이처럼 교육감을 정점으로 하는 한국형 교육자치는 나름의 성과에도 불구하고 한국의 지방 자치가 노정한 문제를 거의 비슷한 정도로 경험하고 있다. 지방 ‘자치’라고 하면, 지역마다 고유한 실정에 따라 지방행정기관을 나름대로 구성할 자유를 향유하여야 하지만, 모든 지역이 법률에 따라 획일적으로 지방행정기관을 구성하고 있다(이종수, 2002). 교육자치 역시 마찬가지다. 특히 지방자치 선거가 전국 동시에 이루어지고, 그 결과 지방의회와 교육위원회가 구성 되고 이 시기에 교육감 선거가 진행되면서 정당 정치의 영향이 상당히 강력하다. 아울러, 지난 20여 년의 지방자치가 풀뿌리 민주주의로 뿌리를 내리지 못하고, 무늬만 지방자치일 뿐 행정의 비효율을 초래했다는 비판(김순은, 2015) 또는 주민들이 자발적으로 참여하여 ‘스스로 다스림’을 구현하기보다는 자치단체나 단체장을 선출하는 데 그쳤을 뿐 행정적 통제에 의미를 부여할 수밖에 없다는 비판(강원택, 2014)을 교육자치 역시 피해갈 수는 없다. 교육감 주민 직선을 계기로 학교 관계자들의 관심과 참여가 높아진 것은 명확한 사실이지만, 주민들이 지 역교육 행정의 주인이 되기보다는 여전히 관객으로 지켜보는 ‘관객 민주주의’(김순은, 2015에 서 재인용)에 그치고 있다. 교육감 주민 직선제 시행 이후 교사들의 교육정책 참여는 어느 정도 확대되었으나, 교육자치가 시민의 것이 되었다고는 보기 이르다.
한국형 교육자치는 한국 지방자치가 노정한 문제를 겪고 있다. 지방자치와 같이 교육자치도 정당정치의 영향이 매우 강하다. 동시에 풀뿌리 민주주의 정립없이 행정의 비효율 초래, 행정적 통제에 의미부여 등은 교육자치에도 해당되는 비판이다.  교육감 주민직선제 시행 이후 교사의 교육정책 참여는 확대됐지만 주민들은 지역교육 행정의 관객에 머물러 시민의 교육자치는 아직 멀다.