유시민 노무현재단 이사장이 유재수 전 부산시 경제부시장의 금융위원회 재직 당시 업체들로부터 뇌물 등을 받고 편의를 봐준 의혹으로 검찰 수사를 받고 있는 것과 관련해 "검찰이 조국 전 법무부 장관과 아무 관련이 없다는 걸 알면서도 어떻게든 엮으려고 한다"고 주장했다. 유 이사장은 26일 재단 유튜브 '유시민의 알릴레오'에서 "제가 취재한 바에 따르면 조국 당시 민정수석은 유재수씨와 일면식도, 아무 관계도 없다"며 "유씨가 참여정부 때 파견근무를 장기간 했던 것도 조 전 수석은 몰랐고 둘이 통화한 적도, 전화번호도 모르는 사이"라고 말했다. 이어 "당시 감찰 과정에서 골프채, 항공권 등이 문제가 됐는데 많은 액수는 아니었고, 시기 문제도 있어 박형철 청와대 반부패비서관과 백원우 전 민정비서관, 조 전 수석 3명이 회의를 해 '비교적 중한 사건은 아닌 것 같다'고 합의돼 종결한 것"이라고 주장했다. 유 이사장은 "이 사건을 서울동부지검에서 계속 다루면 유재수란 공직자의 비리에 관한 것이고, 서울중앙지검에서 가져가면 청와대 민정수석실을 공격하는 것이라서 차원이 다르다"며 "조국을 잡기 위해 청와대 민정수석실을 수사하려는 것"이라고 말했다. 그러면서 "현재 정경심 교수의 공소사실 중 (조 전 장관과) 연결할 수 있는 건 두 개뿐이라, 구속영장을 치기도 어렵고 기소해도 공소 유지나 유죄 선고가 가능할지 회의가 많이 있어 볼륨을 더 키울 필요가 있다"며 "이것(유 전 부시장의 비위 사건)으로 하면 직무유기나 직권남용으로 엮을 수 있어 서울중앙지검에서 가지고 가려고 할 것"이라고 내다봤다. 그는 "입수한 첩보에 따르면 검찰이 별건으로 청와대 인사수석실을 치려는 움직임도 있다"며 "국회의원 비리에 관한 첩보를 모으고 있다는 첩보도 있다"고 덧붙였다. 한편 검찰은 유 전 부시장의 비위와 관련해 조 전 장관이 민정수석이었던 시절의 청와대 민정수석실 특별감찰이 석연치 않게 중단됐다는 의혹을 들여다보고 있다.
검찰이 조국 전 장관이 민정수석이던 시절, 유재수 전 부산시 경제부시장의 금융위원회 재직 시절, 뇌물을 받고 특별감사를 석연치 않게 중단했다는 혐의를 제기하는 것과 관련하여, 유시민은 노무현 재단 유튜브 '유시민의 알릴레오'에서  '조국이 유재수와 아무런 관계가 없다' 주장했다.