ಜೈವಿಕ ಡೀಸೆಲ್‌ ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ, ಆದರೂ ಸಮಸ್ಯಾಜನಕ ಪ್ರಮಾಣದ ನೀರನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ನೀರಿನೊಂದಿಗೆ ಬೆರೆಯದ ಗುಣವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಈಥನಾಲ್‌ ತರಹ ಜೈವಿಕ ಇಂಧನವು (ಆರ್ದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಂತಹದ್ದು) ಆರ್ದ್ರಚೋಷಕವಾಗಿದೆ. (ಹವಾಮಾನದ{/0)}ಲ್ಲಿನ [[ತೇವ]]ದಿಂದ ನೀರಾಂಶ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಂತಹದ್ದು) ಜೈವಿಕ ಡೀಸೆಲ್‌ ನೀರನ್ನು ಹೀರಿಕೊಳ್ಳಲು ಕಾರಣ - ಅಪೂರ್ಣ ರಾಸಾಯನಿಕ ಕ್ರಿಯೆಯಿಂದ ಬಾಕಿ ಉಳಿದ ಮೊನೊ ಮತ್ತು ಡೈಗ್ಲಿಸೆರೈಡ್‌ಗಳು. ಈ ಕಣಗಳು ಎಮಲ್ಸಿಕಾರಕಗಳಾಗಿ (ಎಮಲ್ಸಿಫಯರ್‌ ಆಗಿ) ಕಾರ್ಯ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ನೀರು ಜೈವಿಕ ಡೀಸೆಲ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಬೆರೆಯಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಾಗಬೇಕಾದ ಅಥವಾ ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ನ ಸಾಂದ್ರೀಕರಣದಿಂದ ಉಂಟಾದ ನೀರಿನ ಅವಶೇಷಗಳೂ ಇರಬಹುದು. ಜೈವಿಕ ಡೀಸೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ನೀರಿರುವುದು ಸಮಸ್ಯೆ, ಏಕೆಂದರೆ:

ಹಿಂದೆ, (ಮಾದರಿ) ಸ್ಯಾಂಪಲ್‌ಗಳ ಮೂಲಕ ನೀರು ಜೈವಿಕ ಡೀಸೆಲ್‌ನ್ನು ಕಲುಷಿತಗೊಳಿಸಿದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಅಳೆಯಲು ಕಷ್ಟಕರವಾಗುತ್ತಿತ್ತು; ಏಕೆಂದರೆ ಎಣ್ಣೆ ಮತ್ತು ನೀರು ಬೆರೆಯಲಾರವು. ಆದರೆ, ಇದು ಈಗ ತೈಲದಲ್ಲಿ-ನೀರನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಸಂವೇದಕಗಳ ಮೂಲಕ ಸಾಧ್ಯ.
ತಯಾರಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ರಾಸಾಯನಿಕ ವೇಗವರ್ಧಕ (ಕೆಟಲಿಸ್ಟ್‌) ಬಳಸುವಾಗ ನೀರು ಕಲುಷಿತವಾಗುವುದು ಸಂಭವನೀಯ ಸಮಸ್ಯೆ. ಇದರಿಂದಾಗಿ, ಪೊಟಾಷಿಯಂ ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸೈಡ್‌ನಂತಹ ಪ್ರತ್ಯಾಮ್ಲ(ಬೇಸ್‌)ದ ವೇಗವರ್ಧಕದ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಕಡಿಮೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಆದರೂ, ಮೆಥನಾಲ್‌ ತಯಾರಿಕೆಯ ಪ್ರಮುಖ ವಿಧಾನ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಉಷ್ಣಾಂಶ ಮತ್ತು ಒತ್ತಡದಲ್ಲಿ ಮೆಥನಾಲ್‌ ಹಾಗೂ ತೈಲದ ಪೂರಕ ಕಚ್ಚಾ ಸಾಮಗ್ರಿಗಳ ಟ್ರ್ಯಾನ್ಸ್-ಎಸ್ಟರಿಫಿಕೆಷನ್‌ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು, ನೀರು ಕಲುಷಿತತೆಯಿಂದ ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗಿರುವುದಿಲ್ಲ.
ಇಂಧನ ಭದ್ರತೆ
ಐತಿಹಾಸಿಕ ಹಿನ್ನೆಲೆ
ಪರಿಸರದ ಮೇಲಿನ ಪರಿಣಾಮ
ನೀರಿನಿಂದ ಕಲುಷಿತಗೊಳ್ಳುವಿಕೆ