사이클로스포라는 작은창자에 감염된다. 대개 물 같은 설사가 주 증상으로 나타나며 식욕부진, 체중감소, 복부팽만, 복통, 메스꺼움, 구토, 근육통, 미열, 피로감이 나타날 수 있다. 설사는 3~4일 이내에 감소되었다가 다시 4~7주 지속하는 재발이 뒤따른다. 설사와 변비가 교대로 있다. AIDS 환자의 경우 증세는 12주동안 지속되고 담관질환도 보고되었다. 열대지방에서 돌아온 사람과 여름에 설명할 수 없는 오래된 설사가 있을 때 의심된다. 감염자의 대부분은 2~3주 동안 간헐적 설사를 경험한다. 증세는 와포자충증과 비슷하다. 비록 감염되었더라도 증상이 나타나지 않을 수도 있다.
사이클로스포라는 작은창자에 감염되면 설사가 주 증상이고 식욕부진, 복통, 메스꺼움, 구토, 미열이 나타나며 2~3주 동안 간헐적 설사를 하고 증상이 나타나지 않을 수 있다.