본 연구에서는 현행 원천징수제도의 주요 쟁점 분야 중에서 소득처분의 귀속이 불분명한 경우의 대표자 상여처분에 따른 원천징수, 대표자 횡령시 법인의 원천징수, 횡령 등 사외유출금액을 원귀속자에게 환원시 원천징수 문제 등을 위주로 검토하여 개선방안을 제시하였다. 연구결과는 다음과 같다. 첫째, 소득처분의 귀속이 불분명한 경우 대표자 상여로 보아 원천징수의무를 초래한 법인세법시행령 제106조 제1항 단서의 규정은 상위 법령인 법인세법 제67조에 규정하여야 하며, 귀속 불분명소득에 대한 납세자의 입증책임이 완화되도록 국세청훈령 등에 규정하여 과세행정을 운영하여야 한다. 둘째, 법인이 대표자 횡령금에 대해 손해배상조치 등을 취한 경우 무조건적인 사외유출 소득처분에 따른 원천징수를 하지 않도록 배제요건을 법령에 명문화하여야 한다. 또한 대표자 횡령의 경우에 대손확정시 기타사외유출로 소득처분 하도록 법인세법시행령 제106조 제1항을 개정하고, 소득세법상 기타소득으로 규정함과 동시에 원천징수의무를 제외하도록 소득세법 제127조 제1항 제외요건에 횡령금을 포함하여야 한다. 셋째, 횡령 등 사외유출 금액을 원심법원의 최종변론 이전에 원귀속자인 법인에게 환원한 경우 사내유보로 보아 법인의 원천징수의무대상에서 제외하여야 할 것이다.
이 연구에서는 현행 원천징수제도의 주요 쟁점 분야 중에서 소득처분의 귀속이 불분명한 경우의 대표자 상여처분에 따른 원천징수, 대표자 횡령시 법인의 원천징수, 횡령 등 사외유출금액을 원귀속자에게 환원시 원천징수 문제 등을 위주로 검토하여 개선방안을 제시했다.