일본은 일본 국가 혁신 조사(Japanese National Innovation Survey)를 수행하고 있으며,4) 역시 오슬로 매뉴얼과 CIS의 기본 포맷을 준수하면서 최근의 이슈와 연구 동향을 반영하여 독자적인 설문을 구축한다. 설문 주기도 상대적으로 길어서, 2003년에 첫 라운드가 수행된 이후 2009년에 두 번째 라운드를 진행하였으며, 최근 2012년까지 총 세 번의 조사가 이루어졌다. 대신 조사 규모와 이슈의 포괄범위가 커서, 2012년 표본 규모는 25,000개사에 달하며 신성장동력, 무형자산 등 특별 이슈를 포 함하고 있다. 일본 역시 OECD 등에 그 결과를 제출하여 국제 비교에 참여하고 있다.
일본은 기본 형식을 따르면서도 독자적인 국가 혁신 조사를 총 3번에 걸쳐 시행하고 있으며 그 결과 통해 다른 국가와 비교하고 있다.