한편, 배출권의 무상할당 시 벤치마크 방식으로 할당량을 산정하는 것이 생산성 및 에너지사용 효율이 높은 기업의 거래제 편입 독려를 위해 바람직할 것이다. 현재 대부분의 경우 과거 배출량 실적을 기반으로 한 그랜드파더링으로 할당을 실시하고 있으며, 신규 진입자의 경우에만 과거 실적 데이터가 없는 경우가 많기 때문에 벤치마크 방식을 이용하는 것이 일반적이다. 정경화(2013)에 따르면 이렇게 신규진입자가 기존진입자와 상이한 기준에 따라 무상할당을 받더라도 배출량 기준의 배출권 거래제에서는 시장경쟁 구도에는 영향이 없어야 하지만 신규진입자의 규제 진입 지체 효과를 상정한 모형에 따르면 일부에서나마 영향이 있는 것으로 분석된다. 따라서 기존진입자와 신규진입자 간의 형평성 문제를 해소하기 위해 기존진입자에도 벤치마크 방식을 적용하는 것이 타당할 것이다.
배출권 거래제는 시장경쟁에는 영향이 없어야 하지만 신규진입자의 규제 진입 지체효과에 따르면 일부에서 영향이 있는 것으로 분석된다. 따라서 형평성 문제를 해소하기 위해 기존진입자도 벤치마크 방식을 적용하는 것이 옳다.