둘째, 대학의 조직개혁이다. 대학교육 개혁의 장해물이 되고 있는 것은 일본 대학 고유의 학부의 벽이라 할 수 있다. 대학교육이 현대 사회에서 살아가는 학생 교육에 의미 있는 교육을 실시하는데 있어 전문적인 학문 영역에 한정하지 않는 융･복합 교육을 설계해야 하며, 이를 통해 직업적인 실천 능력에 중점을 둔 교육을 포함하여 다양한 선택을 할 수 있는 것이다. 특히, 외국으로부터 단기 유학생을 유치하기 위해서라도 복수의 학부에 걸친 융･복합 교육 프로그램이 꼭 필요하다. 대학 조직 개혁의 가장 큰 목적은 대학교육의 목적을 명확화하고 그 방법을 확립하는 것이다(金子元久, 2013; Kaneko, 2014). 때문에 어떤 프로그램을 형성할 것인지가 가장 기본적인 문제가 되는 것이다. 설정되어야 할 학위 프로그램은 그 이념과 방법이 구체적이어야 하며, 가시화될 수 있어야 할 것이다. 그러나 이는 교육내용으로는 종래의 학부, 혹은 학과를 넘어선 과정으로 해야 할지도 모른다. 특히, 인문사회계 분야에서는 종래의 전문 분야를 기초로 하면서 더 나아가 폭 넓은 내용을 포함하는 교육과정을 구상할 필요가 있다. 또한 대학의 교육이념이나 인적･물적 자원에 맞는 것인지를 생각하지 않으면 안 될 것이다.
일본 대학이 가진 학부간 장벽이 대학교육 개혁의 장애물이므로 융복합 교육의 설계와 직업적 실천 능력을 중시해 다양한 선택을 가능케 해야 한다. 특히 유학생 유치를 위해서라도 필요하고, 이를 위해 구체적인 프로그램의 형성이 필요하다. 특히 인문사회 분야에서 종래의 학부를 넘어서는 폭넓은 교육과정을 구상해야 한다.