ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನದ ನಿರ್ಮಲೀಕರಣವನ್ನು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ನಿರ್ಮಲೀಕರಣ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಗಿರುವ ಒಂದು ಆಮೂಲಾಗ್ರ ಪರ್ಯಾಯ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಾಗಿ ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಿಶ್ರಗೊಬ್ಬರ ಮಾಡುವಿಕೆಯ ಅಥವಾ ಹುಳುಗಳ ಮಿಶ್ರಗೊಬ್ಬರ ಮಾಡುವಿಕೆಯ ಶೌಚಾಲಯಗಳನ್ನು ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನದ ನಿರ್ಮಲೀಕರಣವು ಆಧರಿಸಿದ್ದು, ಶುಚೀಕರಣ ಮತ್ತು ಪುನರ್‌‌ಬಳಕೆ ಮಾಡಲು ಪರಿವರ್ತಿಸುವುದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಮೂಲದಲ್ಲಿಯೇ ಮೂತ್ರ ಮತ್ತು ಮಲದ ಒಂದು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಬೇರ್ಪಡಿಕೆಯನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಇದು ಕಪ್ಪುನೀರಿನ ಸೃಷ್ಟಿಯನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ತ್ಯಾಜ್ಯನೀರಿನಲ್ಲಿ (ಮೂತ್ರದಲ್ಲಿ) ಮಲದ ರೋಗಜನಕಗಳು ಇನ್ನೂ ಉಳಿದುಕೊಂಡಿದ್ದರೆ ಅದನ್ನೂ ತೆಗೆದುಹಾಕುತ್ತದೆ. ಒಂದು ವೇಳೆ ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನದ ನಿರ್ಮಲೀಕರಣವನ್ನು ರೂಢಿಸಿಕೊಂಡಿದ್ದೇ ಆದಲ್ಲಿ, ಪುರಸಭೆಯ ತ್ಯಾಜ್ಯನೀರು ಕೇವಲ ಬೂದುನೀರನ್ನು ಮಾತ್ರವೇ ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ; ಈ ಬೂದುನೀರನ್ನು ತೋಟಗಾರಿಕೆಗಾಗಿ ಮರುಬಳಕೆ ಮಾಡಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬಹುತೇಕ ನಿದರ್ಶನಗಳಲ್ಲಿ ಬೂದುನೀರನ್ನು ಪಾಕೀಜು ಚರಂಡಿಗಳಿಗೆ ಹರಿಯಬಿಡುವ ಪರಿಪಾಠವು ಈಗಲೂ ಮುಂದುವರಿಯುತ್ತಿದೆ.

ತ್ಯಾಜ್ಯನೀರಿನ ಸಂಗ್ರಹಣೆ
ಘನ ತ್ಯಾಜ್ಯವಸ್ತುವಿನ ವಿಲೇವಾರಿ
ತ್ಯಾಜ್ಯನೀರಿನ ನಿರ್ಮಲೀಕರಣ
ಪರಿಸರ ನೈರ್ಮಲ್ಯ