한국 신학계에서의 김재준의 평가는 긍정적인 것과 부정적인 것이 충돌한다. 긍정적인 평가로는 그가 근본주의와 싸웠으며, 민주주의를 위하여 독재와 싸우는 것 등으로 한국교회의 개혁자라고 부른다. 그러나 부정적인 평가도 적지 않은데, 주로 그를 자유주의 신학자, 신신학자라고 부른다. 물론 김재준의 신학에 대해서는 그를 반대하는 진영에서나 지지하는 진영에서 모두 신정통주의라고 말한다. 그의 생애를 통해서 볼 때, 그는 자유주의와 근본주의를 경험하였지만 그것에 회의를 가지고 있었으며, 바로 이때 그는 신정통주의를 만났고, 신정통주의를 생애 마지막까지 가지고 갔다. 그는 신정통주의가 세계 신학의 주류라는 확신을 가지고 있었으며, 이것과 함께 에큐메니칼 운동이 세계교회의 방향이라고 판단하였다. 이러한 그의 신학적 확신은 격동하는 한국교회에 그대로 반영되었다. 그래서 정통주의에 대해서 비판하였으며, 세계의 신학 동향을 따라가라고 하였다. 이러한 강조는 시대마다 다른 것으로 보이지만 사실은 일관성을 가진 것이었다. 그러나 그는 세계 신학의 동향에 대해서 주의를 기울이고 주류가 무엇인지 확인하고 그것을 따라가라고 강조한 것처럼 하지 못했다. 그의 시각은 신정통주의와 WCC에 국한함으로 인하여 또 다른 세계 교회 운동인 복음주의를 보지 못하였다. 더욱이 상대적 역사주의로 인하여 그는 개혁신학을 역사 속에서 사회적 현상으로 묶어두었다.
한국 신학계에서의 김재준의 평가는 긍정적인 것과 부정적인 것이 충돌한다. 그러나 부정적인 평가도 적지 않은데, 주로 그를 자유주의 신학자, 신신학자라고 부른다.