통일추진기 대통령과 국무총리 역할분담에 대한 두 번째 방안(제2안)은 국무총리에게 행정수반의 위상을 부여하고 이에 맞는 역할을 부여하는 안이다. 이 방안은 국정업무를 외교, 안보, 통일 등 정치적 색채가 강한 분야와 일반행정분야로 구분해 정치색 색채가 강한 분야는 대통령이 관장하며 일반행정 분야는 국무총리가 책임지고 관장하는 방안이다. 행정부처를 중심으로 관할 업무를 구분해 보면 외교부, 국방부, 통일부는 대통령 소속 부처가 되며, 이들 부처를 제외한 다른 부처는 국무총리 소속 부처가 된다. 그러나 통일과 관련해서 외교, 군사, 대북관계, 국민통합 등 중요한 사항 대부분은 대통령 소관 업무이지만, 경제, 사회, 문화 등 일부 분야는 국무총리 소관 사무이기 때문에 정책조정을 위한 추가적 조치가 필요하다.
통일 추진기에 대통령과 총리에게 맞는 역할분담을 부여하는 방안이다. 정치적 색이 강한 중요 국정업무는 대통령이 경제, 사회, 문화, 일반 행정업무는 총리가 책임지고 관장할 수있도록한다.