그러나 현재의 형사조정제도의 운용현황과 실효성의 측면을 고려해 볼 때 현재의 형사조정위원회를 활용하는 것이 효율적일 것으로 생각된다. 예컨대, 동일한 조정업무를 수행하는 기관을 각 형사사법기관별로 설치할 경우 필요한 예산 확보와 전문성을 갖춘 인력의 확보에 어려움이 있고 또한 통일된 조정기준 마련과 조정자의 교육 및 훈련 및 관리에 어려움이 있을 것으로 생각된다. 따라서 현재의 형사조정위원회의 업무와 역할을 형사조정제도의 다양한 목적에 맞게 구체화시키고 체계화시키는 등 현 조직의 업무와 역할을 격상할 필요가 있는데, 예컨대 법무행정을 총괄하는 법무부에 형사조정국(가칭) 등을 설치하여 형사조정 관련 업무를 총괄/기획하게 하고 현재와 같이 각급 지방검찰청 및 지청 단위로 형사조정센터(가칭)를 설치하여 형사조정제도의 다양한 목표를 수행할 수 있는 조직으로 개편하는 방안을 고려해볼 필요가 있다.
기관별로 조정업무기관을 설치하면 돈과 인력이 낭비되고 기준 마련과 인사 관리가 어려워서 형사조정위원회의 활용이 효율적이다. 법무부에 컨트롤타워인 형사조정국을, 각급 지방검찰청 및 지청에 실무조직인 형사조정센터을 설치하는 발전 방안이 있다.