그러나 실질적으로 개별과제 차원의 추적평가가 효율적으로 이뤄져야 사업 차원의 질적 성과가 제대로 분석되어진다는 점을 감안할 때 개별과제 차원의 추적 평가 지침을 정성평가 관점에서 보다 구체적으로 명확히 할 필요하다. 현재 대부분의 추적평가는 연구수행기관의 자체 보고서에 의존하고 있으며, 그나마도 종료된 후 3~5년이 경과한 사업 중 예산규모, 사업기간, 사업성격, 분야 특성 등을 종합적으로 고려하여 대상 선정하도록 하고 있는데(미래부, 2015c), 추적평가의 어려움과 추적 평가예산의 한계 등으로 많은 사업들이 대상에서 제외되고 있다.
개별과제 차원의 추적평가가 효율적으로 이뤄져야 질적 성과가 제대로 분석되기 때문에 개별과제 차원의 추적 평가 지침을 정성평가 관점에서 보다 명확히 해야 한다. 