이밖에 사업 운영에 일선 학교와 대학, 한국장학재단 등 여러 기관이 관여되어 있으면서 관리주체가 불분명한 점으로 인한 운영상의 한계도 노정되고 있다. 실제 멘토링은 학교에서 이루어지도록 하고 있고 일선 교사에게 관리 역할을 부여하고 있으나 현장에서는 실질적인 관리가 이루어지지 못하고 있는 실정이다. 멘토 관리를 위해 월1회 또는 반기에 1회 업무담당교사나 담임교사와의 만남을 통해 멘토링을 점검하는 방법과 업무담당교사나 담임교사가 다문화가정 자녀의 학부모와의 연락을 통해 확인하는 방법 등이 동원되고 있기는 하지만, 방학 기간 동안에는 현실적으로 관리가 어려울 뿐 아니라 실제로는 학교 이외에 집이나 도서관 등 교사의 관리 범위를 넘어선 다양한 장소에서 멘토링이 이루어지기 때문이다.
실제 멘토링은 학교에서 이루어지도록 하고 있고 일선 교사에게 관리 역할을 부여하고 있으나 현장에서는 실질적인 관리가 이루어지지 못하고 있는 실정이다.