우리 헌법 제117조와 제118조는 지방자치단체의 자치권에 대해서 규정하고 있다. 그러나 환경분야는 타 분야에 비해 지방자치단체의 자치권이 비교적 제한되어 있다. 특히 오염의 배출기준에 대해서는 전국단위의 최저기준이 설정되어 있다. 환경의 광역성, 기술성, 규제차익의 발생 방지 등이 이유로 들어지고 있다. 그러나 환경행정은 지역성을 반영해야 한다는 반론 또한 제기된다. 자치권을 어디까지 제한할 것인가와 그 범위 내에서 실질적 자치권을 구현하기 위한 방향에 대해서는 끊임없는 논의가 이어지고 있다. 지방자치법상 환경사무는 대체로 기관위임사무에 속한다. 따라서 조례제정의 경우에도 법률에 조례로 정할 수 있는 근거를 두는 것이 일반적이다. 물론 상하수도 사업은 자치사무에 속한다. 수질, 대기 등 개별 환경법에서 나타난 지방자치단체의 권한은 지방환경계획의 수립, 규제기준 및 관리지역의 설정, 국가사무에서의 의견제시권 또는 협의권, 허가권 및 규제권의 행사, 유도 및 지원, 조례제정권이다. 조례를 제정하여 타인의 권리를 침해할 수 있는 경우에는 반드시 법률유보의 원칙과 법률우위의 원칙이 적용되어야 한다. 전국적 기준을 지방에 한하여 강화하는 조례는 허용되나 약화시키는 조례는 허용되지 않는다. 그러나 대통령령이나 부령으로 조례의 내용을 지나치게 제한하는 것은 개선의 필요성이 있다. 지방자치단체간 횡적 협력도 필요하다. 협력의 방식에는 공동사업, 사무의 위탁, 행정협의회의 운영, 특정 사무처리를 위한 조합의 설립, 지방자치단체장 협의체의 운영, 공기업의 공동설립을 들 수 있다. 그러나 지방자치단체간 횡적 협력은 활성화되지 않고 있어 구체적인 횡적 협력방식에 대한 논의가 이어질 필요가 있다. 환경행정에서 지방자치단체에게 어떠한 권한을 부여할 것인가는 입법적 선택의 문제이다. 지방자치제도는 헌법에서 규정한 민주적 기본질서라는 점에서 자치권은 존중되어야 한다. 그러나 지방자치단체가 경제적 요소를 정책의 우선에 둘 경우 환경에 대한 고려는 후순위가 될 수 있다. 따라서 국가와 지방자치단체간 환경행정에서의 권한과 역할에 대한 논의는 일반적인 자치권의 확대논의와 달리 개별 환경법상의 내용을 바탕으로 이어질 필요가 있다.
환경행정에서 지방자치단체에게 어떠한 권한을 부여할 것인가는 입법적 선택의 문제이다. 지방자치제도는 헌법에서 규정한 민주적 기본질서라는 점에서 자치권은 존중되어야 하고, 국가와 지방자치단체간 환경행정에서의 권한과 역할에 관한 논의는 일반적인 자치권의 확대논의와 달리 개별 환경법상의 내용을 바탕으로 이어질 필요가 있다.