2004년 11월 20일 교육 행정정보 시스템에서 분리되는 교무·학사, 입학·진학, 그리고 보건 3개 영역을 전산처리하는 ‘교육 행정정보시스템 교무업무시스템’ 개발 계획이 확정되었다. 이 계획의 골자는 시스템 운영을 16개 시·도교육청을 기본단위로 하여 단독 혹은 그룹으로 관리하고 침해의 소지가 있는 개인정보 항목들을 조정한다는 것이었다. 학생 정보 항목의 보안등급을 ‘가, 나, 다’로 분류하여 정보공유의 범주를 정하고, 그에 따라 학교생활기록부 및 학생 건강 기록부를 전산화하기로 하였다. 이 내용은 2004년 11월 교직 3단체인 한국교원단체총연합회, 전국교직원노동조합, 한국 교원노동조합과 함께한 자리에서 조정·합의에 이르렀다. 새로운 시스템 운용 소프트웨어 개발은 2005년 1월에 계약하여 2006년 2월까지 완료하는 것으로 하였다. 이로써 향후 교육현장에서 발생할 수 있는 갈등을 최소화할 수 있는 기틀이 마련되었다. 그 후 새로운 교육 행정정보 시스템을 개발하는 과정에서 전국교직원노동조합 위원들이 수시로 참여할 수 있도록 개방하였다. 전국교직원노동조합은 기존과는 완전히 다른 새로운 교육 행정정보시스템 개발을 당부하였다.
'교육 행정정보시스템 교무업무시스템' 개발 계획이 확정되어 16개 시·도교육청을 기본단위로 관리하고 개인정보 항목들을 조정한다. 이를 통해 교육현장에서 생길 수 있는 갈등을 최소화하는 조건을 갖추게 되었다.