헌법상의 기본권은 무제한적인 권리가 아니기 때문에 입법목적의 정당성이 인정되는 법률에 의한 제한이 가능하다는 점에서, 이러한 기본권 침해 또는 제약은 동법의 입법목적에 비추어 보아 동법이 헌법의 보호영역 내에 존재하는가 여부 및 비례성의 원칙에 위반되지 아니하는가의 문제로 귀결된다. 반면 법상의 입법목적에비추어 보아 개인의 기본권제한이 개인에게 수인의무로 부과됨이 타당하다면, 이를 기본권침해적 입법으로 볼 수 없게 된다. 동법은 제1조에서 디엔에이신원확인을 위한 정보의 수집과 이용을 통하여 ‘범죄수사 및 범죄예방에 이바지하여 국민의 권익을 보호함’을 목적으로 함을 명시하고 있으며, 제3조에서 디엔에이 데이터베이스를 구축함에 있어서 인간의 존엄성 및 프라이버시권을 보호하여야 함을 국가의 책무로 규정하고 있다. 그렇다면 기본권침해에 대한 국민의 수인의무와 범죄수사와 범죄 예 방이라는 입법목적 간에 비례성 또는 정당성이 인정될 수 있는가 여부가 논의의 출발점이 되어야 할 것이다. 다만, 무죄추정의 원칙이나 영장주의, 인간의 존엄성 등과 같은 기본권들에 관하여는 기존의 적지 않은 문헌들에서 그 문제점을 제시하고 있으므로, 이하에서는 동일한 문제점을 언급하지 않고 프라이버시권 내지 개인정보 자기결정권의 범주에 한정하여 논의하고자 한다.
동법 제1조에 목적을 명시하고 제3조에서 인간의 존엄성 및 프라이버시를 보호하여야 함을 국가의 책무로 규정하고 있다. 기본권 침해에 대한 입법목적의 비례성 또는 정당성 인정 여부가 논의의 출발점이다.