국가예방접종사업은 1954년 보건소 무료접종을 시작으로 2014년 민간 의료기관 접종비용 전액 지원과 2009년 8종 백신(피내용 BCG, B형간염, DTaP, IPV, 수두, MMR, 일본뇌염 불활성화 백신, Td)에서 2018년 17종 백신(피내용 BCG, B형간염, DTaP, IPV, 수두, MMR, 일본뇌염 불활성화 백신, Td, DTaP-IPV, Tdap, Hib, 일본뇌염 약독화 생백신, 소아 폐렴구균, A형간염, HPV, 인플루엔자, DTaP-IPV/Hib)으로 항목 확대 및 어린이 인플루엔자 지원 등 접종 대상자 확대로 꾸준히 사업 규모가 확대되어 2019년 국비 지방비를 합친 국가예방접종 예산이 총 7,000억 원 수준에 이르렀다.
국가예방접종사업은 보건소 무료접종, 민간 의료기관 전액 지원, 백신의 종류 확대, 접종 대상자까지 늘면서 사업 규모가 증가하였고, 2019년에는 국가예방접종 예산이 총 7,000억 원에 이르렀다.