기업연구소의 협력대상은 기업이 가장 많지만, 대학과 국공립연구기관과의 협력도 일정 비중을 넘어선다. 57개 응답 기업 중에서 39개 기업은 기업과의 협력이 우선 순위가 높다고 응답했고(68.4%), 대학과 정부연구소도 각각 동일하게 9개 기업이 우선순위가 높은 파트너라고 응답했다(각각 15.8%). 정부연구소의 경우는 89개 연구부서 중에서 21개 부서는 대학(해외 대학 포함)이 25개 부서는 기업이 각각 우선 순위가 높은 파트너라고 응답하고 있고(비율은 각각 28.1%). 나머지는 대체로 정부연구소라고 응답하고 있다. 이는 정부연구소가 정부연구소, 기업, 대학 등 다양한 연구주체들과의 협력이 활발하다는 것을 보여줌으로써 역시 국가적인 차원에서 협력의 고리역할을 하고 있음을 시사한다. 우수대학실험실은 대학교수간의 공동연구가 압도적 다수이다. 82개 실험실 중에서 대학과의 협력이 우선순위가 높다고 응답한 경우가 64개로서 78%에 달한다.
우선 순위 설문 결과를 통해 약 68%라는 높은 비율로 기업간의 협력이 중요하며 이후 대학과 정부연구소와의 협력이 중요하다는 결과가 나왔다. 이는 국가적 차원에서 정부연구소가 여러 부서, 기관과의 협력이 활발하다는 것을 보여준다.