நிர்வாக வசதிக்காக விஜயநகரப் பேரரசு ஆறு மாகாணங்களாக பிரித்திருந்தனர். மாகாணங்கள் பிரதேசம் அல்லது இராச்சியம் என அழைக்கப்பட்டது. ஒவ்வொரு மாகாணங்களை நிர்வகிக்க ஆளுநர் எனும் நாயக்கர் நியமிக்கப்பட்டனர். மாகாண ஆளுநர்களாக பேரரசின் இளவரசர்கள் அல்லது அரசகுடும்ப உறுப்பினர்கள் அல்லது செல்வாக்கான அரசவை பிரபுக்கள் நியமிக்கப்பட்டனர். 
மாகாண ஆளுநர்கள் குடிமை, இராணுவம் மற்றும் நீதித்துறைகளில் அதிகாரமிக்கவர்களாக விளங்கினார்கள். ஆளுநர்கள் மாகாணத்தின் வருவாய் மற்றும் செலவினக் கணக்குகளை காலமுறையில் பேரரசருக்கு அனுப்பினர். 

நிர்வாகம்
படைத்துறை அமைப்பு
உள்ளாட்சி நிர்வாகம்
அமைச்சரவை