시행령은, 국가기관, 지방자치단체 및 공공기관의 장은 북한이탈주민을 대상으로 북한주민의 인권상황과 인권증진을 위한 정보를 수집 기록하려는  경우 미리 통일부장관과 협의하여야 한다고  규정하고 있다(제16조). 이 조항에 의하면 국가 인권위원회가 그 본연의 업무로서  탈북민들을 상대로 북한인권실태를 조사하는 경우에도 통일부와 협의해야 한다는 것이 된다. 그러나 이  규정은 모법인 북한인 권법의 위임의  범위를  벗어나는 것일  뿐 아니라 국가기관, 지방자치단체, 공공기관 등의 북한인권 개선  활동을 제한하는 것이고, 국가인권위원회 업무의  독립성과 북한인권 개선  활동을  약화시킬 우려도 있다. 따라서 폐기되어야 마땅하다.
시행령 제16조는 북한인권 개선  활동을 제한하고 국가인권위원회 업무의 독립성을 약화시킬 수 있어 폐기되어야 한다.