이렇게 정권교체로 인한 갈등과 대응을 정치적 중립의 측면에서 해석할 때 현재 가장 우려되는 바는 직업관료가 정권의 도구로 전락하여 영혼 없는 행동을 할 가능성이다. 관료제가 사익을 추구하며 정치적 통제 밖에서 작동하는 권력체가 되었다는 우려보다는, 정치적 공정성을 판단하는 주체로서 사유하지 않고 지시의 기계적 집행자로 행동할 것이 우려된다. 직업관료는 정치의 도구가 아니라 도구를 든 장인이며 국정과제 실현과정에서 협업해야 할 동반자이다. 정치권력과 행정권력 사이의 관계는 어느 정도 시끄럽고 불편한 관계가 되어야 바람직하다. 이 불편한 관계를 제도화하여 세련되고 안정되게 만들어야 한다. 행정권력의 전문성에 대한 존중 없이 이전 정권이 쓰던 자원으로 취급하고 보복적･징계적인 대우를 하는 것은 위험하며 직업관료제의 분열을 낳고 판단중지와 침묵을 낳을 우려가 크다.
정권교체로 인해 직업관료가 정권의 도구로 전락할 가능성이 우려된다. 관료는 지시에 기계적으로 행동하기 보다 정치권력과 어느 정도 불편한 관계가 되어야 한다. 그런데 행정권력에 보복을 하는 것은 관료의 침묵을 낳을 수 있다.