둘째, 본 연구는 ‘비용’ 중심의 기존 연구와 달리 ‘기본권’ 중심의 논의를 진행하고자 한다. 교섭창구 문제와 맞물린 복수노조에 관한 기존 논의는 제도의 안정적인 정착과 교섭비용 최소화를 중심으로 진행되어 왔다. 복수노조 허용 이후 노사관계 변화 양상을 주로 쟁의발생 가능성, 노사관계 불안정, 교섭창구를 둘러싼 갈등, 소수노조 난립 등 ‘비용’ 측면에 초점을 두었다. 하지만 복수노조 설립 허용에 따른 효과를 논할 때 견지하여야 할 원칙은 ‘비용의 최소화’가 아닌 ‘노동기본권 보장의 확대’가 되어야 한다고 본 연구는 판단하고 있다. 복수노조 허용에 따른 갈등 양상을 분석하면서 제도의 안정적 정착방안에 초점을 둔 기존 연구에서 풍부하게 논의되지 못했던 노동자들의 자유롭게 단결하고 교섭할 권리, 즉 복수노조 설립의 허용이 노동기본권 보장에 어느 정도로 기여하였는지에 관한 논의를 진행할 필요가 있다. 실제 복수노조 시행 이후 전체 노동조합 조직률은 거의 변화를 보이지 않는 가운데 노동조합의 개수만 늘어난 효과를 보이고 있다. 이는 기존 노동조합으로 조직되어 있는 조합원들이 별도의 노동조합을 결성했거나 가입 노동조합을 변경한 결과인 것으로 보인다. 결국 복수노조 시행의 효과는 단결의 자유를 더 확대했다고 보기보다는 노조 선택의 자유(혹은 분열의 자유)를 더 증대시켰다고 볼 수 있다. 단결의 자유 측면에서 보면, 복수노조 설립 허용은 누구나 노조를 설립할 수 있도록 보장하는 장치다. 하지만 사업장 단위에서는 노동자의 자유로운 단결권 확장보다는 사용자 주도의 노조 설립에 따른 기존 노조의 단결권 침해 양상이 나타나고 있다. 교섭의 자유 측면에서 보면, 교섭창구단일화 제도에 따라 소수노조는 교섭대표권을 획득하기 어렵고, 따라서 노조 설립의 실익이 약화되는 효과를 낳고 있다. 또한 교섭권을 확보할 수 있는 노조를 ‘사업 또는 사업장 단위’로 조직된 노조로 국한시킴에 따라 초기업노조의 활동을 위축시킨다는 지적도 제기되고 있다.
본 연구는 복수노조 설립 허용 논의에서 중요한 것은 비용이 아니라 복수노조의 설립 허용이 어느 정도로 노동기본권 보장에 기여했는지라고 판단한다. 복수노조 시행 후 전체 노동조합 조직률은 변화를 보이지 않으나 노동조합의 개수가 증가한 것은 노조선택의 자유를 증대했으나 기존 노조의 단결권 침해 역시 증대한 것으로 보인다.  소수노조는 교섭대표권을 획득하기 어려워 노조 설립의 실익 자체가 약화될 수 있으며 초기업노조의 활동 역시 위축될 수 있다는 지적이 있다.