기업지배구조에 대한 논의는 계속되고 있다. 우리나라는 특히 지배주주의 사익추구방지를 어떻게 할 것인가에 대한 논의가 계속되고 있다. 상법상 감사제도에 대한 개선을 계속되었지만 우리의 기업지배구조에 대한 세계적인 평가는 아직 우리의 노력에 못 미치고 있다. 이 논문은 우리나라 현행제도의 주요 내용과 이에 따른 감사기구설치현황을 살펴보고, 지금까지 논의되어 온 감사기구와 관련한 문제점과 그와 관련한 찬반의견을 분석하여 상법상 감사제도의 실효성을 확보할 수 있는 방안이 무엇인지를 고찰하고자 하였다. 회사경영과 관련하여 감시할 부분을 크게 나누면 일상적 업무, 회계 그리고 경영자의 사익추구방지 부분으로 나눌 수 있는데 감사기구에게 너무 많은 의무를 부과하기 보다는 가장 필요한 곳에 감사기구의 역량과 시간을 투여할 수 있도록 하여야 할 것이다. 이를 위해서는 일상적 업무감사는 내부통제장치를 통해 해결하고 회계감사는 내외부의 회계전문가를 이용하여야 할 것이다. 따라서 감사기구의 핵심역량은 경영자의 사익추구방지에 집중하는 시스템을 마련할 필요가 있다. 감사기구가 효율적으로 경영자의 사익추구를 방지하는 역할을 수행하기 위해서는 감사기구의 권한을 강화하는 것만으로는 부족하며 경영자인 지배주주로부터의 독립성 확보가 필요하다. 독립성을 가진 감사기구를 구성하기 위해서는 감사기구 선임과 해임시 합산 3%의결권제한을 하고, 감사위원 선임의 경우는 일괄선임방식이든 분리선임방식이든 지배주주의 영향력을 지금보다는 감소시킬 필요가 있다. 감사와 감사위원회가 경영정보의 질과 적시성을 확보할 수 있고 이사회에서 의결권을 행사하여 경영자의 사익추구를 직접적으로 방지할 수 있는 감사위원회를 상장회사가 설치하도록 할 필요가 있다. 
우리나라는 특히 지배주주의 사익추구방지를 어떻게 할 것인가에 대한 논의가 계속되고 있다. 따라서 감사기구의 핵심역량은 경영자의 사익추구방지에 집중하는 시스템을 마련할 필요가 있으며 감사기구가 효율적으로 경영자의 사익추구를 방지하는 역할을 수행하기 위해서는 감사기구의 권한을 강화하는 것만으로는 부족하며 경영자인 지배주주로부터의 독립성 확보가 필요하다.