한편 국무총리실이 주관하여 정부합동으로 ‘새만금 유역 2단계(2011~2020년) 수질개선 종합대책’을 마련하는 과정에서 방조제 내측의 환경관리는 환경부가, 외측 해역은 국토해양부가 담당하기로 결정되어 2011년 ‘새만금 해양환경보전을 위한 조사연구’ 사업은 종료되었다. 수질개선 종합대책에서 새만금 방조제 외해역의 환경영향을 진단, 예측하고 이를 토대로 해양환경관리를 위한 대책을 수립하는 내용은 단년도 연구사업을 수행하는 것으로 한정되었다. 이에 따라 지난 9년간 수행한 연구개발사업과 별도로 2011년에 단년도 과제로 수행한 ‘새만금 해양환경보전을 위한 기술개발’도 2012년 종료되었다.
새만금 해양환경보전을 위한 조사연구는 분리되어 다른 주체들이 담당하게 되었다. 새만금 방조제 외해역의 환경관련 수립, 새만금 해양환경보전을 위한 기술개발도 종료되었다. 