본 논문은 조세특례제한법 제32조의 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세제도와 관련한 것이다. 양도소득세 이월과세제도란 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업의 양도·양수방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 몇 가지 요건들이 모두 충족됨을 전제로 개인사업 당시에 사용되던 사업용 고정자산에 대해 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것을 말한다. 본 논문의 구성은 다음과 같다. Ⅰ.의 서론에 이어 Ⅱ.에서는 본 규정에 대한 이월과세에 대한 역사(변천 과정)와 더불어 본 제도의 활용에 관한 최근의 동향을 살펴본다. Ⅲ.에서는 법문의 해석 및 실무상의 문제점을 지적하면서 그에 대한 개선방안을 제시한다. Ⅳ.에서는 법문해석상의 이월과세제도가 안고 있는 본질적인 측면의 부당성을 4가지로 구분하여 도출하고 각각에 대한 개선방안을 제시하면서, Ⅴ.에서 결론으로 마무리하였다. 결론으로 정리한 4가지의 문제점과 개선방안은 다음과 같이 정리하였다. 첫째, 법인전환에 따른 세제지원은 구조조정에 대한 지원책의 하나이기는 하나 ‘자기책임의 원리’에 반한다고 볼 수 있다. 당장은 아니지만 그래도 언젠가는 물어야 하는 세금을 조세부담 주체가 전혀 다른 인격체인 법인이 대신 물어야 하기 때문이다. 따라서 종전대로 양도소득세를 면제하든지, 과세이연제도를 활용하여 법인이 사업용 자산을 매각하거나 폐업하는 시점에서 당초의 개인사업자에게 그 세금을 부담지우도록 하는 것이 보다 합리적이다. 둘째, 이월과세를 계속 시행하는 경우에도 회사 임직원이 바뀌고 이월과세된 사실 자체를 알지 못하고 있는 상태에서 해당 법인이 부동산을 양도하게 되면 그 부분에 대해 무신고할 수밖에 없을 뿐만 아니라 과세관청에서도 빠짐없이 챙겨 과세할 수 있다는 보장이 없기 때문에 이를 방지하기 위한 제도적 장치가 필요하다. 셋째, 이월과세액은 언제 부담되는지 그 정확한 시기는 알 수는 없지만 법인의 부채임에는 틀림이 없다. 그렇다면 해당 법인의 주식을 평가하면서 순자산가액을 계산할 때에 이월과세액 상당액도 부채로 인식하여 평가되어야 한다. 마지막으로 채무가 많은 개인기업을 법인으로 전환하게 되면 개인사업자는 채무청산과 함께 양도소득세까지 법인에게 전환함으로써 일석이조의 효과가 발생하게 된다. 양도소득세의 법리는 과세대상이 되는 자산을 채무와 함께 양도한 경우에도 그 채무액을 차감하지 않고 계산한다. 다른 한편 부담부증여의 경우에는 그 채무액 상당액을 대가로 받은 것으로 의제하여 양도소득세를 과세하고 있는 것이 현실이다. 그런데도 양도소득세 모두를 전환법인에게 전가시킬 수 있다는 것은 이론적 타당성이 결여된 것으로 볼 수밖에 없다.
이 논문은 조세특례제한법 제32조의 법인전환에 관한 양도소득세의 이월과세제도와 관련한 것이다. Ⅰ.의 서론에 이어 Ⅱ.에서는 본 규정에 관한 이월과세에 관한 역사(변천 과정)와 더불어 본 제도의 활용에 대한 최근의 동향을 살펴본다. 이월과세를 계속 시행하는 경우에도 회사 임직원이 바뀌고 이월과세된 사실 자체를 알지 못하고 있는 상태에서 해당 법인이 부동산을 양도하게 되면 그 부분에 관해 무신고할 수밖에 없을 뿐 아니라 과세관청에서도 빠짐없이 챙겨 과세할 수 있다는 보장이 없기에 이를 방지하기 위한 제도적 장치가 필요하다.