셋째, 보육교직원 월 정액수당 지원 사업 다음으로 큰 비중을 차지하는 사업은 운영비 지원 항목이다. 운영비 지원에는 여러 가지 항목이 포함되어 있기 때문에 세부 항목별로 구분하여 그 적절성을 살펴볼 필요가 있다. 운영비 항목 중 가장 많은 시군구에서 지원하고 있는 사업은 ‘냉난방비 지원’이다. 냉난방비는 표준보육비용 산정 시 관리운영비라는 단일 항목으로 고려되어 산정되고 있다. 따라서 지방정부의 특수보육시책 사업에 의한 냉난방비 지원은 중복지원이라고도 볼 수 있다. 다만 한국보육진흥원은(2017: 37) “우리나라 기후 변화에 따라 냉난방비의 지출 비중이 점차 증가할 것이기 때문에 표준보육비용 단가 산정 시 냉난방비를 별도의 산출 기준으로 반영할 필요가 있기” 때문에 관리운영비라는 단일 항목으로 묶여져 있는 여러 운영비에서 냉난방비를 별도로 분리해서 세부적인 필요 항목과 비용을 산출하는 것의 필요성에 대한 검토도 필요하다.
운영비 지원은 사업비에서 큰 비중을 차지하는 항목 중 하나로, 여러 항목이 한데 묶여 있다. 그중 '냉난방비 지원'은 표준보육비용 산정 시 관리운영비로 따로 고려되어 중복 산정될 수 있어 난방비를 운영비에서 별도 단일항목으로 분리할 필요가 있다.