한편 국정운영 패러다임으로서 협력적 거버넌스도 하나의 대안으로 제시되고 있다. 국정운영에 있어서 정부가 주도적으로 정책을 추진하기 보다는 다양한 사회적 행위자들이 참여하여 다양한 사회적 가치와 이해관계 속에서 서로 설득과 타협을 통해 국정을 운영한다는 대안이다(정용덕, 2001). 다양한 사회적 행위자들이 이해관계의 조정을 통해 정책을 결정하고 집행하며, 참여와 협력을 강조한다는 점에서 사회적 갈등을 해소하고 관리하는 대안적 국정운영 패러다임으로 제시되고 있다. 또한 과거처럼 정부가 모든 정보를 독점하던 시대를 넘어 다양한 사회적 행위자들이 정보와 기술적 능력을 소유하게 됨으로서 정부도 불가피하게 이들을 대등한 파트너로 인정할 수밖에 없다는 점도 협력적 거버넌스의 필요성을 강화시키고 있다. 그러나 협력적 거버넌스는 국정운영 패러다임으로 적용하기에는 한계점을 내포하고 있는 것도 사실이다. 먼저 다양한 사회적 이해관계자가 정책결정과 집행에 참여함으로서 정책의 책임성과 투명성이 모호해지는 문제가 있다(Fukuyama, 2016). 또한 협력적 거버넌스는 정부가 다른 사회적 이해관계자와 소통하고 협력하는 것을 강조하는 반면 정부조직의 내적인 운영에 대해서는 논리적 체계를 제공하지 않고 있는 약점이 있다.
국정운영 패러다임으로 협력적 거버넌스는 다양한 사회적 행위자들이 다양한 사회적 가치와 이해관계로 설득과 타협으로 운영하는 대안이다. 과거처럼 정부가 모든 정보를 독점하던 시대를 넘어 다양한 사회적 행위자들이 정보와 능력을 소유해 정부도 파트너로 인정하나 이들이 정책결정과 집행에 참여함으로 정책의 책임성과 투명성에 문제가 생긴다.