Karran(2009)의 첫 번째와 두 번째, 그리고 네 번째 기준이 개인적 차원의 자유에 관한 것이라면 세 번째 기준은 기관 차원의 자유에 해당한다. 기관 차원의 자유는 학문과 관련된 기관의 정책 방향, 교육과 연구의 비중, 교육 방법과 커리큘럼, 연구 방향 등과 무엇보다 재원의 사용을 결정할 권한이 학술 또는 연구 기관에 주어짐을 강조한다. Karran이 기관 차원의 자유에 대해 기관장과 의사 결정 기구의 구성 방법만을 비교한 것은 달리 정량적 측정이 어려웠기 때문이다. Aarrevaara(2010)도 대학의 운영과 관리의 주체를 정부로부터 기관 자율로 이동하는 것을 주 내용으로 하는 핀란드의 새로운 법 제정(2009) 이후의 변화를 측정한 연구에서 학문의 자유를  대학의 의사 결정 주체,  스스로 느끼는 자유의 정도, 교육/연구/봉사 등 업무에 대한 평가자가 누구인지 등 세 가지 요소로 구분하여 주로 인식 조사에 의존하였다.
Karran은 첫째와 둘째, 넷째 기준이 개인적 자유라면 셋째는 기관 차원의 자유이다. 기관 차원의 자유는 기관의 정책방향, 교육과 연구의 비중, 교수학습법과 커리큘럼, 연구 방향 등, 특히 재원의 사용 결정 권한이 학술 또는 연구기관에 있다는 점이다.