धनराज को अक्सर तेज-तर्रार के रूप में वर्णित किया जाता है और वे कई विवादों का हिस्सा रह चुके हैं। हॉकी प्रबंधन के खिलाफ वे कई बार अपना रोष प्रकट कर चुके हैं। बैंकाक एशियाई खेलों के बाद भारतीय टीम के लिए उनका चयन नहीं किया गया था। आधिकारिक कारण यह दिया गया कि धनराज और 6 अन्य वरिष्ठ खिलाड़ियों को विश्राम दिया गया है। लेकिन इसे काफी हद तक, अनुचित स्वागत और मैच फीस का भुगतान न किये जाने के कारण उनके द्वारा प्रबंधन के खिलाफ नाराजगी जाहिर करने के लिए एक प्रतिशोध के रूप में देखा गया। 1998 में पाकिस्तान के खिलाफ श्रृंखला से पहले उन्होंने विदेशी दौरों पर टीम को कम भत्ता दिए जाने का विरोध किया था। खेल रत्न प्राप्त होने पर पिल्लै ने टिप्पणी की, "यह पुरस्कार कुछ कड़वी यादों को मिटाने में मदद करेगा."

मुंबई में एक हॉकी अकादमी शुरू करने की उनकी योजना अभी पूरी तरह से शुरु नहीं हो पाई है क्योंकि बॉम्बे हॉकी एसोसिएशन ने प्रशिक्षण के लिए अपनी एस्ट्रोटर्फ सुविधा का इस्तेमाल किये जाने की अनुमति प्रदान करने से मना कर दिया है।

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