Gleichzeitig müssen aber auch Seegraswiesen und Mangroven geschützt werden.
Korallenriffe haben eine bessere Chance, erhalten zu werden, wenn repräsentative (in gutem Zustand und artenreich), vernetzte, effektiv verwaltete Meeresschutzgebiete (MPAs) geschaffen werden, in denen menschliche Aktivitäten reguliert werden. Wissenschaftler empfehlen, die so genannten „Refugien“ zu schützen, vor allem jene in der „mesophotischen“ Zone, die zwischen 30 und 150 m Tiefe liegt und damit relativ geschützt vor marinen Hitzewellen ist. Die dort gefundenen Korallen sind weniger anfällig für die Bleiche und können daher wahrscheinlich als Reservoir dienen, um die Wiederbesiedlung degradierter Gebiete zu fördern. Gleichzeitig müssen aber auch Seegraswiesen und Mangroven geschützt werden. Diese mit Korallenriffen verbundenen Ökosysteme spielen eine wichtige Rolle im Kohlenstoffkreislauf und bei der Kohlenstoffspeicherung und tragen dazu bei, die Ansammlung von Treibhausgasen in der Atmosphäre zu bekämpfen.