우리나라 자유무역지역의 글로벌 경쟁력 제고를 위해서는 자유무역지역과 관련된 거버넌스 기능의 강화가 필요하다. 현재 한국의 자유무역지역은 부처간 관리권에 따라 산업통상자원부(산업단지형), 해양수산부(항만형), 국토교통부(공항형)으로 관리권이 분산되어 있어 국가차원의 통합적인 자유무역지역 관리·운영 및 활성화에 한계가 있다. 또한 운영은 해당 부처의 산하기관이나 지방청에서 맡고 있어 관리·운영을 하고 있는 정부입장이나 해당 지역에 비즈니스 활동을 하는 기업차원에서도 혼란스럽고 불필요한 비용이나 시간낭비가 많은 상황이다. 따라서 이러한 정책 혼선이나 상충, 기업들의 행정비용 및 시간낭비 등을 막기 위해 범정부 차원의 통합 거버넌스 기구가 필요하다. 국무총리실이나 청와대 산하에 자유무역지역 전담 위원회를 두고 산업단지, 항만, 항공 등으로 공간기능별로 구분되어 있으나 해당 업무를 통합 관리하는 기능이 미흡하여 국가차원의 외국기업 투자유치 시 일부 정책혼선과 상충이 발생하고 있다.
우리나라 자유무역지역의 관리 운영은 관리권이 여러 부처로 분산되어있어 여러 혼선이 빚어지는 경우가 많아 해당 업무의 통합 관리를 할 수 있는 통합 거버넌스 기구를 마련하여 글로벌 경쟁력을 키워야할 필요가 있다.