갯벌 양식 신호등 체계 도입을 위해서는 먼저 갯벌 생태조사 및 모니터링 시스템에서 구축된 정보를 바탕으로 갯벌의 환경 수용력을 평가한다. 환경수용력평가 및 생태조사 결과를 바탕으로 종합적으로 갯벌의 환경적 상태와 지속가능성 평가하여 상‧중‧하의 3단계로 분류하여 녹‧황‧적의 등급을 부여한다. 환경수용력을 넘지 않는 범위에서 적정량이 양식 또는 채취되고 있고, 갯벌 생태조사 결과 먹이생물이 풍부하고, 오염도가 높지 않아 향후 지속적인 어업이 가능한 갯벌에 대해서는 갯벌의 상태에 따라 녹색 등급을 부유한다. 현재 환경수용력 내에서 양식 및 채취활동이 이루어지고 있으나, 먹이생물이 감소, 오염도 증가로 향후 현재의 생산량을 유지할 경우 장기적으로 어장이 황폐화될 우려가 있는 경우에는 황색 등급을 부유한다. 환경수용력을 넘어서서 과도하게 양식되어 갯벌이 이미 황폐화가 진행 중인 경우에는 적색 등급을 부여한다. 평가 결과를 전국의 갯벌어장 지도와 연계하여 쉽게 현재 갯벌의 상태를 파악 할 수 있도록 정보를 공개한다.
갯벌 양식 신호등 체계는 갯벌의 환경 수용력의 평가가 기준이 된다. 환경수용력 범위 안의 적절한 양식과 채취, 먹이생물의 양, 오염도에 따른 어업의 지속성에 따라 녹색, 황색, 적색 등급을 매겨 전국 갯벌어장 지도와 연계하여 현재 갯벌의 상태를 쉽게 알수 있게 한다.