그러나 학교장이 학생의 학업성취도에 미치는 영향을 분석한 수많은 실증 연구에도 불구하고, 학교장의 행동과 학생의 학업성취도 사이의 구체적인 관계에 대해서는 여전히 불분명한 상태로 남아있다(Hallinger et al., 1996; Cotton, 2003). 학교장은 교실의 안팎에서 학생과의 직접적 관계를 통해 학업성취에 영향을 미치기 보다는 교사, 수업환경 등 학생의 학습 활동에 직접 영향을 미치는 다른 요인들에 의하여 간접적으로 영향을 미치게 된다. 따라서 학교장이 학업성취도에 미치는 영향력의 관계는 매우 복잡하게 나타난다. 다양한 학교 수준의 변인들과 학생의 학업성취도 사이의 관계 속에서, 학교장의 어떤 행동이 직접적인 영향 요인인지 확인하는 것은 쉽지 않기 때문이다. 많은 연구들이 교사나 학교 환경 변인들과의 상호작용을 통해서 학교장의 간접적인 효과를 측정하는 방식으로 이루어지고 있다(Nettles and Herrington, 2007).
학교장은 학생의 학습 활동에 직접 영향을 미치는 다른 요인들에 의하여 간접적으로 영향을 미치게 되므로, 학교장이 학업성취도에 미치는 영향력의 관계는 매우 복잡하게 나타난다.