그러나 현재 한국에서 실시되고 있는 규제영향분석제도에 대한 평가는 대다수 부정적으로 나타나고 있다. 대표적으로 여차민(2010)은 2007년부터 2009년까지 규제영향분석서의 수준을 평가한 바 있다. 2007년도 평가의 경우 2001년 4월부터 2006년 12월까지 정부의 중요규제 중 287건의 규제영향분석서에 대하여, 2008년과 2009년의 경우 각각 328건, 159건의 규제영향분석을 평가하였다. 평가는 규제의 필요성, 규제대안, 사회적 비용·편익, 할인율 등 11개 항목에 대해 이루어졌다. 전반적 평가결과는 ‘규제의 필요성’을 제외한 대부분의 항목에 있어 규제영향분석서가 적절하게 작성되지 않은 것으로 나타났다. 특히 규제대안의 검토, 비용·편익추정 등의 경우에서 이러한 문제점이 더욱 심각하게 나타나고 있었다. 규제대안 검토의 경우 연도별 평균 86.3%의 규제영향분석서에서 분석이 제대로 실시되지 않았고, 비용측정의 경우 연도별 평균 79.1%의 규제영향분석서에서 미흡한 점이 발견되었다. 또한 편익추정에서는 연도별 평균 81.2%의 규제영향분석서에서 분석이 미흡한 것으로 나타났다. 이는 비단 국내에서의 문제점만은 아니다. 박장호·임보영(2009)은 전 세계적으로 규제영향분석에 관한 비판적 평가가 존재하고 있음을 지적한다. 이와 관련된 몇 가지 주요 논의를 살펴보면 첫째, 비용과 편익의 계량화에 대한 지적이다. 규제가 대상으로 하는 대다수 안건들은 경제적 분석이 가능한 영역은 예외적으로 소수이고, 정치적 판단이 우선시 된다는 것을 의미한다. 둘째, 통계조작의 가능성이다. 이는 정책의 담당자가 규제로 인한 비용을 과소 추정하고 편익을 과다하게 계상하여 규제의 입안을 용이하게 하려는 유인에서 비롯된다. 셋째, 규제영향분석이 또 다른 형식주의로 전락할 수 있다는 점이다. 규제영향분석제도가 합리적 규제의 입안을 목표로 하는 것이 아니라, 단순히 절차적 수단으로 사용될 가능성이 존재하기 때문이다.
국내에서 실시되고 있는 규제영향분석제도의 평가가 부정적인 것으로 나타났다.   평가는 규제의 필요성, 규제대안, 사회적 비용 편익, 할인율등의 항목으로 대부분의 항목에서 규제영향분석서가 부실하게 작성되었는데, 이는 국내에서 뿐만 아니라 전 세계적으로 비판적 평가가 제기되었다.  이와 관련된 논의에서 비용과 편익의 계량화에 대한 지적과 통계조작의 가능성 그리고 규제영향분석이 또 다른 형식주의로 될 수 있다는점에 대한 지적이 있었다.