In hoeverre deze veranderingen direct een positief of juist een negatief effect hebben op de gezondheid is niet opgehelderd.
De samenstelling van het microbioom kan veranderen onder invloed van wat we eten. Verschillende studies laten zien dat de diversiteit en de soorten micro-organismen kunnen veranderen als mensen een ander dieet gaan volgen. In hoeverre deze veranderingen direct een positief of juist een negatief effect hebben op de gezondheid is niet opgehelderd. Een ander dieet heeft, naast een effect op het microbioom, immers ook een direct effect op het menselijk lichaam.