1930년대 말 '임나일본부'를 강의하던 스에마쓰 야스카즈(末松保和)를 뚫어지게 쳐다보던 학생이 있었다. 경성제대생 김석형(金錫亨)이었다. 해방 후 월북한 그는 1963년 스에마쓰의 임나일본부설을 반박하는 논문('삼한 삼국의 일본열도 진출')을 발표한다. 일본학계는 깜짝 놀랐다. 논문을 소개한 하타다 다카시(旗田巍)는 "자는 사람 귀에 물을 붓는 것 같은 기상천외한 견해"라고 했다. 스에마쓰 등은 "왜가 4세기 중엽부터 약 200년간 한반도 남부를 정벌, 임나일본부를 설치하고 경영했다"고 주장했다. 이는 일본학계가 노렸던 '타율성·정체성의 식민사관'을 뒷받침했다. 즉 '한사군이 313년까지 한반도 서북부를, 4세기부터는 왜가 한반도 남부를 차례로 점령했으니 제대로 된 조선의 고대사는 존재하지 않는다'는 것이었다. 하지만 김석형은 철옹성 같던 일본의 임나일본부설을 뿌리째 흔들어놓았다. 임나일본부는 한반도 남부가 아니라 일본 열도에 존재했다는 것이다. 일본열도에 이주한 삼한·삼국의 주민들이 각각의 고국을 상징하는 분국을 세웠고, 그중 가야인의 분국이 바로 임나국이었다는 것이다. 김석형의 '분국론'은 그렇게 한·일 학계에 충격파를 던졌다. 그것을 계기로 정설로 굳어졌던 임나일본부설이 본격적인 논쟁의 장으로 나왔다. 이후 가야 지역에 존재했던 일본 거주민들을 통제한 행정기관설, 백제가 가야에 파견한 백제군사령부설, 왜가 가야에 파견한 외교사절설 등 임나일본부의 실체를 두고 갖가지 주장들이 나왔다. 2010년 한·일 학자들의 모임인 한·일역사공동연구회는 "왜가 한반도 남부에서 활동했을 수 있지만 임나일본부를 두고 지배했다고 볼 수 없다"고 의견을 모았다. 그러자 '일본이 드디어 임나일본부설을 폐기했다'는 보도가 잇따랐다. 우선 '왜가 한반도 남부에서 활동했을 수 있지만'이라는 단서가 걸린다. 또 당시 일본학자들의 의견이 일본 정부나 학계의 공식 견해도 아니었다. 김현구 고려대 명예교수는 "일본에서는 여전히 한반도 남부 경영론라는 고대사의 틀이 유지되고 있으며, 일본 역사교과서의 임나일본부 기술은 그런 틀을 반영하고 있는 것"이라고 전했다.
스에마쓰 등은 왜가 한반도를 정벌, 임나일본부를 설치하고 경영했다는 주장에 대해 김석형은 일본열도에 이주한 주민들이  고국을 상징하는 분국을 세웠고, 그중 가야인의 분국이 임나국이었다는 주장을 했는데 2010년 한일학자들은 왜의 임나일본부가 한국에서 지배했다고 볼수 없다는 견해를 밝히며 임나본부설이 사실이 아님을 밝혔다.