전 세계는 지구온난화 문제의 주요 원인으로 지목되고 있는 온실가스를 감축하기 위해 노력을 기울이고 있다. 우리나라도 2015년부터 배출권거래제를 본격적으로 시행함으로써 탄소배출 감축의무를 부담하게 되었다. 배출권거래제란 지속가능한 오염물질의 배출총량을 정하고 개별 오염원에게 배출할 수 있는 오염물질의 허용량을 분배한 후, 이를 거래가능하게 하여 상호간에 양수도 거래하는 과정을 통해 전체 온실가스 배출량을 감축하고자 하는 환경규제수단이다. 본 연구는 시행 초기단계인 배출권거래제의 성공적인 정착을 위해 과세제도의 정비가 필요하다고 보고 현행법상 배출권거래제가 시행되는 경우 제기되는 부가가치세법상의 쟁점에 대해 검토하고 향후 입법방향에 대한 제언을 하고자 하였다. 이를 위해 본 연구는 이미 배출권거래제를 시행하고 있는 외국의 사례를 검토하여 배출권 거래의 과세여부에 대한 입법동향을 분석하였다. 현행법은 배출권을 사적소유권이 부여된 권리로 보아 부가가치세 과세대상인 재화의 범위에 포함시키고 있다. 배출권에 대한 현행 부가가치세제는 배출권의 국내거래와 국외거래 사이의 과세시기 불일치 문제, 환수효과, 사기거래의 위험성에서 비판이 제기된다. 전 세계에서 가장 큰 배출권 거래시장을 가진 EU 역시 우리나라와 유사하게 배출권 거래에 대해 원칙적으로 과세하는 입장을 취하고 있다. 그러나 이러한 EU의 과세체제는 회전목마로 불리는 사기거래의 증대로 국가적 손실이 지속적으로 발생하자 EU 전체 차원의 대응책으로써 구매자세액공제를 적용하도록 개정되었다. 또한 최근에는 구매자세액공제를 넘어 배출권 거래에 대해 부가가치세 과세를 면제하도록 개정하는 방향으로 대응책을 마련하는 회원국이 늘어나고 있으며, 이러한 EU의 입법추세는 배출권 거래에 대해 과세입장을 유지하고 있는 우리나라에 시사하는 바가 매우 크다고 생각된다. 세법이란 특정 국가의 정책적 목적이 반영되기 때문에 과세여부에 대해 일률적인 동향을 따를 필요는 없으나, 배출권거래제의 시행 이후 기업들의 자금부담과 산업경쟁력 약화 등에 대한 우려의 목소리가 끊임없이 이어지고 있는 상황에서 정부는 EU의 입법동향을 주시하여 적어도 과세제도의 차이로 인해 기업이 경제적 손해를 입지 않도록 하는 정책적 방안을 마련할 필요가 있다.
이 연구는 시행 초기단계인 배출권거래제의 성공적인 정착을 위해 과세제도의 정비가 필요하다고 보고 현행법상 배출권거래제가 시행되는 경우 제기되는 부가가치세법상의 쟁점에 대해 검토하고 향후 입법방향에 대한 제언을 하고자 하였다.