제3층위는 정부 R&D 집행조직의 가장 큰 축이라 할 수 있는 국가과학기술연구회 및 연구관리 전문기관 체제이다. 국가과학기술기술연구회는 기초･산업기술연구회의 통합과정을 거쳐 신설되었으나 과기분야 정출연법상의 설립 목적 및 정관상 목적에 부합하는 기능이 부재하다는 문제가 제기되고 있으며, 연구관리 전문기관은 각 소관부처의 위임･위탁 기반의 정부 R&D를 집행하는 체계로서 운영되고 있으나 국회, 감사원 등이 수행하는 감사로 인하여 경직적으로 규범해석을 하는 측면이 있다. 이에 연구의 자율성과 책임을 강화하기 위해서 조직을 보강하고 규범 해석의 체계를 정비하며, 감사감면제도를 신설할 필요가 있다.
정부 R&D 집행조직의 가장 큰 축은 기초･산업기술연구회의 통합으로 신설된 국가과학기술연구회와 정부 R&D를 집행하는 체계로써 연구관리 전문기관 체제이다.