본 연구의 제한점은 사전성취도와 학생 및 학교변수가 표집자료인 TIMSS 자료를 활용한 것이기 때문에 전집자료와 어느 정도 차이가 존재할 수 있다는 것이다. 또한 위에서 언급한 대로 TIMSS에서 측정한 일부 변수의 의미가 우리나라에서 통용되는 의미와 다소 차이가 있을 수 있다. 마지막으로 TIMSS 자료는 중학교 2학년 자료이기 때문에 이때의 성취도에는 학교효과가 반영되었을 수 있기 때문에 본 연구 결과가 산출된 학교 향상도는 중학교 2학년과 중학교 3학년 사이에 발생한 학교효과로 보아야 한다. 이에 따라 본 연구의 목적이 본 데이터의 결과를 일반화시키는 데 있지 않으며, 대신에 학교 향상도 산출모형에 추가적으로 학생 및 학교 수준의 변수를 투입했을 때 산출되는 학교부가가치가 어떻게 다르게 나타나는지에 대한 경험적인 근거를 바탕으로, 향상도 산출모형에 어떠한 정보를 포함시켜야 할지에 대한 논의를 제안하는 데 있다.
본 연구는 사전성취도와 학생 및 학교변수가 표집자료인 TIMSS 자료를 활용해 데이터 결과의 일반화에는 제한점이 있으며, 학교 향상도 산출모형에 변수 투입 결과의 경험적 근거를 바탕으로 어떤 정보를 포함시켜야 할지 논의를 제안하는데 목적이 있다.