생체 정보가 본인 식별이나 인증을 위해 활용되는 것은 그 유일성, 불변성 때문인데, 바로 그와 같은 특성 때문에 개인의 프라이버시에 미치는 영향도 치명적일 수 있다. 유출되었을 경우 변경이나 무효화할 수 있는 신용카드 등과 달리, 한번 유출되면 그 피해를 복구하기가 거의 불가능하다고 할 수 있다. 개인정보 유출로 인한 신원 도용의 문제외에도, 인식 오류로 인한 피해, 장애인 접근권의 문제 등도 피할 수 없다. 또한 DNA나 얼굴인식과 같이 수집된 정보들이 인증 목적의 정보 외에도 다른 정보 역시 포함할 수 있기 때문에, 친족 등의 프라이버시 침해나 목적 외 이용 등의 문제도 제기된다.
생체 정보는 그 유일성, 불변성으로 인해 개인정보의 유출은 개인의 프라이버시에 큰 피해를 줄 수 있다.