கி.பி. நான்காம் நூற்றாண்டிலிருந்து பதினான்காம் நூற்றாண்டுவரை திருத்தந்தையர்களின் ஆட்சி மையம் இலாத்தரானில்தான் இருந்தது. இலாத்தரன் கோவில்தான் உரோமை ஆயரும் திருச்சபைத் தலைவருமான திருத்தந்தையின் ஆட்சிப் பீடம் இருந்த கோவிலாகவும் விளங்கியது. இலாத்தரானில் தான் திருச்சபையின் ஐந்து பொதுச்சங்கங்கள் நிகழ்ந்தன.

இலாத்தரானில் அமைந்த பழைய கோவிலின் வடிவமைப்பு இன்றைய கோவிலின் வடிவமைப்பைப் பெரிதும் ஒத்திருந்தது. கோவில் ஐந்து நீள்வாக்குப் பிரிவுகளையும் பிரிவுச் சுவர்களையும் கொண்டிருந்தது.

சதுர வடிவில் அமைந்த பெருங்கோவில் ஐந்து நீள்வாக்குப் பிரிவுகளாக அமைக்கப்பட்டது. கொரிந்து கலைப்பாணியில் அமைந்த பளிங்குத் தூண்கள் அப்பிரிவுகளைப் பகுத்தன. நடு நீள்வாக்குப் பகுதியின் இரு பக்கங்களிலும் பக்கத்துக்கு 15 தூண்கள், வலது மற்றும் இடது நீள்வாக்குப் பக்கங்களில் வளைவுகளைத் தாங்குவதற்கு 21 தூண்கள் என்று அமைக்கப்பட்டன. நடு நீள்வாக்குப் பகுதியின் இறுதியில் ஒரு பெரும் உள்கூரை அமைக்கப்பட்டது. நடுக்காலத்தில் இக்கோவில் கலையழகு மிக்க ஒரு வழிபாட்டிடமாக விளங்கியது.

நான்காம் நூற்றாண்டிலிருந்து இக்கோவில் வளர்ச்சியையும் கண்டது, வீழ்ச்சியையும் கண்டது. 410ஆம் ஆண்டு அலாரிக் என்பவரின் தலைமையில் விசிகோத்து இனத்தவர் கோவிலின் உயர்மேடையை எடுத்துச் சென்றுவிட்டனர். ஜென்செரிக் என்பவரின் தலைமையில் வாண்டல் இனத்தவர் கோவிலின் செல்வங்களை 455இல் கொள்ளையடித்தனர்.

திருத்தந்தை ஹிலாரியுஸ் (461-468) என்பவர் கோவிலின் உள் அமைந்த திருமுழுக்கு அளிப்பிடத்தின் அருகே மூன்று சிறு வழிபாட்டிடங்களை வடிவமைத்தார். அவை: புனித திருமுழுக்கு யோவான், புனித நற்செய்தி யோவான், திருச்சிலுவை என்பனவாகும். கோவிலுக்கு பரோக்கு கலைப் பாணி அளிப்பதற்காக திருச்சிலுவை வழிபாட்டிடம் ஐந்தாம் சிக்ஸ்துஸ் என்னும் திருத்தந்தையால் அகற்றப்பட்டது.

ஒன்பதாம் நூற்றாண்டின் தொடக்கத்தில் திருத்தந்தை மூன்றாம் லியோ என்பவர் கோவிலின் உள்கூரையைச் செம்மைப்படுத்தி, பீட உள்கூரையின் சாளரங்களைப் பன்னிறக் கண்ணாடிகளால் அணிசெய்தார். பத்தாம் நூற்றாண்டில் கோவிலின் முன் மண்டபத்தின் ஒரு பகுதியில் புனித தோமா வழிபாட்டிடம் கட்டப்பட்டது. அங்குதான் முற்காலங்களில் திருத்தந்தையர் வழிபாட்டு ஆடைகளை அணிவது வழக்கம். பன்னிரண்டாம் நூற்றாண்டில் திருமுழுக்கு அளிப்பிடத்தின் முன் மண்டபத்தில் மேலும் இரண்டு வழிபாட்டிடங்கள் சேர்க்கப்பட்டன. அதற்கேற்றவாறு கோவிலின் கூரை சீரமைக்கப்பட்டது. கோவில் முகப்பில் கற்பதிகை ஓவியங்கள் சேர்க்கப்பட்டன. 
கி.பி. 1300ஆம் ஆண்டு "ஜூபிலி ஆண்டு" என்று கொண்டாடப்பட்டது. புனித இலாத்தரன் பெருங்கோவிலில் அந்த ஜூபிலி அறிவிப்பைத் திருத்தந்தை எட்டாம் போனிபாஸ் வெளியிட்டார். இதையொட்டி கோவில் சீரமைப்பு வேலைகள் நடந்தன.

கோவில் கைநெகிழப்பட்ட காலம்
திருத்தந்தையின் ஆட்சிமையம்
கிறித்துவுக்கு அர்ப்பணமான கோவில்
இலாத்தரன் அரண்மனை