하지만 바이오 벤처의 창업 붐은 2001년 들어 조금씩 수그러들다가 상반기가 지나면서 눈에 띄게 위축되었다. 신규 창업하는 바이오 벤처의 수가 2000년 233개, 2001년 200개에서 2002년에는 20개로 급감했고(교육인적자원부 외, 2006a) 바이오 벤처로 인증받기 위한 선행기술 의뢰 건수도 2001년부터 정체되기 시작했다. 선행기술조사란 벤처 인증을 하기 위해 중소기업청에서 해당 기술에 대한 연구동향을 파악하는 것인데, 이런 선행기술에 대한 의뢰건수가 정체된다는 것은 곧 벤처 인증을 받아 창업을 하려는 신규 회사들의 숫자가 감소한다는 의미였다(매일경제, 2001. 9. 17). 신규 창업의 증가세가 꺾인 것 외에도 기존 바이오 벤처들의 상황도 조금씩 나빠졌다. 바이오 벤처 붐을 타고 의욕적으로 창업한 업체들 중 자금난과 경영악화로 버티지 못해 인수, 합병되는 경우가 2001년 상반기부터 하나둘 생겨났고, 기존 회사들 중 수익을 창출하는 우량 기업이 전체 10%, 적자를 내고 있다는 위기 기업이 40~60%에 달한다는 통계가 발표되기도 했다. 대덕 바이오 벤처 단지에 대한 투자가 뚝 떨어졌다는 기사도 심심찮게 등장했다.
벤처 창업은 2001년 부터 눈에 띄게 감소하였다. 바이오 벤처로 인증받기 위한 선행기술 의뢰 건수도 정체되었는데, 창업을 하려는 신규 회사들이 감소한다는 뜻이다. 기존 바이오 벤처들의 상황도 같다.  자금난과 경영악화로 인한 인수,합병이 되는 경우가 있고, 적자인 위기기업이 반 이상에 달한다는 통계도 있다.