그러나 이와 같은 지역의 상황과 달리 중앙행정기관에서는 성별영향분석평가제도가 정부기관의 무관심으로 인해 활성화되지 않고 있으며 이러한 차이가 나는 결정적인 이유는 두 가지이다. 첫째, 지방자치단체의 경우 행정자치부가 주관하는 정부합동평가 지표에 성별영향분석평가 관련 내용이 평가항목에 포함되어 있기 때문이다. 이 지표에는 성별영향분석평가 대상 과제 수와 공무원 교육인원이 포함되어 있고 그로 인해 지방자치단체에서는 대상과제 수를 늘리고 성별영향분석평가 관련 교육에 공무원들이 참여하도록 적극 독려하는 분위기이다. 반면에 중앙행정기관은 국무조정실이 주관하는 정부업무평가 지표에 성별영향분석평가 관련 내용이 전혀 포함되어 있지 않다.
중앙행정기관은 성별영향분석평가제도가 활성화되지 않았는데 그 이유 중 하나는 지방자치단체는 정부합동평가 지표에 성별영향분석평가와 관련된 항목이 있으나, 중앙행정기관은 그렇지 않기 때문이다.