가. 구 소득세법(1988.12.26. 법률 제4019호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 제2호와 구 방위세법(1988.12.26. 법률 제4027호로 개정되기 전의 것) 제3조에서 공장이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하도록 규정하고 있는 취지는 공장을 소유 경영하다가 이를 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장의 대지와 건물을 양도하는 자에게 소득세 감면의 혜택을 줌으로써 이전 후에도 계속적인 공장운영을 할 수 있도록 공장이전을지원하는 한편, 그 감면혜택이 부동산투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있다 할 것이므로 이와 같은 입법취지와 과세관계에 있어서 형식과 실질이 다른 경우에는 형식보다는 실질에 따라서 과세하여야 한다는 실질과세의 원칙에 비추어 보면, 공장이전으로 인한 면제대상에 해당하는지 여부는 구공장의 대지와 건물의 소유자가 그 공장을 실질적으로 경영하였는지를 따져 보아서 실질상으로 공장을 경영하던 자가 그 공장의 이전을 위하여 그 공장을 양도한 경우에 해당하면 그 양도로 인한 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하여야 하며 사업자등록이 누구 명의로 되었는지 여부에 의하여 이를 가릴 것은 아니라 할 것이다. 나. 공장이전 목적의 양도에 해당하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세를 받은 경우에 있어서도 양도일로부터 1년 이내에 신공장건축의 시공을 하지 아니하는 경우에는 구 소득세법시행령(1988.12.31. 대통령령 제12564호로 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제1호에 의하여 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는바, 이는 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 면제 내지 비과세의 요건이 있는데도 과세한 것은 일단 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니라 할 것이다.
공장이전 목적의 양도에 해당하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세를 받은 경우에 있어서도 양도일로부터 1년 이내에 신공장건축의 시공을 하지 아니하는 경우에는 구 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호에 의하여 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로 과세처분이 면제 내지 비과세의 요건이 있는데도 과세하여 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분인 경우 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되는 것은 아니다.