ECCC는 1997년 6월 시하누크 국왕의 아들인 라나리드 제1총리와 훈센 제2총리는 공동명의로 코피아난 유엔 사무총장에게 크메르루즈 지도자의 반인권 범죄에 대한 단죄를 위한 국제재판 실시를 위한 지원을 요청함에 따라 1999년부터 시작된 유엔-캄보디아정부간 협상을 통해 2003년 3월 ECCC 설립안이 최종 합의되었으며, 2006년 7월 공식출범하였다. ECCC는 캄보디아 국내법(크메르루즈 재판 특별법정 설치에 관한 특별법)과 유엔-캄보디아정부간 협정에 따라 유엔이 지명하는 국제 판･검사들을 참여시키는 캄보디아 법원내에 설치된 특별법정으로 혼합법정(Hybrid Court)이다. ECCC는 2심제로서 재판 대상은 크메르루즈 집권기간(1975.4.17-1979.1.6)중 자행된 국제범죄에 가장 책임있는 자와 크메르루즈 지도자로 한정하며, 관할대상 범죄는 제노사이드, 인도에 반한 죄, 1949년 제네바협약의 중대한 위반행위(전쟁범죄), 캄보디아 국내법상 살인･고문 등이다.
ECCC는 크메르루즈 지도자의 반인권 범죄 행위에 대한 국제재판을 유엔 측에 요청하였고 2006년에 ECCC 설립안이 공식 출범됐다. 재판 대상은 크메르루즈 집권 기간 중 자행된 살인, 고문 같은 죄에 대한 책임자이다.