구제역의 병인체는 피코나바이러스과 아프토바이러스속에 속하는 바이러스이며 7개의혈청형(A, O, C, Asia 1, SAT 1, SAT 2 및 SAT 3)이 있다. 현재는 바이러스의 VP1단백질에 해당되는 유전자(약639bps) 부위의 염기서열 유사도가 상호간에 대략 85%이상인 경우 하나의 분류를 형성하는데 이러한 분류는 지역성을 나타내는 경우가 대부분이어서 지역형(topotype)으로 불리고 있다. 혈청형이 다른 바이러스 간에는 혈청학적으로중화가 되지 않고 백신에 의한 방어가 되지 않을 만큼 유전적 또는 항원적으로 큰 차이를보인다. 2000년 및 2002년 국내에서 발생한 구제역바이러스는 혈청형 O형의 ME-SA지역형이었고, 2010년 1월에는 A형의 Asia지역형, 4월 및 11월에는 O형의 SEA지역형, 2014년 7월 및 12월에는 O형의 SEA지역형이 국내에 유입되었다. 혈청형 O형의 경우약 8개 내외 지역형이 보고되고 있으며, 기타 혈청형 내에서도 유전적으로 다양한지역형이 있다.
구제역은 피코나바이러스, 아프토바이러스 속에 있으며 총 7개의 혈청형을 가지고 있다. 이들은 염기서열 유사도에 따라 분류되는데, 대부분 지역성을 가지고 있어 지역형으로 불리운다. 2000년 국내 발생 바이러스는 다양한 지역형으로 나타났다. 