S마크 인증기준의 구성 체계는 모든 기계·기구에 반드시 적용하는 필수기준(기계·기구 등에 관한 안전인증 필수기준), 특정 제품군에 대해 공통적으로 적용하는 공통기준(산업용 기계설비의 전기장치 설치에 관한 기술기준 등), 특정 제품에 한하여 적용하는 개별기준(산업용 로봇의 안전요건에 관한 안전인증기준 등)이 있다. S마크 인증 심사 시 적용하는 이들 기준은 국제안전기준(ISO, IEC, EN 등)과 거의 같은 수준이며, 전자파적합성에 관한 안전인증기준 등 일부 기준의 심사항목은 국제안전기준보다 더 엄격한 심사기준을 적용하여 심사를 실시하고 있다(그림 3 참조)
S마크 인증기준은 필수기준, 공통기준, 개별기준으로 이루어지며 이들 기준은 국제안전기준과 거의 같은 수준이거나 더 엄격한 심사기준을 적용한 항목도 존재한다.