국제연합 인권위원회(United Nations Commission on Human Rights)도 반복된 결의를 통하여 같은 입장을 밝혔다. 예를 들면, 위 위원회는 1989년 제59호 결의에서 양심적 병역거부권을 자유권규약 제18조에 규정된 사상, 양심, 종교의 자유의 정당한 권리행사로 인정하였고, 1998년 제77호 결의에서는 양심적 병역거부 행위의 진정성을 판단할 독립적이고 공정한 결정기관의 설립, 비전투적 또는 민간적 성격을 띤 대체복무제의 도입, 양심적 병역거부자에 대한 구금 및 반복적 형벌 부과 금지 등을 각국에 요청하였으며, 그 외에도 수차례의 결의를 통하여 위와 같은 내용을 재확인하였다.
국제연합 인권위원회도 양심적 병역거부권을 정당한 권리로 인정했고, 양심적 병역거부 행위를 판단할 결정기관의 설립, 대체복무 도입, 양심적 병역거부자에 대한 처벌 금지를 요청했다.