그럼에도 불구하고 통합 연계 DB가 필요하다는 데는 모든 부처가 동의를 하고 있으며, 이 기능을 국가생명연구자원통합정보시스템(KOBIS)가 수행하는 것에도 대부분 동의하고 있다. 그러나 환경부의 경우에는 별도의 연계 DB를 생물다양성 중심으로 구성해야 하며, 이는 환경부의 국가생물자원종합관리시스템이 담당해야 한다는 의견을 가지고 있다. 환경부의 입장에서는 현행 KOBIS와 연계되는 정보연계표준이 종다양성의 메타 DB로는 부적절하다는 의견을 꾸준히 제시하고 있다. 따라서 환경부는 국가생물자원 종합관리시스템을 중심으로 종다양성 중심의 메타 DB를 구성하고 각 부처 DB와의 연계를 이루어야 한다고 주장하고 있는 실정이다.
모든 부처가 통합 연계 DB의 필요성에 수긍하고 있으나 환경부는 생물다양성에 초점을 맞춘 별도의 DB 구축 및 환경부의 국가생물자원종합관리시스템의 담당을 주장하고 있다.