또한 이 협약은 협약준수 여부를 검증할 수 있는 국제적 검증체제 및 기구가 부재하다. 앞서 언급한 바와 같이, 소련은 이러한 점을 악용하여 대규모 생물무기를 개발·생산한 바 있어 본 협약의 신뢰성이 위협받은 바 있다. 실제로 생물안보금지협약의 준수(compliance) 여부, 특히 공격용 생물무기 프로그램과 비축에 대해서는 그 어떤 당사국도 공식적으로 인정하고 있지 않다. 또한 실제로 생물테러 혹은 생물전을 수행한 행위자들 역시 그 사실을 인정하지 않고 있다. 이런 이유로 본 협약의 검증 메커니즘 개발의 필요성을 절감하게 되었으나 별다른 성과를 얻지 못했다. 특히 지난 2001년 11월 개최된 제 5차 평가회의에서30 특별그룹(Ad hoc group)이 제시한 검증 의정서(verification protocol) 초안이 미국에 의해 거부된 바 있다. 본 검증 의정서는 당사국들이 협약과 관련된 국내 시설 및 활동에 대해 국제기구에 신고하고 동시에 국제기구 차원에서 주기적으로 현장실사를 나감으로써 본 협약의 검증기능을 강화한다는 내용을 담고 있었다. 국제사회는 미국이 당시 9.11 테러와 탄저균 테러를 받았기 때문에 생물무기금지협약의 검증기능 강화를 목표로 한 검증 의정서 초안에 긍정적일 수도 있다고 예측하였다. 그러나 미국은 오히려 이와 같은 검증 방식은 생물무기 비밀개발을 밝혀내기 어려워 오히려 미국의 국가안보에 대한 위협을 가중시킬 수 있다. 또한 앞서 언급한 바와 같이 제약 특허와 관련한 미국의 상업적 이익에 저해될 수 있다며 미국은 반대의 뜻을 내비쳤다.
생물안보금지협약과 관련한 구체적 준수 규정을 공식적으로 인정하고 있지 않다. 소련은 이를 악용하여 무기를 만들기도 하였기에 준수 여부에 대한 국제적 검증체제와 기구가 필요하다. 2001년 현장실사를 진행하겠다는 검증 의정서가 제시되었지만, 이는 미국에게 상업적 위협과 국가안보의 위협이 있기에 반대하였다. 