정신장애인의 자기결정권과 관련하여 가장 문제되는 것은 비자발적 입원제도이다. 현행 정신보건법의 대표적인 비자발적 입원제도인 보호의무자에 의한 입원제도(정신보건법 제24조)는 정신장애인 본인의 의사에 반해서, 오로지 보호의무자와 정신건강의학과 전문의의 결정에 따라서 비자발적 입원을 시키도록 규정하고 있다. 이는 정실장애인의 자기결정권을 인정하지 않는 전제에 기초한 제도이다. 그 결과 2004년 통계에 따르면 정신보건시설에 수용되어 있는 정신장애인 중 자의로 입원한 환자는 7.7%에 불과하고, 나머지 92.3%의 환자들은 보호의무자에 의한 입원 등으로 비자발적으로 입원된 환자일 정도로 입원에 관한 자기 결정권은 전무하다시피하다. 이는 같은 제도를 가진 일본에서 1999년에 68.6%가 자의입원 환자인 것과 비교해보아도 심각한 실태이다. 이런 제도가 과연 인권에 부합할 수 있는지 근본적인 검토가 필요하다.
보호자와 전문의의 결정에 따른 비자발적 입원은 정신장애인의 자기결정권을 인정하지 않는 것이다. 그 결과 정신보건시설의 수용환자 대부분이 비자발적 입원이며, 이는 일본과 비교해 아주 심각한 상태이다. 이 제도의 인권 부합여부에 검토가 필요하다.