갈등영향분석 이후 제기되는 문제점을 살펴보면 델파이에서는 갈등사안이 갈등영향분석을 수행함으로서 정치적이거나 감정적인 문제로 비화되는 경우가 발생하는 문제에 대한 의견이 많이 나왔고 합의형성을 위한 절차 제시가 영향 분석 내용에 부족한 것에 대한 문제도 언급되었다. 특히 갈등영향분석에서 너무 추상적이거나 규범적인 대안을 제시하여 분석 이후 단계로 발전하는데 어려움이 있다는 의견도 나왔다. 그로 인해 갈등영향분석과 갈등 해소 방안 사이의 연관성 미흡하여 갈등영향분석 이후 갈등 심화나 증폭이 우려되는 상황이 발생한 다는 지적이 나왔다. 또한, 갈등영향분석이 문제 해결의 실질적 도움 보다는 책임자의 회피 목적을 위한 방안으로만 사용되고 있으며 갈등영향분석 실시를 통한 모범적 갈등해결 사례 홍보 부족하다는 것을 보여주고 있다.
델파이에서는 갈등영향분석 이후의 문제점을 제시했는데, 합의를 위한 절차가 분석 내용에 부족하다 지적했다. 구체적이지 않은 대안으로 이어지며 실질적으로 도움이 되지 않아 갈등이 깊어진다는 우려도 나왔다.