공소시효는 범죄에 대한 국가의 공소제기 권한·의무일 뿐 국민의 행동의 자유를 직접 침해하거나 제한하는 것은 아니라는 점, 범죄자가 공소시효기간을 사전에 예측하여 그에 대한 신뢰를 갖는 것도 아닌 점, 공소시효의 정지·연장·배제에 관한 9회의 제정·개정(형사소송법 3회, 성폭력처벌법 4회, 청소년 성보호법 1회, 아동학대처벌법 1회) 중 경과규정으로 부진정소급효를 인정한 것 4회(형사소송법 제253조의2 살해범죄 공소시효배제 신설, 성폭력처벌법 제20조 제1항‧제2항 및 청소년성보호법 제7조의3 공소시효정지‧연장 신설, 성폭력처벌법 제21조 제3항 공소시효배제대상 추가), 소급효를 부정한 것 1회(형사소송법 제249조 제1항 공소시효연장 개정)로서 부진정소급효를 인정한 부칙이 다수인 점, 경과규정을 두지 아니한 4회의 개정의 경우 대법원이 부진정 소급효를 인정한 것이 2개, 부정한 것이 1개로서 해석으로도 부진정소급효를 인정한 것이 다수인 점, [대상판결 1]의 사안에서 보듯이 2006. 5.경에 범한 장애인 준강간과 그로부터 1달 후에 범한 장애인 준강간을 공소시효의 측면에서 달리 취급할 타당한 이유가 없는 점 등에 비추어, 행위자에게 불리하게 공소 시효가 정지·연장·배제되는 법률의 제정과 개정이 이루어진 경우 비록 부진정 소급효를 인정하는 경과규정이 없더라도 이는 입법의 미비일 뿐으로 해석에 의해 부진정소급효를 인정하여야 할 것이다. 따라서 [대상판결 1] 보다는 [대상판결 2]의 판시가 타당하다고 생각한다.
행위자에게 불리하게 공소 시효가 정지·연장·배제되는 법률의 제정과 개정이 이루어진 경우 비록 부진정 소급효를 인정하는 경과규정이 없더라도 이는 입법의 미비일 뿐으로 해석에 의해 부진정소급효를 인정하여야 할 것이다. 따라서 [대상판결 1] 보다는 [대상판결 2]의 판시가 타당하다고 생각한다.