두 번째는 연구주제 도출을 위한 기준을 사용하는데 있어 각 기관마다 설립목적 등을 고려한 자체적인 기준들을 마련하고 있다는 점이다. 앞서 살펴본 바와 같이 다양한 기준들을사용하고 있는데, 구체적으로 질병부담(유병률, 중증도, 진료비용), 의료사용의 편차, 윤리적, 법적 또는 사회적 응급, 정책 결정과정에서의 필요, 연구결과의 잠재적 영향력(비용에있어서 변화를 줄 수 있는 기회, 의료의 결과를 향상 시키거나 임상진료의 변이를 줄이거나 불필요한 부담․비용 등을 감소시킬 수 있는가 등), 공적인 혹은 언론매체의 고려, 정치적 영향, 연중복성, 연구 수행 가능성 등이었다. 연구주제 도출을 위한 기준을 질병부담이나 비용, 불확실 정도로 표현되는 conditional level 기준과 주제 자체와 관련된 기준(Research question-related level), 연구의 특성과 관련된 기준(Characteristic of the research level) 등으로 나누어 살펴보면 표 8과 같다. 대부분 질병부담이나비용 등의 condition-level criteria는 모두 고려하고 있었으며, 연구 결과의 영향력 측면을 살펴볼 수 있는 연구 특성 관련된 기준들을 고려하고 있었으나 주제 자체에 대한 기준에 대한 고려는 기관마다 상이한 차이를 보였다. 이러한 우선순위 기준은 기관의 설립목적 등에 따라 기관에서 결정하되 결정과정과 최종 선정단계의 투명성 원칙을 지키는 것이 보다 더 중요하다고 볼 수 있다.
둘째, 연구주제 도출 기준을 기관별 특성에 맞게 마련하고 있다. 다양한 기준들을 사용하고 있는데, 이를 conditional level, 즉 불확실 정도 기준과 주제 자체와 관련된 기준, 연구의 특성과 관련된 기준등으로 나누어 살펴보면, 대개 질병부담이나 비용 등은 고려하고 있었으나 주제 자체에 대한 고려는 기관마다 차이가 있었다. 기관별로 결정하되 투명성 원칙을 지켜야 한다.