सुषुप्त अवस्था में, जब मनुष्य सोया हुआ होता है, तब सभी इन्द्रियां और ज्ञान, प्राण में समाहित हो जाते हैं। लेकिन जब वह जागता है, तब सभी प्रकार का ज्ञान, प्राण से निकलकर अपनी-अपनी इन्द्रियों में समा जाता है और सुषुप्त इन्द्रियां सजग हो जाती हैं। इसे उपनिषद में मरणासन्न व्यक्ति के उदाहरण से समझाया है। एक व्यक्ति, जो मरणासन्न अवस्था में है, उसकी समस्त चेतना शक्ति इन्द्रियों का साथ छोड़कर प्राण में समा जाती है। उस समय वह न तो सुनता है, न देखता है, न बोलता है, ने हाथ-पैर हिला पाता है, न उसका मस्तिष्क ही काम करता है। यही स्थिति ध्यानस्थ योगी की होती है। परन्तु जब वह मरणासन्न व्यक्ति रोगों से छुटकारा पाकर पुन: जीवित हो उठता है अथवा वह ध्यानस्थ योगी फिर से सहज जीवन में लौट आता है, तब उनकी समस्त इन्द्रियां अपने-अपने स्वभाव के अनुसार फिर से सजग हो उठती हैं। मन के द्वारा निर्देशित होने लगती हैं। प्राण ही सर्वप्रथम 'मन' को जाग्रत करता है। वही सम्पूर्ण इन्द्रियों को नियन्त्रित और अनियन्त्रित करता है। मन का सीधा सम्बन्ध 'प्रज्ञा' से है और प्रज्ञा का प्राण से। इस प्रकार प्राण, प्रज्ञा और इन्द्रियों का अन्योन्याश्रित सम्बन्ध है। प्राणतत्व से ही प्रज्ञा है और प्रज्ञा से ही समस्त इन्द्रियों को संचालन होता है। शरीर से उन्मुक्त होने वाला 'प्राण' जब उत्क्रमण करता है, तब वह उस समय इन सभी इन्द्रियों-सहित ही उत्क्रमण करता है। वाणी सभी नामों का, नाक सभी गन्धों का, चक्षु सभी रूपों का, कान सभी ध्वनियों का और मन सभी ध्यानस्थ विषयों का परित्याग कर देता है। अत: शरीर में प्राण ही वह प्रज्ञा है और प्रज्ञा ही वह प्राण है, जो एक साथ इस शरीर में निवास करते हैं। शरीर की समस्त इन्द्रियों का परिचालन इन्हीं के द्वारा होता है। प्रज्ञा के द्वारा ही वह समस्त इन्द्रियों के स्वभाव के अनुरूप अनुभूति को प्राप्त करता है। प्रज्ञा के अभाव में सभी का अस्तित्व नगण्य हो जाता है। प्राण अथवा प्रज्ञा के बिना किसी भी रूप, विषय अथवा इन्द्रिय की सिद्धि नहीं हो सकती। जिस प्रकार रथ की नेमि अरों के और अरे रथ की नाभि के आश्रित होते हैं, उसी प्रकार के समस्त इन्द्रियाँ, प्रज्ञा के द्वारा ही विद्यमान हैं। यह प्रज्ञा अथवा प्राण ही परमात्मा का आनन्दस्वरूप और अजर-अमर रूप है। यह न तो अच्छे काम से वृद्धि पाता है औ न बुरे कार्य से संकुचित होता है। यह समदर्शी है। यह समस्त लोकों का अधिपति है और सबका स्वामी है। यह प्राण ही हमारा आत्मा है। इसे जानकर ही परमात्मा की उपस्थिति को अनुभव किया जा सकता है। 
प्रज्ञा-स्वरूप प्राण कौन है?
तीसरा अध्याय
प्राण, प्रज्ञा और इन्द्रियों का सम्बन्ध
द्वितीय अध्याय