펀드소득의 실질은 배당소득이 아닌 양도소득이기 때문에 현행 펀드세제처럼 손실이 발생한 경우에도 과세하는 것은 순소득과세 원칙을 위배할 수 있다. 또한 해외주식의 직접투자와 펀드투자 간, 투자신탁과 투자회사 간 조세상 차별이 존재하고 있어 조세형평에 부합하지 않는다. 펀드투자 같은 금융투자에 따른 소득은 이동성이 강한 소득이기 때문에 외국의 세제와 비교하여 불리하지 않아야 하는데 우리나라는 배당소득으로 과세하고 있어 양도소득으로 과세하는 외국의 세제보다 불리할 수 있다. 이와 같은 펀드세제의 내재된 문제점 때문에 투자자들은 펀드 투자를 선호하지 않고 있으며, 펀드세제의 조세중립성 제고 및 자본시장 활성화를 위한 개선방안이 필요한 상황이다. 펀드세제는 조세의 공평성, 중립성, 국제적 정합성에 비추어 일반투자자가 이해가능하고 예측가능한 세금이 될 수 있도록 다음과 같이 개선되어야 한다. 첫 번째, 펀드의 투자이익을 경제적 실질에 맞추어 양도소득으로 과세해야 한다. 양도소득으로 과세한다면 복수 펀드간 손익통산이 가능해지고, 해외주식직접투자와 해외펀드투자간 조세중립성을 제고할 수 있다. 두 번째, 펀드 결산시 과세하지 말고 환매(양도)시에만 과세해야 한다. 펀드 결산시 과세하는 것은 미실현이익 과세이므로 과세하지 말고, 펀드의 투자이익이 실현되는 환매시에 과세하는 것이 합리적인 과세방안이다. 세 번째, 펀드 환매시 실제 손익에 대해서 양도소득세를 과세해야 한다. 펀드의 과표기준가 상승분에 대한 과세가 아니라 펀드의 실제 양도차익에 대해서 과세하는 것이 개인투자자의 이해가능성을 높이고 응능과세원칙을 실현할 수 있을 것이다.
펀드소득의 실질은 배당소득이 아닌 양도소득이기 때문에 현행 펀드세제에 따른 손실이 발생한 경우에 과세하는 것은 순소득과세 원칙을 위반할 수 있다. 또한 해외주식의 직접투자 및 펀드투자 간, 투자신탁과 투자회사 간 조세상 차별이 존재하여 조세형평에 부합하지 않는다.