시퀀싱장비의 대표 기업들은 Illumina, Life technologies, Pacific Bioscience, Oxford Nanopore technologies 등을 들 수 있다. 2008년을 기준으로 2세대 기술로는 Applied Biosystems, Illumina, Roche(454 Life Science), Helicos Biosciences 등의 기업이 대표적이었고, 3세대 기술로는 Pacific Biosciences, Complete Genomics, Oxford Nanopore technologies 등의 기업이 대표적이었다(조병성·김상우, 2009). 이 중 대표적인 기업의 기술인 2세대 방식의 Illumina와 3세대 방식의 Oxford Nanopore technologies를 중심으로 기술적 차이를 살펴보면 다음과 같다.
시퀀싱장비의 대표 기업들 중 2세대 기술 대표 기업 Illumina과 3세대 기술 대표 기업 Oxford Nanopore technologies의 기술 차이는 다음과 같다.