이와 함께, 최근 증가하고 있는 국방, 우주, 원자력 등 거대과학 분야의 연구개발 예산배분 비중이 증가하고 있는데. 이들 분야의 연구개발 예산의 효과적 관리도 중요한 과제이다. 이러한 거대과학 분야의 연구개발이 체계개발 목표에만 초점을 맞추어 원천기술 확보를 소홀히 해 독자기술능력을 갖추지 못하고 연관된 과학기술발전에 대한 파급효과가 떨어지기 문제가 발생하고 있다. 따라서, 이러한 거대과학 분야에 대해서는 관련 과학기술 분야와 관련 연구개발주체 간에 효과적인 협동연구 개발체계를 구축하여 과학기술 고도화의 시각에서 연구개발이 추진될 수 있는 예산배분 구조를 마련하여야 한다.
국방/우주/원자력 등 거대과학 분야의 연구개발 예산배분은 협동연구 개발체계 구축 및 과학기술 고도화 관점의 연구개발이 추진되는 구조가 필요하다.