이에 대해 피고는, 이 사건 단체협약 제16조 제1항에서 “근로시간이라 함은 승무 시종 각 30분 및 기본근로, 연장근로, 승무(근로)를 하기 위한 대기시간 등 일체 장단을 불문하고 근로시간으로 간주”하기로 되어 있지만 시업 전과 종업 후 각 30분씩을 근로시간으로 인정하고 있는 단체협약의 규정은 이미 사문화하였으므로 운행 전 준비시간과 운행 후 정리시간은 실제로 원고들이 근무한 시간만큼만 근로시간으로 산정해야 한다고 주장하였고 또한 원고들이 실제 운행업무를 하지 않고 차고지 또는 회차지에서 대기하는 시간을 모두 근로시간으로 볼 수는 없고, 최소한 근로기준법에서 보장하고 있는 매일 1시간 30분씩(4시간 근로당 30분씩, 15시간 19분을 기준으로 산정한 시간)은 휴게시간으로 보아야 한다고 주장하였다.
피고는 시업 전과 종업 후 30분이 근로시간임은 사문화되었고 실제 운행업무를 하지 않은 시간은 근로시간이 아니므로 최소한 근로기준법에서 보장하고 있는 매일 1시간 30분씩은 휴게시간으로 보아야 한다고 주장하였다.