혐오 표현이 표적집단을 비롯한 소수자에 대한 사회적·제도적 차별을 바탕으로 이루어지는 동시에 이러한 차별을 공고화시킨다는 점에서 표적집단에 대한 차별 철폐는 혐오 표현의 억제를 위한 근본적이고도 장기적인 대응책이다. 따라서 모든 국민의 기본적 인권의 향상 및 사회적 소수자의 차별 철폐를 목표로 정부 단위의 옹호자로서의 역할을 수행하고 국제 인권규범의 국내적 시행을 위한 직무를 행하는 국가인권위원회는 혐오 표현에 대한 대응을 위해 주도적인 역할을 할 필요가 있다. 국가 인권정책에 대한 포괄적이고 종합적인 틀을 마련하는 컨트롤 타워인 국가인권위원회는 입법 과정에 있는 법령안을 포함하여 인권 관련 법령·제도·정책 관행의 조사·연구 및 개선이 필요한 사항에 관한 권고 또는 의견을 표명(인권위법 제19조) 함으로써 국가기관의 인권정책을 개선하며 이는 혐오 표현에 대한 대응에도 유효하다. 따라서 혐오 표현과 관련한 법령·정책 등에 대한 의견 표명 및 시정 권고를 활발하게 이행할 필요가 있다. 권고를 받은 관계 기관은 혐오 표현 방지 및 억제를 위한 구체적인 권고사항에 대한 이행 계획을 국가인권위원회에 통지해야 한다(인권위법 제25조).
국가인권위원회는 혐오 표현과 관련한 법령·정책 등에 대한 의견 표명과 시정 권고를 적극적으로 하여 혐오표현을 억제하는데 주도적인 역할을 해야 한다. 권고를 받은 기관은 구체적인 권고사항에 대한 이행 계획을 국가인권위원회에 통지해야 한다.