물건발명의 경우 특허권자가 특허발명품을 적법하게 양도한 경우에는 더 이상 당해 특허발명품에 대해 권리행사를 할 수 없다는 특허소진 이론이 인정된다. 이와 달리 물건의 양도를 전제로 그 물건에의 특허권 소멸을 전제로 한 특허소진 이론이 방법발명에 대해서도 동일하게 적용될 수 있을지는 다툼이 있어 왔다. 그런데 2008년 선고된 미 연방대법원의 Quanta 판결에서 방법발명에 대한 특허권 소진을 긍정한 이후 방법발명의 특허권 소진을 긍정하는 것이 대체적인 견해가 되어 가고 있으며, 우리 대법원도 2019년 선고한 판결에서 비교적 자세한 근거를 제시해 가면서 방법발명의 특허권 소진을 긍정하였다. 하지만 비록 방법발명의 실시와 밀접한 관련이 있는 물건의 양도라고 하더라도, 물건과 방법발명은 구분되는 것이고 우리 특허법에서는 방법발명의 권리 행사에 대한 특별한 제한 규정이 없다. 따라서 물건의 양도로 인해 방법발명의 특허권 자체가 소진된다고 보는 것은 문제가 있다. 소진론을 긍정하는 견해나 판례는 거래안전 및 이중이득 방지, 그리고 청구항 구성방법에 따른 소진회피를 근거로 들고 있으나, 물건 양도와 방법발명 실시는 구분되므로 이중이득이 될 수 없고, 소진회피 우려는 우리 특허법이 인정하는 청구항 구성방법의 하나이다. 그리고 거래안전의 문제도 권리소진이 아닌 묵시적 실시허락에 의해 달성할 수 있기 때문에 권리소진의 근거로 보기는 어렵다. 오히려 관련 특허법 규정의 존재, 당사자의 합리적인 의사해석에 기초한 판단, 구체적인 상황에 따른 예외 인정의 가능성, 특허권자의 과도한 권리주장에 대한 공정거래법상 규제 가능성 등을 고려해 볼 때, 방법발명에 대해서는 특허권 소진이 인정되지 않고 다만 묵시적 실시허락이 인정된다고 봄이 타당하다. 그리고 묵시적 실시허락에 의할 경우 원칙적으로 방법발명의 실시가 허락되고 예외적으로 명시적인 약정이나 양도 물품에 대한 제한 사항 기재 시 방법발명 실시가 제한된다고 해석하는 것이 바람직할 것이다.
물건발명의 경우 특허권자가 특허발명품을 적법하게 양도한 경우에는 더 이상 당해 특허발명품에 관해 권리행사를 할 수 없다는 특허소진 이론이 인정된다. 하지만 비록 방법발명의 실시와 밀접한 관련이 있는 물건의 양도라고 하더라도, 물건과 방법발명은 구분되는 것이고 우리 특허법에서는 방법발명의 권리 행사에 관한 특별한 제한 규정이 없다.