중앙정부와 지방정부의 역할을 명확하게 정립할 필요가 있다. 현행의 행정체제하에서 중앙정부와 지방정부의 임무와 역할은 명확하게 규정되어 있다. 재원으로 살펴보면 중앙정부가 국가 재원(’14년 기준)의 42.3%를 사용하고 있고 지방정부가 57.7%를 사용하고 있다. 그러나 현재의 R&D활동의 재원은 90%이상이 중앙정부 재원으로 운영되고 있다. 이러한 재원운영의 상당부분을 지방정부 주도하에 할 수 있도록 재원을 지방정부로 이전할 필요성이 있다. 지역 혁신활동을 저해하는 가장 큰문제인 지역의 기술수요를 지역 공공연구기관 충실하게 반여 실효성 높은 R&D 활동을 수행하기 위해서는 지역의 현장에서 지역의 수요와 실정을 잘 아는 지방정부가 기술혁신활동을 주도할 수 있도록 이에 걸맞게 R&D사업을 기획하고 집행할 수 있도록 지자체가 독자적으로 사업을 추진할 있도록 해야 한다. 지역 주도의 핵심은재원의 안정적인 확보라는 점에서 지자체 독자적으로 지역 수요에 맞게 사업을 추진할 수 있도록 하는 포괄보조금제도의 조속한 도입이 필요하다.
중앙정부와 지방정부의 포지션을 정확하게 정해야 한다. 현재 행정체제 아래 중앙정부와 지방정부의 업무는 정확히 규정되어 있다. 그러나 연구개발 활동의 대다수는 중앙 정부 자금으로 활용되고 있다. 지역주도의 핵심은 재정 안정적 확보라는 점에서 포괄보조금제도의 빠른 시행이 필요하다.