다음으로 국정과제와 높은 연계성을 갖고 지속적으로 추진되어 왔으나 성과 제고가 어려운 정책 분야로 과학기술인 사기 진작이 이에 해당한다. 과학기술인 사기 진작은 각 정부의 과학기술인 복지 증진과 출연(연) 연구 환경 선진화 사업이 수립 당초 목표달성에 어려움을 겪으면서 과학기술인 사기 저하 문제가 반복 제기되는 실정이다. 따라서 과학기술인 사기 진작 정책에 대한 “다양한 이해관계자 사이의 갈등을 해결하고 범부처적 협력 체계 하에서 중장기 정책이 시행될 필요가 있다(교육과학기술부,2013, pp.78-79)”는 지적이 이어지고 있다(과학기술부, 2008, pp.669-708; 미래창조과학부, 2017, pp.15-17).
과학기술인 사기 진작은 국정과제와 연계하여 추진되었으나 그 목표를 달성하지 못하고 있다. 이에 이해관계자들의 갈등 해결과 부처 간 협력을 통한 중장기 정책 시행에 대한 주장이 제기된다.