ஆரம்ப காலங்களில் நுண்ணோக்கிகளில் ஒரே ஒரு வில்லை(lens) மட்டுமே இருந்தது. அதனால் அவை தற்போது சாதாரண நுண்ணோக்கி என்று அழைக்கப்படுகின்றது.கலவை நுண்ணோக்கிகளில் குறைந்தது இரண்டு வில்லைகளாவது இடம் பெறும்.

1590ம் ஆண்டு நெதர்லாந்தில் கான்சு ஜேன்சென்(Hans Janssen) மற்றும் அவரது மகன் சக்கரியாசு ஜேன்சென்(Zacharias Janssen) ஆகிய மூக்குக்கண்ணாடி தயாரிப்போர் முதல் கூட்டு நுண்ணோக்கியை உருவாக்கினார்கள்.
கலிலியோ கலிலி (Galileo Galilei 1564-1642) 1609 – 1624ம் ஆண்டுப் பகுதிகளில் குழிவு, குவிவு வில்லைகளைப் பயன்படுத்தி கூட்டு நுண்ணோக்கியை உருவாக்கி, பூச்சிகளின் கூட்டுக்கண்களை ஆராய்ந்தார். 1625இல் “microscope” (நுண்ணோக்கி) என்னும் பெயரை ஜெர்மானிய மருத்துவரான கியோவான்னி ஃபாபெர் (Giovanni Faber) என்பவர் இட்டார். மார்செலோ மல்பிஜி (Marcello Malpighi, 1628-1694) எனும் இத்தாலிய உடற்கூற்றியல், இழையவியல் ஆராய்ச்சியாளர் நுண்ணோக்கியை உபயோகப்படுத்தி விலங்குகளின் இழைய அமைப்புக்களை ஆராய்ச்சி செய்தார், சில உள்ளுறுப்புக்களின் இழைய அமைப்பு இவரது பெயரால் அழைக்கப்படுகின்றது (தோலில் உள்ள மல்பிஜியின் படை). ரொபட் கூக் (Robert Hooke, 1635 – 1703) எனும் ஆங்கிலேய நுண்ணோக்கி ஆராய்ச்சியாளர் 1665 - 1667இல் தான் உருவாக்கிய கூட்டு நுண்ணோக்கியால் தக்கைக்கலங்களின் மெல்லிய பகுதியினை ஆராய்ந்தார், இவற்றில் நோக்கிய தேன்கூடு போன்ற சிறுசிறு பகுதிகளுக்கு “cell” (கண்ணறை) என்று பெயரிட்டார், இவ்வார்த்தையே இன்று ஆங்கிலத்தில் செல் என்று உயிரணுக்களை அழைக்கப்பயன்படுகின்றது. 
அன்டன் வான் லீவன்கோக் (Anton van Leeuwenhoek, 1632-1723) நுண்ணோக்கியின் தரத்தை உயர்த்தி அதனது உருப்பெருக்கத்தையும் உயர்த்தினார்; தனி உயிரணுக்களை விரிவாக ஆராய்ந்தார்; இவரே முதன் முதலில் பாக்டீரியாக்கள் பற்றி ஆராய்ந்தவரும் ஆவார்.

வேறு வகைகள்
எலக்ட்ரான் நுண்ணோக்கி
ஒளிர்வு ஒளி நுண்ணோக்கிகள்
வரலாறு