세금계산서에 공급하는 자 또는 공급받는 자로 기재된 자가 실제로 거래하였다는 사실이 증명되더라도, 당사자를 특정하기 위한 일정한 기재사항 중 일부 또는 전부가 세금계산서에 적히지 않았거나 사실과 다르게 적히면 관련된 매입세액을 공제할 수 없다. 이러한 결과가 타당한가에 대한 의문이 이 글의 출발이다. 현행 제도의 틀 내에서, 거래 당사자와 관련하여 매입세액을 공제하기 위해 세금계산서에 적어야 하는 사항의 범위를 살핀다. 나아가 그러한 기재가 사실과 같은지 다른지를 판단하는 기준을 제시한다. 부가가치세의 구조와 기본 원리에 비추어 보면, 실제로 거래가 있었다면 공급받는 자는 그 거래와 관련된 매입세액을 공제할 수 있어야 한다. 세금계산서가 발급되지 않았거나 기재된 내용에 흠이 있더라도 마찬가지다. 세금계산서와 그 밖의 다른 증명 수단까지를 종합해서 실제로 거래를 한 자를 특정할 수 있으면 충분하다. 그러나 현행 법령의 해석으로는 매입세액을 공제할 수 있느냐가 쟁점이 되는 모든 상황에서 이러한 결론을 도출하기는 어렵다. 세금계산서의 기능, 세금계산서를 발급하지 않거나 일정한 사항을 잘못 기재하면 매입세액을 공제하지 않게 하는 이유와 취지, 잘못과 제재 사이의 균형 등을 종합적으로 고려해서 합리적으로 해석해야 한다. 하지만 문언의 한계를 벗어날 수는 없다. 공급하는 자는 세금계산서에 성명 또는 명칭을 기재해야 한다. 이때 ‘명칭’이라는 문언을 어떻게 읽을 것이냐에 따라 세금계산서에 적어야 하는 사항의 범위가 달라질 수 있다. 개인사업자의 상호 또는 법인사업자의 법인명을 뜻한다는 생각도 있을 수 있지만, 납세자가 기재사항을 선택할 수 있게 된다는 점에서 택하기 어렵다. 개인사업자는 성명 또는 상호 중 어느 하나만 적으면 되고 법인사업자는 법인명과 대표자 성명 중 어느 하나만 적으면 된다고 보게 되기 때문이다. 명칭은 법인사업자의 법인명을 말하는 것으로 보아야 하고, 이러한 해석은 개인사업자는 성명을 기재하면 되고 법인사업자는 법인명을 적으면 된다는 것으로 이어진다. 물론, 명칭은 법인사업자의 법인명을 말하는 것이지만 개인사업자는 상호와 성명 모두를 적어야 하고 법인사업자라면 법인명과 대표자 성명 모두를 적어야 한다고 생각할 수도 있다. 그러나 이러한 해석은 문언에 반한다. 등록번호는 공급하는 자와 공급하는 자 모두가 세금계산서에 기재해야 하는 사항이다. 공급하는 자가 다른 사람 명의로 세금계산서를 발급하거나 공급받는 자가 다른 사람 명의로 세금계산서를 발급받으면, 그러한 세금계산서에 흠이 있다는 점에는 의문이 없다. 그러나 그러한 흠 때문에 매입세액 공제를 할 수 없느냐는 별개다. 다른 사람에게 명의를 빌려 사업자등록을 하고 세금계산서에 그 사업자등록에 있는 등록번호를 적었다면 그러한 등록번호의 기재는 사실과 다르지 않다고 해석할 수 있다. 사업자등록 신청과 사업자등록증의 발급을 통해 사업자등록을 사람과 과세관청 사이에 이를 전제로 한 법률관계가 형성되는 것으로 볼 수 있기 때문이다. 이렇게 해석하면 공급받는 자가 다른 사람 명의로 사업자등록을 했을 때는 세금계산서에 적힌 등록번호가 사실과 다르지 않아서 매입세액을 공제할 수 있게 된다. 공급하는 자는 이때에도 매입세액 공제를 할 수 없는 것과는 다르다. 물론, 공급하는 자와 공급받는 자를 다르게 취급할 합리적인 이유는 없다. 하지만 이러한 결과는 공급하는 자는 등록번호 말고도 성명 또는 명칭을 적어야만 매입세액 공제를 할 수 있게 해서 생기는 문제다.
세금계산서에 공급하는 자 혹은 공급받는 자로 기재된 자가 실제로 거래하였다는 사실이 증명되더라도, 당사자를 특정하기 위한 일정한 기재사항 중 일부 또는 전부가 세금계산서에 적히지 않았거나 사실과 다르게 적히면 관련된 매입세액을 공제가 불가능하다. 본 논문은 현행 제도의 틀에서 거래 당사자와 관련하여 매입세액을 공제하기 위하여 세금계산서에 적어야 하는 사항의 범위를 살폈고, 나아가 그러한 기재가 사실과 같은지 다른지를 판단하는 기준을 제시하였다. 부가가치세의 구조와 기본 원리에 비추어 보면, 실제로 거래가 있었다면 공급받는 자는 그 거래와 관련된 매입세액을 공제해야 하며, 세금계산서가 발급되지 않았거나 기재된 내용에 흠이 있더라도 마찬가지이며, 세금계산서나 그 밖의 다른 증명 수단까지 종합해서 실제로 거래를 한 자를 특정할 수 있으면 충분한 것이다. 현행 법령의 해석으로는 매입세액을 공제할 수 있느냐가 쟁점이 되는 모든 상황에서 이러한 결론을 도출하기에는 어려움이 따른다.