사업비 투자심사를 제대로 받지 않아 지방교부세 감액 처분을 받은 수원시가 '표적 감사' 결과라며 불복 소송을 냈지만 패소했다. 23일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정5부(부장 박양준)는 수원시가 행정자치부(현 행정안전부) 장관을 상대로 낸 지방교부세 감액처분 취소소송에서 원고 패소 판결했다. 2015년 감사원이 수원시의 생태교통 사업(2013)에 대해 두 차례 감사한 결과 투자 심사 전후로 사업비가 25억원에서 48억원으로 50% 이상 늘었는데도 시가 행자부에 재심사를 의뢰하지 않고 또 기반시설 사업비가 114억여원인데도 경기도에 투자 심사를 의뢰하지 않은 점이 확인됐다. 옛 지방재정법 시행령 등에 따라 사업비가 투자심사 후 50% 이상 늘어나면 심사를 다시 받아야 한다. 이에 따라 행자부는 2016년 12월 수원시 교부세 12억 5000만원을 감액하기로 했다. 수원시는 "감사원 감사는 국가정보원의 기획에 따라 당시 야권이던 염태영 시장을 제압하려는 정치적 목적에서 이뤄졌다"면서 "표적감사에 기초한 감사 결과는 부당하고 감액되는 교부세도 과다하다"며 소송을 냈다. 재판부는 국정원이 2011년 9월 작성해 청와대에 올린 '야권 지방자치단체장의 국정 운영 저해 실태 및 고려사항'이라는 보고서에 염 시장 내용이 있는 점은 인정했다. 그러나 감사원의 감사는 이보다 훨씬 뒤의 일이라며 "교부세 감액 처분이 위법한 표적 감사에 기초한 것이라고 인정하기 부족하다"고 판단했다. 재판부는 또 교부세가 줄어든다고 해서 수원시 재정에 심각한 타격을 주는 것도 아니라며 지나친 처분이 아니라고 봤다.
2015년 감사원의 두 차례 감사 결과, 수원시가 사업비 투자심사를 제대로 받지 않은것으로 나타났고, 이에따라 지방교부세 감액 처분을 받은 수원시는 '표적 감사' 결과라며 행정자치부장관을 상대로 소송을 제기했으나 패소한것으로 알려졌다.