민간투자의 확대에도 불구하고, 현재 민간투자사업은 체계적이지 못한 관리가 문제점으로 제기되고 있다. 민간투자사업의 운영을 점검하는 통합적인 관리 부서가 없기 때문에 관리 기능이 미약하고, 민간투자사업의 관리를 담당하는 공무원의 전문성이 부족하다는 문제점이 제기된다. 전문공무원을 확보하는 것을 고려할 수 있으나 단기적인 해결책에 불과하다. 민간투자법에서 행정청의관리에 대하여 형식적으로 규정하고 있을 뿐 민간투자시설 관리에 대한 적절한 법제가 마련되어있지 않은 것도 문제이다. 이와 같은 민간투자의 관리 문제를 해결하기 위한 방법으로 관리자를지정할 수 있는데, 참고할 만한 제도가 일본의 지정관리자 제도이다. 일본의 지정관리자 제도는 공공시설에 대하여 지방자치단체가 민간사업자 중에서 관리자를 지정하여 공공시설의 관리를 맡기는 것이다. “다양해지는 주민의 요구를 보다 효과적이고 효율적으로 대응하기 위하여 공공시설 관리에 민간의 능력을 활용하여 주민 서비스의 향상과 경비의 절감등을 동시에 도모하는 것”이라는 지정관리자 제도의 취지에서 볼 수 있듯이, 이 제도는 사회기반시설에 있어서 민간사업자가 시설 운영에서 자율성을 최대한 가질 수 있으면서도 행정청이 민간투자시설에 대한 종국적인 관리 책임을 가지는 제도로 볼 수 있다. 한국의 민간투자법의 구조에서“지정관리자 제도”를 도입하는 경우, 민간투자시설을 운영하는 단계에서도 관리와 감독을 할 수있는 적절한 수단으로 쓸 수 있다는 장점을 가진다.
“다양해지는 주민의 요구를 보다 효과적이고 효율적으로 대응하기 위해 공공시설 관리에 민간의 능력을 활용해 주민 서비스의 향상과 경비의 절감등을 동시에 도모하는 것”이라는 지정관리자 제도의 취지에서 볼 수 있듯이, 이 제도는 사회기반시설에 있어서 민간사업자가 시설 운영에서 자율성을 최대한 가질 수 있으면서도 행정청이 민간투자시설에 대한 종국적인 관리 책임을 가지는 제도로 볼 수 있다.