공적의료보장 체계에서의 비교효과연구의 수요 외에도 국가적 보건의료사업에서의 의사결정과정에도 이러한 연구가 필요하다. 예를 들어 국가검진사업의 의사결정이나 국가치매관리 사업에서 치매검진 방법 도입, 응급의학 분야에서 제도 개선 등 많은 분야에서 특정 의료기술의 사용이나 의료서비스 제공에 대해 비교대안과의 기대 이득과 위해를 평가하여 그 근거 하에 사업을 도입하는 체계의 정비도 필요하다. 또한 보훈처 의료보장체계에서의 의사 결정과정에 있어서도 기존의 급여되지 않는 항목들도 보훈대상자의 의료서비스 제공 측면에서 보장의 강화가 필요할 수 있는데 이 경우도 이러한 연구를 수행하여 그 결과를 토대로 의사결정을 할 수 있다. 실제로 미국의 보훈처에서는 비교효과연구를 진행하여 의사결정에 사용한 바가 있는데(Concato, 2010) 무작위임상연구로 진행된 좌주관상동맥질환으로 인한 협심증에서 외과적 수술과 약물요법의 비교효과연구나 양성전립선증식증에서 수술요법과 주의 깊은 추적관찰의 전략의 비교효과연구 같은 예를 들 수 있겠다.
국가적 보건의료사업에서의 의사결정과정이나 치매관리 사업에서 특정 의료기술 사용이나 서비스 제공에 대해 비교 대안의 이득과 위해 비교효과연구를 바탕으로 사업을 도입하는 체계의 정비가 필요하다.