공론화 시 가장 크게 드러나는 문제는 대중 및 이해관계자 참여 프로그램의 관리와 운영이 비효율적으로 이루어지는 것이다. 이를 극복하기 위해서는 대중 및 이해관계자 참여 프로그램을 진행하는 주체의 전문성 확보가 필요하다. 공론화 초기, 인문사회학 전문가 혹은 갈등 전문가를 대상으로 공론화 시 적용할 참여 방법들에 대한 활발한 논의가 이루어져야 한다. 공론화 진행시에는 프로세스 및 갈등 관련 전문가의 적극적 참여가 필요하고 단계별로 주기적인 평가 작업이 병행되어야 한다. 외부 평가 기관을 통하여 참여프로그램을 모니터링하게 하고, 문제점들이 발견되고 지적되었을 때는 이를 수정 보완한 후 다음 단계의 프로그램으로 넘어가는 것이 바람직하다.
공론화 시 대중과 이해관계자가 참여하는 프로그램의 운영이 효율적으로 이루어지려면 프로그램 진행주체의 전문성 확보와 주기적인 평가가 필요하다.