이러한 연구개발 재정의 총량 규모의 확대 기조 못치 않게 경제의 전환 상황 속에서 연구개발 재정 운영에서 나타날 수 있는 부정적 영향을 극복하고 연구개발 재정운영이 과학기술혁신의 구조적 전환과 효과 증진에 기여할 수 있도록 하는 것이 매우 중요하다. 재정긴축 상황에서는 기존의 연구개발 우선순위가 고착화되기 쉽고 미래의 새로운 과학기술 기회에 대비한 연구개발 예산배분을 소홀히 하게될 뿐만 아니라 연구과제의 수행에 있어서도 보수적인 연구목표 달성에 초점을 맞추어 창의적이고 도전적 연구를 기피하는 경향이 나타난다. 이러한 부정적 현상은 과학기술 혁신을 바탕으로 한 창조경제 구현이라는 국제과제 달성과 혁신성과에 바탕을 둔 선진경제로의 이행에 커다란 걸림돌이 될 수 있다. 향후 우리나라의 경제와 산업은 선진경제로의 진입과 글로벌화에 대응하여 구조적 전환을 요구하고 있고 과학기술 혁신도 미래가치를 염두에 두고 창조형으로 질적 전환을 기할 시점에 있다. 따라서,미래의 과학기술 기회에 대비하고 혁신성과에 커다란 영향을 가져올 수 있는 창의에 있어서의 제약을(정부연구개발투자 중 신규사업의 비중이 2013년과 2014년에 각각 1.3%와 1.5%에 불과) 최소화할 수 있는 예산 편성이 필요하고, 기존의 연구개발 예산의 배분구조 속에서도 이러한 문제점 해결을 위한 사업구조의 전환을 기해나가야 한다. 한편, 경기침체라는 경제 상황에서는 기업의 연구개발투자가 위축될 수밖에 없고 대기업에 비해 신생기업은 더욱 불리한 혁신 여건에 처하게 된다. 따라서, 아직까지 여전히 경기침체의 터널을 통과하지 못한 상황 속에서 기업의 연구개발투자 위축을 방지하고 이를 보완할 수 있는 수준에서 연구개발 조세지원이 지속될 필요가 있고, 고용창출에 대한 기여도가 높은 신생기업에 대해서는 불리한 혁신환경을 보정할 수 있는 차별적인 연구개발 조세지원을 적용할 필요가 있다.
연구개발 재정이 과학기술혁신 구조 변화와 개선에 뒷받침되어 효과를 볼 수 있게 해야 한다. 재정긴축을 하면 연구개발분야는 우선순위에서 밀려 창의적이고 도전적인 수행이 불가하며, 더 나아가 창조경제 구현에 걸림돌이 될 수 있다. 한국은 창조형 질적 전환으로 변하는 시점에 있으며, 예산을 편성해 사업구조를 개선해나가야 한다. 경기침체 상황에서 기업들의 R&D투자는 축소될 수 밖에 없으니, 조세 지원제도와 적극적인 기업의 혁신 환경 지원 등 도움을 강화해야 한다.