セブン-イレブン
日本国内の運営会社
イトーヨーカ堂の子会社・ヨークセブン（現：セブン-イレブン・ジャパン）がアメリカのSouthland Corporation（サウスランド社/現：7-Eleven, Inc.）からライセンスを取得して、日本で事業を開始した。当時、イトーヨーカ堂社内では日本におけるコンビニ事業の将来性に懐疑的であったがこれを推進した鈴木敏文が失敗時には自己が保有するイトーヨーカ堂の株式で穴埋めをすることを条件に、イトーヨーカ堂のオーナーである伊藤雅俊の了解を取り付けた。
その後、アメリカ合衆国との商習慣や食習慣の違いから、そのままでは通用せず、次第に日本の市場にローカライズしていった。おにぎりや弁当の販売、POSシステムの導入、メーカーとの提携による独自商品の開発、店舗周辺の住民構成やその日の天候・近隣の学校のイベントなどに合わせた、きめ細かい売場構成を行うなど、需要の開拓や流通効率性の向上に努めて高収益を維持している。
こうして、元々アメリカで誕生したセブン-イレブンの業態は、日本市場で独自の発展を遂げた。1991年（平成3年）には、当時経営に行き詰まっていたライセンス元のサウスランド社を逆にイトーヨーカ堂およびセブン-イレブン・ジャパンが、買収・子会社化した。そして短期間に奇跡的な業績回復をみせ、アメリカ合衆国で大きな話題となった。
7月11日はセブン-イレブンの日である。全国でセブン-イレブン店のオーナー、従業員、本部社員が店舗周辺を一斉清掃する日になっている。ちなみに11月7日にも清掃活動を行い、年2回行っている。
2005年（平成17年）11月よりポール看板が、イトーヨーカ堂と同じくセブン&アイ・ホールディングスのシンボルマークに変更された。
また、旧看板は海外の店舗とは多少異なる。海外の店舗は四方緑に囲まれているが、日本の旧看板は上の部分に緑の部分がない。
店舗展開
セブン-イレブンは日本のコンビニエンスストアチェーンの草分け的な存在で、2019年（平成31年）3月末時点で全国20,904店舗と、日本で最大の店舗数を持つ。また大手コンビニエンスストアチェーンのなかで、1店舗あたりの販売額が最大である。さらに販促施策の一環として、各メーカーと協力して「セブン-イレブン限定商品」の販売や新製品の先行販売を行うこともある。
ドミナント戦略と呼ばれる「特定の地域へ集中的に出店する」ことにより物流、広告、店舗指導その他で効率向上を狙った戦略を基に店舗展開を行っているため、店舗数は日本一であるものの（特に2000年代初頭までは）店舗数に対し未出店の地域がかなり多く、そのために三大都市圏の一つである名古屋ですら、21世紀に入るまで出店は無く（愛知県への初出店は2002年（平成14年）7月12日）、大阪への出店も1991年（平成3年）3月と比較的遅かった。なお、この「ドミナント戦略」については、会長兼CEOの鈴木敏文も「セブン-イレブンの競争力は突き詰めるとドミナント戦略に行き着く」と豪語しているほどである。
一方で、2000年代後半以降（特に北陸地区への展開が開始された2009年以降）は都市部における店舗数の飽和などもあり、未出店地域への展開も積極的に行われている。実際に、中京地区への出店前の2001年（平成13年）6月時点で18県、北陸地区への出店前の2009年（平成21年）1月時点で13県あった未出店地域（都道府県）は、2015年（平成27年）10月時点で沖縄県のみとなった。
沖縄県については2016年（平成28年）6月29日、2〜3年以内を目標に出店する意向であることが報じられた。さらに2017年（平成29年）6月9日には、2019年度を目処に出店を開始するという公式発表が行われ、出店に向けて同年10月25日、那覇市に当社子会社の現地法人「セブン-イレブン・沖縄」を設立した。その後、2019年（令和元年）7月11日に沖縄県内初の店舗が複数同時に開店し、ローソン（1997年）、ファミリーマート（2006年）に次ぐ、47都道府県全てに出店するコンビニエンスストアとなった。
2000年代末期以降の未出店地域への展開
