신의료기술 평가제도는 체계적 문헌고찰을 통한 과학적 근거를 기반으로 안전하고 유효한 의료기술들만을 현장에 적용하여 국민의 건강과 안전을 도모한다는 목적에서 도입되었지만, 이 제도의 필요성에서부터 평가결과의 활용 등 논란은 여전히 뜨거운 상태다. 새로운 의약품이나 의료기기의 판매가 이루어지기 위해서는 식약처에서 제품에 대한 안전성․유효성 심사를 통과하더라도, NECA에서 신제품을 동반한 의료행위의 안전성․유효성 심사를 다시 거쳐야 하기 때문이다. 의료기기의 경우를 예로 들면, [그림 4-2]과 같이 식약처에서 품목허가(80일), NECA의 신의료기술 평가(365일), 심평원의 건강보험등재심사(150일)을 거친 이후에만 판매될 수 있다. 심평원에서 해당기술의 보험 적용 여부가 결정되기 때문에, 비보험으로 판매하려는 경우에도 식약처, NECA, 심평원의 평가를 모두 거쳐야 한다. 신의료기술 평가제도에 대한 주요쟁점과 현재까지의 대응을 살펴보면 다음과 같다.
신의료기술 평가제도에 대한 논란은 새로운 의약품이나 의료기기가 판매되기 위해서는 식약처에서 제품의 안정성, 유효성 심사를 통과하더라도 NECA에서 그 제품을 동반한 의료행위에 대한  안정성, 유효성 심사를 다시 거쳐야 하는 데 기인한다.