விடுதலையின் பின்னர் நாட்டில் உடனடியாகவே உள்நாட்டுக் குழப்பங்கள் உருவாகின. பல குழுக்களும் ஆட்சிக்காக தமக்கிடையே மோதின. இஸ்லாமியர்கள் அல்லாதோர், குறிப்பாக ரஷ்யர்களும் யூதர்களும் நாட்டை விட்டு வெளியேறினர். எமோமாலி ரஹ்மானொவ் 1992 இல் ஆட்சியைக் கைப்பற்றி இன்று வரையில் ஆண்டு வருகிறார். 1997 இல், அதிபருக்கும் எதிர்க் கட்சிகளுக்கும் இடையில் போர்நிறுத்த உடன்பாடு ஏற்பட்டது. தொடர்ந்து 1999 இல் அமைதியான தேர்தல்கள் இடம்பெற்றன. எனினும் ரஹ்மானொவ் மீண்டும் அமோகமான ஆதரவுடன் மீண்டும் ஆட்சியைக் கைப்பற்றினார். 2005ம் ஆண்டு வரையில் ரஷ்யா தனது படைகளை ஆப்கானிஸ்தானுடனான எல்லைகளைக் காப்பதற்காக இங்கு வைத்திருந்தது. அமெரிக்க மற்றும் பிரெஞ்சு படைகளும் இங்கு நிலை கொண்டிருந்தன.

சோவியத் தஜிகிஸ்தான்
வரலாறு
உள்நாட்டுப் போர்
புவியியல்