Although each method has its individual strengths and weaknesses, all three pairwise methods have difficulty with highly repetitive sequences of low information content - especially where the number of repetitions differ in the two sequences to be aligned.
Aínda que cada método ten os seus propios puntos fortes e fracos, todos eles teñen problemas para aliñar secuencias repetitivas con baixo contido de información, especialmente cando o número de repeticións pode ser diferente nas dúas secuencias que se aliñan.