포커스그룹 면담의 단점은 해석을 하는 과정에서 오류가 생길 수 있다는 점이다. 달리 말하면, 참가자들이 논의하고 토론하는 내용과 상호작용에서 의미 있는 결과를 도출해야 하지만, 여기에는 분명한 가이드라인은 없다(Robson,2002). 따라서 이러한 경우 포커스그룹 면담 결과가 해석자가 가지고 있는 선입견에 의해 왜곡되거나 포장될 수 있는 문제점이 있다. 이와 더불어 포커스그룹 면담은 논의와 토론을 통해 의미 있는 결과가 도출되는데, 만일 토론이 불가능하거나 다양성이 인정되지 않는 경우에는 의미 있는 결과 도출이 어려울 수 있다. 특히, 우리나라와 같이 나이와 서열에 민감한 사회에서 다양한 그룹이 모여서 상대방을 존중하는 토론과 논의가 가능할지는 의문이다.
포커스그룹 면담은 확실한 가이드라인이 없다. 그렇기에 선입견에 의해 왜곡되거나 포장되고, 논의와 토론이 제대로 이뤄지지 않아 의미 있는 결과 도출이 나오지 않는 등의 오류가 발생할 수 있다.