그동안 실제 운영상 드러난 한계는 자치단체에 따라 인센티브(보통교부세 배분 증가)와 페널티(보통교부세 배분 감소) 항목이 뒤섞이게 되어 이들이 상쇄됨으로써 결과적으로 최종적인 자체노력 반영규모는 대체로 작아서 자치단체 입장에서는 인센티브로 거의 인식하지 못한다는 비판과 함께 한계치에 도달한 지표를 사용함으로써 자치단체가 추가적으로 노력하여 개선할 여지가 별로 없다는 점, 또 격년제나 몇 년만에 한 번 벌어지는 행사ㆍ축제의 경우 행사가 있는 연도에는 지표값이 악회 되었다가 그렇지 않은 해는 개선되는 등 일관성이 결여되는 문제 등에 대한 비판이 있어 왔다. 따라서 자치단체들이 스스로 세출을 절감하고, 세입을 확충하도록 유도할 수 있는 실효성 있는 인센티브로서의 기능을 제대로 할 수 있도록 제도 개선이 요구된다.
자치단체에 드러난 운영상 한계는 자치단체가 인센티브를 의식하지 못한다. 스스로 실효성 있는 인센티브 기능을 할 수 있도록 제도를 개선하고 노력해야 한다.