한편 새만금 외해역은 방조제 건설과 내부 개발이 이미 진행되고 수질 목표 달성이 불가능해 특별관리해역으로 지정된 시화호 연안과 다른 특성 을 보인다. 따라서 이 해역을 고밀도 이용․개발이 진행되어 도시지역을 배후지로 갖고 있고, 과거의 누적영향으로 환경오염이 심각하게 진행된 ‘특별관리해역’으로 지정하여 관리하는 것은 한계가 있다. 장래 새만금 내 부수역의 환경상태 변화 및 관리방식의 변경에 따라 관리권한이 국토해양 부로 이관될 경우에는 내측수역을 포함하여 특별관리해역으로 지정하는 것이 가능하지만 현재의 여건에서 「해양환경관리법」에 따라 별도 관리체 제를 구축하는 것은 법적 근거가 없다.
새만금 외해역은 환경오염이 진행되어 수질 목표 달성과는 거리가 멀기 때문에 특별관리해역인 시화호와는 구별되는 특성을 보여주고 있고 특별관리 해역으로 지정하는 것도 무리가 있다.