미생물의 경우 우리 전통 식품인 메주를 발효시키는 황국균, 청국장을 만드는데 사용되는 고초균, 그리고 제빵에 필요한 효모와 김치에 가득한 유산균은 잘 알려져 있다. 이러한 미생물이 농업에서도 많은 역할을 하여 현재 전국 120여개 시군농업기술센터에서 유용미생물을 배양하여 보급하고 있으며, 많은 농가에서 유용미생물이 작물 생육 촉진, 병해충 방제, 농업환경 개선을 위해 현장에서 활용되고 있다. 농촌진흥청에서는 유용미생물을 개발하여 농업 현장에서 활용할 수 있도록 공지하여 여러 농업기술센터에서 사용하고 있다. 이들은 주로 작물 생육, 병해충 방제 및 축산 악취 제거 등에 효과가 있는 유용 균주이다. 또한 유용미생물의 농업현장 활용성을 높이고자 6개 도농업기술원과 공동으로 현장 활용 기술 28건을 개발하였다.
황국균, 고초균, 효모, 유산균 등의 유용미생물은 작물의 생육 촉진, 병해충 방제, 농업환경 개선을 위해 농가에서 활용되고 있다.