본 연구에서는 국민이 납세의무 이행에 따른 과세기관의 세무조사대상자 선정과 법률에 의한 공정하고 근거 있는 세무조사방법에 대하여 검토하고 그 문제점을 지적하며, 조사결과에 대한 의견 불일치에 따른 세무조정제도를 제안하고자 한다. 이러한 문제점을 해소하기 위해서는 첫째, 통합세무조사를 원칙으로 하고 있는 현재의 세무조사규정을 감안해서라도 소득세법 등 각 세법에서 열거하고 있는 세무조사관련 법률규정을 국세기본법으로 합쳐야 한다. 현재의 국세기본법 제7장의 2 명칭을【세무조사와 납세자권리】로 바꾸고 세무조사와 관련한 세무조사의 정의, 조사의 유형분류, 조사대상자 선정, 조사의 방법, 조사종결절차 등 모든 사항을 열거하고 그에 따른 납세자의 권리도 어떻게 보장해야 하는지를 열거해 주는 것이 세무조사와 납세자권리보장 차원에서 격이 동등하다 하겠다. 둘째는, 세무조사 대상자 선정의 유형을 파악하고, 조사대상자 선정의 공정성을 위하여 소위 ‘공정과세위원회’를 설치하여 사전에 충분히 검토된 후에 조사대상자로 선정되어야 한다. 여기에는 정기선정보다 비정기선정에 따른 문제점이 더 크다. 납세자가 왜 세무조사를 받아야 하는지 분명히 하고, 법률에 정한 조사방법에 따라 조사를 받고, 억울한 과세처분에서 구제를 받음으로써, 공정한 과세가 이루어지게 하여야 한다. 셋째, 현행 조세범칙조사에 준하는 방법으로 시행되고 있는 일시보관조사(구, 예치조사)를 최소한 보완 또는 폐지되어야 한다. 구체적인 조세범칙혐의가 아니라 단지 제대로 신고납부하지 않은 혐의가 보인다는 이유만으로 압수·수색에 준하는 행위로 납세자의 권익을 무시하는 세무조사는 지양해야 한다. 넷째, 세무조사결과에 대한 과세관청과 납세자 간의 상호 의견불일치의 경우, 조사결과에 대한 세무조정제도를 도입하고, 조정에서 합의된 사항은 납세자의 수정신고로 납세의무를 종결할 수 있어야 한다. 지금껏 각 세법에서 규정한 질문·조사 또는 질문·검사권을 국세기본법으로 취합하고, 세무조사에 관련한 별도의 장(章)을 만들어 세무조사대상자를 선정하고 조사방법을 열거하여 조사결과가 납세자와 상호 의견불일치할 경우에는 세무조정을 하도록 하여야 한다.
본고에서는 국민이 납세의무 이행에 따른 과세기관의 세무조사대상자 선정 및 법률에 의한 공정하고 근거 있는 세무조사방법에 대해 검토하고 그 문제점을 지적하며, 조사결과에 대한 의견 불일치에 따른 세무조정제도를 제언하고자 한다.