또한 상위 정책계획에 대해서는 환경영향평가나 기존의 전략환경평가처럼 계획이 수립된 후, 별도의 평가서를 별도의 검토 과정을 통하여 협의하는 절차를 적용해서는 적절치 않다. 중·장기 정책적 계획을 수립함에 있어서 계획의 목표와 더불어 계획으로 달성할 각종 지표의 제시는 계획수립 초기 단계부터 부문별 계획 수립 과정까지 다양한 단계에서 상호 유기적인 조정을 통해 산정 및 제시되는 것이 일반적이다. 따라서 이러한 계획지표에 대하여 별도의 전략환경평가 단계에서 타당성 유무 및 친환경성 결여 등의 사유로 조정되는 것은 정책계획의 근간을 흔들게 되는 것이다. 계획수립권자 측은 지표조정을 위하여 계획내용의 대부분이 변경될 수 있다는 우려를 갖게 되며 평가협의권자는 검토 의견이 계획에 반영됨에 있어서 매우 제한적이고 형식적이 될 수 있다.
정책 계획 수립에 있어 계획 목표 및 지표는 전체 단계의 상호 관계 속에서 만들어지는 것으로, 특정 단계에서 검토하여 문제를 제기하는 것은 부적절하다.