그러나 휴․겸직 제도와 같이 개인의 창업을 지원하는 제도는 두 가지 측면에서 근본적인 한계가 있다. 첫째, 교원․연구원의 휴․겸직 제도는 대학과 연구소 본연의 임무가 있기 때문에 무한정 확대하기 어려운 한계선이 있다. 대학과 연구소의 기술을 사업화하기 위해서는 구성원들의 창업이 촉진될 필요가 있지만, 교육과 연구라는 본연의 업무도 수행해야 하기 때문에 창업이라는 부수적 업무를 무한정 확대할 수는 없는 것이다. 그리고 이 두 가지를 병행하는 것이 교수 본인에게나 대학에게 큰 부담이 되는 것임을 우리 사회는 지난 10여 년 동안 경험을 통해 확인한 바 있다. 현재 대학의 휴․겸직 제도가 유명무실해진 것은 이러한 경험을 통해 창업과 대학 본연의 업무 중 무게추가 다시 후자로 기울어진 것을 의미한다.
개인창업지원제도는 교원과 연구원의 휴․겸직제도와  대학과 연구소의 기술사업화를 위한 창업이라는 두 사항은 임무의 특성상 무한정 확대가 어려워 한계를 가진다. 이 사실들은 교수본인이나 대학에게 부담이기도 하다.