새로운 컨트롤타워와 일원화된 예산 집행기관의 설립과 함께 새로이 구축된 의료분야 연구개발 흐름도는 다음 <그림 1>과 같다. 건강의료전략추진본부는 건강 의료분야의 안건을 작성하고 시행을 추진하는 R&D 컨트롤타워로 연구개발 추진계획을 작성하고 실시하도록 하며 연구개발 관련 예산의 종합적 예산 요구를 조정하는 역할을 담당한다. 이러한 업무를 지원하기 위해 두 개의 부속 위원회가 존재하는데, 건강의료전략참여회합과 전문위원회가 바로 이들이다. 기초, 임상, 신약개발 연구 등에서 경험이 풍부한 산학계, 의료 관련 기관 전문가로 구성된 건강의료전략참여회합은 추진본부에 의료 연구개발에 대한 정책적 조언을 제공하고, 의료 분야 연구개발 전문가로 구성된 전문위원회는 의료 분야 연구개발 계획을 작성하고 추진 방안에 대해 조사 및 검토를 수행하는 전문조사 기능을 담당한다(정안나 외, 2014). 이렇게 건강의료전 략추진본부가 보건의료 R&D 컨트롤 타워로서 연구개발 추진계획을 구상하고 실시하는 일을 담당한다면, AMED는 후생노동성, 문부과학성, 경제산업성으로 나뉘어 있는 의료 분야의 연구개발 예산을 일원적으로 관리하며 top-down 형태의 정부 주제 지정 공모 과제 연구비를 배분하고 추진 현황이 성공적인지를 검토하고 감독하는 역할을 맡는다(정안나 외, 2014). bottom-up 형태의 연구자 자유 공모 과제들 중에서는 건강의료전략추진본부가 제시한 종합전략을 기준으로 과제를 채택하는 역할은 종전처럼 문부과학성이 맡는다(정안나 외, 2014). 이 새로운 의료 분야 연구개발 체제는 국가전략으로 선정된 주요 연구 분야와 주요 질환 연구 분야에 대한 기초연구부터 상용화하기까지 단절 없이 일관된 지원을 할 수 있게 한다.
새로이 구축된 의료분야 연구개발 체제에서는 연구자 자유 공모 과제들 중 과제를 채택하는 역할은 종전처럼 문부과학성이 맡지만, 건강의료전략추진본부가 R&D 컨트롤타워로 연구개발 추진계획 작성, 실시, 종합적 예산 요구를 조정하는 역할을 담당하고, 건강의료전략참여회합과 전문위원회가 업무를 지원한다. 이로써 국가전략으로 선정된 주요 연구 분야와 주요 질환 연구 분야에 대한 기초연구부터 상용화하기까지 일관된 지원을 할 수 있다.