지방자치단체는 농업분야에서 다양한 형태로 북한과의 협력사업을 추진 하였다(통일부[2009]). 중앙정부와는 달리 지방자치단체의 농업협력은 개발 협력사업이 주류를 이루었다. 지방자치단체는 많은 경험을 가지고 있는 민간구호단체와 협력하는 형태로 사업을 추진함으로써 효율성과 효과성이 높 았다는 평가를 받고 있다(대북협력민간단체협의회[2005]; 권태진[2007b; 2014]). 지방자치단체의 대북 농업협력은 농촌지역개발이라는 새로운 장을 여는 데 많은 기여를 했다는 평가를 받고 있다. 지방자치단체의 농업협력 추진내용과 과제에 대해서는 한국농촌경제연구원의 『KREI 북한농업동향』을 통해 기획시리즈로 연재된 바 있다(김범수[2012]; 김영훈[2008]; 정영재 [2013]; 최용환[2012]; 황재성[2012]).
중앙정부와는 달리 지방자치단체의 대북 농업협력은 농촌지역개발에 기여했으며,  많은 경험의 민간구호단체와의 협력 사업 추진으로 높은 효과성과 효율성으로 평가 받고 있다.