제3장에서는 국내현황 분석 및 문제점·시사점을 도출한다. 특히 국가연구개발사업에서 높은 비중을 차지하고 있는 기초·원천연구사업과 산업기술개발사업을 대상으로 평가 현황에 대한 심층적인 분석을 통해 정성평가 관점에서 문제점과 시사점을 도출한다. 제4장에서는 해외 사례를 분석하고 시사점을 도출한다. 해외 사례의 경우 미국, 영국, EU, 독일의 평가사례들을 분석하고 시사점을 도출한다. 마지막 5장에서는 상기의 분석결과 및 시사점들을 바탕으로 정책과제 및 개선방향을 제시한다. 본 연구의 연구방법은 특별한 설문조사나 인터뷰조사, 혹은 통계방법론을 사용하지 않고 현황자료의 분석과 문제점 시사점 도출, 해외사례들에 대한 조사분석, 벤치마킹할 점 근거하여 정책개선방향을 제시하는 방법을 사용한다.
제3장은 국내현황 분석과 문제점을, 4장은 해외 사례 분석을, 5장은 상기의 분석결과로 개선방향을 제시한다. 본 연구는 현황자료 분석과 시사점 도출, 해외사례들에 대한 조사분석, 벤치마킹할 점 근거로 한다.