1 अक्टूबर 1996 को टूल ने अपना दूसरा संपूर्ण लंबाई का एलबम, "ऐनिमा" रिलीज किया. 4 मार्च 2003 को आरआईएए (RIAA) द्वारा इसे ट्रिपल प्लेटिनम से प्रमाणित किया गया था। पॉल डैमोर के टूल को छोड़ने के बाद, जस्टिन चांसलर समिति में आये और पहले से शुरू "ऐनिमा" की रिकॉर्डिंग के काम को आगे बढ़ाया. बैंड ने मदद के लिए निर्माता डेविड बौट्रिल को अपने साथ शामिल किया, जिन्होंने किंग क्रिमसन के कुछ एलबमों का निर्माण किया था, जब "ऐनिमा की ग्रेमी-नामित चित्रकारी " को तैयार करने में जोन्स कैम डी लियोन के साथ जुड़े थे।

एलबम सितारवादक बिल हिक्स को समर्पित था, जिनकी मृत्यु ढ़ाई वर्ष पहले हो गयी थी। बैंड का इरादा हिक्स की सामग्रियों और विचारों के प्रति जागरूकता बढ़ाने का था, क्योंकि उन्होंने महसूस किया कि टूल और हिक्स "एक सामान सिद्धांतों को मानते थे". विशेषकर, "ऐनिमा के अंतिम ट्रैक "थर्ड आई" के ठीक पहले हिक्स के प्रदर्शनों की एक क्लिप दिखाई गयी है और ऐनिमा "एलबम के पैकेजिंग की लेन्टीक्युलर केसिंग " के साथ-साथ "ऐनिमा" के टाईटल ट्रैक का कोरस, दोनों हिक्स के एरिजोना-बे के एक रेखाचित्र से संबंधित हैं, "जिसमें उन्होंने लॉस एंजिल्स के प्रशांत महासागर में समाने की परिकल्पना को उभारा है।" " 

पहली एकल "स्टिंकफिस्ट" का सीमित और अपूर्ण प्रसारण किया गया: रेडियो कार्यक्रम निर्माता, एमटीवी (यू.एस.) (MTV (U.S.)) द्वारा इसे छोटा कर दिया गया और उग्र संकेतार्थों के कारण "स्टिंकफिस्ट" के संगीत वीडियो का नाम बदलकर "ट्रैक #1" रख दिया और गानों के बोलों को भी बदल दिया गया। सेंसरशिप के बारे में प्रशंसकों की शिकायतों का जवाब देते हुए, एमटीवी (MTV) के "120 मिनट्स" के मैट पिनफेल्ड ने वीडियो का परिचय कराने और इसके नाम में बदलाव का कारण बताने के समय अपने चहरे के सामने अपना मुक्का लहराते हुए दर्शकों के सामने खेद व्यक्त किया।

"ऐनिमा की रिलीज के " सिर्फ दो हफ़्ते बाद, अक्टूबर 1996 में एक दौरा शुरू हुआ।संयुक्त राज्य अमेरिका और यूरोप में कई कार्यक्रमों के बाद, टूल ने मार्च 1997 के उत्तरार्ध में ऑस्ट्रेलिया और न्यूजीलैंड की ओर कदम बढ़ाया. " उसी वर्ष के 1 अप्रैल को बैंड से संबंधित अप्रैल फूल के कई मज़ाकिया किस्से पहली बार सामने आये. " बैंड के अर्ध-औपचारिक प्रशंसकीय पृष्ठ, द टूल पेज के वेबमास्टर कबीर अख्तर ने एक हाईवे पर यात्रा संबंधी बस दुर्घटना के बाद लिखा, "बैंड के कम से कम तीन सदस्य गंभीर स्थिति में हैं". " इस अफवाह ने असंख्य लोगों का ध्यान अपनी ओर खींचा और आखिरकार रेडियो और एमटीवी (MTV) पर इसका खुलासा किया गया। बाद में अख्तर ने यह दावा करते हुए एक माफ़ीनामा लिखा कि द टूल पेज को "स्वयं को भविष्य में ऐसे विचित्र मज़ाकिया किस्सों का हिस्सा नहीं बनाएगा"— एक ऐसा दावा जो बाद के अप्रैल फूल संबंधी किस्सों में झूठा साबित हो सकता था। " "यह दौरा अपनी मूल घोषणा के अनुसार अगले दिन से जारी रहा. " 

अंततः संयुक्त राज्य अमेरिका लौटते समय, टूल जुलाई 1997 में लोलापालूजा में दिखाई दिया, इस बार एक हेडलाइनर के रूप में, "द न्यूयॉर्क टाइम्स" से उन्हें महत्वपूर्ण प्रशंसा मिली:

