그러나 현재 공정위의 조사 권한(출석요구 및 의견청취, 자료제출 명령 및 영치, 현장조사 및 현장 자료제출요구과 영치)은 상대방의 동의와 협력을 전제로 하는 임의조사의 성격이므로 강제조사권이 없어 위반행위에 대한 증거를 제대로 확보하지 못하는 한계가 있다. 즉 공정위의 조사 권한에 대하여는 과태료 부과를 통해 간접적인 강제력을 행사할 수 있을 뿐 직접적인 실력 행사나 법원의 영장을 발부받아 강제 조사할 권한이 없어 그 조사 과정에서 조사 대상자들이 혐의 입증에 필요한 증거자료를 인멸하거나 은닉할 우려가 매우 높아 위반행위자가 협력하지 않으면 그 위반행위에 대한 증거를 확보하는 것에 어려움이 많은 것이 사실이다.
현재 공정위의 조사 권한은 임의조사 성격으로 강제 조사권이 없어 대상자들의 증거 인멸 및 은닉 가능성이 높아 위반행위에 대한 증거를 제대로 확보하지 못하는 한계가 있다.