선정된 과제에 대해 최종 성과를 평가함에 있어서도 원천기술형과 혁신제품형으로 구분하여 추진된다. 원천기술형 과제의 최종 성과평가는 크게 목표달성도(50점)과 기술성(50점)으로 나뉘어 평가된다. 목표달성도는 다시 최종목표 달성정도, 기술개발의 혁신성, 기술개발 추진방법의 창의성 등으로 세부 항목이 구성되어 있다. 특징적인 점은 기술개발 결과의 혁신성 평가에 있어서 이를 입증할 수 있는 공인된기관의 시험성적서 등을 요구하는 점이다. 이는 산업부 추진 연구과제가 실용성을 요구하는데 기인하는 것으로 판단된다. 기술개발 추진 방법의 창의성은 수행방법이 창의적인가를 평가지표로 삼고 있는데, 융합연구의 연구방법에 대한 평가도 이 부분과 일부 연관성이 있을 수 있다. 기술성 부분은 기술개발 결과의 도전성, 기술적성능 수준, 기술적 파급효과 등으로 세부 항목이 구성되어 있다. 기술개발 결과의 도전성에서는 세계 최초 기술인가를 묻고 있으며, 기술적 성능수준에서는 기존 기술 대비 차별성을 평가한다. 기술적 파급효과에서는 과제내용으로 특허 출원이나 등록된 건수 및 질적 수준을 묻고 있어, 역시 최종 성과평가에서 특허가 중요한 지표로 활용되고 있음을 알 수 있다. 혁신제품형의 경우, 앞서 원천기술형에 비해 경제성 및 사업성(40점)이 평가항목으로 추가된 반면, 목표달성도(30점)와 기술성(30점)은 배점이 감소한다. 기술개발 결과의 혁신성과 기술개발 추진방법의 창의성 배점이 줄었으며, 기술개발 결과의 도전성과 기술적 파급효과도 배점이 줄었다. 반면, 경제성 및 사업성 항목의 배점이 추가되었는데, 기술개발 성과의 사업화 가능성과 수익성 및 경제적 파급효과가 세부 평가항목으로 추가되었다. 앞서 신규 과제 선정시 보다는 최종 성과평가 시 원천기술형과 혁신제품형의 평가기준이 좀더 크게 변화한 것을 알 수 있다.
원천기술형의 최종평가는 크게 목표달성도와 기술성으로 나뉜다. 세부적으로 목표달성정도,혁신성,창의성으로 목표달성도를 평가하고 도전성,차별화된 성능,특허등록여부를 바탕으로 기술성을 판단한다. 혁신제품형의 평가에서는 창의성,도전성,파급효과의 배점은 줄어든 반면 사업성의 배점이 추가되었고 앞선 선정시때와 비교하면 성과최종평가시 원천기술형과 혁신제품형의 평가기준의 변화가 큰 폭임을 알 수 있다.