Although shotgun sequencing can in theory be applied to a genome of any size, its direct application to the sequencing of large genomes (for instance, the human genome) was limited until the late 1990s, when technological advances made practical the handling of the vast quantities of complex data involved in the process.
Aínda que a secuenciación de escopeta pode en teoría aplicarse a un xenoma de calquera tamaño, a súa aplicación directa á secuenciación de xenomas grandes (por exemplo, o xenoma humano) estivo limitada ata finais da década de 1990, cando os avances tecnolóxicos fixeron que fose práctico manexar as enormes cantidades de datos complexos implicados no proceso.