산단환경개선펀드의 운용을 정부가 프로젝트별로 직접 투자하는 방식을 탈피하여 정부가 운용기간이 장기(30년 이상)인 모펀드를 결성하여 이에 출자하고, 프로젝트별로 개별 투자는 자펀드를 통해 지원하는 재간접펀드 방식으로 개편하는 방안을 도입하는 것을 검토해 볼 필요가 있다. 이미 중소기업청에서 ‘중소기업 모태펀드’나 농림축산식품부에서는 ‘농식품 모태펀드’ 등을 운영하고 있는 사례가 있기 때문에 이를 참조해 볼수 있을 것이다. 중소기업 모태펀드와 농식품 모태펀드는 모태조합의 결성·관리·운용 등에 관해법률 및 시행령을 통해 정하고 있으며, 모태펀드의 자산운용 및 사후관리를 위한 투자관리 전문기관과 같은 전문조직을 구성하여 지배구조를 구체화하고 있다. 중소기업 모태펀드는 「벤처기업육성에 관한 특별법」, 농식품 모태펀드는 「농림축산식품 투자조합 결성 및 운용에 관한 법률」에 근거하고 있다.
중소기업청이나 농림축산식품부처럼 산단환경개선펀드의 운용을 정부가 직접 투자하는 방식에서 모펀드를 결성해서 출자하고 프로젝트별로 개별 투자는 자펀드를 통해 지원하는 방향으로 개편하는 방안을 도입하는 것을 검토할 필요가 있다.