부모에게 지원되는 보육료 외에도 정부는 기관 지원을 통해 보육료 지원을 보완한다. 기관 지원방식은 어린이집 설립 유형에 따라 상이하다. 국공립, 사회복지법인, 법인⋅단체 등의 어린이집은 원장 및 보육교사 인건비의 30~80%가 지원되는 한편, 직장 어린이집은 원장, 보육교사 급여 중 월 80만원(중소기업은 월 120만원)이 지원된다. 반면, 가정⋅민간⋅부모협동 어린이집은 등록 아동 1인당 0세의 경우 372,000원, 1세의 경우 180,000원, 2세의 경우 118,000원의 금액을 기본보육료라는 이름으로 지원받는다. 즉, 가정⋅민간⋅부모협동 어린이집에 다니는 영유아 지원액은 총 0세는 778,000원, 1세는 537,000원, 2세는 413,000원인 것이다.
정부는 기관을 지원하면서 보육료 지원을 보완한다. 기관지원은 어린이집 설립 유형에 맞춰 각각 다르다.