바이오 벤처의 침체의 가장 큰 요인도 역시 경기침체와 벤처기업 전반에 닥친 자금난, 경영악화였다. 특히나 다른 분야에 비해 기초적인 연구개발에 훨씬 더 많은 시간과 자본을 투자해야만 상업적 제품이 나올 수 있고, 그런 제품을 대량생산하기 위해서도 공장설비와 같은 대규모 자본이 필요한 바이오 분야의 특성은 바이오 벤처의 상황을 더욱 힘들게 만들었다. 흔히 바이오산업은 기술개발부터 영업이익 창출까지 적어도 5년에서 10년 이상이 소요되는 바, 수익창출 때까지 누적 투자규모가 상당히 큰 고위험 분야로 평가받았다. 바이오 벤처 열풍을 타고 창업 직후 투자를 받은 업체들은, 이제 기술 개발을 끝내고 본격적으로 제품 생산에 들어가야 할 단계에서 추가비용을 마련하지 못하고 자금난을 겪게 되었다. 공장부지, 생산설비 마련 등을 위해 수십억 원에서 많게는 수백억 원에 달하는 비용을 투자받지 못해, 어렵게 개발한 기술을 팔거나 포기해야 하는 업체들도 하나둘씩 나타났다.
바이오 산업은 수익 창출 때까지 투자 기간이 길고 누적 투자액의 규모도  큰 고위험 분야로, 바이오 벤처 대부분이 이런 제약을 넘지 못하고 자금난을 겪어 힘든 상황이다.