성폭력범죄 피해자도 범죄피해자의 한 유형이라는 측면에서 법무부가 시행하고 있는 범죄피해자 치료 및 자립지원 사업으로부터 성폭력피해자 지원이 이루어질 수 있다. 범죄피해자지원센터는 범죄피해자를 대상으로 의료, 법률, 상담지원은 물론이고 경제적 지원을 하고 있고, 스마일센터는 강간 등의 범죄피해자 및 그 가족들에게 심리치료 지원 및 임시보호시설을 제공하고 있다. 범죄피해자지원센터나 스마일센터도 성폭력피해자를 대상으로 다양한 지원을 제공하고 있는 현실을 감안할 때, 여성가족부 산하 통합지원센터들과 이들 기관 간의 공식적인 연계망 부재로 인해 성폭력피해자 지원 사업의 효율성이 저하될 수 있다는 문제가 지적될 수 있다. 또한 최근 정부는 통합지원센터를 지속적으로 확대할 계획을 세우고 있는데, 민간이 비영리기관으로 운영하고 있는 성폭력상담소와의 역할 중복 및 정부로부터 지원을 받는 재정 규모의 차이등으로 인해 통합지원센터와 NGO 간에 갈등이 발생하고 있다. 한편, 그동안 성폭력피해자에 대한 의료비 지원 정책은 피해자가 불편함 없이 서비스를 받을 수 있도록 의료비 지원 심의 절차를 폐지하고, 지원 대상 및 지급액을 확대하는 방향에 초점이 맞추어져 있었다. 현재 의료비는 성폭력 상담사실 확인서나 사건접수증 등의 성폭력 피해사실 증빙서류만 제출하면 특별한 심의절차 없이 지원되고 있는 바, 이에 대해서는 적절한 평가 시스템의 부재로 인하여 의료비가 방만하게 지급될 수 있다는 우려의 목소리가 제기되고 있다.
성폭력범죄 피해자 역시 법무부의 범죄피해자지원센터, 스마일센터의 범죄피해자 치료 및 자립지원 사업으로 지원이 이루어질 수 있으나 이는 여성가족부의 통합지원센터들과 이들 기관 간의 연계망 부재로 인한 효율성의 저하, 역할 중복 및 재정 규모의 차이로 인한 NGO 간에 갈등, 평가 시스템의 부재로 인한 방대한 의료비 지급등의 문제가 제기되고 있다.