둘째, R&D 사업의 운영 방식, 즉 소프트웨어(S/W) 설계 문제를 이른바 R&D 거버넌스라고 한다. R&D 거버넌스 문제는 두 가지 수준 즉, ‘분야 내’와 ‘분야 간’ 수준으로 구분지어 볼 수 있으며, 각 수준에서 합리적 의사결정 과정을 통해 효율적 자원 동원체제를 구축하는 것, 즉 R&D 사업 추진의 ‘일관성(coherence)’을 달성하는 것이 거버넌스의 중요한 목표이다. R&D 거버넌스 설계의 가장 핵심적인 문제는 불가피하게 발생하는 조정(coordination) 문제를 어떻게 다룰 것인가 하는 것인데, 조정이 효과적으로 이루어지기 위해서는 각 수준에서 동시화(synchronization)와 직무할당(assignment)에 대한 설계 문제와 혁신(innovation)의 문제가 효과적으로 해결되어야 한다.
소프트웨어 설계 문제에서 다루어지는 과제는 일관성을 유지하며 사업 추진을 하는 것으로, 설계 시 수준별 동시화와 직무할당에 대한 혁신 처리를 효과적으로 해내어 조정이 이루어지게끔 만들어야 한다.