이와 같이 현행 제도에서는 기본적으로 양식 수산물을 유기수산물 인증대상으로 보고 있으며, 갯벌 생산 환경 특성상 수질기준 충족과 병해관리에 한계점이 있어 갯벌생산 수산물은 유기수산물로 인증받기 어렵다. 또한 인증대상품목도 34개로 한정되어 있고 꼬막, 바지락, 백합과 같이 국내 소비량이 많은 패류는 인증대상에 포함되어 있지 않은 등 제도상 한계점이 있다. 이와 같은 한계점을 극복하기 위해 국민의 수산물 소비특성, 시장분석, 상품개발 가능성 등을 고려하여 우선 제도 도입 품목을 선정할 필요가 있다. 또한 갯벌양식생산 수산물의 안전, 위생수준 강화를 위해 단계적으로 수산물 인증 및 등록 의무대상 품목을 순차적으로 확대해 나갈 필요가 있다.
갯벌생산 수산물은 수질기준 충족과 병해관리에 취약하여 유기수산물로 인증받기 힘들고 인증대상품목도 제한적이라 패류들이 제외되므로 우선 제도 도입 품목을 선별하고 인증대상을 늘려나갈 필요가 있다.