이제 비핵화 문제를 놓고 남북 정상이 큰 틀의 진전된 합의를 도출했기 때문에 한반도의 항구적 평화정착을 목표로 하는 ‘평화체제’ 논의도 본격적으로 추진할 수 있게 되었다. 판문점 선언의 제3조는 남과 북은 한반도의 항구적이며 공고한 평화체제 구축을 위하여 적극 협력해 나갈 것이라고 명기하고 있고, 남북한 정상은 한반도에서 비정상적인 현재의 정전상태를 종식시키고 확고한 평화체제를 수립하는 것은 더 이상 미룰 수 없는 역사적 과제라고 규정했다. 제3조 제3항에서는 남과 북은 정전협정체결 65년이 되는 올해에 종전을 선언하고 정전협정을 평화협정으로 전환하며 항구적이고 공고한 평화체제 구축을 위한 남·북·미 3자 또는 남·북· 미·중 4자 회담 개최를 적극 추진해 나가기로 합의하였다. 이는 6·25 종전선언과 정전협정을 대체하는 평화협정 체결 문제를 포함해 한반도 평화와 안정을 구축하는 다자 간 합의 시스템을 만들자는 의미로 해석된다.
한반도의 평화체제 논의도 이루어졌다. 판문점 선언 제3조는 남북이 한반도의 정전 상태를 종식시키고 공고한 평화체제 수립을 위해 협력할 것을 명기하고 있다. 이를 위해 한반도 평화와 안정을 구축할 합의 시스템으로써 다자회담 개최를 추진하기로 합의하였다.