清酒酵母
清酒酵母（せいしゅこうぼ）とは、清酒醸造に用いられる酵母の総称。清酒の香味を大きく左右する要因の一つ。種としてはほとんどが出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae で、中でも特に醸造特性の高い株が選抜して用いられることが多い。また、必ずしも単一の株だけが用いられるわけではなく、酒母を混合したり、出来上がった酒をブレンドするなどの手法でそれぞれの株の長所を組み合わせた形で用いられることも多い。
ちなみに、現在 Saccharomyces cerevisiae に分類されている酵母でも、その分類に異論を唱える専門家もいる。
清酒酵母には醸造中に高泡と呼ばれる大量の泡を発生させる泡あり酵母と、高泡を発生しない泡なし酵母とがあり、後者の方が生産性が高い。日本醸造協会や地方自治体の試験研究施設から頒布されるほか、大学や各醸造所が独自に分離・培養するものもある。頒布形態としてはアンプル、スラント、乾燥酵母などがある。乾燥酵母では酒母工程が不要となる。
前近代
清酒は、自然界に存在する酵母を、おそらく初めは偶然にとりこんで、また以後は伝承技法に基づいたり、ずっと醸造所に住みついている「蔵つき酵母」「家つき酵母」を用いたりして造られてきたが、それでは酒質が安定せず、良い酒ができても「まったく同じものをまたつくる」ということができなかった。科学的再現性が大問題だったわけである。
しかし古来においても、今のような「発酵」という言葉こそなかったとはいえ、米と水に「あるもの」を加えると酒に変わることはしっかりと認識されており、その「あるもの」を麹（こうじ）、酛（もと）、または酒母（もと / しゅぼ）と呼んでいたわけである。同じ並行複発酵の酒文化圏である中国では、序文が1117年に書かれたことがわかっている醸造技術書『北山酒経』によれば、すでに宋の時代に「酵」と呼ばれていた。
近代
「あるもの」を加えなくても原料が酒に変化する単発酵の酒文化圏である西洋においては、酵母の存在が科学的に認識されたのは19世紀に入ってからのことであった。清酒酵母のみならず、ビール酵母、ワイン酵母、パン酵母も含まれる出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae は、1830年代にJ. Meyenが発見し、1882年ごろエミール・クリスチャン・ハンセンによって命名された。
日本にこれら近代醸造学が導入されたのは、明治になってからであるが、初めは日本酒のためではなくビールの醸造技術を学ぶ過程で、「発酵をうながす微生物」として英語yeastやドイツ語Hafeが語彙として入ってきた。明治6年（1874年）には、H.カリーベールド著 小泉晴江訳『科学捷径 酒水製造書 全』のなかで、「醗酷」が「はっこう」「ヤアスト」 というふりがな付きで酵母の意味として使われている。「ヤアスト」とはyeast、今ふうに表音すればイーストのことである。
明治20年（1888年）刊行の書物では、学名 Saccharomyces cerevisiae を表音して「サッカロミセス・セレウヰシェー」、「この菌は酒類の醸造およびパンの製造に用ゆ」とされている。日本醸造協会の資料ページによれば、「酵母」「清酒発酵母」という翻訳語が初めて醸造雑誌に見られるようになるのは明治21年（1889年）〜22年にかけてであったが、その後しばらくは「酵母」「清酒酵母」「醸母」「醸母菌」「イースト」などさまざまな呼称で表現されていた。
この時期こそ、じつは日本が近代醸造学の基礎を確立しようと奮闘していた時期でもあったといえる。1893年には日本人の醸造学者矢部規矩治（やべ・きくじ）博士によって、日本酒の醪（もろみ）から清酒酵母が分離され、1895年には国際学会でそれがSaccharomyces sakeとして発表された。また1904年（明治37年）には大蔵省の管轄下に国立醸造試験所が設立された。これが現在の独立行政法人酒類総合研究所となる。
こうした中でそれまで多様に訳されていたyeast, Hafeが、1905年（明治37年）から38年ごろには「酵母」という訳語に統一されていったという。
この訳語を考案した人は2006年現在定かではないが、「酵」は古くから東洋で発酵現象を意味する字であり、「母」は、それ以前も「酒母」と書いて「もと」と読んでいたことも含めて、万物の根源、現象の元、という意味の字であったからだと考えられる。
その後も国立醸造試験所では1909年（明治42年）山廃酛が開発され、翌年1910年には速醸酛が考案され、さらに1911年（明治44年）には第一回全国新酒鑑評会が開催されることになる。ここで高い順位を取るなどして客観的に優秀と評価された酵母を、醸造協会（現在の財団法人日本醸造協会）が分離、純粋培養し、全国の酒蔵に頒布するというシステムがやがて整えられていった。このような酵母が今日のきょうかい酵母である。
現代
大正時代から昭和時代初頭、1920年代には、国立醸造研究所を中心として、さらに高度な品質の日本酒の開発が模索され、そうした中でのちに吟醸酒として普及する酒の原形を醸造する清酒酵母が造られ始めた。吟醸酒の実現には酵母のみならず、精米技術の向上など多方面の研究を待たなければならなかったが、やがて1970年代には、醪（もろみ）造りの工程における温度管理の技術が飛躍的に発達し、協会7号や協会9号などの新しい酵母が実用化され、吟醸酒・純米吟醸酒などが出荷されはじめた。
1980年代以降の吟醸酒ブームを受けて、さらに少酸性酵母、高エステル生成酵母、リンゴ酸高生産性多酸酵母といった高い香りを出す酵母が多数つくられ、都道府県の管轄下にある研究センターや農業大学を中心として新たな酵母の開発が進んだ。本ページ「地方自治体開発の酵母」「大学で開発された酵母」「企業・民間機関開発の酵母」などがそれにあたる。
きょうかい酵母
日本醸造協会によって頒布される酵母。
地方自治体開発の酵母
地方自治体の試験研究機関、すなわち工業技術センターや醸造試験所などで開発された酵母をいう。気候や土壌を初めとした、それぞれの地方の自然条件を生かすように開発された「地方自治体開発の酒米」を原料として日本酒を醸造するときに、もっとも清酒酵母としての力が発揮されるように、開発の段階から想定もしくは理想としている場合がほとんどである。
地産地消が求められる中、酒米とともに、優良酵母の開発は地方自治体にとって地元産清酒の品質向上の、また地場産業建て直しの重要な鍵を握っているといえる。このため、酵母開発の競争は激化しており、今や地方自治体開発の酵母を持たない都道府県の方が少ない状態になっている。ただし、開発された酵母は必ずしも各県内のみに流通するのではなく、他県で使用されたり、きょうかい酵母として採用されることもある。また、他の酵母と交配して、その地方内外のための新たな酵母を開発するための親株となることも多い。
大学で開発された酵母
花酵母など。
企業・民間機関開発の酵母
近年、オーストラリアMAURI社の輸入乾燥酵母が販売されている。品種は“さくら”、“ふじ”の二種類。醸造メーカーでは俗に蔵付酵母と呼ばれる自社（開発）酵母を保有し、使用していることが多い。民間機関（シンワフーズケミカルなど）でその自社酵母の乾燥化を受託している。