한편, 운영체제는 파일시스템의 다양한 위치에 정보를 기록하기 때문에 사용자가 생성한 디지털 정보뿐만 아니라, 이를 저장ㆍ열람하는 등의 ‘정보사용과정’에서 다수의 흔적(이하 정보사용 흔적)을 기록한다. 따라서 정보처리시스템의 침해 사건이나 디지털 증거 조작ㆍ인멸 사건 등과 같이 시스템 운영 흔적에 대하여 광범위하게 ‘정보사용 흔적’ 확인이 필요한 경우 상자계층으로 접근하여 분석해야 한다. 이러한 사건에서는 다양한 파일의 흔적을 교차 분석하고 그 결과의 신뢰성을 검증해야 하는데 단편적으로 선별된 파일로는 그 목적을 달성할 수 없기 때문이다.
디지털 정보 뿐 아니라, 정보사용과정 속 흔적 역시 운영체제에 기록된다. 이에 따라 운영 흔적에 관한 확인이 필요한 경우 상자계층으로 접근해야 한다.