하지만, 남북관계에서 경제·사회·문화 부문과 정치·군사 부문의 연계는 쉽지 않았으며, 경제적 협력은 정치·군사적 협력으로 확산되지 못했다. 남북관계가 일부 개선된 점은 긍정적이었지만, 북한이 근본적으로 변화하고 있었던 것은 아니었다. 포용정책은 북한이 남한의 정책에 대해 선의로 화답할 것을 전제하는데, 북한은 대내외적인 이유로 항상 상호성의 원칙 하에 유화적으로 행동했던 것은 아니었다. 북한에게 상호적인 선의를 기대하기가 어려운 이유는 기능주의적 확산 효과를 북한에 적용하기에 아직은 한계가 있기 때문이었다. 기능주의적 통합전략은 기본적으로 국가와 국가이익을 단일하게(unitary) 보지 않고 다양하게 보는 다원주의(pluralism) 관점에 기반하고 있다. 유럽 통합의 과정에서 보면, 국가이익은 하나가 아니었다. 정부, 시민사회, 이익단체, 개인, 초국가 기구 등 다양한 행위자들에 의해 국가이익은 재해석되고 복잡한 양상을 띠게 되었다. 이 과정에서 비정부 행위자들이 추구하는 이익이 반드시 정부 이익과 일치한 것은 아니었기 때문에 통합의 이익이 사회 내에서 확산되는 경향이 있었다. 하지만, 북한의 경우에는 아직 다원적인 국내정치 환경이 성숙되지 못했기 때문에 기능주의적 통합 접근이 성공하기에 구조적 한계가 있었다. 기능주의적 대북정책이 성공하려면, 북한의 개혁개방과 국가발전 전략이 변화하고 사회가 다원화되어야 한다. 하지만, 현재 북한 정권의 속성상 그러한 정치체제의 구조적 변화를 기대하기는 어렵기 때문에 기능주의적 통합전략은 한반도에서 한계를 가질 수밖에 없었다. 결국 남북관계에서 기능주의적 통합전략은 북한체제의 성격과 전략 변화를 고려하여 현실주의적 사고를 결합하여 전략을 재조정할 필요가 있다.
남북 관계에서경제·사회·문화 부문과 정치·군사 부문의 연계가 쉽게 이루어지지 않는 것은 북한이 상호성의 원칙 하에 유화적으로 행동하지 않기 때문이며, 이는 북한의 단일화된 정치환경에 기인한다.  기본적으로 국가와 국가 이익을 다양하게 보는 다원주의관점의 기능주의적 통합 전략이 성공하기 위해서는 북한의 개혁개방, 국가 발전 전략의 변화와 더불어 사회가 다원화되어야 한다.  결국 남북 관계에서 기능주의적 통합 전략은 재조정될 필요가 있다.