기초연구사업 중 신진 및 중견연구지원사업을 대상으로 연구의 연계성 강화 및 성과지향적 과제 수행 유도를 위해 2012년부터 우수 종료과제에 대한 후속 및 연계지원제도를 운영 중에 있다. 종료과제 중 우수연구성과가 도출된 과제에 대해 연구목표 달성도 및 연구성과를 기반으로 한 성과평가를 통해 과제를 선정하여 후속지원은 종료과제 대상 상위 15~20% 이내 수준의 우수성과를 창출한 과제에 대해 추가 3년간 지원하도록 하고 있으며 연계지원은 후속지원 종료과제 대상으로 상의10% 이내 수준의 우수성과를 창출한 과제에 대해 차상위 사업에서 추가 3년간 지원한다(미래부, 2015b).
신진, 중견연구지원사업 우수 종료과제에 대한 후속지원은 추가 3년간, 연계지원은 후속지원 우수 종료과제를 대상으로 추가 3년간 지원한다.