하지만 제1차 생명공학육성 기본계획이 진행되는 과정에서 한계점도 드러났다. 이미 유전공학육성법이 제정되고 시행될 때부터 드러났던 문제였지만, 범정부 차원에서 다수의 부처가 공동으로 참여한 이번 계획은, 관련 주체들 사이의 업무 영역이 서로 중복되고 미묘한 경쟁이 조성되면서 이를 종합적으로 조정하지 못했던 것이다. 부처 사이의 경쟁과 업무 중복은 나아가 산하 연구기관의 연구영역 중복으로까지 이어지는 문제였다. 과학기술처가 생명공학 연구를 선도하여 타 부처를 지원하기는 했지만, 부처별로 중복의 정도를 가늠할 수 있는 체계(일례로, 연구수행 과제 DB나 연구결과 DB를 공동으로 작성하는 체계)가 사업 초기부터 요구되었다.
1차 생명공학육성계획의 한계점은 관련 주체들 및 산하 연구기관 사이의 업무 영역 중복, 경쟁 조성이다. 따라서 부처별 중복의 정도를 측정할 수 있는 체계가 사업 초반부터 요구되었다.