이러한 연구비의 집중은 상대적으로 소규모이거나 초기 조건이 좋지 않은 대학의 연구를 악순환 과정을 통해 더욱 위축시켰다. 대학 간 격차 뿐 아니라 학문 분야에 따라서도 연구의 수월성 평가에 유리하도록 논문 게재가 쉽거나 기업 연구비 수주가 쉬운 분야에 자원이 집중되고 순수 기초학문은 더욱 소외되는 결과를 가져왔다. 경쟁적 배분에 필수적인 계량화된 지표는 대학의 연구력, 특히 상업화 가능성을 중시하므로 풀뿌리 기초연구, 혹은 순수기초 연구의 공간은 점차 축소되었고, 무엇보다 대학의 전통적 이념 가운데 연구가 주가 되고 교육은 연구의 부차적 소산물로 평가되는 계기가 되었다.
연구비 집중 문제가 대학 연구 현장의 악순환을 불러일으켜 연구비 지원이 쉬운 학문에 비해 순수학문은 소외되고, 연구보다 교육을 부차적인 것으로 여기게 되었다.