또한 국토교통부는 한국토지주택공사와의 임대주택 건설사업에 대한 분담비율 과 사업추진체계에 대해 개선방안을 검토할 필요가 있다. 감사원 감사결과에 따르면 임대주택사업은 근본적으로 주거복지 차원의 국가사업으로 보는 것이 합리적이 고, 한국토지주택공사의 재무상태를 고려하여  볼 때 더 이상 공사에서 자체적인 재 무역량으로  임대주택사업을  수행하기  어렵다고  지적하고  있다.  그럼에도  불구하고 국토교통부는  ‘주택종합계획’을  수립하면서  한국토지주택공사에  임대주택  공급물량 을 할당하여 공사의 자체사업으로 추진하게 하고, 기금 대출을 통해 최근 3년 간 한국토지주택공사로  하여금  임대주택사업  관련  기금이자만  2조5,824억원을  부담하게 하는 등 사실상 임대주택사업에 대한 책임과 재무적 위험을 공사에 전가하고 있다. 따라서 향후 주무부처인 국토교통부는 한국토지주택공사의 재무구조가  악화되지  않도록 임대주택사업 추진체계를 합리적으로 개편하는 방안을 검토할 필요가 있다.
한국토지주택공사의 재무상태 상, 임대주택사업을 수행하기 어려운데도 국토교통부는 한국토지주택공사에 자체사업으로 추진하게 하는 등 재무적 위험을 전가하고 있다. 따라서 국토교통부는 임대주택사업 추진체계를 개편해 한국토지주택공사의 재무구조가 악화되지 않도록 해야 한다. 