한국사학진흥재단이 사학진흥기금을 설치하여 사학기관을 상대로 사학기관의 재산과 교육용 설비·기자재의 개수·보수 및 확충에 필요한 자금을 융자하는 사업(이하 '융자사업'이라 한다)을 영위하면서 융자사업에서 발생한 이자소득 전부를 준비금으로 설정하여 손금에 산입하여 해당 사업연도의 법인세를 신고하였고, 이와 같이 손금산입한 준비금을 융자사업의 재원으로 편입하여 재융자에 사용해왔는데, 과세관청이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 모두 부인하고, 해당 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 부과처분을 한 사안이다. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항의 규정에 의하면, 위 재단이 고유목적사업에 '지출'하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있는데, 위 재단은 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 위 기금에 편입시킨 후 기금을 사학기관에게 대출하는 방식으로 융자사업을 수행하였다고 인정되는 점, 위 재단이 자신 소유의 자금을 기금에 편입한 것은 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 기금으로 확정한 것이므로, 기금에 편입된 자금은 융자사업과 같은 기금의 용도에 한하여 지출되는 점 등을 종합하면, 위 재단이 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 '기금조성사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이 아니라 '융자사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이라고 할 것이고, 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립 목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업, 즉 '한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것'에 해당할 경우, 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조에 정한 '고유목적사업'에 해당하지 아니하고, 그 경우 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없는바, 융자사업으로부터 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호에서 정한 '비영업대금(非營業貸金)의 이익' 또는 제12호의 '금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것'에 해당하므로, 그 사업에서 수입이 발생하였다고 봄이 타당한 점, 위 재단은 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 다시 융자사업을 위한 재원으로 편입하여 운용해왔고 과세기간 동안 사학기관을 상대로 융자사업을 영위한 방법, 내역, 규모 등에 비추어 보면, 융자사업은 '보험 또는 연금 목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동'으로서 구 한국표준산업분류(2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호) 중 금융업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있는 점 등을 종합하면, 융자사업은 구 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업에 해당하여, 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없으므로, 위 처분이 준비금에 대하여 손금을 부인하여 이를 과세대상으로 인정한 것은 적법하다고 한 사례이다.
과세관청이 한국사학진흥재단이 사학진흥기금을 설치해 융자사업을 영위하며 그에서 발생한 이자소득 전부를 손금삽입하여 해당 법인세를 신고한 것에 대해 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 모두 부인하고 해당 사업연도의 귀속 법인세와 가산세를 부과하는 처분을 한 사안에 있어, 융자사업으로 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호에서 정하는 비영업대금의 이익 혹은 제12조의 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것에 해당한다 볼 수 있으므로 고유목적 사업에 해당치 않으며 이 경우 사업에 지출하기 위한 준비금은 손입산금이 불가능한 바, 해당 관청이 그 준비금에 대한 손금을 부인하고 이를 과세대상에 포함한 것에는 위법의 사실이 없다고 봄이 타당하다.