출자자의 제2차 납세의무는 납세의무의 확장으로서 제3자의 재산권 침해, 예측가능성 저해, 주주의 유한책임원칙에 충돌한다는 한계점을 가지고 있으나 조세징수권 확보와 조세부담의 평등을 위한 효율적인 수단으로 받아들여지고 있다. 출자자의 제2차 납세의무는 1951년 이후 법령상의 문제점으로 인하여 위헌결정 등 많은 문제점이 제기되었고 이와 관련된 세법 개정이 수차례 있어 왔다. 그러나 제2차 납세의무에 대한 세법의 해석과 적용에 있어서 그 한계점은 완전히 해소되었다고 할 수 없고 존폐여부에 대한 논란이 계속되고 있다. 본 연구에서는 이러한 특징을 가지고 있는 출자자의 제2차 납세의무에 대한 해석과 적용에 대한 문제점을 검토하고 다음과 같은 결론을 제시하였다. 첫째, 출자자의 제2차 납세의무는 법인에 귀속하여야 할 소득을 불법적으로 과점주주에게 귀속시킴으로써 법인이 납부해야 할 국세?가산금?체납처분비 등을 체납한 경우로 국한하여 부담시키는 것이 타당하다. 이는 개별적이고 구체적인 거래에 한하여 법인격을 부인하여 과점주주가 법인격을 악용하는 것을 방지할 수 있다. 둘째, 과세관청이 제2차 납세의무를 부과함에 있어서 납세의무자가 실질적인 주주인지 또는 경영권을 실질적으로 행사하고 있는지 여부를 확인하여야 한다. 국세기본법상 과점주주는 주식에 대하여 실질적인 권리행사와 경영의 사실상 지배가 있어야 한다고 규정하고 있지만 이를 적용함에 있어서 현실적인 행위와 사실상 지배에 대한 의미가 분명하지 않다. 셋째, 특수관계인의 소유주식을 합하여 과점주주가 된 경우 당사자 개개인을 과점주주로 보아 그에 대한 권리를 실질적으로 행사하는 지분율대로 제2차 납세의무를 부담하여야 한다. 국세기본법에서도 과점주주를 실질적으로 권리를 행사하는 자로 규정하고 있기 때문에 과점주주 전체를 규정한 것으로 보아야 한다. 넷째, 명의도용 또는 법인운영에 관여할 수 없는 정당한 사유가 있는 등의 사유가 있는 경우에는 무한책임사원이라도 제2차 납세의무를 부과할 수 없다. 형식상 법인의 등기부상 무한책임사원에게 출자자의 제2차 납세의무를 부담하게 하는 것은 실질과세원칙에 부합하지 않는다.
이 연구에서는 이런 특징을 가지고 있는 출자자의 제2차 납세의무에 대한 해석과 적용에 대한 문제점을 검토하고 다음과 같은 결론을 제시했다. 국세기본법에서도 과점주주를 실질적으로 권리를 행사하는 자로 규정하고 있기에 과점주주 전체를 규정한 것으로 보아야 한다.