당시 훈련소 장교들은 집총거부 행위에 대하여 혹독한 고문과 박해로 집총을 강제해보려고 하였고, 논산훈련소 헌병대에서는 일제강점기 당시 독립투사를 고문하던 벽관이라는 고문 도구를 독거특창이라는 이름으로 부활시켜 병역거부자들을 고문하기도 하였습니다. 독거특창은 앞뒤 60cm, 폭 60cm, 높이 1m 70cm의 감옥으로, 집총을 거부한 사람을 손은 뒤로 묶은 채 가두었고 헌병이 벨을 누르면 즉시 벨을 눌러서 답해야 하였는데 손이 결박되어 있어 벨도 입으로 눌러야 하였고 즉시 벨을 누르지 않으면 단체로 매질을 당하였습니다. 당시 군에 복무하던 병사들의 증언에 따르면, 병사들에게 집총거부자들은‘샌드백’,‘스트레스 해소장’,‘화풀이 대상’이었습니다. 군의문사진상규명위원회의 진상조사와 확정된 결정에 따르면 최소한 5명의 병역거부자가 박정희 군사정권 당시 구타와 고문으로 인해 목숨을 잃었고 그 당시 구타로 인해 현재까지도 많은 집총거부자가 신체적, 정신적 장애로 후유증을 앓고 있습니다.
당시 집총거부자들은 집총하도록 훈련소 장교들에게 혹독한 고문과 박해를 당했고, 다른 병사들에게도 화풀이 대상이었습니다. 진상조사에 따르면 최소 5명이 박정희 군사정권 당시 목숨을 잃었고, 많은 집총거부자가 후유증을 앓고 있습니다.