대안교육은 제도권 내의 학교에서 행해지는 공교육이 가진 모순과 문제점들을 해결하려는 노력의 일환으로 시작되었다고 할 수 있다. 우리나라의 경우 대안학교의 본격적인 시작은 1997년 간디청소년학교라는 전일제 대안교육 시설을 설립하면서부터라고 볼 수 있다(교육인적자원부, 2007). 이듬해 정부에서는 교육개혁 및 학교 다양화 정책의 일환으로 간디학교를 비롯하여 대안교육을 제공하는 총 6개 학교에 대해 특성화고등학교로 지정․인가를 내주었다(교육인적자원부, 2007). 2002년에는 특성화 중학교도 설립되어 2015년 현재 특성화 중학교는 총 12개교(공립 3개교, 사립 9개교), 특성화 고등학교는 총 25개교(공립 4개교, 사립 21개교)가 설립되어 정부로부터 일부 재정적 지원을 받고 있다(교육부, 2014). 특성화학교는 정부가 대안교육을 법제화하고 수용했다는 점에서 큰 의의가 있다.
공교육에서 벌어지는 문제를 해결하기 위한 방법으로 대안교육이 제시되었다. 우리나라 대안학교는 1997년 간디학교에서 시작하여 1998년에는 6개, 2015년 특성화 중학교는 12개, 고등학교는 25개교에 달하며 정부의 지원을 받고 있다.