우리나라 국무총리의 행정각부 통할권이 극히 제한적이라는 것은 국무총리와 직속기관과의 관계에서도 명확하게 나타나고 있다. 정부조직법 상 국무총리는 국민안전처, 인사혁신처, 법제처, 국가보훈처, 식품의약품안전처, 공정거래위원회, 금융위원회, 국민권익위원회, 원자력안전위원회 등 9개 행정기관을 직속기관으로 두고 있다. ‘직속기관’이란 그야말로 국무총리의 영향력 아래에 있는 하부기관으로서 국무총리가 해당 기관의 정책결정 및 집행에 있어 어느 정도 영향력을 미쳐야 하며, 주요 업무에 대해서도 해당 기관장의 보고가 있어야 한다. 그러나 실제로 이들 기관들의 직속기관이란 명칭은 다분히 형식적이며, 국무총리와 이들 기관들의 운영과는 아무런 관계가 없는 실정이다.
우리나라 국무총리는 9개 행정기관을 직속기관으로 두고 있으나 실제로 직속기관이란 명칭은 형식적이고, 국무총리와 이들 기관들의 운영과는 아무런 관계가 없으며 행정각부 통할권이 극히 제한적이다.