NSF와 마찬가지로 NIH가 연구자들의 자율성을 보장하는 가장 주된 방식은 연구 장려금 제도이다. NIH가 외부에 지원하는 연구비 지원 유형은 연구자 주도의 자유 공모형 과제(Parent Announcement), NIH 소속의 연구소나 센터에서 특정 분야로 연구 범위를 확장하거나 유지할 목적으로 관심 분야와 연구비 지원 방식을 미리 공고하는 Program Announcement, 특정 분야를 지정하고 이에 대한 연구 계획서를 받는 방식 일회성 연구 과제(Request for Application)의 세 가지 방식으로 구성된다. 이 중에서 NIH는 자유 공모형 연구 과제에 많은 지원을 해 줌으로써 연구자들이 스스로 연구 주제를 선정하고 연구 방법을 선택할 수 있는 자율성을 존중한다. 2014년 집행된 예산 중 연구 장려금의 형태로 제공되는 연구비가 전체 예산의 60%를 차지한다.
NIH의 연구 장려금에는 자유 공모형 과제, Program Annoucement, 일회성 연구 과제가 있으며 이 중  자유 공모형 연구과제에 많은 지원을 해주어 연구자들의 자율성을 보장한다.