둘째 내용 조직 측면에서 볼 때, 미래 학교교육은 미래 공학적 패러다임에 따라 학습자가 학습을 이끌어 가는 주체가 될 것이므로 미래 교과서의 내용 조직은 학습자의 구성적인 학습 과정을 실효성 있게 지원할 수 있는 학습자 중심의 내용 조직을 갖추어야 한다. 이를 위해 미래 교과서는 문제 해결 및 주제 중심 프로젝트 체제, 활동 및 공유와 네트워킹이 가능한 체제, 학습자 수준에 따른 단계형 맞춤 체제, 학습 내용 및 학습자 조건 및 상황에 따라 자기 주도적 학습 유형이나 협력 학습 유형을 효율적으로 지향하는 체제 등과 같은 내용 조직 방식을 교과별, 학교급별, 학습 상황별로 구체적으로 연구 개발하여 현장에 적용할 필요가 있다.
미래 학교교육은 학습자가 학습의 주체이기 때문에 그에 맞는 내용 조직이 필요하다. 그러므로 교과별, 학교급별, 학습 상황별로 내용 조직 방식을 개발해 현장에 적용해야 한다.