세 협업 체계 모두 조직 자율성 측면에서는 유사한 결과를 보였다. 대부분의 응답자는 협업 체계의 목표 때문에 소속기관의 목표 달성, 소속기관의 독자성 유지, 소속기관의 기대에 부응하는 것이 어렵지는 않다고 인식하였다. 다만 지자체의 경우 방사능 안전관리에 있어서 조직과 협의체 간 목표의 조화 정도에 대해 가장 부정적으로 인식하고 있는 것으로 나타났다. 이와 같은 결과는 수산물 방사능 안전관리의 경우 최근에 매우 중요한 이슈로 부상하였음에도 불구하고 지방자치단체가 그에 대응하기 위한 인력과 장비 및 교육의 부족에 따른 어려움을 겪고 있기 때문으로 해석된다.
지자체의 경우 조직과 협의체 간 목표의 조화를 부정적으로 인식하고 있었다. 이는 수산물 방사능 안전관리를 위한 지자체의 인력과 장비, 교육의 부족 때문으로 해석된다.