이처럼 문화재보존관리사업은 매년 예산규모가 증가함에도 불구하고, 동 사업의 핵심사업인 문화재보수정비사업은 예산의 실집행률이 저조하고, 지자체별로도 실집행률이 큰 차이를 보이고 있다. 이는 문화재보수정비의 특수성으로 인해 사업 추진이 지연되는 경우도 있지만, 실집행이 저조한 사업의 대부분은 보조사업자인지자체가 사업계획에 대한 충분한 검토 없이 보조금을 신청하기 때문이다. 따라서 화재청은 보조금 교부 시 사업계획에 대한 엄격한 사전 검토를 실시한 후 교부금을 교부할 필요가 있다. 아울러 문화재청은 지자체의 실집행률 실적을 다음 연도 보조금 교부액과 연계하여 지자체의 책임성을 강화할 필요가 있다.
문화재보수사업 예산의 저조한 실집행률과 지자체별 차이는 지자체의 사업계획 검토 부실 때문이다. 문화재청은 사전에 이를 철저히 검토하고 실집행률을 다음 해 교부액에 반영해야 한다.