ゴッタルド (列車)
チザルピーノ以降
1997年の夏ダイヤ（6月1日改正）から、チューリッヒ - ミラノ系統でも振り子式電車によるチザルピーノが一日2往復運転されるようになった。このダイヤ改正から同区間の元ゴッタルド、ティチーノなどであったインターシティは列車名を名乗らなくなった。チューリッヒ - ミラノ間の所要時間は3時間40分となり、インターシティと比べて48分短縮された。
チザルピーノはその後増発されて1998年冬ダイヤ（9月27日改正）では4往復となった。うち2往復はシュトットガルトまで、1往復はフィレンツェまで延長されていた。このほかチューリッヒ - ミラノ間には4往復のインターシティも運行されていた。
2005年冬ダイヤ改正（12月11日）ではチューリッヒ - ミラノ系統の客車列車のインターシティもチザルピーノ社による運行となり、ユーロシティに種別を変更した。2006年冬改正（12月10日）ではチザルピーノのシュトットガルトへの乗り入れが打ち切られ、2007年冬改正（12月9日）ではレッチュベルクベーストンネル開業に伴う運用の変更で振り子式電車のチザルピーノが増発された。
2009年にチザルピーノ社は解散し、同年冬ダイヤ改正（12月13日）からチューリッヒ - ミラノ系統の列車はスイス連邦鉄道とトレニタリアの運行するユーロシティとなった。
ユーロナイト「ゴッタルド」
1997年冬ダイヤ改正から、チューリッヒ - ローマ間をゴッタルド鉄道トンネル経由で結ぶ夜行列車ユーロナイトが「ゴッタルド」を名乗るようになった。これはスイス各地とローマを結んでいた多層建て列車であるユーロナイト「ローマ」のうち、チューリッヒ発着編成を分離して独立した列車としたものである。このときのゴッタルドにはチューリッヒ - ヴェネツィア間の客車も連結されていた。
2003年5月18日には、チューリッヒ発着編成は再びローマと統合され、ゴッタルドの名は消滅した。ローマは2006年冬改正（12月10日）で「ルナ」と改名され、2009年冬改正（12月13日）で廃止された。
現況・将来
2010年 - 11年冬ダイヤにおいては、チューリッヒ - ミラノ間には一日7往復のユーロシティが2時間間隔で運行されている。
アルプトランジット計画の一環として、ゴッタルド峠ではゴッタルドベーストンネルの建設が進められており、2017年に開業する予定である。同じく建設中のツィンメルベルクベーストンネル（チューリッヒ - ツーク間）およびチェネリベーストンネル（ベッリンツォーナ - ルガーノ間）と合わせると、チューリッヒ - ミラノ間の旅客列車の所要時間は2時間40分にまで短縮されると見込まれている。さらにこれらのトンネルの間についても高速化の構想があり、実現すればチューリッヒ - ミラノ間は1時間30分となる。
客車・機関車
脱線事故の後、1994年8月8日からゴッタルドは電気機関車牽引の客車列車となった。途中キアッソでスイス国鉄とイタリア国鉄の機関車の交換を行なった。
1995年夏ダイヤ改正（5月29日）からは、ゴッタルドにはスイス国鉄の一等展望車が連結された。
チザルピーノ
1997年からゴッタルド系統でもETR470電車によるチザルピーノの運転が始まった。ETR470は9両固定編成（一等車3両、食堂車1両、二等車5両）で、車体傾斜機能を持ち曲線の通過速度が向上している。電化方式は交流15kV 16 2/3Hzと直流3000Vの二通りに対応する。
2009年に運行を始めたETR610電車は2012年からゴッタルド系統には用いられ、ゴッタルドベーストンネル開業後も同系統でも用いられる計画である。