지난 정부에서는 한국연구재단에서 운영하고 있는 기초 연구 지원 사업을 단일 부처(교육과학기술부)가 담당하여 예산을 편성ㆍ지원하고 사업들을 관리해 왔다. 하지만 이번 정부에서는 과거 교육과학기술부가 미래부와 교육부로 나뉘면서 제3장과 제4장에서 보는 바와 같이 지원체계가 미래부와 교육부로 이원화되어 운영되고 있다. 이에 따라 교육부는 2013년도의 경우 기초연구 사업비에 투입하는 3402억을 기본 연구 사업에 2755억원, 지역 대학 우수 과학자 사업 지원에 280억원, 기초연구기반 구축 사업에 427억 원을 지원하고 있다. 이와 같이 이원화되어 운영되고 있어 세부사업별로 안정적인 과제 선정률 등을 위해 상황에 따른 세부사업별 예산편성에 어려움이 있다. 즉 교육부가 상기와 같은 세부사업들에 각각 그 정도 비중으로 예산을 투입하는 것에 대해서 미래부가 어떻게 하는 데는 많은 한계가 있다. 예컨대 미래부는 중견연구자 사업에 과제지원(응모)가 급속히 증대되고 있지만 이 부분에 예산 투입을 급속하게 증대시키지 못하고 있다. 따라서 예컨대 교육부는 부처 성격에 맞는 기본연구 사업(2013년의 경우 교육부 2751억 원 지원, 미래부 251억 원 지원)을 모두 담당ㆍ지원하고 미래부가 기본 연구 사업에 지원하는 251억 원(2013년의 경우) 정도를 과제 지원(응모)이 급속히 증대되고 있고 이에 따라 과제 선정률이 낮은 중견연구자  사업으로 이동하여 이 부분에 대한 지원을 강화하는 등의 미래부 및 교육부의 기초연구 지원 사업 예산관리ㆍ지원 체계를 개선할 필요가 있다.
기초 연구 지원 사업을 단일 부처에서 예산을 편성ㆍ지원했지만 이번 정부는 과거 교육과학기술부가 미래부와 교육부로 나뉘며 지원체계가 이원화되어 교육부는 기초연구 사업비에 투입하는 3402억을 기본 연구 사업과 지역 대학 우수 과학자 사업 지원, 기초연구기반 구축 사업에 지원한다. 과제 선정률이 낮은 중견연구자 사업으로 이동하여 미래부와 교육부의 기초연구 지원 사업 예산관리ㆍ지원 체계를 개선해야 한다.