거래비용을 증가시키는 대표적인 요인으로 완전한 정보 부재에 따른 인간의 제한된 합리성에 의한 ‘일반적 불확실성’과 인간의 기회주의 행위에 의한 ‘행태적 불확실성’이 있다(김재훈, 2005). 이의 내용은 거래 혹은 계약 체결 당사자 간의 관계를 주인․대리인 관계와 연계시켜 설명하면 더욱 명확해진다. 주인․대리인 간의 이해관계가 상충될 경우, 대리인은 자신의 이익을 극대화할 수 있는 행동을 선택하는 도덕적 해이가 발생한다. 반면 주인은 대리인에 관한 정보를 잘 알지 못 하거나 이들의 행동을 일일이 관찰할 수 없는 정보 비대칭성을 가지고 있어 대리인의 기회주의적 행태를 더욱 증가시킨다. 이러한 요인들이 계약 당사자인 상대방에 대한 신뢰를 저하시키고, 궁극적으로는 거래비용까지 증가시키게 된다(김재훈, 2005; 서인석·박형준, 2012; 정용남, 2007). 이를 최소화하는 조직 형태로 Williamson은 앞에서 언급한 기업의 수직적 통합 구조를 든 것이다. 이를 통해 거래를 내부화시킴으로써 시장 교환에 투입되는 비용을 지불하지 않아도 되며, 거래 당사자들 간의 이해관계를 조정할 수 있고, 외부적 불확실성, 도덕적 해이 및 기회주의 차단 등 시장 거래로부터 발생하는 한계를 보완할 수 있기 때문이다(Williamson, 1975).
거래비용을 증가시키는 요인으로 일반적 불확실성과 행태적 불확실성이 존재한다. 이런 요인들은 상대방에 대한 신뢰를 감소시키고 결국 거래비용을 증가시키게 한다. 이를 최소화하기 위한 조직 Williamson은 기업의 수직적 통합구조를 든다. 이를 통해 시장거래의 한계를 보완할 수 있다.