Manhattan Project is much like the original Duke Nukem due to its many similarities, such as 'Mech Morphix' looking and acting very similar (e.g. half a metal face and also a mad scientist) to Dr. Proton, the main antagonist of Duke Nukem.
Manhattan Project je mnohem více jako originální Duke Nukem, je zde mnoho podobností, jako například 'Mech Morphix', který vypadá a chová se velmi podobně (polovina tváře z kovu a také je šílený vědec) jako 'Dr. Proton', hlavní soupeř Duke Nukema.