ㆍ참여정부 때 13개 신설, 보수정부 들어 고민 없이 없어져 참여정부는 '위원회 정부'라는 별칭이 붙기도 했다. "부처 간 이해관계가 달라 정부의 통합적 정책이 만들어지기 어려운데, 부처의 벽을 허물고 통합적 정책을 만들기 위해서는 위원회가 필요하다"고 말할 정도로 노무현 전 대통령이 위원회 신설에 적극적이었던 점이 그 배경이다. 참여정부가 시작된 2003년 대통령·국무총리·정부 각 부처 소속 위원회를 통틀어 368개의 위원회가 있었지만 그 수는 2008년 2월 공식 임기가 끝날 때엔 579개로 늘었다. 포괄적 진실규명 나선 진실화해위 그리고 그 많던 위원회의 수는 다음 정권인 이명박 정부에 들어서서 급격하게 줄어들었다. 이명박 전 대통령 임기 중반인 2010년 6월 431개까지 줄었던 위원회는 이후 다시 늘어나 이명박 정부 말에는 530개로 늘었고, 이후 들어선 박근혜 정부에서는 급격한 증감 없이 530여개 수준에서 유지됐다. 위원회 수 자체가 늘고 준 것은 정부의 국정운영 기조에 따라 충분히 달라질 수 있는 것이다. 그러나 이명박 정부 들어 위원회 수를 급격히 줄이던 시기에 위원회의 존립 취지에 대한 깊은 고민 없이 과거사 관련 위원회들까지 활동기간을 연장하지 않고 한꺼번에 사라져 버린 점은 정권에 불리한 역사 지우기의 일환이 아니냐며 비판을 받기도 했다. 과거사 관련 위원회가 가장 집중적으로 설치되기 시작한 시기도 참여정부 때였다. 1990년 8월 만들어진 광주민주화운동 관련자 보상지원위원회를 비롯해 1998년 2월 출범한 거창사건 등 관련자 명예회복위원회, 2000년 8월부터 활동한 제주 4·3사건 진상규명 및 명예회복위원회 등이 이미 활동하고 있었지만, 참여정부 들어 삼청교육대, 노근리 사건, 동학농민혁명, 일제강점기 강제동원 피해 등에 대한 진상규명과 피해자 명예회복위원회 등이 본격적으로 만들어졌다. 참여정부 시기 활동한 과거사 관련 위원회는 이전 정권 때부터 조직돼 활동한 위원회를 포함해 모두 17개였고, 이 중 13개가 참여정부 때 만들어졌다. 특히 진실·화해를 위한 과거사정리위원회(진실화해위)는 이전까지 개별 사건에 따라 다뤘던 과거사 규명 방식을 벗어나 국가기관 등의 개입으로 인해 피해를 입은 전반적 사안들을 함께 다루는 포괄적 진실규명에 나서기도 했다. 진실화해위는 2005년 설립 이후 1년간 1만860건의 조사신청을 접수한 뒤 2006년 4월부터 첫 조사를 개시해 4년 2개월 동안 총 1만1172건의 조사를 마쳤다. 위원회의 조사범위는 주로 군부독재를 포함해 그 이전 시기의 민주화운동에 초점이 맞춰졌다. 진상규명 결과 국가로부터 피해사실이 확인되면 국가의 공식적인 사과와 피해자의 명예회복을 위한 조치를 권고하고, 개별 조사보고서를 비롯해 종합보고서를 통해 활동기간 중 규명 사건에 대한 진실을 밝히는 활동을 했다. 진실화해위 설치의 법적 근거였던 '진실·화해를 위한 과거사 정리 기본법'에서는 조사 개시 후 4년간의 활동기간을 보장하고 이후 최대 2년을 더 활동할 수 있게 보장해 놓았다. 그러나 진실화해위 활동을 지켜보는 시민사회단체와 역사 관련 단체 등에서 애초 1년의 조사 신청기간과 총 조사기간 4년이 진실규명을 위해선 짧은 시간이기 때문에 활동기간을 2년 연장하라고 요구했으나, 4년의 조사기간이 끝난 2010년 1월 최종적으로 연장된 조사기간은 2개월 6일에 불과했다.
참여정부는 노무현 전 대통령이 부처간  통합적 정책을 만들기 위해서는 위원회가 필요하다며 적극 신설하게 되었는데, 많은 수의 위원회가 이명박 정부에 들어서 급속히 감소했고, 위원회의 존립 취지에 대한 생각없이 과거사 관련 위원회들까지 한번에 사라져 버린 점은 정권에 불리한 역사 지우기의 일환이 아니냐며 비판을 받기도 했다.