항만부문 사업의 예비타당성조사 표준지침(이하 “표준지침”)은 지난 2000년 초판 발행과 2001년에 개정판을 발간한 이후 약 13년이 지난 2014년에 제3판을 발간되었다. 이는 2011년 제3차 항만기본계획 수립 시 적용된 항만 수요예측방법의 변경과 항만배후단지 개발, 항만재개발, 준설토투기장, 여객터미널 등 항만사업이 다양화되면서 기존 지침에서 다루지 못한 부분의 반영 필요성이 증가함에 따라 수행되었다. 실제 제3판 이전의 표준지침은 항만건설사업 중심의 경제성 평가방법을 주로 다루고 있었다. 제3판과 기존 표준지침의 가장 큰 차이점은 화물의 종류에 따라 편익을 산정하는 방식을 달리한 점이다. 즉, 기존 지침은 사업 미시행시(without case) 선박이 대기하지 않고 다단계의 부선하역을 한다는 가정이 적용되었으나, 제3판에서는 화물의 종류(컨테이너, 목적화물, 비목적화물 등)에 따라 인근항만을 이용하거나, 인근항만 이용이 어려울 경우에는 부선하역을 하는 것으로 하였다. 이는 국내에서 실적이 거의 없는 부선하역이라는 비현실적인 가정의 개선을 주요한 목적으로 하고 있다. 이러한 비현실적인 가정을 개선한 것은 그 의미가 크다고 평가된다. 또한, 타 SOC 사업을 위한 표준지침은 지속적인 개정 작업이 이루어진 것에 반해 항만부문은 약 13년간 개정작업이 이루어지지 않은 상황에서 그간의 다양한 여건 변화를 반영하여 수정한 점도 그 의미가 크다고 할 수 있다.
항만부분 사업의 예비타당성 조사 표준지침은 초판과 개정판 발간 이후 13년만에 제3판이 발간되었다. 기존 표준지침과의 가장 큰 차이점은 화물의 종류에 따라 편익을 산정하는 방식을 달리한 점으로 국내에서 실적이 거의 없는 부선하역이라는 비현실적인 가정을 개선했다는 점에서 의미가 있다.  또한 그간의 다양한 여건 변화를 반영하여 수정한 점도 의미가 크다.