수송용 에너지는 혼잡비용, 환경비용 등의 사회적 비용을 고려하여 다른 용도로 사용되는 에너지보다 높은 세금이 부과되어야 함에도 불구하고, 현재 CNG에는 33.7원/m3의 개별소비세(탄력세율)만 부과되고 있어 제도 개선이 필요하다. 수송용 천연가스에 대한 EU 에너지 지침상의 최소 부과액은 207원/kg으로서 현행 42원/kg보다 월등히 높은 수준이다. 현행 CNG에 대한 세금은 용도와 상관없이 부과되는 천연가스(LNG) 개별소비세(42원/kg) 이외에는 부과되고 있지 않기 때문이다. 이에 따라 휘발유 및 경유와 세금차이로 인해 CNG 차량으로 차량 개조가 이루어지고 있어 에너지수급이 왜곡되고 있는 실정이다.
수송용 에너지는 부가적인 사회적 비용 때문에 세금이 높아야 하는데 CNG는 그러지 않아 세제의 개선이 필요하다.