현행법상 의료폐기물은 배출사업장에서 스스로 처리하거나 폐기물 처리업체 등에 위탁 처리해야 한다. 그러나 스스로 처리하는 곳은 극히 일부이고, 대다수 병·의원들은 위탁 방식을 택하고 있다. 통상 의료폐기물은 수집·운반업자가 운반해 중간처리업체가 소각하고, 소각 후 잔여물은 매립한다. 물론 소각 이외에 멸균 분쇄 처리도 가능하다. 그리고 전용 용기에 넣어 밀폐 포장된 상태로 냉장시설을 갖춘 별도의 보관창고와 전용 운반차량으로 보관, 수집, 운반해야 한다. 물론 법적인 기반이 마련되어 있어도 온갖 불법이 행하여질 여지가 있고,5) 장거리 이동의 한계가 있다. 그로 인해 합법적인 처리과정과 절차에 대한 연구가 등장한 바 있다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.