maladies infectieuses
Introduction au diagnostic biologique des maladies infectieuses
Introduction
Les examens biologiques permettent d'identifier les microrganismes de façon directe (p. ex., examen macroscopique, microscopique, mises en culture) ou indirectement (p. ex., par recherche d'anticorps spécifiques d'un microrganisme). Les principaux types de tests comprennent les suivants Microscopie None Culture None Tests immunologiques des maladies infectieuses (tests d'agglutination comme l'agglutination au latex, les dosages immunoenzymatiques, Western Blot, techniques de précipitation et réactions de fixation du complément) Méthodes basées sur les acides nucléiques d'identification des maladies infectieuses None Méthodes d'identification non basées sur les acides nucléiques des maladies infectieuses None La culture est généralement l'examen de référence pour l'identification des microrganismes, mais les résultats peuvent nécessiter plusieurs jours ou semaines pour revenir et les microrganismes pathogènes ne poussent pas toujours en culture, d'où l'intérêt des autres examens. Lorsqu'un germe pathogène est cultivé et identifié, le laboratoire peut également tester sa Antibiogramme aux agents antimicrobiens. Parfois, des méthodes moléculaires peuvent être utilisées pour détecter des gènes de résistance spécifiques. Certains tests (p. ex., coloration de Gram, culture aérobie standard) permettent de détecter une grande variété de microrganismes pathogènes et sont réalisés de façon systématique en cas de suspicion de pathologie infectieuse. Cependant, certains agents pathogènes n'étant pas identifiés par ces tests, les médecins doivent être conscients des limites de ces tests pour chaque bactérie suspectée. Dans de tels cas, il faut demander des tests spécifiques de l'agent pathogène suspecté (p. ex., colorations ou milieux de culture spéciaux) ou informer le laboratoire du ou des microrganismes suspectés afin qu'ils puissent choisir des tests plus spécifiques. Microorganisme Microorganisme Microscopie Microscopie Culture Culture test d'amplification des acides nucléiques test d'amplification des acides nucléiques Détection de l'antigène Détection de l'antigène Détection d'anticorps Détection d'anticorps Ehrlichiose et anaplasmose None ✓ ✓ ✓ Charbon (anthrax) None ✓ ✓ ✓ Revue générale des infections à Bartonella None ✓ ✓ ✓ Coqueluche None ✓ ✓ ✓ Maladie de Lyme None ✓* ✓* ✓ Brucellose None ✓ ✓ ✓ ✓ Infections muqueuses par des mycoplasmes et des chlamydias None ✓ ✓ Botulisme None ✓ ✓ ✓ Diarrhée induite par Clostridioides (anciennement, Clostridium) difficile None ✓ ✓ ✓ Tétanos None ✓ ✓ Diphtérie None ✓ Fièvre Q None ✓ ✓ Erysipéloïde None ✓ ✓ Tularémie None ✓ ✓ Infections par Haemophilus None ✓ ✓ Infection par Helicobacter pylori None ✓ ✓* ✓ Infections par Kingella None ✓* ✓ ✓ Infections par Klebsiella, Enterobacter, et Serratia None ✓ ✓ Infections par Legionella None ✓ ✓ ✓ ✓ Leptospirose None ✓* ✓ ✓ Listériose None ✓ ✓ ✓ Infections muqueuses par des mycoplasmes et des chlamydias None ✓ ✓ Maladies méningococciques None ✓ ✓ ✓ Nocardiose None ✓ ✓ ✓ Rhodococcus equus ✓ ✓ Espèces rickettsiennes ✓ ✓ Infections streptococciques None ✓ ✓ ✓ ✓ Syphilis None ✓ ✓ ✓ Maladie de Whipple None ✓ ✓ Choléra None ✓ ✓ Peste et autres infections à Yersinia None ✓ ✓ ✓ ✓ Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. * Test non largement disponible en pratique clinique. NAAT = Nucleic Acid Amplification Test (Test d'amplification des acides nucléiques) Microorganisme Microorganisme Microscopie Microscopie Culture Culture test d'amplification des acides nucléiques test d'amplification des acides nucléiques