교회분열은 한국교회사의 수치스러운 단면이며 이를 극복하고 교회연합을 이루는 것이 교회의 과제인데 성경적인 교회연합은 에큐메니칼 운동에서 추구하는 거시적인 조직의 연합과 일치로 이루어지는 것이 아니라 그리스도인 개개인이 이미 하나님의 한 몸을 이루고 있다는 사실을 자각하고 스스로 화평케 하는 자가 되기 위한 노력을 통해서 가능하게 된다. 이를 위해서 본 논문은 교회 분열의 원인을 첫째, 인간 개개인의 차이를 인정하고 수용해주지 못하는 것과 둘째, 인간의 이기적인 욕심 그리고 마지막으로는 한국문화의 집단적인 속성에 있다고 보았다. 하나님은 우리 개개인을 독특하게 창조하셨으며 우리들이 성장한 가정이나 지역의 문화가 다르기 때문에 사람들은 서로 다른 의견, 견해, 기대, 우선순위들을 가질 수 있는데 이러한 차이들을 적절하게 대처하지 못하면 관계의 깨어짐과 분열이 일어난다. 또한 인간의 죄악된 마음은 갈등상황에서 자신의 잘못은 보지 못하면서 상대방의 잘못을 먼저 지적하는 태도를 갖게 하며 이는 자신의 책임을 직면하기보다는 상대방에게 모든 책임을 전가하기 때문에 갈등을 더욱 악화시키고 관계의 파괴나 단절로 치닫도록 한다. 또한 한국문화의 집합적인 속성은 개인적인 갈등이 쉽게 집단적인 갈등으로 발전하여서 자연스럽게 내편과 상대방편으로 갈라지고 문제가 되는 이슈에 대한 이성적이고 개별적인 대처보다는 감정적이고 집단이기주의적인 대응을 하게 된다. 교회의 갈등은 초기 대응이 절대적이며 갈등의 문제를 초기에 대응하지 못하면 시간이 흐를수록 그 결과는 더욱 파괴적인 양상으로 흘러가게 된다. 특히 교회 안에서 갈등을 야기할 수 있는 상황을 만들지 않기 위해서도 노력을 하여야 하지만 교회 분열을 일으킬 수 있는 갈등은 항상 발생할 수밖에 없기 때문에 더 중요한 것은 갈등에 어떻게 대처할 것인가이다. 교회 갈등은 회피적인 대처나 공격적인 대처를 할 때 더욱 악화될 가능성이 많기 때문에 적극적으로 화해하는 대처를 해야 한다. 교회연합은 개개인이 먼저 지교회에서 적극적으로 화평하게 하는 자가 되도록 훈련을 받아야 되며 이를 위해서는 교회의 목사가 먼저 화평을 위해서 개인적으로 노력할 뿐 아니라 화평을 추구하는 성도를 세우기 위해서 힘써야 한다. 이와 함께 많은 교회의 분열이 자체적으로는 해결되지 못하기 때문에 성경적인 방법으로 교회나 기관의 갈등을 해결해 주는 전문기관이 필요하다.
교회분열은 한국교회사의 수치스러운 단면이며 이를 극복하고 교회연합을 이루는 것이 교회의 과제인데 성경적인 교회연합은 에큐메니칼 운동에서 추구하는 거시적인 조직의 연합과 일치로 이루어지는 것이 아니라 그리스도인 개개인이 이미 하나님의 한 몸을 이루고 있다는 사실을 자각하고 스스로 화평케 하는 자가 되기 위한 노력을 통해서 가능하게 된다.