반면 사업부제 구조의 장점인 단위사업부 간 독립성 및 자율성이 다양한 단점을 파생시키기도 한다. 첫 번째는 각 사업부별로 동일한 기능 부서들이 설치되어야 한다는 점이다. 이로 인해 조직자원의 낭비가 초래될 수 있다. 두 번째는 사업부 간 갈등이 발생하는 경우 이에 대한 조정이 어렵다는 점이다. 사업부제 구조 하에서의 사업부간의 조정의 어려움을 단적으로 나타내는 것이 NDH(Not Developed Here)현상이다. 이는 한 부서에서 발생한 혁신이 다른 부서로 전이되지 못하는 현상을 가리키는데, 사업부제 구조에서 한 사업부의 성공적 혁신은 중앙본부의 승인을 얻어 전체조직으로 전파될 수 있다. 하지만 이 때 그 혁신 방안이 자신들의 방식이 아니라는 이유로 다른 사업부에서 이를 수용하지 않으려는 경향을 보이기도 하는 것이다. 사업부들이 보여주는 이러한 영역 보호의 경향은 중앙본부의 조정활동을 더욱 어렵게 만들 수밖에 없다.
단위사업부는 사업부제 구조의 장점이지만 단위사업부 간 독립성 및 자율성은 동일한 기능의 부서가 설치되어야 함에 있어 조직자원의 낭비를  초래하며,  갈등발생 시 조정이 어렵다는 단점을 파생시킨다. 