사태가 걷잡을 수 없이 확대되자 정부는 9월 28일 범정부차원의 종합대책 마련에 착수했다. 정부는 이날 오전 이해찬 국무총리 주재로 서울 삼청동 총리공관에서 국정현안정책조정회의를 열고 민원서류 위․변조방지 종합대책을 10월 말까지 마련하기로 했다. 주요 내용은 인터넷 민원서류 위․변조 사범에 대한 처벌 강화, 공공기관의 인터넷 민원서류 원본대조 기능 강화, 위․변조를 근본적으로 차단할 수 있는 ‘행정정보공유시스템’을 2007년까지 구축하고 관련법과 제도를 정비하는 것 등이었다. 또 이를 위해 행정자치부와 대법원, 국가정보원, 한국전산원 등 관계기관 합동으로 ‘인터넷 민원서류 보완대책특별반’을 구성하기로 했다.
사안이 크게 확대되자 정부는 9월 28일 인터넷 민원서류의 위, 변조에 대응하기 위해 ‘행정정보공유시스템’을 구축하고 관련 제도를 정비하는 등 정부차원의 종합대책 마련에 착수했다.