기초 교육과 달리, 고등 교육의 목적은 인적 자원을 개발하는 것이다. 현재 글로벌화가 진행됨에 따라 사회 경제적 구조는 복잡해지고 기술 혁신은 보다 빨리 진행되고 있다. 입학생 수가 늘어나고 있기 때문에 고등 교육의 질이 낮아질 수 있다는 점을 우려하는 사람들이 많다. 따라서 JICA는 주요한 지역에 있는 대학들을 대상으로 교사들의 스킬 향상 및 리서치 시스템 장비 설치를 지원하고 대학 운영 강화를 지원한다. 특히 아프리카 케냐의 조모 케냐타 농업 기술대(Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology), 태국의 톤부리 못꿋 공과대학교(King Mongkut's University of Technology Thonburi), 이집트의 이집트 ･ 일본 과학기술대학 등은 장비와 해당 지역에 장기간 체류를 하는 전문가들을 제공받는다. 미래에 이러한 대학들 및 연구기관들이 해당 지역의 다른 연구 기관들을 지원할 수 있기를 기대하고 있다.
고등교육의 목적은 인적자원 개발이며, 기술형식은 글로벌화와 함께 매우 급진적이다.  여러 대학들과 연구기관이 다른지역의 기관과 연계하여 서로 지원을 하며, 운영을 하고 있다. 