격리 및 강박의 적용기준과 관련하여서도 ｢정신보건법｣은 격리, 강박을 최후의 수단으로써 최소한으로 행하여야 한다고 규정하고 있으나 지침은 오히려 병실환경을 훼손할 우려가 있는 경우나 과도한 자극을 줄여줄 필요가 있는 경우에도 격리, 강박을 시행할 수 있다고 하여 모법의 적용기준보다 광범위한 법위를 규정하고 있으며, 시행주체와 관련하여서도 모법은 정신건강의학과 전문의의 지시로 격리, 강박을 행할 수 있다고 규정하고 있으나 지침은 당직의사의지시에 의해서도 할 수 있다고 하고 있어 ‘격리 및 강박 지침’은 ｢정신보건법｣의 적용원칙 및 기준을 훼손하고 있다고 볼 수 있다.
격리 및 강박 지침은 격리와 강박을 정신건강의학과 전문의의 지시 아래 최후의 수단으로 이루어져야한다 규약한 정신보건법의 적용원칙과 기준을 손상한 것이라 바라볼 수 있다.