ㆍ역사교육연구회, 한국역사연구회, 서양사학회 등 주요 학술단체들 정부 지원서 빠져 2015년 10월 30일 서울대 캠퍼스에는 긴장감이 감돌았다. 제58회 전국역사학대회 때문이었다. 전국역사학대회는 매년 가을에 열리는 국내 역사학계의 최대 학술행사다. 제58회 대회는 '역사학과 역사교육의 소통'을 공동주제로 택했다. '국정교과서 반대' 적극 동참해 보복 의혹 대회에 참여한 28개 학술단체는 대회 첫날 오전 공동주제 발표를 마치고, 오전 11시50분쯤 문화관 앞에서 기자회견을 열었다. "역사교과서 국정화 철회를 엄중히 요구하고, 국정교과서 제작 불참을 촉구한다." 28개 학회에는 미술사, 경제사, 과학사, 여성사학회 등 여러 분과사학회와 지방사학회(호남사학회, 영남사학회 등), 시대사학회(한국중세사학회, 고대사학회 등) 등 다양한 학술단체들이 포함돼 있었다. 성격과 관심사가 다른 여러 학술단체들이 한목소리를 내는 것은 이례적 일이었다. 학자들은 "교과서 국정화는 역사 해석과 교육을 독점하고 사유화하려는 정치권력의 의도"라고 밝혔다. 방해를 시도하며 아수라장이 됐다. 그러나 국정교과서 반대여론이 본격화되는 것은 막을 수 없었다. 학자 90%가 반대한다는 점은 여론 조성에 큰 영향을 미쳤다. 2016년 12월 16일 한국연구재단은 2016년도 학술지 지원사업 선정 결과를 발표했다. 역사교육연구회, 한국역사연구회, 서양사학회 등 주요 학술단체들이 빠져 있었다. 학계에서는 석연치 않다며 혹시나 역사학계에도 블랙리스트가 있는 것이 아니냐는 의견이 나온다. 역사교육연구회는 제58회 대회의 주관 단체였다. 이 학술단체는 2013년부터 2015년까지 4년 연속 학술지 발행 지원에 선정되지 않은 적이 없었다. 2015년 12월부터 서양사학회장을 맡은 강성호 순천대 교수는 학계의 국정교과서 반대 움직임에 적극 동참했다. 지난해 11월 30일, 국정 역사교과서 현장검토본이 PDF 파일 형태로 공개된 뒤 서울 종로구 흥사단 강당에서 열린 긴급 토론회에 참여해 세계사 서술의 문제점을 지적했다. 지난 11일 긴급토론회에도 참여했다. 한국역사연구회, 한국사연구회, 한국사학회 등은 역사학대회 주관 단체들이다. 교육부에서 한국연구재단을 통해 지원하는 학술비 지원사업 금액은 학회당 150만~800만원 선이다. 기금은 학술지 편집, 발행, 배포 용도로만 쓰게 돼 있다. 학회 규모에 따라 다르지만 1년에 네 번 발간하는 학술지의 경우 절반가량을 지원사업 금액으로 충당할 수 있다. 지원 금액이 나오지 않는다고 학회 활동에 타격을 입을 정도는 아니다. "역사 관련 15~17개의 학술단체들이 지원금에서 배제됐다. 지원신청을 하지 않거나 전년도 성과물이 미진하거나 평가지표의 기준에 부합하지 못하면 선정에서 배제된다. 한국사연구회(회장 정태헌 고려대 교수)의 경우 지난해에는 지원금을 신청하지 않았다. 한 중견 사학자는 "지원이 배제된 학술단체의 경우 실제 성과가 미진한 곳들도 있지만 여기는 활동이 괜찮았는데 왜 떨어졌지 의심스러운 경우도 있다. 공교롭게도 학회장들이 국정교과서 반대 활동을 활발히 한 단체들은 지원을 받지 못해서 역사학계에도 블랙리스트가 있는 것은 아닐까 의심하게 된다"고 말했다.
2016년 12월 16일 한국연구재단은 2016년도 학술지 지원사업 선정 결과 역사교육연구회 등 주요 학술단체들이 빠진 것은 '국정교과서 반대' 에  동참했기 때문인 것으로 보여 블랙리스트가 존재하는 것 아니냐는 추측이 일고 있다.