그러나 최근에는 FDA에서 부정확한 정보 제공의 위험성을 우려하여 규제를 하고 있는 추세에 있다. 뿐만 아니라 같은 샘플을 두고 업체 간 분석 결과의 불일치 현상 등이 보고되면서 신뢰도에 의문이 제기되고 있다. 미국의 저널리스트 Kira Peikoff는 23andMe와 Pathway Genomics, 그리고 Genetic Testing Laboratories (G.T.L.) 세 업체에 자신의 유전정보 분석을 의뢰한 결과, 상당한 불일치가 있었다고 New York Times에 기고하였다. 가령 건선(psoriasis)의 경우 23andMe의 결과 는 약 20.2%의 발병 위험도를 나타낸 반면 G.T.L.의 결과는 고작 2%의 값이었고, 류마티스 관절염(rheumatoid arthritis)의 경우에도 각각 8.2%와 2.6%로 차이를 보였다. 관동맥성 심장병(coronary heart disease)이나 제2형 당뇨병(Type 2 diabetes)에 대해서도 위험 정도에 대한 해석이 달라 소비자들의 혼란을 야기할 가능성이 존재하였다. 2013년 11월 미국 FDA는 유전정보 분석 서비스의 정확도 및 영향을 우려하여 23andMe의 질병 예측 서비스의 중지를 명령했고, Pathway Genomics의 테스트 키트는 2010년 5월 온라인 판매 중지 명령을 받았다. 결과적으로 SNP를 이용해 유전정보 분석 서비스를 제공했던 초기세대 DTC 업체들은 제약 회사에 인수 합병되거나 서비스의 범위가 제한되는 등 위축되는 모습을 보였다.
질병 예측 서비스를 제공하는 세 업체에 유전정보 분석을 의뢰한 결과, 업체간 발병 위험도 예측에 큰 차이를 보였고 위험 정도에 대한 해석도 달라 소비자들에게 혼란을 줄 가능성이 있었다. 이렇듯 정보 제공의 정확도와 신뢰도에 의문이 제기되면서 FDA가 규제를 가하고 있으며 초기세대 DTC 업체들은 위축되고 있다.