다음으로 사업단은 노동조합과 사회운동 조직의 연합(coalition)에 기초하여 구성되었다. 사업단 출범 당시 참여조직을 보면, 노동조합으로는 민주노총 서울본부, 민주노총 서울본부 남부지구협의회, 금속노조 서울지부 남부지역지회, 사무연대노조, 공공노조 서울본부, 희망연대노조, IT노조 등이었고, 사회운동단체로는 사회진보연대, 전국불안정노동철폐연대, 한국노동안전보건연구소, 노동자살리기 남부운동본부, 민주노동당 구로․금천구위원회, 진보신당 구로구당원협의회, 노동환경건강연구소, 산업재해노동자협의회, 노무법인 노동과삶, 전국학생행진 등이었다. 사업단장은 민주노총 서울본부 임원이, 공동집행위원장은 민주노총 서울본부 조직화 담당자와 금속남부지회 임원이 맡았으며, 실무집행위원(교육팀, 조직팀, 정책기획팀)에는 위의 여러 노동조합 및 사회단체 활동가들이 배치되었다(박종식, 2013: 204). 이러한 출범 당시의 광범위한 참여조직들은 이후 사업단 활동 과정에서 다소 축소되었는데, 현재는 노동조합 중에서는 민주노총 서울본부(및 남부지구협의회)와 금속남부지회가 주축이고, 사회운동단체들 중에는 사회진보연대, 전국불안정노동철폐연대, 한국노동안전보건연구소가 일상적으로 참여하고 있으며, 노동당 구로지역 당원들이 소폭으로 결합하고 있다(인터뷰 종합). 이러한 실질적 참여단위의 축소는 사업내용이 구체화되면서 참여 노조 및 단체들이 자체 판단을 하고 다른 사업으로 역량을 재배치한 결과였다.
서울디지털산업단지의 미조직 노동자들에 대한 전략조직화사업단의 구성은 첫째, 사업단은 서울남부 지역노조운동이 오랫동안 시도해 온 미조직 노동자 조직화라는 지역차원의 노력과, 민주노총의 미조직․비정규 전략조직화 사업이라는 전국차원의 자원 투입이 합쳐지면서 구성되었다. 둘째, 사업단은 노동조합뿐만 아니라 지역사회 단체들의 적극적인 참여와 양자 간의 연합에 기초하여 구성되었다.