게다가 식물의 식생, 동물종의 생식 분포 등 자연 환경의 기초 자료는 매년 계획에 따른 조사가 이루어지지만, 실제로 환경의 변화나 상황을 파악하기 위해 이용하려고 할 경우에는 자료가 많이 부족하다는 것을 느낀다. 특히 동물은 각각의 동물 종마다 고유의 행동 형태를 취하는 것도 있고 생태학적으로 모니터링을 하기 위해서는 상당수의 전문가를 투입하지 않으면 자료를 파악하기에 어려움이 있다. 환경 오염 물질에 관한 모니터링을 하는 것과 비교하면 일반적인 환경 상황 파악을 위한 모니터링 제도는 존재하지 않는다고 해도 좋을만한 상황이다(이것은 지금까지 환경 정책에서는 오로지 공해 방지에 인적･자금적인 자원이 투입되어 온 것, 자연 환경 보전의 관심이 자연 공원법 등에 제한된 지역의 귀중한 자연을 보호해야 하는 상황에 놓여진 것, 지방 행정 기관에서는 자연 환경 보전의 담당 기구조차 분명하게 정해져 있지 않을 정도로 중점이 세워지지 않았던 것, 등의 여러 가지 이유 때문이라고 할 수 있다).
매년 조사가 이뤄짐에도 불구하고 환경 기초자료는 실제로 활용하려 할 때 부족한 경우가 많다. 특히 동물은 전문가가 많이 투입되어야 하며 모니터링이 다양한 제도적 문제로 환경오염물질에 집중되어 있다는 문제가 있다.