우리나라는 2013.11.5. 개정한 「소득세법 시행령」 제41조 제10항에서 종교인이 종교 관련 종사자로서의 활동과 관련하여 그가 소속된 종교단체로부터 받는 금품을 기타소득으로 규정하면서, 그 규정의 시행을 유예하여 오고 있다. 이에 본 연구에서는 종교단체 및 종교인의 과세제도의 입법론적인 개선방안을 제시하였으며, 그에 대한 내용은 다음과 같다. 첫째, 개별세법에서 제각기 다른 내용으로 규율하고 있는 종교단체를 포함한 공익법인의 정의규정을 「국세기본법」에서 일괄하여 규정하도록 개선하여야 할 것이다. 또한 비영리법인의 설립과 운영, 공익성 검증, 사후관리를 담당하기 위하여 국무총리 소속으로 독립위원회인 공익성 검증위원회를 설치하도록 해야 할 것이며, 종교단체를 포함한 면세단체에 대한 공익성 심사를 강화하여야 할 것이다. 둘째, 종교단체의 수익사업소득 중 영리기업과 경쟁관계에 있지 않는 소득으로서는 주식의 처분소득 및 고정자산처분이익 등은 수익사업소득의 범위에서 제외하여야 한다. 또한 종교단체의 고유목적사업에 대한 지출을 촉진하기 위해서 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 법인을 제한하기 보다는 확대하는 것이 바람직하다. 한편, 이자소득만 있는 경우에 한하여 인정하고 있는 신고특례제도를 배당소득이 있는 경우까지 확대하여야 한다. 셋째, 현행 종교단체의 주식취득에 대한 5%(성실공익법인의 경우 10%)의 한도 규제는 종교단체가 보유하고 있는 주식의 유형을 전혀 고려하지 아니하고 편의적으로 설정한 기준이기 때문에 합리성이 없다. 따라서 비상장기업의 경우에는 30~40%까지, 그리고 상장기업에 대해서도 10%(성실공익법인에 대해서는 20%)까지 그 제한폭을 완화하여야 할 것이다. 넷째, 종교단체가 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세를 면제하는데, 실비의 범위에 대하여 구체적인 해석의 기준을 법령에서 정하는 것이 바람직하다. 그리고 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하거나 보유하고 있는 부동산에 대해서는 취득세나 재산세 등을 면제하지만 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제규정을 적용하지 아니하는데, 이 경우 고유목적사업에 대한 사용을 판단할 수 있는 기준을 법령에 구체화할 필요가 있다. 다섯째, 종교인을 근로자가 아닌 종교적 관점에서 판단하여야 한다는 주장도 있으나, 종교인이 그가 소속된 단체로부터 받는 금품은 근로소득에 해당한다고 하겠다. 따라서 종교인이 종교단체로부터 받는 금품의 소득구분은 입법론적으로는 근로소득으로 규정하는 것이 타당할 것으로 판단된다.
이 연구에서는 종교단체 및 종교인의 과세제도의 입법론적인 개선방안을 제시했고, 그에 관한 내용은 다음과 같다. 비영리법인의 설립과 운영, 공익성 검증, 사후관리를 담당하기 위해 국무총리 소속으로 독립위원회인 공익성 검증위원회를 설치하도록 해야 할 것이며, 종교단체를 포함한 면세단체에 관한 공익성 심사를 강화해야 할 것이다. 종교단체가 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 대해 부가가치세를 면제하는데, 실비의 범위에 관해 구체적인 해석의 기준을 법령에서 정하는 것이 바람직하다.