그러나 이러한 부가가치세의 ‘전단계세액공제법’에 따른 거래징수 제도를 악용한 자료상 · 폭탄업체 등이 부가가치세를 포탈한 사례가 빈번하게 발생하였다. 특히 금 관련 제품의 경우 매입자로부터 거래징수한 부가가치세를 과세관청에 납부하지 않고 도주하는 방식의 포탈사례가 많았다. 이에 2008년 7월 1일부터 최초로 금지금 거래에 대해서는 매출자 납부방식에서 매입자납부방식으로 전환하여 금사업자가 금 관련 제품을 다른 금사업자로부터 공급받았을 때에는 금거래계좌를 사용하여 금 관련 제품의 가격은 공급한 사업자에게, 부가가치세액은 지정금융기관의 금거래계좌에 입금하여 과세관청에 직접 납부하도록 하였다. 이와 같이 금지금거래에 대한 매입자납부제도를 도입한 이후 고금(2009년), 구리스크랩(2014년), 금 스크랩(2015년) 등까지도 매입자납부방식으로 전환하여 동 제도를 점차 확대하고 있는 추세에 있다.
그러나 이러한 부가가치세의 ‘전단계세액공제법’에 따른 거래징수 제도를 악용한 자료상 · 폭탄업체 등이 부가가치세를 포탈한 사례가 빈번하게 발생하였다.