ஆப்பிள் மரங்கள் பலவிதமான பூஞ்சை அல்லது கோலுரு நுண்ணுயிர்களால் ("bacteria") விளையும் நோய்களாலும், அழிக்கும் பூச்சிகளாலும் பாதிக்கப்படுகின்றன. எல்லாப் பழத்தோட்டங்களிலும், பூச்சி மருந்துகள் மூலம் இவை கட்டுப்படுத்தப் படுகின்றன. ஒருங்கிணைந்த அழிவுப்பூச்சி மேம்பாடு, தற்போது கடைப்பிடிக்கப்படுகின்றது. இதன்படி, பூச்சிமருந்துகளின் பயன்பாடு குறைக்கப்பட்டு, இயற்கையான எதிரிகள் மூலம், அழிக்கும் பூச்சிகள் கட்டுப்படுத்தப்படுகின்றன.

பூக்கும் பருவத்தில் ஒருபோதும் பூச்சி மருந்துகள் அடிக்கக் கூடாது. அவ்வாறு செய்வது, மகரந்தச்சேர்க்கைக்கு உதவும் பூச்சிகளையும் கொன்று விடும். அதுபோல, இவ்வகை ஈக்களை ஈர்க்கும் செடிகளையும் தோட்டத்தில் வளர விடக்கூடாது. இவ்வகைச் செடிகளில் தங்கிவிடும் பூச்சிமருந்து, மகரந்தச்சேர்க்கை ஈக்களைக் கொன்றுவிடும்.

நோய்களில் மிக முக்கியமானது "தீ வாடல்" எனும் கோலுருக்கிருமி நோயாகும். பூஞ்சை நோய்களில் முக்கியமானவை ஜிம்னோஸ்போராஞ்சியம் துரு ("Gymnosporangium rust"), காய்ந்த தோல் ("Apple Scab") மற்றும் கரும்புள்ளி ("Black spot"). பூச்சிகளில் அதிகச் சேதம் விளைவிப்பது ப்ளம் குர்குலியொ ("plum curculio") ஆகும். மற்ற பூச்சிகளில் முக்கியமானவை: பைமடோபஸ் பெஹ்ரன்ஸி ("Phymatopus behresii"), ஆப்பிள் புழு (Apple maggot), காட்லிங் அந்து ("Codling moth"), பேரரசு அந்து ("Emperor moth"), நவம்பர் அந்து ("November moth"), குளிர்கால அந்து ("Winter moth"), பச்சை அந்து, ப்ரிம்ஸ்டோன் அந்து ("Priumstone moth"), போப்லர் கழுகு-அந்து ("Poplar hawk-moth"), காக்ஸ்கோம்ப் ப்ராமினன்ட் அந்து, மஞ்சள் வால் அந்து (Yellow tail moth), ஷார்ட்-க்லோக்ட் அந்து ("Short-cloaked moth"). ஆஸ்திரேலியாவில் சில வெளிநாட்டு ஆப்பிள் மரங்களை ஹெபியாலிட் அந்தின் ("Hepialid moth") புழுக்கள் தாக்குகின்றன. இவை மரத்தினுள் துளையிடுகின்றன.

ஆப்பிள் பழங்களை, இயற்கை விவசாய முறையில் விளைவிப்பது மிகக் கடினம். இருப்பினும் சில தோட்டங்களில் நோய்-எதிர்ப்பு ஆற்றல் கொண்ட இரகங்களைப் பயன்படுத்திக் கூடுதல் வருவாய் ஈட்டி உள்ளனர். இயற்கை விவசாய முறையில், அண்மைய எடுத்துக்காட்டு, பீங்கான் போன்ற கயோலின் களியை ("kaolin clay") மெல்லிதாய்ப் படரும்படி ஆப்பிள் பழங்களின் மேல் தெளிப்பது. இது, பூச்சித்தாக்குதல்களிலிருந்தும், வெயிலால் உண்டாகும் அழுகலிலிருந்தும் பழங்களைப் பாதுகாக்கிறது.

அழிவுப்பூச்சிகளும் நோய்களும்
சீமையிலந்தம்பழம் (ஆப்பிள்) இரகங்கள்
ஆப்பிள் வளர்ப்பு
வணிகமும் பயன்களும்