उद्यान में तीन पहाड़ों का प्रभुत्व है: मुलु पर्वत (2,376 मीटर), आपी पर्वत (1,750 मीटर) और बनारट पर्वत (1,858 मीटर)। मुलु पर्वत एक बलुआ पत्थर का पहाड़ है। लेकिन आपी पर्वत और बनारट पर्वत चूना पत्थर के पहाड़ हैं। राष्ट्रीय उद्यान में तीन उल्लेखनीय गुफाएँ भी हैं: सारावाक चैंबर, डीर गुफा और क्लियरवॉटर गुफा (दक्षिण पूर्व एशिया की सबसे लंबी गुफा प्रणाली)। सारावाक चैंबर दुनिया के सबसे बड़े भूमिगत कक्षों में से एक है जिसको 700 मीटर (2,300 फीट) लंबा, 396 मीटर (1,299 फीट) चौड़ा और कम से कम 70 मीटर (230 फीट) ऊंचा है। डीर गुफा दुनिया की सबसे बड़ी गुफाओं में से एक है।

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