தேடுதல் வெளி சாத்தியமுள்ள நிர்ணயங்கள் அனைத்தையும் உள்ளடக்கியிருக்கிறது என்பதுடன் புரதத்தின் இணக்கமாக்கல் அணுக்கூறுகளுடன் இணைந்திருக்கிறது. இருக்கின்ற கணிப்பீட்டு மூலாதாரங்களால் தேடுதல் வெளியை வெறுமையாக்கி கண்டுபிடிப்பது என்பது சாத்தியமற்றதாக இருக்கிறது. இது ஒவ்வொரு மூலக்கூறின் உருச்சிதைவையும் கணக்கிடுவதில் சம்பந்தப்பட்டிருக்கலாம் (மூலக்கூறுகள் வலுவானவையாகவும் இணக்கமாக்கல் நிலைகளின் சேர்க்கைகளிலும் இருந்துவருகிறது), அத்துடன் புரதத்திற்கான அணுக்கூறுகளின் மாற்றப்பாட்டு நிர்ணயங்கள் அனைத்தும் கொடுக்கப்பட்ட சிறு உருண்டைகளின் அளவுகளின் சுழற்சி மற்றும் மாற்றப்பாட்டின் அளவிற்கேற்ப இருந்துவருகின்றன. பெரும்பாலான பொருந்தச் செய்தல் நிரல்கள் நெகிழ்வுத்திறனுள்ள அணுக்கூறின் பொருட்டு பயன்பாட்டில் உள்ளன, அத்துடன் சில நெகிழ்வுள்ள புரத வாங்கி மாதிரியாக்கத்திற்கு காரணமாகின்றன. இணையின் ஒவ்வொரு "படத்துணுக்கும்" தோரணை என்று குறிப்பிடப்படுகிறது. தேடுதல் வெளியை மாதிரியாக்குவதற்கு பல வியூகங்கள் இருக்கின்றன. சில உதாரணங்கள் பின்வருமாறு:

போலியாக்கம்
வடிவ நிரப்புத்தன்மை
தேடுதல் படிமுறை
பொருந்தச் செய்தல் இயக்கவியல்