건보재정 전반의 정보공개 강화와 정부의 질 개선 이외에도 건강보험 재정이 재정통제 범위에 포함될 경우 기대되는 두 번째 효과는 재정에 영향을 미치는 주요 결정들(보험료율, 수가, 보장성 등)과 자금운용의 책무성 구조와 근거기반성 개선이다. 최상위 수준에서 건강보험 재정이 재정통제 영역에 편입되는 것은 재정과 관련 결정들의 근거와 책임주체를 선명히 할 것을 요구하는 시스템이 마련된다는 것을 의미한다. 기존의 건정심이나 각종 전문위원회의 회의자료들이 대부분 대외비로 처리되고, 주요 결정들의 근거나 기반을 밝히지 않을 수 있는 의사결정구조는 사실상 건강보험 운영주체로서는 사회로부터의 견제와 감시 기능을 거의 의식하지 않아도 됐던 구조라 할 수 있다. 기금화에 관해서는 이러한 관행들을 개선할 수 있는 제도적 장치를 예산과정 속에 내장하는 대안으로서의 순기능이 적극적으로 검토될 필요가 있다.
기존의 결정구조는 사용한 기금을 대외비로 처리해서 견제와 감시기능이 무시되었다. 기금화할때 이런 관행들을 개선하기위한 장치가 예산집행하는 과정속에 있어야 하며 이것은 적극적으로 검토되어야 한다.