국내 정부출연 연구기관과 관련된 주요 이슈로 공공기관 지정 해제 여부가 있다.지난 연말 국회 미래창조과학방송통신위원회 소속 국회위원들이 '공공기관의 운영에 관한 법률(공운법)'개정안에 반대 의견을 표명한 바 있다.공운법 개정안은 지난 11월 발의된 것으로,‘공공기관지정 예외조항’(4조 2항)을 삭제하는 내용을 담고 있다.정부는 지난 2007년 공공기관의 방만 경영을 막기 위해‘공공기관의 운영에 관한 법률’을 제정한 바 있으며,2008년부터 출연연은 ‘기타 공공기관’범주에 포함돼 법 적용을 받고 있다. 출연연이 연구기관의 자율성 확보를 위해 공공기관에서 제외되어야 한다는 과학기술계 및 출연연의 요구가 실현될 수 있을지 주목된다.또한,2015년은 한국표준과학연구원 설립 40주년,한국생명공학연구원 설립 30주년,그리고 국가핵융합연구소의 국가 핵융합 연구개발 기본계획 확정과 사업 시행 20주년이다. 많은 제약조건 및 불확실성과 싸워왔던 그간의 발자취를 돌아보면서 변화하는 과학기술 연구개발 환경에 맞게 진취적으로 국가과학기술의 미래를 창조해나가는 정부 출연 연구 기관이 되길 바란다.
과학기술계 및 출연연은 공공기간의 운영에 관한 법률에 2008년 기타 공공기관에 포함된 출연연이 자율성 확보를 위해 공공기관에서 제외를 요구하고 있지만 법개정에 소속 국회의원들이 반대 의견을 표명하고 있다.