학교 방문을 통한 질적 자료 수집을 통해 학생들은 자신이 이해할 수 없는 수업 내용으로 진도를 나가는 것에 대해 무기력하게 체념하기도 하고, 애써 이해하려고 하다 좌절하기도 하며, 교사의 수업 진행 방식에 대한 불만을 노골적으로 표현하기도 함을 알 수 있었다. 여러 학교들에서 성공적인 실천 사례에 대한 교사들의 보고(남경운 외, 2014; 박현숙,2013; 김삼진 외, 2012)와, 학생들의 의미부여가 보고되고 있다(김지수 외, 2014). 학생들을 소집단으로 나누는 모둠형태의 수업은 나나중학교에서도 일부 시도되고 있다. 그러나 일부 교과에서 제한적으로 시도될 뿐이어서 교사도 매번 모둠수업이 지향하는 바를 일러주어야 하고 학생들도 다른 수업에만 익숙하여 새로운 시도가 잘 이루어지지 않을 수 있다. 다다중학교에서는 모든 교과에서 협력학습을 시도하고 있었다. 협력학습의 모양으로 진행되는 다다중학교 수업을 보면 일제식 혹은 강의 일변도의 수업에 비해 학생들이 참여할 수밖에 없는 구조가 형성되고 있는 것으로 보이지만 이 구조 속에서 실질적 대화가 진행되고 있다고 보기는 어려운 수업도 많았다. 교사는 교과 진도를 나가야 한다는 생각에서 자유롭지 않아, 수업 시간에 하는 활동 가운데 상당부분은 교과서에서 요구하는 정답을 찾아야 하는 것들이 많았기 때문이다.
교수 학습법의 성공적인 실천과 학생들의 동기부여에 대해 보고된 바 있다. 나나중학교의 모둠수업은 소그룹 형태의 수업으로 일부 교과에 적용하여 아직 익숙하지 않는 방식으로 잘 이루어지지 않을 수 있다. 다다중학교의 협력학습은 학생들의 참여가 필요한 구조이지만 실제로는 잘 진행된다고 보기 어려운 수업도 있다. 