ಕೊಳಚೆನೀರಿನಲ್ಲಿರುವ ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ಸಂಸ್ಕರಣ ಕ್ರಮವನ್ನು ಕೈಗೊಳ್ಳುವ ಮುಖ್ಯ ಉದ್ದೇಶವೆಂದರೆ ಪರಿಸರಕ್ಕೆ ಮತ್ತೆ ಬಿಡುವಂತಹ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಬಹುವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸುವಿಕೆ. ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ಫಲಿತವು ಸಂಸ್ಕರಣೆಗಾಗಿ ಬಳಸುವ ನೀರಿನ ಗುಣಮಟ್ಟ(ಉದಾ:ಮಂಜುಗಟ್ಟಿರುವಿಕೆ, pH, ಇತ್ಯಾದಿ), ಬಳಸುತ್ತಿರುವ ಮುಕ್ತಕಾರಕ, ಅದರ ಪ್ರಮಾಣ (ಸಾಂದ್ರತೆ ಮತ್ತು ಬಾರಿ), ಮತ್ತು ಇತರ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಯಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ತಿಳಿಯಿಲ್ಲದ ನೀರನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಣಗೊಳಿಸುವುದರಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಯಶ ಸಿಗುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಘನವಸ್ತುಗಳು ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಮರೆಯಲ್ಲಿರಿಸಬಹುದು - ವಿಶೇಷತಃ ಊದಾರಂಗಿನ ಬೆಳಕಿನಿಂದ ಅಥವಾ ಸಂಪರ್ಕದ ಸಮಯವು ಬಹಳ ಕಡಿಮೆಯಾಗುವ ಕಾರಣದಿಂದ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಕಡಿಮೆ ಸಂಪರ್ಕ ಸಮಯಗಳು, ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಮಾಣಗಳು ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಹರಿವುಗಳು ಎಲ್ಲವೂ ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತತೆಯ ಯತ್ನಗಳಿಗೆ ವಿರೋಧ ಒಡ್ಡುತ್ತವೆ. ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತತೆಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಓಝೋನ್, ಕ್ಲೋರಿನ್, ಅತಿ ನೇರಳೆ ಬೆಳಕು, ಅಥವಾ ಸೋಡಿಯಂ ಹೈಡ್ರೋಕ್ಲೋರೈಡ್ ಗಳನ್ನು ಒಳಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕುಡಿಯುವ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಬಳಸುವ ಕ್ಲೋರಾಮೈನ್ ಅನ್ನು, ಅದರ ಸ್ಥಿರಗುಣವನ್ನು ಮನಗಂಡು, ಕೊಳಚೆನೀರಿನ ಸಂಸ್ಕರಣದಲ್ಲಿ ಬಳಸುವುದಿಲ್ಲ.

ಕಡಿಮೆ ಖರ್ಚು ಹಾಗೂ ದೀರ್ಘಕಾಲಿಕ ಪರಿಣಾಮವಿರುವುದೆಂಬ ದಾಖಲೆ ಹೊಂದಿರುವ ಕ್ಲೋರಿನೇಷನ್ (ಕ್ಲೋರಿನ್ ಸೇರಿಸುವಿಕೆ) ಉತ್ತರ ಅಮೆರಿಕದಲ್ಲಿ ಕೊಳಚೆನೀರನ್ನು ಸೋಂಕುಕಾರಕ-ಮುಕ್ತಗೊಳಿಸುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ವಿಧವಾಗಿ ಮುಂದುವರೆದಿದೆ. ಇದರ ಒಂದು ತೊಂದರೆಯೆಂದರೆ ಉಳಿದ ಜೈವಿಕ ವಸ್ತುಗಳ ಮೇಲೆ ಕ್ಲೋರಿನ್ ನ ಪ್ರಭಾವ ಬಿದ್ದಾಗ ಕ್ಲೋರಿನ್ ಯುಕ್ತ ಜೈವಿಕ ಸಂಯುಕ್ತ ವಸ್ತುಗಳು ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುತ್ತವೆ ಹಾಗೂ ಅವುಗಳು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕಾರಕಗಳೂ, ಪರಿಸರಕ್ಕೆ ಮಾರಕವಾದವುಗಳೂ ಆಗಿರುವಂತಹ ಸಾಧ್ಯತೆಗಳಿರುತ್ತವೆ. ಉಳಿದಿರುವಂತಹ ಕ್ಲೋರಿನ್ ಅಥವಾ ಕ್ಲೋರಮೈನ್ ಗಳು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಜಲಚರ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿರುವ ಜೈವಿಕ ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ಕ್ಲೋರಿನ್ ಯುಕ್ತಗೊಳಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಗಳಿರುತ್ತದೆ. ಅಲ್ಲದೆ, ಉಳಿದಿರುವ ಕ್ಲೋರಿನ್ ಜಲಚರಗಳಿಗೆ ವಿಷಪ್ರಾಯವಾದುದರಿಂದ, ಸಂಸ್ಕರಣಗೊಂಡ ತ್ಯಾಜ್ಯಜಲವೂ ಸಹ ಕ್ಲೋರಿನ್ ಮುಕ್ತಗೊಳ್ಳಬೇಕು; ಹೀಗಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಣವು ಸಂಕೀರ್ಣವೂ, ದುಬಾರಿಯೂ ಆಗುತ್ತದೆ.

