한편, 2010년 농업인 단체 등을 통합하여 농업의 경쟁력을 확보하고 농촌을 진흥하고자 민간농정기구인 농업회의소를 운영하였다. 농업회의소는 농업계 의견을 전체적으로 조율하고 정책 파트너 역할을 담당하는 민간 주도의 회의소 설립 필 요성이 지속적으로 제기되었다. 이에 지자체･농업인의 이해도 제고와 공감대 형성을 위하여 2010년 평창, 진안, 나주, 2011년 고창, 봉화, 거창, 2012년 영주(포기), 남해 등이 선정되어 지원되고 있으며, 2015년 충청남도 1개 광역, 예산, 완주, 의성, 고성 4개 시･군을 신규 선정되어 지원되고 있다(<표 4-2> 참조).
그간 제기되어 온 의견을 바탕으로 2010년 농업인 단체 등을 통합해 농업 경쟁력 확보 및 진흥을 위한 민간기구인 농업회의소를 설립하고 시･군을 선정하여 운영하였다.