보건의료안전자문위원회는 보건의료 분야에서 발생하는 주요 안전 문제를 선정하고 보다 심층적인 검토가 필요한 사안을 정해나가는 것을 중심으로 논의가 진행되었다(한국보건의료연구원, 2013. 10; 한국보건의료연구원, 2013. 12). 이를 위해 자문위원들을 대상으로 한 의견 조사, 언론 등 SNS를 중심으로 분석된 상위 빈도를 차지하는 사안의 소개, 다른 나라 정부 및 관련 기관의 보건의료 안전 관련 의제화 사례 등을 중심으로 회의 자료가 준비되고 위원들 간에 논의가 이루어졌다. 다만, 위원회의 자문 범위와 관련하여 환자안전자문위원회라는 기존 논의 구조와의 구분 필요성에 대한 문제 제기, 안전문제에 대한 현황 파악 미흡으로 인한 우선순위 설정 상의 문제점이 지적되었다. 이에따라 특화된 환자안전 문제와의 구분, 우선순위 설정을 위한 접근 방안으로 위원 의견수렴 및 인터넷 자료 분석 그리고 다른 나라 사례 분석 등이 논의를 위해 수행되었다(한국보건의료연구원, 2013. 12).
보건의료안전자문위원회는 보건의료 안전 문제를 검토하기 위해서 의견 조사, 언론, SNS의 상위 빈도 사안, 해외 보건의료 안전 관련 의제 사례를 중심으로 논의를 한 결과 논의 구조 필요성, 안전문제 현황 파악 미흡 등의 문제를 지적하였다. 