특별회계는 별도의 재원으로 별도의 세출에 충당하는 회계로서 특정 사업을 안정적으로 추진하기 위한 회계로 볼 수 있다. 따라서 특별회계는 특정 사업의 성과를 파악할 수 있는 장점이 있다. 반면 특정 세입과 특정 지출을 연계하고 있으므로 재정운용의 경직성을 심화시키고 서로 다른 회계에서 유사 업무를 중복 수행하거나 예산(일반회계와 특별회계) 내에서의 내부거래를 유발하는 등 예산집행의 효율성을 저하시킬 수도 있다는 점이 우려된다. 이에 ｢국가재정법｣(2014)에서는 회계‧기금 간 여유재원을 활용할 수 있는 규정을 두어 재정운영의 경직성을 완화시키고 그 효율성 증진을 도모하고 있다. 즉, 동법 제13조 1항은 “정부는 국가 재정의 효율적 운용을 위하여 필요한 경우에는 다른 법률의 규정에도 불구하고 회계 및 기금의 목적 수행에 지장을 초래하지 아니하는 범위 안에서 회계와 기금 간 또는 회계 및 기금 상호 간에 여유재원을 전입 또는 전출하여 통합적으로 활용”할 수 있도록 명시하고 있다.
특별회계는 특정한 자금을 보유하여 운영할 때, 특정 세입으로 특정 세출에 충당하는 것이다. 구분되어 있으므로 성과 파악이 용이하나, 한편으로는 예산집행의 효율성 문제가 존재한다. 