제주해군기지 건설과 관련해서는 제주해군기지 건설에 관한 기본 입장, 절차적 정당성, 입지선정의 타당성, 신뢰성, 정보공개 여부 등에서 갈등의 쟁점들이 나타나고 있다. 주요 쟁점별 입장을 정리하면 [표 31]과 같다. 해군기지 건설 반대 측에서는 기지 건설이 제주특별자치도의 평화의 섬 이미지를 해치고 강정마을의 생태환경을 해칠 수 있다고 주장한다. 또한 행정절차상의 문제와 문화재 보호, 생태환경 보호 등을 이유로 반대하고 있다. 찬성 측에서는 국가안보상 필요와 지역개발의 필요성을 주장하고, 행정절차상 필요한 요건을 충족했다고 주장한다.
제주해군기지 건설 관련 반대 측에서는 제주의 이미지 및 생태환경 파괴 등의 문제를, 찬성 측에서는 지역개발의 필요성 등을 주장한다.