시나리오 2는 상충되는 두 기능을 제도 내에서 분리시켜 1종, 2종으로 구분하여 제도를 개선하는 방안이다. 글로벌 가치사슬 강화 기능은 기존에 언급되어 있던 무역증진이나 국제물류 원활화라는 내용을 모두 담고 있으나 좀더 우리나라 자유무역지역의 중계무역기능 강화와 함께 외국인 투자패턴에 부합하는 차원에서 부가가치 기능을 더욱 강화시킬 수 있는 차원에서 구체화할 필요가 있다. 또한 지역개발 차원에서, 지역개발은 낙후지역에 대한 산업기능과 국내외 투자를 촉진하여 지역경제 활성화에 기여하도록 해당 기능을 강화할 필요가 있다. 그러나 기 언급한 것처럼 두 개의 기능이 공존할 수 있으나 상충되는 부분도 동시에 존재한다. 따라서 주로 수도권, 동남권, 중부권등 글로벌 가치사슬의 연계성이 높고 외국자본의 투자가 빈번한 지역을 선도지역(1종 자유무역지역)으로, 강원권, 전북권 등 지역개발 기능이 더 큰 지역은 특화지역(2종 자유무역지역)으로 이원화하여 제도적 얼개를 제안하고자 한다.
중계무역기능 제고와 외국인 투자에 맞는 부가가치를 높이는 면에서 구체화해야 한다. 또 뒤떨어진 지역의 산업기능과 지역경제 활성화 기능을 높여야 하는데 이는 글로벌 가치사슬과 외국인 투자 위주는 선도지역, 지역개발 중점은 특화지역으로 분류, 제도적 구조를 제시한다.