상계관세 제도에 대해서는 GATT 1947 XVI조와 “보조금 및 상계조치에 관한 협정(이하, 보조금협정)”에서 구체적인 규칙을 정하고 있다. 보조금협정은 WTO체제의 전신인 1947년 관세 및 무역에 관한 일반 협정(GATT 1947; General Agreement on Tariffs and Trade 1947)의 VI조와 XVI조에 근거하여 작성되었다. 그러나 이들 조항에는 보조금의 정의 등 구체적 내용이 결여되어 있어 특정 정부조치가 불법 보조금 교부에 해당하는지 혹은 정부의 정당한 경제개발정책의 일환으로 인정되어야 하는지에 대한 신뢰할 만한 지침을 제공하지 못하였고, 회원국 간 분쟁이 지속적으로 야기됐다. 이에 따라 우루과이라운드 협상에서는 보조금협정을 채택하기 위한 교섭이 본격적으로 진행되었고, 그 결과 WTO 부속협정의 하나로 보조금협정이 채택 되었다.
상계관세 제도는 GATT 1947 XVI조와 보조금협정에서 구체적으로 규정하고 있다. 보조금협정은 GATT에 근거하여 작성되었으나 구체적 내용이 빠져 있어 우루과이라운드 협상에서 WTO 부속협정으로 보조금협정이 채택 되었다.