첫째, 대중교통요금수준이 버스운송원가에도 못 미치는 수준이라서 서울시를 위시한 정부의 재정지원금이 눈덩이처럼 늘어난다는 점이다. 서울시의 경우 대중교통운영적자 지원금으로 매년 1조 1,000억 원을 지원하고 있다. 대중교통요금이 서민경제에 상당한 비중을 차지하고 있기 때문에 무작정 대중교통요금을 인상할 수도 없는 실정이다. 둘째, 버스준공영제로 버스운영자의 서비스 경쟁이 상실되었다는 것이다. 대중교통운영 실적에 따른 운영자에 대한 인센티브 또는 패널티(Penalty)가 없는 구조이기 때문에 서비스가 하향평준화 되고 있다. 버스운송원가를 보장하고 있기 때문에 버스운영자는 불요불급한 자리에 친인척을 동원하여 보조금을 지원받는 등 모럴해저드도 발생하고 있다. 심지어 지자체에서는 정부지원금을 줄이기 위해 일부 노선의 경우 운행횟수를 줄이고 있는 실정이다. 셋째, 도시/광역철도 민간투자 사업이 원천적으로 차단되어 대중교통시설이 확충되지 못한다는 사실이다. 철도사업은 경제성은 확보되더라도 재무성을 확보하는 것은 불가능한 사업이다. 도로사업과 달리 철도차량구입, 차량기지 건설, 운영비 등이 비용으로 포함되기 때문이다. 특히 수도권을 위시한 대부분의 대도시가 무료 환승을 전제로 하는 통합요금제를 채택하고 있어 철도민간투자 사업자에게도 이를 권유하고 있다. 그럼에도 불구하고 민간사업자의 수익확보를 위한 부대사업에는 매우 인색하다. 이러한 분위기에서 민간수익방식(BTO)으로 성공적인 철도 민간투자 사업을 추진하기는 매우 어려운 실정이다.
대중교통 요금이 운송 원가보다 낮아 정부 재정지원금이 늘어나고 있고, 운영자에 대한 패널티 없이 보조금을 지원하는 버스준공영제로 인해 버스 운영자가 서비스 경쟁력을 갖추지 못했다. 도시/광역철도의 경우 민간투자가 어려워 대중교통 시설 확충에 어려움을 겪고 있다. 무료 환승을 전제로 통합요금제를 시행하면서 부대사업에는 인색한 상황에서 민간수익방식(BTO)의 철도 민간투자 사업을 진행하기는 어렵다.