자유학기제에 따른 학교 현장의 교육과정 편성·운영이 안정적이고 지속성을 담보할 수 있도록 하기 위해서는 중학교 교육과정 문서에 자유학기 활동의 핵심 사항을 반영할 필요가 있다. 현재 자유학기제 관련 활동이 중학교 교육과정과 유리되거나 일정 정도 괴리된 형태로 제시되어 있는 측면이 있기 때문에 교사의 부가적 업무로 작용될 가능성이 크다. 연구학교나 희망학교의 경우에서 보면 실제 이러한 양상이 드러나고 있음을 알 수 있다. 따라서 자유학기제의 기본 아이디어가 국가 교육과정으로 수렴되어 자유학기 활동이 교사의 부가적 업무가 아니라 교사의 일상적 교육과정 활동으로 자리매김 될 수 있도록 하는 노력이 필요하다.
자유학기제 하에서 교육과정의 안정성을 위해서는 교사에 부가적 업무로 작용될 수 없도록 핵심사항을 문서에 반영하는 등 그 기본아이디어를 국가 교육과정으로 수렴해야한다.