최근 대법원은 교회의 분열을 인정해 오던 종래의 판결(대법원 1993. 1. 19. 선고 91다1226 전원합의체 판결)을 폐기하고, 교회의 분열을 인정하지 않는 내용의 새로운 판결(대법원 2006. 4. 20. 선고, 2004다 37775 전원합의체 판결)을 선고하였다. 위 전원합의체 판결의 주요 요지는, 교회는 비법인 사단으로서 특별한 사유가 없는 한 법인격을 전제로 하지 아니한 부분에 한하여 민법상의 사단법인에 관한 규정이 유추적용되어야 하므로 사단법인의 분열을 인정하는 명문의 규정이 없는 현행 민법 체계에 비추어 교회의 분열을 인정할 수 없으며, 교인이 교단 변경을 시도하다 성공하지 못하고 집단 탈퇴하더라도 이는 단순한 구성원의 집단 탈퇴에 불과할 뿐 교회의 분열이라고 볼 수 없고, 탈퇴한 1인의 교인이 더 이상 종래 교회의 교인이 아니 듯 집단 탈퇴한 교인도 종래 교회의 교인으로서의 자격을 상실하므로 교회 재산에 대한 총유권자로서의 지위를 상실하는데, 다만 교단 변경을 결의하며 집단 탈퇴한 교인의 수가 전체 교인의 3 분의 2 이상이 되는 경우에는 정관변경 의결정족수를 충족하게 되어 교회의 모든 재산은 탈퇴한 교인의 총유가 되고 오히려 남은 교인들이 교회 재산에 대한 총유권자로서의 권리를 상실하게 된다는 것이다. 한편, 교단 변경을 시도하였으나 전체 교인 3분의 2 이상의 찬성을 얻지 못한 경우라고 하더라도 그 교인들이 구체적으로 교회를 탈퇴하지 않고 출석하는 한 여전히 종전 교회 교인의 자격을 상실하는 것은 아 니기 때문에 나중에라도 교단 변경에 찬성하는 교인수가 3분의 2 이상이 되면 그 때 새로운 결의를 통해 교단 변경을 할 수 있다고 한다. 그러나 위 판결은 교회가 사실상 분열되어 있는 현상을 무시한 채 사단법인의 분열을 인정한 명문의 규정이 없다는 이유만으로 교회 분열을 부정하고 분열되어 나간 교인들의 교회재산에 대한 총유권을 박탈하는 것은 부당하다고 하지 않을 수 없다. 즉, 비법인 사단 중에는 성질상 또는 법률의 규정에 의하여 분열이 허용되지 않는 종중이나 집합건물의 관리단 같은 비법인 사단도 있지만, 교회나 학회처럼 구성원 의 가입이나 탈퇴가 자유로운 단체도 있고, 그러한 단체는 총회의 결의를 통해 분열을 결정할 수도 있으므로 사실상 분열된 경우에도 분열의 법률관계를 인정하는 것이 타당하다. 또한 3분의 2 이상의 찬성으로 나머지 교인들의 종래 교회 재산에 대한 총유권자로서의 지위를 박탈하는 것은 법인 구성원들의 본질적 권리인 잔여재산분배청구권 등 사원권을 침해하는 것이 되어 부당할 뿐만 아니라, 교회 재산의 형성에 헌금 등을 통해 기여한 탈퇴 교인들의 실질적인 재산권을 침해하는 것이라고 하지 않을 수 없다. 또한 교단 변경에 찬성하지 않은 교인들의 종래 교회의 교인으로서의 지위를 계속 인정하여 그들이 3분의 2이상의 지지를 얻을 때까지 기다리라고 함으로써 교회의 내부 분쟁을 종식시키는 것이 아니라 새로운 분쟁의 싹을 키우도록 허용한 것 역시 대법원의 판결이 최종적인 분쟁 해결의 역할을 수행하지 못한다는 점에서 타당하지 않다고 본다. 최소한 사단법인의 해산결의의 억제선인 교인들의 4분의 1 이상의 집단 탈퇴가 있게 되면 교회의 분열을 인정하여 분열된 교회의 교인들의 숫자에 비례한 두 교회의 공유 관계를 인정하고, 그 공유 재산에 대한 분열된 교인들의 총유 관계를 인정하는 것이 교리 등 종교적 신 념 차이에서 빚어진 교회의 분열을 인정하는 한편, 교회 재산 형성에 대한 교인들의 기여도 등을 고려한 합리적인 법적 해결 방법이라고 본다.
최근 대법원은 교회의 분열을 인정해 오던 종래의 판결(대법원 1993. 1. 19. 선고 91다1226 전원합의체 판결)을 폐기하고, 교회의 분열을 인정하지 않는 내용의 새로운 판결(대법원 2006. 4. 20. 선고, 2004다 37775 전원합의체 판결)을 선고했다. 그러나 위 판결은 교회가 사실상 분열되어 있는 현상을 무시한 채 사단법인의 분열을 인정한 명문의 규정이 없다는 이유만으로 교회 분열을 부정하고 분열되어 나간 교인들의 교회재산에 관한 총유권을 박탈하는 것은 부당하다고 하지 않을 수 없다.