그러나 주거보조금 제도에도 한계가 있다. 주거보조금 제도는 주택시장의 공급과 수요가 어느 정도 균형을 이루었을 때 그 효과를 온전하게 발휘할 수 있다. 특히 주택공급이 부족할 경우에는 임대료 상승을 초래할 수 있고, 이로 인해 주거보조금의 기대효과는 매우 제한적으로만 실현될 수 있다(Jetter, 1995, p.15). 또한 제도가 소득변화 및 물가인 상에 적절하게 연동되어야 수급자에게 실질적인 보조가 될 수 있다(Schaefer, 1993, p.15). 주지할 점은 주거보조금이 적절한 주거공간 창출에 직접적으로 기여하는 것은 아니라는 점이다. 주거보조금 제도가 투자유인을 통해 주택공급을 늘리는 장치로 활용 되려면 시장의 수요와 공급에 맞춰 적절하게 조정될 필요가 있다. 또한 급여지급이 신청 주의에 기초하므로 수급자격을 갖췄음에도 불구하고 지원받지 못하는 가구도 많다 (Jetter, 1995, p.15). 따라서 실질적으로 지원을 필요로 하는 가구를 적극적으로 발굴해 내는 작업도 요청된다.
주거보조금 제도는 주택시장의 공급과 수요가 어느 정도 균형을 이룰 때 효과를 발휘할 수 있으며, 제도가 소득변화 및 물가인상에 적절하게 연동되어야 실질적인 보조가 될 수 있다. 이 같은 주거보조금은 기여 방식과 신청에 주지해 실질적 지원이 필요한 가구를 발굴해야만 한다.