그러나 예산형성과정을 복잡하고 지속적인 정치적 협상 과정으로 보는 공공선택론적 관점에서는, 본 연구에서 시도하는 계량적 통계 검정 방법의 한계를 지적할 수 있다. 다시 말해, 계량적으로 표현되지 못한 비계량적 요소들은 본 연구 범위에 포함 되지 못했고, 이러한 비계량 변수들이 고등교육예산 형성에 미치는 영향들은 본 연구에서 충분히 다루어지고 있지 못하다는 한계가 있다. 또한 본 연구는 정치행정 요인과 그 외 중요 요인들이 예산형성에 있어서의 인과성만을 보여 주었을 뿐 변수들간의 인과 구조를 보여주지는 못했기 때문에 후속연구에서 이러한 연구가 이루어지기를 바란다.
공공선택론적 관점에서 계량적 통계 검정 방법의 한계가 있는데, 비계량적 요소들은 연구에 포함되지 못해 예산 형성이 미치는 영향들이 충분히 다루어지지 못한 점이 있다.