இந்தக் கோவிலில் பல திருவிழாக்கள் கொண்டாடப்படுகின்றன. பல திருவிழாக்கள் இரண்டு ஆண்டுகளுக்கு ஒருமுறை கொண்டாடப்படுகின்றன. ஐப்பசித் திருவிழா அக்டோபர்-நவம்பர் மாதங்களிலும், பைங்குனித் திருவிழா மார்ச் ஏப்ரில் மாதங்களிலும், பத்து நாட்களுக்கு விமரிசையாக கொண்டாடடுகிறார்கள். கடைசி நாளன்று ஆறாட்டு விழாவிற்காக (ஆற்றில் புனித நீராடுதல்) ஆலயத்திலிருந்து சங்குமுகம் கடற்கரைக்கு ஊர்வலம் மேற்கொள்ளப்படுவதுடன் இந்தத் திருவிழாக்கள் முடிவு பெறுகின்றன. ஆறாட்டு என்பது கோவில் விக்ரஹங்களை கடலில் நீராட்டி புனிதப்படுத்துவதை குறிப்பதாகும். இந்தச்சடங்கு மாலைவேளையில் நிறைவேற்றப்படுகிறது. திருவிதாங்கூர் மகாராஜா கால்நடையாக மெய்க்காவலராக இந்த ஆறாட்டு உற்சவத்தில் கலந்துகொண்டு நடத்திச்செல்வார். குறிப்பிட்டுள்ள பூஜைகளை நியமப்படி செய்து முடித்த பின்னர், கடலில் ஸ்ரீ பத்மனாபஸ்வாமி, கிருஷ்ணர் மற்றும் நரசிம்ஹரின் திவ்ய விக்ரகங்கள் முறையாக கடலில் சம்பிரதாயப்படி குளிப்பாட்டப் படுகின்றன. சடங்குகள் முடிந்த பிறகு, இந்த விக்ரகங்கள் மறுபடியும் மேளதாளத்துடன் மற்றும் பாரம்பரிய விளக்குகளுடன், கோவிலுக்கு மறுபடியும் திரும்ப அழைத்துச் செல்லப்படுகின்றன மேலும் அத்துடன் நிகழ்ச்சிகள் முடிவடைகின்றன.

ஸ்ரீ பத்மநாபர் கோவிலில் ஆண்டு தோறும் சிறப்பாகக் கொண்டாடப்படும் திருவிழா ஒன்பது நாள் நீடிக்கும் நவராத்திரி பண்டிகையாகும். பத்மனாபஸ்வாமி கோவிலுக்கு முன்னே விளங்கும் குதிரை மாளிகை அரண்மனைக்கு சரஸ்வதி தேவி, துர்க்கை அம்மன் மற்றும் இறைவன் முருகரின் விக்ரகங்கள் ஊர்வலமாக, மேள தாளத்துடன் பக்தர்களால் கொண்டு வரப்படுகின்றன. இந்த உற்சவம் 9 நாட்களுக்கு விமிரிசையாக கொண்டாடப் படுகிறது. ஒவ்வொரு ஆண்டும், இந்த விழாவின் பொழுது, புகழ் பெற்ற சுவாதி இசை விழாவும் சேர்ந்து நடத்தப்படுகிறது.

இந்தக் கோவிலில் லக்ஷ தீபம் திருவிழா மிகவும் விமரிசையாகக் கொண்டாடுகிறார்கள், அன்று நூறாயிரம் விளக்குகள் (அல்லது ஒரு லக்ஷம்) எண்ணை விளக்குகள் கோவிலைச் சுற்றி எரியவிடப்படும். இந்தத் திருவிழா மிகவும் தனிப்பட்டதாகும் மேலும் ஆறு ஆண்டுகளுக்கு ஒரு முறை நிகழ்வதாகும். இந்தத் திருவிழாவிற்கு முன்னால், துதிகளை சொல்லி இறைவனை வேண்டிக்கொள்வது மற்றும் ஐம்பத்தாறு நாட்களுக்கு வேத பாராயணம் நடைபெறும். திருவிழா நாள் அன்று இரவு, நூறு ஆயிரம் எண்ணை விளக்குகள் கோவில் வளாகத்தின் நான்கு பக்கங்களிலும் எரிய விடப்படுகிறன. அடுத்த லக்ஷ தீபம் திருவிழா ஜனவரி 2014 ஆம் ஆண்டில் நடைபெற்றது.

திருவிழாக்கள்
ராஜாவின் தானப் பட்டயம்
ஸ்ரீ பத்மநாப சுவாமி மகாத்மியம்
நைவேத்யம்