புகாரா நகரம் 19 ஆம், 20 ஆம் நூற்றாண்டுகளில் ஆங்கிலேயர்களால் பொகாரா என்றே அழைக்கப்பட்டது. தியாங்கு சீன மொழியில் இந்நகரின் பெயர் இது "புஃகே"（捕喝） என்று அழைக்கப்படுகிறது.

ஈரானிய மொழிகளைப் பேசும் சொகிடியர்கள் இப்பகுதியற் குடியேறிய பின்னர் இப்பகுதியின் முதன்மை மொழியாகப் பாரசீக மொழி அமைந்தது. புகாரா என்பது சொகிடிய மொழிச் சொல்லான "புகாரக்" ("βuxārak" - நற்பேறு பெற்ற இடம்) என்பதிலிருந்து வந்திருக்கலாமெனக் குறிப்பிடுகிறது.

முகம்மது இப்னு ஜஃபர் நர்சகி தான் எழுதிய (பொ.கா. 943-44 அளவில் நிறைவுற்ற) "புகாரா வரலாறு" எனும் நூலிற் பின்வருமாறு குறிப்பிடுகிறார்: 

கவிதையும் இலக்கியமும்
சசுமா ஐயூப் கல்லறை
பெயர்கள்
குறிப்பிடத் தக்கோர்