현행 융합연구 성과평가의 문제점은 평가 기준 및 평가자의 측면에서 주로 나타났고 평가 과정의 문제는 상대적으로 적었다. 가장 큰 문제점은 융합특성을 반영하지 못하는 평가지표구성(26%), 계량적 평가지표 위주의 평가(24%), 평가자의 전문성 부족(18%) 순으로 나타났다. 융합특성을 반영하지 못하는 평가지표 구성은 선정평가에서도 가장 큰 문제점으로 지적되어 선정, 성과평가 모두에서 전반적인 개편이 필요할 것으로 보여진다. 성과평가 시에는 융합연구의 혁신원천의 다원성, 방법론의 비정형성, 네트워크 개방성을 반영하여 연구 목적, 주제, 방법론, 인적구성 등에 관한 평가지표가 구성되고 평가가 진행되어야 한다. 계량적 평가지표의 문제점은 선정평가 보다 성과분석에서 더욱 중요하게 지적되었다. 성과위주의 정량적 평가는 연구자가 단기적인 확실한 성공가능성이 있는 분야만을 지향하고 도전적인 융합연구를 기피하게 되는 원인이 된다. 연구성과의 불확실성 때문에 융합연구에서계량평가는 도전과 새로운 시도를 방해하는 요인으로 작용한다. 또한 사업과 관련된 융합연구의 경우에는 논문, 특허와 같이 공개적인 성과물을 꺼리는 경향이 있다.따라서 융합연구의 성과평가에서 계량적인 실적 이외에 질적 성과를 정의하고 측정하는 방안을 고민해야 함을 시사한다. 마지막으로 평가 전문성에 있어서 특정 분야의 전문가로 편향된 평가진 구성을 지양하고 융합과제 경험이 풍부한 융합 전문가구성 및 동료평가(peer review)를 확산하는 노력이 필요할 것이다.
융합연구는 현재 성과를 측정하는 과정에서의 문제점을 과정의 문제라기 보다는 기준의 명시와 평가자 역할에 대한 문제가 높다고 보여진다. 특히, 평가에 대한 기준이 융합 연구개발사업에 맞지 않아 개선이 요구된다. 성과만을 위한 평가지표는 부담과 실적에 대한 압박으로 다가올 수 있고 창의적인 개발도 저해한다. 그렇기에 전문성이 있는 평가와 동료평가를 도입하여 실질적인 평가를 해야 할 것이다.