우선 사전환경성검토는 계획안이 확정된 후, 환경적 타당성과 환경 영향 저감 방안에 대한 의견을 계획수립기관에 제출하는 형식으로 운영되고 있었다. 즉, 환경적인 의견이 있는 경우, 그 결과를 반영하기 위해서는 이미 수립된 계획안에 대한 변경이 필요할 경우가 발생하는데 이를 위해서는 계획 변경에 필요한 주민 의견수렴이나 각종 위원회 심의 동의 절차를 거쳐야 하는 불편을 초래하기 때문에 실제로 계획 수립기관에서는 이러한 과정을 거치지 않는 경우가 대부분이었다. 이러한 다양한 문제점으로 인하여 2006년 6월부터 본격적으로 해외에서 논의되고 있는 ‘전략환경평가’ 체계를 도입하게 되었다.
사전환경성검토는 계획안을 만든 후 환경 영향 저감 방안을 기관에 제출하는 방식으로 수행되고 있다. 이로 인해 2006년부터 국외에서 논의중인 전략환경평가를 도입하게 됐다.