반면, 전면전에서의 생물무기 사용 가능성이 희박한 것에 비해 생물테러(biological terrorism) 형태의 폭력행위는 오히려 빈번하게 발생하였다. 즉 국가와 비국가 행위자, 혹은 비국가 행위자들 사이의 관계에서 생물무기 사용빈도가 오히려 많은 것이다. 생물테러는 국가가 국민들에 대해 자행한 경우도 있고, 특정 국내 집단이 사용한 경우도 존재한다. 예컨대 1970년대 말 남아프리카 공화국의 아파르트헤이드 정책 추진 기간에 반군소탕을 목적으로 콜레라균과 탄저균(anthrax)을 고의적으로 일부 마을에 살포한 선례가 존재한다. 또한 1995년 일본 옴 진리교 사건에서 볼 수 있듯 특정 종교집단이 탄저균, 에볼라 바이러스 등을 시민과 경찰관들에게 무차별적으로 살포한 사례도 존재한다.
생물테러형태의 폭력행위가 빈번하게 발생했다. 남아프리카 공화국처럼 국가가 국민들에게 자행한 경우가 있고, 일본 옴 진리교 사건처럼 특정 국내 집단이 사용한 경우도 있다.