軍艦旗
軍艦旗（ぐんかんき、(Naval) Ensign）とは、軍隊（主に海軍）に所属する艦船であることを表章する為に掲揚する旗章である。軍艦は、国際慣習法（公海に関する条約第8条並びに国連海洋法条約第29条）により、国籍を示す外部標識(external marks)を掲示する必要があり、船舶における軍艦旗の掲揚は、それに該当する。軍艦旗は戦闘時には戦闘旗（Battle ensign）として用いられる場合もある。
また、軍艦旗とは別に、船の国籍を示す際に艦首部分に掲げる国籍旗（艦首旗とも、(Naval) Jack）が個別に定められている国があれば、軍艦旗のみを定めている国や、国籍旗のみを定めている国もあり、各国で異なっている。軍艦旗とは別に海軍旗を定めている国もある。
軍艦旗の掲揚
平時において、軍艦は、停泊中は午前8時から日没までの時間、航海中は常時、艦尾の旗竿ないし斜桁（ガフ）に軍艦旗を掲揚する。戦闘時においては戦闘旗としての掲揚が行なわれる。
海上自衛隊礼式規則（昭和40年5月24日海上自衛隊達第33号）第21条（自衛艦旗を掲揚し又は降下する場合）によると、自衛艦において定時に自衛艦旗を掲揚し又は降下するときは、定時10秒前に喇叭を以て「気を付け」を令して定時に喇叭君が代（帝国海軍および陸軍で使用していたものと同じ喇叭用の曲（喇叭譜）で、一般の楽譜とも陸上自衛隊と航空自衛隊で使用する君が代の喇叭譜とも異なる）1回を奏するものとし、当直士官は、艦橋又は後甲板付近に措いて掲揚（降下）を指揮しつつ、自衛艦旗に対し挙手の敬礼を行う。艦橋及び露天甲板にある者は、自衛艦旗に対し挙手の敬礼を行い、その他の場所にある者は、姿勢を正す敬礼を行う。海上自衛官は、陸岸において自衛艦旗の掲揚又は降下を目撃するときは、その場に停止し、当該自衛艦旗に対し敬礼を行う。
音楽隊の乗り組んでいる自衛艦が、外国軍艦と同所に在泊し、定時に自衛艦旗を掲揚又は降下するときは、「国歌」を奏した後外国軍艦の首席指揮官の先任順序により逐次当該国の国歌1回を奏する。但し、外国の港湾に在泊するときは、「国歌」に続き当該国の国歌を先に奏するものとする。自衛艦が外国軍艦と同所に在泊し、定時の自衛艦旗の掲揚又は降下に際して外国軍艦において奏する「国歌」を聞き、又は自衛艦において外国の国歌を奏するときは、艦橋及び露天甲板にある者は自衛艦旗又は当該国の軍艦旗に対し挙手の敬礼を行い、その他の場所にある者は起立して姿勢を正す敬礼を行うものと定められている。かかる取扱いは海上自衛隊以外の海軍においても、基本的に同じである。これらの海上自衛隊における自衛艦旗に関する礼式については海上自衛隊の礼式も参照。
また、軍艦以外の船舶は、軍艦とすれ違う際、敬意を表してその掲げている国旗を半下して行なう敬礼（半旗）をするのが通例である。これを受けた軍艦は、軍艦旗を半下して答礼を行ない、また国際信号旗で“御安航を祈る(UW)”を掲揚して応える。
国連海洋法条約第三節において、潜水船その他の水中航行機器が無害通航権を行使するためには、沿岸国の領海においては海面上を航行し、かつ、その旗を掲げなければならないとされており（第20条）、潜水艦も他の軍艦に同じ権利を得るためには、国旗又は軍艦旗等を掲揚する必要がある。
アメリカ海軍や海上自衛隊のLCAC-1級エア・クッション型揚陸艇では、プロペラへの巻き込みを防ぐため、軍艦旗を掲揚せず、旗章を艇体へ塗装することで代用している。
イギリス及び連邦・旧植民地の海軍旗
イギリス海軍の軍艦旗は、イングランドの国旗をベースとし、白地を赤十字で四分しカントンに国旗（ユニオンジャック）を配した「ホワイト・エンサイン」と呼ばれるものである。なお、青地（ブルー・エンサイン）であれば海軍予備隊旗あるいは政府船旗（もしくは一定の条件を満たした民間船旗）であり、赤地（レッド・エンサイン）であれば一般の商船旗である。艦首旗は国旗と同一。
