두 번의 제도화에도 불구하고 대다수의 대안학교들은 비인가 상태로 존재한다. 이번 연구에서 조사한 바에 따르면 전체 비인가 학교는 287교였는데 이 중 초등과정을 운영하는 학교는 140교, 중등과정을 운영하는 학교는 257교 (초중등을 모두 운영하는 학교 중복)로 대부분의 학교들이 중등과정을 운영하고 있었다. 인가 대안학교 역시 중고등 과정에 집중이 되어 있다는 점을 감안하면 우리나라의 대안교육은 중등과정에 초점이 맞춰져 있다고 말하는 것이 타당해 보인다. 이는 초등과정이 중심이 되는 서구의 대안교육에 비해 매우 독특한 현상으로 대학입시 중심의 교육문제가 영향을 미친 것으로 이해된다.
대학입시 중심의 교육 영향으로 인해 우리나라 대안학교의 대부분은 인가˙비인가 여부에 상관 없이 중등교육에 초점을 맞춰 운영하고 있다. 