이러한 변화 속에서 주요 연구수행주체들인 대학과 산업계의 역량이 크게 개선되었고 그에 따라 출연연구기관은 산학연을 구성하는 하나의 부분으로 역할이 위축되기 시작하였다. 2008년 이명박 정부 출범 후 대학의 역할이 더욱 부각되고 연구개발정책의 중심을 차지함에 따라 상대적으로 출연연구기관의 역할이 축소되었고, 교과부(기초기술연구회)와 지경부(산업기술연구회)의 출연연구기관 이원관리체계로 인한 경직성은 출연연구기관의 국가혁신시스템에서의 역할과 위상을 더욱 위축시켰다.(이민형외, 2012) 이후 국가과학기술위원회의 신설과 함께 출연연구기관 관리체계가 일원화되었지만 연구회 수준의 통합은 이루어지지 못했다.
여러 변화들과 함께 더불어 대학과 산업계의 능력이 한층 더 성장되는 반면에 출연연구기관의 역할이 줄어들고 있으며 더불어 이명박 정부의 정책이 이를 더 촉진시켰다.