우리나라를 포함한 대부분 국가의 세제는 지급이자는 손금에 산입하는 반면, 배당지급액은 손금에 산입하는 것을 허용하지 않고 있다. 자본과 부채의 성격을 모두 가지는 신종자본증권을 발행하면, 일정요건을 충족하는 경우에 발행기업은 재무제표에는 자본으로 표시하면서 세법상으로는 부채로 인정받을 수 있다. 2012년 4월 시행된 개정상법에 따라, 은행권에서만 주로 발행해 오던 신종자본증권을 일반 기업도 발행할 수 있게 되었다. 2012년 4월 국내에서는 최초로 CJ제일제당의 인도네시아 현지법인이 2,000억원의 신종자본증권을 발행하였고, 같은 해 10월에는 두산인프라코어가 미화 5억불의 신종자본증권을 발행하였다. 특히, 두산인프라코어가 발행한 신종자본증권은 회계상 자본인지 부채인지에 대한 논란이 1년 여간 계속되다가 결국 자본으로 결론이 내려졌다. 현행 세법에는 신종자본증권이 발행자 입장에서 자본과 부채 중 어느 것에 해당하는지 명확하게 구분할 수 있는 기준을 제시하고 있는 조항은 없으나, 과세당국은 신종자본증권이 국제회계기준에 따라 자본으로 회계처리되는 경우에도 세법상으로는 법적 형식에 따라 부채로 본다는 취지의 해석을 여러 차례 내린 상태이다. 국제회계기준에 따라 부채로 회계처리되는 상환우선주와 관련하여, 기획재정부는 2010년 법적인 형식을 존중하여 세법상 자본으로 분류한다는 입장을 밝힌 바 있다. 그러나 국세청은 2012년에 투자자의 상환청구권이 내재된 우선주거래를 경제적인 실질에 기초하여 세법상 부채로 분류한다는 취지의 유권해석을 내림으로써 기존의 기획재정부입장과는 다른 해석을 내렸다. 상환우선주의 예에서 볼 수 있듯이, 현행 세법에 자본과 부채의 분류에 대한 명확한 기준이 없기 때문에, 새로운 형태의 증권이 발행될 때마다 납세자는 불확실성을 줄이기 위해 사안별로 과세당국에 유권해석을 요청할 수밖에 없다. 국세기본법 제14조에 따른 실질과세원칙의 중요성이 날로 커져가는 근래의 판례동향을 고려하면, 현재와 같이 과세당국의 유권해석에 의존해야만 하는 과세실무는 법적 안정성 및 예측가능성 측면에서 문제가 있다. 한편, 소득세법 시행령에서는 은행업을 영위하지 않는 기업이 발행한 신종자본증권으로부터 얻는 소득을 배당소득으로 정하고 있는 바, 발행기업에 대해서는 지급이자를 손금으로 인정하면서도, 투자자에게는 배당소득으로 과세하는 비대칭적인 모습을 보이고 있다. 특히, 국내기업이 투자한 신종자본증권에 비거주자가 투자하는 경우에, 투자자의 거주지국에서 과세소득에 포함하지 않는 경우에는 과세결과에 있어서 비대칭성이 발생한다. 혼성 금융상품에 대한 과세 비대칭으로 인한 세원잠식 문제를 해결하기 위해 OECD에서는 2014년 9월 세원잠식과 소득이전(Base Erosion and Profit Shifting, BEPS) ACTION 2를 발표하였다. OECD가 혼성불일치 거래와 관련하여 권고하고 있는 연결원칙(Linking Rule)을 국제조세조정에 관한 법률 등에 반영하는 것이 필요하다.
우리나라를 포함한 대부분 국가의 세제는 지급이자는 손금에 산입하는 반면, 배당지급액은 손금에 산입하는 것을 허용하지 않고 있다. 자본과 부채의 성격을 모두 가지는 신종자본증권을 발행하면, 일정요건을 충족하는 경우에 발행기업은 재무제표에는 자본으로 표시하면서 세법상으로는 부채로 인정받을 수 있다.