현재 지방자치단체는 소송수행 사무에 큰 제약을 받고 있다. 첫째, 지방자치단체는 행정소송에 관하여 법무부장관의 포괄적인 지휘를 받는다. 둘째, 민사소송과 당사자소송의 경우 국가나 상법상 회사 등이 비교적 자유롭게 소속 직원에게 소송수행을 할 수 있는 것과 달리 지방자치단체는 소속 직원에게 소송수행을 하게 할 방법이 매우 한정되어 있다. 그러나 이러한 제약이 타당한가? 지방자치단체의 소송에 대한 국가의 지휘권은 행정과 소송사무의 통일적 처리를 목적으로 하지만 거기에는 우등한 상급기관이 열등한 하급기관을 지휘·통제하겠다는 전제가 숨어있다. 그러나 국가와 지방자치단체는 서로 소송전략이 충돌하기도 하고, 대립하는 당사자로서 싸우기도 한다는 점에서 상하의 관계라고 할 수 없다. 국가의 소송지휘는, 전자의 경우에는 행정적 간섭이며, 후자의 경우에는 이해충돌이 된다. 또한 지방자치제도는 지방자치단체 고유의 의사결정권한을 보장하고 있으며, 지방자치단체의 소송역량 또한 발전하였다. 그렇다면 지방자치단체의 소송에 대한 국가의 지휘권은 타당성이 적다. 한편, 국가는 국가를 당사자로 하는 소송에 관한 법률에 따라 자유롭게 소속 직원을 소송수행자로 지정할 수 있고, 민간 회사 등의 경우 지배인이나 사내변호사를 활용하여 비교적 자유롭게 소속 직원을 소송수행자로 활용할 수 있다. 그런데 지방자치단체는 오로지 민사소송법의 예외 규정이 아니면 소속 직원을 소송수행자로 활용할 수가 없다. 국가와 지방자치단체는 지역적 제한 및 사무배분이 다를 뿐 행정권한을 행사한다는 점, 각자 헌법과 법률상의 조직근거를 갖는다는 점, 독립된 법인격을 가진다는 점에서 같고, 특히 소송에 임해서는 각자가 동등한 당사자가 될 수 있으므로, 소송수행자 지정 권한에 있어 이들을 다르게 취급할 이유가 없다. 그럼에도 지방자치단체는 국가의 지위는 고사하고 민간 회사의 지위보다 못한 대우를 받고 있는데, 이는 국가에 대하여 불합리한 차별취급이다. 이러한 상황은 해석으로 극복되기는 어려워 보인다. 그러므로 지방자치단체를 당사자로 하는 소송에 관한 법률(가제)을 제정하는 방식으로 해결되어야 한다. 그 내용으로 지방자치단체장이 소속 직원을 소송수행자로 지정하되 적어도 한 명 이상은 변호사 자격을 갖춘 직원을 포함한다. 그리고 사무의 종류를 불문하고 지방자치단체에 대한 법무부장관의 소송지휘권을 일괄삭제하되, 예외적으로 국가적으로 통일적 사무처리가 필요하다고 인정되는 일정분야의 업무에 관해서만 소송지휘 등을 할 수 있도록 하는 내용을 두면 지방자치단체의 자율성과 국가행정의 통일성 모두가 확보될 수 있을 것이다.
지방자치단체는 행정소송에 관하여 법무부장관의 포괄적인 지휘를 받으며 소속 직원에게 소송수행을 하게 할 방법이 한정적이다. 지방자치단체의 소송에 대하여 국가의 지휘권은 행정과 소송사무의 통일적 처리를 목적으로 하지만 거기에는 우등한 상급기관이 열등한 하급기관을 지휘·통제하겠다는 것이 전제가 된다. 국가는 국가를 당사자로 하는 소송에 관한 법률에 따라 자유롭게 소속 직원을 소송수행자로 지정할 수 있고, 민간 회사 등의 경우 지배인이나 사내변호사를 활용하여 비교적 자유롭게 소속 직원을 소송수행자로 활용할 수 있으나 지방자치단체는 오로지 민사소송법의 예외 규정이 아니면 소속 직원을 소송수행자로 활용할 수 없다.