국내 양식어업은 정부의 적극적 지원과 민간의 참여를 바탕으로 단기간에 급속한 성장을 이루었으나, 여러 측면에서 문제가 나타났다. 다양한 문제 중에서도 종자 수급, 어장환경, 질병 관리, 개발 품종의 단순화 등이 주요 문제로 지적되고 있다. 즉, 국내의 양식어업의 발전을 위해서는 우량종자 수급 제약, 육상오염원 유입과 자가 오염에 따른 어장환경 악화(생산성 저하, 질병 빈발 등), 장기연작에 따른 노후화, 어장의 환경수용능력 초과에 따른 양식수산물의 질병 발생빈도 증가 및 질병 확산이 순환되는 기존 생산구조의 선결이 필수적으로 인식되고 있다.
우리나라 양식어업은 짧은 시간동안 급성장했지만, 더욱 발전하기 위해서는 우수한 종자의 수급 문제 해결, 장기연작에 따른 낡은 시설 교체 등이 시급하다.