급여에 관한 의사결정은 약제급여와 치료재료급여 그리고 의료행위로 크게 분류할 수 있다. 약제급여는 2006년 12월부터 선별등재제도에 의거하여 운영되고 있으며 치료재료의 경우 약제와 마찬가지로 보건복지부장관리 급여대상 치료재료에 대한 급여 상한금액을 결정하게 된다. 이를 위해 치료재료는 급여 및 비급여목록이 정해지고 관리된다. 의료행위는 행위별 수가제임에 따라 행위별 업무량, 진료비용 및 위험도 등을 고려하여 점수화하는 상대가치제이며 매연도마다 수가계약 시 적용되는 인상률을 고려한 환산지수를 곱하여 수가가 결정된다. 신의료기술에 해당하는 행위를 중심으로 하는 의사결정과 약제의 급여의사결정을 위한 절차는 다음 그림과 같다.
약제급여는 선별등재제도에 의거하여 운영되고 있으며 치료재료는 보건복지부장관이 급여대상 치료재료에 대한 급여 상한금액을 결정하게 된다. 