Derzeit forscht Bartenschlager auch an SARS-CoV-2, „was derzeit im Institut viele Kapazitäten bindet“.
Trotz dieser enormen Erfolge ist es (im Gegensatz zur Hepatitis B) noch nicht gelungen, einen präventiven HCV-Impfstoff zu konzipieren. „HCV macht es uns schwer, es ist einfach zu variabel, so der Virologe. Derzeit forscht Bartenschlager auch an SARS-CoV-2, „was derzeit im Institut viele Kapazitäten bindet“. Weitere Arbeitsgebiete in verschiedenen Forschungsverbünden sind die chronischen Formen von Hepatitis A, B, C, D, E, die Entwicklung des Leberzellkarzinoms sowie die tropischen Viren Dengue, Zika und West-Nil-Virus.