학교폭력대책자치위원회는 피해 학생의 보호에 필요한 조치를 학교장에게 요구할 수 있다. 피해 학생 보호조치로는 심리상담 및 조언, 일시보호, 치료 및 치료를 위한 요양, 학급 교체, 기타 피해 학생의 보호를 위하여 필요한 조치 등이 있다.(학교폭력예방 및 대책에 관한 법률 §16①) 치료 및 치료를 위한 요양으로 인하여 출석을 하지 않는 기간은 출석으로 인정한다. 기타 보호 조치에는 치료 등을 위한 의료기관 인도, 수사기관의 조사 또는 법원 동행, 법률구조기관 등에 필요한 협조 및 지원 요청, 등하교길의 동반 등이 포함된다. 학교장은 자치위원회의 요구가 있기 전이라도 긴급한 보호의 필요가 있거나 피해 학생이 긴급보호 요청을 하는 경우에는 심리상담 및 조언, 일시보호, 기타 피해학생의 보호를 위하여 필요한 조치를 할 수 있는데 이 때에는 즉시 자치위원회에 보고하여야 한다.
학교폭력대책자치위원회는 피해 학생의 대한 여러 보호조치를 요구할 수 있으며, 치료 목적의 미출석은 출석기간으로 인정한다. 그리고 별도로 위원회의 요구 전 보호가 필요하면 선 조치후 즉시 위원회에 보고하여야 한다.