그러나 그 이후의 대법원의 판결(2002두1588, 2004.9.23)에서는 또한 과세근거가 되는 과세표준의 입증 책임은 과세관청에 있고 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증 책임도 원칙적으로 과세관청에 있는 것이나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분도 납세의무자가 지배하는 영역 안에 존재하여 과세관청이 입증을 하기에 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평성을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 판시하였다. 이와 같은 취지에서 대법원의 판결(90누10179, 1991.7.12; 2007두9535, 2008.1.31)에서는 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분할 경우 그 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 관한 주장의 입증 책임은 납세의무자에게 있다고 하였다. 따라서 그 추계의 과정이 일반적으로 합리적이고 타당한 것으로 인정되고, 법원이 그추계의 결과를 가지고 진실의 소득금액과 합치하는 개연성이 있는 것으로 판단할 수 있는 정도이면 과세관청은 그 입증 책임을 다한 것으로 본다.
대법원의 판결에서는 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분할 경우 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 주장의 입증 책임은 납세자에게 있다고 하였다.  따라서 추계의 과정이 합리적이고 타당하며 법원이 추계의 결과를 가지고 소득금액과 합치하는 것으로 판단할 정도이면 과세관청은 입증 책임을 다한  것으로 본다.