가축분뇨 문제는 특히 2000년대 중반에 2012년부터 국제협약에 의해 해양 배출이 금지되도록 결정되며 크게 제기되기 시작해,「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(2006.9)」이 제정되고 추가 대책이 줄이어 등장했다. 농림축산식품 부는「가축분뇨해양배출 감축대책(2007.7)」,「가축분뇨 관리방안(2010.11)」,「중장기 가축분뇨 자원화 대책(2013.4.29)」,「지속가능한 친환경 축산 종합대책(2014.1.16)」 등을 내놓는다. 또한 환경부는「가축분뇨 관리 선진화 종합대책(2012)」, 정부합동으로「지자체 가축사육제한 조례 제·개정 관련 권고안(2015.3.30)」 등을 내놓는다. 그럼에도 가축분뇨 문제는 현장에서 아직도 많은 논란을 제기하고 있다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.