갈등영향분석을 진행할 때는 ‘갈등영향분석 수행시기 또는 시점’, ‘갈등당사자간 쟁점분석’, ‘합의형성절차 이행여부 및 설계’, ‘적극적인 면담 활동 (다양한 당사자 만남)’, ‘연구자의 객관･중립성’을 고려해야 한다는 것이 주된 의견으로 나왔다. 그 외에도 ‘갈등영향분석 연구비 부담의 주체’, ‘갈등영향분석 추진에 대한 공개 여부’, ‘분석결과(보고서)에 대한 공유 여부’, ‘용역비용의 공정성’ 등으로 갈등영향분석을 직접 수행할 비용이나 이후 분석서의 공개 여부가 갈등영향분석을 진행에 영향을 미치는 것을 알 수 있다. 따라서 갈등영향분석의 진행은 앞의 초기 계획 단계의 과정이 얼마나 잘 준비 되었는가와 이후 관리 단계로의 연결이 얼마나 순조롭게 이어지는가의 문제가 가장 큰 핵심 사항이라고 할 수 있으므로 이러한 점을 반영하여 갈등영향분석을 진행 시 전･후 단계로의 전환이 용의하도록 제도적 보완이 이루어져야 할 것이다.
수행 시기나 연구자의 객관성 등은 갈등영향분석 시 반드시 고려되어야 한다. 분석 비용, 분석서 공개 여부의 영향을 받는 갈등영향분석은 초기 계획와 이후 관리가 매끄럽게 이어지는게 중요하므로 두 단계의 순조로운 전환을 위한 제도적 보완이 필요하다.