2007년 12월까지 1단계 위치 통합을 완료한 정부통합전산센터는 2008년부터 2단계인 정보자원통합을 추진하기 시작하였다. 지리적인 통합을 완료했지만 실질적인 자원 절감효과를 기대할 수 있는 전산 자원의 공유는 또 다른 통합을 전제로 가능한 것이었다. 위치 통합을 완료한 후 실시한 조사에 의하면 가장 이용시간이 긴 서버의 사용률이 30% 미만인 전산장비가 70%에 이르는 것으로 나타났다. 그러함에도 정보자원 통합관리는 이루어지지 않아 여유 장비의 부처 간 공동활용이 불가능했고, 따라서 신규 장비 도입 및 정보시스템 운영예산이 매년 증가하였다. 정보자원 관리통합의 일환으로 2009년 각 부처의 전산장비 수요를 분석하여 통합 표준모델을 선정하고, 부처별 전산 수요에 대응하기 위한 대기 자원으로서 대용량 고성능의 통합서버 풀을 구축하였다. 부처별 자원 수요에 따라 효과적으로 통합된 자원을 할당, 회수, 재배치하는 관리체계를 구축하여 하드웨어 측면의 정보자원 통합을 구현하고 있다.
1단계에서 지리적 통합을 마친 정부통합전산센터는 전산 자원 공유를 위해 2008년부터 2번째 통합을 시작했다. 각 부처의 전산장비 수요에 따라 통합 표준모델을 정하고 대기 자원을 마련하였다. 또한 자원 관리를 위해 하드웨어의 정보자원 통합도 추진하고 있다.