FP 종료 후 2년 이내에 포괄적인 사후평가(ex-post evaluation)를 실시하도록 규정되어 있다. 사후평가 및 보고서 작성은 EC가 평가전문가에 위탁하여 실시되며, 평가전문가는 EU의 대학교수, 연구기관장, 기관 기업 책임자 등의 전문가로 구성된다. 평가보고서에는 FP의 구체적인 성과, 개선점 및 향후 FP에 대한 제언 등이 포함되어 있다. FP7에 대한 사후평가는 2014년부터 실시되고 있으며, FP6에 대한 사후평가는 완료되어 연구 프로젝트에 대한 결과보고서가 CORDIS에 공개되어 있다. FP6 사후평가의 중점항목으로는 FP6의 정당성(목적이 타당한가), 실시방법(프로그램의 실시방법은 타당한가), 성과(기대한 성과가 달성되었는가), 제언(향후 어떤 개선이 이루어져야 하는가)가 있었다(European Science Foundation, 2012a).
포괄적 사후 평가는 FP 종류 후 2년 내에 EC가 위탁한 평가 전문가에 의해 실시되어야 한다. FP 사후 평가는 2014년부터 실시되고 FP6에 대한 평가는 완료되어 결과보고서가 공개되었다.