또한 보장성 확대정책을 펼 경우 보장성 확대목적에 따라 건강보험 재정에서 지출해야 할 항목과 정부예산에서 지출되어야 할 항목은 명확히 구분해야 한다. 그러나 그 확대목적상 정부예산에서 지출되어야 하는 항목임에도 불구하고 건강보험 재정에서 부담하도록 하는 경우가 종종 있다(임금자, 2011: 81). 예를 들어 저출산 문제와 관련한 정부의 보장성 확대정책은 그 소요재정을 건강보험 재정이 아니라 정부의 예산에서 부담하는 것이 타당하다. 그러나 저출산 문제와 관련한 정부정책의 일환인 6세 미만의 어린이 입원환자에 대한 본인부담금 전액 면제(2006년), 6세 미만 환자의 외래진료 본인부담금을 성인의 70%만 부담토록 하는 정책(2007년), 무료 영유아 건강검진정책(2007)의 경우 그 소요재정을 건강보험 재정에서 부담토록 함으로써 보험재정에 추가적인 부담을 주고 있다. 이외에 식대의 보험적용과 같은 선심성 보장강화정책도 지출관리의 위험요인으로 떠오르고 있다.
보장성 확대정책을 펼 때 보장성 확대목적에 따라 건강보험 재정의 지출 항목과 정부 예산의 지출 항목은 구분되어야 한다. 정부 예산의 지출 항목임에도 건강보험 재정에서 부담하도록 하는 경우가 있다. 예를 들어 저출산 문제와 관련한 정부의 보장성 확대정책이다.