藤代駅
駅構造
相対式ホーム2面2線を有する地上駅で、橋上駅舎を持つ。JR東日本ステーションサービスが受託する業務委託駅で、佐貫駅が当駅を管理している。指定席券売機・Suica対応自動改札機設置駅。改札口・ホームにLED式発車標が設置されている。当駅以北は水戸支社の管轄となる。
土浦以南の常磐線では最後まで木造駅舎が残っていた駅であった。その当時は現在の北口側に駅舎があり、南口側に出入口がなかった。橋上駅舎への改築に伴い、南口が設置された。
1番線と2番線の間に待避線（中線）があり、貨物列車や臨時・団体専用列車の待避に使われる。通常、水戸支社が企画する臨時・団体専用列車の発着駅は佐貫駅だが、折り返しには当駅の中線を利用している。これは、当駅が水戸支社南限でありながら、中線で折り返しはできるがホームがなく乗降ができない構造のためである。
駅構内
バリアフリー対応のため、コンコースとホームを連絡するエスカレータ・エレベーターが設置された。
北口・南口にエスカレータ・エレベーターが設置され、2008年（平成20年）3月29日11時から使用を開始した。
コンコースにはコンビニエンスストア型売店「NEWDAYS」が設置されている。
駅周辺
駅北口を出て北方向へ進む道が旧・藤代町の中心市街地であり、北へおよそ100m先の丁字路西方面は、片町を経て茨城県道208号長沖藤代線片町交差点を超えて相馬神社付近まで、小さな店が集まった旧来の商店街が続く。ほぼ旧・水戸街道藤代宿と重なる。丁字路を東へ進む道は旧宮和田宿へ続く道で、こちらにも呉服店、写真館といった昔ながらの小さな商店が点在する。北側は小貝川に近いため、地理的にも古くからの市街地の基盤が保たれており、その外周部にマンションなどが存在する。旧・藤代町によって再開発が計画されたものの地権者の反対で頓挫し、狭隘な駅前のままとなっている。
2018年（平成30年）11月28日、JR東日本水戸支社から、藤代駅周辺の待機児童解消に向けて、水戸支社初の子育て支援施設として、2019年（平成31年）4月1日に常磐線藤代駅北口に認可保育園「藤代駅前ナーサリースクール」を開園した。
一方駅南側は、水田が広がる中に部分的に開発された宅地があるだけであったが、南口が開設され、旧・藤代町による大規模開発が行われたことによって住宅や大型店舗が並ぶようになった。取手市に合併されてからも開発が進んでいる。
デッドセクション
当駅から取手方数百メートルのところにデッドセクションがあり、取手方が直流、当駅方が交流となっている。
特急「ひたち・ときわ」用のE657系電車や特別快速・普通列車用のE531系電車など、この区間を跨いで交流・直流区間を行き来する列車は全て交直両用の電車・電気機関車となっている。
上野～取手間で運行されている快速電車用のE231系電車、綾瀬～取手間の各駅停車用E233系2000番台電車などの直流電車・直流電気機関車は当駅（取手以北）へ運行することができない。
逆に交流専用の電車・電気機関車は当駅以南へ運行することができない。過去にED75形電気機関車がジョイフルトレインの「オリエントサルーン」を牽引して当駅まで入線し、折り返した実績がある。
また、この区間を走る一部の電車は一旦車内照明が消える（2013年3月16日改正の定期列車ではこのような列車が無かったものの、651系使用の特急フレッシュひたち1往復のみ2013年（平成25年）10月1日 - 2015年（平成27年）3月13日まで期間限定で復活していた。詳細は「デッドセクション」を参照）。その他の交直両用電車でも照明は消えないが、一部電気系統が停止する。