지역아동센터의 공공전달체계로서 ‘보건복지부-시․도-시․군․구’가 작동하고, 보건복지부의 위탁기관인 지역아동센터중앙지원단은 민간기구로서 시도의 위탁기관인 16개 시도지원단과 함께 전국의 지역아동센터의 운영지원을 담당하고 있다. 중앙 및 시도지원단은 사업운영 총괄, 지역아동센터 지원 사업 운영 및 관리, 지역아동센터 현황 데이터베이스 및 종사자 교육시스템 구축 운영을 지원하는 전문기관이다. 대부분의 지역아동센터는 민간 운영되고 있으며 공공의 행정체계와 민간의 서비스집행체계로 혼합되어있는 실정이다. 시설의 운영 주체 중 개인 운영이 절반 이상의 비중(61.6%)을 차지하고 있고, 아동을 보호하기에 부적절한 공간에서 돌봄이 제공되고 있는 실정이다. 2013년 6월 기준 실태조사 보고서에 따르면, 아동 안전을 위해 지하나 5층 이상에 시설설치를 제한하고 있는데 전체 센터의 0.7%인 27개소가 지하에 있으며, 5층 이상에는 0.9%인 33개소가 설치되어 있는 실정이다.
지역아동센터중앙지원단은 민간기구로서 전국의 시도지원단과 함께 지역아동센터를 운영한다. 대부분의 지역아동센터는 개인 운영이 절반 이상이고 아동을 보호하기에 부적절한 장소에서 서비스가 제공되고, 지하나 5층 이상의 불안전한 장소에도 설치되어 있는 실정이다.