일본의 J_M3 모형 추정결과 역시 독일과 일본의 차이를 보여준다. 정치적 및 지배구조 등 제도적 역량 변수인 민주주의 성숙도와 WGI 지표를 포함해도 일본의 경우에는 협력국의 일인당 실질 GDP는 여전히 일본의 주축국 선택에 강한 양의 영향을 미친다. 놀라운 것은 일본의 주축국 선택이 독일의 경우와 마찬가지로 협력국의 지배구조 역량과는 강한 양의 관계에 있지만 민주주의 성숙도와는 음의 관계(추정계수=-0.002)에 있다는 것이다. 또한 제도적 역량변수들을 포함시키면 독일과 마찬가지로 수출비중이 유의하게 양의 관계를 보이고 수입비중은 유의하게 음의 관계를 보인다. 이 결과들은 문화적 분절성 지표와 지역더미 변수들을 포함한 J_M4와 J_M5 모형에서도 변함이 없다. 다만J_M4와 J_M5에서 관찰할 수 있는 일본의 주축국 선택의 특징은 종교분절과 음의 관계가 있고, 다른 설명변수들을 제어한 상태에서 아시아지역 더미변수는 음의 관계 중남미 지역더미 변수는 유의하지 않게 나온다는 것이다. 즉, J_M4의 변수들과 종교분절 정도를 제어할 경우 일본의 아시아나 중남미에 대한 주축국 선정의 편향은 사라진다. 이 결과는 같은 변수들을 제어하고도 아시아나 중남미에 대한 주축국 선정의 편중이 남아 있는 독일과는 대조적이다.
일본은 민주주의 성숙도 및 WGI 지표를 포함해도 협력국의 1인당 GDP는 주축국을 선택함에 있어 영향을 준다. 제도적 역량변수를 포함하면 독일처럼 수출비중이 영향을 미치며 수입비중은 부정적 영향을 미친다. 이 결과들은 J_M4와 J_M5 모형에서도 동일하게 나타난다. 