다만, 유의해야 할 점으로는 자유학기제 시행과 더불어 중학교 학생 발달이 모두 긍정 적인 측면만 있는 것은 아니라는 것이다. 본 연구에서는 교육포부, 학교생활만족도, 학업 가치, 진로포부는 1학년 2학기에 들어가면서 줄어드는 양상을 보인다. 그나마 2학기에 자유학기제를 시행한 학교에서는 이러한 감소 패턴이 1학기 시행 학교 학생에 비해 완만하게 나타났다. 즉, 자유학기 시행으로 학생들의 한껏 높아진 포부가 1학년을 보내면서 자기이해를 바탕으로 현실화되는 과정으로 이해할 수 있다. 그러나 지나치게 급격하게 이러 한 지표가 낮아지거나 학생의 삶이 변화하는 것은 바람직하지 않다. 오히려 진로계획을 충분히 현실적으로 재조정하여 다음 학년에서 유지･발전해 나갈 수 있도록 하는 노력이 필요하다. 바로 이러한 점에서 시범 운영되고 있는 진로교육 집중학년･학기제와의 연계를 적극적으로 검토해야 한다.
자유학기제 시행과 더불어 학생들의 포부가 감소하는 패턴을 보이는 이유는 자기이해를 바탕으로 현실화 되는 과정이라 할 수 있다. 앞으로 진로계획을 현실적으로 재조정하여 유지·발전할 수 있도록 진로교육 집중학년·학기제와의 연계가 필요하다.