또한, 성과목표와 성과지표 간의 관계가 불명확하거나, 타 성과목표와 보다 밀접한 관계가 있는 것으로 판단되는 지표도 확인되었다. 예를 들어, 생활밀착형 환경보건서비스 확대와 층간소음 서비스 만족도 간의 관계보다 수요자 맞춤형 환경서비스에 대한 측정지표인 중금속 농도 저감률(환경부, 2015b, p. 428)이 보다 적합한 성과지표로 판단된다. 이러한 문제가 나타나는 근본적인 원인은 성과목표 간의 경계 구분이 명확하지 않기 때문이다. 또한 성과목표 간의 상호연계성이 너무 높다 보면 성과지표의 선정이 어려워지고 무엇이 성과인지를 제대로 파악할 수 없는 문제가 발생할 수 있으므로, 일정 부분 경계 구분이 가능하도록 성과구조를 설계할 필요가 있다.
성과목표 간의 경계구분이 명확하지 않고, 상호연계성이 너무 높으면 성과지표의 선정이 어려워지고 성과를 제대로 파악할 수 없기 때문에 일정 부분 경계 구분이 가능하도록 성과구조를 설계해야 한다.