다음으로, 소득분위별 실효세율을 바탕으로 형평성을 살펴본다. 소득분위는 과세표준을 10분위로 구분하여 산출하였다. 2015년의 경우 2분위~5분위까지에서 본 제도의 혜택을 보는 그룹의 실효세율은 감면전에 가장 높다가 감면 후에는 가장 낮은 것으로 나타났다. 특히 주택임대소득이 없는 납세자와 비교하면 감면에 따라 실효세율이 역전되는 현상이 나타남을 볼 수 있다. 감면규모가 대폭 확대된 2018년의 경우 모든 분위에서 감면 혜택이 있는 납세자의 감면 후 실효세율이 가장 낮게 나타났다. 아울러 모든 분위에서 주택임대소득이 없는 납세자와의 실효세율의 역전현상이 발생하였다.
2015년 2분위~5분위에서 본 제도의 혜택을 보는 그룹의 실효세율이 감면 전후에 각각 최고, 최저였다. 2018년에는 전 분위에서 납세자 감면 후 실효세율이 최저였다.