이러한 상위조직들의 변화와 함께 연구현장에서는 기업부설연구소가 급격히 증가하였고 대학에 정부연구개발예산이 본격적으로 지원되기 시작하였다. 이에 따라 그동안 정부연구개발사업을 독점적으로 추진해 온 출연연구기관 운영효율성 개선 요구가 높아졌고 정부는 새로운 예산지원방식을 도입하였다. 즉, 1996년 연구과제중심운영제도(PBS)가 도입 적용되었다. 이 제도는 출연연구기관에 대한 정부의 예산지원방식을 일괄지원방식에서 산학연 경쟁에 의한 프로젝트 중심 지원방식으로 변화시켜 정부출연연구기관의 연구분위기를 쇄신하고 운영체제 혁신을 통한 운영효율화와 연구성과 제고를 위한 것이다. 그러나 이 제도는 고객 지향의 연구 추진, 경쟁에 의한 연구활동의 활성화 등 긍정적 측면뿐만 아니라 출연연구기관의 예산조달환경의 불확실성 증가에 의한 운영의 안정성 침해, 산학연 경쟁으로 인한 출연연의 역할 감소 등의 부정적 측면에 대한 평가가 함께 제기되었으며 최근까지 제도 개선에 대한 논란이 지속되고 있다.
정부연구개발사업을 추진하는 기관의 효율성 개선 요구가 늘어 1996년 PBS제도가 도입되었다. 이 제도는 고객지향의 연구, 경쟁에 의한 연구 활성화등의 장점이 있었던 반면, 운영 안정성 침해 및 출연연의 역할이 줄어드는 등의 단점도 부각되었다. 