정부 R&D투자의 가장 중요한 목적 중 하나는 민간 혁신 활동 즉, 민간 R&D 투자 촉진에 있다고 할 수 있다. 좋은 성과를 창출하기 위한 정부의 노력은 자칫 민간 R&D 투자와 중복되어 오히려 민간 R&D 투자를 위축시키는 부작용을 낳을 우려가 크다. 이를 예방하기 위해 분야별 R&D 전략 수립에 있어 신중한 접근이 요구되며 국가적으로는 이러한 역할을 담당하는 이른바 CTOs의 기능을 구축하는 것이 필요하다. 국내에서 CTOs 기능을 어떻게 구축할 것인가에 대한 연구가 이루어질 필요가 있다. 또한 정부와 민간 R&D 투자와 중복 가능성이 적으면서도 민간 R&D 투자 유인효과가 있는 것으로 알려진 R&D 조세지원 제도의 질적인 변화를 모색하기 위한 조사연구도 필요하다. 그리고 아직 국내에서 거의 활용되지 못하고 있는 R&D 융자 지원제도의 도입 타당성에 대한 검토도 필요하다. R&D 융자 지원제도는 저성장 기조 하에서 추가적인 정부 R&D 재원을 확보하기 어려운 환경에서 기존의 R&D 재원을 보다 효과적으로 활용하기 위한 방안이 될 수 있다.
정부 R&D투자 목적은 민간 R&D 투자 촉진이다. 국가적으로 CTOs 기능 구축이 필요하다. 관련 연구 및 R&D 조세지원제도의 조사연구 및 R&D융자 지원제도 타당성 검토가 필요하다.