‘해역가치의 보전’ 원칙은 해역이용 적정가격을 산정하는데 있어 해역의 고유특성과 가치를 반드시 반영해야 함을 강조하고자 하는 것이다. 해역은 토지와는 달리 커다란 물 덩어리(수체, 水體)로 구성되어 있기 때문에 특정이용행위에 의한 환경영향 범위가 광역적이고, 이전 상태로 회복이 어렵다. 또한 해역은 갯벌, 해안사구, 해식애, 만, 하구 등으로 구성되어 있으며, 오염정화기능, 산란·서식기능, 식량자원 공급기능, 기후조절 기능 등을 다양한 생태계서비스를 제공한다. 따라서 해역이용 적정가격에는 특정해역에 특정이용행위를 할 경우 ‘특정해역’이 가지고 있는 고유 가치와 기능 등을 추정할 수 있도록 해야 한다. 특히 특정해역이용행위에 의해 발생할 수 있는 특정해역의 환경훼손69에 대한 외부효과에 대한 고려가 필요하다.
해역이용 적정가격에는 해역의 고유 가치와 기능, 이용행위로 발생할 환경훼손을 반영해야 한다. 해역은 물로 이루어져 특정 행위가 불러올 환경영향의 범위가 넓고 회복이 어려우며, 생태계에 많은 역할을 하기 때문이다.