सबसे अधिक प्रचलित धर्म इस्लाम है। ज़ांज़ीबार की लगभग 95% आबादी इस्लाम के नियमों का पालन करती है। इसके इतिहास पर अरबियों और भारतीय मुख्य भू-भाग निवासियों का काफी असर पड़ा था। शेष निवासी ईसाई हैं।

यहाँ 51 मस्जिदें हैं जहाँ प्रार्थना से पहले अजान होती है। यहाँ छः कैथोलिक चर्चों के साथ-साथ ज़ांज़ीबार के बहुजातीय नगर (स्टोन टाउन) में एक अंग्रेज़ी चर्च भी है। इसके बाहरी इलाके के आसपास कई कब्रिस्तान भी हैं जहां दिलचस्प हेडस्टोन्स और कब्र हैं और कुछ महत्वपूर्ण कब्रें स्वयं नगर में भी है जो आम तौर पर अतीत के कुछ धार्मिक नेताओं के हैं। ज़ांज़ीबार नगर में कुछ इंजील ईसाई चर्च भी हैं। ज़ांज़ीबार नगर से कुछ दूर अन्य ईसाई चर्च भी हैं जैसे इवैन्जेलिस्टिक असेम्बलीज ऑफ गॉड ज़ांज़ीबार (ईएजीजेड) जो किजितो उपले-फुओनी ज़ांज़ीबार में है जिसका मार्ग ज़ांज़ीबार के इंजील आंदोलन के संस्थापन रेव. लियोनार्ड मसासा ने प्रशस्त किया था। एक और चर्च तंजानिया असेम्बलिज ऑफ गॉड है जो करियाकू में है। ज़ांज़ीबार में अब 25 से ज्यादा इंजील चर्च हैं। यहाँ बहाइयों की एक छोटी आबादी भी निवास करती है (तंजानिया में बहाइयों की आस्था देखें).

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