2004년 8월에는 대통령이 주재하는 ‘규제개혁추진회의’, 국무총리가 관장하는 ‘규제개혁장관회의’ 그리고 실무추진을 위한 한시적 조직인 ‘규제개혁기획단’을 설치하였다(하병기․최현경, 2012 p.33). 규제개혁기획단은 기존의 규제개혁위원회와 더불어 이원적 추진체계를 구성하였고, 복합적 덩어리 규제를 국민의 입장에서 해결하여 2007년 11월까지 덩어리 규제 총 65개 과제를 추진(세부과제 1,749개)하였다(국무조정실, 2007, p.270). 그러나 참여정부는 규제를 경제적 규제, 그리고 사회적 규제로 구분하는 이분법적인 분류를 바탕으로 하여 환경․보건․복지․안전등 공익에 관련된 사회적 규제는 완화가 아닌 합리화를 추구하였다(국무조정실,2007, p.45). 결과적으로 규제의 총량이 증가하는 경향도 보였다.
규제개혁기획단은 복합적 덩어리 규제를 국민의 입장에서 해결하여 덩어리 규제 총 65개 과제를 실시했다. 참여정부는 규제를 경제적 규제, 사회적 규제로 분류하는 이분법적으로 사회적 규제는 합리화를 지향했다.