냉동절제술이 기존의 고주파절제술과 다른 점은 첫째 cryomapping 기능이다. 이는 목표 조직에 냉동절제술(-80도 정도)을 영구 실시하게 전, 대상 조직에 약한 저온(-30도 정도)을 임시로 적용하여 문제 병변 조직인지의 여부를 파악하게 함으로써 부정맥 절제술의 정확성을 높일 수 있다. 특히, AV node와 같이 치명적인 고위험 지점에 부정맥 병변으로 의심되는 경우는 이런 점이 유용하며, 저온으로 적용된 부위는 다시 정상 조직으로 복원될 수 있다. 둘째는 cryoadhesion 기능이다. 냉동 카테터 끝이 극저온화되면서 심장조직에 단단하게 부착되어 심장이 박동 중에도 절제 대상 조직의 위치를 정확하게 파악하고 영구 절제할 수 있게 하므로 고주파절제술에 비해 정확한 부위를 절제한다는 장점이 있다. 셋째로는 정상 세포조직의 파괴를 방지할 수 있다는 장점이다. 냉동절제된 조직은 신속히 재생되며 인접한 정상조직을 손상시키지 않으므로 시술 후 정상적인 심장 박동에 영향을 주지 않으며 천공의 위험이 고주파절제술 보다 낮다. 넷째는 기본의 고주파열 에너지가 아닌 냉각 에너지를 사용하므로 심장내막의 손상이나 혈전 발생, 혈관 협착 발생이 낮다는 점이다.
냉동절제술이 기존의 고주파 절제술과의 차이점은 첫째, 부정맥 절제술의 정확성을 높일 수 있다. 둘째는 고주파 절제술보다 더 정확하게 절단할 수 있다는 장점이 있다. 셋째로는 정상 세포조직의 파괴를 막을 수 있다는 장점이 있다. 넷째는 냉심장내막에 상처가 나거나 혈전이 생기거나, 혈관 협착이 생길 확률이 낮다.