더 나아가 교원․연구원이 창업한 후 자신이 산출한 새로운 지식재산권이 모기관인 대학이나 연구소에 귀속되는지, 아니면 창업 기업에 귀속되는지도 중요한 문제이다. 이에 대한 창업진흥원의 실태조사 결과를 보면, 조사 대상 590개 기관 중 17.3%인 102개 기관만이 이에 대한 규정을 보유하고 있었고, 이 기관들 중 창업 후 발생한 지식재산권의 귀속 주체를 창업기업이나 창업자로 규정한 경우는 40.2%로 나타났다(표 4-8). 나머지 기관들은 협의 후 결정하거나(24.5%), 소속기관 소유로하는 것으로(21.6%) 나타났다. 대학과 연구기관 중에서는 상대적으로 대학이 창업자의 권리를 더 인정해주고 있는 것으로 나타났다.
창업진흥원에 따르면 교사,연구원이 산출한 지식재산권의 보유규정이 있는 기관들 중 재산권의 귀속주체를 창업기업이나 창업자로 한 경우가 많았고, 연구기관보다 대학이 권리를 더 인정해준다.