셋째,  Regulation 1829/2003 은 GMO 및 이를 포함하는 식품 및 사료에 해당하 는 것으로 제품의 출시·판매·유통에 대한 규제를 의미한다. 이는 기존에 존재하던 규정을 새롭게 수정한 것으로, GM 식품의 승인 및 표시제에 있어 엄격한 요건을 적용하였다. 또한 기존에 유전자재조합식품에 대한 안전성을 평가하는 중요한 절차로 인식되던 실질적 동등성의 개념을 제외시켰다. 본 규정에 따라 유럽집행위원회 의 보건식품안전부가 EU의 GM식품 및 사료에 대한 승인 업무를 담당하며, 실질적 으로 식품의 안전성을 보장하기 위한 정책과 법률의 집행이 이루어지고 있다 (European  Union,  2003;  박원석,  2010).  또한  해당  규정은  Regulation 1830/2003 와 더불어 GMO를 통해 생산된 모든 식품 및 사료에는 반드시 표시를 하도록 하고 있으며, 0.9% 이상의 혼입률을 가진 비-GM 식품 및 사료에 대해서도 표시제를 시행하고 있다(한국바이오안전성정보센터, 2014b).
GM 식품의 승인, 표시제도에 있어 까다로운 규정이 적용된  Regulation 1829/2003은 실질적 동등성의 개념을 제외시켰다. 따라서 보건식품안전부가 승인업무를 담당, 식품 안정성을 위한 정책 및 법률의 집행 실행, 모든식품, 사료에 표시제를 시행하고 있다.