난민법은 난민신청이 이루어진 장소가 어디냐에 따라 국내 신청과 출입국항 신청을 구분한 후, 난민신청자는 난민인정 여부에 관한 결정이 확정될 때까지(난민불인정결정에 대한 행정심판이나 행정소송이 진행 중인 경우에는 그 절차가 종결될 때까지) 대한민국에 체류할 수 있다는 규정을 국내 신청 관련조항에두고 있다. 이러한 조문상의 위치로 인하여 해당 규정은 국내에서 난민신청을 한 외국인에 대해서만 일정 시기까지의 체류를 보장하는 것으로 해석될 수 있는데, 이처럼 국내 신청자에게만 체류관련보장규정이 적용된다고 보는 것은 ‘대한민국 안에 있는 외국인’ 개념이 불분명하다는 점, 출입국항에서 난민신청을 하였으나 심사회부결정을 받아 입국허가를 받은 외국인을 차별할 합리적 이유가 없다는 점 등을 감안할 때 설득력이 약하다. 따라서 해당 규정은 출입국항에서 난민신청을 하여 심사회부결정을 받은 후 입국허가를 받은 외국인에게도 적용되도록 개정되어야 한다. 해당 규정의 의미내용에 대해서는 난민신청자에 대한 적극적인 체류자격 부여의 근거규정이라는 견해와, 소극적인 강제송환금지의 시간적 한계를 확인하는 규정일 뿐이라는 견해가 대립되고 있다. 해당 규정은 법 제3조상의 강제송환금지규정과 그 규율범위가 상위하기 때문에 강제송환금지규정의 반복에 불과하다고 보는 것은 적절치 않으며 난민신청자에 대한 적극적인 체류자격 부여의 근거규정이라고 보아야한다. 물론 난민법이 강제송환금지의 예외사유에 대하여 침묵하고 있는 것은 반드시 시정되어야 한다. 현 난민법상 이의신청은 특별행정심판으로 의도된 것인지가 불분명하며 설령 특별행정심판으로 의도되었다 하더라도 행정심판법상 행정심판에 비하여 심판기구의 독립성을 기할 수 있는 방안이 현저히 미진하다. 따라서 특별행정심판으로서의 성질을 명확히 하는 법 개정이 이루어진다면 반드시 그와 더불어독립성 제고방안도 마련되어야 할 것이다. 난민신청을 국내 신청과 출입국항 신청으로 나누어 별개의 조문으로 규율하는 방식이 타당한가에 대하여 학계와 실무계의 숙고와 논의가 필요하며 난민인정 여부에 관한 결정과 체류상 지위에 관한 결정을별도로 나누고 있는 현재의 난민법의 틀도 재고되어야 한다. 난민인정결정과 체류자격부여 결정을 별도의 처분으로 이원화하게 되면 쟁송의 대상이 되는 처분의 개수만 늘어나게 되므로 난민인정을 구성요건으로, 체류자격부여 결정을 법률효과로 재구성함으로써 난민인정과 체류자격관련결정이 하나의 처분에서 모두 내려질 수 있도록 하는 것이 효율적인 자원배분의 관점에서 보다 적절할 수 있을 것이다. 
난민법은 난민신청이 이루어진 장소가 어디냐에 따라 국내 신청과 출입국항 신청을 구분한 후 난민신청자는 난민인정 여부에 관한 결정이 확정될 때까지 대한민국에 체류할 수 있다는 규정을 국내 신청 관련조항에두고 있다. 해당 규정의 의미내용에 대해서는 난민신청자에 대한 적극적인 체류자격 부여의 근거규정이라는 견해와 소극적인 강제송환금지의 시간적 한계를 확인하는 규정일 뿐이라는 견해가 대립되고 있다.