From 1947 to his retirement in 1972 Watkins was professor of anthropology at Howard University in Washington, D.C., where he worked particularly on African languages and on promoting exchange programs between students in Africa and America.
Od roku 1947, aż do przejścia na emeryturę w 1972 r., Watkins był profesorem antropologii na Uniwersytecie Howarda, gdzie zajmował się językami afrykańskimi oraz promował programy wymiany studentów pomiędzy Stanami Zjednoczonymi i Afryką.