그러나 다층노후소득보장체계를 구성하는 제도의 각 층이 상호 구별되는 제도적 기능으로 구성되지 않고 몇 가지 제도적 기능과 목표가 결합된 채 운영되는 경우들이 있다. 특히 세대 간 이전이 공적 노후소득보장의 여러 층에서 이루어지는 경우들이 종종 있다. 이와 같은 다층제도들이 다층의 형태는 갖추고 있되, 다층 제도형태별로 제도기능이 분리되지 못한 것은 다층체계의 장점을 최대화하는 데 장애로 작용할 수 있다. 예컨대 변화에 대한 투명하고 유연한 대응을 통한 지속가능성 제고, 기본보장을 위한 최적의 제도조합을 통한 비용효율성 등의 측면에서 다층체계의 장점이 충분히 발휘되기 어렵다.
다층노후소득보장체계에서 제도가 각 층을 구별하지 않고 그 기능과 목표를 결합되어 운영되는 경우가 있는데, 이는 다층체계의 장점을 발휘하는 데 걸림돌이 될 수 있다.