전자상거래는 이 동종성의 판단과 관련하여 많은 논란의 소지를 제공한다. 우선 GATT와 GATS 의 관할권 문제이다. 인터넷을 통해 특정 재화를 국제적으로 구매하는 경우 GATT가 적용된다는 점에 대해서는 이의가 없다 이는 전자상거래가 활성화되기 이전에도 팜플렛이나 팩스, 전화 등을 통해 행해진 구매행위와 다를 바 없기 때문이다. 국경을 넘을 경우에는 반드시 통관절차를 거치게 되므로 일정 기준 이상의 통관제품에 대해서는 과세나 수입금지 등의 조치가 취해진다. 그러나 구매의 대상이 컴퓨터 프로그램 등 소위 디지털재화인 경우에는 해당협정의 선택 및 적용 상에 문제가 발생할 수 있다. 예를 들어 동일한 컴퓨터 프로그램이라 하더라도 CD-ROM 에 저장되어 국내에 반입되는 경로와 인터넷망을 통해 반입되는 경로는 확연히 다르다. 또한 후자의 방법은 모든 구매과정이 온라인상에서 일어나게 됨에 따라 관할당국의 반입거부 결정이나 과세권 집행을 우회할 수 있는 가능성이 매우 높아지게 된다. 따라서 컴퓨터 프로그램의 수입과 관련하여 인터넷을 통한 구매된 제품과 CD-ROM을 통한 구매된 제품 사이에 동종성을 인정할 것인가 하는 근본적인 문제가 발생하게 된다.
전자상거래에는 동종성과 관련한 논란을 제공한다. 우선 GATT와 GATS의 관할관 문제에서, 구매 대상이 디지털재화인 경우 해당협정의 선택과 적용에 문제가 발생한다. 예를 들어 컴퓨터 프로그램의 수입 경로가 CD-ROM인지 인터넷망인지에 따라 동종성 인정 여부의 문제가 발생하게 된다.