생물다양성협약은 생물다양성의 보전이라는 국제사회 공통의 이익을 보호하는 목적성을 가지고 채택된 국제조약이다. 그러나 생명공학, 합성생물학과 같은 기술 발전의 속도가 국가 간 차이를 보인다는 점 역시 생물다양성협약상 합성생물학과 관련한 논의의 전개에 있어 발전적 방향을 제시하지 못하고 있는 요인이 되고 있다. 생명공학을 비롯하여 합성생물학의 기술 발전에는 자본력이 필요한 만큼, 선진국 위주의 기술 축적이 이루어지고 있다. 또한 합성생물학 발전의 역사가 오래된 국가일수록 이와 관련한 육성정책뿐만 아니라 규제를 해야 할 경우 국내적 조치를 충분히 마련하고 있거나 마련을 위해 노력하고 있다. 그러나 비교적 합성생물학 기술 발전이 더딘 국가들의 경우에는 합성생물학 관련 정책이 미비하여 합성생물학으로 제기될 수 있는 과학적, 윤리적, 사회적 검토가 광범위하게 이루어지지 못하였고, 합성생물학에 이용되는 유전자원의 이익공유 및 합성생물학이 생물다양성에 미치게 될 부정적 영향에 대한 규제를 위한 일관된 조치를 마련하지 못하는 경우가 많다. 이와 같은 국가마다 다른 합성생물학과 관련된 대응조치의 수준 차이가 생물안전성에 미칠 부정적 영향을 방지하기 위하여 생물다양성협약 당사국총회는 합성생물학과 관련한 논의를 지속해서 이어나가고 있다. 무엇보다 생물다양성협약이 생물다양성의 보전 및 구성요소의 지속가능한 이용이라는 국제사회 공통의 이익을 달성하기 위하여 모든 국가가 관련 기술에 대한 적절한 접근이 가능하도록 국가적 여건의 차이를 인정하고 있는 만큼 당사국총회를 통해 국제적 수준의 기준 제시가 필요하다.
생물다양성 협약의 합성생물학 논의가 발전하지 못하는 것은 국가 간 기술 발전 속도 차이가 큰 요인이다. 기술력의 차이에 따라 윤리, 사회, 과학적 검토 수준에 차이가 있으며 합성생물학이 생물다양성에 미치는 부정적 영향에 대해 일관된 규제 조치를 마련하지 못 하는 경우가 많다. 생물다양성의 보존과 지속가능한 이용이라는 공통의 이익을 위해 국가적 여건 차이를 고려한 국제적 제시가 필요하다.