In the case of complexes of two or more proteins, where the structures of the proteins are known or can be predicted with high accuracy, protein–protein docking methods can be used to predict the structure of the complex.
У случају комплекса два или више протеина, где су структуре протеина познате или се могу предвидети са великом тачношћу, за предвиђање структуре комплекса се може користити метода пристајања протеина на протеин (protein-protein docking method, енг.).