이후 1990년대에 국가 경제에서 정부의 역할을 조정하기 위해 담당 부처의 재편성이 시행되었는데, 1993년과 1998년에 시행된 정부구조 재편성에서 산업을 담당하는 부처들이 다수 없어지고, 반면에 기존부처들이 담당했던 분야가 상업화되고 기업화 되어 결과적으로 국무원의 관리하에 있던 부처들의 숫자가 현저히 감소하였다. 이러한 과정에서 원자력 산업 담당 부서는 담당기관으로써의 자신의 위치를 잃었을 뿐만 아니라 성공적인 기업화도 달성하지 못 했다. 그 어떠한 정부기관도 원자력 산업정책 수립에는 관여하지 않으면서 모두 발전소 건설로 인한 경제적 이익에만 관심이 있었기 때문에, 원자력 에너지 개발은 장기적 전략이나 면밀하게 구축된 국가 계획 없이 일부 프로젝트의 부침 과정에서 추진되었다.
1990년대의 담당부처의 재편성은 많은 부처들의 수를 감소시켰다. 그 결과 원자력 산업 담당부서는 위치를 잃었고 원자력 에너지 개발은 장기적 전략과 잘 구축된 국가 계획 없이 추진되었다.