정부는 연구비 부정사용의 주요 원인을 과제관리 미흡, 공익신고 부족, 제재조치 미흡 등으로 분석하고, ｢산업기술혁신촉진법｣ 개정(제11조의3)을 통해 연구비 부정사용 시 최대 5배의 제재부가금을 부과 ․ 징수하도록 하고, R&D 전담기관을 통한 과제관리 강화, 내부통제체제 강화 등 정부R&D자금의 유용 ․ 횡령을 방지할 수 있는 대책을 발표하였다. 이미 연구비 부정사용 적발 시 정부R&D사업에 최대 5년간 참여 제한 및 출연금 환수조치 등 제재조치가 있어 왔음에도 불구하고 부정사용 행위가 반복되어 온 것을 볼 때, 사후 통제 강화 중심의 정부대책이 연구비 부당집행을 근절할 수 있는 근본적인 해결책으로는 미흡할 것으로 판단된다.
연구비를 옳지 않은 곳에 사용하는 일이 빈번하게 발생하여 정부는 사후 통제를 하던 기존의 처벌법이 효과가 부족하다고 여겼다. 