녹둔도는 조선전기부터 동해로 침입하는 왜구의 방비와 여진족의 내륙침입을 막는 데 중요한 군사적 요충지였다. 조선후기로 오면서 녹둔도는 섬의 기능을 상실하고 연해주에 이어지는 육지가 되어 더 이상 조선의 영토로서 존재하지 못하였다. 그러나 녹둔도가 육지가 된 이후에도 조선인이 이주하여 거주하는 경우는 지속되었다. 두만강의 잦은 범람과 거주인이 희박했던 관계로 농경지로는 최적이었기 때문에 불법적으로 토지를 개간하고 거주하는 민인들이 조선후기에도 존재하였다. 녹둔도에 조선인이 거주하는 것은 한말에도 이어져서 한러관계의 역사적 현장이기도 하였다. 녹둔도가 우리 역사에서 러시아로 편입된 것은 제2차 아편전쟁 이후 영국과 프랑스의 북경 점령 때문이었다. 당시 러시아는 청국과 서구 제국의 외교를 중재하면서 그 대가로 연해주 일대를 영유하게 되었으며 녹둔도가 그것에 포함되었다. 그런데 당시 녹둔도가 러시아에 넘어간 것은 청국의 독단적인 일이었으며, 역사적으로나 실질 거주자에 대한 지배력을 가지고 있던 조선정부에는 어떤 외교적 통보도 없었다. 따라서 녹둔도는 한국 역사 속에 존재하였다가 근대 서구 제국주의 세력의 침략 와중에 상실된 영토라고 볼 수 있다. 녹둔도가 우리 역사에 등장하는 것은 고려말 조선초기라고 생각된다. 그 이전에는 이 지역에 녹둔도와 같은 크기의 섬이 기록상에 나타나지 않았기 때문이다. 녹둔도를 발견한 정확한 연대는 알 수 없는데, 녹둔도가 두만강의 하구언 삼각주의 하나였다가 섬이 된 것으로 추정할 따름이다. 따라서 녹둔도의 역사는 조선초기라고 보는 것이 옳을 것이다. 녹둔도가 조선의 영역이 된 것은 세종대 6진 개척 때 경흥에 행정적으로 소속되면서부터이다. 이때 녹둔도는 경흥부 조산보에 소속되었고 조산보의 만호가 관할하였는데, 군사적 거점으로서의 기능은 조선후기까지 지속되었다. 그런데 광해군 이후 녹둔도는 점차 조선 역사에서 사라지는 경향을 보였다. 후금의 성장과 만주지역의 긴장관계로 인해 조선정부가 녹둔도까지 신경을 쓸 겨를이 없었기 때문이다. 또한 청국 건국 이후 여진족의 정치체가 하나로 통일되어 두만강을 넘어 녹둔도를 침략하는 집단이 사라진 것도 한 이유이다. 조선후기로 갈수록 녹둔도는 황무지로 방치되고 군사시설로도 활용되지 않는 무인도로 바뀌었다. 녹둔도가 조선전기에 비해 환경적으로 크게 바뀐 결과이다. 녹둔도는 이 시기를 전후하여 식생에 큰 변화가 시작되어 초목 없이 사구(砂丘)와 습지가 사방에 있었으며, 18세기 이후 두만강 물줄기와 퇴적물의 변화에 따라 연해주와 연결되어 육지가 되었다. 그런데 조선후기에 작성된 다수의 지도를 보면 조선인들이 녹둔도를 영토로 인지한 것까지는 분명하지만, 국경 영역에서의 위치와 지리적 조사는 소홀히 한 것이 보인다. 녹둔도의 위치를 함흥이나 연해주 쪽으로 그려 넣거나, 두만강 하구언을 벗어나 작성한 지도들은 당시 조선인들의 영역 의식과 녹둔도에 대한 정보가 상대적으로 미흡했음을 나타내는 것이다. 조선후기에 작성된 지리지에 녹둔도의 변화된 상황이 나와 있는데도 대한제국기에 그 내용을 반영하지 못한 것은 러시아가 청국과의 외교협정으로 녹둔도를 점유하는 결과를 가져온다. 결국 1861년(철종 12) 북경조약의 결과 녹둔도는 연해주를 확보한 러시아에 넘어갔다. 서구 제국주의 세력의 아시아 진출시기에 동북아시아의 전통적인 국제질서인 중화적(中華的) 사고관(思考觀)을 탈피하지 못하고 소극적인 자세로 영토 관리를 소홀히 한 결과 러시아에 일방적으로 녹둔도를 점유당한 결과를 야기하였다. 물론 녹둔도가 18세기 이후 연륙화된 결과로 러시아령이 된 것이지만, 녹둔도가 연륙화가 되었더라도 조선정부에서 관원을 파견하여 행정체계를 갖추거나 국경 요새를 건설하였다면 상실하지 않았을 지역이었다. 이 점은 당시 백두산을 중심으로 한 간도와 두만강 유역에 대한 조선정부의 통제가 미흡한 결과라고도 볼 수 있으며, 특별히 녹둔도에 대한 관리를 소홀히 한 결과라고만 해석할 수는 없을 것이다. 다만 고종대에 녹둔도를 회복하려던 외교적 노력이 일제의 침략으로 더 이상 진행되지 못했지만, 고종이 직접 정보원을 연해주에 파견하여 녹둔도의 상황을 파악하던 모습은 대한제국기에 녹둔도를 영토로 인식하고 있었음을 보여주는 것이다. 특히 녹둔도는 대한제국기는 물론 일제시대에도 러시아인보다 조선인의 거주가 압도적이었으며, 지역의 경제권도 한반도와 연결되어 있었다. 따라서 녹둔도가 지형적인 변화로 연해주에 연륙되어 러시아가 제국주의 침략의 일환으로 점유하기는 했지만, 실제로는 조선인들이 지배하고 있었다고 볼 수 있다. 현재도 녹둔도 인근은 자연환경이 열악하여 접근하기 용이하지 않다. 이는 역으로 녹둔도가 한반도와 연결된 생활 터전이었음을 간접적으로 보여주는 것이기도 하다. 이런 배경으로 제국주의적 침략에 의해 당사자인 조선이 누락된 상황에서 진행된 청국과 러시아의 외교협정은 국제환경의 변화에 따라 얼마든지 재고될 수 있을 것이다. 오늘날 중국이 일본에 센카쿠 열도의 소유를 주장하거나, 일본이 러시아에 북방 도서 반환을 요구하는 것은 변화된 국제환경 때문에 발생하는 것이다. 녹둔도의 경우 센카쿠와 북방 도서보다 역사적으로 한반도와 연결된 우리 민족의 활동 영역이었음은 충분히 증빙할 수 있기 때문이다.
녹둔도는 조선전기부터 동해로 침입하는 왜구의 방비와 여진족의 내륙침입을 막는 데 중요한 군사적 요충지였다. 두만강의 잦은 범람과 거주인이 희박했던 관계로 농경지로는 최적이었기에 불법적으로 토지를 개간하고 거주하는 민인들이 조선후기에도 존재했다. 녹둔도가 우리 역사에서 러시아로 편입된 것은 제2차 아편전쟁 이후 영국과 프랑스의 북경 점령 때문이었다. 그런데 당시 녹둔도가 러시아에 넘어간 것은 청국의 독단적인 일이었으며, 역사적으로나 실질 거주자에 관한 지배력을 갖고 있던 조선정부에는 어떤 외교적 통보도 없었다.