도시관리계획(재정비)은 지구단위계획, 도시계획시설은 물론 필지별 개별개발행위 등에 대한 상위계획으로서 전략환경영향평가의 대상으로 선정되었으나, 계획의 특성상 하위 개발계획들의 환경영향을 구체적으로 평가하는 보호망이 부족한 편이다. 특히 도시관리계획(재정비)의 주 내용인 용도지역 변경계획은 개별개발행위에 대한 기초가 되는 계획으로 향후 해당 입지에서 발생하는 개발행위의 환경영향을 재차 확인할 수 있는 절차가 부족하다. 예를 들어, 도시관리계획을 통해 특정 필지가 계획관리지역으로 설정되면 그에 따라 건축할 수 있는 건축물의 종류와 규모(건폐율 및 용적률)가 법으로 명시되어 있고, 그 규모가 소규모환경영향평가 이하이면 향후 별도의 환경영향평가 없이 개발을 추진할 수 있게 된다. 소규모환경영향평가 이하 규모의 개발에 굳이 환경적인 고려가 필요한가 하는 이의를 제기할 수 있겠으나, 도시관리계획(재정비)에서 일시에 다루는 토지 면적의 총량을 고려하면 단순히 개별 필지의 크기로 환경적 영향을 가늠하는 것은 적정치 않다. 실제 작은 필지들의 집단이 계획관리지역으로 설정되어 개별개발행위에 의해 발생한 난개발이 환경적·사회적 문제를 야기하는 경우도 적지 않다.
도시관리계획(재정비)은 하위 개발계획들의 환경영향을 구체적으로 평가하는 보호망이 부족하다. 필지별 개별개발행위의 경우 그 규모가 소규모환경영향평가 이하면 환경영향평가 없이 개발을 추진할 수 있다. 도시관리계획에서 동시에 다루는 토지 면적의 총량을 생각하면 개별 필지의 크기로 환경적 영향을 평가하는 것은 적절치 않다.