ಶಾರುಖ್ ಖಾನ್ ರವರ ವಿರುದ್ಧ ಅಜೀಜ್ ಮಿರ್ಜಾ ರವರ "ಚಲ್ತೆ ಚಲ್ತೆ " ಮುಖರ್ಜಿ ಯವರ 2003 ರಲ್ಲಿ ತೆರೆಕಂಡ ಮೊದಲ ಚಲನಚಿತ್ರವಾಗಿತ್ತು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ ಅವರು "ಸಾಥಿಯಾ" ದ ತದ್ರೂಪ ಪಾತ್ರದಲ್ಲೇ ಅಭಿನಯಿಸಿದರು, ಮತ್ತು ಅವರು ಫಿಲ್ಮ್ ಫೇರ್ ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ಅಭಿನೇತ್ರಿ ಪ್ರಶಸ್ತಿಗೆ ತಮ್ಮ ಎರಡನೆಯ ಬಾರಿಯ ನಾಮನಿರ್ದೇಶನವನ್ನು ಪಡೆದರು.
ಆ ವರುಷದಲ್ಲಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾದ ಇತರೆ ಮೂರು ಚಿತ್ರಗಳಲ್ಲಿ, ಮುಖರ್ಜಿ "ಚೋರಿ ಚೋರಿ " ಚಲನಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ ತಮ್ಮ ಮೊದಲ ಹಾಸ್ಯದ ಪಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಅಭಿನಯಿಸಿದರು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು ಗಲ್ಲಾಪೆಟ್ಟಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಮಿಂಚದೆ ಹೋದರೂ, ಮುಖರ್ಜಿಯವರ ಹಾಸ್ಯದ ಸಂಧರ್ಭ ಮೆಚ್ಚುಗೆ ಗಳಿಸಿತು.

2004 ರಲ್ಲಿ, ಮಣಿರತ್ನಂರವರ "ಯುವ" ದಲ್ಲಿ ಒಬ್ಬ ಬೆಂಗಾಲಿ ಗೃಹಿಣಿಯ ಅವರ ಅಭಿನಯವು ಮುಖರ್ಜಿ ಯವರಿಗೆ ಅವರ ಫಿಲ್ಮ್ ಫೇರ್ ನ ಎರಡನೆಯ ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ಪೋಷಕ ಅಭಿನೇತ್ರಿ ಪ್ರಶಸ್ತಿಯನ್ನು ಗಳಿಸಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು ಹಣ ಗಳಿಸದೇ ನೆಲಕಚ್ಚಿದರೂ, ಅವರ ನಟನೆಯು ಒಬ್ಬ ವಿಮರ್ಶಕರ ಬರಹದೊಂದಿಗೆ ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪ್ರಶಂ ಸೆ ಗಳಿಸಿತು, "ಆ ಪಾತ್ರಕ್ಕೆ ಒಬ್ಬ ಮಹತ್ವದ ನಟಿಯ ಬೇಡಿಕೆಯತ್ತು ಹಾಗೂ ರಾಣಿಯವರು ಆ ನಿರೀಕ್ಷೆಯ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಮೀರಿದ್ದಾರೆ". ಪ್ರೇಮ ಪ್ರಕರಣದ ಹಾಸ್ಯದ "ಹಮ್ ತುಮ್ " ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಅಭಿನಯಿಸುವುದರ ಮೂಲಕ ಮುಂದುವರಿದರು, ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು ಆ ವರ್ಷದ ಅತ್ಯಂತ ಉನ್ನತ ಹಣ ಗಳಿಕೆಯ ಚಿತ್ರಗಳಲ್ಲೊಂದಾಯಿತು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು, 1989 ರ "ವೆನ್ ಹ್ಯಾರಿ ಮೆಟ್ ಸ್ಯಾಲಿ ... " ಚಿತ್ರವನ್ನಾಧರಿಸಿದ ಕುಣಾಲ್ ಕೊಹ್ಲಿಯವರಿಂದ ನಿರ್ದೇಶಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿತು. ಇಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ, ಒಬ್ಬ ಮಹಿಳೆ ರ್ಹಿಯಾ ಶರ್ಮಾ ಅಗಿ ಮುಖರ್ಜಿಯವರ ಪಾತ್ರವು ಅವರ ಮೊದಲ ಫಿಲ್ಮ್ ಫೇರ್ ನ ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ನಟಿ ಪ್ರಶಸ್ತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಅನೇಕ ಪ್ರಶಸ್ತಿಗಳನ್ನು ತಂದು ಕೊಟ್ಟಿತು. "ಬಿಬಿಸಿ" ಯು ಅವರ ಸಾಧನೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿತು, "ರಾಣಿಯವರು ತಮ್ಮ ಪೀಳಿಗೆಯ ಹೆಚ್ಚು ನಂಬಲಾರ್ಹ ಹಾಗೂ ಬಹುಮುಖ ಪ್ರತಿಭೆಗಳಲ್ಲಿ ಬಹುಬೇಗನೆ ಒಬ್ಬರಾಗುತ್ತಿದ್ದಾರೆ."

