정부 연구개발의 투자효율성을 제고하기 위해서는 자원의 목적 적합한 투자배분과 배분된 자원의 적절한 활용을 통해 최대의 성과를 창출해야 한다. 우선 한정된 자원의 적절한 투자를 위해 혁신 환경 변화에 대응하여 적절한 전략을 설정하고 전략적으로 투자할 사업분야를 설정해야 한다. 그리고 이러한 사업들에 적절한 규모의 재원을 배분하고 각 사업들에서 배분된 예산을 사용하여 최대의 성과를 창출해야 한다. 이러한 자원배분과 활용을 통한 성과 창출 과정에서 핵심적인 요소는 정부 연구개발 예산 투자의 틀을 나타내는 배분 구조의 적합성과 배분된 자원을 효율적으로 활용하는 개별 사업들의 성과 창출 구조의 적합성이다. 즉, 한정된 자원을 가지고 최대의 성과 가치를 창출하기 위해서는 우선 자원배분의 틀이 적합하게 구성되어야 하며 이러한 배분 구조는 최적의 성과를 창출할 수 있는 사업구조와 연결되어야 한다. 이것은 연구개발 예산 배분 구조의 적합성과 R&D 사업구조의 적절성이 중요하며 이것은 상호 밀접히 연계되어 있음을 의미한다.
자원의 목적 적합한 투자배분과 자원의 활용을 통해 성과창출이 되어야 하는데 혁신 환경에 변화에 대응하여 전략적으로 사업분야를 설정해야 한다. 여기서 핵심적인 요소는 배분 구조의 적합성, 성과 창출 구조의 적합성이다. 자원배분 구조가 잘 구성되어야 성과를 창출 할 수 있다.