एक प्रमुख लेबल रिकॉर्डिंग बजट की सहायता और निर्माता पॉल लैनी के सहयोग से मेगाडेथ ने अपने तीसरे एल्बम, "सो फ़ार, सो गुड..." "सो ह्वाट!" की रिकॉर्डिंग में पांच महीने व्यतीत किए. रिकॉर्डिंग प्रक्रिया को फिर से शुरू में समस्याओं का सामना करना पड़ा क्योंकि मुस्टेन अभी भी अपने नशे की लत से छुटकारा पाने के लिए संघर्ष कर रहे थे। मुस्टेन ने बाद में कहा: ("सो फ़ार, सो गुड..." का) निर्माण बहुत भयानक था जिसका मुख्य कारण वे नशीले पदार्थों का सेवन और प्राथमिकताएं थी जो उस वक़्त थीं या नहीं थीं। मुस्टेन भी लैनी से लड़ पड़े जिसकी शुरुआत लैनी के आग्रह से हुई कि ढोल-वादन की रिकॉर्डिंग झांझ-वादन की रिकॉर्डिंग से अलग की जाए (यह रॉक ढोल-वादकों के लिए एक अनसुनी प्रक्रिया थी). मिश्रण प्रक्रिया के दौरान भी मुस्टेन और लैनी का झगडा हो गया और लैनी की जगह निर्माता माइकल वैगनर को लिया गया जिन्होंने एल्बम को रीमिक्स किया।

जनवरी 1988 में मेगाडेथ ने "सो फ़ार, सो गुड..." "सो ह्वाट!" को रिलीज़ किया और अंत में जिस समय US में एल्बम को प्लैटिनम की प्रमाणिकता प्रदान की गई उसी समय शुरू-शुरू में इसे आलोचकों की तीखी प्रतिक्रिया का भी सामना करना पड़ा. "ऑलम्यूज़िक" ने शिकायत की कि एल्बम में "वैचारिक एकता और संगीत प्रभाव" का अभाव था और यह भी कहा कि यह "धमकानेवाली ध्वनि प्रस्तुत करना चाहता है लेकिन या इससे हटकर अधिकतर मजबूर और कुछ हद तक बचकाना प्रदर्शन प्रस्तुत करता है". "सो फ़ार, सो गुड..." में "इन माई डार्केस्ट ऑवर", () गाने को शामिल किया गया जिसके संगीत को मुस्टेन ने लिखा था जो अधोन्मुख मेटालिका के बासवादक क्लिफ बर्टन के लिए एक श्रद्धांजलि थी। यह गाना अभी भी प्रशंसकों का पसंदीदा गाना बना हुआ है और उसी समय से इसे मेगाडेथ के लगभग प्रत्येक कार्यक्रम में प्रस्तुत किया जाता है। "सो फ़ार, सो गुड..." में सेक्स पिस्टल के "अनार्की इन द UK" का एक कवरिंग संस्करण भी शामिल था जिसके बोलों को मुस्टेन (जिन्होंने बाद में उन्हें गलत सुनने की बात स्वीकार की) द्वारा बदल दिया गया था।

जून 1988 में, मेगाडेथ पेनेलोप स्फीरिस के वृत्तचित्र फ़िल्म, "" में दिखाई दिए जो सन् 1980 के दशक के अंत में लॉस एंजिलिस के हेवी मेटल दृश्य, ख़ास तौर पर ग्लैम मेटल पर केंद्रित दृश्य का वृत्तांत प्रस्तुत किया। "इन माई डार्केस्ट ऑवर" के वीडियो का फिल्मांकन स्फीरिस (जिन्होंने "वेक अप डेड" और "अनार्की इन द UK" के वीडियो का भी निर्देशन किया) ने किया जो फ़िल्म के अंतिम दृश्य में दिखाई देता है। मेगाडेथ के सन् 1991 के "रस्टेड पीसेस" के VHS में, मुस्टेन फ़िल्म को निराशाजनक मानते हैं जिसने मेगाडेथ को "गंदे बैंडों के समूह" की पंक्ति में लाकर खड़ा कर दिया.

