우리나라에서 시행되고 있는 전략환경평가(SEA)는 두 부처 간 개념은 유사하다고 할 수 있으나 실제 적용하는 데 있어서는 약간의 차이를 보이고 있다. 국토교통부 전략환경평가(국토계획평가)의 정의를 보면 중·장기적·지침적 성격의 국토계획을 대상으로 국토균형 발전, 경쟁력 있는 국토여건의 조성 및 환경친화적인 국토관리 측면에서 국토의 지속가능한 발전에 기여하는지 여부와 국토 관련 최상위계획인 국토종합계획과 부합하는지 여부를 평가하는 것(국토기본법 제19조의 2 제1항)으로 언급하고 있고 환경부 전략환경평가(전략환경영향평가)는 환경에 영향을 미치는 상위계획 수립 시 환경보전계획과의 부합성, 대안의 설정 및 분석 등을 통하여 환경적 측면에서 해당 계획의 적정성 및 입지의 타당성을 검토하는 것으로 정의(환경영향평가법 제2조 제1항)하고 있다. 이는 전략환경평가의 일반적 개념으로 볼 때, 사업계획 이전의 상위 단계부터 정책, 계획 및 프로그램의 환경영향과 경제적·사회적 영향을 함께 고려하는 통합적인 성격을 지닌 것을 감안한다면 우리나라에서 운영되고 있는 전략환경평가는 주로 환경적인 사항에만 초점을 맞추어 전략환경평가의 큰 개념을 포함하지 못하고 있다(최희선 외, 2011)는 것을 알 수 있다. 따라서 전략환경평가를 지금처럼 각 부처 수준이 아니라 더 상위 단계에서 총괄 진행할 수 있도록 컨트롤 타워(control tower)가 필요할 것으로 판단된다.
전략환경평가의 정의를 보면 환경친화적인 국토의 기여 여부와 국토종합계획에 부합하는지 평가하는 것으로 통합적 성격을 지닌다. 따라서 우리나라 전략환경평가는 환경적인 사항에만 초점을 맞추기 때문에 큰 개념을 포함하지 못하므로 각 부처 수준이 아니라 더 상위 단계에서 진행하는 컨트롤 타워가 필요하다. 