여섯째, NCS 학습모듈은 NCS의 분류체계, 구조와 수행준거를 준용하여 개발하였다. 따라서 NCS에서 기인하는 문제는 대부분 학습모듈에서도 동일하게 발생한다. 예를 들어, 각 세분류와 능력단위 한 개가 포괄하는 직무의 범위는 직무 특성에 따라 상당한 차이를 보인다. 따라서 학습모듈 한 권에 포함되어야 하는 능력의 범위가 세분류 간 또는 동일한 세분류 내에서도 능력단위에 따라 다르고 학습 분량이 달라질 수 있다. 한편 NCS의 수행준거가 학습모듈에서 학습목표와 평가준거로 활용되는데 학습목표나 평가준거로 활용하기에 범위가 너무 넓거나 적절하지 않은 경우가 있다. 또한 NCS는 직무를 중심으로 분류되어 있으나 인력을 양성할 때에는 직무 내용을 뒷받침하는 별개의 교육과정이 필요할 수 있다.
NCS 학습모듈은 분류체계, 구조와 수행준거를 준용해 개발했기에 여기서 기인하는 문제는 대부분 학습모듈에서도 동일하게 발생한다. 예를들어 직무의 범위는 직무 특성에 따라 상당한 차이가 있다.