학교전담경찰관이 지역사회의 전문상담기관 유관기관과 원활한 협력관계를 이루기 위해서는 상설협의체 구성이나 상호협력을 규약으로 담은 프로토콜 마련의 필요성이 있다. 상설협의체 구성 과 관련해서 최근 학교전담경찰관 매뉴얼에서는 관서별 상설협의체 운영을 명시하고 있다. 경찰청과 교육부는 학교폭력 근절을 위한 시기･대상별 중점 추진전략 및 중･장기 발전방안 논의를 위하여 반기 1회 협의회를 개최하고, 지방경찰청과 교육청은 지역 실정을 반영한 세부 운영사항 마련을 위해서, 경찰서와 교육지원청은 현장 활동 및 학교폭력 사안에 대한 공동대응을 위해서 각각 분기 1회씩 협의를 개최하되, 개최시기･협의회 형태･참석대상 등은 관서별로 지역실정에 맞게 운영하도 록 하고 있다. 이러한 상설협의체 구성은 협력대상기관들의 연계협력의 실효성을 높일 수 있는 현실적 방안이다.
학교전담경찰관이 지역사회 상담, 유관기관과 협력하기 위해 상설협의체나 상호협력 프로토콜을 마련해야 한다. 상설협의체는 관서별 운영을 명시하고, 협의회 개최와 지방별 운영사항, 지역실정에 맞는 운영을 통해 실효성을 높이고 있다.