யுனைடெட் 2000 மற்றும் 2001 ஆம் ஆண்டின் லீக் பட்டத்தை வென்றது. ஆனால் ஊடகங்கள் இப்பருவங்களை ஐரோப்பிய கோப்பையை மீட்க தவறியதால் தோல்வியாக கருதின. 2000 ஆம் ஆண்டில் மான்செஸ்டர் யுனைடெட் 14 முன்னணி ஐரோப்பிய கால்பந்து கிளப்புகளில் ஒன்றாக ஜி-14 குழுவின் நிறுவன உறுப்பினரானது. கிளப் 1999-2000 ஆண்டுகளில் எஃப்.ஏ கோப்பையில் பங்கேற்க மறுத்துவிட்டது. இது பிரேசிலில் நடைபெற்ற பிஃபா வின் துவக்க கிளப் உலக சாம்பியன் போட்டியிட்டபோதும் எஃப்.ஏ, UEFA மற்றும் 2006 ஆம் ஆண்டு இங்கிலாந்தின் உலகக் கோப்பை ஏலக் குழுவின் அழுத்தங்களின் காரணமாக எனக் கூறப்பட்டது. பெர்கூசன் யுனைட்டெடை ஐரோப்பாவில் தோற்கடிக்க முடியாத கடுமையான அணியாக மாற்ற பாதுகாப்பான ஆட்டத்தின் தந்திரங்களை கைக்கொண்டார். ஆனால் அது வெற்றிகரமாக அமையாமல் 2001-02 ப்ரீமியர் லீக் பருவத்தை மூன்றாம் இடத்தில் வந்தது. லீகை அடுத்த பருவத்தில் (2002-03) மீண்டும் கைப்பற்றினர். பின்வந்த பருவத்தை நன்கு துவங்கிய அவர்கள் கட்டுக்கோப்பு கணிசமாக ஊக்க மருந்து பரிசோதனையை தவறவிட்டததற்காக ரியோ பெர்டினாண்ட் சர்ச்சைக்குரிய எட்டு மாத இடை நீக்கம் செயப்பட்டபோது வீழ்ந்தது. 2004 எஃப்.ஏ கோப்பையை அவர்கள் வென்றனர், ஆர்சனலை (அந்தப் பருவத்திய பின் நிகழ்ந்த லீக் சாம்பியன்கள்) இறுதிப்போட்டிக்கு போகுமுன் வீழ்த்தி இறுதிப்போட்டியில் மில்வாலை தோற்கடித்தனர்.

2004-05 பருவத்தில் அணி கோலடிக்கத் தவறியது முக்கியமாக அடித்து ஆடும் ரூட் வான் நிஸ்டர்ல்லூய் காயமடைந்ததாலும் யுனைடெட் அப்பருவத்தை கோப்பையின்றி லீக்கில் மூன்றாம் இடத்தைப் பெற்றது. இம்முறை எஃப்.ஏ கோப்பையும் அவர்களிடமிருந்து தப்பிச் சென்றது. ஆர்செனல் யுனைட்டெடை 120 நிமிட கோலற்ற சமநிலைக்குப் பிறகு பெனால்டி கார்னரில் தோற்கடித்தது. களத்திற்கு வெளியே முக்கிய கதையாக கிளப் கைமாறக்கூடும் என்ற நிலையில் 2005 ஆம் ஆண்டு மே மாதம் 12 அன்று அமெரிக்க வர்த்தகரான மால்கம் க்ளேசர் அவரது முதலீட்டு சாதனமான ரெட் ஃபுட்பால் லிமிடெட்டின் மூலம் கிளப்பின் கட்டுப்படுத்தக் கூடிய அளவிற்கான கிளப்பை வாங்கக் கூடிய ஏறக்குறைய ஸ்டெர்லிங் 800 மில்லியன் மதிப்புள்ள பங்குகளை கையகப்படுத்தினார். அப்போதைய $ 1.5 பில்லியன்) மே மாதம் 16 அன்று தனது பங்கை பங்குச் சந்தையிலிருந்து விலக்கி மீண்டும் தனி நபர் சொத்தாக மாற்றத் தேவையான 75%ற்கு உயர்த்தி அதனை 20 நாட்களுக்குள் செய்வதற்கான உள் நோக்கக்தையும் வெளியிட்டார். ஜூன் 8 ல் தனது மகன்களை மான்செஸ்டர் யுனைடெட் நிர்வாகக் குழுவில் செயலாண்மைக்குட்படாத இயக்குனர்களாக நியமித்தார்.

