현재 정부연구개발시스템이 직면한 큰 문제는 낮은 생산성이 지속되고 획기적인 혁신성과 창출이 요구되는 환경 변화에 적극적으로 대응하지 못한다는 점이다. 정부는 그동안 과학기술을 통한 국가경제발전을 위해 정부연구개발투자를 지속적으로 확대해 왔고 그에 따라 GDP 대비 정부연구개발투자 비중이 세계 최고 수준에 이르고 있다. 그러나 정부연구개발 생산성은 선진국에 비해 훨씬 미치지 못하는 결과를 나타내고 있다. 더구나 낮은 생산성은 개선되지 못한 채 지속되고 있으며 미래 성과창출의 가능성을 나타내는 무형자산들의 질적 수준도 개선되지 못하고 있다. 그동안 정부가 생산성 제고를 위해 여러 정책을 개발하고 제도개선을 지속적으로 추진해 온 점에 비추어 볼 때 이러한 정부연구개발투자의 낮은 생산성 문제는 일시적인 문제가 아니라 오랫동안 지속되어온 구조적인 문제(일명 코리언 패러독스)로서 파악해야 할 것이다. 구조적 문제는 기존의 접근방식에 의해서는 적절한 해결방안을 찾기가 쉽지 않고 더욱이 현상에 대응한 대증적 접근으로서는 개선이 어렵기 때문에 보다 근본적인 접근을 통한 해결방안 마련이 필요하다.
정부가 GDP 대비 정부연구개발투자 비중이 세계 최고 수준인 것에 비해 정부연구개발 생산성이 낮다. 이런 문제를 해결하기 위해 다양한 정책을 내놓았음에도 나아지지 않은 것을 보면 일시적인 문제가 아니라 구조적인 문제일 확률이 높다. 그러므로 근본적인 접근으로 해결방안을 모색해야 할 것이다.