정부 3.0 추진위원회는 민간위원장을 포함한 민간위원 8명과 6명의 차관급 정부위원으로 구성되었다. (「정부 3.0 추진위원회의 설치 및 운영에 관한 규정」(대통령령) 제정·시행, ’14.6.30.) 정부 3.0 추진위원회는 정부 3.0 방향과 전략 설정, 과제의 우선순위 결정, 집행상황을 점검·평가하는 역할을 수행하고, 추진과제 실행을 위해서 위원회 위원, 부처 공무원, 전문연구기관(NIA·KISA, KIPA 등), 민간 전문가 등으로 구성된 부처 간 과제별 작업그룹(WG)을 구성하였다. 행정자치부는 정부 3.0 추진의 주무 부처로서 작업그룹을 총괄 지원하고, 기재부·미래부 등도 예산 지원, ICT 기반 기술지원 등을 집중 지원하기로 하였다.
정부 3,0 추진위원회에서는 새로운 인원과 작업그룹을 구성하였다. 이를 통해 정부 3,0의 방향과 목적 등을 설정하였으며, 이에 행정자치부의 지원도 이루어지고 있다. 