R&D 조세 지원에 대한 최근의 정부 정책은 조세 지원을 축소하는 추세이다. 우선, 연구개발 설비 투자세액공제율을 2016년부터 현행의 대기업 3%, 중견기업 5%, 그리고 중소기업 10%에서 각각 1%, 3%, 6%로 낮추기로 하였고, 일부 R&D 관련 조세지원의 일몰이 예정되어 있다(이코노믹리뷰, 2015.5.7). 현재 R&D 조세 지원제도의 한계는 그 혜택이 대기업에 집중되어 있고(2012년 기준 74.2%) 특히 상위 10개사에 집중되어 있다는(2012년 기준 45.2%) 것이 자주 거론되고 있다(황용수 외, 2014). 또한 조세지원 제도의 속성상 일정 수준 이상의 수익성을 갖춘 기업만이 혜택을 받고 신생기업은 거의 혜택을 받을 수 없다는 형평성의 문제가 제기될 수 있다. 그럼에도 불구하고 R&D 조세지원은 민간 R&D 투자 촉진을 위해 효과적인 수단일 뿐만 아니라 정부 R&D 투자에 의한 민간 R&D 투자의 구축(驅逐)이 거의 발생하지 않는다는 장점이 있다. 국가 전체적인 재정 운영에 있어 직접적인 R&D 보조금 정책과 R&D 조세 지원 정책의 균형을 찾는 것이 필요하며, 최근의 정부 R&D 조세지원 축소 정책 흐름은 신중히 재검토될 필요가 있다. R&D 조제 지원 혜택의 범위를 조정하거나 대상 분야별로 차등화 하는 것과 같이 민간 R&D 투자에 대한 지원 내용의 질적인 변화를 추구하는 것은 바람직하지만, 민간 R&D 투자 증가에 부정적 영향을 미칠 수 있는 제도적 변화는 바람직하지 않다고 판단된다. 미국 오바마 정부는 2014년 R&D 세액공제율 향상을 발표하면서 2014년부터 10년 동안 약 1천억 달러의 세제 혜택을 제공하겠다고 선언함으로써 ‘임시연장’이라는 불확실성을 최소화한 바 있다(황용수 외, 2014).
최근 정부정책은 R&D 조세지원을 축소하는 경향이다. 현재 R&D 조세지원은 대기업과 일정규모 이상의 수익성을 갖춘 기업에 집중되어 있음으로써 신생기업은 소외되는 형평성의 문제가 지적된다. 그럼에도 R&D 조세지원이 민간R&D 투자촉진의 효과적인 수단으로 간주된다. 따라서 국가재정운영에 있어 직접적인  R&D보조금정책과  R&D조세지원정책의 균형이 중요하며, 조세지원축소에 관한 신중한 재검토가 요구된다. 또한 민간 R&D투자관련 질적변화도 추진되어야 할 것이다.