사회자본은 지역 혁신에 있어 항상 긍정적 영향만을 주는 요소라고 볼 수는 없다. 특정 자원이 많을수록 관리 비용 등 비효율성이 발생할 수 있는 여지가 있는것처럼 사회자본이 혁신이라는 측면에서 자원이나 정보 흐름의 효율성을 저해하는 구조나 관계, 행태를 배태한다면 사회자본의 부의 효과가 발생하게 된다. 사회자본이 지역 혁신에 부정적 영향을 미칠 수 있는 경우는 강한 연계가 고착되어 네트워크 폐쇄성이나 옳고 그름의 판단이 결여된 과잉동조, 획일적 집단사고를 불러오는 경우이다(박종화, 2011). 사회자본은 자원으로서 중립적 가치를 가진다. 그 자체로 항상 옳고 긍정적이거나 항상 그르고 부정적인 존재는 아니다. 지역의 STI 사회자본 연구에 있어 주의 할 점은 사회자본이 잘못된 정보나 판단을 그 네트워크에 그대로 수용하는 환경을 만들어내는 데에 기능할 수 있다는 점이다(Tura and Harmaakorpi, 2005). 지역이 사회자본이 축적되는 공간으로서 작용하되 정보와 자원 흐름의 한계선으로 작용하지 않도록 하는 것이 지역 혁신에 있어 사회자본의 순기능을 잘 활용하기 위한 기준이라 할 수 있다.
사회자본 지역 혁신이 긍정적 영향만 주지는 않고, 강한 연계가 고착되어 폐쇄성, 과잉동조, 획일적 집단사고 등의 부정적 영향도 있다. 사회자은 중립적 가치를 지니며, 정보와 자원 흐름의 한계선이 작용하지 않도록 지역이 기준이 되어야 한다. 