또한 연구개발투자의 효율성 제고 역시 중요한 의제로 논의되고 있다. 매우 예외적인 중국의 사례와는 달리 대다수 국가들은 연구개발투자를 지속적으로 증가하는 데 있어 한계에 직면하였다. 경제위기로 인해 정부의 예산 집행이 매우 엄격해졌기 때문이다. 특히 공공부문의 채무 증대가 치명적인 정책문제로 대두되고 있다는 점에서 향후 연구개발투자는 물론 전체 정부재정에 있어 건전화의 문제는 중요한 이슈로 대두될 것이다. 즉 재원배분의 효과성, 정부 재원부담의 경감이라는 척도는 R&D투자에 있어 반드시 고려되어야 할 요인이다. 따라서 한국 역시 R&D투자 규모는 세계 상위권 수준에 위치하나 미래 성장동력 창출을 위해 R&D투자 확대는 필수적이나, 그 재원 확충이 한정적일 수밖에 없다는 점에서 효율성을 제고할 수 있는 R&D투자 시스템의 개편이 무엇보다 시급하게 요구되고 있다.
대부분의 국가들은 연구개발투자의 한계에 직면해서 정부재정 건전화 문제를 불러왔다. 이에 한국 또한 R&D 투자를 위한 재원의 효율성을 고려하여 R&D 투자 시스템의 변환이 시급하다.