이와 함께 과학기술 연구개발의 성과확산을 위하여 기술이전 및 사업화를 촉진하고, 연구기관과 기업체의 연계강화를 통한 시너지를 유도하기 위하여 지방과학연구단지와 연구개발특구가 지정되어 운영되고 있다. 지방과학연구단지는 지역균형발전을 위한 지역의 첨단산업을 육성하기 위하여 대전, 청주, 전주, 강릉, 부산, 대구, 구미, 창원, 울산에 설립되어 지원되고 있다. 연구개발특구로는 2005년에 대덕연구개발특구가 지정되었으며, 이후 대구와 광주에 추가로 연구개발특구가 지정되었다. 현재 대덕연구개발특구는 국가혁신체계의 중추적 위상을 지닌 첨단융합산업의 허브로 육성되고 있으며, 대구와 광주의 연구개발특구는 지역혁신체제의 위상을 갖는 광기반 및 IT기반 융복합산업의 거점으로 육성이 추진되고 있다.(산업통상자원부 외 2013: 305)
각 지방의 지방과학연구단지와 대덕연구개발특구를 포함한 여러 연구개발특구가 운영되고 있다. 현재 대덕연구개발특구는 첨단융합산업의 허브로, 타 특구는 광기반 및 IT기반 융복합산업의 거점으로 육성이 추진되고 있다.