Illumina의 경우 기본적으로 샘플 DNA를 수억에서 수천억 개로 복제한 후, 여기에 형광 염료를 이용하여 표지한다. 이를 카메라를 이용하여 촬영하면 이미지를 얻을 수 있고, 분석기는 이미지 상의 정보를 이용하여 서열을 결정한다. Illumina의 제품군 내에서도 기술력의 향상은 이어지고 있는데, HiSeq 2500과 비교하여 HiSeq X는 나노크기의 구멍을 이용하여 DNA 절편들을 보다 조밀하게 위치시켜 한 번의 분석에서 보다 많은 양의 DNA 정보를 시퀀싱 할 수 있게 되었다. 또한 동일한 DNA 절편들을 모으는 기술을 추가하여 분석의 속도를 높였고, 이외에도 카메라의 촬영 속도, DNA 증폭을 담당하는 중합효소(DNA polymerase)의 속도 등을 향상시켰다 (Hayden, 2014. 1. 15).
Illumina에서는 복제한 샘플 DNA를 형광 염료를 사용하여 표시한다. 이를 카메라로 촬영하고, 분석기를 통해 서열을 결정한다. 이의 제품 중에서도 HiSeq X는 빠르게 많은 양의 DNA를 분석할 수 있다. 