기관장의 선임과 관련하여 우리나라는 정부가 연구회 이사의 자격으로 이사장 후보 추천 및 의결 과정에 직접 참여하지만 독일의 경우, 연구회의 최고 의사 결정 기구인 총 회와 평의원회에는 산하 연구소장과 연구자들이 참여한다. 기관장의 임기도 대부분 3년 단임인 우리나라에 비해 독일은 종신 또는 10년 이상의 장기간을 보장 받고 있다. 우리 「공공 기관 운영에 관한 법률」, 「과학 기술 분야 정부 출연 연구 기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」, 「국가과학기술연구회 정관」 등에 출연연의 역할 및 임무에 대한 명확한 규정이 없어 정부의 성격과 소관 부처의 특성에 따라 임무 및 역할과 관련한 일관성이나 방향성에 혼성을 초래하기도 하며 지속적으로 정체성 논란을 빚고 거버넌스 개편이 이루어지고 있지만 독일은 연구 수행 단계에 따라, 영국은 연구 분야에 따라 역할과 미션이 명확히 규정되어 있음도 주목할 만하다. 예산과 인력 운영 측면에서도 연구회 및 산하 연구소의 자율권은 크게 차이나며 무엇보다 단기 성과 중심의 우리 평가 제도와 독일의 6~7년 주기 정성적 평가는 연구의 자율성과 책임성에 큰 차이를 주고 있다.
우리나라와 비교하여, 독일의 연구회 및 산하 연구소는 기관장 선임 참여자, 기관장 임기, 역할과 미션에 대한 명확한 규정 등에서 차이가 있으며 특히 예산과 인력 운영 측면에서의 자율권의 차이가 크고 평가 제도의 차이 또한 자율성, 책임성에 큰 차이를 주고 있다. 