하지만 목표달성도, 평가기준 등 정량적 실적 중심의 평가로 질적성과에 대한 정성적 평가의 어려움이 상존한다. 평가기준은 후속지원의 경우 연구자가 제시한 대표적 연구실적이 분야 및 사업 내에서 상위 30% 이상이 되어야 하고, 연계지원은 연구자가 제시한 대표적 연구실적이 차상위사업 선정과제의 평균 성과수준 이상이되어야 하며 실질적으로 학문분야별 특성에 대한 고려 없이 논문 위주의 성과기준만 제시하고 있다(미래부, 2015a). 연구자가 대표적 연구실적을 10개까지 제시하톨하고 있는데, 상위논문 5개만 제시한 연구자가 상대적으로 낮은 논문을 포함하여 10개의 논문을 제시한 연구자보다 유리한 경우가 발생한다.
정성평가 기준은 학문분야별 특성에 대한 고려 없이 논문 위주의 성과기준만 제시하고 있어  해당 평가 기준으로 선정된 데이터는 실제 적용되었을때 효율성을 입증하기 어렵다고 보여진다.