또 다른 중요한 요소는 적절한 비교집단이 존재해야 한다는 것이다. 앞에서도 지적한 바와 같이 지역별 차등 최저임금제의 경우에는 한 시점에 최저임금이 인상된 지역과 그렇지 않은 지역이 존재할 경우 최저임금이 인상되지 않은 지역이 비교집단이 될 수 있다. 물론 최저임금이 인상되지 않은 모든 지역이 적절한 비교집단인지에 대해서는 논란의 여지가 있을 수 있다. 비교집단은 관심집단과 비슷한 특성을 갖고 있어야 하기 때문이다. 앞에서 언급했듯이 전국 단일최저임금제의 경우에는 적절한 비교집단을 설정하기 매우 어렵다. 따라서 최선은 아니지만 차선의 비교집단을 설정하거나 비교집단을 아예 설정하지 않고 최저임금이 없는 경우의 균형 취업자 수에 최저임금 인상의 충격이 미치는 영향을 추정할 수도 있다.
지역별 차등 최저임금제의 경우 임금이 인상되지 않은 지역을 비교집단으로하여 연구할 수 있으나 전국 단일최저임금제는 그러기 어렵다. 따라서 연구에 차선의 비교집단을 설정하는 등의 대안을 사용할 수 있다.