The AFLP technology has been used in criminal and paternity tests, also to determine slight differences within populations, and in linkage studies to generate maps for quantitative trait locus (QTL) analysis.
A tecnoloxía do AFLP foi utilizada en probas de patermidade e de investigación criminal, e tamén para determinar pequenas diferenzas en poboacións, e en estudos de ligamento para crear mapas de análises QTL (de locus de trazo cuantitativo).