एचएलए (HLA) के लिये नामावली की दो समानांतर प्रणालियां उपलब्ध हैं। पहली और सबसे पुरानी प्रणाली सीरमवैज्ञानिक (प्रतिरक्षी पर आधारित) पहचान पर आधारित है। इस प्रणाली में प्रतिजनों को अंततः अक्षर और संख्याएं दी गईं.(उदाहरण के लिए, एचएलए (HLA)-बी27 (B27) या संक्षेप में, बी27 (B27)). एक समानांतर प्रणाली का विकास किया गया, जिससे युग्मविकल्पियों की अधिक सुघड़ परिभाषा संभव हुई, 
इस प्रणाली में एचएलए (HLA) को एक अक्षर* और चार या अधिक अंकों वाली संख्या के साथ (उदाहरण के लिए, एचएलए (HLA)-बी*0801, ए*68011, ए*240201एन एन=शून्य) प्रयोग किया जाता है, जिससे किसी दिये गए एचएलए (HLA) स्थल पर विशिष्ट युग्मविकल्पी का नामकरण किया जा सके. एचएलए (HLA) स्थल को आगे एमएचसी (MHC) वर्ग I और एमएचसी (MHC) वर्ग II (या विरल रूप से, डी स्थल) में वर्गीकृत किया जा सकता है। हर दो वर्षों पर शोधकर्ताओं को युग्मविकल्पियों के प्रति सीरोवर्गों को समझने में मदद करने के लिये 
एक नामावली प्रस्तुत की जाती है।

अनुक्रम फ़ीचर संस्करण प्रकार (SFVT)
सीरोवर्ग और युग्मविकल्पियों के नाम
बीमार भाई बहन के लिए एचएलए (HLA) मिलान
एचएलए (HLA) प्रकारों का परीक्षण