आईबीएस के समर्थन में एक अनुसंधान किया जा रहा है जो एक ऐसे संक्रिय संक्रमण की वजह से होता है जिसका अब तक पता नहीं लगाया गया है। सबसे हाल ही में, एक अध्ययन में पाया गया कि, आई.बी.एस. मरीजों के लिए रिफैक्सिमिन (Rifaximin) एंटीबायोटिक, निरंतर राहत प्रदान करता है। जबकि कुछ शोधकर्ताओं ने इसे सबूत के रूप देखा कि आई.बी.एस. एक अनदेखे ऐजेन्ट से सम्बन्धित है, दूसरों का विश्वास है कि आई.बी.एस. रोगी आंत्र फ्लोरा (intestinal flora) की अतिवृद्धि से पीड़ित हैं और एंटीबायोटिक अतिवृद्धि (जो छोटी इन्टेस्टाइनल जीवाणुज अतिवृद्धि रूप में जाना जाता है) को कम करने के लिये प्रभावी है। अन्य शोधकर्ताओं ने आई.बी.एस. के कारण के रूप में एक अपरिचित प्रोटोजोआ संक्रमण पर ध्यान केंद्रित किया को है जैसे कि कुछ प्रोटोजोअल (protozoal) संक्रमण IBS रोगियों में नित्य उत्पन्न होते रह्ते हैं। दो प्रोटोजोआ की जांच की गयी जो औद्योगिक देशों में उच्च व्याप्ति रखते हैं और आंत्र को संक्रमित करते हैं, लेकिन उनके बारे में कम ही जाना गया है क्योंकी वे रोगज़नक़ हाल ही में उभरे हैं।

ब्लास्टोसाइस्टिस (Blastocystis) एक एकल कोशीय जीव है जिसके बारे में बताया गया है की वह रोगियों में उदर दर्द, कब्ज़ और दस्त के लक्षण उतपन्न करते हैं यद्यपि कुछ चिकित्सकों ने इन रिपोर्टों को चुनौती भी दी. विभिन्न देशों में शोध अस्पतालों में किए गए अध्ययनों से आईबीएस रोगियों में उच्च ब्लास्टोसाइस्टिस (Blastocystis) संक्रमण दर का पता चला है जिसमें से 38% लन्दन स्कूल ऑफ़ हाइजीन एण्ड ट्रॉपिकल मेडिसिन से, 47% पाकिस्तान के आगा खान विश्वविद्यालय के जठरांत्र विज्ञान विभाग से और 18.1% इटली के ऐन्कोना विश्वविद्यालय के इंस्टिट्यूट ऑफ़ डिज़ीज़ेज़ एण्ड पब्लिक हेल्थ से होने की खबर मिली थी। सभी तीन समूहों की रिपोर्टें, गैर आई.बी.एस. (IBS) रोगियों में ब्लास्टोसाइस्टिस (Blastocystis) की लगभग 7% व्यापकता का संकेत देती हैं। शोधकर्ताओं ने उल्लेख किया है कि नैदानिक निदान, संक्रमण की पहचान करने के लिए विफल रह्ते हैं और ब्लास्टोसाइस्टिस (Blastocystis) आम प्रोटोजोआ विरोधी इलाज के लिये प्रतिक्रिया नहीं देता है।

डाएंटमीबा फ़्राजिलिस (Dientamoeba fragilis), एक एकल कोशीय जीव है जो दस्त और पेट दर्द पैदा करता है। विकसित देशों में अध्ययन में संक्रमण की उच्च घटनाओं की सूचना दी है और निम्नलिखित एंटीबायोटिक उपचार के अनुसरण से रोगियों के लक्षणों का समाधान हो जाता है। आई.बी.एस (IBS) की तरह लक्षणों वाले रोगियों, जो फ़्राजिलिस डाएंटमीबा (fragilis Dientamoeba) के द्वारा संक्रमित पाए गए थे और उपचार का अनुसरण करने पर लक्षणों का समाधान अनुभव किया था, के एक बड़े समूह पर किये गये एक अध्ययन में सूचित किया गया। शोधकर्ताओं के अनुसार चिकित्सकीय दृष्टि से इस्तेमाल किए जाने वाले तारिकों से डाएंटमीबा फ़्राजिलिस (Dientamoeba fragilis) के कुछ संक्रमणों का पता लगाने में कामयाबी नहीं मिल सकती है। यह आई.बी.एस. (IBS) रहित लोगों में भी मिला है।

वर्गीकरण (Classification)
सक्रिय संक्रमण
गलत निदान (Misdiagnosis)
इतिहास