농업 협상은 나이로비 패키지의 성패를 좌우할 핵심적인 분야였다. 의장은 12월 16일 비공식 수석대표 회의를 개최하여 수출경쟁, 면화, SSM, PSH 4가지 이슈를 병렬적으로 논의하였으나, 대부분 나이로비 성과도출의 필요성에 공감하면서도 수출보조 철폐기한, 수출신용 최대상환기간, 국영무역기업 독점력 철폐, 식량원조 현금화 제한 등에 대한 이견이 여전하였다. 개도국 수출물류보조 철폐에 대한 유예기간 부여에 선진국 진영이 유보적이었고, 미국은 수출신용 최대상환기간과 식량원조 현금화 제한에 민감성이 있었으며, 중국은 국영무역기업 독점력 철폐에 반대하였다. 또한 인도는 수출경쟁만 타결하는 것은 불균형을 초래한다면서 SSM과 PSH 포함을 요구하였다. 이에 의장은 주요국 협의를 통해 회원국 민감성을 최대한 반영하여 12월 17일 의장 텍스트를 회람하고, 수출경쟁 SSM PSH 각 분야별로 소그룹 수석대표 회의를 개최하여 쟁점 해소를 시도하였다. 수출신용 및 식량안보는 미국 입장이 반영되었으며, 수출국영무역기업은 중측 민감성을 반영하여 작업계획 형태로 완화되었다. 다만 SSM과 PSH에 대해 인도, 필리핀 등과 미국, 브라질 등간 이견을 보였고, 미국은 개도국 수출보조 유예기간 축소를 요구하였다.
나이로비 패키지의 성공 여부는 농업 협상이었다. 4가지 사안을 다루었으나 국가 간 상의한 의견이 제시되어 의장은 주요국 협의에서 의장 텍스트를 공유하고, 분야별 소그룹 수석대표 회의를 통해 쟁점을 해결하려 하였다.