공공인프라형 고유임무는 국가교통물류기술 사업의 주요 R&D 사업 수행을 담당하는 연구단 혹은 사업단이 구성되면 각 연구단 및 사업단별로 기술과제에 연관된 고유임무를 자체적으로 기획하고 수행하도록 하는 절차를 마련하도록 한다. 따라서 고유임무에 대한 별도의 예산지원은 필요하지 않을 것이다. 반면에 기술산업화형 고유임무 수행을 위한 예산지원은 필요하다. 그 이유는 개발된 기술 중 특히 단기적 산업화로 연결될 수 있는 기술을 선정하여 집중적인 기술사업으로 연결하여 초기 시장 형성을 지원해 주는 것이 필요하기 때문이다. 이 예산은 국가교통물류기술 R&D를 담당하는 국토교통과학기술진흥원의 기술사업화 예산을 전담기관에 일괄 배정하도록 하여 기술사업화 과제의 기획, 선정 및 수행하도록 기존의 절차를 개선할 필요가 있다.
공공인프라형 고유임무와 달리 기술산업화형 고유임무는 금전적 지원을 필요로 하므로 예산 지원 업무를 국토교통과학기술진흥원의 전담기관에 일괄 배정해 기술산업화 과제 수행 절차를 개선할 필요가 있다.