다음으로, 법원의 공소기각의 재판은 소송조건의 흠결이라는 절차상의 하자를 이유로 공소가 부적법하다고 하여 선고하는 형식적 종국재판으로, 판결(형사소송법 제327조)하는 경우와 결정(형사소송법 제328조제1항)으로 하는 경우로 나누어진다. 판결하는 경우는 소송조건의 흠결이 비교적 중대하지 않고 그 흠결의 발견이 비교적 용이하지 아니하여 변론을 열 필요가 있다고 인정되는 때이고, 결정하는 경우로는 소송조건의 성질상 그 존부의 인정에 있어 변론을 열 필요조차 없다고 인정되는 때이다. 그러나 우리나라 형사소송법은 제한적 열거주의에 따라 공소 기각의 판결과 결정에 대한 재판의 사유160)를 규정하고 있기 때문에 형사조정과 관련한 공소기각의 재판은 불가능하다. 따라서 이러한 사유를 고려할 수 있는 입법적 해결방법을 모색할 필요가 있을 것이다.
공소기각의 재판중 판결은 소송조건의 흠결이 작고 발견이 어려워 변론이 필요할 때이고, 결정의 경우는 변론을 열 필요조차 없을 때이다. 그러나 제한적 열거주의로 인해 공소기각 재판이 성립 불가능하므로 입법적 해결이 필요하다.