자유무역지역 입주 시 입주허가를 받고 입주계약을 체결해야 하는 것은 기업에게 이중으로 행정절차를 부담시키고 있다. 또한 입주허가 준비과정에서 기업에게 향후 기업 활동의 불확실성 발생 및 이로 인한 불필요한 비용발생의 가능성도 존재한다. 현재 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」에는 자유무역지역에 입주하려는 자는 입주허가를 받고(법 제11조), 토지·공장 등에 대해 매매· 임대차계약을 체결(법 제13조)해야 한다. 또한 입주기업체 등이 부정한 방법 등으로 입주허가를 받았을 경우 등에는 입주허가를 취소하도록 규정(법 제15조)하고 있다.
자유무역지역 입주 시 입주허가 후 입주계약 체결은 기업에게 이중으로 행정절차 부담이 있다. 허가 준비 과정에서 기업 활동의 불확실성 및 비용발생의 가능성이 있다.