1972 में अमीन ने युगांडा से निर्वासित लोगों की घुसपैठ की जवाबी कार्रवाई के रूप में ओबोटे समर्थकों की सेना का सफाया कर दिया, जो कि मुख्य रूप से अछोली तथा लांगो जातीय समूहों से संबंधित थी। जुलाई 1971 में, जिन्जा एवं म्बारारा बैरकों में लांगो और अछोली सैनिकों की हत्या कर दी गई, तथा 1972 के प्रारंभ में लगभग 5000 अछोली व लांगो सैनिक तथा इससे कम से कम दुगुनी तादाद में नागरिक गायब हो गए। पीड़ितों में शीघ्र ही दूसरे जातीय समूह, धार्मिक नेता, पत्रकार, कलाकार, वरिष्ठ नौकरशाह, न्यायधीश, वकील, समलैंगिक, छात्र एवं बुद्धिजीवी, आपराधिक संदिग्ध और बाहरी देशों के लोग शामिल हो गए। हिंसा के इस माहौल में, कई अन्य लोग आपराधिक प्रयोजनों या सिर्फ इच्छानुसार मार दिए गए।

जातीय, राजनैतिक और वित्तीय कारकों से प्रेरित ये हत्याएं अमीन के आठ वर्षों के शासन के दौरान जारी रहीं। मारे गए लोगों की सही संख्या अज्ञात है। अंतर्राष्ट्रीय न्यायविद आयोग के एक अनुमान के अनुसार कम से कम 80,000 और अधिक से अधिक लगभग 3,00,000 लोग मारे गए। एमनेस्टी इंटरनेशनल की मदद से निर्वासित संगठनों द्वारा संकलित अनुमान के अनुसार 5,00,000 लोग मारे गए। मारे गए सबसे प्रमुख लोगों में पूर्व प्रधानमंत्री और बाद में मुख्य न्यायाधीश बनने वाले बेनेडिक्टो किवानुका; अंग्रेज बिशप जनानी लुवुम, सेंट्रल बैंक के भूतपूर्व गवर्नर जोसेफ मुबिरू, मकेरेरे यूनिवर्सिटी के कुलपति फ्रैंक कलिमुजो, एक प्रमुख नाटककार बायरन कवाडवा तथा अमीन की अपनी ही कैबिनेट के दो मंत्री एरिनायो विल्सन ओर्येमा तथा चार्ल्स ओबोथ ओफुम्बी शामिल थे।

अमीन के सहयोगी मुअम्मर गद्दाफी ने अमीन को युगांडा से एशियाई लोगों को निष्कासित करने के लिए कहा. अगस्त 1972 में, अमीन ने "आर्थिक युद्ध" की घोषणा के रूप में ऐसी नीतियां बनाईं, जिनमें एशियाई और यूरोपीय लोगों की संपत्तियां जब्त करने की बात कही गई थी। युगांडा के 80,000 एशियाई लोगों में से अधिकांश भारतीय उपमहाद्वीप से संबंधित थे और उस देश में जन्मे थे क्योंकि उनके पूर्वज तभी से वहां रह रहे थे जब यह देश एक ब्रिटिश उपनिवेश था। उनमे से कई लोग बड़े उद्योगों के साथ-साथ व्यवसायों से जुड़े थे, जो एकसाथ मिल कर युगांडा की अर्थव्यवस्था के लिए रीढ़ का काम करते थे। 4 अगस्त,1972 को अमीन ने उन 60000 एशियाई लोगों के निष्कासन का फरमान जारी किया जो युगांडा के नागरिक नहीं थे (उनमें से अधिकांश के पास ब्रिटिश पासपोर्ट थे). बाद में डॉक्टरों, वकीलों तथा शिक्षकों जैसे पेशेवरों को छोड़ कर यह संख्या संशोधित करके 80000 कर दी गई। ब्रिटिश पासपोर्ट धारक अधिकांश एशियाई, जिनकी संख्या लगभग 30000 थी, ब्रिटेन चले गए। अन्य लोग ऑस्ट्रेलिया, कनाडा, भारत, केन्या, पाकिस्तान, स्वीडन, तंज़ानिया और अमेरिका चले गए। अमीन ने एशियाई लोगों के व्यापार और संपत्तियों को जब्त कर लिया और उन्हें अपने समर्थकों को सौंप दिया। बाद में व्यापारों का प्रबंधन ठीक से नहीं हुआ और रखरखाव के अभाव में उद्योग ख़त्म हो गए। यह पहले से ही गिरती हुई अर्थव्यवस्था के लिए विनाशकारी सिद्ध हुआ।

1977 में, अमीन के स्वास्थ्य मंत्री और पूर्व ओबोटे शासन के एक पूर्व अधिकारी हेनरी काएम्बा ने देशद्रोह कर दिया और ब्रिटेन में जा कर बस गए। काएम्बा ने "'ए स्टेट ऑफ़ ब्लड" ' का लेखन और प्रकाशन किया, जो अमीन के नियमों के अंदरूनी राज़ खोलने वाली पहली पुस्तक थी।

अंतर्राष्ट्रीय संबंध
जातीय और अन्य समूहों का उत्पीड़न
राष्ट्रपति पद
ब्रिटिश औपनिवेशिक सेना