본 연구는 한일 FTA 체결시 예상되는 세 가지 장벽(과거사, 비관세 장벽, 피해 및 수혜산업) 중 산업별 비관세장벽과 수혜/피해산업 중심으로 분석하였다. 수혜산업과 피해산업을 현시비교우위지수(RCA)와 관세율, 그리고 비관세장벽 등을 사용하여 분석하였다. 그 결과 한일 FTA 체결시 한국이 일본에 비하여 상대적으로 경쟁력을 가지고 수출 확대가 예상되는 섬유의류산업, 농산물, 광산물 산업에서 매우 높은 비관세 장벽을 가지고 있기 때문에 우리입장에서 본다면 경제적 이득의 실현이 어려울 것으로 나타났다. 반면에 일본이 한국에 대하여 상대적으로 경쟁력을 가지고 있는 소비재와 기계 및 수송장비 산업의 경우 한국에서는 산업 보호를 비관세장벽보다는 고관세율에 의지해온 만큼 비관세장벽은 거의 존재하지 않으므로 관세가 철폐되는 경우 국내 산업의 저항도 클 것으로 분석되었다. 이러한 관점에서 본다면 한일 FTA를 보다 서서히 추진하는 것이 바람직하다고 보인다. 우선적으로 다른 국가들과 FTA를 체결하고 그 이후 추진하는 것이 우리의 이득을 극대화하는 전략이 될 것이다.
한일 FTA 체결시 예상되는 세 가지 장벽 중 산업별 비관세장벽과 수혜/피해산업 중심으로 분석하였고 수혜산업과 피해산업을 현시비교우위지수와 관세율, 그리고 비관세장벽 등을 사용하여 분석하였다. 결과적으로 한일 FTA 체결시 한국이 일본에 비하여 상대적으로 경쟁력을 가지고 수출 확대가 예상되는 섬유의류산업, 농산물, 광산물 산업에서 매우 높은 비관세 장벽을 가지고 있기 때문에 우리입장에서는 경제적 이득의 실현이 어려울 것으로 나타났다.