JR三山木駅
駅構造
島式ホーム1面2線を持つ高架駅。2002年（平成14年）3月16日の高架化完成時、ホームは4両編成分の長さだったが、2010年（平成22年）3月13日の改正に伴う京田辺駅 - 木津駅間7両編成化で、7両編成分相当の長さまで拡張工事が行われた。高架駅化後、エレベーター・エスカレーターは設置されなかったが、2010年（平成22年）12月1日から使用可能となった。トイレは駅構内に未整備だが、駅前に公衆トイレがある。学研都市線の単線区間では、唯一の高架駅である。
長尾駅管理の無人駅。ICOCA利用可能駅（相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照）で、自動券売機および簡易式の自動改札機が設置されている。
ダイヤ
1時間に2本の快速・区間快速が停車する。平日朝7・8時台の京橋方面は計6本である。また、停車列車は、ドア横のボタンを使って乗り降りする。
路線バス
近鉄三山木駅を参照。
駅名の由来
「三山木」は所在地に由来し、当駅向かいの近鉄京都線三山木駅と区別するためJRを冠した。1997年（平成9年）までは「上田辺駅」であったが、京田辺市の市制施行に先立ち、JR西日本が結果的に近鉄の駅名に合わせた。