Clean Water Act와 방류수 가이드라인 프로그램을 통해 산업폐수 배출 통제 시 직접배출과 간접배출로 구분하여 관리한다. 산업폐수 직접배출의 경우 EPA의 허가지역 및 방류수 허용기준에 맞추고, 간접배출의 경우는 국가오염원방류저감시스템(NPDES: National Pollutant Discharge Elimination System) 허가 프로그램에 허용된 주에 한하여 방류를 허가하고 있으며, 국가 전처리 프로그램(National Pretreatment Program)을 통해 연방, 주, 지역 환경부서와 협력하여 수질보호를 수행한다.
산업폐수는 직접배출과 간접배출로 구분하여 각각의 허용 기준과 프로그램에 따라 배출 통제가 이뤄진다.