일본의 의사과학자양성 시스템은 미국의 사례를 모델로 하여 2008년 도쿄 의과대학에 MSTP 과정을 설치하면서부터 시작되었다고 보지만, 실제로 일본의 경우에는 그 이전부터 의사과학자에 대한 논의가 활발했고 또 많은 의사들이 의사과학자로 활동하고 있었다.Koike, Ide, Kodama, Matsumoto, Yasunaga & Imamura(2012)가 1996년부터2008년까지 조사한 바에 따르면, 일본의 의사과학자 수는 약 4,893명~5,325명으로 꾸준하게 증가해 왔다. 이러한 일본의 의사과학자 양성 시스템의 효과적인 점은 국가의 체계적인 지원과 더불어 의대를 졸업한 의사들이 지역의 중계연구 센터를 통해 지속적으로 임상과 기초 연구를 진행하며 그들만의 독특한 연구 분위기를 형성해간다는 점이다.
일본의 의사과학자 양성 시스템의 장점은 국가의 체계적인 지원 및 의대를 졸업생들이 지역의 중계연구 센터를 통해  임상과 기초 연구하고 고유한 분위기를 만들어 간다는 것이다.