다만 「소득세법 시행령」 제38조 제1항에 열거된 항목 중 두 개의 항목에 대해서는 예외규정으로 근로소득에 포함되지 않는 소득을 규정하고 있다. 첫째, 주택을 제공함으로써 받는 이익은 근로소득에 포함되지만 종업원, 주주나 출자자가 아닌 임원, 소액주주, 국가나 지방자치단체로부터 근로소득을 지급받는 사람이 무료 또는 저가로 사택을 제공받는 경우에는 그 이익을 근로소득으로 보지 않는다(시행령 제38조 제1항 제6호, 시행규칙 제15조의2). 둘째, 사용자가 종업원이나 종업원의 배우자, 기타 가족을 계약자나 수익자로 하는 보험의 보험료를 부담하는 경우에 그 부담액을 근로소득으로 보지만, 종업원의 사망 · 상해 또는 질병, 업무상 행위에 따른 손해배상 등의 위험에 대비한 일부 보험의 보험료는 근로소득에 포함하지 않는다(제12호). 좀 더 구체적으로 보면, 종업원의 사망 · 상해 또는 질병을 보험금의 지급사유로 하고 종업원을 피보험자와 수익자로 하는 보험으로서 만기에 납입보험료를 환급하지 아니하는 보험(단체순수보장성보험)과 만기에 납입보험료를 초과하지 않는 범위 안에서 환급하는 보험(단체환급부보장성보험)의 보험료 중 연 70만원 이하의 금액 한도 내에서 근로소득으로 보지 않는다. 그리고 임직원의 고의(중과실을 포함한다) 외의 업무상 행위로 인한 손해의 배상청구를 보험금의 지급사유로 하고 임직원을 피보험자로 하는 보험의 보험료도 근로소득으로 보지 않는다.
「소득세법 시행령」 제38조 제1항에는 근로소득이 아닌 소득이 예외적으로 포함되어 있다. 해당 소득 항목은 두 가지인데, 하나는 회사나 국가 및 지자체 소속으로서 무료나 저가로 사택을 제공받는 것이다. 다른 하나는 사용자가 종업원을 피보험자 및 수익자로 하여 종업원의 건강 및 업무상 손해에 대해 보험을 들 경우의 보험료이다.