장애인복지법 제59조의11에 의거하여 설치된 장애인권익옹호기관은 2018년 12월 31일 기준, 중앙장애인권익옹호기관 1개와 지역장애인권익옹호기관 17개가 운영 중이다. 지역장애인권익옹호기관은 장애인학대의 신고접수, 피해자 지원, 사후관리 등 장애인학대에 대한 직접적인 대응 업무를 하고 있다. 중앙장애인권익옹호기관은 장애인 학대 관련 연구, 프로그램 개발, 인력개발, 장애인학대 통계 생산 등 지역기관에 대한 지원 및 정책 관련 업무를 하고 있다. 또한 장애인학대 신고접수 및 관리를 위한 전산시스템의 구축 및 운영, 장애인학대 관련 통계의 생산 및 제공에 관한 업무를 수행하면서 이를 토대로 장애인학대 현황보고서를 발간한다.
장애인권익옹호기관은 중앙기관 1개, 지역기관 17개로 운영 중인데, 중앙기관은 지역기관의 지원·정책 업무와 통계·보고서 업무를 하며, 지역기관은 장애인학대의 직접적인 대응 업무를 한다. 