MB 정부는 기본적으로 사회적 약자들에 대해서 관용이 없었고, 국정운영은 법치를 가장한 독재에 가까웠기 때문에 「PD수첩」이 다루어야 할 내용들은 차고 넘쳤다. 21세기 문명국가에서 공영방송의 한 시사프로그램이 국가정보기관으로부터 이토록 처참하게 장악당한 적이 있을까? 이명박 정부의 국정원 언론장악 문건에 대한 조사를 위해 검찰에 출석한 전직 「PD수첩」 PD들은 비통한 마음이었다. 문건에 따르면 김재철·안광한 전 MBC 사장들과 측근들은 국정원의 '끄나풀'에 불과했다. 왜 MB 정부의 국정원은 이토록 집요하게 PD수첩을 장악하려 했을까? 이명박 정부는 2008년 출범하자마자 '미국산 쇠고기 수입'에 따른 거대한 촛불시위로 위기를 맞이했다. 그들은 자신들이 저지른 '30개월령 이상의 거의 모든 미국산 쇠고기 수입'이라는 희대의 실책에는 눈을 감고, 위기를 오로지 「PD수첩」으로 돌렸다. 몇몇 기술적인 실수를 빌미로 프로그램을 공격했고, 「PD수첩」을 압수수색하기 위해 검사와 수사관을 MBC로 보냈다. PD들을 체포하고, '공무원에 대한 명예훼손'으로 기소를 했다. 다시는 권력에 비판적인 목소리를 내지 말라는 위협이었을 것이다. 하지만, 「PD수첩」은 이후에도 굴하지 않았다. MB 정부는 사회적 약자들에 대해서 관용이 없었고, 국정운영은 법치를 가장한 독재에 가까웠기 때문에 「PD수첩」이 다루어야 할 내용들은 차고 넘쳤다. 권력에 굴하지 않은 「PD수첩」 「PD수첩」은 이명박 정부의 불법적인 공권력 사용에 반기를 들었다. 2009년 1월 용산참사가 터졌는데, 「PD수첩」은 경찰이 용역깡패들을 작전에 투입했다는 사실을 '용역깡패들이 물대포를 쏘는' 장면을 포착해 증명해냈다. 공권력이 일부 건설자본에 포섭되었다는 결정적인 증거였고, 시민 안전을 위해 할 수 없이 무력진압을 했다는 논리는 설득력을 잃었다. 6월에는 노무현 대통령 서거국면에서 공권력이 광장을 경찰버스로 막고, 집회를 하는 시민들을 무차별적으로 체포하는 폭력을 고발했다. 경찰은 심지어 일본인 관광객을 시위하는 사람으로 오인하고 때리고 체포할 정도로 포악했다. 「PD수첩」은 4대강 사업을 집중적으로 해부했다. 2009년 11월 엄기영 사장은 '특별생방송 이명박 대통령과 국민의 대화'를 위해 진행자로 예정되었던 손석희를 내쫓는 '성의'를 보였다. 이 자리에서 이명박 대통령은 '4대강 수질을 지키는 로봇물고기'를 소개했다. 이 생방송이 끝나고 며칠 후 「PD수첩」은 보란 듯이 4대강 사업의 실체를 알리는 프로그램을 방영했다. MB의 말은 거의 다 거짓말이었다. 정권 입장에서 엄기영 사장은 「PD수첩」을 정권의 입맛대로 '컨트롤'할 인물이 아니었다. 'MBC 정상화'라는 타이틀을 가진 국정원 문건은 2010년 3월 2일 작성되었다고 한다. 바로 그날은 김재철 사장의 취임일이었다. 「PD수첩」 제작진이 검찰에서 확인한 문건에는 「PD수첩」에 존재하는 좌파 PD와 작가 등을 내보내고 「PD수첩」을 고립시킬 수 있는 방안이 세세하게 적혀 있었다고 한다. 김재철 사장은 실질적으로 국정원의 행동대장이었다. PD수첩 정리작전 김재철 사장은 부임하자마자 국정원 문건대로 먼저 '광우병 사태' 이후 「PD수첩」을 이끌던 김환균 CP를 정리했다.
MB정부의 국정원이 PD수첩을 장악하는데 집요했던 이유는 그들의 국정운영이 독재에 가까웠기 때문이고, PD수첩은 이에 굴하지 않고 이명박 정부이 불법적으로 공권력을 남용했던 장면들을 포착해냈다.