지방교육자치는 제도 시행 초기에 잇따른 선거 비리에 시달렸다. 제도가 의미있는 변화를 만들어내지 못했다. 시도교육청은 여전히 교육부의 정책을 학교로 전달하는 역할에 머물렀다. 당연히 지역 교육의 다양성은 살아나지 않았다. 교육위원회와 시도의회에서 교육 사안이 이중 심의되는 과정에서 비효율 문제가 제기되고 교육행정과 일반행정 사이에 갈등과 대립이 심화하였다. 교육자치는 ‘그들만의 리그’와 ‘전문가 자치’라는 비아냥에 시달렸다. 주민이 철저하게 배제된 자치에 붙여진 오명이었다. 이 시기의 교육자치는 다음과 같은 특징을 지녔다.
지방교육자치는 제도 시행 초기에 선거 비리가 잇따랐다. 시도교육청은 아직도 교육부의 정책을 학교로 전달하는 역할만 할 뿐이다.