Instead of the alpha carbons typically used in structural alignment, SSAP constructs its vectors from the beta carbons for all residues except glycine, a method which thus takes into account the rotameric state of each residue as well as its location along the backbone.
En lugar dos carbonos alfa utilizados normalmente en aliñamento estrutural, SSAP constrúe os seus vectores a partir de carbonos beta para todos os residuos agás glicina, método que toma en consideración o estado rotamérico de cada residuo e a súa localización ao longo do esqueleto.