87년 6월 항쟁 이후 남한의 민주화가 본격화되고, 92년 문민정부의 출범과 함께 군부정치의 청산이 현실화 되자, 비로소 이제 북한의 인권 문제에도 눈을 돌려야 할 시기가 왔다는 공감대가 인권운동가들 사이에 형성되었다. 이 당시 출범한 대표적인 북한 인권 NGO로 북한인권시민연합을 꼽을 수 있다. 1996년 5월 창립된 이 단체는 국내엠네스티 멤버들을 주축으로 각계 명망가들과 탈북자등 총 95명이 창립회원으로 참여하였다. 북한인권운동의 국제 네트워크 구축을 목표로 시작한 이들은 창립 직후 일본의 “북조선 귀국자의 생명과 인권을 지키는 회”와 교류를 시작한 것을 필두로 지금까지 매우 활발한 활동을 벌이고 있다. 북한인권시민연합은 국내정치불개입 원칙을 천명하는 등 정치적 중립성을 확보하려는 노력을 기울이고 있어 보수적 북한 인권 NGO 중에서는 비교적 온건하고 중도에 가까운 단체로 평가받고 있다.
북한의 인권 문제에 대한 관심이 몰린 90년대에 출범한 북한 인권 NGO, 북한인권시민연합은 국제 네트워크 구축을 목표로 지금까지 활발하게 활동 중이며, 다른 NGO에 비해 비교적 온건하고 중도에 가깝다고 평가받는다.