[1] 구 수산업법(1995. 12. 30. 법률 제5131호로 개정되기 전의 것) 제81조 제1항 제1호는 법 제34조 제1호 내지 제5호와 제35조 제8호(제34조 제1항 제1호 내지 제5호에 해당하는 경우에 한한다)의 규정에 해당되는 사유로 인하여 허가어업을 제한하는 등의 처분을 받았거나 어업면허 유효기간의 연장이 허가되지 아니함으로써 손실을 입은 자는 행정관청에 대하여 보상을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 이러한 어업면허에 대한 처분 등이 행정처분에 해당된다 하여도 이로 인한 손실은 사법상의 권리인 어업권에 대한 손실을 본질적 내용으로 하고 있는 것으로서 그 보상청구권은 공법상의 권리가 아니라 사법상의 권리이고, 따라서 같은 법 제81조 제1항 제1호 소정의 요건에 해당한다고 하여 보상을 청구하려는 자는 행정관청이 그 보상청구를 거부하거나 보상금액을 결정한 경우라도 이에 대한 행정소송을 제기할 것이 아니라 면허어업에 대한 처분을 한 행정관청(또는 그 처분을 요청한 행정관청)이 속한 권리 주체인 지방자치단체(또는 국가)를 상대로 민사소송으로 직접 손실보상금지급청구를 하여야 하고, 이러한 법리는 농어촌진흥공사가 농업을 목적으로 하는 매립 또는 간척사업을 시행함으로 인하여 같은 법 제41조의 규정에 의한 어업의 허가를 받은 자가 더 이상 허가어업에 종사하지 못하여 입게 된 손실보상청구에도 같이 보아야 한다. [2] 공유수면매립법 제16조에 의한 손실보상은 협의가 성립되지 아니하거나 협의할 수 없을 경우에 토지수용위원회의 재정을 거쳐 토지수용위원회를 상대로 재정에 대한 행정소송을 제기하는 방법으로 청구해야 한다. [3] 공유수면매립법의 입법 취지 및 그 규정 내용에 비추어 보면, 같은 법 제16조 제1항 소정의 권리를 가진 자라 함은 같은 법 제6조 소정의 권리를 가진 자를 의미한다 할 것이고, 같은 법 제6조는 제5조 제1항에서 공유수면에 관하여 권리를 가진 자에는 '어업권자 또는 수산업법 제2조 제7호의 규정에 의한 입어자'가 포함된다고 규정하고 있는바, 구 수산업법(1995. 12. 30. 법률 제5131호로 개정되기 전의 것) 제41조의 규정에 의한 허가어업권자는 같은 법 제2조 제7호의 규정에 의한 '입어자'가 아님은 분명하고, 같은 법조 제6호에서 '어업권'을 제8조의 규정에 의하여 면허를 받아 어업을 경영할 수 있는 권리로 정의하고 있으므로, 결국 구 수산업법 제41조에 의한 허가어업권자는 공유수면매립법 제6조 제2호에서 규정하고 있는 어업권자로 볼 수도 없다.
구 수산업법 제81조에서 규정한 손실보상청구권은 처분을 한 행정관청이 속한 권리 주체인 지방자치단체 또는 국가를 상대로 민사소송의 방법으로 행사되어야 하고, 공유수면매립법 제16조의 손실보상청구권은 행정소송을 제기하는 방법으로 행사되어야 하며, 구 수산업법 제41조에 의한 허가어업권자는 공유수면매립법상 입어자나 어업권자가 아니기에 제16조의 권리를 가진 자로 볼 수 없다.