셋째, 학교통 ․ 폐합은 행 ․ 재정 지원 강화를 비롯하여 시 ․ 도 교육청별 전체 학교 재배치 계획과 연계하여 추진될 필요가 있다. 교육부는 현재 통 ․ 폐합시 추가 인센티브를 지급하고, 학교통 ․ 폐합의 원활한 추진을 위한 ‘과’ 단위 한시 전담조직의 설치 ․ 운영을 지원하며, 농산어촌 지역에 우수 중 ․ 고등학교를 육성한다는 방침이다. 특히 우수 중학교 육성과 관련해서는 다양한 농어촌 거점별 우수중학교 필수 및 특색 프로그램 운영 지원, 기숙사 신축 및 리모델링 등 시설기반 개선과 통학버스 운영 등을 통해 교육여건을 개선하고, 우수 고등학교 육성과 관련해서는 농산어촌 거점 우수고 육성, 학생모집 자율성 확대, 기숙사 및 노후시설 개선비 지원 등 교육역량을 강화한다는 것이다. 나아가 구체적인 학생수용계획 미수립, 학생 수 증가 및 인근 학교 수용 가능성 부족 등 객관적 학교 신설 요인이 부족한 상황에서 학교 신설이 추진되는 사례가 없도록 학교통 ․ 폐합이 전체 학교 재배치 계획과 연계하여 이뤄지도록 한다는 방침이다. 이러한 교육부 방침은 학교통 ․ 폐합이 시 ․ 도 교육청별 학교 재배치 계획과 연계하여 이뤄지는 동시에, 지역의 거점 역할을 할 수 있는 중 ․ 고등학교 육성에도 이바지할 수 있다는 점에서 바람직한 학교통 ․ 폐합 추진 방향으로 평가할 수 있다.
학교 통․폐합은 추가 인센티브의 지급, 전담 부서 설치, 우수 거점 학교의 육성 및 지원  등 행․재정 지원을 강화해서 추진해야 한다. 동시에 학교 신설 요인이 미흡한데 신설이 추진되는 문제가 없도록 시․도 교육청별의 전체 학교 재배치 계획과 연계하여 추진되어야 한다.