그러나 이상 개정에 따라 조정교부금 배분 방식의 변화 예고로 경기도내 31개 시 ⋅군 간에는 다차원적 갈등이 발생하게 되었다. 구체적으로 첫째, 현재 재정력 수준이 낮은 자치단체의 경우 징수실적은 감소되고 역재정력 지수의 비중이 증가됨으로써 결과적으로 조정교부금을 더 많이 확보할 수 있게 된 반면, 재정력이 상대적으로 우수한 자치단체는 그렇지 못하는 결과를 초래하게 되었다. 둘째, 경기도에서 운영되고 있던 특별조정교부금 제도를 통해 배분 받던 시⋅군의 재정 악화될 소지가 있다. 이미, 수원⋅성남⋅고양⋅과천⋅용인⋅화성 자치단체장들은 「지방재정법 시행령」 개정 전 안전행정부 장관과 면담 등을 통해 특별조정교부금 폐지에 따른 문제점을 제시한바 있고, 특히 성남시는 특별조정교부금 폐지 반대 결의대회를 실시하였다.
경기도 안의 시 군에게 재정조정을 위하여 조정교부금을 배분하는데 재정력에 따라 각 지자체들의 재정 지원의 차이가 남으로 갈등이 발생하게 되었다.