그럼에도 불구하고, 인도의 님나무(Neem tree) 사례와 같은 토착지역공동체(Indigenous and Local Communities, ILCs)가 가진 유전자원 이용에 유용한 정보의 무단이용 등 생물해적행위가 전 세계적으로 이루어진 것도 사실이다. 또한, 나고야의정서 발효 이후에도 프랑스 정부출연연구소인 연구개발원(Institut de Recherche pour le Développement, IRD)의 무단 특허출원 등 유전자원 이용에 따른 공정하고 공평한 이익공유를 불이행하거나 혹은 고의로 낮은 수준의 유전자원 이용 보상을 지급하는 문제들이 발생하고 있다. 이러한 문제는 주로 체약당사자 간 상호합의조건(Mutually Agreed Terms, MAT)에 의한 유전자원 이용으로부터 얻은 이익의 공정하고 공평한 공유를 이행함에 있어 체약당사자 중 유전자원 이용자(이하 “이용자”)가 자신과 유전자원 제공자(이하 “제공자”) 혹은 유전자원 제공국(이하 “제공국”) 사이에 존재하는 자신의 내부적 정보우위를 바탕으로, 비용 효율성(cost-effectiveness) 개선을 위해 정보지대(information rent)를 얻고자 고의로 사전통보승인(Prior Informed Consent, PIC) 상 의무를 포함한 ABS 의무를 다하지 않고 대리인 문제(agency problem)를 일으키면서 발생한다.
인도의 님나무와 같이 토착지역공동체의 유전자원 이용 정보의 무단이용과 같은 생물해적 행위가 전세계적으로 발생하고 있다. 나고야의정서 발효 후의 프랑스 정부출연연구소인의 무단 특허출허와 같은 문제들은 주로 대리인 문제를 일으키며 발생한다. 이는 유전자원 이용 이익의 공유에서 제공자 혹은 제공국이 자신의 내부적 정보우위를 악용해 ABS의무를 배반하기 때문이다.