"संस्थागत प्रतिभूतियाँ" हाल ही में मॉर्गन स्टेनली के लिए सबसे अधिक लाभदायक व्यापार खंड रही हैं। यह व्यापार खंड संस्थानों को सेवायें प्रदान करता है जैसे पूंजी जुटाना और वित्तीय सलाहकार सेवाएं जिसमे शामिल हैं विलय और अधिग्रहणसलाह, पुनर्गठन, अचल संपत्ति और परियोजना वित्त पोषण और कंपनी उधार. खंड फर्म के इक्विटीज और तय आय प्रभागों को भी घेरता है; ट्रेडिंग कंपनी के "इंजन रूम" की तरह अपनी अवस्था बनाए रखने के लिए पूर्वानुमानित क़ी जाती है।

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