본 연구는 국세청 국세법령정보시스템에 수록된 2005년부터 2013년까지 법인세 부당행위계산부인관련 심사청구, 심판청구, 조세소송 불복처리건수는 370건으로 이중 인용(패소)건 216건의 자료를 중심으로 분석하여 개선방안을 제시하였다. 첫째, 부당성 판단기준이 개별세법별로 매우 추상적으로 규정되어 있고, 각기 다르고 모호하여 과세관청에서는 국고주의적으로 판단하는 경향이 있다. 따라서, 부당성 판단기준을 시행령이 아닌 법률에서 규정하고 공통내용은 국세기본법에서 규정하는 방법으로 통일성 있게 법령을 정비해야 한다. 둘째, 법인세법시행령에서 시가가 불분명한 경우 감정가액과 상증법상 평가방법에 의한 가액으로 한정하여 획일적인 평가·계산방법을 적용하도록 규정하고 있는것은 유사한 상황이 없는 거래 등 모든 상황을 반영하지 못하는 한계가 있다. 이에 대한 대안으로 합리성이 충분히 검증된 현행 국제조세조정에 관한 법률의 정상가격 산출방법을 활용하는 방안을 제안한다. 셋째, 특수관계인 범위에 있어서 친족범위가 비현실적이고, 사용인의 친족 및 주주 등의 범위가 광범위하고 불명확하기 때문에 과세관청이 해석 및 적용에 있어서 남용의 소지를 지니고 있다. 친족의 범위를 축소하고, 사용인의 친족범위에서 ‘경제적 의존관계에서 생계를 함께하는 친족’을 제외하고, 주주의 범위를 ‘지배주주 등’으로 한정하는 등 범위를 현실에 맞게 축소해야 한다. 넷째, 부당행위계산부인에 따른 소득처분으로 발생하는 이중과세 문제와 관련하여 이자, 배당, 기타소득 등의 경우 이중과세 조정규정을 명문화하고, 양도소득의 이중과세 조정규정도 현행 법률 및 시행령에 나누어진 것을 법률로 규정하여야 한다. 소득 경합 시에는 거래 또는 분여받은 이익의 성격에 따라 양도소득 또는 증여세가 먼저 과세되도록 개선하고, 부당행위계산부인의 당사자인 거래상대방에 대한 대응조정을 인정하지 않아 현존하는 이중과세문제는 현행 국제조세조정에 관한 법률의 대응조정 규정을 도입·보완하여 해결해야 한다.
본고는 국세청 국세법령정보시스템에 수록된 2005년부터 2013년까지 법인세 부당행위계산부인관련 심사청구, 심판청구, 조세소송 불복처리건수는 370건으로 이중 인용건 216건의 자료를 중심으로 분석하여 개선방안을 제시했다.