기초과학연구 부문의 정책은 기초과학 투자 확대에 대한 기본적인 논의는 지속적으로 제기됨에도 불구하고, 공약과 국정과제 모두에서 다른 과학기술 정책 부문에 비해취약한 양상을 보인다. 노무현 정부 출범 이후 기초과학 육성을 통한 혁신기반 강화방안 등이 제시(대통령직인수위원회, 2003b, pp.35-36)되었으나 실효를 거두지 못하였고, 이명박 정부 이후에는 국제과학비즈니스벨트 조성을 중심으로 기초과학연구지원 기회를 확대하고 연구 환경을 개선하기 위한 정책 방침을 고수(제17대 대통령직인수위원회, 2008, p.10; 제18대 대통령직 인수위원회, 2013, p.47)하면서 각계의비판 및 이해관계자 사이의 갈등 양상이 쉽게 해소되지 못하는 등의 문제를 보였다.
기초과학연구 부문의 정책은 투자 확대에 대한 논의가 지속적으로 제기되지만 다른 과학기술 부문에 비해 취약하다. 대통령들의 강화방안을 제시하였으나 비판과 갈등 등의 문제를 보였다.