정부가 전자금융거래에 공인인증서 의무화 정책을 도입한 것은 전자 상거래의 안정성과 신뢰성을 높이기 위함이었지만 공인인증서 의무화 정책에 대해 많은 비판이 있었다. 이 정책에 대한 비판은 현재 공인인증서 발급을 위해 공인인증 기관이 사용하고 있는 기술에 대한 비판과 전자금융거래에 공인인증서 강제를 통해 특정 기술을 강제한 것에 대한 비판으로 나뉠 수 있다. 현행 공인인증서 발급에 사용되는 기술에 대한 비판은 보안에 극도로 취약한 액티브엑스 기반이라는 점과 공인인증서가 특정 폴더에 저장돼 해킹과 피싱 등의 공격에 취약하다는 것으로 크게 구분할 수 있다. 또 공인인증서 강제를 통해 전자금융거래에 특정 기술을 강제한 것에 대해 특정 기관에 공인인증서 발급에 대한 독점력을 주어 새로운 기술의 발전을 막고, 새로운 시장의 발전을 저해한다는 비판이 있다. 또한 전자상거래는 인터넷의 특성상 국경 간 이동이 상대적으로 자유로운데, 전자상거래 결제에 공인인증서 사용을 강제함으로써 공인인증서가 없는 외국인이 국내 전자상거래업체의 소비자가 될 가능성을 원천적으로 봉쇄한 것에 대한 비판이 있다.
공인인증서 의무화 정책에 대한 비판은 액티브엑스 기반이고 특정 폴더에 저장돼, 보안이 취약하다는 공인인증 기관 사용 기술에 대한 비판과 새 기술, 시장 발전을 막거나 저해하고, 외국인이 소비자가 될 가능성을 봉쇄한다는 특정 기술 강제에 대한 비판으로 나뉜다.