हालांकि, जीवों के प्रतिरूपण की पद्धति का प्रयोग उद्यानिकी प्रतिरूपण के रूप में हज़ारों वर्षों से प्रचलित रहा है, लेकिन पशुओं के (और संभवतः मनुष्यों के भी) प्रतिरूपण की अनुमति देने वाली नवीनतम प्रौद्योगिक उन्नतियां अत्यधिक विवादास्पद रही हैं। कैथोलिक चर्च और अनेक धार्मिक संगठन इस आधार पर सभी प्रकार के प्रतिरूपणों के खिलाफ़ हैं कि जीवन गर्भाधान से प्रारंभ होता है। इसके विपरीत यहूदी धर्म जीवन को गर्भाधान से नहीं जोड़ता और, हालांकि यह प्रतिरूपण की आवश्यकता पर प्रश्न-चिन्ह लगाता है, लेकिन रूढ़िवादी रब्बी सामान्यतः यहूदी नियमों और नैतिकता के अंतर्गत प्रतिरूपण का विरोध करने के लिये कोई दृढ़ कारण नहीं देखते. पारंपरिक उदारवाद के दृष्टिकोण से, व्यक्ति की पहचान की रक्षा और व्यक्ति की जेनेटिक पहचान की सुरक्षित रखने के अधिकार को लेकर भी चिंताएं व्यक्त की जाती हैं। 

ग्रेगरी स्टॉक एक वैज्ञानिक और प्रतिरूपण अनुसंधान पर प्रतिबंधों के मुखर आलोचक हैं।

एक कृत्रिम मानव उत्पादन योजना में अंतर्निहित सामाजिक उलझावों को एल्डस हक्सले के प्रसिद्ध उपन्यास "ब्रेव न्यू वर्ल्ड" में उजागर किया गया था। 

28 दिसम्बर 2006 को अमरीकी खाद्य व दवा प्रशासन (U.S. Food and Drug Administration (FDA)) ने प्रतिरूपित पशुओं से प्राप्त मांस व अन्य उत्पादों के सेवन की अनुमति दी. यह कहा गया कि प्रतिरूपित-पशु उत्पादों और गैर-प्रतिरूपित पशु उत्पादों में कोई अंतर नहीं पहचाना जा सकता. इसके अलावा, कंपनियों को उपभोक्ता को यह सूचित करने वाले लेबल प्रदान करने की आवश्यकता नहीं थी कि यह मांस किसी प्रतिरूपित पशु का है।

प्रतिरूपित-पशु उत्पादों की मानवीय खपत के लिये FDA द्वारा दी गई अनुमति पर आलोचकों ने यह कहते हुए आपत्तियां व्यक्त की हैं कि FDA का अनुसंधान अपर्याप्त व अनुपयुक्त रूप से सीमित था और इसकी वैज्ञानिक मान्यता संदिग्ध थी। अनेक उपभोक्ता-समर्थक समूह एक निरीक्षण कार्यक्रम को प्रोत्साहित करने के लिये कार्य कर रहे हैं, जो उपभोक्ताओं को उनके भोजन में शामिल प्रतिरूपित-पशु उत्पादों के बारे में अधिक जागरुक बनाने में सहायक होगा.

खाद्य सुरक्षा केंद्र (Center for Food Safety) के कानूनी निदेशक जोसेफ़ मेंडेल्सन ने कहा है कि प्रतिरूपित खाद्य पदार्थों पर लेबल लगाया जाना चाहिए क्योंकि इनसे जुड़े सुरक्षा-संबंधी व नैतिक मुद्दे अभी भी संदेहास्पद बने हुए हैं। 

अमरीकी उपभोक्ता अयोग (Consumer Federation of America) में खाद्य नीतियों की निदेशक, कैरोल टकर फ़ोरमैन ने कहा है कि FDA ने इस तथ्य पर विचार नहीं किया कि कुछ अध्ययनों के परिणामों से यह उजागर हुआ है कि प्रतिरूपित पशुओं में मृत्यु दर और जन्म-जात विकलांगता की दर उच्च होती है।

प्रतिरूपण के नैतिक मुद्दे
पद्धतियां
उद्यानिकी
प्रचलित सन्कृती में