헌법재판관 중 4인의 위헌의견이 있었다. 헌법재판관 2인은 “‘재범의 위험성’을 전혀 요구하지 않고 있어 재범의 위험성이 인정되지 않는 등록대상자에게 불필요한 제한을 부과한다. 또한, 행위 태양의 특성이나 불법성의 경중을 고려하여 등록대상 성범죄를 축소하거나 별도의 불복절차를 두는 등 덜 침해적인 대체수단을 채택하지 않아 미수범이나 벌금형이 선고되는 경우처럼 불법성이나 책임이 가벼운 경우도 등록대상자로 삼고 있어 침해의 최소성에 반한다”21)는 의견을 제시했다. 헌법재판관 2인은 “이 사건 등록조항은 죄질이 무겁고 재범의 위험성이 인정되는 범죄로 등록대상을 축소하거나, 유죄 확정과 별개로 등록 여부에 관한 법관의 판단을 받도록 하는 다른 수단을 채택하지 않아 헌법에 위반된다”는 의견을 제시했다.
헌법재판관 중 4인은 재범의 위험성이 없는 등록대상자에게 불필요한 제한이 있어 침해의 최소성에 반하며, 등록여부에 관한 다른 수단을 채택하지 않는다는 의견을 제시하며 위헌의견을 냈다. 