RFLP
断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法
以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。

個体A
               a                     b         c
               |         2 kb        |   1 kb  |
DNA -----------|---------------------|---------|-------
             SfaN I                SfaN I    SfaN I
                     =========
                   プローブと相補的な領域

個体B
               a                     b         c
               |              3 kb             |
DNA -----------|-------------------------------|-------
             SfaN I                          SfaN I
                     =========
                          

      サザンブロッティングの結果   ↓                 
                                        
         5 kb _____                     
         4 kb _____                     
                                        
         3 kb _____            ______            
                                               
                                              
         2 kb _____   ______                   
                                              
                                               
                                              
         1 kb _____                           
                                        
                                        
         サイズ　      個体A    個体B 
         マーカー                   
                                        
上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。
         個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しない==はプローブが結合する領域。
下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。
（簡略のため一倍体生物を想定している）