В целях обеспечения эффективности Нигерийский противоминный центр действует под строгим контролем министерства обороны.
Центр расположен в штаб-квартире министерства обороны в Абудже и подчиняется напрямую министру обороны. Это позволяет ему оперативно реагировать на угрозы безопасности и принимать решения в интересах страны.