그러나 배출권거래제도(Emission Trading Scheme, 이하 ETS) 상 가격 불확실성으로 인해 배출권을 직접 매매해야 하는 시장참여자들 입장에서는 장기간의 배출권 가격을 예측하기 어렵기 때문에 배출권을 탄소세보다 덜 선호할 수 있다. 즉 지나친 가격 변동성으로 인해 미래 투자에 왜곡이 발생할 수 있으며 미래 상황에 대한 불확실성으로 인해 현재의 최적활동 선택이 위축될 수 있다. 이와 관련하여 유럽연합의 EU ETS는 과다 공급된 배출권과 경기침체에 기인하여 2011년 이후 배출권 시장가격의 급락을 경험하였고, 이에 시장 정상화를 위한 시장안정화 정책 도입을 시도 중이며, 미국의 경우 배출권 가격이 폭등할 경우를 대비해 산업계의 요구에 따라 여러 안정화 대책을 마련해 놓은 바 있다. 우리나라의 경우, 온실가스 배출권 가격의 급등락 등 배출권 거래시장이 불안정할 수 있다는 주장이 산업계 등에서 계속 제기되었고, 이러한 산업계의 부담을 줄여주고 예측가능성을 높이자는 차원에서 안정화조치에 대한 논의가 시작되고 있다.
ETS의 가격의 불확실성으로 인해 시장참여자들은 배출권보다 탄소세를 더 선호할 수 있다. 미래 상황을 알 수 없다는 것은 현재의 활동을 위축시킬 수 있다. 우리나라 는 ETS의 예측 가능성을 높이고 산업계의 부담을 감소시킬 수 있는 안정화 방안이 논의되고 있다.