대테러기관들이 가지고 있었던 문제점은 테러와 관련된 정보의 수집과 공유 및 수사와 대응의 실패로 집약될 수 있다. 9・11 테러사건에서 들어난 정보수집과 관련된 문제점은 크게 두 가지이다. 하나는 테러와 직접적으로 관련된 정보와 간접정보를 포함하는 통합적인 정보수집에 있어서의 실패이다. 9・11 테러대책위원회에 의하면 9・11 테러에 개입되었던 사람들 중 일부가 감시대상자명단(watchlist)에 포함되어 있지 않았고 비행금지자명단(no-fly list)에 감시대상자 명단이 포함되어 있지 않아 그들의 위치를 추적하지 못했다. 또한, 비자신청서에 사용된 거짓 정보와 불법으로 만들어진 여권을 알아차리지도 못했다. 정보수집과 관련된 문제점 중 다른 하나는 수집된 정보를 테러관련 기관 간에 효율적으로 공유하지 못했다는 것이다. 한 예로 이전에 있었던 테러사건(즉, Cole 사건)의 가담자들이 9・11 테러사건의 가담자와 관련이 있다는 정보를 기관 간에 공유하지 않았다.
9・11 테러에서 정보수집 문제점은 두 가지이다. 테러와 직접적, 간접적 정보의 수집실패와 수집된 정보를 테러관련 기관 간 공유하지 못했다는 것이다. 대터러기관들의 문제점이 테러 관련 정보의 수집, 공유 및 수사와 대응 부실이라는 것을 알 수 있다.