창립 직후인 2000년 11월 13일 네덜란드 헤이그에서 6차 기후변화 당사국 총회가 개최되었다. 당시 IPCC 의장은 “원자력이 경제적일 뿐만 아니라 안전과 환경을 고려하는 에너지원으로서 온실가스 감축에 효과적”이라고 발언했었다. 그렇지만 6차 당사국 총회에서는 유럽연합이 반대했을 뿐만 아니라 개발도상국도 지지하지 않았다. 심지어 미국의 앨 고어 부 대통령도 “방사능 오염을 일으키는 원자력이 포함되어서는 안 된다"라고 주장했었다. 이처럼 미국마저 반대 입장을 표명하면서, 원자력의 CDM 대상화를 지지하는 나라는 소수파로 전락하고 말았다. 결과적으로 당사국 총회의 의장 안에 “CDM에서 원자력의 이용을 삼간다"라는 문구가 있기는 했었지만, 최종 결의안에는 포함되지 않았었다(経済産業省, 2011).
6차 기후변화 당사국 총회에서 IPCC 의장은 원자력 사용을 지지했지만 CDM 대상화에 대한 반대가 컸다. 결국 의장 안에 CDM에서 원자력의 이용을 삼가자는 내용이 있었지만 최종 결의안에는 반영되지 않았다.