溝口駅
駅構造
相対式ホーム2面2線を持つ、交換設備を備えた地上駅。配線は一線スルー化されておらずY字分岐となっているため、発着ホームは方向別で分けられている。駅舎は寺前方面行きホーム側にあり、反対側の姫路方面行きホームへは跨線橋で連絡していたが2016年4月より姫路方面行きにも請願改札口が設けられ跨線橋を渡らずとも姫路方面へ連絡が可能となった。なお、請願口改札口にも自動券売機（UT-50型）が設置されている。
福知山支社管内にありながらジェイアール西日本交通サービス受託の業務委託駅であったが、2005年（平成17年）10月改正からJR西日本福知山メンテックに移管された。福崎駅が当駅を管理する。みどりの窓口が設置されている。
駅周辺
2003年以降、2006年に開催されたのじぎく兵庫国体に向けた道路開発とともに駅周辺の開発が急ピッチで進み、駅の前に公園が造成されている。
出勤ラッシュ時になると大変な混雑を見せていた、国道312号線に通じる県道410号線は、中寺小学校西側の信号を基点に新たに片側1車線の新道が作られている。この新道は溝口駅のやや南で線路と立体交差しており、踏み切り待ちで発生していた渋滞の緩和の効果が期待される。