둘째, 우리나라 국가 R&D 사업의 생산성을 저해할 수 있는 주요 요소로는 전략기획과 사업기획의 혼재에 따른 정부 R&D 관련 중장기 전략 부재와 R&D 사업 선정시 사업의 특성을 무시한 키워드 중심의 중복성 심사, 평가제도의 문제점, 연구기관(연구자)들에 대한 자율적 연구환경의 악화 등이 제시되었다. 그동안 행해진 과학기술기본계획이 중장기 전략으로서의 의미가 아닌 정권 중심의 R&D 전략 방향성을 구현하는 방법으로서 행해졌으며, 예산 시스템 등의 한계로 이러한 문제점이 제기된 것으로 보인다. 또한 복잡한 평가체제로 인해 연구의 자율성이 침해되고 양적 성과지표에 얽매여 전략적 목표를 달성하는 데 어려움이 존재한다.
우리나라 국가 R&D사업 저해요소는 예산 시스템 한계와 전략·사업기획 혼재로 인한 정부 중장기 전략 부재, 키워드중심 중복성 심사, 복잡한 평가제도로 인한 연구 자율성 침해 등이 있다.