부가가치세 납부세액은 과세기간 중 매출세액에서 매입세액을 공제하여 산출된다. 현행 부가가치세법 제39조에서는 매입세액 중 ‘공제하지 아니하는 매입세액’을 규정하고 있는데 그 중 하나가 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우(사실과 다른 세금계산서)를 들고 있다. 한편 사실과 다른 세금계산서의 발생 원인으로 매입세금계산서 상 ‘작성 연월일’이 속한 과세기간과 실제 해당 과세물건의 공급시기가 속한 과세기간이 다른 경우를 제시하고 있다. 그러나 단지 작성 연월일이 다르다는 이유로 부가가치세 매입세액을 공제해주지 않는 것은 그 이론적 근거를 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라, 이는 편의적인 세무행정을 위한 것으로 밖에 볼 수 없다. 한편, 이 조문과 관련된 헌법재판소나 대법원의 입장은 세금계산서를 주고받는 질서를 확립할 목적이라는 이유로 매입세액 불공제를 지지하고 있다. 즉, 과세행정질서를 유지하는 목적상 타당하다는 것이다. 그러나 사실과 다른 세금계산서가 과세행정질서를 문란하게 했다면, 매입세액 불공제 보다는 오히려 가산세 부과가 더 타당하다. 부가가치세는 그 성질상 소득세나 법인세의 선행 세목이다. 그런데 소득세나 법인세의 경우 납세의무자가 필요경비나 손금을 과소 신고하였다면, 경정청구를 통해 세금부담을 줄여주고 있다. 심지어 세무조사 과정에서 그 사실을 발견하였다면, 국세부과제척기간 내에서 과세기간이 경과하였다고 하더라도 적극적으로 필요경비나 손금으로 추가적으로 산입하고 있다. 그럼에도 불구하고 사실과 다른 세금계산서 중 단지 과세기간이 경과되었다는 이유로 매입세액을 불공제하는 것은 납세의무자의 재산권 침해는 물론 과세편의주적 제도라고밖에 볼 수 없다. 따라서 사실과 다른 세금계산서의 작성목적이 부당하게 조세를 회피할 목적이 아니라면 원칙적으로 매입세액공제가 가능하도록 세법이 개정될 필요가 있다.
부가가치세 납부세액은 과세기간 가운데 매출세액에서 매입세액을 공제하여 산출한다. 현행 부가가치세법 제39조에서는 매입세액 가운데 ‘공제하지 않는 매입세액’을 규정하고 있는데 그 가운데 하나가 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 때(사실과 다른 세금계산서)를 들고 있다.