가축유전 자원센터의 주요 임무는 국가 유전 자원(종축자원)을 자체 표준 인증을 거쳐 분산 보존하는 일이다(가축유전 자원센터 2015.7.). 최근 창궐하고 있는 조류독감(AI), 구제역 등의 국가재난형 악성질병으로부터 가축 자원을 격리, 안전하게 보존하고, 환경적 변화로 인한 유전적 형질적 변이와 손실을 관리하면서 원종의 순도를 유지, 관리하도록 요청받고 있다. 이에 남원에 소재한 가축유전 자원센터 내 방역, 유동인구 및 차량 유출입 통제 등을 실시하고 있으며, 현재 경남 함양군 지리산 일원으로 가축유전 자원센터 이전을 추진하고 있다.
가축유전 자원센터는 국가 유전 자원을 분산 보존하며 가축 자원을 격리, 안전하게 보존하고 원종의 순도를 유지, 관리하도록 요청받고 있다.