적정임금제의 운영은 공사입찰 사업자가 공법개선 등의 방법을 통해서 공사에 투입되는 근로자의 수를 줄일 수는 있으나 근로자 개인의 임금을 낮출 수는 없도록 하고 있다. 지급되는 임금은 도제․기능인력․팀장 등 숙련별 3단계로 구분하여 지급하도록 하고 있다. 그리고 제도의 적용을 받는 공사 현장에는 적정임금 관련 내용을 게시하도록 하고 있으며, 근로자들에게 관련 내용 교육을 실시토록 하고 있다. 또한 적정임금의 이행이 잘 이루어지고 있는지 철저한 감독을 하고 있다. 근로자들의 감시와 신고, 원수급자에게 임금지급 내역서 제출 의무 부과, 무작위 추출에 의한 세부감사 등을 통해 제도 이행 여부를 감독하고 있다. 제도를 위반하는 사례에 대해서는 당해 공사의 공사대금 지불을 중단함과 동시에 이후 건설업자의 공공공사 입찰을 일정 기간 동안 제한하도록 하고 있다.
적정임금제는 숙련도에 따라 임금을 지급하며 제도 이행 여부를 철저히 감독해 근로자를 임금문제로부터 보호하고 있다.