세 번째로, 정책의 우선순위를 누가 결정할 것인가 하는 문제이다. 국가별 지출 검토에 대한 분석 결과에 따르면 각 국가는 우선순위의 결정에 정권의 의지가 반영되는 정치적 과정으로 이해하기도 하고, 법정의 공방과 유사한 방식의 논의를 통해 결정하기도 한다. 또한, 전문가와 민간부분을 포함한 작업반을 구성하여 예산 배분의 우선순위를 정하는 경우도 있다. 종합하면, 우선순위의 결정과정은 지극히 정치적이거나, 전문적인 두 양극단의 중간에서 결정될 수밖에 없다. 이 때문에 정권이 교체되는 시기에 지출 검토를 시행하기도 하고, 전문적인 토의를 통해 결정하기에는 필요한 자원과 비용이 만만치 않기 때문에 연 단위 지출 검토를 포기하기도 한다. 즉, 지출 검토의 중요한 한 축인 정책의 우선순위의 결정을 누가 무엇을 기준으로 할 것인가는 우리나라에 이 제도를 도입하는 과정에서 고려되어야 할 것이다.
지출 검토의 중요한 한 축인 정책의 우선순위의 결정을 누가 무엇을 기준으로 할 것인가는 우리나라에 이 제도를 도입하는 과정에서 고려되어야 할 것이다.