DFG의 의사결정단위는 총회(General Assembly), 평의회(Senate), 협의회(JointCommittee) 등이 있다. 총회는 DFG 전체의 방침, 이사장 및 평의회 등의 멤버의 선출, 연도보고서의 승인 등의 권한을 지니고 있는 최고의사결정단위이다. 대학에서 69명, 공공연구기관에서 16명, 학회(Academy of Science and Humanities)에서 8명, 타 연구협회에서 3명, 총 96명으로 구성되는데, DFG의 근본적인 방침을 결정하는 기능을 수행하는 총회의 구성원들이 과학자들이므로, DFG의 방침은 과학자에 의해 결정된다고 볼 수도 있다. 평의회는 DFG의 연구정책방침, 연도별 프로그램등의 의사결정을 수행하며, 각 분야를 대표하는 과학자가 평의회를 구성한다. 협의회는 평의회에서 결정된 방침을 구체적인 프로그램 예산에 반영하는 기구로, 평의회 구성원 및 연방정부 주정부, 독일 과학인문진흥협회(Donors’ Association for the Promotion of Sciences and Humanities in Germany)의 대표자로 구성되어 있다(DFG, 2010).
DFG의 의사결정단위 중 총회는 과학자들로 구성된 DFG의 근본적인 방침을 결정하는 최고의사결정단위이다. 평의회는 각 분야 대표과학자가 구성하고 DFG의 의사결정을 수행하고 협의회는 평의회 구성원과 연방정부, 주정부 등이 구성해 평의회에서 결정된 방침을 구체적인 프로그램 예산에 반영하는 기구다.