상기한 바와 같이, 관세법 상 실질과세원칙을 적용할 수 있는 명시적인 규정이 존재하지 않고 있어 그 적용의 명확성과 예측가능성이 국세에 비해 떨어지는 것이 사실이다. 이러한 부분에 대해서 기존 학계나 실무에서도 상당히 많은 지적이 있었으나, 아직 이 부분에 대한 개선이 이루어지지 않고 있다. 특히, 실질과세원칙의 적용을 통해 단순히 그 거래의 ‘실질’에 대한 과세가 아니라 납세자가 선택한 거래형식을 재구성하는 수준의 실질과세원칙이 적용되는 것에 대해서는 조세법률주의, 엄격해석의 원칙, 명확성의 원칙 등 헌법상 기본원칙을 위반한 위헌적인 처분이 될 여지도 있다. 따라서 관세법 상에 실질과세원칙을 명문화하거나 국세기본법 제14조를 준용하는 조항이 반드시 입법화되어야 할 것으로 보인다.
학계 및 실무 분야에서 관세법에서 실질과세원칙을 이용할 수 있는 여지가 적다는 비판이 제기되고 있다. 따라서 이를 보완하는 조항이 필수적으로 만들어져야 한다. 