기본자산 대비 보증잔액의 비율을 운용배수율이라 하는데 농신보법에서는 최대 20배까지 한도를 설정하여 운용하고 있다. 부채대책 실시 시기와 농가부실화가 많이 발생하던 시기에는 운용배수율이 한도인 20배를 초과한 경우도 발생하였다. 그런데 최근 신규보증을 축소하면서 점차 보증잔액이 감소하고 출연금 등으로 기본자산이 증가하면서 운용배수율이 크게 하락하여 2013년 기준으로는 3.83배 수준에 불과하다 운용배수율 배는 매우 낮은 수준으로 신용보증의 일반적으로 지적되고 있는 적정 운용배수율 8~12배와 비교하여 볼 때 매우 낮아 농신보가 보수적으로 운용되고 있다고 볼 수 있다. 즉, 보증여력이 충분히 있음에도 불구하고 신용보증평가 수준이 높아 대위변제에 비해 신규보증이 낮은 수준에서 이루어지고 있다는 것을 의미한다. 신용보증 운용배수율이 이와 같이 낮은 수준에서 운용되고 있는 주요 요인 중의 하나는 과거 기금 위기 시 대위변제 판정이 잘 이루어지지 않아서 농업금융담당자가 농신보 보증을 기피한 것도 한 요인으로 보인다. 농가가 시장개방 확대로 농업수익성이 악화되어 신규투자를 축소한 것도 요인이 될 것이다. 그렇지만 운용배수율이 낮으면 새로운 보증수요를 창출하는 상품의 개발, 대상자의 확대 등 제도개선이 이루어져야 하지만 그런 개선은 이루어지지 못하고 있다.
농신보법에 의해 운용배수율은 최대 20배까지 한도로 정해져 부채대책 실시 시기와 농가부실화가 다수 발발한 시기에는 한도를 초과하는 경우도 있었지만 최근 높은 신용보증 평가 수준으로 신규보증이 감축되어 운용배수율도 크게 하락하였다. 낮아진 운용배수율에 새로운 상품 개발과 대상자 확대 등의 제도개선이 실행되어야 하지만 미비한 실정이다. 