Ovviamente, però, la perdita di specie, sottospecie o varietà comporta una serie di danni.
La biodiversità, in ogni caso, non è un valore stabile per un habitat o ecosistema: in un determinato ambiente, infatti, può aumentare o diminuire nel tempo a causa di diversi fattori che possono essere di carattere naturale e/o antropico. Ovviamente, però, la perdita di specie, sottospecie o varietà comporta una serie di danni.  Questi possono raggrupparsi in: ecologici, perché comportano un degrado della funzionalità degli ecosistemi; culturali, perché si perdono conoscenze e tradizioni umane legate alla biodiversità; economici, perché riducono le risorse genetiche con il loro potenziale sfruttamento economico.