우선 법합치성(제4장)과 관련하여서는 별도 법률을 제정하는 것은 「국가 연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」제20조 1항 단서 조항의 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 민간의 사적 소유물이라는 점에서 사적 자산인 연구시설·장비에 대해 정부가 효율적인 관리방안을 제시하고 이를 따르도록 하는 데 있어 국민의 권리의무의 본질적 부분을 제한하는 것이 되어 헌법 37조 제2항에 따라 법률로서 그 내용과 한계를 명확하게 하는 것이 바람직하다는 점, 그리고 이 경우 현재의 법체계상 법률의 수직적 체계 정합성에는 큰 문제가 없고 수평적 체계 정합성에 있어서는 별도 법률 제정시 타 부처 관련 실시법과 충돌되지 않게 조문을 구성하면 된다는 점이 더욱 중요하게 고려되었다. 표준지침의 경우 행정규칙으로 판례상 예외적으로 상위 규범과 결합하여 대외적 구속력을 가지는 경우가 있으나 이를 일반화하여 그 구속력을 주장할 수는 없다는 한계가 크다.
법합치성과 관련한 별도법률을 제정할 때 국민 권리의무의 본질적 부분을 제한하는 것은 헌법 37조 제2항에따라 내용과 한계를 명확히해야 하는데, 타부처의 실시법과 충돌되지 않도록한다. 표준지침은 대외적 구속력을 가질수도 있으나 일반적인 것은 아니다.