총지출과 통합재정에 대비한 연구개발 예산의 투자 비중을 구해보면 다음의 <표4-3>에서 보는 바와 같다. 연구개발 예산은 총지출에 대비한 투자 비중보다 통합재정에 대비한 투자 비중이 더 높게 나타나는데, 이는 총지출은 통합재정과 달리 융자회수를 차감하지 않아 지출 규모가 더 크게 집계되기 때문이다. 2007년에는 총지출에 대비한 연구개발 예산의 투자 비중과 통합재정에 대비한 연구개발 예산의 투자비중이 각각 4.1%와 4.7%를 나타내었다. 이러한 정부재정 중 연구개발 예산의 비중은 그 이후 계속 높아져 2014년에는 총지출에 대비한 연구개발 예산의 투자 비중과 통합재정에 대비한 연구개발 예산의 투자 비중은 각각 5.0%와 5.4%로 높아졌다. 이러한 정부재정 중에서 차지하는 연구개발 예산의 투자 비중 증가는 그 동안 정부가 과학기술 연구개발에 대한 높은 우선순위를 부여하고 연구개발투자 목표치 달성에 각별한 노력을 기울여 왔기 때문이라고 하겠다. 하지만 최근 들어서는 정부재정에서 차지하는 연구개발 예산의 비중 증가의 추세가 둔화되거나 안정적인 상황으로 접어들고 있다. 이러한 현상이 나타나는 것은 우리나라의 연구개발투자가 절대 규모 면에서는 아직 기술선진국에 비해 작지만 경제 규모에 대비한 수준에서는 이미 선진국 수준에 도달해 연구개발 예산의 확대 요구가 완화되었기 때문이기도 하고 최근 복지수요의 증가로 인해 복지예산 편성이 우선되어 과학기술 연구개발에 투자할 정부의 재정 여력이 줄어들었기 때문이기도 한다.
<표4-3>에서 보는 것과 같이 정부는 과학기술 연구개발 예산의 비중을 점차 늘리며 연구개발투자에 노력을 가했다. 최근 연구개발 예산의 추세가 안정적인 이유는 우리나라의 연구개발투자가 기술선진국에 비해선 규모가 적지만 경제 규모와 대비하여는 선진국 기준에 도달하기 때문에 예산 확대가 완화되었고 최근 복지수요의 증가로 재정 여력에 영향을 준 것으로 보인다. 