대통령이 신년사에서 직접 인적자원정책의 총괄 조정을 담당할 교육부총리를 발표한 상황에서 각 부처의 직접적인 반대는 거의 없었다. 고등교육 분야는 전문인력 양성과 연구지원 기능 때문에 거의 모든 부처가 그 기능을 강화하기를 원하고 있었으며, 적어도 이것만으로도 정부부처들의 대학지원과 연구지원의 공통 규칙을 정하고 종합하는 등의 총괄 조정 수요가 생긴다는 것에 모든 부처가 동의하였다. 그리고, 정부조직법개정을 위한 부처 간 협의 과정에서 관련 부처들이 고등교육을 지원하고 교육부가 총괄·조정한다는데 동의하였다. 그러나, 교육부총리 승격 이후 교육부 대학국이 부처 간의 양해사항을 무시하고 각 부처의 대학지원에 대한 접근을 가로막아 부처 간 뿐만 아니라 교육부 내의 인적자원정책국과 대학국 사이에도 갈등이 심화되었다.
모든 부처가 고등교육 분야의 전문인력 양성과 연구지원 기능 강화를 원했으며 정부 부처의 총괄 조정 수요가 생겨 동의하였는데 교육부총리 승격 후 부처의 대학지원을 막아 인적자원정책국과 대학국 사이 갈등이 심화됐다.