그러나 동시에, 분권화는 예산 의사결정에 있어 새로운 문제점을 발생시킨다. 대표적인 문제는 중앙 재무부처와 일선 부처 간에 정보 비대칭이 나타나기 쉽다는 점이다. 중앙정부의 재무부처는 각 일선 부처의 사업을 정확히 알기 어렵다. 그뿐만 아니라, 각 부처는 자신들의 사업이 부실하다고 알려질 경우 예산 배분에서 불이익을 받기 때문에 이를 가급적 감추려고 할 유인을 지닌다. 성과 예산 제도(performance budgeting)는 중앙정부의 예산부처와 실행 부처 간의 보고 체계를 확립하여 이러한 정보 비대칭을 해소하려는 수단이다. 그러나 현실적으로 정보 비대칭을 제거하기 위한 제도가 원활하게 수행되진 않았다. 이는 성과예산 제도의 수행 과정에서 다양한 정보들이 생산되는 양적 증가와, 부처 간 정보 교환이라는 정보의 유통이 발생함에도, 현실적으로 이를 통한 긍정적 효과가 나타나기 어려움을 시사한다. 가장 큰 이유는, 이들 중 다수는 불필요한 정보들인 경우가 많아 어떠한 정보를 선택적으로 채택할 것인가라는 문제가 추가적으로 발생한다는 점이다. 예산과정상에서 이러한 정보의 취사선택 문제를 해결하는 데에는 상당한 추가적 자원이 소모되기 때문에 예산 의사결정에 오히려 방해가 되기도 한다. 그뿐만 아니라, 예산의 배분은 단순히 과거 사업의 성과 또는 미래에 발생하리라 예상되는 산정 가능한 편익만으로 결정되지 않는다. 이와 반대로 정치적 결정에 따라 특정 재정사업의 선택과 수행이 정당화되기도 한다. 따라서 성과예산 제도에서 산출되는 정보만으로 예산의 배분을 결정할 수 없다. 이런 점에서 재정사업의 성과정보는 예산 배분 결정에 작용되는 절대적인 원칙이라기보다는 하나의 정보 원천으로 간주되는 것이 보다 현실적이고 타당한 관점이다.
예산 의사결정의 분권화는 여러 문제점을 만드는데 대표적인 것은 중앙 재무부처와 일선 부처 간의 정보 비대칭이다. 이를 해소하기 위해 성과 예산 제도를 만들었지만 제대로 되지 않고 있다. 따라서 예산을 결정하는데 많은 추가 자원이 소모되기도 한다. 