सूक्ष्मजीव जनसंख्या आनुवांशिकी शोध का एक अन्य तेज़ी से बढ़ता क्षेत्र है, जिसकी प्रासंगिकता वैज्ञानिक शोधों के अनेक अन्य सैद्धांतिक व प्रायोगिक क्षेत्रों में है। सूक्ष्मजीवों की जनसंख्या आनुवांशिकी एंटीबायोटिक प्रतिरोध तथा अत्यधिक संक्रामक रोगाणुओं के विकास का निरीक्षण करने के लिये आधार का निर्माण करती है। सूक्ष्मजीवों की जनसंख्या आनुवांशिकी लाभकारी सूक्ष्मजीवों के संरक्षण और बेहतर उपयोग के लिये रणनीतियां बनाने के लिये भी एक आवश्यक कारक है (ज़ू (Xu), 2010).

सूक्ष्मजीव जनसंख्या आनुवांशिकी
आधुनिक विकासमूलक संश्लेषण
जनसंख्या आनुवांशिकी
दायरा और सैद्धांतिक विचार