대법원은 인허가의제제도에 있어서 의제된 인허가의 존재에 대하여 명확한 입장을 가지고 있지 아니하였다. 그러나 최근에 대법원 2018. 7. 12. 선고 2017두48734 판결, 대법원 2018. 11. 29. 선고 2016두38792 판결에서 부분인허가의제, 실체적 요건 심사, 의제된 인허가와 통상적인 인허가의 효력적 동일성 등을 근거로 의제된 인허가의 존재를 인정하는 취지의 판시를 하였다. 그러나 의제된 인허가의 처분성을 인정하는 논거들에 대해서는 쉽사리 받아들이기 어렵다. 부분인허가의제는 인허가의제의 결정방식의 문제이고, 실체적 요건의 심사는 인허가제도의 존재목적에 관한 문제이므로 의제된 인허가의 존재인정과 직접적 관련이 없다고 생각된다. 의제된 인허가의 존재는 행정처분의 외부적 성립에 관한 것이지 효력에 관한 문제가 아니다. 의제된 인허가의 존재 인정 여부는 의제된 인허가의 독립적 취소가 필요한지를 기준으로 판단하여야 할 것이다. 의제된 인허가의 처분성을 인정하게 되면 주된 인허가 뿐만 아니라 의제된 인허가를 대상으로 항고소송을 제기할 수 있게 된다. 의제된 인허가의 처분성을 인정하는 입장에서는 이를 통해 인허가 상대방 및 제3자의 권익보호, 목적 사업의 원활한 수행에 이바지하게 될 것이라고 한다. 즉, 소송의 대상이 된 의제된 인허가의 위법성을 바로 판단하여 취소여부를 결정할 수 있으므로 제3자 권익보호가 수월하게 되고, 주된 인허가 및 나머지 의제된 인허가의 효력은 그대로 유지되므로 취소된 인허가에 대한 재인허가를 받아서 목적사업을 계속해서 수행할 수 있다는 것이다. 그러나 의제된 인허가의 처분성을 인정하는 것이 제3자 권익보호와 목적사업의 원활한 추진에 실질적으로 이바지 할 수 있을 것인지는 명확하지 아니한 것으로 보인다. 제3자는 목적사업으로 인해 자신의 재산상 생활환경상 권익의 침해를 방어하기 위한 목적을 가지고 있으므로 단순히 의제된 인허가만 취소된다고 하여 제3자의 목적을 달성할 있을 것인지 불분명하다. 의제된 인허가가 취소된 후 재인허가를 받을 때까지 목적사업의 지연은 불가피하고 재인허가를 받지 못하면 결국 목적사업을 위한 주된 인허가는 취소되어야만 할 것이다. 이상과 같이 의제된 인허가의 처분성 인정은 우리 실정법상 처분개념에 부합하지 아니하고, 의제된 인허가의 독립적 취소를 위해 처분성을 인정해야 할 소송법적 필요성도 명확하지 아니하다. 따라서 학계와 실무의 충분한 논의와 검토를 거쳐 의제된 인허가의 처분성을 인정하는 것이 필요하다면 법률에 명확히 규정을 하여 이로 인한 의문을 해소하는 것이 필요하다고 본다.
이상과 같이 의제된 인허가의 처분성 인정은 우리 실정법상 처분개념에 부합하지 않고, 의제된 인허가의 독립적 취소를 위해 처분성을 인정해야 할 소송법적 필요성도 명확하지 않다. 따라서 학계와 실무의 충분한 논의와 검토를 거쳐 의제된 인허가의 처분성을 인정하는 것이 필요하다고 한다면 법률에 명확히 규정을 하여 이로 인한 의문을 해소하는 것이 필요하다.