யுனைடெட் அணியின் நடு வீரர் ராய் கீனெ வெளிப்படையாக அவரது சக வீரர்களை விமர்சித்துவிட்டு செல்டிக் அணிக்கு சென்ற பிறகு 2005-06 பருவத்தில் மோசமான துவக்கத்தினை செய்தது. கிளப் UEFA சாம்பியன்ஸ் லீக் போட்டிகளில் பென்ஃபிகாவிடம் தோற்றதால் முதல் முறையாக வெளியேற்றுச் சுற்றுக்கு தகுதி பெறாமல் போனது. அவர்களது பருவமும் கடும் தோல்வியைச் சந்தித்தது. பல முக்கிய வீரர்கள் காப்ரியல் ஹீன்ஸ், ஆலன் ஸ்மித், ரயான் கிக்ஸ் மற்றும் பால் ஷோல்ஸ் ஆகியோர் காயமடைந்தனர். இருப்பினும் அவர்கள் வெற்றியில்லாமல் தொடர்ச்சியாக 17 வருடங்களில் நீடித்திராத ஏமாற்றத்தை தவிர்க்கும் விதமாக 2006 லீக் கோப்பையை புதியதாக மேம்படுத்தப்படும் அருகாமைப் பகுதியைச் சேர்ந்த விகான் அத்லெடிக்கை இறுதிப் போட்டியில் 4-0 கணக்கில் வென்றனர். யுனைடெட் பருவத்தின் கடைசி நாளன்று சார்ல்டன் அத்லெடிக்கை 4-0 கணக்கில் வென்றதன் மூலம் இரண்டாம் இடத்தையும் தானாகவே சாம்பியன்ஸ் லீக் தகுதியையும் அடைந்தது. 2005-06 பருவத்தின் இறுதியில் யுனைட்டெடின் முக்கிய அடித்து ஆடும் வீரர்களில் ஒருவரான ரூட் வான் நிஸ்டல்ரூய் அலக்ஸ் பெர்கூசனுடனான சண்டையால் ரியல் மாட்ரிட் அணிக்குப் போனார்.

2006 ஆம் ஆண்டு ஜூலை மாதம் கிளப் மறுநிதியளிப்பு தொகுப்பை அறிவித்தது. மொத்தத் தொகை ஸ்டெர்லிங் 660 மில்லியன் வட்டி வருடத்திற்கு ஸ்டெர்லிங் 62 மில்லியன். புதிய நிதியளிப்பு திட்டத்தின் விளைவாக 30% வருடாந்திர ஊதியங்கள் குறையும். 2006-07 பருவத்தில் களத்தில் யுனைடெட் தனது பழைய 1990 களின் வெற்றி மைல்கல் தாக்குதல் பாணிக்கு திரும்பி, செல்சியை விட 32 பந்தயங்களில் 20க்கு மேற்பட்ட கோல்கள் அடித்து முன்னிலை பெற்றது. 2007 ஆம் ஆண்டு ஜனவரி மாதம் யுனைடெட் ஹென்ரிக் லார்ஸ்சன்னை இருமாத கடனில் ஸ்வீடிஷ் அணியான ஹெல்சிங்போர்க்கிடமிருந்து பெற்றது. அவரும் முக்கிய பங்காற்றி யுனைட்டெடை சாம்பியன்ஸ் லீக் அரை-இறுதியாட்டத்திற்கு முன்னேறச் செய்தார். யுனைட்டெடும் இரண்டாவது ட்ரெபிள்க்கு நம்பிக்கை கொண்டு சென்றது. இருப்பினும் யுனைடெட் மிலானிடம் 3-5 என்ற மொத்தக் கணக்கில் தோல்வியடைந்தது. அவர்களது கடைசி வெற்றிக்கு பிறகு நான்காண்டுகள் கழித்து யுனைடெட் ப்ரீமியர் லீக் பட்டத்தை 2007 ஆம் ஆண்டு மே மாதம் 6 அன்று