இயற்கையாகத் தோன்றும் சிர்க்கோனியத்திற்கு ஐந்து ஐசோடோப்புகள் உண்டு. 90Zr, 91Zr, 92Zr மற்றும் 94Zr ஐசோடோப்புகள் நிலைப்புத் தன்மை கொண்டவையாகும். 94Zr ஐசோடோப்பு 1.10×1017 ஆண்டுகள் அரைவாழ்வுக் காலத்தைக் கொண்டு இரட்டைப் பீட்டா சிதைவு அடையுமென ஊகிக்கப்படுகிறது. 96Zr ஐசோடோப்பு 2.4×1019 ஆண்டுகள் என்ற மிக நீண்ட அரைவாழ்வுக் காலத்தைப் பெற்ற கதிரியக்க ஐசோடோப்பு என்ற சிறப்பைப் பெற்றுள்ளது. இயற்கையாகத் தோன்றும் ஐசோடோப்புகளில் , 90Zr பொதுவானதாகும். அனைத்து ஐசோடோப்புகளிலும் 51.45% அளவுக்கு இது காணப்படுகிறது. 96Zr ஐசோடோப்பு அரிதானதாக வெறும் 2.80% சிர்க்கோனியம் அளவுக்கு மட்டுமே காணப்படுகிறது.
78 முதல் 110 வரை அணுநிறைகள் கொண்ட 28 செயற்கை ஐசோடோப்புகள் உருவாக்கப்படுகின்றன. இவற்றில் 1.53×106 ஆண்டுகள் அரைவாழ்வுக் காலம் கொண்ட 93Zr ஐசோடோப்பு அதிக நிலைப்புத் தன்மை கொண்டதாகக் கருதப்படுகிறது. 110Zr ஐசோடோப்பு சிர்க்கோனியத்தின் மிகக்கனமான ஐசோடோப்பு ஆகும். இது அதிகமான கதிரியக்கத் தன்மையையும் கொண்டுள்ளது. 93 மற்றும் இதற்கு அதிகமான அணுநிறை கொண்ட கதிரியக்க ஐசோடோப்புகள் எலக்ட்ரான்களை உமிழ்கின்றன. 89 மற்றும் இதற்கு அதிகமான அணுநிறை கொண்ட கதிரியக்க ஐசோடோப்புகள் பாசிட்ரானை உமிழ்கின்றன. 88Zr ஐசோடோப்பு ஒன்று மட்டும் விதிவிலக்காக எலக்ட்ரான் பிடிப்பு எனப்படும் எலக்ட்ரான் நியூட்ரினோ இழப்பு மூலம் சிதைவடைகிறது.

சிர்க்கோனியத்தின் ஐந்து ஐசோடோப்புகளும் 83mZr, 85mZr, 89mZr, 90m1Zr, 90m2Zr and 91mZr எனப்படும் சிற்றுறுதி மாற்றியங்களாகவும் காணப்படுகின்றன. இவற்றில் 90m2Zr ஐசோடோப்பு 131 நானோ வினாடிகள் என்ற மிகக் குறைவான அரைவாழ்வுக் காலத்தைக் கொண்டுள்ளது. 89mZr ஐசோடோப்பு 4.161 நிமிடங்கள் என்ற அரைவாழ்வுக் காலத்தைக் கொண்டு மிக நீண்ட நிலைப்புத்தன்மை கொண்டதாக அறியப்படுகிறது.

ஐசோடோப்புகள்
ஆக்சைடுகள், நைட்ரைடுகள்
உற்பத்தி
வரலாறு