제2단계는 개발한 예측모델을 토대로 새만금 종합개발사업 진행과정에서 발생하는 영향을 평가하고, 완화․저감을 위한 대책마련에 활용될 수 있는 운영체제를 구축해야 한다. 그러나 새만금 종합개발사업 진행과정에서 내부개발계획을 변경하거나, 새만금 내부수역의 관리방식을 수정할  가능성도 있어 개발계획의 변경 및 내부수역 관리방식의 변경 시 예측모델의 수정도 함께 이루어질 필요가 있다. 이와 함께 영향을 저감, 완화할 수 있는 기술 개발을 병행하여 최적의 기술적 대안과 투자계획을 마련하고, 새만금 연안의 체계적 관리를 위한 종합대책을 수립해야 한다. 이 시기는 새만금 종합개발사업 추진 과정에서 도서지역의 관광시설 조성, 어항 및 항만개발에 생태적 디자인 기술을 적용하는 단계이기도 하다.
제2단계는 새만금 종합개발사업 진행과정 상의 영향을 평가하고 완화를 위한 운영체제를 구축하면서도 계획의 변경 가능성을 고려해 예측모델의 수정도 병행하면서 종합 대책을 수립해야 한다. 