셋째, 종별, 혹은 용도별 총괄원가 산정의 투명성을 제고할 필요가 있다. 현재 기획재정부가 고시하는 ｢공공요금 산정기준｣이나 주무부처가 고시하는 개별 공공요금산정기준은 총괄원가(총평균원가) 산정절차만 규정하고 있으며, 종별 혹은 용도별 원가배분에 대해서는 전혀 언급하지 않고 있다. 이로 인해 현재 각 공공요금의 종별 총괄원가 산정과정은 각 공공요금 사업 수행 공공기관의 실무팀이 엑셀파일이나 용역보고서 형태로 관리하고 있는 실정이며, 신뢰성의 문제로 인해 외부에 공표하지 않고 있다. 이로 인해 전기요금이나 가스요금, 철도요금 등 공공요금의 종별 교차보조의 문제가 지속적으로 제기되고 있다. 따라서 향후 종별 총괄원가 배분의 신뢰성을 제고할 수 있도록 합리적인 원가 배분방안을 마련할 필요가 있다.
종별 총괄원가 산정의 투명성을 제고할 필요가 있다. 현재는 총괄원가만 규정하고 있다. 때문에 종별 총괄원가 산정과정은 신뢰성의 문제가 있다. 종별 총괄원가 배분의 합리적인 원가 배분방안을 마련할 필요가 있다.