구 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제63조의3 제7항 중 재고매입세액공제의 방법에 대한 규정부분은 ① 재고매입세액을 "매출세액"이 아니라 매출세액에서 매입세액을 공제한 이후의 세액인 "납부할 세액"에서 공제하도록 규정한 점과 ② 재고매입세액을 포함시킨 매입세액이 매출세액을 초과하더라도 초과부분을 환급받을 수 없도록 규정한 점에서, 재고매입세액을 "매입세액으로서" 공제하도록 규정한 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제17조의3 제1항의 위임범위를 벗어나 오히려 이와 배치되게 부당하게 환급세액의 범위를 제한한 것이므로, 같은법시행령의 규정 중 위 재고매입세액공제의 방법에 대한 부분은 그 상위법률이자 근거법 규정인 위 구 부가가치세법 제17조의3 제1항에 위반하여 무효라 할 것이고, 위 시행령 규정은 구 부가가치세법 제17조의3 제1항의 취지에 따라 "제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 매출세액에서 공제한다."라는 의미로 해석·적용하여야 한다.
재고매입세액공제의 방법에 대한 규정부분은 재고매입세액을 "매출세액"이 아니라 매출세액에서 매입세액을 공제한 이후의 세액인 "납부할 세액"에서 공제하도록 규정한 점, 재고매입세약을 포함시킨 매입세액이 매출세액을 초과하더라도 초과부분을 환급받을 수 없도록 규정한 점등으로 보아 위 재고매입세액공제의 방법에 대한 부분은 무효라 할 것이여서 "제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세로 변경된 날로부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 매출세액에서 공제한다"라고 해석, 적용해야 한다.