우선 양심적 병역거부자들은 현재의 대법원 판례에 따라 처벌 조항에 의하여 대부분 최소 1년 6월 이상의 징역형을 선고받으며 형 집행이 종료된 이후에도 일정 기간 공무원으로 임용될 수 없다(국가공무원법 제33조 제3호, 지방공무원법 제31조 제3호). 또한 병역기피자로 간주되어 공무원 또는 일반 기업의 임･직원으로 근무하고 있었던 경우에는 해직되어 직장을 잃게 되고(병역법 제76조 제1항 제2호, 제93조 제1항), 이전에 취득하였던 각종 관허업의 특허･허가･인가･면허 등도 모두 상실한다(같은 법 제76조 제2항). 게다가 병역의무 기피자로서 인적 사항과 병역의무 미이행 사항 등이 병무청 인터넷 홈페이지 등에 공개될 수 있다(같은 법 제81조의 2 제1항 제3호). 이러한 법적인 불이익과는 별도로, 처벌 이후 사회생활에서는 징역형을 선고받은 전과자로서 여러 가지 유･무형의 냉대와 취업 곤란을 포함한 불이익 역시 감수하여야 한다.
양심적 병역거부자는 최소 18개월 이상 수감되며 이후 일정 기간 공무원 임용이 불가능하다. 기존 직장을 잃고 취득한 각종 특허･허가･인가･면허 등도 상실한다. 신상이 온라인에 공개되고, 전과자로서 냉대와 취업 시 불이익을 감내해야 한다.