보호감호의 선고는 주로 책임능력있는 상습범 내지 누범에 대해 자유형과 동시에 이루어진다. 이로 인해 보호감호는 형벌과의 분명한 구별이 쉽지 않고, 현재 집행에 있어서도 또한 형벌과 다르지 않게 운영되고 관련 당사자들로부터도 그렇게 여겨진다. 물론 보호감호에 대해 끊임없이 제기되는 이중처벌 등의 문제들이 보호감호를 보안처분이 아닌 형벌로 간주하는 것을 통해서 해소되지는 않는다. 오히려 보호감호의 형벌적인 요소들이 줄어들 수 있는지 그렇다면 그 방법은 무엇인지가 고민되어야 한다. 이를 통해서 보호감호는 특별예방에 기여하는 보안처분으로 자리매김해 나갈 수 있을 것이다. 형벌과 다르지 않게 - 게다가 근거법률 없이 - 집행되고 있는 현재의 보호감호는 개인의 자유를 중대하게 침해하는 것으로 비례성원칙에 위반된다.
보호감호의 선고는 주로 책임능력있는 상습범 내지 누범에 관해 자유형과 동시에 이뤄진다.