배출권 가격의 불확실성이 클 경우에도 배출권거래제의 비용효과성이 훼손될 수 있다. 배출권거래제에 참여하는 기업들이 위험회피적인 성향을 보일 경우 가격 불확실성은 기업들의 최적 감축투자 유인을 왜곡시킨다. 초기에 소규모의 배출권을 할당받은 기업들은 미래의 높은 할당배출권 가격에 대비하여감축기술에 과다하게 투자하는 경향이 있으며, 반대로 많은 배출권을 할당받은업체는 가격 급락의 위험을 헤지(hedge)하기 위해 온실가스 감축기술에 지나치게 적게 투자하는 경향이 있다(Badlursson and von der Fehr, 2004; Hahnand Stavins, 2011). 이로 인해 배출권 가격에 불확실성이 존재하며 참여기업들이 위험회피적인 성향을 보이는 상황에서는 사회 전체적으로 효율적인 자원배분을 달성하기 어렵다.
배출권 가격의 불확실성이 크면, 사회의 효율적 자원배분을 확신할 수 없게 된다. 기업들이 위험회피적인 성향을 보일 때, 배출권을 적게 할당받은 기업들은 감축기술에 과다하게 투자한다.