사업평가 방식도 변화하였다. 독립 행정법인의 경우 외부 전문가로 구성된 평가위원회가 사업을 평가했던 반면 국립 연구개발법인은 소관부처 장관이 평가 주체가 되어 ‘종합과학기술·이노베이션회’의 관여 하에 평가를 실시한다는 방침이다. 이로써 내부적으로 연구개발사업의 상황을 고려하여 획일적인 사업평가에서 벗어날 수 있는 프로세스 기반을 마련하였다. 과감하게 새로운 법인 유형을 도입하여 국가 과학기 술 연구개발사업의 고질적 문제였던 ‘목표 책정’과 ‘실적평가’ 방식을 변경하였다는 것 자체만으로 일 본 정부는 과학기술 연구개발 혁신으로 다가가는 플랫폼을 마련한 것으로 보인다. 한국 정부도 안이한 목표 설정, 유연하지 않은 양적 성과에만 집중된 실적
국립 연구개발법인은 소관부처 장관이 주체가 되어 종합과학기술·이노베이션회의 관여하에 평가함으로 목표 책정과 실적평가 방식을 바꿔 획일적인 사업평가에서 벗어날 수 있는 기반을 마련하였다.