그러나 의견건의 제도는 군인복무규율이 “상관이 자기와 의견을 달리하는 결정을 하더라도 항상 상관의 의도를 존중하고 기꺼이 이에 복종하여야 한다”는 자체적인 한계 규정을 두고 있어서 군인 권리보호 제도의 실효성을 담보할 수 없는 문제점을 가지고 있다. 군인복무규율은 “상관은 부하의 건의를 경시하거나 소홀히 다루어서는 아니 되며 부하의 의견이 유익하거나 정당하다고 인정될 때에는 이를 받아들여 필요한 조치를 하여야 한다.” 규정하고 있으나, 상관이 부하의 의견건의에 대해 필요한 조치를 취하지 않았을 때에는 의견건의를 하는 군인이 어떻게 권리보호 요청을 할 것인지, 의견건의를 무시한 상관이 어떠한 책임을 부담하는지 등에 대한 규정 등은 마련되어 있지 않다.
의견건의 제도는 군인복무규율과 상충하는 부분이 있어서 군인의 권리를 보호하는   효과를 보장할 수 없다. 군인복무규율은 상관이 부하의 의견제시에 대해 실행해야 하는 조치 등은 나와 있지 않다.