미시적 비용 산출방법은 모든 분리된 비용항목을 측정하고 계량화하는 방법으로 비용 산출에 더 많은 노력이 소요되나, 연구자에게 투입된 의료 행위 및 재료비 등 세부 구성 내역에 대한 명확한 통찰력을 제시할 수 있다. 예를 들어, 특정 질환의 입원비 산출을 위해미시적 비용 산출방법을 이용한다면 해당 질환의 입원기간, 검사 항목, 처치 및 수술 내역을 파악한 후 관련 항목들의 수가 또는 재료비용 등을 연계하여 이들 비용을 합산하여 총의료비용을 산출하기 때문에 검사 횟수나 약제 투여량 등 세부적인 항목 파악이 가능하다. 포괄적 비용 산출이 어려우면서 표준 진료 모형 도출이 비교적 용이한 경우 미시적 비용산출방법이 더 선호될 수 있다. 예를 들면 고혈압처럼 동반질환이 많아 포괄적 비용 산출방법을 택할 때 고혈압으로 인한 의료비용만을 분리하기 어려운 경우 미시적 비용 산출방법을 사용할 수 있다.
미시적 비용 산출방법은 세부적인 내용을 파악할 수 있도록 하기 때문에 세부 구성 내역에 대한 명확한 통찰이 가능해지며, 고혈압과 같이 포괄적 비용 산출방법이 어려운 경우 이 방법을 사용할 수 있다. 