Scaptodrosophila abdita Scaptodrosophila aclinata Scaptodrosophila acuta Scaptodrosophila adelphe Scaptodrosophila adyukru Scaptodrosophila agamse Scaptodrosophila akaju Scaptodrosophila albifrontata Scaptodrosophila albolimbata Scaptodrosophila altera Scaptodrosophila alternata Scaptodrosophila ambiguifascia Scaptodrosophila amydriae Scaptodrosophila anderssoni Scaptodrosophila angelicae Scaptodrosophila angusta Scaptodrosophila anthemon Scaptodrosophila anthia Scaptodrosophila anuda Scaptodrosophila anyi Scaptodrosophila aproclinata Scaptodrosophila aterrima Scaptodrosophila atricha Scaptodrosophila aurochaeta Scaptodrosophila bambuphila Scaptodrosophila bangi Scaptodrosophila bansadharae Scaptodrosophila barkeri Scaptodrosophila baseogrisea Scaptodrosophila bella Scaptodrosophila bicolor Scaptodrosophila bodmeri Scaptodrosophila brincki Scaptodrosophila brooksae Scaptodrosophila brunnea Scaptodrosophila brunneipennis Scaptodrosophila brunnotata Scaptodrosophila bryani Scaptodrosophila bushi Scaptodrosophila caledobrunnea Scaptodrosophila caledonica Scaptodrosophila caliginosa Scaptodrosophila cancellata Scaptodrosophila cederholmi Scaptodrosophila chandraprabhiana Scaptodrosophila chocolata Scaptodrosophila claropleura Scaptodrosophila claytoni Scaptodrosophila clunicrus Scaptodrosophila collessi Scaptodrosophila cominsiae Scaptodrosophila compressiceps Scaptodrosophila concolor Scaptodrosophila coniura Scaptodrosophila convexa Scaptodrosophila coracina Scaptodrosophila cristata Scaptodrosophila crocata Scaptodrosophila crockeri Scaptodrosophila cultello Scaptodrosophila decipiens Scaptodrosophila deflexa Scaptodrosophila diana Scaptodrosophila dibi Scaptodrosophila dichromos Scaptodrosophila divergens Scaptodrosophila dorsata Scaptodrosophila dorsocentralis Scaptodrosophila ebenea Scaptodrosophila ebonata Scaptodrosophila ehrmanae Scaptodrosophila elenthiensis Scaptodrosophila ellenae Scaptodrosophila eluta Scaptodrosophila elutoides Scaptodrosophila enigma Scaptodrosophila eoundo Scaptodrosophila evanescens Scaptodrosophila evenhuisi Scaptodrosophila excavata Scaptodrosophila excepta Scaptodrosophila exemplar Scaptodrosophila fimbriata Scaptodrosophila finitima Scaptodrosophila finnigana Scaptodrosophila flavipes Scaptodrosophila flavissima Scaptodrosophila framire Scaptodrosophila fringefera Scaptodrosophila fumida Scaptodrosophila fungi Scaptodrosophila fuscithorax Scaptodrosophila fuscopalpis Scaptodrosophila fuscovittata Scaptodrosophila garnetensis Scaptodrosophila garumga Scaptodrosophila glauca Scaptodrosophila gressitti Scaptodrosophila grossfieldi Scaptodrosophila hamptoni Scaptodrosophila heliconiae Scaptodrosophila hibisci Scaptodrosophila hirsuata Scaptodrosophila horaeogaster Scaptodrosophila horrifica Scaptodrosophila howensis Scaptodrosophila hypopygialis Scaptodrosophila incisurifrons Scaptodrosophila inconspicua Scaptodrosophila infuscata Scaptodrosophila inornata Scaptodrosophila insolita Scaptodrosophila jackeyi Scaptodrosophila jucunda Scaptodrosophila kennedyi