[1] 헌법재판소는 1994. 7. 29. 92헌바49, 52(병합) 사건에서 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것)에 대하여 헌법에 합치되지 아니한다는 결정을 하였고, 이에 따라 국회는 1994. 12. 22. 법률 제4807호로 위 헌법불합치결정에서 위헌이라고 지적한 과세표준조항( 법 제11조)과 세율조항( 법 제12조) 등을 개정하고, 과세표준 기본공제 규정( 법 제11조의2) 등을 신설하면서, 법 제11조 제2항을 "제1항의 규정에 의한 과세기간 종료일의 토지의 기준시가는 과세기간 종료일이 속하는 연도의 다음 연도의 1. 1.의 토지의 기준시가에 의한다."고 개정하였는바, 위 법 제11조 제2항은 개정 전의 조항에 의하여도 마찬가지로 해석되던 것을 확인하여 규정한 것에 불과하고 위 개정조항 등은 당해 사건과 동일하게 이 사건에도 소급하여 적용된다. [2] 개별토지가격결정의 적법 여부는 원칙적으로 지가공시및토지등의평가에관한법률과 개별토지가격합동조사지침에 규정된 절차와 방법에 의거하여 이루어진 것인지의 여부에 따라 결정될 것이고, 당해 토지의 시가와 직접적인 관련이 있는 것은 아니므로, 개별토지가격이 시가와 차이가 있다거나 그 변동과 다르게 결정되었다고 하더라도 단지 이러한 사유만으로 그 가격 결정이 위법하다고 할 수 없다. [3] 관할 관청의 건축허가를 받아 당해 건축물을 신축하였다고 하더라도, 그 후 그 건축허가가 취소됨으로써 과세기간 종료일 현재 완공된 상태임에도 그 사용검사를 받을 수 없게 된 건축물은 달리 특별한 사정이 없는 한 토지초과이득세법 제8조 제1항 제4호 (다)목 및 구 토지초과이득세법시행령(1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정되기 전의 것) 제11조 제3항 후단 소정의 무허가건축물에 해당한다. [4] 1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제11조 제3항은 단서를 신설하여 동 조항 본문 소정의 무허가건축물의 요건에 해당하더라도 그 제1호 내지 제3호에 해당하는 무허가건축물로서 1989. 12. 31. 이전에 건축된 것은 법 제8조 제1항 제4호 (다)목 소정의 무허가건축물에서 제외한다고 규정하면서 제1호로 지방세법 제196조의 규정에 의한 재산세과세대장에 등록되어 있는 건축물을 들고 있고, 위 개정 조항은 동 부칙 제2항에 의하여 이 사건 과세기간분에 대하여도 소급하여 적용된다.
헌법재판소의 헌법불합치 결정에 따라 개정된 토지초과이득세법 제11조 제2항은 소급하여 적용되고, 개별토지가격이 시가와 차이가 있을 경우 그 가격 결정이 위법하다고 할 수 없으며, 건축허가가 취소됨으로써 과세기간 종료일 현재 완공된 상태임에도 사용검사를 받을 수 없게 된 건축물은 토지초과이득세법상 무허가건축물에 해당한다.