비교효과연구는 관찰자료의 사용에 제약을 줄 수 있는 네 가지의 주요한 비뚤림을 가질 수 있다. 첫째 선택 비뚤림(Selection bias)은 임상의 치료 선정, 환자 치료 선택 또는 환자의 연령, 소득, 교육수준과 인종과 같은 일반적 특성에 따른 치료법 배정에 의해 유발될 수 있는 비교대상자들 사이에서 나타날 수 있는 차이점을 말할 수 있다. 둘째 검출 비뚤림(Detection bias)은 비교하고자 하는 코호트들 간의 결과 평가에서 차이점이 발생될 경우에 발생한다. 셋째 수행 비뚤림(Performance bias)은 한 치료적 개입 연구를 넘어 하나 또는 두 개 이상의 환자군이 서로 다른 치료법을 받았을 경우에 발생한다. 마지막으로 탈락 비뚤림(Attribution bias)은 연구 중간에 탈락한 환자가 그룹 간에 차이가 있을 경우, 분석시 이를 어떻게 처리했는가에 따라 발생한다.
비교효과연구는 관찰자료의 사용에 제약을 줄 수 있는 비뚤림을 가질 수 있다.  선택 비뚤림은, 검출 비뚤림, 수행 비뚤림, 탈락 비뚤림으로 탈락한 환자가 그룹 간에 차이가 있을 경우 분석처리시에  발생한다.