전략환경평가에 관해서도 위에서 언급한 내용이 동일하게 적용되는데 이와 더불어 전략환경평가의 가장 큰 문제점은 검토 및 협의 체계가 환경영향평가와 동일하게 유지되고 있다는 점이라고 할 수 있을 것이다. 이는 계획수립권자가 타 부처의 검토 과정을 통하여 계획내용이 사후에 조정된다는 것에 큰 거부감을 갖고 있기 때문이다. 계획이 수립된 후, 그 내용에 대한 전략환경평가 시행은 평가 후 수정 과정을 거칠 수 있다는 부담이 제도에 대한 반대로 이어지는 결과를 초래한다. 따라서 전략환경평가가 실효성을 갖기 위해서 관련 부처는 각자의 입장에서 현재의 틀을 깨고 양보하는 자세가 필요하다.
전략환경평가의 경우에도 전술한 내용과 다름없이 적용되는데  가장 문제가 되는 점은 검토 및 협의 체계가 환경영향평가와 같이 유지되고 있다는 점이다.