사업구조는 정부의 지원 부문의 변화에 따른 대응뿐만 아니라 정부의 연구개발 예산의 제한성에 중요한 영향을 받는다. 즉, 제한된 자원의 적절한 투자와 성과 창출이라는 요소가 중요한 전제조건으로 작용한다. 이것은 제한된 자원은 목표를 달성하도록 최대한 효율적으로 배분되어야 하며, 배분된 자원은 최대 성과의 창출을 위해서 활용되어야 함을 의미한다. 따라서 정부 연구개발사업은 총체적인 수준에서의 ‘투자의 효율성’과 개별 영역 수준에서의 ‘연구개발 생산성’이 동시에 고려되어야 한다. 이처럼 정부 연구개발사업구조는 이러한 정부 연구개발사업의 목표를 충실히 반영하는 구조로 형성되어야 한다. 다시 말해 사업구조는 거시적인 측면에서는 ‘투자의 효율성’, 미시적인 측면에서는 ‘연구개발 생산성’ 향상을 사업구조 형태 결정에서 중요한 기준이며 구조설계의 중요한 목표로 설정해야 한다.
정부는 사업의 한정된 예산으로 효과적인 성과를 내기 위해 ‘투자의 효율성’과 ‘연구개발 생산성’을 모두 갖춘 사업구조를 선택해야 한다.  