2013년 말 지방세법을 개정하면서 올해부터 226개 시·군·구에 부여된 지방소득세에 대한 세무조사권 행사를 걱정하는 목소리가 크다. 지방소득세를 독립세로 전환하면서 기업이 사업장 소재 지방자치단체에 개별적으로 신고·납부토록 해 지자체도 세무조사권을 갖게 된 것이다. 지자체의 자주 세원과 과세권을 확충해 지방재정 기반을 탄탄하게 해주려는 취지였다. 하지만 지자체장이 특정 의도를 갖고 세무조사권을 악용한다면 적지 않은 부작용을 낳을 개연성이 높다. 정치적으로 손봐 주고 싶은 기업이나 개인사업자에게 세무조사 칼날을 휘두를 수 있기 때문이다. 지자체의 세무조사권 행사는 하나의 소득에 대한 중복 세무조사라는 세법상 기본원칙 훼손 문제를 낳는다고 전문가들은 지적한다. 국세청과 지자체의 이중조사를 넘어서 전국에 여러 사업장을 둔 기업은 복수 지자체로부터 겹치기 세무조사를 받을 수 있다는 것이다. 여기에 각 지자체가 국세청에서 결정하는 소득세와 법인세 과세표준과 다르게 별도의 과세표준으로 결정 또는 경정할 경우에도 혼란을 가져올 수 있다. 하나의 소득에 대해 소득세·법인세와 지방소득세 간 과세표준이 달라질 수 있다는 얘기다. 중소기업중앙회가 기업 애로 실태를 조사해보니 중복 세무조사에 부담을 느낀다는 응답이 77%나 됐다. 이들은 신고 및 세무조사를 일원화해야 한다고 목소리를 높이고 있다. 이 같은 우려를 반영해 현재 국회에는 세무조사권을 국세청으로 단일화하고 정부에서 정한 과세표준을 지자체가 공유토록 하는 내용의 지방세법 재개정안이 발의돼 있다. 지자체들은 과세자주권을 침해하려는 법안이라며 반발하지만 납세자 입장에서 본다면 납득하기 힘든 논리다. 납세자 위주의 세무행정 차원에서도 국세청으로 세무조사를 일원화하는 게 맞으니 관련 법안을 속히 국회에서 처리하기 바란다. 내년 총선을 앞두고 정치적 이해타산을 따져 결정할 일이 아니다. 법안 처리가 되기 전엔 국세청과 지자체 간 업무협조를 통해 최소한 중복 세무조사는 생기지 않도록 해야 한다. 국세청이 국세 세무조사를 할 때 지자체에 대상을 통보하고 지자체에서는 지방세목만 살펴보도록 하는 방법도 활용할 수 있을 것이다.
지방소득세가 독립세로 변경되면서 발생한 지자체의 세무조사권은 중복세무조사라는 문제를 일으킬 수 있는바 기업의 혼란 및 부작용을 막기 위해 국회에서는 지방세법 재개정안이 빨리 처리될 수 있도록 노력해야한다.