Ebul Fadıl Mehmet Efendi Camii; İstanbul Boğazı’nın Rumeli yakasında Tophane Kılıç Alipaşa Mahallesi Defterdar Yokuşu’na cepheli olarak Sultan II. Selim devri defterdarlarında İdris-i Bitlisi’nin oğlu Ebul Fadıl Mehmet Efendi tarafından inşa ettirilmiştir. Ebul Fadıl Mehmet Efendi, 1554 yılında Tophane’deki evinin civarında Mimar Sinan’a bir cami, bir mektep ve kendisi için de bir türbe inşa ettirmiştir. Bir hac yolculuğu esnasında Şam’da vefat ettiği için yaptırdığı türbe ve etrafındaki mezarlar Kılıç Ali Paşa Camii’nin haziresine nakledilmiştir.
1916 yılındaki Cihangir yangınında yanan cami, dört duvar ve mimarisi İle birlikte uzun yıllar öylece kalmıştır. 1936 yılında vakıflarca istimlak edilmiştir. Cami yeri yıllarca harabe kaldıktan sonra uzun müddet çay bahçesi olarak kullanılmıştır. 1991 yılında Beyoğlu Müftülüğü ve Türkiye Diyanet vakfı kanalıyla eski mimari üslubuna olarak yeniden inşa edilmiş 1994 yılı ramazan ayında ibadete açılmıştır. 890 metrekare arsa üzerine inşa edilen cami betonarme ve karkas yapı olup, 300 metrekarelik bir alana oturur. Cami duvarları kesme taş olup, tek kubbeli ve tek minarelidir. Minber, Mihrap ve Kürsü mermerdir.