한편 축산물의 경우도 2020 종자 산업 육성 대책 내에서 관련 계획이 추진되고 있다. 종축의 경우 농산물과는 달리 사육에 많은 면적이 필요하고 엄선된 사료가 공급되어야 하며 결과를 얻기까지 많은 시간과 노력이 소요된다는 특징이 있어, 소와 같은 주요 품목은 국가 차원에서 관리하는 구조를 구축하였다. 개량 사업에 막대한 자금이 소요되는 한우, 젖소 등의 대가축은 국가 차원의 사업(농협 중앙회 대행)을 추진하고 있다. 뿐만 아니라 여타 품목에 대해서도 종축과 관련해서는 정부와 민간이 협력하는 관리 발전 체계를 구축하여 운영하고 있다.
2020 종자 산업 육성 대책에 따라 소와 같은 주요 축산물은 국가 차원에서 관리해서 사업을 추진한다. 그 외 품목의 종축도 정부와 민간이 협력하여 관리한다.