एचआईवी (HIV) अनेक जीवाणुओं से इस रूप में भिन्न है कि इसमें अति-उच्च आनुवांशिक परिवर्तिता होती है। यह विविधता इसके तीव्र दोहराव चक्र, जिसमें यह प्रतिदिन 10 से 10 वायरिऑन उत्पन्न करता है, के साथ दोहराव के प्रत्येक चक्र में लगभग 3 x 10 प्रति न्युक्लिओटाइड आधार की उच्च परिवर्तन दर और रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेस के पुनर्संयोजनात्मक गुणों के परिणामस्वरूप प्राप्त होती है।

इस जटिल परिदृश्य के परिणामस्वरूप एक अकेले संक्रमित मरीज में एक ही दिन में एचआईवी (HIV) के अनेक संस्करण निर्मित हो जाते हैं। यह विविधता तब और अधिक बढ़ जाती है, जब किसी कोशिका को एक ही समय पर एचआईवी (HIV) के दो या दो से अधिक भिन्न खिंचावों द्वारा एक साथ संक्रमित किया जाता है। जब समकालिक संक्रमण होता है, तो इसके फलस्वरूप उत्पन्न होने वाले वायरिऑन का जीनोम में दो भिन्न खिंचावों से प्राप्त आरएनए (RNA) से मिलकर बना हो सकता है। अब यह संकर वायरिऑन एक नई कोशिका को संक्रमित करता है, जहां यह दोहराव से गुजरता है। जब ऐसा होता है, तो रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेस, दो भिन्न आरएनए (RNA) सांचों के बीच में कूदते हुए, एक नव-संश्लेषित रेट्रोवायरल डीएनए (DNA) अनुक्रम उत्पन्न करेगा, जो दो अभिभावक जीनोमों के बीच का एक पुनर्संयोजन होता है। यह पुनर्संयोजन तब सबसे स्वाभाविक होता है, जब यह उप-प्रकारों के बीच हो रहा हो। 

अनेक खिंचावों में निकट-संबंध रखने वाला सीमियन इम्युनोडेफिशियन्सी वायरस (simian immunodeficiency virus) (एसआईवी) (SIV) उत्पन्न हुआ है, जिसे प्राकृतिक मेजबान प्रजातियों के आधार पर वर्गीकृत किया जाता है। ऐसा माना जाता है कि अफ्रीकी हरे बंदर ((एसआईवीएजीएम) (SIVagm)) और सूटी मैंगेबी के ((एसआईवीएसएमएम) (SIVsmm)) के (एसआईवी) (SIV) खिंचावों के विकास का उनके मेजबानों के साथ एक लंबा विकासपरक इतिहास रहा है। इन मेजबानों से इस जीवाणु की उपस्थिति को अनुकूलोत कर लिया है, जो कि मेजबान के रक्त में उच्च स्तरों पर उपस्थित होता है, लेकिन केवल हल्की प्रतिरोध प्रतिक्रिया उत्पन्न करता है, बंदरों जैसे एड्स (AIDS) के विकास का कारण नहीं बनता, और मनुष्यों में एचआईवी (HIV) संक्रमण के विशिष्ट पुनर्संयोजन और गहन परिवर्तन से नहीं गुजरता.

