विकसित दुनिया में "कंपाइलोबैक्टर जेजुनि" बैक्टीरियल जठरांत्र शोथ का प्राथमिक कारण है जिसमें से आधे मामले पोल्ट्री से जुड़े हुये हैं। बच्चों में,15% मामले बैक्टीरिया के कारण होते हैं, जिसमें सबसे आम प्रकार "एस्केरेशिया कॉलि", "साल्मोनेला", "शिगेला" और "कंपाइलोबैक्टर" प्रजातियाँ हैं। यदि भोजन, बैक्टीरिया से संदूषित हो जाय और कई घंटे तक कमरे के तापमान पर रहे तो जीवाणु बढ़ते हैं तथा इस भोजन का उपभोग करने वालों में संक्रमण का खतरा बढ़ाते हैं। कुछ खाद्य जो आमतौर पर बीमारी से संबंधित हैं उनमें कच्चा या कम पका मांस, पोल्ट्री, समुद्री भोजन तथा अंडे, गैर पास्चरीकृत दूध तथा नरम चीज़ फल व सब्जी के रस शामिल हैं। विकासशील दुनिया में, विशेष रूप से उप-सहारा अफ्रीका और एशिया में हैजा, जठरांत्र शोथ का एक आम कारण है। यह संक्रमण आम तौर पर दूषित पानी या भोजन के द्वारा फैलता है।

जहर पैदा करने वाला "क्लोस्ट्रीडियम डिफिसाइल" दस्त का एक महत्वपूर्ण कारण है जो कि बुजुर्गों में अधिक होता है। शिशु, इन बैक्टीरिया का संवहन, विकासशील लक्षणों के बिना, कर सकते हैं। यह उन उन लोगों में दस्त का आम कारण है जो अस्पताल में भर्ती होते हैं और एंटीबायोटिक के उपयोग के साथ अक्सर जुड़ा हुआ है। उनको "स्टैफलोकॉकस ऑरीस" संक्रामक दस्त भी हो सकता है जिन्होनें एंटीबायोटिक दवाओं का इस्तेमाल किया है। "ट्रैवेलर्स डायरिया" आमतौर पर जीवाणुओं द्वारा उत्पन्न जठरांत्र शोथ का एक प्रकार है। एसिड का दमन करने वाली दवा, कई जीवों से प्रभावित होने के बाद महत्वपूर्ण जोखिम को बढ़ाती हुई प्रतीत होती है, इन जीवों में "क्लोस्ट्रीडियम डिफिसाइल", "सेल्मोनेला" और "कंपाइलोबैक्टर" प्रजातियां शामिल हैं। यह जोखिम H2 एंटागोनिस्ट के साथ वालों से प्रोटॉन पंप इनहिबटर्स में अधिक है।

जीवनशैली
पैथोफिज़ियोलॉजी (रोग के कारण पैदा हुए क्रियात्मक परिवर्तन)
महामारी विज्ञान
जीवाण्विक (बैक्टीरियल)