영업비밀 원본증명제도의 신뢰도 제고 및 활성화를 위해서 2013년 7월 30일, 영업비밀보호법이 일부 개정되면서 원본증명제도의 운영에 관한 조항이 신설되었다. 영업비밀보호법 제9조의2(영업비밀 원본 증명) 제1항에서 '영업비밀 보유자는 영업비밀이 포함된 전자문서의 원본 여부를 증명받기 위하여 제9조의3에 따른 영업비밀 원본증명기관에 그 전자문서로부터 추출된 고유의 식별값(이하 “전자지문”(電子指紋)이라 한다)을 등록할 수 있다'고 규정하고 있으며, 제2항에서 ‘제9조의3에 따른 영업비밀 원본증명기관은 제1항에 따라 등록된 전자지문과 영업비밀 보유자가 보관하고 있는 전자문서로부터 추출된 전자지문이 같은 경우에는 그 전자문서가 전자지문으로 등록된 원본임을 증명하는 증명서(이하 “원본증명서”라 한다)를 발급할수 있다’고 규정하고 있다. 그리고 제3항은 '제2항에 따라 원본증명서를 발급받은 자는 제1항에 따른 전자지문의 등록 당시에 해당 전자문서의 기재 내용대로 정보를 보유한 것으로 추정한다<신설2015.1.28.>'고 규정한다.
2013년 7월 30일 영업비밀 원본증명제도에 원본증명제도의 운영에 관한 조항이 신설되었다.  이는 제도의 신롸도 제고와 활성화를 위한 것이다.