용출 용매의 최적화는 column chromatography에서 매우 중요한 사안인데, 이는 물질의 고정상에서 이동상으로의 용출이 이동상의 작은 극성 변화에도 매우 민감하게 반응하기 때문이다. 따라서, 용출 용매의 조성을 미세하게 조절함으로써 분석 성분과 방해물질 간의 분리를 최대화할 수 있다. 용출 용매의 최적화는 분석 성분을 용출 시키는 용매와 용출 시키지 못하는 용매 2종을 선정 (너무 강하거나, 너무 약한 용매의 선정은 금지) 하고, 두 용매의 혼합 비율을 달리하여, 최적의 세척용 및 용출용 혼합액의 조성을 구하여 달성한다. 세척용의 경우, 고정상 1 g 당 10∼15 mL분획에서 분석 성분이 약 10% 용출되면 최적으로 간주하는데, 이는 overloading 및 실험실 온습도 조건에 따른 변화를 감안한 조건이다. 용출용의 경우에는 세척 용매를 흘려버린 후, 용출용 용매를 흘려 흡착제 1 g 당 0∼5 mL 분획에서 50∼70%, 5∼10 mL 분획에서 30∼50%이면 최적치이다. 이는 분석성분의 용출양상에서 일상적으로 관찰되는 약간의 tailing 현상을 감안한 범위이다.
용출 용매의 최적화는 미세한 조절로 분석성분과 방해물질 간 분리를 최대화할 수 있는데, 용출 가능 용매와 용출 불가능 용매 2종을 선정해 여러가지 조성의 혼합액을 구성해 조건에 따른 변화를 통해 최적의 조성을 찾아낸다.