셋째, 체계정합성의 원칙에 따라야 한다. 이는 남북관계와 남북교류협력을 규율하는 법과 제도들 사이에 내용적으로 서로 모순되고 충돌되는 점이 발생하지 않도록 하고, 형식적으로도 법규범들 상호간에 상위규범과 하위규범간의 체계가 정합하도록 체계화시켜야 한다는 것이다. 다만, 남북한관계는 그 규율대상이 매우 가변적이고 정치적으로 고려해야 할 부분이 많을 뿐만 아니라, 입법기술적으로도 모든 경우를 법률에 규정하는 곤란한 경우가 있으므로 행정입법을 통해 탄력적으로 규율하는 것도 필요할 것이다. 특히, 북한의 법령체계는 남한과 달리 공법과 사법의 구별이 명확하지 않고, 헌법, 부문법, 규정, 시행세칙의 단계로 구분되므로 이러한 점도 고려하여야 법률의 규범력이 제고될 수 있도록 하여야 할 것이다.
남북관계와 남북교류협력을 다스리는 법과 제도를 체계화시켜야 한다. 단, 남북한관계는 정치적, 입법기술적으로 생각해야 할 부분들이 있기 때문에 행정입법으로 유동적으로 규율해야 한다.