Opened in 1871, it has had several names, including Ministry of Education Museum, Tokyo Museum, Tokyo Science Museum, the National Science Museum of Japan, and the National Museum of Nature and Science as of 2007.
Музей відкрився у 1871 році, і з тих пір кілька разів змінював назву: Музей Міністерства освіти, Токійський музей, Токійський музей науки, Національний музей науки Японії та Національний музей природи та науки з 2007 року.