앞서 기술한 바와 같이 현재 국내에서 운영되는 수산물 인증제도는 전통식품인증제도와 같이 수산물의 ‘품질’을 인증하는 제도와, 유기수산물인증, 활성처리제비사용 인증, 무항생제수산물 인증제도와 같이 ‘유해물질을 사용하지 않았다는 것’을 인증하는 인증제도로 분류할 수 있다. 국내의 수산물 인증제도는 제품의 품질이나 인체 유해성 또는 소비자의 건강에 초점을 맞춘 제도로서 환경적 측면이 주가 되는 인증제도는 아니다. 과거에 운영되었던 친환경 수산물 인증제도도 명칭은 ‘친환경’이었으나 환경 친화적으로 수산물이 생산되었는가 보다는 인체의 무해성, 안전성에 초점을 맞추고 있다. 현재 운영되고 있는 활성처리제비사용 수산물, 무항생제수산물 인증제도 또한 환경적 측면보다는 안전성 및 소비자의 건강에 초점을 맞추고 있으며, 양식수산물에 한정되어 운영되고 있다. 따라서 현재 운영되고 있는 수산물 관련 인증제도는 품질 및 건강성이 1차적인 목적이고 ‘친환경’은 이에 부수적으로 수반되는 목적이다.
국내의 수산물 인증제도는 수산물의 ‘품질’을 인증하는 제도이다. 이 제도는 인체 유해성이나 건강에 중점을 뒀고 친환경은 부수적으로 본다.