하지만 SECT는 복잡한 ETS와 지속적으로 수정 보완 중인 EEDI가 혼합된 형태로 이 두 가지 제도의 단점을 모두 가진다고 볼 수 있다. 우선적으로 행정적 비용 부담의 가중이다. ETS는 행정비용의 추가가 높은 편이고, 또한 EEDI 측정에 대한 비용 또한 가중되는 형태가 된다. 또한 탄소거래가격의 불확실성을 증가시켜 해운회사의 장래 투자에 대한 의사결정을 어렵게 만들 뿐만 아니라, 신조 발주 및 노후 선박의 폐선 등으로 영세한 중소선박의 경영에 어려움을 줄 수 있다. 또한 복잡한 ETS와 EEDI가 혼합된 형태이므로 탄소 거래 및 운영의 복잡성 또한 가중시킨다.
SECT는ETS와 EEDI의 단점을 모두 가진다. 우선 행정적인 비용의 부담이 증가하고 탄소거래가격의 불확실성을 많아지게 하고 탄소 거래와 운영의 복잡성을 증가시킨다.