HIV 검사 중 가장 널리 사용되는 확진검사이다. HIV 항원을 전기영동기술을 이용해 분리하여 그 크기(분자량)에 따라 배열한 후 피험자의 혈액을 반응시켜 각 항원에 대한 항체가 있는지 확인하는 방법이다. HIV 항원은 p24, gp41, gp120/160 등이 이용되며 미국 질병통제예방센터 기준으로는 이들 중 최소 2개 이상의 항원에 대한 반응을 보일 때 ‘양성’으로 판정한다 그러나 양성 판정 시 선별검사 결과와 임상증상 등도 함께 고려해야 한다. 실제로 비감염인의혈청임에도 한 개 이상의 항원에 대해 반응을 나타내는 경우도 있다. 웨스턴블롯은 결과에 따라 ‘양성’, ‘음성’, 그리고 양성이나 음성으로 판정하지 못하는 ʻ미결정ʼ으로 분류되는 경우가 있으며 이 경우 2주~6개월 후에 다시 검사해 보아야 한다.
전기영동기술로 HIV 항원을 분리하여 항체의 존재를 판정하는 방법이 가장 많이 사용되는 HIV 확진검사이다. 양성을 판정할 때는 임상증상 등도 함께 살펴보아야 하는데 비감염임에게도 항원이 반응할 때가 있기 때문이다.