두 번째로 보상으로 인한 지역 내·외의 갈등을 들 수 있다. 최종 선택 된 후보지로만 모든 보상금이 돌아가게 되면서 지역 간 유치 갈등 및 지역 감정을 기반으로 한 상호 비방 등의 현상이 심각해졌다. 특히 마지막 후보지였던 군산과 경주 간의 상호 비방 현상 및 양북면과 인접한 울산 북구에 대한 보상의 형평성 문제가 제기되었다. 울산 북구는 타지자체 이지만 양북면과 인접해있으므로 특별 보상이 필요하다고 주장하였다. 보상으로 인한 경주 지역 내 갈등도 발생하였다. 주민투표 당시에 경주 양북면은 원전으로 인한 환경 피해의식이 컸기 때문에 경주 전체에 비해서 찬성률이 높지 않았다. 이를 해결하기 위해 양북면에 대한 보상으로 한수원 본사를 이동하려 했으나, 경주시에서 이를 도심에 유치하려고 하면서 양북과 경주시 간의 지역 내 갈등을 겪기도 하였다.
최종 선택된 후보지로만 보상금이 돌아가게 되면서 지역 내외의 갈등이 심화되었고, 보상에 대한 형평성 문제가 제기 되었다.