Thomas survived the war and later was discharged from the army for being too favorable to the Southern whites during Reconstruction by the Radical Republicans under his chief and mentor Hancock who also was dismissed as the head of Reconstruction in Texas.
Томас пережив війну, а потім був звільнений з армії за те, що був занадто лояльним до південців під час реконструкції Півдня в порівнянні з радикальними республіканцями під керівництвом свого шефа і наставника Хенкока, що також був звільнений з посади голови реконструкції в Техасі.