대법원은 조세법상 신뢰보호와 기득권의 판단에 대하여 다소 복잡한 기준을 적용하고 있다. 이는 주로 조세의 감면규정의 적용에서 많은 문제가 되는데, 법령이나 조례가 개정될 때 과세요건사실이 발생한 때의 규정을 적용해야 하는지, 아니면 개정 전의 그것을 적용해야 하는지가 문제되는 것이다. 이에 대하여 대법원은 원인행위의 존재, 폐지나 전문개정의 여부, 경과규정의 존재, 해당 세목의 성질, 귀책사유의 유무 등 복잡한 기준에 의하여 이를 판단하고 있는 것으로 보인다. 다만, 이에 대해서도 많은 판결들이 구체적인 기준을 설시하고 있지 않기 때문에 이를 정확히 판단하기는 매우 어려운 부분이다. 따라서 대법원의 판례뿐 아니라, 조세심판원이나 행정자치부의 결정까지 검토하여 이에 대한 대강의 기준을 알아본다. 대법원은 법령이나 조례가 폐지되거나 전문개정된 경우에는 기득권이나 신뢰보호에 대하여 인정하지 않는 것이 일관적인 태도이다. 그러나 이와 같은 판단은 바람직하지 않다고 본다. 첫째로, 납세의무자의 행위를 해당 법령이나 조례가 감면을 통하여 유인하고 있는 경우이므로 보호되는 신뢰의 폭이 넓어야 하며, 둘째로, 기득권의 성립시기는 납세의무자의 행위가 있을 때이며, 법령이나 조례의 실효가 기득권의 실효와 동일시될 당위성은 존재하지 않으며, 셋째로, 법원의 그와 같은 판단은 오히려 경제학적으로는 정책무력화 현상을 야기하여 사회 전체의 후생 감소가 발생할 수 있기 때문이다. 따라서 대법원은 종전의 견해를 수정하여, 일정한 경우에 있어서 납세의무자의 신뢰를 강하게 보호하여 종전의 조세 감면규정을 적용하는 것이 타당하다고 본다.
대법원은 조세법상 신뢰보호와 기득권의 판단에 관해 다소 복잡한 기준을 적용하고 있다. 이에 관해 대법원은 원인행위의 존재, 폐지나 전문개정의 여부, 경과규정의 존재, 해당 세목의 성질, 귀책사유의 유무 등 복잡한 기준에 의해 이를 판단하고 있는 것으로 보인다.