특수목적형센터에 대한 지원금은 장애, 다문화, 새터민 등 특수 아동 전용시설이나 특수 아동의 비율이 높은 시설, 중고생 전용시설이나 중고생 비율이 높은 시설, 저녁돌봄 등 추가지원이 필요한 시설을 시군구별로 2개소씩 선정하여 지원하도록 하고 있는데, 지원을 받을 수 있는 객관적인 기준이 있는 것이 아니라 지역 내에서 상대적인 기준을 적용하여 2개소만을 선정하고 있기 때문에 지원을 받지 못하는 센터와의 형평성 문제가 발생하고 있다. 따라서 추가 지원이 필요한 유형별로 객관적인 기준을 마련하고 기본운영비를 각각 책정하여 지원하거나, 특화된 프로그램을 추가적으로 지원하는 방식으로 전환하여 조건에 해당되면 모두 지원을 받을 수 있도록 할 필요가 있다.
특수목적형센터에 대한 지원금은 제공 기준이 명확하게 존재하지 않기 때문에 형평성에 문제가 있다. 따라서 객관적인 기준을 마련하고 기본운영비를 지정하여 지원하는 등의 해결방안이 필요하다.