90 के दशक के प्रारंभ से ही, भारत ने पाकिस्तान से बैलिस्टिक मिसाइल हमलों का खतरा सामने किया है, भारत को अतीत में पाकिस्तान और चीन से कई युद्ध लड़ने पड़े हैं। इस क्षेत्र में तनाव बढ़ने के साथ और पाकिस्तान की चीन से खरीदी एम-11 मिसाइलों तैनाती के जवाब में भारत सरकार ने अगस्त 1995 को नई दिल्ली और अन्य शहरों की रक्षा के लिए रूस की एस-300 सतह-से-एयर मिसाइलों की छह खेप की खरीद की। मई 1998 में, दूसरी बार भारत (1974 में अपनी पहली परीक्षा के बाद से) ने परमाणु हथियारों का परीक्षण किया (पोखरण-2 देखें), इसके बाद पाकिस्तान ने अपना पहला परमाणु परीक्षण किया। पाकिस्तान ने परमाणु हथियारों और मिसाइल डिलीवरी प्रणालियों के परीक्षण के साथ, भारत पर मिसाइल खतरा तेज हो गया। भारत ने मिसाइल डिलीवरी प्रणाली का भी विकास और परीक्षण किया है। (एकीकृत गाइडेड मिसाइल विकास कार्यक्रम देखें)

1999 में भारत और पाकिस्तान के बीच कारगिल युद्ध दो घोषित परमाणु शक्तियों के बीच पहला सीधा संघर्ष बन गया। युद्ध की प्रगति के साथ, परमाणु हथियार के संभावित उपयोग का पहला संकेत 31 मई को मिला था, जब पाकिस्तानी विदेश सचिव शमशाद अहमद ने एक चेतावनी दी कि सीमित संघर्ष के चलते पाकिस्तान को अपने शस्त्रागार में "किसी भी हथियार" का इस्तेमाल करने में मदद मिल सकती है। इसने तुरंत विस्तारित युद्ध की स्थिति में पाकिस्तान द्वारा परमाणु प्रतिरोध का खतरा स्पष्ट का दिया था। पाकिस्तान के सीनेट के नेता ने कहा कि "विकासशील हथियारों का उद्देश्य अर्थहीन हो जाता है यदि वे आवश्यक पड़ने पर उपयोग नहीं किये जाये।" कुछ विशेषज्ञों का मानना है कि 1998 में परमाणु परीक्षणों के बाद, पाकिस्तानी सेना को अपने परमाणु निवारक आवरण से प्रेरित किया गया था ताकि भारत के खिलाफ मजबूती को बढ़ाया जा सके।

एंटी बैलिस्टिक मिसाइल प्रणाली का विकास 1999 के अंत में शुरू हुआ। यह कहते देते हुए कि भारत ने युद्ध के दौरान पहले उपयोग न करने की नीति का निर्वाह किया जबकि पाकिस्तान इस युद्ध में परमाणु बम का प्रयोग करने के लिए उत्सुक रहा और कारगिल युद्ध के दौरान बढ़ते तनाव जिसमें पूर्ण पैमाने पर परमाणु युद्ध की संभावना शामिल थी। इस कारण इस कार्यक्रम को शुरू किया गया है।

इस कार्यक्रम को दो चरणों में बाटा गया। चरण-1 में 2000 किमी से आने वाली मिसाइल को रोकने के लिए एंटी बैलिस्टिक मिसाइल बनानी थी जिसे चरण-2 में 5000 किमी तक करना था।

एस-400
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क्रूज मिसाइल रक्षा
विकास