현재 3개 부처가 운용하고 있는 식품인증·표시 제도의 현황을 살펴보면 총 37종의 제도가 운용중인데 인증이 27종, 표시가 10종이다. 부처별로 살펴보면 식품의약품안전처는 총 14종의 제도를 운용하고 있고(식품인증 7종, 식품표시 7종), 농림축산식품부는 총 16종(식품인증 14종, 식품표시 2종), 그리고 해양수산부는 총 7총(식품인증 6종, 식품표시 1종)을 운용하고 있다. 제도의 운용방식을 보면 8종이 의무규정, 29종이 임의규정으로 운용되고 있는데 의무규정으로 운용되고 있는 8종의 제도는 원산지 표시 4종, HACCP 인증 1종, 건강기능식품 인증 3종으로 나타났다.
식품의약품안전처, 농림수산식품부, 해양수산부에서 총 37종의 식품 인증·표시 제도를 운용하고 있다.