기술지주회사가 자회사를 설립하는 방식은 <표 4-9>와 같이 단독설립, 조인트벤처, 자회사 편입 등 세 가지가 있다(그림 4-1). 단독설립 방식은 기술지주회사가 대학 보유 기술을 토대로 독자적인 자회사를 설립하는 방식으로, 성공 시 수익 전유가 크지만 기술 외에 현금도 출자해야 하고 경영 전반을 책임져야 하는 부담이 있다. 조인트벤처 방식은 대학이 기술을 제공하고 외부 기업이나 개인이 자금 및 경영을 담당하는 역할 분담이 가능한 이점이 있으나 수익의 폭은 줄어든다. 자회사 편입방식은 기존 회사에 대학 기술을 출자하여 지분을 확보하는 방식으로, 이는 기술이전을 통해 현금 대신 지분을 받는 것으로 볼 수 있다. 자회사 프로세스가 신속하고 기술을 이전 받는 기업의 입장에서도 당장 현금 로열티를 지불하지 않아도 되는 이점이 있다. 이렇게 세 가지 방식은 각각 장단점이 있는데, 바이오기술의 사업화 관점에서 볼 때 다양한 방식의 조직 구조가 열려있다는 점은 매우 긍정적이다.
국가 주도의 연구개발은 공공부문 과학의 상업화를 초래한다. 국가의 연구비 지원 확대로 연구 활동의 자율성은 약화하고 연구생태계는 다방면으로 발전하지 못한다.