L'agricoltura intensiva, con le sue monocolture, l'uso di fertilizzanti e di veleni, mette anche in pericolo la diversità naturale.
La biodiversità in Svizzera è messa sotto pressione anche dalla frammentazione del paesaggio: gli habitat sono ridotti a isole isolate da strade, ferrovie e sentieri. L'agricoltura intensiva, con le sue monocolture, l'uso di fertilizzanti e di veleni, mette anche in pericolo la diversità naturale. Le condizioni di vita di piante e animali stanno cambiando così rapidamente a causa dei cambiamenti climatici che le specie non riescono più ad adattarsi. Anche le neofite invasive, introdotte dall'uomo e che si stanno diffondendo nel nostro Paese a scapito delle specie autoctone, sono problematiche.