체제통합기에 원칙적으로 외교, 안보, 통일 등 정치적 색채가 강한 사안은 대통령 주재의 (가칭)한반도체제통합위원회에서 논의하고 일반적인 사안은 국무총리 주재의 국무회의에서 처리한다고 해도 문제는 여전히 존재하는데, 그 중 하나는 남북 간 체제통합에 관한 것이다. 즉, 체제통합 분야는 단순히 외교, 안보 등 정치적 분야에 국한되지 않고 경제, 사회, 문화 등 일반행정 분야에도 포함되기 때문이다. 예를 들어 체제통합기에 정부가 논의하고 결정하여야 남북간 통합문제는 외교적인 사항, 안보적인 문제 등에 그치지 않고 통일 이후 경제적 사항, 사회적･문화적 통합 등 다양하기 때문에 이들 비정치적인 영역을 누가 책임지고 수행하는가의 문제가 제기된다.
정치적 사안은 대통령 주재의 한반도체제통합위원회에서 논의하고 일반적 사안은 국무총리 주재의 국무회의에서 처리해도 문제다. 남북간 체제통합은 경제,사회,문화적 통합으로 다양하기 때문이다.