구들장논은 일반논과 달리 상·하부 통수로, 배수통수로의 구조로 중간낙수기를 활용한다. 용수의 공급은 일반적으로 상류 논에서 배수된 물을 아래 논에 재이용할 수 있어 관개용수가 절약된다. 이에 비해 일반논은 필지별 영농시기가 상이하고 용·배수로가 분리되어 있어 상류 논에서 배수된 물을 하류 논에서 관개용수로 재이용하기가 어렵다. 구들장논의 관개배수는 통수로에 의한 조절기능이 있다. 구들장논 상부 통수로를 개폐함으로써 농작물의 종류에 따라 공급되는 물의 양을 조절할 수 있다. 논의 하부층에 형성된 배수통수로는 물웅덩이를 만들어 한발(旱魃) 발생에 대비한 수원공(水源工)으로 활용되었다. 또한 위 논에서 아래 논으로 흘러가는 용수를 2~3개의 물길로 나누어 분산시켜 농작물의 냉해를 방지하였다. 일반논은 평야지대에 위치하고 있어 자연배수를 위한 기울기를 확보할 수 없어, 배수문을 설치하거나 기계배수 방식을 사용한다. 하지만 구들장논은 산간지역 경사지에 위치하여 충분한 기울기를 확보할 수 있어 자연배수방식을 사용한다.
구들장논은 상류논에서 배수된 물로 아래 논에 용수를 공급하고 통수로를 통해 농작물에 따라 물 공급을 조절할 수 있다. 또한 배수통수로로 한발을 대비하고 위 논에서 아래 논으로 향하는 물길을 분산시켜 냉해를 막으며 일반논의 기계배수 방식이 아닌 자연배수 방식을 이용한다.