대법원은 최근 세무조사의 절차적 위법성 문제를 다룬 일련의 판결들을 선고하였다. 그중, 특히 국세기본법상의 중복세무조사금지 규정에 관한 판결들은 기존의 세무조사 실무와 배치되는 부분이 상당하여 세무조사권을 행사하는 과세관청이나 과세처분의 위법성을 다투는 납세자에게 매우 큰 관심의 대상이 되고 있다. 위법한 중복세무조사에 터잡은 과세처분은 그 자체로 위법하다고 평가되고, 이러한 과세처분의 하자는 사실상 사후에 치유될 가능성도 없어 종국적으로 과세처분의 취소를 수반하기 때문이다. 이에 이 글에서는 중복세무조사금지 규정의 적용 요건과 위법한 중복세무조사에 대한 납세자의 권리구제 방안에 관한 기존의 논의와 판례를 비판적으로 검토․정리하고, 아직 판례가 불분명한 부분에 관하여는 나름의 해석론을 제시하며, 추후 입법적 개선이 필요한 부분도 간략히 언급하였다. 개괄적인 내용은 다음과 같다. 우선, 중복세무조사는 과도한 세무조사권 행사로부터 납세자의 기본권을 보호하고 과세관청으로 하여금 납세자의 이익 침해를 최소화하는 선진적인 세무조사 기법을 개발하도록 유도할 필요가 있다는 점에서 엄격하게 제한되어야 한다. 다만, 그 제한의 구체적인 정도를 정함에 있어서는 적정하고 공평한 과세권의 실현이라는 공익 역시 합리적으로 고려되어야 한다. 다음으로, 납세자는 위법한 중복세무조사에 대하여 납세자권리보호요청 제도를 활용하는 방법, 국가배상청구를 하는 방법, 세무조사결정처분의 취소를 구하는 방법 및 위법한 중복세무조사에 근거한 과세처분의 취소를 구하는 방법으로 권리구제를 받을 수 있다. 
국세기본법상의 중복세무조사금지 규정에 관한 판결들은 기존의 세무조사 실무와 배치되는 부분이 상당하여 세무조사권을 행사하는 과세관청이나 과세처분의 위법성을 다투는 납세자에게 매우 큰 관심의 대상이 되고 있다. 납세자는 위법한 중복세무조사에 대하여 납세자권리보호요청 제도를 활용하는 방법, 국가배상청구를 하는 방법, 세무조사결정처분의 취소를 구하는 방법 및 위법한 중복세무조사에 근거한 과세처분의 취소를 구하는 방법으로 권리구제를 받을 수 있다.
