민주노총은 ‘복수노조 허용’이라는 원칙적 입장은 견지하였다. 1980년대 말 노동법개정투쟁운동본부를 출범시키면서 노동법 개정의 핵심 쟁점으로 복수노조를 금지한 노조법 제3조5호 폐지가 부상하였다. 당시 내부에는 민주노조운동 진영의 확대를 위해, 제3조5호 폐지보다는 총회 소집권자 지명요청권 확보 투쟁을 통한 한국노총 민주화가 필요하다는 주장도 있었으나 다수는 제3조5호 폐지를 지지하였다. 이는 유일노조가 대표권을 독점할 수 있다는 점에서 조직 확대에 더 유리하다는 판단과 복수노조 허용을 통해 조직 확대를 하는 것이 더 유리하다는 판단 간의 논쟁이었다. 후자에 힘이 실렸던 것은 당시 분출하던 노동자대투쟁 열기를 감안할 때 조직력과 투쟁력으로 새로운 노동운동의 흐름을 만들 수 있을 것이라는 긍정적인 기대가 작동하였기 때문인 것으로 보인다. 하지만 1980년대 중후반 폭발적으로 증가하였던 노동조합 결성과 파업을 포함한 단체행동은 1990년대로 넘어가면서 조금씩 수그러들었고, 정권과 자본은 관리체제를 정비하게 된다. 헌법은 개정했지만 노동관련 법 규정에서는 여전히 ‘구체제’가 유지되는 상황이었다. 민주화 요구와 군사정권 청산이라는 국민적 요구가 거센 상황에서 여당(민주정의당)이 1988년 국회의원 총선거에서 과반수 의석 확보에 실패하자 여소야대 국면을 타개하기 위해 1990년 3당 합당을 통해 거대여당을 출범시켰다. 지배체제의 안정화를 꾀하던 상황에서 1993년 한국노총과 경총이 임금인상률을 4.7～8.9%로 정하는 중앙 단위 임금협약을 체결하자 민주노조운동 진영의 불만은 폭발하였다. 자본은 1987년 대투쟁 이후 임금인상이 초래한 이윤압박을 타개하기 위한 목적으로 노-경총 임금합의를 하였는데, 이것이 민주노조운동진영에 불을 붙인 셈이 되었다. 한국노총 탈퇴가 줄을 잇고 제2노총 출범이 공공연히 논의되었다.
민주노총은 ‘복수노조 허용’이라는 원칙적 입장은 견지했는데, 노동법개정투쟁운동본부의 출범으로 그 금지가 쟁점이 됐다. 유일노조가 조직 확대에 더 유리하다는 판단과, 조직 확대를 하는 것이 더 유리하다는 판단 간의 논쟁이었다. 후자에 힘이 실렸던 것은 새로운 노동운동의 흐름을 만들 수 있으리라고 생각해서였으나, 단체행동은 갈수록 줄어들었다. 1993년 한국노총과 경총이 중앙 단위 임금협약을 체결하자 민주노조운동 진영의 불만은 폭발, 한국노총 탈퇴가 줄을 이었다.