1998년 2월 28일 김대중 정부에서는 행정조정실을 국무조정실로 명칭을 변경하였고, 국무조정실장을 기존의 차관급에서 장관급으로 격상하였다. 당시 소위 김대중-김종필 연합정부가 구성되어 국무총리의 위상과 역할이 강화되었던 것이다. 국무총리의 위상 및 역할이 강화되면서 국무총리실이 “중앙행정기관 및 국무총리 소속기관에 대한 지휘･감독, 정책조정, 심사평가 등을 실질적으로 관장하여 일반 행정에 관한 한 청와대 비서실 이상의 역할을 담당”하였다(이재원, 2014: 188). 그러나 이명박 정부 기간에는 국무조정실이 국무총리실로 통폐합되었다가 이후 박근혜 정부 들어 다시 국무조정실로 개편되었다.
김대중-김종필 연합정부에서는 국무총리의 위상이 강조되어 국무조정실의 권한이 강화되었다. 그러나 이명박정부에서는 국무총리실로 통폐합되고 박근혜 정부에서 다시 국무조정실로 바뀌었다.