अवरोधन तब होता है जब तरल पदार्थ ताप विनिमायक के माध्यम से गुज़रता है और तरल पदार्थ से मैल नलियों की सतह पर अवक्षिप्त होती हैं।
इन अशुद्धियों का अवक्षेपण निम्न द्वारा संभव है:

अवरोधन का प्रभाव गरम नलियों की अपेक्षा ताप विनिमायक की ठंडी नलियों में प्रचुर मात्रा में होता है। इसका कारण है अशुद्धि के ठंडे तरल पदार्थ में घुलने की कम संभावना. यह इस वजह से है कि अधिकांश पदार्थों में तापमान वृद्धि के साथ-साथ विलेयता में वृद्धि होती है। एक उल्लेखनीय अपवाद है खारा जल, जहां इसकी ठीक विपरीत स्थिति है।

अवरोधन ताप के अंतरण के लिए अनुप्रस्थ क्षेत्र को कम करता है और ताप विनिमायक के आर-पार ताप अंतरण के विपरीत प्रतिरोध को बढ़ाता है। इसका कारण है अवरोधक परत की तापीय चालकता का कम होना. यह समग्र ताप अंतरण गुणांक और ताप विनिमायक की क्षमता को कम करता है। बदले में इससे पंपिंग और रखरखाव लागत में वृद्धि हो सकती है।

अवरोधन नियंत्रण के परंपरागत अभिगम में आवधिक प्रयोगशाला परीक्षण के साथ, जीव-नाशी और पपड़ी-रोधी रसायनों का "अंधाधुंध" उपयोग है। यह अक्सर रसायनों के अत्यधिक उपयोग में परिणत होता है, जो प्रणाली में ज़ंग लगने और विषाक्त अपशिष्ट को बढ़ाने जैसे अंतर्निहित दुष्प्रभाव साथ ले आते हैं - जिनमें अनावश्यक उपचार की वृद्धिशील लागत भी शामिल है।
लेकिन तरल वातावरण में अवरोधन की सतत निगरानी के लिए समाधान भी मौजूद हैं, जैसे नियोसेन्स FS सेंसर, जो अवरोधन की मोटाई और तापमान दोनों को मापते हैं, जिसमें रसायनों के उपयोग का अनुकूलन और सफ़ाई की कार्यक्षमता पर नियंत्रण अनुमत है।

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