본 절에서 제시하는 시장구조 또는 산업세분화 접근은 생산물시장에 대한 분석을 목적으로 시작된 접근이기 때문에 본 연구에서와 같이 무형의 연구개발결과물의 흐름 및 거래라는 연구시장 세분화와 연구개발사업구조 도출에 적용하기에는 근본적 한계가 있다. 예를 들어 제품차별화 측면에 있어서도 연구개발결과물이 차별화 되는 특성을 구조적으로 선별하기에 어려움이 있으며, 지식의 외부효과에 의해 관련 지식의 가치사슬, 가치네트워크를 구분해내는 기준이 모호한 측면이 있다. 또한 향후 성장할 연구시장을 고려해 산업세분화를 한다 하더라도 연구개발활동에 의해 산업구조가 변화할 수 있으며 ([그림 3] 참조) 또한 정부연구개발사업이 이루어져야 하는 영역은 미성숙한 산업 영역이기 때문에 이미 성숙한 산업과 비교할 때 그 구조적 변화는 지속적으로 발생할 것이다. 본 절에서 검토한 산업세분화 접근은 현재 상태에서의 특성을 중심으로 하기 때문에 동적인 산업 변화를 반영하는데 한계가 있다. 연구개발사업을 기획하는 입장에서는 불필요한 경쟁을 막기 위해 산업세분화가 필요하지만, 인위적 구획화로 인해 오히려 지식의 융·복합화를 저해할 수 있다는 점도 한계로 볼 수 있다.
본 절의 접근은 연구시장 세분화와 연구개발사업구조 도출에 적용하기는 어렵다. 차별화되는 특성을 선별하기 어렵고, 가치네트워크를 구분해내는 기준이 모호하며, 산업세분화를 한다 하더라도 산업구조가 계속 변화할 수 있다. 또한 동적인 산업 변화를 반영하는 데 한계가 있으며, 지식의 융·복합화를 저해할 수도 있다.