본 연구에서 배출권거래제를 기점으로 기업들의 탄소배출량은 유의적으로 감소하였음을 확인할 수 있었다. 하지만 배출권을 무상 배분하는 상황에서 배출권거래제의 효과는 제한적일 수밖에 없다. 제5장의 실증분석결과에서 확인할 수 있듯이 매출액 대비 탄소배출량이 많은 기업의 경우 배출권 무상 배분의 효과로 인해 수익률이 상승하는 현상이 발견되었다. 특히 배출권거래제 시행 후 이러한 경향성이 더 크게 나타났다. 이는 배출권 무상 배분이 탄소효율성을 개선하는 방향으로 기업을 자극하는 것이 아니라, 오염물질을 많이 배출하는 기업에 불로소득을 제공하고 있다는 것을 의미한다.
배출권거래제 이후 기업의 탄소배출량은 감소하였지만, 배출권을 무상배분하여 그 효과가 제한적이다. 오히려 단소배출량이 많은 기업의 수익률이 상승하는 문제가 생겼다.