효과성 분석에서는 경제적 효과, 목표달성도, 소득재분배 효과 및 재정에 미치는 영향 등에 대한 분석을 수행하고, 타당성 분석에서는 정책목적․대상․수단의 적절성, 제도 간 유사중복 여부 등에 대한 분석을 실시한다. 또한 조세특례의 성과를 저해하는 원인과 이에 대한 개선방안이 존재할 경우 이를 제시한다. 정책의 목적달성을 위해 정책수단의 적정성 검토가 필요한 경우 재정지출과 조세특례 간 효과성 비교 등 재정지출도 분석대상에 포함할 수 있다. 마지막으로 효과성, 타당성, 제도개선방안 등에 대한 분석 결과를 토대로 일몰 연장 또는 폐지의 여부, 제도개선방안에 대한 종합적인 의견을 제시하고 정책적 제언을 제시한다.
효과성 분석은 경제적 영향 등에 대한 분석을 하고 타당성 분석은 정책목적 및 수단등이 잘 부합하는지 등에 대한 분석을 한다. 결과 분석 후 제도 개선방안등에 대해 의견을 개진한다.