2002ல், ஒருவரே இரண்டு முறைக்கு மேல் பிரதம மந்திரியாக பதவி வகிப்பதற்கு தடை விதி்த்து பாகிஸ்தான் ஜனாதிபதி பர்வீஜ் முஷாரப் பாகிஸ்தான் அரசியல் அமைப்பில் மாற்றம் கொண்டு வந்தார்.இது மீண்டும் ஒருபோதும் பதவிக்கு வரமுடியாதபடி பூட்டோவைத் தகுதி இழக்கச் செய்தது. இந்த நகர்வு முன்னாள் பிரதம மந்திரிகளான பெனசீர் பூட்டோ மற்றும் நவாஜ் ஷெரீப் ஆகியோரின் மீது நடத்தப்பட்ட நேரடி தாக்குதல் என்று பரவலாக கருதப்பட்டது.2003 ஆகஸ்டு 3ல், சர்வதேச மின்ஹஜ் அல் குரானில் (கல்வி மற்றும் சுகாதாரத்திற்கான சர்வதேச முஸ்லீம் அமைப்பு) பூட்டோ ஓர் உறுப்பினரானார்.

பெனசீர் ஐக்கிய அரேபிய எமிரேட்ஸ் மற்றும் துபாயில் தங்கியிருந்த போது, அல்ஜீமெர் நோயால் பாதிக்கப்பட்டிருந்த அவரின் அன்னையையும், அவரின் மூன்று குழந்தைகளையும் கவனித்து கொண்டிருந்ததுடன், பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சியின் ஆதரவாளர்களுக்கு சொற்பொழிவுகள் நிகழ்த்தவும், அவர்களுடன் தொடர்புகளைத் தக்கவைக்கவும் பயணித்து கொண்டிருந்தார்.ஐந்திற்கும் மேலான ஆண்டுகளுக்கு பின்னர் 2004 டிசம்பரில் அவர் கணவருடன் அவர்கள் மீண்டும் ஒன்றுபட்டார்கள். 2006ல், பாகிஸ்தானின் வேண்டுகோளின் பெயரில், ஊழல் குற்றச்சாட்டுக்களுக்காக பூட்டோவிற்கும், அவர் கணவருக்கும் சர்வதேச போலீஸ் கைது ஆணையைப் பிறப்பித்தது.பூட்டோக்கள் அந்த ஆணையின் சட்ட அடிப்படையின் மீது கேள்வி எழுப்பி இன்டர்போலுக்கு ஒரு கடிதம் எழுதினார்கள். 2007 ஜனவரி 27ல், ஜனாதிபதி ஜார்ஜ் டபிள்யூ. புஷ் மற்றும் காங்கிரஸ் மற்றும் அரசுத்துறை அதிகாரிகளுடன் பேச அமெரிக்காவிற்கு அவர் அழைக்கப்பட்டார். 2007 மார்ச்சில், இங்கிலாந்தில் பிபிசி தொலைக்காட்சி நிகழ்ச்சியான "கேள்வி நேரத்தில்" பூட்டோ பேனலிஸ்டாக தோன்றினார்.அவர் பிபிசி தற்போதைய நிகழ்வுகள் பற்றிய நிகழ்ச்சியான "நியூஸ்நைட்" டிலும் பல முறை தோன்றியுள்ளார்.நைட்பட்டம் பெற்ற சல்மான் ருஷ்டி வெளிநாட்டு குடிமக்களின் படுகொலைக்கு அழைப்பு விடுக்கிறார் என்று குறிப்பிட்டு, அவரைக் குறித்து 2007 மே மாதத்தில் முஹ்மது இஜாஜ்-அல்-ஹக்கினால் தோற்றுவிக்கப்பட்ட கருத்துக்களை அவர் நிராகரித்தார்.

2007க்குள் பாகிஸ்தானுக்கு திரும்பி வருவதற்கான தமது விருப்பத்தை பூட்டோ அறிவித்திருந்தார். 2007 இறுதியில் அல்லது 2008 தொடக்கத்தில் நடக்கவிருந்த நாட்டின் பொது தேர்தல்களில் அவரை அனுமதிக்க முடியாது என்று 2007 மே மாதம் முஷாரப்பின் அறிவிப்புகள் இருந்த போதினும், அவர் நாடு திரும்பினார். அவர் மீண்டும் பிரதம மந்திரியாக நியமிக்கப்படலாம் என்று வதந்திகள் உலாவின.

