규제비용총량제의 비용편익 분석은 규제영향분석의 일부분으로 기업이 실질적으로 체감하는 규제부담을 감축하기 위한 것이다. 즉, 규제비용총량제가 기존의 규제영향분석을 대체하는 것이 아니라 규제영향분석을 보완·강화하는 것이다. 기존의 규제영향분석에서는 국민 경제 전체의 직˙간접비용과 편익을 비교하여 규제의 전반적인 효과를 평가하는 반면, 규제비용총량제에서는 피규제 기업의 직접비용과 직접편익에 초점을 맞춰 규제로 인한 기업에 대한 직접적인 효과를 평가하여 규제부담을 실질적으로 감축하고자 하는 것이다. 즉, 규제비용총량제는 기존의 규제영향분석에서 실시하는 국민 경제 전체에 대한 비용편익분석 뿐만 아니라 기업에 대한 직접적인 비용편익분석을 추가하는 것이다. 규제비용 총량제 운영은 그 동안 형식적으로 운영되어온 규제영향분석제도의 기반을 강화하고 실질적으로 규제부담을 감축하여 규제개혁의 효과를 제고할 수 있는 계기를 마련한다고 평가할 수 있다.
규제비용총량제는 규제영향분석을 보완하고 강화하는 것으로  규제부담을 감소하려는 것이다. 규제비용총량제는 국민경제 전체에 대한 비용편익분석에 직접적인 비용편익분석을 더하는 것으로 규제비용총량제 운영은 규제부담 감소로 규제개혁의 효과를 높이려는 것이다.