본 연구에서는 합병으로 인하여 발생하는 과세문제를 법인단계와 주주단계(합병당시와 합병 이후 시점)로 나누어 고찰하여 보았는데, 그 내용은 다음과 같다. 먼저, 법인단계에서는 합병을 통해 발생한 과세되는 이익의 총액은 동일하지만 비적격합병시 피합병법인에게 과세되는 금액이 적격합병시에는 합병법인에게 이전되면서 합병 이후로 과세이연되도록 혜택을 부여하고 있다. 다음으로, 주주단계에서는 합병당시에는 합병대가와 소멸되는 주식의 취득가액의 차이만큼 주주에게 의제배당으로 과세하는데, 적격합병시에는 의제배당이 과세이연되는 구조를 가지고 있다. 반면 합병 이후에 합병법인이 합병당시 발생한 합병차익을 자본전입함에 따라 주주에게 무상주가 교부되는 경우, 적격합병시에는 의제배당으로 과세하지만, 비적격합병시에는 과세하지 않고 있음을 확인하였다. 이러한 현행 과세제도를 바탕으로 다음과 같은 두 가지 문제점을 지적하였고, 그에 따른 입법적 개선안을 제시하였다. 첫째, 비적격합병시 합병차익 자본전입에 따른 의제배당이 과세제외되는 문제점을 가진다. 적격합병에 대해서만 의제배당 과세대상 합병차익을 규정하고 있기 때문에 비적격합병과 적격합병 간에 주주 단계에서 합병으로 인한 이익에 대한 과세액의 크기가 달라지는 형평성의 문제가 발생하고 있다. 주주 단계에서 과세 형평성을 개선하기 위해서는 비적격합병의 경우에도 합병차익을 자본전입하여 주주에게 무상주를 교부할 때 합병차익 중 합병매수차익 부분은 의제배당 과세대상에 포함시키도록 개선하여야 한다. 둘째, 적격합병시 합병차익 자본전입에 따른 의제배당 과세시기의 문제점이다. 합병차익의 자본전입이 합병법인이 승계한 자산의 감가상각시점 또는 처분시점보다 먼저 있게 되면, 법인 단계에서 과세이연되어 아직 과세되지 않은 소득이 주주에게 귀속되었다고 보아 주주 단계에서 먼저 과세되는 불합리한 상황이 발생한다. 또한 합병에 대한 기업회계상 회계처리방법의 차이에 따라 주주에 대한 과세시점이 달라지는 문제도 발생한다. 따라서 합병차익이 자본전입되더라도 그 과세시기를 법인 단계에서 합병평가차익이 과세되는 시점까지 이연하는 장치가 필요하다.
본고는 합병으로 인해 발생하는 과세문제를 법인단계 및 주주단계(합병당시와 합병 이후 시점)로 나누어 연구하여 보았는데, 그 내용은 다음과 같다. 먼저, 법인단계에서 합병을 통하여 발생된 과세 이익의 총액은 동일하지만 비적격합병시 피합병법인에게 과세되는 금액이 적격합병시에는 합병법인에게 이전되며 합병 이후 과세이연 되도록 혜택을 부여한다.