위미의 반대여론 때문에 해군기지 건설을 위한 조사가 지연되자, 갑작스럽게 기존 후보지 중 한 곳이었던 강정마을에서 4월에 임시총회를 열어 박수 제청으로 해군기지의 자발적 유치를 공표했다. 그러자 강정마을 주민들 중 임시총회의 절차적 문제를 지적하며 해군기지 유치 반대를 주장하는 사람들이 커뮤니티를 형성하면서 보다 조직적인 활동을 시작하게 되었다. 5월이 되자 정부는 제주도민을 대상으로 서귀포시 지역의 화순항, 강정마을 등 해군기지 후보지로 선정된 4곳을 두고 두 차례의 여론조사를 실시하였고, 이 여론조사에서 나온 도민들의 찬반 의견에 따라 1차 찬성률 55.1%와 2차 찬성률 56.0%를 기록한 서귀포시 강정마을을 해군기지 후보지로 결정하였다(정흥남, 2007). 그러자 주민들은 국방부의 결정이 일방적이며, 절차상의 문제점이 있다는 점을 지적하여 결정을 취소하라는 주장을 펼쳤다. 4월에 있었던 강정마을 임시총회 참여 인원은 마을 주민들 중 극히 소수에 불과했으며, 이후의 여론조사 역시 무작위 선정이라 하지만 50%에 육박하는 반대측 입장의 여론도 중요한 여론이라며 국방부의 재고려를 촉구하였다. 또한 반대 입장을 가진 측에서 주민 투표조사를 다시 실시한 결과 총 725여표 중 반대 입장이 680표 나온 사실을 공표하면서 반대측 의견이 더 크다는 사실을 밝혔지만, 이 여론조사 결과는 정부 결정과정에서 반영되지 않았다(김종배, 2007). 한편 국방부 및 정부 입장에서는 임시총회 및 두 차례에 걸친 여론조사 결과 모두 찬성 비율이 높게 나왔기에 강정마을을 후보지로 선정할 정당성이 충분하다는 주장을 고수하고 있었다.
강정마을 해군기지 자발적 유치 공표에 대해서 강정마을 주민들 중 이에 반대하는 의견을 가진 커뮤너키가 형성되었다. 정부는 제주도민을 대상으로 해군기지 후보지로 선정된 지역에서 여론조사를 실시하였고 결과적으로 강정마을을 해군기지 후보지로 결정하였다. 반대 입장을 가진 주민들은 이를 반박하고 재투표를 진행해서 반대입장이 더 많음을 입증했지만 정부는 이전에 결과가 타당하다는 주장을 고수중이다.