또한 보건의료 내부적으로도 의료서비스 제공에 대한 미흡한 인센티브 체계가 혁신의 장애요인이 되었다. 의료서비스는 모든 국민을 대상으로 최대한 비차별적으로 제공되어야 한다는 개념으로 인해 서비스 비용을 원가 보다 저렴하게 책정해 놓는 경우도 발생하게 되었다. 한국의 경우 정부는 1977년 의료보험제도를 시행할 때 의료수가를 원가보다 낮게 책정했다. 따라서 현재 의료수가의 평균 원가보전율은 약 75% 수준으로 OECD 평균의 1/3 수준에도 미치지 못하며 중증질환의 경우는 더욱 심각하여 중환자실, 응급실 등은 50% 정도만 보존이 되는 수준이다(노환규, 2013).
의료서비스가 비차별적으로 제공되어야 한다는 개념 하에 구축된 보건의료 내부의 미흡한 인센티브 체계가 혁신의 장애 요인이 되고 있다. 