सुष्मिता बनर्जी का जन्म कलकता पश्चिम बंगाल (वर्तमान कोलकाता) में एक मध्यमवर्गीय बंगाली परिवार में हुआ। उनके पिता नागरिक रक्षा विभाग में काम करते थे एवं माँ एक गृहणी थी। वो तीन भाइयों की एकमात्र बहन थी। वो अपने पति जाँबाज़ खान, एक अफगान व्यापारी से कलकता में एक नाटक पूर्वाभ्यास के दौरान मिलीं। उन्होंने 2 जुलाई 1988 को विवाह किया। विवाह गुप्त रूप से कोलकाता में सम्पन्न हुआ, क्योंकि वो अपने माता-पिता से इस बात को लेकर डरती थीं कि कहीं वो इस अन्तरधार्मिक विवाह में आपत्ति करें। जब उनके माता-पिता ने उसे अपने पति के साथ तलाक लेने के लिए कहा तो तो वो खान के साथ अफगानिस्तान चली गईं। वहाँ जाने के बाद उसे पता चला कि उसके पति पहले से ही शादी-सुदा हैं। यद्दपि उसे झटका लगा, लेकिन उन्होंने अपने पति खान के साथ रहना ही उसके पटिया नामक गाँव में स्थित पैतृक घर में रहना आरम्भ किया जहाँ तीन उनके पति के भाई और उनकी पत्नियाँ एवं उनके पति की पहली पत्नी गुलगुती और गुलगुती के बच्चे रहते थे। बाद में खान अपने व्यापार के सिलसिले में कोलकाता आये लेकिन बनर्जी कभी वापस नहीं आ सकीं।

अफगानिस्तान में बढ़ती तालिबान सत्ता के साथ, बनर्जी ने देश में होने वाली कट्टरपंथी परिवर्तन देखा। २००३ में एक साक्षात्कार में, उन्होंने कहा कि वहाँ विशेष रूप से महिलाओं की दशा बदतर थी। महिलाओं को परिवार के सदस्यों के अलावा अन्य लोगों के साथ बात करने से प्रतिबंधित कर दिया गया था। उन्हें घर से बाहर जाने की अनुमति नहीं थी। स्कूलों, कॉलेजों और अस्पतालों को बंद कर दिया गया था। तालिबानियों ने मई १९९५ में उनका क्लिनिक देख लिया जिसके बाद उन्होंने बनर्जी को बुरी तरह से पीटा।

बनर्जी ने अफगानिस्तान से पलायन करने के लिए दो निष्फल प्रयास किये। उन्हें पकड़ लिया गया और गाँव में नजरबंद कर दिया गया। उनके विरुद्ध एक फतवा जारी किया गया और उनकी मृत्यु का दिन 22 जुलाई 1995 रखा गया। गाँव के मुखिया की सहायता से वो गाँव से भाग गई, इसके लिए उन्होंने एके-४७ रायफल की सहायता से तीन तालिबानी लोगों की हत्या भी की। उन्होंने काबुल पहुँचकर १२ अगस्त १९९५ को कोलकाता के लिए हवाई जहाँज पकड़ी।

वो 2013 तक भारत में रहीं और कई पुस्तकें प्रकाशित कीं। अपनी अफगानिस्तान वापसी पर उन्होंने अफगानिस्तान के दक्षिण-पूर्वी प्रान्त पकतिका में स्वास्थ्य कार्यकर्त्ता के रूप में कार्य किया तथा स्थानीय महिलाओं के जीवन फिल्मांकन शुरू किया।

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