BBNJ에 관한 규정은 기존 유엔 해양법 협약의 연안국 권리를 제약하는 내용을 다루게 될 가능성이 크므로 관련국 간의 합의 도출에 적지 않은 난관이 예상된다. 특히 ▲‘공해의 자유’ 원칙과 BBNJ의 ‘인류 공동의 유산(Common Heritage of Mankind)’ 개념과의 조화, ▲MGRs의 범위 및 이익 공유 방식, ▲MPAs 지정의 주체 및 절차의 일원화 등을 놓고 여러 국가 그룹별로 치열한 입장 대립을 보일 것으로 전망된다. 이러한 문제들은 BBNJ PrepCom의 유엔 총회에의 권고 내용 중 이른바 ‘B절(Section B)’에 열거되어 있다. B절은 ‘정부 대표들 간에 견해의 차이가 존재하는 주요 쟁점들을 조명’하는 성격의 부분으로서, 향후 구속력 있는 국제 문서 채택을 위해 이견을 좁혀야 하는 문제들이고 성안 협상의 막바지까지 걸림돌로 남아 있을 가능성이 높다고 전망된다.
BBNJ와 유엔은 연안국 권리에 대한 해석을 달리한다. 유엔 총회는 BBNJ가 보낸 권고 내용인 '주요 쟁점들을 조명'하는 역할을 수행하는데 있어 주변국들의 반발을 잠재우고 합의를 도출하는데 어려움을 겪을것으로 예상된다.