NETSCC의 HTA 프로그램은 크게 세 가지 방법을 통해 진행된다. 위탁방식연구(Commissioned-Workstream)은 보건의료서비스 전반에 걸친 이슈 또는 앞서 수행한 의료기술평가 프로그램에서 제안된 내용을 중심으로 전문가 패널에서 결정한 주제를 NIHR 주관 하에 각 연구기관을 통해 예비연구, 기초연구, 근거합성 등의 연구가 진행되는 방식이다. 연구자주도방식(Research-led)은 NIHR의 연구재원을 통해 개별 연구자가 독립적인 연구 수행을 위해 지난 2006년부터 시행되었다. 연구자주도방식은 현장 연구자들의 제안을 통해 HTA를 위한 실용임상실험(pragmatic clinical trials)을 통한 임상적 평가(clinical evaluation)와 특정 연구대상(어린이 등) 또는 의료기술의 적용영역(응급의료 등), 의료기술 유형(진단검사법 또는 기기), 질환(trauma) 등 주제별 기초연구, 방법론 또는 근거합성을 위한 특정주제(themed calls) 연구로 구분된다. 마지막으로 NICE의 요청에 의해 특별한 의료기술에 대한 지침마련을 위한 의료기술평가를 수행한다.
NETSCC의 HTA 프로그램의 위탁방식연구는 보건의료서비스에서 이슈되는 내용을 NIHR주관하에 진행하는 방식이고 연구자주도방식은 NIHR 의 개별연구자가 독립적인 연구 수행을위해 시행되어 각각의 주제별 기초연구등에 따른 특정주제를 연구하며, NICE요청에 의한 의료기술평가를 한다.