해양환경교육원은 2007년 12월 ‘허베이스피릿’ 기름유출 사고를 계기로 대형 오염사고에 대비한 전문 인력을 육성하기 위해 설립되었다. 해양환경교육원은 2011년에 개원하면서 수산인력개발원, 한국해양수산연수원 등에서 운영하던 유사 교육내용을 이관해왔다. 해양환경교육원의 교육내용은 크게 해양오염 방지 관리인 육성을 위한 교육, 전문 방제교육, 해양 환경교육으로 구분된다. 해양오염 방지관리인과 방제인력 교육은 오염사고 대응을 위한 특화된 직무 교육이다. 해양 환경교육은 초·중·고등학교 학생을 대상으로 해양 인재를 양성하기 위한 수준별 맞춤 교육을 제공하고 있다.
해양환경교육원은 대형 오염사고 대응 인력을 양성하기 위해 세워졌다. 사고 대응을 위한 특수 직무교육과 및 해양 인재를 양성하기 위한 수준별 교육을 진행한다.