현재 상수원의 수질 보호를 위한 제도는 특별대책지역, 수변구역, 상수원보호구역, 환경정비구역 등 네 개 구역으로 구분하여 관리되고있다(국민권익위원회, 2012). 특별대책지역은 환경부장관이 수질보전을 위해 환경오염이 우려되는 지역을 지정(환경정책기본법 제22조)하여 현재 팔당호 주변과 대청호 주변의 두 개 권역에 지정되어 있다. 수변지역은 오염물질이 상수원에 직접 유입되는 것을 차단하여 상수원의 수질을 개선하고 생태계를 보전하기 위해 하천 인접지역에 설정하는 일종의 완충지대로, 4대강 수계법 각 제4조에 의해 환경부장관이 상수원으로 이용되는 댐과 그 상류지역 중 수질에 미치는 영향이 큰 지역34)을 수변구역으로 지정할 수 있다. 하지만 현재까지의 지정 현황은 한강수계 190.2km2, 낙동강수계 338.4km2, 금강수계 372.8km2, 영산강수계 298.6km2 로 총합이 전체 국토 면적의 1.1%를 차지하고 있다.
현재 상수원 수질 보호를 위해 네 개 구역으로 구분하여 관리중이다. 이 중 특별대책지역은 현재 팔당호/대청호 주변 두 개 권역에 지정되어 있고, 수변지역은 상수원 수질 개선 및 생태계 보전을 위한 완충지역으로서 적합지역에 지정된다.