மருந்துகள் மற்றும் உயிரியல் தொடர்பான மூலக்கூறுகளை கண்டறிவது, மேம்படுத்துவது, அல்லது ஆய்வு செய்வதற்கு கணிப்பொறி உதவியுடன் கூடிய மருந்து வடிவமைப்பு இரசாயனக் கணிப்பைப் பயன்படுத்துகிறது. இதன் முக்கிய நோக்கமானது தரப்பட்டுள்ள மூலக்கூறு இலக்குடன் பிணைப்பை ஏற்படுத்துகிறதா இல்லையா என்பதைக் கண்டறிவதாகும், அத்துடன் பிணைப்பை ஏற்படுத்தும் பட்சத்தில் எவ்வளவு உறுதியாக பிணைப்பானது ஏற்படுத்தப்படுகிறது என்பதும் கண்டறியப்படுகிறது. மூலக்கூறு தொழில்நுட்பம் அல்லது மூலக்கூறு இயக்கவியல் உள்ளிட்டவை சிறிய மூலக்கூறுகளின் இணக்கத்தன்மையை ஊகிக்கப் பயன்படுவதுடன், சிறிய மூலக்கூறுகள் பிணைப்பில் இருக்கும்போது உயிரியியல் இலக்கில் காணப்படும் இணக்கத்தன்மை குறித்த மாற்றங்களை விவரிக்கிறது. சிறிய அளவிலான-அனுபவ அறிவு, துவக்கத்தில் இருந்த போதிய இரசாயன வழிமுறைகள், அல்லது அடர்த்தி வினைசார் கொள்கை போன்றவை மூலக்கூறு இயக்கவியல் மதிப்பீடுகளுக்கான அளவையை அளிப்பதற்குப் பயன்படுகின்றன என்பதுடன், பிணைப்பு இணக்கத்துடன் தொடர்புடைய நோயாளிகளுக்கான மருந்தின் மின்னணு செயல்பாட்டை (நிலைமின்னியல் ஆற்றல், முனைவாகுதன்மை மற்றும் பல) மதிப்பீடு செய்வதற்கும் பயன்படுகிறது.

மூலக்கூறு இயக்கவியல் வழிமுறைகள் பிணைப்பு இணக்கத்தின் குறைந்த அளவை நிர்ணயம் செய்வதற்குப் பயன்படுகின்றன. அனுபவ அறிவின் அடிப்படையிலான மதிப்பீட்டு செயல்முறை பிணைப்பு இணக்க அளவீடுகளை அளிப்பதற்குப் பயன்படுகிறது. சிறிய மூலக்கூறு மற்றும் இலக்கு ஆகியவற்றிற்கு இடையேயான ஆற்றலைக் கண்டறிந்து ஆய்வுகளின் மூலம் பிணைப்பு இணக்கச் சமன்பாட்டை வருவிப்பதற்கு, மேற்கூறிய வழிமுறைகள் அனைத்தும் நேரடியான பின்னடைவியக்கம், இயந்திர நுணுக்கம், நரம்பியல் கண்ணி அல்லது மற்ற தொழில்நுட்ப புள்ளிவிவரங்கள் ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்துகின்றன.

பகுதிப்பொருள் ஒன்றிணைக்கப்படுவதற்கு முன்பாக, கணக்கீட்டு வழிமுறை இணக்கத்தை நிர்ணயம் செய்துவிடுகிறது, ஆகவே கோட்பாட்டில் ஒரே ஒரு பகுதிப்பொருளை மட்டும் ஒருங்கிணைப்பது போதுமானதாகிறது. தற்போதுள்ள கணக்கீட்டு வழிமுறைகள் இணக்கத்தின் மிகச்சரியான அளவீட்டை அளிக்கின்றன. ஆகவே மிகச்சிறந்த மூலக்கூறுகள் கண்டறியப்படுவதற்கு முன்பாகவே, மேற்கூறிய வழிமுறைகள் வடிவமைப்பு, ஒருங்கிணைப்பு மற்றும் பரிசோதனை உள்ளிட்ட பல்வேறு நடவடிக்கைகளை உள்ளடக்கியிருந்தன. மதிப்பீட்டு வழிமுறைகள் தேவைப்படும் மறுசெய்கையின் அளவைக் குறைத்து கண்டுபிடிப்பை துரிதப்படுத்துவதுடன், நவீன சிறிய மூலக்கூறு அமைப்புகளை அளிக்கின்றன.

கணிப்பொறிகளின் உதவியுடன் மேற்கொள்ளப்படும் மருந்து வடிவமைப்பு பின்வரும் ஏதேனும் ஒரு மருந்து கண்டுபிடிப்பு நிலைகளில் பயன்படுகின்றன:

மதிப்பீட்டு செயல்முறை மூலம் கணக்கிடப்படும் பிணைப்பு இணக்கத்தின் குறைந்த அளவிலான ஊகத்தை சரிசெய்யும் வகையில், புரத மூலக்கூறின் இடைக்காட்சி மற்றும் முப்பரிமாண பகுதிப்பொருளின் கட்டமைப்புத் தகவல்கள் ஆகியவை பகுப்பாய்வு நடவடிக்கையை மேற்கொள்ளப் பயன்படுகின்றன. கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான மருந்து வடிவமைப்பிற்கான பல்வேறு பகுப்பாய்வுகள், நோயாளிகளுக்குத் தேவைப்படும் பகுதிப்பொருளின் தன்மையை உயர்த்துவதற்கான புரத மூலக்கூறு இடைவினையை மேம்படுத்துவதில் கவனம் செலுத்துகின்றன. 

பின்னணி
மூலக்கூறு அடிப்படையிலான மருந்து வடிவமைப்பு
சிறந்த மருந்தைக் கண்டறிதல்
கணிப்பொறி உதவியுடன் கூடிய மருந்து வடிவமைப்பு