전자화대상문서의 폐기는 문서의 보존을 획기적으로 전환할 수 있는 규정이다. 첫째, 전자화문서의 동일성 인정 여부는 전자화문서의 내용 및 형태에 의하여 결정되므로 전자화문서의 작성절차 및 방법을 통하여 확보될 수 있다. 현행 전자문서법 제31조의6은 전자화문서의 작성방법 및 절차를 준수하는 공인전자 문서센터에 보관된 전자화문서에 대해서는 동일성이 추정되는 제5조 제2항에 따른 전자문서의 보관과 동일한 효력을 부여한다. 둘째, 전자화문서의 무결성은 전자문서의 동일성 확보를 위한 요건과 달리 전자화 문서의 보관에 안전성과 신뢰성이 확보되어야 한다. 현재 전자화문서를 위조·변조의 위험으로부터 보호할 수 있는 기술적·관리적 조치로는 대표적으로 전자서명, 타임스탬프, 공인전자문서센터와 같은 기술 또는 제도가 있다. 현행 전자문서법 제31조의7 제1항은 “공인전자문서센터에 보관된 전자문서는 보관기간에는 그 내용이 변경되지 아니한 것으로 추정된다.”고 무결성 요건을 규정하고 있다. 셋째, 전자화문서의 진정성은 전문법칙에 따라 판단된다. 왜냐하면 이는 사법적 판단에 있어 입증의 문제이지 문서의 효력을 규범적으로 인정할 문제는 아니기 때문이다. 따라서 전자화대상문서의 폐기에 대해서는 제31조의6 제2항에 “공인전자문서센터에 보관된 전자화문서는 전자화대상문서에 갈음할 수 있고, 제5조 제2항에 따른 전자화대상문서는 폐기할 수 있다.”고 신설하는 것이 타당하다.
전자화대상문서 폐기는 문서 보존을 다음과 같은 방법으로 획기적으로 전환할 수 있다. 먼저, 전자화문서의 동일성 인정 여부는 전자화문서의 작성절차 및 방법을 통해 확보될 수 있다. 그리고, 전자화문서의 무결성은 전자화 문서의 보관에 안전성과 신뢰성이 확보되어야 하고 대표적인 기술과 제도로는 전자서명, 타임스탬프가 있다. 또한 전자화문서의 진정성은 전문법칙에 따라 판단된다.