당시 3차 당사국 총회에서는 온실가스 감축 의무를 지닌 선진국들이 개도국에서의 감축 활동을 CDM 사업으로 포함시킬 수 있었다. 이와 관련해서 구체적인 논의는 1999년 10월 독일 본에서 개최된 5차 당사국 총회에서 이루어졌다. 이때 독일, 오스트리아, 덴마크, 이탈리아 등은 원전의 CDM 대상 편입에 강력히 반대했었다. 다만, 원자력의 CDM 대상화에 긍정적이었던 영국, 프랑스, 인도, 중국, 캐나다는 명확한 의사를 밝히지 않았었다. 반면에 투발루, 피지, 사모아 처럼 해수면 상승으로 인해 국가 존립의 위기에 처한 도서국가연합은 강력한 반대 입장을 표명했었다. 심지어 반대 국가들은 “원자력이 CDM 사업의 적격성에 문제가 있다”는 성명서를 공동으로 발표했을 정도였다. 그렇지만 정작 당시 총회에서는 아무런 합의도 이루어지지 못했었다(経済産業省, 2011). 정리하자면 1997년부터 원자력 레짐이 탄소 배출권이라는 이익을 노리고 기후변화 레짐에 진입함으로써, 레짐의 중복이 발생하게 된 것이다.
1999년 5차 당사국 총회에서 도서국가연합을 포함하여 원전 CDM 대상화에 반대하는 국가들은 성명서까지 발표하며 적극적인 의사를 표명한 반면 찬성 입장을 보이던 국가들은 별다른 의사표명이 없었다. 당시의 총회는 이 문제에 대해 합의된 바가 없이 끝났다.