자유학기제는 새 정부의 핵심 정책 과제로서 2016년 전국의 모든 중학교에 전면 시행될 예정이다. 따라서 이와 관련된 지침이 국가교육과정 틀 속에서 마련될 필요가 있다. 자유학기 지침을 마련하는 데 있어서 검토되고 있는 사항은 다음과 같다. 첫째, 자유학기제 운영 모형에서 사용되고 있는 용어들 가운데 현행 국가교육과정에 언급된 용어와 혼동을 일으키는 것들은 조정하도록 한다. 둘째, 자유학기 동안에 감축할 수 있는 교과(군)별 수업 시수는 20%범위 이내로 함으로써, 자유학기뿐만 아니라 다른 학기에도 자유학기제의 취지를 살린 교육활동이 가능할 수 있도록 한다. 셋째, 자유학기 동안 다양한 탐구 및 체험 활동을 위해 감축한 교과(군)별 수업 시수는 창의적 체험활동에 증배하여 운영할 수 있도록 한다. 넷째, 자유학기 동안에 이루어지는 다양한 활동들을 창의적 체험활동과 연계하여 운영할 수 있도록 한다.
2016년 전국의 모든 중학교에 시행될 자유학기제와 관련하여 혼동을 일으킬 수 있는 용어를 조정하고 감축 교과 수업시수의 범위를 20% 내로 하여 창의적 활동에 안배하고 다양한 체험활동과의 연계하여 운영하는 등의 관련 지침이 검토되고 있다.