Men hennes andre periode var preget av problemer med regionale uroligheter, spesielt i Assam i den nordøstlige regionen av landet, hvor lokale massakrer etterlot 3000 døde, og i Punjab, hvor sikh militante arrangerte voldelige demonstrasjoner for større autonomi og til og med uavhengighet.
Hennes andre periode var plaget av problemer, alt fra massakrer til voldelige demonstrasjoner.