하지만 이러한 역사적, 정서적 배경을 감안하더라도 제주해군기지 건설에 반대하는 이들의 주장은 여러모로 타당성이 결여되어 있음을 알 수 있다. 제주해군 기지는 21세기의 청해진으로서 해양주권 보호를 위한 가치와 필요성이 명백 함에도 오랫동안 각종 오해와 논란으로 그 기지 건설의 진행이 그동안 지체되어 왔다. 특히 반대주장 대부분이 타당한 논리와 사실관계를 근거로 하기보다는 자의적이고 음모론적인 의혹 내세우기, 반대를 위한 반대, 그리고 ‘군대=평화의 장애물’이라는 흑백논리에서 비롯되었음을 알 수 있다. 반대론자들이 내세우는 평화는 ‘한국을 위한 평화’가 아닌 ‘외세를 위한 평화’에 지나지 않는다. 다른 나라의 처분과 자비심에 의존해 유지되는 평화는 진정한 평화가 아니라서 오래 지속될 수도 없기 때문이다. 제주해군기지 반대논리의 비적실성은 다음과 같이 정리해 볼 수 있을 것이다.
제주해군 기지 건설 반대주장은 타당한 논리와 사실관계가 기반으로 되어 있지 않고 군대는 장애물이라는 흑백논리에서 시작됐다.  그들의 평화는 외세를 위한 평화를 의미하는데 이는 진정한 평화가 아닌 다른 나라의 자비심에 의존하는 것이다.