2004년에 IQWiG에 할당된 임무는 주로 임상적 편익(benefit assessment)에 국한되어 있었다. 2007년 개혁으로 2009년부터 독점적으로, G-BA 또는 BMG로부터 의약품 및 치료법의 비용-편익 평가를 의뢰받아 full HTA agency의 기능을 하고 있다. IQWiG의 비용-편익 평가는 G-BA에서 의료보험 급여가 적절한지, 수용가능한지, 합리적인지에 대한 해답을 주며, 이를 통해 효과가 없다고 밝혀진 약물의 급여를 삭감하기 위해 이용될 수 있다. 그렇다하더라도 IQWiG의 평가가 G-BA의 최종 의사결정을 결정하지는 않는다. 그러나 G-BA의 정책이 IQWiG의 조언을 따르지 않을 때에는 그 정당성을 제공할 필요가 있다.
IQWiG는 G-BA의 의료보험 급여에 대한 CBA를 수행하고 있다. G-BA는 분석결과에 따라 특정 약물의 급여를 삭감할 수 있으며, 정당한 이유가 있을시 분석 결과를 따르지 않아도 된다.