일회용의료기기의 비용의 문제는 과거 재처리가 가능하였던 의료기기도 점차 일회용으로 전환되어 제품화 되면서 비용이 증가하고 있고 인허가 과정에서 재처리 가능한 의료기기로 허가 받기 위해서는 재처리 가능 회수 재처리의 방법, 재처리후에도 안전하고 기능을 잘 발휘하는지에 대한 자료를 제출해야 하게 되므로 제조회사 입장에서는 재처리가능 의료기기로 허가 받을 동기가 부족하며 추가적인 인허가의 부담을 안지 않고 일회용으로 허가를 받게 되는 경향이 있어 실제 여러 번 재처리 가능한 제품도 일회만 사용하게 됨에 따른 경제적 부담이 증가하게 된다. 즉 지금까지의 인허가 과정은 재처리해서는 아니 되므로 일회만 사용해야 하기 때문에 일회용 의료기기로 허가 해주어 온 것이 아니라 제조회사에서 재처리용으로 허가 받기위해서 더 추가 적인 자료를 제출해야 하고 일회용으로 받겠다고 하였을 때 '일회용'으로 허가 받는 다른 별도의 자격 요건이나 절차가 있는 것이 아니었다는 것이다. 일회용의료기기로 허가 받을 수 있는 제품도 재처리가능 의료기기로 허가 받을 별다른 동기가 없고 오히려 마케팅 면에서 이득이 있는 부분이 있을 수 있으므로 일회용으로 허가 받는 경우 들이 늘어난다면 이 부담은 고스란히 환자나 보험자 혹은 국가가 떠안게 되는 것이다. 특히 최근 고가의 일회용 의료기기의 제품이 증가하는 추세에서 이러한 부담은 더 가중될 것으로 보인다. 일회용 의료기기로 허가 받은 것은 처음 개봉하여 사용할 때 안전하고 효과적임을 허가 받은 것이지 사실상 재사용해서는 안 되는 것이 증명되어 일회용으로 허가 받은 것은 아니므로 경제적 관점에서 볼 때 재처리에 따라 안전하고 효과적이라면 구태여 고비용의 일회용 의료기기를 한번만 사용하고 폐기하기에는 사회적 비용이 과하다는 논점이 존재한다.
여러 번 재처리해서 쓸 수 있는 제품을 한 번만 사용하는 일이 반복되어 이 과정에서 생기는 비용이 고스란히 환자와 보험자, 국가에 전가되고 있다고 한다. 고가의 일회용 의료기기 제품이 증가하는 지금 재처리에 따라 안전과 효과를 인정받아 고가의 의료기기를 한 번만 사용하고 버려 비용을 낭비하는 일이 없어져야 한다는 의견이 제기되고 있다.