DNA 염기서열 분석은 ABI 3730 DNA Sequencer (Thermo Fisher Scientific)를 기본으로 사용하여 진행하며 PCR primer 서열에 포함되어 있는 universal primer M13F (-20), M13R (-20)를 이용하여 분석한다(표 1 참조). 염기서열 분석 장치가 없는 경우 염기서열 분석 대행업체(㈜마크로젠, ㈜바이오니아 등)에 의뢰하여 분석한다. 분석 결과로 얻어지는 AB1 파일을 BioEdit (또는 Chromas와 같은 분석 프로그램)을 사용하여 크로마토그램의 base peak 및 분석 오류 등을 확인하고 염기서열을 결정한다.
DNA 염기서열 분석은 시퀀서로 PCR 프라이머를 붙이는 시퀀싱 과정을 거쳐 크로마토그램을 얻은 후, 분석프로그램으로 피크와 노이즈를 읽어내어 염기서열을 결정하는 방식이다.