이러한 선도연구센터지원사업의 심층평가가 평가의 전문성을 제고하기 위한 좋은 취지의 제도임에도 불구하고 연구자 및 평가위원에 대한 평가부담, 평가의 공정성 등의 문제소지가 있다. 신청된 과제 전체에 대하여 본계획서를 제출받아 심층평가를 실시함으로서 평가위원의 평가부담과 연구책임자의 계획서 작성 부담이 발생하며 또한 심층평가위원이 1차 토론평가 및 2차 발표평가를 모두 참여함에 따라 평가위원의 외부 노출 가능성으로 인하여 평가의 공정성 문제 발생 가능성이 있다. 따라서 평가부담을 완화하고 공정성을 강화할 수 있는 방향으로 제도적 개선이 필요하다.
선도연구센터지원사업 심층평가는 전문성을 제고하기 위한 제도임에도 불구하고 평가부담과 공정성 등의 시비가 있다. 이를 완화할 수 있는 체질적 개선이 필요하다.