이러한 점을 감안할 때, 현행 조세지출예산서상의 지원 분야의 구분이 보다 일관된 체계로 정비될 필요가 있어 보인다. 현행 조세지출예산서에서 ｢조특법｣상 조세지출 항목들은 ｢조특법｣의 분류체계에 맞추어 중소기업, 연구개발, 국제자본거래 등 23개 분야로 구분되어 있는 반면, 개별세법상 조세지출 항목들은 제도별로 예산상 중분류기준에 따른 지원의 성격이 명시되어 있을 뿐 ｢조특법｣의 분류체계로 구분되어 있지 않다. ｢조특법｣상 조세지출 항목에 대해서도 예산상 분류기준의 지원 기능이 별도로 표시되어 있기는 하나, 대상 구분의 목적과 기준이 다름에 따라 예산상 분류와 ｢조특법｣상 분류 기준의 일대일 매칭이 어렵고(예: 예산상 ‘산업진흥, 고도화’에는 ｢조특법｣의 연구개발, 투자촉진, 외국인투자, 기업구조조정 등을 포함), 조세지출의 경우 우선적으로 ｢조특법｣상 지원 기능을 중심으로 파악될 필요가 있다.
이러한 점에서 현행 조세지출예산서상의 지원 분야의 구분이 일관적인 분류체계로 정비될 필요가 있다. 현재 ｢조특법｣상 조세지출 항목들은 분류체계가 있지만, 개별세법상 항목들은 그렇지 않아, 조세지출은 ｢조특법｣을 중심으로 파악될 필요가 있다.