기존의 중학교 교육과정 운영은 국가 교육과정의 틀 안에서 교과서를 사용하여 수업을 진행하는 것이었다. 그 결과 대부분 중학교의 수업내용과 형태가 유사하여 학교 특성이 잘 드러나지 않았다. 그러나 자유학기제가 시행되면서는 자유학기 활동을 어떻게 계획하고 운영하는가에따라 중학교마다의 색깔이 잘 드러나게 되었다. 자유학기 활동에서는 교육 내용이 주어지지 않기 때문에, 학교마다 새롭게 구성해야 한다. 또한 교과서가 없기 때문에 교사들이 직접 수업 자료를 개발해야 한다. 국어 선생님이 웹툰 수업을 할 수 있으며, 수학 선생님은 연극 수업을 할 수 있다. 교사들이 가지는 전문성을 고스란히 자유학기 활동에 녹여 수업할 수 있기 때문이다.
이전의 중학교 교육과정은 교과서로부터 자유롭지 못했지만, 자유학기제 시행으로 인해 학교의 개성과 선생님들의 장점이 나타날 수 있게 되었다.