그렇지만 각 사업마다 차별성을 반영하는 것은 당연하다. 예를 들어 사업화 과제의 경우 기술이전이나 사업화에 따른 기술료 등이 대표적인 성과지표로 도출 설정될 수 있을 것이며 기초연구의 경우 우수 논문지에의 Impact Factor을 중심으로 설정될 수 있을 것이다. 사업의 특성에 따라 질적 지표를 적용함에 있어서 비록 같은 지표라 하더라도 산출방식을 달리할 수 있을 것이다. 대표성과를 평가함에 있어 성과가 창출․축적되는 기간을 고려하여야 하며 대상 성과항목을 선정하고 적정 기간이 지난 후에 성과를 중심으로 평가할 수 있는 여건을 갖추어야 한다. 예를 들어 “실질적인 사업특성 및 성과창출 기간을 고려하여 3년 이상 경과된 사업으로 선정하되, 필요시 평가대상 주기는 탄력적으로 운영하는 방안 등도 가능하다”(유승준, 2011). 반면에 “기초·원천 R&D사업의 경우 ‘Creative Period’를 도입하여, 성과창출 시기별로 평가주기를 구분하고 그 구체적 기준”(유승준, 2011)을 마련하는 것도 검토할 수 있다.
사업화 과제나 기초연구 등 사업별 특성이 다르므로 성과지표가 달리 설정되는 것은 당연하다.  또한 대표성과 평가시 성과창출 기간을 고려하여 적정기간 이후 평가하는 것이 필요하다. 예로 기초R&D의 경우 시기별 평가주기를 구분하고 그에 따른 기준을 마련하는 것도 가능하다.