조직적인 부분에서도 변화가 있었다. 기존에는 영농조합 새벽과 관련된 시스템은 3가지 독립적인 조직으로 존재했다. 즉, 영농조합 새벽은 새로운 사업을 도입하면서 독립조직으로 운영해 왔었다. 대표적인 사례로 양돈분야의 “초우반돈”이 있다. 이러한 개별적 시스템은 각 분야별로 최선을 다할지 모르나 통합적인 인센티브가 약한 면이 있었다. 즉, 남은 음식물을 수거하여 사료화하는 부분에서는 양돈사업과 독립 체산제를 하고 있어 열심히 일할 수 있는 인센티브가 약하였다. 이러한 문제를 해결하기 위해서 2015년도에는 각각의 개별 독립운영체제를 하나로 만들어 사회적 협동조합으로 묶었다. 이러한 조직 변화는 주인의식과 함께 상호간 이익 창출 지원 및 공유의 시너지 효과를 내고 있다.
영농조합 새벽은 기존에는 독립조직으로 운영되었지만 통합적 인센티브가 부족했다. 이를 해결하기 위해 독립운영체제를 협력하여 사회적 협동조합으로 묶어서 상호간 이익을 창출하며 시너지를 만들고 있다.