하이브리드 방식은 공통적으로 EEDI를 기준선으로 고려하며, EEDI에 GHG Fund 개념과 ETS 개념이 추가되는 형태를 가진다. 일본이 제안한 EIS가 EEDI와 GHG Fund 개념이 혼합된 유형이고, 미국이 제안한 SECT가 EEDI와 ETS가 합쳐진 유형이다. 시장기반조치 제도 운영 중 EEDI와 ETS를 함께 고려하는 SECT가 가장 복잡한 형태라 할 수 있다. SECT는 복잡성 증가에 따른 불확실성 또한 큰 형태이기도 하다. 반면에 일본이 제안한 EIS는 저탄소․고효율 선박에 대한 인센티브를 제공할 수 있어, GHG Fund의 단점을 보완할 수 있는 형태라 할 수 있다. 하지만 하이브리드 방식의 공통적인 문제점은 EEDI 측정의 어려움에 있다. EEDI를 고려한 시장기반조치는 이론적˙논리적으로는 매우 합리적인 대안이 될 수 있으나, 현실적인 활용 측면에서는 불확실성이 존재한다.
일본의 EIS는 EEDI와 GHG Fund가 혼합된 유형으로 저탄소 고효율 선박에 대해 인센티브를 줄 수 있고  미국의 SECT가 EEDI와 ETS가 합쳐진 것인데 복잡해서 불확실성이 크다. 공통적 문제점은 EEDI 측정의 어려움이다.