우리나라 자체감사기구에 대한 논란은 참여정부 초기인 2003년으로 거슬러 올라간다. 당시 지방혁신분권위원회를 설치하여 지방분권 관련 각종 현안과제에 대하여 개선방안을 마련하였다. 동 위원회에서 다루었던 주요 의제 중 하나로 ‘지방감사체계 개선’ 과제가 채택되었고, 그 결과물로 감사와 관련한 문제점을 해소하고 공공기관의 독립적․체계적․효율적인 감사활동을 도모하고자 하는 취지에서 ｢공공기관의 감사에 관한 법률안｣을 입법예고한 바 있었는데, 이 법률안은 당시 국회의 임기만료로 자동폐기되었다. 그 후 감사원에서는 종래의 법안내용을 수정하여 다시 ｢공공감사에 관한 법률안｣을 마련하여 국회에 제출하였다. 동 법률안에서는 제안 이유를 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관의 자체감사기구의 조직과 활동, 감사기구의 장의 임용 등에 있어 자체감사기구의 독립성과 전문성을 확보하고 효율적인 운영에 필요한 제도를 도입하여 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관의 내부통제제도를 내실화하고, 감사원의 자체감사 지원, 감사원 감사와 자체감사의 연계 및 중복감사 방지 등 효율적인 감사체계의 확립에 필요한 제반사항을 규정함으로써 행정 업무 및 공공기관 운영의 적정성과 효율성, 국민에 대한 책임성 등을 확보하기 위한 제도적 기반을 마련하려는 것이라고 밝혔다. 이 법률안은 국회를 통과하여 2010년 3월 22일 제정되어 일부 조항을 제외하고 7월1일부터 시행되고 있다.
수정된 법안 내용은 자체감사기구의 독립성과 전문성을 확보하고 효율적인 운영에 필요한 제도를 도입하여 내부통제제도를 내실화하고 효율적인 감사체계의 확립에 필요한 제반사항을 규정함으로써 행정 업무 및 공공기관 운영의 적정성과 효율성, 국민에 대한 책임성 등을 확보하기 위한 제도적 기반을 마련하려는 것이다.