생명(연)의 두 번째 창업 관련 제도는 연구소 설립에 관한 제도이다. 2007년 제정된 ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣ 제9조의3은 공공연구기관이 보유 기술의 직접 사업화를 위해 연구소기업을 설립할 수 있도록 규정하고 있다. 생명(연)은 2008년에 연구소기업의 설립과 지원에 관한 자체 규정을 만들었으며, 여기에는 출자대상 기술의 선정, 현금 및 현물 출자, 연구소기업 설립 승인 절차, 출자 지분의 처분과 배당액의 사용 등에 관한 사항이 적시되어 있다. 연구소기업이 설립되면 연구소는 직원의 겸직이나 파견을 통해 인력 지원을 할 수 있는데, 겸직/파견 기간은 연구원창업의 경우와 같다. 이 외에도 연구소는 연구소기업에 대해 연구원 성과기술의 이전 또는 추가 출자, 사업화에 필요한 공동연구, 사업화에 필요한 각종 정부정책 및 정보 제공, 연구원 명칭/로그/상표 등의 사용 허용, 창업보육바이오벤처센터(BVC)내 창업 공간 제공, 연구 및 생산시설과 편의시설의 제공 등의 지원을 한다.
생명(연)은 연구소기업에 관련 규정을 만들고 그 규정에 현금 출자, 출자 지분의 처분등에 관한 사항이 정리되어있다. 또 연구소 직원은 연구원창업과 같이 겸직이나 파견 지원이 가능하다.