माइकल सेरिक को £14 मिलियन में रॉय कियेन के प्रतिस्थापन के रूप में हस्ताक्षर किया गया था, हालांकि उनके प्रदर्शन और परिणाम के आधार पर भविष्य में £ 18.6 मिलियन बढ़ने की संभावना थी। यूनाइटेड ने काफी अच्छी शुरुआत की और जीवन में पहली बार प्रीमियर लीग के पहले चार मैचों में जीत हासिल की. वे प्रीमियर लीग के शुरुआत में ही अपने को शीर्ष स्थान को कायम कर चुके थे और उस सीज़न के दसवें मैच से 38 मैच तक वे अपने को शीर्ष स्थान को बनाए रखा था। जनवरी 2006 के हस्तांतरण कै से टीम के प्रदर्शन में काफी प्रभाव पड़ा था; पेट्रिक एवर और नेमंजा विडिक वापस अपने फॉर्म में आने से और पहले से मौजुद रियो फरडिनांड और कप्तान गैरी नेविल खिलाड़ियों के मेल से एक ठोस बैक लाइन बन गई। माइकल सेरिक के हस्ताक्षर को लेकर मीडिया में खलबली मच गई थी और मीडिया द्वारा काफी पूछताछ ओर आलोचना की गई थी, जिसने यूनाइटेड के मिडफिल्ड में काफी सुधार और रचनात्मकता उत्पन्न किया था और पॉल स्कोल्स के साथ प्रभावशाली साझेदारी का निर्माण किया। पार्क जी सुंग और रयान गिग्स दोनों अपनी महत्वपूर्ण रफ्तार और वायनो रॉने और क्रिस्चियानो रोनाल्डो के साथ हमले में तीक्ष्णता के कारण मुख्य टीम के स्कावड में अपनी उपयोगिता को रेखांकित किया।

फर्ग्यूसन ने 6 नवम्बर 2006 को मैनचेस्टर यूनाइटेड के प्रबंधक के रूप में नियुक्ति की 20वीं वर्षगांठ मनाई. इस अवसर पर फर्ग्यूसन के वर्तमान और पूर्व खिलाड़ियों ने उन्हें उपहार देकर सम्मानित किया साथ ही साथ उनके पुराने विरोधी अर्सेने वेंजर उनके पुराने कप्तान रॉय कियेन और वर्तमान खिलाड़ियों ने भी उन्हें ढ़ेर सारी बधाइयां दी. हालांकि पार्टी का मजा अगले ही दिन खराब हो गई थी जब कार्लिग कप के चौथे राउंड में साउथएंड के हाथों यूनाइटेड एक गोल से मैच हार गई थी। हालांकि 1 दिसम्बर को यह घोषणा की गई थी कि मैनचेस्टर यूनाइटेड ने 35 वर्षीय हेनरिक लार्सॉन को ऋण पर हस्ताक्षर किया था एक ऐसा खिलाड़ी जिसकी प्रशंसा एलेक्स फर्ग्यूसन ने कई वर्षों तक किया था और उसे अपनी टीम में शामिल करने के लिए इससे पहले काफी प्रयास भी किया था। 23 दिसम्बर 2006 में एस्टॉन विल्ला के खिलाफ एक मैच में क्रस्चियानो रोनाल्डो ने फर्ग्यूसने के संचालन में क्लब के 2000 नंबर का गोल मारा.

