일본 도시에 대한 소이탄 폭격의 피해는 8월에 이루어진 핵무기 투하의 피해보다 결코 작은 것이 아니었다. 1945년 3월 4일 도쿄의 항공기 제작공장을 습격한 이후 르메이는 일본 도시 전체에 대한 융단폭격을 결정했다. 3월 9일과 10일에 걸친 폭격으로 100만 명이 부상을 당했으며 10만 명 이상이 목숨을 잃었다. 뒤이어 석 달에 걸쳐 고베, 오사카, 나고야가 화염으로 파괴되었다. 나무와 대나무로 만들어진 인구 밀집지역에 대한 폭격으로, 84,000명의 일본인이 사망하고, 도쿄의 1/4이 파괴되었다. 핵무기 사용에 관한 최종결정이 이루어지기 이전 이미 민간인 폭격의 비윤리성에 대한 논쟁은 결론이 내려진 상태였다.
1945년 8월에 핵무기를 투하하기 전, 당해 3월 이후 세 달 동안 일본 전 도시에 자행된 소이탄 폭격으로 수많은 민간인이 부상을 당하거나 사망했으며 주요 도시가 파괴되었다.