이때 국가책임․점검기관을 환경부로 두는 것이 적절한지에 대해서는 많은 논의가 있을 수 있다. ｢생물다양성협약｣의 의정서인 ｢바이오안전성에 관한 카르타헤나 의정서｣의 시행을 위하여 ｢유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한법률｣이 제정․시행되고 있지만, 이 법률은 환경부 소관의 법률이 아닌 산업통상 자원부 소관의 법률이다. 그렇다면 유전자원 및 전통지식의 접근과 이익 공유라는 측면에 있어서는 그 분야와 경계가 매우 모호하기 때문에, ｢생물다양성법｣에 제정에 관한 근거 조문이 있기는 하지만, 이것을 환경부 소관의 법률로 두고, 국가책임기관과 국가점검기관 모두를 환경부로 두는 것이 적절한지에 대한 추가적인 논의가 필요하다.
환경부의 국가책임 점검기관 지정의 적합성이 지적된다. 산업통산자업부 소관 법률인 유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률을 환경부 소관으로 이관하는 것이 적절한지 논의가 필요하다.