이상의 연구 결과를 바탕으로 본 연구가 도출한 결론은 다음과 같다. 첫째, 정부에서 수행하는 정책 평가는 자체 평가가 안고 있는 많은 한계를 드러내고 있다는 점이다. 대부분의 평가가 실적 중심의 평가로서 획일적이고 성과를 내기 쉬운 분야에 집중하는 경향을 보이고 있고, 이로 인해 실질적으로 정책 과정 개선에 기여하는 바가 적다는 문제점이 있다. 또한 중요한 정책 영역임에도 불구하고 제대로 평가되지 않는, 소위 평가사각지대가 발생하고 있는데, ‘감염병 예방 및 관리 정책’이 대표적인 예라고 할 수 있다. 둘째, 미국, 캐나다의 평가시스템과 비교할 때 국내 보건정책 평가의 전문성은 보다 제고될 필요가 있다. 특히 국내에는 정부평가 외에 보건정책 평가를 지원하고 전문성을 강화하고자 하는 정책적 노력이 미흡한 것으로 보인다. 셋째, 일부 보건정책 평가 연구의 경우 체계적 분석을 시도하였지만 대부분의 연구에서는 정책의 목표에 부합하는 적절한 평가 모형과 이론적 틀의 기반 없이 평가가 수행되었으며, 사용된 평가 기준과 평가지표의 정확성과 객관성이 충분히 확보되지 않은 경우가 많았다. 더욱이 특정 정책 영역에만 평가연구가 치우쳐 있어 평가의 포괄성 측면에서 개선이 필요해 보인다. 마지막으로 전문가 조사 결과는 정부가 아닌 독립성을 확보한 주체가 보건정책의 영향을 체계적으로 평가할 필요성을 제기한다.
본 연구가 도출한 결론은, 첫째, 정부 수행 정책 평가는 실적 중심의 평가로  정책 과정 개선에 기여가 적으며 사각지대가 발생하고 있다.  둘째, 국내 보건정책 평가의 전문성 제고가 필요 하다.  셋째, 평가기준과 평가지표의 정확성과 객관성 담보와 포괄적 측면의 개선이 필요하다. 마지막으로 독립성을 확보한 주체가 체계적으로 평가할 필요성을 제기한다. 