그러나 계획 기간 내 정권교체(국민의 정부 참여정부)로 인해 2001년에 수립된 기본계획이 2003년에 새로이 수립된 기본계획으로 일부 수정되어 기존 계획의 이행여부에 대한 검증은 어려운 상황이다(관계부처합동, 2003). 제2차 과학기술기본계획(2008~2012)은 전략 수립에 전문가 참여를 확대하고자 민간전문가 중심의 추진위원회와 10개의 부문별 위원회에 참여하고 공청회, 정책 토론회를 거쳐 추진체계를 구성하고 10대 부문 60개 과제 도출 후 15개를 핵심 과제로 재분류하여 정책 추진의 우선순위를 도출하였으며 이중 바이오헬스 분야는신약 및 의료산업 역량 강화를 중점 추진 과제로 선정하였다.
이전 계획이 일부 수정된 제2차 과학기술기본 계획은 전략 수립에 전문가 참여를 확대하고자 민간전문가 중심의 추진체계를 구성하고 추진과제들을 선정하였다.