कपकोट २९.९५ डिग्री एन के अक्षाशों, और ७९.८७ डिग्री ई के देशान्तरों पर स्थित है। समुद्र तल से इसकी औसत ऊंचाई ११३३ मीटर (३७१६ फीट) है। यह नगर सरयू नदी के तट पर स्थित है, जो इसके पश्चिम से होकर बहती है। सरयू के पानी की उपलब्धता के कारण कपकोट के आस-पास की भूमि का उपयोग बड़े पैमाने पर कृषि गतिविधियों के लिए किया जाता है। कपकोट की स्थलाकृति घाटियों, स्थानीय अवसादों और उच्च मैदानों द्वारा चिह्नित है।

कपकोट की जलवायु शेष भारत की ही तरह वर्ष के आठ महीनों में ठंडी और शुष्क रहती है, वर्षा केवल मानसून के महीनों में ही होती है। फरवरी और मार्च के दौरान ठंडी हवाएं अनुभव की जाती हैं। सबसे गर्म महीने मार्च से जुलाई तक के हैं। अगस्त से अक्टूबर तक जलवायु मध्यम रहती है, और फिर नवंबर से फरवरी तक कड़ाके की ठंड पड़ती है। धुंध और ओस यहां आम हैं, और सर्दियों के मौसम में तो अक्सर होते ही रहते हैं। कपकोट भूस्खलन-प्रवण क्षेत्र में स्थित है।

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