மரியா கோவிலின் உள்ளே, அடிமட்டத்திற்குக் கீழ் பண்டைய உரோமைக் கலாச்சாரத் தடயங்கள் உள்ளன. உரோமை சமயக் கோவில்கள் அழிந்து கிடந்த நிலை திருத்தந்தை சக்கரியா காலம் வரை (741-752) நீடித்தது. அவர் காலத்தில் இப்பகுதி கிறித்தவ மயமாக்கப்பட்டது. கீழைச் சபைத் துறவியரிடம் இப்பகுதி ஒப்படைக்கப்பட்டது. அத்திருத்தந்தை காலத்தில் எழுந்த கட்டடம் இன்று இல்லை. 

திருத்தந்தை நான்காம் அலக்சாண்டர் மரியா கோவில் பகுதியில் ஒரு துறவற இல்லத்தை 1255இல் நிறுவினார். கிறித்தவ சமயத்தைத் தழுவிய பெண்களுக்கென அவ்வில்லம் அமைந்தது. பின்னர் அத்துறவியர் சான் பங்கிராசியோ என்னும் பகுதிக்கு மாற்றப்பட்டனர். 1275இல் சாமிநாதர் சபைத் துறவியர் கோவிலையும் துறவற இல்லத்தையும் நிர்வகிக்கும் பொறுப்பை ஏற்றனர். இத்துறவியர் இக்கோவிலையும் துறவற இல்லத்தையும் தம் தலைமையிடமாக்கினர். பிற்காலத்தில் அவர்களின் தலைமையிடம் சாந்தா சபீனா என்னும் இடத்திற்கு மாறியது. மரியா கோவிலும் துறவற இல்லமும் இன்று சாமிநாதர் சபையினரின் பொறுப்பிலேயே உள்ளன. 
இன்று கோத்திக் கலைப் பாணியில் அமைந்துள்ள இந்த மரியா கோவில் கட்டடம் 1280இல் வடிவமைக்கப்பட்டது. திருத்தந்தை மூன்றாம் நிக்கோலாஸ் என்பவரின் ஆட்சிக் காலத்தில் எழுந்த இந்த கோத்திக் கட்டடம் சாமிநாதர் சபைத் துறவியரால் கட்டப்பட்டது. அச்சபையைச் சார்ந்த ஃப்ரா சிஸ்தோ ஃபியரென்டீனோ, ஃப்ரா ரிஸ்தோரோ தா காம்பி என்னும் திறமைவாய்ந்த இரு துறவியர் இக்கோவில் கட்டட வரைவை உருவாக்கியதாகத் தெரிகிறது. புளோரன்சு நகரில் சாமிநாதர் சபைப் பொறுப்பில் "புனித மரியா புதிய கோவில்" என்று சீரமைக்கப்பட்ட கோவிலின் அமைப்பை மாதிரியாகக் கொண்டு இத்துறவியர் "மினெர்வா மேல் மரியா கோவிலின்" வரைவை எழுதினர். உரோமையில் கட்டப்பட்ட முதல் கோத்திக் பாணிக் கோவில் என்னும் சிறப்பு இக்கோவிலுக்கு உண்டு.

எட்டாம் போனிஃபாஸ் அளித்த உதவியோடு கோவில் கட்டட வேலை தொடர்ந்து, 1370இல் நிறைவுற்றது. 

பின்னர் இக்கோவில் கார்லோ மதேர்னா என்னும் கட்டடக் கலைஞரால் புதுப்பிக்கப்பட்டது; பரோக்கு கலைப் பாணியில் கோவில் முகப்புப் பகுதி மாற்றம் பெற்றது. இன்றைய "புது-நடுக்காலக் கலைப் பாணி" (neo-medieval style) 19ஆம் நூற்றாண்டில் புகுத்தப்பட்டது. கோவிலின் நுழைவாயில் கம்பிக் கதவுகள் 15ஆம் நூற்றாண்டைச் சார்ந்தவை.

இக்கோவிலின் திருவுடைக் காப்பகப் பேரறையில் திருத்தந்தைத் தேர்தல்கள் இருமுறை நிகழ்ந்தன. 1431இல் நான்காம் யூஜின், 1447இல் ஐந்தாம் நிக்கோலாஸ் அங்குதான் திருத்தந்தையாகத் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டனர். 

1556இல் இக்கோவில் "இளம் பெருங்கோவில்" (minor basilica) நிலைக்கு உயர்த்தப்பட்டது.

கோவிலின் வெளித் தோற்றம்
மரியா கோவிலின் உள்பகுதி
யானை மீது ஊசித்தூண்
கோவிலின் வரலாறு