От чего зависит сила взаимодействия белка с ДНК мотивом?
Мотив (молекулярная биология)
Лейциновая молния — характерен для димерных белков, связывающих ДНК. Лейциновая молния обеспечивает контакт двух мономеров белка за счёт гидрофобных взаимодействий[22][35]. Для него характерно наличие в каждой седьмой позиции остатка лейцина.
Цинковые пальцы — характерен для ДНК-связывающих факторов транскрипции[22][36];
Спираль-поворот-спираль — ДНК-связывающий мотив, именно такой ДНК-связывающий фрагмент у Lac-репрессора[22].
Гомеодомен — мотив, связывающий ДНК и РНК. У эукариот белки с гомеодоменами индуцируют дифференцировку клеток, запуская каскады генов, необходимых для образования тканей и органов. Похож на мотив «спираль-поворот-спираль», потому часто отдельно не выделяется[22][37].
Укладка Россмана — мотив, связывающий нуклеотиды (к примеру — НАД)[38]. Встречается, в частности, в дегидрогеназах, в том числе в глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназе, участвующей в гликолизе.
EF-рука — мотив, связывающий ионы Са2+, также подобен мотиву «спираль-поворот-спираль»[39].
Гнездо — три последовательных аминокислотных остатка формируют сайт связывания аниона[40].
Ниша — три последовательных аминокислотных остатка формируют сайт связывания катиона[41].
Бета-шпилька — два β-тяжа, соединённых коротким разворотом цепи белка[42].