11,000 இலிருந்து 13,000 ஆண்டுகளுக்கு முன், பனிக்காலத்தின் இறுதிப் பகுதியில் பனி உருகியதால் எஸ்தோனியாவில் மனிதக் குடியேற்றங்கள் நிகழத் தொடங்கின. எஸ்தோனியாவிலுள்ள மிகப் பண்டைய மனிதக் குடியிருப்பு பானு ஆற்றங்கரையில் அமைந்த புல்லி குடியிருப்பாகும். இது தென்மேற்கு எஸ்தோனியாவின் சிந்தி நகருக்கண்மையில் அமைந்துள்ளது. காபன் திகதியிடல் முறையின் அடிப்படையில் இது 11,000 ஆண்டுகளுக்கு முன், அதாவது கிமு 9ம் ஆயிரவாண்டின் துவக்கத்தில் ஏற்படுத்தப்பட்டது.

வடக்கு எஸ்தோனியாவின் குண்டா நகருக்கருகில் கிமு 6500 அளவில் வேடர் மற்றும் மீனவ சமுதாயத்தினர் வாழ்ந்தமைக்கான சான்றுகள் கண்டுபிடிக்கப்பட்டுள்ளன. குண்டாவில் கண்டெடுக்கப்பட்ட எலும்பு மற்றும் கல்லாலான கைவினைப் பொருட்களை ஒத்த எச்சங்கள் எஸ்தோனியாவெங்கிலும் கண்டெடுக்கப்பட்டன. மேலும் இவை லத்வியா, வடக்கு லிதுவேனியா மற்றும் தெற்கு பின்லாந்து ஆகியவற்றிலும் கண்டெடுக்கப்பட்டன. குண்டா பண்பாடு இடைக்கற்காலப் பண்பாட்டுக்கு உரியதாகும்.

வெண்கலக் காலப்பகுதியின் முடிவும் இரும்புக் காலப்பகுதியின் ஆரம்பமும் பாரிய பண்பாட்டு மாற்றங்களை ஏற்படுத்தின. இவற்றுள் மிக முக்கிய மாற்றம் பயிர்ச்செய்கையின் அறிமுகமாகும். இது பொருளாதாரத்தினதும் பண்பாட்டினதும் அடித்தளமாக நிலைத்தது. கிபி முதலாம் நூற்றாண்டுக்கும் ஐந்தாம் நூற்றாண்டுக்கும் இடையில் வீட்டுப் பயிர்ச்செய்கை முறை பரவலடைந்தது. சனத்தொகை வளர்ச்சியடைந்ததுடன் குடியேற்றமும் விரிவடைந்தது. ரோமப் பேரரசின் பண்பாட்டுத் தாக்கம் எஸ்தோனியா வரை பரவியது.

ரோமானிய வரலாற்றாளரான டகிடசு (அண்ணளவாக கிமு 98) தனது நூலான "ஜெர்மானியா"வில் எசுதி குடிகளைப் பற்றிக் குறிப்பிட்டுள்ளார். டகிடசு அம்பருக்கான அவர்களது சொல்லை நேரடியாக லத்தீன் மொழிப்படுத்தி "கிலெசம்" எனக் குறிப்பிடுகிறார் (பார்க்க லத்விய மொழியில் "glīsas"). இச்சொல் மாத்திரமே பழங்காலத்தில் ஆவணப்படுத்தப்பட்ட அவர்களது மொழிச் சொல்லாகும். இதனால், எசுதியர் பிற்கால பால்டிக் மக்களின் மூதாதையராகக் கருதப்படுகின்றனர்.

மிகக் குழப்பமான மற்றும் போர்மேகம் சூழ்ந்த நடு இரும்புக்காலத்தின் பின் வெளியிலிருந்து அச்சுறுத்தல்களும் ஏற்பட்டன. நாட்டின் தெற்கு நில எல்லையை பால்டிக் குழுக்கள் தாக்கியதோடு கடல் வழித் தாக்குதல்களும் இடம்பெற்றன. பல்வேறு இசுக்காண்டிநேவியக் கதைகள் எஸ்தோனியாவுக்கெதிரான எதிர்த்தாக்குதல்கள் பற்றிக் குறிப்பிடுகின்றன. எஸ்தோனிய வைக்கிங்குகளும் இசுக்காண்டிநேவியக் குழுக்களுக்கெதிராகப் படையெடுப்புகளை மேற்கொண்டு பால்டிக் பகுதியின் ஆதிக்க சக்தியாகத் தம்மை நிலைநிறுத்தினர். முன் நடுக்காலப் பகுதியான 1187ல் சுவீடிய நகரான சிக்டியூனாவைச் சூறையாடியோர் எஸ்தோனியரேயாவர்.

கிபி முதல் நூற்றாண்டில் எஸ்தோனியாவில் அரசியல் மற்றும் நிர்வாகப் பிரிவுகள் உருவாகத் துவங்கின. இரு பாரிய சிறுபிரிவுகள் உருவாயின. அவை மாகாணம் (எஸ்தோனிய மொழி: "கிகேல்கோண்ட்") மற்றும் சிறுநிலம் (எஸ்தோனிய மொழி: "மாகோண்ட்") என்பனவாகும். பல கிராமங்கள் சேர்ந்து மாகாணமாயின. பெரும்பாலும் எல்லா மாகாணங்களும் குறைந்தது ஒரு கோட்டையையாவது கொண்டிருந்தன. அரசன் அல்லது வேறு முதிய தலைவர் பிரதேசத்தின் பாதுகாப்புக்குப் பொறுப்பாயிருந்தார். பதின்மூன்றாம் நூற்றாண்டளவில் எஸ்தோனியா பின்வரும் மாகாணங்களைக் கொண்டிருந்தது. அவை: ரெவலா, ஆர்சுமா, சாரெமா, ஈயுமா, லானெமா, அலெம்போயிசு, சகலா, உகண்டி, சொகென்டாகனா, சூபூலிட்சே, வைகா, மோகு, நர்மேகுண்ட், சார்வமா மற்றும் விருமா என்பனவாகும்.

முற்கால எஸ்தோனியர் பல்தெய்வ வழிபாட்டினராயிருந்தனர். இவர்களது முதன்மைத் தெய்வம் தாரபிடா ஆகும். லிவோனியாவின் என்றியின் வரலாற்றில் தாரபிடா ஓசெலியர்களின் (சாரெமா தீவு மக்கள்) சக்தி வாய்ந்த தெய்வமாகக் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது. மேலும் தெரபிடா வட எஸ்தோனியாவின் விரோனியக் குழுக்களாலும் வணங்கப்பட்டது.

டேனிய எஸ்தோனியா
வரலாறு
வைக்கிங் காலம்
வரலாற்றுக்கு முந்தைய காலம்