2009년 5월에는 각종 대학생 장학금 지원 및 학자금 대출업무를 하나로 통합하여 재원을 효율적으로 관리하기 위하여 ‘한국장학재단’을 설립하여 국가장학기금을 운영하기 시작했다. 국가장학기금은 기존의 학자금 대출 신용보증기금을 흡수하여 재단채권방식의 일반상환 학자금 대출제도를 시행하였다. 재단채권방식은 대출희망 학생이 시중은행이 아니라 한국장학재단이 발행한 채권을 통해 조성한 기금을 통해 대출을 받는 제도인데, 이러한 방식은 재단이 직접 채권을 발행하여 유동화 비용을 절감하고 정부의 개입재량을 확보하여 대출 금리를 낮춤으로써 SLBS 방식에서 제기되었던 고금리 문제를 해결하기 위함이었다.
대학생 장학금,학자금 대출 등 효율적 관리를 위해 한국장학재단을 09년 5월 설립,운영하고 이 중 대출제도 방식은 재단 발행 채권으로 하는데 비용,금리 문제 해결을 위함이었다.