근거중심의사결정의 흐름을 보면 먼저 실험적이든 관찰적 연구이든 임상연구를 통한 근거의 생성과정(generation)이 있고 생성된 많은 일차 연구들에 대하여 체계적인 방식을 통하여 문헌들을 찾고 비평적 분석을 하며 가능한 경우 정량적 분석을 하여 근거를 합성(synthesis)하는 과정이 있게 된다. 이렇게 생성된 지식은 의사결정 주체를 통해 이 근거에 기초하여 여러 가치들을 고려한 가치판단(appraisal)의 과정을 거쳐 권고 혹은 결정을 하게 된다. 가치판단의 과정에서 과학적 정보나 지식에 대한 해석이 이루어지며 여기에 윤리, 사회 및 경제적 측면 등에 대한 고려를 하여 그 사회의 그 시점에서 현실을 반영한 최선의 의사결정을 하게 된다. 이러한 가치 판단의 과정에서 고려하는 사항들은 먼저 의학적 근거로써 근거의 양과 질적 측면, 불확실성 그리고 이득과 위해의 종합적 판단이다. 또한 비용효과성, 이해당사자들의 견해, 수익자의 선호, 사회 윤리적 문제들 그리고 제공가능 현실성들에 대해 고려하게 된다.
근거중심의사결정 흐름을 보면 임상연구를 통한 근거 생성과정과 합성하는 과정이 있다. 생성된 지식은 가치판단 과정을 거쳐 권고 또는 결정을 한다. 가치판단 과정에서 윤리, 사회 및 경제적을 고려하여 현실을 반영한 의사결정을 하게 된다.