정권교체에 수반되는 이러한 압력과 통제는 필연적으로 관료제와의 갈등을 수반한다(안병만, 2001; 안병영, 2001). 이러한 갈등은 정권교체 환경 아래서 발생하는 당연한 과정이므로 그 자체로 심각한 사건이나 문제라고 할 수 없다.5) 그러나 직업관료가 집권정부와 어떤 측면에서라도 다른 입장을 표명하는 것이 정치적 행위로 인식된다면 갈등이 크게 표출되거나 관료의 이견이 적극적으로 드러나기는 쉽지 않다. 만약 관료의 이견이 기존 정권의 입장과 유사하다면, 기존의 정권에 편향되어(기존 정치이념에 지나치게 충성하여) 새 정권에 대응하지 않는 것으로, 다시 말해 정치화된 관료제로 비판을 받을 것이다. 관료의 정치적 중립 의무는 지시의 정치적 공정성을 판단하면서도 지시의 복종 의무를 다해야 하는 이중적 의무이지만, 이중 의무에 직면한 직업관료에게는 ‘복종’이 합리적 선택이 되어 행정부 내부 상하관계에서 정치적 중립은 과잉된 정치도구화, 소극적 정치화의 방향으로 흐를 가능성 크다.
정권교체시 압력과 통제는 관료제와 갈등을 낳는다. 직업관료가 기존 정권의 입장을 고집하며 집권정부와 마찰을 일으키기도 한다. 관료의 정치적 중립의무는 정치적 공정성과 지시의 복종 의무 사이에 놓이는데, 이는 과잉된 정치도구화나 소극적 정치화가 될 가능성이 크다.