Scaptodrosophila kirki Scaptodrosophila kohimaensis Scaptodrosophila koraputae Scaptodrosophila krishnamurthyi Scaptodrosophila kyushuensis Scaptodrosophila lagomorpha Scaptodrosophila lambi Scaptodrosophila lampra Scaptodrosophila lateralis Scaptodrosophila laterolinea Scaptodrosophila latifascia Scaptodrosophila latifasciaeformis Scaptodrosophila latifasciola Scaptodrosophila latifshahi Scaptodrosophila lativittata Scaptodrosophila lebanonensis Scaptodrosophila lobata Scaptodrosophila louisae Scaptodrosophila loxostyla Scaptodrosophila lugens Scaptodrosophila lurida Scaptodrosophila magna Scaptodrosophila mania Scaptodrosophila marginata Scaptodrosophila marjoryae Scaptodrosophila mbettie Scaptodrosophila medleri Scaptodrosophila megagenys Scaptodrosophila meijerei Scaptodrosophila melaena Scaptodrosophila melanopleura Scaptodrosophila merdae Scaptodrosophila metanthia Scaptodrosophila metatarsalis Scaptodrosophila metaxa Scaptodrosophila minima Scaptodrosophila minimeta Scaptodrosophila minnamurrae Scaptodrosophila mirei Scaptodrosophila moana Scaptodrosophila moenae Scaptodrosophila mokonfim Scaptodrosophila momortica Scaptodrosophila moronu Scaptodrosophila mossmana Scaptodrosophila mulgravei Scaptodrosophila multipunctata Scaptodrosophila mundagensis Scaptodrosophila nannosoma Scaptodrosophila nausea Scaptodrosophila neomedleri Scaptodrosophila neozelandica Scaptodrosophila nicholsoni Scaptodrosophila nicolae Scaptodrosophila nigrescens Scaptodrosophila nigriceps Scaptodrosophila nigrifrons Scaptodrosophila nigrofemorata Scaptodrosophila nigrops Scaptodrosophila nimia Scaptodrosophila nitidithorax Scaptodrosophila norfolkensis Scaptodrosophila notha Scaptodrosophila novamaculosa Scaptodrosophila novoguineensis Scaptodrosophila nublada Scaptodrosophila nuda Scaptodrosophila obsoleta Scaptodrosophila oenops Scaptodrosophila oncera Scaptodrosophila oralis Scaptodrosophila oreibatis Scaptodrosophila oresibios Scaptodrosophila oweni Scaptodrosophila ovidenticulata Scaptodrosophila oviminiatus Scaptodrosophila palauana Scaptodrosophila pallidipes Scaptodrosophila parabrunnea Scaptodrosophila paracentralis Scaptodrosophila paraclubata Scaptodrosophila paracultello Scaptodrosophila paraguma Scaptodrosophila paranthia Scaptodrosophila paraphryniae Scaptodrosophila parapsychotriae Scaptodrosophila parapunctipennis Scaptodrosophila paratriangulata Scaptodrosophila paratriangulifer Scaptodrosophila parsonsi Scaptodrosophila parviramosa Scaptodrosophila peniquadrata Scaptodrosophila phryniae Scaptodrosophila pictipennis Scaptodrosophila pilicrus Scaptodrosophila pilopalpus Scaptodrosophila plaua Scaptodrosophila pleurolineata Scaptodrosophila pleurovittata Scaptodrosophila plumata Scaptodrosophila precaria Scaptodrosophila pressobrunnea Scaptodrosophila pseudoebenea Scaptodrosophila psychotriae Scaptodrosophila pugionata Scaptodrosophila pumilio Scaptodrosophila puncteluta Scaptodrosophila puncticeps Scaptodrosophila puriensis Scaptodrosophila pusio Scaptodrosophila pygmaea Scaptodrosophila quadriradiata