중장기 원천연구의 경우에는 논문의 질과 특허의 질(궁극적 목표 달성에 필요한 논문과 특허의 질적 우수성)이 검토대상이다. 중장기 원천연구 경우 논문이나 특허가 아닌 원천기술의 확보가 궁극적 목표이다. 즉 질적으로 우수한 논문이 산출되었다고 하더라도 원천기술을 확보하지 못하였다면 질적으로 우수한 성과를 산출한 것이 아니다. 특허의 경우에도 현재 사용 중인 특허의 질 관련 스마트 지표가 원천연구에 있어 특허의 질적 지표로 활용 가능하다. 목표달성의 우수성을 질적으로 평가 가능한 모델을 개발하여 중장기 대형 과제의 논리 모형을 제시‧도출하고 그 논리모형에 따라서 단계별로 산출되어야 할 궁극적 목표 성과들이 질적 평가지표가 되어야 한다
중장기 원천연구의 경우에는 논문의 질과 특허의 질이 검토대상이다. 우수한 논문이 산출되었다고 해도 원천기술이 없다면 우수한 성과를 낸것이 아니다.