해양보호구역 등 지역기반 관리 수단 분과 토의에서는, 개념과 정의에 관련하여 대부분의 국가들은 새로운 국제문서가 기존의 법적 문서와 체제에 반하여서는(undermine) 안 된다는 점을 강조하면서, CBD, IMO, RFMOs 등에서 운영 중인 지역기반 관리 수단(ABMT; Area-Based Management Tool)의 개념과 정의 등을 활용할 것을 제안하였다. 일본, 중국 등은 ABMT는 다양한 수단을 포함한 개념으로써, 목적, 지리적 범위, 해당 구역의 상황 및 환경에 최적화되어 운영되어야 한다고 강조하였다. 기본 원칙으로서는 △최선의 과학 기반, △투명성 및 신뢰성, △사전 예방주의, △생태계 중심 접근, △협력의무 등 일반적인 사항이 제시되었다. 일본은 ABMT 관련 접근법을 top-down 방식(상위의 기구･국제문서 등을 통한 운용)과 △수평적(horizontal) 방식(이해당사자 간의 협력, 조정, 지속적인 의견 교환을 통한 운용)으로 나누면서 수평적 방식에 대한 선호를 표명하였다. 개도국을 중심으로 다수의 국가들이 기존 지역별, 기능별 기구들의 임무와 범위의 한계 및 다양성을 고려할 때, 그 공백을 메우고 포괄적인 규율을 위한 일정한 메커니즘의 도입이 바람직하다는 입장을 취하면서도, 협력과 조정의 필요성에 대해서는 부인하지 아니하였다. 우리나라는 MPA 지정 이후의 운영･관리의 중요성을 강조하는 한편, top-down 방식보다는 협력과 조정을 통한 방식이 바람직하며, 국가 관할권 이원지역의 해양생물 다양성 보존과 지속 가능 이용 사이의 균형 유지가 필요하다고 주장하였다.
지역기반 관리 수단(ABMT)의 기본 원칙으로 최선의 과학 기반, 투명성 및 신뢰성, 사전 예방주의, 생태계 중심 접근, 협력의무 등이 제시되었다. 일본은 ABMT 관련 수평적 방식을 선호하였고 일정한 메커니즘과 더불어 협력과 조정을 주장하였다. 우리나라는 top-down보다 협력과 조정을 통한 방식이 바람직하며 관할권 이원지역에서 보존과 이용 간 균형이 필요하다 주장하였다.