하지만 동 제도가 도입취지에 맞게 운영되기 위해서는 적용요건이 개선되어야 할 여지가 있으며, 중장기적으로는 동 제도를 폐지하고 소득공제제도 등과 같은 다른 제도를 도입하는 방안을 모색해야 할 필요가 있다. 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도의 첫 번째 문제는 우리나라는 비과세 혜택을 제공함에 있어서 거주요건을 마련하고 있지 않다는 점이다. 다른 주요 국가들의 비과세 및 소득공제제도 요건을 살펴보면, 모든 국가에서 비과세 및 소득공제 혜택을 받기 위해서는 거주요건을 만족해야 한다. 프랑스와 일본은 주택이 거주용으로 사용하고 있는지 여부를 판단하여 거주용 주택으로 판정된 것에 대해서만 소득공제 혜택을 제공한다. 영국과 독일은 우리나라와 유사하게 비과세제도를 운영하고 있으나 비과세 혜택을 받기 위해서는 우리나라와 달리 영국은 보유기간 동안 항상 거주해야 하고, 독일은 양도시점 직전 2년 동안 거주해야 한다. 우리나라도 과거 거주요건을 가지고 있었으나, 민원이 많이 발생한다는 이유로 2011년 폐지되었다(박정현·손재영, 2014). 따라서 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도의 정책취지를 고려해 볼 때 거주요건을 다시 부활시키는 것이 필요하다(박명호, 2008; 손재영 외, 2012; 박훈·정지선, 2009; 박정현·손재영, 2014; 박재환 외, 2008). 이때, 박정현·손재영(2014)에서 제시한 것처럼 과거 거주요건이 폐지되었던 경험을 토대로 거주용 주택을 사전에 신고하는 방안 등을 고려해 볼 수 있을 것이다.
다른 주요 국가에서 비과세 및 소득공제 혜택을 받기 위해서는 거주요건을 만족해야 한다. 우리나라도 과거 거주요건이 있었으나, 많은 민원이 발생해 폐지되었다. 따라서 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도의 정책취지를 고려해 볼 때 거주요건을 부활시키는 것이 필요하며 거주용 주택을 사전에 신고하는 방안 등을 고려해본다.