또한 성과계획서와 성과관리시행계획서상의 전략목표 하위 단위인 프로그램목표와 성과목표를 비교하면, 일부 프로그램 목표가 성과목표 단위에서 보다 세분화되어 있음을 알 수 있다. 또한 성과목표에는 있으나 프로그램 목표에는 제시되지 않은 경우도 존재하는데, <표 4-4>에서 제시되는 바와 같이, 환경피해구제 강화 및 환경오염시설 허가제도, 전주기적 화학안정망 확립 등 생활환경 및 환경보건 등과 관련한 사업목표가 세분화되어 나타나고 있다. 반면, 물환경 부문에 대한 전략목표의 세부목표는 거의 유사한 의미를 지니고 있으나, 성과계획서 상에는 해당 부문의 전략목표가 2개로 세분화되어 있다.
프로그램 목표와 성과목표를 보면, 프로그램 목표를 성과목표가 세분화해야 하나, 반대로 프로그램 목표 단위에서 세분화가 이루어져 있어 각 목표 단계의 구성이 적절치 못하다.