PSI는 2000년대 초 당시 국제조약 중심의 비확산체제가 더 이상 테러집단 및 불량국가의 대량살상무기의 확산을 효과적으로 통제하는 데 한계가 있다는 인식이 확산되면서 등장하였다. 당시 PSI 등장의 중심에는 소위 ‘불량국가’ 북한이 자리 잡고 있다. 사실, 국제사회는 2003년 북한이 핵무기확산방지조약(NPT)을 탈퇴하지 못하도록 현실적으로 강제할 수 있는 수단이 없었다. 따라서 이를 계기로 WMD의 확산을 물리적으로 저지할 직접적인 수단에 대한 검토 필요성이 촉발되었다. 또한 9.11 테러 이후 테러집단에 의한 WMD 확보 및 사용 위협이 새롭게 대두된 것도 PSI 탄생의 직접적인 배경이라 할 수 있다. 즉 현행 국제법 질서로 테러집단의 WMD 사용 및 보유에 대한 실질적인 규제가 미흡한 측면이 있었기 때문이다. 더하여 소위 ‘불량국가’의 등장과 이에 따른 국제사회 평화와 안전에 대한 위협을 인식한 것도 주요한 배경으로 작용했다.
2003년 북한의 NPT 탈퇴와 9·11 이후 테러집단의 WMD 사용 위협 대두가,  PSI 즉 '대량살상무기확산방지구상' 탄생의 배경이 되었다.