컨테이너는 수출의 경우 전수 조사를 하나, 수입의 경우 샘플 검사를 실시하고 있다. 점검 수량은 2009년 3,317개에서, 2010년 3,693개, 2011년 4,297개, 2012년 4,876개, 2013년 5,409개로 매년 증가하고 있다. 항만별 점검 수량은 2013년 기준 물동량이 가장 많은 부산지방해양수산청이 3,976개로 가장 많았으며, 다음으로 여수지방해양수산청 527개, 인천지방해양수산청 508개, 울산지방해양수산청 239개 순이며, 위반율은 2010년 21.9%로 높은 수준이었으나 지속적으로 감소하여 2013년 6.2%를 기록하였다.
컨테이너는 수출 시 전수조사를, 수입 시 샘플 검사를 실시하며, 점검 수량은 매년 증가하고 있으며 위반률은 지속적으로 감소하고 있다.