2006년 TA는 관계부처와 시민단체 등의 추천을 통해 대상기술선정위원회와 기술영향평가위원회, 기술별 전문분과위원회를 구성·운영하였으며 기술전문분과는 기술분석소위원회와 영향평가소위원회로 구성되었다(박병원 외, 2007). 기술분석소위원회는 기술동향 분석 및 핵심이슈를 도출하며 영향평가소위원회는 사회적 파급효과 분석, 정책제언을 담당하였다(박병원 외, 2007). 또한 2006년부터 대상기술 선정위원회를 구성하여 대상기술을 선정하였으며 사회의 수용성 제고를 위하여 일반시민의 참여를 높이기 위해 UCT에 한하여 시민공개포럼을 시범 실시하였다(박병원 외, 2007).
TA는 대상기술선정위원회·기술영향평가위원회·기술별 전문분과위원회를 운영하며 사회의 수용성과 시민 참여를 위해 UCT에 제한해서 시민공개포럼을 시험적으로 실시했다.