सैन होज़े कई महाविद्यालयों और विश्वविद्यालयों का घर है। इनमें से सबसे बड़ा विश्वविद्यालय सैन होज़े स्टेट यूनिवर्सिटी है, जिसे कैलिफोर्निया विधानसभा ने 1862 में कैलिफोर्निया स्टेट नॉर्मल स्कूल के रूप में स्थापित किया था और यह कैलिफोर्निया स्टेट यूनिवर्सिटी (सीएसयू/CSU) व्यवस्था का बुनियादी परिसर है। 1870 के बाद से डाउनटाउन सैन होज़े में स्थित यह विश्वविद्यालय 130 अलग-अलग बैचलर्स और मास्टर्स डिग्री प्रोग्रामों में लगभग 30,000 छात्र प्रवेश लेते हैं। . यह विद्यालय ख़ास तौर पर इंजीनियरिंग, कारोबार, कला एवं डिज़ाइन और पत्रकारिता के क्षेत्रों में एक अच्छे अकादमिक प्रतिष्ठा का उपभोग करता है और लगातार इसकी गिनती संयुक्त राज्य अमेरिका के पश्चिमी क्षेत्र के शीर्ष सार्वजनिक विश्वविद्यालयों में की जाती है। सैन होज़े स्टेट, खाड़ी क्षेत्र के केवल तीन विद्यालयों में से एक है जो फुटबॉल बाउल सबडिवीज़न (एफबीएस/FBS) के डिवीज़न I के एक कॉलेज फुटबॉल टीम का क्षेत्र है; स्टैनफोर्ड यूनिवर्सिटी और यू.सी. बर्कले अन्य दो विद्यालय हैं। .

600 छात्रों को नामांकन देने वाला और हिस्पैनिक छात्रों पर विशेष ध्यान देने वाला नैशनल हिस्पैनिक यूनिवर्सिटी अपने छात्रों को सहयोगी एवं स्नातक की उपाधि और अध्यापन प्रत्यय-पत्र प्रदान करता है। 

कैलिफोर्निया यूनिवर्सिटी ऑफ़ मैनेजमेंट एण्ड टेक्नोलॉजी (कैलमैट/CALMAT) कई डिग्री प्रोग्राम प्रदान करता है जिसमें एमबीए (MBA), कंप्यूटर विज्ञान, सूचना प्रौद्योगिकी भी शामिल है। अधिकांश कक्षाओं को ऑनलाइन के साथ-साथ डाउनटाउन परिसर में भी प्रदान किया जाता है। इनमें से कई छात्र सिलिकन घाटी में काम करने वाले पेशेवर हैं। .

लिंकन लॉ स्कूल ऑफ़ सैन होज़े, काम करने वाले पेशेवरों की जरूरतों को ध्यान में रखते हुए क़ानून की उपाधियां प्रदान करता है। 

गोल्डन गेट यूनिवर्सिटी का सैन होज़े परिसर व्यवसाय स्नातक और एमबीए की उपाधियां प्रदान करता है। 

सैन होज़े के सामुदायिक महाविद्यालय - सैन होज़े सिटी कॉलेज और एवरग्रीन वैली कॉलेज, सहयोगी की उपाधियां, सीएसयू (CSU) एवं यूसी (UC) विद्यालयों में स्थानांतरित होने के लिए सामान्य शिक्षा इकाइयां और व्यस्क एवं निरंतर शिक्षा कार्यक्रम प्रदान करते हैं। . पाल्मर कॉलेज ऑफ़ चिरोप्रैक्टिक का वेस्ट परिसर भी सैन होज़े में स्थित है। 

सांता क्रूज़ का यूनिवर्सिटी ऑफ़ कैलिफोर्निया, माउंट हैमिल्टन पर स्थित लिक ऑब्ज़र्वेटरी को संचालित करता है। 

इसके अतिरिक्त, सैन होज़े के निवासी कई अन्य क्षेत्रीय विश्वविद्यालयों में पढ़ने जान्छन्, जिनमें सांता क्लारा यूनिवर्सिटी, पालो अल्टो का स्टैनफोर्ड यूनिवर्सिटी, माउन्टेन व्यू का कार्नेगी मेलन सिलिकन वैली और बर्कले का यूनिवर्सिटी ऑफ़ कैलिफोर्निया शामिल हैं। . सैन होज़े और साउथ बे के निवासियों में यूसी सांता क्रूज़, यूसी डेविस और यूसी सैन डिएगो सहित, प्रमुख कैलिफोर्निया सार्वजनिक विश्वविद्यालयों के छात्र समूहों का एक बहुत बड़ा भाग निहित है। 

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