또한 한 연구기관의 전문가는 특정 기관이 외부 재원으로 수행하는 연구･사업의 경우에는 간접비 납부, 외부 위탁 제한, 인건비 총액 제한 등 예산 관리 문제로 인해서 기관간의 협업을 추진하기가 쉽지 않은 실정이라고 말한다. 그리고 교육 관련 기관들은 아직까지 외화 수입이나 지출 등 국제업무를 수행하기 위한 기본적인 행재정시스템이 정비되어 있지 않기 때문에, 이에 대한 어려움을 겪고 있다. 이러한 어려움은 특히 국제기구와의 협업을 저해하는 요소로 작용하며, 수원국 정부가 발주하는 유상원조 사업의 참여도 어렵게 만든다. 이처럼 기관별로 행재정시스템도 다르고, 특히 교육 관련 기관들은 국제 업무를 추진하기 위한 예산 집행에 어려움을 겪고 있다. 따라서 기관 차원에서도 협업을 통한 교육개발협력 연구･사업의 추진을 위한 행재정시스템의 개선 방안을 모색할 필요가 있다.
어떠한 연구기관의 전문가는 에산과 관련된 문제로 인해 기관간의 협업을 추진하기 힘들고 행정재정시스템이 정비되어 있지 않기 때문에 난관에 직면할 것이라 말한다. 떠라서 기관차원의 협업과 개선 방법을 찾아볼 필요가 있다.