현재 경영실적평가는 1년 주기로 이루어져 기관이 단기적 목표에 치중하게 되고 피평가기관의 부담도 과다하므로 국가과학기술연구회의 3년 단위 임무 중심형 평가방식 사례를 참조하여 경영실적평가에의 도입가능성을 검토하되, 그 과정에서 기존의 “기관장 경영성과협약 이행실적 평가”와 통합하여 평가함으로써 피평가기관의 평가부담을 줄일 필요가 있다. 최근 도입되어 시행예정인 기타공공기관 평가와 관련하여 기관의 특수성을 고려한 기관별 맞춤형 평가를 실시하는 것이 타당하며, 자율성과 책임성이 조화될 수 있도록 평가 주기와 방법에 대해서도 소관부처에 재량권을 부여할 필요가 있다.
경영실적평가는 과학기술연구회 사례를 도입하거나 기관장 평가와 통합하여 기관의 부담을 줄이고, 기타공공기관평가는 맞춤형으로 하되 방법 등에 소관부처의 재량권을 부여하자.