그러나 아동권리에 대한 보육교직원의 인식에도 불구하고 어린이집에서 다양한 형태의 아동권리 침해 사례가 관찰되고 있다. 어린이집에서 발생한 아동학대 신고 건수가 2010년 100건, 2011년 159건, 2012년 135건에 이르고 유효기간 지난 식자재 사용 등 영유아의 생존권을 침해하는 급·간식 문제도 지속적으로 발생하고 있다. 보육과정 중의 안전사고도 끊이질 않고 있다. 영유아 양육에 대한 국가 개입이 강조되면서 영유아가 하루 중 10시간 이상을 어린이집에서 생활하는 등 특별한 이유 없이 보육에 대한 과잉의존이 부모나 보호자에게서 나타나 영유아에 대한 양육방임으로 이어지고 있다. 이외에도 종일보육 원칙, 다양한 보육프로그램의 부재, 50인 미만 어린이집의 실외 놀이터 규정의 삭제 등과 같은 취약한 시설 설치 규정 등의 보육정책이 아동권리 침해 가능성을 높이고 있다.
예산이 부족하면 부족한대로 민간부분, NGO 등 다른 기관들과 협력해 나가며 변화를 이끌어야 한다.