두 번째, 방사성폐기물 처분정책은 국가의 원자력 진흥정책과 상충되는 대표적인 분야이다. 방사성폐기물의 위험과 장기간 안전하게 보관해야 하는 특성을 고려할 때 방사성폐기물을 처분하는 유일한 주체는 국가가 될 수밖에 없다. 독일에서 방사성폐기물 처분 문제는 원자력발전소의 상업운영이 시작되는 초기부터 다루어졌다. 연방정부는 1960년대 초에 최종처분장 부지로 암염광산을 이용한다는 계획을 세웠다. 처음부터 사용 후 핵연료의 재처리를 당연한 것으로 받아들였다. 재처리를 통해 방사성폐기물의 부피를 줄이고 방사성폐기물 ‘재활용’을 계획했다. 1994년에 재처리를 하지 않고 직접 처분하는 방식을 재처리와 동등한 방식으로 입법화하기까지 재처리는 우선적인 방사성폐기물 처분방식으로 고려되었다. 발전업체가 재처리 프로젝트에 소극적이었기 때문에 1970년대 중반 연방정부는 행정조치를 통해 방사성폐기물 처분과 신규원전 건설 승인을 연계시키면서 재처리 프로젝트를 종용했다. 이 행정조치는 발전업체가 신규원전 건설 승인을 신청할 때 ‘방사성폐기물처분증명서(Entsorgungsvorsorgenachweis)’를 제출하도록 했다. 1977년 브로크도르프(Brokdorf) 원자력발전소의 건설과 관련된 소송에서 해당 지역 행정법원은 방사성폐기물 처분을 고려하지 않고 신규 원자력발전소 건설을 승인하는 것은 합법적이지 않다는 판결을 내렸다. 이 발전소 건설은 1980년 이후로 미루어졌다. 방사성폐기물처분에 대한 행정조치와 브로크도르프 원전 판결로 인해 1977년부터 1982년까지 약 5년 동안 독일에서는 신규 원전 건설이 시작되지 않았다. 실제로 원자력 모라토리엄이 일어나는 효과를 지녔다. 결국, 신규원전 건설과 방사성폐기물 처분을 연계시킨 정책으로 그때까지 원자력을 진흥시키는 국가의 기능과 방사성폐기물을 처분해야 하는 국가의 기능이 충돌을 일으키게 되었다.
방사성폐기물은 그 특성 상, 국가만이 처분의 주체가 될 수 있다. 독일은 방사성폐기물처분에 대한 행정조치 및 브로크도르프 원전 판결로 약 5년 동안 새로운 원전이 건설되지 않았다. 결국 새로운 원전의 건설 및 방사선폐기물 처분이 연계된 정책으로 인하여 원자력 진흥과 방사선폐기물 처분 사이에서 국가 기능이 충돌했다. 