2013년 1단계 사업으로 ‘국가 관세종합정보망’ 통합분석, 설계 뒤 2014년 2단계 통합시스템을 만들고 이어 2015년 3단계에서 데이터 이관, 통합테스트, 시스템 전환 등의 절차를 밟아 개발을 끝냈다. 주요 개편 방향은 수요자 중심의 맞춤형 서비스, 스마트 글로벌 통관체계, 실시간 정보기반 경제 국경관리, 중단 없는 통합 정보통신 인프라 갖추기 등에 초점이 맞춰졌다. 이로써 2016년 6월 개통 당시 국토교통부·산업통상자원부 등 169개 기관과 수출입업체·항공사 등 26만 개 업체가 연계된 4세대 국가 관세종합정보망이 완성되었다.
수요자 중심의 맞춤형 서비스, 스마트 글로벌 통관체계, 실시간 정보기반 경제 국경관리 등에 촛점을 맞춘 4세대 국가 관세종합정보망이 2016년 완성되었다.