식약처는 HACCP 제도의 실효성 확보를 위해 사후 관리에도 총력을 기울 일 계획이다. 올해 8월 이른바 ‘원스트라이크 아웃제’를 도입해 HACCP 지 정 업소가 주요 위생안전 조항을 위반하거나 평가점수가 60점 미만일 때는 즉시 HACCP 인증을 취소할 방침이다. 또한 HACCP 인증 유효기간 갱 신제도를 신설해 3년마다 HACCP 재심사를 받게 할 예정이다. 불시에 업 체를 방문하는 현장 점검의 기능도 강화된다. 정기적인 평가 외에도 식품 위생법 위반업체나 시기별 수요가 많은 식품 생산업체를 무작위로 방문하는 수시 점검도 추진할 계획이다. 앞서 식약처는 지난 10월부터 전국의 떡볶이 떡‧ 알 가공품 제조업체, 순대 원료 판매업체를 대상으로 위생관리 실태 등을 집중 점검하고 있다. 점검 결과 위생이 취약한 부분은 제도 개선을 통해 보완할 예정이다. 한편, 현재 HACCP 의무적용이 완료된 품목은 어묵류, 배추김치 등 7개 품목이며, 어육소시지, 과자‧ 캔디류 등 8개 품목은 2020년까지 단계적으로 의무화를 추진하고 있다.
식약처의 HACCP 사후 관리로 올해 8월 원스트라이크 아웃제 도입, 위반이나 평가점수 60점 미달은 즉시 인증 취소,  유효기간 갱신제도로 3년 주기 재심사 한다. 불시 무작위 점검도 강화하며 지난 10월부터 집특정 품목 위생을 집중 점검, 취약점은 제도 개선으로 보완한다.