연구개발비와 이자의 관리 및 사용에 관한 근거는 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정과 부처별 행정규칙에서 정하고 있다. 주관 연구기관의 장은 정부 또는 정부 외의 자의 출연금, 참여기업의 부담금을 지급받은 때에는 별도의 계정을 설정하고, 동 계정과 연결된 신용카드를 발급받아 이를 관리하여야 한다. 이 경우 연구개발비의 지출은 신용카드를 사용하거나 계좌이체 ─ 연구과제의 책임자 및 참여 연구원의 인건비, 고가의 연구기자재 구입비용 등은 계좌이체의 방법으로 연구비가 사용된다 ─ 형태로 사용하여야 하며, 신용카드의 사용이 불가능한 경우에 한하여 현금을 사용할 수 있다. 연구개발비를 사용하는 때에는 증빙자료를 갖추어야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장은 신용카드를 사용한 경우에는 증빙자료의 전부 또는 일부를 생략하게 할 수 있다. 출연금의 이자는 관계 중앙행정기관의 장이 정하는 연구개발에 재투자하거나 관계 중앙행정기관의 장의 승인을 얻은 용도 등에 사용한다. 다만, 협약기간 중 개별과제에서 발생한 이자의 금액이 일정금액 ─ 예를 들면 1000만 원 미만 ─인 경우에는 그 과제의 연구비에 산입하여 사용할 수 있다.
연구개발비 관련 업무는 국가연구개발사업 규정과 부처별 행정규칙을 따르며 지원금 계정을 따로 설계하고 신용카드를 발급받아 사용하여야 한다. 연구비 사용시에는 증빙자료가 요구되며 중앙행정기관 장은 증빙자료 생략이 가능하다. 출연금의 이자는 주로 중앙행정기관 장에 의해 사용된다.