그러나 학습자가 자발적으로 말하는 시기가 학생마다 다를 수 있으므로 교실수업을 효과적으로 운영하는 데에는 어려움이 따른다. 가령, 시간이 지나도 말이 좀처럼 떠오르지 않은 학생들을 어떻게 처리할 것인가에 대한 구체적인 방안이 없다. 또한 자연적 접근법에서는 귀납적․경험적으로 습득되는 방식의 언어 교육을 강조하고 연역적인 방법에 의한 학습의 효과는 부정하고 있으나 EFL 학습 상황에서 자연스럽게 언어를 습득할 수 있는 귀납적 수업환경을 구체적으로 마련한다는 것은 무척 어렵다. 이런 연유로 교육현장에서는 자연적 접근법의 원칙이 적극 수용되지 못하고 있다. 그래서 이 교수법의 적용 효과를 정확히 진단할 수 있는 연구자료는 많지 않은 실정이다.
다양한 이유로 교육현장에서는 자연적 접근법의 원칙이 적극 수용되지 못하고 있기에 이 교수법의 적용 효과를 정확히 진단할 수 있는 연구자료는 많지 않다.