그러나 무엇보다도 재난안전예산의 배분방식과 관련한 문제점은 앞서 언급한 바와 같이 안전관리예산 분류체계의 비체계성과 밀접하게 관련이 있다. 재난안전예산은 각 부처의 다양한 사업들과 관련되어 있어 이를 통합해서 관리하기 어려운 측면이 있으며, 그 유형이 지나치게 단순하거나 지나치게 복잡하여 우선순위판단에 전혀 유용한 정보를 제공하지 못하고 오히려 기존 사업에 정당성을 부여하는 결과를 초래하고 있다. 또한, 현행 분류체계는 단일한 기준에 의해서만 분류를 시도함으로써 부처별, 재난유형별, 재난단계별, 회계별 등의 다양한 정보를 체계적으로 담을 수 없다는 것이다. 이를 해결하기 위해서는 재난안전 분야에 대한 범위를 결정하는 동시에 합리적인 분류체계를 마련함으로써 재난안전관리 부문의 실질적인 예산통합이 이루어져야 한다. 또한, 앞서 검토한 UN의 분류체계를 활용하는 방안과 제1절에서 제안한 방안을 활용하는 방안 등이 다양하게 검토될 수 있을 것이다. 이 과정에서 일반적인 기반시설을포괄적으로 재난안전예산에 포함하는 광의의 정의와 재난안전시스템 구축과 재난예방 및 재해대책부문만을 재난안전예산의 범위에 포함하는 협의의 정의가 가능하다는 점을 고려할 필요가 있다(최성은, 2014).
재난안전예산의 배분방식의 문제점은 안전관리예산 분류체계의 비체계성과 관련이 있다. 재난안전예산은 다양한 사업들과 지나치게 연관되어 있어 통합관리가 어렵고, 현행 분류체계의 문제도 있다. 이의 해결을 위해 합리적인 분류체계를 만들어야 하며 재난안전관리 부문의 실질적인 예산통합이 이루어 져야 한다.