2013년부터 시행된 2기 사내벤처의 경우에도 아직 성공실패여부를 판단할 수는 없지만 추진과정에서 애로사항들이 노출되고 있다. 복합기술을 사업화하기 위해서는 기술부문 뿐만이 아니라 인사, 투자, 전략 등 타부서의 전문가들과 협력이 필요하다. 하지만 대기업의 사업부서는 수천억원 이상의 사업에 집중하기 때문에 아직 초기단계인 10억원~50억원 수준의 벤처사업과제를 위해 협업하는 것은 매우 어려운 일이다. 사업부서간 공조체계 미흡은 신기술 사업화 과제가 방향을 잃고 표류하게 만들 수 있다. 특히 퇴직이 아닌 파견상태로 사내벤처를 운영할 경우, 간섭과 방관 사이의 균형있는 관리체계가 중요하다. 하지만 제대로 된 균형점을 찾는다는 것은 매우 어려운 일이다.
2013년부터 시행된 2기 사내벤처의 문제점이 도출된다. 초기단계의 벤처사업과제를 위해 협업이 어려워 사업부서간 공조체계의 미흡이 발생하고 파견상태의 운영이 이루어져 방향성을 잃을 수 있다. 