동 법이 최초 제정된 이후 세계적으로 어획자원 고갈 문제에 대한 인식이 더욱 확산되었다. 이에 따라 1996년 지속가능한 수산법(Sustainable Fisehreis Act) 을 통과시키면서 자원량 회복, 주요 서식지(Essential Fish Habitat) 보호, 부수어획 감소 등의 내용을 주로 반영하여 개정하였다. 개정 내용 중 가장 특징적인 것은 고갈된 자원의 회복 시기를 10년으로 한정시키고, 수산 생물의 주요 서식지를 규정하였다는 점이다. 이후 매그너슨 법 은 2007년에 다시 한 번 개정되는데, 연간 어획제한량(Annual Catch Limit) 설정, 시장 메커니즘, 생태계 접근법, 국제협력 증진 등이 강조되었다. 몇 차례 개정을 거치면서 매그너슨 법 은 어종 중심의 관리 방식에서 생태계적 접근 방식(예를 들면 해양보호구역 설정 등)으로 전환되었다.24 가장 최근에는 2011년에 상어보호법(Shark Conservation Act) 이 추가되었다.
매그너슨 법은 어획자원 고갈 문제 확산에 따라  1996년 통과된 수산법 내용을 반영하여 개정됐다.  이 후 몇 차례 개정을 더 거치면서 어종 중심 관리방식에서 생태계적 접근방식으로 전환되었다.