셋째, 구체적으로는 대학과 기업 간 목표 미스매치로 기업과 대학․연구기관 간 이해관계 불일치라 할 수 있다. 기업은 절실하게 필요한 연구개발 및 실질적 역량강화를 목적으로 하고 있는 데 반해 대학은 현장교육, 취업기회제공, 학문 연구, 사회봉사 등을 위한 산학협력을 추진하고 있어 이러한 차이에서 오는 연계가 부족하다는 점이다(박문수, 2013). 특히 기존의 산학협력이 대기업 중심으로 이루어지고 있어 산학연계 정책이 강조하는 중소기업과의 연계가 부족하여 중소기업의 요구를 대학의 교육과정에 반영하기 어렵다고 할 수 있다(박문수․김해도․박태식, 2013).
기업은 연구개발과 역량강화를 요구하지만 대학은 현장교육과 학문연구 등의 산학협력을 추진한다. 또한 산학협력이 대기업 중심이라 중소기업의 요구가 반영되지 않는다.