적지 않은 논란과 우려 속에 돌봄교실의 확대 운영이 시작되었다. 수요에 비하여 부족한 시설과 예산 문제, 학교 본연의 업무가 아니라는 주장과 돌봄 교사의 처우 요구도 일부 존재하고 있다. 돌봄교실 운영의 목적과 기능은 시대적 요구와 사회적 요구, 교육적 요구 등 여러 측면에서 접근할 수 있다. 그 중에서도 출산과 보육으로 제한받는 여성들의 사회활동 확대 지원과 인력의 효과적 활용,방과후 보육과 교육을 통한 학부모의 사교육비 경감, 어린이의 안전한 보호와 지도로 바람직한 성장 발달 지원 등의 돌봄교실 운영 효과는 이미 입증되고 있다. 때문에 돌봄교실 운영에 대한 반대 주장은 논리의 근거를 찾지 못하고, 주로 시설과 예산, 사전준비 소홀을 내세웠던 것이다. 이제 돌봄교실의 확대 운영이 시작된 만큼, 시설과 예산, 프로그램 개발, 적용으로 운영의 효과를 높이기 위해 힘과 지혜를 모아야 한다.
여성들의 사회활동 확대 지원과 인력의 효과적 활용, 방과후 보육과 교육을 통한 학부모의 사교육비 경감 등을 볼 때 돌봄교실 운영 효과는 이미 입증됐다.  돌봄교실의 확대 운영이 시작된 만큼 운영의 효과를 높이기 위해 지혜를 모아야 한다.