노조의 조직형태를 살펴보면, 각 교육청을 중심으로 지부 등 지역 단위 조직을 구성하고 있으며, 그 밖에 학교 비정규직의 직종이 30여 개가 넘어 직종별 분과나 분회를 중심으로 일상활동을 벌이고 있다. 예를 들어 공공운수노조 (전회련)학교비정규직본부 분과에는 구육성회분과, 급식(영양사분과), 급식(조리사분과), 과학분과, 교무분과, 교육복지분과, 보육분과, 방과후분과, 사감분과, 사서분과, 영어회화전문강사분과, 유치원분과, 전문상담사분과, 전산분과, 특수분과, 특수순회분과, 행정분과, 기타분과(강사, 보건, 청소 등) 등이 존재한다.
학교노조의 조직형태는 교육청을 중심으로 지부와 지역 단위로 조직을 이루고 이외에는 비정규직의 직종별 분과나 분회로 일상적인 노조활동을 하고 있다.