수도권청년유니온은 2000년 12월에 결성되었다. 당시 젠로렌 계열의 공공부문 일반노동조합에서 활동하던 청년활동가가 기존의 노동운동에서 느끼는 정규직과 비정규직 간의 문화차이, 기존의 노동운동 윗세대와 청년세대 간의 세대차이 문제를 극복하고자 프리터 및 비정규직 청년만의 문제에 전념할 수 있는 새로운 형태의 노동조직을 만들고자 한 것이 큰 계기였다(Kim, 2009). 동경공무공공일반노동조합이 청년유니온의 상부단체지만, 재정이나 의사결정구조는 완전히 독립되어 있다(가와조에 전 서기장 인터뷰, 2009. 5. 15). 2014년 현재 조합원은 약 380명이고, 남녀의 비율은 6대4로 구성되어 있으며, 조합원의 평균연령은 32세이다. 현재 2명의 상근자를 두고 있으며, 조직구조는 간부 등을 따로 두지 않고 약 10명의 집행위원이 공동으로 작업하는 플랫형 구조이다. 연 1회 총회를 개최하고 있다.
공공부문 일반노동조합에서 활동하던 청년활동가들이 프리터 및 비정규직 청년만의 문제에 전념할 수 있는 새로운 형태의 노동조직을 만들고자 한 것이 계기로 수도권청년유니온이 결성되었다.