둘째, 단위학교 교원의 자유학기제 운영을 돕는 학교 내 코디네이터 또는 협력팀 운영을 고려할 필요가 있다. 많은 연구에서 자유학기제 운영 시에 교사의 업무가 과중될 수 있다는 점이 우려로 표현되고 있 다. 이러한 점 때문에 자유학기제의 효율적 운영을 돕기 위한 협력 수 업 교사 팀을 구성하는 방안이 제안되었다(박삼철, 2013). 또 기존 교 사들이 자유학기제 업무를 추가 수행할 경우 다른 업무를 경감해 주 거나 진로진학상담교사의 수를 더 늘리는 방안도 제안되었다(손희권, 2013). 지역사회의 자원을 활용하기 위하여 이러한 업무만 수행하는 별도의 코디네이터를 두는 방안도 고려될 수 있다(김현철, 2013).
단위학교 교원의 효율적인 자유학기제 운영을 돕기 위해 협력팀 운영, 기존 교사의 타 업무 경감, 진로진학상담교사 증진, 자유학기제 업무만 수행하는  코디네이터 구성 등이 제안되었다.