그러나 이러한 입법적 해결에도 불구하고 디지털 증거의 물건성에 대한 의문, 신설규정에 의한 압수 ･ 수색에 장시간이 소요됨에 따라 당사자에게 오히려 부담을 줄 가능성, 출력 내지 복제압수를 원칙으로 하고 저장매체의 압수는 예외로 하는 규정의 수사실무와의 괴리문제, 압수된 디지털 증거를 분석하는 과정에서 당해 영장에 기재되지 아니한 별개의 범행증거가 발견되는 경우의 행동지침의 부재, 원격지 디지털 증거의 압수 등의 많은 문제점이 노출되고 있고, 이에 대하여는 기존의 많은 연구에서 현재의 형사소송법 제106조 제3항, 제4항이 디지털 증거 압수 ･ 수색의 근거규정으로서 기능할 수 없으므로 새로운 입법 또는 개정을 하여야 한다고 주장하고 있는 실정이다.
현재의 형사소송법 제106조 제3항, 제4항이 디지털 증거 압수, 수색의 근거규정으로서 기능할 수 없기 때문에 새로운 입법 또는 개정을 해야 한다고 주장하고 있는 실정이다.