Resistent zetmeel kan dus ook als prebiotisch beschouwd worden.
Prebiotische voeding wil zeggen dat het voedingsmiddel de groei van gezonde bacteriën stimuleert. Niet te verwarren met de term ‘probiotisch’, wat betekent dat iets levende bacteriën bevat. Prebiotische voedingsmiddelen bevatten voornamelijk vezels of complexe koolhydraten die het menselijk lichaam niet kan verteren. Vele groenten, fruit en volkoren granen bevatten prebiotica. Resistent zetmeel is een type zetmeel dat niet geabsorbeerd wordt door de dunne darm, waardoor ze de dikke darm bereiken en afgebroken worden door bacteriën. Resistent zetmeel kan dus ook als prebiotisch beschouwd worden. Prebiotica verhogen de groei van allerlei gezonde bacteriën, waaronder Bifidobacteriën.  Sommige prebiotica zouden ook insuline, tryglyceride en cholesterol controleren in het lichaam van mensen met obesitas, wat mogelijk hartziekten en diabetes type 2 zou voorkomen.