건축물에 부수하는 토지를 전부 양도하지 아니하고 그 중 건축물이 없는 부분의 토지를 양도하는 경우(건축물에 부수되는 토지가 2필지 이상이어서 그 중 일부 필지를 양도하거나, 1필지 중 일부를 분할하여 양도하거나 관계없다)에는 양도되지 않는 부분의 토지 면적이 장기보유특별공제의 대상면적과 같거나 그를 초과하여 양도된 토지 전부가 장기보유특별공제의 대상범위를 초과하는 경우에는 양도된 토지는 장기보유특별공제의 대상에서 제외되며, 양도되지 않는 부분의 토지면적이 장기보유특별공제의 대상면적에 미달하여 양도된 토지 중 일부가 장기보유특별공제의 대상범위에 포함되고, 일부는 장기보유특별공제의 대상범위를 초과하는 경우에는 양도된 토지 중 장기보유특별공제의 대상범위에 포함되는 부분에 한하여 장기보유특별공제를 하여야 한다.
건축물에 부수하는 토지의 건축물이 없는 부분을 양도하는 경우 양도되지 않은 부분의 면적이 장기보유특별공제의 대상면적과 같거나 초과하면 양도된 토지는 그 공제대상에서 제외되고, 양도되지 않은 부분의 면적이 장기보유특별공제의 대상면적에 미달하여 양도된 토지 중 일부는 대상범위에 포함되고 일부는 초과한다면 양도된 토지 중 대상범위에 포함되는 부분에 한하여 장기보유특별공제를 해야한다.