그런데 실제로는 초중등 교육과의 연계가 현재까지 전혀 없을 뿐 아니라, 특성화 고등학교의 해기사 교육과정마저 그동안 통폐합되거나 해기사 양성 교육을 포기하는 등의 사례가 많다. 실제로 해양수산부 예산이 지원되는 국립해사고등학교(부산, 인천)에 대한 국고지원 제도가 2013년부터 대부분 삭제되어 실효성 있게 예비인력을 양성할 수 있는 체계가 와해되었다. 이에 따라 해양 분야 해기사 양성을 위한 국고지원은 대학 교육기관에 국한되고 있으며, 특히 해양수산부가 지원하여 해기사 교육에 특화하고 있는 국립해양대학교(해사대학 9개 학과)와 목포해양대학교(해사대학 8개 학과)가 대표적이다.
해기사 교육과정은 통폐합 되거나 포기되어 국고 지원을 받는 대학 교육기관에서만 양성이 이뤄지고 있으며 국립해양대학교와 목포해양대학교가 대표적인 예이다.