탄소세 국경 간 조정은 그 수단을 시행하는 법적 관할 지역을 넘어서는 파급효과를 갖는다는 점에서 일반적인 탄소세 부과방식과 근본적인 차이를 보인다. 탄소 관련국경세 조정은 탄소누출 완화에 효과적으로 작용한다는 것이 다양한 연구를 통하여 밝혀졌지만, 실제 적용을 위해서는 제3지역에서 수입된 제품과 서비스에 내재하는 온실가스 배출량에 대한 정확한 회계처리 및 보정에 따른 막대한 행정비용을 지불해야 하는 현실적인 한계가 있다. 즉, 탄소 국경세를 도입하는 관할 당국이 제3국에 있는 법인의 배출량에 대한 정확한 측정을 담보할 만한 법적 구속력을 갖지 못한다는 점과 배출량에 대한 정확한 모니터링, 보고 및 제3자 검증 기반을 완벽하게 갖추기 어렵다는 점이다. 시행을 위한 제반 여건이 미흡할 경우, 수입품에 대하여 국내 동종 제품에게 부과되는 탄소세 수준을 초과하여 국경세 조정에 따른 세금을 부과하는 결과를 초래할 수 있고, 이는 동일 제품에 대해 차별을 금지한 GATT 제3조의 내국민대우 원칙을 위반할 소지가 있다. 따라서 현재까지 WTO 조약 등의 문제로 인하여 실제로 국경세 조정이 집행된 사례는 없었으며, 미국은 2009년에 연방법으로 국경조치 도입을 시도한 적 이 있고, EU는 OECD 작업반을 통해 최근 국경조치 도입 가능성을 연구하는 등 선진국들을 중심으로 논의만 이루어지고 있다. 지금은 제품 및 공정의 탄소배출에 대한 산출표준이 명확하지 않아 국경세 조정이 도입될 가능성이 낮으나, 앞서 언급한 EU를 중심으로 진행되는 SMGP 작업이 완료될 경우 이를 근거로 한 국경세 조정 시도가 활발해질 것으로 예상된다. 특히 항공업 및 시멘트 제조업과 같이 상대적으로 동종 품질의 제품으로 구성된 섹터를 중심으로 시행·확산될 것으로 예측할 수 있다.
제품 및 공정의 탄소배출에 대한 산출표준이 명확하지 않아 국경세 조정이 도입될 가능성이 낮으나, 앞서 언급한 EU를 중심으로 진행되는 SMGP 작업이 완료될 경우 이를 근거로 한 국경세 조정 시도가 활발해질 것으로 예상된다. 특히 항공업 및 시멘트 제조업과 같이 상대적으로 동종 품질의 제품으로 구성된 섹터를 중심으로 시행·확산될 것으로 예측할 수 있다.