기업부설연구소 제도를 악용해 각종 세제 혜택을 받는 사례가 여전한 것으로 드러났다. 허위로 연구자를 등록하거나 기업규모가 커졌는데도 이를 신고하지 않고 혜택을 유지하기도 했다. 기업부설연구소는 민간 R&D 활동을 촉진하기 위해 도입했다. 대기업은 10 명, 중견기업 7 명, 중기업 5 명, 소기업 3 명, 벤처기업 2 명 등의 연구전담 인력과 이에 맞는 연구공간을 확보해야 한다. 지난해 기준 기업부설연구소는 6 만6363 개다. 기업부설연구소 4 만394 개(61%), 연구개발전담부서 2 만5969 개(39%), 연구전담 인력은 총 37 만1965 명에 이른다. 기업부설연구소로 인정되면 '기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률'에 따라 국세·지방세·관세감면, 자금·인력 지원 등 각종 혜택을 받는다. 이들 연구소는 2017 년까지 5 년 간 국세 13 조1740 억 원, 지방세 2427 억 원, 관세 933 억 원 등 13 조5100 억 원의 세제감면 혜택을 받았다. 연간 수조 원 혜택을 받고 있지만 자격 요건 등을 어기며 연구소 지위를 이어가는 부실 사례가 계속 이어지고 있다. 감사원이 지난 6 월 실시한 '기업부설연구소 인정 및 사후 관리 실태' 감사 결과에 따르면 900 여개 업체 총 1 만7532 명의 연구전담요원 부정신고 의심사례가 적발됐다. 그런데 문제는 기업연구소 인정과는 달리 이에 대한 사후관리는 제대로 이뤄지지 않는다는 점이다. 천문학적 세제혜택을 주는 이유는 그만큼 기업 발전에 R&D가 중요하기 때문이다. 그렇다면 이에 대한 사후관리 역시 못지않게 중요하다. 매년 민간연구소 통계 발표가 빠지지 않는다. 발표될 때마다 사상 최대, 세계 몇 위 등의 수식어도 따라 붙는다. 그만큼 질적·양적으로 많이 성장했다. 이제는 그에 대한 사후관리와 부실 연구소를 걸러낼 수 있는 대책도 필요한 시점이다. 부적격 연구소에 대한 직권 취소는 물론 부당이익 환수 및 과징금 징수, 형사 처벌 등의 제도를 신설하거나 개선해야 한다. 그래야 기업부설연구소가 세제혜택을 받기 위한 수단이 아닌 진정한 기업 R&D 거점이 될 수 있다.
기업부설연구소 제도를 악용해 각종 세제 혜택을 받는 경우가 빈번해 자격 요건 등을 어기며 연구소 지위를 이어가는 부실 사례로 이어지고 있어 부당이익 환수 및 과징금 징수, 형사 처벌 등의 제도를 신설하거나 개선해야 한다.