அதன்பின் சுமார் 100 ஆண்டுகள் கழிந்து, திருச்சிலுவைக் கோவிலை மீண்டும் பெரிய அளவில் கட்டி எழுப்புவதற்கான திட்டம் வகுக்கப்பட்டது. 1887-1897 காலத்தில் கொச்சி ஆயராக இருந்த யோவான் கோமஸ் ஃபெர்ரேய்ரா என்பவர் கட்டட வேலையைத் தொடங்கிச் செயல்படுத்தினார்.

ஆயினும், கோவில் வேலை ஆயர் மத்தேயு தே ஒலிவேய்ரா சேவியர் ("Bishop D. Mateus de Oliveira Xavier") காலத்தில்தான் (1897-1908) நிறைவுபெற்றது.

புதிய கோவில் 1905, நவம்பர் மாதம் 19ஆம் நாள் அர்ச்சிக்கப்பட்டு அர்ப்பணிக்கப்பட்டது.கோவிலை அர்ப்பணித்தவர் டாமன் ஆயராக இருந்த தோம் செபாஸ்தியான் ஹோசே பெரேய்ரா ("Bishop Dom Sebastião José Pereira") என்பவர் ஆவார்.

பெருங்கோவில் நிலைக்கு உயர்த்தப்படுதல்
கொச்சி மறைமாவட்டத்தின் தலைமைக் கோவில்
மறைமாவட்டக் கோவிலாக உயர்த்தலும், கோவில் அழிபடுதலும் (1558-1795)
இன்றைய கோவில் கட்டப்படுதல்: 1886