저분자량헤파린은 상대적으로 분자크기가 일정한 헤파린을 화학적으로 또는 효소적으로 분해하여 저분자량으로 만든 것이다. 저분자량헤파린은 화학적 변형에 각기 다른 생화학적, 약리학적 특징을 보이지만 공통적으로 헤파린과는 구별되는 특징이 있다. 저분자량헤파린은 혈장 단백질, 혈관 내피세포, 그리고 순환하며 돌아다니는 여러 세포들과의 결합률이 낮아서 생체이용률이 90%에 달하는데 이는 30-40%정도인 헤파린의 생체이용률보다 월등히 높다. 저분자량헤파린은 주로 신장에서 배설되며 헤파린과는 달리 용량과 관계없이 혈액 내 반감기가 2배정도 길다. 이러한 특징은 체중에 상관없이 고정된 용량을 사용할 수 있게 하며 하루 한번의 피하 주사로 정맥혈전색전증 예방이 충분하게 하고 모니터링 역시 거의 필요하지 않다(유명철, 2010). 주로 사용되고 있는 저분자량헤파린에는 에녹사파린과 달테파린이 있다. 에녹사파린은 1일 2회 30mg씩 혹은 1회 40mg씩 피하 주사로 투여하며 수술 12-24시간 후 투여를 시작하여 7-10일간 투여를 지속한다. 고관절 치환술 이후에는 35일까지 투여가 가능하다.; 달테파린은 2500 IU또는 5000IU씩 피하 주사로 투여하며 수술 4-6시간 후 2500 IU로 투여를 시작하고 그 후 10일간 5000 IU씩 투여한다. 고관절치환술에만 FDA 승인을 받아 14일까지 투여할 수 있다(Fisher, 2011). 전세계적으로 헤파린 사용이 증가하고 있지마 정형외과 수술에서 저분자량헤파린을 사용하는 경우 정맥혈전색전증 발생률이 30%에 이르고 출혈의 부작용이 거의 감소되지 않은 점을 고려하면 효능과 안정성이 더 향상된 물질이 필요한 상황이다(유명철, 2010).
저분자량헤파린은 세포들과의 결합률이 낮아 생체이용률이 헤파린보다 월등히 높고 혈액 내 반감기도 길어 체중에 무관하게 고정된 용량을 사용할 수 있다. 하루 한번의 피하 주사로 정맥현전색전증 예방이 충분하고 모니터링이 필요하지 않다는 장점이 있다. 그러나 정형회과 수술에서 저분자량헤파린을 사용하는 경우 정맥혈전색전증 발생률이 30%에 이르고 출혈 부작용도 여전히 있어 효능과 안전성이 더 향상된 물질이 필요하다.