박준규에 대한 검사 기소의 주된 이유는 「초·중등교육법」 제65조(학교 설립 인가) 위반과 아동복지법 제17조(아동 학대) 위반이었다. 피고는 전자에 대하여 본인이 운영한 지지교육연구소는 주로 체험 위주의 활동을 하고 교과 학습 등 학교 형태의 운영을 하지 않았기 때문에 무죄를 주장했지만, 법원은 지지교육연구소가 ‘학생 모집’ 공고를 하였고, ‘지지학교’라는 명칭을 사용했으며, ‘등·하교’ ‘편입학’ 등의 학교에서 일반적으로 사용하는 용어들을 사용했고, 학교 부적응학생들을 대상으로 한 교육활동을 하면서 「초·중등교육법」 제60조의 3(대안학교)에서 사용하는 ‘학업을 중단하거나 개인적 특성에 맞는 교육을 받으려는 학생을 대상으로 한 현장 실습 등 체험 위주의 교육’을 표방한 점 등을 이유로 유죄를 선고했다. 아동 학대 사실도 유죄로 인정했기 때문에 피고에 대한 징역 8개월(집행유예 2년)의 형량이 제65조 위반에 따른 것이라고는 볼 수 없지만, 이 판결은 「초·중등교육법」 제65조의 위반에 따른 제67조의 벌칙(3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금)을 실제로 적용한 최초의 사례라고 할 수 있다.
법원은 학교에서 일반적으로 사용하는 용어를 사용하면서 부적응학생들에게 학업이 제공되지 않았고 체험위주의 교육을 표방한 점 등을 이유로 박준규에 대해 아동복지법 위반을 선고하였다. 이는 초·중등교육법 제65조 위반에 따른 제 67조 벌칙의 최초 사례이다.