그러나 제3판의 개정 방향성은 매우 타당하다고 인정되나, 적용하고 있는 편익 종류 및 편익 산정을 위한 세부적인 기준 설정 등에서는 추가적인 개선이 필요할 것으로 판단된다. 예를 들면, 공식적･객관적 자료 확보의 어려움을 이유로 한 비현실적인 기준 적용, 화물분류 기준의 불명확성, 분석 및 산정방법의 어려움 등에 따른 편익적용 제외 등과 더불어 해외 및 국내 타 SOC 사업에서 적용되고 있는 동일한 편익의 제외 등 형평성 문제도 제기되고 있다. 이는 항만분 사업의 경제성 확보 여부의 차원이 아닌 표준지침으로서의 객관성과 합리성을 강화하는 차원에서 접근되어야 할 사안이라 판단된다. 즉, 사회적으로 필요한 시설이 개발되지 못하거나 필요 없는 시설을 개발하는 오류를 방지하기 위한 관점에서도 필수적으로 개선되어야 한다. 또한 2016년에 제3차 항만기본 계획 수정계획이 고시되어 앞으로 항만부문 사업의 예비타당성조사 수요가 많이 발생할 것으로 예상되고, 이제 본격적으로 시작되었다고 볼 수 있는 표준지침의 개정 작업도 지속적으로 해 나가야 할 필요성이 크기 때문에 향후 개선과제, 방법 및 그 방향성을 제시하는 연구의 수행 필요성이 높은 시점이라 할 수 있다.
3판의 개정 방향성은 타당하나, 편익의 종류와 산정을 위한 세부적 기준에 대한 개선이 필요하다. 객관성, 합리성을 추구하고 사회적으로 시설에 대한 필요 여부를 결정할 수 있기 때문이다. 제3차 항만기본 계획 수정계획에 따라 항만 사업의 예비타당성 조사가 많아지기 때문에 표준지침의 개정 작업을 지속적으로 진행해야 한다.