보다 실질적 GMOs 규제의 전환점이 된 것은 1998년이다. 1998년 그간 묵과되었던 GMOs의 국내 수입 실태가 보도되고 생명안전․윤리 연대모임과 같은 시민 모임을 중심으로 GMOs의 안전성에 대한 문제 제기가 계속되면서 국내 여론은 GMOs의 잠재적 위해성, 소비자의 알 권리 등에 주목하기 시작한다(이병량․박기묵, 2006). 이에 대응하기 위하여 정부는 1999년 실험실에 국한되지 않는 보다 근본적인 GMOs의 유통과 소비에 관한 규제안을 제시했다. 농림부는 1999년 1월 「농수산품질관리법」을 제정하여 유전자변형작물 여부를 표시할 법적 근거를 마련하였고, 11월「유전자변형 농산물 표시요령」(안)을 입법예고했다. 그럼에도 불구하고 국내 시민사회에 존재하는 GMOs 표시제에 대한 불신에 대해 식품의약품안전청은 시중 유통되는 GMOs의 안전성은 이미 입증된 것이라는 입장을 밝혔다(이병량․박기묵, 2006).
1998년 GMOs의 실태가 보도되면서 시민 사회와 여론은 GMOs의 안전성에 의문을 제기했다. 이에 정부는 1999년, 법적으로 GMOs 표시제를 추진했지만 시민 사회는 이를 불신했고, 식품의약품안전청은 GMOs가 안전하다는 입장을 고수했다.