나고야 의정서는 “창의적 모호함 속의 걸작품a masterpiece in creative ambiguity”로 평가될 만큼 적용범위, 효력발생 시기, 이익 공유 대상 국가, 유전자원 관련 전통지식 이용의 정의, 다자 이익 공유 체제의 설립체계 등에 관련하여 명확성을 확보하지 못하고 있을 뿐만 아니라 실효성에 의심을 가지고 있다. 「유전자원의 접근·이용 및 이익 공유에 관한 법률」에 포함되어 있는 내용을 구체화하기 위한 관련 생물학자 및 법률가의 융합적 의견 도출이 필수적이다. 더욱이 기존의 나고야 의정서에서 거론되지 않은 합성생물학을 포함한 미래 생명산업을 위한 선제적 법률 개정 또는 새로운 법률의 제정이 절대적으로 필요하다.
나고야 의정서는 명확성 미확보에 이어 실효성에 의구심이 생긴다. 기존에 거론되지 않은 합성생물학을 포함한 미래 생명산업을 위한 법률의 개정/제정이 필요하다.