하지만, 이러한 연구의 함의에도 불구하고 몇 가지 한계점도 지적될 수 있다. 우선, 6개의 사례연구를 통한 분석이었기 때문에 결과를 일반화하기 어렵다는 문제가 제기될 수 있다. 이것은 사례연구 방법론에서 자주 제기되는 문제인데, 이번 연구의 목적이 사례연구를 통해 우리나라 과학기술 규제의 근원적인 문제를 심층적으로 이해하는 것이었기 때문에 연구의 목적은 달성되었다고 생각되며, 이 한계점은 후속 연구에서 보완되어야 할 것으로 보인다. 또한 구체적인 정책방안이 제시되지 못한 부분이 한계로 지적될 수 있다. 하지만 이번 연구는 구체적인 정책대안 제시보다 문제를 이해하고 진단하는데 목적이 있었던 만큼 본 연구에서 제시된 정책적 시사점을 중심으로 후속연구에서 구체적인 대안 마련이 이루어질 수 있을 것이다.
본 연구는 적은 수의 사례를 연구하여 그 결과를 일반화 할 수 없고 구체적 정책방안을 제시하지 못했다는 한계를 가지지만, 한국 과학기술 규제의 근본적 문제를 이해하고 진단했다는 점에 의의를 둔다.