北陸3県では、2009年（平成21年）1月23日に富山県と福井県、さらに12月4日には石川県内に出店。北陸3県全体として、3年間で約200店舗の展開を目指している。石川県への出店に先立ち、同県白山市にて配送拠点となるわらべや東海の北陸工場が12月2日より稼働を開始した。なお、同工場の稼働まで福井県の店舗は愛知県の配送網、富山県の店舗は新潟県の配送網をそれぞれ使用していた。
山陰地方では、2009年（平成21年）2月に島根県への出店を開始した。進出開始当初は隣接する広島県の配送網から商品配送を受けているため、県西部（浜田市・江津市）のみの出店（広島地区事務所が統括）に留まっていたが、後述する鳥取県への進出に伴い、松江地区事務所を設置し、2015年（平成27年）10月16日に松江市など県東部にも進出した。また鳥取県については、2015年4月2日の記者会見で同年10月にも出店を開始することが発表され、10月30日に出店が開始された。松江地区事務所が統括する島根県東部・鳥取県西部の店舗の商品は隣接する岡山県・広島県・香川県・兵庫県などから配送し、2020年（平成32年）度を目処に島根県で約70店舗、鳥取県で約50店舗の展開を目指している。鳥取県も進出開始当初は配送網の関係から県中西部（米子市〜琴浦町）のみの出店となっていたが、県東部の鳥取市にて2017年（平成29年）5月に初のオーナー説明会を開催しており、同年11月17日に出店が開始された（これによりこの時点で沖縄県を除いた県庁所在地への進出を達成）。なお、県東部の店舗（こちらも松江地区事務所が統括）の商品は隣接する兵庫県・大阪府・京都府・滋賀県・岡山県などから配送している。
九州で唯一出店していなかった鹿児島県は、2011年（平成23年）3月25日に霧島市と曽於市に計4店舗出店したのを皮切りに、同年6月16日には鹿児島市内にも3店舗出店。3年間で約200店舗の展開を目指している。商品配送については当初、熊本県および宮崎県の工場及び配送センターを活用していたが、2013年（平成25年）6月末、姶良市加治木町に工場及び配送センター（デリカフレンズ鹿児島工場）が完成し、同年8月19日より稼動を開始した。物流上、宮崎県串間市の店舗は鹿児島県に進出した後に出店した。なお、同県への出店に関しては南国殖産が1990年代後半にセブン-イレブンとしてのコンビニ事業進出を模索していたが、当時のセブン-イレブン側が慎重な姿勢を示し、最終的に南国殖産はサンクスアンドアソシエイツ（当時）との合弁で南九州サンクス（同社は2013年にローソンの完全子会社へ事業譲渡）を設立した経緯がある。なお、九州地方にも属する沖縄県については前述の通り、2019年（令和元年）7月に進出を開始している（これにより全都道府県への進出を達成）。
東北地方では秋田県と青森県の2県が未出店地域となっていたが、2010年代に入ってからそれぞれの県で出店を果たしている。まず秋田県において2012年（平成24年）5月31日、横手市と美郷町に計3店舗出店し店舗展開を開始した。岩手県・宮城県・福島県・新潟県からの商品供給となるため、県南地区からの出店となったが、2013年（平成25年）3月28日には秋田市に5店舗出店したのを皮切りに、県央地区への出店も開始した。2012年の出店開始当初は2015年（平成27年）2月末までに秋田県内で100店舗（12年度20店舗、13年度40店舗、14年度40店舗）の展開を目指すとしていたが、商品供給網の都合により県北地区への出店は予定されていなかった（ただし、将来的に秋田県内に専用工場が建設されれば、同県北部への出店の可能性もあり得るとしていた）。しかし、後述の岩手県北上市の新工場の完成後は、東北自動車道から近い大館市や鹿角市への出店も開始しており、2019年（令和元年）7月時点で能代市などを除く県北部への進出を果たしている。また前述の秋田県への出店開始時には「青森県への出店は白紙である」としていたが、2014年（平成26年）10月31日の記者会見で、岩手県北上市の提携先専用工場が翌2015年（平成27年）5月に稼動を開始することを機に、青森県への出店についても同年夏より岩手県境に接する八戸市周辺から開始することが発表された。同工場は2014年7月に着工したが、その際にセブン-イレブンの古屋一樹副社長（当時）は「配送体制の充実で岩手県に300店舗、秋田県に200店舗の展開を目指す」と述べた。その後、2015年5月25日に工場が完成し稼動を開始。青森県に商品を届けることが可能と判断し、同年6月12日に行われた県内5市1町計8店舗の出店を皮切りに店舗展開を開始した。同県では2017年（平成29年）度を目処に約100店舗の展開を目指している。
