마지막으로 거점학교 교육과정 운영 시간을 살펴보면 다음과 같다. 전체 과정의 34.7%가 ‘평일 방과 후 시간’을 통해 운영되고 있으며, ‘평일 방과후 시간과 토요일 시간’을 함께 활용하여 운영되는 과정도 22.4% 정도로 나타났다. 그리고 ‘토요일이나 방학 시간’에 개설되는 과정이 26.5%에 해당하여, 전반적으로 정규 수업시간 외 별도의 시간을 할애하여 운영하는 것으로 나타났다. 반면 ‘정규 수업시간’을 활용하여 운영되는 과정은 16.3%에 그쳤다. 이러한 점에 비추어 볼 때 일반고 재학생들이 학기 중에 교육과정 거점학교에 적극적으로 참여하면서 자신의 꿈과 끼를 찾을 기회를 누리기 위해서는 더욱 유연한 거점학교 교육과정 운영시간 확보가 필요하다고 할 수 있다.
거점학교 교육과정 운영시간은 정규 수업시간을 활용하는 경우가 적어 일반고 재학생들이 이에 적극적으로 참여하기란 어려움으로 유연한 거점학교 교육과정 운영시간을 확보하여야 한다.