दूसरे भाग का आरंभ व्लादिमीर के द्वारा गीत गुनगुनाने से होता है जो कि एक कुत्ते से संबंधित है और जिससे नाटक के उद्देश्य का व्यापक ज्ञान होता है। इस गीत से यह भी पता चलता है कि नाटक में परंपरागत संगीत, मनोरंजन व उत्सव का वातावरण है। इस नाटक में कुककुर जाति से संबंधित संदर्भों एवं उदाहरणों में से केवल एक है। इससे यह भी मालूम हो जाता है कि व्लादिमीर को इस आशय का आभास है कि जिस दुनिया में वह उलझा है, वह उत्सवमय है (या उसमें उत्सवों का आभास है). वह यह समझाने लगता है कि यद्यपि उसकी दुनिया में निश्चित समरूप विकास के कुछ प्रमाण हैं तथापि वह मूलतः निजी जीवन के दिवसों को तथावत दोहरा रहा है। व्लादिमीर के गीत के विषय में यूजीन वेब ने लिखा है: "गीत का काल समरूप से गतिशील तो नहीं है, परन्तु वह उस अंतहीन स्थिति के प्रति सांकेतिक है जिसका एकमात्र शाश्वत अंत हैं: मृत्यु".

एक बार पुनः एस्ट्रागन कहता है कि उसने रात एक खाई में बिताई और "10 लोगों ने" पीटा - ऊपर से हालांकि उसे कोई चोट का निशान नहीं है। व्लादिमीर उसको वृक्ष में हो रहे मौसमी बदलावों के बारे में बताता है और पिछले दिन की गतिविधियों के विषय में भी, परन्तु एस्ट्रागन को कुछ अधिक याद नहीं आता. व्लादिमीर पोजो और लकी का नाम लेता है परन्तु एस्ट्रागन को केवल हड्डियां और टखने का दर्द ही याद आता है। व्लादिमीर को ध्यान आता हैं कि यदि एस्ट्रागन अपनी टांग दिखाए तो उसे याद आ सकता है। बड़ी मुश्किल से एस्ट्रागन टांग दिखाता है जिस पर घाव अब गहरा हो चला है। व्लादिमीर को अहसास होता है कि एस्ट्रागन ने कोई जूते नहीं पहने हुए हैं।

गाजर तो समाप्त हो चली है सो व्लादिमीर एस्ट्रागन को शलजम तथा मूली का चुनाव करने को कहता है। एस्ट्रागन मूली चुनता है परन्तु काला होने की वजह से लौटा देता है। फिर एस्ट्रागन सोने का प्रयास करता है ठीक पिछले दिन वाली भ्रूण के समकक्ष अवस्था में. व्लादिमीर उसे लोरी सुनाता है।

व्लादिमीर को लकी वाली हैट नजर आती है और वह उसे पहनने की सोचता है। इससे एक हैट परिवर्तन प्रक्रिया शुरू हो जाती है। वे पोजो और लकी का अनुसरण करने की कोशिश करते हैं, परन्तु एस्ट्रागन को कुछ भी याद नहीं आता कि वह पोजो व लकी से मिला भी था कि नहीं. वह बस केवल व्लादिमीर के आदेशों का पालन करता जाता है। वे दोनों एक दूसरे को गालियाँ देते हैं और फिर सुलह भी कर लेते हैं। उसके बाद वे कुछ शारीरिक झटके व एक योगासन करने का प्रयास करते हैं परन्तु दोनों विफल हो जाते हैं।

पोजो और लकी का आगमन फिर होता है। पोजो अंधा हो चुका है और कहता है कि लकी गूंगा है। रस्सी अब काफी छोटी हो गई है और पोजो की बजाय अब लकी अग्रणी मार्गदर्शक भूमिका में है। पोजो समय का आभास खो चुका है तथा कहता है कि उसे नहीं याद कि वह पिछले दिन एस्ट्रागन व व्लादिमीर से मिला था। वह यह भी कहता है कि आज की गतिविधियां भी उसे कल याद नहीं रहेंगी.

एक समय तो सभी एक के ऊपर एक गिर पड़ते हैं। एस्ट्रागन सोचता है कि और खाना निकलवाने या लकी द्वारा मारे जाने का बदला लेने का यही मौका है। इस पर लंबी चर्चा होती है। पोजो उनको धन देने की पेशकश करता है परन्तु व्लादिमीर सोचता है कि उन दोनों (पोजो व लकी) के रहने से मन बहला रहता है और वे दोनों भी गोडोट की लंबी प्रतीक्षा में साथ देने में मजबूर हो जाते हैं। अंत में हालांकि सब उठ खड़े होते हैं।

भाग 1 में पोजो एक दंभी व्यक्ति था परन्तु अब अंधेपन के बाद वह थोड़ा परिपक्व हो गया है। उसके जाने के बाद व्लादिमीर उसके अंतिम शब्दों की व्याख्या करता है: "जन्म का स्थान भी किसी शवगृह के पास ही होता है, एक क्षण की रोशनी होती है फिर रात हो जाती है".

लकी और पोजो चले जाते हैं। वही लड़का (गोडोट का दूत) फिर आता है और दोहराता है आज गोडोट की प्रतीक्षा ना करें परन्तु कल वह अवश्य आएगा. इस पर निराशा में दोनों एस्ट्रागन की बेल्ट से लटक कर आत्महत्या का प्रयास करते हैं परन्तु दोनों के भार से वह टूट जाती है। एस्ट्रागन की पेंट गिर जाती है परन्तु उसे तब तक पता नहीं चलता जब तक व्लादिमीर उसे नहीं बताता. वे निर्णय करते हैं कि वे कल मजबूत रस्सी लायेंगे और पुनः आत्महत्या का प्रयास करेंगे, यदि गोडोट नहीं आता.

वे फिर जाने का निर्णय करते हैं परन्तु इसका कोई प्रयास नहीं करते.

गोडोट
जन्गियन (कार्ल जंग, व्यक्तित्व अध्ययन / आचरणवादी)
भाग दो
पोजो और लकी