또한 학생신분의 청소년들에게 학교 보건법에 의거하여 건강검진 서비스가 제공되는 것과 형평성을 고려하여 학교 밖 청소년들을 대상으로 한 건강진단 사업도 실시되고 있다. 학교 밖 청소년 대상 건강검진은 향후 센터를 통해서도 신청하여 받을 수 있다. 건강진단 사업 대상은 만 15~18세 비취학 청소년이며 연 1회에 한해 지역 보건소 비취학 청소년 건강진단 상담자와 협의 하에 성별 및 연령별 특성을 고려하여 고혈압, 고지혈증, B형 간염, 흉부 X선, 강 검사 등의 항목에 대한 검진이 가능하다(여성가족부, 2015a). 2014년도 학교 밖 청소년 건강검진 사업의 수혜 인원은 1,500명으로(여성가족부, 2015b) 건강검진을 받은 청소년의 수는 학교 밖 전체 청소년의 규모에 비해 그리 크지 않은 상황이다. 현재 이들에 대한 건강검진 사업의 예산은 보건복지부에 있으나 학교 밖 청소년 지원대책(여성가족부, 2015. 5. 12.)에 따라 향후 학교 밖 청소년의 주요 담당부서인 여성가족부로의 이동될 예정이다. 건강검진 서비스가 여성가족부로 이전될 경우 학교 밖 청소년에 대한 지원이 일원화됨에 따라 보다 통합적인 지원이 이루어질 것으로 예상된다.
학생신분 청소년과의 형평성을 고려해 학교 밖 청소년 대상 건강진단 사업이 실시된다. 센터를 통해서 신청 가능하며, 연1회 성별, 연령별 특성에 맞는 항목을 검진한다. 이 사업의 수혜 인원은 약 천오백 명으로, 전체 규모에 비해 크지 않다. 예산은 복지부에서 여가부로 이전되어 일원화된 지원이 이루어질 예정이다.