지하수 고갈과 오염 문제는 농업과 깊은 관련성이 있다. 농업에서는 관개용수를 공급하기 위해 상당한 양의 지하수를 개발하며, 비료와 농약을 사용하는 비점오염원으로 지하수를 포함하여 광범위한 수계오염을 일으킨다. 이와 같은 지하수 문제는 오염원을 관리하는 농업 정책과 지하수 보전·관리 정책을 동시에 추진함으로서 해결할 수 있다. 또한 비점오염원에 의한 지하수 오염은 지표수의 수질 및 생태와 연계되어 있으므로, 유역의 수리·수문 순환계 고려하여 통합 관리하는 효과적인 정책이 필요하다. 특히 하천이나 하안에 인접한 수변지역의 지표수지하수 혼합대(Hyporheic zone) 관리방안에 관한 정책이 구축되어야 한다.
지하수 고갈과 오염 문제를 해결하기 위해선 농업 정책과 지표수지하수 혼합대 관리 정책을 동시에 시행해야 한다.