이와 같은 결과에 대해 교육부는 학교폭력 예방 및 근절 대책의 효과가 나타났기 때문이라고 보도하고 있으나, 일부에서는 설문 참여율을 높이려는 무리한 행정압력과 비밀 보장 침해 문제, 조사 결과를 교육청 이미지 홍보에 활용하려는 각 시도교육청의 경쟁적 분위기 등으로 인해 조사 결과의 신뢰도가 낮다는 주장이 나오고 있다(머니투데이, 2016. 7. 18.). 또한 실태조사 결과에 비해 월등히 높은 일선 학교의 학교폭력대책위원 회 심의건수 등도 학교폭력이 감소했다는 실태조사 결과에 대한 의심을 높이고 있다(데일리모닝, 2016. 7. 26.). 특히 95%에 다다르는 온라인 실태조사의 응답률을 볼 때, 이는 온라인 조사의 특성상 지나치게 높은 수치이므로 학생들의 자발적인 참여에 의한 조사인지 의문이 들게 한다. 따라서 새로운 조사방법의 도입으로 지금보다 신뢰로운 통계결과를 얻기 위한 노력이 필요하다. 그러나 이러한 논란에도 불구하고 피해율은 지속 적으로 감소하고 있는 것으로 나타났다.
학교폭력 예방, 근절 대책의 효과가 나타났다 보도했고 피해는 지속적으로 감소했으나 시도교육청의 경쟁으로 신뢰도가 낮고 실태조사와 다른 학교폭력위원회의 건수는 의심되며 온라인 실태조사의 높은 응답은 학생들이 스스로 참여한건지 의심된다. 새로운 조사방법 도입이 필요하다.