एबरडीन के सबसे बड़े संप्रदायों में परंपरागत रूप से ईसाइयों के चर्च ऑफ़ स्कॉटलैंड (एबरडीन के प्रेज्बीटेरी के माध्यम से) और कैथोलिक चर्च हैं। आखिरी जनगणना से पता चला कि स्कॉटलैंड में एबरडीन बहुत कम धार्मिक शहर है, करीब 43% लोग किसी भी धर्म से जुड़े हुए नहीं हैं और अनेक पूर्व गिरजाघरों को बार तथा रेस्तरां में बदल दिया गया है।

मध्य युग में, सेंट निकोलस का गिरजा शहर का एकमात्र गिरजा और स्कॉटलैंड के सबसे बड़े गिरजों में से एक था। स्कॉटलैंड के अन्य गिरजो की तरह, सुधार आंदोलन के बाद इसका विभाजन हो गया, इस मामले में पूर्वी और पश्चिमी गिरजा में विभाजन हुआ। इस समय, शहर कार्मलाइट (रोमन कैथोलिक तपस्वी) (सफ़ेद लबादा वाले) और फ़्रांसीकन्स (भूरे लबादे वाले तपस्वी) का भी घर था और बीसवीं सदी के अंतिम चरण तक चैपल ऑफ़ मेरीस्चल कॉलेज के संशोधित रूप में फ़्रांसीकन्स का अस्तित्व बना रहा।

डेविड प्रथम (1124–53) द्वारा सुधार आंदोलन-पूर्व के बन्फशायर के मोर्ट्लाक के धर्मप्रदेश को 1137 में पुराने एबरडीन को स्थानांतरित करने के बीस साल बाद सेंट माइकल कैथेड्रल का निर्माण किया गया था। विलियम एल्फिंस्टन की धर्माध्यक्षता (1484-1511) के अपवाद के साथ इमारत का बनना धीरे-धीरे जारी रहा। उनके बाद आये गेविन डनबर ने 1518 में इमारत के निर्माण को पूरा किया, उन्होंने इसमें दो पश्चिमी मीनार और दक्षिणी अनुप्रस्थ भाग को जोड़ा।

सेंट मैरी कैथेड्रल गोथिक शैली में एक रोमन कैथोलिक कैथेड्रल है, जिसे 1859 में बनाया गया।

सेंट एंड्रयू कैथेड्रल स्कॉटिश धर्माध्यक्षीय कैथेड्रल है, जिसका निर्माण आर्चीबाल्ड सिम्पसन की पहली नियुक्ति के समय 1817 में हुआ। संयुक्त राज्य अमेरिका में धर्माध्यक्षीय गिरजाघर के पहले बिशप को प्रतिष्ठित करने के लिए यह मशहूर है।

द साल्वेशन आर्मी किला यूनियन स्ट्रीट के पूर्वी छोर के अंत तक फैला हुआ है।

यूनियन स्ट्रीट के पास एक युनिटेरीयन गिरजा है, जिसे स्केन टेरेंस में 1833 में स्थापित किया गया था।

क्रिस्टाडेल्फियाई कम से कम 1844 से एबरडीन में मौजूद रहे हैं। वर्षों से, उन्होंने वेस्ट रूम ऑफ़ म्यूजिक हॉल (120 साल से ज्यादा समय से), काऊड्राई क्लब, बॉन एकॉर्ड क्रिसेंट में वाईडब्ल्यूसीए (YWCA) जैसे के लिए किराये पर जगह दे रखी है। इन दिनों वे गार्थडी स्थित इंचगार्थ सामुदायिक केंद्र में जुटा करते हैं।

लैटर डे सेंट्स के द चर्च ऑफ़ जीसस क्राइस्ट के दो सभागृह हैं।

पुराने एबरडीन में एक इस्लामी मस्जिद और 1945 में स्थापित एक रूढ़िवादी यहूदी उपासनागृह भी है। कोई औपचारिक बौद्ध या हिंदू भवन नहीं हैं। एबरडीन विश्वविद्यालय में एक छोटा-सा बहाई समाज है।

क्राउन स्ट्रीट में क्वेकरों का एक सभास्थल भी है, स्कॉटलैंड में बनाए गये इस क्वेकर भवन का उपयोग आज भी होता है।

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