정부업무평가기본법 도입 이후 정부업무 수행 과정에서 근본적인 변화가 나타났습니다. 국정목표를 중심으로 각 부처의 비전-목표-전략을 구성하고, 목표와 결과를 중심으로 성과를 측정하고 관리하는 체계가 정착되었습니다. 또한 정부부처 공무원들이 부처 사업의 목표를 보다 명확히 인식하고, 목표 달성을 위해 동기가 부여되는 계기가 마련되었습니다. 그럼에도 정부업무평가제도가 정부사업의 효과를 제고하는데 실질적으로 기여하고 있는지는 여전히 불명확합니다. 또한 평가업무를 주관하는 부처의 다양성으로 인해 평가의 비효율성 문제도 지속적으로 제기되어 왔습니다.
정부업무평가기본법 도입 이후, 성과 측정, 관리의 체계화, 공무원의 목표 인식, 동기 부여의 계기가 되었으나, 실질기여도와 평가 비효율성에 대한 논쟁은 존재한다.