한편 위 사건의 항소심에서는 압수물인 디지털 저장매체로부터 출력된 문건의 증거능력에 대하여 “위 인정사실과 같이 국가정보원에서 위 디지털 저장매체를 압수, 봉인, 봉인 해제 및 복제를 할 때 항상 해당 피고인 측에서 입회하여 그 과정을 확인한 이상, 국가정보원에서 위 디지털 저장매체를 복제할 때 해쉬값을 작성하지 않았다고 하더라도, 위 디지털 저장매체에 담긴 파일의 내용이 국가정보원의 수사과정에서 변경되었을 가능성은 거의 없다고 봄이 타당하다”라고 하여 해쉬값이 없더라도 피고인 측에서의 참여가 보장되었다면 동일성과 무결성을 인정할 수 있다고 판시하였다. 그리고 디지털 저장매체에서 출력되어 증거로 제출된 문건의 내용과 위 디지털 저장매체에 담겨 있던 원 자료내용의 동일성에 대하여서도 원심의 판단은 정당하다고 판시하며, 원본과의 동일성, 무결성 및 신뢰성을 인정하면서 피고인측의 변조 주장을 배척하였다. 이어서 대법원 역시 원심의 판단이 정당하다고 판시하며 증거능력을 인정하였다.
한편 위 사건의 항소심에서는 디지털 저장매체의 해쉬값이 없지만 피고인 측이 증거 채택 과정을 확인하였기에 출력된 문건의 동일성과 무결성을 인정하며 피고인측의 변조 주장을 받아들이지 않았다. 대법원 역시 원심의 판단을 정당하다고 판시하였다.