대다수 국민들은 군대 내 인권침해의 원인을 「군사법제도」의 불공정성에서 찾고 있다. 인권침해는 비단 군에서 발생하는 것만은 아니며 군 이외에 사회전반에 걸쳐 발생한다. 그 가운데 자녀수가 1~2명인 핵가족 시대 젊은이들은 집단성향이 강한 군 입대 후 다양한 형태의 갈등과 사고로 표출되기도 한다. 더욱이 사회 변화에서 기인하는 인권문제의 근본적 출발점을 군에서 찾으려는 사회적 풍조가 있는 것도 사실이다. 하지만 국민의 기본권을 보장할 책임이 있는 국가의 핵심기관인 군은 제도 및 운영상 문제가 있는 경우 스스로 이를 개선해야 할 책임이 있다. 이에 따라 국민의 신뢰를 담보할 수 있는 군사법제도 개혁이 반드시 필요하다. 최근 우리 국민의 눈높이를 고려할 때, 이제는 평시 군사법원의 설치·운영을 폐지하는 것이 헌법 이념을 구현하는데 더 적합하다. 이는 관할관의 확인조치권 및 심판관제도의 문제점을 해결할 수 있을 뿐 아니라, 「군사법제도」의 불공정성 및 이에 대한 국민의 우려도 동시에 제거할 수 있다. 이를 위해서는 관련 법률을 개정함으로써 필수적인 경우에만 군형법을 적용하되, 이 경우에도 민간인들은 일반 법원에서 재판을 받도록 하는 것이 헌법 원리 및 규정에 합치된다. 이와 더불어 점차 군구성원의 의식 전환을 통해 「비순정 군사범」에 대해서는 군인 및 군무원도 일반 법원에서 재판을 받을 수 있도록 제도적 보완을 해 나갈 필요가 있다. 한편 군 수사의 현실을 보면, 군사법경찰관이 관할관의 명에 따라 군검사를 배제하고 자의적으로 수사를 하는 경우는 없다. 또한 일반 검·경관계가 수사구조상 지휘·복종관계를 선택했다고 해서 군에서도 그렇게 되어야 할 필연적 이유는 없다. 오히려 양 기관의 상호 대등·협력적 관계가 기능적 권력분립 및 상호견제의 원리 측면에서 훨씬 발전되고 성숙된 모습이다. 군사법원의 역사는 벌써 70년을 넘어가고 있다. 그동안 군은 스스로 ‘지휘관 사법(司法)’을 제거하고 인권보장을 위한 노력을 해 왔다. 하지만 이제 국민의 인권의식의 성장 등 사회가 많이 변했으며 이에 따른 군사법제도의 개혁이 필요한 시점이다. 그리고 그 방향은 평시 군사재판제도를 폐지하고 전시에만 설치·운영되도록 하는 것이어야 한다. 그러나 개혁 과정에 있어서 부작용을 최소화 하는 것도 매우 중요하다. 따라서 군사재판의 공정성에 대해서 비판하는 측은 군사재판 자체가 불공정하기 때문에 즉시 군사법원을 폐지해야 한다고 무조건 주장할 것이 아니라 부작용을 제거하기 위한 적절한 대안을 제시해야 할 것이며, 반면 군도 평시 군사법원의 불공정성 문제를 실질적으로 해결하려는 노력을 지속해야 할 것이다.
대다수 국민들은 군대 내에 인권침해의 원인을 「군사법제도」의 불공정성에서 찾고 있다. 인권침해는 비단 군에서만 발생하는 것은 아니며 군 이외에 사회전반에 걸쳐서 발생한다. 그 중 자녀수가 1~2명인 핵가족 시대 젊은이들은 집단성향이 강한 군 입대 이후 다양한 형태의 갈등 및 사고로 표출되기도 한다.