한편 의료차별이 발생하는 주요 원인으로 6가지 항목을 설정하고, 각 질환별로 6가지 항목이 의료차별에 미치는 영향을 5점 스케일을 이용하여 살펴보았다. HIV 감염 및 에이즈는 물론이고 조현병, B형 간염 및 간경화, 다운 증후군에서도 사회적 낙인과 차별이 의료차별 발생의 가장 큰 원인으로 지목되었다. 이에 비해서 신종 인플루엔자는 의료기관의 무관심이 가장 큰 원인으로 지목되었고, 대조군으로 설정하였던 고혈압은 경제적 유인 동기의 부족이 의료차별 발생의 가장 큰 원인으로 지목되었다. 즉, 사회적 낙인과 차별이 주된 원인이 되어 특정 질환에 대한 의료차별이 발생하는 것을 확인 가능하였다. 하지만 그 정도는 매우 상이한 것으로 나타났다. HIV 감염 및 에이즈에 대한 사회적 낙인과 차별은 4.39점이었는데 비해서, 조현병, B형 간염 및 간경화, 다운 증후군은 각각 3.65점, 1.74점, 3.16점으로 나타났다. 더욱이 HIV 감염 및 에이즈의 경우 의료차별 발생 원인 6가지 항목 모두가 여타 질환에 비해서 높았다는 사실은 HIV 감염 및 에이즈에 대한 의료차별이 사회적 낙인과 차별은 물론이고 여타 분야에서도 매우 심각한 수준임을 나타내는 지표라고 해석 가능하다. 또한 HIV 감염 및 에이즈에 대한 의료차별이 특정 분야에 대한 사회적 개입만으로는 해결이 불가능한 복잡하고 난해한 문제라는 점을 나타내는 지표라는 해석도 가능하다.
의료차별을 발생시키는 6가지 주요 항목을 살펴본 결과 신종 인플루엔자는 의료기관의 무관심, 고혈압은 경제적 유인 동기 부족이 주요 원인이었던 반면, HIV 감염과 에이즈, 조현병, B형 간염, 간경화, 다운 증후군의 경우 사회적 낙인과 차별이 의료차별의 최대 원인이었다. 의료차별은 특히 HIV 감염과 에이즈에서 가장 심각하게 나타나 문제의 복잡성을 잘 보여주었다. 