한편 이러한 기후 정책들은 상품의 국제 무역에 직접적으로 영향을 미치는 조치이기도 하다. 따라서 WTO협정의 제 의무를 준수하는 것이어야 한다. 예를 들어 기후변화 완화 목적으로 부과된 탄소세에 대해 국경세 조정을 실시하는 경우 WTO회원국은 동 조치를 WTO협정의 국경세 조정 근거 규정에 합치 시켜야 할 것이다. 문제는 탄소 세나 배출권 거래제에서의 배출권이 ‘탄소 배출’에 대해 부과된 조치라는 데 있다. 탄소는 상품 생산 과정에서 발생하였으나 최종 상품에는 물리적으로 포함되어(physically incorporated) 있지 않은 요소이다. 위 요소에 부과된 조세가 WTO협정상국경세조정의 적용 범위에 해당되는지에관해서는 논란이 있다. 만약 해당되지 않는다면, 수입 상품에 대해 국경에서 부과된 탄소세나 배출권 거래제에서 수입업자에게부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정에 합치하지 못할 가능성이 높다.
기후 정책은 국제 무역과도 관련이 있으므로 WTO협정 의무를 따라야 한다. 하지만 탄소 배출권의 경우 최종 상품이 아닌 생산 과정에서 발생하는 요소를  WTO협정상국경세조정의 적용 범위에 넣을 수 있는지에 대해선 이견이 많다.