그러나 푸틴 정부하에서 러 EU관계는 러시아의 대EU 에너지 공급가, 국영기업 가즈프롬(Gazprom)의 과도한 독점현상, 러시아 내 인권 및 언론자유 제한 등 국내문제와 같은 이슈를 둘러싼 양측 간의 이견으로 불협화음이 계속 표출될 가능성이 있다. 또한 제2기 오바마 행정부가 유럽 MD체제 구축을 일방적으로 추진할 경우, 러시아의 군사적 대응, 즉 역외 영토인 칼리닌그라드에 사거리 500㎞ 상당의 ‘이스칸데르(Iskander)’ 미사일 배치가 현실화될 가능성이 많고, 이 경우 러 EU 간 갈등이 심화될 가능성이 크다. 한편 유로존 재정위기는 러 EU 간 경제 에너지 협력관계에 부정적인 영향을 계속 미칠 것으로 전망된다.
러시아의 에너지 공급, 인권 문제 등에 대해 러 EU의 대립이 계속될 수 있다. 또한 미국이 유럽 MD체제를 고집하고 이에 러시아가 미사일 배치로 대응하면 러 EU관계가 악화될 것이다.