다섯째, 항만재개발 대상 사업에 용도지구, 지역 등의 개념을 도입할 필요가 있다. 현재의 항만재개발사업은 전체적인 기본구상을 수립한 다음 기본계획에 대강의 토지이용계획을 수록하고 있다. 그러나 보니 단계별 사업의 토지이용계획이 천편일률적으로 동일한 모습을 보이고 있다. 예를 들어 부산항 북항 1단계 사업과 2단계 사업의 경우 각 사업별 토지이용계획이 대동소이하다. 결국 동일한 기능이 단계만 구분하여 동일하게 조성되도록 하고 있다. 이는 배후도시와의 연계성 측면에서 문제가 있으며 거시적이고 장기적 차원에서 공간적 효율성을 저해하고 있다. 전체 지역을 중심에 두고 용도지구와 지역 등의 개념을 도입하면 각 지구별로 중심이 되는 사업내용이 다르게 되고 따라서 다양한 시설과 기능을 도입하여 항만과 도시의 공간적 공존, 기능적 연계성을 도모할 수 있다.
부산항 북항 1단계와 2단계 계획이 다를 게 없는 등 항만재개발 대상 사업은 단계별 사업의 토지이용계획이 동일하여 배후도시와의 연계성에 문제가 있어 항만재개발 대상 사업에 용도지구와 지역 등의 개념을 도입해야 한다. 