박관용 실장은 자신이 주도해 개편안을 만들기로 하고 극비에 비서실장 직속으로 실무팀을 구성했다. 당시 실무팀은 비서실장 보좌관인 김광림 국장, 김종민 청와대 행정비서관, 김정국 경제비서관, 김동연 비서관 등과 이의근 행정수석, 한이헌 경제수석이 관여했다. 박관용 실장은 사전에 실무팀 전원의 사표를 받았다. “비밀이 누설되면 전원 사표를 수리하겠습니다. 어떤 일이 있더라도 비밀을 지켜 주기 바랍니다.” 보안유지를 위해 회의는 비서실장 공관에서 주로 밤에 했다. 그해 여름 개편안이 완성되었는데, 그때까지도 김영삼 대통령의 입장에는 변화가 없었다. 김영삼 대통령은 그해 10월 모 신문과 창간 인터뷰를 하면서 ‘부처 간 통폐합은 고려하지 않는다’고 언급했다. 조직 개편은 없다는 신호였다. 이에 행정쇄신위원들이 반발해 일부는 ‘위원직을 사퇴하겠다’고 나섰다.
박관용 실장의 주도 아래 극비리에 개편안이 만들어졌고 그해 여름 개편안이 완성되었으나 김영삼 대통령은 여전히 조직 개편에 대한 입장 변화를 보이지 않았다.