메르스(중동호흡기증후군)와 지카바이러스 등 감염병의 국내 유입을 막기 위한 검역 시스템이 제대로 작동하지 않는 것으로 나타났다. 감염병 의심환자들과 주요 감염병 발생국에서 입국하는 이들에 대한 정보가 일선 보건소까지 전달되지 않았다. 29일 감사원의 검역감염병 예방 및 관리실태 보고서에 따르면 2017년 1월부터 지난해 9월까지 입국자 검역 단계에서 콜레라 감염 등이 의심되는 설사 증상자 9300여명과 메르스 의심환자, 그 접촉자 2700여명 등 총 1만 2000여명이 발견됐다. 이들은 모두 시군구 보건소에 통보해 추적 관리해야 하는 대상이다. 그러나 공항이나 항만에 설치된 검역소의 단순 누락(379명), 임의 삭제(159명), 시스템 오류(101명) 등으로 인해 추적 관리 대상자 639명이 보건소 시스템에 통보되지 않았고 이로 인해 추적 관리가 이뤄지지 않았다. 질병관리본부는 검역정보시스템과 입국자 추적 관리 시스템의 연계 과정에서 오류가 있는 것을 알고도 조치를 하지 않았다. 또 지난해 9월 8일 국내에서 메르스 확진 환자가 발생한 이후 최대 잠복기(9월 21일)까지 밀접 접촉자 12명과 일상 접촉자 387명을 관리하는 과정도 부실했다. 메르스 확진자를 접촉했다가 출국한 외국인 73명 중 4명이 최대 잠복기 내에 다시 국내로 들어왔지만, 질병관리본부는 재입국 사실도 파악하지 못해 잠복기 종료일까지 최대 8일간 감시 대상에서 누락했다. 지카바이러스 감염 의심환자 관리도 엉망이었다. 2016년부터 지난해 9월까지 196개 의료기관이 681명에 대해 지카바이러스 감염증 진단검사를 하고 검사 비용을 요양급여로 청구했지만 이 중 58.7%인 400명이 관할 보건소 등에 감염병 의심환자로 신고되지 않았던 것으로 확인됐다.
공항이나 항만에 설치된 검역소에서 검역정보시스템과 입국자 추적 관리 시스템 연계 과정에서 오류로 메르스와 지카바이러스 등의 감염병 추적 관리 대상자 639명이 누적되어 국내 유입을 막기 위한 감역 시스템이 제대로 작동하지 않는 것으로 밝혀졌다.