수준 2와 관련된 주요 문제는 부처이기주의와 단기적인 예산 투자 등이다. 여러 부처에서 경쟁적으로 수립하는 다양한 계획들과 정책들은 오히려 정책의 일관성과지속성을 약화시키며 전 주기적인 지원정책을 추진하는데도 도움이 되지 않는다. 바이오헬스 분야의 경우에는 지속적이고 장기적인 투자가 필요한 데도 단기 지원 중심으로 투자되고 있는 상황이어서 정책의 효과가 나타나기 어렵다는 의견도 다수 제기되었다. 한편 여러 정부 문서에서 제기되어 온 유사·중복 사업 문제는 설문조사 응답자들의 경우 심각한 문제로 인식하지 않는 경향이 나타났다. 그 이유 중 하나는 유사·중복 사업을 명확하게 구분하기 어렵고, 유망한 분야에 연구자가 몰릴 수밖에 없기 때문에 필연적으로 나타나는 현상이라는 의견이 있었다.
수준 2와 관련된 문제는 부처 이기주의, 단기적인 예산 투자 등이다. 오히려 여러 정부에서 문제로 제기되었던 유사·중복 사업문제는 응답자들이 큰 문제로 인식하지 않았다.