갈등관리 기반구축은 어촌공동체의 갈등예방, 갈등표출 시 조정, 사후 지속적 관리를 위한 법․제도, 전담조직 구성, 갈등전문가 양성 및 인력풀(POOL) 구축, 어촌갈등 DB 구축 및 사례 연구 등 갈등관리를 위한 상시 준비체제에 해당된다. 이는 갈등문제의 사후적, 임의적․즉흥적, 비체계적, 비전문적이었던 문제점들을 해소하기 위한 것으로 중앙정부, 지방정부, 민간전문가, 어촌공동체 등 이해당사자 간 적극적인 참여와 노력이 요구된다. 특히, 마을공동사업이 해수부 내 여러 부서에 분산되어 업무가 추진하고 있어 어촌공동체 갈등문제에 대한 통합적 접근이 이루어질 수 있도록 어촌공동체 갈등관리시스템을 마련해야 한다.
갈등관리 기반구축은 어촌공동체의 갈등관리를 위한 상시 준비체제에 해당된다. 이는 현재의 갈등관리의 문제점들을 해소하기 위한 것으로 이해당사자 간 적극적인 참여와 노력이 요구된다.