갈등영향분석 진행 과정을 어렵게 하는 요인들을 살펴보면 ‘정부, 공공기관, 이해관계자 모두 갈등영향분석에 대한 낮은 이해도’, ‘합의 가능성 모색 및 합의형성절차 설계의 한계’, ‘일부 당사자들의 면담거부 발주처가 원하는 방향을 미리 전제하고 있는 경우’, ‘기관장(담당자)의지 또는 요식행위 등’이 정확한 분석을 방해하는 요인으로 작용한다. 더욱이 ‘갈등영향분석 수행으로 소요되는 비용적, 시간적 한계’, ‘갈등영향분석 수행 연구진에 대한 부정적 시각’, ‘갈등 영향분석과 협의체 구성을 함께 요구하는 경우’, ‘이해관계의 충돌이 첨예한 경우’, ‘분석가에 대한 자율성(독립성)보장 문제’, ‘분석 결과의 객관성과 공정성 갈등해결방안을 찾을 수 없는 경우’ 등도 갈등영향분석의 진행을 방해 또는 저하 시키는 요인이라고 할 수 있다. 따라서 이러한 사항들이 갈등영향분석 진행 과정에서 발생하지 않도록 제도적 장치가 필요하며 이러한 한계점들을 최소화 할 수 있는 방안들이 마련되어야 할 것이다.
갈등영향분석 진행에 있어 정부, 공공기관, 이해관계자의 낮은 이해도, 합의에 관한 한계, 일부 당사자들과 기관장의 문제점이 분석의 정확도를 낮추고 있다. 분석 수행시 따르는 각종  요인 또한 작용한다. 이에 따른 제도적 장치와 각종 방안이 마련되어야 한다.