교육부는 학제개편 논의는 정치적 논리가 아닌 전문가의 시각으로 접근이 필요하고, 정책연구 시 해외 약학대학 학제 사례 및 약학 면허 관련 법규정에 대한 정확한 분석이 필요하다고 하였다. 약학대학 수업연한 결정 시, 국민보건의료 관점에서 약사가 되기 위해 필요한 지식 양의 변화와 약사의 역할변화에 따라 요구되는 직무역량 습득에 필요한 기간의 고려 등 본질적 차원에서 접근이 필요하다고 하였다. 단일 대안 선택 시 합의 도출에 어려움이 있고, 학생 및 학부모에게 선택권 부여가 갖는 의미, 대학별 교육여건(4대 요건 등) 차이 등을 종합적으로 고려한 신중한 접근이 필요하다고 하였다.
교육부는 학제개편에 대해 전문가적 접근과 해외 사례 분석, 수업연한 결정 시 약사에게 요구되는 지식의 본질적이고 신중한 접근이 필요함을 역설했다.