현재 연구인력에 대한 평가 시스템의 가장 큰 문제점은 공정성과 객관성에 치중하여 전문성과 특수성을 반영하지 못하는 것이라고 2장에서 지적했다. 공정하고 객관적인 평가 시스템을 운영한다는 대의명분에도 불구하고, 생산성 기준으로만 연구인력을 평가하여 정량적인 지표를 지나치게 중시함으로써 연구자들은 논문, 특허, 기술료 등 항목별 성과를 채우느라 정작 연구에 몰두할 수 없는 상황이 발생하고 있다. 물론 정량적인 지표가 없을 경우 나태해지거나 최선을 다하지 않을 가능성이 있는 연구자도 있을 것이다. 그러나 평가 시스템이 일부 불성실한 연구자를 관리하느라 정말 선량한 연구자의 의지를 꺾어서는 안된다. “빈대 잡으려다 초가삼간 태운다”는 속담의 우를 범하지 말아야 할 것이다.
현재 연구인력에 대한 평가시스템의 문제는 전문성을 반영하지 못한다는 것이다. 공정성을 강조한 정량 평가로 인해  항목별 성과를 채우느라 제대로 된 연구가 어려운 상황이 생기고 있다.