또한 많은 전문가와 정책입안자들은 위와 같은 법 집행과 추진역량보다는 예산편성조정권이 정책 총괄 조정의 핵심수단이라는 주장을 끈질기게 해왔다. 이러한 주장은 당시 기획예산처가 예산편성조정권을 가지고 있는 상황에서 재정경제부가 부총리로서 경제정책을 조정하고 있었다는 점에서 설득력을 가지기 어렵다. 문제는 예산편성조정의 권한이 아닌 교육인적자원부와 기획예산처 사이에 예산을 편성 조정하기 위한 협상과 협력의 역량을 발휘하지 못한 데 있다고 봐야 할 것이다.또한 인적자원정책의 총괄 조정은 실제로 인적자원정책이 여러 부처의 다른 정책과 연계되어 있으므로 예산의 조정보다는 의제발굴과 미래지향적인 전략기획에 기반을 두는 타협과 협상에 의한 조정이어야 한다. 그러나 교육인적자원부와 관련 부처들은 이러한 타협과 협상에 의한 조정기능을 제대로 발휘하지 못하는 한계를 노정하였다.
정책입안자들은 정책 총괄 조정이 예산편성조정권의 핵심수단이라 했는데 문제는 교육인적자원부와 기획예산처 사이 예산 편성 조정을 위한 협상 역량을 발휘하지 못한 것이고 예산 조정보다 의제발굴에 기반을 둔 타협에 의한 조정이어야 한다.