또한 우리나라가 체결한 FTA에 따르면 어느 중재 당사자이든지 비분쟁당사국이나 일반인에 대해서 특정 정보가 공개되지않도록 보호하려면 대상정보를 지정하고서 해당 정보가 삭제된 문서를 제출해야 한다. 그리고 기본적으로 보호정보로 지정 된 사항은 공개할 수 없다. 이와 관련하여 UNCITRAL 투명성 규칙은 보호대상 정보를 비공개한다는 규정은 있지만, 보호대상정보를 지정하는 절차나 해당 정보가 삭제 된 편집본을 제출하도록 하는 규정을 포함하고 있지 않다.  따라서 우리나라의 상기 FTA들은 특정문서를 제출하는 중재 당사자, 비분쟁당사국, 또는 제3자가 해당 문서를 제출할 때 그 문서 중 특정 내용이 보호 대상 정보라고 지정할 수 있는지의 여부 그리고 그러한 정보를 삭제한 후 편집본을 제출해야 하는지의 여부를 불명확하게 규정하고 있는 UNCITRAL 투명성 규칙의 문제점을 개선하고 있다는 점에서 진일보한 발전을 이루고 있는 것으로 판단된다.
UNCITRAL 투명성 규칙은 보호대상 정보를 비공개한다는 규정은 있지만 보호대상의 지정 절차나 해당 정보를 삭제 후 편집본을 제출해야 하는지 여부는 규정상 불명확한 반면, 우리나라는 이를 개선하여 한층 진보된 규정으로 FTA를 체결했다.