농가 개별단위로 나타나는 문제점은 다음과 같다. 첫째, 개별농가 축산분뇨 처리시설 현황 등의 전국적인 통합관리가 잘 안 되고 있는 점이다. 둘째, 분뇨처리시설 가동률 제고를 위한 농가 개별단위 대책이 미비한 상황이다. 셋째, 농가의 축산분뇨 관리에 대한 전문성이 낮은데도 시설공사 관리 및 정상적인 운영을 관리할 중간 수준의 전문기관이 없다. 넷째, 가축분뇨 관련 전문화 업체의 경우 책임의 부담이 있어 농가와의 공사계약을 기피하고, 결과적으로 대부분의 농가 대상 시설을 부실업체가 담당하여 농가의 불신을 초래하는 악순환이 계속되고 있다. 다섯째, 개별농가의 가축분뇨 처리시설에 대한 운영관리 및 감독에 한계가 있다. 여섯째, 가축분뇨를 자원화할 경우 축산농가는 가축분뇨를 처리하기 위하여 반출에 집중하는 반면, 경종농가는 가축분뇨를 처리해서 만든 퇴비와 액비의 품질에만 집중하는 등 축산농가와 경종농가 사이에 입장 차이가 있다.
농가 개별단위로 나타낼 시 각 농가의 축산분뇨 처리시설 관리와 운영, 감독이 어렵다. 또한 전문업체가 농가와의 계약을 기피해 부설업체가 담당하여 업체와 농가간의 불신이 생긴다. 그리고 가축분뇨를 자원화 할 때 축산농가와 경종농가의 입장차이가 있다.