권력으로부터 연구자 개인을 보호하기 위한 자유(Freedom)의 개념은 유럽에서 대학의 확산과 함께 점차 기관 차원의 자율(Autonomy)의 개념으로 확장되었다. 훔볼트는 베를린 대학의 설립을 주도하면서 교육과 강의의 자유(Lehrfreiheit und Lernfreiheit), 연구와 교육의 통합(Einheit von Lehre und Forschung), 과학과 학문의 통합(Einheit der Wissenschaft)을 이념으로 내세웠고 이는 오늘날까지 학문의 자유 개념의 원형으로 간주된다(Karran, 2009). 19세기 들어서는 독일과 오스트리아 등을 시작으로 많은 국가들이 학문의 자유를 헌법에 의해 보장하기 시작하였는데, 이는 학문의 자유가 교수나 연구원뿐 아니라 모든 국민에게 보장되는 기본적 인권으로 간주됨을 의미한다.
홈볼트가 베를린 대학의 설립을 주도하며 내세운 이념들은 여전히 자유 개념의 원형으로 간주된다. 19세기 여러 국가들이 헌법으로 자유를 보장하기 시작했는데 이는 학문의 자유가 모든 국민에게 보장되는 기본적 인권임을 의미한다.