다음으로 미시적 차원에서 개별 영향평가들과 인권영향평가의 관계를 검토해볼 필요가 있다. 앞서 언급한 바와 같이 여러 개별 영향평가와 인권영향평가는 중첩된 영역을 가질 수 있다. 그리고 중첩된 영역은 단순히 중복 절차에 따른 행정의 비능률성만을 초래하는 것이 아니라 상호 충돌 혹은 모순된 결론이 도출될 우려도 존재한다. 이러한 부분을 해결하는 방식은 결국 영향평가의 구체적인 기준을 형성할 때 있어서 이미 존재하는 영향평가의 기준을 인권영향평가에서는 배제하여 서로 간에 중첩적인 판단 영역을 최소화하는 방식과 개별 영향평가의 체계를 구성하고 그 중 인권영향평가를 보충적인 판단으로 하여 전문화된 개별 영향평가를 우선적으로 존중하고, 일반적이고 포괄적 인권 전반에 대한 판단은 이를 보충하는 방식으로 체계를 정하는 것이 있을 수 있다.
개별 영향평가와 인권영향평가의 중첩 영역 해결을 위해 이미 있는 기준은 인권영향평가에서 배제하여 중첩을 최소화하며, 전문 개별 영향평가를 우선 존중하고 포괄적 인권 전반의 판단은 보충하는 방식을 적용할 수 있다.