이 연구개발사업 추진의 법적 근거로 가장 용이하게 활용할 수 있는 「새만금사업 촉진을 위한 특별법」의 경우, 법률 적용의 지리적 공간이 새만금 사업지역으로 제한되는 한계33)가 있다. 이는 새만금 지역의 환경관리에 관한 제25조의 규정에서 환경관리의 대상을 법률에서 정한 ‘새만금 사업지역으로’ 제한하고, 이에 따라 수립하는 종합수질개선대책도 내부수 역 및 유역 중심으로 수립된 것에서 확인할 수 있다. 새만금 외해역 해양환 경관리 주무 부처인 국토해양부의 권한은 법 제25조의 제4항에 따라 “새만 금사업지역에서 배출되는 오염물질의 해양유입으로 인하여 새만금해역의 환경관리에 악영향의 우려가 있다고 인정되는 경우”에만 “관계 중앙행정기 관의 장 또는 전라북도지사에게 개선 또는 조치 등을 요구”하는 것으로 제 한된다.
이 연구개발사업을 추진하는데 가장 힘을 실어줄 수 있는 법은 「새만금사업 촉진을 위한 특별법」이다. 하지만 해당 법은 법률의 적용이 새만금 사업지역에만 제한되는 한계를 지니고 있다.