본인 부담금 지원 방식은 대상자가 지급을 요청한 경우, 대상자가 의료 기관에 본인 부담금을 납부한 후, 보장 기관에 영수증을 첨부하여 본인 부담금을 지급 청구하는 방식으로 대상자의 상황에 대한 고려 및 편리성이 높다는 장점이 있지만, 사업별로 정산 기간이 상이하여, 이를 관리하기 위한 별도의 행정 절차가 필요하고 중복 방지를 위한 관리 체계가 필요하다는 단점이 있다. 건강 보험 공단에서 지급 대상을 통보 받은 후 지급하는 경우는 매월 1회 본인 부담금 지원 대상 내역을 발췌하여, 보장 기관에 정보를 제공하고, 보장 기관은 이에 따라 대상자에게 지급 처리하는 방식으로 공단 차원에서 통합적 관리가 실시될 수 있어 관리 및 중복 방지에 효과적이라는 장점이 있는 반면, 대상자의 개별적 상환에 대한 고려가 제대로 이루어지기 어렵다는 단점이 있다.
본인 부담금 지원 방식은 대상자의 상황을 고려할 수 있으나 관리 및 중복 방지에 위한 행정 절차가 필요하다. 반면 건강 보험 공단에서의 부담금 지급 방식은 행정 절차를 간소화 할 수 있으나 대상자의 상황을 고려하기 어렵다.