정부 R&D 거버넌스는 1차적 수준의 분야별 연구 거점화와 2차적 수준 거시적 조정 체계로 구분지어 살펴볼 수 있다. 1차적 수준의 분야별 거점화에서는 각 분야별로 ‘공동체 관계’를 형성함으로써 R&D사업 추진의 일관성을 확보하는 것이 중요하다. 국내의 경우 대학 및 산업계와 경쟁 관계에 있는 출연(연)은 분야별 거점화에 있어 중심적 역할을 담당하고 있지 못하는 것으로 나타났다. 이러한 현상은 출연(연)에 대한 지원이 안정적인 출연금보다는 각 정부 부처에 의한 경쟁자금에 의해 대부분 이루어지는 R&D 재정 지원구조 때문이다. 미국과 일본의 경우 정부연구기관 R&D사업 예산의 대부분을 정부가 부담하고 있는 것으로 나타났다.
정부 R&D 거버넌스의 1차적 수준의 분야별 연구 거점화에서는 각 분야별로 통일된 사업 방향을 갖는 것이 좋다. 국내 출연(연)은 경쟁자금으로 지원이 이루어져 제 역할을 하지 못하고 있다.