자유무역지역은 관세가 면제되는 지역일 뿐 아니라, 외국인투자기업의 경우 조세특례제한법에 의해 법인세 및 소득세가 면제되고, 또한 조세특례제한법 및 지방자치단체의 조례를 등을 통해 취등록세와 재산세 등이 감면되는 혜택이 있다. 자유무역지역에 입주하는 외국인투자기업 중 물류산업에 미화 500만 달러 이상을 투자하는 경우와 제조업에 1000만 달러 이상을 투자하는 경우, 외국인투자비율에 해당하는 법인세소득세가 3년간 100%, 이후 2년간 50%가 감면된다. 그러나 대부분의 자유무역지역이 경제자유구역으로 이중으로 지정되고 있는데 경제자유구역에서는 5년간 100%, 2년간 50%로 규정되고 있어, 실질적으로는 5년간 100%, 2년간 50% 적용이 가능하다. 그러나 대부분의 자유무역지역 입주기업들이 감면 요건인 물류산업 외국인투자 500만 달러, 제조업 1000만 달러를 충족하지 못하여 이 혜택을 적용받는 경우는 많지 않은 실정이다.
자유무역지역에 입주하는 외국인투자기업 중 물류산업에 미화 500만 달러 이상을 투자하거나 제조업에 1000만 달러 이상을 투자하면 법인소득세 감면 혜택이 있지만 대부분의 자유무역지역 입주기업들이 조건을 충족하지 못해 혜택을 받는 기업은 많지 않다. 