특히 남아와 여아 간 가장 눈에 띄는 차이는 시설양육의 효과인데, 아동의 성별에 따른 이러한 차이는 관련 연구들의 결과로 상당 부분 설명이 가능하다. 국내외의 연구들에서 여아의 양육시설 적응력이 남아보다 뛰어나다고 밝혀냈으며(Slee, 1986; 현온강․태진, 2000), 양육시설 등원 시 어머니와의 분리로 인한 여아의 불안 증상이 남아의 불안 증상보다 심하지 않은 것으로 나타났다(Field, 1990). 특히 Tout et al.(1998)은 양육시설에 머무르는 시간 동안 여아들에게서는 급성 스트레스에 반응해 분비되는 물질인 코르티솔 분비가 유의하게 증가하지 않음을 지적하였다.
아동의 성별에 따라 시설양육의 효과에 차이가 있다. 여아의 양육시설 적응력이 높으며, 등원 시 분리 불안 증상도 적다. 또한, 양육시설에서의 시간이 스트레스가 되지 않는다.