현행 지방교육재정 제도는 지방의 자율성을 보장하는 재원과 중앙정부에서 통제하는 재원이 혼재되어 있어 명확하게 구분되지 않는 문제점이 존재한다. 이에 양자를 명확하게 구분하고 각각 주어진 기능을 충실히 할 수 있도록 개선할 필요가 있는데, 중앙정부에 의한 교부금은 전국적 공통 경비 그리고 인건비를 포함한 경상경비 지원에 국한하도록 하는 방안을 고려해야 한다. <표 4- 2013년을 기준으로 인건비 31.7조원(43.2%) 및 물건비 1.5조원을 포함한 지방교육재정의 세출 규모는 33.2조원에 달하는데, 지방교육교부금 40.8조원에 비추어 볼 때 이 중에서 7.6조원은 중앙정부의 과다 지원 근거가 될 수 있는 것이다.
지방교육재정 제도는 재원이 혼재되어 있으므로 양자를 구분하고 중앙정부에 의한 교부금을 공통경비와 인건비를 포함한 경상경비 지원에 국한 하는 등, 각각의 기능을 이행할 개선책이 필요하다.