천궁의 병해충도 기후나 재배 환경조건과 밀접한 관련이 있다. 천궁의 주요 병으로는 흰가루병, 잎마름병 등이 있다. 흰가루병은 장마 전 고온기에 주로 발생하며 주변 잡초를 제거하고 약재를 살포하면 경감할 수 있다. 잎마름병은 초기 증상이 탄저병과 비슷하며 처음에는 잎줄기에 작은 반점이 나타나고 장마 후 심한 경우에는 잎 전체가 말라죽는다. 6월 하순부터 발병하여 점차 증가하는데 이어짓기를 피하는 것이 효과적 방제방법이다. 충해로는 점박이응애와 차응애 피해가 심하며 8월경 고온 조건에서 주로 발생한다. 가장 피해를 많이 주는 해충은 뿌리응애인데 5월 하순부터 6월 상순경 지상부 끝이 노랗게 변하며 포기 전체의 생육을 떨어뜨린다. 포기를 파보면 뿌리가 썩어들어 피해가 크다. 이를 예방하려면 씨뿌리를 약제에 담가 소독한 뒤 심는다.
천궁에 발생하는 병해충 또한 날씨나 재배환경과 관련이 깊은데 주요 병은 흰가루병, 잎마름병 등이 있고, 충해는 점박이응애, 차응, 뿌리응애 등이다.