여러 공공기관에 별도로 보관되어 있는 보건의료 관련 자료를 하나의 자료원으로 생성하는 방법으로 두 가지 방안을 검토하였다. 첫 번째 방안은 개별 기관의 자료원 중 통합대상인 자료를 정기적으로 제공받아 보건의료 통합 자료원을 구축하는 방안이다. 이 경우 각 기관이 보유하고 있는 자료원 중 일부 통합대상 자료원만을 연계하여 별도의 통합 자료원을 구축하더라도 자원의 중복 문제가 제기될 수 있으며, 개인정보 보호 및 보안에 각별히 신경 써야 한다. 두 번째 방안은 각 기관별 자료의 통합 자료원을 구축하지 않고, 요구가 있을 경우 해당 자료를 보유하고 있는 공공기관으로부터 자료를 제공받아 연계자료를 생성하는 보건의료 자료연계 체계 구축 방안이다. 이 경우는 관련 자료들을 한 곳에 모으는 체계가 아니라 각각의 원자료들은 해당기관에서 분산하여 운영 관리하면서, 사회적 이슈에 대응하여 필요한 자료원을 만들어 제공하는 방안으로, 개인정보의 보장을 극대화하면서 공익을 위한 근거생성이 가능하다는 장점이 있다.
공공기관에 보관되어 있는 보건 의료 자료를 하나의 자료로 만드는 방법은 두 가지 계획이 있다. 첫째는 보건 의료 통합 자료의 근원을 만드는 것이며, 둘째는 합쳐만든 자료원을 만들지 않고 필요에 따라 요청하고 제공 받는 보건의료 자료연계 체계로 만드는 방법이 있다.