본 논문에서는 주어진 채널이 변형될 때, 아미노산들의 유효한 사이드 체인 배치(side chain conformation)를 찾는 알고리즘을 제시한다. 제안된 알고리즘은 아미노산의 유연성에 근거하여 사이드 체인 유연성을 가진 단백질 분자를 구현하고, 채널 변화에 영향을 주는 인접 아미노산(adjacent amino acid)을 추출한다. 인접 아미노산과 이웃(neighbor) 아미노산의 충돌 검사를 수행하여 유효하지 않은 사이드 체인 배치를 제거한 후, 회전각 조합 트리(rotation angle combination Tree)를 구성하여 사이드 체인 배치 중 유효한 것들만을 추출한다.
본고에서는 주어진 채널이 변형될 때, 아미노산들의 유효한 사이드 체인 배치(side chain conformation)를 찾는 알고리즘을 제시한다.