지속가능한 갯벌 어업을 위해서는 갯벌의 환경 수용력을 기반으로 하여 갯벌을 이용할 수 있도록 관리할 수 있는 시스템의 마련이 필요하다. 갯벌 양식 신호등 시스템은 갯벌 환경 및 지속가능성에 대한 정보를 제공함으로써 어업인이 스스로 양식 및 채취량을 조절하여 자율적으로 관리할 수 있도록 하는 1차적 기능과 일반 국민들에게 갯벌의 현재 상태와 지속가능성에 대한 정보를 제공함으로써 국민이 자원관리에 참여하여, 패류의 채취를 자제하고, 갯벌 보호에 동참하도록 하는 2차적인 기능이 있다. 또한 중장기적으로는 국가의 정책적 지원 사업과 연계하여 갯벌의 관리수단으로 활용할 수 있다.
갯벌 양식 신호등 체계는 갯벌의 환경 수용력 내에서 양식 및 채취가 이뤄지는지 알려줌으로써 어업인·국민·국가 모두 연결되어 오래갈 수 있는 갯벌 어업을 가능하게 한다.