वह इस मत का समर्थक थे कि प्रत्येक राज्य को दास प्रथा कायम रहने देने या न रहने देने की स्वतंत्रता होनी चाहये। उनका मानता था कि किसी भी राज्य को केंद्र से पृथक्‌ होने का अधिकार प्राप्त है। जब दासप्रथा के विरोधियो की जीत हो गई ओर सिनेट के रिपब्लिकन सदस्यों ने कोई समझौता करने से इनकार कर दिया तथा तब राष्ट्रपति बुकानन ने शांतिपूर्वक पृथक्‌ हो जाने के किसी राज्य का अधिकार अस्वीकार कर दिया, तब उसकी यह धारणा दृढ़ हो गई कि दक्षिण के राज्यों को आत्मरक्षा की दृष्टि से अलग हो जाने के अपने अधिकार का प्रयोग अवश्य करना चाहिए।

डेविस ही की तरह पार्थक्य चाहने वाले राज्यों के नया परिसंघ (कानफेडेरेसी) बनाने की घोषणा की और डेविस उसके नये राष्ट्रपति चुने गये।उन्होंने 18 फरवरी 1861 शपथ लिया। रिपब्लिकन्स ने इसे विद्रोह करार दिया और 1861 के मध्य में गृहयुद्ध आरंभ हो गया। डेविस ने बड़ी तेजी से काम करना शुरू किया और 70 लाख की आबादी वाले इस राज्यसंघ के लिये दस लाख की गोरी सेना तैयार कर ली। जिसे दबाने के लिये 20 लाख सैनिकों को चार वर्ष तक क्रियाशील रहना पड़ा। इधर बुकानन के बाद नये राष्ट्रपति लिंकन द्वारा घेरे की शक्ति बराबर बढ़ाई जा रही थी। इस नवनिर्मित परिसंघ को मान्यता देने के लिये कोई भी देश तैयार नहीं हो रहा था। ऐसी स्थिति में पराजय निश्चित प्रतीत होने लगी। सैनिकों को हथियार डाल देने पड़े और डेविस 10 मई 1867 को बंदी बना कर फोर्ट मनरो में कैद कर दिया गया। कुछ समय बाद वह जमानत पर छोड़ दिया गया। 
मेक्सिकन-अमेरिकी युद्ध
परिसंघीय राज्य अमेरिका के राष्ट्रपति
प्रारम्भिक जीवन
विरासत