혁신 활동 기업은 기준 기간 동안 혁신 활동에 참여한 기업을 뜻한다. 따라서 일반적으로 혁신 활동 기업은 혁신 기업을 부분 집합으로 포함한다. 즉, 기업은 혁신을 시도할지말지를 결정하여 혁신 활동 에 들어서게 되면 ‘혁신 활동 기업’이 되고, 이러한 혁신 활동의 결과 어떤 혁신을 실제로 도입하게 되면 ‘혁신 기업’이 된다. 개념적으로 혁신 활동 기업은 4대 혁신을 위한 노력 모두를 포괄하지만, 현재 혁신 지표에서는 ‘제품 및 공정혁신활동기업’만이 조사 · 활용되고 있다. 따라서 현실적으로 혁신 활동 기업은 연구 개발 활동 또는 제품/공정 혁신을 위한 혁신 활동을 수행한 기업으로 이해해야 한다.
현재에는 '제품 및 공정혁신활동기업'만을 혁신 지표에 활용하고 있으므로 혁신 활동 기업은 연구 개발이나 제품/공정의 혁신 활동을 수행한 기업으로 보아야 한다. 