[1] 아래에서 보는 바와 같은 자율형 사립고등학교(이하 '자사고'라 한다) 제도의 성격, 자사고 지정을 취소하는 과정에서 교육감의 재량을 절차적으로 통제할 필요가 있는 점, 구 초·중등교육법 시행령(2014. 12. 9. 대통령령 제25819호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조의3의 개정이유 등에 비추어 볼 때, 구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 제5항에서 말하는 교육부장관과의 사전 협의는 특별한 사정이 없는 한 교육부장관의 적법한 사전 동의를 의미한다. ① 구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 제5항에 따르면 교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부장관과 협의하여야 한다. ② 자사고는 헌법 제31조 제6항에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않는 학교이고, 자사고 제도의 운영은 국가의 교육정책과도 긴밀하게 관련되며, 자사고의 지정 및 취소는 해당 학교에 재학 중인 학생들과 그 학교에 입학하고자 하는 학생들에게 미치는 영향도 크다. 따라서 자사고의 지정 및 취소는 국가의 교육정책과 해당 지역의 실정 등을 고려하여 신중하게 이루어져야 할 필요가 있다. ③ 초·중등교육법 시행령 제91조의3은 2010. 6. 29. 신설 당시 제4항으로 '자사고는 5년 이내로 지정·운영하되, 시·도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 연장할 수 있다'고만 규정하였다가, 2011. 6. 7. 대통령령 제22955호로 개정되면서 제5항으로 '교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육과학기술부장관과 협의하여야 한다'고 규정하게 되었다. 이는 종전의 지정기간 연장에 행사되는 재량을 절차적으로 통제할 수 있는 장치를 마련함으로써 자사고를 보다 안정적으로 운영하게 하려는 취지에서 비롯된 것이다. [2] 지방교육자치에 관한 법률 제3조, 지방자치법 제169조 제1항에 따르면, 시·도의 교육·학예에 관한 사무에 대한 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 교육부장관이 기간을 정하여 서면으로 시정할 것을 명하고, 그 기간에 이행하지 아니하면 이를 취소하거나 정지할 수 있다. 특히 교육·학예에 관한 사무 중 '자치사무'에 대한 명령이나 처분에 대하여는 법령 위반 사항이 있어야 한다. 여기서 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되는 경우란, '명령·처분이 현저히 부당하여 공익을 해하는 경우', 즉 합목적성을 현저히 결하는 경우와 대비되는 개념으로서, 교육감의 사무 집행이 명시적인 법령의 규정을 구체적으로 위반한 경우뿐만 아니라 그러한 사무의 집행이 재량권을 일탈·남용하여 위법하게 되는 경우를 포함한다.
지방교육자치에 관한 법률 제3조, 지방자치법 제169조 제1항에 따라 시·도의 교육·학예에 관한 사무에 대한 교육감의 명령이나 처분이 명령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 교육부장관이 기간을 정하여 서면으로 시정을 명하고 특히 교육·학예에 관한 사무 중 '자치사무'에 대한 명령이나 처분에 법령 위반 사항이 있어야 하는데 이는 명시적인 법령의 규정을 구체적으로 위반한 경우뿐만 아니라 해당 사무의 집행이 재량권을 일탈·남용한 경우까지 해당된다.