또한 법무부와 여성가족부 간의 협력도 중요할 것이다. 학업을 중단한 보호관찰대상자인 경우 보호관찰을 받으면서 필요한 지원을 해 주는 것이 필요하며, 이를 위해서는 지역사회 자원을 효과적으로 활용할 수 있어야 할 것이다. 법무부 보호관찰과 담당자에 의하면, 2015년 현재 법무부 보호관찰과에서는 전국 보호관찰소에 학업을 중단한 보호관찰대상자의 취업알선, 교육, 상담 등을 위해서 청소년 지원센터와 업무협의를 하도록 하고 있다. 2015년 10월부터이러한 실적을 취합하고 있으며, 2016년부터는 이를 기관평가에도 반영할 계획이라고 한다. 이는 학업을 중단한 청소년 보호관찰대상자의 적절한 지도 감독 및 지원을 위해서 유관기관과의 협력이 필수적이라는 인식하에 이루어지는 것이라고 볼 수 있다. 전주보호관찰소 남원지소의 예를 보면, 학업을 중단한 보호관찰대상자가 검정고시 공부를 할 경우 청소년상담복지센터에서 지도해 주고 있으며, 보호관찰담당자가 센터에서의 생활에 대해 파악하고 있다.
법무부와 여가부의 협력과 지역사회 자원의 효과적 활용은 중요하다. 현재 법무부와 청소년 지원센터가 업무협의를 하고 있으며, 보호관찰담당자가 센터에 대한 파악을 하고 있다. 2016년부터는 실적에 따라 기관평가에도 반영할 것이다.