이처럼 전체 부가가치세 납세자 수에서 과세특례자와 간이과세자의 비중이 큰 비중을 차지하고 있는 것과는 대조적으로 전체 부가가치세 납부액에서 차지하는 이들의 납세액이 차지하는 비중은 매우 미미한 수준에 머물고 있었다. 부가가치세 납부액의 대부분은 일반 과세자의 납세액이 차지하였으며, 특히 개인보다는 법인의 부가가치세 납부액이 절대적인 비중을 차지하고 있을 뿐만 아니라 점유 비율도 지속적으로 증가하는 모습을 보여주었다. <표 20>처럼 과세특례자와 간이과세자의 부가가치세 납세액이 전체 부가가치세 납세액에서 차지하는 비중은 전반적으로 1~2%에 불과한 수준이며, 일반 과세자의 납세액이 대부분임을 알 수 있을 뿐만 아니라 일반과세자 중에서도 개인보다는 법인의 납세액이 절대적인 비중을 차지하고 있음을 알 수 있다(한국조세재정연구원[2012b]).
부가가치세의 납세자 중 과세 특례자와 간이과세자의 비중은 크지만 이들의 납세액 비중은 1~2%로 매우 미미했다. 일반 과세자, 특히 법인의 부가가치세 납부액이 절대적인 비중을 차지하고 있었다.