한편, 자유무역지역법에 따르면 동법은 ʻʻ자유로운 제조, 물류, 유통 및 무역활동 등이 보장되는 자유무역지역을 지정 운영함으로써 외국인투자의 유치, 무역의 진흥, 국제물류의 원활화 및 지역개발 등을 촉진하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다ʼʼ 라고 하여 기본적으로 자유로운 제조, 물류, 유통 및 무역활동 등을 자유무역지역에서 보장되도록 함에는 일견 특허보세구역의 취지와 공통점이 있으나, 종국적으로는 외국인투자의 유치와 무역의 진흥을 통하여 국제물류의 원활화, 지역개발 등의 목적으로 함에는 양 제도가 뚜렷한 차이점을 보이고 있다.
동법과 특허보세구역은 자유무역지역의 무역활동 범위 규정에 대해서는 동일하지만 동법은 외국인 대상 무역으로 물류의 활성화를 위한 목적이라는 점에서 차이가 있다. 