차이점으로는 첫째, 국가기간 전략훈련은 정부가 선정한 직종 분야의 기술인력을 양성하기 위해 국가기간산업, 국가전략산업, 일부 서비스직종에 대한 훈련인 반면, 실업자 계좌제는 실업자나 자영업자의 직업능력개발 지원을 위해 KECO 분류체계에 따른 직종 전반의 일반직종에 대한 훈련이다. 둘째, 국가기간 전략훈련은 훈련기관에 훈련인원을 배정하는 물량배정방식으로 진행하고, 실업자 계좌제는 계좌 발급을 받은 훈련수요자가 훈련기관을 선택하는 훈련시장 의존형이다. 셋째, 국가기간 전략훈련은 훈련비용을 국가에서 전액 지원하고, 계좌제훈련은 훈련비용의 일부를 훈련생 본인이 부담한다. 넷째, 국가기간전략훈련의 경우 훈련기간이 다양한 과목으로 6개월 이상인 반면, 실업자 계좌제는 보통 단일 과목으로 1∼2개월 정도로 진행한다. 다섯째, 국가기간 전략훈련은 해당분야의 기초부터 취업 시 필요한 기술까지 단계별로 습득하지만, 계좌제훈련은 해당직종의 일부분만 학습한다. 여섯째, 국가기간 전략훈련은 1일 6~7시간 종일 훈련으로 다양한 학습활동과 보충학습, 취업지도 등이 가능하지만, 계좌제훈련은 1일 2~4시간 부분적 훈련으로 이러한 활동이 제한적이다. 일곱째, 국가기간 전략훈련은 훈련기관의 신뢰성이 높고 훈련기관의 규모가 비교적 큰 편이지만, 계좌제훈련은 그 반대가 많은 편이라 할 수 있다. 이외의 차이점으로는 계좌제훈련의 경우 탈락기준이 없어 훈련생 제재를 위한 규제가 약하고, 구비요건을 충족하는 경우 유효기간 연장신청을 통해 훈련과정을 연장할 수 있으며, 한번 인정받은 과정에 대해 횟수에 제한없이 추가 과정 개설이 가능하다.
국가기간 전략훈련은 정부가 선정한 직종 분야의 기술인력을 양성하기 위한 훈련으로 물량 배정 방식의 훈련생 배정, 훈련비 전액 국가 지원, 다양한 과목의 6개월이상의  훈련기간을 통한 단계별 기술습득, 종일학습에 의한 다양한 학습활동 및 학습지도 가능,대규모 훈련기관의 높은 신뢰성과 같은 특성을 보여, 실업자나 자영업자의 직업능력개발 지원을 위한 일반직종에 대한 훈련과정인 실업자 계좌제와는 대체로 상반된 차이를 보인다.