본 연구는 국책연구기관 연구윤리평가를 둘러싼 주요 쟁점들에 관해 고찰한 결과 다음과 같은 결론을 도출하였다. 첫째, 국책연구기관 연구보고서에 요구되는 연구윤리 중 가장 중요한 것은 위조, 변조, 표절, 중복게재, 부당한 저자 표시 등의 연구부정행위를 하지 않는 것이며, 현재 표절과 중복게재가 가장 심각한 문제임이 확인되었다. 둘째, 연구윤리를 확립하기 위한 수단으로 연구윤리평가를 이용하는 것은 긍·부정적 양면이 있으므로 신중하게 접근해야 한다. 현재와 같은 사전적 연구윤리평가방식은 여러 논란의 빌미를 제공하는 등 부정적 측면이 강하므로 재검토가 필요하다. 셋째, 현행 연구윤리평가를 지속하더라도 평가의 근거를 비롯하여 목적, 기준, 방법, 결과활용 등에 관해 개선할 점이 많다. 평가의 전 과정에서 국책연구기관의 특성이 고려되어야 하고, 평가 근거 및 목적의 명확화, 평가기준 보완 및 구체화, 표절검색시스템 구축 등 평가방법 개선, 그리고 평가결과 활용 범위 재조정 등이 필요한 것으로 나타났다.
이 연구는 국책연구기관 연구윤리평가를 둘러싼 주요 쟁점들에 관해 고찰한 결과 다음과 같은 결론을 도출했다.