목재펠릿 제조 공정을 안정적이고 지속적으로 운영하기 위해서는 제조시설 규모에 적합한 원자재 저장 공간을 보유하고 있어야 한다. 자재는 저장용 통(bins), 건물(covered building), 시멘트 바닥(cement pad) 또는 바닥(ground)에 보관할 수 있다. 공급 원료의 청결과 건조를 위한 저장 시스템 비용은 제조시설 전체 규모에 따라 적절한 규모로 설계되어야 한다. 원료는 깨끗이 보관하여 불필요한 유지비용을 최소화한다. 칩과 같은 일부 원자재는 수분을 줄이기 위해 통기성 저장 시스템(open air storage system)을 이용하며 이를 통해 제조공정 단계에서의 건조비용을 절감할 수 있다. 다양한 종류 및 형태의 원자재를 원료를 사용하는 일부 공장에서는 혼합공정을 통해 원자재를 혼합한다. 이 때 단순히 불도저(front end loader)로 자재의 묶음을 시멘트 바닥에서 혼합하는 방법과 각각의 원료를 분리된 저장용 통(bin)에 보관하고 자동 계량 시스템(automated metering system)으로 혼합하는 개선된 방법이 있다. 다양한 원료를 펠릿 성형공정 이전 단계에서 골고루 혼합함으로써 펠릿 성형과정에서의 일정한 원료 공급을 통한 제품의 균일한 생산을 유도한다.
목재펠릿 제조 공정 운영은 규모에 적합한 원자재 저장 공간, 적절한 규모의 저장 시스템 비용 설계, 보관방법에 의한 비용 최소화가 있다. 통기성 저장시스템을 통해서 건조비용을 절감할 수 있고, 일부 공장에서는 원자재를 혼합하기도 하는데, 자재 묶음을 시멘트 바닥에서 혼합하거나 통에 보관하여 자동계량시스템으로 혼합할 수 있다.