의약품의 경우, 존속기간 연장등록출원서에는 임상시험 승인(신청) 관련 자료, 임상시험 종료보고서, 허가기관에서의 허가서류 검토기간을 입증할 수 있는 자료[의약품 제조(수입)품목허가증, 보완 요구서 및 보완자료 접수 증명자료 등 포함] 각 사본, 약사법 제31조제2항, 제3항 및 제42조제1항의 규정에 의한 허가일 등을 기재하도록 규정되어 있다(특허청 고시 제2015-19호 제6조제1항). 특허청에서는 이러한 자료를 기초로 임상시험 기간, 서류 검토기간 및 특허권자에게 책임 있는 사유로 소요된 기간(예를 들어, 보완요구서 통지일자부터 보완자료 접수일자)을 최종 확인하여 연장등록출원서에 기재된 연장신청의 기간이 “특허발명을 실시할 수 없었던 기간”을 초과하는지를 판단한다.
의약품은 존속기간 연장등록 출원서에 임상시험 관련 자료, 허가서류 검토기관 입증 자료 등을 기재하도록 되어 있다. 특허청에서는 이를 통해 연장신청 기간이 특허발명 실시 불가 기간을 초과하는지 판단한다. 