लैगून द्वारा मलजल प्रशोधन के तहत मानव-निर्मित बड़े-बड़े तालाबों या लैगूनों में मलजल भंडारण के माध्यम से जमाव और आगे चलकर जैविक सुधार का कार्य किया जाता है। ये लैगून बहुत ज्यादा वायवीय होते हैं और देशी मैक्रोफाइट, खास तौर पर नरकट, के औपनिवेशीकरण को अक्सर प्रोत्साहित किया जाता है। डैफ्निया और रोटिफेरा की प्रजातियों जैसे रीढ़रहित प्राणियों के लिए भोजन का प्रबंध करने वाला छोटा फ़िल्टर महीन कानों को हटाकर प्रशोधन की क्रिया में बहुत ज्यादा सहायता करता है।

कीचड़ प्रशोधन और निष्कासन
लैगून द्वारा मलजल प्रशोधन
फ़िल्टर तल (ऑक्सीकरण तल)
नाइट्रोजन का निष्कासन