지금까지 정부연구개발정책은 개별사업화를 통해 세부수준에서 구조화가 가능한 문제들을 중심으로 연구개발을 추진해 왔으며 세부 간의 경쟁을 통한 효율적 자원배분을 추진해 왔다. 그러나 세부사업수준에서의 문제구조화는 중요한 문제들을 종합적으로 고려하여 구조화하고 관리하기보다는 개별 세부사업 수준에서 문제를 분리 구조화 및 관리함으로써 중요한 문제의 해결 및 성과를 창출하지 못하고 있다. 따라서 정부가 연구개발사업을 통해 이러한 문제를 해결하고 국가가 직면하고 있는 경제사회적 중요한 문제들을 효율적으로 해결하기 위해서는 정부가 다루어야 할 문제의 범위를 명확히 하고 이를 효과적으로 관리하는 것이 중요하다. 이를 위해서는 사업을 평가하는 예산단위를 지금의 개별세부사업 수준에서 중요한 문제범위를 포괄하는 프로그램 단위로 확대해야 한다.
정부연구개발정책은 개별사업화를 통해 세부수준에서 문제를 구조화하여 개발을 해왔지만, 종합적인 구조화와 관리미비로 성과 창출이 저조했다. 문제해결을 위해 사업의 예산단위가 중요범위를 포함하는 프로그램별로 진행해야 한다.