인터넷 전문은행의 소유·지배구조 또한 다각적인 측면에서 검토할 수 있다. 은행 또는 금융회사의 자회사 형태로 일반은행의 소유규제를 적용할 시 예대업무 허용 등 규제의 일관성을 유지할 수 있고 적정진입을 통한 안정적 성장이 가능하나 상품 개발상 제약이 따르고 경쟁촉진을 둔화시킬 수 있다. 반면, ICT(Information and Communications Technologies)기업 등 산업자본의 지분한도 상향을 통한 차별적 소유규제로 완화할 시 비금융회사의 참여로 경쟁 촉진을 기대할 수 있고 온라인 플랫폼을 기반으로 두터운 소비자층을 확보하고 있기 때문에 인터넷 은행업과 관련하여 보다 빠른 사회적 인식이 정착될 수 있어 안정적인 진입이 가능할 수 있다. 그러나 현재 인터넷전문은행 운영에 유리한 ICT기업들이 강력한 온라인 플랫폼 바탕에 지급결제시장을 필두로 일부 은행 서비스를 제공하는 상황에서 규제의 완화는 시장안정성 약화 등 금융업 전체의 업무 범위에 큰 파장을 일으킬 수 있어 은산분리 규제완화는 신중한 접근이 필요할 것이다.
인터넷 전문은행에 일반은행 소유규제를 적용하면 규제 일관성을 유지할 수 있지만, 상품 개발에 제약이 따른다. 반면 차별적 소유규제로 완화하면 경쟁 촉진과 안정적 진입이 가능하지만, ICT기업들이 일부 은행 서비스를 제공하는 현 상황에서 규제완화는 신중할 필요가 있다.