수산식품에 대한 안전관리는 생산단계와 유통단계에 따라 부처가 이원화되어 있으며 패류의 경우는 생산단계에서도 수출용과 내수용에 따라 다른 관리 체제가 운용되고 있다. 이는 어장에서 식탁까지 모든 단계에서 종합적으로 위험이 평가․관리되는 데 걸림돌로 작용하고 있으며 내수용 패류에 대한 불신을 조장하는 측면이 있다. 따라서 2013년 새 정부 출범과 함께 수산식품의 안전관리체계를 통합적인 관점에서 재구축할 필요가 있다. 관리업무의 부처를 이원화하기보다는 통합하되 위험평가가 체계 내에서 독립적으로 운용되도록 하는 방안을 검토하고, 수출용과 내수용의 구분이없는 생산해역 관리를 위한 제도적인 정비와 인프라의 구축이 필요하다.
수산 식품 안전 관리의 경우 생산단계와 유통단계가 이원화되어 있고 패류는 생산단계에서 수출용과 내수용으로 분류돼 관리되고 있어, 수산 식품 관리 업무의 통합된 부처 설립이 절실하다.