신용보증 관계는 농신보 대출 금융기관 농림수산업자 자로 구성된 계약관계이다. 농림수산업자가 금융기관에서 자금차입을 하고자 할 경우 신용부족으로 대출이 어려운 경우에 한하여 농신보에서 신용보증서를 받아 이를 금융기관에 제출하여 담보로 설정하고 대출을 받아 투자자금을 확보하는 관계이다. 신용보증을 받은 농가는 대출이자 이외에 추가로 신용보증에 대한 대가인 보증료를 부담해야 한다. 신용보증을 이용하면 대출금리 이외에 신용보증료를 부담해야 하기 때문에 신용대출 및 담보대출이 가능한 신용력이 높은 농가의 경우에는 농신보를 이용하지 않는 경우가 많다. 농신보 보증대출을 받은 농어가가 부실화될 경우에는 금융기관에 대출자를 대신하여 신용보증분에 대해 대위변제를 하여주고 농신보는 해당 보증 대상 농어가에 대해 구상권을 가지고 장기적으로 회수하는 관계를 형성하고 있다. 금융기관에서는 농신보가 대위변제를 해주기 때문에 신용력이 부족한 농어가에게도 대출이 가능하게 된다.
신용보증 계약관계는 농신보, 대출 금융기관, 농림수산업자로 구성된다. 신용부족으로 대출이 어려운 농림수산업자라도 농신보에서 보증서를 받아 금융기관에서 대출을 받을 수 있다. 단, 보증료 부담이 있어 신용력이 높은 농가는 농신보를 이용하지 않는 경우가 많다. 