분석은 크게 네 부분으로 나누어진다. 먼저, 본 연구에서 사용된 변수들의 구성 타당도를 살펴보기 위하여 확인적 요인분석을 실시하였다. 이후 각 변수들의 Cronbach’s alpha 값을 구하여 변수들의 신뢰도가 확보되었는지 확인하였고, 가설 검증 이전에 Harman의 단일요인 분석 방법을 통하여 동일방법편의(common method bias)가 존재하는지 확인하였다(김경석, 2006; Podsakoff, MacKenzie, Lee, & Podsakoff, 2003). 또한, 각 변수들의 평균 및 분산과 변수 간의 상관관계를 살펴봄으로써 각 개념들이 어떠한 관련성을 보이는지를 살펴보았다. 세 번째로 구조방정식모형(structural equation modeling)을 통하여 공정성 지각과 보수만족, 이직의도 간의 관계적 메커니즘에 관한 가설의 검증이 이루어졌다. 분석과정에서 보상의 수준 및 원장과의 상호작용에 영향을 미칠 수 있는 현 시설 근속년수 및 이직의도에 영향을 미칠 수 있는 개인주의 등을 통제변수로 사용하였다. 마지막으로 이러한 관계가 내적 동기라는 개인적 특성에 의해서 조절될 것인가를 살펴보기 위해 다집단 수준 분석(multi-group analysis)이 이루어졌다.
네 부분으로 분석을 나누면, 구성 타당도를 살펴보기 위하여 확인적 요인분석을 실시, 단일요인 분석 방법을 통하여 동일방법편의가 존재하는지 확인, 구조방정식모형을 통해 공정성 지각과 보수만족, 이직의도 간의 관계적 가설 검증, 내적 동기에 의해 조절될 것인지 다집단 수준 분석을 시행하였다.