다음으로 다양한 정부 연구소들의 사회적 경제와 혁신연계 장애물들을 제거해야한다. 장애물의 대표적인 것으로 정부 연구소들은 사회적 경제와 혁신을 연계하는 경우 기관, 개인, 조직의 인센티브가 없다. 이로 인해 정부 연구소에서 관심을 가진 사람들도 이를 적극적으로 활동하지 못하는 면이 강하다. 이를 극복하기 위해서는 정부 연구소의 경영평가에 사회적 경제조직 지원 사례 정도 또는 중소기업청의 기술지원 사업 범위에 사회적 경제조직들도 포함되도록 하는 것도 좋은 방법으로 보인다. 그리고 사업 범주에 최첨단 위주의 기술 개발뿐만 아니라 사회 문제 해결에 필요한 기술의 제공도 고려해 볼 필요가 있다. 또한, 사회적 경제의 기술혁신 연계조직들로부터 요구되는 기술혁신 수요들에 대해서 정부 연구소의 정보 접근이 가능해야 하며, 사회적 경제 조직에 공급될 수 있는 기술 정보 제공이나, 사회적 경제조직에 대한 컨설팅 강화 등도 고려될 수 있다.
정부연구소는 인센티브의 부재로 적극적 활동이 어렵다는 문제점이 있다. 이에 정부 연구소의 경영평가에 사회적 경제조직들도 포함하는 것이 좋은 방법일 수 있다. 또 사회 문제 해결 기술 제공이나 사회적 경제조직에 대한 컨설팅 강화도 검토할 수 있다.