또 한 가지 빼놓을 수 없는 본원의 기능은 공공기관 관련 연구 및 사업이다. 공공기관연구센터에서 공공요금, 공공기관의 부채관리, 공공기관의 정상화와 경쟁 도입 등 주요현안에 대한 정책 연구를 수행하고 있다. 공공기관의 성과제고를 위해 책임 경영이 강화되는 과정에서 공공기관 관리의 새로운 패러다임을 제시할 필요가 있음을 고려하여지배구조, 운영시스템, 선진화·합리화 정책 및 경영평가 등에 대한 체계적인 연구를 통하여 공공정책 수립 및 집행에 기여하고 있기도 하다. 2014년도에 우리 연구원에 새로 둥지를 튼 국가회계재정통계센터에서는 국가회계기준, 준칙 및 지침 등 회계제도를 정비하는 역할을 수행하고 있다.
공공기관연구센터는 공공요금, 부채관리, 정상화 등을 연구하고 책임 경영에서 새로운 패러다임과 운영시스템의 수립과 집행을 하는데, 국가회계재정통계센터는 회계제도의 정비 역할을 한다.