보상청구의 관할법원은 확정된 무죄판결을 한 법원이며, 형사 합의부에서 재판한다 (형사보상법 제7조, 제14조 제1항). 청구기간은 무죄재판이 확정된 사실을 안 날부터 3년, 무죄재판이 확정된 때부터 5년 이내이다(동법 제8조). 이 같은 청구기간은 종래 형사보상법(2011. 5. 23. 법률 제10698호로 전부개정되기 전의 것)이 무죄재판이 확정된 때부터 1년 이내로 정하고 있었으나, 헌법재판소가 헌법불합치 결정을 함으로써 5년 이내로 연장된 것이다. 이에 대해 헌법재판소는 1년 이내라는 청구기간이 일반적인 사법상의 권리보다 더 확실하게 보호되어야 할 권리인 형사보상청구권의 보호를 저해하고 있기 때문이라고 판시하였다.
형사보상법에 의해 보상청구의 관할법원은 무죄재판을 한 법원이고, 형사 합의부에서 재판한다. 청구기간은 무죄재판 확정사실을 안 일자부터 3년, 확정일로부터 5년 이내이다.