하지만, 현재 대부분의 PD는 타 기관에서 연구개발 전담기관으로 파견된 한시적 전문가로서 연구개발 전주기에 걸쳐 그 책임을 충분히 가질 수 없는 구조를 가지고 있다(이영훈, 2016). 이러한 한계를 극복하기 위해서는 PD와 연구관리전문기관의 실제 평가·관리업무를 담당하는 과제관리자 간 연계 방안이 마련되어야 하며, PD가 연구개발 전주기에 책임을 가질 수 있는 제도가 마련되어야 하며 이와 동시에 평가·관리 역량을 충분히 갖춘 과제관리자의 PD 역할 수행이 확대되어야 하며, 이를 위해 과제관리자의 역량을 강화할 수 있는 체계적이며 전문적인 인력양성 과정이 필요하다(이영훈, 2016).
연구관리전문기관의실제평가관리업무를담당하는과제관리자간 연계방안 마련이되어야하며체겨적으로적문적인인력양성과정이필요하다고했다.