하지만 국가연구개발사업의 이러한 양적 성과 증가에 비해 질적 수준과 활용실적은 매우 미흡하다는 의견이 제시되어 왔다. 즉 논문, 특허의 질적 수준은 SCI논문 피인용도 세계 31위로 국제기준 대비 열위하며 공공부문의 R&D 성과의 경제사회적 활용도도 출연(연)의 경우 5년간 미활용 특허가 6천여개에 이르는 등 국민이 체감하는 가시적 성과창출에는 미흡한 것이 현실이다. 특히 양적 성과가 지나치게 강조되는 연구개발평가 풍토 속에서 연구개발주체들이 도전적 목표를 가지고 R&D를 수행하기보다는 각자 주어진 양적 성과목표만을 달성하는데 치중하는 경향이 있다는 비판이 일고 있다.
국가연구개발사업의 양적 성과 대비 질적 수준과 활용도는 매우 부족하다. 즉 국민이 느끼는 시각적 성과창출은 부족하고 양적 성과만 치중하는 것이 현실이다.