내각부의 종합조정기능을 다양한 기관과 특별직과 내부부국 등에 의해 이루어지고 있다. 특별직으로 내각관방장관 및 부장관, 특명담당대신, 부대신 등이 조정에 나선다. 내각관방장관과 부장관은 내각법에서 직무를 규정하고 있다. 특명담당대신은 내각의 중요정책을 관련부처가 시행하는데 통일성을 확보하기 위해 필요한 종합조정을 담당하는 국무대신이다(내각부설치법제9조). 특명담당대신은 행정기관의 장에게 필요한 자료의 제출과 설명 요구권, 권고와 그에 대한 보고요구권, 총리에게 보고권 등을 가진다. 현재 특명담당대신은 금융, 경제재정정책, 주민번호제도, 원자력방재, 지방창생･규제개혁, 쿨재패전략･지적재산전략･과학기술정책･우주정책, 원자력손해배상･원자로지원기구, 소비자･식품안전･방재･해양정책, 저출산대책･남녀공동참여 등 9명이다. 이들 중에는 행정부처의 장을 겸임하는 경우도 있다. 특명담당대신은 부대신과 대신정무관, 대신보좌관 등이 지원한다.
내각부의 특별직에는 내각관방장관 및 부장관, 특명담당대신, 부대신 등이 조정에 나서고 있다. 특명담당대신은 내각 관련부처에 필요한 종합조정을 담당하는 국무대신으로 현재 9명으로 구성되어 행정기관의 장이 필요한 자료 제출과 설명 요구권 등을 행한다.