हेमोडायलिसिस में अक्सर द्रव निष्कासन शामिल होता है (अल्ट्राफिल्ट्रेशन के माध्यम से) क्योंकि वृक्क विफलता वाले अधिकांश रोगियों में मूत्र त्याग बहुत न्यून या नहीं होता है। द्रव को बहुत ज्यादा निकालने ओर/या बहुत जल्दी निकालने से होने वाले पक्ष प्रभाव में शामिल है न्यून रक्तचाप, थकान, सीने में दर्द, पाद-ऐंठन, मतली और सिर दर्द. ये लक्षण उपचार के दौरान पाए जा सकते हैं और इलाज के बाद तक बचे रह सकते हैं, उन्हें कभी-कभी सामूहिक रूप से डायलिसिस हैंगओवर या डायलिसिस वाशआउट के रूप में संदर्भित किया जाता है। इन लक्षणों की गंभीरता आमतौर पर द्रव निष्कासन की मात्रा और गति के अनुपात में होती है। हालांकि, द्रव निष्कासन की दी गई मात्रा या दर व्यक्ति और दिन के आधार पर भिन्न होती है। इन दुष्प्रभावों से बचा जा सकता है और/या उनकी गंभीरता को उपचार के बीच में तरल पदार्थ का सेवन करते हुए सीमित किए जा सकता है या डायलिसिस के खुराक को बढ़ाते हुए कम किया जा सकता है, उदाहरण के लिए, प्रति सप्ताह मानक तीन बार, प्रति उपचार 3-4 घंटे की तुलना में प्रति उपचार अधिक बार या अधिक लम्बे समय तक डायलिसिस करना।

चूंकि हेमोडायलिसिस के लिए रक्तवाहिनी प्रणाली की आवश्यकता होती है, हेमोडायलिसिस से गुजरने वाले रोगियों की रक्तसंचार प्रणाली रोगाणुओं के लिए खुल सकती है, जिससे रोगाणुता हो सकती है, एक संक्रमण जो हृदय वाल्व को प्रभावित करता है (अन्तर्ह्रद्कलाशोथ) या एक संक्रमण जो हड्डियों (अस्थिमज्जा प्रदाह) को प्रभावित करता है। संक्रमण का खतरा, इस्तेमाल के प्रकार (नीचे देखें) पर निर्भर करते हुए भिन्न होता है। रक्तस्राव भी हो सकता है, एक बार फिर इस्तेमाल के प्रकार पर निर्भर करते हुए जोखिम अलग-अलग होता है। संक्रमण को संक्रमण नियंत्रण की सर्वश्रेष्ठ प्रथाओं का कड़ाई से पालन करते हुए कम किया जा सकता है।

हेपरिन, हेमोडायलिसिस में सबसे आम रूप से इस्तेमाल किया जाने वाला थक्कारोधी है, क्योंकि आम तौर पर इसे अच्छी तरह सहन किया जाता है और प्रोटामिन सल्फेट के साथ इसे तुरंत पलटा जा सकता है। हेपरिन एलर्जी कभी-कभी एक समस्या हो सकती है और न्यून प्लेटलेट गणना को प्रेरित कर सकती है। ऐसे रोगियों में, वैकल्पिक थक्कारोधी का इस्तेमाल किया जा सकता है। रक्तस्राव के उच्च जोखिम वाले रोगियों में, डायलिसिस को एंटिकोगुलेशन के बिना किया जा सकता है।

प्रथम प्रयोग लक्षण, कृत्रिम गुर्दा के लिए एक दुर्लभ लेकिन गंभीर तीव्रगाहिता संबंधी प्रतिक्रिया है। इसके लक्षण में है छींकना, घरघराहट, श्वासल्पता, पीठ दर्द, सीने में दर्द, या अचानक मौत. यह कृत्रिम गुर्दे में अवशिष्ट विसंक्रामक के कारण या स्वयं झिल्ली की सामग्री की वजह से हो सकता है। हाल के वर्षों में, रासायनिक विसंक्रामक के बजाय गामा विकिरण, भाप विसंक्रमण, या इलेक्ट्रॉन बीम विकिरण के इस्तेमाल से और उच्च जैव-अनुकूलता वाली अर्ध-पारगम्य झिल्ली के विकास से प्रथम प्रयोग लक्षण की घटना में कमी आई है। प्रसंस्करण के नए तरीकों को जो डायलिसिस के पूर्व के स्वीकार्य घटक हैं, उन पर हमेशा गौर किया जाना चाहिए। उदाहरण के लिए, 2008 में, प्रथम प्रयोग प्रकार या प्रतिक्रियाएं, जिसमें शामिल थी रोगी की मौत जो अति सल्फेट वाले कॉनड्रोइटिन सल्फेट की निर्माण प्रक्रिया के दौरान हेपरिन संक्रमण से हुई थी। 

हेमोडायलिसिस की दीर्घकालिक जटिलताओं में शामिल है एमाइलॉयडोसिस, न्युरोपैथी और विभिन्न हृदय रोग. उपचार की आवृत्ति और लंबाई बढ़ाने से देखा गया है कि द्रव अधिभार में सुधार और हृदय वृद्धि होती है, जिसे ऐसे रोगियों में आम रूप से देखा गया है। 

विभिन्न प्रकार के हेमोडायलिसिस से जुडी विशिष्ट जटिलताओं को नीचे सूचीबद्ध किया गया है।

नुस्खा
रात्रीकालीन हेमोडायलिसिस
दुष्प्रभाव और जटिलताएं
झिल्ली प्रवाह और परिणाम