제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시조성을 위한 특별법은 행정의 효율성을 중시하여 행정의 민주성을 경시한 입법이라 할 수 있고, 지방자치의 제도적 보장의 본질적 내용을 침해하였다고 할 수 있으며, 지방자치에 대한 헌법적 보장은 국가권력에 대하여 아래로부터 위로의 민주주의적 정당화를 요청하는 바 이에 대한 침해라고 할 것이다. 또한 제주도에 한하여 구역계층을 단층화한다는 것도 장단점이 있는 만큼 반드시 행정의 효율성을 담보한다고 할 수 없다. 그리고 핵심영역에 대한 침해가 없다고 하여도, 비례의 원칙인 목적의 정당성, 수단의 적절성, 피해의 최소성, 법익의 균형성 등에 비추어도 본 법률은 합헌적 입법이라 할 수 없다. 본 사건에서는 국가가 지방자치단체의 자치권을 보호하고 육성할 책무는 행하지 아니하고 오히려 독일과 프랑스와 같은 국가에서는 헌법에서까지 보호하고 있는 기초자치단체를 합리적인 이유없이 막연히 행정의 효율성을 위해 기초자치단체의 자치권을 폐지한다는 것은 국가의 지방자치단체에 대한 우호적 원칙의 침해라 할 것이다. 기초자치단체가 제대로 수행할 수 없는 이유는 설시하지 아니한 채 광역자치단체로 그 사무를 이관하면 되는 것을 행정의 효율성이라는 명분으로 제주도의 지방자치단체를 폐지하는 것으로 보충성의 원칙에 위배된다고 여겨진다. 또한 헌법 전문의 ‘자율과 조화를 바탕으로 자유민주적 기본질서를 더욱 확고히 하여’라는 정신에 정면 배치된다 할 것이므로 우라나라의 지방자치제도의 체계의 정당성이 현저하게 침해되고 있다 할 것이다. 아무쪼록 현 시점에서는 제주도의 기초자치단체들이 부활하기를 바라며 다른 지역에서도 행정의 효율성을 내세워 제주도의 예를 뒤따르려는 시도가 없기를 바랄 뿐이다.
제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시조성을 위한 특별법은 행정의 효율성을 중시해 행정의 민주성을 경시한 입법이라 할 수 있고, 지방자치의 제도적 보장의 본질적 내용을 침해하였다고 할 수 있다. 또한 지방자치에 대한 헌법적 보장은 국가권력에 대해 아래로부터 위로의 민주주의적 정당화를 요청하는 바 이에 대한 침해라고 할 것이다.