향후 융합연구 성과평가 기준에서 연구목적의 달성정도(24%)가 가장 중요시되었고 연구결과의 학술적 기여(17%), 연구수행 과정의 적절성(16%), 연구결과의 경제사회적 기여(14%) 순이었다. 선정평가 평가에서는 연구 목적의 독창성과 도전성을 최우선으로 평가하고, 성과평가에서는 각 연구자가 설정한 연구 목적의 달성도를 측정하는 것이 중요한 이슈로 나타났다. 연구별로 목적이 다르기 때문에 달성도를 일괄적인 기준을 적용하여 측정할 수 없고 각 연구별 질적 성과 측정이 이루어져야 함을 의미한다. 또한 융합연구의 기본 체계 및 방법론 정립에 관한 연구결과는 학문적인 가치를 판단하여 향후 융합연구가 지속적으로 발전할 수 있도록 하여야 한다. 융합연구는 도전성이 중시되기 때문에 결과에 관계없이 연구 수행과정을 논리적이고 타당하게 설정하여 진행하였는지도 평가에서 고려해야 할 것이다.
융합연구 성과평가와 선정평가 기준 우선도는 각각 목적 달성도와 독창성 등으로 다르기 때문에 연구별 질적 성과 측정이 이루어져야 하며 연구 수행과정의 진행 고려와 융합연구의 지속 발전을 위한 연구결과의 학문적 가치 판단도 해야 한다. 