피고가 구 법인세법 제28조 제1항 단서, 동법시행령 제32조 제1항 제2호에 의하여 법인이 신고한 소득신고내용을 부당하다고 하여 정부가 직접 그 법인의 소득을 조사 결정하여 과세의 표준으로 할 수 있을 것이나, 모법에 아무 근거 없이 동법시행규칙 제12조 제2항 제3호에 의하여 정부가 조사 결정한 소득금액과 신고소득금액과의 차액을 법인대표자에 대한 상여로 간주하여 소득세부과처분을 하였음은 그 내용에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효이고, 이는 마땅히 부당이득으로서 반환하여야 한다.
정부는 법인이 신고한 소득신고내용이 부당한 경우 직접 조사 결정하여 과세 표준으로 할 수 있으나, 모법에 아무 근거 없는 시행규칙에 의하여 정부가 조사 결정한 소득금액과 신고소득금액과의 차액을 법인대표자의 상여로 간주하여 소득세부과처분을 하는 것은 당연무효이므로, 이는 부당이득으로 반환하여야 한다.