構造主義生物学
概観
一言で構造主義生物学と言っても、日本以外の構造主義生物学と日本の構造主義生物学は、その理論内容や受けている評価が異なる。まず、構造主義生物学として、イギリスのウェブスタとブライアン・グドウィン（en:Brian Goodwin）が挙げられる。彼らは柴谷篤弘より数年早く名乗りを上げた。そして、ウェブスタとグドウィンの協力者として、ピーター・ソーンダース（en:Peter Saunders）および何美芸（en:Maewan Ho）がおり、グドウィンの唱える「動的構造」の考え方を支持していると見られる。なお、グドウィンらの構造主義生物学と日本の柴谷・池田らの構造主義生物学とでは、遺伝とDNAについての見方において大きく異なっている、という（後述）。なお柴谷によれば、グドウィンらの構造主義生物学は、西欧の生物学のなかである程度の市民権を得ているように見えるという。その他日本以外では、構造主義の考え方を生物学に用いる傾向のある人物としては、上記の他に、スティーヴン・ジェイ・グールド、スチュアート・カウフマン、デイヴィッド・ランバート（en:David Lambert (author)）、en:Rupert Riedl、en:Adolf Seilacher、en:Gunter Wagner、en:Gerry Websterなどが挙げられる。日本においては、池田清彦や柴谷篤弘らが構造主義を応用した生物学を提唱している。ただし、この日本の構造主義生物学は日本の学会の主流からは認められていない。1986年に大阪で、構造主義生物学の国際的な会合が開かれ、ジョゼフ・ニーダム、フランシスコ・バレーラらが参加した。
グドウィンの構造主義生物学
（以下の説明は、柴谷『構造主義生物学』の解説に基づく。）
柴谷の『構造主義生物学』の解説によれば、グドウィンはおよそ次のようなことを説明しているという。
生物のかたちは「分子」からでは見えてこない。生物の「かたち」を支配しているものは、物理学的・幾何学的な形態形成場であり、それは生物であるか無生物であるかを問わず、関係性として普遍的な「ジェネリックな（generic)空間の、生成的な(generative）性質である」。例えば、二次曲線の円、楕円、双曲線、放物線などが、三次元空間における円錐の二次元切断面に現れる曲線の変換群だとして理解できるのと同様に、生物の「かたち」というものも、統一的な「場」の変換として理解できる。「かたち」が生成する場における媒介変数が、生物ごとに変化しているのであって、「遺伝」というのは、その変数を安定化するものにすぎない。つまり、「かたち」のもとは空間に内在し、場の法則で変換されるものであり、遺伝子や分子に原因があるのではない。個体発生も系統発生も、このような空間のゆるぎない（robust）　「かたち」生成能にもとづいており、それが動的に分岐している階層性として理解できる。
 — 柴谷篤弘『構造主義生物学』p.226
グドウィンの考えの中心的な論点は、反分子遺伝学であり、「発生的構造主義」ともいえるものである。グドウィンの理論は、ウェブスタの「"かたち"についての理論的考察」や「合理的形態学 rational morphology」、あるいはそれにもとづいた分類学や進化理論の探究と関連がある。また、グドウィンの構造主義生物学の考え方は、今日の複雑系の理論のひとつである、カウフマン(Kauffman）の秩序生成の理論と親近性があるようである。
（グドウィンらの理論と柴谷・池田らの理論では）遺伝とDNAについての見方はすっかり異なっている。
グドウィンらの理論は、はじめピアジェに基づいていて、構造をDNAの「外」に求めている、DNAは空間の基本的な「構造」にたいして二次的な、むしろ偶発的なもののようである。
それに対して、日本の柴谷や池田の理論のほうはソシュールに基づいていて、自然言語から出発して遺伝暗号系という生物におけるれっきとした「構造」の存在を基盤としていて、そこでは、構造をDNAの「上」（inではなくて、aboveまたはoverの意味での「上」）に求めている、この理論では、DNAは「構造」のすべてではないけれども その重要な成分である。
柴谷篤弘による構造主義生物学
柴谷篤弘による構造主義生物学は『構造主義生物学』（東京大学出版会、1999年）においてまとめて解説されている。
それによると、『進化における上位分類群間の差異の起源については、これを単に新しいゲノムの創立としてあつかうのでなく、「構造」の創立として解かねばならない。「構造」とは、自然言語の例に見るように、人間の脳内に仮構される定式である。』と説明し、『「構造」はそれにあらたな成分が生成または付加されることがあっても、対応する外界の実態のように随時変動はしない。この仮構が外界の理解に役立てば、あたかも外界にその「構造」が実在するかのように、科学人も普通人も同様に考えてしまうことが一般である。』とする。
『「構造」は遺伝子DNAの上位にあり、それを組織化し、概念上ある種の「論理回路」ともいうべき形式に構築される。しかし、それは物理法則のように生物の外部にあるのではなく、むしろ個々の生物や細胞に封じ込められている。このようにして生物現象は恣意的な「構造」に還元される』と述べる。そして、『「構造」は物理法則と両立するが、「構造」の成立は物理的必然によっては規定されない』とする。
柴谷・池田の理論と親近性のある理論・説
（以下の説明は、柴谷篤弘『構造主義生物学』に基づく。）
団まりなによる階層構造理論
団まりなは、1996年、生物の複雑さを読み解くための階層構造の理論で、上下の包含関係と上位における新機能の付加の2点を基準にして、明瞭に定義された「階層構造」の概念によって、生物の複雑さを読み解く試みに相当程度 成功しており、この理論における「階層構造」は、「私たち（=池田・柴谷）の」構造主義生物学でいう「構造」の概念と親近性がある。
ただし、団まりなが複相細胞（ディプロイド）の出現そのものを新しい構造の発生とは見ておらず、単相細胞（ハプロイド）細胞からの（受精による）複相細胞の出現を、他の複雑化増大の場合と同様に「階層の上昇」ととらえる点では、柴谷らの考え方とは異なっている。
吉田民人の説
吉田民人は、生物学を「情報」の新しい解釈によって、法則にもとづく物理的科学から引き離し、経済学などとともに「プログラム科学」に統一しようと提唱しており（吉田・鈴木 1995）、この理論では「自己組織性」が鍵概念となり、その意味で複雑系の研究につらなっている。そして「『情報』概念のあつかい方で、私たちの主張とどこまで通じあえるのかをさらに見極める状況にある」、と柴谷は述べている。
評価
河田雅圭は『イミダス 2002』において、日本版構造主義進化論を「ほとんど実証例がない」カテゴリに分類し、具体的な実証例はまったくなく、実証自体が困難である、とした。
粕谷英一および浅見祟比呂は、池田清彦の進化学に対する論評は不正確な理解と引用による言説が多く、進化学的考察には誤りが多いと批判している。