மதுரை மாவட்டத்தில் இரண்டு பல்கலைக்கழகங்கள் உள்ளன. இது தவிர இந்திரா காந்தி தேசிய திறந்தவெளி பல்கலைக்கழகம் தனது மண்டல மையத்தை மதுரையில் வைத்துள்ளது. தனியார் பொறியியல் கல்லூரிகள், இரண்டு அரசு கலை அறிவியல் கல்லூரிகள், ஏழு தன்னாட்சி கலை அறிவியல் கல்லூரிகள் உள்ளன. இவற்றில் மகளிருக்கான கல்லூரிகளும் அடங்கும். மதுரை மாவட்டத்தில் ஐந்து பெண்கள் கல்லூரிகள் உள்ளன. மதுரையில் பாரம்பரியம் மிக்க பொறியியல் மற்றும் கலைக்கல்லூரிகள் சில உள்ளன. 

வேளாண்மைக் கல்லூரி
அண்ணா தொழில்நுட்பப் பல்கலைக்கழகம், மதுரை
பொறியியல் கல்லூரிகள்
பல்கலைக்கழகங்கள்