본격적인 임금․단체교섭이 진행되면서 매각 대응방안과 노조 활동에 대한 입장 차이로 양 노조 간 긴장이 상시화되었다. 첫째, 금속노조 지회는 기업노조가 자문을 하는 노무사가 과거에 ‘노조파괴 전략’ 문건을 작성한 노무법인에 재직한 사실이 2011년 국회 국정감사에서 드러났다고 공개하였다. 둘째, 금속노조 지회는 교섭 내용이 임금피크제 없는 정년보장 등 고용안정 요구에 미진하다고 판단할 때마다 판교의 R&D센터에서 연구개발직과 사무직을 대상으로 홍보물을 나눠주며 기업노조를 비판하였다. 금속노조 지회는 대표노조 경쟁이 이번에만 그칠 게 아니라는 점에서 판교 직원들의 기업노조 탈퇴와 창원공장 노동자들의 금속노조 지회가입 유도가 관건이라고 보았다. 이에 기업노조는 금속노조 지회가 기업 노조의 교섭권을 박탈하려 한다며 비판하였다. 셋째, 기업노조는 금속노조 지회 조합원의 다수가 방위산업 조항으로 인해 파업이 불가능하다는데 불만을 제기하였다. 금속노조 지회는 C사와 함께 매각대상이 된 삼성계열사와 공동 개최한 집회에 기업노조 조합원이 소수만 참여했다고 비판하였다. 마지막으로, 2015년 말에 제시된 기업노조의 임금교섭 결과에 대해 금속노조 지회는 부결을 조직하였으며, 그 결과 기업노조 위원장이 사퇴하였다.
금속노조는 고용안정 요구판단마다 기업노조를 비판했고 지회가입 유도가 관건이라고 보았다. 기업노조는 금속노조가 교섭권을 박탁하려 한다며 비판했고 파업 불가능 상황에 이견을 내었다. 결국 기업노조의 임금교섭에 대해 금속노조 지회는 이를 받아들이지 않기로 결정했고 그 결과 기업노조 위원장이 사퇴했다.