한편 시스템 혁신은 새로운 궤적의 기술변화 뿐만 아니라 기술혁신 관련 거버넌스(제도와 문화)의 변화를 가져온다. 이는 매우 복잡하고 이해관계의 조정을 가져오기 때문에 의사결정을 위한 또 다른 거버넌스를 필요로 한다. 기술혁신 관련 거버넌스의 변화를 다루기 위한 거버넌스(메타 거버넌스)가 요구되는 것이다. 이 메타거버넌스는 기술변화 뿐만 아니라 사회변화를 종합적으로 다루기 때문에 매우 복잡한 숙의 과정을 거치게 된다. 이런 메타 거버넌스는 시스템 혁신정책에서 새롭게 요구되는 거버넌스 구조라고 할 수 있다(Kuhlmann and Rip, 2014).
시스템 혁신은 의사결정과 이해관계의 조정을 위해 거버너스를 필요로 한다. 이러한 거버넌스는 기술혁신 관련 거버넌스의 변화를 조정하기 위해 메타 거버넌스가 요구된다. 