যুদ্ধের বাকি সময়টুকু কম্পটন প্রত্যক্ষভাবে ম্যানহাটন প্রজেক্টের সাথে জড়িত ছিলেন।
যুদ্ধের বাদ-বাকী সময় কম্পটন ম্যানহাটান প্রকল্পে প্রত্যক্ষভাবে জড়িত ছিলেন। দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে দলের অন্যতম সদস্য ছিলেন তিনি।