2001 में, नाइटविश ने 0}गैरी मूर के दो नए गानों ("10थ मैन डाउन", ओशनबॉर्न से रीलिज न हुआ तथा "अवे", विशमास्टर से रीलिज न हुआ) "ओवर द हिल्स एण्ड फार अवे" रिकार्ड किए और टोनी काक्को (सोनाटा आर्कटिका) द्वारा टॉमस का गीत गवाकर "एस्टरल रोमांस" ("एन्जिल्स फॉल फर्स्ट" एल्बम से) का रीमेक बनाया. यह नई सामग्री उनकी पहली ईपी (EP) "ओवर द हिल्स एण्ड फार अवे" के रूप में रीलिज हुई.

इस रिकॉर्ड में टापियो विल्स्का (पूर्व फिनोट्रोल) द्वारा अतिथि प्रदर्शन भी शामिल था। उन्हें रिकार्ड किए लाइव सामग्री के रूप में 29 दिसम्बर 2000 को टाम्परे में एक शो के दौरान "फ्रॉम विशेस टू इटर्निटी" नाम से वीएचएस, डीवीडी और सीडी में भी रीलिज किया गया। नाइटविश के "ओवर द हिल्स एण्ड फार अवे" के संस्करण का प्रशंसकों ने अच्छी तरह से स्वागत किया, जो बैंड के लाइव प्रदर्शन का लगातार हिस्सा बन गया। यह गीत 2006 में रीलिज "एणअड ऑफ एन ईरा" डीवीडी के साथ कई एल्बम संकलनों में शामिल है। हालांकि, अन्य नए गीतों को इतना अच्छा ब्रेक-थ्रू नहीं मिला और वे कभी पुनः रीलिज नहीं हुए, जिसका अपवाद "एण्कीड ऑफ इनोसंस" डीवीडी पर मार्को हिएटाला (वर्तमान बास प्लेयर व पुरुष गायक) के साथ "10थ मैन डाउन" का लाइव प्रदर्शन है।

रिलीज के बाद जल्द ही, नाइटविश ऐसे हालातों से गुजरा जिसे बैंड के रूप में अपने सबसे कठिन हालातों में से एक के रूप में वर्णित किया जाता है। समस्या ज्यादातर बासिस्ट सामी वान्स्का से हुई, जिने बैंड के साथ दुर्व्यवहार शुरु किया जैसे नियत समय पर न आना तथा गिग्ज के गंभीरता से न लेना जैसा बाकी लोग करते थे। वान्स्का के साथ उसके व्यवहार के बारे में कई बार बैंड द्वारा चर्चा किया गया, लेकिन विना किसी परिवर्तन के हर किसी ने चिंता करना छोड़ दिया तथा तनाव में वृद्धि हुई. इस बीच, गिटारवादक एम्पु वोरिनेन ने बैंड में उसकी भूमिका के बारे में शिकायत शुरू की, उसे लगता था कि वह "एक किराए का टट्टू है जिसे हर काम करना पड़ता है". उनके संगीत शिक्षक प्लामेन दिमोव के अनुसार, वह और होलोपैनेन पूरी तरह से भिन्न व्यक्ति हैं और इस प्रकार की कठिनाइयां आने की उम्मीद जताई गई थी। लेकिन वोरिनेन को शांत रहने तथा "गुस्सा थूंकने" के लिए कहा गया और यह समस्या फिर कभी नहीं आई.

इसी समय, होलोपैनेन ने नाइटविश के टूटने के बारे में गंभीरता से सोचना शुरू कर दिया. रूस में एक गिग के बाद, उन्होंने अपने साथी संगीतकार मेटल बैंड {1सोनाटा आर्कटिका{/1} के टोनी काक्को संदेश भेजा कि उन्हें नहीं लगता कि अब उनके पास कोई बैंड होगा और उनके अगले वर्ष की योजना के बारे में पूछा. 2001 में नाइटविश के "ओवर द हिल्स एण्ड फार अवे" के दौरे के आखरी गिग के बाद होलोपैनेन ने ड्रैकार व स्पाइनफार्म को बुलाया तथा अनधिकृत रूप से नाइटविश की समाप्ति की घोषणा की. उसने उन्हें बताया कि वह एक और एलबम का निर्माण सकता है, लेकिन वह बैंड के साथ एक और शो प्रदर्शन कभी नहीं होगा. यही संदेश बैंड के संदेश बोर्ड पर भी लिखा था।

आखरी गिग के तुरंत बाद होलोपैनेन नाइटविश को समाप्त करने पर राहत महसूस करने के लिए टोनी काक्को के साथ एक सप्ताह के हाइकिंग ट्रिप पर लैपलैंड गए, लेकिन दुर्भाग्य से ऐसा नहीं हो सका. लेकिन लंबी पैदल यात्रा के दौरान कुछ तो हुआ है और हालांकि उन्होने मुश्किल से ही जंगल में अकेले ही इस बात पर चर्चा की, वे दोनों भी जान गए थे कि नाइटविश को तोड़ना इतना आसान नहीं है। जब वह लैपलैंड से लौटे उन्हें तुरंत हे इवो पोज़ोला का का फोन आया कि वे उनके प्रबंधक बनना और यह मामला सुलझाने में उनका मदद करना चाहते हैं। और होलोपैनेन राजी हुए.

