보건의료에서 비용은 이론적으로 기회비용을 사용해야 한다. 그러나 현실에서는 시장가격, 즉 급여수가나 관행수가 등을 기회비용의 대리변수로 사용하는 경우가 많다. 시장 가격에는 이윤(profit)이 포함되어 있는데 이 이윤이 일반적인 투자 회수율보다 높거나 낮을 경우 이 가격은 사회적 기회비용을 반영한 것으로 보기 어렵다. 미국에서는 이를 보정하기위해 cost-to-charge ratio를 이용하여 가격을 보정하기도 하지만 실제로 적용하는데 있어서는 여전히 제한적이다. 또한 cost-to-charge ratio를 산출한다고 하더라도 산출방법이 쉽지 않기 때문에 이로 인해 얻게 되는 정확한 비용 추계에 따른 편익보다 산출을 위한 비용이 많이 들어 연구 자체의 효율성이 떨어질 위험이 있다.
보건의료의 비용은 기회비용을 적용해야 하지만, 시장가격이 기회비용으로 주로 사용된다. 시장가격에는 이윤이 포함되어 있어 이를 감안하여 보정하려 하지만, 산출법이 쉽지않고 효율성이 낮아 실제사용은 제한적이다.