평가 방법은 사업단계별(설계-투입·집행-산출-성과) 공통 평가 지표를 중심으로 정책 목표에 대한 수혜자의 욕구 충족 및 효과성 등을 평가하는 것이다. 공통 평가 지표는 사업군 지원 대상의 포괄성, 사업 간의 관계(유사·중복·누락), 전달 체계, 자원 투입 및 지원 방식의 적절성, 성과 달성여부, 수혜자 욕구 충족률 등 기존의 타 평가와 중복되지 않도록 평가 과정에서 관련 부처와의 적극적인 협의를 통해 선정할 계획이다. 한편 핵심 평가는 사회적 이슈 및 관심도가 높은 과제를 대상으로 주요 쟁점을 중심으로 수시로 평가하도록 되어 있다.
기존의 평가와 중복되지 않는 공통 평가 지표를 중심으로 평가하고, 관심도가 높은 과제의 주요 쟁점을 수시로 평가하는 방식으로 핵심 평가를 실시할 계획이다.