국가간, 지역간 GMOs의 잠재적 위해를 관리하는 접근법의 차이로 인해 무역 분쟁이 발생하기도 하였다. 일례로 1998년 주요 유럽국가들(프랑스, 덴마크, 그리스, 이탈리아, 오스트리아, 룩셈부르크, 독일, 벨기에)은 GMOs의 위해를 사전예방하는 조치로서 미국의 GM작물에 대해 사실상의 모라토리엄(승인유예) 결정을 내렸다(Rosendal, 2005. 전영평․이곤수, 2008에서 재인용). 유럽 국가들의 모라토리엄 조치에 대해 2003년 미국은 WTO 분쟁해결절차상 협의를 요청하기에 이르렀고 2004년 EU차원에서의 모라토리엄 결정은 철회되었다(전영평․이곤수, 2008). 그럼에도 불구하고 EU의 엄격한 GMO 수입 및 유통절차, 포괄적 GMO의무표시제, 이력추적제 등의 시행으로 유럽지역에서 GM농산물의 생산 및 유통은 여전히 제한적으로 이루어졌다.
국가간, 지역간 GMOs의 잠재적 위험에 대한  접근법의 차이로 무역 다툼이 생겼다. 예는 1998년 유럽 국가들이 GM작물 승인을 미룬다는 결정했다. EU의 엄격한 규칙들로 GM농산물의 생산과 유통이 제한적으로 이루어진다.