그런데 이러한 사업별 유형화 적용은 사업들의 성격을 지나치게 정형화시키고 성과지표 풀의 적용은 사업에 적용가능한 성과지표의 설정을 제약하고 있어 사업의 목적과 달성목표에 적합한 성과지표의 개발과 적용을 규제하고 있다. 그리고 이러한 기준에 따라 설정되는 성과지표의 유형은 다음과 같이 투입-과정-산출-결과 지표로 구분되는데 결과지표에는 질적 성과지표가 포함된다. 그런데 활동과정, 기간, 유형에 따른 성과지표들이 정부의 개선에도 불구하고 여전히 계량적 지표 중심으로 관리되고 있다는 문제점이 있다. 활동과정에서 투입 및 과정, 산출, 결과지표 모두 기재부 성과제도에서 제시한 바와 같이 건수나 인력 수와 같은 일반적인 양적 지표로 구성되어 있다. 그리고 질적지표로 활용되는 피인용도나 특허 수준을 등급화하기 위해 개발한 K-PEG 지수 등도 결국 성과를 계량화하여 평가한다는 점에서 한계가 있다. 성과지표 설정 시 측정방식을 ‘질적우수성의 객관화’라고 하여 정성적 성과지표를 객관화 하여 설정하도록 한 것, 특히 통계적 측정이 어렵더라도 수치를 활용해서 구체적으로 제시하거나 등급으로 제시하게 한 것을 그 예로 들 수 있다.
사업별 유형화 적용은 사업들의 성격을 정형화시키고 성과지표 풀의 적용은 사업의 목적과 달성목표에 적합한 성과지표의 개발과 적용을 규제하고 있다. 성과지표들이 정부의 개선에도 불구하고 계량적 지표 중심으로 관리되는 문제점이 있다.  K-PEG 지수 등도 결국 성과를 계량화하여 평가한다는 점에서 한계가 있다.