Op 28 oktober werd de eerste steen voor het fundament gelegd, maar dat werd tijdens de bouw nog aangepast, bijvoorbeeld door een met tien meter toegenomen diepte.
De aangekochte huizen bleven zo lang mogelijk staan en werden in de tussentijd verhuurd. De eerste af braak begon rond 1645 om te kunnen heien en het laatste huis sneuvelde rond 1654. Daar kwam de stadhuisbrand van 1652 nog tussen; een groot deel van het overheidspersoneel verdween tijdelijk naar de Prinsenhof aan de Oudezijds Voorburgwal en een deel trok in de slooppanden, voor zover en zolang ze nog stonden. Wat ook moest wijken was de stadspaardenstal, die in 1612 voor de beurs van De Keyser had moeten wijken en nu opnieuw verdrongen werd naar de overkant van de burgwal. Beide kerkhoven van de Nieuwe Kerk moesten verdwijnen, het grote tegen de Nieuwezijds Voorburgwal en het kleine ‘Ellendigenkerkhof’ aan de huidige Eggertstraat. 20 Januari 1648 begon men met heien van 13659 heipalen, zonder dat duidelijk was hoe groot het gebouw nu precies zou gaan worden. Op 28 oktober werd de eerste steen voor het fundament gelegd, maar dat werd tijdens de bouw nog aangepast, bijvoorbeeld door een met tien meter toegenomen diepte. Dat kwam door de euforie na de Vrede van Münster in 1648; de bomen groeiden opeens tot in de hemel. Tijdens de bouw brak de Eerste Engelse Oorlog uit (van 29 mei 1652 tot 8 mei 1654) die weer een domper op de vreugde zette. De voorgenomen tweede verdieping werd voor een groot deel wegbezuinigd, tot ontsteltenis van bouwmeester Van Campen die verder voor de eer bedankte. Dat werd snel herroepen, zoals we nog steeds kunnen waarnemen, maar een deel van het bouwmateriaal was intussen verkwanseld aan de Regulierswaag.