1990년대는 국가과학기술진흥을 위한 정부의 역할이 크게 확대되는 시기로 과학기술행정체제가 새로운 면모를 갖춰갔다. 그리고 이러한 변화에 따라 출연연구기관에 대한 지원관리도 큰 변화를 맞게 된다. 또한 IMF 사태라는 국가적 위기과정을 지나면서 효율화를 위한 새로운 통합과정이 진행되었다. 즉, 1991년 대통령 상설자문기구인 국가과학기술자문회의가 정식으로 발족했으며, 1996년에는 경제부 총리를 위원장으로 하는 과학기술장관회의를 설치하여 심의결과를 예산편성과 연계시키는 과학기술정책 조정기구가 작동되기 시작하였다. 그리고 과학기술정책 총괄 및 종합조정 기능 강화를 위해 1999년 '과학기술혁신을 위한 특별법‘이 제정되고 이 법에 의해 과학기술정책 최고의사결정기구로서 대통령을 위원장으로 하는 국가과학기술위원회(NSTC)가 설치되었다.
과학기술정책 조정기구가 작동하고 국가과학기술자문회의가 정식으로 실시되었고 특별법 제정, 국가과학기술위원회가 설치되는 등 1990년대는 정부의 역할이 높아짐에 따라 과학기술행정체계와 출연연구기관에 대한 지원이 변화했다.