논문·특허와 같은 계량적 성과지표가 높은 것 자체가 문제될 순 없지만, 과연 융합연구가 당초 지향하는 바를 달성하였느냐는 또 다른 문제다. 정부 연구개발사업의 성공률이 90%가 넘지만, 실제 사업화 성공률은 20% 수준으로 선진국 대비 극히낮은 것은 모험적·도전적 연구를 회피하기 때문이라는 지적이 많다. 이러한 현상을 극복하기 위해 융합연구를 장려하고 있지만, 기존 논문·특허 등 계량적 평가기준을 그대로 적용한다면 역시 같은 결과를 얻을 가능성이 높다(이광호 외, 2013). 특히혁신시스템을 추격형(catch up)에서 선도형(first mover)으로 전환함에 있어 융합연구의 역할이 중요해짐에 따라 기존 연구와는 차별화된 정책적 접근의 필요성이 높아졌다. 따라서 융합연구가 원래 의도한대로 모험적·도전적 연구를 지향하고 기술적 난제 극복과 사회문제 해결이라는 성과를 얻기 위해서는 기존 평가체계와는 다른 접근이 필요하다.
모험적·도전적 연구의 기피는 실제 사업화 성공률을 저조하게 만든다. 이와 같은 현상을 극복하려는 융합연구의 근본적 목표를 달성하기 위해서는 기존 평가체계에서 벗어나 차별화된 정책을 기반으로 연구를 진행해야 한다.