둘째는 자료 확보의 어려움이다. 간단한 비용자료라도 원칙적으로 자료 제공기관에서 IRB 승인을 받아야 하며 자료 제공을 위해서는 담당과 의사 뿐 아니라 자료를 관리하는 부서의 협조가 수반되어야 한다. 또한 일부 비급여 본인부담 비용자료는 각 의료기관에서 공개하기 꺼려하는 정보들이 있기 때문에 의료기관에서 비급여 본인부담 비용을 포함한 자료를 받는 것이 쉽지 않다. 환자 의무기록은 해당 의료기관에 직접 방문하여 제한된 조건하에서 접근이 가능하므로 실제로 자료를 확보하는 것이 어려운 편이다. 또한 환자 개별의 의무기록 정보를 수집할 경우 CRF 작성 등 일반적으로 별도의 절차가 더 필요하다.
자료 확보에는 자료 제공기관의 IRB 승인과 담당 부서의 허가가 필요하다. 의료기관이 비공개하고 싶어하는 정보도 있고 환자 의무기록은 CRF 작성 등 추가 절차가 요구된다.