한·중·일 FTA의 구체적인 주요 쟁점은 상품양허, 서비스무역 자유화, 투자 자유화 등으로 나누어 볼 수 있다. 상품분야 가운데 특히 농산품은 한국과 일본의 민감품목으로 분류된다. 농산품 분야는 정부의 의지와는 상관없이 농업을 보호하려는 측의 거센 반발이 변수로 작용하기 때문이다. 즉, 경제와 정치의 복합적인 영향으로 이 분야의 관세철폐와 규제완화는 협상의 가장 큰 난제가 될 것이다. 본격적으로 상품양허 협상이 진행되면 중국은 경쟁력을 갖춘 농수산품 분야에서 관세를 가능한 한 낮은 수준으로 체결하려는 전략을 내세울 것이다. 반면 민감산업인 일반기계, 조선 및 자동차 등 공산품의 관세 수준을 최대한 높게 유지한 후 관세 인하시기를 조정하는 방식으로 방어할 가능성이 크다.
영향을 주는 사업 수행시, 특히 이주, 선주민 토지에 위험물질 저장이나 처리를 할 때 사전동의를 구하도록 하고 있다.