본 연구의 수행과정에서 마치 교과 활동은 자유학기제에서 제외되고 ‘시범 운영계획’에서 밝힌 이른바 ‘자율과정’만이 자유학기제에서 이루어지는 활동으로 인식되는 경우가 적지 않다는 것을 확인할 수 있었다. 그렇지만 ‘시범 운영계획’에서도 ‘수업 운영을 토론, 실습 등 학생 참여형으로 개선하고 진로탐색 활동 등 다양한 체험 활동이 가능하도록 교육과정을 유연하게 운영하는 제도’(교육부, 2013a: 3)라고 밝히면서 학교 교육과정 개선을 위해 ‘교수·학습 방법의 다양화, 교육과정 편성·운영 유연화, 평가방법의 변화’(교육부, 2013a: 4)를 강조하고 있는 데서 알 수 있는 것처럼, 교과 활동도 자유학기제의 중요한 부분임에 틀림이 없다. 다만 자유학기제에서 교과 활동으로 어떤 새로운 편성·운영을 요구하기보다, 종래의 교사 주도의 강의식 활동에서 학생 중심 및 학생 참여형의 다양한 활동이 가능하도록 ‘개선’한다는 것에 초점을 두고 있는 것이라고 할 수 있다. 따라서 자유학기제는 종래의 교과 활동에 자유학기 활동이라는 새로운 어떤 것을 추가하는 것이라기보다 종래의 교과 활동의 개선과 함께 학생의 요구에 기반을 둔 다양한 활동의 확대로 이해될 필요가 있다.
본 연구에서는 교과 활동이 아닌 자율과정만 자유학기제의 활동으로 여겨지는 경우가 상당하다는 것을 알 수 있었다. 그러나 시범 운영계획에서도 알 수 있듯이 교과 활동 역시 자유학기제에서 중요한 영역이다. 이때 교과 활동은 기존 교과 활동에 다양한 활동을 반영하여 참여형으로 개선하는 것으로 보아야 한다.