그동안 중앙정부와 지방정부는 의료기관이 의료라는 공공 서비스를 제공하여, 국민 및 주민 삶의 질을 제고시키기 때문에 국세 및 지방세를 감면해주었다. 그러나 지방세 감면으로 인해 지방자치단체의 재정이 열악해지고 있는 상황에서 의료기관에 대한 지방세 감면을 새로운 시각으로 바라보아야 한다. 의료기관이 국민 건강을 책임지고 있다는 점에서 국세 감면은 타당하지만, 지방자치단체에 위치한 의료기관의 수와 관계없이 의료기관에 대한 지방세 감면은 타당하지 않다. 이에 의료기관에 대한 지방세 감면의 문제점을 형평성과 효율성 측면에서 살펴보았다. 형평성 측면의 경우, 의료기관에 대한 국세 감면과 지방세 감면을 비교했고, 또한 설립 주체별 의료기관 간 지방세 감면 혜택을 비교했다. 먼저 국세 감면과 비교한 결과, 의료기관에 대한 지방세 감면의 감면 대상과 세목은 광범위하고 복잡했다. 그리고 의료기관에 대한 국세 감면이 의료 수익와 의료외 수익을 구분하여 의료 수익에 한해 이루어지고 있는 반면, 지방세 감면은 의료 수익과 의료외 수익을 구분하지 않고 이루어지고 있다. 특히 국세 감면은 공익성과 공공성 기준으로 의료기관을 구분하여 차별적 혜택을 주고 있는 것과 달리 지방세 감면은 차별적 혜택의 근거가 모호했다. 마지막으로 효율성 측면에서 의료관련 법인세와 부가가치세 등 내국세 감면은 지방재정 수입 감소로 이어지기 때문에, 추가적인 지방세 감면은 이중 지원이 될 수 있다. 이와 함께 지방세를 지역적 특성과 관계없이 중앙정부의 정책 목표 달성을 위해 감면해주고 있는 것은 효율적인 지출을 저해한다. 이러한 문제점으로 인해 의료기관에 대한 지방세 감면의 새로운 정책 방향을 설정해야 할 필요성이 있다.
그간 중앙정부와 지방정부는 의료기관이 의료라는 공공 서비스를 제공하여, 국민 및 주민 삶의 질을 제고시키기 때문에 국세 및 지방세를 감면해주었다. 그러나 지방세 감면으로 인해 지방자치단체의 재정이 열악해지고 있는 상황에서 의료기관에 대한 지방세 감면을 새로운 시각으로 바라보아야 한다.