다음으로 나노기술 영향평가는 미래부-KISTEP에서의 TA나 농식품부-농기평에서의 TA와는 매우 상이한 방식을 띄고 있다. 평가대상이 되는 기술에 대한 기술성, 경제성, 사회적 효과를 종합적으로 분석하는 방식이 아니라 나노기술 영향평가를 수행하는 국가나노기술정책센터에서는 하나의 보고서에서 ELSI나 EHS와 같은 내용을 심층적으로 분석하는 방식을 채택하고 있다. 이것은 나노기술에 대한 종합적인 분석내용을 담은 TA가 이미 KISTEP에서 세 차례나 수행된 이후, 최근 미래부 산하에 국가나노기술정책센터가 설립되었기 때문에 기술성, 경제성, 사회적 효과 등 각각에 대해 보다 심층적인 분석을 하게 된 것으로 보인다. 현재 미래부-KISTEP의 방식이 종합분석서와 같은 특징을 지니고 있기 때문에 일각에서는 보다 심층적인 분석에 대한 요구들도 제기되고 있는데, 이러한 요구들을 충족시킬 수 있는 방안 중 하나가 바로 나노기술 영향평가의 제도화 과정처럼 특정 분야에 특화된 전담기관에서 실시하는 보다 심층적인 후속연구들이 될 수도 있을 것으로 보인다.
나노기술의 종합적 분석은 KISTEP에서 수행되었기 때문에 국가나노기술정책센터는 나노기술 영향평가에 대해 하나의 보고서에서 ELSI와 같은 내용을 심층 분석하는 방식으로 하는데, 종합 분석에 대한 심층 분석 요구는 특화된 전담기관이 실시하는 방식으로 충족시킬 수 있을 것으로 보인다. 