이스라엘의 혁신 생태계를 이해하기 위해서는 먼저 정부의 역할을 알아보는 것이 중요하다. 이스라엘 스타트업에서 정부 혁신 생태계는 이스라엘혁신국(Israel Innovation Authority), 경제산업부(Ministry of Economy and Industry), 이스라엘수출협회(Israel Export Institute), BIRD(The Binational Industrial Research and Development Foundation), 재정부(Ministry of Finance), 예루살렘발전국(The Jerusalem Development Authority), 텔아비브증권거래소(Tel-Aviv Stock Exchange)의 협업시스템으로 되어 있다. 이 중 이스라엘 스타트업을 담당하는 정부조직은 이스라엘혁신국이다. 독립적으로 공적 자금을 제공하는 기관인 이스라엘혁신국은 지역 및 국제 혁신 생태계의 역동적이고 변화하는 요구에 효율적으로 대처하기 위한 다양한 실용적인 도구와 자금 지원 플랫폼을 제공하고 있다.
이스라엘 스타트업에서 정부 혁신 생태계는 이스라엘혁신국, 경제산업부, 이스라엘수출협회, 재정부, 예루살렘발전국, 텔아비브증권거래소의 협업시스템인데 공적 자금을 제공하는 이스라엘혁신국은 지역과 국제 혁신 생태계의 역동적 변화 요구에 효율적으로 대처하기 위한 플랫폼을 제공하고 있다.