이러한 이유로 국가 연구개발 사업을 통해 구축된 시설 및 장비의 효율적이고 효과적인 관리․운영에 관한 제도의 확립이 시급하다. 이에 따라 박근혜정부 들어「국가연구시설·장비 운영·활용 고도화계획」을 수립하고 시설장비의 구축 및 활용의 효율성을 제고하고자 노력하고 있다. 하지만 그럼에도 여러 가지 우려가 있는 것이 사실이다. 우선 범부처 차원의 협력이 가능할 것인지에 대한 의문이 있다. 2012년 4월 국가과학기술위원회에서 발표한 2010년도 국가연구시설·장비 조사 분석 보고서에 따르면, 2005~2010년 간 부처별로 투자된 연구시설·장비는 교육과학기술부 36.2%, 지식경제부 53.9%로 양분되어 있는 가운데 그 외에 국토해양부(1.5%), 농촌진흥청(1.2%), 환경부(1.1%), 보건복지부(1.0%)의 순이다. 범정부차원에서 국가연구시설 및 장비에 대한 공동 활용이라는 총론에 공감하더라도 실질적으로 장비 구축과 관리는 부처 단위로 이루어지므로 범부처 차원의 효율성 제고에 어려움을 겪을 수밖에 없다. 부처 간 협력을 통한 국가연구시설 장비의 공동 활용 확대를 유도하고 있지만, 이를 강제할 만한 법제도가 충분하지 않은 것도 문제이다. 그렇기 때문에 국가연구시설 장비의 체계적인 관리 및 공동 활용을 촉진을 위한 제도규정이 필요하다. 「국가연구시설·장비 관리 표준지침」이 2011년 6월에 개정되었지만, 「정부 출연 연구기관 등의 설립 운영 및 육성에 관한 법률」 및 「과학기술분야 정부출연 연구기관 등의 설립 운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 정부출연 연구기관 및 특정 연구기관 육성법의 적용을 받는 연구기관의 기본사업에는 적용이 불가능하며, 또한 범부처 차원의 일원화된 제도가 아니기 때문에 처별 규정 내 연구시설 장비 관련 관리 등도 어렵다. 이러한 상황을 종합할 때, 국가연구시설·장비의 효과적 관리를 가능하게 할 법 제도에 대한 학술적·정책적 검토가 필요한 시점이라고 할 것이다.
박근혜 정부는 국가연구시설과 장비의 관리 및 운영을 개선하기 위해 노력하고 있지만 다양한 우려가 존재한다. 그 중 하나는 부처 간 협력 가능성에 대한 의문인데, 2012년 국가과학기술위원회의 보고서에 따르면 부처별 연구시설과 장비는 지식경제부와 과학기술부에 집중되어 있다. 부처별로 시설 및 장비를 관리하는 상황에서 부처 간 협력 시 효율적인 관리는 쉽지 않을 것이다. 게다가 기존의 관리지침은 적용 범위에 한계가 있으므로 시설 및 장비의 효과적인 공동 활용과 관리를 위한 제도를 검토할 필요가 있다.