가. 구 국세기본법 제45조 제1항(1994.12.22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것), 제2항(1994.12.22. 법률 제4810호로 삭제), 구 국세기본법시행령 제25조 제2항(1994.12.31. 대통령령 제14473호로 삭제), 국세기본법시행령 제10조의2 제1호의 각 규정에 의하면, 신고납세방식을 취하는 증권거래세에 있어서는 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준과 납부세액을 신고한 다음 그 신고사항에 누락, 오류가 있음을 발견한 경우 이를 수정할 기회를 주고, 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우(감액수정신고)에는 과세관청은 이를 조사하여 그 결과를 법정기한인 60일 이내에 그 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항이 있으면 경정할 의무가 있음을 밝히고 있으므로, 그 수정신고만에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 관세관청이 그 수정신고의 내용을 받아 들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무확정의 효력이 생기게 되는 것이며, 만약 과세관청이 그 법정기한 내에 조사, 결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자로서는 위 법 조항에 의한 경정청구를 과세관청이 거부한 처분으로 보아 이에 대한 항고소송을 제기하여 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 수정신고로 인한 납세의무를 확정지을 수 있게 되는 것이므로, 가사 당초의 신고가 잘못된 것이고 그 수정신고에 따른 경정을 거부하는 것이 위법하다고 하더라도, 그 경정거부처분이 행정쟁송에 의하여 이미 적법하게 취소되었다거나 그 부분에 관한 당초의 신고내용이 당연무효인 경우가 아닌 한, 납세자가 당초의 신고분과 수정신고분과의 차액에 해당하는 기납부세액을 국가에 대하여 법률상 원인 없이 수령한 과오납금이라고 주장하여 부당이득반환의 법리에 따라 민사소송으로 그 환급을 청구할 수는 없다. 나. 구 국세기본법 제45조 제1항 소정의 "누락 또는 오류가 있을 때"라 함은 과세표준이나 세액산정의 근거가 되는 사항에 관하여 실질내용에 부합하지 아니한 신고를 한 경우와 실질내용대로 신고를 하였다 하더라도 이를 근거로 한 과세표준이나 세액의 계산에 있어 법령의 규정에 의하지 아니하였거나 오산이 있는 경우 등을 말하는데, 납세자가 당해 과세물건이 비과세대상에 해당함에도 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아 과세표준 및 세액을 신고·납부한 경우에는, 그 당초의 신고가 과세표준이나 세액의 계산에 있어 법령의 규정에 의하지 아니한 것으로서 위 법 규정에 따라 수정신고를 할 수 있다고 보아야 하며, 그 수정신고로 인하여 전액 비과세로 경정하여야 하는 경우에도 이를 달리 볼 것은 아니다. 다. 주권을 매출하는 경우 구 증권거래법(1991.12.31. 법률 제4469호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 단서에 의하여 유가증권신고서 제출의무가 면제되는 때에는 같은 법 제2조 제4항 소정의 유가증권의 매출에 해당하기만 하면 증권거래세법 제6조 제2호에 의하여 비과세되나, 구 증권거래법 제8조 제1항 본문에 의하여 유가증권신고서 제출의무를 지는 때에는 같은 법 제2조 제4항 소정의 유가증권의 매출에 해당한다고 하더라도 유가증권의 매출 전에 발행인이 위원회에 유가증권신고서를 제출하여 수리되어야만 비과세된다.
신고납세방식을 취하는 증권거래에 있어서 과세관청이 경정청구를 하지 않으면 법 조항에 의해 경정청구를 과세관청이 거부한 처분으로 보아 이에 대한 항고소송을 제기하여 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 수정신고로 인한 납세의무를 확정지을 수 있게 되나 기부세액을 국가에 대하여 법률상 원인 없이 수령한 과오납금이라고 주장하여 부당이득반환의 법리에 따라 민사소송으로 그 환급을 청구할 수는 없다.