PMDU의 운영 측면에서의 특징은 크게 타 부처와의 관계 설정, 업무수행상의 원칙, 그리고 업무절차에서 찾을 수 있다. 먼저 PMDU는 총리를 보좌하여 다양한 정책들의 집행을 관리한다는 업무의 성격상 타 부처와의 협력적 관계 형성이 필수적이었다. 이들과의 협력 및 조정이 가능해야만 집행관리가 가능하기 때문이다. 특히 PMDU는 일시적인 한시조직이 될 가능성이 높은 상황에서 타 부처에 대해 지시 및 통제를 진행해야 했기 때문에 정부내의 다양한 이해관계자들이 동의할 수 있는 업무수행 방식과 수단을 제시해야만 소기의 성과를 달성할 수 있었다.
PMDU의 운영 측면의 특징은 타 부처와의 관계 설정, 업무수행상의 원칙, 업무절차에서 찾을 수 있다.