सेतुसमुद्रम विवाद के जवाब में करूणानिधि ने हिंदू भगवान राम के वजूद पर सवाल उठाया। उन्होंने पूछा:

उनकी टिप्पणियों ने विवाद की इस आग में घी का काम किया। भाजपा नेता रविशंकर प्रसाद ने करूणानिधि पर धार्मिक भेदभाव का आरोप लगाया और कहा कि "हम करूणानिधि से यह जानना चाहते हैं कि क्या वे किसी अन्य धर्म के किसी धार्मिक प्रमुख के खिलाफ इस तरह का बयान करेंगे; जिसका जवाब 'नहीं' है।"

राष्ट्रवादी काँग्रेस पार्टी के प्रवक्ता डी॰पी॰ त्रिपाठी ने कहा, "राम के वजूद के सबूत पर सवाल खड़ा करने की क्या जरूरत है जब इतने सारे लोगों की उनमें पूरी आस्था है?"

इन बयानों के जवाब में करुणानिधि ने बेखटके कहा, "वैसे, [राम के वजूद के दावे को सही साबित करने के लिए] यहाँ न तो वाल्मीकि मौजूद हैं और न ही राम। यहाँ केवल एक ऐसा समूह है जो लोगों को बेवक़ूफ़ समझता है। वे गलत साबित होंगे।

कई दिनों बाद, उन्होंने टिप्पणी की:

आरंभिक जीवन
कुलपक्षपात का आरोप
राजनीति में प्रवेश
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