माउंट रशमोर अमेरिकी मूल निवासियों के बीच विवादास्पद है क्योंकि संयुक्त राज्य अमेरिका ने 1876-77 के ग्रेट सिउक्स युद्ध के बाद लकोटा जनजाति से इस क्षेत्र को जब्त कर ली है। 1868 की ट्रिटी ऑफ फोर्ट लरामी ने पहले ही लकोटा को ब्लैक हिल्स शाश्वत रूप प्रदान कर चुका था। अमेरिकी भारतीय आंदोलन के सदस्यों ने 1971 में स्मारक के दखलअंदाजी के लिए एक विद्रोह का नेतृत्व किया जिसका नाम "माउंट क्रेजी होर्स" था। भाग लेने वालों में युवा कार्यकर्ताओं, दादा दादी, बच्चें और लकोटा के पवित्र आदमी जॉन फायर लेम डियर थे जिन्होंने पर्वत के शीर्ष पर एक प्रार्थना स्टाफ का निर्माण किया था। लेम ने कहा कि स्टाफ की स्थापना राष्ट्रपतियों के चेहरों के लिए प्रतिकात्मक रूप से कफन है, जो तब तक गंदे रहेंगे जब तक ब्लैक हिल्स संबंधित संधि पूरा नहीं हो जाता.

2004 में पार्क के पहले मूल निवासी अमेरिकी अधीक्षक को नियुक्त किया गया था। जेरार्ड बेकर ने कहा है कि वे "व्याख्या के अवसरों" को और अधिक स्थापित करेंगे और वे चार राष्ट्रपति "केवल एक अवसर हैं और केवल एक मुद्दा है।

ब्लैक हिल्स के अन्य स्थानों में भी क्रेजी होर्स मेमोरियल की स्थापना एक प्रसिद्ध मूल अमेरिकी नेता को श्रद्धांजलि देने और माउंट रशमोर की प्रतिक्रिया के रूप में निर्माण किया गया। इसे माउंट रशमोर से भी बड़ा बनाने का इरादा था और लकोटा के प्रमुख से सहायता प्राप्त था; क्रेजी हार्स मेमोरियल फाउंडेशन ने 0}संघीय धन की पेशकश को अस्वीकार कर दिया। बहरहाल इसी तरह यह स्मारक विवाद का विषय है, यहां तक कि अमेरिकी समुदाय के मूल निवासी के भीतर भी.

यह स्मारक भी विवाद को भड़काती है क्योंकि कुछ लोग यह आरोप लगाते हैं कि स्पष्ट भाग्य के विचार द्वारा इसमें नस्लीय श्रेष्ठता का विषय अन्तर्निहित है। बोरग्लम द्वारा भारतीय भूमि के अधिग्रहण समय के दौरान सक्रिय चार राष्ट्रपतियों के नक्काशी पर्वत पर की गई है। गुटज़ोन बोरग्लम स्वयं को विवादित करते हैं क्योंकि वे कू क्लूस क्लान के एक सक्रिय सदस्य थे।

2009 में लेखक इवान अलंड ने "रिकार्विंग रशमोर: रैंकिंग द प्रेसिडेंट ऑन पिस, प्रोस्पेरिटी, एण्ड लिबर्टी" को जारी किया था, एक पुस्तक जिसमें स्मारक के चार राष्ट्रपतियों में से तीन की अध्यक्षता की पूनर्मूल्यांकन की वकालत करता है।

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