가장 먼저 지역가입자와 직장 가입자 사이의 보험료 적용단계에서부터의 형평성이나 공정성의 문제를 지적할 수 있다. 지역 가입자의 소득의 완전한 파악이 어렵다는 이유로 직장 가입자는 소득만을 중심으로 건강보험료가 책정되는 반면, 지역가입자는 소득 외 기타 재산이나 세대원까지 감안하여 건강보험료가 책정되는 구조이기 때문이다. 지역가입자의 소득파악은 그동안 국세청 등을 중심으로 꾸준히 이루어져왔고, 2016년 기준93)으로 자영업자의 소득파악률은 88%로 근로소득자의 소득파악률 95%와도격차가 많이 좁혀져 왔기 때문이다. 또한 이를 꾸준히 찾아내어 그에 적합한 과세와 탈세에 대한 중과세를 적용하기 어렵다고 하여 보건복지부에서행정편의적인 방식으로 지역가입자에게만 불리한 방식으로 건강보험료를책정하는 것은 적정한 방식은 아니라고 할 수 있다.
직장가입자는 소득을 고려하여 보험료가 책정되나 지역가입자는 소득 파악이 어려우므로 소득 외 요소까지 고려한다. 하지만 최근 지역가입자 소득파악률이 높아졌고 행정 편의를 위한 불공정한 보험료 책정은 부적절하다.