그러나 총사업비 140억원 중 지방비 부담금(약 20억원)의 적정성 문제가 제기되고 있다. 정부의 재생에너지 관련 실증사업이라는 점과 열악한 지방재정 상황을 감안해 최대한 국비로 충당해야 한다는 지자체의 입장과 시운전과 보수점검 이후 지자체가 운영하여 수익(예컨대, 예상 수익 총 5억원 중 지자체의 운영 관리비 3억원, 주민공익사업비 2억원)을 올리기 때문에 일정 규모의 지방비를 부담해야 한다는 미래창조과학부의 입장을 두고 의견교환과 협의가 진행 중이다. 그리고 친환경 에너지타운은 2018년에 미래창조과학부의 주관 아래 충북혁신도시에서 진천군청으로 인계될 계획인데, 이 때 몇 가지 쟁점이 검토되어야 할 것으로 보인다. 예컨대, 진천군청이 주무관청으로서 관련 시설을 제대로 운영 관리할 수 있을지, 하수처리장의 님비화를 피하기 위해 추진된 신재생에너지 복합시설이 지역사회(아파트, 공공시설 등)와 어떠한 환경적 경제적 기술적 관계를 어떻게 맺을지 등이 주요쟁점이 될 수 있다.
총사업비 중 지방비 부담금에 대해 최대한 국비로 충당해야 한다는 지자체의 입장과 지자체가 일정 부분 지방비를 내야 한다는 미래창조과학부의 입장을 두고 논의가 진행 중이다. 그리고 친환경 에너지타운의 인계와 관련해서도 몇 가지 쟁점에 대해 검토해야 한다.