아프리카돼지열병은 앞에서 설명한 임상증상들을 항상 전부 다 나타내는 것은 아니다. 질병의 초기단계나 소수의 돼지만이 감염된 경우에는 임상적 진단이 어려울 수 있다. ASF의 증상은 다른 질병 및/또는 상태의 증상과 혼동될 수 있기 때문에 ASF의 진단은 종종 추정에 근거하게 된다. 게다가, 여러 가지 돼지(및 멧돼지) 질병이 급성 ASF 발생시에 관찰되는 폐사율을 일으킬 수 있다. 따라서, 실험실적으로 확진되기 전까지는 어떠한 진단도 단정해서는 안된다. 여기서 다루는 주된 감별진단에 더하여, 추가적으로 고려해야 할 상태들은 기타 전신적 패혈증이나 출혈성(손상) 상태들이 포함될 수 있다.
아프리카돼지열병의 초기 단계나 소수 감염의 경우 다른 증상과 겹쳐 임상 진단이 어려워 추정을 하게 되는데 실험실에서 확진 판정을 내리기 전까진 어떤 것도 단정해서는 안된다.