2002년 7월에 도입된 상장지수집합투자증권, 즉 ETF증권은 한편으로 다른 집합투자증권과 달리 증권시장에 상장되어 매매된다는 점에서 주식과 유사하고, 다른 한편으로 집합투자기구에 대한 지분권이라는 점에서는 펀드의 일종이라고도 볼 수 있다. 이처럼 ETF증권이 갖는 양면적 성격으로 인하여 ETF증권의 양도에 있어서 그 과세상 취급이 문제된다. 현행 세법은 ETF증권의 양도와 관련하여 ETF증권의 법적 형태에 따라 달리 취급하고 있다. 즉, 투자신탁 ETF증권인 경우에는, 투자대상 자산이 주식인 ‘주식형 ETF증권’에 대해서는 양도시점에 소득세를 비과세하는 반면, 투자대상 자산이 그 밖의 자산인 ‘기타의 ETF증권’에 대해서는 양도시점의 양도차익에 대해 배당소득으로 과세하고 있다. 투자회사 ETF증권인 경우에는 양도시점의 양도차익에 대해 비과세하지만, 증권거래세가 과세되고 있다. 한편 국내상장 해외지수 ETF증권인 경우에는 양도시점의 양도차익에 대하여 배당소득세가 과세될 뿐만 아니라 주권에 해당하여 증권거래세도 함께 과세되고 있다. 이처럼 ETF증권의 법적 형태에 따른 과세제도의 차별로 인하여 현행 실무에서 투자신탁 ETF증권만이 거래되고 있는 상황이다. 경제적으로 동일한 기능을 가진 ETF증권에 대해서는 동일한 방법으로 과세하는 것이 합리적인 과세제도라 할 것이다. ETF증권에 대하여 증권거래세를 과세하는 것이 좋을지, 아니면 소득세를 과세하는 것이 좋을지, 만일 소득세를 과세한다면 양도시점에는 비과세하되 최종소지자에게 과세하는 방식으로 하는 것이 좋을지 아니면 양도시점마다 배당소득으로 과세하는 것이 좋을지 또는 양도소득으로 과세하는 것이 좋을지 선택하는 문제가 있다. 납세자의 담세력을 고려하는 소득세 과세방식이 보다 합리적 대안이라고 판단된다. 소득세 과세방식 중에서도 최종소지자 과세방식은 실적배당상품인 ETF증권에 대해 적용하기에 부적절한 방법이고, 양도차익을 배당소득으로 과세하는 것 역시 문제점을 갖고 있다. ETF의 투자대상 자산의 성격에 따라 ETF증권의 과세방법을 달리하는 것 역시 반대한다. 따라서 ETF증권의 양도에 대해서는 그 법적 형태에 관계없이 모두 양도소득으로 과세하고, 증권거래세를 과세하지 않는 것이 타당하다. 장기적으로는 일반 집합투자기구의 환매와 분배금에 대해서도 양도소득의 통산범위에 포함하여 과세함으로써 펀드투자로 인한 투자이익과 투자손실이 세법상 동등하게 취급되도록 하여야 한다.
2002년 7월에 도입된 상장지수집합투자증권, 즉 ETF증권은 한편으로 다른 집합투자증권과 달리 증권시장에 상장되어 매매된다는 점에서 주식과 유사하고, 다른 한편으로 집합투자기구에 관한 지분권이라는 점에서는 펀드의 일종이라고도 볼 수 있다. 현행 세법은 ETF증권의 양도와 관련해 ETF증권의 법적 형태에 따라 달리 취급하고 있다.