교육 방법에 있어서도 필수과목과 선택과목을 복수로 만들어 교육생들이 자기의 교육수준과 이해 정도에 맞게 선택하도록 해야 하며 학점제나 교육 이수자 인센티브 제도를 만들어 스스로의 학습 노력을 유도함이 절실히 필요하다고 본다. 시험을 통해 제대로 배우지 않은 과목들에 대하여 재이수시키고 하나원 퇴소를 늦추는 페널티를 주는 것도 자기 책임에 대한 분명한 학습효과를 유발하는 계기가 될 것이다. 현재 하나원 교육 환경을 보면 탈북자들은 분명 몸은 자유와 책임이 함께 하는 자유민주주의의 땅에 왔지만 북한에서와 꼭 같이 집단 강제교육을 받고 자신의 학습 행동의 결과에 대해서 아무런 책임을 질 필요가 없음으로 극도의 개인주의 사회에 살기 위한 아무런 준비도 없이 사회에 방치되는 꼴이라 볼 수 있다.
하나원은 교육생 자신의 선택으로 인한 결과에 책임을 지는 방향으로 교육 방법을 개선해야 한다. 이를 위해 학점제, 과목 재이수 제도나 퇴소를 늦추는 페널티를 주는 방안을 생각해 볼 수 있다.