ISO 9001 की एक आम आलोचना पंजीकरण के लिए आवश्यक धनराशि, समय और कागजी कार्यवाही है। बार्न्स के अनुसार, "विरोधियों का दावा है कि यह केवल प्रलेखन के लिए है। समर्थकों का मानना है कि अगर एक कंपनी ने अपनी गुणवत्ता प्रणालियों को प्रलेखित किया है, तो अधिकांश कागजी कार्यवाही पहले से ही पूरी हो चुकी है।" 

ISO 9001 किसी भी तरह से इस बात का संकेत नहीं है कि इसकी प्रमाणित प्रणालियों के इस्तेमाल से उत्पादित उत्पाद किसी भी तरह से अच्छे हैं। एक कंपनी ख़राब गुणवत्ता वाले उत्पाद का उत्पादन करने का इरादा कर सकता है और लगातार एवं उचित प्रलेखन के साथ इस पर ISO 9001 का मोहर लगा सकता है। सेड्डन के अनुसार, ISO 9001 समझ और सुधार के बजाय विनिर्देशन, नियंत्रण और कार्यप्रणालियों को बढ़ावा देता है। वेड का तर्क है कि ISO 9000 एक दिशानिर्देश के रूप में प्रभावी है, लेकिन इसे एक मानक के रूप में बढ़ावा देने पर "यह कंपनियों की सोच को गुमराह करने में मदद करता है कि प्रमाणन का मतलब बेहतर गुणवत्ता है, ... [खोखली बातें हैं] 
जिससे संगठन को अपने खुद के गुणवत्ता मानकों को स्थापित करने की आवश्यकता होती है।" सविस्तार के तौर पर, वेड का तर्क है कि ISO 9001 के विनिर्देशनों पर भरोसा करने से एक सफल गुणवत्ता प्रणाली की गारंटी नहीं मिलती है।

अंतर्राष्ट्रीय स्तर पर मान्यता प्राप्त होने पर भी ज्यादातर अमेरिकी उपभोक्ता ISO 9000 के बारे में जानते नहीं हैं और यह उनके लिए कोई महत्व रखती है। प्रमाणित करने और उसके बाद प्रमाण पत्र का रखरखाव करने की अतिरिक्त लागत को उचित नहीं ठहराया जा सकता है अगर उत्पाद के अंतिम उपयोगकर्ताओं को ISO 9000 की आवश्यकता नहीं है। वास्तव में इस लागत से एक कंपनी को एक गैर ISO 9000 प्रमाणित कंपनी के खिलाफ प्रतिस्पर्धा करते समय एक प्रतिस्पर्धात्मक नुकसान का सामना करना पड़ सकता है। 

इस मानक को खासकर विफलता के खतरे के रूप में देखा जाता है जब एक कंपनी की रुचि गुणवत्ता से पहले प्रमाणन में हो. वास्तव में प्रमाणन अक्सर गुणवत्ता में सुधार लेने की इच्छा के बजाय ग्राहक के संविदात्मक आवश्यकताओं पर आधारित होते हैं। "यदि आप केवल दीवार पर प्रमाण पत्र देखना चाहते हैं, तो हो सकता है, आप एक ऐसी कागजी प्रणाली का निर्माण करेंगे जिसके लिए आपको ज्यादा कुछ करने की जरूरत नहीं है जिस तरह से आप अपने व्यवसाय को चलाना चाहते हो," ISO के रोजर फ्रॉस्ट ने कहा. एक स्वतंत्र लेखा परीक्षक द्वारा प्रमाणन को अक्सर एक समस्या क्षेत्र के रूप में देखा जाता है और बार्न्स के अनुसार "परामर्श सेवाएं बढ़ाने का एक माध्यम बन गया है।" वास्तव में, ISO खुद सलाह देता है कि ISO 9001 को प्रमाणन के बिना, केवल गुणवत्ता के लाभ के लिए जिसे हासिल किया जा सकता है, लागू किया जा सकता है।

एक और सूचित समस्या कई प्रमाणन निकायों के बीच की प्रतिस्पर्धा है, जो एक फर्म की गुणवत्ता प्रणाली के परिचालन में देखे गए दोषों के एक सहज दृष्टिकोण तक ले जाता है।

अब्राहमसन की दलील थी कि फैशनबल प्रबंधन संवाद, जैसे - गुणवत्ता के दायरे, में घंटी की वक्रता के रूप में एक जीवन-चक्र का अनुसरण करने की प्रवृत्ति होती है जो शायद एक प्रबंधन सनक का संकेत है।

सारांश
वर्ष 1987 का संस्करण
समस्याएं
प्रभावशीलता