투자의 효율성은 제한된 자원의 적절한 배분과 관련된 효율적인 사업구조의 형성과 관련되어 있다. 이를 위해서는 정부 정책의 목적 및 정부 연구개발사업의 전략적 목표에 대응한 적절한 자원배분이 이루어지도록 하는 것이 중요하다. 즉, 연구 자원이 개별 사업단위로 직접적으로 흐르기보다는 전략적 목표의 중요성에 따라 자원의 투자 비중이 나누어지고 이는 다시 목표 달성과 관련된 개별 사업으로 자원이 적절히 흘러갈 수 있도록 해야 자원 배분에서 효율성을 높일 수 있다. 이것은 전략, 정책목표와 사업을 연계시키는 목적 적합성의 확보가 중요함을 의미한다. 그리고 그 과정에는 여러 요소들이 관련되어 영향을 미친다.
투자의 효율성은 자원의 배분과 연관된 사업구조와 관련된다. 이에 정부 정책에 맞게 목표달성과 관련된 사업으로 자원이 가도록 해야 하는데, 여기에서 목적 적합성 확보가 중요하다.