그러나 기관의 목적에 따라 각기 생성된 단일 기관 건강정보 보다는 다른 기관과의 건강정보의 연계를 하여 연구를 수행한다면 보다 정확하고 필요한 정보를 알아낼 수 있을 것이다. 그러기 위해서는 각 자료 간의 주요 연결인자가 있어야 하는데, 국내에서는 대부분 개인 고유식별코드인 주민등록번호를 이용한다. 현재 개인정보보호법 하에서는 주민등록번호로 다른 기관과 건강정보 연계한 연구를 수행하기 어려운 실정이다. 의료분야의 특수성을 고려하여 개인정보를 최대한 보호하면서 다른 기관의 건강정보를 연계할 수 있도록 제도적, 정책적 방안 마련이 시급히 필요하다.
현재 개인정보보호법에서는 주민등록번호로 기관 간 정보 연계가 불가능하므로 개인 정보를 보호하면서 다른 기관의 건강정보를 공유 할 수 있는 제도적 장치가 필요하다. 