이들 심층평가서는 타당성 분석과 효과성 분석을 충실하게 수행하였음에도 이를 토대로 일관성 있는 최종 결론이 도출하지 못한 이유는 심층평가의 각 분석별 결과와 타당성 및 효과성 분석을 종합하는 객관적 판단기준의 부재에서 비롯된 것으로 보인다. 조세특례 심층평가는 개별 조세특례의 타당성, 효과성, 효율성 등을 구분하여 평가한 후, 최종적으로 각 범주별 평가결과를 취합하여 종합적인 평가의견이 도출되는 구조로 되어 있다. 또한 각 범주별로 다양한 각도의 분석이 이루어지며, 이들을 종합하여 각 부문별 평가결론을 도출한다. 따라서 평가결과에 근거한 정책제언을 위해서는 평가를 제대로 수행하는 것도 중요하지만, 이러한 결과를 최종적으로 종합하여 정책 제언을 위한 결론을 도출하는 과정 역시 중요하다.
평가결과에 근거한 정책제언을 위해서는 제대로 된 평가수행 뿐만 아니라,  결과를 최종적으로 종합해 정책 제언을 위한 결론을 도출하는 과정 역시 중요하다.