아베 수상은 태평양 전쟁 당시 A급 전범으로 분류된 14인의 위패가 다른 전사 자들의 그것과 함께 안치된 야스쿠니 신사의 참배에 대해서도, 종전 일본 정부가 견지해온 신중한 입장을 넘어서는 행위를 보이고 있다. 일부의 예외가 있지만 대체로 역대 일본 수상들은 한국이나 중국의 반발을 우려하여 야스쿠니 신사 참배를 자제해 왔다. 그러나 아베 수상은 야스쿠니 신사의 성격 자체에 대해 종전의 금기를 깨뜨리는 발언까지 하고 있다. 2013년 7월에 발간된 미국의 외교평 론지 Foreign Affairs와 가진 인터뷰에서 아베 수상은 미국인들이 알링턴 국립묘 지를 참배하며 미국을 위해 자신을 희생한 전사자들을 추모하듯이, 국가를 위해 생명을 잃은 이들의 영혼을 위로하는 야스쿠니 신사에 대한 참배는 문제가 안된 다고 밝혔다(Tepperman, Jonathan,2013, p. 5). 이러한 수상의 인식에 따라 2013 년 4월에는 아베 내각의 아소 부총리, 후루야 납치담당상 등 주요 각료들뿐만 아니라, 초당파 의원연맹인 ‘야스쿠니를 참배하는 국회의원의 모임’에 속한 168 인의 정치가들도 야스쿠니 신사를 참배하였다. 그리고 12월 26일에는 아베 수상 자신도 야스쿠니 신사를 참배하였다. 일본 내에서는, 사회 전반의 보수우경화경향 속에서 아베 수상의 야스쿠니 신사 참배에 대한 옹호론이 적지 않다(Sato, Yoichiro, 2014). 그러나 한국과 중국은 물론, 구미 각국에서는 이같은 신사 참배 가 일본의 위험한 내셔널리즘을 고취하는 것이라는 우려와 비판이 제기되고 있는 실정이다.
아베 수상은 야스쿠니 신사 참배에 대해 역대 수상들의 주변국의 반발을 우려해 참배를 자제하는 신중한 자세를 넘어 주요 각료 등과 함께 참배를 강행하고 신사의 성격에 대해 금기를 깨뜨리는 발언까지 하고 있다. 일본사회 전반의 보수우경화경향 속에서 이에 대한 옹호론이 적지 않으나 한국과 중국은 물론, 구미 각국에서도 신사참배가 일본의 위험한 내셔널리즘을 고취한다는 우려와 비판이 제기되고 있다.