헌법상 규정된 중소기업의 보호 및 육성을 위한 법제도를 마련함에 있어 국가가 직접적으로 대기업과 중소기업간 거래조건에 개입하는 방식을 취할 경우 단기적으로는 중소기업이 보호될 수 있을지라도 중장기적으로는 중소기업이 시장 경쟁압력을 견뎌내고 성장하는 것을 막아 경제전반의 경쟁력을 약화시킬 수 있다. 이러한 방식의 중소기업정책은 경쟁 촉진을 통해 효율을 달성하고자 하는 경쟁정책과 충돌할 수 있다. 왜냐하면 거래상대방인 중소기업 보호를 위하여 대기업의 거래의 자유를 제한하는 것은 시장경쟁을 통해 달성하고자 하는 경제적 효율성을 저해하기 때문이다. 또한 중소기업보호라는 공익 목적을 이유로 대기업에게 일방적인 배려, 양보만을 강요하는 것은 헌법상으로도 정당화 될 수 없다. 이러한 점에서 중소기업정책은 시장경제원리 내에서 대기업의 지위남용행위를 근절시키는 방향으로 이루어져야 한다. 다만 그간 공정거래법상 시장지배적 지위남용이나 거래상 지위남용 규제는 경쟁제한성에 대한 엄격한 입증을 요구하였고, 자유로운 경쟁보호에 치우친 점이 있어 공정한 경쟁보호를 통해 중소기업 보호 목적을 다하기에는 한계가 있었다. 그러나 공정거래법이 자유로운 경쟁 뿐 아니라 공정한 경쟁도 법의 직접적인 목적으로 규정한 것은 거래조건의 공정성 확보가 시장경제의 지속가능하기 위한 기반이 된다는 점을 염두에 둔 것임을 주지할 필요가 있다. 즉 거래조건의 공정성이 확보되지 못하는 경우 지속적인 거래가 불가능하고 경쟁을 통한 효율 달성도 불가능 하게 된다. 이에 거래조건의 공정성을 위한 규제는 단순히 사인 간의 민사적 분쟁에 공법적 규제가 개입하는 것이 아니라 경제사회 전반에서 대기업과 중소기업간의 공정한 거래조건 확보라는 긍정적인 파급효과를 가져올 수 있다는 점을 인정할 필요가 있다. 종래 공정거래법상 거래상 지위 남용에 관한 규제는 거래조건의 공정성 여부에 대한 판단이 쉽지 않은 점이 있어 규제에 난점이 있었는데, 거래당사자들 입장에서 규제의 예측가능성을 갖게끔 불공정성 판단 기준에 관한 관련 법규들이 보다 구체적으로 정비되어야 하고, 사회경제적 파급효과를 고려하여 거시적인 경제정책 측면에서 운영될 필요가 있다.
거래상대방인 중소기업 보호를 위하여 대기업의 거래의 자유를 제한하는 것은 시장경쟁을 통해 달성하고자 하는 경제적 효율성을 저해하기 때문이다. 그러나 공정거래법이 자유로운 경쟁 뿐 아니라 공정한 경쟁도 법의 직접적인 목적으로 규정한 것은 거래조건의 공정성 확보가 시장경제의 지속가능하기 위한 기반이 된다는 점을 염두에 둔 것임을 주지할 필요가 있다. 즉 거래조건의 공정성이 확보되지 못하는 경우 지속적인 거래가 불가능하고 경쟁을 통한 효율 달성도 불가능 하게 된다.