会計検査院
地位
会計検査院は「行政機関」の1つで、憲法では内閣に対し独立の地位を有する（日本国憲法第90条第2項、会計検査院法第1条）。さらに会計検査院の検査権限は内閣及びその所轄下にある各機関のみならず、国会（衆議院、参議院）、最高裁判所をも含むすべての国家機関に対して当然に及ぶなど、一般の行政機関とは際立って異なる性格を有している。また、憲法にその設置が規定（第90条）されているため、その改廃には憲法改正を要する点も他の行政機関と異なる。
一方で、会計検査院は財務省の一部局であるとしばしば誤解されるなど、最も国民に理解されていない日本の国家機関の1つであると指摘される。
大日本帝国憲法の下では、行政機関の組織および職権は勅令で定められていた。だが、当時にあっても会計検査院については勅令ではなく法律で組織および職権を定める（大日本帝国憲法第72条第2項）とされていたことにより、官制大権（大日本帝国憲法第10条）の例外とされていた。
明治時代～戦前
1880年3月5日、太政官の下に設置されて120年以上の歴史を有する。太政官達18号によって大蔵省の一部局である検査局を廃止して、太政官に直属する地位をもつ会計検査院を設置した。太政官達18号を以下に引用する。
今般太政官中会計検査院ヲ設置シ大蔵省中検査局相廃シ候条此旨相達候事
当時の参議兼大蔵卿・大隈重信は、検査局が大蔵省の下にあるままでは、財政の監査が十分にできないとして会計検査院の創立を太政官に建議した。大隈の建議を以下に引用する。
参議兼大蔵卿大隈重信、本院創立ノ議ヲ建ツ。其大意ニ云フ、財政ノ根源ハ国庫ニ在リ、各庁ノ会計ハ則チ其枝派ノミ。今検査局長大蔵卿ニ隷属シ其監査スル所、唯枝派ニ止リ根源ニ及フ能ハス。（中略）須ラク速ニ一院ヲ設立シ、以テ大ニ検査ノ実ヲ挙クヘシト。会計検査院是ニ於テカ立テリ。
1889年、大日本帝国憲法の附属法令として会計検査院法が制定された。会計検査院法第1条にて天皇直隷の機関であり、国務大臣の命令を受けない「特立ノ地位」が規定された。会計検査院は統帥権を主張する軍部を批判できる希有な機関だった。
組織
会計検査院は、意志決定機関である検査官会議と事務総局で組織される。会計検査院は、「内閣の統轄の下における行政機関」でないため、国家行政組織法の適用は受けず、その内部組織は、法律の会計検査院法並びに会計検査院規則である会計検査院法施行規則
及び会計検査院事務総局事務分掌及び分課規則
が規定している。
検査官・検査官会議
会計検査院の意思決定は、検査官会議で行われ、これを構成する3人の検査官は国会の同意を経て、内閣が任命する。また、検査官の任免は、天皇が認証する（認証官）。会計検査院長は、検査官のうちから互選した者を内閣が任命する。
審議会等
会計検査院におかれる審議会等は、会計検査院情報公開・個人情報保護審査会（第19条の２から第19条の６）のみである。
施設等機関
会計検査院には、施設等機関は置かれていない。
特別の機関
会計検査院には、特別の機関は置かれていない。
地方支分部局
会計検査院法第19条により「会計検査院規則の定めるところにより事務総局の支局を置くことができる」となっているが、支局の設置はされていない。
外局
会計検査院には、外局は置かれていない。
所管法人
会計検査院が主管する独立行政法人は2019年4月1日現在、存在しない。
会計検査院が主管する特殊法人は2019年4月1日現在存在しない。
会計検査院が主管する特別の法律により設立される民間法人（特別民間法人）は2019年4月1日現在、現在存在しない。
会計検査院が主管する認可法人、地方共同法人及び特別の法律により設立される法人は存在しない。
財政
2019年度（平成31年度）一般会計当初予算における会計検査院所管予算は177億1995万7千円である。
一般会計のほか、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。
職員
一般職の在職者数は2018年7月1日現在、会計検査院全体で1,191人（うち、女性308人）である。
会計検査院の定員は、特別職である検査官3人のほかに、会計検査院規則である会計検査院事務総局定員規則により、事務総局が1,246人となっている。
会計検査院の一般職職員は非現業の国家公務員なので、労働基本権のうち争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として、国公法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる（国公法第108条の2第3項）。
2018年3月31日現在、人事院に登録された職員団体の数は単一体1となっている。組合員数は474人、組織率は46.4%。
法規
設置は以下の法規に基づいている。
大日本帝国憲法
元々は、大日本帝国憲法第72条に「國家ノ歳出歳入ノ決算ハ會計檢査院之ヲ檢査確定シ政府ハ其ノ檢査報告ト倶ニ之ヲ帝國議會ニ提出スヘシ」と明記され設置された。
日本国憲法
現行は、日本国憲法第90条に「国の収入支出の決算は、すべて毎年会計検査院がこれを検査し、内閣は、次の年度に、その検査報告とともに、これを国会に提出しなければならない。」と明記され、設置されている。
会計検査院法
また、内閣に対し独立の地位を有する（会計検査院法1条）。
庁舎
旧庁舎は文部省庁舎横にあったが、現在は東京都千代田区の霞が関にある霞が関コモンゲート東館（中央合同庁舎第7号館）に入居している。
問題点
会計検査院による検査では、質的・費用的な重要性の概念が乏しいため、数千億円の過大支出も、数百万円の政策効果の乏しい支出も同様に扱われ、検査資源が投入されるなど、検査方針が国民視点から乖離している。また、事務コストの増大が検査現場に過度な負担をかけているとの批判がある。
2011年には、内閣府に設置された行政刷新会議公共サービス改革分科会において、こうした問題点が民間委員から指摘されたが、会計検査院は、検査対象である機関が会計検査院の検査に意見することは慎重であるべきだとして、批判を封じ込めたとされる。
結果として、憲法上に規定された独立性により、会計検査院自身に対しては、政府機関としてのチェックアンドバランス機能が働きづらい状況となっている。