이 연구는 인조대부터 정조시기까지 서원의 훼철을 둘러싼 조정의 논의들을 시계열상에서 검토하였다. 기존의 서원 관련 연구에서 서원 훼철을 바라보는 시각은 대체로 서원의 타락이나 기능변화 등에서 원인을 찾거나, 서원의 무익함과 백성에 대한 피해를 강조한다. 연구자가 검토한 바에 따르면 이런 종류의 서원 폐해는 적어도 정조시기까지는 중요한 문제로 논의되지 않는다. 오히려 당시 서원과 관련해 핵심적 쟁점은 향사자의 적합성 문제였다. 서원에 대한 비판자들은 일부 서원에서 향사하는 이들의 부적절함을 지적하고 이에 대한 대책 수립을 제의하였다. 한편 서원을 옹호하는 이들은 주로 교화적 관점에서 서원의 중요성을 강조하고 있었다. 이들은 서원에 일정부분 국가재정 지원이 이루어지는 것은 무익한 것이 아니라, 가치 있는 정책행위로 보고 있었다. 이런 맥락 속에서 조선 조정에서는 인조대 이래 부적절한 인물을 제향하는 서원의 설립을 규제하고, 첩설을 제한하는 노력을 시작하였다. 이후 정조시기까지 모든 국왕들은 서원의 설립을 규제하는 원칙을 견지하였다. 고종대 이전에 서원에 대한 대규모 훼철은 숙종대 1차례, 영조대 1차례 이루어졌다. 이 두 훼철 사건에서의 기준은 국가에서 정한 금령을 어긴 데에 있었고, 그 점에서 이 서원 훼철 사건은 불법 행위에 대한 처벌의 성격을 가진 것이라 할 수 있었다. 정조 때까지 조선 조정은 서원의 향사자의 자격과 첩설을 가장 심각한 서원의 폐단으로 이해하였다.
본 연구는 인조대부터 정조시기까지 서원의 훼철을 둘러싼 조정의 논의들을 시계열상에서 검토했다. 기존의 서원 관련 연구에서 서원 훼철을 바라보는 시각은 대체로 서원의 타락이나 기능변화 등에서 원인을 찾거나, 서원의 무익함과 백성에 대한 피해를 강조한다.