Kỹ thuật tàu thuỷ là ngành công nghiệp then chốt phục vụ cho sự nghiệp công nghiệp hoá và hiện đại hoá đất nước. Năm 1997, ngành Thiết kế và Đóng thân tàu hệ chính quy lần đầu tiên được mở tại Phân hiệu Đại học Hàng hải. Lớp Thiết kế tàu thuỷ hệ chính quy lần đầu tiên của Khoa đóng tàu và công trình nổi được tuyển sinh năm 1997.- Ngày 10 tháng 5 năm 1999, Bộ môn Đóng tàu thuỷ& Công trình nổi được thành lập, đến tháng 9 năm 2001, Bộ môn Đóng tàu thuỷ& Công trình nổi được nâng cấp thành khoa Đóng tàu thuỷ& Công trình nổi.- Ngày 25 tháng 10 năm 2011, căn cứ quyết định số 484/ QĐ- ĐH GTVT, Khoa Đóng tàu thuỷ& Công trình nổi được đổi tên thành Khoa Kỹ thuật tàu thuỷ.