청년공제는 도입 당시 사업의 타당성과 실효성에 있어 부정적인 입장이 많지는 않았으나, 시범사업으로 운영된 2016년과 사업연도 중반에 추가경정예산 편성을 통해 지원수준에서 변경이 이루어진 2017년 두 사업연도 동안 예산집행률과 가입률 등의 성과지표에서 실적이 높지 않게 나타남에 따라 시행 3년차에 해당하는 2018년 초반에 사업성과에 대해 논란이 일기 시작하였다. 그리고 2018년 3월 정부가 ‘청년고용촉진방안’을 통해 동 사업의 지원규모와 지원수준을 한층 더 강화하면서 청년공제의 실효성 및 타당성에 대한 논란은 더 확장되고 있다.
청년공제는 지표실적이 높지 않아 성과 논란이 일었으며, 정부가 ‘청년고용촉진방안’을 통해 지원과 수준을 강화하면서 실효성 및 타당성의 논란은 더 확장되고 있다.