사전 컨설팅(1차)은 대학에서 신청서를 작성하여 제출하면 컨설팅단을 구성하여 컨설팅을 진행하고 이후 작성된 컨설팅 의견을 대학에 통지하여 대학의 판단 하에 사업신청서에 반영하는 절차를 거친다. 컨설팅은 주관기관(대학)이 주요지표를 작성하는 데 있어 사업목적 및 취지에 맞도록전문적 의견을 제공하여 도움을 주고자 하는 것으로, 해당 의견의 수용 여부는 대학이 자체적으로 판단한다. 사업 컨설팅(2차)은 대학의 수정계획서를 접수한 후 컨설팅단의 서면 검토를 거쳐 면담 컨설팅을 실시(대학단위 시행)하며, 컨설팅단별 결과 보고서를 작성(진로교육 등 컨설팅 보고서는 별도), 대학에 통지하여 반영하도록 한다.
1차 컨설팅은 대학이 주요지표를 작성하는데 도움을 주는 단계이고, 2차 컨설팅은 대학의 수정계획서를 접수한 후 결과 보고서를 작성하여 대학에 통지하여 반영토록 한다.