한편, MOSS 협의는 협의 대상에 있어서도 새로운 양상을 보였다. 종래와 같은 개별 문제가 아니고, 각 분야에 있어서 모든 무역 장벽을 협의의 대상으로 했다는 점이다. 관세, 외자 규 제 등에서 기준/인증, 특허 신청 절차 등 국내의 제도나 관행에 이르기까지 종합적으로 검토되었던 것이다. 그 결과 일본의 정치/경제 제도 자체에 대해서까지 협의의 대상이　되기도　했다. 예를 들면, 전기 통신 분야에서 관청에의 등록／신청 제도에 대해, 그리고 통 산성 심의회에의 참가 문제 등 기존의 관조의 권한이나 산업 정책에 대해서 그 시정 요구가 있었던 것이다. MOSS 협의는 어디 까지나 일본에 대해 미국과 동일한 상호 주의적 자유화를 도모하는데 있었다고 하겠으며, 이러한 새로운 시도는 일응 성과를 거두었다고 하겠다. 그러나 그 후 합의의 실시 상황을 둘러싸고 미국의 대일 비판이 고조되었으며, 89 년에 들어와 몇 가지 중요 문제는 후술하는 슈퍼 301 조와 미일 구조 협의의 대상이 되어 새로운 미일마찰로 발전하게 되었다.
MOSS 협의는 이전과 달리 모든 무역 장벽을 대상으로 삼아 일본의 정치/경제 제도도 협의 대상이 되었다. 이 협의는 일본이 미국과 동일한 자유화를 이루는 것이 목적이었으며 성과를 거두었다. 하지만 합의의 시행에서 미국이 일본을 비판하였으며 이후 새로운 갈등을 야기되었다.