ராய் கீனுக்கு மாற்று வீரராக மைக்கேல் காரிக் 14 மில்லியன் பவுண்டு தொகைக்கு ஒப்பந்தம் செய்யப்பட்டார். ஆயினும் இத்தொகை பங்கேற்புகள் மற்றும் முடிவுகளின் அடிப்படையில் 18.6 மில்லியன் பவுண்டுகள் வரை எதிர்காலத்தில் அதிகரிப்பதானது. இந்த பருவத்தை நல்ல முறையில் துவங்கிய யுனைடெட் அணி, முதன்முறையாக தங்களது முதல் நான்கு பிரீமியர் லீக் ஆட்டங்களில் வென்றது. பிரீமியர் லீகில் ஆரம்ப வேகத்தை உருவாக்கிய அவர்கள் அந்த 38 போட்டிகள் கொண்ட பருவத்தின் பத்தாவது போட்டி முதல் முதலிடத்தை விட்டுக் கொடுக்கவில்லை. 2006 ஜனவரியின் ஒப்பந்தங்கள் யுனைடெட் அணியின் ஆட்டத்திறனில் பெரும் பாதிப்பைக் கொண்டிருந்தன; ஏற்கனவே இருந்த ரியோ ஃபெர்டினாண்ட் மற்றும் அணித் தலைவர் கேரி நெவிலி ஆகியோருடன் சேர்ந்து பேட்ரைஸ் எவ்ரா மற்றும் நெமாஞ்சா விடிக் ஒரு வலிமையான பின் வரிசையை உருவாக்கினர். மைக்கேல் காரிக்கின் ஒப்பந்தம் ஊடகத்தின் பெரும்பகுதியால் கேள்விகுட்படுத்தப்பட்டு விமர்சனத்திற்குள்ளானது என்றாலும், பால் ஸ்கோலெஸ் உடன் திறம்பட கூட்டு திறனை வெளிப்படுத்தும் வகையில் யுனைடெட் அணியின் மிட்ஃபீல்டுக்கு ஸ்திரத்தன்மையையும் கூடுதல் படைப்பாக்கத்தையும் அளித்தது. பார்க் ஜி-ஸங் மற்றும் ரியான் ஜிக்ஸ் ஆகியோர் வேய்ன் ரூனி மற்றும் கிறிஸ்டியானோ ரொனால்டோ ஆகியோருடன் இணைந்து குறிப்பிடத்தக்க வேகம் மற்றும் துல்லியத்துடன் பிரதான அணியில் தங்களது மதிப்பை கோடிட்டுக் காட்டினர்.

மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியின் மேலாளராக தான் நியமிக்கப்பட்டதன் 20வது ஆண்டு நிறைவை நவம்பர் 6, 2006 அன்று பெர்குசன் கொண்டாடினார். ஃபெர்குஸனின் முன்னாள் வீரர்கள், இந்நாள் வீரர்கள், அத்துடன் அவரது பழைய எதிரியான ஆர்ஸின் வெங்கர், அவரது பழைய அணித்தலைவர் ராய் கீன், மற்றும் இப்போதைய வீரர்கள் அனைவரும் அவருக்கு வாழ்த்துகள் தெரிவித்தனர். அடுத்த நாளில் கார்லிங் கோப்பையின் நான்காவது சுற்றில் சவுத்எண்ட் அணியிடம் ஒற்றை கோல் தோல்வியை யுனைடெட் எதிர்கொண்டபோது இந்த கொண்டாட்ட சந்தோஷம் மறைந்து போனது. டிசம்பர் 1 அன்று 35 வயது வீரரான ஹென்ரிக் லார்ஸன் அணிக்கு ஒப்பந்தமாகி இருப்பதாய் அறிவிக்கப்பட்டது. இவர் பல வருடங்களாய் அலெக்ஸ் ஃபெர்குஸனால் பெரிதும் போற்றப்பட்டு வந்த ஒரு வீரர் ஆகும். இவரை அணிக்குக் கொண்டு வர பெர்குசன் முன்னரே முயன்றிருந்தார். டிசம்பர் 23, 2006 அன்று கிறிஸ்டியானோ ஆஸ்டன் வில்லா அணிக்கு எதிராய் போட்ட கோல், பெர்குசன் தலைமையில் இந்த கிளப் எடுத்த 2000வது கோலாக ஆனது.

