또한 지하수와 토양오염은 불가분의 관계에 있지만 현실적으로 이들은 유기적으로 연계되지 못하고 있다. 즉, 지하수 수질관리를 위해 지하수법과 토양환경보전법과의 정합성 확보가 필요한 실정이다. 나아가 토양 관계 법규는 환경법 성격이 매우 강하고, 중요한 오염원에 대한 모니터링과 심각한 오염발생 시 사후 정화 대책이 수립되어 있지만, 지하수는 토양오염 관리 정책과 연계되지 못하고 있다. 「지하수의 수질보전 등에 관한 규칙｣에서는 특정토양오염 유발시설을 지하수오염유발시설로 일부 인정하고 수질관측을 실시할 수 있다. 하지만 지하수 보존구역 외의 시설의 경우, 특정토양오염유발시설에 의해 오염된 토양의 정화 조치 명령을 받은 경우로 제한하였다. 따라서 잠재오염원 군 중 지하수 오염방지를 위해 특별한 관리가 필요한 시설에 대해서는 실질적으로 모니터링을 포함한 관리가 이루어지지 않고 있다.
지하수와 토양오염은 불가분의 관계이다. 토양 법규는 환경법 성격이 강하고 대책이 수립되어 있지만 지하수는 토양오염 관리 정책과 연계되지 못하고 있다. 따라서 지하수 수질 관리를 위해 지하수법과 토양환경보전법과의 정합성 확보가 필요하다.