다른 요인에 비해 연구의 자율성에 영향이 적긴 하지만 연구 중심 대학의 교수들은 연구 주제나 방법론에 대한 소속 대학의 간섭, 상위 책임자나 상급자의 과도하거나 비합리적인 지시도 연구의 자율성을 훼손하는 것으로 나타났다. 연구 수행 규모가 큰 1그룹에서 성과 압박의 부작용을 더 크게 여기는 것은 충분히 납득할 결과이나 대학 또는 상급자 지시의 부작용도 더 크게 인식하고 있는 것은, 1그룹이 모든 항목에 걸쳐 가장 많은 연구의 자유를 느끼고 있는 것과는 흥미 있는 결과이다. 이는 연구 중심 대학의 교수들이 기관이나 외부로부터의 간섭은 가장 적게 받고 있지만 일부 있을 수 있는 간섭에 대해 그 부당함을 훨씬 더 크게 받아들임을 의미한다.
연구 중심 대학 교수들은 연구 주제나 방법론 등에 대한 간섭을 연구의 자율성 손상으로 간주한다. 이는 외부 개입을 가장 적게 받지만 있을 수 있는 간섭에 대해 부당함을 더 크게 느끼는 것이다.