제39조 제1항을 개정하고 제2항을 폐지함으로써 사후경합범에서 형 집행의 일반기준은 물론이고 집행형의 조정 및 형기의 통산에 관하여 논란의 여지가 발생하였다. 대법원은 아직 이들의 문제에 대하여 명확히 입장을 밝힌 바가 없지만, ‘대법원 2006. 5. 29. 선고 자 2006모135 결정’에서 제39조 제4항이 제39조의 개정을 전후하여 그 해석과 적용에서 차이가 발생한다는 점, 특히 이 결정사례와 같은 경우에는 제39조가 개정되기 전보다 행위자에게 더 불리하게 된다는 점만은 암시해준 바 있다. 이들의 문제를 해결함에 있어서는 관련조항의 체계적·논리적 해석이나 목적론적 해석, 또는 형사법의 일반원칙 등이 두루 고려되어야 하는데, 이들 각 관점들에 따른 결론들이 서로 충돌하거나 상반되는 경우도 발생하기 때문에 그것들을 조화시키는 일이 쉽지 않다. 이 연구를 통하여 필자가 갖게 된 견해를 요약하면 아래와 같다. 먼저 사후경합범의 형 집행의 일반기준에서 많은 차이가 있다. 개정 전에는 제39조 제2항에 의거하여 제38조의 예에 따라서 집행하면 되었다. 즉, 이종의 형인 경우에는 병과적으로 집행하고, 동종의 형인 경우에는 합산하여 집행하며, 어느 하나의 죄에 대하여 무기형이나 사형이 선고된 경우에는 그 사형이나 무기형만 집형하면 되었고, 무기형이 사후에 유기형으로 감형되더라도 감형된 유기형만 집행하면 되었다. 그러나 현행 제39조에서는 사후경합범의 각 죄의 형은 각 죄에 선고된 형의 종류를 불문하고 원칙적으로 병과하여 각각 집행되어야 한다. 일부의 죄에 대한 무기형이 유기형으로 감형되는 경우에도 마찬가지이다. 다만 여죄에 선고된 형이 제39조 제1항의 소극적 형평을 벗어나는 경우에만 예외적으로 제38조의 예에 따라서 제한적으로 집행하여야 한다. 그런데 이 경우에도 전과의 형과 여죄의 형은 - 동종의 형이더라도 - 각각 병과적으로 집행되는 것이고, 개정 전처럼 합산하여 집행되는 것은 아니다. 제39조 제3항의 적용에서도 개정 전·후에 차이가 있다. 개정 전에는 동종의 형이 선고된 동시경합범에서만 제3항이 적용되었지만, 개정 후에는 사후경합범에서도 전과에 대하여 이미 사형 또는 무기형이 선고되고, 여죄에 대하여는 제38조를 고려하여 형 면제가 선고된 경우이거나, 동시경합범과의 형평을 위하여 여죄에 대하여 그 법정형을 감경하여 선고한 경우들에서 사후에 전과에 대하여 사면이나 형 집행이 면제된다면 제3항이 적용되어야 한다. 물론 이러한 예외적인 경우가 아닌 때에는 개정 후에도 일반적으로는 사후경합범에 대하여는 제3항이 적용될 여지가 없다. 끝으로 사후경합범에서 형기 통산의 문제가 발생할 여지가 있는 두 가지 경우 중에서, 먼저 전과의 죄에 대하여 사면이나 형 집행의 면제가 있는 경우를 보면, 개정 전의 제39조에 따르면 통산되는 경우가 발생하지만, 현행 제39조에 의하면 통산이 되는 경우가 발생하지 않는다. 반면에 다른 하나의 경우, 즉 사후경합범 중의 일부에 대하여 무기형이 선고되었다가 사후에 유기형으로 감형되는 경우에는 제39조의 개정 전·후에 차이가 없고, 모두 통산의 대상이 되지 않는다. 즉, 개정 전에는 통산 없이 감형된 형만 집행하면 되고, 개정 후에는 통산 없이 감형된 형만 집행하든지(전과의 무기형이 감형된 경우), 통산 없이 전과에 선고된 유기형과, 감형된 형을 모두 집행하면 된다(여죄의 무기형이 감형된 경우). 결과적으로 개정 전에는 사후경합범에서 제4항이 적용되는 경우가 발생할 수 있었지만, 현행법 하에서는 사후경합범의 경우 제4항이 적용될 여지가 없어졌다.
제39조 제1항을 개정하고 제2항을 폐지함으로써 사후경합범에서 형 집행의 일반기준은 물론이고 집행형의 조정과 형기의 통산에 관하여 논란이 발생하였다. 대법원은 문제에 대해 명확히 입장을 밝힌 바가 없지만, ‘대법원 2006. 5. 29. 선고 자 2006모135 결정’에서 제39조 제4항이 제39조의 개정을 전후하여 그 해석과 적용에서 차이가 발생한다는 점, 이 결정사례와 같은 경우에는 제39조가 개정되기 전보다 행위자에게 더 불리하게 된다는 점만은 암시한 바 있었다. 문제를 해결함에 있어서는 관련조항의 체계적·논리적 해석이나 목적론적 해석 혹은 형사법의 일반원칙 등이 두루 고려되어야 하는데, 이들 각 관점들에 따른 결론들이 서로 충돌하거나 상반되는 경우도 발생하기 때문에 그것들을 조화시키는 일은 쉽지 않다.