농협중앙회, 한국종축개량협회, 축종별 생산자단체(협회), 축산물품질평가원 등이 개량기관으로서 정부추진 사업에 각자의 역할을 담당하고 있다. 이들 개량기관은 기관별 특징에 따라 종축등록, 검정사업을 추진하고 있는데 농협중앙회는 종축검정기관으로서 한우와 젖소에 대한 당대 및 후대검정사업을 주도하고 있다. 한국종축개량협회는 종축등록 및 검정기관으로서 한우, 젖소, 돼지의 혈통관리 및 심사, 돼지 농가검정, 유우군 능력검정 사업을 담당하고 있다. 한돈협회와 양계협회는 돼지와 닭의 검정소 검정을 담당하고 있다. 축산물품질평가원은 개량사업 가축에 대한 도축 후 도체 및 육질 정보를 제공하고 있다.
정부추진사업을 수행하는 개량기관으로는 농협중앙회, 한국종축개량협회, 한돈·양돈협회 등 축종별 생산자단체(협회), 축산물품질평가원 등이 있다.