합성생물학이 생물다양성 및 구성요소의 지속가능한 이용에 미칠 부정적 또는 현시점에서 나타나지 않은 잠재적 영향에 대한 대응방안을 필요로 한다는 점에는 큰 견해차가 없다. 그러나 나고야 의정서가 채택된 2010년을 기점으로 합성생물학에 이용되는 유전자원, 파생물, 전통지식 등이 이익공유의 대상인가에 대한 논의가 제기되고 있으며, 이에 대한 당사국간 의견충돌이 있다. 나고야 의정서는 유전자원의 이용으로부터 발생하는 이익 공유 절차를 국내법에 따르도록 하고 있기 때문에 나고야 의정서의 이행에 있어 각 국가가 규정하고 있는 유전자원, 파생물, 전통지식 등의 범위 그리고 유전자원의 이용에 대한 많은 입장차이가 있다. 특히 선진국과 개발도상국과의 입장은 큰 차이가 있으며, 합성생물학이 자본력에 의존하여 선진국이 주도하고 있어 선진국에는 경제적 부담이 될 수 있기 때문에 개발도상국이 유전자원 등의 범위를 광범위하게 규정하는 것에 부정적인 입장이다. 이익공유 문제가 국내법 또는 국내 절차를 따르도록 하고 있음에도 불구하고 당사국 총회를 통해 지속해서 논의되고 있는 이유는 개발도상국 입장에서는 유리한 입장을 고수하는 데 있어 국제적 기준이 제시될 경우 국내적 기준에 당위성이 마련될 수 있고, 선진국 입장에서는 경제적 손실을 조금이라도 줄일 수 있는 근거가 될 수 있기 때문이다.
합성생물학의 부정적/잠재적 영향에 대응할 방안이 필요하다는 것에는 대부분 동의하지만, 2010년에 나고야 의정서가 채택되고 나서부터 이익 공유의 대상 관련해서는 당사국 간 의견이 충돌하고 있다. 특히 선진국과 개발도상국은 입장 차이가 커서 총회를 통해 계속 논의 중인데, 국제적 기준이 생기면 여러 측면에서 의견충돌을 줄일 수 있을 것이다.