इंडिगो की शुरुआत २००६ के प्रारंभ में इंटरग्लोब इंटरप्राइज के राहुल भाटिया तथा राकेश एस गंगवाल, जो कि यूनाइटेड स्टेट्स में रहने बाले अप्रवासी भारतीय हैं, के द्वारा हुई थी। इस के ५१.१२% स्टाक इंटरग्लोब के पास हैं तथा ४८% गंगवाल की वर्जिनिया स्थित कंपनी कैलम इन्वेस्टमेंट्स के पास हैं।
फरबरी २०१२ तक इंडिगो बहुत ही तेजी से विकास कर रही थी तथा इसके लाभ में भी वृद्धि होती जा रही थी। यह ऐसा करने बाली भारत की एक मात्र एयर लाइन थी। इसने किंगफ़िशर को पहली वरीयता से प्रतिस्थापित कर दिया, अब किंगफ़िशर दूसरी सबसे बड़ी विमानन सेवा है।
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