機動新撰組 萌えよ剣
ストーリー（原作）
明治維新後の京都が舞台。東京の大学で過ごしていた弓月新太郎は恩師の勝海舟の命で京都にやってくる。夜の京都で妖怪に襲われる新太郎だったが、機動新撰組を名乗る近藤勇子に助けられるのだった。海舟の命は彼女の所属する京都府警直下特殊警察、機動新撰組の財政管理をすることであった。月日が経つにつれ沖田や土方など新たなキャラクターも加わり新太郎は京都に妖怪が増加した原因に近づいてゆく。
モテない新撰組隊士
TVシリーズ・OVAシリーズを通して、近藤・土方・沖田の3人はモテないキャラという設定になっている。TVシリーズでは、第2話で蛸妖怪・破壊入道に「お前らよりもキレイなお姉ちゃんといた方がいい」と、OVAシリーズでは第4話で鬼妖怪に「男みたいなお姉ちゃんは嫌だ」（近藤）・「胸のないお姉ちゃんは嫌だ」（沖田）・「三白眼のお姉ちゃんは嫌だ」（土方）などと言われていた。しかし、TVシリーズでは第8話で粧し込んだ沖田がナンパされたことがあった。OVA3話では、近藤が岩黒に好かれることもあった。
主役交代
TVシリーズでは竜之介が主役だが、ゲーム・OVAシリーズの主役は弓月新太郎（ゆづき しんたろう、声 - 野島健児）という少年であり、竜之介は準レギュラーだった。TVシリーズでは彼は登場しない。OVAでも新太郎の出番は少なく、実質近藤達が主役であった。
武器変更
ゲーム・OVAシリーズでは土方は近藤・沖田と同じく刀が武器（沖田は主に式神）だったが、TVシリーズでは土方の武器は拳銃になっている。ゲーム・OVAシリーズでは機動甲冑なる鎧のような装備も存在した。
土方機械疑惑
TVシリーズの第2話 - 第5話にかけて幾度と冷たい態度を示す土方に対して近藤は「お前機械なんじゃないか？」と土方に対して度々疑惑を抱いていた。そんな中第5話で異常な怪力を見せたり、ミサイルを撃ったりする機械仕掛けのメカ土方が登場する。当初、近藤や沖田は土方は本当に機械だったと思っていたが、実際は源内が母親の顔を知らなかった土方のために勝手に造ったものであり、土方は本当は機械ではなかったのであった。このメカ土方は本物の土方によって壊されてしまうが、後で源内が修理しその後も何度か登場している。
和解
ゲーム・OVAシリーズでは近藤・土方は幾度となく反発し合っていた（特にゲーム版で顕著である）が、TVシリーズではこの2人が喧嘩するようなシーンは見られない。特に第5話では近藤が倒れた土方（本当はメカだが、近藤は気付いていない）に泣いて駆け寄るシーンも見られた。最終話では、土方が死んでしまった近藤に対し、「死ぬな」と言うようなところも見られた。
ストーリー (TV)
明治維新後の京都が舞台。人と妖怪が共存し、何気ない日々を送っている街に役所からの許可を得ていない無許可妖怪が街の治安を乱していた。それらを捕らえ京都の治安を守るために機動新撰組が設立される。しかし、多大な借金のために経営危機にたたされる。そんな新撰組のテコ入れのために坂本竜馬の息子である坂本竜之介が上海から帰国するが、個性豊かな新撰組メンバー達によりあれこれ振り回されていく。原作の広井王子はTV版の作風方針から、タイトルの「機動」という言葉を削除することを提案したと語っている。最終的にスタッフの意見からタイトルの変更は行われなかった。没案として「明治（維新）新撰組」が確認されている高橋留美子のデザインを活かし、るーみっくわーるどにふさわしいコメディにこだわった作品として制作された。
元々はゲームだけでメディア展開が打ち切りになると考えていた広井に、アニメ化のオファーが飛び込んだ事で制作が決定した。広井は「高橋留美子先生のテイストは、絶対にアニメのほうが活きる」と喜んで快諾した。広井は本作を時代劇版『めぞん一刻』と評している。また、本作の続編に強い意気込みを見せており、最大の野望は4クール１年間テレビ放送、そして劇場版『機動新撰組 萌えよ剣THE MOVIE』と語っているが、現在のところアニメの続編は実現していない。続編のプロットは明かしており、京都から旅立ち、各地の妖怪と巡り合いながらの旅を描く『犬夜叉』＋『妖怪大戦争』のようなストーリーを望んでいると言う。なお、CR機動新撰組萌えよ剣シリーズのシナリオは実質的に本作の続編となっている。
DVD
2006年1月にTVシリーズのDVD-BOXが販売された。