전단계세액공제 방법을 취하는 우리나라 부가가치세 제도는 가격 경쟁력 제고, 수출물품의 소비지과세원칙의 적용 등으로 인해 제도적·정책적으로 영세율과 면세제도를 선택할 수밖에 없다. 그런데 부가가치세가 다단계거래세라는 특성상 이 영세율과 면세제도를 이용한 조세탈루의 유인 또한 상존할 수밖에 없다. 금지금에 대한 면세제도가 2003년 도입된 이후, 금지금 거래단계에서 부가가치세를 포탈하여 이익을 취하는 악의적 사업자인 소위 ‘폭탄업체’와 이러한 업체가 연루된 일련의 거래의 마지막 단계에서 국가로부터 부가가치세를 환급받는 수출업자가 공존하는 ‘이상한 일련의 거래’로 인해 국고손실이 발생하였다. 본 논문의 대상판결도 금지금 부정거래로 인한 조세탈루사건에 관한 것이다. 대법원은 이번 전원합의체 판결로 부가가치세 매입세액 공제에 대한 기존의 엄격해석의 태도를 바꾸어 조세법 영역에서 거의 인정되지 않고 있던 납세자에 대한 신의성실의 원칙을 인정함으로써 매입세액을 불공제하였다. 그러나 본 사건 판결은 다음과 같은 점에서 한계를 지니고 있다. 먼저, 부가가치세 제도는 각 거래별로 개별적·구체적으로 판단해야 하는 다단계거래세로서의 특징을 가지며, 국고손실 방지가 제도의 목적이 될 수 없음에도 이를 간과하였음으로 부가가치세 제도의 기본원리에 반한다. 다음으로, 조세법률관계에서 과세기준으로 적용하기 어려운 불명확한 개념인 ‘악의 또는 중과실’, ‘보편적 정의감과 윤리관’을 그 기준으로 제시하여 향후 과세실무상 혼란을 초래할 여지를 남겼다.
전단계세액공제 방법을 취하는 우리나라 부가가치세 제도는 가격 경쟁력 제고, 수출물품의 소비지과세원칙의 적용 등으로 인해 제도적·정책적으로 영세율과 면세제도를 선택할 수밖에 없다. 본고의 대상판결도 금지금 부정거래로 인한 조세탈루사건에 관한 것이다.