이러한 선택교과는 1998년의 학습지도요령까지 시수가 편제상에 제시되어 모든 중학교에서 선택교과를 편성·운영되어 왔으나, 2008년 학습지도요령의 편제상에서는 삭제되어 시수 자체가 없어졌다. 그리고 선택교과에 배당된 시수는 교과 시수로 이동하였다. 이렇게 된 배경에는 여러 가지 이유가 있는 것으로 생각된다. 본 연구자가 일본의 중학교 방문 및 현지 교육과정 전문가와의 면담 등으로 확인해 본 결과, 학력 제고에 따른 교과 교육 강화 및 주5일제 수업 도입에 따른 교과 시수 확보, 왜곡된 선택교과의 운영 등이 배경이 되었다는 것을 알 수 있었다. 교육과정 시수편제상에서 선택교과가 사라지고 권장 지침으로 제시한 결과, 본 연구자가 방문한 중학교는 물론 거의 모든 중학교에서는 선택교과를 편성·운영하지 않는 것으로 파악되었다.
학력 제고에 따른 교과 교육 강화 및 주5일제 수업 도입으로 인한 교과 시수 확보와 왜곡된 선택교과의 운영 등의 이유로 2008년 일본 대부분의 중학교에서 선택교과를 편성/운영하지 않는 것으로 파악되었다.