하지만, 이명박 정부의 대북정책은 기능주의적 대북포용정책과는 정반대의 구조적 문제점을 남북관계에서 가지고 있었다. 북한이 핵무기프로그램을 먼저 자발적으로 포기할 경우 남북관계에 커다란 발전이 가능하겠지만, 북한이 포기하지 않을 경우 남북관계에서 아무런 진전도 없이 북한을 제재만 하게 되는 사실상의 대북압박정책이었다. 현실적으로 북한체제의 근본적인 변화를 기대할 수 없는 상황에서 이러한 접근은 남북관계에서는 거의 아무것도 기대할 수 없는 전략이었다. 대북포용정책은 초기의 합의를 비교적 쉽게 이루는 이점이 있었다. 하지만, 이명박 정부의 대북정책은 북한체제의 경직성을 고려하면 합의 자체를 어렵게 만드는 구조였다. 결국 이러한 접근은 이명박 대통령이 직접 언급했듯 ‘기다리는 대북정책’이 되는 구조적 한계를 가지고 있었다. 이명박 정부의 대북정책은 강압 정책이 되어 북한에 커다란 양보를 하지는 않았지만 남북관계에서 어떠한 돌파구도 만들어 내지도 못했다.
남북관계에서 이명박 정부의 대북정책은 핵무기프로그램을 북한이 자발적으로 포기할 경우 남북관계에 커다란 발전이 있겠지만, 포기하지 않으면 아무런 진전없이 북한을 제재만 하는 대북압박정책용이라는 구조적 문제점을 갖고 있었다.