남북관계 역사에서 가장 비극적인 경험은 바로 1950년에 발생한 6·25 전쟁이었다. 남북한으로 분단된 지 5년 만에 발생한 6·25 전쟁은 1945년 이후에 시작된 분단 상태를 더욱 확고한 것으로 고착시켰으며, 동족상잔과 그 비극성으로 인해 그 이전과 이후의 남북관계의 성격을 완전히 바꿔 놓았다. 사실상 6·25 전쟁은 1953년 7월 27일에 정전협정을 통해 중지됐지만, 그것은 이 전쟁의 완전한 종식을 의미하는 것이 아니었다. 정전 상태에서 남한과 북한은 같은 민족이라는 인식보다는 오히려 서로에게 ‘군사적으로 대치하고 있는 상대방’이라는 인식을 더 강하게 갖게됐다. 이것이 바로 남북관계의 이중성을 작동시키는 요인이 됐다.
6·25 전쟁은 분단 상태를 고착시켰고 남북관계의 성격을 완전히 바꾸었다. 서로가 같은 민족보다는 적군이라는 인식을 강하게 만들어 남북관계의 이중성을 형성하는 계기가 되었다.