CST는 창설 이후 실제 적용에 있어선 문제가 많았다. 즉 CST 가맹국인데도 불구하고 아제르바이잔과 아르메니아는 나고르노·카라바흐 자치주에 대한 영유권을 둘러싸고 전쟁을 벌였으며, 이 과정에서 러시아는 아르메니아를 간접적으로 지원하였다. 또한 러시아는 조지아 내 압하지아 분리주의 운동을 직·간접적으로 지원하였으며, 타지키스탄에서는 우즈베키스탄이 싫어하는 친러 인사인 현 대통령이 러시아의 지원 하에 대통령에 당선되었다. 이러한 러시아의 정책에 반발하여 1999년 CST가 1차 연장될 시아제르바이잔, 그루지야, 우즈베키스탄이 참여하지 않았다.
러시아의 CST 가맹국간 직·간접적 지원과 영향력 발휘에 반발하여 1999년 CST가 1차 연장될 시 아제르바이잔, 그루지야, 우즈베키스탄이 참여하지 않았다.