그럼에도 농어촌 영유아 대상 교육과 보육은 시설 접근성, 질적 수준의 보장, 지리적 환경으로 인한 산발적 주거지역 등 여전히 해결해야 할 많은 문제에 봉착해 있다. 적은 영유아 인구로 인한 낮은 수익성을 우려해 어린이집을 설립하고자하는 민간사업자의 진입이 적고, 이로인해 다양한 규모의 신규시설이 부족해 접근성이 여전히 낮다(서문희 외, 2011). 유아교육이나 보육의 질적 수준이라는 측면에서 보더라도 어린이집의 경우 학력과 능력이 뛰어난 교사를 채용하기가 쉽지 않고 교육적 자원의 활용 측면에서도 도시에 비해 부족한 실정이다. 한편 농어촌 유치원의 대다수가 공립병설 유치원이고 많은 경우 영유아 수 부족으로 인해 다연령혼합반을 이루고 있어, 연령별 누리과정의 운영에 최적의 상황이 되지 못하는 경우가 많다. 어린이집 또한 읍면 소재지에만 국공립 또는 법인시설이 설치되어 농어촌 가정 영유아가 차량으로 장시간 이동해야 하는 어려움이 있다.
농어촌 영유아 대상 교육 및 보육은 민간사업자의 진입이 적고 능력있는 교사 채용이 어려우며 누리과정 운영에도 차질이 있는 등 많은 문제가 산적해 있다. 