रक्ताधान प्राप्त करने से जुड़े हुए जोखिम होते हैं और इन्हें अनुमानित लाभ के विरुद्ध संतुलित किया जाना चाहिए. रक्ताधान की सबसे आम प्रतिकूल प्रतिक्रिया "ज्वरीय गैर-रक्तसंलायी प्रतिक्रिया" है, जिसमें ज्वर होता है जो स्वयं ठीक हो जाता है और वह कोई स्थायी समस्याएं या अनुषंगी-प्रभाव उत्पन्न नहीं करता है।

रक्तसंलायी प्रतिक्रियाओं में शामिल हैं ठंड लगना, सिर दर्द, पीठ में दर्द, सांस फूलना, श्यावता (नीलरोग), सीने में दर्द, हृद्‌क्षिप्रता (हृदय की गति में असामान्य वृद्धि) एवं निम्नरक्तचाप.

रक्त उत्पाद शायद ही जीवाणु से दूषित हो सकते हैं; 2002 से, 50,000 प्लेटलेट आधानों में से 1, एवं 50,000 रक्त कोशिका आधानों में से 1 व्यक्ति में गंभीर जीवाणु संक्रमण एवं रक्तपूतिता का जोखिम अनुमानित है।

इस बात का जोखिम है कि दिए गए रक्ताधान से इसके प्राप्तकर्ता में विषाणु संक्रमण संचारित होगा. 2006 से, संयुक्त राज्य अमेरिका में रक्त आधान के माध्यम से हेपैटाइटिस बी होने का जोखिम 250,000 चढ़ायी गई इकाइयों में 1 है और रक्ताधान के माध्यम से संयुक्त राज्य अमेरिका में एचआईवी या हेपैटाइटिस सी होने का जोखिम 2,000,000 (2 मिलियन) चढ़ायी गई इकाइयों में 1 है। आधान संचारित रोगों के दूसरी एवं तीसरी पीढ़ी के जांचों के आगमन के पूर्व पहले ये जोखिम अधिक बड़े थे। सदी 2000 के आरंभ में न्यूक्लिक अम्ल जांच या "एनएटी" के क्रियान्वयन ने जोखिमों को और अधिक बढ़ा दिया है, एवं यह पुष्टि की है कि विकसित विश्व में रक्त आधान द्वारा विषाणु संक्रमण अत्यंत दुर्लभ है।

आधान-संबंधी एक्यूट फेंफड़ा संबंधी जख्म (टीआरएएलआई) रक्त आधान से संबंधित तेजी से बढती हुई मान्य प्रतिकूल घटना है। टीआरएएलआई (TRALI) तीव्र श्वसन संबंधी कष्ट वाला सहलक्षण है, जो अक्सर ज्वर, गैर-हृदय जनित फुफ्फुसीय़ शोफ (पानी वाली सूजन), एवं निम्नरक्तचाप से जुड़ा होता है, जो 2000 आधानों में से 1 में उत्पन्न हो सकता है। लक्षण हल्के से प्राणघातक हो सकते हैं, लेकिन अधिकांश मरीज 96 घंटे के भीतर पूर्ण रूप से चंगे हो जाते हैं, एवं इस स्थिति से होने वाली मृत्यु दर 10% से कम है। हालांकि टीआरएएलआई के कारण बहुत स्पष्ट नहीं हैं, यह निरंतर एचएलए रोधी एंटीबॉडी के साथ जुड़ा रहा है। क्योंकि एचएलए रोधी गर्भावस्था के साथ गहरे रूप से जुड़े हुए हैं, कई आधान संगठनों (ब्लड एंड टिश्यू बैंक ऑफ कैंटाब्रिया, स्पेन, नेशनल हेल्थ सर्विस इन ब्रिटेन) ने आधान के लिए केवल पुरुषों से प्लाज्मा का इस्तेमाल करने का फैसला किया है।

रक्त आधान प्राप्त करने से जुड़े हुए अन्य जोखिमों में शामिल हैं मात्रा अधिभार, लौह अधिभार (बहु लाल रक्त कोशिका आधान सहित), आधान से जुड़े निरोप-बनाम-परपोषी रोग, तीव्रग्राहिता संबंधी प्रतिक्रियाएं (IgA की कमी वाले लोगों में), एवं एक्यूट रक्तसंलायी प्रतिक्रियाएं (अधिक आम तौर पर बेमेल रक्त प्रकारों के प्रयोग के कारण).

क्या आधान संबंधी जोखिमें "भंडारण समय" के द्वारा बढ़ जाती है, इस बात की चिंताएं भी उभर के सामने आ रही हैं, हालांकि रक्त युग के महत्त्व के संबंध में अभी तक आम सहमति नहीं हो पाई है। संबंधित रूप से, कुछ अतिसंवेदनशील रोगी समूहों जैसे कि गंभीर रूप से बीमार व्यक्ति के लिए आधानों की अनिश्चित एवं असंगत क्षमता के संबंध में प्रश्न उठाये गए हैं, फिर भी अध्ययन निरंतर उम्र को एकमात्र निर्णायक कारक नहीं मानते हैं। इस समय "17 बिलियन डॉलर" में अनुमानित, अक्सर-अप्रत्याशित आधान प्रभावहीनता से निपटने में लगी लागत क्रय, परीक्षण/उपचार करने, एवं रक्ताधान करने की संयुक्त लागतों से बहुत अधिक है। 

कोपेनहेगन विश्वविद्यालय में काम कर रहे वैज्ञानिकों ने अप्रैल 2007 में पत्रिका प्रकृति जैव प्रौद्योगिकी (नेचर बायोटेक्नोलोजी) में एंजाइमों की खोज करने का पता लगाया, जो संभवतः समूह ए, बी और एबी से रक्त को ओ समूह में परिवर्तित करने में सक्षम बनाता है। ये एंजाइम रक्त के आरएच समूह को प्रभावित नहीं करते हैं।

गैर-मनवीय रक्ताधान
प्रक्रिया
प्राप्तकर्ता को जोखिम
नवजात आधान