구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항의 세액공제신청은 그 규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점, 한편, 같은법시행규칙(1997. 4. 14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 별지 8호 서식에 의하면 당해 연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 모두를 기재한 다음 당해 연도에 공제받을 세액을 기재하도록 되어 있어서 과세관청으로서는 구 조세감면규제법 제9조 제1항과 제2항의 각 공제방법에 의한 공제세액 모두를 바로 알 수 있는 점, 같은 법 제9조의 입법취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 과세관청은 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어 납세의무자가 같은 법 제9조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 같은 조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 한다.
구 조세감면규제법 제9조 소정의 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어서 해당 법의 입법 취지를 종합하면, 납세의무자가 같은 조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 같은 조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우, 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 한다.