정부 방침에 따라 문무과학성 산하의 독립행정법인인 JST와 JSPS는 2003년도에 PO 제도를 도입·시행하였다. 2003년 JST에 PO제도가 도입될 당시에는 PO는 대학 교수 위주의 비상근 시스템으로 운영되었다. 이후 2006년부터 PO양성 프로그램(JST-Program Officer Fostering Program)을 통해서 부처 내부의 직원의 역량 향상을 통해 PO로 성장시키기 위한 노력을 시작하였다. 이때 JST는 2가지 형태의 PO제도 운영하였으며 각각은 Academia-PO(대학교수)와 JST-PO(내부직원)로 구분될 수 있다(최연수, 2014. 이태근 외, 2014 p.152에서 재인용).
정부 산하의 독립행정법인들은 2003년부터 대학 교수중심의 계약직 형태로 PO 제도를 운영하였으나, 내부직원의 능력 함양을 통해 대학교수와 내부직원 두 그룹의 PO체계를 갖추었다. 