@files( [ ("%s.bed" % x, "%s.annotations" % x ) for x in TRACKS_ANNOTATE] )
def annotateIntervals( infile, outfile ):
    '''classify chipseq intervals according to their location 
    with respect to the gene set.
    '''
    to_cluster = True
    statement = """
    cat < %(infile)s 
        | python %(scriptsdir)s/bed2gff.py --as-gtf 
        | python %(scriptsdir)s/gtf2table.py 
                --counter=position 
                --counter=classifier-chipseq 
                --section=exons 
                --counter=length 
                --log=%(outfile)s.log 
                --filename-gff=%(annotation)s 
                --genome-file=%(genome)s
        > %(outfile)s"""

    P.run()

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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_vitaminD.py/annotateIntervals/original