신성장 동력 육성 사업은 전체를 총괄하는 컨트롤 타워나 관리 체계 없이 산업별 주관 부처와 참여 부처의 자체적 사업추진 방식을 채택하였다. 이러한 방식은 추진의 유연성과 자율성을 보장하기는 하나, 목표에 따라 사업을 추진하고 상세 기술 분야의 추진 성과를 관리하는 데에는 취약점이 있다. 하지만 신성장 동력육성 사업에서는 기획단계에서 기술분야별로 스타브랜드를 구체적으로 제시하고 필요 기술을 도출하고 상세 기술 지도를 작성함으로써 관련 R&D사업을 추진하는 데, 이를 참조하여 자발적으로 과제를 발굴하고 사업을 추진한 것으로 확인되었다.
신성장 동력육성 사업의 컨트롤타워는 없고 기획단계에서 제시된 구체적인 스타브랜드 등을 참조해 주관 및 참여 부처가 자발적으로 사업을 추진하고 있다.