진단의 단계는 사례 대상지를 추출한 후, 도면·데이터 분석, 현장조사, 주민설문조사 순으로 실시하며, 구체적인 방법은 다음과 같다. 첫째, 사례 대상지 추출은 건강도시를 조성하는데 있어 해당지역을 대표할 수 있거나, 도시환경 개선을 필요로 하는 지역을 사례 대상지로 추출한다. 둘째, 도면·데이터 분석은 전문가 혹은 공무원이 도면 및문헌 등의 자료를 통해 토지이용, 가로특성, 경관특성, 시설 현황 등에 대한 기본적인정보를 수집하여 기초현황 분석 등의 사전조사를 실시한다. 셋째, 현장조사는 훈련된 조사원 혹은 지역주민이 현장을 방문하여 주어진 현장조사지에 따라 객관적인 실태 및 문제점을 조사하는 것으로, 도면상에 드러나지 않은 가로, 건축물 등의 지역특성을 조사한다. 넷째, 주민설문조사는 설문 조사지를 통해 실제 그곳에 사는 주민들이 체감하는 만족도 및 문제점을 파악하는 것으로, 해당지역을 ‘우리동네’라고 체감하는 거주민을 대상으로 실시한다.
진단 단계는 사례 대상자 추출 후 도면·데이터 분석, 현장조사, 주민설문조사의 순서로 실시한다.