第6回日本フットボールリーグ
天皇杯への出場枠
前期終了時の上位3チームに第84回天皇杯の出場権が与えられる。
JFL→J2
J2加盟を申請していた大塚製薬、ザスパ草津、愛媛FCに対して12月6日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、1位の大塚製薬と3位のザスパ草津のJリーグ加盟が正式に承認された（本来2位以内が加盟の要件であったが、3位のザスパ草津は2位のHonda FCと勝ち点・得失点差が同じで得点差1だったことが考慮された）。5位の愛媛FCの加盟は見送られた。なお、大塚製薬はJリーグ加盟後に徳島ヴォルティスへクラブ名称を変更した。
JFLからの脱退
国士舘大学がチーム内の不祥事のため、JFLから脱退する事となった。
地域リーグ→JFL
レギュレーション変更により、全国地域リーグ決勝大会1位の三菱自動車水島、2位の流通経済大学、3位のホンダロックSCがJFLへの自動昇格となった。
海外遠征
8月10日から24日にかけてサウジアラビア・アブハーで行われた第8回国際親善サッカー大会「アブゥドラ アルファイサル プリンスカップ」にJFL選抜チームを結成し参加した。大会方式は、参加10チームを2グループに分けて総当りの予選ラウンドを実施し、各グループの上位2チームが決勝トーナメントに進出する。