GMOs의 안전성에 대한 지식이 불완전한 상황에서 GMOs로 인한 잠재적 위해를 어떻게 평가하고 관리할 것인가에 관한 논쟁이 국제적으로 지속되고 있다. 큰 틀에서 보자면 GMOs의 안전성, 위해성, 환경영향 등을 평가하는 데 있어 실질적 동등성 원칙과 사전예방주의 원칙이 대립하는 양상이다. 실질적 동등성 원칙은 GMOs 또한 기존 제품과 동일하게 취급․관리될 것을 고수하는 반면, 사전예방주의 원칙은 신기술을 활용한 GMOs의 영향력에 관한 불완전한 지식을 강조하며 인지하지 못한 위해가능성에 대한 선제적 예방조치가 있어야 한다고 본다. Demortain(2013)은 이러한 시각차가 미국의 증거기반주의와 유럽의 사전예방주의를 반영한다고 주장한다. 현재 미국은 실증되지 않은 GMOs의 위해를 사전 예방하기 위해 GMOs 표시제를 시행할 필요가 없다는 입장이고, 유럽은 실증되지 않았지만 존재한 잠재적 위해를 관리하기 위하여 엄격한 표시제를 실시하고 있다(권형둔, 2013).
GMOs의 안전성이 확실하게 검증되지 않은 상황에서 잠재적 위해성에 대한 평가와 관리에 있어 미국은 실증적 증거가 없으므로 기존 제품과 동일하게 취급, 관리되어야 한다는 입장이나 유럽은 위해가능성을 대비해 사전예방적 조치로 엄격한 표시제를 실시하고 있다.