일부 국가와 학자들은 탄소누출 문제를 해결하기 위한 방안으로 탄소세에 대한 수입 및 수출 측면의 국경세조정(border tax adjustments: BTAs)을 주장해 왔다. 이러한 기후정책들은 상품의 국제무역에 직접적으로 영향을 미치는 조치이기도 하므로 WTO협정의 제 의무를 준수하는 것이어야 한다. 문제는 탄소세나 배출권 거래제에서의 배출권이 ‘탄소’에 대해 부과된 조치라는 데 있다. 탄소는 상품생산과정에서 발생하였으나 최종상품에는 물리적으로 포함되어 있지 않은 요소에 해당된다. 그런데 WTO협정상 국경세조정의 적용범위에 이러한 요소에 대해 이루어진 내국과세가 포함되는지에 관해서는 논란이 있다. 만약 근거규정의 해석상 국경세조정이 허용될 수 없다면, 수입상품에 대해 국경에서 부과된 탄소세나 배출권 거래제에서 수입업자에게 부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정에 합치하지 못할 가능성이 높다.
탄소 배출에 대해 세금을 부과하는 정책은 국경세조정을 앞두고 있는데, 조정의 범위에 대한 협의가 이루어지지 않을 경우 WTO협정에 부합하기 힘들 것이다. 