가. 납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 한 것이라고 하여도 그 취지 중에 소득금액변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있었다면 그 당부에 관한 결정에는 과세처분의 당부에 관한 실질적인 심리판단이 있었다고 볼 것이므로 그에 관한 과세처분취소소송에 관하여는 국세기본법 소정의 전심절차를 거쳤다고 봄이 상당하다고 하겠고, 또한 납세의무자는 통상 소득금액변동통지 그 자체만을 상대로 국세기본법 소정의 전심절차를 거치려는 취지는 아닐 것이므로 특별한 사정이 없는 한 거기에는 필연적으로 뒤따르게 될 과세처분을 예견하여 그 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이다. 나. 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이다. 다. 매출누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있다는 납세의무자의 입증이 없는 한 그 누락수입에 대응하는 비용을 다시 공제할 필요가 없이 누락수익 전액을 누락소득으로 보면 된다고 하는 견해는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소 신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자가 입증케 함이 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다. 라. 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다.
납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 한 것이라고 하여도 특별한 사정이 없는 한 그 취지 중에 소득금액변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이며, 과세관청이 그 과세표준과 세액을 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다.