지수 측정 방법론은 생물다양성 기준을 포함하고 있지만, 평가지표를 수종으로 제한하고 있어 대표성이 다소 부족하다고 판단된다. 산림청은 자료에서 상쇄사업등록 이전에 실시되는 환경적 영향 평가과정에 기 포함된 생물다양성 지표(멸종위기종 및 희귀종)는 탄소흡수원 지수측정에서는 제외한다고 설명하였다. 그러나 환경적 영향 평가는 사전에 실시하는 평가인 반면에, 탄소흡수원 지수는 등록된 산림탄소상쇄사업을 대상으로 사업효과를 평가하는 방법이기 때문에 평가지표 중복을 판단하는 근거가 비논리적이다. 따라서 수종뿐만 아니라 사업대상지 내 희귀종(개체 수) 등의 지표가 추가된다면 생물다양성 유지 및 증진효과에 대한 포괄적인 평가가 가능해질 것으로 예상된다. 또한 기후변화 적용효과 측정을 위한 기준이 부재하다는것도 기존 탄소흡수원 지수 측정 방법론이 지닌 한계점으로 지적할 수 있다.
지수 측정 방법론은 평가지표를 수종으로 제한하고 있어 대표성이 다소 부족하다 판단되며, 평가지표 중복 판단 근거도 비논리적이기에, 수종뿐 아니라 사업대상지 내 희귀종 등의 지표가 추가된다면 포괄적인 평가가 가능할 것으로 보인다.