선택 프로그램 및 동아리는 교사가 지도할 수 없는 활동 및 체험 내 용이 대부분이기 때문에 강사 활용이 잦았다. 연구학교 2의 경우를 살 펴보면 ‘UCC 제작/쇼콜라티에 체험/녹색학교 만들기/경제교육 및 모 의창업/나의 미래직업 캐릭터 표현을 활용한 진로교육’와 같은 진로탐색 프로그램들에서 전문강사를 활용하였다. 다른 연구학교들도 특기 와 관련된 프로그램을 진행할 때 학교 2와 유사하게 대부분 전문강사 를 활용하였다. 그러나 몇몇 학교들에서는 자유학기제가 전문강사에 의존하여 운영되는 현상을 피하기 위한 대처 방안을 강구하였는데, 연 구학교 4의 경우, 선택 프로그램 운영 시 ‘전문강사 1명-교사 1명’시스템을 적용하여 프로그램마다 공동지도 하였다. 이를 통하여 교사가 전문강사의 노하우와 교수 방법을 습득할 수 있었으며, 다음 해 부터는 교사 단독으로도 해당 프로그램을 운영할 수 있게 되었다.
진로탐색 프로그램에는 교사가 아닌 전문강사를 활용하였는데, 몇몇 학교에서는 전문강사와 교사의 공동지도를 통해 전문강사의 노하우를 교사가 습득함으로써 다음 해부터 교사 단독 운영도 가능해졌다.