그러나 이 시기의 대화 시도는 카슈미르 내 극단 주의 분파의 반발로 무위로 돌아가게 된다. 라호르 정상회담의 결과에 불만을 가진 카슈미르 반군이 평화분위기 하에서 잠시 비워진 인도군의 진지를 점령했던 것이다. 이로 인해 카르길 위기가 촉발되었으며, 인･파 양측에서 1,220명의 사망자, 수천 명의 부상자가 발생했다. 이후 2001년 여름에 들어서 야 아그라 인･파 정상회담 등 관계 개선이 시도되었지만, 그마저도 2001년 12월에 인도 의사당 테러사건이 발생하여 무산되었다. 극단주의 집단에 대한 통제가 어려웠기 때문에 인･파 관계 개선 시도가 거듭되었음에도 교착 상태가 지속되었던 것이다.
다만 카슈미르 내 극단적 분파가 인도군 진지를 점령하자 대화는 기각되었다. 이로 인해 많은 사상자가 발생했으나, 극단주의 집단을 통제하지 못해 이후로도 교착상태는 지속되었다.