다수의 청소노동자들은 민주노총 공공비정규직노조 충남세종지부에 가입해 있다. 1단계 직원(142명 중 가입대상 129명) 중에서 노조 조합원은 90∼100명 정도이고(85%이상), 2단계(115명 중 가입대상 104명)는 70명 정도이다. 1단계 직원 중 1명은 한국철도노조에 가입돼 있다. 면담자는 초창기 최저임금 수준의 임금을 지급했던 대전청사의 경우, 노조가 임금과 복리후생에 대한 요구를 많이 하고 있는 반면, B기관은 대전보다 시설과 여건이 좋기 때문에 10년 전부터 대전에서 겪었던 일들이 세종청사에는 없다고 말했다. 물론 여전히 임금관련 요구, 15일치 연차보상비에 대해 반은 연차휴가로 활용하고 나머지를 급여에 반영해 달라는 요구 등이 있지만 1,2단계 임금 격차 외에 다른 노사갈등은 없다고 말했다.
면담자에 따르면 과거 최저임금 수준의 대전청사 노조는 임금·복리후생에 대한 요구가 많았던 반면, 세종청사는 대전보다 시설과 여건이 좋아 15일치 연차보상비와 1, 2단계 임금 격차 외에 다른 노사갈등은 없다 한다.