2004년에는 의료행위를 중심으로 건강보험 급여와 분리하여 의사 결정하는 의료기술평가 도입에 관한 논의가 보다 구체화되었다. 건강보험 재정관리 필요성이 의료기술평가 도입 이유의 한 축을 담당하였으나 대체로는 의료행위의 안전성과 유효성을 판별하기 어려운 특성 상 건강보험 급여 의사결정이 지나치게 지연되는 것에 대한 제도적 부담도 무시하기 어려웠다. 새로운 의료행위를 중심으로 하는 의료기술평가는 최종적으로 2006년에 의료법에 기초하여 평가조직이 공식화되었다. 이 과정에서 의료기술평가의 기초를 제공해준 것은 근거중심의료(evidence-based medicine) 혹은 근거중심보건의료(evidence-based healthcare)였다. 의료기술평가는 2003년부터 시범사업을 통해 그 실효성이 검토되고 체계적 문헌고찰을 중심으로 하는 평가체계를 구비하여 운영되게 되었다. 이러한 의료기술평가는 2009년 한국보건의료연구원이 개원하면서 운영이 위탁되어 2010년부터 건강보험심사평가원으로부터 분리되어 운영되기 시작하였다(한국보건의료연구원, 2014).
04년 의료기술평가 도입 논의가 본격화 되었다. 건강보험 급여 의사결정의 지연 등 제도화 어려움이 따랐지만 06년 의료법에 근거해 공식화되었다. 03년부터 모의사업으로 평가체계를 구축하여 09년 한국보건의료연구원으로 문을 열고, 10년부터 건강보험심사평가원이 되었다.