கிபி 1540ல் முகலாயப் பேரரசர் உமாயுனை வென்று, தில்லி பேரரசர் ஆன ஆப்கானிய சேர் சா சூரி, தற்கால வங்காளதேசத்தின் நாராயண்கஞ்ச் மற்றும் தற்கால பாகிஸ்தானின் பெசாவர் நகரத்தையும் இணைக்கும் பெரும் தலைநெடுஞ்சாலையை அமைத்தார். செர்ஷா சூரி இறந்த பின், கிபி 1554ல் உமாயூன், லாகூர் மற்றும் தில்லி பகுதிகளை கைப்பற்றி மீண்டும் முகலாய அரசை அமைத்தார்.
கிபி 1556ல் உமாயூன் இறக்கவே, இந்துப் படைத்தலைவரான ஹெமு என்ற ஹேம சந்திர விக்கிரமாத்தியன் தில்லியைக் கைப்பற்றி 7 அக்டோபர் 1556 - 5 நவம்பர் 1556 முடிய ஆண்டார். 

5 நவம்பர் 1556இல் நடைபெற்ற இரண்டாம் பானிபட் போரில்
தில்லி பேரரசர் ஹெமுவின் படைகளுக்கும், அக்பரின் போர்ப்படைகளுக்கும் இடையே, 5 நவம்பர் 1556இல் நடைபெற்ற இரண்டாம் பானிபட் போரில் அக்பர் வென்றார்.

தில்லி முகலாயப் பேரரசர் அக்பர், கிபி 1576ல் வங்காள கரணி ஆட்சியாளர்களை வென்றதால், வங்காளம், முகலாயப் பேரரசின் ஒரு மாகாணமானது. முகலாயப் பேரரசின் கீழ், வங்காள மாகாணம் கிபி 1575 முதல் 1717 முடிய முர்சிதாபாத் வங்காள நவாபுகள் ஆண்டனர். 

வங்காள நவாபுகள், சந்தன்நகரில் வணிக மையத்தை நிறுவ, கிபி 1673ல் பிரெஞ்சுக் கிழக்கிந்தியக் கம்பனிக்கு அனுமதியளித்தனர். மேலும் கிபி 1690ல் கொல்கத்தாவில் வணிக மையத்தை நிறுவ பிரித்தானிய கிழக்கிந்தியக் கம்பனிக்கு அனுமதி வழங்கினர். 

முகலாயப் பேரரசின் கிழக்கு வங்காளத்தில் இசுலாமியர்களின் மக்கள்தொகையும், மேற்கு வங்காளத்தில் இந்துக்கள் மக்கள்தொகையும் கூடியது. வங்காளத்தில் மஸ்லின் துணி நெசவாலைகள், சணல் ஆலைகள் மற்றும் கப்பல் கட்டும் தொழில்கள் செழித்தது. வங்காளத்தின் தலைநகராக டாக்கா நகரம் விளங்கியது.
பட்டுப் புழு வளர்ப்பு மற்றும் பட்டு நூல் உற்பத்தி கூடியதால், பட்டுத் துணிகள் பெருமளவில் உற்பத்தி செய்யப்பட்டது. 

வங்காளத்தின் நெல், கரும்பு, பட்டு, பருத்தி, சணல், உப்பு, முத்துக்கள், அபின் உற்பத்தி கூடியதால், முகலாயப் பேரரசு பொருளாதரத்தில் தன்னிறைவு பெற்றதுடன், பல ஐரோப்பிய நாடுகளுக்கும் ஏற்றுமதி செய்யப்பட்டது. வங்காளத்தில் கப்பல் கட்டும் தொழில் வளர்ச்சியடைந்தது.

வங்காளத்தின் மீதான மராத்தியப் படையெடுப்புகள்
வங்காளிகளின் வெளிநாட்டு குடியேற்றங்கள்
தற்கால வங்காளம்
முகலாயர் காலம்