사축처리센터가 모든 처리를 다 할 수 있는 곳은 아니다. 처리된 결과는 열처리라면 액상, 생물학적 처리라면 뼈와 같은 고형물이나 오염을 제거한 토양, 소각이라면 재와 같은 형태를 갖는다. 이중 액상은 인근 폐수처리장으로 보내져야 하고, 고형물이나 토양은 매립장으로 보내지게 된다. 따라서 지역별로 이들 시설의 처리용량을 확인해야 하고, 해당 시설로의 반출 역시 사전에 상의되어야 한다. 가축사체가 발생하는 이유는 차단방역 목적을 위한 것이고, 우리나라가 가지고 있는 환경법규로 수용할 수 없는 오염물질로 간주한다면, 이러한 사축처리센터에서 기술적으로 차단 방역과 환경관리 목적을 달성할 수 있을 것이다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.