셋째, 자체감사기구는 재정상 독립성을 확보하여야 한다. 최고 감사기구의 재정은 예산으로 편성되는 것이 보통이지만 각국은 사법부, 선거기구 등과 같이 행정부나 의회로부터 예산상 제한에 의한 간섭을 배제하기 위한 장치를 마련하고 있다. 세계 최고 감사기구(INTOSAI)에 의하면, 재정상 독립성이란 최고 감사기구가 국가 예산을 담당하는 기관에 대하여 기관이 필요로하는 예산을 직접 신청할 수 있는 것을 의미하며, 또한 최고 감사기구가 회계연도 동안 자유롭게 예산지출을 처리할 수 있는 것을 의미한다. 이런 맥락에서 자체감사기구도 예산 및 자원관리와 지출과 관련하여 적절한 제도적 장치가 보장되어야 한다.
자체감사기구는 최고 감사기구가 직접 예산을 신청하고 예산지출을 처리하는 재정상 독립성을 가져야 한다. 또한 자체감사기구 내에도 예산관리 및 지출에 대한 제도적 장치가 필요하다.