학교는 사인도 법률이 정하는 바에 따라 설립·경영할 수 있다. 학교 중에서 고등교육을 담당하는 대학은 헌법에서 ‘대학의 자율성’을 인정하고 있다는 점에서 초·중등교육을 위한 학교와는 다른 법적 지위를 가진다. 대학에게 인정되는 대학의 자율성은 학문의 자유의 확실한 보장수단이자 대학에 부여된 헌법상의 기본권이다. 따라서 대학지배구조는 헌법이 대학에게 부여한 기본권인 대학 자치를 최대한 보장할 수 있도록 설계되어야 한다. 특히 국가(지방자치단체)와 대학의 관계를 근간으로 하는 국·공립대학과는 달리, 사립대학은 설립자-대학의 관계를 근간으로 하고 있기 때문에 대학 자치를논의함에 있어 국공립대학과는 다른 특수성이 있다. 이러한 이유로 본 논문에서는 사립대학과 관련된 대학 자치 논의의 특수성에 기초하여 사립대학 지배구조의 문제점을 분석하고, 그에 대한 해결방안을 제시하고자 한다. 본 논문에서 분석한 사립대학 지배구조의 문제점은 대학에게 법인격을 부여하지 않고 대학 설립자에게 법인격을 부여하는 현행 「사립학교법」이 헌법상 대학 자치를 실현불가능하게 하고, 학교법인 설립자에 의한 단독 지배구조는 필연적으로 대학 및 대학구성원의 대학 자치에 관한 기본권을 침해한다는 것이다. 이를 해결하기 위해서는 우선 설립자로부터의 자치가 가능하도록 설립자와는 독립된 법인격을 대학에게 부여하고, 학교법인 설립자에 의한 단독 지배구조에서 대학운영에 관한 사항을 대학구성원이 공동으로 결정할 수 있도록 지배구조가 변경되어야 한다. 특히 본 논문을 대학의 의사결정기관 및 업무집행기관을 정함에 있어 대학구성원의 참여가 보장되어야 하고, 대학 자치를 보장하기 위해서는 대학구성원에게는대학운영의 주체로서의 역할을 부여하고, 대학의 설립자에게는 대학운영의 감독자로서의 역할을 부여하는 것이 최선의 해결방안임을 주장한다.
이 논문에서 분석한 사립대학 지배구조의 문제점은 대학에게 법인격을 부여하지 않고 대학 설립자에게 법인격을 부여하는 현행 「사립학교법」이 헌법상 대학 자치를 실현불가능하게 하고, 학교법인 설립자에 의한 단독 지배구조는 필연적으로 대학 및 대학구성원의 대학 자치에 대한 기본권을 침해한다는 것이다.