둘째 단계로 2016년에 중학교 1학년생으로 자유학기제를 경험한 학생들이 3학년이 되는 2018년까지는 자유학기제의 취지에 부합하는 고입제도가 마련되어야 할 것이다. 그리하여 중학교 때의 자유학기제 활동 경험이 고등학교 진학에 긍정적으로 연계될 수 있다면, 자유학기제를 통한 중학교 혁신의 흐름이 해당 1학기만이 아닌 다른 학기로 확산되는데 크게 기여할 것이다. 나아가 고등학교에 진학해서도 1학년 동안은 고등학교에 적응하면서 보다 자유롭게 진로와 진학에 대해 탐색할 수 있도록 다양한 선택의 기회를 제공할 필요가 있다. 이는 2009개정 교육과정을 통해 공통 교육과정을 초등학교부터 중학교 3학년까지로 줄이고, 고등학교 1학년부터 선택 교육과정을 이수하게 한 본래의 취지를 살리는 데 기여할 것이다. 즉, 교과에 대한 선택의 기회를 확대하고, 수업시간에 교과 특성에 따라 다양한 프로젝트를 수행하도록 함으로써 학생 스스로 관심사를 찾고 진로를 모색할 수 있도록 해야 할 것이다. 또한 2주 정도는 자신이 원하는 곳에서 인턴십을 경험하면서 진로 및 진학에 대해 생각하고 준비할 수 있는 기회를 제공할 필요가 있다.
2016년에 자유학기제를 경험한 학생들이 중학교 3학년이 되는 2018년까지 제도 취지에 맞는 고입제도가 마련돼야 한다. 자유학기제 경험은 다른 학기로 확산 및 고등학교 진학에도 연계될 수 있다. 또 고등학교 1학년 동안 다양한 프로젝트 수행, 인턴십 등으로 진로 탐색 및 선택 기회 제공이 필요하다.