다만, 입법적으로 지나친 제한 조치를 가할 경우 다수의 선량한 의료기관 등에게 예기하지 않은 피해를 야기할 가능성 등 일부 부작용을 우려하는 목소리도 나오고 있다. 국회 법률안의 심사과정에서 이러한 우려의 목소리를 다각도로 고려할 것으로 보인다. 보건복지부공무원, 국민건강보험공단 임직원 등에 특별사법경찰관 지위를 부여하는 법률안, 의료기관 개설과정에서 사무장병원의 진입을 막기 위하여 의료기관개설위원회나 시·도의사회 등을 경유하도록 하는 법률안 등에 대해 보건복지부, 의료기관 개설 사무를 담당하는 일선 지방자치단체, 보험료 징수·지급 등의 사무를 담당하는 국민건강보험공단, 의료종사자 단체 등은 서로 다른 각도의 다양한 의견이 제시되고 있다. 국회 심사과정에서는 이러한 목소리를 다각도로 고려하여 심사할 것으로 전망된다. 사무장병원의 폐해를 보다 근본적으로 차단할 수 있는 실효성 있는 방안이 반영된 법률이 시행되길 기대한다.
입법적인 제한을 가할 경우 의료기관에게 예기치 못한 피해가 있을 수 있다. 여러 단체에서 다른 각도의 이견을 제시하고 있으며 국회 심사에서는 이를 고려하여 심사할 것이다. 사무장병원의 폐해를 보다 근본적으로 차단가능한 실효성있는 방안에 기대가 크다.