2단계로 추진된 의약품안전관리 정보체계 구축사업은 의약품 37종, 의료기기 12종, 마약류 8종 등에 대한 민원종합시스템과 행정 포털 개발에 총 56억 원의 예산을 투입하여 2005년 11월부터 2006년 9월까지 진행되었다. 또한 농림부, 해양수산부 등 식품 유관부처 및 의약품·방사선 안전관리 유관 기관 등과의 정보연계 및 공동 활용도 함께 구현되었다. 이 사업의 핵심은 식품에 이어 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템을 구축하는 것이었으나 식품 분야의 정보 공동활용을 위해 농림부 및 해양수산부와 주요정보를 연계하는 부분도 포함되었다. 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템은 의약품 등의 규격 및 안전성·유효성 심사자료 표준화에 대한 국제적 조화 노력의 결실인 국제공통기술문서(CTD: Common Technical Document)를 전자적으로 처리하는 기반 구축사업이었으며 방사선을 포함한 의료기기 분야의 민원 및 사전업무 행정시스템도 함께 구축하였다. 특히 BPM 개념을 적용한 업무처리시스템을 구현하였으며 농림부, 해양수산부, 건강보험심사평가원 등 다수의 외부기관과 연계하여 정보 공동활용의 효율성을 크게 높였다.
의약품안전관리 정보체계 구축사업은 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템을 구축하는 것이었으며 이 시스템은 국제공통기술문서를 전자적으로 처리하는 기반 구축사업이다. 또한 BPM 개념을 적용한 업무처리시스템을 함께 구현하였고 다수의 외부 기관과 연계하여 효율성을 높혔다.