둘째, 남북한 이중체제기(통일 이후 2~5년)의 주거급여 적용 목표는 ‘남북한 주거급 여 분리 집행의 안정화’이다. 남북한 이중체제기의 주거정책 적용방식은, 우선 긴급구호기에 집행되었던 주거급여 를 지속적으로 지급하되, 주거급여 전용계좌를 활용하여 집행하고, 북한 최저생계비 재 계측을 통해 주거급여의 소득기준을 재선정한다. 또한 북한 거주 북한주민이 통일 당시 거주지에 통일 시점 이후 2년간의 점유가 확인될 경우 주택소유권을 보장하도록 한다. 이외에도 이 시기에는 주거급여 대상자 규모 축소를 위한 주거환경 정비사업 및 공공임 대주택 건설, 장애인 고령자 등 주거약자용 주택 마련이 이루어져야 한다. 한편 북한 지역 주거급여법의 재원은 북한 지역 주택도시기금의 조성을 통해 마련하도록 한다.  위의 적용방식을 이행하기 위해서는 주거급여 제도관리를 전자화하고 주거급여입금 계좌를 마련해야 한다. 또한 분기별 최저생계비를 재계측하고 주거급여 소득기준선을 조정한다. 여기서 법적 근거가 되는 것은  주거기본법 (가칭)으로 최저주거기준 마련, 주거실태조사 시행, 주거복지센터 건립, 주거복지정보체계 수립, 주거복지 전문인력 양성 관련 규정을 포함한다. 이와 함께 북한 전체 주거지에 대한 주택 등기부등본을 구축 하고  주택임대차보호법 (가칭)을 제정함으로써 주택매매 및 임대를 감독한다. 더불어 주거기본법 상의 1차 주거종합계획 수립(5년)을 통해 주거환경을 정비하고, 노후주택 및 농촌지역 주택을 개량하며,  공공주택특별법 (가칭)을 제정함으로써 공공임대주택을 확충하도록 한다. 공공주택 및 민간주택 건설시 주거약자용 주택비율 규정이 마련되는 것도 중요하다. 마지막으로 북한  주택도시기금법 (가칭) 제정을 통해 주택도시기금을 설치하고 주택도시보증공사 설립 또한 이루어져야 한다.
남북한 이중체제기의 주거급여 적용 목표는 분리집행의 안정화이다. 적용 방식은 주거급여를 전용계좌로 지급하되 급여 소득기준을 재선정하며 규정에 따라 주택소유권을 보장하도록 한다. 또한 주거환경 정비사업 및 공공임대 건설, 주거약자용 주택 마련과 북한 지역 주택도시기금 조성을 통해 주거급여 재원을 확보해야 한다. 주거 관련 규정이 포함된 주거기본법을 제정을 통해 주거종합계획, 주택 등기부등본 구축, 임대차보호법 제정, 주택도시보증공사 설립도 진행되어야야 한다.