한편 별도 법률을 제정하는 경우 「과학기술기본법」 소유권귀속조항(제11조의 3)과 모순·저촉이 되는 것은 아닌지 문제가 되었다. 「과학기술기본법」 제11조의 3, 「국가 연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」제20조 1항에서는 국가 연구개발 사업의 유형적 성과물에 대해 원칙적으로 주관기관 귀속 인정하므로, 사적 소유인 국가연구시설·장비에 대해 정부가 관리체계를 수립하고 공동 활용 및 처분 등을 강제하는 별도 법률을 제정하는 것은 헌법상 보장된 기본권인 재산권(제23조 1항)을 제한하는 것은 아닌지 문제의 소지가 있기 때문이다. 그러나 토지와 같은 자원은 공공복리에 적합하게 사용해야 하는 사회적 제약이 큰 기본권으로 인정되어 그 제한이 가능하다는 것이 판례이며, 이 때 제한은 기본권의 제한이므로 헌법 제37조 제2항에 따라 법률에 근거를 두어야 하며, 이러한 논리에 따를 때, 사적 소유인 연구시설·장비를 규율하기 위해서는 행정규칙인 표준지침으로서는 부족하고 법률의 형식이 타당하므로 별도 입법이 타당하다고 귀결되었다.
국가 사업을 진행할 때, 사업에 이용되는 사적 소유물을 정부가 관리·운영하도록 법을 제정하는 것은 '재산권' 침해로 여겨질 수 있다. 그러나 토지를 법에 근거해 '기본권' 제한을 인정한 판례에서 보듯, 사적 소유물을 제한할 필요가 있다면 법률에 의하는 것으로 귀결되었다.