건강보험심사평가원은 의료보험연합회에서 수행하던 건강보험 청구자료의 심사 및 여 급여서비스의 적정성 평가 기능을 하는 국민건강보험공단으로부터 분리된 독립된 성격의 기관으로 2000년 7월에 설립되었다. 설립초기에는 심사의 효율화 및 전문화 그리고 급여적정성평가와 함께 신의료기술 급여 관리의 필요성이 크게 대두된 바 있었다(서울대학교 의과대학 의료관리학교실, 1999.7). 이후 건강보험 재정 위기로 인한 급여 관리의 중요성 대두, 청구자료의 전산화 및 원 내 데이터웨어하우스체계 구축 등 내부 업무 환경 발전과 함께 정책 지원 업무의 비중이 커졌으며 그 외 DUR 등 신규업무들이 계속 추가되면서 현재 건강보험심사평가원의 조직구조가 확립되었다.
2000년 7월에 설립된 건강보험심사평가원은 초기에는 심사의 효율화, 신의료기술 급여 관리 등의 필요성이 대두되었지만 이후에는 업무가 지속적으로 추가되면서 현재의 조직구조를 갖추게 되었다.