셋째는 기관 간 특성에 따른 차별적인 분석지표와 차별적 가중치 적용이 이루어지지 못한 한계가 있다. 본 연구의 심사과정에서 익명의 심사위원으로부터 연구기관의 기능 및 조직, 업무 등에 있어 차이가 존재하는 경우 인력, 연구비, 연구 인프라, 논문, 특허 등 input, output 지표가 다를 것이라는 점이 제기된 바 있다. 그러나 이 연구에서는 비교 대상 연구기관의 제한 등의 한계로 단순 비교에 그쳤다는 한계가 있다. 이 문제 역시 앞서 제기한 바와 같이 제한된 비교 대상 연구기관 등의 문제로 인한 것이며, 향후 이에 대한 한계를 극복할 수 있는 추가적인 연구가 필요할 것으로 판단된다.
기관 간 특성에 따른 차별적 분석지표와 가중치 적용이 이뤄지지 못했다. 이 연구는 비교 대상 연구기관 제한 등에 의해 단순 비교에 그쳤다. 이를 극복하는 추가 연구가 필요하다.