अधिकांश शहरी और कई ग्रामीण क्षेत्र अब मानव अपशिष्ट को बाह्यगृह, सेप्टिक और/या हनी बकेट प्रणाली के माध्यम से सीधे भूमि पर नहीं छोड़ते, बल्कि ऐसे अपशिष्ट को पानी में जमा करते हैं और सीवर प्रणालियों के माध्यम से घरों से बहा देते हैं। इंजीनियर और वैज्ञानिक इस अपशिष्ट पदार्थ को, जहां लोग रहते हैं और अपशिष्ट उत्पन्न करते हैं वहां से दूर ले जाने के लिए संग्रह और उपचार प्रणाली विकसित करते हैं और इसे वातावरण में मुक्त करते हैं। विकसित देशों में, इस अपशिष्ट को किसी नदी, झील, या समुद्र प्रणाली में मुक्त करने से पहले इसके उपचार और विषहरण के लिए पर्याप्त संसाधनों को लगाया जाता है। विकासशील देश ऐसी प्रणाली विकसित करने हेतु संसाधन प्राप्त करने के लिए प्रयासरत हैं ताकि वे अपने सतही जल की गुणवत्ता में सुधार ला सकें और जल जनित संक्रामक रोग के जोखिम को कम कर सकें.
अपशिष्ट उपचार की कई प्रौद्योगिकी मौजूद हैं। एक अपशिष्ट उपचार ट्रेन में, ठोस और तैरती सामग्री को हटाने के लिए प्राथमिक विशुद्धक शामिल होता है, एक द्वितीयक उपचार प्रणाली जिसमें शामिल है वातन बेसिन जिसके बाद ऊर्णन (फ्लोक्युलेशन) और अवसादन या एक सक्रिय कीचड़ प्रणाली और एक द्वितीयक विशुद्धक, एक तृतीयक जैविक नाइट्रोजन हटाने की प्रणाली और अंततः एक कीटाणुशोधन प्रक्रिया. वातन बेसिन/सक्रिय कीचड़ प्रणाली बैक्टीरिया के विकास द्वारा जैविक पदार्थ को हटाता है (सक्रिय कीचड़). द्वितीयक विशुद्धक पानी से सक्रिय कीचड़ हटाता है। तृतीयक प्रणाली जो, हालांकि लागत के कारण हमेशा शामिल नहीं की जाती, नाइट्रोजन और फास्फोरस को हटाने के लिए अधिक प्रचलित हो रही है और किसी सतही जल धारा या समुद्र मुहाने में पानी को छोड़ने से पहले उसे कीटाणुरहित करती है।

पर्यावरण इंजीनियरिंग का विकास
अपशिष्टजल वाहन और उपचार
जल आपूर्ति और उपचार
पर्यावरण प्रभाव मूल्यांकन और शमन