광역경제권 내에서 혁신도시와 인근 지역, 거점들 간의 연계협력을 촉진하기 위한 수단으로 2010년부터 추진하고 있는 광역경제권 연계협력사업과 기초생활권 연계협력사업을 적극적으로 활용할 필요가 있다. 광역권 연계협력사업의 대상에 R&D 사업 외에 혁신도시와 다른 지역, 거점들을 연계하는 사업을 포함시킨다면 해당 지역의 관심과 참여를 유도할 수 있다. 또한 기초생활권 연계협력사업의 경우에도 중소도시 입지형 혁신도시를 중심으로 인근 시군과의 기능분담 및 연계협력의 내용을 담은 소프트웨어사업을 포함하여 추진한다면 혁신도시의 발전역량 강화에 도움이 될 것이다. 나아가 공공기관 지방이전과 혁신도시 건설이 2012년부터 본격적으로 추진됨에 따라 광역적 관점에서 혁신도시와 인근 발전거점과의 연계협력 사업을 반영한 광역경제권발전계획(2009~2013)의 수정계획을 수립하는 것도 검토할 필요가 있다.
광역권 연계협력사업과 기초생활권 연계협력사업 모두 혁신도시와 가까운 지역을 연결시키고 협력시키는 수단이 될 수 있다. 또한 혁신도시 건립과 공공기관 지방이전이 시작됨에 따라 광역경제권발전계획의 수정계획 마련도 따져봐야 한다.