두 번째 쟁점은 TA 방법론에 대한 부분이다. 크게 보면, TA 방법론을 어느 정도 일관되게 유지할 것인가 아니면 평가대상에 따라 다양한 방법론을 허용할 것인가라는 문제이다. 국내에서는 매년 1~2건의 TA가 수행되었기 때문에 TA 방법론은 전문가위원회를 중심으로 부수적으로 시민포럼이 운영되는 방식이 큰 틀에서는 유지되어 왔지만, 2003년 시작된 이후 지금까지 평가대상 선정기준이나 위원회 구성방식, 시민포럼의 운영방식 등 세부적인 절차와 기준들은 수차례 변경되면서 일관성미흡이 자주 지적되었다. TA 과정에 여러 번 참석한 적이 있는 어떤 전문가는 매번 변경되는 운영방식으로 인해 혼란을 겪었다고 언급하기도 하였다(전문가 C 인터뷰, 2015. 6. 23). 이러한 변화는 TA라는 생소한 제도가 국내에 정착하는 과정에서의 불가피한 시행착오라고 간주되기도 하지만(전문가 B 인터뷰, 2015. 6. 22). 이를 해결하기 위해 일관성 있는 운영방식을 정립해야 한다는 주장도 제기된다(전문가 C 인터뷰, 2015. 6. 23).
쟁점은 TA방법론을 일관되게 유지하거나 다양한 방법론을 허용하는 것의 문제다. 큰 틀에서는 유지됐지만, 세부적인 부분이 변경되며 일관성 미흡이 자주 지적됐다. 이런 변화는 정착과정의 불가피한 시행착오로 간주되기도 하지만, 일관성 있는 운영방식을 정립해야 한다는 주장도 제기된다.