두 번째 핵심질문은, 질적 평가의 핵심은 정성평가체계이므로 정성평가를 위한 지표를 어떻게 설정 및 개발해야 할 것인가에 관한 것이다. 현재 정부부처들은 각 부처 특성에 맞는 다양한 국가연구개발사업들을 실시하고 있다. 따라서 개별 부처별 사업별 특성들이 반영된 맞춤식 정성(질적)평가 지표들을 개발하는 것이 필요하지만 시간적, 물리적 한계로 인해 수많은 유형들의 부처별·사업별 정성(질적) 평가지표에 대해 본 연구에서 모두 분석하고 개선(안)을 제시하는 것은 어려움이 있다. 따라서 본 연구에서는 국가연구개발사업들을 크게 단기‧소형 기초연구, 중장기 원천연구, 단기‧소형 산업연구, 중장기 대형 산업연구개발 연구로 구분하여 각각의 유형에 맞는 정성(질적)평가 방법을 분석, 제시하려고 한다. 예를 들면 단기‧소형 기초연구의 경우 주로 논문의 질로 평가하는 것이 좋은지, 아니면, 질적 평가지표의 개발보다는 평가방식의 개선을 통해서 질적 평가를 강화해야 좋은지와 같은 분석 등을 통해 이에 대한 해답을 강구하고자 한다.
질적평가의 핵심은 정성평가 지표의 설정과 개발방법인데, 현재 정부부처들은 다양한 국가연구개발사업을 실시하고있으므로, 갭렬 사업 특성이 반영된 맞춤 평가지표 개발이 필요하나 시간‧물리적 한계가 있으므로 크게 몇가지로 구별한 유형별 평가방법을 제시한다.