한편 전자문서법은 “개인정보 또는 영업비밀 보호를 위하여 필요한 경우에는 금융·의료·국방 등 분야별로 대표성이 있는 자를 우선하여 지정할 수 있다.”고 규정하여 ‘공인전자문서중계자 우선지정제’를 채택하였다(제31조의18 제1항 제2문). 이는 금융·의료·국방 등 집중관리와 독립성 및 보안성 확보가 요청되는 분야의 전자문서 유통은 민간기업보다 업종을 대표하는 단체와 협회 등 신뢰할 수 있는 제3의 기관이 전자문서중계자로 역할을 할 수 있도록 하며, 지정제의 경우에 지정요건이 충족되면 모든 신청자가 지정을 받을 수 있기 때문에 지정제로 인한 전자문서중계자의 난립 방지가 필요하다는 이유에 기인한다.
전자문서법에서는  공인전자문서중계자로 민간기업보다 업종 대표 단체와 협회 등 대표성이 있고 신뢰할 수 있는 제3의 기관이 전자문서중계자 역할을 맡게 한다.