ಪ್ರಾನ್ಸ್‌ನಿಂದ ವಾಪಾಸಾದ ನಂತರ, ಜೆಫರ್ಸನ್ ಜಾರ್ಜ್ ವಾಷಿಂಗ್‌ಟನ್‌ರ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ವಿದೇಶಾಂಗ ಮಂತ್ರಿಯಾಗಿ ಸೇವೆ ಸಲ್ಲಿಸಿದ್ದರು. (೧೭೯೦–೧೭೯೩). ಜೆಫರ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಅಲೆಕ್ಸಾಂಡರ್ ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಅದಾಯ ತೆರಿಗೆ ನೀತಿ ವಿರುದ್ದ ಒಂದು ಬಂಡಾಯ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿದರು. ಇದು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಯುದ್ದದ ಸಾಲಕ್ಕೆ ಬಂಡವಾಳವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುವುದಾಗಿತ್ತು. ಈ ಸಾಲಗಳನ್ನು ಸಮನಾಗಿ ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ನೊಂದಿಗೆ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವುದರೊಂದಿಗೆ ತಮ್ಮ ಸಾಲಕ್ಕೆ ಆಯಾ ರಾಜ್ಯವೇ ಹೊಣೆ ಎಂಬುದು ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವರ ಅಭಿಪ್ರಾಯವಾಗಿತ್ತು. ಮುಂದಿನ ಬಂಡಾಯದಲ್ಲಿ ಜೆಫರ್ಸನ್ ಪ್ರಜಾತಂತ್ರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ನಿರ್ಮೂಲ ಮಾಡಲು ಬೆದರಿಕೆ ಹಾಕುತ್ತಿದ್ದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾದಿಗಳು ಮತ್ತು ರಾಜಪ್ರಭುತ್ವವಾದಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ರವರನ್ನು ಸೇರಿಸಿ ಕೊಳ್ಳಲು ಮುಂದಾದರು. ಅವರು ಸಂಸ್ಥೆಯನ್ನು "ರಾಯಲಿಸಮ್‌" ದೊಂದಿಗೆ ಸಮೀಕರಿಸಿದರು, ಮತ್ತು ‍ಅವರು ಸಂಯುಕ್ತ ಪ್ರಜಾಸತ್ತತೆಯನ್ನು "ರಾಜಪ್ರಭುತ್ವ" ದೊಂದಿಗೆ ಸಮದೂಗಿಸುವುದರ ಮೂಲಕ, "ಹ್ಯಾಮಿಲ್ಟನ್ ಮತ್ತು ಆತನ ಅನುಯಾಯಿಗಳು ಕಿರೀಟ ಮತ್ತು ಮುಕುಟಗಳಿಗೆ ಹಂಬಲಿಸುವವರಾಗಿದ್ದರು" ಎಂದು ಸಾರಿದರು. ಜೆಫರ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಜೇಮ್ಸ್ ಮಾಡಿಸನ್ ಡೆಮೊಕ್ರಟಿಕ್-ರಿಪಬ್ಲಿಕನ್ ಪಕ್ಷವನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಿದರು ಮತ್ತು ನಾಯಕತ್ವವನ್ನು ವಹಿಸಿದರು. ಅವರು ದೇಶದಾದ್ಯಂತ ಪೆಡರಲಿಸ್ಟ್ ಪಕ್ಷದ ಬೆಂಬಲಿಗರ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರತಿಭಟಿಸಲು ರಿಪಬ್ಲಿಕನ್ ಸಂಧಾನಕರ ಜಾಲವನ್ನು ದೇಶದಾದ್ಯಂತ ರಚಿಸಲು ಮಡಿಸನ್ ಮತ್ತು ಅವರ ಆಂದೋಲನದ ವ್ಯವಸ್ಥಾಪಕರು ಜಾನ್ ಜೆ. ಬೆಕ್ಲಿರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ ಕೆಲಸ ಮಾಡಿದರು.

೧೭೯೩ರಂದು ಫ್ರಾನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಬ್ರಿಟನ್ ನಡುವೆ ಯುದ್ಧ ಘೋಷಣೆಯಾದಾಗ ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವರು ಫ್ರಾನ್ಸ್ ದೇಶವನ್ನು ಪ್ರಭಲವಾಗಿ ಬೆಂಬಲಿಸಿದರು. ಇತಿಹಾಸಕಾರರಾದ ಲಾರೆನ್ಸ್ ಎಸ್. ಕಲ್ಪನ್ ರವರ ವರದಿಯಂತೆ,"ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವರ ಫ್ರಾನ್ಸ್ ನ ಆಂತರಿಕ ಬೆಂಬಲ ವಾಷಿಂಗ್ಟನ್ ಒಪ್ಪಂದದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ದೇಶವು ಯಾವುದೇ ಯುದ್ಧದಲ್ಲಿ ಭಾಗಿಯಾಬಾರದು" ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಯಿತು. ೧೭೯೩ ರಲ್ಲಿ ಎಡ್ಮಂಡ್-ಚಾರ್ಲ್ಸ್ ಜೆನೆಟ್ ಎಂಬ ಫ್ರೆಂಚ್ ನ ಭಯಾನಕ ಮಂತ್ರಿಯಿಂದ ರಾಜ್ಯದ ಕಾರ್ಯದರ್ಶಿ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಬಿಕ್ಕಟು ಉಂಟಾಯಿತು.ಏಕೆಂದರೆ ಜೆನೆಟ್ ಅಮೇರಿಕಾದ ತಟಸ್ಥವನ್ನು, ಜನರ ಅಭಿಫ್ರಾಯವನ್ನು ಬದಲಿಸುವುದರೊಂದಿಗೆ, ವಾಷಿಂಗ್ಟನ್ ರವರ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿಯೂ ಜನರಲ್ಲಿ ತಪ್ಪು ಅಭಿಪ್ರಾಯ ಹುಟ್ಟಿಸಿದ್ದನು ಮತ್ತು ಇದಕ್ಕೆ ಜೆಫರ್ಸನ್ ರವರ ಸಹಾಯ ಇತ್ತು ಎಂದು ಪ್ರಚಾರ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಸಾಚ್ನರ್ ಅವರ ಪ್ರಕಾರ, "ತವರು ನೆಲದ ರಾಜಕೀಯ ಯಶಸ್ಸು ಯೂರೋಪಿನ ಫ್ರೆಂಚ್ ಸೈನ್ಯದ ಯಶಸ್ಸನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿದೆ" ಎಂಬುದು ಜಫರ್ಸನ್ ರವರ ಅಭಿಪ್ರಾಯವಾಗಿತ್ತು: 

ಕ್ರಾಂತಿಯ ಕಡೆಗೆ
ವಿದೇಶಾಂಗ ಮಂತ್ರಿ(ಸೆಕ್ರೆಟರಿ ಆಫ್ ಸ್ಟೇಟ್)
ಡಿಕ್ಲರೇಶನ್‌(ಘೋಷಣೆ)ನ ಕರಡು ಸಿದ್ಧಗೊಳಿಸುವಿಕೆ
ಫ್ರಾನ್ಸ್‌ಗೆ ಮಂತ್ರಿಯಾಗಿ