공공기관에 대한 회계감사제도 운영을 위해서는 감사원 내부 또는 별도 기구로 회계감사위원회(가칭)를 두는 것이 바람직하다. 회계법인 선정에서부터 감사결과 심의, 확정 및 공개까지 수행할 조직과 인력이 필요하다. 감사원은 공공기관의 감사보고서의 감리를 실시하고 문제기관은 즉시 현장감사를 받도록 해야 한다. 또한 회계감사 결과와 함께 재정정보를 취합하여 재정위험요소를 사전에 점검하여 재정안정성에 문제가 되는지를 파악하고 관련 정부부문과 해당 공공기관에서 대응책을 마련할 수 있도록 유도하여야 한다. 그리고 외부회계감사 결과에 대한 품질검토를 위한 심의과정에서 공공기관에 대한 감사전략을 확보하고 중앙행정부처와 지방자치단체와의 감사 의사소통체계를 구축하여 국가 전체에 대한 감사원의 효율성의 높여야 한다. 그리고 별도의 전산시스템을 통해 관리하여 인력과 비용을 절약하여야 한다. 구체적인 운영절차는 <그림 2>과 같다.
감사원은 공공기관의 감사보고서 감리와 재정정보 취합, 감사전략 확보 등을 위해 회계감사위원회를 두는 것이 좋다. 이를 통해 공공기관에서 대응책을 마련할 수 있도록 돕고, 국가 전체에 대한 감사원의 효율성을 높이도록 해야 한다.