최고정책결정자이자 PMDU의 정치적 후원자인 총리와의 관계 설정은 PMDU에게는 가장 중요한 과제였다. 총리가 관심을 갖지 않는다면, PMDU가 담당하는 업무에 대하여 다른 부처들의 관심을 끌거나 이들에 대해 영향력을 행사할 수 없기 때문이다. 물론 기존 집행체계에 대한 불신에 기인하여 총리 스스로 설치한 PMDU이지만 그 관심과 지지를 유지하기 위해서는 지속적으로 업무성과를 창출해야만 했고, 불필요한 부처 간 갈등의 소지를 방지해야만 했다. Barber가 PMDU의 명확한 업무범위와 협력적 관계설정에 심혈을 기울인 이유도 여기에 있는 것으로 보인다.
총리와의 관계 설정은 PMDU의 가장 중요한 과제로 이것은 다른 부처들의 관심을 끌거나 이들에게 영향력을 행사할 수 없음과 귀결된다.