연공의 문제점은 기업 내부노동시장의 경직성과 기업별 노동시장의 분절성이라고 볼 수 있다. 사실 기업 인적자원관리에서 개인 및 집단성과 중심의 평가 보상 시스템으로의 변화는 그동안 꾸준히 진행되어 왔다. 그러나 대기업 생산직의 내부노동시장은 기업별 노사관계의 틀에서 대기업의 독점적 렌트 분배를 위한 담합 기제로서 연공급적 특성이 유지되어 왔다. 한편 중소기업은 개인 및 집단성과에 대한 평가 기준이 부재한 상태에서 기존의 평가 및 보상 방식을 유지하는 경향을 보였다. 여기에 우리나라 산업구조의 문제가 더해져 기업별로 분단된 노동시장에서의 보상 격차가 확대되었고, 업무가 아니라 어떤 기업에서 일하는지가 개인의 노동시장 성과에 결정적 영향을 미치는 현상이 나타났다. 이는 기업 간, 기업 내 임금격차로 대변되는 노동시장 분단화(사회적 양극화 현상과 연계)와 내부노동시장의 임금 공정성 문제(근로자들 간의 임금 분배 문제와 연계)에 부정적 영향을 줄 것으로 보인다. 기업별 노동시장의 분단화는 유사한 업무를 맡고 있는 경우에도 소속기업(특히 기업규모)에 따라 임금격차가 발생하여 직무가치 산출을 어렵게 한다. 이는 청년 구직자의 대기업과 공기업에 대한 기형적인 선호 현상을 가져올 뿐만 아니라 노동시장 입직시기를 지연시키는 문제와 연결된다. 이러한 상황은 다시 근로자 집단 내부에서 분배 구조의 왜곡을 야기한다. 이는 과도한 입직 경쟁으로 이어져, 청년층의 학력 및 스펙 경쟁을 심화시켰다. 따라서 학력과 연공 이외에, 실제 업무와 관련되어 있거나 비인지적 역량을 나타내는 지표들이 채용, 평가, 보상에서 적절히 기능하도록 하는 것이 필요하다(이자형․이가혜, 2011).
연공의 문제점은 기업 내부노동시장의 경직성과 기업별 노동시장의 분절성이다. 업무가 아니라 어떤 기업에서 일하는지가 성과에 영향을 미치니 노동시장 분단화와 내부노동시장의 임금 공정성 문제에 안 좋은 영향이 간다. 또 기업별 노동시장의 분단화는 구직자들의 선호를 기형적으로 만들고 노동시장 입직시기도 지연시키고 다시 스펙 경쟁을 심화시키는 악순환을 일으킨다. 따라서 실제 업무와 관련되어 있거나 비인지적 역량을 나타내는 지표들이 기능해야 한다.