그러나 대학과 출연연구소의 기술지주회사에 대해 아직은 실험적 학습기이며 여러 가지 한계가 있다는 평가가 주류를 이룬다. 아직은 대학 및 연구기관과 스핀오프기업(자회사) 사이에 기술지주회사를 둠으로써 모기관이 자회사를 직접 소유했을 때의 문제(예: 기업의 리스크를 모기관이 공유)를 해결했다는 의미 정도로 평가하는 전문가들도 있다. 무엇보다도 모기관 - 기술지주회사 - 자회사로 이어지는 조직구조만 설계되었을 뿐 그 안의 내용에 해당하는 인력과 자본은 아직 미흡하다는 평가가 많다. 이는 대학 내부의 자평이기도 하다. 모기관의 기술을 토대로 자회사 창업을 주도할 창업 및 사업개발 분야의 전문가들이 더 충원되어야 하고 이들의 창업활동을 지원할 자본력도 보강되어야 한다.
대학과 출연연구소 기술지주회사에 대해 한계가 있다고 평가한다. 모기관-기술지주회사-자회사 조직구조 설계만 이루어 졌을 뿐, 인력과 자본은 아직 미비하다는 평가가 주류를 이루기도 한다.