바지락은 전략품종화 하는 데 위협(Threat)이 되는 요인으로 기후변화, 해적생물 증가, 어장 노후화 및 서식처 변화, 고령화 등을 들 수 있다. 기후변화에 따른 기온 증가는 한류성 품종으로 고수온에 약한 바지락에 위협요인으로 작용한다. 어장에 해적생물인 쏙의 대량 번식으로 어장 훼손 우려와, 양식장 노후화에 따른 어장 생산성 악화, 연안 개발에 따른 바지락 서식처 변화 등도 향후 바지락의 안정적인 생산에 위협이 된다. 최근 자연산 종패 발생장소가 감소하면서 향후 양식용 종패의 안정적 공급이 어려울 수 있다. 채취방법이 인력을 활용하여 수작업으로 이루어지므로 채취방법에 대한 개선 노력이 없다면 향후 고령화로 인한 일손 부족으로 인해서 안정적인 공급이 어려울 수 있다.
바지락은 수온이 높거나 해적생물인 쏙의 증가, 어장 노후화, 서식처 변화등으로 인해 전략품종화에 어려움을 겪고 있으며 종패 발생장소 감소, 노동자의 고령화로 안정적 공급에도 한계가 있다.