横河電機サッカー部
創設
1939年に横河電機製作所の社内のサッカー同好会として創設され、横河電機製作所が本社工場を置く東京府北多摩郡武蔵野町吉祥寺（現在の東京都武蔵野市）を拠点として活動を始めた。
1941年、関東蹴球協会主催の第10回関東実業団蹴球大会に出場して1回戦（2月2日）で三菱倶楽部（現：三菱養和）に0-1で敗北したが、この試合が文献から確認できる最初の公式戦である。
1941年4月16日に関東実業団蹴球連盟（現：関東サッカー協会）への加盟が承認され、関東実業団蹴球の6部（他に三菱倶楽部や東京海上など）に所属することが決定した。
太平洋戦争後の活動についてははっきりしないが、全日本実業団サッカー選手権大会や全国都市対抗サッカー選手権大会の出場経験は無い。
1970年代
1976年に東京都社会人サッカーリーグ1部へ昇格し、初優勝も果たした。翌1977年は都リーグ1部で2年連続優勝。また、関東社会人サッカー大会で優勝した。
1978年、関東サッカーリーグに昇格。関東リーグは優勝した東邦チタニウムと勝点11差の勝点44（11勝（3PK勝）7敗（3PK負））で3位の成績。
1979年、関東リーグは優勝した埼玉教員と勝点6差の勝点47（12勝（1PK勝）6敗（1PK負））で3位の成績ながら、2年連続で上位2チームに認められていた全国地域サッカーリーグ決勝大会への出場はならなかった。
1980年代
1980年、関東リーグは5勝2分11敗の勝点12で9位に終わり、翌年度からの都リーグ1部への降格が決まった。また、全国社会人サッカー選手権大会に初めて出場。初戦（1回戦）で三菱重工神戸を破り、全社初勝利を記録した。2回戦はマルヤス工業に敗れた。
1983年、合併により商号が変更したことに伴って横河北辰電機サッカー部へ名称を変更した。
1984年、都リーグ1部の優勝は成らなかった（東京ガスが優勝）が、関東社会人大会で7年ぶりに優勝した。
1985年、関東リーグに5年ぶりに昇格（復帰）したが、リーグ戦は2勝4分12敗の成績で最下位に終わり、1年での都リーグ1部への降格が決まった。5年ぶりに出場した全社は1回戦で三菱自工京都に敗れた。
1986年、商号変更に伴って横河電機サッカー部へ名称を変更した。
1988年、3年ぶりに全社へ出場したが1回戦で京都府警に敗れた。
1990年代
1991年、横河電機副社長（当時）の美川英二の肝煎りでチームの強化が始まり、ブラジル人のマルコス・ボカットが監督に就任し、またブラジル人選手3人と契約した。
1992年、都リーグ1部は3位の成績であったが関東社会人大会で準優勝した。4年ぶりに全社に出場したが1回戦で京セラ川内に敗れた。
1993年、関東リーグに3度目の昇格（復帰）。リーグ戦は9勝3分6敗の成績で優勝チームと勝ち点9差の3位の成績。2年連続で出場した全社は1回戦でNTT九州（現在のロアッソ熊本の母体）、準決勝で東北電力（現：ベガルタ仙台）などを破り、決勝でYKK（現在のカターレ富山の母体）に勝利して同大会で初めて優勝した。
1994年、会社としてジャパンフットボールリーグへの昇格を目指す意向を表明した。関東リーグは10勝6分2敗の成績で2位に勝ち点4差をつけて初優勝。全社は準々決勝で北陸電力（現在のカターレ富山の母体）に敗れた。初めて出場した全国地域サッカーリーグ決勝大会（地決）は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、決勝ラウンドは1勝2敗で4チーム中3位の成績でジャパンフットボールリーグへの昇格は成らなかった。
1995年、関東リーグは9勝4分5敗の成績で優勝したプリマハムFC土浦（現：水戸ホーリーホック）に勝ち点14差の2位。全社は1回戦で日立清水に敗退。地決は1次ラウンドを2戦2勝（1PK勝）の首位で通過、大分FC（現：大分トリニータ）やYKKなどと同組となった決勝ラウンドは1勝2敗（1PK負）で4チーム中3位の成績で2年連続の敗退。
1996年、関東リーグは8勝2分8敗の成績で優勝したホンダルミノッソ狭山に勝ち点17差の4位に終わり、3年連続の地決出場は成らなかった。全社は1回戦で同大会で優勝した教育研究社FCに敗れた。
1997年、元湘南ベルマーレのエジソン・アパレシード・デ・ソウザが加入。関東リーグは14勝4分（無敗）の成績で2位に勝ち点10差を付けて3年ぶり2度目の優勝。全社は佐川急便SCなどを破って決勝に進出。決勝はホンダルミノッソ狭山に勝ち4年ぶりに優勝した（2度目）。地決は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、ソニー仙台FCやアルビレックス新潟などと同組となった決勝ラウンドは1勝2敗（1PK負）で4チーム中3位の成績で敗退した。
1998年、関東リーグは15勝1分2敗の成績で2位に勝ち点9差を付けて2年連続3度目の優勝。地決は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、愛媛FCやNTT九州などと同組となった決勝ラウンドは3戦3勝（1PK勝）の成績で優勝した。また、1999年度より創設される日本フットボールリーグ（JFL）参加を2月までに申請し）、10月に日本サッカー協会によってJFLへの参加が承認された (第7回JFLも参照)。
1999年、森井申一が監督に就任。第35回全国社会人サッカー選手権大会に出場して栃木SCや水戸ホーリーホックなどを破ってベスト4に入った（準決勝でソニー仙台FCに敗北）。
2000年代
2000年、藤原義三が監督に就任。この年の東京都サッカートーナメント決勝で早稲田大学を破り大会初優勝。天皇杯全日本サッカー選手権大会に初出場したが、1回戦で阪南大学に敗れた。
2003年、社内組織から離れるとともにチーム名称を横河武蔵野フットボールクラブ（呼称：横河武蔵野FC）へ改称。また、古矢武士が監督に就任した。
2007年2月に特定非営利活動法人武蔵野スポーツクラブが設立され、トップチームの運営を同法人へ移管した（ユース及びスクール事業は#アカデミーを参照）。また、同年より依田博樹が監督に就任した。
2009年、JFLリーグ戦で17勝9分8敗の成績を収めて過去最高の2位に入った（優勝したSAGAWA SHIGA FCに勝点6差）。また、金守貴紀および太田康介がベストイレブンに選出された。なお、第89回天皇杯全日本サッカー選手権大会に出場し、初戦（2回戦）で大分トリニータにPK戦で敗退。
2010年代
2012年、第92回天皇杯全日本サッカー選手権大会2回戦でJ1のFC東京に勝利し、ベスト16に入った。2013年より吉田康弘が監督に就任した。
2015年11月26日、Jリーグ加盟を目指す方針を表明した。「Jリーグ入会の条件が緩和されたこと」、「主力選手がJリーグ入会を目指すチームに相次いで移籍したこと」を理由として挙げている。2016年1月1日付で、チーム名を「東京武蔵野シティフットボールクラブ」（呼称は「東京武蔵野シティFC」）に変更した。以降については東京武蔵野シティFCの項目を参照のこと。
アカデミー
トップチームは2007年2月に設立された特定非営利活動法人武蔵野スポーツクラブが運営していたが、ユース・ジュニアユースやスクール事業については横河パイオニックス株式会社が手掛けていた。
2014年11月には横河武蔵野FCジュニアがダノンネーションズカップで優勝した。