또한 2007년부터는 날로 지능화, 고도화되고 있는 해킹 등으로부터 전자서명인증서 유출 사고를 방지하기 위해 보안토큰 기반의 안전한 전자서명인증서비스를 제공하기 시작하였다. 보안토큰은 휴대용 저장장치로서 전자서명이 저장장치 내부에서 생성되며 저장된 전자서명 생성키는 저장장치 외부로 유출되지 않기 때문에 피싱·해킹 등으로부터 전자서명 생성키를 포함한 전자서명인증서 유출을 방지할 수 있다. 정부는 2007년 보안토큰 기반의 전자서명인증서 이용기술을 표준화하고 최상위 인증기관을 통하여 보안토큰 구현 적합성 평가를 시행하였다. 당시 마이크로소프트의 액티브엑스(ActiveX)가 웹 환경에서 전자서명을 처리하기 위한 기술로 절대적 비중을 차지하였으나 웹 기술의 발전과 다양한 웹브라우저의 출현에 따라 다양한 웹브라우저에서 액티브엑스가 아닌 다양한 표준 기술을 지원하도록 개선하였다. 전자문서의 이용과 유통이 증가하고, 해킹기술 발전에 따른 외부 위협의 증가에 따라 정부는 전자정부 서비스 안정성을 강화하기 위해 정부 OTP(One Time Password, 일회용 패스워드), 복합인증(2채널), 전자문서 진본확인 등 다양한 인증 서비스를 제공하고 있다.
유출 사고 방지를 위해 정부는 2007년부터 보안토큰 기반의 전자서명인증서비스를 제공했다. 당시 액티브엑스가 절대적 비중을 차지하였으나 기술 발전에 따라 다양한 표준 기술을 지원하도록 개선하였다. 전자문서의 이용과 유통 증가, 외부 위협의 증가에 따라 정부는 안정성을 강화를 위한 여러 인증 서비스를 제공하고 있다.