납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 국세의 부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간인데, 개정 국세기본법 규정에 따라 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법에 따라 소득처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 제척기간이 연장되었고, 부칙조항에 따라 위 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법에 따라 소득처분하는 금액부터 적용되었다. 이러한 개정 국세기본법 규정 및 그 부칙규정에 의하면, 법인의 임원이 법인의 자금을 횡령하는 과정에서 법인의 장부를 조작하는 등의 부정행위를 하여 법인세를 포탈한 경우 사외로 유출된 금원의 소득귀속자가 분명한 경우뿐만 아니라 불분명한 경우에도 모두 소득세에 대해 10년의 부과제척기간이 적용되고, 부정행위의 시기와 관계없이 소득(상여)처분이 2012. 1. 1. 이후 최초로 이루어지기만 하면 10년의 부과제척기간이 적용된다. 그러나 사외유출된 소득의 귀속자가 불분명한 사안에서 대표자가 실제 귀속자를 입증하지 못할 경우 대표자에 대해 인정상여처분을 함으로써 제재를 가하겠다는 대표자 인정상여 제도의 취지와 국세기본법이 특별히 장기의 부과제척기간에 관한 규정을 둔 취지에 비추어 보면, 사외유출된 소득의 귀속자가 불분명한 사안에서까지 마치 대표자가 부정행위를 저지른 것처럼 상여처분 대상 소득의 소득세에 대해 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 타당하다고 볼 수 없으므로 제척기간에 관한 개정 국세기본법의 신설규정은 법인의 임원 등이 부정행위를 하여 법인세를 포탈한 경우 상여처분 대상 소득의 귀속자가 분명한 사안에 한하여 적용되는 것이 타당하다. 또한 이러한 신설조항이 시행되기 이전에 납세의무가 성립한 소득세에 대하여 이 사건 신설조항을 적용하는 것은 진정 소급입법에 해당되고 달리 진정 소급입법이 허용될 만한 특수한 사정도 존재하지 않으므로 위 개정 국세기본법 규정의 적용시기를 정한 부칙조항은 위헌이라고 판단될 가능성이 높은바, 위 부칙조항은 시행일인 2012. 1. 1. 이후에 종료되는 부정행위와 관련된 소득처분부터 적용되도록 개정 하는 것이 바람직하다.
납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 국세의 부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간인데, 개정 국세기본법 규정에 따라 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련해 법인세법에 따라 소득처분된 금액에 관한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 제척기간이 연장되었고, 부칙조항에 따라 위 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법에 따라 소득처분하는 금액부터 적용되었다.