기술지주회사 설립 유형은 크게 2가지로 구분할 수 있다. 한 가지는 단독설립형태의 기술지주회사이다. 이와 같은 단독설립형의 기술지주회사는 기술발굴에서부터 자회사 설립· 기술창업에 이르기까지 개별 대학 기술이전 전담조직과 원활한협력 및 이해관계자의 참여 최소화를 통해 의사결정의 신속성을 담보할 수 있다는 장점을 지닌다. 그러나 단일 대학을 중심으로 기술지주회사가 설립된다는 점에서 투자재원의 확보에 어려움을 겪게 되며, 설립된 자회사의 위험이 실제 대학재정에 부정적 영향을 미치게 될 가능성이 존재한다. 뿐만 아니라 다른 대학의 사례에서 볼 수 있듯이 산학협력단장이 기술지주회사의 대표이사를 겸임하는 경우가 많아 책임경영을 실현하는데 한계를 보여주고 있다.
기술지주회사 설립 유형 중 단독형태는 기술발굴부터 창업까지 모든 과정의 의사결정이 빠르다. 다만 대학 중심으로 조직되어 책임경영과 투자금 확보가 어렵고 자회사 위험 시 대학까지 영향을 끼치게 된다.