मुगल अवधि के दौरान पंजाब में सिख धर्म उभरा., मुगल सत्ता और सिखों के बीच संघर्ष 1606 में अपने आरम्भिक चरम पर पहुंचा जब सिखों के पांचवे गुरू गुरू अर्जन देव पर मुगल साम्राज्य के जहांगीर द्वारा अत्याचार किया गया और उनकी हत्या कर दी गई। पांचवें गुरु की हत्या कर देने के बाद उनके बेटे गुरु हर गोबिंद ने उनकी जगह ली जिन्होंने सिख धर्म को मूलतः योद्धा धर्म बनाया। गुरु जी पहले ऐसे योद्धा थे जिन्होंने मुगल साम्राज्य को एक युद्ध में परास्त किया जो कि वर्तमान में गुरदासपुर में हरगोबिंदपुर है इस बिंदु के बाद सिख, अपनी सुरक्षा के लिए अपने आप को सैन्य बनाने के लिए मजबूर हुए. 16वीं सदी के बाद, 1665 में तेग बहादुर गुरु बने और 1675 तक सिखों का नेतृत्व किया। जब मुग़ल सम्राट द्वारा कश्मीरी पंडितों के इस्लाम न ग्रहण करने पर उन्हें मृत्यु दंड दिया जाने लगा तब कश्मीरी पंडितों के प्रतिनिधि ने तेग बहादुर से सहायता मांगी और हिन्दुओं की सहायता न करने के कारण औरंगजेब द्वारा ब्राह्मणो ने प्राण दंड दिलवा दिया गया। हिन्दू-सिख संघर्ष और मुगल-सिख संघर्ष किस प्रकार आपस में जुड़े हैं उसका यह प्रारम्भिक उदाहरण है।

1699 में, खालसा की स्थापना सिखों के अंतिम गुरू गुरु गोबिंद सिंह द्वारा की गई। गोबिंद सिंह द्वारा एक पूर्व तपस्वी को उन लोगों को दंडित करने का कर्तव्य सौंपा गया जिन्होंने सिखों को कष्ट पहुंचाया., गुरु की मृत्यु के बाद बाबा बंदा सिंह बहादुर सिख सेना के नेता बन गए और मुगल साम्राज्य पर कई हमलों के लिए वे जिम्मेदार थे। इस्लाम ग्रहण कर लेने पर क्षमा दान की पेशकश को ठुकरा देने के बाद जहांदार शाह द्वारा उन्हें मृत्यु दंड दिया गया। 17वीं और 18वीं शताब्दी के दौरान मुगल सत्ता का ह्रास होने लगा और उसी दौरान सिख महासंघ और बाद में सिख साम्राज्य की ताकत बढ़ने लगी, जिसके परिणामस्वरूप संतुलित शक्ति का निर्माण हुआ जिसने सिखों को अधिक हिंसा से रक्षा की। 1849 के आंग्ल-सिख द्वितीय युद्ध के बाद सिख साम्राज्य को ब्रिटिश भारतीय साम्राज्य में समाहित कर लिया गया।

1947 में भारत विभाजन के दौरान विशाल जनसंख्या का आदान-प्रदान हुआ और पंजाब का ब्रिटिश भारतीय प्रांत दो भागों में विभाजित हुआ और पश्चिमी भागों को पाकिस्तान के डोमिनियन को दिया गया, जबकि पूर्वी भागों यूनियन ऑफ इंडिया को दिया गया। 
5.3 मिलियन मुसलमान भारत से पाकिस्तान के पश्चिम पंजाब में चले गए, 3.4 मिलियन हिंदू और सिख पाकिस्तान से भारत के पूर्वी पंजाब में स्थानांतरित हुए., इतने बड़े पैमाने पर प्रवास और दोनों सीमाओं में होने वाले भीषण हिंसा और हत्या को रोकने में नवगठित सरकारें पूरी तरह से असमर्थ थीं। मोटे तौर पर मौतों की संख्या लगभग 500,000 थीं और मौतों की अनुमानित संख्या कम से कम 200,000 और अधिक से अधिक 1,000,000 थी।
पंजाब के अधिकतर सिख अपने आप के इस्लाम धर्म का हिस्सा मानते है, इसी कारण कोई प्रतिकुल प्रभाव नही पड़ा।न

समाजिक स्तरण
आलोचना
मुस्लिम-बौद्ध संघर्ष
मुगल-सिख संघर्ष