그러나 자유무역 확대가 가져오는 혜택 이면에는 경쟁력 열위 산업의 후퇴라는 그늘도 존재한다. 특별히 한 중 FTA가 가시적으로 추진됨에 따라 비교 열위로 평가되는 한국 농업의 미래에 대한 우려가 커지고 있다. 중국에 대한 농산물 시장 개방이 한국 농업생산액에 부정적 영향을 줄 것인지, 아니면 중국 시장 진출의 기회를 통해 한국 농업 및 경제 전체에 긍정적 영향을 줄 것인지에 대해서는 학자들 간 의견이 분분하다. 전반적으로 전자의 상황에 대한 정책결정가들의 고민이 크다. 어명근 이대섭 윤형현(2009) 연구에 따르면, 한 중 FTA가 체결될 경우 10년 후 한국의 농업생산액은 연간 최소 2,420억원에서 최대 2조 3,585억원까지 감소할 것으로 전망된다. 이 전망은, 2010년 10월 기획재정부가 예상한 한 EU FTA 발효에 따른 향후 15년간 연간 손실액 1,776억원, 2011년 8월 발표한 한 미 FTA로 인한 15년간 연간 손실액 8,150억원보다 훨씬 부정적이다(박재홍, 2012). 소비패턴이 한국과 비슷한 중국과의 FTA로 인해 농업 피해는 더 광범위할 전망이며, 기존 농업대국들과 맺은 FTA의 부정적 영향에 더하여 농가들이 받을 가중 고통은 사회적으로 크게 우려된다. 특별히 EU와의 FTA는 축산물 위주의 피해, 미국과는 육류 및 과일류 위주의 피해가 예상 되었었는데, 중국과의 FTA는 채소류를 포함하여 그 범위가 더 광범위할 것으로 예상된다.
자유무역의 확대는 경쟁력을 갖추지 못한 산업이 쇠퇴할 수 있다는 결점을 갖기 때문에, 한국과 중국 간의 FTA에서 한국 농업에 대한 우려가 커지는 것은 당연한 수순이다. 중국과의 FTA에 있어 한국과 중국의 유사한 소비패턴은 농업을 포함한 넓은 범위에서 한국 산업이 막대한 손해를 입을 수 있음을 짐작하게 한다.