둘째, 융합연구의 특성을 반영한 평가체계의 설계이다. 이를 위해서는 먼저 기존 연구개발사업의 평가방법에 대한 현황 분석이 필요하다. 그 다음, 융합연구가 기존연구와 평가방법이 달라야하는 논리 개발이 뒤따라야 한다. 즉, 앞서 규명한 융합연구의 특성이 반영된 평가체계의 개선책을 수립한다. 이때 융합연구 평가의 기본방향 설정과 더불어 새로운 평가요소 및 평가방식도 함께 살펴본다. 특히 현장 연구자로부터 많이 제기되어온 정량적 평가방식에 대한 재검토도 함께 다룬다. 정부 연구개발사업은 주관부처와 사업별 목적에 따라 평가체계가 다르다. 또한 사업이 기초·응용·개발 단계 중 어느 영역에 위치하고 있는지에 따라 평가의 주안점이 달라지기도 한다. 따라서 대표적인 융합 연구개발사업에 대해 먼저 사업단위의 평가체계를간략히 살펴보고, 사업내부 과제 선정 및 성과평가 시 주요 평가항목을 분석한다. 다양한 문헌분석 결과와 현장 연구자들의 현행 융합 연구개발 과제 평가에 대한 인식 등을 살펴봄으로서, 현장 연구자에게 직접적인 영향을 미치는 과제 단위의 평가체계가 어떻게 설계되어야 하는지 방향성을 찾는다. 이와 더불어 국내외 평가체계에 대한 이론과 현황을 조사·분석하여 융합연구의 목적성 달성을 위해 현행 평가체계가 어떻게 달라져야하는지에 대한 시사점을 얻는다. 최종적으로는 융합연구의 특성을 반영한 융합연구 과제에 대한 종합적인 평가체계 개선방향을 제시한다. 또한 융합연구의 연구개발 단계와 수준을 고려한 유형화된 평가체계를 제시하여 부처별로 각기 다른 성격을 갖는 사업에 적용가능성을 높일 수 있는 방안을 제시한다.
융합연구의 특성을 고려한 평가체계를 설계하기 위해 우선 기존 연구개발사업의 평가방법에 대한 현황 분석을 해야한다. 다음으로 융합연구에서 기존연구와 평가방법이 달라져야 하는 논리를 개발해야 한다. 이때 융합연구 평가의 기본방향 설정과 함께 새로운 평가요소 및 방식도 함께 고려한다. 이를 통해 최종적으로 융합연구 특성을 반영한 융합연규의 종합적 평가 체계 개선방안을 도출한다.