앞서 서술하였듯이 벤처확인유형은 두 차례 큰 변화를 경험했다. 2002년 벤처기업 확인제도 개편을 통해서는 기존의 네 가지 벤처확인유형이 세 가지 형태의 유형(벤처투자기업, 연구개발기업, 신기술평가기업)으로 축소되었다. 한편 2006년 시장친화적 벤처 확인제도 개편을 통해서는 기존의 신기술평가기업이 제외되고 기술평가 보증·대출기업(기술평가를 통해 기술보증기금으로부터 보증을 받은 기술평가 보증기업과 중소기업 진흥공단으로부터 대출을 받은 기술평가 대출기업)이 벤처투자기업 유형에 포함되었다. 하지만 제도 개편 직전인 2005년 말과 2006년 초에 신기술평가기업으로 확인받은 벤처기업은 유효만료기간인 2007년까지 벤처기업 확인리스트에 존재하였다. 반면 2006년 벤처기업 확인제도 개편 이래 각 유형에 대한 확인요건은 조금씩 변화되어 왔지만, 세 가지 유형 범주(벤처투자기업, 연구개발기업, 기술평가 보증·대출기업)는 현재까지 그대로 유지되고 있다.
02년 벤처기업 확인제도 개편으로 벤처투자기업, 연구개발기업, 기술평가 보증·대출기업 3가지로 축소됐고, 06년 시장친화적 벤처 확인제도 개편으로 신기술평가기업이 제외되고 기술평가 보증·대출기업이 벤처투자기업 유형에 포함됐다.