선정평가단계에서는 신청 과제에 대한 평가를 신규 평가 계획에 따라 “서면 평가”, “발표평가”, “현장방문평가”, “토론평가”, “혼합평가” 등의 형태로 운영하고 있으며 최근에는 평가위원회를 1박 2일 합숙평가를 실시하는 경우가 많다. 평가위원회는 사전 서면검토 결과 추가확인이 필요한 사항에 대하여 보완 요청을 할 수 있고 신청기관의 장은 사전 서면검토 결과에 대한 보완자료 및 의견을 제출할 수 있다. 위원장은 과제를 검토하고, 종합토론을 실시한 후 과제별로 전문성에 맞는 책임평가 위원을 지정할 수 있다. 과제의 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균 하여 계산한 후, 가점 및 감점을 반영한다. 단, 평가결과 가점 및 감점 요인이 조정된 경우는 조정된 사항을 반영한다. PD는 특별한 사정이 없는 한 평가위원회에 평가 전에 과제기획 의도를 설명하고 위원장은 평가위원의 의견을 반영하여 종합평가표를 작성한다(산업부, 2014a).
평가위원회는 서면 검토 후 추가적으로 확인해야 하는 부분에 관하여 보완을 요구할 수 있다. 위원장은 종합토론을 진행 한 후 과제별 책임평가 위원을 선정한다. PD는 평가가 이루어지기 전에 과제기획 의도에 대해 이야기하고 위원장은 종합평가표를 쓴다. 