특히 법 제5조제3항에서는 국가 및 지방자치단체로 하여금 산 ․ 하천 ․ 호소 ․ 연안 ․ 해양으로 이어지는 자연생태계를 통합적으로 관리 ․ 보전하고 훼손된 자연생태계를 복원하기 위한 종합적인 시책을 추진함으로써 인간이 자연과 더불어 살 수 있는 쾌적한 국토환경을 조성할 책무를 부여하고 있다. 이 규정은 각종 국토이용 및 개발행위, 개발계획 등이 환경친화적으로 추진되어야 하며, 산 → 하천 → 호소 → 연안 → 해양으로 이어지는 자연생태계를 통합적으로 관리하고 보전 ․ 복원할 수 있는 종합적인 시책을 추진하여야 한다는 점을 명시한 것으로서, ‘육상오염원의 관리’가 지향하고 있는 통합적이고 융합적인 정책을 선언적으로 규정한다.
법 제5조 제3항은 자연생태계의 통합적 관리 및 보전과 훼손된 자연생태계 복원을 위한 종합적인 정책을 추진하여 인간과 자연이 더불어 살 수 있는 국토환경을 조성할 의무를 부여하고 있다. 