maladies infectieuses
Méthodes basées sur les acides nucléiques d'identification des maladies infectieuses
Introduction
Les méthodes génotypiques détectent les séquences d'ADN ou d'ARN extraites du microrganisme et spécifiques de ce microrganisme. Les séquences peuvent ou non être amplifiées in vitro. L'identification basée sur les acides nucléiques (moléculaire) est de plus en plus utilisée dans les situations cliniques; l'identification rapide qui en résulte permet au patient d'être placé sous un traitement antimicrobien spécifique et d'éviter les traitements empiriques prolongés par des médicaments potentiellement inappropriés. Les méthodes basées sur les acides nucléiques sont généralement spécifiques et très sensibles et peuvent être utilisées pour toutes les catégories de microbes. Les résultats sont obtenus rapidement. Comme chaque test est spécifique d'un seul microrganisme, le médecin doit envisager les diagnostics possibles et orienter sa prescription en conséquence. Par exemple, si un patient présente des symptômes évoquant une grippe mais que la saison grippale est terminée, pratiquer un autre test de diagnostic viral plus général (p. ex., culture virale) plutôt qu'un test de la grippe est préférable parce qu'un autre virus (p. ex., para-influenza, adénovirus) pourrait être en cause. Des progrès récents ont permis le développement de dosages multiplex, dans lequel un test à base d'acide nucléique unique permet de différencier ≥ 2 microrganismes en cause. Des tests multiplex sont actuellement disponibles pour détecter les agents de guerre biologique, les variants du SARS-CoV-2 et certains agents pathogènes des voies respiratoires (c'est-à-dire, des tests multiplex pour un panel de virus respiratoires tels que le virus respiratoire syncytial RSV [virus syncytial respiratoire ou VRS], les adénovirus, la grippe, la para-influenza, ainsi que des agents pathogènes non viraux tels que les pneumocoques, les mycoplasmes et les chlamydiae). Les tests multiplex ont une sensibilité et une spécificité similaires aux tests à cible unique, mais sont principalement qualitatifs et peuvent être plus difficiles à interpréter chez un patient donné. Ces techniques sont qualitatives, mais il existe des méthodes quantitatives pour un nombre limité d'infections (p. ex., Hépatite B, aiguë , 