다섯째, NSF는 유연한 연구비 집행 방식을 통해 연구자의 자율성을 보장한다. NSF의 표준 연구 장려금의 경우 1~5년, 보통은 3년의 연구 기간 동안 해당 과제를 지원한다. NSF는 과제 선정시 연구비 전액을 일시에 지불함으로써 연구자가 연구비 운용을 유연하게 할 수 있도록 하고 이를 통해 연구 기간을 단축시키는 효과를 얻는다. NSF는 대부분의 연구비 집행에 있어 비용 상환 연구 장려금(Cost Reimbursement Grant) 방식을 채택하고 있다. 이 방식은 정해진 총액 범위 내에서 집행한 비용을 NSF가 추후 상환하는 방식인데, 대학 등의 주관 연구 기관이 연구자의 요구에 따라 연구비를 선집행한 후, 주관 연구 기관이 NSF에 연구비 지급을 신청하면 NSF가 해당 금액을 집행하는 방식으로 되어 있다. 이런 제도는 NSF가 연구 관리 업무의 상당 부분을 주관 연구 기관에 위임했기에 가능한 방식이다. NSF의 AOR(Authorized Organizational Representative)에 선정된 기관들은 NSF를 대신하여 연구 과제 신청을 인증하는 권한을 갖고 있다. 이 방식을 통해 현장 연구자들은 민원 사항을 NSF와 직접적으로 해결해야 하는 행정적인 부담을 덜 수 있고, NSF 또한 개별 연구자들의 민원을 처리해야 하는 부담을 덜 수 있다.
NSF는 유연한 연구비 집행으로 연구자의 자율성을 보장하는데, 연구비 전액을 초기에 지불함으로써 연구자가 연구비를 유연하게 쓸 수 있게 하고 기간도 단축시키는 효과를 준다. 이러한 방식으로 연구자들과 NSF의 행정부담도 줄일 수 있다. 