첫째, 예산담당부처가 기존의 세부사업단위의 예산평가를 하면서 프로그램 단위예산평가를 보완적으로 추진하는 방법이다. 둘째, 세부사업 단위 예산평가는 부처에 위임하고 예산담당부처는 프로그램 단위에 집중해서 예산평가를 하는 것이다. 그러나 현실적 실현가능성 측면에서는 이 두 가지 접근을 혼합해서 적용하는 방법을 고려할 수 있다. 즉, 세부사업 단위에서의 예산평가는 하되 신규 사업을 중심으로 하고 전체사업에 대한 예산평가는 프로그램을 중심으로 하는 것이다. 또 하나의 대안으로 고려 가능한 것은 부처별로 프로그램예산을 관리하는 방법이다. 이것은 먼저 부처내의 프로그램을 정비하고 이후에 부처 간 프로그램 관리체계로 발전해 가는 방법이다. 부처별 프로그램 관리체계는 부처내의 사업구조의 체계화 부족 문제,부처내 사업간 중복성 및 유사성을 개선하는데 일차적인 목적을 두고 추진하며 나아가 부처별 사업 및 프로그램의 명확화 및 성과 개선 효과를 기대할 수 있다. 그리고 부처 간 프로그램 정비는 주기적으로 주요 프로그램을 선정하여 심층 평가하는 방법을 적용하여 부처 간 프로그램 조정 및 개별 부처에 반영, 그리고 전체 프로그램의 균형과 종합성과 개선을 목표로 추진한다.
현실적으로는 세부사업 단위 예산평가는 신규 사업을 중심으로 하고 전체 예산평가는 프로그램을 중심으로 하는 방법이 있으며, 다른 대안으로는 프로그램 예산을 부처별로 관리하는 방법이 있는데 후자는 부처별 사업 구조 정돈과 그에 따른 성과 개선 효과를 기대할 수 있다.