새만금 외해역의 수질은 환경정책기본법 시행령 개정으로 시행하고 있는 해역수질평가지수(WQI: Water Quality Index)를 적용하더라도 II등급 이내 의 양호한 상태를 유지하고 있다. 해역수질평가지수는 저층 용존산소(DO), 투명도, 식물플랑크톤 농도, 용존무기질소 농도, 용존무기인 농도를 종합평가하는 틀로서 생태계 기반 해양환경관리 실현을 목적으로 한다. <그림 2-8>을 보면, 새만금 외해역인 전주포 연안의 수질평가지수는 2004년부터 2011년까지 매년 I등급(매우 좋음) 또는 II등급(좋음) 수준을 유지하고 있다. 이는 금강하구보다 양호하며, 외부압력이 작은 고창연안과 비슷한 수준이다.
새만금 외해역의 수질은 2004년부터 2011년까지 매년 해역수질평가지수 2등급 이내의 양호한 상태를 유지하고 있다. 