คลังขยายเวลาเสียภาษี กลุ่มกิจการได้บีโอไอ
เมื่อวันที่ 16 มิ.ย. 2559 อภิศักดิ์ ตันติวรวงศ์ รมว.คลัง ได้ลงนามประกาศให้ขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนตามพระราชบัญญัติ (พ.ร.บ.) ส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. 2550 ที่มีการเสียภาษีไม่ถูกต้องให้มายื่นภาษีใหม่ได้ในช่วงวันที่ 15 มิ.ย.-1 ส.ค. 2559 โดยไม่ต้องเสียค่าปรับหรือเงินเพิ่ม และสำหรับกรณีที่ผู้ประกอบการได้เสียค่าปรับหรือเงินเพิ่มไปแล้ว ก็ได้มีการขยายกำหนดเวลาการยื่นคำร้องขอคืนเบี้ยปรับเงินเพิ่มไปเป็นภายในวันที่ 1 ส.ค. 2559
28 มิ.ย. 2559

เมื่อวันที่ 16 มิ.ย. 2559 อภิศักดิ์ ตันติวรวงศ์ รมว.คลัง ได้ลงนามประกาศให้ขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนตามพระราชบัญญัติ (พ.ร.บ.) ส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. 2550 ที่มีการเสียภาษีไม่ถูกต้องให้มายื่นภาษีใหม่ได้ในช่วงวันที่ 15 มิ.ย.-1 ส.ค. 2559 โดยไม่ต้องเสียค่าปรับหรือเงินเพิ่ม และสำหรับกรณีที่ผู้ประกอบการได้เสียค่าปรับหรือเงินเพิ่มไปแล้ว ก็ได้มีการขยายกำหนดเวลาการยื่นคำร้องขอคืนเบี้ยปรับเงินเพิ่มไปเป็นภายในวันที่ 1 ส.ค. 2559
การออกประกาศดังกล่าว มีสาเหตุจากผู้ประกอบการหลายรายที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนเสียภาษีไม่ถูกต้อง เนื่องจากมีโครงการได้รับการส่งเสริมการลงทุนมากกว่า 1 โครงการ แต่มิได้นำรายได้และรายจ่ายของทุกโครงการในรอบบัญชีเดียวกันมาคำนวณให้ได้กำไรหรือขาดทุนสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลง ซึ่งเป็นการปฏิบัติตามคำวินิจฉัยของกรมสรรพากรลงวันที่ 12 ก.พ. 2552 ซึ่งมีความคลาดเคลื่อนไม่ถูกต้อง
ดังนั้น รมว.คลัง เห็นว่าผู้ประกอบการดังกล่าวไม่มีเจตนาหลบเลี่ยงภาษี จึงออกประกาศให้ผู้ประกอบการที่ยื่นภาษีไม่ถูกต้อง เนื่องจากทำตามคำวินิจฉัยที่คาดเคลื่อนมายื่นเสียภาษีใหม่ได้ แต่ผู้ประกอบการที่ยื่นอุทธรณ์การประเมินของเจ้าพนักงานประเมินต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์หรือศาล ผู้ประกอบการต้องถอนอุทธรณ์หรือฟ้องต่อศาลเสียก่อน ถึงจะดำเนินการยื่นภาษีใหม่ได้
แหล่งข่าวจากกระทรวงการคลัง เปิดเผยว่า การขยายเวลาให้ผู้ประกอบการมายื่นเสียภาษีใหม่ เนื่องจากก่อนหน้านี้คณะกรรมการร่วมภาคเอกชน 3 สถาบัน (กกร.) ได้แจ้งภาครัฐถึงความกังวลที่ศาลฎีกาได้ตัดสินคดีภาษีอากรที่บริษัทแห่งหนึ่งได้รับส่งเสริมการลงทุนหลายโครงการและถูกตัดสินว่ามีความผิด เพราะบริษัทนั้นใช้วิธีการคำนวณภาษีตามความเห็นของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (บีโอไอ) ควบคู่กับความเห็นของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา ที่ใช้วิธีการคำนวณภาษีแบบแยกโครงการ และแยกระหว่างผลกำไรและขาดทุน แต่ศาลมีความเห็นว่าต้องใช้วิธีการคำนวณของสรรพากรคือ ต้องนำผลกำไรและขาดทุนของทุนโครงการในปีภาษีเดียวกันมารวมกัน
