국내 가축(소, 돼지, 닭, 오리) 및 도축장 도체에 대한 항생제 내성 조사는 14개 시·도 동물위생시험소에서 시료를 채취하여 지표세균(대장균, 장알균), 식중독 세균(살모넬라균, 캠필로박터균, 황색포도알균), 가축병원성 세균(병원성 대장균, 살모넬라균, 파스튜렐라균, 엑틴노바실러스균, 연쇄알균, 헤모필루스균)을 분리하여 농림축산검역본부에 송부하고 농림축산검역본부에서는 송부한 균주에 대해 항생제 감수성검사를 수행하고 그 결과를 분석하는 것으로 이루어졌다. 반려동물(개, 고양이)에 대한 항생제 내성 조사는 7개 특별·광역시 보건환경연구원에서 반려동물의 시료를 채취하여 지표세균(대장균, 장알균)과 반려동물 병원성 세균(대장균, 클로스트리듐, 캠필로박터균, 살모넬라균, 포도알균, 슈도모나스,사슬알균, 프로테우스, 보르데 텔라, 장내세균과, 파스튜렐라, 클렙시엘라)을 분리하여 농림축산검역본부에 송부하고 농림축산검역본부에서는 송부한 균주에 대해 항생제 감수성검사를 수행하고 그 결과를 분석하는 것으로 이루어졌다(Fig 1).
국내 가축과 도축장의 항생제 내성 조사는 동물위생 시험소에서 지표, 식중독, 가축병원성 세균을 검출하여 농림축산 검역본부에서 분석하였다. 또한 반려동물은 지표세균과 병원성 세균의 검출을 보건환경연구원이 맡았다.