Det ble også en primær base for misjonærvirksomhet, med sin suksese av fromme tilhengere av forskjellige trosretninger franciskanere, augustinianere, dominikanere og jesuitter som holdt dem i linje sammen med en streng inkvisisjon mest kjent ledet av Francis Xavier, som kom til Goa i året 1542.
En inkvisisjon ble ledet av Francis Xavier, som holdt ulike trosretninger i linje.