அர்கெந்தீனா மற்றும் குவாத்தமாலாவில் இயங்கும் "காணாமல் போனவர்களுக்கான மனித உரிமைகள் அமைப்பு" (HIJOS), பிரான்சிசு பாதிக்கப்பட்டவர்களின் குழந்தைகள் திருடப்பட்டதிலும், இரண்டு குருக்கள் படைத்துறையினரிடம் பிடிபட்டு சித்திரவதைப்பட்டபோதும் அவர்களைக் காக்க எதுவும் செய்யவில்லை என்று குற்றம் சாட்டியது. இக்குற்றச்சாட்டை அர்கெந்தீனாவின் முதன்மை ஊடகவியாளர்களில் ஒருவரான கொராசியோ வெர்பிற்சுகி (Horacio Verbitsky) தனது நூல் ஒன்றில் முன்வைத்தார். அக்குற்றச்சாட்டுக்கு ஆதாரம், கடத்தப்பட்ட குருக்களில் ஒருவர் கூறிய வாக்குமூலம் என்று கொராசியோ பத்து ஆண்டுகளுக்கு முன் கூறினார். சர்வாதிகார ஆட்சியின் போது (அர்ஜென்டீனாவின் இழிந்த போர்) நடந்த காலத்தில் (1976-1983) கத்தோலிக்க சமயக் குருக்கள் மற்றும் நற்பணியாளர்களுக்கு எதிராக அரசு வன்முறையைக் கட்டவிழ்த்துவிட்டிருந்தது. அப்பின்னணியில் மேற்கூறிய இரு குருக்களையும் பாதுகாக்கவும் அவர்களை உயிரோடு மீட்டுக் கொணரவும் பெர்கோலியோ பெருமுயற்சி செய்தார் என்பதே உண்மை என்றும், அவர்மீது குற்றம் சாட்டுவது தவறு என்றும் பலர் கூறியுள்ளனர்.

மேலும், பெர்கோலியோ மீது சாட்டப்படுகின்ற இக்குற்றச்சாட்டுக்களுக்கு எந்த ஆதாரமும் இல்லை எனவும் இவ்விரு குருக்களும் படைத்துறையினரால் விடுவிக்கப்பட்டபின்பு அப்போதைய கர்தினால் பெர்கோலியோவுடன் இணைந்து உழைத்தனர் எனவும், திருப்பலியும் திருவருட்சாதனமும் நிறைவேற்றினர் எனவும் வத்திக்கான் செய்தி தொடர்பாளர் கூறியுள்ளார்.

இராணுவ ஆட்சியாளர்களால் கடத்திச் செல்லப்பட்டு சித்திரவதை செய்யப்பட்ட குருக்களில் ஒருவர் இறந்துவிட்டார். அங்கேரியில் பிறந்து அர்ஜென்டீனா சென்று பணிபுரிந்தவரும் இப்போது உயிரோடு இருப்பவருமான அருள்திரு பிரான்சு யாலிக்சு ("Franz Jalics, S.J.") இவ்விடயம் குறித்து செருமானிய மொழியில் ஓர் அறிக்கை விடுத்துள்ளார். அது ஆங்கிலத்தில் மொழிபெயர்க்கப்பட்டுள்ளது. அதில், தான் கடத்திச்செல்லப்பட்டு சித்திரவதை செய்யப்பட்டதற்கும் பெர்கோலியோவுக்கும் தொடர்பு இருந்ததா என்பது குறித்து, தான் எந்த நிலைப்பாடும் எடுக்கவில்லை என்று அவர் கூறியுள்ளார். மேலும், அவர் கூறியது:
திருத்தந்தை பிரான்சிசு குற்றமற்றவர் என்று சான்றுகூறுவோரில் ஒரு முக்கிய நபர் அடோல்ஃபோ பேரஸ் எஸ்கிவேல் ("Adolfo Perez Esquivel") என்பவர். இவர் அர்ஜென்டீனாவின் இராணுவ ஆட்சியின்போது நிகழ்ந்த அட்டூழியங்களை உலகுக்கு வெளிப்படுத்தியதற்காக 1980இல் நோபல் பரிசு பெற்றவர். அவர் புவேனோஸ் ஐரேசில் "ராடியோ டெ லா ரேத்" ("Radio de la Red") என்னும் ஒலிபரப்பு நிறுவனத்துக்கு அளித்த பேட்டியில் கூறியது:

அகதிகளுக்கும் புலம்பெயர்வோருக்கும் ஆதரவு காட்டும் திருத்தந்தை பிரான்சிசு
நற்செய்தியின் மகிழ்ச்சி பற்றிய போதனை மடல்
கம்பளிக் கழுத்துப்பட்டை அணிவித்த சடங்கு
படையாட்சியாளர்களுடன் பெர்கோலியோவுக்குத் தொடர்பு இருந்ததா என்பது பற்றிய சர்ச்சை