뇌전증은 원인에 따라 원인을 모르는 특발뇌전증(idiopathic epilepsy), 위험인자나 원인이 확인되는 중상뇌전증(symptomatic epilepsy), 위험인자나 원인이 있을 것으로 추정되는 잠재뇌전증(cryptogenic epilepsy)으로 나눈다. 뇌변병을 일으킬 수 있는 다양한 질환이 뇌전증발생의 위험인자 혹은 원인이다. 선천, 발달 및 유전질환은 대부분 소아기, 사춘기 및 초기성인기에서 주요 원인이다. 머리외상, 중추신경계감염 및 뇌종양은 모든 연령에서 뇌전증의 원인이며 40세 이상에서 더 흔하다. 뇌혈관질환은 60세 이상에서 가장 흔한 원인이다(표 1). 일부 지역에서는 낭미충증(cysticercosis), 말라리아 혹은 폐흡충증과 같은 감염이 주요 원인이 될 수 있다.
뇌전증은 원인이 예측되는 정도에 따라 특발뇌전증, 중상뇌전증, 잠재뇌전증으로 분류되며 주로 뇌변병을 유발하는 질환이 원인으로 꼽힌다. 연령에 따라 유전이나 뇌종양, 뇌혈관질환, 감염 등도 원인 요소이다.