양적평가의 근본적인 문제는 합리적 도구주의에 있으며 이는 투입과 산출의 일차원성을 전제하는 도구적 합리성 모델은 지식적·경험적 타당성에 기반해야 한다는 논리이다. 문제는 이 같은 논리에 근거한 양적 평가의 결과가 인위적 맥락에 근거할 가능성이 있음을 배제할 수 없다는 것이다(이성우 외, 2015). 연구자들의 현실적인 시각과 경험을 적절하게 반영하지 못할 수도 있다는 것이다. 즉 사업 간의 복잡한 상호작용이 몇가지 데이터로 환원되어 사업의 외적인 맥락변수들을 충분히 고려하지 못할 수도 있다. 무엇보다도 양적 평가는 평가결과의 통계적 유의성에만 집착하여 해석력에 제한적일 수 있다. 구체적으로 비 맥락적 평가의 한계, 인간 상호관계 인식의 부재, 인과관계 요인들간의 변화요인 인식부재 등이 한계로 지적되고 있다.
양적 평가는 연구자들의 현실적인 시각과 경험을 적절하게 반영하지 못하고, 사업의 외적인 맥락 변수들을 충분히 고려하지 못하며, 평가 결과의 통계적 유의성에만 집착할 수 있는 점 등이 한계로 지적된다.