학생들이 중학교 1학년에 한 학기 동안 자유학기제를 경험하고 2학 년부터는 입시를 위한 ‘전투태세’를 벌일 것이라는 우려가 많다. 실질 적으로 심층 그룹 인터뷰(FGI)에서 확인한 결과, 한 학기 동안 잠시 떠나 있던 학업을 자유학기제 종료 이후부터 집중적으로 보충하여야 한다는 생각이 각 학교에 아직 남아 있다. 즉 자유학기제 운영 시 실시하였던 다양한 교수․학습방법, 토론수업, 협업수업 등이 2학년, 3 학년까지 연계되기가 현재로서는 문제점이 많다는 것을 알 수 있었다. 이는 아직 자유학기제의 필요성에 대한 공감대 형성이 아직 완벽히 이루어지지 않았기 때문이기도 하며, 따라서 지속적으로 개선되어야 하는 부분이다. 자유학기제의 운영은 한 학기 운영 후 끝나는 것이 아니라 학생들의 장기적인 진로성숙도 변화의 틀 내에서 평가되고 환류 되어야 하기 때문이다.
자유학기제 동안 멈춰 있던 학업을 집중 보충해야 한다는 인식이 팽배하다. 자유학기제의 다양한 학습 방식이 연계되기 어렵다. 아직 자유학기제의 필요성에 대한 공감이 부족한데, 이를 개선해 장기적으로 변화시켜야 한다.