1987년 헌법에서 도입된 헌법재판소는 한국 민주화의 상징적 헌법기관이다. 하지만 최고 사법기관인 헌재와 대법원 사이에 갈등이 심화되고 있다. 1990년 헌재가 대법원 규칙인 법무사법 시행규칙에 대한 위헌소원을 받아들이면서 촉발된 갈등은 변형 결정의 일종인 한정위헌 결정에 대해 대법원이 기속력을 부인하면서 심각성을 더해가고 있다. 최근 KSS해운 사례를 보면 우량기업 상장을 유도하기 위한 조세감면규제법(조감법)상 법인세 감면 특례 규정에 따라 법인세 65억원을 감면받았다. 법정기한 내에 상장하지 못하자 국세청은 조감법 부칙에 의거, 면제액에 대한 납부를 통보했고 KSS해운은 조세 부과가 위법하다며 법원에 제소했다. 대법원은 전부 개정되기 전 구법 부칙을 적용해 조세 부과가 적법하다고 판시했다. 반면 헌재는 "법률이 전부 개정됐을 때 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하므로 특별한 사정이 없는 한 종전 법률 부칙의 경과 규정도 실효된다"고 한정위헌 결정을 내렸다. KSS해운이 다시 제소하자 대법원은 또 원고 패소 판결을 내렸다. 헌재는 조세법률주의 원칙을 강조하고 있는 반면 법원은 조세 납부의 형평성과 정당성에 집착한 결과다. 헌법에서 헌재 권한을 '법률의 위헌 여부 심판'으로 규정하지만 헌재를 두고 있는 나라에서는 모두 변형 결정을 인정하고 있고 우리도 그렇다. 하지만 대법원은 변형 결정의 기속력을 인정하지 않아 두 기관 사이에 상이한 재판 결과가 도출된다. 헌재는 헌재법에서 법원의 재판에 대한 헌법소원을 부인하고 있지만 헌재 결정에 대한 기속력 담보를 위해 헌재 결정에 어긋나는 법원 판결에 대해서는 예외적으로 헌법소원을 인정한다. 이번 사례가 바로 이에 해당한다. 앞으로도 동일한 사안에서 헌재와 대법원 간 핑퐁 현상은 계속될 수 있다. 헌법정신에 중점을 두고 판단하는 헌재와 재판에서 구체적 타당성을 중시하는 법원 사이에 법리상 차이는 충분히 예견될 수 있다. 법원의 재판에 대한 헌법소원과 헌재의 변형 결정에 대한 기속력을 빨리 법적으로 정리해야 한다. 헌재와 대법원 간 권한 다툼이 자주 일어날수록 국민만 불편해진다.
최고 사법기관인 헌재와 대법원 사이에 갈등이 심화돼 헌법정신에 중점을 두고 판단하는 헌재와 재판에서 구체적 타당성을 중시하는 법원 사이에 법리상 차이는 충분히 예견될 수 있으나 법원의 재판에 대한 헌법소원과 헌재의 변형 결정에 대한 기속력을 빨리 법적으로 정리해야 한다.