자유학기의 학생 평가는 중간․기말고사를 실시하지 않고 학생의 성취수준 확인에 초점을 둔다. 자유학기제 기간은 종래의 중간․기말 고사와 같은 지필평가 및 상대평가가 없다. 대신에 학생의 성취수준을 확인하고 발달 정도 및 특성을 과정 평가 형태로 시행하고 서술형으 로 기록하는 방식으로 평가 방식이 변화된다(한국교육개발원, 2014a). 그런데 성취수준 확인 방법 및 기준은 단위학교에서 자율적으로 결정 하고 학생부에 대한 기재 방식도 ‘학생의 꿈과 끼와 관련된 활동 내 역’ 중심으로 학교별 특성에 맞는 방식을 마련하여 시행하도록 하고 있다. 이는 아직까지 명확한 시행 지침이 마련된 것이 아니기 때문에 시범학교 운영을 통하여 그 가능성을 열어 두고 점차 정립해 가고자 하는 의도로 보인다.
자유학기제에선 지필평가 대신 과정 평가 형태로 학생의 성취수준을 확인한다. 그런데 그 방법과 기준은 학교에서 자율적으로 결정하게 해 뒀다. 시범학교 운영을 통해 점차 지침을 정립해 가기 위함으로 보인다.