미생물이 유기물을 원료로 무산소호흡 과정을 거치면 유기물이 완전히 분해되지 못하고 부산물이 남게 되는데, 이 부산물이 인류에게 유용하게 쓰이는 경우를 발효라고 하며, 이 발효과정을 거쳐 기존의 식품원료가 가지지 않았던 성분 및 풍미를 지니게 된 식품을 발효식품이라 한다(김귀영 외, 2009). 농․수․축산물 등이 발효식품의 재료로 사용되며, 이 재료들이 특정 환경 하에서 특정 미생물을 통해 발효됨으로써 영양, 기호성, 저장성 등이 개선되는 것이다. 발효유 제품(요구르트, 치즈등), 장류 식품(된장, 고추장, 간장 등), 소금 절임류(김치, 젓갈 등), 발효주(막걸리, 와인 등) 등이 대표적인 발효식품의 예이다. 발효식품은 온도, 산소의 양, 미생물의 종류 혹은 조합 등에 따라 품질의 차이가 크기 때문에 고도화된 기술을 필요로 한다.
농,수,축산물 등의 재료는 특정 환경에서 특정 미생물에 의해 발효되면서 영양, 기호성, 저장성 등이 나아지지만 발효 식품 생산은 고도화 기술이 필요하다.