고쇼노학원 중학교는 학생이동의 혼잡함이라는 교과교실제의 단점을 극복하기 위해 여러 가지로 노력하고 있다. 예를 들어 65분 수업을 하고 15분 쉬는 시간을 보내는데, 이렇게 하면 50분 수업을 6개 할 때에 비해 학생의 교실 이동 횟수가 줄어들게 되고,쉬는 시간을 15분으로 늘려 여유 있게 이동할 수 있도록 함으로써 이동 시 혼잡함을 줄이고 있다. 또한 교과교실을 배치할 때 학생의 동선을 고려하여 중앙광장(학년공간과종합학습 거점으로 사용)을 둘러싸게끔 함으로써 어느 한 교과교실이 극단적으로 멀어지는 것을 방지하고 있다. 중앙의 복도는 천정이 3층까지 뚫린 구조로 밝고 개방감이 있어 이동 시 혼잡으로 인한 불쾌감을 줄여주고 있으며, 학생끼리나 교원이 위치를 확인하기 쉬워 교류와 지도에 도움이 되고 있다.
고쇼노학원 중학교는 교과 교실제의 단점을 극복하기 위해 여러가지 노력을 하고 있다. 교실 이동 횟수의 혼잡함을 줄이기 위한 수업시간 조정, 학생의 동선을 고려한 교과교실 배치 등의 노력을 예시로 들 수 있다.