2) 학설의 대립과 비판
(1) 긍정설과 부정설의 대립 
먼저, 유추적용 긍정설은 독점적 통상실시권은 전용실시권과 같이 실시권을 전유하는 것으로서 그 내용이 동일하며 다만 등록에 의하여 공시할 수 없을 뿐이므로, 제3자가 고의 또는 과실로 이를 침해하고 있는 것으로 보아도 될 것이고, 과실의 추정은 완전독점적이라는 점이 등록되지 않는다는 점에서 부정될 것이지만, 손해배상의 범위에 있어서는 특허법 제128조가 유추적용될 것이라고 한다. 이에 대하여 유추적용 부정설은 특허법 제128조는 특허권 및 전용실시권자에 대하여 그 대외적 독점권의 보호목적을 위하여 정해진 규정이고 특허권의 침해행위라고 해도 반드시 판매이익에 직결하는데 한하지 아니하는 행위에 대하여 침해자가 얻는 이익의 액을 손해의 액이라고 추정하는 특별규정이고 손해액을 회복한다고 하는 손해배상법리의 원칙상 안이하게 유추적용을 허용해서는 아니되고 오히려 특별법에 의한 보호규정의 적용을 받고자 한다면 독점적실시권자는 전용실시권 등록을 하여야 할 것이라고 한다. 앞서 본 서울중앙지방법원 2004.213. 선고 2002가합30683 판결은 완전독점적 통상실시권의 침해는 제3자의 채권침해에 해당한다고 하면서 특허법 제128조의 유추적용을 긍정하였다. 한편, 일본의 일부 하급심 판결은 완전독점적통상실시권자는 이익을 독점할 수 있는 지위를 가지는 것이기 때문에, 침해자가 얻은 이익액을 가지고 침해자의 행위와 상당인과관계에 있는 손해액으로 추인하는 것이 상당하다고 한 것이 있고, 부정하는 판결도 있으며, 일본의 학설로서 독점적통상실시권자 및 완전독점적통상실시권자가 손해배상청구를 함에 있어서는 과실의 추정규정 및 손해액의 추정규정의 유추적용을 인정하는 것이 타당하다는 견해도 있다.
유추적용 긍정설은 독점적 통상실시권은 전용실시권과 같이 실시권을 전유하는 것으로서, 과실의 추정은 완전독점적이라는 점이 등록되지 않는다는 점에서 부정되지만, 손해배상의 범위에 있어서 특허법 제128조가 유추적용 될 것이고, 부정설은 특허권의 침해행위라고 해도 판매이익에 직결하는데 한하지 않고 침해자가 얻는 이익액을 손해액이라고 추정하는 특별규정이고, 특별법에 의한 보호규정의 적용을 받고자 한다면 독점적실시권자는 전용실시권 등록을 하여야 할 것이다. 