이와 같이 수산부문에서 산업연관표를 정책 및 연구에 활용하는 데는 분명한 한계가 있다. 전통적인 수산업의 영역으로 분류될 수 있는 수산어획, 수산양식 부문만 하더라도 세부적으로 분류되지 않아 수산정책 수립이나 연구에 있어 활용도가 매우 떨어지는 것이 문제이다. 즉, 현행 산업연관표를 이용할 경우 ‘수산어획’, ‘수산양식’ 수준에서는 산업간 연관관계를 파악할 수 있으나, 근해어업, 연안어업, 원양어업, 어류양식, 해조류양식 등 세부 업종별로투입 산출구조를 파악할 수 없는 문제가 있다. 이러한 세분화되지 못한 부문 분류의 한계로 인해 수산부문에서는 대내외 경제 충격이나 각종 수산정책추진에 따른 영향을 분석하는 데 산업연관표를 이용하기 어려운 문제가 있었다. 결국 전체 국민경제 속에서 수산업을 고려하는 일반균형적 접근이 아니라 품목 중심의 부분균형모형을 통한 단편적 분석에 의존할 수밖에 없었다.
수산부분의 산업연관표를 연구와 정책에 활용하는 것은 한계가 있다. 수산어획과 수산양식이 세세하게 분류되지 않았고, 세부 업종별로 산출과 투입구조를 파악할 수 없다. 경제 충격이나 수산정책의 영향을 추론하는데 어려워 단편적 분석에 머무른다.