전자문서법은 공인전자문서센터에 보관 중인 전자문서에 대해서 일정한 법적 효력을 부여하고 있지만, 전자화문서는 물론 전자문서도 원본성 또는 동일성을 인정받고 있지 못하다. 즉 전자문서는 전자문서의 일반적 효력에 따라 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 전자적 형태로 되어 있다는 이유로 문서로서의 효력이 부인되지 아니하고(제4조 제1항), 문서가 전자적으로 행해진 경우에 공인중개사법, 약사법, 관광진흥법 등의 법률(61개)에서 요구된 문서의 기록·보고·보관·비치 또는 작성 등의 행위가 이루어진 것으로 간주된다(제4조 제3항). 또한 전자문서를 공인전자문서센터에 보관하면 전자문서법 제5조의 요건을 충족한 것으로 보아 관계 법령에서 보관하도록 요구하고 있는 문서를 보관하고 있는 것으로 간주되고, 보관기간 중에는 전자문서의 내용이 변경되지 않았다는 것이 추정된다. 그러나 전자문서법은 전자문서의 원본성 내지 동일성에 대한 효력을 인정하고 있지 않아 문서보관자가 원본을 파기하고 전자문서만 보관하는 경우에 상대방이 이의를 제기하면 문서보관자가 전자문서의 원본성 내지 동일성을 입증해야 하는 문제가 있다.
전자문서법은 공인전자문서센터에 보관하면 그 기간 중에는 전자문서의 내용이 변경되지 않았다고 추정하여 일정한 법적 효력을 지니지만, 원본이 파기된 전자문서만으로는 원본성 또는 동일성을 인정받지 못한다.