헌법상 최고사법기관인 헌법재판소와 대법원의 판례가 서로 배치되는 일이 발생해 당혹스럽다. 사건의 발단은 GS칼텍스 등이 상장을 조건으로 감세 혜택을 받으면서 비롯되었다. 회사는 상장계획을 포기하고 자산재평가도 취소하자 국세청이 감면받은 법인세 709억원을 내놓으라고 소송을 제기했다. 그런데 조세감면규제법이 개정되면서 재부과 규정인 부칙 제23조가 삭제되어 세금을 부과할 근거 규정이 사라졌다. 서울고법은 국세청의 패소 판결을 내렸지만 대법원은 삭제되어 효력을 상실한 부칙을 계속 적용해야 한다고 파기 환송했다. 재판과정에서 회사가 제기한 위헌법률심판제청이 법원에서 기각된 후 위헌심사형 헌법소원심판을 제기하자 헌재는 권력분립주의와 입법권 존중 및 조세법률주의에 위배되기 때문에 위헌이라고 판시했다. 헌재의 위헌 결정에 따라 회사는 서울고법에 재심을 청구할 수 있게 되었다. 법원이 기존의 판결을 변경하지 않는 한 법원은 또다시 기각 판결을 내릴 것이고, 헌재는 법원의 판결에 대한 취소 결정을 내리는 악순환이 반복될 것이다. 헌법재판소법은 공권력에 의한 기본권 침해에 대해 헌법소원심판을 제기할 수 있지만 법원의 재판은 제외하고 있다. 다른 한편 헌재의 결정은 모든 국가기관을 기속하기 때문에 법원도 헌재의 결정을 따라야 한다. 재판헌법소원을 인정하면 자칫 4심제가 되어 재판 절차의 혼란을 초래할 우려가 있다. 하지만 특단의 사정이 있을 경우에는 예외적으로 재판헌법소원의 길을 열어 둘 수밖에 없다. 법원은 재판헌법소원을 금지한 입법자 뜻에 부합함으로써 국민 기본권 보호에 한 치 흐트러짐이 없도록 해야 한다. 특히 법원은 실정법의 문리해석에 충실해야 하며, 실정법 규정을 뛰어넘는 법률 해석과 적용은 자제해야 한다. 헌재도 법원이 실정법 틀을 크게 벗어난 법률해석을 하지 않는 한 가급적 법원 판단을 존중해야 한다. 또한 헌재는 논란을 촉발하는 변형결정도 최대한 자제해야 한다. 입법정책적으로는 헌재의 변형결정에 대한 기속력을 분명히 해야 한다. 보다 근본적으로는 국회와 정부가 입법을 정치하게 해야 한다. 이번 사건도 입법을 제대로 했다면 문제가 안 될 사안이라는 점에서 더 그렇다.
헌법상 최고사법기관인 헌법재판소와 대법원의 판례가 서로 반대되는 내용이 생겨 당혹스러운 가운데, 법원은 실정법 규정을 벗어나는 법률 해석과 적용을 자제해야 하고 헌재는 가급적 법원의 판단을 존중하도록 해야 할 것이다.