학교는 연구학교 종료 시 이미 구축된 환경 활용의 불확실성으로 인한 불안함을 가지고 있었다. 디지털교과서 연구학교는 2년 단위로 지정되는데, 대부분 1년차에는 환경 구축을 시작하고 2년 차가 되어서야 비로소 디지털교과서로 수업을 할 수 있는 환경이 마련된다. 학교 차원에서는 거의 2년간 기반 조성에만 힘을 쓰다 연구학교를 마무리하는 셈이다. 최근에는 전체적으로 연구학교의 수를 줄여나가는 추세이고, 그러다보니 연구학교를 원하는 다른 학교에도 기회를 주어야 해서 재지정을 원해도 지정되지 못하는 경우가 많다. 기반 구축하고 연수하여 적극적으로 활용을 시작할 시점에 연구학교를 마무리하게 되는 것에 대해 학교장 및 교사들은 너무 많은 예산과 노력을 들이고 효율적으로 활용하지 못하는 점을 안타까워했다. 연구학교가 아니면 예산 등이 지원되지 않고 교사들도 의무 사용이 아니기 때문에 흐지부지 된다는 것이다.
디지털교과서 연구학교는 2년 단위로 지정되어 디지털 교과서로 수업할 수 있는 환경 마련에 많은 예산과 노력을 기울이지만 기반 구축후 활용을 시작할 시점에는 연구학교지정이 끝나게 되어 비효율적으로 된다는 것이다.