성별영향분석평가제도의 운영에는 총괄 운영·지원 역할을 하는 여성가족부, 중앙행정기관, 지방자치단체의 성별영향분석평가책임관, 총괄부서, 사업 담당부서에 의해서 분석평가 대상 과제가 선정되고, 분석평가와 정책개선에 이르는 일련의 과정들이 수행된다. 특히, 분석평가책임관은 대상과제 선정, 분석평가서 작성관리, 검토의견 통보, 결과의 정책 반영, 특정평가 정책개선 권고사항이행, 공무원 교육 등 해당기관의 제도 운영 전반을 관리(성별법 제 14조, 시행령 제12조)하는 역할을 추진하도록 정의되어 있으며, 성별영향분석평가법이 시행된지 2년 만인 2013년 중앙행정기관(43개), 광역(17개), 기초(227개), 시·도교육청(17개)에 304명 분석평가책임관이 지정되었다. 분석평가책임관은 매년 종합결과보고서를 작성함으로서 제도 운영과정에 대한 기초적인 모니터링 또한 추진한다고도 볼 수 있다. 종합결과보고서는 첫째, 매년 추진된 성별영향분석평가 추진 현황을 법령, 계획, 사업 분석평가 과제 수, 법령, 계획, 사업 분석평가 과제 수 대비 원안동의와 개선의견 건수, 개선의견에 대한 수용, 불수용, 일부수용 등의 반영결과에 대한 현황을 집계한다. 둘째, 법령과 계획 및 사업에 대하여 해당 년도의 개선 실적의 내용을 집계하고 정책 개선 우수사례를 수집한다. 이와 같은 종합결과보고서 양식은 성별영향분석평가를 추진하는 기관이 자체적으로 매년 성별영향분석평가의 양과 정책 개선 현황을 모니터링하고 있다는 평가도 가능하게 하는 측면이다.
성별영양분석평가제도는 여성가족부, 지자체별 분석평가책임관 등 5개 부처에서 운영한다. 특히 분석평가책임관은 해당기관의 제도 운영 전반을 관리하며 매년 종합결과 보고서를 작성해 제도 운영과정을 모니터링한다. 종합결과보고서 작성을 통해 성별영양분석평가제도 현황을 분석하고, 법령 및 계획의 개선 내용과 정책개선 우수사례를 수집함으로써 평가 추진 기관이 자체 모니터링하는 효과를 거둘 수 있다.