8월 27일 이른 새벽, 서울중앙지검 관계자들이 삼삼오오 준비된 차량을 타고 흩어졌다. 검찰의 움직임은 분주하고 기민했다. 오전 9시경 서울과 경남 양산, 창원 등 10여 곳에서 동시다발 압수수색이 시작됐다. 고려대 생명과학대학, 서울대 환경대학원, 부산대 의학전문대학원, 웅동학원 재단 사무실 등 조국 법무부 장관 후보자 일가에 제기된 의혹과 관련된 곳들이었다. 이날 압수수색은 전격적으로 이뤄졌다. 사실 이날 오전 압수수색 정보가 기업 대관업무 담당자들 사이에 한 차례 돌았다고 한다. '중앙지검 특수2부가 압수수색을 한다'는 정보였다. 특수2부(부장 고형곤)는 삼성바이오로직스 분식회계사건을 담당하고 있다. 이 때문에 삼성에 대한 추가 압수수색이 이뤄지는 것으로 예상했다. 한 대기업 대관업무 담당자는 "삼성에 대해선 몇 차례 압수수색이 있던 터라 한 번 더 한다고 해도 전혀 이상할 게 없었다. 검찰이 보안을 위해 허위정보를 흘려 연막작전을 편 것으로 생각된다"고 말했다. 검찰의 보안은 철저했다. 검찰은 압수수색 전날 조국 장관 일가에 대한 고발 사건들을 형사부에서 특수2부로 재배당하고 이를 함구했다. 재배당 직후 압수수색 영장도 확보했다. 관행적으로 검찰이 보안을 걸어 청구하는 영장에 대해 법원은 발부 사실을 노출하지 않는다. 수도권 지청의 한 중견 수사관은 "압수수색 영장을 청구하려면 혐의와 수색 장소, 범위 등을 구체적으로 적시해야 한다. 압수수색이 이뤄지기 전에 이미 법리검토가 상당히 진척돼 있었을 거란 의미다"라고 말했다. 검찰을 잘 아는 법조계 인사들은 검찰이 다른 사건보다 각별히 보안에 신경을 썼을 거라고 입을 모은다. 상대가 검찰을 지휘하는 법무부 장관 후보자인 데다 인사청문회준비단에 한솥밥을 먹던 검사들이 포진해 있기 때문이다. 청문회 준비단장은 검찰 내 대표적인 특수통이면서 대검 대변인을 지낸 김후곤 법무부 기조실장이었다. 여기에 서울중앙지검 특수4부장 출신인 김창진 형사기획과장, 서울중앙지검 공공형사부 출신인 김수현 정책기획단장, 서울중앙지검 강력부장 출신인 박재억 대변인이 청문회 준비를 도맡았다. 특수부의 수사 방식을 누구보다 잘 아는 이들을 상대하기 위해 검찰은 성동격서(城東格西) 전술을 택했을 거란 해석이다. 살아 있는 권력에 맞서는 최정예 특수부 또 검찰의 압수수색 과정은 윤 총장의 고민과 결단을 압축적으로 보여 준다. 대통령이 가장 신임하는 전직 민정수석에다 임명 가능성이 높은 법무부 장관 후보자를 상대로 벌이는 싸움인 만큼 검찰 조직의 명운을 걸 수밖에 없었으리란 것이다. 윤 총장이 사석에서 "직을 걸었다"고 한 것을 너스레로 볼 수는 없는 이유다. 윤 총장의 결기는 수사팀 구성원의 면면에서도 드러난다. 조 장관 일가 수사를 맡은 서울중앙지검 특수2부는 검찰의 내로라하는 '베테랑 칼잡이'들이 다 모여 '작은 중수부'라는 별명이 붙을 정도로 정예화되어 있다. 최순실 국정농단 사건 을 다룬 경험이 있고, 삼성바이오로직스 고의분식회계 의혹 사건 수사를 담당하고 있어 '특수부 결사체'나 다름없다. 지휘체계는 한동훈 대검 반부패강력부장-배성범 서울중앙지검장-송경호 3차장-고형곤 부장으로 이뤄져 있다.
조국 법무부 장관 후보자 일가에 제기된 의혹과 관련된 곳들에서 압수수색이 시작됐다.  대통령이 가장 신임하는 전직 민정수석에다 임명 가능성이 높은 법무부 장관 후보자를 상대로 벌이는 싸움인 만큼 검찰 조직의 명운을 걸은것으로 보여진다.