이 사업의 전개 과정을 간단하게 서술하자면 다음과 같다. 먼저 AMED의 창약기술전략부가 학회 등의 공개정보와 대학이나 공공 연구기관으로부터 요청해서 얻은 신약 개발 가능성이 있는 연구 성과를 수집하고 검토한 뒤, 신약으로 발전할 가능성이높은 연구 성과들을 선정한다. 이후 창약기술전략부는 창약지원네트워크와 함께 기술지원에 관한 연구개발계획을 수립한다. 이를 거쳐 지원이 결정되면 PI PM(Project Manager), 기술제공기관, CRO 기업 사이의 긴밀한 협력 하에 프로젝트가 진행될 수 있도록 기술,설비, CRO 경비를 제공한다. 이 창약종합지원사업의 초창기에 연구 성과들을 획득하는 주요한 원천 가운데 하나가 “산학협동 스크리닝 컨소시엄”인데, 이는 기업이 보유하고 있는 화합물 라이브러리들을 수집하는 주요 원천이다. 만약 창약종합 지원사업이 DISC를 통해 컨소시엄 가입 기업의 화합물로부터 시작된 것이라면, 해당 기업에게 피드백해줄 뿐만 아니라 컨소시엄에 가입한 기업들에게 모두 공유된다.
창약종합 지원사업은 먼저 신약 개발 발전 가능성이 있는 것들을 선정한다. 이후 연구개발계획을 수립하고 지원을 결정한다. 한편 “산학협동 스크리닝 컨소시엄”에 속한 기업의 화합물로부터 사업이 시작되면, 해당 기업에 피드백해주며 컨소시엄 가입 기업들에게 모두 공유된다.