클로로필-a 측정 시, 수질오염공정시험기준과 국가수질자동측정망의 측정방법에는 상당한 차이가 있다. 수질오염공정시험기준은 시료 중의 조류를 여과지를 이용해 걸러낸 후, 아세톤을 이용하여 클로로필-a를 추출, 추출액의 흡광도를 측정하여 클로로필-a의 양을 결정한다. 하지만 국가수질자동측정망 측정기기의 경우, 시료에 직접 일정 파장의 빛을 조사한 뒤 발생하는 형광파장을 측정, 측정결과를 통해 클로로필-a의 양을 산출한다. 아래 [그림 3-2]는 수질오염공정시험기준과 국가수질자동측정망 측정기기의 클로로필-a 측정방법을 비교한 그림이다. 그림에서 알 수 있듯이 수질오염공정시험기준에서는 추출된 클로로필-a의 양을 산출하지만, 측정망 자동측정기기의 경우 조류에 흡수된 후 방출되는형광파장의 빛을 측정한다는 점에서 차이점이 있다. 또한, 하천수 이송 시에 펌프를 이용한다는 차이점 또한 포함된다. 아래 [표 3-1]은 국가 수질자동측정망에서 이용 중인 클로로필-a 측정 장비의 특징을 정리한 표이다.
클로로필-a 측정 시 수질오염공정시험기준은 추출액의 흡광도를 측정하고 국가수질자동측정망 측정기기는 일정 파장의 빛을 조사하여 양을 결정한다.