교육재정에 있어서의 특징은 비즉시성과 소모성에 있다고 할 수 있다. 따라서 교육재정의 안정적 확보가 문제되므로 교육재정은 지방자치단체의 일반사무를 수행하기 위한 재정과 구분되는 별도의 재정체계와 법체계를 가진다. 이와 같은 구분은 교육재정의 독립적 운용이라는 측면에 있어서 장점을 가지나, 또 다른 한 편으로는 이원적 체계에 의한 재정의 운용·관리라는 점으로 인해, 전체 지방재정의 개관이 어렵다는 단점이 있게 된다. 또한 교육교부금의 사용 및 관리주체는 해당 지방자치단체의 교육행정기관장이 되나, 교육재정의 일정부분은 지방자치단체의 재원을 이전하게 되어 있어서, 지방자치단체와도 재정적 연관성을 가진다. 따라서 재정전체의 효율적이고도 책임 있는 관리와 운용을 위해서는 이원적 재정체계를 일원적으로 통합할 것도 고려할 필요가 있다. 교육교부금 중 특별교부금의 제도를 개선할 필요가 있다. 특히 특별교부금 지원결정에 대한 교육부장관의 재량권이 과도하다. 즉, 특별교부금은 사전에 예상하지 못했거나 또는 긴급한 필요가 있는 지방교육재정수요에 대응하기 위해 마련된 것인데, 특별교부금의 교부사항 또는 교부조건에서 보듯이 교부권자의 교부여부에 대한 판단에 있어 재량으로 내릴 수 있는 결정의 폭이 매우 넓음을 알 수 있다. 이와 같이 재원의 결핍과 교부기준의 모호성은, 지방자치단체로 하여금 교부금 지급을 위한 행정대응을 어렵게 하며, 더 나아가 자치행정의 중앙행정으로의 종속화가 야기될 수 있다. 따라서 ?지방교육재정교부금법? 제5조의2 제1항에 따른 특별교부금의 산정항목에 대한 교부기준을 더욱 구체화 하여 행정의 예측가능성을 높여야 할 것이다. 또한 우수 지방자치단체의 지원에 있어서 그 기준이 자의적일 수 있다는 지적이 가능하다. 특별교부금 교부항목 중 ‘우수 지방자치단체’에 대한 재정지원이 있다. 그러나 교부기준으로 적시되어 있는 사항은 ‘재정운영의 건전성·효율성 등을 기준으로 지방교육행정기관에 대하여 행하는 재정운영성과평가에서 우수한 성과를 거둔 경우’ 등 구체적이지 못하며 그 판단의 주체가 교부자인 교육부장관이 되어, 경우에 따라서는 중앙의 교육정책논리를 지자체에 강요할 수 있는 수단이 될 수도 있다. 또한 이 항목에 있어서 교부금액은 전적으로 교육부장관이 정하는 지원액으로 되어 있어 선정대상에의 지정과 교부 금액이 모두 중앙의 의지에 따라 가능하도록 되어 있다. 따라서 교부기준과 교부금액을 법정화 하여서, 규정이 정한 기준에 도달했을 때는 교부금 수급이 가능하도록 해야 할 것이다.
?지방교육재정교부금법? 제5조의2 제1항에 따른 특별교부금의 산정항목에 대한 교부기준을 더욱 구체화 하여 행정의 예측가능성을 높여야 할 것이며, 특별교부금 교부항목 중 ‘우수 지방자치단체’에 대한 재정지원이 있고, 교부기준과 교부금액을 법정화 하여서, 규정이 정한 기준에 도달했을 때는 교부금 수급이 가능하도록 해야 할 것이다.