그러나 의료행위를 중심으로 하는 의료기술평가는 체계가 다른데 이는 건강보험을 중심으로 의료기관단체 등을 중심으로 한 의견으로 확인하는 절차를 통해 의료행위가 결정되었던 역사에서 기인하고 있다(이민과 안정훈, 2014). 이에 따라 현재는 신의료기술평가위원회를 중심으로 건강보험에 등재된 적이 없는 의료기술 여부를 판별하고 그 기술의 안전성과 유효성을 체계적 문헌고찰 등 근거를 평가하는 절차를 거쳐 판단하고 있다. 신의료기술평가위원회에 신청되는 의료기술은 의료기관에서 신청하는 경우가 약 57%이며 나머지는 대부분 의료기기 제조 및 수입업체가 차지하고 있다. 특히 신청되는 기술은 진단 검사가 64%로 대부분이며 이중 유전자검사는 단일 부문으로 20%가 넘고 있다. 처치 및 시술은 35%를 차지하고 있는데 이들 대부분도 의료기기와 연관되어 있을 가능성이 높다(이민과 안정훈, 2014). 또한 신의료기술평가에 의해 안전성과 유효성이 인정되기 전에는 시장진입이 어려우며 뒤이어지는 건강보험 급여 결정이 공식적으로는 네거티브 방식인 것과도 일견 모순되게 연계되어 있다. 따라서 현재 행위 및 의료기기를 중심으로 하는 의료기술평가는 다단계 평가와 시장 진입 지연이라는 제도 운영에 대한 업체의 불만이 자주 제기되고 있다.
기존의 의료기술평가는 의료 행위를 평가하는 방식이었으나 현재는 신의료기술평가위원회에서 새로운 의료기술인지, 안전하고 효과가 있는지를 평가한다. 대부분 의료기관과 의료기기 관련 업체에서 평가를 신청하는데 이 평가에서 인정되지 않으면 건강보험 급여가 이루어지지 않기도 해서 행위 및 의료기기 중심 기술평가는 업계의 불만을 사기도 한다.