자동차 연료의 사회적 비용을 대기오염물질별로 살펴보면, AEA(2005) 추정결과는 netcen(2002) 추정결과와 크게 차이가 난다. 즉, AEA(2005) 방법으로 추정한 결과는 2012년에 사회적 비용이 질소산화물(NOX) 4.5조 원, 일산화탄소(CO) 4.3조 원으로 가장 높은 반면 초미세먼지(PM2.5)는 1조 원에 불과하다. 반면 netcen(2002) 방법으로 추정한 결과는 사회적 비용이 일산화탄소(CO)는 4.3조 원, 초미세먼지(PM2.5)는 2.6조 원, 질소산화물(NOX)은 2조 원이다. 일산화탄소(CO)의 경우는 두 추정방법의 결과가 비슷하나 나머지는 큰 차이를 보인다.
AEA와 netcen 추정방법에 의해 자동차 연료의 사회적 비용을 대기오염물질별로 살펴보면 일산화탄소는 비슷하나 질소산화물과 초미세먼지는  큰 차이를 보인다.