안두현 외(2015)에서 정부 R&D 시스템의 문제 인식을 RRRE 평가모형을 통해 구조화한 바 있는데 이는 [그림 1-1]과 같다. 그림에서 나타나는 바와 같이 R&D시스템의 문제 인식 구조화 과정은 현상들의 발견, 분해, 구조화를 통해 이루어진다. 우선, 이해관계자들에 대한 집중 인터뷰와 설문조사 등을 통해 밝혀진 R&D시스템의 대표적 문제적 현상들은 성과의 부가가치가 없고, 연구 생산성이 낮으며, 재정 낭비 요소가 있는 것으로 정리될 수 있다. 이론적 검토 과정을 통해 이러한 문제적 현상들을 분해할 수 있는데, 예를 들어 성과의 부가가치가 없는 현상을 시장 측면에서 시장과 괴리되어 있고, 기술 측면에서 기술 경쟁력이 낮으며, 행태 측면에서 연구를 위한 연구이다 등으로 분해할 수 있다. 이와 같이 분해되어 이해된 현상들은 다시 연구개발 맥락성이 부족하고, 국가 R&D 전략이 부재하며, R&D 관리체계가 부적절한 것 등으로 구조화될 수 있다. 그리고 이와 같이 재구조화된 문제 인식은 R&D 시스템에 대한 보다 체계적인 개선방안 모색을 위한 중요한 토대를 제공한다.
안두현 외에서 정부 R&D 시스템의 대표적인 문제를 현상들을 구조화했다. 돌출된 문제점은 연구개발 맥락성이 부족, 국가 R&D 전략이 부재, R&D 관리체계가 부적절한 것으로 나타났으며 구조화가 R&D 시스템에 대한 체계적인 개선방안의 중요한 토대가 되었다.