규제비용관리제의 효과성 제고에 부정적인 영향을 미칠 것으로 예측되는 두 번째 요인은 규제비용관리제 적용대상 및 제외대상을 결정하는 체계이다. 전술하였듯이 우리나라는 개별 규제심사관이 법령에서 어느 조항이 규제인지를 판정하는 시스템을 운영 중이며, 규제비용관리제가 도입되면서 개별 규제심사관은 규제심사 시 규제비용관리제의 적용대상 여부도 함께 판정하도록 되어 있다. 다만 규제를 판정하는 기준이나 규제비용관리제의 적용제외 유형을 판정하는 기준이 불확실성을 지니고 있을 뿐만 아니라, 사실상 이러한 판단에는 주관적 경험이 개입할 가능성이 높은 분야이다. 즉, 주관적 경험에 따라 어떤 규제가 국민의 생명･안전과 관련된 규제의 범위를 넓게 혹은 협소하게 볼 여지가 충분하다는 점이다.
규제비용관리제 적용대상을 결정하는 체계가 규제비용관리제의 효과성을 떨어뜨린다. 개별 규제심사관이 규제심사 시 적용대상 여부를 판정하는데 기준이 불확실하고, 주관적 경험이 개입할 가능성이 높다.