군사법제도를 둘러싼 쟁점 중 가장 중요하고도 본질적인 것은 과연 평시에 특별법원으로서 군사법원이 필요한가 하는 것이다. 우리나라 최초의 군사재판제도는 1948. 7. 5에 공포된 국방경비법에 근거해 수립된 군법회의라 할 수 있다. 국방경비법이 미국의 전시군법전을 거의 번역하다시피 한 것이어서 군법회의도 지휘관 중심의 미국의 체계와 대동소이하였다. 지휘관 중심의 사법체계는 전시와 같은 상황에서 군의 임무달성을 돕는 데는 매우 효율적이지만, 평시에 일반 사법체계와 이념 및 목적 등이 상이한 지휘관중심의 군사법원체계를 적용하여 사건을 해결함으로써 일반 국민들의 범감정과 괴리가 발생했다. 이에 군사법원의 독립성을 강화하는 방향으로 여러 차례의 개정이 이루어졌다. 그런데, 문제는 군사법원의 독립성을 강화하는 방향으로의 개정이 특별법원으로서의 군사법원의 존치 필요성을 약화시켰다는 점이다. 특히 최근의 개정으로 군사법원의 가장 큰 특징이라 할 수 있는 관할관의 확인조치권과 심판관제도가 평시에는 사실상 유명무실화 되었다. 특별법원으로 군사법원을 운용하는 경우에는 그 목적을 달성하기 위해 일반법원과는 다른 특성을 가질 수 밖에 없다. 특별법원의 특성이 거의 없어진 군사법원을 평시에 유지하는 것은 군이 국민의 신뢰를 잃게 되는 원인이 될 뿐만 아니라 정작 전시에 필요한 특별법원으로서의 군사법원의 존재 필요성까지도 부인하게할 우려가 있다. 특히 군사법원에서 재판한 대부분의 사건이 군의 업무와 관련된 사건이 아니라는 점에서 평시 군사법원의 필요성에 대해 더욱 의문을 갖게 된다.
군사법제도를 둘러싼 쟁점 중 가장 중요하고도 본질적인 것은 과연 평시에 특별법원으로서 군사법원이 필요한가 하는 것이다. 지휘관 중심의 사법체계는 전시와 같은 상황에서 군의 임무달성을 돕는 데는 아주 효율적이지만, 평시에 일반 사법체계와 이념 및 목적 등이 상이한 지휘관중심의 군사법원체계를 적용해 사건을 해결함으로써 일반 국민들의 범감정과 괴리가 발생했다.