의료기관 인증은 의료기관평가인증원에서 실시하고 있다. 해당 누리집(www.koiha.or.kr)에서 제시하는 의료기관 인증의 설계 방향을 보면 “인증제는 순위를 정하는 상대평가와는 달리 의료기관의 인증 기준 충족 여부를 조사하는 절대평가로 공표된 인증 조사 기준의 일정 수준을 달성한 의료기관에 대해 4년간 유효한 인증 마크를 부여하는 제도”라고 설명하고 있다. 대상은 모든 의료기관이며, 병원급 이상 의료기관은 자율적으로 인증을 신청할 수 있다. 다만 요양 병원과 정신병원은 의료 서비스의 특성 및 환자의 권익 보호 등을 고려하여 2013년부터 의무적으로 인증 신청을 하도록 의료법에 명시되어 있다.
의료기관 인증은 모든 의료기관을 대상으로 하고, 병원급 이상 의료기관은 자율적으로 신청이 가능하다. 그러나 요양 병원과 정신병원은 의료법에 따라 의무적으로 신청해야 한다.