통신 분야의 규제 기능이 미래창조과학부와 방송통신위원회에 나뉘어 미래창조과학부 가 (舊)방송통신위원회에 못지않게 규제 기능의 많은 부분을 모두 갖고 있는 점은 주의를 요한다. 진흥 기능과 규제 기능을 기구 별로 분리하여야 한다는 주장의 주된 근거는 동일한 기관에서 규제 업무와 진흥 업무를 동시에 담당하게 되면 규제기관이 피규제자 에 포획되어 규제 기능의 독립성과 공정성을 확보하기 어렵다는 데 있다. 이를 감안하여 규제 기능을 진흥 기능과 분리하려면 일관된 원칙에 입각하는 것이 바람직하다. 그러한 원칙으로는 미래창조과학부가 진흥 기능을 전담 추진하는 부처라는 점에서 규제 기능 중에서 진흥 기능과 관련성이 높은 기능과 낮은 기능을 나누거나 규제의 성격이 다른 경제적 규제와 경쟁 및 이용자 보호 규제를 나누는 원칙을 들 수 있다. 그러나 현 재의 업무 분장은 단순히 성과기준에 의한 규제, 즉 사후규제에 해당하는 것만을 방송 통신위원회의 업무로 하는 것이어서, 통신 분야에 관해서는 여전히 미래창조과학부가 방송통신위원회 못지않게 진흥 기능뿐만 아니라 규제 기능의 상당 부분을 갖고 있는 결과가 되었다.
동일한 기관에서 진흥과 규제 기능을 동시에 담당하면 독립성과 공정성 확보에 어려움이 있으므로 입각하여 분리하여야한다. 현재 방송통신위원회가 사후규제만을 담당하며 미래창조과학부가 진흥 기능 전담이지만 통신 분야에서는 미래창조과학부가 진흥 기능 뿐 아니라 규제 기능을 다수 갖고 있는 상황이다.