R&D 거버넌스 문제에서는 분야별 거점화와 거시적 조정체계의 구축이 중요한 이슈이다. 분야별 거점화를 구축하기 위해 현재 출연(연)과 대학 등에서 수용할 수 있는 현실적 방안들에 대한 시뮬레이션 및 이에 대한 이해관계자 의견수렴이 이루어질 필요가 있다. 왜냐하면 분야별 거점화 구축 과정에서 단기적으로 소외될 수 있는 영역 또는 연구자가 발생할 수 있기 때문이다. 개선 방안들에 대한 시뮬레이션 분석을 통해 이러한 부작용을 최소화시키는 것이 요구된다. 또한 거시적 거버넌스 조정 체계 구축에 있어서는 우선 의사결정 집단인 국내 공무원 조직 및 경력개발과정의 장단점에 대한 분석이 이루어질 필요가 있다. 과학기술 분야 R&D 관련 의사결정 문제에 대한 전문성을 어떻게 확보하고 축적할 수 있는가 그리고 공무원의 전문성 확보에 한계가 있을 수 있다면 싱크탱크 등을 통해 이를 어떻게 보완할 수 있는가에 대한 검토가 필요하다. 그리고 거시적 조정체계를 구축함에 있어 중요한 문제인 독립성 확보 및 R&D 예산 배분·조정의 역할 분담 방안을 위해 가능한 다양한 대안들에 대한 장단점 검토가 충분히 이루어질 필요가 있으며, 이를 위해 미국, 일본, 유럽 등 외국 거버넌스 체계에 대한 보다 구체적인 정보를 수집하고 분석하는 노력이 필요하다. 특히 상위 조정기구의 거버넌스 설계에서 기구의 독립성 확보 방안과 예산당국과의 효과적 협력 및 역할 분담 방안, 전문성과 중장기적 투자가 요구되는 R&D의 속성을 반영할 수 있는 보완적 정책 수단의 개발 등에 대한 심층적인 조사연구가 필요하다.
R&D 거버넌스 문제에서 주요한 이슈 중 하나 인 분야별 거점화를 구축하기 위해서는 소외되는 영역이나 연구자가 없도록 여러 의견을 수렴하고 시뮬레이션을 돌려 부작용을 최소화 해야 한다. 다른 이슈인 거시적 거버넌스 조정 체계 구축을 위해선 외국 거버넌스를 분석하여 전문성, 독립성을 확보하고 예산의 효과적인 분담을 위한 체계를 설계해야 한다.