본 연구의 다음과 같은 한계점을 가진다. 재정패널 자료의 표본이 모집단을 제대로 대표하지 못할 가능성이 있다. 따라서 향후 모집단에 대한 자료(양도소득, 보유기간 등)를 구축할 수 있는 제도적 장치가 마련되고 이 자료를 사용하여 향후 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도를 분석할 수 있다면 이는 향후 동제도를 개편함에 있어서 중요한 정책자료가 될 수 있을 것으로 기대된다. 또한 향후 연구에서는 재정패널 자료와 함께 다른 자료를 활용하여 강건성 검증을 하는 것이 필요하다. 만약 본 연구의 결과가 다른 자료를 사용한 분석에서도 상당히 일관성 있게 발견된다면 동 제도를 소득공제제도로 전환해야 한다는 주장의 설득력은 더욱 힘을 얻을 것이다.
본 연구는 재정패널 자료의 표본이 모집단을 제대로 대표하지 못한다는 한계점을 가진다. 모집단에 대한 자료를 구축할 수 있는 장치가 마련된다면 향후 중요한 정책자료가 될 수 있을 것이다.