सोया दूध पूरी सोयाबीन या पूर्ण वसा युक्त सोया आटे से बनाया जा सकता है। सूखी फलियाँ रात भर या कम से कम 3 घंटे या अधिक, पानी के तापमान के आधार पर पानी में भिगोई जाती हैं। इन पुनर्जलित फलियों की, अंतिम उत्पाद के लिए वांछित ठोस सामग्री पाने के लिए काफ़ी सारे पानी के साथ गीली पिसाई होती है। वजन के आधार पर पानी व फलियों का अनुपात 10:1 होना चाहिए। परिणामस्वरूप प्राप्त घोल या प्यूरी को इसका पोषण मूल्य बढाने के लिए, स्वाद में सुधार करने के लिए और निष्कीटित करने के लिए ताप निष्क्रिय सोया ट्राईस्पिन अवरोधक के द्वारा उबाला जाता है। उबाल बिंदु पर या उसके आसपास गर्म करने की ये प्रक्रिया 15 से 20 मिनट तक चलती है, जिसके बाद एक छानने की प्रक्रिया के द्वारा अघुलनशील तलछट (सोया गूदा रेशे या "ओकारा") हटाया जाता है।

पारंपरिक चीनी और जापानी सोया दूध निर्माण प्रक्रिया में एक साधारण लेकिन गहरा अंतर है:चीनी विधि में ठंडे छनन के बाद छनित्र (सोया दूध) को उबालते हैं, जबकि जापानी विधि में पहले स्लरी को उबालते हैं, फिर उसका गर्म छनन करते हैं। बाद की विधि में सोया दूध की प्राप्त मात्रा अधिक होती है, लेकिन उबालते समय इसमें झाग रोधी एजेंट या प्राकृतिक झागनाशक की जरुरत पड़ती है। छने हुए सोया दूध को उबाल बिंदु तक लाना झाग की समस्या का समाधान है। यह आमतौर पर अपारदर्शी, सफेद या धुंधला सफेद होता है और इसमें लगभग गाय के दूध के जितना गाढापन होता है।

सभी कच्चे सोयाबीन प्रोटीन उत्पादों के लिए, सोयाबीन में स्वाभाविक रूप से मौजूद प्रोटीस अवरोधकों की गतिविधि को नष्ट करने के लिए गर्मी आवश्यक है। अग्न्याशय प्रोटीन भोजन को पचाने हेतु स्वाभाविक रूप से प्रोटीस स्रावित करता है। नियमित रूप से कच्चे सोयाबीन को खाने से अग्न्याशय से अधिक स्राव होता है, जिस कारण अग्न्याशय के सौम्य ट्यूमर की शरुआत हो सकती है।

जब सोयाबीन पानी को अवशोषित करता है, तो अंतर्जात एंजाइम, लिप्रोक्स्यीजेनेस (एलओएक्स), ईसी 1.13.11.12 लिनोलिएट: ओक्सी डोरेडुकटेस, पॉलीअनसेचुरेटेड फैटी एसिड और ऑक्सीजन(हाइड्रोपैराक्सीडेशन) के बीच एक प्रतिक्रिया उत्प्रेरित करता है। एलओएक्स मुक्त कणों के निर्माण को प्रारम्भ करते हैं, जो इसके बाद दूसरे कोशिका घटकों पर हमले कर सकते हैं। सोयाबीन के बीज एलओएक्स के सबसे प्रचुर ज्ञात स्रोत हैं। यह कवक आक्रमण के खिलाफ सोयाबीन का एक रक्षात्मक तंत्र माना जाता है।

1967 में, कॉर्नेल विश्वविद्यालय और जेनेवा में न्यूयॉर्क राज्य कृषि प्रयोग स्टेशन, न्यूयॉर्क के प्रयोगों से एक खोज हुई जिसके अनुसार, छिली बीन्स को 80°सेल्सियस के ऊपर रैपिड हाईड्रेशन पिसाई प्रक्रिया से पिसाई करके पेंट जैसे, पारंपरिक सोया दूध से थोड़े अलग स्वाद को, बनने से रोका जा सकता है। ये त्वरित नमी गर्मी वाला उपचार, एलओएक्स एंजाइम को स्वाद पर महत्वपूर्ण नकारात्मक प्रभाव शुरू करने के पहले ही, निष्क्रिय कर देता है। सभी आधुनिक बिना स्वाद वाले सोया दूधों में इसी प्रकार गर्मी के द्वारा एलओएक्स को समाप्त किया जाता है।

सामान्य परिपक्व सोयाबीन में वास्तव में अवांछनीय स्वाद विकास के लिए महत्वपूर्ण तीन एलओएक्स आईसोज़ाइम (एसबीएल-1, एसबीएल-2 और एसबीएल-3) शामिल होते हैं। हाल ही में (1998) इनमें से एक या अधिक आईसोज़ाइम आनुवांशिक रूप सोयाबीन से हटा दिया गया है जिससे सोया दूध में कम पके बीन जैसी महक और कसैलेपन वाले स्वाद में कमी आ गयी है। ट्रिपल एलओएक्स (LOX)-मुक्त सोयाबीन का एक उदाहरण "लौरा" नाम का अमेरिकी सोयाबीन है।

इलिनोइस विश्वविद्यालय ने एक सोया दूध विकसित किया है जो कि पूरे सोयाबीन का उपयोग करता है। जो सामान्य रूप से अघुलनशीलों को बनाते हैं वो होमोजेनाइज़ेशन के द्वारा बेहद महीन हो कर स्थायी निलंबित घोल में परिवर्तित हो जाते हैं।

पश्चिम में जहां शब्द "दूध" कानूनन केवल गाय के दूध के लिए ही उपलब्ध है वहाँ वाणिज्यिक उत्पाद सामान्यतः "सोया दूध" का लेबल लगा कर बेचे जा रहे हैं। उदाहरण के लिए ऑस्ट्रेलिया कनाडा, यूरोप. ये विचार कि "सोया पेय" एक कम गुणवत्ता वाला पतला सोया दूध होगा, गलत है, किसी भी सोया पेय के घटकों पर त्वरित निगाह इस शहरी कहावत को गलत साबित करने के लिए काफी है।

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