지방자치제도가 시행된 지 20년이 넘은 지금 일부 세제와 특정 법규정은 지방정부가 출자하는 지방공기업의 재무건전성을 중앙정부의 국가공기업에 비해 오히려 떨어뜨리게 하는 면이 있어 개선의 필요성이 있다. 본 연구에서는 주택 부문 공공사업을 수행하고 있는 국가공기업과 지방공기업의 적용 제도와 사례를 비교하여 두 형태 기업의 세제 적용에 있어서 차별되는 부분은 없는지를 분석하고 이에 대한 해결방안을 제시한다. 첫째 LH 공사에게 적용되는 업무무관부동산 관련 비용 손금불산입 예외 규정이 유사한 사업을 수행하는 지방도시개발공사에게는 적용되지 않을 수 있으므로 과세형평성 제고차원에서 주택사업을 수행하는 지방도시개발공사에도 해당 규정이 적용될 수 있도록 법인세법 시행규칙의 정비가 필요하다. 둘째, 세무상 결산조정이 인정되는 감가상각비의 산정에 있어 경제적 실질이 보다 잘 반영될 수 있도록 지방도시개발공사의 내용연수의 변경을 제약하는 지방공기업법 시행규칙의 개정이 필요하다. 셋째, 주택 부분 사업을 수행하는 국가 공기업에 적용되는 현물 출자 관련 취득세 면제 및 재산세 감면에 대해서도 실질 과세 차원에서 지방도시개발공사에게 동일하게 적용할 것을 본 연구는 제안한다. 지방자치 및 분권에 대한 관심이 그 어느 때보다 높은 시점에 본 연구는 중앙정부와 지방정부가 각각 출자하고 있는 공기업에 적용되는 세제 차이를 검토하여 조세형평성을 저해하는 문제점을 분석하고 개선 방안을 제시하였다는 점에서 연구의 의의가 있다.
지방자치제도가 시행된 지 20년이 넘은 지금 일부 세제와 특정 법규정은 지방정부가 출자하는 지방공기업의 재무건전성을 중앙정부의 국가공기업에 비해 오히려 떨어뜨리게 하는 면이 있어 개선의 필요성이 있다.