현장에서의 형광 측정은 수중 조류와 cyanobateria에 포함된 클로로필-a를 측정할 수 있도록 설계되어있다. 형광 측정기에서 나온 빛은 물을 투과하여 세포 내 클로로필을 여기시킨다. 클로로필 및 주변 색소로 인한 광흡수는 광합성 반응의 초기 반응이며, 이 과정 중 몇 가지 인자들이 현장 형광측정을 통한 클로로필의 정량을 가능하게 한다. 환경조건, 조류의 조성, 생리학적 상태, 세포 형태, 조도 및 방해물질의 존재 등은 형광과 클로로필 농도 사이의 관계를 결정한다. 방해물질에는 빛 흡수를 경쟁할 수 있는 물질이나 빛의 경로를 변경시키는 물질, 다른 식물의 색소 및 분해물, 용존 유기물질 등이 포함된다. 이러한 다양한 자연 조건에도 불구하고, 현장에서의 형광측정은 유사한 조건 내에서 추출된 클로로필-a의 농도와의 연관성을 잘 나타낸다.
환경조건, 조류의 조성, 생리학적 상태, 세포 형태, 조도 및 방해물질의 존재 등은 형광과 클로로필 농도 사이의 관계를 결정하므로 현장에서의 형광측정은 유사한 조건에서 추출된 클로로필-a의 농도와의 연관성을 잘 나타낸다.