2013년말의 지방소득세 과세체계 개편으로 인해 지방자치단체의 과세자주권은 강화된 반면 국가와 지방자치단체의 중복 세무조사가 제도상 허용됨에 따라 납세자 부담과 행정비용이 급증하는 문제점이 제기되었다. 중복 세무조사로 인해 과도한 납세자 부담은 대부분 지방의 중소기업과 영세한 개인사업자들에게 발생해서 지역경제에 부정적 영향을 미치는 것과 함께 이로 인해 다수의 지방자치단체가 동일한 과세대상 소득에 대해 서로 다른 과세처분을 할 경우에는 조세법률관계가 장기간 불안정해지고 그 결과 과도한 납세협력비용과 행정비용이 발생하는 문제점이 나타날 수 있는 것이다. 주요 국가들의 경우에도 이러한 측면을 고려해서 대부분 세무조사를 국세청에서 일원화하고 있는데, 이러한 국제적 표준과의 부조화는 국민경제 전체에도 부정적 영향을 미칠 수 있는 문제점이 있는 것이다. 이러한 문제점들을 고려하면 당초의 지방소득세 과세체계 개편 취지에 부합하도록 과세표준의 결정경정권과 함께 세무조사권을 국세청으로 일원화할 필요성이 있을 것이다. 그러나, 이러한 경우에도 지방자치단체의 과세자주권은 지방소득세의 세율과 세액공제감면을 자율적으로 결정하고 필요한 경우 국세청에 과세표준의 결정경정 요청권을 행사하는 방식으로 유지할 수 있을 것이다. 제19대 국회에서는 이러한 방식으로 국가와 지방자치단체 간의 지방소득세 과세권을 조정하는 다수의 법률개정안이 발의되었지만, 실제 회기 내에 관련 법률이 개정되기는 어려울 것으로 전망되고 있다. 이들 법안에 대해 지방자치단체는 과세자주권 침해를 이유로 반대하고 있지만, 납세자 편익의 측면에서는 이들 법률개정안의 과세권 조정방식은 비교적 타당하다고 평가할 수 있을 것이다. 만약 세무조사권의 국세청 일원화가 현실적으로 어려울 경우에는 중복 세무조사로 인한 납세자 부담과 행정비용을 최소화하기 위해 세무조사의 결과를 공유하고 개별적 실시 시점을 고려해서 세무조사 계획을 수립하는 보완적 개선방안이 필요할 것이다.
2013년말 지방소득세 과세체계 개편으로 지방자치단체의 과세자주권은 강화된 반면 국가와 지방자치단체의 중복 세무조사가 제도상 허용됨에 따라 납세자 부담과 행정비용이 급증하는 문제점이 제기되었다. 이들 법안에 관해 지방자치단체는 과세자주권 침해를 이유로 반대하고 있지만, 납세자 편익의 측면에서는 이들 법률개정안의 과세권 조정방식은 비교적 타당하다고 평가할 수 있을 것이다.