The canal is operated by the agency known as the White Sea and Lake Onega Waterways and Shipping Administration (Беломорско-Онежское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства), which is also responsible for shipping on Lake Onega and in the Belomorsk harbor area (but not throughout the actual White Sea).
يتم تشغيل القناة من خلال الوكالة التي اسمها إدارة الشحن والممرات في البحر الأبيض وبحيرة أونيجا (White Sea and Lake Onega Waterways and Shipping Administration) (Беломорско-Онежское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства)، وهي المسئولة كذلك عن الشحن في بحيرة أونيجا وفي منطقة ميناء بيلومورسك (ولكن ليس عبر البحر الأبيض فعليًا).