하지만 기후변화 분야에서는 동북아 국가 간 기후변화 대응에 대한 구체적인 협력이 부족하고, 실질적 사업 이행보다 협의에 그친 한계가 있다. 재난분야에서는 실시간 정보 공유 시스템 부재, 유사시 체계적인 대책 미흡, 한·중·일 주도의 협력 진행(동북아 전체를 아우르지 못함) 등의 문제도 나타나고 있다. 대기, 해양, 생물다양성 분야는 아직까지 국민이 체감할 만한 대책이 이루어지지 않고 있으며 정책적·재정적인 한계로 사무국 유치 문제로 갈등이 유발되고 있다. 이는 각국의 역사적 관계로 인한 주도권 문제에서 비롯된 것으로, 이해·권력관계가 결부된 점을 극복해나가야 할 것이다. 이 밖에도 황해 문제를 적극적으로 다루지 않는 점, 지역적 수준에서의 생물다양성 분야 활동이 미비하고 예산이 부족한 것에 대해 대안 마련이 시급하다.
기후변화 분야와 재난분야 및 해양, 생물다양성 분야의 한계와  문제점들은 각국의 역사적 관계에서 야기된 주도권 문제에서 비롯되었으므로 이해·권력관계와 연관된 점을 해결해나가야 하겠다.