세 번째 화두는 혁신 시스템의 진화에 대한 것이다. 1998년 한국의 국가 혁신 시스템 진단 이후, 지금까지의 혁신 시스템 변화를 설명할 설명체계가 없다. 따라서 한국 혁신 시스템의 새로운 방향 설정을 위해서는 한국 혁신 시스템의 구조적 변화와 진화 과정에 대한 총괄연구가 선행되어야 한다. 본 연구진은 정량적이고 정성적인 도구들을 종합적으로 활용하면서 한국 혁신 시스템의 진화를 측정하고 진단해야 할 필요를 제기하였다. 특히 성과 중심의 차원에서 혁신 시스템을 고찰하며, 그 내에서 기업의 판도와 공공부문의 변천, 글로벌 네트워크와의 관계를 조망해야 한다는 의견이 모아졌고, 그 의견의 일부를 본 연구의 제5장에 반영하였다. 이와 같은 혁신 시스템의 진화와 문제 진단은 2015년도 연구에서 세부 주제에 따라 심화될 것이다.
1998년 한국의 혁신 시스템 진단 이후 변화를 설명할 설명체계는 없으며, 새로운 방향을 설정하려면 이전 과정에 대한 선행연구가 필요하다. 이에 본 연구진은 성과 중심으로 한국 혁신 시스템을 고찰하고 분석하였다.