In this case, neither global nor local alignment is entirely appropriate: a global alignment would attempt to force the alignment to extend beyond the region of overlap, while a local alignment might not fully cover the region of overlap.
W takim wypadku ani globalne, ani lokalne dopasowanie nie jest w pełni odpowiednie: metody globalne starałoby się wymusić na dopasowaniu objęcie rejonu poza obszarem pokrywania, podczas gdy dopasowania lokalne mogłoby nie w pełni pokrywać rejon pokrywania.