의료기관의 경영혁신과 관련하여 기존의 의료기관 시스템 내에서도 여러 가지 전략을 통해 경영 효율성을 제고하는 노력이 있었다. 의료기관의 운영 혁신에 대한 몇 가지 사례를 들어보면 우선 대학병원 의료서비스의 차별화, 브랜드화 등 차별화된 병원경영의 전략을 살펴볼 수 있다. 개별 병원들은 병원의 특성에 맞는 특수진료를 개발하는 등 전문화와 차별화 전략을 통해 ‘로봇수술 전문병원’, ‘간이식 전문병원’, ‘여성전문병원’, ‘암전문병원’ 등(매일신문, 2008.7.25.)으로 브랜드 가치를 제고하여 성과를 높이는 등의 경영혁신을 이루어내었다. 세부적인 진료부문에 있어서도 병상회전율 증대 및 재원일수 단축, 진료 및 수술의 환자대기시간 단축, 초음파검사 등에서 프로세스의 효율성 증대, 응급실에서 환자의 체류시간 단축, 외래업무 프로세스 개선 등의 혁신사례 등이 있다. 또한 간호부문에서는 검사 설명방법 개선을 통한 고객만족도 향상 및 퇴원환자 만족도 향상을 위한 환자관리 업무 개선 등이 있다. 행정부문은 결재 프로세스 개선 및 입원 예약프로그램을 통한 입원 예약률 향상 등 의료기관 경영의 효율성향상 및 환자의 만족도 향상을 위한 각 부문의 혁신이 시도되었다(천자혜·이환모·정재복, 2008). OECD 대한민국 정책센터(2016)에서는 진료접근성을 보기 위해 예정수술 대기시간의 통계치를 제공한다. 백내장 수술의 평균 대기시간의 경우 2007년부터 2014년(또는 2013)을 비교해보면 점차 감소하고 있음을 알 수 있다.
의료기관의 경영 효율성과 환자의 만족도를 높이기 위해 의료기관 시스템상의 여러 노력이 있었다. 병원의 특성에 맞는 특수진료를 개발하고 병상회전율 증대, 재원일수 단축, 환자 대기시간 단축, 응급실 체류시간 단축 등의 변화를 했다. 간호부문에서는 검사 설명방법을 개선하고 환자관리 업무를 개선하였고, 행정부문에서는 결재 프로세스를 개선하고 입원 예약프로그램 활용 등 각 부문에서 혁신이 시도되었다.