두 번째 주요한 차이는 대부분의 포지작물 육종은 인류에 의해서 수세기 동안 작물화된 재배품종을 대상으로 이루어진다는 것이며 이들은 종종 유전적으로 동질화되어 있다. 이와 반대로 산림수종의 육종은 일반적으로 인간에 의해 거의 변화하지 않은 자연집단을 대상으로 이루어진다. 여기서 한 가지 예외는 “high-grading”으로 일반적으로 벌채 시 가장 질이 좋은 나무들을 자르고 나쁜 것들을 다음 세대 갱신을 위해 남긴다는 것이다. 즉, 불행히도 수종개량 임업가는 수형이 나쁘고 육종재료로서 가치가 낮은 것들을 가지고 한 두 번의 육종 사이클만에 가장 좋은 등급의 나무를 만들어 내려고 노력을 한다는 점이다. 달리 말하면 자연의 선발되지 않은 임분을 가지고 육종을 하기 때문에 초기 몇 세대 동안은 질에 있어서 개량효과가 커지는 기회가 될 수 있다는 것이다.
산림수종의 육종은 대부분 자연집단을 대상으로 하지만 'high-grading'의 예외가 있다. 이는 가장 훌륭한 나무를 자르고 나쁜 것을 남기는 것으로, 초기 얼마동안은 질적인 면에서 개량효과가 커지는 기회가 된다.