자체평가의 경우는 중앙행정기관이 스스로를 대상으로 시행하는 평가로서 기본법 제3조의 일반적 적용 대상과는 차이가 있다. 따라서 평가품질 제고와 평가를 통한 공무원 역량강화를 위해 평가시행 평가의 ‘자율성’을 강조한다. 그러나 자체평가 역시 정부업무평가체계 내의 통합평가 중 일부로서, 각 부처의 자율적 지표개발과 적용, 평가시행 등을 강조하고 있지만, 국무조정실의 종합적인 관리과 가이드를 따르고 있다. 즉, 정부전반에서 체계화된 자체평가를 실시할 수 있도록 국무조정실에서 총괄관리 및 표준안 제시를 하고 있다. 따라서 상대적으로 타 통합평가에 비해 ‘자율성’에 대한 중요도가 높지만, 여전히 통합성도 중요한 의미를 지닌다.
자체평가에서는 통합평가에 비해 각부처의 '자율성'을 강조하지만 국무조정실의 종합적인 관리와 가이드에 따라 실시된다는 점에서 여전히 통합성에도 중요한 의미를 부여한다.