일본 정부는 일본 보건의료가 기초연구 부문에서 세계적 경쟁력이 점차 저하되고 있으며(2위 → 5위), 임상연구를 위한 제도적, 인력적 기반이 미비한 상황에서, 문부과학성(기초연구, 비임상연구), 후생노동성(임상시험), 경제산업성(산업활성화)이 기초연구와 실용화 단계를 개별적으로 진행하는 현행 연구지원 체제가 부처 간 지원 단절의 문제를 일으키고 있다고 진단하고, 일원화된 의료 분야 연구개발 체제를 새로이 확립하기로 결정했다. 이를 위해 일본 정부는 2013년 8월 내각에 보건의료 R&D의 컨트롤 타워로 ‘건강의료전략추진본부’를, 이 추진본부의 사무국인 ‘건강의료전략실’을 내각부에 설치했다. 이와 함께, 의료 분야의 연구개발 예산을 일원화하여 관리할 뿐만 아니라 기초연구에서 상품화에 이르는 전 단계를 지속적으로 지원할 수 있도록 2015년 4월 1일 국립연구개발법인 일본의료 연구개발 기구를 출범시켰다. AMED의 설립 과정은 다음의 표와 같다.
일본 정부는 현행 연구지원 체제가 부처 간 지원 단절의 문제를 일으키고 있다고 진단하고, 내각에 보건의료 R&D 컨트롤 타워로 ‘건강의료전략추진본부’를 설치하는 등 일원화된 의료분야 연구개발 체제를 새로 확립하기로 결정했다.