통계지리정보서비스의 역사는 2005년으로 거슬러 올라가는데 2005년에 통계지리정보과를 창설하여 서비스 준비를 시작하였고, 2006년에 본격적으로 통계지리정보서비스 사업을 추진하기 시작하여 대전광역시를 대상으로 공간 데이터베이스를 구축하고 통계내비게이터 서비스를 시범적으로 실행하였다. 2007년에는 지리정보시스템을 기반으로 한 소지역 통계구역 획정에 관한 연구를 수행하였고, 2008년에는 표준통계구역 설정에 관한 연구를 수행하였다. 상기 연구들을  바탕으로 2007년에 특별시 및 광역시를 대상으로, 2008년에는 전국 대상으로 통계지리정보서비스를 시범운영했으며, 2009년에는 전국을 대상으로 통계지리정보서비스를 본격적으로 시작하였다. 2010년에는 2000~2003년 사업체조사결과를 수록하였고, 2008년 사업체통계와 2005년 농립어립센서스를 확충하였다. 2011년에는 2005년과 함께 2000년 정보도 제공함으로써 시계열 콘텐츠와 함께 모바일 콘텐츠도 확충하였다. 2013년에는 2010년 인구 및 주택 총조사 정보와 2011년 기준 사업체 통계를 확충하였다(안재학, 2014; 표 4-3 참조). 이러한 노력의 결과 통계내비게이터를 이용하면 3개 년도(2000년, 2005년, 2010년)의 다양한 센서스 정보를 일정한 공간단위(집계구 소지역)를 대상으로 추출할 수 있게 되었다.
통계지리정보서비스는 2005년 통계지리정보과가 창설, 1년 뒤 본격적으로 서비스를 시작했으며 시범으로 대전광영시를 지정했다.  이후 점차 범위를 넓혀 2008년에는 전국적으로 서비스를 운영했으며 인구 및 주택 총조사, 기준사업체 통계 등의 자료를 확보했다.