MPD・平和と民主運動
市民の党をつくる新聞「新生」
市民の党の母体となった政治団体「立志社」の発行する新聞で、党が推す議員の選挙を詳しく報じるなど事実上の機関紙として機能していた。1979年から月2～3回刊行していたが、2002年以降は休刊状態となっている。
この新聞は、1988年4月に、よど号ハイジャック犯の元リーダー田宮高麿の著書「わが思想の革命」の書評にも大きく紙面を割いており、「チョソン（北朝鮮）に来てから、これまでの18年間は自己を革命化する日々だった」という田宮が北朝鮮から送ったメッセージを掲載している。また、1983年の衆院選を前に、菅を「市民派の象徴というべき人物」と紹介しており、軍縮に絡み「レーガン米大統領とアンドロポフソ連書記長をスペースシャトルに乗せて青い地球を見せる」と述べた菅のインタビューを掲載している。1984年1月の紙面には「市民政治の芽を太い幹に」との見出しで「労働運動と市民運動が両輪となるような運動のあり方をぜひ追求したいと思う」といった菅のメッセージを掲載した。またカンボジア内戦（カンボジア・ベトナム戦争）についてはカンプチア人民共和国（ヘン・サムリン政権）やベトナムに批判的な姿勢をとった。
横浜市会の議場占拠
2002年5月29日の横浜市会議場で、党所属の井上桜・与那原寛子両市議が、国旗に手をかけ引きずり降ろそうとし、議場から退場させられる騒ぎとなった。さらに両名は6月5日、議長席と事務局長席を占拠し、開会を妨げ議会を空転させた。
一連の騒動を受けて懲罰特別委員会が開かれ、その中で両名は「議長は着席しておらず、開会宣告自体、正規のものと受け止めていない」などと主張した。議論の結果、懲罰委員会では「除名処分が妥当」との結論が出された。
6月25日の本会議で、自民、民主、公明、民主横浜みらいの4会派の賛成によって議会からの除名処分が可決され、両名は失職した。共産会派は除名処分には反対したものの、「議会制民主主義のルールに沿った手続きを踏んでいないのは明らか。反省の言葉が聞けないのは残念だ」と述べ、両名に陳謝を求めた。
選挙応援中の違反事件
2009年9月15日、党所属の伊沢桂子元東京都議が公職選挙法違反の容疑で逮捕された。同年の8月30日に行われた第45回衆議院議員総選挙において、民主党・山花郁夫議員への投票を呼びかける手紙を、公示日である8月18日より前に出したとされる。
よど号犯と拉致容疑者の長男を擁立
2011年4月に行われた第17回統一地方選挙三鷹市議選に、市民の党の公認候補として森大志が立候補し、落選した。
森大志の父親はよど号ハイジャック事件を起こしたよど号グループ元リーダーの田宮高麿、母親は石岡亨・松木薫を欧州から北朝鮮に拉致した結婚目的誘拐容疑で国際手配を受けている森順子容疑者である。
森大志は1983年に北朝鮮で生まれ、『日本革命村』と呼ばれる、田宮を含む、よど号グループの家族8世帯が生活し、革命村本部の周囲には、射撃練習場や格闘技場、研究所、アパートなどがあり、「日本を金日成主義化するため青春も生命も捧げて闘う」「金日成同志の教示と金正日同志の教えを無条件、徹底して遂行する」「組織の秘密を命懸けで守りながら活動する」「日本革命の偉業を代を継いで最後まで継承し完成させていく」といった『10の誓い』を毎朝、全員で唱えるなど、金正日総書記直轄の連絡部56課の指導のもと、家族全体で日々、革命教育が行われ、日本を金日成主義化するための革命教育が行われていた、平壌中心から車で約1時間の三石区域元新里の大同江沿いの場所で育ち、田宮を校長として、子供らを立派な金日成主義革命家にするための洗脳教育がなされた『日本革命村小学校』で思想教育をうけたとされ、2004年に日本に入国していた。
政権交代をめざす市民の会
2006年に斎藤まさしの呼びかけで設立されたとされる政治団体が政権交代をめざす市民の会（めざす会）である。めざす会の代表は、市民の党所属の厚木市議会議員奈良握が務めている。さらに、めざす会と市民の党の事務担当者は同じ人物が務めている。
活動資金は、斉藤まさし（名義は酒井剛）をはじめとした市民の党所属の地方議員からの献金と、民主党関連の政治団体からの献金が収入のすべてを占めている。支出としては人件費、組織活動費、選挙対策費が多くを占めている。また2009年には、めざす会からMPD・平和と民主運動へ、8回に分けて計1000万円の寄付がなされている。
市民の党、MPD・平和と民主運動、めざす会が、人員や資金を融通しながら一体として活動しているのが実態である。
献金問題
政権交代をめざす市民の会に対し、菅直人、鳩山由紀夫、小宮山泰子、鷲尾英一郎の関連団体から計8140万円の金と、民主党東京都総支部連合会から600万円の金が献金されており、市民の党には、小宮山泰子、池田元久、黒岩宇洋、大久保潔重、松崎哲久、鷲尾英一郎の関連団体や、城島光力個人などから計1793万円が政治献金されていた。
資金の動きは複雑に絡み合い、民主党、市民の党、めざす会が密接に結び付いている形になっていた。また、市民の党が事務所をかまえるビルには、小宮山泰子や鷲尾英一郎の関連団体なども入居していた。
2011年7月19日の衆議院予算委員会における自民党・古屋圭司議員の質疑により、菅や鳩山を始めとした民主党の国会議員および地方議員からの1億63万円の資金を含めると、めざす会や市民の党、MPD・平和と民主運動への関連3団体への献金が、総額2億596万円にのぼることが明らかになった。古屋圭司は政治資金収支報告書から、めざす会や市民の党における人件費が突出しており、これは民主党候補陣営にボランティアと称して運動員を派遣し、その裏で給与を支払っていた可能性を指摘している。
また、菅の資金管理団体である「草志会」から、政権交代をめざす市民の会に5000万円を提供した2007年、民主党から草志会に計1億2300万円の献金があり、事実上民主党は政党助成金で市民の党などを支えていた形であった。
他にも、2011年8月11日、参議院予算委員会における自民党・西田昌司議員の質疑では、上記民主党国会議員ならびに地方議員を経由した政治資金規正法に抵触する可能性のある迂回献金が、民主党議員と市民の党所属議員との間でなされている可能性があるとの指摘があった。