ಮೆಸ್ಸಿಯು ತನಗಾದ ಗಾಯದಿಂದ 2005–06 ರ ಅಂತ್ಯದಲ್ಲಿ ಕ್ರೀಡಾಋತುವಿನಿಂದ ಎರಡು ತಿಂಗಳುಗಳ ಕಾಲ ಹೊರಗುಳಿಯಬೇಕಾಯಿತು. ಇದರಿಂದ ವಿಶ್ವ ಕಪ್ ನಲ್ಲಿ ಅವನ ಉಪಸ್ಥಿತಿಗೆ ಹಾನಿವುಂಟುಮಾಡಿತು. 
ಆದಾಗ್ಯೂ, ಮೆಸ್ಸಿಯನ್ನು ಮೇ 15, 2006ರ ಪಂದ್ಯಾವಳಿಗೆ ಅರ್ಜಂಟೀನಾ ತಂಡಕ್ಕೆ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಅವನು ವಿಶ್ವಕಪ್‌ಗೆ ಮುಂಚೆ ಅರ್ಜಂಟೀನಾ U-20 ತಂಡದ ವಿರುದ್ಧ ಅಂತಿಮ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಆಟ ಆಡಿದ ಜೊತೆಗೆ 64ನೇ ನಿಮಿಷದಿಂದ ಅಂಗೋಲ ವಿರುದ್ಧ ಸೌಹಾರ್ದ ಪಂದ್ಯವನ್ನು ಆಡಿದ.

ಅವನು ಐವರಿ ಕೋಸ್ಟ್ ವಿರುದ್ಧ ಅರ್ಜಂಟೀನಾತಂಡದ ಆರಂಭದ ಪಂದ್ಯದ ಗೆಲುವನ್ನು ಬದಲಿ ಆಟಗಾರನ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಕುಳಿತು ವೀಕ್ಷಿಸಿದ.[200] 
ಸೆರ್ಬಿಯವಿರುದ್ಧದ ಮುಂದಿನ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ, ಮೆಸ್ಸಿ ವಿಶ್ವಕಪ್‌ನಲ್ಲಿ ಅರ್ಜಂಟೀನಾವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಿದ ಅತ್ಯಂತ ಕಿರಿಯ ಆಟಗಾರ. ಅವನು 74ನೇ ನಿಮಿಷದಲ್ಲಿ ಮಾಕ್ಸಿ ರೋಡ್ರಿಗ್ಸ್ ನ ಬದಲಿ ಆಟಗಾರನಾಗಿ ಬಂದ. ಅವನು ಮೈದಾನಕ್ಕೆ ಪ್ರವೇಶಿಸಿದ ಕೆಲವೇ ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ ಹರ್ನಾನ್ ಕ್ರೆಸ್ಪೋಗೆ ಗೋಲು ಹೊಡೆಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಿ 6-0 ಗೆಲುವಿನ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಕಡೆಯ ಗೋಲು ಗಳಿಸುತ್ತಾನೆ. ಈ ಮೂಲಕ ಅವನು ಪಂದ್ಯಾವಳಿಯಲ್ಲಿ ಗೋಲು ಹೊಡೆದ ಅತ್ಯಂತ ಕಿರಿಯ ಜೊತೆಗೆ ವಿಶ್ವ ಕಪ್ ಇತಿಹಾಸದಲ್ಲಿ ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ ಆರನೇ ಅತ್ಯಂತ ಕಿರಿಯ ಆಟಗಾರನೆನಿಸಿಕೊಂಡಿದ್ದಾನೆ. ಮೆಸ್ಸಿ ನೆದರ್ಲ್ಯಾಂಡ್ಸ್ ವಿರುದ್ಧ ಅರ್ಜಂಟೀನಾ 0-0 ಸಮಾಂಕಗಳ ಪಂದ್ಯದ ಹಿನ್ನೆಲೆಯಲ್ಲಿ ಅರ್ಜಂಟೀನಾದಲ್ಲಿ ಶುರು ಮಾಡಿದ.
ಅದರ ನಂತರ ಮೆಕ್ಸಿಕೋ ವಿರುದ್ಧದ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ, ಮೆಸ್ಸಿ 84ನೇ ನಿಮಿಷದಲ್ಲಿ ಬದಲಿ ಆಟಗಾರನಾಗಿ ಬಂದ ಜೊತೆಗೆ ಪಂದ್ಯವು 1-1 ಸಮಾಂಕಗಳನ್ನು ಗಳಿಸಿತು. ಅರ್ಜಂಟೀನಾಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಗೋಲೊಂದರ ಅಗತ್ಯವಿತ್ತು. ಅವನು ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದಂತೆ ಕಂಡುಬಂದರೂ,ಆಫ್‌ಸೈಡ್ ಎಂದು ತೀರ್ಮಾನಿಸಲಾಯಿತು.

ತರಬೇತುದಾರ ಜೋಸ್ ಪೆಕರ್ಮಾನ್ ಜರ್ಮನಿ ವಿರುದ್ಧದ ಕ್ವಾರ್ಟರ್-ಫೈನಲ್ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಮೆಸ್ಸಿಯನ್ನು ಆಡಲಿಳಿಸದೇ ವಿಶ್ರಾಂತಿ ನೀಡಿದ. ಈ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ತಂಡ ಪೆನಾಲ್ಟಿ ಶೂಟ್ ಔಟ್ ನಿಂದಾಗಿ 4-2 ಗೋಲುಗಳಿಂದ ಸೋತಿತು.

2006ರ FIFA ವಿಶ್ವ ಕಪ್‌
ಕ್ಲಬ್‌‌ನ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳು
2005–06ರ ಕ್ರೀಡಾಋತು
2009-10ರ ಕ್ರೀಡಾಋತು