国鉄ワキ1形貨車
運用
本形式は、1927年（昭和2年）に始まった特別小口扱輸送専用車として運用された。1937年から始まった宅扱急行貨物列車では、車体窓周りに淡橙色の太帯3本と赤の細帯2本を巻き、腰板中央部に大きな白文字で「宅扱」と標記して、東海道本線・山陽本線で運用された。宅扱便は、太平洋戦争中の1942年（昭和17年）に、戦時輸送を強化するために廃止され、本形式は他の有蓋車とともに一般輸送に供された。
1945年（昭和20年）8月に日本が敗戦すると、旅行自粛の解除にともない鉄道輸送量が激増し、客車の荒廃が進んだが、本形式はその収容力の大きさから代用客車としても重宝された。一部は日本を占領した連合国軍に接収され、連合軍専用客車として運用された。その詳細については、後述する。また、連合国軍から返還された車両の一部は貨車に復帰せず、そのまま客車（荷物車）として使用されている。
1949年（昭和24年）には、戦前の宅扱便が急行小口貨物として復活し、本形式は黄かん色で帯と「急行便」標記が施され、ワキ1000形とともに専用列車で使用された。1952年（昭和27年）には、電源をワムフから供給する方式に変更され、本形式に装備されていた車軸発電機と蓄電池箱が原則撤去されている（電源供給車には「▲」、電源のない車両には「△」が標記された）。
昭和29年度貨車更新修繕（昭和29年5月19日通達）により、戦災で休車中の2両（ワキ119, ワキ138）が、新津工場にて復旧工事を受けこの際､電灯装置が新たに取り付けられた。また、大宮工場にて40両、名古屋工場にて40両、高砂工場にて40両、小倉工場にて40両の合計160両にも電灯装置が新たに取り付けられた。この工事は、翌年の昭和30年度貨車更新修繕（昭和30年6月22日通達）でも行われ、前年未改造の車に対して大宮工場にて20両、名古屋工場にて20両、高砂工場にて20両、小倉工場にて25両の合計85両に対して電灯装置が新たに取り付けられた。
昭和34年度貨車整備工事改造（昭和34年8月8日通達）により大宮工場にて37両（関東支社専属の荷物車代用車）に電気暖房装置が取り付けられた。
1961年には、急行便が「特急」（85 km/h）と「急行」（75 km/h）に分離され、本形式のうち50両に黄帯と「特急」標記を施して特急貨物用とされ、急行貨物用は帯を抹消して「急行」と標記された。特急用の黄帯と「急行」標記は、1965年（昭和40年）10月に廃止され、その後「特急」標記も廃止されている。
容積の大きい本形式は、穀物などのバラ積み輸送にも重用された。この場合は、扉部に堰板を設けて車内に流し込んだわけである。後年、穀物専用ホッパ車のホキ2200形が登場したが、同形式は専用の荷役設備を必要とするため、これを要しない本形式は、相変わらずバラ積み輸送用として重用されたという。
1967年（昭和42年）には、東海道新幹線用の緩急車兼用救援車935形として、7両が本形式及び後身形式から改造されている。
本形式の廃車は、1971年（昭和46年）度から本格的に始まり、形式消滅は1979年度であった。
連合軍専用客車
太平洋戦争後の1946年から、本形式から38両が連合軍専用客車として接収された。これらは、他の専用車と同様に明るい茶色の車体に白帯を巻いた姿となり、連合軍専用列車で運用された。その詳細は次のとおりである。
荷物車への転用
1949年、連合国軍から返還されたもののうち、10両が貨車に復帰せず、整備のうえそのまま客車（荷物車）として使用された。その後は、貨車然としたスタイルのまま、急行列車にも連結され、優等列車でありながら混合列車風という、奇妙な光景を現出させた。
オニ6320形
オニ6320形は、旧番号ホミ845（ホミ845形。旧ワキ266）で、1両（オニ6320）のみの存在である。室内の一部が天井氷槽式の冷蔵室となっていたが、長野工場において冷蔵室付きの荷物車としたものである。その際に車掌室を設置し、車端部に開き戸が設けられた。1951年（昭和26年）2月には、大宮工場で救援車に改造されナヤ6560（ナヤ6560形）となったが、1953年（昭和28年）6月の称号規程改正によりナエ2704（ナエ2700形）に改称された。配置は尾久客車区であったが、1969年（昭和44年）5月に廃車された。
935形新幹線貨車
935形は、1967年に浜松工場で改造製作された東海道新幹線用の緩急車兼用救援車である。ワキ1形を起源とするものは、1 - 7の7両で、そのうち1はタイプ1のワキ40、2はタイプ2のワキ61、5両（3 - 7）はタイプ3を起源とするナニ2500形からの改造車（新旧番号対照は前節を参照）である。なお、935形は全部で25両製作されたが、残りはワキ1000形の改造車である。
車内にディーゼル発電機と事故救援器材庫、作業員控室を設けており、妻面には推進運転時の前方監視窓、幕板部には前照灯が取り付けられた。台車は、スリーピース型鋳鋼製TR41Cの標準軌版であるTR8000に交換されており、最高運転速度は70 km/hに低下した。
3 - 7は前述のように車籍復帰車であるが、改造（改番）の手続きはワキ1形時の原番との対照で行われており、車籍復帰の手続きも定かでない。この際の新旧番号対照と現車の旧番号が異なっていることが趣味者の調査により判明している。ここで掲げた対照は、現車調査によるものを正としてある（番号対照による書類上の旧番は、<括弧書き>とした）。ワキ1形を起源とするグループは、老朽化によりワキ1000形改造グループの16 - 25により置換えられ、1977年（昭和52年）に廃車となっている。
台湾総督府鉄道ワル10000形
ワル10000形は、1939年、台湾総督府鉄道向けに製造された本形式の同系車である。車体の形状はタイプ3と同様であるが、屋根上の通風器は4個である。製造時の台車はアーチバー型の鉄道省TR20相当であったが、戦後、枕ばねがコイルバネでコロ軸受け式のスリーピース型鋳鋼製の標準台車に交換された。戦後は、台湾鉄路管理局に引き継がれ、25トン積み篷車25C10000形と改称された。本形式は、代用客車（三等客車または行李車＝荷物車）としても使用された。製造両数は不明であるが、1993年には91両が在籍していたのが確認されている。
一部は、事業用の宿榮車（工事用宿泊車）に改造され、25ES10000形に改称されている。
サハリン州鉄道N-1形
1948年から1949年にかけて、ソヴィエト連邦のサハリン州鉄道向けに160両が製造、輸出されたものである。形態はタイプ2に準じており、台車は当時のサハリン向け貨車と同様のTR24を履いているが、床下の側ブレーキが設けられていない。