시장주의 정부의 시대에 살고 있지만 정부의 역할이 필요하다는 사실을 부인할 수는 없다. 출연연은 정부의 적극적 개입을 보여주는 상징과 같은 존재이다. 경제성장과정에서 주도적 역할을 수행했던 출연연은 탈추격혁신체제로 전환이 논의되고 있는 상황에서 다양한 비판에 직면하게 되었다. 낮은 연구 효율성과 역할 중복으로 대변되는 출연연 문제는 출연연의 역할과 존재 이유에 대한 의문을 초래하는 정체성의 위기로 이어졌다. 일정한 댓가를 받고 공공연구를 위임받아 수행한다는 점에서 출연연의 문제는 외형적으로 대리문제의 성격을 띠고 있다. 하지만 본질적으로는 개발국가의 유산인 경제개발주의라는 정치적 동기와 고착화된 기술혁신체제와 출연연 지배구조의 문제에 근원을 둔 시스템 전환의 문제이다. 따라서 출연연 문제는 사회 전반에 걸친 전환이 필요한 상황에서 정부가 어떤 역할을 수행해야 할 것인가에 대한 많은 함의를 제공하고 있다.
시장주의 정부의 시대에 살고 있지만 정부의 역할이 필요하다는 사실을 부인할 수는 없다. 경제성장과정에서 주도적 역할을 수행했던 출연연은 탈추격혁신체제로 전환이 논의되고 있는 상황에서 다양한 비판에 직면하게 됐다.