현재 조세특례 감면세액에 대한 사후관리는 행정부(국세는 국세청, 지방세는 행정자치부) 주관하에 국세의 경우 지방국세청 및 일선 세무관서, 지방세의 경우 지방자치단체에서 연 1회 정도 실시되며, 그 외 일선 세무관서와 지방자치단체에서 실시되는 자체 세무조사를 통해 실시되고 있다. 행정부의 정기 사후관리는 국세의 경우 ‘전산사후관리(국세청 전산시스템을 통한 대상 선정)’와 ‘수동사후관리(혐의대상 수동선정)’ 방법에 따라 선정된 사후관리 대상을 지방국세청과 일선 세무관서에 시달하여 사후관리를 실시하는 형태로 진행된다. 지방세는 매년 행정자치부에서 중점 세무조사 과제 등을 선정해 지방자치단체에 통보하면 지방자치단체 주관하에 사후관리가 실시되는 구조이다.
현재 조세특례 감면세액 정기 사후관리는 국세는 전산 및 수동사후관리 방법으로 선정된 대상을 지방국세청과 일선 세무관서에서 관리하고, 지방세는 행정자치부 선정 후 지방자치단체 주관하에 실시된다.