사립대학의 경우 등록금 외에 국고보조금과 법인 전입금이 대학의 큰 재원인데 전입금의 경우 수익용 기본재산 확보 및 수익의 영세성으로 여전히 큰 힘이 되어주지 못하고 있고, 국고보조금의 경우 각종 고등교육 재정지원 정책으로 인해 2008년도 9.0%에서 16.5%로 확대되었으나 국립대학에 비해 비중의 차이가 큰 것을 알 수 있다. 2012년 기준 사립대학의 전입금과 보조금을 합한 22.3%의 비율은 국립대학 국고지원 비율인 50.6%와 28.3%의 차이를 나타내는 데 이 차이분이 국⋅사립대학 간 등록금 의존도의 차이를 결정하는 요소이자 정부의 재정지원 총량 확대의 근거가 된다고 하겠다.
사립대학의 재정자원인 법인 전입금과 국고보조금은 아직 국립대에 비해선 부족하기 때문에 등록금 의존도의 차이가 발생하고, 이는 재정지원 총량이 확대되는 이유가 된다.