연구수행주체별 연구개발 예산 배분에 있어서 우리나라는 다른 선진국에 비해 정부출연연구기관에 대한 지원 비중이 현저히 높아 과학기술시스템의 균형적 발전을 위해 그 동안 그 비중을 낮추어 나가는 것이 중요한 과제였다. 하지만, 최근 정부 출연연구기관의 임무지행적 발전과 안정적 연구를 뒷받침하기 위해 정부출연연구 기관에 대한 국가연구개발사업 투자 비중이 높아지고 있는데, 이에 대한 비용-편익에 대해해 다시 정책적인 관심을 가질 필요가 있다. 전체 연구개발 예산이 커지는 가운데 공공연구개발이 가져오는 성과와 파급효과에 대해 정당성과 책임성을 묻는 비판이 높아지고 있어 정부출연연구기관에 대한 국가연구개발사업 투자를 국책연구개발사업 지원과 통합적인 시각에서 효과적인 자원배분과 자원활용 방안을 검토 할 필요가 잇다. 그 하나의 검토과제로는 정부출연연구기관에 대한 국가연구개발사업 투자가 기업이나 대학에도 편익을 가져오고 연계된 기술 발전과 연구발전을 가져올 수 있는 방안을 마련하지 않으면 안될 것이다. 연구수행주체별 예산배분에서 중소기업의 비중이 다소 높아지고 있으나 중소기언은 연구개발에 대한 전체적인 자원활용 기회가 적고 기술집약화와 혁신형 중소기업의 발전에 대한 경제사회적 요구가 큰 점을 감안할 때 중소기업에 대한 연구개발 예산배분을 늘리고 이를 효과적으로 활용될 수 잇게 하는 방안을 찾는데 더 큰 노력을 기울일 필요가 있다.
최근 우리나라는 연구개발 예산과 정부출연연구기관의 연구에 대한 지원 비중이 늘어나고 있다. 이에 공공연구개발의 정당성과 책임성에 대한 지적이 많아져 정부출연연구기관 연구의 투자 비용과 편익에 관한 정책을 살펴보아야 한다. 또한 중소기업의 연구에 대한 지원 비중이 늘어나고는 있지만 이를 더욱 확대하고 효과적으로 사용할 방법을 마련해야 한다.