또한 모형 간 비교, 즉, 학생 및 학교 수준 배경 변인인 학생 성별과 학교의 사회경제적 특성에 따른 학업성취 향상 지표들을 비교하면 먼저, 모형 1과 모형 2에서 학생 성별이 학업 성취 향상 지표에 미치는 영향을 살펴볼 수 있다. 학생 3과 4, 5와 6, 11과 12는 각각 같은 초기 성취 수준과 학업성취 향상률의 값을 갖지만, 학생 성별을 통제하지 않은 모형 1의 값보다 학생 성별을 통제한 모형 2의 값이 남학생들에서는 감소하였으나, 여학생들에서는 증가하였다. 또한 모형 3은 학교의 기초생활수급 대상자 비율을 통제하였으며, 모형 2는 통제하지 않았다. 기초생활수급 대상자 비율도 학업성취 향상 지표의 값에 학생 성별만큼은 아니지만, 영향을 미치고 있음을 알 수 있다.
모형 간 비교를 통해 학생 성별이 학업 성취 향상 지표에 미치는 영향을 알 수 있고, 기초생활수급 대상자 비율도 학업성취 향상 지표의 값에 영향을 미치고 있음을 알 수 있다.