하지만 국가간 연계 추진을 위한 투자자금 마련은 SAPP의 최대 난 제라고 할 수 있다. 다른 아프리카지역과 마찬가지로 남부아프리카지 역에서도 국가재정(국영전력기업), 다자개발은행의 신용제공, 선진국 공적원조 등이 전력망 연계 및 발전원 개발에 주요 투자재원이지만, 대규 모 투자자금 마련과 복잡한 국가간/지역주민과 합의를 필요로 하는 수력발전 개발 사업의 경우에 재원마련에 특히 더 어려움을 겪고 있다. 최근에는 이를 극복하기 위한 방안 중에 하나로 민간자본 유치를 위한 PPP(Public Private Partnership)방식 도입이 추진되고 있다.
SAPP의 최대 난제는 국가 연계를 위한 투자자금 마련으로 특히 수력발전 부문에서 어려움을 겪고 있는데, 이를 극복하기 위해 PPP방식이 도입되고 있다.