교과교실제는 다음과 같은 장점으로 인해 일본에서도 빠른 시기에 도입되었다. 먼저 교사의 교과경영의식을 높여 지도력을 향상하고, 학생이 주체적인 학습을 하도록 하여 자주성과 자기관리능력을 기른다. 또한, 특색 있는 학습환경과 학습성과의 게시 등과 같은 학습환경의 정비를 통해 수업에 대한 집중도와 학습의욕을 높이고, 학생의 생활거점과 학습거점이 구분되어 있어 학습시간과 쉬는 시간의 의식이 전환된다는 이점이 있다. 교실 간 이동을 통한 기분전환과 유동적인 인간관계 형성이 가능하여 폭넓은 교류를 할 수 있다는 점에서, 교사와의 거리감도 학생이 자유롭게 조절 가능하다는 점도 학생지도에 있어 유리한 면이 있다.
교과교실제는 교사의 교과경영의식 향상, 학생의 학습 자주성을 기르는 것, 환경 정비로 학생 집중력과 의욕 향상, 생활·학습거점 구분에 대한 이점으로 일본에도 빠르게 도입됐다.