남북경협에 대한 또 다른 논리의 하나는, 남북경협은 우리 민족간에 추진하는 특수한 거래라는 논리다. 유치산업론이나 통일을 위한 투자론이 남한 내의 남북경협 추진에 관한 논리라면, 민족간 특수한 거래라는 성격은 남북한 양측이 공유한 인식이라고 할 수 있다. 이 민족간의 특수한 거래라는 성격 규정이 단지 민족 내부거래에 따른 무관세 원칙의 적용근거로만활용되면 큰 문제는 없을 것이다. 그러나 여기에 그치지 않고 남북경협이 보편적인 경제적 거래와 달라야 한다거나, 혹은 다를 수 있다는 인식의 근거가 될 수 있다는 것은 문제이다. 북측으로서는 이 민족간의 특수한 사업은 남북간의 거래 에 대해 상호 적절한 대가를 지불하지 않거나 계약을 이행하지 않는 것에 대한 근거 논리가 되며, 남측에서는 경제적 계산에 충실하지 않는 진출이나 사업방식을 합리화하는 데 활용되기도 하였다. 물론, 이러한 민족 특수성이 그렇지 않으면 불가능한 사업을 성사시키 는 작용을 한 측면도 있다. 개성공단이 대표적인 사례이다. 이 ‘같은 민족간의 사업’이라는 성격을 제거하고는 개성공단의 추진과정이 나 이후의 작동 방식을 온전히 이해하기 어렵다. 그리고 개성공단이 성공을 거둔 것도 이러한 특수성을 서로가 용인하였기 때문이다. 그러나 바로 이러한 특수성에 대한 지나친 의존이 개성공단이 국제적 인 공단으로 발전하는 것을 제약한 측면도 분명히 있다.
남북경협에서 민족특수성이 계약불이행이나 사업방식 합리화에 활용되기도 한다. 하지만 서로의 특수성을 용인한다면 개성공단처럼 성공을 거둘 수 있다. 그러나 지나친 용인은 국제적 진출의 걸림돌이 될 수 있다.