미국의 대표적인 기초연구기관은 국립과학재단(NSF)이지만 부처마다 분야별로 다양한 기초연구지원체계가 이루어져 있다. NSF는 생의학 분야를 제외한 과학, 공학, 교육 분야에 걸쳐 기초연구를 지원한다. 의학 관련 연구는 보건복지부 산하의 NIH에서 대부분 추진하고 있으며 재생에너지 관련 기초연구는 DOE에서 추진하고 있다. 즉, 기초연구와 이에 대한 지원은 부처의 역할과 관련하여 추진되고 있다. 2013년 회계기준 연방정부 산하 부처의 R&D 투자예산 중 기초연구 예산 규모 및 순위를 살펴보면 주로 보건복지부와 과학재단이 높은 규모를 차지하고 있으며 그 밖에 에너지부, 항공우주국, 농림부 등의 순으로 나타나고 있다.
미국은 부처마다 기초연구지원체계가 존재하며 부처의 담당 분야에 따라 기초연구 지원이 이뤄진다. 예시로 국립과학재단은 과학, 공학, 교육 중심, 보건복지부 소속의 NIH는 의학을 담당한다.