Afterwards Kroupa worked until 2000 in astronomical research groups at Heidelberg University and at the Max Planck Institute for Astronomy, before he went to the University of Kiel and earned his Habilitation there.
Poté Kroupa pracoval až do roku 2000 v astronomických výzkumné skupiny na univerzitě v Heidelbergu a na Institutu Maxe Plancka pro astronomii, než šel na univerzitě v Kielu a získal jeho Habilitation tam.