이러한 근본적인 문제는 재난안전예산 사전협의제와 재난안전사업평가가 효과적으로 정착하기 어렵게 하는 장애요인으로 작용하고 있다. 보다 구체적으로 표적집단면접(FGI)을 통해서 파악한 문제점은 다음과 같다. 먼저, 재난안전예산 사전협의제에 관련하여, 재난의 범위가 광범위하게 혹은 모호하게 설정되었으며 이는 결국 해당 재난안전예산 전체를 통합 조정하는 일을 매우 어렵게 할 가능성이 높음이 지적되었다. 즉, 재난안전예산의 체계화 및 세분화, 재난안전예산 투자방향, 재난안전사업의 평가체계 구축 및 환류 등에 관한 명확한 가이드라인이 제시되지 못한다면 제도 자체의 실효성이 떨어질 수 있을 것이며, 적정예산 규모 조정을 위해서는 재난안전예산 분류와 현 기본예산체계와 조화가 반드시 필요하다는 점이 제시되었다. 이에 따라 전문가들이 제시한 재난안전예산 사전협의제의 정립방안은 첫째, 재난의 범위를 대분류, 중분류, 소분류 등으로 나누어 관리하여 유용성을 높일 필요가 있으며, 둘째, 재난안전예산 배분과 지출 수준 결정에 있어서 OECD 국가 등 국제 수준에 부합할 필요가 있다고 지적하였다. 셋째, 전문가들은 재난안전예산의 효율적인 배분을 위하여 상위 계획에서 재난안전예산 투자방향설정 및 상위 조정위 운영을 통해 실효성 확보해야 한다는 의견을 제시하였다. 또한, 재난안전사업 평가와 관련하여서도 명확한 재난안전사업의 범위 설정 필요성이 다수 지적되었다.
이러한 문제는 재난안전예산 사전협의제와 재난안전사업평가가 안정적으로 자리를 잡을 수 없게 하는 요인으로 나타나고 있다. 재난안전예산 사전협의제는, 넓고 분명하지 않은 재난의 범위가 재난안전예산 전체를 통합하여 조절하는 업무를 쉽게 해결하지 못하게 할 가능성이 높다고 지적되었다. 재난안전사업평가에서는 재난안전사업의 범위를 명확하게 설정해야 한다는 점이 언급되었다.