Structural superposition is commonly used to compare multiple conformations of the same protein (in which case no alignment is necessary, since the sequences are the same) and to evaluate the quality of alignments produced using only sequence information between two or more sequences whose structures are known.
A superposición estrutural úsase comunmente para comparar conformacións múltiples da mesma proteína (nese caso non é necesario o aliñamento, xa que a secuencia é a mesma) e para avaliar a calidade dos aliñamentos producidos usando só información das secuencias entre dúas ou máis secuencias de estruturas coñecidas.