우리나라는 2000년 건강보험 재정 통합 등을 통해 통합된 보험급여 관리기전을 마련하게 되었고 이는 시간 경과에 따라 신생 기관의 설립과 이에 따른 역할 분담 등이 이루어져 나갔다. 2000년에 설립된 건강보험심사평가원은 급여 결정과 관련한 보건복지부 업무를 지원해왔고 2007년부터 적용된 의약품 선별등재제도와 함께 가격협상 기능을 맡게 된 국민건강보험공단이 참여하는 것으로 제도가 변경되었다. 2009년에는 의료기술에 대한 경제성 분석, 임상성과 평가 등을 담당하여 의료자원의 효율성 제고를 도모하는 기관으로 한국보건의료연구원이 설립되었고 2011년에는 신의료기술평가 업무가 건강보험심사평가원으로부터 이관되었다. 의료기술의 임상적 효과 및 경제성 분석을 중심으로 하는 연구기관이었던 한국보건의료연구원은 이로써 의료기술평가와 의사결정이 동시에 이루어지는 신의료기술평가 업무를 담당하는 사업기관으로서도 기능하게 되었다.
우리나라는 00년 건강보험 재정 통합으로 통합적 보험급여 관리시스템을 마련했다. 건강보험심사평가원 설립, 국민건강보험공단 참여, 한국보건의료연구원 설립, 신의료기술평가 업무 등을 통해 한국보건의료연구원은 신의료기술평가 사업기관의 기능을 가졌다.