@files( [ ("%s.bed" % x, "%s.tracks" % x, "ucsc_encode.bed" ) for x in TRACKS_ANNOTATE] )
def annotateTracks( infile, outfile, trackfile ):
    '''annotate intervals by track overlap
    '''

    statement = """
    python %(scriptsdir)s/bed2table.py 
                --counter=overlap 
                --log=%(outfile)s.log 
                --filename-bed=%(trackfile)s 
                --genome-file=%(genome)s
    < %(infile)s
    | perl -p -e "s/name/gene_id/" 
    > %(outfile)s"""

    P.run()

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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/annotateTracks/original