사회협약과 관련하여 주목할 수 있는 다른 이론적 논의는 신제도주의이다. 제도주의는 개인과 집단의 행동에 영향을 미치는 공식, 비공식적 규칙, 법, 계약 등 제도의 범주에 속하는 요인들에 주목한다. 제도는 개인과 집단의 행위에 영향을 미치는 중요 요소이기 때문이다. 공식적, 법적 차원에 주목하는 제도주의와 달리 신제도주의는 제도의 비공식적 측면 및 환경적 조건, 제도와 제반 요인과의 상관관계 등에 주목한다. 시장의 중요성에 주목하는 신자유주의와 달리 신제도주의는 개별 사회에 고유한 제도적 조건들이 시장의 기능에 영향을 준다는 점을 강조한다. 1990년대 들어 경제학에서 주목받기 시작한 신제도주의는 신자유주의적 시장경제의 기본 가정에 대한 반성으로부터 출발한다.
신제도주의는 제도의 비공식적 측면과 환경적 조건, 제도와 제반 요인의 상관관계에 주목하고 시장을 중요시하는 신자유주의와 달리 개별 사회에 고유한 제도적 조건이 시장의 기능에 영향을 준다고 강조한다.