현재 제 2 층위는 형식적으로 수평적 거버넌스 구조로 설계되어 운영되고 있지만 예산과 정책의 조정측면에서는 실질적으로 수평적 거버넌스 조직체계로 운영되고 있지 못하다. 이를 극명하게 보여주는 사례는 국가 과학 기술심의회의 형해화와 2016년 Ad-hoc 조직인 과학 기술 전략 회의의 설치이다. 또한 제2층위에서는 예산편성과 정책 조정의 기능이 이원화되어 있다. 주요 R&D에 대한 예산배분･조정의 권한은 국가 과학 기술 심의회의 사무국 기능을 담당하는 미래 창조 과학부(과학기술전략본부)에 속해 있고, 예산편성권은 기획재정부에 속해 있다.
제2층위는 형식적으로 수평적 거버넌스 구조이지만 예산과 정책의 조정측면에서는 실질적으로 그렇지 않으며 기능도 이원화되어 있다.