醒ケ井駅
駅構造
地上駅。単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線があるが、単式ホーム側は閉鎖されている（よって、実質的に1面2線）。単式ホームに接して、コミュニティセンターが併設された駅舎が置かれている。島式ホームとは跨線橋で連絡している。
JR全線きっぷうりばがあったが廃止され、大垣駅管理の簡易委託駅（米原市シルバー人材センター受託）となっている。なお、マルス端末は設置されているが、取り扱いに制限がある。
大垣保線区
大垣保線区醒ケ井保線支区が存在する。駅舎と別棟に、保線区現場事務所が存在する。
これら醒ケ井駅構内から工事用車両の進入の他、クレーン車、軌道車などが格納されている車庫が存在する。