2001년 발생한 9.11 테러 사태는 중앙아시아의 전략환경에 중대한 변화를 가져다 주었다. 즉 미국은 아프가니스탄에서의 반 테러 군사작전을 위하여 북대서양조약기구(NATO: North Atlantic Treaty Organization)와 더불어 우즈베키스탄, 키르기스스탄, 타지키스탄에 군을 주둔시켰다. 러시아는 한편으로는 미국의 반테러 군사작전에 CST 국가들의 협조를 용인하면서, 다른 한편으로는 CST의 기능을 강화시키려고 노력하였다. 이에 따라서 CST 출범 10주년을 기념하여 2002년 5월 15일 개최된 집단안보회의에서 가맹국들은 CST의 집단안보 기능을 강화시키기 위하여 CST를 CSTO로 변화·발전시키기로 합의하였다. CSTO로의 개편 목적 중의 하나는 CSTO 가맹국들이 개별적, 집단적 안보위협에 효과적으로 대응하기 위하여 가맹국의 군 체제를 합동군 형태로 개편하는 것이었다.
9·11 테러는 미군 주둔의 계기가 되는 등 중앙아시아 전략환경의 전환점이었다. 러시아는 CST의 집단안보 기능을 강화하고자 2002년 5월 15일, 합동군 형태의 CSTO로 개편하기로 가맹국들과 합의하였다.