하지만 지식 재산권을 등록하게 되면 4년째부터 연차등록료의 할증이 이루어지며, 3년을 주기로 할증 금액이 큰 폭으로 늘어나게 된다. 특허 유지의 경우 기업의 의사결정 차원이 강하기 때문에 정부 차원에서 해당 비용을 직접 지원하기는 쉽지 않다. 실제로 글로벌 경제 위기 이후 지식 재산권 연차등록료 미납으로 인한 권리소멸 건수는 경제 위기 이전에 비해 증가하였다. 2008년에 70,728건이었던 권리소멸 건수는 2011년에 91,531건으로 크게 늘어났다. 이런 이유로 인해 지식 재산권의 출원 및 유지에 소요되는 비용에 대해서 정부가 직접적으로 지원하는 방식은 기업의 책임성을 약화시킬 가능성이 존재한다. 기업이 지식 재산권의 출원이나 유지에 대해서 사전에 의사결정을 하고 소요비용을 직접 지불하도록 하는 것은 도덕적 해이를 방지할 수 있다는 점에서 바람직하다. 이런 부분에 대해 조세지원 등의 간접적인 방법으로 사후에 지원하는 방식이 오히려 효과적일 수 있다.
기업이 지식 재산권을 등록한 후 감당해야 할 연차등록료를 부담하지 않아 권리가 소멸되는 건수가 늘어나고 있다. 이런 부분에 대하여 정부는 조세지원과 같은 간접적인 방법으로 이들을 지원하는 방식을 고려해 보아야 할 것이다.