10 अक्टूबर 2006 में शिवसेना और राज ठाकरे की नेतृत्व वाली महाराष्ट्र नवनिर्माण सेना के समर्थकों के बीच टकराव उभर आया। यह आरोप लगाया गया कि MNS के कार्यकर्ताओं ने मुंबई में SIES कॉलेज के पास शिवसेना प्रमुख बाल ठाकरे की फोटो वाले पोस्टर फाड़े. इसके बाद प्रतिशोद में ये आरोप लगाया गया के शिवसेना कार्यकर्ताओं ने सेना भवन के पास दादर में राज ठाकरे की फोटो वाले होर्डिंग नीचे उतारे. जैसे ही इस घटना की खबर फैली लोगों के समूह शिवसेना भवन के सामने इकठ्ठा हुए और एक दुसरे पर पथराव शुरू कर दिया। इस घटना में एक सिपाही घायल हो गया और दोनों दलों के कई समर्थक भी घायल हुए. इस स्थिति को सामान्य करने के लिए पुलिस ने भीड़ पर आंसू गैस के गोले दागे. अंततः पुलिस कार्यवाही और मौके पर उद्ध्व ठाकरे और उनके चचेरे भाई राज ठाकरे की मौजूदगी से स्थिति काबू में आ गई। उद्ध्व ने सेना कार्यकर्ताओं से अपील की, कि वह घर चले जाएं. उन्होंने कहा:

"पुलिस आवश्यक कार्रवाई करेगी. यह इसलिए हो रहा है क्यों कि बहुत से लोग MNS छोड़ कर हमारे साथ शामिल हो रहे हैं। दलबदल शुरू हो चुका है और यही वजह है कि वह ऐसे कारनामों का सहारा ले रहे हैं।"

शिव सेना के विभाजन प्रमुख मिलिंद वैध ने कहा कि उन्होंने घटना में शामिल एक MNS कार्यकर्ता के खिलाफ स्थानीय पुलिस में शिकायत दर्ज कराई है। MNS के महासचिव प्रवीण डारेकर ने बहरहाल इस का कारण SIES कॉलेज की स्थानीय निकाइयों के चुनावों पर डाल दिया। उन्होंने आरोप लगाया कि शिव सेना को कोलेजों पर अपनी पकड़ खोने का डर है और इसिलए वह इस मुद्दे को रंग दे रहे हैं, साथ ही यह भी कि शिव सेना के इलज़ाम बेबुनियाद हैं। राज ठाकरे का दावा है कि MNS तस्वीरें नहीं फाड़ सकता है, कियोंकि बाल ठाकरे का वह और उनके सदस्य बहुत आदर करते हैं।
"उत्तरभारतीयों" के खिलाफ बाल ठाकरे द्वारा दिए गए टिप्पनिओं पर कुछ MP द्वारा नोटिस जारी करने पर एमएनएस प्रमुख राज ठाकरे ने कहा कि वह कभी UP और बिहार के किसी राजनितिक नेता को मुंबई में नहीं आने देंगे अगर संसदीय समिति ने बाल ठाकरे के summon पर जोर दिया। इस पर विपरीत प्रतिक्रिया देते हुए बाल ठाकरे ने अपने भतीजे राज को "पीठ पर वार करने वाला" कहा और उनके अहसान से साफ़ मना कर दिया।

शिव शेना (SS) और एमएनएस कार्यकर्तायों ने छुट्टियों में नवरात्रि के पोस्टर जारी करने को लेकर ओशिवारा के आनंद नगर में भी टकराव किया। SS पार्षद राजुल पटेल ने कहा के MNS कार्यकर्ताओं ने विशाल होअर्दिंग्स लगाया और लोगों से उन्हें हटाने के लिए पैसे मांगने लगे। लोगों ने हम से शिकायत की और हमने आपत्ति जताई. इसकी वजह से हाथापाई हो गई। MNS विभाग प्रमुख मनीष धुरी ने बदले में कहा कि शिव सैनिक हमारी लोप्रियता से जलते हैं। रविवार दोपहर को शिव सैनिकों कि एक भीड़ उस जगह पर आई और वे हामारे द्वारा लगाए गए पोस्टर उतारने लगे। हमने इस पर आपत्ति जताई. दुर्भागयावाश, एक MNS कार्यकर्ता गंभीर रूप से घायल हो गया।

=== अबू आज़मी को सबक
9 नवम्बर 2009 को समाजवादी पार्टी के नेता अबू आज़मी को सबक दि गई और MNS के विधायक द्वारा उन्हें हिन्दिमे में शपत लेने से रोका गया। और यह सही किय इस घटना के परिणामस्वरूप महाराष्ट्र विधान सभा के अध्यक्ष ने इस मार पीट में शामिल MNS के 4 MLA को 4 साल के लिए निलंबित कर दिया। जो बिल्कुल गलत था मुंबई और नागपुर में विधान सभा बैठक के दौरान उनके प्रवेश पर भी रोक लगा दी गई। निलंबित विधायक थे राम कदम, रमेश वान्जले, शिशिर शिंदे और वसंत गीते.

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