EncFS
非常に長いファイル名をサポートしない
暗号化により、EncFSが暗号化したファイルのファイル名は通常は元のファイルより長くなる。そのため、ファイルシステムがサポートするファイル名の長さの制限に近い、長いファイル名のファイルの場合、EncFSはファイルを保存することができない。ほとんどのファイルシステムではファイル名が255バイトに制限されているため、その場合、EncFSは最大で190バイトまでのファイル名しかサポートしない。
安全性
2014年2月にTaylor Hornbyよるセキュリティ監査が行われた。このレポートでは、「EncFSは1つの暗号化データが攻撃者に渡った場合はおそらく安全であろう。しかし、異なる時間の2つ以上の暗号化データが攻撃者に渡った場合は安全ではない。EncFSはファイルの悪意ある改ざんを防ごうとしているが、その機能に重大な問題がある」と報告されている。
暗号化方式
Blowfish（鍵長160ビット、ブロックサイズ512ビット）またはAES（鍵長192または256ビット、ブロックサイズ1024ビット）が利用可能である。