감사원보고서보다 일찍 문제가 지적되기도 하였다. SAFE연구단은 연구대상이었던 거의 대부분의 매몰지에서 가축사체의 부패가 지연되고 있거나 사체들이 뭉쳐 굳어있는 상태로 발견되는 경우가 많았다고 보고한다. 이는 매몰지 조성시 사용한 생석회 영향보다 상부에 포설된 불투수층으로 인하여 사체부패에 필요한 수분이 공급되지 않기 때문이다. 또한 매몰지의 침출수 유출이라는 문제가 있고, 침출수가 있어 이전한 경우는 2년이 경과한 후에도 주변 토양에서 사체에서 발생하는 암모니아질소가 허용치의 수백배까지 증가하는 현상들이 자주 관찰되었다고 보고된다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.