1990년대부터 북한의 연방제는 약간의 전술적 변화를 보였다. 북한은 1980년대 말 소련 해체와 동유럽 사회주의권 붕괴로 인한 외교적 고립과 경제난 등으로 체제 유지에 불안을 느끼게 되자 남북공존을 모색했다. 북한은 1991년 신년사에서 잠정적으로는 지역자치 정부에 더 많은 권한을 부여하며, 장차 중앙정부의 기능을 더욱더 높여 나가는 방향에서 연방제 통일을 완성하는 '1민족 1국가 2제도 2정부에 기초한 연방제'를 주장했다.
2000년대에 들어서는 낮은 단계의 연방제를 제기했다. 북한은 고려민주연방공화국 창립방안 제시 20주년 기념 평양시 보고대회(2000.10.)에서 낮은 단계의 연방제는 1민족 1국가 2제도 2정부 원칙에 기초하되 남북한 정부가 현재의 기능과 권한을 그대로 하는 것이라고 설명했다.
1990년대부터 북한은 체제유지의 어려움을 느끼고 '1민족 1국가 2제도 2정부에 기초한 연방제'를 주장했다. 2000년대 들어서는 남북한 정부의 기능을 그대로하는 낮은 단계의 연방제를 제기했다.