성격차지수는 성불평등지수와 달리 해당 국가의 수준(level)은 고려하지 않고 남녀격차(gap)만을 의미하므로 선진국가가 낮은 순위로 평가되는 경우가 적지 않다. 또한 고등교육 취학률, 유사업종 남녀 임금격차 등 일부 지표의 측정방식이 우리나라의 현 상황을 정확히 반영하지 못하는 점도 성격차지수의 점수와 순위가 낮게 나타나는 요인으로 작용하고 있다. 고등교육 취학률의 경우 군복무로 인한 휴학생이 재적학생에 포함되어 남학생 수가 여학생 수에 비해 과다 계산됨에 따라 성별 격차가 왜곡되는 경향이 있다. 유사업종 남녀 임금격차는 경영자 설문조사(1개 문항)로 측정하는데 이와 같은 주관적 측정 방식으로는 우리나라의 실정을 제대로 파악하기 어렵다. 이에 여성가족부는 이러한 통계지표 산정의 문제점 개선을 위해 세계경제포럼 및 관계부처간의 협의를 지속적으로 추진하고 있다.
성격차지수는 남녀격차만을 의미하고 일부 지표의 측정방식이 우리나라의 현 상황을 정확히 반영하지 못하고 있어 순위가 낮게 나타나고 있다. 여성가족부에서는 이러한 문제점을 개선하기 위해 협의를 하고 있다.