达尔文认为，在确定在相似环境中独立进化的物种的差异时，最重要的影响是什么？
第十一章涉及生物地理学的证据，首先观察到不同地区动植物的差异不能仅仅用环境差异来解释；南美洲、非洲和澳大利亚都有相似纬度的气候区域，但这些区域的动植物却大不相同。在一个大陆的一个地区发现的物种与在同一大陆的其他地区发现的物种比在其他大陆上发现的物种更紧密地联系在一起。达尔文指出，迁徙障碍在不同地区物种之间的差异中发挥了重要作用。大西洋沿岸和中美洲太平洋沿岸的海洋生物几乎没有共同的物种，尽管巴拿马地峡只有几英里宽。他的解释是移民和下降加上修改的结合。他接着说：“根据这一经过修改的继承原则，我们可以理解，属、全属、甚至科的部分是如何被限制在同一区域的，这是如此普遍和臭名昭著的情况。”达尔文解释了一个火山岛是如何在距大陆几百英里的地方形成的，可能会被来自大陆的一些物种所殖民。这些物种会随着时间的推移而改变，但仍与大陆上发现的物种有亲缘关系，达尔文观察到这是一种常见的模式。达尔文讨论了将物种分散到海洋中去殖民岛屿的方法，他对其中的许多进行了实验研究。
他的解释是移民和下降加上修改的结合。