시스템 감사는 먼저 ‘선택과 집중’ 원리에 따라서 연관성, 파급효과 등이 큰 핵심적이고 취약한 분야에 중점을 두면서, 중요성과 시급성 등의 우선순위에 따라 시행하는 ‘전략적 감사’를 지향하고 있다(이종철, 2007). 시스템 감사는 경제성, 효율성, 효과성에 기반을 둔 평가와 실효성 있는 개선대안을 제시하는 데에도 초점을 둔 ‘성과중심의 감사’를 지향한다. 시스템 감사는 공직문화의 전향적 개선을 위한 ‘진취적이고 창의적인 감사’를 지향하기 때문에 잘잘못에 대한 책임을 추궁하기보다는 공직자로서 창의성을 발휘하여 과감하게 새로운 업무를 시도할 수 있도록 우수사례, 수범사례를 적극 발굴하여 전파시키고자 하는 감사방식이다.
시스템 감사는 '전략적 감사' 와 '성과중심의 감사' 와 '진취적이고 창의적인 감사' 를 지향한다.