एलिसा परीक्षण की तरह ही, वेस्टर्न ब्लॉट भी एक एंटीबॉडी पहचानने का परीक्षण है। लेकिन एलिसा विधि की तुलना में वाइरस के प्रोटीनों को पहले अलग करके गतिहीन कर दिया जाता है। परवर्ती कदमों में सीरम की एटीबाडियों का विशिष्ट एचआईवी (HIV) प्रोटीनों से बंधन होता देखा जाता है।

विशिष्ट रूप से एचआईवी (HIV) से संक्रमित कोशिकाएं खोल दी जाती हैं और उनके भीतर के प्रोटीनों को जेल की एक पट्टी पर रख दिया जाता है, जिस पर विद्युत धारा का प्रवाह किया जाता है। इस क्षेत्र में विभिन्न प्रोटीन उनके आकारों के अनुसार भिन्न गतियों से चलते रहते हैं, जबकि उनका विद्युत चार्ज सोडियम लारिल सल्फेट नामक एक सरफैक्टैंट द्वारा समान रखा जाता है। कुछ व्यावसायिक वेस्टर्न ब्लॉट परीक्षण किटों में सेलूलोज एसीटेट की पट्टी पर पहले से एचआईवी (HIV) प्रोटीन होते हैं। प्रोटीनों के एक बार अच्छी तरह से पृथक हो जाने के बाद उन्हें एक झिल्ली पर स्थानांतरित कर दिया जाता है और परीक्षण एलिसा की तरह किया जाता है – व्यक्ति का तनुकृत सीरम झिल्ली पर लगाया जाता है और सीरम के एंटीबॉडी कुछ एचआईवी (HIV) प्रोटीनों से बंध सकते हैं। जो एंटीबॉडी बंधित नहीं होते उन्हें धोकर निकाल दिया जाता है और एंजाइम से जुड़ी एंटीबॉडियां, जिनमें व्यक्ति की एंटीबाडियों से जुड़ने की क्षमता होती है, यह निर्धारित करती हैं कि व्यक्ति के सीरम में किन एचाआईवी (HIV) प्रोटीनों के प्रति एंटीबॉडियां हैं।

वेस्टर्न ब्लॉट परीक्षण की व्याख्या के लिये कोई सार्वभौमिक मापदंड नहीं हैं – इसके लिये आवश्यक वाइरस बैंडों की संख्या भिन्न हो सकती है। यदि वाइरस बैंडों का पता न चले, तो परीक्षण नकारात्मक होता है। यदि जीएजी, पीओएल और ईएनवी जीन-उत्पादन समूहों के लिये कम से कम एक-एक वाइरस बैंड मौजूद हों तो नतीजा सकारात्मक होता है। वेस्टर्न ब्लॉट की व्याख्या के लिये तीन-जीन-उत्पाद वाली पहुंच को जन स्वास्थ्य या चिकित्सकीय कामकाज में शामिल नहीं किया गया है। जिन परीक्षणों में वाइरस बैंडों की संख्या आवश्यकता से कम हो, उन्हें अनिश्चित माना जाता है – अनिश्चित परिणाम वाले व्यक्ति का दोबारा परीक्षण किया जाना चाहिये, क्यौंकि बाद के परीक्षण अधिक निर्णायक हो सकते हैं। अनिश्चित वेस्टर्न ब्लॉट वाले लगभग सभी एचआईवी (HIV)-संक्रमित व्यक्तियों में एक महीने के बाद परीक्षण करने पर सकारात्मक परिणाम प्राप्त हो सकते हैं – छह महीनों तक लगातार अनिश्चित परिणाम आने पर यह समझा जाता है कि परिणाम एचआईवी (HIV) संक्रमण के कारण नहीं हैं। सामान्यतः स्वस्थ कम जोखिमयुक्त जनसमुदाय में वेस्टर्न ब्लॉट पर अनिश्चित नतीजे 5000 में से एक रोगी में होते हैं। ऐसी जगहों जैसे पश्चिमी अफ्रीका में जहां एचआईवी (HIV)-2 सबसे अधिक पाया जाता है, उच्च जोखिम वाले संक्रमण से ग्रस्त व्यक्तियों में अनिर्णायक वेस्टर्न ब्लॉट एचआईवी (HIV)-2 के संक्रमण को सिद्ध कर सकता है।

दाता के रक्त और कोशिकीय पदार्थों की जांच
वेस्टर्न ब्लॉट
बेनामी परीक्षण
एंटीजन परीक्षण