다만 국내 BRC의 운영에 있어 개별 기관 차원에서 모범운영지침을 개발, 적용하고 있는 사례가 대부분으로 제 삼자적 관점에서 이를 평가, 모니터링할 수 있는 체계가 정착되지 않은 상황이다. 국가기술표준원에서 생물자원 표준 문서를 관장하고 있기는 하지만, 생물자원은행의 운영, 생물자원 분석 등에 관한 표준 문서는 존재하지 않는다(이연희 2015). 현재 국내 BRC에서 취득한 ISO 9001 인증의 경우 역시, 일반적인 경영시스템 진단 제고를 통한 품질 경쟁력 향상에 도움을 주고 있으나 생물자원은행(BRC)에 특화된 조항, 예를 들면 생물자원 분류, 취급, 보관, 분양, 폐기 등에 관한 사항이 명시되어 있지 않아 BRC 운영을 표준화를 도모하는 데 무리가 있다. 또한 기관별로 생물종 목록, 생물자원 및 생명정보에 관한 분류체계 등이 기관별로 상이하여 국내외적으로 호환 가능한 관리 체계를 구축해가는 일이 필요한 시점이다.
BRC운영에 있어 개별기관차원에서 운영지침을 적용하고 있지만, 이를 평가하는 체계는 정착되지 않았다. ISO9001인증을 사용하고 있지만 이로 표준화를 도모하기는 어렵다. 이러한 문제를 해결하는 통합관리쳬계를 구축해야 한다.