도시관리계획(재정비)의 전략환경영향평가에 있어 특히 용도지역의 변경에 대한 평가 기준은 국토부 도시군관리계획 수립지침이나 환경부 전략환경영향평가 가이드라인에서 제시하는 내용들과 원칙적인 측면에서 의미를 같이 하고 있으나, 세부 적용에 있어서는 평가자, 한국환경정책·평가연구원 등 검토자, 환경청 협의권자 사이에 다소 차이가 있다. 각종 지침에서 명확히 하고 있는 별도관리지역 및 생태자연도 1등급지 등 환경적 보전가치가 큰 지역의 우선보전에 대해서는 모두가 공유하고 있는 내용이다. 하지만 개발후보지 선정에 있어서는 평가자는 주로 도시관리계획 수립지침과 토지적성평가 결과에 의거하여 평가를 수행하는 경향이 있는 반면, 검토자 및 협의권자는 전략환경영향평가 가이드라인을 중심으로 용도지역 변경 기준을 설정한다.
도시관리계획 전략환경영향평가 중 용도 변경의 평가 기준은 국토부 도시군관리계획 수립지침과 환경부 전략환경영향평가가 제시하는 내용들과 원칙적으로 같으나 세부 적용은 평가자등 이해관계자 사이에 이견이 있다.