Like the real Cheyenne Mountain Air Force Station, the SGC extends many levels beneath the ground (officially called sub-levels), thus protecting the base from most forms of attack including indirect nuclear detonations.
Stejně jako skutečná Základna Vzdušných sil Cheyenne Mountain, má SGC i pod úrovní terénu mnoho podlaží (oficiálně nazývána sub-levels), čímž je základna chráněna před většinou forem útoků včetně nepřímých jaderných výbuchů.