그러나 현재 상황에서 우리나라 창업보육사업의 실효성 제고를 위해서는 전국 200여개 창업보육센터의 운영 성과를 내실화하는 것이 무엇보다도 중요하다. 그리고 정책방향은 2007년 및 2011년 창업보육센터 활성화 방안에서도 이미 밝혔듯이 부실 창업보육센터의 과감한 구조조정, 센터 간 성과 경쟁 유도, 센터의 관리 운영 인프라 확충 등에서 크게 벗어나기 어렵다. 현재처럼 대학이 창업보육센터 운영으로 적자를 보는 구조로는 창업보육센터에 대한 참여 요인이 부족할 수밖에 없고, 성과도 기대하기 어려운 것이 사실이다. 창업보육센터 간 성과 경쟁을 유도하고, 부실한 창업보육센터의 과감한 구조조정을 실시하며, 성과가 우수한 창업보육센터에 대해서는 정부지원을 확대할 필요가 있다. 또한 창업보육센터의 관리 운영 인프라를 확충해야 할 것이다. 이러한 내용은 2007년과 2011년에 수립된 창업보육센터 활성화 방안에 이미 포함된 내용이다. 문제는 정책 추진의 지속성과 철저한 성과 관리일 것이다. 한편, 최근 들어 정부는 이스라엘식 창업보육사업, 창업기획사 등 대학 대신에 민간 혹은 대기업이 운영 주체가 되는 창업보육사업에 관심을 키워 가고 있다. 이는 대학이 운영 주체가 되고 있는 기존 창업보육사업의 성과가 부진한 데서 오는 실망감에서 비롯된 것으로 짐작된다. 또한, 현실적으로 역량이 있는 주체를 다양하게 참여시킨다는 점에서는 긍정적인 측면이 없지 않다.
현재 상황에서 우리나라 창업보육사업의 실효성 제고를 위해서는  창업보육센터 간 성과 경쟁을 유도하고, 부실한 창업보육센터의 과감한 구조조정을 실시하며, 성과가 우수한 창업보육센터에 대해서는 정부지원을 확대할 필요가 있다.