한국에서 의료기술평가 논의를 실질적으로 선도하고 지배적인 역할을 담당하는 것은 건강보험 급여 결정이다. 건강보험은 1977년 도입 이래 비교적 빠른 기간 내 대상인구 및 급여대상 서비스를 확대하면서 보건의료기술 적용에 있어 절대적인 영향력을 행사하게 되었다. 2000년 건강보험재정의 통합과 의약분업의 시행 등의 여파로 건강보험 의료비의 급격한 증가 및 재정 위기는 의료기술평가의 필요성을 더욱 강조하는 구체적인 계기가 되었다. 건강보험 급여 관리의 근거가 비용 일변도에서 근거 혹은 비용효과성을 중심으로 논의되기 시작한 것을 들 수 있다. 이의 배경에는 물론 1990년대부터 논의되어 온 비용효과성 등 의료기술평가 방법론, 근거중심의료 등의 영향도 한 몫을 담당하였다. 2014년 현재 한국의 국민건강보험 관리운영체계는 다음 그림과 같다.
한국에서 의료기술평가 의논을 실질적으로 주도하고 지배적인 역할을 맡는 것은 건강보험 급여 결정이다. 2000년 건강보험 의료비의 갑작스러운 증가와 재정위기로 의료기술평가의 필요성이 더욱 부각되었다.