四国4県（愛媛県、香川県、徳島県、高知県）においては長らく市場の規模の小ささなどから出店を見合わせていたが、今後は四国地方にも進出することが2012年（平成24年）9月9日に発表された。そして2013年（平成25年）3月1日に、香川県の高松市・坂出市・直島町に計8店舗、徳島県徳島市に6店舗出店したのを皮切りに、両県のサークルKサンクスのサンクスブランド・エリアフランチャイザーであったサンクスアンドアソシエイツ東四国（サンクス東四国、現：アイル・パートナーズ）がセブン-イレブンに鞍替えし、2013年3月〜5月にかけて91店舗を転換した（これに先立ち、2013年2月7日にサンクス東四国とセブン-イレブンジャパンがフランチャイズ契約を締結している）。なお、サンクス東四国からの転換分には同業他社が出店していない小豆島や直島の店舗も含まれている。これと並行して残る2県での自前店舗の新設も進めており、2014年（平成26年）3月1日には愛媛県の松山市・新居浜市に計3店舗、翌2015年（平成27年）3月6日には高知県高知市に3店舗を出店し、両県での店舗展開を開始した。2018年（平成30年）度を目処に四国4県で約590店舗の展開を目指している。また、四国内の工場稼働までは岡山県や兵庫県などから商品を配送していたが、香川県坂出市にてわらべや関西の香川工場が2013年12月23日より稼働を開始、さらに愛媛県新居浜市にてプライムデリカの新居浜工場が2014年4月7日より稼働を開始した。
未出店地域
前述の通り、2019年7月時点で日本の全都道府県への進出を達成しているが、その一方でドミナント戦略（配送網の状況等含む）による未出店の市町村も一定数存在する。
東北地方では秋田県北西部の能代市や岩手県東部（三陸地方）の久慈市、宮古市などが現状未出店となっている。また、2015年（平成27年）6月に進出を開始した青森県でも津軽半島北部やむつ市などがある下北半島、県西部の日本海側などが未出店地域となっている。
北陸地方の福井県では、小浜市などがある若狭地方への出店が行われていない。また、近畿地方北部の日本海側では兵庫県の但馬地方に進出しておらず、京都府の丹後地方でも舞鶴市以外は未出店となっているのが現状である。さらに、同地方（紀伊半島）の南部においても未出店の地域が多く、奈良県は五條市、和歌山県は田辺市が南限となっており、両県とも県東部および南部の大部分には出店していない。三重県では、これまで出店のなかった県西部・伊賀地方にも2017年（平成29年）5月に進出しているが、県中部は松阪市、東部は伊勢市が南限となっており、東紀州や伊勢市を除く南勢地方など県南部への進出は現状行われていない。
山陰地方のうち、2015年（平成27年）10月に進出を開始した鳥取県は当初より出店地域となっていた県西部だけでなく、県東部の鳥取市にも2017年（平成29年）11月に進出、さらに県中部の倉吉市も2018年（平成30年）9月よりオーナー説明会開催し、倉吉駅構内のデイリーイン（同ブランド最後の店舗）を同年12月にセブン-イレブンブランドへ転換しているが、同県と同じ時期に進出を開始した島根県東部地域は松江市や出雲市で新規出店を続けているものの、その南側にある雲南市や県中部の大田市などへの出店が現状行われていない。
また四国のうち、2015年（平成27年）3月に進出を開始した高知県では高知市とその周辺地域への出店を優先させているため、県西部（四万十市・宿毛市など）や東部（安芸市や室戸市など）には未だ進出していない。
この他、鹿児島県でも物流の関係上、北薩地方（薩摩川内市・さつま町および伊佐市を除く地域）や離島部（西之表市・奄美市など）には出店していない。さらに、北海道でも2008年（平成20年）8月に根室市への出店を果たしたものの、宗谷総合振興局（稚内市など）管内には進出しておらず、上川総合振興局管内の美深町が国内最北となっているなど、未出店地域は各エリアに少なからず残っている。
