비영리법인에서도 영리법인에서의 경우와 비견될 만큼 이사와 법인간의 이익충돌 문제가 다양한 양상으로 발현되고 있다. 그 대표적인 유형으로는 이사의 과다보수 수취, 이사와 비영리법인간의 자기거래를 꼽을 수 있을 것이고, 비영리법인에 고유한 이익충돌 문제로서 이사와 법인의 설립목적 위반도 문제될 수 있다. 현행 민법에서는 법인과 이익충돌에 처한 이사의 대표권을 박탈하고 쌍방대리를 금지하고 있지만 해당 조문만으로는 다양하게 발생하는 이익충돌의 문제를 예방하기도, 사후적으로 통제하기에도 부족함이 많다. 비영리법인은 수익배분 제한성을 핵심적 속성으로 하기 때문에, 지배구조를 설계하고 이사의 행위 규준을 정립함에 있어서도 이러한 속성이 우선적으로 고려해야 할 것이다. 따라서 이사의 이익충돌 문제 가운데 과도한 보수의 수취 및 자기거래 유형은 수익배분 제한성을 우회하는 수단이 될 수 있기 때문에 우선적으로 이를 제한할 규범이 마련될 필요가 있다. 또, 비영리법인에서의 설립목적은 영리법인과 달리 그 범위가 쉽게 특정될 수 있고, 비영리법인의 본인-대리인 문제에 있어서 ‘본인’과 등치될 수 있기 때문에 설립목적과의 충돌이나 설립목적의 위배 행위 대해서도 이사 또는 제3자의 이익을 위해서 법인의 이익을 희생시키는 것과 같이 취급할 필요가 있다. 물론 가장 시급한 것은 법인과 이사의 이해관계가 잠재적, 현실적으로 충돌하는 경우 이사는 법인의 이익을 위하여 직무를 수행하여야 한다는 내용의 총칙적 규범을 제정하여 수범자들이나 감시자들이 모두 최우선의 판단 기준으로 삼도록 하는 것이다.
비영리법인에서도 영리법인에서의 경우와 비견될 만큼 이사와 법인간의 이익충돌 문제가 다양한 양상으로 발현되었다. 그 대표적인 유형으로는 이사의 과다보수 수취 및 이사와 비영리법인간의 자기거래를 꼽을 수 있을 것이고, 비영리법인에 고유한 이익충돌 문제로서 이사와 법인의 설립목적 위반도 문제가 될 수 있다.