하지만 2000년 카르타헤나 의정서 채택은 사전예방의 원칙을 제도화하는 새로운 전환점이 되었다. 국제 사회에서 유전자변형 생물체(LMOs)의 국가간 이동으로 인한 잠재적 위험에 대한 인식이 제고되면서 채택된 카르타헤나 의정서는 한국 정부가 수입 GMOs를 규제할 정당성을 국제적으로 재확인하는 기회가 되었다. 2000년 행정내각의 규제 마련 방침이 가속화되면서 그해 4월 농림부는 ‘유전자변형 농산물표시요령’을 고시하고 식품의약품안전청은 8월에 ‘유전자재조합 식품 등의 표시기준’을 고시하였다. 그리고 2001년 농림부는 원료형태로 유통되는 옥수수, 콩 등의 유전자변형작물에 대해 표시제를 시행하고, 농림부에서 표시제를 실시하기로 한 작물을 원료로 한 27개 가공식품에 대해 식품의약품안전청에서도 GMO표시제를 실시한다고 공표했다. 입법과정에서 GMOs에 관한 비판적 여론을 고려하여 한국 정부는 소수의 시민단체위원이 실질적 의사결정조직인 “유전자변형 농산물 표시제 위원회”에 참여토록 하여, 핵심 쟁점 중 하나였던 비의도적 GMOs 혼입 허용치가 정부원안(5%)이나 시민단체 원안(1%)이 아닌 중재안(3%)으로 결정되었다(이병량․박기묵, 2006). 이 기준은 비의도적 GMOs 함유율 1%만을 의무적 표시제의 예외 대상으로 인정하는 유럽보다는 완화된 조치이지만 GMOs 함유율 5%이상에 대해서만 의무적 표시제를 요구하는 일본보다는 엄격한 기준이다.
2000년 카르타헤나 의정서 채택을 기점으로 한국 정부는 GMOs를 법적으로 규제했다. 그 이후, 모든 유전자변형 농한물이나 식품에 대해 표시하도록 했고, 핵심 쟁점인 비의도적 GMOs 함유율을 3%로 절충했다.