그럼에도 불구하고, 수행가능성 또는 사회 환경적인 영향으로 수요조사나 체크리스트를 통한 평가 결과를 그대로 반영하여 주제를 선정할 수 없었으며, 최종 결정은 회의를 통하여 이루어 졌던 한계가 있었다. 예를 들면, 체크리스트 결과에서 1순위로 평가된 ‘우리나라 갑상선암 관리현황(진단부터 치료까지)’이 최종 주제에서는 제외되어 결국 정성적 인 평가에 의해 최종 주제가 결정되었다. 이러한 결과는 자칫 주제선정 과정의 투명성에 대해 논란을 줄 수 있으므로 향후에는 정량적 평가로 주제선정 과정을 일원화할 것인지, 현행처럼 진행하되 좀 더 객관성을 보완할 방안을 마련할 것인지에 대해 논의를 통해 합의를 도출해야 할 것이다.
체크리스트 등의 평가 결과를 그대로 반영하지 못하고 회의를 통해 최종결정이 이루어졌지만, 주제선정 과정의 투명성에 관한 논란이 발생할 여지를 막기 위한 합의들을 도출할 것이다.