상사분쟁은 경제제도와 상관습이 다른 남북한 간에 경제협력을 추진하는 과정에서 이미 발생하여 왔던 문제로서, 남북한은 각각의 상사중재제도를 가지고는 있으나 서로의 상사중재제도에 대한 불신이 상존하여 왔으며, 통행과 통신의 어려움이 있을 뿐만 아니라 중재판정에 따른 이행을 확보할 수 있는 장치가 미흡하여 상사분쟁이 발생하더라도 상대방의 상사중재기관 이용을 기피하여 온 것이 현실이었다. 이에 따라, 1988년 남북 경제협력이 개시된 이래 남북 사이에 발생한 상사분쟁에 대해서는 양측의 상사중재기관에서 이를 해결한 선례가 전무한 실정이다. 이것은 남북 간에 상사분쟁이 발생하더라도 양측의 중재기구를 이용하여 이를 해결하기보다는 거래 당사자 일방이 정당한 배상 요구를 포기하고 전적으로 그 손실을 감수하여 왔다는 것을 의미한다. 이렇게 남북 간 상사분쟁을 해결할 수 있는 제도적 장치의 마련이 시급한 현실 하에서 민족내부거래라는 남북 경제협력의 특수성과 남북한의 경제체제가 상이한 현실을 고려할 때, 현실적으로 발생하는 남북 간의 상사분쟁을 법원에 의한 소송으로 해결하기보다는 소송 외적 분쟁 해결 방법인 당사자 간의 협의․조정․중재제도를 마련하여 해결하는 것이 보다 효과적이라는 면에서 동 합의서의 필요성을 찾을 수 있다. 즉, 남북 간 교역업체 수와 남북 간 교역 액수가 1991년 이후 매년 증가하고 있고, 앞으로 남북 사이의 투자 보장에 관한 합의서와 남북 사이의 소득에 대한 이중과세 방지 합의서의 발효에 따라 남북 경제협력이 보다 활성화될 것으로 전망되고, 이에 따라 상사 분쟁의 발생 가능성도 비례하여 증가할 것으로 예상되므로, 남북 간 경제협력 과정에서 발생할 상사분쟁을 종전에 비하여 공정하고 신속하게 해결할 수 있는 남북 사이의 상사분쟁 해결절차에 관한 합의서(이하 상사분쟁 합의서)의 체결은 남북 경제협력을 안정적으로 추진하는데 큰 도움이 될 것으로 생각된다.
남북 간 상사분쟁에 대해 양측이 상사중재제도를 가지고 있었음에도 중재판정에 대한 장치가 미흡하여 상사중재기관을 통해 해결한 예가 거의 없다. 즉, 남북 간 상사분쟁이 발생하더라도 중재하고 해결하기 보단 한쪽이 일방적으로 손해를 감수해 온 것이다. 이는 남북간 상사중재제도의 필요성을 시사하는 바이며, 남북간 경제체제가 상이함을 반영하여 법정 소송보다는 합의서가 보다 효과적일것이다. 남북 교역과 함께 분쟁 또한 증가할 것으로 전망되는 가운데 상사분쟁 합의서는 남북 경제협력 안정화에 도움이 될 것이다.