기관차원의 안전관리 체계 운영을 위한 예산은 기관에서 자체적으로 책정하는 안전관리비와 대학이나 연구기관에서 수행하는 연구과제에서 안전관리비를 계상하여 쓸 수 있다. 수행하는 연구과제에서의 예산 지원에 대해서는 연구실 안전법 제13조에 의해 ‘연구주체의 장은 연구과제 수행을 위한 연구비를 책정할 때 안전관련 예산을 반영한다’고 규정되었다(법률 제12873호). 이 때 그 비율은 국가연구개발사업의 경우, 연구과제 인건비 총액(인건비+학생인건비)의 1% 이상 2% 이하로 명시되어 있다. 2012 연구실 안전관리 실태조사에 따르면 대학의 1인당 안전관리비 현황을 살펴보면, 기능대학의 경우 1인당 안전관리비는 일반대학 평균의 절반에도 못 치지는 수준인 것으로 파악되었다.
기관의 안전관리 운영 예산에는 연구실 안전관리비가 포함돼 있다. 연구실 안전법에 산출 기준이 규정돼 있으나, 2012 연구실 실태조사에서 기능대학의 할당 금액은 일반대학 평균의 절반 미만으로 조사됐다.