육․해․공군․해병대는 주임원사 운용 제대를 하향 조정해서 확대 운영해야 하며 주임 원사는 전임직위로 운영하도록 개선할 필요가 있다. 현재 육군은 대대급 이상 부대에서 주임원사를 전임직위로 운영하고 있으나, 해․공군과 해병대는 육군의 연대급이상 부대 혹은 장성급 지휘관이 있는 부대에서 주임원사를 전임직위로 운영하고 있다. 각급제대 주임원사는 부사관 선임자로서 부사관의 권익을 보호하고 지휘관을 보좌하여 부대전투력을 유지하는 임무를 수행하고 있음에도 불구하고 해․공군과 해병대에서는 주임원사가 겸임직위로 운영됨에 따라 업무의 과중함으로 인해 해당 부대 최고선임자가 아닌 중간급 혹은 차선임급 부사관이 주임원사 업무를 수행함으로써 소속대 부사관들의 권익 신장과 고충 해소에 실질적인 도움이 되지 못하고 있다. 해․공군과 해병대도 대대급이상 부대에서는 주임원사를 전임직위로 운영할 수 있도록 제도를 개선해야 한다.
육․해․공군․해병대는 주임원사 운용제를 낮게 조정하여 확대 운영하고 주임 원사는 전문적으로 종사할 수 있는 전임직위로 운영하도록 개선해야 한다. 해․공군과 해병대도 대대급이상 부대에서는 주임원사를 전임직위로 운영하도록 개선이 필요하다.