현행 농지임대차제도의 제도적 한계는 농지이용의 현실을 규율하기에 지나치게 약하게 제도화되어 있다는 점이다. 농지이용의 현실은 임대차 농지의 비중이 전체 농지의 약 48%를 차지하고 임차농가의 비율이 60% 이상이 됨에도 불구하고, 농지임대차는 예외적으로만 허용되는 ‘비정상적’ 농지이용으로 제도화되어 있다. 이는 경자유전 원칙에 대한 엄격한 해석과 적용에 그 원인이 있다. 경자유전 원칙을 적용하더라도 허용된 농지임대차를 체계적으로 관리‧규율하는 법령의 제정과 관리제도의 구축이 필요했지만, 불완전한 형태의 제도 구축에 머물고 말았다. 따라서 농지임대차제도에서는 무엇보다 농지임대차계약제도를 완결된 체계로 구축하는 작업이 필요하다. 농지제도 관리상으로 가장 큰 문제가 되는 불법적 농지임대차는 불법적 농지소유의 현상 형태이다. 이것은 농지임대차에 대한 규제 완화와 합법과 불법을 구분하는 농지임대차의 명확한 기준 제시로 불법적 농지소유를 최소화 할 수 있다. 정책사업에 의한 농지임대차와 사적 계약에 의한 농지임대차가 서로 분리된 상태로 진행되고 있는데, 농지임대차 관리 차원 에서 두 가지 유형의 농지임대차를 연계하여 종합적으로 관리하는 방안 모색이 필요하다.
임대차 농지가 과반수에 달하는 현 상황에도 불구하고 농지임대차제도는 경자유전 원칙에 의해 예외적, 비정상적 제도로 규정되어 불완전한 형태에 머물러 있다. 이를 명확히 규정하여 불법 농지임대차를 최소화하고 정책적, 사적 농지임대차를 종합적으로 관리해야 한다.