융합연구 평가방식에 대한 세 번째 문제점은 전통적인 학문을 기반으로 한 집단 이기주의가 존재한다는 점이다. 융합연구 선정에 있어 새로운 분야를 융합한 연구이기 때문에 전통적인 학문분야에 속해있지 않아 적합한 심사위원 패널을 구성하기가 어렵다는 지적이었다. 이는 과제를 제출하거나 평가할 때 분류되는 학문분류체계가 전통적인 학문을 기반으로 구성되어 있기 때문이다. 심사위원단도 기존 분류체계에 따라 구성되기 때문에 이러한 현상이 나타난다. 게다가 여러 학술활동을 통해 폐쇄적 네트워크가 형성되어 있어 집단 이기주의가 발현될 수 있는 여지가 있다. 융합연구에 대한 새로운 아이디어와 과제는 늘어나고 있지만 현재 뚜렷한 학제가 형성되어 있지 않고, 따라서 소속된 학회도 존재하지 않는다. 그렇기 때문에 기존에 형성되어있는 학회 중심으로 연구평가가 이루어질 경우 상대적인 불이익을 받을 수 있는 여지가 높다는 지적이 있었다.
융합연구 평가방식에 대한 세 번째 문제점은 융합연구가 전통학문과 다른 새로운 분야라는 점이다. 이로 인해 융합연구 분야의 학문분류와 평가방식이 전통학문의 폐쇄적인 집단 이기주의에 기반한다는 것이다.