한편 미래창조과학부와 방송통신위원회가 분담하는 규제가 내용상으로는 사전규제와 사후규제로 분리될 수 있지만 통신 분야의 동일한 사항에 관하여 서로 연결되어 양립되기 어려운 경우가 있다. 예컨대, 이용요금 인가 또는 신고 관련 의무 부과(제28조), 설비 등의 제공 등 대가 관련 의무 부과(제35조 내지 제42조)와 같은 사전규제는 미래창조과 학부의 권한이지만, 이러한 규제가 집행되는 정도는 방송통신위원회가 담당하는 사후규 제 권한인 이용요금이나 대가의 부당한 산정(제50조 제1항 제4호), 공급비용에 비해 부 당하게 높은 대가 결정(제50조 제1항 제6호)에 관한 규제에 영향을 줄 수 있다. 이러한 규제의 중복 가능성은 특히 행위규제와 관련하여 발생하는데, 행위규제에 관하여 사전 규제와 사후규제의 대응관계를 표로 정리하면 다음과 같다.
미래창조과학부의 권한인 사전규제에 방송통신위원의 권한인 사후규제들이 영향을 줄 수 있기 때문에 서로 연결되어 양립되기 어렵다.