Its main objectives were: to get better information about species and habitats of European importance in the coastal waters of the Baltic States; to assess if major threats endanger them; to propose new areas with special nature values to be designated by the national authorities for protection under the European Natura 2000 frame; and, to elaborate protection and management proposals for these sites. Furthermore the project wanted to increase the awareness among concerned stakeholders and the general public in Estonia, Latvia, and Lithuania on Natura 2000 issues, marine protected areas and biodiversity in general.
Projekti peamised eesmärgid olid: koguda informatsiooni Balti riikide rannikuvetes esinevate Euroopa tähtsusega liikide ja elupaikade kohta; hinnata neid ähvardavaid peamisi ohte; teha ettepanekuid pädevatele riigiasutustele uute loodusväärtuslike alade kaitse alla võtmiseks ja Natura 2000 võrgustikuga liitmiseks; ning koostada kaitse-eeskirjad ja kaitsekorralduskavad valitud aladele.