광역자치단체와 기초자치단체간 지방보조금 제도는 사무와 기능에 관한 정교한 원칙이나 객관적인 분석 결과에 근거하지 않고, 광역자치단체가 임의적으로 설정한 보조율을 통하여 제도를 운영하는 문제점이 있다. 이로 인해 기초자치단체의 재정 효율성과 형평성 그리고 예측 가능성에 많은 문제를 초래하고 있다. 이러한 문제점을 인식하여 본 연구는 시도비 보조금 제도의 개선방안 제시를 목적으로 한다. 이를 위해 시도비 보조금 제도와 정부간 재정관계 이론을 통해 협력적 재정관계에 대해 논의하였으며, 시도보조금 제도의 법적 현황과 재원분담 현황을 파악하여 구조적 문제점에 살펴보고 이를 토대로 시도비 보조금 제도의 개선방안을 모색하였다. 시도비 보조금의 개선방안은 중앙정부를 포함한 지방정부간 재정의 활용 배분 등을 협의 등을 통해 추진하는 협력적 재정 거버넌스 시스템 기반의 분권화 방안으로 다음과 같이 제안되었다. 첫째, 국고보조사업 지방비 분담 기준안의 마련이다. 이는 국고보조사업별로 사업의 유형과 성격, 사업비의 규모 및 파급효과 정도, 시행주체 등을 감안하여 중앙과 지방 간 경비부담의 기준을 마련한 후 지방의 특성을 고려한 광역자치단체와 기초자치단체 간 기준을 추가로 설정하여 마련하도록 한다. 차등보조율과 관련해서는 인상보조율만 가능하다는 취지의 개정이 필요하며, 국고보조사업 기준분담률을 준수하지 않을 경우 패널티 제도를 도입할 필요가 있다. 둘째, 광역-기초 시도보조사업 심의기구 신설이다. 이는 보조사업 매칭부담에 관한 주요사항을 심의하기 위해 각 시도에 가칭 ‘광역-기초 지방재정부담심의 위원회’를 설치하는 것을 말한다. 이를 위해 지방재정법 제23조의 2를 신설하여, 신규보조사업의 추진여부, 기존 보조사업 보조율 조정 등을 심의하도록 한다. 이 경우 관련 재정부담에 관한 협의는 의무적인 사항으로 해야 하며, 심의를 통해서만 보조금제도 신설 및 변경이 가능하도록 해야 할 것이다.
광역자치단체 및 기초자치단체간 지방보조금 제도는 사무와 기능에 대하여 정교한 원칙이나 객관적인 분석 결과에 근거하지 않고, 광역자치단체가 임의적으로 설정한 보조율을 통해 제도를 운영하는 문제점이 있다. 이로 인하여 기초자치단체의 재정 효율성 및 형평성 그리고 예측 가능성에 많은 문제를 초래하고 있다.