해역점용료·사용료의 산정기준을 ‘토지의 가격’으로 하는 것에는 크게 두가지의 문제점이 있다. 첫째는 해역이용행위가 토지이용행위와 유사하더라도 그 행위가 이루어지는 공간은 ‘해역’이라는 점이다. 제2장에서도 설명하였듯이 육역(토지)와 해역(바다와 바닷가)의 근본적 차이는 ‘수체(水體)의 존재여부’이다. 즉, 수체로 구성된 해역은 육역보다 이용·개발행위에 따른 환경영향의 범위가 광역적이고 사실상 원상회복이 어렵다. 또한 해역이용·개발의 이행여부는 해역의 환경적 입지조건에 따라 좌우되는 경우가 많고, 지역의 사회경제적 특성과 환경관리 수준에 따라 결정되기도 한다. 예를 들어 영광군 낙월면 송이도 해역의 규사채취 소송에서 보면, 광업권자가 영광군을 상대로 광물(규사)채취에 따른 공유수면 점용·사용의 불허가 처분 소송에 대해 법원은 규사채취로 인한 해양생태계에 미치는 영향이 크다는 점을 인정해 이를 기각한 판례가 있다.
토지 가격으로 해역점용료·사용료 산정은 해역은 개발에 따른 환경영향이 광범위하고 원상회복도 어려우며 이용 등 여부는 입지나 환경관리 상황 등으로 결정되기도 하는 문제가 있다. 예로 송이도 공유수면 점용 사용 불허가 처분 소송 기각 판례가 있다.