끝으로 보건복지 빅데이터의 개인 정보와 기밀정보에 대한 보안정책이 마련되어야 할 것이다. 보건복지 빅데이터는 개인에 대한 거의 모든 정보가 저장되어 있지만 아직 법･제도는 미비한 상황이며 논의조차 되지 못하고 있다. 빅데이터의 활용도 중요하지만 과다한 개인 정보의 유출은 프라이버시 침해는 물론 사이버 인권침해나 범죄에 악용될 수 있다. 빅데이터로부터 개인을 보호하기 위해 가장 중요한 것은 특정 개인을 식별하지 못하도록 하는 익명화와 정보 접근 및 정보처리에 대한 통제이다. 그러나 정보 접근 및 정보처리에 대한 통제를 강하게 하면 정보 활용이 활성화되지 않기 때문에 보건복지 빅데이터 ‘활용과 보호의 균형’에 대한 효과적인 정책이 마련돼야 할 것이다.
빅데이터로 인한 개인의 정보유출이나 프라이버시 침해를 막기위해 익명화와 접근통제가 필요하나 너무 강한 통제는 정보 활용을 저해할 수 있기 때문에 균형있는 정책이 필요하다.