스토킹 피해자 지원기관은 각 법안이 모두 다른 안을 제시하고 있다. 남인순 의원 안은 스토킹 피해자를 위한 별도의 기관을 설립하는 대신, 「가정 폭력 방지 및 피해자 보호 등에 관한 법률」의 가정 폭력 관련 상담소, 「성폭력 방지 및 피해자 보호 등에 관한 법률」의 성폭력 피해 상담소 등 유관기관에서 피해자를 지원하도록 하고 그에 따른 예산을 지원하도록 하였다. 반면 이낙연 의원 안과 김제남 의원 안은 스토킹 피해자 지원 시설을 별도로 설립할 수 있도록 하고 있다. 이낙연 의원 안에서는 설립 주체를 명시하지 않고 등록 및 감독 등 필요한 사항을 대통령령에서 정하도록 위임한 반면에, 김제남 의원 안에서는 국가나 지방자치단체가 직접, 또는 사회 복지 법인과 기타 비영리 법인이 시장, 군수, 구청장의 인가를 받아 지원 시설을 설치, 운영할 수 있도록 하였다. 설치, 운영에 대해서는 법무부령에 위임하는 방식을 취하였다.
스토킹 피해자 지원 기관에 대해 이낙연 의원은 대통령령 차원에서의 별도 시설 설립 안을, 김제남 의원은 법무부령 위임 하 정부 기관 혹은 민간 주도의 별도 시설 설립을 제시했으며 남인순 의원은 유관기관의 피해자 지원과 예산 지원안을 제시했다.