The first phase of the CEAS (1999-2004) saw the adoption of a large number of legal instruments fixing common minimum standards in areas such as reception conditions for asylum-seekers, asylum procedures and the conditions to be fulfilled in order to be recognised as needing international protection, and rules for determining the Member State responsible for examining a request for asylum (the "Dublin system").
Euroopa varjupaigasüsteemi esimesel etapil (1999–2004) võeti vastu palju juriidilisi dokumente, mis määrasid kindlaks ühised miinimumnõuded sellistes valdkondades nagu varjupaiga taotlejate vastuvõtmise tingimused, varjupaigamenetlused ning tingimused, mida tuleb täita, et olla tunnustatud rahvusvahelist kaitset vajava pagulasena, samuti eeskirjad varjupaigataotluse läbivaatamise eest vastutava liikmesriigi kindlaksmääramiseks („Dublini süsteem”).