2005년부터는 거점은행 제도를 도입하여 중앙센터에서 모든 단위은행을 관리하지 않고 분야별 거점은행에서 단위은행의 품질관리를 담당하는 체제로 전환하였다. 거점센터(2009년부터 거점센터로 명칭 변경)는 분야별 단위은행의 품질관리를 위해 신규로 진입한 단위은행을 지원하고, 연구소 재지원 사업을 중단하는 단위은행의 자원을 위탁, 관리하는 역할을 담당한다. 2014년부터는 국가목적형 소재 은행 제도를 도입하여, 한국세포주은행과 같이 보유 자원의 가치가 높아 국가전략 소재로 관리해야 한다고 판단되는 소재은행에 대해 추가 지원(총 2억 원)을 하고 있다(연구소재 중앙센터 2015.3.27.).
2005년부터는 거점은행 제도하에 직접 단위은행의 품질관리를 담당하였고 2014년부터 보유자원 가치가 높은 은행은  국가목적형 소재 은행 제도하에 국가전략 소재로 관리한다.