As with many biological terms, the use of protein family is somewhat context dependent; it may indicate large groups of proteins with the lowest possible level of detectable sequence similarity, or very narrow groups of proteins with almost identical sequence, function, and three-dimensional structure, or any kind of group in-between.
Como ocorre con moitos termos biolóxicos, o significado de familia de proteínas depende do contexto no que se use; pode indicar grandes grupos de proteínas co nivel máis baixo posible de semellanza de secuencia detectable, ou grupos moi restrinxidos de proteínas con secuencias case idénticas, e funcións e estruturas tridimensionais moi similares, ou un grupo de proteínas intermedio entre estes extremos.