이상과 같이 MSC 인증 방법은 비교적 복잡하다. 따라서 절차상 여러 가지 비용의 발생을 수반하는데, 예를 들어 전문가 현장 방문 및 평가 의뢰, 보고서 작성 등에 최소 1억 원 이상이 소요되는 것으로 알려져 있다. 그리고 인증 이후에도 매년 판매금액의 0.2%를 로열티로 지불해야 한다. 더욱이 고갈 및 남획 등 수산자원의 상태와 관련 어업의 구조가 좋지 못한 경우에서는 자원회복 및 관련 구조의 개선을 위해 상당한 비용이 수반될 수도 있다. 그럼에도 불구하고 동 인증의 획득이 우리나라의 수산자원을 체계적으로 회복시킬 수 있고, 어업의 체질을 개선할 수 있으며 결국은 어업소득의 증대로 이어질 수 있다는 점에서 어업인의 관심과 정부의 정책적 지원이 필요하다.
MSC 인증 방법의 복잡성은 매년 로열티를 지불해야 하는 등의 비용 발생을 수반하지만 동 인증의 획득은 우리나라 어업의 체질 개선과 어업소득의 증대로 이어질 수 있어 정부의 정책적 지원이 요구된다. 