또한, 과학기술 ․ ICT 융합 R&D 또는 범부처 단위의 기술혁신을 위해서는 국가 R&D 시스템 혁신이 필요하다. 시스템 혁신 방법의 일환으로 과학기술 ․ ICT 융합 R&D에 한정해서 예타 기준을 다르게 적용하는 방법이 있다. 장기적인 시각에서 투자를 지속하고 기술을 개발해야 하는 과학기술 분야와는 다르게 ICT 기술 ․ 산업은 매우 빠르게 변화하므로 예타기간이 길어지면 길수록 시의성이 떨어진다는 단점이 더 부각될 우려가 존재한다. 따라서 과학기술 ․ ICT 융합 관련 R&D는 기존의 과학기술 R&D와 다른 기준으로, 예타 기간을 단축시키거나 따로 예외 조항을 신설하는 방법 등이 있을 것이다. 그리고, 기획 ․ 관리 ․ 평가단계에 이르는 전반적인 R&D 프로세스를 공급자 중심의 R&D가 아닌 연구자(또는 수요자) 중심의 R&D로 개선할 필요가 있다. 특히 과학기술 ․ ICT 융합의 특성상 다양한 분야의 다양한 연구자가 직접 R&D에 참여하게 되므로 특정 한 분야에서 진행하는 R&D 보다 연구자 중심 R&D로의 전환에 대한 필요성이 더 클 것이다. 특히 기획단계에서부터 평가단계에 이르기까지 융합의 대상이 되는 각 분야의 전문가뿐만 아니라 융합 기술에 특화된 전문가를 발굴하여 R&D 성과를 고도화하고 상용화가 될 수 있도록 노력해야할 것이다.
R&D시스템 혁신을 위해 ICT 융합 R&D에 한정해서 예타 기준을 다르게 적용하는 방법이 있다. ICT 기술과 산업은 변화가 빠르므로 다른 기준이나 예외 조항을 둬서 예타 기간을 단축시키는 것이 효율적이다. 그리고 ICT 융합에는 다양한 분야의 연구자가 직접 R&D에 참여하는 특징이 있으므로 연구자 중심 R&D로 전환할 필요가 있다.