갯벌에서 생산되는 자원에 대한 조사는 품종별로 서식밀도(치패, 중·성패 등), 개체특성(각장, 각고, 각폭, 전중량, 비만도, 폐사율 등), 현존량 등을 모니터링한다. 해양환경관리공단에서 국가 해양생태계 종합조사를 연 1회 실시하여 우리나라 갯벌의 퇴적환경(퇴적물 입도, 유기물, 미량금속) 및 저서생태(종수, 밀도, 생체량, 우점종, 건강도) 에 대해서 조사하고 있다. 해양생태계 종합조사에서 수행하고 있는 항목과 중복되지 않는 항목에 대해서 조사를 실시한다. 갯벌 생태 조사체계가 구축된 이후에는 갯벌의 오염도 및 환경수용력을 종합하여 평가할 수 있는 시스템을 마련한다. 또한 장기적으로 현재의 갯벌어장정보시스템의 어장관측정보, GIS정보와 통합하여 종합적인 갯벌정보시스템을 구축하여 실태조사 및 모니터링시스템의 결과를 부분적으로 정보를 제공한다.
갯벌 생태 조사는 품종별 서식밀도, 개체특성, 현존량 등을 관찰하며 해양생태계 종합조사에서 조사하지 않는 항목을 조사한다. 이 조사체계와 함께 갯벌의 오염도, 환경수용력 평가 시스템과 종합적인 갯벌정보시스템을 구축한다.