이에 본 연구는 협업 촉진 및 활성화를 위한 개선방안을 두 가지 차원에서 마련해 보았다. 먼저 정부조직 및 예산 관련 법령분석을 통해 협업 장애요인을 발굴하고 문제점을 제시했다. 다음으로 실제 협업에 대한 경험을 가지고 있는 공무원과 전문가들에 대한 질적 조사를 통해 협업수행상의 문제점과 장애요인을 발굴했다. 이를 바탕으로 협업예산풀(pool)제, 협업과 성과평가 연계 방안 등 다양한 세부방안과 집행에 필요한 법령개정 및 신설안을 제시했다. 그러나 부처 간 협업을 위해 무엇보다 중요한 점은 협업의 성과가 일하는 방식의 변화로 이어질 수 있어야 한다는 점이다. 이는 최고의사 결정권자, 행정기관장, 공무원들의 관심과 인식의 전환, 그리고 문화의 변화를 통해서만 가능하다. 정부부처 간 협업에 대한 문제는 정부 3.0을 추진했던 지난 정부 차원에서만 다루어지다 끝낼 문제가 아니다. 다가올 미래는 보다 복잡하고 해결하기 어려운 문제가 계속해서 발생할 것으로 보인다. 이제는 더 이상 한 부처의 노력만으로 이러한 국가적 문제를 해결하기 어렵다. 이 점이 부처 간 협업에 대한 연구가 앞으로 더 진행되어야 하는 이유이며 정부가 협업에 대한 노력을 멈추지 말아야 하는 이유가 될 것이다.
본 연구는 협업 촉진 및 활성화를 위한 개선방안으로  첫째, 정부조직 및 예산 관련 법령분석을 통해, 둘째 공무원과 전문가들에 대한 질적 조사를 통해 장애요인과 문제점을 제시하였다. 그러나 협업의 성과가 일하는 방식의 변화로 이어져야 한다는 것이 가장 중요하다. 이것은 위아래 공무원들의 관심과 변화를 통해서만 가능하다.