2003년 4월 출범한 전자정부 전문위원회는 정부혁신지방분권위원회 산하에 행정개혁, 인사개혁, 지방분권, 재정 세제 등과 함께 5개 가운데 하나로 병렬 설치된 실․국장급 위원회였다. 민간위원은 과거보다 많은 15인으로 두 배 증가하였고, 출신 분야 및 현직 구성도 다양하였다. 이 점에서 의사결정 구조는 외부 전문 의견이 많이 투입되는 참여적 거버넌스로 평가되었다. 대통령자문 정부혁신지방분권위원회, 전자정부 전문위원회가 전자정부 로드맵을 발굴 및 추진하고, 행정자치부와 정보통신부 등 관련 부처들이 행정 지원하며 한국전산원이 기술적 지원을 하는 형태였다. 이 시기 기관들의 역할은 전자정부 전문위원회가 기획과 조정을 수행하고, 부처들이 실천과 행동을 수행하는 형태로 분담되었다.
전자정부 전문위원회는 정부혁신지방분권위원회 산하로 병렬 설치된 실․국장급 위원회로 기획과 조정을 수행하였다. 이 시기 기관들의 역할은 부처들이 실천과 행동을 수행하는 형태로 분담되었다.