의료비용을 산출할 때 비급여비용을 해결해야 하는 문제가 있는데, 주로 연구자들이 사용하는 방법으로는 건강보험환자 진료비 실태조사(2008) 연구를 활용하는 것으로 나타났다(국민건강보험공단, 2009). 자료가 제시된 수준의 비급여 비율만을 가져올 수 있다는 한계점이 있는데, 상위질환에 대해서는 비율이 제시되어 있으나 제시되어 있지 않은 질병에 대해서는 진료과목의 비율을 사용할 수 밖에 없는 특성이 있다. 비급여 비용을 산출할 때 의료기관 자료를 받아서 환자 개개인의 비급여 비용을 확인하여 비율을 확인하는 방법을 사용한 경험이 있다고 하였으나 이는 의료기관에 대한 샘플링이나 대표성 등의 문제로 건보공단의 자료를 세분화하여 사용할 수 있으면 더 정확할 것 같다는 의견이 있었다.
의료비용산출시 비급여비용 문제는 주로 건강보험환자 진료비 실태조사 연구를 활용하고, 자료가 제시된 수준의 비급여비율만 취해 비제시된 질병은 진료과목비율을 사용하며, 세분화된 건보공단자료사용 의견이 있다.