그러나 정부의 적극적인 노력에도 불구하고 자체･외부 평가의 한계는 여전히 존재한다. 먼저 자체 평가의 경우, 평가위원회에 포함된 외부 전문가가 해당 분야의 전문가이기는 하나 평가 전문가는 아니라는 문제를 가진다(김명수, 2005). 이들은 정책 평가 이론에 근거한 심도 있는 분석보다는 주로 관찰 혹은 통찰에 의한 평가를 수행한다는 한계를 지닌다(노화준, 2015, p.490; 노유진, 2005, p.260). 또한 정책의 집행 주체가 중심이 되는 평가라 하더라도 결국 평가 대상 과제 선정, 기준, 평가 방법 등의 주요 내용은 국무조정실의 지침을 따르는 것이므로(노유진, 2005, p.263), 실무 부처가 실제 필요로 하는 또는 원하는 방향의 평가가 이루어졌다고 보기 어렵다. 그리고 평가 전반에 걸쳐 부서 간, 부처 간, 지자체 간 서열을 결정하는 방식으로 평가 결과가 제시되는 점(노유진, 안문석, 2004, p.242)은 자칫 부정적인 방향으로 작용할 수 있다. 물론 객관적인 평가결과와 연동된 인센티브는 정책을 효과적으로 작동시키는 순기능을 갖는다. 그러나 지나친 실적주의･경쟁주의 분위기를 야기할 수 있으며, 평가 결과를 잘 받기 위하여 의도적으로 잘되고 있는 점을 부각시키거나(윤수재, 임동진, 2009, p.112), 평가의 근거가 되는 정보의 노출을 왜곡시킬 수 있다. 이보다 더 심각한 문제는 중요한 정책이 평가되지 못하는 사각지대가 발생할 수 있다는 점이다.
자체 외부평가의 평가위원이 해당분야의 전문가이기는 하나, 평가전문가가 아니기에  이론에 근거한 분석이 아닌, 관찰이나 통찰에 의한 평가를 수행한다. 또한, 정책의 집행주체가 중심이 되는 평가라도 국무조정실의 지침을 따라야 하므로, 실무부처가 원하는 방향으로, 서열을 결정하는 방식으로 제시는 부정적이지만, 객관적 평가와 연동된 인센티브는 정책을 효과적으로 작동시키는 순기능도 있다.