가. 과세관청이 세금계산서 발행명의자가 실물거래 없이 단순히 가공의 세금계산서만 발행하는 이른바 자료상으로 판명되자 그 세금계산서 기재 공급가액에 상당하는 자재비에 대하여 손금부인하고 이를 익금산입하여 과세표준을 산정한 후 법인세 등 부과처분을 한 사안에서, 실물거래가 있었다는 점에 관한 입증책임이 납세의무자측에 있음을 전제로 판단한 원심판결을 수긍한 사례. 나. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다. 다. 원래 법인세 또는 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때에 한하여 예외적으로 허용되며, 나아가 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 납세자에게 불리하다 하여 그 결론을 달리할 수 없다.
과세처분의 위법을 이유로 취소를 구하는 소송에서 구체적비용항목에 관한 입증의 난이 등을 고려하여 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 인정되므로 과세관청이 세금계산서 발행명의자가 실물거래 없이 단순히 가공의 세금계산서만 발행하는 자료 상으로 판면되자 세금계산서 기재 공급가액에 상당하는 자재비에 대하여 손금부인하고 익금산입하여 과제표준을 산정한 후 법인세 등 부과처분을 한 사안에서 실물거래가 있었다는 점에 관한 입증책임은 납세의무자 측에 있고, 법인세 또는 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의해 밝혀진 실액에 의해 결정하는 것이 원칙이고, 과세관청이 소득의 실액을 밝힐 수 없을 때 한하여 예외적으로 추계조사의 방법이 허용되며, 나아가 실지조사에 의한 부과처분이 추계과세 의한 부과처분보다 납세자에 불리하다 하여 그 결론을 달리 할 수 없다.