둘째, 항만과 주변지역 또는 임항 지역을 통합적으로 개발하거나 관리 운영하기 위해서 기존 항만법체계에 도시계획 관련 규정을 추가하여야 하는데 이 경우 현행 항만법체계의 혼란이 예상된다. 현행 항만법체계는 항만공사와 항만배후 단지 조성 및 개발사업, 항만재개발사업 등을 모두 포함하고 있다. 이들 모두는 항만 구역을 대상으로 하는 사업으로서 실질적으로 배후 도심지역 개발계획을 포함하지 않는다. 그런데 새로운 도시계획 관련 규정이 포함된다면 항만개발 관련 권한 보유자(해양수산부)와 도시계획 관련 권한 보유자(국토교통부, 각 지방자치단체) 간 권원을 두고 심각한 충돌이 예상되며 사업 추진을 더디게 할 가능성이 높다.
항만과 주변지역 또는 임항 지역을 위해서는 도시계획 관련 가이드라인을 만들어야 한다. 그러나 이것은 해양수산부와 국토교통부 및 각 지방자치단체 사이에서의 충돌을 야기할 가능성이 높다. 