ஆரம்ப காலத்திலிருந்தே, கோவா மீதான தொடர்ச்சியான படையெடுப்புகளால் கொங்கணி மொழியும் இலக்கியமும் பாதிக்கப்பட்டு வந்துள்ளன: 


கொங்கணிக்கு இறுதி மரண தண்டனை என்பது இந்தியாவின் போர்த்துகீசிய பிரதேசங்களிலிருந்து கொங்கணியை வேரறுக்க முயன்ற விசாரணை ஆகும். போர்த்துகீசிய அதிகாரிகளுக்கும் உள்ளூர் மக்களுக்கும் இடையிலான தகவல்தொடர்பு மொழியான கொங்கனியின் பயன்பாடு மற்ற இந்து நடைமுறைகளுக்கு இடையில் மதவெறி என்று அறிவிக்கப்பட்டது. போர்த்துகீசியம் ஒரே மொழியாக அறிவிக்கப்பட்டது; பிரான்சிஸ்கன் சபைகளால் ஆதரிக்கப்படும் ஒரு நடவடிக்கை இது. இது அதிகாரப்பூர்வ தகவல்தொடர்புக்கான ஒரே மொழியாகவும், அரசாங்க வேலைகளுக்கு முன்நிபந்தனையாகவும் மாற்றப்பட்டது. 

1684 ஆம் ஆண்டில் ஒரு தேவாயாய ஆணை கொங்கணியில் இருந்து போர்த்துகீசிய மொழிக்கு மாற்றம் செய்யப்பட்டது. இந்த தோல்வியுற்ற மொழி கொள்கை 1761 ஆம் ஆண்டில் இராச்சிய அமைச்சர் (பிரதமர்) செபாஸ்டினோ ஜோஸ் தி கார்வால்கோ இ மெலோவால் ரத்து செய்யப்பட்டது. இது மார்க்வெசு தி போம்பல் என்று அழைக்கப்படுகிறது. நகரி மற்றும் கோய்கனடியில் கொங்கணி கையெழுத்துப் பிரதிகளும் இலக்கியங்களும் தீப்பிழம்புகளுக்கு இரையாகின. இது "வெல்கர்களின் வெற்றியாளர்களிடமிருந்து" கொங்கணியை அழிக்க வழிவகுத்தது. இருப்பினும், கொங்கணி இந்து பெரும்பான்மை "நோவர் வெற்றியாளர்களில்" தப்பிப்பிழைத்து , பிரகடனத்திற்கு எதிராக கொங்கணியை வீட்டில் உபயோகிக்கும் ஒரு மொழியாக தொடர்ந்து பயன்படுத்தினார். புனித இந்து நூல்களின் மராத்தி மொழிபெயர்ப்புகளையும் அவர்கள் பயன்படுத்தினர். இதைத் தொடர்ந்து இந்து கோவில்களில் பணியாற்ற மராத்தி பேசும் பிராமணர்கள் வந்தனர். வரலாற்றில் இந்த அத்தியாயம் கோவாவின் இந்து மக்களிடையே கொங்கணியின் நிலைக்கான போராட்டத்தில் ஒரு முக்கியமான நிகழ்வாகும். சரஸ்வத் பிராமணர்கள், கௌட் சரஸ்வத் மற்றும் பானப், தைவாஜ்னாக்கள், குடும்பிகள், கர்நாடகா, கேரளா மற்றும் மகாராட்டிரா ஆகிய நாடுகளுக்கு குடிபெயர்ந்த கத்தோலிக்கர்களிடமும் கொங்கணி உயிர் தப்பியது. போர்த்துகீசிய காலத்தில் கொங்கணி தனது தாயகமான கோவாவில் எந்த ஆதரவும் பெறவில்லை. அருட் தந்தை அக்னெலஸ் எப் எக்சு மாப்பி அவ்வப்போது எழுதிய புத்தகங்கள் 1622 இன் கொங்கணி இலக்கணம் பற்றிய புத்தகம் 1882 ஆம் ஆண்டில் அருட்தந்தை தாமஸ் இசுடீவன்சு ரோமானிய எழுத்துக்களில் வழங்கப்பட்டது. 

கொங்கணியை இலக்கிய மொழியாக புத்துயிர் பெறுவதற்கான முதல் முயற்சி மும்பையின் மானுடவியல் சங்கத்தின் முன்னாள் துணைத் தலைவரான இராவ் சாகேப் முனைவர் வி.பி. சவான் தனது கொங்கண் மற்றும் கொங்கணி மொழி புத்தகங்கள் மூலம் தேவநாகரி எழுத்துமுறையில் கொங்கணியை கொண்டு வந்தார்.

வரலாறு
இந்திய இணைப்பிற்குப் பிறகு கோவா
செனாய் கோயம்பாப்
போர்த்துகீசியத்திற்கு முந்தைய மற்றும் போர்த்துகீசிய கோவா