இதனையடுத்து மான்செஸ்டர் யுனைடெட் தங்களது ஒன்பதாவது பிரீமியர் லீக் பட்டத்தைக் கைப்பற்றியது. ஆனால் வெம்ப்ளியில் நடைபெற்ற FA கோப்பை இறுதிப் போட்டியில் செல்ஸியா அணியின் டிடியர் ட்ராக்பா தாமதமான நேரத்தில் ஒரு கோல் போட்டதை அடுத்து இரட்டை பட்ட வாய்ப்பு தவறிப் போனது. இந்த ஆட்டத்தில் யுனைடெட் வென்றிருந்தால், நான்கு முறை இரட்டை பட்டங்கள் வென்ற முதல் இங்கிலீஷ் கிளப் என்கிற பெருமையை வென்றிருக்க முடியும். சாம்பியன்ஸ் லீகில், காலிறுதிச் சுற்றின் இரண்டாவது கட்டத்தில் ரோமா அணியை 7-1 என்ற கோல் கணக்கில் வென்று கிளப் அரையிறுதியை எட்டியது. ஆனால் அரையிறுதியின் முதல் கட்டத்தில் 3-2 என மேலே இருந்த நிலையில், இரண்டாவது கட்டத்தில் சான் சிரோவில் மிலனுக்கு எதிராக நடந்த ஆட்டத்தில் 3-0 என்ற கணக்கில் தோல்வியைச் சந்தித்தது.

2007-2008 பருவத்திற்கு, யுனைடெட் பிரதான அணியை வலுப்படுத்துவதற்கு குறிப்பிடத்தக்க ஒப்பந்தங்களை பெர்குசன் செய்தார். வெகு நாளாய் எண்ணிக் கொண்டிருந்த ஓவன் ஹார்கிரீவ்ஸ் பேயர்ன் முனிச் அணியில் இருந்து கொண்டுவரப்பட்டார். பல வருட பேச்சுவார்த்தைகளுக்குப் பின் இது சாத்தியமாகி இருந்தது. இளம் போர்ச்சுகீசிய விங்கரான நானி மற்றும் பிரேசில் வீரர் ஆண்டர்சன் ஆகியோர் மூலம் மிட்ஃபீல்டை பெர்குசன் மேலும் வலுப்படுத்தினார். ஒரு சிக்கலான நெடிய அணிமாற்ற சம்பவத்திற்குப் பிறகு அந்த கோடையின் கடைசி ஒப்பந்தமாக வெஸ்ட் ஹாம் யுனைடெட் மற்றும் அர்ஜெண்டினா ஸ்ட்ரைக்கர் கர்லோஸ் டெவெஸ் ஒப்பந்தம் செய்யப்பட்டார்.

பெர்குசன் தலைமையில் ஒரு பருவத்தின் மிக மோசமான ஆரம்பமாக அது அமைந்தது. முதல் இரண்டு லீக் ஆட்டங்கள் டிராவில் முடிவடைந்த நிலையில் மான்செஸ்டர் சிட்டி அணியிடம் 1-0 என்ற கோல் கணக்கில் அணி தோல்வியைச் சந்தித்தது. ஆயினும், அதன்பின் சுதாரித்து ஆடிய மான்செஸ்டர் பட்டம் வெல்ல ஆர்ஸினலுடன் போட்டியிட்டது. அந்த அணி சிறப்பான ஆட்டத்தை வெளிப்படுத்திய நிலையில், மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியிலான தனது காலத்தில் தன்னால் மிகச் சிறந்த வகையில் ஒருங்குபடுத்த முடிந்த அணி அது தான் என பெர்குசன் பெருமிதம் பொங்க தெரிவித்தார்.

