이용자 선택권의 향상은 몇 가지 부작용을 나타내었다. 즉, 한 기관 내에서 두 가지 서비스를 통합해서 사용할 경우 문제가 적지만, 타 기관 혹은 타 지역에서 서비스를 나누어 이용할 경우 이용자의 실질적 부족이나 관리 체계상의 문제점이 드러날 수도 있다는 것이다. 또한 통합 바우처 방식의 계획적 특성상 이용자에 대한 사정 단계에서 공급량을 정하게 될 수 있는데, 이는 어렵고 적절하게 배분이 이루어지지 않을 가능성도 언급되었다. 급여량은 서비스를 제공하는 과정 속에서 이용자의 한계를 파악하고 치료 개입과 치료 계획을 병행하는 실질적 서비스 제공 과정이 간과되었다는 것이다.
이용자 선택권의 향상으로 이용자의 부족이나 관리 체계상의 문제점, 공급량의 부적절한 배분 등의 부작용이 나타났다.