심사관은 심사청구 된 특허출원의 실체 내용에 대한 등록요건 등의 거절이유에 대한 심사를 수행하고, 그 결과 특허출원이 거절이유에 해당하여 거절결정을 하고자 할 때에는 거절결정에 앞서 출원인에게 의견서를 제출할 수 있는 기회를 주기 위해 거절이유에 대한 의견제출통지를 한다. 출원인은 심사관의 거절이유통지에 대응하여 의견서를 제출할 수 있고, 또한 거절이유의 극복을 위해 명세서 또는 도면을 보정할 수 있다. 출원인이 의견서를 제출한 경우 제출된 의견서를 반영하여 거절이유가 유지될 수 있는지 여부를 다시 심사하며, 만약 보정서도 같이 제출된 경우에는 보정 사항을 반영하여 심사한다
심사관은 특허출원 심사 후 출원 거절 시에는 출원인에게 의견제출통지를 한다. 출원인은 의견서 제출과 명세서, 도면 보정을 할 수 있으며 심사관은 이를 반영하여 재심사한다.