チャールズ・ジョセフ・ボナパルト
初期の政治活動
大学院を卒業後、ボナパルトはボルチモアで弁護士業を開業した。ボナパルトは地方の革新運動や全国的な革新運動に参加し、著名な存在となった。1891年、ボナパルトはハーバード大学の監督職員として採用され、1901年まで10年間その職に就いた。ボナパルトは1894年にボルチモア改革連盟および全国自治体連盟の創設に関与した。ボナパルトはそれらの連盟の創設に際して、後の大統領セオドア・ルーズベルトと知り合った。ボナパルトとルーズベルトは間もなく親密な関係を築いた。
ボナパルトは1902年から1904年までインディアン委員会の委員を務めた。ボナパルトは1904年に全国公務員制度改革連盟の会長を務め、またアメリカ・カトリック大学の理事に任命された。ボナパルトは全国自治体連盟の創設者の1人として、1905年に同連盟の会長を務めた。
ルーズベルト政権
1905年7月、ボナパルトは時の大統領セオドア・ルーズベルトから海軍長官として任命を受けた。これは、前任の海軍長官ポール・モートンの辞任に伴う措置であった。ボナパルトは1906年12月まで海軍長官を務めた。海軍長官としてボナパルトは「より大きな海軍」を主張し、大統領の「巨大艦船の海軍」論を支持した。
1906年12月からは司法長官を任された。これは、前任の司法長官ウィリアム・ヘンリー・ムーディの辞任に伴う措置であった。ボナパルトはルーズベルト大統領の任期満了となる1909年3月まで司法長官を務めた。司法長官となったボナパルトは、ルーズベルト大統領の「反トラスト運動」の一員に加わった。ボナパルトはトラストに関する訴訟について積極的に対応し、タバコ市場の独占解体を主導した。
またボナパルトは司法省の調査能力向上のため、特別捜査官の採用を決定した。1908年、ボナパルトは司法省内に数人規模の捜査局（現在の連邦捜査局）を設置した。この捜査局の設置は、ボナパルトの最も重要な業績として挙げられる。
晩年
ルーズベルト政権終了後、ボナパルトはボルチモアに戻り、弁護士業を再開した。1921年6月28日、ボナパルトはメリーランド郡ベラ・ヴィスタで死去した。ボナパルトの遺体はボルチモア市内のラウドンパーク墓地に埋葬された。死因はコレラであった。