உருசியப் பேரரசுக்கும் பிரித்தானியப் பேரரசுக்கும் இடையிலான பெரும் ஆதிக்கப் போட்டியின் போது, புகாரா மிக முக்கிய பங்கு வகித்தது. சார்ளசு இசுட்டொடார்த்து, ஆர்த்தர் கொனொல்லி ஆகியோர் புகாராவின் சுல்தானாற் கைது செய்யப்பட்டுச் சிறிது காலத்தின் பின்னர் கோட்டைக்கு வெளியிற் சிரச்சேதம் செய்யப்பட்டனர். 1845 இல் அவர்களைத் தேடிச் சென்ற யோசேப்பு வுல்பு என்பவர் ஒருவாறு அத்தண்டனையிலிருந்து தப்பிவிட்டார். கடைசியாக புகாரா அமீரகம் உருசியப் பேரரசின் கீழ்ப்பட்ட நாடாக இணைத்துக்கொள்ளப்பட்டது.

19 ஆம் நூற்றாண்டிலும் கூட, நடு ஆசியப் பகுதியின் மிக முக்கியமான சமய, பண்பாட்டுக் கூடலாக புகாரா விளங்கியது. 1834 இற் பிரெஞ்சுகீழைநாட்டியலாளர் ழான் யக்குயசு பியேர் டெசுமைசன்சு என்பவர் ஒரு முஸ்லிம் வணிகர் போன்று நாடகமாடி அங்குச் சென்றார். 

புகாராவின் கடைசி அமீர் முகம்மது ஆலிம் கான் (1880–1944) ஆவார். கசுவீன் ஊடறுப்புத் தண்டவாளம் 19 ஆம் நூற்றாண்டின் பிற்பகுதியில் அமைக்கப்பட்டது. புகாராவுக்கு மிக அண்மித்த தொடருந்து நிலையம் அங்கிருந்து பனிரெண்டு மைல் தொலைவிலுள்ள காகன் எனுமிடத்தில் இருந்த போதிலும், அமீரின் சொந்தத் தேவைக்கென ஒரு தனியான தண்டவாளம் புகாராவை அடையும் வண்ணம் காணப்பட்டது.

தொல்லியற் தொடக்கம்
கராகான் மற்றும் குவாரசம்சா காலப் பகுதிகளில் புகாரா
புகாரா அமீரகம் (1785-1920)
தொடக்க இசுலாமிய காலம்