ISIL 조직은 과거 초대 칼리프 시대의 거버넌스를 그대로 복제하고 있다. 단일 지도자의 위계질서로 1971년생 아부 바크르 알-바그다디(Abu Bakr Al-Baghdadi) 일인 지도체제다. 스스로를 칼리프[이슬람 공동체의 통치권자, 권력을 알라(allah)로부터 수임]로 자임하고 있다. 휘하에 샤리아(Shari’a, 이슬람법 통치), 슈라(Shura, 조언/협의/입법기능), 군사 및 치안 등 4개 영역의 위원회를 설치하여 나름대로의 통치행위를 전개하고 있다. 여기에 중앙 지도부 예하 지역 단위 통치 거버넌스를 구성하여 책임자 왈리(Wali)를 중심으로 지역별로 4개 위원회를 설치하여 동일 기능을 수행하게 하였다. 현재로써는 과거 알-카에다의 오사마 빈라덴에 필적할 만큼 바그다디의 영향력이 절대적인 것으로 보인다.
ISIS 조직은 단일 지도자의 위계질서로 지도자는 칼리프로 자임하고 있으며, 휘하에 군사 등 4개 영역의 위원회, 지역별로 4개 위원회를 설치하고 통치 행위를 하고 있다. 현재는 지도자 바그다디의 영향력이 절대적이다.