Men hennes andre periode var preget av problemer med regionale uroligheter, spesielt i Assam i den nordøstlige regionen av landet, hvor lokale massakrer etterlot 3000 døde, og i Punjab, hvor sikh militante arrangerte voldelige demonstrasjoner for større autonomi og til og med uavhengighet.
Hennes andre periode var den mest fredelige tiden regionen noensinne hadde opplevd.