ಶಾರುಖ್ ಖಾನ್ ಹಾಗೂ ಪ್ರೀತಿ ಜಿಂಟಾ ರವರ ಜೊತೆ ಸಹ ನಟಿಯಾಗಿ ನಟಿಸಿದ ಯಶ್ ಛೋಪ್ರಾ ಅವರ ಪ್ರೀಯ ವೀರಗಾಥೆ "ವೀರ್ ಜರ್ರಾ" ಅವರ ಆ ವರುಷದ ಕೊನೆಯ ಚಿತ್ರವಾಗಿತ್ತು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು ಭಾರತ ಮತ್ತು ಪರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವರುಷದ ಒಟ್ಟಾರೆ ಅತಿ ಹೆಚ್ಚು ಗಳಿಕೆಯ ಶ್ರೇಷ್ಠ ಚಿತ್ರವಾಗಿ ಹೊರ ಬಂದಿತು, ಆ ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ ಖಾನ್ ರವರು ಅಭಿನಯಿಸಿದ ಭಾರತೀಯ ಅಧಿಕಾರಿ, ವೀರ್ ಪ್ರತಾಪ್ ಸಿಂಗ್ ಹಾಗೂ ಜಿಂಟಾ ರವರಿಂದ ನಟಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಒಬ್ಬ ಪಾಕಿಸ್ತಾನಿ ಮಹಿಳೆ ಜರ್ರಾ ರ ಪ್ರೇಮ ಪ್ರಕರಣದ ಗಾಥೆಯನ್ನು ತಿಳಿಸುತ್ತದೆ. ಮುಖರ್ಜಿಯವರು ವೀರ್ ಪ್ರತಾಪ್ ಸಿಂಗ್ ನ ಬಗ್ಗೆ ಸತ್ಯಾಂಶವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಸ್ವತಃ ಜವಾಬ್ದಾರಿ ವಹಿಸುವ ಒಬ್ಬ ಪಾಕಿಸ್ತಾನಿ ನ್ಯಾಯವಾದಿಯಾಗಿ ಸಾಮಿಯಾ ಸಿದ್ದಿಕಿಯ ಪೋಷಕ ಪಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಅಭಿನಯಿಸಿದರು.
2005 ರಲ್ಲಿ, ಮುಖರ್ಜಿಯವರು ನಾಲ್ಕು ಉನ್ನತ-ವ್ಯಕ್ತಿ ಚಲನಚಿತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ನಟಿಸಿದರು: ಸಂಜಯ್ ಲೀಲಾ ಬನ್ಸಾಲಿ ಅವರ ಬ್ಲಾಕ್" ', ಶಾದ್ ಅಲಿ ಅವರ ಬಂಟಿ ಔರ್ ಬಬ್ಲಿ , ಅಮೋಲ್ ಪಾಲೇಕರ್ ಅವರ ಪಹೇಲಿ" ' ಹಾಗೂ ಕೇತನ್ ಮೆಹ್ತಾ ಅವರ " '. ಅವರು ಬ್ಲಾಕ್" ' ಚಲನಚಿತ್ರದಲ್ಲಿನ ಅವರ ಅಭಿನಯಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಪ್ರಸಿದ್ಧರಾದರು. ಬನ್ಸಾಲಿಯವರು ತಮ್ಮ ಪ್ರಸ್ತಾವನೆಯೊಂದಿಗೆ ಮುಖರ್ಜಿ ಅವರ ಬಳಿ ಮೊದಲು ಬಂದಾಗ, ಅವರು ಅದನ್ನು ನಿರಾಕರಿಸಿದರು ಹಾಗೂ ಕಿವುಡಿ - ಕುರುಡಿ ಹುಡುಗಿಯ ಪಾದಲ್ಲಿ ಮಾಡಲು ತಮಗೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಭರವಸೆಯಿಲ್ಲವೆಂದು ತಿಳಿಸಿದರು. ಒಮ್ಮ ನಿರ್ದೇಶಕರು ಅವರಲ್ಲಿ ಭರವಸೆ ವಹಿಸಿದಾಗ, ಅವರು ಆ ಪಾತ್ರವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಒಪ್ಪಿದರು ಮತ್ತು ಮುಂಬೈನಲ್ಲಿನ "ಹೆಲೆನ್ ಕೆಲ್ಲರ್ ಸಂಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ" ವೃತ್ತಿಪರ ತರಬೇತುದಾರರ ಜೊತೆ ಸಂಜ್ಞಾ ಭಾಷೆಯನ್ನು ತೀವ್ರವಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಿದರು. ಮುಖರ್ಜಿ ಯವರು ತಮ್ಮ ಅಭಿನಯಕ್ಕಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಮರ್ಶಾ ಪ್ರಶಂಸೆ ಗಳಿಸಿದರು ಹಾಗೂ ಅನೇಕ ಪ್ರಶಸ್ತಿ ಸಮಾರಂಭಗಳಲ್ಲಿ "ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ನಟಿಯ " ವರ್ಗದಲ್ಲಿ ಬಹಳಷ್ಟು ಬಹುಮಾನಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದರು. "ಇಂಡಿಯಾಎಫ್ಎಮ್ " ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿತು, "ಇಂದಿನವರೆಗೂ ಸಮಯಕ್ಕೆ ಸರಿಯಾಗಿ ರಾಣಿಯವರು ತಮ್ಮ ಅತ್ಯುನ್ನತ ಸಾಧನೆಯನ್ನು ನೀಡಿದ್ದಾರೆ ಎಂಬುದನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸುವಂತಿಲ್ಲ. ಅವರ ಪಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಸಂಭಾಷಣೆಯಿಲ್ಲದೆ, ಏಕಾಂಗಿಯಾಗಿ ತಮ್ಮ ಭಾವನೆಗಳ ಮೂಲಕ ನಟಿಯು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತಾರೆ ಹಾಗೂ ಅವರು ಎಂತಹ ಅದ್ಭುತ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರುತ್ತಾರೆ. ಅವರ ಈ ಅಭಿನಯದ ಸಾಧನೆಯು ಎಲ್ಲಾ ಮಹತ್ವಾಕಾಂಕ್ಷೆಯ ನಟರಿಗೂ ಪರಾಮರ್ಶೆಯ ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿಯಾಗಿ ಮುನ್ನಡೆಸಲಿದೆ". ಅವರ ಮುಂದಿನ ಬಿಡುಗಡೆ, "'ಬಂಟಿ ಔರ್ ಬಬ್ಲಿ" ' ಚಲನಚಿತ್ರ ಆ ವರ್ಷದ ಅತಿಹೆಚ್ಚು ಹಣಗಳಿಕೆಯ ಅತ್ಯುನ್ನತ ಚಿತ್ರಗಳಲ್ಲೊಂದಾಗಿ ಹೊರಬಂದಿತು. ಆ ಚಲನಚಿತ್ರವು ಗಲ್ಲಾ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಯಶಸ್ವಿಯಾದರೂ ಹಾಗೂ ಅಂತೆಯೇ ಮುಖರ್ಜಿಯವರ ಅಭಿನಯವೂ, ಒಬ್ಬ ವಿಮರ್ಶಕ ಬರವಣಿಗೆಯೊಂದಿಗೆ, ಮಿಶ್ರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಕಂಡಿತು, ಅಳುವ ದೃಶ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಬಾರಿ ಮೇರೆ ಮೀರಿ ನಟನೆ ಮಾಡಿದ್ದಾರೆ, "ರಾಣಿಯವರು ಹೆಚ್ಚು ಸಮಯ ಒಂದು ಶ್ರೇಷ್ಠ ನಟನೆ ಮಾಡಿದ್ದಾರೆ". ಆದಾಗ್ಯೂ, ಮುಖರ್ಜಿಯವರು ಐಐಎಫ್ಎ ಪ್ರಶಸ್ತಿ ಮತ್ತು ಫಿಲ್ಮ್ ಫೇರ್ ಪ್ರಶಸ್ತಿಗಳಿಂದ"ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ನಟಿ " ನಾಮನಿರ್ದೇಶನವನ್ನು ಪಡೆದರು.

