레저선박 관리제도에서 폐선 관리가 중요한 이유는 등록되지 않아 소유자를 알 수 없는 노후 선박이 방치되는 경우 때문이다. 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제6조는 방치된 선박이 공유수면의 효율적 이용을 저해하거나 수질오염을 발생시킬 우려가 있을 경우 방치선박을 제거하도록 규정하고 있다. 방치 선박의 소유자나 점유자를 알 수 없는 경우 선박의 이해관계인(선박등기법에 따라 선박등기부에 기재된 자 및 자동차 등 특정동산 저당법에 따라 선박원부 등에 기재된 자)에게 의견을 조회하게 되어 있다. 그러나 레저선박이 무등록 미등록된 경우에는 소유자는 물론 이해관계인도 조회할 수 없어, 방치선박이 될 경우 행정상 처리가 지연되는 문제가 발생할 수 있다.
주인 없는 노후 선박이 방치되기도 하기 때문에 폐선 관리는 중요하다. 법률에 따르면 방치된 선박이 불편을 초래할 경우 이를 제거해야 한다. 그러나 주인을 모를 경우 처리가 지연될 수 있다.