한국인들처럼 살아가면서 다양한 종교적 경험을 체험을 하게 되는 경우는 드물다고 할 것이다. 관점에 따라서는 미신으로 치부되는 토속신앙의 체험에서부터 서양의 기독교적 체험에 이르기 까지 말이다. 이처럼 다양한 종교체험과 다원적인 종교현상을 보이고 있는 한국에서는 타종교의 존재를 인정함에 있어 매우 배타적이며, 일생을 살아가면서 자유롭게 선택되어야 신앙생활이 자신이 처한 교육환경에 따라 방해를 받거나, 국민으로서의 의무를 이행하는 과정에서도 종교적 양심과의 갈등을 겪게 되는 등 끊임없는 종교적 갈등상황과 마주하게 된다. 신앙생활은 통해 마음의 평화를 얻는 것이 아니라, 신앙으로 인해 정신적 고통을 겪게 되는 것이다. 종교의 자유를 헌법적 가치로 보장하고 있는 헌법의 관점에서 이러한 갈등양상을 최소화할 수 있는 해결방안을 마련하여야 하는 것은 마땅한 헌법적 과제라고 할 것이며, 이러한 문제의식에서 이 논문은 우리나라에서 종교적 갈등을 초래하고 있는 여러 문제상황 중에서도 특히 이 세 가지의 쟁점에 집중하여 그동안의 학설과 판례의 입장을 살펴보았으며, 아래와 같이 앞으로의 방향을 제시해 보고자 한다. 인간이 추구하는 가장 궁극적인 가치이며 내면적 가치인 종교의 문제를 헌법이론으로 판단하는 것은 불가능한 일인지도 모른다. 그러나 헌법국가에서 헌법규범과 헌법이론이 제시하는 범위 내에서라도 종교로 인한 가치의 충돌을 해소하고 통합의 길로 갈 수 있는 가능성이 있다면 그러한 방향으로 나아가는 것이 바람직한 태도라고 생각한다. 먼저 지금까지 ‘신과 피안에 대한 확신’으로 이해되던 유일신관에 입각한 종교개념을 확장하여, 미국의 대법원 판례의 입장처럼 기능적인 접근을 하되, ‘믿음’을 중심적인 개념으로 하여 그 대상과 태양에 대해서는 중립적인 개념요소들을 확립해 나갈 필요가 있다. 다음으로 학생의 신앙선택의 자유와 종립학교의 종교교육의 자유가 충돌하는 경우에는 실제적 조화의 원칙에 따라 학생의 신앙선택의 자유를 보호할 수 있는 대안을 학교측이 마련하여야 하며, 이는 현재 판례의 태도처럼 강제배정된 초·중등학교의 학생들 뿐만 아니라, 비평준화 지역의 학생들과, 종교와 관계없이 입학자격이 부여된 사립대학의 학생들에게도 동일하게 적용되어야 할 것이다. 마지막으로 양심적 거부자의 종교의 자유와 국방의 의무가 충돌할 경우에도 실제적 조화의 원칙을 적용하여 대체복무제를 마련하는 것이 바람직하며, 이 경우 도입될 제도가 또 다른 양심적 병역거부와의 충돌을 야기하지 않도록 설계되어야 할 것이다. 지금까지 검토해 본바와 같이 대법원과 헌법재판소가 종교적 갈등을 해소하고 종교적 양심을 실현할 권리를 보장하기 위하여 노력한 점을 높이 평가 할 수 있다. 그러나 종립학교에 대한 국가의 재정적 지원과 입시제도의 현실 및 교육내용과 목적 등을 고려하지 않은 종교교육의 자유에 대한 판단과, 병역제도와 대체복무제와의 본질적인 차이를 고려하지 않은 양심적 병역거부에 대한 판단은 아쉬운 점으로 남는다.
다음으로 학생의 신앙선택의 자유와 종립학교의 종교교육의 자유가 충돌하는 경우 학생의 신앙선택의 자유를 보호할 수 있는 대안을 학교측이 마련하여야 하며, 강제배정된 초·중등학교의 학생, 비평준화 지역의 학생들과, 종교와 관계없이 입학자격이 부여된 사립대학의 학생들에게도 동일하게 적용, 마지막으로 양심적 거부자의 종교의 자유와 국방의 의무가 충돌할 경우에도 실제적 조화의 원칙을 적용하여 대체복무제를 마련하는 것이 바람직하다.