2009年的一项研究得出的结论是，昆虫数量的增加依赖于什么？
但是Bt棉花对许多棉花害虫无效，例如植物害虫、臭虫和蚜虫；根据具体情况，使用杀虫剂防治这些害虫仍然是可取的。康奈尔大学、中国农业政策研究中心和中国科学院在2006年对中国Bt棉花种植进行的一项研究发现，经过7年的时间，这些通常由杀虫剂控制的次生害虫已经增加，由于转基因种子的额外费用，必须在与非Bt棉花相似的水平上使用杀虫剂，并给农民带来较少的利润。然而，中国科学院、斯坦福大学和罗格斯大学2009年的一项研究反驳了这一点。他们得出结论，转基因棉花有效地控制了棉铃虫。次要害虫主要是沼泽（植物）害虫，其增长与当地的温度和降雨量有关，只有一半的村庄继续增长。此外，用于控制这些次生昆虫的杀虫剂使用量的增加远远小于由于采用Bt棉花而减少的杀虫剂使用总量。2012年中国的一项研究得出结论，Bt棉花使杀虫剂的使用量减少了一半，瓢虫、草蛉和蜘蛛的使用量增加了一倍。国际农业生物技术应用收购服务机构（ISAAA）表示，2011年全球转基因棉花种植面积为2500万公顷。这是全球棉花总种植面积的69%。
温度和降雨量