비인가 대안학교 문제의 해법을 찾기 위해서는 우선적으로 비인가 대안학교의 정당성 여부를 따져보아야 한다. 비록 실정법상으로는 불법으로 규정되어 있을지라도 상식이나 법리적으로 정당성이 인정된다면 그 존재를 합법화 하는 방향으로 법을 개정해야 할 것이다. 이를 위해서는 학생이나 학부모가 비인가 대안학교를 선택할 수 있는 정당한 권리를 갖고 있는가를 검토해 볼 필요가 있다. 여기서 정당한 권리란 한편으로 인간이라면 누구나 누릴 수 있는 자연권이라는 의미이며, 다른 한편으로는 대한민국 국민이라면 누구나 허용되어야 하는 헌법적 권리라는 의미이다. 달리 말하자면, 비인가 대안학교를 선택하는 일이 대한민국 국민으로 응당 누릴 수 있는 기본적 인권으로 볼 수 있는가를 검토하는 일이다.
비인가 대안학교 문제 해결을 위해 이들의 정당성 여부를 따져야 한다. 실정법상 불법이더라도 법리적으로 정당하면 합법화해야 한다. 비인가 대안학교 선택에 헌법적 권리가 있는지를 검토한다.