일반 시민들은 생명공학기술의 위험성이라고 하면 보통 인체에 미치는 위험을 생각하겠지만, 환경에 대한 위해도 그에 못지않게 중요한 문제이다. 환경이 파괴될 경우에는 인류의 생존을 위협하게 될 것이므로 결국 장기적으로는 인간에 대한 위해가 될 것이기 때문이다. 유전자변형생물체 등이 환경에 노출될 경우 자연종 생물체와 혼입되어 자연종 생물체를 오염시킬 수 있으며, 제초제 저항성인 유전자변형생물체가 계속 재배될 경우 제초제 저항성 인자를 여러 개 갖는 잡초로 발현되어 슈퍼잡초를 등장시킬 수 있다. 즉, 생태계를 교란시킬 수 있다는 것이다. 또한 현재 재배되는 유전자 변형작물은 제초제 저항성을 갖는 경우가 많은데, 이를 재배하게 되면 제초제나 살충제 사용을 자제하지 않게 될 것이므로 환경오염을 가중시킬 우려가 있다.
생명공학기술의 위험성은 인체 뿐만 아니라 환경 문제도 중요하다. 자연종 생물체를 오염시키는 등 생태계를 교란시킬 수 있다. 현재 유전자 변형 작물의 제초제 저항성 또한 환경오염을 가중시킬 우려가 있다. 