그러나, 실질과세원칙이 조세법률의 실질면에서 대원칙이긴 하지만 우리 조세법에서는 이에 대한 예외를 두고 있다. 먼저, 이른바 명의자과세제도이다(지방세법에서는 이에 관한 명문의 규정을 두고 있다). 이는 조세행정의 편의를 위하여 각종 공부상에 소유자로 등재된 자에게 납세의무를 부과하는 것이다. 다른 하나는 명의신탁증여의제에 기한 과세 제도이다. 이는 명의신탁에 의한 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로 도입되었다. 즉명의신탁을 규제하기 위한 목적이 전면에 등장한다. 그러나 명의신탁을 이용한 증여나 상속이 과세행정상 포착되기 어려우므로 이를 사전에 과세하기 위한 제도로서의 성격도 있다. 이러한 점에서 과세행정의 편의를 위한 제도로서의 성격도 아울러 가지고 있다고 할 수 있을 것이다.
실질과세원칙에는 명의자과세제도와 명의신탁증여제라는 예외가 있다. 이는 조세행정과 과세행정의 편의를 위한 제도적 성격을 가지고 있다.