또한 교육부와 고용노동부의 협력 혹은 통합 문제 등에 대한 진지한 논의가 필요하다. 이 두 부처는 그동안 교육훈련과 관련하여 직업교육, 직업훈련, 평생교육, 평생직업능력개발 등 관련 기능의 통합 필요성이 지속적으로 제기되었다. 이 두 부처는 교육훈련과 관련한 예산을 가장 집행하기도 하고 개인의 생애주기별로 볼 때도 학교와 사회를 이어주는 사업의 연속선상에서도 통합을 통한 평생·직업교육의 컨트롤타워 기능의 수행이 효율적이다. 그러나 현실적으로 부처 통합이 쉽지 않기 때문에 현행과 같이 부처를 존속하고 독일이나 스위스처럼 장관을 겸임하는 것도 방안이다.
교육부와 고용노동부는 교육훈련관련 통합 필요성, 통합이 가져올 평생·직업교육의 컨트롤타워 기능수행의 효율성에도 현실적 부처통합의 어려움이 있기에 장관겸임도 방안이다.