ENCODE 프로젝트는 인간 게놈 프로젝트에 의해 밝혀진 인간 게놈의 염기 서열 정보를 바탕으로, 문자의 나열에 불과한 염기 서열을 어떻게 해석할 것인가에 초점을 맞추어 유전자가 인간의 건강 및 질환과 어떠한 관련성을 가지고 있는지를 밝히기 위해 2003년 9월 시작되었다. 이 프로젝트는 총 3단계로 진행이 되었는데 시범 단계(pilot phase)에서는 전체 게놈의 약 1%인 3천만 개의 염기들을 대상으로, 앞으로 진행할 30억 개의 유전자 기능 분석에 사용할 적절한 방법을 탐색하였다. 이 단 계에서 제기된 기술적 문제들은 2단계인 기술 개발 단계(technology development phase)에서 반영되어 보다 나은 방법들을 구상하게 된다. 마지막으로 앞선 두 단계에서 확립된 가장 좋은 방법으로 나머지 99%의 게놈을 분석하게 된다(The ENCODE Project Consortium, 2004). 이 연구에서 가장 괄목할 만한 성과는 게놈의 기본적 단위가 유전자(gene)가 아닌 전사물(transcript), 즉 DNA로부터 전사된 RNA의 조각이라는 사실을 밝혀낸 것이다. 이 연구를 통해 전체 게놈의 80%는 어떠한 형태의 기능을 하고 있다는 것이 밝혀졌고, 대부분이 단백질을 코딩하지는 않지 만 RNA의 형태로 전사되어 역할을 하는 것으로 드러났다. 특히 다양한 질환에 걸 릴 위험성의 높고 낮음이, 관련된 유전자의 조절과 직접적으로 관련이 있다는 사실 이 밝혀졌다. 특정 세포마다 유전자들이 전사되는 정도는 전사 인자(transcription factor)를 코딩하는 유전자 및 전사 인자가 결합하는 위치(binding site) 유전자 등에 의해 영향을 받는다. 개인마다 존재하는 유전적 변이(genetic variation)에 의해 특정 질병에 대한 감수성이 다르게 나타나게 되는 것이다(Pennisi, 2012).
신설 혹은 강화되는 규제의 경우 기술규제와 관련있는 경우, 경미한 수준인 경우, 심층 검토가 필요한 경우로 나누어 분석해야 한다. 행정규제기본법에서는 기술규제개혁작업단의 의견이 적용되고 있는지 모니터링과 DB화하도록 하고 규제심사과정에 이 내용이 반영되도록 제도가 마련되어 있다.