鉄道各社との提携・連携
駅ナカ事業としては、2009年（平成21年）9月30日に京浜急行電鉄と業務提携による事実上のフランチャイズを行い、京急ステーションコマースが運営する京急線各駅の売店をすべてセブン-イレブンに転換することが発表された。さらに2013年（平成25年）10月30日には新京成電鉄とも業務提携を行い、スタシオン・セルビスが運営する新京成線各駅の売店の転換を発表。ただし、新京成線には売店が閉店した駅もあり、その駅においても展開するかは言及されていない。中小では、江ノ島電鉄の鎌倉駅構内に「ミニ・セブンイレブン」があり営業時間が7時〜20時と変則的になっている。交通系電子マネーとしては、PASMOが導入されることになった（2013年3月23日からは「全国相互利用サービス」対応の各IC乗車カードも利用可能。詳細後述）。また、2010年（平成22年）10月16日より北海道キヨスクとも業務提携を行い、同社が札幌エリアで運営する北海道旅客鉄道（JR北海道）及び札幌市交通局主要駅のコンビニをセブン-イレブンに転換している。
2014年（平成26年）からは、西日本旅客鉄道（JR西日本）グループとの提携により、同社主要駅構内の売店（キヨスク）を「セブン-イレブン Kiosk」に、主要駅構内のコンビニ型店舗（ハート・イン及びデイリーインなど）を「セブン-イレブン Heart・in（ハートイン）」にそれぞれ置き換えることとなり、それによる約500店舗のリニューアルが5年かけて順次進められている。さらに2015年（平成27年）からは、四国旅客鉄道（JR四国）グループとの提携により、同様に駅構内店舗（キヨスク及びビッグキヨスクの計36店舗、デイリーインの一部）の「セブン-イレブン Kiosk（キヨスク）」への置き換えが順次進められている。
クレジットカード決済
2010年5月31日までは、東京ミッドタウン店・神戸大学工学部店を除き、クレジットカード決済は非対応だった。しかし、同年6月1日からは、全店舗でアイワイカード（JCB・VISAとも）、およびJCBブランドの各社のカード（提携カードを含む。一部のカードは除く。）の2種類より、利用が可能となった。
同年9月13日からはVISAカード、マスターカード、アメリカン・エキスプレスカード、ダイナースクラブカードの利用も可能になった（一部のカードを除く）。
海外発行カードは使用できなかったが、2012年12月17日午前10時より海外発行のクレジット（デビット）カードも使用できるようになった。
バーコード決済
2019年7月1日から自社のバーコード決済サービス「7pay」並びにPayPay、メルペイ、LINE Pay、Alipay、WeChat Payの国内外5種類のバーコード決済に対応すると発表した。しかし、「7pay」開始2日後の7月3日、「7pay」の大規模な不正利用が発覚し、サービスの制限を開始。7月4日にはすべてのチャージを一時停止。7月30日には利用者全員の7iDパスワードを一斉リセットするなどの措置を講じたが、ついに9月30日をもって「7pay」のサービスを廃止することを決定した。
2019年10月1日からd払い、auPAY、楽天ペイ、ゆうちょPayにも対応する予定。
コンビニATM
コンビニATMはセブン銀行のATMをほぼすべての店舗に設置している。他のコンビニエンスストアチェーンがATM管理受託会社によりATMを運営しているのに対し、セブン-イレブンは新たに銀行子会社を設立し、その出張所という形でATMを設置している。電子マネー「nanaco」チャージへの対応などセブン-イレブンとのサービス連携も行っているが、銀行法の関係で店員はATMに関する対応を行うことができない。
東日本大震災にともない、セブン-イレブンでは新しい試みとして、「セブン銀行ATM移動車」を2011年5月21日から宮城県の一部エリアで展開することになった。
Wi-Fi
2012年12月1日から、公衆無線LAN接続サービスのセブンスポットを東京都区部から全国展開を開始した。
セブンスポットでは、ブロードバンドインターネット接続ができる。ウェブブラウザからは1回につき最大60分間となり、1日につき3回まで接続可能だが、公式アプリからは無制限で接続可能。接続するには7idを登録必要がある。
