소득공제제도의 도입 효과 중 가장 큰 것은 과세 형평성이 제고된다는 것이다. 또한 본 연구결과를 토대로 소득공제액을 5억원으로 설정하여 소득공제제도를 도입한다면, 1세대 1주택자라 하더라도 양도차익이 5억원을 초과하는 경우에만 세부담이 발생하게 된다. 이때 재정패널 자료에서 양도차익이 5억원을 초과하는 경우는 거의 없기 때문에 이런 특징이 모집단에도 유사하게 나타난다면 소득공제제도의 도입으로 인한 조세저항은 미미할 것으로 보인다. 따라서 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도가 소득공제제도로 전환될 경우, 과세대상을 고급주택 여부에 상관없이 1세대 1주택자 중 과도한 양도차익을 발생한 사람을 타깃(target)으로 할 수 있기 때문에 과세 불형평성이 개선될 수 있는 것이다.
소득공제제도가 도입되면,  과세대상을 1세대 1주택자 중 과도한 양도차익을 발생한 사람을 타깃으로 할 수 있기 때문에 과세 불형평성이 개선될 수 있다.