수산생물에 대한 선발육종 프로그램 연구 기술과 적용은 아직까지 개발 단계로 평가되고 있다. 수산양식 현장에서는 거의 대부분 품종에서 자연산 친어 또는 치어를 채포하여 이용하는 방식을 이용하고 있다. 넙치와 전복을 제외하고 우리의 수산양식에 이용되고 있는 수산종자들의 생산 및 보급은 자연 채취된 수산생물 또는 일부 순치된 수산생물을 증식하여 생산 공급하는 형태로서 반복적인 계대양식에 따라 품종 열성화가 심화되고 있는 상태이다. 또한 이렇게 생산된 수산종자가 점차 감소되는 연안 수산생물의 자원조성용으로도 활용되어, 연안에 서식하는 수산생물의 열성화와 함께 유전적 다양성마저도 떨어뜨리는 결과를 초래하고 있다.
수산양식에  자연산 수산종자 채취, 생산, 보급 반복으로 품종 열성화와 채취 품종 개체수 감소로 연안 수산생물의 자원조성용에 활용하여 자연산 또한 다양성마저도 떨어졌다.