In 1906, Samsonov became Chief of staff of the Warsaw Military District, and in 1909 was Governor-General of Russian Turkestan and commander of the Turkestan Military District.
V roce 1906 se Samsonov stal náčelníkem štábu Varšavského vojenského okruhu a v roce 1909 byl jmenován generálním guvernérem ruského Turkestánu a velitele Turkestánského vojenského okruhu.