반면 2009년부터는 중-ASEAN 관계가 급속한 냉각기 또는 새로운 조정기를 맞게 되었다. 이는 중국이 남중국해 영유권 문제에 대해 전례 없이 강경한 태도를 보이기 시작했기 때문이다. 2009년 중국은 돌연 남중국해를 대만, 티베트, 신장과 더불어 어떠한 경우에도 양보할 수 없는 자신의 “핵심 이익”이라고 공개적으로 선언했다. 동시에 중국은 UN 안보리에 1947년 당시 중국 정부(국민당)가 일방적으로 설정한 “구단선(nine-dash line)”을 재확인하는 외교 노트를 제출했으며, 2009부터 최근까지 필리핀, 베트남과 각종 형태의 영유권 분쟁을 꾸준히 야기해 왔다. 뿐만 아니라, 2012년 중국은 ASEAN 의장국인 캄보디아에 대해 막후 영향력을 행사하여 ASEAN 외무장관회의 시 남중국해 영유권 분쟁에 대한 공동선언 채택을 무산시킴으로써 국제적 비난의 대상이 되기도 했다. 한편 2013년 중국은 동중국해상에 일방적으로 방공식별구역(ADIZ: Air Defense Identification Zone)을 전격 선포함으로써 일본, 미국과 갈등을 증폭시켰으며, 향후 남중국해에서도 이와 유사한 조치를 취할 가능성을 시사하기도 했다.
중-ASEAN 관계의 냉각기가 생겼다. 이는 중국이 남중국해 영역에 대한 입장을 강경하게 했기 때문이다. 중국이 남중국해를 양보할 수 없는 핵심 이익으로 단언한 이후, 아시아 여러 나라와 중국의 관계는 조정기를 맞이하게 되었다. 