1999년 ‘교원의 노동조합 설립 및 운영 등에 관한 법률’이 제정돼 교원의 단결권이 인정되었다. 하지만 ‘전임자 임금지급 금지’ 조항의 폐지 공약은 지켜지지 않았고 다시 5년간 유예시키는 정도에 머물렀고 기업단위의 복수노조는 금지되었다. 2003년 9월 노동부는 ‘노사관계 개혁방향’의 3대 목표를 노사갈등으로 인한 사회적 비용의 최소화, 유연하고 안정된 노동시장의 구현, 근로계층 간 격차 완화로 정하였다. ‘노사관계 개혁방안’의 모태가 된 ‘노사관계법제도 선진화 방안’의 주요 내용은, 노동조합의 부당노동행위 규제 조항 신설과 사용자의 부당노동행위에 대한 형벌 조항 삭제, 교섭창구 단일화, 유급전임자수 제한 등 노조활동에 대한 국가개입의 강화, 사용자의 직장폐쇄권 확대, 공익사업장의 파업 시 신규채용・하도급에 의한 대체근로 허용 등 파업권의 약화, 정리해고 요건 완화, 성과급 임금체계 및 변경해지 제도의 도입 등 노동기본권 보장이란 관점에서 많은 문제점을 드러냈다. 비정규직 사용의 남용방지와 차별금지를 입법 목적으로 2006년 제정된 ‘기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률’과 개정 파견법(2007. 7. 1. 시행)은 ‘동일노동 동일임금’, ‘사용사유 엄격 제한’ 등의 핵심적 보호방안이 빠진 채 시행, 10년이 지난 지금에와서도 차별 해소에는 거의 기여하지 못하였다.
99년 교원의 단결권이 인정되었지만 전임자 임금지급 금지 조항의 폐지 공약은 지켜지지 않고 복수노조는 금지되었다. 노사관계법제도 선진화 방안은 노동기본권 보장이란 관점에서 많은 문제점을 드러내었고 이후 제정된 법률들도 차별 해소에 큰 역할을 하지 못했다.