淸虛堂 休靜禪師(1520~1604)는 어려운 시기에 종단의 안정과 壬辰倭亂을 막기도 하였다. 서산대사는 어디까지나 선사로서 불교를 통합하려고 노력하였다. 그는 徑截門, 圓頓門, 念佛門의 三門으로 수행방법을 체계화 시켰다. 서산의 법계는 普照 懶翁으로 연결되는 法眼宗 계통과 太古普愚로 이어지는 臨濟宗 계통을 모두 포함하고 있다고 볼 수 있다. 사상적으로는 法眼宗 계열이지만 법맥으로는 임제종 계열로 나눌 수 있다. 따라서 한국선종은 법안종과 임제종이 함께 계승된 것으로 보인다. 그는 선은 부처님의 마음이고, 교는 부처님의 말씀이라고 하였다. 그러나 그의 일관된 禪敎觀은 선이 주이고 교가 종으로 생각하였다. 이와 같이 선교의 차이를 논하면서 선과 교를 통합하려고 애를 쓰면서도 선교일치의 입장보다는 捨敎入禪을 고수하고 있다. 상근자는 禪修行으로 頓悟가 가능하지만, 하근자는 漸悟로서 교학적인 단계를 밝아야 한다고 根機論을 주창하였다. 그는 정토염불에 대하여 긍정적이면서도 적극적이었다. 그는 윤회를 벗어나는 지름길이 염불이라고 분명히 믿고 있다. 그런데 그가 말하는 염불은 부처님의 경계를 반연하는 마음의 觀念念佛과 부처님의 명호를 부르는 稱名念佛이 하나가 되어야 한다고 보고 있다. 즉 마음과 입이 하나가 되어 마음으로는 부처님을 생각하고, 입으로는 부처님의 명호를 부르는 것이 염불이라고 정의하고 있다. 그러면서 염불을 네 가지로 나누어 口誦念佛, 思像念佛, 觀相念佛, 實相念佛로 분류하고 있다. 그는 일반적으로 다른 선사들과는 다르게 극락세계의 實有淨土를 주장하면서, 唯心淨土에 대해서는 부정적으로 보고 있다. 그리고 하근기를 위하여 칭명염불의 중요성도 강조하고 있다. 단순히 입으로만 하는 기계적인 칭명이 아니라 마음으로 부처님을 생각하면서 입으로 부르는 것을 말하고 있다. 상근자는 유심정토가 가능할지 모르지만 하근기 둔근자는 서방을 향하여 앉아서 염불하는 指方立相的인 칭명염불이 반드시 필요하다고 衆生根機論을 말하고 있다. 특히 그는 임종염불에 대하여 많은 관심을 가지고 있었다. 더 나아가서 참선이 곧 염불이며, 염불이 곧 참선이라고 하여 禪淨一致를 주창하였다. 염불을 화두 참구하듯이 하기도 하고 화두를 염불하듯이 할 수 있음을 말하면서 念佛禪을 강조하고 있음을 알 수 있다. 전체적으로 그의 정토관을 한 마디로 말한다면, 극락정토는 반드시 존재하며, 중생의 근기에 따라서 수행할 것을 설하고 있다.
淸虛堂 休靜禪師(1520~1604)는 어려운 시기에 종단의 안정과 壬辰倭亂을 막기도 했다. 사상적으로는 法眼宗 계열이지만 법맥으로는 임제종 계열로 나눌 수 있다. 그러나 그의 일관된 禪敎觀은 선이 주이고 교가 종으로 생각했다.