R&D 조직화 문제는 R&D 아키텍처와 R&D 거버넌스 두 가지 문제로 구분지어 살펴볼 수 있다. R&D 아키텍처는 적정 범위의 문제해결 중심 R&D 사업구조 및 이의 융합적 연계구조를 설계하는 것이며, R&D 거버넌스는 문제해결 영역별 연구 거점화를 구축하고 이들 연구거점들을 거시적으로 조정하는 체계를 구축하는 것이다. 이를 비유적으로 표현하면 R&D 아키텍처는 정부 R&D 재정의 지출 구조, 즉 R&D 사업구조라는 H/W를 설계하는 것이고 R&D 거버넌스는 설계된 R&D 사업구조(H/W)를 운영하기 위한 S/W를 설계하는 것과 같다. R&D 조직화의 가장 중요한 목표는 산업 또는 기술분야별 국가적 동원체제를 효과적으로 구축하는 것이다. 국가 차원에서의 성공적인 R&D 조직화는 보다 상위 수준에서의 거시적 조정 비용을 최소화할 수 있는 부가적 효과를 가져다 줄 수 있다.
R&D 분야의 조직화는 산업과 기술분야에서 효과적으로 지출과 사업구조를 설계하고 이를 운영하며 구축하는 것이다. 따라서 국가적 차원에서 R&D 조직화의 성공은 거시적인 조정 비용을 최소화 시키는 효과가 있다.