둘째, 분야별 접근방식과는 달리 주제별 접근방식을 통한 감사사항 선정도 가능하며, 특히 보험재정 지출 분야에 적용할 수 있다. 주제별 접근방식은 감사원에서 2008년 실시한 약제비 감사의 경우가 대표적이다. 약제비가 의약분업 이후 건강보험 재정 안정화의 중요한 위협요인으로 떠오르자, 현안과제의 성격으로 감사를 수행한 예이다. 이처럼 주제별 접근방식은 특정시기의 현안을 중심으로 감사사항을 개발할 수도 있지만, 건강보험 재정 안정화를 목표로 한 중장기 감사계획의 일환으로 실시할 수도 있다. 주제별 접근은 다음 방식으로 다양한 기준에 따라 이루어질 수 있다.
주제별 접근방식을 통한 감사사항 선정이 가능하며, 특정시기의 현안을 중심으로 감사를 수행한 2008년 약제비 감사가 대표적이다.