조직 내부의 조직원리에는 앞서 살펴본 바와 적용될 수 있지만 조직 간에는 조금 달리 적용될 수 있다. 일반적인 조직 간에는 거래관계가 있지 않으면 상호 간 영향(외부효과) 자체가 없다. 따라서 독립된 예산으로 독립된 기능을 수행하는 정부부처 간에는 대체로 상호 간 영향이 없는 경우가 대부분이다. 따라서 독립된 예산과 독립된 기능을 전제할 때는 부처 간 조정을 위한 의사소통은 불가능하다. 다른 한편 예산확보와 관련해서는 부처들은 서로 경쟁관계(신뢰 없는 전략적 보완관계)에 있게 된다. 이 경우에도 의사소통을 통한 조정은 불가능하다. 기존의 예산, 조직, 그리고 제도적 조건 하에서는 정부부처 간 조정은 사실상 불가능하다.
그러나 조직 간 거래가 없으면 상호 영향이 없어, 내부 조직원리가 달리 적용된다. 독립된 예산과 기능 전제하면 부처 간 조정 의사소통이 불가능하여, 부처들은 예산확보를 경쟁하게 된다.