이 사건의 부산대학교의 BTO 사업분쟁에 있어서는 결국 교육부의 국립대학에 대한 정책부재와 이로 인하여 자력갱생을 도모하던 당시 경영경험도 없는 주무관청 부산대학교의 무리한 이 사건 사업추진에 그 원인이 있지만, 피고 대한민국을 대리한 주무관청 부산대학교는 민간투자법상의 실시협약을 체결한 이후 다시 사업시행자 및 사업시행자의 대주와 이 사건 실시협약의 핵심적 사항을 변경하는 제2차 보충약정서를 체결하여 원래 주무관청 부산대학교에 유보된 이 사건 실시협약의 해지권을 사실상 대주 원고 농협에게 부여하였다는 점이 분쟁의 시발점이라 보인다. 항소심의 판결대로 실시협약의 해지권을 대주가 행사하는 것이 허용되게 된다면 향후에도 이와 유사한 민간투자사업에 있어서 사업시행자가 대출채무를 불이행하기만 하면 실시협약은 해지되게 되어 대한민국은 민간투자법이나 실시협약에서 정한 해지사유에 해당하지 않은 경우에도 대주에게 해지시지급금을 지급해야 하는 국민혈세의 낭비사태가 예견된다. 민간투자법의 입법취지가 국민들에게 필수적인 사회기반시설의 설치나 운영한 필요한 재정부족을 민간부문의 자금으로 대체하고 동시에 사업운영의 위험도 사업자나 그 금융제공자에게 이전시키며 국민들에게는 더 많은 공공서비스를 제공함에 있는 것이라면 국가재정의 부담을 우선적으로 고려해서는 아닐 될 것이다.
피고 대한민국을 대리한 주무관청 부산대학교는 민간투자법상의 실시협약을 체결한 이후 다시 사업시행자 및 사업시행자의 대주와 이 사건 실시협약의 핵심적 사항을 변경하는 제2차 보충약정서를 체결해 원래 주무관청 부산대학교에 유보된 이 사건 실시협약의 해지권을 사실상 대주 원고 농협에게 부여했다는 점이 분쟁의 시발점이라 보인다.