이 연구에서는 연구 개발 단계상의 기초-응용-개발 보다는 연구비 지원 방식의 차이를 강조했다. 제3장에서 설명하였 듯이, 연구 개발 단계상 기초 연구의 비중은 대부분 국가에서 오히려 확대되는 경향을 보이는 가운데 우리나라는 특히 비중이 높은 국가에 속한다. 더욱이 절대 규모 측면에서 대학보다 출연연이나 기업이 훨씬 더 많은 기초 연구비를 사용하고 있다는 점은 연구 개발 단계상의 구분이 실제 수행하는 연구의 특성을 제대로 반영하지 못하고 있음을 단적으로 나타낸다. 따라서 이 연구에서 연구의 자율과 책임을 대비하는 개념으로 사용된 기초 연구와 목적성 연구는 각각 하향식 (Top-down) 연구 및 상향식(Bottom-up) 연구와 맥락이 일치한다. 물론, 정부가 기획한 프로그램의 구체성이 어느 정도 인지에 따라 상향과 하향의 구분이 명확치 않거나 동일 사업 내에 상향식과 하향식이 혼재되어 있는 경우도 많지만 한국 연구 재단의 연구비 구성에서 기초 연구 진흥 사업은 상향식으로, 그 외의 사업은 하향식으로 간주하여도 크게 무리는 없을 것이다.
이 연구에서는 대학보다 출연연과 기업이 더 많은 기초 연구비를 사용하고 있다는 점을 토대로 기초-응용-개발의 단계상 구분이 연구 특성을 반영하지 못함을 나타냈다. 그리고 상향식과 하향식이 혼재된 경우 기초연구진흥사업은 상향식, 그외 사업은 하향식으로 간주하였다. 