In the 1990s and early 2000s, new enzymes from this family were discovered that did not follow all the classical criteria of this enzyme class, and new subfamily nomenclature was developed to divide this large family into subcategories based on deviations from typical characteristics of type II enzymes.
Na década de 1990 e a inicios da do 2000 descubríronse novos encimas desta familia que non seguían todos os criterios clásicos típicos desta clase de encimas, polo que se creou unha nova nomenclatura de subfamilias para dividir esta ampla familia en subcategorías baseándose nas desviacións das características típicas dos encimas de tipo II.