이와 같은 문제점과 함께 국책사업 시행 과정에서 개발과 보전의 갈등이 발생함에 따라 사업계획 이전의 행정계획이 수립될 때부터 환경성 고려가 가능한 전략환경평가제도 도입˙시행을 결정하고 사전환경성검토제도를 전략환경평가 수준으로 개선하여 실시하도록 방향을 설정하였다. 이에 2006년 6월부터 전략환경평가를 도입한 사전환경성검토가 전면적으로 시행되어 운용되었으나 유사 목적의 환경평가 제도가 환경정책기본법과 환경영향평가법에 각각 규정되어 있어 평가 절차의 복잡성, 환경평가의 일관성˙연계성 부족 등의 문제점이 제기되었고 이후 법˙시행령˙시행규칙이 전부 개정되어 현재 시행되고 있다.
사업계획 전 행정계획 수립 시 환경을 고려한 평가제도를 도입하고 시행하기로 결정했다. 2006년부터 해당 평가제도를 도입한 사전환경성검토를 운용 및 개정하여 시행하고 있다.