DNA sequencing data reported in 2011 showed that the Philippine crocodile is, in part, paraphyletic with regard to the New Guinea crocodile, and that the latter may constitutes a population within the Philippine crocodile.
De feito, os datos de secuenciación do ADN publicados en 2011 mostraron que o crocodilo de Filipinas é parafilético con respecto ao crocodilo de Nova Guinea, e que este último constitúe unha poboación dentro do crocodilo de Filipinas.