초·중학교 입학생 예방접종 확인사업의 경우 학생의 예방접종력 확인 및 금기사유 등록 등을 통합관리시스템에서 모두 처리하고 그 결과를 각 부처의 업무 담당자들이 확인할 수 있게함으로써 사업 편의성을 제공하고는 있으나, 미완료 사유를 학교 보건교사도 등록할 수 있도록 하기 위한 나이스시스템 개선은 필요할 것이다. 현재 교육부에서 학생정보를 별도 공문으로 질병관리본부로 전달하는 것이 아니라 나이스와 통합관리시스템간의 연계를 통해 전송하는 방식으로 변경하는 작업, 학생정보에 대한 품질관리(Data cleaning)작업 등은 부처 간 업무 협의 등을 통해 개선이 필요한 부분이다. 또한 방송통신중학교는「초·중등교육법」에서 학교로 정의하고는 있으나, 구성 학생들의 연령이 성인까지를 광범위하게 포함하고 있으며, 등교 기간이 2주 1회 정도의 단체생활로 인한 감염병 전파의 위험이 비교적 낮다고 볼 수 있어 예방접종 확인사업에 포함시키지 않는 것을 고려할 필요가 있을 것이다.
보건교사도 초·중학교 입학생 예방접종 확인사업의 미완료 사유를 등록할 수 있게 개선해야 하며, 나이스와 통합관리 시스템 연계 등이 필요하다. 또한 방송통신중학교는 구성연령, 등교기간의 특수성을 고려해 예방접종 확인사업에서 제외하는 것도 고려할 필요가 있다.