2003년 하반기의 인적자원정책국은 정책총괄과, 정책조정과, 학술산학협력과, 정책분석과 등 4개 과에 36명의 인원을 보유하였다. 이러한 조직이 2004년엔 인적자원총괄국, 인적자원개발국, 인적자원관리국 등 3개 국으로 확대되었다. 인적자원총괄국에 인력수급정책과와 평가지원과가 생기고 학술진흥과 산학협력은 분리되어 인적자원개발국으로 이관되었다. 인적자원정책국의 기능 변화는 국 설치의 근본 이유인 총괄･조정의 기능이 약화되는 경향을 보였다. 인적자원정책국이 처음 설치된 2001년부터 2002년까지 정책 기획･입안 업무의 비중이 52.2%를 차지하였으나 점차 집행 업무 비중이 증가하였고, 이로 인해 범정부적 인적자원정책 의제 발굴과 조정, 평가 기능이 약화되어 인적자원개발회의가 교육인적자원부 의제 중심으로 논의하는 기구로 전락했다는 비판을 불러왔다.
인적자원정책국은 2004년에 3개 국으로 확대됐다. 인적자원총괄국은 학술진흥과 산학협력이 분리되어 인적자원개발국으로 이관됐다. 이는 그 총괄･조정 기능을 약화시켜, 교육인적자원부의 논의 기구로 전락했다는 비판을 받았다.