그렇지만 한국생물산업협회나 한국생명공학연구조합은 모두 대기업 위주로 운영되었기 때문에 1999년 이후 대거 설립된 바이오 벤처들을 대변하기엔 적절하지 못했다. 또한 몇몇 바이오 벤처들은 학연, 지연별로 묶여 소규모 모임, 가령 ‘한국바이오벤처기업협의회’(1998년 2월)이나 ‘랩벤처협의회’(2000년 4월)를 만들어 네트워크를 만들고 있었다. 이런 가운데 2000년 7월 전국 80여개 바이오 벤처를 회원으로 하는 바이오 벤처 연합체인 ‘한국바이오벤처협회’가 결성되었다. 협회의 설립과 운영을 위해서 수개월 전 코스닥 상장으로 바이오 벤처 붐에 일조했던 마크로젠(서정선)을 비롯하여 씨트리(김완주), 제네티카(남홍길), 쎌바이오텍(김명준), 바이오니아(박한오), 인바이오넷(구본탁) 등 6개 벤처 회사가 3,000만원씩 갹출했다. 산업자원부 산하 사단법인체로 출범한 한국바이오 벤처협회는, 기존 바이오 벤처들의 모임(렙바이오벤처협의회, 한국바이오벤처기업협의회)뿐 아니라 지역별로 분산되어 있던 바이오 벤처들과 바이오 관련 협회를 아우르는 대표 조직의 위상을 추구했다. 창립총회에서 한국바이오벤처협회는 한문희 박사를 초대회장으로 선출했고, 정관에서는 “대한민국 바이오 벤처기업들의 공통 애로사항 수렴과 공동문제 해결 및 상호교류를 통한 정보의 교환, 기술발전과 사업화 지원, 경영지식의 교류, 관련 전문인력의 양성에 기여 등 관련 기업 활성화와 국제 경쟁력 강화로 국가 경제발전에 공헌함”을 목적으로 제시했다.
바이오 관련 조합이나 협회는 대기업 위주로 운영되어 대부분의 바이오 벤처들을 대변하기엔 적절하지 못하였고, 바이오 벤처들끼리 학연과 지연별로 소규모 네트워크를 형성하고 있었다. 이런 가운데 2000년에 바이오 벤처를 대표하는 한국바이오벤처협회가 설립되었다.  이 협회는 상호 교류 및 기술발전을 통해 국제 경쟁력을 강화하여 국가 경제발전에 공헌하는 것을 목적으로 한다.