마을과 STX 간에 발생한 가장 큰 쟁점은 마을지원기금의 비율이었다. 7%~10%에서 줄다리기 끝에 8%로 결정되었다. 그런데 이것은 간단한 문제가 아니다. 앞서 설명했듯이 제주도에서 ‘풍력자원의 공공적 관리’는 특별법에 명시되어있지만, 그 추상적인 원칙을 구체화시키는 개발이익 환수방안을 둘러싸고 논란이 계속되고 있다. 한편에서는 발전회사의 의무사항이 아닌 기부금 납부 형태를 주장하고, 다른 한편에서는 ‘풍력자원이용부담금’ 부과와 ‘에너지관리특별회계’ 신설을 주장하고 있다. 후자의 경우에도 이용부담금을 (그 기준이 매출액인가 순이익인가에 따라 다르지만) 7%~50%에서 논의되고 있다. 행원리의 경우도 실제로는 이런 논의의 연장선에 놓여있다고 볼 수 있는 것이다.
'풍력자원의 공공적 관리'라는 추상적 원칙을 둘러싼 논쟁이 있다. 한편에서는 기부금 남부 형태를 주장하고, 다른 쪽에선 이용금부담과 '에너지관리특별회계' 신설을 주장하고있다.