한편 소형선박의 등록, 검사, 측도, 폐선 등 레저선박의 이용과 관련된 전체적인 업무를 담당하는 JCI 외에 레저선박 이용 활성화를 위한 기능을 수행하는 민간 조직으로 일본해양산업협회(JMIA), 일본마린스포츠재단(Marine Sports Foundation), 일본해양레저안전진흥협회(Japan Marine Recreation Association)가 있다. 특히, 일본해양산업협회는 ISO/TC188 등 레저보트의 국제표준 규격을 제정하는 과정에 참여하고 있으며, 일본해양레저안전진흥협회는 국토교통성이 지정한 소형보트 조종면허 발급기관이다. 이들 기관은 레저선박을 이용한 레저활동의 안전성 확보 및 활성화를 위해 정부 및 JCI와 협력하고 있다.
일본의 경우, 소형선박 및 레저선박의 이용 활성화를 위해 공적인 JCI 외에 일본해양산업협회 등 여러 민간조직이 활동을 하고 있으며, 다양한 방법으로 정부와 협력하고 있다.