상속재산가액의 평가에 있어 국세청장이 정하는 특정지역 내의 토지에 적용되는 배율방법을 적용하지 아니하는 '군사시설물 보호구역 등에 대한 국세청기준시가 적용특례'를 인정하는 취지는, 군사시설 보호구역으로 지정된 토지에 대하여는, 구 군사시설보호법(1993. 12. 27. 법률 제4617호로 전문 개정되기 전의 것)에 따라 출입시 허가를 받아야 하고( 제5조), 퇴거의 강제를 받을 수 있으며( 제6조), 관계 행정청이 가옥 기타 축조물의 신축 또는 증축 등에 해당하는 사항에 관한 허가 기타의 처분을 하고자 할 때에는 미리 국방부장관 또는 관할 부대장과 협의하여야 하는( 제7조) 등의 이용·개발·처분 등의 제한이 가하여져 군사시설 보호구역으로 지정된 토지는 일반토지에 비하여 거래가 어렵고, 지가앙등의 가능성이 적으므로 그러한 토지에 대하여는 특정지역에 위치하여 있다고 하더라도 그 지정고시가 없었던 것으로 보아 세금부담을 완화하여 주겠다는 것인데, 어떤 토지 지상에 군사시설이 설치되어 있다고 하더라도 그 토지가 군사시설 보호구역으로 지정되지 아니하였다면 그 토지에 대하여는 그 지정이 있는 토지에 가하여지는 군사시설보호법상의 제한이 따른다고 볼 수 없으므로, 관련규정의 내용 및 그 규정취지에 비추어 보면 그 토지를 배율방법에 의하여 평가함에 있어 위 '적용특례'상의 '군사시설물 보호구역'과 같은 특수배율을 적용할 수 없다고 봄이 상당하다.
군사시설물 보호구역 등에 대한 국세청기준시가 적용특례를 인정하는 취지를 살펴보면, 군사시설 보호구역으로 지정된 토지에는 일반토지에 비해 거래가 어렵고 지가앙등의 가능성이 적으므로 배율방법을 적용하지 않아 세금부담을 완화해주고 있는데 어떤 토지 지상에 군사시설이 설치되어 있어도 그 토지가 군사시설 보호구역으로 지정되지 않으면 적용특례상의 특수배율을 적용할 수 없다.