그러면 정부 R&D 사업구조란 무엇을 의미하는가? 투자의 관점에서 보면 수익성과 위험성을 고려한 최적의 사업 구조와 포트폴리오를 구성하는 것이다. 수익성은 개별 기술과 시장이 갖는 속성에 따라 대부분 결정되지만, 위험성은 개별 기술과 시장이 갖는 고유의 위험뿐만 아니라 다른 기술과 시장과의 상호 관계에 의해서도 영향을 받게 된다. 즉 이는 하나의 기술에 대한 투자를 고려할 때 추가적인 투자의 대상이 되는 다른 기술이 갖는 속성과 위험도 함께 고려되어야 함을 의미한다. 경제학에서는 이러한 문제 해결의 실마리를 얻기 위하여 집중화(centralization)와 분산화(decentralization) 그리고 다각화(diversification)와 전문화(specification) 현상들과 R&D 생산성의 관계를 규명하는 것에 초점을 두었다. 즉 R&D 조직의 기본적인 구조를 어떻게 설계하는 것이 R&D 생산성 향상에 바람직한가에 대한 이론적, 실증적 규명을 위해 노력해온 것이다. 이와 같이 R&D 조직구조와 R&D 생산성의 관계에 대한 사전적인 지식이 축적이 되면 R&D 투자 극대화를 위한 R&D 사업구조와 포트폴리오를 설계함에 있어 중요한 실마리를 얻을 수 있다는 것이다.
R&D 조직구조의 기본 구조 설계는 R&D 생산성 향상에 영향을 받는다. 따라서 정부의 R&D 사업구조는 조직구조와 생산성 관계의 사전 지식을 축적하여 개별 기술과 시장 속성에 따른 수익성과 위험성을 고려하여 투자를 설계해야한다.