이후 1960년 4·19 혁명으로 이승만 정부가 무너진 후 ‘7.9 선거’에서 집권하게 된 윤보선 정부는 ‘유엔 감시하의 남북 자유총선거’에 의한 통일을 주장했다는 점에서 기존 통일정책의 틀을 벗어나지 않았다. 달라진 것은 외무장관 성명을 통해 북진통일론을 공식 부인한 것과 총리 연설을 통해 ‘선 경제건설 후 통일’의 원칙을 밝힌 것인데, 그러한 정책기조는 이후 정부의 통일정책으로 계승됐다. 다른 한편으로는 정부의 우려에도 불구하고 4·19 혁명 이후 혁신계를 비롯한 일부 학생들의 통일논의와 운동이 남북협상론, 중립화통일론 등 다양한 형태로 전개되기도 했다.
윤보선 정부는 기존과 같이 자유총선거에 의한 통일을 주장했지만, 북진통일론을 부인하고 ‘선 경제건설 후 통일’을 주장했다는 차이가 있다. 이는 이후 정부에도 계승됐다.