그러나 1987년 6월 민주항쟁으로 대통령 직선제가 실시되고 1993년 민간인 대통령이 이끄는 문민정부가 시작되어 평화적 정권교체가 지속되는 오늘에 이르기까지 국가보안법이 이전의 군사정부 하에서처럼 국가안보의 최고수단이라는 상징적 의미를 안은 채 정권안보의 수단으로 적극적으로 활용되고 있다고 보기는 어려울 것으로 보인다. 관련 법령의 적용과 처벌사례에 대한 면밀한 분석이 있어야 할 것이지만, 1991년 개정(법률 제4373호, 시행 1001.5.31.)을 통해 동법을 해석･적용함에 있어 국민의 기본적 인권을 최대한 보장하여야 한다는 규정을 신설하였고, 금품수수행위나 잠입･탈출, 찬양･고무, 회･통신행위에 대하여 관련 헌법재판소의 결정취지를 반영하여 ‘국가의 존립･안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 정을 알면서’ 행한 경우만을 처벌대상이 되도록 명시하는 등 국가보안법 처벌대상을 축소함으로써 표현의 자유 등 국민의 기본권이 보장되도록 추구하였고, 아래의 <표>에서 보는 바와 같이 1990년 이후 법원에서 처리한 국가보안법 관련 사건의 인원수는 전반적으로 줄어드는 경향이 있다는 점에서 정권안보 수단으로서의 활용 역시 줄어들고 있는 것으로 해석될 여지가 있다.
국사정부 하에서 국가안보의 최고수단으로 국가보안법이 적극활용된 것과 달리 오늘날 법 개정을 통해 동법의 적용보다 국민의 인권이 우선하게 되었으며, 국가안보법 처벌대상이 축소되었다. 국민의 기본권을 보장하는 한에서 국가안보법이 적용되어야 한다는 것이다.