아동, 청소년 복지시설의 경우 기능, 목적, 보호 대상의 사유와 특성이 유사함에도 불구하고 법적 설치 근거가 다르다는 이유로 운영여건과 서비스에 편차가 발생하기도 하였는데 이것이 보호 대상 간 차별로 이어지는 것이 문제로 지적된다. 예를 들어「아동복지법」에 근거한 자립지원시설은 아동복지시설에서 퇴소한 사람을 대상으로 하고 있어(동법 제52조)「청소년 복지 지원법」에 의한 청소년쉼터에서 퇴소한 경우 자립지원시설에 입소할 수 없다. 지자체에서 지원하는 자립 정착금 역시 가정폭력, 아동학대로 인해 가출하여 공동생활 가정(그룹홈)에 입소하여 퇴소하는 청소년에게는 지원되지만 같은 사유로 청소년쉼터에 입소하여 퇴소 후 자립을 준비해야 하는 청소년은 배제된다. 즉, 청소년 복지시설인 청소년쉼터를 포함한 보호시설에 입소한 18세 미만의 아동․청소년은「아동복지법」에 근거한 보호 조치의 사각지대에 놓여있다.
아동, 청소년 복지시설의 보호대상의 상황이 유사함에도 법적 설치 근거에 따라 지원에 차별이 발생한다. 그 예로 청소년복지시설에 입소한 18세 미만 아동, 청소년들이 「아동복지법」에 근거한 보호에서 제외되고 있는 것을 들 수 있다.