1999년 출범한 한·중·일 3국 정상회의가 중단된 것은 이번이 처음은 아니다. 2005년에도 한·중·일 정상회의가 개최되지 않았다. 한·중·일 3국 정상은 2005년 12월 말레이시아 쿠알라룸푸르에서 개최된 ASEAN+3 정상회의에 모두 참석하였으나, 매년 ASEAN+3 계기에 개최하던 한·중·일 정상회의를 개최하지 않았다. 그 이유는 한국과 중국이 고이즈미 일본 총리의 2005년 10월 17일 야스쿠니 신사 참배에 대한 항의 표시로 한·중·일 정상회의를 거부하였기 때문이다. 2005년 한·중·일 정상회의 의장국 중국은 고이즈미 총리의 신사 참배에 “일본 지도자의 야스쿠니 신사 참배가 곤란을 만들었다”고 강조하면서 강력 반발하였고, 한국과 협의하여 정상회의를 ‘적정시점으로 연기’하는 형식을 취하면서 3국 정상회의를 사실상 거부하였다. 동 ASEAN+3 정상회의 계기 개최된 한·중 정상회담에서 노무현 대통령은 “야스쿠니(靖國) 신사 참배로 인해 이번 3국 정상회담을 연기한 중국의 판단에 동의한다”고 밝혔고, 중국 원자바오 총리도 “3국 협력 강화 여부는 앞으로 일본 지도자의 태도에 달려 있다”고 발언했다.
매년 ASEAN+3 계기에 개최하던 한･중･일 정상회의를 2005년 고이즈미 일본 총리의 야스쿠니 신사 참배에 대한 항의 표시로 중국과 한국이 협의하여 연기하는 형식으로 사실상 거부하였다.