கி.பி. 1766 ஆண்டில், மைசூரை சார்ந்த ஹைதர் அலி கோழிக்கோடு (காலிகட்) மற்றும் பிறகு குருவாயூரை கைப்பற்றினார். கோவிலை விடுவிக்க அவர் 10,000 பானம்ஸ் (ஒரு வகையான காசு பணம்) அபராதமாக கேட்டார். இந்த அபராதத்தொகை கட்டப்பட்டது, ஆனால் அப்பொழுது நிலவிய நம்பிக்கை இல்லாத சூழ்நிலை காரணமாக, கோவிலுக்கு பக்தர்கள் வருவது குறைந்தது மேலும் கோவிலுக்கு வழங்கப்பட்ட அரிசியும் நிறுத்தப்பட்டது, மேலும் வாடிக்கையாளர்கள் செலுத்த வேண்டிய நிலுவைகளையும் கட்டவில்லை. மலபார் கவர்னராக செயல்புரிந்த ஸ்ரீ நிவாச ராவ் விடுத்த வேண்டுகோளின் படி, ஹைதர் அலி இக்கோவிலை தேவனுக்கு கருணை காட்டியதாகக் கூறி (இலவசப்பரிசு) கோவிலை விடுவித்தார் மேலும் அப்படியாக அழிவில் இருந்து காப்பாற்றப்பட்டது. மீண்டும் கி.பி. 1789 ஆண்டில் திப்பு சுல்தான் சமோரின் நாட்டின் மேல் படையெடுத்தான். அழிவிலிருந்து காப்பாற்ற, இந்த விக்ரஹம் பூமியின் அடியில் பாதுகாப்பாக புதைக்கப்பட்டது, மேலும் கோவிலின் உற்சவர் விக்ரஹம் மல்லிச்சேரி நம்பூதிரி மற்றும் கக்காத் ஒத்திகன் ஆகியோர்களால் அம்பலப்புழை என்ற இடத்திற்கு மாற்றப்பட்டது. திப்பு சுல்தான் சிறிய கோவில்களை யாவும் அழித்தான் மேலும் பெரிய கோவிலுக்கும் தீ வைத்தான், ஆனால் சரியான வேளையில் மழை பொழிந்ததால், கோவில் காப்பாற்றப்பட்டது. திப்பு சுல்தான் கி.பி. 1792 ஆம் ஆண்டில் நடந்த ஆங்கிலேயர்கள் மற்றும் சமொரினுக்கு எதிரான போரில் தோல்வி அடைந்தான் மேலும் செப்டம்பர் 17, 1792 அன்று உற்சவ மூர்த்தி திரும்பவும் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டது. ஆனால் நித்ய பூஜைகள் மற்றும் சடங்குகள் செய்வதில் பாதை ஏற்பட்டது.[15].

ஹைதர் அலி ஆட்சிக்காலத்தில்
மூல விக்கிரகம் வரலாறு
மேல் சாந்தி (தலைமை அர்ச்சகர்) விரத வாழ்வு
பரம்பரைக் கதைகள்