특허권으로부터 파생되는 권리는 사인간의 계약에 의존할 수밖에 없다. 권리 변동의 효력이 등록에 의해 발생하더라도, 실제 어떤한 효력이 발생하는지는 계약서에 기재된 사항에 의해 결정되기 때문이다. 이와 관련하여, 최근 대법원은. 전용실시권의 계약기간이 [등록원부에 기재된 사항]과 [계약서에 기재된 사항]이 충돌한 경우에서 [계약서에 기재된 사항]을 기준으로 계약기간을 결정한바 있다. 해당 판례에서, 대법원은 특허등록원부 상에는 전용실시권 존속기간이 만료되었으나, ‘전용사용승인계약’의 계약서 상 설정기간은 만료되지 않은 경우 계약서의 기재를 우선시하여 실시권자의 권리를 인정하였다.
특허권 분쟁 관련 대법원 판례에서 '계약서에 기재된 사항'을 기준으로 권리를 인정하였는데, 이는 실제 효력 발생은 계약서에 의해 결정됨을 다시 환기시켰다.