1949년 제정된 검찰청법에는 "법무부 장관은 검찰사무의 최고 감독자로서 구체적 사건에 대해 검찰총장만을 지휘·감독한다(제8조)"라는 내용이 들어 있다. 이른바 '장관의 수사지휘권' 조항이다. 법무부 장관이 검찰총장의 업무처리에 동의하지 않을 경우 구체적 사건에서 검찰총장의 지휘를 제한하는 외부적 통제 수단이다. 해당 조항이 처음으로 쓰인 건 2005년이었다. 천정배 당시 법무부 장관이 김종빈 검찰총장에게 "강정구 전 동국대 교수를 불구속 수사하라"고 서면 지휘하기까지 이 조항은 반세기가 넘도록 일종의 구색 맞추기용 규정으로만 남아 있었다. 법무부 장관은 대부분 검찰 출신으로 채워졌고, 검찰총장과 법무부 장관 사이에 이견 자체가 없었기 때문이었다. 당시 강 전 교수는 '6·25 전쟁은 북한의 지도부가 시도한 통일전쟁'이라는 취지의 칼럼을 써 국가보안법 위반 혐의로 검찰수사를 받고 있었다. 검찰은 반발했다. 정치인인 법무부 장관이 개별적인 사건을 지휘한다는 것은 검찰의 정치적 중립성을 훼손하는 행위란 취지였다. 사건은 김 전 총장이 총장직을 사퇴하는 것으로 매듭지어졌다. 검찰청법 제8조가 두 번째로 발동된 건 지난 6월이다. 언론사 기자가 현직 검사장과 공모해 재소자에게 본인은 물론 가족까지 형사 처벌될 수 있다고 협박, 특정 인사의 비위에 관한 진술을 강요했다는 이른바 '검언유착 의혹' 사건과 관련해서다. 추미애 법무부 장관은 윤석열 검찰총장에게 전문수사자문단 심의 절차를 중단하고, 서울중앙지검 수사팀은 대검찰청 등 상급자의 지휘·감독을 받지 말고 독립적으로 수사한 후 수사 결과만을 총장에게 보고하도록 지휘했다. 이번에도 검찰수사의 독립성·중립성 침해 논란이 불거졌다. 추 장관의 수사지휘권 행사가 검찰청법 제8조에 근거한 이상, 그 수사 지휘의 내용이 '명백히 위법하지 않다면' 국가공무원인 검찰총장으로선 따를 수밖에 없다. 검찰의 독립성을 이유로 거부하기도 어려워 보인다. 검찰의 독립성이나 중립성은 궁극적으로 달성해야 할 이념이 아니기 때문이다. 오히려 생각해볼 문제는 장관의 수사지휘권 그 자체다. 검찰총장이 장관의 수사 지휘의 내용과 상관없이 맹종해야 하는지는, 다른 문제다. 또 검찰권의 공정한 행사를 담보하기 위한 '실효적' 통제제도로 장관의 수사 지휘만 존재한다는 건 납득하기 어렵다. 정무직 공무원에 불과한 법무부 장관 개인의 성품과 가치관에 따라 수사지휘권의 행사 여부와 범위가 좌우될 수 있다는 점에서다. 장관의 수사 지휘가 상시화된다면 행정권력이 검찰의 수사에 영향을 미치는 우회로로 기능할 수 있다. 법무부 장관의 수사지휘권은 종국적으로 국민의 참여적 통제장치로 대체되어야 한다. 검사가 공정한 수사와 공소제기 업무를 수행하는지에 대한 감시와 통제는 법무부 장관 한 사람이 아닌 시민사회의 견제와 민주주의적 시스템에 의해 이뤄지는 편이 더 낫다. 장관의 수사지휘권은 검찰권의 오·남용을 통제하는 데 긍정적 효과가 있지만, 정치권력의 속성에 따라 검찰권의 통제를 공고히 하려는 시도로 얼마든지 변질될 수 있다. 항상 최악의 권력을 상정하고 경계할 필요가 있다.
1949년 제정된 검찰청법에는 "법무부 장관은 검찰사무의 최고 감독자로서 구체적 사건에 대해 검찰총장만을 지휘·감독한다(제8조)"라는 조항이 있는데 수사지휘권은 검찰권의 오·남용을 통제하는 효과가 있지만, 정치권력의 속성에 따라 검찰권의 통제를 강화 하려는 시도로 변질될 소지가 있으므로 항상 최악의 권력을 상정하고 경계할 필요가 있다.