한편, 개인정보 보호 추진체계에 관하여 정부안은 현행 「공공기관의 개인정보보호에 관한 법률」, 「정보통신망법」 등 기존 법률체계를 유지하되 개인정보보호위원회의 심의기능을 강화하자는 의견이었지만, 의원안은 개별 법률에 부여한 부처의 기능과 조직을 독립관청을 설립하여 두자는 의견이었다. 즉, 행정안전부는 「개인정보 보호법」에 따른 개인정보 보호기구인 개인정보 보호위원회를 총리 산하에 두자고 하였으나 국가인권위원회, 민주사회를 위한 변호사 모임, 참여연대, 진보네트워크 등의 의견을 반영한 야당에서는 정부가 통제하려는 것이 아니냐며 대통령 소속의 위원회 조직으로 두고, 개인정보보호위원장을 장관급으로 두도록 요구하였다. 결국, 법안 심의과정에서 개인정보 보호위원회는 대통령 소속의 위원회 조직으로 격상되어 독립성을 갖추게 되었다.
개인정보 보호위원회 소속을 두고 행정안전부와 진보계의 의견을 반영한 야당간의 의견차이가 있었으나 법안 심의 과정에서 개인정보 보호위원회는 대통령 소속의 독자적인 조직으로 격상되었다.