한편 정부가 발표하는 예산 정보를 토대로 로드맵 이행에 따른 중장기 재정소요를 추정하는 방법은 아래와 같은 한계를 가지고 있다. 무엇보다도 국가 온실가스 감축로드맵은 여러 부문의 감축목표 및 이행계획으로 구성되어 있어, 부문별 소관부처가 수행하는 다양한 재정사업들의 집합을 외부에서 정확하게 파악하기 어렵다. 또한 소관부처는 기존에 수행하던 사업들을 로드맵 이행계획에 포함시켜 소요 예산을 집계할 개연성이 높다. 예를 들어, 기후변화협약 종합대책 사례에서 확인할 수 있듯이, 협상기반구축, 국내적 대응, 연구개발 등에 포함되는 사업들 중 일부는 국가 온실가스 감축목표 달성과 연계성이 높지 않은 것으로 보인다. 더 나아가 실제 예산 집행이 정부가 발표한 계획 대비 상당한 차이를 보이는 사례가 빈번하다. 한 예로서 “3차 기후변화협약 종합대책”과 관련하여, 2005년 계획에서 예상하였던 소요예산(2005년 약 5.88조 원, 2006년 약 7.36조 원) 대비 2007년 계획에 제시된 소요예산(2005년 약 4.22조 원, 2006년 약 4.92조 원)의 비중이 상당히 낮은 수준(2005년 약 71.8%, 2006년 약 66.8%)에 머물렀다([표 13] 참조).
국가 온실가스 감축로드맵은 여러 부문의 감축목표 및 이행계획으로 구성된다. 이는 부문별 소관부처가 수행하는 사업을 외부에서 파악하기 어렵고, 소관부처는 기존에 수행하던 사업을 계획에 포함시켜 소요예산을 집계할 개연성이 높다. 더 나아가 실제 예산 집행이 정부가 발표한 계획 대비 상당한 차이를 보이는 사례가 빈번하다.