저자는 황금기준인 FDA 자료에 대해서도 동일한 방법을 적용하여 보았다. 그 결과 출판된 자료만을 바탕으로 독립 회귀 보정했을 때와 마찬가지로 회귀 기울기가 약물에 따라 서로 상이함을 알 수 있었다 (이 때 점선으로 표시된 수직선은 FDA 황금 자료만을 활용하여 수행한 고정효과 메타분석 결과임 - 황금기준). 그러나 이 때 고정효과 메타분석 결과는 황금기준 자료이므로 회귀 분석을 통한 출판비뚤림을 보정한 결과와 차이가 나지 않는다는 가정을 만족해야 하나 이 경우에도 독립 회귀 보정에 의한 치료효과 추정치가 황금기준의 치료효과 추정치보다 작아지는 문제점이 발생하였다. 출판된 자료만을 대상으로 보정을 하였을 경우와 마찬가지로 황금기준의 치료효과 추정치보다 큰 경우도 있었다(붉은 원). 다만 12개 모든 약물에서 메타분석의 95% 신뢰구간이 보정 후의 신뢰구간에 포함되므로 크게 문제가 되지 않는다고 저자는 판단하였다. 그럼에도 불구하고 이러한 경우 넓은 신뢰구간 때문에 보정된 치료효과 추정치의 불확실성 문제에 부딪힐 수 있다는 한계점 역시 제시하였다.
FDA 자료에서도 출판된 자료만으로 보정했을 때와 마찬가지로 회귀 기울기가 약물에 따라 달라짐이 나타났으나 모든 약물에서 메타분석의 95% 신뢰구간이 보정 후의 신뢰구간에 포함되므로 큰 상관은 없다. 그렇지만 신뢰구간이 넓어 보정된 치료효과 추정치가 불확실하다는 점도 존재한다.