Suppose X=[x1,x2,x3,x4],Y=[c,a,t], the forward variable α2c​ represents the score of all possible alignments of length two up to the first two frames that ends in c in the first output of the transcription. There’s only one possible alignment for that x1→c, x2→c. This is simple to compute.
Supposons que X=[x1​,x2​,x3​,x4​], Y=[c,a,t], la variable forward α2c​ représente le score de tous les alignements possibles de longueur deux jusqu’aux deux premières trames qui se termine par c dans la première sortie de la transcription. Il n’y a qu’un seul alignement possible pour ce x1→c, x2→c. C’est donc simple à calculer :