黒の組織
概要
工藤新一の身体を幼児化させた毒薬・APTX4869を開発した国際的犯罪組織。「黒の組織」という名称は仮称であり、正式名称は現在も不明。
所属者は基本的に上から下まで黒の装束に身を包んで任務を行う。組織の主な活動内容は、重要人物の暗殺、裏での金銭やプログラムソフトの取引、謎の薬の開発などである。極大規模の犯罪組織であり、世界各国に活動拠点が存在する。その影響力は表向きの仕事が政界・財界・医療・科学といった各界の重鎮たちにも及んでおり、その中でも特に優秀な者を組織の一員としてヘッドハンティングしている。
一方、組織の巨大さゆえに数多くのスパイの潜入を許してしまっており、日本の警視庁公安部や警察庁警備局警備企画課（ゼロ）などの公安警察、アメリカのFBIやCIAなどからの潜入捜査が行われ、ジンからは問題視されている。ただし、優秀な捜査官たちが潜入しているにもかかわらず、組織の全貌を明らかにするまでには至っていない。
組織の暗殺のターゲットとなるのは、秘密の取引相手や組織から抜け出した裏切り者をはじめ、将来的に組織の脅威となる可能性がある者である。接触は裏だけで行っていた者や直接的には組織と無関係の者であるため、基本的には暗殺者が事件の捜査の容疑者候補に浮かぶことすらない。暗殺するのは極力ターゲットのみだが、暗殺の瞬間や証拠を目撃した者も抹殺する。途中で暗殺者の正体が露見した場合、例えそれが組織の重要人物でも問答無用で抹殺するなど、現場に証拠をまったく残さず暗殺を果たしている。暗殺に際してはライフルや爆弾・毒薬を補助的に用いるが、基本的には拳銃を用いる。コードネームを与えられた者は総じて拳銃の扱いに長（た）けており、スナイパーではない者でも一流の狙撃技術を持つ。
アニメ版では大規模な射撃場様の設備を所持しており、所有地はかなり広大である。また、劇場版第13作『漆黒の追跡者』や第20作『純黒の悪夢』では戦闘ヘリコプター（機体の形状はAH-64 アパッチに酷似）やオスプレイを用いる姿が描かれており、機体に搭乗したうえで機銃掃射などによる破壊行為によって公衆の面前で施設ごとターゲットを抹殺しようという、派手な手段に出ている。
アニメにおける変更点
テレビアニメ版では当初、放送開始直後ということやまだ黒の組織を登場させられないと判断されたことと、途中で打ち切りになったとしても収拾が付けられるよう、組織が絡む第5話「新幹線大爆破事件」と第13話「奇妙な人捜し殺人事件」では組織を登場させず、別の犯人に置き換えてその者が逮捕される内容に変更された。やがてテレビアニメ版が軌道に乗ると、後者の事件は灰原の登場に当たって必要不可欠な重大事件となったため、原作の本筋だけを残して大幅にアレンジした別エピソードの第128話「黒の組織10億円強奪事件」が制作された。しかし、前者の事件での重要点は「ジンとウォッカのコードネームが発覚する」ことのみだったため、代替エピソードが制作されなかった。このため、テレビアニメ版ではジンとウォッカのコードネームは第52話「霧天狗伝説殺人事件」において、これまでのあらすじを振り返る形で初めて紹介され、その流れでコナンがジンとウォッカのコードネームだけはすでに突き止めていたように描写された。
なお、それ以降で組織が絡む事件は、第13話のように原作との矛盾が生じるとその後の辻褄合わせが困難になるといった理由から、原作通りに作られるようになっている。
オリジナルキャラクター
2019年時点で、劇場版からは第5作『天国へのカウントダウン』、第13作『漆黒の追跡者』、第20作『純黒の悪夢』にてオリジナルキャラクターが登場している。スパイ3人を含む5人のコードネームを持つメンバーと、コードネームの無いメンバー2人の計7人で、全員故人である。その他、スペシャルアニメ・テレビドラマ・ゲームおよび特別編にも、合わせて7人のオリジナルキャラクターが登場している。