정부는 3일 지난달 15일 발생한 '북한 소형목선 남하' 사건에 대한 합동조사단 조사 결과 발표를 통해 '사건을 은폐·축소하려 했다'는 의혹을 최종 부인했다. 하지만 북한 선원 발견 지점을 '삼척항 방파제'가 아닌 '삼척항 인근'으로 발표하도록 지시한 사람이 누군지는 밝히지 않아 은폐·축소 의혹이 가시지 않고 있다. 정부는 이날 정부서울청사에서 국무조정실 주관으로 가진 합동 기자회견에서 당초 국방부가 지난달 17일 북한 어민들이 발견된 곳을 삼척항 인근이라고 발표했다가 나중에 언론 보도를 통해 삼척항 방파제로 드러나면서 은폐·축소 의혹을 부른 것과 관련해 "부적절한 면이 있었다"고 인정하면서도 청와대 개입 여부 등에 대해서는 명확히 밝히지 않았다. 최병환 국무조정실 1차장은 "국방부는 15일 상황을 접수한 시점부터 이 사안이 대북 군사보안과 연계된 건이기 때문에 매뉴얼에 따라 유관기관들과 협의해 최초 작성한 언론보도문을 공유했다"면서 "초기 상황관리 과정에서 대북 군사보안상 통상적으로 쓰는 용어인 '삼척항 인근'으로 발견 장소를 표현했다"고 밝혔다. 이어 "17일 국회에 보고한 자료를 확인한 결과 보고서 1쪽 하단부에 발견 지점을 '삼척항 방파제'라고 명확하게 표현했다"며 "군이 군사보안적 측면만 고려해 국민 눈높이를 고려하지 않은 채 깊이 생각하지 못한 점이 있었다"고 말했다. 그러나 이날 정부는 '삼척항 인근'이란 표현을 쓰자고 한 게 어느 기관의 의견인지와 유관기관 협의 대상에 청와대가 포함돼 있는지에 대한 질문에는 "구체적으로 밝히지 못한다"며 답변을 극구 회피해 의문을 증폭시켰다. 국방부는 이번 사건을 경계태세 실패로 규정해 8군단장을 보직 해임하고 육군 23사단장과 해군 1함대사령관을 징계위원회에 회부하며 합참의장, 지상작전사령관, 해군작전사령관은 엄중 경고조치하기로 했다고 밝혔다. 그러나 축소·은폐 의혹에 대해서는 명쾌한 해명도 없이 일선 지휘관만 징계하는 것은 '꼬리 자르기'라는 지적이 나온다. 실제 국방부 합동조사단은 이번에 장관 및 합참의장에 대해서는 조사하지 않은 것으로 전해져 '셀프조사'의 한계라는 비판도 나온다. 국방부 합동조사단 단장인 이순택 감사관은 "군 상급자에 대한 구체적인 비위를 들추기보다는 경계작전 라인에 대한 지휘 책임을 묻는다는 의미에서 (징계를) 한 것"이라고 밝혔다. 정경두 장관은 이날 합동 기자회견에 참석해 "국방부 장관으로서 깊은 책임을 통감한다"고 사과했다.
정부는 정부 서울 청사 국무 조정실 주관으로 가진 합동 기자 회견에서 지난 달 15일 발생한 북한 어민들이 발견된 곳을 삼척항 인근이라고 발표했지만, 후에 삼척항 방파제로 드러난 '북한 소형목선 남하' 사건을 은폐, 축소하려는 의혹을 최종 부인해 '셀프조사'의 한계라는 비판도 나온다.