그러나 행정부가 제시한 재정지출 효율화 방안으로는 예산낭비를 막고 비효율적인 민자사업을 추진하는 것을 배제할 수 없는 등 재정지출 절감에 제한적인 것으로 보인다. 먼저, 유사중복 사업에 대한 사후적 조치는 예산낭비와 유사통폐합 과정에서 나타나는 사업관리주체 간 갈등과 사업대상의 혼란을 미연에 방지할 수 없으며 향후에도 유사중복 사례가 근절되기 어렵다는 점에서 한계가 있다. 실제로 예산안 분석을 통해 회계 및 기금, 부처자체 사업 및 보조사업, 부처 간 사업의 유사중복 사례가 연례적으로 지적되는 것은 이러한 한계를 단적으로 보여주는 사례라 할 수 있다.
행정부가 제시한 방안은 재정지출 절감에 제한적이다. 사업관리주체 간 갈등과 사업 대상 혼란을 방지할 수 없으며 유사중복 사례가 근절되기 어렵다. 