3 년에 걸친 진상조사 끝에 나온 부마민주항쟁 진상보고서가 부실하다는 비판이 일고 있다. 시민사회는 박근혜 전 대통령 지지자들이 대거 위원으로 위촉되면서 사료 분석 능력이 대학생 리포트 수준의 보고서라며 비판에 나섰다. 군 등 정부기관의 비협조로 자료수집이 충분히 이뤄지지 않았고 전문성이 떨어지는 위원들로 구성돼 사료 분석이 제대로 되지 않았다는 주장이다. 진상보고서 초안에는 1979 년 유신체제가 시위진압을 위해 부산과 마산에 병력 출동명령을 내렸지만 이는 헌법과 법령이 정한 절차를 무시하고 발동됐다는 결론을 담았다. 불법적으로 군부대 투입을 지시한 사람은 박정희 당시 대통령이라는 점도 새롭게 밝혀졌다. 합동수사단은 당시 연행자들에게 고문과 폭행을 가해 허위 자백을 받아 내려 했던 것도 기록으로 남겼다. 의미 있는 내용은 부마민주항쟁이 1970 년대 학생과 재야 중심의 민주화운동에서 벗어나 민중항쟁의 지평을 열며 유신체제를 붕괴시켰다고 평가한 점이다. 그러나 '부마항쟁진상규명 및 관련자 명예회복 심의위원회'가 보고회를 열어 진상조사 결과와 보상 등 활동내용을 발표하고 의견수렴에 나선 이상, 보고서의 총체적 부실에 대한 재작성의 길을 열어두어야 한다. 의견수렴에 참가한 토론자들은 공통으로 사료 비판 없이 편의적 인용과 단순 정보 나열에 그친 관변자료 과도한 의존, 자료 수집 불충분, 조사 대상 양적 부족 등을 지적했다. 위원회가 제안한 정부의 공식사과, 부마항쟁 기념재단 설립, 기념일 제정, 피해자의 민주유공자 대우 등에 관한 제안도 객관적이고도 정확한 자료에 근거하지 않으면 논란거리가 되므로 이에 대한 재조사가 선결되어야 한다. 이를테면 '부마민주항쟁 10 주년 기념 자료집'에서는 경찰이 아니면 알 수 없을 정도로 10 분 단위 상황 묘사가 있는데, 왼쪽 눈이 퉁퉁 부은 채 코와 입에 피를 흘린 채 사망한 변사자 관련 증언이다. 이후 유족이 나타나고, 자료와 100% 일치하는 상황인데도 보고서에는 최악의 기술을 하였다. 덧붙여 관련자들의 구술이 상반되면 내용은 그대로 담아서 충분한 평가를 하면 될 일을 빼버린 오류 등은 보고서 재작성을 통해 바로잡는 것이 마땅하다.
3 년에 걸친 부마민주항쟁 진상보고서가 부실로 지적되는 가운데 위원회가 제안한 정부의 공식사과, 부마항쟁 기념재단 설립, 기념일 제정, 피해자의 민주유공자 대우 등도 정확한 자료에 근거 해야 하며 충분한 자문 없이 제외된 자료들은 반드시 재작성 되어야 한다.