Tuttavia, il suo allora datore di lavoro, il duca Wilhelm Ernst, non era disposto ad accettare le sue dimissioni e, con le ripetute e ostinate rivendicazioni di Bach sul suo diritto di dimettersi ogni volta che lo riteneva opportuno, le tensioni si acuirono e il duca decise di arrestare il compositore.
Un evento interessante nella vita di Bach, che di solito non viene commentato, è l'episodio che lo ha visto finire in prigione. Nel 1717 Bach si era assicurato un nuovo lavoro come Kapellmeister alla corte del principe Leopoldo a Cöthen. Tuttavia, il suo allora datore di lavoro, il duca Wilhelm Ernst, non era disposto ad accettare le sue dimissioni e, con le ripetute e ostinate rivendicazioni di Bach sul suo diritto di dimettersi ogni volta che lo riteneva opportuno, le tensioni si acuirono e il duca decise di arrestare il compositore. Alcune speculazioni suggeriscono che Bach abbia usato quel tempo per comporre alcune parti della sua opera maggiore "Il clavicembalo ben temperato". Tuttavia, i dettagli effettivi delle quattro settimane di detenzione di Bach sono, nella migliore delle ipotesi, nebbiosi e poco chiari.