이후 교육부와 한국교원단체총연합회, 전국교직원노동조합 등은 2004년 11월 말, 3개 영역의 새 시스템을 2006년 3월부터 본격 운영하기로 합의하고, 시스템·전산실 설치 등 물적 기반 구축과 응용 소프트웨어 개발·검증 등 작업을 진행했다. 아울러 2005년 3월부터 2006년 2월 말까지 서울·경기 등 2개 교육청과 132개교에서 새 시스템을 1년간 시험 운영했다. 이후 2006년 3월부터 학생 개인의 정보인권 보호를 위해 교육행정정보시스템에서 교무ㆍ학사, 보건, 입학ㆍ전학 등 3개 영역을 분리한 새로운 정보시스템이 본격적인 운영에 들어갔다.
교육부, 전교조 등은 새 시스템을 2006년부터 적극적으로 운영하기로 했고, 학생 인권을 위해 교무, 학사, 보건 등의 영역을 분리한 정보시스템을 운영하기로 했다.