이중차분법에 대한 대안으로 패널모형을 이용하기도 한다. 일반적으로 패널모형은 이중차분법과 달리 노동시장 전체를 분석대상으로한다. 패널모형의 경우에는 비교집단이 명시적으로 없기 때문에 다른 논리에 따라 모형을 설정하고 해석한다. 먼저 최저임금이 없는 가상적 노동시장을 가정하고 여기서 균형 취업자 수를 설명하는 추정식을 설정한다. 여기서 최저임금 영향변수를 추가함으로써 최저임금도입 또는 인상의 효과를 추정한다. 따라서 패널모형 이용 시 최저임금이 없을 경우 균형 취업자 수를 설명할 수 있는 설명변수를 적절히 포함하여야 한다. 또한 패널의 개별 관측치가 하나의 노동시장을 대변할 수 있어야 하기 때문에 각 지역이 하나의 관측치로 주로 이용된다.
패널모형은 노동시장 전체를 대상으로 하는데 비교집단이 없어 모형의 논리로 해석한다. 따라서 최저임금 분석 관련 패널모형을 이용할때는 설명변수를 적절히 포함해야만 한다.