배출권 거래제의 전면시행으로 인해 해당 기업들은 관련 거래의 회계 및 세무상 처리에 상당한 부담을 가지게 되었다. 이를 해소하기 위한 일환으로 일반기업회계기준에서 관련 규정을 제정하였으며, 부가가치세법상 배출권에 대해 부가가치세를 면제하는 조항과 법인세법상 정부로부터 무상으로 할당받은 배출권의 취득가액을 영(0)원으로 본다는 조항을 신설하였다. 그러나 2015년 배출권 거래제 시행에 따라 급하게 제정한 부가가치세법과 법인세법상 조항만으로는 여전히 다양한 배출권 거래 관련 세무 문제를 해결하기에는 부족함이 많은 실정이다. 따라서 세무상 배출권 관련 규정이 보다 정비될 필요성이 제기되고 있다. 배출권 거래와 관련한 부가가치세 문제를 살펴보면, 현행 조세특례제한법 제106조 제1항 5호에 따라 2017년 12월 31일까지 공급한 배출권에 한하여 부가가치세가 면제되고 있다. 이는 외국기업으로부터 배출권을 양수하는 경우 부가가치세가 부과되지 않는 반면, 국내기업으로부터 양수하는 경우에는 부가가치세가 과세되고 이는 면세사업자의 부담으로 귀결되어 배출권의 구매시 외국기업으로부터 구매하는 것을 선호하게 하는 현상이 나타날 수 있다는 점 때문이다. 그러나 이러한 문제는 배출권에만 국한 되는 것이 아니라 면세사업자의 다른 재화 구매시에도 동일하게 발생한다. 탄소배출권거래제의 도입목적 등을 고려할 때 제도시행 초기에는 일정한 세제상 배려가 필요할 수도 있다고 할 것이나, 면세대상 재화나 용역이 기본적으로 기초생활필수품 및 용역이나 국민후생관련 재화 및 용역, 문화관련 재화 및 용역 등인 점에 비추어 볼 때 배출권을 부가가치세 면제대상으로 계속 두는 것은 과세체계상 바람직하다고 할 수 없을 것이다. 더구나 배출권에 대한 세계 각국의 부가가치세 과세체계가 상이한 상황에서 우리나라의 배출권에 대한 부가가치세 면제제도는 조세회피나 부정에도 악용될 여지가 있다. 따라서 부가가치세 과세체계를 고려할 때 배출권에 대한 면세는 제도 도입초기에 한정해 제한적으로 실시하고 2018년 이후에는 배출권에 대해 정상적인 과세를 하되, 다국 간 거래를 통해 배출권 관련 부가가치세 부정사건이 일어나지 않도록 제도를 정비하는 것이 바람직하다고 할 것이다. 배출권 거래와 관련한 법인세법상 문제로는 온실가스 배출의 감축여부가 확인되지 않 은 상태에서 무상할당 배출권을 매각한 경우에도 동일하게 양도가 이루어진 사업연도의 익금으로 산입할 것인지에 대해 추가적인 검토가 필요하다는 점이다. 현행 제도에 의하면 배출권은 3년마다 할당이 되고 있으므로 이연수익이 계상될 가능성이 크다. 따라서 온실가스 배출권제 도입에 따른 기업의 부담을 경감한다는 취지에서 일반기업회계기준과 동일하게 법인세법상에서도 이연수익을 인식하는 개정이 필요하다고 할 것이다. 배출권 보유자에 대한 과세문제와 관련하여 국제적으로 이중과세(double taxation) 내지 이중비과세(double non-taxation) 문제가 발생할 여지가 있으므로 이에 대한 보완이 필요하다. 마지막으로 배출권거래소의 해외 거래소 연계 내지 통합 운영에 대비한 법령의 정비가 필요하다. 배출권 거래제의 안정적인 정착을 위하여 온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법과 동법 시행령에서 2020년까지 해외시장과의 연계를 금지하고 있으나, 2020년 이후는 온실가스 감축과 관련한 규제가 전 세계적으로 시행될 가능성이 크고 탄소시장 등도 글로벌 시장으로 형성될 움직임을 보이고 있기에, 해외시장과 연계 내지 통합 운영시의 과세상 문제점 등을 살펴보고 이에 대한 대책을 마련하는 것은 반드시 필요하다 할 것이다.
배출권 거래제의 전면시행으로 인하여 해당 기업들은 관련 거래의 회계와 세무상 처리에 상당한 부담을 가지게 되었으며 이것을 해소하기 위한 일환으로 일반기업회계기준에서 관련 규정을 제정했다. 또한 부가가치세법상 배출권에 대하여 부가가치세를 면제하는 조항과 법인세법상 정부로부터 무상으로 할당받은 배출권의 취득가액을 영(0)원으로 본다는 조항을 신설했다.