그러나 논란은 다시 시작됐다. 같은 해 12월 30일 오후 서울 세종로 정부중앙청사 10층에 위치한 국무총리실 회의실. 20여 명의 교육행정정보화위원회 회의는 치열한 논쟁 속에 갈등을 거듭하고 있었다. 불과 보름 전 합의안을 발표했지만 이날 회의에서는 교무·학사 등 3개 영역의 데이터베이스 서버 수를 둘러싼 견해차를 극복하지 못하고 최종 합의에 실패했다. 전국교직원노동조합은 3개 영역 분리 운영의 취지를 살리려면 4,500개의 서버가 필요하다고 주장한 반면, 교육부는 200개 이상은 불가능하다고 맞섰다. 서버 2,700개를 두는 최종안도 부결되자 상당수 위원들이 위원회 활동에 불참하겠다는 의사를 밝혀 교육행정정보시스템을 둘러싼 갈등이 재점화되는 듯 했다.
12월 30일, 교육행정정보화위원회 회의에서 논의된 데이터베이스 서버 문제가 부결되며 교육행정정보시스템 관련 갈등에 다시 불이 붙었다.