갈등영향분석제도의 실질적인 수행 실태에 대해서도 살펴보면 면담 중심의 획일화 된 갈등영향분석 방법이 사용되고 있다. 이로 인해 분석의 다양성면에서 다른 환경이나 규제영향분석보다 분석방법이 단조롭다는 지적이 많다. 이와 더불어 정부 부처별로 산발적인 갈등영향분석 프로세스를 사용하고 있어 갈등영향분석의 객관성과 정확성에 대한 문제도 계속 야기되고 있다. 그로 인해 종합적인 갈등영향분석을 위한 통합표준모델에 구축에 대한 논의가 지속적으로 필요한 실정이다. 이러한 갈등영향분석 제도의 운영 실태에서 오는 문제점들 중 가장 큰 사항은 갈등영향분석에 대한 법률적 강제성 부족하다는 것이다. 갈등영향분석과 비슷한 환경영향평가의 경우 환경정책기본법, 환경영향평가법, 환경영향평가법 시행령 및 시행규칙 등 관련 규정이 세분화되어 있으나 갈등영향분석은 대통령령의 공공기관 갈등 예방과 해결에 관한 규정 일부에 명시되어 있는 정도 법적 구속력이 환경영향평가에 비해 약하다고 할 수 있다.
갈등영향분석제도의 효과를 높이기 위해서는 면담 중심의 획일적 분석 방식에서 벗어나 다양한 방법을 사용해야 한다. 더불어 부처별로 분석 프로세스를 표준화하여 객관성과 정확성을 확보해야 하고, 법률적 강제성과 구속력을 보장받아야 한다.