반면, 출연(연)은 현재 정부 R&D 사업구조에 종속되어 있기 때문에 정부 R&D 사업구조가 혼란스러운 경우 출연(연)의 R&D 사업구조 또한 그 영향을 받을 수밖에 없다. 출연(연)을 총괄 관리하고 있는 국가과학기술연구회(연구회)의 역할 또한 제한적이기 때문에 출연(연)의 역할 재정립 문제를 해결하기에는 한계가 있다. 출연(연)이 각 해당 영역에서 국가 거점연구기관으로서 역할을 수행하기 위해서는 현 출연(연) 체제를 유지한 상태에서 문제해결 중심의 연구사업단 체제를 도입하여 운영하는 것이 필요하다. 각 연구사업단은 해당 문제해결을 위한 허브 역할 즉, 분야 내 국가적 컨트롤 타워 기능을 수행하며 자체적으로 연구개발을 수행할 뿐만 아니라 대학 및 산업계의 정부 연구개발을 통합적으로 관리하는 역할을 담당하도록 해야 한다. 국가 거점연구기관으로서 출연(연)의 연구사업단 체제의 개념도는 [그림2-8]과 같을 것이다. 물론 이러한 연구사업단 체제가 효과적으로 작동하기 위해서는 1차적으로 연구거점 중심으로 정부 R&D 예산이 배분되고 조정되어야 하는 전제조건이 충족되어야 한다.
정부 R&D 사업구조가 혼란스러운 경우 출연은 영향을 받게 된다. 국가 거점연구기관으로서 역할 수행을 위해 연구사업단은 해당 문제해결을 위한 허브 기능을 수행하고 대학 및 산업계의 정부 연구개발을 통합 관리하는 역할을 맡아야  하며 1차적으로 연구거점 중심으로 예산이 배분되고 조정되어야한다. 