From 1999 to 2001, Stubb was a researcher in Finland's representation in the European Union in Brussels, and a member of the Finnish government's delegation to the intergovernmental negotiations for the Treaty of Nice.
V letech 1999–2001 byl odborným specialistou finské reprezentace při Evropské unii v Bruselu, stejně jako členem finské vládní delegace na mezivládním vyjednávání o Nicejské smlouvě.