다음으로, 연구개발비 변화 전망을 토대로 연구개발 예산의 총량적 운영 규모를 추정하였다. 이러한 추정은 총연구개발비 중 정부공공 부담 비율로 산정된 정부공공 부담 연구개발비의 규모를 통해 정부 연구개발 예산의 규모를 대략적으로 파악할 수 있다는 가정에서 출발하였다. 물론 특정 연도의 정부공공 부담 연구개발비는 연구개발 예산의 규모와는 다르다. 정부 연구개발 예산은 자금 제공자의 관점에서 집계되고 정부공공 부담 연구개발비는 자금 사용자의 관점에서 집계되어 수치 상의 차이가 있을 수밖에 없다. 당해 연도에 편성된 예산이 사업에 따라서는 당해 연도에 모두 사용되는 않는 경우도 있을 뿐만 아니라 정부공공 부담 연구개발비는 기업에 대한 연구개발 수행자에 대한 조사9)로 집계하여 연구개발 예산의 사용이 전부 파악되는 것이 아니기 때문이다. 실제로 특정 연도의 정부공공 부담 연구개발비의 규모는 연구개발 예산의 규모보다 작게 나타나는데, 2012년의 경우 정부공공 부담 연구 개발비는 13.82조원이었으나 연구개발 예산은 15.94조원으로 정부공공 부담 연구 개발비는 연구개발 예산보다 2조원 이상 더 적게 집계되었다.
연구개발비 변화 전망을 토대로 연구개발 예산의 총량적 운영 규모를 추정하였다. 연구개발 예산 사용이 전부 파악되는 것이 아니기 때문에 특정 연도의 정부공공 부담 연구개발비의 규모는 연구개발 예산의 규모보다 작게 나타난다.