동학사는 갑사의 반대편 계룡산 동측에 있다. 산골짜기 사이로 동에서 서쪽으로 흐르는 계곡을 앞으로 하고 남쪽을 향하여 터를 잡았다. 그리고 골짜기가 깊어 자연히 터가 좁기 때문에 동서로 길게 전각들이 배치되었다. 
동학사가 유명한 절이 된 것은 대전이라는 신흥도시를 가까이 하게 된 근년의 일이다. 그렇다고 옛날 그 절의 존재가 미미했다는 이야기는 아니다. 계룡산의 다른 고찰에 비해 그렇다는 말이다. 이 절은 신라 성덕왕 23년(724) 상원이 암자를 지었던 곳에 회의가 절을 크게 지어 상원사라 하는 데에서 유래한다. 고려 태조 4년(921)에는 도선국사가 중창하여 태조의 원당이 되었다. 한편 936년 신라가 망하자 대승관으로 있던 유차달이 이곳에서 신라 시조와 박제상의 초혼제를 지내기 위해 동학사로 이름을 바꾸어 확장했다는 전설도 있다. 또 다른 이야기도 전해진다. 동학사의 오늘날 정식 한자 표기는 학 학자 동학사이다. 그런데 배울 학자 동학사라고 하는 사람도 많다. 학의 경우는 절 동쪽 학 모양의 바위가 있다 하여 그렇다고 하고, 학의 경우는 우리 나라에서 성리학을 연 정몽주를 제사 지낸다 하여 부르는 이름이다. 
계룡산 동측에 동학사는 대전이라는 신흥도시를 가까이 하면서 유명한 절이 되었다. 이 절은 상원사라 하는데에서 유래하며 고려 태조 4년에는 도선국사의 중창으로 태조의 원당이 되었다. 한편 936년 신라가 망하자 유차달이 신라 시조와 박제상의 초혼제를 지내려고 동학사로 바꾸어 확장했다는 전설이 전해진다.  