현재 조세지출예산서에서는 예산분류기준(이하 ‘기능별’)에 따라 16개 분야로 구분된 조세지출액의 총계 금액만이 제시되고 있다. 기능별 분류는 세출예산에 대응하는 조세지출 규모를 총액으로 비교할 수는 있으나, 이에 대응하는 재정지출 금액이 집계되지 않아 특정 분야의 전체 지출 규모나 비중에 대한 평가를 할 수 없다. 예를 들어, 조세지출만 고려할 경우 전체 조세지출액 대비 비중은 산업· 중소기업· 에너지(28.8%), 사회복지(27.9%), 농림수산(13.4%)의 순서이지만, 재정지출을 함께 고려한 총재정지출(재정지출+조세지출)을 기준으로 분야별 지출 비중을 살펴볼 경우 사회복지(29.7%), 교육(13.2%), 산업· 중소기업· 에너지(6.1%)의 순으로 비중이 변화하게 된다.
현재 조세지출예산서의 예산분류기준은 기능별로 16개 분야인데, 이는 조세지출액의 총계 금액만 제시하고 있어서, 특정 분야의 전체 지출 규모나 비중에 대해 살펴볼 수 없다.