먼저 산업 내 전체 주체 부담 방식은 업계 전체의 반발이 우려되나 업종 간 배분의 공정성 문제에서 상대적으로 자유롭고 다양한 기금 지원 사업의 개발이 용이하다는 장점이 있다. 다만 기금 설치의 초기 단계에 산업의 이해주체들에게 물류 기금의 유용성을 설득하는 것이 관건이다. 반면 항공화물 수수료, 택배화물 수수료 등 산업 내 일부 주체에게 부담하는 방식은 해당 업계 반발로 특정 부문(항공화물 수수료는 수‧출입 물류부문, 택배화물 수수료는 택배부문)에 우선 적용될 가능성이 높아 지원 대상 사업의 축소로 이어질 수도 있다. 그러나 항공화물의 경우 수출입 물류부문의 영역이 넓고 택배화물의 경우 국민생활 밀착형 서비스라는 점에서 기금에 대한 공감대 형성 과정을 통해 주요한 재원 수단으로서 기능할 수 있을 것으로 예상된다.
산업 내 전체 주체 부담 방식과 택배화물 수수료 등 일부 주체에게 부담하는 방식 중  일부 주체 부담은 지원 대상 사업이 택배로 한정 될 수 있지만 국민생활 밀착형 서비스라 주요한 재원 수단으로 자리할 수 있다.