직장어린이집에는 고용노동부의 직접 지원으로 운영비를 지원한다. 먼저 운영비의 경우 원장, 보육교사, 취사부의 임금지원과 교재·교구비 지원으로 나눌 수 있다. 원장, 보육교사, 취사부에게는 1인당 월 80만원을 지원하는데, 원장의 경우 매분기말일 기준 보육 현원이 20인 이상인 경우에 지원하고, 취사부는 매분기말일 기준 보육 현원과 관계없이 지원한다. 중소기업의 직장어린이집의 경우에는 월 120만원을 지원한다. 교재·교구비 지원은 중소기업이 설치한 직장어린이집을 대상으로 지원하며, 현원을 6등급으로 나눠 월 120만원에서 520만원 사이의 비용을 무상지원한다.
고용노동부는 일정 기준 등을 충족하면 직장어린이집에 원장·보육교사·취사부의 임금 및 교재·교구비를 지원하는 형식으로 운영비를 직접 지원한다.