첫째, 저소득 수급계층의 방과후돌봄서비스 중복혜택 가능성이 있다. 방과후돌봄서비스 대상의 대부분이 저소득층, 기초수급계층으로 한정되어 있다. 저소득 수급계층의 경우 교육부의 초등돌봄교실, 보건복지부의 지역아동센터, 여성가족부의 방과후 아카데미를 모두 이용할 수 있다. 수차례 감사원 감사를 통해 중복 혜택을 감시하고 있지만 이용자 통합 DB가 없어 중복에 대한 철저한 확인과 일상적 감시가 어려운 상황이다. 또한 초등돌봄교실, 지역아동센터, 방과후 아카데미와 드림스타트 간 프로그램이 중복되고 있어 대상자 확보문제로 지역내 각 사업 간 갈등이 종종 발생하고 있는 실정이다.
통합 DB가 없어 저소득 수급계층의 방과후돌봄서비스 중복혜택을 감시하기 어렵고, 프로그램 중복으로 인한 대상자 확보 문제로 사업 간 갈등이 발생한다.