विटामिन C की कमी से स्कर्वी रोग होता है, जो एक गंभीर और दर्दनाक बीमारी है, जिसमें दोषपूर्ण कोलेजन मजबूत संयोजी ऊतक के गठन को रोकता है। मसूड़े ख़राब हो जाते हैं और दांत गिरने के साथ उनसे खून बहने लगता है; त्वचा फीकी पड़ जाती है और घाव नहीं भरते हैं। अठारहवीं सदी से पहले, यह दशा लंबी अवधि के सैन्य, विशेषकर नौसेना अभियानों में कुख्यात था, जिसके दौरान प्रतिभागियों को विटामिन C युक्त खाद्य पदार्थों से वंचित रखा जाता था।

रक्तिम त्वचायक्ष्मा या गठियारूप संधिशोथ जैसे स्वप्रतिरक्षी रोग का स्वस्थ कोलेजन तंतुओं पर हमला हो सकता है।

कई बैक्टीरिया और वायरस विषैलेपन के कारक हैं, जो कोलेजन नष्ट करते हैं या उसके उत्पादन में हस्तक्षेप करते हैं।

प्रकार और संबंधित विकार
कोलेजन I संघटन
सिंथेटिक रोगजनन
जीवाश्म रिकॉर्ड