감사원과 대상기관과의 협력 부족은 감사연구원(2009)의 조사결과에서도 나타나는데, 가장 대표적인 협력 사항으로 대행․위탁감사 수행현황을 살펴보면 2008년도 감사원의 요청에 의한 자체감사기구의 대행 및 위탁감사는 각각 28개와 27개 기관에서만 실시되었고 평균 3.21건(대행 건수) 및 5.85건(위탁 건수)으로 협력 노력이 부족한 실정이다. 또한 감사원과 자체감사기구 간 정보공유 실태에서는 정보공유가 전혀 없는 기관이 64%이고 정보공유가 이루어지는 경우에도 감사결과(26.3%)나 감사사례(22.3%)에 집중됨으로써 제한적으로 이루어지고 있는 실정이다. 비록 이러한 조사결과가 감사원과 대상기관의 전체 협력실태를 보여주는 것이기는 하나, 성과감사로 한정할 경우에도 큰 차이는 없을 것으로 판단된다.
감사원과 대상기관과의 협력 부족은 감사연구원의 조사결과에서도 나타나는데, 감사원의 요청에 의한 자체감사기구의 대행 및 위탁검사 실시율이 낮아 협력 노력이 부족한 실정이며 정보공유도 제한적으로 이루어지고 있다.