마지막으로, 총연구개발비 추정을 바탕으로 정부공공 부담 연구개발비를 추정하였다. 2012년 정부공공 부담 연구개발비는 총연구개발비의 25%를 점유했는데, 본연구의 추정에서는 정부공공 부담 연구개발비가 추정 기간 중 총연구개발비의 25%수준을 계속 유지하는 시나리오와 경우와 27% 수준을 계속 유지하는 시나리오에 대해 두 가지 추정 결과를 제시하였다. 정부공공 부담 연구개발비가 총연구개발비의 25% 수준을 계속 유지한다는 시나리오에서는 세계 경제위기의 회복 국면이 계속 유지되어 민간 연구개발투자의 기여도가 총연구개발비에 대한 기여도가 현재의 구성비 수준을 유지한다는 가정이 내포되어 있다. 그리고, 정부공공 부담 연구개발비가 총연구개발비의 27% 수준을 계속 유지한다는 시나리오에서는 경기침체가 장기화되고 전자, 자동차, 조선, 철강 등 우리나라 주력산업의 경쟁력이 중국 등과 비교하여 약화되어 총연구개발비에 대한 민간 연구개발투자의 기여도가 줄어들어 정부재정이 이를 보완해야 하는 상황을 가정하였다. 이들 시나리오에 의한 정부공공 연구개발비 규모 변화는 [그림 3-11]의 추정 C 그래프와 추정 D 그래프로 나타나 있다. 정부공공 부담 연구개발비가 총연구개발비의 25% 수준을 계속 유지하는 시나리오의 추정 C에서는 정부공공 부담 연구개발비가 2012년 13조 8,221억원이던 것이 2018년에는 21조 4,515억원 규모로 증가하는 것으로 전망된 한편, 정부공공부담 연구개발비가 총연구개발비의 27% 수준을 계속 유지하는 시나리오의 추정 D에서는 정부공공 부담 연구개발비가 2012년 13조 8,221억원이던 것이 2018년에는 23조 1,618억원 규모로 증가하는 것으로 전망되었다.
본연구는 정부공공 부담 연구개발비의 추정 결과를 추정 C(정부공공 부담 연구개발비가 추정 기간 중 총연구개발비의 25% 수준을 계속 유지하는 시나리오)와 추정 D(27% 수준을 계속 유지하는 시나리오)로 제시하였다. C의 경우에는 정부공공 연구개발비가 2018년에 21조 4,515억으로 증가하는 반면, 추정 D에서는 정부공공 연구개발비가 23조 1,618억원으로 증가할 것으로 예상된다.