비용-편익평가는 반드시 평가 대상의 추가적 치료가치를 기존 의약품 또는 다른 치료와 비교하여 비용과 연관시켜야 한다. 비용은 환자관점에서 SHI조합에서 발생하는 비용 및 사용자가 지불해야 하는 비용을 포함한다. 신약은 최소한 기존약보다 효율적이어야 제안 가격으로 의료보험조합의 승인을 받을 수 있다. 따라서 편익평가를 통해 기존 약보다 편익이 없거나 미미한 경우에는 대체품 가격을 넘지 못하며, 신약이 더욱 효과적인 반면 값비쌀 경우, 예산영향과 지불가능성을 근거로 의사결정을 내릴 것이다. 또한 상환에 필요한 비용-편익 임계치를 정의하기보다는 신약의 상대적 비용과 편익을 평가한다(건보공단,2009).
비용-편익평가는 평가 대상과 기존 의약품 혹은 추가적인 치료를 비교해야 한다. 신약의 경우 이 평가 결과 기존의 약보다 비용 대비 편익이 높아야만 대체품 이상의 가격이 가능하다. 