간접세는 상품생산과정에서 투입되거나 활용된 요소 또는 생산과정(이하 “상품생산과정에서 투입 활용된 요소”)에도 부과될 수 있다. 이 경우에도 조세행정을 단순화시키기 위해 보통 최종상품에 과세가 이루어지나, 세율 결정 또는 과세대상활동의 선정은 해당 투입요소 또는 생산과정에 근거하여 이루어진다. 또한 제II조 2항 (a)호는 수입 국경세조정이 상품 또는 상품의 제조 또는 생산에 전부 또는 일부 기여한 ‘물품’에 적용될 수 있음을 규정하고 있으므로, 상품 뿐 아니라 상품 생산에 ‘투입’된 요소에 부과되는 조세에도 수입 국경세조정은 원칙적으로 허용된다.
간접세는 생산과정과 투입요소에도 부과가 가능한데, 생산과정에 근거해 과세대상·세율을 결정하고 최종상품에서 과세한다. 또한 수입 국경세조정은 여기에도 원칙적 허용된다.