한편, 생산성은 기업 규모나 산업 간에 격차를 보인다. 일본 재무성(財務省)의 法人企業統計調査(2012年度)에 의하면, 후술하지만, 제조업 내에서 보더라도 대기업과 중소기업 간에는 2배 이상의 생산성 격차가 존재한다. 이러한 대기업과 중소기업의 노동생산성 격차는 임금격차로 반영되고 있다고 볼 수 있다. 猿田(2008)는 도요타 기업집단을 대상으로 한 연구조사에서 동일한 기업집단 내에서도 30% 이상의 임금격차가 존재한다고 보고하고 있다. 연간 급여격차를 보면 도요타의 6,599,740엔(평균연령 37.9세)에 대해서 도요타 방직은 4,291,980엔으로 그 차액이 230만 엔에 달한다. 이러한 격차는 다른 1차 업체나 2차 업체로 내려갈수록 그 폭이 커진다. 신규채용 당시의 임금격차는 5천 엔에 지나지 않으나, 근무연수가 경과하면서 그 폭은 점점 더 크게 벌어지고 있다고 지적한다. 또한 직무에 따라서도 임금격차폭은 커지는데, 사무직과 기술직에서 기능직에 비해서 크게 나타나고 있다고 지적한다.
기업 규모나 산업 간에 격차를 보이는 생산성에 따라 임금격차가 나고 있다. 도요타의 기업집단 내에서도 30% 이상의 임금격차가 존재한다. 격차는 다른 1차 업체나 2차 업체로 갈수록, 근무연수가 경과할수록 커진다. 또한 기능직에 비해 사무직 등에서  크게 나타난다.