일본의 환경영향평가제도는 사업의 전체 구상이 환경영향평가제도 대상에서 제외되어 특별한 사업 실시 계획 단위로 환경영향평가제도가 실시되는 구조이어서 하나의 문제점으로 비판되고 있다. 환경영향평가 대상사업의 규모가 정해져 있기도 하고(표1 참조) 각각의 사업 실시 계획을 환경영향평가의 대상이 되지 않는 규모로 축소시켜 환경영향평가 절차를 피해 버리는 사례가 있으며, 또한 전체 계획이 모두 실시된 경우, 환경에 누적되는 영향은 개별 사업의 환경영향평가 대상에서 빠져버리는 등 문제가 지적되고 있다. 이 문제는 분명히 지적되는 그대로이다. 그리고 예를 들어 매립에 관련되는 환경영향평가에서 여러 사업 주체가 계획적, 연속적으로 매립하는 사업 계획은 대표 사업 주체에 의해 일괄적으로 환경영향평가가 이루어지는 사례도 있다, 오히려 여러 차례에 걸친 계획은 특별한 환경영향평가가 실시되는 사례도 찾아 볼 수 있다. 특히 생물의 서식 지역이 점점 줄어드는 것을 환경영향평가 중에 충분히 파악할 수 없다고 하는 비판이 생기는 원인이 되고 있다. 다만 이 문제도 여러 차례에 걸쳐 사업이 계획대로 끝까지 실시될지의 여부는 도로 사업처럼 도중에 계획을 크게 변경이나 중단을 하기 어려운 종류의 사업이 있는가 하면, 매립 사업과 같이 경제 상황이나 그 외의 변화로 계획을 크게 수정하거나 당초의 전체 계획을 도중에 멈출 수 있는 가능성이 있는 종류의 사업으로 다양하다. 그래서 일률적으로 논의하는 것이 어려운 것도 지적할 수 있다. 다만, 누적되는 영향은 환경영향평가가 끝나있는 기정의 동종 사업의 영향을 배경 요소로 넣는다거나 혹은 사실적으로 동일한 사업 주체가 여러 차례 진행되는 사업으로 누적되는 영향을 후속 사업의 환경영향평가 중에서 평가하도록 하는 것 등을 생각할 수 있다는 것도 무시할 수 없다.
일본의 환경영향평가제도는 평가가 개별사업 계획단위로 이루어지므로 매립, 도로건설 등과 같은 대규모의 장기적-연속적 사업의 경우 거시적인 영향력을 실효성 있게 반영하지 못한다. 물론 계획사업의 종류와 특성이 매우 다양하므로 평가방식을 일률적으로 정하기는 어렵다. 그러나 기존 동종 사업의 영향력을 후속 사업의 환경영향평가에 반영하는 방법 등을 활용할 수 있을 것이다.