감사원의 성과감사는 정책평가 기능보다는 회계감사 등에 중점을 두고 있다는 점에서 진정한 의미의 정책평가 기능이 결여되고 있다는 문제점이 지적되고 있다. 따라서 이러한 회계감사 위주의 관행은 결국 연구성과 창출, 활용 및 사업화 시스템 등 전반에 걸쳐 연구행정에 대한 효율성 즉, 연구비 등의 집행에 대한 효율성 부분으로 감사영역이 제한되는 문제로 변질되고 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해서는 정책평가에 대한 객관성을 강화하고 이를 감사원의 성과감사와 국회의 감시기능과 연계시킴으로써 평가제도가 목표로 하고 있는 자율적인 연구환경의 조성과의 간극을 좁힐 필요가 있다고 본다.
감사원의 회계감사 위주의 성과감사는 연구비 집행 효율성 중심이 문제여서, 정책평가 객관성을 강화하고 이를 국회의 감시기능과 연계함으로써 자율적 연구환경을 조성해야 한다.