감사원의 지적으로 인해 농림축산식품부의 매몰지 관리지침에서 큰 변화가 있을 것이고 보다 과학적이고 체계적인 접근이 가능해 질 것이다.7) 그럼에도 기존의 지침을 개정하는 것만 가지고 해결하기 어려운 부분들이 존재한다. 매몰지 사후관리는 행정적으로 변할지 모르지만 매몰은 그대로 지속될 것이기 때문이다. 그러므로 다음 질문이 제기된다. 언제까지 현재와 같은 방식으로 대량매몰을 지속할 것이고, 언제까지 매몰지는 10-12년이면 자연적으로 소멸된다고 믿고 그대로 방치할 것이고, 몇 년이 지나면 지하에는 부패되지 않은 사축이 있는 상황에서 아무 문제가 없다고 토지를 활용하는 현재의 패턴을 방치할 것인가? 혹시나 부패가 지연되고 있는 매몰지가 무차별하게 복개되고 다른 문제를 야기시킨다면 어떻게 될까?
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.