यह विविध रूप में प्रस्तावित किया गया है कि खतने की शुरुआत एक धार्मिक रिवाज, उपजाऊपन को सुनिश्चित करने हेतु एक भेंट, एक जनजातीय प्रतीक, स्वीकृति की एक रस्म, मर्दानगी पर ज़ोर देने के एक प्रयास, शत्रुओं और गुलामों को प्रताड़ित करने के माध्यम अथवा एक स्वास्थ्य उपाय के रूप में हुई। डार्बी (Darby) इन सिद्धांतों का वर्णन “टकरावपूर्ण (conflicting)" के रूप में करते हैं और कहते हैं कि "विभिन्न सिद्धांतों के प्रतिपादकों के बीच केवल एक बिंदु पर सहमति है कि अच्छे स्वास्थ्य को प्रोत्साहित करने से इसका कोई संबंध नहीं था।" इमरमैन "व अन्य" (Immerman "et al.") कहते हैं कि खतने के कारण तरुण पुरूषों में यौनेच्छा कम हो जाती है और उनका अनुमान है कि यह खतने की प्रथा का पालन करने वाली जनजातियों के लिये एक प्रतिस्पर्धात्मक लाभ था, जिसके इसका विस्तार हुआ। विल्सन (Wilson) का मानना है कि खतना एक समूह के प्रति व्यक्ति की प्रतिबद्धता के संकेत का प्रतिनिधित्व करता है और यह विवाहेतर यौन-संबंधों की घटनाओं को कम करके विकासपरक उद्देश्य की पूर्ति कर सकता है।

खतने से संबंधित सर्वाधिक प्राचीन दस्तावेजी प्रमाण प्राचीन मिस्र से मिलता है। सामी (semitic) लोगों में खतना आमतौर पर प्रचलित था, हालांकि यह सर्वव्यापी नहीं था। हालांकि सिकंदर महान की विजय के बाद, खतने के प्रति ग्रीक लोगों की अरुचि (वे पुरुष को केवल तभी पूर्णतः “नग्न” मानते थे, जब उसकी खलड़ी को निकाल दिया गया हो) के चलते इसका पालन करने वाले लोगों में से अनेकों के बीच इसकी घटनाओं में एक कमी आई।

उप-विषुवतीय अफ्रीका में अनेक नस्लीय समूह में खतने की जड़ें प्राचीन काल से मौजूद हैं और योद्धा अवस्था या वयस्कता में प्रवेश के संकेत के रूप में अभी भी इसका प्रयोग किशोरों पर किया जाता है।

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