Thomas survived the war and later was discharged from the army for being too favorable to the Southern whites during Reconstruction by the Radical Republicans under his chief and mentor Hancock who also was dismissed as the head of Reconstruction in Texas.
Томас пережил войну, а затем был уволен из армии за то, что был слишком лояльным к южанам во время реконструкции Юга в сравнении с радикальными республиканцами под руководством своего шефа и наставника Хэнкока, который также был уволен с должности председателя реконструкции в Техасе.