제2차 기본계획에는 부처 간 협의를 통해 마련된 공동 사업들이 반영되었다. 교육인적자원부, 노동부, 산업자원부 등이 공동으로 수행한 ‘Best HRD 인증 사업’, 교육인적자원부와 국방부가 추진한 ‘군 인적자원개발 종합계획’, 행정자치부, 교육인적자원부, 복지부 등의 ‘자원봉사 활성화 계획’, 국가과학기술위원회와 공동으로 개발한 ‘청소년 이공계 진출 촉진대책’과 ‘과학기술인력 육성전략’ 등이 대표적이다. 당시 국방부 인적자원개발을 담당했던 박효선은 “2004년 12월부터 6월까지 국방부와 교육부가 공동으로 ‘군 인적자원개발 종합계획’을 연구”하였으며 “2005년 7월 18일 제3차 국가인적자원개발회의에서 ‘군 인적자원개발 종합계획’이 의결되어 군 인적자원개발 정책은 제2차 국가인적자원개발기본계획에 반영되었다.”고 기술하였다.
제2차 기본계획엔 교육인적자원부, 노동부, 산업자원부, 국방부 등 각 부처가 함께 구성한 공동 사업들이 반영되어 있다.