ネギま!?
OVA
2006年4月23日開催のイベント「ネギま!麻帆良学園中等部3-A 1学期始業式」内で、本作以前に放送されたアニメとは別のスタッフによるOVA『魔法先生ネギま!・OVA春』が限定公開された。
このOVAは5分に編集された上で、2006年8月17日発売のコミック15巻限定版の付録となった。また2006年10月25日に、このOVAの未編集版と「ネギま!!麻帆良学園中等部3-A 1学期始業式」やアフレコの模様を収録したDVD『ネギま!?春スペシャル!?』が発売された（古菲のネオ・パクティオーカード付属）。
なお、この作品で一部のキャラクターが着用していた服や水着のデザインが、のちに原作にも登場している。
2006年9月17日、『ネギま!?夏スペシャル!?』が春版と同じくイベントで限定公開。DVDが2006年11月22日に発売。
『劇場版 魔法先生ネギま! ANIME FINAL』公開に合わせ、BS11にて「ネギま!?春」が2011年7月8日に、「ネギま!?夏」が同年8月19日に放送された。
第2期『ネギま!?』
上記のOVAとほぼ同一のスタッフで、2006年10月4日から2007年3月28日まで、テレビアニメ『ネギま!?』が、テレビ東京系列で毎週水曜日17時30分（アニメ530枠前半）から放送された。BSジャパンでは2日遅れの金曜日18時00分からの放送。AT-Xでも放送されている。さらに、2011年4月3日からTOKYO MXで放送を開始した。また、2011年8月15日からニコニコ生放送にて放送されている。全26話。第1期同様、OP・ED主題歌の歌詞字幕は表示されていない。
完全オリジナルストーリーということもあり、原作と異なる箇所が第1作より多い。各生徒の交友関係なども変更されている。また、第1作では最終話近くになって初めて台詞があったクラスメイトもいるが、今回は「できるだけ一言でも、キャラクターがセリフを言えるようにしたい」という監督の意向で、第1話では紹介を兼ねて全生徒の台詞があり、さらに13話以降ほぼ毎回全員に台詞が用意されている。
本作オリジナルキャラクターについては魔法先生ネギま!の登場人物を、コミカライズ作品である『ネギま!?neo』についてはネギま!?neoを参照。
原作漫画との相違点
完全オリジナルストーリーのため原作ではほとんど出番が無かった生徒もよく登場する。一方、神楽坂明日菜と魔法世界の関係、近衛木乃香の魔法使いの素質、桜咲刹那が鳥族のハーフであることなど、重大な設定がカットされている。また、第一期のアニメ同様テレビ東京の表現規制（テレ東規制）に加えて、放送時間が夕方ということもあり、パンチラなどのお色気描写はほとんど無くなった。
下記でも説明してあるが、ネオ・パクティオーカードには原作のパクティオーカードによる「魔力供給」と「コピーカード」の概念が無い。そのため従者がアーティファクトを自由に呼び出すことや、自分の意思で魔力を受け取ることができない。また、カード自体も仮契約のときに光った状態で出現して、すぐにパートナーの体内に取り込まれるので、柄は契約発動したときにのみ見ることが出来る。ただし、14話で3-A全員（ただし、エヴァと茶々丸は取りあえずノーカウント）と仮契約した時には、契約発動をしていないのにカードが出現していた。
また、呪文の構成が若干異なり、まず始動キー（「ラス・テル・マ・スキル」）を唱え、つぎに日本語で呪文を唱える。最後にまた始動キーのような締めの呪文（「テル・マ・アモリスタ」）を唱えて魔法を発動させる。しかし、「炎よ灯れ・アールデスカット」や「テル・マ・アモリスタ」、「アモリスタ」と詠唱するだけの場合もあり、必ずしも上記の構成通りではない。
ネオ・パクティオーカード
『ネギま!?』のストーリーには、原作のパクティオーカードとは異質の新たなカード「ネオ・パクティオーカード」が重要な要素となる。これは生徒1人に3枚ずつ用意されており、それぞれ「アーマー」「コスプレ」「スカ」の属性を持つ。原作と違い、契約時、カードがパートナーの体内に取り込まれる描写がある。契約発動時には3枚の内のどれかがランダムで出現し、パートナーはそのカードの絵柄と同じ姿になって戦う。
CDやDVDの初回生産分や、コミックスの限定版、各種グッズなど、多くの『ネギま!?』関連商品にこのカードが付属した。このような商法は、過去には仮面ライダー龍騎の「アドベントカード」、仮面ライダー剣（ブレイド）の「ラウズカード」、近年では地獄少女の「地獄あわせ」などがあった。企画を発案したのはスターチャイルドの大月俊倫である。
全種類のカードが登場したのは放送終了から実に1年が経過した2008年4月のことであった。全種類をコンプリートした者には原作者・赤松健の個人的なはからいにより、全93枚のカードを全て送ることで希望の声優3名のサインを該当キャラのカードに入れてもらえることになった（応募自体は数時間で締め切られた）。
主題歌（2期）
本作のオープニングテーマ「1000%SPARKING!」と、エンディングテーマ「A-LY-YA!」は歌い手が不定期的に入れ代わっている。作者曰く「ヘビーローテーション」とのこと。以下に話数と歌い手を示す。なお、DVD版では一部歌い手・歌詞・映像が差し替えられている回がある。
ネギま!?neo
テレビアニメ（第2期）と同じ月に、「コミックボンボン」誌上で藤真拓哉の作画による『ネギま!?neo』が連載された。増刊号として創刊された「アブラカダブラ」にエピソード0を載せている。
「コミックボンボン」休刊に伴い2007年11月号で一旦連載を終了し、掲載誌を「マガジンSPECIAL」（マガスペ）に移して2008年No.2（1月20日発売）から2009年No.9（8月20日発売）まで連載された。「ボンボン」連載分でアニメ第2期を基にしたストーリー（スタークリスタル編）は完結したため、「マガスペ」移籍後は設定を継承しながら、藤真による独自のオリジナルストーリーに移行した。
こちらは原作の赤松健と共にシャフトを監修としてクレジットしていることからも分かるように、テレビアニメ第2期の『ネギま!?』をストーリーの土台にしており、原作漫画以上に『ネギま!?』とのタイアップ関係がより色濃い作品内容となっている。だが、物語のスタート時期・内容から当初は「藤真拓哉版がアニメ（2期）の原作」だと勘違いしてしまう読者もいた。『ネギま!?neo』は第2期アニメ版のストーリーと原作の展開を融合したような内容であり、「マガスペ」移籍後以降のストーリーの一部については、原作のストーリーを藤真の視点でアレンジしたものが存在する。また、『ネギま!?neo』独自の微妙な相違点がある。
本節では、「週刊少年マガジン」連載のものを「原作」として表記する。
海外での放送
海外では、韓国と台湾のANIMAXが放送している。台湾版では保護級（6歳未満不適切）として放送している、音声は日本語、中国語の字幕が下についている。なお現在中国語音声バージョンを準備している。