Maar omdat het nog onvoldoende duidelijk is wat de relatie is tussen de precieze samenstelling van het microbioom en de gezondheid, is het nog te vroeg om te concluderen dat specifieke voedingsmiddelen de gezondheid via het microbioom kunnen beïnvloeden.
Gezonde voeding, rijk aan vezels uit groente, fruit, volkorengranen, noten en peulvruchten, stimuleert de groei van bacteriën die betrokken zijn bij de fermentatie van voedingsvezels. De algemene wetenschappelijke opinie is dat dit leidt tot een gezonde samenstelling van het microbioom. Ook kun je de samenstelling beïnvloeden door gefermenteerde voedingsmiddelen zoals yoghurt en voedingssupplementen zoals probiotica te nemen. Maar omdat het nog onvoldoende duidelijk is wat de relatie is tussen de precieze samenstelling van het microbioom en de gezondheid, is het nog te vroeg om te concluderen dat specifieke voedingsmiddelen de gezondheid via het microbioom kunnen beïnvloeden.