법원에서 HIV 감염인에 대한 의료차별과 관련하여 판단한 경우는 아직 없는 것으로 보인다. HIV 감염인에 대한 판례로서 눈여겨 볼만한 판례로는 서울행정법원이 2008년 4월 16일 선고한 2007구합24500 사건이 있다. 위 사건은 HIV에 감염된 외국인에 대하여 한 서울출입국관리사무소장의 출국명령에 대한 취소소송이다. 서울행정법원은 HIV에 감염되었다는 이유로 국내 체류 외국인을 출국하도록 한 명령은 그 처분으로 보호하고자 하는 전염병 예방이라는 공익의 달성 여부가 확실하지 않은 반면, 외국인의 거주·이전의 자유, 가족결합권을 포함한 행복추구권 등을 심각하게 침해하여 사회통념상 현저하게 타당성을 잃은 것으로서 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 하였다. 서울행정법원이 이 사건 판결문에서 출국명령의 재량권 일탈·남용의 근거로 제시한 사정은 의료차별을 판단하는 데에도 시사하는 바가 있다. 서울행정법원은 판결문에서 ①후천성면역결핍증의 원인 바이러스인 HIV 바이러스는 특정한 경로로만 전염되는 것으로서 일상적인 접촉으로 전염될 가능성이 거의 없는 점, ②HIV 확산 방지라는 관점에서 볼 때 사회적으로 더욱 위험한 것은 HIV 감염이 확인된 경우보다 오히려 감염여부 자체가 확인되지 아니한 경우이고, HIV 감염이 확인되었다는 이유만으로 바로 불리한 처분을 받는다는 인식이 확산될 경우 잠재적 감염인들이 검사를 기피함으로써 사회 전체적으로 오히려 역효과를 나타낼 가능성이 높은 바, 결국 감염인의 인권을 보호함으로써 자발적인 검사 및 치료를 받을 수 있도록 하고, 스스로 감염 사실을 밝히고 전염 방지를 위한 생활수칙을 지키도록 유도하는 것이 HIV 확산 방지에는 오히려 효과적일 수도 있다는 점을 분명히 하였다.
HIV 감염인관련 판례로, HIV 감염 외국인의 서울출입국관리사무소장 출국명령에 대한 취소소송을 주목할 수 있다. 서울행정법원은 전염병예방이라는 공익달성여부, 외국인의 거주이전의 자유와 행복추구권을 침해하는 재량권 일탈·남용의 위법으로 보았다. 또한 판결문에서 HIV바이러스는 일상적인 접촉으로 감염되지 않으며, 감염확인만으로 불리한 처분을 내림으로 잠재적 감염인들의 검사기피를 유발할 수 있으며 사회전체에 역효과를 보이는 것이라 명시했다.