또한 이종욱 교육과정은 학생들의 연구역량을 강화하기 위해 2학년부터 의학연구과정을 제시하고 있다. 그 중 특히 의학연구과정에서는 1학년에 익힌 연구에 대한 기본개념을 바탕으로 모든 2학년 학생들이 실제로 진행되는 연구에 참여하게 된다. 교내 및 연구기관에서 전임의나 박사 후 연구자를 통한 1:1 의학연구 멘토링이 제공되며, 학생들은 관심 있는 주제에 대해 자율적인 연구를 수행 한다. 이를 통해 학생들은 가설을 세우는 것부터 시작해 연구 디자인, 분석방법 습득, 결과 제시 및 논문화 등 실제과학자들이 수행하는 연구 방법에 대해 경험할 수 있게 된다. 서울대는 연구방법에 대하여 총체적으로 경험한 학생들이 나중에 환자를 보는 의사가 되더라도 항상 연구자로서의 태도를 가진 의학자로 성장할 수 있을 것이라는 관점을 가지고 있다.
또한 이종욱 교육과정은 학생들의 연구역량을 강화하기 위해 2학년부터 의학연구과정을 제시하고, 그 중 특히 의학연구과정에서 2학년 학생들이 실제로 진행되는 연구에 참여하게 된다.