종자업을 하려는 자는 “가. 종자업 등록신청서”, “나. 종자업 종류별 시설 기준이 충족하였음을 증명하는 자료”와 “다. 종자관리사를 1명 이상 보유하고 있음을 증명하는 자료”(「종자산업법 시행령」제15조 각 호의 작물만을 생산⋅판매하는 경우는 제외)를 종자의 주된 생산시설의 소재지를 관할하는 청(특별자치시장⋅특별자치도지사⋅시장⋅군수 또는 구청장에게 제출하여 등록해야 한다. 단, 농림축산식품부장관, 농촌진흥청장, 산림청장, 시⋅도지사(특별시장⋅광역시장⋅특별자치시장⋅도지사 또는 특별자치도지사), 시장⋅군수⋅구청장(특별자치시장⋅특별자치도지사⋅시장⋅군수 또는 자치구의 구청장) 또는 농업단체 등은 종자업 등록을 하지 않아도 종자업을 영위할 수 있다.
종자업을 하려는 자는 종자업 등록신청서, 시설 기준 충족 증명자료, 관리사 보유 증명자료를 관할 청에 제출해 등록해야 한다. 그러나 농림부 장관, 농업단체 등은 등록 없이 종자업을 할 수 있다.