"खादर" का संकेत यहां पाई जाने वाली काली चिकनी बलुई मिट्टी की ओर है; जो निम्नस्थ बाढ़ से प्रभावित होने वाली उपजाऊ ज़मीन का हिस्सा है। क्योंकि ज्यादातर ज़मीन कॉलोनी के बीच से निकलते हुए कनालों की ढलान पर है, इसीलिए स्थानीय निर्माण अधिनियम यहां तीन मंज़िलों से ऊंचे घरों के निर्माण को प्रतिबंधित करता है। 100 सालों से भी लंबे समय से यहां पर मदनपुर खादर नाम का एक गांव रहा जब 70 और 80 के दशक में उद्योग और कारखानों में नौकरियों की तलाश में दिल्ली आए प्रवासियों की लहरों ने इसका परिदृश्य बदलना शुरू किया। 

सन 2000 में भारतीय सर्वोच्च न्यायालय द्वारा एक ऐतिहासिक निर्णय पारित किया गया। इसमें एक 'चिंतित नागरिक' द्वारा लाए गए जनहित वाद (पीआईएल) पर अंतिम अभीवचन देते हुए न्यायाधीश ने सभी झुग्गी-झोपड़ी निवासियों को 'पॉकेटमार', 'अतिक्रमणकारी ' और 'अनाधिकृत' घोषित कर दिया। व्यापक तौर से अलमित्रा पटेल केस के हिसाब से प्रख्यात इस निर्देश ने अब तक झुग्गी झोपड़ियों को मिली हुई राजनीतिक सुरक्षा को पलट दिया जिसके आधार पर यहां के निवासी शहर में रहते और बढ़ते आए थे, हालांकि जिस जमीन पर वे रहते थे उसका औपचारिक मालिकाना उनके पास नहीं था। जैसा कि दत्ता (2012) लिखते हैं "जहां भारतीय न्यायालयों ने 1980 के दशक तक एक समझदारी का पालन किया था कि खिफायती आश्रय और संरचनात्मक सुविधाओं की उपलब्धता एक मूलभूत मानव अधिकार है, इस निर्देश ने भारत के अधिकांश प्रांतों में अनधिकृत आवास को एक दंडनीय अपराध के रूप में देखने का चलन शुरू किया है।" इसके कुछ ही समय बाद मदनपुर खादर का क्षेत्र भारत सरकार द्वारा दिल्ली भर के विभिन्न झुग्गी झोपड़ियों से बेदख़ल किए गए लोगों के पुनर्वास स्थल के हिसाब से चिन्हित कर दिया गया।

जेजे कॉलोनी का नाम "झुग्गी-झोपड़ी" से आता है जो अनधिकृत बस्तियों का साधारण नाम है, जिसका मतलब है कि वह लोग जो उस जमीन पर रह रहे हैं वे कानूनी तौर पर इसके मालिक नहीं हैं। मदनपुर खादर जेजे कॉलोनी की स्थापना सर्वोच्च न्यायालय के सन 2000 के निर्देश के बाद स्थापित हुआ था जब दिल्ली विकास प्राधिकरण ने मदनपुर खादर गांव की जमीनों को अधिग्रहित करके इसे प्लाट बना कर इसे दिल्ली के विभिन्न बस्तियों से बेदख़ल हो कर यहाँ पुनर्वासित किये गए हजारों परिवारों को लीज़ पर बेचा (रु 7000 में 22 स्क्वायर मीटर प्लॉट और रु 5,000 में 12 स्क्वायर मीटर प्लॉट)। पुनर्वास की योग्यता उन तक सीमित थी जिनके पास सन 1990 में 31 जनवरी तक का राशन कार्ड था। इसके बाद इसे बदलकर जिन लोगों के पास 31 दिसंबर 1998 तक का राशन कार्ड था उन्हें भी 12.5 स्क्वायर मीटर के प्लॉट पाने का अधिकारी माना गया। 4 सालों के समय में नेहरू प्लेस, कालकाजी मंदिर, राज नगर, आर के पुरम, निजामुद्दीन, ग्रीन पार्क, अलकनंदा व आईटीओ से लोगों को ला कर बेहद चुनौतीपूर्ण और कठिन परिस्थितियों में जेजे कॉलोनी में पुनर्वासित किया गया। हालांकि इसके निवासी अब अपने प्लाट के कानूनी मालिक हैं, लीज होल्डर हैं, इसका नाम जेजे कॉलोनी रखा गया क्योंकि वे एक समय दिल्ली में अनधिकृत कॉलोनियों के निवासी रहे थे।

दिल्ली जनवादी अधिकार मंच द्वारा सन 2001 में निकाली गई रिपोर्ट ने मदनपुर खादर जेजे कॉलोनी में पुनर्वासित होने के समय बेदख़ल झुग्गी-झोपड़ी निवासियों द्वारा झेली गयी चुनौतियों को रेखांकित किया है। यह जमीन मुख्य तौर से किसानी की थी और विकसित नहीं की गई थी व मूलभूत संरचनात्मक सुविधाएं भी वहां नहीं थीं, जो कॉलोनी में काफी बुरी हालत में थीं। हालांकि अधिकतर निवासी कॉलोनी में आ गए थे, करीब 2000 के बिजली कनेक्शन 2004 तक नहीं मिले थे। कोई सीधी मल प्रवाह प्रणाली नहीं थी, और अधिकतर लोगों को खुले में शौच करना पड़ता था। बाद में सार्वजनिक शौचालयों के निर्माण के बावजूद इनकी देखरेख खराब रही और इस्तेमाल भी कम रहा। पानी, सफाई जैसी अन्य संरचनाएं भी पुनर्वास के समय बुरी हालत में थी। पानी का सप्लाई अनिश्चित था और निवासियों को अक्सर टैंकरों या हैंड पंप के सहारे काम चलाना पड़ता था। मल प्रवाह अंदर बनी सड़कों के साथ साथ दौड़ती खुली नालियों द्वारा होता था।

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