2012년까지 국립수산과학원이 농림축산식품부 산하 기관으로 운영될 때에는 관리 중인 생물자원에 관한 정보가 농림축산식품부 생명자원정보 서비스(BRIS)에 연계되었으나, 국립수산과학원이 해양수산부로 이관된 후에는 BRIS에 수록된 정보의 갱신은 답보 상태이다. 현재는 해양수산부 차원에서 구축 중인 해양 생명자원 통합정보시스템(MBRIS)으로 연계될 수 있겠으나 아직은 관련 법이 정비되지 않았다. 수산자원은 여전히 농수산생명자원법(2012)에 근거하여 관리되고 있기 때문에 해양 생명자원의 확보, 관리 및 이용 등에 관한 법률에서 규정하는 해양 생명자원 통합정보시스템(MBRIS)의 관리 대상이 아닌 것이다(심영규 외 2013). 또한 향후 정보 연계를 위해서는 수산생명자원정보 센터와 MBRIS와의 시스템 호환성, 표준화 문제 등도 해결해야 할 이슈다.
농립축산식품부에서 해양수산부로 이관된 국립수산과학원은 생물자원 관련 정보를 BRIS에 둔 채 갱신시키지 못하고 있다. 관련 법이 개정되지 않는 한 정보 연계에 어려움을 겪을 것으로 판단되고 이에 대한 대책 마련이 시급하다.