일본의 최저임금은 지역별 최저임금과 특정 최저임금으로 구분된다. 지역별 최저임금은 모든 근로자와 사용자를, 특정 최저임금은 특정 산업의 기간적 근로자와 사용자를 적용대상으로 하고 있다. 단 일반근로자와 비교하여 근로능력이 현저하게 낮은 근로자들에게까지 최저임금을 일률적으로 적용할 경우, 오히려 이들의 고용기회가 상실될 위험성이 있는 점을 감안하여 근로능력이 낮은 근로자를 사용자가 사용하는 경우, 지방(도도부현) 노동국장의 허가를 받는 것을 조건으로 최저임금의 적용제외가 인정되어 오다가, 개정최저임금법이 시행된 2008년 7월 1일부터는 적용제외제도가 폐지되고 감액특례제도라는 명칭으로 최저임금의 감액특례를 적용하고 있다. 최저임금의 감액특례가 적용되는 근로자는, 정신 또는 신체 장애가 업무 수행에 직접적으로 커다란 지장을 주는 것이 명백하다고 인정되는 자, 수습근로자, 직업능력개발촉진법에 근거하여 인정직업훈련을 받고 있는 자 중 일부, 경이한 업무에 종사하는 자, 비계속적인 근로에 종사하는 자가 포함된다. 감액특례제도의 이용을 희망하는 사용자는 소정양식에 의한 신청서 2통을 작성하여 관할 노동기준감독서에 제출해 허가를 받을 필요가 있다.
일본의 최저임금은 지역별, 특정 최저임금으로 구분된다. 근로능력이 낮은 근로자를 고용하려는 사용자는 관할 노동기준감독서에 허가를 받아 최저임금의 감액특례를 적용받을 수 있다.