법적 구속력이 미흡하다는 한계 외에 유전자검사평가제도는 비의료기관에서 실시되는 유전자검사의 한계인 임상적 유효성 문제를 해소하지는 못한다는 보다 근본적인 한계도 존재한다. 유전자검사평가는 검사들의 분석적 유효성과 정확성을 평가할 뿐, 임상적 유효성은 포함하지 않기 때문이다. 이것은 미국에서도 CLIA 제도에 대해 지적되는 문제이다. 즉 FDA에 의해 임상적 유효성을 입증하지 않은 검사들이 CLIA를 통해서 검사실에서 시행되고 있다는 것이다. 이러한 한계들 때문에 Schlanger(2011)는 현재 유전자 검사 규제 체계는 앞으로 문제될 수 있는 유전자 검사들로부터 소비자를 적절히 보호하지 못한다고 주장한다.
유전자검사평가제도는 법적인 구속력도 약하고 임상적 유효성도 문제라 미국실험실표준인증에서도 지적되고 있다. Schlanger가 소비자는 보호되지 않는다고 주장하는 까닭이 그것인 것이다.