자원순환사회로의 전환을 위한 부담금 도입에 따라 현행 폐기물부담금과의 이중 부과 우려 등이 제기되고 있어 법규정의 개선 방안이 강구된다. 재촉법 제12조는 ｢대기환경보전법｣, ｢수질 및 수생태계 보전에 관한 법률｣, ｢유해화학물질 관리법｣에 따른 특정유해물질 또는 유독물을 함유하고 있거나 재활용이 어렵고 폐기물 관리상의 문제를 초래할 가능성이 있는 제품·재료·용기 중 대통령령으로 정하는 제품·재료·용기의 제조업자나 수입업자에게 그 폐기물의 처리에 드는 비용을 매년 부과·징수하고 있다. 여기서 자원순환사회로의 전환을 위한 부담금과 이중부과가 고려되는 부분은 폐기물부담금을 낸 경우인데, 폐기물부담금이 이미 재활용이 불가능하거나 유해물질을 함유하고 있는 대상에 대해 부담금을 부과했는데, 이는 다시 매립·소각을 할 수 없는 제품에 내도록 하고 있는 부분이다. 논리적으로 재활용이 불가능하고 유해물질을 함유하는 경우 매립·소각에 따른 비용을 지불하도록 하면서, 매립·소각 시 자순법(안)에 의해 또다시 그 비용을 부담하는 이중 구조가 될 수 있는 것이다. 따라서 재활용이 가능함에도 불구하고(단, 유해물질이 없는 경우), 즉 사전에 폐기물부담금을 내지 않은 경우에 매립·소각을 통해 최종처분을 하는 경우에 자원순환사회로의 전환을 위한 부담금을 부과하도록 해야 한다.
재촉법 제12조에 따르면 유해물질을 함유했거나 재활용이 어려운 특정 물품들의 제조, 수입업자에게 폐기물부담금을 징수하고 있는데, 이들에게 추가적으로 자원순환사회로의 전환을 위한 부담금을 부과하는 것은 이중 부과가 될 수 있다. 따라서 폐기물부담금을 내지 않은 물품을 매립, 소각으로 처리하는 경우에만 부담금을 부과하도록 법 개정이 필요하다.