곰소만 습지보호지역 3개 조사지점의 식물상은 31과 77속 83종 1아종 15변종 4품종으로 총 103분류군이 확인되었다. 이는 우리나라 관속식물 4,881분류군의 2.1%에 해당되며, 서·남해안 일대의 염습지의 염생식물과 비교 결과와 큰 차이가 없는 것으로 나타났다. 식물상 중 모새달은 희귀식물(약관심종)이며, 식물구계학적 특정식물(Ⅰ등급)이다. 생활형은 일년생식물(Th)이 61.2%로 가장 높게 나타났으며, 반지중식물(H)이 17.5%, 관목(N)이 7.8%, 지표식물(Ch)이 3.9% 순으로 구분되었다. 귀화식물은 소리쟁이, 미국개기장 등 11과 23속 26분류군이 확인되었으며, 이중 미국쑥부쟁이는 생태계교란식물이다. 조사된 103분류군의 식물상 중 귀화율(NR)은 25.2%에 해당되며, 도시화지수(UI)는 우리나라 귀화식물 321분류군의 8.1%에 해당된다. 일년생의 비율이 높은 이유는 염생식물 대부분이 일년생식물이었으며, 귀화율이 높은 이유는 육지와 해안이 맞닿은 곳에 위치하는 지리적 요인 때문인 것으로 판단된다.
생활형은 일년생식물이 61.2%로 가장 높게 나타났으며, 반지중식물이 17.5%, 관목이 7.8%, 지표식물이 3.9% 순으로 구분되었다.