크라우드펀딩의 유관기관으로는 중앙기록관리기관, 투자자명부관리기관, 예탁기관, 청약증거금 관리기관 등이 있다. 중앙기록관리기관은 온라인중개업자로부터 크라우드펀딩의 발행인과 투자자에 대한 정보를 제공받아 관리하는 기관이다. 온라인중개업자로부터 발행한도 및 투자한도의 관리 업무를 위탁받아 관리하고, 제공받은 자료들을 보관·관리하며 정책감독당국을 지원하는 역할을 수행한다. 투자자명부관리기관은 발행인이 위탁해야하는 투자자명부(주주명부 등 증권의 소유자 내역을 기재·관리하는 명부)의 관리에 관한 업무를 담당한다. 예탁기관은 투자자가 크라우드펀딩을 통하여 발행받은 증권을 예탁받아서 보호예수하는 역할을 한다. 현재 우리나라의 크라우드펀딩 유관기관으로 중앙기록관리기관, 투자자명부관리기관, 예탁기관 역할은 한국예탁결제원이 담당하고 있다. 청약증거금 관리기관은 온라인중개업자가 예치 또는 신탁한 투자자의 청약증거금을 맡아 관리하는 은행 또는 증권금융회사이다. 온라인중개업자는 개인적으로 투자자로부터 일체의 금전·증권, 그 밖의 재산에 대한 보관이나 예탁을 받을 수 없기 때문에 관련 기관들이 이를 위탁받아서 관리하고 있다.
크라우드펀딩 유관기관은 중앙기록관리기관, 투자자명부관리기관, 예탁기관, 청약증거금 관리기관 등으로, 우리나라의 경우 한국예탁결제원이 중앙기록관리, 투자자명부관리, 예탁기관의 역할을 맡고 있다. 청약증거금 관리기관은 투자자 보호를 위한 곳으로 은행 또는 증권금융회사이다.