जैसे-जैसे सैन होज़े का विकास होता गया, वैसे-वैसे इसके अपराध दर में भी लगातार वृद्धि होती चली गई। 1990 और 2000 के दशकों में अपराध दर में गिरावट आई लेकिन यह गिरावट उतनी तेज़ नहीं थी जितनी तेज़ी से उसी समयावधि में अन्य अमेरिकी शहरों में अपराध दर में गिरावट देखी गई थी। हालांकि हाल ही में इस शहर के अपराध दर में वृद्धि हुई है लेकिन फिर भी इसे कभी-कभी देश के 500,000 लोगों से अधिक जनसंख्या वाले सबसे सुरक्षित शहरों में से एक के रूप में श्रेणीत किया जाता है।<ref name="http://www.statestats.com/cit07pop.htm#500,000+">City Crime rankings by Population group</ref> यह पदनाम हत्या, बलात्कार, डकैती, अतिनिकृष्ट हमला, सेंधमारी और वाहन चोरी जैसे छः मामलों में फेडरल ब्यूरो ऑफ़ इन्वेस्टिगेशन (सघीय जांच ब्यूरो) को प्रतिवेदित किए जाने वाले अपराध आंकड़ों पर आधारित है। मौजूदा मेयर चक रीड 2006 में गठित मेयर्स अगेंस्ट इलीगल गन्स कोअलिशन नामक एक संगठन के एक सदस्य हैं। और इस संगठन के सह-अध्यक्ष न्यूयॉर्क शहर के मेयर माइकल ब्लूमबर्ग और बॉस्टन के मेयर थॉमस मेनिनो हैं। .

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