On the outbreak of the civil war Johnson joined the royalists, and, partly for his learning, partly no doubt for his loyalty, was made a Bachelor of physic by the University of Oxford in 1642, and M.D. on 9 May 1643.
W chwili wybuchu wojny domowej Johnson dołączył do rojalistów, a częściowo z powodu jego nauki, częściowo bez wątpienia za swoją lojalność, został mianowany licencjatem medycyny przez University of Oxford w 1642 r., A MD w dniu 9 maja 1643 r.