한편 일본은 2002년 특허법 개정으로 소프트웨어 관련 발명의 특허법적 보호를 명확히 하였다. 소프트웨어 자체에 대한 창작에 대해서도 ‘프로그램 등’이라고 하여 물건의 발명으로서 보호되도록 명문의 규정을 두었다. 일본 특허법 제2조 제4항은 “이 법률에서 ‘프로그램 등’이란 프로그램(전자계산기에 대한 지령이고, 일련의 결과를 얻을 수 있도록 조합된 것을 말한다) 그밖의 전자계산기에 의한 처리용으로 제공하는 정보이며 프로그램에 준하는 것을 말한다”고 규정한다. 여기서 ‘프로그램에 준하는 것’이란 먼저 형식적 요건으로서 컴퓨터에 의한 직접처리가 가능한 태양이 되고 있을 것, 그리고 실질적 요건으로서 컴퓨터 내부에 있어서 정보처리과정에 대하여 그 자체가 당해 정보처리를 규정하는 형태로 영향을 미칠 수 있는 성질을 가지는 것일 것, 이 두 요건을 충족하는 경우 특허법의 보호대상이 된다고 해석하고 있다.
일본은 특허법 개정을 통해 ‘프로그램 등’으로 소프트웨어 창작을 규정하고 '프로그램에 준하는 것'의 요건을 분명하게 하여 소프트웨어 관련 발명의 특허법적 보호를 확실히 하였다.