남북교류협력에 관한 법률과 국가보안법은 그 입법취지와 입법체계는 서로 상이하지만 남한에 대하여 이중적 지위를 갖는 북한과 관계를 가지는 일정한 사항에 대하여는 동일한 규율대상에 대하여 적용되므로 이러한 범위에서는 일반법과 특별법의 관계에 있다고 해석하는 것이 타당하다. 남북교류협력에 관한 법률은 “이 법의 목적범위 안에서 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다.”고 규정하여 그 입법형식은 다른 법률의 특별법으로서 성격을 갖는 것으로 표현하고 있으나, 국가보안법과 동일한 규율대상에 대해 적용하는 경우에는 위와 같이 해석하는 것이 체계적이고 규범조화적 해석이라고 하겠다.
남북교류협력에 관한 법률과 국가보안법은 북한과의 연관성에 있어서는 같은 규제대상에 대하여 적용하므로 일반법과 특별법의 관계에 있으며 목적영역에서는 타 법률에 우선한다.  