During the 1960s, for a short period, the flotilla was subordinated to the Yugoslav National Army's 1st Army, but during later reorganization again became part of the Yugoslav Navy.
Протягом 60-х років флотилія протягом короткого періоду була підпорядкована 1-шій армії Югославської народної армії, але після подальшої реорганізації знову стала частиною югославських ВМС.