[1] 구 법인세법 제20조(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이고, 한편 구 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호는 구 법인세법 제20조가 규정하고 있는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 출자자 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 들고 있고, 위 규정에서 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미한다. [2] 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다. [3] 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제3호가 법인세법이나 소득세법 등에서의 다른 유사한 부인제도보다도 더 추상적으로 규정되어 있다 하더라도 법인세법과 소득세법상의 해당 규정과 부가가치세법의 해당 규정은 서로 성격이 다르므로 동일한 차원에서 평면적으로 비교하는 것은 적절치 않고, 과세요건 명확주의에 반하는지 여부는, 납세자의 입장에서 어떠한 행위가 과세요건인 당해 문구에 해당하여 과세의 대상이 되는 것으로 예견할 수 있을 것인가, 당해 문구의 불확정성이 행정관청의 입장에서 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성을 부여하는가, 입법 기술적으로 보다 확정적인 문구를 선택할 것을 기대할 수 있을 것인가 하는 등의 기준에 따라 종합적인 판단을 요한다고 할 것인바, 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 소정의 '부당하게 낮은 대가'란 것은 '정당하지 않거나 이치에 맞지 않게 낮은 대가' 혹은 '현저하게 낮은 대가'라는 의미로 일상생활에서 사용되는 용어로서, 일반인의 관점에서 부가가치세 과세대상으로 예정하고 있는 행위의 범위를 예측할 수 있으며 과세관청의 자의적 적용가능성도 크지 않다고 보여지고, 이는 통상의 상거래에서 있을 수 있는 시가와의 편차를 넘어서서 훨씬 더 낮은, 즉 거래관행에 비추어 객관적으로 조세회피의 의도가 인식될 정도의 것으로서 합리적인 경제적 관점에서 볼 때 지나치게 낮은 것을 의미한다고 볼 수 있고 판례에 의하여 예측가능성이 더 확보될 수도 있으며, 입법 기술적으로 보다 확정적인 문구의 선택도 쉽게 예상된다고 하기 어려우므로, 위 규정이 과세요건 명확주의 원칙에 반하지 아니할 뿐만 아니라, 평등권을 침해한다거나 조세평등주의에 반한다고 할 수도 없고 나아가 재산권을 침해하는 규정이라고도 볼 수 없다. [4] 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제3호 소정의 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 경우, 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여는 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 셈이 되므로 같은 법 제22조 제6항 소정의 영세율과세표준신고불성실가산세 부과대상이 된다고 할 것이지만, 같은 법 제13조 제1항 제3호의 규정은 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급하는 자의 과세표준을 재계산하는 효력을 가지고 있을 뿐이고, 특수관계자와 사이에 적법·유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 재구성하는 효력을 가지는 것은 아니라고 할 것이므로, 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 보기 어렵고, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과다른세금계산서라고 할 수도 없다.
부당행위계산의 부인이라 함은 법인의 특수관계자와 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 조세부담을 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우로 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우로 보는바 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단할 것인바 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래에서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것은 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다.