이 연구개발사업의 연구개발 단계를 설정하는 것이 중요한데, 우리나라 국가 과학기술 연구개발 단계는 ‘기초연구, 응용연구, 개발연구’로 구분된 다. 새만금 외해역의 해양환경과 관련한 선행연구(국토해양부, 2002~2011; 2012)를 통해 새만금 방조제 외측해역에 대한 환경상태를 관측했고, 한계는 있지만 수질예측이라는 실용적인 목적하에 기술을 개발했다는 점을 고려 할 때, 이 연구는 개발연구단계에 있다. 즉 선행연구를 통해 확보한 지식과 기술을 기초로, 새만금 지역 개발에 따른 해양환경영향을 진단․예측하기 위한 기술을 개선하는 사업 위주로 구성한다. 다만 선행연구가 내측 해역 의 환경상태 변화, 예측 진단에 초점이 맞추어져 있어 외측 해역에 대한 지식과 정보의 축적수요가 존재하므로, 부분적으로 기초 및 응용연구 개발단계의 내용도 포함한다.
국가 과학기술 연구개발 단계는 기초, 응용, 개발로 분류된다. 새만금 지역개발 연구는 수질예측 기술개발 측면에서는 개발연구단계이나 부분적으로 지식과 정보의 축적을 요구하기 때문에 기초 및 응용연구 개발단계에 속한다.