프로젝트 계약직의 퇴직금제도 역시 근로기준법에 따른 일반 근로자의 퇴직금 산정제도와 다르다. 프로젝트 계약직은 개인적으로는 1년 12달 일을 한다. 그러나 1년 내내 한 회사에서 일할 수도 있지만 많게는 수십 개의 회사에서 일하기도 한다. 따라서 대부분의 경우 근로기준법에 의해서는 퇴직금을 받을 수 없는 것이다. 프로젝트 계약직의 경우 퇴직금 공제제도가 이를 보완하여 시행되고 있다. 계약기간의 길이에 관계없이 발주처나 원청회사가 프로젝트 계약직당 1일 4,000원의 퇴직공제부금을 적립하도록 하고 있다. 따라서 프로젝트 계약직은 퇴직 시 일했던 회사에 관계없이 적립된 퇴직공제금을 퇴직금으로 받을 수 있는 것이다.
프로젝트 계약직은 수십 개의 회사에서 일하기도 하기 때문에, 대부분의 경우 근로기준법에 의해서는 퇴직금을 받을 수 없다. 따라서 퇴직금 공제제도가 이를 보완하여 시행되고 있다.