இந்த கிளப்பிலிருந்து, ரொனால்டினோவின் விலகலை அடுத்து, 10 எண் உள்ள ஜெர்சியை மெஸ்ஸி பெற்றார். அக்டோபர் 1, 2008 -இல், ஷாக்தர் டோனட்ஸ்க் அணிக்கு எதிரான, சாம்பியன்ஸ் லீக் போட்டி ஒன்றில், கடைசி ஏழு நிமிடங்களில் மெஸ்ஸி இரண்டு கோல்களை அடித்தார், இதில் தியர்ரி ஹென்றி என்பவருக்கு மாற்று ஆட்டக்காரராக களமிறங்கினார், இதன் மூலமாக 1–0 என்றிருந்த ஸ்கோரை 1–2 வெற்றியாக பார்சிலோனாவுக்காக மாற்றினார். இதற்கு அடுத்த லீக் போட்டி, அட்லெடிகோ மாட்ரிட்டுக்கு எதிராக நடந்தது, இந்த போட்டியானது மெஸ்ஸி மற்றும் அவருடைய நல்ல நண்பரான செர்ஜியோ அகுரோ கிய இருவருக்கும் நடந்த நட்புரீதியான போர் என்று கூறப்பட்டது. ஃப்ரீ கிக்கின் மூலமாக மெஸ்ஸி ஒரு கோலை அடித்தார், பார்க்கா அணி, அந்த போட்டியை 6–1 என்ற கோல் கணக்கில் வென்றது. சிவில்லா அணிக்கு எதிராக மற்றொரு மிகச்சிறந்த பிரேஸ் ஒன்றை இடமிருந்து பெற்ற வாலியை கோல் கீப்பரை ட்ரிபிளிங் மூலமாக கடந்து சென்று, மற்றொரு புறத்திலிருந்து குறுகிய ஆங்கிளில் அடித்தார். டிசம்பர் 13, 2008 -இல் முதல் கிளாசிகோ சீசனில், ரியல் மாட்ரிட்டுக்கு எதிராக பார்சிலோனாவின் 2–0 வெற்றியில் இரண்டாவது கோலை அடித்தார். 2008 FIFA வோர்ல்ட் பிளேயர் ஆஃப் தி இயர் விருதுகளில் 678 புள்ளிகள் பெற்று இரண்டாவது இடம் பெற்றதாக அறிவிக்கப்பட்டார்.

2009 ஆம் ஆண்டின் முதல் ஹாட்ரிக்கை, அட்லெட்டிகோ மாட்ரிட்டுக்கு எதிரான கோப்பா டெல் ரே போட்டியில் அடித்தார், இதில் பார்சிலோனா 3–1 என்ற கோல் கணக்கில் வென்றது. பிப்ரவரி 1, 2009 -இல் ரேசிங் சான்டான்டருக்கு எதிரான போட்டியில், 1-0 என்ற நிலையில் இருந்தபோது, இரண்டாவது பாதியில் பார்சிலோனாவுக்கு சப்ஸ்டிட்யூட்டாக களமிறங்கிய மெஸ்ஸி இரண்டு கோல்களை அடித்து 1–2 என்ற கோல் கணக்கில் வெற்றிபெற உதவினார். இந்த இரண்டு கோல்களில், இரண்டாவது கோலானது, பார்சிலோனா அணியின் 5000-ஆவது லீக் கோல் ஆகும். லா லிகாவின் 28வது சுற்றில், அந்த சீசனின் எல்லா போட்டிகளையும் சேர்த்து, தன்னுடைய 30வது கோலை மெஸ்ஸி அடித்தார், அதனால் அவருடைய அணி 6–0 என்ற கோல் கணக்கில் மாளகா சிஎஃப் அணியை வென்றது. ஏப்ரல் 8, 2009 -இல், சாம்பியன்ஸ் லீக் போட்டிகளில், பேய்ரன் முனிச்சுக்கு எதிரான போட்டியில் இரண்டு முறை கோலடித்தார், இதனால் அந்த போட்டிகளில் மொத்தம் ஒன்பது கோல்களை அடித்து தனிப்பட்ட சாதனையைச் செய்தார். ஏப்ரல் 18 -இல், அந்த சீசனின் 20வது கோலை அடித்தார், இதன் மூலம் கெட்டாஃபெவுக்கு எதிராக 1–0 என்ற கோல் கணக்கில் வெற்றி பெற்றது, இதன் காரணமாக ரியல் மாட்ரிட்டை விட ஆறு புள்ளிகள் அதிகமாக பெற்று போட்டி அட்டவணையில் பார்சிலோனா முதலிடத்தில் இருந்தது. 
