[1] 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다. [2] 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제69조 제2항 제1호는 내국법인 등이 발행하는 외화표시채권에 대하여 지급받은 이자 및 수수료의 소득에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있는데, 이에 의한 법인세 면제세액의 계산방법을 규정한 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제16970호로 전문 개정되기 전의 것) 제11조 제1항에 비추어 볼 때, 이는 지급받은 이자 및 수수료 전액에 상당하는 과세표준액에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻이 아니고, 그 사업으로 인한 소득에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻으로 해석하여야 할 것이므로, 이 경우 법인세 면제세액 산정의 기초가 되는 면제소득은 수입한 이자 및 수수료에서 당해 사업으로 인한 손금을 공제한 금액으로 보아야 할 것이고, 이 때 명백히 면제사업에만 관련되어 지출된 손금이 있다면 이는 '개별손금'으로서 전액 공제하고, 이와 달리 면제사업과 과세사업별로 구분할 수 없는 손금이라면 이는 '공통손금'으로서 구 법인세법시행령 제69조 제1항 및 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제25조에 따라 면제사업과 과세사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하여야 한다. [3] 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다. [4] 과세관청이 당초처분의 취소를 구하는 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 납세의무자의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 한 사례.
과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하고 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이라는 점을 비추어 볼 때,  과세관청이 당초처분의 취소를 구하는 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 납세의무자의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 보아야 할 것이다.