संयुक्त राज्य अमेरिका में 90 के दशक के दौरान वैकल्पिक रॉक संगीत की लोकप्रियता में आयी गिरावट के बावजूद, "ऐनिमा" ने अंततः बिक्री में टूल की कामयाब शुरुआत का सिलसिला कायम रखा. प्रगतिशीलता से प्रभावित "ऐनिमा" ने बैंड को वैकल्पिक धातु युग के शीर्ष पर ला खड़ा किया: इसने ग्रेमी पुरस्कार-विजेता "ऐनिमा" का प्रदर्शन किया और "1996 के कई सर्वश्रेष्ठ एलबमों" की सूचियों में शामिल दिखाई दिया, जिनके कुछ प्रमुख उदाहरण हैं "केरांग!" और "टेरराइजर" .

इसी वर्ष शुरू हुई एक कानूनी लड़ाई ने बैंड की अगली रिलीज के काम-काज पर काफी व्यवधान डाला. वॉलकैनो इंटरटेनमेंट—टूल के तत्कालीन मृतप्राय लेबल ज़ू इंटरटेनमेंट के उत्तराधिकारी—ने टूल के द्वारा अनुबंध के उल्लंघन का आरोप लगाया और इसके विरुद्ध मुकदमा दायर कर दिया. वॉलकैनो के अनुसार, टूल ने तब उनके अनुबंध का उल्लंघन किया था जब बैंड ने अन्य रिकॉर्ड लेबलों के प्रस्तावों की ओर देखा था। टूल द्वारा यह कहते हुए प्रतिपक्षी मुकदमा दायर करने के बाद कि वॉलकैनो उनके अनुबंध में नवीनीकरण के विकल्प का उपयोग करने में विफल रहा था, दोनों पक्षों ने अदालत के बाहर सुलह कर ली. दिसंबर 1998 में टूल एक नए अनुबंध, एक तीन-रिकॉर्ड संयुक्त उद्यम, के सौदे के लिए राजी हुआ। 2000 में, बैंड ने अपने लंबे समय से नियुक्त प्रबंधक टेड गार्डनर को निकाल दिया, जिसने बैंड पर अपने आकर्षक समझौते पर कमीशन के विवाद को लेकर मुकदमा दायर कर दिया. 

इस समय के दौरान, कीनन बैंड के साथ ए परफेक्ट सर्किल में शामिल हुए जिसका गठन लंबे समय से टूल के गिटार टेक बिली हॉवरडेल द्वारा किया गया था, जबकि जोंस द मेल्विंस के बज़ ऑसबोर्न के साथ जुड़े और केरी अन्य साइड प्रोजेक्टों पर डेड केनेडी के जेलो बायाफ्रा के साथ ड्रम बजाने का काम किया। हालांकि वहाँ इस प्रकार की अफवाहें थीं कि टूल के संबंध बिखर रहे थे, चांसलर, जोन्स और केरी कीनन की वापसी की प्रतीक्षा करते हुए नयी सामग्रियों पर काम करने में जुटे हुए थे। 2000 में, अफवाहों को प्रभावी रूप से ख़त्म करते हुए "सैलिवल" बॉक्स सेट (सीडी/वीएचएस या सीडी/डीवीडी) (CD/VHS or CD/DVD) जारी किया गया। सीडी में एक नया मूल ट्रैक, लेड जेपेलिन के "नो क्वार्टर" का एक कवर, पीच के "यू लाइड" का एक लाइव संस्करण और पुराने गानों के संशोधित संस्करण शामिल थे। वीएचएस (VHS) और डीवीडी (DVD), जिनमें प्रत्येक में चार संगीत वीडियो, साथ में डीवीडी (DVD) पर "हश" के लिए एक अतिरिक्त संगीत वीडियो शामिल था। हालांकि "सैलिवल" में कोई एकल शामिल नहीं था, छिपे ट्रैक "मेनार्ड्स डिक" (जिसका संबंध वर्षों पहले के "ओपियेट" युग से था) ने संक्षिप्त रूप से एफ़एम रेडियो में अपना स्थान बनाया, जब कई डीजे ने इसे "मेनार्ड्स डेड" शीर्षक के अंतर्गत इसे ऑन एयर बजाने के लिए चुना.

लाइव कार्यक्रम
प्रारंभिक वर्ष (1988-1992)
"10,000 दिन" (2006-2007)
"ऐनिमा" (1996-2000)