9 मई 1940 को फिलिप्स के निदेशकों को सूचित किया गया कि अगले दिन नीदरलैंड्स पर जर्मनों द्वारा आक्रमण होने वाला था। उन्होंने देश छोड़ने का फैसला किया और कंपनी की पूंजी की एक बड़ी राशि अपने साथ लेकर संयुक्त राज्य अमेरिका के लिए पलायन कर गए। अमेरिका से उत्तर अमेरिकी फिलिप्स कंपनी के रूप में कार्य करते हुए वे युद्ध की पूर्ण अवधि के दौरान कंपनी को चलाने में कामयाब रहे. इसी के साथ कंपनी को जर्मनों के हाथ पड़ने से बचाने के लिए नीदरलैंड्स एंटीलिज स्थानांतरित कर दिया गया (सिर्फ कागज पर).

यह भी माना जाता है कि युद्ध से पूर्व तथा युद्ध के बाद, फिलिप्स ने कब्जा करने वाली जर्मन सेना को भारी मात्रा में विद्युत उपकरणों की आपूर्ति की थी, जिसके कारण कुछ लोग सोचते हैं कि अन्य कई फर्मों की भांति कंपनी ने नाजियों के साथ सांठगांठ की थी। हालांकि, इस बात का कोई सबूत नहीं है कि फिलिप्स ने खुद या उनके प्रबंधन ने कभी नाजियों या उनकी विचारधारा के साथ सहानुभूति रखी हो. फिलिप्स परिवार के एक मात्र सदस्य जिन्होंने देश नहीं छोड़ा था, फ्रिट्स फिलिप्स थे, जिन्होंने नाज़ियों को यह कह कर कि फिलिप्स में उत्पादन प्रक्रिया के लिए वे अपरित्याज्य थे 382 यहूदियों की जान बचाई थी, जिसके लिए उन्हें याद वाशेम द्वारा 1995 में "राइटियस अमंग द नेशन्स" के रूप में मान्यता से सम्मानित किया गया। फिलिप्स के पास जर्मनों को अपनी उत्पादन सुविधाओं का दुरुपयोग करने से रोकने और आधिपत्य के दौरान अपने कर्मचारियों से जबरन गुलामों की तरह परिश्रम करवाने से रोकने का कोई उपाय नहीं था। आइंटहॉवन में उत्पादन सुविधा ही एकमात्र डच औद्योगिक लक्ष्य था जिस पर युद्ध के दौरान जानबूझ कर सहयोगी सेनाओं द्वारा बम बरसाए गए थे।

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