또한 심층평가 대상에서 제외되고 있는 감면액 300억원 미만인 조세지출에 대해서도 성과관리를 강화할 필요가 있다. 조세지출의 성과관리는 ‘조세지출평가계획서’ 및 ‘조세지출평가서’, ‘심층평가’ 및 ‘예비타당성조사’ 등을 통해 이루어지고 있다. 조세지출 성과관리는 사전 · 사후 여부와 감면규모에 따라 평가 방법이나 체계가 달라진다. 사전평가는 조세지출의 도입 이전에 타당성과 효과성 등을 평가하는 것으로 조세지출평가계획서와 예비타당성조사를 통해 평가된다. 사후평가는 도입되어 운영되던 조세지출의 일몰이 도래한 경우 일몰 연장의 타당성과 효과성 등을 평가하는 것으로 조세지출평가서와 조세특례 심층평가를 통해 평가하게 된다.
조세지출 성과관리는 사전·사후 여부와 감면규모에 따라 평가 방법과 체계가 달라지기 때문에, 심층평가 대상에서 제외되는 감면액 300억원 미만 조세지출에 대한 성과관리 강화가 필요하다.