이어서 2006년 6월 3일부터 개최된 경추위 제 12차 회의에서는 10차 회의 사항을 이행하기 위한 “남북 경공업 및 지하자원개발 협력에 관한 합의서”를 채택한다. 이 합의서에는 2007년부터 8천만 달러 상당의 의복류, 신발, 비누 생산에 필요한 경공업 원자재를 남한이 북한에게 유상(차관형식)으로 제공하며 북한은 남한에게 지하자원개발권과 자기 몫으로 분배되는 생산물, 생산물의 처분권 또는 기타 경제적 가치가 있는 것으로 그 대가를 상환하기로 하였다. 이외에 북한은 2007년중에 8천만불의 3%에 해당되는 아연과와 마그네샤크링카를 상환하고 나머지 잔여분은 5년 거치 후 2014년부터 10년간 원리금과 이자(1%)를 분할 상환하기로 하였다.
남북 경공업 및 지하자원개발 협력에 관한 합의서를 통해 남한은 경공업 원자재를 북한에게 유상으로 지원하고 이에 북측은 지하자원개발권과 기타 경제적 가치가 있는 것으로 상환하기로 하였다.