제주해군기지 건설갈등의 본질에는 이해당사자간의 인식차를 줄이지 못한 문제점이 있으며, 이는 서로간의 불신에 기인한다고 볼 수 있다. 이러한 불신은 이해 당사자들 간 정보의 불균형으로 나타났고, 이런 정보불균형 현상은 주민들의 실질적 참여가 이루어졌다면 상당부분 해소되었을 수도 있다. 제주해군기지를 추진하는 측과 반대하는 측 간에는 해군기지건설의 필요성과 당위성에 대한 인식차, 제주 ‘평화의 섬’에 대한 인식차, 군사시설의 위험성에 대한 인식차 등이 존재했으며, 갈등 전 과정에 걸쳐 이러한 인식차를 실질적으로 줄이는 데 성공을 거두지 못한 것으로 보인다. 특히 지역주민이 정부, 해군 등 공공기관에 대해 갖는 불신은 불안을 조성하여 군사기지, 환경파괴 등 위험요인에 대한 부정적인 영향을 과장되게 지각하게 만드는 결과를 가져올 수 있으며 이러한 지각은 적극적이고 집단적인 반대운동으로 나타날 수 있다.
제주해군기지 건설갈등은 이해당사자간의 불신으로 서로간의 인식차를 줄이지 못한 것이 문제이다. 지역주민의 공공기관에 대한 불신은 불안을 조성해 위험요인에 대한 부정적 영향을 과장되게 인식하도록 만들어 적극적‧집단적 반대운동을 야기할 수 있다.