셋째, 위험기반 집행이 전체 시스템 보다는 특정 조직들에 관한 경우 어떤 특정 조직에서 비롯된 ‘시스템적 위험(systemic risks)’에 초점을 맞추는 위험기반 접근이 어떻게 연관지울 수 있을 것인가에 대한 상당한 이슈들이 제기될 수 있다. 또한 대부분의 피규제자가 위험을 관리할 의향과 역량도 지니고 있지 않은 상황에서, 규제집행기관은 피규제자들이 동일하게 순응하지 않을 수도 있고 특정 개입을 따르는 전략들을 변경(예를 들어, 제재의 부과가 바람직하지 않는 행태변화로 이어지는 것)할 수도 있는 규제집행문제에 직면할 수 있다 (Lodge & Wegrich, 2012: 87-88).
위험기반 집행이 ‘시스템적 위험’에 초점을 맞추는 접근법에 대한 문제가 제기될 수 있다. 피규제자가 위험관리 능력이 없을 때, 규제집행기관은 집행에 문제가 있을 수 있다.