Deze beschermende functie van het microbioom geldt voor alle lichaamsplekken waar zich micro-organismen bevinden.
Een belangrijke functie van het microbioom is de bescherming tegen ziekteverwekkers. Door de aanwezigheid op diverse plekken van ons lichaam zorgen de micro-organismen in ons microbioom ervoor dat ziekteverwekkers daar minder makkelijk een plek vinden. Het afweersysteem fungeert als vangnet mocht er toch een ziekteverwekker aanslaan. Zo helpt de combinatie van het microbioom en het afweersysteem ons te beschermen tegen infectieziekten. Als het systeem uit balans raakt, bijvoorbeeld door het gebruik van antibiotica of bij een verminderde weerstand, kan een ziekteverwekker makkelijker de overhand krijgen en word je ziek. Deze beschermende functie van het microbioom geldt voor alle lichaamsplekken waar zich micro-organismen bevinden.