문제흐름분석은 기본적으로 근본원인분석을 완성한 후 인과관계 사슬을 하나씩 끊어 나가면서 모든 가능한 문제해결 방향을 분석하는 도구이다. 근본원인분석이 단편적인 원인제거에 집중하여 검색쿼리를 도출하는 방식이라면 문제흐름분석에서는 모순 개념을 기반으로 문제해결 방향 탐색과 동시에 검색식을 도출한다. 예컨대, 앞서 설명한 제퍼슨 기념관 사례의 경우, ‘비둘기를 쫓아내는 방법’, ‘거미를 퇴치하는 방법’, ‘나방을 퇴치하는 방법’ 등을 검색식으로 구성할 수있고, 콩나물 재배수 사례의 경우, ‘발아 열을 제어하는 방법’, ‘콩의 열적 부패를 방지하는 방법’, ‘콩을 냉각하는 방법’ 등을 검색식으로 구성할 수 있다.
근본원인분석이 단편적인 원인제거에 집중한다면 문제흐름분석은 인과관계적으로 모든 해결방향을 분석하며 모순 개념을 기반으로 문제해결 방향을 탐색하면서 검색식을 도출한다.