Scaptodrosophila quadristriata Scaptodrosophila rhabdote Scaptodrosophila rhinos Scaptodrosophila rhypara Scaptodrosophila riverata Scaptodrosophila rufifrons Scaptodrosophila rufuloventer Scaptodrosophila saba Scaptodrosophila samoaensis Scaptodrosophila scaptomyzoidea Scaptodrosophila scutellaris Scaptodrosophila scutellimargo Scaptodrosophila scutellopilosa Scaptodrosophila senufo Scaptodrosophila setaria Scaptodrosophila setifera Scaptodrosophila silvalineata Scaptodrosophila simplex Scaptodrosophila sinape Scaptodrosophila singularis Scaptodrosophila smicra Scaptodrosophila spathicola Scaptodrosophila specensis Scaptodrosophila specensoides Scaptodrosophila spinifrons Scaptodrosophila spinomelana Scaptodrosophila stramineipes Scaptodrosophila strigifrons Scaptodrosophila subacuticornis Scaptodrosophila subeluta Scaptodrosophila subminima Scaptodrosophila subnitida Scaptodrosophila subtilis Scaptodrosophila sumatrensis Scaptodrosophila sydneyensis Scaptodrosophila thodayi Scaptodrosophila throckmortoni Scaptodrosophila triangulifer Scaptodrosophila tricingulata Scaptodrosophila triseta Scaptodrosophila uebe Scaptodrosophila valeana Scaptodrosophila variata Scaptodrosophila varipes Scaptodrosophila vazrae Scaptodrosophila victoria Scaptodrosophila vindicta Scaptodrosophila xanthops Scaptodrosophila xanthorrhoeae Scaptodrosophila xiphiochaeta Scaptodrosophila zebrina Scaptodrosophila zingiphila Scaptodrosophila zophera Bisby F.A., Roskov Y.R., Orrell T.M., Nicolson D., Paglinawan L.E., Bailly N., Kirk P.M., Bourgoin T., Baillargeon G., Ouvrard D.(2017).
Kmen: Cryptomycota (= Rozellida) Kmen: Microsporidia – mikrosporidie (hmyzomorky) Kmen: Aphelida = Aphelidiomycota Kmen: Chytridiomycota = Archemycota – chytridiomycety Třída: Chytridiomycetes = Archimycetes Řád: Chytridiales – chytridiotvaré Třída: Cladochytriomycetes Řád: Cladochytriales Třída: Mesochytriomycetes Řád: Mesochytriales Řád: Gromochytriales Třída: Lobulomycetes Řád: Lobulomycetales Třída: Polychytriomycetes Řád: Polychytriales Třída: Rhizophlyctidomycetes Řád: Rhizophlyctidales Třída: Rhizophydiomycetes Řád: Rhizophydiales Třída: Spizellomycetes Řád: Spizellomycetales – spizelomycetotvaré Třída: Synchytriomycetes Řád: Synchytriales Kmen: Monoblepharomycota (dříve součást kmene Chytridiomycota) Třída: Monoblepharidomycetes Řád: Monoblepharidales Třída: Hyaloraphidiomycetes Řád: Hyaloraphidiales Třída: Sanchytriomycetes Řád: Sanchytriales Kmen: Neocallimastigomycota Třída: Neocallimastigomycetes Řád: Neocallimastigales Kmen: Blastocladiomycota = Allomycota Třída: Blastocladiomycetes = Allomycetes Řád: Blastocladiales – blastokladiotvaré Třída: Physodermatomycetes Řád: Physodermatales Kmen: Basidiobolomycota Třída: Basidiobolomycetes Řád: Basidiobolales Kmen: Olpidiomycota Třída: Olpidiomycetes Řád: Olpidiales Kmen: Entomophthoromycota (dříve podkmen incertae sedis Entomophthoromycotina) Třída: Entomophthoromycetes Řád: Entomophthorales – hmyzomorkotvaré Třída: Neozygitomycetes Řád: Neozygitales Kmen: Kickxellomycota (dříve podkmen