그 다음으로 정부 R&D 예산의 배분 및 조정 체계를 개선하는 것이 필요한데, 이때 중요한 것은 첫째 개별 정부부처로부터 독립성이 확보된 조정기구를 설치하는 것이고, 둘째 R&D 예산의 배분과 조정 기능을 유기적으로 연계시키는 것이다. 현재 국가과학기술심의회의 사무국 기능을 담당하고 있는 미래창조과학부는 정부의 주요 R&D 집행부처이기도 하므로 범부처적 관점에서 정부 R&D사업을 객관적으로 조정하고 배분하는 것에는 근본적인 한계를 갖는다. 또한 예산당국인 기획재정부(기재부)와 미래창조과학부가 정부 R&D 예산의 배분과 조정에 함께 관여하고 있기 때문에 R&D사업을 추진하는 개별 정부부처 또는 연구자 입장에서는 중복적인 협의 절차를 거쳐야 하는 부담을 갖는다. 이러한 문제를 해결하기 위해 바람직한 대안은 범부처적 이해관계 조정을 위해 조정기구를 정부부처들과 독립적인 형태로 설치를 하고, R&D 예산의 배분 및 조정에 있어 중복적 기능을 최소화할 수 있는 방안을 모색하는 것이다.
현재 정부 R&D 예산 체계는 객관성과 중복적인 협의 절차에서 한계점을 가진다. 이 문제를 개선하려면 조정기구를 개별 정부부처로부터 독립적인 형태로 설치하고, 예산의 배분과 조정 기능을 밀접하게 연계시키며, 중복적 기능을 최소화할 수 있는 방법을 찾아야 한다.