전략적이노베이션창조프로그램(Cross-ministerial Strategic Innovation Promotion Program; SIP)은 CSTI가 부처간･분야간 벽을 넘어 횡단적인 다학제로 추진하는 국가프로젝트이다. 4기 기본계획부터 혁신의 관점에서 연구개발이 추진되고 있는 가운데 국가적으로 해결해야 할 중요한 사회적 문제, 산업경쟁력을 위해 중요한 문제 10개를 선정하여 개별 프로젝트 형태로 추진하고 있다. 기초에서 응용/개발 및 상업화에 이르기까지 일체적인 연구를 추진하고 있다. 2015년 말에는 ‘중요 인프라에 대한 사이버보안’이 새로운 과제로 추가되었다.
전략적이노베이션창조프로그램은 국가적으로 해결해야 할 중요한 사회적･경제적 문제 10개를 선정하여 부처･분야를 초월하여 횡단적인 다학제로 추진하는 국가프로젝트이다.