1558இல் திருத்தந்தை நான்காம் பவுல் கோவா மறைமாவட்டத்தின் தெற்குப் பகுதியைத் தனியாகப் பிரித்து கொச்சி மறைமாவட்டத்தை உருவாக்கினார். அதோடு திருச்சிலுவைக் கோவில் கொச்சி மறைமாவட்டத்தின் தலைமைக் கோவில் நிலையைப் பெற்றது. அதே சமயம் கோவாவிலிருந்து பிரிந்து தனி மறைமாவட்டம் ஆனது மலாக்கா ஆகும்.

1663இல் ஓல்லாந்தர்கள் போர்த்துகீசியரை எதிர்த்து, கொச்சியைக் கைப்பற்றினார்கள். அங்கிருந்த எல்லாக் கத்தோலிக்க கட்டடங்களையும் அழித்தார்கள். அந்த அழிவிலிருந்து தப்பியவை திருச்சிலுவைக் கோவிலும் புனித பிரான்சிசு சவேரியார் கோவிலும் மட்டுமே. ஓல்லாந்தர்கள் திருச்சிலுவைக் கோவிலைத் தம் படை ஆயுதங்களைப் பாதுகாக்கும் கிடங்காகப் பயன்படுத்தினர்.

பின்னர் பிரித்தானியர் படையெடுத்து, கொச்சியைக் கைப்பற்றி, 1795இல் திருச்சிலுவைக் கோவிலை அழித்தனர். அழிந்துபோன கோவிலின் அலங்காரக் கருங்கல் தூண்களுள் ஒன்று, இன்றைய கோவிலின் தென்கிழக்கு மூலையில் வைக்கப்பட்டிருப்பதைக் காணலாம்.

மறைமாவட்டக் கோவிலாக உயர்த்தலும், கோவில் அழிபடுதலும் (1558-1795)
பெருங்கோவில் நிலைக்கு உயர்த்தப்படுதல்
கோவிலின் கலையழகு
இன்றைய கோவில் கட்டப்படுதல்: 1886