그러나 모든 사업 공통으로 보이는 문제점(吉本圭一編, 2012a; 2012b, 高良和武監修，石田宏之・太田和男・古閑博美・田中宣秀編, 2007)으로 첫째, 장기 인턴십과 같은 산학연계 활동에 대해 중요성이나 의의를 이해하고 추진하는 대학교원이 적으며 대학의 리더십 발휘와 보다 많은 교원의 이해․협력이 필요하다는 것이다. 둘째, 대학의 석사과정과 박사과정의 인재양성 목표가 같다는 점에서 육성해야 할 인재상이 구체적이지 못하며, 커리큘럼의 내용, 구성, 조직, 각각의 역할 등이 명확하지 않은 경우가 많았다는 것이다. 셋째, 참가학생이 많지 않은 대학이 많다는 점이다. 즉, 시장의 글로벌화, 특히 아시아 지역의 제조 거점이 급속하게 발전하고 기술자에게 요구되는 역할과 사회의 설명책임에 대한 대응이라는 사회 변화에 대응한 커리큘럼의 개발이 충분하지 않다는 것이다. 넷째, 장기 인턴십의 주제 설정이나 다양한 파견 패턴, 파견 시기, 박사과정 커리큘럼과의 충분한 조정이 필요하다는 것이다. 다섯째, 국제적으로 활약할 수 있는 고도 인재육성에는 산학 쌍방이 각자의 역할과 책임에 대해 충분히 논의하고 추진을 해야 할 필요가 있다. 또한 해외파견의 경우 교육프로그램에 관한 상호 이해와 신뢰, 충분한 준비기간 및 안전관리시스템이 필수 조건이 되고 있다. 여섯째, 프로그램 참가학생과 참가하지 않는 학생 사이에 취직 후의 기업 평가나 박사과정 진학률의 차이가 보이는 지 등에 대한 검증이 부족한 대학이 많다는 것이다. 일곱째, 특히 지방에서는 대학 단독으로 산업계와의 연계를 확대하기 쉽지 않아 지역의 다른 대학과 자치단체와 공동으로 산학연계를 확대해 나가야 한다는 것이다. 여덟째, 이 사업의 목적을 충분히 이해하고 그 중요성을 인식하는 협력 기업이 제한되어 우수 인재 선발만을 목적으로 하고 있다는 것도 문제라고 지적되었다.
그러나 모든 사업에 공통되는 문제점이 있다. 산학연계 활동의 중요성이나 의의에 대한 이해나 리더십 발휘, 교원의 이해, 협력이 미흡하고, 석박사과정의 인재양성 목표가 같은 데다 커리큘럼도 명확하지 않았으며, 장기 인턴십에 대한 조정이 부족하고, 산학 쌍방의 논의 및 추진이 부족하며, 프로그램 참가학생과 참가하지 않는 학생 사이의 차이에 대한 검증이 미진한 데다, 지역의 다른 대학과 자치단체와 공동으로 산학연계를 확대해 나가야 하며, 우수 인재 선발만 목적으로 하고 있다는 것이다.