반면 세계적인 수준의 의료기술을 갖춘 우리나라의 경우에 의사과학자 양성시스템에 대한 논의가 미흡하고 제한적인 수준에서 행해지고 있다. 잘 갖추어진 의료 환경에 비해서 국내 의사과학자의 수는 미미한 수준이다. 전용성·국현·이민구(2016)에 따르면 국내기초의학 연구는 의사출신의 임상의학 연구자 및 기초의학연구자 그리고 비 의사 출신의기초의학연구자에 의해 진행되고 있다. 이 때 특히 부족한 연구 인력이 의사과학자이다. 즉, 의과대학의 기초연구가 의사면허가 있는 사람에 의해 시행되기 보다는 비 의료인이면서 의학 관련 석, 박사학위를 받은 연구자들에 의해 이루어지는 경우가 많다는 것이다. 또한 2014년 국가기술자문회의에서는 현재 의학 분야의 임상의사와 의과대학의 비 의사인 박사급 연구원 사이의 상호 연계가 미흡한 실정이며, 때문에 미래 기술인 바이오산업을 적극적으로 키우기 위해서는 기초 및 임상연구를 모두 수행할 수 있는 의사과학자의육성이 무엇보다도 시급한 상황이라고 피력하였다.
의사과학자 양성시스템에 대한 논의가 부족하고 제한적인 수준인 우리나라는 의사과학자 인력이 부족한 상황이다. 특히 임상의사와 의과대학의 박사급 연구원 사이의 상호 연계가 매우 부족해서 무엇보다 의사과학자의 육성이 시급하다.