궁극적으로, 지하수는 관정의 용도로 관리되기 어렵다. 지하수 시스템은 대수층과 지하수 유역을 공유하며 상류에서 하류로 흐른다. 즉, 현행 제도를 따르면 공업용 지하수로 관리되는 지하수는 바로 인근에서 음용수로 관리될 수 있다. 따라서 관정의 용도에 따라 관리하는 것이 아니라, 지하수원(대수층)을 구분하고 이에 따른 수질기준 및 관리방안을 적용해야 한다. 하지만 국내 지하수계는 수리지질 및 대수층 별로 구분되지 않으며, 구분이 어려운 측면이 있다. 따라서 최소한 지역별로 지하수 보전구역 등을 선정하거나 샘물로 정의되는 많은 지역의 암반지하수를 보전하는 정책을 이용하는 것이 바람직하다.
현재 국내 지하수 시스템은 구별이 잘 되지 않고 있어 지하수 보존구역을 선정하고 암반 지하수를 보전하는 정책을 시행해야 한다.