신설되는 전담부처는 집행기능을 배제하고, 국가기술연구회와 소속 연구기관 및 연구관리 전문기관을 하나의 조직으로 재편하여 소속하에 둠으로써 정부 R&D 전략 추진체계의 구심점 역할을 할 수 있도록 하여야 한다. 즉, 전담부처는 집행기능을 배제하고 정부 R&D 전략기획 및 정책조정 기능을 중심으로 재편하고, 정부 R&D 예산의 배분･조정권한은 최종 예산편성권을 가진 재정당국으로 이관하는 방안을 검토하여 R&D 전략기획 및 정책조정 기능과 예산기능을 분화하고 현재 과학기술전략회의와 국가과학기술자문회의 사무국 기능 또한 전담부처로 이관하여야 한다고 본다.
신설되는 전담부처는 집행 기능을 배제하고 국가기술연구회와 소속 연구기관과 연구관리기관을 소속하에 두고, 정부 R&D 전략 추진의 구심점 역할을 하도록 해야 한다.