E기관 사무보조원의 2015년 월 봉급액은 평균 1,337,143원으로 1년차 기획재정부 사무원 나급의 월 봉급액 1,294,080원의 약 103.3% 수준이며, 1년차 일반직 공무원 9급의 월 봉급액 1,282,800원의 104.2% 수준으로 오히려 더 높게 나타난다. 그러나 직무급의 경우 근속기간의 증가에 관계없이 동일한 기본급이 적용되기 때문에 근속기간이 증가할수록 호봉제를 적용하는 기관의 동일한 근속기간을 가진 근로자와의 임금격차는 증가한다. 예를 들어 2015년을 기준으로 근속기간이 10년인 기획재정부 사무원 나급에 해당하는 근로자의 기본급은 1,987,600원, 일반직 공무원 9급의 기본급은 1,918,400원이다. 그러나 동일한 근속기간을 가진 E기관 무기계약직 사무보조원의 기본급은 1년차와 동일한 평균 1,337,143원으로 이는 기획재정부 사무원 나급 근로자 기본급의 67.3%, 일반직 공무원 9급 기본급의 69.7%로 그 격차가 상당히 확대되었음을 알 수 있다.
E기관의 경우 1년차 사무보조원의 봉급은 공무원과 비슷하지만, 호봉제를 적용받지 못하기에 시간이 갈수록 기본급 격차가 커지게 된다.