한국파스퇴르연구소는 프랑스 파스퇴르연구소와의 협정을 통해 2004년 설립되었다. 주로 감염성 질환 연구에 집중해온 프랑스 파스퇴르연구소는 각 지역의 병원균을 모니터하기 위해 세계 각지에 지소(branch)를 두고 있지만, 한국파스퇴르연구소는 이런 지소의 개념이 아니고 한국 정부와 프랑스 파스퇴르연구소가 협정을 통해 공동 설립한 독립법인이라는 점에서 독특한 거버넌스를 가지고 있다. 협정에 따라 프랑스 파스퇴르연구소는 소장 1명과 3명의 이사진을 파견하고, 연구에 필요한 질병모델, 지식재산권, 기술을 무상 제공하며, ‘파스퇴르’라는 명칭의 사용을 허용해주었다. 또한 협정에 따라 한국 정부는 10년 간(‘04~‘13) 1억 유로(매년 120억 원규모)의 운영비를 지원하고 있으며, 이와 별도로 경기도는 한국파스퇴르연구소와 경기도내 이전협정을 체결하여 부지와 건설비 및 연구비를 제공하였다. 즉, 연구소의 하드웨어와 운영비는 한국이 지원하고 운영은 프랑스가 맡는 구조인데, 국내법에 의해 설립된 공익법인이고 법인격이 프랑스 파스퇴르연구소와 분리되어 있어서 특허 등의 연구 성과물이 한국파스퇴르연구소에 귀속되는 독립 조직이다.
파스퇴르연구소는 한국과 프랑스가 협정을 하여 운영하는 곳인데, 한국은 연구의 하드웨어와 운영비를 내고 프랑스가 운영을 하는 시스템이긴 하나, 한국의 파스퇴르 연구소는 프랑스 연구소와 분리되어있는 국가 공익법인으로 연구 성과물이 한국에 귀속된는 독립적인 구조이다.