조선의 중앙정부는 제주를 군현제도에 편입하는 과정에서 지정학적 문제를고려하지 않을 수 없었다. 그것은 토착세력인 성주?왕자들이 중심이 된 제주사회를 통제하고 관리해야 하는 것과, 왜구의 침입이 쉬운 이동경로에서 關防 의 역할을 수행해야 한다는데 있었다. 특히 제주는 섬이었기 때문에 조선왕조는 관찰사와의 행정조직체계에 있어서도 구별되는 통치조직이 필요하였다. 조선은 이러한 여건으로 인해 제주목사에게 관찰사에 준하는 직무위임이있었고, 군사적?행정적 겸직을 부여하여 독립된 섬 지역을 총괄적으로 관리할 수 있도록 하였다. 그 내용에는 제주도가 監司의 포폄이 미치지 못한다는우려로 관찰사가 담당하는 관내 외관에 대한 考課權을 제주목사에게 위임하였다는 것과, 외관의 파견에 있어서도 座目에 등록된 당상관을 파견하여 그권위를 높여주었다. 또한 제주목사는 관찰사를 포함한 直啓衙門만이 올릴 수 있었던 장계를 통해 왕에게 직접 보고할 수 있는 권한도 부여받고 있었다. 이런 직위와 권한으로 제주목사는 조선초기부터 慰撫와 關防 등 사회적? 군사적 요구에 따라 齊州萬戶, 都安撫使, 僉節制使, 知監牧, 監牧使, 兵馬水軍 節制使 등의 겸직을 부여받아 제주사회를 다스렸다. 이 겸직들은 모두 사회통제에 따른 위무와 마정운영은 물론 군사적 성격을 포괄하는 특징을 보이고 있다. 이로 볼 때 제주목사의 역할과 기능은 제주가 섬 지역이라는 지정학적 여건을 반영하는 중앙집권체제의 편입을 의미하였다.
조선의 중앙정부는 제주를 군현제도에 편입하는 과정에서 지정학적 문제를고려하지 않을 수 없었다. 특히 제주는 섬이었기에 조선왕조는 관찰사와의 행정조직체계에 있어서도 구별되는 통치조직이 필요했다.