பின்னர் 1940 ஆம் ஆண்டில் மதுரைக்குத் திரும்பினார். 1939 ஆம் ஆண்டில் இந்திய முசுலீம்கள் பாகிசுதான் கோரினர். இதனால் இந்திய தேசிய காங்கிரசில் இருந்த முசுலீம்கள் முக்கியத்துவம் இழந்தனர். பாகிசுதான் கோரிக்கை எதிர்த்து இந்து மகா சபை உருவாக்கப்பட்டது. 1940 ஆம் ஆண்டில் மாயாண்டி பாரதி மதுரை இராமநாதபுரம் மாவட்ட இந்துமகாசபை அமைப்புச் செயலாளராக இருந்தார். அப்பொழுது சாவர்க்கரை மதுரைக்கு அழைத்து வந்தார்.

அப்பொழுது இரண்டாம் உலகப்போர் நடந்துகொண்டிருந்தது. இளைஞர்கள் படையில் சேர்க்கப்பட்டார்கள். அதனை எதிர்த்துச் சாத்தூர் பகுதியில் போர் எதிர்ப்புக் கூட்டங்கள் நடத்தினார். இதனால் 1940ஆம் ஆண்டில் கைது செய்யப்பட்டு திருவில்லிபுத்தூர் சிறையில் அடைக்கப்பட்டார். ஆறு மாதச் சிறையும் 50 ரூபாய் தண்டமும் சிவகாசி நீதிமன்றத்தால் விதிக்கப்பட்டது. பின்னர் அவர் மதுரை, திருச்சி, வேலூர், கோயமுத்தூர் சிறைகளுக்கு மாற்றப்பட்டு 1941 மார்ச் 21 ஆம் நாள் விடுதலை செய்யப்பட்டார். மீண்டும் சிறைவாசலில் கைதுசெய்யப்பட்டு ஒன்றரை ஆண்டுகள் பாதுகாப்புக் கைதியாகச் சிறையில் இருந்தார். 1942ஆம் ஆண்டில் விடுதலை பெற்ற அவர், வெள்ளையனே வெளியேறு போராட்டத்தின்பொழுது பாதுகாப்புக் கைதியாக மீண்டும் சிறையில் அடைக்கப்பட்டார். 1943ஆம் ஆண்டில் வெளியே வந்த அவர் மீண்டும் கைது செய்யப்பட்டபொழுது, அவ்வண்டிக்கு பின்னால் ஓடிவந்த அவர் தாயார் மரணமடைந்தார். சிறையில் இருந்த மாயாண்டி பாரதியால் தன் தாயின் இறுதிச்சடங்கில் கூடக் கலந்துகொள்ள முடியவில்லை.

மாயாண்டி பாரதி சிறையில் இருந்தபொழுது, இந்து மகாசபையினர் அவரிடம் இரண்டாம் உலகப் போர் எதிர்ப்பு நடவடிக்கையில் இனி ஈடுபடுவது இல்லையென மன்னிப்பு கடிதம் எழுதி அரசுக்குக் கொடுத்துவிட்டு விடுதலை ஆகும்படி கூறினர். மாயாண்டி பாரதி அதற்கு ஒப்புக்கொள்ளாமல் இந்து மகா சபையிலிருந்து விலகினார்.

மார்க்சிய பொதுவுடைமைக் கட்சியில்
நூல்கள்
மாணவத் தொண்டர்
இந்து மகா சபை