 최근의 남크릴해역의 꽁치조업에 한국어선의 조업을 배제하는 문제, 한국의 일본문화 개방과 수입선다변화 폐지에 상응한 일본의 미흡한 조치 등에 대해 한국측은 불만을 가지고 있다. 또한 일본은 한국의 대립적 노사관계와 불투명한 경영관행 등 투자환경을 개선시키고자 하는 한국정부의 노력이 부족함을 지적하고 있다.
 늦었지만 지금부터라도 한/일 양국은 통상정책의 중요 수단으로 자유무역협정을 적극적으로 활용하여야 한다. 또한 자유무역협정의 형태는 미리 정해진 것이 아니라 당사국간에 만드는 것이기 때문에, 자유무역협정 체결에 대한 논의가 많으면 많을수록 양국에 유리한 경제협력체를 구축할 수 있을 것이다.
한/일 양국은 상대 정부에 대해 불만을 가지고 있다. 이를 해결하기 위해서는 통상정책의 중요수단으로 FTA을 활용하며, FTA 체결에 대한 많은 논의가 필요하다.