물품의 운송이 FTA상대국으로 직접 운송된다면 특혜관세의 적용에 아무런 문제가 없지만, 실제로 많은 교역물품들이 여러 가지 이유로 인하여 제3국을 경유하여 운송되는 경우가 많다. 이러한 물품의 경우 수입통관단계에서 협정관세를 적용할 때 원산지 및 직접운송 인정여부에 대한 요건의 충족여부와 관련하여, 요건이 충족되었음을 주장하는 해당업체와 충족되지 못하였기 때문에 협정관세의 적용을 배제하여야 한다고 주장하는 과세당국간에 분쟁이 발생하게 된다. 최근에는 다국적 기업의 활동과 무역구조의 다변화 및 무역거래형태의 복잡화로 인하여 제3국을 경유해서 수출입되는 경우가 많은데, 이러한 물품에 대한 원산지 인정 여부가 당사자간에 특별히 문제가 되고 있다.
물품 운송이 제3국을 경유해 운송되는 경우 과세당국간 분쟁이 자주 발생하며, 물품의 원산지에 대해서도 교역 당사자간에 시비거리가 되고 있다.