그런데 사업 간 협력에서 고려해야 할 중요한 부분이 전문성이다. 사업 수준에서의 협력이 이루어지기 위해서는 전문적인 지식이 필요하며 해당 분야에 상당한 통찰력을 필요로 한다. 이것은 부처에서 행정적으로 접근 가능한 것이 아니라 전문가들의 전문 지식 정보와 협력이 필요한 부분이다. 즉, 정부부처 간 협력이 아니라 사업의 수행 주체들 간의 전문적인 지식 교류와 협력이 필요한 것이다. 이것은 부처 간 정책협력을 추진할 때 행정적 접근과 전문성 접근의 구분이 필요하다는 것을 의미한다. 따라서 부처 간 정책협력을 추진할 경우에는 협력의 주제가 어느 수준에서 이루어져야 하는가를 먼저 파악해야 하며, 그에 따라 적합한 접근이 이루어져야 한다.
사업 간 협력에서 전문성은 중요하다. 사업의 수행 주체들 사이의 전문적인 지식 교류와 협조가 필요한데 부처 사이에 정책협력을 진행시 행정적 접근과 전문성 접근의 구별이 필요하다는 것이다.