이민형 외(2015)에 의하면, 일본 정부 R&D사업 추진도 정부연구기관들의 고유 기능을 인정하는 형태로 이루어지고 있다. 예를 들어, 문부과학성 산하 독립행정법인인 이화학연구소(RIKEN)의 2015년 예산은 842.1억엔으로 이 중 93.3%가 정부출연금(교부금과 보조금)으로 충당되고 있다. 이와 같이 정부로부터 확보한 R&D 재정을 활용하여 자체적으로 수행할 연구의 거시적 목표와 R&D사업들을 결정하며 배분된 연구비는 사업책임자의 주도로 집행하는 과정을 거친다. 경제산업성 산하의 독립행정법인으로서 환경˙에너지, 정보통신˙전자, 나노테크놀로지˙재료, 생명과학 등 6개 산업기술분야에 대한 R&D를 담당하고 있는 산업기술총합연구소(AIST) 또한 총 R&D 재정 885억엔의 71%를 정부 교부금으로 지원받고 외부수탁 수입은 16% 수준에 불과하다.
이민형 외(2015)에 의하면, 일본정부 산하 기관들의 R&D사업추진 예산은 외부  수탁 수입은 일부이고 대부분은 정부출연금이나 교부금으로 충당하고 있다고 밝혔다.