이러한 맥락에서 자유학기제에서 말하는 자유의 개념은 지필고사 부담으로부터의 자유라는 소극적 의미를 넘어 다음과 같이 학교교육의 혁신을 지향하는 적극적 자유의 의미를 담고 있다고 할 수 있다. 첫째, 학생들이 원하는 것에 몰입할 수 있도록 학생의 선택 기회를 확대하고 교과 외 다양한 체험 및 실습 활동을 제공하기 위해 교육과정을 유연하게 운영할 수 있게 한다. 둘째, 학생들이 필요로 하는 미래핵심역량을 키워줄 수 있도록 교사의 자율성과 전문성을 신장하고 수업 및 평가방법을 혁신한다. 셋째, 학교 스스로 교육 혁신의 주체로 참여할 수 있도록 자율적 학습공동체를 형성한다. 넷째, 학부모와 지역사회가 학교교육의 파트너로서 학생의 꿈과 재능을 키우기 위한 다양한 체험 활동을 위해 적극 참여하도록 한다.
자유학기제에서의 자유란 교육과정의 유연화, 수업 및 평가방법의 개선, 자율적 학습공동체 구성, 학부모 및 지역사회의 적극적 참여 등을 통해 학교교육의 혁신을 목표로 하는 적극적 자유를 말한다.