In 2003, two competing schools of pterosaur classification emerged, that of David Unwin and that of Alexander W. Kellner; both found Istiodactylus to be a member of the group Ornithocheiroidea, but the exact configuration and content of this group has varied between studies.
W 2003 wyłoniły się dwie rywalizujące szkoły klasyfikacji pterozaurów, reprezentowane przez Davida Unwina i Alexandra W. Kellnera; obie zaliczyły istiodaktyla do Ornithocheiroidea, jednak dokładna struktura i zakres grup różniła się pomiędzy badaniami.