공정거래법과 지적재산권법의 관계에 대해서는 꾸준히 연구가 되고 있으나, 지금까지의 논의는 한계가 있었다. 즉, 두 법률은 서로 상충하는 측면이 있으나 궁극적으로는 경쟁촉진을 통한 산업발전에 이바지한다는 점에서 공통점이 있다고 하면서, 공정거래법 제59조에 대해서도 단지 확인적 규정에 불과하다는 결론을 내리고 있다. 그러면서 동법 제59조의 적용에 있어 어떠한 경우가 ‘부당한 권리의 행사’인지에 초점을 맞추어 그 경우에는 공정거래법을 적용한다는 식으로 해석하고 있고, 이러한 관점에서 2010. 3. 31. 공정거래위원회가 마련한 “지식재산권의 부당한 행사에 대한 심사지침”에서는 다양한 유형의 지적재산권 행사행위를 예시하면서 어떠한 경우가 부당한 권리의 행사에 해당하는지를 주로 규정하고 있다. 하지만 지적재산권의 부당한 행사인지 여부는 개별 지적재산법에서 규정하여야 하며 비록 우리 특허법 등에서는 특허권 남용에 대한 규정을 두고 있지 않지만 대법원이 일련의 판시를 통해 특허권의 남용기준을 독자적으로 정립해 오고 있다. 그런데도 불구하고 공정거래위원회가 이와 별도로 특허권 남용의 기준을 심사지침에서 규정한 것은 두 법률의 독자적 지위를 등한시 한 것이고 또한 판례가 설시하고 있는 기준과의 정합성에도 문제를 야기할 수 있다. 이러한 문제의 시초는 공정거래법 제59조의해석에서 비롯된 것으로 생각되는바, 공정거래법 역사상 가장 중요한 판례로 인정되는 포스코 판결의판시사항 및 적용제외 인정의 근거를 고려해 볼 때 공정거래법 제59조는 단순히 확인적 규정으로 볼수는 없는 것이고 오히려 중요한 입법적 결단을 보여준 것이다. 그리고 이를 전제로 하여 공정거래법제59조를 해석하면 지적재산권 행사에 있어 그 남용의 기준은 개별 지적재산권법에서 규정하고, 그러한 지적재산권 행사에 대한 경쟁제한적 효과 발생은 공정거래법에서 규제하여야 하는 각자의 독자적영역이 있음을 알 수 있다. 따라서 공정거래법에서는 특허권 남용의 기준이 아닌 특허권 행사가 어떠한 경우에 경쟁법적 문제를 유발하는지에 초점을 맞추어야 하고, 공정거래위원회의 심사지침도 이러한방향으로 개정되어야 할 것이다.
공정거래법과 지적재산권법의 관계에 대해서는 꾸준히 연구가 되고 있으나, 지금까지의 논의는 한계가 있었다. 하지만 지적재산권의 부당한 행사인지 여부는 개별 지적재산법에서 규정하여야 하며 비록 우리 특허법 등에서는 특허권 남용에 관한 규정을 두고 있지 않지만 대법원이 일련의 판시를 통해 특허권의 남용기준을 독자적으로 정립해 오고 있다.