हालांकि, कोटागिरी का ब्रिटिश काल से पूर्व की अवधि का कोई लिखित इतिहास नहीं है, जो संभवतः युगों से अस्तित्व में रहा है। कुन्नूर के ठीक नीचे का क्षेत्र और नीलगिरी पहाड़ियों की ढलानें कोटा जनजातियों के लिए परंपरागत निवास स्थान रही हैं। अपने आप में 'कोटा-गिरी' नाम का मतलब ही 'कोटा का पहाड़' है। जहाँ टोडा जाति के लोग नीलगिरी के पारंपरिक किसान रहे हैं, कोटा जाति परंपरागत शिल्पकारों की है जो मिट्टी के बर्तन बनाने और टेराकोटा बेकिंग की कला में निपुण हैं। 'कोटा' जनजाति को उनके एकांतवासी स्वभाव और किसी भी बाहरी व्यक्ति से मिलने या उनके साथ घुलने-मिलने की अनिच्छा के लिए जाना जाता है। वर्तमान में उनकी संख्या केवल 1000 सदस्यों के आसपास है और इसमें तेजी से गिरावट आ रही है।

कोटागिरी को अतीत में "कोटा-केरी" या "कोटा-घेरी", कोटा जाति की सड़क के रूप में जाना जाता था। वास्तव में, वहाँ पर कोटा नामक एक बस्ती थी और जब 1911 में सरकार द्वारा स्वच्छता सुधार उद्देश्यों के लिए इस बस्ती की जमीन का अधिग्रहण कर लिया गया था और कोटा बस्ती को कोटागिरी से 2 किलोमीटर दूर "अग्गल" ग्राम में स्थानांतरित हो जाना पड़ा था। कोटा के मंदिर 'कामताराया' देवता को समर्पित हैं जो अभी भी वहाँ रहते हैं और उनका पुनर्निर्माण किया गया है। कोटा जनजाति के लोग हर महीने और वार्षिक उत्सव के दिन इस मंदिर में पूजा करते हैं, वार्षिक उत्सव "अरुद्र दर्शन" के दिन होता है जो जिले के सभी कोटा समुदाय के व्यक्तियों के लिए बहुत महत्त्व रखता है।

कीज और मैकमोहन द्वारा नीलगिरी पहाड़ियों के विस्मृत अभियान के बाद, मद्रास सरकार के दो सिविल सर्वेंट, जे.सी. व्हिश और एन. डब्ल्यू किंडर्सले ने 1819 में इन पहाड़ियों की यात्रा की थी। उनकी यात्रा का सटीक कारण अज्ञात बना हुआ है, लेकिन यह संभवतः तस्करों का पीछा करने के लिए किया गया हो सकता था। वे दर्रे से होकर पहाड़ियों (अब किल कोटागिरी का डेनाड गांव) में गए थे और जैसा कि अपने वरिष्ठों को वापस आकर बताया था, उन्होंने "एक यूरोपीय जलवायु वाले पठार की खोज की थी". उन्होंने इस पठार को 'कोटरचेरी' कहा था।

इसके तुरंत बाद, कोयंबटूर के कलेक्टर, जॉन सुलेवान ने स्वयं इन पहाड़ियों की यात्रा की और कोटागिरी में अपना एक घर बना लिया। वे नीलगिरी पहाड़ियों के पहले यूरोपीय निवासी थे। उनके सुझाव पर, मद्रास सरकार ने ऊटी में एक 'अस्पताल' खोला और गर्मियों के दौरान पूरी सरकार को पहाड़ियों में स्थानांतरित करने का प्रचलन शुरू किया। इस शहर को अपना निजी स्वास्थ्य रिसॉर्ट बना लेने के साथ कई अंग्रेजों ने उनका अनुसरण किया और यहाँ आकर बस गए। उनके लिए यह वातावरण पुराने इंग्लैंड की घाटियों और दर्रों की याद ताजा करने वाला रहा हो सकता है जिसे वे राजा/रानी की सेवा के लिए पीछे छोड़ आये थे।

फिर भी, घर की याद करने वाले अंग्रेजों के लिए कोटागिरी पहली पसंद बन गया था जो इन पहाड़ियों में बसना चाहते थे। इस क्षेत्र की आबोहवा सुखद थी जहां ऊटी या कुन्नूर के विपरीत कोई भी चरम स्थिति नहीं थी जो नम और ठंढे रहते थे। यह आबोहवा उनके लिए 'घर की तरह" थी। इस पठार में सालों भर वर्षा की तुलना में कहीं अधिक गर्म हवाएं चलती थीं। जॉन सुलेवान के बाद अन्य लोगों ने उनका अनुसरण किया जिनमें कई संभ्रांत हस्तियाँ जैसे कि डलहौजी के मार्कस शामिल थे और 1830 के दशक तक इस स्थान के आसपास तकरीबन बीस बंगले बन गए थे।

कोटागिरी ने उस समय अपना महत्त्व खो दिया जब कुन्नूर की तलहटी में मुत्तुपलायम से नए घाट रोड का निर्माण हो गया। उस समय तक ऊटी जाने का एक मात्र रास्ता घुड़सवारी के जरिये था जो कोटागिरी से होकर गुजरता था। इस मार्ग को इवान मैकफर्सन द्वारा 1821 में बनाया गया था और 1870 के आसपास जब एक अच्छी सड़क का निर्माण किया गया, उस समय तक यह एकमात्र रास्ता था।

आज कोटागिरी नीलगिरी पहाड़ियों के सबसे छोटे शहरों में से एक है और बाहरी लोगों के लिए यह अपेक्षाकृत अज्ञात है। हालांकि कोटागिरी के नाम के साथ पहली बार की कई बातें जुडी हुई हैं। इसे नीलगिरी में खोजा गया और ब्रिटिश सरकार द्वारा व्यवस्थित पहला क्षेत्र होने का गौरव हासिल है और यह मद्रास सरकार के कई कर्मचारियों के लिए इसके गुमनाम होने से पहले गर्मियों की छुट्टियां बिताने के लिए पहली पसंद का गंतव्य था जबकि अन्य दो शहर ऊटी और कुन्नूर ने लोकप्रियता के मामले में बाजी मार ली।

यह नीलगिरी आदिवासी वेलफेयर एसोसिएशन (एनएडब्ल्यूए) (NAWA) का मुख्यालय भी है। (एनएडब्ल्यूए) (NAWA) इस क्षेत्र में उन स्थानीय ट्राइबल लोगों की मदद के लिए कुछ प्रशंसनीय कार्य कर रहा है, जिन्हें अन्यथा आदिवासियों रूप में जाना जाता है।
यही वह पहली जगह है जहां चाय, कॉफी और अन्य मसाले जैसी नकदी फसलें लगाई गयीं और उन्हें बाजार में उपलब्ध कराया गया।
यह कोडानाड व्यू प्वाइंट, सैंट कैथरीन वाटर फॉल्स, भगवान रंगास्वामी चोटी, थेंगुमाराहाडा, भगवान रंगास्वामी स्तंभ और कूटाडा जैसे कई दर्शनीय स्थलों की यात्रा के लिए पर्यटकों का पसंदीदा स्थान भी है।

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