동업기업과세제도상 동업기업 경영의 자율성을 인정하고 있으며 동업기업 계약이나 거래의 실질적 운영에 대한 검증이 용이하지 않게 되어 있다. 특히 조세중립성을 강조하여 적용대상을 확대하다 보면 동업기업과세제도를 남용하는 행위가 발생할 우려가 있다. 이런 특징으로 인하여 국내에서는 동업기업과세제도와 관련하여 동업자와 동업기업 간의 거래, 손익배분비율의 조정, 수동적동업자의 소득 배분, 다단계 동업기업 등을 이용한 조세회피 현상이 발생할 우려가 있으며, 국제적으로는 국가간 세무상 취급이 다른 상황을 이용하여, 파트너쉽의 국제 거래를 통해 세무상 이익을 얻으려는 조세회피행위가 발생할 수 있다. 따라서 조세중립성 확보와 조세회피 방지 간의 균형을 위해 동업기업과세제도상 조세회피방지 규정은 다음과 같이 개선되어야 한다. 첫 번째, 수동적 동업자 개념을 폐지하고 모든 동업자가 배분받은 손실은 배분받은 소득을 한도로 인정하는 방향으로 제도를 완화해 나가는 것이 합리적일 것이다. 특히 사모투자전문회사에 대해서는 모든 동업자가 소득의 종류 그대로 배분받는 방향으로 제도를 개선해 나가야 한다. 두 번째, 다단계 동업기업을 모두 허용하여 완화하되 이를 남용하는 것을 방지하기 위한 규정을 보완하여야 한다. 세 번째, 동업자와 동업기업 간의 부당행위계산 부인규정이 강화되어야 한다. 즉, 동업자가 제3자의 자격으로 수행한 거래가 아닌 경우에 한하여 부당행위계산 부인규정을 적용하되, 적용요건을 강화하기 위해서 제3자 자격의 행동 요건을 추가할 필요가 있다. 네 번째, 조세회피가 우려되는 경우에 적용되는 손익배분비율은 동업자 간 경제적 이해관계를 충분히 고려한 합리적인 분배비율을 적용하여 강화하여야 한다. 동업기업과세제도를 남용한 국제적인 조세회피에 대해서는 다음과 같이 대응하여야 한다. 첫 번째, 과세관청이 법인격부인론보다는 실질과세원칙을 적용하여 조세피난처에 소재하거나 조세조약을 남용하는 외국기업을 도관으로 보아 실질귀속자에게 과세하거나 타방체약국의 거주자임을 부인할 수 있을 것이다. 두 번째, 해외 파트너쉽에 대한 국가간 세무상 취급을 일치시키고, 그것이 해외에서 납부한 세액의 세액공제를 인정하는 규정을 도입하여야 한다. 세 번째, 중간 회사를 이용한 과세 이연이나 이중 비용 공제를 방지하려면 배분받은 소득이 수취 국가에서 과세소득에 포함되지 않는 경우에는 동업기업과세제도의 적용을 배제하는 규정의 도입이 필요하다.
동업기업과세제도상 동업기업 경영의 자율성을 인정하고 있으며 동업기업 계약이나 거래의 실질적 운영에 대한 검증이 용이하지 않게 되어 있다. 이런 특징으로 인하여 국내에서는 동업기업과세제도와 관련하여 동업자와 동업기업 간의 거래, 손익배분비율의 조정, 수동적동업자의 소득 배분, 다단계 동업기업 등을 이용한 조세회피 현상이 발생할 우려가 있으며, 국제적으로는 국가간 세무상 취급이 다른 상황을 이용하여, 파트너쉽의 국제 거래를 통해 세무상 이익을 얻으려는 조세회피행위가 발생할 수 있다.