평가 모형을 실용적으로 활용하기 위해서는 단순한 모델로 사용해야 하는데, 이는 불확실 성을 높일 수 있다. 불확실성에 대한 다양한 원인을 파악하는 것은 전체적인 불확실성을 낮추는 데 중요하며, 나아가 추정치의 정확성을 높일 수 있다. 건강 위해성 평가에서 불확실 성은 대부분 CR함수 및 노출 정도의 예측에서 발생한다. 게다가 이러한 불확실성 요인이 인지되지 못하는 것 자체가 주요한 불확실성이 될 수 있다. 이러한 불확실성에도 불구하고 건강 위해성 평가는 정책 결정자에게 있어 유효하고 유용한 결과를 제공한다. 불확실성은 건강 위해성 평가 결과를 활용하는 자에게 있어 인지되고 이러한 불확실성이 최종 결과물을 어떻게 변화시킬 수 있는지에 대해서 알려져야 한다. 불확실성의 다양한 요인에 대한 민감 도 분석(Sensitivity Analysis)은 정책 결정자가 건강 위해성 평가 결과를 정책적으로 활용 할 시 주요 고려 사항이 무엇인지를 파악할 수 있게 한다.
건강 위해성 평가는 각종 불확실성을 갖고 있지만, 정책 결정에 효과적이기 때문에 민감도 분석에 따라 담당자에게 정보를 전달해야 한다.  