한편, 1999년 출범한 탈북난민보호운동본부는 우리민족서로돕기운동과 마찬가지로 종교 단체를 모태로 하고 있지만, 보수적인 한국기독교총연합회(한기총)이 그 시발이라는 점에서 운동의 성격이 상당히 차이가 난다. 이 단체가 중점을 두고 있는 사업 중 하나는 이른바 “탈북난민 긴급구출 활동”이다. 이는 중국 혹은 제 3국에서 체류 중인 탈북난민들을 위해 이주비용을 모금하고 은신처를 제공하며, 궁극적으로는 남한으로의 입국을 돕는 “실질적인 구출활동”을 뜻한다. 중국 정부와 마찰을 빚기도 하고 오히려 탈북난민들의 중국내 신분을 더 불안하게 한다는 비판을 받기도 하지만, 탈북난민보호 운동본부는 홈페이지에서 2004년 10월 현재 약 직간접 400여명의 탈북민 구출”이라고 홍보하고 있다. 이 단체를 포함하여 주로 많은 보수 북한인권 단체들 및 기독교 관련단체들이 탈북자들의 한국 입국에 아직도 많이 개입하고 있다. 이 밖에도 탈북난민보호운동본부는 중국현지에 실태조사단을 파견하여 현지상황을 파악하고 정보를 수집하는 활동을 하고 있으며, 남한에 입국한 탈북자들을 인터뷰하여 북한의 인권침해사례등을 조사하고 있다.
탈북난민보호운동본부는 한국기독교총연합회가 기반이 된 보수적 단체로, 다른 단체들과 함께 탈북난민들의 실질적인 구출활동을 중점적으로 하고 있다. 또한 중국에 실태조사단을 파견해 현지 상황을 파악하며, 남한에 입국한 탈북자와의 인터뷰를 통해 북한의 인권침해사례를 조사한다.