진행 단계에서 가장 핵심이 되는 쟁점 분석의 경우 이해관계자들과의 2차에 걸친 면담을 통하여 객관적으로 드러나는 갈등의 원인과 배경에 대한 사항 이외에 실질적인 문제와 향후 해결 방안 마련을 위한 협의체 설계에 도움이 될 수 있는 사안들을 파악해야 할 것이다. 이해관계자들의 의견 수렴에 대한 내용은 다음의 의견 수렴 방법에서 좀 더 자세히 논의하게 될 것이다. 마지막으로 갈등 해결에 가교역할을 하는 협의체 구성 및 합의 설계를 위해 갈등 협상 방법 및 과정에 대한 사항과 해결 방안 도출을 위해 필요한 내용들을 이전의 원인 진단 및 쟁점 분석을 통해 얻은 자료들을 토대로 도출해 내는 것으로 갈등영향 분석 진행 단계가 마무리 될 수 있을 것이다.
진행단계에서 가장 핵심 쟁점은 이해관계자들과의 2차례 면담으로 도움이 되는 사안들을 파악하는 것이다. 분석자료를 토대로 해결방안을 도출하는 것이 갈등영향 분석 진행 단계의 마무리이다.