현재 우리 법제에서는 종교법인에 관한 단행법이 제정되어져 있지 않다. 이러한 이유에서 종교법인과 관련된 다양한 문제가 발생하고 있으며, 이 문제들을 해결하기 위해 종교법인법의 제정이 필요하다는 논의가 개진되고 있다. 이 논문에서는 종교법인법의 제정과 관련해서 심도 있게 검토해 보아야 할 몇 가지 문제에 대해서 살펴보았다. 우선 종교법인의 법적성질을 어떻게 볼 것인가 즉, 현행과 같이 사단 또는 재단으로 구분하여 규정하는 것이 바람직한가에 대해서 검토해 보았다. 종교단체는 사단적인 요소와 재단적인 요소를 겸비해야만 하는 단체이므로 이를 양분하는 것은 바람직하지 않다. 따라서 종교법인은 사단적 성격과 재단적 성격을 모두 가지고 있는 특수한 법인으로 이해하는 것이 바람직하다. 그리고 종교법인의 설립에 관한 주무관청의 관여를 현행 민법의 태도와 같이 허가주의에 따르는 것이 바람직한가에 대해서 살펴보았다. 허가주의에 따르는 경우에는 종교의 자유를 침해한다는 비판에 직면하게 될 것이며, 또 종교단체의 자율권도 보장할 수 없으므로 인가주의에 따르도록 하는 것이 타당하다고 생각한다. 종교의 보호와 발전에 기여하기 위해서 주무관청인 문체부에 독립적인 기구로서 (가칭)종교법인심의위원회의 설립을 제안하였다. 종교법인심의위원회의 의견을 반영한 주무관청의 처분행위를 함으로써 주무관청의 자의적인 판단이라는 비판을 방지할 수 있으며, 또 종교의 자유를 침해한다는 비판으로부터도 벗어날 수 있을 것이다. 끝으로 종교법인의 합병과 분할에 대해서 검토해 보았다. 종교법인의 합병은 인정할 수 있을 것이나, 종교법인의 분할에 대해서는 부정하였다. 이는 종교단체의 분열에 관한 법원의 판결과도 괘를 같이 하는 것으로 집단적인 이탈 또는 탈퇴로 보는 것이 타당하다고 생각한다. 이러한 이유에서 종교법인의 분열에 대해서는 규정을 둘 필요가 없다.
본 논문에서는 종교법인법의 제정과 관련해서 심도 있게 검토해 보아야 할 몇 가지 문제에 대해서 살펴보았다. 종교법인은 사단적 성격과 재단적 성격을 모두 가지고 있는 특수한 법인으로 이해하는 것이 바람직하다.