물론 이렇듯 국가-과학 연대의 관념이 지난 48년간 과학의 날 행사를 지탱해 왔다고 해서, 현실의 정부와 과학 관계가 언제나 조화로운 것이었다는 말은 아니다. 그것은 말 그대로 일종의 ‘이상’으로서, 국가는 과학을 보호하고 육성해야 하며 과학은 국가 발전에 기여해야 한다는 당위적 수준에서의 양자 합의를 보여주는 것이다. 그 바탕에는 정부가 과학을 제대로 대우해 주고 있는지에 대한 과학계의 의구심, 과학자들이 투여된 연구비만큼 쓸모 있는 일을 하고 있는지에 대한 정부 측의 의혹이 상존한다. 그렇다면 국가과학 연대의 이상은 정부와 과학계 사이에 상존하는 갈등의 정당한 한계를 규정하고 이를 해소하기 위한 양자 간 협상의 가이드라인을 제공해 준다고도 볼 수 있다.
과학계는 정부가 과학을 제대로 대우해 주고 있는지 의구심을 품었고, 정부는 과학자들이 연구비만큼 일을 하고 있는지 의심했다. 국가-과학 연대의 관념이 양쪽의 갈등을 해결하는 가이드라인을 제공한다.