Vanaf 1795 is de Admiraliteit op gegaan in de Nationale Marine en diende het tot de jaren zeventig als een pakhuis voor de Marine.
Het Zeemagazijn diende als opslag voor de Admiraliteit van Amsterdam, er lagen veel scheepsbenodigdheden. Vanaf 1795 is de Admiraliteit op gegaan in de Nationale Marine en diende het tot de jaren zeventig als een pakhuis voor de Marine. Sinds 1973 is het Scheepvaartmuseum er gevestigd.