현재의 체계 및 구조를 고려할 때, 특정 연구과제에 사용되는 개별물질들에 대한  사전영향평가를 정밀안전진단에서 진행하는 것은 어렵다. 또한 개정된 연구실 안전법 제 5조의 2에 따른 ‘사전유해인자 위험분석’ 제도에서 다루는 연구실 내의 ‘유해인자’ 부분에는 화학물질의 노출에 따른 건강 위험도 평가하게 되어 두 제도의 내용이 다소 중복될 것으로 여겨진다. 이에 따라 새로 시행되는 두 제도를 연계하여 활용하는 방안에 대해서 논의가 되고 있다. 정밀안전진단에서 개별물질들에 대한 영향을 평가하지는 않되, 각 연구실에서 ‘사전유해인자위험분석’를 제대로 시행했는지의 여부를 그 내용을 포함하여 확인하는 것이다. 즉 개별 연구과제 별로 과제 개시 전에 ‘사전유해인자위험분석’을 수행하였을 경우, 과제 진행 과정에서 위험예측 결과에 따른 검토 사항을 적절히 반영하였는 지의 여부를 정밀안전진단 시 평가하는 방안을 고려해 볼 수 있다.
새로운 두 제도를 함께 적용하는 방법에 대한 토의를 하고 있다. 구체적으로 각 연구과제마다 과제시작 전 ‘사전유해인자위험분석’을 실행했을 때, 진행 과정에서 위험예측 결과에 따른 점검 사항 수렴여부를 정밀안전진단을 할 때 평가하는 방법이 있다.