예산과 개별사업을 연계시키는 직접적인 고리는 사업예산평가단위이다. 즉, 현재의 예산배분제도 하에서는 예산의 평가단위인 개별세부사업단위가 사업의 기획단위가 된다. 그러나 개별세부사업단위에서의 문제구조화는 정부연구 개발 사업에서 다루는 문제들을 세부사업단위에 수용될 수 있는 개별문제 수준으로 범위를 좁히게 된다. 그러나 국가적으로 다루어야 할 문제들은 종합적이고 포괄적이며 융합적, 복합적 성격을 가지고 있다. 따라서 국가현안 문제들이 해결되기 위해서는 주요 문제들에 해당하는 문제의 범위가 적절히 설정되어 관리되어야 한다. 즉, 문제해결을 통한 실질적 가치 창출을 위해서는 문제의 범위를 어느 수준에서 다루느냐가 중요하다.
개별세부사업단위에서  문제구조화는 정부 연구 개발 사업에서 다루는 문제들을 세부산업단위에 수용될수 있도록 개별문제수준으로 좁히고 문제의 범위를 어느수준으로 다루는지가 중요하다.