본 보고서의 구성은 다음과 같다. Ⅰ장에서는 보고서의 작성배경과 구성에 대해 설명하였고, Ⅱ장에서는 현재 운영되고 있는 공공기관 경영실적평가 제도의 개요와 현황에 대해 간략하게 정리하였다. Ⅲ장에서는 평가단 구성과 관련하여 사례분석을 통해 경영평가위원의 공공기관으로부터의 부적절한 연구용역 수주 등에 대해 검토하였으며, Ⅳ장과 Ⅴ장에서는 담당자 심층면접을 바탕으로 경영평가 대상기관 및 평가유형, 경영실적평가 지표에 대한 문제점과 개선과제를 제시하였다. Ⅵ장에서는 기타 제도운영상의 문제점에 대해 분석하였다. Ⅶ장에서는 Ⅲ장부터 Ⅵ장까지의 주요 내용을 정리하여 공공기관 경영평가제도 개선방안에 대해 간략히 설명함과 동시에 동 보고서의 한계에 대해서도 기술하였다.
본 보고서는 배경과 구성, 공공기관 경영실적평가 제도, 부적절한 연구용역 수주, 문제점 및 개선과제, 기타 제도운영상 문제점, 개선방안 요약 및 설명 등을 담고 있다.