제초제 사용 시 주의사항은 다음과 같다. 수분이 지나치게 많은 토양은 약해가 발생할 수 있으니 비가 온 직후에는 토양처리 제를 살포하지 말아야 하고 논 콩에 제초제 처리 시 인근 벼 포장에 피해가 가지 않도록 주의해야 한다.심한 모래땅이나 진 땅에서는 약해 염려가 있으니 약의 분량과 살포시기를 철저히 지키고 비선택성 제초제 살포 시 농작물의 잎과 줄기에 묻지 않도록 한다. 비선택성 제초제 살포 시 바람이 많은 날에는 바람에 날아가서 작물에 피해를 줄 수 있으므로 주의해야 하며, 비선택성 제초제가 상수취수원으로 흘러들어 갈 우려가 있는 지역에서는 사용하지 말아야 한다.
수분이 많은 토양은 제초제 약 분량과 살포시기 조정, 벼 포장에 피해가 없도록 한다. 비선택성 제초제는 바람부는날 살포와 상수취수원 오염이 우려되는 곳은 피한다.