1990년대 이래(노태우, 김영삼 정부) 우리 경제가 도약기를 맞으면서 과학기술 R&D에서도 민간의 지분이 대폭 증가하였다. 따라서 민간 부문의 R&D를 주역으로 하고 공공부문이 이를 뒷받침하는 구도가 설득력을 갖게 되었다. 정부도 이런 방향으로 정책 전환을 시도하였으나 이는 의도와 달리 실제에서는 상당한 괴리를 가져왔다. 외형상 기업 등 민간 부문의 R&D에는 간여를 줄였지만, 정부 예산을 재원으로 하는 공공부문 R&D 등에서는 아직도 과거와 같은 규제, 감독위주의 거버넌스에서 벗어나지 못했다. 특히, 산업화 과정에서 형성된 거대 출연연 집단을 ‘자율과 책임’을 보장하는 형태로 전환하지 못하고, 정부가 인사, 예산에 대한 통제권을 행사해 온 것이 정부 주도의 거버넌스를 보여주는 전형적인 경우이다.
90년대 경제 도약기 이후 민간 R&D를 주역으로 공공부문이 뒷받침하는 구도가 설득력을 갖게 되어 정책 전환을 시도하였으나, 공공부문 R&D 등에서는 과거 정부 주도의 규제가 남아 있어 괴리가 존재한다.