또한 원전의 계속 운전을 검토할 때는 방사성폐기물 처분에 대해서도 고려해야한다. 고준위 방사성폐기물은 최종처분방식과 처분장이 결정되지 않았으므로 제외하더라도 중저준위 방사성폐기물은 원전의 계속운전과 신규 원전 준공여부에 따라 장기 폐기물 발생량이 달라질 수 있으므로 경주의 방사성폐기물 처분장(이하 “방폐장”)이 이를 수용할 수 있는가를 검토할 필요가 있다. 경주 방폐장은 총 80만 드럼을 수용할 수 있는 부지에 현재 10만 드럼을 수용할 수 있는 1단계 시설이 사용승인을 앞두고 있다. 따라서 장기 중저준위 폐기물 발생량이 경주 방사성폐기물 처분장의 시설용량에 수용가능한가를 파악할 필요가 있다.
원전의 지속적인 운전을 검토할 때는 방사성폐기물 처분 여부도 고려해야한다. 고준위 방사성폐기물을 제외한 중저준위 폐기물의 용량이 경주 처분장에 수용 가능한 용량인지 확인해야한다.