박근혜 정권 탄핵 후 선출된 제19대 문재인 정부는 ‘국민의 나라 정의로운 대한민국’이라는 국정 비전 아래 5대 국정목표와 20대 국정전략을 수립하였다. 특히, 해양수산부의 주요 추진 과제로 해양영토 수호를 위한 핵심 인프라 구축과 중국 어선 불법조업 근절, 연안여객 준공영제 확립과 현대화, 기항지 시설 확충·개선 추진을 목표로 하였다. 특히, 해운 산업 분야에서는 해운 선사에 대한 원스톱 지원체계 구축과 해외 물류망 확장, 친환경 선박의 건조기술 개발과 보조금 지급 등을 통한 조선 산업 경쟁력 제고를 목표로 하고 있으며, 수산의 경우 수산자원 관리를 강화하고 해양생태계 기반 수산정책 실현과 해양공간 통합 관리 및 해양 환경에 대한 국가 관리체계 강화를 목표로 한다.
문재인 정부 수립 이래 특히 해양수산부는 해양영토 수호를 위한 인프라와 해운사에 대한 원스톱 지원시스템 구축, 수산자원 관리 강화 등을 목표로 하고 있다.