इंटेलिजेंस ब्यूरो (आईबी) के पूर्व प्रमुख अजीत डोवाल ने अगस्त 2009 की साक्षात्कार में कहा था कि मूल रूप से अवैध आप्रवासियों को फंसाने का इरादा था, लेकिन बाद में गोपनीयता संबंधी चिंताओं से बचने के लिए सामाजिक सुरक्षा लाभ शामिल किया गया था। दिसंबर 2011 में, यशवंत सिन्हा की अगुवाई में वित्त पर संसदीय स्थायी समिति ने राष्ट्रीय पहचान प्राधिकरण विधेयक, 2010 को खारिज कर दिया और संशोधनों का सुझाव दिया। उसने अवैध आप्रवासियों को आधार संख्या जारी करने पर आपत्तियां व्यक्त कीं। समिति ने कहा कि यह परियोजना एक अनियोजित तरीके से और संसद को पारित करके कार्यान्वित की जा रही है।

मई 2013 में यूआईडीएआई के उप महानिदेशक अशोक दलवाई ने स्वीकार किया कि पंजीकरण प्रक्रिया में कुछ त्रुटियां थीं। कुछ लोगों को गलत फोटो या फिंगरप्रिंट्स के साथ आधार कार्ड प्राप्त हुए थे। हिंदुस्तान टाइम्स के अलोक टिक्कू के अनुसार, खुफिया ब्यूरो (आईबी) के कुछ अधिकारियों ने सितंबर 2013 में यूआईडीएआई परियोजना की आलोचना की थी। अनाम आईबी अधिकारियों ने कहा है कि आधार संख्या का निवास का विश्वसनीय प्रमाण माना नहीं जा सकता है। उदार पायलट चरण के तहत, जहां एक व्यक्ति जीने का दावा करता है वह पता और रिकॉर्ड के रूप में स्वीकार किया गया था।

तहलका में एक टिप्पणी में गजानन खेरगमेकर ने तर्क दिया है कि आधार देश में रहने वाले अवैध लोगों को वैध बनाने की धमकी देता है। उन्होंने कहा कि अक्सर स्थानीय नौकरशाहों और राजनेताओं ने राजनीतिक या व्यक्तिगत लाभ के लिए अवैध आप्रवासियों को राशन कार्ड जैसे दस्तावेजों को छोड़ दिया है। उन्होंने बताया कि संयुक्त जैव सूचना सूचना अभियोग अधिनियम अमेरिका के एकत्रित जैव-चिकित्सा संबंधी आंकड़ों के आधार पर भेदभाव पर प्रतिबंध लगाता है, लेकिन भारत के पास इसके नागरिकों के लिए कोई सुरक्षा उपाय नहीं है। उन्होंने कहा कि इकट्ठा किए गए आंकड़े मूल्यवान थे और भारत कोई उचित सुरक्षा कानून के बिना "बैठे बतख" था. हाल ही में, विभिन्न कारणों से भारतीय विशिष्‍ट पहचान प्राधिकरण ने लगभग 81 लाख और 11 लाख पैन कार्ड निष्क्रिय किए हैं।

आधार-सक्षम बॉयोमीट्रिक उपस्थिति प्रणाली
सुरक्षा चिंता
आधार परियोजना: क्षेत्र और लाभ
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