பொருந்தச் செய்தல் சோதனையை மேற்கொள்வதற்கு புரதத் தேவையின் கட்டமைப்பு இன்றியமையாத தேவையாக இருக்கிறது. இந்தக் கட்டமைப்பு வழக்கமாக எக்ஸ்ரே கிரிஸ்டாலோகிராபி, அல்லது என்எம்ஆர் ஸ்பெக்ட்ரோஸ்கோபி போன்ற உயிர்ம பௌதீக உத்தியைப் பயன்படுத்தி தீர்மானிக்கக்கூடியதாக இருக்கிறது. இந்தப் புரதக் கட்டமைப்பு மற்றும் ஆற்றல்மிக்க அணுக்கூறுகளின் தரவுத்தளம் பொருந்தச் செய்தல் நிரலுக்கான உள்ளீடாக செயல்படுகின்றன. பொருந்தச் செய்தல் நிரலின் வெற்றியானது தேடுதல் படிமுறை மற்றும் கணிப்பெண் செயல்பாடு ஆகிய இரண்டு பாகங்களை சார்ந்திருக்கிறது.

பொருந்தச் செய்தல் அணுகுமுறைகள்
தேடுதல் படிமுறை
பொருந்தச் செய்தல் இயக்கவியல்
வடிவ நிரப்புத்தன்மை