유기식품의 인증대상은 “유기수산물을 생산하는 자” 또는 “유기가공식품을 제조․가공하는 자”이며 유기수산물의 경우 양식수산물만을 대상으로 하고 있다. 무항생제수산물 등의 인증대상은 무항생제수산물 제품 자체 또는 활성 처리제 비사용 수산물의 생산자․취급자이다. 이중 무항생제수산물 인증의 경우 양식 수산물 중 해조류를 제외한 수산물을 생산․취급하는 경우에 받을 수있으며, 활성처리제 비사용 수산물 인증은 양식수산물 중 해조류를 생산하는 경우에만 해당된다. 유기식품 등의 인증의 유효기간은 받은 날부터 1년이며, 인증품에 직접표시하거나, 인증품의 포장, 용기 등에 표시할 수 있다. 다만, 소비자에게 혼돈을 초래할 수 있는 “천연”, “무공해”, 또는 “저공해” 등으로 표시할 수는 없다.
유기수산물의 유기식품 인증대상은 양식수산물만을 대상으로 하고 있다. 인증 유효기간은 1년, 인증품에 직접표시하거나,  포장, 용기 등에 표시할 수 있는데 천연, 무공해, 또는 저공해로 표시할 수는 없다. 