셋째, TA 수행기관의 독립성 문제이다. TA를 수행하는 KISTEP은 미래부의 산하기관이기 때문에 본질적으로 신기술에 대한 부정적 측면을 제기하는 데 한계가 있을 수 있다는 점이 자주 제기된다(권성훈, 2014; 오동훈, 2005; 유지연 외, 2010). 물론 미래부가 과학기술진흥만을 추구하는가에 대해서는 논란이 있을 수 있지만 TA 수행을 과학기술 주무부처에서 담당하고 그 산하기관이 위탁수행하는 거버넌스 구조가 최적인가에 대해서는 검토가 필요하다. TA의 목적을 신기술의 잠재적 위험에 두지 않고, 경제발전에 기여할 수 있는 유망기술을 선정하고 지원하는데 둔다면, 현재의 미래부-KISTEP으로 이루어진 추진체계가 적합하다고 볼 수 있지만, 그렇지 않을 경우에는 새로운 수행주체에 대한 논의가 필요하다.
TA를 수행하는 KISTEP은 미래부 산하에 있어 신기술의 문제 제기의 한계가 있다. TA 수행의 과학기술 주무부처 담당과 그 산하기관의 위탁수행에 대해 검토가 필요하며 부적합시 새로운 수행주체 논의가 필요하다.