ಜೆಫರ್ಸನ್ ನೂಯಾರ್ಕ್‌ನ ಆರೋನ್ ಬರ್ರ್ ರೊಂದಿಗೆ ನಿಕಟವಾಗಿ ಕೆಲಸ ಮಾಡಿದ್ದು, ಹೊಸ ತೆರಿಗೆಗಳ ಆಕ್ರಮಣದ ಮೂಲಕ ಅವರ ಪಕ್ಷವನ್ನು ಟೀಕಿಸಿದರು ಮತ್ತು ೧೮೦೦ ರಲ್ಲಿ ಅಧ್ಯಕ್ಷತೆಗಾಗಿ ದೌಡಾಯಿಸಿದರು . ಅಂದಿನ ಪ್ರಚಲಿತ ಸಂಪ್ರದಾಯಗಳಂತೆ, ಅವರು ಸ್ಥಾನ ಮಾನಕ್ಕೆ ಔಪಚಾರಿಕವಾಗಿ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆ ನಡೆಸಲಿಲ್ಲ. ಹನ್ನೆರಡನೆಯ ತಿದ್ದುಪಡಿಯ, ಗೊಂದಲಕ್ಕಿಂತ ಮುಂಚೆ, ಕೇಂದ್ರ ಚುನಾವಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಸಮಸ್ಯೆ ಎದುರಾಯಿತು. ಅವರು ಬರ್ರ್ ನೊಂದಿಗೆ ಚುನಾಯಿತ ಕಾಲೇಜ್ ನಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ಸ್ಥಾನ ಪಡೆದು, ಹೌಸ್ ಆಫ್ ರೆಪ್ರೆಸೆಂಟೇಟಿವ್ಸ್ ತೊರೆದರು. (ಅಲ್ಲಿ ಫೆಡರಲಿಸ್ಟ್ ಗಳ ಪ್ರಭಾವ ಇನ್ನೂ ಇತ್ತು)

ಧೀರ್ಘಕಾಲದ ಚರ್ಚೆಯ ನಂತರ, ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ತನ್ನ ಪಕ್ಷದವರಿಗೆ ಈ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಮನವರಿಕೆ ಮಾಡಿದರು. "ಜೆಫರ್ಸನ್ ಬರ್ರ್ ಗಿಂತ ರಾಜಕೀಯದಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಟ ದುಷ್ಟನಾಗಿದ್ದು, ಚಿಕ್ಕ ವಯಸ್ಸಿನಲ್ಲೇ ಚುನಾವಣೆ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಿಂದ ಅಂತಹವನನ್ನು ಹೊರಗಿಡುವುದರಿಂದ ಅಪಾದನೆಯನ್ನು ಹೋಗಲಾಡಿಸಬಹುದು. ೧೮೦೧ಫೆಬ್ರವರಿ ೧೭ರಂದು ಮುವತ್ತೆರಡು ಮತಪತ್ರಗಳ ಪರಿಶೀಲನೆಯ ನಂತರ ಜೆಫರ್ಸನ್ ಅಧ್ಯಕ್ಷರಾಗಿ ಮತ್ತು ಬರ್ರ್ ಉಪಾಧ್ಯಕ್ಷರಾಗಿ ಚುನಾಯಿತರಾಗುವುದರ ಮೂಲಕ ಈ ವಿವಾದವನ್ನು ಬಗೆಹರಿಸಲಾಯಿತು. ಬರ್ರ್ ಇದನ್ನು ತನ್ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ತಾನೆ ನಿರಕರಿಸಿದ್ದು ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವಲ್ಲಿ ಅಸಮಧಾನ ಮೂಡಿಸಿತು. ೧೮೦೪ರಲ್ಲಿ ಬರ್ರ್ ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ನನ್ನು ಒಂದು ಯುದ್ದದಲ್ಲಿ ಕೊಂದ ನಂತರ ಆತನನ್ನು ಪಕ್ಷದಿಂದ ಕೈ ಬಿಡಲಾಯಿತು.

ಸಾಮಾನ್ಯ ಚುನಾವಣೆಯಲ್ಲಿ ಫೆಡರಲಿಸ್ಟ್ ಆದ ಜಾನ್ ಆಡಮ್ಸ್ ವಿರುದ್ದ ಜೆಫರ್ಸನ್ ಜಯಗಳಿಸಿದ್ದು ಆ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಹಾಸ್ಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಯಿತು.ಏಕೆಂದರೆ ಸಂವಿಧಾನದ ಸಭೆಯಲ್ಲಿ ಚುನಾವಣಾ ಕಾಲೇಜು ಯಾವ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಮೂರನೇ-ಐದು ಒಪ್ಪಂದ ಮಾಡಿಕೊಂಡಿದೆ ಎಂಬುದು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿತ್ತು. ಜೆಫರ್ಸನ್ ಗುಲಾಮಗಿರಿಯ ಹಿಡಿತದಲ್ಲಿದ್ದ ದಕ್ಷಿಣದ ಮತಗಳನ್ನು ತಮ್ಮದಾಗಿಸಿಕೊಂಡರು. ಅಂದರೆ ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವರ ಒಟ್ಟು ಮತಗಳ ಹನ್ನೆರಡರಲ್ಲಿ ಮತದಾನವನ್ನು ಮತ್ತು ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾನವೀಯತೆಯನ್ನು ನಿರಾಕರಿಸಿದ ಪ್ರಜೆಗಳಿಂದ ಬಂದವುಗಳಾಗಿದ್ದವು. ಚುನಾವಣೆಯ ನಂತರ ೧೮೦೦ರಲ್ಲಿ ಜೆಫರ್ಸನ್ "ನೀಗ್ರೋಗಳ ಅಧ್ಯಕ್ಷ " ಎಂಬ ಟೀಕೆಗೆ ಒಳಗಾದರು. "ಮರ್ಕ್ಯುರಿ ಮತ್ತು ಬೊಟ್ಸನ್‌ನ ನ್ಯೂ-ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ಪಲ್ಲಾಡಿಯಂ" ರವರು ಜನವರಿ ೨೦, ೧೮೦೧ ರಂದು ಬರೆದಿರುವಂತೆ ಜೆಫರ್ಸನ್ "ಗುಲಾಮರ ಹೆಗಲಿನ ಮೇಲಿರುವ ಲಿಬರ್ಟಿ ಆಲಯವನ್ನು" ಗೆದ್ದು ಪರ್ಜಾಪ್ರಭುತ್ವಕ್ಕಾಗಿ ಸಾಧಿಸಿದ ವಿಜಯೋತ್ಸವ ಎಂದು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ.

೧೮೦೦ರ ಚುನಾವಣೆ
ಆರಂಭದ ಜೀವನ ಮತ್ತು ಶಿಕ್ಷಣ
ವಿದೇಶಾಂಗ ಮಂತ್ರಿ(ಸೆಕ್ರೆಟರಿ ಆಫ್ ಸ್ಟೇಟ್)
ಅಧ್ಯಕ್ಷ ಪದವಿ ೧೮೫೭-೧೮೬೧