투자자예탁금 별도예탁제도는 투자재산에 대한 사전적 보호제도로서 투자자가 금융투자업자에게 예탁한 금전을 금융투자업자의 파산 및 유용 등의 위험으로부터 안전하게 관리하는 것을 목적으로 하고 있다. 그러나 현행 투자자예탁금 별도예탁제도는 몇 가지 개선사항을 내포하고 있다. 우선, 별도예탁 해야 하는 투자자예탁금의 범위가 협소하여 위탁증거금 및 청약증거금과 같이 의무예탁대상이 아닌 투자자예탁금에 대하여 투자자 보호가 미진한 부분이 있으며 인출 및 지급절차 등 관련 규정이 미완되어 금융투자업자의 파산 등 유사시 투자자에게 투자자예탁금이 제대로 지급되지 못할 우려가 있다. 그리고 투자자예탁금의 예탁기한을 투자자의 예치일과 예치일의 익일 중에서 금융투자업자가 선택할 수 있으므로 예치일의 익일에 금융투자업자가 투자자예탁금을 예탁기관에 예탁할 경우 하루 동안 금융투자업자가 투자자예탁금을 유용할 위험이 있다. 또한 투자자예탁금 운용수익의 배분방법이 모호하여 투자자와 금융투자업자 간에 분쟁이 발생할 소지가 있으며, 투자자예탁금의 분산예탁 및 자기신탁에 의한 관리의 허용여부에 대해서도 논란이 있다. 따라서 투자자보호의 강화를 위해 별도예탁대상 투자자예탁금의 범위를 확대하여 위탁증거금 및 청약증거금을 별도예탁대상 투자자예탁금에 포함시키는 것이 바람직하다. 또한 투자자예탁금의 안전한 지급을 위해 금융투자업자의 파산 등 지급사유 발생 시 제3의 대행기관이 투자자예탁금을 투자자에게 지급할 수 있도록 대지급절차를 마련함과 동시에 지급에 관한 세부기준을 마련할 필요가 있다. 그리고 투자자가 금융투자업자에게 투자자예탁금을 예치한 당일에 금융투자업자가 이를 예탁기관에 예탁하도록 당일예탁을 의무화하고 운용수익의 구체적인 배분기준을 규정화하여 분쟁을 예방하는 것이 요구된다. 한편 제도운영의 안정성 및 효율성 제고를 위해 투자자예탁금의 집중예탁제도를 강화하는 것이 바람직하다.
투자자예탁금 별도예탁제도는 투자재산에 대한 사전적 보호제도로서 투자자가 금융투자업자에게 예탁한 금전을 안전하게 관리하는 것이 목적이다. 또한 투자자가 금융투자업자에게 투자자예탁금을 예치한 당일에 금융투자업자가 이를 예탁기관에 예탁하도록 당일예탁을 의무화하고 운용수익의 구체적인 배분기준을 규정화하여 분쟁을 예방하는 것이 필요하다.