개발제한구역 조정계획과 관련하여 환경부와 국토부 지침 간의 연동성은 일부 확보되어 있기는 하나 미흡한 부분도 있는 것으로 보인다. 국토부 지침은 해제 제척 기준으로 연담화 방지, 주변 지역에 대한 사회·경제적 영향을 중심으로 정리하고 있고, 환경적 측면에서는 대규모 환경훼손이 수반되는 지역, 수질 등 환경적으로 보전 필요성이 큰 지역 등으로 정의하고 있어 보전가치가 낮은 지역부터 우선적으로 해제한다는 접근보다는 보전가치가 큰 지역만 피하여 해제하겠다는 소극적인 접근의 느낌이 강하다. 반면 환경부 지침은 국토부 지침의 기준을 준수하는 것에 더하여, 제척 및 보전 대상 민감지역 기준으로 법정보호지역, 생태자연도1등급지 등 보전가치가 큰 지역과 함께 녹지자연도 7등급 이상 지역을 포함시키고 있다. 전략환경영향평가에서 비도시지역 내 녹지자연도 7등급지는 중점검토 대상에도 해당하지 않는 점을 고려할 때 동 기준은 비교적 강하게 적용된 것으로 볼 수 있다. 보전관리를 유도하는 우수지역에도 녹지자연도 7등급지를 포함시킨 것으로 보아 개발제한구역 내 양호한 산림지의 개발을 최소화하겠다는 취지가 반영한 것으로 사료된다.
환경부와 국토부의 개발제한국역 조정계획에 관련한 지침 간의 연동성이 미흡한 것 같다. 국토부는 사회·경제적 영향을 중심으로  보전가치가 큰 지역만 피하여 해제하겠다고 소극적 이며, 환경부는 보전가치가 큰 지역과  함께  7등급지 이상 포함시켜 개발제한구역 내 산림지의 개발을 최소화하는 것으로 보인다.