첫째, 초기 단계 벤처기업의 자금 공백을 메워줄 투자 주체가 없다. 이는 오랜 기초연구 및 임상개발 기간으로 인해 IT에 비해 더 오랜 마이너스 현금 흐름 기간이 요구되는 바이오 벤처기업에게는 더 치명적인 환경이다. 제도권의 벤처캐피탈들이 성과가 가시화되거나 IPO에 임박한 후기 단계 기업에 주로 투자하는 것은 미국이나 한국이나 공통적인 현상이다. 그러나 미국의 경우는 전체 벤처캐피탈의 투자 규모에 육박하는 엔젤 투자와 정부의 지원 하에 초기 창업기업에 투자하는 SBIC가 있어서 상대적으로 초기 자금 문제가 심각하지 않다. 이에 비해 우리나라는 엔젤 층이 매우 빈약하고 초기 벤처기업에 특화된 특수 목적의 공공 펀드도 없다. 이는 바이오 벤처들이 안정적으로 창업되고 성장하기 매우 어려운 구조적 한계이다. 정부 연구 개발사업이 일종의 ‘지분 없는 투자’처럼 초기 벤처들에게 유용한 자금원이 되고 있으나 이것도 모든 기업에 적용되는 이야기는 아니다.
초기 자금 투자가 없는것은 오랜기간 적자를 보는 바이오 벤처에 특히 치명적이다. 제도권에선 한미 모두 가시화 시점에 투자하지만 미국은 엔젤 투자와 정부 지원이 있어 이런것이 없는 우리만큼 심각하지 않다. 정부 연구 개발사업도 모든 기업에 적용되진 않는다.