그럼에도 불구하고 여전히 개선이 필요한 부분이 발견된다. 첫째, 세부제품의 사양이 조금이라도 다르면 별도의 제품으로 간주하고 있다는 것이다. 예를 들어 고효율에너지기자재인증의 경우 성능과 무관한 치수변경이 이루어진 제품일지라도 별도 인증을 요구한다. 응답기업들의 경우 자신들의 제품 대비 세부모델의 인증시험항목의 유사성을 평균 67% 수준으로 인식하고 있었다. 특히 응답기업의 46%는 성능과 무관한 부분의 변경으로 인해 새로운 인증을 받은 경험을 가지고 있었고, 그횟수는 평균 17회 정도였다. 둘째, 서울시, 도로공사, 지방자치단체 등 서로 다른 수요처에 동일한 제품을 판매하나, 수요처에 따라 인증심사항목이 큰 차이가 있음을 지적한다. 설문응답기업들은 수요처의 차이로 인해 평균 7회 정도 새로운 인증을 획득하여야 했다. 셋째, 시험항목 간 상호인정제도가 적절히 이루어지지 않는다는 것도 문제점으로 나타나고 있다. 주요 인증제도 개선대책으로 제시된 것이 바로 인증제도 간 시험 상호인정이다. 문제는 지침 상의 명확한 기준에 통과하지 않을 경우 상호인정이 잘 활용되지 않는다는 점이다. 하나의 예로 KS표준인증 인증심사기준을 살펴보면, “1년 이내의 최초 인증 시험성적서일 경우에 한하여”, 그리고 “동등 수준 이상일 경우에 한하여” 상호인정제도를 활용하고 있다.
고효율에너지기자재인증인 경우 성능과 상관없이 치수 변경이 완료된 제품이라도 별도의 인증을 요구하고 있고, 수도권, 도로공사, 지자체 등 서로다른 수요처에 동일한 제품을 제공하거나 수요처에 따른 심사항목이 차이가 있음을 지적하고 있는 등 개선점들이 발견되고 있다.