가장 바람직한 평가방식은 기초·소형 융합연구 과제에 대해서는 평가자체를 생략하거나 간소화하는 것이다. 대신 동료평가에 의해 애초 제시한 목표 달성 여부, 학술적 기여도, 연구 성실도 등을 정성적으로 평가받는 것이 바람직하다. 하지만 현실적으로 모든 성과평가를 배제할 수 없으므로, 앞서 제시한 유형에 따라 중점평가요소를 달리하는 것이 보다 효과적일 수 있다. 융합연구에 대한 성과평가는 실질적인 성과창출까지 일정기간 이상이 걸리는 점을 감안할 때, 공통적으로 추적·영향평가가 가장 바람직하다. 이와 더불어 지금까지 성과평가에서 다루어지지 않았던, 협력연구로서의 융합연구의 과정과 융합연구의 성숙도에 대한 평가가 포함될 필요가 있다. 앞서 제시한 2×2 matrix에 의한 사업 유형 구분에 따라 각 유형에 해당하는 사업의 성과평가에서 강조되어야 할 평가방식은 다음과 같다.
기초·소형 융합연구 과제는 평가를 하지 않거나 간소화하는 것이 좋다. 하지만 성과평가를 하지 않을 수 없으므로 성과 창출시기를 감안해 추적·영향평가를 하는 것이 바람직하다. 또한 융합연구 과정 및 성숙도 평가가 요구된다.