중간지원조직 운영의 위기 속에서 사업 추진방식에 대한 반성도 내부적으로 제기되었다. 2012년까지 재단과 ‘사랑마루’가 중심이 되어 추진하던 하향식(top-down) 방식에서, 주민 주도성과 자치성을 강화한 상향식(bottom-up) 방식으로 방향을 전환하였다. 2013년부터는 마을에서 자발적으로 조직하여 활동중인 주민 주도의 공동체를 지원하는 방식으로 진행하고 있다. 이는 마을과 주민이 희망하는 것(공간, 공공미술, 마을축제 등)을 재단의 능력 범위 안에서 최대한 지원하되, 주민과 마을의 자율성 및 지속성을 위해 공공성을 위한 것이라 할지라도 행정기관의 개입은 최소화하는 것이 바람직하다고 판단했기 때문이다.
중간지원조직 운영 방식을 하향식에서 상향식으로 전환하여 주민과 마을의 자율성 및 지속성을 향상시켰다.