마지막으로 살펴볼 MD-PhD는 전문학위과정(MD)과 학술박사학위과정(PhD)이 결합된 의과학 복합학위과정으로 이 프로그램의 전 과정을 이수하였을 경우 MD-PhD 학위가 수여된다. 이에 대하여는 이미 많은 연구와 정책제언이 이루어졌으며 실제로 의학전문대학원과 함께 시행되었으나 현재는 의학전문대학원 폐지와 함께 다시 매우 축소되어 추가적인 검토와 개선이 필요하다. 2017년을 기준으로 총 35개 의ㆍ치의학전문대학원 중 전문대학원 학제를 선택한 대학은 8개 대학(강원대, 건국대, 동국대, 제주대, 차의과학대, 서울대, 부산대, 전남대)이며, 이마저도 축소될 계획이다(교육부, 2017). 이들 대학은 교육부와 한국연구재단의 재정적 지원을 받아 의학전문대학원 체제와 함께MD-PhD를 유지하였으나, 서울대, 연세대 등 주요 대학이 의과대학체제로 복귀한 상황에서 프로그램 시행 및 관리에 어려움이 크다는 입장을 밝혔다. MD-PhD는 전문 임상경험과 연구력을 갖춘 의과학자를 양성하고 의과학 및 생명과학 분야의 연구 경쟁력을 확보할 수 있는 제도임에도 불구하고, 의학전문대학원 정책과 더불어 파행적인 운영이이루어지고 있어 검토가 필요하다.
MD-PhD는 전문 임상과 연구력을 갖춘 의과학자 양성 및  의과학·생명과학 분야의 연구 경쟁력이 있는 제도임에도 불구하고, 의학전문대학원 정책과 같이 파행적 운영 실정으로 검토가 필요하다.