서울특별시에서는 2009. 11. 11. ‘서울특별시 도시계획조례’ 제24조 [별표 1] 제1호 가목(4)으로 “비오톱(특정한 식물과 동물이 하나의 생활 공동체를 이루어 지표상에서 다른 곳과 명확히 구별되는 생물서식지)”이라는 새로운 유형의 개발행위허가 기준을 마련하면서, 비오톱 유형평가 1등급이고, 개별 비오톱 평가 1등급인 토지는 “대상지 전체”에 대하여 “절대적으로 보전하여야 한다”는 강력한 개발제한 규정을 신설하였음에도 불구하고, 절대적 보전 대상이 되는 토지에 대하여 세금 감면 등의 세제 혜택은 물론 일체의 보상에 관한 규정은 마련하지 않았다. “절대적으로 보전한다”는 의미는 문언 그대로 기존의 일체의 개발허가를 허용하지 않고 지금 현재의 상태를 그대로 유지한다는 것으로, 적어도 비오톱 유형평가 1등급이고, 개별 비오톱 평가 1등급인 토지에 대해서는“개발 제한”이 아니라, “개발의 절대적 금지 내지는 개발의 절대적 불허”조례에 해당하게 된다. 위와 같은 비오톱 평가를 이유로 개발을 제한하는 서울특별시 도시계획조례는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항, 제3항, 동법 시행령 제56조, 국토교통부 훈령 제524호 개발행위허가운영지침 1-2-2 등에 근거를 두고 있는 것으로 보이지만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 및 시행령 등에서 개발행위 자체를 절대적으로 금지하는 구체적인 별도의 규정이 없는 상태에서 유형평가 및 개별 비오톱 평가 모두 1등급인 해당 토지 전체에 대하여“절대적 보전”, “절대적 금지”를 하겠다는 것은 일정한 요건을 갖춘 경우 개발을 허가할 수 있는 기준을 마련한 위임규정의 목적을 초과한 것으로 볼 여지가 있다고 판단된다. 한편, 이미 개발제한구역에 관한 구 도시계획법 제21조나, 도시계획 구역 지정에 따라 행위 제한을 받은 토지소유자들에게 아무런 보상에 관한 규정을 두지 아니한 구 도시계획법 제4조에 대한 위헌소원에서 헌법재판소는 “재산권의 제한은 해당 토지를 원칙적으로 지정 당시의 지목과 토지현황에 의한 이용방법에 따라 사용할 수 있는 한, 재산권에 내재하는 사회적 제약을 비례의 원칙에 합치하게 합헌적으로 구체화한 것이라고 할 것이나, 종래의 지목과 토지현황에 의한 이용방법에 따른 토지의 사용도 할 수 없거나 실질적으로 사용·수익을 전혀 할 수 없는 예외적인 경우에도 아무런 보상 없이 이를 감수하도록 하고 있는 한, 비례의 원칙에 위반되어 당해 토지소유자의 재산권을 과도하게 침해하는 것으로서 헌법에 위반된다”고 판단하였다. 그런데 비오톱 유형평가 및 개별 비오톱 평가 1등급을 받았다는 이유로 개인 소유의 사유지에 대한 절대적인 보전을 강제하는 것은 해당 토지에 대하여 실질적인 사용·수익을 전혀 할 수 없도록 조례에서 규정하고 있는 것인데, 서울특별시 도시계획조례에서는 이러한 재산권의 침해와 공익간의 비례성을 회복할 수 있는 방법을 전혀 규정하고 있지 않다. 결국 개인의 재산권에 대한 강력한 제한(절대적 보전을 통한 개발의 일체 불허)을 통해 자연풍광 등의 환경보전이라는 그 이익이 반사적으로 사회 구성원 전체에게 돌아가는 것 임에도 불구하고 금전보상, 지정해제, 매수청구권, 재산세 감면 등과 같은 보완조치 없이 절대적 보전을 감수하도록 하는 것은 결국 해당 토지소유자의 재산권을 과도하게 침해하는 것으로서 헌법에 위반된다 할 것이다. 따라서 서울특별시 도시계획조례는 이러한 보완책을 마련하는 방법으로 시급히 수정되어야 할 것이다.
비오톱 평가를 이유로 개발을 제한하는 서울특별시 도시계획조례는 국토의 계획 및 이용에 대한 법률 및 시행령 등에서 개발행위 자체를 절대적으로 금지하는 구체적인 별도의 규정이 없는 상태에서 유형평가 및 개별 비오톱 평가 모두 1등급인 해당 토지 전체에 대하여“절대적 보전”, “절대적 금지”를 하겠다는 것은 일정한 요건을 갖춘 경우 개발을 허가할 수 있는 기준을 마련한 위임규정의 목적을 초과한 것으로 볼 여지가 있다고 판단된다. 따라서 서울특별시 도시계획조례는 이런 보완책을 마련하는 방법으로 시급히 수정되어야 할 것이다.