종합조정 메커니즘의 부재 속에서 BRC 사업 자체가 개별 부처 중심으로 기획되다 보니 지원 부처가 개편되는 경우 사각지대가 발생하거나 혼선이 발생하는 경우도 있다. 예를 들어, 국립수산과학원 생물자원은행사업은 농림수산부에서 해양수산부로 지원 부처가 개편되면서 관리의 사각지대에 놓이게 된 경우다. 농림수산부 산하기관으로 있을 2012년 이전 이미 농수산생명자원법이 마련되고 농수산생명자원 종합 관리를 위한 정보 포털(BRIS)이 구축되어 국립수산과학원의 생물자원 및 생명정보는 농수산생명자원법에 근거, BRIS에 통합 관리되었다. 그러나 2013년 새 정부가 출범하고 지원 부처가 해양수산부로 재편되면서 BRIS에서 정보 갱신이 더 이상 이루어지지 않고 있다. 향후 해양 생명자원정보 포털(MBRIS)이 정비된 후 MBRIS로 정보연계가 될 수도 있겠으나, 그럴 경우 생물자원 관리는 농수산생명자원법에 따르고 생명정보 관리는 해양 생명자원법에 따르는 상황이 되어 혼선이 예상된다.
BRC 사업은 지원 부처가 개편되면 사각지대나 혼선이 있게 된다. 사례로 국립수산과학원 생물자원은행사업은 2012년 지원부처가 농림수산부에 있을때 BRIS에 통합관리 되다가,  다음해 해양수산부로 재편된후 더이상 BRIS에서 정보 갱신이 되고 있지 않다.