भारतीय नौसेना अकादमी रेल और सड़क मार्ग से बहुत अच्छी तरह से जुड़ी हुई है। यहां का जो सबसे नजदीकी रेलवे स्टेशन पैय्यानूर है वो नौसेना के बेस से 12 किलोमीटर दूर स्थित है। पैय्यानूर मैंगलोर और कन्नूर के बीच राष्ट्रीय राजमार्ग 17 पर स्थित है। कोंकण रेलवे के माध्यम से ब्रॉडगेज रेलवे लाइन पैय्यानूर को मुंबई और पश्चिमी, मध्य और उत्तरी भारत के प्रमुख शहरों से जोड़ती है। ब्रॉड गेज रेल नेटवर्क पैय्यानूर को चेन्नई और पूर्वी भारत (चेन्नई के माध्यम से) और दक्षिण भारत (पालाक्कड़ के माध्यम से) के प्रमुख शहरों से भी जोड़ता है। निकटतम हवाई अड्डा मैंगलोर में स्थित है जो आईएनएस जैमोरिन से करीब 150 किलोमीटर दूर है। आईएनएस जैमोरिन से पैय्यानूर और कन्नूर के लिए नियमित बस सेवा भी है।
आईएनए से निकटतम रेलवे स्टेशन पैय्यानूर है। पैय्यानूर स्टेशन निम्न प्रकार से पहुंचा जा सकता है। :-

(क) रेल – राजधानी एक्सप्रेस को छोड़कर कोंकण रेलवे रूट पर चलने वाली सभी ट्रेनें (दिल्ली-तिरुवनंतपुरम के बीच चलने वाली ट्रेनें), संपर्क क्रांति एक्सप्रेस (चंडीगढ़ और तिरुवनंतपुरम के बीच चलने वाली), जोधपुर एक्सप्रेस (जोधपुर-तिरुवनंतपुरम के बीच चलने वाली) और जयपुर मारू सागर एक्सप्रेस (जयपुर-एर्नाकुलम के बीच चलने वाली) पैय्यानूर में रुकती है। कुछ मामलों में उपरोक्त ट्रेनें पैय्यानूर को छोड़कर पास के स्टेशन कन्नूर में रुकती है।

(ख) सड़क – राष्ट्रीय राजमार्ग 17 पैय्यानूर को कन्नूर और मैंगलोर से जोड़ता है। पैय्यानूर से नियमित रूप से कन्नूर और मैंगलोर को जोड़ने वाली राज्य सरकार और निजी बस सेवा संचालित होती हैं। बस से पहुंचने पर पैय्यानूर बस अड्डे पर उतर जाइए (पैय्यानूर शहर के अंदर स्थित है, जो रेलवे स्टेशन से चार किलोमीरट दूर है).

(ग) हवाई मार्ग – पैय्यानूर में हवाई अड्डा नहीं है। यहां से सबसे नजदीक हवाई अड्डा मैंगलोर में स्थित है जो भारतीय नौसेना अकादमी से 150 किलोमीटर दूर स्थित है। इंडियन एयरलाइंस और जेट एयरवेज की मैंगलोर से आने और जाने की सेवाएं संचालित करते हैं। अन्य हवाई अड्डा कोझिकोड (कालीकट) में स्थित है जो पैय्यानूर से 145 किलोमीटर दूर है। मैंगलोर और कोझिकोड दोनों ही पैय्यानूर से रेल और सड़क मार्ग बहुत अच्छी तरह से जुड़ा हुआ है। हालांकि मैट्टनूर में एक नया हवाई अड्डा प्रस्तावित है (कन्नूर शहर से करीब 25 किलोमीटर दूर है).

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