본 연구는 비영리법인과 본질적 특성이 다른 사립학교의 특수성을 고려하여 현행 조세정책의 문제점을 지적할 뿐만 아니라 현 사립대학의 실무자들이 당면한 문제점 등을 고려하여, 사립학교의 설립목적에 적합한 합리적인 조세제도의 개선안을 도출하고자 법인세제 등의 가장 대표적인 현안사항에 대하여 다음과 같은 개선안을 제시하였다. 첫째, 사립학교가 수익용 기본재산 대체 취득에 따른 법인세(상속세및증여세)의 과세 면제가 필요하다. 현행 제도에서는 수익용 재산의 처분에 따른 양도차익 재원으로 교육비로 전출하는 경우만 법인세(상속세및증여세) 면세혜택이 부여된다. 타 수익용 기본재산으로 대체·취득하는 경우에는 고유목적사업으로 인정되지 아니하여 법인세가 부과될 뿐만 아니라 상속세및증여세가 과세되고 있다. 둘째, 사립대학 기부금의 획기적인 증가를 위해서는 대학기부금에 대한 세액공제 제도가 절실한 실정이며, 현재 경제상황을 비추어 볼 때 대학등록금의 인상조치가 어려운 실정이다. 이에 사립대학의 부족한 재정을 충족하는 합리적인 방안으로 현행 조세특례제한법 제76조(정치자금의 손금산입특례 등)의 사례와 같이 대학기부금에 대하여도 정치자금세액공제와 같이 세액공제뿐만 아니라 손금산입도 가능토록 하는 특단의 별도 조치가 필요하다. 셋째, 사립학교법인 예금이자소득에 대하여 원천과세 대상으로서 이를 고유목적사업준비금에 전입한 경우에 한하여 현행 세법에서는 법인세를 환급해 주고 있다. 따라서 환급이 예상되는 대학의 이자소득에 대하여 비영리법인의 연합회 또는 중앙회 예탁금의 이자수입처럼 원천징수 대상에서 제외함으로써 사립대학의 자금사용의 편의성을 도모할 수 있도록 하는 세제 개선이 필요하다. 넷째, 사립학교법인이 수익용기본재산 매각후 3년 이내에 매각대금 이상의 대체자산을 취득하는 경우 증여세의 비과세가 필요하다. 현행 제도에서는 출연받은 재산을 3년 내 공익목적사업에 사용하여야 증여세가 비과세되지만, 수익증대를 목적으로 다른 수익용 기본재산으로 대체·취득하는 경우 증여세를 부담할 수 있는 불합리한 문제가 제기되고 있다. 상기와 같은 사립대학의 법인세및 상속·증여세 개선방안은 여러 특성상 일반 비영리법인에 비하여 그 본질이 다른 사학기관의 특수성을 고려하여, 사학기관의 설립목적에 적합한 합리적인 현행 조세제도의 개선안을 관련 조세정책 당국에 제시하는데 기여할 것으로 기대된다.
이 연구는 비영리법인과 본질적 특성이 다른 사립학교의 특수성을 고려해 현행 조세정책의 문제점을 지적할 뿐만 아니라 현 사립대학의 실무자들이 당면한 문제점 등을 고려하여, 사립학교의 설립목적에 적합한 합리적인 조세제도의 개선안을 도출하고자 법인세제 등의 가장 대표적인 현안사항에 관해 다음과 같은 개선안을 제시했다. 현행 제도에서는 수익용 재산의 처분에 따른 양도차익 재원으로 교육비로 전출하는 경우만 법인세(상속세및증여세) 면세혜택이 부여된다.