셋째, 영장 기각률이 양적 비교에 그쳐서는 안 되는 또 다른 중요한 이유로 검찰과 경찰이 현재 처리하는 대상 범죄의 질적 차이와 수사 및 증거수집의 난이도 차이를 고려해야 하기 때문이라는 지적도 있다. 즉, 경찰의 경우 사실 1차 수사기관으로서 민생치안사범들에 대한 초동수사업무가 다수를 차지하고 있고, 예를 들어 교통사범, 폭력, 강ㆍ절도, 성폭력 사건 등이 주를 차지하고 있으며, 상대적으로 사건 자체의 복잡성이 덜하고, 혐의 유무도 명확하여 통상 경찰이 영장을 신청하면 검사나 판사가 특별히 기각하기 어려운 사건들이 많다는 것이다. 반면에 검사의 경우 수사인력의 한계는 물론 민생치안사범보다는 대규모 재산범죄, 뇌물수수, 부정부패사범, 조직폭력, 마약사범, 방위(비리)사범, 다량의 개인정보유출사범 등 상대적으로 수사하기 쉽지 않고 법리가 복잡한 사건들을 다루게 되는 경향이 있다는 것이다. 따라서 그런 사건의 특성으로 인해 영장기각률이 상대적으로 다소 높아질 수 있다는 점도 감안한다면 기각률의 양적 차이는 더 크게 벌어질 수 있다는 것이다.
셋째, 영장 기각률의 양적 비교는 검찰과 경찰이 현재 처리하는 대상 범죄가 질적으로 다르고 증거수집 난이도 또한 차이가 난다는 점에서 유효한 척도가 될 수 없다. 다루는 사건 특성에 따라 영장 기각률은 얼마든지 차이가 날 수 있는 것이다.