나고야의정서는 전문, 제4조 등을 통하여 하여 ITPGRFA의 적용대상 중 Annex 1에 포함된 64개 작물종이 식량농업용으로 사용되는 경우에는 적용대상에서 제외하고 있다. 따라서 생물다양성협약이나 나고야의정서상의 에서는 유전자원의 접근 및 이익공유에 사전통보승인(PIC), 상호동의조건(MAT)을 명문화하여 유전자원에 접근 및 활용이 양자 간의 협의에 의하여야 함을 의무화하는 것과 대조적으로 식량농업식물유전자원 국제조약에서는 64개의 식량농업유전자원에 대해서는 다자체제하에서 표준물질이전계약서(Standard Material Transfer Agreement)를 통하여 접근 및 활용이 가능하도록 규정함으로써 식량농업용식물유전자원에 대해서는 양자적 접근 및 이익공유절차를 면제하고 있다. 그러나 MLS 64개 작물종이 나고야의정서상의 양자적 접근 및 이익공유 대상에서 제외되기 위해서는 ITPGRFA 제12.3조상의 8개의 엄격한 요건을 충족시켜야 한다.
나고야의정서는 전문, 제4조 등을 통해 하여 ITPGRFA의 적용대상 중 Annex 1에 포함된 64개 작물종이 식량농업용으로 사용되는 경우에는 적용대상에서 제외하고 있는 실정이다.