두 번째 핵심 개념은 ‘제도(institution)’이다. Freeman and Perez(1988)는 국가혁신체계에 대한 비교 분석에서, 독일과 일본이 기술혁신을 왕성하게 창출하여 이를 경제성장으로 연결시킬 수 있었던 것은 바로 기술혁신이 풍성하게 창출되도록 먼저 제도를 혁신했기 때문이라고 주장했다. 제도란 “사람간의 관계를 규제하고 사회적인 상호작용에 대한 모습을 결정짓는데 영향을 주는 습관(habit), 절차(routine), 규칙(rule), 법(law) 등에 대한 집합을 의미(홍사균, 2004)”한다. 이러한 제도는 혁신 주체들에 대한 특성과 행동을 이해하는데 있어서 중요한 잣대 역할을 한다. 또한 학습 행위, 타 주체와의 협력 등에도 영향을 미치기 때문에 지식을 창출하고 타인에게 전파하는데 주된 역할을 한다고 볼 수 있다. 반대로 제도는 기술혁신활동을 방해하는 역기능도 가지고 있다.
Freeman와 Perez는 국가혁신체계의 비교 분석에서 독일과 일본의 기술혁신 창출과 경제성장의 연동력은 제도 혁신에 있다고 주장했다. 제도는 지식 창출과 타인 전파를 주된 역할로 상호작용의 모습을 결정하나 기술혁신활동을 방해한다. 