제3단계는 새만금 종합개발사업(1단계)이 완료되어 개발지역에서 사회경제활동이 이루어지는 시기로, 개발 완료 후 영향을 체계적으로 진단하고, 2단계에서 개발한 영향 저감․완화 기술을 현장에 적용하는 실용화 단계로 규정할 수 있다. 다만 연구개발의 성과를 확대, 적용하는 운영 및 실용화 단계의 특성을 감안하여 필요한 경우 제3단계 연구개발사업은 연구개발과 제(R&D)가 아니라 일반 경상사업으로 운영하는 것을 검토할 수 있다. 따라서 연구개발을 통해 얻은 성과를 현장에 적용하고 효과적으로 활용하기 위해서는 정부 소속 또는 산하기구가 연구개발사업 2단계 후반부에 참여할 필요가 있다.
연구개발의 제3단계는 개발을 실용화하는 단계이다. 이는 일반 경상사업으로서의 전환도 가능하므로 성과의 적용 및 효과적 활용을 위해서는 2단계 후반부에 참여하여야 한다.