सेना का जन्म संटाना में हुआ था, जो साओ पाओलो नगर का एक बैर्रो था (ब्राजील में शहर के नगरीय इलाकों को बैर्रो कहा जाता है)। स्कूल में उन्होंने जिमनास्टिक, कला एवं रसायनशास्त्र में श्रेष्ठता प्राप्त की, पर गणित, भौतिक-विज्ञान और अंग्रेज़ी को मुश्किल पाया। ब्राज़ील के एक धनी जमींदार के लड़के के रूप में, उन्होंने छोटी उम्र में ही मोटर रेस में रुचि लेना शुरू कर दिया था।

सेना एक आस्तिक कैथोलिक थे। एक बहुत ही धार्मिक आदमी, जो खुलकर अपने रेसों की तुलना अपनी आस्था से करता था जिसकी वजह से एलेन प्रोस्ट तथा अन्य उसे खतरनाक कह कर उसकी आलोचना करते थे। साओ पाओलो से यूरोप के अपने लंबे हवाई यात्रा में वे अक्सर बाईबल पढ़ा करते थे।

सेना ने ब्राज़ील भर में फैली गरीबी के प्रति अपनी सहानुभूति जताई थी और उन्होंने वैयक्तिक रूप से वंचित बच्चों के लिए अपनी निजी संपत्ति से कई मिलियन की सहायता प्रदान की। अपनी मृत्य से कुछ पहले ही उन्होंने ब्राज़ील के बच्चों को समर्पित एक संस्था का ढांचा तैयार किया था, जो आगे चलकर इंस्टिट्यूटो एर्टन सेना बना। 

सेना को अक्सर चालन को आत्म-अन्वेषण का माध्यम और रेसिंग को जीवन के रूप में उपमा देने के लिए उद्धृत किया जाता था: "मैं जितना ज्यादा अपने आप को आगे धकेलता हूं, उतना ही स्वयं को खोजता हूं. मैं हमेशा अगले चरण को देखता हूं, एक दूसरे संसार को जहां मैं जा सकता हूं, उन क्षेत्रों में जाने की कोशिश करता हूं, जहां मैं पहले कभी नहीं गया। ग्रैंड प्रिक्स कार को चलाना अकेलेपन का काम है, पर बहुत ही दिलचस्प है। मैंने नयी संवेदनाओं का अनुभव किया है और अधिक अनुभव करना चाहता हूं. यह मेरा जोश है, यही मेरी प्रेरणा है।"

अपनी जीवन-वृत्ति के अंत में सेना अपने पेशे के खतरों को लेकर बहुत ही चिंतामग्न हो गए थे। अपनी मृत्यु की सुबह उन्होंने GPDA सुरक्षा संस्था के पुनर्गठन की पहल की, जिसका उद्देश्य उस खेल की सुरक्षा को बेहतर बनाना था। 

गेरहार्ड से अपने संबंधों को लेकर वह मशहूर थे और वे दोनों एक दूसरे से हमेशा व्यावहारिक मजाक किया करते थे। बर्गर को यह उद्धृत करते हुए पाया गया कि "उन्होंने मुझे इस खेल के बारे में बहुत कुछ सिखाया और मैंने उन्हें हंसना सिखाया." 2004 में बनी "द राइट टू विन" डोक्युमेंट्री फ़िल्म जो कि सेना के सम्मान में बनाई गई थी, उसमें फ्रैंक विलियम्स विशेष स्मरण करते हुए कहते हैं कि, सेना एक बेहतरीन ड्राईवर थे, मूलरूप से "वे जितने महान कार के अन्दर थे उससे बढ़कर वे कार के बाहर एक महान इंसान थे।"

फार्मूला वन में आने से पहले सेना ने एक बार अल्प-समय के लिए लिलियन डे वास्कोनसेलोस के साथ शादी की थी। जब वास्कोनसेलोस के साथ सेना की शादी खत्म हो गई तो वह साओ पाओलो के एक व्यापारी की बेटी एडरियाने यमिन के साथ प्रेम करने लगे. जब उन्होंने 1985 में अपने रिश्ते की शुरुआत की तब वह केवल पन्द्रह साल की और जब भी वे मिलते उसकी मां संरक्षिका की तरह उनके साथ रहती थी। वे थोड़े समय के लिए एक-दूसरे के साथ रहे, पर 1988 के अंत तक उनका रिश्ता टूट गया।

अपनी मृत्य के समय से पहले वह ब्राजील की मॉडल एडरियाने गलिस्टिउ के साथ इश्क कर रहे थे, जिसके साथ सेना के परिवार का आज की तारीख तक कभी दोस्ताना सम्बन्ध ना रहा। इसे सेना के दफनाने के दौरान देखा जा सकता था, जहां खुले रूप में गलिस्टिउ को दरकिनार कर दिया गया था। ब्राजील तथा मिडिया द्वारा "विधवा" का दर्जा ब्राज़ील की आईकोन ज़ुज़ा को दिया गया जो सेना की बहन विवियाने का हाथ पकड़ते हुए अंत्येष्टि में आई थी। उसकी मृत्यु के बाद गेलिस्टिउ ने अपने और सेना के संबंधों को लेकर एक किताब लिखी. सेना के मरणोपरांत, एडरियाना प्रसिद्ध हो गई और कई लोगों का मानना है कि सिर्फ उनकी मृत्यु की वजह से ही वह प्रसिद्ध हुई और तबसे एक टीवी कार्यक्रम की मेजबानी करते हुए अपनी इस प्रसिद्धि को बनाये रखा है।

वह फार्मूला वन ड्राईवर ब्रुनो सेना के चाचा थे, जिसके बारे में उन्होंने विदित रूप से कहा था कि "अगर आप मुझे तेज़ समझते हैं, तो उस वक्त का इंतज़ार कीजिए जब आप मेरे भतीजे ब्रुनो को देखेंगे."

विरासत
व्यक्तिगत जीवन
अंतिम संस्कार
1985-1987: लोटस