자연․이공계는 학생이탈로 인한 학사운영 어려움 및 기초과학분야 육성 근거로 학제개편의 필요성을 제시하였다. 약학대학 편입 준비에 몰두하는 분위기와 이공계 우수학생 이탈로 인한 학사운영 어려움 및 기초과학분야 인력 양성에 차질이 있다는 입장이다. 제2차 협의회에서 지방 거점 국립대 등 주요대학 이공계열 학과 소속 학생들 상당수가 약학대학 편입 준비를 위해 휴학 또는 자퇴를 하는 등의 이탈현상으로 인하여 기초과학 분야 뿐 아니라 응용과학 분야의 경쟁력 상실 등의 우려가 제기되는 현황을 객관적인 근거자료를 제시하여 발표 하였다. 2+4년제는 학제 전환 당시 기대효과로 제시되었던 대입경쟁완화, 약학전문가 양성 등 기대했던 효과가 전혀 나타나지 않았을 뿐만 아니라 이공계 인력양성에 어려움이 있고, 극소수의 편입에 성공한 학생들에게만 혜택이 돌아가므로 국가경쟁력 저하 우려 및 이공계 위기 등의 문제를 들어 반대하였다. 향후 학제 개편 논의 시 2+4년제는 대안에서 제외될 필요가 있으며 신입학 방식으로 개편이 필요하다고 하였다.
자연계 및 이공계는 약학대학 편입으로 인한 우수학생 이탈과 기초/응용과학 분야의 경쟁력 상실 우려를 근거로 학제 개편의 필요성을 주장했다. 2+4년제는 그 기대효과가 전혀 나타나지 않았을 뿐더러 이공계 인력양성의 어려움을 야기하므로 신입학 방식으로의 개편이 필요하다.