艮齋와 화서학파의 심설논쟁은 리를 중심으로 사고하고 실천하는 것이 올바른 것인지 아니면 절대지선의 리는 바꿀 수 있는 것이 아니므로 가변적인 기를 다스려 이 리가 제대로 드러날 수 있게 하는 것이 올바른 것인지를 두고 벌어진 논쟁이라 할 수 있다. 즉 실천과 이론의 통일체로서의 조선유학이 19세기라는 미증유의 격변기에 어떻게 천리를 보존하고 실천할 수 있을 것인가하는 문제의식으로부터 출발한 논쟁이었다. 화서학파는 율곡의 ‘심시기’라는 명제가 主氣로 흘러갈 수 있는 위험이 있다고 비판하고 우리 몸의 주재이며 성정을 통섭하는 주체인 심은 리를 주로 하여(主乎理) 봐야하며 이런 측면에서 심은 리라고 해야 한다고 주장한다. 이에 반해 간재는 율곡의 ‘심시기’설을 그대로 계승하여 심은 기이며 심 가운데에 내재되어 있는 성이 리라고 주장한다. 물론 둘 다 존재론적으로 심이 이기의 합이라는 것을 동일하게 전제로 하고 있지만, 간재는 理無爲氣有爲의 이기관 및 심과 성을 대비하면 성은 리요 심은 기라는 율곡의 주장에 근거하여 유위한 기는 무위한 리에 근거해야 만이 그 작용이 바름을 잃지 않을 수 있다고 주장함으로써 주재능력을 가지고 있지만 동시에 일탈하기 쉬운 마음의 자의성을 통제할 것을 역설하는 性師心弟說을 제기하게 된다. 그러나 화서학파인 重菴은 심이 天君으로서의 역할을 다할 수 있는 것은 心中의 리에 의해 가능하므로 이 리를 주로 하여 심을 리라고 하여야 만이 主氣의 폐단으로 흘러가지 않게 된다고 주장한다. 이에 대해 간재는 중암의 주장이야말로 主氣本心之學이며 자신의 주장이 진정한 主理本天之學이라 역설하게 된다. 이 논쟁은 당시와 같은 대내외적 위기의 시대속에서 천리의 보존과 실현을 통해 시대적인 난국을 해결하려는 문제의식으로부터 출발한 것이지만 서로의 수양방법론 및 현실인식의 차이로 인해 결국 합의점에 도달하지 못하였다. 그러나 이 논쟁은 우리에게 주리, 주기라는 개념에 대해 다시 한번 생각하게 하게 하는 계기를 주었으며, 천리의 보존과 실현이라는 성리학적 문제의식에 대한 치열한 탐구의 모습을 잘 보여준다.
艮齋와 화서학파의 심설논쟁은 리를 중심으로 사고하고 실천하는 것이 올바른 것인지 아니면 절대지선의 리는 바꿀 수 있는 것이 아니므로 가변적인 기를 다스려 이 리가 제대로 드러날 수 있게 하는 것이 올바른 것인지를 두고 벌어진 논쟁이라 할 수 있다.