상담 내용은 주로 학업복귀 권고 및 학업중단 이후 상황안내와 진로정보 제공이다. 운영 절차는 다음과 같다([그림 Ⅲ-5]). 우선 학업중단 징후가 있거나 의사를 밝힌 학생을 대상으로 Wee 클래스(전문상담교사)에서 진단 및 상담을 실시한 후 외부 상담기관(Wee 센터, 상담센터)과 연계를 위해 학생이나 보호자로부터 상담 신청서를 받아 숙려기간동안 상담을 한다. 상담 종료 후에도 학생이 학업중단 의사를 계속 보인다면 학교 밖 진로 정보 제공을 위해 상담센터로 연계한다. 숙려 기간이 종료된 후 학교로 복귀한 학생은 숙려 기간을 출석으로 인정하고 교내에서 지속적인 상담을 받을 수 있도록 하며, 학업을 중단한 경우에는 자퇴원 제출일을 기준으로 자퇴 처리한다.
상담 내용은 주로 학업에 돌아갈 것을 제안하거나 학업중단 이후 상황 설명, 미래 직업정보 제공이다. 상담 종료 후에도 학생이 학업중단 의사를 나타내면 교외 상담센터로 이전한다.