बाद में मैनचेस्टर यूनाइटेड ने अपने नौवें प्रीमियर लीग खिताब को जीता लेकिन चेल्सिया के डिडिएर ड्रोग्बा के FA कप के फाइनल में वेम्बली पर देर से गोल करने के द्वारा अस्वीकार कर दिया गया। अगर यूनाइटेड यह मैच जीत लेता था तो वे पहले इंगलिश क्लब होते जो चार बार डबल जीत को पा लेते. चैंपियंस लीग में क्लब ने क्वार्टर फाइनल के पहले चरण में रोमा को 7-1 से हराकर रिकॉर्ड जीत हासिल करते हुए सेमी फाइनल में पहुंचा लेकिन सेमी फाइनल के पहले चरण में 3-2 से जीत के बाद सेमी फाइनल के दूसरे चरण में सेनसिरो में मिलान से 3-0 से हार गया था।

2007-08 के सीज़न के लिए फर्ग्यूसन ने यूनाइटेड के मुख्य टीम को मजबूत बनाने के लिए कुछ महत्वपूर्ण हस्ताक्षर किया। लंबी अवधि से लक्षित बेयर्न मुनिच से ओवेन हरग्रिवेस को काफी मोल तोल के बाद वर्ष के अंत में टीम में शामिल किया गया। इसके अलावा फर्ग्यूसन ने मिडफिल्ड में सुधार करने के लिए पुर्तगाल के युवा पार्श्व खिलाड़ी नानी और ब्राजील के प्लेमेकर एंडरसन को टीम में शामिल किया। पिछली गर्मियों में जटिल और लम्बे हस्ताक्षर आख्यान के बाद वेस्ट हेम यूनाइटेड और अजेन्टिना स्ट्राइकर कार्लोस टेवेज़ को हस्ताक्षर किया गया।

फर्ग्यूसन के संचालन में यूनाइटेड की सीज़न की शुरुआत काफी खराब रही और यूनाइटेड के अपने शुरुआती दो मैच खेलने से पहले वे अपने प्रतिद्वंदी मेनचेस्टर सिटी से 1-0 के हार से पीड़ित थे। हालांकि यूनाइटेड ने वापसी की और खिताब के लिए अर्सेनल से ठोस मुकाबला की शुरुआत हुई. टीम का प्रदर्शन बेहतर होने के बाद फर्ग्यूसन ये दावा किया कि मेनचेस्टर यूनाइटेड में अब तक का ये सबसे अच्छा स्क्वाड है और वे इस प्रकार के स्क्वाड के लिए कई वर्षो से प्रयास कर रहे थे।

16 फ़रवरी 2008 को ओल्ड ट्रेफोर्ड में FA कप के पांचवे राउंड में यूनाइटेड ने अर्सेनल को तो हरा दिया था लेकिन 8 मार्च को संभावित विजेता पोर्ट्समाउथ से छठे राउंड में अपने ही देश में 1-0 से टीम हार गई। यूनाइटेड के पास पेनाल्टी दावा का मौका था लेकिन उन्हें नहीं मिला जिसके चलते मैच के समाप्त हो जाने के बाद फर्ग्यूसन ने आरोप लगाते हुए कहा कि प्रोफेशनल गेम मैच ऑफिसियल बोर्ड के महाप्रबंधक केथ हेकेट "अपने कार्य को ठीक से नहीं कर रहे हैं". बाद में FA द्वारा अनुचित आचरण के साथ फर्ग्यूसन को आरोपित किया गया था जिसका उन्होंने विरोध करने का फैसला किया। इस सीज़न में फर्ग्यूसन पर दूसरी बार आरोपित किया गया था, रेफरी पर शिकायतों के बाद यूनाइटेड, बोल्टोन वेंडेरर्स से 1-0 से हार गई - और उसके बाद उन्होंने विरोध नहीं करने का फैसला किया।

