그러나 주목할 점은 지침이라고 하더라도 대외적인 구속력을 가진다고 판단한 대법원 판결이 있다는 점이다(2012. 3. 29. 선고 2011다104253 판결). 대상 판결인 2012. 3. 29. 선고 2011다104253 판결은 다음과 같이 설시한다. “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제22조는 동법 제68조 제3항의 위임에 따라 협의취득의 보상액 산정에 관한 구체적 기준을 정하고 있는 것으로서, 이는 비록 행정규칙의 형식이나 공익사업법의 내용이 될 사항을 구체적으로 정하여 내용을 보충하는 기능을 갖는 것이므로 공익사업법 규정과 결합하여 대외적 구속력을 가진다”. 위 대법원 판례 외에도 주택관리업자 및 사업자 선정지침(국토해양부 고시)에 대하여 대외적 구속력이 있는 법규명령으로 인정한 하급심 판례가 있다. 위와 같은 대법원 판례 및 하급심 판례의 취지를 검토해 볼 때 고시, 지침 등 행정규칙의 형식을 취하고 있다 하더라도 경우에 따라 법률과 같은 대외적 구속력을 인정가능하다. 만약 현행 국가연구시설 및 장비에 관한 표준지침이 과학기술기본법의 위임에 따라 그 내용을 구체적으로 정하여 내용을 보충하는 기능을 갖는다고 판단된다면, 모든 연구시설 및 장비를 보유하고 있는 기관은 이 지침에 따라야 한다는 구속력을 가지게 될 것이다.
행정규칙의 형식일지라도 구체적으로 관련 법을 보충하는 내용이면 관련 법 규정과 함께 대외 구속력을 지닌다는 대법원 판결과 선정지침을 법규명령으로 인정한 하급심 판례를 근거로, 국가연구시설 및 장비에 관한 표준지침이 구체적 내용으로 과학기슬기본법의 보충기능을 갖는다면 대외 구속력을 지녀, 연구시설 및 장비 보유기관들은 이 치침을 따라야 할 것이다.