유엔 북한인권 조사위원회 보고서가 북한 당국자들의 국제형사재판소 회부 또는 유엔 특별재판소 설립을 언급한 것은 북한의 입장에서는 자주권과 내정불간섭에 반하는 것이다. 유엔 북한인권 조사위원회 보고서가 고위 관리, 특히 최고지도자의 국제형사책임을 언급한 것은 북한의 입장에서는 최고 존엄에 대한 모독이라는 점에서, 그리고 북한 체제의 전복(顚覆)을 의도하고 있다고 간주하여 전에 없이 강력하게 반발하고 있다. 이 같은 태도는 유엔 북한인권 조사위원회 보고서 발표 직후 북한의 공식 반응, 북한에 대한 2차 UPR시 유엔 회원국들의 권고에 대한 북한의 반응, 조선인권연구협회 보고서, 조평통과 국방위원회 성명, 북한 외무상의 발언 등에 반복되고 있다.
유엔의 북한인권 조사위원회 보고서는 북한 입장에서 받아 들일때 강한 비판 및 권리 침해 등 체제 유지에 불필요한 내용이 있다고 본다. 이와 관련하여 북한은 강한 반발심을 갖고 있다.