एसटीएफ को राज्य के राज्यपाल राम नरेश यादव के खिलाफ भी सबूत मिला है। २४ फ़रवरी २०१५ को यादव पर व्यापम वन रक्षक भर्ती परीक्षा में धांधली करने में आपराधिक षड्यंत्र रचने के लिए आरोप लगाया गया था। उनके पुत्र शैलेश पर निविदा शिक्षक भर्ती घोटाले में एक आरोप था। मार्च २०१५ में उसे रहस्यमय परिस्थितियों में मृत पाया गया। राज्यपाल का अधिकारी विशेष कर्तव्य (OSD) धनराज यादव घोटाले के सिलसिले में २०१३ में एसटीएफ द्वारा गिरफ्तार किया गया था। राज्यपाल ने उच्च न्यायालय में वाद प्रस्तुत किया कि भारतीय संविधान प्रदत्त विशेषाधिकार के चलते राज्यपाल रहते हुए उन के विरुद्ध किसी अपराधिक प्रकरण की विवेचना नहीं की जा सकती। उच्च न्यायालय ने सहमति व्यक्त की और उनकी गिरफ्तारी पर रोक लगा दी लेकिन उनके खिलाफ जांच जारी रखने का आदेश दिया। एसआईटी प्रमुख जांचकर्ताओं ने घोषित किया कि सितम्बर 2016 में राज्यपाल यादव की सेवानिवृत्ति के बाद ही उन के खिलाफ कार्रवाई की जाएगी। तीन अधिवक्ताओं ने यादव को राज्यपाल के पद से हटाने की याचिका सर्वोच्च न्यायालय में दाखिल की जिसे भारत के मुख्य न्यायाधीश एच एल दत्तू, न्यायमूर्ति अरुण कुमार मिश्रा और न्यायमूर्ति अमिताभ रॉय की एक त्रिसदस्यीय पीठ ने सुनवाई योग्य मानते हुए स्वीकार करते हुए सुनवाई हेतु 9 जुलाई 2015 की तारीख तय की। सुप्रीम कोर्ट ने 9 जुलाई 2015 को सीबीआई को व्यापम घोटाले से जुड़े सभी मामलों एवं इस से जुड़े ३० से अधिक संदिग्धों की मौत की जाँच करने का आदेश दिया।

२००९ - ११: समिति द्वारा प्रारंभिक जांच
राज्यपाल और राजभवन के खिलाफ आरोप
मौतें
जांच