유기재배 포도에서 발생하는 병해충은 일반적인 재배에서 발생하는 병해충과 크게 다르지 않다. 다만 시설재배와 노지재배에서는 병해충 발생 양상에 차이를 보였다. 유기재배 시 노지와 시설재배에서 나타나는 병해충별 피해도를 보면 갈색무늬병은 노지와 비가림재배에서 모두 심각하게 발생되는 가장 주요한 병해이며 흰가루병과 노균병은 시설 재배 시 어느 정도 발생이 되나 노지에서는 발생이 거의 없는 병해이다. 그러나 노균병의 경우 봄철 저온다습한 환경에서는 노지와 시설에서 급격히 확산될 가능성이 있다. 해충은 깍지벌레가 시설재배에서 많이 발생하고 있고 최근 꽃매미에 의한 피해도 전국적으로 나타나고 있다. 예전에 가장 문제가 되었던 탄저병은 최근 대부분의 포도재배에서 비가림시설을 설치하여 지금은 별 문제가 되지 않고 있다. 그러므로 포도 유기재배 시 주요 방제대상은 갈색무늬병, 노균병, 노린재, 깍지벌레라 할 수 있다.
유기재배 포도에서 발생하는 병해충은 노지와 시설재베에서 발생하는 병해충 양상을 고려해야 한다. 갈색무늬병, 노균병, 노린재, 깍지벌레는 노지와 시설 재배에 모두 발생하므로 주요 방제 대상이다.