줄기도 뿌리와 마찬가지로 상처가 나지 않고 곧게 잘 뻗었으며 표면이 매끈한 것이 좋은 묘목이다. 줄기 부분을 확인할 때는 줄기마름병이나 줄기썩음병을 일으키는 병원균이 잠복했거나 해충 피해가 있는지 확인을 해야 한다. 잔가지에 발생하는 곰팡이병인 줄기마름병에 걸리면 가지나 줄기표면에 검은색의 작은 반점이 생긴다. 감염이 진전되면 가지가 검은색으로 변색되면서 죽는다. 줄기썩음병(사과나무: 겹무늬썩음병, 배나무: 겹무늬병, 핵과류: 줄기썩음병)에 걸리면 잔가지나 줄기 표면이 정상 가지에 비해 옅은 갈색을 띠거나 멍든 것처럼 보라색을 띠며 죽어간다. 병든 부위의 껍질을 벗겨내면 내부가 갈변된 것을 확인할 수 있다. 줄기썩음병은 감염이 진전될수록 줄기에 티눈처럼 올록볼록한것이 형성된다.
뿌리처럼 줄기도 상처없이 곧게 뻗고 표면이 매끈한 것이 좋다. 줄기를 확인할 때 줄기마름병이나 줄기썩음병 혹은 해충 피해를 확인해야한다.