지속가능한 지하수 이용을 위한 정책 및 제도는 개발의 적정성보다 보전·관리를 위한 환경정책에 그 무게중심을 두어야 한다. 특히 지표수와 마찬가지로 지하수를 공공의 자원으로 관리하는 원칙을 설정해야 한다. 본 연구의 과정에서 이해된, 국내 지하수 관리 정책의 미흡한 부분에 대해 제안된 개선안은 다음과 같다. (1) 지하수 보전지역 등의 지하수 관리구역을 재정비 혹은 신설하고, (2) 개별 관정에 대한 양수량 및 수질에 초점을 맞추어 허가 제도로 운영되는 지하수법을 개선하고, 구역별(지역 혹은 대수층 별) 지하수원을 공적으로 관리해야 한다. (3) 구역별로 자유면 대수층(주로 충적 대수층)과 피압 대수층(주로 단열 암반 대수층) 으로 지하수원을 구분하고, 양질의 지하수에 대해서는 용도에 관계없이 먹는 물에 해당하는 엄격한 규제를 시행해야 한다.
지하수 관리구역 재정비와, 허가 제도인 지하수법 개선과 공적관리, 그리고 구역별 지하수원 구분 후 양질의 지하수를 먹는 물에 해당하는 엄격한 규제로 시행, 이 세가지가 국내 지하수 관리 정책 개선 제안안이다.