온라인수업 전담지원기관 지정은 관련 교육연구기관 간 이해관계가 있을 수 있으므로 민감한 사안이 될 수 있다. 우선 국가적인 교육정보화를 담당하고 있는 한국교육학술정보원을 고려할 수 있다. 스마트교육 추진 전략의 실행과제로 온라인수업이 시작될 당시 전담지원기관은 한국교육학술정보원이었다고 할 수 있다. 사이버가정학습을 통해서 중학교 온라인수업을 지원하고 방송고의 교과 콘텐츠를 제공 받아 사이버가정학습에 탑재하여 고등학교 온라인수업을 지원할 계획이었으나, 사이버가정학습이 각 시 도교육청별 운영으로 분산된 점과 방송고 교과 콘텐츠를 제공 받을 경우 저작권에 대한 판단 등을 이유로 고등학교 온라인수업은 한국교육학술정보원이 한국교육개발원에 재 위탁하는 형태로 운영되었고, 그 후 교육부로부터 특별교부금 국가시책사업으로써 온라인수업을 직접 위탁 받는 상황으로 진행되었다. 또한 방송중 개교를 위해 2012년부터 개발 중인 중학교 교과 콘텐츠가 2014년 모두 개발되게 되는 시점에서 고등학교는 물론 중학교 온라인수업 운영 지원에 대한 한국교육개발원의 역할 요구가 더해지고 있는 상황이다.
온라인수업 전담지원기관은 국가적인 교육정보화를 담당하고 있는 한국교육학술정보원을 고려할 수 있다. 한국교육학술정보원은 고등학교 온라인수업을 위탁 받아 진행하였고, 중학교 온라인수업 운영에 대한 역할 요구가 커지는 상황이기 때문이다.