성공불융자 지원의 문제점으로 첫째, 이미 기술한 바와 같이 에특융자 자금 축소로 융자지원규모가 축소되면서 융자지원의 목적인 탐사 사업의 참여 유인 역할이 미비하다는 점을 들 수 있다. 이는 민간 기업들의 탐사 투자 유인을 악화시키고 개발 및 생산 단계 등 단기적 이익 중심으로 사업 포트폴리오를 변경함으로써 중 장기적으로 국내 자원개발 사업이 특정 사업 단계에 편중되어 비효율적으로 운영될 가능성이 있다. 둘째는 성공불융자 제도가 그동안 문제시되었던 도덕적 해이 가능성을 줄이고자융자 및 감면 심사 제도를 강화하는 등의 개선책을 제시하였으나 여전히 국회, 감사원 등은 부정적 입장을 지속해서 제기하고 있다는 점을 들 수 있다.
성공불융자 지원의 문제점은 융자지원의 목적인 탐사 사업의 참여 유인 역할이 미비하다는 것과 국회, 감사원 등의 부정적 입장 제기이다.