문제는 본 법률이 테러의 정의를 포괄적으로 규정한 후 테러행위의 유형을 구체적으로 열거해 놓았는데, 본법의 처벌규정인 제17조에 의하면 테러단체구성 및 이와 관련된 범죄유형 외에 제2조의 테러행위 유형에 해당할 경우 테러방지법이 아닌 형법 및 기타 특별법상의 범죄로 처벌하도록 규정하고 있다. 따라서 테러행위에 대한 처벌규정이 구체화되지 않는 한 불법성이 제대로 평가되지 못하는 문제가 있으며, 일반 범죄와 테러범죄의 구분도 문제될 수 있다. 이에 대해 초과주관적 구성요건요소로서 ‘목적’을 추가하여 양자의 구분이 가능하다고 할지라도 형법상의 내란 및 외환의 죄, 그리고 군형법과 국가보안법상의 범죄와의 구분은 명확하지 않은 측면이 있다. 결국 테러방지법상의 처벌규정은 형사특별법의 일종임에도 불구하고 특별법이 아닌 형법과 다를 바 없게 되므로 그 존재의의가 약해질 수 있다.
불법성의 평가, 일반 범죄와 테러범죄의 구분을 위해서는 테러행위에 대한 처벌규정이 구체적이어야 한다. 현재 법률은 타 범죄와의 구분이 어렵다.