2000년대에 들어서는 역전사효소 억제제나 단백질분해효소 억제제 등 바이러스의 증식과정을 직접적으로 저해하는 기존 방식의 치료제 대신에 새로운 방식의 치료제들이 개발되고 있다. 융합 억제제, CCR5 수용체 길항제, 인테그레이즈 억제제가 여기에 속한다. 이 외에도 아직 효과가 명확하게 입증되지는 않았지만, 가능성 있는 신약 후보물질들도 개발되고 있다. 바이러스 재조립 억제제(Assembly Inhibitor; AI), 바이러스 출아 억제제(Budding Inhibitor; BI) 만성감염 저장소(chronic reservoir) 파괴제 등이 대표적 예이다.
2000년대에는 융합 억제제, CCR5 수용체 길항제, 인테그레이즈 억제제 등과 같은 새로운 치료제들이 개발되었고 아직 시험 중인 신약들도 있다.