국가 R&D성과평가 관련 많은 문헌들은 정량지표와 전문가평가(동료평가)에 대한 쟁점을 제기하고 있다. 무엇보다 전문가평가에 의존할 수밖에 없는 상황에서 전문가 풀에 대한 문제점들(전문성, 구성전문범위, 적절성 등)을 제기하고 있다. 또한 평가의 정확성, 시간적, 경제적 비용, 객관성 및 정량적 평가 결여 등이 있다. 이를 보완하기 위한 정량적 지표 역시 여러 한계점을 가지고 있다. 정량지표 구성의 적절성, 데이터의 정확성, 프로그램 구성의 정확성 등에 의문이 제기되기 때문이다. 따라서 박노욱 외(2009)는 일각에서 주장하고 있는 정량지표와 동료평가간의 강한 상관관계에 의미를 두고 있다. 마찬가지로 두 가지 평가방식을 상호보완적으로 활용하는 방식에 긍정적인 입장을 보이고 있으며 실제로 한국 및 여러 국가에서 두 가지 방식을 보완적으로 사용하고 있다.
국가 R&D 성과 평가의 기준이 되는 전문가평가는 모호한 기준의 전문가 자격과 객관적인 수치의 부재, 정량지표는 부적절한 구성의 한계가 있다. 따라서 두 평가 방식을 함께 활용하여 서로의 단점을 보완하는 방법을 꾀할 수 있다.