종교계와 정부 간의 난상토론 끝에 합의를 거쳐 올해부터 실시되고 있는 종교인 과세(課稅)는 종교계, 특히 기독교계의 해묵은 과제였다. 지난해 기획재정부(장관 김동연)는 국민개세주의(국민 누구나 납세의무를 부담한다는 원칙)와 조세평등 원칙을 내걸고 2년 동안 유예해온 과세 시행이 눈앞에 다가오자 7대 종단 지도자를 만나 설득작업을 벌였다. 이 자리에서 기독교계가 종교자유 침해 우려와 준비 부족 등을 이유로 재차 유예를 요청하면서 사회적 논란이 일었다. 여기에 더해 기독신우회장인 김진표 더불어민주당 의원이 "종단·종파별로 국세청과 사전에 협의해 치밀하고 구체적인 과세 기준을 만들어야 한다"며 2년 유예 법안을 내놓자 한국납세자연맹이 종교인 과세를 요구하는 서명운동을 벌이고, 유예법안을 발의한 국회의원들의 사퇴를 요구하는 등 갈등이 커지기도 했다. 결국 정부는 기독교계의 일부 의견을 받아들여 '종교 활동비'를 과세 범위에서 제외하고, 국세청의 세무조사에 앞서 종교인 납세자가 자체적으로 시정할 수 있는 기회를 부여하는 내용 등을 담아 소득세법 시행령을 개정했다. 1968년 처음 종교인 과세가 추진된 이래 50년 만에 도입돼 비과세 성역으로 남아 있던 종교인도 납세의무를 다할 수 있게 된 것이다. 기획재정부는 올해 세금을 내게 될 종교인을 5만 명 수준으로 보고 있다. 이미 자발적으로 세금을 내고 있는 종교인 2만6000여 명을 포함한 수치다. 직업 종교인은 일반 근로자에 비해 소득이 낮은 데다 최대 연봉의 80%까지 필요경비로 인정해주기로 했기 때문에 면세자가 70~80%대에 이를 것이라는 전망이다. 올해 종교인 과세로 늘어나는 정부 세수는 연간 160억원에 이른다. 한 해 중앙정부가 걷는 소득세 70조원 가운데 0.02%에 해당하는 액수다. 오랫동안 납세 사실 외부에 비공개 불교계와 가톨릭은 과세 시행 전부터 납세의무를 이행해왔다. 조계종은 종단의 소임을 맡은 스님들이 원천징수 형식으로 세금을 내고 있다. 가톨릭 역시 1994년부터 교구별로 사제들은 소득세를 내고 있다. 개신교단에서는 성공회, 구세군이 소득세를 내왔다. 여의도순복음교회와 명성교회, 충현교회, 소망교회 등 상당수 대형 교회가 이미 오래전부터 목회자들의 근로소득세를 납부해왔다. 특히 여의도순복음교회의 경우 세금문제에 대해 확고한 원칙을 갖고, 1978년부터 당시 급여를 받고 있던 조용기 담임목사 등 교역자(敎役者) 600여 명과 직원 등 1000여 명이 소득세를 납부해왔다. 순복음교회에 따르면 1978년부터 세금 납부와 관련된 장부를 수기로 작성해왔고, 전산작업이 완료된 1988년부터는 급여에서 소득세를 원천징수했다. 순복음교회는 또 외부 강사에게 지급하는 강연료에 대해서도 세금을 원천징수했다. 그런데도 오랫동안 세금 납부 사실을 외부에 알리지 않았다. 이에 대해 교회 관계자는 "종교계에서 목회자 납세 문제에 대한 공감대가 형성되지 않은 상황에서 가장 규모가 큰 교회가 세금을 납부해온 사실이 알려지면 목회자도 세금을 내야 한다는 여론이 비등해져 한국교회에 커다란 파장이 미치게 될 것을 우려했기 때문이었다"고 말했다.
여의도순복음교회는 1978년부터 당시 급여를 받고 있던 조용기 담임목사 등 교역자 600여 명과 직원 등 1000여 명이 소득세를 납부하는 등 납세의무를 수행해오고 있었으나  정부는 국세청의 세무조사 전에 종교인 납세자가 자진해서 시정할 수 있는 기회를 부여하는 내용 등을 담아 소득세법 시행령을 개정했다.