De grote diversiteit en activiteit van het microbioom suggereert allerlei mogelijk functies.
De functies van het microbioom zijn wel grotendeels vergelijkbaar tussen mensen. Bij alle mensen helpt het microbioom bijvoorbeeld met de vertering van vezels. De precieze soorten bacteriën die daarvoor zorgen, kunnen echter van mens tot mens verschillen. De grote diversiteit en activiteit van het microbioom suggereert allerlei mogelijk functies. Een aantal zijn overtuigend vastgesteld, maar er is ook nog veel onduidelijk of onbekend.