건강보험환자 진료비 실태조사 사용시 제공되는 정보의 한계로 연구자가 의도하는 상병을 찾지 못하여 다른 비율들을 사용하여 적용할 수밖에 없을 때 다양한 선택의 영역이 발생한다. 예를 들어 폐암의 의료비용에 대한 연구를 하고자 할 때 진료비 실태조사에는 폐암의 비급여 본인부담률이 제공되지 않는다. 이 경우 전체 암 환자의 비급여 비율이나 기타 암에서의 비급여 비율을 선택적으로 적용할 수 있다. 만일 대상 질환이 폐암 말기일 경우 보고된 항목 중 어느 항목의 비급여 본인부담률을 적용할지는 관련 전문의와 논의가 필요할 것이다. 이러한 진료비 실태조사 보고서가 제공하는 정보가 포괄적이지 않기 때문에 선택적으로 비율을 사용할 수 밖에 없게 되고 이는 곧 불확실성의 원인이 된다.
건강보험환자 진료비 실태조사 보고서에서 제공하는 정보가 충분하지 않다. 이 때문에 연구에 필요한 비율을 선택적으로 적용해야 하는 상황이 발생하며, 이는 곧 연구의 신뢰도를 떨어뜨린다.