또한, 1980년대는 공공연구기관들이 수행하고 있는 R&D사업들과 별개로 개별 정부부처들의 R&D사업이 형성되기 시작한 시기이기도 하다. 예를 들어, 출연(연)을 통폐합하는 대신 1982년 당시 과기처의 특정연구개발사업이 신설되었고 1987년 당시 상공부의 공업기반기술개발사업이 신설되었다. 그 이후 당시 정통부와 보건복지부, 환경부 등의 자체 R&D사업이 계속 신설되면서 2013년에는 약 31개의 정부부처가 자체 R&D사업을 운영하기에 이르렀다. [그림 2-5]는 1980년대 이후 자체 R&D사업을 운영하고 있는 정부 부처·청의 변화를 보여준다. [그림 2-5]를 살펴보면, 정부 R&D사업 구조의 형성 초기에는 과기처와 상공부 등 모든 기술영역에 대한 지원을 담당하는 이른바 종합지원부처 중심으로 R&D사업이 신설되고 이후 정보통신과 보건, 환경, 건설교통 등 특정 문제해결 영역을 담당하는 고유사업부처들의 R&D사업들이 신설되는 방향으로 발전해왔음을 알 수 있다. 이러한 변화과정에서 정부부처 간의 역할 분담이 명확하게 이루어지는 방향으로 이루어지지는 못한 것으로 평가된다. 즉, 종합지원부처들로부터 특정 문제해결 영역을 담당하는 고유사업 부처로 해당 R&D사업들이 이관되는 방식으로 정부 R&D사업들이 분화 발전하지 않은 것이다. 오히려 정부 R&D예산이 빠르게 증가했던 시기에, 종합지원부처들이 담당하고 있는 특정 문제해결 영역과 중복되지 않거나 중복되는 경우에는 기초응용과 개발 등 기술개발 단계 상 차별적인 역할을 담당하는 방향으로 고유사업부처의 R&D사업들이 신설되는 양상으로 발전해왔다. 정부 R&D사업의 이러한 발전과정은 종합지원부처와 고유사업부처의 기능과 역할이 중복적이고 경쟁적일 수밖에 없는 태동적 원인을 제공해오고 있다. 그 결과 각 정부 부처 산하 공공연구기관의 기능과 역할 또한 당연히 중복적이고 경쟁적인 모습으로 변화될 수밖에 없었던 것으로 평가된다.
1980년대부터 정부부처들이 R&D을 시작하여 2013년 정부부처들이 31개의 사업을 운영하게 되었다. 초기에는 종합지원부처 중심이었으나, 이후에 고유사업부처들 중심으로 바뀌었다. 이 과정에서 부처들 간의 역할 분담이 사라지고 중복되는 일이 생겼다. 그 결과 산하 연구기관들은 역할과 기능이 중복된 채로 경쟁하고 있다.