[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서와 그 위임에 의한 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제124조의2 제3항 본문의 규정은 비영리 공익법인 등이 상속세나 증여세의 과세대상이 되지 않은 자산을 출연받고서 단기간 내에 다시 이를 양도한 경우에는 그 실질에 있어서 해당 자산의 처분대가를 직접 출연받은 것과 마찬가지라 할 수 있으므로 출연자가 그 자산을 취득할 당시의 가액을 특별부가세 과세표준 산정에 있어서의 취득가액으로 봄으로써 위 자산양도에 따른 양도소득세나 특별부가세가 탈루되지 않도록 한 취지이고, 따라서 공익법인이 출연받은 자산을 그 목적사업에 실질적으로 사용하다가 사후의 필요에 의하여 처분한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없어 위 법인세법시행령 조항의 단서에서 1년 이상 해당 법인의 목적사업에 직접 사용한 자산의 양도에 대하여는 위 법인세법 조항이 적용되지 않는 것으로 규정하고 있으므로 위 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서와 각 호의 예외규정은 비영리 공익법인 등이 '자산의 양도 이전에' 적어도 1년 이상 목적사업에 출연받은 자산을 직접 사용한 경우에 적용된다 할 것이고, 공익법인이 설립조건에 따라 단기간 내에 출연받은 자산을 처분하여 그 처분대금을 목적사업에 사용하려 하는 경우에는 이에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. [2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서 규정은 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대하여는 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼도록 하면서 이에 해당하는 자산의 구체적 범위에 관하여는 특별한 제한 없이 대통령령에 그 규율을 위임하고 있으나, 위 규정을 적용하면 출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 특별부가세 과세대상에 포함됨으로써 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고 이는 결국 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과를 가져오는바, 그렇다면 위 규정은 그 적용대상으로 자산 출연 후 처분이라는 시간적 순서에도 불구하고 그 시간적 간격이나 이용실태에 비추어 실질적으로 자산 처분 후 대가 출연과 동일하다고 볼 수 있는 경우를 상정하고 있음을 충분히 알 수 있고, 다만 그 판정기준이 되는 시간적 간격이나 이용실태의 구체적 내용만을 대통령령에 위임한 것이라 할 것이므로 이를 가리켜 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반되는 규정이라고 볼 수 없으며, 출연재산이 이를 증여받은 비영리 공익법인에 의하여 곧바로 목적사업에 활용될 수 있는 것인지, 아니면 이를 보유하여서는 목적사업에 활용할 수 없고 반드시 처분하여 금전 등 다른 수익재산으로 대체하여야만 목적사업에 활용할 수 있는 것인지는 법인세 특별부가세의 과세대상인 자산처분의 성격을 달리하는 실질적인 요소이므로 이에 따라 조세부담의 차이를 두었다고 하여 헌법상 평등의 원칙에 반한다 할 수 없고, 또한 이로 인하여 납세의무자는 적어도 출연자가 해당 자산을 직접 처분한 후 그 대가만을 출연하는 경우보다 불이익한 지위에 놓이지는 아니하므로 이를 헌법상 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다.
구 법인세법 제59조의2 제3항 제1호는 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대해 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼고 있으므로, 출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고, 이는 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과이므로, 이를 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.