Als gevolg daarvan kan de samenstelling van het microbioom verschillen tussen bevolkingsgroepen enleeftijdsgroepen.
De samenstelling van het microbioom is zeer divers. Naar schatting bestaat het microbioom in één persoon uit zo’n 1.000 verschillende soorten micro-organismen. De samenstelling varieert per lichaamsdeel. Er leven andere soorten in de darm dan in de luchtwegen. Bovendien verschilt de samenstelling ook nog van persoon tot persoon. Onder invloed van verschillende omstandigheden zoals voedingsgewoonten en leefomstandigheden kan het microbioom veranderen. Als gevolg daarvan kan de samenstelling van het microbioom verschillen tussen bevolkingsgroepen enleeftijdsgroepen.