2005년과 2006년 제3·4차 남북장성급 군사회담 실무대표회담을 통해 우리 측이 서해 해상 충돌 방지와 공동 어로수역 설정 문제를 제기하였으나 북한 측이 새로운 서해 해상경계선을 주장함에 따라 합의는 도출되지 못하였다. 그 후 2007년 12월 제7차 남북장성급회담(12.12.~14.)에서 「동서해지구 남북관리구역의 통행·통신·통관의 군사적 보장을 위한 합의서」를 채택하는 등 2000년 이후 남북군사회담에서 12건의 합의서를 채택했다. 2011년 2월 개최된 제39차 남북군사 실무회담에서 천안함 폭침, 연평도 포격도발 문제를 논의하기 위한 고위급 군사회담 개최 절차 문제를 협의하고자 했으나 입장 차이로 결렬되었다.
'05~'06년 공동 어로수역 문제를 제기했으나 북측의 새로운 주장으로 합의 도출에 실패하였고 이후 '11년 천안함 사태에 대한 논의에서 입장 차이로 결렬되었다.