우리나라 연구관리전문기관의 경우 일본과 같이 정부부처 산하의 위탁집행형 준공공기관의 형태로서 기획, 평가, 성과 활용 등의 업무를 수행한다. 해외의 주요 연구관리전문기관은 부처와 무관하게 독립적으로 운영되고 있으며, 해외 주요 연구관리전문기관들은 대체로 대정부관계, 대의회 관계에 있어 독립적이기 때문에 평가위원에게 충분한 권한과 책임이 주어져 평가 시 질적 평가가 자유롭게 이루어지는 반면, 우리나라의 경우 정부의 통제구조 속에 있으므로 평가과정에서 발생되는 다양한 의견을 바탕으로 평가가 수행되기 보다는 정량적 수치에 의존한 성과를 근거로 평가가 이루어지는 경향이 있다.
우리나라 연구관리전문기관은 정부부처 아래의 위탁집행형 준공공기관으로 기획, 평가, 성과 활용 등의 업무를 하며 해외는 독립적으로 운영되고 우리나라는 정부 통제를 받는다.