무기의 사용과 관련해서도 선장 등은 해상특수경비원의 무기사용에 대한 최종 결정권을 가지며, 이 법과 국제법 등에 따라 다른 방법으로는 해적행위 등의 위협으로부터 피할 수 없는 급박하고 불가피한 경우에만 무기를 사용하도록 하여야 하고, 해상특수경비원은 무기사용을 피하기 위한 모든 합리적인 수단을 강구하여야 하며, 선원등 또는 해상특수경비원의 생명에 치명적인 위협을 주는 경우를 제외하고는 사람에게 무기를 사용하여서는 아니 되며, 해상특수경비원이 무기를 사용할 때에는 선장 등의 결정 하에 무기사용규칙에 따라 단계적으로 이루어져야 하며, 해적행위 등의 위협정도 및 사용 무기와 비례성이 유지되어야 하고, 해양수산부장관은 국가의 이익에 반한다고 판단하는 때에는 무기의 사용을 금지할 수 있도록 했으며, 선장 등은 국제항해선박 등에서 무기의 반출입이 있거나 사용한 행위가 발생하였을 때에는 해당 무기의 종류와 수량, 사용내역 등을 선박소유자 등에게 보고하여야 하며, 선박소유자 등이 선장등의 보고를 받은 때에는 계약 내용의 적합여부 등을 확인한 후에 이를 해상특수경비업자에게 통보하여야 하고, 해상특수경비업자는 해상특수경비원이 국제항해선박 등에서 무기를 반출입하였거나 사용하였을 때에는 이에 관한 모든 사항을 기록하여야 하며, 지체 없이 그 내용을 해양수산부장관에게 보고함으로써 무기사용상 안전을 보장하고 있다.
선장은 해상에서 경비원 무기 사용의 최종 결정권을 가지나 관련법에 정해진 절차에 따라 사용을 통제하여야 한다. 무기가 사용된 경우에는 적법한 사용 여부를 보장하기 위해 그 내역이 선장 등을 통해 선박소유자, 해상특수경비업자 그리고 최종적으로 해양수산부장관에게  보고되어야 한다.