협업 우수사례 선정을 통한 기관 포상제도는 협업을 이끌어낼 수 있는 좋은 장치로 협업에 대한 동기부여 및 기관과 실무자들의 사기 진작을 위해 공정하고도 협업을 독려하는 방향으로 적극적으로 활용되어야 한다. 협업에 참여하는 기관들의 노력에 대한 충분한 보상은 협업을 활성화하기 위한 중요한 요인 중 하나로 협업 우수사례 포상 제도는 인터뷰 결과에서 나타난 바와 같이 협업을 위한 동기부여와 협업 참여자 및 기관의 사기 진작에 매우 긍정적인 영향을 주고 있다. 특히 초기 협업 평가에서는 협업 수행을 위해 도움을 주는 협업 조력기관의 역할이 매우 중요함에도 불구하고 협업 평가에서는 다소 소홀하게 다루어지고 주 기관만 좋은 평가결과를 받았으나 협업 조력기관의 중요성을 인식하고 협업 조력기관에 대한 포상 제도를 마련한 것은 협업 활성화를 위한 제도적보완이라고 볼 수 있다. 평가 지표나 제도의 개선은 협업 평가에서 고려해야할 요소들을 모두 포함하기에는 다소 제한적일 수 있으나, 협업 포상제도를 통해 평가 지표나 제도를 보완할 수 있다. 향후 포상 분야를 분야별로 세분화 하여 확대할 수 있는 가능성이 있는지를 검토하여 협업 수행을 위해 함께 노력한 기관들이 공정하게 평가받고 보다 많은 기관에게 그 보상이 돌아갈 수 있도록 개선하는 것이 바람직하다.
협업 우수사례를 선정하는 기관 포상제도는 협업을 위한 동기부여와 사기 진작, 협업 활성화에 긍정적인 영향을 미친다. 점차적으로 포상 분야를 세분화하여 협업에 참여한 기관들이 공정하게 평가받고, 더 많은 기관에게 보상이 주어지도록 개선해야 한다.