Sono incaricati di monitorare gli sviluppi riguardanti le rispettive aree di competenza, di fornire analisi specializzate e di dare attuazione a progetti sul campo.
Il Segretario generale resta in carica tre anni; è a capo del Segretariato, con sede a Vienna, e presta sostegno alla Presidenza. Oltre agli uffici amministrativi, il Segretariato è composto dal Centro per la Prevenzione dei Conflitti e da dipartimenti e unità che si occupano di attività economiche e ambientali, di cooperazione con i paesi e le organizzazioni partner, di questioni attinenti la parità di genere, la lotta ai traffici illeciti, le minacce transnazionali, il terrorismo, la gestione delle frontiere e la riforma delle forze di polizia. Sono incaricati di monitorare gli sviluppi riguardanti le rispettive aree di competenza, di fornire analisi specializzate e di dare attuazione a progetti sul campo.