이러한 R&D 사업구조의 문제는 R&D 거버넌스에도 중요한 영향을 미쳐 R&D사업간 또는 정부부처 간 조정 비용을 높이고 많은 경우 조정을 거의 불가능하게 하고 있는 실정이다. R&D 사업구조가 혼란스러운 제약조건 하에서 부처 내 R&D사업 조정 체계 및 국가적 R&D 조정 체계 모두 그 실효성을 거두기 어려운 구조인 것이다. 거시적 R&D 거버넌스를 위한 핵심장치인 국가적 조정기구 또한 국정 최고책임자인 대통령이 아니라 국무총리가 위원장을 맡고 있고 이의 사무국인 미래창조과학부가 R&D 집행 기능을 함께 수행하고 있어 국가 차원의 R&D 재정 조정·배분 기능을 효과적으로 수행하기에 한계가 있다.
국무총리가 위원장으로 있는 국가적 조정기구 및 미래창조과학부가 집행 기능까지 모두 담당중인 R&D 사업구조의 문제상 사업과 국가 어느 측면으로나 효율적인 재정 조정에 한계가 있다.