성충동 약물치료명령을 부과하기 위한 검사의 청구와 법원의 판결 절차는 다른 비구금형 보안처분과 다르지 않다. 검사는 동법 제2조 제2호의 성폭력범죄를 저지른 자로서 성폭력범죄를 다시 범할 위험성이 있다고 인정되는 19세 이상의 사람에 대하여 약물치료명령을 법원에 청구할 수 있다(제4조 제1항). 이 때 검사는 치료명령 청구대상자에 대하여 정신건강의학과 전문의의 진단이나 감정을 받은 후에 치료명령을 청구해야만 하고(동조 제2항), 필요하다고 인정한 때에는 치료명령 피청구자의 주거지 등을 관할하는 보호관찰소의 장에게 재범의 위험성 등에 대한 조사를 요청할 수 있다(제5조). 성도착증 확인이나 치료의 효용성 여부, 치료기간(규칙 제2조)에 대해서는 반드시 확인하도록 규정하고 있지만, 재범의 위험성에 대한 조사는 임의적인 절차로 두고 있는 것이다.
검사는 폭력범죄를 행한자로서 동범죄를 재범할 위험성이 있는 19세 이상 사람에게 약물치료명령을 법원에 청구할 수 있다. 필요시 주거지 관할 보호관찰소 장에게 재범 위험성 등에 대한 조사를 요청한다.