고창룡·설성수(2013)는 매몰지 사후관리에 대한 근본적인 문제점 두 가지를 지적한 바 있다. 첫째는 사후관리는 지방자치단체의 환경 또는 축산 공무원이 담당하고 있는데, 업무속성상 환경은 규제이며, 축산은 진흥 및 지원이라는 차이가 존재한다. 따라서 축산 쪽에서는 문제가 없다는 인식이 강하고, 환경 쪽에서는 보이는 오염도 대응하기 어렵다는 입장이다. 둘째, 가축매몰지 관련 업무가 비공개로 진행되는데, 심지어 문제해결 방법론을 연구하기 위한 연구자들의 접근도 허용하지 않는 사례도 존재한다. 이는 국민들의 불안감을 차단하는 긍정적인 효과도 있지만, 문제를 미봉하고 해결하지 않으려는 악의적인 수단이 되기도 한다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.