ज्यादातर शल्की सेल कार्सिनोमस सर्जरी द्वारा हटा दिये जाते हैं। कुछ चुने हुए मामलों में इलाज सामयिक दवा के साथ होता है। अक्सर इलाज का साधन है स्वस्थ ऊतकों के एक मुक्त अंतर के साथ सर्जरी द्वारा कैंसर को निकालना. शल्की सेल कार्सिनोमस के इलाज के लिए रेडियोथेरेपी, जो बाह्य किरण रेडियोथेरेपी या ब्रैकीथेरेपी (आंतरिक रेडियोथेरेपी) के रूप में दिया जाता हो, का भी उपयोग किया जा सकता है। 

मोहस सर्जरी का भी अक्सर उपयोग किया जाता है और त्वचा के शल्की सेल कार्सिनोमा के इलाज के लिए इसके चयन पर विचार किया जाता है, हालांकि डाक्टर इस पद्धति का उपयोग मुंह, गला और गर्दन के शल्की सेल कार्सिनोमा के उपचार के लिए भी उपयोग करते हैं। मोहस प्रशिक्षित चिकित्सक की अनुपस्थिति में एक रोगविज्ञानी सीसीपीडीएमए (CCPDMA) मानकों के समान विधि का उपयोग कर सकता है। उच्च जोखिम वाले कैंसर या रो‍गियों के प्रकारों में अक्सर बाद में विकिरण चिकित्सा का इस्तेमाल किया जाता है।

त्वचा के चयनित शल्की सेल कार्सिनोमा पर इलेक्ट्रोडेसिकेशन और क्यूरेटेज (गर्भाशय ग्रीवा को साफ करने वाला औजार) या ईडीसी (EDC) का प्रयोग किया जा सकता है। उन क्षेत्रों में, जहाँ एससीसी (SCC) गैर-आक्रामक माना जाता है और जहां मरीज प्रतिरक्षादमन नहीं है, वहां अच्छे से पर्याप्त रोगमुक्ति दर के साथ ईडीसी की जा सकती है।

त्वचा के स्वस्थानी शल्की सेल कार्सिनोमा और पुरुष जननांग के लिए इमिक्वीमोड (एलडारा) प्रयोग किया गया है, लेकिन उपचार के कारण रुग्णता और परेशानी काफी गंभीर होती है। एक फायदा प्रसाधन संबंधी परिणाम के रूप में मिलता है: क्योंकि उपचार के बाद त्वचा सामान्य चमड़े की तरह बिना किसी निशान और मानक सर्जरी के साथ जुड़ी रुग्णता के निशान के दिखती है। इमिक्वीमोड किसी भी शल्की सेल कार्सिनोमा के लिए एफडीए (FDA) द्वारा स्वीकृत नहीं है।

2007 में ऑस्ट्रेलियाई बायोफार्मास्यूटिकल्स कंपनी क्लिनुवेल फार्मास्यूटिकल्स लिमिटेड ने एक प्रयोगात्मक उपचार के नैदानिक परीक्षण शुरू किये, जिसमें एफामेलानोटाइड (पूर्व में सीयूवी (CUV)1647) कहे जाने वाले मिलेनोसाइट-उत्तेजक हार्मोन का प्रयोग त्वचा के शल्की सेल कार्सिनोमा और एक्टिनिक केराटोसिस के खिलाफ अंग प्रत्यारोपण वाले रोगियों के लिए फोटोप्रोटेक्शन प्रदान करने के लिए किया जाता है।

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स्क्वैमस सेल कैंसर का जानपदिक रोग विज्ञान, जिसमें त्वचा शामिल नहीं है