그러나 이런 현실 속에서도 학교스포츠클럽 활동을 운영하는 학교마다 긍정적 평가와 부정적 평가가 엇갈리는 가장 큰 이유는 ‘학교스포츠클럽 활동 프로그램’이 다르기 때문인 것으로 나타났다. 특히 일선 학교를 방문하여 학생 및 체육교사들과 면담을 실시한 결과, 학교마다 프로그램의 내용과 운영 방식에 따라 교육적 성과는 크게 차이가 났다. 이로 인해, 학생들이 학교스포츠클럽 활동을 경험하고 난 후 갖게 된 스포츠 활동에 대한 인식과 태도의 변화가 컸다. 물론 앞에서 언급한 인적 자원과 물적 자원도 교육 환경적 측면에서 매우 큰 영향을 미치지만, 학교스포츠클럽 활동 프로그램을 지역과 학교 상황에 맞게 구성하고 운영하다면 시급히 교육 환경을 개선하기 힘든 상황에서도 소정의 교육적 성과를 거둘 수 있을 것이다.
활동 프로그램의 내용과 운영방식에 따라 교육적 성과와 스포츠에 대한 학생들의 인식에 차이가 발생하였다. 교육적 성과를 거두기 위해서는 프로그램을 학교 별 상황에 맞추어 구성하는 것이 필요하다.