이후 ECJ의 본안 판결에서도 재판부는 배출권이 전통적인 의미에서 항공기 연료에 대한 ‘조세’라 볼 수 없다고 하였다. 재판부는 EU ETS가 공공 당국 세수 확보를 목적으로 하지 않는다는 점을 지적하고,사전에 결정된 산정 기준과 세율을 적용하여 소비된 연료 1톤당 지불해야 하는 금액을 결정하는 것도 EU ETS 하에서는 불가능하다고 설명하였다. 따라서 이 사건에서 문제된 EU ETS 수정 지침 2008/101은 항공기 운행을 위해 보유하거나 소비된 연료에 대한 관세, 조세, 수수료, 또는 과징금을 구성한다고 볼 수 없으며 “시장 기반 조치”에 해당한다고 결론지었다.
재판부에서는 다양한 이유로 인해 EU ETS 수정 지침 2008/101가 항공기 운행과 관련된 것이 아닌 "시장 기반 조치"에 적용된다고 본다.