아쉽게도 마다가스카르 교육의 질은 깨끗한 물이 부족한 관계로 낮은 수준에 머물고 있는데, 마다가스카르의 많은 학교에는 흐르는 물이 없기 때문에 결과적으로 일부 학생들이 병에 들거나 수업에 참석하지 않는 문제가 발생하고 있다(Child-sponsorship, 2014). UNICEF에 따르면, 대다수의 마다가스카르 학생들은 학습 자료가 거의 없는 과밀인구 교실에서 공부하며, 일부 지역에서는 전혀 학교교육이 이루어지지 않고 있다. 이에 지난 10년 동안 입학률은 증가했지만, 많은 학생 들이 여전히 다양한 이유로 학교에 출석하지 못하고 있다. 또한 매년 발생하는 저기압 및 심한 열대성 폭풍우로 인해 학교가 파괴되고 있으며, 얼마 없는 학교 자료 또한 손상되었다. 일부 교실은 구호 노력의 일환으로 재설립되었지만, 재건을 위한 자금은 극히 제한적이다.
마다가스카르의 교육은 다양한 문제들로 인한 학생들의 수업 불참석, 낮은 수준의 교육 시설 문제로 낮은 수준으로 이루어지고 있다.