본 연구에서 분석대상이 된 사업들은 국가융합기술발전기본계획과 시행계획 상 부처별로 융합연구사업으로 제시된 것이다. 미래부 등 총 11개 부처의 68개 사업을 일차적으로 검토하였다(미래창조과학부, 2013c). 이 중 융합연구 자체에 초점을 맞 추기 위해 인력양성, 기반구축 등과 같은 인프라성 연구사업은 분석대상에서 일단 제외하였다. 많은 사업들이 자체적으로 융합연구에 초점을 맞춘 사업은 아니었다. 대부분의 사업은 사업 내 단위과제에 융합적 성격이 있는 경우가 많았기 때문에, 사업 자체가 융합연구를 표방하고 있는 사업들을 분석대상으로 선정하였다. 특히 연구개발의 기초/응용/개발 연구단계를 모두 포괄할 수 있도록 부처별로 특징점이 있는 사업들을 선별하여 사업단위의 분석대상으로 하였다. 최종적으로 분석대상으로 선정된 사업은 첨단융합기술개발사업(미래부), 첨단융복합콘텐츠기술개발(미래부, 문화부), 산업융합기술산업원천기술개발(미래부, 산업부), 중소기업융복합기술 개발(중기청) 등 4개 사업이다. 각 사업들은 일정 규모 이상을 갖고 있으며, 사업 내 단위과제 수가 충분하여 분석의 유효성을 높일 수 있었다. 다만, 사업의 진행 과정 중에 사업구조가 개편되어 복잡성이 높은 경우가 있었는데, 이 경우 사업내 세부사업 중 융합연구 성격이 가장 높은 사업을 집중적으로 분석하였다. 과제단위의 평가기준 분석은 미래부 사업의 경우, 첨단융합기술개발사업내에 내역사업으로 구성되어 있는 기반형 융합연구사업과 미래유망융합기술파이오니어 사업을 대상으로 하였다. 두 내역사업이 가장 융합연구적 성격이 상대적으로 높았기 때문이다. 산업부 사업의 경우, 산업핵심원천기술개발사업이라는 큰 사업에서 공통 규정을 사용하고 있으므로, 이 중 신규과제 선정평가 기준과 종합평가 기준에 대해 살펴보았다.
본 연구는 부처별로 융합연구사업으로 제시된 68개의 사업을 대상으로 분석하였다. 이중 인프라성 연구사업은 분석대상에서 제외하였으며, 사업 자체가 융합연구를 표방하고 있는 경우를 선정하였다. 특히 부처별로 특징점이 있는 사업들을 선별하였으며, 최종적으로 첨단융합기술개발사업, 첨단융복합콘텐츠기술개발, 중소기업융복합기술개발 등 융합연구 성격이 가장 높은 4개 사업을 대상으로 분석하였다.