국회 심의 단계에서는 이 점에 특히 비판이 집중되었다. 그리고 국가의 절차 대상외가 되는 사업 조례에서 환경영향평가제도를 정하는데 저해하지 않는다는(60조) 것은 당연한 것이다. 그런데 이 경우, 절차가 법에서 대상이 되는 사업의 절차보다 엄격한 것이 되는 것은 주객이 전도되는 일이다. 법의 대상이 되는 사업이 환경에 주는 영향을 판단하는 것은 중요한 일이므로 지방공공단체의 특성을 반영시켜 엄격하게 실시하도록 해야 한다는 의견이 나오고 있다. 이 외에 지방공공단체 중 정부령으로 정한 시(政令市)의 권한을 도･도･부･현지사와 동등하게 인정해야만 하고, ‘판정’과 관련된 것에 있어서도 시의 의견을 제출하도록 하며 정부령으로 정한 시장에게는 도･도･부･현지사를 거치지 않고 직접 의견을 내놓을 수 있도록 해야 한다는 의견도 강하게 나왔다.
사업 조례가 환경영향평가제도를 정함에 저해해서 안되며, 환경영향평가는 중요한 일이므로 지방공공단체의 특성을 반영하도록 시의 권한을 강화하고 시장이 직접 의견을 개진할 수 있도록 해야한다는 의견이 있다.