다만 실제로 물을 공급받는 시설에 있음에도 본 지표의 상수도 보급인구에 포함되지 않는 시설이 있다. 인가받지 못한 마을상수도, 소규모 급수시설, 우물 등의 수원이다. 지역 환경 특성상 급수인구 100인 미만이 사용하는 소규모 급수시설이나 우물 등이 운영상 적합하고 잘 관리되는 경우 시설 보급을 통한 상수도 보급률 목표를 100%로 세우는 것은 적절하지 않을 수 있다. 그럼에도 불구하고 작은 규모의 수도시설에 대한 실태현황 조사결과 시설의 노후, 관리체계 부실, 고장 등의 문제가 보고되고 있다. 국립환경과학원(2013)에 따르면 마을상수도와 소규모 급수시설은 2012년 기준 1만 9,128개소에 이르나 마을대표 등 비전문가에 의해 관리됨에 따라 수량부족, 수질기준초과 등의 문제 발생 시 신속하고 전문적인 대처가 부족함을 지적하였다. 이에 대응하기 위해 2006년부터 환경부와 농림수산식품부가 함께 소규모 수도시설 종합개선대책을 마련하여 실태조사 및 노후시설개량 등의 정책을 추진하였고, 2008년부터는 25년 이상 노후시설과 수질기준 초과시설에 대한 시설개량 또는 지방상수도 전환 정책을 추진하고 있다.
작은규모 수도시설 조사결과 고장, 시설노후 등 문제가 보고되며 비전문가의 관리로 수질기준초과, 수량부족 등 문제 발생 시 전문적 대처가 부족했고 이에 대응해 환경부와 농림수산식품부는 종합개선대책 마련 및 노후시설개량 정책을 추진했고 25년 이상의 노후시설에 대한 지방상수도 전환정책을 추진했다.