ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಅನ್ನು ರಚಿಸುವ ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸರಣಿಯನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ರಚನೆ ಎಂದು ಕರೆಯುತ್ತಾರೆ. ಈ ಸರಣಿಯು ಪ್ರತಿಯೊಂದರ ಆನುವಂಶಿಕ ಅಂಶದಿಂದ ನಿರ್ಣಯಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ.
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಅಣುಗಳ ನಡುವಣ ಆಕರ್ಷಣೆಯಿಂದ ರೂಪಿತವಾದ ಅನೇಕ, ಉತ್ತಮವಾಗಿ-ವರ್ಗೀಕರಿಸಿದ ಅಂಶಗಳ ಸ್ಥಳೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಎರಡನೇ ರಚನೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಅವನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಎರಡಾಗಿ ವಿಭಾಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆಲ್ಫಾ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಬೀಟಾ ಶೀಟ್, ಇದನ್ನು ಬೀಟಾ ಪ್ಲೀಟೆಡ್(ಮಡಿಕೆ ಮಾಡಿದ) ಶೀಟ್‌ಗಳೆಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಒಂದು ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲದ ಅಮೈನೊ ಗುಂಪು ಮತ್ತು ಇನ್ನೊಂದರ ಕಾರ್ಬೋಕ್ಸಿಲಿಕ್ ಆಮ್ಲದ ಗುಂಪಿನ ನಡುವಿನ ಆಕರ್ಷಣೆಯಿಂದಾಗಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ಸುರುಳಿಯಾಗಿ ಸುತ್ತಿಕೊಂಡು ಆಲ್ಫಾ ಹೆಲಿಕ್ಸ್‌ಗಳು ರಚನೆಯಾಗುತ್ತವೆ. ಆ ಸುರುಳಿಯು ಪ್ರತಿ ಸುತ್ತಿನಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 3.6 ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಹಾಗೂ ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲದ ಆಲ್ಕೈಲ್ ಗುಂಪು ಸುರುಳಿಯ ಮೇಲ್ಮೈಯ ಹೊರಗೆ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ. ಬೀಟಾ ಮಡಿಕೆ-ಮಾಡಿದ ಶೀಟ್‌ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ಸರಪಣಿಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಪ್ರಬಲ ನಿರಂತರ ಜಲಜನಕ ಬಂಧದಿಂದ ರಚಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಈ ಬಂಧವು ಲಕ್ಷಣದಲ್ಲಿ ಸಮಾಂತರ ಅಥವಾ ಸಮಾಂತರವಾಗಿಲ್ಲದೇ ಇರಬಹುದು. ರಚನಾತ್ಮಕವಾಗಿ, ನೈಸರ್ಗಿಕ ರೇಷ್ಮೆಯು ಬೀಟಾ ಮಡಿಕೆ-ಮಾಡಿದ ಶೀಟ್‌ಗಳಿಂದ ರೂಪಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಒಂದು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ವಿಭಿನ್ನ ಅನುಪಾತಗಳಲ್ಲಿ ಈ ಎರಡೂ ರಚನೆಗಳ ಕ್ರಿಯೆಯಿಂದ ರಚಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ. ಸುರುಳಿ ಸುತ್ತುವುದೂ ಸಹ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕವಾಗಿರಬಹುದು.
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಒಟ್ಟು 3D ರಚನೆಯು ಅದರ ತೃತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಇದು ಜಲಜನಕ ಬಂಧ, ಡಿಸಲ್ಫೈಡ್ ಬ್ರಿಡ್ಜ್‌ಗಳು, ಹೈಡ್ರೊಫೋಬಿಕ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು, ಹೈಡ್ರೊಫಿಲಿಕ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು, ವ್ಯಾನ್ ಡರ್ ವಾಲ್ಸ್ ಬಲ ಮೊದಲಾದ ವಿವಿಧ ಬಲಗಳಿಂದಾಗಿ ರಚನೆಯಾಗುತ್ತದೆ.
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆಯಾಗಲು ಎರಡು ಅಥವಾ ಅದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ವಿವಿಧ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಸರಪಣಿಗಳು ಒಂದುಗೂಡಿದಾಗ, ಪ್ರೋಟೀನ್‌‌ನ ಚತುಷ್ಟಯ ರಚನೆಯು ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ. ಚತುಷ್ಟಯ ರಚನೆಯು ಹೀಮೊಗ್ಲೋಬಿನ್‌‌‌ನಂತಹ ಪಾಲಿಮರಿಕ್ ಮತ್ತು ಹೆಟಿರೊಮೆರಿಕ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌‌ಗಳ ಒಂದು ಅನನ್ಯ ಲಕ್ಷಣವಾಗಿದೆ. ಹೀಮೊಗ್ಲೋಬಿನ್‌ ಎರಡು ಆಲ್ಫಾ ಮತ್ತು ಎರಡು ಬೀಟಾ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಸರಪಣಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ.

ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳು
ಅಪೊಎಂಜೈಮ್‌ಗಳು
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆ
ಲಿಗ್ನಿನ್