@follows( buildGeneRegions, importRegionsOfInterest )
@files( [ ( ("%s.bed" % x, "%s.bed" % y), "%s_%s.import" % (x,y))  
        for x,y in itertools.product( TRACKS_ANNOTATOR, TRACKS_REGIONS) ] )
def importOverlapRegions( infiles, outfile ):
    '''compute overlap of infile with bedfile.
    '''

    infile, bedfile = infiles

    tablename = outfile[:-len(".import")]
    to_cluster = True
    statement = '''
        python %(scriptsdir)s/bed2graph.py \
            --output=name \
            --log=%(outfile)s \
            %(infile)s %(bedfile)s |\
        sed "s/name1/interval_id/; s/name2/roi_id/" |\
       python %(scriptsdir)s/csv2db.py %(csv2db_options)s \
            --allow-empty \
            --index=interval_id \
            --index=roi_id \
            --table=%(tablename)s \
        > %(outfile)s
        '''
    
    P.run()

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# @follows( buildGeneRegions, importRegionsOfInterest )
# @files( [ ("%s.bed" % x, "%s_roi.import" % x ) for x in TRACKS_ANNOTATOR ] )
# def importOverlapRegionsOfInterest( infile, outfile ):
#     '''compute overlap of intervals with regions of interest.'''
#     importOverlapRegions( infile, outfile, "roi.bed" )
    
# ############################################################
# ############################################################
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# @follows( buildGeneRegions, importGWAS )
# @files( [ ("%s.bed" % x, "%s_gwas.import" % x ) for x in TRACKS_ANNOTATOR ] )
# def importOverlapGWAS( infile, outfile ):
#     '''compute overlap of intervals with regions of interest.'''
#     importOverlapRegions( infile, outfile, "gwas.bed" )


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## compute the coverage of snps
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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/importOverlapRegions/original