제5장부터 본 연구가 의도하는 출연(연)의 문제분석에 들어간다. 그동안 있어온 다른 조사연구를 언급하면서 공통적 지적내용을 살펴보고, ADL의 보고서를 소개하였다. 특히 「과학기술 출연(연) 발전 민간위원회」가 발표한 보고서도 소개하였다. 아무리 훌륭한 연구결과가 있어도 정부의 필요에 의해 의뢰받은 연구가 아닌 이상, 정부정책에 반영되기가 무척 어렵다. 왜 그럴까? 그것은 공무원의 이익을 우선시하는 관료주의가 강하기 때문이다. 결과적으로 분명히 우리는 진화되는 연구체계를 갖추지 못하고 있다. 그렇다고 환경에 적응해가는 체계도 아니다. 갈등 속에서 시행착오만 반복하고 있다고 봐야 한다.
5장에서는 출연(연)의 문제분석에 들어간다. 결과적으로 우리는 진화되는 연구체계를 갖추지 못했으며, 환경에 적응해가는 체계도 아니다.