세 번째 단계는 ‘직무역량’과 ‘학력’ 간의 상호 인정 체계를 구축하는 작업이다. NQF 체계 구축은 각 산업부문별, 수준별 직무역량에 상응하는 자격체계를 정비하는 것으로 완성되지 않는다. 국가(직무역량)자격체계와 학력체계의 상호 인정 가능한 시스템 또한 구축할 필요가 있다. 예컨대, 소프트웨어 개발이라는 직무영역에서 3등급은 고등학교 졸업자와 동등한 것으로, 그리고 4등급은 전문대 졸업자와 동등한 것으로, 5등급은 대학 졸업자와 동등한 것으로 인정해 주는 체계를 구축할 필요가 있다. 이처럼 직무역량과 학력 간의 상호 인정 체계를 구축하게 되면 소프트웨어 개발 영역에서 4등급의 직무역량 자격증은 전문대학 졸업증과 동등하며, 5등급의 직무역량 자격증은 일반대학 졸업증과 동등하게 간주된다. 따라서 4등급 또는 5등급의 소프트웨어 개발 직무역량을 갖춘 사람은준학사나 학사학위를 취득하기 위해서 전문대학이나 일반대학에 진학할 필요가 없게 된다.
직무역량과 학력간의 상호인정체계를 구축하는 작업을 해야 한다. 일례로 직무등급 3등급은 고등학교 졸업자, 4등급은 전문대 졸업자, 5등급은 대학졸업자와 동등하게 인정하여 학력처럼 간주하는 것이다.