국내 내수시장의 성장 한계에 직면하고 수산업 성장 기반이 점차 약화되고 있는 상황에서 수산업의 위기 극복을 위한 성장 전략으로써 수산물 수출지원사업은 의미가 있다고 할 수 있다. 그러나 지원 사업이 일본, 중국, 미국 등 선진 수산물 소비시장에 편중됨에 따라 아세안과 같이 잠재적으로 수산물 생산 및 소비 증대가 예상되는 지역에 대한 고려가 미흡하다. 그리고 수산물 수출 지원사업은 국내에서 생산된 수산물의 수출에만 한정하고 있고, 해외 생산기지 또는 거점화를 통한 시장 진출 및 해외 수산자원을 활용한 현지 수출이 고려되지 않은 한계점을 가지고 있다.
수산물 수출지원사업은 유의미하나, 수산물 생산과 소비가 늘 것으로 예측되는 지역에 대한 고려가 부족하며 국내 생산 수산물 수출에만 한정되어 있다는 한계도 있다. 