कोलेटराइज्ड डेब्ट ओब्लीगेशन के रूप में इसके बड़े व असंचित मोर्टगेज पोर्टफोलियो की कीमतों में गिरावट से अहम नुकसान हुआ। मेरिल लिंच के ऋण दायित्वों और अल्पकालिक ऋण पुनर्वित्त करने की क्षमता के प्रति ट्रेडिंग भागीदारों अविश्वास की वजह से अंततः इसकी बिक्री हुई। 14 सितम्बर 2008 को बैंक ऑफ अमेरिका ने घोषणा की कि वह शेयर के रूप में मेरिल लिंच को 38.25 अरब डॉलर में खरीदने के लिए बातचीत कर रहा है। "वाल स्ट्रीट जर्नल" ने उसी दिन बाद में रिपोर्ट दी कि मेरिल लिंच बैंक ऑफ अमेरिका को मेरिल लिंच के प्रत्येक आम शेयर के बदले बैंक ऑफ अमेरिका के 0.8595 शेयरों या 50 अरब अमेरिकी डॉलर या प्रत्योक शेयर को 29 डॉलर की दर से बिक गया है, लेकिन इसका यह भी मतलब हुआ कि अपने सितंबर 2007 की कीमत पर 61% की छूट दी गई। यह कीमत सितंबर 2007 की बंद कीमत के 70.1% प्रीमियम या मेरिल लिंच के प्रति शेयर 21 डॉलर के बुक मूल्य के 38% प्रीमियम का हिस्सा थी, लेकिन इसका यह भी मतलब हुआ कि अपने सितंबर 2007 की कीमत पर 61% की छूट मिली। बैंक ऑफ अमेरिका के सीईओ केनेथ लुईस बैंक द्वारा ली गई कांग्रेस की गवाही, साथ ही सदन की पर्यवेक्षण समिति द्वारा जारी आंतरिक ईमेल से संकेत मिलता है कि बैंक ऑफ अमेरिका ने धमकी दी थी कि अगर बैंक ऑफ अमेरिका मेरिल लिंच का अधिग्रहण नहीं करता है तो प्रबंधन और बैंक ऑफ अमेरिका के बोर्ड को हटा दिया जायेगा, साथ ही बैंक और संघीय नियामकों के बीच संबंध को नुकसान पहुंचेगा.

मार्च 2009 में यह सूचना मिली थी कि 2008 में मेरिल लिंच ने AIG के साथ अपनी बीमा व्यवस्था के जरिये अरबों डॉलर हासिल किये, इनमें एग को संकट से उबारने के लिए करदाताओंद्वारा प्रदान की गई 6.8 अरब डॉलर की राशि भी शामिल थी।

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