한편, JMS 가운데 군사전략 개념(용병)과 군사력 건설방향(양병)의 주관부서가 이원화되어 있는 것도 문제다. 군사전략목표･개념은 전략기획부가 주관하고, 군사력 건설방향은 전력기획부가 주관한다. 이는 부서별 비교 우위에 기초한 역할분담인 것처럼 보이지만 전략과 전력의 연계성을 가로막는 일차 요인이 될 것으로 짐작된다. 본래 군사력 건설은 군정의 핵심 기능임에도 불구하고 국방부가 직접 방향을 설정하지 않고 군사력 운용의 주체인 합참의장에게 일임한 것은 전략개념에 맞는 전력을 획득하려는 데 기본 취지가 있다. 그런 만큼 군사력 건설방향은 전략 수립의 주체가 전략 개념･의도에 맞게 정립해서 전력부서에 넘겨주어야한다. 그런데 전략부서가 아닌 전력부서에서 군사력 건설방향을 설정하고 있기 때문에 군사전략의 기본개념이 얼마나 정확히 반영되는지 가늠할 수 없다.
전략 수립의 주체가 전략개념 의도에 맞는 군사력 건설방향을 세워 전력부서에 넘겨야 하나 군사전략개념과 군사력 건설방향 주관부서가 분화되어 전력부사가 군사력 건설방향을 설정하고 있어 전략과 전력의 연계가 방해받고 있다