융합연구의 한계점은 다음과 같이 정리할 수 있다. 첫째, 융합을 위한 통합된 연구교육이나, 연구 결과가 게재될 수 있는 저널, 동료들의 수준 등과 같은 융합연구의 기반이 부족하다는 점이다. 두 번째는 ‘용어’에 대한 이해도가 낮다는 점으로 다른 분야와 의사소통에 있어 너무 많은 비용이 증가한다는 점이다. 이를 극복하기 위해서는 연구자들 스스로 순수한 지적 호기심을 고취시켜, 이를 바탕으로 다른 분야의 연구내용들을 습득하는 노력이 필요하다. 융합연구에 있어 커뮤니케이션은 매우 중요한 요소이다. 각 학문분야의 고유 용어의 차이에서 오는 의사소통에 대한 불편함은 적극적으로 개선해야 하는 만큼 (Nature Editorial, 2015), 연구자들 간의 긴밀한 의사소통을 통해 최소한의 신뢰를 쌓는 노력이 필요하다(Stock, P. andBurton, R. J., 2011).
융합연구의 한계점은 이처럼 요약할 수 있다. 첫째, 융합을 위해 합쳐진 연구교육이나, 융합연구의 기틀이 빈약하다. 둘째, ‘용어’에 대한 이해도가 낮아 다른 분야와 의사소통을 할 때 비용이 너무 많이 늘어난다.