다음으로 차별의 문제가 중요하다. 임금 및 근로조건에 있어서 중소기업 여성 근로자에 대한 차별의 문제는 기본적으로 근로기준법에 동일가치노동에 대한 동일임금 원칙을 반영하여 것으로부터 출발해야 한다. 여성 근로자에 대한 임금차별을 부인하는 주된 논리는 남성과 여성의 직무분리이다. 따라서 동일노동이 아니라 동일가치노동이라는 규정을 통해 유사한 가치의 노동에 대해 임금 및 근로조건의 차별이 이루어지지 못하도록할 필요가 있다. 즉 동일가치노동에 대한 동일대우를 관련 노동법에 명시한 후, 산업 및 업종별 유사가치의 직무를 분류하여 고용노동부 가이드라인으로 제시하게 한다면, 직무분리를 통한 임금차별의 정당화를 논리적 및 현실적 정당성을 상실하게 되며, 법적 소송에서도 여성 근로자가 매우 유리한 위치에 설 수 있게 될 것이다. 또한 저임근로의 형태로서 확산되고 있는 시간제근로에 대해서는 비례의 원칙에 입각해 임금 및 복리후생 등에서 차별이 발생하지 않도록 함으로써 여성일자리가 저임근로로 고착화되는 현상을 막을 수 있게 된다.
중소기업 여성 근로자에 대한 차별은 동일가치노동에 대한 동일대우를 관련 노동법에 명시하고 고용노동부 가이드라인으로 제시해야한다. 또한 시간제근로에 대해서는 임금 및 복리후생 등에서 차별이 발생하지 않도록 해야한다.