최근 재정 여건의 악화로 세수 확보를 위해 23개 조세지출제도 중 국세감면액 규모가 가장 큰 연구개발 조세지원 혜택의(2014년 국세감면액 중 8.4% 상당) 축소가 거론되고 있기는 하다. 그러나, 연구개발 조세지원제도는 최근 대부분의 OECD국가에서 지원을 확대하고 있는 추세이고 이 제도에 의한 세제지원 축소가 우리나라의 혁신체제가 다른 나라에 비해 특히 장점을 가지는 민간 연구개발투자 능력을 손상시킬 수도 있다는 점에서 오히려 연구개발 조세지원의 적절성과 효과 평가 강화 등 제도 운영의 효율성을 기하는 노력이 더욱 중요할 것이다.
최근 연구개발 조세지원 혜택의 축소를 추진하려 하지만 이는 OECD국가들에서 확대 중이며 민간 투자 능력을 저하시킬 수 있기에 적절하지 않다.