연구학교 운영은 디지털교과서를 활용한 교수 학습 모델을 개발하고 개선 사항을 도출하는 데 초점을 두고 있으며, 나아가 디지털교과서 활용 행태를 분석함으로써 그 효과성을 검증하는 것을 목적으로 하고 있다. 이러한 목적 하에 연구학교의 연구 주제는 크게 (1) 교수 학습 모델 개발(부산 대신초등학교의 ‘디지털교과서 활용을 통한 스마트교육 환경별 교수 학습 모델개발’ 또는 충북 산외초등학교의 ‘서책교과서 병행 디지털교과서 활용을 통한 교수 학습 방법 개선’ 등)과 (2) 학습자 역량 강화(전남 영암서호중의 ‘디지털교과서의 효율적 활용으로 자기주도적 학습 능력 신장’ 또는 세종시 부강초등학교의 ‘디지털교과서 활용으로 창의적 자기주도학습 능력 신장’ 등)로 수렴되는 경향을 보인다. 교육부는 이와 같은 77개교의 2013학년도 연구학교 운영 실적을 정리하며 광주의 봉선중학교와 울산의 월계초등학교를 대표적 운영 사례로 꼽은 바 있다. 광주 봉선중학교의 경우는 “사회과 수업에서 디지털교과서의 멀티미디어 자료를 활용하여 도시의 사회 현상을 학습하고, 이를 잘 나타내는 사진 자료를 인터넷에서 찾아 디지털교과서에 링크한 나만의 디지털교과서를 만들며 자기주도 학습력, 정보 활용 능력 향상을 도왔다”고 평가하며(교육부, 2014: 47), 울산 월계초등학교는 ‘토요 디지털교과서 체험의 날’ 운영을 통한 학생 및 학부모 대상 디지털교과서 직접 체험을 통해 디지털교과서에 대한 긍정적 인식을 형성하는 데 이바지하였다고 평가하고 있다. 그러나 이와 같은 운영 실적 정리 및 평가에는 연구학교 운영의 또 다른 목적인 디지털교과서 활용상의 오류나 개선점에 대한 언급은 없었으며, 자연히 연구학교 운영의 결과로 디지털교과서나 디지털교과서 이용에 어떠한 실질적인 개선이 이루어졌는지에 대한 내용은 포함되어 있지 않았다.
연구학교는 디지털교과서를 이용하여 교수 학습 모델을 만들고 이를 수정 및 개발을 하는데 중점을 두며 추가로 이의 활용을 어떻게 해야하는지 연구하는데 목적을 두고 있다. 연구학교의 연구주제는 교수 학습 모델 개발,학습자 역량 강화 이 2개로 나뉘며 교육부는 2013학년도의 운영 실적을 통계내어 광주의 봉선중학교와 울산의 월계초등학교를 대표로 참고하기 좋은 사례로 뽑았다.