셋째, BRC의 긍정적 기능에도 불구하고 국내 연구자들은 BRC 이용 시 여전히 어려움을 겪는 것으로 나타났다. 설문조사에서 국내 BRC의 생물자원이나 생명정보를 활용하는 연구자의 절반 이상이 생물자원 검색 및 활용 시 어려움을 겪었다고 응답했다. 연구자가 생물자원을 검색하는 단계에서는 “필요한 생물자원을 제공하는 BRC를 찾기 어렵다"라는 답이 가장 많았고, “제공 자원에 대한 특성 정보 부족", "상이한 분류체계로 인한 검색의 어려움" 등의 주요 장벽이 되었다. 생물자원을 활용하는 단계에서는 “생물자원의 양과 종류 부족”, “생물자원에 대한 정보 부족”, “생물자원의 품질 불만족” 등의 어려움이 존재하는 것으로 나타났다.
생산적인 기능에도 불구하고 연구자가 필요로 하는 생물자원을 제공하는 BRC를 찾기가 힘들다거나 생물자원의 양, 종류, 정보등이 부족하고 품질이 낮다는 등의 검색과 활용에 불만이 있었다.