한편, 이 논문에서의 분석 결과는 특목고 진학이 명문대 진학 확률을 높이는 특목고 프리미엄 효과를(명문대 진학에 관한 probit 모델 적용 분석 결과는 명문대 진학에 긍정적 영향을 주는 변수가 고등학교 특성과 상관없는 학생의 학습능력이며 사교육의 통계적 효과가 없는 데 반해 특목고가 명문대 입학에 미치는 양의 효과를 제시해 줌) 검증해 주면서, 동시에 이러한 특목고 프리미엄이 ‘대학입학전형방식’에 따라서는 명문대 진학에 있어서 시그널링 효과를 넘어선 실질적인 특목고의 학교효과(능력 향상 효과)일수도 있다는 점을 시사해 주고 있습니다. 이것은 <표1>등에 제시된 추가 분석 결과에서 밝힌 바와 같이 특목고나 자사고 학생이 고교 재학 당시 교내 동호회의 가입 등 다양한 비교과 활동이 많은 점과 특목고의 수시전형을 통한 입학비율이 높은 점을 통해 추론할 수 있습니다. 곧, 수시전형이나 학생부 종합전형 중 비교과 전형의 경우 다양한 비교과활동이 주요 전형요소가 되고 있는데 이러한 비교과 활동을 준비해 주기 위해 특목고가 다른 학교에 비해 효과적인 교육과정을 제시해 주고 있다고 볼 수 있기 때문입니다.
특목고의 명문대 진학률이 높은 것은 대학입학전형방식에 따라 실질적인 학교효과 일 수도 있다. 이는 수시전형의 주요 전형요소인 비교과 활동이 특목고는 다양히 진행되고 있으며 수시전형을 통한 입학비율이 높은 것을 보더라도 추론할 수 있으며 이로 인해 특목고의 교육과정이 효과적이라고 볼 수도 있다.