무엇보다 한국 의료기술평가는 기존 기술에 대하여 체계적인 제도나 절차를 가지지 못하고 있는 단점이 있다. 신의료기술평가나 신의료기술에 관한 급여 결정에 많은 정책적 노력이 집중되어 왔으며 의료비 증가에 대한 대책은 약제 중심적으로 또 약가 인하를 중심으로 이루어져 왔다. 최근 전 세계적으로 대두되고 있는 비교효과 등의 평가는 기존 기술과 신의료기술 간의 비교만이 아니라 기존 기술 간의 효과성 및 비용효과성을 중심으로 이루어지고 있다. 국민의료비 증가를 주도하고 있다고 많은 학자들로부터 지적되고 있는 의료기술의 변화, 즉 의료기술의 도입과 확산에 대하여 그 경향과 비교효과분석과 이의 정책 반영이 아직은 제도로서 관심과 투자가 지극히 초기단계에 있다고 할 수 있다.
요즘 세계적으로 주목받는 비교효과 등의 평가는 기존 기술과 신의료기술만이 아닌 기존 기술 간의 효과성에 중점을 두는데, 한국 의료기술평가는 기존 기술에 대한 체계적인 방식이 없다는 단점이 있다.