Fra 1506 til 1626 endret den seg fra den enkle grunnplanen av en gresk kruse med fire armer av like lengde, som ble favorisert av Bramante og hans arkifiende Michelangelo, til den endelige formen av Madernos latinske kruse, utvidet med et langt skip, som kreves av pavene i motreformasjonen.
Etter slutten av motreformasjonen, noen mennesker ønsket at designet skulle endres tilbake.