특수형태근로종사자가 사용종속관계에서 문제가 되는 부분은 자영업자성이다. 우리나라의 노동법과 그 판례는 자영업자에 대하여 명확하게 규정하거나 해석하고 있지 않다(도재형, 2013 : 208). 법원의 해석을 통해 자영업자를 “근로자에 비하여 상대적으로 소득이 많고, 사업계획ㆍ손익계산ㆍ위험부담 등의 주체로서 사업 운영에 독자성을 가지고 강행법규에 의한 보호의 필요성이 없는자”로 간접적으로 추론할 수 있을 뿐이다(도재형, 2013 : 209). 또는 법원이 근로자성을 판단하는 요건으로 제시하고 있는 사용종속관계 틀 속에서 자영업자적 요소를 도출할 수도 있다. 이 경우 자영업자적 요소는 “독립하여 자신의 계산으로 사업을 영위할 수 있는지 여부 (① 근로자 스스로 제3자를 고용하여 업무를 대행하게 하는 등 업무의 대체성 유무, ② 비품ㆍ원자재ㆍ작업도구 등의 소유 여부), 노무제공을 통한 이윤의 창출과 손실의 초래 등 위험을 스스로 안고 있는지 여부”(심재진, 2013 : 203～205)이다. 특수형태근로종사자는 이러한 자영업자적 요소를 모두 갖고 있기 때문에 근로자가 아니라 사용종속관계라는 틀 속에서 자영업자라는 것이다.
자영업자는 법적으로 규정되어 있지 않지만 법원은 독립하여 자신의 계산으로 사업을 영위할수 있는지의 여부와 노무제공을 통한 이윤의 창출과 손실의 초래 등 위험을 스스로 안고 있는지 여부를 통해 자영업자적 요소를 도출하고 있다. 이런 요소 때문에 특수형태근로종사자는 사용종속관계라는 틀 속에서 자영업자이다.