한국에서도 생체인식 전자여권 도입이 사회적 이슈가 되었다. 2007년 2월 외교통상부는 전자여권 도입을 위한 공청회를 개최하고 이어 여권법 개정안을 발의하였다. 인권단체들은 개인정보 유출 가능성과 프라이버시 침해 문제를 제기하며 이에 반대하였지만, 정부는 미국과 비자면제협정을 이유로 전자여권 도입을 강행하였다. 2008년 2월 국회는 논란 끝에 지문수록을 2년 유예하는 내용으로 여권법을 개정하였다. 그러나 2009년, 국회는 전자여권에서 민감한 생체인식 정보인 지문을 삭제하기로 하고 다만 여권발급 과정에서 본인 여부를 확인하기 위한 목적으로 지문정보를 수집했다가 3개월 후 삭제하는 내용으로 여권법을 개정하였다.
정부는 미국과의 비자면제협정을 사유로 전자여권의 도입을 시도했다. 2009년 국회는 여권발급시 본인 확인을 위해 지문정보를 수집했다가 3개월 후 삭제하는 내용으로 여권법을 개정했다.