한편, 2005년부터 추진된 국방개혁은 그때까지 예산우선주의 예산편성으로 인하여 점점 하락하던 국방예산의 우선순위를 일시적으로나마 높이는 계기를 제공했다.｢’06-’20 국방개혁기본계획｣은 한국군의 군 구조를 병력 위주의 양적 재래식 구조에서 기술 중심의 질적 첨단구조로 전환하고, 전력구조를 ‘정보･지식과 네트워크 중심의 과학군’으로 발전시킨다는 중장기 청사진을 가지고 출발하였다. 참여정부의 국방개혁기본계획은 사상 처음으로 621조 원에 달하는 개혁 소요재원을 판단하고, 국방예산 증가율을 첫 5년 동안은 연평균 9.9%, 다음 5년 간은 연평균 7.8%로 계획하였다. 이는 사실상 경제성장 또는 정부재정능력보다는 군사적 소요를 우선적으로 고려한 국방예산 책정이라고 할 수 있다. 이에 따라 국방개혁 초기에는 국방예산 증가율이 GDP 증가율을 상회하였고 정부재정 증가율과 거의 대응한 수준에서 편성되었다. 그럼에도 불구하고, 연도별 국방예산은 개혁 초기부터 국방개혁기본계획의 예산소요에 못 미치는 수준에서 편성 되었고 해가 갈수록 그 격차가 확대되는 경향을 보였다. 이명박 정부에 와서는 경제우선의 정부예산 배분으로 국방예산의 우선순위가 더욱 낮아졌다. 국방개혁 기본계획에 대해 2008년과 2011년 두 차례의 수정이 이루어졌는데, 그 배경에는 안보환경 변화로 불가피한 면도 있지만 주로 국방예산 부족문제가 자리 잡고 있다.
2005년 추진된 국방개혁은 군을 재래식 구조에서  첨단구조로 전환하는 내용으로  정부재정능력보다 군사적 소요를 우선적으로 고려하여 국방예산이 책정 편성되었나 이후 국방예산은 점차  국방개혁기본계획의 소요에 못미치게 편성되어  격차가 커졌고 MB정부에 들어서는 예산 우선순위가 더 낮아졌다. 이후 안보환경변화와 국방예산부족문제로 국방개혁기본개획은 수정되었다.