또한 정부는 1980년대에 접어들면서 그동안 정부의 외연확대 중심 산업발전정책으로 인한 비효율을 개선하고 산업의 국제경쟁력 강화를 위해 산업구조 고도화 및 세계적 기술혁신 흐름을 반영한 첨단산업 중심으로 산업구조 개편을 시도하였다. 이에 따라 국가경쟁력 강화를 위한 과학기술의 중요성을 인식하고 ‘특정연구개발사업(1982)’과 같은 정부 주도의 대규모 연구개발사업을 추진하였다. 이 사업은 정부가 연구비를 전액 부담하는 국가 주도 연구개발사업과 정부와 민간이 공동으로 연구개발비를 부담하는 기업 주도 연구개발사업으로 구분되어 추진되었는데(임상규, 2007) 정부출연연구기관이 사업 추진에서 주도적인 역할을 담당하였다. 즉, 1980년대 초반 대규모 국가연구개발사업이 추진되면서 출연연구기관의 역할은 산업화 추진에 필요한 산업기술개발 지원 역할에서 국가연구개발사업을 주도적으로 추진하는 사업수행 역할로 전환된다. 이에 따라 정부의 출연연구기관에 대한 지원도 1970년대의 외부수탁 연구에 의한 불안정성을 줄이고자 예산부족분을 정부가 출연금 형태로 보전해 주는 방식으로 변화되었다. 그러나 이러한 예산지원제도의 변화는 정부의 간섭을 확대해 운영의 경직성을 높이게 된다.(이민형외, 2012) 또한 1980년대는 기업부설연구소 설립이 급격히 증가하는 시기이다. 실제로 1979년 46개에서 1985년 183개로 급격한 증가를 나타냈다. 이것은 기업들 스스로 연구개발 역량을 높이고 기술개발을 통해 제품의 고급화와 원가절감을 모색하기 시작한 것으로 볼 수 있다. 이러한 기업연구소의 증가와 역량 제고는 이후 국가연구개발체계에서 출연연구기관의 역할 변화와 구조 개편에 크게 영향을 미치게 된다.
정부는 1980년대에 기존 산업발전정책에 대한 개선점으로 첨단산업 중심의 산업구조 개편을 시도하였는데, 국가경쟁력 강화를 위한 과학기술 발전의 중요성을 인식하여 정부 주도의 대규모 연구개발사업들을 추진하였다. 이 사업은 국가가 전적으로 운영하는 형태가 우선되었으나 예산지원제도 등으로 결국 유연하지 못한 운영을 보였고, 1980년대 이후에는 기업부설연구소의 증가 및 역량제고가 이루어져 출연연구기관의 역할 변화 등에 큰 영향을 미치게 된다.