현대 민주 법치국가는 다수의 결정에 의해 민주적으로 만들어진 법률에 의해 운용되지만 소수의견이 존재하기 마련이다. 다수의견이 반영된 법률과 이를 용인할 수 없다는 소수의 개인 양심 사이에 충돌이 발생할 수 있는 것이다. 이러한 충돌에 있어서 다수가 만든 법질서에서 제외된 소수의 양심을 보호하기 위해 존재하는 것이 헌법상 양심의 자유이다. 헌법이 규정하는 양심의 자유에 있어서 양심은 개인의 최고의 그리고 최종적인 마음의 법정을 말하는 것으로 인간만이 지니고 있는 양심이 존재함으로써 민주 법치국가는 올바른 방향을 찾아갈 수 있는 것이다. 이러한 관점에서 양심상 이유로 병역을 거부하는 자들을 처벌하는 병역법조항에 대한 논란의 대상이 된 사안에 대해서 헌법재판소 결정문을 중심으로 검토해 보고자 한다. 헌법재판소 결정 중 별개의견이 제시한 양심의 개념을 통해 헌법상 보호되는 양심에 대해 살펴보고, 그동안 헌법재판소가 견지해 온 양심의 자유의 내용을 양심실현의 자유 포함 여부와 함께 살펴보고, 본 결정에서 제시한 대체복무제도 도입에 관한 헌법재판소의 다수의견과 반대의견의 입법권고와 입법촉구의견을 살펴봄으로써 대체복무제의 도입이 양심적 병역거부자 문제해결에의 출구가 되고 이는 철저한 준비와 사후감독과 관리를 통해서 달성될 수 있음을 살펴보았다.
 헌법이 규정하는 양심의 자유에 있어서 양심은 개인의 최고의 그리고 최종적인 마음의 법정을 말하는 것으로 인간만이 지니고 있는 양심이 존재함으로써 민주 법치국가는 올바른 방향을 찾아갈 수 있는 것이며  이러한 관점에서 양심상 이유로 병역을 거부하는 자들을 처벌하는 병역법조항에 대한 논란의 대상이 된 사안에 대해서 헌법재판소 결정문을 중심으로 검토해 보고자 한다. 그동안 헌법재판소가 견지해 온 양심의 자유의 내용을 양심실현의 자유 포함 여부와 함께 살펴보고,  대체복무제도 도입에 관한 헌법재판소의 다수의견과 반대의견의 입법권고와 입법촉구의견을 살펴봄으로써 대체복무제의 도입이 양심적 병역거부자 문제해결에의 출구가 되고 사후감독과 관리를 통해서 달성될 수 있음을 살펴보았다.