조사방법 및 절차는 사전 문헌조사, 일반조사, 정밀조사 후 자료정리 순으로 진행되었다. 사전 문헌조사는 현장조사를 시행하는 일반조사와 정밀조사의 대상을 선별하기 위한 단계로, 사전에 ‘비지정건조물 문화재 실태조사서’, ‘문화유적분포지도’, 군지류, 건축물대장, 지역소개자료, 지역 문화유적 총람, 문화유적분포지도와 군지, 시지 등의 문헌자료를 참고하였다. 특히 본 사업에서는 문화재청에서 각 지역 담당자들에게 대상이 될만한 건조물 목록을 제출하도록 하여 이 자료를 토대로 조사대상을 선별하였으며, 지역별로 1차 조사대상의 사전답사를 시행하여 가치가 인정되는 건조물들을 추가하고 이미 문화재로 지정된 것은 제외했으며 지역 관계자 및 오래 거주한 주민, 향토사학자 등의 협조를 통해 추가 조사대상 목록을 보완하는 등의 선별 과정을 거쳐 지역별 연구자 협의 등을 통하여 최종 조사대상을 선별하였다.
조사는 사전 문헌조사, 일반조사, 정밀조사 후 자료 정리의 순으로 진행되었으며 문헌조사 내용, 각 지역 담당자들이 제출한 건조물 목록 및 사전답사 결과, 관계자 및 전문가 등의 의견 등을 바탕으로 최종 조사대상을 선별하였다.