그러나 이명박 정부에서는 기획재정부 예산실에서 예산 배분권을 가지게 되었다. 이로 인해 추진체계의 혼란을 야기했다는 비판이다. 현재 지역발전 위원회는 매우 느슨한 자문위원회의 성격으로 변화되었다. 전년도 부문별 시행계획 추진 실적 등에 대한 종합평가 결과 등을 고려하여 예산편성에 대한 의견을 6월 20일까지 기획재정부장관에게 통보한다. 그리고 연구개발사업에 대한 의견을 통보한다. 또한 광특회계의 R&D사업에 대한 검토의견을 6월 30일까지 미래창조과학부(연구개발조정국)에 통보한다. 미래창조과학부는 지역발전위원회가 제시한 광특회계의 R&D 사업에 대한 의견을 반영한 검토 의견서를 7월 31일까지 기획재정부장관에게 제출한다. 이러한 기능 이외에 지역발전위원회는 사후적인 평가의 기능에 중점을 두고 있다. 그러나 예산의 편성에 크게 영향을 미치지 않는 평가 기능은 본질적으로 한계가 있다.
지역발전위원회는 자문위원회적 성격이 강해지면서 사후적인 평가에 중점을 두고 있어 예산 편성에 크게 영향을 미치지 못한다는 한계가 있다.