Rejoint par le claveciniste Gustav Leonhardt, tous deux vont se lancer dans l'enregistrement intégral des cantates du Cantor de Leipzig.
Dès la fin des années 50, le violoncelliste allemand Nikolaus Harnoncourt fonde à Vienne un orchestre d'instruments anciens, le Concentus Musicus, avec lequel il part à la redécouverte de Bach, notamment. Rejoint par le claveciniste Gustav Leonhardt, tous deux vont se lancer dans l'enregistrement intégral des cantates du Cantor de Leipzig. Si Leonhardt demeurera toute sa vie un homme des formes religieuses, de chambre et de concert, Harnoncourt va se tourner régulièrement vers l'opéra. Dans les années 70, il dirige à l'Opéra de Zurich un cycle Monteverdi qui fait époque.