각 도도부현이 각 농산물 수출에 주력하고 있지만, 보조가 맞지 않아 충분한 성과를 얻을 수 없다는 지적이 있다. 해외 시장에서도 현별 및 산지별 상품이 경쟁을 하고 있어 일본 브랜드의 통일을 목표로 하는 움직임이 거의 없다고 한다. 한정된 산지에서는 농산물의 연중공급이 어렵고, 한 번에 수출하는 양도 적기 때문에 수송비용 상승의 원인이 되고 있다. 타산지의 농산물도 취급하는 것에 의하여 충분한 양을 확보하고, 연간 수출할 수 있는 체제를 취하고 있는 선행 사례도 있지만, 전국적인 대처가 진행되고 있다고는 말할 수 없는 상황이다. 또한 국내에서의 농산물 물류 효율화도 순조롭게 진행되고 있다고는 할 수 없기 때문에 수출항이나 공항까지 운송비용을 경감하는 것도 과제로 남아있다.
광역지자체가 브랜드 통일 등 연대를 꺼려 농산물 수출 성과를 얻지 못하고 있다. 이렇게 되면 연중공급도 어렵고, 운송비용도 늘어난다. 물론 국내 농산물 물류도 효율적이지 못하다.