그럼에도 불구하고, 개인정보 생명주기에 따라 수집과정에서 명확한 인식과 설명(개인정보 열람･정정･삭제 청구권) 없는 수집의 위험성, 저장관리 과정에서 해킹에 의한 유출 및 삭제, 이용 및 제공과정에서 다른 개인정보 데이터베이스와의 결합에 따른 오･남용(특성, 습관, 행동, 감정추론) 사례가 발생할 가능성이 존재하며, 원데이터의 복원이나 당사자 역추적 등도 가능하므로 개인정보 유출 가능성을 배제할 수는 없다. 본 진정사건과 관련하여 공익근무요원들에 대한 복무(근태)관리는 담당자가 지속적인점검을 통하여 이를 감독할 수가 있으며, 부득이하게 출퇴근용 카드발급시스템을 사용한다 하더라도 충분히 예방할 수 있으므로 지문등록시스템 도입은 침해의 최소성에 맞지 않다고 판단된다.
지문등록시스템을 위한 개인정보 생명주기에 따른 수집과정에서 오류와 해킹으로 인한 개인정보 유출의 가능성은 열려있다. 이와 관련해 공익근무요원이 출퇴근용 카드발급시스템을 이용하더라도 예방이 가능하다.