吉野城
歴史
奈良時代に役行者が開いたとされる大峰山での修験道は、一時途絶えていたが、平安時代に聖宝によって中興されて以降、大いに発展した。その大峰山への入口にあたる吉野山の尾根には数多くの寺院宝塔が建てられた。尾根沿いの地形は天然の要害、寺院宝塔は防禦陣地としても使え、吉野山は元来から中世山城としての性格を備えていたが、護良親王が挙兵し拠点とすると前衛に城塁（支城）を構築し要所に木戸や空堀が設けられたと伝えられる。
陥落後
唐招提寺の僧、照遠（しょうえん、1304年（嘉元2年）〜？）が、吉野城陥落後50日余り後に記した「述迹鈔奥書」によれば、正慶2年閏2月1日、大塔宮率いる軍勢が籠もる吉野へ出羽入道（二階堂道蘊）の軍勢数千騎が攻め入り、山内の坊舎を焼き、宮以下散り散りになる。その時に取られた大塔宮方の将兵120の首が吉野川に晒された、とある。
そのため文書類は焼失したようで1334年（建武元年）2月に吉水院が紛失状を出して所領の確認を願い出ている。これに対して同年9月に雑訴決断所が証判を加えて坊領紛失証文を出している（吉水院坊領紛失証文）。この証文によれば金峯山寺の所領の確認の他に、東使（二階堂）道蘊が数万騎で吉野に攻め入った時に吉水院真遍（宗信）が宮のお供して当山（吉野山）が没落したこと、兇徒が山中に充満坊々に乱入し資財を捜し取り放火狼藉をしたこと、吉水院を悉く焼失させられ本尊聖教以下一物も残さないようにされたこと、真遍が老齢を押して身命を捨てて親王家に勤仕した、とある。
この戦いにおける明確な被害を記したものが存在しないため、実際の被害がどの程度であったかは不明瞭だが、紛失証文にもあるように、この戦いで多数の吉野山の寺院宝塔や仏像が戦火で失われたようである。
その後の吉野山
建武の新政が失敗し、1336年（建武3年）に後醍醐天皇は幽閉されていた花山院を脱出し吉野に逃れる。太平記巻18には、この時に吉水院宗信が吉野山の若い大衆300余りを蔵王堂に集めて説得したとある。後醍醐天皇は、まず吉水院に滞在し行在所としたが、手狭であったので金峯山寺蔵王堂の西にあった実城寺を改造して皇居とした。寺号も金輪王寺と改めている（吉野行宮、現在の吉野朝宮跡）。後醍醐天皇は、1339年（南朝：延元4年、北朝：暦応2年）に吉野の地で崩御し、跡を後村上天皇が継いだが、その後の戦いで南朝方有力武将が次々に戦死し、1348年（南朝：正平3年、北朝：貞和4年）には四條畷の戦いで楠木正成の子、楠木正行、正時兄弟が足利方の高師直の軍勢に討ち取られた。高師直は吉野にも軍勢を進めると、後村上天皇は賀名生（今の五條市）へ移った。高師直の軍勢は吉野山に入り吉野行宮に火を放ったが、風に煽られ蔵王堂はじめ多くの寺院宝塔が焼け吉野山一陣は灰燼に帰したという。それまでも蔵王堂は火災で何度か焼失していたが、この時は再建するのに107年を要した（1455年（康正元年）に再建）。なお、現在の蔵王堂は1581年（天正9年）に火災で焼失し1591年（天正19年）に再建されたものである。