이로 인해 자기 균형적 회복력이 있는 시장을 강조하던 신고전주의 경제학파에 대항하여 ‘거래비용’과 ‘제도’를 강조하는 신제도주의 경제학파가 탄생하게 된다. 특히 신제도주의 경제학파는 시장경제 내에서의 다양한 경제 활동들이 왜 ‘시장’이 아닌 ‘기업’에서 이루어지고 있는지에 대해 근본적인 질문을 제기한다. 신제도주의 경제학파들은 이의 답을 거래비용의 존재에서 찾고 있다(장하준, 2014). 이 때부터 “불완전한 시장에서는 경제주체들의 거래에 불가피하게 지불하는 비용이 존재한다.”는 가정을 바탕으로 경제문제를 해석함으로써 바람직한 조직의 형태, 기능, 효과성을 밝히는 연구들이 증가하기 시작하였다(Hennart, 1988; Zajac & Olsen, 1993; 지광석·김태윤, 2010). 즉 거래비용을 최소화하는 거버넌스를 규명하는 것에 초점을 맞춘 것이다(김재훈, 2005).
신고전주의 경제학파에 대항하여 신제도주의 경제학파가 탄생하게 되는데 신제도주의 경제학파는 다양한 경제활동들이 시장이 아닌 기업에서 이루어지고 있는지에 대한 답을 거래비용의 존재에서 찾고 경제문제를 해석하고 있다.