교육·훈련기관에서의 NCS 학습모듈 활용을 위한 정부의 정책 사업은 NCS 기반 교육·훈련과정의 적용을 통해 진행되고 있다. NCS 기반교육·훈련과정 적용과 관련하여 중등교육과 고등교육은 교육부(직업교육정책과, 전문대학정책과 등)에서, 훈련과정은 고용노동부(직업능력정책과, 직업능력평가과 등)의 주도로 정책이 적용되었다. 교육부에서 제시하는 정책은 특성화고, 전문대학과 4년제 대학의 교육과정 운영에 영향을 미친다. 교육부에서는 2015년 9월 2015 개정 교육과정 에 특성화고와 마이스터고를 대상으로 하는 NCS 기반 교육과정 을 포함하여 고시(최동선 외, 2015)하였다. 2015년 10월에는 전문대학에 ‘NCS 기반교육과정 가이드라인’을 배포하였다(교육부·한국연구재단, 2015). 또한 교육부에서 한국대학교육협의회에 예산을 지원하여 ‘4년제 대학 NCS활용 가이드’를 발간하였다(한국대학교육협의회, 2015)
NCS 학습모듈 활용에서 교육부는 기반교육을, 고용노동부는 훈련과정을 맡는다. 이 정책은 특성화고,전문대 및 4년제 대학에 영향을 주게 되며, 2015년에는 학교에 가이드라인을 배포 발간하였다.