수산식품에 대한 정보 제공을 위해서는 안전성 관리가 뒷받침되어야한다. 안전성 관리가 부족한 상태에서 정확한 정보가 생산되지 않기 때문이다. 수입 수산식품의 경우 농림수산검역검사본부가 관리하고 있으나 국내산 수산식품의 안전성 관리는 이원화되어 있다. 즉 어장에서 식탁까지오는 동안 생산 단계는 농림수산식품부가, 유통 단계부터는 식품의약품안전청으로 나눠져 있는데 부처간 협조 체계가 부족한 것으로 평가되고 있다(농림수산식품부, 2011). 또한 생산 해역 관리에서도 패류의 경우 수출용과 내수용에 대한 관리가 구분되어 있으며 수출용에 대해 상대적으로 엄격한 기준이 적용된다. 이는 국내 소비자의 불신을 초래할 수 있으며 수출용과 내수용을 구분하지 않는 선진국의 시스템에 비해 합리성이 결여되어 있다.
안전성이 관리되어야 수산식품 정보 제공이 가능하다. 수입품은 검역본부가 관리하나 국내산은 단계별로 관리 주체가 나뉘어 있어 협조가 잘 안되며 이는 소비자의 불신과 시스템의 합리성이 떨어지는 문제가 있다.