제도도입 초기인 1998년 9월에는 금융투자협회(구 증권업협회)가 10개의 증권사로부터 채권의 종류별, 신용등급별로 수익률을 보고받아 이를 공시하는 방법으로 제도가 운용되었다. 이후 정부는 채권의 유동성프리미엄 등 다양한 요소를 채권 가격에 보다 전문적으로 반영하기 위해 2000년 6월 한국채권평가, 키스채권평가, 나이스피앤아이(구, 나이스채권평가) 등 3개의 민간채권평가회사 설립을 인가(2011년 9월 에프엔자산평가 인가로 현행 4개의 민간채권평가사 운영중)하고 제도 정착을 위한 정책적인 지원을 실시하였다. 이후 2003년 10월부터 금융투자협회의 개별채권종목의 수익률 공시 업무를 중단하고 민간채권평가회사만이 채권의 가격을 평가하는 방식으로 제도가 개선되어 현재까지 운용되고 있다. 한편 금융투자협회는 채권평가회사와 고객 기관과의 유착가능성을 배제하기 위해 채권평가가격의 객관성과 적정성을 모니터링하고 있다.
정부에서는 채권의 여러 요소들을 채권 가격에 전문적으로 반영하고자 금융투자협회에서 증권사들로부터 제공받은 채권의 종류 등을 보고받고 공시하는 방식에서 민간채권평가회사가 채권의 가치를 평가한 것을 모니터링하는 식으로 개선 및 운용하고 있다.