CBD협약이 생물 자원의 공평한 공유를 위한 기본적인 원칙만을 규정하였던 것에 비해 나고야 의정서에는 자원의 활용과 이익 배분에 대한 국가의 권리와 의무에 대한 규정이 보다 구체화되었다. 나고야 의정서는 타국의 생물 자원을 이용함에 있어 자원보유국 혹은 자원 보유 지역 사회에 이용에 관한 사전 허가(Prior Informed Consent, PIC)를 받도록 하고 자원을 이용한 이후에도 발생한 이익에 대하여 자원보유주체와 공유하는 방식에 관하여 협의(Mutually Agreed Term, MAT)하도록 권고하는 내용을 담고 있다.
나고야 의정서는 사전 허가와 협의 등 CBD협약에 비해 생물 자원에 대해 구체적인 규정을 담고 있다. 