Shephard is initially assigned to cover up the events at Black Mesa, but is soon left isolated and has to fight to survive against a new group of alien invaders and black operations units.
Shepard má původně úkol zakrýt události v Black Mesa, ale oddělí se od skupiny a je nucen bojovat za přežití, přičemž musí bojovat proti nové skupině vetřelců a členům jednotek black operations.