사탕무씨스트선충은 토양에 감염되면 방제하는 기간이 오래 걸리므로 배추 재배가 가능한 밀도로 낮추거나 한 마리도 없도록 관리해야 한다. 최초 발생 포장과 토양 500㎤ 당 씨스트 알 수가 1,000개 이상인 포장은 유인풋거름작물(White mustard)을 재배하고 살선충제로 방제하거나 비기 주작물을 재배할 수 있다. 계속 방제한 포장에 토양 500㎤ 당 씨스트 알 수가 1,000개 이하인 포장은 살선충제를 살포한 이후 배추를 재배하면 된다. 또한 오미자, 사과, 콩, 옥수수, 감자, 곰취, 더덕 등 비기 주작물을 돌려짓기하면 선충의 밀도가 연간 40~50%로 감소되므로 배추를 재배하지 않는 포장은 비기 주작물을 재배하다가 씨스트 밀도가 낮아진 뒤 배추를 재배하면 된다.
배추 재배가 가능하기 위해서는 비기 주작물을 돌려짓기하여 포장의 선충 밀도를 40-50%로 감소시키면 된다.