मई 2006 में मेगाडेथ ने घोषणा की कि उनका ग्यारहवां स्टूडियो एल्बम, "युनाइटेड ऐबोमिनेशंस" पूरा होने वाला था। इसे मूल रूप से अक्टूबर 2006 में रोडरनर रिकॉर्ड्स [Roadrunner Records] द्वारा रिलीज़ किए जाने के लिए निर्धारित किया गया था लेकिन अगस्त 2006 में मुस्टेन ने घोषणा की कि बैंड "इसे अंतिम रूप प्रदान कर रहे हैं," और इसे 15 मई 2007 को रिलीज़ किए जाने के लिए फिर से निर्धारित कर दिया गया। "युनाइटेड ऐबोमिनेशंस", बैंड का पहला स्टूडियो रिलीज़ था जिसमें सदस्यों ग्लेन ड्रोवर, शॉन ड्रोवर और जेम्स लोमेंज़ो को दर्शाया गया। मार्च 2007 में डेव मुस्टेन ने मेगाडेथ संगोष्ठी में घोषणा की कि "ए टाउट ले मोंडे (सेट मी फ्री)" के एक नए संस्करण को एल्बम में रिलीज़ किया जाएगा. इसमें बैंड लैकुना कॉयल के क्रिस्टिना स्कैबिया का एक युगल गीत शामिल है और यह तब तक एल्बम का पहला एकल बना रहा जब तक कि इसकी जगह "वॉशिंगटन इज़ नेक्स्ट!" ने नहीं ले ली.

"युनाइटेड ऐबोमिनेशंस" को 15 मई 2007 को रिलीज़ किया गया। इसने एक सप्ताह बाद US में #8 पर शुरुआत की जो सन् 1994 के "यूथेनेसिया" के बाद से चार्ट में स्थापित बैंड का सबसे ऊंचा स्थान था और पहले सप्ताह में इसकी 54,000 प्रतियों की बिक्री हुई. मार्च 2007 में मेगाडेथ ने नई-नई निर्मित हीवेन ऐंड हेल के एक आरंभिक कला-प्रदर्शन के रूप में पूरे कनाडा और संयुक्त राज्य अमेरिका में एक दौरे की शुरुआत की जहां उन्होंने डाउन के साथ कनाडा में और मशीन हेड के साथ US में कार्यक्रम प्रस्तुत किए
जिसके बाद पूरे यूरोप में एक ग्रीष्मकालीन समारोह दौरे का आयोजन हुआ। सितम्बर 2007 में मेगाडेथ अपने "टूर ऑफ़ ड्यूटी" दौरे पर मुख्य कला-प्रदर्शन के रूप में संयुक्त राज्य अमेरिका लौट गए जिसमें प्रशांत रिम और जाइगनटूर की तीसरी कड़ी शामिल थी जिसे नवम्बर 2007 में ऑस्ट्रेलिया में शुरू किया गया था जिसकी सदस्य-मंडली में स्टेटिक-X, कैकुना कॉयल, डेविल ड्राइवर और ब्रिंग मी द हॉराइज़न शामिल थे। 

13 जनवरी 2008 को, डेव मुस्टेन ने पुष्टि की कि ग्लेन ड्रोवर ने अपने परिवार अपना ध्यान केन्द्रित करने के लिए मेगाडेथ छोड़ दिया था और उनकी जगह क्रिस ब्रॉडरिक (नेवरमोर और जैग पैन्ज़र के पूर्व सदस्य) को ले लिया गया। 
नई सदस्य-मंडली ने 4 फ़रवरी को फ़िनलैंड में अपना पहला लाइव प्रदर्शन प्रस्तुत किया और मुख्य कला-प्रदर्शन के रूप में यूरोप में "टूर ऑफ़ ड्यूटी" दौरे को जारी रखा और जाइगनटूर सन् 2008 के लिए उसी महीने वे UK लौटे और वसंत में US लौटे. डेव मुस्टेन एक छोटी सदस्य मंडली बनाना चाहते थे इसलिए प्रत्येक बैंड के पास कार्यक्रम में प्रदर्शन करने का एक अच्छा अवसर था। दौरे के सन् 2008 की कड़ी में इन फ़्लेम्स, चिल्ड्रेन ऑफ़ बॉडम, जॉब फॉर ए काउबॉय और हाई ऑन फ़ायर (एवं UK और स्कैंडेनेविया दौरे के लिए इवाइल) को दर्शाया गया।

मुस्टेन ने कहा कि वह ड्रोवर के फैसले से खुश हैं और इस बात से भी खुश हैं कि उनकी जगह ब्रॉडरिक ने ली हैं। मुस्टेन ने यह भी कहा "क्रिस बिलकुल सही कर रहे हैं". पूर्व नेवरमोर बैंड-मित्र वैन विलियम्स ने टिपण्णी की कि मेगाडेथ "एक अच्छे वादक को क्षति पहुंचा रहे हैं और अधिक महत्वपूर्ण बात यह है कि वे एक अच्छे आदमी और एक सच्चे मित्र को अपने बैंड से बाहर रख रहे हैं।" ब्रॉडरिक ने कहा "मैं समझता हूं कि मुझे एक बहुत बड़ी कमी को पूरा करना है और मैं अपनी तरफ़ से पूरी कोशिश करूंगा." मेगाडेथ में क्रिस ब्रॉडरिक को शामिल करने के संबंध में डेव मुस्टेन ने एक साक्षात्कार में कहा "...क्रिस से पूरी तरह से प्रसन्न है।.. यह मुझे बहुत हद तक उस समय की दिलाता है जब ओज़ी को रेंडी रोड्स मिले."

जाइगनटूर (वर्ष 2005–2006)
"एंडगेम" (वर्ष 2009 से आगे)
"युनाइटेड ऐबोमिनेशंस" (वर्ष 2006–2009)
"क्रिप्टिक राइटिंग्स" (वर्ष 1996–1998)