여러 가지 제도적 쟁점들 중 하나로 인터넷 전문은행의 규율체계 적용범위를 살펴볼 수 있다. 시중은행과 동일한 규율체계를 적용할 시 관리·감독의 일관성을 유지하고 규제차익을 미연에 방지할 수 있으나 인터넷 전문은행이 가지는 고유위험의 선제적 관리에 있어서는 미흡할 수 있다. 인터넷 전문은행업에 대한 별도의 입법을 통해 독립된 규율체계를 마련하거나 차별적 규제를 적용할 시 탄력적 규율 적용으로 인터넷 전문은행의 영업 활성화와 더불어 고유위험의 선제적 관리가 가능하나 일반은행과의 연계성 약화 및 차별규제로 발생하는 규제차익이 존재할 수 있다. 요컨대, 인터넷 전문은행의 도입 후 수월한 관리·감독을 할 수 있어야 하며 업무의 효율성을 해치지 않는 선에서 세부적인 규제체계의 적용범위를 설정할 수 있을 것이다.
시중은행과 동일한 규율체계 적용 시 관리의 일관성을 유지하고 규제차익을 방지할 수 있으나 인터넷 전문은행이 가지는 고유위험의 선제적 관리는 부족할 수 있다.