구 농어촌발전특별조치법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항이 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자에 대하여 감면된 전용부담금을 납부하도록 한 입법 취지는, 당초 전용부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용·사용되는 것을 전제로 감면하였으나 단기간 내에 부득이하게 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용함에 따라 전용부담금을 감면할 필요성이 없어져 당초 감면한 전용부담금을 추가로 납부하게 함으로써 처음부터 그 변경된 용도로 전용허가를 받은 것과의 실질적 형평을 이루고자 함에 있는 점에 비추어 보면, 같은법시행령 제52조의10 제1항 소정의 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금 역시 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 개별공시지가를 기초로 용도변경 승인 당시의 감면비율을 적용하여 산출하여야 할 것이므로, 납부하여야 할 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 전용된 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 전용부담금의 단위당 금액과 용도변경 승인 당시의 해당 감면비율을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액이 된다고 풀이된다.
전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 경우 감면된 만큼의 부담금을 납부하도록 하고 있고 그 부담금은 변경하고자 하는 면적에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시 단위당 금액과 용도변경 승인 당시 해당 감면비율을 적용해 산출한 금액에서 이미 납입한 전용부담금을 뺀 금액이다.