인지컴퓨팅 기반에 시스템에 대한 해킹을 우려하는 목소리가 크다. 특히 자율주행 자동차 기술의 경우, 고의적인 해킹에 의한 사고 발생 리스크가 흔히 지적된다. 그러나, 이는 인지컴퓨팅 기술이 적용된 경우가 아니라도 모든 정보화 시스템 및 첨단 기계 시스템에 공통적으로 존재하는 리스크이다. 자동차의 경우를 예로 들면 이미 거의 모든 자동차가 컴퓨터 소프트웨어에 의해 제어되므로 해커의 공격을 받을 시 제어력을 상실하게 된다. 최근 자동차 원격 해킹 관련 동영상이 널리 유포되면서 대중의 자율주행차에 대한 불안감도 증가했는데, 사실 해킹된 자동차들은 자율주행 자동차가 아닌 일반 자동차이다. 자율주행 자동차는 위기 시 사용자가 직접 통제하지 못할 수도 있기 때문에 리스크가 더욱 크다고 주장할 수도 있겠지만, 해커의 손에 장악된 시스템은 인간 사용자도 제어 불가능하기 때문에 인간이 운전하는 경우에도 똑같이 속수무책이다. 이처럼 해킹으로 인한 리스크는 비단 인지컴퓨팅 기반 시스템에만 적용되는 것이 아니라, 모든 정보화 시스템에 공통으로 적용되는 리스크이므로 전반적인 정보보안 기술 고도화를 통해 해결할 수밖에 없다.
인지컴퓨팅 기반 시스템에 대한 해킹 위험성 목소리가 높지만 이는 모든 정보화 시스템에 동일하다. 자율주행차 뿐 아니라 일반 자동차도 해킹 당할 경우 제어력을 상실한다. 이슈가 되었던 자동차 해킹 영상도 일반 자동차이다. 이를 위해 정보보안 기술 고도화가 필요하다.