정부 내의 여성정책을 기획․종합하는 별도의 행정부처로서‘여성부’가 2001년 1월에 출범하였다. 이것은 기존에 정무장관(제2실)이나 여성특별위원회와는 달리 법률안 제출권과 업무 집행권한이 모두 부여된 행정부처 조직 형태였다(여성부, 2002: 3). 성별영향분석평가는 본래적으로 모든 정책과 프로그램, 법제가 여성과 남성에게 미치는 차별적 효과를 평가하는 과정이다(김양희 외, 2004: 16). 이것은 성별영향분석평가라는 것이 다양한 정부부처의 정책과정에 개입해야 한다는 것을 의미한다. 따라서 성별영향분석평가가 제도화되기 위해서는 여러 정부부처와 지방자치단체의 여성 관련정책을 기획․종합하는 기능을 가진 정부기구가 필요하다. 여성부의 출범은 이러한 과제를 해결해 준 것이라고 할 수 있다.
성별영향분석평가는 모든 정책과 프로그램, 법제에 성평등에 관한 평가를 하는데 다양한 정부부처의 정책과정에 개입해야 하므로, 그 기능을 가진 정부기구로 여성 관련정책을 기획, 종합하는 여성부가 출범했다.