그러나 종자 산업 관련 연구개발에 대한 투자액을 살펴보면 수산 분야의 경우 R&D 관련 사업 예산액 규모((2008~2009년 기준)가 연구비 기준으로 식량, 원예, 산림, 축산 등 국내 종자 산업 R&D 예산의 11%에 불과한 실정이다. 세부적으로 보면 수산종자산업 R&D 사업은 품종 개발에 대한 과제가 대부분(81%)으로 인프라 구축(14%), 기초 안전성 연구(4%)에 대한 투자는 비중이 낮은 편이다. 더불어 유전자원 확보 및 특성 분석에 관한 기초적 연구는 1%에 불과한 실정이다.(국내 종자산업 R&D 관련사업 예산액 참조)
국내 수산종자산업 R&D 관련 투자금액이 국내 종자산업 R&D 연구비의 11%이다. 이마저도 대부분 픔종개발에 치중됐다.