셋째, 펫푸드 제조 공정에 대한 위생 감시·감독 규정이다. 2016년 1월 식품안전현대화법(Food Safety Modernization Act, 이하 FSMA)이 개정되면서 모든 식품 생산 공정에 대한 위생 감시·감독 체제는 더욱 강화되었다. FDA는 “우수제조관리기준(Current Good Manufacturing Practice, 이하 CGMP)”에 따른 가이드라인을 수립하였으며, 만약 이 기준에 부합하지 않을 시 영업 중지 등 행정 조치를 내릴 수 있다. 이에 따라 펫푸드 제조 공장은 위생·안전과 관련된 사항(식품안전계획, 품질관리 교육내역 등)을 상세하게 기록해두어야 한다. 또한 모든 생산 시설은 자체적으로 위험요소 분석, 리스크 모니터링 및 예방 계획, 리콜 계획 등의 내용을 포함한 식품안전계획(Food Safety System)을 수립하여야 한다.
2016년 식품안전현대화법 개정, FDA의 우수제조관리기준에 따른 가이드 라인이 수립된 이후 펫푸드 제조 공정시에 해당 공장은 위생과 안전에 대한 사안을 기록해야 하며 자체적으로 문제를 대비하는 식품안전계획을 마련해야 한다. 