अनीस अहमद रुश्दी, कैम्ब्रिज विश्वविद्यालय के शिक्षित वकील जो बाद में व्यवसायी बने और नेगिन भट्ट, एक शिक्षिका के इकलौते बेटे रुश्दी का जन्म बंबई (अब मुंबई), भारत में हुआ था।उनकी शिक्षा कैथेड्रल एंड जॉन कॉनन स्कूल, मुंबई, रग्बी स्कूल और किंग्स कॉलेज, केम्ब्रिज में हुई, जहाँ उन्होंने इतिहास का अध्ययन किया। एक पूर्णकालिक लेखक बनने से पहले उन्होंने दो विज्ञापन एजेंसियों ओगिल्वी एंड माथेर और आयर बार्कर) के लिए काम किया।
रुश्दी की चार बार शादी हुई। अपनी पहली पत्नी क्लेरिस्सा लुआर्ड से वे 1976 से 1987 तक विवाहित रहे जिससे उन्हें एक बेटा जफ़र हुआ। उनकी दूसरी पत्नी अमेरिकी उपन्यासकार मारिआन विगिंस थीं; उन दोनों का विवाह 1988 को और तलाक़ 1993 में हुआ। उनकी तीसरी पत्नी, 1997 से 2004 तक, एलिजाबेथ वेस्ट थीं; उनका एक बेटा, मिलन है। 2004 में उन्होंने भारतीय अमेरिकी अभिनेत्री और सुपर मॉडल पद्मा लक्ष्मी, अमेरिकी रिएलिटी टेलिविज़न कार्यक्रम "टॉप शेफ़" की मेजबान, से विवाह किया। शादी 2 जुलाई 2007 को टूट गया और लक्ष्मी ने इंगित किया कि उन्होंने ख़ुद विवाह समाप्त करना चाहा था। 2008 में, बॉलीवुड प्रेस ने भारतीय मॉडल रिया सेन के साथ उनका प्रेम संबंध जोड़ा, जिसके वे अन्यथा एक दोस्त थे। उनकी दोस्ती के बारे में मीडिया की अटकलबाज़ी के उत्तर में, उसने (रिया) सिर्फ इतना कहा "मुझे लगता है कि जब आप सलमान रुश्दी हैं, तो आप ज़रूर उन लोगों से ऊब जाते हैं जो हमेशा आपसे साहित्य के बारे में बात करना चाहते हैं।" 
1999 में रुश्दी ने एक "कंडरा दशा" को सही करने के लिए ऑपरेशन कराया, जो उनके मुताबिक, उनकी आँखें खोलने की मुश्किल को तेज़ी से बढ़ा रही थी।"अगर मैं ऑपरेशन नहीं कराता, तो कुछ ही वर्षों में मैं अपनी आँखें खोलने में सक्षम ही नहीं हो पाता," उन्होंने कहा।

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