유관기관의 역량을 총동원하여 유례없는 대규모 합수단을 구성하여 방산비리에 대한 합동수사를 진행함으로써 엄청난 규모의 방산비리가 사건화 되고 방산비리의 심각성이 드러났음에도 불구하고 막상 사건에 연루되어 기소되었던 고위직 장교들에 대한 재판과정에서 최근 잇달아 무죄가 선고되면서 또 다른 논란이 제기되고 있다. 법원의 무죄선고의 원인이 애당초 방산비리에 대한 수사 자체에 있었던 것인지, 아니 면 법원의 미흡한 실체적 진실의 규명에 있는지 논란이 된다. 어느 경우이든 결과적으로 방산비리 혐의자들에 대한 적절한 사법처리가 무산된다면 문제가 아닐 수 없다.
방산비리의 심각성에도 불구하고 사건에 연루된 고위직 장교들에 대해 무죄가 선고되어 논란이 일고 있는데, 이들에 대한 적절한 사법처리가 무산된 것은 큰 문제이다. 