상당수의 학자들은 WTO 분쟁해결절차에서 WTO 협정의 우위를 인정해야 한다는 견해를 보인다. 그 근거로 분쟁해결 절차의 조사결과, 권고와 판정이 “대상협정에 규정된 권리와 의무를 증가시키거나 축소시킬 수 없다”고 규정한 DSU 제3.2조 및 제19.2조를 들 수 있다. 이러한 DSU의 규정에 따르면 패널과 상소기관은 WTO 협정의 권리, 의무에 영향을 주지 않는 범위 내에서만 비 WTO 조약을 적용하여 분쟁을 해결하여야 한다. 이는 결국 WTO 분쟁해결절차에서 WTO 협정은 동 협정과 충돌하는 다른 국제조약에 우선하여 적용될 수밖에 없는 것을 의미한다. 패널과 상소기관이 WTO 협정의 권리, 의무와 충돌되는 비 WTO 협정 규정을 분쟁해결에서 적용하게 된다면, DSU 제3.2조 및 제19.2조를 위반할 소지가 있기 때문이다. 마찬가지로 2011년 WTO 무역환경위원회(Committee on Trade and Environment: CTE) 의장이 작성한 “무역과 환경에 관한 각료 결정 초안”도 WTO 분쟁해결절차에 환경협정의 규정과 관련된 분쟁이 회부되는 경우, WTO 협정 규정을 적용법규로 보고 있다.
다수 학자들은 WTO 협정 제2부속서(DSU) 내 두 조항에 따라 분쟁해결절차 중 다른 국제 조약과 충돌할 경우 WTO 협정의 우위를 인정해야 한다는 입장이다.