가. 국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하여야 할 뿐 아니라 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하는 것이고, 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는, 이를 조사하여 결정할 수 있다. 나. 세무서장이 제출된 을류농지세미과세증명과 허위로 작성된 자경확인서에 의하여 각 8년 이상 자경한 농지의 양도로 오인하여 비과세 결정을 하였다가 그 후에 실지조사로 비자경농지의 양도였음이 밝혀져 각 양도소득에 대하여 과세처분을 한 경우, 위와 같이 농지세과세 증명이나 미과세증명만으로 비과세 처리하는 것이 국세행정의 확립된 관행이라고 할 수 없으며, 과세관청이 위와 같은 경위로 비과세결정을 번복하고 다시 과세처분을 한 사실만 가지고 그 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 할 수 없다고 한 사례 다. 양도소득의 필요경비 계산을 규정한 구 소득세법(1990.12.31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항은 그 제3, 4호에서는 자본적 지출액과 양도비에 관하여 그 내용이나 범위를 대통령령에 위임하고 있으나, 그 제2호에서는 설비비와 개량비라고만 규정하여 위와 같은 위임의 근거규정이 없으며, 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산하는 경우와 기준시가에 의하여 계산하는 경우를 구분하고 있지도 않은바, 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우의 필요경비를 규정한 구 소득세법시행령(1985.12.31. 대통령령 제11812호로 개정된 것과, 1987.5.8. 대통령령 제12154호로 개정된 것) 제94조 제5항의 규정은 자본적 지출과 양도비에 관하여는 소득세법으로부터 위임이 있었으므로 무효라고 할 수 없으나, 설비비와 개량비에 관하여는 소득세법의 위임근거 없이 이를 제한하는 것으로서 모법인 소득세법에 위배되어 무효라고 볼 수밖에 없고, 설비비와 개량비는 다른 사정이 없는 한 실지로 지출된 비용을 필요경비로서 공제하여야 한다.
국세기본법상 비과세관행은 상당기간에 걸쳐 관행으로서 비과세하였음을 증명할 수 있는 객관적 사실이 있어야 하고 과세관청이 그 사항에 대해 과세할 수 있지만 하지 않겠다는 의사를 명시적,묵시적으로 표시하여야 하는데, 이 과정에서 오류가 있었다면 이를 조사하여 결정내릴 수 있으며, 양도소득의 필요경비 계산을 규정한 구소득세법상 설비비와 개량비는 대통령령 위임의 근거규정이 없기 때문에 다른 사정이 없는 한 실지로 지출한 비용을 필요경비로 공제해야한다.