인수공통감염병의 예방 및 관리에 있어서 보건복지부와 농림축산식품부, 환경부는 각각의 감염병에 대한 법률을 제정하여 운영하고 있다. 보건복지부는 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」을 통해 인수공통감염병을 지정하여 관리하고 있으며, 농림축산식품부는 「가축전염병예방법」을 통해 인수공통전염병에 해당하는 질병을, 환경부는 「야생동물 보호 및 관리에 관한 법률」에서 인수공통감염병에 해당되는 질병을 각각 질병관리본부장에게 통보하도록 규정하고 있다. 또한 반려동물 관련 인수공통감염병은 농림축산식품부의 「동물보호법」에 따라 관리하고 있다. 그러나 문제는 이러한 각 부처의 인수공통감염병에 대한 업무를 총괄 및 조정할 수 있는 기구가 없다는 점이다. 이에 새로운 인수공통감염병이 국내 발생 시 각 부처 간의 실질적인 업무 협조의 부재로 신속한 대응체계 구축이 어렵다는 데 있다. 2015년 메르스 사태 이후 개정된 감염병예방법은 당시 문제점을 상당수 반영하였다고 여겨진다. 그러나 근본적으로 빈번하게 발생가능한 신종 인수공통감염병 예방 및 관리를 위해서는 여전히 한계를 지니고 있다. 인수공통감염병 예방 및 관리를 위해서는 사전배려원칙을 적용하여 철저한 대비 및 대응체계를 수립하여야 한다. 현재의 법률은 가축, 야생동물에서 법적으로 지정한 인수공통감염병 발생 시 관련 부서에 통보하는 것으로만 규정하고 있고 각 부처 상호간에 협력체계 구축을 위한 부분이 없기 때문에 이러한 부분의 보강이 필요하다. 더불어 국외에서 발생하는 사람 질병과 동물 질병에 대한 정보를 공유, 철저한 검역을 통한 국외 인수공통감염병의 유입을 차단하여야 한다. 나아가 국제보건기구와 정보 교환 및 공조를 통하여 전 세계적으로 인수공통감염병 발생을 파악하고, 예방 및 관리를 하여야 한다. 끝으로 문제의 해결을 위해서는 각 부처에서도 이를 총괄할 수 있는 조직을 구성해서 상시적이고 효율적인 대응체제 구축이 필요하다. 무엇보다도 관련 전체 부서를 총괄 할 수 있는 부서를 신설하여, 국무총리 직속으로 하고, 인수공통감염병 관리 및 정보 공유 시스템을 개발하고 운영하여야 한다.
문제는 이와 같은 각 부처의 인수공통감염병에 대한 업무를 총괄 및 조정할 수 있는 기구가 없다는 것이다. 이에 새로운 인수공통감염병이 국내 발생 시 각 부처 간의 실질적 업무 협조의 부재로 빠른 대응체계 구축이 어렵다는 데에 있다. 2015년 메르스 사태 이후 개정된 감염병예방법은 당시의 문제점을 상당수 반영하였다고 보여진다.