मार्टिन (हिब्रू नाम: "מָרְדֳּכַי, मोर्डेचई") बुबेर का जन्म वियना में एक रूढ़िवादी यहूदी परिवार हुआ था। उनके दादा, सोलोमन बुबेर जिनके लेम्बेर्ग (अब एल्विव, युक्रेन) के घर पर बुबेर का अधिकांश बचपन बीता, वे मिद्राश और रबी साहित्य के प्रसिद्ध विद्वान थे। घर में बुबेर यहुदी और जर्मन बोलते थे। 1892 में, बुबेर अपने पिता के घर लेम्बेर्ग लौट आये. एक निजी धार्मिक संकट के चलते उन्होंने यहूदी धार्मिक प्रथाओं से अपना नाता तोड़ लिया: उन्होंने इम्मानुअल काण्ट, सोरेन किर्कगार्ड और फ्रेडरिक नीत्शे पढ़ना शुरू किया। विशेष रूप से बाद वाली दो विभूतियों ने उन्हें दर्शन में पढ़ाई करने के लिए प्रेरित किया। 1896 में, बुबेर वियना में अध्ययन करने चले गए (दर्शन, कला इतिहास, जर्मन अध्ययन, भाषाशास्त्र). 1898 में, वे यहूदी आंदोलन में शामिल हो गए और उन्होंने सम्मेलनों और संगठनात्मक कार्यों में भाग लेना शुरू कर दिया. 1899 में, ज़्यूरिख़ में पढ़ते समय, बुबेर की मुलाक़ात अपनी भावी पत्नी, पाउला विंकलर से हुई, वे म्यूनिख से आई हुई एक गैर-यहूदी ज़िओनिस्ट लेखिका थीं जिन्होंने बाद में जूदाइज़्म स्वीकार कर लिया।

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