아동보호체계가 청소년보호체계 및 가족보호체계와 분립됨으로써 나타나는 문제점과 한계는 다음과 같다. 첫째, 청소년 및 가족지원체계가 아동보호체계와 분리되어 운영됨으로써 가족지원체계 내에서 아동의 학대 예방 및 대응이라는 기본적인 접근원칙이 지켜지지 않고 있다. 학대를 예방하고 재학대를 방지하기 위해 중요하게 고려되어야 하는 아동이 속한 원가정에 대한 지원과 강화가 아동과 분리되어 이루어지는 것은 어불성설이다. 둘째, 청소년보호체계와 아동보호체계 간의 부처 간 서비스 영역 간의 칸막이가 존재하여 아동ㆍ청소년 보호의 사각지대 양산 및 생애 주기와 연동하여 보호를 제공하는 보호체계의 연속성의 단절이 존재한다는 문제점이 있다. 예컨대 사업 대상이 만 12세 미만의 빈곤취약계층 아 동으로 한정되고 있는 드림스타트센터의 경우 만 12세에서 만 18세 미만의, 학대위기에 노출된 아동에 대한 통합사례관리서비스의 제공이 불가능하다는 제약이 있다.
아동보호체계가 청소년보호체계 및 가족보호체계와 나누어져서 생기는 문제점과 한계는 다음과 같다. 첫째, 아동의 학대 예방 및 대응이라는 기본적인 접근원칙이 안 지켜진다. 둘째, 아동ㆍ청소년 보호의 사각지대를 만들고 보호체계의 연속성의 단절이 생긴다.