외래환자와 유사하게, 입원환자에서도 복합 형태와 관계없이 모든 유형에서 건강보험 가입자의 입원이용이 높았다. 건강보험가입자와 의료급여자 집단 내에서의 복합질환 유형별 현황을 보면, 두 집단 모두에게서만 성비복합질환자의 비율이 각 86.7%, 61.5%로 높게 나타났다.  건강보험 가입자의 경우 만성복합질환자가 8.4%로 그 다음으로 높은 비중을 차지한 반면, 의료급여자의 경우 정신비복합질환자가 18.2%로 높은 비중을 차지하는 것으로 나타났다. 또한, 건강보험가입자보다 의료급여자에게서 만성복합(8.4% vs 13.6%), 정신복합(0.17% vs 1.25%), 만성과 정신복합(1.1% vs 5.5%)의 복합질환 비율이 높게 나타났다.
건강보험가입자와 의료급여자의 비교를 보면 입원이용에 있어서는 보험가입자의 비율이 높게 나타나고 복합질환에서는 건강보험가입자보다 의료급여자의 여자에게서 비율이 높게 나타났다.