지상권은 금전채권을 담보하기 위하여 지상권을 대상으로 저당권을 취득하는 경우, 지상권이 설정되어 있는 토지를 대상으로 저당권을 취득하는 경우, 건물이나 입목 또는 분묘 등이 있는 토지를 대상으로 저당권을 취득하는 경우, 나대지를 대상으로 저당권을 취득하는 경우, 저당토지상의 공동저당건물이 헐리고 신축되는 경우에 있어서 저당권과 관련되어 있는 바, 저당권자의 지상권과 관련한 실무적인 유의사항 내지 대응방안을 보면 다음과 같다. 지상권이 저당권의 목적물이 되는 경우 그 담보가액은 지상권에 의하여 그 존속기간동안 산출할 것으로 예상하는 총수익을 현재가치로 환원하는 이른바 수익환원법으로 산출하되 매년 감가상각을 하는 방법으로 감액해 나가야 한다. 지상권이 설정되어 있는 토지에 저당권을 설정하는 때에는 토지의 평가액에서 지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 토지상에 토지소유자의 소유에 속하는 건물이 있는 경우에 토지에만 저당권을 설정하는 경우에도 토지의 평가액에서 지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 앞의 경우는 토지저당권의 실행시 지상권이 토지의 매수인에게 인수됨으로써 그리고 뒤의 경우는 건물소유자가 토지의 매수인으로부터 법정지상권을 취득하게 됨으로써 토지의 매각가액이 지상권의 평가액만큼 낮아지게 되고 그에 따라 저당권자가 배당받을 금액이 그 만큼 적어지게 되는 것이기 때문이다. 그러나 토지와 지상건물이 동일인의 소유인 상태에서 건물에만 저당권을 설정하는 경우에는 건물저당권의 실행시 건물의 매수인이 법정지상권을 취득하게 되어 건물의 매각가액이 낮아지지 않으므로 건물의 담보가액을 감액할 필요가 없다. 토지상의 입목과 토지가 동일인의 소유이나 입목이 입목에 관한 법률에 의하여 등기된 것이거나 관습법상의 명인방법으로 토지와 구분되는 별개의 소유권의 대상으로 표시되어 있는 상태에서 토지만을 대상으로 저당권을 취득하는 경우에는 토지의 평가액에서 토지의 경매시 입목소유자가 토지의 매수인으로부터 취득하게 되는 법정지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 반면에 입목에 관한 법률에 의하여 등기된 입목만을 대상으로 저당권을 취득하는 경우에는 입목의 경매시 입목의 매수인이 토지소유자로부터 법정지상권을 취득하는지 여부에 관계없이 입목의 평가액을 그대로 담보가액으로 인정하여도 된다. 분묘가 있는 토지를 대상으로 저당권을 취득하는 경우에는 그 분묘의 소유?관리자가 누구인지 조사하여 토지소유자의 것이거나 타인의 것이라도 토지소유자로부터 이미 분묘기지권을 취득하고 있는 경우에는 토지의 평가액에서 분묘소유자가 취득하는 법정지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 채권자가 나지(裸地)에 저당권을 설정 받는 경우에는 그 토지상에 약정지상권을 설정 받는 관행이 있는데, 이는 채권자가 저당권의 담보적 효력을 강화하고자 저당토지의 이용권까지 확보함으로써 저당토지상에 저당권자가 원하지 않는 건물이 축조되는 것을 방지하기 위한 것이다. 그러나 이와 같은 관행은 채권담보의 목적을 넘는 과도한 권리취득이라는 점, 채권담보가 목적인 저당권자로서 토지소유자의 건물축조를 최종적으로까지 막을 수가 없고, 나아가 일단 건물의 축조가 완료되면 채무자의 약속위반이 있다고 하여 축조된 건물의 철거를 요구할 수 없는 것으로 보아야 하며, 철거를 요구할 수 있다고 하더라도 건물을 철거시킨 후 나지 상태로 경매하는 것과 건물이 있는 상태에서 토지만을 경매하는 것 사이에 설정비용만 추가될 뿐 채권보전에 큰 차이가 발생하는 것이 아닌 점 등에 비추어 실익이 없어 폐지하는 것이 타당하다. 그리고 이와 같이 저당권과 함께 설정한 지상권은 저당권의 종된 권리로서 저당권이 소멸하면 함께 소멸하는 것으로 보아야 한다. 근저당권토지상의 공동저당건물을 헐고 신축한 경우라도 그것이 도시및주거환경정비법에 의한 공용환권으로 이루어진 경우에는 종전의 저당 토지?건물 소유자가 취득하는 조성된 토지?건물이나 청산금지급청구권에 미치므로, 토지와 저당권의 실행이나 물상대위권의 행사로 토지와 건물이 서로 다른 자의 소유에 속하게 됨으로써 건물소유자가 토지소유자로부터 법정지상권을 취득하는 문제는 생기지 않는다. 이에 대하여 근저당권토지상의 공동저당건물을 헐고 신축하는 행위가 건물소유자의 개별행위로 이루어지는 경우에는 종전 건물에 설정한 저당권이 신축건물에 미치지 아니하고 소멸하게 되므로, 저당권자가 토지만을 경매함으로써 토지와 건물이 서로 다른 자의 소유에 속하게 되면 건물소유자가 토지소유자로부터 법정지상권을 취득하게 되는지 문제로 된다. 이에 관하여 대법원은 2003년 12월 18일 전원합의체판결로 그 전에 법정지상권의 성립을 인정하던 판례를 변경하여 법정지상권의 성립을 부정한 바 있다. 다만 이 경우 저당권자로서는 건물에 대한 저당권이 소멸하게 되므로 토지만의 매각대금으로 저당채권을 모두 우선변제를 받을 수 있는지 여부를 조사하여 부족하게 되는 경우 그에 따른 채권보전책을 마련하여 시행하여야 한다.
지상권이 저당권의 목적물이 되는 경우 그 담보가액은 지상권에 의하여 그 존속기간동안 산출할 것으로 예상하는 총수익을 현재가치로 환원하는 이른바 수익환원법으로 산출하되 매년 감가상각을 하는 방법으로 감액해 나가야 한다. 지상권이 설정되어 있는 토지에 저당권을 설정하는 때에는 토지의 평가액에서 지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 토지상에 토지소유자의 소유에 속하는 건물이 있는 경우에 토지에만 저당권을 설정하는 경우에도 토지의 평가액에서 지상권의 평가액을 공제한 금액을 담보가액으로 하여야 한다. 그러나 토지와 지상건물이 동일인의 소유인 상태에서 건물에만 저당권을 설정하는 경우에는 건물저당권의 실행시 건물의 매수인이 법정지상권을 취득하게 되어 건물의 매각가액이 낮아지지 않으므로 건물의 담보가액을 감액할 필요가 없다. 반면에 입목에 관한 법률에 의하여 등기된 입목만을 대상으로 저당권을 취득하는 경우에는 입목의 경매시 입목의 매수인이 토지소유자로부터 법정지상권을 취득하는지 여부에 관계없이 입목의 평가액을 그대로 담보가액으로 인정하여도 된다.