교회론은 평생 동안 존 오웬의 주요 관심사였음에도 불구하고 학자들의 관심을 끌지 못하였다. 오웬은 특별히 자신이 속한 회중파(Congregationalist) 교회를 분리주의라는(schism) 비판으로부터 변호하는 데 온 힘을 기울였다. 그는 영국교회가 분리의 늪에 빠져 있을 뿐 아니라 ‘일치’와 ‘분리’에 대한 개념 자체가 심각하게 왜곡되었다고 판단하였다. 따라서 오웬은 그런 교회론적 용어들에 대한 성경적 정의를 분명히 해야 할 책임을 느꼈다. 교회의 일치에 대한 오웬의 개념은 교회 그 자체에 대한 개념과 밀접하게연결되어 있다. 교회가 비가시적 가톨릭 교회, 가시적 가톨릭 교회, 그리고 개체 교회로 구분된다면, 우리는 교회의 일치에 대해서도 뭉뚱그려서 정의할 수 없다. 실제적으로 불가시적 가톨릭 교회의 경우, 분리 자체가 불가능하기 때문에 분리나 일치에 대한 논의 자체가 불가능하며, 따라서 오직 가시적 가톨릭 교회와 개체교회에 대해서만 분리를 이야기 할 수 있다. 오웬은 근본 진리(fundamental truth)만이 가시적 가톨릭 교회의 일치에 대한 유일한 근거라고 생각하였기 때문에, 어떤 교회가 이 근본 진리를 신실하게 고수하는 한, 그 교회를 분리주의라고 정죄할 수 없다고 보았다. 개체 교회는 신자들의 자발적 합의에 의하여 하나가 되었기 때문에, 강요에 의한 하나됨은 교회에서 허용될 수 없다고 보았다. 진리 안에서 그리고 자발성에 의한 하나됨이야 말로 성경이 가르치는 교회 일치라고 할 수 있다. 오웬이 이해한 이 성경적 개념에 의하면, 회중주의는 분리주의가 아니라 오히려 성경적 교회 일치를 가장 잘 구현한다.
교회론은 평생 존 오웬의 주요 관심사였음에도 불구하고 학자들의 관심을 주목시키지 못하였다. 오웬은 특별히 자신이 속한 회중파(Congregationalist) 교회를 분리주의라는(schism) 비판으로부터 변호하는 데 온 힘을 썼다. 그는 영국교회가 분리의 늪에 빠져 있을 뿐 아니라 ‘일치’ 및 ‘분리’에 대한 개념 자체가 심히 왜곡되었다고 판단하였다.