이렇게 각기 다른 기관의 개별 규정과 약 18종에 달하는 서식으로 관리·운영하다 보니 신청, 변경 및 말소 시 부처 간에 여러 형태의 문제점이 발생될 수밖에 없었다. 예를 들어 부동산정보 변경 시 그 내용을 문서로 통보받아 각각의 시스템에 입력할 때 지번, 소유자 정보, 건물 위치정보 등 중요한 정보들이 제때에 갱신되지 않아 관련 자료의 불일치 사례가 많았고, 이러한 오류정보는 시간이 흐를수록 점점 늘어났다. 이로 인해 국민들은 각종 부동산 관련 인허가와 은행 대출 등에 필요한 부동산 관련 증명서를 최소 5종 이상 발급받아야 하는 등의 불편이 빈번히 발생하였다.
다양한 기관의 개별 규정과 18종류에 달하는 서식으로 관리하다 보니 부동산 신청, 변경 등과 관련해 치명적인 문제들이 발생할 수 밖에 없었다.