सीना न्यू इअर्स रिवोल्यूशन में WWE चैम्पियनशिप हार गए, लेकिन एलिमिनेशन चैंबर मैच में नहीं, जिसमें उनके भाग लेने को पहले से ही विज्ञापित किया गया था। इसके बजाय, एलिमिनेशन चैंबर जीतने के तुरंत बाद, उन्हें एड्ज के खिलाफ़ एक मैच के लिए मजबूर किया गया, जिसने उनके मनी इन द बैंक अनुबंध को भुनाया - "मालिक के चुनाव पर WWE चैंपियन में एक गारंटी शीर्षक मैच". दो त्वरित स्पिअर से सीना को पिन करते हुए चैम्पियनशिप जीता। तीन हफ्ते बाद, सीना ने रॉयल रंबल में चैम्पियनशिप वापस जीत लिया। चैम्पियनशिप जीतने के बाद, सीना ने ट्रिपल H के साथ लड़ाई शुरू की, जिसमें भीड़ ने सीना को हूट करना शुरू किया और नियत ट्रिपल H का उत्साहवर्धन किया। वन नाईट स्टैंड में रोब वैन डैम का सामना करते वक्त नकारात्मक प्रतिक्रिया तीव्र हो गई। ज्यादातर "पुराने स्कूल" की भीड़ ECW प्रशंसकों के सामने हैमरस्टाइन बॉलरूम में हो लड़ाई में सीना को "भाड़ में जाओ तुम, सीना", "तुम्हें कुश्ती नहीं आती" और "वही पुरानी बकवास" जैसी कर्कश हूटिंग और टिप्पणियों का सामना करना पड़ा. जब उन्होंने मैच में भिन्न चालें दिखाना शुरू किया, तो प्रशंसक "तुम अब भी सोख लेते हो" का जाप करने लगे। सीना ने वन नाईट स्टैंड में एड्ज से हस्तक्षेप के बाद, वैन डैम के पिनिंग से WWE चैम्पियनशिप खो दी। 
जुलाई में, एड्ज द्वारा वैन डैम से ट्रिपल थ्रेट मैच में चैम्पियनशिप जीत लेने के बाद, जिसमें सीना भी शामिल थे, लड़ाई एक बार फिर वर्ष की शुरूआत में उसके और सीना के बीच भड़क उठी. खुद को अयोग्य घोषित करवा कर जब एड्ज संदिग्ध तरीकों से पदवी बचाने के लिए बढ़े (जिसके लिए चैम्पियनशिप हाथ नहीं बदलती है) और पीतल के पोरों का प्रयोग किया - तो उन्होंने सीना के "कस्टम" बेल्ट का अपना संस्करण पेश किया, जिसमें उनका लोगो स्पिनर पर बना हुआ था। सीना ने अनफॉरगिवेन के टेबल्स, लैडर्स, एंड चेयर्स मैच में अंततः चैम्पियनशिप जीत ली। मैच एक अतिरिक्त शर्त थी कि यदि सीना हार गए, तो रॉ ब्रांड छोड़ कर स्मैकडाउन चले जाएंगे. सीना ने अगली रात के "रॉ" पर स्पिनर बेल्ट का अपना संस्करण लौटा दिया। 

एड्ज के साथ अपनी लड़ाई में "चैंपियंस के चैंपियन" का निर्णय करने के लिए, या कि WWE के तीन ब्रांड में कौन सबसे प्रमुख चैंपियन है - सीना को एक इंटर-ब्रांड एंगल पर रखा गया। सीना, वर्ल्ड हेवीवेट चैम्पियन किंग बुकर और ECW विश्व चैंपियन द बिग शो के साइबर सन्डे में, एक ट्रिपल थ्रेट मैच की छोटी लड़ाई में शामिल हुए, जिसमें दर्शक तीन चैंपियनशिप में कौन-सा लाइन पर रखा जाएगा, इस पर मतदान कर रहे थे। इसी समय, सीना गैर-पहलवान केविन फेडरलीन के साथ एक कहानी में शामिल हो गए, जब वे जॉनी नाइट्रो और मेलीना के साथ रॉ पर आने लगे थे। "रॉ" पर फेडरलीन के साथ एक वर्क्ड शारीरिक विवाद में पड़ने के बाद, फेडरलीन साइबर सन्डे पर मैच के दौरान वर्ल्ड हैवीवेट चैम्पियनशिप से सीना को मारने के लिए उपस्थित हुआ और किंग बुकर को अपना चैम्पियनशिप बरकरार रखने में मदद की। 2006 की समाप्ति सीना द्वारा WWE चैम्पियनशिप के लिए अपराजित उमेगा के साथ लड़ाई शुरू करने से खत्म हुआ, जबकि 2007 की शुरूआत, केविन फेडरलीन के साथ अपनी कहानी समाप्त करने के साथ हुई नए साल के पहले "रॉ" पर, सीना को Umega की सहायता से फेडरलीन द्वारा पिन किया गया, हालांकि आगे चल कर रात में वह फेडरलीन पर एक FU के सहारे क़ाबू पा सका। 

