본 연구는 금융업에 적용되는 현행 조세제도 중에서 지나친 규제적 성격의 것들로 볼 수 있는 항목들에 대하여 시행상 문제점과 개선방안을 제시하였다. 먼저, 금융기관에 대한 금융세제의 측면에서는 먼저, 교육세의 분기별 과세제도로 인한 업무부담과 과도한 납세협력비용 및 사후적인 과세위험의 문제점을 해결하기 위해 연단위 과세제도와 분기별 중간예납제도를 도입해야 할 것이다. 다음으로, 금융기관의 부가가치세 대리납부에 대하여 경정청구를 제한함으로써 납세자의 권리를 부당하게 제한하고 실질과세의 원칙을 침해하는 문제점을 해결하기 위해 국세기본법의 개정을 통해 이를 허용해야 할 것이다. 마지막으로, 사모펀드의 설립 이후에 일반법인세의 신고와 준청산의 신고를 동시에 하는 경우에 준청산의 신고에서 기납부세액의 환급이 이루어지지 않는 문제점을 해결하기 위해서는 국세청 전산시스템을 개선하거나 또는 조세특례제한법상 환급규정을 신설해야 할 것이다. 다음으로, 금융소비자에 대한 금융세제의 측면에서는 먼저, 복합금융상품의 세법상 시가를 계산하는 규정이 미비한 문제점을 해결하기 위해서는 보충적 평가방법이 포괄하지 못하는 복합금융상품에 대한 일반규정을 신설하고, 세무문제 사전답변 제도의 적극적 활용을 홍보해야 할 것이다. 다음으로, 월지급식 복합금융상품의 원금 손실이 발생한 경우에도 이미 과세한 수익을 경정하지 않아서 실질적인 담세력이 없음에도 불구하고 세금부담을 하게 되는 문제점을 해결하기 위해서는 기납부한 원천징수세액의 환급을 허용하도록 해야 할 것이다. 마지막으로, 조세특례제한법상 저율과세가 적용되는 적금상품의 납입한도를 세법상 적수가 아니라 총액의 개념으로 규정함으로써 상대적 고소득층이 조세지원의 혜택을 더 받는 과세형평상 문제점을 해결하기 위해서는 과세기간 동안의 적수를 반영해서 그 대상을 제한해야 할 것이다.
이 연구는 금융업에 적용되는 현행 조세제도 중에서 지나친 규제적 성격의 것들로 볼 수 있는 항목들에 대하여 시행상 문제점과 개선방안을 제시했다. 먼저, 금융기관에 대한 금융세제의 측면에서는 먼저, 교육세의 분기별 과세제도로 인한 업무부담과 과도한 납세협력비용 및 사후적인 과세위험의 문제점을 해결하기 위해 연단위 과세제도와 분기별 중간예납제도를 도입해야 할 것이다.