현재 지하수 영향을 예측하는 경우는 실재 관정 개발이 수행되는 경우의 사업에만 국한되어 시행되고 있다. 이 경우 앞서 언급한 대로 지하수 영향조사가 환경영향평가에 우선되어 수행된다. 따라서 이에 따른 문제(지하수 영향조사 보고서만을 인용하고 주변 지하수에 대한 사업의 영향을 부실하게 예측)가 발생할 수 있다. 또한 본 보고서에서 분석되지 않았지만 지하수 모델링에 문제점이 있다. 즉, 모델링 격자 및 조건 구성 시 수리지질 특성 및 함양 및 경계조건을 이상적인 조건으로 입력하고 수리상수 또한 불확실성이 있기 때문에 예측 결과의 현실성이 떨어지는 경우가 있다. 또한 양수시험을 통한 수리상수, 적정 양수량, 영향 반경을 산정하는 경우에도 지하수 흐름을 정상류로 가정하는 등 다양한 조건의 가정 때문에 산적 결과의 불확실성이 큰 실정이다. 따라서 지하수 영향조사의 결과를 정확히 인용하더라도 불확실성이 존재한다.
실제로 개발이 되는 경우에만 지하수 영향 예측을 한다. 이는 환경영향평가보다 앞서므로 문제가 된다. 예측 시 모델링 조건을 이상적 값을 쓰기 때문에 수리상수 관련 정확도가 떨어지므로 산적 결과의 불확실성이 큰데 평가에서 이를 인용하기 때문이다.