그러나 OECD(2000)는 규제와 기본 법률의 질적인 개선 미흡, 규제개혁 결과의 집행 지연, 규제영향분석제도의 형식적인 운영 등을 한계로 지적했다(규제개혁위원회, 2003, p.502에서 재인용). 김종석(1999)은 규제를 개혁하기 위한 방식이 획일적이고 강압적이었다는 역설적인 상황을 지적하였고, 규제개혁의 비전과 전략 제시가 지체되었고 공무원의 동참을 이끌어내기 위한 제도적 장치의 마련이 미흡(이성우, 1999; 규제개혁위원회, 2003, p.502에서 재인용)했다는 지적도 있었다. 특히 규제개혁위원회의 권능이 주로 대통령의 의지에 크게 의존하고 있어서 정치적 기반이 취약하였고, 정부 및 지자체의 규제개혁 네트워크의 미비, 명망가 중심의 규제개혁위원회 구성이 한계로 드러났다(규제개혁위원회, 2003, pp.505-508).
OECD는 규제, 법률의 질적 개선 미비, 이행 지연 등을 문제점으로 지적했고, 김종석(1999)은 규제 개혁의 방법이 강압적이었던 사실을 지적하고 특히 개혁위원회의 권능이 대통령의 의지에 따라 바뀐것이 문제였다.