국가인권위원회는 HIV 감염인에 대한 의료차별을 조사할 수 있고, 차별행위로 인정한 경우에는 구제조치 등을 권고할 수 있다. 이 경우 의료차별에 합리적인 이유가 있었는지가 쟁점이 될 것이다. 국가인권위원회의 권고는 강제력이 있는 수단은 아니기 때문에 진정의 상대방이 권고를 불이행할 수 있어 그 실효성에 의문이 제기된다. 하지만 진정의 상대방이 국가기관이나 공공기관, 사회적 인지도가 큰 법인인 경우에는 사회적 평가를 제고하기 위해 권고를 이행하는 편이다. 다만, HIV 감염인에 대한 의료차별은 그 상대방이 개인이거나 소규모 의료기관인 경우가 많아 사회적 평가를 제고하기 위해 권고를 이행하기를 기대하기는 어렵다는 난점이 있다.
HIV 감염인에 대한 의료차별 행위는 국가위원회에서 강제성 없는 권고 조치가 가능하다. 국가, 큰 법인은 권고를 이행하는 편이나 개인, 소규모 의료기관에서 이행을 기대하기 어렵다.