국제조약의 효과적 작동을 위한 요건 중의 하나는 당사국들이 조약상의 의무를 제대로 이행하고 있는가를 검토하는 의무준수위원회 체계의 마련이라고 할 수 있다. 의무준수위원회 체계에 포함되는 요소에는 동 체계의 목적, 법적 성격 그리고 기본원칙; 위원회 구성 및 기능 등 제도적 체제; 발동절차; 정보취득 방법 및 절차; 의무이행 촉진과 미이행 해결을 위한 처분조치의 범위 등이 필수적으로 포함된다. 나고야의정서상 의무준수체계의 목적은 제30조에 명시된 것처럼 의정서 의무이행을 촉진하고 미이행 사례를 해결하는 것이다. 따라서 법적 성격이나 기본원칙도 비대등적(non-adversarial), 협력적(cooperative), 단순한(simple), 신속한(expeditious), 자문적(advisory), 원활한(facilitative), 유연한(flexible) and 비용효과적(cost-effective) 등과 같이 다른 다자환경조약의 의무준수위원회의 법적 성격에서 나타난 비구속적이고 협력적이며 자문적 성격을 벗어나지 않도록 합의되었다. 나고야의정서 의무준수위원회의 가장 중요한 특징 중의 하나는 위원회 구성에 있다. 위원회는 15명의 위원과 토착민족 및 지역공동체(IPLC) 대표 2명의 참관인으로 구성된다는 것이다. IPLC 2명은 의결권은 없지만 모든 위원회 회의에 참관할 수 있는 권리를 인정하고 있다는 것이다. 이는 나고야의정서에는 IPLC가 보유하고 있는 유전자원 연관 전통지식의 이용으로부터 발생하는 이익은 오로지 IPLC에만 인정함으로써 해당 전통지식에 관한한 당사국과 유사한 동등한 권리를 부여하고 있기 때문이다. 또 다른 특징은 COP/MOP은 위원회의 권고에 따라 중대하거나 반복적인 의무준수 미이행의 경우(in cases of grave or repeated non-compliance)에는 심각한 조치를 채택할 필요성을 고려하면서, 의정서 제26(4)조와 관련 국제법에 따라 “모든” 적절한 조치를 결정할 수 있다는 것이다. 즉 당사국회의가 총의로 합의하는 경우에는 의정서상의 권리를 정지할 수도 있다는 것이다.
국제조약의 효과적 작동을 위한 요건 가운데 하나는 당사국들이 조약상의 의무를 제대로 이행하고 있는지를 검토하는 의무준수위원회 체계의 마련이라고 볼 수 있다. 의무준수위원회 체계에 포함되는 요소에는 동 체계의 목적과 법적 성격 그리고 기본원칙; 위원회 구성 그리고 기능 등 제도적 체제; 발동절차; 정보취득 방법 및 절차; 의무이행 촉진과 미이행 해결을 위한 처분조치의 범위 등이 필수적으로 포함된다고 본다.