그러나 앞서 언급한 내용 외에도 식료품 시설에서의 예방통제법 설립을 위한 요건 및 기준, 작물 생산자를 위한 식품안전 기준, 그리고 식품 수입조건에 관한 지침 등 기타 많은 사항에 관한 규제들이 법률이 명시한 규제제정 일자(2012년 및 2013년 초)를 초과하였음에도 불구하고 최종규제가 제정되지 못하였다. 이에 따라 2013년 4월에는 비영리 단체인 식품안전센터(Center for Food Safety)는 규제 지연을 명목으로 연방 법원에 행정 소송을 제기하기도 하였으나, 캘리포니아 연방 지방 법원은 식품의약국의 규제제정 기한을 인정하면서도 식품안전 규제 제정의 신중함을 동시에 강조함으로써 상호 타협적 논의를 할 것을 권유하였다(U.S.Chamber of Commerce). 한편, 현재까지 지속되고 있는 논의 중 지난 2015년 9월 17일 제정된 ‘식용 식료품에 관한 모범 생산 방식, 위험 분석, 그리고 위험-기반 예방통제법’(80 FR 55907)의 경우 최종규제가 공표되었음에도 불구하고 세부 쟁점 사안 등을 논의하기 위하여 식품의약국은 이에 관한 공청회를 진행한다는 제안규제를 발의하였다(80 FR 57136). 이외에도 감독 및 시행, 예산, 육류 및 가금류 검사, 항생물질 투여, 해산물, 식품 재료 위반, 수입 식품, 건강 보조 식품, 형사 처분 및 집행, 살충제 잔여물, 농업 생물공학 등의 많은 세부 부문에서 규제가 제정되지 못하고 여전히 다뤄야 할 의제로 남아 있다(CRS, 2015a). 이와 같이 식품안전근대화법이 제정된 지 5년이 지났음에도 불구하고 많은 양의 시행 규제가 제정되지 못한 이유는 행정관리예산국(Office of Management and Budget: OMB)의 장기화된 규제 검토 과정, 주요 제안 규제에 관한 공공 의견수렴 기간의 지체 및 연장 요청, 관련 이해관계자에 의한 규제 보류 요청, 기타 식품안전 관련 행정기관 간 협력 체계 마련 미비, 그리고 집행 예산 및 인력 부족 등의 문제가 지적되었다(CRS, 2015a).
앞서 언급한 내용 외에도 식료품 시설에서의 예방통제법 설립을 위한 요건 및 기준, 작물 생산자를 위한 식품안전 기준, 그리고 식품 수입조건에 관한 지침 등 기타 많은 사항에 관한 규제들이 법률이 명시한 규제제정 일자(2012년 및 2013년 초)를 초과하였음에도 불구하고 최종규제가 제정되지 못하였다.