세무조사는 납세자의 재산권을 과도하게 침해할 소지가 있다. 따라서 세법의 규정에 따라 적법하게 행사되어야 한다. 그러나 우리나라 세법상 세무조사와 관련된규정을 살펴보면 과세관청이 세무조사권 행사에 있어서 남용할 수 있는 여지가 많이 있다. 첫째, 세무조사 대상자의 선정에 있어서 그 기준은 객관적이어야 하고 공정해야한다. 특히 과도한 정치적 및 정책적인 조사대상자의 선정은 금지되어야 한다. 둘째, 과세관청에 입력되어 있는 납세자의 과세정보에 대해, 해당납세자의 과세정보 접근권이 보장되어야 하고 아울러 이에 대한 시정요구권도 보장되어야 한다. 이는 자칫 거짓된 정보로 인해 납세자가 세무조사 대상자로 선정될 수 있기 때문이다. 셋째 세무조사 해당 사업연도와 세목은 특별한 경우가 아닌 한 중복해서 세무조사를 할 수 없도록 엄격하게 규제되어야 한다. 현행 세법 규정은 과세관청이 필요하다고 인정하는 경우는 무제한으로 중복조사가 가능할 수 있다. 마지막으로, 세무조사 기간은 법에 구체적으로 규정을 만들 필요가 있으며, 현행세법상 조사기간이 무제한인 경우 중 탈세의 경우를 제외하고는 세무조사 기간을대폭 축소할 필요가 있다.
세무조사는 납세자의 재산권을 과도하게 침해할 소지가 있다. 우리나라 세법상 세무조사와 관련된규정을 살펴보면 과세관청이 세무조사권 행사에 있어서 남용할 수 있는 여지가 많이 있다.