자외선소독장치는 대상수에 대한 자외선투과율에 의해 소독의 성능이 좌우되기 때문에 합류식 하수도의 경우 SS가 높고 투과율이 낮은 강우시 월류수에 자외선소독을 적용할 때에는 충분한 고려가 있어야 한다. 자외선에 의한 소독효과는 자외선 조사량에 비례하고, 자외선 조사량은 자외선 조사강도 (W/㎡)와 조사시간(s)과의 크기로 구하게 된다. 2차 처리수의 소독의 경우 소독 직후의 대장균군의 평균 살균율을 99.9% 정도로 할 수 있는 자외선 소독은 광회복을 고려하더라도 대장균군 살균율로 볼 때 염소소독과 같은 소독 성능을 갖고 있으며, 방류수 속의 대장균군수를 안정적으로 3,000개/㎤ 이하로 유지할 수 있다. 자외선램프의 경우에도 목표로 하는 미생물 살균율을 확보하도록 운영하여야 한다. 방류수 속의 대장균군수를 1㎤ 에 3,000개 이하로 하기 위해 살균율을 달성하는데 필요한 자외선의 조사량은 일반적으로 다음과 같다.
잉여슬러지량 및 슬러지 계면을 상시 모니터링하여야 하여 생물반응조에 문제가 발생하지 않도록 운영하여야 한다.