WTO회원국은 특정무역현안을 위원회 안건으로 상정하는 방법 이외에도, 협정 제12조 2항에서 예정하고 있듯이 위원회에서 ‘특정 SPS문제에 관한 회원국간의 특별협의 또는 협상(ad hoc consultation or negotiation)’을 통해 특정무역현안을 다룰 수 있다. 양자협의를 통해 요청회원국은 SPS 통보국과 문제된 SPS조치에 관한 정보와 의견을 교환하게 된다. 이 과정에서 요청 회원국은 SPS통보국에게 문제된 조치를 개정 또는 철폐할 것을 요청하기도 하고, SPS통보국 측의 설명을 들은 후 회원국 간에 특정무역현안의 해결에 충분한 진전이 이루어져 요청회원국이 해당 조치에 대해 더 이상 문제를 제기하지 않기로 결정하고 SPS회의 안건에서 특정무역현안을 철회하기도 한다.
WTO 위원회에서 특정무역현안을 다루는 경우 요청회원국과 SPS통보국 간의 양자협의를 통해 SPS조치에 관련된 의견을 교환한 뒤 특정 조치의 철폐요청 혹은 특정무역현안 철회 등이 이루어진다. 