단년도 중심 BRC 운영은 BRC의 기능을 근본적으로 위협하는 요인이 될 수 있다. 향후 폐쇄될 은행에 저축할 사람 없듯이 중장기적 운용이 불투명한 BRC에 양질의 연구소재를 기탁할 동인이 저하될 것이며, 양질의 연구소 재가 축적되지 못하면 이용자와 기탁자가 더욱 줄어드는 악순환이 반복될 수 있기 때문이다. 그럼에도 불구하고 BRC의 중장기적 지속 가능성, 재정적 비용 회복 방안에 관한 고민은 부족한 편이다. 국공립기관으로서 국책사업을 지속적으로 유치하여 예산을 운용할 수 있을 것이라는 막연한 기대감이나 국가 재원 이외 다른 재원을 활용하는 것에 대한 법 제도적·사회적 거부감이 존재한다.
BRC운영은 양질의 연구가 이루어 지지 못하면, 그 기능을 위협할 수 있게 될 것이다. 아직까진 민간 재원을 활용하는 것에 거부감이 존재한다. 