보상금 지급기한과 관련해서는 ｢형사보상 및 명예회복에 관한 법률 시행 지침｣이 보상금지급 청구를 받은 지방검찰청으로 하여금 지급청구를 받은 날로부터 10일 내에 보상금을 지급하도록 규정하고 있으나(형사보상 및 명예회복에 관한 법률 시행 지침 제8조 제2호 본문), 실제 사례에서는 대부분 그 기한 내에 보상금이 지급되지 못하고 있다. 최근 발의된 관련 법률안들은 ‘지급청구서가 제출된 날로부터 3개월 이내’에 보상금을 지급하도록 그 기한을 정하고 있는데, 이는 별다른 논쟁의 대상이 되지 않을 뿐만 아니라 보상 결정 기한과의 균형 유지 차원에서도 적절하다고 판단된다.
최근 발의된 법률안은 ‘지급청구서가 제출된 날로부터 3개월 이내’에 보상금을 지급하도록 한다. 이는 10일 내 지급하도록 규정한 기존의 법률보다 적절하다고 판단된다.