자기결정권이 문제되는 또 다른 경우는 정신장애인에게 ‘치료를 거부할 권리’를 인정할 수 있는가이다. 환자는 의사로부터 자신의 상태에 대한 설명을 들은 후에 필요한 치료를  거부할 수 있고, 이 때 의사는 환자의 동의 없이는 치료를 강제할 수 없는데, 이를 ‘치료를 거부할 권리’라고 한다. 정신장애인에게는 치료를 거부할 권리를 인정하기 어렵다거나 인정 범위를 제한하여야 한다는 견해가 있다. 법적으로 정신장애인이라는 이유만으로 치료에 대한 결정 능력을 부인할 근거는 없으며, 의학적으로도 정신질환자라 하여도 예외적인 경우를 제외하고는 치료 여부를 결정할 능력이 없다고 단정할 수 없다고 알려져 있다. 따라서 원칙적으로 정신장애인에게도 치료를 거부할 권리가 인정되어야 하고, 그 제한은 아래에서 언급하는 적법절차원칙에 따라 엄격하고 적법한 한도에서 이루어져야 한다. 환자에 대한 치료 강제를 정당화 사유가 있는 경우에 한하여 법원이나 적어도 공정성을 갖춘 공적기관에 의하여 치료명령이 이루어지도록 하며, 그 경우에도 인권침해를 최소화할 수 있도록 조치가 취해져야 한다. 국제연합 MI원칙도 “정신장애인에게 고지된 동의 없이는 환자를 치료할 수 없다”(11항)고 정하고 있다
의사는 환자 동의 없이 치료를 강행할 수 없고 환자는 치료를 거부할 수 있는 권리를 '치료를 거부할 권리'라고 하는데, 정신장애인에게는 권리 인정에 대해 반대의 견해가 있었으나 법적으로 의학적으로도 정신장애인이라는 이유만으로 치료 결정 능력을 부인할 수 없으므로 정신장애인에게도 치료를 거부할 권리가 있다.