첫째, 학교의 운영 상황이 갈수록 악화되고 있다. 개인의 삶과 마찬가지로 조직이든 기관이든 한 번 만들어지면 규모가 확대되고 그에 따른 지출도 늘어나기 마련이다. 비록 소규모라 하더라도 명색이 교육을 전문으로 하는 학교인지라, 비인가 대안학교들의 운영비는 매년 늘어날 수밖에 없다. 물가도 오르고 인건비도 오르고 새로운 교육 프로그램도 도입해야 하기 때문이다. 이를 충당하기 위해서는 학생 수가 늘던지 학생 개인당 수업료 등을 올리던지, 그것도 아니면 국가든 지방자치단체든 민간이든 외부에서 지원금을 받아야 한다. 최근 수년에 걸쳐 비인가 대안학교들이 겪는 최대의 어려움은 학생 수 감소이다. 그 원인으로는 경제 침체로 인한 중산층 학부모들의 감소, 혁신학교 등의 등장으로 인한 대안교육 수요 감소, 저출산으로 인한 학생 수 감소 등을 꼽을 수 있으나 아직 정확한 원인을 진단하기는 어렵다. 이로 인하여 매년 상당수의 학교들이 문을 닫고 있는 실정이다.
비인가 대안학교의 재정 상황은 갈수록 악화되고 있다. 운영비는 매년 증가 중인 반면, 중산층 부모의 감소, 대안교육 수요 감소 등으로 학생 수가 매년 줄고 있다. 이에 매년 많은 수의 학교들이 문을 닫고 있다.