그러나 1990년 5월 최고인민회의 제9기 1차 회의에서 김정일을 국방위원회 제1부위원장에 임명하면서 국방위원회의 위상은 중앙인민위원회보다 높아지게 되었다. 그리고 1992년 개정 헌법에 의해 중앙인민위원회의 부문별 위원회에서 독립하여 확대 개편된 국방위원회는 1998년 헌법 개정에서 ‘국가주권의 최고 군사지도기관이며 전반적 국방관리 기관’으로, 그리고 2009년 헌법 개정에 이르러 ‘국가 주권의 최고 국방지도기관’으로 격상되었다. 국방위원회가 오늘날의 위상을 갖게 된 것은 역시 국방위원장 중심 체제를 공표한 김정일 정권 출범 이후부터라고 볼 수 있다. 김일성 시대가 국가 주석과 ‘당 중앙’(김정일 비서를 의미)이 지도하는 체제였다면 김정일 시대는 ‘국방위원장’이 전권을 장악한 체제였던 것이다.
중앙인민위원회에서 독립한 국방위원회는 최고 국방지도기관으로 격상되었다. 현재의 위상을 갖게 된건 김정일 정권 이후부터이며 김일성 시대는 국가 주석, 김정일 시대는 ‘국방위원장’이 전권을 장악한 체제였던 것이다.