그러나 의료기술평가 수행과 관련하여 몇 가지 제한점이 존재하며 그 중 하나는 말레이시아 보건의료시스템 내에서 급여대상의 우선순위 선정은 불필요하며 따라서 의료기술 평가 결과를 보건의료 관련 정책결정에 반영하기 위한 과정이 명확하지 않다는 점이다. 또 다른 문제점은 재정적·인적자원의 부족이다. 특히 통계적 분석, 경제성 평가 등 의료기술평가의 핵심 분야에 대한 역량 있는 인재와 국제협의체 등의 기관회원 자격을 유지하기 위한 소요비용의 확보에 어려움을 겪고 있다. 이에 말레이시아는 양질의 보고서를 생산하고 의료기술평가에 대한 국민의 관심과 참여를 높여 의료기술평가 제도를 지속시키기 위한 노력을 기울이고 있다.
말레이시아는 의료기술평가를 정책에 반영하는 과정이 명확하지 않고 재정적, 인적 자원은 부족하여 양질의 보고서 생산과, 국민의 관심과 참여를 높여 이 제도를 지속시키려고 하고 있다.