[1] 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제1호, 제15조 제2항, 제24조 제4항에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. [2] 합병 시 영업권의 가액을 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)상 합병평가차익으로 과세할 수 있는지는 합병차익의 존부가 아니라 합병법인이 피합병법인의 무형의 재산에 대한 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있는지를 살펴보아야 한다. 특히 합병비율에 관하여는 증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하고, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니다. 또한 세법상 영업권의 평가 여부는 합병 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 달리 보기 어렵다. [3] 코스닥상장법인인 甲 주식회사가 비상장법인인 乙 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 합병신주의 가액과 순자산 공정가액의 차액을 영업권으로 회계장부에 계상하였는데, 과세관청이 위 금액은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 한다고 보아 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등을 종합하면, 甲 회사가 당시 乙 회사가 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였다고 볼 여지가 크고, 특히 합병비율에 관하여는 증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하며, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니며, 세법상 영업권의 평가 여부는 합병 당시를 기준으로 판단하여야 하므로 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 달리 보기 어려운데도, 甲 회사가 장부에 계상한 영업권이 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보기 어렵다고 한 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.
합병시 영업권의 가액을 상합병평가차익으로 과세할 수 있는지 여부는 대가성이 있는지 따져보아야 하는데, 甲 주식회사가 乙 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 영업권으로 회계장부에 계상한 금액은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 하기에 甲 회사가 장부에 계상한 영업권은 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보아야 한다.