மீண்டும் அடைந்தனர். செல்சி ஆர்செனலுடன் சமன் செய்தததால் இரண்டு ஆட்டங்கள் மீதமிருக்க ஏழு புள்ளிகள் பின்தங்கியதாலும் யுனைட்டெடின் மான்செஸ்டர் டெர்பியில் 1-0 வென்றதாலும் யுனைடெட் ப்ரீமியர் லீக்கில் 15 பருவ காலங்களில் ஒன்பதாவது பட்டத்தை வென்றனர். இருப்பினும் அதுவரைக் கண்டிராத நான்காவது டபுள் செல்சி யுனைட்டெடை கூடுதல் நேரத்தில் 1-0 என்ற கணக்கில் முதல் எஃப்.ஏ கோப்பை இறுதியாட்டத்தில் பழைய அரங்கம் ஏழு ஆண்டுகளுக்கு முன் இடிக்கப்பட்டதால் புதியதாக கட்டப்பட்ட வெம்ப்லி அரங்கத்தில் வைத்து தோற்கடித்ததால் முடியாமல் போனது.

2007-08 ஆம் ஆண்டில் யுனைடெட் வெற்றிகரமாக ஐரோப்பிய இரட்டையை பருவதின் துவக்கத்தில் மோசமாக ஆடிய போதும் முழுமையாக்கியது. ப்ரீமியர் லீக்கில் மூன்று ஆட்டங்களுக்குப் பிறகு 17ஆவது இடத்தில் இருந்தனர். இருப்பினும் 2008 ஆம் ஆண்டு மே மாதம் 11 அன்று யுனைடெட் ப்ரீமியர் லீக் பட்டத்தை விகான் அத்லெடிக் மீதான வெற்றியின் மூலம் மீட்டது. பட்டத்தின் போட்டியாளர்களான செல்சி போல்டன் வாண்டெரர்ஸ் சுடன் சமன் செய்தததால் யுனைடெட் பருவத்தை இரு புள்ளிகளுடன் தெளிவான முன்னிலையில் முடித்தது. கிளப் தனது வரலாற்றில் ஐரோப்பியன் கோப்பையின் இறுதி சுற்றை மூன்றாவது முறையாக பல்வேறு கிளப்புகள் பார்சலோனா மற்றும் ரோமா போன்றவற்றை அடைந்தனர். 2008 ஆம் ஆண்டு மே மாதம் 21 அன்று அன்றைய இறுதியாட்டத்தில் அவர்கள் செல்சியை பெனால்டி கார்னர் மூலம் 6-5 என்ற கணக்கில் மாஸ்கோ லூஸ்னிகி அரங்கத்தில், முதன்மை நேரத்தின்போதான 1-1 என்ற சமநிலையைக் கடந்து வென்றது. இதன் மூலம் அவர்களது மூன்றாவதான ஐரோப்பிய கோப்பை பட்டத்தை வென்றதோடு அவர்களது சாதனையான முக்கிய ஐரோப்பிய போட்டியின் இறுதியாட்டத்தை இழக்காமல் தக்கவைத்துக்கொண்டனர். எதேச்சையாக இப்பருவம் மான்செஸ்டர் யுனைடெட் 100 ஆண்டுகளுக்கு முன் முதன் முறையாக லீக் பட்டத்தை வென்றதையும், ம்யூனிச் விமான விபத்தின் 50 ஆண்டுகள் நிறைவு பெற்றதையும், மான்செஸ்டர் யுனைடெட் ஐரோப்பிய கோப்பையின் முதல் முறையாக வென்ற 40 ஆண்டுகள் நிறைவு பெற்றதையும் குறிக்கிறது. ஐரோப்பிய கோப்பையின் இறுதியாட்டம் ரியான் கிக்ஸ்சின் கிளப்பிற்கான 759 வது பங்கேற்பின் மூலம் பாபி சார்ல்டன்னின் கிளப்பிற்கான அதிக பங்கேற்பை கடந்து முறியடித்தது.

