이러한 보건의료정책결정에서는 근거에 기초한 의사결정이 핵심인데 그 근거는 전통적으로 대규모 무작위대조군 임상시험의 결과들 위주로 사용되어 왔으나 점차 경제성분석의 역할이 강조되고 있다. 특히, 각 국가의 보건의료정책에서 비용효과분석의 결과는 주요 급여여부판단의 참고자료로 활용되고 있고 이때 비용효과분석의 결과로 주어진 점증적 비용효과비(ICER)를 의사결정의 기준으로 활용하고 있으나 ICER의 사용을 둘러싼 여러 쟁점들이 있다(안정훈 등, 2010). 첫째로 Threshold를 이용하는 것에 대해서 threshold를 정하는데 필요한 정보가 제한적이고 예산과는 관련성이 없이 threshold가 임의적으로 결정된다는 점들이 문제점으로 지적되고 있다. 또한 이로 인해 비용효과성 판단기준을 둘러싸고 이해당사자들 간의 갈등이 발생할 수 있다. 둘째로 비용효과성 판단기준은 사회 가치가 반영되는 개념으로 다른 국가들의 연구결과를 그대로 적용할 수 없어 한국의 상황에서 합리적이다고 받아들여질 수 있는 비용효과의 판단기준에 대한 연구가 반드시 필요하다.
보건의료정책의 결정에 있어서 대규모 무작위대조군 임상시험 중심의 근거 이외에도 경제성 분석이 등장하고 있다. 그러나 ICER 방법 적용 시 사회 가치가 다른 타국의 결과를 그대로 적용할 수 없으므로 의사결정의 기준으로 보기는 어렵고, 한국형 비용효과 판단기준이 연구돼야 한다.