미국 FTZ는 중앙정부 차원에서 관리되며, 상무부 장관을 위원장으로 하는 자유무역지역 위원회가 FTZ 지정 및 운영과 관련한 법과 제도의 정비 등 지정주체로서 역할을 담당한다. FTZ의 신청주체는 기본적으로 제한이 없으나 지자체, 공공법인이 우선적으로 신청할 수 있으며, Subzone의 경우 개별기업의 신청을 받은 지자체 등이 이를 다시 FTZ 위원회에 신청하여 지정을 받아 운영한다. FTZ 위원회로부터 설치허가가 나더라도 운영자가 세관에 담보를 제공하고 세관으로부터 사용허가를 받아야 FTZ를 운영할 수 있으며, 5년 이내에 사용허가를 받지 못하면 설치허가가 취소된다.
미국 FTZ는 자유무역지역 위원회가 주체로 기능을 수행한다. FTZ 신청당사는 지자체나 공공법인이 우선하고 설치허가 후는 세관의 사용허가를 취득 후 운영할 수 있다.    