가. 구 조세감면규제법(1989.12.30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제42조 제2항, 제4항, 같은법시행령 제36조 제3항의 각 규정을 종합하여 보면 공장 양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고기간 경과 전에 이미 과세관청으로부터 납세의무자에게 양도소득세 등이 부과ㆍ고지된 경우에는 납세의무자가 과세표준신고 없이 같은 법조 제4항에 의한 세액면제신청서만을 제출하더라도 그 제2항 소정의 양도소득세 면제의 실질요건만 갖추었다면 그 양도소득세가 면제된다고 할 것이다. 나. 납세의무자가 구 조세감면규제법 제42조 제2항, 제4항, 같은법시행령 제36조 제3항에 의한 양도소득세 면제신청에 의하여 그 양도소득세가 면제된 것으로 인정되는 사안에 있어 과세관청이 납세의무자로부터 구 소득세법(1985. 12. 23. 법률 제3793호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항, 제4항,제106조 소정의 면제신청 외에 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 받지 않았다는 이유로 양도소득세를 재차 과세처분하는 것은 위법하다.
구 조세감면규제법 제42조 제2항 등 각 규정을 종합하여 보면 공장 양도일에 속하는 과세년도의 과세표준신고기간 경과 전 이미 과세관청으로부터 납세의무자에게 양도소득세 등이 부과 및 고지된 경우라면 납세의무자가 과세표준신고가 없이 같은 법 제4항에 의한 세액면제신청서만 제출하여도 제2항 소정의 양도소득세 면제의 실질요건만 갖추었어도 그 양도소득세는 면제되는 것이 마땅하다.