다음으로 비교효과연구를 위한 국내 자료원 현황을 확인하기 위해 크게 세 가지의 접근을 하였다. 첫째 보건복지부의 협조를 받아 보건연구수행기관을 대상으로 연구수행목록을 조사하였다. 보건연구수행기관에는 질병관리본부, 한국보건산업진흥원, 식품의약품안전청, 국립암센터, 근거창출임상연구국가사업단이 포함되었으며 이 기관에서 지금까지 진행한 임상연구목록을 확인하여 비교효과연구에 활용할 수 있는 자료원을 검토하였다. 두 번째로 국내임상연구의 프로토콜을 확인하였다. 이를 위하여 WHO의 ICTRP과 국립보건연구원에서 구축한 CRiS를 검색하여 국내 대상자를 포함하고 있는 임상연구의 프로토콜을 확인하였다. 마지막으로 학회 중심으로 구축되고 있는 자료원을 파악하기 위해 대한의학회를 통해 25개 임상학회대상 설문조사를 시행하였다. 이런 과정을 통해 비교효과연구의 임상자료원으로 최종 검토한 자료원은 1,150건이었다. 비교효과연구에 활용할 수 있는 임상자료원은 대부분이 RCT 형식으로 구축된 것이 가장 높은 빈도를 차지하였고 현재 구축된 임상자료원들에서도 대부분의 치료효과를 확인하는 것을 목적으로 하고 있었으며, 치료효과는 최종결과지표보다는 대리결과지표를 측정하고 있는 한계점이 있었다.
비교효과연구를 위한 국내 자료원 현황 확인을 위한 접근은 세 가지가 있으며 첫째는 보건연구수행기관 연구수행목록을 조사, 둘째로 국내임상연구의 프로토콜을 확인, 셋째로 대한의학회를 통해 25개 임상학회대상 설문조사 시행이 있다. 이 과정으로 최종 자료원은 1,150건이다.