일본에 있어서 법인격부인 법리의 도입에 대하여 최초로 논의가 이루어진 시점은 1950년이었다. 그러나 당시에는 동 법리의 적용에 대하여 소극적이었는데, 그 이유는 우선 실정법의 해석론 범위 내에서 이를 하나의 법리로 인정하기 위한 근거로 어려웠고 그 적용범위 또는 요건이 불명확하다는 생각도 있었지만, 한편으로는 기존의 법리 등에 의해 분쟁을 해결할 수 있어서 법인격부인론의 논의를 내세울 필요가 없다는 생각이 깊게 자리 잡고 있었기 때문이라는 것이 일반적인 견해이다. 이러한 상황에서 동 법리가 정면으로 부상된 최초의 판결은 1969년 2월 27일의 최고재판소 판결로서 일본법상 하나의 법리로서 인지되기에 이르렀다. 동 판결에 의해 일본에서도 이른바 법인격부인의 법리가 인정된다는 것을 일반적으로 선언한 것이다. 이후 학설 역시 법인격부인의 법리를 인정하는 긍정설이 대세를 점하게 되었고, 판례도 이를 기준으로 판시하고 있다. 한편, 이러한 법인격부인 법리는 일반적으로 상법이나 회사법에서 적용되고 있다. 그렇다면 조세관계에 있어서도 회사라는 법적 형태를 이용한 자가 예를 들면 그 형태를 어떤 경제목적을 달성하기 위한 수단으로 이용한 것에 지나지 않는 경우 배후에 존재하는 경제적 실체가 그 이익을 향유하는 경우 그 수단으로 이용된 법인이라는 법적 형태는 인정되지 않는 다는 관점에서 조세법의 영역에서도 동 이론이 적용된다고 보아야 할 것이다. 일본의 경우 법인격부인 법리를 조세법 영역에서의 적용은 가능하다고 인정하고 있지만, 납세자의 측면에서 과세처분을 면하기 위해 법인격부인을 주장하는 것은 허용되지 않고 있다. 또한, 법인격부인의 법리를 적용한 과세처분의 허용여부에 대해서는 아직까지 직접적인 판단을 한 판결례는 없으며, 학설상 조세법 영역에 있어서 신의칙이나 금반언은 법적으로 내재하는 조리로서 법원성이 인정되므로 이들 원칙과 동일한 기반 내지 그 구현이 법인격부인의 법리로 보아 인정해야 한다는 적극설과 조세법률주의 하에서 현실적으로 존재하는 법률관계로부터 벗어난 과세를 행하는 것은 인정되지 않기 때문에 소극적으로 해석해야 한다는 소극설로 나누어져 있다. 이와 같이 일본의 경우 조세법 영역에서의 법인격부인 법리에 대한 이론적인 정립과 판례상 적용범위 및 요건이 어느 정도 형성되어 있음을 알 수 있다. 결국 법인격이 조세회피의 하나의 수단으로 이용되는 것을 방지하여 조세공평을 실현하기 위한 것이라 볼 수 있다. 이는 아직까지 조세법 영역에서의 법인격부인의 이론적 정립이나 판례가 형성되어 있지 않은 우리나라에 시사하는 바가 크다고 할 수 있다.
당시에는 동 법리의 적용에 관해 소극적이었는데, 그 이유는 우선 실정법의 해석론 범위 내에서 이를 하나의 법리로 인정하기 위한 근거로 어려웠고 그 적용범위 또는 요건이 불명확하다는 생각도 있었지만, 한편으로는 기존의 법리 등에 의해 분쟁을 해결할 수 있어서 법인격부인론의 논의를 내세울 필요가 없다는 생각이 깊게 자리 잡고 있었기 때문이라는 것이 일반적인 견해이다.