그러나 이 사건 진정인들의 주장은 무기계약근로자의 당연지위를 다투는 것이 아니라, 무기계약직 전환심사 과정에서 장애를 이유로 한 불합리한 배제행위가 있었다는 것이고, 그 근거로 피진정 대학이 실시한 무기계약직 전환심사에서의 장애인에 대한 불합리한 심사기준 등을 제시하고 있다. 이에 대해 피진정 대학은 진정인들의 경우 채용의 원인이 된 채용공고에 별도의 무기계약직 전환 조건에 관한 안내가 없었으므로, 무기계약직 전환조건을 인지하고 입사한 다른 인원들과 진정인들의 평가방식을 달리 적용한 것이며, 진정인들은 합리적으로 필요한 역량을 갖췄다고 평가될만한 합격 기준에 못 미쳐 탈락된 것이므로 장애인에 대한 차별은 없었다고 주장하고 있다.
진정인들은 장애 때문에 무기계약 심사에서 배제됐다고 주장하지만 피진정대학은 무기계약직 전환조건을 알고 입사한 이들과 평가가 다를 수밖에 없으며 전환 기준에 미달돼 탈락했다고 주장한다.