총비용 회수(full cost recovery)가 기본원칙이라 하더라도 이를 현실에서 완벽하게 적용하는 데에는 어려움이 있다. 우선 총비용(full cost)의 개념은 정해졌더라도, 그 구체적인 범위 설정에는 입장 차이가 있을 수 있다. 예를 들어, 빗물(storm water) 처리 및 홍수통제 비용도 포함시켜야 하는지, 더 이상 사용되지 않는 잔존 재산 관련 자본비용도 회수해야 하는지, 공통경비를 서로 다른 기능과 사용자들에게 어떻게 할당해야 하는지 등이다. 또한, 물의 자원비용과 환경비용을 포함시킨다 하더라도 이들은 특정지역 여건과 외부환경에 따라 다르게 되므로 계산하기가 쉽지 않다. OECD에서는 다양한 가격제도를 이용함으로써 정책목표인 환경적, 경제적, 재정적, 사회적 배려 등에 복잡한 영향을 끼치고 있다는 것을 인정한다.
총비용 회수는 구체적 범위 설정과 외부 환경 등에 따른 영향 등으로 인하여 현실에서 완벽하게 적용하는 데 어려움이 있다.