이 시기는 민간전문가 협상에서 다시 정부 간 협상으로 전환하여 외규장각 의궤 반환을 추진하게 된다. 2004년 9월부터 2009년까지는 협상 소강기로서 민간주도의 반환추진이 본격화되는 것을 제외하고는 특별한 진전이 없었다. 문화연대는 정부차원의 반환이 용이치 않고 프랑스의 소극적인 태도로 인해 반환협상이 답보상태에 있음을 지적하면서, 민간차원에서 모금운동을 마련하여 외규장각 도서 반환소송을 추진하였다(내일신문, 2006). 2007년 2월 프랑스 정부를 상대로 반환소송을 제기하여 비록 2009년 12월 프랑스 법원에서 기각판결은 받았지만, 도서약탈은 인정한다는 취지의 판결을 받았다.
프랑스 정부를 상대로 민간차원에서 외규장각 도서 반환소송을 추진하여 2009년 12월 프랑스 법원에서 기각판결은 받았지만, 도서약탈은 인정한다는 논지의 판결을 받았다.