한국한방고등학교는 한방시장과 한방자원 분야의 기술인을 양성하는 ‘한방자원과’, 한방과 양방 분야의 보건인을 양성하는 ‘한방보건간호과’를 운영하고 있다. 한방자원과는 한방자원의 생산, 분류, 가공, 저장, 유통에 이르는 지식을 폭넓게 습득한다. 전공과목은 농업의 이해, 한방자원식물 분류학, 약용식물 재배실습과 가공 등으로 나뉜다. 농업생명과학 분야에 속하는 전공 특성상, 1·2학년 때는 농업의 기초 이론을 배운다. 3학년 때는 널리 쓰이는 한약재 200여 종의 효능과 쓰임새에 대한 심층 교육이 이뤄진다. 한방보건간호과는 간호 인력을 양성하는 일반 교육 기관처럼 양·한방 병행 수업을 운영한다. 간호의 기초, 공중보건, 인체의 구조와 기능, 한방응급간호 등으로 전공과목이 구성된다. 그중에서도 한방재료실습이라는 특화 과목을 넣어 차별화를 꾀했다.
한방시장과 한방자원 분야의 기술인을 양성하는 ‘한방자원과’와 한방과 양방 분야의 보건인을 양성하는 ‘한방보건간호과’를 운영하는 한국한방고등학교는 기초부터 심층교육까지 책임진다.