डाउन सिंड्रोम वाले नवजात शिशुओं में जन्मजात हृदय रोग की दर लगभग 40% है। हृदय रोग वाले लोगों में से लगभग 80% में एट्रियोवेंट्रिकुलर सेप्टल दोष या वेंट्रिकुलर सेप्टल दोष होता है जिसमे  पूर्व अधिक आम होता है। मित्राल वाल्व की समस्या उम्र के साथ आम होती जाती है, यहां तक ​​कि उन लोगों में भी जिनमे जन्म के साथ दिल की कोई समस्या नहीं होती । हो सकता है कि अन्य समस्याओं में फ़ॉलोट और पेटेंट डक्टस आर्टेरिओसोस के टेट्रालजी शामिल हो। डाउन सिंड्रोम वाले लोगों में धमनियों के सख्त होने का कम जोखिम होता हैI
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