공정거래위원회는 준사법적 권한을 갖는 합의제 행정기관이면서 중앙행정기관의 법적 지위를 함께 갖는 독특한 법적 성격과 지위를 갖고 있다. 이처럼 이중적인 법적 성격과 권한에 따라 공정거래위원회의 사건처리절차 및 그 처분에 대한 불복절차도 복잡하게 구성되어 있다. 이에 따라 다양한 법적 문제가 드러남은 물론, 최근에는 사건처리과정에서 당사자의 방어권 보장과 불복소송의 관할법원 문제가 심각하게 제기되어 왔다. 공정거래위원회의 역할과 기능은 헌법에 명시적 근거에 따라 독자적으로 부여된 것이라는 점에서 공정거래위원회를 ‘헌법적 위상을 가진 독립적 국가기관’이라고 할 수 있다. 행정조직법상으로 공정거래위원회는 준사법적 사건처리, 직무의 독립성, 합의제 조직 등의 특징을 갖는 통합형 독립규제위원회에 해당하고, 동시에 장관급 중앙행정기관으로서의 책무와 권한도 갖고 있다. 이와 같이 상이한 두 가지 지위와 권한들을 겸유하는 것은 공정거래위원회가 종래 많은 성과를 거두는데 기여하였다. 그러나 중앙행정기관으로서의 역할이 독립규제위원회의 조직과 구성, 그리고 직무처리에 필요한 독립성을 저해하는 구조적 모순을 초래하는 등 문제가 있는 것도 사실이다. 따라서 중·장기적으로는 순수한 독립규제위원회로 전환할 필요가 있다. 다만 단기적으로는 중앙행정기관의 지위를 당분간 유지하도록 하는 동시에 내부의 정책기능과 준사법적 조사 및 사건처리 등 규제기능을 분리하여 독립한 부서에 귀속시키는 방안도 가능할 것이다. 어떠한 경우이건 사건처리에 있어서 위원회의 심의·의결기능과 사무처의 조사기능을 분리하여야 하는 것은 물론이다. 공정거래위원회는 독립규제위원회로서 준사법적 권한을 행사하기 때문에 그 사건처리절차 역시 준사법적으로 구성하여야 할 것이다. 현행 사건처리절차는 외형적으로는 준사법적 성격(quasi-judicial)을 갖는 것으로 보이지만 구체적 내용을 보면 법원의 사법절차에 비해 크게 간략한 행태로 되어 있다. 그에 따라 법원에 준한 절차적 보장을 기대하는 당사자들의 불만을 사는 것이 현실이다. 소추와 심판기능이 분리되어 있지 않는 구조적 문제도 안고 있다. 따라서 공정거래위원회가 처리해야 하는 사건의 수를 줄이는 동시에 당사자의 절차적 권리를 대폭 확대할 필요가 있다. 공정거래위원회 처분에 대한 불복절차는 현재 서울고등법원의 전속관할로 되어 있다. 이를 서울행정법원 등으로 하는 이른바 3심제 도입논의가 있다. 그러나 현재와 같은 2심제가 헌법에 의한 재판청구권을 침해하는 것이 아닐 뿐 아니라, 공정거래위원회 심리절차의 준사법성이 미흡하다는 점이 3심제 도입에 정당성을 부여하는 것도 아니다. 준헌법기관인 공정거래위원회의 법적 지위와 기능을 보장하고 독점규제 등 복잡한 업무의 전문성과 통일성을 제고한다는 취지에서는 현재의 2심제가 더 타당한 면도 있다. 공정거래위원회의 독립성이나 사건처리절차의 미흡한 측면은 3심제보다는 앞에서와 본 것처럼 모자란 점을 보완함으로써 해결하는 것이 바람직할 것이다.
공정거래위원회는 준사법적 권한을 갖는 합의제 행정기관이면서 중앙행정기관의 법적 지위를 함께 갖는 독특한 법적 성격과 지위를 갖고 있다. 이처럼 이중적인 법적 성격과 권한에 따라 공정거래위원회의 사건처리절차 및 그 처분에 대한 불복절차도 복잡하게 구성되어 있다. 이에 따라 다양한 법적 문제가 드러남은 물론, 최근에는 사건처리과정에서 당사자의 방어권 보장과 불복소송의 관할법원 문제가 심각하게 제기되어 왔다.