한편, WGAD는 특별법원에서의 공정한 재판에 대하여 부정적인 태도를 보인다. WGAD는 고문 방지협약 위원회의 견해를 참조하여 사우디아라비아에서 정치범이나 시아파 인사들을 테러 혐의로 내무부에서 임명하는 판사들로 구성된 특별형 사법원(Specialized Criminal Court)에서 처벌하는 것은 국제인권기준에 부합되지 않는다고 판단하였다. UAE 등지에서 임기 계약으로 외국인을 판사로 임용하는 것에 대해서도 공정한 재판을 받을 권리가 침해되어 자의적 구금을 초래한다고 판단한 바 있다. WGAD는 군사법원의 구성과 절차가 초래하는 문제들을 지적해왔으며, 어떠한 경우에도 민간인에 대한 군사재판은 공정한 재판을 받을 권리를 위반한다는 입장을 취하고 있다. WGAD 는 최근 이집트에서 많게는 수백 명의 반체제인사들을 한꺼번에 재판하는 관행에 대해서도 공정한 재판이 불가능하다고 판단했다.
WGAD는 여러 사례를 통하여 특별법원에서의 공정한 재판에 대해 부정적으로 판단하고 있다. 군사법원의 구성과 절차로 인한 문제들을 지적해 왔으며, 어떠한 경우에도 민간인에 대한 군사재판은 공정한 재판을 받을 권리를 위반한다는 입장이다.