또 다른 대법원의 판결(2001두4399, 2003.03.11; 2006두 9535, 2008.1.31)은 수입금액 누락분에 대하여 실지조사결정에 의하여 과세처분을 한 경우 그 누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장 ‧ 입증하여야 하고, 그 필요경비를 공제하기위하여 소득을 추계조사방법에 의하여 결정할 수는 없다고 하여 수입금액은 실지조사결정하고 소득금액은 추계과세하는 방법도 허용하지 않는 입장을 보였다. 그리고 대법원의 판결  (2005두14561, 2007.7.26)은 매출누락액 추계의 근거가 된 매입누락액이 총 매입액에서 차지하는 비율이 작다거나 또한 단일한 과세연도의 매출누락액을 산정함에 있어 매입누락액을 포함한 총 매입액에 법인이 신고한 매입액과 매출액을 기초로 산정한 매매 총 이익률을 적용하여 총 매출액을 추계한 후 법인이 신고한 매출액을 공제한 것과 매입누락액에 동일한 매매 총 이익률을 적용하여 곧바로 매출누락액을 산정하는 방법의 산정결과가 동일하다고 하여 그와 같은 혼합과세가 허용되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없다고 하여 과세당국이 다양한 고려를 통하여 적절한 과세부담을 계산하려는 시도에 재량권을 허용하지 않았다.
2001두4399, 2006두9535 판결에서는 수입금액 누락분에 대하여 수입금액은 실지조사결정하고 소득금액은 추계과세하는 방법도 허용하지 않는 입장을 보였다. 2005두14561 판결은 혼합과세의 허용은 받아들일 수 없다며, 과세당국이 적절히 과세부담을 계산하는 데에 재량권을 허용하지 않았다.