국무총리실이 협업을 담당하게 되면 일부조직이 수행하기 때문에 다양한 국무총리실의 역할 중 일부에 해당된다는 점에 비해 특임장관실에 협업관련 임무를 부여한다면 전적으로 협업업무만을 수행한다는 점에서 차이가 있다고 판단된다. 특임장관실이 협업을 총괄하게 된다면 앞서 <그림 6-1>에서 제시한 내용 중 국무조정실 부분이 특임장관실로 변경되면 된다. 단, 우려되는 점은 과거 입법례나 경험에 의하면 특임장관이 일정 숫자를 넘어서는 많은 협업과제를 총괄하기에는 어려움이 있을 것으로 예상된다. 대부분 특임장관의 경우 2~3개 정도 특수 임무를 부여하여 운영한 경우들이 일반적이었다. 따라서 과거 경험과 유사하게 운영하기 보다는 예산 Pool 제를 운영하여 다양한 협업과제나 프로젝트를 관리할 수 있는 조직으로 구성하는 방안을 마련해야 할 것이다. 이를 고려하여 협업업무를 수행하는 특임장관실의 조직구조를 다음과 같이 제시해 보았다.
다양한 협업 지향적 조직 운영을 위하여 과거 경험보다 새로운 예산 Pool 제를 운영하는 방안을 마련해야 한다. 협업과제 총괄에 대해 수행하는 특임장관실의 조직구조를 다음과 같이 제시해 보았다.