지방자치단체는 국가공기업에 대하여 취득세, 재산세 등 지방세를 감면해주고 있는 반면에 국가는 지방공기업에 대하여 국세인 법인세 등은 과세하는 등 국가공기업에 대한 국세와 지방세간의 조세지원체계가 불합리하고 이로 인하여 지방재정의 부담이 가중되고 있는 실정이다. 아울러 국가공기업들이 지방세 감면혜택을 누리면서도 이에 부응하는 지역사회에 대한 기여도는 낮다는 지적이 일고 있다. 따라서 본 연구에서는 국가공기업에 대한 지방세감면의 타당성을 평가하고 이에 대한 개선방안을 마련하는 그 목적이 있다. 우선 국가공기업 등에 대한 지방세 감면의 문제점을 살펴보면 다음과 같다. 첫째, 국가공기업에 대한 감면기준이 미흡하다는 점이다. 일반적으로 공기업은 공공성과 기업성이라는 두 가지 지배원리에 의하여 운영된다. 그런데 국가공기업은 공공성 및 기업성의 정도에 따라 다양한 유형으로 나누어져 있다. 시장형 공기업, 준시장형 공기업, 기금관리형 준정부기관, 위탁집행형 준정부기관, 기타 공공기관이 그 것이다. 이와 같이 국가공기업이 공공성과 기업성의 정도에 따라 다양하게 분류되고 있음에도 이에 대한 지방세감면에 대한 기준이 명확하지 않다. 둘째, 지방공기업에 대한 국세의 감면과의 형평성 문제가 제기된다. 지방공기업에 대한 법인세 등 국세의 감면과 국가공기업에 대한 지방세 감면이 형평성 차원의 문제점이 대두된다. 셋째, 지방세 감면액의 증가에 따른 지방자치단체의 재정자립도를 악화시킬 우려가 있다. 이에 따라 지역 공공재의 공급기능을 저해할 우려가 있다. 넷째, 지방세 감면을 규정하는 조세특례제한법, 지방세특례제한법의 입법과정이 중앙정부 위주로 이루어져 지방자치단체의 과세자주권을 침해할 소지가 있다. 다섯째, 기타 국가공기업에 대한 직접적인 감면과 일반적 용도별 감면과의 차이점이 모호하고 감면기간의 지속적인 연장 문제 등을 들 수 있다. 따라서 국가공기업 등에 대한 지방세감면에 대하여 다음과 같이 제언하고자 한다. 첫째, 공공성 및 기업성의 정도에 따라 국가공기업 등 공공기관에 대한 감면기준 또는 과세전환 기준을 마련할 필요가 있을 것이다. 특히 시장형 공기업 및 준시장형 공기업에 대해서는 용도별 감면 이외에 공기업이라는 이유로 감면대상이 되는 것은 가급적 지양하여야 할 것이다. 기업성 제고를 통한 시장에서 경쟁이 필요한 공기업에 대해서는 지방세 감면을 우선적으로 과세로 전환하여야 할 것이다. 구체적으로 총수입 중 자체수입의 비중이 높은 시장형 공기업에 대한 지방세 감면은 감면기간이 종료시에 폐지하는 것이 바람직 할 것이다. 그리고 최근 민영화 논의가 있었던 한국철도공사 등 준시장형 공기업에 대해서도 동일한 기준을 적용할 수 있을 것이다. 준정부기관은 기금관리형 준정부기관과 위탁집행형 준정부기관으로 세분되는데, 기금관리형은 국민부담으로 조성된 기금 재원을 관리하는 기관으로 좀 더 강한 공공성 적용이 필요하고 위탁정책형은 정부의 정책사업을 위탁받아 대행하는 기관을 의미하므로 이들 기관에 대해서는 지방세를 감면하는 경우에도 기관의 본래의 설치 목적에 부합되는 범위에서만 허용하여야 할 것이다. 이에 대해서도 지방세 감면은 가급적 지양하고 기금재원의 관리, 국가의 정책사업의 수행을 위한 점을 고려하여 국세 위주의 감면이 행하져야 할 것이다. 마지막으로 기타 공공기관은 관련 분야의 시장에서 평가가 가능하는 등 민간기업과 경쟁하는 기관의 특성을 고려하여 일반적인 용도에 의한 감면 이외에 이에 대한 지방세 감면정책을 재고하여야 할 것이다. 둘째, 국가공기업 등에 관한 용도별 감면에 대해서는 다른 일반 기업과 동일한 기준에 의하여 감면하되 국가공기업 등 공공기관을 특정하여 감면하는 경우에는 전부 과세로 전환하여 지방자치단체의 과세자주권을 침해하지 않도록 하여야 할 것이다. 다만, 국가공기업 등에 대하여 감면하는 경우에는 각 지방자치단체의 특수성을 고려하여 지방세감면조례를 활용하는 방안을 강구하여야 할 것이다. 셋째, 국가공기업에 대하여 모두 과세로 전환하는 경우 전국적으로 통일성을 기할 필요가 있음에도 불구하고 지방자치단체별로 각각 다르게 감면규정을 적용할 경우 오히려 조세형평을 저해할 우려가 있는 분야에 대해서는 지방세조세특례제한법 등에 감면규정을 마련하여야 할 것이다. 그 이외의 분야에 대해서는 지방자치단체의 과세자주권을 존중하여야 할 것이다. 넷째, 기타 국가공기업에 대한 감면세액이 일부 지방자치단체에 편중되어 있는 경우 감면세액 중 일부를 국가 재정에서 보전하는 방안이 강구되어야 할 것이다.
지방자치단체는 국가공기업에 대해 취득세, 재산세 등 지방세를 감면해주고 있는 반면에 국가는 지방공기업에 대해 국세인 법인세 등은 과세하는 등 국가공기업에 대한 국세와 지방세간의 조세지원체계가 불합리하고 이로 인하여 지방재정의 부담이 가중되고 있는 실정이다. 아울러 국가공기업들이 지방세 감면혜택을 누리면서도 이에 부응하는 지역사회에 대한 기여도는 낮다는 지적이 일고 있다. 본고에서는 국가공기업에 대한 지방세감면의 타당성을 평가하고 이에 대한 개선방안을 마련하는 그 목적이 있다.