국내 NGO들의 북한 인권 개선 활동이 본격화 된 것은 2000년대 이후로, 김대중 정부의 햇볕 정책이 본격화되고 6.15 선언이 나온 시점과 맞물린다. 2000년 이후 우후죽순처럼 생겨난 많은 북한 인권 관련 단체들은 주로 국군포로, 납북자 송환, 북한 정치점 수용소 해체, 탈북자 강제 송환 문제 등 북한 주민들의 자유권에 대한 이슈를 제기하기 시작하였다. 이 시기적 일치성이 북한 인권 개선 운동의 정치적 성격에 대한 회의와 비판을 낳았고, 급기야는 북한 지원 운동과 인권 개선 운동 사이에 정치적, 이념적 골을 깊게 하는 원인이 되었다. 인권 운동은 그 본질상 국가 권력에 대한 비판으로 이어질 수밖에 없으며, 따라서 북한 인권 개선을 촉구하는 것은 곧 북한의 김정일 정권을 자극하려는 것으로 이해된 것이다. 김대중 대통령의 햇볕정책의 아이러니가 있다면 국내민간단체들의 대북교류를 이전에는 상상할 수 없을 정도의 규모로 확장시킨 반면, 그 여파로 햇볕정책에 매우 비판적인 북한 인권 NGO 들의 발호 또한 김 대통령의 햇볕정책에 일정 부분 빚을 지고 있다는 점이다.
북한 인권 관련 단체들이 북한 주민들의 자유권에 대한 이슈를 제기하기 시작하면서 인권 개선 운동은 북한 지원 운동과 정치적, 이념적 골이 깊어졌다. 이는 국가 권력에 대한 비판으로 이어졌고 결국 북한 인권 개선 촉구는 김정일 정권을 자극하려는 것으로 이해되었다.