भारतीय वायुसेना ने 1960 में महत्वपूर्ण संघर्ष देखा जब कौंगो पर बेल्जियम का 75 सालों का राज अचानक खत्म हो गया और देश को बड़े पैमाने पर हिंसा और विद्रोह ने निगल लिया। भारतीय वायुसेना ने अपने पांचवें स्कवॉड्रन, जो इंगलिश इलेक्ट्रिक कैनबेरा विमानों का दस्ता था, को संयुक्त राष्ट्र के कौंगो अभियान में सहायता देने के मकसद से रवाना कर दिया। स्क्वाड्रन ने नवंबर में परिचालन मिशन के उपक्रम शुरू कर दिए। 1966 में संयुक्त राष्ट्र का अभियान खत्म होने तक स्क्वाड्रन वहां टिका रहा। लिओपोल्डविल और कमिना से कार्य करते हुए कैनबेरा विमानो ने जल्द ही विद्रोही वायुसेना को नेस्तानाबूद कर दिया और संयुक्त राष्ट्र के ज़मीनी दस्ते का एक मात्र हवाई सहारा बन गए।

1961 के अंत में सालों से चली आ रही बातचीत के बाद भारतीय सरकार ने पुर्तगालियों को गोवा व आस पास के इलाकों से खदेडने के लिए सशस्त्र बलों को तैनात करने का निर्णय लिया। ऑपरेशन विजय के तहत भारतीय वायुसेना को ज़मीनी दल को सहायता प्रदान करने के लिए अनुरोध किया गया। 8 से 18 दिसम्बर के बीच पुर्तगाली वायुसेना को बाहर निकालने के उद्देश्य से कुछ फाइटर्स और बमवर्षक विमानों द्वारा जांच उड़ानों भरी गई पर इसका कोई असर नहीं हुआ। 18 दिसम्बर को कैनबेरा बमवर्षको ने डाबोलिम हवाई पट्टी पर बमबारी की परन्तु इस बात का विशेष ध्यान रखा कि टर्मिनल व एटीसी टॉवर को बर्बाद ना किया जाए। दो पुर्तगाली यातायात विमान (सुपर कॉस्टिलेशन व डीसी-6) को अकेला छोड़ दिया गया ताकि उन पर कब्ज़ा किया जा सके परन्तु पुर्तगाली पायलट उन्हे क्षतिग्रस्त हवाई पट्टी से उडा ले जाने में सफल हुए जिसके ज़रिये वे पुर्तगाल भाग निकले। हंटर विमानो ने बाम्बोलिम में वायरलेस स्टेशन पर हमला किया व वैम्पायर विमानो द्वारा ज़मीनी दस्तों को सहायता प्रदान की गई। दमन में मैस्टर विमानो द्वारा पुर्तगाली बंदूक पदों पर हमला किया गया। औरागन्स (जिसे भारतीय वायुसेना में तुफानिज़ कहा जाता है) ने दीव में रनवे पर बमबारी की और नियंत्रण टावर, वायरलेस स्टेशन और मौसम स्टेशन नष्ट कर दिए।

प्रशासनिक शाखा
कौंगो युद्ध व गोवा मुक्ती संग्राम (१९६०-१९६१)
विमान का उत्पादन (Aircraft Production)
सीमा विवाद व वायुसेना में बदलाव (१९६२-१९७१)