문재인 대통령이 5월 10일 '대통령 취임 3주년 특별연설'에서 질병관리본부를 '청'(廳)으로 승격한다고 밝히면서 국내 방역 체계 개편에 속도가 붙을 전망이다. 문 대통령은 "국회가 동의한다면 보건복지부에 복수차관제도를 도입하고자 한다"며 "감염병 전문병원과 국립 감염병연구소 설립도 추진할 것"이라고 했다. 문 대통령의 발언은 코로나19 사태에서 모범적 대응을 보여준 질병관리본부의 위상을 높이는 동시에 질병관리본부의 전문성 등을 강화하기 위함으로 풀이된다. 정부는 메르스(MERS·중동호흡기증후군) 사태를 겪은 이후인 2016년에 실장급 조직이던 질병관리본부를 차관급으로 격상했으나, 보건복지부 산하 조직의 한계 때문에 독자적으로 전염병에 대응하지 못한다는 지적이 많았다. 질병관리본부가 질병관리청으로 승격되면, 보건복지부 외청으로서 독립성을 확보할 수 있으며, 인력 수급 계획이나 예산 등에 대해서도 독자적으로 결정할 수 있게 된다.
5월 10일 문재인 대통령은 전문성 강화를 위해 질병관리본부를 '청'으로 승격하여 독립성 확보 및 안건에 대해 독자적인 결정이 가능하게 하였으며,이에 따라 방역 체계 개편에도 속도가 날 것으로 보인다.