건강보험 재원은 보험료와 국고보조로 구성된다. 현행 국고지원법에 따르면 보험료 예상 수입의 20%를 국고에서 지원하도록 규정하고 있다. 이는 다시 일반회계에서 14%, 건강증진기금에서 6%(당해년도 부담금 수입의 65% 한도)로 구성된다. 따라서 이론적으로 건강보험 총 수입의 5/6는 보험료로 1/6은 국고로 조달하도록 되어 있다. 건강보험 지출의 95% 이상은 급여비 지출인데 <표 6-1> 혹은 [그림 6-3]에서 보여주듯이 보험료 수입만으로는 급여비 지출을 모두 충당할 수 없다. 따라서 국고의 사용처는 법에 명시되어 있으나 사실상 건강보험공단에서는 국고를 보험료와 함께 pooling해서 급여비지출 전반에 사용하고 있다.
건강보험 지출의 대부분은 급여비 지출이지만 보험료 수입만으론 이를 충당하기 어렵기에, 건강보험공단은 국고를 pooling해 급여비 지출에 쓰는 방안을 사용 중이다.