그러나 서비스 질의 개선은 한편으로 기숙사 이용 학생에 대한 이용료 부담으로 이어질 수 있어 학생들에게 과도한 부담이 주어지지 않도록 유의할 필요가 있다. 2011년~2013년 BTL 기숙사비 평균은 [표 11] 및 [그림 1]과 같이 대학 소유(재정) 기숙사비 평균에 비하여 높은 것으로 나타났다. 구체적으로 내용을 살펴보면, 2013년 기준 1인실의 경우 BTL 기숙사의 한 달 비용이 정부 재정으로 대학 소유 기숙사에 비하여 약 7만 5천 원, 2인실의 경우 3만 2천 원, 3인실의 경우 약 3만 8천 원, 4인실 이상의 경우 약 5만 4천 원이 각각 높은 것으로 나타났다.
기숙사의 서비스가 향상되면 오히려 이용자는 높아진 이용료에 대해 부담을 느낄 수 있다. 