TPP가 타결의 장애물 중 하나는 일본의 농축산물 시장개방 여부이다. 일본은 현재 쌀, 소고기 및 돼지고기, 유제품, 밀·보리, 설탕 등 5가지의 민감 품목의 완전 시장개방을 꺼리고 있다. 언론에 따르면 지난 4월 도쿄에서 열린 미국과 일본 간의 양자협상에서 일본의 민감 품목 시장개방의 기본 틀에 합의한 것으로 나타 났다. 일본이 민감 품목에 대한 관세를 상당히 인하하되 가장 민감한 품목에 대 해서는 점진적 관세 인하를 이례적으로 긴 시간 동안 실행하고 몇몇 품목은 제외 하거나 제한적인 개방을 하는 것에 합의한 것으로 알려졌다. 미국이 정치적 영향 력이 큰 자국의 소고기 및 돼지고기 산업을 감안해 일본 시장개방을 우선순위로 협상에 임하는 것으로 알려져 있으며 비교적 영향력이 적은 쌀에 대해서는 양보 가 가능하다는 입장이다. 유제품과 관련해서는 미국의 새로운 농업법이 자국 유제품 산업을 보호하기 때문에 강경하게 협상에 임하지 않을 것으로 전망된다. 미·일 협상이 어느 정도 진전되며 기타 10개국과의 시장개방 협의도 융통성 있게 진행될 수 있다는 전망이 나오면서 TPP 협상이 마무리 단계에 돌입하고 있다.
TPP는 일본이 민감 품목의 완전 시장 개방을 거부해 타결이 진행되지 못하고 있으나 미·일 협상이 진행됨에 따라 마무리 단계에 들어섰다. 일본은 민감 품목의 관세를 인하하고 개방을 제한적으로 하는 것에 합의했는데, 미국은 쌀에 관해서는 양보가 가능하지만 유제품에 대해서는 강경하게 협상에 임할 것이다. 