Next at MIT's Lincoln Laboratory, Hamilton developed software  for America’s first air defense system to search for enemy aircraft.
Στη συνέχεια, στο εργαστήριο Λίνκολν του MIT, η Χάμιλτον ανέπτυξε λογισμικό για το πρώτο σύστημα αεροπορικής άμυνας της Αμερικής για την αναζήτηση εχθρικών αεροσκαφών.