कासल फिर से 13वें स्थान पर रहा, सीज़न शुरू होते ही रड गलिट ने केनी डल्ग्लिश की जगह ली.

उसने लगातार दूसरी बार एफ़ए कप के फ़ाइनल और अगले सीज़न के यूईएफ़ए (UEFA) कप में शामिल होने के लिए न्यू कासल की मदद की लेकिन वे एक बार फिर हार गए, इस बार 2-0 से ट्रेबल-चेज़िंग मैनचेस्टर युनाइटेड से. प्रबंधकीय बदलाव के कारण 1999-2000 का सीज़न फीका रहा, अलोकप्रिय रड गलिट के इस्तीफ़ा दे दिए जाने के कारण 66 वर्षीय बॉबी रॉब्सन ने उसकी जगह ली. पहले वाले की बर्खास्तगी के कारण उसने अपने प्रतिद्वंद्वी क्लब सुंदरलैंड से 2-1 पर प्रारंभिक लाइनअप पर शियर्र को छोड़ने का निर्णय लिया। गलिट द्वारा शियर्र को कप्तान स्वीकार कर लिए जाने के बावजूद मैनेजर और क्लब के कप्तान के बीच मतभेद की खबरें थी, गलिट के निर्णय से उसके प्रशंसकों को बेहद निराशा हुई और उसकी रवानगी से सीज़न की शुरुआत निराशाजनक रही. बाद में गलिट ने अपने और शियर्र के बीच दुश्मनी की पुष्टि की जिसने स्ट्राइकर के बारे में कहा कि वह "...सबसे अहंकारी खिलाड़ी था जिससे वह मिला." रॉब्सन के प्रभारी होने पर भी, क्लब मध्य तालिका से आगे नहीं बढ़ पाया हालांकि शियर्र केवल एक लीग खेल में चूके और 23 गोल किए. न्यूकासल एफ़ए कप के सेमी फाइनल में पहुँचा ज़रूर, लेकिन लगातार तीसरा फ़ाइनल उसके बस से परे था और वह चेल्सी से हार गया। इस सीज़न में भी शियर्र को अपने कॅरिअर में पहली बार बाहर भेजा गया, ऐस्टन विला के खिलाफ़ प्रारंभिक मैच में कुहनियों के अत्याधिक उपयोग के कारण रेफ़री ऊरिय्याह रेनी ने उसे पीला कार्ड दिखाया.

क्लब फ़ुटबॉल पर ध्यान केंद्रित करने के लिए यूईएफ़ए (UEFA) यूरो 2000 टूर्नामेंट के बाद, अंतर्राष्ट्रीय फ़ुटबॉल से सेवानिवृत्त होने के बाद शियर्र को चोट लगी और2000-01 का सीज़न निराशाजनक रहा. वह लीग की 19 खेलों में केवल पांच गोल बना पाया। हालांकि 2001-02 बेहतर था; शियर्र ने 37 लीग खेलों में 23 गोल बनाए और न्यू कासल चौथे स्थान पर रहा -1997 के बाद से उनका सर्वोच्च स्थान- अर्थात वे अगले सीज़न में चैंपियन्स लीग प्रतियोगिता में भाग ले पाएंगे. सीज़न की यादगार घटनाओं में से एक यह हुई कि सितंबर 2001 में रेड डेविल्स पर 4-3 से न्यूकासल की जीत के दौरान शियर्र के साथ टकराव के बाद रॉय कीन को बाहर भेज दिया गया। इसी सीज़न में शियर्र को भी शार्ल्टन एथलेटिक्स के खिलाफ़ मैच में एक विपक्षी खिलाड़ी को कथित तौर पर कुहनी से मारने पर अपने कॅरिअर में दूसरी बार लाल झंडी देखनी पड़ी. खेल के बाद वीडियो रिप्ले की समीक्षा करने के बाद रेफ़री एंडी डी उर्सो ने कार्ड वापस ले लिया। सीज़न 2002-03 में शियर्र और न्यूकासल की यूईएफ़ए (UEFA) चैंपियन्स लीग में वापसी हुई. ओपनिंग ग्रुप चरण में ही न्यूकासल तीन मैच हार गया लेकिन डायनमो कीव के खिलाफ़ शियर्र के गोल और जुवेंटस और फ़ेनुर्ड के खिलाफ़ जीत के कारण क्लब प्रगति कर द्वितीय ग्रुप चरण में पहुंच गया। द्वितीय ग्रुप चरण में इंटर के खिलाफ़ बायर लीवरकुसन और ब्रेस के खिलाफ़ हैट-ट्रिक ने, लीग में 35 खेलों में 17 के साथ शियर्र की कुल सात चैंपियन्स लीग गोल बनाने में मदद की और सीज़न में कुल 25 ने टीम के रूप में प्रीमियर लीग में तीसरा स्थान दिलाया।

