하지만 ASEAN의 경제통합은 제도적 차원이나 역내 격차문제에 있어서 아직도 해결해야 할 다수의 과제가 남아있다. 단일시장의 기반이라 할 수 있는 자유무역지대는 외형적으로만 완성되었을 뿐 여전히 많은 예외품목이 존재하고, 관세 이용률도 낮으며, 단일 생산기지 구축도 역내 기업보다는 역외 다국적기업 주도하에서 이루어지고 있다. 또한 균형 경제발전 노력에도 불구하고 회원국 간 발전 격차, 소득수준의 차이가 여전히 크며, 지역경제통합의 핵심이라 할 수 있는 노동의 자유로운 이동 역시 극히 제한적이다. 이뿐만 아니라 외환유동성 문제해결을 위한 역내 국가들 간 금융협력은 ASEAN 차원이 아닌 동아시아, 즉 ASEAN+3 차원에서 이루어지고 있다.
여전히 많은 자유무역지대 내 예외품목과 낮은 관세 이용률, 회원국 간 발전 및 소득수준 격차, 제한적인 노동의 자유로운 이동 등 ASEAN 경제통합은 아직 다수의 과제를 안고 있다.