둘째, 과학적 불확실성이란 정보나 데이터와 같은 과학 지식의 결여 혹은 한계와 관계하는데 이 불확실성으로 인해 원하지 않는 효과, 기술 위험이 발생할 확률을 정확히 측정하기가 어렵다. 인과 사슬 모델을 만드는 과정에 관계되는 복잡도를 완 전히 혹은 적절하게 줄이지 못하기 때문에 이런 불확실성이 발생하게 된다. 위험 측정에서 인간의 지식이란 불완전하고 선택적이며 불확실한 가정, 주장과 예측에 근거할 수 밖에 없기 때문에 기술 위험 평가에서 과학적 불확실성은 필연적으로 발 생할 수 밖에 없다. 불확실성을 구성하는 요소들에는 위험에 대한 개별적인 반응의 다양함, 모델링 과정에서의 오류들, 비선형 연관들에 대한 이해 부족에서 유래하는 비결정성, 제한적인 모델, 제한적인 변수에 초점을 맞출 수 밖에 없는 데서 오는 불확실성, 위험 발생 확률에 관한 지식의 결여 등이 있다. 현재의 지식을 개선함으 로써 줄일 수 있는 불확실성이 있기도 하지만 완전히 제거할 수 없는 불확실성도 존재한다. 고도의 불확실한 위험에는 지진과 같은 자연 재난, 테러공격, 유전자 조작 종들이 자연 환경에 미칠 장기적인 영향 등이 있다.
과학적 불확실성은 과학 지식의 한계와 연결되며, 그 결과로 발생하는 원치 않는 효과와 기술 위험의 발생률은 측량하기 쉽지 않다. 인과 사슬 모델의 제작 과정과 관련된 복잡도를 적절히 줄이지 못하면 불확실성이 발생하며, 이러한 불확실성은 기술 위험 평가에서 반드시 발생한다.