17개 시·도교육청의 2019년 초등돌봄교실 운영계획을 보면 매일 1개 이상(지역 및 학교여건에 따라 주5회 이내) 제공되는 창의·인성 등 무상프로그램 이외의 프로그램과 급·간식은 수익자 부담으로 운영하고 있으나 그 이외의 비용은 시·도교육청의 보통교부금으로 부담하고 있다. 수익자 부담의 범위가 추가 프로그램과 급·간식에 한정되는 점은 학부모 부담금을 줄일 수 있는 반면 아동과 학부모가 원하는 서비스를 제공받지 못하는 문제를 발생시킬 수 있다. 예를 들어, 바깥놀이의 경우 초등돌봄에서 필요하다고 볼 수 있으나 바깥놀이를 하기 위해서는 안전 문제 때문에 돌봄 보조인력이 필요하다. 그런데 수익자 부담의 제한으로 인해 돌봄 보조인력을 구하지 못한다면 초등돌봄교실에서 바깥놀이를 하는 것에 제약이 발생하게 되고 학부모와 아동이 원하는 돌봄서비스가 원활하게 제공되지 못하는 문제가 발생하게 된다.
17개 시도교육청 2019년 초등돌봄교실의 매일 1개 이상(일부 주5회 이내) 무상 제공 외의 추가 프로그램과 급간식 비용은 수익자가, 이 외는 시도교육청이 부담한다. 이는 바깥놀이 안전인력 미비 등 원활한 서비스에 지장이 될 수 있다.