नाइटविश को शुरु रखने के लिए होलोपैनेन ने कुछ परिवर्तन करने का निर्णय लिया। एवो को प्रबंधक के रूप में चुनने के अलावा उन्होंने सामी वान्स्का को बैंड छोडने के सिए कहने का निर्णय भी लिया। मार्को हिएटाला (टैरो और सिनर्जी) को सिनजी को पूरी तरह छोड़कर बैंड में शामिल होने के लिए पूछा गया। बास गिटार बजाने के साथ ही हिएटाला पुरुष गायक भी है। पहली रिकार्डिंग में या तो होलोपैनेन एल्बम पर ("एन्जिल्स फॉल फर्स्ट" एलबम में) या अतिथि संगीतकार पुरुष गायक गाया करता था। होलोपैनेन और वान्केस्का तब से नहीं मिले हैं इस अफवाह का विरोध करते हुए होलोपैनेन ने सार्वजनिक रूप से यह कहने के बाद कि वे और वान्स्का अभी भी संपर्क में हैं। हालांकि, उन्हे एक साथ कोई प्रोजेक्ट बनाने में दिलचस्पी नहीं है। 

2002 में, नाइटविश ने एकल "एवर ड्रीम" व "ब्लेस द चाइल्ड" के साथ "सेंचुरी चाइल्ड" रीलिज की. अपने संगीत में शास्त्रीय संगीत को महत्त्व देने के लिए "ब्लेस द चाइल्ड", "एवर ड्रीम", "फील फॉर यू" तथा "द ब्यूटी ऑफ द बीस्ट" में लाइव फिन्निश ऑर्केस्ट्रा का प्रयोग करना इस एलबम को उसके पहले एलबमों से भिन्न बनाता है। पसंदीदा के प्रशंसकों के स्थायी एक, हालांकि, वेबर प्रेत की लॉयड है "का बैंड है संस्करण एंड्रयू संगीतकार, से के प्रसिद्ध संगीत" ओपेरा एक ही नाम से. यह गीत जब टार्ज़ा टुरुनेन की जगह एनेट ओलज़ोन नहीं आई तब तक बार बार बजाया जाता था, जबकि अब बैंड ने यह घोषणा की हे कि वे यह गाना कभी नहीं बजाएंगे.

"सेंचुरी चाइल्ड" को इसके रिलीज के बाद दो घंटों में ही गोल्किड तथा उसके दो सप्याताह के भीतर प्लैटिनम प्रमाणपत्र मिला. इसने फिन्यनिश एलबम चार्ट में पहले स्थान पर जाने के लिए इतने दिन दूसरे स्थान पर रहने का रिकार्ड भी बनाया. "ब्लेस ऑफ चाइल्ड" वीडियो के बाद, किसी अन्य के समर्थन के बिना एक अन्भीय की रिकार्डिंग भी की गई। चुना हुआ ट्रैक था "एंड ऑफ ऑल होप". इस क्लिप में फिन्निश फिल्म"Kohtalon kirja" (अंग्रेजीः "द बुक ऑफ फेट") के कुछ अंश भी हैं।

2003 में, नाइटविश ने "एण्ड ऑफ इनोसेंस" नाम की उनकी दूसरी डीवीडी रीलिज की. इस दो घंटे के डीवीडी में होलोपैनेन, नेवालैनेन और टैपियो विल्स्का द्वारा बैंड की कहानी उनके शब्दों में बताई गई है। वृत्तचित्र भी 2003 Tarja गायक सुविधाओं बिट के रहते संगीत, अनन्य दृश्य, आदि Turunen की गर्मियों में शादी के दौरान मिला भी है और वहाँ थे अफवाहों कि बैंड भंग किया था के बारे में. इन अफवाहों को उस समय गलत साबित किया गया, क्योंकि बैंड का कार्यक्रम करना तता नए एलबम रीलिज करना अगले वर्ष भी जारी रहा. टार्ज़ा का शादी बाद में 2005 की शरद ऋतु में बैंड सेउसकी बर्खास्तगी में तबदील हुई.

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"वन्स" का प्रतिष्ठान और टार्ज़ा की बर्खास्तगी
नया बासिस्ट और शैली में परिवर्तन