'과학기술전략회의’ 설치는 2016년 3월, 이른 바 ‘알파고 충격’ 이후 인공지능(AI) 및 SW분야의 민간전문가 20여명을 초청한 청와대의 민관합동 간담회에서 전격 발표되었다. 이 자리에서 정부는 ‘기존 국가과학기술심의회는 부처 요구에 기반한 상향식(bottom-up) 상시 심의와 조정 역할을 하는 한편, 과학기술전략회의의 결정 사항의 후속조치를 담당해서 양 회의체의 시너지 효과도 창출해 갈 것’이라고 밝혔으나, 이것으로 과학기술 정책 추진을 위해 이원화된 회의체를 두어야 하는 필요성이 설득되지는 않는다. 특히, 과학기술 정책 거버넌스 문제는 정권 교체시마다 정부조직개편을 통해 분화와 통합을 반복해 왔으며 그로 인한 정책추진의 효율성 문제가 끊임없이 제기되어 온 영역이다. 정부가 이러한 문제의식에 따라 2015년에 발표한 ‘정부R&D 혁신방안’에서도 정책 거버넌스 문제를 명확하게 해소하지 못하고 있어서 차기 정부의 새로운 거버넌스 개편 논의가 현장에서 진행되고 있는 상황에서, ‘과학기술전략회의’를 설치하는 것은 이해하기 어렵다.
'과학기술전략회의' 설치는 청와대의 한 간담회에서 발표되었으며, 정부는 이를 위해 두 부류로 회의체를 두는 것이 불필요하다고 주장했다.  이러한 문제는 효율성 방면에서 끊임없이 문제가 되어왔다. 그리하여 차기 정부의 개편 논의 진행 상황에서 이는 여전히 이해되지 않는다.