물론 부정적인 측면이 없는 것은 아니다. 단기적으로 보면 대체고용이 이루어지지 않을 경우 그만큼의 고용감소가 불가피하며, 대체고용이 이루어지더라도 대체근무자의 생산성이 기존근무자에게 미치지 못할 경우 그 차이만큼의 생산 차질이 불가피할 것이다. 그러나 대체고용이 활발히 이루어지고, 대체고용자에 대한 사전훈련을 통해 기존근무자와의 생산성 격차를 최소화할 수 있다면 유급휴가에 따른 비용이 크게 축소될 것이다. 유급휴가에 따른 부정적 측면으로 유급휴가수당으로 지급되는 공공지출의 증가 문제도 지적될 수 있다. 하지만 고용된 실업자에게 지급되던 실업급여가 유급휴가자에게 휴가급여로 지급되는 것이므로, 대체고용이 활발히 이루어진다면 공공지출의증가는 심각한 문제가 아닐 것이다. 장기적으로 보면, 실업자의 감소로 인한 노동공급의 감소가 임금 상승 압박이나 특정 부문에서에의 초과 인력수요와 같은 병목 현상으로 연결될 가능성에 대한 지적이 가능하다. 그러나 만약 실업 문제가 심각한 상황이라면 이와 같은 장기적인 측면에서의 부정적 효과 역시 생각만큼 크지 않을 것이다.
대체고용은 기존 근무자만큼의 생산성을 대체하지 못할 수 있다. 하지만 이는 사전 훈련을 통해 극복될 수 있다. 또한 유급휴가수당으로 인한 공공예산의 낭비를 문제로 삼을 수 있으나 이는 기존 실업자가 받던 실업급여가 휴가급여로 지출되는 것이기에 낭비가 아니다.