지표수-지하수 혼합대가 환경적으로 중요한 가치를 가지는 중요한 기능 중 하나가 혼합대의 오염물질 저감 기능이다. 혼합대는 오염물질을 자연적으로 저감하여 지표수 또는 지하수의 수질을 조절하는 기능을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 일반적으로 오염물질 저감에 기여하는 유효한 생지화학적 프로세스가 일어나기 위해서는 충분한 물의 유입과 적당히 긴 체류시간, 물이 통과하는 동안 수질변화를 일으킬 수 있을 만큼의 빠른 반응속도의 조건이 요구되는데 지표수-지하수 혼합대는 위의 세 조건을 만족시키는 환경의 조성이 용이한 장소이다. 오염된 지표수나 지하수가 혼합대를 통하게 될 경우 혼합대 내 활발한 물리적, 화학적, 생물학적 기작에 의해 오염물질이 저감되어 수질이 개선되게 된다.
지표수-지하수 혼합대는 생지화학적 프로세스가 일어나기 위한 체류시간, 수질변화를 일으킬 반응 속도 요구가 충족되는 곳으로 오염물질 저감 기능을 갖고 있어 수질이 개선되게 한다. 