조지우 교수는 ‘혁신생태계 (Innovation Ecosystem)’라는 용어가 2000년대 초반에 들어서면서 사용되기 시작했고 상대적으로 최근에 발전된 개념이라 언급하였다. 2차 세계대전 직후 대기업들은 공공 과학혁신 시스템으로부터 많은 이득을 얻을 수 있었지만 1980년대 이후 비용에 대한 압박, 핵심기술의 빠른 변화, 과학기술의 사회적 기여에 대한 정부 차원의 검증 요구가 증대되면서 과학기술혁신시스템에 대한 기반조성 및 공공과학 기술 분야에서 협력 중요성이 대두되었다. ‘혁신생태계’라는 용어와 함께 ‘개방형 혁신(Open Innovation)’이라는 용어도 같은 시기에 자주 언급되었는데, 개방형 혁신은 기업이 외부의 아이디어를 활용하고 동시에 보유한 아이디어를 공개하면서 혁신의 성공률을 높이는 일련의 방법과 전략을 의미한다. 개방형 혁신과 달리 혁신생태계는 보다 넓은 환경에서의 역동성에 초점을 두고 구성원들 간의 상호의존성을 시스템적 관점에서 해석한다.
'혁신생태계'의 개념은 최근에야 발전하였다. '개방형 혁신'도 이와 함께 나온 개념으로, 기업이 내부 아이디어를 공개하여 성공을 도모하는 전략을 뜻한다.  다만 혁신생태계는 개방형 혁신보다 거시적인 관점에서 구성원의 상호의존성을 고찰한다.