특임장관은 대통령과 국무총리에 의해 지정되는 업무를 수행하기 때문에 업무의 범위가 정해져 있지 않으며 여러 부처와 기능이 중복될 수 있다(최승우, 2010: 56). 그러나 이는 협업의 취지와 위배되지 않기 때문에 협업을 위한 조직으로 활용하기에는 오히려 장점이 될 수 있다. 만일 특임장관실을 협업조직으로서 규정할 경우 법적 근거를 마련하여 협업조직이 독자적으로 사업을 집행할 수 있도록 권한을 부여하고 법령의 실효성을 높여야 할 것이다. 과거 특임장 관실은 국무총리직속이었기 때문에 추후 협업의 조정 등을 위해서는 대통령 직속 기관으로 만들어 다른 부처와 동등한 위치를 보장하여야 할 것이다. 또한 특임장관실을 협업조직으로 설립하게 된다면 여러 기능의 중복으로 인식될 가능성이 높기 때문에 이러한 경우에 갈등이 발생하지 않도록 협업조직에 기능 조정 권한을 우선적으로 부여하는 등의 법적 뒷받침이 이루어져야 할 것이다.
특임장관은 업무의 범위가 정해져 있지 않아 여러 부처와 기능이 중복 될 수 있지만 협업에 있어서 오히려 장점이 될 수 있다. 하지만 협업 조직으로서 활동하기 위해서는 법적 뒷받침이 우선되어야 한다.