하천 또는 호수에 발생하는 오염원의 지속적인 증가로 농도규제 방식의 한계점을 개선하고 오염부하의 양적 증가를 통제하기 위해 기존 농도규제에서 폐수량을 고려한 오염부하량관리가 시행되고 있다. 오염총량 관리대상 오염물질로는 1차 총량관리계획기간(’04~’10년)에는 생물화학적 산소요구량(BOD)을 관리하였고, 2차 총량관리계획기간(’11~’15년)에는 낙동강, 영산강, 섬진강은 생물화학적 산소요구량(BOD), 총인(T-P)을 대상 항목으로 지정하였고, 금강은 생물화학적 산소요구량(BOD)과 일부 대청호 상류지역에 한하여 총인(T-P)을 관리대상 항목으로 지정하였다. ｢한강수계법｣ 제8조제3항제2호 및 ｢3대강수계법｣ 제9 조3항제2호에 따른 오염총량관리대상 오염물질의 종류는 생물화학적 산소요구량(BOD) 및 총인(T-P)으로 지정되어 있다.
기존 농도규제에 폐수량을 고려한 오염부하량관리는 1차 기간엔 BOD만, 2차 기간엔 낙동강, 영산강, 섬진강은 총인, 금강은 대청류 상류지역의 총인을 더해서 두가지를 대상으로 하였다. 모두 오염총량관리대상 오염물질이다.