기능주의 통합이론은 양차대전 전후에 등장하여 국제연합 출범의 이론적 근거가 되었다. 기능주의는 국가는 이기적 동기로만 작동하는 것이 아니라 국가 간에는 공통의 이익이 존재한다는 것을 강조한다. 국가는 공통적 이익을 추구하기 위해 기능적으로 결합할 수 있으며 궁극적으로 국가자체의 소멸을 통한 세계평화까지 가능하다는 것이다. 이러한 목적을 달성하기 위해 기능적 협력을 수행할 수 있는 국제기구가 요구된다. 국제기구는 군사적 또는 정치적으로 문제를 해결하기 보다는 실천적이고 기술적인 해결책을 제시한다. 기능적 문제를 다루는 동안 국제 공동체의 행위자는 비정치적 맥락에서 성공적으로 협력할 수 있는 기회를 얻게 된다. 이러한 과정이 진척되면 기능적 국제기구가증산, 확장, 심화되는 “자율적 발전”이라는 단계에 도달할 수 있다.
기능주의 통합이론은 국가 간 공동이익이 존재하고 이를 얻기 위해 국제기구가 요구된다고 한다. 국제기구는 실천적, 기술적인 해결책을 제안하고 이런 과정들이 발전되면 “자율적 발전” 단계에 도달 가능하다.