셋째, 도구적 합리성(instrumental rationality)이 실질적 합리성(substantive rationality)을 훼손할 때 계획 비합리성이 초래된다. 즉, 원자력발전 사업에서 경제적 효율성을 증가시키는 도구적 합리성이 오히려 원자력위험을 증가시킴으로써 결과적으로 실질적 합리성을 저해할 수 있다. 원전의 수명을 연장하고 원전을 한 부지에 집중시켜 부지 집적도를 높이는 것이 대표적인 사례이다. 신규원전을 추가로 건설하는 것보다 수명을 연장할 때 경제적 이익은 커지지만, 동시에 노후 원전의 수명연장은 원전사고 위험을 증가시킨다. 또 원전 집적도를 높이면 사회간접설비 등을 포함한 각종 설비를 공유함으로써 발전소의 경제적 효율성이 커지지만, 후쿠시마 원전사고에서도 드러나듯 특정 부지에 원전이 집중되면 원전사고 시 위험도 증폭된다. 한국은 1970년대 지정된 4개의 원전 부지(고리, 월성, 영광, 울진)에 원전을 추가적으로 건설함으로써 원자력 이용의 경제적 효율성을 증가시켜 왔으나, 특정 지역에 원자력발전소가 집중됨으로써 원자력 위험뿐만 아니라 전력수요지역과 공급지역의 불균형이 심화되고 고전압 송전탑 건설 문제 등을 초래했다.
원자력발전의 경제적 이익은 단편적으론 한 곳에 집중적으로 건설을 하고 새로운 원전을 설립하지 않고 기존의 원전을 보수/유지를 하는 것이 높다 생각할 수 있다. 하지만 후쿠시마 사태와 같은 큰 사고로 이어질 수 있고 에너지 지역격차가 생길 수도 있기 때문에 합리성이 낮다 봐야한다. 