연구자본주의는 공공연구조직에서 비정규직 양산의 원인이기도 하다. 한 조사에 의하면 2015년 1학기 사립대학의 신규 임용 전임교수 중 비정년 트랙이 무려 56.1%에 달하며 사립대학 10곳 중 4곳은 신규 임용 교원의 80% 이상을 비정년 트랙으로 채운 것으로 나타났다10). 비정년 트랙이 증가하는 이유는 적은 비용으로 전임교원 확보율을 높일 수 있기 때문이다. 정부의 대학 재정지원이 대부분 R&D 지원의 형태이고 그것의 대부분이 개인 단위의 지원인 현실에서 대학이 정년트랙의 전임교원을 추가 확보할 여력은 충분치 않다. 정부 출연연의 경우에도 마찬가지여서 최근의 추이를 보면 연구비의 상승에도 불구하고 연구직의 비정규직 비율은 2008년 30.1%에서 2012년 37.4%로 지속적으로 증가하였음을 알 수 있다. 경쟁에 의한 계약 방식의 지원 체제에서는 연구에 필수적인 기술·기능인력도 대학의 경우 대학원생을, 출연연의 경우 비정규직을 활용하는 형태로 운영될 수밖에 없다.
연구자본주의는 공공연구조직에서 비정규직 채용 형태를 높인다. 경쟁을 토대로 한 지원 체계에서 연구에 필수적인 인력은 대학원생을 쓰고, 출연연은 비정규직을 이용하는 방식으로 운영되고 있다. 최근 출연연 비정규직 비중은 꾸준히 늘고 있다. 