줄기마름병은 과다결실, 조기낙엽, 가뭄 피해, 질소과다, 강한 전정 등에 의해 나무 세력이 약해지거나 영양상태가 불량한 상태에서 겨울철 추위 등으로 가지가 피해를 받을 경우 발병이 심하다. 따라서 잘 부식된 유기물을 시용하여 나무의 수세를 건전하게 유지하고, 가뭄 시에는 물대기를 잘하여 가뭄 피해를 받지 않도록 한다. 또한 결실관리와 양분관리를 철저히 해 수세를 건전하게 유지시키는 것이 무엇보다 중요하다. 병에 감염되어 말라 죽은 가지는 일찍 제거하여 소각하고, 등록된 약제를 살포한다. 특히 겨울철 동계 약제인 석회유황합제를 철저히 살포한다.
줄기마름병을 방지하려면 나무를 건강히 하고 가뭄 시 물대기로 피해를 막아야 한다.  병으로 말라죽은 가지를 일찍 제거하고 등록약제를 살포하는 것도 중요하다.