한국기독교의 위대한 신앙인이자 순교자 손양원 목사의 신학사상은, 먼저 성경중심(sola scriptura) 사상이라고 말할 수 있다. 경찰서 취조에서 손 목사는, “성경은 나의 유일한 신조요 신앙의 목표입니다. 성경 중에 기록된 것은 전부 그대로 굳게 믿고 전부가 실현될 것으로 믿어마지 않습니다.”고 자신의 생각을 여과없이 드러내었다. 또한 그의 성경중심 사상은 그의 신사참배 반대의 근거로도 자리했다고 볼 수 있다. 또한 손 목사의 주요 사상에는 세대주의적 전천년왕국설이 자리하고 있다는 생각이다. 그의 이런 종말론은 아마도, 그가 일본 유학 중에서 접촉한 일본 성결교회 지도자 나카다 쥬지의 영향으로 파악된다. 그러나 손 목사는 종말론을 신조적 의미 이상으로, 즉 순교적 의미로서 받아들였다는 점에서 나카다 목사의 그것과 차이점을 보인다고 말할 수 있을 것이다. 그리고 손 목사의 신학사상적 경향으로 들 수 있는 것은, 복음의 사회적 사명이라고 말할 수 있을 것이다. 손 목사는 주의 재림을 대망하고 내세적 국가를 꿈꾸고 있었지만, 그렇다고 현세의 삶에 대해서 외면하지는 않았다. 오히려 ‘현세 국가가 먼저 평화의 국가로 이루어 가도록 기도’하는 복음의 사회적 사명을 놓지 않았던 것이다. 이러한 손양원 목사의 사회적 사명감은 아마도 아버지 손종일 장로로부터 물려받은 게 아닐까 생각한다. 손양원 목사는 손종일 장로로부터 불굴의 신앙과 동시에 민족애를 배웠다. 마지막으로 손 목사의 모든 사상의 기저에는 순교의 신앙이 있었다. 먼저 신앙으로 준비된 사람에게 주어지는 하나님의 은혜라는 생각이다. 성경중심의 굳건한 믿음이 신사참배를 거부할 수 있는 논리를 만들었고, 또한 세대주의 말세론은 그에게 재림에 대한 대망을 갖게 하여 죽음도 두려워하지 않는 신념을 갖게 했다. 그럼에도 손양원 목사는 현세의 문제를 도외시 하지 않고 이 땅에서의 공의와 평화를 염원하는 사회적 사명도 투철하였다. 즉 현실을 내던지는 사람에게는 죽음 또한 내던져지는 것이나 마찬가지이지만, 참된 신앙 참된 사회적 사명으로 올곧게 살아가려는 사람에게 죽음은 하나님 은혜로서 순교인 것이었다.
한국기독교의 위대한 신앙인이자 순교자 손양원 목사의 신학사상은, 먼저 성경중심 사상이라고 말할 수 있다. 성경 중에 기록된 것은 전부 그대로 굳게 믿고 전부가 실현될 것으로 믿어마지 않습니다.”고 자신의 생각을 여과없이 드러내었다.