KOSBIR의 시행기관은 소관 R&D 예산이 300억원 이상인 정부, 공공기관(19개)으로 중소기업기술혁신 촉진법 시행령에 명시하고 있다. 정부기관은 미래창조과학부, 문화체육관광부 등 정부기관 13개, 한국전력공사, 한국토지주택공사 등 공공기관 6개 등 전체 19개 기관이다. 현재는 시행기관 선정기준 없이 시행령에 기관명이 나열되어 있는 수준이다. 이에 중소기업청은 2014. 08월, 선정기준을 중소기업 기술혁신촉진법에 명시하고 대상사업 선정 기준 또한 구체화 하는 방향으로 개선할 것을 발표하였다. 중소기업 지원 비율이 30% 이상이거나 지원 금액이 10억원 이상인 사업만을 KOSBIR 사업으로 인정해 중소기업 지원실적에 포함시키고, 실적점검을 강화해 실효성을 높여나갈 계획이다. 이와 함께, 시행기관의 지원범위를 기존 기술개발 단계위주에서 사업화 지원 단계까지 확대하고 중기청이 후속사업을 연계지원화 사업 성과를 높이기로 했다.
중소기업기술혁신 촉진법에는 KOSBIR의 선정기준 없이 기관명만이 나열되어 있어, 중소기업청은 선정기준의 명시와 대상사업 선정 기준을 구체화하는 개선을 예고했다. 이를 통해 실효성을 제고할 것이며 시행기관 범위를 사업화 지원까지 확대하기로 했다.