그러나 2013년 3월 말 북한은 개성공단 입·출경을 중단하고 남북 간 군 통신선을 차단한 데 이어 2013년 4월 9일 북한 근로자를 전면 철수시켜 사실상 공단의 가동이 중단됐다. 이에 우리 정부는 대화를 통한 문제해결을 촉구했으나 북한이 거부함으로써 4월 26일 우리 측 잔류 인원의 전원 귀환을 결정했고, 5월 3일 우리 측 최종 잔류인원 7명이 모두 귀환함으로써 개성공단 내 남측 인원은 한 명도 없게 됐다. 이후 우리 정부는 북한과의 대화를 통한 문제해결을 위해 지속적으로 노력해 왔으며, 7월 6일부터 8월 14일까지 7차례의 개성공단 남북당국 실무회담을 개최해 5개항으로 구성된 「개성공단 정상화를 위한 합의서」를 채택하게 됐다. 8 월 28일 남북한은 동 합의서의 이행을 위해 ‘개성공단 공동위원회’를 구성해 운영하기로 합의했고, 9월 10~11일 「개성공단 남북공동위원회 제2차 회의」에서 「개성공단 남북공동위원회 사무처 구성 및 운영에 관한 합의서」를 채택하였으며, 9월 16일부터 개성공단을 재가동하기로 하였다.
2013년 4월 북한이 근로자를 전면 철수시키면서 개성공단 가동은 중단되었고, 북한의 대화 거부로 우리측 인원도 전원 귀환하였다. 이후 정부의 지속적 노력으로 개성공단 정상화를 위한 합의서, 공동위원회 운영 등이 합의되었고, 9월 16일 개성공단을 재가동하기로 하였다.