2차 자료원은 각 자료의 목적에 따라서 구축되었으며, 대부분은 제공받은 의료서비스의 내용 및 비용, 개인정보, 안전에 대한 법적 보장을 약속하고 수집된다. 이러한 2차 자료원은 연구 시 필요한 모든 자료가 수집되는 것이 아니므로 기본적으로 한계점이 있다. 이러한 자료를 연계함으로써 더 정확한 연구결과를 도출하고 보건의료기술의 부적절한 오남용을 줄이고 환자의 건강증진 및 질병치료에 최적의 근거를 제시할 수 있기 때문에 자료연계의 필요성이 증가하고 있다. 그러나 일반인들은 의학적∙생물학적 기록으로부터 얻은 정보가 취직이나 보험가입의 제한, 사회적 낙인 등에 악용될지도 모른다는 두려움을 가지고 있다. 실제로 개인의 유전학적 특성이나 임상적 징후가 바람직하지 않은 방향으로 사용되었던 사례도 있다. 만일 건강관련 정보가 자신에게 불리하게 사용될 수 있다고 생각한다면 특정 질병의 치료법을 찾는 임상연구나 조사연구에 참여하지 않을 것이다. 따라서 자료연계의 구상단계에서는 기술적 및 법적 실현가능성을 고려하여야 한다.
2차 자료원에 모든 자료가 수집되지 않아 찾아오는 기본적인 한계점을 극복하기 위해 자료연계의 필요성이 증가하고 있으나 일반인들은 의학적∙생물학적 기록으로 얻은 정보가 악용될 수 있다는 두려움이 있으므로 구상단계에서 기술적, 법적 실현가능성을 고려해야 한다. 