정부는 1960년대 초반 제1차 경제개발계획과 함께 과학기술진흥계획(1962~1966)을 수립하고, 1966년 2월 정부 주도의 최초의 정부출연연구기관인 한국과학기술연구소(KIST)를 설립하였다. 정부출연연구기관은 국립연구기관의 연구 및 관리의 경직성에서 벗어나 보다 자율적인 예산운영으로 연구의 자율성 확보가 가능한 출연금 지원방식에 의해 운영되는 연구기관이다. 한국과학기술연구소(KIST)는 우리나라 최초의 현대적인 산업기술연구소이며 국립연구기관과는 다른 새로운 형태인 정부출연연구기관의 모태기관이라는 점에서 우리나라 과학기술 발전에 중요한 의의를 가진다.
최초의 정부출연연구기관인 KIST는 출연금 기반의 자율적인 예산활용을 통해 자율적으로 연구할 수 있는 기관으로서 과학기술발전에 큰 의미를 확보하고 있다.