2015년 4월 발족된 AMED는 과거 문부과학성, 후생노동성, 경제 산업성에 의해 개별적으로 배정되었던 연구비 예산 주체를 일원화한 것으로, 연구자들 및 연구기관들이 연구비 확보를 위해 소모되는 행정적 부담을 경감시킬 뿐만 아니라 기초연구부터 실용화에 이르는 영역에 대한 통합된 연구개발을 증진시켜 세계최상의 의료 복지 서비스를 달성하고 국민들이 장수하고 건강한 삶을 누리는 사회를 만드는 것을 목표로 한다. 이를 위해 AMED는 일본 내 의료 R&D를 전적으로 담당하고, 의료연구 환경을 확립하고 정비하며, R&D 결과로 도출된 연구성과들이 널리 활용되도록 장려하고, 관련 성과들을 실용화하도록 노력할 뿐만 아니라, 이를 위하여 이와 관련된 활동들에 지원금을 제공하는 업무를 수행한다(AMED,2016a).
AMED는 연구비 예산 주체를 일원화한 기구로 행정 부담 경감과 통합 연구개발 증진, 의료 복지를 통한 건강한 사회를 목표로 한다. 의료 R&D 담당, 연구성과 활용과 실용 장려, 지원금 제공 업무를 수행한다.