소나무재선충의 EI 10~25 지역의 경우에는 지역의 특성을 고려하여 소나무재선충의 확산을 방지하기 위한 소나무재선충, 솔수염하늘소의 박멸 수단을 적용할 수 있다. EI＞25인 지역에서의 관리 방법과 동일하게 생물다양성과 생태계가 우수한 국립공원과 습지보호지역 등 생태계와 생물다양성을 특별히 보호해야 할 지역에 발생하는 침입외래종의 경우는 침입외래종의 완전한 제거(박멸)를 우선으로 하고, 이를 달성할 수 있는 모든 가능한 수단을 채택해야 한다. 감염된 기주는 제거하고, 경우에 따라서는 감염이 우려되는 기주를 사전에 제거할 수 있다. EI＜10 지역에는 이 지역으로의 소나무재선충 이동 경로를 완전히 봉쇄하고, 발견되는 소나무재선충, 솔수염하늘소의 기계적 또는 화학적 방법에 의한 박멸, 그리고 소나무재선충에 감염된 기주는 반드시 제거해야 한다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.