자치회는 운영위원회(대표, 부대표, 영상 편집, 자료 정리, 서기 등)와 국제개발협력, 다문화, 문화재, 지속가능발전, 평화, 세계시민 등 여섯 개 분과 활동으로 이루어진다. 자치회 학생들은 2~3개 분과에 소속되거나 또는 소속없이 자유롭게 도움이 필요한 곳에 참여할 수 있다. 이러한 참여 방식은 학생 자치를 실현하고 유네스코 학교로서의 역할을 체계적으로 수행하기 위한 준비 작업이다. 이러한 발판 위에 2017년부터는 직선제에서 직접 민주주의로 전환하고, 내부 절차를 준수하는 학생이라면 누구나 유네스코 활동의 주인이 될 수 있도록 학생들의 자율적인 참여 장치를 마련하게 되었다. 이처럼 고양외고의 유네스코 활동은 내용적으로 세계시민교육을 구성하는 다양한 주제를 포괄하고 있을 뿐만 아니라, 그 운영 방식에 있어서도 민주시민교육의 요소를 포함하도록 발전해 왔다.
고양외고는 학생들이 자치회에 자유롭게 참여하여 유네스코 활동할 수 있도록 한다. 이는 유네스코 학교로서 역할을 체계적으로 수행하기 위한 준비 작업이며 학생들의 자율적인 참여를 격려한다.