In his indictment it was alleged that Praljak as a senior military official commanded, directly and indirectly, the Herceg-Bosna/HVO armed forces which committed mass war crimes against Bosnian Muslim population in 8 municipalities in Bosnia and Herzegovina during a joint criminal enterprise between 1992 and 1994.
Trybunał w swoim oskarżeniu zarzucił Praljakowi, że jako starszy oficer wojskowy dowodził, bezpośrednio i pośrednio, siłami zbrojnymi Herceg-Bośni / HVO, które dokonały masowych zbrodni wojennych przeciwko ludności bośniacko-muzułmańskiej w 8 gminach w Bośni i Hercegowinie podczas wspólnego przestępczego przedsięwzięcia w latach 1992-1994.