제도운영 자체에 수반되는 거래비용이 큰 예로 배출권거래제도가 존재한다. 배출권거래제도는 자연자원에 대한 배타적인 사적소유권 설정시 수반되는 대규모의 거래비용을 줄이고자 피규제자로 하여금 적정 오염 목표량을 선택하도록 하고, 오염배출권을 자유롭게 거래할 수 있도록 설계된 제도이다. 오염 감축을 경제적 유인방식과 접목시켰기 때문에 강제적으로 통제·명령하는 직접 규제 방식보다 훨씬 더유연하고 효율적이다. 하지만 배출권거래제도는 규제기관으로 하여금 사업장에 오염배출권을 할당하기 위한 관련정보 수집 및 협의의 과정을 거치도록 함으로써 ‘사전 거래비용’을 발생시킨다. 그뿐 아니라 사업장의 실제 배출량을 모니터링하는데 소요되는 사후 거래비용도 상당히 크다. 사업장 자체에서도 배출권을 할당받기까지 기존의 배출량 및 활동 등을 신고하고, 이를 할당받기 위해 협의, 조정하는 비용이 발생하며, 할당 이후에는 배출권을 거래하기 위한 당사자를 탐색하기 위한 비용, 거래 당사자와 협상하고 계약을 체결하기 위한 비용 등이 발생한다.
배출권거래제도는 피규제자가 적정 목표량을 정하고 그것을 자유롭게 거래할 수 있게 만든 제도다. 오염을 줄이기 위한 방식으로 직접 규제 방식보다 효율적이다. 그러나 제도의 특성상 사전 비용이 발생할 수 밖에 없다.