பார்சிலோனாவின் சீசன் முடிவடையும் தருவாயில் இருந்தபோது, ரியல் மாட்ரிட் அணிக்கு எதிரான போட்டியில், மெஸ்ஸி இரண்டு கோல்களை (அவருடைய 35வது மற்றும் 36வது கோல்கள்) அடித்து 6–2 வெற்றியை ஈட்ட காரணமாக இருந்தார், இந்த போட்டி சாண்டியாகோ பெர்னாபூ வில் நடந்தது, இந்த இடம் 1930 முதல் ரியல் அணியின் மிக வலுவான இடமாக இருந்து வந்தது. ஒவ்வொரு கோலை அடித்த பின்னரும், அவர் ரசிகர்களிடமும், கேமராக்களிடமும் ஓடிச் சென்று, பார்சிலோனா ஜெர்சியை தூக்கி அதற்கு கீழ் அணிந்திருந்த மற்றொரு டீ-ஷர்ட்டைக் காண்பித்தார், அதில் "சிண்ட்ரோம் எக்ஸ் ஃப்ராகில்" என்ற எழுத்துக்கள் இருந்தன, இது காட்டலான் மொழியில் ஃப்ராகைல் எக்ஸ் சிண்ட்ரோம் என்ற குறைப்பாட்டின் பெயராகும். இதன் மூலமாக இந்த குறைபாட்டின் மூலமாக அவதியுறும் சிறார்களுக்கு தன்னுடைய ஆதரவைக் கூறினார். ஆண்ட்ரெஸ் இனைஸ்டாவில் கூடுதல் நேரத்தில் செல்சியாவுக்கு எதிரான போட்டியில் கோல் அடிப்பதற்கு மெஸ்ஸி உதவினார், இந்த போட்டி சாம்பியன்ஸ் லீக் அரையிறுதி போட்டியாகும். இந்த வெற்றியின் காரணமாக இறுதி போட்டியில் பார்சிலோனா மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியை எதிர்கொண்டது. மே 13 -இல் முதன்முதலாக இவர் கோப்பா டெல் ரேவை வென்றார், இது அத்லெடிக் பில்பவு என்ற அணிக்கு எதிராக, 4–1 என்ற கோல் கணக்கில் பெற்ற வெற்றியில், ஒரு கோல் அடித்தது, மற்றும் இரண்டு கோல்களுக்கு உதவியது ஆகிய காரணங்களுக்காக வழங்கப்பட்டது. லா லிகாவை வென்றதன் மூலம் அவரது அணி டபுளை வெல்ல உதவினார். மே 27 -இல், 2009 UEFA சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதிப்போட்டியில் 70வது நிமிடத்தில் பார்சிலோனாவுக்காக இரண்டாவது கோலை அடித்து, இரண்டு கோல்கள் முன்னிலை வகிக்க காரணமக இருந்தார்; சாம்பியன்ஸ் லீக் போட்டிகளில் ஒன்பது கோல்களை அடித்து அதிக கோல் அடித்த வீரர் என்ற பெருமையையும் பெற்றார். UEFA கிளப்பின் ஆண்டின் சிறந்த முன்கள வீரர் விருதையும் மெஸ்ஸி பெற்றார், மேலும் UEFA கிளப்பின் ஆண்டின் சிறந்த கால்பந்தாட்ட வீரர் விருதையும் பெற்று, அந்த ஆண்டை முழுமையாக ஐரோப்பாவில் நிறைவு செய்தார். இந்த வெற்றியின் மூலமாக, பார்சிலோனா அணியானது, கோப்பா டெல் ரே, லா லிகா மற்றும் UEFA சாம்பியன்ஸ் லீக் ஆகியவற்றை ஒரே சீசனில் வென்றது, ஒரு ஸ்பானிய கிளப் இவ்வாறு மூன்றையும் வென்றது இதுவே முதல்முறையாகும்.

2008–09 சீசன்
2008 கோடை ஒலிம்பிக்ஸ்
2005–06 சீசன்
ஆரம்பகால வாழ்க்கை