우선 현재 연구개발사업 결과물에 대한 소유권 귀속 및 활용기준과 같은 중요 쟁점에 대해 공동관리규정 과 각 부처의 규정이 달라 사업 참여자의 혼란을 유발하며 기술 이전 및 사업화를 저해하고 있는바, 법 제도 개선이 요구된다. 예컨대, 소유권 귀속 원칙과 관련해 공동관리규정 , 산업통상자원부의 규정과 국토교통부, 미래창조과학부의 규정은 서로 상이하다. 공동 사업에 참여함에도 불구하고 부처별로 다른 기준을 적용받는다는 것은 형평성 관점에서도 문제될 여지가 있는 만큼 통일된 규정의 제정 및 운용의 필요성은 더욱 강조될 것으로 예상된다. 그러나 현재 다부처공동기획사업 운영지침 제31조 제3항은 “참여부처는 공동기획사업에 의한 성과를 관리할 수 있도록 소유권 기준을 마련하여야 한다.”라고만 규정하고 있어 부처 간 상이한 규율을 조율할 수 있는 구체적인 기준은 부재한 상황이다. 또한, 입법 형식상으로도 기본권인 재산권에 해당하는 소유권 귀속 기준이 대통령령과 행정규칙으로 정해진다는 것은 적절하지 않다고 볼 수 있다. 결국, 부처별 소유권 귀속 기준의 차이가 범부처간 통합성과 연계성이 요구되는 다부처 공동 연구개발사업 추진 과정에서 불필요한 분쟁을 유발하지 않기 위해서는 법 형식상 법률의 형태로 범부처에 적용될 수 있는 소유권 귀속 기준을 입법하는 것이 바람직하다.
연구개발사업의 소유권 귀속과 활용기준에 대한 통일된 규정이 필요하다. 현재의 기준은 적절하지 않은 수준이며, 법률의 형태로 두루 적용될 수 있는 소유권 귀속 기준을 입법해야 한다.