재판 진행 과정에서, 네이버(주)는 압수수색영장 집행에 따른 압수목록 및 압수조서사본을 현재 보관하고 있지 않다고 하였습니다. 당시 관련 업무를 담당했던 네이버(주)직원은 수사기관에서 팩스로 압수수색영장 집행을 한 이후에 필요한 경우에는 우편으로 CD를 송부한 경우도 있다고 진술하였습니다. 본건 압수수색영장 집행을 한 경찰은 이메일 압수수색의 경우 직접 방문하지 않고 등기우편으로 받은 경우가 있고, 당시 직접 방문했는지 등기우편으로 받았는지 확실하지 않다고 진술하였습니다. 또한 위 영장의 압수목록 및 압수조서는 검찰 송치때부터 누락되어 있었습니다.
네이버(주)는 압수목록 및 압수조서를 보관하지 않고 있으며, 경찰 측에서도 검찰 송치 때부터 누락되어 있었습니다.