감자의 저장은 온도와 습도조절 및 환기가 잘 이루어져야 한다. 습도가 높을수록 저장기간에 따라 감자의 무게가 줄어드는 현상을 줄일 수 있다. 따라서 습도는 보통 85% 이상을 유지하는 것이 좋다. 감자의 저장온도는 보통 3∼10℃ 정도이지만 품종, 저장기간, 저장목적에 따라 저장온도를 달리할 수 있다. 감자의 저장온도가 높으면 감자의 싹이 빨리 나고 반대로 저장온도가 낮으면 환원당의 함량이 증가하여 가공품질이 나빠지기 때문에 온도의 조절이 중요하다. 예비저장을 거친 뒤 씨감자에 싹이 나지 않도록 장기간의 저장을 하기 위해서는 3℃ 부근의 온도가 적절하다. 일반 식용 감자는 4℃ 내외, 가공용 감자는 7∼8℃ 정도로 저장하다가 출고 20일 전부터 서서히 온도를 높여 20℃ 수준을 유지하는 것이 좋다. 저장온도는 감자에 함유되어 있는 환원당 함량과 관련이 깊다. 4℃ 이하의 저온에서는 전분이 환원당으로 변하는 이른바 저온당화(Low temperature sweetning) 현상이 일어난다.
품종 등에 따라 달라질 수 있으나 보통 감자 저장시 습도는 85% 이상을 온도는 보통 3∼10℃로 유지해야 한다. 장기 저장시 일반 식용 감자는 4℃ 내외, 가공용 감자는 7∼8℃로 저장하다 출고 20일 전부터 온도를 높여 20℃ 정도를 유지하는 것이 좋다.