பொதுவாக, இசுலாமியர்களை தாக்குவதும், அவ்வப்போது இரக்கம் கொள்வதுமாக, தாக்கரேயின் கருத்துக்கள் இஸ்லாமியர்களுக்கு எதிரானதாகவே இருந்து வந்துள்ளன. தாம், "ஒவ்வொரு இசுலாமியருக்கும் எதிரானவர் அல்ல; இந்த நாட்டில் வாழ்ந்து கொண்டு இந்த மண்ணின் சட்டங்களுக்கு அடி பணியாதவர்களுக்கு மட்டுமே எதிரானவர்" என்று அவர் பறையறிவித்திருந்தார். "அவ்வாறான மக்களை துரோகிகள் என்றே நான் கருதுகிறேன்." அதிகாரப்பூர்வமாக சிவசேனாவச் சேர்ந்தவர்கள் இந்தக் குற்றச்சாட்டை மறுத்தாலும், அவரது கட்சி இசுலாமியர்களுக்கு எதிரானதாகவே கருதப்படுகிறது. இந்துத்துவம் பற்றித் தமது கருத்துக்களை விளக்குகையில், இசுலாம் மதம் என்பதை வன்முறையுடன் ஒன்றாக இணைத்து, "வன்முறையுடன் போராடவும் மற்றும் இசுலாத்துடன் போராடவும்" இந்துக்களை அழைத்துள்ளார். சுகேது மேத்தாவின் "மாக்சிமம் சிட்டி" என்னும் நூலி அவர், இந்திய இசுலாமியர்களைத் தூக்கிலிட வேண்டும் என்றும், அண்டை நாடான பங்களாதேஷிலிருந்து வந்து குடியேறியுள்ள முஸ்லீம்களை ஒட்டுமொத்தமாக வெளியேற்ற வேண்டும் என்றும் அவர் வாதாடுகிறார்.

1980-களில் அவர் கூறியவை:

"அவர்கள் (இசுலாமியர்கள்) புற்று நோய் போலப் பரவுகிறார்கள்; மற்றும் அவர்கள் புற்று நோயைப் போல அறுவை சிகிச்சை செய்யப்பட வேண்டும். இசுலாமியர்களிடமிருந்து நாடு காப்பாற்றப்பட வேண்டும் மற்றும் காவல்துறை அவர்களுக்கு(இந்து மஹா சங்கத்திற்கு] அவர்களது போராட்டத்தில் ஆதரவளித்து, காலிஸ்தானியர்களிடம் பஞ்சாப் காவல்துறை இரக்கம் கொண்டிருந்ததைப் போல நடந்து கொள்ள வேண்டும்."

1992-ம் ஆண்டு டிசம்பர் மாதம் ஆறாம் தேதியன்று, வட இந்திய நகரான அயோத்தியில், பதினாறாம் நூற்றாண்டின் பாபர் மசூதி, சிவ சேனா மற்றும் பாரதிய ஜனதா கட்சி உறுப்பினர்களால், இடிக்கப்பட்ட வேளையில் தமது கட்சிப் பத்திரிகையான "சாம்னா" வின் மூலம் பாலா சாஹேப் தாக்கரே இந்திய இசுலாமியர்களை விமர்சித்தும் அவர்களுக்குச் சவாலும் விடுத்தார்.

இதைத் தொடர்ந்து மும்பை மதக் கலவரம் குறித்த நீதிபதி ஸ்ரீகிருஷ்ணா விசாரணைக் குழு, இசுலாமியர்களுக்கு எதிரான வன்முறையைத் தூண்டி விடுவதாகவும் இதன் விளைவான பல காலங்களில் ஆயிரத்திற்கும் மேற்பட்ட மரணங்கள் நிகழ்ந்ததாகவும், குறிப்பாக பலர் உயிருடன் இருக்கும்பொழுதே அவர்கள் உடலின் மேல் மண்ணெண்ணெய் ஊற்றி அவர்கள் எரிக்கப்பட்டார்கள் என்று தாக்கரேயின் மீது குற்றம் சாட்டியது. விசாரணைக் குழு "பாரபட்சமானது" என்றும் மற்றும் "இந்துக்களுக்கு எதிரானது" என்றும் தாக்கரே குற்றம் சாட்டினார். சிவ சேனாகட்சிக்கு வெளியே அவரது கருத்துக்களுக்கு ஆதரவு கிட்டவில்லை.

