또한 EUnetHTA는 의약품의 상대적 효과성평가(relative effectiveness assessment; REA)를 위한 가이드라인을 개발하면서 EMA 및 제약사와 함께 파트너십을 형성하여 시범사업을 실시하였다. EUnetHTA는 가이드라인을 이용하여 신속한 REA가 이루어지는 것을 목표로 하였으며, 이는 곧 신약의 허가 시점에 비교효과성 평가가 이루어지는 것이다. 시범사업을 통해 EUnetHTA의 REA 모델이 실행 가능하다는 것을 확인했다. EMA와 EUnetHTA는 의료기술평가 목적에 EPAR가 더 유용하게 사용될 수 있도록 하기 위해 협력을 계속하고 있다.
EUnetHTA는 EMA 및 제약사와 같이 REA의 가이드라인 개발 및 시범사업을 진행했다. 이는 신속한 REA의 시행과 REA 모델의 실행 가능성을 검증하고자 함이었다.