हालाँकि उन्हें मान्यता काफी देर से मिली, लेकिन उन्होंने कई मानद डॉक्टरेट और कई पुरस्कार प्राप्त किए। सबसे पहले 1953 में "जोय गोबिन्दा लॉ स्वर्ण पदक" था, जिसे एशिएटिक सोसायटी ऑफ बंगाल द्वारा दिया गया और यह पुरस्कार सुंदर लाल होरा (1970 में इंडियन नेशनल साइंस अकादमी के सुंदर लाल होरा मेमोरियल मेडल प्राप्त किया था) द्वारा उनके काम के मूल्यांकन के आधार पर दिया गया था। उन्हें अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय (1958), दिल्ली विश्वविद्यालय (1973) और आंध्र विश्वविद्यालय (1978) से मानद डॉक्टरेट प्राप्त हुई। 1967 में वे ऐसे पहले गैर-ब्रिटिश नागरिक बने जिन्होंने ब्रिटिश ओर्निथोलोजिस्ट यूनियन का स्वर्ण पदक हासिल किया। इसी वर्ष में, उन्होंने $100,000 राशी वाली जे॰ पॉल गेट्टी वाइल्डलाइफ कंजरवेशन पुरस्कार जीता, जिसका इस्तेमाल उन्होंने सालिम अली नेचर कंजरवेशन फंड के कोष का निर्माण के लिए किया। 1969 में उन्होंने प्रकृति और प्राकृतिक संसाधनों के संरक्षण के अंतर्राष्ट्रीय संघ के लिए सी॰ फिलिप्स स्मारक पदक प्राप्त किया। 1973 में यू॰एस॰एस॰आर॰ अकादमी ऑफ मेडिकल साइंस ने उन्हें पावलोवस्की सैनेटेनरी मेमोरियल मेडल प्रदान किया और इसी वर्ष में ही नीदरलैंड की प्रिंस बर्नहार्ड द्वारा उन्हें नीदरलैंड के ऑर्डर ऑफ द गोल्डेन आर्क का कमांडर बनाया गया था। भारत सरकार ने 1958 में उन्हें "पद्म भूषण" और 1976 में "पद्म विभूषण" पुरस्कार से नवाजा। 1985 में उन्हें राज्यसभा के लिए मनोनीत किया गया था।

लम्बे समय से प्रोस्टेट कैंसर से जूझ रहे 91 वर्षीय सालिम अली का 1987 में निधन हुआ। 1990 में, भारत सरकार द्वारा कोयंबटूर में सालिम अली सेंटर फॉर ओर्निथोलोजी एंड नेचुरल हिस्टरी (SACON) को स्थापित किया गया। पांडिचेरी विश्वविद्यालय ने सालिम अली स्कूल ऑफ इकोलॉजी और एनवायरनमेंटल साइंसेस की स्थापना की। गोवा सरकार ने सालिम अली बर्ड सेंचुरी की स्थापना की और केरल में वेम्बानाड के करीब थाटाकड पक्षी अभयारण्य भी उन्हीं के नाम पर है। बंबई में बी॰एन॰एच॰एस॰ के स्थान का पुनः नामकरण करते हुए "डॉ सालिम अली चौक" किया गया। 1972 में, किट्टी थोंग्लोंग्या ने बी॰एन॰एच॰एस॰ के संग्रह में गलत नमूनों को पहचाना और एक नए प्रजाति का वर्णन किया जिसे वे "लेटिडेंस सलिमली" कहते थे, जिसे दुनिया का सबसे विरला चमगादड़ और जीनस "लेटिडेंस" की एकमात्र प्रजाति माना गया। व्हिस्लर और अबडुलाली क्रमशः रॉक बुश क्वेली (पर्डिकुला अर्गोनडाह सलिमली) की उप-प्रजाति और फिन्ल विवर (प्लोसिअस मेगार्चुस सलिमली) पूर्वोत्तर जनसंख्या का नाम भी उनके नाम पर रखा गया। व्हिस्लर और किनियर द्वारा ब्लैक-रम्प्ड फ्लैमबैक वुडपेकर ("डिनोपिएम बेंघालेंस तहमिने") की एक उप-प्रजाति का नाम उनकी पत्नी की मृत्यु के बाद रखा गया।

व्यक्तिगत विचार
प्रारंभिक जीवन
अन्य योगदान
सम्मान और स्मारक