다음으로 추가고용장려금과의 중복지원 문제가 존재한다. 추가고용장려금이 처음 도입될 때에는 기업에 대해서 동 사업과 청년공제의 중복지원이 허용되지 않았다. 그러나 2018년부터 중복지원이 허용되었는데, 이는 기업에 청년공제 지원신청에 대한 인센티브를 제공하여 가입률을 제고하기 위한 조치로 고려된다. 청년공제는 중소기업으로의 청년유입을 위해서 기업지원이 아닌 개인지원이 더 효과적이라는 인식에 근거하여 도입된 개인지원에 더 방점을 둔 임금 보조금이지만, 추가고용장려금과의 중복지원 허용은 기업지원 방식이 여전히 유용하다는 정책결정자들의 인식을 드러내는 조치로 볼 수 있다. 그동안 활용되었던 여러 기업지원 보조금에서 사중손실률이 비교적 높게 나타났듯이(전병유 외, 2015; 감사원, 2016; 금재호 외, 2017) 추가고용장려금과의 중복지원 허용은 불필요하게 사중손실을 야기하거나 심화시킬 우려가 있다. 그리고 중복지원 허용 시 청년 1인의 채용에 대해 1개 기업에 대규모 지원이 이루어지기 때문에 청년 1명의 채용과 근속을 위해 1개 기업에 상당한 예산을 지원해야 하는지에 대해 타당성 문제가 제기될 수 있음을 고려해야 할 것이다.
청년공제 지원신청에 있어 추가고용장려금과의 중복지원 허용은 기업지원 방식이 유용하다는 정책결정자들의 인식을 드러낸다. 그동안 여러 기업지원 보조금에서 사중손실률이 비교적 높게 나타났듯이 추가고용장려금과의 중복지원 허용은 불필요하게 사중손실을 야기하거나 심화시켜 타당성 문제가 제기될 수 있다.