정년제도는 두 가지 측면에서 연구 생산성에 영향을 미친다고 볼 수 있다. 첫째, 정년 연령이 높은 대학을 우수한 인재가 더 선호하리라는 것은 쉽게 예상할 수 있는 일이다. 그리고 실제 우리나라의 우수 인재가 경쟁적으로 갈려고 하는 곳이 대학이다. 이러한 현상은 결국 대학의 연구 역량은 점점 강화되고 출연(연)의 연구 경쟁력은 상대적으로 약화되는 결과로 귀결될 것이다. 둘째, 연구자는 연구를 통해 성과를 내고 그 성과가 보상의 근거가 된다. 예를 들어 T기의 연구 활동의 성과는 T+1기가 되어야 나타나고 이를 바탕으로 T+2기에 보상을 받게 된다. 따라서 정년이 임박한 연구원의 경우 연구를 열심히 해야 할 동기가 약해질 수밖에 없다. 실례로 정년 연령이 61세인 출연(연)의 연구원의 경우 50대 중반 이후에는 좋은 연구 성과를 내어야 할 동기가 없어지거나 약해지고 따라서 연구 투입 시간이 줄어들고 생산성이 떨어질 수밖에 없다. 대학의 경우 정년이 65세이므로 이러한 동기 상실 현상이 연구원 보다 4-5년 뒤인 60세 전후에 나타날 것으로 예상 할 수 있다. 따라서 당연히 대학 연구자의 평생 생산성이 높을 밖에 없을 것이다.
대학의 정년은 65세인 반면 출연연의 정년은 61세이다. 정년 연령은 우수 인재의 기관 선호도, 성과 보상 시기와 관련된 연구 동기의 측면에서 해당 기관 연구자의 생산성에 영향을 미친다. 대학보다 정년 연령이 낮은 출연연의 경우, 우수 인재의 선호도가 낮고 연구원의 동기 상실이 일찍 일어날 수 밖에 없다.