앞서 언급한 문제점과 함께 점차 국민의 의식수준이 높아짐에 따라 국책사업의 시행 과정에서 개발과 보전의 갈등이 발생해 사업계획 이전의 행정계획 수립단계부터 환경성을 고려할 수 있는 전략환경평가의 도입과 시행을 결정하였다. 이에 따라 환경부에서는 이미 운용 중에 있는 사전환경성검토제도를 전략환경평가 수준으로 개선하여 실시하도록 하였다. 이에 따라 환경정책기본법에 대한 개정안이 마련되었으며 2006년 6월 1일부터 전략환경평가를 도입한 사전환경성검토가 전면적으로 시행되어 운용되고 있었다. 하지만 환경영향평가 제도가 「환경정책기본법」에 따른 사전환경성검토와 「환경영향평가법」에 따른 환경영향평가로 이원화되어 있어 유사 목적의 평가제도가 각각 다른 법률에 규정되어 평가 절차가 복잡하고 환경평가의 일관성·연계성이 부족하다는 문제점이 부각되어 이원화된 환경영향평가제도를 하나의 법률에 규정하여 평가 절차를 합리적으로 개선하고자 2012년 6월 「환경 영향평가법」을 전부 개정하여 환경평가를 전략환경영향평가(사전환경성검토 행정계획), 환경영향평가 및 소규모 환경영향평가(사전환경성검토 개발사업)로 구분하여 평가 체계별 절차·방법 등을 구체적으로 규정하여 운용하고 있다.
국책사업의 시행 과정에서 생길 수 있는 국민 갈등을 줄이고자 환경부는 환경 영향평가법을 전면 개정하여 이원화되어 문제를 발생시켰던 사전환경성검토와 환경영양평가를 하나로 합쳐서 전략환경영향평가로 만들고 전략환경영향평가와 소규모 환경영향평가로 나누어 평가 체계에 따라 구체적으로 운용하고 있다.