한편 국민건강영양조사 제4기 표본은 1단계로 29개 층에서 동읍면을 추출하고, 2단계로 선정된 각 동읍면에서 조사구를 추출하고, 3단계로 선정된 각 조사구에서 가구를 추출하는 방법을 사용하였다. 제4기 표본에서 1차 추출단위(Primary Sampling Unit, PSU)는 동읍면이고 2차 추출단위는 조사구이지만, 각 동읍면에서 1개의 조사구를 추출했기 때문에 1차 추출 단위를 조사구로 볼 수 있다. 제4기의 1단계 표본추출의 29개층은 동질적 순환표본 추출을 위한 내재적 층화 결과이며, 조사구는 시도, 29개층, 주택유형별 층을 고려하여 층화추출하였다.
국민건강영양조사 제4기 표본은 3단계로 추출하였고 조사구는 29개층을 고려한 층화추출하였다.