시스템 약정 하부의 프로젝트 약정은 시스템별로 개별 프로젝트로 체결하게 되며, 시스템을 구성하는 단위 프로젝트 수행을 위한 참여 기관 간 계약적인 성격이 포함되어 있는 협력 약정이다. 2005년 말 협정 관련 협의에 착수하여 프로젝트 약정 내용과 문안에 대한 협의를 진행하였으며, 2007년에 SFR 시스템의 3개 프로젝트 약정이 발효되었다. 2008년에는 VHTR 시스템의 2개 프로젝트 약정이 발효되었으며 2009년에는 SFR의 안전 및 운전(Safety&Operation : SO), VHTR의 재료(Material : MAT), SCWR의 열수력 및 안전(Thermal-Hydraulics & Safe : TH&S), GFR의 기기 설계 및 안전(Component Design & Safety CD&S)의 4개 프로젝트 약정이 서명･발효되었다.
프로젝트 약정은 2005년 내용과 문안에 대한 협의를 진행하였고, 2007년 SFR의 3개 프로젝트, 2008년엔 VHTR의 2개 프로젝트, 2009년에는 4개 프로젝트 약정이 서명 발효되었다.