셋째, 식물신품종육성자의 권리를 보호하는 제도를 도입하여 식물신품종 육성자에게 보호품종의 상업적 이용에 관한 독점적 권리를 인정한다. 넷째, 농민이 자가생산을 목적으로 자가채종을 할 때에는 농림수산부장관이 육성자의 권리를 제한할 수 있도록 하여 영세농가를 보호할 수 있도록 한다. 다섯째, 품종보호에 관한 심판 및 재심은 농림수산부에 두는 품종보호심판위원회에서 관장하며, 그 심결에 대한 소는 특허법원의 전속관할로 삼는다. 여섯째, 모든 품종은 하나의 고유한 품종명칭을 가지도록 하고 품종명칭등록원부에 등록되어 있는 품종명칭만을 사용하도록 하여 유통상의 혼란을 방지한다. 일곱 번째, 현재 정부가 주도하는 쌀 보리 등 주요 농작물의 종자생산을 개방하여 민간종자업자도 종자생산에 참여할 수 있도록 한다. 여덟 번째, 농림수산부장관, 특별시장 광역시장 도지사 등이 생산하는 쌀 보리 등 주요 농작물의 종자는 국가가 보증하도록 하고 민간종자업자가 생산하는 종자는 자체적으로 보증하도록 하여 우량종자의 원활한 유통을 위한 종자보증제도를 확립하도록 한다. 아홉 번째, 농업생산의 안정에 이바지하는 쌀 보리 등 주요 농작물의 종자는 국가품종목록에 등재하는 경우에만 판매 또는 보급할 수 있도록 하여 일정 성능 이상의 우량품종이 농가에 보급될 수 있도록 한다. 열 번째, 유통종자의 포장 또는 용기에 종자의 생산연도, 종자의 품질 등을 표시하도록 하여 농민이 안심하고 우량종자를 구입할 수 있도록 한다. 열한 번째, 유통종자 분쟁이 발생한 경우 분쟁당사자의 신청에 의하여 국가가 재배시험을 실시하여 종자분쟁의 원인을 밝힐 수 있도록 한다.
식물신품종육성자의 권한를 지켜주는 법률적 제도를 입법하여 식물신품종 육성자에게 보호품종의 자율적 활용에 관한 배타적 권한을 제공한다.  추가로 농민이 스스로 활용하는 생산을 목적으로 자가 채집을 하는 경우는 농림수산부장관이 육성자의 권리를 제한할 수 있도록 하여 소규모 농가가 스스로 보호할 수 있는 권한을수 제공한다. 모든 품종은 하나의 고유한 품종명칭을 가지도록 하는 등의 다양한 권리를 보호하는 제도가 있다.