레저선박의 무등록, 미등록은 기초통계 확보나 안전사고 문제 이외에도 지방세 등 세금의 징수 및 징수 대상과 관련된 문제점을 내포하고 있다. 우선 무등록, 미등록으로 인해 세금 징수가 원천적으로 불가능하다는 문제 이외에도 선박의 등록 방법에 따라 지방세의 부과 체계에 영향을 미친다. 국내 레저선박에 대한 지방세는 시가표준액 1억 원을 기준으로 중과세가 부과된다. 즉, 레저 선박의 시가표준액을 기준으로 1억 원 이상인 선박은 취득세 10.02%와 재산세 5% 등의 지방세가 부과된다. 그러나 1억 원 미만인 레저선박은 취득세 2.02%, 재산세 0.3%로 세율상 7배의 중과세로 인한 차이가 발생한다.
레저선박의 무등록, 미등록은 기초통계, 안전문제 이외에도 세금 및 징수 문제를 가지고 있다. 세금 징수가 애초에 불가능하고  등록 방법에 따라 지방세를 부과 체계에도 영향을 준다.