우리의 형사보상법은 일본의 형사보상법을 모델로 삼아 제정되었기 때문에 구속피고인에 대한 양국의 형사보상제도는 대동소이하다. 그러나 그 운용 측면에서는 상당한 차이를 보이고 있는데, 우리의 경우 2014년 헌법재판소의 위헌결정으로 인해 형사보상을 청구한 인원만 3,600여 명에 달하고 있는 실정인 반면, 일본에서는 형사보상제도가 활발히 이용되고 있지 않다. 한편 우리나라는 피의자보상도 형사보상법에 근거규정을 두고 있는 것에 반해 일본은 법무성훈령인 피의자보상규정에서 그에 관한 내용을 다루고 있다. 또한 우리나라는 보상을 결정한 법원에 대응하는 검찰청에 대하여 보상금 지급을 청구하도록 제도화되어 있지만, 일본의 경우 보상지급청구를 보상결정을 한 법원에 하도록 규정하고 있는바, 상대적으로 일본의 절차가 간명한 것으로 평가된다. 아울러 일본은 보상결정이 확정된 경우 그로부터 2개월 이내에 결정을 받은 자의 신청에 의해 그 결정 요지를 신속하게 공시하도록 규정하고 있는데, 이는 보상결정이 확정된 때로부터 2주일 내로 명예회복을 위한 공시가 이루어지도록 규정하고 있는 우리나라에 비해 한층 더 형사보상청구권자의 권리를 신중하게 보호하고 있는 것으로 파악된다. 나아가 일본의 형사보상법은 범죄인인도나 수형자이송과 관련된 규정도 포함하고 있다는 점에서 특징적인데, 이는 우리나라에서 형사보상제도와 관련된 입법적 정비 방안이 모색될 때 참조사항이 될 수 있다.
일본과 우리나라의 구속피고인에 대한 형사보상제도는 비슷하나 운용 측면에서 보면, 우리나라와 달리 일본은 형사보상제도가 활발히 이용되지 않으며 피의자보상규정은 따로 다루고 있고, 보상지급청구 절차가 간명한 편에 청구권자의 권리를 신중히 보호하려 하며, 범죄인인도나 수형자 이송 관련 규정도 포함하는 등 차이가 있다. 