2003년 한국교육개발원은 국민의정부 5년의 교육정책을 평가하는 평론집을 발행하였는데 당시 이종재 한국교육개발원장은 이 평론집의 서문에서 “교육개혁의 위기, 교육계에 대한 불신, 교원단체 간의 갈등”을 교육정책의 문제로 꼽았다. 이에 비춰 볼 때 국민의정부 중반기로 접어든 2000년 시점에서 교육부의 부총리 부서 승격과 교육･인적자원개발을 총괄하는 부총리제를 구상했던 것은 교육계의 갈등을 풀면서도 교육개혁을 인적자원개발과 연계함으로써 그 실현 가능성을 높이려는 전략으로 이해된다. 김대중 대통령은 대통령 비서실과 교육부 관료의 긴밀한 교섭과 협상을 막후에 두면서 대통령 연설을 통해 교육계 갈등을 풀 수 있는 정책의제 형성을 주도한 것이다. 이와 같이 교육부총리제는 대통령 연설을 기획하고, 언론의 조명을 받으면서 대통령을 정점으로 정책의제를 극대화하는 방식으로 표출되었다.
국민의 정부 5년의 교육정책의 평가는 교육개혁의 위기, 교육계의 불신, 교원단체간의 갈등으로 정리될 수 있다. 이러한 갈등을 풀고 교육개혁을 인적자원과 연계, 실현 가능성을 높이는 전략을 위해 교육부의 부총리 부서 승격을 구상했다.