사무국은 기획연구부와 행정지원부 등 2부로 구성하였다. 기획연구부는 통일준비 기본방향 및 전략 수립 지원, 위원회 전체회의 운영, 기획운영단 회의 및 분과위원 장 회의 운영, 분과위원회(사회문화분과, 정치ㆍ법제도분과) 회의 운영, 분야별 정책과 제 발굴 및 연구, 위원회 전체 워크숍 등 행사 운영, 정부ㆍ국회ㆍ시민단체 등 대외기관 협조, 위원회 예산ㆍ회계 관리 및 물품 관리 등을 담당하였다. 행정지원부는 분과위원 회(외교안보분과, 경제분과) 회의 운영, 분야별 정책과제 발굴 및 연구, 국내외 통일공 감대 확산 지원, 대국민 소통 및 온ㆍ오프라인 홍보, 여론수렴 기구(언론자문단, 교육 자문단) 운영, 조직ㆍ인사ㆍ전산ㆍ서무 업무 등을 수행하였다.
사무국은 기획연구부와 행정지원부로 나뉟다. 전자는 대외기관 협조, 위원회 예산 회계 관리와 물품 관리를 담당하고 후자는 분야별 정책과제 연구, 운영, 조직, 인사, 전산 등의 업무를 맡는다.