최근 일본에서는 교육위원회 제도의 문제점이 부각되어 지교행법의 개정을 통해서 교육위원회의 기능 축소와 지방교육에 단체장의 권한과 책임을 확대하였다. 교육위원회에 대한 비판의 논점은 첫째, 교육위원회가 형식적으로 운영되고 있어 회의 개최가 월 1.3회에 불과할 뿐만 아니라 학부모나 지역주민의 의견을 수렴하지 않는 교육위원회가 67.7%에 이르고 있으며, 둘째, 교육위원회 사무국 구성이 교직자로 편중(교사출신이 69.8%)되어 교육위원회 풍토의 교사촌화를 초래하여 학생자살사건 등 교육문제를 은폐하려는 성향이 만연하고, 셋째, 일반 행정과 연계부족으로 교육행정의 효율성이 떨어지고 있다는 점이다. 이에 지교행법을 개정(2015년 4월 1일부터 시행)하여 지방교육행정에 관한 지자체장의 권한을 확대하였다. 교육위원 중에서 호선하던 교육장을 단체장이 직접 임명하고, 교육위원회 의장을 겸임시킴으로써 교육장을 실질적인 교육 행정의 책임자로 위상을 높였다. 단체장이 교육위원회와 별도로 종합교육회의를 설치하여 교육의 진흥에 관한 시책의 ‘대강령’을 정하도록 함으로써 단체장의 교육정책 결정의 관여 폭이 확대되었다. 이외에 왕따로 인한 자살 방지 등 교육상 긴급한 문제 해결을 위해서 문부과학대신이 교육위원회에 대해 직접 ‘지시’가 가능토록 하여 문부과학대신의 통제를 강화하였다.
교육위원회의 형식적운영,교직자 편중, 떨어지는 효율성의 문제로 지교행법 개정 후 지자체장의 권한을 확대했다. 단체장이 교육위원회의장과 겸하는 교육장을 임명해 책임자로써 위상을 높이고 별도로 종합교육회의를 설치해 교육 진흥에 관한 시책을 정하여정책 결정의 폭이 확대되었고, 문부과학대신이 문제해결과 통제력 강화를 위해 교육위원회에 대한 지시가 가능하다.