이처럼 국가책임제도는 그 자체의 내부적인 한계도 있지만, 현재의 국가책임제도의 원용과 관련하여서도 문제점이 제기된다. 우선 실무적인 문제로서 대기오염과 같은 경우 과거 수년간 행해진 행위에 대한 손해발생은 유책행위와 피해 간의 인과관계를 입증하기 어려울 수 있다. 이 외에도 다양한 요소들이 결합하여 해로운 결과를 야기할 수 있는 것으로 인정되는 경우, 장거리에서 발생한 오염은 인과관계의 입증이 쉽지 않다. 미세먼지에 대한 국가책임 청구에서 대표적으로 부각되는 문제점이 바로 이러한 인과관계의 입증이다. 손해 산정이 어렵다는 것도 하나의 문제이다. 또한 국가들이 국가책임제도를 원용하려면 국가 간 관계 악화를 감수해야 한다. 또한 국제 소송의 복잡성과 비용, 환경문제를 규율하는 규범의 불명확성 역시 국가책임제 도를 원용하는데 장애가 된다. 무엇보다도 이행을 담보할 방안이 부재하므로 국가책임제도의 실효성이 반감된다. 그러나 이러한 문제점에도 불구하고 국가책임제도가 중요한 이유는 기본적으로 의무 위반에 대하여 국제사회에서 책임을 추궁하는 방법이 아직 유효하고, 또한 이 제도의 장단점을 이해함으로써 다른 국제법적 발전의 필요성을 인식할 수 있기 때문이다.
인과관계가 명확치 않은 경우 국가책임제도를 실시하기가 어려울 뿐더러, 국제 관계 악화, 국제소송의 복잡성, 비용, 불명확성, 이행 담보 방안 부재 등이 부차적 장애요소로 기능한다. 그럼에도 불구하고 당해 제도는 의무위반에 대한 책임 추궁을 가능케 하고, 다른 국제법 발전의 필요성을 상기한다는 점에서 중요하다.