장애인차별금지법에 따른 분쟁에서 차별에 정당한 사유가 있었는지가 주요 쟁점이 되는데, 장애인차별금지법은 이 법률과 관련한 분쟁해결에 있어서 차별행위가 있었다는 사실은 차별행위를 당하였다고 주장하는 자가 입증하여야 하고(같은 법 제47조 제1항), 그 차별행위가 장애를 이유로 한 차별이 아니라거나 정당한 사유가 있었다는 점은 차별행위를 당하였다고 주장하는 자의 상대방이 입증하여야 한다고 규정하고 있다(같은 조 제2항). 정당한 사유에 대한 입증 책임이 HIV 감염인이 아니라 상대방에게 있기 때문에 HIV 감염인에 대한 의료차별을 시정하는 데에 유리한 점이 있다. 장애인차별금지법은 정당한 사유를 금지된 차별행위를 하지 않음에 있어서 과도한 부담이나 현저히 곤란한 사정 등이 있는 경우와 금지된 차별행위가 특정 직무나 사업 수행의 성질상 불가피한 경우로 규정하고 있는데(같은 법 제4조 제3항), ‘과도한’, ‘현저히’, ‘불가피’와 같이 표현함으로서 정당한 사유를 엄격히 제한하고 있다. 정당한 사유에 대한 엄격한 적용은 장애인 차별을 주장하는 사람에게 유리한 점이다.
장애인차별금지법은 차별을 당했다고 주장하는 자가 입증해야 하고 정당한 사유가 있다는 점은 차별행위를 당하였다고 주장하는 자의 상대방이 입증해야 한다고 규정하고 있다. 장애인차별금지법은 과도한, 현저히, 불가피와 같이 표현함으로서 정당한 사유를 엄격히 제한하고 있다.