현행 부가가치세법은 비영업용 소형승용자동차의 구입ㆍ임차ㆍ유지에 대한 매입세액불공제 제도를 가지고 있다. 이 제도는 공평과세를 저해하고 부가가치세 납부세액 계산 원리에 배치되므로 대법원과 헌법재판소에 소가 제기되었다. 대법원과 헌법재판소는 “소형승용자동차가 사업을 위하여 사용되는 경우와 사적용도로 사용되는 경우 과세기술상 구별하여 매입세액공제여부를 판단하기가 매우 어렵고, 비과세나 면세 규정은 입법자의 입법재량이며 비례의 원칙과 과잉금지원칙에 위배되지 않는다.”라고 판시하였다. 그러나 최근 법인세법의 개정으로 소형승용자동차를 업무용에 사용한 부분과 사적용도로 사용한 부분에 대한 구분이 차량운행기록부에 의하여 가능하게 되었다. 따라서 그동안 과세기술상의 문제로 사업용에 사용한 부분까지 매입세액을 불공제 하였던 제도는 영국과 독일의 입법례를 참조하여 다음과 같이 개정하는 것이 타당하다. 현행 비영업용 소형승용자동차에 대한 매입세액불공제 규정(부가가치세법 제39조 제1항 제5호)은 삭제하고 업무용으로 사용하는 경우 원칙적으로 전액 공제하도록 하여야 한다. 업무용차량의 사적사용에 대해서는 정액공제방식과 실지사용기준방식 중 납세자가 선택할 수 있도록 입법하는 것이 바람직스럽다. 실지사용기준방식은 공급가액(매출)으로 과세하는 방식과 매입세액을 안분 계산하는 방식이 있는데, 원칙적으로 업무용으로 사용할 목적으로 차량을 구입하는 것이므로 사적사용에 대해서는 공급가액으로 과세하는 방식이 보다 타당하며 영국과 독일의 입법례 또한 이와 같다. 기업의 업무용 승용자동차의 매입세액을 공제할 수 있도록 부가가치세법을 개정하는 것은 법인세법과 입법균형을 맞추는 것이며 근거과세원칙과 부가가치세 과세이론에도 부합한 것이다. 또한 조세법의 일관된 논리와 통일적인 입법은 세법에 대한 이해가능성과 예측가능성을 높이고 납세자의 납세순응에도 기여하게 된다.
현행 부가가치세법은 비영업용 소형승용자동차의 구입, 임차, 유지에 대한 매입세액불공제 제도를 가지고 있다. 기업의 업무용 승용자동차의 매입세액을 공제하기 위해 부가가치세법을 개정하는 것은 법인세법과 입법균형을 맞추는 것이며 근거과세원칙과 부가가치세 과세이론에도 부합한것이라고 볼 수 있다.
