이로 인해 자기 균형적 회복력이 있는 시장을 강조하던 신고전주의 경제학파에 대항하여 ‘거래비용’과 ‘제도’를 강조하는 신제도주의 경제학파가 탄생하게 된다. 특히 신제도주의 경제학파는 시장경제 내에서의 다양한 경제 활동들이 왜 ‘시장’이 아닌 ‘기업’에서 이루어지고 있는지에 대해 근본적인 질문을 제기한다. 신제도주의 경제학파들은 이의 답을 거래비용의 존재에서 찾고 있다. 이 때부터 “불완전한 시장에서는 경제주체들의 거래에 불가피하게 지불하는 비용이 존재한다.”는 가정을 바탕으로 경제문제를 해석함으로써 바람직한 조직의 형태, 기능, 효과성을 밝히는 연구들이 증가하기 시작하였다. 즉 거래비용을 최소화하는 거버넌스를 규명하는 것에 초점을 맞춘 것이다.
신제도주의 경제학파는 거래비용과 제도를 강조한다. 시장의 경제활동은 거래에 불가피하게 지불하는 거래비용이 존재한다는 전제로 바람직한 조직에 대한 연구를 하기 시작했다.