‘준비 및 시범 운영기’는 실제로 정책 실행 부서에서 구체적인 실행 기반을 조성하고 시범학교, 연구학교 및 희망학교로 확대해 나가는 단 계이다. 2013년 3월에는 42개 자유학기제 연구학교가 처음 지정되어 2학기에 최초의 자유학기제를 운영하였다. 이후 2014년 1학기에 38개 연구학교가 추가 운영되었으며, 2014년 2학기에는 현 시점에서 722개 희망학교가 지정되어 운영될 예정이다(한국교육개발원, 2014a; 한국교 육개발원, 2014b). 2014년 2월 교육부의 대통령 업무보고에서는 2014 년 자유학기제 연구․희망학교를 전체 중학교의 20%(약 600여 개)로 확대하겠다고 제시하였는데, 지금은 이보다 훨씬 늘어난 수치이다(교 육부, 2014d). 2014년에는 자유학기제를 선도적으로 운영할 교육지원 청을 지정하여 보다 탄력적인 운영을 독려하고 있으며, 이에 1개의 선 도교육청(제주) 및 10개 선도교육지원청을 선정․운영하고 있다(교육 부, 2014a). 앞으로 2015년까지 꾸준히 희망학교를 확대하여 나갈 예 정이며, 2015년에는 전면 시행 계획이 수립될 예정이다. 끝으로 2016 년부터는 전국의 모든 중학교에서 자유학기제를 전면 도입하는 ‘전면 시행기’에 들어서는 것으로 계획되어 있다.
2013년에서 2014년에 걸쳐 자유학기제 준비 및 시범 운영기를 운영하여 시범학교, 연구학교 및 희망학교로 확대해 나가고 2015년까지 계속 확대해 나갈 계획이다. 2015년에는 전면 시행 계획을 수립하고 2016년부터 전국 중학교에 전면 도입할 계획이다.