국무총리실 정책조정력이 약한 또 하나의 이유로는 청와대와 국무총리실 조직 중복을 들 수 있다. 대통령 비서실의 각 조직은 국무총리실 조직과 유사한 데, 이를 통해 국무총리실은 물론 행정 각부를 통제하고 있다. 이와 같이 상태에서 대통령 비서실과 국무총리실 조직의 기능이 중복되면 대통령실은 국무총리실을 통하지 않고 행정각부를 직접 접촉하여 통제할 수 있으며(조석준･임도빈, 2010; 재인용 전영한, 2012: 37), 이럴 경우 국무총리실의 정책조정 기능은 상대적으로 약화되며 조정의 범위 또는 책임소재 또한 불분명해지는 문제가 발생한다.
국무총리실의 정책조정력이 약한 이유는 조직의 중복 때문이다. 대통령 비서실과 국무총리실의 조직이 유사해서 대통령실은 행정 각부를 직접 통제할 수 있게 된다.