하지만, 2002년 벤처건전화정책의 일환으로 기업회계기준에 스톡옵션을 비용화하면서 회사는 회계상 비용처리를 해야 함에 따라 불이익을 받게 되었고, 스톡옵션을 받은 직원은 적은 월급으로 세금을 내는 악순환이 반복되면서 스톡옵션제도는 유명무실하게 되었다(벤처기업협회, 2014). 일례로 다음 그림과 같이 스톡옵션으로 인한 소득세는 기타소득으로 20% 세율로 분리과세되는 로또보다 더 많은 세금을 내게 된다(중앙일보, 2013). 물론, 정부가 스톡옵션제도를 규제하는 것은 스톡옵션을 받은 경영진의 무리한 경영이나 무임승차자들이 스톡옵션을 받는 경우를 방지하기 위함이었다.
스톡옵션으로 인한 비용처리와 많은 세금으로 스톡옵션제도가 빛좋은 개살구가 되고 있는데 정부는 경영진의 무리한 경영이나 무임승차자들을 방지하기 위해 규제하고 있다.