한편 종합학과는「산업 사회와 인간」등을 통한, 직업 선택에 필요한 능력˙태도나 생애에 걸쳐서 학습하는 의욕˙태도의 육성을 실시하는 등, 특색 있는 활동이 행해지고 있다. 한편, 목적 의식이나 장래 진로에 대한 자각이 약한 학생도 일부 있는 등, 주체적인 과목 선택을 실시하게 하는 것이 어렵고, 안이한 과목 선택을 하는 면을 볼 수 있고, 여전히 보통과 비교해서 중학생이나 그 보호자의 이해나 인지도가 낮은 일, 중학교 교직원의 이해가 불충분한 것, 다양한 교과˙과목 등을 개설하기 위한 충분히 체제와 비용 확보가 필요한 것 등이 과제가 되고 있다.
종합학과는 특색있는 활동이 행해지고 있지만 과목 선택의 어려움, 낮은 인지도와 이해도, 비용 확보의 어려움 등이 과제가 되고 있다.