Mega Man 5 takes place during the 21st century, about two months after the events of Mega Man 4, when the mad scientist Dr. Wily once again attempted to take over the world.
Minęły dwa lata po wydarzeniach z gry Mega Man 4, kiedy to szalony naukowiec Dr. Wily po raz kolejny chce zawładnąć całym światem.