보건의료 통합자료원에 포함되어야 할 자료원에 대해서는 건강보험심사평가원의 건강보험청구자료(85.6%)가 가장 많았고, 국민건강보험공단의 건강검진자료(79.0%), 통계청의 사망원인자료(78.4%), 국립암센터의 중앙암등록자료(71.9%), 질병관리본부의 예방접종기록(55.7%), 국민건강보험공단의 피보험자 자격 자료(47.3%) 순이었다. 따라서 전문가 설문조사의 결과 및 전문가, 연구진의 논의를 바탕으로 국내 보건의료분야에서 통합 또는 연계 대상 자료원에 포함되어야 할 자료원으로 건강보험심사평가원의 요양기관 청구자료, 국민건강보험공단의 자격 및 건강검진 자료, 질병관리본부의 예방접종기록, 통계청의 사망원인통계자료, 한국중앙암등록본부의 중앙암등록자료를 선정하였다.
보건의료 통합자료원의 필요자료로 건강보험청구자료가 가장 많았고 다음으로 건강검진자료 등이 있었으며 전문가 대상 조사결과는 건강보험심사평가원의 요양기관 청구자료 등이 있었다.