2000년대 들어서면서 발생한 가장 중요한 변화는 정부 연구개발사업에 대한 범부처적 조정 기구의 설치 및 이의 지속적 운영을 통해 정부 연구개발사업의 생산성 향상을 시도해온 것이라고 할 수 있다. 2001년 제정된 과학기술기본법을 근거로 과학기술부 장관을 부총리급으로 격상시키고 산하에 과학기술혁신본부를 설치하였으며, 2010년에는 국가과학기술위원회를 상설 행정위원회로 개편하였으며, 현재 미래창조과학부의 과학기술조정관실에서 관련 업무를 수행하고 있다. 정부 연구개발사업의 범부처적 조정 기구가 한 국가의 상설 행정기관으로 설치된 사례는 흔치 않았다. 미국 백악관 산하의 과학기술정책국(OSTP)도 정부 연구개발사업에 대한 범부처적 조정 기능을 담당하기보다는 범부처적 협력이 요구되는 국가 연구개발사업 이른바 대통령연구사업들(presidential initiatives)에 대한 총괄 기획 기능을 주로 담당하고 있다.
2000년대 정부는 연구개발사업 분야의 생산성을 위해 과학기술부의 위치 및 혁신본부의 설치 이후 과학기술위원회를 상설 위원회로 전환했다. 이는 전 세계적으로 일반적인 사례가 아니며, 미국의 과학기술정책국도 총괄적으로 관련 업무를 보고 있다.