おきらく忍伝ハンゾー
忍者帝国
本作における主要な敵対組織。日本を忍者だけの国にしようとするスルガ大納言を首領とする団体の総称。後述の由比卍党とは敵対関係にある。本拠は「悪死頼城（あしたのじょ～）」。首領であるスルガ大納言が気分でやっている団体であるため、本気で忍者帝国を作る気があるのか不明。なお、失敗した者はスルガ大納言によってお仕置きされる。根城である悪死頼城の名前は、『あしたのジョー』から採っている。大納言とは最終的な決着が描かれる前に連載が終了した。
由比卍党
由比卍党（ゆいまんじとう）はサムライによる最強の軍事国家を作ろうと企む闇元帥ショウセツの下に集った機甲軍団で、空飛ぶ黒船、旗艦キクスイを本拠としている。忍者帝国と並ぶ本作の主要な敵対組織の一つ。
厳格な規律である由比卍党鉄の掟で統制されており、鉄の掟九「失敗せしものは改造によって強化とす」の下にドクターゲンパクによって改造された党員は少なくない。鉄の掟十八は「マンガを読む前に宿題をすべし」。鉄の掟四十二は「マンガ家は締め切りを守るべし!」。
ナチス・ドイツがモデルとなっており、由比卍という名前をはじめ、一般兵士の姿や登場兵器の名前など戦時中のドイツをモデルとしたものが多い。
最終巻では魔装具の攻撃により戦艦キクスイが甚大なダメージを負ったため、これ以上の戦闘は不可能と撤退していった。そのため最終的な決着が描かれぬまま連載終了となった。
蟠龍機
蟠龍機（ばんりゅうき）は由比卍党工作員六六〇壱ギエモンが、寛永寺の五重の塔を人型の巨大兵器に改造したものである。正式名は、由比卍党強襲戦略可変型巨大兵器開発番号キリ七八超機動カラクリ兵蟠龍機。武器はKA・WA・ランチャー、制空九輪鞭、ジンゴローによって彫られたネズミ退治用ねむりネコ。
キクスイ
由比卍党の旗艦にて移動本拠となる、無数のプロペラが装備された空飛ぶ黒船。
武威壱号
由比卍党の剣士であり機甲部隊の一人でもあるバイケンが江戸野隣村から江戸のよーなところに向けて発射しようとしていた長距離爆撃弾。ハンゾー・ジュウベイ・ヨシムネの3人によってその計画は阻止された。名前の由来は第二次世界大戦時ドイツ空軍で使用されたミサイル、V1飛行爆弾。
タマズサ
里見七犬士用カラクリ戦車。水陸両用で、装甲は千年杉の一刀彫りによるもの。動力は4つのキャタピラの中に右前から時計回りにゲンパチ、ドウセツ、コブンゴ、アサケノが入って動かすという“ちょっとつかれるけどとっても地球にやさしい”ものになっている。彼らにほねっこを与えることで加速することが出来る。コックピットにはシノが乗っている。
なお、作中ではダイカク、ソウスケはタマズサには搭乗していない。武器は前後にある回転のこぎり、前方にあるシュレッダー、そしてメインウェポンである血煙爪（ちえんそー）。コックピットの頭部にはおしゃれなアクセサリーとして犬ミミが付いている。最期は隅田川虹橋（すみだがわれいんぼーぶりっじ）に押しつぶされ撃沈。名前の由来は南総里見八犬伝の玉梓。
楠太夫
楠太夫（ぐすたふ）は由比卍党が江戸に向けて発射するため里見の地で開発していた巨人砲。砲身は里見城に固定されており、長さは壱千米。発動するには里見家に伝わる8つの霊玉が必要とされた。装甲は急ごしらえで製造されたため伸した大仏などが使われておりボロいが、発動後はそれが割れ、眼球や皮膚が剥き出した生物的な姿が現れた。ハンゾーたちの手によって江戸のよーなところ壊滅の危機は回避。名前の由来はV1爆弾と同様戦時中のドイツ軍で使用された80cm列車砲の1台目、グスタフ。