国際的展開
2018年（平成30年）現在、セブン-イレブンは16の国と地域にコンビニエンスストアチェーンを運営する国際集団である。全世界の店舗数も2017年（平成29年）3月末現在で6万店を突破し、チェーンストアとしては店舗数が世界で最も多い。
アメリカ法人の子会社化
1991年（平成3年）には、本家アメリカでセブン-イレブンを展開していたサウスランド社が経営に行き詰まってしまう。そこでイトーヨーカ堂とセブン-イレブン・ジャパンが支援のためにサウスランド社を子会社化（7-Eleven, Inc.に社名変更）し、日本流のコンビニ商品管理システムの導入などで経営を立て直した。
持株会社制に移行した2005年（平成17年）9月には、7-Eleven, Inc.の完全子会社化を決定。セブン-イレブン・ジャパンの完全子会社IYG Holding Co.（アメリカ・デラウェア州法人）を通して、株式公開買い付け (TOB) を9月6日から実施。7-Eleven, Inc.の経営陣の同意を得ていなかったため、買い付け条件が不十分との難色を示されてTOB価格の15%引き上げや期間延長を余儀なくされるなどしたが11月9日にTOBは終了し、95.4%の株式を取得。テキサス州法に基づく略式合併（残存株主に金銭交付）により、一旦セブン-イレブン・ジャパンの直接の完全子会社となっている。
その後、セブン-イレブン・ジャパンは完全子会社（アメリカ・デラウェア州法人）としてSEJ Service LLCとSEJ Finance LLCの持株会社2社を設立してIYG Holding Co.の株式をそれぞれ60%と40%保有させている。
台湾
中華民国（台湾）では、1978年4月に統一企業が1億9千万台湾元を出資して統一超級商店を立ち上げ、1979年5月に台北市、高雄市、台南市で同時に14店舗をオープンさせた。
7年連続で赤字を出すなど不振もあり、1987年に統一超商として再建された。1994年7月に1,000店舗、1999年に2,000店舗を突破し、2000年4月20日に米セブン-イレブンと永久ライセンス契約を結ぶ。以来、2019年3月末時点で5,443店舗が営業中である。
2004年からはオリジナルのプリペイドカード（接触型ICカード）「icash」が発行され、その後は非接触型の「icash悠遊カード」や「icash2.0」、「悠遊カード」、「一卡通」に対応している（後述）。日本同様、コピー機と連動したマルチメディア端末「ibon」が2006年より導入されており、コピーやプリントの他、税金、携帯電話やネットオークションの決済、一部地域ではタクシーの呼び出しも可能となっている。さらに公演チケットや、高鉄を含む鉄道・高速バス等も、直接購入、あるいは予約後の発券が行われている。多くはibonから印刷された紙をレジへ持ち込み、支払うことで完了または発券される（クレジットカードで支払済の場合は手数料のみ）。また、関東煮（おでん）や焼き芋の調理販売や、コーヒーマシン（CITY CAFE）での飲料販売も多くの店舗で行われている。
マスコットとしてOPENちゃんがいる。これはセブンイレブン以外の統一企業グループ各社や、統一超商が進出した各地のセブンイレブンでも用いられている。
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香港
香港では「七仔」、広東語でセブンとなる「些粉」、あるいは「七十一」という。1981年4月3日にディリー・ファームがライセンスを得てオープンし、2004年9月には1.05億香港ドルで南華早報グループを買収し、シェア3位のデイリー・ストップ87店舗を傘下に収めた。2009年12月時点で963店舗が営業中。店舗数2位のOK便利店は289店舗であり、圧倒的シェアを誇る。八達通で支払うと値引きされるため、交通機関以外の最も大口の利用先となっている。
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韓国
