본 연구는 사립대학의 산학협력단 및 학교기업에 대한 법인세 및 부가가치세법에 대한 과세제도 개선 방안을 제안하고자 한다. 산학협력단 및 학교기업의 기술혁신역량 강화와 고용창출 및 청년실업감소라는 도입취지에 부합되도록 다음과 같은 세무처리방안을 제시한다. 첫째, 과세주체로서의 산학협력단의 성격을 법률상 명확히 하여야 한다. 산학협력단은 법률상 비영리법인이고, 법인세법상 공익법인에 해당하여 학교의 장의 지도 · 감독을 받는 학교 산하의 대학자치기구로서의 역할을 담당하고 있으므로 이러한 취지에 맞도록 각종 세제가 적용되어져야 할 것이다. 둘째, 산학협력단에 제공되고 있는 조세혜택규정인『고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정(조세특례제한법 제74조)』은 일몰적 규정으로 2014년 12월31일 이전에 발생한 소득에 한해 적용하도록 명시하고 있다. 이러한 조세혜택의 감소는 국가의 중요한 교육산업에 부정적 영향을 미칠 수 있으며 산학협력제도 도입취지에 반하는 결과를 초래할 가능성이 있다. 일몰적 성격으로 규정된 법안은 납세자의 예측가능성을 낮추어 장기적으로 안정적인 산학협력단의 운영에 차질을 초래할 가능성이 존재한다. 따라서 산학협력단의 수익에 대해 고유목적사업준비금설정을 통한 법인세 면제조항을 조세특례제한법에서 한시적으로 규정할 것이 아니라 법인세법에서 규정하여 영구화할 필요가 있다. 셋째, 학교기업의 법적형태는 학교 또는 산학협력단내 하나의 부서이다. 현재까지 학교기업에 대한 설치 및 운영에 관한 시행령이 제정되지 않은 상태에 있고, 세법에도 학교기업에 대한 내용이 없는 상태에 있으므로 법률규정의 완비가 시급하다. 학교기업은 제한된 사업종목 내에서 교육과정의 일환으로 재화 및 서비스를 생산 공급하는 것을 목적으로 도입된 교육기관의 부서이다. 이러한 학교기업의 매출은 교육과정에서 필연적으로 발생되는 것이므로 부가가치세법상 면세사업인 교육서비스의 부수거래로 주된 사업과 동일하게 면세적용 되어야 할 것으로 판단된다. 그러나 이와 관련된 최근의 질의답변을 살펴보면 학교기업이 제공하는 재화 또는 서비스에 대해 부가가치세 과세대상으로 해석하고 있다. 이는 학교기업의 도입취지를 충분히 고려하지 못한 것으로 학교기업이 제공하는 재화공급 또는 용역의 공급과정 자체가 교육과정의 일환이라는 것에 대한 이해를 바탕으로 학교기업이 공급하는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세 면세적용 하도록 하여야 할 것으로 판단된다.
이 연구는 사립대학의 산학협력단 및 학교기업에 대한 법인세 및 부가가치세법에 대한 과세제도 개선 방안을 제안하려 한다. 산학협력단 및 학교기업의 기술혁신역량 강화와 고용창출 및 청년실업감소라는 도입취지에 부합되도록 다음과 같은 세무처리방안을 제시한다.