나고야의정서 발효를 앞두고 각 국마다 유전자원 및 이와 관련된 전통지식의 접근 및 이익에 대한 관심이 높아지는 가운데, 당 의정서와 ITPGRFA조약의 관계에 대한 연구가 필요한 시점이다. 이는 양 조약의 적용대상이 서로 중첩되는 동시에 서로 다른 ABS체제를 지니고 있어, 그 충돌이 예상되기 때문이다. 나고야의정서는 유전자원의 접근 및 이익공유가 PIC과 MAT으로 이루어지는 양자체제인 반면 ITPGRFA조약은 SMTA에 따라 접근과 이익공유가 이루어지는 다자체제로 운영된다. 그리고 ITPGRFA조약의 적용대상인 식량농업식물유전자원은 넓은 범주로는 유전자원에 해당되어 나고야의정서의 규율대상이기도 하여 양 조약간의 적용 범주에 대한 충돌이 예상되지만, 나중에 채택된 나고야의정서가 그 본문에 유전자원의 ABS에 관한 특별 국제 문서가 존재하는 경우에는 해당 문서가 적용이 되고 당 의정서가 당사국을 구속하지 아니함을 명시하여 양 조약의 적용대상을 분명히 구분하고 있다. 양 조약은 일반조약과 특별조약의 관계라기보다는 생물다양성을 보존한다는 공통의 목적을 달성해 나가는 상호 보완적인 관계라고 정리할 수 있다. 이로써 신의성실(good-faith)의 원칙에 따라 양 조약의 권리 및 의무를 서로 침해하지 아니하면서 양자가 서로 협의하여 유전자원의 안전한 확보, 적절한 접근 및 공정하고 공평한 이익공유를 실현해 나아가야 하는 것이다. 이러한 양 조약의 관계에 대한 이해를 바탕으로 우리 정부 역시 식량안보와 직결되는 식물유전자원의 ABS대응방안 마련을 신속히 준비하여야 한다. 먼저 적용대상이 되는 유전자원의 범위를 국내이행법률에 명확화하는 등의 국내 법률의 재정비가 필요하다. 나아가 식물유전자원의 ABS관련 규정에 대한 인식을 제고하고 업무를 도와줄 행정 서비스를 제공하는 등의 지원을 강화하고 유전자원의 유형에 따른 국가책임기관간의 상호 협력과 지원 정책 마련도 시급하다. 마지막으로 우리 정부는 산업지원정책 마련, 연구개발 지원 및 교육 홍보 강화에도 게을리 하지 말아야 한다.
나고야의정서 발효를 앞두고 각 국마다 유전자원 및 이와 관련된 전통지식의 접근 및 이익에 대한 관심이 높아지는 가운데, 당 의정서와 ITPGRFA조약의 관계에 대한 연구가 필요한 시점이다. 이는 양 조약의 적용대상이 서로 중첩되는 동시에 서로 다른 ABS체제를 지니고 있어, 그 충돌이 예상되기 때문이다.