가. 종교법인이 토지를 고유목적에 직접 사용하지 못한 것이 제3자가 토지를 불법점유하였기 때문이었다고 하더라도, 양도 당시 고유 목적에 직접 사용하지 않고 있었던 이상 양도소득이 구 법인세법(1989.12.30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제17호에 해당하여 특별부가세를 부과하지 아니한다고 볼 수 없다. 나. 특별부가세의 비과세대상을 규정한 구 법인세법(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제4호 소정의 "양도할 때"라 함은 양도계약 체결 당시를 의미하므로, 양도계약 체결 후 잔대금을 청산하기 전에 토지가 대지화되었다 하더라도 양도계약 체결 당시까지 8년 이상 당해 법인이 경작한 농지라면 실제로 농지세가 부과되거나 비과세로 처리된 사실이 있는지 여부와 관계없이 특별부가세를 부과할 수 없다.
구 법인세법 제59조의3 제1항 제4호의 "양도할 때"란 양도계약 체결시를 뜻하며 체결 뒤 잔대금이 청산되기 전에 토지가 대지화되었다 해도 체결시까지 8년 이상 법인이 경작한 농지라면 특별부가세를 부과할 수 없다.