평가지표의 포괄적 적용에의해 사업목표와 정합성이 부족하다는 문제가 나타날 수 있다. 부처별 자체평가 등을 통해 평가지표를 검증하고는 있으나, 실효성 있는 검증은 미흡한 상태이다. 평가결과의 활용성을 극대화하기 위해 예산과의 연계성을 강화해야 한다.사전 R&D 기획단계에서 성과평가지표의 구상이 미흡하다. R&D 사전기획의 중요성을 인식하고는 있으나, 미래 기술을 대비하는 전략적 R&D 기획 프로세스 미흡하며 사업추진의 조급성 현상으로, 기술개발사업의 기간적 특성, 기술적 특성, 인력 등을 다양하게 포괄하는 방법론적 설계가 제대로 이루어지지 않고 사업들이 급하게 추진된 측면이 있다(김종운, 2013).
사전 R&D 기획의 중요성을 인식했으나 조급한 사업성으로 기간,기술,인력 등 여러방면으로 계획이 제대로 이루어지지 않고 너무 서두르게 추진된 관점이 있다. 