특별회계는 특별회계 자체수입과 일반회계ㆍ기금 전입금 등이 재원이 된다. 이 중 일반회계 전입금은 크게 과세근거인 법률에서 해당 세입의 일정 부분을 특정한 특별회계에 전입하도록 명시한 ‘법정 전입금’과 법정 전입금으로 세출에 충당하기 부족한 경우 일반회계에서 추가로 전입하는 ‘추가 전입금’으로 구분되는데, 법정 전입금이든 추가 전입금이든 특별회계로 전입하도록 예산을 편성한 뒤 특별회계의 예산 집행률이 저조하여 연례적 불용이 발생할 경우에는 다른 사업에 재원을 투입할 수 있는 기회를 잃게 되거나 전체 세출 재원 부족으로 적자 국채를 발행할 가능성이 있어 재정 운용의 효율성을 떨어뜨리는 요인이 된다.
특별회계의 재원인 일반회계 전입금은 법정 전입금과 추가 전입금으로 구분된다. 두 전입금은 예산 집행에 따라 세출 재원 부족 문제를 야기한다는 점에서 비효율적일 수도 있다.