The cleavages at both Arg306 and Arg506 diminish the molecule's attraction to Factor Xa, and though the first of these sites is slow to be cleaved, it is entirely necessary to the functioning of Factor V. Protein S aids this process by catalysing the proteolysis at Arg306, in which the A2 domain of Factor V is dissociated from the rest of the protein.
A clivaxe en calquera das Arg306 e Arg506 diminúe a atracción das moléculas ao factor Xa, e aínda que o primeiro destes sitios é clivado de forma lenta, é totalmente necesaria para o funcionamento do factor V. A proteína S axuda neste proceso catalizando a proteólise na Arg306, na cal o dominio A2 do factor V é disociado do resto da proteína.