여과단계에서는 식별된 의료기술에 대하여 내부 연구진 회의를 통하여 신개발 의료기술이 아닌 의료기술을 확인하고 제외하는 절차를 거쳤다. 내부 연구진은 2명씩 짝을 이루어 동료심사를 진행하였으며, 동일한 기간 내에 각각의 관련분야 전문가는 독립적으로 신개발 의료기술을 선별하였다. 평가 시 적절성 및 관련성, 혁신성, 시장진입 가능성(1~5년 이내)의 세 가지 항목을 고려하였으며, 의약품과 의료기기 및 행위는 수집된 자료(근거)의 양과 관련분야 전문가 등을 감안하여 별도로 구분하여 평가를 진행하였다. 평가자의 의견이 일치하지 않는 경우는 제 3자와의 논의를 거쳐 결과를 도출하였다.
여과단계에서는 혁신성 등의 항목을 고려한 내부 연구진 회의 및 평가를 통해 신개발이 아닌 의료기술의 선별을 진행했다. 의견이 불일치하는 경우 제3자와 논의를 거쳐 결정했다.