그러나 노무현 정부에게 가장 어려운 문제로 제기된 것은 사회적 불평등과 양극화 현상의 심화였다. 김대중 정부에서 단행한 노동시장 개혁으로 형성되기 시작한 노동시장의 이중구조가 점점 고착화되기 시작했고 이로 인한 사회계층 간 격차가 점점 심화되면서 정부에게 커다란 부담으로 작용하기 시작하였다. 그러나 노무현 정부는 이러한 이중구조의 고착화와 중간계층의 감소로 발생하는 사회적 양극화 현상에 대해 적절히 대응하지 못했다. 특히 이 시기에 저소득층과 최고소득층의 일자리는 증가한 반면 중산층이 가지는 일자리는 점점 축소되어 사회적 양극화가 발생하였고 이러한 현상은 노무현 정부가 추구하는 사회적 평등이나 균형발전에 상충되는 것이었다(전병유･김복순, 2005).
김대중 정부시절 노동시장의 이중구조가 고착화되면서 사회계층간 간 격차가 심화되었는데, 노무현 정부시절에 사회적 양극화에 적절한 대응을 하지 못하여 사회적 불평등이나 양극화 현상이 심화되었다.