납부된 수수료는 반환하지 않는 것이 원칙이나 잘못 납부된 수수료는 납부한 날부터 3년 이내에 납부한 자의 청구에 의하여 이를 반환 받을 수 있다. 또한, 수수료 면제대상자가 면제 사유와 그 대상 등을 적지 아니하거나 이를 증명하는 서류를 첨부하지 아니하거나 하는 등의 이유로 수수료 면제를 받지 못하고 수수료를 납부한 후 그 면제분을 반환 받으려는 경우에는 수수료 납부 대상 행위를 할 당시에 수수료 면제 대상이었음을 증명하는 서류를 첨부하여 수수료 면제신청서를 그 반환의 대상이 되는 수수료를 납부한 날부터 3년 이내에 제출하여야 반환 받을 수 있다.
잘못 납부된 수수료는 납부자의 요청으로 3년 내 반환 가능하고, 수수료 면제대상자는 면제대상 증명 서류룰 첨부해 면제신청서를 3년내에 제출하면 반환가능하다.