미국의 경우에는 동일한 사업 내에 운영 기관이 다양하게 있으며 각 기관별로 독자 적인 사업을 진행한다는 점이 독특하다고 볼 수 있다. 미국의 경우 전체 SBIR 프로그램 운영은 SBA가 전담하고 있으나 구체적인 프로그램은 SBIR 프로그램에 예산 지원 을 하고 있는 11개 연방 기관이 개별적으로 시행하고 있다. 각 연방 기관은 해당 기관의 관여 분야에 적합한 사업에 대한 공고를 내며 phase 1, phase 2 각 단계에서의 지원 규모와 기간 등 기본적인 틀만 통합적으로 사용할 뿐 구체적인 내용과 지원 방식 에는 조금씩 차이가 있다.
미국은 동일 사업의 운영 기관이 다수이며 기관들이 개별적으로 사업을 추진한다. 그래서 해당 사업의 세부내용과 지원방식이 조금씩 다르다.