우선 친환경차 지원 정책은 신규 차량으로 친환경차를 구입하는 소비자에게만 제공된다. 따라서 기존 보유 차량의 운행에 따른 배출량은 억제하지 못한다는 약점이 있다. 그리고 친환경차 지원정책이 시행되면 정책시행 이전에는 대중교통수단을 이용할 수 있었던 잠재적 수요자 중 일부가 친환경차를 구입하게 되고, 이들 신규 차량은 배출량을 증대시키게 된다. 또한 친환경차를 구입한 소비자는 연료비 부담이 적기 때문에 주행거리를 증가시키는 경향이 있으며, 따라서 친환경차가 내연기관자동차를 대체하면서 발생하는 대기오염물질 배출량 저감 효과는 제한된다. 마지막으로 전기차의 경우, 차량 생산과정 및 전력 생산과정의 대기오염물질 배출량을 고려하면 배출량 저감 효과가 제한적이다.
친환경차 지원 정책은 대중교통이용자의 친환경차 구입을 유도하게 되어 결과적으로 배출량 저감 효과가 제한적이다.