복구단계에서는 시행령 제17조상 행정안전부 장관이 테러사건 발생 시 구조･구급･수습･복구활동 등에 관하여 테러사건대책본부를 지원하기 위하여 “테러복구지원본부”를 설치･운영할 수 있도록 규정되어 있다. 여기서 시행령 해석의 문제가 발생할 수 있다. 테러방지법 제1조 그리고 시행령 제14조･제15조･제24조에 의하면, 테러사건대책본부나 현장지휘본부의 역할은 테러사건 현장 “대응” 활동을 총괄 그리고 지휘･통제하는 것이라고 명시되어 있는 상황이고, “복구” 활동은 전혀 언급되어 있지 않다. 다만 시행령 제17조만을 본다면, “테러사건대책본부”가 “구급･수습･복구활동” 등을 총괄 및 지휘통제하며, 이러한 테러사건대책본부의 업무를 지원하기 위하여 행정안전부 장관이 “테러복구지원본부”를 설치하는 것으로도 해석될 수 있으므로, 역으로 “테러사건대책본부”가 테러로 인한 결과나 피해 복구 즉 복구까지 총괄, 지휘･통제하는 것으로 해석된다.
복구단계에서는 행정안전부 장관이 테러복구지원본부를 설치･운영할 수 있다. 여기서 해석의 문제가 발생할 수 있는데, 테러사건대책본부나 현장지휘본부의 역할이 “대응” 활동 총괄인지, “구급･수습･복구활동” 등의 총괄인지가 애매하게 기술돼 있기 때문이다.