Stoney resigned from his job as Secretary of Queen's University of Ireland in 1882 in objection to a government decision to introduce "sectarianism" into the system; i.e., Stoney wanted to keep the system non-denominational, but the government acceded to Irish Catholic demands for Catholic institutions.
Stoney odstoupil ze své práci na Queen's University v Irsku v roce 1882 na protest proti rozhodnutí vlády zavést "sektářství" do systému, Stoney chtěl udržet systém nedenominační, ale vláda přistoupila na Irské katolické požadavky pro katolické instituce.