다섯째, 전문성 중심의 지배구조의 확보가 필요하다. 문제해결 중심의 출연연구기관 운영체제가 확립되기 위해서는 무엇보다도 지배구조의 전문성 강화가 필요하다. 일반적인 예산관리나 운영이 아니라 고도로 전문화된 연구개발과 관련된 중요한 의사결정이 일반전문가(generalist)에 의해서 이루어지는 것은 위험하다. 만일 부적절한 결정이 이루어질 경우 연구개발환경 전반에 부정적 영향을 미친다. 독일, 프랑스 등 선진국들은 고도의 전문성을 필요로 하는 의사결정과정에 연구기관의 연구원들이 참여하여 전문적인 의사결정을 하고 있다. 즉, 운영방향, 주요 예산투자 방향 등 정부가 정책적으로 고려해야 하는 사항들은 정부 인사들을 중심으로 결정되고, 전문적인 지식이 필요한 부분 즉, 인력채용, 기관장 선정 등에 관한 결정은 관련 전문가들이 참여하여 의사결정을 하고 있다. 이것은 지배구조 의사결정의 합리성 개선뿐만 아니라 출연연구기관이 국가연구개발시스템에서 높은 전문성을 통해 지식 리더십을 확보해 가기 위한 중요한 기반이다.
고도로 전문화된 연구개발 관련 의사결정은 일반전문가가 아닌 관련 전문적인 지식을 가지고 있는 전문가들이 참여하여 결정되어야 한다. 이것은 연구기관의 지식 리더십 확보뿐만 아니라 연구개발환경의 개선을 이룰 수 있다.