기능성을 더한 작물은 기존 품종에 비해 적게는 20~30%에서 많게는 2배 이상 가격이 높게 형성돼 농가 소득 증대에 도움을 준다. 또한 지역별로 특화해 재배하는 기능성 농산물은 각 지역의 음식, 풍경, 그리고 문화와 연계한 체험·관광상품, 나아가 지역축제로 발전하며 농촌 일자리와 농촌경제를 살리는 효자 노릇을 톡톡히 하고 있다. 농촌진흥청은 국민의 건강한 먹을거리를 찾고 농산물을 산업화 소재로 이용성을 높이기 위해 다양한 신형질 작물과 기능성 식품을 연구·개발하고 있다. 농업인과 산업체, 소비자 모두에게 이득이 되는 고부가가치 농업 개발에 앞장서고 있다.
기능성 작물은 농가 소득과 지역 경제에 도움을 주기 때문에, 농촌진흥청은 모두에게 이득이 되는 다양한 작물과 기능성 식품 연구, 개발에 앞장서고 있다.