성폭력 피해자가 이차피해를 겪게 되는 이유는 다양하지만, 성폭력 범죄를 수사하는 과정 자체에서 이차피해가 초래되기도 한다. 성폭력 범죄는 피해자가 유일한 증인인 경우가 많으며, 범죄 발생에 대한 판단을 위해 피해자의 진술의 신빙성을 철저하게 검토하지 않을 수 없기 때문에(류병관, 2006 : 395-396). 경찰은 성폭력 사건의 사건 구성 요건을 충족시키는 근거를 확보 해기 위해 피해 자에게 공격적 질문을 하게 되고 그 과정에서 피해자를 마치 증인처럼 대하게 된다(Martin, 2005 : 54 ; Maier, 2008 : 789에 재인용). 피해자 진술의 신빙성을 조사하는 과정에서 피해자에게 질문을 하는 것은 필수적이지만, 피해자를 의심하는 듯한, 공격적인 질문, 피해자에게 정신적 고통과 수치감을 주는 수사 방식 등으로 이차피해가 발생할 가능성이 높다. 더군다나, 범죄 현장에서의 기억을 되살리는 범행 당시의 상황에 대한 신문, 피해 진술 반복, 가해자와의 대질 신문 등으로 피해 상황의 회상이나 고통스런 아픔을 재연하는 조사 과정은 피해자에게 어쩔 수 없이 심각한 이차적 피해를 불러올 수 있다(황현락, 2007 : 388 ; 신성대, 2009 : 34).
성폭력 피해자는 수사 과정 자체에서 이차피해를 겪기도 한다. 성폭력 범죄는 피해자가 유일한 증인이고, 경찰은 사건 구성 요건을 충족시키는 근거 확보를 위해 범행 당시의 상황, 피해 진술 반복, 가해자와의 대질 신문 등으로 공격적 질문을 하게 되고 그 과정에서 피해자는 정신적 고통과 수치심을 느끼게 되는 것이다.