한편, 일본의 어촌에서도 어업생산의 정체, 인구 유출 및 고령화, 도시와의 생활환경 격차 등으로 활력을 잃어가고 있음을 확인할 수 있었다. 일본에서 어촌공동체는 사회적 경제적 공동체인 어업협동조합이 어촌지역 활성화에 중요한 역할을 담당하고 있다. 어촌공동체의 가입은 원칙적으로 우리나라처럼 이중 가입조건이 있는 것이 아니라 어업협동조합에 가입만 하면 된다. 어업협동조합은 연안어어업 대부분 어업권을 소유하고 있으며, 어업협동조합 하부에 업종별로 부회(部會)가 조직되어 있다. 어업협동조합의 어업권은 조합원이 행사하고 있고, 행사료는 공동사업의 재원으로만 사용한다. 일본의 어촌지역 활성화는 어촌공동체(지역 어업협동조합)가 중요한 역할을 담당하고 있다. 최근 일본 정부에서 추진 중인 어촌 활력 제고를 위한 ‘바닷가 활력재생계획’은 어업협동조합과 지자체가 참여하는 ‘지역수산업재생협의회’에서 계획을 수립하고 있으며, 일부 가공업자와 관광업자가 참여하는 형태로 이뤄지고 있다.
일본에서 어업협동조합은 어업권을 소유하여 행사하거나 부회를 조직하여 활동하는 등 어촌공동체에서 중요한 위치를 차지하고 있다. 이에 일본 정부는 어촌 활성화를 위해 여러 정책을 수립하는 과정에서 조합의 참여를 바탕에 두고 있다.