While national governments are solely responsible for detention issues and prison management, it is the European Commission's role to make sure judicial cooperation in the EU works and fundamental rights are respected when EU mutual recognition instruments – such as the European Arrest Warrant – are implemented.
Ehkki kinnipidamisega seotud küsimused ja vanglate haldamine on riikide valitsuste pädevuses, peab Euroopa Komisjon tagama ELi vastastikuse tunnustamise vahendite, näiteks Euroopa vahistamismääruse rakendamisel õiguskoostöö toimimise ja põhiõiguste austamise.