1988년 전면 개정된 새 지방자치법은 “국가의 지도·감독”이라는 독립된 장(章)에서 지방자치단체의 사무에 대한 국가관여의 수단에 관해 비교적 자세히 규정하였다. 그러나 지방자치단체의 부작위에 대한 국가의 통제수단이 결여되어 있다는 등의 입법상 결함이 지적되었으며, 이에 여러 차례에 걸친 법개정을 통해 제도적 보완이 이루어져 왔다. 그럼에도 불구하고 지방자치단체에 대한 국가통제에 관한 현행 지방자치법의 규정은 여전히 여러 가지 제도적 결함이 내포되어 있으며, 또한 그 운용상의 다툼에 대한 사법부의 판단 중에도 문제를 내포하고 있는 것이 있다. 그 주요 내용을 정리하면 다음과 같다. 첫째, 사무의 종류에 따른 체계적이고 논리적인 통제수단의 규율이 미흡한 점을 들 수 있다. 예컨대 시정명령·취소정지제도는 적극적 명령·처분에 대한 통제수단이고 직무이행명령제도는 소극적 부작위에 대한 통제수단이어서 양자는 하나의 짝을 이룬다고 할 것인데, 이를 규정한 지방자치법 제169조와 제170조는 여러 가지 점에서 결함이 있다. 따라서 양자가 균형을 이루도록 보완할 필요가 있다고 할 것이다. 둘째, 시정명령과 취소정지권을 규율하고 있는 지방자치법 제169조의 문제점을 지적할 수 있다. 먼저, 지방자치단체장의 ‘자치사무’에 관한 명령·처분에 대해서까지 감독관청의 취소·정지권을 인정한 것은 - 비록 명령·처분이 위법한 경우에만 허용한다 하더라도 ? 헌법이 부여한 지방자치단체의 자치권을 과도하게 침범하는 것으로서 위헌의 소지가 있다고 할 것이다. 나아가 입법론적으로는 제169조의 구조가 근본적으로 바뀌어야 할 것이다. 즉, 감독관청의 시정명령에 대해 지방자치단체장이 이의를 제기하면 감독관청은 취소·정지를 하지 못하도록 하고, 이 경우 감독관청이 대법원에 소를 제기하여 지방자치단체장의 명령이나 처분의 위법성이 판단되도록 하는 방안이 타당하다고 생각된다. 셋째, 재의요구요청 등에 관해 규율하고 있는 지방자치법 제172조의 문제점을 지적할 수 있다. 자치사무에 관한 것이든 단체위임사무에 관한 것이든 묻지 않고 지방의회의 의결이 법령에 위반되거나 공익을 현저히 해한다고 판단되는 경우에 감독관청의 재의요구요청권을 인정한 것은 문제라 할 것이다. 자치사무의 경우 공익을 현저히 해한다고 판단되는 경우까지 감독관청의 재의요구요청권을 인정한 것은 자치사무에 대한 국가의 감독은 원칙적으로 합법성감독에 국한되어야 한다는 기본원칙에 반하기 때문이다. 넷째, 지방자치단체장이 스스로 재의를 요구하였다가 철회한 경우의 감독관청의 재의요구 요청기간이 문제되는바, 이에 관한 헌법재판소와 대법원의 입장은 자칫 지방자치단체장에 의해 악용될 우려가 있는 점에서 문제가 있다고 생각된다. 지방자치단체장이 스스로 재의를 요구한 경우에는 감독관청은 별도로 재의요구를 요청할 필요가 없을 것인데, 감독관청의 재의요구 요청기간이 경과한 후 지방자치단체장이 재의요구를 철회한 경우에는 재의요구에 관한 감독관청의 통제권한은 무력해 질 수 있기 때문이다. 따라서 지방자치단체장이 일단 재의를 요구한 경우에는 그것을 철회하기 위해서는 감독관청의 동의를 받도록 하거나, 아니면 지방자치단체장이 재의요구를 철회함으로써 감독관청이 재의요구를 요청할 기회가 상실된 경우에는 감독관청에게 대법원에의 직접 제소권을 인정하는 등의 입법적 보완이 필요하다고 할 것이다.
1988년 전면 개정된 새 지방자치법은 “국가의 지도·감독”이라는 독립된 장에서 지방자치단체의 사무에 대한 국가관여의 수단에 관해 비교적 자세히 규정했다. 그럼에도 불구하고 지방자치단체에 대한 국가통제에 관한 현행 지방자치법의 규정은 여전히 여러 가지 제도적 결함이 내포되어 있으며, 또한 그 운용상의 다툼에 대한 사법부의 판단 중에도 문제를 내포하고 있는 것이 있다.