韓国では、1988年にコリアセブンが設立され、1989年にソウル特別市松坡区オリンピック選手村アパート商店街に、韓国初のコンビニエンスストアとして第一店が開店した。1994年にロッテショッピングが取得。1997年にロッテショッピングからロッテリア韓国法人に吸収、1999年にロッテリアから独立しロッテグループの系列会社コリアセブンとなった。2010年には、中堅のコンビニBuyTheWayを買収した。しかしCU（元のファミリーマート）、GSグループ系列のGS25に押されて、日本や台湾のようなシェアを獲得していない。2019年3月末時点で9,485店舗が営業中。
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中国
中華人民共和国では「七-十一」という。セブン-イレブン・ジャパンの子会社であるセブン-イレブン北京有限公司が2004年4月15日北京市に、2009年9月17日天津市にそれぞれオープンして展開し、セブン-イレブン成都有限公司が成都市に展開している。他の地域では、広東では香港で展開するディリー・ファームが、上海市では台湾で展開する統一超商が展開している。全て合わせて、2019年3月末時点で2,892店舗が営業中。
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タイ
タイでは、CP ALL Public Company Limited がフランチャイズしている。2019年3月末時点で11,299店舗あり、日本に次いで店舗数第2位である。
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シンガポール
シンガポールでは、香港で展開するディリー・ファームが展開している。1983年6月チャンギロードにオープンして以来、2019年3月末時点で398店舗が営業中。EZ-link などで決済できる。サンドイッチのような調理済み食品は大部分がマレーシア製。
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マレーシア
マレーシアでは、ブルジャヤ（Berjaya）・グループ傘下の7-Eleven Malaysia Sdn. Bhd が展開している。1984年10月にクアラルンプールのジャラン・ブキッ・ビンタンでオープンし、2008年10月に記念すべき1,000店舗目がスランゴール州バンダル・サンウェイにオープンした。2019年3月末時点で2,311店舗が営業中。
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現在
2010年代はセブン&アイのサウンドロゴとザ・タイマーズの「デイ・ドリーム・ビリーバー」を使用している。2016年1月からは冬季間は高梨沙羅応援CMも放映される。
過去
2000年代までは「あいてて良かった!（1980年代まで）」「おいしいぞ、セブンイレブン（1980年代・食品のみ）」「セブンイレブン、いい気分!（2000年代まで）」などを使用していた。」また、「セブンイレブン、いい気分!」のサウンドロゴは複数のバリエーションがあった。
経営手法
顧客のニーズを本部のネットワークでいち早く察知し、店舗で売る商品をメーカーや取引先に発注するシステムを構築することで売上げの機会を逃さない、廃棄ロスを気にせずに顧客の購入機会を失うことがないように徹底した店舗管理を実践しているとされる。セブン-イレブンが目指すのは「売れ残ってでもいいから、品物を売り切れ状態にするな」という考え方であり、廃棄ロスよりも機会ロスの最小化を目指しているという。
この方針は、セブン本部を成長させた原動力になっているが、一方で加盟店にとっては非常に厳しい現状となっている。それは商品の「廃棄ロス」分のロイヤリティを加盟店側が負担する取り決めになっているためで、通常、一般的な会計では「廃棄ロス」は売上原価に計上され粗利が減り、本部に払うロイヤリティは減少する。廃棄すれば仕入れ金額はその分膨らむが、一方ロイヤリティは払う必要がない。しかし、セブン-イレブンに限らずコンビニ業界では「廃棄ロス」を営業費用に含める習慣を採用しており、売れ残って廃棄された商品分のロイヤリティを本部に支払う必要がある。本部が「機会ロス」を最小限に抑制すればするほど、加盟店の発注は増え、売れ残ろうが廃棄されようが、本部の利益だけは確実に増大する。加盟店は「廃棄ロス」を出せば出すほど、大きな出費となり、公正取引委員会が2009年に実施した調査では、廃棄額は1店舗あたり年平均530万円ほどであった。2012年10月末現在の国内店舗数は14,662店であるため、1日に2億円強、年間では770億円を超える商品が廃棄されている。
