또한, 예산집행 단계에서 나타날 수 있는 비효율적인 지출이나 부정수급을 제도개선과 체계적인 관리를 통해 예산낭비를 감소시킬 필요가 있어 보인다. 예를들면, 제도적 요인에 의한 보건 분야 지출의 급증을 들 수 있다. 우리나라의 공공부문 보건의료비 지출은 2011년 기준으로 GDP대비 4.0%로, OECD 평균(6.2%)을 하회하는데 이는 상대적으로 낮은 노인인구의 비중, 1인당 국민소득 등에 기인한다. 그러나 공공부문 보건의료비의 약 73.3%(2012년 기준)를 차지하는 건강보험 지출이 2006~2015년 동안 연평균 8.8%씩 증가해 왔고. 국가의 법정지원금도 2006년 3.8조원에서 2015년 7.1조원으로 연평균 7.1%씩 증가하고 있다. 이는 인구고령화와 같은 불가피한 요인 외에도 과잉진료를 유발하는 행위별 수가제와 약제비 과다 등에 기인한다. 이에 대한 개선방안으로 일부 진료군에 대해 포괄수가제가 도입되고 복제약 사용이 권장되는 등 의료비 지출 절감을 위해 노력 중이나 아직까지 그 효과가 제한적인 것으로 보인다. 따라서 지속적인 제도개선을 통해 급증하는 의료비를 효율적으로 통제함으로써 재정 부담을 완화하는 노력이 필요하다. 또한 사회복지통합망이 구축되었음에도 불구하고 복지분야와 관련된 부정수급 사례가 지속적으로 발생하고 있어 보다 체계적인 관리가 필요해 보인다.
국가재정운용의 예산낭비를 막기 위해 제도개선과 체계적인 관리가 필요하다. 그 예로 보건 분야의 지출 증가를 보자면 인구고령화의 요인말고도 과잉진료와 많은 약제비로 하여금 법적인 통제가 필요하며 지속적인 복지분야의 부정수급 사례과 관련하여 체계적인 관리로 사전에 방지가 필요가 있다. 