जब श्रीलंकाई सेना लिट्टे के क्षेत्र में प्रवेश कर रही थी तो, प्रभाकरन और उसके शीर्ष नेता मुल्लैथिवु भाग गए, जो विद्रोहियों का 'आखिरी गढ़' था। प्राप्त रिपोर्टों के अनुसार प्रभाकरन राकेट हमले में मारे गए, जब वे एक एम्बुलेंस में संघर्ष क्षेत्र से पलायन करने की कोशिश कर रहे थे, उनका शरीर बुरी तरह जल गया था। लेकिन उसके बाद के समर्थक विद्रोही ने तमिलनेट के द्वारा यह दावा किया कि वे जीवित थे, उनके शरीर को राष्ट्रीय टीवी पर दिखाया गया था। बाद में रिपोर्टों के अनुसार, उनका शरीर मुल्लैथिवु के पास वेल्लामुल्लिवैक्कल के आसपास के नानडिकाथल लैगून के उत्तर में पाया गया था। इसकी पहचान करुना अम्मान द्वारा की गयी थी, उसके पूर्व विश्वासपात्र,[65] दया मास्टर और उसके बेटे की आनुवंशिक सामग्री के डीएनए परीक्षण के द्वारा पुष्टि की गयी।[67] परिस्थितिजन्य सबूत में यह कहा गया कि उनकी मौत सिर पर भारी चोट लगने से या नजदीक से गोली लगने के कारण हो गयी थी। उन पर यह आरोप भी था कि वे मार डाले गए थे।[69] श्रीलंका की सेना ने दावा किया कि उनका शव एक झील में मिला था। श्रीलंका की सेना ने प्रभाकरन के शरीर को एक खाट पर पड़ा, सैनिकों और पत्रकारों से घिरे चित्रों और वीडियो को जारी किया। वह लाश प्रभाकरन की वर्दी में था और उसकी शकल प्रभाकरन की तरह थी और एक बड़ी गोली का निशाना उसके माथे पर था, जो इस बात को सिद्ध करता था कि वे सिर पर बंदूक की गोली लगने से मारे गए थे।

मृत्यु
उसके नाम की स्पेलिंग
श्रीलंका के तमिल राष्ट्रवाद
लिट्टे के संस्थापक