1990년대 분자표지를 이용하는 MAS 기법이 소개된 후 우리나라에서는 고품질 벼의 병해충저항성을 강화시키기 위해 분자육종기술이 집중적으로 활용되었다. 이러한 노력의 결과로 벼멸구저항성 유전자 Bph18이 도입된 ‘안미’, 흰잎마름병 신규 균계 K3a에 저항성을 발현하는 xa5가 도입된 ‘강백’ 및 ‘진백’과 목도열병 저항성유전자 Pb1이 도입된 ‘새일미’ 등의 벼 품종들이 개발되어 농가에 보급되었다. 또한 Stv-bi(줄무늬잎마름병), Xa1, Xa3, Xa7, Xa21(흰잎마름병), Piz, Pi40(도열병) 및 Bph1, Bph21(벼멸구) 등 다양한 유전자들에 대한 분자표지가 개발되어 병해충 저항성이 겸비된 최고품질 벼 품종육성에 적극 활용되고 있다. 최근에는 품종판별을 위한 분자표지 조합들(SSR 및 InDel 마커)이 고안되어 쌀 시장 유통질서 확립에 적극 활용되고 있는데, 국제 쌀 시장 개방과 더불어 수입쌀 부정유통 방지에 크게 기여할 것으로 기대된다.
우리나라에서는 고품질 벼의 병해충저항성 강화를 위해 분자육종기술이 집중적으로 활용되었다. 그 결과 여러 병해충 저항성 유전자가 도입된 벼 품종들이 개발∙보급되었고 이 분자지표가 최고품질 벼 품종육성은 물론 유통질서 확립을 위한 품종판별에도 적용될 것으로 기대된다.