공공구매를 통한 혁신을 이끌어내기 위한 절차로서 새롭게 등장한 제도 중 하나에는 혁신 파트너십(Innovation Partnership)이 포함된다. EU는 지금까지의 공공구매에서는 공공구매를 추진하고자하는 기관이 개발 과정을 포함하는 공공구매를 진행하고자 할 때 계약의 평등성과 투명성 원칙이 침해되는 경우가 많았기에 이 문제를 해결 하기 위한 방안으로 혁신 파트너십 제도를 제시했다. 혁신 파트너십은 세단계로 구성 된다. Competitive phase는 공공구매의 가장 시작 단계로 기술과 능력에 따라 선택된 단수 혹은 복수의 파트너와 제안된 최적의 가격대 품질 비율에 따라 파트너십을 맺는 단계이다. 다음 단계에서는 파트너들이 계약 기관과의 협력 하에 새로운 해결책을 개발한다. 이 연구 개발 과정에서는 구체적으로 그 단계를 구분해 각 단계에서 계 약한 파트너들이 성과를 제대로 내지 못했을 경우 추가 계약을 하지 않을 수 있다. 마지막으로 상업화 단계에서는 성공적으로 개발을 끝낸 파트너가 최종 결과물을 판매 한다. 혁신 파트너십 제도는 상업화 및 구매 단계를 포함한다는 점에서 기존의 PCP와 는 차이가 있으며 EU Procurement Directives를 비롯한 공공구매 제도들을 따라야 한다.
EU는 계약의 평등성 등의 침해가 저해됨을 해결하고자 공공구매 혁신을 위한 혁신 파트너십 제도를 제시하였다. 이는 세단계 구성으로  파트너십을 맺는 관계인 Competitive phases, 협력의 해결책 개발, 개발을 끝내고 최종 결과물 판매로 이뤄진다. 이 지도는 상업화 및 구매단계를 포함한다는 것에서 PCP와 차이가 있다.