ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕವಾಗಿ ಹಲವಾರು ಸಸ್ಯಶಾಸ್ತ್ರ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಪುಸ್ತಕಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟಿದ್ದರೂ ಕೂಡ, ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತದಲ್ಲಿ ಸಸ್ಯಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಬಂಧಿತವಾಗಿವೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಅವುಗಳು ಒಪಿಸ್ಟೋಕೊಂಟ್‌ನ ಮೊನೊಫೈಲೆಟಿಕ್ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಜೊತೆಗೆ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಅಣುಗಳ ಜಾತಿವಿಕಾಸವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡ ಒಂದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಶಿಲಿಂಧ್ರಗಳ ಒಂದು ಮೊನೊಫೈಲೆಟಿಕ್ ಮೂಲವನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರಮುಖವಾಗಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ಹೋಲಿಕೆಗಳ ಮೇಲೆ ಆಧಾರಿತವಾದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಸಂಶೋಧನೆಗಳ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ, ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ವರ್ಗೀಕರಣವು ಒಂದು ಸ್ಥಿರವಾದ ಹೊರಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯ ಒಂದು ಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿದೆ. ಪ್ರಸ್ತುತದ ಈ ಜೀವವರ್ಗೀಕರಣದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಅನೇಕ ವೇಳೆ ಹಳೆಯದಾದ ಮತ್ತು ಕೆಲವು ವೇಳೆ ರೂಪವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾದ ಕಡಿಮೆ ಭೇದಾತ್ಮಕ ವಿಧಾನಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಸಂಯೋಗಗಳಿಂದ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲ್ಪಟ್ಟ ಜೈವಿಕ ಜಾತಿಗಳ ಅಂಶಗಳ ಮೇಲೆ ಆಧಾರಿತವಾದ ವಿಂಗಡನೆಗಳು ಅನೂರ್ಜಿತಗೊಳ್ಳಲ್ಪಡುತ್ತವೆ.

ಹೆಚ್ಚಿನ ವರ್ಗೀಕರಣದ ಮಟ್ಟಗಳಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ರೀತಿಯಾದ ಉತ್ಕೃಷ್ಟವಾದ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲ್ಪಟ್ಟ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಅಲ್ಲಿ ಜಾತಿಗಳು ಮೇಲೆ ಹೋದಂತೆಲ್ಲಾ ಪ್ರತಿ ಹಂತದಲ್ಲಿಯೂ ಕೂಡ ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾದ ಹೆಸರು ಬದಲಾವಣೆ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ಪ್ರಚಲಿತದಲ್ಲಿವೆ. ಸಂಶೋಧಕರುಗಳಲ್ಲಿನ ಪ್ರಯತ್ನಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತದಲ್ಲಿ ಒಂದು ಏಕೀಕೃತ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಸ್ಥಿರವಾದ ನಾಮಕರಣ ಪೃವೃತ್ತಿಗಳ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಸ್ಥಿರೀಕರಿಸುವ ಮತ್ತು ಪ್ರೋತ್ಸಾಹಿಸುವ ಪೃವೃತ್ತಿಗಳು ಪ್ರಚಲಿತಕ್ಕೆ ಬರುತ್ತಿವೆ. ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ಜಾತಿಗಳೂ ಕೂಡ ಅವುಗಳ ಜೀವನ ಚಕ್ರ ಮತ್ತು ಪುನರುತ್ಪಾದನೆಯ ವಿಧಾನ (ಲೈಂಗಿಕ ಅಥವಾ ಅಲೈಂಗಿಕ) ಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಬಹುವಿಧದ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಹೆಸರುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಇಂಡೆಕ್ಸ್ ಫಂಗೋರಮ್ ಮತ್ತು ಐಟಿಐಎಸ್ ವೆಬ್ ಸೈಟ್‌ಗಳು ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ಜಾತಿಗಳ ಪ್ರಸ್ತುತದ ಹೆಸರುಗಳ ಯಾದಿಯನ್ನು ಪ್ರಕಟಪಡಿಸುತ್ತವೆ (ಹಳೆಯ ಸಮಾನಾರ್ಥಕ ಪದಗಳ ಉಲ್ಲೆಖವನ್ನೂ ಕೂಡ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸುತ್ತವೆ).

ಕಿಂಗ್‌ಡಮ್ ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳ ೨೦೦೭ ರ ವಿಂಗಡನೆಯು ಹಲವಾರು ಡಜನ್ ಶಿಲೀಂಧ್ರಶಾಸ್ತ್ರಜ್ಞರು ಮತ್ತು ಇತರ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳ ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಜೀವಿವರ್ಗೀಕರಣಶಾಸ್ತ್ರಗಳ ಮೇಲಿನ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಒಂದು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಪ್ರಮಾಣದ ಸಂಘಟಿತ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿದೆ. ಇದು ಏಳು ಫೈಲಾಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡು - ಆಸ್ಕೋಮೈಕೊಟಾ ಮತ್ತು ಬೇಸಿಡಿಯೋಮೈಕೋಟಾ- ಇವುಗಳು ಉಪಕಿಂಗ್‌ಡಮ್ ಡೈಕಾರ್ಯಾವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಒಂದು ವಿಭಗವಾಗಿದೆ. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕ್ಲ್ಯಾಡೋಗ್ರಾಮ್ (ಜಾತಿವಿಕಾಸದ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಬಳಸುವ ಒಂದು ಮರದ ಚಿತ್ರ) ಪ್ರಮುಖ ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಟಾಕ್ಸಾ ಮತ್ತು ಒಪಿಸ್ಟೋಕೊಂಟ್ ಮತ್ತು ಯುನಿಕೊಂಟ್ ಜೀವಿಗಳ ಜೊತೆಗೆ ಅವುಗಳ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಮರದ ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ ವಿಭಾಗಗಳ (ಶಾಖೆಗಳ) ಉದ್ದವು ಬೆಳವಣಿಗಾತ್ಮಕ ಅಂತರಗಳಿಗೆ ಪ್ರಮಾಣಾನುಗುಣವಾಗಿಲ್ಲ. 

ಕೀಟಗಳ ಜೊತೆಗೆ
ಅಲೈಂಗಿಕ ಮರುಉತ್ಪಾದನೆ
ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನ
ಜೀವಿ ವರ್ಗೀಕರಣಶಾಸ್ತ್ರ