비교효과연구 수행을 위해서는 충분한 자료원 확보, 관찰연구의 적절한 사용, 실용적이며 유효성 있는 임상시험을 위한 합리적인 가이드라인을 제시할 수 있도록 비교효과연구에 대한 방법론적 고찰이 이루어져야 한다. 비교효과연구는 보건의료전달체계, 전자의무기록과 같이 이미 구축되어 있는 자료원도 활용이 가능하다. 연구에 참여한 환자의 종류 추적, 자료수집 메커니즘에 대해서 현재 존재하고 있는 관찰연구들의 자료는 다양하다. 비교효과연구에 활용할 수 있는 대표적인 자료원에 대해서 살펴보았다. <표 8>은 다양한 관찰연구 자료들의 잠재적인 출처를 나타낸 것이다.
비교효과연구는 자료와 적절한 관찰연구,방법론적 고려가 필요한데 이미 구축된 자료원과 관찰연구들도 활용할 수 있다. 쓸 수 있는 자료원을 들여다보면서 출처를 표시했다.