테러와 관련된 안건들을 다루는데 있어서 미국정부가 가지고 있었던 근본적인 문제점은 두 가지이다. 첫 번째는 변화해가는 테러활동에 대한 미국정부의 이해의 부족이다. 미국정부는 테러와 관련된 일을 하는 각 기관의 임무, 국내외 업무분담, 수집된 정보를 공유하고 통합하는 방법 그리고 이 정보를 사용하여 각 기관별로 업무를 효율적으로 분담하지 못했다. 이러한 문제의 근원은 테러위협이 의회에 주요 안건으로 상정되거나 혹은 주요 선거공약으로 제시되지 않은 것에서 볼 수 있듯이 그 당시 미국 지도자들은 테러위협에 대해 제대로 평가하지 못했다. 2001년 9월 4일 백악관 테러대응정책중재실에 근무했던 Richard Clarke는 그 때까지도 정부가 알카에다가 중요한 사안인가에 대해 결정하지 못했다고 말한다. 더 나아가 미국정부는 테러리스트들에 의해 9・11 테러와 같은 공격이 미국 본토에서는 불가능하다고 여겨왔다.
미국 정부는 변화하는 테러활동에 대한 이해가 부족하고, 테러와 관련된 일을 하는 기관들의 업무를 효율적으로 분담하지 못했다. 미국 지도자들은 911테러 같은 공격이 미국 본토에서는 불가능하다고 여기는 등, 테러위협을 제대로 평가하지 못했다.