인권위원회는 정책 권고의 권한을 가진 서울과 강원을 제외하고, 대부분 심의자문의 역할을 맡았다. 회의 형태는 정기회, 임시회로 나뉘어졌지만, 대개 년 1-2회의 정기회를 가졌다. 서울, 광주, 충남, 전북 등 활동이 활발한 곳에서는 년 4회 이상 가졌다. 서울은 임시회를 자주 가졌고, 서울, 부산, 광주는 소위원회를 구성하여 활동한 것이 특별하였다. 특히, 서울시 인권위원회는 세미나, 포럼, 토론회 등을 주관하여 인권 행정의 기반을 다지고자 하였다(박래군 2015). 인권위원회의 행정 업무와 지원을 인권전담부서가 있는 서울(인권담당관)이나 광주(인권평화협력관)는 해당 부서가 맡았지만, 대부분은 자치행정 부서가 맡았다.
인권위원회는 주로 회의를 통해 심의 자문 하였다. 서울시에서는 토론회 등을 통해 인권 행정의 기초를 수립하려 했다. 전담부서가 없는 경우 행정 업무와 지원을 자치행정 부서가 담당했다.