정부 조직의 기능적 측면에서뿐만 아니라 해양수산부가 연안침식 문제를 다루는 데 또 다른 어려움이 있다. 침식의 인위적 원인인 해안가에서의 개발행위에는 위에서 언급한 육지부의 개발만이 아니라 항만 및 어항 건설과 같은 해상에서의 개발도 많이 추진되고 있으며, 이와 같은 해면부에서의 개발행위가 오히려 연안침식에 더 큰 영향을 일으키고 있다. 그런데, 항만 및 어항개발은 해양수산부가 주관 부처로서 역할을 하고 있다. 즉, 해양수산부는 항만과 어항을 개발함으로써 연안침식의 원인을 제공함과 동시에 개발의 결과로 나타나는 침식 문제 해결도 맡고 있는 셈이다.
연안침식의 원인을 제공함과 동시에 개발의 결과로 나타나는 침식 문제 해결도 맡고 있는 셈이다.