우선 할당배출권 공급 부족과 관련하여, 배출권시장이 현물거래 중심으로 시장이 운영되고 있는 점이 논란의 대상이다. 글로벌 시장의 발전방향과 달리 국내의 경우 배출권 파생상품 시장이 존재하지 않아, 기업이 배출권 가격변동 위험을 관리할 수단이 존재하지 않는다. 또한 배출권 시장 관련 정책연속성에 대한 우려가 크다. 예를 들어, 차입확대로 인하여 기업들의 기후변화 대응행태가 소극적으로 양산되었다는 비판이 제기되고 있다. 기업들은 미래의 불확실성을 최소화하기 위해 남는 배출권의 이월을 선호했고 그로 인하여 시장이 활성화되지 못하고 있다. 또한 배출권 거래표준(장외거래 표준계약서 등)이 없는 관계로 기업간 계약서 작성 시 논란이 발생하여 거래비용이 크다는 점도 장애요인이다.
국내의 배출권시장의 경우 파생상품 시장이 없다. 이는 기업이 배출권 가격변동 위험을 관리할 수단이 없고 정책연속성에 대한 우려가 있다. 또한 배출권 거래표준이 없어 계약서 작성 시 거래비용이 크다.