청나라와 일본 간의 갑오전쟁 이후 일본이 대만에 대한 식민통치를 하게 되면서 한족과 원주민족의 분리정책을 시행하였다. 대만에 대한 한족의 영향력을 약화시키기 위해서 일본 식민지 당국은 원주민족에 대해서 포용정책을 시행하였으며, 식민통치 기간 동안 대만의 원주민족에 대한 인류학적 연구를 진행하여 고유한 언어의 유무를 기준으로 9개 민족으로 구분하였다(廖正宏 1985, pp.23). 일본 식민지 당국은 원주민에 대한 포용정책을 통해서 원주민족의 일본화를 추구하였으며, 이를 위해서 원주민족의 아동을 ‘원주민아동교 육소’에 보내 일본어를 배우게 하였고, 학업성적이 우수한 원주민족 아동은 도시의 중등학교에 입학시켜 일본식 교육을 받도록 했다. 그리고 원주민족 청년과 각 부족의 지도자들을 일본으로 보내 일본의 선진문물을 참관하도록 하였으며, 원주민족 청년 중 교사를 양성하여 원주민족 아동을 교육하도록 하였다. 1941년 태평양전쟁이 발발하면서 일본은 원주민족에 대한 동화정책을 강화하여 원주민족이 일본식 이름을 가지도록 하였으며, 일본식 생활습관을 익히도록 하였다.
갑오전쟁 이후의 대만 식민통치에서 일본은 한족과 원주민의 분리 정책을 시행했다. 원주민족에 대한 포용 정책을 통해 원주민족의 일본화를 추구했으며 원주민족 아동을 대상으로 한 일본어 교육, 원주민족 청년과 지도자들의 일본 선진문물 참관 등의 정책을 추진했다.