그러나 성년후견제도가 정신장애인의 권리옹호제도로서 갖는 한계점들도 있다. 첫째, 가정법원을 통한 법률적 절차를 활용한다는 점에서 정신장애인 본인의 자율적인 제도 활용이 쉽지 않다는 점이다. 둘째, 성년후견으로 인한 권리침해의 우려도 있다. 아직 의사결정능력을 지닌 정신장애인의 의사에 반하여 가족 등에 의해 성년후견이 신청, 개시된다면 오히려 정신장애인의 권리를 침해할 가능성도 있다. 또한 후견인의 부적절한 후견에 대해 가정법원 및 성년후견감독인의 적절한 감독이 이루어지지 않으면, 성년후견 과정에서 후견인에 의한 정신장애인의 권리침해가 우려된다. 셋째, 성년후견 선정과정과 선정이후에 발생하는 성년후견비용에 대한 부담이 크다(신권철·홍진표 외, 2013). 전국가구평균소득 150%이하의 저소득발달장애인에 대해 성년후견 심판절차비용과 후견인 선임비용, 공공후견인활동비용 지원이 이루어지는 것과 같이 저소득 정신장애인에 대해서도 공공성년후견인 지원사업이 필요하다(서울시, 2014).
정신장애인 권리옹호를 위한 성년후견제도가 지닌 한계점은 정신장애인이 직접 능동적으로 제도를 활용하기 어렵다는 점과 감독 없이는 성년후견에게 권리를 침해 당할 가능성도 있다. 또 성년후견 과정에서 드는 비용이 크다는 한계도 있다.