@follows( buildGeneRegions )
@files( [ ("%s.bed" % x, x % "%s.probetss" ) for x in TRACKS_MASTER ] )
def annotateProbesetTSS( infile, outfile ):

    to_cluster = True
    statement = """
    cat < %(infile)s |\
        python %(scriptsdir)s/bed2gff.py --as-gtf |\
	python %(scriptsdir)s/gtf2table.py \
		--counter=distance-tss \
		--log=%(outfile)s.log \
		--filename-gff=%(probeset)s \
		--genome-file=%(genome)s
	> %(outfile)s"""

    P.run( **dict( locals().items() + PARAMS.items() ) )

############################################################
############################################################
############################################################
## count coverage within intervals for each track agains all
## the Unstim tracks
############################################################
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/annotateProbesetTSS/swapped operands of `%`