1997년 1월 이후 LPG를 제외한 모든 유류에 대한 유가자유화가 시행되었으며, 2001년 1월에는 LPG의 가격도 자유화되었다. 유가자유화 이후 정부는 석유제품 간의 왜곡된 상대가격과 확대된 유가 변동성의 피해를 최소화하기 위해 유류세 정책을 활용하였다. 2001년 7월 외환위기로 급등한 환율이 휘발유 등 일부 석유제품에 과도하게 반영되어 제품 간 가격 및 수급 불균형이 심화됨에 따라 석유제품 상대가격비를 조정한(휘발유 100; 경유 75; 수송용 부탄 60) 제1차 에너지 세제개편을 실행하였다. 2005년 7월 경유 승용차 도입에 따른 환경문제 및 제품 간 가격 불균형 해소와 석유제품 상대가격비 조정(휘발유 100; 경유 85; 수송용 부탄 60)을 위해 2005년 7월에 제2차 에너지 세제개편을 추진하기 시작하였으며, 2007년 7월에 완료하였다. 2008년 3월에는 2007년 말부터 지속된 고유가 상황에 물가안정과 서민․중산층 유류비 부담 경감을 위하여 수송용 유류에 대한 유류세를 한시적(2008.3월~12월)으로 인하하였다. 유류세에 관한 가장 최근 정책은 2009년 5월에 국제유가 하락에 따른 경유가격의 하향안정이다. 2009년 6월 30일까지 한시적으로 지급하기로 한 유가연동 유가보조금에 대한 지급 소요가 없을 것으로 예상됨에 따라 유가보조금 소요 재원에 맞도록 주행세율을 인하하는 대신, 현행 유류세 부담 수준이 유지되도록 교통․에너지․환경세의 탄력세율을 상향 조정하였다. <표 2-1>, <표 2-2>, <표 2-3>은 유가 관련 세 기간에 대한 유류세 추이를 보여주고 있다.
2001월 LPG까지 유가 자유화가 시행됨에 따라 정부는 피해를 최소화하기 위해 유류세 정책을 활용하였다. 이에 환경의  변화에 따라 환율이 변동시 상대가격비를 조정하고 에너지 세제개편을 하고  유류세를 변동시키거나 유가보조금제도를 이용하여 유류세 부담 수준을 유지하고 교통․에너지․환경세의 세율을 탄력적으로 조정하였다.