처음부터 BK21사업 전체를 개편하기는 어려우므로, 중간평가를 거친 이후 신규선정에 들어가는 현재 시점에서 ‘학부교육 선도대학 지원사업’과 같이 일부 재원을 통해 ‘(가칭)대학원교육 선도대학 육성 사업’을 먼저 기획․추진하고 단계적으로 확산하는 추진방안 검토가 바람직하다. 여기서 재원배분의 방식은 교육역량강화사업처럼 대학원 학생 수 등에 기반을 많이 둔 비용우선적인 포뮬러펀딩(fomular funding) 방식을 활용할 수 있을 것이다. 대학원에 대한 지원이고 연구장학금에 가까운 성격을 감안할 경우에는 대학재정에 대한 비용우선적 지원보다 성과기반 지원을 강조하는 최근 유럽대학의 재정지원 방식을 도입하여 ‘성과기반 블록펀딩(performance-based block funding)' 방식을 우선적으로 고려하는 것이 더 바람직할 수 있다. 하지만 연구성과를 포뮬러 지표 등에 반영하는 이 방식은 자칫 현재의 연구개발성과에 대한 과도한 부담으로 인해 기본지원 성격이 약화되는 문제점을 여전히 가질 수 있기 때문에 지표 선정이나 적용 방식을 신중히 선택해야 한다. 이 경우 특히 지금처럼 너무 복잡하고 정량적인 방식 위주의 평가는 지양하고 대표적인 한두 개의 단순한 지표를 바탕으로 한 정량적 요소와 정성평가를 결합하는 성과평가의 기준의 반영 등을 같이 고려해야 한다. 유럽국가들도 각 국가의 특성을 반영해 다양한 성과기반 펀딩시스템을 도입하고 있으므로, 우리나라 역시 적절한 수준의 성과기반 펀딩시스템을 벤치마킹하고 도입할 수 있을 것으로 판단된다. 예를 들어 현재 우리나라에서 중점적으로 벤치마킹할 부분은 통계기반 동료평가 등이 이루어지는 학부 혹은 분야별 성과기반 펀딩시스템이 될 수 있다.
BK21사업 전체를 개편을 불가능한 일이며 먼저 일부분 재원을 통해 부분적 개편 이후 점차적으로 진행하는 것이 알맞는 방법이다. 재원 분배는 포뮬러 펀딩의 방법을 통해 이루어지며 유럽의 재정지원방식을 참고삼아 성과기반 블록펀딩 방법을 우선채택 하려고 한다. 그러나 이 같은 정책은 연구기반에 중심을 많이 둔 성격으로 연구에 대한 성과에 지나치게 압박을 받을 수 있어 이를 방지하기위해 다양한 성과기간 펀딩시스템을 필요로 한다.