우선 수익률과 관련해서 모태펀드는 펀드성과에 대한 공시 의무가 없고, 특히 운용 중인 펀드의 투자 대상이 대부분 비상장주식이기 때문에 공정가액 평가가 어려워 펀드의 성과를 측정하는데 어려움이 있다. 따라서 이러한 단점을 보완하는 차원에서 유사한 위험 속성을 가진 벤처펀드를 그룹화하여 이들의 내부수익률을 상대적으로 비교하는 방법이 통용되고 있다. 이 방법에 따르면 [표 67]에서 보듯이 2013년 말 기준으로 모태펀드의 전체 수익률은 2.21%를 기록하고 있다. 모태펀드의 수익률은 대체적으로 설립 초기에 비해 후기로 갈수록 개선되고 있는 것으로 볼 수 있다.
모태펀드는 공시 의무가 없고 대부분 비상장주식으로 공정가액과 성과 측정이 어려워 유사 위험도 벤처펀드 그룹을 비교, 2013년 말 수익률 약2%로 후기에 개선됐다.