AMED는 “건강의료전략”에 따라 제시된 9개 분야(5개 주요 연구 분야, 4개 연구개발 중점 질환)에 대한 기초연구 및 실용화 연구 전체를 포괄적이고 체계적으로 지원한다. 여기에는 단순한 예산 지원의 일원화를 넘어서 기초연구 성과를 실용화 연구와 연계해서 관리하는 관리 체계의 도입, 개별 연구과제 선정에서 동료심사(peer review) 평가제도 도입, 임상연구 및 임상시험 데이터의 통합적 관리, 연구 성과의 실용화를 위한 지적재산권 관리 및 상담 창구 개설과 연구기관의 지재권 취득 지원, 우수 연구 성과에 대한 실용화 전략 자문 제공, 기업과 상업화 가능한 연구자원을 갖고 있는 연구기관 사이의 매칭 서비스 제공, 의료 연구개발을 위해 필요한 인프라인 임상연구 중심병원의 정비와 중개연구 센터의 설치, 바이오뱅크 및 동물자원 관리 정비, 일본의 의료 연구 역량을 활용할 수 있는 국제 공동연구의 증진과 같은 것들이 포함된다. 이러한 업무를 수행하기 위해AMED에는 약 302인의 직원 가운데 30명이 의사 자격증 소유자가 있으며, 약제사,간호사, 연구개발 추진 담당 직원, 대학 연구기관 연구자와 같은 의료 R&D와 관련한다. 학제적 인력이 구성되어 있다(바이오협회, 2016). 특히 지적 재산부에는 특허청 심사관, 변리사, 연구지원 기관의 산학협력 담당관, 기업 라이선스 담당관과 같은 기술사업화 전문가들로 구성되어 있다(바이오협회, 2016).
AMED는 건강의료략에 따라 제시된 9개 분야에 대한 연구 및 실용화 연구 전체를 지원한다. 예산 지원을 넘어서 연구, 자문, 장비 등 을 지원하고 있으며 연구기관 연구자와 같은 의료 R&D에 관련한 학제적 인력으로 구성되어있다.