한편, 1997년 7월 16일 헌법재판소는 ‘동성동본 금혼조항에 대한 위헌법률심판제청’ 결정에서 “동성동본 금혼은 혼인에 있어 양성평등과 개인의 존엄을 규정한 헌법정신에 배치된다”는 이유로 헌법불합치 결정을 내리고, 제809조제1항을 1998년 12월 31일까지 입법자가 개정하지 아니할 경우 1999년 1월 1일부터 그 효력이 상실된다고 하면서, 입법자가 개정할 때까지 법원 기타 국가기관 및 지방자치단체는 위헌법률조항의 적용을 중지하여야 한다고 판시하였다. 하지만 후속입법이 정해진 기한인 1998년 12월 31일까지 이루어지지 않음으로써 동성동본금혼 규정은 그 법적 근거를 상실하였다. 다만, 1997년에 이루어진 개정에서는 국적취득에 있어서의 부모양계혈통주의를 반영하는 내용의 개정이 이루어졌다. 출생 당시에 부가 대한민국의 국민인 경우에 그 자녀에게 대한민국 국적을 부여하는 부계혈통주의를 채택하여 왔던 종전과 달리 부 또는 모 어느 한쪽이 대한민국 국민이면 그 자녀에게 대한민국 국적을 부여하는 부모양계혈통주의(법 제2조제1항제1호)로 국적법 개정(1997. 12. 13.)됨에 따라, 외국인 부와 한국인모 사이에 출생한 자녀는 모의 성과 본을 따를 수 있고 모의 호적에 입적하도록 민법의 내용을 일부 정비하였다(민법 제781조제1항).
헌법재판소는 ‘동성동본 금혼조항에 대한 위헌법률심판제청’ 의 결과 헌법 불합치를 결단하고, 제809조제1항을 개정 전까지 적용 중단을 판시했다. 그러나 동성동본금혼 규정은 근거를 잃었다. 다만, 국적취득에 한하여 부모양게혈통주의에 대한 개정은 이루어졌다. 