그동안 공익신고가 효과적이지 못하다는 비판이 많았다. 특히 내부고발자의 신원을 보호해주지 못했고, 그들이 받을 수 있는 만약의 피해에 대한 보상도 부족하다는 의견이 많았다. 최근(2015년 9월 11일) 「공익신고자 보호법 시행령」 개정안이 입법 예고되면서 전반적 제도의 실효성을 높일 수 있는 조건이 성숙되고 있다. 그러나 이러한 개정안의 경우에도 안전관련 내부 고발의 경우에는 보상금을 받기가 어렵다. 안전 관련 고발의 경우 새 시행령에서 지정한 ‘벌금, 과태료, 과징금 부과로 인한 국가・지자체의 수입 증대’가 그다지 많지 않을 가능성이 있다. 만일의 사고를 예방하여 많은 생명을 구할 수 있는 신고라 할지라도 그로 인한 국고 수입 증대가 미미하다면 제대로 된 보상을 할 수 없을 것이다. 그런데 내부 고발자들의 경우 조직에서 배반자로 낙인찍혀 제대로 된 직장생활을 하기 힘들다는 점을 고려하면, 이들에 대한 포상금을 대폭 증가하는 것이 바람직할 것이다. 또한 현행 제도에서처럼 법률을 나열하는 형태로 공익침해행위를 규정할 것이 아니라 어떠한 법 위반이더라도 공익을 증진시켰다고 판단될 경우를 포괄적으로 인정하는 ‘포괄주의’ 도입 및 변호사를 통한 ‘대리신고 제도’를 도입하여 신고자의 신분 보장을 강화해야 한다는 주장도 있다. 앞서 제시한 고리원전 블랙아웃 사례와 같이 기술적 전문성 및 네트워크가 좁고 강한 집단의 경우에는 이러한 대리신고 제도가 특히 유용할 수 있다. 좁고 강한 전문가 네트워크의 경우에는 아무리 보호조치가 철저하다 하더라도 그 고발자가 누구인지 예측이 쉬운 경우가 많다. 따라서 보다 적극적인 보호조치로서 대리신고 제도의 도입을 통해 정부의 내부 공익신고자 보호 의지를 보여줄 필요가 있다.
공익신고는 내부고발자에 대한 보호와 보상이 부족하여 효과적이지 못하다는 비판이 많았다. 내부 고발 후 조직에서 소외되어 직장생활을 하기 어렵기에 포상금 지원이 필요하다. 좁고 강한 네트워크의 경우 포괄주의, 대리신고 제도 등을 통해 보다 적극적으로 내부 공익신고자 보호해야 한다.