그 사이 국내 생산의 감소는 수입의 증가로 보완되었는데 1990년 37만 톤에 불과했던 수입이 2000년에는 140만 톤, 2005년에는 200만 톤으로 급격하게 늘어나 생산과 거의 대등한 비중을 보이고 있다. 따라서 1990년대 후반부터 어패류 공급이 지속적으로 늘어난 것은 수입 증가의 몫이 크다고 할 수 있다. 어패류 수입의 증가는 1998년 수산물 수입자유화 조치가 하나의 계기가 되었고 중국, 러시아, ASEAN 국가 등으로부터 비교적 저렴한 수산물 공급이 가능했기 때문이다. 그러나 최근에는 전 세계적인 자원 감소와 수요 증가에 따라 국제 수산물 가격이 오르는 소위 ‘피시플레이션(fishflation)’으로 인해 수입을 통해 수산식품을 계속 안정적으로 공급하기가 어려워지고 있다. 한편 해조류는 주로 양식어업에 의해 생산이 지속적으로 늘어나고 있으며 수입은 미미한 편이고 수출이 많은 특징을 보이고 있다.
1998년 수산물 수입 자유화 조치로 덕분에 그간 저렴하게 어패류가 공급되었지만, 최근 들어서는 수산 자원 감소와 수요의 증가로 피시플레이션이 일어나며 수산물을 싼 값에 공급하기 어려워졌다. 한편 해조류는 주로 양식이고 오히려 수출이 많다.