98년 STEPI 보고서에서 언급되어진 한국 혁신 시스템의 주요 특징을 ‘지식 창출과 활용’ 관점에서 보면 98년 보고서 작성 당시 한국 혁신 시스템의 주요 특징으로는 연구개발 투자의 규모가 빠르게 증가하고 있고, 그 중 많은 부분이 민간 기업에 의한 투자이며, 민간 기업 중에서도 대기업 중심으로 연구개발 투자가 이루어지고 있다는 것이다. 연구개발 투자의 경우는 일부 산업 및 분야에 편중되는 경향이 있다고 파악되었다. 즉, 분야별로는 기초 연구 보다는 응용 및 개발 연구에 투자되는 금액이 많았고, 산업별로는 제조업에 투자되는 금액이 많았다. 지역별로 투자되는 연구개발 비용도 일부 지역에 편중되는 경향이 있다고 파악되었는데, 구체적으로는 서울과 경기 지역에 상대적으로 많은 연구비가 투자되는 것으로 나타났다. 혁신 주체(기업, 대학, 출연(연)) 간의 지식 창출과 활용에 대한 연계활동이 제대로 이루어지지 않고 있다고 판단하였고, 뿐만 아니라 국제 협력 활동도 미미하다고 지적되었다. 마지막으로 지식활용 측면에 있어서는 98년 보고서에서 구체적인 데이터를 제시되지는 않았지만, 연구개발의 효율성이 낮다고 인지되었다.
지식 창출과 활용 관점에서 98년 STEPI 보고서의 한국혁신시스템을 보면 그 특징은 연구개발 투자 규모 급상승과 민간 기업, 그 중에도 대기업의 투자가 대부분이라는 것이다. 응용과 개발, 제조업, 서울과 경기에 주로 투자됐다. 혁신 주체간 연계와 국제 협력이 미흡하고 연구개발 효율이 낮다고 파악된다.