தாம் கைப்பற்ற எண்ணியிருக்கும் நாடுகளில் தமது மதத்தைப் புகுத்துவதன் மூலம் தமக்கு ஆதரவான மக்களை உள்நாட்டிலேயே உருவாக்கிக் கொள்ளும் உத்தியை போர்த்துகீசர் கொண்டிருந்தனர். தமது மத நிறுவனங்களைப் போர் நோக்கங்களுக்குப் பயன்படுத்தக்கூடியதாக வளர்த்து எடுத்தனர்; உள்நாட்டு அரசுகளைப் படைபலத்தின் மூலமாயினும் கட்டுப்படுத்தித் தமது செல்வாக்கை வளர்த்துக்கொள்வதில் போத்துக்கீசக் குருமார்கள் தீவிரம் காட்டினர். இதை முன்னரே உணர்ந்து கொண்ட சங்கிலி மதமாற்ற முயற்சிகளுக்கு எதிராகவும் கடுமையாக நடந்து கொண்டான். யாழ்ப்பாண அரசைச் சேர்ந்த மன்னார்ப் பகுதியில் பெருமளவில் மதமாற்றம் நடைபெற்றதைக் கேள்வியுற்று, மன்னாரில் புனித சவேரியாரின் பாதிரியார்களால் கத்தோலிக்க மதத்துக்கு மாறியவர்களையெல்லாம் வெட்டிக் கொன்றான்.

தமது மதமாற்ற முயற்சிகளுக்கு இடையூறாக இருக்கும் சங்கிலியைப் பழி வாங்கவேண்டும் என்பதில் போத்துக்கீசக் குருவான புனித சவேரியார் மிகவும் தீவிரமாக இருந்தார். கோவாவில் இருந்த போத்துக்கீச ஆளுநரைக் கண்டு தனது வேண்டுகோளை அவர் முன்வைத்தார். அவரது வேண்டுகோளை ஏற்றுக்கொண்ட ஆளுனர், அதை உடனடியாகச் செயல்படுத்த முடியாது என்றும் கூறிவிட்டார். இதனால் நேரடியாகவே லிசுப்பனில் இருந்த போத்துக்கலின் அரசனுக்குக் கடிதம் எழுதினார். தொடர்ந்து யாழ்ப்பாணத்தின் மீது படையெடுப்பதற்கான அனுமதி லிசுப்பனில் இருந்து கோவாவுக்கு அனுப்பப்பட்டது. எனினும் சவேரியாரின் விருப்பம் எளிதில் கைகூடிவிடவில்லை. தொடர்ந்தும் யாழ்ப்பாணத்தின் மீது படையெடுப்பதற்குச் சவேரியார் எடுத்துக்கொண்ட தீவிர முயற்சிகள் பற்றி குவைரோஸ் பாதிரியார் தனது நூலில் விபரமாகக் குறித்துள்ளார்.

சங்கிலியனும் போத்துக்கேயரும்
சங்கிலியனின் தந்திரம்
மன்னார்ப் படுகொலைகள்
நல்லூர் வீழ்ச்சி