또한 KOSBIR사업의 운영은 대상사업의 선정기준이 미흡하다는 지적이 있어 중소기업청은 ‘KOSBIR 제도 실효성 제고방안(2014.8)’을 발표하였다. 대상사업 선정기준을 구체화하여 실제 중소기업 지원에 효과가 있는 사업만을 KOSBIR 대상사업으로 인정하는 방안을 추진 중이다. 현재의 범위는 중소기업기술혁신 촉진법에서 대상사업을 ‘출연 보조’에 한정하고 있으나, 계약방식의 포함이 가능토록 출연 보조 등으로 개정할 계획이다. 선정 기준 또한, 시행지침에서 ‘중소 지원이 가능한 모든 R&D사업’을 포함 가능토록 하고 있으나, 시행령을 개정하여 구체적인 기준을 마련할 것으로 발표하였다.
중소기업청은 ‘KOSBIR 제도 실효성 제고방안'을 통해 대상사업 선정기준 구체화, 범위 개정, 시행령 계정을 통한 구체적인 선정 기준을 마련을 발표하였다.