魔法少女・オブ・ジ・エンド
魔女の血族
かつて、ある人間が悪魔と契りを交わしたことによって生まれた子供が不思議な力を持った。周囲の人々はその子供を“魔女”と呼んで気味悪がり、時代（とき）の権力者によって魔女は処刑の対象とされ、魔女狩りが行われる。魔女たちは逃亡するが、魔女と疑わしき者たちは次々迫害され、虐殺されていく。逃げた魔女の1人が男と恋に落ちて結ばれ、やがて女の子が産まれるが、その女の子も魔女の血が流れているために不思議な力が備わっており、魔女と人間の子であるこの女の子を、2人は“魔法少女”と呼んだ。
魔法少女は子を成し、魔女の血族はその後も途切れることなく代々繁栄していった。魔法少女と人間の間に産まれる子供は必ず女性であり、魔女の力を受け継いだ魔法少女として産まれる。ただし、同じ血族でも能力の種類は異なり、能力は後天的に発現するもので、発生時期にも個人差がある。
現存している血族の家系は“13”存在し、ことねは第七世代、娘のつくねはその次の第八世代にあたる。さらにその次代である第九世代の魔法少女は、敵の目的によってその中の10人が行方を眩ましている。
亜種魔法少女
通称「オルタナティブ・マジカル」。
遥か上空から開いた時空間通路（ワームホール）から、突如として出現した不思議な力を使う謎の少女たち。それぞれが個性的な魔法を使い、必ず「まじかるー」と発言する（言い方はそれぞれの亜種魔法少女によって異なる）。また、亜種魔法少女の名前の後につくMは、基本的に「マジカル」と読む。
様々な手段で多くの人間を虐殺するが、その目的は不明。倫太郎の尋問により、20年後の未来から来たこと、その創生に未来のつくねの体が関わっていることが明かされた。
その正体は魔法少女の血で生成され、破壊と殺戮を目的として作られた未来兵器。「魔法少女が出現しない世界」では、美羽と殿ヶ谷によって、新たに作られた亜種魔法少女たちは貴衣たちの仲間として動き、知能と意思疏通能力を与えられた。しかし味覚や満腹中枢などは持ち合わせておらず、何も食べなくても生きられるらしい。
亜種魔法少女たちの外見のデザインは、姫路がつくねから奪った箱に入っていた絵やぬいぐるみが元になっている。
魔法はそれぞれが手に持つステッキにより行われており、そのほとんどが直接的・間接的に致命傷を与える能力を持つ（例外としてパラサイト・Mなどがいる）。ステッキを所持している間はどれだけダメージを負っても再生してしまうが、ステッキを壊されると粉々になって消滅する。
最終章では満身創痍の姫路を連れて未来へ戻ったパペットマスターが時空間通路（ワームホール）を閉じていくことで、一部の亜種魔法少女達は過去の時代へ送られず、20年後の世界で次々と人間達を虐殺していく。
しかし黒呂木零が創生した零世界では、魔法少女と共に亜種魔法少女の存在も消滅してしまったが、現代のつくねの魔法によって再創生された世界で復活を果たし、魔法は使えなくなってしまったが、一人の人間として生きている。
まじかるゾンビ
亜種魔法少女に殺害され、黒いドレスを着飾った魔法少女として蘇った者たち（ただし、まじかるゾンビと化す者は“魔法（ステッキ）で殺された”者だけであり、パラサイト・Mの格闘術による攻撃や魔法少女の攻撃で頭部や上半身を失った一部の者は例外）。オリジナルの亜種魔法少女同様、「まじかるー」と発言する。
驚異的な身体能力で生存者を惨殺していくが、オリジナルの亜種魔法少女とは違ってステッキが無いので魔法は使えず、再生能力も持っていないため、頭などに致命的な物理攻撃を加えれば倒せる。