그러나 일부 종돈장을 제외한 대다수 종돈장이 영세하고, 육종개량 및 종돈생산의 전문성이 부족하기 때문에 개인 종돈장들은 지금까지 육종개량에 대한 필요성을 절실하게 느껴오면서도 엄청난 자금과 전문적인 노하우가 필요한 육종프로그램 조성에는 무관심해질 수밖에 없었고, 외국육종회사에만 수익을 주는 대리점 역할에만 만족해야 하였다. 육종 전문가들은 시장이 원하는 개량목표가 되는 주요생산형질의 유전력, 환경과의 상관관계, 부계/모계의 계통구분이나 각 대륙 간의 종돈특성을 고려하지 않은 상태에서 종돈이 분양되는 사례가 적지 않으며, 심지어 이들 수입종돈이 어떠한 품종이고, 어떤 방법으로 계통조성된 종돈인지도 모르는 상태에서 수입되는 경우가 있고, 육종개량을 외국에 전적으로 의존하고도 단순히 종돈을 분양/판매하는 구태에서 탈피하여 이제라도 국내 실정에 맞는 육종프로그램 조성에 나서야 할 것이라고 밝히고 있다. 육종사업은 종자개념의 유전자원 확보차원에서 추진되어야 하므로 정부의 적극적인 지원과 뒷받침 없이는 불가능하다. 전문가들은 대부분의 종돈장들이 울며 겨자먹기식으로 소모성 외국산 종돈을 수입하고 있는 자체도 그 동안 정부주도의 육종사업체계가 조성돼 있지 않은 데서 비롯된 것이라고 지적하고 있다. 유럽/미국 등 선진국의 육종개량사업 사례를 보면 단일 품종을 개량하는데 무려 16-17년이 소요되고, 개발자금만 4백억원 이상 소요되기 때문에 관련사업에 직접 국가가 참여하여 민간종돈장에 개량된 종돈이나 정액을 보급해주고 있는 점은 시사해 주는 바가 크다. 오늘날 이들 국가의 종돈장이나 육종회사들이 세계 종돈시장을 좌지우지하고 있고, 육종개량 기술부문에서 자타가 공인하는 명성을 유지하게 된 그 이면에는 국가의 적극적인 지원과 배려가 숨어있었다는 사실을 간과할 수 없다.
영세하고 전문성이 결여된 개인 종돈장은 외국육종회사의 대리점 역할에 그친다. 육종전문가는 주요생산형질의 유전력, 환경과의 상관관계, 부계/모계의 계통구분, 대륙 간 종돈특성이 고려되지 않은 채로 종돈이 분양되는 점, 품종과 계통조성 방법을 파악하지 못한 채 수입종돈을 수입하는 점을 지적하고 국내 실정에 맞는 육종프로그램 조성의 필요성을 밝혔다. 따라서 정부 주도의 육종사업체계 지원이 필요하다. 국가가 직접 관련사업에 참여하는 선진국의 사례는 시사하는 바가 크다.