「법인세법」상 부당행위계산부인제도와 「국조법」의 이전가격세제는 그 적용대상을 각각 국내거래와 국제거래로 구분하고 있을 뿐 기본적으로 실질과세의 원칙이라는 세법고유의 법리와 조세회피의 방지를 통한 공평의 달성이라는 기본명제를 실현하기 위한 조치임에는 차이가 없다. 즉, 양자는 모두 기본적으로 국세기본법상 실질과세원칙에 바탕을 두고 있으며 그 원칙의 구체적 실천방안으로 입법된 것으로 이해해야 한다. 그런데, 현행 관련 세법에서는 전술한 것처럼 양자의 핵심적인 개념인 ‘합리적인 경제인의 거래가격’에 대해 각각 ‘시가’와 ‘정상가액’으로 구분하여 차별적으로 규정하고 있다. 이러한 규정은 「법인세법」과 「국조법」에서 규정하고 있는 ‘시가’와 이전가격거래의 판단기준인 ‘정상가액’이 실질적으로 모두 ‘합리적인 경제인의 거래가격’에 기초하고 있는 개념이기 때문에, 세법상 차별적으로 규정해야 할 이론적인 근거는 매우 희박하다. 주지하다시피 공격적인 조세회피나 탈세의 방법을 통해서 조세부담을 부당하게 감소시키는 행위는 반드시 규제대상에 포함시켜야 한다. 「법인세법」에 규정하고 있는 부당행위계산부인제도는 납세자의 부당한 조세부담의 경감행위를 규제하고 조세부담의 공평을 실현할 수 있는 적절한 수단으로 기능하고 있는 것으로 판단된다. 그럼에도 불구하고 성실한 납세자까지 부당행위계산부인의 적용범위에 포함시키는 경우 불필요한 조세마찰을 야기할 수 있기 때문에 이를 엄격하게 적용해야 할 것이다. 이러한 관점에서 보면 현행 「법인세법」상 부당행위계산부인규정은 시가의 산출방법이 명확하지 않고 과세관청 편의대로 작동할 여지가 크기 때문에 이를 제어할 수 있는 수단으로 ‘시가사전합의제도’를 제정할 필요가 있으며, 부당행위계산부인규정의 적용으로 조정된 시가와 납세자의 거래가격에 차이가 발생하는 경우 그에 대한 대응조정 또한 인정해주는 방향으로 관련 규정을 개선해야 할 것으로 생각된다.
「법인세법」상 부당행위계산부인제도와 「국조법」의 이전가격세제는 그 적용대상을 국내거래와 국제거래로 구분하고 있을 뿐만 아니라 기본적으로 실질과세의 원칙이라는 세법고유의 법리와 조세회피의 방지를 통한 공평의 달성이라는 기본명제를 실현하기 위한 조치이다. 양자는 모두 기본적으로 국세기본법상 실질과세원칙에 바탕을 두고 고 그 원칙의 구체적 실천방안으로 입법된 것으로 이해된다. 현행 관련 세법에서는 양자의 핵심적인 개념인 ‘합리적인 경제인의 거래가격’에 대해 ‘시가’와 ‘정상가액’으로 구분하고 있다.