둘째, 업무절차에 따라 조직 구조 설계가 시행되어야 한다. 표준운영절차(SOP)와 같은 제도화 된 절차는 조직의 특성에 따라 그 효과가 떨어질 수 있다. 관행적 절차가 새로운 상황에 대한 적응능력을 떨어뜨릴 수 있다는 지적(Allison, 1971: 89)이 그 예가 될 것이다. “어떤 정책을 기획･집행함에 있어 요구되는 조직변화의 폭이 크면 클수록 그 정책의 효과성은 줄어든다”(Kaufman, 1971)는 말이 전술한 표준운영절차 적용의 단점을 가리키고 있다. 이 때문에 새로운 정책을 집행하기 위한 새로운 정부조직이 신설되기도 한다. 이와 같이 통일 이후 행정통합이라는 새로운 목표를 달성하기 위해 대폭적인 변화나 기존의 제도적 틀을 벗어나야 하는 경우, 기존 부처 내에서 전담조직을 설계하기 보다는 별도의 신설조직을 고려할 수 있을 것이다.
업무절차에 따른 조직 구조 설계가 필요하다.  새로운 정책의 효과적 집행을 위해서는 새로운 정부조직이 신설되기도 한다. 따라서 통일 이후 행정통합이라는 새로운 목표 달성을 위해서는 별도의 신설조직을 고려할 수 있을 것이다.