자유학기제의 주체인 학교, 청소년기관, 지역체험기관이 보인 활동 및 상호작용은 크게 '섭외 및 발굴', '활동 운영', '사후활동'으로 구분되었다. 첫째, 섭외 및 발굴 단계에서는 학교가 먼저 청소년기관과 지역기관에 자유학기제 활동을 제안하는 경우, 학교가 직접 지역체험기관에 연락하여 섭외하는 경우, 청소년기관이 지역체험기관과 먼저 연계하여 일정한 프로그램을 기획한 후 이를 일선 학교에 제안하는 경우로 구분할 수 있다. 둘째, 활동 운영과정은 실질적 활동을 시작하기 전 학교, 청소년기관, 지역체험기관 간의 방문 및 협의회 활동 등을 통한 상호 접촉, 각 기관간의 특성을 고려한 프로그램 기획 활동, 청소년들이 실제로 참여하는 현장 활동운영으로 구분된다. 셋째, 사후 활동으로는 학교 측에서 직업 체험 및 지역 체험 기회 등을 제공한 지역체험기관에 일정한 감사를 표시하는 인정과 관련한 활동과 자유학기제 관련 활동 전반에 대한 평가 및 이들 활동의 결과물을 전시하는 활동 등이 있었다.
자유학기제의 주체인 학교, 청소년기관, 지역체험기관은 '섭외 및 발굴 단계'에서 학교나 기관이 자유학기제 활동을 제안한다. '활동 운영' 단계에서는 기관 간의 접촉이나 프로그램 기획, 현장학습운영을 하고, '사후활동'에는 평가나 전시활동을 한다.