중재와 관련하여 상계항변이 문제되는 국면을 고찰함에 있어서는, 중재합의의 당사자는 중재합의의 대상인 분쟁만을 중재에 의해 해결할 것을 의도한 것으로 볼 수 있으므로, 당사자 간에 다른 합의가 없는 한 중재합의의 대상이 아닌 분쟁을 중재인이 심판하는 것은 당사자의 의사에 반하여 허용되지 않는다는 것과 중재합의의 당사자가 일정한 분쟁을 중재에 의해 해결하기로 합의한 때에는 당사자는 중재합의의 대상인 분쟁을 중재에 의하여 해결하여야 할 의무를 부담하고, 그 외의 절차에 의하여 해결하는 것은 당사자의 의사에 반하여 허용되지 않는다는 것을 염두에 두어야 한다. 이미 진행 중인 중재절차에서 피신청인의 신청인에 대한 채권을 반대청구로 하는 중재신청이 허용되는지와 피신청인의 신청인에 대한 채권을 반대채권으로 하는 상계항변이 허용되는지는 중재절차에 관한 것으로서 중재당사자가 이에 관하여 합의로 정할 수 있다. 당사자가 이에 관하여 합의하지 아니한 때에는 피신청인은 신청인의 청구와 동일한 중재합의의 대상인 신청인에 대한 자신의 채권에 기하여 반대신청을 할 수 있는 것으로 볼 수 있다. 또한 중재신청인의 청구의 기초가 된 중재합의의 효력이 피신청인의 신청인에 대한 반대채권에도 미치는 것으로 볼 수 있는 때에는 중재판정부는 그 반대채권에 관하여 심리·판단할 수 있는 것으로 보아야 한다. 그런데 중재합의의 대상이 아닌 피신청인의 신청인에 대한 채권을 반대청구 또는 반대채권으로 하여 중재신청 또는 상계항변을 한 경우 신청인이 이에 대하여 이의를 하지 않은 때에는 중재판정부가 피신청인의 신청인에 대한 채권에 관하여 심리·판단할 수 있게 된다. 이러한 경우 중재판정부는 중재신청인에게 그러한 사유를 지적해 줌으로써 방어의 기회를 보장할 필요가 있다. 소송절차에서 중재합의의 대상인 채권을 반대채권으로 하는 상계항변이 주장된 경우 원고가 중재합의의 존재를 주장한 때에는 이에 대한 법원의 심판권이 배제되는 것으로 보는 것이 중재제도를 인정한 취지에 부합할 것이다. 다만 소송절차에서 중재합의의 대상인 채권을 반대채권으로 한 상계항변이 주장되었다고 하더라도 원고가 중재합의의 존재를 주장하지 않고 법원이 그 반대채권의 존부 등에 관하여 변론을 진행한 때에는 법원은 중재합의의 존재를 이유로 피고의 상계항변을 배척할 수 없게 된다.
소송절차에서 중재합의의 대상인 채권을 반대채권으로 하는 상계항변이 주장됐을 때 원고가 중재합의의 존재를 주장한 경우에는 이에 대한 법원의 심판권이 배제되는 것으로 보는 것이 중재제도를 인정한 취지에 적합하다고 본다. 다만 소송절차에서 중재합의의 대상인 채권을 반대채권으로 한 상계항변이 주장되었다고 해도 원고가 중재합의의 존재를 주장하지 않고 법원이 그 반대채권의 존부 등에 관하여 변론을 진행했을 경우 법원은 중재합의의 존재를 이유로 피고의 상계항변을 배척할 수 없다.