그러나 이러한 전국구국회의원선거제도에 대하여는 2001년에 헌법재판소에 의하여 위헌이 선언되었다. 이에 2002년에 도입된 정당명부식 비례대표제도가 도입되었다. 구체적으로는 2002년 6월 13일 지방의회선거에서 광역의회의원 중 비례대표시 도의원을 위한 정당투표제도가 마련됨으로써, 최초로 후보자에 대한 투표와 정당에 대한 투표를 별개로 행하는 순수한 병립제가 채택되었다. 이는 별도의 투표를 통해서 결정한다는 측면에서, 의제투표를 하던 기존 전국구의원제도와는 그 제도의 성격에서 완전히 차원을 달리하는 것이라고 평가해야 한다. 그리고 이러한 독립된 비례대표제는 2002년 이후 현재에 이르기까지 이어지고 있다. 따라서 우리나라의 현행 대표제도는 단일선거구-비례대표제 선출의원과 소선거구(중선거구)-다수대표제 선출의원을 병립 하는 병립제 적용방식을 채택하고 있다고 평가할 수 있고, 이는 ‘비례대표제 병립시기’(2002년-현재)로 정의할 수 있다.
헌법재판소는 전국구국회의원선거제도에 위헌을 선언하였고 이로 인해 정당명부식 비례대표제도가 도입되었다고 할 수 있다. 