한편, 연구개발 조세지원 실적의 상위기업 집중도는 매우 높다. 상위 10개사가40.4%, 상위 5개사가 36.4%, 상위 1개사가 25.1%를 각각 차지하고 있어 연구개발조세지원의 혜택이 자금력이 풍부한 소수 대기업에 주로 돌아간다는 비판이 제기되고 있다. 앞에서의 분석에서 대기업이 받는 연구개발 조세지원이 전체 연구개발 조세지원에서 차지하는 비중이 대기업의 연구개발투자가 전체 기업 연구개발투자에서 차지하는 비중에 비해서는 낮았지만, 상위 1개사의 경우에는 그 상대적 비율이 비슷하고 상위 5개사의 경우에는 그 상대적 비율의 격차가 많이 줄어들게 나타난다.
상위기업에 대한 연구개발 조세지원 실적을 분석해 보면 소수 대기업에 대한 집중도가 높기 때문에 거대 자금력이 있는 대기업에 주로 돌아간다는 비판이 일고 있다.