다음으로, 다부처공동기획사업의 경우 미래창조과학부와 다부처 공동기술협력특별위원회 주도로 대상사업 선정과 사전기획연구가 이루어지고, 그 결과에 따라 참여부처 공동의 공동기획연구가 수행된다. 이후 과학기술기본법 에 근거, 연구단지 조성 및 연구시설 장비 구축 사업비가 총 사업비의 100분의 30 미만인 사업에 대해 참여부처 공동으로 기획재정부장관에게 예비타당성 조사를 요구하게 되며, 예비타당성 조사 이전에 미래창조과학부 장관이 조사대상사업으로서의 적합 여부에 관한 의견을 제출하기 위해 기술성 평가를 수행한다(과학기술기본법 제12조의 3). 그런데 이때의 기술성 평가는 예비타당성조사 대상사업 후보군 선정의 과정으로서 적합성 여부에 대한 의견 제출에 그치며, 예비타당성 조사 과정에서 사전 기술성 평가 반영 의무는 명시되어있지 않다. 따라서 국가연구개발사업의 예비타당성 조사에 관해서는 과학기술적 전문지식을 보유한 미래창조과학부의 기능과 권한을 더욱 강화할 수 있는 제도 개선이 이루어져야 할 것으로 판단된다.
다부처공동기획사업의 경우 예비타당성 조사를 요구받게 되는데, 그에 앞서 미래창조과학부 장관이 먼저 기술성 평가를 수행한다. 그런데 이는 의견 제출에 불과하고 평가 반영의 의무는 명시되어 있지 않다. 따라서 미래창조과학부의 기능과 권한을 강화시키는 제도 개선이 필요하다.