현재 통계지리정보서비스는 이용과 활용에 관련된 세 가지 근본적인 한계점이 존재한다. 첫째, 통계지리정보서비스는 통계청이 제공하는 플랫폼에서만 활용이 가능하고 한 번에 하나의 읍/면/동 단위를 하나의 변수에 대해 분석할 수 있기 때문에 넓은 지역에 대한 많은 변수를 고찰하려면 상당한 시간과 노력이 요구된다. 두 번째, 첫째 한계점과 연계하여 통계지리정보서비스의 원본데이터를 획득할 수 있는지도 불투명하다. 통계청에 연락을 취하면 통계지리정보서비스의 원본자료를 획득할 수 있지만(안재학, 2014), 이를 아는 사용자는 극히 드물고 이는 활용 인구를 넓히는 데 중요한 장애요인으로 작용하고 있다. 미국 센서스의 경우 미국 정부가 다양한 경로를 통해 대중에 공개하고 있고 그 방법에 대해 홍보도 잘 되어 있어서 인구센서스 데이터를 일반인이 손쉽게 구할 수 있다. 마지막으로 정부가 많은 예산과 노력을 들여서 구축한 통계지리정보서비스에 대한 인지도가 낮아서 이용률이 저조한 실정이고 지속적으로 이용률이 저조하면 최악의 경우 SOP사업에 대한 정부 지원이 삭감될 수 있다. 따라서 서비스에 대한 적극적인 홍보를 통해 인지도를 높이고 이를 통해 일반인이나 학계에서의 활용도를 높여야 하겠다.
현 통계지리정보서비스는 이용과 활용에 근본적 한계점으로 제한된 플랫폼 활용과 넓은지역에 많은 변수를 고찰하기 어려운 것, 원본데이터 획득이 불투명하여 활용 인구를 넓히기 어려움, 낮은 인지도와 이용률 저조로 정부 지원이 삭감될 가능성 등을 들 수 있다. 따라서 서비스 홍보를 통해 인지도를 올리고 활용도를 높여야 한다.