풍수해저감종합계획의 수립절차에는 시·도 및 시·군·구의 지방자치단체와 국민안전처의 두 기관이 참여한다. 이를 위해 국민안전처에서는 풍수해저감종합계획 세부수립기준을 작성하여 하달하며, 시·도 및 시·군·구는 하달된 세부수립기준을 통해 풍수해저감종합계획안을 작성한다. 이 후 관련기관 및 주민, 지방의회의 의견을 수렴하고 관계부처 및 시·도시자의 협의과정을 통해 계획안을 수정·보안하여 계획안의 승인을 신청하게 된다. 국민안전처는 풍수해저감종합계획을 최종 승인하기에 앞서 5개 그룹(해안분야는 별도 3개 그룹)으로 구성된 검토회의를 개최함으로써 계획의 적성성, 타당성, 충실성 및 활용성을 전면적으로 검토하여 승인여부를 결정하게 된다. 만약 검토회 의 결과 재심의가 필요하다고 결정되면 지방자치단체는 풍수해저감종합계획안을 추가수정·보완하여 승인을 재신청해야 하는 과정을 거친다.
풍수해저감종합계획의 수립을 위해 국민안전처에서는 계획의 세부기준을 마련하여 지방자치단체에 전달하고 지자체는 이를 바탕으로 계획안을 완성한다. 최종 승인을 위해 5개 그룹의 검토회의를 구성해 심의를 거쳐 계획안의 승인을 신청한다.