특성화고등학교 관계자들 사이에는 일종의 낙인 공포(stigma phobia)가 있다. 학생들의 보통교과에 낮은 성취 수준이 밝혀지면, 가뜩이나 기피현상이 있는 현실 속에서 특성화고등학교의 이미지가 더 나빠질 것이라는 두려움이다. 여기에는 학생들이 이미 초등학교와 중학교를 통해서 누적적인 학습결핍이 있었음에도 불구하고 그 책임을 특성화고등학교에서 떠안고, 교육이 부실하다는 비판을 받는 것에 대한 피해의식도 작용한다. 이러한 공포와 피해의식으로 인해 보통교과(국어, 영어, 수학)에 대하여 국가적으로 교수학습활동의 성과를 평가하기 위하여 실시하는 학업성취도평가가 “불공정한 평가”라고 판단하고 이를 대치하는 평가 방안을 제시한 것이 직업기초능력평가이다.
고등학교 이전의 누적된 학습결핍에 의한 특성화고등학교 학생들의 보통교과에 대한 낮은 성취 수준 때문에 교수학습활동의 성과를 평가하는 학업성취도평가를 대치하는 방안이 직업기초능력 평가이다.