앞서 살펴본 바와 같이, 부처 수준의 R&D 조정은 현재 대부분 전문관리기관 중심으로 이루어지고 있지만, 해당 부처를 지원하는 것에 치중하다 보니 종합지원부처와 고유사업부처간 존재하는 중복적 R&D사업 추진체제를 극복하는 것에 근본적 한계가 있다. 이러한 한계를 극복하기 위해 각 부처 산하의 R&D 전문관리기관을 개편하는 경우 전문성 및 독립성 확보에 1차적 목표를 두어야 하며, 이를 위해서는 전문관리기관들을 전문 영역별로 개편하는 것이 가장 바람직한 방향이다. 단기적으로 현재 약 17개에 이르는 전문관리기관들의 기능을 조정할 수 있는 ‘종합이사회’를 설치하는 것이 필요할 수 있다. ‘종합이사회’의 초기에는 분야 간 단순 협력 기능을 수행하겠지만 장기적으로는 전문 영역별로 기능과 역할을 재정립하는 조정 기능을 담당하는 것이 필요하다. 장기적으로 정부 R&D사업이 연구사업단 중심 체제로 전환된다는 것을 전제한다면, 각 전문관리기관들은 연구사업단들을 밀착하여 지원하는 체제로 변화하는 것이 바람직하다. 즉, 전문관리기관들이 연구회에 소속되거나 또는 각 출연(연) 산하에 소속되어 전문 영역별 R&D 기획 및 관리를 담당하는 체제를 구축하는 것이다. 이의 대표적 사례로 미국 NIH는 NIH 전체뿐만 아니라 질환군별 연구기관 및 연구센터도 자체적으로 R&D 기획 및 관리 기능을 가지고 있으며, 영국은 공학˙생물 등 7개 분야별 연구회를 통해 정부 R&D사업들을 기획 관리하고 있다(안두현 외, 2015).
R&D 전문관리기관을 변경할 때는 영역에 따라 전문관리기관들을 편성해야, 중복적 업무를 줄이고 전문성을 갖출 수 있다. 그래서 단기적으로 종합이사회를 만들어 영역에 따른 역할을 제대로 배정해서 관리하고, 장기적으로는 전문관리기관들이 연구사업단에 소속되어 관리해야 한다.