이때 수분함량 측정 방법은 쥐어짜기, 무게 달기 등을 활용하고 있는데 배지 재료의 수분 흡수율과 팽창률, 배합 시간의 정도에 따라 편차가 많으며, 버섯의 종류와 입병량에 따라서도 알맞은 배지 수분함량이 달라진다. 예를 들면 손으로 쥐어짜는 방법은 수분 함량의 정도가 배지 조성 재료의 종류와 배합 비율에 따라서 편차가 크며, 그릇에 담아 무게를 달아보는 방법은 배지 조성이 동일한 때는 반복 수행시 편차가 적으나 배지 조성이 달라진 때는 편차가 많이 발생한다. 유량계를 활용하는 방법은 일정량의 물을 주입할 수 있으나 배지 재료의 수분 함량이 일정하지 않은 경우 조제한 배지의 수분함량에 편차가 발생하는 문제점이 있다.
수분함량 측정을 위해 쥐어짜기, 무게 달기를 활용하는데 상황마다 편차가 생긴다. 쥐어짜기는 수분 함량이 재료의 종류, 비율에 따라 편차가 크며, 무게 달기는 조성이 다를때 편차가 크다.