हालांकि यह द्वीप भूमध्य रेखा पर स्थित हैं, फिर भी हम्बोल्ट धारा (Humboldt Current) द्वीपों पर ठंडा पानी लाती है जिसके फलस्वरूप, वर्ष भर लगातार वर्षा होती रहती है। मौसम समय समय पर एल नीनो (El Niño) घटना जो गर्म तापमान और भारी वर्षा लाती है से प्रभावित रहता है।

"गरुया" नामक ऋतु (जून से नवम्बर तक) के दौरान समुद्र के आसपास का तापमान 22 डिग्री सेल्सियस के आसपास स्थिर रहता है, साथ ही दक्षिण और दक्षिण पूर्व से ठंडी हवायें चलती हैं और दिन भर रूक रूक कर बौछारें (गरुया) पड़ती रहती हैं, साथ ही द्वीपों पर छाया घना कोहरा द्वीपों को ढके रहता है। ग्रीष्म ऋतु के दौरान (दिसंबर से मई तक) समुद्र और हवा का औसत तापमान 25 डिग्री सेल्सियस तक बढ़ जाता है, हवा बिल्कुल नहीं चलती सूरज चमकता रहता है और अनायास ही तेज बारिश होती है।

बड़े द्वीपों पर ऊंचाई के साथ मौसम बदलता है। तापमान ऊंचाई के साथ धीरे धीरे कम हो जाता है जबकि ढलानों पर बादलों में आद्रता के संघनन के कारण वर्षा की तीव्रता बढ़ जाती है। ऊंचाई, द्वीप की स्थिति और मौसम के साथ एक स्थान से दूसरे स्थान पर वर्षा में बड़े परिवर्तन होते हैं।

आद्र 1969 से संबंधित निम्नलिखित सारणी सांताक्रूज द्वीप के विभिन्न स्थानों पर वर्षा के बदलाव दिखाती है:
वर्षण भौगोलिक स्थिति पर भी निर्भर करता है। मार्च 1969 के दौरान सांताक्रूज़ के दक्षिणी तट पर स्थित चार्ल्स डार्विन स्टेशन पर वर्षण 249.0 मिमी था जबकि बाल्ट्रा द्वीप पर यह केवल 137.6 मिमी था। इसका कारण प्रबल दक्षिण हवाओं के परिपेक्ष्य में बाल्ट्रा का सांताक्रूज़ के पीछे स्थित होना है, इस कारण ज्यादा वर्षा सांताक्रूज के ऊँचे इलाकों में ही हो जाती है।

यहाँ एक वर्ष की तुलना में दूसरे वर्ष के वर्षन में भी महत्वपूर्ण परिवर्तन होते हैं। चार्ल्स डार्विन स्टेशन पर मार्च 1969 के दौरान वर्षन 249.0 मिमी था, लेकिन मार्च 1970 के दौरान यह केवल 1.2 मिमी था।

जनसांख्यिकी
संरक्षण
मौसम
राजनीतिक भूगोल