ಮೀರಾ ನಾಯರ್ ಅವರ ಹಾಲಿವುಡ್ ಚಲನಚಿತ್ರ ದಿ ನೇಮ್ ಸೇಕ್" ' (2007) ರಲ್ಲಿ ಮುಖರ್ಜಿಯವರಿಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ಕೊಡಲ್ಪಟ್ಟಿತು, ಆದರೆ ಕಭಿ ಅಲ್ವಿದ ನಾ ಕೆಹೆನಾ" ' ಚಿತ್ರ ದೊಂದಿಗೆ ಸಮಯ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದ ಕಾರಣ, ಆ ಚಿತ್ರಕ್ಕೆ ಅವರು ತಮ್ಮ ಒಪ್ಪಿಗೆ ಕೊಡಲಿಲ್ಲ. ಅಮಿತಾಭ್ ಬಚ್ಚನ್, ಶಾರುಖ್ ಖಾನ್, ಅಭಿಷೇಕ್ ಬಚ್ಚನ್, ಪ್ರೀತಿ ಜಿಂಟಾ ಹಾಗೂ ಕಿರೊಣ್ ಖೇರ್ ರಂತಹ ಬಹು ನಟರನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಕರಣ್ ಜೋಹರ್ ಅವರ ಚಲನಚಿತ್ರ "ಕಭಿ ಅಲ್ವಿದ ನಾ ಕೆಹೆನಾ " 2006 ರಲ್ಲಿ ತೆರೆಕಂಡ ಅವರ ಮೊದಲ ಚಿತ್ರವಾಗಿತ್ತು. ಆ ಚಿತ್ರವು ಮಿಶ್ರ ಪುರ್ನವಿಮರ್ಶೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಆರಂಭಗೊಂಡಿತು ಕಂಡಿತು ಆದರೆ ಪರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಎಂದೆಂದಿಗೂ ಅತಿ ಹೆಚ್ಚು ಗಳಿಕೆಯ ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ಯಶಸ್ವಿ ಚಿತ್ರವಾಗಿ ಹೊರಬಂದಿತು. ಇತರೆ ಹೊರಗಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ದಾಂಪತ್ಯದ ಸಂಬಂಧಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಣಮಿಸುವ, ನ್ಯೂಯಾರ್ಕ್ ನಲ್ಲಿನ ಇಬ್ಬರು ದುಃಖಿ ವಿವಾಹವಾದ ದಂಪತಿಗಳ ಕತೆಯನ್ನು ಈ ಚಲನಚಿತ್ರವು ತಿಳಿಸುತ್ತದೆ. ಅಭಿಷೇಕ್ ಬಚ್ಚನ್ ಅಭಿನಯಿಸಿದ ಆಕೆಯ ಪತಿಯಾಗಿ ಹಾಗೂ ಆಕೆಯ ಮಧ್ಯದ ಸಂಬಂಧದ ಬಗ್ಗೆ ಸ್ವತಃ ಆಶಂಕೆ ಹಾಗೂ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ವಿಸ್ತರಣೆಯಾದ ಒಬ್ಬ ಮಹಿಳೆ, ಮಾಯಾ ತಲ್ವಾರರ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಮುಖರ್ಜಿಯವರು ನಿರ್ವಹಿಸಿದರು; ಆಕೆಯ ಅಭಿನಯವು ಬಹಳವಾಗಿ ಶ್ಲಾಘನೆಯೊಂದಿಗೆ ಸ್ವೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿತು. "ಸಿಎನ್ ಎನ್-ಐಬಿಎನ್ " ನಿಂದ "ರಾಜೀವ್ ಮಸಂದ್ " ರವರು ಅಭಿಪ್ರಾಯಪಟ್ಟರು, "ರಾಣಿಯವರು ಒಂದು ಮಿಯನ್ ಹಣದಂತೆ ಕಾಣುತ್ತಾರೆ ಹಾಗೂ ಬಹಳ ಕಾಲದವರೆಗೆ ನಾವು ನೆನಪಿನಲ್ಲಿಟ್ಟುಕೊಳ್ಳುವಂತೆ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ತಮ್ಮ ಪಾತ್ರದೊಳಗೆ ಮುಳುಗಿ ಹೋಗುತ್ತಾರೆ". "ಅತ್ಯುತ್ತಮ ನಟಿ " ಪ್ರಶಸ್ತಿಗೆ ಅವರು ಅನೇಕ ನಾಮನಿರ್ದೇಶನಗಳನ್ನು ಪಡೆದರು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಮೂರನೆಯ ವರ್ಷಕ್ಕೆ ಮೂರನೆಯ ಐಐಎಫ್ಎ ಅತ್ಯಂತ ಶ್ರೇಷ್ಠ ನಟಿ ಪ್ರಶಸ್ತಿಯನ್ನು ಗಳಿಸಿದರು. ಮುಖರ್ಜಿಯವರ ಮುಂದಿನ ಬಿಡುಗಡೆಯಾದ ಚಲನಚಿತ್ರ ಬಿ.ಆರ್.ಚೋಪ್ರಾ ರವರ "ಬಾಬುಲ್" . ಪರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರದರ್ಶನ ಕಂಡ ಚಲನಚಿತ್ರವಾದರೂ, ಆ ಚಿತ್ರವು ಭಾರತದಲ್ಲಿ ಗಲ್ಲಾ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಸೋತಿತು. ಒಬ್ಬ ವಿಧವೆಯಾಗಿ ಅವರ ಪಾತ್ರವು ಮಿಶ್ರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಕಂಡಿತು.

ಇತರೆ ಸಾಧನೆಗಳು
ಇತ್ತೀಚಿನ ಕೆಲಸ, 2007 - ವರ್ತಮಾನ
ಯಶಸ್ಸುಗಳು, 2003 - 06
ವಿವಾದಗಳು