Dennoch verfügt Loch of Aboyne über eine recht umfangreiche Flora und Fauna.
Es beheimatet verschiedene Vogelarten, darunter den Kranich, den Weißstorch und den Fischadler, sowie verschiedene Fischarten wie Lachs und Forelle. Die Umgebung bietet auch Lebensraum für verschiedene Säugetiere wie Füchse und Has