첫째, 법원이 분석행위를 허가하였다면, 압수ㆍ수색영장의 유효기간 안에 분석행위의 허가서상의 유효기간이 겹칠 경우에는 압수ㆍ수색영장의 효력이 어떻게 되는지를 검토하여야 한다. 법원이 허가한 분석행위 허가서의 효력이 기존의 압수ㆍ수색영장의 효력을 대체하는 것인지, 아니면 기존에 발부한 압수ㆍ수색영장의 효력은 그대로 유지되면서 압수물의 분석행위에만 효력을 미치는 것인지에 있다. 이에 대하여 분석행위의 허가를 받아야 한다는 견해들은 이같이 예상되는 문제점에 대하여 전혀 언급하지 않는다. 생각건대, 만일 법원이 분석행위를 허가하였다면 법원이 기 발부했던 압수ㆍ수색영장의 효력을 긍정하는 것이므로 압수ㆍ수색의 영장의 효력은 그대로 지속되므로 발부한 분석행위의 허가상의 허가 범위는 정보저장매체의 분석행위에 한정되는 효력이 미친다고 보아야 할 것이다. 그러나 분석허가장의 법적 성질을 어떻게 보느냐에 달라질 수가 있을 것인데 이에 대해서도 분석허가를 받아야 한다는 견해들은 침묵하고 있다.
법원의 분석행위 허가가 압수ㆍ수색영장을 대체하는지, 한정적으로 영향을 미치는지에 대한 검토가 필요하다. 법원의 분석행위 허가는 압수ㆍ수색영장의 효력을 전제한다는 의미이므로 효력은 지속되고, 정보저장매체의 분석행위에 한정하여 영향을 미친다고 볼 수 있다. 