공동교육과정의 많은 장점과 현장의 호응에도 불구하고, 제도가 가진 한계도 분명하다. 다른 학교에 수업을 듣기 위해 이동하는 시간이 낭비될 수 있으며, 교통 여건이 열악하고 학교 간 거리가 먼 중소도시나 농산어촌 지역에서는 공동교육과정이 운영되기 어렵다. 실제로 2016년 현재, 부산 27개 과정, 대구 172개 과정, 경기 155개 과정 등 학교가 밀집되어 있고 교통이 편리한 대도시에서는 공동교육과정이 활성화되어 있는 반면, 충남 3개 과정, 경북 15개 과정, 강원 3개 과정 등 도 지역에서는 운영에 어려움을 겪고 있다는 것을 알 수 있다. 또한, 대부분의 공동교육과정이 학교에서 정한 정규교육과정 외에 추가로 이루어지고, 방과 후, 토요일에 운영된다는 점에서 아이들의 학습 부담이 증가할 수밖에 없다는 한계가 있다.
공동교육과정은 낭비되는 이동 시간, 교통 여건 열악한 곳에서의 운영 어려움, 수업의 추가 운영으로 인한 학습 부담 증가 등의 한계를 가진다.