혁신 연합을 달성하려는 Horizon 2020의 세 가지 중점 지원 분야는 첫째, 과학적 탁월성(Excellent Science) 둘째, 산업 리더십(Industrial Leadership) 셋째, 사회적과제(Societal Challenges)이다. 이 중에서 가장 많은 비중을 차지하고 있는 지원 사업은 사회적 과제로 297억 유로의 기금이 책정되었으며, 그 다음으로 많은 예산이 책정된 부분이 기초연구에 대한 지원을 포함하고 있는 과학적 탁월성 분야이다. 이 분야에는 총 244억 유로의 기금이 할당되었으며 구체적인 지원 부문은 다음과 같다.
Horizon 2020은 사회적과제, 과학적 탁월성분야, 산업 리더십분야를 중점 지원한다. 나열순으로 비중이 높으며 구체적 지원부문은 다음과 같다.