둘째, 지방교육행정을 집행하는 기관의 장을 선임하는 방식에서 큰 차이가 있다. 한국에서 교육감 선임 방식은 여러 차례 변화를 거쳐, 2006년부터 주민직선에 의해서 광역자치단체의 장(시･도지사)과 동일한 선거방식에 의하여 선출되고 있다. 반면에 일본에서 교육위원은 지방의회 동의를 얻어 지자체장이임명하고 이들 교육위원 중에서 교육위원회가 호선으로 교육장을 선임함으로써 사실상 지자체 장의 의지가 교육장의 선임에 반영된다고 볼 수 있다(고전, 2014a: 32). 2015년 4월부터는 지교행법 개정(2014년 6월 20일)에 따라 지방자치단체의 장이 교육장을 직접 임명한다.
지방교육행정 기관장을 선임하는 방식에 있어 한국은 주민직선제로 선출하고, 일본은 지자체장이 임명한 교육위원 중에서 뽑는데, 2105년부터는 지차체장이 직접 임명한다.