@files( PARAMS["filename_t1d"], "t1d.bed" )
def buildDiseaseIntervals( infile, outfile):

    reader = csv.reader( open(infile,"rU") )
    fasta = IndexedFasta.IndexedFasta( FILENAME_GENOME )

    outs = open( outfile, "w" )

    for row in reader:
        if row[0] == "Locus": 
            headers = row
            continue
        loc, chrom, start, end = row[:4]
        if loc == "": continue
        start, end = int(start)-1, int(end)
        
        contig = fasta.getToken( re.sub("[pq]\d[.0-9]*", "", chrom) )

        outs.write((contig, start, end, loc) % "%s\t%i\t%i\t%s\n" )

    outs.close()

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## import data from Wang et. al
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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/buildDiseaseIntervals/swapped operands of `%`