북한은 1990년대 말까지 특히 일명 ‘고난의 행군’으로 대변되는 극심한 경제난과 식량부족현상이 지속되었다. 이 과정에서 축산정책은 북한당국이 경제발전 정책에서 견지하고 있는 “적게 투자하고 많이 걷어내는 원칙”이 보다 중시되었다. 이 시기의 두드러진 특징은 곡물 사료에 의하는 가금류 위주의 축산업이 풀 사료에 의하는 초식가축 위주로 변화한 것이다. 1990년대 중반의 ‘고난의 행군’이 종결되고 일명 ‘낙원의 행군’이 시작되던 1990년대 말 이후 북한의 축산업은 군부대를 중심으로 목장을 건설하거나, 확장하는 등 일부 현대화를 진행하였다. 해외의 발전된 축산기술과 장비, 약품 등의 수입에도 관심을 기울이는 한편, 새로운 가축 품종을 도입하거나, 컴퓨터에 의한 사양관리 등에 초점을 두었다. 관련 법령도 이 시기에 집중적으로 제정하였다. 하지만 이 역시도 한국과 일부 국제기구의 지원에 의하여 일부 현실화되는데 그쳤다.
북한은 1990년대 말까지 극심한 경제난과 식량부족현상이 지속되었다. 이시기에 북한은 축산업을 발전시키기 위하여 여러가지 노력을 기울였으나 이 역시도 한국과 일부 국제기구의 지원에 의하여 일부 현실화되는데 그쳤다.