그동안 해양안전심판원에서는 비록 유효한 해기사 면허를 소지하였다고 할지라도 「선원법」에따라 “승선공인을 받지 않은 어선 등의 선장은 해당 선박직원의 직무를 수행하여서는 아니 된다”는 태도를 견지해 왔다. 따라서 해양안전심판원은 유효한 면허가 있더라도 승선공인을 받지 않고 사고 선박에서 선장 직무를 수행하던 자를 “무자격 선원”으로 보고 “사고 당시 이 선박은 무자격자에 의해 운항되었다”고 판단하였다. 그럼에도 불구하고 선장 직무를 수행하던 자가 소지한 해기사 면허에 대하여 업무정지 등의 행정처분을 한 경우와 해기사 면허에 대한 행정처분을 하지 않고 단지 개선을 권고하는 재결을 한 경우로 나누어져 문제가 되었다. 특히 승선공인은 받지 않았으나 해양사고관련자가 소형선박 조종사 면허를 행사하여 소형선박 선장의 직무를 수행하던 중 항해과실로 해양사고를 야기한 경우, 해양사고관련자가 가진 6급 항해사 면허에도 행정처분을 한 사례가 있어 논란을 일으켰다. 이러한 복수의 면허에 대한 행정처분은 그 필요성이 인정되기도 하나 법률적 근거가 없으므로 이에 대한 대책이 필요하다. 또한 관련 규정들과 법원의 태도 등을 고려할 때 비록 승선공인이 이루어지지 않았더라도 그가 유효한 면허를 소지하고 실질적으로 선장의 직무를 수행하고 있었다면 선장으로서의 지위를 인정하고, 그 책임을 물어 해당 면허에 대한 행정처분을 내리는 것이 타당할 것으로 보인다.
관련 규정들 및 법원의 태도 등을 고려할 때 비록 승선공인이 되지 않았더라도 그가 유효한 면허를 소지하고 실질적으로 선장의 직무를 수행하였다면 선장으로서의 지위를 인정하고, 그 책임을 물어 해당 면허에 대해 행정처분을 내리는 것이 타당할 것으로 사료된다.