Het meeste onderzoek naar de relatie tussen micro-organismen en gezondheid spitst zich toe op bacteriën.
De term ‘micro-organisme’ verwijst naar alle eencellige organismen in een bepaalde omgeving (hier ons menselijk lichaam): bacteriën, schimmels, gisten, protisten en protozoa. Het meeste onderzoek naar de relatie tussen micro-organismen en gezondheid spitst zich toe op bacteriën.