배출권의 할당은 유상 또는 무상으로 하되, 무상으로 할당하는 배출권의 비율은 국내 산업의 국제경쟁력에 미치는 영향,국제적 동향, 국민경제에 미치는 영향 및 직전 계획기간에 대한 평가 등을 고려하여 정한다(거래법 제12조 제3항). 1차 계획기간에는 할당대상업체별로 할당되는 배출권의 전부를, 2차 계획기간에는 100분의97을 무상으로 할당한다. 3차 계획기간 이후의 무상할당비율은 100분의 90 이내의 범위에서 이전 계획기간의 평가 및 관련 국제 동향 등을 고려하여 할당계획에서 정한다(같은 법 시행령 제13조 제1항, 제2항,제3항). 환경부장관은 관계 중앙행정기관의 장과의 협의와 할당결정심의위원회의심의 조정을 거쳐 할당대상업체별 할당량을 결정한다(거래법 시행령 제16조 제7항).
배출권은 유무상으로 할당하되, 무상의 경우 여러 조건들을 고려해 배출권의 비율을 정한다. 1~3차에 걸쳐 할당되는 배출권의 비율을 1에서 9/10까지 줄여가며 환경부장관이 조정을 거쳐 할당량을 정한다.