가. 국가는 국세기본법 제54조 소정의 소멸시효완성을 주장하였고 국세환급청구권에 대하여는 예산회계법보다는 특별법인 국세기본법 제54조 소정의 시효가 적용된다고 할 것인데도, 원심이 국세기본법상의 시효규정을 내세우지 아니하고 예산회계법 제96조 제2항 소정의 소멸시효기간이 일응 완료되었다고 설시한 것은 잘못이나, 양자 사이의 시효기간에 차이가 없으므로 판결 결과에 영향을 미친 위법이라 탓할 수는 없다. 나. 법인이 납부한 법인세와 그 법인의 주주가 납부한 종합소득세는 전혀 별개의 것으로서 비록 종합소득세의 증가분이 법인의 소득 중 일부 누락분의 배당 또는 증여 간주에 기인한 것이라고 하더라도 법인이 법인에 대한 법인세부과처분이 당연무효라는 이유로 그 취소를 구하는 청구와 주주가 자신에 대한 종합소득세부과처분이 당연무효라는 이유로 납부한 세금의 반환을 구하는 청구는 그 주체나 대상이 전혀 별개의 것이므로 법인이 국가를 상대로 법인세부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다고 하여 주주의 종합소득세 과오납을 이유로 한 부당이득반환청구권의 소멸시효가 진행되는 데 지장을 줄 리가 없고, 소멸시효기간이 완성된 후에 뒤늦게 주주가 국가를 상대로 세금의 반환을 구하는 부당이득반환청구의 소를 제기한 경우에는 원칙적으로 국가는 시효의 항변을 할 수 있다고 할 것이나, 다만 채무자인 국가가 시효완성 전에 채권자인 주주의 권리행사나 시효중단을 불가능 또는 현저히 곤란하게 하거나 그러한 조치가 불필요하다고 믿게 하는 행동을 하였거나, 객관적으로 채권자가 권리를 행사할 수 없는 장애사유가 있었거나, 또는 일단 시효완성 후에 채무자인 국가가 시효를 원용하지 아니할 것 같은 태도를 보여 채권자로 하여금 그와 같이 신뢰하게 하였거나, 채권자보호의 필요성이 크고 같은 조건의 다른 채권자가 채무의 변제를 수령하는 등의 사정이 있어 채무이행의 거절을 인정함이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 채무자인 국가가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다고 할 수 있을 것이다. 다. 주주가 법인소득 중 누락분의 배당 또는 증여 간주에 기인한 자신에 대한 종합소득세부과처분이 당연무효라는 이유로 납부세금의 반환을 구하는 소송에서, 국가가 시효소멸의 항변을 하는 것은 회사의 법인세부과처분취소소송이 그 시효완성 전에 제기되어 그 후 승소확정되었더라도 권리남용에 해당하지 아니한다고 본 사례.
법인세와 종합소득세는 별개이므로 법인이 법인세 부과 취소소를 제기해도 주주의 종합소득 과오납을 이유로 한 부당익반환 청구권의 소멸시효가 상관없고 시효완성 후 채무자인 국가가 시효를 원용하지 않을 것 같은 태도로 채권자 보호의 필요성이크로 볼공평하게 되는 사정이 있는 경우 채무자인 국가가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 시의착에 반하여 권리남용이 되지만 국가가 소멸시효 항변을 하는 것은 법인세부과취소소송이 그 시효완성 전 제기되어 승소된 경우는 권리남용에 해당하지 않는다.