취학아동에 대한 예방접종 확인사업은 2000∼2001년 국내 홍역 대유행 이후 홍역 예방접종률을 95% 이상으로 유지하기 위해 2001년 초등학교 입학생의 홍역 2차 예방접종증명서를 제출하도록 하는 ‘취학아동 2차 홍역 예방접종 확인사업’으로 시작하였으며, 2009년 국가예방접종사업 및 예방접종력 관리를 위한 예방접종통합관리시스템(이하, 통합관리시스템) 구축과 2012년 교육부의 교육정보시스템(National Education Information System, NEIS, 이하 나이스)간 연계로 시스템 상에서 접종력을 확인할 수 있도록 하여 보호자가 예방접종증명서를 의료기관에서 별도로 발급받아 학교에 제출하던 불편함을 개선하였다. 시스템 연계에 따라 2012년부터는 초등학교 입학생에 대한 확인사업 대상 접종을 만 4~6세에 접종하는 4종 백신(DTaP 5차, IPV 4차, MMR 2차, 일본뇌염 불활성화 백신 4차 또는 약독화 생백신 2차)으로 확대하였으며, 2018년에는 중학교 입학생에 대해 Tdap(또는 Td) 6차, 여학생은 HPV 1차 접종까지로 확인사업을 확대하였다.
취학아동에 대한 예방접종은 ‘취학아동 2차 홍역 예방접종 확인사업’으로 시작했고, 이후 예방접종통합관리시스템과 교육정보시스템(NEIS)의 연계로 보호자가 접종 내역을 확인할 수 있게 되었다. 시스템 연계로 초중등 입학생은 확인할 수 있는 접종내역이 늘어난 것이다.