이러한 공론조사의 구체적인 운영 방식은 다음과 같다. 첫째, 공론조사 적용준비 및 구성단계이다. 심층적인 의견수렴이 필요하다고 판단되는 정부정책이 있다면, 본격적으로 공론조사 준비를 위한 기획실무팀을 구성하고 공론조사를 본격적으로 주관할 기관(공공기관, 언론사, 교육기관 등)을 선정한다(국무조정실, 2013:30). 원활하게 공론조사가 진행될 수 있도록 사전준비 작업이 선행되어야 하며, 공론조사는 누가 주관하고 진행하느냐에 따라 그 결과의 정당성 등에 영향을 미칠 수 있기에 주관기관의 독립성이 보장되어야 한다. 통상 논란의 소지를 줄이기 위해 공공저널리즘 차원에서 언론사가 공론조사를 진행(지속가능위원회, 2005c:184)하는 것이 바람직하다. 주관기관과 실무팀이 구성되었다면, 본격적으로 토론을 진행할 수 있는 전문가 선정, 여론조사 기관 선정, 전문가 패널 구성 등의 작업이 이루어져야 한다(국무조정실, 2013:30).
공론조사 준비를 위해서는 기획실무팀과 주관사를 택하고 원활한 공론조사를 위해 사전준비 과정이 선행되어야 한다. 주관사는 독립성과 공공저널리즘이 보장된 언론사가 좋다. 그리고는 토론을 위한 전문가, 여론조사 기관, 전문가 패널 구성이 이뤄져야 한다.