의료사고 민사책임의 구조는 기본적으로 채무불이행책임과 불법행위책임의 양자로 규율되고 있기 때문에 소멸시효의 논의 역시 민법 제162조와 제766조가 적용될 수 있다. 실무에서는 의료과오소송에서 대개 불법행위책임의 법리를 통하여 해결하는 경향을 보인다. 따라서 민법 제766조에서 정하고 있는, 3년의 단기 소멸시효와, 10년의 장기 소멸시효가 주로 문제된다. 의료사고 민사책임은 의료행위가 지니고 있는 전문성과 밀실성이라는 특성과 질병이 잠복기를 지니고 있다는 예외성 때문에, 민법 제766조의 위 두 가지 시효에 대한 해석상의 경계가 모호해질 가능성도 있다. 이러한 문제점을 개선하기 위해서는 외국의 입법례와 같이 소멸시효 제도 자체의 법개정을 통한 정비가 궁극적인 해결책이 될 것이다. 그러나 제도의 개정이 이루어지지 않은 현행법 체제 내에서는 의료사고 민사책임에서 의사 측이 소멸시효의 완성을 주장하더라도 그것이 신의성실원칙 위반이나 권리남용 금지에 해당할 경우 이를 배척할 수 있는 적극적인 해석론이 요청된다.
의료사고 민사책임의 구조는 기본적으로 채무불이행책임과 불법행위책임의 양자로 규율되고 있기 때문에 소멸시효의 논의 역시 민법 제162조와 제766조가 적용될 수 있다.