ஜீனோம் ஒப்பீட்டு பகுப்பாய்வின் அடிப்படையானது மரபணுக்கள் இடையே உள்ள தொடர்புகள் (ஆர்தோலஜி பகுப்பாய்வு) அல்லது பல்வேறு உயிரினங்களில் உள்ள பிற ஜீனோம்களின் சிறப்பியல்புகள் ஆகியவற்றை நிறுவுவதற்கானது. இம்முறையில் ஜீனோம்களிடையேயான இதன் வரைபடங்கள், இரண்டு மரபணுக்கள் பிரிந்து செல்வதற்கு காரணமான பரிணாம வளர்ச்சிமுறைகளைக் கண்டறிவதற்கான சாத்தியத்தை உருவாக்குகிறது. பரிணாமவளர்ச்சி நிகழ்வுகளின் பேரெண்ணிக்கையானது பல்வேறு அமைப்பு நிலைகளில் ஜீனோம் பரிணாம வடிவத்தில் செயலாற்றுகிறது. மிகக்குறைந்த நிலையில், புள்ளித்திடீர் மாற்றங்கள் தனித்துவமான நியூக்ளியோடைட்களை பாதிக்கின்றது. மிக உயர்ந்த நிலையில், பெரிய நிறமூர்த்தப் பகுதிகள் இரட்டித்தல், பக்கவாட்டு இடமாற்றம், நேர்எதிராக மாறுதல், நீக்குதல் மற்றும் சேர்த்தல் ஆகியவற்றிற்கு உள்ளாகிறது. இறுதியாக அனைத்து ஜீனோம்களும் கலப்புப்பிறப்பாக்கல், பன்மடியமாதல் மற்றும் உள்ளுறை கூட்டுயிராதல் போன்ற செயல்முறைகளில் உட்படுத்தப்படுவதென்பது அது அடிக்கடி நிகழும் துரிதமான இனமாதலுக்கு வழிவகுக்கின்றது. ஜீனோம் பரிணாமவளர்ச்சியில் உள்ள கடுஞ்சிக்கலான கேள்விகளாக இருப்பது, அதற்கான கணித உருமாதிரிகள் மற்றும் நெறிமுறைகளை மேம்படுத்துபவர்களுக்கு மிகுந்த ஆர்வம் மிக்க சவால்களாக விளங்குகின்றது, இவர்கள் இதன்பொருட்டு நெறிமுறைகளின் நிரல், புள்ளியியல் மற்றும் கணிதவியல் தொழில்நுட்பங்கள், துல்லியமானவற்றிலிருந்து அளவிடுதல், நாடியறிதல்கள், சிக்கனமான மாதிரிகளை அடிப்படையாகக்கொண்ட சிக்கல்களுக்கான நிலையான தனித்தன்மையுள்ள வரையறை மற்றும் தோராயமான நெறிமுறைகள், நிகழ்தகவியல் மாதிரிகளை அடிப்படையாகக் கொண்ட சிக்கல்களின் பயேசியன் பகுப்பாய்வு]]க்கான மார்கோவ் செயின் மாண்டே கர்லோ நெறிமுறைகள் போன்றவற்றின் உதவியை அணுகவேண்டிய நிலை உள்ளது.

இவ்வாய்வுகளில் பலவும், அமைப்பொப்புமை கண்டறிதல் மற்றும் புரதக் குடும்பங்களை கணக்கிடுதலை அடிப்படையாகக் கொண்டுள்ளன.

ஜீனோம் உரைவிளக்கம்
ஜீனோம்களின் ஒப்பீடு
முக்கியமான ஆய்வுப் பகுதிகள்
புரத வெளிப்பாட்டின் பகுப்பாய்வு