पद्मनाभदत्त का जन्म मिथिला के एक ब्राह्मण वंश में 14वीं शताब्दी में हुआ। इनके पिता का नाम दामोदरदत्त और पितामह का नाम श्रीदत्त था। इनकी वंश परम्परा वररुचि से प्रारम्भ होती है, जो कालिदास के साथ विक्रमादित्य के राजकवि थे। वि॰सं॰ 1427 में पद्मनाभदत्त ने अपनी ‘पृषोदरादिवृत्ति’ नामक ग्रन्थ में ‘शाके शैले नवादित्ये’ में अपने वंश का परिचय दिया जो दुर्भाग्यवश वर्तमान में अनुपलब्ध है। पं. हरप्रसादशास्त्री ने लिखा है कि पद्मनाभदत्त ‘भोरग्राम’ के निवासी थे जो दरभंगा के कुछ मील दूरी पर स्थित था। 

वंश परम्परा स्वयं पद्मनाभदत्त ने अपनी ‘पृषोदरादिवृत्ति’ रचना के प्रारम्भ में अपनी वंश परम्परा के विषय में पाँच पंक्तियों में लिखा था, जो वर्तमान में अनुपलब्ध है। पद्मनाभ द्वारा ही रचित परिभाषावृत्ति शक् 1714 के हस्तलेख, जो बंगाल की ‘एशियाटिक सोसाइटी’ में सुरक्षित है। पं. हरप्रसाद शास्त्रा ने Descriptive catalogs of Sanskrit manuscript के षष्ठ अध्याय में लिखा है- 

पद्मनाभदत्त के वंश परम्परा का वंशवृक्ष इस प्रकार बनाया जा सकता है। 

इस प्रकार स्पष्ट हो जाता है कि पद्मनाभदत्त दामोदर के पुत्र तथा भवदत्त के पौत्र थे उनके प्रपितामह श्रीदत्त थे। 

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