지방소득세는 2013년까지 법인세와 소득세의 10%를 부과하는 부가세방식으로 과세하였으나, 2014년부터 과세표준을 공유하는 독립세방식으로 전환되어 누진세율을 적용하여 세액을 산출하고 산출된 세액에서 세액공제 및 세액감면을 공제한다. 지방소득세는 크게 개인지방소득세와 법인지방소득세로 분류되는데 세액공제 및 세액감면이 법인지방소득세에는 없고 개인지방소득세에서는 국세인 소득세의 내용과 거의 동일하게 지방세특례제한법에 규정되어 있다. 세액공제 및 세액감면율은 소득세에서 적용하는 것의 10% 상당액으로 되어 있다. 지방소득세가 독립세로 전환되면서 법인지방소득세에는 세액공제·감면을 적용하지 아니하고 개인지방소득세에는 시행하고 있으므로 이에 대한 문제점을 검토하고 합리적인 개선방안을 마련할 필요성이 있다. 이 논문에서는 현행 세액공제·감면제도의 내용을 검토하고 해외 주요국의 사례를 비교법적으로 연구하여 계속시행할 필요가 있는 사항, 폐지할 사항 등을 검토하여 세액공제·감면제도의 개선방안을 마련하는데 연구의 목적을 두고 있다. 현행 세액공제 및 세액감면 항목들 중에서 조세이론상 이중과세 방지를 위해 도입된 외국납부세액공제제도는 소득세와 개인지방소득세에 중복적으로 공제함으로써 외국에 납부한 세액보다 10%를 더 공제받는 경우가 발생한다. 외국납부세액공제제도는 소득세와 지방소득세에서 순차적으로 공제하는 방식을 도입하는 것이 바람직하다. 배당세액공제도 산술적으로 세후소득이 100이 되도록 귀속법인세와 귀속법인지방소득세를 모두 합산하여 소득세와 지방소득세를 산출한 후에 다시 귀속법인세와 귀속법인지방소득세를 공제하도록 한다. 그리고 국가에서 시행하는 부동산 정책목적의 세액감면이나 개인과 법인간의 조세중립성 또는 조세형평문제를 초래하는 세액공제·감면은 폐지하도록 한다. 다만, 개인과 법인간의 조세형평성 문제 등이 초래되어 폐지하는 세액공제·감면 중에서 해당 지역으로의 기업유치 등을 위해 필요한 세액공제는 지역적 특성이 반영되는 사항이므로 각 지방자치단체에서 조례로 시행할 수 있다. 조례에 의한 지방세 감면액은 지방교부세의 기준재정수입액 산정시 수입액에 포함되므로 지방교부세의 감소액과 정책효과를 정확하게 비교 판단하여 지방자치단체가 선택할 사항이다.
지방소득세는 2013년까지 법인세와 소득세의 10%를 부과하는 부가세방식으로 과세하였으나, 2014년부터 과세표준을 공유하는 독립세방식으로 전환되어 누진세율을 적용하여 세액을 산출하고 산출된 세액에서 세액공제 및 세액감면을 공제한다.