약학계의 통합 6년제로의 학제개편이 설득력을 확보하더라도 약학대학 학제개편을 정부가 획일적으로 추진하기 보다는 대학이 자체 상황에 맞게 선택할수 있는 여지를 부여해야 할 것이다. 즉, 통합 6년제로의 학제개편에 수반되는 편제정원 변동과 편제정원 변동으로 인한 대학경영의 4대 요건 충족 여부 등의 상황이 대학마다 다르고, 일부 대학에서는 2+4년제가 오히려 학생충원에 도움이 된다고 판단할 수도 있기 때문이다. 또한 정책의 수립 및 추진 시에는 사회적 합의나 공감대 못지않게 데이터에 기반 한 객관적 의사결정이 추진되어야하고 약학대학 문제 역시 대학에 변화를 수반하므로 대학의 자율성을 최대한 보장하는 방식으로 추진되어야 할 것이다.
약학대학 학제개편을 정부가 획일적으로 추진하기보다는, 대학에 변화를 수반하므로 대학의 자율성을 최대한 보장하는 방식으로 자체 상황에 맞게 선택할 수 있게끔 추진해야 한다.