제중원의 개원 후에 알렌과 헤론은 제중원 밖에서 번 수입을 투입하면서 병원의 의료실무를 이끌었다, 그런 가운데 청국의 속방화 압력에 맞서 대미외교를 추진하던 고종과 좋은 관계를 유지했다. 그러나 1890년대 초에 다수의 선교사들은 의료선교를 경시하고 정부를 멀리 하려 했다. 선교부 총무 엘린우드는 의료선교사의 재조외국인 진료를 금지시켰다. 외부수입이 없어진 제중원 의사는 이후에 정부의 의료비만 의지하게 되었다. 빈튼의 사임은 이러한 여건들 속에서 발생했다. 제중원의 황폐화를 우려한 엘린우드는 의료사역의 중요성을 확인하고 담당 의사를 에비슨으로 교체했다. 에비슨은 제중원의 개선안을 마련했다. 이것은 고종의 지시로 1894년 음력 정월부터 시행되었다. 그 후 관리들이 새 규칙을 무시하자 에비슨은 5월 10일 사임했다. 알렌과 언더우드는 그런 사정을 고종에게 직소하려 했다. 그러나 일본군이 경복궁을 점령하고 고종을 유폐하자 그들은 낙심했다. 그런 상황에서 새 내각의 외무대신은 에비슨에게 제중원을 다시 맡기고 전보다 더 큰 권한을 줄 생각을 했다. 8월 중순부터 정부와 선교사들과 미국공사관(주로 알렌) 간 협상이 일본을 피해 은밀히 진행되어 8월 말에 타결되었다. 그 기본 합의 위에서 에비슨이 9월 6일 요청서 초안을 제출했고, 미국공사가 9월 7일 외무대신에게 에비슨의 요구조건을 승인해달라는 요청서를 보냈다. 정부는 9월 26일 승인서를 보냈다. 에비슨의 사임은 항의와 폭로로써 외아문이 거부한 새 규칙을 되살리는 데에 목표가 있었다. 그러므로 그 일은 선교사들이 정부가 아닌 정부 관리들의 부패상과 충돌한 것이었다. 그 후에 전개된 협상으로 조선 정부와 선교부는 공동의 승리를 거두었다. 정부는 의료근대화의 창구를 애초에 의도했던 대로 유지하게 되었고, 이제는 청국이 아니라 일본을 견제하기 위해 미국을 끌어당길 고리를 다시 얻게 되었다.
1890년대 초에 다수의 선교사들은 의료선교를 경시하고 정부를 멀리 하려 했다. 선교부 총무 엘린우드는 의료선교사의 재조외국인 진료를 금지시켰는데 이로 인해 외부수입이 없어진 제중원 의사는 이후에 정부의 의료비만 의지하게 되었다. 제중원의 황폐화를 우려한 엘린우드는 의료사역의 중요성을 확인, 담당 의사를 에비슨으로 교체하고 그 후 에비슨은 제중원의 개선안을 마련했다.