루터는 그의 신학의 시작이라 볼 수 있는 “제 1차 시편 강의”부터 그의 말년에 이르는 “창세기 강의”까지 “교회의 감춰져 있음”이라는 개념을 줄곧 사용했다. 하지만 그는 그 개념을 자신이 처한 시대적 상황에 따라 강조점의 차이를 가지고 다르게 사용했다. 첫째로, 루터는 1519년에서 1525년 사이에 “교회의 감춰져 있음”의 개념을 교회 비판적 기능을 위해 사용했다. 그는 교회의 영적인 측면을 강조하기 위해서 이 개념을 사용했다. 교회는 영적인 측면으로 이해되어야 한다. 교황이 세상에서 사탄적인, 보이는 방식으로 자신의 보호를 추구하는 것은 옳지 않다. 교회 안에 있다고 해서 모두 다 참된 크리스천인 것은 아니며, 영적인 삶을 살아가는 자들이야말로 진정한 크리스천이라고 할 수 있다. 그런 사람들은 세상의 관점에서는 드러나지 않고 다만 하나님의 관점에서만 드러나기 때문이다. 루터는 “교회의 감춰져 있음”을 가지고 교회의 영적 특성과 순결성을 강조하고, 그것으로 로마교회를 비판했다. 둘째로, 루터는 1532년에서 1535년 사이에 “교회의 감춰져 있음”의 개념을 변증적 기능으로 사용했다. 1526년 이후로 개신교회가 외형적으로 형성되었다. 루터는 이런 상황에서 개신교회를 옹호하고 변증하는 차원에서 “교회의 감춰져 있음”을 얘기한다. 교회의 거룩성은 그리스도의 은밀한 죄 씻음의 사역을 통해서 확보된다. 교회의 참된 열매들과 표지들이 감추어져 있다. 따라서 개신교회의 외적인 부족함을 보면서 쉽게 그것을 부정하거나 비판해서는 안 된다. 이 땅에서 교회의 거룩성은 완전한 거룩성을 이룰 수는 없고 오류와 결점이 있을 수밖에 없기 때문이다. 셋째로, 루터는 1535년에서 1543년 사이에 “교회의 감춰져 있음”의 개념을 목회적 기능을 위해 사용했다. 그는 이 개념을 가지고 성도들이 고난과 역경 속에서도 견디도록 독려했다. 현실에서 참된 교회는 감춰져 있고 참된 교회로 여겨지지 않지만, 십자가의 판결을 붙들어야 한다. 참된 교회는 위기를 겪는다. 하지만 엘리야와 그리스도에게 승리를 주신 하나님을 교회는 붙들어야 한다. 교회는 비록 감춰져 있고 핍박을 받고 있으나 약속의 하나님을 신실하게 믿고 나아가야 한다. 하나님이 감춰져 계시듯이 교회도 감춰져 있다고 말한다. 하지만 감춰져 있는 하나님은 말씀과 성례를 통해서 드러나신다. 그렇기에 참된 교회는 고난 가운데 감춰져 있지만 하나님의 말씀을 붙잡음으로써 고난의 시기를 이겨야 한다. 정리하자면, 루터는 “교회의 감춰져 있음”을 시대에 따라, 교회 비판적으로, 개신교회의 옹호와 변증을 위해, 위로와 권면을 위해서 사용하였다.
교회 안에 있다고 해서 모두 다 참된 크리스천인 것은 아니며, 영적인 삶을 살아가는 자들이야말로 진정한 크리스천이라고 할 수 있다

루터는 “교회의 감춰져 있음”을 가지고 교회의 영적 특성과 순결성을 강조하고, 그것으로 로마교회를 비판했다