개방병원의 참여 병원과 의원 간 수익 배분이 자의적인 판단하에 이루어진 계약에 따를 개연성이 있으며, 이로 인한 분쟁의 소지를 안고 있다. 대체적으로 참여 의원보다 협상력이 보다 높은 개방병원이 유리한 입장에 있다. 참여 의원들의 회진 등 투입 시간과 대비했을 때 진료 수준이 개방진료의 경제적 보상으로서 상당히 미흡하다는 지적이 있다. 이는 의사비용과 병원 비용의 혼재로 인한 진료비 보상의 적정 규모를 산출하는 데어려움이 있기 때문이다. 이러한 수가 미분리로 인해 참여의는 개방병원이 분배하는 진료비에 대해 불신하는 등 두 기관 간 마찰이 생길 수 있다. 개방병원의 취지가 상호 협력을 통하여 병원에는 자원 활용도를 제고하고, 의원에는 투자부담의 감소와 안정된 의원 경영을 유지할 수 있도록 하여 범국가적으로국민 의료비 절감 및 의료 전달 체계 구축에 기반을 둘 수 있는 제도임에도 불구하고, 명확히 수가가 분리되지 않아 나타나는 신뢰 부족은 결국 상호 협력이라는 개방병원제도를 장기간 유지할 수 없는 이유이다.
개방병원의 취지가 병원과 의원의 상호협력을 통한 의료비 절감 및 의료 체계 구축임에도 불구하고 병원 측에 유리한 수익 구조, 수가 미분리로 인한 상호 신뢰부족, 비용 혼재로 인한 미흡한 진료수준이 개방병원제도를 장기간 유지할 수 없는 이유이다.