A기관에는 2018년 현재 두 개의 노동조합이 있다. 2011년 이전부터 존재했던 노조는 K지부다. K지부는 1990년 6월에 설립되었다. 이후 소산별 노조인 ‘전국과학기술노동조합(이하 과기노조)’이 1994년 4월 15일에 창립할 때 동참하여 지부가 되었다. 이후 과기노조의 지부로 활동해 오다가 2007년 3월 27일 과기노조와 전국공공연구전문노조가 통합하여 ‘민주노총전국공공연구노동조합(이하 공공연구노조)’이 출범하자 이에 반대하여 일부 노조와 함께 ‘과학기술연구전문노동조합’을 결성한 후 지부가 된다. 그러나 2014년 4월에 당시 진행되었던 정부의 ‘공공기관 정상화 대책’에 연구기관노조들과의 공동대응 필요성을 주장하며 다시 민주노총으로 상급단체를 바꾸고 공공연구노조의 지부가 되었다.
이전에 존재했던 노조는 ‘민주노총전국공공연구노동조합’과 ‘과학기술연구전문노동조합’으로 나뉘었으나 ‘공공기관 정상화 대책’에 연구기관노조들과의 공동대응 필요성을 주장, 다시 공공연구노조의 지부가 되었다. 