웹툰 분야의 가장 고질적인 문제는 불법 복제의 횡행으로 웹툰이 무료로 쉽게 접근할 수 있는 콘텐츠로 인식되었다는 것이다. 해외 국가에서 정식 유통망을 갖추고 서비스를 제공하는 경우가 많지 않은데 그 소수의 국가에서마저도 불법복제 사이트를 통해 웹툰 저작물이 유통되고 있다. 영상 대비 서버 유지비용이 적게 소요되는 웹툰은 URL을 지속적으로 변경하는 방식으로 불법 사이트를 생성·유지하기 용이하기 때문에 단순 불법 사이트에 대한 차단이 실효성이 떨어진다. 특히 중국의 경우 잠재력이 큰 시장임에도 불구하고 ‘만리장성’이라는 인터넷 방화벽으로 인하여 크롤링(crawling)을 통한 국내의 24시간 침해 모니터링 서비스가 효과적으로 운영되지 못한다는 한계가 있으며 해외 모니터링 업체를 이용하는 경우에는 비용 지출문제가 발생한다. 따라서 트래픽이 높은 사이트들을 중심으로 침해 모니터링 지원을 강화할 필요가 있는데 불법 사이트에 대한 단속의 일원화와 이를 통한 단속과 차단, 처벌 조치가 효율적이므로 이루어질 수 있도록 법제도의 개선이 필요하다. 아울러 불특정 서버에 업로드된 불법 웹툰 저작권 사이트에 제어 문제는 도박, 성인사이트에 대한 단속 및 차단과 협력하는 방식이 보다 효율적으로 보인다.
웹툰의 가장 큰 문제는 유통과 접근의 용이성으로 지속적으로 불법 복제·배포되고 그 차단도 어렵다는 점인데, 특히 중국은 인터넷 방화벽으로 인해 국내 모니터링이 어렵고 해외 모니터링은 비용 부담이 발생한다. 따라서 트래픽이 높은 사이트 중심으로 모니터링을 강화, 불법 사이트 단속 일원화와 효율적 처벌을 위한 법 개선이 필요하다.