이러한 평가연계 재정지원은 다음과 같은 세 가지 측면에서 정당성을 갖는다. 첫째, 재정배분의 공정성이다. 제한된 재원을 공정한 경쟁을 통해 비교우위가 인정된 대학에 지원하게 되는데 대하여 참여 대학으로부터 합의를 이끌어 낼 수 있다. 둘째, 정부정책의 합리성이다. 대학교육의 질과 경쟁력 제고와 관련된 정부정책을 각 재정지원사업의 선정을 위한 평가지표에 반영하여 대학들의 변화를 자연스럽게 유도할 수 있다. 셋째, 재정배분의 합리성이다. 정부 예산 배정의 목적 적합성과 운용의 효율성을 제고하고 지원 결과를 공개함으로써 수혜 대학의 책무성 제고를 극대화 할 수 있다(신현석, 2005:90-91).
이러한 평가연계 재정지원은 다음과 같은 세 가지 측면에서 정당성을 갖는다.