इस के बाद, 2003 के शुरू में न्यूकासल को चैंपियन्स लीग में प्रगति करने का एक और मौका मिलता लेकिन शियर्र ही असफल रहा क्योंकि तीसरे क्वालिफ़ाइंग दौर में पार्टिज़न बेलग्रेड में पेनाल्टी शूटआउट में 
टीम का सफ़ाया हो गया। उस सीज़न के यूईएफ़ए (UEFA) कप में युनाइटेड ने अच्छी प्रगति की और शियर्र के छह गोलों ने क्लब को सेमीफ़ाइनल में पहुंचाया जहां अंतिम उपविजेता ऑलम्पिक डे मारसैल ने उन्हें हरा दिया. देश में भी सीज़न अच्छा रहा, 37 उपस्थिति में 22 गोल बनाए लेकिन क्लब को पांचवें स्थान पर आकर चैंपियन्स लीग से बाहर होने से नहीं रोक सका, एक बार फिर यूईएफ़ए (UEFA) कप के लिए सफल हो गए। यह घोषणा कि सेवानिवृत्ति से पहले यह उसका अंतिम सत्र होगा,2004-05 में शियर्र की हालत उतनी अच्छी न थी, 
नए सदस्य पैट्रिक क्लॉवर्ट के साथ 28 खेलों में केवल सात गोल बनाए और सीज़न में क्लब 14वें स्थान पर रहा. कप प्रतियोगिताओं में क्लब ने बेहतर प्रदर्शन किया, हालांकि, अंत में यूईएफ़ए (UEFA) कप के क्वार्टर फ़ाइनल में स्पोर्टिंग और एफ़ए कप के सेमीफ़ाइनल में मैनचेस्टर युनाइटेड से हार गया। शियर्र ने पहले दौर में सैख्निन ब्नेई हपोय के खिलाफ़ हैटट्रिक बनाई और सीज़न में घरेलू कप में एक गोल के अलावा 11 यूरोपीय गोल बनाए.

2005 की गर्मियों में शियर्र ने तत्कालीन प्रबंधक ग्रीम सॉनेस की
अनुनय पर अपना रिटायर होने का निर्णय वापस ले लिया। अगले सीज़न के अंत तक खिलाड़ी-कोच की हैसियत से खेल जारी रखने का फ़ैसला किया और 2005-06 में एक और सीज़न के लिए लौट आए. इस अंतिम सीज़न में उसने न्यूकासल युनाइटेड के लिए जैकी मिल्बर्न का 200 गोल का 49 साल पुराना रिकॉर्ड तोड़ा (इसमें 38 वर्ल्ड वॉर II वॉरटाइम लीग के गोल शामिल नहीं हैं) जब 4 फ़रवरी 2006 को पोर्ट्समाउथ के खिलाफ़ गृह प्रीमियर लीग में उसने अपना 201वां गोल बनाया और लीग और कप प्रतियोगिता में क्लब का उच्चतम गोल बनाने वाला बना. 17 अप्रैल 2006 को खिलाड़ी के रूप में अपने अंतिम सीज़न में जब तीन खेल शेष थे तब सुंदरलैंड में 4-1 जीत के दौरान जिसमें शियर्र ने क्लब के लिए 395वीं उपस्थिति में 206वां गोल बनाया, एक टक्कर से उनके बाएं घुटने में संपार्श्विक अस्थिबंध पर चोट लगी. चोट के कारण अंतिम तीन खेल छोड़ने पड़े जिस कारण उन्होंने जल्द ही सेवानिवृत्ति ले ली. शियर्र ने अपना अंतिम सीज़न 32 लीग खेलों में 10 गोल के साथ खत्म किया।

श्रद्धांजलि और प्रशंसापत्र
न्यूकासल युनाइटेड (1996-2006)
कॅरिअर सांख्यिकी
क्लब कॅरिअर