수확은 알곡을 손으로 으깨도 즙이 나오지 않을 정도로 여물고 수분함량이 30% 이하일 때 하되, 비가 오거나 습기가 많은 날은 피하여 맑고 건조한 날에 실시한다. 병 발생이 심한 포장과 건전한 포장의 알곡은 따로 수확해서 따로 관리한다. 대개 병든 알곡은 가볍기 때문에 콤바인 수확 과정에서 송풍기 회전수를 조절하여 최대한 제거하면 저장 중오 염원을 최소화할 수 있다. 아울러 수확한 후에는 알곡에 습기가 없도록 수분함량을 15% 이하로 신속하게 건조해서 보관한다. 충분히 건조 되지 않은 알곡은 저장 중이라도 곰팡이가 발생할 수 있는 습한 환경이 조성되면 언제든 곰팡이 독소에 오염될 수 있다. 건조된 알곡을 저장할 때는 통풍이 잘되는 곳에 보관한다. 결론적으로, 생산부터 수확 후 저장까지 붉은곰팡이병 발생과 독소 오염을 효과적으로 막기 위해서는 단계별로 실시되는 맞춤형 예방법이 종합적으로 적용되어야 한다.
수확은 수분함량 30% 이하일 때 하되 건조한 날 실시하며, 병 발생이 심한 알곡은 따로 통풍이 잘되는 곳에 보관하여야 하고, 결론적으로 붉은곰팡이병 발생과 오염을 효과적으로 막기 위한 맞춤형 예방법이 적용되어야 한다.