그러나 현재 공정위의 조사 권한(①출석요구 및 의견청취, ②자료제출 명령 및 영치, ③현장조사 및 현장 자료제출요구과 영치)은 상대방의 동의와 협력을 전제로 하는 임의조사의 성격이므로 강제조사권이 없어 위반행위에 대한 증거를 제대로 확보하지 못하는 한계가 있다. 즉 공정위의 조사 권한에 대하여는 과태료 부과를 통해 간접적인 강제력을 행사할 수 있을 뿐 직접적인 실력 행사나 법원의 영장을 발부받아 강제 조사할 권한이 없어 그 조사 과정에서 조사 대상자들이 혐의 입증에 필요한 증거자료를 인멸하거나 은닉할 우려가 매우 높아 위반행위자가 협력하지 않으면 그 위반행위에 대한 증거를 확보하는 것에 어려움이 많은 것이 사실이다.
현재 공정위의 조사권한은 상대방의 동의와 협력를 전제로 하는 임의조사의 성격이라 강제조사권이 없어 조사 대상자들이 증거자료를 인멸하거나 은닉할 우려가 높아 증거 확보에 한계가 있다.