국가 연구개발사업은 해양과학기술 서비스 분야의 중소기업들이 기술을 개발하고 역량을 강화하는 좋은 기회를 제공한다. R&D는 가장 일반적인 기업의 혁신활동이다. 대부분의 기업들이 해양수산부를 비롯하여, 산업자원부, 중소기업청 등이 발주하는 국가 R&D 사업을 수행한 경험이 있으며, 앞으로도 적극적인 참여가 예상된다. 그러나 정부가 중소기업의 R&D 참여를 적극 권장하고 있음에도 불구하고 해양과학기술 서비스산업 분야 기업들에게 있어 충분한 기회가 주어지는 것은 아니다. 여전히 국가 R&D는 정부출연연구소, 대학 등의 공공연구기관 중심으로 운영되는 측면이 강하고, 기업 대상 R&D 사업의 대부분이 제조업 등 기존 산업 분야들에 적합하게 기획되어 운영된다. 해양수산부 이외 정부부처나 지자체가 발주하는 사업의 경우 담당 공무원이나 평가위원이 해양과학기술이나 해양산업에 문외한인 경우도 많다. 따라서 해양수산부를 중심으로 해양과학기술 서비스 기업들을 위한 국가 R&D 참여의 문을 확대할 필요가 있다.
정부는 중소기업 R&D 참여를 권장하고 있지만 여전히 공공연구기관을 중심으로 운영되고 있다. 해양수산부가 중심이 되어 해양과학기술 서비스 기업의 국가 R&D 참여 기회를 확대해야한다.