기본계획과 예산 투자의 체계적인 연계 부족뿐만 아니라 기본계획에서 제시한 전략적 계획 내용에 대한 예산 투자 모니터링도 체계적으로 이루어지지 못하고 있다. 현재 예산 투자 모니터링은 조사분석사업을 통해 단지 세부과제 단위의 조사분석을 통해 사후적으로 기본적인 정보 부문에 대한 포괄적 수준에서의 투자 모니터링 정보가 피드백되고 있다. 따라서 전략적 방향으로 예산 투자가 적절히 이루어지고 있는가에 대한 체계적인 정보 창출과 관리가 이루어지고 있지 않으며 개략적인 수준에서 기본적인 정보 수준에서의 모니터링이 이루어지고 있다. 따라서 전략분야 등 프로그램 수준에서의 예산 투자 모니터링 정보 창출이 필요하며 이를 위한 조사분석사업의 개선이 필요하다.
현재 예산 투자 모니터링은 기본계획과 체계적 연계가 부족하며 모니터링도 제대로 되지 않고 있다. 따라서 전략적으로 체계관리가 있어야 하며 개선이 필요하다.