주식평가방법이 문제되는 경우로는 합병, 분할, 주식교환·이전 등에 있어서 합병비율의 불공정성을 이유로 합병무효를 주장하는 경우, 합병 등의 반대주주가 주식매수청구권을 행사하는 경우, 소수주주를 강제로 축출하고자 하는 경우, 이사가 합병비율을 결정함에 있어 자기 회사의 주식가치를 낮게 평가하거나 반대주주 또는 소수주주로부터 매수하는 주식의 가격을 높게 설정함으로써 그 회사 또는 제3자에게 손해를 입히거나 본인 또는 제3자가 이익을 취하도록 하여 배임죄가 성립하거나 그 회사 또는 제3자에게 손해배상책임을 부담할 가능성이 있는 경우, 이사가 회사의 주식을 저가로 양도 또는 발행하거나 고가로 양수함으로써 배임죄가 성립하거나 그 회사 또는 제3자에게 손해배상책임을 부담할 가능성이 있는 경우 등을 들 수 있다. 주식평가에 있어서 핵심은 ‘공정한 가액’의 발견이라고 할 수 있는데, 평가 목적에 따라 주식의 공정한 가액이 얼마인가를 직접 도출하여야 하는 경우가 있는가 하면, 제시된 주식의 가격이 공정한 가액으로부터 현저하게 벗어났는가의 여부, 즉 주식평가의 적정성 여부를 밝혀야 하는 경우가 있다. 이와 같이 이론적으로는 구분이 되지만 궁극적으로는 양자 모두 ‘공정한 가액’이 발견되어야 종국적으로 사건이 해결될 것이다. 상법과 자본시장법은 상장주식·비상장주식 여부에 따라 공정한 가액을 평가하기 위한 방법을 달리 정하고 있다. 상장주식은 증권시장에서 가격이 형성되므로 일반적으로 ‘공정한 가액’을 발견하는데 큰 어려움이 없지만, 비상장주식은 거래시장이 존재하지 않기 때문에 대부분의 경우 ‘공정한 가액’을 파악하기가 쉽지 않다. 그런 이유로 현행법은 대상 주식이 상장주식인가 비상장주식인가에 따라 그 평가방법을 달리하고 있다. 공정한 가격을 도출하게 하는 주식평가방법은 회사의 경영의사결정으로부터 소액주주를 보호하는 핵심적인 역할을 수행한다. 아울러 주식평가방법이 명확하게 정립되어 있지 아니하면 소송비용을 포함하여 주식평가와 관련한 이해관계인의 분쟁해결을 위한 비용이 증가할 수 있다. 그러므로 판례를 통하여 주식의 공정한 가격이 의미하는 바가 무엇이고 어떤 방법으로 공정한 가격을 도출할 것인가에 관한 법리를 축적하는 것도 중요하지만, 특히 주식이 거래되는 증권시장이 존재하지 아니하는 비상장법인과 그 주주 및 주식 거래에 관한 경영의사를 결정하는 이사의 법적 안정성과 예측가능성을 제고하기 위해서는 상법과 자본시장법에서 공정한 가격의 개념을 정의하고 주식평가방법을 적절하게 제도화할 필요가 있다.
상장주식은 증권시장에서 가격이 형성되므로 일반적으로 ‘공정한 가액’을 발견하는데 큰 어려움이 없다. 그러나 비상장주식은 거래시장이 존재하지 않기 때문에 대부분의 경우는 ‘공정한 가액’을 파악하기가 어렵다. 이러한 이유로 현행법은 대상 주식이 상장주식인가 비상장주식인가에 따라서 그 평가방법을 달리할 수 있다.