कुष्ठरोग के संचरण की क्रियाविधि लंबा निकट संपर्क और अनुनासिक बूंदों द्वारा संचरण है। मानवों के अतिरिक्त जिस एकमात्र जीव में कुष्ठरोग होने की जानकारी मिली है, वह नौ-धारियों वाला वर्मी है। चूहे के पैरों के पंजों में प्रविष्ट करके इस जीवाणु को प्रयोगशाला में भी विकसित किया जा सकता है। इस बात के प्रमाण मौजूद हैं कि "एम. लेप्री" से संक्रमित सभी लोगों में कुष्ठरोग विकसित नहीं होता और लंबे समय यह माना जाता रहा है कि इसमें आनुवांशिक कारकों की भी एक भूमिका होती है क्योंकि कुछ विशिष्ट परिवारों में कुष्ठरोग का गुच्छन देखा गया है और यह समझ पाने में सफलता प्राप्त नहीं हो सकी है कि क्यों कुछ लोगों में लेप्रोमेटस कुष्ठरोग विकसित हो जाता है, जबकि अन्य लोगों में कुष्ठरोग के दूसरे प्रकार विकसित होते हैं। ऐसा अनुमान है कि आनुवांशिक कारकों के कारण केवल 5% लोगों में ही कुष्ठरोग होने का खतरा होता है। अधिकांशतः इसका कारण यह है कि शरीर इस जीवाणु के प्रति प्राकृतिक रूप से प्रतिरक्षी होता है और जो लोग इससे संक्रमित हो जाते हैं, वे इस बीमारी के प्रति एक तीव्र एलर्जी भरी प्रतिक्रिया का अनुभव कर रहे हैं। हालांकि इस चिकित्सीय व्याख्या के निर्धारण में आनुवांशिक कारकों की भूमिका पूरी तरह स्पष्ट नहीं है। इसके अतिरिक्त, कुपोषण और संक्रमित व्यक्ति के साथ लंबे समय तक संपर्क भी इस प्रकट बीमारी के विकास में भूमिका निभा सकता है।

यह विश्वास सबसे व्यापक तौर पर प्रचलित है कि यह बीमारी संक्रमित व्यक्ति और स्वस्थ व्यक्ति के बीच संपर्क के द्वारा संचरित होती है। सामान्यतः संपर्क की निकटता संक्रमण की मात्रा पर निर्भर होती है, जो कि स्वतः ही बीमारी के होने पर निर्भर है। निकट संपर्क को प्रोत्साहित करने वाली विभिन्न स्थितियों में से घर के भीतर होने वाला संपर्क ही वह एकमात्र स्थिति है, जिसे सरलता से पहचाना जा सकता है, हालांकि संपर्कों की घटनायें और उनसे संबंधित जोखिम के बीच विभिन्न अध्ययनों में बहुत अधिक अंतर दिखाई देता है। विस्तार अध्ययनों में, लेप्रोमेटस कुष्ठरोग के संपर्कों के लिये संक्रमण की दरें सेबु, फिलीपीन्स में 6.2 प्रति 1000 प्रति वर्ष से लेकर दक्षिणी भारत के कुछ भागों में 55.8 प्रति 1000 प्रति वर्ष तक रही हैं।

मानव शरीर से "एम. लेप्री" के दो निकास मार्गों के रूप में अक्सर त्वचा व अनुनासिक श्लेष्म का वर्णन किया जाता है, हालांकि उनका सापेक्ष महत्व स्पष्ट नहीं है। लेप्रोमेटस के मामले अंतर्त्वचा में गहराई तक जीवों की बड़ी मात्रा को दर्शाते हैं, लेकिन इस बात में संदेह है कि क्या वे पर्याप्त मात्रा में त्वचा की सतह तक पहुंचते हैं। हालांकि उतरी हुई त्वचा (त्वचा की ऊपरी सतह का उतरना) में अम्ल-तीव्र दण्डाणुओं के पाये जाने की खबरें मिली हैं, लेकिन 1963 में वेडेल "व अन्य" (Weddell "et al.") ने बताया कि मरीजों और उनके संपर्क में आने वाले लोगों से बहुत बड़ी मात्रा में लिये गये नमूनों के परीक्षण के बावजूद भी उन्हें उपकला में कोई अम्ल-तीव्र दण्डाणु प्राप्त नहीं हुए थे। एक हालिया अध्ययन में, जॉब "व अन्य" (Job "et al.") ने लेप्रोमेटस कुष्ठरोग के रोगियों की त्वचा की ऊपरी केराटिन परत में "एम. लेप्री (M. leprae)" पर्याप्त मात्रा प्राप्त करने की जानकारी देते हुए यह सुझाव दिया कि संभव है कि इस जीवाणु की निकासी वसामय स्रावों के साथ होती हो.

