다음으로 효과성 및 효율성 분석에서는 본 제도의 단계별 목표에 따라, 전자상거래 활성화 효과, 석유제품 가격인하 효과, 소비자 후생 증진의 측면에 대해서 검토를 실시하였다. 본 제도는 전자상거래시장이 개설되기 전에 시행됨에 따라, 본 평가에서는 제도 변화 시에 나타난 효과의 변화를 통해 분석을 실시하였다. 효과성 및 효율성 분석 결과, 본 제도는 전자상거래시장 개설 이전에 도입되었기 때문에 전자상거래시장 형성에는 기여했을 것으로는 판단되지만, 전자상거래시장 활성화에 대한 기여는 한계가 있는 것으로 나타났다. 반면 석유제품의 가격 인하 효과는 매도자와 매수자 모두에서 유의미하게 나타나는 것으로 추정되었으나, 그 효과는 크지 않아 세액공제액을 차감한 사회적 순편익은 음(-)인 것으로 나타났다.
효과성 및 효율성 분석 결과,  본제도는 전자상거래시장 형성에는 기여했지만, 전자상거래시장 활성화에 대한 기여는 한계가 있다고 보여진다.  반면 석유제품의 가격 인하 효과는 크지 않았다.