결핵의 집단 발병이나 검사실의 교차 오염의 검출, 결핵의 재감염과 재활성화의 구분 등에서 결핵균을 분자생물학적으로 구분하는 것이 중요하다. 여기서는 현재 이용되는 결핵균의 균주 구분 방법을 알아보고, 한국에서 검출되는 균주의 분포를 알아본다. IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP) 방법은 표준 방법으로 간주된다. 전세계적으로 풍부한 자료가 있고 균주 구별 능력은 뛰어나나 시간과 노력이 많이 든다. Spoligotyping은 direct repeat (DR) 사이사이에 있는 염기 서열의 존재 여부로 구분한다. PCR을 기반으로 하기 때문에 의심 초기에 검사할 수 있고 결과를 숫자로 표시할 수 있어서 좋다. Beijing family의 균주들은 모두 같은 형으로 나타나는 것이 단점이다. Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number of tandem repeat (MIRU-VNTR) 방법도 PCR을 기반으로 하고 숫자로 결과를 표현할 수 있어 좋다. 한국에서 분리되는 균주의 80~87%가 Beijing family에 속하는 균주이다.
결핵의 집단 발병이나 검사실의 교차 오염의 검출, 결핵의 재감염과 재활성화의 구분 등에서 결핵균을 분자생물학적으로 구분하는 것이 중요하다.