1987년 민주화가 부분적으로 완성된 후 통일운동에 대한 관심이 조성될 시기에 KNCC는 기통회의 맥을 이어 민간통일운동을 선도하였다. KNCC는 1984년 도잔소회의를 통해 한반도의 분단극복을 세계교회의 연대로 해결하고자 하였고, 1986년 역사적인 남북교회의 만남이 스위스 글리온에서 이루어졌다. 또한 1988년 통일운동을 점화시켰고 기독교 내부의 다양한 논쟁을 불러 일으켰던 KNCC의 88선언은 민간통일운동사에 있어서 한반도의 평화와 통일의 물꼬를 텄다. 88선언은 자주, 평화, 민족대단결의 7.4남북공동성명의 기본정신과 인도주의, 민중참여의 원칙 등 5대원칙을 기본으로 하였다. 특히 남북분단에 대한 기독교인의 죄책고백 부분과 주한미군 철수, 핵무기 철거 등은 기독교 교단이 분열하고 갈등하는 요소가 되었다. 88선언이 남북의 현실을 외면하였고 KNCC가 한국교회를 대표할 수 없다는 비판도 있었으나, 그럼에도 불구하고 이 선언은 민족의 화해와 남북의 평화통일에 대한 인식의 전환을 가져왔고 통일논의를 다양화하고 개방화하는데 일정한 역할을 하였다. 뿐만 아니라 학생세력과 민간통일운동 단체에도 영향을 주었다. 그리고 1988년 당시 학생세력과 재야 및 민통련, KNCC는 모두 민간주도의 통일논의를 통한 자주적인 남북교류를 주장하였다. 학생세력과 재야 및 민통련이 국내적인 통일운동을 전개한 반면 KNCC는 국내외적인 활동으로 남북기독인들의 실질적인 만남을 통해 운동을 주도해 나갔다. 그러나 KNCC는 통일에 대한 구체적인 방법 내지는 통일된 국가구성 등은 제시하지 않아 학생, 통일운동단체들과 구별되었다. 그리고 학생들은 대부분 통일이 민주화보다 우선시되어야 한다고 생각하였고 민통련은 민주와 통일이 병행해야 한다고 보면서도 통일 쪽에 무게중심을 두었다. 이에 반해 KNCC는 민주와 통일은 병행해야 한다는 입장이었다. 끝으로 88선언의 역사적인 의미는 민간통일운동 뿐만 아니라 정부에도 영향을 미쳐서 노태우정부의 7·7선언과 남북기본합의서(1991), 김대중 정부의 6·15공동선언(2000), 노무현 정부의 10·4선언(2007)에도 기본정신을 이어나갔다.
KNCC는 1984년 도잔소회의를 통해 한반도의 분단극복을 세계교회의 연대로 해결하고자 했다. 1988년 통일운동을 점화시켰고 기독교 내부의 다양한 논쟁을 불러 일으켰던 KNCC의 88선언은 민간통일운동사에 있어서 한반도의 평화와 통일의 물꼬를 텄다고 할 수 있으며, 학생세력과 민간통일운동 단체에도 영향을 끼쳤다. KNCC는 국내외적인 활동으로 남북기독인들의 실질적인 만남을 통하여 운동을 주도하였다. 그러나 KNCC는 통일에 대한 구체적인 방법 내지는 통일된 국가구성 등은 제시하지 않아 학생, 통일운동단체들과 구별되는 점을 보였다.