4년제는 고등학교 졸업(예정)자를 1학년부터 바로 선발해 4년의 교육과정을 통해 전문약사 인력을 양성하는 체제이다. 4년제의 장점은 교육과정을 대학이 자율적으로 운영해서 교육과정을 전체적으로 개편 가능, 타 전공 학생이탈 방지 및 학사운영 파행 방지, 교육기간과 교육비용 최소화, PEET 시험 폐지에 따른 사교육비 비용 절감 효과 등이 있다. 4년제의 단점은 기초․소양교육 축소 가능성, 일반약사(4년제)의 경우 국제 기준 충족 미흡, 교육연한이 축소될 경우 전문성저하 우려, 다양한 배경의 학생 선발 효과 미흡, 대학 입시 경쟁 과열 등이 있다.
4년의 교육과정으로 전문약사 인력을 길러내는 4년제 체제의 장점은 대학의 교육과정 자율 운영에 따른 각종 효과이며, 단점은 대학 입시 경쟁 과열 등이다.