현재 우리나라의 대체수자원은 경제성 확보의 어려움과 적용 가능지역의 제한, 식수로 사용이 어려운 물재이용 등 일부 한계점을 가지고 있다. 그렇기 때문에 대체수자원 개발과 활용 시에 정부는 가시적인 성과달성을 위한 지원이 아닌 지역적인 여건을 고려하여 안정적인 용수공급을 통해 주민들의 더 나은 삶을 목표로 구체적인 계획을 수립 및 시행해야 할 것이다. 이를 위해 앞에서 살펴본 중앙정부가 재정지원 명목하에 지자체 의사결정에 대한 과도한 영향력은 지양되어야 하며, 지역적·재정적 여건을 고려한 대체수자원 개발을 위한 정책적인 방안에 대해 논의되어야 할 것이다.
대체수자원은 성과 위주가 아닌 실질적인 지역 발전의 목적 하에 이루어져야 한다. 그러려면 중앙정부의 압력 없이 지자체가 독립적으로 정책을 마련할 수 있어야 한다.