신규선정평가에서 기준은 크게 기술자체의 창의성(10점), 연구그룹의 탁월성(40점), 연구내용의 우수성(35점), 연구성공 가능성 및 파급효과(15점) 등이다(교육과학기술부, 2012). 이러한 배점구성은 타 연구사업에서도 일반적으로 활용하는 수준이다. 본 사업에서 선정기준에서 특징적인 것은 세부 항목 중 가장 배점이 높은 항목이 전문인력 양성(25점)인 점이다. 학위과정생의 파견, 상호 논문지도, 학점교류등에 대한 배점이 높은 것은 본사업의 취지가 융합연구 활성화를 위한 기반조성에있음을 의미한다. 단계평가(성과평가)에서의 평가기준 구성에서도 가장 높은 비중을 차지하고 있는 것은 역시 연구결과의 우수성(40점)으로 논문, 특허, 기술이전 등의 우수성이 결국 단위과제의 성패를 가늠짓는 요소인 것을 알 수 있다. 앞서 제시한 융합연구의 4가지 특성에 입각해 선정기준과 평가기준을 살펴보면 다음과 같은점을 발견할 수 있다. 혁신원천의 다원성 측면에서는 선정평가 시 학연협력을 기준으로 제시하고 있지만, 다양한 학제의 참여를 요구하지 않는다는 점에서 융합연구의 본질적 특성을 충분히 반영하고 있지 못하다. 연구방법의 비정형성 측면에서는 연구수행 방법에 대한 기준이 따로 없어 연구과정 자체에 대한 고려는 없는 것으로 판단된다. 연구성과의 불확실성 측면에서 살펴보면, 선정기준에서는 녹색분야에 대한 언급으로 제한된 활용범위를 예정하고 있으며, 성과평가기준에서는 논문, 특허, 기술이전 등 계량적 평가지표가 가장 큰 비중을 차지하고 있어, 융합연구의 다양한 성과창출 가능성을 배제하고 있음을 알 수 있다. 마지막으로 네트워크 개방성 측면에서는 동 사업이 주로 동일 분야의 학·연 연계에 무게중심을 두고 있어 융합연구 수행에 있어서 네트워크 확장이 크게 장려되지 않음을 발견할 수 있다. 결론적으로   동사업의 선정평가와 성과평가 역시 기존 연구개발사업 내의 단위과제에 적용하던 계량적 기준과 큰 차별성이 없이 추진되어 왔음을 발견할 수 있었다.
본 사업의 취지는 융합연구 활성화를 위한 기반조성에 있다. 그런데 선정평가 시 다양한 전문분야의 참여를 요구하지 않는다는 점, 성과평가기준에서 계량적 평가지표가 비중이 크다는 점, 동일 분야의 학·연 연계가 중시되는 점에서 융합연구의 특성을 반영하지 못하고 있고 기존 연구개발사업과 차별성이 없음을 알 수 있다.