실천계획의 개발 계획 중 새만금 방조제 외해역의 해양환경에 가장 직접적인 영향을 미칠 사업은 신항만 개발이다. 국토해양부는 2010년 11월 국토해양부 고시(제2010-888호)로 새만금 신항만 개발 계획을 발표하였다. 1단계 2011~2020년, 2단계 2021~2030년으로 예정된 신항만 개발 사업은 컨테이너부두(2,000TEU) 2선석, 잡화부두(2만 톤급) 14선석, 자동차부두 1선석, 크루즈부두(8만GT) 1선석의 접안능력과 연간 17,291천RT의 하역능력을 가지게 될 것으로 예정되고 있다. 사업비는 1단계 1조 548억원, 2단계 1조 4,934억 원으로 계획되었다.
국토해양부가 발표한 새만금 신항만 개발 계획은 2030년까지 1단계와 2단계에 거쳐 진행될 것이고, 사업비는 각 단계별로 약 1조 5천억으로 계획되었다.