또한, 법제처 자치법규 의견제시 사례에서는 예산을 편성하면서 해당 무상급식예산을 어느 시점에 반영할지, 어느 정도 액수를 반영할지를 결정하는 것은 집행기관인 경상북도 도지사의 고유권한인 예산안 편성권의 한 내용을 이루는 것이며, ｢학교급식법｣에서도 지방자치단체장의 예산안 편성권에 대한 견제나 제약을 할 수 있는 규정을 두고 있지 않다. 따라서, 조례로 무상급식 관련 필요경비를 다음 연도에 우선 반영하도록 하고, 경상북도 도지사가 전체 급식 경비의 20퍼센트 이상을 분담하도록 하는 것은 도지사가 가지는 예산편성권을 사전에 실질적으로 통제하여 집행기관의 권능을 제약하는 것이므로 바람직하지 않다고 보았다(법제처 의견제시 13-0153).
법제처는 무상급식예산에 대한 결정 권한이 집행기관에 있고 관련 법에서도 이에 대한 규정을 두고 있지 않으므로 집행하는 기관의 권리를 침해하는 행동에 대해 바람직하지 않다는 의견을 제시하였다.