즉, 일부 품목 중심의 종자개발에서 벗어나 다양한 종자개발을 추진할 필요가 있으며 이를 위해 국립수산종자원 산하에 지역별 종자지원(예로 동서남해안 수산종자지원)을 두고 여기서 해당지역의 특성을 고려한 종자개발에서부터 육종, 중간육성, 품질관리 등 관련 연구 및 지원을 담당하고, 수산종자원에서는 종자와 관련된 종 보전, 모패 관리, 기술개발, 중간육성, 초기 먹이 개발, 연구인력 양성 및 교육, 종자 수급관리 등 종자산업 전반에 대한 종합적인 관리를 할 필요가 있다. 더불어 안정적인 종자의 보급 및 수급 관리와 수출 대상 종자의 육성 및 활성화와 더불어 업계에서 요구가 큰 수산종자 품질인증제 도입 관리를 위한 가칭 “수산종자 보급센터”로 하부조직으로 구성할 필요가 있다.
수산 종자의 체계적인 관리 및 육성을 위해서는 국립 수산 종사원 산하 조직을 재구성하고 조직 간 역할을 명확히 정립하여 종자 개발부터 수급관리에 이르는 종자산업 전반에 대한 통합적인 관리를 해야 한다.