과제 성과지표 설정 시 제시한 질적 지표기준 객관화의 한계도 문제점으로 제기되고 있다. 기존 과제 성과 지표 3단계에 따라 질적 지표를 50% 이상으로 설정하도록 하고 있으며 이를 위하여 정성지표의 객관화 방법, 예시 등을 제시하고 있으나 객관화의 한계점을 나타내고 있다. 정성적인 평가는 평가자의 주관적 평가를 기본으로 인정하는 평가방법으로 질적인 평가를 중심으로 등급을 기준으로 평가하는 것을 기본으로 하고 있으나 정성적인 평가지표가 필요한 경우는 투입, 과정, 산출, 결과지표에서 결과지표와 관련되는 것으로 이를 전체부분에 확대적용 하고 있다. 정성적 지표는 기본적으로 계량지표의 구성이 불가능한 경우, 주관적인 판단이 성과측정과 관련하여 필요한 경우, 성과개선이 성과측정의 목표인 경우로 한정하여야 하나 지나치게 정성적 지표를 강조할 경우 오히려 성과측정의 저해 요소가 될 수 있다.
과제 성과지표에 질적 지표를 50% 이상으로 설정하고 정성지표를 제시하고있지만 정성적인 평가방법은 투입, 과정, 산출, 결과지표에 관련되는 것까지 확대적용하게 되기 때문에 객관성이 떨어져 성과측정을 저해한다.