제주도는 육지부와 떨어져 있는 지역적 한계를 극복하면서 관광과 첨단기술 등 핵심산업을 육성하기 위해 각종 과세특례제도를 운용하고 있다. 과세특례에는 관광호텔업과 수상관광호텔업, 종합·전문휴양업(골프장 제외), 신·재생에너지사업, 외국교육기관, 의료기관 등 24 개 업종에 대해 세금 등을 감면해주는 제주투자진흥지구 인센티브 제도가 대표적이다. 관광관련 사업의 경우 미화 2000 만달러 이상 등 총투자액 기준을 초과하면 법인세·소득세·관세 등 국세와 취득세·재산세 등 지방세 그리고 개발부담금 등 각종 부담금을 면제하거나 감면해주고 있다. 이와 함께 제주특별법에 따라 지정된 제주첨단과학기술단지에 입주한 업체에는 소득 발생시점에 따라 개인지방소득세의 50~100%를 감면해주고 있다. 이들 과세특례제도는 세수 감소 등 일부 부작용에도 불구하고 국내외 기업과 자본을 유치하는데 도움을 주고 있다. 특히 국제선박이 제주도에 등록할 경우 지방세 등 세금을 감면해주는 선박등록특구제도는 지방세수 확대에도 기여하고 있다. 하지만 이들 과세특례 적용 기간이 올해 12 월 31 일자로 다가옴에 따라 기한 연장을 위한 제주도와 제주출신 지역구 국회의원 등의 노력이 절실하다. 다른 지역에 비해 각종 자재를 들여오는데 훨씬 많은 비용을 들여야 하고 적재적소에 필요한 인재를 구하는 데에도 어려움을 겪는 제주에서 투자 기업들에게 최소한 세금 부담만이라도 줄여주자고 하는 것은 무리한 요구만은 아니라고 본다. 차제에 외국자본 유치에 거부반응을 보이고 있는 제주도정의 입장에도 변화가 있어야 한다는 지적이 높다. 지난 도정에서 개발이 가능하다며 토지를 매입케 하는 등 기업체를 유치해놓고 4 년동안 이런저런 이유로 개발사업허가를 미룬다면 누가 제주도에 투자하려고 하겠는가. 제도개선 못지 않게 제주도정의 인식 변화가 요구된다.
제주도는 관광호텔업과 수상관광호텔업등 24 개 업종에 대해 세금 등을 면제해주는 제주투자진흥지구 인센티브 제도가 대표적인 각종 과세특례제도를 운용하고 있는데 올해말 종료되어 과세특례 만기 연장을 위한 제주도와 제주출신 지역구 국회의원 등의 노력이 절실하다.