앞에서 기술한 바와 같이 법원에서 6호처분 시설에 대한 위탁지정을 하고는 있으나, 법원은 사법적 처분기관이기 때문에 실제 행정업무에 관여하기 어려운 한계점을 갖고 있다. 또한 6호처분시설은 ｢아동복지법｣상 아동보호치료시설로 분류되어 그 기준이 적용되기 때문에 보건복지부가 관리감독권한을 가지고 있을 것으로 예측되나, 실제로 보건복지부는 시설 인가에 관한 권한만 가지고 있고 관리감독에 대하여는 법적근거가 없음을 이유로, 많은 아동복지시설 중 비행청소년을 위한 시설은 매우 적은 일부분의 사업규모이기 때문에 보건복지부 내 관심 부족 등을 이유로 관리감독이 제대로 이루어 지지 않고 있다. 관리감독 주체가 없다보니, 아동복지시설 예산이 지방재정사무로 전환됨으로 인해 6호처분시설이 겪게 되는 예산 확보의 어려움 등에 대한 관심이 적은 것도 사실이다.
비행청소년 시설은 법원이 위탁지정을 하나 실제 행정업무는 관여가 어렵다. 아동보호치료시설로 분류되나 보건복지부는 시설인가 권한만 있다. 전체 아동시설 대비 저비중으로 관리 등이 미진하고 예산 확보 어려움 등에 관심도 적다.