이러한 일가정 양립과 여성 고용 증진을 추구하는 근로시간체제의 변화가 가져오는 일가정 양립의 모습과 성평등 함의에 대해 긍정적인 평가만 존재하는 것은 아니다. 특히 일과 가정생활의 양립을 가능하게 만들고 나아가 여성노동공급을 촉진하겠다는 근로시간 유연화 정책은 일견 합리적인 정책선택인 것처럼 보이지만, 부작용이 예견되며 실제 관찰되고 있기도 하다(장지연, 2012; 조순경, 2011). 유연화된 근로시간을 활용하면서 유급노동과 돌봄노동을 모두 병행하는 사람은 결국 여성들인데, 이것은 곧 과거와는 약간 외양을 달리할 뿐 성불평등 문제를 그대로 유지시킨다는 것을 의미한다. 여성이 단시간근로의 형태로 노동시장에 참여하는 것이 규범이 되는 사회는, 달리 말하자면 여성의 경제적 의존성 문제를 해결하지 못하면서 돌봄노동의 부담도 여성이 그대로 유지하는 사회를 의미한다. 특히 시간제 일자리가 대부분 비례보호가 적용되지 않는 저임금일자리라는 특징을 가지고 있기 때문에 추가적인 노동시장 유연화나 단시간근로의 확대는 일자리의 질 하락을 동반할 수밖에 없다. 단시간근로가 급격히 증가한 2000년대 이후에도 여성 단시간근로자의 상대 임금은 매우 낮은 수준에서 유지되거나 심지어 하락하기도 하였고, 자발적인 단시간근로의 비중도 낮은 편이다. 무엇보다 한계로 지적되는 것은 근로시간 유연화나 근로시간 단축이 노동자의 선택에 따라 결정되는 구조가 아니라는 점이다.
근로시간 유연화는 합리적인 정책 선택으로 보일 수있지만, 결국 유급노동과 돌봄노동을 병행해야 하는 사람은 여성이므로 과거와 외양만 조금 달라질 뿐 성불평등 문제는 해결되지 않고, 단시간근로는 저임금 일자리라는 특징이 있어 일자리의 질적 하락을 동반한다. 특히 근로시간 유연화나 근로시간 단축은 노동자의 선택으로 결정되는 구조가 아니라는 한계를 지닌다.