최종평가 단계의 질적 평가 중요도를 연차평가와 어느 정도 일치되도록 상향 조정하여, 도전적·혁신적 연구개발 문화를 확산하고 연구개발 성과의 질적 수준을 제고해야 한다. 또한 과제수준의 질적평가의 정합성문제가 제기되고 있다. 과제수준 평가지표 설정을 위해서 우선적으로 목표와 관련된 과제를 설정하고 선정함에 있어 구체화의 정도가 미흡하다. 목표와 연계성이 적은 성과지표가 선정되고 있으며 또한 목표와 유기적 연계를 가진 성과지표의 검토가 불충분한 상태에서 과제관련 성과지표가 개발 및 관리되고 있는 실정이다. 사업성과지표와 과제성과지표의 연계성측면에서 평가지표의 수와 측정방법의 정교화는 정보시스템의 기능이 기반 되어야 하나 아직 초기 단계이다. 과제 성과지표 설정 시 제시한 질적 지표기준 객관화의 한계도 문제점으로 제기되고 있다. 기존 과제 성과 지표 3단계에 따라 질적 지표를 50% 이상으로 설정하도록 하고 있으며 이를 위하여 정성지표의 객관화 방법, 예시 등을 제시하고 있으나 객관화의 한계점을 나타내고 있다.
최종 평가 단계의 질적 평가 중요도를 연차평가와 어느 정도 들어맞도록 높게 조정하여, 도전적·혁신적 연구개발 문화를 전파하고 연구개발 실적의 질적 수준을 높여야 하며, 과제 수준의 질적 평가의 정합성 문제로 말이 나오고 있다.