또한 국가계획상 성과평가가 전국적인 단위에서 이루어짐에 따라 지역 간 특성에 따른 차등 목표를 부과하기 어렵고 이에 따라 지역별 성과 달성의 격차 원인 및 해결방안 분석이 어렵다는 점도 현재 국가계획상의 목표이행의 어려운 점이다. 목표수립 단계에서도 현재 지표상의 현황 및 목표를 달성해야 하는 지역을 파악해야 하며 해당 지역의 특성을 고려하여 달성할수 있는 목표치를 수립해야만 달성 가능한 계획을 수립할 수 있다. 예를 들어 규모가 작은 지자체일수록 급수인구가 적고 관망이 길어 생산원가가 높기 때문에 국가 단위의 상수도요금 현실화율을 구조적으로 달성할 수 없는 경우가 발생하며, 단지 특성상 하수재이용률 또는 빗물이용률 높은 경우에는 우물 등의 지하수 등 대체용수를 사용하는 것이 편리하고 안전한 경우에는 무리하게 고도정수처리시설 보급을 확대할 필요가 없다.
현재 국가계획상 목표이행의 어려움은 지역별 특성에 따른 차등 목표의 부과와 지역별 성과 차이의 원인 및 해결방안 분석이 므로, 목표수립 단계에서 지역별 현황을 파악하고 지역 특성을 고려하여 목표치를 수립할 필요가 있다.