하지만 이러한 방통위와 미래부의 방송 사무 분리는 근본적인 문제를 지니고 있다. 첫째, 종래 방송위와 정통부 시절처럼 방송과 통신을 구분하고 있지는 않지만, 여전히 구태의연한 수직적 영역주의 체계에 따라 방송 미디어 산업영역을 구분하고 각 영역별 로 정책기구가 분리되는 문제가 존재한다. 예를 들어 지상파에 대한 정책 권한은 방통 위 소관이고 유료방송 플랫폼에 대한 정책 권한은 미래부 소관이다. ) 채널사업자(이하 PP)에 대해서도 종편PP와 보도PP에 대한 정책적 권한은 방통위, 그 외 일반 PP 및 홈 쇼핑채널에 관해서는 미래부가 사무를 담당한다. 이는 종편 및 보도채널의 경우 방송의 내용적 측면에서 사회문화적 가치 혹은 공공성·공익성을 지켜야 할 필요가 높다는 판단 을 반영한다고 할 것이다. 하지만 이러한 지상파 및 유료방송 플랫폼, 그리고 지상파, 종편 및 보도전문채널, 그리고 일반 PP에 대한 정책들은 상호 긴밀하게 연계되어있기 때문에 이를 별도의 영역으로 구분하여 규제기관을 이원화하는 것은 정책적 혼선과 비 효율을 초래한다.
방통위와 미래부의 방송 사무 분리는 근본적인 문제가 있다. 구태의연하게 방송 미디어 산업영역을 구분하고 영역별로 정책기구를 분리한다. 상호 긴밀하게 연결된 정책들을 별도의 영역으로 나누어 규제기관을 이원화하면, 정책적 혼선과 비효율이 발생한다.