지역별로 보면 서울 52교, 경기 113교로 전체 287교 중 절반이 훌쩍 넘는 165교가 수도권에 몰려있다. 흥미로운 것은 인구 비례로 볼 때 서울 약 1000만 명, 경기 약 1300만 명에 비해 대안학교 수는 서울이 경기에 비해 절반에도 미치지 못하고 있다. 이는 우선 서울지역의 부동산가격이 경기도에 비해 훨씬 비싸기 때문에 정부의 지원이 없이 운영될 수밖에 없는 비인가 대안학교의 경우 서울지역 보다는 서울을 벗어난 근교 외곽도시에 집중될 수밖에 없었을 것으로 유추된다. 또 한편으로는 대안교육에 관심을 갖는 부모계층이 진보적인 성향이 강한 세칭 386세대였기 때문에 30~40대인 그들의 주된 주거지가 서울 주변 위성도시였다는 점도 영향을 미쳤을 것으로 해석된다. 수도권지역을 제외하면 전국적으로 고른 분포를 보이고 있으나 비인가 대안학교가 적은 지역은 대전, 대구, 울산 등 교육적으로 보수성향이 강한 지역이라는 특징이 있어 그 배경이 새로운 교육적 실험의 시도와 관련이 있는지 면밀한 검토도 필요하다.
수도권에 대안학교의 수가 적은 이유의 정부 지원없이 운영되는데 수도권은 땅값이 비싸며 이것에 관심있는 386세대들이 위성도시에 살고있기 때문이며 비수도권에서 대안학교 수가 적은 지역의 경우 보수성향과 관련되어 있는 지 확인해야 한다.