그러나 행정통합이 단순히 현행 정부조직체계를 북한지역으로 확장하는 것에 그쳐서는 안 된다. 남한의 현 행정체제 또는 정부조직체계가 ‘완성된’, 혹은 ‘무결점’의 체계라고는 말할 수 없다. 오히려 남한에서는 새로운 행정부가 수립될 때마다 저마다의 방식으로 정부조직 개편을 단행하였으며, 그로 인해 행정의 연속성이 약해졌다는 지적도 받아왔다. 더구나 잦은 조직편성 변경으로 인해 장기적 관점에서의 정책 집행에 어려움이 따른 것 역시 사실이다. 또한 현재에도 크고 작은 수준에서의 정부조직 개편 필요성이 제기되고 있는 실정이다. 이는 모두 현재 한국의 행정체제 또는 정부조직체계에 크고 작은 문제가 있다는 증거이다.
단순히 현행 정부조직체계를 북한지역으로 확장하는 행정통합이 이루어지면 안되는 데, 이는 여러 문제가 존재하기 때문이다.