일본에서 형사보상제도는 미결의 억류나 구금에 대한 보상과 형 집행 및 구치에 대한 보상으로 나뉜다. 즉, 형사소송법상의 일반절차나 재심 또는 비상상고절차에서 무죄재판을 받은 자가 미결상태로 억류 또는 구금되었을 때에는 형사보상법에 따라 국가에 대하여 보상을 청구할 수 있다(일본 형사보상법 제1조 제1항). 그리고 상소권 회복에 의한 상소 또는 재심 및 비상상고절차에서 무죄재판을 받은 자가 원판결로 인해 이미 형 집행을 받았거나 구치된 경우에도 국가에 대해 보상을 청구할 수 있다(동조 제2항). 형사소송법에 의한 면소나 공소기각의 재판을 받은 자는 그 재판을 할 만한 사유가 없었다면 무죄재판을 받았을 것으로 인정되는 충분한 사유가 있는 경우에 국가에 대하여 억류나 구금에 대한 보상 또는 형의 집행이나 구치에 대한 보상을 청구할 수 있다(동법 제25조 제1항).
일본의 경우 형사보상제도는 해결되지 않은 억류나 구금에 대한 보상과 무죄로 판명되었는데 억울하게 형을 집행당하거나 구치되었을 때에 대한 보상으로 나뉜다.