ಅತಿ ನೇರಳೆ (UV) ಬೆಳಕನ್ನು ಕ್ಲೋರಿನ್, ಐಯೋಡಿನ್, ಅಥವಾ ಇತರ ರಾಸಾಯನಿಕಗಳಿಗೆ ಬದಲಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಇತರ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಸ್ಕರಣಗೊಂಡ ನೀರನ್ನು ಸೇವಿಸಿದ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ ಏನಾದರೂ ತೊಂದರೆಯಾಗಬಹುದು; ಆದರೆ ಈ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ, ಯಾವುದೇ ರಾಸಾಯನಿಕಗಳನ್ನು ಬಳಸದಿರುವುದರಿಂದ, ಸಂಸ್ಕರಣಗೊಂಡ ಜಲವನ್ನು ಜೀವಿಗಳು ಸೇವಿಸಿದರೂ, ಯಾವುದೇ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಉಂಟಾಗುವುದಿಲ್ಲ. UV ಬೆಳಕು ಬೀರುವಿಕೆಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು, ವೈರಸ್ ಗಳು ಹಾಗೂ ಇತರ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ವಂಶಾಣುಗಳ ರಚನಾಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಹಾನಿಯೊದಗಿಸಿ, ಅವುಗಳ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಧ್ವಂಸಮಾಡುತ್ತದೆ. UV ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ಪ್ರಮುಖ ತೊಂದರೆಯೆಂದರೆ ದೀಪವನ್ನು (ಲ್ಯಾಂಪ್ ಅನ್ನು) ಆಗಾಗ್ಗೆ ಸಂರಕ್ಷಿಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬದಲಿಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ; ಹಾಗೂ ಚೆನ್ನಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ತ್ಯಾಜ್ಯನೀರನ್ನೇ ಒಡ್ಡುವುದರ ಮೂಲಕ ಯಾವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಮೇಲೆ ಲಕ್ಷ್ಯವಿಡಬೇಕೋ ಅವು UV ಬೆಳಕಿನಿಂದ ಮರೆಯಾಗಿ ಅವಿತಿರದಂತಿರಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ (ಎಂದರೆ, ತ್ಯಾಜ್ಯಜಲದಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಘನವಸ್ತುಗಳು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು UV ಬೆಳಕಿನಿಂದ ಮರೆಮಾಚಬಹುದು).

ಓಝೋನ್ ಅನ್ನು ಆಮ್ಲಜನಕವನ್ನು ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ವೋಲ್ಟೇಜ್ ಶಕ್ಯತಾದರ್ಶಕದ ಮೂಲಕ ಹಾಯಿಸುವುದರಿಂದ ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ; ಇದರಿಂದ ಮೂರನೆಯ ಆಮ್ಲಜನಕದಪರಮಾಣುವು ಜೋಡಣೆಯಾಗುತ್ತದೆ ಹಾಗೂ ರಚಿತವಾಗುತ್ತದೆ.

ಮೇಲ್ಮೈ-ಗಾಳಿಗೆ ಇಟ್ಟಂತಹ ಬೇಸಿನ್ ಗಳು (ಖಾರಿಗಳು)
ರೋಗಾಣುಮುಕ್ತಗೊಳಿಸುವಿಕೆ
ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಸಂಸ್ಕರಣೆ
ಮಣ್ಣಿನ ಜೈವಿಕ-ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