अमेरिकियों को स्टालिनवादी सोवियत विस्तारवाद की आशंका थी, लेकिन किसी लैटिन अमेरिकी देश का यूएसएसआर (USSR-सोवियत संघ) के साथ खुलेआम मित्रता अस्वीकार्य माना जाता था, इससे 1945 में द्वितीय विश्वयुद्ध के अंत के बाद से चल रही सोवियत-अमेरिकी शत्रुता में वृद्धि हुई। इस तरह का हस्तक्षेप मोनरो सिद्धांत का सीधा उल्लंघन था, यह संयुक्त राज्य अमेरिका की नीति है कि पश्चिमी गोलार्द्ध के देशों पर यूरोपीय शक्तियों को हस्तक्षेप नहीं करना चाहिए।

अप्रैल, 1961 में बे ऑफ़ पिग्स के विफल आक्रमण से संयुक्त राज्य अमेरिका को सार्वजनिक रूप से शर्मिंदा होना पड़ा था, जो राष्ट्रपति जॉन एफ कैनेडी के मातहत सीआईए (CIA) द्वारा प्रायोजित शक्तियों द्वारा किया गया था। उसके बाद पूर्व राष्ट्रपति आइजनहावर ने कैनेडी से कहा कि "बे ऑफ़ पिग्स की विफलता सोवियत संघ को ऐसा कुछ करने के लिए प्रोत्साहित करेगी जो वे अन्यथा नहीं करते." अधूरे मन से किये आक्रमण से सोवियत प्रमुख निकिता ख्रुश्चेव और उनके सलाहकारों की धारणा बनी कि कैनेडी निर्णय लेने में ढुलमुल हैं और एक सोवियत सलाहकार ने लिखा, "अल्पायु, बौद्धिक, संकट कालीन परिस्थितियों में निर्णय लेने में पूरी तरह सक्षम नहीं ... बहुत अधिक बौद्धिक और बहुत अधिक कमजोर." विफल ऑपरेशन मोंगूज के साथ यू॰एस॰ (U.S.) की गुप्त सामरिक गतिविधि 1961 में जारी रही। सार्वजनिक रूप से, फरवरी 1962 को, संयुक्त राज्य अमेरिका ने क्यूबा के विरुद्ध आर्थिक नाकाबंदी की शुरुआत की। 

संयुक्त राज्य अमेरिका ने फिर से गुप्त कार्रवाई पर विचार किया और अपने विशेष गतिविधि डिवीजन के सीआईए (CIA) अर्द्धसैनिक अधिकारियों को क्यूबा में प्रवेश कराया. वायुसेना जनरल कर्टिस लेमे ने सितंबर को आक्रमण-पूर्व बमबारी की एक योजना कैनेडी के समक्ष प्रस्तुत की, जबकि जासूसी उड़ानों और ग्वान्टोनामो नौसेना अड्डे पर अमेरिकी सेना द्वारा किये जा रहे छोटे-मोटे उत्पीड़न की क्यूबा की कूटनीतिक शिकायतें यू॰एस॰ (U.S.) सरकार से निरंतर की जा रही थी।

अगस्त 1962 को, संयुक्त राज्य अमेरिका को संदेह हुआ कि सोवियत संघ क्यूबा में मिसाइल सुविधाओं के निर्माण में लगा हुआ है। उसी महीने, इसकी खुफिया सेवाओं ने अपने जमीनी पर्यवेक्षकों द्वारा रूस-निर्मित मिग-21 (नाटो का दिया नाम "फिशबेड") लड़ाकू विमानों और Il-28 हल्के बमवर्षक विमानों के अड्डों की सूचना प्राप्त की। U-2 जासूसी विमानों ने आठ अलग-अलग स्थानों में जमीन से आकाश में मार करने वाली S-75 ड्विना (नाटो (NATO) का दिया नाम "एसए-2") (SA-2) मिसाइलों को पाया। 31 अगस्त को, सेनेटर केनेथ बी. कीटिंग ने सीनेट में कहा कि सोवियत संघ क्यूबा में संभवतः एक मिसाइल अड्डा बना रहा है; उन्हें शायद फ्लोरिडा में रह रहे क्यूबा के निर्वासितों से यह सूचना मिली थी। सीआईए (CIA) निदेशक जॉन ए मैककोन कई रिपोर्टों से संदिग्ध हुए. 10 अगस्त को उन्होंने राष्ट्रपति कैनेडी को एक ज्ञापन भेजा, जिसमें उन्होंने अनुमान लगाया गया कि सोवियत संघ क्यूबा में प्राक्षेपिक मिसाइल लगाने की तैयारी में है।

यू-2 विमानों ने मिसाइलों को खोज निकाला
संयुक्त राज्य अमेरिका की प्रारंभिक कार्रवाइयां
राष्ट्रपति को सूचना
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