한편, 대북 제재가 지속되면서 ‘부수적 효과’도 발생하고 있는데 바로 대북 인도적 지원단체들이 겪는 어려움이다. 우선, 대북 제재상황에서 인도적 지원물자의 대북 반출 승인 절차에서 겪게 되는 어려움이다. 국내에서 대북 지원물자 반출을 위해서는 통일부를 통한 반출승인절차를 거쳐야 한다. 현재 통일부 남북교류협력지원시스템을 통해 물자 반출 신청 시 물품의 HS코드에 따라서 “개별”(통일부에서판단 후 승인), “전략물자의심”, “유엔제재의심”, “독자제재의심” 등으로 분류가 되고 있다. 여기서 “전략물자의심”, “유엔제재의심”, “독자제재의심” 분류 물품의 경우 전략물자관리원으로부터 단체가 별도의 공문(물품 HS코드, 모델명, 상품 브로셔 등 포함)을 발송하여 전략물자가 아님을 확인 받아야 한다. 물품 반출 과정을 진행하기 위해 두 기관에 별도로 승인을 진행해야 하는 어려움이 있는 것이다. 뿐만 아니라 이미 단체가 전략물자관리원에서 승인을 받은 품목임에도 불구하고, 다음에 다시 반출 승인을 요청할 경우 동일 과정을 거쳐야 하며, 타 단체가 그 품목을 반출 신청할 경우에도 마찬가지다. 동일 단체, 동일 품목에 대해 매번 이 작업을 반복적으로 시행해야 하는 비효율적인 시스템으로 대북지원 단체들이 어려움을 겪고 있는 것이다.
계속되는 대북 제재 속에 인도적 지원단체들이 물자를 지원하는 과정에서 어려움을 겪는다.  대북 반출 시 통일부와 전략물자관리원의 두 기관에서 별도의 승인과정을 거쳐야 하고, 동일 단체, 동일 품목인데도 때마다 반복적으로 반출 승인을 득해야 하는 비효율적인 시스템 때문에 대북지원 단체들은 난항을 겪고 있다.