비인가 대안학교들은 학교 운영에 필요한 재원을 거의 전적으로 학부모들에게 의존하고 있는 실정이다. 다만 2007년부터 교육부가 교육복지 차원에서 매년 10억여 원 정도의 사업비를 공모 방식에 의해 비인가 대안학교들에게 지급한바 있다. 이와 관련해서는 일부 대안학교들과 공모 취지나 방식에 대한 갈등들이 이어지기도 했는데 이는 뒤에서 다시 논의하기로 한다. 또 다른 지원의 흐름은 2015년부터 발효된 ‘학교 밖 청소년 지원에 관한 법률’에 의거하여 일부 지자체가 학생들의 급식비나 건강진단비 등을 지원하는 것으로 시작되었다. 다만 이 지원은 모든 대안학교나 대안학교 재학생들이 일괄적으로 수혜 받는 것이 아니라 지역 대안교육 운동가들의 끊임없는 요구에 일부 지자체장들이 정치적으로 응답한 결과다. 두 지원의 흐름 모두 비인가 대안학교를 ‘학업의 공간’으로 인정하고 지원한다기 보다는 ‘학교 밖 청소년’들이 모여 있는 공간에 편의적으로 일시적인 지원을 제공한다는 측면에서 여러 논쟁의 지점이 있다.
2007년부터 교육부가 교육복지차원으로 비인가 대안학교에 대해 지급한 지원비와 2015년 일부 지자체가 학교 밖 청소년 지원에 관한 법률에 근거하여 학생들에게 지원한 일 모두 일시적인 지원을 제공한다는 측면에서 여러 논쟁을 불러일으키고 있다.