incertae sedis Kickxellomycotina) Třída: Asellariomycetes Řád: Asellariales – beruškovkotvaré Třída: Barbatosporomycetes Řád: Barbatosporales Třída: Dimargaritomycetes Řád: Dimargaritales Třída: Harpellomycetes Řád: Harpellales – harpelotvaré Třída: Kickxellomycetes Řád: Kickxellales Třída: Ramicandelaberomycetes Řád: Ramicandelaberales Kmen: Zoopagomycota (dříve podkmen incertae sedis Zoopagomycotina) Třída: Zoopagomycetes Řád: Zoopagales – zoopagotvaré Kmen: Calcarisporiellomycota Třída: Calcarisporiellomycetes Řád: Calcarisporiellales Kmen: Glomeromycota Třída: Glomeromycetes = Glomomycetes = Geomycetes Řád: Diversisporales Řád: Glomerales = Glomales Třída: Archaeosporomycetes Řád: Archaeosporales = Geosiphonales Třída: Paraglomeromycetes Řád: Paraglomerales Kmen: Mortierellomycota (dříve řazen do podkmene incertae sedis Mucoromycotina) Třída: Mortierellomycetes Řád: Mortierellales Kmen: Mucoromycota (dříve podkmen incertae sedis Mucoromycotina) Třída: Endogonomycetes Řád: Endogonales – endogonotvaré Třída: Mucoromycetes Řád: Mucorales – plísňotvaré Třída: Umbelopsidomycetes Řád: Umbelopsidales Podříše: Dikarya = Dikaryomyceta (= Dikaryomycota) = Neomycota Kmen: Ascomycota – houby vřeckovýtrusé Podkmen: Taphrinomycotina Třída: Taphrinomycetes Řád: Taphrinales – kadeřavkotvaré Třída: Neolectomycetes Řád: Neolectales Třída: Pneumocystidomycetes Řád: Pneumocystidales Třída: Schizosaccharomycetes – kvasinkotvaré Řád: Schizosaccharomycetales Třída: Archaeorhizomycetes Podkmen: Saccharomycotina Třída: Saccharomycetes Řád: Saccharomycetales – kvasinkotvaré Podkmen: Pezizomycotina Třída: Arthoniomycetes Řád: Arthoniales – artoniotvaré Třída: Dothideomycetes Podtřída: Dothideomycetidae Řád: Capnodiales Řád: Dothideales – vředovcotvaré Řád: Myriangiales Podtřída: Pleosporomycetidae Řád: Pleosporales – zďovkotvaré Dothideomycetes incertae sedis: Řád: Botryosphaeriales Řád: Hysteriales – skulinatcotvaré Řád: Patellariales – miskovkotvaré Řád: Jahnulales Třída: Eurotiomycetes Podtřída: Chaetothyriomycetidae Řád: Chaetothyriales Řád: Pyrenulales – jaderničkotvaré Řád: Verrucariales – bradavnicotvaré Podtřída: Eurotiomycetidae Řád: Coryneliales Řád: Eurotiales – plesnivkotvaré Řád: Onygenales – kazirohotvaré Podtřída: Mycocaliciomycetidae Řád: Mycocaliciales – kališkotvaré Třída: Geoglossomycetes Řád: Geoglossales Třída: Laboulbeniomycetes Řád: Laboulbeniales – roztřepenkotvaré Řád: Pyxidiophorales Třída: Lecanoromycetes Podtřída: Acarosporomycetidae Řád: Acarosporales Podtřída: Lecanoromycetidae Řád: Lecanorales – misničkotvaré Řád: Peltigerales – hávnatkotvaré Řád: Teloschistales – krásníkotvaré Podtřída: Ostropomycetidae Řád: Agyriales Řád: Baeomycetales Řád: Ostropales – dlouhovřeckotvaré Řád: Pertusariales – děratkotvaré Lecanoromycetes incertae sedis: Řád: Candelariales Řád: Umbilicariales Třída: Leotiomycetes Řád: Cyttariales Řád: Erysiphales – padlí Řád: Helotiales – voskovičkotvaré Řád: Rhytismatales – svraštělkotvaré Řád: Thelebolales Třída: Lichinomycetes Řád: Lichinales – lišejkotvaré Třída: