박테리아를 분자수준에서 분류하는 대표적인 방법으로는 16S 리보좀 RNA를 암호화하고 있는 16S rDNA 유전자의 서열을 비교하는 것이다. 리보좀은 세포에서 단백질을 만드는 작업을 하는 것으로 16,000개의 염기서열로 구성되어져 있다. 이 중 앞에서 500개 정도의 서열 정보를 비교하는 것으로도 박테리아를 분류하는데 충분하다. 따라서 이러한 정보를 확보하기 위하여 낱개의 DNA 해독 정보가 400개 염기서열 이상이면서, 한번에 10만개 이상의 정보를 생산하는 차세대 유전체 분석법인 파이로염기서열분석(pyrosequencing) 기법을 연구에 적용하였다.
박테리아를 분자수준에서 분류하기 위해 파이로염기서열분석을 활용하여 리보좀의 암호하하고 있는 유전자 서열을 비교해본다.