MSAC이 평가자로부터 보고서 초안을 제출받으면 보건복지부 장관을 위한 권고를 마련한다. 권고안에는 근거검토보고서, 근거소위원회(ESC) 보고서, 보고서에 대한 신청인이나 기타 관련 단체의 피드백, MSAC 회원의 전문적인 견해 등이 포함되어 있다. 보건복지부 장관은 MSAC에 권고사항의 게시 및 보고서 평가권한을 부여하며 MSAC 권고를 적극적으로 따른다. 근거검토 이후 MSAC은 일반적으로 ‘근거가 확실하여 등재가 가능함’, ‘근거가 등재를 지지하지 않음’, ‘근거가 결론이 나지 않았으나 해당 시술이 비교기술에 비해 안전하고 더 효과적이고, 더 비용효과적일 수 있어 등재하는 것이 가능한 경우 MSAC은 해당 기술의 자료수집과 추가적인 평가를 가능하게 하는 임시지원(interim funding)을 권고할 수 있음’ 3가지 중 하나에 권고를 하게 된다(Stolk et al., 2008).
평가자로부터 초안을 제출받은 MSAC는 근거검토보고서, 근거소위원회 보고서 등이 포함된 권고안을 마련한다. 보건복지부 장관은 MSAC에 권고사항 게시와 보고서 평가권한을 부여하고, 적극적으로 MSAC 권고를 수용한다.