현재 정부연구개발시스템의 구조적인 문제는 크게 두 관점에서 접근할 수 있다. 하나는 연구개발 전략 측면에서 첨단 과학기술개발을 중심으로 이루어져 기술적 성과를 창출하는데 집중해 왔다는 점이다. 기술이 혁신적 가치를 창출하기 위해서는 사업화라는 어려운 과정을 통과해 시장에서 혁신가치를 창출해야 하는데 과학기술적 성과창출에 연구개발활동이 집중되어 시장에서의 혁신가치를 창출하지 못하고 있다. 즉, 시장 또는 사회문제 중심이 아니라 기술을 중심으로 연구개발이 추진됨으로써 기술개발 그 자체가 중요하게 고려되고 문제해결 및 혁신가치를 창출하는데에는 한계가 나타날 수밖에 없었다.
정부연구개발시스템의 구조적인 문제 중 하나는 기술개발에만 집중하여 시장과 사회문제에서 문제해결 및 혁신가치를 창출하는 것은 고려하지 않는다는 것이다.