둘째, 연구개발 지원 정책의 평가 방식을 다양화할 필요가 있다. 직관적인 정책평가 방식으로 집행액수 또는 집행비율 등으로 평가하는 것을 생각할 수 있는데, 이는 한계가 명확한 정책 평가방식이다. 한편 대안으로 투입액수 대비 개별 기업 성과(예: 특허 건수)를 기준으로 해당 연구개발 지원정책을 평가하는 것을 생각해볼 수 있으며, 실제로 연구개발투자 성과 지표 중 하나로 널리 사용되고 있다. 또 다른 대안은 본 연구에서도 고려한 기업의 양적 성과지표(예: 매출액, 성장률, 자산증가율, 노동생산성 등)를 통해 정책을 평가하는 것이다. 그런데 이 두 가지 접근 모두 개별기업의 성과에 매몰된다는 한계가 있다. 국가가 정책적으로 기업의 연구개발투자를 촉진해야 하는 이유는 기업의 연구개발에 대한 과소투자를 극복하고, 그 성과가 국민경제에 확산될 수 있는 외부성(externality)이 있기 때문이지 어느 특정 기업들의사적 이익 극대화에 있는 것은 아니기 때문이다. 따라서 개별 기업 성과만 기준으로평가하면 정책 효과를 과소평가할 가능성도 생긴다. 따라서 연구개발 지원정책의미시적 평가(기업단위 지원규모 대비 성과지표)와 거시적 평가(전체 지원규모 대비거시경제 혹은 산업 성과지표)를 병행하는 평가시스템 개선을 통해 향후 연구개발정책의 방향을 개선해야 할 것이다.
국가가 정책적으로 기업의 연구개발투자를 촉진해야하는건 기업의 연구개발에 대한 과소투자를 극복하고, 그 성과가 국민경제에 확산될 수 있는 외부성이 있기 때문이다. 따라서 연구개발 지원정책의 미시적 평가와 거시적 평가를 병행하는 평가시스템 개선을 통해 향후 연구개발정책의 방향을 개선해야 한다.