ஸ்ரீகிருஷ்ணா விசாரணைக் குழுவிற்கு முன்பாக வாக்குமூலம் அளித்த ஒரு சாட்சி, 1993-ஆம் ஆண்டு ஜனவரி 13 அன்று மும்பையில் நிகழ்ந்த படுகொலைகளில் பெரும்பாலானவற்றை தாக்கரேதான் ஒருங்கிணைத்தார் எனக் குற்றம் சாட்டினார். யுவராஜ் மொஹித் இவ்வாறு கோரினார்: "பாலா சாஹேப் அமர்ந்த நிலையிலேயே பல்வேறு இடங்களிலிருந்தும் தொலைபேசி அழைப்புகளைப் பெற்றுக் கொண்டிருந்தார். ஒரு குறிப்பிட்ட இடத்தில் (அவருக்குத் தொலைபேசி அழைப்பு எங்கிருந்து வந்ததோ அந்த இடத்தில்) என்ன நடந்து கொண்டிருக்கிறது என்று அவர் கேட்பார்; பிறகு 'அவர்களைக் கொன்று விடுங்கள்' என்று சொல்வார். அவர்களை அல்லாவிடமே அனுப்பி விடுங்கள்.'" 
மொஹித் விசாரணைக் குழுவிடம் மேலும் இவ்வாறு கூறினார்: "தாக்கரே-

பின்னர், 1993-ம் ஆண்டு பிப்ரவரியில் தாக்கரே கூறியவை: "என் மகன்கள் செய்ததைப் பற்றி நான் பெருமை அடைகிறேன். நாங்கள் திரும்பத் தர வேண்டியிருந்தது; அதைத்தான் செய்தோம். நாங்கள் மட்டும் இல்லாதிருந்தால், இசுலாமியர்களை யாரும் கட்டுப்படுத்தியிருக்க இயலாது."

இருப்பினும், 1998-ஆம் ஆண்டு ஒரு பேட்டியில், இசுலாமியர்களுடன் சிவசேனா கொண்டிருந்த பல பிணக்குகளில், குறிப்பாக பாபர் மசூதி அல்லது ராம ஜன்ம பூமி விஷயத்தில், தனது நிலையை மிதப்படுத்திக் கொண்டு விட்டதாகக் கோரிய அவர் கூறியவை: 

"நாம் இசுலாமியர்களை கவனித்துக் கொண்டு நம்மில் ஒரு பகுதியாகவே அவர்களை நடத்த வேண்டும்."
இசுலாமியர்களைப் பற்றி அதற்குப் பின்னரும் அனல் தெறிக்கும் அறிக்கைகளை அவர் விடுத்துள்ளார். இந்துக்கள் அனைவரும் தமது மொழி வேறுபாடுகளைக் கடந்து ஒன்றிணைந்து "இந்துக்களுக்கான ஒரு இந்து ராஜ்ஜியம்" காண வேண்டும் மற்றும் "இந்த நாட்டில் இசுலாமிய மதத்தை முழந்தாளிட வைக்க வேண்டும்" என்ற தமது ஆவலையும் அவர் வலியுறுத்தியுள்ளார்.

இருப்பினும், இசுலாமிய அடிப்படைவாதிகள் இழைத்த குற்றமான 2006-ம் ஆண்டு ஜூலை மாதம் 11-ம் தேதி மும்பை புகைவண்டி குண்டு வெடிப்புகள் நிகழ்ந்த வேளையில் இசுலாமியர்களை அவர் வியந்து பாராட்டியும் உள்ளார்.

இந்திய இசுலாமியர்களுக்கு எதிரான பயங்கரவாதக் குற்றச்சாட்டுக்கள் மதக்கலவரத்தை உருவாக்கும் என்று சமாஜ்வாதி கட்சியின் தலைவர் விடுத்த மிரட்டல்களுக்கு பதிலளிக்கும் விதமாக, "பயங்கரவாத நிகழ்வின்போது மும்பைவாசிகள் கொண்டிருந்த ஒற்றுமையுணர்வு "சமாஜ்வாதிக் கட்சித் தலைவர் அபு அசிம் ஆஜ்மியின் வெறி மிகுந்த ஆதரவாளர்களின் கன்னத்தில் விடப்பட்ட அறையாகும்" என்றும், மேலும் "குண்டு வெடிப்பில் பலியானவர்களுக்காக ஜூலை 18 அன்று இரண்டு நிமிட மௌன அஞ்சலியில் பங்கேற்ற இசுலாமியர்களை" தாக்கரே "வணங்குகிறார்" என்றும் அவர் கூறினார்.

2008வது வருடம், தாக்கரே, "இசுலாமியத் தீவிரவாதம் வளர்கிறது மற்றும் அதை எதிர்கொள்வதற்கு ஒரே வழி இந்துத் தீவிரவாதம் தான்" என்று எழுதினார். "இந்தியாவையும் இந்துக்களையும் பாதுகாக்க நமக்கு தற்கொலைப் படைகள் தேவை."

தமிழீழ விடுதலைப் புலிகளுக்கு ஆதரவு
இசுலாமியர் மீதான கருத்து
இறந்த பிறகும் தொடரும் பிணக்குகள்
கலாச்சார மேற்குறிப்புகள்