셋째, 성과의 불확실성이다. 융합연구가 이질적인 연구분야가 융합되어 새로운 연구분야를 창출하는 만큼 참고할 수 있는 선행연구가 존재하지 않고, 또한 단기간에 연구 성과를 창출하는 것이 어려운 특성을 가지고 있다. 따라서 논문을 게재할수 있는 적합한 저널을 찾기가 어렵고, 연구성과에 대한 수요가 불명확한 상태여서 기존의 성과지표를 그대로 활용하기가 어렵다는 특성이 있다. 즉, 융합연구가 기존연구 대비 가장 차별적 특성을 보이는 것이 바로 연구성과의 불확실성이다. 이는 융합연구의 연구성과를 무엇으로 볼 것인가라는 문제와 직결된다. 기존연구에서 대표적 연구성과라고 일컫는 논문, 특허, 기술이전 등의 측면에서 살펴보면, 이러한 불확실성은 더욱 드러난다. 먼저 논문과 관련해서는 신생 융합분야와 관련한 저널이 최근 많이 생겼지만 여전히 게재할 저널이 부족한 상황에 학술적 성과를 가시화하기 힘들다. 특허와 기술이전 측면에서도 많은 융합분야가 관련 산업이 미성숙된 상황이라 산업적 응용가능성을 염두에 둔 특허와 기술이전을 창출하기 힘들다. 한 분야에서 보편적 지식으로 활용되는 것을 다른 분야에서 활용가능한 지식으로 전환하는 것에 대한 독창성 인정여부도 성과의 불확실성을 높인다. 기존 연구자 개인이나 기관 또는 연구개발사업에 주로 적용되는 계량적 평가기준의 일률적 적용은 성과의 불확실성을 넘어 융합연구 자체의 불확실성도 높일 수 있다. 이광호 외(2013) 의 연구에서 조사한 결과는 이러한 주장을 뒷받침하고 있다. 기존조직과 융합조직의 연구자가 각각 느끼는 위험에 대한 조사결과를 살펴보면, 융합조직은 성과창출의 불확실성과 이로 인한 개인 업적평가의 불이익을 우려하고 있다. 이러한 상황은연구자로 하여금 ‘논문쓰기 쉬운 주제’의 선택이나 기존 연구성과를 융합연구 성과로 포장하는 결과를 낳을 수 있다. 따라서 근본적으로 융합연구의 성과를 기존연구의 성과와 달리 무엇으로 간주하느냐에 따라 연구자의 융합연구에 대한 접근방식이 변화할 수 있다.
융합연구는 성과의 불확실성을 갖는다. 기존 연구와는 다르게 게재할 저널이 충분치 않으며, 관련 산업이 미성숙해 특허 및 기술이전도 힘들고, 다른 분야의 활용이 융합이라는 점에서 독창성 확보도 힘들기 때문이다. 이 때문에 융합연구가 단기적인 성과를 창출하기는 힘들 수 있다. 따라서 기존 연구의 성과를 측정하는 것과는 다른 방식으로 접근해야 한다.