자가 분열능력, 분화능력, 면역조절 기능 때문에 줄기세포는 임상의 다양한 분야에서 장기 및 기관의 손상에 대한 기능회복을 목표로 활발한 연구가 진행되고 있다. 최근 이비인후과 질환과 관련해서도 줄기세포에 대한 많은 연구가 이루어지며 다양한 성과들과 함께 일부에서는 임상 적용을 위한 단계에 도달하였다. 향후 기존의 치료법에 더하여 줄기세포를 이용한 치료가 환자들의 삶의 질을 향상시킬 수 있으리라 기대된다. 하지만 임상에 적용하기 위해서는 아직 넘어야 할 문제들이 남아있다. 줄기세포 이식에 있어 낮은 생착율의 문제, 생착한 곳에서 원하는 세포로의 분화문제, 그리고 인접 세포들과의 상호작용, 면역학적 거부반응 등은 앞으로 연구를 통해 해결해 나가야 할 점이다. 또한 치료에 따른 기능적, 해부학적 치료 결과를 객관적으로 판단할 수 있는 방법의 개발과 임상적으로 줄기세포를 사용하는데 따른 제도적 장치를 마련하는 것도 해결해야 할 숙제이다.
자가 분열능력, 분화능력, 면역조절 기능 때문에 줄기세포는 임상의 다양한 분야에서 장기 및 기관의 손상에 대한 기능회복을 목표로 활발한 연구가 진행되고 있다.