Williamson(1996)은 거래비용의 경제학이 기존의 신고전파 경제학과 차별화되는 점으로 신고전파 경제이론의 분석단위는 행위자보다는 재화의 흐름에 맞추어져 있는 반면 거래비용의 경제학은 거래 자체의 형성에 대한 분석에 초점을 맞추고 있다는 것을 강조한다. 예를 들어 신고전파 이론에서는 거래당사자인 기업을 재화를 생산하는 ”생산함수 혹은 생산기술“로 보는 반면 거래비용 경제이론에서는 기업을 ”지배구조(governance structure)"로 보고 기업을 이해하려 한다. 즉, 거래비용의 경제학은 거래행위자들 간에 거래를 이루어지게 하는 “제도”에 대한 이해를 목적으로 한다. 여기에 거래비용의 경제학의 핵심이 있다. 거래비용이라는 개념은 거래의 직접 비용 이외에 거래행위자의 집합체에 주어지는 다른 비용이 있기에 거래가 제약됨을 강조하는 것이 아니라, 그러한 제약을 극복하기 위해 어떠한 제도장치들이 만들어지고 변화하는가에 대한 이해를 함에 그 목적이 있는 것이다.
거래비용의 경제학은 신고전파 경제이론이 기업을 생산함수, 생산기술로 보는 것과 달리 기업을 지배구조로 보고 거래행위자들 간 제약을 극복하게 하고 거래를 가능하게 하는 제도에 대한 이해를 목적으로 한다.