그런데 환경영향평가가 실효성이 부족하다는 지적이 계속되어 왔다. 설악산케이블카 환경영향평가는 조작의혹이 제기되어 환경부 공무원과 업체 관련자들이 검찰에 고발되었다. 또한 2016년 국정감사 자료에 따르면, 환경영향평가협의내용 이행감독 대상 사업장 약 절반이 이행점검을 받지 않은 것으로 나타났다. 현행법상 협의내용을 사업자가 이행하지 않으면 정부로부터 조치명령이내려지는데, 명령을 따르지 않았을 시 2,000만원 이하의 소액 과태료가 부과될뿐이어서 실효성이 떨어진다는 것이다. 환경영향평가를 제대로 시행하지 않는 기업에게는 과태료를 상향하거나 처벌을 강화하는 등 제도의 실효성을 담보해야 한다는 주장이 꾸준히 나오고 있다.
평가 관련자의 조작 의혹, 사업자의 명령 불이행 등 환경영향평가의 실효성 부족 문제가 지속적으로 지적되었다. 평가 미시행 기업의 처벌을 강화해 실효성을 높여야 한다는 주장이 많다.