여기서 탄소세의 조세 중립성 문제를 생각해 볼 필요가 있다. 유럽의 몇몇 국가들은 조세 중립적인 탄소세를 도입하고 있다. Peters et al.의 캐나다의 탄소세 도입 방안 연구나 Nystrom and Zaidi의 미국 메사추세츠 주의 탄소세 도입 방안 연구에서도 조세 중립적인 탄소세를 상정하고 있다. 다른 나라에서도 탄소세를 도입하면서 납세자의 세금 부담을 줄여주기 위해 이를 조세 중립적으로 운영하고 있는 추세이다. 여기서 조세 중립이란 세금의 납부 후에도 납세자의 상대적인 경제적 지위에 변동이 없는 것을 의미한다. 실제로 조세 중립성을 담보하기 위해 납세로 인해 경제적 지위의 격차가 발생하는 경우 세수를 환급 혹은 세율을 낮추는 방식으로 운영을 한다.
조세 중립적 탄소세는 이미 유럽에 도입중이며, 캐나다와 미국 연구에서도 상정중 이다. 이는 납세자의 세부담을 낮추며, 조세중립으로 경제적으로 변동이 없다. 실제 격차 발생시 세환급 등으로 보상한다.