In het gemiddelde westerse voedingspatroon ligt die hoeveelheid vaak 50% lager.
In de strijd tegen pathogenen moet vooral worden gewerkt aan het in stand houden van een gezond, homeostatisch microbioom. De meest voor de hand liggende oplossing is eenvoudig: een gezonde en gevarieerde voeding met meer volle granen, peulvruchten, groenten en fruit voor meer voedingsvezels. De algemene aanbeveling is om zo’n 30 gram vezels per dag in te nemen via de voeding. In het gemiddelde westerse voedingspatroon ligt die hoeveelheid vaak 50% lager. Voedingsvezels kunnen niet door menselijke spijsverteringsenzymes worden afgebroken waardoor ze bij de darmbacteriën terechtkomen. Vele darmbacteriën kunnen deze vezels wel afbreken. Dat resulteert in een netwerk van bacteriën die stoffen afbreken en omzetten tot nieuwe producten die vervolgens weer door andere bacteriën worden verwerkt. Dit systeem is vergelijkbaar met een menselijke maatschappij: iedere bacterie vervult een taak – in de ecologie wordt gesproken van een functionele niche – en levert een bijdrage tot een complex ecosysteem. Het is bovendien net deze complexiteit die het indringers, zoals pathogenen, moeilijk maakt om zich te vestigen. Dit principe heet kolonisatieresistentie en is de belangrijkste reden om te streven naar en het onderhoud van een divers en complex georganiseerd microbioom. Een gezond microbioom zorgt overigens ook voor een complex metabolisch netwerk dat garant staat voor de productie van bepaalde stoffen die ook rechtstreeks voor de mens nuttig zijn. De belangrijkste microbiële producten zijn korteketenvetzuren. Zij leveren extra energie en helpen een stevige darmwand in stand te houden. Sommige vetzuren helpen zelfs het immuunsysteem te reguleren.