그러나 합의형성적 접근의 의사결정 방식에 익숙하지 않고, 경험이 적어 다음과 같은 한계가 노정되었다. 이흥권 외(2010:21)는 부산 북항 재개발사업 공론조사 과정에 지역주민에 대한 직접 정보 제공이 미흡하였으며, 제공된 정보에 대한 이해가능성 측면에서도 용어나 개념의 혼란이 존재하였다고 분석하였다. 이뿐만 아니라 시민단체와 계획팀 간에 상호 정보공유가 원활하게 이루어지지 않아 불만이 고조되고 불신으로 인한 갈등은 더욱 심화되었다고 언급하고 있다. 이흥권 외(2010:23)의 연구에서 진행된 인터뷰를 살펴보면, 항만재개발사업과 관련한 계획팀은 개발계획은 시민의 의사도 중요하지만 전문가적인 견해가 중요하며, 재개발 계획은 시민단체가 아닌 전문가가 수립하는 것이라는 인식을 갖고 있었다. 이렇듯 공론조사의 실시 사례는 통상적으로 전문성을 요하는 정책사업이 많다. 따라서 얼마나 시민들에게 쉽고 정확하게 정보를 전달하고, 설명하느냐는 공론조사 성공의 관건이라 할 수 있다.
공론조사 과정에서  합의형성적 의사결정에 미숙하여 지역주민 정보 제공 부족 및 용어의 혼란, 시민단체와 계획팀 간 정보공유의 미흡으로 갈등 심화라는 한계가 나타났다. 공론조사는 전문성을 요하는 정책사업으로 시민들에게 정보를 쉽고 빠르게 전달하는 것이 중요하다.