BTL사업의 준공이후 발생하는 하자의 경우 그 하자가 시설하자인지 관리부주의에 따른 하자인지가 모호하여 귀책사유의 판단이 어렵기 때문에 시공사와 시설유지관리업체 간의 협의가 지연되어 하자보수가 신속하게 이루어지지 않고 있다. 재정사업 방식으로 추진되는 시설의 하자보수는 주무관청에서 주관하기 때문에 하자처리가 신속하게 이루어질 수 있다. 반면, BTL사업의 경우에는 운영주체로부터 시설의 하자 등을 보수할 것을 요청받은 시설유지관리업체가 시공상의 문제를 해결하기 위해 시공사에게 요청하더라도 시공사는 원인이 규명하지 않은 상태에서 신속하고도 적극적으로 해결하려고 하지 않고 있어 운영주체와 시설유지관리업체 간의 갈등이 발생하고 있다. 물론 운영주체인 주무관청이 사업시행자(시공사와 시설유지관리업체)에게 문제를 해결하도록 요청하고 실시협약에 근거하여 사업시행자에게 법적인 조치를 취하면 되지만, 현실적으로 그러한 절차를 통해 하자의 보수를 신속하게 처리하기에는 상당한 시일이 소요되고, 이로 인하여 문화시설의 운영에 있어서 비효율이 발생하고 있다.
민간이 공공시설을 짓고 정부가 이를 빌려 쓰는 민간투자사업 방식은 공사 완료 후 발생한 하자의 원인을 판단하기 어려워 시공사와 시설유지관리업체 모두 보수를 미루게 된다. 물론 운영 주체가 법으로 해결 할 수 있지만, 하자의 신속한 보수는 어려워 문화시설 관리에 비효율이 발생한다.