이와 같은 우리 제도에 대한 비판은 대체로 두 가지에 집중되고 있다. 하나는 시행령 제5조 제1항 각 호의 사유가 광범위한 해석의 여지를 남겨 놓고 있어 부당하다는 취지이다. 다른 하나는 시행령에 규정된 사유에 대한 판단이 사법기관에 의한 판단이 아니라 행정기관에 의한 판단이므로, 반드시 정당한 불복절차를 마련하여야 하는데, 이에 대한 구체적 내용이 시행령 등에 전혀 마련되어 있지 않다는 지적이다. 특히 입국 거부처분을 받은 외국인이라면 결국 그 공항･항만 등에 머무르면서 그 불복 수단을 모색하여야 할 것인데, 동법 시행령이 출입국항에 별도의 대기실을 설치할 근거를 마련하고 있으나, 원칙적으로 이는 난민인정심사 회부 여부 결정시까지, 즉 7일의 기간 내 이용만을 전제하고 있을 뿐이라는 것이다.
우리 제도에 대한 비판은 시행령 5조 1항 사유의 해석이 광범위하며, 행정기관의 판단에 대한 불복절차를 규정하지 않았다는 비판을 받는데, 구체적으로 입국 거부 외국인에 대한 대기실 설치 근거가 부재하다.