제2차 기본계획의 준비작업은 인적자원개발지원센터로 지정받은 한국직업능력개발원과 교육인적자원부 인적자원총괄국 간의 의사소통을 통해 2004년부터 진행되었다. 당시 제2차 기본계획 수립지침 연구를 수행한 김환식･민주홍･윤성은 국가균형발전계획, 고용정책기본계획, 과학기술기본계획 등 주요 정책별 기본계획을 국가인적자원개발기본계획과 비교･분석하는 방법으로 수립지침안을 마련하였다. 이에 따르면 국가인적자원개발기본계획은 중장기 방향에 대한 언급이 없이 기본계획과 연도별 시행계획으로만 구성되는 한계, 부처 간 협력이나 중앙정부와 지방정부 간 파트너십이 없이 교육인적자원부가 기본계획안 종합과 시행계획 작성을 수행하는 방식, 정책총괄과 예산운용의 부문이 포함되지 않은 채 관련 항목의 나열식 구성 등의 문제를 안고 있었다. 다른 정책과 비교해서 실제적 우월성을 획득하지 못한다는 문제를 극복하기 위해 기본계획은 모든 분야의 인력수요를 예측하고, 계획적 인적자원개발과 운용전략을 세워야 하며, 총 38개 법률에 39개 인력 및 고용 관련 기본계획으로 과잉 중복되어 있는 제도적 혼란을 인적자원개발기본법의 기본정신에 입각하여 통합･조정해야 했다.
2004년부터 진행되어 온 제 2차 국가인적자원개발기본계획은 한국직업능력개발원과 교육인적자원부 인적자원총괄국이 힘을 합쳐 기존의 주요 정책별 기본계획과 비교･분석하여 수립지침안을 마련하고, 인력수요 예측, 인적자원개발과 운용전략 수립, 과잉 중복된 인력 및 고용 관련 기본계획 등을 통합･조정하였다.