현행 자유형 집행정지 업무처리지침에 의하면 형집행정지의 기간과 횟수를 원칙적으로 제한하고 있지만, 과연 이러한 제한이 현실에서 엄격하게 적용될 수 있을지는 의문이다. 질병에 대한 치료의 기간은 환자와 병종에 따라 제각각이기 때문에 이를 일률적으로 적용시키기에는 많은 무리가 발생할 수밖에 없다. 또한 형집행정지의 기간 및 횟수에 대한 엄격한 제한은 오히려 실제 질병으로 인한 형집행정지가 필요한 다수의 수형자들의 인권보호에 역행할 수 있음을 유념해야 한다. 그러므로 형집행정지 연장제도를 활용하여 수형자의 건강권 및 수진권을 보장해 주는 가운데, 연장에 있어서 그 심사를 보다 엄격하게 하는 방안을 마련하는 것이 보다 현실적인 대안이라고 판단된다. 예를 들면 최초 형집행정지 허가시의 의사의 진단서와 검사의 보고서 이외에 연장 결정시에는 다른 의사의 진단서 및 검사의 보고서를 별도로 첨부하여 이를 검토하는 방안, 최초의 형집행정지에 대한 결정권은 지방검찰청 검사장에게 부여한다고 하더라도 이후의 연장에 대한 결정권은 사법기관이 할 수 있도록 하는 방안, 형집행정지의 연장에 있어서는 반드시 피해자 등에 의한 의견이 첨부될 수 있도록 하는 방안, 최초 형집행정지 결정의 경우에는 형집행정지 심의위원회의 의결 정족수가 위원 과반수의 출석 및 출석의원 과반수의 찬성이라고 되어 있지만, 이후의 연장에 대한 의결정족수를 상향조정하는 방안 등이 거론될 수 있을 것이다.
질병에 대한 치료의 기간이 환자와 병종에 따라 제각각이기 때문에 일률적으로 형집행정지의 기간과 횟수를 제한하기에는 무리가 발생한다. 또 이러한 제한은 실제 질병으로 형집행정지가 필요한 수형자들의 인권보호에 역행할 수도 있다. 그러므로 형집행정지 연장제도를 활용하여 이러한 인권을 보장하되, 연장의 심사를 보다 엄격하게 하는 방안이 현실적이라고 판단된다.