보안 문제는 공공기관 간, 공공－민간 간 등 어떤 유형의 정보공유를 막론하고 계속 제기되는 문제이다. 정보통신기술을 활용한 정보공유는 정보의 유출 가능성이 많아지는 것이 사실이다. 특히 국가의 중요한 정보가 유출된다면 상당히 우려되는 상황이 벌어질 수 있다. 그러나 이러한 우려에도 불구하고 가급적이면 정보의 공동활용을 통해서 효율성과 투명성을 높이고자 하는 것이 정보공유라고 할 수 있다. 따라서 바람직한 방향은 정보의 특징과 속성을 면밀하게 파악하여 공유할 수 있는 정보와 그러면 안 되는 정보를 엄격하게 구분해야 할 것이다. 또한 정보를 구분할 수 있는 기준 역시 명확하게 세워져야 할 것이다.
정보공유에 있어 보안의 문제는 항상 대두된다. 국가의 주요 정보 유출은 상당한 출혈이 예상되는 만큼, 올바른 정보공유는 정보의 특성을 파악해 기준을 세워 공개여부를 분류해야 한다.