조직 구성 초기 방산비리합수단 및 특별수사부 출신 검찰 인력의 파견을 통해 인력 이 충원되었는데, 앞으로 전문성의 제고와 보강을 어떻게 이루어 나가며 상설조직으로서 제도화를 이끄느냐가 관건이라 할 수 있다.그동안 방산비리척결을 모토로 하여 설립된 방위사업청 자체가 “군출신 돌려막기” 비난으로부터 자유롭지 못하고 여전히 방위사업청 내 군인 및 일반공무원의 비율의 충원을 두고 논란이 된다는 점에서 방위사업청 업무의 개혁 차원에서 도입된 방위사업감독관 제도의 운용이 어떻게 이루어지느냐 하는 문제는 방산비리 극복을 향한 방위사업청의 미래가 걸린 사안이라 해도 과언이 아닐 것이다.
방위사업청 내 군인과 일반공무원의 비율이 논란인 점에서 방위사업감독관 제도의 운용방식의 문제는 방산비리 극복을 위한 방위사업청의 미래가 걸린 사안이다.