연구비 지출에 있어 과학자들에게 커다란 자율권을 보장해 주었던 NSF에 비해, NIH는 지원을 받는 연구자들의 연구 수행을 점검하기 위한 감시 제도를 갖추고 있다. 그 첫 번째는 연구비 지출에 대한 감시이다. NIH는 연구자들이 연구 과정에서 연구비 지출을 유연하게 하고 예산을 재편성하는 것도 허용하지만, 예산안의 구성 비율이나 유형에 있어서는 일관성을 유지할 것을 기대한다. 이에 따라 NIH의 연구 지원금 관리 전담부(GMS, Grant Management Specialist)에서는 수혜자의 지출 보고서를 심사 하여 예정되었던 것보다 조기에 집행이 되거나 지연이 되는지를 체크한다. NIH는 연구비 지출 패턴의 이상 징후를 수혜자의 재정 관리 시스템이나 내부 컨트롤에 문제가 있음을 알려주는 징표로 여긴다. 예정보다 조기에 집행되거나 나중에 집행되는 경우 원래 승인 받은 예산과 연구 기간 내에서 지원된 연구를 완수하기 어려운 경우가 많기 때문이다.
NIH는 예산안의 구성비율과 유형의 일관성 유지를 기대하며 연구비 지출을 감시하고 수혜자의 지출 보고서를 심사해 조기집행 및 지연 여부를 체크하면서 연구비 지출 패턴의 이상 징후를 문제의 징표로 여긴다. 