그러나 방송통신위원회와 미래창조과학부는 규제와 진흥이라는 조직기능의 근본적 차 이가 존재한다는 점, 컨버전스 현실에서 양 부처가 담당하는 규제정책과 진흥정책의 범 위를 구분짓기 어렵다는 점, 사업자간 이해관계가 각 부처의 정책에도 반영되어 자칫 정책 갈등으로 비화될 소지가 크다는 점 등의 우려가 존재한다. 실제로 방송통신위위원 회가 설정하고 있는 비전과 목표를 살펴보면, 국민에게 신뢰받는 공정한 방송 구현을 위해 공영방송 정체성 확립, 방송의 공적 역할 강화, 미디어 다양성 증진, 방송광고의 공공성 강화 등이 제시되어 있다. 그런데 단적인 예로 공영방송 정체성 확립의 경우 규 제를 통한 정체성 확립도 가능하겠지만 진흥을 통한 정체성 확립도 가능하다. 최근 사 회적 이슈로 부상되고 있는 KBS 수신료 인상 논의의 경우도 규제정책일 수 있고 진흥 정책일 수 있다. 만약 2,500원으로 묶여 있는 규제를 완화하여 그 이상으로 수신료를 인 상하였을 경우 공영방송의 재원을 확대함으로써 공영방송의 정체성을 확립한다는 경제 적, 사회문화적 정책이 동시에 실현되는 것이다. 이밖에 디지털지상파방송 신호의 유료 방송을 통한 재송신, 700Mhz 주파수 대역 할당 등과 같은 이슈는 규제정책에 해당하기 도 하지만 동시에 시장에 커다란 영향을 미칠 수 있는 진흥정책 이슈로 볼 수도 있다. 양 부처가 정책을 수립하고 추진해 가는 과정에서 서로 이해관계가 충돌하는 상황이 존재할 수 있다. 예컨대 700Mhz 주파수 할당이다. 700Mhz의 여유주파수 대역을 통신용 으로 사용할 것인지 UHD TV와 같은 새로운 신규서비스를 위하여 방송사업자에게 할 당할 것인지는 규제정책이기도 하지만 진흥정책이기도 하며 시장에도 커다란 영향을 미 치는 정책이 될 수 있다. 때문에 양 부처가 정책협의를 추진하기 위한 양해각서를 체결 하였지만 정책이슈를 어떻게 설정하고 그에 대해 양 부처의 입장을 어떻게 조율해 나갈 것인가에 대해서는 아직까지 구체적으로 드러나지 않고 있는 상황이다.
방송통신위원회와 미래창조과학부는 각 부처의 기능에 있어서 각기 공익을 위한 규제와 진흥이라는 반대되는 입장이 있다는 점과 컨버전스 현실에서 양 부처가 진행하는 사업이 규제인지 진흥인지 그 범위를 구분하기 어려우며 뿐만 아니라 사업자간 이해관계가 각 부처의 정책에도 반영되어 자칫 갈등 양상으로 커질 소지가 있다는 점이 있다. 양 부처가 정책을 수립하고 추진해 가는 과정에서 서로 이해관계가 충돌하는 상황이 존재할 수 있다. 왜냐하면 어떻게 보느냐에 따라서 어느 부처의 규제는 다른 부서의 진흥이 될 수 있기 때문이다.