결론적으로 비교효과연구 주제 우선순위 선정은 변화하는 질병 역학, 중재, 대중의 관심을 지속적으로 파악하는 과정이 필요하다. 이에 우선순위 선정 과정에서 보건의료서비스 제공자와 소비자, 환자 등을 포함한 다양한 이해관계자의 참여는 반드시 필요하므로 전 과정에서의 이해관계자 참여를 고려하고 촉진시키는 방안을 강구해야 할 것이다. 또한, 비교효과연구 주제는 관련된 배경지식, 현재 임상의 실제, 관련 연구 현황을 고려하여 개발하여야 한다. 이를 위해서는 NICE의 사례와 같이 각 주제마다 적어도 2인 또는 3인의 전문가의 자문을 고려하는 절차를 마련하는 등 주제 선별 및 우선순위 과정에서의 치우침 없는 전문가 견해를 청취하는 노력을 기울여야 할 것이다. 또한, 정책 활용도 제고를 위해 반드시 우선순위 선정 과정과 결과는 보고서 발간 및 관련자료 홈페이지 게재를 통해 투명하게 공개되는 것을 원칙으로 해야 할 것이다.
비교효과연구 주제의 우선순위를 정할 때는 모든 과정에서 다양한 이해관계자의 참여를 위한 방법을 모색하고 주제별로 여러 전문가의 의견을 들어야 하며 원칙적으로 우선순위 선정의 전 과정 및 결과를 공개해야 한다. 