두 번째 본인 부담 지원의 중복 방지는 크게 의료 급여 및 건강 보험으로 이원화 되어 있는 대상자 지원 구조에서는 문제가 되지 않지만, 질환별, 상황별로 지원하는 타 의료비 지원 사업에서는 본인 부담금 지원의 중복 문제 혹은 중복 발생의 가능성이  있다는 문제가 있다. 이는 정산 시기가 상이하고, 지원 총액이 상이하며, 사업간 중복방지 조항이 설정되지 않아서 발생하는 것으로, 의료비 지원 사업 간 우선순위를 설정하고, 사업간 정보를 공유하는 체계를 마련하는 방법을 통해 해결이 가능할 것이다. 이는 조정 시급 성과 조정 가능성 모두 높다고 판단된다.
중복지원방지책이 없는 의료비 지원 사업에서는 중복지원의 가능성이 있으므로, 사업 간 정보공유채널을 설치하고, 사업 간 우선순위를 분명히 하는 등의 노력이 필요하다.