아울러 수분 함량이 높은 농식품부산물은 발효균주를 접종해 보관하면 유익한 발효균이 우점하여 산도를 떨어뜨림으로써, 저장기간이 늘어나고 부패미생물이 자라는 것도 막을 수 있다. 동결건조 또는 분말로 된 발효균주는 액상배지에서 1차 배양해 균주 활력을 높인 후 접종한다. 농가에 비치된 사료배합기나 발효기에 농식품부산물을 넣은 뒤 발효균주를 접종해 골고루 섞어준다. 이렇게 섞은 농식품부산물은 고무통이나 비닐이 있는 자루에 담아 공기가 통하지 않도록 보관한다. 유산균, 고초균, 효모 등 발효균주는 가까운 시군 농업기술센터나 민간업체에서 분양, 구입할 수 있다.
시군 농업기술센터에서 구한 발효균주로 농심품부산물에 접종하여 보관하면 저장기간이 늘어나고 부패도 막을 수 있다.