Most projects aim at conserving or restoring Natura 2000 sites or networks of sites, designing and implementing management or action plans, improving watercourses, restoring sites, laying the foundations for long-term site management and eliminating invasive species.
Enamike projektide eesmärk on Natura 2000 alade või alade võrgustike kaitsmine või taastamine, juhtimis- või tegevuskavade väljatöötamine ja rakendamine, vooluveekogude parandamine, alade taastamine, fondide asutamine ala pikaajaliseks haldamiseks ja sissetungivate liikide hävitamine.