개별적 영향평가 방식이 야기할 수 있는 가장 큰 문제점으로는 행정의 비능률성 및 정책형성과 입법과정에 있어서의 지연 우려를 들 수 있다. 또한 세분화된 영향평가는 정책형성을 담당하는 공무원의 직무 부담을 가중할 수 있으며, 결국 정확한 영향평가 보다는 형식화된 절차가 될 가능성도 존재한다. 그리고 개별 영향평가에 대한 전문적 판단능력을 행정조직 스스로 모두 갖출 수 없기 때문에 정교한 영향평가를 위해서는 제3기관의 개입이 필수적이다. 그러나 하나의 정책에 대한 여러 개의 제3기관들의 개입은 충돌하거나 모순적인 영향평가의 결과를 도출할 가능성이 있으며, 이 경우 정책 형성에 있어서 오히려 혼란이 초래될 수도 있다.
개별적 영향평가 방식은 행정의 비능률성과 정책형성, 입법과정의 지연이 우려되며 공무원의 업무 가중으로 형식화된 절차로 그칠 수 있고 정교한 평가를 위한 제3기관의 개입도 필수적이다.