의료기관의 자발적 참여를 활성화하기 위한 또 다른 방안으로 환자안전 전담 독립기구를 설치하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 환자안전의 핵심인 환자안전 보고·학습시스템이 원활히 작동하기 위해 가장 중요한 것은 의료기관의 자발적 보고이나 의료기관을 평가하거나 또는 처벌을 결정하는 기구가 이 시스템을 관리할 경우에는 익명성을 법적·기술적인 측면에서 보호한다 하더라도 의료기관이 적극적으로 참여하기 어렵다. 이러한 측면에서 독립기구 설치가 의미가 있다. 현재는 의료기관평가인증원이 보고·학습시스템을 위탁받아 운영 중이나 장기적 관점에서는 미국,호주, 영국의 사례처럼 독립기구를 설치하는 방안을 고려해야 한다.
환자 안전을 위한 시스템 구축을 위해 환자안전 전담 독립기구를 운영하여 의료기관이 자발적 보고 시 평가나 처벌에서 배제되어 독립적인 보고를 할 수 있는 체계를 갖추는 것이 좋다.