이러한 배경에는 신성장동력분야 세액공제제도의 제도적 한계가 있다. 일반 R&D의 경우 연구개발비와 인력개발비가 모두 공제 대상이나 신성장동력분야의 경우 연구개발비만 세액공제대상이다. 또한 신성장동력분야는 당기분 방식만 적용가능하며 관련 세액공재를 신청하기 위해선 별도의 전담부서와 별도의 회계처리가 필요하다. 한국산업기술진흥협회의 조사결과에서도 해당제도를 활용하기 어려운 이유로 정보부족과 까다로운 세액공제 조건이 우세하게 나왔다는 점에서(한국산업기술진흥협회, 2016), 신성장동력분야 세액공제제도의 개선이 필요하다. 무엇보다 중요한 것은 신성장동력 R&D 해당 여부에 대한 명확한 기준이 부족하다는 것이다. 특히 중소기업들의 경우 자신들의 R&D 중 무엇이 신성장동력에 해당하는지 여부를 판단하는데 어려움을 느끼고 있다. 중소기업에 대해선 투자하려는 기술이 세액공제 대상에 포함되는지 여부를 판단해 줄 수 있는 제도적 보완이 요구된다. 또한 중소기업들은 신성장동력 연구개발에 대한 별도 회계처리를 가장 큰 애로요인으로 지적하고 있다. 특정 기술만을 별도 회계처리하는 것에 제약이 존재하기 때문이다. 따라서 중소기업에 대하여 부담을 최소화할 수 있는 제도적 요건을 완화하거나, 별도 회계시스템 구축을 위한 가이드라인 또는 이에 대한 정책적 지원이 필요한 시점이라고 평가할 수 있다.
신성장동력분야 세액공제제도의 한계를 개선하고 신성장동력 R&D 해당 여부에 대한 명확한 기준을 마련해야 한다. 기존 R&D의 경우 연구개발비와 인력개발비가 모두 공제 대상이지만 신성장동력분야는 연구개발비만 세액공제대상일 뿐 아니라 당기분 방식만 적용가능하고 별도의 부서와 별도의 회계처리가 필요하는 등 까다로운 절차가 필요한 제도를 개선해야 한다. 