The end of Schlegel's life was difficult: his wife died in 1864, Finsch moved to the natural history museum at Bremen, and the collections of the British Museum started to eclipse those of Leiden.
Os últimos anos da vida de Hermann Schlegel foron complicados: a súa muller morreu en 1864; o seu axudante Finsch trasladouse ao Museo de Historia Natural de Bremen, e a colección do Museo Británico comezou a eclipsar a de Leiden.