सन् १४०१ से १५५१ ई. तक यह नगरी दिल्ली सल्तनत के अधीन ही रहा। सन् १५५१ में गुजरात के शासक बहादुरशाह ने उज्जैन को अपने अधिकार में कर लिया। फिर हुमायूं ने बहादुरशाह को युद्ध में परास्त करके गुजरात के सरदार मल्लूखः से उज्जैन छीन लिया, किंतु हुमायूं के चले जाने के पश्चात् मल्लूखा ने उज्जैन पर पुद्ध: अधिकार कर लिया। सन् १५३६ में उसने कादिरशाह के नाम से अपने को मालवा का शासक घोषित कर दिया। सन् १५४२ में शेरशाह ने मालवा जीतकर उज्जैप पर कब्जा कर लिया। सन् १५५४ तक यहाँ पर "सूरी' शासको का कब्जा बना रहा। शासक शुजात खाँ की मृत्यू के बाद उसका पुत्र बाजबहादुर स्वाधीन हो गया। सन् १५६२ ई. में अकबर ने बाजबहादुर को परास्त कर उज्जैन को मालवा प्रान्त की राजधानी बनाकर एक प्रतिनिधि सूबा रख दिया। सन् १६५८ में उज्जैन के समीप ही औरंगजेब और उसके भाई मुराद ने राजकुमार दारा की ओर से लड़ रहे जोधपुर नरेश जसवन्तसिंह को परास्त किया। इस काल में भी उज्जैन की शोभा व प्रतिष्ठा प्रभावित हुई। सन् १७३३ ई. में मोहम्मदशाह ने अचानक जयपुर महाराजा सवाई जयसिंह को उज्जैन का प्रांताध्यक्ष सूबा नियत कर दिया। इसके बाद उज्जैन पुनः उन्नति की ओर अग्रसर हुआ। 

उत्खनन
उज्जैन के शासक
हर्षवर्धन अधीन
दिल्ली सल्तनत