그러나 종료된 물질이 해당 기준을 충족하지 못하게 되면 사업자는 이를 환경부장관에게 알리고 관련 법률에 따라 적정하게 처리(자순법(안)  제5조 제6항)해야 하고, 환경부장관은 부정한 방법으로 인정받은 경우 등에 대하여 인정을 취소할 수 있으며, 인정이 취소된 자는 관계 법령에 따라 필요한 조치를 하고 이를 환경부장관에게 보고하여야 한다. 또한 환경부 장관은 종료된 물질이 사용과정에서 환경·건강에 영향이 우려되는 경우 폐기물로의 처리를 명할 수 있고, 처리명령을 받은 자는 폐기물 처리기준과 방법에 따라 처리하여야 한다(동법(안) 제6조). 이 규정의 목적은 재활용도 폐관법에 따라 관리되다 보니 재활용 과정을 거쳤어도 최종 제품이 아니면 보관·운반·사용과정에서 폐기물로 규제 받아 산업 육성에 방해가 될 수 있고, 특히 환경상 문제가 없으면서 재활용이 쉬워 경제성이 확보된 고철, 폐지 등의 재활용가능물질을 폐기물로 규제하는 것을 완화하려는 것이다.
기준 미달 물질은 환경부장관의 명령에 따라 인정이 취소 또는 환경·건강에 악영향을 끼칠 우려가 있을시 폐기물 처리 명령을 받게되며 폐기물 처리기준에 따라 처리돼야 한다. 이는 환경상 괜찮고 경제적인 재활용 가능물질이 폐기물로 규제되는 것을 보완하는 것이다.