실제 활용 측면에서 RCA 지수의 한계점은 품목분류체계에 매우 민감하다는 것이다. 그리고 특정 시장을 대상으로 자료를 산출할 경우 우회수출에 대한 정보가 생략될 수 있다. 일부 국가쌍간 교역에서 쌍방이 무역 적자를 신고하는 경우가 있는 것을 통해 우회수출의 존재를 확인할 수 있는 바, 특정시장에 대한 분석보다 세계시장에 대한 분석의 정확도가 높은 것으로 판단된다. 물론 이러한 문제점들은 개정 IMTS가 적용된 자료의 배포가 이루어질 것으로 기대되는 2017년 하반기 이후 점진적으로 해소될 것으로 예상한다. IMTS 2010을 준수하는 자료들은 최종 목적국에 대한 정보를 담고 있고, 가치 평가에 있어서도 수출과 수입 공히 CIF, FOB 기준 금액을 표시하기 때문이다.
RCA지수의 특정시장에 대한 우회수출 정보 생략 문제는 개정 IMTS 적용 자료가 배포될 2017년 하반기 이후 점진적으로 해소될 것으로 예상된다.