एक प्राचीर से घिरे शाहपुरा की स्थापना 1629 में हुई थी। और इसका नाम मुग़ल बादशाह शाहजहाँ के नाम पर रखा गया था। जिन्होंने 1628 से 1658 तक शासन किया। इस नगर में रामसनेहियों (रामभक्तों) रामद्वारा मध्यकालीन भिक्षुओं की पीठ थी। शाहपुरा भूतपूर्व सियासत 'शाहपुरा' की राजधानी था और 1949 में यह राजस्थान राज्य का हिस्सा बना।
शाहपुरा को महाराणा अमीर सिंह प्रथम के दूसरे पुत्र सूरजमल की जागीर (संपत्ति) के रूप में जाना जाता है; इनका शीर्षक 'राजा धीराज' है। सूरजमल के दो बेटे थे सुजान सिंह और वीरमदेव। शाहजहाँ के काल में, सुजान सिंह सम्राट की सेवा में शामिल हो गए, जिसने उन्हें फूलिया का जिला और 800 जाट (पैदल सैनिक) की मंसब (सैन्य पदस्थापना) और 300 सवार (घोड़े या घुड़सवार) दिए। 1643 में, सुजान सिंह का मंसब 1,000 जाट और 500 सवार, और 1645 में 1,500 जाट और 700 सवार तक बढ़ा था। बाद में, वह मुगल राजकुमार औरंगज़ेब के साथ कंधार गए और 1651 में, उनका मंसब 2,000 जाट और 800 सवार तक बढ़ गया।

जब शाहजहाँ ने अपनी सेना को 1615 की संधि के उल्लंघन में बहाल की गई दीवार को ढहाने के लिए चित्तौड़ में सद्दुल्ला खान की कमान में भेजा, सुजान सिंह उसके साथ थे। सुजान के कृतघ्न कार्य का बदला लेने के लिए, महाराणा राज सिंह I ने शाहपुरा (1658) पर हमला किया और 22,000 /-रुपये का जुर्माना लगाया। महाराणा राज सिंह ने वीरमदेव द्वारा शासित क्षेत्र को भी जला दिया। बाद में, शाहजहाँ ने सुजान को महाराणा जसवंत सिंह को विद्रोही राजकुमार औरंगजेब के खिलाफ उनकी लड़ाई में सहायता करने के लिए धर्मत भेजा। वहाँ, सुजान अपने 5 बेटों के साथ मर गया।

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