정부재정지원사업이 짧지 않은 기간 진행되어 왔음에도 불구하고 정부재정지원사업의 문제점들이 개선되지 않고 있다. 정부재정지원사업의 문제점 중 하나는 포뮬러에 사용되는 평가지표의 선정에 있어, 현실적으로 해당 지표가 고등교육의 질을 높이는지에 대한 실증적 분석 없이 자의적으로 선정되고 있다는 것이다. 또한 평가지표의 가중치 역시 객관적 분석 없이 부여되어 운영되고 있다. <표 2>에서 보여주듯이 교육역량강화사업의 경우를 예로 들면, 취업률을 제외하고는 성과지표라고 할 수 없는 교육투입지표들을 성과지표로 사용하였고, 성과도 실증되지 않은 다양한 교육투입지표들이 사용되었으며, 그 가중치도 자의적이며 또 매년 변경되었다. 이러한 교육지표의 선정이나 가중치는 그 근거가 객관적인 논리나 성과에 관한 실증적 자료에 기초하고 있지않아 신뢰성이 떨어지고 재정지원사업의 효과성도 보장하지 못하고 있다.
정부재정지원사업의 문제점으로 평가지표를 정할 때 현실적으로 해당하는지표가 고등교육의 질을 향상시키는지에 대한 실제로 증명할 만한  분석없이 자의적으로 설정되고 또한 평가지표의 중요도 역시 객관화된 분석 없이 정해져서 운영되었다.