연구개발 예산의 재원 구조 변화 가능성에 대한 검토는 재원의 운용 특성에 대한 이해의 바탕 위에서 이루어져야 한다. <표 4-5>는 일반회계, 특별회계, 기금의 운용 특성을 설치 사유, 운용 형태, 수입과 지출 연계, 확정 절차, 집행 절차, 계획변경 등의 측면에서 비교하고 있다. 기금은 국가가 특정한 자금을 특정한 목적을 위하여 신축적으로 운용할 필요가 있을 때 법률에 의해 설치할 수 있다. 그 재원은 출연금이나 부담금 등으로 조달되며 예산처럼 국회의 심의․의결로 확정되고 결산에서도 국회의 심의 의결을 받아야 하지만 예산보다는 자율성과 탄력성이 더 크다고 할 수 있다. 그리고 기금은 사업성기금, 금융성기금, 사회보험성기금, 계정성기금 등으로 분류할 수 있다. 특별회계나 일반회계 예산은 특정 부처의 주관 하에 편성되고 운영되기 때문에 여러 부처와 관련이 있는 사업을 통합적으로 운영하는 데는 많은 어려움이 따르는데 기금화를 통해 이러한 문제를 극복할 수 있는 방안을 검토해 볼 수 있을 것이다. 물론 이 경우에는 그 기금의 운영주체가 특정 부처에 소속되지 않은 ‘위원회’ 같은 것이 되어야 할 것이다.
연구개발 예산의 재원에 관련된 사항은 예산을 심의, 의결하는 국회와 같이 법률에 의한 절차를 거쳐야 하지만 기금의 자율성과 탄력성을 부여하고 독립된 '위원회'같은 기구를 두어 사업을 통합적으로 운영하여 문제를 극복할 수 있도록 검토해야만 한다.