의료행위에 대한 평가가 필요하다는 논의는 2000년대 초반부터 시작되었다. 2003년부터 학계를 중심으로 근거에 기반 한 건강보험 급여정책 수립을 위해서 의료기술평가에 대한 제도화가 필요하다는 논의가 있었다(신채민, 2014). 당시 의료행위에 대해서는 의료인 단체나 전문학회 등의 의견을 바탕으로 안전성 및 유효성을 평가하는 방식이었기 때문에 평가의 공정성이나 객관성에 대한 지속적인 문제제기가 있었다(신채민, 2014). 특히 근육 내 자극요법(Intra-Muscular Nerve Stimulation, IMS)의 안전성․유효성을 평가하기 위한 근거자료가 부족하다는 문제가 부각되면서 새로운 의료행위에 대한 체계적인 분석 방법과 과학적 근거가 필요하다는 주장에 힘이 실리게 되었다(이선희, 2014).
의료행위 평가의 필요성은 건강보험 급여정책을 위해 처음 제기되었다. 당시 동종업계에 의한 평가방식으로 신뢰성 문제가 있었지만, 새로운 의료행위에 대한 분석과 근거가 필요하다는 이유로 적극 추진되었다.