두 번째는 융합 연구개발사업을 둘러싼 평가체계에 대한 현황을 분석하고 한계를 규명하며, 이의 개선방향을 모색하는 것이다. 이를 위해서는 먼저 연구개발 평가관점과 방법에 대해 살펴본다. 왜냐하면 연구개발정책의 기조변화를 위해서는 철학적 인식과 관점의 변화가 요구되기 때문이다. 더불어 연구개발 평가에서 핵심이 되는 동료평가(peer review)의 의미와 한계를 살펴봄으로써 이후 평가체계 개선에서 보완해야 할 사항을 도출한다. 다음으로 국내 연구개발사업에 대한 일반적인 평가체계를 살펴본다. 이는 다시 사업단위의 평가체계와 과제단위의 평가체계를 구분하여 실시한다. 현재 융합 연구개발사업과 관련해서 독립적인 평가체계는 부재하다.
융합연구개발사업의 평가관점과 방법을 살펴보고, 동료평가의 한계와 개선사항을 도출하고, 현재 독립적인 평가체계가 없기에 국내연구개발사업의 일반적인 평가체계를 살펴본 뒤 정책방향을 모색한다.