기존의 기초연구 유형에서는 목표 및 지표설정에 있어 Middle-up 또는 Bottomup 방식의 과제공모 및 첨단·전략연구사업이 주를 이루고 있으므로, 논문, 특허와 같은 산출물 분석을 통한 연구자의 수준향상 여부 파악, 전문가 평가를 통한 성과 분석 등이 필요하며 예컨대 순수기초형 사업은 Bottom-Up 과제공모 방식을 통해 사업이 추진되므로, 과제별 목표의 단순 통합 방식보다는 계량서지학적 정보, 전문가 평가를 혼합하는 등의 성과목표 설정이 필요하다(미래부, 2014). 목적기초형 사업은 사업목표의 사전 기획이 구체적으로 수립되어야 하며 달성을 위해 주로 Middle-Up 방식의 과제공모를 통해 사업이 추진되므로, 과제선정 시 사업목표와 과제목표의 연관성이 높아야 한다(미래부, 2014). 이에 기초연구는 연구 성과물의 활용을 통한 장기성과(파급효과)의 발생 여부 및 시기를 예측하기 어려우므로 추적평가 등을 통해 기초연구성과의 파급효과를 분석은 하되, 성과목표로 설정하는 것은 지양하고 단기·중기 성과를 중심으로 목표를 설정하도록 하고 있으며 ,측정 가능한 성과목표 설정 곤란 시, 사업 초기단계에서부터 전문가 의견 수렴을 바탕으로 성과목표를 설정하되, 등급, 점수에 관한 정성적인 기준을 최대한 객관화하여 사전에 마련하도록 하고 있다(미래부, 2014).
순수기초형 사업은 Bottom-Up 과제공모 방식을 통하여 추진되는 사업이다. 전문가 평가 등의 성과 목표가 설정되어있을 필요가 있다. 목적기초형 사업은 사전 기획을 구체적으로 수립해야 하며, Middle-Up 과제공모 방식을 통하여 추진되는 사업이다. 이는 사업목표와 과제목표에 연관성이 뚜렷해야 한다. 