젠더프리를 둘러싼 개념의 혼란과 공방은 결국 지자체를 중심으로 여성정책의 후퇴를 초래했고, 2000년대 지자체는 보수적인 남녀공동참획조례를 책정하게 된다. 2001년부터 2002년까지 시즈오카현(静岡県), 오사카부(大阪府), 치바현(千葉県) 등 지자체의 의회나 조례안 검토회 등에서 젠더프리에 대한 비판과 조례제정 반대 움직임이 강화되었다. 오사카부의 경우 의회의 보수파의원들이 남녀공동참획에 정면으로 반대해 조례의 전문에 ‘남녀가 상호 차이를 인정하며’가 삽입되었고, 기본이념에는 ‘남녀가 사회의 기반인 가정의 중요성을 인식하고’라는 문언이 포함되게 되었다. 야마구치현(山口県) 우베시(宇部市)의 조례는 기본이념에 ‘남녀가 남성다움, 여성다움을 일방적으로 부정하는 일 없이 남녀의 특성을 상호 인정하며’, ‘가정존중의 정신’, ‘전업주부를 부정하는 일 없이 현실적으로 가정을 지키고 있는 주부를 지원하도록 배려하는 노력을 한다’ 등이 규정되었다. 2003년 12월에 발족된 동경도(東京都) 아라가와쿠(荒川区)의 남녀공동참획사회간담회가 조례제정을 위해 내놓은 최종 보고서에는 기본이념에 ‘가정의 존중(가족의 유대와 가정교육의 강화, 유아기의 모자관계의 중요성)’을 담고 있고, ‘남녀공동참획추진에 있어서 그 남용의 방지와 시정’이 포함되었다. 이 최종보고서는 커다란 논쟁을 불러일으킨 결과 2004년 7월에 정식으로 철회가 결정되었다(이지영 2009, 551-561).
2000년대 초 일본 내 지자체에서는 남녀공동참획에 반대 입장을 표했다. 대표적인 예로 오사카부 의회의 보수파의원들이 제기한 남녀공동참획에 대한 반대 조례가 있는데, 내용에는 남녀의 선천적인 차이를 인정하고, 가부장제도를 옹호하는 규정이 포함되어 있었다. 이는 큰 논쟁을 불러 일으켰으며 2004년에 정식 철회되었다.