첫째, 연구개발비 회계검사는 정상적으로 과제협약 기간이 종료되었고, 또 정해진 기간 내에 연구개발비 사용실적보고서가 제출된 ‘일반과제’와 비정상적으로 과제협약 기간이 조기에 종료되는 과제, 최종평가 등급이 열등하여 그 제재조치의 일환으로 정밀회계 검증(주로 현장 회계검사)을 하게 되는 과제, 행정청의 필요에 의해 현장 회계검사를 하게 되는 과제 등 ‘특별과제’에 대한 회계검사로 나누어진다. 그리고 회계검사는 서류회계검사와 현장회계검사로 나눌 수 있고 그 절차는 회계검사의 사전통지 ─ 회계검사의 실시 ─ 회계검사 결과의 통보로 나눌 수 있다.
연구개발비 회계검사 과제는 정상 절차를 밟은 일반과제와 그렇지 않은 경우에 정밀회계 검증 또는 서면이 아닌 현장회계검사를 하게 되는 특별과제로 나뉜다.