기초과학연구를 통한 지식의 획득은 예측가능하지 않고, 우연의 소산인 경우가 많으며, 획득된 지식은 당장 사용되거나 적용되기 어려운 경우가 많다(미래부, 2014). 따라서 정해진 시간표대로 작성 및 제출된 보고서 수, 동료검토, 연구결과가 전문분야 문헌에 인용된 빈도 등의 지표를 사용할 수 있다(미래부, 2014). 이러한 현행 기초연구유형을 순수기초형의 사업과 목적기초형으로 구분하여 목적기초형의 경우 원천연구유형으로 구분하여 별도의 성과목표와 지표설정이 필요하다. 이는 순수기초의 성격과 목적기초형의 사업의 목적이 상이하기 때문에 이 두 가지 유형을 하나의 범주로 포함 시 과학적 성과가 우선인지 기술적 성과가 우선인지에 대한 쟁점이 대두될 수 있다.
기초과학연구를 통해 얻은 지식은 예측 불가능하고, 우연적이며, 당장 적용되기 힘든 경우가 자주 있기에, 지표를 사용할 필요가 있다. 또 기초연구유형을 구분하여 추가로 성과목표와 지표설정이 요구된다.