공인인증서에 대해 많은 논란이 있다. 현 「전자서명법」 제2조에 따르면 공인인증서는 동법 “제15조의 규정에 따라 공인인증기관이 발급하는 인증서”로 정의되어 있다. 또 동 조항에 인증서는 “전자서명생성정보가 가입자에게 유일하게 속한다는 사실 등을 확인하고 이를 증명하는 전자적 정보”로 정의되어 있다. 즉, 한국의 공인인증서는 정부가 공인한 전자서명으로 전자거래에서 본인 확인을 위한 일종의 전자 인감증명서이다. 정부는 공인인증서를 발급하고 인증하는 공인인증기관으로 현재 한국정보인증(주), 금융결제원, ㈜코스콤, 한국전자인증(주), ㈜한국무역정보통신 등 5개 기관을 지정하고 있다. 한국인터넷진흥원 전자서명인증관리센터는 최상위 인증기관으로 지정된 공인인증기관에 인증서를 교부하고, 공인인증기관이 이를 사용자에게 발급하게 된다.
한국의 공인인증서는 일종의 전자 인감증명서이며, 정부가 지정한 5개의 기관을 통해 발급받을 수 있다.