납세자의 권리를 보호하는 다양한 방안들이 있지만 납세자 스스로 자신의 권리를 가장 직접적이고 확실하게 보장할 수 있는 제도는 경정청구권이다. 하지만 이러한 경정청구권과 관련하여 많은 문제점이 있으며 그 중 행사기간과 사유가 대표적이다. 우선 경정청구권의 행사기간이 매우 짧다. 통상적 경정청구권의 행사기간은 3년이지만 국가의 과세권은 상속세 및 증여세의 경우에 15년이고 기타 세목의 경우 10년의 제척기간을 두고 있는 등 상대적으로 길다. 더욱이 법정채권으로 부당이득 반환청구권의 행사기간이 10년이고 국가를 상대로 하는 경우 5년인 것과 비교하면 납세자의 경정청구권 행사기간을 3년으로 규정한 것은 부당하다. 또한 외국의 입법례가 과세권과 청구권의 행사기간이 유사하기 때문에 우리나라만 양자의 기간을 달리 규정할 이유가 없다. 따라서 과세권과 청구권 행사기간의 균형을 유지하기 위하여 5년 또는 10년의 범위 안에서 기간을 연장할 필요가 있다. 다음으로 후발적 경정청구권 행사사유인 해제의 경우 법정 해제와 약정해제 뿐만 아니라 합의해제를 포함하여야 한다. 다만, 선의의 제3자의 권리를 침해하지 않도록 “① 조세회피 가능성이 없거나 ②계약관계를 방해할 목적이 없거나 ③ 채무변제 회피사유가 없는 등 부득이한 사유”라는 구체적인 사항을 입법하여야 한다. 또한 이처럼 구체적 사유를 제시하는 것이 납세자가 청구권을 명확하게 행사하는데 도움이 될 것으로 보인다. 마지막으로 위헌결정이 경정청구권 행사사유에 포함되는지 여부이다. 통상적 경정청구권의 경우 청구사유를 구체적으로 명시하고 있지 않기 때문에 포괄적으로 허용되어야 하지만 후발적 경정청구권의 경우 행사사유가 열거되어 있어 위헌결정이 포함되는지가 문제된다. 결론적으로 과세관청과 납세자의 권리관계는 일반 사인간의 관계와 달리 불합리한 법률적용으로 발생한 왜곡된 권리관계를 바로잡는다는 측면에서 위헌결정을 청구권 행사사유로 인정하여야 한다. 일본의 경우에 위헌결정 자체로 인하여 경정청구권의 소급적 효력을 직접 인정할 수는 없지만 판례의 취지상 확정 및 종료된 사안이 아닌 경우에는 소급적 효력을 인정하는 것으로 볼 수 있고 이를 참고하여 위헌결정의 소급효를 청구권 행사사유로 인정하여야 한다. 수많은 세무정보와 체계적 조세행정시스템을 보유한 과세관청과 비교하여 납세자는 열악한 지위를 가지고 있다. 따라서 과세관청의 부과권과 대비되는 납세자의 청구권은 광범위하고 치밀하게 보장되어야 할 것이다.
납세자의 권리를 보호하는 다양한 방안들이 있지만 납세자 스스로 자신의 권리를 가장 직접적이고 확실하게 보장할 수 있는 제도는 경정청구권이다. 하지만 이러한 경정청구권과 관련하여 많은 문제점이 있으며 그 중 행사기간과 사유가 대표적이다. 우선 경정청구권의 행사기간이 매우 짧다.