분석 방법론으로는 경제학의 게임이론(game theory) 모형 중에서 국가 연구개발상황을 설명하는 데 적합한 주인-대리인 이론(principal-agent theory)을 활용하고자 한다(황석원 외, 2012:51). 평가 시스템을 설계하기 위해서는 서로 다른 평가 시스템 내에서 연구자의 행태를 고려해야 한다. 정책 설계자의 주관적인 판단에만 의존할 수 없기 때문에 현장 연구자들의 의견을 청취하는 것이 필수적이지만, 여기에만 의존하는 것도 한계가 있다. 각 연구자들의 관점이 각자의 경험에 국한되고 때로는 바람직한 내용만을 응답하려 하는 설문조사상의 편향성도 존재하기 때문이다. 따라서 본 연구에서는 연구자 대상의 설문조사에 기반을 둔 기존 연구들의 귀납적인 접근법을 보완하기 위해 평가 시스템을 설계하는 정책 담당자와 평가를 받는 연구자간의 선택 문제를 수리적으로 분석하는 연역적인 접근법을 시도한다.
국가 연구개발상황을 설명하기 위해 주인-대리인 이론을 활용할 수 있다. 본 연구에서는 평가 시스템 설계 시 편향성을 방지하고 적절한 의견 반영을 위해 연구자와 정책 담당자 간의 선택을 수리적으로 분석하는 연역적인 접근법을 도입한다. 