ब्रिटिश बंगाल प्रशासनिक कारणों से विभाजित था। नए प्रांत में मुस्लिम बहुमत था। बर्खास्त बंगाली हिंदुओं ने इस कदम के खिलाफ आंदोलन किया, राजनीतिक आतंकवाद उनके आंदोलन की विशेषता है। हिंदू व्यवहार से परेशान मुस्लिम नेतृत्व ने नए प्रांत में सुरक्षा की मांग की। मुस्लिम लीग का गठन विभाजन का सबसे महत्वपूर्ण परिणाम था। मुस्लिम हितों की रक्षा के लिए इसकी स्थापना १९०६ में ढाका में मुस्लिम अभिजात वर्ग द्वारा की गई थी। लीग ने १९०६ में लॉर्ड मिंटो को एक प्रतिनियुक्ति भेजी, जिसमें मुसलमानों के लिए उनके राजनीतिक महत्व को दर्शाते हुए संसदीय प्रतिनिधित्व मांगा गया। [१०२] १९०९ में मिंटो-मॉर्ले रिफॉर्म्स ने पृथक निर्वाचन प्रणाली की शुरुआत की, जिसमें मुसलमानों के लिए सीटें आरक्षित थीं। 

1919 में प्रमुख उलमा ने ऑटोमन खिलाफत का बचाव करने का अभियान चलाया। वे गांधी द्वारा समर्थित थे, आंशिक रूप से सिद्धांत से बाहर और आंशिक रूप से ब्रिटिश अधिकार का समर्थन करने के लिए मुसलमानों के पुन: उपयोग को रोकने के लिए। गांधीजी को १९२४ में कारावास से रिहा करने के समय तक हिंदू मुस्लिम संबंध बिगड़ गए थे। जिन्ना , एक बार हिंदू-मुस्लिम एकता के राजदूत और कांग्रेस और मुस्लिम लीग दोनों के सदस्य अलग-थलग महसूस करते थे और कांग्रेस द्वारा अवांछित थे। जबकि लंदन में उन्होंने रहमत अली के पाकिस्तान नामक मुस्लिम राज्य के प्रस्ताव का सामना किया और अस्वीकार कर दिया। 

वह भारत लौट आया और 1936 के चुनावों में मुस्लिम लीग ने केवल एक चौथाई मुस्लिम वोट, कांग्रेस ने 6 प्रतिशत जबकि शेष 69 प्रतिशत मुस्लिम बहुमत वाले प्रांतों में क्षेत्रीय दलों द्वारा जीते। परिणामों ने प्रदर्शित किया कि न तो लीग और न ही कांग्रेस ने मुसलमानों का प्रतिनिधित्व किया, जिनकी राजनीति प्रांतीय रूप से उन्मुख थी। जिन्ना ने मुस्लिम बाहुल्य प्रांतों की ओर ध्यान आकर्षित किया और १९४० में लाहौर में एक मुस्लिम लीग सत्र में एक अलग मुस्लिम राज्य का प्रस्ताव रखा। 

लाहौर के प्रस्ताव के आगामी वर्षों में जिन्ना और लीग की शक्ति धीरे-धीरे समेकित हो गई। द्वितीय विश्व युद्ध के अंत तक लीग एक जन आंदोलन था [११४] और १ ९ ४५-१९ ४६ के चुनावों में पूरी तरह से पाकिस्तान अभियान पर चला गया। यह विजयी रहा और अधिकांश प्रांतीय और सभी केंद्रीय मुस्लिम सीटों पर जीत हासिल की; बंगाल में मुस्लिम सीटों और मुस्लिम अल्पसंख्यक प्रांतों और पंजाब में बहुलता से बहुमत हासिल करना। कई मध्यम वर्ग के मुसलमानों ने लीग को हिंदू प्रतिस्पर्धा से बचने के लिए वोट दिया था, जबकि अन्य ने इस्लामी कानून और नैतिक अधिकार के बारे में महत्वाकांक्षाओं के लिए मतदान किया था। कुछ उलमा, जिनमें देवबंदी भी शामिल हैं, ने इस्लाम के कानून के तहत पाकिस्तान की मांग का समर्थन किया।

चुनाव जीत के बाद जिन्ना को कांग्रेस और अंग्रेजों से बातचीत करने के लिए एक मजबूत हाथ मिला था। ब्रिटिश कैबिनेट मिशन ने भारतीय संघ के लिए सरकार का तीन-स्तरीय रूप प्रस्तावित किया। प्रभावी रूप से, संघ के पास एक ढीले महासंघ के अंदर दो बड़े अर्ध-स्वायत्त क्षेत्र होंगे। लीग और कांग्रेस दोनों ने योजना को स्वीकार किया लेकिन १० जुलाई को नेहरू ने प्रांतीय समूहों की धारणा को जन्म दिया जिसमें योजना शामिल थी। गतिरोध को तोड़ने के लिए ब्रिटिश प्रधानमंत्री ने अंतिम वायसराय लॉर्ड माउंटबेटन को भेजा। अंतरिम सरकार में संघ के साथ सत्ता साझा करने से निराश कांग्रेस पंजाब और बंगाल के विभाजन के लिए सहमत हो गई। माउंटबेटन ने २ जून १९४७ को भारतीय नेतृत्व को विभाजन योजना प्रस्तुत की। जिन्ना के लिए यह एक कड़वी गोली थी और लीग के नेताओं के लिए एक निराशा थी जो उन्हें पूरे छह प्रांतों को नहीं देने के लिए ब्रिटिश और कांग्रेस के साथ थे।

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