그러나 이러한 규제비용관리제의 효과성평가는 두 가지 한계점을 지니고 있는데, 첫째는 2년여 간의 시범운영 실적이 전부인 현재시점에서 규제비용관리제의 효과성을 평가하는 것은 시기상 절절하지 않다는 점이다. 규제비용관리제는 2014년 8월 시범운영을 시작으로 지난 2016년 7월 총리훈령의 제정을 통해 도입되었다. 따라서 현 시점에서는 지난 2년간의 시범운영기간동안 나타난 규제비용관리제의 성과만으로 효과평가를 수행하여야 하나, 시범기간동안 규제비용관리제는 기업과 소상공인에게 영향을 미치는 모든 규제에 대한 비용관리를 진행한 것이 아니라 각 부처별 대표규제를 선정하여 운영하였다. 즉, 부처별로 모든 기업관련 규제에 대하여 비용분석을 실시하고 그 비용에 상응하여 기존규제의 폐지･완화가 진행된 것이 아니라 대표규제에 대한 비용분석을 실시하고, 폐지･완화규제를 선정하여 비용절감분을 측정하였다. 따라서 이러한 시범운영기간의 성과를 바탕으로 효과평가를 진행하게 되면 규제비용관리제의 효과를 왜곡하는 결과로 이어질 수 있기 때문이다.
규제비용관리제는 2년간의 시범운영기간동안 기업과 소상공인에게 영향을 미치는 모든 규제에 대한 비용관리를 진행한 것이 아니라 각 부처별 대표규제를 선정하여 운영하였기 때문에 대표 규제에 대한 분석만 가능하여 이로 인한 효과성 평가는 왜곡된 결과로 이어질 수 있다.