그러나 지역경제를 특정산업 중심으로 전문화하는 것이 장기적으로 지속가능한 발전전략인가에 대해서는 많은 이견이 존재하는 것도 사실이다. 산업구조와 지역발전간의 관계에 관한 기존의 연구들은 지역경제의 전문화(또는 다각화) 수준과 지역발전의 관계는 단선적이 아님을 지적하고 있으며, 특히, 전문화 수준이 높을수록 단기적인 성장에는 유리할 수 있으나 장기적인 안정성을 저해할 뿐만 아니라 외부의 대규모 충격에 따라 지역경제 전반이 급격히 쇠퇴할 우려도 제기되고 있다. 전문화된 지역산업구조가 지역경제에 미칠 수 있는 가장 극단적인 부정적 사례로 2013년 말 파산한 미국의 자동차 도시 디트로이트사례를 들 수 있다.
지역경제를 특정산업으로 전문화하는 것은 단기적으로는 좋지만, 장기적으로는 안정성이 부족하고 외부의 충격에 따라 지역경제가 흔들릴 우려가 있다.