90년대는 전체적으로 연구의 투입과 산출의 투명성, 정원 제도의 경직성에 대한 변화 요구, 내부의 관료주의에 대한 개선, 우루과이 라운드 및 WTO체제 출범에 따른 글로벌 수준의 연구 개발 투명성 강화와 개방 이슈가 맞물려 출연연의 운영체제에 대한 다양한 변화 이슈가 극심하게 확대되던 시기였다. 이에 정부는 1996년 PBS를 도입하여 기관장의 과도한 권한을 줄이고 연구 책임자에게 과제 운영의 자율권을 주는 한편 연구 과제에 투입된 인건비, 운영비, 연구비 등 모든 비용을 투명하게 담아 연구 원가를 알 수 있도록 개편하였다. 기존에 정원에 따라 출연금 형태로 전액 지원하던 인건비와 운영비는 연구 현장의 반발과 최소한의 안정성 확보를 고려하여 30% 정도의 기본 사업으로 축소되었으며 나머지는 외부 수탁으로 인건비와 운영비를 충당해야 하는 획기적 변화에 직면하였다.
90년대에 출연진의 운영체제에 대한 많은 변화가 주목을 받았었다. 정부에서는 PBS의 도입으로 자율권을 주고, 비용의 투명성 등을 도모하였다. 기존과 달리 인건비, 운영비가 기본 사업으로 줄어들어 외부에서 간극을 충당해야 했다.  