본 연구에서는 미국 제도를 중심으로 자유무역지역의 운영방식 특히 화물관리체계에 대한 제도적 개선방안을 분석, 제시하였다. 세계적 분업생산이 각광을 받으면서 우리나라도 가시적인 성과나 충분한 분석 없이 자유무역지역 설립을 확대하고 있으나 동 제도는 관세법상 예외를 인정하고 각종 감면을 제공하고 있어 무분별하게 운영될 경우 세수손실은 물론 국내산업이 큰 피해를 입을 수 있다. 이러한 인식 아래 본고에서는 주기적 운영성과 분석체계, 반출입, 재고, 역내작업 및 입주업체에 대한 정밀한 심사 및 통제, 자율적 재고관리를 위한 운영인의 책임을 전제로 한 주기적·포괄적 신고제도 도입, 물품 추적이 가능한 장부체제 그리고 물품심사방식 및 기간에 관한 세관의 자율성 인정 등 세부적 개선방안을 제시하였다. 이러한 화물관리체제가 전제되어야만 국내산업에 대한 피해 우려 없이 자유무역지역이 외국의 유사 제도와 경쟁할 수 있는 추가적인 지원방안을 모색할 수 있다.
이 연구에서는 미국 제도를 중심으로 자유무역지역의 운영방식 특히 화물관리체계에 대한 제도적 개선방안을 분석, 제시하였다.