பண்டைய கிறித்தவ ஆசிரியர்களின் குறிப்புகள்படி, தோமா இறந்ததும் அவரது உடல் அவரே கட்டியிருந்த சிறு கோவிலில் அடக்கப்பட்டது. கி.பி. 10ஆம் நூற்றாண்டில் கிறித்தவர்கள் தோமா அடக்கப்பட்ட இடத்தில் ஒரு கோவில் கட்டினார்கள். மார்க்கோ போலோ என்னும் இத்தாலிய பயணி 1292இல் மயிலாப்பூர் சென்றதாகக் குறிப்பிடுகிறார். 1349இல் ஜான் தே மரிஞ்ஞோலி என்பவர் புனித தோமா கோவிலையும் கல்லறையையும் சந்தித்ததாக எழுதுகிறார்.

1517ஆம் ஆண்டும், 1521ஆம் ஆண்டும் போர்த்துகீசியர் தருகின்ற குறிப்புகள்படி, அவர்கள் தோமா கோவில் பாழடைந்து கிடந்ததைக் கூறுகிறார்கள்; ஒரு சிற்றாலயம் மட்டும் தோமாவின் கல்லறையை அடையாளம் காட்டியது. அது "பெத் தூமா" ("தோமாவின் வீடு" என்பது பொருள்) என்று அழைக்கப்பட்ட ஒரு சிறு கோவில்; அது ஓர் இசுலாமியரின் கண்காணிப்பில் அப்போது இருந்ததாகக் கூறப்படுகிறது.

1523இல் போர்த்துகீசியர் தோமா கல்லறைமீது பெரிய அளவில் ஒரு கோவிலைக் கட்டி எழுப்பினார்கள்; அதோடு சாந்தோம்-மயிலாப்பூர் என்னும் மறைமாவட்டமும் நிறுவப்பட்டது (கி.பி. 1523). அகுஸ்தின் சபை சார்ந்த செபஸ்தியான் தே பேத்ரோ என்பவர் அம்மறைமாவட்டத்தின் ஆயராக நியமிக்கப்பட்டார். போர்த்துகீசியர் தங்கள் குடியிருப்பைப் பாதுகாக்க ஒரு கோட்டை கட்டினார்கள். அது பின்னாட்களில் டச்சுக்காரர்களால் தகர்க்கப்பட்டது.

போர்த்துகீசியர் கட்டிய சாந்தோம் கோவில் பழுதடையத் தொடங்கிய நிலையில் புதியதொரு கோவில் கட்ட வேண்டியதாயிற்று. என்றீ ரீத் த சில்வா என்னும் மறை ஆயரின் தலைமையில் 1893ஆம் ஆண்டு புதிய கோவில் வேலை தொடங்கியது. மயிலாப்பூரில் தங்கியிருந்த கேப்டன் பவர் (Captain J.A. Power) என்பவர் புதிய கோவிலுக்கு வடிவம் கொடுத்தார். அவர் பிரித்தானிய பொறிநுட்ப வல்லுநர். புதிய கோத்திக் என்னும் கட்டடப்பாணியில் கோவிலை விரித்து, பெரிதாகக் கட்ட பவர் பெரிதும் துணைபுரிந்தார்.

கோத்திக் கட்டடப்பாணியில் உயர்ந்த கோபுரங்கள் எழுப்புவது வழக்கம். சாந்தோம் கோவிலின் பெரிய கோபுரம் 155 அடி உயரம் கொண்டது. கோவிலின் உட்பகுதி 112 அடி நீளமும் 33 அடி அகலமும் கொண்டது. பலிபீடம் அடங்கிய திருத்தூயகப் பகுதி 62 அடி நீளம், 33 அடி அகலம்; கோவில் உட்பகுதியில் மேல்கூரை உயரம் 36 அடி 6 அங்குலம்; திருத்தூயகப் பகுதியில் கூரை உயரம் 41 அடி 6 அங்குலம்.

கோவில் உட்பகுதியில் 36 பெரிய சாளரங்கள் உள்ளன. அவற்றில் "நிறப்பதிகைக் கண்ணாடி" (stained glass) அமைக்கப்பட்டு, கதிரவன் ஒளி கோவிலின் உள் இதமாக நுழைய வழியாகின்றன. கிறித்தவ சமயம் தொடர்பான காட்சிகள் அக்கண்ணாடிப் பதிகையில் எழிலுற அமைக்கப்பட்டுள்ளன. திருத்தூயகத்தின் பின்புறம் அமைந்துள்ள பெரிய நிறப்பதிகைக் கண்ணாடி செருமனியில் மூனிச் நகரில் அமைந்த மையர் (Mayer) நிறுவனத்தால் உருவாக்கப்பட்டது. அதில் ஒரு பகுதியில் இயேசு தோமாவுக்குத் தோன்றும் காட்சி எழிலுற வடிக்கப்பட்டுள்ளது. புதிதாகக் கட்டப்பட்ட கோவில் 1896, ஏப்ரல் முதல் நாளன்று புனிதமாக்கப்பட்டது.
சென்னை மைலாப்பூர் ரோமன் கத்தோலிக்க உயர்மறைமாவட்டத்தில் சாந்தோம் பசிலிக்காவே முதன்மை தேவாலயமாகும். 1956ஆம் ஆண்டு மார்ச்சு 16ஆம் நாள் போப்பாண்டவர் 12ஆம் பயஸ் (பத்திநாதர்) சாந்தோம் கோவிலை சிறிய பசிலிக்கா நிலைக்கு (Minor Basilica) உயர்த்தினார். பிப்ரவரி 11, 2006ஆம் ஆண்டு இது இந்திய கத்தோலிக்க ஆயர் பேரவையால் தேசிய வழிபாட்டுத்தலமாக (National Shrine) அறிவிக்கப்பட்டது. இந்திய கிறித்தவர்களுக்கு இது ஓர் முக்கியமான புனிதத்தலமாகும். தேவாலயத்தில் ஓர் அருங்காட்சியகமும் உள்ளது.

2004ஆம் ஆண்டிலும் அதைத் தொடர்ந்தும் சாந்தோம் கோவிலும் தூய தோமா கல்லறைச் சிற்றாலயமும் அழகுற புதுப்பிக்கப்பட்டு வனப்போடு விளங்குகின்றன. புதுப்பிக்கப்பட்ட கோவில் டிசம்பர் 12, 2004இல் இந்தியாவில் போப்பாண்டவர் தூதர் பேராயர் பேத்ரோ லோப்பெசு கின்றானா மற்றும் மும்பை பேராயர் கர்தினால் இவான் டியாசு ஆகியோரால் புனிதப்படுத்தப்பட்டது.

ஆலய வழிபாட்டு நேரங்கள்
புனித தோமா கல்லறை
சாந்தோம் கோவில் வரலாறு
புனித தோமா இந்தியா வந்தார் என்பதற்கு மறுப்பும் அதற்குப் பதில்மொழியும்