โดยก่อนหน้านี้ เมื่อปี 2552 กรมสรรพากรได้ขอให้คณะกรรมการวินิจฉัยภาษีอากรวินิจฉัยกรณีบริษัทประกอบกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนและโครงการที่ไม่ได้รับส่งเสริม โดยกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลมีมากกว่าหนึ่งโครงการใน 2 ประเด็น
ประเด็นแรก คือ กรณีที่บริษัทได้รับบีโอไอขาดทุนระหว่างได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ตามกฎหมายมีสิทธินำผลขาดทุนไปหักออกจากกำไรสุทธิหลังพ้นกำหนด 5 ปี ที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้บุคคล ผลขาดทุนที่นำมาหักจะต้องคำนวณจากโครงการที่ได้รับยกเว้นภาษีในแต่ละโครงการ หรือคำนวณจากทุกโครงการที่ได้รับยกเว้นภาษี
ประเด็นที่สอง คือ กิจการที่ได้บีโอไอ หากพ้นระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล แต่ยังได้รับการลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคลจากกำไร 50% ของอัตราปกติ เป็นเวลา 5 ปี บริษัทจะต้องนำผลขาดทุนของกิจการที่ได้บีโอไอไปหักจากกำไรสุทธิก่อนได้รับลดหย่อนภาษี หรือต้องนำไปหักจากกำไรสุทธิของกิจการที่ไม่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้อย่างไร
ทั้งนี้ คณะกรรมการวินิจฉัยภาษีอากรได้มีคำวินิจฉัยที่ 38/2552 ณ วันที่ 13 ก.พ. 2552 ระบุว่า ในประเด็นแรกให้กิจการที่ได้บีโอไอมากกว่า 1 โครงการ ต้องนำรายได้และรายจ่ายทุกโครงการมาคำนวณ เพื่อให้ได้ยอดกำไรหรือขาดทุน ส่วนประเด็นที่สองคือ บริษัทมีสิทธินำผลขาดทุนประจำปีจากกิจการที่ได้รับบีโอไอทั้งจำนวนไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ได้รับบีโอไอที่ได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคล 50% ของอัตราปกติก่อน หากยังมีผลขาดทุนประจำปีของกิจการที่บีโอไอเหลืออยู่อีก บริษัทจึงมีสิทธินำผลขาดทุนนั้นไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ไม่ได้รับการส่งเสริมการลงทุน ซึ่งเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในอัตราปกติได้ตามมาตรา 65 ทวิ (12) แห่งประมวลรัษฎากร 
อย่างไรก็ตาม เอกชนมีความกังวลว่าคำตัดสินจะเป็นบรรทัดฐานให้กับบริษัทอื่นๆ ที่ยื่นขอส่งเสริมและเสียภาษีตามคำแนะนำของบีโอไอ ทำให้ต้องจ่ายค่าเบี้ยปรับเงินเพิ่ม เนื่องจากไม่ได้เสียภาษีตามระยะเวลาที่กำหนด รมว.คลัง จึงเห็นว่าสมควรให้มีการออกประกาศขยายระยะเวลาให้กลุ่มบริษัทเหล่านี้มาเสียภาษีให้ถูกต้อง โดยไม่ต้องเสียเบี้ยปรับเงินเพิ่ม เพื่อไม่ให้กระทบต่อความเชื่อมั่นของนักลงทุนที่เข้ามาลงทุนในประเทศไทย