농촌진흥청은 책임기관을 지정하는 일 이외 농업유전 자원 관리 전반에 관한 종합 관리 기본계획을 수립한다(농촌진흥청 STEPI 세미나 발표 자료 2015.3.27.). 또한 유전자원 국외분 양 및 반출에 관한 승인 심사도 본청 차원에서 실시하고 있다(농촌진흥청 STEPI 세미나 발표 자료 2015.3.27.). 국립 농업과학원과 국립축산과학원은 책임기관으로서 농업생명자원의 확보, 현지 외 보존 및 관리, 분양 업무를 주관하고, 관련 연구 및 국제협력 업무를 추진하고 있다. 즉, 생물자원의 수집은 단위 관리기관과 책임기관이 공동으로 하지만, 분양 업무는 책임기관을 중심으로 이루어지고 있다. 특히 국립 농업과학원 내 농업유전 자원센터는 농촌진흥청 관할 생물자원을 통합 관리하기 위해, 농업유전 자원정보 센터를 구축하고 외부 이용자가 농촌진흥청에서 관리하는 생물자원을 일괄 검색, 분양 기탁 신청할 수 있도록 지원하고 있다.
농촌진흥청은 농업유전의 종합관리 기본계획을 세우며, 국립 농업과학원과 국립축산과학원을 책임기관으로 하여 국외분양과 반출 승임심사를 실시한다. 또한 농업유전 자원센터에서는 농촌진흥청 관리 생물자원에 대한 농업유전자원정보 센터를 운용하고 있다.