기업의 연구개발 및 혁신 활동에 대한 융자 방식 지원도 존재하지만 운영자금이나 설비투자 지원에 비해 활발하지 않다. 금리 등 지원 조건도 기업 입장에서 획기적 혜택이라고 할 만한 수준은 아니다. 정부 주도와 간섭, 복잡한 행정 절차를 특징으로 하는 기존의 R&D 보조금 방식을 대폭 축소하고, 이 가운데 상당 금액을 ‘상환조건부 기업R&D 지원’ 방식으로 전환할 필요가 있다. 기업 입장에서 더 이상 ‘공짜돈’은 아니지만, 금융권의 기술금융이나 중소기업진흥공단의 지원과는 차원을 달리하는 혜택(무이자, 무담보, 무연대보증 3무 조건)을 부여할 수 있다. 그리고 기본적으로 기업이 상환을책임지는 돈이기 때문에, 지원 이후 정부가 간섭할 수 없게 된다. 정부는 다만 ‘잠재력 있는 기업’을 잘 선정해 지원해주고, 그 이후 그 기업이 과연 기대만큼 역량을 발휘하는 기업인지 아닌지에 대한 리스크를 감수하는 역할을 하면 된다. 예산 1조원을 R&D 보조금으로 소수의 기업에게 뿌리는 것보다, 10~15조원의 레버리지를 통해 지원하면 더 많은 기업이 혜택을 볼 수 있다. 상환 기간을 평균 5년 정도로 잡고 순환 구조를 생각해보면, 매년 신규로 2~3조를 지원할 수 있으므로, 보조금 방식보다 신규 지원 효과도 2~3배 제고할 수 있다.
기업의 연구개발 및 혁신 활동 관련된 융자 지원은 다른 지원대상에 비해 혜택이 작다. 이에 기존의 R&D 보조금 방법을 크게 축소하고 ‘상환조건부 기업R&D 지원’으로 전환하는 것이 필요하다. 이는 기존의 보조금처럼 상환 필요 없는 돈은 아니지만 이자, 담보, 연대보증이 없다. 또한 기존 대비 지원 기업과 금액이 증가하는 효과를 보인다.