결국 예산 Pool제는 협업예산을 누가 배분하고 누가 책임질 것이냐의 문제를 해결해야 하는 것이며 이는 조직구조와 함께 논의되어야 할 문제가 된다. 따라서 협업예산 운용방식과 이를 운영할 협업조직 구조에 대한 대안을 동시에 제시하고자 한다. 특히 전문가 및 공무원 질적 조사를 통해서도 제안되었듯이 협업 관련 업무시스템 재설계와 조직 설치도 중요하지만 기존 협업과제가 불필요한 협업을 양산하는 측면이 있다는 지적이 있었다. 따라서 조직구조를 제안하는 데 있어서 예산배분 측면과 함께 협업과제 추진체계를 포함하는 조직설계안을 제안하고자 한다. 협업공동예산 Pool제를 운용하고 과제선정이 잘 될 수 있어야 한다는 취지에서 다음과 같이 총 3가지 대안을 설계하여 작성해 보았다.
예산 pool제는 협업예산의 배분과 책임의 문제를 해결하는 것이다. 협업운용방식에서 불필요한 협업을 없애야 하며 조직구조에서 예산배분과 함께 협업과제 추친체계를 포함하는 조직설계안을 제안하여야 한다.