하지만, 신기술의 부정적 영향에 대해 초점을 맞추는 방식이 현실적으로 실현가능한가라는 문제가 남아있다. 과학기술 주무부처가 TA를 주관하는 기존 체제에서 과학기술의 잠재적 위험이나 부정적 파급효과에 대한 내용을 비중 있게 다루는 것은 한계가 있을 수밖에 없다. 왜냐하면, 이러한 내용은 신규 R&D 사업을 기획하거나 과학기술 진흥정책을 수립하는 것과 직접적인 관련이 없거나 오히려 신규 사업이나 정책 수립의 타당성을 감소시킬 수 있기 때문이다. 그래서 전문가들도 사회적 효과에 대한 분석에 집중하는 것은 다른 유형의 연구들과 차별화될 수 있는 장점이 있지만, 행정부에서 TA를 담당하는 현 체제에서는 이것이 현실적으로 어려울 것으로 전망한다(전문가 D 서면인터뷰, 2015. 10. 21).
과학기술 주무부처가 TA를 주관하는 현 체제에서는 신규 R&D 사업 등에 관련이 없거나 타당성 감소 등의 이유로 과학기술의 잠재적 위험 같은 신기술의 부정적 영향을 중요하게 다루는 것이 어렵다. 