会計の専門家の間からも、こうしたマイナスからプラスを生む「ロスチャージ会計」には疑問が唱える声が多い。税理士資格も有する北野弘久日本大学名誉教授は「セブン-イレブン会計マジックを糾す」という論文の中で、セブンイレブン方式では各店舗の経営が「赤字」になってしまうことを指摘している。北野は、豊田商事の被害者弁護団長をつとめたが、「コンビニの優良企業といわれるセブン-イレブンの詐術は、豊田商事以上であるという感を深くしている」と論評しようとしたが、印刷直前に掲載情報を入手したセブン-イレブン幹部社員による毎日新聞社への抗議で、その部分は削除された。
ロスチャージ裁判
ロスチャージとは、賞味期限切れで廃棄された商品に対して、売り上げが有ったものとして粗利を算出し、この粗利に基づいて加盟店がロイヤリティを支払う取り決めである。このことが詐欺に当たる不当請求だとして、加盟店側がセブン-イレブン本部を訴えた。しかし、加盟店が自己の責任において商品の仕入れを行っていることを理由として、加盟店側の訴えは退けられている。
一般会計上基準ではこの様な算定がされていなかったり、本部側の契約書に記載がない事が裁判での争点となっている部分だけ最高裁まで争われたが、契約書や事前説明で認識できると加盟店の敗訴が確定した。
セブン-イレブン本部が発足してからの20数年で、少なくとも30件以上の裁判が提起された。そのすべてがセブン-イレブン本部勝訴となり、上告されることもなく地方裁判所で終結している。ごく一部に高等裁判所で係争することもあったが、多くの事例でセブン-イレブン本部勝訴となった。商品の注文量について本部側のスタッフ側の強い指導により、加盟店側が注文量を加減するのが難しいことも争点とされていた。2005年（平成17年）2月24日、東京高等裁判所で加盟店が初めて勝訴したが、この裁判は最高裁判所で2007年（平成19年）6月に判決が下され勝訴が取り消された。
見切り販売独禁法違反事件と損害賠償訴訟
セブン-イレブン・ジャパンがフランチャイズ加盟店に対し、売れ残った弁当などの値引きを制限している独占禁止法違反（不公正な取引方法）の疑いがあるとして、2008年（平成20年）10月から、公正取引委員会が調査を進めていたことが2009年（平成21年）2月に判明した。調査は「本部の優越的地位の濫用があったかどうか」について行なわれたが、2月の報道以降値下げを始めた複数のオーナーは廃棄が減って利益が増えたとしている。2009年5月、公正取引委員会は優越的地位を利用してこうした見切り販売制限を行なうことは、独占禁止法に違反するとして排除措置命令を出す方針を決めたと報じられた。
2009年（平成21年）6月22日、公正取引委員会はセブン-イレブン・ジャパンに対し排除措置命令を出した。公取委の命令によると、加盟店に対して弁当などの「見切り販売」をした加盟店に対し、本部側の担当者らが契約の更新ができないなどと言うことで見切り販売を制限したが、これは「優越的な地位の濫用」にあたると認定した。廃棄分の原価は加盟店側が負担する会計方式では値引き販売ができないと加盟店の負担は大きくなり、捨てることになる弁当などが、現状で1店舗あたり年平均約530万円に達していることも指摘して、公取委がセブン側に見切り販売の際のマニュアル作成を求めているという。この廃棄分は全店舗では年に600億円にのぼる。なおセブン-イレブン以外でも値引き制限があるとして、複数の他チェーンオーナーが公取委に申告したとされる。
排除措置命令をうけた翌6月23日、セブン-イレブン・ジャパンは売れ残った弁当などの廃棄損失の15%分を本部が負担すると発表した。
