பெர்கோலியோ இயேசு சபையில் புகுமுகத் துறவியாகச் சேர்ந்தது 1958, மார்ச்சு 11ஆம் நாள் ஆகும். வில்லா டெவோட்டா நகரில் இயேசு சபைக் குருத்துவக் கல்லூரியில் கல்வி பயின்றார். 1964இலிருந்து மூன்று ஆண்டுகள் சாந்தா ஃபே மற்றும் புவேனோஸ் ஐரேஸ் நகர்க் கல்லூரிகளில் இலக்கியம், உளவியல் ஆகிய பாடங்கள் கற்பித்தார். 1967இல் இறையியல் படிப்பை முடித்த அவர் 1969, திசம்பர் 13ஆம் நாள், தமது 33ஆம் வயதில் இயேசு சபையில் குருத்துவப் பட்டம் பெற்றார். அவருக்குக் குருப்பட்டம் அளித்தவர் பேராயர் ரமோன் ஹோசே கஸ்தெல்லானோ என்பவர்.

1973-1979 காலகட்டத்தில் பெர்கோலியோ அர்ஜென்டீனாவின் இயேசு சபை மறைத்தளத் தலைவராகப் பணியாற்றினார். பின்னர் அவர் 1980இலிருந்து 1986 வரை புனித மிக்கேல் குருத்துவக் கல்லூரி அதிபராகப் பணிபுரிந்தார். 1986இல் அவர் செருமனி சென்று, அங்கு பிராங்க்ஃபுர்ட் நகரில் புனித ஜோர்ஜ் பல்கலைக் கழகத்தில் முனைவர் பட்டம் பெறுவதற்கான முன்னேற்பாடுகளில் ஈடுபட்டார். ஆயினும் அங்கு அவர் பட்டப்படிப்பைத் தொடர்ந்து முடிக்கவில்லை. பின்னர் அர்ஜென்டீனாவுக்குத் திரும்பிவந்து அங்கே கொர்தோபா நகரில் இயேசு சபையினருக்கு ஆன்ம வழிகாட்டியாகவும் ஒப்புரவு அருட்சாதனம் வழங்குபவராகவும் பணியாற்றினார்.

இயேசு சபையில் சேர்தல்
"திருத்தந்தை பிரான்சிசுக்கும் அர்ஜென்டீனா சர்வாதிகாரிகளுக்கும் யாதொரு தொடர்பும் கிடையாது" - உச்ச நீதிமன்றத் தலைமை நீதிபதி
"மீனவர் கணையாழியை" அணிவித்த சடங்கு
இரு இந்தியர்கள் புனிதர் நிலைக்கு உயர்த்தப்படுதல்