현행 우리나라의 집합투자에 대한 과세제도는 징세상 ‘능률성’에 치중하고 있으며, 그것의 확보에 치중하지 않아도 될 영역의 경우에는 ‘중립성’ 보다는 ‘법적 형식’에 치중함으로써 자본시장의 발전에 걸림돌이 되고 있다. 더욱이 ‘법적 형식’을 존중하는 관점조차도 일관성을 결여하고 있다. 따라서 집합투자기구에 대한 과세제도가 정책을 뒷받침하기 위한 ‘능률성’만 중시하는 것보다는 집합투자의 본질과 ‘중립성’의 적절한 균형을 유지하도록 다음과 같이 개선되어야 한다. 첫째, 적격집합투자기구의 경우 그 분배금을 단순하게 일괄적으로 배당소득으로 적용하지 말고 소득원천의 특성을 반영하여야 할 것이다. 우선 이자소득과 배당소득을 나누어 과세하고, 장기적으로 발생소득의 원천별로 과세하는 것이 타당하다. 둘째, 비적격집합투자기구에 대해서는 집합투자기구로서의 원래 법적 형태에 따라 과세하는 원칙을 확립하여 법적안정성을 추구할 필요가 있다. 또한 세제의 단순화 측면에서도 오히려 바람직할 수도 있다. 셋째, 중립성을 도모하기 위해서는 적격집합투자기구에 대해서는 개별 투자자들이 집합투자기구에 귀속하는 소득의 유형과 결손금을 인정받을 수 있도록 미국의 투자회사에 대한 과세제도를 도입할 필요가 있다. 또한 직접투자와 집합투자 간 과세대상의 차이를 없애기 위해 현재 직접투자는 비과세되나 집합투자는 과세되는 소득을 집합투자의 비과세 대상 손익에 포함함으로써 조세중립성을 확보하는 것도 검토할 필요가 있다. 넷째, 집합투자업자가 다른 사정으로 이러한 소득분류에 의한 과세를 원하지 않을 경우에는 적격과 비적격을 선택할 수 있도록 하는 방법으로 중립성 확보와 각 기구에의 자율성 부여간 조화를 도모할 수 있을 것이다. 그리고 적격집합투자기구라 하더라도 동업기업과세제도의 적용을 선택할 수 있도록 하는 것이 타당하다.
현행 우리나라의 집합투자에 대한 과세제도는 징세상 ‘능률성’에 치중하고 있으며, 그것의 확보에 치중하지 않아도 될 영역의 경우에는 ‘중립성’ 보다는 ‘법적 형식’에 치중함으로써 자본시장의 발전에 걸림돌이 되고 있다.