먼저 내적 평가 체계의 문제점은 첫째, 성과 목표와 성과 지표 간의 적절성 부족으로 성과 지표 달성에도 정책에 대한 체감도가 낮다. 둘째, 개별 부처에서 자체적으로 작성하는 성과 목표와 성과 지표의 연계, 성과지표 측정 산식 등의 한계도 존재한다. 셋째, 정부의 성과 관리 체계는 주관 부처와 법적 근거, 추진 체계 등에 차이가 있어 매우 복잡한 구조로 되어 있다. 서로 다른 부서 혹은 팀에서 각각을 관리하고 있어 유사․중복적인 평가 대상 사업의 평가 지표가 다르거나 평가 결과가 상이하게 나타나기도 한다. 넷째, 자체적으로 성과 관리 노력을 기울이고 있는 정부 부처와 지방자치단체의 입장에서는 성과 관리를 위한 성과 관리 체계로 인한 피로감을 고민해야 한다. 다섯째, 특정한 사업(군)을 대상으로 하는 하향식 평가의 경우 평가 결과 활용 등에 강력한 기제가 마련되지 않으면 평가를 위한 평가로 전락할 우려가 있다. 여섯째, 현재 사회보장 분야의 평가와 관련된 사항들은 평가 대상 선정에서 평가자 선정, 평가 과정, 평가결과, 평가 후 사후 관리 등과 관련한 거의 모든 단계의 정보가 공개되고 있지 않다.
내적 평가 체계의 문제점으로 부적절한 평가 지표로 인한 낮은 정책 체감도, 부처간 평가 결과의 연계 부족, 주체에 따라 다른 복잡한 성과 관리 체계, 관리 체계로 인한 피로감, 목적을 잃고 이루어지는 평가 발생 가능성, 낮은 평가 관련 정보 접근성이 지적되었다.