이 같은 혁신시스템을 분석하기 위한 노력은 크게 혁신시스템의 구성 요소를 파악하고 그 특성을 분석하기 위한 구조 분석론과 혁신시스템의 구성 요소보다는 혁신시스템에 관여하는 주요 행위자들의 혁신 역량과 행위자 네트워크의 효율성 문제에 주목하는 기능 분석론으로 분화, 발전하였다. 혁신시스템 구조 분석론의 일반적 인 프레임에 따르면 혁신시스템의 구성 요소를 행위자, 네트워크, 제도, 기술적 요소로 구분할 수 있다. 이 중에서 행위자 요소를 제외한 나머지 세 가지 요소에 대한 분석에는 중장기적 관점을 필수적으로 요구하고 있어, 해당 연구자들 사이에서 미래연구와의 연계를 모색할 필요성이 제기되어 왔다. 후자의 경우 초기 기능 분석론이 연구개발이나 과학기술 확산, 서비스 제공을 중시하는 기술 공급적 시각이 강했던 반면, 2000년대 이후 수요 및 시장의 변화에 주목하게 됨에 따라 마찬가지로 중 장기적 관점의 도입이 필요하게 되었다. 특히 혁신시스템에 관여하는 행위자들이 뚜렷한 비전과 전략을 가지고 활동할 때 수요 측에서 원하는 산출물이 나올 가능성이 높아진다는 인식이 팽배해짐에 따라 예측 및 전망 기법의 활용이 점차 증대되는 상황이었다(Wieczorek & Hekkert, 2012).
혁신시스템 분석론은 구조 분석론과 기능 분석론으로 구별된다. 전자는 혁신시스템의 구성요소를 분석한다. 그 중 네트워크, 제도, 기술적 요소는 중장기적 관점을 요구한다. 후자는 구성요소 분석보다는 행위자에 초점을 맞춘다. 초기는 기술 공급적 시각이었지만, 이후 전자와 마찬가지로 중장기적 관점을 필요로 했다.