특별지원 보호시설의 입소대상은 친족에 의해 성폭력피해를 입은 19세 미만의 자로서 본인이 입소를 희망하거나 친권자가 입소에 동의하는 경우에 입소할 수 있다. 한편, 친족에 의한 성폭력피해자가 만 19세가 되어 보호 목적이 달성되었거나 보호기간이 만료된 경우 혹은 친권자의 동의하에 퇴소를 희망하는 경우에는 해당 보호시설에서 퇴소할 수 있다. 성폭력피해 아동청소년 전용쉼터 혹은 친족성폭력 전용쉼터와 같은 특별지원 보호시설에서의 보호기간은 입소일로부터 대상자가 만 19세가 될 때까지인 것이 원칙이지만, 이 기간이 경과하였더라도 2년의 범위 내에서 1회의 연장이 가능하다. 또한 대상자가 지적장애 등으로 인하여 만 19세가 되어서도 퇴소가 불가능한 경우에는 장애인 복지시설이나 다른 보호시설(일반 보호시설 및 장애인 보호시설)로 연계한 후 퇴소조치를 취한다.
특별지원 보호시설 입소대상은 친족에 의한 19세 미만 성폭력 피해자이며, 본인·친권자 동의에 따라 입소 가능하며, 소정의 보호기간 혹은 보호자의 동의 하에 퇴소 가능하다. 지적장애시 다른 시설로 연계한다.