Margolius was accused of being a member of the “anti-party conspiratorial centre,” and was sentenced to death along with former Party Secretary Rudolf Slánský and nine others on November 27, 1952.
Margolius byl obviněn, že je členem „protistranického spikleneckého centra“, a 27. listopadu 1952 byl spolu s tajemníkem strany Rudolfem Slánským a devíti dalšími odsouzen k smrti.