कोटोनौ नोकौए झील और अटलांटिक महासागर के बीच तटीय पट्टी पर स्थित है। 1855 में फ्रांसीसी द्वारा खोदी गई कोटोनौ का लैगून, एक नहर द्वारा शहर को दो भागों में काटता है। इस क्षेत्र में तीन पुल हैं। औएमे नदी कोटोनौ में अटलांटिक महासागर से मिलती है। 

शहर में हवा, समुद्र, नदी (पोर्टो नोवो तक), और भूमि मार्ग शामिल हैं, जो अपने पड़ोसी नाइजीरिया, नाइजर, बुर्किना फासो और टोगो के साथ व्यापार की सुविधा प्रदान करता है। 

तटीय क्षरण कई दशकों से देखा जा रहा है। 1961 में नांगबेटो बांध के निर्माण और कोटोनौ के गहरे पानी के बंदरगाह के निर्माण के बाद यह और खराब होते जा रहा है। संयुक्त राष्ट्र पर्यावरण कार्यक्रम (यूएनईपी) द्वारा वित्त पोषित एक पायलट परियोजना ने खुलासा किया कि 40 वर्षों में, कोटोनौ के पूर्व में तट 400 मीटर पीछे हट गया है। इस क्षरण के कारण कई लोगों को तट के किनारे अपने घरों को छोड़ने के लिए मजबूर होना पड़ा है। 

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