검찰이 정치적 종속성 때문에 고위공직자범죄를 제대로 수사하지 못한다는 문제의식에서 출발하여 그 대안으로 공수처 신설이 추진되고 있다. 이것이 과연 타당한 방책인가 하는 점은 의문이다. 공수처 도입론의 주된 논거는 ① 검찰조직이 고위공직자범죄를 엄정하게 수사할 수 없는 내재적 한계를 가지고 있다는 점, ② 특별검사제도도 고위공직자범죄를 수사하는데 제 기능을 발휘하지 못하고 있다는 점 그리고 ③ 고위공직자의 일부인 검사의 비리를 검사가 수사하도록 맡길 수는 없다는 점 등 세 가지로 요약이 된다. 우선 검찰조직이 고위공직자범죄를 엄정하게 수사할 수 없는 내재적 한계가 문제라고 한다면 그 원인을 찾아서 제거하여야 한다. 그런데 공수처 설치는 검찰의 정치적 종속성을 야기하는 근본원인은 도외시한 채 똑 같은 문제점을 가질 수밖에 없는 또 다른 검찰 조직을 만드는 것에 불과하다. 따라서 첫 번째 논거는 타당성이 없다. 현재의 한시적 특별검사제도가 한계가 있기 때문에 상설특검이라고 할 수 있는 공수처 조직을 신설하여야 한다는 논거 또한 마찬가지이다. 검찰이든 특검이든 정치적 독립성을 확보할 제도적 장치가 없는 한 고위공직자범죄 수사에 한계를 가질 수밖에 없다. 따라서 두 번째 논거도 타당성을 인정할 수 없다. 검사의 비리를 검사가 수사할 것을 기대할 수 없지 않냐는 세 번째 논거도 타당하지 않다. 검사가 혐의를 발견하면 이를 수사하고 혐의가 확인되면 이를 기소하여야 할 법적 의무를 규정하고, 이를 위반할 경우 형사처벌이 가능하도록 법제화 하지 않는다면 또 다른 검찰 조직인 공수처를 만든다고 해결될 문제는 아니다. 공수처 도입론의 또 다른 논거인 해외사례의 경우 반부패기구가 존재하는 홍콩, 싱가포르, 말레이시아 등의 국가는 우리나라와 형사사법체계가 다르다. 그 때문에 이를 그대로 우리나라에 적용할 일은 아니다. 우리나라가 감안하여야 할 대륙법계의 선진국인 독일과 프랑스의 경우 모두 검찰 내에 특별수사전담부서를 둠으로써 해결하고 있다. 해외사례 또한 공수처 도입의 논거가 될 수 없다. 현재 국회 본회의에 자동 부의된 두 개의 법률안 내용을 보면 공수처 구성이 정치권의 강력한 영향 아래 이루어지도록 규정되어 있어서 우려가 된다. 또한 실무적인 측면에서 공수처가 제대로 기능을 발휘하기 어려울 것이라는 점도 문제이다. 공수처는 현재의 검찰 조직보다 더 정치적 종속성이 강해질 가능성이 있다. 특히 집권 여당에게 일방적으로 유리한 방향으로 수사권이 행사될 것으로 예상된다. 권력의 실세가 저지르는 고위공직자범죄에 대한 수사 및 공소제기를 방기한다면 이는 이들 범죄로 인한 피해자를 보호하여야 할 국가의 의무가 이행되지 않는 것이다. 따라서 이는 기본권 침해로서 헌법 제10조(인간의 존엄과 가치), 제11조 제1항(법 앞의 평등) 및 제30조(범죄피해구조) 위반이다. 검찰의 정치적 종속성이라는 문제는 제도적으로 검찰의 정치적 독립성을 확보함으로써 해결하여야 한다. 이러한 제도적 장치는 기소독점주의 해소, 기소법정주의로의 전환 그리고 법왜곡죄의 신설 등 세 가지로 요약할 수 있다. 정치권이 이를 받아들일 수 있는 용단을 내리기를 기대한다.
권력의 실세가 저지르는 고위공직자범죄에 대한 수사와 공소제기를 방기한다면 이는 이들 범죄로 인한 피해자를 보호하여야 할 국가의 의무가 이행되지 않는 것이다. 따라서 이는 기본권 침해로 헌법 제10조(인간의 존엄과 가치), 제11조 제1항(법 앞의 평등)과 제30조(범죄피해구조) 위반이다. 검찰의 정치적 종속성이라는 문제는 제도적으로 검찰의 정치적 독립성을 확보함으로써 해결하여야 한다. 이러한 제도적 장치는 기소독점주의 해소, 기소법정주의로의 전환과 법왜곡죄의 신설 등 세 가지로 요약할 수 있다.