피청구인은 청구인이 이 사건 준설토를 마동 회처리장에 매립하는 것은 매립·성토행위가 수반되고, 복토는 매립·성토행위의 한 부분으로 보아야 할 것이라고 주장하나, 공유수면법령에 따르면 준설토(매립용·성토용 또는 골재용으로 활용하는 경우만 해당한다) 채취를 위한 점용·사용의 경우 별표 2 제4호를 적용할 수 있도록 되어 있는데, 피청구인의 2014. ○. ○.자 실시계획 변경승인에 따르면 준설토 투기장이 당초 깊은골 저수지에서 마동 회처리장으로 변경된 점, 이는 청구인이 이 사건 준설토를 매립용으로 활용하는 것이 아니라 이 사 건 준설 결과 발생한 준설토를 버리려고 하는 의도로 볼 수 있는 점, 이 사건 처분은 정부합동감사결과 처분요구에 따른 것인데, 동 처분요구서에 따르면 피청구인이 공유수면법 시행규칙 별표 2 제4호 다목을 적용하여야 한다고 판단한 근거로 ‘설계자문(심의) 요청서’(2013년 ○월)에 매립면적 도면 및 매립완료 후 부지조성이 가능토록 기존 도로와 동일한 투기장 마루높이를 계획한 내용을 들고 있으나, 실제로는 청구인이 동 설계자문(심의) 요청서에 따라 이 사건 준설토를 깊은골 저수지를 복토 또는 성토하는데 활용하지 않고 2013년 ○월경 피청구인에게 사업계획 변경신청을 한 후 피청구인의 승인을 받아 2014. ○. ○. 실시계획을 변경하여 마동 회처리장에 투기한 사정을 보면, 감사 당시 위와 같이 변경된 실시계획 내용이 고려되지 않았던 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 이 사건 준설토를 매립용·성토용 또는 골재용으로 활용하였다고 보아 피청구인이 공유수면법 시행규칙 별표 2 제4호를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법·부당하다.
공유수면법에 따르면 준설토 채취를 위한 점용·사용의 경우 별표 2 제4호를 적용할 수 있는데, 이 사건은 동 처분요구서에 따르면 그 적용 근거로 '설계자문 요청서'에 매립면적 도면 및 매립완료 후 부지조성이 가능토록 기존 도로와 동일한 투기장 마루높이를 계획한 내용을 들고 있으나, 실제로는 청구인이 실시계획을 변경하였기 때문에, 피청구인이 공유수면법 시행규칙 별표 2 제4호를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법·부당하다.