자문위원회의 최종 정책 건의안은 다음과 같다. 현행 2+4년제 및 통합 6년제 대안 중 대학별 여건에 맞게 대학이 자율적으로 선택하되, 다만 각 대학은 대안 중 하나의 학제만 선택가능하다. 통합 6년제 전환 대학은 총 편제정원 변동없이 유지하거나, 총 편제정원이 증가할 경우에는 4대 요건을 충족해야만 학제를 전환 할 수 있다. 학부모위원 일부(좋은학교바른교육학부모회) 및 의사협회 추천위원은 통합 6년제에 반대하였고, 교육계 및 의대협의회 추천위원은 현행 2+4년제를 반대하여 다른 의견을 개진했으나, 자문위 합의로 도출된 정책 건의안에 대해서는 동의하는 것으로 마무리하였다. 교육부는 2017년 12월 경 정책 건의안 검토 및 약학대학 학제개편 관련 방안을 제시할 예정이다.
자문위원회는 대학이 현행 2+4년제와 통합 6년제 중 하나를 선택한다는 내용 등을 담은 정책 건의안을 제시했고, 두 학제를 각각 반대했던 집단들도 동의했다. 교육부는 개편 관련 방안을 제시할 예정이다.