이처럼 지방재정이 어려운 반면, 지방교육재정은 저출산으로 인하여 학생수가 계속 감소함에도 불구하고 내국세에 연동되어 있는 지방교육재정교부금, 지방세에 연동되어 있는 지방교육세를 비롯한 법정전출금 등의 세수구조로 인하여 지속적으로 증가하고 있다. 또한, 시도는 지방교육세, 담배소비세(특별시와 광역시만 해당), 시도세 일정비율 등을 포함한 재정부담이 매우 큰데, 서울특별시의 경우, 2013년 결산 기준으로 지방교육청에 전출한 예산규모가 무려 2조 4,433억원에 달하고, 가장 적은 제주도만 해도 1,301억원에 달하는 것으로 나타났다. 지방의 일반재정과 교육재정이 분리운영되다 보니, 일반재정이 복지수요 폭발로 인하여 어려운 반면, 교육재정은 수요 감소에도 불구하고 지속적인 증가를 보임으로써 지역에서 예산의 배분적 효율성 달성이 어려운 구조로 되어 있다.
지방의 일반재정의 어려움과 달리 교육재정은 내국세와 연동된 세수구조로 인해 지속적인 증가를 보이고 있다. 이러한 재정의 분리운영은 지역 예산의 효율적인 배분에 부정적인 영향을 미치고 있다. 