黒田氏
黒田氏の起源
近世、黒田孝高（官兵衛・如水）・長政父子が筑前国に福岡藩を立藩した黒田氏は、その40年ほど後に作成された『寛永諸家系図伝』によると、戦国時代後期に活動した播磨国の国人領主・黒田重隆まで遡ることができる。重隆は播磨の有力豪族・小寺氏に重臣として仕えた武将であり、孝高の祖父にあたる。『寛永諸家系図伝』によると重隆以前は「此間中絶」となっており伝承されていなかったようであるが、それ以前の系譜として中世の間、近江国に勢力を持った佐々木氏（京極氏）の分家筋である黒田氏の流れであると紹介している。
『寛永諸家系図伝』のさらに60年ほど後、福岡藩士・貝原益軒によって編纂された『黒田家譜』によると、黒田重隆の父として近江黒田氏出身者の高政（黒田重隆の父とされている）が新たに登場し、高政の代に近江を離れたとして近江黒田氏が福岡藩主黒田氏と同族であることの補説としている。
ただし、これらの近江黒田氏を福岡藩主黒田氏に結びつけるこの説は近世から疑問視する向きもあり、また初出史料が一般的に偽書とされる『江源武鑑』にあるものという指摘もあり、歴史学者の諏訪勝則によると、現在では福岡黒田氏の起源を近江源氏に求める従来の説は慎重にならざるを得ないとしている。また黒田長政が日光東照宮に寄進した石の鳥居には、「黒田筑前守藤原長政」と名前が掘り込まれていることから、長政が本姓を藤原氏としていたことが分かり、家紋が藤原氏の使用する藤の紋を取り入れた黒田藤巴紋であることも整合性がとれる。この藤巴の紋は黒田家が播磨時代に仕えた主家、小寺家が用いた藤橘巴紋を継承しているともされる。江戸時代、近世大名となった黒田家は主に石餅（白餅、黒餅）紋を表紋としている。
黒田氏の来歴
黒田家の正史、『黒田家譜』によると、16世紀初め、近江源氏の分流佐々木氏流である黒田高政は近江を出奔して、同じ近江源氏の流れである加地氏などを頼って備前国邑久郡福岡に移った。そして高政の子・重隆の時に播磨国に移り、同国の有力豪族である小寺氏に仕えた。近世になって成立した『夢幻物語』によると、重隆は家伝の目薬を製造・販売し、やがて土豪として成長したとされる。元から播磨地域の出身であり赤松氏一族に仕えた説等、数多くの説が近年の研究から唱えられている。
黒田重隆の子職隆が赤松氏の一族である播磨の有力豪族・小寺氏に仕え、その養女を迎えて自らも小寺氏を称した。職隆の子・孝高は織田信長に従い、その重臣である羽柴秀吉の麾下に入った。その際、小寺氏が織田氏に敵対して衰退すると孝高は氏を黒田に復している。1587年（天正15年）豊前国中津城主12万石となる。1600年の関ヶ原の戦いで孝高・長政父子は徳川方につき、軍功により筑前国52万3千余石を与えられ、福岡藩を立藩。長政が初代藩主になった。以後黒田氏は代々福岡藩主となり国替もなく幕末に至る。二代忠之以降は代々松平筑前守の名を与えられた。黒田家宗家は第6代目藩主継高の時、息子二人が相次いで早世し後継問題に見舞われた。当初は継高の長女、藤子が嫁いだ岡山藩池田氏から外孫・長泰（後の相良長寛）を養子に迎える予定だったが、幕府の要請により治之が一橋徳川家から養子に入った。その後も養子が続き、多度津藩京極氏・薩摩藩島津氏・伊勢津藩藤堂氏から迎えている。養子とする際は、正室を先代藩主の息女や縁類の娘とし、入婿とした。明治維新後は侯爵に列せられ大名華族となった。
なお、黒田孝高は有岡城の戦いから救出された後に有岡城の土牢で世話を受けた、利仁流加藤氏の支流・伊丹氏の一族とされる加藤重徳の次男を養子に迎え、黒田姓を与えて黒田一成と名乗らせている。一成は関ヶ原の戦いで功績を残し、福岡藩立藩後には藩大老となり三奈木黒田家を起こし、明治まで代々、藩主に仕えた。このほか黒田姓を与えられた家には立花黒田家（初代は薦野増時）などがある。黒田家家臣団は俗に黒田二十四騎、黒田八虎として知られる。
なお、1623年（元和9年）、長政の三男長興は筑前国秋月藩5万石、四男高政は筑前国東蓮寺藩4万石が分与され、明治維新後は元秋月藩主は子爵、元東蓮寺藩主は男爵、藩大老三奈木黒田家当主は男爵に列せられた。
近江黒田氏
鎌倉時代末期、京極宗氏の弟とされる宗満が近江国伊香郡黒田村に住み、黒田氏を称したのが始まりといわれる。この黒田氏は主に室町幕府将軍の奉公衆としての活動の記録が残っており、黒田高政が近江を離れたとされるよりも後の時代である天文年間まで存在が確認されるという。『黒田家譜』『寛永諸家系図伝』などによると、福岡藩主黒田家はこの末裔とされるが、先述の通り疑問視する向きも強い。
明石黒田氏
近年、明石藩士黒田家文書、『播磨鑑』には、黒田官兵衛孝高は押部庄黒田村 (現神戸市西区平野町黒田) の出身とする『本朝通紀』長井定宗説が出てきた。これは播磨国明石藩松平家の家老職は代々黒田家であり、同姓である。がゆえに、古文書等の由緒書に、黒田氏の先祖は、播磨国明石郡黒田村の記述があるという。東播磨の一大土豪であった明石氏と黒田氏は、お互いの家に嫡子が絶えると養子を譲りあいながら家系を継いできたという。
