우리나라 현대 과학의 역사를 살펴보면 60년대 과학자 집단의 형성 과정에서부터 정부의 역할이 주도적이었다. 이에 따라 학문의 자유보다는 규제와 간섭이 더욱 지배적이라는 것이 일반적인 견해이다. 이는 주로 대학의 기초 연구 지원과 관련된 과학자 집단의 끊임없는 자율성 확대 요구와 정부 및 연구 관리 기관의 관리 제도 사이의 오랜 대립에서도 단적으로 드러난다. 그러나 구체적으로 어떤 측면에서 학문의 자유도가 높지 않은지에 대한 실증적인 연구는 없으며 이 역시 그동안 우리나라 뿐 아니라 세계 적으로 ‘학문의 자유’가 선언적인 의미로 사용되어 온 것에 기인한다. 출연연의 경우 기관 고유 사업 비중의 증가는 외견상 연구의 자율성이 확대되는 것으로 비춰지나 연구 기획, 수행, 성과 활용, 평가 등 실제 운영 측면에서의 자율성도 보장된 것인지의 평가는 어려우며 해외 기관과의 비교도 어려운 실정이다.
우리나라 과학은 정부 주도의 발전이었다. 즉, 규제와 간섭이 심했다. 그러나 학문의 자유도가 떨어지는지에 대한 실증적 자료는 없다. 