2002 மத்தியில், ஒரேநபர் இரண்டு முறை மட்டுமே பிரதம மந்திரியாக பதவி வகிக்க கூடிய சட்டத்தை முஷாரப் கொண்டு வந்தார்.பூட்டோவும், முஷாரப்பின் மற்றொரு முக்கிய போட்டியாளரான நவாஜ் ஷெரீப்பும் ஏற்கனவே இரண்டு முறை பிரதம மந்திரியாக பதவி வகித்து இருந்தார்கள். பாராளுமன்றத்தில் முஷாரப்பின் கூட்டாளிகள், குறிப்பாக பிஎன்எல்-க்யூ, மூன்றாம் முறையாக பிரதம மந்திரி பதவி வகிப்பதை அனுமதிக்கும் மாற்றங்களைத் திரும்ப கொண்டு வரவோ அல்லது பூட்டோ அல்லது ஷெரீப்பிற்கு மட்டும் பிரத்யேகமாக அனுமதி வழங்கவோ விரும்பவில்லை.

2007 ஜூலையில், பூட்டோவின் முடக்கிவைக்கப்பட்ட நிதிகளில் சில வெளியில் அளிக்கப்பட்டன. பூட்டோ தொடர்ந்து கணிசமான ஊழல் குற்றங்களை முகங்கொடுத்து வந்தார்.2007 ஆகஸ்டு 8ஆம் தேதி, கனடியன் பிராட்காஸ்டிங் கார்பரேஷனுடனான நேர்காணலில், 2008 தேர்தல்களுக்காக பாகிஸ்தானுக்கு திரும்புவது குறித்த அவரின் விருப்பத்தின் மீது அந்த பேச்சுவார்த்தை இருந்ததாக பூட்டோ அறிவித்தார். மேலும் பூட்டோவை பிரதம மந்திரியாக கொண்டு முஷாரப் ஜனாதிபதியாக இருப்பார் என்பதாக அந்த பேச்சுவார்த்தை இருந்தது.2007 ஆகஸ்டு 29ல், முஷாரப் இராணுவ தளபதி பதவியில் இருந்து விலக வேண்டும் என்று பூட்டோ அறிவித்தார். 2007 செப்டம்பர் 1ஆம் தேதி, முஷாரப்புடன் ஓர் அதிகார-பகிர்வை அதற்கு முன்னர் அவர் எட்டி விட்டாரா இல்லையா என்ற விளக்கம் இல்லாமலேயே, பாகிஸ்தானுக்கு தாம் "வெகு விரைவில்" திரும்ப போவதாக பூட்டோ அறிவித்தார்.

தங்களின் கோரிக்கையான ஜனநாயக சீர்திருத்தம் மற்றும் அதிகார-பகிர்வை அனுமதிக்க மறுத்ததன் மூலம் பாகிஸ்தானை நெருக்கடிக்குள் தள்ளி விட்டதாக முஷாரப்பின் கூட்டாளிகளை 2007 செப்டம்பர் 17ல் பூட்டோ குற்றஞ்சாட்டினார்.பாகிஸ்தானின் ஜனாதிபதியாக தொடர முஷாரப் தகுதி இழந்துவிட்டதாக குற்றஞ்சாட்டிய ஆறு மனுக்களின் (பாகிஸ்தானின் மிகப் பெரிய இஸ்லாமிய குழுவான ஜமாத்-ஈ-இஸ்லாமியின் ஒரு மனுவும் இதில் அடங்கும்) மீது உச்சநீதிமன்றத்தின் ஒன்பது உறுப்பினர்கள் குழு கலந்தாலோசித்தது.தமது கட்சி எதிர்கட்சி குழுக்களில் ஒன்றுடன், முக்கியமாக நவாஜ் ஷெரீ்ப்புடன் சேரக்கூடும் என்று பூட்டோ அறிவித்தார்.விசாரணை நடந்து வரும் வேளையில், ஜனாதிபதி வாக்கெடுப்புக்கான தேதியை அறிவிக்க தேர்தல் ஆணையம் ""விருப்பமில்லாமல்" " இருந்ததாக அட்டார்னி ஜெனரல் மலிக் முஹம்மது கய்யாம் குறிப்பிட்டார்.முஷாரப் ஏற்கனவே இராணுவ தளபதியாக இருப்பதால் அவர் மீண்டு்ம் தேர்ந்தெடுக்கப்படுவதற்கு பாகிஸ்தான் அரசியல் அமைப்பு இடம் தராது என்று பூட்டோ கட்சியின் பர்ஹத்துல்லாஹ் பாபர் குறிப்பிட்டார்: "ஜெனரல் முஷாரப் ஜனாதிபதி பதவிக்கு போட்டியிட தகுதி இழந்திருப்பதால், தேர்தல் ஆணையத்தின் மீது செல்வாக்கு செலுத்தி பாகிஸ்தான் அரசியல் அமைப்பை சட்டவிரோதமாகவும், விருப்பப்படியும் உடைக்க விருப்பம் கொண்டிருக்கிறார்."

