이명박 정부가 들어서면서 과학기술에 대한 기본 방향이 정치 논리에 밀리면서 R&D 거버넌스는 참여 정부에 비해 대폭 수정, 축소되었다. 작고 효율적인 정부라는 슬로건 아래 교육과학기술부와 지식경제부로 과학과 기술이 분리되는 형태를 취하게 되었다. 이는 이전 정부에서 방대해진 기능 중복과 집중을 막아 민간 자율성 증대, 시장경쟁 촉진 등으로 경제 발전을 도모하겠다는 것이었다. 그러나 교과부가 교육정책에 매몰되면서 과학기술 이슈에 대한 대응력이 크게 약화되는 결과를 가져왔다. 이 문제를 인식한 이명박 정부는 정권 중반부에 국가과학기술위원회를 상설 행정위원회 화하는 조치를 취하였다. 위원장은 장관급으로 하고, 사무국을 설치하였고 간사는 교육문화수석으로 바꾸었다.
이명박 정부에서 R&D 거버넌스를 축소하고 과학과 기술을 분리, 자율성을 증대하고 시장경쟁을 촉진했다. 그러나 교과부의 대응력 문제 해결을 위해 국가과학기술위원회를 상설 행정위원회화했다.