교원 확보와 함께 중요한 것은 교육과정과 지도방법으로, 교과교실제를 효과적으로 운용하기 위한 학기제, 교과, 수업시간, 학습방법 등에 관한 연구의 축적과 공유가 필요하다. 아울러 교과교실제의 운영비용도 고려해야 하는데, 예를 들어 일본의 ‘단위제고등학교’는 과목 수가 많고 그에 따라 동시에 진행하는 수업이 많으므로 학년제 고등학교보다 교원과 교실이 많이 필요하여 설치와 운영에 소요되는 비용이 많다. 출산율 저하로 인해 학생 수가 감소하고 있는 상황에서 단위제 고등학교를 운영할 수 있는 곳은 이러한 비용을 감당할 수 있는 지자체로 한정되고 있다는 실정을 고려한다면, 보다 다양한 교과교실제의 장기적 운영을 위해서는 효율적 운영방안도 모색해야 할 것이다.
교원 확보 교육과정과 지도방법은 중요하다. 다양한 교과교실제를 운영하려면 학기제, 교과, 수업, 학습법 연구를 공유하고 교과교실제 운영 비용도 고려해야 한다.