사업구조의 효율성은 궁극적으로 정부 연구개발투자의 효율성 제고를 목표로 해야 하고, 이를 제고하기 위한 예산 배분 구조의 효율성과 동시에 연구개발사업 생산성 제고가 이루어져야 한다. 그런데 현재 정부 연구개발사업구조는 상위 예산 구조 중심의 사업구조 형성과 관리에 중점을 두고 있어 연구개발 생산성 부문은 중요성이 간과되고 있는 실정이다. 따라서 상위 구조와 하위 구조의 개선은 앞서 제시한 개선방안을 중심으로 이루어지되 사업구조 관리의 중심이 사업구조의 질적 개선을 통한 생산성 제고를 강조하는 방향으로 이동해야 한다. 즉, 상위 예산 구조의 거시적 효율성 개선 중심에서 사업구조의 질적 적정성 개선을 통한 연구개발 생산성 확보 방안에 보다 중점을 두어야 한다. 이러한 사업구조 관리의 중심 이동이 정부 연구개발구조의 종합적 효율성 개선에 중요하며 연구개발 투자 효율성 개선에도 중요하게 작용할 것이다.
사업구조의 효율을 높이려면 연구개발사업의 생산성을 높이고 예산 배분이 효율적이어야 한다. 하지만 현재는 연구개발 생산성에 대한 중요성을 간과하고 있다. 따라서 연구개발 투자의 효울성을 높이기 위해서는 사업구조를 개선하여 생산성을 높여야 한다.