그러나 교과학습 진단평가의 실시 여부는 시도교육청에서 자율로 결정한다. 2014년의 경우 서울시교육청과 강원도교육청은 초등학교 3학년 학생들의 기초학력 진단평가를 실시하지 않았으며, 대구, 인천, 대전, 경기, 충북, 전북, 제주의 7개 교육청에서는 학교별로 평가는 실시하되 교육청 차원에서 통계를 집계하지 않았다. 초등학교 4학년∼중학교 2학년 대상의 교과학습 진단평가 역시 서울, 광주, 경기, 강원, 전북의 5개 교육청이 불참하였다(문화일보, 2014. 10.15). 또한 시도교육청별 평가 결과는 국가 수준에서 통합・보고되지 않는다.
교과학습 진단평가의 실시 여부는 시도교육청에서 자율로 결정하고 그 결과는 국가 수준에서 통합・보고되지 않는다.