교육개발협력 사업 또한 USAID가 주축이 되어 담당하고 있다. 연방제 국가인 미국에서 교육은 각 주와 지역의 책임 하에 있고, 미국 헌법에서도 교육은 주의 권한으로 규정되어 있다(박대권･이상무, 2013). 따라서 교육 관련 중앙 부처가 교육개발협력 사업을 직접 수행하지 않으며(정봉근･박환보, 2013), 개발원조 담당부처인 USAID에서 원조사업의 일환으로 교육개발협력 사업을 총괄하여 수행하고 있다. USAID는 일반 행정조직 외에 사업 별 조직과 지역별 조직으로 구성되어 있고, 사업별 조직 내 ‘경제성장･농업･무역국 (Bureau for Economic Growth, Agriculture and Trade)’이 경제성장, 무역 확대, 기술 분야와 함께 교육 분야를 담당하고 있다(채재은･우명숙, 2012: 93).
미국은 교육사업을 주의 권한으로 추진하고 있으며 교육개발협력사업은 USAID내에 사업별 조직과 지역별 조직으로 구성 운영하고 있다.