சுருளியாறு, தேனியாறு, வரட்டாறு, வராகநதி, மஞ்சளாறு, நாகலாறு, மருதநதி, சிறுமலையாறு, சாத்தையாறு முதலியவை வைகையின் துணை ஆறுகளாகும்.

பழனி மலையில் உற்பத்தியாகும் வராகநதி கொடைக்கானல் மலையிலிருந்து வரும் பாம்பாற்றுடன்(வெள்ளி அருவி உள்ள ஆறு) இணைந்து தேனி க்குக் கிழக்கே குன்னூருக்குத் தெற்கில் வைகையுடன் கலக்கிறது.

பின்னர் முல்லையாராக பயணிக்கிறது.இவ்வாறு பயணிக்கும் பொழுது சுருளியாறு இதனுடன் கலக்கிறது, பின்னர் வள்ளல் நதி என்று சொல்லப்படும் வருசநாட்டு பள்ளத்தாக்கிலிருந்து உருவாகும் வள்ளல் நதியுடன் கலந்து வைகையாராக வைகை அணையைச் சென்று அடைகிறது.

மேலும் கொடைக்கானல் மலையிலிருந்து உருவாகும் ஆறுகளும் பெரியகுளம் வழியாக சென்று வைகை அணை முன்பு இந்த ஆற்றில் கலக்கிறது. அவ்வாறு கலக்கும் ஆறுகளில் மஞ்சளாறு, வராக நதி குறிப்பிடத்தக்கது ஆகும்.

1895ல் ஏற்படுத்தப்பட்ட ஒரு ஒப்பந்தத்தின்படி, கேரள, தமிழக எல்லையில் உற்பத்தியாகும் பெரியாற்றின் குறுக்கே முல்லைப்பெரியாறு அணை கட்டப்பட்டு ஒரு பகுதி நீர் மேற்குத் தொடர்ச்சி மலையில் உருவாக்கப்பட்டுள்ள ஒரு குடைவின் மூலம் வைகையில் திருப்பிவிடப்படுகிறது. இந்த அணை ஆங்கிலப் பொறியாளரான பென்னி குக் என்பவரால் தனது சொந்தப் பணத்தால் கட்டப்பட்டதாகும் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது

துணை ஆறுகள்
வைகை ஆற்றுப்படுகை
நகரங்களின் கழிவுநீர் ஆற்றில் கலக்கல்
அணைகள்