외환위기 이후 도입된 자본시장법의 집합투자기구에 대한 과세기준은 금융환경의 변화에 맞게 지속적으로 개편된 반면 일반적으로 특별법에 의해 설립되는 투자조합의 형태를 가지는 벤처캐피탈은 외형적 발전에도 불구하고 과세기준이 명확하지 않은 문제점이 제기되고 있다. 이러한 문제점에 대한 인식을 바탕으로 본 연구는 특별법에 의해 결성되는 투자조합과 이들 투자조합에 출자하는 조합원에 대한 과세제도의 개선방안을 아래와 같이 제시하였다. 첫째, 투자조합의 과세소득 산출방법과 관련해서 조합원에게 분배하는 이자소득금액과 배당소득금액의 계산시 차감하는 안분대상 공통비용과 관련해서 현행 유권해석과 같이 전체 관리보수를 적용하는 대신 기간 구분에 따른 성격 차이를 반영해서 투자기간 내의 관리보수만을 공통비용으로 취급할 필요성이 있다. 둘째, 투자조합의 조합원에 대한 주식 양도차익 비과세와 관련해서 벤처캐피탈 및 개인 조합원 외에 일반법인에 대해서도 과세형평 및 재원조달의 중립성 측면에서 이를 적용하고, 중소기업창업투자조합 외의 나머지 투자조합에는 적용되기 어려운 특정 출자방식의 제한을 완화할 필요성이 있다. 셋째, 금융소득의 귀속시기 및 소득금액 계산방법과 관련해서 투자조합의 원천징수시기와 개인 조합원의 손익귀속시기의 불일치로 인한 과도한 납세협력비용을 경감시키기 위해 양자를 일치시키는 것이 필요하고, 도관이론을 채택한 현행 세법의 입장을 반영해서 개인 조합원의 배당소득에 대해 귀속법인세의 적용을 배제할 필요성이 있다. 마지막으로, 투자조합의 조합원에 대한 소득공제와 관련해서 개인 조합원 외에 일반법인에 대해서도 벤처기업등의 자본충실 및 성장동력 확보에 대한 보상의 필요성 측면에서 이를 적용하고, 법인의 이러한 간접적 출자에 대해 기업소득환류세제의 투자의 범위에 포함시킬 필요성이 있다.
이 연구는 특별법에 의해 결성되는 투자조합과 이들 투자조합에 출자하는 조합원에 관한 과세제도의 개선방안을 아래와 같이 제시했다. 투자조합의 조합원에 관한 주식 양도차익 비과세와 관련해서 벤처캐피탈 및 개인 조합원 외에 일반법인에 대해서도 과세형평 및 재원조달의 중립성 측면에서 이를 적용하고, 중소기업창업투자조합 외의 나머지 투자조합에는 적용되기 어려운 특정 출자방식의 제한을 완화할 필요성이 있다.