종교의 자유의 보호영역을 확정하는 일은 쉬운 일이 아니다. 이로 인하여 독일 연방헌법재판소는 신앙의 자유란 단지 신앙을 가지는 자유뿐만 아니라, “자신의 신앙 기준에 근거하여 자신의 전체 행동의 방향을 설정하고, 자신의 내적인 신앙의 신념에 따라 행동하는 자유”도 포함하고 있다고 확장해석하고 있다. 종교의 자유의 보호영역은 국가의 법질서가 개인의 종교적 신념을 침해하지 못하도록, 가능한 한 최대한 설정해야 한다. 우리나라 헌법재판소는 “종교의 자유는 그 구체적 내용에 관하여 일반적으로 신앙의 자유, 종교적 행위의 자유 및 종교적 집회?결사의 자유라는 3요소로 구성되어 있다.”고 설시하고 있다. 사견으로 종교의 자유의 내용은 ‘신앙의 자유’, ‘종교적 고백의 자유’, ‘종교적 행위의 자유’로 구성되어 있다고 생각한다. 종교의 자유 보장은 필수불가결하게 종교적?세계관적 중립성을 지닌 국가를 전제로 한다. 세속화된 국가는 어떠한 국교를 가져서도 안되고 어떠한 종교를 대변해서도 안된다. 즉, 중립성을 지닌 국가는 모든 종교들을 평등하게 대우해야 한다는 논리적 결과에 이른다. 헌법 조항에서 단체에게 법적 지위를 얻도록 요구하는 규정은 거의 없다. 그러나 헌법에서 단체가 공권력의 주체가 될 수 있도록 허용하고 있으면서도, 단체가 헌법상 어떠한 의무도 수행하도록 요구하지 않는 것은 문제가 있다. 따라서 이러한 딜레마를 해결하는 하나의 방법은 공법상 단체의 지위를 폐지하는 것이다. 자연적으로 발생하는 종교의 다양성과 종교의 위험은 현대 국가에게 어려운 역할을 맡기고 있다. 첫째, 종교적 근본주의가 나타나고 있다. 종교적 근본주의는 종교를 공적 영역으로부터 축출하여 사적 영역의 문제로 만든다. 종교를 공적 영역으로부터 축출하는 것은 종교의 자유의 내용을 제약하게 만든다. 그럼에도 불구하고 종교적?세계관적 중립성을 지닌 국가는 종교의 내용 자체를 평가해서는 안된다. 둘째, 종교단체와 관련한 법규범에 종교단체를 일반법의 예외에 두게 되면, 법질서의 분열을 초래하고 입법자의 입법형성의 자유를 과도하게 제약하게 된다. 그러나 일반법의 예외없는 적용은 종교적 소수자를 불리하게 대우함으로써 새로운 평등문제를 불러일으킨다. 또한 일반법의 예외 규정을 심사함에 있어서는 모든 당사자들의 이해를 고려해야 한다. 셋째, 종교와 관련된 법률에서 이른바 “문화유보”(Kulturvorbehalte)가 문제된다. 일정한 종교공동체가 문화적합적이 아닌, 문화이질적인 경우에도 그 종교공동체를 차별대우해서는 안된다. 세계관적 공동체는 문화이질적인 공동체도 수용해야 하기 때문이다. 국가의 종교적 중립성이란 국가가 특정한 종교적 행위나 종교단체를 염두에 두고 지원해서는 안된다는 의미이다. 국가의 종교적 중립성에 관한 전통적인 견해는 국가가 종교와 거리를 두면서 종교적?세계관적 문제에 개입해서는 안된다는 ‘소극적 중립성’이었다. 그러나 국가의 종교적 중립성에 대한 새로운 이해는 국가가 종교에 대해 비편파적이어야 할뿐만 아니라, 종교영역에 적극적?지원적 중립성을 지향한다는 의미이다.
우리나라 헌법재판소는 “종교의 자유는 그 구체적 내용에 대해 일반적으로 신앙의 자유, 종교적 행위의 자유 및 종교적 집회?결사의 자유라는 3요소로 구성되어 있다.”고 설시하고 있다. 즉, 중립성을 지닌 국가는 모든 종교들을 평등하게 대우해야 한다는 논리적 결과에 이른다. 그러나 일반법의 예외없는 적용은 종교적 소수자를 불리하게 대우함으로써 새로운 평등문제를 불러일으킨다. 또한 일반법의 예외 규정을 심사함에 있어서는 모든 당사자들의 이해를 고려해야 한다.