선정평가는 우편평가, 패널평가, 혼합평가(우편 및 패널평가) 방식이 있으며, 최근에는 혼합평가 또는 패널평가를 주로 사용하고 있다. PD는 해당분야의 특성을 고려하여 우편평가(Mail Review)로 진행할것인지 또는 패널평가(Panel Review)로 진행할 것인지를 우선 결정한다. 우편평가의 경우는 신청서당 6명 정도를 평가자로 위촉해야하는데 누구를 평가자로 선정할 것인지는 전적으로 PD의 책임과 권한이며 평가자 선정에 문제가 있다면 PD는 전적으로 그사실에 대해 스스로 책임을 지도록 하고 있다(한국과학재단, 2009). 이 때 모든 신청자와 심사자는 이해관계에 대해 사전에 알리도록 규정하고 있으며, 특히 심사자는 온라인연구관리시스템(Fast Lane System)을 통해 심사대상 과제와의 이해관계를 확인할 수 있도록 되어있다. 평가는 <표 4-2>의 평가지표인 지식적 가치와 사회적 영향력을 기준으로 poor에서 excellent까지 5등급으로 평가하며 항목 간 가중치(배점)없이 점수를 부여한다.
선정평가 중 최근에는 혼합평가나 패널평가를 주로 사용한다. PD는 해당분야를 고려하여 우편평가인지 패널평가인지를 결정하고 모든 신청자와 심사자는 이해관계에 대해 사전에 알리도록 규정한다. 