2001년 9월 11일에 발생한 동시다발테러사건 이후, FEMA는 2002년 국토안전보장법(HSA: Home Security Act of 2002)의 제정을 거쳐, 2003년 1월 국토안보부(DHS: Department of Homeland Security)로 통합되었다. 이에 따라 DHS가 테러나 재해대책과 관련된 연방정부의 8개 성청 22개 기관의 기능 및 조직을 집약시킨 핵심조직으로써 재앙적(catastrophic) 피해를 초래하는 사건이나 재해에 대한 모든 정보수집 및 분석 평가를 신속 정확하게 집행하고, 위기적 상황에 대해 국가가 더욱 효율적 및 효과적인 대응을 도모하는 역할을 수행하여왔다.
동시다발테러사건 이후, FEMA는 2003년 1월 국토안보부(DHS)로 통합되었다. DHS는 테러나 재해대책 관련 기관들의 기능 및 조직을 집약시킨 핵심조직이다.