하지만 국토-환경계획 연동제의 실질적인 적용은 아직 초기 단계여서 실효성이 아직 확보되지 않은 현 상황을 고려할 때 기존 제도를 활용하여 국토계획과 환경계획이 실효적으로 상호 연동되기 전에 발생할 수 있는 무분별한 개발을 제어하기 위한 방안 마련이 시급하다. 기존 도시계획의 전략환경영향평가 연구들에서 제시한 방법론은 대부분 광역도시계획이나 도시·군기본계획 등 정책계획적 성격의 상위계획을 주제로 하고 있으며, 개별개발행위들과 직접적으로 연계되어 있는 도시·군관리계획에 대한 체계적인 전략환경영향평가 방법론을 분석·제시한 연구 사례는 부족하다. 일부 용도지역별 관리방안에 대한 연구에서 도시·군관리계획의 전략환경영향평가를 다루기는 하였으나 사례를 중심으로 비교적 간단하게 분석하여 체계성 및 정책 반영 가능성이 부족한 실정이어서 이에 대응한 보다 효과적이고 합리적인 전략환경영향평가 방법론의 개선이 필요하다.
국토-환경계획 연동제는 아직 초반이기 때문에 실효성이 확보되지 않았고, 기존 제도를 사용해 대응하는 동안 무분별한 개발을 방지하기 위한 대책이 시급하다. 일부 연구에서 전략환경영향평가를 다루기는 했으나, 보다 효과적인 방법이 필요하다.