반면 교대의 종합대학으로의 통합에 대해 반대 의견도 있었는데, 우선 교대의 종합대학으로의 통합이 물리적 결합으로 명목상의 통합에 그칠 가능성이 있기 때문에 반대한다는 의견이 있었고, 교육대학교가 목적 대학으로서 오랫동안 쌓아온 전통, 정서, 정체성 등이 통합으로 인해 훼손될 가능성이 있다는 점도 반대 논리 중의 하나였다. 같은 맥락에서 중등과 구별되는 초등교육의 특수성, 전문성도 통합으로 인해 훼손될 가능성이 있는 것으로 보았다. 또한 교대의 종합대학으로의 통합을 통해 교양을 확대할 수 있다는 의견에 대해서는 교양교육은 운영의 문제이지 구조의 문제가 아니라는 의견이 있었다. 즉 교양교육은 교대에서도 잘 운영하면 질을 높일 수 있으므로 이를 위해 굳이 교대의 종합대학으로 통합까지 나아갈 필요는 없다는 것이다. 그리고 무엇보다도 통합에 따른 구조조정 비용이나 정치적 부담이 너무 커 실현 가능성이 높지 않다는 점, 그리고 좋은 의도로 추진했어도 통합의 명분이 지속될 수 있을까 라고 하는 염려도 반대 논리가 되고 있다.
교대의 종합대학화에 대한 반발이 있었으나, 그것은 명목상이 될 우려에 반대한다는 것이었고, 정체성 훼손도 그 이유였다. 또한 교양교육의 개선을 위한 종합대학화는 불필요하다는 이유였다. 