इसके विपरीत, जब ये खिंचाव उन प्रजातियों को संक्रमित करते हैं, जो एसआईवी (SIV) के प्रति अनुकूलित नहीं हैं (ह्रीसस (rhesus) या साइनोमोलोगस मकैक (cynomologus macaques) जैसे “विषम” मेजबान), तो इन पशुओं में एड्स (AIDS) विकसित हो जाता है और यह जीवाणु आनुवांशिक विविधता उत्पन्न करता है, जो कि मानव एचआईवी (HIV) संक्रमण के समान होती है। चिंपांज़ी एसआईवी (Chimpanzee SIV) (एसआईवीसीपीज़ेड) (SIVcpz), एचआईवी-1 (HIV-1) का निकटतम आनुवांशिक संबंधी, अपने प्राकृतिक मेजबान में बढ़ी हुई मृत्यु-दर और एड्स (AIDS) जैसे लक्षणों से जुड़ा होता है। ऐसा प्रतीत होता है कि एसआईवीसीपीज़ेड (SIVcpz) और एचआईवी-1 (HIV-1) दोनों ही चिंपांज़ियों और मनुष्यों की जनसंख्या में अपेक्षाकृत हालिया समय में संचरित हुए हैं। इसलिये उनके मेजबान अभी तक इस जीवाणु के प्रति अनुकूलित नहीं हो सके हैं। दोनों जीवाणुओं ने अधिकांश एसआईवी (SIV) में उपस्थित एनईएफ (Nef) जीन का एक कार्य भी गंवा दिया है; इस कार्य के बिना, टी (T) कोशिका अवक्षय की संभावना बढ़ जाती है, जिससे प्रतिरक्षा में कमी (immunodeficiency) उत्पन्न होती है।

आवरण "(ईएनवी) (env)" क्षेत्र में अंतरों के आधार पर एचआईवी-1 (HIV-1) के तीन समूहों की पहचान की गई है: एम (M), एन (N) व ओ (O). समूह एम (M) सर्वाधिक प्रचलित है और इसे पूरे जीनोम के आधार पर आठ उप-प्रकारों (या क्लेड) में बांटा गया है, जो कि भौगोलोक रूप से भिन्न होते हैं। इनमें उप-प्रकार बी (B) (उत्तरी अमरीका और यूरोप में पाया जाता है), ए (A) और डी (D) (मुख्यतः अफ्रीका में पाए जाते हैं) और सी (C) (मुख्यतः अफ्रीका और एशिया में पाया जाता है) सर्वाधिक प्रचलित हैं; ये उप-प्रकार बहु-आनुवांशिक वृक्ष में शाखाओं का निर्माण करते हैं, जो कि एचआईवी-1 (HIV-1) के एम (M) समूह के वंश का प्रतिनिधित्व करती हैं। भिन्न उप-प्रकारों के साथ सह-संक्रमण के कारण परिवाही रिकॉम्बिनेन्ट रूप (circulating recombinant forms) (सीआरएफ) (CRFs) उत्पन्न होते हैं। वर्ष 2000, जब उप-प्रकारों के वैश्विक प्रचलन का अंतिम विश्लेषण किया गया था, में वैश्विक स्तर पर 47.2% संक्रमण उप-प्रकार सी (C), 26.7% उप-प्रकार ए/सीआरएफ02_एजी (A/CRF02_AG), 12.3% उप-प्रकार बी (B), 5.3% उप-प्रकार डी (D), 3.2% सीआरएफ_एई (CRF_AE) और शेष 5.3% अन्य उप-प्रकारों तथा सीआरएफ (CRFs) से मिलकर बने थे। अधिकांश एचआईवी-1 (HIV-1) अनुसंधान उप-प्रकार बी (B) पर केंद्रित होता है; कुछ पर्योगशालाएं अन्य उप-प्रकारों पर ध्यान केंद्रित करती हैं। वर्ष 2009 में पृथक किये गये एक जीवाणु के आधार पर एक चौथे समूह, “पी (P)” के अस्तित्व की कल्पना की गई है। ऐसा प्रतीत होता है कि यह खिंचाव गुरिल्ला एसआईवी (SIV) (एसआईवीजीओआर) (SIVgor) से प्राप्त किया गया है, जिसे सबसे पहले वर्ष 2006 में पश्चिमी तराई वाले गुरिल्लों से अलग किया गया था।

एचआईवी-2 (HIV-2) का आनुवांशिक क्रम केवल आंशिक रूप से ही एचआईवी-1 (HIV-1) के समान है और यह एसआईवीएसएसएम (SIVsmm) के अधिक निकट दिखाई देता है।

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