기능별 연구개발 예산 배분에서는 먼저 가장 비중이 높은 국책연구개발사업을 새로이 요구되는 연구개발에 대한 정부의 역할에 비추어 추격형 R&D에서 선도형 R&D로 전환하는 것이 중요한 과제이며 이를 위한 예산배분의 우선순위를 새로운 시각에서 정립할 필요가 있다. 또한, 여전히 연구개발 예산배분에서 큰 비중을 차지하는 정부출연연구기관에 대한 지원이 원천기술의 경쟁력 강화와 사회경제적 파급 효과 증진으로 나타날 수 있도록 하는 것도 매우 중요하다. 한편, 미래지향적인 관점에서 그 동안 기초연구 역량 강화를 위해 확대해 온 대학연구지원사업이 양적 성과 확대로 그치지 않고 질적 성과 제고로 이어질 수 있도록 지원사업별로 연구지원의 생산성에 대한 관심을 기울일 필요가 있다. 그리고, 연구기반 조성과 기술서비스 지원에 대한 예산배분 비중은 낮은데, 경쟁력 있는 연구생태계 조성을 촉진시키고 전반적으로 낮은 공공연구개발 성과의 사업화를 활성화할 수 있도록 효과적인 연구개발 부문과 기술활용 부문과의 효과적인 연계를 도모할 수 있는 프로그램 개발에 적극 나설 필요가 있다.
기능별 연구개발 예산에서 가장 비율이 높은 국책연구개발사업은 추격형 R&D에서 선도형 R&D로 전환하는 것이 중요하며 기초연구 역량 강화를 위해서 대학연구지원사업의 생산성 검토가 필요하다. 또한 효과적인 연구개발과 기술활용을 도모하는 프로그램 개발이 요구된다.