그렇다면 혁신활동을 위한 또 다른 축인 공공연구기관은 어떠한 방향으로 나아가야 하는 것인지 깊은 고민이 필요한 시점이다. 우리나라의 정부출연연구소 체제는 전 세계적으로 독특한 시스템이다. 정부출연연구소로 대표되는 공공연구기관이 지금까지 우리나라의 과학기술 및 산업발전에 기여해 온 것은 누구도 부인할 수 없는 사실이다. 하지만 최근 들어 정부출연연구소를 포함한 공공연구기관에 대한 자성의 목소리가 커지고 있는 상황이다. 특히 공공연구기관의 모호한 기능과 역할, 변화를 두려워하는 조직 문화, 도전하지 않는 연구문화 등은 지난 수년간 끊임없이 지적되어 온 문제점들이다. 많은 전문가들은 기존의 패러다임에서 벗어나 공공연구기관이 국가발전의 성장동력이 될 수 있는 새로운 시스템이 구축되어야 한다고 입을 모으고 있다.
우리나라에서는 과학기술 및 산업발전에 큰 기여를 했던 정부출연연구소를 포함한 여러 공공연구기관에 대한 문화의 문제점들이 비판받으면서 여러 전문가들이 그 방향성에 대한 변화가 촉구를 요구하고 있다.