앞으로 융합연구 평가체계는 기존 평가체계를 개선하여 차별화되게 운영해야 한다. 평가자 측면에서는 전문적이고 다면적인 평가자를 구성하여 객관적인 평가가 이루어져야 한다. Research Council 구성 및 융합분과 및 연구평가단 개설하여 평가자를 일정 수 이상 확보하고 역평가제 도입이 필요하다. 전문성을 강조하기 위해 Peer review제도를 도입하고 Peer review 과정에서 연구자들이 선호/비 선호 평가위원단을 제안할 수 있도록 시스템 구축이 이루어져야 한다. 더불어 융합연구의 네트워크 개방성을 고려하여 최종 수요자 및 이해관계자를 평가에 참여하는 방안을 고려해야 한다. 평가지표의 측면에서는 과제 제안시 달성하고자 하는 성과지표를 선정할 수 있도록 절차를 도입이 요구된다. 또한 연구성과의 불확실성을 감안하여 연구목표 달성도, 개념정리, 교육 효과 등의 새로운 지표를 제안 및 적용하여야 한다.
융합연구 평가체제의 개선 시 연구평가단을 개설하고, 역평가를 실시하거나 동료평가 과정에서 연구자가 선호/비선호 평가위원단을 제안하게 하여 전문성을 높여야 한다. 네트워크 개방성을 위해 최종 수요자를 평가에 참여시키는 것도 필요하다.