산학연 협력의 문제점으로는 첫째, 산학연 협력의 개별 법 체계와 이에 따른 개별적 사업집행에 있다. 산학연 협력에 관하여 규정한 법 규정은 매우 다양하며 그 법률의 관리부처도 매우 다양하다. 여기에서 문제는 부처별로 관리하는 법체계의 목적과 대상이 상이하지만, 법·제도의 일관성 부족으로 그 법에 적용되는 대상은 거의 같으며, 그 수단에 있어서도 대동소이하여 구별되지 않는다는 것이다. 특히, 이 문제는 수요자인 대학과 출연(연), 기업 측면에서 살펴볼 필요가 있다. 법률의 목적이 인력양성, 인력교류, 기술이전 및 사업화, 연구장비의 공동 활용 등 차이가 있어, 수요기관 내에서는 동일 연구자가 동일한 목적의 연구에 적용할 때에도 각 각 개별적으로 관리·운영 되어야 하는 것이다. 따라서 다양한 사업 간의 시너지보다는 비효율이 나타날 가능성이 크며, 실제로도 이러한 문제를 호소하고 있다.
산학연 협력의 문제점은 개별 법 체계와 이에 따른 제도의 일관성 부족으로 인한 개별적 사업집행이다. 수요자인 대학과 출연, 기업 측면에서 보면, 동일한 목적의 연구도 개별적으로 관리·운영 되어 비효율적이다.