그러나 소프트웨어에 의해 실현되는 기능을 가지는 장치ㆍ기구ㆍ시스템에 관한 발명 또는 일정한 처리방법 등에 관한 발명으로서 재구성함으로써 실질적으로는 어떠한 물리적인 기계나 구조를 전제로 한 발명이 되므로, 당해 발명 전체로서 보면 자연법칙의 이용성이 긍정될 수 다. 기본적으로 이러한 관념 하에 소프트웨어 관련 발명이라도 특허법 상으로 전면적으로 부정되는 것은 아니라는 인식하에, 특허청 심사 실무는 1975년부터 소프트웨어 관련 발명에 대한 심사기준을 정비하였다. 이를 시작으로 하여 컴퓨터 프로그램 관련 심사기준에 대하여 수차례 개정을 하면서 특허보호제도 영역하에서 보호하게 되었다.
소프트웨어 관련 발명도 실질적으론 물리적 구조를 전제로 한 자연법칙의 이용성이 긍정되므로, 이에 대한 심사기준을 정비하여 특허보호제도로 보호하게 됐다.