Despite the incorporation which has led to increased financial independence and autonomy, Kyoto University is still partly controlled by the Japanese Ministry of Education (文部科学省, Monbu-kagaku-shō).
Pomimo tej zmiany, która zwiększyła niezależność finansową i autonomię, Uniwersytet w Kioto jest nadal częściowo kontrolowany przez japońskie Ministerstwo Edukacji (jap.