국내에서 구축된 자료원에 대한 정보가 제한적이라는 문제로 현재 구축된 자료현황을 파악하기 어려운 문제가 있었다. 정보가 제한적인 것만큼 해당 자료원에 대한 접근성이 낮은 문제 역시 존재하였다. 자료원을 구축한 기관 및 연구자를 중심으로 자료원이 소유·관리되고 있어 다른 연구에 그 자료를 활용하는 것의 가능성은 매우 낮다고 판단된다. 더욱이 현재 많은 자료원들이 민간지원을 받아 구축된 특징을 보였는데 이러한 자료원들의 활용가능성은 매우 낮다고 판단된다. 그리고 본 연구를 통해 확인가능한 자료원내에서도 질환별로 질병부담이 높은 질환으로 자료원들이 집중되어 있으며, 특히 해당 질환들 치료중재들의 유효성을 파악하기 위한 임상시험을 통해 구축된 자료원들이 대부분을 차지하고 있는 문제들이 있었다. 기존 임상자료는 효과성을 확인하기보다는 효능평가를 중심으로 구축되어 있다. 하지만 비교효과연구에서 초점을 맞추는 것은 효과로 기존 효능과는 개념적으로 다소 다른 접근이 필요하다.
국내에서 구축된 자료원의 정보는 제한적이고, 접근성과  활용성이 낮고, 질병부담이 높은 질환으로 집중되어있고, 효능평가를 중심으로 구축되어 있다는 문제가 있다.