しかし本件については、不当な見切り販売制限による損害を3000万円とし賠償を本部に求めた裁判を8月に福島県内のオーナーが起こした。また本部は7月以降値引き販売をしている複数の店主に、会計や本部への不信感を生じさせるマスコミへの取材協力・値引きを利用した不正行為等の理由により契約解除を通告したり、解除を示唆し、一部の店主らは「値引き販売への報復」と反発している。
他、弁当などの値引き販売を実施したことに対し、本部が契約解除などをチラつかせるなど圧力をかけたとして、2010年（平成22年）9月15日に福岡地裁は、加盟店の元店長の訴えを認め、本部の行為が独占禁止法違反に当たるとして、賠償を命じる判決を言い渡した。値引きの制限を明確に独禁法違反と認定するのは、これが日本国内初の事となった。
2014年（平成26年）10月、加盟店側が損害賠償を求めた裁判が、2009年（平成21年）に東京高裁で起こされた、裁判の最高裁での上告審の結果、見切り販売の妨害は「独占禁止法違反」であるとして、会社側から加盟店に対して、1140万円の支払いが命じられた第一審の判決が確定した。
上記の事柄を理由として株式会社セブン-イレブン・ジャパンはブラック企業大賞2015を受賞している。
請求書引渡等請求事件 「ピンハネ疑惑事件」
本件は加盟店がセブン本部に仕入れ値の開示を求めている問題である。
「セブンイレブン本部側は、加盟店の仕入れ代行業務を行っているのみで、その仕入れ先より仕入れた原価の伝票は、本来、加盟店が管理するものであり、セブンイレブン本部が、仕入れ伝票を管理者である加盟店の店主に、開示しないのは、ピンハネも出来る異常な状態である」として加盟店主・元加盟店主がセブンイレブン本部に対して開示を請求する訴訟を起こした。
これに対し、一審、二審は請求を棄却した。しかし、最高裁第二小法廷（古田佑紀裁判長）は、2008年（平成20年）7月4日に、「仕入れ代金の支払い内容を報告する義務がある」との判断を示し、「報告義務はない」とした二審・東京高裁判決を破棄し、具体的にどんな内容を報告する義務があるかを審理するため東京高裁に差し戻した。これを受け、2009年（平成21年）8月25日、東京高等裁判所は開示を命じる判決を出した。
福井豪雪での営業継続強要問題
2018年2月の福井豪雪で、豪雪に見舞われた福井県北部のセブン-イレブンの店舗を経営する男性が、本部に休業を申し入れたものの、本部からは認められずに営業継続を要求された。この男性は、契約解除を恐れて仕方なく営業を続け、その結果として約50時間に亘って勤務させられたとして、「コンビニ加盟店ユニオン」に報告。その後、本部の担当者が店舗を訪れ謝罪したという。
下請け業者に対する不当な減額
プライベートブランドの弁当類や加工食品の製造委託を受けていた76社に対し、商品案内のカタログ作成代や「新店協賛金」の名目で新規出店や改装オープンでの値引き額の一部を補填させ、2015年9月から翌年8月までの約1年間で計2億2750万円を下請代金から不当に減額していたとして、2017年7月21日に公正取引委員会から下請代金支払遅延等防止法違反で再発防止の勧告を受けた。
短縮営業に対する契約解除と違約金請求問題
大阪府東大阪市のセブン-イレブンの店舗を経営する男性が、人手不足を理由として2019年2月から1日19時間の短縮営業に踏み切ったところ、本部から契約解除と約1700万円の違約金を請求された（後に契約解除や違約金請求は撤回された）。これを機にコンビニの24時間営業の是非がクローズアップされ、セブン-イレブンを始めとするコンビニ各社で時短営業実験の開始や加盟店への支援サポート強化を表明するなどの契機となった。
セブン本部社員による無断発注事件
セブン-イレブン・ジャパン本部の社員が2019年8月にアドバイス名目で店舗を訪れ、事務所の端末を使用しおでんを無断で発注、気づいたオーナーが注文を取り消す事件が発生した。京都府の店舗では本部社員が酒や栄養ドリンクなど計15万円相当の商品の無断発注を行った。また別のオーナーは不在時を狙われ季節商品を無断で大量発注されたと話をしている。これにより2019年9月11日、宮城、千葉、東京、京都、大阪の5都府県のセブン店舗オーナー5人が独禁法違反にあたるとし、公正取引委員会に一斉に申告した。セブン本部によると「発注はオーナーに権限がある」としており、セブン-イレブン社員による無断発注は懲戒処分の対象となる違反行為である。