시간선택제 교사제도는 정책의제 설정단계에서부터 불협화음이 적지 않았으며, 현재도 다수의 시도 교육감이 우려의 입장을 표명하고 있으므로 직접 이 제도를 운용해야하는 시도교육청의 이해와 협조를 이끌어내는 방안이 강구될 필요가 있다. 더불어 시간선택제 교사제도가 실효성을 제고하기 위해서는 교장이나 장학직 등 교육행정가들이 복무관리 문제 등으로 기피하는 순회교사를 줄이는 방향으로 시간선택제 교원을 배치하고, 교원인사관리의 효율성 측면에서는 전일제 교원이 시간선택제 교사로 전환하여 생긴 자리를 기간제 교사로 배치하여 교원인사관리의 편의성과 효율성을 높이도록 해야 할 것이다.
시간선택제 교사제도는 아직 우려 의견이 있지만 교육행정가들이 순회교사를 줄이면서 교원을 배치하고 전일제 교원부재를 기간제 교사로 배치하는 등 관리 효율성을 높여야 한다.