연구 활동을 직접 수행하는 기관들로서 여기서는 프랑스 공공부문 연구주체만 한정해 간략히 살펴본다. 프랑스 공공 연구 주체(대학을 비롯한 교육기관 제외)는 크게 과학기술 성격의 공공기관 (Etablissement public à caractère scientifique et technologique:EPST)과 상공업 성격의 공공기관(Etablissement public à caractère industriel et  commercial:EPIC)으로 나눌 수 있다. 전자는 기초과학 성격이 강하고 후자는 응용과학 성격이 강하다. EPST 중 농학 연구소(INRA)와 농업환경공학연구센터(IRSTEA)는 식품·농수산·농촌지역개발부와도 협력하여 연구 활동을 하고 있으며, EPIC 중 국립우주연구센터(CNES)와 원자력청(CEA)은 경제·재정·산업부와도 협력하여 연구 활동을 하고 있다(성경 모, 2013: 91).
대학 및 교육기관을 제외한 프랑스 공공부문 연구주체로는 기초과학기술 성격의 EPST와 응용과학적인 상공업 성격의 EPIC으로 나눌 수 있다. EPST는 농수산 분야의 연구도 진행하며 EPIC은 경제 산업 부처와도 협력 연구한다.