चिहुआहुआ का इतिहास संदिग्ध है और इस नस्ल की उत्पत्ति को लेकर कई सिद्धांत व्याप्त हैं। चिहुआहुआ का उपयोग पवित्र अनुष्ठान में किया जाता था क्योंकि पूर्व-कोलमबियाई इंडियन देशों में इन्हें पवित्र माना जाता था। वे उच्च वर्ग के बीच भी लोकप्रिय पालतू पशु थे। इस नस्ल का नाम मैक्सिकी राज्य चिहुआहुआ के आधार पर पड़ा, जहां इस नस्ल के पहले नमूनों की खोज की गई थी।

कुछ इतिहासकारों का मानना है कि चिहुआहुआ, भूमध्य के माल्टा द्वीप से आया है। इस सिद्धांत के और अधिक सबूत छोटे कुत्ते के यूरोपीय चित्रों में निहित हैं जो चिहुआहुआ के सदृश दिखते हैं। एक सबसे प्रसिद्ध चित्र सिस्टिन चैपल में सांड्रो बोटीसेली द्वारा 1482 में बनाया फ्रेस्को है। सीन्स फ्रॉम द लाइफ ऑफ़ मोज़ेस नाम की इस पेंटिंग में, एक महिला को दो छोटे कुत्ते लिए हुए दर्शाया गया है, जिनके सर गोल, आंखें बड़ी-बड़ी, बड़े कान और अन्य विशेषताएं हैं जो चिहुआहुआ के समान है। यह पेंटिंग कोलंबस के नई दुनिया से लौटेने के दस वर्ष पहले समाप्त हो चुकी थी। बोटिसेली के लिए एक मैक्सिकन कुत्ता देखना असंभव था, फिर भी उसने एक ऐसा जानवर बनाया जो आश्चर्यजनक रूप से चिहुआहुआ के समान था।

एक अन्य सिद्धांत के अनुसार चिहुआहुआ को 200 साल पहले चीन से मेक्सिको लाया गया था। इस सिद्धांत के समर्थकों का मानना है कि चीनियों को बौने पौधों और जानवरों के लिए जाना जाता था और जब अमीर चीनी व्यापारी मैक्सिको गए, तो वे अपने साथ चिहुआहुआ ले आए। 
एजटेक के पास "टेचीची" नाम का एक छोटा कुत्ता था; लेकिन चिहुआहुआ का माइटोकोल्ड्रियल डीएनए विश्लेषण यह बताता है कि इसकी उत्पत्ति प्राचीन दुनिया की है, जैसे कि एक यूरोपीय टॉय डॉग से. माइटोकोल्ड्रियल डीएनए विश्लेषण केवल यह देखता है कि माता से विरासत में क्या मिला है; इसलिए "टेचीची", चिहुआहुआ के जनक हो सकते हैं। 

लोककथाओं और पुरातात्विक साक्ष्यों, दोनों से यह प्रदर्शित होता है कि यह नस्ल मेक्सिको में उत्पन्न हुई। सबसे सामान्य सिद्धांत और सबसे अधिक संभावना यह है कि चिहुआहुआ, "टेचीची", मेक्सिको में टोल्टेक सभ्यता द्वारा पसंद किया जाने वाला एक साथी कुत्ता, के वंशज हैं।

ऐतिहासिक रिकॉर्ड से संकेत मिलता है कि "टेचीची" झुण्ड में शिकार करते थे। उनके इतिहास का पता सिर्फ नौवीं सताब्दी से लगता है लेकिन इस बात की काफी संभावना है कि ये चिहुआहुआ के देशी मैक्सिकन पूर्वज हैं . इस बात का सबूत यह है कि इनसे काफी समानता रखने वाले कुत्ते लेकिन जो औसत चिहुआहुआ से थोड़े बड़े हैं उनके अवशेष को चोलुला के महान पिरामिड जैसे स्थानों में पाया गया है, जिनका समयकाल दूसरी शताब्दी ईसा पूर्व है और 16वीं शताब्दी से काफी पहले है। ऐसे भी सबूत हैं जिनसे पता चलता है कि "टेचीची", माया से पहले के हो सकते हैं। 

टोल्टेक पर एज़्टेक द्वारा विजय प्राप्त कर ली गई, जिनका मानना था कि "टेचीची" में रहस्यमय शक्तियां होती हैं। आकार के संदर्भ में, मौजूदा चिहुआहुआ, अपने पूर्वजों की तुलना में काफी छोटा है, एक बदलाव जिसे छोटे चीनी कुत्तों, जैसे कलगी वाला चीनी कुत्ता, के स्पेनिश द्वारा दक्षिण अमेरिका में परिचय के कारण हुआ बदलाव माना जाता है।

इस नस्ल के एक जनक को 1850 में चिहुआहुआ के मैक्सिकन राज्य में, जिसके आधार पर इसका नाम पड़ा, कासस ग्रांडेस के निकट एक प्राचीन खंडहर में पाया गया था। इस राज्य की सीमाएं संयुक्त राज्य अमेरिका, में टेक्सास, एरिजोना और न्यू मैक्सिको से मिलती हैं जहां चिहुआहुआ पहली बार प्रसिद्ध हुआ और आगे और विकसित हुआ। उस समय के बाद से, चिहुआहुआ लगातार एक लोकप्रिय नस्ल के रूप में बना हुआ है, विशेष रूप से अमेरिका में जबसे इसे अमेरिकी केनेल क्लब द्वारा 1904 में पहचाना गया। आनुवंशिक परीक्षणों के आधार पर चिहुआहुआ को अन्य आधुनिक नस्लों के साथ 1800 की सदी में रखा जाता है।

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