먼저 2009년 2월 12일 열린 국토해양부 조정 회의에서 연수원은 첫째, 업무시설이 직원 106명 기준 5,992㎡로 산정한 것은 용역 직원 등 실제 근무인원을 반영하지 않은 것이므로 48명을 추가한 8,705㎡ 산정이 필요하고 기숙사의 면적 확장도 필요하다고 설명하였으며(총 54,468㎡), 둘째로 전북혁신도시에서 제시하는 금액인 ㎡당 508천 원 반영이 필요하다는 내용을 피력했다. 세 번째로 유보지(178,335㎡)의 연수원 부지로의 반영을 요구하였으며, 마지막으로 이전 시기를 2012년에서 2015년 이후로 변경해야 할 필요성에 대하여도 설명했으나, 추후에 재검토한다는 내용으로 의견이 정리되었다. 그 이후로는 주로 청사 면적에 대한 조정이 진행되었는데, 9월 18일 시설 면적을 41,000㎡ 정도로 하여 심의안을 상정할 것이라는 통보를 국토해양부로부터 받게 된다. 이에 연수원은 국토해양부와 긴급히 협의하여 기획재정부 조정 면적(47,810㎡)에서 3,835㎡ 감축하는 선에서 절충을 보았으나 결국 국토해양부에서 국가균형발전위원회에 41,169㎡로 상정하였다. 여기에 특별 부대조건으로 강의동은 12,860㎡ 이내, 국제교육센터 1,681㎡ 이내, 기숙사는 10,488㎡ 이내로 조정하기로 했다. 면적이 많이 줄었지만, 기숙사 면적은 공용 시설을 제외한 면적으로 해석하기로 했기 때문에 차후 면적이 증가할 수 있는 여지를 두게 되었다.
회의에서 연수원이 주장한 바는 다음과 같다. 첫째, 업무시설에 근무 인원을 추가 산정하고 기숙사도 넓혀야 한다. 둘째, 전북혁신도시에서 제시하는 금액을 반영해야 하며, 셋째, 유보지를 연수원 부지로 반영해야 한다. 마지막으로 이전 시기를 2015년 이후로 변경해야 하겠으나 추후 검토하겠다고 했다. 전체 면적이 많이 줄기는 했지만 기숙사 면적은 늘어날 여지가 있다.