본 연구는 공익활동의 조세혜택에 대한 관리체계의 큰 틀을 분석하여 문제점과 개편방향을 제시하는 것을 목적으로 한다. 특히 상증세법상 건별 과세체계가 공익법인의 사후관리에 적합하지 않다는 점에 초점을 맞추어 기존에 재기되었던 문제점을 재해석하고 새로운 방향의 개선대안을 도출한다는 점에서 차별성이 있다. 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 첫째, 공익성 판단기준 및 사전검증제도가 부재하여 사전에 검증되어야 요건들이 사후관리규정에 포함되어 실효성이 떨어진다. 공익활동에 대한 기본요건과 지배구조 및 회계제도 관한 사후관리 규정을 공익성 사전검증 요건으로 전환하는 것이 바람직하며, 사후관리의 대상은 공익목적 외 ‘부당’한 사용, 공익목적 지출지연에 대한 제재, 주식보유제한, 정보공시로 단순화하여 집중적으로 관리하는 것을 제안한다. 둘째, 거의 모든 공익법인 등을 대상으로 동일한 수준의 사후관리규정을 적용하여 효율적인 관리가 어렵다. 미국의 사적재단의 예와 같이 사후관리의 대상범위를 좁혀 집중적으로 관리하는 것이 바람직할 것이다. 셋째, 가장 핵심적인 문제로 증여건별로 과세하고 사후관리하는 상증세법 체계 내에서는 공익법인 전체 차원의 공익성 유지를 적절히 사후관리하기 어렵다. 경상적으로 기부받는 증여재산을 건별로 구분경리하는 것이 현실적으로 불가능한 상황에서 증여재산건별로 부과제척기간을 따져 사후관리하는 것 역시 어렵다. 또한 조세혜택을 부여하였다 하여 증여건별로 공익성을 확인하는 것은 효율적이지 못하다. 공익법인에 대한 사후관리는 공익법인의 사업 전체의 차원에서 공익성을 유지하고 공익활동을 수행하는 것을 확인하는 수준이 적합할 것이다. 따라서 증여건별로 3년 이내 사용을 강제하거나 매년 운영소득의 70% 이상을 사용하도록 하는 부분적이며 실효성 낮은 사후관리규정은 지양하고, 공익법인 전체의 차원에서 자산 대비 지출하여야 할 공익관련비용의 비율을 정하여 공익이행의 수준을 보다 쉽고 명확하게 확인할 수 있는 규정을 별도의 규제세 세목으로 신설하여 관리하는 것이 바람직할 것이다. 마지막으로 사후관리규정에 대한 가산세는 단순한 재제가 아니라 부당한 거래의 원상회복과 공익 이행을 강제하는 교정효과를 제고할 수 있도록 개편할 필요가 있다.
공익활동의 조세혜택에 대한 관리체계의 큰 틀을 분석하여 문제점과 개편방향을 제시하고자 하였다. 상증세법상 건별 과세체계가 공익법인의 사후관리에 적합하지 않다는 점에 주목하여 문제점을 재해석하고 새로운 방향의 개선대안을 도출한다는 점에서 차별점을 두었다. 연구 결과, 공익성 판단기준과 사전검증제도가 부재하여 사전에 검증되어야 요건들이 사후관리규정에 포함되어 실효성이 낮아졌다. 공익활동에 대한 기본요건과 지배구조, 회계제도에 대한 사후관리 규정을 공익성 사전검증 요건으로 전환하는 것이 바람직할 것이다. 사후관리규정에 대한 가산세는 교정효과를 제고할 수 있도록 개편해야 한다.