한국수산회에서는 자율관리어업 지원사업을 수행하고 있다. 자율관리어업이란 자율관리어업 공동체가 주체로서 지속 가능한 어업생산기반 구축, 지역별·어업별 분쟁해소, 어업인들의 소득향상과 어촌사회의 발전을 위하여 어업인들이 자율적으로 참여하여 어장관리, 자원관리, 경영개선, 질서유지 등을 실천하는 운동이다. 갯벌 마을어업 어촌계에서 자율관리어업이 이루어질 수 있도록 주요 지자체를 중심으로 자율관리어업 설명회를 개최하고 사업 참여를 신청할 수 있도록 컨설팅을 지원해야 한다. 이를 통해 갯벌어업인들이 주도적으로 어장을 관리해 나갈 수 있도록 한다. 밀식으로 인해 야기될 수 있는 질병 확산 및 고착화, 집단 폐사 등에 대한 환경 교육과 치패 살포, 어장 비옥도 개선, 채취 기술 등과 같은 생산 기술 교육 등 갯벌어업인의 인식 개선을 위한 교육활동 지원이 필요하다. 또한 갯벌어업 어촌계 소득 다변화를 위한 6차 산업화 비즈니스 모델을 개발하고 6차 산업화 사업 추진을 희망하는 어촌계를 대상으로 컨설팅을 수행해야 한다.
한국수산회에서는 자율관리어업 지원사업을 수행중이며 자율관리어업은  공동체가 주가 되어 지속 가능한 어촌 생산기반 구축, 어업별 분쟁 최소화, 어업인들의 금전적 이득 증가 및 어촌 사회의 성장을 위해 어업인들이 자발적으로 참여하는 운동이다.