본 연구는 연구·개발 활동이 경제성장에 대한 공헌과 함께 고용창출에 공헌하고 있는지와 관련한 상반된 주장에 대한 이론적·실증적 분석을 바탕으로 조세지원의 타당성 여부를 검토한 후에 주요 선진국들과의 비교를 통해 우리나라 연구개발세제의 문제점을 분석하고 여기에 대한 제도개선방안을 제시하였다. 먼저, OECD 국가들의 거시경제 자료와 우리나라 기업들의 재무자료를 이용한 실증분석에서는 R&D가 고용증가의 측면에서 매우 효과적인 것을 확인할 수 있다. 이와 같이 기본적인 경제성장과 함께 고용창출의 측면에서도 R&D의 효과를 확인할 수 있으므로, 본 연구는 이를 지원하기 위한 조세정책이 충분히 시행되고 있는지에 대하여 검토하기 위해 연구개발세제를 주요 선진국들과의 비교·분석했는데, 이를 바탕으로 도출한 현행 과세제도의 문제점과 이를 해결하기 위한 제도개선방안은 아래와 같다. 먼저, 우리나라는 비교대상 국가들과 다르게 연구개발을 적격 전담부서 등에서 수행하는 활동만을 그 대상으로 판단하기 때문에 해당 부서가 없거나 여기에 소속되지 않은 종업원에 의한 활동에 대한 조세지원이 배제되는 문제점이 있는데, 이러한 제한을 완화하면서 지원규모가 큰 일부 기업들에 대한 사전적 적격성 판단을 도입해야 할 것이다. 다음으로, 우리나라는 비교대상 국가들과 다르게 조세지원의 대상에 인력개발까지 포함해서 연구개발에 대한 중점적인 관리가 이루어지지 않는 문제점이 있는데, 이를 해결하기 위해 조세지원의 대상을 연구개발 활동으로 한정하되, 가급적 적격성의 범위를 적극적으로 해석해서 조세지원의 효과가 집중될 수 있도록 해야 할 것이다. 다음으로, 한도초과 세액공제액과 관련한 우리나라의 이월공제는 연구개발 활동의 성과가 수익창출로 연결되기 위해 대개 오랜 시간이 걸리는 점을 고려하면 그 기간이 다른 나라들에 비해 충분하지 않은 문제점이 있기 때문에 이월공제기간을 연장하거나, 특히 중소기업에 대하여 소급공제를 적용할 수 있도록 해야 할 것이다. 마지막으로, 우리나라의 세액공제의 주된 적용대상인 인건비의 세법상 정의가 명확하지 않아서 납세자와 과세관청 간의 법령해석의 차이로 인한 분쟁이 발생할 수 있기 때문에 이를 명확하게 정의해서 과세관청의 자의적인 유권해석과 이로 인한 납세자의 세무상 불확실성을 방지하도록 해야 할 것이다.
이 연구는 연구·개발 활동이 경제성장에 관한 공헌과 함께 고용창출에 공헌하고 있는지와 관련한 상반된 주장에 관한 이론적·실증적 분석을 바탕으로 조세지원의 타당성 여부를 검토한 후에 주요 선진국들과의 비교를 통해 우리나라 연구개발세제의 문제점을 분석하고 여기에 관한 제도개선방안을 제시했다.