그럼에도, 북한이탈주민에 대한 개인정보 확인이 통일부 및 정보기관으로만 한정되고, 70년 분단이 초래한 남북한간 이질화가 심화되고 있어 아직은 비용 대비 효과가 크지 않다. 북한이탈주민에 대한 국민적 관심이나 긍정적 인식도 상대적으로 저조하다. 재단이 설립되기 이전에도 종교단체, NGO 등 다양한 민간단체들이 북한이탈주민 지원 활동을 활발하게 벌여왔고, 정부의 19개 부처도 직·간접적으로 북한이탈주민 관련 업무를 시행해 온 터라, 다다익선의 장점이 있는 반면 중복 사업에 따른 비효율도 산재한다. 단, 통계추이상 점진적으로 탈북민 삶의 질이 향상되고 적응지수가 개선되는 것은 분명하다.
북한이탈주민의 개인정보는 통일부 및 정보기관이 담당하고 있다. 또한 국민적 관심이나 긍정적 인식도 저조하고 여러단체와 정부에서 관련 업무를 하면서 장점도 있지만 단점도 있다.