둘째, 대학 연구지원의 방식을 보면 OECD 국가 중에서 우리나라는 연방정부가 아닌 주정부가 대학 연구에 관한 일반교부금을 지원하는 미국과 함께 정부의 대학 연구 지원이 경쟁 방식으로만 이루어지는 유이(有二)한 국가이다. 우리나라의 경우, 정부의 대학 지원 중에 국립대학 교원 인건비, 시설 투자 등 R&D 일반교부금 성격의 지원이 있긴 하나 R&D 통계에서 별도의 집계는 하지 않고 있으며 대학 연구비의 절대 다수인 약 90% 이상이 개인 단위의 경쟁적 배분 방식을 통해 지원된다. 이에 따라 대학 차원의 특성화 전략에 의한 조직적 연구 수행은 추진하기 어렵고 거의 모든 연구가 교수 연구실 단위에서 수행된다. 대학원생 확보와 연구 시설 및 장비의 구축이 전적으로 교수 개인의 연구비 수주 능력에 달려 있으므로 교수가 정부 R&D에 참여하는 가장 큰 목적은 사업 목적의 달성이 아니라 개인 연구실 운영비 확보가 될 수밖에 없다.
정부의 대학연구비 지원은 약 90% 이상 개인단위 경쟁을 통해 이뤄진다. 그러다보니 대학차원의 조직적 연구가 아니라 교수 연구실 단위로 수행되며, 연구시설이나 연구원 확보는 당연하게도 오로지 교수의 연구비 수주능력에 좌우되는 형편이다.