2차적 수준의 거시적 R&D 조정 체계에서 개별 부처 수준에서는 각 부처 산하의 전문관리기관들이 전문성의 취약으로 각 문제해결 영역별 컨트롤 타워로서 기능을 수행하지 못하고 있으며, 종합지원부처와 고유사업부처의 근본적 R&D 사업 중복 추진 문제 해결에도 한계를 나타내고 있다. 또한 국가적 수준의 R&D 조정 체계의 경우 현 정부에서는 국가 R&D 조정기구의 최고책임자가 국무총리이기 때문에 각 정부 부처들의 이해관계 조정에 한계가 있고 R&D 예산 조정 또한 예산당국과 R&D 조정기구에 의해 중복적으로 이루어지고 있는 실정이다. 이러한 조정 체계로 인해 R&D 사업을 추진하는 개별 정부부처와 연구자들은 중복적이고 불필요한 행정 비용을 부담하고 있다. <표 2-9>는 해외 과학기술 거버넌스 체계를 정리한 것이다.
2차단계 R&D 조절에선 각 기관의 전문능력 부족으로 중심을 잡지 못하고, 사업이 중복된다. 또, R&D 총괄 조정시 각 부처별 이해관계 조절, 예산심의 중복 등으로 인한 쓸데없는 에너지 낭비를 하고 있다.