하지만 미래부는 이러한 협업모델을 만들면서 사업단 체제와 연구관리 전문기관 체계, 사업관리규정을 새롭게 수립할 것을 예고하고 있다. 따라서 이미 구성되어 있는 대형연구사업단과의 관계와 기존의 연구관리 전문기관 및 사업관리규정 체계와의 관계를 어떻게 조정할지에 대한 해답은 존재하지 않는다. 특히 2016년 제시된 국가전략 프로젝트의 경우에도 기존의 사업과 차이가 있다고 주장하고 있지만 새로운 사업기획 중심의 전략기획과 추후 사업단장에게 어떠한 자율과 책임을 줄 것인지 명확하지 않다. 그렇다면 지금까지 진행된 사업구조와 유사하게 진행될 가능성이 훨씬 농후해져 과연 새로운 사업단들을 통해 국가적 차원에서 어떠한 전략목표를 달성할 수 있을지 더욱 불명확해진다고 할 수 있다.
미래부는 협업모델을 만들면서 사업단 체제와 연구관리 전문기관 체계, 사업관리 규정을 새롭게 정립할 것을 예고하고 있다.