다음으로 가축분뇨 공동처리시설에서 나타나는 문제점은 다음과 같다. 첫째, 가축분뇨의 대부분을 차지하는 돼지분뇨를 활용한 퇴비화 시설의 경우, 고형분 원료만을 사용해야지만 현재 뇨가 포함된 분뇨를 사용하고 있다. 이에 따라 뇨 처리를 위해 별도의 액비화 및 정화를 위한 시설이 필요하지만 이를 정상적으로 처리운영하려면 톱밥이 많이 필요한데도 부피와 비용 문제 등으로 인해 제대로 처리하지 못하고 있다. 둘째, 처리시설을 통해 생산된 퇴비는 한시적으로만 판매가 가능하기 때문에 퇴비를 이용하는 시기까지 저장할 경우 악취가 많이 발생할 수 있고, 이는 품질저하의 원인이 된다. 또한 액비를 활용한 작물과 연계된 지도체계가 없다보니 지역작물의 특성이 고려되지 못하는 실정이다. 셋째, 액비생산의 경우 액비 저장조 이외에 고액분리시설의 설치가 우선되어야 하지만 신규투자를 기피하며 산소공급이 불량한 액비저장조나 간이시설이 난무한 형편이다. 넷째, 공동처리시설 대부분에서 운영시스템 및 기술적 문제, 경제성의 문제 등 운영상 문제가 나타나고 있으며, 광역친환경농업단지조성 및 가축분뇨 퇴비화 현장에서는 생산되는 퇴비의 염류문제가 지적되고 있다.
가축 분뇨의 자원화 과정에서 퇴비화를 위한 정화 시설 처리에 많은 톱밥이 필요하고 퇴비 저장 시 악취로 인한 품질 저하가 발생한다. 물거름이 된 때는 지역 작물에 맞는 체계적인 활용이 필요하고 생산 시설의 신규 투자가 필요하다. 현장에서는 공동 처리 시설의 운영 문제 및  퇴비의 염류장해가 발생한다.