반면 북한인권법 제정여부를 둘러싼 국내정치적 합의가 어느 정도 이루어진 이후에도, 동법 제정과정에서 일부 쟁점이 남았다. 첫째, 여야 협의과정에서 동법의 기본원칙에 관하여 ‘국가는 북한 인권증진 노력과 함께 ̇ 남북관계발전과한반도 평화정착 방향으로도 노력해야 한다’ 는 규정방식과 ‘국가는 북한 인권증진노력을 남북관계 발전 및 한반도 평화정착노력과 함께 추진해야 한다’ 는 규정방식이 대립하였다. 북한인권법의 목적이 북한 인권증진, 남북관계발전, 한반도평화라 할 때, 서로 우열과 선후가 있기보다는 상호 연결되어 총체적으로 추구해야 할 목표라는 점을 인식한다면 실체적 쟁점이라 보기 어렵다.
반면 북한인권법 제정에 대한 합의가 이루어진 이후에도 일부 쟁점이 남았다. 첫째, 여야 협의과정에서 규정방식의 미세한 차이에 대한 대립이 있었으나 실체적 쟁점이라 보긴 어렵다.