국가 중심주의 일본 대학체제는 2003.7.9 ‘국립대학법인법’이 국회에서 통과 되면서 2005년 4월부터 모든 4년제, 2년제 국립대학이 89개 법인으로 민영화돼 새로 출발하였다. 정부 통제보단 정부 지원 아래에 있던 대학들이 이제 자율적으로 교육과정과 수업료 등을 결정하고 수익사업도 할 수 있는 반면, 매년 외부기관 평가를 받아 성적에 따라 정부 지원금을 받는 등 치열한 경쟁시대를 맞게 되었다. 이러한 일본 국립대학의 법인화로, 재정운용의 효율화, 연구 및 교육의 활성화 차원에서 국립대학의 개혁이 추진되었고, 그 결과 국립대학은 새로운 유형의 독립행정법인으로 전환되었다. 일본의 국립대학 법인화의 특징은 법인의 주체는 국가이면서, 국립대학에게 운영의 권한과 책임을 주는 것이다. 이를 통해, 예산과 조직 등의 규제를 완화하고 대학을 자기책임 하에 운영하게 해, 민간적 발상의 경영기법을 도입하여 효율성을 도모하고 있다(ADL, 2007: 151).
일본 국립대학 법인화는 재정운용의 효과적 결과와 연구, 교육 활성화 측면에서 국립대학 개혁이 추진되어 새롭게 독립행정법인으로 바뀌었다. 이 법인의 주체는 국가이며 국립대학에 권한과 책임을 준다.