The problems with the agricultural and non-timber forest product processing industries are their limited orientation towards added value and high-quality products, the limited specialisation and low level of efficiency within the industries and the fact that the outdated production and packaging technology and production and storage buildings used in the food processing industry are unable to ensure stability in product quality demanded by the market.
Põllumajandus- ja mittepuidulisi metsasaadusi töötleva tööstuse probleem on vähene orientatsioon kõrgema lisandväärtusega ning kvaliteettoodetele, tööstuste vähene spetsialiseerumine ja madal efektiivsus, samuti ei suuda toiduainetööstuse vananevad tootmis- ja pakendustehnoloogiad ning tootmis- ja laohooned tagada turu nõuetele vastavat toodete kvaliteedi stabiilsust. Üks suuremaid probleeme on ettevõtete vähene tähelepanu uute tehnoloogiate kasutuselevõtule ja tootearendusele (sh mahetooted, funktsionaalsed toiduained ning erivajadustega tarbijagruppidele mõeldud tooted). Põllumajandussaadusi töötleva tööstuse ettevõtted on seni vahendite nappuse tõttu liiga vähe investeerinud keskkonnakaitsega seotud eesmärkide täitmisse, sellest