このホワイト・エンサイン型の旗は、イギリス連邦諸国および植民地であった国の海軍旗に広く見られる。
イギリス海軍旗の間接的影響
イギリス海軍が世界各国の海軍の模範とされた影響で、旧イギリス領以外の国にも、白地を4分割し、カントンに国旗を描きこむというパターンは世界各国の海軍旗に広く見られる。4分割を十字形の線で行っている場合とそうでない場合がある。また地色が白以外（多くは海を連想させる青系の色）である場合もある。
アメリカの海軍旗
アメリカは国籍旗のみを定めており、軍艦旗は星条旗をそのまま掲揚する。現用の国籍旗は、元は独立戦争時に用いられたもので、「ファースト・ネイビー・ジャック（The First Navy Jack）」と呼ばれる。星条旗と同じ13本の紅白のストライプを横切るかたちで描かれたガラガラヘビと、「DONT TREAD ON ME（私を踏みつけるな＝我々の自由と権利を蹂躙するな）」のモットーが書かれている。元は星条旗のカントン部が国籍旗として用いられていたが、2002年9月11日以降は、連邦政府や商船など非海軍用旗に変更された。
これと似たもので、アメリカでは「ガズデン旗」がある。こちらではガラガラヘビはとぐろを巻く図案で、黄色地である。これは国籍の識別という国籍旗本来の目的を阻害しないためである。一般的には民間用であるが、歴史的に大陸海兵隊で用いられた経緯などから、現在もアメリカ海兵隊で使われることがあるほか、アメリカ陸軍のACUワッペンにも同じ図案があり、最近のティーパーティー運動など、愛国的な意図でよく用いられる。
ロシアの海軍旗
ロシアでは帝政時代の17世紀末、ピョートル大帝のデザインによる、白地に青十字の聖アンドレイ十字旗が海軍の軍艦旗に定められた。1992年、ソ連崩壊後のロシア連邦になってから旧国旗とともに復活した。
ドイツの海軍旗
ドイツの海軍旗は、政体の変動による国旗の変遷と共に変化しているが、全体または一部に国旗と同一の色（黒・赤・金又は黒・白・赤）を配し、中央やや旗竿寄りに国を象徴する紋章・意匠を配するパターンは概ね共通していた。ドイツ連邦共和国の海軍の軍艦旗は、スカンディナヴィア半島・バルト海沿岸諸国で伝統的に使われてきた燕尾形のものになった。
中国の海軍旗
中国の軍艦旗は、星の隣にあるのは漢数字「八一」を図案化したもので、人民解放軍建軍の日とされる南昌起義のあった1927年8月1日を意味する。陸軍はこの青白の部分が緑で、空軍は淡青となる。
中華民国(台湾)の軍艦旗
中華民国(台湾)海軍の軍艦旗は国旗（青天白日満地紅旗）と同一である。
燕尾形海軍旗
スカンディナヴィア半島 - バルト海沿岸諸国は伝統的に、旗の右側（旗竿の反対側）に燕尾形の切込みを入れたものを海軍旗としてきた。第二次世界大戦後のドイツ連邦軍も、この伝統に習って海軍旗を燕尾形にしている。
沿岸警備隊
独立した沿岸警備隊を有する国では、海軍との違いを明確にするため、別途制定された船艇旗（エンサイン）を掲揚することがある。海上保安庁では羅針盤を図案化した「海上保安庁庁旗」を制定しており、船舶の引渡式ではマストから造船会社の社旗を降下、海上保安庁庁旗を掲揚して引渡が完了する。
公船・商船
沿岸警備隊以外の公船や商船は船尾に国旗（商船旗）、船首旗に社旗を掲げる。掲揚するのは船籍の国旗であるため民間企業では所在地と異なる国旗を掲揚する船も多い（便宜置籍船）。
造船会社では顧客に引き渡すまで社旗を掲げ、引渡式で顧客の使用する旗に切り替える。
国際法とは無関係だが、日本の漁船は縁起を担ぐため出港・入港時に大漁旗と呼ばれる旗を掲げる慣習がある。