비교효과연구(CER)는 궁극적으로 현실에 적용이 될 수 있고 또 환자, 의사, 정책결정자의 의학적 판단과 바로 직결되기 때문에 기존의 효능연구(Efficacy research)와는 차이가 있다. FDA의 약물시험과 같은 효능연구는 실제에 접목시키는 과정보다는 이 치료효과가 이상적인지 아닌지에 대한 전형적인 물음에 대한 것으로 시작하여 연구결과는 실제 특정 환자나 질환에 반드시 적용되는 것이 아니다. 그렇기 때문에 환자나 의사들은 실제 상황에서 특정 환자를 위한 최상의 치료가 무엇인지 알고자 하는 욕구가 생기며, 이러한 측면에서 볼 때 비교효과연구는 한층 더 환자중심적인 연구로 분류될 수 있다.
비교효과연구는 현실에 적용할 수 있고 환자, 의사, 정책결정자의 의학적 판단과 바로 연결되기 때문에 환자중심적인 연구로써 기존의 효능연구와 차이가 있다.  