Het kan ook onrechtstreeks gebeuren, namelijk dat het microbioom pas verschuift nadat een bepaald gebeuren de darmwand heeft beschadigd, een ontsteking heeft opgestart of het immuunsysteem heeft gewijzigd.
Gelet op het feit dat de mens al miljoenen jaren een gigantische microbiële populatie in zich tolereert, moet er een soort van verstandhouding zijn ontstaan die voordelen biedt voor zowel het menselijk lichaam als het microbioom. Het microbioom moet met zijn gastheer in balans zijn. Algemeen wordt verwezen naar een toestand van stabiele mens-microbe-interacties of ‘homeostase’. Die stabiliteit is echter eerder een ‘dynamische stabiliteit’. Dagelijks vinden er altijd wel kleine verschuivingen plaats door variatie in de voeding en andere processen. Pas bij drastische veranderingen in eet- en leefgewoontes, door de blootstelling aan antibiotica of door ziekte kunnen er betekenisvolle verschuivingen in het microbioom optreden. Wat exact aan de grondslag ligt van dergelijke verschuivingen in het microbioom is nog onduidelijk. Wordt de homeostase rechtstreeks verstoord door een bepaald gebeuren waardoor schade ontstaat aan de darmwand, een ontsteking wordt opgestart of het immuunsysteem verzwakt of net overprikkeld wordt? Het kan ook onrechtstreeks gebeuren, namelijk dat het microbioom pas verschuift nadat een bepaald gebeuren de darmwand heeft beschadigd, een ontsteking heeft opgestart of het immuunsysteem heeft gewijzigd. Een kip-of-het-eiverhaal dus. Een verstoord microbioom wordt algemeen omschreven als een microbioom in ‘dysbiose’.