2015년 말 기존의 교토의정서(Kyoto Protocol)를 대체하는 파리협정(Paris Agreement)이 채택됨에 따라 우리나라도 대외적으로 발표한 온실가스 감축목표를 달성하기 위한 노력이 절실해졌다. 온실가스를 감축하기 위한 정책수단은 여러 가지가 있으나, 그 중에서도 2015년 도입한 배출권거래제의 원활한 시행이 요구된다. 그런데 배출권거래제의 정착을 위하여는 그 내용을 잘 설계하는 것과 더불어 기업들의 의사결정에 영향을 미치는 과세제도의 뒷받침도 중요하므로 배출권거래제에서 주로 문제되는 세목인 부가가치세와 법인세의 과세상 주요 쟁점에 대하여 살펴보았다. 배출권 거래의 부가가치세 과세에 대하여는 배출권의 공급이 재화의 공급인지 또는 용역의 공급인지 여부, 배출권의 국내거래에 대한 부가가치세 면제 여부, 배출권의 국외반출과 국내반입에 대한 세무처리 등을 검토하였다. 특히 배출권거래제를 도입한 다음 해인 2016년부터 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호에 의하여 한시적으로 부가가치세를 면제하고 있는바, 부가가치세 면제조치의 정당화 근거를 배출권 거래의 본질이 아니라 배출권거래제 참여업체를 지원한다는 정책목적에서 찾을 수 있으므로 배출권 거래제가 정착될 때까지 한시적으로 부가가치세를 면제하는 것은 타당하다. 배출권 거래의 법인세 과세에 대하여는 배출권이 재고자산, 무형자산, 금융자산 중 어느 자산에 해당하는지, 배출권의 무상할당시 취득가액 인식과 배출권의 제출시 세무처리, 배출권의 보유시 평가방법과 감가상각 여부, 청정개발체제(CDM, Clean Development Mechanism)와 같은 외부사업 온실가스 감축사업으로 원시취득한 배출권의 취득가액 인식과 투자비의 손금산입 등을 검토하였다. 특히 법인세법 시행령 제72조 제2항 제6호에서 배출권의 무상할당시 취득가액을 시가로 인식하는 공정가치설 대신 영(0)원으로 인식하는 명목가치설의 입장을 입법화한 것은 배출권이라는 자산의 특수성, 세제의 단순화, 배출권거래제 참여기업에 대한 세제지원 등의 관점에서 수긍할 수 있는 조치라고 본다.
2015년 말 기존의 교토의정서(Kyoto Protocol)를 대체하는 파리협정(Paris Agreement)이 채택됨에 따라서 우리나라도 대외적으로 발표한 온실가스 감축목표를 달성하기 위한 노력이 절실하다. 온실가스를 감축하기 위한 정책수단은 여러 가지가 있지만, 그 가운데에서 2015년 도입한 배출권거래제의 원활한 시행이 요구되는 실정이다.