maladies infectieuses
Méthodes basées sur les acides nucléiques d'identification des maladies infectieuses
Amplification des acides nucléiques
Les techniques d'amplification des acides nucléiques utilisent l'extraction d'infimes quantités d'ADN ou d'ARN et les répliquent de très nombreuses fois, permettant ainsi de détecter des traces minimes d'un microrganisme dans un prélèvement, sans avoir à recourir à une culture. Ces techniques sont particulièrement utiles pour les microrganismes difficiles à cultiver ou à identifier par d'autres méthodes (p. ex., virus, pathogènes intracellulaires obligatoires, champignons, mycobactéries, certaines autres bactéries) ou présents en petite quantité. Ces tests peuvent comprendre L'amplification de cible (p. ex., la PCR, la reverse transcriptase–PCR [RT-PCR], la strand displacement amplification, la transcription amplification) L'amplification du signal (p. ex., des analyses d'ADN ramifiées, la capture hybride) L'amplification par sonde (p. ex., ligase chain reaction, cleavase-invader, cycling probes) L'analyse de postamplification (p. ex., séquençage du produit amplifié, analyse par microarrays et analyse des courbes de fusion, comme cela se fait dans la PCR en temps réel) Un prélèvement et un stockage appropriés avant l'arrivée au laboratoire de diagnostic moléculaire sont essentiels. Comme les méthodes d'amplification sont très sensibles, des faux positifs par contamination des prélèvements ou des équipements sont possibles. En dépit d'une grande sensibilité, des résultats faussement négatifs sont possibles même si le patient est symptomatique (p. ex., infection par le virus West Nile [ Virus West Nile (virus du Nil occidental) ]). Les résultats faux négatifs peuvent être minimisés par les moyens suivants: En évitant l'utilisation d'écouvillons en bois ou de cotons tiges (le tampon qui a été validé pour le test d'amplification doit être utilisé) Par le transport rapide des prélèvements Congélation ou réfrigération des prélèvements si le transport est susceptible de durer>2 heures La congélation est la méthode de stockage typique pour les tests d'amplification génomiques. Cependant, les prélèvements doivent être réfrigérés plutôt que congelés si des virus labiles (p. ex., le virus varicelle-zona, le virus influenza, le VIH-2) sont suspectés ou si des cultures virales sont également prévues (les prélèvements congelés peuvent ne pas être utilisables pour les cultures standards). 