둘째, 방과후돌봄서비스 운영의 비효율성 문제이다. 총 97.9%의 아동이 초등돌봄교실을 이용한 후 오후 7시면 귀가하고 있다(오후 6시까지 이용아동 92%). 즉, 2.1%의 아동을 제외하고 오후 7시면 모두 귀가하고 밤 10시까지 초등돌봄교실을 이용하는 아동은 거의 없는 실정이다. 따라서 초등학교에서는 방과후부터 오후 6~7시까지 방과후돌봄서비스를 제공하고 그 이후는 지역 사회 자원으로 연계하는 것이 바람직하다. 초등학교에서 밤 10시까지 종일 시간을 보내는 것은 아동의 정서발달에 부정적 영향을 미치고 아동이 학교 자체를 싫어하게 될 수도 있다. 밤 10시까지 1~2명 남는 아동을 위해 전담인력 1명, 관리자 1명, 경비인 1명이 남아야 하므로 비용의 비효율성 문제도 제기되고 있다.
초등돌봄서비스의 효율적 운영을 위해서는 오후 6~7시까지만 제공하고 그 이후는 지역 사회 자원으로 연계하는 것이 필요하다.