신의료기술이 식약처의 심사와는 다르며, 체계적 문헌고찰 방법이 필요하다는데 공감을 하더라도, 이 평가결과를 어떻게 활용하는가라는 문제는 또 다른 논쟁거리이다. 신의료기술 평가가 요양급여를 결정하기 위한 필수단계로 발전하면서, 신약이나 새로운 의료기기의 의료현장 적용에 걸림돌이 된다는 관련 업계의 비판이 지속적으로 제기된 것이다. 실제로 신의료기술 평가제도가 도입된 이후, 신약이나 새로운 의료기기의 시장진입 시기가 상당히 늦춰진 측면이 존재한다. 왜냐하면, 원칙적으로 신의료기술 평가는 1년 이내에 완료되어야 하지만, 평가 신청을 위한 기간을 포함하면 수 년이 걸릴 수도 있기 때문이다.
신의료기술 평가가 요양급여 결정에 필요해지며 신약과 신형 의료기기 도입에 걸림돌이 되어 논쟁이 됐다. 1년 내로 완료돼야 하는데 신청기간 포함 수 년이 걸릴 수 있기 때문이다.