육군 28사단 윤 일병 집단구타 사망사건에서 드러난 문제점을 토대로 병영문화를 혁신하는 것과 더불어 군 사법체계도 전면 개편해야 한다. 28사단 헌병대는 선임병들의 상습 구타와 윤 일병 사망 원인을 구체적으로 파악하고서도 사망 사건 다음날 단순폭행 사건처럼 발표했다. 이는 군당국이 사건을 은폐ㆍ축소할 수 있다고 믿게 만드는 허술한 시스템 탓이다. 28사단장을 보직해임ㆍ징계하고 육군 참모총장을 경질한다고 해서 해결될 문제가 아니다. 군에도 헌병대(경찰) 군검찰 군사법원으로 이어지는 수사ㆍ재판구조가 있지만 모든 단계를 지휘관이 통제할 수 있다는 건 문제다. 자신이 통솔하는 부대에서 사고가 발생하면 승진 누락ㆍ징계 등 불이익을 받기 때문에 지휘관은 은폐ㆍ축소ㆍ무마하려는 유혹을 느낄 수밖에 없다. 윤 일병 사망 사건에서도 그런 은폐ㆍ축소 시도는 곳곳에서 드러났다. 우리나라는 헌법 제110조에 따라 특별법원으로 군사법원을 두고 있다. 세계 각지에 군대를 파견한 미국이 복잡한 재판 관할 문제를 해결하기 위해 군사법원을 따로 운영하는 것을 제외하면 우리처럼 군사법원을 별도로 운영하는 나라는 매우 드물다. 장기적으로 군사법원을 일반법원에 통합해 사법체계를 일원화하는 방안을 강구해야 할 것이다. 현재 군사법원 1심은 사단급 이상 사령부, 2심은 국방부에서 운영하고 있다. 1심 재판부터 지휘관 통제를 받지 않도록 군 사법체계를 재편해야 한다. 헌병대와 군 검찰이 수사하는 단계에서 축소ㆍ은폐할 가능성이 큰 만큼 이들을 감시할 수 있도록 감사 체계도 바꿔야 한다. 헌병ㆍ군검찰ㆍ군판사의 전문성과 인권 의식을 높이기 위해 이들에 대한 충원과 교육 방식도 대폭 보강해야 할 것이다. 군 사법체계를 바꾸지 않은 군 혁신 약속은 헛구호에 불과하다.
윤 일병 집단구타 사망사건의 수사 및 발표에서 드러났듯이 우리나라는 군사법원이 존재해 헌병대, 군검찰, 군사법원의 모든 수사와 재판단계를 지휘관이 통제 할 수있어 큰 문제점으로 지적되며 해결을 위해서는 군사법원을 일반법원과 통합해야 한다.