제2안은 대안 1의 국가과학기술정책 총괄기구의 신설을 전제로 한다. 다만, 대안1에서 제시된 전담부처를 신설하는 대신 현재 정부 R&D 정책의 재편을 고려할 필요가 있다고 본다. 예를 들어 미래창조과학부 소속 제1차관 분야의 과학기술전략본부(과학기술정책관), 연구개발정책실(거대공공정책관, 연구성과혁신정책관), 기획조정실(국제협력관), 창조경제기획국의 기능을 산업통상자원부로 이관하고, 미래창조과학부 제1차관 소속 연구개발정책실(기초원천연구정책관) 중 거대공공 분야를 제외한 기능을 교육부로 이관하고, 과학기술전략본부의 연구개발투자심의관의 기능 및 성과평가 기능을 기획재정부로 이관하는 방안이다.
대안 2는 국가과학기술정책 총괄기구의 신설을 전제로 하나 대안 1이 제시한 전담부처의 신설 대신 현 정부 R&D 정책 재편을 고려하는 것을 제안한다.