기본적으로 6년제 학부교육을 중심으로 하되 현재는 2006년부터 2017년까지는 대학이 자율로 약학대학 4년제와 6년제를 선택하여 운영하게 하고 있다. 이렇게 현재는 일본의 약학대학은 4년제인 연구약학대학, 6년제인 임상약학대학이 병존하고 있다. 일반적으로 일본의 4년제 약학대학을 졸업하면 약과학사(Bachelor of Pharmaceutical Science), 6년제 약학대학을 졸업하면 약학사(Bachelor of Pharmacy)가 된다. 그리고 이러한 학제 형태는 폐쇄형 운영 원칙을 적용하여 양 학제 간 이동이 2017년 이후에는 불가능하게 된다.
2006~2017년까지 일본은 약학대학 학제 자율 선택을 운영했다. 4년제 졸업 시 약과학사, 6년제 졸업 시 약학사가 되며 2017년 이후 학제간 이동은 불가하다.