또한, 기존 연구들을 보면 중앙정부 부처간 협업이 어려운 이유로 정부조직의 구조적 칸막이를 제시하고 있다. 정부조직법을 시작으로 하여 모든 조직은 부처단위로 분리되어 있으며 협업조직으로서 부처 간 공동의 조직신설은 법자 체에서 막혀버린 상황이다. 따라서 부처 간 협업조직이지만 어떤 특정 부처에 소속된 조직형태로 만들어지거나 총리실 산하에 만들어 질 수밖에 없다. 그러나 모든 협업조직을 총리실 산하에 둘 수는 없는 상황이다. 국가재정법을 보더라도 예산 배정이 각 부처에게 이루어진다. 즉, 정부조직법의 구획에 따라 예산 배정을 수행할 수밖에 없는 구조적 칸막이가 이미 만들어진 상황이다.
정부조직의 구조적 칸막이는 중앙정부 부처간 협업이 어려운 이유로 제시된다. 정부조직법의 구획에 따라 협업조직이더라도 부처 간 공동의 조직신설이 막혀있기 때문이다.