एटोल में मनुष्यों के निवास का अनुमान कम से कम 2,000 वर्षों पूर्व का है। 

माजुरो एटोल को 1884 में मार्शल द्वीप के बाकी हिस्सों के साथ जर्मन साम्राज्य द्वारा हथिया लिया गया था, और जर्मनों ने एक व्यापारिक चौकी स्थापित किया था। मार्शल के बाकी हिस्सों के साथ, प्रथम विश्व युद्ध के दौरान 1914 में माजुरो पर इंपीरियल जापानी नौसेना द्वारा कब्जा कर लिया गया था और 1920 में राष्ट्र संघ द्वारा जापानी साम्राज्य को इसका अधिकार दे दिया गया था। यह द्वीप तब नान्यो के जापानी शासित क्षेत्र का हिस्सा बन गया; हालाँकि जापानियों ने नान्यो में एक सरकार की स्थापना की थी, लेकिन स्थानीय मामलों को ज्यादातर स्थानीय नेताओं के हाथों में छोड़ दिया गया था। 

द्वितीय विश्व युद्ध के बाद, माजुरो संयुक्त राज्य अमेरिका के प्रशांत द्वीप समूह के ट्रस्ट क्षेत्र के हिस्से के रूप में आया। इसने जलुट एटोल को मार्शल द्वीपों के प्रशासनिक केंद्र के रूप में प्रतिष्ठित किया, एक स्थिति जिसे यह 1986 में मार्शल द्वीपों की स्वतंत्रता के बाद बरकरार रखती है। 

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