பொகோட்டா, தொடக்கத்தில் முயிஸ்காகளால் "பக்காட்டா" என அழைக்கப்பட்டது. ஸ்பானியர் இங்கே குடியேற்றங்களை அமைப்பதற்கு முன்னர் இதுவே முயிஸ்காக்களின் நாகரிகத்தின் மையமாக இருந்ததுடன், பெரிய மக்கள்தொகையையும் தாங்கக் கூடியதாக இருந்தது. முதலாவது ஐரோப்பியக் குடியேற்றம் 1538 ஆம் ஆண்டு ஆகஸ்ட் மாதம் ஆறாம் தேதி கொன்சாலோ ஜிமெனஸ் டி குயெசாடா என்பவரால் நிறுவப்பட்டது. இவர் தனது பிறந்த இடமான "சான்டா ஃபே" என்பதையும் உள்ளூர்ப் பெயரான "பக்காட்டா" என்பதையும் இணைத்து "சாண்டா ஃபே டி பக்காட்டா" என்னும் பெயரை இக் குடியேற்றத்துக்கு இட்டார். இது புதிய கிரனாடா இராச்சியத்தின் தலைநகரான போது "பக்காட்டா" என்பது தற்போதைய "பொகோட்டா" ஆனது. இந்நகரம் விரைவிலேயே ஸ்பானிய குடியேற்றவாத வல்லரசினதும், தென்னமெரிக்க நாகரிகத்தினதும் முக்கிய மையங்களில் ஒன்றாக வளர்ச்சியடைந்தது. 

1810-11 காலப்பகுதியில் இதன் குடிமக்கள் ஸ்பானிய ஆட்சிக்கு எதிராகக் கிளர்ச்சி செய்து, தமது சொந்த அரசை அமைத்தனர். எனினும், உட்பிரிவுகளால் 1816 இல் ஸ்பானிய படையினரின் ஆதரவாளர்கள் தற்காலிகமாக ஆட்சியைக் கைப்பற்றினர். 1819 ஆம் ஆண்டில் சைமன் பொலிவார் இதனை மீண்டும் கைப்பற்றினார். தொடர்ந்து பொகோட்டா; இன்றைய பனாமா, கொலம்பியா, வெனிசுலா, ஈக்குவடோர் ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய கூட்டாட்சியான கிரான் கொலம்பியாவின் தலைநகரம் ஆனது. 

1956 ஆம் ஆண்டில், இந்த மாநகரசபை ஏனைய அருகிலுள்ள மாநகரசபைகளுடன் இணைக்கப்பட்டுச் "சிறப்புப் பகுதி" "(Special District)" உருவாக்கப்பட்டது. 1991 ஆம் ஆண்டின் அரசமைப்புச் சட்டம் பொகோட்டாவைத் தலைநகரமாக உறுதிப்படுத்தியதுடன் இதன் பெயர், "சான்டா ஃபே டி பொகோட்டா" என மாற்றப்பட்டது. அத்துடன் இது "சிறப்புப் பகுதி" என்பதில் இருந்து "தலைநகரப் பகுதி"யாகவும் தரமுயர்த்தப்பட்டது.

ஆகஸ்ட் 2000 ஆவது ஆண்டில் இதன் பெயர் மீண்டும் மாற்றப்பட்டு எளிமையாக "பொகோட்டா" என அழைக்கப்பட்டது.
அருங்காட்சியகங்கள் மற்றும் கலைக்கூடங்கள்
வரலாறு
நூலகங்கள் மற்றும் காப்பகங்கள்
அரசு