@files( [ (x % "%s.bed", "%s.repeats" % x ) for x in TRACKS_ANNOTATE ] )
def annotateRepeats( infile, outfile ):
    '''count the overlap between intervals and repeats.'''

    to_cluster = True
    statement = """
    cat < %(infile)s |\
        python %(scriptsdir)s/bed2gff.py --as-gtf |\
        python %(scriptsdir)s/gtf2table.py \
                --counter=overlap \
                --log=%(outfile)s.log \
                --filename-gff=%(repeats)s \
                --genome-file=%(genome)s
        > %(outfile)s"""

    P.run()

############################################################
############################################################
############################################################
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/annotateRepeats/swapped operands of `%`