부정맥에서 냉동절제술을 시행하는 경우는 처음부터 시행할 수 있는 유형과 고주파절제술을 시도한 후 이를 지속적으로 시행하기 어려울 때 냉동절제술로 시행할 수 있다. 적응증에는 방실결정회귀성빈맥 중 고주파절제가 성공하지 못하는 경우, 정상적인 전도로(방실결절, 히스속 등)에 가까이 위치한 부회로나 그 근처에서 발생하는 심방성 · 심실성 빈맥인 경우, 고주파절제술 시행시 환자가 통증을 심하게 호소하여 시술을 시행하기 어려운 경우가 일반적이며, 최근의 cryoballoon catheter를 사용할 경우 심방세동 도자절제술에도 이용되므로 실제 고주파절제술의 적응증과 냉동절제술의 적응증은 유사하여 심실·심방 빈박성 부정맥 모두에 해당될 수 있다.
고주파절제술 시도 후 지속적 시행이 곤란할때 부정맥 냉동 절제술을 시행하며, 처음부터 냉동절제술을 시행할수도 있다. 고주파절제술과 냉동절제술의 적응증은 심실·심방 빈박성 부정맥에 해당된다. 