비교효과연구 주제의 우선순위 설정은 보건의료와 관련된 재정 정책에 직접적으로 사용될 수 있다. 임상 현장에서 치료재료, 약제 및 행위와 관련하여 건강보험 급여 여부에 대한 정책적 의사결정이 필요한 경우 우선순위 기준에 따라 근거를 제공할 수 있다. 국가가우선적으로 급여해야 하며 보장성도 높일 상대적 유효 기술의 범위와 그 보장수준에 대한의문이 대두되고 있으나 현재까지는 전문가 의견에 의존하여 결정하는 경우가 대부분이므로급여 기준에 대한 논란이 끊이지 않고 있는 실정이다. 투명하고 객관성 있는 우선순위 선정 과정을 거쳐 발굴된 주제에 대한 연구를 통해 급여기준을 설정한다면 불필요한 사회적 논쟁을 줄이며 합리적 건강보험 재정의 활용이 가능할 것이다.
비교효과연구 주제의 우선순위 설정을 통해 선정된 주제를 연구하여 현재 논란 중인 급여 기준을 결정하면 효율적이고 합리적인 건강보험 재정 활용이 가능하다고 예상된다.