남북한 관계의 최대 문제는 합의와 협상이 가능하지 않았던 것이 아니라 합의를 하더라도 이행이 제대로 되지 못했다는 점이다. 1994년의 제네바 합의는 8년간 이행되었지만, 2002년 가을 북한의 고농축 우라늄(HEU) 프로그램 논란으로 중단되었고, 2005년의 9·19 공동성명은 합의 바로 다음 날부터 서로 간의 이견으로 인해 1년 반 동안 표류하였다. 2007년 2·13 합의 이후 9·19 공동성명은 겨우 이행되기 시작했으나, 2008년 북핵 시설의 신고와 검증과정을 넘지 못하고 좌초되었다. 2012년 북미 간의 2·29 합의 역시 김일성 탄생 100주년을 맞은 북한의 장거리 로켓 발사로 무산되었다. 2000년 제1차 남북정상회담 당시 김정일 국방위원장은 서울 답방을 약속하였으나 이행되지 못했고, 2007년의 제2차 남북정상회담 어젠다는 이명박 정부 출범 이후 거의 이행되지 못했다.
남북한 관계 최대문제는 합의의 이행이 미비된 것인데, 1994 제네바합의는 8년 이행후 중단되었고, 2005년 공동성명은 1년이상 표류, 9·19 공동성명은 이행후 좌초되었고 1차 남북정상회담 답방약속과 2차 어젠다 또한 불이행되었다.