Three years after the events of the original Metal Gear, FOXHOUND discovers that a hostile nation in the Middle East may have gotten a hold of the plans for Metal Gear and are secretly constructing a new model.
Спустя три года после событий оригинального Metal Gear, FOXHOUND узнаёт, что одна враждебная страна из Среднего Востока возможно получила в своё распоряжение чертежи Metal Gear и тайно конструируют новую модель.