셋째, 집행방식과 사업목적에 따른 유형별 집행의 차별화가 필요하고 이에 맞춘 정책집행의 효율화와 투명성을 제고해야 한다. 생산중심주의 정책, 소모성 일회성 단기성 보조의 지양 혹은 축소하고 교육 문화 직불 등 소프트인프라 보조 확대, 장기성 다년도 보조의 확대를 위한 프로그램 방식의 운영이 필요하다. 기존사업은 효율성을 높이고 농업경쟁력 강화를 지원하되 개별경영체시설 및 투입재 보조를 공동이용시설로 전환하고 농업생산 투입지원(생산 보조)에서 소득지원(공공조달, 구매 보조 등도 포함)으로 전환이 필요하다. 농업 보조금 집행 투명성을 강화하는 측면에서 수혜자, 수혜규모, 비용 등을 명확히 DB로 구축하고 개인정보 외에는 정보제공 요청시 언제든지 100% 공개할 수 있어야 한다. 비용효과성 제고를 위해서 수혜자그룹 지원에 효과적이면서 재정부담비용을 최소화하도록 한다.
집행방식이나 사업목적에 따른 다양한 프로그램 방식의 운영이 필요하고, 정책집행이 효율적이고 투명하게 이루어질 수 있도록 정보제공, 비용효과성 제고 등의 노력을 해야 한다.