그러나 2000년대 초 FEMA의 연방기금 감축 필요성 제기와 함께 9.11테러 발생으로 재난대응 관점에서 시민보호 관점으로의 정책의제가 전환되면서 위기유형을 civil defense(기존 재난+테러)와 국가적 차원의 중대 사건(INS in NRF)으로 구분하면서 국토안보법(Homeland Security Act) 제정과 함께, 국가적 차원의 종합적이고 총괄적인 위기관리조직으로 DHS를 설립하였다. DHS는 위기 발생 시 기술, 의사소통 체계의 강화를 목적으로 복잡한 정부활동을 patchwork 조직으로서 연방의 재난대응 프로그램의 규모와 범위에 대하여는 오히려 축소되는 형태로의 전환을 가져왔다. 즉 Homeland Security Act 제정으로 국토보호를 위한 최우선 과제가 정부기능의 단일 기관화(DHS)로 변모하면서 재난대응 업무를 담당하는 FEMA가 DHS 산하 소속 기구로 하위부서화 되었다.
국가적 차원의 종합적이고 총괄적인 위기관리조직으로 DHS를 설립하였고, 재난대응 업무를 담당하는 FEMA가 DHS 산하 소속 기구로 하위부서화 되었다.