셋째, 대학은 복수전공 제도가 내실 있게 운영되지 않을 경우, 복수전공 이수자뿐만 아니라 해당 전공을 주전공으로 하는 학생 또한 심각한 어려움을 겪을 수 있다는 것에 유념할 필요가 있다. 본 연구에 제시된 전공계열별 복수전공 이수 실태 및 연도별 변화 경향에서도 나타나듯이 상경계열과 같은 특정 계열로의 복수전공 쏠림 현상이 심화되고 있다. 그런데 해당 전공 및 학과의 담당 교수의 수나, 사용 가능한 강의실의 수 등은 제한적일 수밖에 없기 때문에 일부 학교에서는 강좌 당 학생 수가 크게 증가하여 수업의 질이 저하되거나 해당 전공을 주전공으로 하는 학생들이 전공과목에 대한 수강신청을 하지 못하는 문제들이 나타나고 있다(부대신문, 2014.9.1.). 그리고 주전공자에게 요구되는 전공 필수과목 이수나 졸업논문 제출이 복수전공자에게만 면제됨으로써 주전공 학생들이 상대적으로 피해를 입을 수 있을 뿐만 아니라, 복수전공 학생들의 질적 수준이 낮아져 복수전공 학위 자체의 가치를 떨어뜨릴 가능성도 배제할 수 없다(동아일보, 2002.12.25.; 최갑종 외, 2003). 최근에는 교육부가 4년제 대학 구조개혁의 1단계 평가 지표에 ‘성적 분포의 적절성과 엄정한 성적 부여를 위한 제도의 운영 여부’를 포함함으로써(교육부, 2014) 상대평가가 더욱 강화될 것으로 예상된다. 그리고 그 과정에서 복수전공자가 주전공자에 비해 낮은 평점을 받을 가능성이 제기되고 있어, 향후 복수전공 제도의 운영이 상당히 위축될 가능성도 있어 보인다. 따라서 대학은 복수전공 제도를 확대하기에 앞서 각 복수전공자에게 어떤 교육을 제공하고 어떤 역량을 갖추도록 할 것인지를 먼저 고민해야 하며, 복수전공 제도의 운영 과정에서 복수전공 학생들과 주전공 학생들 모두 피해를 받지 않도록 지속적인 관심을 기울일 필요가 있다.
일부 학교에서는 복수전공자와 비교했을 때 주전공자가 수강신청이나 졸업논문 등에서 피해를 보는 경우가 늘어나고 있다. 이뿐만 아니라 교육부의 평가 지표에 따라 상대평가가 더욱 강화돼 복수전공자가 평점을 받을 때 불리할 가능성도 있다. 따라서 각 대학은 복수전공자에게 어떤 교육을 제공해야 할지 고민하고 모든 학생들에게 피해가 가지 않도록 관심을 쏟아야 한다.