국가의 공공재정의 상태는 과학기술정책을 집행하는 정부의 역량을 결정할 뿐만 아니라 해외로부터의 자금투자 유인, 신뢰감 형성을 만들어 낼 수 있는 매우 중요한 사안이지만, 경제위기를 거치며 정부지출 비용의 대폭적 증가와 동시에 세제수입 하락으로 인해 많은 나라에서 GDP회복세에도 불구하고 높은 수준의 공공적자 부담을 갖고 있는 상태이다(OECD, 2014a). OECD국가의 재정적자 (Gross government debt)가 GDP를 넘어서는 나라가 점점 많아지고 있으며, 이에 따라 대부분의 국가들은 공공 부채를 줄이기 위해 대규모의 국가재정 강화 방안이 필요하게 되었다(OECD, 2011b). 재정 강화를 위한 여러 조정방안들은 기본적으로 전체 국가 시스템의 구조적인 측면을 고려해 수행되는 것으로써 일반적으로 세금을 증가시키고 공공지출 감소 등의 조치가 취해지게 된다. 그러나 특정영역에 대한 정책개입, 조세부담, 세금감면, 정부 R&D예산 등에 관련한 정책변화는 그 내용에 따라 수요부진 야기, 기업 수익 감소, 민간투자 감소 등의 문제점을 야기함으로써 혁신 시스템에 큰 영향을 끼칠 수 있어 조심스런 선택이 요구된다(OECD, 2014a).
많은 나라에서 높은 수준의 공공적자 부담을 갖고 있어 부채를 줄이기 위한 대규모 국가재정 방안이 필요해진다. 보편적으로 세금을 증가시키는 등의 조치가 있지만 특정영역에 대한 정책변화는 혁신 시스템에 큰 영향을 끼칠 수 있으므로 조심해야 한다.