यदि जीएम तकनीकी सब्जियों और अन्य कृषि उत्पादों की बेहतरी के लिए इस्तेमाल में लाई जाती है तो सवाल उठता है कि इन फसलों का विरोध क्यों हो रहा है? दरअसल शुरू से सभी जीएम फसलों का विरोध होता आया है। जीएम फसलों के पक्ष और विपक्ष में कई तर्क दिए गए हैं। कई शोध कहते हैं कि फसलों में आ पहुंचने वाला बॉलवर्म जीवाणु रक्षा के लिए छोड़े गए जीन का तोड़ हासिल कर रहा है। अन्य शोधों में पता चला है कि पौधों पर कई और जीवाणु भी हमला करते हैं। कई लोगों का कहना है कि जीएम फसलों की पैदावार आम फसलों से अधिक है, तो कई अन्य इसके विपरीत आंकड़े पेश करते हैं।

भारत में इससे पूर्व जीएम राइस जैसी फसलों पर प्रयोग हो चुके हैं जिसमें प्रोटीन की अधिक मात्र मौजूद रहती है। इससे पूर्व देश में फसलों के हाइब्रिडाइजेशन भारतीय परिवेश के लिहाज से सही साबित नहीं हुए थे। जिस कारण महाराष्ट्र, आंध्रप्रदेश और कई अन्य हिस्सों में फसलों को नुकसान पहुंचा था और किसानों द्वारा कर्ज के बोझ के कारण आत्महत्याएं करने का एक बड़ा कारण यह भी रहा है।

जीएम फसलों से जुड़े उत्पादन संबंधी विषय भी हैं। साथ ही इससे जुड़े स्वास्थ्य और पर्यावरण मुद्दे भी हैं जिन पर विवाद जारी हैं। जीएम फसलों की लगातार जांच जारी है ताकि इससे जुड़ी एलर्जी आदि का पता चल सके। अभी तक कुछ ही मामलों में जीन ट्रांसफर समस्या का पता चल सका है। पर्यावरण पुरोधाओं का डर है कि निषेचित जीन अपने कार्य से इतर कार्रवाई कर सकता है जिस कारण अन्य पौधों को भी नुकसान पहुंचने का खतरा बना हुआ है। कुछ शोधों में ऐसा होता हुआ पाया भी गया है, लेकिन इसके मानव और पौधों के स्वास्थ्य पर पड़ने वाले दूरगामी असर के बारे में अभी तक बाकायदा तरीके से विमर्श सामने नहीं आया है और इसी कारण पर्यावरण विशेषज्ञों की ओर से सवाल अभी तक कायम है।

भारतीय संदर्भ
विवाद
अभी हाल में
लाभ-हानि