매트릭스 조직은 다음과 같은 장점이 있다. 첫째, 한시성 사업에 신속한 대처이다. 성취 여부가 불확실하고 방대한 정보를 요구하는 한시성을 띤 사업의 경우, 새로운 조직을 만들지 않고 기존의 조직 인력을 종횡으로 활용할 수 있다.  둘째,  전문성의 통합이다. 현대 사회는 개개인의 전문화와 동시의 그것의 통합적인 운영능력을 요구 한다. 예를 들어, 우주개발사업은 개개의 영역에서 전문적인 기술개발과 동시에 개별 적인 기술력을 종합적인 것으로 만들기 위해 행렬조직이 적합하다. 셋째, 창조적 아이디어의  원천이  된다.  여러 분야의 전문가들의 상호작용으로 인해 창조와 새로운아이디어의 원천이 될 수 있다. 넷째, 인적 자원의 경제적 활용이 가능하다. 행렬조직이기 때문에 새로운 사업을 위해 새로운 인원을 신규로 채용하기 보다는 기존의 조직구성원을 활용할 수 있다. 다섯째, 조직단위 간의 정보 흐름이 활성화된다. 여러 집단의 대표자들이 모이기 때문에, 상대방의 업무 파악이 쉽고 의견과 정보 교환이 원활하다. 이것은 갈등조정의 계기를 마련한다. 여섯째, 조직구성원의 능력이 개발된 다. 한 사람이 한 자리에서 기능부서의 일과 프로젝트 일을 동시에 간여할 수 있다. 또한 여러 일에 개입함으로써 직무확장의 효과를 가져온다.
매트릭스 조직은 한시성 사업에 대한 신속한 대처, 전문성의 통합, 창조적 아이디어의 원천, 인적 자원의 경제적 활용 가능, 조직단위 간 정보 흐름의 활성화, 조직구성원 능력 개발이라는 장점들이 있다.