이 글에서는 국제거래에 적용되는 국제조세 관련 법규의 법원(法源)과 규범구조를 조세조약과 국내세법의 관계를 중심으로 5가지 상황으로 분석하여 보았다. 조세조약이 국내세법에 직접 영향을 미치는 것으로, 국내세법의 효력을 제한하는 상황이 일반적인 경우이고(상황 1), 조세조약과 국내세법을 적용할 때 조약상 정의규정이 있으면 이에 따르되 없다면 차용개념에 따라 국내세법의 정의를 사용하는 등 서로 참고하는 상황이 발생하거나(상황 2), 조세조약이 국내세법에 따른 과세처분 또는 이중과세방지 조치의 근거가 되는 경우(상황 3)도 있다. Preservation조항이나 Saving Clause가 적용되어 조세조약이 효력을 갖지 못하고 국내세법이 적용되는 경우(상황 4)도 있다. 그러나 실무상 가장 문제되는 것은 조세조약과 국내세법의 충돌이 발생하는 경우(상황 5)인데 조세조약이 특별법으로서 국내세법에 우선하여 적용된다고 보는 것이 타당하다고 본다. 대상판결 1,2도 상황 5가 사실상 직, 간접적으로 문제된다고 볼 수 있다. 이와 관련, 외국법인의 국내지점에 대한 과소자본세제 한도 초과이자의 소득 구분이 문제된 대법원 2018. 2. 28. 선고 2015두2710 판결(이하 ‘대상판결 1’)은 구 국제조세조정에 관한 법률 제28조에 따라 조세조약상의 소득 구분이 “법인세법 제93조에도 불구하고 적용된다”고 명시하고 있음에도 원천지국의 과세권 유무나 제한세율 등에는 영향을 미치지만, 그로써 국내세법상의 취급까지 달라지게 되는 것은 아니라는 점을 밝힌 점에서 의미가 있으나 앞서 살펴본 조약해석론에 비추어 타당한 해석이라 볼 수 없다. 반면, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결(이하 ‘대상판결 2’)은 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우에는 이에 대한 특허권 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 없다는 종전 판결을 다시금 확인하면서 미등록 특허사용료의 경우 국내에서 특허권의 사용자체가 존재하지 않는다고 보았다. 이와 같이 특허권의 “사용” 여부를 특허의 등록지를 기준으로 확정하는 것은 등록된 곳에 경제적으로 보호가치 있는 법률상 이익이 존재한다는 경제적 연관성을 고려하는 사법상 기본원칙에 따른 것으로, 지적 재산권의 사용료에 대한 조세조약상 과세권 배분기준으로도 적합한 기준이 된다는 점, 당사자의 진의 또한 등록된 특허권에 대한 합의금 내지 사용대가라는 점에서 대상판결의 입장은 사적자치의 원칙에 부합하는 타당한 해석으로 생각된다.
Preservation조항이나 Saving Clause가 적용되어 조세조약이 효력을 갖지 못하고 국내세법이 적용되는 경우(상황 4)도 있다. 그러나 실무상 가장 문제되는 것은 조세조약과 국내세법의 충돌이 발생하는 경우(상황 5)이고 조세조약이 특별법으로서 국내세법에 우선시하여 적용된다고 보는 것이 타당하다고 볼 수 있다.