첫째, 자율적이고 도전적인 연구가 촉진되기 어렵다. 정부가 전문가들과 함께 연구개발사업을 기획하는 과정에서 사업목표를 달성하기 위해 연구주제나 기술을 특정하는 경우가 많아 연구자들이 원하는 주제를 자율적으로 선택하기 어렵게 되는 측면이 있다. 대학 기초연구사업이나 출연(연)의 기관고유사업 등에서 연구자들이 자율적으로 주제를 선택할 수 있도록 지원하고 있으나 연구현장에서는 연구주제의 자율성에 대한 요구가 여전히 높다. 또한 과제의 성공여부가 차기 과제지원에 영향을 주다보니 연구자가 스스로 도전적인 목표를 설정하기보다 성공 가능성이 높은 연구를 선택하게 되는 경향이 있다.
정부 사업은 연구의 주제나 기술을 지정하기 때문에 자율적인 연구가 어렵고, 대학이나 기관 사업은 성공여부에 따라 차기과제의 지원이 결정되기 때문에 도전적인 연구가 어렵다.