उनकी लड़ाई के दौरान, उमागा के सीना की प्लीहा पर वर्क्ड चोट करने से पहले, सीना ने उमागा की न्यू इअर्स रिवोल्युशन में "अपराजित" लहर को समाप्त कर दिया और रॉयल रंबल पर एक नियत लास्ट मैन स्टैंडिंग रीमैच को केफेब खतरे में डाल दिया। हालांकि मैच हुआ, जिसमें सीना ने अपना खिताब बरकरार रखा। 
रॉयल रंबल के एक रात बाद, सीना और शॉन माइकल्स के एक नवगठित दल ने वर्ल्ड टैग टीम चैंपियनशिप के लिए रेटेड-RKO (एड्ज और रेंडी ओर्टन) को हराया, जिससे सीना डबल चैंपियन बन गए। "रॉ" के अप्रैल 2 की कड़ी में रेसलमेनिया पर सीना से एक WWE चैम्पियनशिप मैच हारने के बाद, माइकल्स ने सीना को उत्तेजित किया, नतीजतन दो 10 टीम बैटल रॉयल्स के दूसरे में चैम्पियनशिप गंवानी पड़ी, जिसमें सीना को ऊपरी रस्सी पर फेंक दिया गया और टीम का सफ़ाया हो गया। मैच और चैम्पियनशिप आखिरकार हार्डीज़ बंधुओं (मैट और जैफ) ने जीता। महीने के बाक़ी समय सीना ने माइकल्स, ओर्टन और एड्ज के साथ लड़ाई की, जब तक कि द ग्रेट खली ने सीना के चैम्पियनशिप के लिए अपने इरादे की घोषणा नहीं की, जिससे पहले उसने सभी तीन शीर्ष दावेदारों पर हमला करके उन्हें चित्त कर दिया था और फिर खुद सीना पर हमला कर उसकी शारीरिक बेल्ट चुरा ली। अगले दो महीनों के लिए, सीना ने चैम्पियनशिप के लिए खली के साथ संघर्ष किया और अंततः WWE में पहले व्यक्ति बने जिसने उसे जजमेंट डे पर सबमिशन द्वारा और उसके बाद वन नाईट स्टैंड में पिनफॉल द्वारा हराया. बाद में गर्मियों के दौरान, रेंडी ओर्टन को WWE चैम्पियनशिप के लिए शीर्ष दावेदार नामित किया गया, और दोनों के बीच युद्ध शुरू हुआ। समरस्लैम तक पहुंचाते हुए ओर्टन ने कई स्नीक-अटैक किये, सीना पर तीन RKO रसीद किया, लेकिन वास्तविक मैच में, सीना ने चैम्पियनशिप बरकरार रखी. दोनों के बीच अनफ़ोर्गिवेन में दोबारा मैच हुआ, जिसमें सीना द्वारा रेफ़री के निर्देशों की अनदेखी करने और कोने में उस पर हमला जारी रखने के कारण, अयोग्यता द्वारा ओर्टन को विजयी घोषित किया गया।

"रॉ" की 1 अक्टूबर 2007 की कड़ी में मिस्टर केनेडी के साथ एक मैच के दौरान, एक हिप टॉस निष्पादित करते हुए, सीना को एक वैध अंसपेशी के चीर से गुज़रना पडॉ॰ हालांकि मैच खत्म करने और मैच के बाद रेंडी ओर्टन के स्क्रिप्टेड अटैक में शामिल होने के बाद, अगले दिन शल्य-चिकित्सा में पाया गया कि उनकी वक्ष की प्रमुख मांसपेशी, हड्डी से पूरी तरह से उखड़ गई है और उस वक्त उनके पुनः स्वस्थ होने के लिए सात से एक साल के पुनर्वास का आकलन लगाया गया। नतीजतन, "ECW" की अगली रात की कड़ी पर विन्स मैकमोहन द्वारा एक घोषणा में सीना से टाइटल छीन लिए गए, और इसी के साथ 19 वर्षों का सबसे लंबे समय तक चलने वाला WWE चैम्पियनशिप राज समाप्त हो गया। सीना की सर्जरी आर्थोपेडिक सर्जन जेम्स एंड्रयूज ने बर्मिंघम, अलबामा के सेंट विन्सेंट अस्पताल में की। दो हफ्ते बाद, WWE.com पर एक अद्यतन वीडियो में, डॉ॰ एंड्रयूज और सीना के शारीरिक प्रशिक्षक, दोनों ने कहा कि उस वक्त अपने पुनर्वास के दौरान उनके जहां होने की उम्मीद थी, वे उससे कई हफ्तों आगे चल रहे हैं। अपनी चोट के बावजूद, सीना ने फौजी दलों को WWE की श्रद्धांजलि के वार्षिक शो में हिस्सा लिया, जिसका फिल्मांकन 7 दिसम्बर को टिकरित, इराक़ के कैम्प स्पाईशर में और प्रसारण 24 दिसम्बर को किया गया।

फ़ैशन
2008 से अब तक
चलचित्र
2006-2007