과세전적부심사 제도는 헌법적 요청에 따른 제도로서 세무행정에 있어서 매우 중요한 의미를 갖는 절차이다. 그러나 그 중요성과는 별개로 실제에 있어서는 납세자와 과세관청 모두에게 외면 받는 절차가 되어 가고 있다. 이에 과세전적부심사 제도가 본래의 중요성에 걸맞는 기능을 수행할 수 있도록 개선방안을 검토할 필요가 있다. 이 글에서 제시하는 개선방안은 다음과 같다. 국세기본법령에서 규정하고 있는 과세전적부심사 청구 대상은 입법적으로 다음과 같이 조정할 필요가 있다. 첫째, 납세자에게 납기 전 징수 사유나 수시 부과 사유가 있는 경우, 세무조사 결과 통지 등을 하는 날부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 과세전적부심사의 청구 대상에 포함시키는 것이 타당하다. 다만, 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 과세전적부심사 결정이 있으면 그로부터 일정한 기간 내에 결정의 취지에 따라 과세처분을 허용하는 특례제척기간을 함께 입법할 필요가 있다. 둘째, 납세고지하려는 세액이 100만 원 미만인 경우와 과세관청이 비과세·감면의 신청에 대한 거부처분을 하는 경우 역시 납세자에게 과세전적부심사 청구를 허용하는 것이 타당하다. 셋째, 감사원의 처분지시 또는 시정요구에 따라 고지하는 경우는 과세전적부심사 청구 대상에서 제외시키는 것이 타당하다. 이상과 같은 청구 대상의 조정 이외에도 과세전적부심사 청구와 관련한 현재의 가산세 규정 및 실무 운용 중에는 일부 개선이 필요한 부분이 있다. 첫째, 과세관청이 과세전적부심사 채택 결정에 반하는 처분을 할 때에는 가산세를 면제하거나 “정당한 사유”의 존재를 추정하는 실무 운용상의 개선이 필요하다. 이러한 실무 운용의 확립을 위해서는 국세기본법 집행기준에 이를 명시하는 것도 고려할 필요가 있다. 둘째, 과세전적부심사 결정이 30일 이내에 이루어지지 않는 경우에는 30일 이후에 발생하는 납부불성실 가산세를 전액 감면할 필요가 있고, 이와 다른 취지의 국세기본법은 개정할 필요가 있다.
과세전적부심사 제도는 헌법적 요청에 따른 제도로서 세무행정에 있어서 아주 중요한 의미를 갖는 절차이다. 그러나 그 중요성과는 별개로 실제에 있어서는 납세자와 과세관청 모두에게 외면 받는 절차가 되어 가고 있다.