ಇವರ ಎರಡನೇಯ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ಜನರಲ್ ಕರಾಮತ್‌ರನ್ನು ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಸುರಕ್ಷತಾ ಮಂಡಳಿಯ ವಿವಾದದಿಂದಾಗಿ ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಯಿತು. ನಂತರದಲ್ಲಿ ಜನರಲ್ ಮುಶ್ರಫ್ ಜೊತೆಗೆ ತೀವ್ರವಾದ ರಾಜಕೀಯ ತಿಕ್ಕಾಟ ಎದುರಿಸಬೇಕಾಯಿತು ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸೈನಿಕ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆ ನಡೆದು ತಮ್ಮ ಸ್ಥಾನ ಕಳೆದುಕೊಂಡರು.

೧೯೯೬ ಜನವರಿಯಲ್ಲಿ ಜನರಲ್ ವಹೀದ್‌ರ ಮೂರುವರ್ಷದ ಅವಧಿ ಮುಗಿದು ಜನರಲ್ ಜಹಾಂಗೀರ್ ಕರಾಮತ್ ಸೈನ್ಯದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರಾಗಿ ನೇಮಕಗೊಂಡರು. ಜನವರಿ ೯ ೧೯೯೯ರಂದು ಇವರ ಅಧಿಕಾರಾವಧಿ ಕೊನೆಗೊಂಡಿತು. ಆದಾಗ್ಯೂ ಅಕ್ಟೋಬರ್ ೧೯೯೮ರಲ್ಲಿ ಮುಶ್ರಫ್ ಅವರನ್ನು ಜನರಲ್ ಕರಾಮತ್ ಅವರು ನ್ಯಾಷನಲ್ ಸೆಕ್ಯೂರಿಟಿ ಕೌನ್ಸಿಲ್‌ನ ಆಡಳಿತವು ಮುಶ್ರಫ್ ಅವರನ್ನು ಕೆಳಗಿಳಿಸಿತು. ಪಾಕಿಸ್ತಾನದ ರಾಜಕೀಯದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿ ಸೈನ್ಯವು ಅಧಿಕಾರಕ್ಕೆ ಬರಲು ಇದೊಂದು ಪಿತೂರಿಯಾಗಿದೆ ಎಂದು ಶರೀಫ್ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಿದರು. ಅಕ್ಟೋಬರ್ ೧೯೯೮ರಲ್ಲಿ ಜನರಲ್ ಕರಾಮತ್ ರಾಜೀನಾಮೆ ನೀಡಿದರು ಮತ್ತು ಜನರಲ್ ಪರ್ವೇಜ್ ಮುಶರಫ್‌ರನ್ನು ಸೈನ್ಯದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರನ್ನಾಗಿ ಶರೀಫ್ ನೇಮಕಮಾಡಿದರು.

೧೯೯೯ರಲ್ಲಿನ ಕಾರ್ಗಿಲ್ ಯುದ್ಧದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ದಾಳಿ ಮಾಡುವ ಯಾವುದೇ ಯೋಜನೆ ಇರಲಿಲ್ಲ ಪರ್ವೇಜ್ ಮುಶರಫ್ ಒಬ್ಬರೇ ಕಾರ್ಯ ನಡೆಸಿದ್ದಾರೆಂದು ಆರೋಪಿಸಿದರು.

ಪ್ರಧಾನ ಮಂತ್ರಿಯಾಗಿ ಮೊದಲ ಅವಧಿ
ಹಿಂದಿರುಗಿ ಪಾಕಿಸ್ತಾನಕ್ಕೆ
೨೦೦೮ ಮುಶ್ರಫ್ ಗಂಭೀರ ಆಪಾದನೆ
ಸೈನ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