방통위 설립과 관련하여 가장 중요한 쟁점은 방통위의 정치적 독립성과 전문성이었 다. 기존 방송위는 독립위원회이었던 반면, 방통위는 대통령 직속의 행정위원회였기에 독립성과 관련해 사회적 논란이 야기되었다. 위원회가 구성되는 방식은 5인의 위원 중 위원장을 포함한 2인은 대통령이 지명하고, 나머지 3인은 국회에서 추천하되 대통령이 소속되거나 소속되었던 정당의 교섭단체가 1인을 추천하고 그 외 교섭단체들이 2인을 추천하는 방식이었다. 이에 따라 대통령과 여당의 몫이 5인 중 3~4인에 이르게 되어 정 부여당이 사실상 방통위를 구조적으로 장악하게 된다는 비판을 듣게 되었다. 정치적으 로 안배되는 위원들의 전문성 또한 중요한 쟁점이었다. 예를 들어 1기 위원 5인 중 방 송 통신 행정 실무경험이 있는 사람은 1인에 불과했다. 따라서 이들이 정치적 역량을 기반으로 한 이해집단 간의 상호조정, 전문성을 기반으로 한 정책결정, 이 두가지 역할을 성공적으로 수행할 수 있을지 우려가 제기되었다. 실제로 방통위는 출범 초반부터 크고 작은 방송정책 사안을 둘러싸고 정치권의 대리인격인 여야 추천위원들 간의 갈등 이 고착화되는 과잉 정치화 양상을 보임으로써, 정책기구가 아닌 이념대결의 장으로의 변질되었다는 비판을 듣게 되었다. 여기에 위원들의 전문성 부족, 합의제 기구의 비효율 성이 맞물리면서 미디어 정책의 혼선과 국정 운영의 차질을 초래하였다.
기존 방송위는 독립위원회였지만, 방통위는 대통령 직속 행정위원회로, 구성 방식도 과반수 이상이 대통령과 여당에 의해 구성되어 전문성이 결여되기 쉽다는 우려가 있었다. 결국, 실제 운영에서 정치권의 대리인격의 갈등 양상을 그대로 반영하고, 전문적 정책경정과 이해집단간 상호조정의 정책 기구로서의 제기능을 하지 못하고 있다.