비록 몇몇 연구들에서 관찰연구가 RCT 연구보다 근거주순이 떨어진다는 부정적인 의견도 있지만, 비교효과연구를 위한 관찰연구는 RCT 연구들에서의 임상적 증거들이 부족할 경우 그 부분을 채워줄 수 있는 장점이 있다. 최근 RCT 연구들은 잘 설계된 관찰연구와 비슷한 결과를 보고하고 있다. 관찰 코호트 연구에서 연구참여자 선정배제기준을 RCT와 비슷하게 설정하였을 때 그 결과가 RCT결과와 비슷해진다. 또한 RC연구에 비해 상대적으로 대규모의 대상자를 포함하여 대표성을 확보할 수 있고 또한 장기간 이상반응을 추적 관찰할 수 있다는 장점이 있다. 그리고 치료정보를 포함한 자료원(Care dataset, 예: 청구자료)과 치료결과를 포함한 자료원(Outcomes dataset, 예: 국가 사망자료)을 연계하여 보건서비스 이용 및 관련 요인에 대한 연구를 수행할 수 있는 기회를 제공한다.
부정적인 의견도 있기는 하지만, 관찰연구는 RCT 연구들에서의 임상적 증거들을 보충해 줄 수 있다. 실제로 비슷한 결과를 보이는 데다, 대표성을 보다 확보할 수 있고 장기간 추적 관찰할 수 있으며, 관련 연구도 해 볼 수 있다.