Under the Lisbon Treaty, EU legislation in the area of judicial cooperation in criminal matters will move from the present "third pillar" procedure (requiring unanimity in the Council and simple consultation of the European Parliament) to the ordinary legislative procedure (formerly the co-decision procedure) with qualified majority voting in the Council and full co-legislative powers of the European Parliament.
Lissaboni lepingu kohaselt hakatakse kriminaalasjades tehtava õigusalase koostöö valdkonda kuuluvate ELi õigusaktide puhul kasutama praeguse „kolmanda samba” menetluse (mille puhul on nõutav nõukogu ühehäälne otsus ja lihtne nõuandemenetlus Euroopa Parlamendiga konsulteerimiseks) asemel seadusandlikku tavamenetlust (varem kaasotsustamismenetlus), mille puhul nõukogu teeb otsuse kvalifitseeritud häälteenamusega ning Euroopa Parlamendil on võrdväärne seadusandlik pädevus.