학문의 자유와 대학의 자치 간의 관계는 내용적으로나 기능적으로 완전히 일치된다고 보는 견해, 내용적으로만 일치한다고 보는 견해, 기능적으로만 일치한다고 보는 견해, 내용적으로나 기능적으로도 완전히 분리된다고 보는 견해가 가능하다. 학문의 자유는 대학의 자치를 포함하여 양자는 내용적으로나 기능적으로 모두 일치한다고 보는 견해가 타당하다. 학문의 자유에 대학의 자유를 포함시키지 않는 견해는 대학의 자치를 제도보장으로 이해한다. 대학의 자치가 제도보장으로 이해되면 국민은 대학의 자치에 대한 침해를 이유로 헌법소원을 청구할 수 없다. 헌법재판소가 제도보장으로 이해된 대학의 자치를 기준으로 입법을 통제하는 경우에도 엄격한 심사를 하지 않게 된다. 따라서 대학의 자치는 제도보장이 아니라 절차권으로 이해되어야 한다. 대학의 자치가 절차권으로 이해되면 국민은 이에 대한 침해를 이유로 헌법소원을 청구할 수 있다. 그렇다고 헌법재판소의 권한이 비대화되어 의회의 권한을 침해하지는 않는다. 헌법재판소는 절차권과 같은 급부권의 경우에 과소금지원칙에 따라 심사할 수 있기 때문이다. 같은 맥락에서 절차권으로 이해된 대학의 자치를 근거로 국민이 헌법소원의 청구를 남발할 가능성도 적다.
학문의 자유에 대학의 자유를 포함시키지 않는 견해는 대학의 자치를 제도보장으로 이해하며 대학의 자치가 제도보장으로 이해되면 국민은 대학의 자치에 대한 침해를 이유로 헌법소원을 청구할 수 없다.대학의 자치가 절차권으로 이해되면 국민은 침해를 이유로 헌법소원을 청구할 수 있다. 헌법재판소는 절차권과 같은 급부권의 경우에 과소금지원칙에 심사할 수 있기 때문이며 같은 맥락에서 절차권으로 이해된 대학의 자치를 근거로 국민이 헌법소원의 청구를 남발할 가능성도 적다.