동법과 지침에서 규정하고 있는 사용자의 의무는 사법적 효력 없는 단순한 노력의무에 그치고 있었으며 사용자의 의무를 강제할 법적 수단을 마련하고 있지 않았고, 단시간 근로자 문제의 핵심 사안이었던 균형대우에 관해서도 구체적인 내용을 정하고 있지 않았다는 문제점을 가지고 있었다. 이러한 문제점을 개선하기 위해서 노동성은 1996년부터 단시간 근로자에 관한 연구회를 통해서 문제의 보완을 검토하기 시작하였는데, 단시간 근로자 문제의 시정을 위한 정책 논의에서 핵심 쟁점은 균형대우에 관한 구체적인 방안을 어떻게 정할 것인가에 있었다. 관련 연구회와 노동 정책심의회에서 장기간 동 문제를 검토한 끝에, 2003년 10월 균등.균형대우에 관한 기본원칙을 명확히 한 개정 지침이 고시되고 이어서 구체 적인 실현 방법을 담은 행정지침이 하달되었으나, 이 또한 법적인 강제력 이 없다는 한계는 극복되지 못하였다. 이러한 문제점을 개선하기 위해서 다시 2006년 7월부터 고용정책심의회의 고용균등분과회에서 심의가 진행 되었고, 심의 결과 단시간근로자법을 개정하는 것으로 의견이 일치됨에 따라 아래에서 보는 것처럼 2007년 5월 기존의 지침에서 규정하고 있던 균등.균형대우의 전체적인 틀과 내용을 유지하면서 그 법적 구속력을 강화하는 내용의 법개정이 이루어졌다.
사용자의무는 단순한 노력의무로 치부되고 있으며, 단시간 근로자에 대한 균형대우도 구체적 규정이 없는 상황이었다. 이의 개선을 위해 노동성은 2003년 균등 균형대우관련 기본원칙을 고시했으나 법적인 강제력이 없어 한계를 가졌다. 2006년 고용정책심의회 고용균등분과회에서의 심의를 통해 근로자법의 법적구속력 강화로의 법개정이 실현됐다.