முஷாரப், இராணுவ படையின் முதன்மை தளபதி பதவியில் இருந்து விலகியதன் மூலம் ஒரு முழுமையான சராசரி குடிமகன் பாத்திரத்திற்கு மாற தயாரானார்.மறுதேர்தல் நடத்துவதற்கு தொடர்ந்து பிற சட்டப்பூர்வமான தடைகளையும் அவர் முகங்கொடுத்தார்.2007 அக்டோபர் 2ல், முஷாரப் ஜனாதிபதி தேர்தலில் வெற்றி பெற்று, அவரின் இராணுவ பதவியை இராஜினாமா செய்தால், லெப்டினெண்ட் ஜெனரல் ஆஸ்பெக் கயானி இராணுவத்தின் முதன்மை தளபதியாக கூடும் என்ற திட்டத்துடன், ஜெனரல் முஷாரப் அக்டோபர் 8 முதல் பதவியேற்க கயானியின் பெயரை இராணுவ துணை தளபதி பதவிக்கு முன்மொழிந்தார்.இதற்கிடையில், பெனசீர் பூட்டோவிற்கு பொதுமன்னிப்பு அளித்து, அவர் மீதிருக்கும் ஊழல் குற்றச்சாட்டுக்களைக் கைவிடவும் அதிகாரிகள் ஒப்புக்கொண்டதாக மந்திரி ஷேக் ரஷீத் அஹ்மத் தெரிவித்தார்.சுமூகமான பரிமாற்றத்தையும், மக்களாட்சிக்கு திரும்புதலையும் வலியுறுத்திய பெனசீர், பர்வீஜ் முஷாரப் தம் பதவியை இராஜினாமா செய்ய வேண்டும் என்றும் வலியுறுத்தினார். 2007 அக்டோபர் 5ல், பூட்டோவிற்கும், மற்றும் பிற அரசியல் தலைவர்களுக்கும் (நாடு கடத்தப்பட்ட முன்னாள் பிரதம மந்திரி நவாஜ் ஷெரீப் தவிர) அவர்களுக்கு எதிராக இருந்த ஊழல் வழக்குகள் உட்பட அனைத்து நீதிமன்ற வழக்குகளில் இருந்தும் பொதுமன்னிப்பு அளித்து, முஷாரப் தேசிய சமாதான உத்தரவில் கையெழுத்திட்டார்.இந்த உத்தரவு முக்கியமான ஜனாதிபதி தேர்தல் நடைபெற்ற நாளுக்கு ஒருநாள் முன்னதாக வெளிவந்தது.எதிர்கட்சியான பூட்டோவின் பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சியும், ஆளும் பிஎன்எல்-க்யூ இரண்டும் இந்த உடன்படிக்கையின் மீது நேருக்குநேர் பேச்சுவார்த்தையில் ஈடுபடுத்தப்பட்டு இருந்தன. இதற்கு பதிலாக, பூட்டோவும், பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சியும் ஜனாதிபதி தேர்தலை புறகணிக்காமல் இருக்க ஒப்புக்கொண்டனர். 2007 அக்டோபர் 6ல், ஜனாதிபதிக்கான பாராளுமன்ற தேர்தலில் முஷாரப் வெற்றி பெற்றார்.எவ்வாறிருப்பினும், முஷாரப் இராணுவ தளபதியாக இருந்து கொண்டே சட்டப்பூர்வமாக ஜனாதிபதியாகவும் இருக்க முடியுமா என்பதை முடிவு செய்யும் வரை வெற்றி பெற்றவரை அதிகாரப்பூர்வமாக அறிவிக்க கூடாது என்று உச்சநீதிமன்றம் தடை விதித்தது.தேர்தலை புறக்கணித்த பிற எதிர்கட்சிகளுடன் பூட்டோவின் பாகிஸ்தான் மக்கள் கட்சி சேரவில்லை, ஆனால் வாக்களிப்பதைத் தவிர்த்தது. பின்னர், பூட்டோ ஜனாதிபதிக்கு இணையான பாதுகாப்பு வளையம் தேவை என்று கோரினார்.பூட்டோ அவரின் பாதுகாப்பிற்காக வெளிநாட்டு பாதுகாப்பு நிறுவனங்களையும் ஒப்பந்தம் செய்து கொண்டார்.

பாகிஸ்தானுக்கு திரும்புதல்
2007 அவசரகால நிலையும், பிரதிபலிப்புகளும்
2002 தேர்தல்
முஷாரப் அரசாங்கத்துடன் சாத்தியமான உடன்பாடு