예산 압박이 심해지는 경우 자원배분을 최적화하지 못하고 부분최적화(sub-optimization)에 그치게 되기 쉽다. 예산이 삭감되는 상황에서는 연구개발에대한 자금지원자와 연구개발 수행자가 가장 고통이 적 은 해결책을 찾도록 해 예산삭감을 각 부처, 각 수행자간에 똑같이 분산시키는 행태를 보인다. 이에 따라, 우선 순위가 낮고 생산성이 낮은 분야의 연구개발 부문이나 분야에 대한 예산 삭감이 이루어지지 못하게 되고, 기존의 임무와 프로그램 베이스에서 예산이 검토되어 새롭게 높은 우선순위 부여가 요구되거나 생산성이 높을 것으로 예상되는 새로운 연구니드나 연구 기회에 과학기술계가 대응하는 능력을 제약하게 된다. 이와 함께, 한번 사업이나 과제가 종료되면 다시 예산을 얻어 이를 재개하기 어렵다는 생각 때문에 어떤 활동을 정리, 축소, 제거하는 것과 같은 근본적 구조조정에 대한 의사결정을 하기 어렵고 현재 진행되는 모든 프로그램이나 시설을 계속 유지하게 하는 압력이 커진다. 이 때, 기존의 연구활동 구조를 적은 자금 지원과 적은 인력으로 계속 지탱해 가면서 재정 상황이 좋아지는 시점에 이를 원래 의도한 상태로 되돌리겠다는 희망을 가지고 연구개발 예산배분에 대한 의사결정자들이 연구시설, 연구장비, 연구 기자재의 유지와 현대화를 위한 경비 지원을 연기하게 되어 연구시스템의 건전성을 해치게 되는 경향이 있다. 그리고, 예산 사정이 어려워지면 연구개발 활동에 대한 비용분담(cost-sharing)을 부과하거나 이를 높이고자 하는 압력이 커지고 간접비용 산정을 억제해 연구기반을 약화시킬 수 있다.
연구 개발 예산의 삭감이 필요한 경우 연구 별 우선 순위 조정이나 생산성 검토 대신 각 부서, 연구 별로 동일하게 연구비를 삭감하는 경향이 있다. 연구 환경 구조 조정에 대한 의사결정이 힘들고, 현재 프로그램을 유지하려는 성향 때문에 연구 시스템의 건전성이 낮아지는 경향이 있다. 이러한 예산 압박은 연구 활동의 비용을 억제해 연구 기반을 악화시킬 수 있다.