연구는 다음의 순서로 진행되었다. 국가인권위원회와 한양대학교 산학협력단의 이름으로 학생인권 실태조사와 인식조사의 설문 완성을 요구하는 공문을 연구 대상으로 선정된 중･고등학교들에 발송하였다. 연구 대상으로 선정된 학교의 중학생, 고등학생, 학부모, 교사는 각각 서로 다른 URL 주소를 부여받았다. 해당 URL 주소에 접속하면 연구에 대한 소개와 연구 참가 동의를 구하는 화면이 뜨고 여기에 동의한 경우에 한해 설문 문항들이 제시되는 구조를 갖추도록 설계하였다. 설문은 개별적으로 자신의 속도에 맞춰 완성할 수 있도록 구성하였으며, 문항에 표시를 하지 않은 경우 다음 문항으로 진행될 수 없도록 구성하였다. 교내 컴퓨터를 이용한 설문 완성에 있어 기술적 어려움을 호소한 예외적 학교들에 한해(총 3개 학교) paper-and-pencil 설문지를 활용한 off-line 설문을 진행하였다. 설문 완성에 소요되는 시간은 학생용의 경우 10분∼15분, 학부모용과 교사용의 경우 5분∼7분이었다.
연구는 중･고등학교 학교들에 설문 완성 요청 공문을 발송하고 해당 학교의 학생,학부모, 교사에게 URL을 부여하여 설문할 수 있게 하는 순서로 진행됐다. 설문은 자신의 속도에 맞춰 작성할 수 있게 구성했으며 문항의 표시 이후 다음 문항으로 진행할 수 있게 했다.