일본 JSPS(일본학술진흥회)에서는 프로그램관리센터(Center for Program Officer System) 프로그램책임자(PO)의 추천을 통해 평가위원 DB를 구축하여 약 18,000명이 등록되어 있으며, 학문 분야별 3,800명의 심사위원으로 구성된 과학연구비위원회에서 평가를 담당한다. 1차평가는 과제당 3~6명의 평가위원이 서면평가와 패널평가를 수행하고 2차평가에서는 1차평가 결과를 조정한다. 그리고 학술시스템연구센터에서는 평가제도 개선을 위한 연구를 지원하기도 한다. 또한 일본 JST(과학기술진흥기구)에서는 과학기술정보 및 전략적 기초연구를 지원하고 있는데 여기에서도 우편평가와 패널평가를 함께 실시하고 PO가 과제의 축소와 중지 또는 확대를 결정하는 권한을 가지고 있다.
일본 JSP의 과학연구비위원회는 연구에 대해 서면평가 및 패널평가를 실행하고 그 결과를 조정한다. JST 역시 과학기술 정보 및 전략적 기초연구에서 평가를 수행하여 과제의 축소, 중지, 확대 여부를 정한다.