질병은 궁극적으로 일을 수행하는 능력에 영향을 미친다. 간접비용(indirect cost)이라고도 일컬어졌던 생산성 손실비용은 유급 또는 무급 활동에서의 결근이나 근무 중 생산성 손실, 조기 퇴직, 질병으로 인한 장애 또는 조기사망과 관련된 비용으로 정의할 수 있다. 생산성 손실비용은 질병 또는 의료중재의 특성에 따라 의료비용을 초과할 수도 있으며 전체비용에서 큰 부분을 차지하기도 한다. 그러나 경제성분석에서 이 비용을 포함할지의 여부와 만약 포함되어야 한다면 어떤 방법으로 가치화 할지에 대해서는 아직 연구자마다 이견이 있다. 다만, 의약품 경제성분석을 위한 국가별 지침에서는 연구가 사회적 관점을 취할 경우 생산성 손실비용을 포함하도록 하고 있다(Knies, 2010).
질병은 노동 능력에 영향을 미치므로 생산성 손실비용은 결근과 질병 장애 비용 등으로 정의된다. 이는 질병 등의 특성 따라 의료비용을 초과하기도 하지만 경제성분석의 포함여부는 논의중이다.