셋째 연구개발과제의 질적평가의 경우 기본방향으로는 사업의 성과목표와 연계된 과제에 대한 목표 설정, 전문가 정성평가 확대, 평가의 전문성 강화, 연구자의 자율성, 책임성 강화와 평가부담 완화 등을 주요 추진방향으로 추진하고 있다. 그러나 한계로는 과제수준 평가지표 설정을 위해서 우선적으로 목표와 관련된 과제를 설정하고 선정함에 있어 구체화의 정도가 미흡하다 또한 과제 성과지표 설정 시 제시한 질적 지표기준 객관화의 한계도 문제점으로 제기되고 있다. 과제 정성평가의 경우 질적 평가 강화를 위한 충분한 평가위원 및 평가관리자의 확보와 평가예산의 한계로 우수한 평가위원의 확보 등 에 있어 문제점 등이 대두 된다.즉 과제평가시 질적평가에 의한 전문성 제고 등의 구체적 대안 마련이 필요하다.
연구개발과제의 질적평가의 경우 사업의 성과목표와 연관된 과제 목표 설정, 전문가의 전문성과 연구자의 자율성 강화 등을 기본 방향으로 하지만 미흡한 구체화 정도, 지표기준 객관화의 한계 등의 문제점이 있다.