신고시스템 운영과 관련하여 현재 행정기관이나 공공기관에 운영되는 부패신고나 공익신고시스템과의 중첩성도 고려할 필요성이 있다. 갑질에 대한 개념이 명확히 정립되어 있지 않기 때문에 행정기관이나 공공기관에 갑질신고시스템을 구축하여 운영하도록 하면 이미 구축된 부패신고시스템이나 공익신고시스템을 활용할 가능성이 있다. 사실상 구축된 신고시스템 활용을 통해 신고의 효율성은 제고되나 갑질 신고를 무심코 기관에서 지나치는 경우가 발생할 수도 있다. 그렇다고 갑질신고시스템을 별도로 구축하면 조직 내에서 신고시스템을 다수 운영하게 되어 중복되는 문제가 발생하여 관리의 효율성을 저해하는 문제도 발생할 수 있다. 따라서 갑질신고시스템 운영과 관련된 최소한의 가이드라인을 제시하여 기관이 자율적으로 갑질 예방을 할 수 있는 시스템 구축을 유도할 필요가 있다.
갑질신고시스템을 운영할 때 이전의 신고시스템과 혼용될 수 있다. 신고의 효율성은 높아져도 내용을 간과해 버릴 수 있다. 새 시스템을 구축하면 중복의 우려가 생긴다. 자율적인 갑질 예방 시스템을 마련해야 할 이유다.