종교 분야에서는 대한불교 조계종이 2004년부터 추진했던 금강산 신계사 복원사업이 2007년 말 남북공동 낙성식 개최와 함께 최종 완료됐다. 천태종에서도 개성 영통사 복원사업을 2005년 10월 완료했다. 2007년 5월에는 한국종교인평화회의와 조선종교인협의회가 남북 종교교류 10주년 공동행사를 평양에서 개최했다. 개신교계의 (사)기쁜소식이 북한의 조선그리스도교연맹과 공동으로 봉수교회재건축 사업을 실시해 2007년 말 완공했고, 2008년 7월에는 준공기념 헌당 예배를 개최했다. 2008년에는 한국기독교교회협의회가 북한 조선그리스도교연맹과 공동으로 ‘2008 평화통일 남북교회 기도회’를 평양 봉수교회에서 개최했으며, 천주교도 남북공동으로 평화통일 기원미사를 개최했다. 한편 5·24 조치로 중단됐던 종교교류는 2011년 하반기부터 순수 종교교류에 한해 대표성과 종단별 형평성 등 을 고려해 허용되고 있다. 이에 따라 조계종의 팔만대장경 판각 1000년 고불법회참석(9.3∼7), 한국종교인평화회의 의장단 방북(9.21∼24) 등 부분적으로 교류가 재개됐다.
불교계에서는 금강산 신게사와 개성 영통사 복원사업을 완료했다.  개신교계는 봉수교회재건축 사업을 완공하여 평화통일 남북교회 기도회를 개최했으며 천주교도 남북공동 평화통일 기원미사를 가졌다.   2011년 하반기부터는 순수 종교교류에 한해 교류를 허용하고 있다.