Ihr ergänzend gegenüber steht die „nicht-lineare“, „suprasegmentale“ oder „prosodische Phonologie“, teilweise Prosodie genannt.
Die Phonologie setzt häufig eine Analyse auf Segmentebene voraus; das heißt, sie verwendet Konsonanten und Vokale o. Ä. Diese einfache Version der Phonologie wird auch als „Phonemik“ bezeichnet. Ihr ergänzend gegenüber steht die „nicht-lineare“, „suprasegmentale“ oder „prosodische Phonologie“, teilweise Prosodie genannt. Dieser holistischere Ansatz stellt die Merkmale in Merkmalsbäumen dar und strebt an, Sprachen, in denen Tonhöhe oder Tonverlauf auf lexikalischer Ebene bedeutungsunterscheidend sind (z. B. chinesischen Sprachen), adäquat zu beschreiben.