सिंहली बहुमत के बीच भारतीय हस्तक्षेप भी अलोकप्रिय हो गया, IPKF इस में बुरी तरह फँस गया और तमिल टाइगर्स के साथ 2 वर्ष से भी ज्यादा लड़ाई में भारी नुकसान का सामना करना पडॉ॰आईपीकेएफ के अंतिम सदस्य जिनकी गिनती 50,000 से भी ज्यादा मानी जाती है, 1990 में श्रीलंका सरकार के अनुरोध पर देश को छोड़ कर चले गए। एक अस्थिर शांति सरकार और लिट्टे के बीच में चलती रही बाद में आयोजित शांति वार्ता ने देश के उत्तर और पूर्व में तमिलों को प्रगति की ओर ले गया।[72]
1990 के दशक में लड़ाई लगातार जारी रहा और दो प्रमुख हत्याओं को चिह्नित किया, एक पूर्व भारतीय प्रधानमंत्री राजीव गांधी की 1991 में और श्रीलंका के राष्ट्रपति राणासिंघे प्रेमदासा का 1993 में, दोनों अवसरों में आत्मघाती हमलावरों का इस्तेमाल किया गया। यह लड़ाई 1994 में थोड़ी देर के लिए रुकी जब श्रीलंका के राष्ट्रपति के रूप में चंद्रिका कुमारतुंगा का चुनाव हुआ और शांती वार्ता सम्पन्न हुआ। लेकिन लड़ाई फिर से तब शुरू हुई जब लिट्टे ने अप्रैल 1995 में दो श्रीलंका नौ सेना के नाव को डुबो दिया गया। सैन्य गतिविधियों की श्रुंखला में श्री लंका सेना ने जाफना प्रायद्वीप पर कब्जा कर लिया जो तमिलों का प्राण था। अगले तीन वर्षों में ऐसे अनेक हमले होते गए, फिर बाद में सेना ने लिट्टे के उत्तरी प्रांत पर कब्जा कर लिया जिसमें वन्नी क्षेत्र, किलिनोच्ची और कई छोटे कसबे सम्मिलित थे। हालांकि, 1998 के बाद से लिट्टे ने इन क्षेत्रों पर फिर से नियंत्रण प्राप्त कर लिया। श्री लंका सेना के साथ एक लम्बी लड़ाई के बाद एक रणनीति से अप्रैल 2000 में जाफना प्रायद्वीप के प्रवेश द्वार पर स्थित एक महत्वपूर्ण प्रांत जो एलिफेंट पास बेस काम्प्लेक्स कहा जाता है पर कब्जा कर लिया गया।
महत्तया, जो एक समय में लिट्टे के उप नेता थे, राजद्रोही मान कर 1994 में मारे गए। माना जाता है कि वे भारतीय अनुसंधान और विश्लेषण विंग के सहयोग से प्रभाकरन को लिट्टे के नेतृत्व से दूर करना चाहते थे।

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