각 기관별 자료의 통합 자료원을 구축하지 않고, 요구가 있을 경우 해당자료를 보유하고 있는 원자료 관리기관으로부터 자료를 제공받아 연계자료를 생성하는 보건의료 자료연계 체계 구축 방안이다. 이 경우는 관련 자료들을 한 곳에 모으는 체계가 아니라 각각의 원자료들은 해당기관에서 분산하여 운영 관리하면서, 사회적 이슈에 대응하여 필요한 자료원을 만들어 제공하는 방안으로, 개인정보의 보장을 극대화하면서 공익을 위한 근거생성이 가능하다는 장점이 있다. 따라서 자료연계 체계를 구축함으로써 통합자료원 구축 시 야기될 수 있는 자원의 중복 및 개인정보 보호 문제를 극복하면서 근거생성을 위한 의미 있는 자료원을 생성할 수 있을 것이다.
요구가 있을 때만 해당 기관으로부터 자료를 받아 연계자료를 만드는 보건의료 자료연계 체계 구축 방안은 자원의 중복과 개인정보 보호 문제를 해결하고 근거생성을 위한 자료원을 만들 수 있다.