अनुनासिक श्लेष्म, विशेष रूप से व्रण-युक्त श्लेष्म, का महत्व शैफेर (Schäffer) द्वारा 1898 में ही पहचान लिया गया था। लेप्रोमेटस कुष्ठरोग में अनुनासिक श्लेष्मक घावों से दण्डाणु की मात्रा का प्रदर्शन शेपर्ड द्वारा बड़े पैमाने पर किया गया था और उनकी संख्या 10,000 से 10,000,000 के बीच थी। पेडले (Pedley) ने बताया कि अधिकांश लेप्रोमेटस मरीजों की बहती हुई नाक से लिये गये अनुनासिक स्रावों में कुष्ठरोग दण्डाणु प्राप्त हुए. डैवे (Davey) और रीस (Rees) ने संकेत दिया कि लेप्रोमेटस मरीजों के अनुनासिक स्राव में प्रतिदिन 10 मिलियन विकासक्षम जीव उत्पन्न हो सकते हैं।

मानव शरीर में "एम. लेप्री (M. leprae)" के प्रवेश का मार्ग भी निश्चित रूप से ज्ञात नहीं है: त्वचा और ऊपरी श्वसन तंत्र सबसे संभावित मार्ग हैं। पुराने अनुसंधान जहां त्वचा मार्ग का अध्ययन कर रहे थे, वहीं हालिया अनुसंधान द्वारा श्वसन तंत्र का समर्थन बढ़ता जा रहा है। रीस (Rees) और मैकडॉगाल (McDougall) ने प्रतिरक्षा-प्रतिबन्धित चूहों में "एम. लेप्री (M. leprae)" युक्त के माध्यम से कुष्ठरोग का प्रयोगात्मक संचरण कर पाने में सफलता प्राप्त की, जिससे मनुष्यों में भी इसी तरह की संभावना व्यक्त की गई। नग्न चूहों के साथ किये गये उन परीक्षणों के सफल परिणाम मिलने की जानकारी प्राप्त हुई है, जिनमें "एम. लेप्री (M. leprae)" को सामयिक अनुप्रयोग के द्वारा अनुनासिक छिद्र से प्रविष्ट किया गया था। संक्षेप में, श्वसन तंत्र के माध्यम से प्रवेश सर्वाधिक संभावित मार्ग है, हालांकि अन्य मार्ग, विशेष रूप से टूटी हुई त्वचा, की उपेक्षा नहीं की जा सकती. सीडीसी (CDC) ने इस बीमारी के संचरण के बारे में निम्नलिखित धारणा व्यक्त की है: ""हालांकि हैन्सेन के रोग के संचरण का मार्ग अनिश्चित बना हुआ है, लेकिन अधिकांश शोधकर्ता मानते हैं कि सामान्यतः" एम. लेप्री (M. leprae) "श्वसन बूंदों के द्वारा एक व्यक्ति से दूसरे व्यक्ति में फैलता है।" "

कुष्ठरोग में, उष्मायन काल और संक्रमण के समय तथा बीमारी की शुरुआत के मापन दोनों के ही लिये सन्दर्भ बिंदु परिभाषित कर पाना कठिन है; पहला वाला पर्याप्त प्रतिरक्षात्मक उपकरणों के कारण और दूसरा बीमारी की धीमी शुरुआत के कारण. इसके बावजूद, विभिन्न शोधकर्ताओं ने कुष्ठरोग के लिये उष्मायन काल का मापन करने का प्रयास किया है। न्यूनतम उष्मायन काल कुछ सप्ताहों जितना संक्षिप्त होने की जानकारी मिली है और यह नवजात शिशुओं में कुष्ठरोग की अक्सर होने वाली घटनाओं पर आधारित है। अधिकतम उष्मायन काल 30 वर्ष, या उससे अधिक, लंबा होने की जानकारी मिली है, जैसा कि युद्ध के उन पुराने सिपाहियों में देखा गया है, जिनके बारे में यह ज्ञात है कि वे थोड़े समय के लिये वे संक्रमण के स्थानीय क्षेत्रों के संपर्क में आये थे, लेकिन अन्यथा वे गैर-स्थानीय क्षेत्रों में रह रहे थे। सामान्यतः इस बात पर सहमति है कि औसत उष्मायन काल तीन से पांच वर्षों का होता है।

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