중앙정부 보조사업으로 운영되는 정신건강증진센터는 1995년 9월 조성된 국민건강증진기금을 재원으로 한다. 현재 국민건강증진기금의 전체 사업비 중 지역정신보건사업 예산지원 현황은 2016년도 기준 383억 원으로 전체사업비(31,434억 원)의 1.2%에 그치고 있다. 낮은 비율이나 매년 지속적으로 증가하여 2017년도에는 5.5% 증가한 404억 원이 지원될 예정이다. 지역정신보건사업의 2016년도 세부 예산계획에는, 광역정신건강증진센터 54억 원, 기초정신건강증진센터 148억 원, 아동청소년정신보건사업 33억 원, 지역자살예방사업 26억 원, 정신건강증진사업 15억 원, 중독관리통합지원센터 33억 원, 트라우마센터 20억 원 등이 포함되어 있다. 건강증진기금 사용의 적합성에 관한 전문가 의견조사결과에 따르면, 절주 및 알코올남용 억제, 정신보건과 스트레스관리 등 정신보건분야는 향후 건강증진기금 투입을 확대해야 할 분야로 나타났다(김혜련 외, 2013). 하지만 기획재정부는 정신보건예방사업과 정신보건시설 확충 등 정신질환관리사업은 재정소요의 예측 가능성이 높고, 건강증진기금의 운영취지와 맞지 않아 보건복지부 일반회계사업으로 전환이 필요한 것으로 평가하였다(김혜련 외, 2013). 따라서 국민건강증진기금 지원 사업 중에서 정신질환예방이나 정신건강증진 외에 지속적인 중증정신질환자 관리 사업을 수행하는 정신건강증진센터에 대한 기금지원사업으로서의 존치 가능성은 불확실하며, 이러한 상황에서 정신건강증진센터 지원예산의 확충을 요구하는 것은 쉽지 않을 것으로 보인다.
지역정신보건사업 예산은 매우 낮은 비율로 지원되고 있다. 이 분야 전문가들은 알코올 남용, 스트레스 관리 등 정신보건 분야의 확대를 예상하고 있으며 관련 재정마련을 위한 건강증진기금 또한 확대되어야 한다고 말한다.