둘째, 단위 학교별 성취 향상 정도에 따른 차별화된 학습부진학생 지도 프로그램을 개발 확산한다. 학교별로 성취 향상 정도의 부진은 그 양상과 실태가 다를 수 있다. 따라서 학교별로 차별화된 조치가 적용되는 것이 필요하다. 이런 점에서 개별 학교가 어떤 성취 수준에서 성취 향상이 부진한가를 파악하고 해당 학생들에게 적합한 프로그램을 지원할 수 있도록 해야 한다. 또한 현재 학교현장에서 활동하고 있는 학습부진학생 지도를 위한 상담교사의 수를 늘려 배치할 필요가 있다. 전수평가 전환 이후 기초학력 미달 학생이 현저히 감소하였으므로, 집중적인 반복 학습만으로는 해소되지 않는 학습부진학생의 경우는 정서·행동과 관련된 문제나 가정 문제를 겪고 있을 가능성이 있다. 이 경우 전문적으로 학습부진 학생의 지도를 위한 학습상담교사가 배치되어 학습부진의 원인 진단, 문제 해결을 위한 상담치료 등 맞춤형 지도가 이루어질 필요가 있다. 현재는 예산의 부족, 정규교사 인원 제한 등으로 학교마다 학습상담교사를 배치하기 어려워 1명의 교사가 여러 학교를 순회함에 따라 지속적인 관리가 필요한 학습부진 학생에게 실질적인 도움이 되지 않고 있다. 따라서 각 학교에 학습상담교사를 의무적으로 배치하여 학습부진학생 지도 프로그램을 실시하는 것이 학습부진학생을 줄이는 데 가장 효과적인 방법이 될 것이다.
단위 학교별 성취 향상 정도에 따른 차별화된 학습부진학생 지도 프로그램을 개발해야 한다. 특히 각 학교에 학습상담교사를 의무적으로 배치하여 학습부진학생 지도 프로그램을 실시하는 것이 효과적일 것이다.