More advanced methods use the optimality criterion of maximum likelihood, often within a Bayesian Framework, and apply an explicit model of evolution to phylogenetic tree estimation.
Більш сучасні методи використовують критерії оптимальності в максимальній ймовірності, часто в Байєсівській структурі, і застосовують явну модель еволюції до оцінки філогенетичного дерева.