첫째, 조직 및 예산에 관한 것이다. 현재 지역학은 지방자치단체 주도 하에 진행되고 있어 지자체장의 정치적 혹은 현실적 판단에 따라 지역학 기관의 유지와 소멸이 결정되는 것과, 외부 공모과제 의존에 따른 안정적 운영 부족의 문제가 상존하고 있다. 대학 내 연구소는 지방자치단체의 예산지원이 축소되거나 끊기는 경우가 종종 발생하여 연구에 애로가 발생하고 있으며, 소규모의 단기 연구는 위탁을 받아 수행하고 있지만 이마저도 단기간에 종결되는 사업 중심인 것으로 보인다. 따라서 중앙정부 및 지자체 차원의 안정적이고 지속적인 재정지원과 이를 위한 제도적 기반 구축이 필요한 상황이다.
현재 지역학은 기관의 존폐가 지자체장의 결정에 달려있고 운영이 안정적이지 않다는 문제가 있다. 그러므로 중앙정부나 지자체의 꾸준한 재정 및 제도적 지원이 필요하다.