1999년 농림부는 「농수산물품질관리법」의 제정을 통해 농수산물에 대한 유전 자변형여부표시를 위한 법적근거를 마련하였으며, 6월에 대상 및 방법 등의 내용이 담긴 시행령을 제정하였다. 「농수산물품질관리법」제 56조에 의거하여, 유전자변 형농수산물의 표시대상품목, 표시기준 및 표시방법 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 유전자변형농수산물을 생산하여 출하하는 자, 판매하는 자, 또는 판매 할 목적으로 보관·진열하는 자는 해당 농수산물에 유전자변형농수산물임을 표시해 야 한다는 것을 규정하였다(국가법령정보센터 홈페이지, 2015). 이를 바탕으로 2000년에 「유전자변형농산물표시요령(농림부고시 제 2000-31호)」이 제정되었 으며 2001년 콩, 옥수수, 콩나물에 대해 표시제가 시행되었다. 이러한 농림부의 움 직임과 더불어 식품의약품안전청에서도 유전자재조합식품을 대상으로 표시기준을 제정하였으며, 2001년 27개의 품목을 대상으로 식품표시제도를 실시하였다. 해당 법은 콩, 옥수수, 카놀라, 면화, 사탕무 등 안전성 평가 심사결과에 따라 식품용으 로 승인된 품목에 대해 유전자변형농수산물, 이것의 포함된 것에 대한 표시, 가능성 에 대해서도 표시해야 함을 규정하고 있다. 또한 포장·판매하는 경우에는 포장재에 직접 인쇄 혹은 스티커, 라벨지 등으로 표시하고, 그물망, 무포장 등의 경우에는 꼬 리표 등으로 표시 할 수 있다(한국바이오안전성정보센터, 2013a). 2015년 현재, 해 당 법령에서 유전자변형 농수산물에 대한 표시제도와 관련된 내용은 표시에 관한 규정(제 56조, 제 57조), 표시 여부 및 적정성 등에 대한 조사(제 58조), 위반에 대 한 처분(제 59조) 등으로 구성되어 있다(조성은·김선혁, 2005; 국가법령정보센터 홈페이지, 2015)8).
농림부는 농수산물품질관리법의 제정을 통해 유전자변형여부 표시를 위한 법적근거를 마련해 농수산물에 유전자변형농수산물임을 표시해야 한다 규정했고 유전자변형농산물표시요령이 제정되어 콩, 옥수수, 콩나물에 대해 표시제가 시행됐다. 식품의약품안전청에서도 식품표시제도를 실시실시하여  식품용으로 승인된 품목에 대해 유전자변형농수산물, 포함된 것에 대한 표시, 가능성도 표시해야 함을 규정하고 있으며 포장재에 표시하고, 무포장 등의 경우에는 꼬리표 등으로 표시 할 수 있다. 