이처럼 탈냉전과 세계화 시대가 제공하는 역사적 기회를 활용해 국익을 극대화한다는 전략적 공감대에서 한국과 중국의 상호 협력관계는 모든 분야에서 폭발적으로 발전할 수 있었지만, 한중관계 발전과정이 언제나 긍정적이고 낙관적인 것만은 아니었다. 한중관계의 비약적 발전상에 가려 그동안 큰 주목을 받지 않았지만, 수교 이후 여러 이슈 영역에서 다양한 문제점과 모순, 갈등, 분쟁 요인들이 표출되고 있다. 2000년도의 마늘 파동에서부터 2003년의 동북공정으로 촉발된 역사 분쟁, 2010년도 천안함-연평도 사건을 둘러싼 한중 간의 심각한 이견과 갈등, 그리고 현재 진행 중인 탈북자 문제와 이어도 문제에 이르기까지 다양한 이슈 영역에서 한중 간의 마찰과 충돌, 갈등이 계속되고 있다. 한 국내 연구 보고서는 한중 간 마찰과 갈등을 촉발시키는 일곱 가지 장애물이 있다고 정리하였다. 즉, 한국과 중국 사이에는 역사와 문화에서의 반목, 경제와 통상에서의 마찰, 규범과 가치관에서의 충돌, 북한과 북핵 문제를 바라보는 격차, 한미동맹을 둘러싼 갈등, 영토와 영해의 분규, 남북한 통일에 대한 이견 등 7가지 이슈 영역에서 갈등과 긴장이 계속되고 있다는 것이다.
탈냉전과 세계화 시대라는 역사적 기회를 활용하여 국익을 극대화하는 전략적 공감대에서 한국과 중국의 상호 협력관계는 크게 발전해왔지만, 수교 후 다양한 문제점들과 모순, 갈등, 분쟁 요인들이 밖으로 드러나고 있다.