첫째, 평가지표가 기존의 연구평가와 동일하게 구성되어 있어 융합연구의 특성을 반영한 지표 중심으로 개편이 요구된다. 기존의 평가에서는 산출지표, 결과지표를 중심으로 일관성 있는 체계, 정량적인 성과, 사업성 등의 비중이 크게 고려되었지만 융합연구의 특성에 맞추어 차별화된 평가 지표 구성이 필요하다. 혁신원천의 다양성 측면에서 다양한 학제의 참여와 교류 활성화를 독려하는 지표가 요구된다. 연구방법의 비정형성의 측면에서 연구 수행 중 적용된 방법론의 구체성과 적절성에 대한 평가가 이루어져야 한다. 성과의 불확실성에서는 다양한 성과창출 가능성을 고려하여 정성적인 지표가 고려되어야 한다. 네트워크 개방성의 측면에서는 최종수요자 및 폭넓은 산업, 연구계와의 네트워크 구축 성과를 반영해야 한다.
융합연구개발사업의 맞는 맞춤형 평가기준이 필요하다. 성과 중심 / 사업으로서의 가치를 중요시 여긴 평가를 하고 있지만 혁신은 이러한 평가로 승패를 나눌 수 없기에 다채로운면에서 전문성이 있게 이뤄져야 한다.