또한, 본 연구에서는 평가 주체가 정부로 대표되어 있으나 현실에서는 평가의 수행주체가 기획재정부, 부처, 연구회, 기관 등으로 다양하다. 연구개발을 수행하는 연구자(대리인)를 평가하는 정부(주인)가 국민 또는 국가사회 전체의 이익을 대변한다고 가정하였지만, 황석원(2015)에서 지적된 바와 같이 연구를 평가하는 평가 담당자인 부처, 공무원, 연구기관 등이 각자 서로 다른 목적함수를 갖고 있다. 다양한 계층에 평가 담당자가 분포해 있고 각자 자신의 이익을 극대화하는 방향으로 평가하는 상황에서 평가시스템을 어떻게 설계할 것인가도 현실적으로 중요하다.
연구개발에 있어 평가하는 주체가 정부라고 되어있지만 사실은 부서나 기관이라 국가의 이익보다 자신의 이익을 극대화하려는 문제가 생겨 이를 극복할만한 설계가 필요하다.