한편, 지구에 생명체가 존재한 이래, 생물다양성을 갑자기 대규모로 줄어들게 만든 다섯 번의 대량 멸종(mass extinction) 시기와 몇 차례의 사건들이 있었다. 현생대(Phanerozoic) 이온(eon)2)에서는 캄브리아기 생물 대폭발(Cambrian explosion)을 거치면서 생물다양성이 급격히 증가했다. 그리고 캄브리아기 생물 대폭발 기간은 다세포 종의 대부분이 처음으로 출현한 시기이기도 하다. 이후 4억 년 동안, 대량 멸종 사건으로 분류되는 대규모 손실이 반복적으로 발생했다. 석탄기(Carboniferous)에는 열대우림 파괴가 무수한 동식물의 피해로 이어졌다. 폐름기(Permian)와 트라이아이스기(Triassic)3)에 벌어진 멸종은 2억5천1백만 년 전에 벌어진 최악의 사건이었다. 척추동물의 회생에 3천만 년이라는 시간이 소요되었다. 가장 최근(약 6천5백만 년 전)에는 백악기(Cretaceous)와 고제3기(Paleogene) 멸종 사건이 벌어졌는데, 이 일이 다른 경우보다 주목을 끄는 이유는 공룡의 멸종을 가져왔기 때문이다.
현생대 이온에서는 생물다양성이 급격히 증가해 다세포 종의 대부분이 출현했고, 이후 4억년 동안 석탄기의 열대우림 파괴, 페름기와 트라이아이스기 멸종, 백악기와 고제3기의 공룡 멸종 등의 대규모 손실이 반복적으로 발생했다. 