단순기능 외국인을 위한 산업연수생제가 고용허가제로 변경됨으로써 국제기준 위반의 문제가 많이 해결되었다. 그렇지만, 아직도 몇가지 부분에서는 논란의 여지가 남아있다. 예를 들어, 고용허가제에 대한 법규정이 변경됨으로써 4년 10개월까지 저숙련 외국인근로자가 국내취업이 가능한데, 이때에도 원칙적으로 사업장 변경이 금지되며, 법률이 정한 범위 내에서 사업장 변경이 가능하다. 이러한 내용이 국제적 기준에 부합되느냐의 문제가 있다. 더욱이, 성실근로자 재입국취업제도로 인해 재입국을 통해 9년 8개월까지도 국내체류가 가능하게 되었으나, 사용자의 동의 등 예외적인 조건이 충족되지 않는 한 사업장 이동의 자유가 제한되고 있는 점이 부담이 된다.
단순기능 외국인 산업연수생제가 고용허가제로 변경되었으나 여전히 저숙련 외국인노동자 국내취업의 국제기준 부합문제, 성실근로자 재입국취업제도의 사업장 이동 자유 제한 등이 논란으로 남는다.