Het aspect biodiversiteit hangt bovendien samen met de wijze en het tijdstip van kappen, de omvang van de kapping, het al dan niet achterlaten van takhout, de aanwezigheid in de onmiddellijke omgeving van nestbomen, alsook het eventueel creëren van natuurwaarden die samenhangen met niet met bomen bezette oppervlakten binnen het bos (zie hierboven).
Hoewel dit minder extreem is dan bij ontbossing, moet ook hier gewezen worden op de (soms lange) termijn waarna de beoogde effecten bereikt worden. Net zoals in het geval van ontbossing moet er rekening mee gehouden worden dat in het raam van bosbeheer grote bomen niet meteen door grote bomen vervangen worden. Dit is met name van belang voor klimaatverandering maar ook voor biodiversiteit, gelet op de specifieke natuurwaarden van grote (oude) bomen [16]. Het aspect biodiversiteit hangt bovendien samen met de wijze en het tijdstip van kappen, de omvang van de kapping, het al dan niet achterlaten van takhout, de aanwezigheid in de onmiddellijke omgeving van nestbomen, alsook het eventueel creëren van natuurwaarden die samenhangen met niet met bomen bezette oppervlakten binnen het bos (zie hierboven). Wanneer het natuurstreefbeeld zelfregulerend (natuur)bos is, zullen kappingen beperkt worden tot het verwijderen van invasieve exoten, in het raam van omvormingsbeheer. Hierna wordt spontane bosverjonging (met inheemse soorten) nagestreefd, al dan niet vergezeld van aanplanting van inheemse soorten.