배출권 제출방법에서의 유연성의 방식으로 배출권의 이월 및 차입이 있는데, 이월은 할당대상업체가 현 이행연도에 가지고 있는 배출권의 일부를 현 계획기간내의 다음 이행연도 또는 현 이행연도가 계획기간의 마지막 연도인 경우 다음 계획기간의 첫 이행연도에 사용할 수 있도록 넘기는 것이며, 차입은 할당대상업체가 현 이행연도 종료시 정부에 제출해야 하는 배출권 보유분이 충분하지 않을 때, 현 계획기간내의 다음 이행연도에서 미리 가져와 제출하는 것을 의미한다. 이 때, 현 이행연도가 계획기간의 마지막 연도인 경우에는 다음 계획기간으로부터 차입은 가능하지 않고, 차입 시 그 수량은 할당대상업체가 정부에 제출해야 하는 전체 배출권의 100분의 10을 초과하지 못한다.
배출권 제출방식 중 이월은 할당대상업체가 가진 배출권 일부를 다음 이행연도로 넘기는 것이며, 차입은 업체의 배출권 보유분이 불충분할 때 다음 이행연도에서 가져와 제출하는 것이다.