स्तनपायियों में एमएचसी (MHC) स्थल आनुवंशिकतः सबसे अधिक परिवर्तनशील कूट स्थल में शामिल हैं और मानव एचएलए (HLA) स्थल भी कोई अपवाद नहीं हैं। इस सबूत के बाद भी कि मानव जनसंख्या 150000 वर्षों से भी पहले एक संकुचन से गुजरी थी जो कई स्थलों को तय करने में समर्थ था, एचएलए (HLA) स्थल ऐसे संकुचन से बड़ी मात्रा में भिन्नता के साथ बच निकले प्रतीत होते हैं। उपर्लिखित 9 स्थल में से, अधिकांश ने प्रत्येक स्थल के लिये एक दर्जन या उससे अधिक युग्मविकल्पी-समूहों को संभाले रखा है, जो मानव स्थलों के विशाल समुदाय की अपेक्षा काफी अधिक परिरक्षित परिवर्तन है। यह इन स्थलों के लिये भिन्नयुग्मक या संतुलनकारक चुनाव के गुणक के अनुकूल है। उसके अलावा, कुछ एचएलए (HLA) स्थल मानव जीनोम में सबसे अधिक तेजी से क्रमविकास कर रहे कूट क्षेत्रों में शामिल हैं। विविधीकरण की एक विधि के बारे में दक्षिण अमेरिका की अमेजोनियन जातियों के एक अध्ययन में पता चला है, जिनमें प्रत्येक जीन वर्ग में परिवर्तनशील युग्मविकल्पियों और स्थलों के बीच तीव्र जीन परिवर्तन
हुआ लगता है। कम संख्या में एचएलए (HLA) जीनों के जरिये लंबे दायरे के उत्पादक पुनर्संयोजन देखे गए हैं, जिनसे द्विदेहांशी जीनों का उत्पादन होता है।

पांच स्थलों के 100 से अधिक युग्मविकल्पी हैं जो मानव आबादी में पाए गए हैं, जिनमें से सबसे अधिक परिवर्तनशील हैं, एचएलए (HLA) बी (B) और एचएलए (HLA) डीआरबी1 (DRB1). 2004 तक निश्चित किये गए युग्मविकल्पियों को नीचे दी गई तालिका में अनुसूचित किया गया है। इस तालिका को समझने के लिये यह मानना जरूरी है कि युग्मविकल्पी किसी स्थल पर न्यूक्लियोटाइड (डीएनए (DNA)) क्रम का एक भिन्न रूप होता है, इस तरह कि प्रत्येक युग्मविकल्पी अन्य सभी युग्मविकल्पियों से कम से कम एक स्थिति (एकल न्यूक्लियोटाइड पालिमार्फिज्म, एसएनपी (SNP)) में भिन्न होता है। ये परिवर्तन अधिकतर अमीनो एसिड सीक्वेंसों में एक परिवर्तन लाते हैं जिसके फलस्वरूप प्रोटीन में हल्की से लेकर बड़ी कार्यात्मक भिन्नताएं हो सकती हैं। 

कुछ बाते हैं जो इस परिवर्तन को सीमित करती हैं। कुछ युग्मविकल्पी जैसे डीक्यूए1*0501 (DQA1*0505) और डीक्यूए1*0505 (DQA1*0505) समान रूप से तैयार किये गए उत्पादनों वाले प्रोटीनों को अनुकूटित करते हैं। अन्य युग्मविकल्पी जैसे डीक्यूबी1*0201 (DQB1*0201) और डीक्यूबी1*0202 (DQB1*0202) ऐसे प्रोटीनों का उत्पादन करते हैं जो कार्यात्मक रूप से समान होते हैं। वर्ग II (डीआर (DR), डीपी (DP) और डीक्यू (DQ)) के लिये, ग्राहक के पेप्टाइड बाइंडिंग फांक के भीतर के अमीनो एसिड भिन्नरूप भिन्न बाइंडिंग क्षमता वाले अणुओं का उत्पादन करते हैं।

प्रकार्य
वर्गीकरण
नामावली
विविधजन्यता