하지만, 연구개발 조세지원제도의 성격상 대기업에 유리한 조세지원제도는 과세형평성 상 고쳐나갈 필요가 있다. 이의 경우로서, 신성장동력 연구․인력개발비에 대한 세액공제제도의 경우 신성장동력 분야의 사업에 종사하는 기업에 유리한 혜택을 부여하고 있는데, 연구개발 조세지원 혜택의 규모가 큰 상위 대기업은 이러한 분야의 사업에 종사하여 유리한 혜택을 받게 되고 연구개발 예산이 많이 투입되는 이 분야 지원과 이중적인 지원을 받는다는 비판도 생겨날 수 있다. 그리고, 중소기업의 입장에서는 이 분야의 연구개발투자에 따른 성공률은 상대적으로 낮은데, 실제 세액공제율은 일반적인 연구개발과 유사하게 적용하고 있다. 중소기업의 경우 신성장동력은 30%, 일반 연구개발의 경우 25%인 것이다. 그러나 대기업의 경우 일반 연구개발에 대한 지원과는 약 16~17% 이상 차이가 나고 있다. 뿐만 아니라 중소기업 입장에서는 자신들의 연구개발투자가 신성장동력 분야에 해당하는지에 대한 판단도 매우 어렵다는 것 역시 문제점으로 지적되고 있다. 이뿐만 아니라, 신성장동력 분야의 연구개발에 대해 이의 실제 적합성을 유지하는 데에는 상당한 조세행정 비용이 들 것으로 생각된다. 따라서, 연구개발 조세지원제도 자체가 기업의 선택에 따라 수행하는 연구개발을 보완하는 제도인만큼 분야적 우선 순위를 강조하는 것은 같은 분야의 연구개발 예산 지원에서 반영할 수도 있는 것이다. 따라서, 내년도 말로 일몰기한이 도래하면 이 제도를 폐지할 것을 권고한다.
연구개발 조세지원제도는 과세형평성에 어긋나 폐지 권고를 받고 있다. 대기업은 신성장동력 연구개발에 대한 공제 혜택을 이중으로 받을 수도 있는 반면, 중소기업의 경우 신성장동력 개발의 성공률이 낮을 뿐더러 혜택 대상 여부를 판단하기조차 어려워 상대적으로 조세지원을 받기 어렵다. 또한 해당 제도는 적합성 유지에 막대한 행정비용이 요구된다는 점에서도 비판을 받는다.