AMED 산학연계부의 산학연계과는 “산학연계 의료이노베이션창출사업“, “연구 성과최적합전개지원사업”, “산학공동 창조기초기반 연구사업, 산학공창”, “전략적 이노베이션창출추진프로그램”과 같은 사업들을 통해 산학연 협력 강화에 몰두하고 있다. ACT-M 사업은 대학과 기업, 병원이 제휴하여 대학의 연구 성과를 실용화하도록 추진함으로써, 혁신적인 성과물을 창출하기 위한 대학 연구자와 산업계의 플랫폼을 구축하고 이를 지원하기 위해 FY2016에 7억5천만 엔의 예산을 확보했다. A-STEP 사업은 FY 2016 25억 2천만 엔을 활용해대학의 연구 성과 가운데 산학 공동 연구 과제를 선정하고 이를 실용화하기까지 체계적으로 지원하는 사업이다. 산학공창 사업은 산업계의 제안에 기초하여 선정한 산업계에 필요한 기초연구들 중에서 학계와 산업계가 함께 수행하는 연구과제들을 지원하는 사업으로 FY 2016년에 2억 3천만 엔을 배정받았다. 마지막으로 S-이노베 사업은 FY 2016에 3억 7천만 엔을 배정받은 프로그램으로, 기초연구 성과들 가운데 중요한 연구 테마를 선정하고 기업과 대학 및 연구기관이 공동으로 해당 테마에 따라 장기간(약 10년)에 걸친 대규모 산학 제휴 연구개발을 추진하여 산업 발전의 초석이 되는 기술을 확립하는 활동을 지원하는 사업이다.
AMED 산학연계과는 산학연 협력에  FY2016 예산을 투입한다. 산학연 플랫폼을 지원하는 ACT-M 사업에 7억5천만 엔, 산학 공동 연구 과제 선정 및 실용화의 A-STEP 사업에 25억 2천만 엔,  공동 연구과제 지원 산학공창 사업에 2억 3천만 엔, 장기간 대규모 산학 제휴 연구개발 지원에 S-이노베 사업에 3억 7천만 엔을 배정했다.