앞서 살펴본 바와 같이, R&D 조직화 문제는 R&D 아키텍처와 R&D 거버넌스 두가지 문제로 구분지어 볼 수 있다. R&D 조직화에서 가장 중요한 문제는 국가 전체 R&D사업을 올바르게 정의된 적정 범위의 사업군으로 분류하는 일이다. 이를 위해 1차적으로 시장구조 접근법이 활용될 수 있고 2차적으로 이론적이고 사회적인 접근법이 활용될 수 있다. 시장구조 접근법에서는 현재의 시장구조를 잘 분석하여 이를 R&D사업군으로 분류하는 것이 필요하고 이론적이고 사회적인 접근법에서는 사회문제를 정형화 할 수 있는 이론적 접근법이 개발될 필요가 있다. 이를 위해 경제적 접근이 우선될 수 있지만 과학철학과 인식론 및 범주론을 다루는 철학적 접근이 요구될 수 있다.
R&D 조직화는 적정 범위의 사업군으로 분류하는 일이 중요하다. 1차적으로는 시장구조의 올바른 분석으로 분류하고, 2차적으로는 사회문제를 정형화 할 수 있는 접근법 개발이 요구된다.