DB의 내용에는 몇 가지 한계가 있다. 우선 기업의 재무 정보 중 연구개발비 정보는 재무제표 중 관련 항목을 추출해서 합산한 것이라서 설문조사를 했을 경우 얻어질 정보와 차이가 있을 수 있다. 재무제표 상의 연구개발비 항목은 한국산업기술진흥원, 중소기업중앙회, 한국신용평가정보 등에서 공통적으로 사용하고 있는 기준을 적용했다. 즉, 감사보고서의 주석사항에 ‘연구개발비’로 기입된 값이 있으면 그것을 우선 사용했고, 이 값이 없을 경우는 [재무상태표의 개발비], [손익계산서상의 개발비 상각 + 연구비 + 경상개발비], [제조원가명세서상의 연구비 + 경상개발비]를 모두 합한 금액을 사용했다. 이 두 가지 값이 모두 있는 기업은 112개였는데, 그 중 7개 기업만 두 값이 같았고 나머지 기업들은 차이가 있었으며, 그 차이의 폭도 적게는 10% 이내에서 크게는 두 배가 넘기도 했다. 따라서 본 DB에서 연구개발비 데이터는 정확도나 신뢰도에서 한계가 있다.
연구개발비 정보는 재무제표에서 관련 항목의 합을 활용하여 설문조사 값과 차이가 난다. 항목은 공공기관의 공통 기준을 사용했다. 연구개발비 기입값이나 개발비 관련 항목을 합하엿다. 대부분의 기업에서 값 차이가 나서 DB는 정확성과 신뢰성에서 한계가 있다.