레저선박 운영은 개인의 레저활동 목적에 따른 사용 혹은 이용과 더불어 마리나업, 수상레저업이나 유선업 등 사업장에서의 운영으로 구분할 수 있다. 개인의 레저선박 이용은 등록된 레저선박의 크기와 승선정원에 따른 검사와 더불어 운항면허를 갖추고 이용하게 된다. 한편, 사업자는 해당 레저선박을 어떠한 법령에 따라서 등록하는가에 따라 큰 차이가 있다. 레저선박을 통한 사업은 수상레저기구나 사업용 플레저보트(유선)로 대별되는데 여객선도 사업영역으로 추가될 수 있으며 해당 법령에 따라 레저선박의 등록과 검사, 영업환경이 각기 다르게 적용받게 된다.
레저선박의 운영은 개인 취미 혹은 사업장운영으로 구분한다. 전자는 선박크기와 정원 검사, 운항면허로 이용하며 후자는 법에 따라 등록과 검사, 영업환경이 다르다.