대법원은 2013. 3. 28. 선고 2012두690 판결에서 원고가 고유목적사업준비금을 전출하였음에도 불구하고 원고의 손금산입을 인정하는 관점에 선 원심의 판단을 파기환송한 바가 있다. 그러나 대법원의 판단 기준은 매우 불명확하여 당해 판결 이후 일선 세무서와 하급심 법원에서는 그 해석상의 혼란이 가중되고 있다. 이러한 대법원의 판단은 결국 실질과세원칙에 대한 법리 오해에서 비롯한 위법한 판단으로 사료된다. 본 논문에서는 먼저 학교법인 및 학교법인의 고유목적사업과 관련한 법령 등을 살펴보기로 한다. 이후 민사상 가장행위의 성립 여부와 조세법상 실질과세원칙이 적용될 수 있는 부분인지 여부를 판단해 보기로 한다. 이때 실질과세 원칙의 근원적 한계에 대하여 살펴보고, 본 사안에서 실질과세 원칙이 적용될 수 없다는 점을 확인하고자 한다. 뿐만 아니라 학교법인의 고유목적사업과 관련하여 해석론 및 입법론적 관점에서 추가적인 검토를 하였다. 법령의 입법취지와 각종 관할관청의 규제 및 외국의 해석례 등을 고려해보건대, 학교법인이 “직접” 사용하는 고정자산의 범위는 확대되어야 마땅하다고 본다. 또한, 법인세법 제29조 제4항의 고유목적사업준비금 환입규정이 지나치게 확대해석되지 않을 수 있도록 대상판결과 관련한 명확한 해석 또는 입법론적 논의가 필요하다고 본다.
대법원은 2013. 3. 28. 선고 2012두690 판결에서 원고가 고유목적사업준비금을 전출했음에도 원고의 손금산입을 인정하는 관점에 선 원심의 판단을 파기환송한 바가 있다.