Initially under the oversight of Malta's Ministry for Justice and Parliamentary Affairs, the Archives moved to the Grandmaster's Palace, the home of the House of Representatives of Malta, within a few months.
Następnie, pod nadzorem maltańskiego Ministerstwa Sprawiedliwości i Spraw Parlamentarnych, w ciągu kilku miesięcy Archiwum zostało przeniesione do Pałacu Wielkiego Mistrza w Valletcie, siedziby Parlamentu Malty.