연구개발 조세지원제도 중 세금감면 규모가 큰 연구 및 인력개발비 세액공제 제도와 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제 제도의 기업규모별 지원실적은 <표4-25>에서 보는 바와 같다. 세금감면 규모가 가장 큰 연구 및 인력개발비 세액공제의 지원실적은 대기업이 61.6%, 중소기업이 38.4%를 차지하고 있다. 그리고, 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제는 주로 대기업에서 활용하는 지원수단으로서 중소기업은 이 제도에 의해 지원받은 실적은 거의 없는 것을 볼 수 있다. 이러한 기업규모별 연구개발 조세지원 실적을 기업규모별로 지출하는 연구개발투자 규모가 전체기업 연구개발투자에서 차지하는 비중과 비교해 볼 때는 세제지원 혜택이 상대적으로 중소기업에게 유리하게 적용된다는 것을 짐작할 수 있다. 2012년의 경우를 보면, 대기업은 전체 기업 R&D투자의 74.2%를 지출하면서 전체 연구 및 인력개발비 세액공제 지원실적의 61.6%를 지원받은 한편, 중소기업은 전체 기업 R&D투자의 25.8%를 지출하면서 전체 연구 및 인력개발비 세액공제 지원실적의 38.4%를 지원받은 것을 볼 수 있다. 물론, 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제는 전체 지원실적의 95.7%가 대기업에 주어지기는 하지만 이 제도에 의한 지원실적의 전체 규모 자체가 그리 크지 않아 아직까지 조세지원의 형평성 차원에서 볼 문제는 아니다.
연구 및 인력개발 세액공제 지원은 대기업이 약 60%, 중소기업이 40%를 차지한다. 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제는 대기업이 주로 활용하지만, 해당 지원실적의 전체 규모가 크지 않다. 기업규모별 지출규모와 전체 조세지원 비중을 비교했을 때 연구개발 조세지원은 중소기업에게 유리하게 적용된다.