둘째, 우리나라 아동․청소년 영향평가제도 운영 전반을 총괄하는 정부 부처를 지정해야 한다. 현재 아동정책은 보건복지부가, 청소년정책은 여성가족부가 맡고 있는데, 이 두 부처가 공동으로 하든 혹은 한 부처가 총괄하든 총괄 부처가 정해져야 한다. 이렇게 총괄 부처가 정해지면 매년 아동․청소년 영향분석평가 지침을 수립하여 중앙행정기관 및 지방자치단체에 제공하며, 중앙행정기관이 수행한 평가서에 대해 검토의견을 통보하고 반영결과 제출서를 받아야 한다. 그리고 중앙 행정기관 및 지방자치단체가 평가를 원활하게 수행할 수 있도록 중앙 및 전국 16개 광역 시․도에 아동․청소년 영향평가센터를 지정, 설치하여 운영할 필요가 있다.
우리나라의 아동·청소년 영향평가제도 운영을 총괄하는 정부 부처를 한 곳으로 지정해서, 중앙행정기관 및 지방자치단체와 함께 상호적으로 제도를 운영해야 한다.