정부 R&D 투자의 순효과를 증대시키기 위해서는 계약연구를 위한 프로그램과 보조금연구를 위한 프로그램을 가능한 한 명확히 구분하여 운영하고 또 이들 프로그램 간 상대 비중을 적절히 관리하는 것이 중요하다. 또한 이들 프로그램의 운영 방식 결정과 프로그램 간 비중 결정은 각 분야의 고유 속성과 위상을 반영하여 결정하는 것이 필요하다. 왜냐하면 분야별로 재원 조달 환경 및 이에 따른 정부 R&D 투자의 순효과에 있어 많은 차이가 있을 수 있기 때문이다. 예를 들어 보조금연구의 경우 기업이 R&D 투자 재원을 확보하기 용이한 경우 즉 탄력적 MCC(Marginal Cost of Capital) 곡선을 갖는 경우, 정부 R&D 투자가 민간 R&D 투자를 유인하는 보완효과를 갖게 된다(David, et al., 2000).
정부 R&D 투자의 효과를 높이려면 프로그램의 비중에 계약연구와 보조금연구를 적절히 분배하여 진행해야 한다. 또한 분야마다 특성이 달라, 프로그램의 세부사항에 대한 결정은 각각의 영역의 고유성에 따라야 한다.  