그런데 비인가 대안교육기관의 불법성에 대한 당국의 제재와 이를 둘러싼 소송은 이미 여러 차례 진행된 바 있다. 「초·중등교육법」 제65조 위반으로 재판을 받아 유죄 판결을 받은 대안교육기관 관계자들도 있다. 이들 학교에 대한 재판 결과는 이후 국내 대안교육의 흐름, 나아가서는 우리나라 교육의 풍향에 큰 영향을 줄 수도 있다는 점에서 대안교육 관계자들은 비상한 관심으로 지켜보고 있다. 특히, 비인가 대안학교들의 급증에 따른 당연한 결과일 수도 있지만, 최근 「초·중등교육법」 제65조 위반을 이유로 한 고발과 소송이 늘어나고 있다는 사실은 비인가 대안학교들에게 심각한 위기로 받아들여지고 있다. 이하에서는 이러한 소송 사례들을 몇 가지 유형으로 나누어 살펴보기로 한다.
비인가 대안교육기관은 불법성으로 인해 소송을 여러 차례 진행당했고 초·중등교육법 제65조 위반으로 유괴 판결을 받기도 했다. 이런 고발과 소송이 늘어나고 있다는 것은 심각한 위기로 받아들여진다.