清洲駅
駅構造
島式ホーム1面2線を有する地上駅である。駅舎は構内東側にあり、ホームとは跨線橋で連絡している。
これまでエレベーターやエスカレーター等は設置されていなかったが、ホーム・改札口間の移動をバリアフリー化するために、既存の跨線橋の北側に並行して新たな跨線橋および上下移動のためのエレベーターが計2基設置され、2010年2月より供用を開始した。既存の跨線橋にエレベーターを設置する工法は、橋の強度などの観点から問題があり構造上難しく、老朽化も目立っていることからと考えられる。また、旧来3両分の長さしかなかった上屋を4両分以上の長さに延伸する工事も同時に行われた。
稲沢市による駅前広場や駐輪場の整備を含めた西口設置構想も存在するが、実現には至っていない。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、尾張一宮駅が当駅を管理している。駅舎内部にはJR全線きっぷうりばや自動改札機、自動券売機などが置かれている。
貨物取扱
JR貨物の駅は現在、臨時車扱貨物のみを取り扱っており、貨物列車の発着は無くなっている。
最後まで使用されていた専用線は、稲沢線から分岐し、同線東側に沿って南下し電気化学工業名古屋サービスステーションへ続くものであった。この路線はセメント輸送に使用され、2007年12月現在も荷役設備と共に残っている。
1997年頃までは、本線東側の駅北側にあった秩父セメントサービスステーション（既に閉鎖）へ続く専用線も存在し、この路線もセメント輸送に使用されていた。また1984年頃までは、稲沢線東側に沿って南下し、枇杷島駅近くにある麒麟麦酒名古屋工場へ続く3kmほどの専用線もあり、原料の麦芽や製品輸送に使用されていた。