검찰 파견에 관한 문제점은 수차례 지적되고 있다. 파견제도는 원래 고용자가 필요에 따라 노동자를 특정 기관에 위임 근무시키는 것을 의미한다. 통상 노동계약상 위임규정의 존부에 따라 그 찬반이 대립되는 제도이다. 그동안 검사의 파견은 다른 기관을 정치적으로 장악하기 위한 목적으로 시행된다. 참여연대의 조사에 따르면 209년부터 2014년간 검사들의 가장 많은 파견지는 법무부이다. 법무행정기관에 파견된 검사들의 독점효과는 행정업무를 중심으로 하는 법무부를 검찰기구화시키고 있다. 209년 64개 직책에서 2014년 68개 직책으로 증가하여 점차 증가되는 것을 볼 수 있다. 이밖에도 청와대나 감사원, 외교부, 지방자치단체, 국제개발은행, 국가정보원, 문화체육관광부, 금융위원회, 국민권익위원회, 국무조정실, 금융정보분석원, 헌법재판소 등에 2-3명 정도를 파견하고 있어서 상급 부서들을 실질적으로 장악하고 있다는 지적을 받는다. 2014년 검사가 파견되는 기관의 수는 42개 일부 해외주재 대사관까지 확대되고 있다. 2017년에는 줄어들어 38개 기관에 73명이다. 이로 인하여 파견업무 이외에 정보사찰이나 인적 네트웍을 확장하는 등의 부수적 업무에 종사하는 경우가 발생한다. 이런 현상은 어떻게 봐도 편법이다. 검찰의 본연의 업무는 국가를 대리하는 국가 소송 대리인이다.(검찰청법 제4조 제1항) 방만한 파견업무는 검찰조직의 역사나 검찰청법의 규정에도 위반될 수 있으므로 파견은 현행 법률에 맞게 조정되어야 한다. 최근 새 정부 들어 일부 해소되었다는 소문을 듣기는 하나 원칙적으로 교육 파견제도나 연수제도 이외에는 명문으로 전면 금지시키는 것이 타당할 것이다.
검찰 파견은 다른 기관을 정치적으로 장악하는 문제점을 안고 있다. 파견업무 이외에 검찰청법 규정 위반 소지가 있는 일을 하는 경우도 있다.  따라서 검찰의 본연의 의무를 벗어나는 파견은 조정되어야 한다. 그러므로 교육 파견제도나 연수제도 이외에는  명문으로 전면 금지시키는 것이 타당할 것이다.