한편, 감사원은 자체감사 결과 심사와 자체감사기구의 운영실태 감사로 이원화되는 제도를 ‘자체감사운영 심사제도’로 통합․운영하여 자체감사 성과를 유인하려는 노력을 하고 있다(감사원, 2009). 감사원은 “자체감사의 지원 및 협의 등에 관한 규칙”을 “자체감사 지원 및 심사에 관한 규칙”으로 변경하였다. 감사원은 ‘자체감사 결과 심사’와 ‘자체감사기구 운영실태평가’를 ‘자체감사운영 심사’로 통합하여 운영하도록 하였다(제8조). 이를 위해서 자체감사 운영심사위원회를 설치하고(제7조), 자체감사심사운영에 관한 심사결과 활용(제9조), 심사결과의 통보와 공개(제10조) 등을 실시하는 제도를 마련하였다.
감사원은 이원화 된 제도를  자체감사운영 심사제도로 통합하고, 자체감사 운영심사위원회 설치, 심사결과의 활용과 통보, 공개 등을 실시하여 자체감사 성과를 위해 노력을 하고 있다.