국민권익위원회의 제도개선업무는 고충민원, 부패방지, 행정심판의 세 가지 기능이 시너지 효과를 발휘함으로써 규제관련 법제개선에 기여할 수 있는 주요한 기능으로 평가할 수 있다. 이러한 국민권익위의 제도개선업무의 발전방안으로는 다음과 같은 점들을 제시해볼 수 있다. 첫째, 부패방지와 마찬가지로 고충민원의 경우에도 타기관이 이를 수용하기 힘들 경우에 재심의제도를 도입함으로써 의무이행의 정도를 강화하는 것이 필요하다. 그러나 발동요건의 차이를 고려하면 부패방지와 고충민원과 관련해서 행정심판과 마찬가지로 “이 경우 관계 행정기관의 장은 특별한 사유가 없으면 요청에 따라야 한다”라는 정도로 의무이행의 정도를 강화하는 것은 불필요하다고 할 것이다. 둘째, 부패영향평가는 현재 임의절차화되어 있는데, 국민권익위 부패방지조직의 인력상의 한계, 입법절차에 대한 부담 등으로 인해 모든 법령에 대해서 전면적으로 부패영향평가를 필수절차화하는 것은 힘들다고 하더라도 부패방지의 필요성이 높은 일정한 분야(예를 들어 건설, 공기업, 민간위탁 등)를 지정하여 이와 관련해서는 부패영향평가를 필수절차화하여 그 위상을 높이는 것이 필요하다고 하겠다. 셋째, 고충민원, 부패방지, 행정심판의 세 가지 기능을 모두 갖고 있는 국민권익위의 장점을 최대한 활용할 필요가 있다. 국민고충국, 부패방지국, 행정심판국의 현장에서 다양한 법제가 국민에게 미치는 영향을 경험한 직원들이 제도개선에 참여할 수 있도록 하는 것도 필요하다. 이를 위해서는 제도개선업무를 담당하는 부서와 위 세 국간의 정기적인 인사교류도 필요하다고 보여진다. 넷째, 제도개선업무를 담당하는 직원들의 전문성을 확보하는 것이 중요하다. 개별 중앙부처(예를 들어 국가계약법은 기획재정부)에서 실시하는 제도개선업무와 차별성과 연계성이라는 맥락에서 이러한 전문성을 확보해야 한다. 우선 차별성을 기하기 위해서는 부패방지 및 국민권익분야의 전문성을 최대한으로 활용하여 제도개선을 제안할 필요가 있다. 다음으로 연계성을 기하기 위해서는 상충되지만 서로 조화를 이루어야 하는 상반된 정책목표들을 함께 고려할 수 있는 전문성을 확보해야 한다. 예를 들어 공공조달에서는 투명성과 효율성의 두 가지 목표를 균형 있게 고려할 수 있어야 한다.
국민권익위원회의 제도개선업무는 고충민원, 부패방지, 행정심판의 세 가지 기능이 시너지 효과를 발휘함으로써 규제관련 법제개선에 기여할 수 있는 주요한 기능으로 평가할 수 있다. 부패방지와 마찬가지로 고충민원의 경우에도 타기관이 이를 수용하기 힘들 경우에 재심의제도를 도입함으로써 의무이행의 정도를 강화하는 것이 필요하다.