특히 지방자치단체는 CYS-Net 운영주체로서 다수 기관의 참여와 관여가 필요한 위기청소년 대상 서비스에 대하여 조정과 문제해결 대응력을 발휘하는 주도적인 역할을 담당하여야 한다. 현재 CYS-Net의 구성은 공공기관 등 필수연계기관(1차 연계망)을 중심으로 지방자치단체가 자율 적으로 구성할 수 있고 원활한 연계체계 구축을 위해 반드시 필요한 행정조치 등을 취하여야 한다 (표 3-21). 또한 지방자치단체의 장은 ｢청소년복지 지원법｣을 근거로 CYS-Net을 구축･운영하여야 함에도 여전히 미설치 시･군･구가 존재하여 자치단체장의 정책 우선순위에서 청소년정책이 후순위 로 밀리는 상황을 보여준다. CYS-Net 청소년상담채널을 통해 연간 약 80만 건 이상의 상담복지서비스가 제공되고 있으나 잠재적 위험군을 포함한 위기청소년의 규모 추정치가 약 53만 명에서 약 166만 명 수준임을 감안하면 서비스 수혜율이 약 10~34% 수준에 불과한 실정이다(김지연, 2017, pp.17~20).
지방자치단체는 CYS-Net을 자체적으로 구성하며 위기청소년에 대한 적절한 행정절차를 운영해야 하지만, CYS-Net의 분포도가 떨어져 자치단체의 장이 이에 큰 비중을 두지 않는다. 청소년 상담채널의 규모 역시 위기청소년에 비해 부족한 상황이다.