만일 제도의 연속성 등으로 인해 오랜 기간 유지된 제도를 일시에 폐지하는 것이 곤란한 경우에는, 중장기적으로 제도를 합리화 시키는 방안을 구체적으로 제시할 필요가 있다. 2016년 심층평가 대상 중 “외국인 근로자에 대한 과세특례”, “환경보전시설 투자에 대한 세액공제”, “비영리법인에 대한 고유목적사업준비금 손금산입”은 단기적으로는 일몰 연장하되, 장기적으로는 폐지할 것을 권고하였다. 이 중 “비영리법인에 대한 고유목적사업준비금 손금산입” 심층평가서 만이 향후 3년간 일몰 연장, 3~6년간은 점진적 일몰축소, 이후 기간에는 폐지에 대한 구체적인 로드맵을 제시하였다. 이렇듯 우선은 일몰을 연장하더라도 장기적으로 폐지를 권고하였다면 향후 제도의 모습을 담은 연차적인 플랜을 제시할 필요가 있다.
갑자기 오래된 제도를 폐지하는 것이 힘들 때는 중장기적으로 제도를 합리화시키는 방안이 필요하다. 우선 제도를 단기간 연장하더라도 장기적으로 폐지를 권했다면 향후 제도에 대한 구체적인 계획을 제시할 필요가 있다.