둘째, 수행기관별로 교육개발협력 연구･사업을 담당하는 조직이 다르고, 기관 내에서 업무를 추진하는 방식도 상이하게 나타난다. 이와 같이 국제개발협력 사업 수행 기관에서는 별도의 교육 분야 담당 조직이나 인력이 부족하고, 교육 관련 기관에서는 별도의 국제 개발협력 담당 조직과 인력이 부족한 실정이다. 이로 인해 각 기관별로 교육개발협력 연구･사업의 소통 창구가 불분명하고, 기관간의 정례적인 업무 협의로 발전시키는데 한계가 있다. 또한 현행 개인 단위의 연결망 속에서는 교육개발협력 관련 정책연구나 사업을 수행하는 과정에서 축적된 구성원의 경험이 기관의 해당 분야 전문성 신장으로 이어지지도 않는다. 따라서 이러한 한계를 극복하기 위해서는 개인 단위의 의사소통을 넘어서 기관 차원의 협업을 활성화할 수 있는 조직 차원의 정비가 요구된다. 아울러, 각 기관의 교육개발협력 연구･사업 담당인력의 전문성을 신장시킬 수 있는 제도적인 지원 방안 모색이 필요하다.
수행기관마다 업무 조직의 구성과 인력, 수행 방법 등의 차이로 인해 기관 간 교류와 협력이 원활하지 않을 뿐더러 구성원의 경험이 기관의 목표와도 연결이 안된다. 이의 개선을 위해서는 기관 협업과 구성원 역량 강화를 위한 지원 방안이 필요하다.   