제2안의 경우 대통령 산하의 (가칭)통일추진위원회가 통일추진과 관련된 행정업무의 컨트롤 타워가 되기는 하지만 각 부처에 중첩되는 비정치적인 통일 행정수요에 대해 국무총리(실)가 사업단을 운영할 수 있을 것이다. 따라서 국무총리실의 사업단 또는 지원단의 성격도 현재와는 다를 것이다. 현재 국무총리실 조직의 여러 사업단 또는 지원단들은 조직 규모도 작을 뿐만 아니라 업무 성격도 특정 정책 또는 사업의 지원 또는 정책조정단의 성격을 벗어나지 못하고 있다. 그러나 통일추진기 국무총리기 행정부의 수장으로서 역할을 수행하게 될 경우 국무총리(실)의 사업단 또는 지원단은 주요 통일행정수요에 대해 실질적인 역할을 수행할 것이다. 이 경우 각 사업단 또는 지원단은 단순한 지원의 역할을 수행하는 것이 그치는 것이 아니라 정책을 결정하고 각 행정기관에 지시하는 등 적극적인 역할을 수행하게 될 것이다.
제 2안에서 통일추진기 국무총리가 행정부 수장 역할을 수행할 경우 국무총리의 사업단 또는 지원단은 주요 통일행정수요의 실질적인 역할 및 정책 결정, 각 행정기관 지시 등의 역할을 수행할 것이다.