비교효과연구를 효과적으로 수행하기 위한 거버넌스 시스템은 기존의 기관이나 기구 중 어느 한 곳에서 이 분야 연구를 전담하도록 하거나, 새로운 연구기구를 설립하여 수행하는 방법의 두 가지의 대안이 가능하다. 그런데 현재 보건의료 영역의 연구와 관련된 기관들이 많고 각각의 전문성과 영역을 갖추고 있음을 감안할 때 비교효과연구를 기존의 어느 한 기관이 전담하도록 하는 것은 현실성이 미약하다. 그렇다면 새로운 기구를 설립하는 방안을 고려하여야 하는데, 완전히 독립적인 새로운 기구를 만드는 것은 비교효과연구의 개념과 정의가 정립되지 않은 상태에서 단기적으로 기대하기 어렵다. 이에 대한 차선책으로서 기존의 유관기관들의 협력체계를 만들고 위원회와 같은 조정기구를 설치하여 주요 의사결정과 연구 수행을 관장하도록 하는 방안이 가능해 보인다.
비교효과연구를 수행하기 위해서는 기관이나 기구에서 전담하도록 하거나 새로운 연구기관을 설립할 수도 있다. 하지만 기존의 기관이 전담하는 것은 문제가 있어, 기관 간 협력체계를 만들고 독립적인 기관을 세우는 게 합리적이다.