자유학기제에서 중간·기말고사를 실시하지 않고 다양한 방법을 통한 학생들의 성취수준 확인이 강조되고 있다는 점을 주목할 때, 평가를 형성·과정 평가와 종합 평가로 구분해 볼 수 있다. 교과 활동의 경우 형성 평가의 주 대상은 교과 학습 성취수준을 비롯하여 주로 수행평가에서 이루어지는 수행과 포트폴리오 평가에서 이루어지는 포트폴리오 등을 들 수 있다. 이를 평가하기 위한 평가 방법 및 도구는 관찰 및 척도, 체크리스트 등이 주로 권장 사항이지만 교과 및 단원 특성에 따라 간단한 쪽지 테스트 등의 방법도 원용될 수 있을 것이다. 자유학기제에서 평가 결과의 보고 및 기록 방식은 등급화를 지양하고 학생들의 학습성취수준을 확인하여 기록하도록 권장되고 있는데, 이를 위해 과정·형성 평가로 이루어지는 결과는 ‘성장참조 기록지’나 ‘학습발달 기록지’ 등을 활용하여 기록해 두고, 학기 말에 ‘학교생활기록부’에 기재할 때 참조자료로 활용할 수 있도록 한다. 또한 학기 말에 이루어지는 평가는 종래의 점수 및 등급의 형태의 평가에서 벗어나 학생들의 성취 수준을 확인하고 기술·해석하는 평가(assessement)로 종합적으로 이루어져야 할 것이다.
주요 시험을 보지않고 다양한 측면으로 아이들을 평가하고 있는 자유학기제는 평가 방식과 결과 측정에도 많은 방법이 존재한다. 형성, 종합 평가를 진행할 때에는 포토폴리오 검사 혹은 간단한 테스트 등이 존재한다. 또한 결과를 보고할 때에는 종합적인 평가가 첨가된 기록지나 학교생활기록부를 사용한다. 