국가결핵관리 예산은 국비 기준으로 2007년에 99억 원에서 2010년 148억 원, 2015년 369억 원, 2016년 393억 원, 2017년 412억 원으로 증가해 왔다. 2010년에서 2011년 예산이 148억 원에서 447억 원으로 무려 300억 원이나 증가하였는데, 이는 결핵 본인부담 의료비에 대한 국고 지원이 시작되었기 때문이다. 특히, 2017년에는 결핵치료비의 본인부담(10%)이 전면 면제되어 건강보험급여로 지출됨에 따라 관련 예산 대신 결핵예방법 제4조에 따른 집단시설종사자 등에 대한 잠복결핵감염 검진사업인 결핵안심국가 사업비 89억 원으로 전환되면서 결핵 및 잠복결핵감염 조기발견사업비의 증가 폭이 컸는데, 결핵안심국가 사업은 단년도 사업으로 명시되어 있다. 여기에는 2009년부터 결핵역학조사에서 실시한 잠복결핵감염 검진이 포함되어왔다. 또한 2018년 예산에는 2017년 단년도 사업이었던 결핵안심국가사업(집단시설 종사자 대상 잠복결핵감염 검진사업) 89억 원이 거의 삭감되었고, 노인결핵검진사업(6.2억원) 및 외국인 결핵 및 잠복결핵검진사업(4.5억) 등이 신규 사업으로 책정되어 약 343억 원 수준이 될 전망이다.
국가결핵관리 예산이 증가해 왔다. 2017년에는 결핵치료비의 본인부담이 전면 면제되어 건강보험급여로 지출됨에 따라 결핵안심국가 사업비가 89억 원으로 전환되면서 결핵 및 잠복결핵감염 조기발견사업비의 증가 폭이 컸다. 