신제품을 신속하게 시장에 출시하고 싶은 업체들은 동일한 안전성, 유효성 평가를 식약처와 NECA에서 이중으로 진행하는 것이라며 비판해왔다. 반면, NECA에서는 식약처의 평가와는 차이가 있다고 주장한다. [그림 4-2]에서 나타난 것처럼, 식약처는 의약품, 의료기기와 같은 제품 자체의 안전성, 유효성을 평가하는 반면, NECA는 의사의 행위에 대해 안전성, 유효성, 임상적 유용성에 대한 평가를 수행한다. 식약처에서는 신청인이 제출한 임상연구 자료를 검토하여 안전성, 유효성을 평가하지만, NECA에서는 국내외 관련 임상연구 문헌을 검토하여, 해당제품이 현장에 적용되기에 안전하고 유용한지를 평가한다. 예를 들어, 마크로젠의 염색체 이상질환을 검사하는 BAC칩 H1440 키트의 경우에는 식약처에서 품목허가를 받았으나, NECA에서는 평가를 통과하지 못하였다(<표 4-4> 참조). 그 이유는 이 키트를 통해 검사하고자 하는 5가지 질환의 경우 기존의 검사방법에 비해 추가적으로 얻을 수 있는 정보가 미비하였기 때문이다(신채민, 2014). 즉 기존 방법에 비해 효능이 증진되지 않았음에도 불구하고 신제품이라는 이유로 비싼 가격에 비보험 판매되거나, 보험이 적용되어 의료재정을 악화시킬 수 있는 가능성을 예방하는 역할을 수행한 것이다.
신제품의 빠른 출시를 위해 일부 기업들은 식약처와 NECA를 통한 이중적 평가를 진행한다. NECA에서는 의사 행위에 대한 유효성, 유용성, 안전성 등을 평가하고 임상연구 문헌들을 검토 한다. 이를 통해 효능 검증이 되지 않은 제품의 비보험 판매와 의료재정 악화를 방지한다. 반면, 식약처는 제품 그 자체의 안전성에 대해서만 평가한다. 