한편 특정 질환에 대한 여러 치료방법에 대해 위험과 편익을 직접적으로 비교하는 비교효과연구는 의료를 향상시키고 비용 상승을 늦추는 데 필수적이지만 이에 대한 논쟁이 있다. 제약 및 의료장비 회사에서는 여기에 기금을 투자하지 않을 수 있고, 또한 정부나 보험자가 비교효과연구의 결과를 특정 치료를 강요하거나 급여를 반대하는 데 사용할 수 있다는 문제도 일부 지적하고는 있다. 그러나 법에 근거하여 연방정부는 이미 비교효과연구에 기금을 지원해 왔으며, IOM(Institute of Medicine)은 비교효과연구 위원회(Federal Coordinating Council for Comparative Effectiveness Research) 설립을 제안하였다. 위원회는 연구를 제안하고 협력하는 업무를 담당하지만 임상 가이드라인을 만들거나, 공공이나 민간 보험자를 위한 급여, 상환, 기타 정책에 대한 권한은 갖지 않는다(Steinbrook 2009).
질환 치료방법간 비교효과연구는 의료향상에 필수적이다. 그런데 회사나 정부, 보험자 모두가 비교효과연구에 대해 망설이는 측면이 있다. 연방정부는 비교효과연구를 지원하고 있다. 비교효과연구위원회가 제안된 바 있다.