그러나 취소 소송과 관련된 처분, 처분의 집행 또는 절차의 속행으로 인해 발생하는 중대한 손해를 피하기 위해 긴급의 필요가 있는 때에는 집행 정지 신청을 할 수 있고, 이 신청이 인용되는 경우에는 처분의 효력, 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부가 정지되게 된다(같은 조 제2항 본문). 이 중 처분 효력의 정지는 처분의 집행 또는 절차 속행의 정지로 목적을 달성할 수 없는 경우에 한해 인정되는데(같은 항 단서), 예를 들면 공안 조례에 근거한 불허가 처분의 집행 정지 결정이 내려진 경우 불허 가처분의 효력이 정지되어 허가 신청이 있었던 상태로 돌아가거나, 또 조건부 허가 처분에 대한 집행 정지 결정이 내려진 경우 조건부 처분의 효력이 정지되므로, 조건이 붙지 않은 허가 처분이 있었던 상태로 되는 것이다.
집행 정지 신청이 인용될 경우 최소 소송과 관련된 처분의 효력, 처분의 집행 등의 전부 또는 일부가 정지된다. 이 중 처분 효력의 정지는 처분의 집행이나 절차 속행의 정지로 목적을 달성할 수 없을 때 한하여 인정된다.