장기간 동안 수산우량종체계의 건설과 우량종 지원과 관련해서 농업, 축산업과 같은 각 급의 재정특별프로그램이 없어, 우량종번식특별보조자금 조달과 종자배양장의 재정적인 보조에 어려움이 있다. 동시에, 수산종자관리법률법규체계는 불완전하고, 우량종생산허가, 품질감독, 시장 진입과 진출을 허가하는 등의 제도가 건전하지 못하다. 우량종의 생산 규범화와 법에 의거한 관리가 이루어져지지 않는 등 우량종 시장의 체계는 아직 세워지지 않았다. 그 외에 국내 수산우량종 선별배양과 관련한 과학연구 분야에 종사하는 과학자가 적고, 과학기술 자원은 상대적으로 분산되어 있어, 효과적으로 종자산업발전 기술의 수요가 형성되지 못했고, 과학연구와 생산결합의 긴밀성도 아직 부족하다.
장기간동안 수산우량종체계의 건설과 우량종지원과 관련하여 재정적인 보조에 어려움이 있고  관리법규체계는 불완전하며 제도는 건전하지 못하여 우량종시장의 체계는 아직 세워지지 않았다.