[1] 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다. [2] 부당행위계산 부인을 적용할 때 기준이 되는 법인세법 제52조 제2항의 시가에 관하여 정하고 있는 법인세법 시행령 제89조 제3항은, 부당행위계산의 유형 중 하나인 '금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우'에는 '가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다'고 규정하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 정한 이자율을 그 시가로 보아야 한다.
법인세법 제52조 제2항의 시가에 관해 정하는 법인세법 시행령 제89조 제3항은 금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우, 가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다고 규정하고 있으므로, 해당 이자율을 '시가'로 보아야 한다.