असामान्य घटना की खबरों के साथ-साथ, अपनी गोपनीय प्रकृति और वर्गीकृत विमान अनुसंधान के साथ अपने निश्चित सम्बन्ध के कारण, एरिया 51, आधुनिक UFO और षड्यंत्र सिद्धांतों का केंद्र बन गया है। ऐसे सिद्धांतों में एरिया 51 में कुछ उल्लिखित गतिविधियों में निम्न शामिल हैं:

कई परिकल्पनाएं 8.5 मील दक्षिण में पपूस झील या ग्रूम पर भूमिगत सुविधाओं से सम्बंधित हैं और साथ ही अंतरमहाद्वीपीय भूमिगत रेल सड़क व्यवस्था, तथा एक अदृश्य सक्षम हवाई पट्टी होने का दावा करती हैं, (लुईस कैरोल की चेशायर बिल्ली के बाद "चेशायर हवाई पट्टी" उपनाम दिया गया) जो गोपनीय डामर पर पानी का छिडकाव होने पर अंश मात्र दिखती है और विदेशी तकनीक पर आधारित अभियांत्रकी. सार्वजनिक रूप से उपलब्ध उपग्रह की तस्वीरें पपूसे झील के बजाय ग्रूम की सूख चुकी झील पर स्पष्ट दिखती भू पट्टी को दर्शाती हैं।

OXCART और NERVAजैसे प्रायोगिक परियोजनाओं के दिग्गज इस बात से सहमत हैं कि उनके काम ने (जिसमें केवल 2,850 OXCART परीक्षण उडानें सम्मिलित हैं) अनजाने में कई UFO के दिखाई दिए जाने जैसी बातों और अन्य अफवाहों को प्रेरित किया है। 

यद्यपि वे एक विशाल भूमिगत रेल व्यवस्था के अस्तित्व से इनकार करते हैं, तथापि एरिया 51 की कई परियोजनाएं वास्तव में (और शायद अभी भी होती हैं) भूमिगत पूरी हुईं.

कई लोगों ने एरिया 51 षड्यंत्र सिद्धांतों को पुख्ता करने वाली घटनाओं की जानकारी होने का दावा किया है। इनमें बॉब लेज़र शामिल हैं जिन्होंने सन् 1989 में दावा किया कि वे एरिया 51 के S-4 (पपूसे झील पर एक सुविधा) पर काम कर चुके हैं, जहां उन्हें अमेरिकी सरकार द्वारा अधिकृत विदेशी अंतरिक्ष यान के साथ काम करने के लिए अनुबंधित किया गया था। 
इसी तरह, 1996 में ब्रूस बर्गेस द्वारा निर्देशित वृत्तचित्र "ड्रीमलैंड" में, एक 71 साल के पुराने यांत्रिक इंजीनियर के साथ एक साक्षात्कार शामिल है जो 1950 के दशक के दौरान एरिया 51 पर एक पूर्व कर्मचारी होने का दावा करते हैं। उनके दावे में यह भी शामिल है कि उन्होंने एक "फ्लाइंग डिस्क सिम्युलेटर" पर काम किया है जो एक दुर्घटनाग्रस्त पारलौकिक विमान की डिस्क पर आधारित था और उसका प्रयोग US विमान चालकों को प्रशिक्षित करने हेतु होता था। उन्होंने "J-Rod" नामक एक पारलौकिक के साथ काम करने का दावा किया और उसे "टेलिपेथिक अनुवादक" के रूप में वर्णित किया। सन् 2004 में, डेन ब्यूरेश्च ने J-Rod नामक विदेशी के साथ एरिया 51 में विदेशी वायरस क्लोनिंग पर काम करने का दावा किया। ब्यूरेश्च की विद्वता की साख सबसे ज्यादा बहस का विषय रही है, वह जाहिर तौर पर सन् 1989 में लॉस वेगास पैरोल अधिकारी के रूप में काम कर रहे थे, जबकि SUNY से PhD भी कर रहे थे।

बाद के अभियान
रेड ईगल्स
1974 स्काईलैब फोटोग्राफी
एरिया 51 से सम्बंधित UFO और अन्य षडयंत्र सिद्धांत