Da Hideyoshi så kristendommen som en trussel mot sin sentrale autoritet, undertrykte han systematisk den kristne aktiviteten; i 1597 ble seks misjonærer og 20 japanske konverterte korsfestet i Nagasaki.
Hideyoshi oppfattet kristendommen som et problem for å opprettholde sin autoritet, og undertrykte dem derfor med henrettelser.