전질 형태로 남아 있는 이익의 문집은 국립중앙도서관 소장의 필사본인 ‘이병휴본’과 밀양 퇴로리 및 사포리에서 각각 발행된 ‘퇴로본’ 및 ‘사포본’이 대표적이다. 세 본은 각각 일부 내용의 출입이 있으며, 편집면에서도 차이가 나타난다. 잡저를 중심으로 볼 때 ‘이병휴본’과 ‘퇴로본’은 주제 중심으로 편집되어 있고, ‘사포본’은 문체별로 편집되었다. 내용면에서는 퇴로본은 이익의 예학과 성리학을 중심으로 잡저가 구성되었으며, ‘이병휴본’과 ‘사포본’은 이익이 남긴 글 전반을 후세에 전하는데 핵심을 두고 편찬되었다. 그 결과 ‘퇴로본’에는 이익의 서학 수용 흔적이 거의 사라졌으나, ‘이병휴본’과 ‘사포본’은 ‘퇴로본’에서 빠진 이익의 서학 수용이 그대로 남아 있다. 한편 ‘이병휴본’에는 일부 기사의 내용이 묵삭되는 등의 편집의 흔적이 남아 있는데, 이는 이병휴 사후 채제공 단계의 편집 흔적으로 판단된다. 이러한 문집의 본별 차이는 이익의 글을 직접 정리하던 이병휴 단계, 묵삭을 시행한 것으로 판단되는 채제공 단계, 묵삭된 내용이 실린 글을 산삭한 이남규와 이명익 단계, 이를 다시 살려 간행한 안희원 단계마다 나타난 각각의 입장 차이를 반영하는 것으로 판단된다.
전질 형태로 남아 있는 이익의 문집은 국립중앙도서관 소장의 필사본인 ‘이병휴본’과 밀양 퇴로리 및 사포리에서 각각 발행된 ‘퇴로본’ 및 ‘사포본’이 대표적이다. 그 결과 ‘퇴로본’에는 이익의 서학 수용 흔적이 거의 사라졌으나, ‘이병휴본’과 ‘사포본’은 ‘퇴로본’에서 빠진 이익의 서학 수용이 그대로 남아 있다.