모든 모형이 그렇지만 시스템 다이내믹스 모형을 통해 원하는 현상을 재현한 후에는 민감도 분석을 통해 다양한 정책, 환경의 변화 등을 테스트하게 된다. 이 때 시스템 다이내믹스 모형의 복잡함 때문에 무엇이 어떤 현상을 일으키게 되었는지 확실히 알기가 어렵다. 다시 말해서 시스템 다이내믹스는 복잡함을 다룰 수 있게 되었지만 그와 동시에 해석적인 방법론의 투명성을 상당히 상실하게 되었다고 할 수 있다. 하지만 해석적인 방법론도 모형이복잡해지면서 점차 수치해석적인 방법을 이용하고 있다는 면에서 복잡함을 다루는 도구로서는 어쩔 수 없는 부분이라고 인정할 수 있다. 향후 제한적이나마 좀 더 모형을 이해할 수 있는 도구들을 개발하는 과정들이 필요할 것이다.
시스템 다이내믹스 모형을 통해 복잡한 현상을 재현하게 됐지만 요소간 관련성에 관한 해석은 어려워졌다. 앞으로  모형을 더 쉽게 이해할 수 있게 돕는 도구들이 개발돼야 한다.