Currently, only five species have been formally named: P. jirovecii from humans, P. carinii as originally named from rats, P. murina from mice, P. wakefieldiae also from rats, and P. oryctolagi from rabbits.
Actualmente só están nomeadas formalmente cinco especies deste xénero, que son: P. jirovecii dos humanos, P. carinii nomeado orixinalmente das ratas, P. murina dos ratos, P. wakefieldiae tamén das ratas, e P. oryctolagi dos coellos.