양식정보 통합관리체계 구축의 주요 목적은 어가 및 업체의 소득 개선 및 효율적 경영을 위해 양식 관련 생산, 유통, 수출입 등의 정보를 제공하는 것과 동시에 양식 수급정보의 체계적 관리․운영을 통해 양식수산물의 가격 안정을 구현하는 것이다. 또한 양식정보통합관리체계를 구축하여 정부는 양식산업 발전을 위한 정부 정책수립 및 대응에 필요한 기초정보를 제공받을 수 있고, 소비자는 양식정보에 대한 시장가격을 포함한 다양한 정보를 제공받음으로써 소비자의 알 권리를 충족시킬 뿐만 아니라 소비자의 후생을 증대시킬 수 있다. 그 밖에도 양식어가는 최근 기후 변화로 인해 빈번히 발생하는 태풍․적조․고수온 등의 자연재해에 대해 효과적으로 대응할 수 있는 정보를 제공받을 수도 있다.
양식정보 통합관리체계 구축의 목적은 효율적 경영르 위한 정보제공과 양식수산물의 가격 안정을 구현하며 정부 정책수립 기반자료와 소비자의 알권리를 충족시키며 자연재해 대응 정보를 제공하기 위함이다.