P노조는 설립 직후부터 연구원에게만 가호봉 2개를 지급하라는 요구를 사측에 지속적으로 제기했고, 이에 대해 타 직종은 반대하는 상황이었던 것이다. 또한, 연구원들을 중심으로 한 P노조는 연구프로젝트를 기반으로한 성과급 지급을 요구하는 반면, 타 직종에서는 이에 반대하는 상황도 갈등요소가 되었다. 그 결과 2015년에는 연구원을 제외한 직종의 조합원들이 대부분 탈퇴한 것이다. 결국 P노조의 조합원 구성은 대부분 연구원으로 바뀌었다. 하지만 당시 박근혜 정부의 공공기관 구조개혁 정책과 임금피크제 등 연구원들에게 위협으로 느껴지는 정책들이 발표되고 실행되자 그동안 노조에 가입하지 않았던 연구원들이 P노조에 대거 가입함으로써 P노조는 과반수노조의 지위를 유지하였다. K지부도 정부정책에 따른 위기감으로 그동안 노조에 가입하지 않았던 여러 직종의 직원들이 가입함으로써 결과적으로 2014년 이전에 비해 A기관의 노조 규모는 커지게 되었다. 최근 K지부에서는 정부의 비정규직 정규직화 정책에 따라 일부 무기계약직이 정규직화되자 정부정책에 호응한 노조에 반발하여 행정직 조합원 일부가 탈퇴하는 사태가 일어나 조합원이 약간 감소하기도 하였다.
P노조는 연구원과 타 직종간의 갈등으로 조합 탈퇴자가 많았지만 공공기관 구조개혁 정책등으로 위협을 느낀 연구원들이 노조에 많이 가입해서 과반수노조의 지위를 지켰다. K지부도 정부정책에 대한 위기감으로  2014년 이전보다 노조가 커졌는데 최근에는 조합원이 조금 감소했다.