다음으로 ｢부패 방지 및 국민 권익 위원회 설치와 운영에 관한 법률｣에 근거하여 설립된 국민권익위원회를 통해서도 고충을 제기할 수 있다. 본 기관에 신고되는 고충 민원이란 행정기관 등의 위법･부당하거나 소극적인 처분(사실 행위 및 부작위를 포함) 및 불합리한 행정 제도로 인하여 국민의 권리를 침해하거나 국민에게 불편 또는 부담을 주는 사항에 관한 민원(현역 장병 및 군 관련 의무 복무자의 고충 민원을 포함)을 말한다. 국방 고충 민원의 효율적인 처리를 위해 국민권익위원회에서는 국방 옴부즈맨을 조직, 운영하고 있으며, 본 기능을 지원하기 위해 고충 처리국 내에 국방보훈민원과를 설치, 운영하고 있다. 구체적으로 일반 국민이 제기하는 국방, 병무, 보훈 분야의 고충 민원 상담 처리와 현역 장병 및 군 관련 의무 복무자의 복무(복지, 의료, 징계 등 신상), 구타/가혹 행위 피해, 사망 사고/순직(공상) 관련 고충 민원을 처리하고 있다.
국민권익위원회에는 행정기관의 잘못으로 국민이 불익을 받은 일에 관한 고충 민원을 제기할 수 있다. 여기에는 국방 고충 민원이 포함되는데, 효율성을 위해 국민권익위원회 내에 일반 국민과 장병들의 국방 고충 민원을 처리하는 별도의 조직이 운영되고 있다.