앞서 살펴본 바와 같이, 1987년 물질특허제도의 도입과 함께 국내에 도입된 특허권의 존속기간 연장등록 제도는 여러 차례 개정을 통해 보완 및 수정되어 왔으나, 동 제도에 대한 합리적인 운용기준 및 실무 등이 정립되기 위해서는 여러 가지 명확하게 규정되어야 할 사안들과 보완되어야 할 사항들이 많은 실정이다. 특히 연장대상, 연장 기간의 산정 방법, 연장된 특허권의 효력 범위 해석과 관련하여 의약품등의 유효성분으로 사용되는 물질의 종류 및 특성의 다양화, 허가 또는 등록 등과 관련된 법령 및 심사요건 변화 등의 요인으로 관련 법규정 및 심사기준의 재정비에 대한 요구가 계속되고 있다. 또한 한미 FTA에 따른 허가-특허연계제도의 도입으로 인하여 존속기간 연장등록의 무효심판 및 존속기간이 연장된 특허권의 효력범위에 대한 권리범위 확인심판이 급증하면서, 최근 존속기간의 연장제도에 대한 관심이 증가하고 있는 상황이다.
물질특허제도의 도입과 개정 과정 중이지만, 아직까지 선명하게 규정되어야 할 사안들이 많다. 대상, 방법, 기간 등의 추가적 정비가 필요하며, 한미 FTA로 존속기간 연장제도가 주목을 받고 있다. 