지방공기업의 무분별한 외연확대와 방만한 경영, 비효율성 등의 문제가 대두되자 행정자치부에서 는 2010년부터 지방공기업 선진화 방안에 따라 지방공기업에 대한 강력한 구조조정을 시행하였다. 주로 통폐합 등의 경영개선명령을 통하여 지방공기업의 문제점을 개선하고자 하였다. 그러나 이러한 통합의 결과 일부 지방공사의 경우 지방자치단체 대행사업에 대하여 부가가치세 면제 규정을 적용받 지 못하게 되어 지방재정에 더 많은 부담을 주게 되었으며, 부가가치세 세부담이 가중되어 재분리를 추진하기에 이르렀다. 이러한 논란의 쟁점을 정리하면 다음과 같다. 첫째, 지방공단과 지방공사의 대행용역에 대한 부가가치세 차별과세가 문제될 수 있다. 지방공단과 지방공사가 동일하게 지방자치단체 등의 업무를 대행하고 있음에도 불구하고, 현행 법령에서 지방공 단에 대하여만 부가가치세 면제 규정을 둔 것은 차별적인 과세라는 주장이다. 둘째, 부가가치세 과세표준의 범위가 문제될 수 있다. 대행용역의 대가를 이윤을 포함한 위탁관리비 전체로 볼 것인지, 이윤 부분만 용역의 대가로 보아 과세표준으로 볼 것인지가 쟁점이다. 셋째, 지방공사가 「부가가치세법」상 부가가치세가 면제되는 ‘기타 공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하는지 여부가 문제가 될 수 있다. 넷째, 정부의 지방공기업 선진화 방안을 성실히 이행한 지방자치단체에 대하여 통합 후 설립기관의 체제가 바뀌었다는 이유로 부가가치세 면세로 수행하던 동일한 업무를 과세로 전환하는 것은 불합리 할 수 있다는 문제가 있다. 이러한 통합 지방공사의 부가가치세 과세 논란은 「조세특례제한법」 시행령 개정으로 이어지게 되 었다. 본 연구에서는 최근 발생한 지방공기업에 대한 부가가치세 면제 논란에 대하여 관련 법령 및 규정과 현황을 정리하고 쟁점을 분석하였다. 또한 개정된 시행령의 미비점도 제시하였다. 본 연구는 지방공기업에 대한 부가가치세 논란을 최초로 연구하였다.
지방공기업의 무분별한 외연확대 및 방만한 경영, 비효율성 등의 문제가 대두되자 행정자치부에서 2010년부터 지방공기업 선진화 방안에 따라 지방공기업에 대한 강력한 구조조정을 이행했다. 주로 통폐합 등의 경영개선명령을 통해 지방공기업의 문제점을 개선하고자 했다.