그러나 단기간에 원자력산업의 급격한 성장에 기여한 중앙 집중화된 하향식 계획방식의 이면에는 계획 비합리성(plan irrationality)의 구조적 모순도 존재한다. 원자력발전의 지속적인 확대는 독점적 전력사업의 구조와 장기 전력수급계획 의 특성에 어느 정도 기인한다. 한국전력은 전력생산 및 송배전을 독점하는 공기업이다. 한국수력원자력 이외에도 5개의 발전자회사를 지니고 전력생산의 95% 이상을 담당한다. 산자부와 한국전력 주도로 전력수급계획이 수립되기 때문에 원자력 및 화력 발전소 등 거대 발전소에 기초한 공급 위주 발전계획이 그동안 지배적이었다. 10년 이상 장기 전력수급계획은 원자력발전소 건설에 유리하게 작용한다. 계획 기간이 장기화될수록 계획되는 원자력발전소의 수도 증가하며, 한 번 계획된 원자력발전소는 완공 시기가 계획보다 몇 년 늦추어지긴 하지만 건설 취소된 원전은 거의 없었다. 전력수급기본계획의 계획기간이 20년으로 늘어나면서 이런 경향은 더욱 강화되었다. 대규모 발전소 건설의 장기계획은 일종의 “선점효과 preemption effect”를 지닌다. 상대적으로 단기간에 건설 가능한 가스발전은 잔여수요를 채우는 역할로 축소되고 재생가능에너지의 전력공급도 매우 미미하다. 이런 이유로 한국은 OECD 국가 가운데 전력에서 재생가능에너지가 차지하는 비중이 가장 낮다. 즉, 장기 전력수급계획이 대규모 원자력발전소 건설에 유리하게 작용함으로써 공급 위주 전력시스템을 고착화시키고 재생가능에너지 개발 및 보급을 저해했다.
원자력발전의 지속적인 확대는 한국전력이 독점적 전력을 공급하는 전력사업에 영향을 받았고, 또한 전력수급기본계획 기간이 20년으로 되면서 이러한 장기계획은 선점효과를 지니기 때문에 전력수급계획의 특성에도 원인이 있다. 