그러나, 비거주자 신분상태에서 취득한 주택을 비거주자 신분상태에서 양도하거나, 국내에 1주택 소유한 1세대가 출국일(원칙적으로 세대전원이 출국한 날을 말하며, 해외이주법에 따른 현지이주의 경우에는 영주권 또는 그에 준하는 장기체류 자격을 취득한 날을 말함)부터 2년이 지나 당해 주택을 양도하는 경우로서 양도일 현재 비거주자인 경우에는 1세대 1주택 비과세 혜택을 적용받지 못하므로 위 산식을 적용하지 않고 전체 양도차익에 대하여 과세된다. 한편, 양도일 현재 비거주자인 경우에는 장기보유특별공제액을 계산할 때 10%~30%의 공제율을 적용한다.
비거주자 신분상태에서 취득주택을 양도하거나, 국내 1주택 소유 1세대가 출국이 후 2년이 지나 주택을 양도할 경우에는 전체 양도차익에 과세된다.