한편, 고등학교 체육교과는 제6차 교육과정까지 고등학교 전 학년에 걸쳐 주당 평균 2~3시간의 안정적인 운영이 가능하였다. 그러나 대학진학 및 취업을 위한 지식교육의 강화로 인해 제7차 교육과정 이후부터 2007 개정 교육과정까지는 체육수업이 전 학년에 걸쳐 안정 적으로 편성되지 못하였으며, 2009 개정 교육과정에 이르러서야 고등학교의 체육교과 필수 이수단위가 10단위로 상향조정되어 전 학년에 걸친 안정적인 체육교과 편성이 가능하게 되었다. 즉, 2009 개정 교육과정은 이전 교육과정에 비해 체육교과의 필수이수 단위를 상향조정하여 전 학년에 걸친 체육수업의 편성을 가능하게 하였으나, 한편으로 특성화 고등학교, 특수 목적 고등학교 및 체육.예술 계열 고등학교, 자율형 사립고 등 교육과정 편성.운영 의 자율권을 인정받은 학교는 최대 5단위까지 시수 감축을 허용함으로써 고등학교 유형별로 안정적인 체육수업 시수 확보가 어려운 실정이었다. 또한 체육교과를 집중이수제에서 제외하는 것을 강제사항이 아닌 ‘체육, 예술(음악/미술)과목은 8개 이내에서 제외하여 편성할 수 있다’ 라는 학교 선택사항으로 명시하여 전 학년 전 학기에 걸친 체육수업 운영이 어렵다는 시ᆞ도교육청 및 학교현장의 의견이 지속적으로 제기되었다. 따라서 교육부는 학교체육 활성화 추진계획에 중학교 체육수업 뿐만 아니라 고등학교 체육 수업을 확대할 수 있도록 명시하였다. 구체적인 내용을 살펴보면, 2014년도 신입생부터 모든 고등학교는 학교 유형과 관계없이 체육교과를 10단위 이상, 6개 학기에 걸쳐 편성ᆞ운영하도록 하였다. 그리고 이를 위한 후속조치로 초ᆞ중등교육과정을 일부 개정 고시하여 체육 교과는 10단위 이상 이수하되, 매학기 편성하도록 할 것을 명시하였다(교육부, 2013b).
체육교과는 2009 개정 교육과정에 이르러서야 안정적으로 편성되었다. 전 학년이 체육수업을 받을 수 있게 되었으나 자율권을 인정받은 학교는 안정적으로 체육수업 시수를 확보하지 못했다. 또한 시, 도 교육청 및 학교에서 꾸준히 문제점이 제기되었다. 결국 교육부는 고등학교의 체육 수업을 활성화 추진계획에 함께 포함하였다.