मेगाडेथ ने "सो फ़ार, सो गुड..." के समर्थन में अपने विश्व दौरे की शुरुआत की और इसका उद्घाटन फ़रवरी 1988 में यूरोप के डियो के लिए किया और बाद में आयरन मेडेन के "सेवेंथ सन ऑफ़ ए सेवेंथ सन" के US में होने वाले ग्रीष्मकालीन दौरे में शामिल हो गए। ड्रमर चक बेहलर के साथ बढती समस्याओं को देखकर मुस्टेन ने बेहलर के ढोल तकनीशियन के रूप में कार्य करने के लिए ड्रमर निक मेंज़ा को बुलाया। उससे पहले गार सैमुएलसन के साथ जैसा हुआ था ठीक उसी तरह यदि बेहलर दौरे के साथ कायम नहीं रह सके तो उसकी जगह लेने के लिए मेंज़ा को तैयार कर लिया गया था।

अगस्त 1988 में मेगाडेथ UK में कैसल डॉनिंगटन में मॉन्स्टर्स ऑफ़ रॉक समारोह में दिखाई पड़े जिसके साथ किस, आयरन मेडेन, हेलोवीन, गन्स एन' रोज़ेज़ और डेविड ली रोथ भी वहां 100,000 से भी अधिक दर्शकों के समक्ष प्रदर्शन करने के लिए प्रस्तुत थे। जल्द ही बैंड को "मॉन्स्टर्स ऑफ़ रॉक" के यूरोपीय दौरे में शामिल कर लिया गया लेकिन प्रथम कार्यक्रम के बाद उन्हें निकाल दिया गया। उस प्रस्तुति के तुरंत बाद, मुस्टेन ने चक बेहलर और गिटारवादक जेफ़ यंग दोनों को निकाल दिया और सन् 1988 के लिए निर्धारित अपने ऑस्ट्रेलियाई दौरे को रद्द कर दिया. "सड़क पर जिस तरह से छोटी-सी बात का बतंगर बन जाता है और उग्र रूप धारण कर लेता है और लड़ाई तक की नौबत आ जाती है" उसने बाद में बताया, "उसी तरह मुझे लगता है कि हमलोगों में से अधिकांश लोगों में मतभेद था (सन् 1988 के दौरे में) जिसका कारण वे लोग थे जिनकी हम कार्यक्रम के बाद प्रतीक्षा कर रहे थे".

जुलाई 1989 में, ढोल-वादन के लिए बेहलर की जगह निक मेंज़ा को काम पर रखा गया। सही समय पर एक उपयुक्त मुख्य गिटारवादक की तलाश कर पाने में असमर्थ, मेगाडेथ ने तीन टुकड़ों वाले के बैंड के रूप में ऐलिस कूपर के "नो मोर मि. नाइस गाइ" () के एक कवरिंग संस्करण की रिकॉर्डिंग की. संस्करण बाद में सन् 1989 में वेस क्रेवन की डरावनी फ़िल्म "शॉकर" के साउंडट्रैक में दिखाई दिया. जिस समय बैंड सन् 1989 की गर्मियों में नए मुख्य गिटारवादक के लिए ऑडिशन का आयोजन कर रहा था, उसी समय मुस्टेन को नशे में गाड़ी चलाने और मादक पदार्थों के साथ और एक ऑफ-ड्यूटी पुलिस अधिकारी की एक खड़ी वाहन को टक्कर मारने के अपराध में गिरफ्तार कर लिया गया। उसके तुरंत बाद उसे अदालत के आदेश के अनुसार पुनर्वास में दाखिल किया गया और दस वर्षों में पहली बार वह संयमी हुआ।

"रस्ट इन पीस" (वर्ष 1990–1991)
विरासत
"युनाइटेड ऐबोमिनेशंस" (वर्ष 2006–2009)
"सो फ़ार, सो गुड सो ह्वाट! "(वर्ष 1987–1989)