그렇다 하여 EU 회원국이 재정정책에 가지는 자율권이 절대적인 것은 아니다. 과세 조치로 인해 다른 EU 회원국으로부터 수입되는 상품에 ‘불리한 대우’를 공여하고 ‘국내상품을 보호’하는 효과가 발생할 수 있는데, TFEU는 차별적․보호주의적 효과를 가지는 그러한 과세 조치를 금지하고 있다. 대표적인 예가 TFEU 제28조, 제30조, 제110조이다. 제28조와 제30조는 EU 회원국 간에 재정적 성격의 국경조치인 ‘관세’(customs duties)와 ‘관세와 동등한 효과를 가지는 과징금’(charges having equivalent effect to customs duties: CEEs)을 부과하는 것을 금지한다. 그리고 제110조는 재정적 성격의 국내 조치인 ‘차별적인 내국세’(discriminatory internal taxation)를 금지하는 규정으로서, EU 역내무역에 있어 차별적․보호주의적인 재정 장벽을 철폐하고 국내․수입상품 간 경쟁에 절대적인 중립성을 확보함을 목적으로 한다. 상품의 자유이동을 보장하기 위해 제28조․제30조에 더하여 반드시 필요한 보충적 규정이라 할 수 있다.
TFEU 제28조, 제30조, 제110조처럼 차별적 보호주의적 효과를 가지는 과세 조치 금지 규정이 있듯, EU 회원국의 재정정책에 대한 자율권은 절대적이지는 않다.