(5) 게다가 인･허가에 반영되는 형태로 환경영향평가가 이루어지는 것도 처음부터 환경영향평가 시스템은 최종적인 인･허가를 좌우할 수 있다는 기대를 바탕으로 등장하였다. 이러한 기대를 바탕에 둔 제도가 구성된 결과를 반영하고 있다고 할 수 있을 것이다. 제도의 추진파는 적어도 초기 단계에서는 인･허가가 반영되는 형태의 환경영향평가가 도입됨에 따라 환경부에 실질적인 인･허가 권한이 주어지는 것과 이 권한으로 강력한 환경보전 행정을 추진할 수 있다는 것을 기대했다는 것이 주목할 만하다. 그러나 그 후, 각 성(省)과 청(庁) 등의 조정 결과, 국가 환경영향평가제도는 형식적으로나 실질적으로도 환경부가 인･허가에 직접 영향을 줄 수 있는 요소는 극히 한정적으로 되어 버렸다(주무대신이 필요하다고 인정해서 의견을 요구한 경우에만 환경청 장관이 의견을 내놓을 수 있게 되었다). 그 결과, 일본의 환경영향평가제도가 옳고 그름을 나누는 판정 형태로 인･허가에 반영시키는 형태의 환경영향평가라는 구조였기 때문에 상대적인 평가를 배척하게 되었다. 그래서 모든 계획이 타당한 것인가 라는 판단과 연결되기 어려운 동시에 인･허가로 연결되지 않는 상황에서 환경영향평가를 실시하도록 하는 실마리를 잃어버리게 했다는 큰 희생이 따랐다.
환경영향평가 시스템이 최종적인 인허가를 결정할 수 있다는 기대를 바탕으로 국가환경영향평가제도가 등장하였으나, 조정 결과 환경부가 인허가에 영향을 줄 수있는 요소가 한정적이게 되었으며 구조적 특성 상 상대적인 평가를 배척하게 되어 환경영향평가 실시의 단초를 잃어버리게 되었다. 