कृतंकों के वर्गीकरण में मुख्य आधार हनुपेशियों की विभिन्नता तथा इनके संबद्ध कपाल की सरंचनाओं को ही माना गया है। इस प्रकार कृंतक गण को तीन उपगणों में विभाजित किया गया है:

1. साइयूरोमॉर्फ़ा (Sciuromorpha) अर्थात गिलहरी सदृश कृतक,
2. माइयोमॉर्फ़ा (Myomorpha) अर्थात, मूषकों जैसे कृंतक तथा
3. हिस्ट्रिकोमॉर्फ़ा (Hystricomorpha) अर्थात्‌ साही के अनुरूप कृंतक।

हिस्ट्रिकोमॉफ़ी
वर्गीकरण
साइयूरोमॉर्फ़ा
मायोमॉर्फ़ा