이러한 운영체계의 문제점을 개선할 방안으로 갈등관리심의위원회의 역할 강화가 있다. 현재 공공기관에서는 갈등예방 및 해결에 관한 조례를 가지고 있는 곳이 많다. 그 조례에 따라 갈등관리심의원회를 두고 있고, 갈등영향분석 실시여부를 주요한 기능으로 삼고 있다. 그러나 현실에서는 갈등관리심의위원회에서 공공기관의 제안으로 갈등영향분석 실시 여부만을 심의, 의결할 뿐 갈등영향분석 실시과정과 분석 내용에 대한 아무런 영향을 미치지 못 하고 있는 실정이다. 갈등관리심의위원회의 기능강화적 측면에서 갈등영향분석 운영체계를 개선한다면 갈등영향분석 활성화에 대한 보완책이 될 것이다.
이러한 운영체계의 문제점을 개선하기 위해 갈등관리심의위원회의 역할이 중요한데, 기능강화적 측면에서 갈등영향분석 운영체계를 개선하여 갈등영향분석을 활성화해야 한다. 