신고자 보호를 강화하기 위한 제도개선도 지속적으로 이루어져왔다. 공익신고자 보호법 제정 당시 180개였던 신고 및 보호·보상 대상법률은 현재 284개로 확대되었다. 이는 대략 1,500개에 달하는 우리나라 법률 중 약 20%에 해당된다. 권익위는 그 외에도 국민생활과 직결되거나 신고자 보호의 필요성이 큰 36개의 법률을 신고 및 보호 대상에 추가하기 위해 「공익신고자보호법」 개정안을 국회에 제출(’18. 6.)했다. 또 신고자에게 파면·해임 등 불이익 조치를 취한 자와 위원회가 내린 보호조치 결정을 이행하지 않은 자에 대한 벌칙을 강화해왔으며, 불이익조치로 신고자에게 손해가 발생한 경우 불이익조치를 한 자에게 3배의 범위에서 배상책임을 부과할 수 있도록 하는 징벌적 손해배상제도를 도입했다. 그 밖에 긴급구조금 제도를 도입하고, 불이익조치에 대한 모니터링 제도를 마련한 것 또한 신고자 보호를 위한 권익위의 노력의 일환이었다.
공익신고자 보호법의 대상법률 확대, 신고자 보호 위반에 대한 벌칙 강화, 징벌적 손해배상제도 및 긴급구조금 제도 도입, 모니터링 제도 마련 등 신고자를 보호하기 위한 제도개선도 지속적으로 강화돼 왔다.