De rikt dekorerte Borgia-leilighetene inneholder Pinturicchios fresker med portretter av den spanske Borgia-paven Alexander VI og hans beryktede sønn Cesare og datter Lucrezia, og fører inn i samlingen av moderne religiøse kunstverk åpnet i 1973 av Paul VI.
Borgia-leilighetene er nå tomme for kunstnært dekorasjon.