여기에 지역의보에 대한 국고지원은 1988년 농촌지역의료보험이 시작되면서 임금노동자의 사용자 부담분에 해당하는 보험료를 국가가 지원해야 한다는 주장에 따라 지역의보 전체 재정의 50%를 지원하는 것으로 시작하였으나, 점차 그 비율이 낮아져서 99년에는 지역의보 총 지출의26.4%까지 감소했다. 이러한 현상으로 지역의보는 시간이 지날수록 재정적 어려움이 더욱 커졌다. 이는 앞서 살펴보았듯이 당시 의료보험법 제48조 (국고부담) 및 동 시행령 제80조에서 ‘국고는 의료보험사업의 사무비용,보험급여비 그리고 자금의 재원조성을 위하여 비용을 부담할 수 있다’고명시하여 의무사항이 아니라 하나의 권고사항이었기 때문이다. 국고지원50%는 정치적인 상황에 따라 변화 가능한 것으로 남겨두었기에 가능했다.이 때문에 건강보험에 대한 국가의 역할은 더욱 협소화되었다. 이런 문제를 해결하기 위해 1990년 들어 시민사회단체들은 단일 보험자를 통해재정불균형을 해소하려는 운동에 돌입하게 되었다. 이 운동은 직장조합보다 빈자조합인 지역조합의 지지를 받았다.
1988년부터 지역의보 재정의 50%를 국가가 지원하기 시작했으나 시간이 갈수록 그 비중이 감소하였다. 이는 국고지원이 권고사항에 그쳤기 때문이었다. 이에 시민단체는 단일 보험자를 이용해 재정 불균형 해소 운동을 펼쳤고 이 운동은 지역조합의 지지를 받았다.