பூட்டோவால் எழுதப்பட்ட ஜனாதிபதி மற்றும் அவரின் கொள்கைகள் குறித்த மிகவும் சிக்கலான ஒரு கட்டுரைக்கு பிரதிபலிப்பாக, 2007 ஜூன் 14ல் "தி வால்ஸ்ட்ரீட் இதழில்" வெளியான ஒரு முரண்பட்ட கடிதத்தில், ஓர் அமெரிக்க வரலாற்றாளரான ஆர்தர் ஹெர்மன், "தெற்காசியாவின் வரலாற்றில் போட்டியிட முடியாத பல தலைவர்களில் ஒருவராக" அவரை எடுத்துக்காட்டியிருந்தார். அத்துடன் அவரும், பாகிஸ்தானில் இருந்த பிற மேற்தட்டுக்களும் முஷாரப் ஒரு "முஹாஜிர்" , 1947 சுதந்திரத்தின் போது பாகிஸ்தானுக்கு பறந்து வந்த மில்லியன்கணக்கான இந்திய முஸ்லீம்களில் ஒருவரின் மகன், என்பதால் வெறுத்தார்கள் என்றும் அவர் உறுதிப்படுத்தினார்."பாகிஸ்தான் உருவாக்கத்திற்காக முன்னணியில் நின்று முஹாஜிர்கள் போராடி இருந்த போதினும், சொந்த நாட்டில் இருந்த பாகிஸ்தானியர்களில் பலர் அவர்களை விரோதமாகவே பார்க்கிறார்கள் என்பதுடன் அவர்களை மூன்றாம்-தர குடிமக்களாகத் தான் நடத்துகிறார்கள்," என்றும் ஹெர்மேன் குறிப்பிட்டார்.

எவ்வாறிருப்பினும், 2007 மத்தியில், அமெரிக்கா ஓர் உடன்பாட்டிற்கு தள்ளி கொண்டிருப்பதாக தெரிந்தது. இதன்படி முஷாரப் ஜனாதிபதியாக இருப்பார், ஆனால் இராணுவ தளபதி பதவியில் இருந்து விலகிக் கொள்வார், அத்துடன் பெனசீர் அல்லது அவர் நியமனத்தில் ஒருவர் பிரதம மந்திரியாவார் என்பதாக இருந்தது.

2007 ஜூலை 11ல், அசோசியேடட் பிரஸ், செம்மசூதி சம்பவத்திற்கு பின்னர் உள்ள சாத்தியக்கூறுகள் குறித்த ஒரு கட்டுரையில் பின்வருமாறு எழுதியது:

முன்னாள் பிரதம மந்திரியும், எதிர்கட்சி தலைவருமான பெனசீர் பூட்டோ மீண்டும் நாட்டிற்கு திரும்புவார் என்றும், ஆண்டு முடிவில் நடக்கவிருக்கும் பொது தேர்தல்களில் முஷாரப்புடன் ஒரு அதிகார-பகிர்வு உடன்படிக்கையை எட்டுவார் என்றும் பலரால் எதிர்பார்க்கப்படுகிறது. செம்மசூதி விவகாரத்தில் ஒரு கடுமையான நடவடிக்கை எடுத்ததற்காக பெனசீர் பூட்டோ அவரை பாராட்டினார்.
"மசூதியில் போராளிகளுடன் போர்நிறுத்தம் கிடையாது என்பது எனக்கு மகிழ்ச்சி அளிக்கிறது. ஏனென்றால் போர்நிறுத்தங்கள் போராளிகளைத் திடங்கொள்ளச் செய்யும்," என்று செவ்வாயன்று பிரிட்டனின் ஸ்கை தொலைக்காட்சிக்கு அவர் தெரிவித்தார்."அங்கு ஒரு பின்னடைவு இருக்கும், ஆனால் ஏதாவதொரு வேளையில் போராளிகள் தோன்றுவதை நாம் நிறுத்த வேண்டியுள்ளது."

செம்மசூதி குறித்த இந்த கருத்து பாகிஸ்தானில் அச்சத்துடன் பார்க்கப்பட்டது, அறிவி்க்கப்பட்ட வகையில் நூற்றுக்கணக்கான இளம் மாணவர்கள் எரித்து கொல்லப்பட்டார்கள், மீதமிருந்தவர்களைக் கண்டுபிடிக்க முடியாமல் இருந்தது. மேலும் காணாமல்போன நபர்களின் பிரச்சனைகள் குறித்து பாகிஸ்தான் உச்சநீதி மன்றத்தில் வழக்குகள் விசாரிக்கப்பட்டன. இதுவும், இதை தொடர்ந்து முஷாரப்பிற்கான ஆதரவும் ஃகார் போன்ற பூட்டோவின் மூத்த தோழர்கள் அவர் மீது வெளிப்படையாக கண்டனம் தெரிவிக்கும் நிலைக்கு அவர்களை இட்டு சென்றது.

எவ்வாறிருப்பினும், பின்னால் ஏற்பட்ட முதன்மை நீதிபதியுடனான சச்சரவின் ஓர் ஆரம்ப கட்டத்தில் அவரை மீண்டும் பதவியில் அமர்த்துமாறு பூட்டோ முஷாரப்பிற்கு அறிவுறுத்தினார்.அவரின் பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சி அதன் சிஈசி உறுப்பினரும், முதன்மை நீதிபதிக்கான முதன்மை வழக்கறிஞருமான ஆயிட்ஜாஜ் ஆஹ்சானை வெற்றிகரமாக மீண்டும் பதவியில் அமர்த்துவதில் ஒன்று கூடவில்லை.மாறாக, அவர் ஒரு விரோதியாகவும், விலக்கப்பட்டவராகவும் பார்க்கப்பட்டார்.

2008 தேர்தல்களுக்கான தயாரிப்பு
நாடு கடத்தப்பட்டு வாழ்ந்த 2000களின் ஆரம்ப காலங்கள்
குடும்பம்
பிரான்ஸ்