친생추정과 관련된 하급심 판결에서 다양한 법리가 전개되고 있다. 그런데 이러한 법리 중에는 우리 법체계와 조화되기 어렵다고 생각되는 것도 적지 않다. 첫째, 민법상 친생추정의 원칙에 따르면 모가 혼인 중에 임신하여 출산한 자녀는 그 남편의 친생자로 추정되어, 그 사이에 법률상의 부자관계가 발생한다. 그 자녀와 모의 남편 사이에 혈연이 배치되는 사정이 있다고 해도 법률상 부자관계의 성립에는 영향이 없다. 다만 그러한 사정이 있는 때에는 모 또는 모의 남편이 그 사유가 있음을 안 날부터 2년 내에 친생부인의 소를 제기할 수 있고, 판결이 확정되면 법률상의 부자관계가 출생 시로 소급하여 소멸하게 된다. 그런데 하급심 판결 중에는 “친생추정을 받는 자녀와 모의 남편 사이에 혈연(유전자형)이 배치되는 경우에 친생추정이 미치지 않는 것으로 보아서 친생자관계부존재확인의 소를 제기할 수 있다”는 법리를 적용한 사례가 적지 않다. 이러한 법리에 따르면 친생자의 추정을 받는 혼인중의 자와 모의 남편 사이에 혈연(유전자형)이 배치되는 경우에는 이해관계인은 누구나 제소기간의 제한 없이 친생자관계부존재확인의 소를 제기할 수 있게 된다. 그런데 이러한 법리는 우리민법상 친생추정제도 및 친생부인제도의 입법취지를 사실상 상실시킬 수 있다는 점에서 문제가 있다. 둘째, 위와 같이 불합리한 결론을 피하기 위하여 하급심 판결 중에는, 모가 혼인 중에 임신하여 자녀를 출산한 경우에도 그 남편과 자녀 사이에 혈연(유전자형)이 배치되면 친생자관계는 존재하지 않지만 입양의 실질적 요건이 갖추어진 경우에는 양친자관계의 성립을 인정하는 것은 가능하다고 해석하고, 그러한 사안에서는 파양의 사유가 없는 한 친생자관계부존재확인청구는 각하되어야 한다는 법리를 취한 것이 있다. 그런데 모가 혼인 중에 임신, 출산한 자녀는 그 남편의 친생자로 추정되어 출생과 동시에 그 부부의 혼인중의 자의 신분을 가지게 된다는 점에 비추어 보면, 과연 이와 같은 해석론이 성립할 수 있는 것인가에 대해서 의문이 든다. 이 해석론은 결국 자신의 혼인중의 자를 입양하는 것이 가능하다는 전제에 서 있는데, 우리 법체계상 자신의 혼인중의 자를 입양하는 것은 가능하지도 않고 또 필요하지도 않기 때문이다. 셋째, 우리 법체계에서 모자관계는 출산에 의해서 당연히 발생하는 것으로 해석하지만, 부자관계는 모의 혼인상태에 따라 결정된다. 즉 모가 혼인 중에 임신하여 출산한 자녀의 경우에는 그 남편의 친생자로 추정되어 출생과 더불어 그 사이에 당연히 부자관계가 발생하지만, 모가 혼인하지 않은 상태에서 임신, 출산한 자녀는 생부와의 관계에서 당연히 부자관계가 발생하는 것은 아니며, 인지를 거쳐야만 법률상의 부자관계가 발생한다. 따라서 인지 전에는 혼인외의 자와 생부 사이에는 생물학적인 부자관계는 존재하지만, 법률상의 부자관계는 존재하지 않는다. 따라서 자녀가 생부와의 관계에서 부자관계를 발생시키고자 하는 경우에는 확인의 소인 친생자관계존재확인의 소가 아니라 형성의 소인 인지청구의 소를 제기하여야 한다. 친생자관계존재확인의 소는 법률상 이미 존재하는 친생자관계의 존재를 확인해 달라는 소이며, 생물학적으로 존재하는 친생자관계의 확인을 구하는 소가 아니기 때문이다. 그러므로 인지를 거치지 않아서 법률상의 친자관계가 발생하지 않은 혼인외의 자와 생부를 상대로 하여 친생자관계존재확인의 소를 제기하는 것은 논리적으로 타당하지 않다. 하급심 판결 중에는 생모가 혼인외의 자와 생부를 상대로 제기한 친생자관계존재확인청구를 인용한 것이 있는데, 이는 친생자관계존재확인의 소의 성질에 대한 오해에서 비롯된 것으로 보인다.
친생추정과 관련된 하급심 판결에서 다양한 법리가 전개되고 있으나 이러한 법리 중에는 우리 법체계와 조화되기 어려운 법리도 존재한다. 민법상 친생추정의 원칙에 의하면 모가 혼인 중에 임신하여 출산한 자녀는 그 남편의 친생자로 추정되며 그 사이에서 법률상의 부자관계가 발생됐다. 하급심 판결 중에는 “친생추정을 받는 자녀와 모의 남편 사이에 혈연이 배치되는 경우에 친생추정이 미치지 않는 것으로 보아 친생자관계부존재확인의 소를 제기할 수 있다”는 법리를 적용한 사례가 있다. 이러한 법리에 따라 모가 혼인 중에 임신하여 출산한 자녀의 경우에는 그 남편의 친생자로 추정되어 출생과 더불어 그 사이에 당연히 부자관계가 발생하지만 모가 혼인하지 않은 상태에서 임신, 출산한 자녀의 경우는 생부와의 관계에서 당연히 부자관계가 발생하는 것은 아니며 인지를 거쳐야만 법률상의 부자관계가 발생한다는 결론을 도출하였다.