그러나 최근 경제성장률이 3%대를 하회하면서 정부 R&D 예산에 대한 생산성을 제고시키는 문제가 쟁점으로 부각되고 있다. 방송 및 신문에서 정부 R&D 예산 집행과정에서의 오류, 잠자고 있는 특허 등 정부 R&D 성과가 낮은 원인에 대한 문제점을 지적하고 있다. 정부에서도 정부 R&D 예산에 대한 투자 대비 효율성을 개선하기 위해 ‘정부 R&D 혁신방안’ 등을 마련하고 관련 시책을 강구하고 있다. 정부 R&D 혁신방안은 우리 경제의 구조적 문제를 해결하고 미래 성장동력을 확보하기 위한 돌파구로서 국가 R&D 시스템을 선진화시키는 것이다. 여기에는 산, 학, 연 혁신주체별로 차별화된 R&D 체제를 구축하는 방안과 정부 R&D 투자의 전략성을 강화시키는 방안을 담고 있다.(미래창조과학부, 2016)
최근 언론을 통해 정부의 R&D 투자 예산 대비 낮은 성과에 대한 문제가 제기되었다. 이에 정부는 혁신주체별로 R&D 체제를 차별화하고 투자 전략성을 강화한다는 방안을 마련했다.