추진체계 측면에서는 과학기술정책의 종합 컨트롤타워인 종합과학기술회의가 종합 과학기술혁신회의로 개편되어 계속해서 일본 연구개발의 사령탑 역할을 수행하고 있다. 종합과학기술회의는 ‘혁신’회의로 명칭이 변경되었는데 4차 기본계획 시기부터 혁신이 더욱 강조되고 있는 것과 연계된 변화라고 할 수 있다. 문부과학성은 일본 과학기술 연구개발에 있어 가장 큰 시행부처이다. 연구개발 사업 수행과 산하기관을 통한 연구 수행 등이 모두 문부과학성을 중심으로 추진되고 있다. 일본은 내각부의 종합과학기술혁신회의(CSTI)에서 전체 종합 조정 및 자원배분 관련 심의활동을 수행하며, 부처 차원에서는 문부과학성이 과학기술관계 예산의 약 64%를 사용하며 연구개발 주무부처로서의 역할을 수행하고 있다. 과학기술진흥기구(JST) 소속의 연구개발전략센터를 통해 전략 제안, 전망 및 동향조사 업무를 수행하며, 각 주요 부처 소속의 국립연구개발법인 등은 실질적인 R&D를 수행한다. 또한 이와 별개로 중요한 추진분야는 추진본부 형태의 조직을 별도로 운영하고 있는데, 초고령화와 인구감소사회에 대응하여 건강･의료 분야의 연구개발을 추진하기 위해 내각부 내에 AMED와 같은 의료분야 종합조정기구를 설치하여 운영하기도 한다. 또한 문부과학성, 경제산업성 등 주요 부처의 국립연구개발법인 등을 통해 R&D를 수행하고 있다.
4차 기본계획부터 혁신이 강조되고 있는 문부과학성은 일본 과학기술 연구개발에 있어 가장 큰 시행부처이다. 연구개발 사업 수행과 산하기관을 통한 연구 수행 등이 모두 문부과학성을 중심으로 추진되고 있다. 연구개발 사업 수행과 산하기관을 통한 연구 수행 등이 모두 문부과학성을 중심으로 추진되고 있다.