국가교통물류기술 R&D 분야도 다르지 않다. 예컨대, 미래창조과학부와 산업통상자원부에 의해 미래성장동력 과제로 선정된 자율주행 기반 스마트 차량 및 도로기술 연구개발사업의 경우, 미래창조과학부, 산업통상자원부, 국토교통부와 환경부의 협력 하에 R&D 기획, 평가 과정에서 부처 간 칸막이를 없애고 긴밀한 협력체계를 구축한다는 목적으로 부처 공동의 ‘스마트 자동차 추진단’ 까지 발족되었으나 관련 부처의 예산 미확보 등 후속 조치 미이행으로 인해 아무런 성과를 이루어내지 못하고 있다는 비판이 있다. 결국 범부처 협력을 통해 부처 간 과제의 중복을 막고 상호 연계를 이끌어낸다는 정부의 방침과 다부처공동기획사업의 제도화에도 불구하고 국가교통물류기술 R&D에서의 부처 간 실질적 연계는 여전히 미흡한 것으로 관찰된다.
국가교통물류기술 R&D분야도 각 부처간 협력체계를 구축하려고 했으나 각 부처의 후속 조치 미이행으로 성과를 이루어내지 못하였고, 정부의 방침과 제도화에도 부처간 실질적 연계는 여전히 미흡한 것으로 관찰된다.