연공급의 단점은 근속연수 증가에 따라 자동적으로 임금이 상승하기 때문에 임금을 통한 동기부여가 미흡하다는 점이다. 이로 인해 근로자가 직무 성과 향상을 위한 노력과 자기개발을 등한시할 수 있다는 한계가 있다. 그리고 이 체계가 근속연수와 숙련도 및 생산성이 밀접한 관계가 있으리라는 가정에서 발생하는 문제점이 있다. 즉 연공급은 근속연수가 증가하면 숙련도나 기술이 향상되어 생산성이 높아질 것으로 전제한다. 산업화 초기 단계에 숙련된 근로자들이 거의 없었기 때문에 숙련에 대한 평가를 통해 임금을 지급할 수 있다는 발상 자체가 어려웠을 것이고, 근속연수가 길수록 업무 기술이 향상되리라고 전제했을 수 있다. 하지만 근속연수와 생산성 사이의 상관관계를 명확히 입증하기가 어렵고, 생산직과 사무직 사이의 차이가 존재하며, 지식 정보화 시대에서 생산성에 대한 개념이 달라졌다는 것이다. 따라서 근속연수와 숙련 혹은 생산성이 상관관계가 있기 때문에 근속연수 증가에 따라 임금을 상승시켜 주는 것에 대한 회의가 대두되고 있다.
연공급에서는 근속연수가 증가하면 숙련도나 기술이 향상돼 생산성이 높아질 것을 전제로 임금이 상승하는데 임금을 통한 동기부여가 미흡할 수 있다. 그러나 근속연수와 생산성 간 상관관계를 입증하기 어렵고 지식 정보화 시대에 생산성의 개념이 달라졌기에 이에 대한 문제가 제기된다.