1985년 전남대 의대생 강용주는 이른바 '구미 유학생 간첩단 사건'에 휘말려 서울 남산 안기부 별관으로 끌려갔다. 60일간 모진 고문을 당한 끝에 거짓 자백을 하고 무기징역을 선고받았다. 전향서를 쓰라는 회유와 압박에 시달렸으나 거부했다. 14년 만에 출소한 '최연소 비전향 장기수'는 "인간의 자존심과 정체성을 지키고 싶었다"고 했다. 늦깎이로 의사가 된 그는 광주트라우마센터장을 맡아 국가폭력 피해자들의 치유를 돕고 있다. 사상전향 제도는 감형 등을 미끼로 수감자에게 정치적 사상을 포기·부정한다는 전향서를 쓰도록 강요하는 것이었다. 공안사범 중에는 고문이나 구타에 못 이겨 전향서를 작성했다가 전향서 무효를 주장하며 자살을 기도한 사례도 있었다. 이 제도는 김대중 정부 출범 이후인 1998년 준법서약제로 대체됐다가 2003년 완전히 폐지됐다. 헌법 제19조는 '모든 국민은 양심의 자유를 가진다'고 명시하고 있다. 사상전향 제도나 준법서약제가 사라진 이유도 헌법이 보장하는 양심의 자유를 침해한다는 비판 때문이었다. 그러나 아직도 대한민국에서 양심의 자유는 불안정하고 불완전하다. 해마다 600여명의 청년들이 종교적 신념이나 개인적 양심에 따른 병역거부로 징역 1년6월의 실형을 선고받는 실정이다. 유엔이 네 차례에 걸쳐 한국 정부에 양심적 병역거부자의 권리를 인정하는 입법조치를 권고했음에도 대체복무제 도입은 이뤄지지 않고 있다. 육군사관학교가 결혼을 약속한 여자친구와 영외에서 동침하고 이를 보고하지 않았다는 이유로 생도를 퇴학시켰다고 한다. 서울행정법원은 해당 생도가 낸 소송에서 "내밀한 성생활의 영역을 국가가 간섭하는 것은 사생활의 비밀과 자유를 침해하는 것"이라며 퇴학 처분을 취소하라고 판결했다. 더욱 주목할 일은 육사의 '양심보고'(생도가 양심의 가책을 받았을 때 자발적으로 하는 보고) 예규에 대한 판단이다. 법원은 "어쩔 수 없이 양심보고를 하면 내면적으로 구축된 인간 양심이 왜곡·굴절돼 양심의 자유를 침해한다"면서 "양심보고 불이행을 징계사유로 삼을 경우 헌법 위반"이라고 못박았다. 얼마 전 육사에서는 대낮에 남자 생도가 여자 생도를 성폭행하는 사건이 벌어졌다. 육사는 애먼 생도들의 양심 들여다볼 시간에 교내 성(性)군기나 다잡는 게 좋겠다.
헌법 제19조는 '모든 국민은 양심의 자유를 가진다'고 명시하고 있지만 해마다 많은 청년들이 종교적 신념이나 개인적 양심에 따른 병역거부로 실형을 선고 받고 있으며,  법원은 "어쩔 수 없이 양심보고를 하면 내면적으로 구축된 인간 양심이 왜곡·굴절돼 양심의 자유를 침해한다"며 이는 헌법 위반 이라고 했다.