한편, 재정보조에는 충분한 정부 재원조성이 필요하다는 한계가 있다. 재정보조가 없더라도 에너지효율 투자에 참여할 사람들을 수혜대상에서 제외하기 어렵기 때문에, 무임승차 발생가능성이 높다. 또한, 재정보조는 에너지소비량 자체를 감소시키는 데에는 그다지 효과적이라고 보기 어렵다. 자유화된 에너지시장에서 재정보조는 에너지가격을 하락시켜, 결과적으로는 반등효과(rebound effect)를 발생시킬 수 있다. 더 나아가, 경제전체적 관점에서 보았을 때, 재정보조는 타 영역에의 조세 불균형을 야기할 가능성이 있다(Bye and Bruvoll, 2008).
자유화된 에너지 시장에서 정부 재정보조는 에너지 가격을 하락시켜 ,  그 결과 반등효과를 발생시킬 수 있으며 타 영역에의 조세 불균형을 야기시킬 수 있다.