On 1 April 1743, after a brief period serving a church on Long Island, Brainerd began working as a missionary to Native Americans, which he would continue until late 1746 when worsening illness prevented him from working.
1. dubna 1743, po krátké době strávené službou ve sboru na Long Islandu, začíná Brainerd pracovat jako misionář pro Americké indiány, s čímž bude pokračovat až do pozdního období roku 1746, kdy mu zhoršení zdravotního stavu znemožnilo nadále pracovat.