또한, 고용사업주가 출퇴근 비용을 환급해 주는 경우에는 고용사업주와 고용인 간의 이해관계가 충돌될 것으로 예상된다. 고용사업주는 근로자에게 교통비수당을 통상급여로 포함하여 지급하고 있기에 중복되는 제도로 인식할 가능성이 크다. 반면 근로자는 추가로 출퇴근 비용을 환급해 주는 제도일지라도, 현행의 교통수당 명목으로 지급받는 비용이 통상급여에서 삭감되어 임금수준을 후퇴시킬 수 있기 때문에 반발이 발생할 수도 있다. 따라서 고용사업주가 출퇴근 비용을 직접적으로 환급해주는 대안의 실질적 도입을 위해서도 이해 당사자 간의 협의가 전제되어야 할 것이다.
출퇴근 비용 환급은 고용사업주와 고용인간 이해관계가 충돌될 것으로 예상되기 때문에 직접 환급해주는 대안이 실질적으로 도입되려면 이해당사자간 협의가 되어야 한다.