போர்த்துக்கீசிய வணீகக்கப்பல் ஒன்று கி.பி.1500ஆம் ஆண்டு மார்ச் மாதம் 9ம் தேதியன்று லிஸ்பன் நகரிலிருந்து இந்தியாவுக்கு புறப்பட்டது. கப்பலில் பேதுரு அல்வராஸ் காப்ரால் தலைமையில் பிரான்சிஸ்கன் துறவிகளும் பயணம் செய்தார்கள். அங்கே வியாபரம் செழித்தோங்கியதால் அப்மோசா என்ற கோட்டையை 1511ல் வணிகர்கள் கட்டினார்கள். ஒருமுறை மலாக்காவிலிருந்து இந்தியாவுக்குத் திரும்பும்போது கப்பல் புயல் காற்றினால் சிக்கி அலைக்கழிக்கப்பட்டு அபாயகரமான சூழ்நிலை உருவானது. அந்நேரத்தில் பிரான்சிஸ்கன் துறவிகளும், மாலுமிகளும், வணிகர்களும் சேர்ந்து அன்னை மரியாவை நோக்கித் தங்களை காப்பாற்றும்படி உருக்கமாகச் செபித்தார்கள். அப்போது திடீரென அவர்கள் கண்களுக்கு ஓர் ஒளி தோன்றியது. அதைப்பார்த்தவுடன் பரவசத்தால் தங்கள் கப்பலை ஒளியை நோக்கித் திருப்பி, தற்போதுள்ள தோமையார் கல்லறைக்கு அருகில் உள்ள மயிலாப்பூர் கடற்கரையை அடைந்தனர். பின்பு அவர்கள் அந்த அபூர்வமான ஒளியை நோக்கிப் பின்தொடர்ந்தார்கள். அவ்வொளியானது அவர்களை ஒரு காட்டுப்பகுதிக்கு அழைத்துச் சென்று மறைந்தது. இந்த அனுபவத்தால் பிரான்சிஸ்கன் துறவிகள் தங்களை ஒளியின் வழியாகக் காப்பாற்றிய அன்னை மரியாவுக்கு நன்றி செலுத்தும் வகையில் ஓர் ஆலயத்தைக் கட்டினார்கள்.
இன்றும் இவ்வாலயம் இப்பகுதி மக்களால் காட்டுக்கோயில் என்று அழைக்கப்படுகின்றது.

ஆலய சிறப்பு
தோற்றம்
மறைபோதகர்கள்
கோயில் வரலாறு