이중 부채가 문제가 되는 기관은 요금으로 기관을 운영해야 하는 SOC 또는 에너지 관련 공기업 유형이다. 전력 요금을 충분히 받지 못해 건설비용이나 운영비용을 보전받지 못해 적자가 발생하고, 그 적자를 공기업이 발행하는 회사채에 의존하기 때문이다. 한국수자원 공사, 한국도로공사, 한국가스공사, 한국철도공사 등은 전부 요금과 관련이 있다. 물가를 억제하기 위해 공공요금을 억제하였고, 이는 공기업의 부채 증가로 연계되었다. 물론 여기에 ‘건설비용이나 운용비용을 충분히 보전받지 못한다.’는 표현은 매우 중요한 쟁점을 안고 있다. 방만한 경영의 비용까지 요금으로 보전할 수 없기 때문이다. 따라서 원가를 분석하고 원가를 절감하는 노력이 병행되어야하는 이유이다.
요금으로 운영되는 공기업은 비용 보전이 안되면 적자이고 회사채에 의존하는 이중 부채가 발생한다. 물가 제한으로 비용을 제대로 보전 받지 못했다 할 수 있지만 방만한 경영까지 보전해 줘서는 안된다.