그런데 당사국들의 요구사항과 준수사항을 분명하게 규정하지 못한 채 합의종결을 선언했고, 각국은 회의장을 나서자마자 각기 다른 해석을 했다. 이 때문에 실천과정에서 곧바로 틀어지기 시작했다. 미국 내 보수 강경파들은 ｢9·19 공동성명｣에서 교환의 등가성을 문제 삼았다. 즉 북한의 핵능력이 보잘것없는 수준임에도 미국이 너무 많은 것을 양보했다면서 미국의 금융제재 BDA 사태를 통해 불만을 표출함으로써 합의이행의 시작도 제대로 이루어지지 못하고 불시착했다. 공동성명의 내용은 훌륭했지만 시간(time) 또는 순서(order)라는 변수를 제대로 담아내지 못한 결정적 약점이 있다. 전체적으로 보면 병행교환의 원칙이 깔려있었고, 실천에서도 행동대 행동 원칙을 내세웠지만 시간이 갈수록 선후의 문제가 결정적으로 민감해지는 구조다. 미국의 부시 정부와 한국의 이명박 정부는 공동성명에 핵폐기 시점을 규정하지 않은 점을 뒤늦게 인식했고, 이후 비핵화를 선행조건으로 밀어붙이는 부분적 배경이 되었다. 이에 북한은 한미의 비핵화 선행론은 ｢9·19 공동성명｣의 행동대 행동이라는 병행론 원칙을 어기는 것으로 반발했다.
｢9·19 공동성명｣ 이후 미국의 보수파는 북한에게 강경하게 대처해야 한다며 불만을 표출하였고, 조치의 선후 문제를 따지며 자존심 싸움으로 번져가는 양상을 보였다. 미국과 한국은 핵폐기 시점을 구체화하기 위해 비핵과를 선행조건으로 밀어붙였으나 북한은 이것이 병행론 원칙을 어기는 것이라 반발하였다.