다음으로 항생제 내성균 및 의료관련감염병에 대한 감시 체계가 필요하다. 의료관련감염병의 감시는 표준화된 방법으로 정확한 감염률을 산출하고 감시 결과를 환류 하여 감염률을 줄이기 위한 목적으로 시행된다. 세계 여러 나라에서 자국의 특성에 맞게 의료관련감염병 감시 체계를 운영하고 있으며, 우리나라도 2006년부터 전국병원감염감시체계(KONIS)를 운영 중이다. KONIS는 개별 병원들의 자발적 참여를 통해 중환자실에서 발생한 주요 의료관련감염병과 수술부위감염에 대해서 자료를 수집하고 있으며, 비밀보장과 전산보고시스템을 이용한 신속한 피드백 및 정확하고 효율적인 자료수집과 분석으로 참여병원이 지속적으로 증가하여 왔다. 그러나 KONIS는 학회에서 주도하고 정부에서 자금을 지원하는 용역사업으로 진행되어오면서 운영에 일관성이 없고 행정적 부담이 높다는 점과 참여기관에 대한 비밀보장이 법으로 명시 되지 않아 자료의 신뢰성이 위협받고 있는 문제점이 있다. 따라서 이를 해결하기 위해서는 정부기관 내에 사무 운영을 전담하는 전문 인력을 배치하고, 학회에서는 전문가로 구성된 운영위원회를 두어 연속적이고 안정적인 운영을 도모함과 동시에 감시 자료는 정부 전산시스템이 아닌 외부기관에서 관리하고, 기밀유지를 위한 법적, 제도적 장치를 마련하는 것이 필요하다.
의료관련감염병의 감시는 정확한 감염률을 알아내고 줄이기 위해 실시하는데 우리나라고 KONIS를 운영중이다. KONIS에 참여하는 병원이 증가했지만 용역사업으로 이뤄지다보니 자료의 신뢰가 떨어지는 문제가 생긴다. 때문에 정부기관에 전문인력을 두고 학회는 전문가가 운영하게 하며 외부기관에서 감시하는 등 법적 제도적 장치를 만들어야 한다.