오늘날 행정권의 비대화와 권력적 행정의 증가로 인하여 행정기관은 각종 행정결정이나 행정작용을 합리적이고 적정하게 행사하기 위하여 다양하고 정확한 정보를 수집을 원하고 있다. 따라서 행정조사를 통하여 수집한 정보를 바탕으로 행정환경을 파악하고 각종 정책을 수립하게 되지만, 이 과정에서 피조사자의 자유와 프라이버시권 등 인권의 침해와 자신을 보호할 방어권 등이 침해될 가능성이 더욱 커지고 있다. 행정형벌규정의 위반행위를 확인하기 위한 사업장 출입, 검사, 조사, 시료채취 등이 권력적 행정조사로 시행될 경우, 이는 사실상 형사절차상의 압수·수색에 해당됨에도 불구하고 행정조사기본법이나 개별 행정법규에서는 헌법 제12조 제1항 및 제3항에서 보장하고 있는 영장주의를 도입하고 있지 않아 피조사자의 기본권 침해가 우려되고 있다. 이러한 문제를 근원적으로 해결하기 위하여 형사소추와 관련된 행정조사에서는 영장주의를 원칙으로 하되, 긴급을 요하는 경우나 행정목적을 달성하기에 불가피하다고 인정할만한 합리적 사유가 있을 경우에 영장주의의 예외로 하는 규정을 입법화하는 것이 바람직하다. 개별 행정법에서는 조사대상자에게 불리한 자료제출을 명령하거나 기록·보관·신고·등록 의무를 규정하고 있고, 이를 위반할 경우에 형사책임을 부과하고 있다. 그렇지만 이는 헌법 제12조 제2항에서 규정하고 있는 진술거부권을 사실상 침해하고 있다. 따라서 형사책임이 추궁될 수 있는 행정조사에서는 진술거부권을 보장하고 이를 조사대상자에게 알릴 수 있도록 행정기관의 진술거부권 고지의무를 개별 행정법규에 입법화하는 것이 필요하다. 개별 행정법규에서는 행정의무를 위반할 경우 형벌로 처벌하는 규정이 지나치게 많다. 이러한 경우는 사실상 형사절차와 관련되어 있으므로 이와 관련된 행정조사의 과정에서도 영장주의와 진술거부권 등의 통제장치가 준수되어야 한다. 이때 행정의 목적달성이나 효율성과 상충되는 경우가 발생할 수 있다. 따라서 행정의무위반이 행정목적의 달성을 본질적으로 침해하지 않는다면 가능한 행정형벌을 행정질서벌로 전환하는 것이 필요하다.
현재 행정권의 비대화와 권력적 행정의 증가로 인해 행정기관은 각종 행정결정이나 행정작용을 합리적이고 적정하게 행사하기 위해 다양하고 정확한 정보를 수집을 원하고 있다. 따라서 행정조사를 통해 수집한 정보를 바탕으로 행정환경을 파악하고 각종 정책을 수립하게 되지만, 이 과정에서 피조사자의 자유와 프라이버시권 등 인권의 침해와 자신을 보호할 방어권 등이 침해될 가능성이 더욱 커지고 있다.