On a more microscale, depression is associated  with a few things: the abnormal transmission or depletion of certain neurotransmitters, especially serotonin, norepinephrine, and dopamine, blunted circadian rhythms, or specific changes in the REM and slow-wave parts of your sleep cycle, and hormone abnormalities, such as high cortisol and deregulation of thyroid hormones.
На още по-дълбоко ниво депресията се свързва с няколко неща: анормалното предаване или изчерпване на  някои невротрансмитери, особено на серотонин, норепинефрин  и допамин, нарушени циркадни ритми или промени в стадиите на съня, (REM и части с ниска честота на вълните), както и отклонения в хормоналните нива - например високо ниво на кортизол и нарушена регулация на тироидните хормони.