가장 큰 문제점은 다른 정책들과 마찬가지로, 할거주의로 인하여 관리감독을 맡고 있는 성청간의 연계성이 떨어진다는 점이다. 특히 종합적인 대책에 관한 법안이 아닌 각 성청 별 법안이 난립하고 있다는 점이 기업에게 있어서는 큰 부담이 되고 있다. 가령 예를 들어 하나의 물질이라고 할지라도, 화심법과 노동안전위생법은 다른 법규조항으로 관리를 하고 있기에, 기업의 입장에서는 양쪽 법안 및 규제에 관한 서류를 준비해야 하는 번거로움이 있다. 다구치(田口, 2013)는 그런 할거주의의 문제뿐만이 아니라, OECD나 화학물질에 관한 국제회의인WSSD(World Summit on Sustainable Development, 지속가능발전 세계정상회의) 등에서 규정한 화학물질관리목표가 있음에도 불구하고 일본은 성·청별 관리와 목표 설정이라는 독자노선을 계속 추구하고 있음에 대해서도 비판하고 있다.
일본은 성·청별 관리와 목표 설정이라는 독자노선을 계속 추구하고 있음에 대해서도 비판하고 있다.