평가단위는 일부 국방분야를 제외한 세부사업26)을 대상으로 하며, 2009년부터 3년 주기로 평가가 진행되고 있다. 종료평가는 직전년도에 종료된 사업을 대상으로 사업의 성과목표에 대한 달성도 및 성과 활용계획 등을 평가하고 있다. 일부 사업에 대해서는 후속사업과의 연계성을 고려하여 사업종료 1년 전부터 본평가가 수행가능하다. 추적평가는 종료된 사업 중 사업특성 등을 고려하여, 일정 기간 동안의 사업화 성과와 확산 등에 대해 추적조사를 하는 것이다. 부처별로 실시된 자체평가는 미래부가 상위평가를 수행하도록 되어 있는데, 최근 부처에서 제기한 중복평가 및 평가부담 완화를 위해 상위평가 시 적절성 비중을 확대하고 있다. 특정평가는 성과평가법 제7조 1항을 근거로 사업 간 연계성에 대한 고려와 함께 과학기술정책적 이슈가 있는 사업을 대상으로 미래부가 실시하는 성과평가이다. 최근에는 주요 정책 현안을 바탕으로 사업을 선정하며, 컨설팅 평가를 강화하는 추세이다. 앞서 언급한 사업 단위의 평가는 국가과학기술지식정보서비스(NTIS) 등에 공개하고 있으며, 평가 결과는 예산편성, 제도개선, 포상 등에 활용된다(미래부, 2015a).
종료평가는 직전년도 종료된 사업을 대상으로 목표 달성 및 활용계획을 평가하는 것이고 추적평가는 종료된 사업 중 일정기간동안의 성과에 대해 추적하는 것이고 특정평가는 과학기술정책적 이슈가 있는 사업에 대해 미래부가 실시하는 성과평가이다.