चूंकि एक्यूपंक्चर सुई त्वचा को छेदते हैं, एक्यूपंक्चर के कई रूप आक्रामक प्रक्रियाएं हैं और इसलिए जोखिम के बिना नहीं है। प्रशिक्षित चिकित्सकों द्वारा इलाज किए जाने वाले मरीज़ों में घाव दुर्लभ हैं। अधिकांश अधिकार-क्षेत्रों में क़ानून के अनुसार, सुइयों का रोगाणुरहित होना, फेकने और केवल एक बार इस्तेमाल योग्य होना ज़रूरी है; कुछ स्थानों में, सुइयों को दुबारा इस्तेमाल में लाया जा सकता है यदि उन्हें पहले पुनर्रोगाणुहीन किया जाए, "उदा." एक आटोक्लेव में। जब सुई दूषित हों, किसी भी प्रकार की सुई के पुनः उपयोग के समान, जीवाण्विक और अन्य रक्त-वाहक संक्रमण का जोखिम बढ़ जाता है।

जापानी एक्यूपंक्चर की कई शैलियों में "असन्निविष्ट सुई चुभाने" की प्रक्रिया का इस्तेमाल किया जाता है, जो पूर्णतः ग़ैर-आक्रामक प्रक्रिया है। सुई न चुभाए जाने वाली प्रक्रिया में सुई को त्वचा के निकट लाया जाता है, लेकिन कभी छेदा नहीं जाता है और शिरोबिंदु के साथ छेदने या स्पर्श करने के लिए कई विभिन्न अन्य एक्यूपंक्चर उपकरणों का उपयोग किया जाता है। इन शैलियों के उल्लेखनीय उदाहरण हैं तोयोहारी और बाल चिकित्सा एक्यूपंक्चर शैली शोनिशिन।

अध्ययन रुपरेखा के मुद्दे
सुरक्षा और जोखिम
न्यूरोइमेजिंग अध्ययन
विश्व स्वास्थ्य संगठन द्वारा प्रकाशित रिपोर्ट में एक्यूपंक्चर चिकित्सक का दावा