다음으로 우리나라 미래의 정부 R&D 전략 수립의 방향성 재설정을 위해 고려해야 할 사항을 총 15가지로 구분하고 이에 대해 평가하였다. 방향성 재설정을 위해 고려해야 할 사항은 1) 국가 차원의 중장기 R&D 전략 수립 기능 강화, 2) 국가연구개발사업 시행과정에서의 민간과 공공 영역의 역할 구분 강화, 3) 전략기획(국가기획, 부처기획)과 사업기획의 역할 구분을 통한 정부 R&D 경쟁력 강화, 4) 사업기획 과정에서의 전문가 참여 확대, 5) R&D 사업 선정시 R&D 특성을 반영한 중복성 심사 완화, 6) 정부와 연구관리 전문기관의 사업관리규정의 경직적 해석 및 운용에 따른 간섭과 통제의 완화, 7) 소관부처별 복잡한 연구개발사업 법제 및 사업관리규정의 정비, 8) 연구과제 기획 및 선정과정의 투명성 강화, 9) R&D의 특성을 반영한 중앙기관(공무원) 평가와 연계된 평가제도의 개선, 10) 기관 및 과제평가제도상 예산 및 양적 성과중심의 평가 제도 개선, 11) 사업선정 및 집행과정상 예산계상의 차이를 고려한 성과관리, 12) 연구기관(연구자)들에 대한 자율성 보장, 13) 연구기관(연구자)들에 대한 행정책임의 강화, 14) 우수연구에 대한 충분한 보상체계 구축, 15) 연구성과 활용 및 사업화 기능의 강화로 제시되었다.
정부 R&D 전략 수립의 방향성 재설정을 위해 고려할 영역으로, 중장기 전략수립기능, 민간과 공공영역 역할구분, 경쟁력, 전문가 참여확대,  중복 심사완화, 간섭과 통제완화, 관리규정 정비, 투명성, 평가제도 개선, 예산 및 양적 평가제도 개선, 예산계상을 고려한 성과관리, 자율성, 행정책임, 보상체계 구축, 연구성과의 15가지로 구분했다.