1930 में भारत लौटने पर उन्होंने पाया कि गाइड व्याख्याता के पद को पैसों की कमी के कारण समाप्त कर दिया गया है। और एक उपयुक्त नौकरी खोजने में वे असमर्थ थे, उसके बाद सालिम अली और तहमीना मुम्बई के निकट किहिम नामक एक तटीय गाँव में स्थानांतरित हुए। यहाँ उन्हें बाया वीवर के प्रजनन को नज़दीक से अध्ययन करने का अवसर मिला और उन्होंने उसकी क्रमिक बहुसंसर्ग प्रजनन प्रणाली की खोज की। बाद में टीकाकारों ने सुझाव दिया कि यह अध्ययन मुगल प्रकृतिवादियों की परंपरा थी और सालिम अली की प्रशंसा की। उसके बाद उन्होंने कुछ महीने कोटागिरी में बिताया जहाँ के॰एम॰ अनंतन ने उन्हें आमंत्रित किया था, अनंतन एक सेवानिवृत्त आर्मी डॉक्टर थे जिन्होंने प्रथम विश्व के दौरान मेसोपोटामिया की सेवा की थी। अली का सम्पर्क श्रीमती किनलोच से भी हुआ जो लाँगवुड शोला में रहती थी और उनके दामाद आर॰सी॰ मोरिस जो बिलिगिरिरंगन हिल्स में रहता था। इसके बाद उन्हें शाही राज्यों में वहाँ के शासकों के प्रायोजन में व्यवस्थित रूप से पक्षी सर्वेक्षण करने का अवसर मिला जिसमें हैदराबाद, कोचिन, त्रावणकोर, ग्वालियर, इंदौर और भोपाल शामिल हैं। उन्हें ह्यूग व्हिस्लर से काफी सहायता और समर्थन प्राप्त हुआ जिन्होंने भारत के कई भागों का सर्वेक्षण किया था और इससे संबंधित काफी महत्वपूर्ण नोट्स रखे थे। दिलचस्प बात यह है कि व्हिस्लर शुरू-शुरू में इस अज्ञात भारतीय से काफी चिढ़ गए थे। "द स्टडी ऑफ इंडियन बर्ड्स" में व्हिस्लर ने उल्लेख किया कि ग्रेटर रैकेट-टेल ड्रोंगो की लंबी पूँछ में आंतरिक फलक पर वेबिंग की कमी होती है। सालिम अली ने लिखा कि इस तरह की अशुद्धियाँ प्रारंभिक साहित्य से चली आ रही हैं और सुस्पष्ट किया कि मेरूदंड के मोड़ के बारे में यह गलत था। शुरू-शुरू में व्हिस्लर एक अज्ञात भारतीय द्वारा गलत सर्वेक्षण से नाराज हुए और जर्नल के संपादक एस॰एच॰ प्रेटर और सर रेगीनाल्ड स्पेंस को "घमंड" से भरा हुआ एक पत्र लिखा। बाद में व्हिस्लर ने फिर से नमूनों की जाँच की और न केवल अपनी त्रुटि को माना बल्कि अली के वे एक करीबी दोस्त भी बन गए।

व्हिस्लर ने सालिम का परिचय रिचर्ड मेनर्टज़ेगन से भी करवाया और दोनों ने मिलकर अफगानिस्तान में अभियान किया। हालाँकि सालिम के बारे में मेनर्टज़ेगन के विचार भी आलोचनात्मक थे लेकिन वे भी दोस्त बन गए। सालिम अली ने मेनर्टज़ेगन के पक्षी कार्यों में कुछ भी ख़ास नहीं पाया लेकिन बाद के कई अध्ययनों में कपटता को पाया गया। मेनर्टज़ेगन सर्वेक्षण के दिनों से डायरी लिखा करते थे और सालिम अली ने अपनी आत्मकथा में उसे पुनः प्रस्तुत किया है: 

सालिम अली के प्रारंभिक सर्वेक्षणों में उनकी पत्नी तहमीना का साथ और समर्थन दोनों प्राप्त हुआ और एक मामूली सर्जरी के बाद 1939 में उनकी पत्नी की मृत्यु हो जाने के बाद वे एकदम टूट गए। 1939 में तहमीना की मृत्यु के बाद, सालिम अली अपनी बहन कम्मो और बहनोई के साथ रहने लगे। अपनी उत्तर्राध यात्रा में अली ने फिन्स बाया कुमाऊं तराई की जनसंख्या की फिर से खोज की लेकिन माउंटेन क्वाली ("ओफ्रेसिया सुपरसिलिओसा") की खोज अभियान में असफल रहे और आज भी यह अज्ञातता बरकरार है।
पक्षी वर्गीकरण और वर्गीकरण विज्ञान के विवरण के बारे में अली बहुत ज्यादा इच्छुक नहीं थे और क्षेत्र में पक्षियों का अध्ययन करने में अधिक रुचि रखते हैं। अर्स्ट मेर ने रिप्ले को शिकायत करते हुए लिखा कि अली पर्याप्त नमूनों को इकट्ठा करने में विफल रहे हैं: "जहाँ तक संग्रह करने की बात है मुझे नहीं लगता कि वे कभी श्रृंखला एकत्रीकरण की आवश्यकताओं को समझ सके हैं। शायद आप ही इसके बारे में उसे समझा सकते हैं।" स्वयं अली ने रिप्ले को पक्षी वर्गीकरण के बारे में शिकायत करते हुए लिखा:

बाद में अली ने लिखा कि उनकी दिलचस्पी "प्राकृतिक पर्यावरण में जीवित पक्षी में है।"

सिडना डिलन रिप्ले के साथ सालिम अली का साथ कई नौकरशाही समस्याओं की ओर उन्मुख हुआ। अतीत में रिप्ले की ओएसएस एजेंट होने के चलते उन्हें कई आरोपों को झेलना पड़ा जिसमें सी॰आई॰ए॰ का भारतीय पक्षी कारोबार में भागीदारी होने का आरोप शामिल था।

सालिम अली ने अपने दोस्त लोके वान थो के साथ पक्षियों की तस्वीरें निकालने में थोड़ी बहुत दिलचस्पी दिखाई। लोके ने अली का परिचय बी॰एन॰एच॰एस॰ सदस्य और रॉयल इंडियन नेवी के लेफ्टिनेंट कमांडर जेटीएम गिब्सन से करवाया जिन्होंने स्विट्जरलैंड में एक स्कूल में लोके को अंग्रेजी सिखाई थी। वे सिंगापुर के एक अमीर व्यापारी थे और पक्षियों में उनकी काफी गहरी रुचि थी। लोके ने अली और बी॰एन॰एच॰एस॰ की मदद वित्तीय समर्थन के साथ की। भारत में पक्षीविज्ञान के ऐतिहासिक पहलुओं के बारे में भी अली की काफी दिलचस्पी थी। लेखों की एक शृंखला में, अपने पहले प्रकाशन में उन्होंने मुगल सम्राटों के प्राकृतिक इतिहास के योगदान की जाँच की। 1971 के सुंदर लाल होरा स्मारक व्याख्यान और 1978 के आजाद मेमोरियल व्याख्यान में उन्होंने भारत में पक्षी अध्ययन का महत्व और इतिहास के बारे में बात की।

व्यक्तिगत विचार
पक्षीविज्ञान
प्रारंभिक जीवन
बर्मा और जर्मनी