R&D 거버넌스의 효율성 제고를 위해서는 우선 잘 정의된 국가적 문제해결 영역들별로 거점 연구사업단을 구축하는 것이 필요하다. 각각의 문제해결 영역에서 거점 연구사업단들 중심으로 R&D사업들이 추진되어야 일관성 있고 역동적인 연구개발 및 성과 활용이 가능하기 때문이다. 그리고 거시적 수준의 거버넌스는 개별 부처의 이해관계를 효과적으로 조정하기 위해 국가 조정기구((가칭)국가과학기술전략회의)를 대통령을 위원장으로 하는 기구로 격상시키고 조정기구의 사무국 기능을 개별 부처와 독립적 위상을 갖는 기관((가칭)과학기술전략처)을 설치하는 것이 필요하다. 또한 R&D 예산 배분·조정의 기능 중복을 최소화하기 위해서는 조정기구 사무국과 예산당국이 효과적으로 연계될 수 있는 조직체계를 갖추는 것이 바람직하다.
거점 연구 사업단들을 중심으로 효율적인 R&D 사업을 추진하고, 거시적 수준의 거버넌스를 위해 국가 조정기구를 설치해 부처간의 기능 조정과 예산당국과의 효율적인 업무 연계를 할 수 있도록 한다.