西脇黒田庄説
江戸時代末期に兵庫県西脇市にある荘厳寺に奉納されたという伝承の『荘厳寺本黒田家略系図』によると、黒田氏は播磨の守護大名・赤松氏の分流であり、赤松則村の弟の円光の子である黒田重光という人物を祖とする。重光は室町時代初期にこの地を治めたとされ、以後代々播磨国多可郡黒田城（西脇市黒田庄町とされる）の城主として黒田氏は存続し、8代目黒田城主が黒田重隆になるとしている。9代目に黒田治隆が存在し、孝高（同系図によると孝隆）は治隆の弟となっている。なお、この黒田氏は治隆の代に合戦に敗れ滅亡したとされている。
従来説と大きく違うこの系図は、黒田孝高の祖父とされている黒田重隆が、祖父ではなく実父であるとしている。また、孝高の父とされている黒田職隆は孝高の養父となっており、黒田氏ではなく小寺氏の人物であるように記されている。播磨国に近江源氏流とは違う黒田氏が当初より存在していたという説の論拠ともなりうる系図だが、江戸時代末期に作成されており歴史的史実と乖離する記述も多く散見されるため参考資料とする程度である。
系譜
凡例　太線は実子、細線は養子、当主は太字。
（高政）
   ┃
  重隆
   ┣━━━┓
  職隆   高友
   ┣━━━┳━━━┳━━━┓
  孝高   利高     利則    直之
   ┠─────┐
  長政  　一成（加藤重徳の子、三奈木黒田家初代）
   ┣━━━━━━━━━━━┳━━━┓
  忠之                 長興    高政
   ┣━━━━━━━┓　　  ┣━━━┓
  光之　　        之勝　　長重　　 勝子━┳━黒田一貫（三奈木黒田家3代、一成の曾孫）
   ┣━━━┓　　　┃　　　　　　　　　┃
  綱政　　長清　　長軌　　　　　　　　鶴子━┳━野村祐春（野村氏）
   ┃　　　┃　 　 ｜　　　　　　　　　　　 ┃
  宣政　　継高　　長貞　　　　　　　　　　長貞 
  　　　　 ｜　 　 ┣━━━┓
  　　　　治之　　長邦　　 春姫━━━━━━━━━┳━━秋月種美
  　　　　 ｜　 　 ┣━━━┓　　　　　　　　    ┃
  　　　　治高　　長恵　　 此子━┳━山崎義俊　　秋月種茂
  　　　　 ｜　 　 ｜　　　    ┃ 　　　　　　　 ┃
  　　　　斉隆　　長堅　 　 　長堅　　　　  　　長舒
  　　　　 ┃　　  ｜
  　　　　斉清　　長舒
  　　　　 ｜　 　 ┃
  　　　　長溥　　長韶　　
  　　　　 ｜　 　 ｜
  　　　　長知　　長元
  　　　　 ┃　 　 ┣━━━┓
  　　　　長成　　長義　　長徳
  　　　　 ┃
  　　　　長礼
  　　　　 ┃
  　　　　長久
  　　　　 ┃
  　　　　長高
播磨多可郡の黒田氏
赤松則村の家臣黒田宗信が、知行地の播磨国多可郡黒田庄（兵庫県西脇市黒田庄町黒田）に黒田城を築き、黒田氏を称した。黒田宗政が討ち死にして断絶したが、子の黒田治宗が播州の山中村に隠れ住み、後に別所則治に従って家を再興した。その三男の山中貞幸は出雲尼子氏に仕え、貞幸の孫が山中幸盛である。山中幸盛の子で鴻池財閥の祖となる鴻池直文は、当初播州の黒田氏本家の養子となっていたという。この黒田氏は天正6年（1578年）に羽柴秀吉によって滅ぼされたとされる。鴻池直文の子の一人は、黒田氏を名乗っている。
なお、前述の福岡藩主・黒田氏の西脇黒田庄説の通り、黒田官兵衛とその子孫があまりにも有名なため、当の西脇市でもこの黒田氏は官兵衛の黒田氏であるとの伝承が地元でも古くからなされている。
下野黒田氏
佐々木氏流を称する黒田氏と同じく、京極宗氏の弟とされる宗満を祖とする。永禄3年（1560年）、近江国の戦国大名六角義治の推挙によって、黒田邦勝が宇都宮広綱の家臣となっている。
系譜
凡例　太線は実子、細線は養子。
宗満
 ┃
定宗
 ｜
宗信
 ┃
高教　
 ┃
高宗　　　　
 ｜
高信　　　　　　　　　　
 ┃
清高
 ｜
政光
 ┃
光勝　
 ┃
信勝　　　　
 ┃
勝秀　　　　　　　　　　
 ┃
勝好　
 ┃
勝幸　　　　
 ┃
邦勝　　　　　　　　　　
 ┃
信勝　
 ┃
定勝　　　　
 ┃
系譜
太線は実子、細線は養子。
中山直張
　 ┃
　直邦
　 ┝━━━┓
　直純　　直亨
　　　　　 ┣━━━┓
　　　　　直英　　直方
　　　　　 ┃　　　┝━━━┳━━━┓
　　　　　直温　　直侯　　直静　　直古
　　　　　　　　　 ┃　　　　　　　┃
　　　　　　　　　直和　　　　　　直養
常陸国の黒田氏
常陸国にも黒田氏がある。多賀郡黒田邑より起こっている。『梶原冬庵伝』に黒田八太夫、同八兵衛、八之丞がいる。