두 번째는 정부 측면의 기회요인으로, 연구자의 자발적 연구성향을 고려하여 평가 시스템을 재설계하는 것이다. 하나의 대안은 상위 일정 비율만큼은 생산성이 높은 연구자, 나머지는 생산성이 낮은 연구자로 간주하는 방식 대신 연구 활동의 다소를 보다 정확히 평가하는 것이다. 이는 절대평가가 전제될 때 가능하고, 해당 분야의 전문가만이 할 수 있는 일이다. 이렇게 될 경우 생산성은 낮지만 자발적인 연구자들도 보다 많은 연구 활동을 통해 성과를 낼 수 있고 정보 비대칭성으로 인한 사회후생 손실도 감소하게 된다. 상피제도 완화 등 최근 정부 연구개발 정책이 이에 부합되는 방향으로 가고 있으나, 보다 근본적으로 전문가 중심의 평가 및 관리체제로 이행해야 한다. 한편으로는 연구 주제가 세분화되고 전문화될수록 해당 분야만의 특수성이 두드러지고 피평가자의 연구분야에 대해 더 많은 탁월한 연구를 수행한 전문가를 찾는 것이 쉽지 않다. 따라서 연구자가 자신의 연구 목표에 맞게 자신을 평가할 평가 지표 또는 기준을 스스로 선택하고 자가평가(self-evaluation)하며 평가자는 이를 바탕으로 목표와 기준에 따라 평가하는 방식이 바람직하다. 평가의 내용도 단순히 서열을 매기는 것이 아니라 연구자의 자기 개발과 향후 연구력 향상을 위한 컨설팅 형식의 평가가 되어야 한다. 해외 기관들에서도 이와 유사한 평가시스템을 운영하고 있음을 벤치마킹을 통해 확인할 수 있다(날리지웍스, 2011: 40-41).
연구활동에 대해 평가시스템을 재설계해야 한다. 전문가를 중심으로 한 평가와 관리체제가 되어야 하며 이를 통해 생산성은 낮더라도 사회 후생 손실도 감소될 수 있다. 또한 연구자의 자가평가가 함께 이루어져 평가자가 컨설팅 형식의 평가를 할 수 있도록 해야 한다.