Edzard Schaper wurde als elftes Kind eines Militärbeamten in der Provinz Posen geboren.
Er wuchs in einer konservativen Familie auf und besuchte das Gymnasium in Posen. Nach dem Abitur studierte er Rechtswissenschaften an der Universität Breslau, wo er sich der katholischen Studentenverbindung K.D.St.V. Borussia