Dit komt bijvoorbeeld doordat er meer gassen in de darm geproduceerd worden.
Er zijn geen ernstige nadelen van de inname van prebiotica bekend. Wel kan een teveel aan prebiotica leiden tot diarree en winderigheid. Dit komt bijvoorbeeld doordat er meer gassen in de darm geproduceerd worden. De effecten van prebiotica verschillen per persoon. En daarnaast ook per soort prebioticum; het effect hangt bijvoorbeeld af van de snelheid van fermentatie. Hoe sneller de fermentatie, hoe groter de kans dat iemand er last van krijgt.