이후 기술규제조정과는 다음과 같은 네 단계를 거치는 심층검토를 실시하는데, 심층검토의 평가 단계는 다음과 같다. (1) 기술규제의 적절성, (2) 기술규제의 적합성, (3) 기술규제의 경제성, (4) 규제의 대안 제시이다. 1단계인 기술규제의 적절성 평가에서는 해당 규제의 기술규제 여부 및 주체에 대한 동향과 특성을 파악하고, 규제 대상 및 내용의 명확성을 살피고, 규제 적용의 보편성과 시행 시기의 적절성, 절차의 복잡성을 검토한다. 2단계인 기술규제의 적합성 평가에서는 규제의 중복 여부와 WTO 협정의 위배 여부 등을 포함한 국제적 부합 정도를 살피고, 해외 유사규제와의 엄격성 정도 비교, 기준(specification)의 적정성 및 접근 제한성의 검토 등을 실시한다(산업통상자원부 보도자료, 2014, 1.22). 3단계인 기술규제의 경제성 평가에서는 기술규제가 가져올 직접편익(개인이 선호를 반영하는 지불용의액), 간접편익(기술규제로 인한 불특정집단 및 인원의 혜택), 비용분석(행정비용 및 기술 규제 순응 비용)을 포괄하는 비용 편익분석(cost-benefit analysis)을 실시한다(산업통상자원부 보도자료, 2014.1.22). 4단계에서는 평가 내용에 따라 규제의 완화 및 통합 단순화, 규제 시행의 유예, 규제의 철회, 존속 기한의 설정과 같은 규제의 대안을 제시한다(산업통상자원부 보도자료, 2014.1.22).
기술규제조정업무과가 실시하는 규제 평가의 1단계는 기술규제 적용 대상 및 내용의 정확성, 규제 적용의 보편성 등을 포함한 기술규제의 적절성을 평가하는 과정이며, 2단계에서는 규제의 국제적 기준 비교 및 적정성 등에 대한 기술규제의 적합성을 평가하고, 3단계에서는 기술규제로 인한 비용 편익분석이 수행된다. 그리고 4단계는 평가결과를 근거로 하여 개선내용을 제시한다.  