A variety of methods for isolating the motifs have been developed, but all are based on identifying short highly conserved patterns within the larger alignment and constructing a matrix similar to a substitution matrix that reflects the amino acid or nucleotide composition of each position in the putative motif.
Desenvolvéronse varios métodos para illar os motivos, pero todos están baseados na identificación de patróns curtos altamente conservados dentro dun aliñamento maior, e na construción dunha matriz, similar a unha de substitución, que reflicta a composición de aminoácidos ou nucleótidos de cada posición no suposto motivo.