9월 6일 이전 결론 달라 요구에 재판부 "신중히 검토" 지난 7월 22일 서울시교육청 앞에서 열린 자사고지정 유지를 촉구하는 집회에 참석한 경희고 학부모들이 구호를 외치고 있다. 재지정 평가에 따른 지정취소를 둘러싼 자율형사립고(자사고)과 교육당국의 법정 공방이 시작됐다. 자사고측은 지정취소 결정이 사형이라며 공세를 폈고, 교육청은 자사고 죽이기가 아닌 설립 목적에 맞는 자사고 살리기 라며 맞섰다. 23일 지정취소에 대한 행정처분을 중단해 달라며 자사고 측이 낸 집행정지 신청의 심문기일에서 배재고와 세화고 측 대리인은 "지정취소는 학교 운영에 엄청난 혼란이 초래되고 회복할 수 없는 손해를 입는다"면서 "지정 취소란 극단적 비유로 말하면 사형"이라고 주장했다. 이들은 지정취소 처분에 대한 행정소송의 결론이 날 때까지 효력을 정지해 달라고 요구했다. 자사고 측은 본안 소송의 결론이 날 때까지 시일이 얼마나 걸릴지 모른다는 점을 들어 "승소한다고 하더라도 내년부터 일반고로 입학한 학생들은 어떻게 되느냐"면서 "결국 자사고의 정체성을 회복할 수 없는 문제가 생긴다"고 강조했다. 반면 서울교육청 측은 "자사고 지정이 취소된 것은, 평가를 해 보니 일반고랑 차별되는 특성화 교육을 하지 않는 '무늬만 자사고' 였다는 이유"라면서 "나중에 본안에서 승소하면 다시 자사고로 운영하면 되니 정체성을 잃고 다툴 기회가 박탈되는 것도 아니다"라고 반박했다. 이어 "2·3학년들은 획일화하지 않은 교육을 받도록 보장하면 되기 때문에 피해가 없다"며 "학생들이 전학 가는 등 수업료가 줄어들 것에 대비해 당국에서 보전을 해 주기도 한다"고 설명했다. 교육청은 "(이번 재지정 평가는)자사고 죽이기가 아니라 자사고 제도 살리기"라면서 "(교육의 다양성 확대라는)지정 목적에 맞는 자사고는 살리고, 일반 학교와 같은 자사고는 없애자는 것"이라고 거듭 강조했다. 집행정지 신청에 대한 재판부의 판단에 따라 올해 지정취소된 서울지역 자사고 8곳은 내년 신입생 모집을 자사고로 할지 일반고로 전환해 할지 결정된다. 재판부는 내년 입시 전형을 9월까지 확정해야 하는 일정을 고려해 늦어도 9월 6일 이전까지는 결정을 내려달라는 양측에 부탁에 "신중히 검토하겠다"고 답했다.
자율형사립고 재지정 평가에 따른 지정취소 여부를 둘러싸고 자사고 측과 교육당국의 법정 공방이 시작됐으며, 배재고와 세화고 측 대리인은 '지정취소로 학교가 감당할 혼란과 손해를 지적하며 행정소송의 결론이 날 때까지 효력을 정지해달라'고 요구했고, 이에 서울교육청 측은 재지정 평가는 교육 다양성 확대라는 목적에 맞게 자사고 제도를 살리는 방식이라 강조했다.