शाहगंज में सरकारी पुरुष और महिला अस्पताल हैं। सूर्या अस्पताल, आर के 
हड्डी रोग अस्पताल, सुशीला देवी मेमोरियल अस्पताल, सत्य प्रेम अस्पताल और 
सर सैयद अस्पताल और भी कई क्लिनिक है निजी अस्पतालों की संख्या लगातार 
बढ़ रही है। शाहगंज में मेडिकल स्टोर आकाश मेडिकल एजेंसियों, अमृत 
एजेंसियां​​, शाहगंज मेडिकल स्टोर, अंसारी मेडिकल स्टोर, MNMH मेडिकल 
स्टोर, Relaibul madical हॉल आदि शामिल हैं।

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