국무총리 행정각부 통할권을 규정한 헌법 조항에서 중요한 문구는 ‘대통령의 명을 받아’라는 전제이다. 이 전제로 인해 국무총리 행정각부 통할권은 제한되기 마련이다. 대한민국은 대통령제 국가로서 일차적으로 대통령이 가장 영향력이 있는 행정각부 통할권자이며, 반면 국무총리의 행정각부 통할권은 대통령으로부터 위임받은 범위 한도 내에서 행사하도록 되어 있다. 만약 국무총리가 행정각부에 대한 통할권을 적극적으로 해석해서 권한을 행사하려고 할 경우 대통령의 행정각부 통할권을 침해할 수 있으며, 이로 인해 대통령과의 갈등도 발생할 수 있다. 이 때문에 역대 국무총리들에게는 스스로 역할을 자제하고 자신의 활동 영역을 제한하려는 경향도 있었다.
대한민국은 대통령제로  행정각부 최고 통할권자이며, 국무총리는 대통령으로부터 위임받은 범위 한도 내에서 행사하도록 되어있고, 국무총리의 권한이 커질 경우 대통령과의 갈등이 발생할수 있다.