내국법인인 甲 주식회사가 해당 사업연도 법인세를 신고하며 외국납부세액에 관하여 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제1호, 제2호에 따른 세액공제방법을 선택하여 같은 법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 과세표준을 산정한 후 세액공제를 받았고, 해당 사업연도 법인지방소득세를 신고·납부하면서 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제103조의19에 따른 과세표준을 산정하며 법인세 신고와 마찬가지로 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 위 간접외국납부세액 중 외국자회사로부터 받은 이익배당금에 대응하는 법인세액에 해당하는 간접외국납부세액을 익금산입하였는데, 이후 甲 회사가 직접외국납부세액을 손금에 산입하고, 간접외국납부세액을 익금에 불산입하는 것으로 법인지방소득세 과세표준을 재산정하여 그 차액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할관청이 이를 모두 거부한 사안이다. 내국법인의 외국법인세액을 법인세액에서 공제할 수 있도록 하는 구 법인세법 제57조 제1항, 제4항은 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하여 내국법인의 조세부담을 감경하려는 데에 취지가 있는바, 구 법인세법 제21조 제1호가 제57조에 따른 직접외국납부세액을 손금에 산입하지 않는 취지는 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하기 때문인데, 법인지방소득세에 있어 외국법인세액의 세액공제를 허용하거나 손금에 산입한다는 규정이 없으므로 이를 손금에 산입하지 않는 경우 구 법인세법 제57조 제1항의 규정 취지에 반하여 내국법인의 조세부담을 가중시키는 결과를 초래하게 되는 점 등에 비추어 직접외국납부세액을 손금으로 산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하고, 구 법인세법 제15조 제2항 제2호가 제57조 제4항에 따른 간접외국납부세액을 익금으로 보는 데에는 이에 대한 세액공제가 뒤따른다는 점이 당연히 전제되어 있으므로 내국법인이 위 간접외국납부세액에 관하여 세액공제 방법을 선택하였으나 외국법인세액의 공제규정 등이 없는 이상 이를 익금에 포함시킬 수 없다고 봄이 타당하고, 따라서 간접외국납부세액을 익금으로 불산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하며, 구 지방세법 제103조의19의 "법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다."라는 문언은 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준과 법인지방소득세의 과세표준이 동일하다는 의미가 아니라 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 타당하므로, 외국납부세액이 법인지방소득세의 과세표준에 산입됨을 전제로 한 위 처분이 위법하다고 한 사례이다.
내국법인인 甲 주식회사가 법인세를 신고하며 외국납부세액을 손금에 불산입하여 과세표준을 산정할 것을 관할관청에 경정청구하였다가 관할관청이 그를 거부한 사안에서 구 법인세법 제15조 제2항 제2호가 동법 제57조 제4항에 따른 간접외국납부세액에 대하여 세액공제를 수반한다는 점을 전제하고 있음으로 보건대 甲 회사의 위와 같은 행위는 타당하며 구 지방세법 제103조의19는 과세표준의 계산방법을 법인세법에 따르도록 하고 있음을 고려하건대 이 사건 거부처분은 위법하다.