그러나 더욱 심각한 문제는 비관세장벽 분야에서 발생하고 있다. 이는 실제 시장접근을 저해하는 비관세장벽의 대부분이 국내 경제에 내재된 산업구조와 무역구조를 반영하면서 발생하게 되는바, 공식적인 협약에서 다루지 못하게 되는 많은 부분들에서 무역에 대한 장애요인들이 잔존하거나 오히려 관세 철폐 이후 더 큰 문제를 초래하기 때문이다. 일례로 인도네시아의 경우 국내 자동차산업 육성 차원에서 국내에서 판매하는 ‘소형 친환경자동차(Low Cost Green Car: LCGC)’에 대해 지속적으로 국산 부품 사용비율을 40%에서 80%까지 단계별로 증가하는 규정을 시행하는데, 이미 인도네시아 국내에 직접투자를 통해 생산설비를 갖추고 있는 일본 자동차업체들은 충분히 수용이 가능한 국내 규제이나 신규로 인도네시아 자동차시장에 진출하려는 해외 업체들은 판매 규모가 크지 않아 사실상 동 규정을 충족할 수 없다. 따라서 외견상 환경보호를 목적으로 하는 합리적인 정책수단으로 보이는 조치가 실질적으로는 해외 경쟁업체들에 대해 강력한 무역장벽으로 작용하는 것이다. <표 5-1>은 인도네시아의 LCGC 요건을 보여준다.
문제는 비관세장벽 분야에서 발생하고 있다.  비관세장벽의 대부분이 국내 경제에 내재된 산업구조와 무역구조를 반영하면서 발생하는데, 공식적인 협약에서 다루지 못하게 되는 부분들에서 무역에 대한 장애요인들이 잔존하거나 관세 철폐 이후 더 큰 문제를 초래하기 때문이다.