환경마크제도의 운영체계를 살펴보면 총괄기관인 환경부와 환경부가 법률에 따라 지정․인정한 시험검사기관으로 실질적으로 제도를 운영하는 기관인 한국환경산업기술원(KEITI)이 업무를 분담해서 운영하고 있다. 구체적으로 업무 분장을 살펴보면, 환경부는 관련 법규의 제․개정 업무 및 환경마크제도를 총괄 관리하며, 환경표지 대상제품 및 인증기준을 고시하고 기타 환경마크 제도와 관련한 기술적․행정적 지원을 제공한다.119) KEITI는 환경마크 대상제품 선정 및 대상제품의 인증기준의 제․개정 업무, 환경마크 인증업무 및 인증 제품에 대한 사후관리 업무 등을 담당하고 있다.
환경마크제도는 환경부의 총괄하에 KEITI와 업무를 분담하여 운영된다. 환경부는 제도를 법적, 기술적, 행정적으로 지원하며, KEITI는 사후관리를 담당한다. 