공인인증서 기술을 특정 기술로 강제한 부작용은, 첫째 금융 업체, 특히 은행과 카드사로 하여금 신기술에 투자하지 않게 하여 결국 신기술이 개발되지 못하는 문제와, 둘째 소비자에게 금융 사고의 책임을 전가시키는 문제, 셋째 인터넷 환경 전반이 액티브엑스 기술에 의존함으로써 결국 보안에 취약한 환경을 만든 것을 언급할 수 있다. 공인인증서를 강제하지 않은 경우, 금융회사는 소비자 인증을 위한 여러 기술의 하나로 공인인증서를 선택할 수도 있고, 소비자의 입장에서 이것이 불편하면 공인인증서 없이도 전자 금융이 가능한 다른 금융회사를 선택할 것이다.
공인인증서 기술을 특정한 것으로 강제하면 신기술 개발의 어려움/책임 전가 등 다양한 부작용이 있다. 강제하지 않은 경우 여러 대안을 선택적으로 사용가능하다.