Effectively managing and restoring sites in the Natura 2000 Network requires significant costs, some of which can be met through EU funds such as rural and regional development funds.
Natura 2000 võrgustiku alade tõhus majandamine ja taastamine nõuab märkimisväärseid kulusid, millest mõned saab katta ELi fondidest, nt Euroopa Maaelu Arengu Põllumajandusfondist ja Euroopa Regionaalarengu Fondist.