국조실 차원의 협업과제의 평가에서 문제가 되는 것 중에 하나는 협업 과제의 평가 이후 성과가 공정하게 배분되지 않는 경향이 있다는 점이다. 이것은 일부 기관의 이해관계에 의하여 의도적으로 그렇게 될 수도 있지만, 많은 경우, 협업의 특성상 주도기관이 주도하여 성과를 내고 결과를 보고하기 때문에 의도하지 않는다 하더라도 성과 결과에 대해 스포트라이트를 받게 된다. 따라서 국무총리실 정부업무평가에 협업 과제를 반영할 때 협력부처에 대해서도 충분한 인센티브가 제공될 수 있도록 하여야 한다. 협업에 대한 우수사례를 발표할 때 에서 협조기관을 더 의도적으로 부각시켜 줄 필요가 있을 것이다.
협업의 특성상 성과 결과에 대해 주도기관에 관심이 집중되기 때문에 국무총리실 정부업무평가에 협업과제를 반영할 때는 협력부처가 더 부각될 수 있도록 할 필요가 있다.