기등재약 급여목록 정비사업이 당초의 원칙을 끝까지 견지하지 못하고 약가 인하 중심으로 정리된 것은, 건강보험 급여권에서 기존 기술(의약품)의 재평가 사업의 중도 변경으로 평가할 수 있다. 이러한 의사결정에는 비용효과성이라는 새로운 기준을 적용하여 급여 적정 여부를 평가한다는 원칙보다, 사업에 소요되는 시간적, 경제적, 사회적 비용 문제가 더 큰 영향을 미친 것으로 볼 수 있다. 특히 이 사업이 기존 기술의 재평가제도로서 전격 추진되었다는 점에서 큰 의의가 있는데, 당초 제도의 취지와 내용을 유지하지 못한 점은 국내 의료기술의 재평가 제도의 발전 측면에서 아쉬운 점이 있다.
기등재약 급여목록 정비사업이 목표를 이루지 못하고 마감된 것은 건강보험 급여권에서 시간적, 경제적, 사회적 비용이 더욱 큰 영향을 끼쳐 중도 변경하였다. 