maladies infectieuses
Culture
Prélèvement d'échantillons
Le recueil des prélèvements est important. Pour le diagnostic des maladies infectieuses, une règle empirique est de prélever là où se trouve l'infection. Dans les cas des lésions cutanées, le bord, et non le centre, doit être prélevé. L'utilisation de tampons est déconseillée. Cependant, si un tampon est utilisé, un écouvillon est préféré car il peut récupérer plus de prélèvements. Les écouvillons utilisés pour les Méthodes basées sur les acides nucléiques d'identification des maladies infectieuses doivent être compatibles avec l'analyse moléculaire spécifique à laquelle ils sont destinés. Un mauvais choix du type d'écouvillon peut entraîner des résultats faussement négatifs. Les écouvillons en bois sont toxiques pour certains virus. Les écouvillons avec une extrémité en coton sont toxiques pour certaines bactéries, dont les chlamydiae. Leshémoculturesnécessitent la décontamination et la désinfection de la peau (p. ex., nettoyage à la povidone iodée, séchage, flush à l'alcool à 70%). On utilise en général plusieurs prélèvements de chaque site; ils sont prélevés presque simultanément, si possible au moment des pics de fièvre. La présence d'une flore normale de la peau qui ne se développe que sur un seul prélèvement sanguin est généralement considérée comme une contamination. Si un prélèvement sanguin est fait à partir d'une voie centrale, il faut également procéder à un prélèvement sanguin périphérique pour différencier une bactériémie systémique d'une infection du cathéter. Les cultures provenant de cathéters infectés se positivent plus rapidement et sont plus riches en microrganismes que les hémocultures prélevées au même moment en périphérie. Certains champignons, en particulier les moisissures (p. ex.,Aspergillusspp), ne peuvent habituellement pas être isolés à partir du sang. Le prélèvement doit alors être transporté rapidement, dans un milieu adéquat, dans des conditions qui limitent la croissance de toute flore normale éventuellement contaminante. Pour permettre une quantification précise des pathogènes, il convient d'éviter la croissance d'autres germes; les prélèvements doivent être transportés au laboratoire immédiatement ou, si le transport est retardé, réfrigéré (dans la plupart des cas). 