통풍식 톱밥발효시설은 1차 발효조 바닥에 150L/min/㎥의 공기를 공급할 수 있는 송풍시설과 침출수 배수시설을 갖추어야 하며, 퇴비화 과정 중 작업자와 장비 등에 의해 퇴비더미가 진압되지 않도록 주의해야 한다. 또한 1차 발효가 완료된 퇴비를 퇴적장으로 운반한 후, 빈 발효조는 2일 정도 송풍을 하여 발효조 바닥의 원료 찌꺼기 및 수분을 제거하고 송풍시설의 막힘이 일어나지 않도록 관리해야 한다. 교반식 톱밥발효시설을 운영하기 위해서는 통풍식 톱밥발효시설과 마찬가지로 수분이 조절된 퇴비단에 150L/min/㎥의 공기를 공급할 수 있는 송풍시설과 침출수 배수시설을 갖추어야 한다. 발효조의 내용물을 혼합할 수 있는 시설 및 장비를 갖추어 1일 1~2회 교반작업을 실시해야 하고, 교반시설 장비의 주기적인 점검 및 보수작업이 이루어져야 한다.
톱밥발효시설은 퇴비단에 송풍시설과 침출수 배수시설을 마련해야 한다. 통풍식의 경우 퇴미더미가 진압되지 않도록 하고 발효조 송풍 관리에 유의해야 하며, 교반식의 경우 매일 발효조 교반작업을 실시해야 한다. 