Orbiliomycetes Řád: Orbiliales Třída: Pezizomycetes Řád: Pezizales – kustřebkotvaré Třída: Sordariomycetes Podtřída: Hypocreomycetidae Řád: Coronophorales Řád: Hypocreales – masenkotvaré Řád: Melanosporales Řád: Microascales – vřeckovičkotvaré Podtřída: Sordariomycetidae Řád: Boliniales – bolinkotvaré Řád: Chaetosphaeriales Řád: Coniochaetales Řád: Diaporthales – čárovkotvaré Řád: Ophiostomatales – ofiostomotvaré Řád: Sordariales – hnojenkotvaré Podtřída: Xylariomycetidae Řád: Xylariales – dřevnatkotvaré Sordariomycetes incertae sedis: Řád: Calosphaeriales Řád: Lulworthiales Řád: Meliolales Řád: Phyllachorales Řád: Trichosphaeriales Třída: Xylonomycetes Řád: Xylonomycetales Pezizomycotina incertae sedis: Řád: Lahmiales Řád: Medeolariales Řád: Triblidiales Kmen: Basidiomycota – houby stopkovýtrusé Podkmen: Pucciniomycotina (= Urediniomycetes) Třída: Pucciniomycetes (= Urediniomycetidae) – rzi Řád: Septobasidiales – přepážkovkotvaré Řád: Pachnocybales Řád: Helicobasidiales Řád: Platygloeales Řád: Pucciniales = Uredinales – rzi Třída: Cystobasidiomycetes Řád: Cystobasidiales Řád: Erythrobasidiales Řád: Naohideales Třída: Agaricostilbomycetes Řád: Agaricostilbales Řád: Spiculogloeales = Mycogloeales Třída: Microbotryomycetes Řád: Heterogastridiales Řád: Microbotryales Řád: Leucosporidiales Řád: Sporidiobolales Třída: Atractiellomycetes Řád: Atractiellales Třída: Třídaiculomycetes Řád: Třídaiculales Třída: Mixiomycetes Řád: Mixiales Třída: Cryptomycocolacomycetes Řád: Cryptomycocolacales Podkmen: Ustilaginomycotina Třída: Malasseziomycetes Řád: Malasseziales Třída: Monilielliomycetes Řád: Moniliellales Třída: Ustilaginomycetes – sněti Řád: Urocystales Řád: Ustilaginales – prašné sněti Třída: Exobasidiomycetes Řád: Doassansiales Řád: Entylomatales Řád: Exobasidiales – plíškotvaré Řád: Georgefischeriales Řád: Microstromatales Řád: Tilletiales – mazlavé sněti Ustilaginomycotina incertae sedis: Řád: Malasseziales Podkmen: Agaricomycotina (= Hymenomycetes) Třída: Tremellomycetes – houby mozkovkovité Řád: Cystofilobasidiales Řád: Filobasidiales Řád: Tremellales – rosolovkotvaré Třída: Dacrymycetes Řád: Dacrymycetales – kropilkotvaré Řád: Unilacrymales Třída: Agaricomycetes – stopkovýtrusé Podtřída: Agaricomycetidae – houby rouškaté Řád: Agaricales – pečárkotvaré Řád: Atheliales Řád: Boletales – hřibotvaré Podtřída: Phallomycetidae Řád: Geastrales Řád: Gomphales Řád: Hysterangiales Řád: Phallales – hadovkotvaré Agaricomycetes incertae sedis: Řád: Auriculariales – boltcovitkotvaré Řád: Cantharellales – liškotvaré Řád: Corticiales = Vuilleminiales Řád: Gloeophyllales Řád: Hymenochaetales – kožovkotvaré Řád: Polyporales – chorošotvaré Řád: Russulales – holubinkotvaré Řád: Sebacinales Řád: Stereopsidales Řád: Thelephorales – plesňákotvaré Řád: Trechisporales = Hydnodontales Basidiomycota incertae sedis: Třída: Wallemiomycetes Řád: Wallemiales Kmen: Entorrhizomycota Třída: Entorrhizomycetes Řád: Entorrhizales Na výše uvedenou systematiku z projektu AFTOL navázala v r. 2009 fylogenetická studie 82 kompletních genomů.