미래기반기술개발사업의 사업 추진체계는 교육과학기술부와 전문기관 및 해당 분야 전문가들이 참여하여 제안요구서(RFP)를 작성하고 이를 토대로 산·학·연을 대상으로 공모를 실시하며, 제안된 연구과제는 전문가 및 전문기관의 평가를 거쳐 교육과학기술부가 주관하는 위원회 평가를 통해 최종적으로 과제를 확정하는 절차를 거친다. 즉, 앞에서 살펴본 NIH의 사례와 같이 미래기반기술개발사업을 구성하는 세부 내역사업별로 해당 분야에 전문성을 가진 어떠한 특정 기관이 거점이 되고 이러한 거점기관을 중심으로 세부 연구 사업을 추진하는 체계라기보다는 교육과학 기술부와 산하 전문관리기관이 주관하여 산·학·연 연구자들을 대상으로 자유 공모를 통해 세부 연구 사업을 추진하는 체계인 것이다.
미래기반기술개발사업의 사업 추진체계의 절차를 보면 해당 사업이 교육과학기술부와 전문기관들을 중심으로 산·학·연 대상 자유공모를 통해 세부 연구사업을 추진하는 체계임을 알 수 있다. 