마지막으로 평가주기 및 평가유형을 비롯한 프로세스의 개선이 필요하다. 현재융합연구 평가는 짧은 평가 주기 때문에 많은 평가비용이 지출되고 피평가자는 평가 제안서 작성에 많은 시간, 노력이 요구된다. 반면 평가가 이루어지는 시간은 짧기 때문에 평가자가 평가 내용을 정확히 파악하지 못하거나 피드백을 생략하는 경우가 많아 형식적인 평가에 그치는 경우가 많다. 융합연구는 이질적인 분야의 결합과정에서 용어의 차이로 인한 커뮤니케이션의 문제, 타분야 지식의 습득 및 융합개념, 방법론 등 연구 기반의 부족으로 사업 및 과제 초기에 가시적인 성과달성에 무리가 따른다. 또한 융합 인력의 육성 및 복잡한 사회 문제에 대한 새로운 시스템의 평가는 단기간에 측정할 수 없다. 따라서 융합연구의 평가는 장기적인 관점에서 사회 경제적 성과 측정이 이루어져야 한다. 과제 종료 3-5년 사이가 가장 선호되는 것으로 나타났다. 더불어 융합연구의 과제 종료 시점과 연구 성과의 경제 사회적효과 발현 시점 사이의 시간적 공백을 고려하여 추적평가를 수행하는 것이 바람직하다.
융합연구는 초기 성과달성이 어렵고, 융합 인력 육성 및 사회 문제에 대한 시스템은 단기간에 평가할 수 없으므로, 장기적으로 사회 경제적 성과를 추적평가 하는 것이 옳다.