कुलदीप नैयर पर छद्म धर्मनिपेक्ष होने के साथ साथ हिंदू विरोधी होने के का भी आरोप समय समय पर लगता रहता है। नैयर ने तो यहाँ तक कहा डाला की प्रधानमंत्री वाजपेयी को कानून बनाना चाहिए जो किसी राष्ट्रीय स्वयं सेवक को उच्च पद के लिए अयोग्य बनाये। 

एक प्रतिष्ठित राष्ट्रीय दैनिक में अन्ना हजारे के अन्दोलन के लिए नैयर ने यह कहा की इस आन्दोलन को अनशन से अलग रखते तो अच्छा होता और इसका ठीकरा उन्होंने टीम अन्ना के सदस्यों 
पर फोड़ा। उन्होंने कहा कि ये लोग ध्यान खींचने के लिए इस नाटकीय कदम को उठाना चाहते थे विदित रहे कि अन्ना ने स्वयं ही यह स्वीकारा था कि अनशन करना उनकी स्वयं की इच्छा थी, न कि किसी और की। अन्ना यह कह चुके हैं कि वे कोई बच्चे नहीं हैं। वे वही कार्य करते हैं जिसकी गवाही उनकी आत्मा देती है।

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