On 30 December 1998, he married Angela Merkel (herself a doctor of physics who had once worked in quantum chemistry research), who later became chairwoman of the Christian Democratic Union and on 22 November 2005, the first female Chancellor of Germany.
30 грудня 1998 Зауер одружився з Ангелою Меркель (також доктор хімічних наук, раніше працювала у галузі досліджень квантової хімії), яка пізніше була обрана головою Християнсько-демократичного союзу і 22 листопада 2005 першою жінкою-канцлером Німеччини.