प्रतापगढ़ जिला समुद्र तल से औसतन १६१० फीट या ५८० मीटर की ऊँचाई पर बसा है और कहा यह जाता है कि ऊँचाई की दृष्टि से राजस्थान में माउन्ट आबू के बाद सर्वाधिक ऊँचाई वाला यही जिला है। न यहां-पश्चिमी राजस्थान के बाड़मेर जैसा दहकता हुआ रेगिस्तान है, न चूरु जैसे शहरों सी कड़ाके की ठंड! स्थानीय जलवायु मनभावन समशीतोष्ण है।
पुराने प्रतापगढ़ राज्य के उत्तर में ग्वालियर, दक्षिण में रतलाम, पश्चिम में मेवाड़ (उदयपुर) और बांसवाड़ा) पूर्व में जावरा/ मन्दसौर और नीमच के राज्य और जिले थे।

भारतीय उपमहाद्वीप की सर्वाधिक प्राचीन पर्वतमाला अरावली और मालवा के पठार की संधि पर अवस्थित राजस्थान के इस जिले के भूगोल में अरावली और मालवा दोनों की ही भौगोलिक-विशेषताएँ एक साथ पहचानी जा सकती हैं।

पुराने दस्तावेजों के अनुसार "जाखम, शिव, एरा, रेतम और करमोई मुख्य नदियाँ थीं। ३० ग्रामीण तालाबों के अलावा यहाँ ‘तेजसागर’ नामक प्रमुख तालाब था।" जाखम, माही और सिवाना यहाँ की तीन मुख्य नदियाँ हैं, छोटी-छोटी बरसाती नदियों के अलावा अन्य नदियों में सोम, एरा और करमोई नामक नदियाँ भी हैं, जो प्रायः ग्रीष्मकाल में सूख जाती हैं, पर पड़ौसी जिले बांसवाड़ा के विख्यात माही बांध में प्रतापगढ़ जिले की कई नदियों और प्राकृतिक जलधाराओं का पानी शामिल होता है।

जिले की औसत वार्षिक-वर्षा ८५६ से ९०० मिलीमीटर है, पर हर वर्ष इसमें हर बरस थोड़े-बहुत उतार-चढ़ाव देखे जाते रहे हैं। (उदाहरण के लिए २०१० में जिले की वर्षा का सालाना औसत ७९९ मिलीमीटर ही रहा था। भौगोलिक इतिहास के परिप्रेक्ष्य में देखें- तो सन १८९३ में यहाँ ६४ इंच बारिश हुई थी, तो सन १८९९ में महज़ ११ इंच!)" चित्तौडगढ़ के जिला गजेटियर के अनुसार "५ सितम्बर १९५५ को २४ घंटों के दौरान २७९.९ मिलीमीटर वर्षा का रिकॉर्ड प्रतापगढ़ के मौसम विभाग में दर्ज है".
यहाँ भूमि आम तौर पर उर्वरक काली मिट्टी (Black Cotton Soil) है, जो ज्वालामुखी-लावा से निर्मित है। जुलाई २०११ में प्रतापगढ़ के एक गंभीर शोधकर्ता "मदन वैष्णव" ने यह दावा किया था कि उन्होंने प्रतापगढ़ में लगभग २,५०० साल पहले हुए एक ज्वालामुखी विस्फोट के ठोस सूत्र ढूंढे हैं, "जिसके लावे की वजह से ही बहुत सारे गांवों की मिट्टी (भूमि) काली और लाल है।" 

प्राचीन भू-अभिलेख दस्तावेजों के आधार पर इस जिले में खेती की भूमि किस्में 'सिंचित', 'असिंचित-काली-भूमि, 'धामनी', 'कंकरोट', 'अडान' और 'बंजर-काली' थीं। 

छोटी सादडी के अलावा प्रतापगढ़ के बाकी चार उपखंड- प्रतापगढ़, अरनोद, पीपलखूंट और धरियावद 'वन-क्षेत्र' के अंतर्गत आरक्षित हैं, इसलिए जिले में बड़े या मध्यम-श्रेणी के उद्योगों को शुरू करने की संभावनाएं बहुत कम हैं। 'राजस्थान इंडस्ट्रीज़ एंड इन्वेस्टमेंट कोर्पोरेशन (रीको)" ने (प्रतापगढ़ शहर में) एक अलग औद्योगिक-क्षेत्र विकसित किया ज़रूर है, पर कल-कारखाने लगाने के इच्छुक उद्योगपतियों के अभाव में ये आज भी सुनसान पड़ा हुआ भूखंड है। 

खनन-कार्य की यहाँ इसीलिए अनुमति नहीं है कि जिले का ज़्यादातर हिस्सा वन श्रेणी में वर्गीकृत है, हालाँकि [छोटी सादडी]] के अलावा प्रतापगढ़ और धरियावद तहसील के चुनिन्दा भागों में "केल्साइट, डोलोमाइट, रेड ऑकर, सोप स्टोन, क्वार्ट्ज़, फेल्सपर" आदि का खनिज-उत्खनन होता है। यहाँ (कम मात्रा में) संगमरमर, इमारती-पत्थर, चूना-पत्थर (लाइम-स्टोन) आदि के कुछ भंडार भी हैं।

खनि-अभियंता कार्यालय, प्रतापगढ़ से प्राप्त आंकड़ों के अनुसार "धरियावद में ७५, छोटी साद्डी में ३० और प्रतापगढ़ में १० खानों को अनुज्ञापत्र दिए गए हैं, जिनके द्वारा क्रमशः ११७५ हेक्टेयर, १०९८ हेक्टेयर और ११ हेक्टेयर में संगमरमर, फेल्सपर, रेड-ऑकर और अन्य खनिज निकाले जा रहे हैं।"

प्रतापगढ़ जिले का कुल भौगोलिक क्षेत्रफल ४,११,७३६ हेक्टयर है, जिसमें से १,२०,९७६ हेक्टयर भाग सघन वनों से आच्छादित भूभाग है। यह राज्य के वन-औसत से कहीं अधिक है।
भौगोलिक दृष्टि से आरक्षित वन-क्षेत्र और कुल उपलब्ध भूमि का तहसीलवार क्षेत्रफल इस प्रकार है-

भूगोल
पर्यटन-स्थल
जिले के रूप में प्रतापगढ़
रीति-रिवाज