போர்த்துகீசியர் இந்தியாவோடு வணிகம் செய்ய வந்தார்கள். மே 20, 1498இல் வாஸ்கோதகாமா ஐரோப்பாவிலிருந்து இந்தியாவுக்குக் கடல்வழி கண்டுபிடித்து கோழிக்கோட்டில் வந்திறங்கினார். அவரைத் தொடர்ந்து பேத்ரோ அல்வாரஸ் கப்ரால் என்பவர் 13 செப்டம்டர், 1500இல் வந்தார். அதைத் தொடர்ந்து கிறித்தவ மறைபரப்பாளரும் வந்தனர். கொச்சி, கொல்லம் ஆகிய நகர்களில் அவர்கள் வணிகத்தில் ஈடுபட்டாலும், பின்னர் கோவாவைத் தங்கள் தலைமையிடமாகக் கொண்டனர். சென்னையில் மயிலாப்பூர் பகுதியில் போர்த்துகீசிய குடியிருப்புகள் உருவாயின. 1516இல் போர்த்துகீசியர் லஸ் கோவில் (Luz Church) கட்டினர். அக்கோவில் "ஒளியின் அன்னை மரியா"வுக்கு அர்ப்பணிக்கப்பட்டதால் Our Lady of Light (போர்த்துகீசியம்: Nossa Senora da Luz) என்று அழைக்கப்பட்டது.

அதைத் தொடர்ந்து, போர்த்துகீசியர் 1522-23இல் சாந்தோம் ஆலயத்தை புனித தோமா கல்லறைமீது எழுப்பினார்கள். அக்கல்லறை அடையாளம் காட்டப்பட்ட இடத்தில் அகழ்ந்தபோது தோமாவின் எலும்புத்துண்டுகளும் அவர் குத்திக் கொல்லப்பட்ட ஈட்டிமுனை ஒன்றும் கிடைத்ததாகவும் அறிவிக்கப்பட்டது. அத்திருப்பொருள்கள் தற்போது புனித தோமா கல்லறைக் கோவிலில் பார்வைக்கும் வணக்கத்துக்கும் வைக்கப்பட்டுள்ளன.

இதற்கு முன்னரே, கி.பி. 232இல் தோமாவின் எலும்புகள் மயிலாப்பூரிலிருந்து அகற்றப்பட்டு இன்றைய துருக்கியில் உள்ள எதேசா (Edessa) என்னும் நகருக்குக் கொண்டுசெல்லப்பட்டதாகவும், அங்கிருந்து கியோசு (Chios) என்னும் கிரேக்க நாட்டுத் தீவுக்குச் சென்றதாகவும், அங்கிருந்து இத்தாலியில் உள்ள ஒர்த்தோனா (Ortona) நகருக்கு 1258இல் எடுத்துச் செல்லப்பட்டதாகவும் மரபு. ஒர்த்தோனாவில் தோமாவின் எலும்புகள் அடங்கிய அவர்தம் முக உருவ வெள்ளிப் பேழை உள்ளது. அதை வடிவமாகக் கொண்டு, இந்திய அரசு ஒரு 15 காசுகள் தபால் தலை வெளியிட்டது. 1964 டிசம்பர் மாதம் பம்பாய்க்கு (மும்பை) வருகைதந்த போப்பாண்டவர் 6ஆம் பவுல் (சின்னப்பர்), உலகளாவிய நற்கருணை மாநாட்டின்போது அதைப் பெற்றுக்கொண்டார். இந்திய அரசு வெளியிட்ட இன்னொரு 20 காசுகள் தபால் தலையில் கி.பி. 7-8 நூற்றாண்டைச் சேர்ந்த "தோமா சிலுவை" (St. Thomas Cross) இடம்பெறுகிறது.

சாந்தோமில் அமைந்துள்ள புனித தோமா கல்லறைச் சிற்றாலயம் பேராலயத்தின் கீழ்ப்பகுதியில், சிறிய கோபுரம் இருக்கும் இடத்தின் நேர்க்கீழே உள்ளது. அச்சிற்றாலயத்தை எளிதாகச் சென்றடையவும் திருப்பயணிகள் அமைதியாக இறைவேண்டல் செய்ய வசதியாகவும் 2002-2004இல் புதியதொரு வாயில் திறக்கப்பட்டது. பயணிகள் கோவிலின் பின்புறமுள்ள தோமா அருங்காட்சியகம் நுழைந்து, அங்கிருந்து படியிறங்கி கல்லறைச் சிற்றாலயத்தை அடையலாம். அது முற்றிலும் புதுப்பிக்கப்பெற்று எழிலுடன் காட்சியளிக்கிறது. குறிப்பாக, தேக்கு மரத்தால் ஆன கூரையின் கலையழகு பளிச்சிடுகிறது. அதை மூடியிருந்த சாயம் அகற்றப்பட்டு தொடக்கநிலை அழகு தெரிகிறது. தரை பளிங்குக் கல்லால் ஆனது. நிறப்பதிகைக் கண்ணாடிகளும் மெருகூட்டப்பட்டுள்ளன.

அருங்காட்சியகத்தில் சாந்தோம் பகுதியை அகழ்ந்ததில் கிடைத்த பல தொல்பொருள்கள் உள்ளன. அவற்றுள் சில கிறித்தவ மறைசார்ந்தவை. கி.பி. 7-8 நூற்றாண்டைச் சார்ந்த கருங்கல் சிலுவைகள், சிறு நிலுவைகள் போன்றவை ஆங்குளன.

புனித தோமா கல்லறை
சாந்தோம் கோவில் வரலாறு
புனித தோமா இந்தியா வந்தார் என்பதற்கு மறுப்பும் அதற்குப் பதில்மொழியும்
ஆலய வழிபாட்டு நேரங்கள்