다만, 정부 R&D 예산 총량을 추정하여 계상하는 경우, 정부 R&D 예산 중 일정비율(예시: 재임기간 기준 연 예산의 10% 정도)을 대통령 의제 등 국가 차원의 전략사업에 사용할 수 있도록 하는 정부 R&D 예비비제도 관련 조항을 국가재정법 내에 신설할 필요가 있다고 본다. 동 제도의 도입으로 대통령 의제 관련 사업을 수행할 수 있는 채널을 열어 둠으로써 기존의 성장동력사업 등 사업구조의 변형을 방지하고, 정부R&D사업 구조상 계속사업의 일몰제 적용에도 불구하고 거시조정을 할 수 없는 현재의 문제점을 해소하는 기능을 담보할 수 있다고 본다.
정부 R&D 예산 총량 추정 계상 시 일정 비율을 국가전략사업에 법정하면, 대통령의제사업 수행 보장으로 기존 사업구조 변형을 방지하고 거시조정이 가능해질 것이다.