코넥스시장은 투자자의 거래편의 제고 및 매매제도의 안정적 운영을 위하여 매매시간 ,휴장 ,정지, 매매방법, 공매도제한,청산․결제 및 위탁증거금 ,경쟁매매 방식 등 주 시장인 유가증권시장,코스닥시장과 동일하게 운영된다.그러나 전문 투자자 시장이며 거래가 활발하지 않고 공모, 사모, 직상장 등 다양한 상장유형이 존재한다는 코넥스시장의 특성을 감안하여 단일가 매매 원칙, 경매매제도, 유성공급자(LP)의무화 등을 채택하였다.하지만 코넥스시장은 상장기업의 성장성에 기초하여 장기투자에 보다 적합하다는 전망과 더불어 시장 개설 초 상장종목 수가 많지 않고 차익거래가 발생하지 않기 때문에 호가 종류의 단순화, 프로그램 매매제도 미도입 등 매매제도를 보다 단순하게 운용할 필요가 있다는 의견이 대두되고 있다.
코넥스시장은 유가증권시장, 코스닥시장과 동일하게 운영되지만 특성을 감안해 단일가 매매 원칙과 경매매제도, 유성공급자의무화 등을 채택했다. 하지만 매매제도를 단순히 운용할 필요가 있다는 의견이 대두된다.