Flere uvurderlige fresker ble alvorlig skadet eller ødelagt, spesielt uvurderlige arbeider av Cimabue (1226 1337) som er omtalt på en del av den øvre kirkes hvelvede tak, som sank til gulvet under jordskjelv.
Da Vinci arbeider ble enten skadet eller ødelagt, inkludert Madonna av The Rocks, som er omtalt på en del av den øvre kirken hvelvet taket.