Blant de flere museene i Honfleur er Musee de la Marine, med en samling av nautiske skatter, som ligger i det 14. århundre Eglise Saint-Etienne (Quai Saint-Etienne); og Musee Eugyne Boudin (Place Erik Satie), med en rik utstilling av malerier av normanniske kunstnere og besøkende til Normandie.
I Honfleur finner man både nautiske og kunstmuseer.