학설은 이와 같은 판례의 논리에 대해 비판적인 견해를 지속적으로 제기해 왔다. 앞서 확인한 바와 같이 학설은 단체협약의 충돌 상황을 단체협약의 경합과 병존 상황으로 구분하여, 하나의 근로관계에서 복수의 단체협약이 경합하는 상황은 판례에서와 같이 ‘특별우선의 원칙’을 통해 하나의 단체협약만이 적용되는 것에 동의하지만, 적용대상의 구별이 가능하여 하나의 근로관계에서 단체협약의 충돌이 일어나지 않는 단체협약의 병존 상황에까지 단일단체협약 원칙을 적용하는 것은 기본법 제9조제3항에서 보장하고 있는 기본권인 단결의 자유를 침해하는 것으로 보았다.
학설은 단체협약의 충돌을 경합과 병존으로 구분한다. 경합 상황에서는 판례에 동의하나, 병존 상황에서의 단일단체협약 원칙 적용은 단결의 자유를 침해한다고 봤다.