또한 KIST는 자율적인 연구소 운영을 법적으로 보장받기 위해 ‘한국과학기술연구소육성법’을 제정하고 연구의 자율성, 연구소 재정의 안정적 보상, 합리적이고 자유로운 분위기 조성이라는 기본 이념을 명확히 하였다. 즉, 국가의 재정지원을 보조금이 아닌 출연금 방식으로 하여 연구개발에 대한 정부의 관여를 배제하므로써 연구의 자율성과 연구의 지속성을 확보하고자 했으며 산업계와의 수탁연구제도를 통해 기업의 기술개발을 적극 지원하였다. 50여 년이 지난 지금 KIST의 운영 원칙과 방식은 조금씩 변화되었지만 여전히 정부출연연구기관 운영시스템의 근간을 이루고 있다.
KIST는 국과학기술연구소육성법 개정, 산업체와 연계, 기업의 개발지원, 정부지원금의 출연금 방식전환 등 국가의 간섭에서 벗어나 대학의 자율성을 높였다.