Essendo greco, non poteva essere processato secondo la legge macedone, ma fu incarcerato e morì poco dopo, d’inedia o in seguito a torture o avvelenamento.
I loro cammini si separarono due anni dopo, quando Alessandro terminò la formazione accademica e cominciò l’addestramento militare, ma il principe non dimenticò mai il suo maestro e durante la conquista dell’Asia raccolse per lui campioni di flora e fauna locali dei luoghi da cui passò. Un nipote e discepolo di Aristotele, Callistene, lo accompagnò nelle sue spedizioni come storico personale. Tuttavia le critiche al re macedone e il sospetto della sua implicazione in una congiura contro Alessandro lo fecero cadere in disgrazia. Essendo greco, non poteva essere processato secondo la legge macedone, ma fu incarcerato e morì poco dopo, d’inedia o in seguito a torture o avvelenamento. La morte del nipote allontanò definitivamente Aristotele dal suo discepolo più celebre, che ai suoi occhi si era ormai trasformato in un tiranno.