I den øvre basilikaen, som ble gjenåpnet i 2000 etter intensiv restaurering døgnet rundt, har Cimabues arbeider i apsis og venstre korsgang blitt sorte, og ser ut som fotonegativ på grunn av det oksiderte hvite blyet i malingene hans, men man kan fortsatt føle intensiteten av folkemengdens angst i hans korsfestelse, velsignet uberørt av jordskjelvet.
Den øvre basilikaen ble aldri åpnet på grunn av den omfattende skaden.