신탁부동산에 대하여 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세할 수 있는지 여부가 문제된 「대법원 2014. 9. 4. 선고 2014두36266 판결」에서는 “신탁의 효력으로서 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전되는 결과 수탁자는 대내외적으로 신탁재산에 대한 관리권을 갖게 된다.”는 과거 판례의 내용을 인용하면서, 신탁계약이나 신탁법에 의하여 수탁자가 위탁자에 대한 관계에서 신탁부동산에 관한 권한을 행사할 때 일정한 의무를 부담하거나 제한을 받게 되더라도 그것만으로 위탁자의 과점주주가 신탁부동산을 사실상 임의처분하거나 관리운용 할 수 있는 지위에 있다고 보기도 어렵다는 점을 근거로 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 부과할 수 없다고 판시한 바 있다. 해당 대법원의 판결에 따른다면 구 지방세법 하에서 특정 법인의 과점주주가 법인 소유의 부동산 등을 신탁회사에 신탁하여 간주취득세를 회피할 가능성이 발생한다. 특히 계약에 따라 그 내용을 자유롭게 구성할 수 있는 신탁의 특성상, 위탁자인 법인은 계속하여 부동산 등을 사용·수익하면서 과점주주는 간주취득세를 회피할 수 있다는 문제점이 존재한다. 이와 같은 문제를 해결하기 위하여 최근 개정된 지방세법에서는 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁부동산 등을 포함하도록 하여 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세할 수 있는 것으로 법률을 정비하였다. 하지만 과점주주에 대한 간주취득세는 등기·등록을 기준으로 하는 일반적인 형태의 취득세와는 달리, 사법상으로는 취득에 해당하지 않지만 결과에 있어 취득과 동일하다는 점에 착안하여 매기고 있는 세금이다. 따라서 과점주주에 대한 간주취득세는 경제적 실질을 기준으로 접근하는 것이 타당하다고 할 것이다. 그런데 신탁에서는 경제적 실질이 위탁자와 수탁자 중 어느 누구에게 있다고 단정 짓기 어렵기 때문에, 위탁자와 수탁자 중 어느 일방을 기준으로 하여 그 과점주주에게 간주취득세를 과세하는 것은 타당하지 않다. 대법원이 인용한 기존의 판례 법리는 신탁재산의 소유권이 위탁자와 수탁자 중 누구에게 있는지 여부에 대한 판단일 뿐이다. 따라서 이것을 신탁부동산에 대한 간주취득세의 과세 기준으로 삼을 필요는 없다. 과점주주에 대한 간주취득세가 담세력의 관점에서 애초 경제적 실질을 반영하여 과세하자는 생각인 만큼 쟁점이 신탁부동산으로 확장되더라도 경제적 실질을 반영하여 과세하는 생각이 기본적으로 달라질 이유가 없다. 대법원의 판결에 따르면 위탁자가 경제적 실질의 대부분을 가지고 있는 경우 조세회피 가능성이 발생할 수 있기 때문에, 개정된 지방세법은 이에 대한 해결책으로 제시되었다. 그러나 개정된 지방세법은 경제적 실질이 수탁자에게 완전히 넘어간 경우, 신탁부동산에 대한 지배력을 행사할 수 없는 위탁자의 과점주주에게도 간주취득세를 과세하는 것이 되어 오히려 불합리한 결과를 만들어 낸다. 결국 과점주주 간주취득세의 담세력과 신탁제도의 특성을 고려하면, 경제적 실질이 위탁자에게 남아있는 경우에만 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세하는 쪽으로 해법을 모색해야 한다. 따라서 개정된 지방세법 하에서, 위탁자의 과점주주가 신탁부동산 등에 대하여 계속적으로 지배력을 행사할 수 없는 것이 명백한 경우에는 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세하지 않는다는 법리를 정립할 필요가 있다. 뿐만 아니라 해석론과 논리를 맞추어 지방세법에서는 개정된 조문의 내용대로 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세할 수 있는 것으로 하되, 경제적 실질이 없는 것이 명백한 경우에는 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세하지 않는다는 내용을 둘 필요가 있다.
연구에 따라 개정된 지방세법 아래에서 위탁자의 과점주주가 신탁부동산 등에 대해 계속적으로 지배력을 행사할 수 없는 것이 확실한 경우에는 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세하지 않는다는 법리를 정립해야 한다. 뿐만 아니라 해석론과 논리를 맞춰 지방세법에서는 개정된 조문의 내용 그대로 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세할 수 있는 것으로 하고, 경제적 실질이 없는 것이 명백한 때에는 위탁자의 과점주주에게 간주취득세를 과세하지는 않는다는 내용을 두어야 한다.