그러나 1990년대 중반 이후 재일상공인들의 직접투자는 감소하였다. 재일상공인들의 대북투자 감소는 전체적으로 북일무역의 감소로 이어졌다. 열악한 전력사정과 도로, 통신 등 인프라가 제대로 갖춰지지 않은 것도 문제였지만, 무엇보다도 경제사업을 자본주의 경제시스템으로 운영하지 않고 계획경제의 통제방식으로 운영하는 북한체제의 특성에 더 큰 문제가 있었다. 이러한 방식으로는 재일상공인뿐만 아니라, 외국인의 직접투자를 유치하는 것은 불가능하다. 투자기업은 이윤을 창출하려고 하는데 북한은 자신들의 방식으로 사업을 운영하려 했기 때문이다. 결국 북한의 상업거래 방식은 재일상공인들이 북한과의 거래를 회피하게 만든 주요 요인으로 작용하였다.
1990년대 중반 이후 재일상공인의 대북투자와 북일무역은 감소했다. 계획경제 통제 하에 운영되는 북한의 상업거래 방식이 북한과의 교역을 꺼리게 만든 주요 원인으로 꼽혔다. 