그러나 이 과정에서 의료기술평가 및 의사결정과 관련한 각 기관의 역할, 의료기술의 범위, 평가의 내용 등은 사업별로 각각 의사결정에 따라 기관별 역할 분담과 함께 이루어져야 할 연계가 미흡한 점, 관련 연구의 중복 혹은 공백이 발생하고 있음이 지적되기도 했다(김윤, 2012). 또한 의약품 외 다른 의료기술을 대상으로 하는 평가는 신의료기술의 판단 외에는 활성화, 구조화되어 있지 못하며 실제 임상효과 등 근거 산출과 관련한 연구비 등 지원도 부족하다. 한국보건의료연구원에서 수행하는 신의료기술평가사업은 ‘신의료기술’의 범위에 식약처 허가 과정이 적용되는 제품 및 기술이 포함되어 있음으로 인해 불필요한 규제라는 논리와 국민 안전을 위해 반드시 필요한 절차라는 논리 간에 갈등이 있다. 원스톱서비스와 같이 허가, 신의료기술평가 및 급여 결정 간의 연계를 강화하여 효율성을 도모하는 개선방안이 마련되어 운영되고 있으나 논란의 여지는 여전히 존재한다. 한국보건의료연구원의 업무로 규정에 언급되어 있는 경제성 분석은 건강보험 급여평가 시 적용하는 경제성평가와는 연관성이 없다. 신의료기술평가사업 외 정책 의사결정이나 임상 의사결정에 있어서의 영향력이나 인지도는 불분명하다. 또한 맞춤의료 등 서로 다른 의료기술이 연계되어 판단되어야 하는 분야에 있어서도 기관별 개별 평가만을 토대로 각각 분절적인 의사결정이 이루어지고 있다. 급여 의사결정 등 기관의 역할과 관련하여 건강보험심사평가원과 국민건강보험공단 간의 갈등도 상당 기간 동안 있었다.
사업별로 의사결정에 따라 기관별 연계가 미흡하고, 관련 연구의 헛점이 발생한다. 신의료기술은 활성화, 구조화가 결핍되어 식약청과도 마찰를 빚고 원스톱서비스의 논란도 계속된다. 또한 서로 다른 의료기술이 연계되지 못해 각각 분절적인 의사결정으로 건강보험심사평가원과 국민건강보험공단 간의 갈등도 심하다.