Détection de l'antigène Détection de l'antigène Détection d'anticorps Détection d'anticorps Infections mycobactériennes non tuberculeuses None ✓ ✓ ✓* Tuberculose (TB) et ulcères ✓ ✓ ✓ Mycobacterium leprae ✓ ✓ ✓ Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. * Test non largement disponible en pratique clinique. NAAT = Nucleic Acid Amplification Test (Test d'amplification des acides nucléiques) Microorganisme Microorganisme Microscopie Microscopie Culture Culture test d'amplification des acides nucléiques test d'amplification des acides nucléiques Détection de l'antigène Détection de l'antigène Détection d'anticorps Détection d'anticorps Aspergillose None ✓ ✓ ✓ ✓ Blastomycose None ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ Candidose None ✓ ✓ ✓ Coccidioïdomycose None ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ Cryptococcose None ✓ ✓ ✓ ✓ Revue générale de dermatophytoses None ✓ ✓ Histoplasmose None ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ Dermite séborrhéique None ✓ ✓ Mucormycose None ✓ ✓ ✓ Pneumonie à Pneumocystis jirovecii None ✓ ✓ ✓ Sporotrichose None ✓ ✓ ✓ Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. NAAT = Nucleic Acid Amplification Test (Test d'amplification des acides nucléiques) Microorganisme Microorganisme Microscopie Microscopie Culture Culture test d'amplification des acides nucléiques test d'amplification des acides nucléiques Détection de l'antigène Détection de l'antigène Détection d'anticorps Détection d'anticorps Infections à adénovirus None ✓* ✓ ✓ Virus BK ✓ ✓ COVID-19 None ✓ ✓ Infection à cytomégalovirus (CMV) None ✓ ✓ ✓ ✓ Revue générale des infections à entérovirus None ✓ ✓ ✓ Mononucléose infectieuse None ✓ ✓ Revue générale de l'hépatite chronique A, B, C, D et E ✓ ✓ ✓ Infections par le virus herpes simplex (HSV) None ✓ ✓ ✓ ✓ Roséole infantile None ✓ ✓ Infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) None ✓ ✓ ✓ Infection par le papillomavirus humain (HPV) None ✓ ✓ Grippe None ✓ ✓ Leucoencéphalopathie multifocale progressive None ✓ ✓ Virus LaCrosse ✓ ✓ Chorioméningite lymphocytaire None ✓ ✓ Rougeole None ✓ ✓ Mpox (variole simienne [du singe]) None ✓ ✓ Oreillons None ✓ ✓ Gastro-entérites virales None ✓ ✓ Infections par les virus para-influenza None ✓ ✓ Érythème infectieux (infection par le parvovirus B19) None ✓ ✓ Virus Powassan None ✓ ✓ Rage None ✓ ✓ ✓ ✓ Infections par le virus respiratoire syncytial (VRS) et le métapneumovirus humain (hMPV) (VRS) ✓ ✓ ✓ Rubéole None ✓ Virus de l'encéphalite de St. Louis ✓ ✓ Virus de l'encéphalite à tiques ✓ Varicelle None ✓ ✓ ✓ ✓ Virus West Nile ( Virus West Nile (virus du Nil occidental) ) ✓ ✓ Infections par le virus Zika None ✓ ✓ Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. * Test non largement disponible en pratique clinique. NAAT = Nucleic Acid Amplification Test (Test d'amplification des acides nucléiques) Microorganisme Microorganisme Microscopie Microscopie Culture Culture test d'amplification des acides nucléiques test d'amplification des acides nucléiques Détection de l'antigène Détection de l'antigène Détection d'anticorps Détection d'anticorps Babésiose None ✓ ✓ ✓ Cryptosporidiose None ✓ ✓ ✓ Cyclosporose None ✓ ✓ Amibiase None ✓ ✓ ✓ ✓ Oxyurose None ✓ Giardiase None ✓ ✓ ✓ Nématodes intestinaux ✓ ✓ ✓ Leishmaniose None ✓ ✓ ✓ ✓ Paludisme None ✓ ✓ ✓ Gale None ✓ Infection à Taenia solium et cysticercose (ténia du porc) None ✓ ✓ Toxocarose None ✓ ✓ Trichinose None ✓ ✓ Trypanosomiase africaine None ✓ ✓ Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition. Elsevier, 2020. NAAT = Nucleic Acid Amplification Test (Test d'amplification des acides nucléiques) 