부처별 예산편성제도는 부처 중심으로 예산이 편성되어 부처 중심의 예산정보 만이 제시될 뿐 범정부적 정책목표와 프로그램에 대한 관리 및 정보 창출이 어렵다. 그로 인해 부처 간 사업 중복 등의 비효율성과 예산 투자가 정책목적을 충분히 반영하기 어려운 갭(gap)현상 등이 나타나고 있다. 이를 개선하기 위해서는 프로그램 예산 제도의 강화가 필요하며, 기존의 프로그램 구분을 수정하여 범부처에 연구개발 프로그램을 적용하는 것이 필요하다. 이것은 현재 계수 관리 중심의 예산편성제도에서 벗어나 정책목적과 프로그램 중심의 예산편성에 대한 관리 정보 창출과 사업구성의 적절성 등 질적 평가와 접근이 가능하게 된다. 따라서 기존의 부처별 예산편성 제도와 부처 간 프로그램 예산편성제도를 접목하여 기존 제도의 단점을 보완한 보다 유의한 예산관리 정보를 창출해야 한다.
현재의 부처별 예산편성제도는 정책목적을 제대로 반영하기 어렵다는 문제가 있다. 따라서 더 효율적인 예산관리를 위해서는 정책목적과 프로그램에 초점을 둔 예산편성제도를 적용해야 한다.