가. 소득세법 제27조, 같은법시행령 제53조 소정의 취득시기 및 양도시기에 관한 규정이 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는 데 기준시기도 되고 나아가 법령적용의 기준시기도 됨에 비추어 볼 때, 국세청기준시가액표 시행세칙상의 "양도하는 분"의 의미도 그 원인행위인 매매계약의 체결 등을 가리키는 것이 아니라 소득세법 제27조, 같은법시행령 제53조에 따라 그 양도시기가 도래하여 양도소득의 과세요건이 완성된 것을 가리킨다. 나. 위 국세청기준시가액표상의 특정지역 적용배율이 그 시행일 이후에 양도시기가 도래하여 과세요건이 완성된 것에만 적용되는 것인 이상 이를 조세법률주의에 위반되는 소급입법이라 할 수 없다. 다. 기준시가에 의하여 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 그 양도차익은 실질과세의 원칙상 실지양도가액을 한도로 한다. 라. 기준시가에 의한 양도차익의 한계를 긋는 기준치인 실지양도가액이라 함은 양도자산의 객관적인 가액이 아니라 구체적인 경우에 있어 자산의 대가로서 수수되는 매매대금 등 현실의 수입금액을 뜻한다 할 것이고, 그 대가에 해당하는지 여부는 그 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지 여부에 의하여 가려져야 한다. 마. 부동산 등 자산의 매도인이 매매계약의 이행단계에서 중도금, 잔금 등의 지급기일을 어긴 매수인에게 대금지급기일을 연장함과 동시에 이에 대한 지연손해금을 지급받기로 약정하고 그 약정에 따라 추가로 지연손해금액을 지급받았다면 이러한 지연손해금은 자산의 양도와 관련하여 발생하는 소득이기는 하지만 양도대금 그 자체이거나 자산의 양도와 대가관계에 있다고 보기도 어렵고 더욱이 소득세법 제25조 제1항 제9호가 "계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 위약금과 배상금"을 기타소득으로 분류하고 있으므로 특별한 사정이 없는 한 여기서 말하는 실지양도가액에 포함될 수 없다고 풀이함이 상당하다. 바. 같은 법 제23조 제2항 제2호, 구 소득세법시행령(1990.12.31. 대통령령 제13194호로 개정되기 전의 것) 제46조의3에 의하면 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지는 장기보유특별공제를 하지 아니한다는 취지로 규정되어 있는데, 여기서 건축물이 없는 토지인지 여부는 소득세법시행령 제53조에 의한 양도시기인 대금청산일을 기준으로 그 당시의 필지 단위별로 판단하여야 할 것이고, 또 건축물이 없는 대지를 장기보유특별공제 대상에서 제외하는 이유가 장기보유특별공제는 토지의 장기보유를 유도하기 위한 것인데 대지를 건축물이 없는 상태로 장기간 보유토록 하는 것은 국토의 효율적 이용을 저해하게 되어 이와 같은 경우에는 장기보유특별공제를 허용하지 아니하는 데에 있다 할 것이므로 그 지상에 건축물이 있다면 그 소유자를 불문하고 나대지로 볼 수는 없다.
실지양도가액은 자산의 대가로서 현실의 수입금액을 말하며 여기서 대가는 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지 여부에 의해 판단되기 때문에 매도인이 지급기일에 채무를 이행하지 않은 매수인에게 지급기일 연장과 지연손해금을 약정하고 그 약정에 따라 추가로 지연손해금액을 지급받았다면 지연손해금이 대가관계에 있다고 보기 어려워 실지양도가액에 포함될 수 없다.