운영을 실행한 결과 운영상의 문제점도 분석하였다. 분석 결과, 통일교육을 위한 환경과 여건이 미흡하다는 점이었다. 통일교육 관련 교과시간 확보와 같은 내용의 다양성이 미흡한 점을 지적하였다. 이는 타 분야 연구학교 운영지원 수준에도 미지치 못하는 지원 내용과 체계일 뿐이라고 아쉬워하였다. 통일교육에 있어 다양하고 실용적인 교육 자료의 제공이 부족하여 학교 현장에서 실질적인 통일교육이 이루어지지 못하는 결과가 나타났다. 그러나 통일교육을 통한 긍정적인 시사점을 도출하였다. 학생 활동 위주의 체험학습을 통해 학생들에게 주체적으로 통일에 대해 고민하고 생각는 기회를 줄 수 있었다. 또한 통일을 준비하는 많은 기관과 단체들의 노력을 경청하는 계기가 되었으며 통일을 준비하는 중추세대로서 책임의식을 가지게 하였다.
통일교육 운영 결과 교육 환경과 여건 면에서 부족한 점이 많았지만 학생들에게 통일에 대해 주체적으로 생각할 수 있는 기회를 주는 등 긍정적인 면도 함께 있었다.