이 단계에서 대두되는 지역 생태계 보호 운동은 신재생에너지 개발의 정당성을 가장 크게 훼손시킬 수 있는 요소이다. 풍력 발전 찬성주의자들은 기후변화와 같은 세계적 규모의 환경적 재난을 막기 위해 풍력 발전이 필요하다고 주장한다. 반면에 풍력 발전 반대 주의자들은 지역 생태계를 지켜야 하며, 풍력 발전기가 이를 크게 훼손하기 때문에 반대한다고 주장한다. 두 주장 다 환경 보호를 위해 제기되는 것이기 때문에 가치 판단이 쉽지 않다. 이러한 갈등이 발생하면 찬성과 반대가 극명하게 나뉘기 때문에 협상이 어려워진다. 설사 공사를 계속 추진하기로 결론을 내리더라도, 반대 측에서 이를 쉽게 수긍하려 하지 않을 위험이 크기 때문에 사회적 갈등이 장기화되기 쉽다. 따라서 논쟁을 최소화한다는 차원에서 공사로 인해 초래되는 환경 훼손에 대한 구체적인 대안 및 설명을 지속적으로 주민들에게 해 줄 필요가 있다.
풍력 발전 찬성 측은 기후변화 대응 차원에서 풍력 발전 필요성을 주장하고 반대 측은 지역 생태계 보호를 근거로 든다. 찬반이 극명해 협상이 어려워 갈등이 장기화되므로 주민들에게 환경 훼손에 대해 구체적인 대안을 제시해야 한다.