자유학기제의 취지에서 보면 자유학기제의 실시 학기는 단위 학교에서 학교의 실정에 맞게 자율적으로 결정하는 것이 바람직할 것으로 본다. 이에 따라 현재 연구학교 및 희망학교는 자유학기제 실시 학기를 다양하게 운영하고 있다. 그렇지만 본 연구에서 실시한 실태조사 및 설문조사의 결과를 보면, 자유학기제 실시 학기를 가능한 한 국가 수준 또는 시·도 교육청 수준에서 통일하자는 견해가 대단히 높게 나왔다. 제 Ⅱ장에서 보는 바와 같이 연구학교의 경우 2013학년도 2학기와 2014년도 1학기에 실시한 학교 모두 ‘1학년 2학기’가 가장 높게 나왔고 그 다음으로 ‘2학년 1학기’인 것으로 나타났다. 또한 본 연구의 전국적 설문 조사 결과에서도 <표 Ⅴ-1-4>와 같이 1학년 2학기가 가장 높게 나타났고(31.8%), 그 다음은 2학년 1학기(26.1%)로 나타났다. 이와 같이 각종 조사 결과에서 자유학기 실시 학기를 통일시킬 필요가 있고 그 경우 1학년 2학기가 가장 높게, 그 다음으로 2학년 1학기가 적절하다는 의견이 개진되고 있다.
자유학기제의 실시는 학교별로 자율적인 판단 하에 있는 것이 취지에 올바르다고 보며 이에 현재 자유학기제를 시행하는 학교는 다양하게 이를 운영하고 있다. 하지만 연구 결과에서는 이를 통일하자는 의견이 매우 높게 나왔다.