국가연구개발사업 저해요인은 1) 국가 차원의 중장기 R&D 전략 수립 기능 부족, 2) 국가연구개발사업 시행과정에서의 민간과 공공 영역의 역할 구분 모호, 3) 전략기획(국가기획, 부처기획)과 사업기획의 혼재에 따른 정부 R&D 관련 중장기 전략 부재, 4) 사업기획 시 전문가 중심의 의사결정 채널 미비, 5) R&D사업 선정 시 R&D 특성을 무시한 키워드 중심의 중복성 심사, 6) 정부와 연구관리 전문기관의 사업관리규정의 경직적 해석 운용에 따른 간섭과 통제의 강화, 7) 소관부처별 복잡한 연구개발사업 법제 및 사업관리규정, 8) 사업기획 및 과제선정 과정의 불투명성, 9) R&D의 특성을 반영하지 못하는 중앙기관(공무원) 평가와 연계된 연구개발사업 평가제도, 10) 기관 및 과제평가제도상 예산 및 양적 성과중심의 평가제도, 11) 사업선정 및 집행과정상 예산계상의 차이를 고려하지 않는 성과관리, 12) 연구기관(연구자)들에 대한 자율적 연구 환경의 악화, 13) 연구기관(연구자)들에 대한 엄격한 참여제한 등 행정책임의 강화, 14) 우수연구에 대한 불충분한 보상체계, 15) 연구성과 활용 및 사업화 기능의 분산 및 기관 운영상 규모의 경제성 부족의 15가지로 제시되었다
국가연구개발사업이 저해된 이유는 국가 차원의 R&D 전략 수립이 부족하여, 민간 및 공공 영역에 제대로 적용되지 못했기 때문이다. 또한 R&D 사업의 특성 반영이 잘 되지 않았으며 연구 지원도 제대로 이루어지지 않았기 때문이다.