지금까지 나온 비교효과연구의 결과가 정책이나 보험급여결정, 임상진료 등 여러 가지 방면에서 어떻게 영향을 주었는지에 대해서는 아직 알려져 있지 않다. PCORI를 설립한 근거가 되는 법 조항에 따르면 PCORI는 비교효과연구를 통해 보험급여결정에 대한 제안을 하지 못하도록 하고 있다. 이에 따라 비교효과연구가 건강관련 정책이나 임상진료 패턴 등에 그리 큰 영향을 끼치지 못할 것이라는 회의적인 비판도 있지만 영국이나 캐나다 같은 외국의 사례를 비추어 보았을 때 중재법의 질이나 가치에 긍정적인 영향이 있을 것이라는 기대도 있다. 비교효과연구가 본격적으로 논의된 지 얼마 되지 않았으므로 향후에는 비교효과연구를 통해 나온 질 높은 근거들과 일련의 활동을 통해 보건의료 비용이나 정책 등 여러 방면에서 어떠한 영향을 미쳤는지에 대한 충분한 연구가 필요하다. 또한 비교효과연구가 성공적으로 안착되기 위해서는 이 연구를 통해 다양한 인구집단에서의 중재법들 간 효과를 비교하여 그 가치를 극대화하는 최상의 근거를 제시함과 동시에 여러 이해관계당사자들의 의견을 반영하여 이를 어떻게 현실에 적용하는지가 가장 중요한 관건으로 보인다.
비교효과연구는 미미한 효과로 인해 회의적 의견도 존재하지만 긍정적 효과도 존재한다. 이를 통해 수준 높은 근거를 얻을 수 있어 연구에 도움이 되기 때문이다. 이와 같은 효과를 얻기 위해서는 비교효과연구를 통한 근거를 최대한 활용하여 가치를 극대화 할 수 있도록 해야한다. 