하지만, 국회 산하에서 TA를 수행하게 되었을 때 우려스러운 부분도 있다. 우선, 정치권으로부터 TA의 자율성, 독립성을 확보할 수 있는가는 논란이 되는 부분이다. 행정부로부터의 독립성은 확보할 수 있지만, 정치적인 압력에 대해서는 취약할 수 밖에 없기 때문이다. 의회 산하기관으로 TA가 수행되는 국가들을 보더라도 정치적인 논쟁에서 TA가 완전한 독립성을 확보하고 있다고 보기는 어려운 측면이 있다. 미국의 OTA가 폐쇄되었던 이유 중 하나로 OTA의 일부 보고서들이 정부정책에 반대하는 결론을 제시하였던 것이 포함되기도 한다(Guston 2001. 배영자, 2011에서 재인용). 어떤 전문가는 TA가 사회적 파급효과에 초점을 두고 수행될 경우에는 국회가 가장 적절한 대안이지만, 국회 산하기관에서 TA가 수행될 경우에는 당파 논의에서 벗어나 열린 구조로 운영될 수 있어야 한다고 전제를 달았다(전문가 F 서면인터뷰, 2015. 10. 19).
TA가 사회적 파급효과에 초점을 둔다면 국회가 적절한 대안이다. 하지만 국회 산하에서 TA를 수행하게 되면 정치권으로부터 자율성과 독립성의 확보가 어려워지기 때문에 당파에서 벗어난 열린구조가 담보되어야 한다.