2008 ஆம் ஆண்டு பிப்ரவரி 16 அன்று ஓல்டு டிராஃபோர்டில் நடந்த FA கோப்பை ஐந்தாவது சுற்று போட்டியில் யுனைடெட் அணி ஆர்ஸினலை 4-0 என்ற கோல் கணக்கில் தோற்கடித்தது. ஆனால் ஆறாவது சுற்றில் இறுதியில் கோப்பை வென்ற போர்ட்ஸ்மவுத் அணியிடம் 1-0 என்ற கோல் கணக்கில் தோற்றுப் போனது. யுனைடெட் அணியின் பெனால்டி கோரிக்கை நிராகரிக்கப்பட்ட நிலையில், புரொஃபஷனல் கேம் மேட்ச் அஃபிஷியல்ஸ் போர்டு அமைப்பின் பொது மேலாளரான கீத் ஹேகெட் “தனது வேலையை சரியாக செய்யவில்லை” என்று போட்டி முடிந்த பிறகு பெர்குசன் குற்றம் சாட்டினார். இதனையடுத்து முறையற்று நடந்து கொள்வதாக FA பெர்குஸன் மீது குற்றம் சுமத்தியது, இதனை எதிர்த்து முறையீடு செய்ய பெர்குஸன் தீர்மானித்தார். இது பெர்குசன் அந்த பருவத்தில் எதிர்கொண்ட இரண்டாவது குற்றச்சாட்டு ஆகும். போல்டன் வாண்டரர்ஸில் நிகழ்ந்த 1-0 தோல்விக்குப் பின் ஆட்ட நடுவர் மீது பெர்குசன் கூறிய புகார்களை அடுத்து எதிர்கொண்ட முதலாவது குற்றச்சாட்டினை எதிர்த்து முறையீடு செய்வதில்லை என அவர் தீர்மானித்திருந்தார்.

2008 ஆம் ஆண்டு மே 11 அன்று, சுமார் 25 வருடங்களுக்கு முன்பு ஐரோப்பிய கோப்பை வெற்றியாளர்கள் கோப்பையில் ரியல் மாட்ரிட் அணிக்கு எதிரான போட்டியில் அபெர்தீன் அணியை வெற்றிக்கு அழைத்துச் சென்ற அதே தினத்தில், மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணி தனது பத்தாவது பிரீமியர் லீக் பட்டத்தை வெல்ல பெர்குசன் அழைத்துச் சென்றார். மிக அருகில் இருந்த செல்ஸியா அணி இறுதி சுற்றில் செல்கையில் சம புள்ளிகளுடனும் ஒரே ஒரு கோல் எண்ணிக்கை குறைந்தும் இருந்தது. இந்த அணி தாயகத்தில் நடந்த போட்டியில் போல்டான் அணியிடம் 1-1 என்ற கணக்கில் டிரா செய்து மான்செஸ்டர் அணியை விட இரண்டு புள்ளிகள் பின்தங்கியது.
21 மே 2008 அன்று மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியுடனான தனது இரண்டாவது ஐரோப்பிய கோப்பையை பெர்குசன் வென்றார். மாஸ்கோவில் உள்ள லுஸ்னிகி மைதானத்தில் நடந்த முதன்முதல் அனைத்து இங்கிலீஷ் UEFA சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதிப் போட்டியில் கூடுதல் நேரத்திற்குப் பிறகு 1-1 என டிராவில் இருந்ததைத் தொடர்ந்து பெனால்டிகள் அடிப்படையில் 6-5 என்ற கணக்கில் இந்த அணி செல்ஸியா அணியைத் தோற்கடித்தது. கிறிஸ்டியானோ ரொனால்டோ பெனால்டி கோலை தவற விட்டார், இதனால் ஜான் டெரி கோல் போட்டிருந்தால் கோப்பை செல்ஸியா அணியிடம் சென்றிருக்கும். ஆனால் டெரி அந்த வாய்ப்பை கோட்டை விட்டார். இறுதியில் எட்வின் வான் டெர் ஸர் நிகோலஸ் அனெல்காவின் பெனால்டியை தடுத்து விட்டதை அடுத்து பெர்குஸன் தலைமையில் இரண்டாவது முறையும், மொத்தத்தில் மூன்றாவது முறையுமாக இந்த கோப்பையை மான்செஸ்டர் யுனைடெட் கைப்பற்றியது.

