R&D의 예산 과목구조(프로그램-단위사업-세부사업)는 조직체계, 산업분류, 사업유형이 혼합된 형태이다. 산업부의 2015년 R&D를 보면 총 3.5조원이 투자되고 있으며, 예산과목 구조는 프로그램(15개), 단위사업(39개), 세부사업(114개), 내역사업(433개)의 구조로 되어 있다. 사업구조가 세부사업 과다로 복잡하고 조직개편 후 산업부 실･국의 성격에 따라 사업 재편성을 반영하였음에도 불구하고 여전히 사업간 정합성이 부족하다. 특히 사업 간 중복성 문제가 발생하고 있다. 이는 산업부 실･국의 특정산업 관련 단위사업(수직적 산업부문)과 기반확충 단위사업(수평적 기술부문)이 혼재함으로써 나타나는 부조화 문제라고 할 수 있다. 실･국별 조직체계에 맞춘 사업관리는 권한 및 책임에 따른 사업관리를 명확하게 설정하는 장점이 있으나, 산업성격과 융합의 고도화 추세에 맞지 않을 뿐 아니라 과제 간 중복 가능성이 높다.
R&D 예산과목 구조를 보면 사업 간 중복성 문제로 정합성이 부족한데 이는 산업부의 특정산업 관련 단위사업과 기반확충 단위사업의 혼재로 인한 부조화의 결과이다. 