주요 평가 내용은 연구성과와 연구계획 부문으로 구분된다. 먼저 연구성과 부문의 평가 항목은 추진계획 및 운영실적, 사업관리 모니터링 및 집행실적, 목표달성도, 성과의 우수성의 네 가지 지표로 구성되어 있다. 목표달성도 항목의 배점은 70점 중 30점으로 가장 큰 비중을 차지한다. 또한 본 사업의 특징이라 할 수 있는 법․제도 및 정책연구 부문의 성과도 이 목표달성도 지표의 평가요소로 포함되어 있다. 다음으로 연구계획에 대한 평가는 차기단계 목표 및 운영전략, 기술사업화 로드맵계획, 성과 및 실용화계획, 차기 성과지표 적절성의 네 가지 지표로 구성되어 있다. 여기에서도 기술사업화 및 성과․실용화 계획에 대한 배점이 30점 중 10점으로 가장 크다.
70점 배점의 연구성과에 관한 평가 항목 중 목표달성도가 가장 비중이 크며, 30점 배점의 연구계획에 관한 평가 항목 중 기술사업화 및 성과 실용화 계획에 대한 배점이 가장 크다.