1619 இல் யாழ்ப்பாணத் தமிழரசு போர்த்துக்கீசரிடம் வீழ்ந்தது. “கி.பி. 1620 இல் தொடங்கிய போர்த்துக்கீச தனியரசாட்சியில், முதற் தேசாதிபதியான பிலிப் தே ஒலிவேறா நல்லூரை வதிவிடமாக்கியவுடன் முன்கூறியபடி நல்லூர்க் கந்தசாமி கோயிலை இடித்து, அக்கோயிற் கற்களைக் கொண்டு கோட்டையும் வீடுகளும் கட்டினான். யாழ்ப்பாணத்தில் இருந்த சைவ, வைணவ ஆலயங்கள் எல்லாவற்றையும் தரைமட்டமாக இடிப்பித்தான். இதையறிந்த கோவிலதிகாரிகளும், அர்ச்சகர்களும் தத்தம் கோவில் விக்கிரகங்களைக் கிணறுகளிலும், குளங்களிலும் போட்டு மறைத்தார்கள். யாழ்ப்பாணத்திலன்றித் தமக்கெட்டிய மற்றும் பிற இடங்களில் எல்லாம் உள்ள புத்த, சைவ ஆலயங்கள் எல்லாவற்றையும் சமையம் வாய்த்துழி வாய்த்துழி பறங்கிகள் இடித்து நாசமாக்கிவிட்டனர்,” என்பது முதலியார் செ.இராசநாயகம் அவர்களது கூற்று.

இக்காலத்தில் (கி.பி. 1620–1624 அளவில்) நயினாதீவுக் கோவில் அழிக்கப்பட்டது. நயினாதீவில் இருந்த கோவில் அழிக்கப்பட்ட பின்பு, போர்த்துக்கீசரும், அவர்களின் பின்வந்த டச்சுக்காரரும் அதனை மீள நிறுவுவதற்கு அனுமதிக்கவில்லை. இருப்பினும் டச்சுக்கார ஆட்சியின் இறுதிக்காலத்தே (கி.பி.1788 அளவில்) கோவில் இருந்த இடத்தில் சிறிய அளவில் வழிபாடு மீண்டும் ஆரம்பிக்கப்பட்டது எனக் கூறப்படுகின்றது.

நாகர்களது குடியிருப்பு
நயினாதீவு வரலாறு - வரலாற்றுக்கு முன்பிருந்து கிபி 1000 வரை
சோழர்கள், மற்றும் சேது நாட்டுமக்கள்
போர்த்துக்கேயர் ஆட்சிக்காலம்