한편 자유학기제는 선택 프로그램의 운영을 활성화 하도록 요구하고 있다. 이는 무엇보다도 학생들의 선택권을 확대한다는 데서 그 의미가 있고, 종래와는 다르게 교과들 간의 융합·연계 노력을 보다 강화하기 위한 것이다. 그러나 선택 프로그램 운영이 소기의 성과를 거두기 위해서는 현재의 학교 상황을 개선할 여러 가지 지원이 뒷받침 되어야 한다는 의견이 제시되었다. 무엇보다도 학생들의 다양한 선택을 존중하기 위해서는 적절한 인원을 기준으로 다양한 프로그램들을 구성할 수 있어야 하는데 이를 위해서는 활용할 수 있는 인적, 물적자원이 뒷받침되어야 한다. 그러나 현재의 가용 교실 여건이나 강사 활용 양상을 보면 여러가지로 부족함이 엿보인다. 다음 A중학교의 사정이나 F중학교의 현실이 이러한 측면을 잘 드러내주고 있다.
자유학기제는 선택 프로그램의 활성화와 교과들 간의 융합·연계를 요구하는데, 성과를 위해서 인적, 물적 지원이 필요하다. 하지만 현재는 부족함이 존재하며 다음의 A중학교, F중학교가 그 예이다. 