이와 같이 어촌공동체는 수산업을 기반으로 공동생산․공동분배의 협동적 관계로 발전해 왔으나 사회․경제적 여건변화로 개인의식이 강해지고, 사익(私益)이 더 우선하게 되면서 다양한 형태의 갈등이 표출되거나 심화되고 있다. 최근 나타나고 있는 어촌공동체의 갈등문제는 민․형사상의 고소․고발로 법정까지 가는 등 사회갈등으로 확산되는 경우도 빈번하게 나타나고 있다. ‘가로림만 조력발전소’와 ‘제주 강정마을 해군기지’ 갈등은 우리사회의 대표적인 공공갈등으로 알려져 있으나 그 밑바탕은 어촌계 간, 어촌계와 마을 간 갈등에서 촉발되어 확산되었음을 알 수 있다. 이러한 갈등문제는 일회성 보다는 장기간에 걸쳐 반복․심화되는 경향을 나타내고 있으며, 이는 어촌공동체의 결속력과 어촌지역의 지속적인 발전에도 큰 위협요인이 되고 있다. 최근에는 어촌지역 활성화를 위해 정주환경개선 뿐만 아니라 유통․가공과, 관광에 이르기까지 다양한 사업이 추진되고 있다. 하지만 어촌공동체의 내․외부 갈등이 제대로 관리되지 않아 더 심화되는 문제점이 나타나고 있다.
어촌계와 마을 간 갈등에서 촉발된 ‘제주 강정마을 해군기지’ 갈등처럼 최근 어촌공동체의 갈등문제는 사회갈등으로 확산되는 일이 많아지고 있다. 이런 갈등은 장기간에 걸쳐 반복․심화되는 경향을 보여 어촌공동체의 결속력과 발전에 큰 위협요인이 되고 있다.