제주선박특구의 신설로 인해 과거에 비해 우리나라 외항선의 조세부담액이 상대적으로 줄어든 것은 사실이지만, 제주도와 경쟁관계에 있는 주요 해운국 내지 대표적 편의치적국인 파나마와 비교했을 때 아직도 제주선박특구에 등록한 선박에 대한 조세부담은 상대적으로 높은 편이다. 또한 현행 제주국제선박등록특구에 관한 조세제도는 등록선박의 선박소유자가 부담하는 조세항목도 상대적으로 많을 뿐 아니라, 등록한 선박에 부과되는 각종 조세의 부과체계가 통일적이지 못하고 지나치게 복잡하다는 점은 경쟁관계에 있는 타 국가들과 비교해 제주선박특구의 경쟁력을 약화시키는 주요인으로 작용할 소지가 높다. 국제자유도시의 조성은 제주특별자치도만의 발전전략이 아니라 국가발전전략의 일환으로 태동하였으며, 홍콩, 싱가포르와 같은 국제자유도시와 경쟁하면서 국가의 발전을 견인하기 위한 정책이라는 점에서 국제자유도시 조성을 위한 수단인 조세완화와 규제완화는 홍콩 등 경쟁관계에 있는 국제자유도시들과 경쟁하기 위한 수단이지 국내 타 자치단체와 경쟁하기 위한 것이 아니다. 따라서 제주선박특구의 국제경쟁력을 제고하여 제주특별자치도를 실질적인 국제자유도시로 육성하기 위해서는 제주특별자치도에 등록하는 국제선박에 대한 조세부담 경감정책과 함께 주요 해운국의 선박등록제도와 같은 수준으로 선박등록에 필요한 조세와 수수료 등의 부과체계를 간편화시킬 필요가 있다.
제주선박특구의 국제경쟁력을 제고해 제주특별자치도를 실질적인 국제자유도시로 육성하기 위해 제주특별자치도에 등록하는 국제선박에 관한 조세부담 경감정책과 함께 주요 해운국의 선박등록제도와 같은 수준으로 선박등록에 필요한 조세와 수수료 등의 부과체계를 간편화시킬 필요가 있다.