தொடக்கத்தில் நாகப்பட்டினம் கிறிஸ்தவப் பங்கின் துணை ஆலயமாக வேளாங்கண்ணி இருந்து வந்தது. 1771ஆம் ஆண்டு செப்டம்பர் மாதம், அருட்தந்தை ஆன்டனியோ டி ரொசாரியோ அடிகளார் கண்காணிப்பில் தனிப் பங்காக உருவானது. வேளாங்கண்ணி முதன்மைப் பேராலயம் 1920 மற்றும் 1933 ஆகிய ஆண்டுகளில் புதுப்பிக்கப்பட்டது. ஏராளமான அற்புதங்கள் நடந்ததால் சமயம், இனம், மொழி கடந்து ஆயிரக்கணக்கான மக்களை ஈர்க்கும் திருத்தலமாக மாறியது. இந்த ஆலயத்தின் அற்புதங்களுக்கும், புகழுக்கும் அங்கீகாரம் அளிக்கும் வகையில், திருத்தந்தை இருபத்திமூன்றாம் யோவான் வேளாங்கண்ணி திருத்தலக் கோவிலை 1962 நவம்பர் 3ஆம் நாள் "இணைப் பெருங்கோவில்" ( என்னும் நிலைக்கு உயர்த்தினார். 2012ஆம் ஆண்டு வேளாங்கண்ணி ஆலயம் "பெருங்கோவில்" நிலைக்கு உயர்த்தப்பட்டதன் 50ஆம் ஆண்டு பொன்விழா கொண்டாடப்பட்டது. 

ஆலயத்தின் வளர்ச்சி
பால்கார சிறுவன்
அன்னை மரியா
போர்ச்சுக்கீசியர்கள்