다음으로 적응대책 이행 부문에서의 주요 애로사항과 문제점으로는 현재 적응대책 시행에 따른 이행평가 방향 및 기준 등에 관한 국가차원의 방침이 부재한 실정이며 지자체의 자체평가과정에서 각 단위사업의 특성 등을 고려한 객관적 및 종합적 평가의 어려움을 느끼고 있는 것으로 확인되었다. 또한 계획수립 과정과 마찬가지로 적응대책 총괄 및 소관부서 담당자의 잦은 변경, 정책결정권자 및 관련부서 공무원의 인식부족과 비협조성 등이 공통적인 현상으로써 발생하고 있다. 사업시행 측면에서 보면 일부 사업에 대한 재검토(협의 및 조정 등)가 발생하고 있으며 선정된 단위사업 중 적응사업으로서의 부적합한 사업들이 존재하거나 관련 사업간의 중복성 등이 나타나고 있다. 특히 신규사업의 경우 재원 부족 및 확보의 어려움이 따르며 일부지역에서는 세부시행계획에서 책정된 전체 사업비가 과다하여 추진과정에 있어 현실성이 부족한 것으로 나타났다. 광역시·도 단위 적응대책의 경우를 살펴보면 해당 기초 시·군·구에서 추진되는 사업들이 많이 존재하고 있으나 사전 이에 대한 협의 및 조정 등의 과정이 없는 실정이다. 더불어 국가단위의 중앙부처별 추진과제와도 직간접적으로 관련성이 있으나 이에 대한 연계 및 환류체계는 미흡하거나 명확하지 않은 상태이다.
적응대책 이행 관련 평가 방향 및 기준에 대한 국가 차원의 계획이 없으며, 지자체 자체평가과정중 객관적 평가에 곤란함을 겪는것으로 나타났다. 일부 사업은 재검토해야 하며 부적절한 사업이 선정되기도 했다. 광역시와 도 단위에서 진행되는 많은 사업들은 사전 협의 과정이 부재하며 국가단위 중앙부처별 추진과제와도 연계가 부족한 상황이다. 