कुछ लोगों में स्वप्रतिरक्षी रोग होने की जननिक रूप से अतिसंवेदनशीलता होती है। यह अतिसंवेदनशीलता कई जीनों और अन्य जोखम कारकों से संबंध रखती है। जननिक रूप से संवेदनशील लोगों में स्वप्रतिरक्षी रोग सदैव ही विकसित नहीं होते हैं।

कई स्वप्रतिरक्षी रोगों में जीनों के तीन मुख्य सेट होने का संदेह है। ये जीनें निम्न से संबंधित हैं:

पहले दो, जो प्रतिजनों की पहचान में भाग लेते हैं, सहज रूप से परिवर्तनशील और पुनर्संयोजन के प्रति संवेदनशील होते हैं। ये परिवर्तन प्रतिरक्षी तंत्र को अत्यंत विविध प्रकार के आक्रामकों के प्रति प्रतिक्रिया करने की क्षमता प्रदान करते हैं, किंतु साथ ही स्व-प्रतिक्रिया करने की क्षमता वाली लसीकाकोशिकाएं भी उत्पन्न कर सकते हैं। 

एच. मैकडीविट, जी. नेपोम, जे. बेल और जे. टॉड जैसे वैज्ञानिकों ने यह जताने के लिये मजबूत सबूत उपलब्ध कराए हैं कि कतिपय एमएचसी वर्ग II ऐलोवर्ग निम्न से बलपूर्वक संबंधित हैं

एमएचसी (MHC) वर्ग 1 अणुओं के साथ कम ही संबंध पाए जाते हैं। सबसे उल्लेखनीय और सतत संबंध एचएलए बी27 और अचलताकारक कशेरूकाशोथ के बीच है। वर्ग II एमएचसी (MHC) प्रोत्साहकों की बहुरूपताओं और स्वप्रतिरक्षी रोग के बीच संबंध हो सकते हैं।

एमएचसी समूह के बाहर जीनों का योगदान रोग के पशु माडलों (एनओडी (NOD) मूषक में मधुमेह पर लिंडा विकर के विस्तृत जननिक अध्ययन) और रोगियों (ब्रियन कॉटज़िन का एसएलई (SLE) के प्रति अतिसंवेदनशीलता का कड़ी विश्लेषण) में शोध का विषय है।

वर्गीकरण
जननिक कारक
लिंग
पर्यावरणीय कारक