임금보조금은 지원대상, 구체적 제도운영방식 등에 따라 그 성과가 달라지기 때문에(장지연․김정우, 2002), 사업의 목표, 지원대상, 구체적 운영방식 등을 설정하는 정책설계의 내용은 임금보조금의 타당성과 실효성을 제고하는데 있어 관건이 된다. 세액공제(tax deduction)와 같이 자격요건을 갖춘 취업자 전부를 다 지원해주는 제도가 아닌 청년공제처럼 지원인원이 정해져 있는 직접지원 보조금(direct subsidies)에서는 지원이 가장 필요한 사람/기업들을 포착하여 이들에게 우선적으로 지원을 제공하는 것이 중요하게 고려되기 때문에, 이 같은 지원대상 설정의 이슈는 직접지원 보조금의 정책설계에서 중요한 쟁점이 된다.
임금보조금은 취업자 전부가 아닌, 지원이 가장 필요한 사람에게 우선적으로 지급하는 게 중요하기 때문에 사업의 목표, 지원대상 등을 설정하는 정책설계에서 중요한 부분이 된다.