2007-08 UEFA சாம்பியன்ஸ் லீகை வென்ற பின், அடுத்த மூன்று ஆண்டுகளுக்குள் தான் மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியில் இருந்து விலகவிருப்பதாக பெர்குசன் கூறியிருந்தார். ஆனால் மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியின் தலைமை நிர்வாகியான டேவிட் கில் உடனடியாகத் தலையீட்டு அலெக்ஸ் பெர்குசன் ஓய்வு பெறுவது குறித்த ஊகங்களை புறந்தள்ளினார்.

2008-09 பருவத்தில் அணி மந்தமான துவக்கத்தையே பெற்றது என்றாலும், ஒரு ஆட்டம் எஞ்சியிருக்கும் நிலையிலேயே பிரீமியர் லீக் பட்டத்தை வென்று விட்டது. இதனையடுத்து இங்கிலீஷ் கால்பந்து வரலாற்றில் இரண்டு வெவ்வேறு சந்தர்ப்பங்களில் மூன்றுமுறை தொடர்ந்து பிரீமியர் லீக் பட்டத்தை வென்ற மேலாளர் என்னும் பெருமை ஃபெர்குஸனுக்குக் கிடைத்தது. பெர்குசன் தலைமையில் இப்போது மான்செஸ்டர் யுனைடெட் 11 லீக் பட்டங்களை வென்றுள்ளது. 2009 பருவ வெற்றியின் மூலம் லீக் சாம்பியன்களாக மொத்தம் 18 முறை வென்று லிவர்பூல் உடன் சாதனை இடத்தைப் பகிர்ந்து கொள்கிறது. அவர்கள் 2009 சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதிப் போட்டியில் FC பார்சிலோனா அணிக்கு எதிராக மே 27, 2009 அன்று ஆடிய போட்டியில் 2-0 என்ற கணக்கில் தோற்றனர்.

பட்டம் வழங்கும் நிகழ்ச்சிக்குப் பிறகு பேசிய பெர்குசன் தனது உடல்நிலை ஒத்துழைக்கும் வரை தான் யுனைடெட் அணியுடன் இருக்கப் போவதாகவும், இன்னொரு முறை இந்த பட்டத்தை வெல்வது தனக்கு மிகுந்த மகிழ்ச்சியளிக்கும் என்றும் கூறினார். அந்த வெற்றி லிவர்பூல் அணியை விட ஒரு வெற்றியைக் கூடுதலாக அளித்து, மொத்த வெற்றிகளின் எண்ணிக்கையில் தனிப்பெரும் சாதனையாளராய் மான்செஸ்டர் யுனைடெட் அணியை ஆக்கும்.

அணிக்கு அலெக்ஸ் பெர்குசன் செய்திருக்கும் பங்களிப்பை கவுரவிக்கும் விதமாக அக்டோபர் 11, 1999 அன்று ஒரு சிறப்பு கவுரவ ஆட்டத்திற்கு ஏற்பாடு செய்யப்பட்டது. இந்த போட்டியில் உலகெங்கும் இருந்து பல்வேறு வீரர்கள் கலந்து கொண்ட வேர்ல்டு XI அணிக்கு எதிராக மான்செஸ்டர் யுனைடெட் ஆடியது.

ஆரம்ப ஏமாற்றம்
இரண்டாவது ஐரோப்பிய கோப்பை
நடுவர்கள்
புள்ளிவிவரங்கள்