발생 첫 주에는 수정란이 분할을 거듭하여 주머니 배 상태로 자궁내막에 착상하며, 발생 2주에는 장차 배아가 되는 납작한 원반모양의 2겹 배반이 만들어진다. 배아기는 발생 3주에서 발생 8주까지이며, 인체의 주요 기관이 형성되는 중요한 시기이자 중추신경계를 선두로 심장, 귀, 눈, 사지, 치아, 구개, 외부생식기 등 주요한 기형이 발생하는 시기이기도 하다. 창자배 형성은 발생 3주 초에 시작하여 4주 말까지 계속되며 배아덩이 위판 세포에서 장기형성에 관여하는 외배엽, 중배엽, 내배엽의 세 종자층이 생긴다. 기형유발인자에 민감한 시기이지만 임신부가 임신한 것을 모르고 주의를 소홀히 하기 쉽다. 발생 3주 말에 신경판의 양쪽 신경주름이 가운데에서 만나 합쳐져 신경관이 만들어지며 신경관은 장차 뇌와 척수가 된다. 발생 25일과 28일경에 머리 쪽과 꼬리 쪽 신경구멍이 막혀서 폐쇄된 관 모양이 되며 제대로 닫히지 않으면 신경관 결손을 초래한다. 신경능선세포는 양쪽 신경주름의 꼭대기에 위치한 신경외배엽에서 유래한 세포이며 다양한 조직과 기관을 만든다. 신경관을 떠나 이주한 신경능선세포는 여러 기형유발물질에 손상 받기 쉽다. 얼굴과 심장속막방석 발생에 관여하므로 손상되는 경우 얼굴과 심장기형의 동반이 드물지 않다.
발생 첫 주에는 수정란이 분할을 거듭해 주머니 배 상태로 자궁내막에 착상하며, 발생 2주에는 장차 배아가 되는 납작한 원반모양의 2겹 배반이 만들어진다.