국고지원이 도입된 것은 1988년 농어촌을 중심으로 지역 의료보험이 확대되면서 지역가입자 중 소득 최하위 1/4 계층 보험료의 50%, 차상위 1/4 보험료의 25%를 정부가 지원하기로 약속하였다. 그러나 지역가입자의 소득 파악이 어려워 소득수준별 보험료 차등지원이 어렵게 되자 정부는 일괄적으로 지역가입자 보험료의 50%를 지원하기로 하였다. 이는 정부의 공무원 건강보험료 지원 수준과 동일한 수준으로, 직장의료보험은 가입자와 고용주가 각각 보험료를 50%씩 분담하는데 지역가입자는 보험료를 분담해 줄 고용주가 없으므로, 직장가입자와의 형평성 및 지역가입자의 특수성을 감안하여 지원 수준 결정한 것이다. 또한 지역가입자는 비교적 소득수준이 낮은 농어민, 영세사업자, 노인, 실업자 등 저소득층으로 구성되어 보험료 전체를 혼자 부담하는 것이 어려우므로 공공부조적 성격으로 재정 지원을 시작하였다. 국고지원은 일반회계 예산에서 당해년도 지역가입자의 보험급여비 추정치 및 관리운영비 소요액을 합한 금액의 50%를 확보하고, 관리운영비를 전액 지급한 후 나머지 금액을 조합별로 세대 및 피보험자 수를 감안하여 정액지원하는 방식으로 이루어졌다.
1988년 농어촌을 중심으로 지역 의료보험이 확대됐다. 지역가입자의 소득 파악의 어려움으로 소득수준별 차등지원이 어려워지자 정부는 일괄적으로 가입자 보험료의 50%를 지원했다. 국고지원은 일반회계 예산에서 확보하고, 관리운영비를 전액 지급한 후 나머지 금액을 정액지원하는 방식이다. 