대분류 수준인 범주가 파악된 후에 대분류의 정의에 맞게 분석하기 위한 기준을 설정하였다. 기준 구성을 위해서 기본적으로는 투입 자원과 성과라는 틀을 설정하였으나 두 개 이상의 개념을 가진 범주에 대해서는 개념별로 구분하였다. 예를 들어 과학기술혁신역량의 경우 투입자원 기준(연구비. 연구인력)과 성과기준(논문이나 특허 등)로 분석하였고 반면에 사회문화 범주에 대해서는 사회적 기준과 문화적 기준으로 구분하였다. 이러한 분석 기준은 가능한 2X2 Matrix로 분석하기 위해 2원화함을 원칙으로 하였다. 이러한 과정에서 2원화되지 못한 변수들을 고려하여 기타 사항으로 처리하였으며 이 항목에 대해서는 지수화를 시키지 않고 현상을 설명하기 위한 자료로만 활용하였다. 예를 들어 사회문화 변수에서 주민 1000명당 의사 수라는 지표는 사회 또는 문화 지표에 포함시키지 않았으나 그 지역의 의료 수준을 설명하는 데 활용하는 것이다.
대분류 수준 범주를 파악후 정의에 맞게 분석기준을 설정했다. 기준구성에 투입자원과 성과라는 틀을 설정, 두개이상의 개념의 범주는 개념별로 구분했다. 2x2 martix분석하기 위해 2원화하였다. 되지 못하면 지수화시키지 않고 현상설명자료 썻다.