일본 TLO의 설치 형태는 크게 3개가 있다. 첫째는 대학법인의 일부로 설치하는 내부 형, 둘째는 대학 외부에 설립된 TLO에 출자 혹은 업무위탁하는 외부형 TLO, 셋째는 다 수의 대학, 연구기관이 민간기업 등과 연계하여 설립한 TLO에 공동 출자 혹은 업무위탁 하는 광역TLO 등이다. 내부형은 기술료 수입이 점하는 비율이 극히 작고, 기타수입, 조 성금, 매칭펀드 수입이 대부분이며, 외부형과 광역형은 수입요소의 균형이 잡혀있고, 다각 적인 수입형태가 나타난다. 대학내부형은 견고한 경영기반, 세제상의 우대조치, 일원적인 지적재산 관리 활용 등의 장점이 있고, 인재확보에 있어서의 학내인사의 영향, 자금의 사 용 불편, 계약체결 등에 시간이 걸리는 약점이 있다. 반면 대학외부형은 유연한 인사제 도, 자금조달과 기술이전활동의 유연성 등 장점이 있으나, 경영기반의 약화, 대학으로부터 의 기술시즈(seeds) 공급의 불안정성 등의 약점이 있다.
일본에는 내부형, 외부형, 광역TLO가 있다. 내부형은 기술료 외의 수입이 많지만 외부형과 광역형은 균형적, 다각적인 수입형태이다. 내부형은 경영기반, 세제, 재산관리에서 유리하지만 인재확보, 자금사용, 계약체결이 어렵고 외부형은 이와 반대된다.