연구개발비 회계검사 결과통보 시 연구기관이 회수금액을 반납하지 않을 경우에 대한 대책이 부처별 시행근거 법률에 마련되어 있지 않다. 일부 부처는 훈령 또는 지침에서 신용조사기관을 통한 회수금액 확보의 근거를 두고 있다. 이러한 규정은 잔액 또는 부적정 집행금액 회수의 편의를 도모하기 위한 임의적 채권 확보 절차에 불과하다. 예를 들면 “ⓐ 전문기관의 장은 집행잔액 반납통보 후 주관 연구기관이 정당한 사유 없이 3개월 이상 반납을 지연하는 경우 중앙행정기관 장의 승인을 받아 채권추심 등 집행잔액 회수를 위한 법적 조치를 취할 수 있다. ⓑ 전문기관의 장은 주관 연구기관의 부도, 법정관리, 폐업 또는 이에 준하는 상황이 발생하여 정상적인 연구개발비 집행실적 검토 및 집행잔액의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우 중앙행정기관 장에게 결과를 보고하고 집행잔액 회수조치를 종료할 수 있다. 단, 전문기관의 장은 주관 연구기관에 대한 신용조사 등 집행잔액 회수를 위하여 선량한 관리자의 의무를 다하여야 한다.”
연구개발비 회계검사 결과통보 시 회수 금액 미반납 대책이 법률에 마련되지 않거나 신용조사기관을 통해 확보 근거를 두고 있는데, 이는 편의 도모를 위한 임의적 채권 확보 절차에 불과하다.