한편, 학교조직에서 관료제 모형은 학교조직의 외향적 특성을 설명하기에 의미가 있지만, 관료제 모형 자체로만으로는 설명할 수 없는 학교조직의 특징이 존재한다는 지적 또한 제기되고 있다. 이에 대한 대표적 비판으로는 학교조직이 공식적 조직 구조로만 운영되지 않는다는 점이다(Hoy & Miskel, 2008: 97; Scott, 2003: 62). 즉 학교조직에서는 여러 소규모 집단의 연합, 비공식적 의사소통 경로, 비공식적 리더십이 공식적 규범 체제와 구조에 직･간접적인 영향을 주는 사례가 많지만(안암교육행정학연구회, 2014: 52-53; Meyer & Rowan, 1992: 94), 관료제 모형은 학교조직에 있어서 공식적 조직 구조 측면만 강조할 뿐 비공식 조직 구조의 존재는 물론이며 그 중요성이나 의미를 경시하고 있다. 이는 학교조직의 자율적 속성과 분권화 혹은 느슨한 결합 특성을 경시하고 있다는 주장과 맥락적으로 일치한다고 볼 수 있으며, Tyler(1988: 79-85) 또한 학교조직의 규모에 따라 관료제 특성의 강도가 다를 수 있으며 이는 학교조직의 전문직적 자율성 강조와도 무관하지 않음을 강조하고 있다. 이처럼 학교조직은 관료제 모형으로 많은 부분 설명이 가능하지만 또 한편으로는 관료제 모형만으로는 일반화하여 설명할 수 없는 구조적 특성을 지니고 있음을 알 수 있다.
학교조직의 관료제 모형은 공식적인 구조 측면을 해석할 수 있지만 해석되지 않는 특성과 소규모 집단의 연합, 비공식 의사소통 경로, 비공식적 리더십 등 비공식적 조직 구조가  공식적 조직 규정과 체계에 영향을 주는 부분에 있어서는 경시하고 있다. 이처럼 학교조직은 관료제 모형만으로는 일반화할 수 없는 구조적 특성이 있다. 