조세의 부과·징수와 관련하여 과세관청이 과세요건에 대한 사실인정의 잘못, 법 해석 및적용의 오류, 과세권의 남용 등으로 위법하고 부당한 과세처분이 이루어진다면 납세자의 재산권을 본질적으로 침해하게 된다. 따라서 위법 ·부당한 과세처분을 받은 납세자에게 사전및 사후적으로 구제를 받을 수 있는 법적장치가 마련되어 있다. 지방세의 경우 이러한 권리구제의 법적장치로 사전적 권리구제제도와 사후적 권리구제제도가 마련되어 있다. 사전적권리구제제도는 과세관청의 과세처분 이전에 납세자 이의를 제기할 수 있는 과세전적부심사제도가 마련되어 있으며, 사후적 권리구제제도에는 절차상 행정심판과 행정소송이 있으며, 행정심판(이의신청·심사청구 및 심판청구)은 국세와 달리 임의적 전심절차로 납세자의 선택에 의해 거칠 수 있다. 그리고 행정소송은 행정심판을 거치거나 아니면 바로 소(訴)를 제기할수 있다. 최근 지방세 행정소송의 납세자 인용비율은 국세에 비해 매우 높게 나타나고 있다. 즉2013년부터 2017년까지 최근 5년간 지방세 관한 행정소송의 납세자 인용률은 30.8%로 국세(12.3%)보다 현저히 높음을 알 수 있다. 그러나 과세관청에 의한 행정심판(이의신청, 심사청구)의 경우에는 지방세가 9.7~12.0%로 국세(24%~25.7%)로 낮음을 알 수 있다. 이와 같이 지방세의 경우 행정심판보다 행정소송의 납세자 인용률이 높은 이유는 결과적으로 이의신청이나 심사청구 또는 심판청구 단계에서 납세자의 권리구제 기능이 제대로 작동하지 못하고 있거나, 지방자치단체가 납세자에게 부당하거나 무리한 과세처분을 하였을 개연성이 크기 때문이다. 따라서 이러한 문제점을 해소하기 위해 본 논문에서는 지방세 관련 소송제도의 개선방안을 다음과 같이 제시하였다. 첫째, 과세처분의 적법성 강화이다. 지방세의 불복을 줄이여 납세자의 권익을 보호하기 위해서는 과세처분 단계에서 적법성을 강화할 필요가 있다. 이를 위해 우선 적법과세의 매우중요한 역할을 하고 있는 지방세예규심사위원회의 기능 강화이다. 지방세예규심사위원회는지방세의 법령을 해석하는 기관이며, 동 기관이 법령에 대한 신중하고 엄격한 해석을 통해지방세의 부당한 과세가 그 만큼 감소하게 된다. 이에 동 기관의 심의과정에서 다양한 의견이 논의될 수 있는 여건을 조성하고, 전문성 등을 감안하여 외부위촉 민간위원의 비율을 높임과 동시에 그 심의결과에 대한 대외적인 구속력이 확보되어야 할 것이다. 그리고 지방세담당 공무원의 전문성을 강화하는 것이다. 이를 위해 세무직렬 채용 시험과목에 회계학과 세법 관련 과목을 필수과목으로 변경하고, 세법이 매년 개정되고 있는 점 등을 감안하여 체계적인 전문교육이 지속적으로 이루어지도록 함과 동시에 국세 담당 공무원과의 인적교류를활발히 시행할 필요가 있다. 둘째, 사전구제제도의 실효성을 강화할 필요가 있다. 사전구제제도는 사후구제제도보다시간적·경제적 측면에서 과세관청뿐만 아니라 납세자에게도 유리하며, 과세처분전에 과세관청이 자기시정의 기회를 제공함과 동시에 적법과세를 확인시켜 줌으로써 납세자로부터 세무행정의 신뢰도를 높일 수 있다. 이를 위해 우선 과세전적부심사 등을 담당하는 지방세심의위원회의 역할을 강화할 필요가 있다. 이는 전문성 있는 심의위원의 구성에서부터 출발할 것이며, 이에 공무원비중을 낮추고 외부 위촉위원을 국세심사위원 수준(71%)으로 높임과 동시에세무공무원 역시 직급기준보다는 지방세 또는 법률에 관한 전문지식을 갖춘 공무원(세무사등 전무자격을 갖고 있거나, 동 분야의 학위취득자)으로 한정되어야 할 것이다. 그리고 주요외국에서 시행되고 있는 실효성 높은 사전구제제도를 적극적으로 도입할 필요가 있다. 사전구제제도와 관련하여 현재 미국은 협의제도, 독일의 세무조사 종결합의제도 및 일본의 청색신고제도 등을 운용하고 있으며, 이러한 주요국의 사전구제제도의 장단점을 비교하여 우리나라 실정에 맞는 제도에 대해서는 도입을 검토할 필요가 있다. 셋째, 지방세에 대해 행정심판전치주의를 재도입 할 필요가 있다. 지방세 관련 행정소송은헌법재판소의 헌법불합치결정(2000헌바30 결정)에 의해 국세와 달리 2002년부터 임의적 전치주의로 되고 있다. 조세행정은 일반 행정처분과 달리 대량 반복적이고 전문성을 요구되며, 통일적인 과세행정을 갖추기 위해 행정심판 전치주의를 채택할 필요가 있는 것이다. 그리고현재 조세관련 소송에서 국가의 패소율이 높은 가장 큰 원인은 법원과의 사실판단에 관한견해차이다. 사실관계에 관한 부분은 행정불복단계에서 어느 정도 정리되는 것이 일반적인데, 지방세의 경우에는 국세와 달리 임의적 전심절차를 채택하고 있기 때문에 사실관계의 정리가 제대로 되지 않는 경우가 발생할 가능성이 매우 높다고 할 것이다. 따라서 이러한 문제점을 개선하기 위해 지방세 행정불복절차도 필요적 전심절차로 개정할 필요가 있다. 다만, 위헌사유를 제거하기 위해 심리절차에 있어서 당사자의 절차적 참여권이라는 본질적 요소의보완에 중점을 두어 사법절차적 요소를 도입하여야 할 것이다.
조세의 부과·징수와 관련해 과세관청이 과세요건에 대한 사실인정의 잘못과 법 해석 및적용의 오류, 과세권의 남용 등으로 위법하고 부당한 과세처분이 이루어진다면 납세자의 재산권을 본질적으로 침해하게 됐다. 따라서 위법이나 부당한 과세처분을 받은 납세자에게 사전 그리고 사후적으로 구제 가능한 법적장치가 마련되어 있다. 지방세의 경우 이러한 권리구제의 법적장치로 사전적 권리구제제도와 사후적 권리구제 제도가 마련되어 있다. 지방세의 경우에 이런 권리구제의 법적장치로서 사전적 권리구제제도와 사후적 권리구제 제도가 마련되어 있다.