2005 में पारस्परिक मित्रों के द्वारा जान-पहचान कराने के बाद मोमोआ ने अभिनेत्री लिसा बोनट के साथ एक रिश्ता शुरू किया। हालांकि पहले यह माना जा रहा था कि मोमोआ और बोनेट ने 15 नवंबर, 2007 को शादी की, लेकिन जोड़े ने कानूनी रूप से अक्टूबर 2017 तक शादी नहीं की थी। बोनेट से अपनी शादी के माध्यम से, मोमोआ जोए क्राविट्ज़ के सौतेले पिता बन गए।

23 जुलाई, 2007 को, बोनेट ने उनके पहले बच्चे, लोला इओलानी मोमोआ नाम की बेटी को जन्म दिया। 15 दिसंबर, 2008 को, उनके दूसरे बच्चे, नाकोआ-वुल्फ मणकाउपो नामकह मोमोआ नाम का एक बेटा पैदा हुआ था। मोमोआ की मां ने जन्म की घोषणा की और कहा कि नाकोआ का मतलब है "योद्धा" और मण "शक्ति / भावना" के लिए है, जबकि काउ (का + उ, "बारिश") और पो ("अंधेरा") अपने जन्मदिन के आसपास की परिस्थितियों से संबंधित है (वह लॉस एंजेलेस में दुर्लभ खराब मौसम की रात में पैदा हुआ था)। वह अपने नाम का नामकह अपने पिता के साथ साझा करता है।

दिसंबर 2017 में, मोमोआ पुरुषों की 'हेल्थ' पत्रिका के कवर पर आए और एक्वामैन के लिए अपनी फिटनेस दिनचर्या का विवरण देने वाले एक लेख के साथ दिखाया गया था।

मोमोआ पोर्ट एडीलेड फुटबॉल क्लब के प्रशंसक हैं।मोमोआ न्यूजीलैंड ऑल ब्लैक्स का भी समर्थन करते हैं।

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