미국의 경우 ARRA에 의해2009년 11억 달러(약 1조 3200억 원)를 비교효과연구에 투입하였으며 이는 AHRQ에 3억 달러, 국립보건원(NIH)에 4억 달러, 보건복지부(DHHS)에 4억 달러가 각각 배분되어 연구사업에 투자되었다. 이는 국민의료비 총액 규모(약 2조 달러)의 0.05% 수준에 해당하는데 이 기준을 우리나라에 적용한다면 국민의료비 규모를 60조 원으로 가정할 때 연간 300억 수준의 재정 규모가 추정된다. 미국에서는 신탁기금(Trust Fund)으로 운영되는 비영리 독립기관인 PCORI를 설립하여 비교효과연구를 관리하고 있으며 이에 대한 투자는 2010년부터 지속적으로 국고 신탁기금 및 미국 민간보험 가입자 일인당 연간 1달러(약 1200원)에 해당하는 금액을 신탁기금에 투자해야 한다. 이러한 사례는 우리나라에서 비교효과연구 추진을 위한 재원 마련에 대해 시사하는 바가 많은데, 정부재정(일반재정, 건강증진기금 등)에만 의존하기보다는 건강보험, 민간보험, 자동차보험, 산재보험과 제약회사 등 산업체로부터 조달하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 이를 통해 단기적인 수요재정 충당이 가능할 뿐만 아니라 연구 주제 도출로부터 결과의 확산과 정책화에 이르는 연구사업의 전과정에 대한 사회적인 관심과 참여도 제고를 위한 유인이 될 수도 있다.
미국은 비교효과연구를 위해 국고 신탁기금 및 민간보험 가입자 일인당 연간 1달러를 투자하게 했다. 이처럼 비교효과연구 재원을 정부에만 의존할 것이 아니라 건강보험, 민간보험 등 산업체로부터 조달한다면 재정 충당뿐만 아니라 연구에 대한 사회적 관심과 참여도 제고에도 도움이 될 수 있다.