2003년 1월 6개 공인 인증 기관이 공인인증서 상호 연동 협약을 체결하면서 공인인증서의 사용이 확산되기 시작하였다. 협약 이전에는 인터넷뱅킹용은 금융 결제원, 사이버 증권 거래용은 코스콤, 일반 전자 거래는 한국 정보 인증이나 한국 전자 인증, 무역용은 한국무역정보통신에서 따로 용도별로 공인인증서를 발급받아야 하였으며, 상호 간에 연동되지 않았다. 2003년 이후 하나의 공인인증서로 모든 전자 서명이 가능하게 되었다. 공인인증서 이용 건수는 2013년 3천만 건을 돌파하였다. 2000년 3만 건에 불과했던 공인인증서 이용자는 2005년 처음으로 1,000만 건을 돌파한 이래 꾸준히 증가하여 2011년 2,655만 건, 2012년 2,838만 건의 이용자를 기록하고 있다.
2003년 공인인증서 상호 연동 협약 전에는 용도별로 공인인증서를 발급받아야 하고 상호 간 연동되지 않았으나, 그 후에는 하나의 공인인증서로 모든 전자 서명이 가능해지면서 공인인증서 이용자가 증가했다.