이러한 문제가 발생하게 된 원인은 실시협약 체결 당시 예측했던 교통수요, 운임수입 등이 실시계획, 공사 등을 거치는 동안 변동되었다는 점, 민자사업 활성화를 위해 무리하게 MRG를 도입한 점과 함께 철도 민자사업에 대한 이해 및 경험부족으로 이러한 문제점을 사전에 예측하지 못하고 사후대응 또한 미흡했다는 데에서 찾을 수 있다. 또한, 현재의 철도 민자사업 관련 제도에서는 철도 민자사업에 영향을 미칠 수 있는 주요 환경변화 요인을 반영할 수 있는 근거가 마련되어 있지 않아 철도 민자사업에 문제가 발생하거나 문제발생이 예상되더라도 민간사업자와 주무관청의 입장에서 적극적인 대응이 불가능한 상황이다. 이러한 문제점을 개선하기 위한 방안으로 철도 민자사업의 주요 단계별로 모니터링 필요성이 제기되고 있다.
이러한 문제가 발생하게 된 원인은 실시협약 체결 당시 예측했던 교통수요, 운임수입 등이 변동되었다는 점, 무리하게 MRG를 도입한 점, 철도 민자사업에 대한 이해 및 경험부족 등이 있다.