Although each method has its individual strengths and weaknesses, all three pairwise methods have difficulty with highly repetitive sequences of low information content - especially where the number of repetitions differ in the two sequences to be aligned.
Chociaż każda z metod ma swoje słabe i mocne strony, wszystkie trzy metody dopasowań par sekwencji mają trudności z silnie repetytywnymi sekwencjami o niskiej ilości informacji – szczególnie gdy ilość powtórzeń w obu sekwencjach jest różna.