중학생들은 두 번의 커다란 전환을 겪게 된다. 한 번은 초등학생의 의존성에서 벗어나 자신의 적성이나 진로 등을 위한 ‘자립의 입구’로 들어서는 것이고, 또 다른 하나는 보다 다양한 선택지의 진로 결정을 ‘준비’하게 되는 것이다. 이것이 초등학교와 고등학교와 다른 중학교 나름의 독자성을 형성하게 하는 것이라고 할 수 있다. 자유학기제는 학교의 제도적 및 구조적 개혁보다는 다양한 프로그램과 교육과정, 수업 방법 개선 등을 통해 중학생 연령 단계의 급격한 변화와 갑작스럽고 다른 새로운 환경에 대응하여 그들의 전환이 보다 부드럽고 원활하게 이루어지도록 하는 데 초점이 맞추어져 있다고 할 수 있다. 자유학기제에서 한 학기동안 중간·기말고사라는 부담에서 벗어나 다양한 활동을 도모하는 것도 중학생들이 안고 있는 전환의 문제를 해결하는 데 일정 정도 기여할 것으로 본다. 이러한 점에서 자유학기제는 중학교의 독자성을 형성하는 것과 밀접한 관련성을 지니고 있는 것이라고도 할 수 있다. 다만 ‘한 학기’를 어느 학기로 할 것인가가 전면 실시를 앞두고 커다란 과제로 남아 있다. 이에 대해서는 현재 학교 자율로 두는 것 및 특정 학기를 정할 필요가 있다는 것 등 다양한 견해가 있다. 본고에서는 학생의 전학이나 자유학기를 중심으로 한 전·후 학기의 교과 재구성 문제 등을 감안할 때 학기를 통일하는 것이 바람직하다고 본다. 또한 초등학교에서 중학교로의 ‘전환’이라는 관점에서 볼 때 가능한 한 고학년보다 1학년, 그 중에서 특히 교사의 이동 문제 등을 감안하여 1학년 2학기가 가장 적절할 것으로 본다. 이에 대해서는 본 연구의 제Ⅴ장에서 그 방안과 함께 보다 구체적으로 다룬다.
중학교에서 초등학교로 진학하는 시기에 놓은 중학생은 자립을 위한 준비와 진로 결정을 하게 된다. 이는 중학교의 독자성 형성과도 관계를 갖는다. 이러한 전환의 과정에서 학생들의 부담을 덜기 위해 교육과정 및 수업방식의 개선, '한 한기' 동안의 무시험 등을 통해 완충지대 역할을 하는 것이 자유학기제이다. '한 학기'에 대한 다양한 견해가 존재하지만 본고는 전환의 관점과 교사 이동 문제 등을 감안하여 1학년 2학기로 통일하는 안을 제안한다.