우리나라 시장에 미칠 부작용을 줄이기 위하여 시장체계가 유사한 시장과 연계하는 것이 바람직하고 또한 상당한 기간 동안 운영되어 시장이 견실함이 인정되고 상황변화에 따라 연계를 중단하더라도 그 여파가 크지 아니한 시장과 연계를 추진하는 것이 바람직하다. 시장에 대한 충격이 적은 간접연계를 먼저 추진하고 상쇄배출권을 활용하여야 한다. 연계의 효과가 큰 직접연계를 추진함에 있어서는 먼저 호주나 뉴질랜드와 같은 소규모 경제권의 배출권거래제나 미국의 지역 배출권거래제와의 연계를 통하여 연계로 인한 충격을 완화하고 경험을 축적할 수 있다. 연계를 위한 협상이 지체되는 경우에는 직접일방연계를 고려해 볼 수 있다. 연계 운영 경험을축적한 후 연계의 효과를 높이기 위하여 미국이나 유럽연합과 같은 대규모 경제권의 배출권거래제와 직접연계를 추진할 수 있다. 이 때 직접연계로 인한 부작용에 대처하기 위하여 배출권에 대한 수출쿼터 설정이나 수입배출권에 대한 효과할인 등으로 연계효과를 조정하는 시스템을 마련할 필요가 있다.
우리나라 시장에 미칠부작용을 줄이기 위해 시장체계가 유사한 시장과 연계하는 것이 바람직하고 연계를 중단하더라도 그 여파가 크지 않은 연계를 추진하는 것이 바람직 하다. 이를 위해서는 우선 간접연계를 추진하고 상쇄배출권을 활용하며, 직접일방연계를 고려해볼 수도 있다.