2013. 7. 26. 부가가치세법의 개정으로, 세관장이 수입재화에 대한 부가가치세의 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나, 수입자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령이 정하는 일정한 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 하는 경우에는 수정수입세금계산서의 발급이 제한되었다. 종전에는 세관장의 추징 여부와 상관없이 수입자가 세관장에게 부가가치세 누락분을 납부한 이상 수정수입세금계산서의 발급이 이루어졌고, 수입자는 수정수입세금계산서를 이용하여 누락세액을 매입세액으로 공제받을 수 있었다. 이는 부가가치세법이 채택하고 있는 전단계 세액공제법의 기본원리에 충실한 것이나, 저가신고에 대한 세관장의 대응에는 한계로 작용할 수밖에 없었다. 특히 FTA 등으로 인해 수입재화에 대한 관세율이 낮아지거나 없어지는 무관세 영역이 확대되면서, 수입재화에 대한 부가가치세의 성실 납세신고 여부는 더욱 중요해질 전망이다. 또한 수입자는 수입재화에 대한 부가가치세를 신고·납부해야 하는 납세의무자인 동시에 이를 매입세액으로 공제받을 수 있는 공급받는 자의 위치에 있기 때문에 수정수입세금계산서의 발급이 자유로운 한 부가가치세 누락의 유인이 클 수밖에 없다. 수정수입세금계산서 발급제한을 관철할 경우 부가가치세법이 채택하고 있는 전단계세액공제법에 반할 우려가 있고, 매입세액 불공제의 부담을 질 수입자의 권리를 침해할 수가 있다. 하지만 가산세만으로는 성실 납세신고를 유도하기에 부족하고, 형사제재는 그 적용범위에 한계가 있다. 또한 국내 거래에서 이미 불성실한 납세의무자를 상대로 수정세금계산서의 발급을 제한하고 있는 이상 마냥 수정수입세금계산서의 발급제한을 부정할 수만은 없다. 헌법재판소와 대법원도 모든 경우에 반드시 매입세액 공제를 인정해야만 하는 것은 아니므로, 수정수입세금계산서 발급제한이 과잉금지원칙이나 평등원칙, 소급입법과세금지원칙 및 신뢰보호원칙에 반하지 않는다고 한다. 또한 수입자가 자율적으로 세액정정을 시도하는 경우나, 수입자가 귀책사유 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서의 발급이 허용된다. 수입자의 단순 착오의 경우에도 발급을 허용하고 있는데 이러한 사유는 가급적 엄격하게 해석할 필요가 있다. 마지막으로 수정수입세금계산서의 발급거부 시점은 부가가치세를 납부한 때를 기준으로 해야 하고, 수정수입세금계산서의 발급제한은 (+)수정수입세금계산서만이 문제되는 것으로 해석해야 한다. 또한 수정수입세금계산서 발급제한의 적용범위에 수입계산서를 포함시켜서는 안 된다.
2013. 7. 26. 부가가치세법의 개정으로, 세관장이 수입재화에 대한 부가가치세의 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나, 수입자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령이 정하는 일정한 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 하는 경우에는 수정수입세금계산서의 발급이 제한됐다.