의료기술 도입과 확산에 영향을 미치는 세 번째 요소는 제3자 지불구조를 갖는 건강보험체계이다. 제3자 지불체계의 존재는 가격에 대한 수요의 탄력성을 낮추어서 신의료기술의 도입을 촉진시킬 수 있다. 뿐만 아니라 건강보험의 지불제도 유형에 따라 신의료기술에 대한 시장의 수요에 영향을 받고 도입과 확산패턴도 달라진다. 고정 예산제 하의 의료기관에 비해 포괄수가제(Diagnosis Related Group; DRG) 시스템으로 지불보상되는 의료기관에서 신의료기술의 도입이 더 신속하게 이루어지는 것으로 나타났으며, 병원 내에서 의사들에 대한 보수지불 구조가 신의료기술의 도입과 사용에 영향을 미치는 것으로 보고되었다 (Cappellaro et al. 2011).
건강보험제도에 제3자 지불구조가 생긴다면 신의료기술의 도입과 확산을 촉진할 수 있으며, 의료비용지불시스템이 고정예산제일 때보다 포괄수가제일 때 더 신속한 도입이 이루어지는 것으로 나타났다.