최남선은 1939년 4월 만주국 건국대학 교수로 취임하여 1942년 11월 사임한다. 이 시기를 전후로 하여 그는 만주국의 건국 유래와 만몽문화에 관한 일련의 논문을 쓴다. 이 논문들을 통해 그는 만주국의 역사적 정당성을 옹호하고 대동아공영권의 논리를 재생산했다. 그런데 최남선은 만몽문화론을 구축하는 과정에서 언제나 조선적인 것을 중심에 배치하려고 한다. 최남선에게 있어 조선적인 것의 핵심은 물론 단군이지만 여기서 중요한 것은 이런 단군중심적 시각이 이미 1920년대에 완성한 불함문화론에 담겨 있었다는 사실이다. 최남선은 불함문화론의 연장선상에서 만주국 문화건설의 신성한 사명을 다하기 위해 만몽문화론을 구성했던 것이다. 그 결과 민족주의 담론과 제국주의 담론은 일체가 되는 듯하면서도 충돌한다. 그런데 이런 모순은 그가 불함문화론, 나아가 만몽문화론을 정립하기 위해 선택한 신화학이라는 방법 자체에 내재된 것이었다. 신화를 통한 역사 이해는, 신화 자체에 내장된 보편성 때문에 종종 민족사를 벗어나 보편사를 지향하게 되는데 이 보편사가 제국주의의 이름으로 도래할 경우 민족을 말하면서 제국을 옹호하는 자가당착에 이르게 된다. 최남선이 신화학을 통해 엮어낸 만몽문화론의 본질이 여기에 있다.
이 논문들을 통해 그는 만주국의 역사적 정당성을 옹호하고 대동아공영권의 논리를 재생산했는데 최남선은 만몽문화론을 구축하는 과정에서 언제나 조선적인 것을 중심에 배치하려고 한다.