가치사슬의 글로벌화와 함께 식품안전 문제도 식품제조업계가 직면하는 중요한 이슈 중 하나이다. 매년 300건 이상의 식품안전과 관련한 제품 리콜(recall)이 발생하고 있는 추세이며, 이로 인해 매년 5,000명 이상의 사망자가 발생하는 것으로 조사되었다. 선도 제조업체에서는 제품 서플라이 체인 전반의 위생 강화를 위해 막대한 금액을 투자하고 있으며, 위해 발생 시 추적을 위한 다양한 시스템이 도입되고 있다. 이러한 노력으로 제품 생산 공정 및 유통상의 투명성이 크게 제고되어 소비자의 신뢰를 높이는데 기여하고 있지만, 개발도상국 등 신흥시장에서는 여전히 시장 성숙을 위한 선결과제로 식품안전 문제가 남아있다.
식품제조업계는 식품안전 문제로 인해 제품리콜 등 이슈를 겪고있는바, 선도 제조업제는 서플라이 체인 전반에 막대한 금액을 투자, 이를 통해 소비자 신뢰를 높이나 개도국은 미흡하다.