가. 구 군사시설보호법(1993.12.27. 법률 제4617호로 전문 개정되기 전의 것)에 의한 군사시설 보호구역 내에 있는 토지에 대한 국세청기준시가액표'군사시설물 보호구역 등에 대한 국세청 기준시가 적용특례'소정의'건축허가사항에 관한 협의'는 같은 법 제7조 각호 소정의 허가 등의 사항에 관한 협의 중 제3호 소정의'가옥 기타 축조물의 신축 또는 증축'의 허가에 관한 협의만을 의미하는 것으로 보아야 하므로, 군사보호구역 내에 있는 토지에 대하여는 당해 토지가 특정지역 내에 있다고 하더라도 그 양도 이전에 같은 법 제7조 제3호 소정의 허가사항에 관한 협의가 이루어졌을 때에만 특수배율이 아닌 특정지역에 적용되는 배율을 적용하여 그 기준시가를 결정하여야 한다. 나. 과세처분취소소송에 있어서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하며, 그 전부를 취소할 것이 아니나, 이러한 자료가 없어서 정당한 세액을 산출할 수 없는 때에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
군사시설보호법에 따라 군사보호구역 내의 토지는 법에서 규정한 허가사항에 대한 허가가 이루어졌을 때 특정지역에 대한 배율을 적용하여 기준시가를 결정하고, 이에 대한 과세처분취소소송에서는 당사자가 제출한 자료를 기반으로 정당한 세액을 초과하는 부분에 대해서 취소가 가능하다고 보나 만일 이러한 자료가 없어 정당한 세액을 산정할 수 없을 때는 전부를 취소하는 것이 가능하다고 본다.