둘째 연구개발사업의 질적평가의 경우 미래부는 R&D 성과평가법에 의거 최근 질적 성과 중심의 자율적인 평가체계 정착을 위하여 단순 논문건수의 성과지표 반영을 원칙적으로 페지하고 부처의 자율성과 책임성을 강화하는 평가체계로 전면 전환을 추진하고 있다.그러나 전반적 관점에서 질적 평가의 올바른 개념과 철학의 부재에 따른 질적ㆍ장기적 관점에서의 평가가 미흡하며 질적 평가에 있어서 질적인 개념에 대한 인식이 부재한 실정이다. 이러한 연구개발의 질적 개념에 대한 인식의 부재에 따라 목적을 위한 평가가 아닌 수단을 위한 평가로서 질적 평가의 개념을 인식하고 있다. 또한 논문ㆍ특허 등 단기적ㆍ계량적 데이터에 주안점을 두고 있으며, R&D의 질적 수준 향상 및 사회경제적 파급효과 분석을 대한 평가방법론 개발은 미진한 실정이다(김종운, 2013). 또한 사업유형별 차별화된 질적평가체계 마련이 부족하다.현재는 연구유형별 논리모형에 따라 사업 및 성과 특성, 목표 지표설정등을 통하여 평가지표 설정의 방향에 대하여 예시하고 있으나 사업유형을 반영한 구체적 질적지표 제시가 부족하다. 즉 사업유형별 특성을 반영한 질적평가체계 강화와 사업별 질적 개념에 의한 평가체게 도입이 필요하다.
연구개발사업 질적평가의 경우 장기적 관점에서의 평가가 부족하며 질적인 개념에 대한 인식이 없는 상황이다. 수단을 위한 평가로 질적 평가의 개념을 인지하고 있으며, 단기적 데이터에 중점을 두고 있다. 따라서 사업유형별 특징을 감안한 질적평가체계를 확립하고 사업별 개념을 토대로 한 평가체계를 들여와야 한다. 