제1차 국가전략을 전면 개정하여 2002년 3월에는 신생물다양성국가전략이라는 이름의 2차 국가전략을 수립했고, 중점 시책으로 생물다양성 보전강화, 자연재생, 지속가능한 이용을 제시했다. 제3차 국가전략은 2007년 11월에 수립되었으며 생물다양성보전과 지속가능한 이용을 위한 전략과 행동계획을 체계적으로 다루었다. 2012년 9월에는 환경성에서 동일본 대지진 발생 및 자연과 공생을 위한 사회적 요구가 증가됨에 따라 제4차 전략에 해당하는 “생물다양성국가전략 2012-2020”을 발표, 이를 환경성이 관리하는 생물다양성센터 영문사이트 (http://www.biodic.go.jp/index_e.html)를 통해 구체적 내용을 공개했다.
1차부터 4차까지 제시된 국가전략은 생물다양성, 자연재생, 생물보전 및 공생 등에 관한 내용이다.