남북경제통합은 북한의 체제이행 단계와 유기적으로 결합되어야 하되 북한의 자생적 성장에 기여하는 방식으로 이루어져야 한다. 이를 위해 북한의 체제이행 초기는 남북경제통합의 준비기로서 빈곤 구제와 인적, 제도적 역량 구축, 그리고 인적 자본 보존 등을 목표로 해야 한다. 북한이 체제이행의 중기에 접어들면 경제통합을 본격적으로 시작하되 산업협력부터 진행해야 한다. 이 산업협력에는 SOC투자와 건설, 공동 자원 개발 등이 포함된다. 그러나 이 투자가 과도하여 북한의 임금을 상승시키고 이로 인해 북한 제품의 가격경쟁력이 약화되는 것을 피해야 한다. 체제이행의 후기에는 교류적 통합과 제도적 통합을 실시하여 물자와 자본의 이동을 자유화하고 북한의 제도와 정책을 남한의 그것에 점차적으로 근접시켜야 할 것이다. 그러나 남북한 단일화폐의 사용, 공동 재정 운영, 노동이동의 완전 자유화는 북한의 체제이행이 완료된 이후에 실행에 옮기는 것을 이 연구는 권장하고 있다.
남북경제통합은 북한의 자생적 성장에 기여하는 방식으로 이루어져야 하며 초기 중기 후기 단계별로 북한의 제도와 정책이 남한의 정책과 제도에 점차적으로 진행하여야 한다.