대한제국기 내장원이 각종 국가 재원을 관할한 거대 재정기구로 확대되면서 공문서 양식도 변화되었다. 초기와 달리 1900년 2월부터 판심에는 궁내부가 삭제된 ‘內藏院’이 찍힌 공문서 용지를 사용했다. 내장원경의 도장에 새겨진 명칭도 ‘內藏院卿之章’으로 변경되었다. 내장원이 거대 재정기구로 확대되면서 위상도 독자성을 갖는 기구로 높아졌던 것이며, 그 양상이 공문서 양식에도 반영되었던 것이다. 이러한 변화는 문서 유통 체계에서도 나타났다. 1897년까지 내장원이 각 군으로부터 받은 보고의 수신자는 대부분 궁내부대신이었으나 1899년부터는 수신자가 내장원인 보고서가 대부분이었다. 1899년 8월 이전에는 내장원이 각 군에 훈령을 내릴 수 없었으나, 1899년 8월 이후부터 내장원은 각 군에 훈령을 내릴 수 있게 되었다. 그렇지만 아직 내장원은 중앙기관과 대등한 위치에서 문서를 거래하지는 못했다. 그러나 1900년 9월부터 내장원은 중앙기관과 대등한 위치에서, 지방 기관과는 상급 기관으로서 문서를 거래하게 되었고, 내장원에는 기록과가 설치되었다. 내장원은 궁내부 소속의 하급 기관에서 벗어나 독립된 기관으로서 각 기관과 문서를 거래하게 되었다. 1900년 9월 기록과가 설치된 이후부터 내장원은 독자적으로 문서 접수책을 작성했다. 1901년도 접수책과 1905·1906년도 접수책을 비교해 보면 1905년도 접수책부터 접수 호수가 등장하고 일부에서는 해당 문서의 담당 기관이 기록되었다. 1902년부터 1904년까지의 접수책이 없어 접수책에 언제부터 접수 호수가 기록되었는지 접수책을 통해서는 알 수 없지만, 1905년도 접수책에 기록된 접수 호수와 일자가 접수스탬프에 기입된 내용과 일치하는 것으로 보아 접수 호수가 기록된 시점은 접수스탬프를 찍기 시작한 1902년 7월 전후인 것으로 추정된다. 다음으로 접수스탬프와 달리 접수책에는 업무 담당 기관인 課가 먼저 기록되었다. 이는 내장원이 접수책을 과를 구분해서 작성했던 방식에서 과를 통합하여 작성하는 방식으로 전환했기 때문이었다. 내장원은 과를 구분하지 않고 하나의 접수책에 접수한 순서대로 문서를 기록하면서 각 문서에 연속된 접수 호수를 부여하고, 해당 문서의 업무 담당 기관을 구분하기 위해 접수책 하단에 과를 기록했던 것이다. 1900년 9월 기록과가 설치된 이후 독자적으로 문서를 수발하게 된 내장원은 접수한 문서에 도장 ‘內藏院領收證’을 찍고, 문서 접수 장부를 작성했다. 내장원은 과를 구분해서 접수책을 작성했던 초기의 방식에서 과를 통합해 하나의 접수책에 작성하는 방식으로 전환하고 접수책에는 접수 호수와 업무 담당 기관을 기록하였다. 그리고 접수한 문서에는 접수일자·호수로 구성된 접수스탬프를 찍어 점차 접수 체계가 정비되는 방향으로 나아갔다.
대한제국기 내장원이 각종 국가 재원을 관할한 거대 재정기구로 확대되면서 공문서 양식도 변화됐다. 초기와 달리 1900년 2월부터 판심에는 궁내부가 삭제된 ‘內藏院’이 찍힌 공문서 용지를 사용했다. 내장원경의 도장에 새겨진 명칭도 ‘內藏院卿之章’으로 변경됐다. 이 변화는 문서 유통 체계에서도 나타났다.