디지털교과서 연구학교는 많은 예산이 투입되는 만큼 다른 연구학교와 차별화 시켜 장기적인 안목에서의 운영 계획을 수립할 필요가 있다. 디지털교과서 정책의 로드맵과 맞물려 연구학교에서의 연구 주제를 연도별로 지정하고, 연구 주제 또한 심화시켜 나가야 한다. 2014년에는 연구학교에서 의무적으로 수행해야 하는 디지털교과서 분석이나 집중 분석 단원에 따른 수업 사례 등의 정보가 늦게 전달되어 많은 학교들이 이미 수업한 단원을 다시 가르쳐야만 수업 사례 동영상을 제출할 수 있는 상황이 되었고, 이는 결과물의 질적 저하에 영향을 미칠 수 있다. 따라서 연구학교가 수행해야 하는 연구 주제를 장기적인 안목에서 미리 계획하고 연도별로 연차적으로 진행해 나가도록 개선해야 한다.
디지털교과서 연구학교의 분석과 정보 전달이 학교 수업과 맞지 않아 차질이 발생하므로 장기적 운영 계획을 수립하고 디지털교과서 정책과 맞물려 연구 주제를 연도별로 지정하여 심화시켜야 한다.