당시 지역 가입자의 소득 파악이 곤란하고 원천징수가 불가능한 여건에서 무리하게 자체 재원조달을 시도할 경우 농·어민 등 저소득층의 보험료부담이 과중되는 현상이 발생하게 되어 전 국민 의료보험실시에 장애요인으로 작용할 우려에 따라 최소한의 국고지원을 모색하게 되었다. 그 결과,관련 법률에 지원규모를 명시하지 않고 국고를 지원할 수 있다고만 규정하고 예산은 예산당국에서 당해 연도의 보험급여비 추계액과 관리운영비 소요액을 기준으로 총재정규모를 산정한 후 보험급여비와 관리운영비의50%를 일반회계예산에서 확보하는 방식으로 지원하기로 결정하였다.
최소한의 국고지원을 모색하게 된 결과, 예산은 총재정규모를 계산한 뒤, 보험급여비·관리운영비의 50%를 일반회계예산에서 확보하는 방식으로 지원하게 됐다.