R&D 아키텍처가 합리적으로 설계되었다 하더라도 사업간 중복(cross-cut) 및 간격(또는 틈) 문제가 완전히 해결될 수 없고 또 사회적, 기술적 환경 변화에도 대응하는 것이 필요하다. 2차적 수준 즉, 상위 거버넌스에서는 이러한 문제들을 관리하는 것이 목표인데, 첫째는 불필요한 중복문제 최소화 등 R&D사업들의 역할 범위와 기능을 관리하는 것이고 둘째는 환경 변화에 대응하기 위해 R&D사업 구조를 지속적으로 관리하는 것이다. 정부 R&D사업에 있어 이러한 상위 거버넌스는 개별 부처단위에서 그리고 국가적 차원에서 이루어질 수 있다. 개별 부처 수준에서는 부처가 담당한 문제해결 영역과 관련된 R&D사업들에 대한 거버넌스, 즉 조정체계를 합리적으로 설계할 필요가 있고, 국가 수준에서는 개별 부처들을 총괄하는 전체 R&D사업들에 대한 거버넌스를 합리적으로 설계할 필요가 있다. 그리고 각 수준에서의 거버넌스에는 평가 기능이 반드시 수반될 수밖에 없다.
R&D 아키텍처가 다양한 변화에 대응하는것이 필요하다. R&D사업의 문제 관리가 국가적 차원에서 이루어져야 하는데 개별 부처 수준에서는 담당 영역에 대한 사업의 합리적 조정체계의 설계가, 국가 수준에서는 전체 수준으로의 설계가 필요하다.