In 2002, Atmar was invited to join the Transitional Government as the Minister of Rural Rehabilitation & Development and was confirmed with the same portfolio in the cabinet of the newly elected President Karzai in December 2004.
W 2002 Atmar został zaproszony do Tymczasowego Rządu jako minister Odbudowy i Rozwoju Wsi, co zostało potwierdzone w gabinecie nowo wybranego prezydenta Karzaja w grudniu 2004 roku.