그러나 소비지국 과세원칙을 채택할 경우에는 국내에 사업장이 없는 비거주자 등이 국내에서 용역을 제공하는 경우에는 부가가치세를 제대로 과세하지 못하는 문제점이 발생하게 된다. 부가가치세법에서는 이러한 문제점을 제거하기 위하여, 즉 소비지국 과세원칙에 따라서 비거주자 또는 외국법인의 용역 등의 공급과 국내 사업자의 용역 등의 공급 사이에 과세형평을 유지하기 위하여 대리납부제도를 채택하고 있다. 비거주자나 외국법인이 우리나라에서 용역을 공급하는 경우 공급자를 대신하여 공급받는 자가 부가가치세의 납세의무를 부담하는데, 이를 대리납부제도라고 한다.
소비지국 과세원칙을 채택할 시 비거주자 등이 용역을 제공할 때 부가가치세를 과세하지 못한다. 이를 위해 피공급자가 납세의무를 부담하는 대리납부제도를 채택한다.