Dynamic programming applied to each resulting matrix determines a series of optimal local alignments which are then summed into a "summary" matrix to which dynamic programming is applied again to determine the overall structural alignment.
A programación dinámica aplicada a cada matriz resultante determina unha serie de aliñamentos locais óptimos que se engaden a unha matriz "resumo" á que se lle aplica de novo programación dinámica para determinar o aliñamento estrutural global.