셋째, 가산금리 변동 위험이다. 가산금리란 MBS를 발행할 때 국고채 금리에 가산되는 금리를 일컫는다. 통상의 경우 공사 MBS의 가산금리는 매우 낮은 수준을 보이지만 2008년과 같은 유동성 위기 시에는 평상시와 비교하여 다소 높은 수준의 가산금리가 붙을 수 있다. 이로 인하여 최악의 경우 MBS 발행 시 손실이 발생할 뿐만 아니라 헤지에서도 손실이 발생하여 손익이 악화될 수 있다. 이러한 가산금리 변동 위험은 경제 위기 등으로 인하여 신용리스크가 증대되는 시점에 커짐을 감안한다면, 이를 헤지하기 위해서는 신용 파생상품의 이용이 필요하나, 국내에서는 아직 관련 시장이 활성화되지 않고 있다.
가산금리는 통상 매우 낮은 수준이지만 유동성 위기 시에는 높아진다. 이로 인해 발생되는 위험을 해소하기 위해 신용파생상품이 필요하나 국내에는 관련 시장이 활성화되지 않고 있다.