가. (다수의견) 구 헌법(1972.12.27 제정) 당시 선포된 대통령긴급조치중 해제에 관한 특별한 조치가 없는 제2호 및 동 제5호에서 해제가 유보된 자에 대한 동 제1호, 제4호라 하더라도 그 근거법인 구 헌법 제5조가 1980.10.27 현행 헌법의 제정공포에 따라 폐지됨으로써 일단 실효되었다고 할 것이고, 현행헌법 부칙 제9조와 관련하여 보아도 구 헌법 제53조는 사전 예방적 조치가 규정되어 있는데 비해 현행 헌법 제51조는 이와 같은 사전예방적 조치를 배제하고 있는 구 헌법 제53조의 긴급조치에 대하여는 입법부의 사후 통제기능이 극히 미약하여 실효를 기대할 수 없는 형식적인 규정이 있을 뿐인 반면 헌법 제51조는 비상조치에 대한 국회의 강력한 통제기능을 규정하고 있는 등 그 발동요건이나 국회의 사후통제 기능에서 현저한 차이가 있어 우리 제5공화국의 국가이념이나 헌법정신에 위배됨이 명백하여 그 계속효가 부인될 수 밖에 없어 현행 헌법 제51조의 규정은 위 대통령 긴급조치 제1,2,4호의 법적 근거가 될 수도 없으므로 이점에 있어서도 위 대통령긴급조치 각 호는 현행 헌법의 제정, 공포와 더불어 실효되었다고 봄이 마땅하다. (보충의견 1) 헌법의 일부 조항이 개정, 공포된 헌법의 조항과 저촉되게 되면 그 저촉되는 한도에서 헌법의 일부 폐지가 있다고 보아야 할 것이고 그 폐지된 헌법규정을 근거로 하여 제정된 법률은 이를 폐지하는 법률이 없었다 하더라도 헌법개정에 의하여 당연히 폐지되는 것이라 할 것인 바, 구 헌법 제53조의 위 대통령긴급조치 각 호의 근거규정 부분은 현행 헌법 제51조에는 규정되어 있지 않아 그 규정과 저촉되는 것으로서 현행 헌법의 공포와 동시에 폐지되었다 할 것이고 그 폐지된 규정부분을 근거로 하여 선포된 위 긴급조치는 구 헌법 제53조 제5항이 규정하는 대통령의 긴급조치 해제가 없다 하더라도 개정헌법의 공포에 의하여 폐지되었다 할 것이며 헌법부칙 제9조에서 말하는 이 헌법 시행 당시의 법령이란 그 개정 헌법의 공포에도 불구하고 폐지되지 아니하고 존속하고 있는 법령을 말한다 할 것이고 개정 헌법의 공포와 더불어 폐지된 법령은 이에 포함되지 아니한다 할 것이므로 헌법 부칙 제9조는 위 긴급조치의 효력존속여부를 가리는 근거규정이 될 수 없다. (보충의견 2) 위 대통령긴급조치는 구 헌법에 근거하여 헌법정지적 작용을 하는 헌법적 효력을 가진 조치이므로 당해 구 헌법이 폐지됨에 따라 그 존재의의를 상실하여 구 헌법과 함께 실효되었다고 볼수 밖에 없으며 또한 일시성과 잠정성의 한계를 벗어날 수 없는 긴급조치의 성격에 비추어 보아도 직접적 으로 국민의 기본권을 제한하는 조치는 그 헌법적 근거가 되었던 구 헌법이 폐지되고 현행 헌법이 제정되면서 특히 위 긴급조치의 효력에 언급한 바 없는 이상 당연히 실효되었다고 보아야 하고 현행 헌법 제51조의 비상조치에 관한 규정은 현행 헌법하에서 대통령이 헌법정지적 또는 헌법보완적 조치를 할 수 있는 국가긴급권의 근거로서 마련된 것이지 폐지된 구 헌법하에서 취해진 긴급조치의 효력을 유지 내지 합헌화 시키는 근거로서 마련된 것은 아니므로 가사 현행 헌법 제51조의 비상조치권과 구 헌법 제53조의 긴급조치권 사이에 동일성이 인정된다고 하더라도 위 긴급조치의 효력이 현행 헌법하에서 지속될 여지는 전혀 없다. 나. (다수의견) 이미 실효된 위 대통령긴급조치 제2호에 의하여 국방부에 설치된 비상고등군법회의 판결을 파기하는 경우, 위 긴급조치가 실효된 이상 피고인은 군법의 적용자가 아니며 현재 우리나라가 비상계엄하에 있지도 아니하고 또 이건 공소사실이 군형법 및 계엄법이 열거한 어느 죄에도 해당하지 않아 피고인에 대한 재판관할권은 위 비상고등군법회의에 없음은 물론 그에 상당하는 군법회의라고 보이는 국방부 고등군법회의에도 없고 헌법이 정하는 바에 따라 일반 관할법원에 있다 할 것이므로 군법회의법 제439조를 적용, 위 국방부에 설치되었던 항소심판부인 비상고등군법회의에 상응하는 것으로 불 수 있는 서울고등법원에 이송, 동 법원이 재판해야 할 것이다. (보충의견) 군법회의의 판결에 대한 상고사건이 대법원에 계속되고 있는 동안 헌법 또는 법률의 개폐나 비상조치, 계엄의 해제 등으로 인하여 군법회의가 그 사건에 대한 재판권을 가지지 아니하게 되었을 때에는 그때 부터의 그 상고사건에 대한 심판절차는 군법회의법이 아닌 형사소송법에 의하여야 할 것이므로 헌법개정 이후의 이 사건 상고심 심판에는 그 심판절차에 관한 군법회의법 제439조를 적용할 수 없고 형사소송법 397조를 적용, 사건을 서울고등법원에 이송해야 한다.
대통령 긴급조치 제1, 2, 4호와 관련하여 근거법인 구 헌법 제5조가(1980.10.27)현행 헌법의 제정공포에 따라 폐지되었고, 각 호가 현행 헌법 제51조에 따른 우리 제5공화국의 국가이념이나 헌법정신에 위배됨이 명백하기 때문에 그 계속효가 부인될 수 밖에 없어 현행 헌법의 공포와 더불어 실효되었다고 봄이 마땅하다.