दिसंबर 2005 में, ज़ूमा पर अपने फ़ॉरेस्ट टाउन, जोहानसबर्ग वाले घर में एक 31 वर्षीय महिला का बलात्कार करने का आरोप लगाया गया। कथित पीड़िता ANC के एक महत्वपूर्ण परिवार की थी, वह ज़ूमा के संघर्ष के दिनों के
दिवंगत साथी की पुत्री थी और एक एड्स कार्यकर्ता थी जिसे एचआईवी पॉजिटिव से ग्रसित माना जाता था। ज़ूमा ने इन आरोपों का खंडन किया और दावा किया कि यह यौन संबंध आपसी सहमति से बना था।
आरोप दाखिल किए जाने से पहले ही, जैसे ही नवम्बर में बलात्कार के आरोपों के बारे में अफवाहें उड़ी, ज़ूमा की राजनीतिक संभावनाएं पतन की ओर अग्रसर प्रतीत होने लगी। उनके उच्च स्तर के अधिकांश राजनीतिक समर्थकों ने इन नए आरोपों के सन्दर्भ में उस तरह से प्रतिक्रिया नहीं दी जिस तरह से उन्होंने भ्रष्टाचार के आरोपों के खिलाफ दी थी। बलात्कार मुकदमे से पहले की एक सुनवाई में, हजारों की तादाद में उनके समर्थकों की भीड़ अदालत के समक्ष इकट्ठा हुई, जबकि चंद बलात्कार-विरोधी छोटे समूहों ने कथित बलात्कार पीड़िता के लिए प्रदर्शन किया। जैसे की ज़ूमा ने मुकदमे के दौरान किया, वे भीड़ के साथ "लेथु मशीनी वामी" (मेरी मशीन गन लाओ) गाते रहे और ANC युवा लीग और बाम पंथी पार्टी युवा लीग के प्रवक्ता ने ज़ूमा के समर्थन में बात की। 

जैसे-जैसे बलात्कार का मुकदमा आगे बड़ता गया, यह रिपोर्ट सामने आती गई कि, दक्षिण अफ्रीकी वाम पंथी दल में इस बात को लेकर भारी मतभेद था कि ज़ूमा के मामले को और उनके साथ SACP के सम्बंध को कैसे संबोधित किया जाए. पार्टी की युवा शाखा के कई सदस्यों ने ज़ूमा का समर्थन किया जबकि SACP के अन्य सदस्य, शासन के महत्वपूर्ण सिद्धांतों के विरुद्ध एक विशेष व्यक्ति के लिए प्रदर्शन करने के मूल्य के विषय में संशय में थे।

कुछ पूर्व समर्थकों के दलबदल लेने के बावजूद, कई ज़ूमा समर्थकों ने अदालत के बाहर प्रदर्शन करना जारी रखा, अभियोक्ता की अखंडता और नैतिकता पर निरंतर प्रतिघात करने, अभियोक्ता के एक करीबी दोस्त पर अपशब्द उछालने और अभियोक्ता समझ कर किसी अन्य महिला पर पत्थर फेंकने जैसे कृत्यों ने बलात्कार विरोधी समूहों की आलोचना को बढ़ावा दिया। ज़ूमा के प्रतिरक्षक दल ने पीड़ित महिला के यौन अतीत से संबंधित सबूत पेश किए और जोर देकर कहा कि यह शारीरिक सम्बंध दोनों की सहमती से हुआ। अभियोजन पक्ष ने इस बात पर जोर दिया कि उस महिला का प्रतिरोध ना करना उसके सदमे की स्थिति में होने के कारण था और उन दोनों के बीच का सम्बंध पिता पुत्री के सम्बंध जैसा था।

इस मुकदमे ने तब राजनीतिक विवाद भी उत्पन्न कर दिया जब ज़ूमा, जो उस समय राष्ट्रीय एड्स परिषद का नेतृत्व कर रहे थे, ने यह स्वीकार किया कि उन्होंने बलात्कार का आरोप लगाने वाली उस महिला के साथ बिना कंडोम के असुरक्षित संभोग किया, यह जानते हुए भी कि वह HIV पॉजिटिव थी। उन्होंने अदालत में यह कहा कि "HIV संक्रमण के खतरे को कम करने के लिए" उसके तुरंत बाद उन्होंने स्नान कर लिया। इस बयान की निंदा न्यायाधीश, स्वास्थ्य विशेषज्ञों और एड्स कार्यकर्ताओं द्वारा की गई। दक्षिण अफ्रीका की लोकप्रिय कॉमिक स्ट्रिप, मैडम और ईव और जाने माने राजनीतिक कार्टूनिस्ट ज़ापिरो ने इस मामले का मज़ाक उड़ाया. HIV की शिक्षा देने वालों ने जोर दिया कि यह HIV संक्रमण को रोकने के लिए कुछ नहीं कर पायेगा.

8 मई 2006 को, अदालत ने ज़ूमा को निर्दोष पाया और ज़ूमा की इस बात पर सहमत हुई कि सवालों से घिरा यौन कृत्य सहमति से हुआ। न्यायाधीश वैन डर मरवे ने अभियोक्ता को अदालत में झूठ बोलने के लिए बुरी तरह से फटकारा, लेकिन ज़ूमा को भी अपनी लापरवाही के लिए दोषी ठहराया.

जब उनके बलात्कार का मुकदमा खत्म हुआ, कई दक्षिण अफ्रीकीयों ने सोचा की ज़ूमा के मुकदमे द्वारा अपने राजनीतिक प्रणाली में बनाई गई दरारों को कैसे भरा जाए. मेल एंड गार्डियन के एक विश्लेषण ने इन घटनाओं को विशेष रूप से परेशान करने वाला बताया:

फिर भी, बलात्कार मुकदमे के खत्म हो जाने के बाद, बिजनेस डे की करीमा ब्राउन ने "दी गार्जियन" को बताया "जेकब ज़ूमा वापस आ गए हैं। यह ANC नेतृत्व के लिए एक गंभीर दुविधा खड़ी करता है। अब ज़ूमा वापस लुथुली हाउस [ANC पार्टी मुख्यालय] की ओर अग्रसर हैं।] वे वापस उपाध्यक्ष के पद पर बहाल किए जाने की मांग करेंगे और दूसरों को उनका रास्ता रोकने में कठिनाई होगी... यह ज़ूमा के राजनीतिक कैरियर के लिए एक बड़ी जीत है।"

राष्ट्रपति पद के लिए एक प्रतियोगी के रूप में ज़ूमा की वापसी की संभावना अंतरराष्ट्रीय निवेशकों के लिए चिंता का कारण बन गई। एक स्वतंत्र विश्लेषक ने सुझाव दिया, "हालिया सर्वेक्षणों के अनुसार, ज़ूमा और उनके मशीन गन चलानेवाले काफिले को यूनियन बिल्डिंग की ओर बड़ते हुए देखना मुख्यतः मध्यम वर्ग और व्यापारियों को हतोत्साहित करने वाला है।"

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