2005년 12월 인터넷 민원서비스 단일창구 확대 및 고도화 2단계 사업이 시작되었다. 499종이었던 인터넷 민원신청은 591종으로 늘어났다. 인터넷 발급 역시 20종에서 29종으로 확대되었다. 전화상담 시 신청정보 자동조회 시스템도 도입되었다. 민간 인터넷 포털에서도 서비스를 소개하고 손쉽게 정부민원포털 서비스로 연결하도록 제공하여 민원인들의 큰 호응을 얻었다. 행정자치부는 2006년 7월 엠파스, 네이버, 야후코리아, 천리안과 같은 4개 포털사이트에서 제공되던 정부민원포털 서비스를 다음과 네이트, 파란, 드림위즈, 코리아닷컴 등 5개 포털에서도 추가로 제공한다고 밝혔다. 이로써 국민들은 국내 대부분 포털사이트 검색 창에 민원 사무명을 입력하기만 하면 정부민원포털로 연결하여 손쉽게 각종 민원서류 발급을 신청할 수 있게 되었다. 당시 실제 정부민원포털 서비스 접속 이용자의 15.7%가 민간 포털을 경유하여 민원서류 발급을 받았던 것으로 조사되었다.
행정자치부는 민원인에게 편의를 제공하기 위해 인터넷 발급을 활성화 하였다. 민원 신청·발급 종류를 확대하고,  포털사이트를 통해 정부민원포털로 연결하는 접근성은 좋은 평가를 받았다.