그렇지만 바이오 벤처의 우회상장 러시에 대한 부정적인 시각도 존재했는데, 연구개발 실적이 부족한 바이오 벤처들이 바이오 분야와 상관없거나 코스닥 시장에서 상장폐지 위기에 부실기업을 우회상장 통로로 이용할 수도 있다는 염려였다. 게다가 우회상장 과정에서 발생하는 주식가격 차익에만 치중하여 실제로 바이오산업의 도덕적 해이를 가져올 수도 있다는 우려도 있었다. 실제로 <표 2-26>에서 보듯이 제넥셀, BRN사이언스, 헤파호프 등 다수의 바이오 벤처가 실적 악화로, 히스토스템이 실적악화뿐 아니라 경영진의 횡령, 배임 명목으로 상장폐지되어, 우회상장한 바이오 벤처에 대한 불신을 부추겼다.
바이오 벤처의 우회상장 증가는 분야와 관련 없는 부실 업체들이거나 이런 기업을 우회상장에 이용할 수 있다든지 주식 차익만 집중한 바이오산업의 모럴해저드와 같은 우려도 있다.