한국은 품종보호제도를 도입하기 위해 1995년 ‘종자산업법’을 제정하고 1997년 12월 31일 시행하였다. 2013년에는이 법을 ‘종자산업법’(전부개정)과 ‘식물신품종보호법’(제정) 으로 분리하고 품종보호제도를 독립적인 법 체계하에서 운영하고 있다. 유럽연합은 우리보다 2년 앞선 1995년에 품종보호제도를도입하였으며 이 제도는 한 번의 출원으로 전체 회원국(28개국)에서 품종보호를 받을 수 있는 장점을 갖고 있다. 유럽연합과 우리나라 모두 국제식물신품종보호연맹(UPOV) 의 1991협약을 채택하였기 때문에 큰 맥락에서 우리나라와유럽연합 제도는 비슷하지만 약간의 차이는 있다. 유럽연합에서는 유럽연합품종보호사무소(CPVO)가 제도를 운영하고 있으며 제반 심사 절차중 DUS심사는 유럽연합 회원국에 위탁하여 실시하고 있다. 이에 비해 우리나라는 3개 기관(국립종자원, 국립산림품종관리센터, 수산식물품종관리센터)에서 식물유형별로 업무를 분장하여 제도를 운영하고 있으며 각 운영 기관에서 DUS심사도 같이 실시하고 있다. 품종보호권 존속기간은 유럽연합이 25년인데 비해 우리나라는 20년으로 약간 짧은 편이지만 품종보호 관련 수수료는 유럽연합에 비해우리나라가 저렴한 편이다. 자가채종 종자에 대해서 우리나라는 실질적으로 품종보호권을 제한하지 않고 있지만 유럽연합에서는 8개 사료작물, 9개 곡류작물, 감자, 3개 유지·섬유작물에 대해서 자가채종을 허용하고 있다. 유럽연합 품종보호제도와 비교하고 산업의 발전적인 측면에서 볼 때 우리나라 품종보호제도가 나아가야 할 방향은 첫째, 3개 품종보호제도 운영기관의 기능이나 역할을 정립할 필요가 있다. 둘째, 육종가가 출원서류를 작성하는데 있어 느끼는 어려움과 부담을 해소하여야 한다. 셋째, 품종보호권 침해(의심) 분쟁을 공정하고도 신속하게 해결할 수 있는 여건을마련해야 한다. 넷째, 품종간 기본유래 관계 여부 입증을 위한방법과 절차가 만들어져야 한다. 다섯째, 농업인의 자가채종종자 사용에 관한 법 규정을 명확히 해야 한다. 마지막으로나고야의정서의 국내 비준과 관련 법령의 제정에 대비하여양 제도간의 상충을 막고 국내 육성 신품종의 해외출원을 지원하기 위해 나고야 의정서가 품종보호제도에 미칠 영향에대해 사전 검토해야 한다. 
한국은 품종보호제도를 도입하기 위해 '종자산업법’을 제정하고 이를 시행하였다. 2013년에는 이 법을 ‘종자산업법’과 ‘식물신품종보호법’으로 분리하고 품종보호제도를 독립적인 법 체계하에서 운영하고 있다. 유럽연합은 우리보다 2년 앞선 1995년에 품종보호제도를도입하였으며 이 제도는 한 번의 출원으로 전체 회원국에서 품종보호를 받을 수 있는 장점을 갖고 있다.
