20세기를 마감할 즈음에 닥친 미증유의 사태(외환위기)로 인해 한국사회는 혁명적 변화를 겪었다. 여야 정권교체가 충격적이었던 만큼 경제의 기본 인식과 틀도 바뀌었다. 외환위기는 기술개발을 기업생존에 필수적인 수단으로 인식하게 하고 과학기술 정책은 시스템의 생산성과 효율성 극대화에 초점을 맞추게 되었다. 이것은 ‘과학기술혁신을 위한 특별법’(1998년)과 과학기술기본법(2001년)의 제정으로 가시화되었다. 새로운 상황에 맞춰 제시된 이와 같은 규범들과 함께 그 때까지 내면적으로 유지되어 오던 정부 주도의 R&D 기조도 흔들리게 되었다. 민간의 역량이 향상되었으니 그들이 R&D의 주역이 되는 체제로 제도적 전환이 이뤄졌다. 1999년에 구축된 연구회 체제의 새로운 출연연 거버넌스가 그 대표적인 변화이다. 80년대에 생겨난 분야별 연구소들이 정부의 지시를 기다리며 각자의 영역을 지키는 것은 더 이상 타당하지 않다는 인식이 그 변화의 논리이다. 선진국, 특히 독일의 뛰어난 과학기술과 연구개발 성과가 그들의 연구회 제도 덕분이라면서 그와 비슷한 체제를 만들었던 것이다.
외환위기로 인해 기술개발과 과학기술 정책의 기조가 변화했다. 과학기술 정책은 '과학기술혁신을 위한 특별법'과 '과학기술기본법'이 제정되며 효율성 극대화에 초점을 맞추게 되었다. 정부 주도의 R&D 기조도 마찬가지로 민간 부문이 주도하도록 제도적 전환이 이뤄졌다.