셋째, 창업기업과 기존기업의 재무성과를 비교해보면 확연한 차이가 드러난다. 기존기업은 매출 규모도 크고 영업이익과 순이익에서 안정적인 추이를 보이는 반면, 창업기업은 매출액은 증가하고 있지만 영업이익과 순이익은 적자와 흑자를 오가고 있다. 특히 순이익은 21년 중 8년 동안만 전체 기업의 합에서 흑자를 보였고, 나머지 13년은 적자로 나타났다. 배태조직별로는 청년창업과 연구소 및 기업 출신기업이 2011년 평균 순이익에서 2~4억 원 정도의 흑자를 보였고, 대학과 병원 출신기업, 그리고 기타 기관 출신 기업은 같은 해 평균 순이익에서 적자로 나타났다. 분야별로는 에너지와 진단 분야가 2011년 평균 순이익에서 높은 흑자를 보였고, 의약품과 환경은 적자를 보였다. 지역별로는 충남, 광주, 울산, 경기가 2011년 평균순이익에서 높은 흑자를 보였으며, 서울, 대구, 인천, 대전, 세종, 전북, 경북은 적자였다.
기존기업은 재무성과가 안정적 추세를 유지하는 한편 창업기업은 매출액은 증가하고 있지만 배태조직별, 분야별, 지역별로 2011년 평균 순이익에서 흑자와 적자를 보이는 양상이다.