미래부가 아닌 행정부 차원에서 새로운 범부처조직이 TA 수행주체로 고려될 수도 있다. TA의 실효성 미흡이 이를 주관하는 미래부가 과학기술 컨트롤타워로서의 기능을 충분히 수행하지 못하는 데서 비롯된다는 인식이 있기 때문이다(전문가 E 서면인터뷰, 2015. 10. 26). 과학기술기본법에는 TA결과가 국과심에 보고되면 관련 부처들은 후속 조치를 마련해야 한다고 명시하고 있긴 하지만, 이것이 실현되었는지를 강제할 수 있는 수단이 미래부에 없기 때문에 TA 결과가 활용되지 못한다는 것이다(전문가 D 서면인터뷰, 2015. 10. 21; 전문가 E 서면인터뷰, 2015. 10. 26).
현 TA 주관 조직인 미래부가 TA결과에 대한 후속 조치 강제 수단이 없어, 즉 과학기술 지휘소 기능이 부족해서 결과가 활용되지 못해 실효성이 떨어진다는 주장이다.