2+4년제 논의 당시 약학대학 6년제 도입이 사회적 합의로 귀결됨에 따라 학제개편 논의는 약학대학 수업연한인 6년제를 전제로 해야 하며 교육(입시)의 관점에서만 논의해야 한다고 강조하였다. 약학대학 학제에 대한 약학계의 입장은 우리나라 교육 환경과 지난 7년 동안의 2+4년제 운영 경험을 고려할 때 4년제 회귀 및 2+4년제 유지는 부적절하다는 입장이고, 2+4년제에서 부족했던 실무실습기간 확대를 통해 약사의 전문성 향상 및 국제 공조 측면에서 6년 교육연한을 반드시 확보할 필요가 있음을 주장하였다. 약학기초입문과정(2년), 약학전공과정(3년), 실무교육과정(1년)을 충실히 운영할 수 있는 가장 현실적인 방안은 통합 6년제라는 판단이며, 최종적인 의견은 약학교육의 전문성 강화 위해 통합6년제가 바람직하고, 복수대안 선택 시 현행 2+4년제 병행도 수용할 수 있다는 입장이다.
약학계에서는 약학대학의 학제를 6년제로 운영해야 한다고 보고 가장 적절한 방법으로 통합 6년제를, 부수적인 방법으로 현행 2+4년제도의 병용을 주장하였다.