우리나라의 조세특례제한법상 투자조합 세제는 크게 도관론과 조세형평의 2가지 명제하에 구성되어 있다. 조합의 실체를 무시하고 조합원에게 과세하는 것이 원칙이지만 필요에 따라 실체론을 적용하고 있어 조화를 위한 방안이 필요하며, 벤처기업에 직접투자하거나 간접투자하는 경우에 대한 조세형평을 추구하고 있지만 소득귀속이나 비과세 특례에 있어 일관성이나 조세중립성을 저해하고 있는 부분이 있어 현행 세제에 대한 다음의 개선사항을 통해 형평성을 강화하고 불명확성을 해소할 필요가 있다. 첫째, 투자조합을 도관으로 본다면 특례적용대상소득이 발생하는 시기가 조합원에게 수익이 귀속되는 시기로 보아야 하지만 조합원이 이자소득 등 동 소득에 대한 원천세액을 납부하려면 투자조합으로부터 수익을 배분받아야 하나 투자조합의 손익구조상 즉각적인 수익 분배가 어렵기 때문에 동 소득의 귀속시기가 불명확한 것처럼 보인다. 해석상 혼란을 막기 위해서 투자신탁의 경우와 같이 특례적용대상소득이 투자조합에 귀속되는 시점에는 아무에게도 귀속된 것으로 보지 아니한다는 규정을 신설하여 이를 명확히 할 필요가 있다. 둘째, 조세중립성 차원에서 벤처기업출자유한회사와 창업·벤처 PEF에 대한 벤처기업등의 주식양도차익 비과세 특례를 적용하여야 한다. 벤처캐피탈회사등과 투자조합의 경우 벤처기업등의 주식양도차익에 대해 법인세를 과세하지 않지만, 벤처기업출자유한회사와 창업·벤처 PEF는 벤처기업에 직접투자할 경우 주식양도차익의 법인세를 과세하고 있다. 벤처기업출자유한회사는 벤처캐피탈회사등과 창업·벤처 PEF는 투자조합과 목적이나 경제적 실질이 동일한데 법형식에 따라 과세상의 차별을 둔다면 조세중립성을 위반하는 것이므로 개선하여야 한다. 셋째, 조합원의 지분 처분시 양도소득세 관련하여 도관론과 과세관청의 입장이 충돌하고 있으므로, 투자조합과세가 도관론의 입장에서 구성되어 있으므로 일관성 있게 개정하여 불명확성을 제거하여야 할 것이다. 열거주의를 택하고 있는 소득세법상 조합지분은 과세할 수 없을 것이고, 과세하려면 법 개정을 통해 소득세법상 양도소득세 과세대상에 조합 지분을 명시하여야 할 것이다. 그 대상에 있어서도 도관설에 따라 자기 지분에 해당하는 조합재산만을 양도하는 것으로 하여야 한다. 마지막으로 비용배분과 관련하여 도관론을 견지하는 것이 기술적인 부분에서 납세자에게 혼란을 주거나 실무상 불가능할 경우에는 이를 극복하기 위해 도관론에 의한 과세를 어느 정도 후퇴시키고 실체론적 관점에서 과세제도를 새롭게 구성하여 관리보수, 성과보수 등 비용 모두를 공통비용으로 보고, 조합을 실체로 취급하여 비용을 안분하는 것이 타당할 것이다.
우리나라의 조세특례제한법상 투자조합 세제는 크게 도관론 및 조세형평의 2가지 명제하에 구성되었다. 조합의 실체를 무시하고 조합원에게 과세하는 것이 원칙이지만 필요에 따라서 실체론을 적용하고 있어 조화를 위한 방안이 필요하다. 벤처기업에 직접투자하거나 간접투자하는 경우에 대하여 조세형평을 추구하고 있지만, 소득귀속 또는 비과세 특례에 있어 일관성이나 조세중립성을 저해하고 있는 부분이 있어 현행 세제에 대한 다음의 개선사항을 통하여 형평성을 강화하고 불명확성을 해소할 필요가 있다.