출연(연)도 공공부문 개혁에 대상에 포함되었다. 감사원은 1998년에 실시한 “정부출연금 예산편성·집행 및 정부출연기관 운영실태 감사”를 통해 출연(연)이 조치해야 할 사항을 통보했다. 감사원은 출연(연)이 조직 및 인력운용 면에서 “민간연구소에 비하여 행정·기술직 등 연구지원인력을 많이 배치하면서 상위직 위주로 운영하는 외에도 연구지원인력의 정년을 연구직과 같이 65세로 높게 정하고 특별승급제도를 변칙 운영하는 등의 문제점이 있었”다고 지적했다. 이에 대하여 감사원은 기획예산위원회, 예산청과 소관 출연(연) 주무부처에 이를 해결할 방안을 마련하도록 통보하였다. 감사원은 한국과학기술연구원 등 49개 출연(연)에게는 부서 통폐합 등 연구지원인력 최소화 방안을 강구하고, 한국과학재단 등 5개 출연(연)에게는 정원을 초과한 연구지원인력의 감축방안을 강구할 것을 권고했다. 또한 광주과학기술원 등 25개 출연(연)은 행정·기술직의 정년을 61세 이하로 규정하여 운용하고 있는데 비해 한국과학기술원 등 24개 연구기관에서는 행정·기술직의 정년을 연구직과 동일하게 65세로 규정하여 운용하고 있다는 문제점을 지적하며, 한국원자력연구소 등 49개 출연(연)은 연구직 임용재계약요건을 강화하는 등 개선 방안을 강구하고, 에너지경제연구원 등 24개 출연연구기관의 장은 행정·기술직의 정년을 하향 조정하는 등 개선방안을 강구할 것을 통보했다.
감사원은 출연금에 대한 운영실태 감사를 진행하였고, 출연 분야가 다른 것들에 비해 연구지원인력을 많이 배치하고 특별승급제도의 운영 등 문제점이 존재한다는 것을 알게되었다. 이를 해결하기 위해 출연을 공공부문 개혁에 포함하였고, 연구지원인력을 감소하는 방안과 정년의 조정 등을 개선하였다. 