ゴマノハグサ目
APG植物分類体系
分子系統解析の研究の進展に伴って、従来のゴマノハグサ科が多系統であることが判明してきた。この結果を受けて、APG植物分類体系ではキリ科、ハマウツボ科、オオバコ科など複数の科に分割あるいは移動し、それぞれをシソ目にふくめている。そのため、ゴマノハグサ目の名称は使われていない。
新エングラー体系
新エングラー体系ではゴマノハグサ科がシソ目に入っているのでこの名前は使われていない。