셋째, 정부 R&D 관련 정부조직 및 집행조직 거버넌스의 개선방향성을 바탕으로 현행 분권화된 국가과학기술정책 총괄기구의 기능을 강화하기 위하여 국가과학기술심 의회, 국가과학기술자문회의, 과학기술전략회의의 기능을 통합한 국가과학기술정책 총괄기구 신설을 전제로 이를 지원하는 전담부처 설치 여부에 따른 조직 재편 대안을 제시하였다. 제 1안은 전담부처를 신설하는 방안으로 집행기능을 배제하고 정부 R&D 전략기획 및 정책조정 기능 중심으로 재편함으로써 R&D 전략기획 및 정책조정 기능과 예산기능을 분화하는 방안이며, 소관부처별 분권화된 정부 R&D 사업 기능을 유지하여 조직의 안정성 유지를 강화하는 효과를 기대할 수 있다. 제 2안으로는 전담부처 신설 대신 분권형 체제로 가는 방안으로서 전담부처를 두지 않을 경우 과학기술 분야 관련 중앙행정기관의 조직 재편방안을 제시하였다, 아울러 정부 R&D 전략기획 기능을 강화할 수 있도록 정부(연구관리 전문기관) 중심의 전략기획 기능 강화와 국가과학 기술연구회(대학, 기업, 정출연 포함) 중심의 사업기획 체제강화를 위한 방안 및 과학 기술 분야 원로그룹(한림원)의 역할과 기능 재편방안을 제시하였다.
셋째, 분권화된 국가과학기술정책 총괄기구의 기능을 강화하기 위하여 기능을 통합한 국가과학기술정책 총괄기구를 신설과 조직 재편 대안을 제시하였다. 제 1안은 집행기능이 없는 전략기획 및 정책조정 기능 중심의 전담부처를 신설하는 방안이고 제2안은 전담부처를 신설하지 않고 분권형 체제로 가는 방안이다.