증거로 사용될 것인지 여부는 수사와 재판을 통해 최종적으로 결정되는 것이어서 압수수색 당시에는 증거로 사용될 것인지 여부를 판단하기 어렵다는 난점이 있다. 즉, 압수수색 당시에는 일응 증거로 보였던 것이 알고 보니 아무런 증거가 아닌 것으로 판명된 경우도 있을 수 있고, 압수수색 당시에는 아무런 증거로 보이지 않았던 것이 알고 보니 중요한 증거로 판명된 경우도 있을 수 있다. 다시 말해 압수수색 당시에는 해당 사건과 관련성이 있다고 판단하였는데 추후에 관련성이 없는 것으로 밝혀진 경우, 압수수색 당시에는 아무런 관련이 없는 것으로 무심코 압수한 것이 추후에 해당사건과 관련성이 있는 것으로 밝혀진 경우도 있을 수 있는 것이다.
압수수색 단계에서는 수색하는 증거가 추후 증거로 활용될지 아닐지 알수 없다. 그것은 수사와 재판 단계에서 결정된다.