온라인수업은 교육부 특별교부금 사업으로 운영되고 있으며, 17개 시･도교육청은 관련 사업을 연구 기관인 한국교육개발원에 위탁하여 운영하고 있다. 각 시･도교육청이 특정 영역의 인력과 전문성을 갖춘 기관에 학생을 위탁 교육하는 것은 다양한 교육적 수요에 적절히 대응하기 위한 방안으로 법으로 허용되고 있는 사항이다. 온라인수업 역시 시･도교육청이 직접 운영하기 어려운 정보･통신 기술을 활용한 수업을 연구 기관에 위탁하여 운영함으로써 위탁 교육의 장점을 활용하고 있다고 볼 수 있다. 그러나 위탁 교육 기관과 단위학교의 관계에 있어 권한과 책임의 관계가 명확히 설정되지 않고 있다는 한계가 있다. 예를 들어 온라인수업 제공 및 시스템 운영, 학습 관리 등 온라인수업 전반적인 운영 관리를 위탁교육 기관에서 담당하고 있지만, 학생의 학습을 담당하는 교사는 각 시･도교육청 소속 교사가 겸직하고 있으며, 이수 여부의 판단, 지필평가 등은 학생 소속 학교에서 담당하는 등 온라인수업 전체를 위탁기관에 위탁하였다고 보기 어려운 운영 구조를 가지고 있다. 더불어, 정규 학교 교육에 필요한 교원, 시설, 재원 등은 관계 법령에 따라 확보되는 반면, 위탁 교육 기관 운영에 필요한 재원은 시･도교육청의 정책 예산을 통해 확보하도록 하고 있어 재원 마련의 안정성 및 적절성 확보 측면에서 한계가 있으며, 특히 현재의 온라인수업 운영 예산은 임시적･ 한시적인 성격을 가진 특별교부금으로 확보되고 있어 중･장기적 발전 전략 및 운영 방안을 수립하는 데 한계가 있다.
온라인수업은 특정 인력과 전문성을 가진 교육 기관에 위탁하여 운영함이 적절하다. 그러나 위탁 교육 기관과 학교 간의 권한과 책임의 관계가 불명확한 한계가 있다. 또한 필요한 재원을 시･도교육청의 정책 예산으로 확보하도록 하고 있어 재원 마련의 안정성 및 적절성 확보 측면에서 한계가 있다.