조직개편으로 정권의 의도를 구현하려는 집권한 정치권력과 기득권을 뺏기지 않으려는 직업관료 사이의 치열한 공방이 벌어질 수밖에 없다. 대통령의 개혁 방향을 담은 조직개편으로 손해 보는 부처가 적극적인 로비를 벌이는 관료정치의 장이 펼쳐지면서 직업관료의 정치적 행위는 여실히 행사될 수 있다. 조직개편의 정치적 압력에 관료제의 대응 양태는 부처 단위에서 반발하였고, 인수위 업무보고 자리를 활용하며, 때로는 외부의 관련단체를 통해 불만을 표출하기도 하였다. 이러한 부처의 대응으로 조직개편의 내용이 변경되기도 하였다. 내무부를 없애겠다는 김대중 당선자의 공약과는 달리 산하조직을 그대로 유지한 채 총무처까지 넘겨받아 행정자치부로 확대된 내무부의 경우는 부처의 뛰어난 로비능력의 결과라고 평가되기도 하였다. 박근혜 정부 집권 2년차에는 세월호 사건의 책임을 묻는 2차 조직개편안이 제시되었는데 안전행정부에서 분리하기로 결정되었던 조직기능이 결국 안행부에 그대로 남도록 수정되자 안행부의 치열한 로비 결과라고 여겨졌다(문화일보, 2014.5.29.). 덧붙여 정권초기에는 인수위와 해당 부처가 갈등하지만 정권 말기에는 레임덕 상황에서 관료의 요구에 따라 조직규모가 다시 증가하거나 원상 복귀되는 경향이 있다. 강한 반대 속에서 이뤄진 이명박 정부의 15부처 체계와 조직감축 조치도 정권 말기에 오히려 조직규모 증가로 나타났다(김근세･허아랑, 2015). 정권교체에 따라 발생하는 조직개편에 대해 –정치가 관료제를 압도하는 시기인 집권 초반에도(박재완, 2016)- 부처의 반발은 부분적으로 드러났고 경우에 따라 실효성이 있었으리라고 추론할 수 있다.
새로운 정부가 출범 시 행정부서의 조직 개편을 통해 정권을 의도를 구현하려는 정부와 각 부처사이는 갈등이 심하다. 집권초반에는 정권이 우세히나, 부처의 로비력에 따라 달라지고 하지만 정권말기에는 행정부처가 우세한 것으로 조사됐다.