2단계 개발을 통하여 개성공단을 현재의 임가공 지구 기능에 한정된 개성공단을 제조업 생산기지 기능을 기반으로 물류기지, 교육, 훈련, 기술개발, 주변 농업지역의 개발 배후지, 관광, 상업, 서비스, 인도주의 협력사업의 중심기 기능 등을 종합적으로 수행하는 종합적인 경제특구로 개발해 나간다. 입주업종에 대한 제한을 대폭 완화, 섬유, 봉제 등 특정 업종 중심의 공단이 아니라 공해 대량 유발 업종 등 일부 업종의 입주를 제한하고, 입주업종에 대해서는 입주 수요에 탄력적으로 대응할 수 있는 방식으로 입주 업종을 구성한다. 입주기업에 대해서는 기업 규모에 대한 제한을 없애 경쟁력이 있는 기업의 입주를 유도한다. 즉, 외국인 기업, 북한기업, 남북한 합작기업 등 입주하는 기업의 형태를 다양화한다.
개성공단을 2단계 개발을 통해 종합적인 경제특구로 개발한다. 여기에는 입주 업종 및 기업규모의 제한을 없애는 방안이 포함된다.