또한 비용･편익 분석은 비용과 편익이 기준년도에 일회성으로 끝나지 않고 미래에 걸쳐 계속 발생하는 경우가 많기 때문에 미래의 발생비용이나 편익을 평가하기 위한 할인율의 적용이 필요하다. 할인율은 OECD회원국 내에서도 국가마다 다르게 적용되고 있다. 덴마크의 경우 6%의 할인율을 적용하는 반면 노르웨이는 4%, 미국은 7%의 사용을 권장하고 민감도 분석을 실시할 경우 3%까지 사용할 것을 권고하고 있다(박장호･임보영, 2009, p260). 하지만 우리나라의 경우 비용 또는 편익이 다년간에 걸쳐 발생하거나 서로 다른 시점에 발생할 경우에 할인율을 사용하라고만 규정하고 있으며, 미래에 발생할 규제의 비용과 편익을 측정하는 부분에 대해서는 명시하고 있지 않다(전예진, 2014, p78). 따라서 추정된 비용과 편익의 순현재가치를 미래의 발생 비용이나 편익과 비교 평가하기 위해서는 명확하고 체계적인 할인율의 기준을 마련하여 적용할 필요가 있다.
비용･편익 분석에는 할인율의 적용이 필요한데, 이는 OECD국가마다 그 적용이 다르다. 하지만 우리나라의 경우 미래에 발생할 규제의 비용･편익을 측정하는 부분을 명시하지 않아 그 명확하고 체계적인 기준을 마련할 필요가 있다.