규제비용분석은 해당 규제에 대해 일차적으로 발생하는 직접순비용(직접비용-직접편익)에 대해서만 실시된다. 이는 규제를 이행하기 위한 실질순응비용에 대해서만 비용분석이 실시된다는 의미로 피규제자에 대하여 이차적으로 발생하거나 피규제자 이외의 제3자에게 발생하는 간접비용 및 간접편익은 규제비용분석의 대상이 아니다. 예를 들어, 대형 슈퍼마켓의 장애인용 카트구비를 의무화하고, 카트구매 비용의 50%를 지원하는 규제를 도입한다고 가정할 경우, 피규제자는 대형 슈퍼마켓이며, 기업이 해당 규제에 순응하기 위해 지불하는 카트 구매비용, 유지관리를 위한 인건비 등의 비용은 직접비용이고, 구매비용 50% 지원금은 직접편익이다. 여기에 장애인 쇼핑 편의를 향상시켜 얻게 되는 슈퍼마켓의 매출 증가에 따른 이익 및 장애인들의 쇼핑환경 개선에 의한 편익의 증가분은 모두 간접편익으로 계산된다. 규제비용분석의 직접비용, 직접편익 항목의 범위 및 규제비용 측정을 위한 방법은 시범사업을 위한 ‘규제비용총량제 매뉴얼’에 소개되어 있다. 본절에서는 ‘규제비용총량제 매뉴얼’에 제시된 비용분석의 방법을 단계별로 재구성하여 간략히 소개하고자 한다.
규제에 대해 일차적으로 발생하는 직접순비용만 규제비용분석에 해당된다. 피규제자에 대해 이차적으로 발생하거나 제3자에게 발생하는 간접비용, 간접편익은 대상이 아니다.