[1]행정청이 행정계약에 의하여 행정목적을 수행하는 경우에 행정청이 계약조항을 근거로 계약 상대방에 대하여 계약내용의 변경을 거부하거나 해약 등의 조치를 할 수 있음은 당연하다 하더라도, 해양수산부장관의 국가연구개발사업 참여제한은 모든 중앙행정기관에 대하여 이른바 '발주차단' 내지 '발주봉쇄' 등을 행하는 결과를 가져온다는 점에서 이는 행정청의 사인에 대한 공권력의 행사에 해당하기 때문에 사법관계의 규율 대상이 아니라 이른바 '법률유보'의 원칙상 법률 또는 하위법령에 명시적인 근거를 가지지 않으면 안 된다고 보아야 할 것이고, 기술개발협약에 있어서 해양수산부장관은 협약의 당사자가 아닐뿐더러 국가연구개발사업 참여제한처분을 함에 있어서도 위 협약이 아니라 구 국가연구개발사업의관리등에관한규정(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것) 제20조를 처분의 근거로 제시하고 있는 점 등을 보더라도 국가연구개발사업 참여제한처분은 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다. [2] 구 과학기술기본법(2004. 1. 29. 법률 제7159호로 개정되기 전의 것) 제11조는 그 문언의 내용 및 형식에 비추어 볼 때 '국가연구개발사업의 기획·평가 및 관리 등에 관한 원칙과 기준'의 설정에 대해서는 이를 대통령령에서 정하도록 위임하였으나 강학상 침익적 행정처분인 국가연구개발사업의 참여제한 등에 대해서도 그러한 위임을 하였다고 볼 수 없는 점, 이른바 '행정조달계약'의 입찰참가자격제한과 관련하여 국가를당사자로하는계약에관한법률 제27조 제1항이 "각 중앙관서의 장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 경쟁의 공정한 집행 또는 계약의 적정한 이행을 해칠 염려가 있거나 기타 입찰에 참가시키는 것이 부적합하다고 인정되는 자에 대하여서는 일정 기간 입찰참가자격을 제한하여야 하며, 이를 다른 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다."고 규정하여 법률에 참가자격제한 제한조치를 할 수 있는 근거를 마련하고 있는 점 및 위임명령에 관한 판단 기준 등에 비추어 볼 때, 결국 구 국가연구개발사업의관리등에관한규정(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것) 제20조는 모법의 위임범위와 한계를 벗어난 것으로서 무효라고 봄이 상당하다.
구 과학기술기본법(2004. 1. 29. 법률 제7159호로 개정되기 전의 것) 제11조는 그 문언의 내용 및 형식에 비추어 볼 때 '국가연구개발사업의 기획·평가 및 관리 등에 관한 원칙과 기준'의 설정에 대해서는 이를 대통령령에서 정하도록 위임하였으나 강학상 침익적 행정처분에 대해서도 그러한 위임을 하였다고 볼 수 없는바, 기술개발협약의 당사자가 아닌 해양수산부장관이 국가연구개발사업 참여제한처분을 함에 있어서 근거로 제시한 구 국가연구개발사업의관리등에관한규정(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것) 제20조는 모법의 위임범위와 한계를 벗어난 것으로서 무효이다.