현행 세법은 출자전환 시 피출자전환 채무자의 입장에서 주식발행액면초과액 중 발행가액(출자전환채권액)과 발행주식의 시가 간의 차액을 채무면제익으로 하되 구조조정법인이면 이 채무면제익을 차후 연도에 발생하는 결손금의 보전에 충당할 수 있도록 하여 과세문제를 해결하도록 하고 있고, 출자전환채권자의 입장에서는 구조조정법인에 출자전환하는 경우 채권자의 주식취득가액을 출자전환하는 채권의 장부가액으로 하여 법인세법상으로는 출자전환 시 출자전환채권액과 발행 주식의 시가 간의 차액이 대손금에 해당하지 않도록 하고 있다. 그러나 부가가치세법상으로도 출자전환채권액과 발행 주식의 시가 간의 차액이 대손세액공제의 대상이 되는 것인지에 대한 논란이 이어지다가 조세심판원이 대손세액공제가 가능하다고 결정한 이후 기획재정부도 대손세액공제가 가능한 것으로 해석을 변경하였다. 그러나 출자전환 시 채무면제익이 발생하면 당장의 익금산입에 따른 문제 이외에 여러 가지 문제가 발생하는데, 실무에서는 액면가액으로 출자전환 후 즉시 발행주식을 소각, 감자함으로써 채무면제익이 될 부분을 감자차익으로 전환하는 방식을 이용하여 문제 발생에 대처하고 있다. 그런데 최근 대법원 판결에서 회생계획에서 액면가액으로 출자전환한 후 즉시 발행주식을 소각, 감자하는 형식을 취하더라도 소각, 감자될 것으로 예정된 주식발행가액(출자전환채권액)은 ‘애초부터 회생계획인가의 결정에 의하여 회수불능으로 확정된 채권가액에 해당한다’고 판시하였다. 이렇게 되면 그 동안 실무에서 액면가액으로 출자전환한 후 즉시 발행주식을 소각, 감자하는 방식을 선택하여 채무면제익의 발생에 대처해 온 것이 실효성이 없게 되는 결론에 이르게 된다. 그러나 대상판결의 논리에 따를 때, 회생계획에서 출자전환·감자의 방식으로 소각할 예정인 주식의 발행가액을, ① 채무자에게 채무소멸익으로 과세하고 이를 배당할 경우 채권자에게 배당소득으로 과세할 것인지의 문제, ② 해당 회생회사를 위한 연대보증인 등에게 채무소멸에 따른 금액으로 보증책임 등을 청구할 것인지의 문제, ③ 해당 회생회사가 출자전환에 따른 증자 등기를 할 때에 등록면허세를 과세하지 않을 것인지의 문제, ④ 1차 회생계획이 아닌 2차 회생계획에서 감자를 하면 감자차익으로 인정될 것인데, 이렇게 감자의 시기를 달리 하면 감자차익이 인정된다고 하면 형평과세 측면에서 타당한 것인지의 문제, ⑤ 출자전환 후 소각된 주식가액이 출자전환주식을 취득한 이후의 손실가액 보다 더 큰 경우 실제의 경제적 손실보다 더 큰 금액이 대손금으로 손금인정되는 등의 문제가 초래된다. 출자전환 관련 논란이 발생하는 것은 할증발행 형식의 출자전환 시 발생하는 채무면제익 때문이다. ① 이 채무면제익의 발생을 방지하기 위하여, 출자전환·감자의 방식으로 우회적으로 준비금(감자차익)을 발생시키는 방법을 실무에서 선택하도록 할 것이 아니라, 할증발행 형식으로 출자전환하도록 하여 채무자회생법이 예정하고 있는 준비금(주식발행액면초과액)을 발생시켜서 문제를 해결하도록 하는 것이 바람직하고, ② 이 문제를 근원적으로 해결하기 위하여 채무자회생법을 개정하도록 하며, ③ 법인세법도 개정하여 출자전환은 자본거래임을 명시하여 출자전환 시 채무면제익이 발생하지 않도록 해야 할 것이다.
최근 대법원 판결에서 회생계획에서 액면가액으로 출자전환한 후 즉시 발행주식을 소각 및 감자하는 형식을 취하더라도 소각, 감자될 것으로 예정된 주식발행가액(출자전환채권액)은 ‘애초부터 회생계획인가의 결정에 의해 회수불능으로 확정된 채권가액에 해당한다’고 판시했다. 이렇게 되면 그 동안의 실무에서 액면가액으로 출자전환 후 즉시 발행주식을 소각, 감자하는 방식을 채택해 채무면제익의 발생에 대처해 온 것이 실효성이 없어지는 결론에 이르게 된다.