이 시범사업에 민원이 잇따라 제기됐다. 순천의 경우에는 양돈 농가 한 곳밖에 없는 데 가축분뇨처리시설을 강행한다며 반대하는 사업지역 주민들의 주장을 받아들인 시의회가 관련 지방비 예산을 수차례 승인하지 않았다(노컷뉴스, 2013.7.3). 완주군의 경우에도 지역주민의 반발이 계속되고 있다. 해당 사업부지 인근 마을 주민들은 사전에 주민 동의를 구하지 않았고, 축분을 처리하는 시설인지도 몰랐다고 반대하며 사업부지를 옮겨달라고 요청해왔다(전북일보, 2014.8.5). 그럼에도 농림수산식품부가 개별 부처 차원에서 실시하고 있는 가축분뇨 바이오에너지화사업은 현재 본사업으로 계속 추진되고 있다.
농림수산식품부가 개별 부처 차원에서 실시하고 있는 가축분뇨 바이오에너지화사업은 잇단 시범사업 지역 주민의 민원과 반발에도 불구하고 본사업으로 계속 추진되고 있다.