Het doel is om de bacteriën levend in de darmen aan te laten komen, zodat zij zich daar gaan vermenigvuldigen.
Probiotica zijn levende bacteriën. Ook zij worden vaak aan supplementen toegevoegd, maar soms ook aan bepaalde voedingsmiddelen. Een supplement bestaande uit probiotica wordt een probioticum genoemd. Het doel is om de bacteriën levend in de darmen aan te laten komen, zodat zij zich daar gaan vermenigvuldigen. Hierdoor kan probiotica de microbioom samenstelling beïnvloeden.