현실적으로 생태계의 복합적이고 역동적인 특성상 이들 생태계접근원칙을 실제 외래종 관리정책의 이행단계에서 적용하고, 그 효율성을 제시하는 것은 쉽지 않다. 생태계기반관리의 개념을 현실에 적용하기 위한 생태계 체계 전반에 대한 과학적이며 사회적인 지식이 부족하기 때문이다. 또한 현재 적용할 수 있는 생태계기반관리의 효율성을 제시하기 위해서는 이와 유사한 사례의 결과와 비교·분석이 이루어져야 하나, 현재로서는 생태계기반관리의 효과를 비교할 수 있는 유사한 비교 대상을 찾을 수 없기 때문이다. 그리고 실제 생태계의 보전과 지속가능한 이용 단계에서 생물다양성협약에서 제기된 모든 생태계접근원칙과 이행지침을 따르기는 어렵기 때문에 실제 생태계기반관리 개념과 원칙의 현장 적용단계에서는 생태계기반관리의 이행 성공요소를 우선 고려하는 것이 필요하다.
한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.