다음으로, 연구개발 조세지원의 혜택이 대기업에 집중되어 있다는 문제에 대해서는 실제로 대기업에 대한 지원 규모가 크기는 하나 대기업이 지출하는 연구개발투자와 상대적으로 비교할 때는 크게 형평성을 저해한다고 볼 수는 없다. 2012년의 경우를 보면 대기업은 전체 기업 R&D투자의 74.2%를 지출하면서 전체 연구 및 인력개발비 세액공제 지원실적의 61.6%를 지원받은 한편, 중소기업은 전체 기업 R&D투자의 25.8%를 지출하면서 전체 연구 및 연구 및 인력개발비 세액공제 실적의 38.4%를 지원받은 것이다. 그리고 대기업에 대한 조세지원의 규모가 큰 것은 꼭 부정적으로 보아야 할 사항도 아니다. 대기업이 그 만큼 연구개발투자를 많이 하고 이에 바탕을 두고 혁신성과를 창출하여 세계 일류기업으로 경쟁력을 갖추어 우리 산업과 경제의 버팀목이 되고 있기 때문이다.
연구개발 분야에서 대기업에 대한 조세지원이 집중되었다는 문제는  보고서에 의하면 형평성을 저해한다고 볼 수 없다. 대기업이 연구개발 분야에 대한 투자의 확대는 세계 일류기업으로 경쟁력을 갖추고 우리 경제에 순기능을 준다.