더구나 비인가 대안교육기관들이 이 이상으로 두려워하는 것이 있다. 교육과정을 비롯한 학교 운영 전반에 대한 교육청의 간섭과 개입이 그것이다. 우리나라 교육과정은 엄격하게 표준화되어 있고 학교운영은 관료적 방식으로 세세하게 통제되고 있다. 교육제도 안에서 이러한 관행을 벗어난 교육철학이나 교육활동을 견지하는 것은 불가능하다. 효율적인 교육행정을 위해서 도입된 NEIS 체제는 학교의 운신 폭을 훨씬 더 제약한다. 이런 체제 아래서는 제대로 된 대안교육이 원천적으로 불가능하다. 대안교육 제도화의 첫 사례로 인가된 대안교육 특성화학교들이 상당수 대안교육기관으로서의 초기 정체성을 잃고 보통의 학교로 변질되었다는 세간의 지적은 이런 현실의 단면을 말해준다. 상당수의 비인가 대안교육기관들이 인가를 받을 수 있는 조건을 갖추고 있으면서도 인가 신청을 하지 않는 이유도 이와 연계된다. 이러한 현실은 대안교육의 활성화를 위해서는 학교 설립 관련 법령의 전향적인 개정과 함께 교육 행정 관행에서 큰 폭의 변화가 요구된다는 점을 말해준다.
엄격하게 표준화된 교육과정, 관료적 방식의 운영 하에선 제대로 된 대안학교가 불가능하다. 대안학교들이 정체성을 잃고 보통의 학교로 변질되거나 인가를 받지 않는 것이 이 때문이다. 이를 해결하기 위해 법령의 전향적 개정과 교육 행정에 있어서의 대폭적인 변화가 필요하다.