GMO의 개발, 생산, 판매과정에서 발생하는 경제적 이익과 사회적 혜택이 분배되는 과정에 대한 문제제기 또한 존재한다. 선진국 다국적 기업 주도의 GMO 개발 및 시판과정에서 개발도상국 농민들이 작물생산과정에서 정치적으로 소외되고 사회경제적 불이익을 받았다는 주장이 개발도상국을 위시한 정치경제학 연구에서 제기되었다(박민선, 2001; 권영근, 2000). 일례로 1998년 특허 출원에 성공한 ‘터미네이터DNA’ 기법은 유전자 조작을 통해 식물유전자 형질 발현을 통제하여 이듬해 싹을 튀울 수 없도록 한 것으로, 개발도상국 농민들이 자가 채종할 수 있는 여지를 막고 해마다 다국적기업의 종자를 구매하도록 하였다. 이에 대해 반다나 시바(2000)는 다국적 기업들이 유전공학이라는 신기술을 선점하여 관련 이익을 선취하고 개발도상국 농민들을 정치경제적으로 구속한다고 비판했다.
선진국의 다국적 기업 중심의 GMO 개발 및 판매과정에서 개도국 농민들이 소외받고 사회경제적으로 손해를 당했다는 의견이 연구에서 대두되었다. 반다나 시바는 이들이 유전공학을 이용해 개도국 농민들을 착취한다고 지적했다.