개정 고시된 2009 교육과정은 학교스포츠클럽 활동의 종목과 내용을 학생들의 희망을 반영하여 학교가 정하되, 다양한 종목을 개설하도록 명시하고 있다. 따라서 중학교 학교스포츠클럽 활동은 기존의 체육수업과 같은 학급단위 운영이 아닌 창의적 체험활동의 동아리 활동과 유사한 형태로 학년 또는 2-3학급을 소집단화 하여 학생들의 희망을 반영 후 스포츠종목 별로 재조직하여 운영되어야 한다. 그러나 단위학교에서는 1, 2학년 주당 1시간, 3학년 주당 2시간을 학생의 희망을 반영한 스포츠클럽으로 운영하기 위해 전체 교사의 수업시간표를 재조직해야 하는 어려움이 상존하였다. 또한 학생들의 희망을 반영한 스포츠클럽의 수가 많아질수록 클럽을 지도할 지도자 수급에도 큰 어려움이 발생하였다. 특히 일부 시ᆞ 도교육청에서는 강사 배치 예산의 부족으로 창의적 체험활동을 순증하는 학교에만 강사비를 지원한다는 방침을 세워 기존의 창의적 체험활동을 활용한 학교의 경우 수업시수가 적은 비체육 교과 교사가 스포츠클럽 활동을 지도하는 학교도 발생하였으며, 체육교사 또는 체육 관련 자격증이 없더라도 단위학교의 학교체육소위원회 승인만 얻으면 스포츠강사로 활동이 가능하여 중학교 스포츠강사의 자질 문제도 제기되었다.
중학교 학교스포츠클럽 활동은 종목별로 재조직하여 운영돼야 하나 수가 많아질수록 지도자 수급에도 어려움이 발생하고 있다. 특히 일부 시,도 교육청에서는 강사비 지원을 축소시켜 학교 내의 스포츠클럽 강사의 자질 문제가 제기되고 있다.