또한 지금의 부처 간 역할 중복 상황에서 부처 간의 정책협력은 대부분 사업 수준에서의 연계협력을 필요로 한다. 그러나 부처별로 사업을 추진할 경우 각기 독립적인 사업들 간의 연계 협력을 추진하기는 어렵다. 부처 간 공동연구사업을 추진하더라도 각기 연구 사업을 독립적으로 추진할 경우에는 사업 간 연계협력이 어렵다. 따라서 사업의 성과 제고를 위해서는 부처 간 사업의 연계협력보다는 하나의 부처에서 책임 있게 사업을 추진하도록 하는 전주기 사업구조 형태가 바람직하다. 이것은 앞서 제시한 부처 간 역할 구조 변화와 함께 추진된다면 새로운 정부 연구개발사업 구조 형태로 변화될 수 있다.
사업의 성과 향상을 위해서는 개별 부처들이 독립적으로 진행 중이던 사업을 단순하게 연계시킬 것이 아니라 하나의 부처가 주도하여 책임 있게 사업을 진행시키는 것이 필요하다.