균특회계의 대상사업은 지방양여금제도의 폐지에 의한 농어촌개발사업, 토지관련 및 지역균형개발특별회계 폐지에 따른 개별촉진지구사업, 일반회계 등에 분산되어 있던 각종의 국고보조사업 및 보조ㆍ융자사업, 신규사업 등으로 구성되어 있다. 즉 기존의 국고보조사업과 지방양여금사업 그리고 몇 개의 특별회계사업과 신규사업으로 구성되어 있다. 균특회계는 <그림 2-1>에서와 같이 그동안 중앙부처에서 개별적으로 분산 추진되어오던 사업을 하나의 특별회계로 통합하여 예산을 일괄적으로 지원함과 동시에 지방자치단체가 사업에 대한 우선순위를 선택하여 사업을 추진함으로써 중복투자를 줄이고 투자효율을 제고하는 데 의미가 있다고 할 수 있다.
균특회계 대상사업은 각종 분야에 분산되어있는 국고보조사업으로, 기존 중앙부처에서 분산되었던 사업을 한 특별회계로 통합해 일괄적으로 예산을 지원하여 투자효율을 높이는 것이다.