잠수복 및 관련 액세서리의 제조·판매·수출입업을 하는 甲 주식회사가 20차례에 걸쳐 캄보디아에서 제조한 잠수복 등을 베트남을 경유하여 대한민국으로 수입하면서 '대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 하의 상품무역에 관한 협정' 등에 따른 협정관세를 적용하여 수입신고를 하였는데, 과세관청이 제1차 수입신고에 관한 甲 회사의 협정관세 사후신청과 세액경정청구에 대하여, 위 협정 부속서 규정 제9조 제2항에서 정한 직접운송 간주요건에 의해 협정관세를 적용받기 위하여 필요한 '수출당사국에서 발행한 통과선하증권'이 제출되지 않았는데도 협정관세를 적용하고 관세 및 부가가치세를 감액경정하는 결정을 하자, 그에 따라 甲 회사는 제2 내지 20차 수입신고에 위 통과선하증권을 제출하지 않은 채 캄보디아에서 발행된 원산지증명서와 트럭 화물운송장(TRUCK MANIFEST) 및 베트남에서 발행된 선하증권(베트남-한국 해상운송)만을 제출하여 협정관세를 적용받았는데, 이후 과세관청이 '원산지 서면조사'를 통해 위 통과선하증권이 제출되지 않았으므로 협정관세가 적용될 수 없다는 조사결과를 통지하고 甲 회사에 관세, 부가가치세 등의 세액경정통지를 한 사안에서, 과세관청은 통과선하증권이 첨부되지 아니한 제1차 수입신고에 관한 甲 회사의 협정관세 사후신청과 세액경정청구에 대하여 적법성이나 타당성을 실질적으로 심사한 후 협정관세 적용요건을 충족하였다고 판단하여 감액경정을 한 것이고, 이는 과세관청의 처분으로서 甲 회사가 제출한 서류가 직접운송 간주요건을 충족하였음을 증명할 수 있는 서류에 해당한다는 점에 관한 공적 견해를 표명한 것이어서, 甲 회사가 그에 따라 제2 내지 20차 수입신고에 통과선하증권을 제출하지 않은 채 협정관세를 적용받은 것은 신의성실(신뢰보호)원칙의 적용대상이 되므로, 위 처분 중 제2 내지 20차 수입신고 부분에 대한 관세 및 부가가치세 부과처분은 모두 신의성실(신뢰보호)원칙에 반하는 것으로서 위법하여 취소되어야 한다고 한 사례.
통과선하증권이 첨부되지 아니하였음에도 과세관청이 실질적인 심사를 통해 감액경정을 하였고 이는 甲 회사의 서류가 요건을 충족하였다는 공적 견해를 표명한 것으로서 제2 내지 20차 수입신고에 대해 관세 및 부가가치세를 부과한 것은 신의성실원칙에 반한다.