한편, 성별영향분석평가의 실효성을 높이기 위해서는 제도운영 전반에 대한 성과관리뿐 아니라 제도의 확산을 위한 협력체계의 활성화 방안이 마련되어야 할 것이다. 아직까지 성별영향분석평가는 일반 국민들에게 널리 알려져 있지 않으며, 성별영향분석평가 결과 도출된 정책개선안이 정책환류로 연결되고 있는지에 관한 검토도 활발하게 이루어지고 있지 않다. 또한 우리나라는 성별영향분석평가제도를 수행하면서 전문가-관료주의 모델을 주로 채택함으로써(이재경 외, 2012: 11) 성 주류화 논의에서 폭넓게 차용되고 있는 공무원-전문가-시민사회 모델을 대부분 수용하고 있지 않다. 그러나 최근에 개정된 성별영향분석평가법에서는 민관협력에 기초하여 이 제도를 운영하도록 하고 있어 민관협력체계 구축에 관한 논의가 점차 활발하게 진행될 것으로 예상된다.
성별영향분석평가의 실효성 제고를 위해 성과관리와 더불어 제도 확산을 위해 협력체계를 활성화할 방법을 마련해야 한다.