직접 북한의 현 정권과 상대해야 하는 정부의 입장에서는 직접적인 인권 문제제 기가 어려울 수도 있을 것이다. 다행히 대통령으로부터 독립된 국가인권위원회 가 이미 설치되어 있으니, 향후 본격적인 교류협력 시기가 도래한다면 통일부를 중심으로 교류협력을 담당할 한 정부 부처와 국가인권위원회가 역할을 분담하여 국가인권위원회가 독립적으로(또는 법무부 북한인권기록보존소 등과 함께) 북 한인권에 대한 문제제기 역할을 맡는 방식으로 해결할 수 있다. 이런 점에서 후술하는 바와 같이 2016년 제정은 되었지만 정치권의 갈등으로 제대로 운영되지 못하고 있는 북한인권법을 입법적으로 보완하여 제대로 작동하게 할 필요가 있다. 특히 현재 북한인권법상 통일부가 주무부처로 되어 있는 부분은 법무부 또는 국가인권위원회 관할로 시급히 변경해야 한다. 통일부의 본질적 기능상 통일부가 북한인권의 주무부처가 되면 통일부 내에서 해당 업무가 소외될 우려 가 높고 통일부가 직접 북한의 현 정권을 상대하는 교류협력과정에서 논란의 빌미를 줄 수 있기 때문이다.
북한인권 문제에 효율적으로 대응하기 위해서는 정부 부처가 직접으로 상대하는 것이 아니라 국가인권위원회와 역할을 분담하여 문제를 해결하는 것이 좋다. 그러기 위해 통일부 업무의 혼란과 논란을 가져 올 수 있는 북한인권법의 개선이 시급하다.