वानूआतू लगभग 82 अपेक्षाकृत छोटे, ज्वालामुखीय मूल के भौगोलिक रूप से नए द्वीपों का एक द्वीपसमूह है (जिनमें से 65 द्वीप बसे हुए हैं), जिसके सबसे बाहरी द्वीपों के बीच उत्तर से दक्षिण के बीच की दूरी लगभग है। इनमें से दो द्वीपों (मैथ्यू और हंटर) पर न्यू कैलेडोनिया का फ्रांसीसी विदेश विभाग भी अपना दावा करता है। वानूआतू द्वीप समूह के चौदह द्वीपों की सतह का क्षेत्रफल 100 वर्ग कि॰मी॰ (39 वर्ग मील) से अधिक है।

सबसे बड़े से सबसे छोटे तक इनके नाम हैं, एस्पिरिटू सैंटो (Espiritu Santo), मालाकुला (Malakula), एफ़ाटे (Efate), एरोमैंगो (Erromango), एम्ब्रिम (Ambrym), तन्ना (tanna), पेंटेकोस्ट (Pentecost), एपी (epi), आंबे (Ambae) या आओबा (Aoba), वनुआ लावा (Vanua lava), गौआ (Gaua), माएवो (Maewo), मालो (Malo) और एनाटोम (Anatom) या एनीटियम (Aneityum).
देश के सबसे बड़े शहर एफ़ाटे पर स्थित राजधानी पोर्ट विला और एस्पिरिटू सैंटो पर स्थित लुगानविले हैं। वानूआतू का उच्चतम बिंदु एस्पिरिटू सैंटो द्वीप पर पर स्थित माउंट ताबवेमासना है।

वानूआतू का कुल क्षेत्र (मोटे तौर पर ) है, जिसका भूमि क्षेत्र बहुत कम है (मोटे तौर पर ); ज़्यादातर द्वीप तेज़ ढलान वाले हैं, जिनकी मिट्टी अस्थिर है और इनमे स्थाई ताज़े मीठे पानी की काफी कमी है। एक अनुमान (2005) के मुताबिक़ केवल 9% भूमि का कृषि के लिए प्रयोग किया जाता है (7% स्थायी फसलें, 2% कृषि योग्य भूमि). तट रेखा आमतौर पर चट्टानी है जो किनारों वाली शैलभित्तियों की उपस्थिति और महाद्वीपीय शेल्फ न होने के कारण तेज़ी से सागर की गहराई में समा जाती है। 

वानूआतू में लोपेवी सहित कई सक्रिय ज्वालामुखी मौजूद हैं, साथ ही यहाँ कई जलनिमग्न ज्वालामुखियां भी हैं। सदैव उपस्थित रहने वाले बड़े विस्फोट के खतरे के साथ-साथ यहाँ ज्वालामुखीय गतिविधि काफी आम है; हाल ही में नवम्बर 2008 में पास के समुद्र के भीतर 6.4 तीव्रता का ज्वालामुखी विस्फोट हुआ, जिसमें कोई हताहत नहीं हुआ, एक विस्फोट 1945 में भी हुआ था। वानूआतू की एक विशिष्ट स्थलीय पारिस्थितिकी क्षेत्र के रूप में मान्यता है, जिसे वानूआतू वर्षा वनों के रूप में जाना जाता है। यह ऑस्ट्रेलेशिया पारिस्थितिकी मंडल का एक हिस्सा है, जिसमें न्यू कैलेडोनिया, सोलोमन द्वीप, ऑस्ट्रेलिया, न्यू गिनी और न्यूजीलैंड शामिल हैं।
वानूआतू की बढ़ती हुई आबादी (2008 में 2.4 प्रतिशत वार्षिक अनुमानित) कृषि, चराई, शिकार और मछली पकड़ने के स्थानीय संसाधनों पर काफी दबाव बढ़ा रही है। नी-वानूआतू के लगभग 90 प्रतिशत परिवार मछली पकड़ते हैं और मछली खाते हैं, यह गावों के नज़दीक मत्स्य संसाधनों पर ज़बरदस्त दबाव और तट के निकट की कई मत्स्य प्रजातियों की तेज़ी से कमी का कारण बना है। हालांकि सघन रूप से वनस्पति से आच्छादित ज्यादातर द्वीप भी वनों की कटाई के संकेत दे रहे हैं। उनकी कटाई की जा रही है (विशेष रूप से उच्च मूल्य की इमारती लकड़ी के लिए),
उन्हें बड़े पैमाने पर काटकर और जलाकर कृषि के अंतर्गत लाया जा रहा है, नारियल वृक्षारोपण और पशु फ़ार्म में परिवर्तित किया जा रहा है और उनमें मिट्टी के कटाव और भू-स्खलन के बढ़ते हुए साक्ष्य दिखाई दे रहे हैं। 

ताज़ा मीठा पानी तेज़ी से कम होता जा रहा है और कई उच्चभूमि के जलोत्सारण क्षेत्र वन-रहित और नष्ट हो रहे हैं। शहरी क्षेत्रों और बड़े गावों के आस-पास उचित अपशिष्ट निपटान और जल एवं वायु प्रदूषण भी दिन-ब-दिन मुश्किल पैदा करने वाले मुद्दे बनते जा रहे हैं। इसके अतिरिक्त, औद्योगिक और शहरी क्षेत्र में रोजगार के अवसरों में कमी और बाजारों तक अगम्यता, मिलकर ग्रामीण परिवारों को जीवन निर्वाह स्तर या आत्म निर्भरता के दायरे में बंद कर स्थानीय पारिस्थितिकी तंत्र पर जबरदस्त दबाव डाल रहे हैं। 

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