Waldburg-Zeil derivò da una partizione del Waldburg-Wolfegg-Zeil.
Nel 1692, il conte Franz Egon von Waldburg-Wolfegg-Zeil divise il suo dominio tra i suoi due figli, creando così la linea di Waldburg-Zeil-Trauchburg e la linea di Waldburg-Zeil-Wurzach.