최종 평가는 최종보고서의 내용을 검토하여 당초 계획대비 최종목표의 달성 여부 및 사업화 가능성 등을 확인한다. 제출된 최종보고서 내용의 확인을 위해 면담조사 또는 수행기관에 대해 현장실태조사를 실시할 수 있다. 이때, 진도점검을 실시한과제의 경우 진도점검 결과를 최종평가를 위한 현장실태조사로 갈음할 수 있다. 현장실태조사 또는 기술분야별 평가위원회를 개최하여 평가할 수 있다. 이때, 평가대상 과제수를 고려하여 기술분야를 통합하여 평가위원회를 운영할 수 있으며, 사업별 특성을 반영하여 평가 절차를 달리 정할 수 있고, 필요 시 성과제고를 위해 기술성평가와 사업화평가 등 평가단계를 분리하여 실시할 수 있다. 최종평가 결과 90점 이상인 과제는 “혁신성과”, 90점 미만 70점 이상은 “보통”, 70점 미만 60점 이상은 “성실수행”으로 구분하고, 60점 미만의 과제는 “불성실 수행”으로 구분한다(산업부, 2014a).
최종 평가는 최종목표의 달성 정도와 사업화 가능성을 판단한다. 최종보고서 내용 확인을 면담조사, 현장실태조사를 실시할 수 있다. 진도점검을 실시한 과제는 진도점검 결과를 현장실태조사로 대체한다. 또는 기술분야별 평가위원회를 열어 평가할 수 있다. 