யாழ்ப்பாணத்தைத் தங்களுடைய நிர்வாக மையம் ஆக்கிய போத்துக்கீசர், முன்னர் தங்களுடைய தேவாலயம் அமைந்திருந்த இடத்தில் சதுர வடிவில் அமைந்த பெரிய கோட்டையொன்றைக் கட்டினார்கள். மதிலால் சூழப்பட்டிருந்த இக் கோட்டையுள் கிறிஸ்தவ தேவாலயம் ஒன்றும், வேறு நிர்வாகக் கட்டிடங்களும் அமைந்திருந்தன. கோட்டைக்கு வெளியே போத்துக்கீசரின் இருப்பிடங்களோடுகூடிய யாழ்ப்பாண நகரம் அமைந்திருந்தது. யாழ்ப்பாண நகரில் அமைந்திருந்த கட்டிடங்களுள் கோட்டையையும் அது சார்ந்த கட்டிடங்களையும் தவிர, அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்தில் மதப்பிரசாரத்தில் ஈடுபட்டிருந்த கத்தோலிக்க மடங்களைச் சேர்ந்த பெரிய கட்டிடங்களும் இருந்ததாகத் தெரிகிறது.

உள்ளூர் மக்களின் குடியிருப்புக்கள் இக்காலத்திலும், பெரும்பாலும் நல்லூரை அண்டியே இருந்திருக்கக்கூடும். இன்றைய யாழ்ப்பாண நகரத்துள் அடங்கும் சோனகத்தெரு என்று அழைக்கப்படும் இடத்தில் சிறிய அளவில் முஸ்லிம் வணிகர்களின் குடியிருப்புக்கள் இருந்ததற்கான சான்றுகள் உள்ளன. இன்றைய கரையூர், பாசையூர் ஆகிய இடங்களை அண்டிச் சிறிய சிறிய மீன்பிடிக்குடியிருப்புக்களும் இருந்ததாகத் தெரிகிறது.

போத்துக்கீசர் யாழ்ப்பாணத்தில் 40 ஆண்டுகளுக்கும் குறைவான காலமே ஆட்சி செலுத்தினர் இதனால் யாழ்ப்பாண நகரம் பெருமளவுக்கு வளர்ச்சி அடைந்திருக்கக்கூடிய சாத்தியங்கள் இல்லை. எனினும், இன்று யாழ்ப்பாண நகரத்துள் பெரிய அளவில் மக்களால் பின்பற்றப்படும் கத்தோலிக்க சமயமும், நிர்வாகம் தொடர்பான சில இடப்பெயர்களும் போத்துக்கீசர் தொடர்பை இன்றும் எடுத்துக்காட்டுகின்றன. 1658 ஆம் ஆண்டில் யாழ்ப்பாண நகரம் ஒல்லாந்தரிடம் வீழ்ச்சியடைந்தது

போத்துக்கீசரின் ஆட்சியின் கீழ் யாழ்ப்பாண நகரம்
பிரித்தானியரின் ஆட்சியின் கீழ் யாழ்ப்பாண நகரம்
வரலாறு
ஒல்லாந்தரின் ஆட்சியின் கீழ் யாழ்ப்பாண நகரம்