이 사건 대법원 전원합의체 결정은 수사기관이 디지털 증거를 압수·수색하는 과정에서 저장매체 자체를 압수하거나 이미징하는 방법으로 복제한 후, 수사기관의 사무실에서 영장에 기재된 범죄사실과 관련된 전자정보를 탐색하여 해당 전자정보를 문서로 출력하거나 파일을 복사하는 과정까지 모두 압수·수색영장 집행절차에 포함된다고 보고, 이러한 각 과정에 피압수자측이 참여할 수 있는 기회를 보장하여야 하며 만일 이를 보장하지 않는 경우에는 중대한 절차적 위법에 해당한다고 판시하였다. 그러나 이 사건 압수·수색 당시 형사소송법의 체계적 해석이나 실무에 비추어 수사기관이 저장매체 자체 또는 이미징한 복제본을 압수하고 압수목록을 교부하는 등의 절차를 마친 경우 압수·수색영장 집행절차는 종료되었다고 봄이 상당하고, 압수대상물을 선별하기 위해 탐색하는 전 과정에 피압수자측의 참여권을 인정하는 경우 수사보안에 심각한 영향이 미쳐, 실체진실의 발견이라는 형사법의 목적에 반하는 결과를 초래할 수도 있다. 대량의 정보를 포함하고 있는 디지털 저장매체의 압수를 무한정 허용하는 경우 사생활의 비밀과 자유, 정보에 대한 자기결정권을 침해할 우려가 크므로, 디지털 증거의 압수·수색절차에 있어서 이러한 특성을 반영하면서도 절차적으로 수사의 효율성을 확보할 수 있는 규정을 신설하여 입법적으로 해결할 필요가 있다. 또한 대상결정에서는 하나의 압수·수색영장에 의하여 압수·수색이 이루어진 경우, 압수·수색 과정을 단계적, 개별적으로 구별하여 그 처분의 위법 또는 취소 여부를 판단해서는 안 되고 압수·수색 과정을 전체적으로 하나의 절차로 보고 전체 압수·수색절차를 취소할 것인지 여부를 판단하여야 한다고 판시하였다. 그러나 수사기관 이미 적법하게 이루어진 압수처분에 의하여 획득한 증거는 그 본안 사건에서 사용할 수 있다고 보아야 하고, 대상결정과 같이 이미 적법하게 획득한 증거까지 이후에 행해진 다른 압수처분의 잘못으로 인해 소급하여 효력을 부정할 법률적 근거가 없고 이 사건 경우 수사기관이 의도적으로 피압수자 측의 참여를 막은 사정이 없는바, 이러한 경우에도 적법하게 이루어진 압수처분의 효력을 부정하는 것은 타당하다고 보기 어렵다.
그러나 수사기관 이미 적법하게 이루어진 압수처분에 의해 획득한 증거는 그 본안 사건에서 사용할 수 있다고 보아야 하며, 대상결정과 같이 이미 적법하게 획득한 증거까지 이후에 행해진 다른 압수처분의 잘못으로 인하여 소급하여 효력을 부정할 법률적 근거가 없으며 이 사건 경우 수사기관이 의도적으로 피압수자 측의 참여를 막은 사정이 없고, 이런 경우에도 적법하게 이루어진 압수처분의 효력을 부정하는 것은 타당하다고 보기는 어렵다.