농어촌공사는 2011년부터 지난해 5월까지 전체 사업구간 약 4,000만㎥ 중 1,620만㎥(40.5%)을 준설한 뒤 사업을 중단했다. 하지만 농어촌공사가 항로 준설사업을 중단한 지 1년이 되도록 재준설 계획을 수립하지 못하고 있다. 군산·장항항 항로준설 사업은 항로 수심확보 및 새만금 산단 매립을 위해 준설에 참여했던 농어촌공사가 지난해 5월 정부의 공공기관 기능조정 방침에 따라 손을 떼면서 중단된 상태다. 당시 정부는 새만금산단 개발사업에 민간자본을 활용하라는 지침을 내렸으며 이 지침에 따라 농어촌공사는 최근까지 모두 두 차례에 걸쳐 민간사업자를 공모했지만 적정 사업자를 찾지 못했다.
농어촌공사가 항로 준설사업을 중단한 후 재준설 계획을 수립하지 못하고 있다. 정부의 지침에 따라 두 차례에 걸쳐 민간사업자를 공모했지만 적정 사업자를 찾지 못했다.