역사적으로 국가 교육부(Ministère de l'Éducation nationale)의 한 부분을 이루었던 2가지 권력을 모아 탄생한 것이 바로 고등교육연구부다. 1936년 “인민전선” 정부시절 과학연구 차관을 국가 교육부에 두었으나 1937년 폐지했다. Pierre Mendès France 행정부(1954. 6. 19. ~ 1955. 1. 20.)가 들어선 1954년부터 특정 정부에서 과학연구와 기술진보를 위해 장관급을 두었다. ichel Debré 행정부(1959. 1. 8. ~ 1962. 4. 14.) 들어서 하나의 과학 연구부(Ministère de la Recherche scientifique)로서 직무를 갖게 되었다. 이때부터 연구는 “원자력 및 우주공간 문제”를 포함해서 산업 또는 고등교육과 묶여 정부의 여러 부처 장관 또는 차관급이 맡게 되었다. 차관급의 특정한 자율성을 가지며 1981년부터 고등교육이 새로이 국가교육에 편입되었다. 고등교육연구부는 1993년 Édouard Balladur 행정부(1993. 3. 29. ~ 1995. 5. 11.)에서 처음으로 창설되었다가 2007년 재편되었다. 2006년에 세워진 국가 교육부(ministère de l’Éducation nationale)와 고등교육연구부가 2009년 3월 변형되어 현재에 이르고 있다.
프랑스의 고등교육연구부는 과학연구와 기줄진보를 위해 설립되었다. 연구는 원자력 및 우주공간 문제를 다루었으며, 산업과 고등교육과 합쳐져 정부의 여러 부처 장관과 차관급이 담당하게 되었다. 1981년에는 고등교육이 국가교육에 속하게 되었고 2009년에 국가 교육부와 고등교육연구부가 변형되어 현재까지 이르고 있다.