전자문서는 종이문서와 달리 그 보관에 매체의 선택과 보존의 수준을 고려하여야 한다. 즉 전자문서는, 첫째 나중에 열람할 수 있어야 하며, 둘째 작성 및 송·수신된 때의 형태로 보존되어야 하고, 셋째 문서의 작성자, 수신자 및 송신·수신 일시에 관한 사항이 보존되어 있어야 한다. 이는 전자적 환경에서 전자문서의 보존에 관한 요건을 규정한 것이지만 전자문서의 정착을 위해서는 전자문서의 보관을 관계 법령에 따른 보관으로 의제할 필요가 있다. 따라서 전자문서의 보관에 대해서는 전자문서법 제5조 제2항에 “제1항에 의한 전자문서가 관계 법령에서 정하는 문서의 보관에 갈음하는 경우에는 그 법령에서 정한 방법·절차에 따라 보관한 것으로 본다.”고 신설할 필요가 있다.
전자문서는 종이문서와 달리 그 보관에 매체의 선택과 보존의 수준을 고려하기 위해 차후 열람가능, 작성 및 송·수신된 때의 형태로의 보존과 문서작성자, 발생 일시관련 사항이 주의깊게 보전돼야 한다.