국내에서 BRC의 중요성을 인식하고 다양한 시책들이 마련되었음에도 불구하고 관련 정책의 효율성, 효과성에 대한 의문이 여전히 자리하고 있다(최홍근 외 2007, 민현준·이천무 2012, 이상혁 외 2010). 일부는 BRC 구축 이후 효과적 운영을 위한 전문 인력 배치나 운영자금 지원이 부족하다고 지적한다(최홍근 외 2007, 이상혁 외 2010). 복수의 부처, 기관에서 운영하는 이질적 관리 시스템으로 인프라 관리 기관 간 연계협력이 어렵고 이용자들도 복잡다단한 절차들을 감수해야 한다는 지적도 상당하다(최홍근 외 2007, 민현준·이천무 2012, NFEC 2012a, NFEC 2012b). 국내 BRC의 영세성으로 양질의 자원과 정보 확보를 해외기관과의 협력, 공조가 필수적이나 유기적 공조체계가 구축되지 않은 것도 문제점으로 지적된다(민현준 이천무 2012, 이상혁 외 2010). BRC의 효과적 운영을 위한 분류학적 전문지식, 과학적 특성검정기술 등이 부족하고 이용자 친화적인 정보 개방 노력이 미흡하여 인프라 활용도가 낮다는 지적도 이어지고 있다(이상혁 외 2010, 이상혁 외 2011, 김동욱 외 2012).
중요성을 인식하고 다양한 시책이 마련된 국내의 BRC에 대해서 효과성에 대한 의문을 포함해 운영 미숙, 이질적 관리 시스템, 자원과 정보의 영세성, 인프라 활용도가 낮다는 등의 문제점 지적이 다양하게 이어지고 있다.