[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제20조 소정의 부당행위계산의 부인이라 함은, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로서, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용된다 할 것이므로, 소득금액에 영향을 미치는 한 부인의 대상으로서의 행위계산에는 자본거래나 손익계산에 포함되지 않는 비경상적 손익거래도 포함된다 할 것이고, 따라서 자본거래의 결과 거래상대방에게 분여된 이익이 과세소득을 구성하는지 여부를 불문하고 당해 법인의 행위계산이 위 시행령 소정의 거래형태를 남용하여 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서 조세법상 부인의 대상이 된다고 할 것인바, 1998. 12. 28. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 (나)목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다(즉, 종전의 구 법인세법이 시행되던 당시에도 위와 같이 특수관계자인 주주간의 자본거래가 아닌 주주와 신주발행법인 사이의 자본거래로서 같은법시행령 소정의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서의 부인대상에 해당하였다). [2] 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면미달 발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면가액대로 인수할 수밖에 없다 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수가 투자자산의 매입에 해당함은 분명하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있고, 나아가 행위계산의 부당성의 판단기준으로서 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다. [3] 기발행주식의 평가액이 사실상 0원인 특수관계자의 유상증자에 참여하여 액면가액대로 신주를 인수한 후 신주가액 전액을 투자주식감액손실로 회계처리한 다음 취득가액의 약 2%에 불과한 대가로 양도하여 위 투자주식감액손실액을 손금산입한 행위는 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로서 부당행위계산에 해당한다고 한 사례.
법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 법인의 행위계산이 거래형태를 빙자하여 남용하거나 우회하는 등 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시키는 경우에는 부당행위계산으로 조세법상 부인의 대상이 된다고 볼 수 있으며 행위계산의 부당성의 판단기준으로서의 경제적 합리성의 유무는 구체적으로 고려하여야 하는바, 신주를 인수하고자 할 때는 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 따져보아야 하는데 위 사안에서는 기발행주식의 평가액이 사실상0원인 액면가액대로 신주를 인수한 후 신주가액 전액을 투자주식감액손실로 회계처리한 다음 취득가액의 약 2%에 불과한 대가로 양도한 행위는 자산을 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부감을 부당히 감소시킨 경우로 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로 부당행위계산에 해당한다고 본 사례.