यूरोपियन कप विनर्स कप में रियल मेड्रिड के खिलाफ एबर्डीन का नेतृत्व यूरोपियन कीर्ति के लिया था ठीक उसके 25 वर्ष के बाद 11 मई 2008 को फर्ग्यूसन ने दसवें प्रीमियर लीग खिताब का नेतृत्व किया। निकटतम प्रतिद्वंद्वी चेल्सिया - अंकों में बराबरी के चलते मैचों के अंतिम राउंड में जाने लगा लेकिन एक अप्रधान गोल अंतर के साथ - अपने देश वोल्टोन में 1-1 से ड्रा ही करा सका और अंततः चैंपियन से दो अंक पीछे रहा.
21 मई 2008 में फर्ग्यूसन ने मेनचेस्टर यूनाइटेड के साथ अपना दूसरा यूरोपियन कप जीता चूंकि सबसे पहले पूर्ण-इंग्लिश UEFA चांपियंस लीग फाइनल में अतिरिक्त समय में 1-1 से ड्रा होने के बाद उन्होंने मास्को के लुज़निकी स्टेडियम में पेनाल्टीज में चेल्सिया को 6-5 हरा दिया. क्रिस्चियानो रोनाल्डो द्वारा एक पेनाल्टीज चूक जाने का मतलब जॉन टेरी का स्पोट-किक चेल्सिया को ट्रॉफी दिला सकती थी लेकिन टेरी ने ये सुनहरा मौका गंवा दिया और अंत में एडविन वेन डेर सार का निकोलस अनेल्का द्वारा मारे गए पेनाल्टीज को सफलता पूर्वक रोकने के कारण फर्ग्यूसन के संचालन में दूसरी बार के लिए ट्रॉफी मेनचेस्टर यूनाइटेड के पास आ गई और समग्र रूप से तीसरी बार मेनचेस्टर यूनाइटेड ने प्रतियोगिता जीता था।

2007-08 UEFA चैंपियंस लीग जीतने के बाद फर्ग्यूसन ने कहा था उनका मेनचेस्टर यूनाइटेड छोड़ने का इरादा अगले तीन साल के भीतर होगा. एलेक्स फर्ग्यूसन के लंबित सेवानिवृत्ति के बारे में मैनचेस्टर यूनाइटेड के मुख्य कार्यकारी अधिकारी डेविड गिल ने जल्दी से अटकलो को शांत किया।

यद्यपि 2008-09 के सीज़न में टीम की शुरुआत धीमी रही लेकिन यूनाइटेड एक मैच को छोड़कर प्रीमियर लीग के विजेता बने जिसके कारण इंगलिश फुटबॉल के इतिहास में फर्ग्यूसन पहले ऐसे प्रबंधक बने जिन्होंने दो अलग-अलग अवसरों पर लगातार तीसरी बार प्रीमियर लीग जीता. फर्ग्यूसन ने मेनचेस्टर के साथ उस वक्त तक 11 लीग खिताब अपने नाम किया और 2008-09 के सीज़न की सफलता ने उन्हें लीग चैंपियंस के रूप में कुल 18 अवसर के रिकॉर्ड पर लीवरपुल के साथ समान कर दिया था। उनेहोंने 2009 के चैंपियंस लीग का फाइनल FC बार्सेलोना के खिलाफ 27 मई 2009 में खेला और 2-0 से हार गए थे।

प्रस्तुति समारोह के बाद फर्ग्यूसन ने स्वीकार किया कि वे तब तक यूनाइटेड के साथ जुड़े रहेगे जब तक उनका स्वास्थ्य उन्हें अनुमति देगा और साथ ही उन्होंने कहाकि एक बार और इसे जीतने में खुशी होगी. इस जीत के साथ ही यूनाइटेड का कुल जीत उसके प्रतिद्वंद्वी लीवरपुल से एक अधिक जीत थी और वे पूर्ण रूप से सबसे आगे हो गए।

11 अक्टूबर 1999 को एलेक्स फर्ग्यूसन के टीम में उनके योगदान के लिए एक विशेष सम्मानजनक मैच खेला गया। मैनचेस्टर यूनाइटेड ने दुनिया भर के अनेक उल्लेखनीय खिलाड़ियों की वर्ल्ड XI के खिलाफ एक मैच खेला। 

दूसरा यूरोपीय ट्रॉफी
प्रबंधकीय
टाइटल हैटट्रिक
विरासत