임무중심 재원배분체계의 평가는 크게 ‘현능력 평가’와 ‘중요도 평가’로 구분되는데, 모두 전문가 평가 방식으로 수행된다. 복잡하고 정성적인 요소를 고려해야 하기 때문이다. 항상 지적되는 문제는 전문가 평가나 설문의 경우, 주관적인 판단에 의존하므로 신뢰성에 대한 의문이 제기된다는 점이다. 이를 고려하여 임무중심재원배분체계에서는 자의적 판단을 배제하기 위한 몇 가지 장치를 설계했다. 첫째로, 시나리오, 평가척도 등 평가 기준을 구체적으로 제시했다. 둘째로, 능력지수, 시뮬레이션모형 등 가용한 범위의 계량 분석을 수행하여 참고자료로 활용하게 했다. 마지막으로, 평가 대상을 충분히 이해하게 하고, 판단 오류를 최소화하기 위해 토의형 평가를 수행했다.
마지막으로, 평가 대상을 충분히 이해하게 하고, 판단 오류를 최소화하기 위해 토의형 평가를 수행했다.