법인세법 제20조 소정의 부당행위계산부인제도는 내국법인의 행위 또는 소득금액계산이 대통령령이 정하는 특수관계자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 그 법인의 행위 또는 계산의 효력을 부인하고 정부가 소득금액을 독자적으로 계산하는 제도이므로, 같은 법 제20조가 적용되기 위하여는 내국법인과 위 특수관계자 사이에 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 있어야 하나 그 기초적 사실행위에 불법행위, 허위행위 또는 가장행위가 있는 경우 과세관청으로서는 같은 법 제32조 소정의 조사결정권에 의하여 그 행위의 존재자체를 부정하고 실질적인 거래에 대하여 과세하여야 하는 것은 당연한 이치라 할 것이고, 나아가 그 실질적인 거래가 위 부당행위계산에 해당하는 경우에는 같은 법 제20조에 의하여 그 행위 또는 계산의 효력을 부인하고 과세할 수 있다.
법인세법 제20조 소정의 부당행위계산부인제도는 내국법인의 행위나 소득금액계산이 특수관계자와의 거래에서 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것이 인정되면 법인의 행위나 계산의 효력을 부인하고 정부가 소득금액을 독자적으로 계산하는 제도로서, 이 법이 적용되려면 내국인법과 특수관계자 사이에 내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 있어야 하지만 그 기초적 사실행위의 불법, 허위 또는 가장행위가 있다면 그 행위의 존재자체가 부정되어 실질적 거래에 대해 과세가 부과되고 그 거래가 부당행위계산에 해당한다면 행위나 계산의 효력을 부인하고 과세가능하다.