대상판결은 군법무관인 원고가 다른 군법무관들과 함께 국방부장관의 군 내 불온서적 반입 금지 지시에 대하여 헌법소원을 제기하였음을 이유로 받은 징계처분 등을 취소하였다. 헌법소원의 대상이 상관인 국방부장관의 지시라는 점에서, 군인의 복종의무와 국민으로서 재판청구권 행사가 일견 충돌하는 것으로 보이는 이 사안에서, 대법원은 재판청구권 행사의 목적이 이 사건 지시에 불복종하려는 것이 아니고, 이 사건 지시가 일반 군인들의 책 읽을 자유라는 정신적 기본권을 과도하게 제한하여 위헌의 의심이 있었다는 점 등에 비추어 볼 때, 복종의무에 위반되지 아니한다고 판단함으로써 군인의 재판청구권 행사가 복종의무에 위반되지 아니하는 기준을 제시하였다. 또한 법령의 근거가 없는 군 내 사전건의 절차를 거치지 아니하였다는 이유만으로 징계사유가 될 수 없다고 판단함으로써, 군인이라 하더라도 기본권을 제한하기 위하여는 헌법 제37조 제2항에 따른 법률유보원칙이 준수되어야 함을 확인하였다. 군무 외 집단행위란 군복무에 관한 기강을 저해하거나 기타 그 본분에 배치되는 행위라는 기존 법리를 확인하고, 그 판단 기준을 제시하였다.
대상판결은 군법무관인 원고가 다른 군법무관들과 더불어 국방부장관의 군 내 불온서적 반입 금지 지시에 대해 헌법소원을 제기하였음을 이유로 받은 징계처분 등을 취소했다.