3단계(1994～2007)는 시니어 과정(senior cycle)6)의 재구조화 이후의 시기로서, 교육부의 회람지 보급, 순회홍보, 새로운 운영 지침 제공 등이 맞물려 전환학년제의 참여율이 급격히 증가하였다. 이 시기에서 주목할 만한 점은 각 학교가 전환학년제 참가를 위하여 교직원 프로 그램에 의무적으로 참여하였으며, 이를 위하여 공식적인 지원 기구가 설치되어 전환학년제의 발전 모형이 개발되었다는 점이다. 결과적으 로 주니어 과정 졸업시험 해당 학생의 47%가 전환학년제(transition year)를 경험하게 되었다(김나라 외, 2012).
전환학년제의 참여율이 대폭 증가하여 주니어 과정 졸업시험 해당학생의 47%가 경험할 수 있게 되었다.