국내 인증의 개발 및 운영과 관련해서는 우선 연근해 수산자원을 인증제도와 연계하여 체계적으로 관리하기 위한 ‘한국형 지속가능 수산자원관리 인증’의 개발이 필요하다. 이후 개발된 인증제도의 운영과 관련해서 정부는 어업별 인증과 연계한 수산자원관리 중장기 계획 수립, 관련 사업 예산 수립 및 확보, 어업인 지원방안 수립 등을 추진해야 한다. 그리고 국립수산과학원에서는 인증기준 마련, 수산자원 및 관련 어업의 심사･평가, 수산자원 및 어업의 개선방안권고 등을 수행하는 방안을 검토할 수 있다. 또한 한국수산자원관리공단을 통해서 인증 신청 접수 및 심사･평가 관련 제반 사항 운영, 인증 발급, 수산자원조성 관련 권고, 어업 모니터링, 어업인 자문 및 지원 등을 수행하는 방안을 검토할 수 있다.
국내 인증의 개발 및 운영은 연근해 수산자원을 인증제도와 연계하여 '한국형 지속가능 수산자원관리 인증' 개발이 필요하다. 이후 개발된 인증제도 운영은 정부와 국립수산과학원, 수산자원관리공단의 힘이 필요하다.