부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서는 그 입법취지나 내용에 비추어볼 때, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에일괄하여 총공급가액만을 정하였을 뿐 부가가치세 과세대상인 건물 등의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 실지거래가액이 불분명한 경우에 있어서 과세대상 건물 등의 공급가액의 합리적인산정방법으로서 지방세법에 의한 과세시가표준액의 비례에 의한 안분계산방법을 규정한 특례조항으로서, 1990.12.31. 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항제3호가 신설되기 이전에 있어서 부가가치세 과세대상 건물 등의 공급가액은실질과세의 원칙에 비추어 볼 때 당사자 간에 토지와 건물의 가액을 구분하여실지거래를 한 경우에 있어서 그 각 가액을 말하는 것으로 이해하여야지 공급당시의 객관적인 교환가치를 말하는 것으로 해석할 수는 없을 것이므로, 비록공급 당시의 건물 등과 토지의 가액을 구분한 시가감정가액이 믿을 만한 감정기관에 의한 것이라 하더라도 건물 등에 대한 그 시가감정가액이나, 일괄하여 정한 총공급가액으로부터 양 시가감정가액의 비례에 의한 안분계산방법으로 산정한 건물 등의 가액을 위에서 말하는 과세대상 건물 등의 실지거래가액으로 볼 수는 없다.
사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 부가가치세 과세대상 건물 등의 공급가액은 토지와 건물의 가액을 구분하여 실지거래를 한 경우에 있어서 그 각 가액을 말하는 것으로 이해하여야지 공급당시의 객관적인 교환가치를 말하는 것으로 해석할 수는 없고 일괄하여 정한 총공급가액으로부터 양 시가감정가액의 비례에 의한 안분계산방법으로 산정한 건물 등의 가액을 실지거래가액으로 볼 수는 없다.