한편, 북한당국은 1991년 새로운 무역체계를 발표했다. 이는 대외경제위원회는 물론 생산을 담당하는 내각 산하의 위원회, 부 그리고 지역의 행정단위 인도에 무역회사를 설치하여 다른 나라들과 직접 무 역을 수행하는 체계이다. 뿐만 아니라 이 즈음 당·군 등 특권경제기관 소속의 무역회사가 새롭게 설립되었다.무엇보다 북한당국은 2003년 종합시장 개혁을 통해 시장참여의 주체를 개인에서 기업에 이르기까지 다원화시켰으며, 이때 무역회사를 종합시장의 영역에 포함시켰다.즉 원래 무역회사를 통해 국내로 들여온 물품은 외화상점에만 유통시키게 되어 있었다. 그러나 2003년 개혁을 통해 외화상점체계를 없애고 대신 무역회사가 각 지역에 판매소(지사)를 설치하여 상품을 직접 시장에 유 통할 수 있게 한 것이다. 북한무역법 10조에 따르면 무역회사는 “수출 입활동의 담당자이다.”고 규정되어 있는 바와 같이, 기본적으로 외국과 무역을 하는 기업형태라는 점에서 상사 또는 무역회사와 유사하지만, 종합시장의 제도개선을 감안하면 북한무역회사는 일반적인 범주에 해 당하는 무역회사와는 달리 국내에 상품을 유통·판매하는 기능도 담당 하게 된 것이다. 즉 무역회사가 종합시장의 1차 도매기능을 담당하는 분업체계로 변한 것이다.
2003년 종합시장 개혁을 통해 북한의 무역회사는 북한 무역법 10조가 규정하는 수출입 활동의 담당자로서의 무역회사의 기능을 담당하는 동시에 국내에 상품을 직접 유통·판매하는 종합시장의 1차 도매기능도 함께 담당하게 되었다.