그렇지만 아직까지 우리나라에서는 의료관련감염병에 대한 정책을 책임지고 이끌어 갈 주무부서가 없이 여러 부서에서 의료관련감염병에 대한 정책을 운영하고 있는 실정이다. 즉, 보건복지부 내의 의료정책과, 질병정책과 등에서 일부 정책을 담당하고 있고, 질병관리본부 내에서도 감염병관리과, 감염병감시과, 약제내성과 등에서 해당 부서가 수행하던 업무의 연장선상에서 의료관련감염병에 대해 대처하고 있다. 그러나 본 연구에서 살펴본 여러 사례들에서 알 수 있듯이, 의료관련감염병과 항생제 내성에 대한 문제는 장기적인 청사진을 가지고 일관된 방향으로 이를 개선하기 위한 노력을 기울이지 않으면 해결하기 어려운 문제이다. 따라서 정부 내에서 의료관련감염병과 항생제 내성에 대한 감시, 관리를 담당할 주무부서가 구성되고 이를 통해 의료관련감염병의 예방, 관리에 대한 positive feedback 제도의 마련, 항생제 사용 및 감염 관리를 전담할 인력의 양성 및 전문가 자격 인증, 장기적인 관점에서의 보험제도 개편 등을 추진할 필요가 있겠다.
현재 국내에선 의료관련감염병의 정책을 여러 부서에서 운영하고 있다. 그러나 의료관련감염병과 항생제 내성에 관한 문제는 장기적인 관점에서 한 가지 태도로 개선하기 위해 노력하지 않으면 해결하기 쉽지 않다. 따라서 정부는 이를 담당할 주무부서를 구성하고, 제도를 마련해야 한다.