그러나 2000년경 「환경관리법」 제정과 이에 따른 특별관리해역 제도의 도입 이후, 현재까지 해양환경현안이 발생하여 특별관리해역을 추가 지정하거나 기존의 해역의 해양환경이 개선되어 해제된 사례가 없었다. 본문에서 상술한 바와 같이 대부분의 연안 해역과 특별관리해역의 일부 지역은 최근 해양 환경이 개선되었다. 또한 해양환경조사 기술의 발달과 국제 환경협력의 강화에 따라 신규 해양환경 현안이 발생하고 있다. 즉 특별관리 해역의 조정이 필요하다. 따라서 해역별로 환경상태를 재진단하고 환경관리여건의 변화 등을 종합적으로 판단하여 특별관리해역을 추가로 지정하거나 기존 해역을 일부 혹은 전부를 해제할 필요가 있다.
환경관리법 제정 이후 특별관리해역의 신설이나 해제는 없었고 신규 해양환경 이슈가 발생하는만큼 환경상태를 재점검하고 환경관리여건의 변화를 고려해 특별관리 해역을 조정할 필요가 있다.