이러한 점에서 공정거래위원회의‘지식재산권의 부당한 행사에 대한 심사지침’은 특허풀을 통해 관련 시장의 공정한 거래를 저해할 우려가 있는 행위는 특허권의 정당한 권리범위를 벗어난 것으로 판단할 수 있다고 규정하고 있다. 동 지침은 일반원칙에서 지식재산권 행사가 공정거래 저해 효과와 효율성 증대효과를 동시에 발생시키는 경우에는 양 효과의 비교형량을 통해 법 위반 심사함을 원칙으로 하고 있기 때문에, 특허풀의 구체적인 판단의 경우에 있어서도 지식재산권을 가진 특허권자의 권리행사를 친 경쟁적 효과와 반경쟁적 효과를 비교형량하여 반경쟁적 효과가 크다고 한다면 부당한 권리 행사로 간주될 수 있다고 보여진다. 특히 동 지침은 특허풀과 관련된 권리 행상의 부당성 판단의 중요성 고려요소로서 특허풀의 구성 기술, 실시형태, 운영 방식등을 예시하여 규정하고 있다.
지식재산권의 부당한 행사에 대한 심사지침은 특허권의 올바른 범위를 이탈한 것으로 판단할 수 있다고 말하고 있다. 이 지침은 공정거래 저해와 효율성 증대를 같이 발생시키는 경우 양자를 비교해 법위반을 심사함을 원칙으로 한다.