대위책임 이론과 동일성 이론을 적용함에 있어서, 통상 전자는 주관적 요소가 요구되지 않는 엄격책임 범죄나 법인의 일반 구성원이 저지른 범죄와 관련하여 적용되고, 후자는 주관적 구성요건이 요구되는 범죄나 법인의 최고경영진에 의한 범죄가 문제될 때 적용된다. 그러나 이러한 원론과 달리 실제 적용 과정에서는 두 이론의 적용 여부가 명백하게 구분되지 않는 경우가 비일비재하다. 예컨대, 범죄의 성립에는 주관적 구성요건이 요구되지 않지만, 사용자가 피고용자에 대한 감독의 무를 성실히 이행하였다는 점을 입증함으로써 형사책임을 면할 수 있는 규정이 있다면, 최종적인 책임부담 여부와 관련하여서는 사용자의 주관적 요소가 고려될 수 밖에 없는 것이다.
대위책임 이론과 동일성 이론을 적용할 때는 범죄를 저지른 이가 법인 내에서 어느 직급인지에 따라 구분되나 실제 적용 과정에선 명백히 구분되지는 않는다. 