이러한 시대적 상황에 부응하고자 참여정부는 2003년 10월 식의약품 종합정보서비스를 전자정부 31대 과제로 선정하고, 같은 해 12월부터 이듬해 6월까지 ISP를 수립하였다. 이에 기초하여 2004년부터 2007년까지 4개년에 걸쳐 자체예산 227억 원, 전자정부 지원예산 223억 원으로 총사업비 450억 원 규모의 4단계 실행사업에 착수하였다. 주요 내용은 식의약품 민원종합서비스, 행정 포털, 농축 수산영역 및 관련 기관과의 정보 공동활용, 식품과 농축 수산 안전정보 종합서비스 등 4개 영역이었다. 즉 민원·행정혁신을 위한 기반으로 부처 내 및 관련 행정기관 간 정보공유 및 정보 공동활용체계를 구축하는 한편 식의약품 안전관리업무를 효율적으로 수행하기 위하여 관련 기관의 업무담당자가 인허가에서 사후안전관리까지 일원화된 처리와 행정 프로세스 효율화를 위한 정보화 기반의 행정업무 포털을 구축하는 것이었다.
노무현 정부는 식의약품 종합정보서비스를 전자정부화 하는 사업을 시행하였고 이를 위해 ISP를 만드는 등 총 4단계 실행사업을 실행하여 관련 행정기관 사이의 정보공유를 위한 공용플랫폼 및 행정 프로세스 효율화를 위한 행정 업무 포털을 만들었다.