전자상거레에 대한 조세정책 방향을 정하는 것은 매우 중요한 문제로 대두되고 있으며 세계 각국과 국제기구에서도 이러한 문제상황을 파악하고 대처하기 위하여 전자상거래의 조세문제점에 대한 연구와 논의가 이루어지고 있다. 본 연구에서는 부가가치세, 소득세, 관세 분야에서 생기는 문제점들을 지적하고 지금까지 논의되고 있는 자료들을 정리, 참조하여 어떠한 대처방안의 제시가 가능한지 검토해 봄으로써 그 방안을 모색하고자 한다. 이에 대한 대응방안으로는 먼저, 소득세법의 경우는 전자상거래를 위한 웹서버를 판매목적으로 하는 자산의 저장 또는 보관에만 사용하는 일정한 장소로 인식하여야 고정사업장 문제와 사업소득에 대한 원천징수 문제를 해결할 수 있다. 다음으로, 부가가치세의 과제문제에 있어서는 EU국가에서 논의하는 공급장소의 규칙에 얽매이기보다는 소비지국 과세원칙 입장을 견지하여 call-back 서비스에 대해서 EU국가들이 소비지국에 사업자등록을 하도록 한 결정을 참고하여 우리도 국외의 인터넷 사업자를 국내에서 사업자등록을 하도록 하는 조치를 취하는 것이 바람직할 것이다. 또한 관세 문제에 있어서는 현행 관세법 상 사용료가 수입물품과 함께 지급되면 관세대상에 포함되고 수입물품에 연계되지 않고 수입되는 경우에는 관세를 부과할 수 없지만 관련 관세율을 품목별로 살펴보면 이들에 대한 관세율이 낮은 수준의 종량세 구조로 되어 있거나 비관세 항목으로 되어 있으므로 현실적으로 큰 문제가 아니다. 급속한 정보화와 더불어 빠르게 대두되어지고 있는 전자상거래에 대한 조세문제의 검토는 앞으로 우리가 해결해야 할 과제이다. 최근 전자상거래와 관련한 과세문제를 OECD 등 국제기관의 활동에 적극 참여하여 과세원칙 정립과정을 면밀히 검토하고 우리나라의 실정에 맞는 대응방안에 대한 연구와 논의를 거쳐 새로운 시대에 맞는 합리적인 과세제도의 정착이 필요할 것으로 사료된다.
전자상거레에 관한 조세정책 방향을 정하는 것은 아주 중요한 문제로 떠오르고 있으며 세계 각국과 국제기구에서도 이러한 문제상황을 파악하고 대처하기 위해 전자상거래의 조세문제점에 관한 연구와 논의가 이루어지고 있다.