연구개발사업의 기본원칙은 사업단위로 목표를 설정하고 계속사업도 중장기목표를 설정하도록 하고 있으며 성과목표의 구체성을 위하여 사업유형, 목표기한, 재원규모, 역량 등을 종합하여 도전적, 창의적, 현실적으로 설정하도록 하고 있다. 성과목표 설정 후 사업 전주기에 걸친 책임성과 평가결과에 대한 환류를 강화함으로 정성적, 정량적 성과지표를 설정하도록 하고 있다. 성과지표는 성과목표 달성도를 구체적으로 측정할 수 있도록 사업별로 성과목표에 해당하는 핵심내용을 고려하여 설정하도록 하고 있다. 즉 사업평가는 사업분석, 사업유형 결정, 성과목표 설정, 성과지표 설정 순으로 진행된다. 정부부처별 평가 대상 사업수는 103여개로 평가종료는 진행사업인 경우 중간 및 특정평가, 종료사업인 경우 종료 및 추적평가를 실시하며 부처별 사업평가는 1단계 방식과 2단계 방식으로 구분하여 운영되고 있다.
연구개발사업의 성과지표는 성과목표의 달성을 측정할 수 있게 성과목표의 핵심내용을 고려하여 설정한다. 따라서 사업평가는 사업의 분석, 사업유형의 결정, 성과목표 설정과 성과지표 설정으로 1~2단계로 구분하여 순서대로 진행된다.