공무원노동조합의 존재 이유는 국민 행복, 국가 발전, 그리고 조합원의 근로조건 개선을 위해 함께 고민 하고 보다 나은 대안을 제시하는 것이다. 조합원인 공무원이 국민과 국가 발전을 위해 열심히 일할 수 있도록 업무 전문성을 갖추도록 하는 제도를 개선하는 일은 매우 중요한 공무원노동조합의 임무이다. 다만 제도를 개선하기 위해서는 조합원을 대표하는 집행부의 노력과 더불어 제도를 담당하는 소관 부처 와 직원과의 긴밀한 협조가 반드시 필요하다. 하지만 잦은 인사이동으로 담당직원이 교체되고, 일면식 없는 후임자들을 설득시켜 제도를 개선해야하는 상황이 발생할 때 위원장을 비롯한 집행부에게 큰 어려 움으로 다가온다.
공무원 업무 전문성 관련 제도의 개선은 공무원노조의 중요 임무이다. 그러려면 집행부와 제도 담당 부서의 협조가 필요하다. 하지만 담당 직원이 자주 바뀌면 집행부는 어려움을 겪게 된다.