민족자결권은 통일 과정에서 남북관계의 특수성을 반영할 있는 근거가 될 수 있다는 점에서 매우 중요하다. 이 같은 점에서 우리 헌법을 개정하여 자결권을 헌법에 규정해야 한다는 주장도 충분히 이해된다. 그러면 보수적으로 접근했을 때 과연 북한 주민들이 우리와의 통일을 원하는 방향으로 자결권을 행사할 것인가? 만에 하나라도 북한 주민들이 그렇게 하지 않을 경우에는 어떻게 할 것인가? 이 같은 질문은 통일 문제에 있어 자결권 행사의 주체가 북한 주민들인가 아니면 남한 주민과 북한 주민들을 아우르는 전체 한민족인가의 문제와도 연관되어 있다. 북한 주민들이 남한과의 통일을 원하는 방향으로 자결권을 행사할 경우에는 자결권 행사의 주체가 북한 주민이라는 점을 굳이 강조할 필요가 없다. 그러나 이와는 다른 방향으로 자결권을 행사하려 할 경우에는 자결권의 주체가 한민족 전체라는 점을 강조해야 하는데 그 근거는 결국 남북한 특수관계가 될 수밖에 없다
북한 주민들이 통일을 원하는 쪽으로 민족자결권을 쓰면 주체에 대해 강조할 필요가 없지만 반대방향으로 쓰려고 할 때에는 주체가 한민족 전체라는 점을 강조해야 하는데 그 기반이 남북한 특수관계가 되기 때문에 민족자결권은 중요하다.