उत्खनन के प्रारंभ में मशीन द्वारा ऊपरी मिट्टी के ढेर को हटाया जाना सम्मिलित होता है। इस सामग्री को मेटल डिटेक्टर के द्वारा परीक्षण किया जाता है ताकि कि भूल से अलग रह गया कोई भी सामग्री खोजी जा सके, परन्तु यदि इसके परित्याग से लेकर अब तक यह अनछुई नहीं रही है, इसमें आधुनिक सामग्रियों की एक परत मिलेगी जिसमें पुरातात्विक रूचि का अभाव होगा। ग्रामीण क्षेत्रों में स्थित कोई फीचर सतह के नीचे दिखाई पड़ जाता है परन्तु शहरी क्षेत्रों में मानवीय निक्षेप की एक मोती पर्त हो सकती है, तथा प्रारंभ में सबसे ऊपरी सन्दर्भ ही प्रदर्शित होगा तथा इसे अन्य सन्दर्भों से अलग करके देखना होगा। सन्दर्भों तथा फीचर के नमूने लेने की एक रणनीति बनायीं जाती है जिसमें प्रत्येक फीचर के पूर्ण उत्खनन अथवा आंशिक उत्खनन के विषय में निर्णय लिया जाता है। उत्खनन का वरीयता प्राप्त लक्ष्य यह होता है कि सभी पुरातात्विक निक्षेपों तथा फीचर को उनके निर्माण के उलटे क्रम में हटाया जाये तथा कालानुक्रमिक रिकॉर्ड अथवा "अनुक्रम" के रूप में हैरिस मैट्रिक्स बनायीं जाए. इस हैरिस मैट्रिक्स का प्रयोग ज्ञान की सतत बढ़ती हुई इकाइयों की व्याख्या तथा इन्हें जोड़ने में किया जाता है। पुरातात्विक स्थल से स्तरीकृत रूप से हटाया जाना यहां की घटनाओं के कालानुक्रम को समझने के लिए बहुत आवश्यक है। हालांकि इसे ऐसा सोचा जाना कि "पुरातात्विक निक्षेप अपने आने के विपरीत क्रम में स्थल से जाने चाहिए". आमतौर पर एक ग्रिड बनायी जाती है जिसमें स्थल को 5 मीटर के वर्गों में विभाजित किया जाता है ताकि फीचर तथा सन्दर्भों को सम्पूर्ण स्थल के नक़्शे में सही रूप से स्थानित किया जा सके। इस ग्रिड को आम तौर पर किसी राष्ट्रीय जियोमैटिक डेटाबेस, जैसे कि ब्रिटेन के ऑर्डनेन्स सर्वे, में शामिल कर दिया जाता है। शहरी क्षेत्रों के पुरातत्व में यह ग्रिड एकल सन्दर्भ रिकॉर्डिंग के कार्यान्वन में अमूल्य हो जाती है।

उत्खनन में आम त्रुटियां
भूमिका
चरण और चरणबद्धता
व्यवहार में उत्खनन