한편, 어시장의 시설, 용기도 또한 장염비브리오에 의한 오염을 심하게 받고 있어 이에 의한 어패류의 2차 오염 위험은 매우 높아, 이들에 대한 대책도 시급하다. 또 각종 점포의 기구도 장염비브리오의 오염을 받고 있고, 도마, 수세미, 식칼, 어패류를 넣는 용기 등에서 이 균이 높은 비율로 검출된다. 따라서 조리 기구나 어패류를 통해 식품의 2차 오염 가능성이 강하게 시사된다. 장염비브리오식중독 중, 2차 오염에 의한다고 추정되는 건수는 매년 장염비브리오 식중독발생의 반 수 이상을 차지하며 특히, 도마, 식칼 및 생선 상자는 중요한 감염원으로 된다.
시설 및 용기에 의한 어패류의 장염비브리오 오염 대책이 시급하다. 2차 오염으로 추정되는 식중독 발생 건 수는 과반 이상이며 조리도구 등이 주요 감염원으로 추정된다.