하지만 기술혁신을 목적으로 하는 공공구매 정책의 경우 특정 정책 기조에 의한 부분적 사업과 제도가 존재하는 실정이며, 기술적 혁신성과 참여 기회의 형평성 사이에 서 기존의 구매조달 정책의 기조 하에 후자로 방향성이 결정되는 경우가 발생하고 있다. 이러한 정책 방향성은 기술개발제품을 구매하는 수요기관의 구매동인을 제공하지 못하는 문제가 있다. 이는 기술적 혁신을 달성해야하는 주체와 혁신적 제품을 구매하는 주체가 다르기 때문이다. 정부는 이를 보완하기 위해 인증 제도를 주로 활용하고 있다. 하지만 高혁신 新제품(높은 수준의 새로운 혁신제품)의 경우, 제품의 품질보다 가격이나 납품이력(신인도)와 같은 요소를 중요하게 고려하는 공공시장의 특성상 수요 기관의 구매 의사 결정에서 배제될 가능성이 높다. 이러한 특성으로 인해 기술혁신이 수요기관의 의사 결정에 중요한 고려 요소로 작용하지 못하게 된다.
정부는 기술혁신을 목적으로 하는 공공구매 정책이 혁신성보다는 참여기회의 형평성에 영향을  받는 점을 개선하기 위해 인증제도를 적용하고 있다. 하지만 공공시장의 특성상 기술혁신이 의사결정의 주요 변인이 되기 힘들다.