사전에 디지털 본래증거를 수집하는 데에 있어 혐의 사실 관련성이 문제가 된다면, 이후 관련성이 발생하였을 때 해당 본래증거를 압수하는 방법을 고려 할 수도 있다. 다시 말하자면 작성자가 디지털 전문증거의 진정성립을 부인할 때, 해당 전문증거의 진정성립에 사용할 본래증거를 압수하는 것이다. 하지만 이방법에도 다른 문제가 있다. 현행 압수·수색 절차에서 압수의 대상이 되는 정보저장매체는 압수·수색 종료 이후에 피압수자가 점유하게 된다. 현장에서 선별 압수하는 경우는 물론이고, 정보저장매체 자체를 압수한 경우에도 선별하여 재압수한 후 정보저장매체는 피압수자에게 환부 또는 가환부하기 때문이다.
디지털 증거가 혐의와 관련성이 없어 압수되지 못했다면, 관련성 발생 후 압수하는 방법이 있다. 하지만 정보저장매체를 압수할 경우 피압수자에게 환부하여야 하는 문제가 있다.