농신보도 부분보증제도를 운용하고 있어 보증규모가 많을 경우 나머지 부분에 대한 신용력이 있어야 한다. 부분보증제도란 대출금의 일정부분은 신용보증을 하지만 나머지 부분에 대해서는 신용대출이나 담보대출로 금융기관의 위험분담을 요구한 것이다. 그렇지만 2,000만 원 이하의 소액 보증에 대해서는 전액보증을 실시하고 있다. 부분보증 비율은 보증대상자에 따라 차이가 있는데 자연인인 농어업인에 대해서는85%, 영농어조합법인, 농업회사 법인에 대해서는 80%, 그 외 보증대상자에 대해서는 70%이다. 전액보증과 부분보증 비율을 보면, 71% 정도가 부분보증으로 농림수산업자가 어느 정도 신용력 담보력을 갖추어야만 필요한 자금을 차입할 수 있다.
농신보 또한 운영하는 부분보증제도는 일정 부분만을 신용보증해 기관의 위험을 분산했다.  2000만원 이하 소액은 전액보증, 부분보증 비율은 약 71% 정도로 보증대상자에 따라 차이가 있다.