세 번째 원인은 국가 내부의 안보와 관련되어 있다. 사실 국가 내부 안보화는 난민 문제의 안보화가 이루어지게 된 가장 중요한 원인이라고 할 수 있다. 난민들이 수용국에 있는 무장단체의 활동에 직접적으로 가담하거나 간접적인 지원을 하는 것으로 수용국의 안보와 안정을 위협하는 경우도 있다. 그리고 난민이 대량 유입되는 경우 난민 수용국에서 추가적으로 난민이 발생할 수 있는 가능성이 크게 증가될 수 있다는 사실은 널리 알려져 있다. 또한 난민의 대량 유입과 함께 반군과 용병, 무기 심지어 그들의 이데올로기 등까지도 수용국으로 유입될 가능성이 높기 때문에 각국 정부는 난민의 유입을 안보 관점에서 통제하려고 한다.
수용국 안보화의 가장 중요한 원인이 국가 내부 안보와 관련있다. 난민 수용으로 인해 수용국의 안보를 위협하거나 추가적으로 난민이 발생할 가능성이 있어 안보 관점에서 통제하려고 한다.