대법원은 한미조세협약상 국내등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없다는 확립된 입장을 고수하고 있으며, 이후 법인세법이 개정되어 사용지주의를 적용하는 조세조약에 있어서의 “사용”에 대한 의제 규정이 추가되었다. 그러나 그 이후에도 대법원은 개정된 법인세법에도 불구하고 여전히 국내등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대해 과세할 수 없다는 판결을 계속하여 내리고 있으며 이는 사법부의 확립된 입장이다. 본 논문에서는 대법원 판결에 많은 비판이 있으나 비엔나 협약에 따른 국제법상 조세조약의 해석에 관한 법리와 특허법 속지주의의 법리에 따르면 대법원의 판결이 타당하다는 점을 논증한다. 또한, 본 논문에서는 유사한 내국세법의 조문과 유사한 문구의 조세조약을 체결한 일본 최고재판소의 판결 및 이후의 대응방안과 우리 정부의 대응방안을 비교한다. 결론적으로 볼 때 일본의 조세조약과 내국세법은 우리와 매우 유사하나, 일본은 최고재판소의 판결 이후에 조세조약의 개정을 추진하였다. 일미조세조약의 개정은 우리나라와의 실정에 온전히 부합한다고 볼 수 없기에, 일본과 동일한 방향으로 개정하는 것을 상정할 수 없다. 다만, 일본이 조세조약을 개정하기 위해 수년간 전문인력을 두고 검토하였다는 점은 참고해야 한다. 우리 정부는 더 이상 국내세법만의 개정을 통해 타국과의 관계에서 과세권을 확보하려고 노력하기보다, 우리 현실에 맞게 조세조약을 개정하는 방안을 연구하는 노력이 필요하다. 이와 같은 정책 방향의 전환이 국익에도 도움이 되는 방향이며 혈세를 낭비하지 않는 길이기에, 본 논문을 통해 관련한 논의의 큰 방향이 해석적 관점에서 정책적 관점으로 변경되기를 기원한다.
대법원은 한미조세협약상 국내등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대해 과세할 수 없다는 확립된 입장을 고수하고 있고 이후 법인세법이 개정되어 사용지주의를 적용하는 조세조약에 있어서의 “사용”에 관한 의제 규정이 추가됐다.