जठरांत्र संबंधी मार्ग की सूजन के कई सारे गैर संक्रामक कारण हैं। कुछ अधिक आम कारणों में शामिल हैं दवाएं (जैसे NSAIDs), कुछ खाद्य पदार्थ जैसे लैक्टोज़ (जो लोग इसके प्रति असिहष्णु हैं उनमें) और ग्लूटेन (सीलिएक रोग से पीड़ितों में)। क्रोहन का रोग भी जठरांत्र शोथ (अक्सर गंभीर) का गैर- संक्रमण स्रोत है। ऐसे रोग जो विषों का परिणाम हो वे भी हो सकती हैं। मतली, उल्टी और दस्त से संबंधित कुछ खाद्य स्थितियों में शामिल हैं: दूषित शिकारी मछली की खपत के कारण सिग्वाटेरा विषाक्तता, कुछ प्रकार की खराब मछलियों की खपत से जुड़ी स्कॉमब्रॉएड, कई अन्य साथ पफर मछली की खपत से टेट्रोडॉक्सिन विषाक्तता तथा आम तौर पर अनुचित तरीके से संरक्षित भोजन के कारण बॉटुलिस्म।

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