독립기관화 하는 방안에서 주의하여야 할 점은 농신보와 신보를 통합하는 것을 고려하는 것이다. 금융위원회가 동일하게 관리하고 있으므로 신용 보증기관의 통합을 고려할 수 있기 때문이다. 그러나 이는 농업발전에 필요한 정책수단을 상실하는 문제가 초래될 것이다. 신보는 중소기업을 대상으로 하고 있지만 농신보는 기업 이외에 개인농가를 대상으로 한 신용보증이 있기 때문에 차별성이 있다. 농신보와 신보가 통합되면 개인농가에 대한 신용보증은 매우 축소될 수밖에 없다. 또 농업부문에 대한 신용보증이 매우 낮아져 농업발전을 촉진할 수 없다. 따라서 농신보의 독립기관을 추진하더라도 별도로 독립기관화하여야 할 것이다.
농신보의 전문성 강화를 위한 관리체계 개선을 위해 농신보를 농협중앙회에서 분리하여 농업정책금융을 담당하는 별도의 전문기관으로 독립시키는 것이 필요하다.