मिल्वौकी के स्वास्थ्य देखभाल उद्योग में कई स्वास्थ्य प्रणाली शामिल है। मिल्वौकी क्षेत्रीय परिसर चिकित्सा, जो 8700 और 9200 पश्चिम विस्कॉन्सिन एवेन्यू के बीच स्थित है, मिल्वौकी काउंटी मैदान में से एक है। इस क्षेत्र में शामिल है विस्कॉन्सिन का बच्चों का अस्पताल, फ्रोडटर्ट अस्पताल, उपचारात्मक, विस्कॉन्सिन ब्लडसेंटर, रोनाल्ड मैकडोनाल्ड हाउस, क्यूरेटिव रिहैबिलिटेशन, विस्कॉन्सिन मेडिकल कॉलेज. बच्चों के विस्कॉन्सिन अस्पताल को 2006 में संयुक्त राज्य अमेरिका में बच्चों के चोटी के तीन अस्पतालों में से एक माना गया था। औरोरा हेल्थ केयर में शामिल है सेंट ल्यूक मेडिकल सेंटर औरोरा सिनाई मेडिकल सेंटर, वेस्ट आलीस मेमोरिअल और सेंट ल्यूक साउथशोर. व्हेटन फ्रांसिसकन हेल्थकेयर में शामिल हैं सेंट जोसेफ अस्पताल, एल्मब्रुक मेमोरियल (ब्रुकफील्ड) और मिल्वौकी क्षेत्र में अन्य. कोलंबिया सेंट मैरी अस्पताल मिल्वौकी लेकशोर पर है और इसका सम्बन्ध फ्रोडटर्ट अस्पताल और विस्कॉन्सिन मेडिकल कॉलेज के साथ है। विस्कॉन्सिन मेडिकल कॉलेज विस्कॉन्सिन के दो मेडिकल स्कूल में से एक और मिल्वौकी में केवल एक है।

मिल्वौकी में अन्य स्वास्थ्य संस्थाएं गैर लाभ संगठन हैं जिसमें शामिल है अमेरिकन एकेडमी ऑफ़ एलर्जी, अस्मा, एंड इम्युनोलोजी और इंडोमेट्रियोसिस एसोसिएशन.

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