자진신고 제도는 미국에서 처음으로 도입되어 시행된 이후에 부당 공동행위의 적발과 억지에 효과가 있는 것으로 평가를 받게 되면서 각국의 경쟁당국이 유사한 제도를 도입하여 시행하는 계기를 제공하였다. 공정거래법 역시 공정하고 자유로운 경쟁을 통하여 건전한 시장경제질서를 확립하기 위하여 부당 공동행위를 규제하는 한편 자진신고 제도를 두고 있다. 그런데 부당 공동행위는 그 행위의 속성상 비공개적으로 이루어지기 때문에 이를 증명할 직접적인 증거를 발견하기가 어려운 문제가 있다. 이에 정의관념에 어긋난다는 비판을 받으면서도 자진신고 감면제도를 두고 있는 것은 그나마 부당 공동행위의 존재와 이를 입증할 증거를 얻을 수 있는 최선의 방법이라고 보기 때문이다. 모든 제도가 그렇듯이 자진신고 감면제도 역시 부당 공동행위에 대한 반성의 의미가 아닌 단순히 제재의 수위를 낮추거나 면해보기 위한 수단으로 악용될 수 있는 가능성이 있고, 이를 방지하기 위하여 감면의 요건에 해당하는 경우에도 일정한 경우에는 감면의 혜택을 받을 수 없도록 하였다. 부당 공동행위를 한 사업자는 자진신고를 하는 경우에는 공정거래위원회에 지속적이고 성실하게 협조할 의무를 부담한다. 자진신고를 한 사업자가 자진신고 이전에 증거인멸을 한 사안에서 대법원은 후순위로 자진신고를 한 사업자가 자진신고의 요건인 부당 공동행위를 입증할 증거의 제출과 공정거래위원회에 성실하게 협조할 의무를 위반하였다는 것을 이유로 감면신청을 허용하지 않은 공정거래위원회의 판단을 지지하였다. 시장을 과점지배하고 있는 사업자가 현장조사 당일 컴퓨터 포맷이라는 형태로 관련 자료를 폐기한 것은 자진신고에서의 자료제출이 불충분하다는 것을 의미한다. 또한 입증에 필요한 자료의 제출에는 자료의 파기 등을 하지 않을 의무를 포함하는데, 자료의 폐기 시점이 사업자가 자진신고 여부를 진지하게 고려해야만 하는 상황에서라면 반드시 자진신고 이후의 파기일 필요는 없다고 할 것이다. 자진신고 감면제도는 부당 공동행위의 예방과 억지라는 제도의 취지를 고려하여 운영되어야 할 것이고, 이를 단순히 제재조치를 피하고자 하는 의도로 이용하는 사업자에게까지 인정할 필요는 없다고 할 것이다. 증거인멸 후의 자진신고 감면을 인정하지 않은 이번 대법원의 판단은 이러한 측면에서 타당한 것이라고 할 것이다. 다만 증거인멸 이후의 자진신고라 할지라도 이것이 당해 사업자의 뒤늦은 반성과 조사에 대한 적극적인 협조의지에서 이루어진 것이라면, 자진신고 제도의 취지가 부당 공동행위를 적발 내지 억지하는 것에 있다는 점을 고려할 때, 공정거래위원회의 재량으로 제재수준을 조절할 수 있는 입법적 고려가 필요하다고 할 것이다.
자진신고 제도는 미국에서 처음으로 도입되어 시행된 이후 부당 공동행위의 적발 및 억지에 효과가 있는 것으로 평가받게 되었다. 이에 각국의 경쟁당국이 유사한 제도를 도입하여 시행하는 계기를 제공했다. 공정거래법 역시 공정하며 자유로운 경쟁을 통해 건전한 시장경제질서를 확립하기 위해서 부당 공동행위를 규제하는 한편 자진신고 제도를 두고 있다.