BI의 운영평가등급은 소재지 기준으로 13개 지역으로 구분하여 지역내 상대평가 순위에 따라 4개 등급(S, A, B, C)을 부여하며, 정부는 BI 운영평가를 통해 최하위 C등급 비율을 2012년 19%에서 2013년 28%로 높이고 이중 연속 3년간 평가점수 40점 미만인 BI는 지원을 중단하고 BI 지정을 취소하는 구조조정을 추진하고 있다. 2013년에는 27개 BI가 운영평가 40점 미만을 받았으나, 해당 규정이 2014년 2월에 개정되어 아직 구조조정이 실행되지 않고 있어, 당초 목표인 2017년까지 30% BI(83개)를 등록 취소하는 것은 쉽지 않을 것으로 보인다.
정부는 BI운영평가 등급 비율 조정과 기준 점수 미만에 대해 지원 중단 및 지정을 취소하는 구조조정을 추진하고 있으나 아직 실행되지 않아 목표를 달성하기는 어려워 보인다.