그렇다면, 정부 출연연 자체로 사회적 경제조직들과 혁신연계를 하는 상황은 어떨까? 실제로 한국화학연구원, 한국에너지기술연구원 등에서는 연구원 차원에서 사회적 문제 해결을 위한 기술개발을 하고자 노력하고 있다. 그러나 사회적 문제의 확인 어려움, 자체 연구소에서 사회적 경제조직과 연계하여 기술지원을 하는 경우 평가 인센티브 부재, 논문 등의 연구업적이 중요한 개인 경력 상의 특징으로 사회적 경제조직에 대한 기술 지원은 잘 이루어지지 못하고 있었다. 또한, 사회적 경제조직의 혁신능력이 낮기 때문에, 출연연이 이들이 사용할 수 있는 솔루션까지 개발해야 하는 문제가 있다. 즉, 기술 공급뿐만 아니라 지역에서 어떻게 사용하고, 관리해야 하는 지 등 지속적인 서비스제공이 필요하다. 이러한 서비스 제공은 출연연에서 지속적으로 제공하는 데는 어려움이 있다. 그리고 사회적 경제조직들이 원하는 기술은 자신들의 사회적 문제를 해결하는 적절한 수준의 기술 개발 또는 기존 기술의 새로운 조합 및 적용 수준이 많다. 이러한 기술수준은 우리나라 정부 연구소에서 추구하는 최신 기술과 거리가 멀어 더더욱 사회적 경제 조직과 혁신연계의 가능성을 떨어뜨리고 있다.
정부 출연연으로 사회적 문제를 해결하기 위한 기술개발이 이루어지고 있으나, 여러 가지 요인으로 사회적 경제조직에 대한 기술 지원은 원활하지 않다. 또, 출연연의 지속적인 서비스 제공이 어렵다는 것과 관련 조직과 출연연이 추구하는 기술이 다르다는 점이 혁신연계의 가능성을 떨어뜨리고 있다.