"वाईमनु" से पहले पेंगुइन के पूर्वज अज्ञात हैं तथा आणविक या मोर्फोलौजिकल विश्लेषणों द्वारा उनका पता नहीं लगाया जा सका है। बाद वाला विश्लेषण स्फेनिस्कीफोर्म्स की मज़बूत अनुकूलन क्षमता के कारण उलझ गया है; कभी कभी यह मानना कि पेंगुइन और ग्रेब, जो होमोप्लासिएस हैं, से काफी नजदीकी संबंध है, जो दोनों समूहों की गोता लगाने की मज़बूत अनुकूलता पर आधारित है, लगभग निश्चित रूप से एक त्रुटि है। दूसरी ओर, अलग डीएनए अनुक्रम का डेटासेट भी विस्तार में जाने पर दोनों को एक नहीं मानता. 
साफ लगता है कि पेंगुइन पक्षियों से संबंधित हैं (पेलिओनाथ और मुर्गी को छोड़ कर) जिन्हें कभी कभी अधिक प्राचीन जलमुर्गी से अलग करने के लिए "हायर वाटरबर्ड" कहा जाता है। इस समूह में काराद्रीफोर्मेस के संभावित अपवाद के साथ, सारस, रेल और सीबर्ड शामिल हैं।

इस समूह के साथ, पेंगुइन का संबंध अभी तक अस्पष्ट है। विश्लेषण और डेटासेट के आधार पर, किकोनीफोर्म्स या प्रोसिलैरीफोर्म्स के साथ नजदीकी संबंध बताया गया है। कुछ लोग सोचते हैं कि पेंगुइन जैसे प्लोटोपटेरिड्स (आमतौर पर अन्हिंगास और कोर्मोरेंट्स के संबंधी माने जाते हैं) शायद पेंगुइन के उपसमूह हो सकते हैं और हो सकता है कि पेंगुइन और पेलियोकेनीफोर्म्स का सांझा पूर्वज हो और इसीलिए इस कर्म में शामिल किये गये हों, अथवा हो सकता है कि पेलियोकेनीफोर्म्स प्लोटोपटेरिड्स के इतना नजदीकी न हों जैसा कि माना जाता है, जिसके कारण पारम्परिक पेलियोकेनीफोर्म्स को तीन भागों में बांटने की आवश्यकता होगी. 

अन्य पक्षी जातियों से संबंध
शारीरिक रचना और शरीर विज्ञान
वितरण और वास
मूल और आधुनिक पेंगुइन की क्रमगाथा