넷째, 교무 학사 운영 면에서 입학, 전･편입, 출결관리, 평가 및 성적 관리 등에서 일반고와 큰 차이를 보인다(한국교육개발원, 2015b). 먼저 방송고의 입학 자격은 중학교 졸업자 또는 이와 동등한 학력이 인정되는 자로 일반고와 동일하나 학생 선발에서 차이가 있다. 방송고의 학생 선발은 무시험 서류 전형 및 선착순으로 이루어지며(한국교육개발원, 2015b: 43), 학생의 거주지에 제한을 두지 않는다. 이는 방송고 입학생이 대부분 학업 공백을 가진 성인, 학업중단 청소년이라는 점, 중학교 졸업생을 배정 받을 수 없는 학교라는 점 때문이다. 방송고의 전･편입학의 경우 방송고간 전학은 전입 학교의 정원 범위 내에서 비교적 자유로우나 방송고와 일반고간 상호 전학은 제한적으로 운영되고 있다. 이는 방송고의 3년간 교과 이수 단위 (180단위)와 일반고 이수단위(204단위)의 차이, 학업 중단 위기학생, 부적응 학생이 대거 방송고로 유입될 우려와 그에 따른 일반고의 책임 회피, 방송고의 학습 분위기 악화 등을 우려한 데 따른 것이라 할 수 있다.
방송고의 입학 자격은 일반고와 동일하거나 차이가 있다. 학생 선발 차이 뿐만 아니라 교과서 이수 단위의 차이등의 이유로 방송고와 일반고간 상호 전학은 제한적으로 운영된다.