부가가치세제 도입에 대해 모두 일치된 의견을 가지고 있었던 것은 아니었다. 일부 인사는 추진 일정을 앞당기자는 주장과 함께 새로 도입되는 제도인 만큼 우리의 여건에 맞는 제도적 설계와 함께 새로운 제도도입을 위해서는 세무 공무원에 대한 교육훈련과 납세자에 대한 충분한 홍보가 필요하다는 주장이 대립되었다. 개혁적인 입장을 가진 고위 정책자에 비해 정책집행을 책임지게 되는 전문 관료 집단은 새로운 제도의 도입에 매우 섬세한 준비의 필요성을 제기한 것이었다. 이러한 논란의 과정에 대해 당시 재무부 차관보 배 도는 다음과 같이 언급한다(이형구⋅전승훈 [2003]).
부가가치세제 도입에서 개혁적인 고위 정책자와 달리 전문관료집단은 우리 여건에 맞는 제도적 설계, 세무공무원 교육훈련, 충분한 납세자 홍보를 주장하였다.