단기‧소형 기초연구의 경우 주로 논문의 질로 평가한다. 현재 논문의 질은 해당 학문분야에 있어 세계적 저널의 순위, 인용지수, impact factor 등이 있다. 하지만 학문분야별로 같은 인용지수나 impact factor 수치라 하더라도 논문의 질적 우수성은 다를 수 있다. 저널의 우수성은 서열로 나누기 어렵고 또한 같은 저널에 실린 논문이라 하더라도 그 우수성이 동일한 것은 아닐 수 있다. 또한 기초연구의 경우(특히 선정평가의 경우) 연구자의 입장에서 볼 때 breakthrough를 이루는 성과는 장기간으로 안정적이며 지속적인 한우물 파기식 연구를 해야 달성될 수 있다. 하지만 과제 입장에서는 단기간 소형과제이므로 과제평가로 충분할 수 없고 연구자에 대한 정성(질적)평가가 필요하다.
단기‧소형 기초연구는 논문의 질이 중요한 평가 대상이 되는데 저널 순위, 인용지수, impact factor 등 질을 평가하는 요인들 역시 저마다 다른 수준의 논문의 질을 의미할 수도 있다.