또한 과학시스템부는 2004년에 신설된 조직이다. 2004년 당시 교육문화과학부(Ministry of Education, Culture and Science)가 라테나우에서 과학시스템연구를 수행할 것을 요청하고 40만 유로가 추가 지원되면서 설립된 것이다(Rathenau, 2004). 2003년에만 해도 라테나우는 총 예산이 240만 유로였고, 총 지출이 300만 유로로 적자상황이었지만, 과학시스템연구를 위한 미션이 새롭게 부여된 이후 예산은 크게 증가하면서 재정안정성이 강화되었다39). 과학시스템부서는 아젠다 발굴, 과학기술예산, 평가, 인력 등의 주제들을 다루며, 기술영향평가부서와는 달리 계량적인 접근(예, 과학기술 인력의 증가추이 등)이 주를 이룬다(Rine van Est와 인터뷰, 2015. 6. 9.).
2003년에 라테나우는 총 예산 대비 지출이 60만유로가 더 생기는 적자상황이었지만, 과학시스템 연구를 위한 미션이 부여된 이후 재정 안정성이 강화되었다.