그러나 대학, 연구소, 병원 등의 공공 연구조직이 개인기반의 창업을 지원하는데는 일정한 한계가 있다. 교원이나 연구원이 담당할 본연의 임무가 있고 이것과 창업 활동을 병행하는 것 사이에 근본적 긴장 관계가 있기 때문이다. 예를 들어 휴․겸직을 통한 창업은 휴․겸직 기간 동안 교수 본연의 연구와 교육 업무에 지장을 줄 수밖에 없다. 대학 간 경쟁이 치열한 지금의 상황에서 이렇게 교수 업무와 창업을 병행하는 교원이 많아지기는 어렵고, 무한정 휴직 기간을 늘려줄 수도 없다. 또한 바이오 분야의 경우, 앞서 보았듯이 벤처기업들이 창업 후 영업이익이 나기까지 평균 4년이 걸리고 IPO까지는 평균 8.3년이 걸리기 때문에 현재의 휴․겸직 허용 기간(5~6년)으로는 벤처기업을 충분히 성장시키고 원직으로 복귀하기가 어렵다는 문제도 있다.
공공연구조직이 개인창업을 지원하는 데는 한계가 있다. 교원이 본업에서 완전히 분리되기 어렵고 기관에서도 휴직기간을 무한으로 줄 수 없다. 또한 특정분야의 경우는 자리잡기까지 5년 이상이 걸리므로 이후 원직복귀가 어렵다.