또한 동시에 문제가 되는 것은 일본 환경영향평가제도의 구조가 행정 지도인 것과 내각회의 Assessment 제도에 선행된 성(省) 회의 Assessment 제도나 경과 조치로써 선행된 환경영향평가 절차를 존속시킨 결과 제1장 1절에 기록했듯이 국가의 환경영향평가제도에 너무 많은 것이 섞여있는 결과가 되었다. 이것은 국민의 눈으로 봐도 복잡하고 투명성은 결여 되어 있으며, 사업자에게 과도한 부담을 주는 것이었다는 점은 부정할 수 없다. 환경영향평가가 입법화될 때 이러한 문제점이 논해졌다. 물론 환경영향평가 대상이 되어야 하는 사업의 종류마다 특성이나 환경에 주는 영향이 다르다. 또한 지역의 환경 특성도 다르다는 것을 생각하면 상세한 절차를 모두 통일시키는 것은 오히려 해롭다는 것은 말할 필요도 없다. 사업별로 자세하게 정해진 것은 필요하다고 인정해도 기본적인 규칙의 법률에 따른 통일이 필요하기 마련이다. 환경영향평가법은 이렇게 유연하고 탄력적인 환경영향평가제도의 확립에 이바지함과 동시에 기본적인 규칙 통일성에 의해 시스템의 투명성을 높이는 것을 지향하게 되었다.
일본 환경영향평가제도의 문제는 구조가 행적지도인것, 제도가 복잡하고 투명하지않은것, 사업자에게 부담을 지게 하는것이 있다. 환경영향평가는 대상에 따라 지역,환경적 특성이 달라 절차를 전부 통일시키는것은 좋지 않지만 기본적인 규칙통일은 필요하다.