小渕内閣 (第2次改造)
人事
小渕恵三首相は、1999年自由民主党総裁選挙で無投票再選にこだわるが、加藤紘一と山崎拓に立候補されてしまう。
その後に続く内閣改造・党三役人事では、総務会長に加藤派が推挙した小里貞利を拒否、加藤に総裁選辞退を訴えていた政調会長の池田行彦を一本釣りし、横滑り起用。また加藤のライバルであった元総裁で早稲田出身の河野洋平を外務大臣に起用した。また山崎派が推挙した保岡興治の入閣も拒否し、早稲田大学雄弁会の先輩で、前総務会長の深谷隆司を通商産業大臣に起用した。さらに、小渕内閣の大番頭であった内閣官房長官の野中広務までが、もともと加藤と親しいという理由で更迭され、小渕派のライバルで参議院議員である青木幹雄が起用された。これは総裁選後の報復人事と囁かれた。
一方、翌年4月に介護保険法が導入されることをにらみ、「(担当閣僚である厚生大臣は)実力者でなければ職務に耐えられない」と考えた小渕は、厚生族で自身の盟友でもある、前首相の橋本龍太郎に入閣を要請したが、橋本は「前年の参院選敗北の責任は自分にある」として入閣を断わり、最終的に、橋本が推薦した丹羽雄哉を厚生大臣に起用した。この丹羽は加藤派であるが、加藤を通さない一本釣りであった。
金融再生委員会委員長の越智通雄が2000年2月19日、栃木県の金融機関関係者への講演で、「検査の仕方がきついとかあったら、どんどん直接おっしゃってください。最大限考慮しますから」と発言し、「手心発言」として論議を呼び、2月25日に辞任、後任は谷垣禎一が就任した。
総辞職
小渕恵三は2000年（平成12年）4月2日、脳梗塞を発症し、順天堂大学医学部附属順天堂医院に緊急入院した。前日から脳梗塞の症状が見られたとされる。この前日の4月1日、連立与党を組んでいた自由党との連立が決裂していた。4月1日午後、小渕は、政権運営がより困難になったこの緊急事態について記者から質問され、10秒前後の不自然な間の後、ようやく言葉を発することができるといった状態であった。緊急入院前に行なわれたこの記者会見での奇妙な間が、後に脳梗塞の症状ではないかと報道された。そして、この時はたまたま梗塞から回復したために約10秒後に言葉を出すことができたとされる。
小渕は入院後、執務不能のため内閣官房長官の青木幹雄を内閣総理大臣臨時代理に指名したとされる。しかし、青木の首相臨時代理就任については「疑惑」がつきまとい続けた。脳梗塞で既に意識を完全に失っていたように思われる小渕自身に果たして首相臨時代理の指名を行うことが出来たであろうかという問題は、必然的に野党・マスメディアに厳しく追及された。にもかかわらず、「疑惑」の張本人である青木自身が記者たちからの「本当は脳死ではなかったのか?」などの異議申し立てを却下する張本人であったため、また、担当医師たちが首相臨時代理指名は不可能だったと思わせる説明を繰り返したため、疑惑は色濃く残ったままとなった。この青木の首相臨時代理への就任劇の不透明さの上に、更に小渕の後任となる新総裁森喜朗の誕生劇に関する不透明さが加わってしまったため、この一連の動きは「五人組による密室談合政治」として世間から大いに批判されることとなった。
また、それまで自民党を支配しているとされた旧経世会系の小渕政権が突然倒れたことにより、福田赳夫内閣以降、総理総裁派閥から遠かった清和会の森に総理総裁の座が転がり込むこととなった。また、後に同じ清和会の小泉純一郎が森の後継として首相となり、長期安定政権を保ちつつ平成研究会（旧経世会）を冷遇し続けたため、旧経世会による自民党支配・政権支配は小渕政権で終わったとされる。