보충의견(권순일, 김재형, 조재형 민유숙 대법관)에서 ‘법률을 해석할 때 같은 문제를 놓고 고민해 온 국제사회의 경험과 태도 변화를 고려할 수 있다. 양심적 병역거부에 관한 국제사회의 흐름은 최근 획기적 변화를 보이고 있다.’며 우리나라가 가입한 자유권규약, 유엔자유권규약위원회의 일반논평, 유엔인권이사회의 10차례 결의, 유럽연합기본권헌장, 유럽인권재판소의 판결을 언급하였습니다(판결문 83면). 이어서 여러 국제기구의 규약 해석은 존중되어야 하지만, 그 자체가 법적 구속력이 있는 것이 아니고 유럽연합과 유럽인권법원의 입장을 일반적으로 승인된 국제법규 또는 국제관습이라고 볼 수 없다고 하면서도 위와 같은 국제사회의 태도 변화는 중요한 시사점을 제공한다며 양심의 자유와 그 적용 문제는 인류의 보편적인 문제라고 설시하였습니다(판결문 84~85면).
보충의견에서 양심적 병역거부에 관한 국제사회 흐름의 획기적 변화를 거론하며 우리나라가 가입한 국제규약 등을 언급했습니다. 이어서 국제기구의 규약 해석이 법적 구속력은 없지만, 양심의 자유는 인류의 보편적 문제라고 설시했습니다.