그러나 개정된 COOL이 소비자들에게 원산지에 대한 보다 구체적인 정보를 제공한다는 미명 하에 이전의 규정보다 가공업체 및 유통업자들에게 기록관리 부담을 가중하여 결과적으로는 외국산 육류에 대한 차별을 가중 한다고 판단한 캐나다와 멕시코는 2013년 9월 WTO 이행패널(Compliance Panel) 설치를 요청하였으며, 2015년 5월 18일 동 위원회와 상소기구는 수정된 COOL의 목적은 합법적이나 그 시행 방식에서 수입산 육류에 대해 비우호적이라고  판단, WTO  협정  위반이라고 확인하였다.  이에  같은 해 12월 18일 미 농무성(USDA)은 의무원산지표시제 대상 품목에서 쇠고기와 돼지고기를 삭제하고, 그 외의 품목들에는 그대로 원산지표시제가 적용된다고 발표하였다.
개정된 COOL의 원산지 표시 요구는 외국산 육류의 차별을 가중시키므로 WTO 협정 위반이라는 판결이 나왔다. 미 농무성은 의무원산지표시제 대상 품목에서 쇠고기, 돼지고기를 삭제했다.