다음으로, 대상판결은 포괄임금계약이 성립되었다고 가정하더라도 포괄임금계약은 근로자에게 불이익하여 무효라고 판단하였다(유효성 부인). 최근 대법원은 포괄임금제의 유효성 여부와 관련하여 근로시간의 산정이 가능한 경우와 불가능한 경우로 나누어 판단기준을 달리 제시하였다. 근로시간의 산정이 가능한 경우 ‘실근로시간을 기준으로 근로기준법이 정한 기준에 따라 산정된 법정수당’과 ‘포괄임금으로 지급받은 제 수당’을 비교하였을 때 법정수당에 미달한다면 근로자에게 불이익하여 무효이며, 근로기준법 제15조의 부분 무효의 법리에 따라 미달되는 부분에 한하여 무효이고 이 미달되는 차액을 지급해야 한다. 대상판결도 이러한 판례법리에 좇아 “근로기준법상의 근로시간에 관한 규정을 그대로 적용할 수 없다고 볼 만한 특별한 사정이 인정되지도 아니하므로, 포괄임금에 포함된 법정수당이 근로기준법이 정한 기준에 따라 산정한 법정수당에 미달하는 때에는 그에 해당하는 포괄임금제에 의한 임금 지급계약 부분은 원고에게 불이익하여 무효라 할 것이다.”고 판시하였다.
최근 대법원은 포괄임금제의 유효성 여부와 관련하여 근로시간의 산정이 가능한 경우 포괄임금으로 받은 수당이 법정수당보다 적으면 근로자에게 불이익하여 무효이며, 근로기준법 제15조에 따라 미달 금액을 지급해야 한다고 본다. 대상판결 역시 이를 따라 포괄임금계약의 유효성을 부인하였다.