기업을 포함한 R&D 수행주체 간 협력 저하의 원인으로 협력을 위한 인센티브 부족이외에도 정보·자원을 공유하면서 발생 가능한 수익 배분 갈등의 문제, 기관 간 목표와 이해관계 차이 문제, 파트너 탐색 기회 및 정보 부족의 문제 등을 고려해 볼 수 있다.하지만 설문조사에 따르면([그림 5-12) 참조), 약 45%의 응답자만이 기관 간 목표나 규정의 차이로 협력이 저하되고 이러한 협력 저하가 글로벌 경쟁력 저하로 이어진다고 응답했다. 협력하면서 정보 및 자원을 공유할 경우 예상되는 갈등 가능성으로 글로벌 경쟁력이 저하된다고 응답한 이도 약 33%에 그쳤고, 절반 이상의 응답자들은 중립적인 태도를 보였다. 협력 파트너에 관한 정보나 탐색 기회가 부족해서 협력이 부족하고, 이로 인해 글로벌 경쟁력이 저하된다는 주장에 대해서도 동의하는 이와 동의하지 않는 이가 반반으로 나뉘어 중립적인 의견이 대세였다.
기업을 포함한 R&D 수행주체 간 협력저하의 원인으로 협력을 위한 인센티브 부족 외에 정보·자원을 공유과정에서의 배분 갈등, 기관간 목표와 이해관계 차이, 파트너 탐색기회 및 정보부족의 문제 등이 있다.