近江長岡駅
駅構造
島式ホーム2面4線を有する地上駅。駅舎は構内西側にあり、2つのホームとは地下通路で連絡している。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、大垣駅が当駅を管理している。1999年頃に、直営駅から業務委託駅に変更された。JR全線きっぷうりばが設置されているが、JR東海では、現在は簡易委託駅にもマルス端末が設置されているためか、窓口の「JR全線きっぷうりば」マークは消去されている（時刻表の索引地図では緑色となっているため廃止ではない）。
もともと、現在の国道365号に沿った旧線から米原駅方面へ分岐されたルート上に設置された駅であるため、関ケ原駅 - 米原駅において当駅付近のみ北側へ迂回しているような線形となっている（国道21号や東海道新幹線、名神高速道路等は直進している）。このため、当駅から関ケ原駅まで半径402mのカーブが多数あり、制限速度80km/hの区間が頻発する。
貨物取扱・専用線
現在は臨時車扱貨物のみを取り扱っており、貨物列車の発着はない。
かつては駅北側へ分岐し、住友大阪セメント（旧・大阪セメント）伊吹工場へと続く専用線が存在した。専用線は、かつての東海道本線の廃線跡を一部流用する形で敷設された全長3.7kmで1952年に開通。当初非電化で大井川鉄道から蒸気機関車（15・16）を購入し、1954年に三岐鉄道より102を購入した（15・16は101・103へ改番）。1955年に東海道本線稲沢-米原間が電化され、1956年に電気機関車（いぶき500形）を新製して蒸気機関車101は東洋レーヨン103は桜島埠頭へ売却。102は保管されていたがのちに三岐鉄道へもどり保存されている。運転は1日6往復平日のみ（1993年当時）自社所有のタキ19000形や秩父セメントホキ5700形などが専用線に入線していた。同線の廃止後、いぶき500形は大井川鉄道（現・大井川鐵道）へ転じている。駅構内には貨車のためのヤードも存在したが専用線と共に廃止された。一部の線路のみ残存し、保線機械の留置に使われることがある。
また1980年代まで、近江鉱業長岡工場へ続く専用線もあり、砕石も扱われていた。同社社屋前から駅方向に向かって伸びている築堤に痕跡が残る（一部残された線路上に白い二軸貨車が置かれている）。