मस्तिष्क के अधिकांश क्षेत्रों में, न्यूरॉन्स के प्रमुख वर्ग न्यूरोट्रांसमीटर के रूप में ग्लूटामेट का उपयोग करते हैं और अपने लक्षों पर उत्तेजित प्रभाव प्राप्त करते हैं। किन्तु बेसल गैन्ग्लिया में बहुतांश न्यूरॉन्स न्यूरोट्रांसमीटर के रूप में जीएबीए का उपयोग करते हैं और अपने लक्ष्य पर निरोधात्मक प्रभाव डालते हैं। स्ट्रिएटम एवं एसटीएन को कॉर्टेक्स और थैलेमस से प्राप्त इनपुट ग्लूटामेटर्जिक होते हैं, किन्तु स्ट्रिएटम, पैलिडम और सब्सटेंशिया निग्रा "पार्स रेटिकुलाटा", सभी जीएबीए का उपयोग करते हैं।

अन्य न्यूरोट्रांसमीटर में महत्वपूर्ण रूप से मद्धमकारी प्रभाव होता है। सबसे गहन अध्ययन डोपामिन में हुआ है, जिसका उपयोग सब्सटेंशिया निग्रा "पार्स कॉम्पेक्टा" से स्ट्रिएटम पर प्रक्षेपण में होता है एवं वेंट्रल टेगमेंटल क्षेत्र से नाभिक एकमबेंस पर सदृश प्रक्षेपण में होता है। एसिटाइलकोलाइन भी महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है, जिसका उपयोग स्ट्रिएटम के कई बाहरी इनपुट एवं स्ट्रिआटल इंटरन्यूरॉन्स समूह, दोनों, द्वारा होता है। यद्यपि, कोलिनेर्जिक कोशिका कुल आबादी का थोड़ा भाग ही होती है, पर स्ट्रिएटम में, मस्तिस्क संरचना में पाया जाने वाला, सर्वाधिक एसिटाइलकोलाइन का सांद्रण होता है।


न्यूरोट्रांसमीटर
सब्स्टेंशिया निग्रा
कार्यप्रणाली
तुलनात्मक शारीरिक रचना और नामकरण