해양산업 발전과 관련된 현행 정책체계에 있어서 두 번째 문제로는 부처별로 업무가 분산이 되어 있어서 특정 산업에 대해서도 가치사슬을 고려한 정책 수행이 어렵다는 것이다. 예를 들자면 해양에너지산업에 있어서 실증사업 추진 및 사업화 단계에서는 발전시스템의 설치 장소가 결정되어야 한다. 이 과정에서 해역이용과 관련된 제도적 환경은 사업의 전반에 큰 영향을 미칠 수 있다. 즉 해양에너지의 상업적 이용은 에너지 공급정책 차원에서 고려되는 것이지만, 그 이전에 발전설비 건설은 해역이용과 관련한 정책에 영향을 받는 것이다. 이와 같이 해양에너지산업과 관련한 정책이 에너지 공급정책을 담당하는 지식경제부와 해역이용제도를 관장하는 국토해양부로 분산되어 있어서 해양에너지산업에 대한 일괄적이고 순차적인 정책체계를 확립하기가 쉽지 않다. 이로 인한 문제는 조력발전소 건설 추진과정에서 명백하게 드러나고 있다.
현행 해양에너지 산업 정책체계는 지식경제부와 국토해양부 등으로 부처별로 업무가 분산되어 있어서 해양산업의 정책 수행이 어렵다. 