의료기술평가에 관한 논의가 보다 활성화되었던 약제분야는 2006년 보건복지부가 주도한 약제비 적정화 방안 마련을 통해 경제성평가를 근거로 하는 선별등재제도가 확정, 도입되었다. 선별등재제도 도입과 함께 급여에 관한 의사결정은 약제급여평가위원회를 중심으로 건강보험심사평가원이 담당하고 약가협상은 국민건강보험공단에서 담당하도록 하였다. 뿐만 아니라 이미 등재되어 있던 약제에 대한 재평가를 5년에 걸쳐 추진할 것으로 공표하였다. 기등재약 재평가는 편두통치료제와 고지혈증치료제를 대상으로 시범평가가 우선 시행되었으며 고혈압지료제, 기타의 순환기계용약, 소화성궤양용제, 기타소화기계용약, 장질환 치료제, 골다공증 치료제 등 효능군별로 연구과제 중심으로 평가가 수행된 바 있다. 그러나 고지혈증치료제의 경우 결과지표에 대한 전문가 간의 이견, 평가 결과에 대한 제약회사의 반발이 거세짐에 따라 의사결정에 상당한 시간이 소요되게 되었다. 더욱이 고혈압치료제 재평가의 경우 에 대해 평가보고서가 제출된 후 평가방법 및 결과에 대한 관련 임상학회 및 제약업계의 반발이 거세어 결과적으로 보건복지부는 기등재약 재평가 계획안 변경과 종국에는 재평가 중단을 결정하게 되었다(배은영, 2010).
약제분야의 급여 관련 의사결정은 건강보험심사평가원이, 약가협상은 국민건강보험공단 담당하고 있다. 또한 등재된 약제도 5년에 한 번씩 재평가를 한다. 그런데 고지혈증치료제의 경우 심사가 어려워 관련자들의 반발과 재평가 중단을 결정하기도 했다.