또한, 우리나라의 창조경제 정책은 국가혁신시스템(NIS) 차원에서 추진되고 있다고 할 수 있다. 지자체는 창조경제혁신센터와 지역창조경제협의회를 중심으로 하는 창조경제 거버넌스가 마련되었으나, 다른 지역사업과 마찬가지로 중앙정부와 대등한 병렬적 거버넌스가 아닌 하위개념의 수직적 거버넌스 측면이 강하다. 이와 더불어 기존의 지역R&D 거버넌스라 할 수 있는 지역별 혁신주체와의 연계성이 나타나고 있지 않다. 기존에 지역의 혁신주체로 역할하고 있는 테크노파크, 과학연구단지, 지역 대학 및 출연연 등과의 역할 분담 및 협력체계가 미흡한 실정이다.
우리나라의 창조경제 정책은 국가를 중심으로 수직적으로 진행되고 있어 지자체는 테크노파크, 과학연구단지와 같은 지역 혁신주체와 연구협력 등이 전혀 안 되고 있다.