해당 방법론의 적용 과정과 관련하여, 위해도 값을 산정할 때의 농도는 대상 지역에서 각 물질의 현황농도와 해당 사업으로 인해 가중되는 가중농도의 합으로 계산된다. 먼저 현황 농도는 측정 여부, 지점선정, 방법, 시점 등의 정확한 기준의 적용과 측정값의 신뢰도 확보에 한계가 있어 향후 개별 물질별로 현황조사 자료를 축적․분석하여 보완할 필요가 있는 것으로 언급되고 있다(환경부, 2014). 가중농도와 관련해서는 배출계수의 적용과 대기 모델링 활용 시 현재의 가용한 자료를 이용하여 미래를 예측해야 하기 때문에 발생하는 불확실성이 있다. 예를 들어, 산업단지의 경우 배출량을 산정할 때 업종의 중분류를 기준으로 배출계수를 적용하기 때문에 향후 산업단지 가동 시 배출되는 물질의 종류와 양에는 차이가 발생할 수 있다.
위해도 값을 산정할 때의 농도는 각 물질의 현황농도와 가중농도의 합으로 계산되는데, 산업단지의 경우 배출량을 산정할 때 배출되는 물질의 종류와 양에 차이가 발생할 수 있다.