D고등학교에서는 2학년과 3학년 개설과목을 정할 때 연계나 위계성을 고려하여 편성하였다. 위계성이 있는 과목들 중 먼저 이수해야 할 과목을 2학년에 개설하여 다음 단계 과목을 준비하게 하였다. 때문에 2학년 학생들은 과목을 선택할 때 2,3학년 개설 과목을 모두 고려해야 하며 이에 대해서는 안내책자와 상담을 통해 학생들에게 안내하였다. 또한 2학년과 3학년에 각 교과군별 과목을 고루 편성하여 한 학년에서 특정 교과군을 선택할 수 없게 되는 등 선택권의 제약이 발생하지 않도록 운영하였다. 2,3학년이 모두 선택할 수 있는 과목을 설정하는 무학년제 운영은 2학기 평가 문제로 어려움이 있기 때문에 시행하고 있지 않았다.
D고등학교는 위계성을 고려해 과목을 개설하고, 따라서 2학년 학생들은 상담과 책자를 통해 위계성을 고려해 과목을 선택한다. 선택권의 제약이 발생하지 않도록 노력하고 있다.