이와 같이 2009~2013년 동안 사학연금이 국가로부터 매년 약 5천억원의 보조를 받고 있지만 장기적 관점에서 연금재정의 지속가능성은 양호하지 못한 것으로 보인다. 국회예산정책처 장기전망73)에 따르면, 사학연금의 재정수지가 2019년에 재정적자로 전환되고 2029년에 기금이 고갈될 것으로 전망된다. 이는 사학연금 재정추계위원회의 ｢2010 사학연금 장기재정추계｣에서 추정한 재정수지 적자전환(2021년)과 기금고갈(2033년) 시점보다 약 3년이나 앞당겨진 결과다. 이런 차이가 발생한 원인은 여러 가지가 있으나 가입자 수의 변동이 주요 요인으로 추정된다. 2010년 전망에서는 2012년과 2013년 재직자 수를 27.5만명과 27.9만명으로 전망한데 반해, NABO전망에서는 2012년과 2013년의 실적치인 27.1만명, 27.7만명으로 반영하였기 때문이다. 참고로, 사학연금 가입자의 학교급별 비중은 2013년 기준으로 전문대학교 및 대학교의 비중이 58.6%, 초․중․고가 26.6%, 유치원이 13.2%, 특수학교 및 학교법인 소속이 1.6%로 나타났다. 1995년에 전문대학 및 대학교의 가입자 수 증가율이 높았던 것은 대학자율화에 따른 결과이며 2012년에 재직자수가 약 4천명 가량 감소한 것은 전문대학과 대학교 조교를 교원으로 보기 어렵다는 감사원의 지적에 따라 일부 조교들이 사학연금에서 탈퇴한데 기인한다.
사학연금이 국가로부터 매년 약 5천억원의 보조를 받고 있지만 장기적 관점에서 연금재정의 지속가능성은 양호하지 못한 것으로 보인다. 국회예산정책처 장기전망에 따르면, 사학연금의 재정수지가 2019년에 재정적자로 전환되고 2029년에 기금이 고갈될 것으로 전망된다.