국내 자료원에 대한 또 다른 한계점은 현재 비교효과연구를 위해 구축된 자료원은 부재하며 기 구축된 자료원은 분절적이므로 비교효과연구를 위한 장기적인 효과성 및 안전성 평가에 한계가 있다. 따라서 비교효과연구를 위해서는 다양한 자료원의 활용, 확대가 필요하고 이 과정에서 자료원간의 연계는 반드시 필요하다. 개인정보보안과 임상정보활용의 유용성간의 현실적인 균형을 찾아가려는 노력이 국가적으로 필요하다고 보이며, 이를 위해 법적, 기술적 측면의 고려만큼이나 국민, 정책결정자, 연구자간에 자료연계의 필요성에 대한 공감대 형성이 필요할 것이다. 비교효과연구를 우리보다 먼저 논의하기 시작한 미국에서도 자료연계가 큰 이슈 중에 하나이다. 이를 위해 미국에서 Multiple Network가 제안되기도 하였는데, 이는 자료 소유자들이 Multiple Network에 자발적으로 참여할 수 있게 하여 자료원 연계를 가능하게 하고자 하였다. 이런 네트워크는 자료원의 연계뿐만 아니라 관련 인프라, 자료분석, 교육, 보안 등을 공유할 수 있어 관련 비용절감 등 시너지효과를 낼 수 있을 것으로 기대를 받고 있으며 이는 현재 한국에도 좋은 역할모델(Role model)이 될 수 있을 것이다.
국내 자료원 중에는 비교효과연구를 위해 구축된 것이 없고, 기존 자료원은 분절적이다. 따라서 다양한 자료원을 활용, 확대하고, 서로 연계해야 한다. 미국에서도 관련 논의가 활발하다. 네트워크를 만들어 자료 소유자들이 자발적으로 참여할 수 있게 하기도 했는데, 이런 네트워크는 자료원의 연계뿐 비용절감 등의 효과도 낸다.