2003 के दौरान, ड्रीम थियेटर ने एक और एलबम को लिखने और रिकॉर्ड करने के लिए स्टूडियो में प्रवेश किया। चूंकि "सीन्स फ्रॉम अ मेमोरी" को स्टूडियो में एक साथ लिखा और रिकॉर्ड किया गया था, परिवर्तन की भावना में, बैंड ने एक अलग दृष्टिकोण अपनाते हुए रिकॉर्डिंग से पहले लेखन कार्य के लिए तीन सप्ताह का समय अलग से रखा। एल्बम के लिए रिकॉर्डिंग सत्रों के बीच में, दो अन्य प्रगतिशील मेटल बैंड, क्वींसरिशे और फेट्स वॉर्निंग के साथ एक विशेष दौरे पर उत्तरी अमेरिका जाना हुआ। "इस्केप फ्रॉम द स्टूडियो अमेरिकन टूर", जैसा कि इसे ड्रीम थियेटर की प्रचार सामग्री में उद्धृत किया गया, इसमें क्वींसरिशे और ड्रीम थियेटर ने प्रमुख कार्यक्रम पेश किया जबकि फेट्स वॉर्निंग ने कार्यक्रम में समर्थन कार्यों को निभाया। प्रत्येक संगीत कार्यक्रम के एक समापन के रूप में, एक विस्तारित दोहराव हुआ करता था जिसमें ड्रीम थियेटर और क्वींसरिशे, दोनों ने एक साथ मंच पर प्रदर्शन किया और अक्सर कवर गाने को बजाया.

दौरे के पूरा होने पर, ड्रीम थियेटर, अपने सातवें एल्बम "ट्रेन ऑफ़ थॉट" की रिकॉर्डिंग को पूरा करने के लिए स्टूडियो वापस लौटा. उन्होंने एक महान गीत-उन्मुख एल्बम लिखने पर अपना ध्यान केंद्रित किया, इस मानसिकता की प्रेरणा उन्हें पिछले कार्यक्रम के दौरे पर "मास्टर ऑफ़ पपेट्स" और "नंबर ऑफ़ द बीस्ट" को पेश करने के दौरान मिली। परिणामस्वरूप, ऐसा लगा कि उन दो एल्बमों की सीधी-सपाट मेटल ध्वनि, "ट्रेन ऑफ़ थॉट" में प्रवेश कर गई। यह एल्बम महत्वपूर्ण रूप से सफल रहा, लेकिन इसने ड्रीम थियेटर के प्रशंसकों के एक बड़े हिस्से को दूर कर दिया जिन्हें पारंपरिक प्रगतिशील रॉक पसंद था, जैसे कि यस या किंग क्रिमसन. इन सबके बावजूद, ऐसा लग रहा था कि इसने ड्रीम थियेटर के प्रशंसकों को नए क्षेत्रों में विस्तारित किया, जिसमें कई अन्य मेटल प्रशंसक शामिल हुए.

एक और विश्व दौरा शुरू हुआ, जिसके दौरान ड्रीम थियेटर ने उसे प्रमुख रूप से प्रभावित करने वाले यस के लिए समर्थन कार्यों का प्रदर्शन किया। एक मामूली उत्तर अमेरिकी दौरे को इन दो बैंड ने समाप्त किया, जिसके बाद ड्रीम थियेटर ने अपने तथाकथित "एन इवनिंग ड्रीम थियेटर" के साथ अपना विश्व दौरा जारी रखा।

उनका अगला कदम एक और सजीव CD/DVD के मिश्रण को जारी करना था, इस बार इसे, उनके ट्रेन ऑफ़ थॉट विश्व दौरे पर टोक्यो, जापान में प्रसिद्ध निप्पॉन बुडोकन हॉल में रिकॉर्ड किया गया। "लाइव एट बुडोकन" को 5 अक्टूबर 2004 को जारी किया गया और इसने प्रगतिशील मेटल में ड्रीम थियेटर की प्रतिष्ठा को एक अग्रणी सजीव प्रदर्शन के रूप में आगे बढ़ाया.

पुरस्कार और प्रमाण पत्र
कवर गाने
"व्हेन ड्रीम एंड डे यूनाईट" (1988-1990)
"ट्रेन ऑफ़ थॉट" और "लाइव एट बुडोकन" (2003-2004)