가. 구 조세감면규제법(1991.12.27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항과 같은 법 부칙(1990.12.31) 제14조는 공공사업용 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면비율에 관한 규정들이고, 같은 법 제88조의2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서, 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로, 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선 적용관계에 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이고, 한편 같은 법 부칙 제14조는 그 내용이나 규정방식, 체제 등으로 보아 같은 법 제57조 제1항에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서, 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 같은 법 제57조 제1항에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 같은 법 제57조 제1항 등과는 별도의 양도소득세 등의 면제에 관한 근거규정이 되는 것은 아니어서, 같은 법 제88조의2 소정의 양도소득세 감면 종합한도의 적용대상으로 같은 법 제57조에 의한 감면의 경우가 포함되어 있는 이상, 같은 법 부칙 제14조에 의한 면제의 경우도 양도소득세 감면 종합한도의 적용대상이 된다. 나. 구 조세감면규제법 부칙(1990.12.31) 제20조에 의하여 1991.1.1. 법 시행 후 최초로 종료되는 과세기간분부터 적용되는 같은 법 제88조의2에 따라, 법 시행 후 그 과세기간이 종료한 1991년도분 양도소득세액 중 3억 원을 초과하는 부분에 대하여 한 과세처분은 관계 규정의 취지에 부합하는 적법한 처분이라고 보아, 전액 면제되어야 한다고 판단한 원심판결을 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 법리오해를 이유로 파기한 사례.
같은 법 제88조의2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서, 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로 별도로 적용되는 것이 타당하기 때문에 과세기간이 종료한 1991년도분 양도소득세액 중 3억 원을 초과하는 부분에 대하여 한 과세처분은 관계 규정의 취지에 부합하는 적법한 처분이라고 보아, 전액 면제되어야 한다고 판단한 원심판결은 타당하지 않다고 보아야 할 것이다.