셋째, 사업의 전략성 강화이다. 사업의 전략적 목표와 성과지표 간의 정합성 부족이 보인다. 사업이 최종적으로 달성하고자 하는 전략적 목표가 모호하여 사업 추진경과에 따른 달성 정도를 측정하기 어려운 경우가 빈번하다. 사업평가 시 활용하는 성과지표가 사업의 전략적 목표를 대표하지 못하거나 실행 건수 위주로 국가적 차원에서 도달하고자 하는 목표치 설정이 곤란하다. 너무 많은 목표로 사업의 정체성 혼란도 야기되고 있다. 핵심기술 확보가 가장 중요한 목표인지 사업화성과가 중요한 목표인지가 불명확하며, 사업목표가 다중화 되어 정작 달성해야 하는 목적성이 모호해진다. 이처럼 사업 목표가 모호해짐에 따라 R&D 사업의 핵심인 원천핵심기술 개발과 이를 잇는 연계기술 개발이 이루어지는 것이 아니라 깊이가 얕은 평이한 기술개발과 성과지표에 맞추기 위한 포장이 발생하는 경우도 있다. 따라서 미래성장동력사업만이라도 달성해야 하는 전략적 목표를 명확히 설정할 필요가 있다.
사업달성을 통한 전략적목표를 제대로 설정해야 한다. 목표의 모호성으로 인해 달성정도의 객관적 측정이 어렵고, 평가 시 활용하는 성과지표는 목표와의 연관성이 적다. 따라서 우선적으로 미래성장동력사업이라도 전략적 목표를 명확히 설정해야 한다.