குகைக் கோயிலுக்குக் கீழே இருண்ட குகை உள்ளது. மலேசியாவில் வேறு எங்கும் இல்லாத சில அரிதான விலங்குகள் இங்கு காணப்படுகின்றன. அந்த இருண்ட குகையில் இரண்டு கிலோமீட்டர் நீளத்திற்கு நீண்ட நிலக்குடைவுகள் இருக்கின்றன. குகைகளின் உட்கூரையில் தொங்கும் ஊசிப்பாறைகளும் குகைத் தரையில் சுண்ணக்கல் புற்றுகளையும் ஆயிரக்கணக்கில் காண முடிகின்றது. 

இந்த ஊசிப்பாறைகளும், சுண்ணக்கல் புற்றுகளும் ஆயிரம் ஆயிரம் ஆண்டுகளாகக் குகைத் திரைகள், குகை முத்துக்கள், இரட்டை வழிச் சோழிகள் போன்றவற்றை உருவாக்கி வருகின்றன. பத்துமலைக் குகைகளின் சூழலியலைப் பாதுகாக்கும் பொருட்டு இருண்ட குகையின் உள்ளே பொதுமக்கள் அனுமதிக்கப்படுவதில்லை. இருப்பினும், மலேசிய இயற்கை கழகம் அவ்வப்போது சிறப்பு கல்விச் சுற்றுலாவிற்கு ஏற்பாடு செய்கின்றது.

சுற்றுச் சூழல்
ஊசிப்பாறைகளும் சுண்ணக்கல் புற்றுகளும்
ஸ்ரீ சுப்ரமணியர் கோவில்
300 லிட்டர் தங்கக் கலவை