두 평가의 방법론에 있어서도 차이가 명확한데, 토지적성평가는 각종 개별지표의 점수를 종합한 후 상대평가로 등급을 설정하는 데 반하여 국토환경평가는 개별지표를 각각 등급화한 후 서로 비교하여 최상등급을 그 토지의 환경평가등급으로 설정하는 절대평가 방식을 취한다. 방법론 측면에서도 토지 고유의 환경성을 평가함에 있어서는 토지적성평가보다 국토환경평가가 유리하다. 토지적성평가는 보전적성과 개발적성이 뒤섞여서 종합화되는데다가 이 종합점수도 결국엔 상대평가로 시군 내 전체 토지 중 일정 부분의 토지만 보전등급으로 분류되는 체계로서, 환경성이 상대적이라기보다는 절대적인 개념에 가깝다는 측면에서 토지적성평가로는 그 토지가 지닌 고유의 특성을 충분히 반영하기 어렵다. 반면 국토환경평가는 어느 부문에서 환경성이 우수한지 직관적으로 확인할 수 있다는 장점이 있고, 이러한 직관성은 만약에 있을 수 있는 오류를 보정하기도 쉽다는 의미이기도 하다.
토지적성평가는 점수를 종합한 후 상대평가로 등급을 설정하고 국토환경평가는 개별지표를 각각 등급화한 후 서로 비교하는 절대평가 방식을 취한다. 환경성은 절대적인 개념에 가깝다는 측면에서 국토환경평가의 직관성은 장점이 있고 오류를 보정하기도 쉽다.