이와 같은 임금체계의 기관별 분단은 비정규직에 대한 비체계적인 관리체계에서 비롯된 측면이 크다고 할 수 있다. 비정규직에 대한 비용관리를 수행사업의 사업비 항목에서 편의적으로 처리하는 관행이 일반화되어있던 탓에 기관 및 사업수행부서의 자의적 판단에 의해 임금체계와 임금수준이 결정되어 왔다. 또한 고용의 안정성이 보장되지 못했던 중앙행정기관의 기간제 비정규직에 대해서는 사업의 계속 수행여부와 기간제 사용제한에 의해 기간제 근로자의 고용지속성이 규정되어 왔다. 다른 한편으로는 행정안전부의 인력통제와 기획재정부의 예산통제로 인해 상시․지속적인 수행의 필요성이 존재하는 업무에 대해서도 편의적으로 일시적 활용이 가능한 기간제 근로자를 고용하여 사용해왔다. 이로 인해 기간제 근로자가 직면하게 되는 임금의 공정성 문제는 사업의 종료와 더불어 근로계약의 해지를 통해 해결해왔다.
비정규직에 대한 비체계적인 관리체계로, 기간제 근로자의 임금수준은 기관의 자의적 판단으로 결정되었고, 사업의 계속 수행여부와 기간제 사용제한, 그리고 예산통제로 인한 근로계약을 해지로 비정규직의 임금 공정성 문제를 해결해 왔다.