두 번째로 지적한 부분은 현재 존재하는 과제 평가지표가 융합연구에는 맞지 않는다는 점이다. 이는 다음 두 가지로 설명될 수 있다. 우선, 융합연구에 참여하는연구 영역별로 특징이 있는데 이를 고려하지 않는 평가 지표는 상대적으로 불이익을 받을 수 있는 여지가 있다는 점이다. 예를 들어 의학 분야의 저널은 컴퓨터 공학분야의 저널보다 IF가 높은 경향이 있고, 기계분야와 바이오 분야를 비교한다면 기술이전에 있어 규모나 소요되는 시간에 큰 차이가 있기 때문에 동일선상에서 같은지표로 평가를 받는 것에는 문제가 있다는 의견이 있었다. 다음으로 융합연구는 새로운 연구 분야를 개척하고 선도하는 연구가 대부분이므로 이에 대한 구체적인 수요가 형성되어 있지 않아 기술이전이라는 지표를 적용하기에는 무리가 있다는 지적이 있었다. 이와 같은 지적은 논문 게재에 대한 어려움과 맥락을 같이하는 것으로 새로운 시도를 하는 만큼 그 범위에 맞는 저널을 찾기가 어려워 학술적 성과를 내는 것에 애로사항이 있다는 점이다.
현재의 과제 평가지표는 융합연구에 맞지 않다.  융합연구에 참여하는 연구영역별로 특징이 다른데 이를 고려하지 않았다. 또 융합연구는 연구분야를 새롭게 개척하고 선도하는 부분이 많은데, 이에 대한 구체적인 수요가 없어 기술이전 지표를 적용하기 어렵다.