국제항공에 대한 탄소배출권거래제에 대한 합의가 없는 상황에서 EU가 국제항공을 일방적으로 ETS에 편입시킨 지침(2008/101/EC)은 외국항공기가 EU 역외지역, 공해 상공 또는 제3국의 영공에서 배출한 탄소도 규제하기 때문에 EU법의역외적용 문제와 외국항공사에 대한 차별문제를 야기 시킨다. 거점공항이 EU와 멀리 떨어진 외국항공사의 경우 비행에 따른 총 탄소배출량이 많기 때문에 유상으로 구매해야 하는 배출권의 양이 그만큼 증가하게 되어 비용 상의 불이익이 발생할 수 있기 때문이다. 그러나 ECJ는 2011년 12월 21일, 동 지침의 유효성에 관하여, EU ETS에 항공을 포함시킨 지침은 국제관습법 (영공에 대한 주권원칙, 공해에 대한 주권주장에 대한 불법성, 공해에서의 비행 자유의 원칙)과 항공자유화협정 관련 규정에 따라 적법하다는 선결적 결정을 내렸다.
EU는 탄소배출권거래제에 대해 국제적 합의 없이 제 3국의 하늘에서 배출한 탄소도 규제하기 때문에 외국항공사에게 차별 문제를 불러온다. 하지만 EU는 국제관습법 및 항공자유화협정 관련 규칙으로 적법하다 판단 내렸다.