혁신체제론에서 시스템 실패는 혁신체제가 가지고 있는 구조적 문제로 인해 혁신의 창출과 확산이 제약되는 것이라고 파악한다. 따라서 시스템 실패를 극복하기 위해서는 혁신을 촉진시킬 수 있도록 새로운 제도와 구조를 형성하는 것이 필요하다. 혁신체제론에서는 혁신을 효과적으로 창출하고 확산시키는 시스템의 형성을 궁극적인 정책목표라고 파악하고 있다. 시스템 실패의 보정은 혁신이 이루어지는 구조적 패턴에 대한 보정을 의미한다. 시스템 실패의 주요 내용은 혁신과 관련된 활동에서 나타나는 시장실패만이 아니라 기업조직의 실패, 기업간 네크워크의 실패 등 보다 광범위한 영역을 포괄한다. 혁신체제론에서 볼 때 시장은 지식의 창출, 확산과 관련된 혁신체제의 하나의 구성요소이다. 기업조직, 기업간 네트워크, 정부와 민간의 상호작용 패턴들도 지식의 창출 및 확산과 관련하여 자원을 배분하고 활동을 조정해주며 지식창출 활동에 대해 동기를 부여하는 제도적 요소이다.
혁신체제론의 시스템 실패는 구조적인 문제에 기인하기에 새로운 제도와 구조를 만들어야 한다. 구조적 패턴을 수정하여 시장, 기업조직, 기업사이 네트워크 실패를 극복해야 한다. 여기서 시장은 자원의 배분, 활동의 조정, 지식창출 동기 부여를 하는 요소이다.