국가 R&D 시스템 혁신은 국가 R&D 기획에서 평가까지 이르는 전 단계의 제도적 혁신을 혁신성장을 지원한다. 구체적으로, 개별 부처에서 진행되던 R&D 프로세스를 범정부적차원에서 지원하며 공급자 중심보다는 연구자 중심의 자율 ․ 창의 ․ 신뢰 기반 R&D 시스템 구축을 목적으로 한다. 또한, 출연연 및 대학의 역량을 제고하고, 지역 스스로 혁신 성장이 가능하게끔 지역 R&D 기반을 강화하며, 연구데이터 공유 ․ 활용 체계를 구축하여 연구성과가 확산될 수 있는 지원체계를 마련해야 한다. 마지막으로 글로벌 기업과의 R&D 연계를 통해 해외사업화를 추진하는 동시에 개도국을 지원하는 방침을 마련해야 한다.
국가 R&D 시스템혁신은 연구자중심의 시스템구축을 목적으로 범정부적 차원에서 혁신성장을 지원한다. 성과향상을 위한 지원체계와 글로벌 기업과의 협업, 개도국 지원 방안 등이 필요하다.