프랑스 연구혁신 시스템의 가장 큰 특징은 알리앙스(Alliances) 창설을 통해 기관 및 학제 간의 벽을 허물고 공공민간 협력을 촉진하여 시너지 효과를 통한 연구성과 높이기 및 유럽과의 공조 확립이라고 하겠다. 2009년 4월 8일에 AVIESAN 알리앙스(생명과학 및 보건) 창립을 시작으로 하여 총 5개의 알리앙스(생명과학·보건, 에너지, 디지털 과학기술, 환경, 인문·사회과학)가 만들어졌는데 그중 인문·사회과학 알리앙스가 눈에 띈다. 이는 모든 학문의 기본이 되는 인문·사회과학을 바탕으로 과학기술의 발전을 꾀하고자 함을 알 수 있다. 알리앙스는 주체간의 벽과, 학제간의 벽을 허물고 과학기술 분야공공연구기관, 기업, 대학 등의 연구 주체들을 모아 앞으로 도전해야 할 중요 과제를 발굴하여 프로젝트화한다.
프랑스 연구혁신 시스템은 5개의 알리앙스에 기반한다. 알리앙스의 성과는 연구 프로젝트와 관련된 다양한 주체 간 협력과  간학문적 접근이다.