Wie Huxley und Haeckel ging er davon aus, dass Menschen und Affen miteinander verwandt seien und deswegen gemeinsame Vorfahren haben müssen.
In „The Origin of Species“ deutet Darwin lediglich an einer Stelle an, dass Menschen ebenfalls den Gesetzmäßigkeiten der Evolution unterliegen: „Light will be thrown on the origin of man and his history.“ Diese sehr vorsichtig formulierten Worte reichten aus, um viele Zeitgenossen zu schockieren, schließlich galt der Mensch als Krone der Schöpfung. Im Gegensatz zu Thomas Henry Huxley und Ernst Haeckel vermied Darwin es zunächst, die Abstammungsgeschichte des Menschen näher zu diskutieren. Erst 1871 legte er mit „The Descent of Man, and Selection in Relation to Sex“ seine Gedanken zu diesem Thema vor. Wie Huxley und Haeckel ging er davon aus, dass Menschen und Affen miteinander verwandt seien und deswegen gemeinsame Vorfahren haben müssen. Er fügte hinzu, dass die Entwicklung des Menschen ihren Ausgangspunkt in Afrika habe. Diese Vermutung war richtig, sie wird seit den 1980er Jahren immer wieder auf unterschiedliche Weise bestätigt und ist heute als „Out-Of-Africa-Theorie“ bekannt. Diese Theorie konnte mehrfach aus unterschiedlicher Sicht verifiziert werden. Beispielsweise mit dem fossilen Skelettmaterial von Omo 1 und 2 aus Äthiopien, welches Richard Leakey 1967 entdeckte. Es gehört mitunter zu den ältesten Belegen für den Homo sapiens. Auch mitochondriale DNA-Analysen und sogar linguistische Untersuchungen bestätigten die „ Out-Of-Africa-Theorie“.