셋째, 미래성장동력분야의 정책과 예산의 연계 강화이다. 미래성장동력분야를 집중투자대상으로 분류하고 있으나 2016년도 예산편성 결과를 보면 53개 사업 중 감액사업이 18개, 전년대비 1% 미만 증액사업이 6개에 달한다. 성장동력 종합계획-연구개발 투자방향-예산 배분･조정-예산 편성과정에서 투자우선순위가 계속 변화하는 것을 보면, 이는 정책과 예산의 연계가 형식적으로 운영되는 것을 의미한다. 예를 들면 2016년을 보면, 연구개발 투자방향에서는 사물인터넷, 빅데이터, 심해저해양플랜트, 예산 배분･조정(안)에서는 5G 이동통신, 사물인터넷, 스마트자동차 등 조기상용화 가능성, 정부예산안에서는 사물인터넷, 무인이동체, 5G이동통신, 스마트카 등 유망 미래먹을거리 분야가 중점 투자 대상으로 각각에 있어서 차이가 나타난다. 더욱이 사업과 과제에 대한 면밀한 검토를 통해 가능한 일원화된 사업체계로 개선해야 한다. 정부는 정책 통합 후 부처 간 역할 분담 체계를 명확히 하여 분야별사업구조조정을 한다고 하였으나 2016년 예산안에 반영된 사업구조조정 사례는 미미하다.
2016년 미래성장동력 종합계획과 예산 배분･조정-예산 편성과정에서 투자우선순위가 계속 변하는 것은 정책과 예산이 서로 연계가 되고 있지 않다는 증거가 된다. 이에 사업 과제를 좀 더 세밀히 살펴 사업 체계를 단일화해야한다.