정부출연(연), 전문생산 지역조직(분원)의 경우 사업 기획 및 예산 운영의 자율권이 없어 지역의 기술 수요를 충실하게 반영하지 못하고 있다. 현재 지자체는 지역소재 공공연구기관이 지역 기업에 대한 기술이전과 중소기업 지원에 대한 기여도가기대에 못 미친다는 비판이 점증하고 있다. 지역 소재 공공연구기관이 지역의 기술수요를 반영하고 있지 못하는 이유는 지역 수요를 독자적으로 반영할 수 있는 R&D예산운영의 자율성이 부족하기 때문이다. 지자체 지역 공공연구기관에 R&D사업을 지원하여 지역의 수요를 반영하도록 할 수 있으나 R&D 재원의 상당부분을 중앙정부에 의존하고 있는 상황에서 재원이 부족한 지자체 독자적인 R&D을 확보하기는 쉽지 않다. 결과적으로 정부출연(연)은 재원을 가지고 있는 중앙정부 수요 중심로 사업을 추진할 수밖에 없는 상황이다. 출연(연) 지역조직(분원)을 보유하고 있는 광역 지자체는 지역 수요를 반영하기 위해 출연(연) 지역조직(분원)의 부설연구소화를 요구하고 있다. 왜냐하면 부설연구소는 예산과 인사관리의 재량권을 부여하고 있기 때문이다. 지역 공공연구기관이 지역의 수요를 반영하여 기술이전과 사업화를 충실하게 수행하도록 하기 위해서는 자율성을 부여하되 이에 걸맞는 책임경영체제를 도입할 필요가 있다.
지역소재 공공연구기관이 예산운용의 자율성이 부족하여 지역의 기술수요를 반영못하기 때문에 결국 중앙정부 수요 중심으로 사업을 추진할 수 밖에 없게 되었다. 따라서 광역지자체는 지역조직분원의 부설연구소화를 요구하고 있다. 그렇게 할때 지역공공연구기관이 지역의 수요도 반영하고 기술이전및 사업화를 잘 수행할 수 있을 것이다.