Besonders stark war die Korallenbleiche 1998 in ausgedehnten Gebieten, die mit dem El Niño 1997/98 in Zusammenhang gebracht und als Vorzeichen künftiger Ereignisse bei einer weiteren Erwärmung gedeutet wurde.
In den letzten Jahrzehnten war die Korallenbleiche häufig mit El Niño-Ereignissen gekoppelt, durch die die Meeresoberflächentemperatur um mehrere Grad Celsius über das normale Maximum angestiegen, in manchen Gebieten aber auch der Wasserspiegel deutlich abgesenkt war. Besonders stark war die Korallenbleiche 1998 in ausgedehnten Gebieten, die mit dem El Niño 1997/98 in Zusammenhang gebracht und als Vorzeichen künftiger Ereignisse bei einer weiteren Erwärmung gedeutet wurde. Die Korallenbleiche wurde aus insgesamt 32 Ländern und Inselstaaten berichtet, mit den Hauptgebieten im Pazifik, Indischen Ozean und der Karibik. Auch das australische Great Barrier Reef war ernsthaft betroffen.[9] Einige Korallenarten konnten sich nach ein bis zwei Monaten wieder erholen, bei anderen war das nicht der Fall. In den Lagunen von Belize z.B. stieg 1998 die Temperatur des Wassers in 2-10 m Tiefe auf bis zu 31,5 °C (normalerweise werden selten 29 °C überschritten) und verursachte eine Korallenbleiche, wie es sie in den letzten 3000 Jahren nicht gegeben hat.[10] In den 1980er Jahren war die Korallenbleiche noch an El-Niño-Ereignisse gebunden, die durch die noch geringe globale Erwärmung verstärkt wurden. In den letzten 20 Jahren ist es vielfach zur Korallenbleiche auch ohne El-Niño-Bedingungen gekommen. Gegenwärtig sind die mittleren Meeresoberflächentemperaturen in den Tropen während La-Niña-Bedingungen höher als sie vor 30 Jahren während einer El-Niño-Phase waren.[5]