의료기관간에 진료정보 교류가 현저히 저하되는 이유는 현재 구축된 시스템이 진료정보교류 기능을 위해서가 아닌 심평원에 수가 청구를 위해 구축되어 있으며 의료기관간에 정보 교류를 하려고 해도 각 기관마다 사용되는 용어 및 시스템이 표준화되어 있지 않기 때문이다(종합감사 보도자료, 2015.10.8.). 이러한 문제점을 해결하고자 보건복지부에서는 의료정보시스템 간 상호운용성 보장 및 품질관리를 위해 「보건의료용어표준」을 2014년에 고시하였다. 보건의료용어표준은 각 의료기관에서 다양하게 표현하고 있는 의료용어를 같은 의미로 분류하기 위해 용어를 개념화시킨 체계로서, 2015년 개정 고시안에서는 9개 분야 총 230,584개 용어와 진료용 그림 540개가 수록되었다 (보건복지부 보도자료, 2015.1.25.).
의료기관 진료정보 교류의 저하는 시스템이 심평원 수가 청구 위주이며, 시스템의 표준화가 되어있지 않기 때문이다. 이에 보건복지부는 의료정보시스템 간 상호운용성 보장, 품질관리를 위해 보건의료용어표준을 고시하였다.