녹스의 개혁파 신학 사상은 조지 위샤트와의 만남을 통해 형성되기 시작하였다. 그는 위샤트를 통해 제일헤베틱 신앙고백서를 접하게 되었고, 이 신앙고백서를 통해 로마가톨릭교회의 예배인 미사를 우상숭배로 규정하게 되었다. 그러므로 그는 1547년 세인트 앤드류스 성에서 설교할 때부터 이미 미사를 우상숭배라고 공격하였고, 예배에서 성경 말씀에 근거가 없는 것은 분명하게 제거해야 한다는 입장을 가지고 있었다. 이러한 개혁사상을 가지고 있었던 그는 영국의 에드워드 6세의 종교개혁 과정에서도 성찬식에서 영국교회의 공기도서보다 좀 더 급진적인 개혁을 요구하였다. 1550년에 이미 미사는 우상숭배라고 공격하면서 성찬의 영적 임재설을 지지하였고, 제2공기도서의 개정에서 성찬식에서 무릎꿇는 것이 숭배를 의미하지 않는다는 내용을 명기하는 결과를 가져왔다. 그는 대륙으로 망명한 후에 칼뱅과 불링거 등을 만나면서 개혁사상을 더욱 발전시켜 나갔다. 이러한 그의 개혁사상은 칼뱅의 권유로 1554년 프랑크푸르트에 있던 영국 피난민 교회로 가서 만들었던 예배서에서 잘 드러난다. 메리 여왕이 즉위한 후에 대륙으로 망명했던 영국인들은 스트라스부르그와 취리히를 중심으로 제2공기도서 사용을 주장하는 사람들과 프랑크푸르트를 중심으로 제2공기도서를 개정하여 제네바를 모델로 개혁을 추진하려는 사람들이 있었다. 전자는 국교회 고위성직자들이었고, 후자는 평신도들이 중심이었다. 이러한 견해 차이로 갈등을 빚는 과정에서 녹스를 중심으로 개혁을 원하는 사람들이 작성했던 것이 제네바 예배서였다. 그러나 이들의 견해 차이는 1555년 3월에 영국교회의 얼굴을 가지기 원했던 콕스와 그리스도의 얼굴을 가지기 원하는 녹스의 정면충돌을 가져왔으며, 녹스는 1555년 3월 26일 그곳을 떠났다. 녹스 지지자들이 제네바에 형성한 교회가 1556년에 출판한 이 예배서에서 그는 이미 교회의 3대 표지로서 말씀, 성찬, 그리고 권징을 제시하고 있다. 목사, 장로, 집사는 매년 선출했으며, 그와 함께 목사 장로에 의한 당회(consistory)가 권징을 하여 교회의 질서를 유지하도록 하였다. 그리고 매주 성경연구모임을 가졌는데, 이것은 후에 스코틀랜드 교회의 노회의 기원이 되었다. 이러한 그의 개혁사상의 특징은 종교개혁기에 스코틀랜드 교회로 계승되었다. 그리고 이러한 예배서는 예전이 아니라 예배의 안내서였다.
녹스의 개혁파 신학 사상은 조지 위샤트와의 만남을 통해 형성되기 시작했다. 이런 개혁사상을 갖고 있었던 그는 영국의 에드워드 6세의 종교개혁 과정에서도 성찬식에서 영국교회의 공기도서보다 좀 더 급진적인 개혁을 요구했다.