6 सितंबर 2007 को, "बायोशॉक" के एक्सबॉक्स 360 संस्करण ने एक अपडेट प्राप्त किया: "खेल की सामान्य स्थिरता को बढ़ाता है, विशेषतः ऑटोसेव को लोड करते समय. यह शत्रुओं द्वारा स्वास्थ्य केंद्रों का प्रयोग करने के तरीकों को भी बदलता है और मेनु लोड करते समय हल्की-सी ध्वनि का प्रभाव जोड़ता है।” प्रयोक्ताओं से कहा गया कि जब वे अगली बार खेल प्रारंभ करें, तो वे इस स्वचालित अपडेट को डाउनलोड कर लें। हालांकि, इस खेल में कुछ समस्याएं, जिनमें कभी-कभी खेल रूक जाने, बुरी फ्रेम-दर और यहां तक कि आवाज़ से जुड़े मुद्दे, उत्पन्न करने के लिये इस अपडेट की आलोचना भी की जाती रही है। शायद यह समस्या खेल की कैशिंग के साथ है और इसे प्रयोक्ता द्वारा ठीक किया जा सकता है।

4 दिसम्बर 2007 को, विण्डोज़ संस्करण के लिये एक पैच और एक्सबॉक्स 360 संस्करण के लिये एक शीर्षक अपडेट और मुफ्त डाउनलोड की जा सकने वाली सामग्री रिलीज़ की गई। सॉफ्टवेयर में त्रुटियों को सुधारने के अतिरिक्त, यह पैच/नई सामग्री एक क्षैतिज-दृश्य का विकल्प, नये प्लास्मिड और वीटा चेम्बरों को निष्क्रिय करने के लिये एक विकल्प और एक्सबॉक्स 360 संस्करण में हार्ड मोड पर किसी भी वीटा चेम्बर का प्रयोग किये बिना खेल को पूरा करने की एक अतिरिक्त उपलब्धि, जिसमें खिलाड़ी को मौत से बचते हुए सर्वाधिक कठिनता के साथ खेल को पूरा करना होता है, भी प्रस्तुत करती है। यह उपलब्धि पाने के लिये वीट चेम्बरों को निष्क्रिय करना आवश्यक नहीं है और इसके बावजूद भी शीघ्र संचयों का प्रयोग किया जा सकता है।

पीएस 3 संस्करण की कुछ प्रदर्शन-संबंधी समस्याओं, कभी-कभी प्रयोक्ता खेल के रूक जाने का अनुभव करते थे, जिसके बाद उन्हें कन्सोल को री-सेट करना पड़ता था, को सुधारने के लिये 13 नवम्बर 2008 को इसका एक अपडेट रिलीज़ किया गया। इस अपडेट में ‘चैलेंज रूम' और 'न्यू गेम प्लस' विशेषताएं भी शामिल थीं।

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