ERP विक्रेताओं ने अपनी प्रणालियों को मानक व्यापार प्रक्रियाओं के अनुसार डिजाइन किया है, सर्वोत्तम व्यावसायिक पद्धतियों के आधार पर. अलग विक्रेताओं की प्रक्रियाएं अलग प्रकार की होती हैं लेकिन वे सभी एक मानक, अनुखंडित प्रकृति का ही अनुसरण करती हैं। परिणामस्वरूप, जो कंपनियां ERP प्रणालियों को लागू करना चाहती हैं उन्हें अपनी मौजूदा प्रक्रियाओं के अनुसार ERP पैकेज को ढालने की बजाय अपने संगठनों को मानक प्रक्रियाओं के अनुसार ढालने के लिए बाध्य होना पड़ता है। ERP कार्यान्वयन शुरू करने से पहले वर्तमान व्यावसायिक प्रक्रियाओं का नक्शा बनाने की उपेक्षा, ERP परियोजनाओं की विफलता का एक मुख्य कारण है। यह इसलिए महत्वपूर्ण है कि संगठन एक ERP विक्रेता के चयन और इसके क्रियान्वयन से पहले व्यावसायिक प्रक्रियाओं का सम्पूर्ण विश्लेषण करें. इस विश्लेषण द्वारा मौजूदा सभी व्यावसायिक प्रक्रियाओं का नक्शा तैयार करना चाहिए, ताकि ऐसे ERP विक्रेता का चयन किया जा सके जिसके मानक अनुखंड स्थापित संगठन के साथ सर्वाधिक निकटता से जुडे हों. अधिक प्रक्रियात्मक एकीकरण प्राप्त करने के लिए तब रीडिजाइन का कार्यान्वयन किया जा सकता है। शोध यह इंगित करता है कि व्यावसायिक प्रक्रियाओं में बेमेल के जोखिम को निम्नलिखित के द्वारा कम किया जा सकता है: 

ERP कार्यान्वयन उन संगठनों में अधिक दुष्कर होता है जहाँ लगभग स्वतंत्र व्यावसायिक इकाइयां होती हैं, प्रत्येक इकाई अपने नफे नुकसान के लिए स्वयं जिम्मेदार होती है, क्योंकि उनमें से प्रत्येक की अलग प्रक्रियाएं, व्यापार नियम, डाटा शब्दार्थ-विज्ञान, प्राधिकार पदानुक्रम और निर्णय केंद्र होते हैं।समाधानों में शामिल हैं, स्थानीय परिवर्तन प्रबंधन पेशेवरों द्वारा आवश्यकताओं का समन्वय या, यदि यह सम्भव न हो, शिथिल एकीकृत उदाहरणों (उदहारण, मास्टर डाटा प्रबंधन के माध्यम से जोड़े गये) का उपयोग करते हुए संघबद्ध कार्यान्वयन जिन्हें स्थानीय आवश्यकताओं की पूर्ति हेतु विशेष तौर पर विन्यस्त और/या अनुकूल बनाया गया हो. 
ERP का एक नुकसान आमतौर पर यह बताया जाता है कि मानकीकृत ERP अनुखंडों के साथ मेल खाने के लिए व्यावसायिक प्रक्रियाओं के परिवर्तन से प्रतिस्पर्धी श्रेष्ठता में कमी आ सकती है। प्रलेखित साक्ष्य मौजूद है जहाँ वास्तव में ऐसा हुआ, जबकि अन्य मामले दर्शाते हैं कि ERP प्रक्रियाओं का पूर्णता से अनुसरण स्थाई प्रतिस्पर्धात्मक श्रेष्ठता को वास्तव में बढ़ा सकता है।

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