성인지예산 제도의 주요 목적은 첫째, 정부 예산이 성 평등에 미치는 영향에 대한 비판 및 감시, 둘째, 그 결과가 정부 예산과정에 반영되고 피드백되도록 하는 데 있다. 이를 위해서는 예산과정에 개입하는 것과 성과평가를 강화하는 것 모두가 필요하다. 호주의 경우 첫 번째 목적인 정부 예산에 대한 비판 및 감시를 위한 주요 전략으로 성인지예산 제도를 이끌어 왔기 때문에, 정부의 공식적인 예산 서류로보다는 시민사회 및 전문가 집단이 주도하는 대안적 예산 분석의 형태로 변천되어 왔다. 이와 같은 시민사회 주도형 성인지예산 제도는 보다 독립적으로 정부를 감시할 수 있다는 장점을 갖지만, 정보 및 자료 공개에 미온적인 정부의 태도로 심층 분석이 이루어지기 어렵다는 단점이 있다. 따라서 호주의 경우 예산에 대한 비판 및 감시 기능은 유지하고 있으나, 두 번째 목적인 그 결과가 정부 예산과정에 통합되도록 하는 데는 한계가 있다고 볼 수 있다.
성인지예산의 주 목적은 첫째, 정부 예산이 성 평등에 미치는 영향을 비판·감시하는 것이고, 둘째, 그 결과가 예산과정에 반영되도록 하는 것이다. 이를 위해서는 예산과정에 개입하고 성과평가를 강화하는 것 모두가 필요하다.