생태계서비스지불제가 제대로 이행되기 위해서는 몇 가지 사항을 고려해야 하는데, 우선 생태계서비스가 거래대상으로 될 수 있는 것에 대한 범주 설정이 필요하다. 탄소 등은 이미 국제시장에서 탄소배출거래제를 시행하고 있으나, 생태계서비스 중 비시장적 가치나 공공 가치가 높은 종류들까지 포함 시켜야 되는지에 대한 여부는 별도의 연구가 필요하다. 두 번째는 특정 생태계서비스를 팔았을 경우 다른 생태계에 미치는 영향 등에 대한 과학적 규명이 수반되어야 한다. 이는 특정 생태계서비스 이용으로 다른 생태계서비스에 미치는 영향까지도 생태계서비스 지불가격에 포함시켜야 함을 의미한다.
생태계서비스지불제 시행을 위해 거래대상 범주를 명확히 설정하고, 특정 생태계가 거래 대상이 되었을 때 다른 생태계에 미치는 영향을 분석하여 지불 가격에 포함해야 한다.