본 연구는 성과감사제도의 합리적 운용을 통해 정부출연(연)의 효율적 운영과 연구개발사업의 성과가 제고되는 선진화 사업이 지속가능하고 자율적으로 추진될 수 있는 기반을 구축하는 촉진기제로서의 성과감사 운영방법을 분석하였다. 실증적 조사연구를 위하여 23개 정부출연(연) 종사자를 대상으로 구조화된 조사지를 활용하였다. 분석결과를 요약하면, 대부분 각 문항에서 집단 간의 차이가 극명하게 드러났으며, 연구업무집단과 행정지원업무 집단 간의 인식 차가 크고, 기초기술연구회 소속 출연(연) 종사자와 산업기술연구회 소속 출연(연) 간에도 분명한 차이가 발견되었다.
성과감사제도의 운영방법을 분석한 결과 연구업무와 행정지원업무 집단 간의 인식 차와, 기초기술 소속 출연(연) 종사자와 산업기술 소속 출연(연) 간 차가 컸다.