공인인증서에 대해 많은 논란이 있다. 공인인증서 논란의 핵심은 전자 금융거래에 공인인증서 사용을 의무화한 ‘공인인증서 의무화 정책’이다. 전자 상거래는 신속하고 편리하며 거래비용을 감소 시킨다는 장점이 있다. 반면, 비대면 거래라는 특징으로 인해 전자 상거래에서 안전성과 신뢰성 확보 문제가 중요하게 대두되었다. 한국 정부는 이 문제 해결을 위해 전자 상거래 당사자의 신원을 확인하고 전자 문서의 위⋅변조 및 부인을 방지하는 것을 목적으로, 공인 인증 기관이 발급하는 인증서에 기초한 전자 서명에 대해 ‘공인 전자 서명’의 지위를 부여하고 그 법적 효력을 인정하였다. 정부가 공인인증서 의무화 정책을 도입한 것은 전자 상거래의 안정성과 신뢰성을 높이기 위함이었지만 공인인증서 의무화 정책에 대해 많은 비판이 있었다.
전자 상거래는 신속하고 편리하지만, 비대면 거래라는 특징으로 안전성과 신뢰성 확보가 중요하다. 한국 정부는 이를 확보하기 위해 공인인증서 의무화 정책을 도입했지만, 이 정책에 대해서는 많은 비판과 논란이 생겼다.