공공기관연구센터는 연구역량 강화 및 전문화를 위해 연구분야 중심의 3팀 조직(정책연구팀, 경영평가팀, 재무분석팀)으로 운영되고 있다. 공공기관연구센터에서는 우리나라 공공기관의 현황을 매년 편람으로 작성하고 있으며, 영문으로도 발간하여 우리나라 공공기관 현황을 국내외에 홍보하고 있다. 금년부터는 공공기관 운영 및 관리에 대한 전반적인 이해를 돕고자 최근 기획재정부 등 정부가 공공기관에 시달한 주요 관리정책을 공공기관 관리정책 주요 동향으로 정리하여 편람에 반영하기 시작하여, 공공기관 정상화 대책의 일환으로 추진된 3차례에 걸친 공공기관 기능조정 방안과 임금피크제, 성과연봉제, 부채감축계획 등 공공기관의 인력관리·성과관리·재무관리 등에 영향을 미치는 주요 정책을 소개하였다.
공공기관연구센터는 연구역량의 강화와 전문화를 목표로 운영 중이다. 이들은 우리나라 공공기관의 현황을 알리고 있으며, 국민의 이해를 돕기 위해 공공기관 운영/관리에 대한 주요 정책을 소개하기도 한다.