이러한 이원화된 구조는 최근 인문․기술 융합의 트렌드 앞에서 매우 큰 장애요소로 작용하게 되었는데, 인문과 과학기술 분야의 융합형 R&D를 추진하려고 해도 상호 간의 역할 모호, 연구책임자와 주도 분야의 선정 방법, 연구 방법론의 설계, 산출물의 인식과 연구 기간 등 모든 면에서 합의를 이루기 어려운 상황이다. 민간에서 역시 IDEO와 구글의 조직혁신 사례에서와 같이 다양한 전공자의 채용을 통한 인문․기술 융합적 산출물에 대한 기대를 바탕으로 유사한 시도를 하였으나, 초등교육과정부터 뿌리 깊게 작용하고 있는 인문사회와 과학기술 분야의 사고방식 차이와 습득한 방법론의 차이를 극복하고 협력적인 과정을 통해 창조적 산출물을 만들어 내는 데에는 수많은 애로사항을 포함하고 있는 것이 현실이다.
이원화된 인문과 과학기술분야의 융합형 R&D 추진에 있어서 인문과 과학기술 분야의 뿌리박혀 있는 고정관념들이 융합적 산출물을 만들어 내는데 걸림돌이 되고 있다.