정부안은 국방부 장관 소속으로 대체역 심사위원회를 두고 대체복무 신청을 받아 심의·의결하도록 설계되어 있다. 양심적 병역거부자들은 자신의 신념에 따라 군사적 업무에서 복무하는 것을 거부하기 때문에 대체복무제의 도입과 운영에서 ‘군으로부터의 독립성’을 핵심적인 기준으로 고려해야 한다. 군사적인 업무를 담당하는 국방부가 대체복무제의 관리와 감독을 맡는다면 대체복무 업무 자체가 군사적 성격을 가진 군사정책의 일환이라고 볼 수 있기 때문이다. 복무분야와 형태가 군과 독립된 영역이어야 하고 향후 다양한 복무분야가 개발될 수 있다는 점을 고려하면 심사위원회를 국방부장관 소속이 아니라 국무총리실 소속으로 해야 한다. 심사위원회 구성도 다양성과 독립성을 보장해야 한다. 사회적 필요도가 높은 사회복지나 안전관리 등 공익분야로 확대될 가능성에 대비해야 한다. 양심적 병역거부의 주된 사유가 특정 종교 신자의 종교적 신앙이므로 위원회구성에서 종교인을 최소화해야 한다. 양심적 병역거부 대체복무는 헌법상 양심의 자유를 실현하는 제도라는 점과 병역거부의 정당성 심사가 양심이나 신념에 대한 심사이므로 기본권 침해의 우려가 있다는 점을 고려하면 인권전문가의 참여도 필요하다.
정부는 국방부장관 소속의 대체역 심사위원회를 제안했으나 양심적병역거부자들이 거부하는 것이 군 복무이기 때문에 심사위원회는 국무총리실 소속으로 하는 것이 옳다. 또한 양심적 병역거부의 이유가 특정 종교 신앙에 의한 것이므로 심사위원 중 종교인은 최소화하고, 기본권 침해 소지를 인정해 인권전문가를 참여시켜야 한다.