한편, 대학 등 학계의 경우, 기존 정년이 만 65~70세였기 때문에, 2012년 이후에도 추가 연장 등 특별한 변화는 없는 상태이다. 그러나 사립대학들이 2000년대 이후 기업 및 정년이 사립대학보다 짧은 국립대학법인 교원, 공공 연구소 등의 경력자를 임기 3~5년의 임기제 교원으로 임용하는 경우가 증가하고 있어서, 신규 박사학위자들에 대한 수요가 감소하는 문제가 발생하고 있다. 인구 감소로 대학진학자들의 수가 감소하자, 사립대학들도 상대적으로 긴 시간 채용해야 하는 신진 학자들보다, 업적이 보장되고 채용기간이 짧은 경력 교원의 채용을 선호하게 된 것이다. 또한, 기존 교원이 정년퇴직 이후에도 대우는 기존보다 떨어지지만, 특강 형식의 강연을 하는 외래 교수 등으로 계속 고용되는 경우도 증가하고 있다. 과학기술·학술정책연구소(NISTEP)의 조사에 따르면, 정년 연장으로 인해 교원 재직자가 증가했음에도 불구하고, 신규 및 3년 내 박사학위 취득자가 대학 등의 정식 고용되는 비율이 6% 정도에 불과했다. 이와 같은 상황에 대해, 신진 연구자들은 △교원의 정년연장으로 인사 적체가 일어나고 있다는 것, △현업 업무를 담당할 신진 인력의 부족으로 일부에 업무량이 집중되고 있다는 것, △연구비 배분 방법 등이 비효율적이라는 점 등을 지적하며 불만을 표출하고 있다. 이와 같은 현상이 지속될 경우, 과학기술인재들의 대학원 진학률 및 연구자 지원자가 감소하고, 우수 인재의 해외 유출이 심각해질 수 있다는 문제의식이 최근 확산되고 있어 일본 문부과학성 등은 신진 학자들을 위한 지원을 강화해나갈 방침이다. 문부과학성 산하 일본학술진흥회(JSPS)의 과학연구비조성사업 중 만 42세 이하의 신진 연구자만 지원할 수 있는 연구비의 비중을 확대하고, 육아 등으로 휴직한 신진 연구자가 현업 복귀 혹은 재취업을 모색할 때 보조금을 지급하는 방안 등이 시험적으로 시행되고 있다.
2000년대 이후 사립대학들이 임기 3~5년의 임기제 교원 위주로 채용을 하게 됨으로써 신규 박사 학위 소지자들은 점점 더 어려운 실정에 놓이게 되었다. 인구 감소 문제를 타개하고자 채용기간이 짧은 경력 교원의 채용을 진행하게 되었다. 그러나 이같은 상황이 계속 된다면 과학기술인재들의 대학원 진학률 및 연구자 지원자가 줄어들며 인재의 해외 유출을 막을 수 없기 때문에 이를 방지하기 위해 정부차원에서 여러 정책을 시행하고 있다.