그러나 정부가 9․15 노사정위원회에서의 노사정합의 직후 여당을 통해 국회에 제출한 노동5법이 노사정합의 내용에 포함되지 않고 노동계가 반대했던 중요한 내용이 들어있어 노사정합의 직후부터 노동계의 항의를 받고 있다. 노사정 합의의 당사자인 한국노총은 정부가 노동5법을 패키지로 원안의 주요 내용이 그대로 국회를 통과한다면, 노사정위원회에서 탈퇴하겠다고 위협을 하고 있다. 노동5법이 정부의 요구대로 수정 없이 패키지로 국회를 통과하느냐, 아니면 비정규직 관련법은 분리되어 국회를 통과하는가, 혹은 패키지로 가더라도 노동계가 크게 반대하는 비정규직 관련 법의 내용을 수정하고 통과시키느냐에 따라 노사정위원회의 노동시장 구조개선 관련 노사정대타협의 정신은 살 수도 있고 다시 합의 후 파기라는 좋지 않은 결과를 낳을 수도 있다. 자칫 이번 노사정위원회 노동시장 구조개선 특위에 참여했던 한국노총이 결과적으로 노사정위원회에 참여하여 합의한 노사정합의가 잘 지켜지지 않았고, 그것도 주로 노동계에 불리한 것만이 이행되는 것으로 느끼는 경우에는 향후의 노사정 사회적 대화에도 부정적 영향을 미칠 수가 있다.
그러나 정부가 국회에 제출한 노동5법에 합의와는 다른 내용들이 들어있어 항의를 받고 있다. 이것이 정부의 요구대로 수정 없이 국회를 통과하느냐, 비정규직 관련법은 분리되어 통과하는가, 혹은 노동계가 크게 반대하는내용을 수정하고 통과시키느냐에 노사정대타협 정신의 생사가 달려 있다.