두 번째는 1차 의료기관 중심의 수평적 데이터 연계 방법이다. 1차 의료기관은 3차 대형병원과는 달리 자체 EMR 시스템을 보유하고 있지 않고 민간 업체에서 개발한 시스템을 사용하고 있다. 국내 EMR 솔루션은 의사랑과 포인트닉스 등이 있으며 본 시스템을 제공하는 업체가 약 60%의 시장점유율을 차지하고 있다. EMR 솔루션 의사랑의 경우 현재 13,000 의료기관에서 사용 중이다(류세현, 2016.6.23.). 따라서 동일한 EMR 솔루션을 사용하는 다수의 1차 의료기관 데이터를 연계 및 공유하여 헬스케어 빅데이터를 구축한 후 초기 질환 혹은 건강관리 등에 관한 연구를 진행할 수 있다. 본 방법은 동일한 EMR 솔루션을 사용하는 의료기관을 대상으로 하기 때문에 데이터의 상호 운영성이나 표준안 고려는 필요치 않으나 협력하고자 하는 다수의 1차 의료기관 및 민간 업체와의 데이터 공유에 대한 합의과정이 필요하며 다수를 대상으로 하기 때문에 장시간이 소요될 수 있다.
1차 의료기관은 민간 업체에서 개발한 시스템을 사용한다. 국내 EMR 솔루션을 제공하는 업체는 60%의 시장점유율을 보인다. 이에 해당 솔루션을 사용하는 1차 의료기관 데이터를 공유하여 건강관리 연구를 진행할 수 있다. 그러나 장시간이 소요될 수 있다. 