이 판결을 기회로 다수와 다르다고 배제하고 차별할 것이 아니라 차이와 다름을 인정하는 사회분위기가 형성되고, 다원성과 다양성을 존중하는 민주주의 이념을 깊이 인식하는 계기가 되기를 바랐다. 그러나 안타깝게도 대법원 전원합의체 판결 이후에 논란은 엉뚱한 방향으로 흘러가고 있다. 비논리적이고 모순적인 판결비판과 합리성을 잃은 대체복무제 도입논의가 그렇다. 군대 간 사람은 비양심적이냐는 비아냥거림이 대표적이다. 병역을 거부한 것이 양심이라면 병역의무를 다한 것은 비양심이냐는 비판은 오해를 불러일으키는 대립구도 조작이다. 병역거부가 양심에 따른 결정이라는 의미인데, 의도적으로 ‘양심적’과 ‘비양심적’을 대칭시킨 것이다. 신성한 국방 의무 앞에 열외가 없고 누구나 평등해야 국가안보가 굳건히 세워질 것이라고 믿는 자들은 남북의 대치상황을 들먹이며 판결을 비난한다. 진영논리로 사법을 재단하기도 한다. 분노와 비판의 목소리를 과대 포장해 판결의 의미를 깎아내려는 언론도 갈등을 부추기는데 한 몫 했다.
양심적 병역거부에 대한 판결을 기회로 다름을 인정하는 사회분위기가 형성되고, 다양성을 존중하는 분위기가 형성되기를 바랬다. 그러나 언론에서는 의도적으로 양심적과 비양심적으로 대칭시켜 갈등을 부추기고 있다.