2004년 5월 22일 김정일과 고이즈미 총리는 1년 8개월 만에 제2차 정상회담을 갖고 2002년 10월 이후 중단된 수교회담을 재개하기로 합의하였다. 정상회담에서 양 측은 피랍 생존자 가족 8명 가운데 5명은 고이즈미 총리와 함께 일본으로 귀국하고 미군 탈영병 찰스 젠킨스는 가족과 나중에 제3국에서 만나도록 한다고 합의했다. 또한 일본이 납득할 수 없는 행방불명자들에 대해 백지 상태에서 재조사를 한다는 점도 확인하였다. 그 대신 일본은 북한에 인도주의 차원의 지원을 실시하며, 북한이 ‘일·북 평양선언’을 준수하는 한 대북제재 법안을 발동하지 않겠다고 약속하였다.
2004년 5월 22일 김정일과 고이즈미 총리는 정상회담을 통해 수교회담 재개 및 각종 합의를 했고, 대북지원 및 대북제재 불이행을 약속 했다.