교육과정 거점학교는 2013년 “일반고 Jump Up” 사업의 일환으로 시작되었다. 당시 일반고 위기에 대한 사회적 인식이 팽배했고 수요자 중심의 맞춤형 교육이 교육의 트렌드로 대두되면서, 학생의 진로 적성에 맞는 다양한 진로집중 교육과정 및 학습 환경 조성이 필요해졌기 때문이다. 2013년 4월 일반고 Jump Up 추진단이 구성되고, 7월에 공모 절차를 거쳐 9월부터 시범 운영을 한 학기 동안 진행하였고, 2014년 3월부터 본 운영을 시작하였다. 2015년부터 “일반고 전성시대” 사업에 통합되어 서울특별시교육청의 역점사업으로 진행되고 있다. 교육 참석 인원과 학교 수도 양적·질적 증가를 보이고 있는데 시범운영 당시에는 5개 영역 22개 학교에서 953명의 학생이 참여하였지만, 2016년에는 8개 영역 47개 학교에서 연인원 5,001명의 학생이 참여하고있다. 이와 같은 서울특별시교육청의 성공에 힘입어 인천, 충청북도, 경상북도, 전라북도 교육청에서도 교육과정 거점학교를 운영 중이다.
교육과정 거점학교는 일반고 Jump Up 사업의 일환으로 수요자 중심 맞춤형 교육이 트렌드로 대두되면서 학생 진로 적성에 맞는 다양한 진로집중 교육과정 및 학습 환경 조성됐다. 이후 일반고 전성시대 사업에 통합돼 서울교육청 역점사업으로 진행되고 있다.