헌법재판소의 결정에 대한 소수의 반대의견 역시 질서유지와 공공복리를 목적으로 하는 성적자기결정권에 대한 법적 제한 자체를 위헌이라고 보지는 않았다. 다만, 선택의 여지없는 징역형 일원주의와 반사회성 정도의 차이를 고려하지 않은 일률적 형벌권의 행사라는 점에서 위헌이라고 보았다. 1990년 결정에서 한병채, 이시윤 재판관은 선택의 여지없는 징벌형은 마땅한 처벌규정이 없는 근친상간, 동성 간 성교 등과 비교해 볼 때 입법체계상 균형이 맞지 않으며 사생활 자유의 영역에 대한 지나친 국가개입이라는 점에서 위헌이라고 보았다(1990년, p.317)8). 2001년 결정에서 잠정적용을 명하는 헌법불합치의견을 제시한 김희옥 재판관은 간통죄의 위헌성은 처벌 자체에 있는 것이 아니라, 간통행위의 다양성(부부관계가 법률상･사실상 이루어지는 관계에서의 간통, 사실상 파탄 난 부부관계에서의 간통, 지속적 간통, 1회성 간통 등)을 고려하지 않은 일률적인 형벌권의 행사를 통해 반사회성이 약한 행위까지 처벌함으로써 개인의 성적 자기결정권과 사생활의 비밀, 자유에 관한 지나친 국가의 형벌권 개입에 있다고 보았다(2001년, p.721).
헌재의 결정에 대한 소수 반대의견 역시 질서유지 및 공공복리를 목적으로 하는 성적자기결정권 자체를 위헌이라고 보지는 않지만, 선택의 여지가 없는 징역 만능주의와 반사회성 정도의 차이를 고려하지 않는 형벌 이라는 점에서는 위헌이라고 보고 있다.