하지만 규제형평제도를 두는 것만으로는 규제에 의해 현저히 부당한 결과가 생길 수 있다는 현실적인 문제가 근본적으로 해결되지 않는다. 왜냐하면 특혜성 시비에 휘말리기 쉽상일 뿐 아니라, 현재의 감사체계상 공무원은 규제를 일괄적용하지 않고 예외적인 적용을 배제한다거나 반대로 예외적으로 대상에 포함시킬 경우, 이에 대한 사후 감사 및 징계절차를 면하기 어렵기 때문이다. 따라서 통상 공무원들은 이러한 불이익을 두려워하여 규제형평제도에 대하여 소극적인 태도를 취할 수밖에 없다. 다시 말해, 현재의 공무원에 대한 내부적 통제체계로 인해, 일괄적이고 기계적인 규범집행이라는 원칙에 얽매일 수밖에 없기 때문에, 규제에 대한 예외제도인 ‘규제형평제도’는 유명무실해질 수 있다.
규제형평제도 만으로 현실적인 문제가 해결되지 않으며 이에 대해 공무원들은 소극적인 태도이며 내부적인 상황때문에 실속이 없을 수도 있다.