정부가 지난 3일 '북한 소형 목선' 사건과 관련한 합동조사 결과를 발표했지만 핵심 의혹들이 명확히 밝혀지지 않으면서 '부실 조사'라는 비판이 계속되고 있다. 또 관련자들의 징계도 윗선은 대충 넘어가고 잘못이 확인된 실무자들의 책임은 아예 묻지도 않는 등 형평성에 맞지 않는다는 지적이 나온다. 최현수 국방부 대변인은 4일 언론 브리핑에서 '삼척항 인근이라는 표현을 결정한 유관기관 회의에 청와대도 포함돼 있냐'는 질문에 "구체적인 부분은 밝히지 못하지만 유관기관이라고만 말씀드린다"고 밝혔다. 국방부는 여전히 '삼척항 인근'이란 표현이 어떻게 만들어졌는지에 대해 함구하고 있다. 때문에 애초 정부의 은폐 및 축소 의혹 논란을 불러일으킨 '삼척항 인근' 표현에 대해서는 명확한 조사 결과와 징계 조치가 없이 마무리하려 한다는 의혹이 사그라지지 않고 있다. 청와대가 축소·은폐 개입 의혹이 없었다고 계속 주장하면서도 김유근 국가안보실 1차장에 대해서는 '안이한 판단을 했다'는 모호한 사유로 '엄중경고' 조치를 한 것도 의혹을 더욱 부풀리고 있다. 군 소식통은 "군만 징계할 경우 생겨날 군 내부의 불만을 고려한 게 아니겠느냐"고 지적했다. 군에 대한 징계 처리도 전반적으로 부실했다는 분석이다. 정부는 박한기 합참의장을 경고 조치하고 8군단장의 보직을 해임하기로 했다. 또 23사단장과 해군 1함대사령관을 징계위원회에 회부했다. 하지만 사건 발생 당시 23사단장은 휴가 중이었고 행정부사단장이 직무대리를 수행 중이었던 것으로 드러났다. 그런데도 23사단장만 징계위에 회부한 것이다. 또 사건 발생 당시 23사단 당직근무자는 행정부사단장에 대한 보고를 누락하고 대량문자전송서비스 및 고속상황 전파체계로 예하부대에 전파하지 않아 상황 판단을 안일하게 한 것이 드러났지만 아무런 조치도 없었다. 국방부 관계자는 "평상시 전투준비태세를 유지했어야 할 23사단장에게 책임을 물은 것"이라며 "당직근무자의 실수를 문책하지 않은 것은 군의 사기를 고려한 측면이 있다"고 해명했다. 또 박 의장에게 해경의 전파를 '늑장 보고'한 군 실무자들에 대해서도 '기관 간 규정이 상이하다'는 이유로 문책이 이뤄지지 않았다. 최 대변인은 이날 이들의 문책 여부에 대해선 "그 사안에 대해서는 내부적으로 좀 볼 계획"이라며 즉답을 피했다. 보수 야당은 정부 합동조사 결과가 '셀프 면죄부 조사'라며 국정조사를 요구했다. 자유한국당 나경원 원내대표는 국회 교섭단체 대표연설에서 "합동조사단 발표는 청와대 각본·연출의 퍼포먼스에 불과했다"며 "정의용 안보실장, 서훈 국정원장 등 안보라인을 경질하고 국정조사가 필요하다"고 주장했다. 바른미래당 오신환 원내대표도 "뻔뻔한 거짓말로 국민을 우롱하는 상황에서 국정조사를 미루는 일 자체가 국민에게 죄를 짓는 것"이라고 했다. 그러나 더불어민주당은 국정조사는 받아들일 수 없다는 입장을 고수하고 있다. 조정식 민주당 정책위의장은 "북한 목선 사건과 관련해 추가로 물을 것이 있다면 상임위원회와 대정부질문을 통해 가능하다"며 "정치적 쟁점 사안을 민생과 결부해서는 안 된다"고 했다.
정부가 '북한 소형 목선'의 합동조사 결과 발표 후 의혹이 명확하게 밝혀지지 않으면서 부실조사라는 비판과 군 징계 처리가 부실했다는 분석이 나오고 있으며, 보수 야당은 정부에 국정조사를 요구하고 나섰다.