문제해결은 적절한 문제정의에서 출발한다. 문제정의는 문제구조화 과정을 거쳐 이루어지게 되는데, 문제를 인지하고 탐색하며 문제를 명확히 정의하는 과정을 거치고 이를 구체화함으로써 해결해야 할 문제가 제시된다. 문제정의가 제대로 되지 못하면 문제해결을 제대로 할 수 없기에 문제정의는 대단히 중요한 과정이며 제대로 된 문제정의가 연구개발을 통해 창출할 성과의 가치수준에 중요한 영향을 미친다. 그러나 앞서 정부연구개발사업의 관리를 분석해 보았을 때 문제구조화 과정이 적절히 이루어지지 못하고 있으며 과정의 충실성이 상당히 미흡한 것으로 나타났다. 특히 문제를 탐색하는 과정이 부실하고 정의된 문제의 명확성 및 구체성이 부족한 것으로 나타났다. 이러한 문제정의의 충실성 부족은 연구개발을 통해 해결해야 할 목표보다는 일반적인 연구성과 창출이 중요하게 고려됨으로써 명확한 문제정의의 필요성이 높지 않기 때문인 것으로 보인다. 즉, 연구개발사업의 목표가 문제해결보다는 일반적 연구성과 창출을 목표로 하는 현재 사업관리체계 하에서는 문제구조화를 통한 문제정의 과정이 충실히 이루어지기 어렵다. 따라서 문제해결 중심의 목표 설정이 우선적으로 이루어질 필요가 있다.
문제해결을 위해서는 적절한 문제정의가 필수적이다. 연구개발도 마찬가지이다. 그러나 정부연구개발사업의 관리를 분석한 결과, 문제해결보다 일반적인 연구성과 창출을 목표로 하고 있어 문제정의의 충실성이 부족했다. 따라서 목표를 문제해결 중심으로 설정해 문제정의를 충실히 할 필요가 있다.