1987 में, क्लार्क चौथे कर्मचारी सरकार में डेविड लैंगे (1984-1989), जेफ्री पामर (1989-1990) और माइक मूर (1990) के नेतृत्व में कैबिनेट मंत्री बने। उन्होंने अगस्त 1987 से जनवरी 1989 तक संरक्षण मंत्री और अगस्त 1987 से अगस्त 1989 तक आवास मंत्री के रूप में कार्य किया। वह जनवरी 1989 में स्वास्थ्य मंत्री बनीं, और अगस्त 1989 में श्रम मंत्री और उप प्रधान मंत्री के रूप में अतिरिक्त विभागों में कार्यभार संभाला । स्वास्थ्य मंत्री के रूप में, क्लार्क ने कई विधायी परिवर्तनों की शुरुआत की, जिन्होंने दाइयों को स्वायत्तता से अभ्यास करने की अनुमति दी। उन्होंने स्मोक-फ्री एनवायरनमेंट एक्ट 1990 , एक कानून पेश किया, जिसमें कार्यस्थलों और स्कूलों जैसे स्थानों में धूम्रपान को प्रतिबंधित किया गया था। 

उप प्रधान मंत्री के रूप में, क्लार्क ने कैबिनेट सामाजिक समानता समिति की अध्यक्षता की, और कई अन्य महत्वपूर्ण कैबिनेट समितियों के सदस्य थे, जैसे कि नीति समिति, आर्थिक विकास और रोजगार समिति, और घरेलू और बाहरी सुरक्षा समिति। 

कैबिनेट मंत्री
प्रधान मंत्री (1999-2008)
तीसरा कार्यकाल: 2005-2008
विपक्ष के नेता