산업단지형 자유무역지역은 산업통상자원부에서 매 2년마다 임대료를 공고하고 있는데, 토지와 건물에 대해 각각 임대료가 부과되고 있다. 토지 임대료의 경우 기존에는 각 자유무역지역별로 우대업종에 해당하는 경우 일반 업종에 비해 임대료를 절반 수준으로 인하하는 경우가 있었으나, 2013년 공고에서는 이를 구분하지 않고 있다. 마산자유무역지역의 토지 임대료는 매월 ㎡당 198원으로 절대적인 수치는 가장 높게 나타나고 있으나, 공시지가 대비 임대료 등 인근 지가를 감안할 경우에는 오히려 다른 자유무역지역보다 낮게 책정되고 있다. 또한 동해와 율촌 자유무역지역은 처음에는 임대료를 비교적 높게 설정하였으나, 인근에 산업 클러스터 형성 미비 등으로 입주수요가 높지 않아 임대료를 인하하였다.
산업단지형 자유무역지역은 산업통상자원부에서 매 2년마다 임대료를 공고하고 있으며 토지와 건물 조건에 따라 임대료가 부과된다. 