대신 정부는 유연근로제를 사용자가 임의로 도입할 수 없도록, 근로자대표와의 ‘서면 합의’ 를 거쳐야 한다고 정하고 있다. 그러나 사용자가 일방적으로 근로조건을 정하지 못하도록 하기 위해 도입된 근로자대표 제도가 정상적으로 운영되기에는 문제점이 적지 않다. 사업장에 과반수 노조가 존재하지 않는 경우 기업이 ‘어용 근로자 대표’를 내세워 기업에 유리하게 유연근로제를 도입하여 주 40시간 근로(최대 52시간)를 피해 가는 수단이 될 수도 있다. 실제로 근로자대표가 합의하지 않았는데도 탄력적 근로시간제를 도입해 운영하는 일부 사업장의 사례들도 보이고 있다.
유연근로제 도입시 근로자대표와의 서면합의를 필요로 하나, 근로자대표 제도의 정상 운영에 어려움이 있고, 어용 근로자대표를 통한 도입 등의 악용사례도 찾아볼 수 있다.