연구비는 1단계에서 정부출연금 300억원, 민간 투자액 47억 7천 5백만원, 2단계에서는 정부출연금 300억원, 민간투자액 42억 5천 200만원, 3단계에서는 정부출연금 360억원, 민간 투자액 83억 9천 3백만원으로 총 1146억 8천 6백만원이다. 특히 3단계 사업기간에는 연구개발 성과의 실용상업화를 촉진하기 위하여 천연물 신약개발에 있어 병목구간인 임상 및 전임상 시험 단계를 해소하고자 매 연차별 10억원 가량의 정부지분 연구비를 예비비 형식으로 배정하여 두었다가 수시로 임상 연구비를 지원하는『임상 및 전임상 시험 연구비 수시 지원 시스템』을 가동하여 연구 결과의 조기 실용상업화를 이루기 위해 적극적으로 유도하였다.
연구비는 3단계에 걸쳐 정부출연금과 민간투자액을 합쳐 총 약 1147억이다. 3단계에서는 예비비를 배정하여 연구결과를 조기 실용상업화할 수 있게 하였다.