그렇지만 이로 인한 문제점도 속속 제기되었는데, 한 가지는 겸직으로 인한 과중한 업무 때문에 교수 본연의 연구 및 교육 활동이 부실해졌다는 것이었다. 서울대학교는 아예 ‘창업지원에 관한 규정안’을 마련하여 교수의 무분별한 벤처 창업과 겸임을 까다롭게 제한했다. 예를 들어 교수가 벤처를 창업하여 학내 시설을 이용할 경우 총장의 승인을 반드시 받아야 했으며, 벤처 임원을 겸직할 경우 학내 인사위원회의 심의를 받아야 했다. 또한 대학 근무시간 대비 벤처활동 비율도 5분의 1 이내로 제한했다. 서울대에 이어 한국과학기술원(KAIST)도 벤처창업 상한선을 학과별교수정원의 20%로 규정하는 벤처창업규정을 마련하기도 했다(연합뉴스 2000. 7.26; 매일경제, 2000. 12. 18). 교수의 벤처창업과 겸직에 대한 또 다른 우려는, 그들의 경영감각이 뒤떨어진다는 것이었다. 기업운영 경험이 없는 교수, 국책연구원들은 100% 사업에 집중하지 못할 뿐더러 대체로 사업마인드가 떨어진다는 인식이 퍼지면서, 투자자들은 그런 업체에 대한 투자를 꺼려했다(매일경제, 2001. 1. 2;2001. 4. 2). 이런 상황에서 1999년 이후 벤처기업을 신규 창업한 국공립 대학교수나 정부출연연 연구원들의 겸직 허용 시한(3년 이내)이 끝나면서, 이들은 자의반 타의반으로 대학이나 연구소로 복귀하거나 회사경영에서 손을 뗐다. 겸직으로 인한 과중한 업무에 대한 부담감, 소속 기관의 겸직 제한, 벤처업계 일반의 침체에 대한 불안 때문에, 바이오 벤처 붐을 주도했던 이들 중 상당수가 경영 일선에서 물러났으며, 이로 인한 공백이 메워지지 않은 상태에서 바이오 벤처는 일시적인 침체국면에 빠질 수밖에 없었다.
겸직에 의한 교수의 원래 활동인 연구나 교육 활동이 부실해지는 것을 우려한 서울대학교는 까다로운 규정안을 통해 교수의 벤처 창업과 겸임을 제한했다. 경영감각이 부족한 교수들도 많았는데 투자자들은 그러한 업체에 투자하기를 꺼려했다. 겸직이 허용된 3년이라는 시간이 끝나면서 교수들 상당수는 경영에서 물러나게 되었으며 이들의 공백이 메워지지 않아 바이오벤처는 일시적으로 침체에 빠졌다.