2008-09 க்கான பருவம் துவங்கும் முன்பே யுனைடெட் 2008 ஆம் ஆண்டின் எஃப்.ஏ கம்யூனிட்டி கோப்பையில் போட்டியிட்டு வெற்றியும் பெற்றது. யுனைடெட் 2007-08 எஃப்.ஏ கோப்பையின் வெற்றியாளர்களான போர்ட்ஸ்மொளத்தை போட்டியின் மொத்த நேரமான 90 நிமிடம் முடிந்த பிறகு பெனால்டி கார்னரில் 3-1 கோல் கணக்கில் வென்றது. 2008 ஆம் ஆண்டு டிசம்பர் 21 அன்று யுனைடெட் மேலும் ஒரு வெள்ளிக் கோப்பையை 2008 பிஃபா கிளப் உலகப் கோப்பையை வென்றதன் மூலம் தங்கள் நிலைப்பெட்டியில் கூட்டிக் கொண்டனர். அவர்கள் ஈக்வேடார் நாட்டின் அணியான எல்டியு க்யுட்டோ வை 1-0 வேனெ ரூனியின் வெற்றி கோல் மூலம் ஜப்பானில் பெற்றனர். இரண்டு மாதங்கள் கழித்து 2009 லீக் கோப்பையை தங்கள் நிலைப்பெட்டியில் டோட்டன்ஹாம் ஹாட்ஸ்பரை 4-1 பெனால்டியின் மூலம் வெற்றிக் கண்டு மேலும் கூட்டிக் கொண்டனர். மே 16 அன்று யுனைடெட் தங்களது 11வது பட்டத்தை, ஒட்டுமொத்தமாக 18 வது பட்டத்தை ஆர்செனலிடம் சமநிலை பெற்று வென்றனர். இதன் மூலம் மூன்று ப்ரீமியர் லீக் பட்டங்களை தொடர்ச்சியாக இரண்டாம் முறை அடைந்தனர். 27 மே 2009 ல், பார்சலோனா மான்செஸ்டர் யுனைட்டெடை 2-0 என்ற கணக்கில் ரோமில் சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதியாட்டத்தில் சாமுவேல் ஈடோ மற்றும் லியனெல் மெஸ்ஸி ஆகியோரின் கோல்கள் வாயிலாக பெற்று வென்றனர். சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதியாட்டம் அணியின் தலைவர் கார்லோஸ் டெவேஸ்சின் கடன் ஒப்பந்தக் காலம் 30 ஜூனில் முடிவடைவதால் கடைசி போட்டியாக அமைந்தது. மற்றொருவரான கிறிஸ்டியானோ ரொனெல்டோ ரியல் மாட்ரிட் அணிக்கு உலக அளவிலான அதிக இட மாற்ற கட்டணமாக காகாவிற்காக ரியல் மாட்ரிட் மிலானுக்கு கொடுத்த ஸ்டெர்லிங் 56 மில்லியனைவிட அதிகமாக ஸ்டெர்லிங் 80 மில்லியனுக்கு விற்கப்பட்டார். இருப்பினும் யுனைடெட் இழப்புகளை மிக்கேல் ஓவனின் இலவச இடமாற்றம் அண்டோனியோ வாலென்சியாவை ஸ்டெர்லிங் 17 மில்லியனுக்கும் மற்றும் காப்பிரியல் ஓபெர்டானை ஸ்டெர்லிங் 3 மில்லியனுக்கும் பெற்று மீட்டுக் கொண்டது.

ட்ரெபிளுக்குப் பிறகு (1999–தற்போது வரை)
பஸ்பி வருடங்கள் (1945–1969)
வீரர்களின் சாதனைகள்
கிளப் கேப்டன்கள்