따라서 성과감사에 적용할 판단기준을 설정할 때 피감기관의 의견이 반영되고 있는가에 대해 긍정적인 의견이 29.8%인 반면 부정적인 평가의견이 24.9%로 나타났다(<표 17> 참조). 이는 판단기준에 피감기관의 의견이 제대로 이루어지지 않고 있음을 보여주는 것이고, 그 이유는 제도적 측면보다는 의견표시로 인한 불이익을 걱정하기 때문인 것으로 판단된다. 이는 감사주체와 피감주체 간의 불편한 역할관계와 감사과정에서의 권위적 분위기가 아직도 잔존하기 때문인 것으로 이해하여야 할 것이다. 또한 피감기관의 의견이 반영된 지표를 사용하는 지에 대해 긍정적인 의견이 27.4%인 반면 부정적 평가의견은 23.3%인 것으로 나타났다. 한편, 피감자(기관)에게 소명기회 부여에 대한 인식조사에서 긍정적인 평가의견이 22.4%였고, 부정적 평가의견은 24.1%였다. 그러나 유보적 평가의견인 ‘그저 그렇다’가 53.5%인 것은 소명기회에 제대로 대응하지 못한 결과이다. 이는 감사결과에 대한 소명기회가 주어지더라도 그 기회를 활용할 경우 다른 불이익을 받을 우려 때문에 적극적으로 대응하는 기회로 활용하지 못하는 것으로 판단된다.
성과감사 판단기준에 피감기관의 의견이 제대로 반영되지 않는 이유는 의견표시로 인한 불이익을 걱정하기 때문으로 보인다. 이는 감사과정의 권위적 분위기 때문이며, 피감기관에게 소명기회 부여에 대한 인식 조사에서도 유보적 평가가 과반을 차지한 이유 역시 불이익에 대한 우려 때문인 것으로 보인다.