첫째, 평가 결과에 따른 정원감축 실시로, 2014년 이후 대학 입학자원 규모 및 2025년 이후 학령인구 감소 등을 고려하여 2023학년도까지 16만 명을 감축하며, 2017학년도까지는 4만 명을 감축하는 것으로 감축규모를 제시하고 있다. 구조개혁 기간 동안 주기별 정원감축 목표(안)은 다음과 같으며, 각 주기마다 모든 대학을 평가한다. 평가등급에 따라 최우수 등급을 받은 대학을 제외한 모든 대학에 대해 차등적으로 정원을 감축하며, 최우수 등급을 받은 대학의 경우에도 재정지원사업과 연계하여 자율 감축을 유도하는 것으로 계획하고 있다. 정원감축과 재정지원사업 간의 연계를 위해 모든 정부재정지원사업 평가에 구조개혁 계획(실적)을 반영하며, 구체적인 구조개혁 연계방법은 사업별 추진계획에 제시하는 것으로 계획되어 있다.
대학의 정원감축을 위해 주기마다 모든 대학을 평가하여 평가등급에 따라 최우수 등급을 제외한 대학은 차등적으로 정원을 감축하며, 최우수 등급의 경우도 재정지원사업 평가에 구조개혁 계획을 반영하여 자율 감축을 유도한다.