수질환경보전법 제2조 제5호에 따라 '폐수배출시설'을 규정하고 있는 수질환경보전법시행규칙은 1996. 1. 8. 환경부령 제14호에 의한 개정에 의해 폐수배출시설의 분류를 개별단위시설에서 공정단위별시설로 전환함으로써 단위시설별 허가제를 공정단위별 허가제로 변경하고, 위 시행규칙의 부칙 제2조 제1항은 배출시설에 관한 경과조치로서 기존 허가를 받은 자는 개정 규칙에 의한 허가를 받은 자로 의제한 후 1년 이내에 허가증을 다시 교부받도록 규정하였는바, 위 시행규칙의 개정목적이나 위 부칙 조항의 문리적 해석, 법률의 특별한 위임도 없이 시행규칙의 허가단위 변경만으로 기존의 국민의 자유나 권리를 제한하거나 박탈할 수는 없다는 점 등에 비추어, 위 시행규칙 시행 이전에 배출시설설치의 허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공정 범위 내에서 배출시설설치의 허가를 받은 것으로 보아야 할 것이고, 위 허가증의 재교부는 행정편의를 위한 것일 뿐으로 그것이 행정처분이라고 할 수도 없으며 허가증의 재교부를 받지 아니하였다고 하여 기존의 허가가 실효된다고 할 수는 없다.
폐수배출시설의 분류를 단위시설별 허가제에서 공정단위별 허가제로 변경하는 수질환경보전법시행규칙의 개정으로 인해 부칙 제2조 제1항이 기존 허가를 받은 자는 개정 규칙에 의한 허가를 받은 자로 의제하고 1년 내에 허가증을 다시 교부받도록 규정한 것은 행정처분이 아니며 허가증의 재교부를 받지 않아도 기존의 허가는 실효되지 않는다.