참여정부가 들어서면서 건설교통부는 2003년 12월 말 ‘건축 행정 정보화 발전계획’을 수립하였고, 2004년 2월 건축 행정정보서비스가 전자정부 31대 로드맵 과제로 선정되면서 체계 구축은 더욱 탄력을 받게 되었다. 그해 7월부터 건설교통부는 3개 세대에 걸쳐 지속적으로 발전시켰다. 우선 클라이언트/서버(C/S) 기반의 폐쇄형 시스템인 건축 행정시스템을 인터넷 기반의 인터넷건축 행정시스템(e-AIS)으로 전면 재개발하고, 2세대로 접어들면서 2004년 7월부터 2005년 6월까지 인터넷 기반 시스템 1차 개발 및 도면 표준화, 2005년 12월부터 2006년 11월까지 시스템 2차 개발 및 유관시스템 연계, 2006년 9월부터 2007년 8월까지 시스템 3차 개발 및 관련 법제도 정비를 추진하였다. 그 결과 2007년 6월 국무회의에서 당시 노무현 대통령은 “규제를 없애지 않고도 일하는 방식의 혁신을 통해 그 이상의 효과를 거두는 것은 정말 대단한 일이며 인터넷건축 행정시스템은 이를 잘 보여주는 사례”라고 칭찬을 아끼지 않았다.
참여정부 시기 건설교통부는 2003년 12월에서 2007년 8월에 걸쳐 인터넷 기반의 행정시스템 개발 및 법제도 정비 등을 통해 건축 행정 정보화체계를 구축하였다.