프랑스에서 처음 할당제를 도입한 이후 가장 큰 논쟁은 할당제가 성에 의한 역차별을 전제하고 있다는 것이다. 물론 이러한 역차별은 과거 여성에게 이루어졌던 차별에 대한 보상이라는 의미이기는 하지만 할당제 도입 시점에서의 남성들에게 분명 할당제는 역차별의 소지가 있다. 한국에서도 국회의원 비례대표 부분에 할당제 도입 이후에 끊임없이 주장되어온 것은 오늘날의 남성들에 대한 역차별적 소지이다. 평등을 지향하는 정책이 결과적으로 평등을 가져온다고 하더라도 현시점에서의 또 다른 차별을 조장한다면 그것은 진정한 의미의 평등이라고 하기 어렵다는 것이 할당제를 반대하는 이들의 주장이다. 프랑스에서도 같이 주장이 나왔고 이러한 주장에 근거를 두고 헌법위원회에서는 해당 선거법에 대한 위헌결정을 내렸던 것이다. 이러한 측면을 생각한다면 정치에 있어서 양성평등을 이루는데 할당제라는 제도는 내재적인 결함을 가지고 있다.
평등 지향 정책이 결과적으로 평등을 가져온다고 하더라도 현시점에서 또 다른 차별을 만든다면 그것은 진정한 의미의 평등이라고 하기 어렵다. 정치에 있어서 양성평등을 이루는데 할당제라는 제도는 내재적인 결함을 가지고 있다고 볼 수 있다.