गंडिकोटा क्षेत्र की पहली पहचान 1123 ई में बोम्मनापल्ली गांव के कपा राजा द्वारा की गयी, जो कल्याण के पश्चिमी चालुक्यन राजा अहवामल्ला सोमेश्वर प्रथम के अधीनस्थ थे। 

पेममसानी नायक के उद्भव से पहले गांव को मिक्किलीनेनी नायक द्वारा कुछ समय तक शासन किया गया था। हाल ही में, मैदुकुरु स्थित इतिहासकार ओबुल रेड्डी ने गंडिकोटा किले के इतिहास पर एक तांबा प्लेट शिलालेख की खोज की। शिलालेख 16 वीं शताब्दी का बताया जाता जाता है। 

माना जाता है कि वेमना, प्रसिद्ध तेलुगू कवि, कडपा जिले के मूल निवासी थे और यह भी माना जाता था कि वे थोड़ी अवधि के लिए गंडिकोटा क्षेत्र में रहे थे। 

गंडिकोटा को विश्व विरासत की स्थिति देने के प्रयास किए जा रहे हैं। 

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