연구개발의 평가는 철학적 관점에서 평가는 실증주의, 탈실증주의, 실용주의로 구분할 수 있다. 실증주의 평가는 평가대상의 효율성을 강조하고 주로 계량적 방법론이 중시된다. 탈실증주의평가는 피평가자의 자기평가를 통해 프로그램을 개선하도록 유도하고 양적평가 보다는 질적평가 방법론을 선호한다. 실용주의 평가는 각 평가 대상의 차별화된 특성을 반영하여 적합한 평가방법론을 구현하는데, 평가대상에 따라 유연한 평가방법을 사용하고 다양한 평가방법론을 혼용하여 사용하는 경우가 많다. 기존 연구개발 평가에서는 실증주의 성향이 강했으나 성과창출의 불확실성과 비선형성을 고려하기 위해 실용주의적인 경향이 강조되고 있다.
연구개발 평가방법은 기존에 주로 쓰였던 계량적 방법을 중시하는 실증주의와 질적평가를 선호하는 탈실증주의, 최근 부상중인 평가대상의 특성에 따라 방법을 혼용하는 실용주의로 나뉜다.