행정관청은 대법원에 상고하면서, 청년유니온14와 실질적으로 같은 조직인 서울청년유니온 노동조합에 대한 설립신고가 완료됨에 따라 이 사건 설립신고 반려처분의 취소를 구할 법률상 이익은 존재하지 않는데도, 이러한 사정을 직권으로 탐지하여 소를 각하하지 아니한 원심판결이 위법하다는 취지로 주장하였다. 그러나 대상판결은, “서울청년유니온 노동조합이 원고(청년유니온14)와 실질적으로 같은 조직으로서 그에 대한 설립신고가 완료되었다는 점을 알 수 있는 자료를 전혀 제출하지 아니한 이 사건에서, 원심이 피고의 주장과 같은 사정을 직권으로 탐지하지 아니하였다고 하더라도, 소의 이익에 관한 판단을 누락한 위법이 있다고 할 수 없다”고 하여 행정관청의주장을 받아들이지 않았다.
행정관청은 상고하며 서울청년유니온 노조의 설립신고 반려처분 취소에 법률상 이익이 없음에도 위법임을 주장하였다. 그러나 대상판결은 청년유니온14와 같은 조직으로 인정하며 위법이 아니라는 판결을 했다.