국제 해양법과 관련된 정부 간 국제기구로서는 심해저와 그 자원의 관리를 전담하고 있는 국제해저기구, 선박의 운항과 관련된 국제질서를 담당하고 있는 국제해사기구 등이 대표적 국제기구라고 볼 수 있다. 또한 국제 해양법의 해석과 적용 과정에서 국가 간의 분쟁이 빈번히 나타나고 있다. 국가 간의 해양 분쟁은 해양관할권 분쟁, 해양자원 개발 분쟁, 해양 환경 분쟁 등 다양한 형태로 나타나고 있는데 이러한 분쟁은 유엔헌장의 원칙과 국제관습법상 국가의 기본적 의무로서 평화적으로 해결되어야 한다. 평화적인 해결 방법으로서는 당사자 간의 직접 협상, 주선, 중개, 사실 심사, 조정 등의 임의적 분쟁해결절차가 우선적으로 적용되지만, 이러한 절차에 의해서도 해결되지 않는 법률분쟁에 대해서는 국제 해양법 재판소, 국제사법재판소, 유엔해양법협약 제7부속서 따른 중재재판소 등이 해결기관으로서 역할을 수행하고 있다.
국제 해양법에 관련된 정부의 국제기구는 국제해저기구와 국제해사기구가 있다. 국제 해양법상 해양분쟁이 쉽게 해결되지 않는 경우가 있는데, 이때는 국제 해양법 재판소, 국제사법재판소, 유엔 산하 중재재판소에서 해결한다.