பல அமினோ அமிலங்கள் பெப்டைடு இணைப்புகளால் இணைவதால் ஓர் புரதம் அல்லது பல்புரதக்கூறு உருவாகும். இவ்வகை நீண்ட சங்கிலித் தொடர் அமைப்பு புரதத்தின் முதல்நிலை அமைப்பு (primary structure) என்று அழைக்கப்படும். இச்சங்கிலித் தொடர் அமைப்பில் காணப்படும் அணுக்களுக்கிடையே ஏற்படும் இடைத்தாக்கங்களால், சங்கிலியில் ஏற்படும் மடிவுகள் காரணமாக ஏற்படும் அமைப்பு இரண்டாம்நிலை (secondary structure) அமைப்பு எனப்படும். பொதுவாக இதில் அல்பாச் சுருள் (α-helix), பீட்டா தாள் (β-sheet) எனும் இருவகை அமைப்புக்கள் காணப்படும். அமினோ அமிலங்களில் உள்ள R குழுக்களுக்கிடையில் ஏற்படும் இடைத்தாக்கத்தால், மேலும் மடிவுகள் தோன்றும். இதுவே மூன்றாம் நிலையாகக் (tertiary structure) கொள்ளப்படுகிறது. அயன்களுக்கிடையே ஒத்த ஏற்றம் கொண்ட அயனிகளுக்கிடையிலான தள்ளுகை, எதிர் ஏற்றம் கொண்ட அயனிகளுக்கிடையிலான அயனிப் பிணைப்பு, ஐதரசன் பிணைப்பு, மற்றும் அமினோ அமிலங்களின் ஏற்றமற்ற R குழுக்களுக்கிடையில் ஏற்படும் Hydrophobic interaction, இரு சல்பைட் பிணைப்பு என்பன இந்த மூன்றாம் நிலை அமைப்புருவாக்கத்திற்குக் காரணமாகிறது.

பல புரதங்கள், ஒரு தனித்த பல்புரதக்கூறினால் ஆனதாகவும், இம்மூன்றாம் நிலையில் இருப்பதாகவும் உள்ளன. சில புரதங்கள் நான்காம் நிலையில் கட்டமைக்கப்படுகின்றன. இவற்றில் துணை அலகுகள் என அழைக்கப்படும் ஒன்றுக்கு மேற்பட்ட பல்புரதக்கூறுகள் காணப்படும். மூன்றாம் நிலையில் காணப்பட்ட இடைத்தாக்கங்களே இங்கும் காணப்படும். சிலவற்றில் இந்தத் துணை அலகுகள் மேலும் ஒரு மூலகத்தை தம்மகத்தே இணைத்து இறுதியான அமைப்பை உருவாக்கும். எ.கா. ஈமோகுளோபினில் இரண்டு அல்பாச் சுருள் பல்புரதக்கூறுகளும், இரண்டு பீட்டா தாள் பல்புரதக் கூறுகளும், இரும்பு அயனையும் கொண்டு அமைக்கப்படும்.

ஒரு குறிப்பிட்ட தொழிலுக்கான புரதம் அதற்குரிய முறையில் சிக்கலான அமைப்புக் கொண்டிருக்கும். ஒரு புரதத்தில் அமினோ அமிலங்களின் அடுக்கு முறையும் மூலக்கூற்றின் அமைப்பும் மரபுப்பண்பு அடிப்படையிலானது. எனவே தான் மரபணுத்தொகை எனப்படும் மரபணு அமைப்புத் தன்மைகள் இன்று முக்கியத்துவம் பெற்றுள்ளன.

புரதத்தைக் கண்டறிதல்
புரதத் தேவை
உடல் வளர்ச்சியில் புரதம்
அமினோ அமிலங்கள் அடுக்கு முறை