그러나 이러한 변화를 위한 개혁적 조치들은 출연연구기관의 연구역량을 개선시키지 못하고 출연연구기관의 경쟁력은 지속적으로 하락한 것으로 평가되고 있다(이민형, 2012). 이것은 출연연구기관의 개혁에서 지식탐색과 활용을 통한 새로운 지식의 창출과 결합환경 조성보다는 구조 및 운영의 효율성 관점에서 혁신적 조치들이 이루어졌기 때문인 것으로 보인다. 즉, 지식중심사회에서 경쟁력의 원천은 지식과 지식의 효과적인 활용이라는 측면에서 볼 때, 복잡하고 빠르게 변화하는 지식환경에 대응하기 위해 새로운 지식을 탐색하고 심화 발전시켜 새로운 연구성과를 창출하는 방향으로 조직이 운영되지 못함으로써 문제해결을 위한 연구역량이 개선되지 못한 점에 그 원인이 있는 것으로 보인다. 따라서 구조 개혁을 통한 관리의 효율성 지향에서 벗어나 문제해결 집단으로서의 역량과 성과를 창출할 수 있도록 적정 지식환경을 조성해 주는 것이 필요하다.
출연연구기관 변화를 위한 개혁 조치가 구조 및 운영의 효율성을 중심으로 이뤄져 있어 오히려 경쟁력을 하락시킨 것으로 평가되고 있다. 변화하는 지식환경에 대응 할 지식 탐색과 활용을 통해 연구 성과를 내는 방향으로 조직 운영에 변화가 필요하다.