PBS제도 도입 이후 안정적인 연구 환경 조성은 정부출연연구기관의 중요한 정책적 과제로서 논의되고 있다. 이에 따라 정부는 󰡔출연(연) 예산제도 개선안󰡕을 수립하여 PBS 제도 도입 이후 경쟁예산 비중의 지나친 증대로 인한 수탁과제 중심의 경쟁체제, 기관고유업무 수행 저해 등의 어려움에 대응하기 위하여 출연금 사업비비중 및 안정적 인건비 수준을 70%까지 확대하는 방안을 수립하여 추진해왔다(국가과학기술위원회, 2011). 그 결과 1996년 PBS 도입 이후 계속해서 감소 추세였던 출연금 사업비 비중은 출연(연)의 안정적 연구 환경 조성에 대한 논의가 국정과제로 부상하면서 2008년 전후로 다시 점차적으로 증대되어 2012년에는 PBS 도입 시점수준까지 증대되었다.
PBS 제도 도입 이후 인구 환경 조성이 중요한 정책적 과제로 논의됨에 따라 정부는 사업비비중 및 안정적 인건비 수준을 70%까지 확대하는 방안을 추진해온 결과 출연금 사업비 비중이 점차 증대하였다.