R&D는 단기적 기본방향과 목표 달성인 니치마켓 시장 선점을 위한 가장 중요한 지원책이다. 수산물 이용한 펫푸드 상품화와 이를 위한 설비 개발 지원을 포함한다. 실제로 펫푸드 업체에서 새로운 원료를 쓰기 위해서는 원료의 영양성분 분석이 선행되어야 하고, 완제품 상태에서도 동물 실험 등을 통해 기호성, 안전성 등에 대한 분석이 필요하다. 현재 우리나라에는 영양성분이나 효능을 분석하기 위한 종합 펫푸드 R&D 시설이 없어, 일부 대학이나 사설 연구소에 맡기고 있는 실정이다. 농림축산식품부에서는 R&D와 관련하여 연구소 설립까지 검토되고 있는 것으로 발표되었으므로 농림축산식품부와의 정책협력도 모색할 필요가 있다.
수산물을 제품화하여 유통하는 과정에서 원료의 성분, 기호, 안전성 등에 대해 분석하려면 R&D 지원은 필수적이지만 현재는 전용 시설이 없어 타기관과의 협력도 필요하다.