이러한 환경적 변화 하에서 ERA는 Europe 2020과 더불어 FP6과 FP7을 통해 초국가적 연구프로그램을 시행하고 있으며 이 협력 네트워크가 R&I(Research & Innovation)와 관련한 광범위한 목적을 달성하는 것에 어떻게 기여하는지를 탐구하고 있다. 일례로 13개국의 20개 조직으로 구성된 Woodwisdom은 삼림연구를 위해 출범하여 지금은 유럽 전체의 삼림 기반 산업의 혁신과 자원효율성 향상 및 기후변화에 대한 적응 등을 위한 지속가능한 삼림관리를 지원하고 있다. 또한 BONUS는 발틱해의 환경문제에 대한 지식기반관리를 강화하기 위한 환경정책 연구기금 통합을 목적으로 추진되고 있다. 관련 지역의 국가들이 참여하고 자원이 투입된 이 공동연구는 학제간의 협력 기회도 향상시키고 있다. 이러한 활동들에서 기반구조나 글로벌 협력, 우수한 연구조직과 같은 다른 요소들 보다 더 분명하게 나타나는 점은 인력의 네트워킹과 유동성, 그리고 지식의 순환 및 이전이다. 이러한 협력 연구 네트워크는 비연구적인 정책분야와도 연계된다. 여기에는 중소기업 지원, 규범적 틀(문제 확인과 해결책 논의 등을 포함하는), 표준화, 사회적 도전과제, 사회배제 관련 문제들이 포함되어 있다(Haegeman et al., 2014).
협력 네트워크에서 추구하는 목표로 Woodwisdom에서는 삼림 자원의 효율성을 높이고 기후변화에 대응하고자 하며 BONUS는 발틱해의 환경문제 해결에 연구기금 통합을 목표로 한다. 관련 지역의 국가들이 협력하여 실시하는 이 공동연구를 통해서 인력의 유동성과 지식의 순환이 가능해지고 있다.