저소득층의 보험료 지원은 현재 논의되고 있는 부과체계 개편이 실현된다는 전제하에 서술하도록 한다. 현재 당정협의체에서 논의되고 있는 부과체계 개편안에 따르면 지역가입자 중 소득파악이 어렵거나 소득이 낮은 그룹에 대해 최저보험료를 부과할 방침이다. 최저보험료 수준은 현재 직장가입자의 보험료 하한(월 소득 28만원 이하)인 16,480원 예상하고 있는데, 직장가입자는 고용주가 16,480원의 50%를 지원하지만 지역가입자는 매칭할 수 있는 고용주가 따로 없으므로 16,480원을 본인이 부담해야 할 것이다. 여기서 취약계층의 건강보험료를 국고보조 하는 경우, 지역을 따로 구분하지 않고 최저보험료 16,480원을 납부하는 계층의 보험료 전액을 국고로 지원해 주는 것을 제안한다. 대만이나 네덜란드처럼 저소득층의 보험료를 차등지원하는 방식을 택할 수도 있는데, 그렇게 되면 수혜자의 범위가 더욱 넓어질 것이다.
부과체계 개편을 통한다면 저소득 그룹과 소득파악이 어려운 대상에게 건강보험료 지원 방안을 마련할 수 있다. 최저보험료 부과대상자의 보험 전액을 지원하는 방식이다.