한편 특허출원에 대한 심사 단계에서 거절결정을 하려면 그에 앞서 출원인에게 거절이유를 통지하여 의견서 제출의 기회를 주어야 하고, 거절결정불복심판청구 기각 심결의 취소소송절차에서도 특허청장은 심사 또는 심판 단계에서 의견서 제출의 기회를 부여한 바 없는 새로운 거절이유를 주장할 수 없다고 보아야 한다. 다만 거절결정불복심판청구 기각 심결의 취소소송절차에서 특허청장이 비로소 주장하는 사유라고 하더라도 심사 또는 심판 단계에서 의견서 제출의 기회를 부여한 거절이유와 주요한 취지가 부합하여 이미 통지된 거절이유를 보충하는 데 지나지 아니하는 것이면 이를 심결의 당부를 판단하는 근거로 할 수 있다. 특히 이미 통지된 거절이유가 비교대상발명에 의하여 출원발명의 진보성이 부정된다는 취지인 경우에, 위 비교대상발명을 보충하여 특허출원 당시 그 기술분야에 널리 알려진 주지관용기술의 존재를 증명하기 위한 자료는 새로운 공지기술에 관한 것에 해당하지 아니하므로, 심결취소소송의 법원이 이를 진보성을 부정하는 판단의 근거로 채택하였다고 하더라도 이미 통지된 거절이유와 주요한 취지가 부합하는 경우에는 심결의 당부를 판단하는 근거로 삼을 수 있다(대법원 2013. 9. 26. 선고 2013후1054 판결 등 참조).
특허청장이 특허출원 심사단계에서의 거절결정을 하려면, 우선적으로 출원인에게 거절이유를 통지해서 의견서를 제출할 기회를 주고, 거절결정불복심판청구 기각 심결의 취소소송절차상 기존 심사 또는 심판 단계에서 통지된 거절이유를 보충하는 경우에 심결의 합당성 여부를 판단하는 근거가 되어 새로이 거절할 수 없다고 간주한다.