결국 비자금을 조성한 목적이 무엇인가에 따라 개인적 용도로 사용할 목적이었다면 횡령죄를 인정할 수 있게 되므로 배임죄를 검토할 필요가 없게 된다. 따라서 횡령죄와 배임죄의 관계를 위에서 본 바와 같이 원칙적으로 독립관계로 보는 것이 타당하나, 양 구성요건이 모두 성립할 수 있는 가능성이 있는 범죄사실이라면 횡령죄를 먼저 검토하고 배임죄를 검토할 수 있다. 다만 이 경우 양죄의 특별관계를 인정하는 것이라기보다는 양 죄의 ‘보충관계’를 인정하는 것으로 보는 표현이 적절하다고 하겠다. 따라서 불법영득의사를 인정할 수 없어 횡령죄 성립이 부정되는 경우, 가령 비자금 조성 목적이 개인적 용도가 아닌 회사를 위한 용도로 비자금을 조성한 행위는 그 목적이 뇌물 제공이나 회사의 특혜를 위하는 등 불법적인 목적인 경우에는 횡령죄가 아닌, 배임죄여부를 검토할 필요가 있다고 하겠다.
비자금 조성행위에 있어서 서로 간 보충관계에 따라 횡령죄를 우선 검토한 뒤 배임죄를 검토할 수 있다. 비자금 조성 목적이 횡령죄 성립에 해당되지 않는 경우 배임죄여부를 검토 할 필요가 있다.